Poly. Cours DEUST de Microbiolgie Générale (B245)

Département de Biologie
Cours de Microbiologie Générale

Module : Microbiologie B245
DEUG-BCG
Pr. Boughribil Said
Faculté des Sciences et Techniques, B.P. 146 Mohammedia 28806 Maroc
Tel.: +212 5 23 31 47 05/08 | Fax : +212 5 23 31 53 53 | Email: fstm@fstm.ac.ma
www.univh2m.ac.ma - www.fstm.ac.ma
Les différents chapitres du module :
Microbiologie B 245
Chap.1. Historique et introduction à la microbiologie générale.
Chap.2. Nature et étendu du monde microbien.
Chap.3. Classification des bactéries.
Chap.4. Morphologie et ultrastructure des bactéries.
Chap.5. A- Nutrition bactérienne.

B- Croissance bactérienne.
Chap.6. Métabolisme bactérien.
Chap.7. Génétique bactérienne.
2 Pr. BOUGHRIBIL Said

Chap.1. Historique et introduction
à la microbiologie générale.
I) Principales étapes de la microbiologie.
a) Définition:
La microbiologie est la science qui étudiée les organismes de taille microscopique invisibles à l’œil nu
(microbes).
b) Le monde microbien :
N.B:
• Un viroïde est une particule, plus petite que les virus, composée d'un seul ARN circulaire et sans
capside;
• Le prion dérive d’une protéine qui existe à l’état naturel chez tous les mammifères. Pour une raison
inexpliquée, cette protéine peut se replier et changer de forme, elle devient alors nocive et on
l’appelle « prion ». Cette protéine anormale est voisine des glycoprotéines décelées dans la
maladie d’Alzheimer.
Selon le type de microbe étudié, la microbiologie peut être divisée en:
● Bactériologie ───────────˃ Bactéries;
● Mycologie ───────────˃ Mycètes(champignons);
● Phycologie ───────────˃Algues;
● Protozoologie ───────────˃ protozoaires;
● Virologie ───────────˃ Virus;
La découverte des microorganismes :
Elle est intiment liée à l’invention du microscope en 1674 par Antonie Van Leeuwenhoek .
Il a observé pour la première fois en agrandissant les objets de 50 à 300 fois; des «animalicules» animés de
mouvements volontaires: « génération spontanée ».
d) Période de LOUIS PASTEUR de 1822 à 1895:
1) chute de la théorie de la génération spontanée .

Deux hypothèses :
1ère : Les microorganismes se développent spontanément à partir de la matière non vivante ou en
décomposition.
2ème : Les microorganismes sont présents dans l’air et par tout (sol, objet etc). En conditions
favorables et en contact avec un milieu, ils se développent.
Expérience:
Grâce aux résultats de cette expérience, la controverse de la génération spontanée a été résolue
définitivement.
2) Relation entre microorganismes et maladies:
A la fin du 19ème Siècle:
une espèce bactérienne = une maladie
Exemples:
● En 1876 - Robert Koch: Bacillus anthracis ───────────˃ maladie du charbon;
● En 1880- Eberth: Salmonella typhi ───────────˃ maladie du Typhoïde;
● En 1882 - Robert Koch: Mycobactérium tuberculosis ────────˃ Tuberculose;
● En 1883- Robert Koch: Vibrio cholerae ───────────˃ maladie du Choléra;
3) Postula de Koch
A la fin du 19ème siècle, Robert Koch a proposé un protocole pour différencier entre une bactérie pathogène
et non pathogène.
i) Association : La même bactérie doit être retrouvée chez tous les individus malades (= les mêmes
symptômes et même parties du corps) ;
ii) Culture pure : La bactérie doit être isolée et maintenue en culture pure à partir des organes avec
lésions des individus malades;
iii) Reproduction : la bactérie isolée doit reproduire les mêmes symptômes de la maladie (Homme ou
animal);

iv) Réisolement en culture pure. La même bactérie doit être isolée en culture pure à partir des individus
soumis à l’infection expérimentale.
4) Vaccination:
La vaccination est l’utilisation d’un vaccin pour stimuler le système immunitaire. Elle constitue une
protection préventive contre l’agent pathogène.
Exemples :
● En 1796 - Edward Jenner ───────────˃ vaccin contre la variole;
●En 1881–Pasteur L. ───────────˃ vaccin contre la maladie du charbon;
● En 1885- Pasteur L. ───────────˃ vaccin contre la rage.
5) La fermentation : Pasteur : 1857-1877:
Processus de dégradation des glucides avec formation d’alcool et d’acides organiques.
En 1857 ˃ La fermentation lactique ──────˃ des bactéries lactiques (produits laitiers fermentés);
En 1860 ˃ La fermentation alcoolique ───────────˃ Levures (Ethanol + CO2) ;
En 1861 ˃ La fermentation butyrique ──────˃ Bactéries butyriques (acide butyrique)
6) Pasteurisation ( Maladies du vin ).
Le vin est devenu imbuvable car il se transforme en vinaigre.
Sa transformation est due à la présence des microorganismes.
La température du traitement est généralement inférieure à 100°C et la durée est de quelques secondes à
quelques minutes. Ces données varient selon la nature de l’aliment.
La Pasteurisation consiste à chauffer le vin, pendant quelques minutes, sans le faire bouillir et le mettre en
bouteilles après un refroidissement rapide. Ce procédé tue tous les microbes. Ainsi, le vin ne se transforme
plus en vinaigre.
C) Période actuelle:
C’est la période des plus grandes découvertes en microbiologie et en immunologie ( la génie génétique et l a
biotechnologie).
II) Les progrès dans les techniques et le matériel de la microbiologie
a) Asepsie = Techniques de stérilisation.
Trois grands groupes:
1) Agents physiques: chaleur, radiations électromagnétiques, électroniques ou sonique (ultrasons);
2) Agents chimiques: des oxydants, alcools, métaux lourd et leurs sels, phénols, aldéhydes, savons,
détergeant ou des gaz;
L’oxydants le plus connu est l’eau de javel (NaOCl) découverte en 1789.
3) Agents chimio-thérapeutiques: les antibiotiques.
b) Technique de coloration :
En 1884, Hans Christian Gram développe une technique de coloration Gram .

C) Matériel et milieu
En 1855, l’invention du le bec bunsen par Robert Wilhelm Bunsen;
En 1887, l’invention de la Boite de Pétri par Julius Richard Pétri;
En 1881, l’invention de la gélose nutritive par Fannie Eilshemius-Hesse,
En 1930, Le microscope à contraste de phase a été conçu par Frederik Zernike ;
En 1931, Le microscope électronique est une invention des ingénieurs allemands : Ernst Ruska et
Max Knoll
II) Implication en pathologie et antibiotiques.
A) Implication en pathologie.
La pathologie est la science qui étudie des maladies infectieuses, qui sont cliniquement et
physiopathologiquement définies.
A-1: Différents types de bactéries
A-1-1 – Bactéries saprophytes
Une bactérie saprophyte est une bactérie qui vit et se nourrit dans l’environnement à partir de la matière
organique en décomposition (sol, eaux, surfaces).
Propriétés:
♦ Indépendante 100 % de l’homme;
♦ Peut être retrouvée transitoirement sur la peau et les muqueuses ;
♦ Inoffensive même s’elles trouvent chez l’homme des conditions de croissance favorables.
A-1-2 – Bactéries commensales :
Une Bactérie commensale est une bactérie qui vit, de façon persistante, au contact du revêtement cutanéo-
muqueux d’un hôte sans entraîner de désordres (sans maladie) → flores commensales.
Propriétés:
♦ Equilibre des flores;
♦ Effet de barrière: s’opposent à l’implantation des bactéries pathogènes.
A-1-3 – Bactérie pathogène:
Une bactérie pathogène est une bactérie qui est capable d’induire une maladie chez un être vivant.
Il existe deux types:
A-1-3-1 : Bactéries pathogènes spécifiques:
Elles sont incapables de se multiplier en dehors d’un foyer infectieux.
ex : gonocoque, tréponème de la syphilis, Brucella.
A- 1-3-2-Bactéries pathogènes opportunistes:
Elles peuvent devenir pathogènes lorsque les mécanismes de défense de l'hôte sont altérés.
B- Pouvoir pathogène et virulence.
B-1-Le pouvoir pathogène:

Le pouvoir pathogène d'un agent infectieux mesure sa capacité à provoquer une maladie chez un organisme
hôte.
Exp. le choléra ──────˃ Vibrio cholerae ≠ la méningite ──────˃ méningocoque
B-2-virulence:
La virulence d'un agent infectieux mesure sa capacité à se développer dans un organisme (pouvoir invasif)
et à y sécréter des toxines (pouvoir toxique).
Deux souches de même pouvoir pathogène n’ont pas la même virulence.
Exp: Shigella dysenteriae et Shigella flexneri. → les 2 sont responsables d'une dysenterie bacillaire, une
forme de diarrhée, mais pas avec les mêmes doses.
la virulence est une notion quantitative alors que le pouvoir pathogène est une notion qualitative.
C- Physiopathologie de l’infection
C– 1 : Les modes de transmission :
Modes de Portes d’entrées Moyens utilisés Exemples

transmission
voie digestive ingestion d’eau ou aliments Choléra, Typhoïde

souillés
Transmission
indirecte voie respiratoire inhalation d’aérosols Légionellose, Coqueluche
contaminés
voie cutanée Inoculation par Tétanos, surinfections de

contact :plaie souillée plaie
Transmission
directe voie transcutanée injection ou par piqûre Peste, maladie de Lyme
d’insecte vecteur de
bactéries.
voie sexuelle maladies sexuellement Syphilis, SIDA…..

transmissibles
C-2- : Les différentes étapes d’infection:

1) colonisation : la 1ère étape qui consiste la fixation de la bactérie sur le revêtement cutanéo-
muqueux (l’adhésion);
2) invasion : la 2ème étape relative à la localisation de l’infection (ex: pneumonie…..);
3) Propagation ou dissémination ; 3ème étape possible : dissémination par voie sanguine
(bactériémie) ou lymphatique;
Le pouvoir pathogène des bactéries repose sur :
► des facteurs de pathogénicité favorisant la multiplication bactérienne ;
► la sécrétion de toxines (agissant à distance).

D- Les Facteurs de pathogénicité :
a) adhésion : Grâce à une protéine appelée adhésines;
b) Résistance au phagocytose: Grâce à la capsule;
c) Persistance dans les cellules :
d) Diffusion dans l’organisme : Grâce à la production d'enzymes facilitant la diffusion des bactéries :
(collagénases, coagulase, kinases,…)
e) synthèse de toxines bactériennes.
Il y a deux types de toxines bactériennes :
D-e-1- endotoxines = toxines glucido-lipido-protéïques LPS
LPS = constituant de la membrane externe des bactéries
Le lipide A ne peut se détacher de la bactérie qu'au moment de la lyse (d'où le terme d'endotoxine)
D-e-2 : exotoxines: protéines extracellulaires, sécrétées ou injectées (dans quelques cas, libérées après la
lyse bactérienne) : Il existe deux types :
 Entérotoxines
 Neurotoxines

Elles vont agir sur un site cellulaire bien précis.
♦ Une entérotoxine provoque des troubles intestinaux lors de sa diffusion dans le système digestif. Ces
toxines empêchent l'absorption des ions Na+ et Cl- par l'intestin grêle en favorisant une fuite hydrique
(diarrhées...).
♦ Une neurotoxine: est une toxine qui perturbe ou inhibe totalement le fonctionnement soit du système
nerveux central (toxine tétanique), soit du système nerveux périphérique (toxine botulique).
La production d'une toxine est spécifique d'une espèce bactérienne qui produit une pathologie qui lui est
associée:
- Clostridium tetani → toxine tétanique ;
- Corynebacterium diphteriae → toxine diphtérique ;
- Bordetella pertussis → toxine pertussique (coqueluche).
E: moyens de défense de l’hôte contre l’infection bactérienne:

Le système immunitaire correspond à l'ensemble des mécanismes de défenses de l'organisme contre une
infection. Il est constitué de plusieurs organes :
Il existe deux types d’immunités :
A) l’immunité innée = la 1ère ligne de défense, à mise en jeu immédiatement par l’organisme (pas de
spécificité). Plusieurs types de mécanismes :
a) les barrières physiques telles que la peau et les muqueuses;
b) l’inflammation : Son but est d’inactiver les agresseurs par les phagocytes et de mettre en œuvre la
réparation des tissus (en cas de lésion).
Les phagocytes : un type de globule blanc qui est capable d’englober des microorganismes pathogènes ou
d’autres cellules malades et de les détruire. Il existe plusieurs types de phagocytes.
c) le complément :
Le système du complément est composé d’une vingtaine de protéines.
d) Les interférons :
En cas d’infection virale, les interférons sont des glycoprotéines qui inhibent la multiplication des virus à
l’intérieur des cellules. La présence de toxines microbiennes peut aussi déclencher la production
d’interférons.
B) l’immunité acquise ou spécifique:
2ème ligne de défense (spécificité étroite), pas immédiate. N’existe que chez les vertébrés. Cette réponse fait
intervenir des cellules spécialisées appelées lymphocytes. Il en existe deux classes :

♦ les lymphocytes B :
Ils sont responsables de la production d’anticorps. Ces anticorps sont des protéines capables de se fixer sur
les protéines étrangères, appelées antigènes, et de détruire le pathogène. On les appelle également
immunoglobulines. Chez l’Homme, les lymphocytes B arrivent à maturité dans la moelle osseuse ;
♦ les lymphocytes T :
Ils représentent plus de 80 % des lymphocytes en circulation dans le sang. Ils sont produits dans le thymus.
Il existe deux types:
• les cellules T cytotoxiques qui, lorsqu’elles sont activées, détruisent directement les cellules infectées
par des virus et les cellules tumorales ;
• les cellules T facilitatrices, qui contrôlent d’autres aspects de la réponse immunitaire.
N.B: Il existe des lymphocytes T et B dits à mémoire. Ces derniers gardent le souvenir d'un agent pathogène.
C'est sur cette propriété du système immunitaire que sont basés les vaccins.
B-Antibiotiques.
b-1- Définition :
Un antibiotique est une substance naturelle (produite surtout par des micro-organismes), semi-
synthétique ou synthétique, ayant la propriété d'empêcher la croissance des micro-organismes ou de
les détruire.
Les propriétés :
● Activité antibactérienne :
Il existe deux types :
♦ Les bactériostatiques : inhibent la multiplication des micro-organismes ;
♦ Les bactéricides : détruisent les micro-organismes.
● Activité en milieu organique ;
● Une bonne absorption et bonne diffusion dans l’organisme ;
● Ils inhibent la croissance à des concentrations tolérées par l’hôte. On distingue deux types de
concentrations :
♦ CMI : Concentration Minimale Inhibitrice :
La plus faible concentration d’ATB permettant d'inhiber (bactériostase) totalement la multiplication
bactérienne, après 18 à 24 heures de contact à 37°C.
♦ CMB : Concentration Minimale Bactéricide :
La plus faible concentration d’ATB permettant de détruire (bactéricidie) 99,99 % des bactéries après
18 à 24 heures de contact à 37°C avec l'antibiotique.
L’ATB est actif soit par : bactériostase ou bactéricidie.

Ils peuvent agir dans :
♦ les voies digestives et urinaires → Escherichia Coli:
♦ les voies respiratoires→ les pneumocoques ou Haemophilus influenzae ;
♦ la peau ou la sphère ORL → les staphylocoques ou les streptocoques.
b-2- Mode d'action
Les antibiotiques agissent à l’échelon moléculaire au niveau d’une ou de plusieurs étapes métaboliques
bactérienne par :
● Inhibition sélective :
1) inhibition de la synthèse de la paroi ;
2) inhibition de la synthèse de la membrane plasmique ;
3) inhibition de la synthèse de l’ADN ;
4) inhibition de la synthèse de la protéique ;
● Inhibition compétitive (5) : autres mécanismes.
B-3- Critères de Classification.
1- Origine: naturel, synthétique ou semi synthétique;
2-Mode d’action : paroi, membrane cytoplasmique, synthèse des protéines, synthèse des acides nucléiques ;
3- Spectre d’activité :
C’est l’ensemble des germes sur lesquels l’ATB exerce son action : bactériostatique ou bactéricide. Il traduit
l’activité de cet ATB. On parle de spectre :
► Très large ;
► Large ;
► Moyen ;
► Etroit.
b-4-. Mécanismes de résistance à l’antibiotique

L’utilisation exagérée des antibiotiques a conduit à l’apparition de bactéries résistantes à ces médicaments.
Cette résistance peut être expliquée par :
♦ L’altération des récepteurs membranaires empêche les antibiotiques de s’ajuster sur ces
récepteurs ;
♦ La diminution de la perméabilité de la membrane empêche l’antibiotique d’entrer ;
♦ Les antibiotiques sont refoulés de la cellule par une pompe ;;
♦ Les antibiotiques sont décomposés par des enzymes.

IV- Utilisation des microorganismes en Bio-industrie
Certaines bactéries peuvent nuire à notre santé mais d’autres, au contraire, peuvent l’améliorer (vitamines et
produits alimentaires). Egalement, les microorganismes peuvent participer à la résolution de certains
problèmes qui menacent actuellement notre planète.
a) Secteur agro-alimentaire :
Les microorganismes sont utilisés pour plusieurs recours dans les filières agro-alimentaire et industrielle :
Produits laitiers Souches bactériennes utilisées

Le yaourt Lait + Lactobacillus bulgaricus et Streptococcus thermophilus .
Le fromage Espèces les plus utilisées : Lactococcus (Lc) et de Lactobacillus (Lb).

Acides aminés (A.A) les acides glutamiques et aspartiques (Penicillium, Rhizopus) ,
glutamate (Corynebacterium) et thréonine phénylalanine, lysine
(Micrococcus, E.coli )
Les composés Les macromycètes et les levures. (odeurs: amande, géranium,
aromatique banane, fraise, jasmin, etc…).
«Levain » de Un levain naturel de panification = bactéries lactiques et les levures
panification.
Fermentations De nombreuses bactéries et levures font ce type de fermentation.
alcooliques Mais les levures sont les plus utilisées.
le vin et la bière
Vitamines les Actinomycètes (bactéries filamenteuses du G. Streptomyces et
Nocardia)
b) Environnement.
Les microorganismes sont utiles pour protéger l’environnement par :
♦ L’élimination des métaux lourds des eaux résiduelles (biocatalyseurs);
♦ Recyclage des déchets urbains biodégradables ;
♦ Dégradation des carburants et des déchets pétroliers (Garciella nitratireductans et Petrobacter
succinatimandens);
♦ Les cycles biogéochimiques, qui font intervenir les microorganismes:
- Cycle d’azote, Cycle de carbone, Cycle d’oxygène, Cycle de soufre, CO2).

Chap.2.Nature et étendu
du monde microbien.
I- Les principes de la taxonomie.

a) Définition
La taxonomie (on dit aussi taxinomie) est la science qui étudie la classification des êtres vivants. Elle est
Constituée de 3 parties séparées mais reliées entre elles :
1) Classification : Arrangement des organismes en groupes ou taxons selon leur ressemblance et leur
parenté évolutive..
2) Nomenclature : Consiste à donner des noms aux groupes taxonomiques selon les règles publiées
3) Identification: : Montré qu’un isolat particulier appartient à un taxon connu.
b) Les rangs taxonomiques
Les rangs taxonomiques ou taxinomiques utilisés dans la classification sont par ordre décroissant :
Règne→ Domaine→ Embranchements ou phylum →Classe→ Ordre→ Famille→ Genre → Espèce.
► Espèce constitue l'unité de classification. Toutefois, il est souvent nécessaire de subdiviser une espèce en
différentes sous-espèces (subspecies).
► Genre : Groupe bien défini, d’une ou plusieurs espèces, qui est clairement séparé des autres genres.
Définition d’une espèce procaryote:
Une espèce bactérienne est un ensemble de souches qui partagent de nombreuses propriétés stables et
diffèrent des autres groupes de souches.
Définition d’une souche
Une souche bactérienne est une population d’organismes qui provient d’un organisme unique (clone) ou
d’un isolat de culture pure.
Un clone est une population issue d’une cellule unique par division binaire successive.
Cependant, à l’intérieur de la même espèce, les souches peuvent présenter des légères différences :
a) Biovars : Différences biochimiques ou physiologiques ;
b) Morphovars ; Différences morphologiques ;
c) Sérovar : Propriétés antigéniques distinctes.
C) Système binomial de nomenclature :

Genre & Espèce
1ère lettre majuscule 1ère lettre minuscule

Italique ou souligné
Exp : Escherichia coli
N.B. Ce nom peut être réduit après la 1ère utilisation dans un texte scientifique à : E. coli.

d) Différents critères de classification :
La classification regroupe les microorganismes dans un même groupe avec un maximum de critères
communs.
Les critères les plus utilisés en taxonomie sont::
a) Critères morphologiques et structuraux :
1) Forme de la cellule bactérienne :
Il existe différentes formes :
♦ Coque = forme sphérique ;
♦ Bacille = forme en bâtonnet ;
♦ Spirochète : forme en spirale.
2) Forme, Elévation et bord de la colonie ;
3) Coloration de Gram ;
4) Mobilité ;
5) la capacité à sporuler ;
6) Autres paramètres…… ;
b) Critères physiologiques et métaboliques :
1) la température de croissance ;
2) pH du milieu.
3) le mode respiratoire ;
4) Fermentation des glucides ;
5) Dégradation des protéines ;
6) Dégradation des lipides ;

7) les besoins nutritionnels ;
→Eléments majeurs: C, O, H, N, P, K+, Ca2+.
→ Les oligoéléments :
* Un rôle dans l’équilibre physico-chimique de la cellule Bactérienne (exp. Na+, K+, Mg2+ et Cl- );
* Entrent dans la constitution d’une enzyme ou coenzyme ( Exp. Le Fer des Cytochromes et le Magnésium
de la chlorophylle) ;
* Jouent le rôle de cofacteurs ou d’activateurs enzymatiques ( Exp. Calcium, Magnésium, Cobalt, Cuivre,
Manganèse, le Molybdène et la Vanadium).
8) la capacité de photosynthèse ;
9) l’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote ;
10) La pathogénicité ;
11) Enzymatiques ;
12) La sensibilité aux antibiotiques ;
13) La sensibilité aux bactériophages.
14) Critères écologiques.
15) Critères immunologiques.
E) Critères moléculaires :
Ils groupent les organismes en utilisant des caractères de nature moléculaire.
1) Le % GC ou le coefficient de chargaff;
2) L’hybridation ADN/ADN;
3) L’analyse et séquençage des ARN ribosomaux.
2.1) Le GC% ou coefficient de Chargaff
Chaque base azotée (puriques (adénine et guanine) et pyrimidiques (cytosine et thymine) est présente dans
une certaine concentration molaire dans une molécule d’ADN donnée.
- ADN double-brin a une faible absorbance dans l’UV à 260 nm;
- dénaturation par la T°C → rupture des liaisons hydrogènes entre les bases, → séparation des deux
brins → forte augmentation de l’absorbance à 260 nm, appelée effet hyperchromique.

Tm = température à laquelle 50% de l'ADN est dénaturé.
♦ Chez les bactéries le GC% varie de 30 à 75%;
♦ 2 souches appartiennent à la même espèce ont un écart < 5% entre leurs GC%;
♦ 2 souches appartiennent au même genre ont un écart < 10% entre leurs GC%;
2-2-Hybridation des acides nucléiques :
L’hybridation des acides nucléiques permet de comparer la similitude entre les génomes de deux bactéries.
Cette technique est la plus utilisée.
• Dénaturation par chaleur : ADN bicaténaire → 2 brins homologues ;

• Renaturation in vitro: refroidissement → réassociation des 2 brins d’ADN ;
• Mélange de 2 ADN dénaturés de 2 espèces bactériennes différentes ;
• ADN monobrin d’une bactérie peut se réassocier avec un monobrin de l’autre bactérie : C’est
l’Hybridation
Technique :
• ADN non radioactif de l’espèce A dénaturé et fixé à une membrane de nitrocellulose ou Nylon ;.
• Incubation avec l’ADN simple-brin de l’espèce B marqué à la radioactivité ( 32P, 14C).
Résultat :
Après lavage de la membrane (élimination de l’ADN non hybridé), la mesure de la radioactivité, restante
attachée à la membrane, reflète le degré d’hybridation, donc de similarité entre les ADN.
2-3- Séquençage des acides nucléiques
Le plus utilisé en taxonomie microbienne est le séquençage de l’ARNr (ARN 5S, 23S et ARN 16S isolés
respectivement des sous-unités 50S et 30S):
Le choix de ARNr est dû :
♦ L'ARNr se retrouve chez tous les microorganismes ;
♦ L'ARNr a une fonction stable dans le temps ;
♦ Séquençage rapide par la transcriptase reverse ;

♦ l'ARNr16s est la plus utilisée à cause de sa taille moyenne ;
♦ l'ARNr5s peut présenter des anomalies de séquences.
Séquençage:
ARNr16s+ ribonucléase T1 → oligonucléotides courts → séquençage
Les souches A et B ont plusieurs oligonucléotides de même séquence → les 2 souches sont apparentées .
Quelques définitions :
► Les transcriptases réverses sont des DNA polymérases qui peuvent synthétiser un brin d’ADN
complémentaire (ADNc) en prenant un ARN comme matrice, pour former un hybride ADN:ARN. Elles
catalysent donc la réaction inverse de la transcription, d’où le nom de transcriptases réverses.
► La ribonucléase T1 hydrolyse spécifiquement les ARN en rompant les liaisons 3’-5’ phosphodiester, de
telle manière que le produit soit une guanosine 3’-phosphate ou un oligonucléotide se terminant par une
guanosine 3’-phosphate.
► Oligonucléotides: Un petit segment d'ADN (quelques dizaines de nucléotides) simple brin servant
d'amorce et donc complémentaire d'une des extrémités d'un fragment d'ADN à amplifier.

Chap.3.
Classification des bactéries
I) Les principaux groupes de micro-organismes:

La découverte des nouvelles formes microscopiques vivantes (algues, champignons, levures, protozoaires,
bactéries), rendait difficile leur caractérisation par la classification connue à l’époque :
♦ Mobile ──────────────────˃ rapproché des animaux ;
♦ Immobile et photosynthétique ──────˃ rapproché des végétaux.
Cependant, des microorganismes ayant à la fois des caractéristiques animales et végétales ont posé des
problèmes.
Exemples :
Champignons (Botanistes);
I. a - les myxomycètes
Protozoaires (zoologistes)
Algues (Botanistes);
I. b- les euglènes
Protozoaires (zoologistes).
a) Les Myxomycètes
♦ myxo = gélatineux, mucilagineux, gluant ;

♦ mycète = champignon
la comparaison des séquences d’acides nucléiques a permis de montrer que les Myxomycètes n’ont pas de
parenté directe avec les champignons et qu’ils se rapprochent plutôt des protistes (animaux unicellulaires).
b) les euglènes
♦ Elles vivent principalement dans les eaux douces riches en matières organiques ;
♦ Elles sont également proches des protozoaires car certaines espèces sont capables de se nourrir par
absorption de molécules organiques ;
♦ Elles possèdent un ou deux flagelles insérés dans un réservoir, invaginé dans la cellule ;
♦ Les espèces photosynthétiques contiennent des chlorophylles a et b, du bêta-carotène et des xanthophylles
II- Un troisième règne : Les Protistes.

En 1866 un zoologiste allemand (Haeckel), a résolu le problème en créant un 3ème règne, celui des Protistes,
pour regrouper les algues, les protozoaires, les champignons et les bactéries.

La majeure différence entre les trois règnes réside au niveau de l’organisation biologique (Tableau ci-
dessous).
Végétaux Groupes contestés Animaux

(Immobiles et (Mobiles et non
photosynthétiques) photosynthétiques)
♦ Algues ♦ Flagellés ♦ Petits métazoaires :
(photosynthétiques) : photosynthétiques - Rotifères
- Formes immobiles ♦ Myxomycètes - Certains nématodes
♦ Champignons : - Certains arthropodes
- Vrais champignons ♦ Protozoaires :
-Flagellés non photosynthétiques
- Ciliés
- Amibes
II-1- Les différences entre les trois règnes :
Règnes Propriétés Exemples

Animaux Multicellulaires, différenciation cellulaire en Vertébrés et Invertébrés
tissus et organes
Végétaux Multicellulaires, différenciation cellulaire en Plantes vasculaires et
tissus et organes Bryophytes
Protistes Unicellulaires, cœnocytiques ou - Algues
multicellulaires; avec très peu ou pas de - Protozoaires
différenciation cellulaire. - Champignons
- Bactéries
II-2. Classification biologique actuelle (Contemporaine)
Eucaryotes Procaryotes Organismes non

cellulaires
- Plantes vasculaires - Protistes inférieurs : - Virus
et Bryophytes + Bactéries -viroïdes;
- Animaux (métazoaires) + Cyanobactéries - prions
- Protistes supérieurs :
+ Algues (sauf
Cyanophycées = cyanobactéries)
+ Protozoaires
+ Champignons
Les protistes sont des organismes simples, possédant souvent des cellules pas ou très peu
différenciées, du même type et indépendantes.

II-3. Comparaison entre cellules eucaryote et procaryote
Structures cellulaires Eucaryote Procaryote

Taille 2 - 20 mm 0,3 - 2,5 µm
Noyau Présence Absence
plusieurs chromosomes un seul chromosome
Nucléole Présence Absence
Membrane nucléaire Présence Absence
Mitochondrie Présence Absence
Lysosome Présence Absence
Appareil de Golgi Présence Absence
Réticulum endoplasmique Présence Absence
Ribosome Présence Présence
Ribosome 80S Ribosomes 70S
Peptidoglycane dans les Absence Présence
parois (chez les eubactéries seulement)
III- Principales Caractéristiques du règne des protistes.

Les protistes sont définis par des propriétés communes et spécifiques :
♦ Taille microscopique de l’ordre du micromètre (1 µm = 10-6 m);
♦ organisation simple ;
♦ L’omniprésence et l’abondance.
1) Protistes unicellulaires:
Une cellule unique qui constitue un organisme complet et autonome, donc doué de toutes les
fonctions de la vie : nutrition, croissance et reproduction.
2) Protistes pluricellulaires:
Ce sont principalement des champignons (Fungi) et des algues formés de plusieurs cellules
identiques, sans aucune différence structurale ou physiologique.
3) Protistes Coénocytiques : Exemple du Chytridiomycetes
Ces organismes qui peuvent être de grande taille, se composent d’un cytoplasme important
incluant de nombreux noyaux sans cloisonnement (septum) entre eux.
IV-Principaux groupes des bactéries :
La classification de Bergey sépare les bactéries en 4 divisions :
♦ selon la présence ou non d’une paroi;
♦ selon la nature de cette paroi, que l’on peut déterminer grâce à la coloration de GRAM.
==˃ Les Archaebactéries ;
==˃ Les bactéries à GRAM négatif ;
==˃ Les bactéries à GRAM positif ;
==˃ Les mycoplasmes (bactéries sans paroi)

A) les Archéobactéries:
les formes et les structures cellulaires des Archéobatéries sont analogues à celles des bactéries, mais elles
sont différentes par de nombreux caractères spécifiques.
Les Archaebactéries sont adaptés à vivre dans des conditions extrêmes :
♦ Forte salinité ;
♦ haute température ;
♦ faible pH ;
♦ sans oxygène.
. On peut les classer en trois groupes :
- les thermophiles extrêmes : vivent dans des milieux très salés (ex le Grand Lac Salé en Utah);
- les halophiles extrêmes : vivent à très hautes températures (--> 90°C ex les sources hydrothermales sous-
marines);
- les méthanogènes : utilisent les CO2 pour oxyder le H2, produisant du CH4. Elles sont anaérobies strictes.
B - Bactéries à GRAM négatif :
► Elles représentent plus de 66 % des bactéries répertoriées dans la classification de Bergey.
► Elles possèdent une paroi qui donne à la cellule sa forme.
► Cette paroi est formée d’une couche de peptidoglycane comprise entre une couche externe et la
membrane plasmique.
D’après la morphologique de la cellule bactérienne,, on distingue dans cette division les groupes suivants :
b.1) Les Cocci:
De forme sphérique, arrondie. Les plus importantes sont les agents de deux maladies humaines graves.
Exp. Neisseria gonorrhoeae ou « gonocoque » responsable de la gonorrhée, maladie sexuellement
transmissible (vénérienne).
B.2) Les Bacilles à Gram négatif
Ce sont des bactéries en forme de bâtonnet. La mieux connue et la plus étudiée est Escherichia coli.
˃ Pathogènes: les agents responsables des maladies infectieuses humaines :
˃ Non pathogènes saprophytes du tube digestif,
˃ Symbiotiques:
B.3- Les Spirochètes
• Unicellulaires : Bacilles Gram négatif ;
• Structure hélicoïdale ;
• déplacement grâce aux fibrilles axiales dans des solutions très visqueuses ou sur des surfaces
solides ;
• Multiplication par scission binaire transversale ;

• Paroi mince et flexible entourée d’un manteau ;
• Vie aquatique (eau douce, eau marine, boue);
• Ils possèdent une gaine externe multicouche de peptidoglycanes recouvrant la membrane plasmique.
Les spirochètes pathogènes de l’homme :
♦ Leptospira interrogans agent d’une jaunisse infectieuse.
♦ Treponema pallidium agent de la syphilis chez l’homme de 5 à 15 µm de longueur.
Cultivable uniquement chez les lapins.
B.4- Les Rickettsies
• Parasites intracellulaires obligatoires : ils se développent à l’intérieur de l’hôte ;
• Ce sont les plus petites des bactéries polymorphes ;
• Bactéries bacilliformes, coccoides ou pléomorphes avec des parois Gram négatif, non mobiles ;
• Les Rickettsies sont capables de produire une partie de leur énergie par l’oxydation de quelques
substrats : Glucose et pyruvate ;
• Transmission par l’intermédiaire d’arthropodes succeurs de sang : poux, puces et tiques.
B.5) Les Chlamydies :
♦ Parasites intracellulaires obligatoires, comme les Rickettsies ;
♦ Incapables de produire seuls la moindre énergie ≠ Rickettsies ;

♦ Ils dépendent entièrement de la cellule hôte ;
♦ Longtemps confondues avec les virus en raison de leur :
- Petite taille < 1 µm de long.
- Existence intracellulaire.
B.6- Myxobactéries:
● Unicellulaires : Bacilles Gram négatif aérobies ;
● non photosynthétiques ;
● Déplacement par glissement ;
● Paroi fine et flexible ;
● Un cycle de vie complexe ;
● Ils se développent un peu partout : eau, sol, végétaux, écorce d’arbres (omniprésence).
● Les myxobactéries forment des agrégations appelées fructifications pluricellulaires :
● En conditions défavorables, elles se transforment en myxospores dormantes enfermées dans des
structures appelées sporanges.
B-7: Les Cyanobactéries : Algues bleues.
● Les cyanobactéries sont les seuls procaryotes photosynthétiques.
● Leur développement rapide peut s'expliquer par :

1) la photosynthèse oxygénique: production d’O2 au cours de la photosynthèse en utilisant les
pigments: phycocyanines;
2) l'emploi d'une source d'électrons toujours disponible : l'eau. Contrairement aux Chlorobactéries et
Rhodobactéries, qui utilisent le soufre à la place de l'eau;
3) l'élimination des bactéries concurrentes par les effets toxiques de l'oxygène sur ces espèces
principalement anaérobies.
4) Ils se développent un peu partout, dans l'océan, les eaux douces mais aussi sur la terre ferme ;
5) Grâce à leur activité photosynthétique, ils contribuent au maintien d’un équilibre entre le gaz
carbonique et l’oxygène ;
6) A la fin de leur vie, certaines espèces de cyanobactéries libèrent des toxines dans l’eau qui peuvent
affecter la santé humaine et animale ;
7) Grande diversité de forme et d’aspect : unicellulaire, multicellulaire, sphérique, bâtonnet ou
filamenteuse (les filaments = trichome).
Elles possèdent la chlorophylle a ou des pigments appelés phycobilines :
► Phycocyanine chez les Cyanobactéries bleues ;
► Phycoérythrine chez les Cyanobactéries rouges-brunes ;
► Peuvent se déplacer grâce aux vésicules gazeuses ou par glissement ;
► Possèdent un organite particulier, « la vacuole à gaz »;
► Elles se reproduisent par : scission binaire, bourgeonnement, fragmentation ou scission multiple ;
► Les filaments se fragmentent pour donner des petits filaments appelés hormogonies;
► Par opposition aux bactéries, se sont les seules à posséder des acides gras polyinsaturés.
C) Les Bactéries à Gram Positif :
♦ Moins nombreuses que les Gram négatif ;
♦ Leur paroi est plus simple (aspect uniforme);
♦ Elles sont très variées sur le plan morphologique, physiologique et écologique.
C.1-Les Bacilles :
Il existe deux groupes principaux :
►Le groupe sporulant (formation des endospores), est composé de deux genres :
● le genre Bacillus ;
● le genres Clostridium
N.B:
• L’endospore est une forme de résistance aux conditions défavorables ;
• Les genres Bacillus et Clostridium sont très répondus dans le sol, l’eau et d’autres habitats.

►Le groupe non sporulant qui regroupe les Lactobacilles.
C.1.1- Les Bacillus :
♦ La plus part sont mobiles sauf Bacillus antharcis;
♦ Aérobies stricts ou Anaérobies facultatifs ;
♦ La présence d’air n’inhibe pas la formation d’endospore;
♦ Ils synthétisent la catalase (+);
♦ Toutes les espèces sont Chimioorganotrophe ;
♦ Ils peuvent croitre à 65°C comme c’est le cas pour Bacillus stearothermophilus .
C.1.2- Clostridium :
♦ Ils se développent un peu partout, dans le sol, dans la vase, dans les intestins des animaux et des
hommes ;
♦ Ils sont très pathogènes ;
♦ La plus part sont mobiles ;
♦ La majorité sont anaérobies strictes, certains peuvent tolérer une faible quantité d’oxygène ;
♦ Ils ne synthétisent pas la Catalase (-) ≠ Les Bacillus ;

♦ La formation de spore est inhibée par l’oxygène ≠ Les Bacillus.
Les plus rencontrés en microbiologie médicale sont :
˃ Clostridium botulinum (anaérobie strict) ==˃ Agent du botulisme ;
˃ Clostridium perfringens ==˃ Agent d’intoxications alimentaires, immobiles, tolère une faible quantité
d’oxygène et forment rarement des endospores ;
˃ Clostridium tetani (mobiles) =====˃ Agent de Tétanos.
Lorsqu’il sporule, la spore est à l’extrémité du bacille,
C.2. Les Cocci :
Les deux principaux genres sont :
♦ le genre Staphylococcus ;
♦ le genre Streptococcus
De nombreuses espèces sont pathogènes.
Exp. Staphylococcus aureus
● Présent sur la peau et les muqueuses de l’homme et des animaux.
●Responsables d’intoxication alimentaire et d’infections.
Exp. Streptocoques:
♦ Certains peuvent provoquer des infections qui touchent tous les organes humains;
♦ Mais d’autres sont utilisés dans l’industrie laitières « Streptococcus thermophilus » dans la fabrication du
yaourt;

♦ Certains sont dits inhibiteurs, car ils produisent des antibiotiques:
► Streptococcus lactis =======˃ la nisine : Un peptide antibactérien polycyclique de 34 acides aminés.
► Streptococcus.cremoris =====˃ la diplococcine (antibiotique proche de la nisine).

C.3) Les Actinomycètes :
♦ Se sont des organismes Gram+ à Gram variables ;
♦ Ils forment des hyphes ou filaments comme des champignons, à un moment au moins de leur croissance ;
♦ Mais ils ont les caractéristiques des procaryotes ;
♦ Se sont des chimioorganotrophes qui se développent le mieux en anaérobioses ;
♦ Les actinomycètes forment la plupart des antibiotiques naturels. Ils sont à l'origine des 2/3 des
quelques 6 000 antibiotiques qui ont été isolés.
► Les Actinomycètes les plus pathogènes pour l’homme sont de la famille des Mycobacteriaceae :
• Mycobacterium Tuberculosis =====˃ la tuberculose
• Mycobcterium leprae =====˃ la lèpre
► Les Actinomycètes utiles sont de la famille des Streptomycetaceae.
♦ Ils forment des hyphes stables qui ne se fragmentent pas;
♦ En forme de chainettes de spores.
Cette famille contient 4 genres. Le plus important c’est le genre Streptomyces (S.).
Streptomyces est aérobie, se rencontre dans le sol, bien que certains soient pathogènes. Ils forment d’hyphes
avec des septums (cloisons) espacés, très colorés.
˃ S. griseus ==˃ produit deux antibiotiques importants. La streptomycine et la cycloheximide qui a une
action antifongique.
˃ S. Scabies ==˃ espèce du sol, responsable de la gale de la pomme de terre.
D) Les Mycoplasmes :
♦ Cette classe regroupe des bactéries sans paroi ;
♦ Certaines espèces sont parasites et pathogènes ;
♦ Taille de 0,15 à 0,3µm de diamètre ;
♦ Forme variable ;
♦ Certaines souches se déplacent par glissement ;
♦ Leur membrane plasmique contient des stérols qu’elles puissent des cellules parasitées ;
♦ Ils sont très sensibles aux chocs osmotiques et aux tensioactifs ;
♦ ADN est très petit par rapport aux autres bactéries. 1/4 à 1/5 d’E. coli. Ce qui explique leur mode de vie
parasite intracellulaire obligatoire.
Exp. Mycoplasma pneumoniae ==˃ la pneumonie chez l’homme.

Chap.4 :
Morphologie et Ultrastructure
des bactéries
I) Cellule bactérienne :
a) Définition
Organisme unicellulaire de petite taille de l’ordre d’un micron. elles ne sont observables que par le
microscope.
b) Dimension des cellules bactériennes :
La taille d’une bactérie est de l’ordre d’un micromètre (1 µm = 10-6 m). Les plus petites bactéries ont
une taille similaire à celle des plus grands virus tandis que les plus grandes atteignent la taille de
certaines algues unicellulaires. Quelques exemples :
- Mycoplasma pneumoniae 0,2 µm
- Escherichia coli 1 x 2 µm
- Treponema pallidum (Spirochète) 0,1 x 10 µm
- Oscillatoria (Cyanobactérie) 7 µm
c) Forme des cellules bactériennes :
Il existe différentes formes :
►Forme sphérique = Cocci :
C’est une forme arrondie plus au moins régulière. Ces coques peuvent rester sous forme individuelle
ou sous la forme d’un arrangement caractéristique :
♦ Diplocoques : Les coques se divisent et restent grouper pour former des paires:
• Aspect en flamme de bougie → Pneumocoque
• Aspect de grain de café → Gonocoque
♦ Chaine de coques: Les coques se divisent et restent attachées pour former des chaines: Exp:
Streptocoques
♦ Amas de coques: Les coques se divisent et restent attacher pour former un grappe de raisin . Exp:
Staphylocoque
♦ Tétracoques: Les coques se divisent et restent grouper sous former d’un carrée: Exp: Micrococcus
♦ Coques en amas cubique en nombre de huit cellules: Exp: Sarcina
► Forme de bâtonnet = Bacille :

Forme de cylindres droits réguliers, différents dans leur rapport longueur / largeur.
Les extrémités des bacilles peuvent être arrondies, rectangulaires ou effilées;
Certains bacilles ont une forme incurvée (forme de virgule): vibrions

► Forme spiralée
Forme de bâtonnet tordu en spirale ou hélice donnant une allure ondulaire (spirochète).
► Forme particulière :
• Bactéries en forme carrée, rectangulaire ou étoilée ;
• Bactéries multicellulaires ramifiées (forme de mycélium);
• Bactéries sans aucune forme caractéristique (pléomorphes).
Les différents types de forme et de regroupement:
II- Structure de la cellule bactérienne.
II.A. Eléments constants :

1-1 : la membrane plasmique
==˃ Composition chimique et structure moléculaire.

● Interface entre le cytoplasme et les structures externes ;
● Observable au microscope électronique (5 à10 nm d’épaisseur);
● Structure très organisée et flexible, modèle en mosaïque fluide avec des protéines flottantes dans une
double couche lipidiques ;
● Un lieu de fixation des flagelles.

a) Les phospholipides :
- Double couche de phospholipides (30 à 40 %) dont les pôles hydrophobes sont face à face, entourant des
protéines ;
b) Les protéines :
- Protéines extrinsèques (périphériques): sur l’une des deux faces;
- Protéines intrinsèques (intégrales): traversent toute la membrane;
c) Les glucides :
- Les glucides sont des constituants mineurs de 2 à 12 % (glucose, glucosamine etc).
d) Les enzymes :
- Les enzymes de la chaine respiratoire c-à-d les déshydrogénases ;
- Les coenzymes : cytochromes, les cytochromes oxydases etc.
˃ Principales fonctions :
► Biosynthèse de l'ADN, des polymères de la paroi et des lipides membranaires par les enzymes qui sont
localisées à son niveau ;
► Excrétion d’enzymes hydrolytiques au niveau de l’espace périplasmique;
► Respiration : elle contient toutes les protéines nécessaires pour cette activité ( enzymes de transport et
d’oxydoréduction);
► Chimiotactisme (détection des signaux de l’environnement);
► Transport des substances : entre l’intérieur et l’extérieur de la bactérie en faisant intervenir plusieurs
types de système de transports. Les différents types de système de transports :
I) Transport passif :
● Suit le gradient de concentration pour établir un équilibre entre les concentrations intra et extracellulaires
d’un substrat donné ;
● Ne demande aucune énergie ;
● N’entraine aucune accumulation.

1) Transport simple : Concerne les substances liposolubles et de petites tailles. Ces molécules traversent
la membrane sans l’aide d’aucune protéine (canal protéique).
2) Transport facilité : Concerne les molécules de tailles relativement grandes et se fait à travers une
protéine porteuse ( facilitatrice).
II) Transport actif :
● Se fait contre le gradient de concentration = du moins concentré vers le plus concentré;
● Nécessité une énergie;
● Entraine une accumulation.
==˃ Invagination membranaire :
La membrane peut s’invaginer à l’intérieur du cytoplasme en forme de vésicule, de tube ou de lamelle

et forme les mésosomes. Leur rôle est moins connu, mais ils peuvent être impliqués dans :
- La formation du septum ou la paroi transversale des bactéries en division ;
- Site de fixation des chromosomes lors de la réplication;
- Rôle dans le processus de sécrétion.

II.A.2. La paroi :
Définition :
la paroi est une enveloppe rigide et caractéristique des procaryotes :
Ses fonctions sont :
- Elle maintient la forme cellulaire ;
- Perméable à l’eau et aux petites molécules ;
- Résistance à la forte P.O. interne ;
- Support de nombreux antigènes ;
- Division cellulaire.
Composition chimique :
˃ Les osamines (sucres aminés):
- N-acétylglucosamine : NAG ;
- N-acétylmuramique : NAM;
˃ Les acides aminés :
♦ L-Alanine;
♦ Acide D-Glutamique;
♦ Acide Diaminopimélique (DAP) (ou L-Lysine);
♦ D - Alanine.
˃ Les acides teïchoïques:
♦ Existent uniquement chez les Gram+ ;
♦ Sont localisés à l’extérieur de la paroi;
♦ Peuvent avoir un rôle antigénique.
Exp.
Polyribitol phosphate -------------˃ Staphylococcus aureus;
Polyglycérol-phosphate -----------˃ Bacillus subtilis
˃ Les oses simples:
♦ Glucose, Galactose, Mannose etc…… ;
♦ Certains sont spécifique: exp. Rhamnose chez Streptococcus du groupe A;
♦ Leur nature et le mode de leur association déterminent la spécificité antigénique.
˃ Les lipides:
♦ Chez les Gram- sont présents en faible quantité de 10 à 22% ;
♦ Chez les Gram+ sont en trace de 1 à 2,5%;
˃ Les acides mycoliques:
♦ Existent uniquement chez certaines espèces particulières: Les Mycobactéries.
♦ Acides gras à longues chaînes (C=60): exp. Acide α-mycolique;
Comparaison de la composition chimique globale de la paroi chez les bactéries Gram+ et Gram-:
Constituants Gram+ Gram-

Osamines Abondants faibles
Acides aminés 24 à 35% ≈ 50%
Acide Diaminopimélique DAP Présent sans Lysine Présent avec Lysine
Acide teïchoïque Présents Absents
Oses 20 à 60% 20 à 60%
Lipides 1 à 2,5 % 10 à 22%

Structure moléculaire:
Peptidoglycane est un polymère composé de deux chaines linéaires ( dérivés de sucre) :
• N-acétylglucosamine : NAG ;
• N-acétylmuramique : NAM
Ces chaines sont reliées par des oligopeptides de 4 acides aminés :
• L-alanine;
• D-glutamique;
• L’acide mésodiaminopimélique : DAP (ou L-Lysine);
• D-alanine.
Alternance de NAG et NAM + Tétrapeptide ( alternance des acides aminés – L avec les acides aminés –D) +
pont.
Cette structure de polymère en réseau, qui donne à la cellule sa rigidité, est caractérisée par:
♦ Les liaisons β(1-4) entre l’acide N-acétylmuramique et le N-acétylglucosamine;
♦ L’ordre invariable des acides aminés qui forment le tétrapeptide;
• L-alanine;
• D-glutamique;
• L’acide mésodiaminopimélique : DAP (ou L-Lysine);
• D-alanine.
♦ La liaison β-glucosidique qui unie chez les Gram+, l’acide teïchoïque au résidu N-acétylglucosamine;
♦ une liaison (pont) entre la D-alanine d’un tétrapeptide et le DAP (L’acide mésodiaminopimélique) d’un
tétrapeptide voisin.

Le peptidoglycane peut différer selon les cas par des constituants secondaires, en particulier par:
♦ Les acides aminés du tétrapeptide ;
DAP (L’acide mésodiaminopimélique) ou L-Lycine);
♦ La nature des ponts interpeptidiques.
Cette dernière différence détermine un réseau plus au moins serré (compact):
˃ Chez les Gram-, une liaison peptidique directe entre le groupe carboxyle de D-alanine et groupe amine
NH2 de DAP (L’acide mésodiaminopimélique)
Exp. E. coli
˃ Chez les Gram+ une liaisons interpeptidiques longues (pentaglycine) .
Peptidoglycane de Gram positif:
Exp. Staphylococcus aureus

Différences structurelles entre les parois des bactéries Gram+ et Gram-:
♦ Nette différence structurelle entre les parois des bactéries Gram+ et Gram-;
♦ Chez les bactéries Gram+: Couche épaisse de peptidoglycane;
♦ Chez les bactéries Gram-: couche fine de peptidoglycane.
Chez les bactéries Gram+:
♦ Les acides teïchoïques constituent le 2ème composant essentiel de la paroi des bactéries Gram+: Il
représente 50% du poids sec de la paroi et 10% du poids sec de la cellule totale;
==˃ Chez les bactéries Gram-:
♦ Elle est formée de 2 autres couches :
a) L’espace périplasmique ou périplasme:
Entre la membrane plasmique et le peptidoglycane.
♦ Chez les bactéries Gram+: est un lieu d’accumulation des exoenzymes: Protéases, Pénicillinases,
colicines et Exotoxines;
♦ Chez les bactéries Gram-, il retient les protéines synthétisées dans le cytoplasme :
→ Un rôle dans la dégradation des molécules venant de l’extérieur ( nucléases, phosphatases,
pénicillinases….);
→ Un rôle dans le transport de certaines substances nutritives vers l’intérieur de la cellule (Protéines
de liaisons ou binding protein);
→ Certaines protéines peuvent être impliquées dans le phénomène de chimiotactisme ;
→ Peut contenir des enzymes inactivant certains Antibiotiques.
b) La membrane externe :
→ Les protéines majeures :
♦ Elles représentent 70% des protéines de la membrane externe ;
♦ Elles sont groupées pour former des pores : Porines;
♦ Elles traversent toute la membrane externe et sont fortement liées au peptidoglycane ;
♦ Elles assurent le transport des molécules ayant un PM < à 600 da;
♦ Elles n’ont pas de spécificité pour des molécules particulières, mais de préférence les molécules
neutres et les cations.
→ Les protéines mineures :
♦ Elles assurent un transport spécifique de petites molécules incapables de passer à travers les
porines.
Exp. La vitamine B12, les nucléosides ou les oligosaccharides comme le maltose);
♦ Elles jouent, également, un rôle récepteur pour les bactériophages ;
→ Les lipoprotéines :
Elles assurent une cohésion solide de l’ensemble de la structure.
Protéines lipidiques : exp. Lipoprotéine de Braun ;

→ Les lipopolysaccharides (LPS = Endotoxines):
˃ Le lipide A est considéré comme le support de la toxicité ;
Le lipide A est un glycophospholipide c.à.d polymère composé de :
Unités disaccharidiques de glucosamine, reliées entre elles par des ponts pyrophosphates ;
* Longues chaines d’acides gras ;
˃ Core (noyau central): partie centrale du LPS;
♦ Composition en sucres variable selon les espèces.
♦ Cependant il existe toujours un sucre particulier en C 8, le cétodésoxyctorate (KDO).
Exp. Chez salmonella, le core est constitué de: cinq hexoses, deux heptoses et trois KDO.
˃ Chaine latérale du LPS.
♦Chaque chaine contient les mêmes séquences répétitives (jusqu’à 40);
♦ Chaque séquence est constituée de 3, 4 ou 5 sucres;
♦ Chez les entérobactéries, cette chaine latérale est appelée antigène O;
♦ Cet antigène O comprend quatre hexoses:
Galactose, Glucose, Rhamnose et Mannose
1-2 : Fonction de la paroi :

Elle assure la forme de la cellule et la résistance à la P.O int;
Cas des bactéries Gram positif
Bactérie Gram +:
Exp. Bacillus sbtilis
Les β(1-4) entre l’acide
N-acétylmuramique et le
Lysozyme N-acétylglucosamine
détruit les β (1-4)
(perforation de la paroi)
Milieu isotonique
Milieu hypotonique 1%0 de saccharose
Cellule
bactérienne
Gonflement Protoplaste a perdu ses

Cellule propriétés antigéniques,
bactérienne
ne fixe plus les Une cellule sphérique
bactériophahes et ne se sans paroi=Protoplaste .
Lyse divise plus

Cas des bactéries Gram négatif
-
Bactérie Gram :
Exp. E.Coli Les β(1-4) entre l’acide
N-acétylmuramique et le
Lysozyme N-acétylglucosamine
détruit les β (1-4)
(perforation de la paroi)
Milieu isotonique
Milieu hypotonique 1%0 de saccharose
Cellule
bactérienne
Fragments de
la paroi
Gonflement
Cellule
bactérienne Une cellule sphérique
Sphéroplaste conserve
Avec des fragments de la paroi
toutes les propriétés de = Sphéroplaste .
Lyse la cellule initiale
1-2 : Propriétés antigéniques de la paroi.

♦ Chez les bactéries Gram+:
Les acides teichoïques ou leur sous-unités osidiques constituent les principaux antigènes chez les
streptocoques, deux catégories d’antigènes ont été isolés:
1ère Catégorie: Des antigènes de nature polyosidiques: appelés antigène C.
Selon la classification antigénique de LANCE-FIELD, il y a plusieurs groupes sérologiques:
A, B, C, D,……;O.
Chaque groupe est caractérisé par un antigène C composé d’un ou de plusieurs polyosides différents.
♦ Chez lzs bactéries Gram+:
Exp.
˃ Le groupe sérologique A------------˃ Stréptocoques pathogène pour
l’homme:
* Rhamnose;
♦ Antigène C
* N-acétylglucosamine;
˃ Le groupe sérologique G
* Rhamnose;
♦ Antigène C
* N-acétylgalactosamine;

2ème Catégorie Des antigènes de nature protéiques : appelés antigène M, T, R.
La protéine M est très importante sur le plan sérologique et physiologique. Elle permet de
différencier à l’intérieur du groupe A, 56 types sérologiques.
Donc,
► Un groupe sérologique est l’ensemble de bactéries ayant le même antigène C;
► Un type sérologique est l’ensemble de bactéries ayant le même antigène C et une protéine M
identique.
♦ Chez lzs bactéries Gram-:

==˃ la plus part des enterobactereaceae, les Salmonella en
particulier.
* Un antigène somatique O;
♦ Deux principaux antigènes
* Un antigène flagellaire H;
la spécificité antigénique dépend de la nature des sucres

ainsi que de leur mode de liaison.
.
En se basant sur la diversité des facteurs O et H, KAUFFMAN et WHITE ont pu classer les salmonella en
groupes sérologiques puis sérotypes.
Exp. Le groupe sérologique D regroupe toutes les souches de différentes espèces de salmonella ayant en
commun l’antigène O9. Ce groupe sérologique se subdivise à son tour en sérotypes (selon la diversité de
l’antigène H).
1-2.3: Fixation des bactériophages:
Propriété liée à la paroi où sont localisés
les récepteurs spécifiques :
► Chez Gram-, les récepteurs sont en majorité des protéines mineurs de la membrane externe ;
► Chez les Gram+, récepteurs localisés au niveau des acides teïchoïques.
► Fixation des phages est une propriété utilisée pour identifier les Lysotypes.
► Un Lysotype est un groupe de bactéries capables de fixer le ou les mêmes phages.
1-2-4 : Rôle de la paroi dans la coloration de Gram (Voir TP):

1-3- le cytoplasme:
Le cytoplasme est un gel colloïdal riche en eau (70 à 80 % de la masse bactérienne) et des substances
organiques et minérales, à une pression interne considérable (5 à 20 atmosphères).
● Simple que les Eucaryotes ;
● Pas de mitochondries ;
● Très riche en ARN soluble, surtout ribosomal.
● les ribosomes : les bactéries possèdent les ribosomes 70s.
Ils sont classiquement divisés en 2 sous-unités :
˃ la sous-unité 30S contient de l'ARNr16S et 21 protéines ;
˃ la sous-unité 50S est constituée d'ARNr 5S et 23S et 34 protéines ;
˃ les deux sous unités sont reliées entre elles par l’intermédiaire des liaisons ARN-protéine et protéine-
protéine ;
˃ les ribosomes bactériens sont sensibles à certains antibiotiques (exp. aminoglycosides, macrolides,
chloramphénicol) ;
˃ ils sont impliqués dans la synthèse protéique ;
˃ Structure en chapelets qu’on appelle polysomes ;
˃ environ 15000 ribosomes/bactérie, ce qui représente 40% du poids sec et 90% de l’ARN total.
==˃ Les corps d’inclusion :
● Les inclusions organiques : (réserve de carbone = énergie) :
˃ Glycogène (polymère de glucose) fréquent chez les entérobactéries ;
˃ Polyhydroxybutyrate : PHB (polymère d’acides gras).
● Les inclusions inorganiques :
˃ Granules de polyphosphate ou granules de volutine= polymère d’orthophosphate liés par des liaisons
ester;
˃ Granules de soufre qui constituent une source d’énergie pour certaines bactéries sulfureuses
photosynthétiques ;
˃ Granules de fer;
˃ Granules d’oxyde de fer (Fe3O4).
==˃ Organes spécialisés
► Chromatophores :
● Existent chez les bactéries photosynthétiques ;
● Jouent le rôle des chloroplastes ;
● Contient des pigments appelés bactériochlorophylles.
► Vacuoles à gaz :

● Vésicules remplies de gaz présentes chez les bactéries photosynthétiques (bactéries pourpres et bactéries
vertes);
● Permettent aux bactéries de flotter à la surface d’eau.
I-4 : l’ADN bactérien
a) l’appareil nucléaire : Le nucléoïde:
● Support de l’information génétique, double brin d’ADN circulaire déplié. Sa longueur est 1000 fois plus
que celle de la bactérie ;
● = ADN 80 % (le chromosome):
+ ARN 10 % (rôle de structuration)
+ protéines 10 % (ADN polymérases + topoisomérases sur tout ADN gyrases);
● La réplication de l’ADN se fait selon un modèle semi-conservatif.
b) l’ADN extrachromosomique = Plasmides
˃ Eléments génétiques (ADN), extra-chromosomiques ;
˃ Capables d’autoreproduction ;
˃ de petite taille (0,5 à 5 % du chromosome bactérien),
˃ Structure torsadée (super enroulée);
˃ Leur nombre varie de 1 à 100 / cellule.
Les plus connus sont :
● le facteur sexuel ou facteur F : assure le transfert de fragments de chromosome bactérien par
conjugaison ;
● les plasmides de résistance aux antibiotiques (ATB),
Cette résistance est différente de la résistance acquise par mutation.
La résistance codée par les gènes plasmidiques est souvent liée à la production d’enzyme qui inactivent les
ATB;
● Formation de nodules (fixation d’azote chez le Rhizobium) ;
● Dégradation de substances polluantes.
II- Les éléments inconstants :
II-1 La capsule :
♦ Couche organique visqueuse excrétée par certaines bactéries ;
♦ Inconstante ;
♦ mise en évidence par coloration négative :
♦ apparaît sous la forme d'un halo clair et réfringent au microscope,
A- La nature chimique de la capsule :
♦ Généralement polyosidique, quelque fois de nature polypeptidique ;

==˃ Chez le pneumocoque Gram-, elle est de nature polyosidique, formée de longues chaînes d’acides
aldobioniques.
Acides aldobioniques = Acide Uronique-β (1,4)- Oses
Selon les espèces et les souches bactériennes, la composition chimique de la capsule peut changer au niveau:
♦ Egalement, elle est de nature polyosidiques chez de nombreuses bactéries Gram-:

Exp.
˃ E. coli;
˃ Klebsiella pneumoniae.
==˃ Chez les bactéries Gram+, les constituants capsulaires sont de nature polypeptides constitués d’un
seul acide aminé: l’acide D-glutamique.
Exp.
˃ Bacillus anthracis;
˃ Bacillus subtilis
► rôle :
♦ Empêche la phagocytose : → rôle important dans le pouvoir pathogène ;
Expérience : L’injection de pneumocoques capsulés à une souris entraîne une septicémie mortelle en 24
heures. La même expérience avec des pneumocoques non capsulés n’entraîne pas la mort de la souris (figure
ci-dessous.

Conclusion :
Les bactéries capsulées résistent à la phagocytose.
♦ intervient dans l'identification intra-spécifique = typage =une des méthodes d’investigation des épidémies ;
♦ Support des Antigènes capsulaires = détermination du sérotype (nature et enchaînement des polyosides);
♦ Adhésion aux surfaces (milieux naturels et hôtes animaux) ;
D’autres fonctions sont attribuées à la capsule :
● Résistance aux bactériophages ;
● Résistance à la dessiccation ;
● Résistance à certains agents antimicrobiens…
II-2 - Les pili ou fimbriae (inconstants)
˃ Appendices se situant à la surface de la paroi de nombreuses bactéries Gram- (exceptionnellement chez les
bactéries Gram+);
˃ plus courts et plus fins que les flagelles ;
˃ Ils n’ont aucun rôle dans le mouvement ;
˃ Forment une frange autour de la bactérie et ont une structure protéique ======= ˃ la piline
˃ Observables uniquement au microscope électronique.
♦ Il existe deux types:
▪ pili communs :
˃ Grand nombre autour de la bactérie de 2 à 1000 ;
˃ Courts, rigides et cassants ;
˃ Rôle dans l’adhésion de certaines bactéries (gonocoque, Salmonella) à différents supports : support solide
ou tissus et muqueuses =========˃ Un Biofilm.
Définition :
Un Biofilm est une communauté de microorganismes, adhérant entre eux et à une surface, marquée par la
sécrétion d'une matrice adhésive et protectrice (Blankenship and Mitchell, 2006)
▪ Les pili sexuels :
˃ Nombre de 1 à 4 /bactérie ;
˃ Plus grands en taille ;
˃ Rôle essentiel dans la conjugaison (transfert du matériel génétique);
˃ Ils sont codés par des plasmides (facteur F);
˃ Les pilis sexuels abritent les récepteurs des bactériophages.

II-3 les flagelles:
De nombreuses bactéries sont mobiles car elles disposent d’un (ou plusieurs) appendice(s) locomoteur(s)
(vitesse 100µm/ sec), le(s) flagelle(s). :
Un flagelle, dont le diamètre est d’environ 20 nm et dont la longueur est comprise entre 10 et 20 µm, est
constitué :
˃ d’un corps basal, lui même formé d’un axe central et de deux ou quatre anneaux reliés à la membrane
plasmique ou à la paroi ;
˃ d’un crochet ;
˃ d’un filament, structure cylindrique dont le constituant majeur est la flagelline, protéine de 30 000 à 60
000 Daltons ;
- Les antigènes flagellaires sont appelés antigène H sont utiles pour le sérotypage.
Structure des flagelles :

Complexe dans le filament : nombreux monomères d’une seule protéine = la flagelline
les flagelles↔ Ag H bactérien.
Rôle des flagelles :
♦ Mobilité ;
♦ Chimiotactisme ;

♦ dans le diagnostic et la classification.
La spécificité antigénique (Ag H) repose sur le nombre et sur la séquence en acides aminés des protéines qui
composent le flagelle
Le nombre et la localisation des flagelles permettent
de distinguer plusieurs types de ciliature
(fig. suivante):
A: Monotriche : 1 seul flagelle polaire (déplacement en flèche) Ex. Pseudomonas aeruginosa
B: Lophotriche : plusieurs flagelles polaires (déplacement flèchant + oscillant) Ex. Stenotrophomonas
maltophilia
C: Amphitriche : 1 flagelle à chaque pôle (déplacement oscillant)
D : Péritriche : flagelles entourant la bie (déplacement fléchant hélicoïdal) Entérobactéries (E. coli,
Proteus,…).
les spirochètes ont un flagelle interne dénommé filament axial.
III- La spore bactérienne :

Certaines bactéries (Bacillus, Clostridium) sont capables de former une unité sphérique ou ovale, douée
d’une grande résistance aux conditions défavorables appelée endospore :
Les conditions favorisant la sporulation :
1) Epuisement en éléments nutritifs du milieu ;
2) Manque d’eau ;
3) Température défavorable ;
4) Pression trop élevée ;
5) pH défavorable ;
˃ La position peut être centrale, subterminale, ou terminale ;

˃ Si le diamètre de la spore est supérieur au diamètre de la cellule mère, la spore est dite déformante..
Propriétés de la spore :
˃ Résistance à:
→ la chaleur ;
→ Aux radiations (aux rayons X et UV);
→ La dessiccation ;
→ Aux désinfectants ;
→ Aux fortes pressions.
˃ La spore peut être :
→ Ronde ou ovale ;
→ Centrale, subterminale ou terminale ;
→ Déformante ou non.
˃ Intérêt taxonomique très important :
Les étapes de la sporulation :
- La sporulation ou sporogènese est un phénomène complexe caractérisé par des modifications biochimiques
et cytologiques ;
- La sporulation se déroule en 4 stades qui peuvent durer de 7 à 10 h :
► Stade I : Formation du filament axial du matériel nucléaire ;
► Stade II : formation du septum : septation ;
► Stade III : Enkystement de la préspore qui s’entoure du cortex, de la tunique puis de l’exosporium;
► Stade IV : maturation de la spore ( des enzymes lytiques détruisent le sporange  libération de la spore.
► Stade I : Formation du ► Stade II : formation du
filament axial du septum : septation;
matériel nucléaire;
► Stade III:
Enkystement de
la préspore qui
s’entoure du
cortex, de la
tunique puis de
l’exosporium;
► Stade IV : maturation de la spore ( des
enzymes lytiques détruisent le sporange 
libération de la spore.
N.B:
• le sporange est la partie de la bactérie qui commande la synthèse de la spore;
• lorsque la bactérie n’est pas à l’état de spore, on parle de bactérie végétative.

• La spore peut soit rester à l’intérieur de la bactérie: c’est une endospore; soit se détacher du corps
bactérien qui dégénère: c’est une spore libre.
• Le phénomène de sporulation se rencontre essentiellement chez les bacillus, les clostridium, les
sporosarcina, les sporolactobacillus.
d). Germination de la spore:

Lorsque les conditions du milieu redeviennent favorables, la spore se transforme en forme
végétative. Ce processus est appelé germination. Il se déroule en trois étapes :
1) Activation ;
Pour pouvoir germer, la spore doit être activée par un agent capable de léser les multiples enveloppes
sporales. Cet agent peut être de nature :
▪ Mécanique : choc, phénomène d'abrasion...;
▪ Physique : chaleur ;
▪ Chimique : acidité.
2) Initiation :
L'initiation n'intervient qu'en conditions favorables :
▪ Forte teneur en eau,
▪ Milieu riche contenant des métabolites effecteurs (adénine, adénosine, Mg2+).
Ces éléments pénètrent à travers les enveloppes endommagées et déclenchent un processus
autolytique. Alors la spore se gonfle d'eau et perd ses caractéristiques sporales.
3) Emergence :
Après sa réhydratation, la spore donne :
▪ Une nouvelle cellule végétative qui entre en phase active de biosynthèses : la synthèse de l'ADN
reprend ;
▪ la cellule double son volume ;
▪ Elle devient à nouveau capable de se multiplier.
Conclusion :
˃ Au cours de la sporulation, la cellule végétative bactérienne passe d'une forme active, douée d'un
métabolisme riche, à une forme latente, sans activité métabolique décelable, mais capable de résister
aux conditions défavorables du milieu.
˃ Les endospores bactériennes, formes de résistance, ne doivent pas être confondues avec les spores
des moisissures ou des Actinomycètes (champignons), qui sont des formes de dissémination.

Chap. 5 A
La nutrition bactérienne
I- Introduction :
Comme tout être vivant, une bactérie doit trouver dans son milieu des éléments nutritifs pour assurer
sa croissance et sa multiplication.
Selon leur disponibilité dans le milieu, on distingue :
► Nutriments directement assimilables : oses, acides aminés (sous forme simple);
► Nutriments assimilables après dégradation par des enzymes extracellulaires: polyosides, protéines,
lipides (forme complexe);
► Nutriments absorbés grâce à des porines ou des protéines de transport membranaires (perméases);
puis ils seront dégradés par des enzymes intracellulaires pour être utilisés.
N.B: Les besoins en nutriments varient d’une bactérie à une autre bactéries.
II-Les nutriments:
Selon le type des bactéries, les éléments nutritifs peuvent être classés en deux grande groupes:
A) Eléments communs à toutes les bactéries:
1 - source d’énergie;
2-: source de carbone;
3 -source d’azote;
4 - source de phosphore;
5 - source de soufre;
6 - autres éléments: sodium, potassium, oligo-éléments, vitamines,
B) Eléments essentiels pour certains types de bactéries (Besoins spécifiques):
1 - Facteurs de croissance.
II-A : Eléments communs à toutes les bactéries :
Selon la nature des besoins nutritifs, on définit différentes catégories de bactéries : ce sont les types
trophiques
II-A-1-Source d’énergie:
Pour synthétiser des nouvelles substances nécessaires soit à sa croissance, soit à sa multiplication,
soit à son adaptation aux nouvelles conditions de son environnement, soit pour assurer son
déplacement, la bactérie doit dépenser de l'énergie. Cette énergie est procurée:
● Soit par photosynthèse (cas des bactéries photosynthétiques);
► Energie lumineuse ------------˃ phototrophie
● Soit par des réactions biochimiques d'oxydoréduction.
► Energie chimique ------------˃ chimiotrophie

II.A.1. a. Phototrophie:
► Chez les plantes, la photosynthèse peut se résumer ainsi :
● H2O est le donneur d'électrons.

La photosynthèse a lieu au niveau des chloroplastes grâce aux pigments chlorophylliens.
► Chez les bactéries photosynthétiques, il n'existe pas de chloroplastes; la bactériochlorophylle est
dispersée dans le cytoplasme sous forme de chromatophores.
► On peut résumer leur photosynthèse comme suit:
● RH2 est le donneur d'électrons.

N.B: Chez les bactéries, le donneur d'électrons n'est jamais H2O.
D’après la nature chimique du donneur d’électrons, on distingue deux types trophiques:
• Si le donneur d’électrons est un Composé Minéral --------------˃ Photolithotrophie;
• Si le donneur d’électrons est un Composé organique --------------˃Photoorganotrophie.
Tableau 1 : Comparaison entre la photosynthèse chez les organismes eucaryotes et chez les bactéries
Eucaryotes Bactéries
Organismes plantes, algues bactéries vertes et

pourpres
Type de chlorophylle chlorophylle a bactériochlorophylle
absorbe à 650-750 nm absorbe à 800-1000nm
Photosystème I Présent Présent
(photophosphorylation
cyclique)
Photosystème II Présent Absent
(photophosphorylation
non cyclique)
Production de O2 Oui Non
donneur d’électrons H2 O H2S, autres composés
soufrés ou certains
composés organiques
N.B: les cyanobactéries possèdent la photosynthèse des plantes supérieures

II.A.1. a1. Photolithotrophes:
Ce sont des bactéries anaérobies strictes. Elles utilisent les sulfures ou H2 comme donneurs
d'électrons (= Composé Minéral) .
L'oxydation des sulfures produit des grains de soufre qu'on trouve dans le cytoplasme bactérien.
Il existe deux familles :
♦ Famille des bactéries vertes sulfureuses :
Exp. Chlorobacteriaceae;
♦ Famille des bactéries pourpres sulfureuses :
Exp.Thiorodaceae.
II.A.1. a2. Photoorganotrophes:
Comme leur nom l'indique, les bactéries de ce type trophique utilisent des substrats organiques
comme donneurs d'électrons.
Dans la plupart des cas, la photosynthèse n'est pas obligatoire ; à l'obscurité, les bactéries deviennent
chimioorganotrophes.
♦ Famille des bactéries pourpres non sulfureuses :
Exp. Athiorodaceae
II.A.1. b. Chimiotrophie:
La majorité des bactéries rencontrées dans la nature sont dépourvues de pigments chlorophylliens. En
conséquence, elles sont incapables de faire la photosynthèse. Donc, elles doivent utiliser les réactions
chimiques d'oxydoréduction pour se procurer de l'énergie dont elles ont besoin.
L'ATP est produit lors de deux types de réactions de phosphorylation :
● Phosphorylation au niveau du substrat ;
● Phosphorylation oxydative (chaîne de transfert des électrons).
II.A.1. b1. Types respiratoires des chimiotrophes:
a) Respiration:
La respiration est l'ensemble des réactions biochimiques d'oxydation procurant à l'organisme
l'énergie nécessaire à ses biosynthèses essentiellement grâce à des phosphorylations oxydatives
membranaires (chaîne de transfert des électrons).
On distingue deux types de réactions en fonction de la nature chimique de l'accepteur final:
♦ Accepteur = O2 → respiration aérobie;
♦ Accepteur ≠ O2 → respiration anaérobie ; l'accepteur peut être minéral (nitrates, sulfates, gaz
carbonique) ou organique (ex: fumarate)

Accepteur Produit final Nom du processus Exemples de
d’électrons réduit microorganismes
O2 H2O Respiration aérobie Escherichia coli,

Streptomyces
NO3- NO2-, NH3 or N2 Respiration anaérobie Bacillus, Pseudomonas
(dénitrification
SO4-- S or H2S Respiration anaérobie Desulfovibrio
(réduction des
sulfates)
fumarate Succinate Respiration anaérobie Escherichia coli
utilisant un accepteur
d’e- organique
CO2 CH4 ……………………… Methanococcus
b) Fermentation:
La fermentation est l'ensemble des réactions biochimiques d'oxydation qui fournissent à l'organisme
de l'énergie grâce à des phosphorylations non couplées aux processus membranaires, mais ayant lieu
uniquement dans le cytoplasme, au niveau du substrat.
La fermentation du glucose, par exemple, se fait en deux étapes:
♦ Une première série de réactions aboutissant à l'oxydation du glucose en un composé intermédiaire:
acide pyruvique;
♦ Une seconde série conduit à un ou plusieurs produits finaux: acide lactique, acétate, éthanol,
etc...).
N.B: L'énergie produite par fermentation est nettement inférieure à celle procurée par respiration.
II.A.2. Source de carbone :
► Les bactéries phototrophes et la plupart des bactéries chimiolithotrophes peuvent utiliser le
dioxyde de carbone de l’air ou ses sels (carbonates) comme unique source de carbone pour
synthétiser la matière organique à partir de cette source minérale. Elles sont dites autotrophes.
Parmi ces bactéries, on distingue:
● les bactéries autotrophes strictes qui exigent le CO2 comme unique source de carbone;
● les bactéries autotrophes facultatives qui peuvent utiliser le CO2 et le carbone organique.
► Pour les bactéries chimioorganotrophes, la source de carbone assimilable doit être un substrat
organique. Elles sont dites hétérotrophes.
Parmi ces bactéries hétérotrophes, on distingue:

● Les bactéries, qui sont capables de se développer en présence d'une seule source de carbone
organique ( Exp. glucose). A partir de cette source, elles sont capables de synthétiser tout ce dont
elles ont besoin comme substance organique. Elles sont appelées prototrophes.
● Les bactéries, notamment parmi les souches parasites, sont incapables de synthétiser certaines
substances indispensables à leur croissance (facteurs de croissance) à partir de la seule source de
carbone organique fournie; il faut donc les leur apporter dans le milieu; elles sont dites auxotrophes.
II.A.3. Source d'azote:
Pratiquement toutes les bactéries sont capables d'assimiler l'ammoniac (NH3) ou les sels
d'ammonium.
Quelques unes peuvent utiliser:
● les nitrates (NO3-);
● les nitrites (NO2-);
● ou même l'azote organique (ex: acides aminés).
Toutes ces formes d'azote sont dites combinées.
D'autres bactéries peuvent fixer l'azote atmosphérique gazeux (N2); elles n'ont pas besoin d'apport
d'azote combiné. Il existe deux types:
1) Les bactéries fixatrices libres d’azote atmosphérique: Elles jouent un rôle très important dans la
fertilisation des sols. Exp. Azotobacter
2) Dans ce cas, les racines des plantes de la famille des Légumineuses présentent de petites boules
appelées nodules: résultat d’une association symbiotique entre la racine de la légumineuse et d’une
bactérie du genre Rhizobium. La réduction de l’azote moléculaire se fait dans ces nodules grâce à
une enzyme synthétisée conjointement par les deux partenaires , la nitrogènase, qui est protégée
contre l’effet inhibiteur de l’O2 par la leghémoglobine.
II.A.4. Source en phosphate ( P):
Les bactéries sont capables d’utilisées le phosphate soit à partir:
♦ des ions minéraux (souvent).
- H2PO4- et HPO42- (Le mélange HPO42- / H2PO4- sert également de système tampon);
♦ des molécules organiques phosphorées (rarement).
- . esters organiques de phosphate.
II.A.5. Source en soufre (S):
Les bactéries sont capables d’utilisées le sulfate soit à partir:
♦ des ions minéraux soufrés :
- SO42-
- S2- pour les bactéries sulfureuses
♦ Parfois des molécules organiques soufrées:
- acides aminés essentiellement (cystéine et méthionine).

Eléments % poids Sources Fonctions
sec
Carbone 50 Matière organique ou CO2 Constituant majeur du matériel cellulaire
Oxygène 20 H2O, Matière Constituant du matériel et de l’eau cellulaires; O2 est

organique, CO2 et O2 aussi accepteur d’électrons dans la respiration aérobie
Azote 14 NH3, NO3, Matière Constituant des acides aminés, nucléotides, et

organique, N2 coenzymes
Hydrogène 8 H2O, Matière Constituant majeur de la matière organique et de l’eau
organique, H2 cellulaire
Phosphore 3 Phosphate inorganique Constituant des acides nucléiques, ATP,
(PO4) phospholipides, LPS, acides téichoïques
Soufre 1 SO4, H2S, matière Constituant de la cystéine, méthionine, glutathion,
organique contenant S plusieurs coenzymes
Potassium 1 sels de Potassium Cation cellulaire majeur et cofacteur pour certaines
enzyme
Magnésium 0,5 sels de Magnésium Cation cellulaire, cofacteur for certaines réactions
enzymatique
Calcium 0,5 sels de Calcium Cation cellulaire et cofacteur pour certaines enzymes et
composant des endospores
II.A.6. Les oligoéléments:

Ce sont des éléments nécessaires en quantités très faibles. Car en grandes quantités, ils deviennent
toxiques. Exp.: manganèse, fer, zinc, cuivre et cobalt.
Ces éléments jouent un rôle très important comme:
♦ cofacteurs (Zn2+ et Mn2+) utiles à la catalyse de la plupart des réactions;
♦ éléments servant au maintien de la structure des protéines;
♦ éléments servant à la synthèse de substances spécifiques (pigments, toxines, vitamines : vitamine
B12…….).
La source de ces oligoéléments est assurée par les impuretés de l’eau, et des composants habituels
des milieux de culture.

N.B: Les impuretés d’eau sont suffisantes car leur présence dans le milieu de culture doit d’être en
très petite quantité
.II.B. Facteur de croissance:
1) Définition:
Un facteur de croissance est un élément indispensable à la croissance de la bactérie ( auxotrophe pour
cet élément). En conséquence sa présence dans le milieu est obligatoire car la bactérie est incapable
de le synthétiser.
Les facteurs de croissance regroupent:
♦ les vitamines (coenzymes, précurseurs de coenzymes, groupements prosthétiques de diverses
enzymes);
♦ les acides aminés;
♦ Les acides gras;
♦ les bases azotées (purines et pyrimidines
Tableau 4: Exemples de vitamines utilisées par les bactéries
Vitamines Formes des coenzymes Fonctions
Biotine Biotine Réactions de biosynthèse qui

demandent la fixation du CO2
Acide nicotinique NAD (nicotinamide adénine dinucléotide) Transporteurs d’e-dans les
et NADP Réactions de déshydrogénation
Pyridoxine (B6) Pyridoxal phosphate Transamination, désamination,
décarboxylation des aminoacides
Riboflavine (B2) FMN (flavine mononucléotide) et FAD Réactions d’oxydoréduction
(flavine adénine dinucléotide)
Vitamine K Quinones et napthoquinones Processus de transport d’électrons
N.B: Les AA sont essentiels pour la synthèse des protéines, les vitamines pour les coenzymes et les
bases azotées pour les acides nucléiques.
III- Conclusion :
Les bactéries prototrophes sont capables de se développer dans un milieu minimum contenant:
● Une seule source de carbone (glucose en général);
● Une source d'azote;
● Des sels minéraux.
Par contre, les bactéries auxotrophes sont incapables de se développer dans ce milieu minimum.
Donc, il faut leur apporter le ou les facteur(s) de croissance dont elles ont besoin. Cependant, par fois
les besoins en facteur de croissance d’une espèce bactérienne peuvent être satisfaits par la présence

dans le milieu d’une autre espèce bactérienne capable de synthétiser ce facteur: c’est le phénomène
de Syntrophie.
Récapitulatif des différents types trophiques
Classe du besoin Nature du besoin Type trophique
Source d'énergie Lumineuse phototrophie
Chimique chimiotrophie
Minéral lithotrophie
Substrat énergétique Organique organotrophie
Source de carbone CO2 (minérale) autotrophie
organique hétérotrophie
Facteurs de croissance non indispensables prototrophie
indispensables auxotrophie
On peut aussi définir des types trophiques en combinant la source d'énergie et la source de carbone:
chimioautotrophie et chimiohétérotrophie; photoautotrophie et photohétérotrophie.
IV – Facteurs physico-chimique::
D’après la loi de Shelford: il y a des limites dans les facteurs environnementaux au-dessous ou au-
dessus desquelles un organisme ne peut pas survivre et se développer, quel que soit l’apport en
nutriments.
Ces facteurs peuvent stimuler, réduire ou inhiber la nutrition et la croissance bactérienne.
Les limites de ces facteurs peuvent varier d’une espèce à l’autre.
Les facteurs physico-chimiques les plus importants sont:
♦ Humidité:
♦ la température;
♦ l’oxygène (O2);
♦ le pH;
♦ Pression osmotique.
a ) Humidité (H2O):
La présence de l’eau est obligatoire pour le déroulement de nombreuses réactions cellulaires
d’hydrolyse:
Egalement, il joue le rôle d’un solvant pour les constituants cellulaires : assure le transport des
nutriments du milieu de culture vers le cytoplasme.
Donc, l’activité d’eau (aw) peut être calculée d’après la formule suivante:
aw = p / po

Avec:
● p = pression de vapeur d'eau de l’aliment à T°C;
● po = pression de vapeur de l’eau pure à T°C.
T° : la même température
Exemples d’Aw de certains aliments :
Eau pure 1 Eau de mer 0,98
Sang humain 0,99 Pain 0,95
Bœuf 0,98 à 0,99 Fromage non cuite 0,94 à 0,97
Poissons 0,94 à 0,99 Porc 0,99
Lait 0,99 Confiture O,78
Fromage frais 0,98 Farine 0,85
b ) Température:
En général, une bactérie est capable de se développer dans un intervalle de température plus ou
moins important, qui est variable d’une souche bactérienne à une autre. La courbe de croissance de
chaque microorganisme, en fonction de la température, est une courbe en cloche:
• Une température minimale de croissance en dessous de laquelle il n'y a plus de développement;
• Une température optimale pour une meilleure croissance ;
• Une température maximale de croissance au dessus de laquelle la croissance s'arrête.
L’arrêt de la croissance à la température maximale est dû à la sensibilité des protéines à la
dénaturation thermique et notamment sensibilité des protéines enzymatiques.
N.B:
• l’action des températures élevées est irréversible : tue les bactéries;
• l’action des températures basses est réversible: bactéries ne sont pas tuées et sont capables de se
multiplier à nouveau dans des températures optimales.
Figure 1 : Effet de la température

d'incubation sur la croissance bactérienne

b.1- classification des bactéries selon la température :
En fonction de la température optimale moyenne (TOM), il est possible de classer les bactéries
dans les catégories suivantes :
1- Microorganismes psychrophiles: T° optimale de croissance aux alentours de 20° C;
2-Microorganismes mésophiles: T° optimale de croissance aux alentours de 37 - 40° C;
3- Microorganismes thermophiles: T°optimale de croissance entre 50 - 70°C;
4-Les bactéries thermoduriques: T° au-dessus de 70°C. Pas de croissance, pas de reproduction, mais
peuvent y résister sans être tuées.
N.B:: certains µorganismes mésophiles peuvent être cultivés à basses températures. Exp. Listeria :
bactérie mésophile cultivée encore à 4°C, température des chambres froides positives (problème dans
les industries agroalimentaires).
Figure 2 : Classification des bactéries selon leur température optimale moyenne (TOM)
c) Le pH:
Le pH est un facteur très important qui influence l’équilibre ionique du milieu, les réactions
métaboliques et l’activité enzymatique.
La courbe de croissance de chaque microorganisme, en fonction du pH, est une courbe en cloche.
• Un pH minimal: en dessous de ce pH, il n'y a plus de développement;
• Un pH optimal pour une meilleure croissance ;
• Un pH maximal: au dessus de ce pH, il n'y a plus de développement.

Figure 3: Effet du pH sur
la croissance bactérienne
C-1. classification des bactéries selon le pH:

En fonction du pH, il est possible de classer les bactéries en trois catégories :
● Acidophiles : 1 ≤ pH optimum acide ≤ 4;
● Neutrophiles : 5,5 ≤ pH optimum proche de la neutralité ≤ 8,5;
● Basophiles (alcalophiles): 8,5 ≤ pH optimum basique ≤11,5 .
Figure 4 : Classification des

bactéries selon leur pH
Donc, les milieux de culture doivent avoir un pH favorable à la croissance de la souche bactérienne
recherchée. C’est pour cette raison que les milieux de culture contiennent, généralement, des
tampons comme: K2HPO4, KH2PO4.
d) Pression osmotique:
La pression osmotique d'un milieu traduit la concentration totale des ions et molécules en solution
dans ce milieu.
La plupart des bactéries sont insensibles à la pression osmotique. Car elles sont protégées par leur
paroi rigide. Cependant, les bactéries marines adaptées à une concentration de 35 g/l de NaCl sont
sensibles aux variations de ce paramètre.
Selon cette sensibilité on distingue:
♦ Les non-halophiles : [NaCl ] ≤ 0,2 M (entérobactéries);
♦ Les halophiles : 0,2 M ≤ [NaCl ] ≤ 5,2 M
(Ps. Marina) (Halobacterium salinarium)
♦ Les halotolérants : [NaCl ] élevée (Staphyloccus, certaines levures, et moisissures, certains
Lactobacille
e) oxygène:
En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4 types respiratoires de bactéries :

1) Bactéries aérobies strictes : exigent l’oxygène libre pour leur croissance (exp. Pseudomonas,
Neisseria);
2) Bactéries microaérophiles: ne se multiplient qu’en présence d’une faible concentration
d’oxygène (exp. Campylobacter);
3) BactérieAéro-anaérobies (anaérobies facultatives): capables de croitre avec ou sans oxygène
libre (exp. Entérobactéries);
4) Bactéries Anaérobies strictes : ne peuvent pas se multiplier en présence d’oxygène libre (exp.
Clostridium
Figure 5 : Classification des bactéries selon leur exigence en O2
V – Milieux de culture:
Les milieux de cultures, mélange de substances, sont capable d’assurer la multiplication bactérienne
au laboratoire. Ils sont obligatoirement stériles. En général, ils sont classés en différents groupes
selon :
● L’état physique du milieu de culture;
● La composition chimique du milieu;
● Leur utilisation.
a) Etat physique du milieu de culture:
Les milieux peuvent être classés en:
♦ Liquides ;
♦ Solides ;
♦ Semi-solides.
►Les milieux liquides sont généralement utilisés pour les cultures pures ;
► Les milieux gélosés (solides ou semi-solides) sont généralement utilisés pour l'isolement.
b) Selon leur composition chimique :
► Milieux synthétiques de composition bien définie ;
► Milieu semi-synthétiques, milieux synthétiques additionnés généralement d'un produit naturel ;
► Milieux empiriques ou naturels, constitués de produits d'origine naturelle [peptone (hydrolysat de
protéine), extrait de viande, extrait de levure, etc...].

c) Selon leur utilisation :
► Milieux usuels ou milieux minimums sont composés des constituants minimum aux
développements microbiens (ex.: bouillon nutritif);
► Milieux sélectifs permettent la croissance d’un groupe d’espèces ou d’une espèce bactérienne. Ils
sont composés d’éléments nutritifs et de substances inhibitrices ou sélectives. Le milieu de
Chapman en est un exemple. Sa composition permet le développement des bactéries halophiles, tel
que les Staphylococcus et permet de connaitre leurs interactions vis-à-vis du mannitol.
► Milieux enrichis sont des milieux additionnés de substances de base, leurs buts est d’améliorer la
croissance des bactéries exigeantes sans pour autant inhiber totalement celui des autres bactéries
présentes. La gélose au sang fait parti de ce type de milieu.
Exp. Streptocoques, méningocoques;
► Milieux d'identification, permettent de mettre en évidence des propriétés biochimiques des
bactéries (ex: dégradation du lactose);
► Milieux de conservation.

Chap. 5 B :
Croissance bactérienne
I) Définition :
La croissance est l’accroissement ordonné de tous les composants d’un organisme. Chez les organismes
pluricellulaires, elle aboutit à une augmentation de taille ou de masse. Par contre, chez les organismes
unicellulaires, elle se traduit essentiellement par une augmentation du nombre d’individus. Donc chez les
bactéries, l’accroissement est le synonyme de multiplication cellulaire.
La croissance bactérienne se traduit par :
♦ Augmentation des constituants cellulaires qui peut aboutir à :
- Accroissement du nombre de cellules : C’est le cas des micro-organismes qui se multiplient par
scissiparité ou par bourgeonnement;
II) Méthodes de mesure de la croissance:
Les microbiologistes étudient habituellement des variations numériques (croissance) sur la totalité de la
population plutôt que chez des microorganismes pris individuellement.
Les techniques permettant l'étude de la croissance sont très nombreuses. Elles sont basées sur :
A- L’évolution du nombre de cellules bactériennes dans un milieu de culture ;
B- L’évolution de la masse cellulaire par unité de volume ou de poids dans un milieu ;
C- L’évolution des constituants cellulaires ;
D- Mesure de l’activité cellulaire.
II- A- Mesure du nombre de cellules bactériennes :
A.1. Lecture au microscope ;
A.2.Compteur de particules ;
A.3. Epifluorescence;
A.4. Dénombrement après culture.
A.1. Lecture au microscope :
Cette méthode est couramment pratiquée en microbiologie. Elle consiste à utiliser un hématimètre pour
compter directement les cellules bactériennes au microscope.
♦ Pour les micro-organismes de grande taille : Cellule de Malassez et Cellule de Thoma;
♦ Pour les micro-organismes de petite taille : cellule de Petrof-hausser ayant une profondeur de la cuvette
dix fois plus faible.

Principe d’un hématimètre
► Avantages:
♦ Faciles à utiliser;
♦ Moins coûteuses;
♦ Pratique pour dénombrer des eucaryotes ou des procaryotes;
♦ rapide.
► Inconvénients:
♦ Peu sensible;
♦ Pas de distinction entre cellules mortes et vivantes.
A.2 Compteur de particules:
Cet appareil est capable d’effectue automatiquement le dénombrement des particules ou des cellules en
suspension dans une solution d’électrolytes.
Principe:
● Une suspension bactérienne doit passer au travers d’un orifice, où un courant électrique est appliqué.
● Le mouvement de cellules au travers de l’orifice modifie (augmente) la résistance électrique.
► Avantages :
● Facile et rapide à utiliser.
► Inconvénients :
● Ne peut pas distinguer entre les cellules et les particules inertes de même taille.
● Ne peut pas distinguer entre des cellules vivantes ou mortes.
A.3. Epifluorescence:
Les bactéries sont colorées par un fluorochrome comme l’orangé d’acridine qui se fixe sur l’ADN, puis
examiner en lumière UV:
* Les bactéries vivantes sont fluorescentes dans le vert (ADN double brin apparié ;
* Les bactéries mortes ont une fluorescence rouge résultant de l’association du fluorochrome
avec ADN dénaturé.
Inconvénients :
♦ Au moment de la réplication, l’ouverture des deux brins ADN induit également une fluorescence rouge ;
♦ Ne permet pas d’évaluer les populations inférieures à 105 levures / ml ou 106 bactéries / ml;

♦ Inapplicable aux micro-organismes formant des chaînettes ou un mycélium.
N.B: Il est possible de rendre cette technique plus sélective en utilisant des anticorps marqués par un
fluorochrome et en pratiquant l’immunofluorescence
A.4. Dénombrement après culture :
♦ Cette méthode permet de dénombrer les bactéries vivantes ;
♦ Elle est communément la plus utilisée ;
♦ Elle peut être réalisée selon plusieurs modalités techniques ;
♦ La plus utilisée est la culture en boite de Pétri.
♦ Simple et précise.
Principe :
► Étalement sur milieu solide
• expression des résultats en UFC (unités formant colonies);

Avantages : bactéries vivantes ;
• inconvénients : longue.
►Décompte direct sur des membranes filtrantes :
Elle consiste à filtrer un volume déterminé d’une suspension sur une membrane filtrante en
cellulose qui sera déposée ensuite sur un milieu convenable.
Elle a l’avantage de concentrer les bactéries présentes en faible quantité dans un milieu.

B. Mesure de la masse bactérienne :
B.1.Détermination du poids sec:
♦ Les bactéries d’une suspension sont récoltées par centrifugation ou par filtration sur membrane de porosité
de 1 à 5 µm;
♦ Le culot ou le filtre est lavé soigneusement à l’aide d’une solution saline à 0,9 % de NaCl;
♦ Après le culot ou le filtre est desséché à 100-110°C jusqu’à l’obtention d’un poids constant ;
♦ Le poids est généralement exprimé en grammes de matière sèche par litre.
● Inconvénients :
♦ Totalise toute la masse cellulaire vivante et morte;
♦ Malgré sa simplicité, elle est délicate à réaliser car les opérations de lavage et de dessiccation peuvent
entrainer des pertes de 5 à 10% de matière cellulaire ;
♦ Un étalonnage est indispensable pour chaque espèce dénombrée.
B.2. Mesure de la turbidité (densité optique):
Cette méthode consiste à suivre l’évolution d’une culture bactérienne en mesurant l’absorbance de son
milieu grâce à un spectrophotomètre. C'est la technique la plus utilisée actuellement pour déterminer la
masse bactérienne au moins pour les raisons suivantes :
♦ la plus simple;
♦ la plus rapide;
♦ la moins coûteuse.
Son inconvénient majeur est sa sensibilité relativement modérée; il faut des concentrations d'au moins 107
bactéries / ml pour avoir des densités optiques mesurables
Par définition, log (Io/I) représente l’absorbance (A). En négligeant l’intensité de lumière réfléchie et
diffusée, on peut écrire :
Log (Io/I)= K.C.L
K : Coefficient d’absorption ;
C : Concentration de cellules = biomasse
L : trajet optique = épaisseur de la cuve.
En travaillant dans une cuve de 1 cm de trajet optique:
log(Io/I) = K.C
● L’absorbance est proportionnelle à la concentration cellulaire ;
● Les mesures sont effectuées à l’aide d’un spectrophotomètre;
● La longueur d’onde utilisée est de 650 nm: A cette longueur d’onde l’absorption de la lumière par les
constituants cellulaires est la plus faible.
Inconvénient: Cette technique est inapplicable pour:

♦ Les milieux très colorés ;
♦ Les milieux très troubles ;
♦ Pas de distinction entre cellules mortes et les cellules vivantes ;
♦ Ne peut pas mesurer des concentrations bactérienne inférieures à 106 bactéries / ml.
B.3. Mesure des constituants cellulaires :
Egalement la quantité de certains constituants cellulaires peut être utilisée comme un paramètre pour évaluer
la croissance bactérienne (Protéine, ADN, ATP,….).
Un bon constituant cellulaire utilisé pour évaluer la croissance doit être :
● Ubiquiste et disparaitre rapidement des cellules après leur mort;
● Absent du milieu ou tout au moins ne pas être associé à des éléments figurés abiotiques qui ne peuvent
pas être séparés des cellules ;
● En concentration à peu près constante quel que soit l’état physiologique des cellules.
Exp. Le dosage de l’azote cellulaire par la méthode Kjeldal représente une méthode facile mais relativement
peu sensible.
Les méthodes actuelles les plus prometteuses sont fondées sur le dosage par biolumineuscence de
l’adénosine -5’-triphosphate (ATP) ou des nucléotides flaviniques (FAD, FMN).
► ATP (adénosine 5’ triphosphate)
• luciférase de luciole (Photinus pyralis: insecte qui brille la nuit) dépendante de l’ATP
La réaction in vitro peut être décomposée en trois phases :
♦ 1ère phase : activation de la luciférine par fixation de l’adényl de l’ATP avec libération de
pyrophosphate ;
♦ 2ème phase : oxydation de la luciférine ; en présence d’oxygène, avec formation d’un complexe dans
lequel la déhydroluciférine (L* CO2) est électroniquement excité ;
♦ 3ème phase : décarboxylation de la déhydroluciférine. Le retour à l’état électronique fondamental de la
décarboxyluciférine s’accompagne d’une émission de lumière.
Avantage :
♦ Rapide (moins de 5 minutes par échantillon);
♦ Très sensible ;
♦ Spécifique des microbes viables ;
♦ Détection des concentrations de l’ordre 104 bactéries/ml.
► des nucléotides flaviniques (FAD, FMN):
La flavine adénine dinucléotide (FAD) et la flavine mononucléotide (FMN) sont des enzymes de
déshydrogénase (universelles), qui peuvent être dosées avec une grande sensibilité par biolumineuses en
mettant à profit une propriété de la luciférase extraite de bactérie lumineuses telles que Photobactérium
phosphoreum ou V.fischen.

La réaction s’accompagne d’une émission lumineuse dont l’intensité est proportionnelle à la concentration
en FMN.
C. Mesure de l’activité cellulaire :
C.1. Mesure de la consommation de substrat :
Le substrat peut être une source de carbone, d’azote, d’O2 ou un facteur spécifique de croissance.
Par exemple, la concentration d’O2 est un bon indicateur de l’activité microbienne en aérobiose.
La consommation d’O2 peut être évaluée :
♦ Par voie chimique (oxydation du sulfate de sodium selon la méthode de Cooper) ;
♦ Manométrique (appareil de Warburg, respiromètre différentiel) ;
♦ Electrochimique (analyseur à électrode de platine vibrante ou à électrode de Clark) ;
♦ Magnétochimique (analyseur paramagnétique).
N.B : Lorsque les conditions expérimentales sont parfaitement standardisées, la vitesse de consommation de
l’O2 est corrélative à la vitesse de la croissance
C.2. Mesure des produits d’excrétion :
Au cours de leur développement, les micro-organismes rejettent, dans le milieu extérieur les produits de leur
métabolisme.
♦ les métabolites primaires (acides aminés, acides organiques) ;
♦ Les métabolites secondaires comme les antibiotiques.
Ces molécules synthétisées par la cellule pour sa croissance ne sont pas de bons indicateurs de la biomasse.
Car elles ne sont pas rejetées en totalité dans leur milieu de culture.
Par contre, le dosage de certains produits, qui constituent de véritables déchets, dont la cellule doit se
débarrasser ; peut se révéler utile.
Par exemple le CO2 :
♦ Produit par l’oxydation des substrats carbonés (sucres notamment) par les microbes aérobies et
anaérobies ;
♦ Son dosage est facile par spectrophotométrie infrarouge, dans la phase gazeuse du milieu de culture ;
♦ Le rapport CO2 / biomasse varie en fonction de la voie catabolique suivie par les micro-organismes ;
♦ la quantité de CO2 élaborée étant trois fois moindre en anaérobiose qu’en aérobiose.
C.3. Mesure des variations physico-chimiques du milieu :
Les variations physico-chimiques du milieu traduisent une évolution de la croissance :
C. 3.1. Le pH :
L’acidification des milieux au cours de la croissance est liée à la dégradation des sucres, tandis que
l’alcalinisation dérive de celle des sources azotées.

Pour les mesures de biomasse, il est préférable de titrer l’acidité totale qui sera exprimée en poids ou en
volume d’acide. Cette méthode, peu sensible, est cependant classiquement utilisée surtout dans l’industrie
laitière.
C.3.2. Mesure du potentiel d’oxydoréduction :
La baisse du potentiel rédox dans les cultures microbiennes résulte :
● de la raréfaction du milieu en oxygène dissous ;
● de l’enrichissement du milieu en substances réductrices ;
La baisse du potentiel rédox peut être évalué à l’aide d’un indicateur rédox Coloré tels que :
♦ le bleu de méthylène ;
♦ la résazurine;
♦le chlorure de 2-3-5-triphényltétrazolium (TTZ ou TTC).
Le temps nécessaire au virage de l’indicateur est inversement proportionnel au nombre de microbes
présents.
Ces méthodes sont simples mais peu précises et peu sensibles.
C.3. 3. Mesure de la production de la chaleur :
♦ La croissance bactérienne s’accompagne par un dégagement de chaleur lié à la dégradation du substrat
énergétiques ;
♦ La microcalorimétrie permet de déceler ces petites quantités de chaleur libérées par des cultures de faible
volume ;
♦ L’appareil de mesure est un calorimètre isotherme à conductivité thermique ;
♦ Le tracé obtenu est un thermogramme;
♦ Son tracé est simple lorsque le substrat énergétique est le seul élément limitant la croissance ;
♦ L’accroissement de la puissance thermique est étroitement associé à l’augmentation de la biomasse.
III- Croissance et expression mathématique de la croissance.
a) Les constantes de la croissance :
►Le temps de génération (G):
C’est le temps qui sépare deux divisions successives. Donc, c’est le temps nécessaire au doublement de la
population.
G = t/n (1)
- t : temps de croissance connu ;
- n : nombre de division.
►Le taux de croissance (µ): C’est le nombre de divisions par unité de temps.
µ = n/t (2)
- t : : temps de croissance connu ;
- n : nombre de division

D’après (1) et (2) : µ = 1/ G (3)
b) Expression mathématique de la croissance.
A partir d'une seule cellule bactérienne, on obtient deux cellules filles qui vont à leur tour donner chacune
deux autres cellules et ainsi de suite, selon une progression géométrique:
1 cellule 2 cellules 4 cellules 8 cellules 16 cellules ...
Une culture ou une population bactérienne qui contient un nombre initial de Bactéries( X0 )
♦ Après une génération ▬▬▬˃X1 = 2 X0
♦ Après deux générations ▬▬▬˃ X2 = 2 X1 = 2x2 X0 = 22 X0
♦ Après trois générations ▬▬▬˃ X3 = 2 X2 = 2x2x2 X0 = 23 X0
♦ Après n générations▬▬▬˃ Xn = 2n X0
Avec n : nombre de divisions.
La forme logarithmique de cette équation est : log Xn = log 2n X0
Or : Xn = 2nXo ( avec µ = n/t et n= µt Donc Xn= 2 µt Xo )
→ log Xn = log 2 µt X0 → log Xn = µ (t) Log 2 + Log Xo
Donc : µ = ( log Xn - Log Xo) / (t) Log 2
Si on travaille dans la base 2, log2 2 = 1
µ = ( log2 Xn - Log2 Xo) / (t n-to)
IV- Croissance en milieu non renouvelé :
L’étude de la croissance bactérienne en milieu non renouvelé est très intéressante pour mettre en évidence
les facteurs environnementaux qui agissent sur la multiplication des cellules bactériennes.
Lorsque les micro-organismes sont cultivés en milieu liquide, ils se développent habituellement dans un
système fermé, culture en “batch” ou discontinue.
♦ Ils sont incubés dans un flacon contenant un seul lot de milieu de culture.
♦ Représenté graphiquement comme le logarithme du nombre de cellules en fonction du temps d’incubation.
♦ La courbe théorique d'une croissance en milieu non renouvelé fait apparaître quatre phases distinctes

1) Phase de latence :
1) Phase de latence :
C'est le temps nécessaire à la bactérie pour s’adapter aux nouvelles conditions.
♦ le taux de croissance est nul (µ = 0).
La durée de cette phase dépend de plusieurs facteurs :
● L’importance de l'inoculum : Plus l'inoculum est important, plus le temps est court ;
● L’âge des bactéries : plus la culture ayant servi d'inoculum est vieille, plus la durée de cette phase est
longue. Car elles doivent restaurer leur état physiologique normal avant de commencer à se multiplier ;
● la composition du milieu : les bactéries doivent synthétiser les enzymes adaptées au nouveau milieu de
culture.
2) Phase exponentielle :
Phase de multiplication optimale au cours de laquelle le nombre de bactéries augmente de façon
exponentielle par rapport au temps et donc pendant laquelle :
♦ le taux de croissance atteint un maximum (µ=max). Il est influencé par certains facteurs appelés
paramètres d’action de la croissance (pH, température, la nature et la concentration des nutriments);
♦ Cette phase dure tant que la vitesse de croissance est constante ;
♦ Le temps de doublement des bactéries est le plus court ;
♦ La masse cellulaire est représentée par des cellules viables (mortalité nulle).
3) Phase stationnaire :
Il y a une compensation entre les bactéries qui meurent, par autolyse, et celles qui continuent à se multiplier.
Donc le taux de croissance devient nul (µ = 0) ;
Cette phase est déclenchée par :
˃ L’épuisement du milieu en éléments nutritifs,
˃ Disponibilité limitée en oxygène ;
˃ Accumulation de déchets toxiques libérés dans le milieu par les bactéries (ex.: acides organiques);
˃ La population atteint une densité critique.
4) Phase de déclin :
♦ le taux de croissance est négatif (µ < 0);
♦ Toutes les ressources nutritives sont épuisées ;
♦ Il y a accumulation de métabolites toxiques ;
♦ Il se produit une diminution d'organismes viables et une lyse cellulaire sous l'action des enzymes
protéolytiques endogènes (autolyse).
V- Diauxie.
La croissance d’une bactérie cultivée en présence de deux sources de carbones différentes se traduit par une
courbe anormale diphasique : deux types de croissances décalées. Ce phénomène est appelé diauxie.

Exp: Croissance d’E. Coli en présence de glucose et lactose.
Phase I- Les bactéries utilisent en premier lieu le glucose jusqu'à son épuisement ;
● Ensuite un temps de latence, durant lequel les bactéries vont synthétiser les enzymes nécessaires à
l'utilisation du lactose ;
Phase II- La reprise de la multiplication bactérienne.
VI- Les facteurs influençant la croissance bactérienne

L’environnement des micro-organismes est complexe et en perpétuel changement. Dans un endroit
particulier, les microorganismes sont exposés à de nombreux gradients chevauchants de nutriments et
d’autres facteurs du milieu.
La croissance des micro-organismes obéit aux Lois suivantes :
1) Loi du minimum de Leibig: La biomasse totale d’un organisme sera déterminée par l’élément nutritif
présent en moindre quantité par rapport aux exigences de l’organisme.
2) Loi de tolérance de Shelford: Il y a des limites dans les facteurs environnementaux au-dessous et au-
dessus desquelles un organisme ne peut survivre et se développer quelque soit l’apport en nutriment.
Parmi les facteurs influençant la croissance bactérienne :
a) Composition du milieu de culture ;
b) Facteurs physico-chimique : pH, température, oxygène…;
c) Les radiations ;
d) Les agents antimicrobiens : les antibiotiques.
a) Composition du milieu de culture :
Le taux de croissance d’une bactérie dépend du milieu de culture :
Exp. Bacillus subtilis:
► µ = 0,3 div/h sur milieu synthétique ;
► µ = 3 div/h sur bouillon nutritif.
● Cas de l’effet de la concentration du substrat carboné.

Chez E.coli: µ augmente proportionnellement à la quantité de glucose jusqu’à une valeur à partir de laquelle
il est inutile d’augmenter la concentration du glucose ( C optimale).
N.B: un substrat fourni en concentration trop élevée peut avoir un effet bactériostatique (arrêt de la
croissance) ou bactériide ( mort des bactéries).
b) Facteurs physico-chimiques :
1) Effets du pH :
Définit comme le logarithme négatif de la concentration en ions hydrogène.
►Acidophiles : Croissance optimum entre pH 0 et pH 5.5.
► Neutrophiles : Croissance optimum entre pH 5.5 et pH 8.5.
► Alcalophiles ou basophiles : Croissance optimum entre pH 8.5 et pH 11.5.
La plupart des acidophiles et des alcalophiles maintiennent un pH interne près de la neutralité.
● Certains utilisent des mécanismes d’échange de protons/ions ;
● Certains synthétisent des protéines qui fournissent une protection. Exp. protéines du choc acide.
● La plupart des milieux de culture possèdent des tampons pour prévenir l’inhibition de croissance.
2) Effets de la température:
La croissance de chaque organisme dépend des températures dites cardinales (cf. Chap.5 A : nutrition):
● Minimale ;
● Optimale ;
● Maximale.
Les limites de température entre les quelles les organismes vivants peuvent croitre sont :
♦ - 5°C : point de congélation de l’eau dans les cellules vivantes ;
♦ + 80 °C : Thermolabilité des protéines et des acides nucléiques.
Selon la température optimale de développement, on distingue :
Exp.
A 37°C : G de E. coli est de 20 mn ;
A 42°C : G de E. coli devient 50 mn.
3) Effet de la pression osmotique :
● Les bactéries accumulent dans leur cytoplasme une concentration élevée en substrats ----˃ Po int ˃ Po ext.

Une forte augmentation de l’osmolarité du milieu extracellulaire :
Risque d’efflux d’eau → Plasmolyse → Inhibition des processus vitaux : biosynthèse des macromolécules,
réplication de l’ADN etc………..→ Arrêt de la croissance bactérienne
● Pour éviter cela, la bactérie doit ajuster sa pression osmotique interne à une valeur supérieure à celle du
milieu extérieur : C’est l’osmorégulation.
● Ce phénomène est réalisé par l’accumulation de K+, des acides aminés, sucres etc……..:
● Selon ce pouvoir d’osmorégulation, les bactéries sont classées en 4 groupes :
Groupes Exemples [NaCl] Tolerée
Non halophiles E.coli 0 à 4%
halophiles Pseudomonas marina 0,2 à 5%
Halophiles modérés Pediococcus halophilus 2,3 à 20,5 %

Halophiles extrêmes Halobactérium 5 à 36%
4) Effets de l’oxygène :
L’’oxygène libre de l’air (O2) est indispensable pour la croissance et la multiplication des micro-organismes
aérobies. Par contre, il est toxique pour les micro-organismes anaérobies.
Les bases des différentes réponses à l’oxygène :
► L’oxygène est facilement réduit en produits toxiques:
♦ Radical superoxyde;
♦ Peroxyde d’hydrogène ;
♦ Radical hydroxyle.
► Les microorganismes aérobies produisent des enzymes de protection :
♦ Superoxide dismutase (SOD) ;
♦ Catalase.
La relation entre les enzymes de protection contre les produits toxiques d’oxygène et les différents types
respiratoires chez les bactéries :

5) Effets des radiations :
Dommages causés par des radiations
♦ Les radiations ionisantes :
• Rayons X et gamma.
• Mutations → mort.
• Modifient la structure chimique de différentes molécules, incluant l’ADN.
♦ La lumière ultraviolette (UV) :
• Mutations → mort ;
• Engendre la formation de dimères de thymine au niveau de l’ADN ;
• Les dommages au niveau de l’ADN peuvent parfois être réparés par des mécanismes :
▪ Photoréactivation – Les dimères sont clivés en présence de lumière.
▪ Réaction à l’obscurité – Les dimères sont excisés et remplacés en absence de lumière.
6) Effet des antibiotiques (ATB).
Substance naturelle, semi-synthétique ou synthétique, ayant la propriété d'empêcher la croissance des
micro-organismes ou de les détruire.
♦ Les bactériostatiques : inhibent la multiplication des micro-organismes;
♦ Les bactéricides : détruisent les micro-organismes.
VII-La croissance microbienne dans des environnements naturels :
Les biofilms :
Communautés complexes de micro-organismes enveloppés dans un mucus. Une fois fixés, les micro-
organismes commencent à libérer des polysaccharides, des protéines et de l’ADN qui permettent aux
cellules d’adhérer de manière plus stable à la surface.
VIII – Croissance continue :

Dans les conditions habituelles de croissance, la phase exponentielle ne peut durer que quelques heures.
Expérimentalement, on peut maintenir une culture en croissance exponentielle pendant plusieurs heures voir
même plusieurs jours.
Pour cela, il faut :

● Une culture dans un système ouvert ;
● Un approvisionnement constant en nutriments ;
● Les déchets sont également retirés à un rythme constant ;
● Maintient la croissance des cellule dans la phase exponentielle et à une concentration constante de la
biomasse ;
● Ces conditions sont réalisées en laboratoire dans des systèmes de culture continue.
a) Le chémostat.
● Rythme d’introduction du milieu stérile = rythme d’élimination du milieu.
● Un élément nutritif essentiel est donnét en quantités limitées (Exp. un acide aminé).
Vitesse de dilution et croissance microbienne
♦ Vitesse de dilution est la vitesse à laquelle le milieu passe au travers de la chambre de culture par rapport
au volume de la cuve.
♦ La densité cellulaire reste inchangée pour une large gamme de vitesse de dilution.
♦ Le chémostat fonctionne de façon optimale à une vitesse de dilution faible.
b) Le turbidostat.
♦ La vitesse d’écoulement du milieu au travers de la cuve est automatiquement réglée pour maintenir une
turbidité ou densité cellulaire prédéterminée ;
♦ La vitesse de dilution varie ;
♦ Pas d’élément nutritif limitant ;
♦ Les turbidostats fonctionnent mieux à des vitesses de dilution élevées.

c) Importance de la culture continue :
● Utile car elle produit une quantité constante de cellules en phase exponentielle tout en se multipliant à une
vitesse connue ;
● Permet d’étudier la croissance microbienne en présence de nutriments à faibles concentrations, ce qui est
similaire aux conditions rencontrées en milieux naturels ;
● Permet l’étude d’interactions microbiennes sous des conditions similaires à celles rencontrées dans des
milieux aquatiques ;
● Très utilisée en microbiologie alimentaire et industrielle.

Chap. 6 :
Métabolisme bactérien
I) Introduction :
Métabolisme d’un organisme uni. ou pluricellulaires est l’ensemble de toutes les réactions de dégradation
(Catabolisme) et de biosynthèse (Anabolisme).
I-1 : Aspect énergétique :
Les besoins énergétiques de la bactérie peuvent être assurés par :
► La photosynthèse : au cours de la quelle la lumière est utilisée comme source d’énergie ;
►L’oxydation des substances chimiques, encore appelées substrats énergétiques.
I-2: Transport des substances:
Le substrat doit être en contact avec des enzymes qui sont capables de le transformer ou de l’oxyder au
cours d’une ou plusieurs réactions.
D’après leur localisation dans la cellule bactérienne, on distingue :
a) Les enzymes localisées au niveau de la membrane cytoplasmique, qui interviennent dans la chaîne
respiratoire :
il s’agit des déshydrogénases (formique, lactique, succinique etc..), les cytochromes, les flavoprotéines,
la cytochrome oxydase.
b) Les enzymes libres dans le cytoplasme, qui assurent les cycles métaboliques.
Par exp. Toutes les réactions du métabolisme des glucides sont effectuées dans le cytoplasme.
I-2-1. Digestions :
Les macromolécules du milieu de culture ne sont assimilables par la bactérie que s’elles arrivent au niveau
de son cytoplasme. Donc, elles doivent être dégradées en fragments de faible poids moléculaire, pour
faciliter leur pénétration. Cette fragmentation est réalisée grâce à la sécrétion des enzymes hydrolytique
appelées exoenzymes par la bactérie dans le milieu de culture. Parmi les exoenzymes, on distingue selon le
type de substrat:
les protéases
● Protéines ------------------------------˃ Courts fragments peptidique ou acides aminés
les glucidases
● Polyholosides ------------------------˃ Oses et holosides simples ;
les lipases
● Lipides ---------------------------------˃ Acide gras + glycérol ;
les nucléases
● Acides nucléiques ------------˃ nucléosides + phosphate inorganique

I-2-2. Pénétration :
D’une manière générale, il existe deux modes principaux :
♦ Transport passif : Le flux moléculaire s’oriente des zones les plus concentrées vers les zones les moins
concentrées pour établir un équilibre, sans aucune consommation d’énergie (loi de Fick).
● La diffusion simple : Permet à de rares métabolites neutres et apolaires de traverser non spécifiquement
la membrane cytoplasmique ;
● La diffusion facilitée : Elle met en œuvre des transporteurs stéréospécifiques. Elle est plus rapide que
la diffusion simple.
♦ Transport actif : Il est indépendant du gradient de concentration. Dans ce cas, le substrat se concentre à
grande vitesse dans le cytoplasme (jusqu’à 100 fois), grâce à des enzymes spéciales qu’on appelle les
perméases.
Chaque perméase est spécifique pour :
● Un substrat --------------˃ perméase du lactose ou du maltose ;
● Un sens :
Nutriments
Extérieur ------------------------˃ Intérieur
<------------------------
Sécrétion des substances endocellulaires
Transport actif : Selon l’origine de l’énergie qui est nécessaire pour vaincre le gradient de concentration,
on distingue:
♦ Le transport actif primaire ou Uniport: Exp. Système ATP-ase K+ membranaire qui permet la
pénétration des ions K+ à l’intérieur de la bactérie.
♦ Le transport actif secondaire ou Cotransport.
Par rapport au gradient vecteur, le cotransport peut se faire :
►Dans le même sens, c’est le symport ( par exemple, H+ et lactose, H+ et proline);
► En sens opposé, c’est l’antiport ( par exemple, 2H+ et Ca2+, H + et Na+);
► Transport par translocation de groupe : Dans ce dernier système, le transfert d’une substance à travers
la membrane cytoplasmique s’accompagne d’une phosphorylation. Exp.
Glucose + phosphoenolpyruvate -----------˃ glucose 6 phosphate + pyruvate
R-CH2OH + -OOC-C(CH2)-O~PO32- -------˃R-CH2-O-PO32- + CH3-CO-COOH
I-3. Biosynthèse :
Chaque organite de la cellule bactérienne est constitué de milliers de macromolécules. Ces derniers sont les
produits finaux du Métabolisme primaire ( ∑ des réactions chimiques).
Les macromolécules ont toutes un type de structure identique : ce sont des polymères formés de:

♦ Sous-unités ou monomères identiques : polymère simple ou homopolymère ;
♦ Sous-unités ou monomères différent(e)ssous-unités ou monomères différent(e)s : Héteropolymères.
exp. les acides nucléiques (4 bases), Les protéines (20 A. aminés)
► L’assemblage monomère se fait par des liaisons spécifiques :
L’arrangement des monomères peut être :
► Linéaire ;
► ramifié.
II. Enzymes bactériennes :
II-1. Localisation :
Les enzymes bactériennes se retrouvent :
♦ soit sous forme liée à la membrane cytoplasmique ;
♦ soit séquestrée dans l’espace périplasmique des bacilles à Gram-
♦ soit sous forme libre dans le cytoplasme ;
♦ soit sous forme libre dans le milieu externe (sécrétées dans le milieu);
N.B: Les enzymes liées sont essentiellement impliquées dans la respiration cellulaire et aux échanges avec le
milieu extérieur.
Les enzymes bactériennes peuvent être classées en deux catégories :
► Enzymes exocellulaires ou exoenzymes (sécrétées dans le milieu): sont impliquées dans la dégradation
des macromolécules. Exp. Amylase, caséinase);
► Enzymes endocellulaires (ou endoenzymes) : Elles sont liées à la membrane ou en solution dans le
cytoplasme et elles participent au métabolisme intermédiaire de la cellule (β-galactosidase, enzymes de
glycolyse etc….)
II-2. Classification :
Les enzymes sont classées en 6 classes en fonction du type de réaction. Chaque classe est-elle-même
subdivisée en fonction de :
♦ La nature chimique du groupement chimique donneur ;
♦ La nature de l’accepteur ;
♦ La nature du substrat.
► Classe 1 : Oxydoréductases :
Elles assurent le transfert d’électrons (avec ou sans transfert de protons) à partir d’un substrat vers un
accepteur terminal: lacticodéshydrogènase, lysine, nitrate réductase etc)..
A- + B ---------------------------˃ A + B-

► Classe 2 : Transférases :
Elles facilitent le transfert de certains radicaux (-CH3, -CHO, =SH, =NH2). Les transaminases et les kinases
(pyruvate kinase) en sont des exemples.
A-B + C ---------------------------˃ A + C-B
► Classe 3 : Hydrolases :
Elles catalysent l’introduction d’une molécule d’eau sur un substrat selon la réaction :
A-B + HOH -----------------˃ AH + BOH
Elles sont très courantes au cours des réactions cataboliques : estérase, lipase, peptidase ADNase, cellulase,
uréase etc
► Classe 4 : Lyases.
Elles assurent le déplacement d’un radical à partir d’un substrat : Lysine ou ornithine décarboxylase,
aldolase, cétolase, etc
X Y
A-B ---------------------------˃ A = B + X-Y
► Classe 5 : Isomérases
Elles catalysent certains réarrangements intramoléculaires : épimérase, énolase, racémase etc. Telles sont la
DL-alanine racémase, la phosphohexo-isomérase (glucose – P------------˃ fructose-P)
X Y Y X
A - B ---------------------------˃ A- B
► Classe 6 : Ligases ou synthétases.
Au cours de réactions anaboliques, elles catalysent l’établissement de liaisons covalentes. Par exp. Liaisons
C-C par les carboxylases.
A + B ---------------------------˃ A- B
III. Métabolisme énergétique :
III-1. Différentes sources d’énergie :
Les deux grandes voies de production d’énergie nécessaire au déroulement de toutes les réactions chimiques
du métabolisme sont :
► La phototrophie: Caractéristique des organismes vivants qui tirent leur énergie à partir de la lumière par
photosynthèse.
► La chimiotrophie: Caractéristique des organismes vivants qui tirent leur énergie de l’oxydation de
certains composés chimiques sans utilisation de l’énergie lumineuse :
On définit alors deux types trophiques :
♦ Energie lumineuse : ---------------˃ Phototrophie;
♦ Energie chimique : ---------------˃ Chimiotrophie.

III.1.1- Phototrophie:
Les êtres-vivants phototrophes sont capables d’utiliser la lumière comme source d’énergie, afin de réduire le
dioxyde de carbone (CO2) (ou les ions HCO3-) en molécules carbonées.
Ce processus, appelé photosynthèse, exige la présence de pigments :
♦ Chlorophylles chez les eucaryotes;
♦ Bactériochlorophylles chez les bactéries.
Après excitation par un rayonnement lumineux (photons), ces pigments sont capables de convertir la
lumière absorbée en énergie chimique : Production d’ATP par photophosphorylation.
a) Chez les plantes, la photosynthèse peut se résumer ainsi :
lumière
CO2 + 6H2O-----------------------------˃ (C6H12O6) + 6O2
● H2O est le donneur d'électrons.
b) Chez les bactéries photosynthétiques :
la conversion de la lumière absorbée en énergie chimique est assurée par la bactériochlorophylle, qui est
dispersée dans le cytoplasme sous forme de chromatophores (Pas de chloroplastes).
► On peut résumer leur photosynthèse comme suit :
Lumière
CO2 + 2RH2 --------------˃ (CH2O) + 2R + H2O
● RH2 est le donneur d'électrons.
N.B : Chez les bactéries photosynthétiques, le donneur d'électrons n'est jamais H2O.
D’après la nature chimique du donneur d’électrons, on distingue deux types trophiques :
♦ Si le donneur d’électrons est un Composé Minéral : → Photolithotrophie

♦ Si le donneur d’électrons est un Composé organique → Photoorganotrophie
Tableau 1 : Comparaison entre la photosynthèse chez les organismes eucaryotes et chez les bactéries
Eucaryotes Bactéries
Organismes plantes, algues bactéries vertes et pourpres
Type de chlorophylle chlorophylle a absorbe à bactériochlorophylle

650 - 750 nm absorbe à 800 - 1000 nm
Photosystème I (photophosphorylation Présent Présent
cyclique)
Photosystème II Présent Absent

(photophosphorylation non cyclique)
Production de O2 Oui Non
donneur d’électrons H2O H2S, autres composés

soufrés ou certains
composés organiques

III.1.2. Chimiotrophie:
La majorité des bactéries rencontrées dans la nature sont dépourvues de pigments chlorophylliens. En
conséquence, elles sont incapables de faire la photosynthèse. Donc, elles doivent utiliser les réactions
chimiques d'oxydoréduction pour se procurer de l'énergie dont elles ont besoin.
♦ Si le donneur d’électrons est un Composé Minéral : → Chimiolithotrophie

♦ Si le donneur d’électrons est un Composé organique : → Chimioorganotrophie
a) Chimiolithotrophes:
Les bactéries chimiolithotrophes tirent leur énergie, leurs électrons et leurs protons de substances
inorganiques réduites. Leur source de carbone est le CO2 (autotrophes). On trouvera dans ce groupe des
bactéries nitrifiantes, d’autres oxydant le soufre, le dihydrogène ou des métaux.
Les bactéries nitrifiantes aérobies sont :
♦ Les Nitrosomonas qui oxydent l’ammoniac ;
♦ Les Nitrobacter qui oxydent les nitrites.
Ces micro-organismes jouent un rôle très important dans le cycle de l’azote.
b) Chimioorganotrophes:
Les chimioorganotrophes utilisent des substrats carbonés à la fois comme source de carbone et source
d’énergie. Ces substrats, de nature variable (glucides, acides aminés, acides gras…), sont oxydés par
déshydrogénases, dans la plus part des cas, et les électrons libérés sont pris en charge par des accepteurs
organiques ou inorganiques.
Schéma des réactions d’oxydoréduction

dans les systèmes biologiques
III-2. Etude du métabolisme énergétique :

► Types respiratoires (voir Chap. 5. A : Nutrition bactérienne) ;
► Réaction de l’oxydase (voir T.P) ;
► Réaction de la catalase (voir T.P) ;
III.3. Stockage et utilisation de l’énergie :
La synthèse des constituants cellulaires d’un être vivant, unicellulaires ou pluricellulaires, nécessite de
l’énergie.

Chez un micro-organisme, cette énergie est fournie par son métabolisme sous la forme d’’ATP ou adénosine
triphosphate. Cette énergie est stockée dans des liaisons ester-phosphate (O~P) ; le composé le plus utilisé
par la cellule est l’ATP (Adénosine triphosphate).
III.3.1- Rôle de l’ATP :
L’ATP permet le couplage entre des réactions libérant de l’énergie (exergoniques) et des réactions
consommant de l’énergie (endergoniques).
III.3.2- Autres composés riches en énergie :
Types de laissons Exemples
► Phospho-anhydride: P- O~P ATP
O
► Acyl-phosphate 1,3diphospho-glycérate
R-C- O~P
CH2
► Enol-phosphate Phosphoénolpyruvate
R-C- O~P
O
► Acyl-thioester Acétyl-CoA
R-C-~S-R’
III. 3.3 - Synthèse de l’ATP
Dans une cellule, l’ATP peut être synthétisé :
a- Par phosphorylation au niveau du substrat, dans le cytoplasme :

b- Phosphorylation oxydative (chaîne de transfert des électrons)
La phosphorylation oxydative est liée à un gradient électrochimique de protons de part et d’autre
d’une membrane plasmique, par un complexe ATP synthétase. Ce mode de production concerne la
photophosphorylation et la phosphorylation oxydative.
figure 4: Structure de l’ATPase

L’ATPase est constituée d’une partie incluse dans la membrane cytoplasmique et une autre partie plus
volumineuse en contacte avec le cytoplasme bactérien.
La synthèse de l’ATP est due au passage des H+ dans un canal ionique ménagé dans la molécule de
l’ATPase dans le sens contraire du gradient.
figure 6: Structure et fonctionnement de l’ATPase

Divers mécanismes d’action sont proposés pour expliquer la formation d’ATP :

Exemple : les protons en passant par le canal activeraient le groupement phosphate et permettrait la fixation
du phosphore à l’ADP pour former l’ATP.
IV) Types respiratoire : Chimioorganotrophes:
L’énergie produite au cours de ces réactions n’est pas libérée globalement, mais par des étapes successives
permettant la production d’ATP.
Le devenir des électrons permet de distinguer deux voies métaboliques majeures :
♦ La respiration ;
♦ La fermentation.
C’est la chaîne cytochromique de transfert des électrons, à laquelle sont associés des phosphorylations
oxydatives.
lorsque les électrons sont pris en charge par une chaîne de transporteurs localisés dans une membrane,
l’ATP est alors majoritairement synthétisé par phosphorylation oxydative, grâce à l’énergie provenant du
gradient de protons
IV.1.2 . Cytochromes :
Les cytochromes se sont des systèmes redox qui transfèrent des électrons et ne sont pas capables de
transporter de l’hydrogène.
Ce sont des protéines dont le groupement prosthétique est une protoporphirine portant un atome de fer
central qui participe au transport électronique.
Cette protoporphirine s’appelle :
♦ Hème quand le fer est à l’état ferreux (Fe++) ;
♦ Hémine lorsque le fer est à l’état (oxydé ou ferrique) (Fe+++).
De nombreux cytochromes ont été décrits chez les bactéries : a, a3, b, c, o. Le cytochrome terminal qui joue
le rôle d’accepteur final d’électron est appelé Cytochrome Oxydase.

IV.1.3- Les étapes de la respiration :
La respiration se fait donc en 2 étapes :
1) Le cycle tricarboxylique de Krebs, avec libération de CO2 par oxydation couplée à la réduction de 3
NAD+ et de 1 FAD+ par tour de cycle.
2) La chaîne respiratoire avec coenzymes de déshydrogénases, Quinones et Cytochromes.
Selon l’accepteur final d’électrons et d’H2, on peut distinguer :
a) Accepteur final est l’O2 → respiration aérobie ;
b) Accepteur final peut être minéral (nitrates, sulfates, gaz carbonique) ou organique (ex: fumarate) ≠ O 2 →
respiration anaérobie;
a- Respiration aérobie :
Les bactéries aérobies strictes et la majorité des bactéries aéro-anaérobies possèdent une chaîne respiratoire
dont l’accepteur final des électrons est le dioxygène (O2). Cette chaîne respiratoire est composée de
transporteurs (FAD, protéine Fe/S, ubiquinone, cytochromes…) qui transfèrent les électrons du NADH
(donneur) vers le dioxygène (accepteur).
Chez Escherichia coli, la composition de la chaîne varie même en fonction du niveau de dioxygène.
Par exemple :
D’après, le test « oxydase » (test d’oxydation du N-tétraméthyl paraphénylène diamine), les bactéries sont
classées en deux grands groupes :
► Les bactéries oxydase+, qui possèdent la cytochrome c oxydase.

► Les bactéries oxydase-, qui ne possèdent pas la cytochrome c oxydase.
b-Respirations anaérobies :
Chez de nombreuses bactéries aérobies, le dioxygène peut être remplacé en tant qu’accepteur final des
électrons par une autre molécule minérale (NO3-, SO42-…) ou par un composé organique (fumarate).
* Dans le cas de la respiration nitrate, les électrons sont transférés du NADH vers le NO3- par une chaîne
respiratoire dont la dernière enzyme est la nitrate réductase A, qui catalyse la réduction des nitrates en
nitrites selon la réaction suivante :
Nitrate réductase A
NO3- + 2 H+ + 2 e- ▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬˃ NO2- + H2O
Les nitrites peuvent s’accumuler dans le cytoplasme, ou être à leur tour dégradés sans production d’énergie
supplémentaire jusqu’au stade N2. Dans ce cas la nitrate réductase A est dite dissimilatrice, car elle
intervient dans le processus de dénitrification.
► Respiration anaérobie (nitrate comme accepteur final)

♦ Les nitrates sont réduits en nitrites par la nitrate réductase A qui remplace la cytochrome oxydase de la
respiration aérobie.
♦ Remarque : les nitrites formés sont toxiques et donc plus souvent réduits en diazote. Par exemple, les
Pseudomonas sont capables de réaliser :
▬ en présence d’O2, ils réalisent une respiration aérobie ;
▬ en absence d’O2, ils se procurent leur énergie par respiration nitrate.
► Respiration fumarate :
Bien que l’accepteur final soit un composé organique, il existe tout de même une chaîne de transport
électronique membranaire permettant la synthèse d’ATP. C’est la fumarate réductase qui permet la réduction
du fumarate en succinate.
Tableau 2: Différents accepteurs d’électrons utilisés lors de la respiration chez les bactéries
Accepteur Produit final Nom du processus Exemples de
d’électrons réduit microorganismes
O2 H2O Respiration aérobie Escherichia coli,

Streptomyces
NO3- NO2-, NH3 or N2 Respiration anaérobie (dénitrification Bacillus,

Pseudomonas
SO4-- S or H2S Respiration anaérobie (réduction des sulfates) Desulfovibrio
fumarate Succinate Respiration anaérobie Escherichia coli

utilisant un accepteur d’e- organique
CO2 CH4 Méthanogenèse Methanococcus
IV.2- la fermentation :
si une molécule organique est utilisée comme accepteur d’électrons et de protons, l’ATP est synthétisé dans
ce cas uniquement par phosphorylation au niveau du substrat.

Schéma du transport des électrons
et des protons lors des fermentations
IV.2.1- Rôle des coenzymes d'oxydoréduction:
• Les réactions de la Phosphorylation oxydative sont catalysées par des enzymes de type déshydrogénases,
fonctionnant avec des coenzymes.
• Les coenzymes (ou cofacteurs) sont des molécules non protéiques liées à une enzyme par des liaisons
covalentes ou des liaisons faibles, et nécessaires à son fonctionnement ;
• Les coenzymes sont présentes en quantité limitée. Donc la nécessité de les réoxyder pour qu’elles puissent
être réutilisés est indispensable.
• La chaîne respiratoire intervient pour réoxyder les coenzymes réduites :
• Un certain nombre de coenzymes sont dérivés de nucléotides ;
• Les coenzymes des déshydrogénases (= enzymes catalysant les réactions d’oxydoréduction) sont de 2
types :
* Les pyridine-nucléotides, NAD+ et NADP+ ;
* Les coenzymes flaviniques des flavoprotéines (à coloration jaune) : FAD, FMN :
a -Les pyridine-nucléotides, NAD+ et NADP+:
• NAD+ = Nicotinamide Adénine Dinucléotide oxydé ;
• NADP+ = Nicotinamide Adénine Dinucléotide Phosphate oxydé.
♦ NAD+ est le coenzyme de nombreuses déshydrogénases à fonction catabolique. Il joue un rôle central
dans les réactions du catabolisme oxydatif (respiration, fermentation).
♦ NADP+ : Nicotinamide Adénine Dinucléotide Phosphate oxydé.
♦ NADP+ est le coenzyme de quelques enzymes du catabolisme, mais surtout de déshydrogénases à fonction
anabolique. Il joue un rôle central dans les réactions de la photosynthèse.
NAD comporte deux nucléotides. Un AMP est lié à un Nicotinamide-ribose phosphate. Le nicotinamide est
un dérivé pyrimidique. Les deux nucléotides sont liés par liaison phospho-ester.
b -Les coenzymes flaviniques des flavoprotéines (à coloration jaune) : FAD, FMN :
• FMN = La flavine mononucléotide, ou riboflavine-5′-phosphate (C17H21N4O9P), est une biomolécule
produite à partir de la riboflavine par l'enzyme riboflavine kinase et agit comme groupement prosthétique de
diverses ;

• FAD = La Flavine adénine dinucléotide (C27H33P2N9O15) est un cofacteur d'oxydo-réduction dérivant de la
riboflavine. Il est associé aux enzymes de la classe des oxydo-réductases auxquelles il est lié par une liaison
covalente : c'est un groupement prosthétique.
♦ Ces deux coenzymes sont des coenzymes de déshydrogénases à fonction catabolique. Ils jouent un rôle
dans les réactions du catabolisme oxydatif.
Ils ont en commun de porter un groupement riboflavine (qui est un dérivé de la vitamine B2). FAD
comporte une adénosine diphosphate, liée à la riboflavine. FMN comporte seulement un groupement
phosphate lié à la riboflavine. Le noyau flavine leur confère une coloration jaune.
V. Métabolisme glucidique:
Tous les glucides sont susceptibles d’être catabolisés. Le glucose est le plus utilisé, soit à partir du milieu de
culture où il est présent soit après libération à partir des polysaccharides.
V.1- Métabolisme du Glucose:
L’exemple type du substrat organique énergétique est le glucose. L’oxydation du glucose peut être réalisée
par trois voies différentes qui peuvent fonctionner en parallèle :
 Voie d’embden-Meyerhof ou voie des Hexoses di-phosphate, = La glycolyse ;
 Voie d’Entner-Doudoroff ;
 Voie des Hexoses mono-phosphate ou voie des Pentoses-Phosphates ;
V-1.1- Voie d’Embden –Meyerhoff = Glycolyse :
Il s’agit de la principale voie de dégradation des glucides. La glycolyse est l’ensemble des réactions qui
oxydent le glucose en pyruvate. Cette chaîne de réactions a lieu dans le cytoplasme au niveau des formations
membranaires et peut être réalisée en milieu aérobie et anaérobie.
Bilan de la réaction:
Glu + 2NAD+ + 2 ADP+ 2 Pi → 2 Pyr. + 2(NADH+H+) + 2 ATP.
♦ Le rendement énergétique est faible de l’ordre de 2%;
♦ L’énergie restante est stockée dans NADH et surtout le pyruvate.
V-1.2- Destinée du pyruvate:
Le produit final de la glycolyse est le pyruvate. Il s’agit donc d’une plaque tournante du métabolisme
bactérien. Selon la nature des produits finaux de sa fermentation, on distingue:
♦ Fermentation Alcoolique;
♦ Fermentation Lactique;
♦ Fermentation acides mixtes;
♦ Fermentation des bactéries anaérobies strictes.
Fermentation alcoolique:
Certains microorganismes sont capables de produire de l’éthanol à partir du pyruvate.
Cette fermentation se fait en 2 étapes:

Pyruvate décarboxylase Alcool déshydrogénase
CH3 – CO – COOH ---------------------------------˃ CH3 – CHO <-------------------------------˃CH3 –CH2OH
puruvate CO2 acétaldéhyde NADHH+ NAD+ Ethanol

Bilan de la réaction:
Glu + 2ADP + 2Pi ----------------˃ 2CO2 + 2 Eth + 2 ATP
Cette fermentation, pratiquée par de nombreuses levures (dont Saccharomyces cerevisiae), permet la
fabrication:
● du pain;
● de boissons alcoolisées ( le vin ou la bière).
b) Fermentation lactique:
Dans ce cas, le pyruvate sert d’accepteur d’électrons et d’hydrogène pour la réoxydation du NADH.
Tout le pyruvate est réduit uniquement en lactate selon la réaction suivante:
Il s’agit de la principale fermentation permettant la transformation du lait en yaourt ou en fromage

frais. Elle est effectuée par de nombreuses espèces de Streptocoques et de Lactobacillus.
c) Fermentation « acides mixtes » :
Elle est caractérisée par la diversité des produits finaux de la fermentation (éthanol, acide acétique,
acide lactique, acide succinique, CO2, H2). Elle est pratiquée par les entérobactéries. Les produits de
la réaction sont en fonction de l’espèce et le pH du milieu de culture:
Exp. E.coli :
A pH légèrement acide (6 à 6,2 );
9 Glu ----------------˃ 5 Eth + 4 Ac + 8 Lac + 1 Suc + 8 CO2 + 8H2
A pH légèrement alcalin (7,8 à 8 );
9 Glu ----------------˃ 5 Eth + 9 For + 4 Ac + 7 Lac + 1,5 Suc ( For= Formiate)
Cette différence est due à l’enzyme hydrogène lyase, qui en milieu acide ou neutre décompose
l’acide formique en CO2 et H2.

d) Fermentation des bactéries anaérobies strictes :
Chez cette catégorie de bactéries, il existe essentiellement 3 sortes de fermentations :
► Fermentation butanoïque:
Elle est réalisée par: Clostridium butyrium Cl. Perfringens et autres.
4 Glu ----------------˃ 2 Ac + 3 Bty + 8 CO2 + 10H2 (Bty = butyrate)
● C’est la fermentation type des boites de conserves avariées ;
▬ Elle est caractérisée par :
♦ Une mauvaise odeur ;
♦ Production de gaz ;
♦ Acidité.
► Fermentation acétonobutylique:
Elle est réalisée par : Clostridium acétobutylicum.
Le produit de la réaction est le butanol ( But).
5 Glu ----------------˃ 3 But + 1 Ac + 1 Acétone + 11 CO2+ 8H2
● Elle peut être utilisée pour valoriser les déchets agricoles en produisant du carburant.
► Fermentation propionique:
Elle est réalisée par les Propionibacterium.
Le produit de la réaction est l’acide propionique (Pro).
Le substrat peut être le glucose ou lactate
3 Glu ---------------˃ 4 Pro + 2 Ac + 2 CO2
● La fermentation secondaire de certains fromages à pâte cuite :
* Pro= saveur ;
* CO2 = Origine des trous
V-1-3. Autres voies de dégradation de glucose :
Les micro-organismes possèdent d’autres mécanismes pour dégrader le glucose. Uniquement, deux
voies seront présentées du fait de leur importance :
a) La voie des pentoses phosphates :
C’est la voie des hexoses monophosphates ou phosphogluconate. Elle va jouer deux rôles essentiels :
- La production du NADPH, H pour la réduction du glutathion;
- La production du ribose qui entre dans la constitution des acides nucléiques de l’ATP de l’ADP et du
FAD.
G 6 P + NADP + H2O --------------˃ribose 5 P + 2 NADPH, H + CO2
I-2-2 Bilan de la voie des pentoses phosphates :
G6P + 12 NADP ---------------˃ 6CO2 + 12 NADPH,H+ + Pi

Elle existe chez les Lactobacillus, divers entérobactéries et Leuconostoc. Elle est nocive ( altération
des jus de fruits, de la bière, du vin ………
b) La voie d’Entner-Doudoroff:
Les bactéries, comme les Pseudomonas, Azotobacter, Xanthomonas et certains Streptococcus,
utilisent cette voie pour décomposer le glucose en pyruvate et en glycéraldéhyde P. Ces derniers
pourront ensuite être transformés en éthanol par fermentation alcoolique.
Bilan :
Glu + ADP + Pi ---------------˃ 2CO2 + 2 Eth+ + 1 ATP
V-1-4 - Dégradation aérobie du glucose:
La plupart des bactéries aérobies ou aéro-anaérobies sont capables de dégrader le glucose en
présence d’oxygène jusqu’au stade CO2 et H2O.
a) Glycolyse et oxydation complète du glucose: cycle de Krebs:
Ce cycle constitue la voie commune terminale à l’oxydation des molécules énergétiques. L’acétate
issu de la dégradation de certains composés organiques tels que les glucides, les acides gras et les
acides aminés vont être dégradés au cours du cycle de Krebs.
V-1.5- Bilan énergétique du cycle de Krebs:

Acétyl CoA + 2H2O + 3 NAD + FAD + ADP + Pi
CoASH + 3NADH,H+ + 2 FADH2 + 2 CO2 + ATP
3 NAD 3 x 3 ATP
FAD 2 ATP
GTP 1 ATP
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- .......
12 ATP

b) Shunt de l’hexose monophosphate:
Les étapes de cette voie métabolique:
Héxokinase Glu-6-déshydrogénase
Glu+ATP-------------------˃Glu-6-P----------------------˃ 6-P-Gluconate + NADPH+H+
Gluconate-P-déshydrase
6-P-Gluconate -------------------------------------˃ Ribulose-5-P + NADPH+H++CO2
Ribose-5-P (Ribose-P-épimérase)
Ribulose-5-P
Xylulose-5-P (Ribulose-P-épimérase)**
C’est le Xylulose-5-P, qui va subir une série d’interconversions catalysées par la transcétolase et
transaldolase.
Transcétolase Transalodase
Xylulose-5-P -------------------˃3-P-glyceraldéhyde ---------------------˃ Erythrose-4-P
Transcétolase P-héxo-isomérase
Erythrose-4-P --------------------˃ Fructose-6-P ----------------------------˃ Glucose-6-P
V-1-7 Bilan énergétique du glycose:

• En anaérobiose
Equation globale:
G + 2 NAD+ + 2 Pi + ADP 2 pyruvate + 2 NADHH+ + 2H2O + 2ATP
• En aérobiose
 cycle de Krebs = 24 ATP ;
 chaînes respiratoire = 12 ATP
Ce qui fait qu’en aérobiose le bilan = 36 ATP
Le bilan énergétique final est :
1 glucose --------------------˃ CO2 + HO2 + 38 ATP
V.1. 8- Catabolisme des disaccharides
Le catabolisme des disaccharides se fait à l’aide d’enzymes très spécifiques de la liaison glucidique. La
recherche de ces enzymes est utilisée pour l’identification bactérienne. Les enzymes peuvent également
hydrolyser les analogues des disaccharides pour donner des produits colorés (Exp.:Orthonito-phenyl -D
galactopyranoside (ONPG)).
L es principales enzymes recherchées sont :

♦ la β-galactosidase pour le lactose ;
♦ la maltase pour le maltose ;
♦ L’invertase pour le saccharose.
Ces enzymes libèrent respectivement le glucose, le galactose et le fructose (les oses constitutifs).
♦ Le glucose sera dégradé par l’une des voies métaboliques définies précédemment ;
♦ le fructose est phosphoryle et rejoint la glycolyse ;
♦ le galactose est épimérisé en glucose et rejoint la glycolyse
V.1.9- Catabolisme des polysaccharides
Les polysaccharides les plus utilisés sont l’amidon et la cellulose. L’amidon est dégradé par les amylases
(exoenzymes). La cellulose est dégradée par des bactéries cellulosiques.
VI Anabolisme des glucides
Lorsque le développement de la bactérie est limité par une cause autre que la source d’énergie et de carbone,
la bactérie stocke le glucose sous forme d’un polymère : le glycogène.
Glucose + ATP --------------------˃ Glucose 6 P + ADP
Glucose 6 P + ATP --------------------˃ (Glucose)n ADP + PP
VII- Métabolisme protidique:
Protéinases peptidases
Protéines ------------------˃ polypeptides ------------------˃ acides aminés.
♦ La dégradation des AA s’effectue habituellement par désamination ou décarboxylation ou encore
transamination.
♦ La dégradation des AA ne produit pas d’énergie sous forme ATP;
♦ L’énergie produite est perdue sous forme de chaleur;
L’étude du métabolisme protidique peut être envisagée sous plusieurs aspects :
♦ La possession des protéases;
Etude de leurs effets sur diverses substances comme la gélatine, l’œuf, le lait, la caséine, etc.….;
♦ La possession d’hémolysines;
♦ Autres enzymes comme la tryptophanase, l’uréase , les désaminases, les décarboxylases, les
déshydrolases.
VIII- Métabolisme lipidique:
Lipases
Lipides ---------------------------------˃ acides gras + glycérol
Transformation Conversion
♦ Acides gras --------------˃ fragment bicarboné ------------˃ Acetyl coA ▬► Cycle de Krebs
♦ glycérol est un des intermédiaires tricarbonés de la voie glycolytique.
La recherche des lipases se fait par l’hydrolyse d’un triacyl glycérol :
Exemples :
► Recherche des estérases (Tween 80, voir TP);
► Recherche leucithinases:hydrolyse la leucithine en libérant le diglycéride et le phosphotidyl-choline

Chap.7 :
Génétique bactérienne
I- Introduction :
♦ Les caractères d’un individu ou d’une cellule sont transmis de génération en génération : ils sont
héréditaires.
♦ Ces caractères sont stables mais de temps en temps de nouveaux caractères peuvent apparaître dans les
structures et/ou les fonctions permanentes des bactéries : il s’agit de variations génotypiques.
● Les variations génétiques doivent être distinguées des variations phénotypiques. Les premières affectent le
génome bactérien dans sa séquence nucléotidique alors que les secondes affectent le comportement de la
bactérie.
● Les variations phénotypiques sont réversibles, non transmissibles à la descendance mais spécifiques (non
aléatoires).
♦ Les origines de ces variations génotypiques sont multiples.
II- Mutation:
1.Définition :
♦ La mutation est définie comme étant l’apparition brusque dans une population bactérienne homogène
d’une bactérie présentant un nouveau caractère différent, qui n’existait pas dans la population initiale.
♦ Ce nouveau caractère est transmissible à toute la descendance: Héréditaire.
2. Mise en évidence : Expérience de Lederberg (Sensibilité ou résistance à un antibiotique)

3. Caractères de la mutation:
a)- Spontanéité :
Les mutations sont spontanées et peuvent se produire en absence d’agents mutagènes ; mais on peut les
induire par des agents chimiques et/ou physiques :
• Rayons X ;
• Rayons UV ;
• Produits chimiques : exp. Les acides nitreux ;
Antibiotiques.
b) Rareté :
La mutation est un phénomène très rare qui n'affecte qu'un nombre réduit de bactéries au sein d'une culture
bactériennes. La proportion des cellules bactériennes mutées dans une population bactérienne d'origine
dépend de 3 paramètres indépendants :
b-1: la probabilité qu'une cellule bactérienne mute dans une unité de temps donné pendant une génération.
Cette probabilité s'appelle le taux de mutation. Il varie entre 10-3 et 10-20
Exp : un taux de mutation de 10-6 signifie que dans une population de 106 bactéries, la probabilité de
survenue d’une mutation = 1
b-2. La distribution dans le temps des évènements mutationnels durant la période de culture ;
b-3. Le taux de croissance du mutant comparé à celui du type parental sauvage.
c)- Spécificité-indépendance :
Généralement, la mutation n'affecte qu'un seul caractère en respectant les autres : C’est la spécificité pour un
caractère donné.
N.B : Dans certains cas, lorsque les mutations résultent de la modification d'une séquence de gènes
fonctionnant ensemble (un opéron), elles peuvent affecter plusieurs caractères (mutation pléiotrope).
La mutation d'un caractère donné ne modifie pas la probabilité de mutation d'un autre caractère.
Il y a indépendance des mutations c.à.d. qu’une bactérie modifiée par mutation dans un de ses caractères
peut subir une autre mutation pour un autre caractère. Il en résulte que la probabilité de mutation simultanée
à l'égard de deux caractères est égale au produit des probabilités individuelles.
Exemple : 2 antibiotiques A et B.
♦ La probabilité de résistance à A par mutation = 10-5
♦ La probabilité de résistance à B par mutation = 10-6
♦ La probabilité pour qu’une bactérie subisse une mutation simultanée à l'égard des deux antibiotiques en
même temps est égale à 10-11 (pratiquement négligeable).
Intérêt: Base de la polychimiothérapie de la tuberculose, du SIDA.....

d)- Discontinuité:
● La mutation ne s'effectue pas à la suite d'une longue période d'adaptation progressive, avec des formes
intermédiaires, mais habituellement en une seule étape (loi du tout ou rien). La mutation est un phénomène
discontinue.
e) Stabilité:
● Même en l'absence de l'agent sélecteur, le caractère acquis par la mutation est transmis à la descendance
et se maintient dans les subcultures. La nouvelle propriété devient héréditaire et stable.
4. La mutation à l’échelon moléculaire :
Une mutation est définie comme étant un changement dans la séquence nucléotique d'un gène donné. Ce
changement peut être effectué de deux manières:
♦ soit par substitution d'une paire de bases par une autre à la suite d'une erreur durant la réplication;
♦ soit par cassures de la molécule sucre-phosphate de l'ADN avec perte, addition ou inversion d'ADN entre
les deux cassures.
4-1)Mutation par substitution de bases:

On décrit 2 classes :
► Substitution d’une base purique par une autre purique ou une pyrimidique par une autre pyrimidique:
-------------˃ Transition.
► Substitution d’une base purique par une autre pyrimidique et vice-versa -------------˃ Transversion.
► Substitution par les agents nitreux et les analogues de bases (1,5-bromo-uracile analogue de la
thymine).
4-2- Mutation par insertion ou délétion :
L’ARNm est lu au niveau des ribosomes sous forme de triplets. Tout changement dans l’ordre des
triplets aboutis à la synthèse d’une protéine différente.
♦ Délétion : Elimination d’une base ;
♦ Insertion : Addition d’une base.
4-3- Mutation par modification:
4.4- Mutations par radiations :
Les corps radioactifs, UV, rayons X sont des puissants agents mutagènes.

5: Les différents types de mutations :
5.1- Mutation spontanée ou induite :
Certaines mutations surviennent en l’absence d’agent mutagène, elles sont appelées des mutations
spontanées.
5.2- Mutation non sens et mutation suppressive :
♦ La mutation peut aboutir à la formation de codons non sens (UGA, UAG, UAA)
♦ Lors de la synthèse protéique, le ribosome rencontre ces codons non sens, la synthèse s’arrête en donnant
une protéine incomplète.
A-C-G-U-G-G-A-U-C (2) Insertion
A-C-G-U-A-G-A-U-C
♦ Une 2ème mutation dans le même gène qui restaure le phénotype sauvage est une mutation reverse.
6. Expression de la mutation :
L’expression de la mutation n’est pas toujours immédiate, elle n’apparaît parfois qu’après plusieurs
générations.
6.1- Mutations morphologiques :
Les mutations touchent la plupart des constituants bactériens (paroi, pili, flagelles…etc).
Les changements les plus spectaculaires touchent l’aspect des colonies :
N.B: Les changements morphologiques peuvent s’accompagner d’une perte de la virulence.
Exemple : Pneumocoque
Colonie S capsulée (virulente)
Colonie R non capsulée (non virulente)
perte de la virulence.
6.2- Mutations nutritionnels :
• Mutants chez lesquels apparaît ou disparaît un besoin nutritionnel ou un caractère biochimique
(fermentation d’un sucre)
6.3- Mutants résistants aux antibiotiques :

• Exemple : Mutation imperméabilité à un antibiotique.
6.4- Mutations létales :

Si la mutation touche un gène codant pour une protéine indispensable Mort bactérienne .
III- Les transferts génétiques:

La bactérie peut être l'objet de variations génétiques autres que la mutation. Ces modifications au niveau du
génome bactérien peuvent résulter du transfert de matériel génétique d'une bactérie à une autre.

II y a 3 types de processus différents de transferts génétiques :
♦ La transformation ;
♦ La conjugaison ;
♦ La transduction.
III-1. La transformation
a) Définition :
La transformation est le transfert passif d'ADN d'une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice, dite
en état de compétence. Le transfert, qui est partiel et limité à quelques espèces bactériennes, entraîne
l'acquisition par la bactérie réceptrice de nouveaux caractères génétiques stables et transmissibles.
b) Mise en évidence :
Expérience de Griffith (1928)
c). Conditions :
- L’état de compétence :
- 15 à 30 mn à la fin de la phase exponentielle de croissance.
- L’ADN transformant : doit être bicaténaire.
d) Mécanismes :
Lorsque les conditions sont remplies la transformation passe par plusieurs phases :
Lorsque les conditions sont remplies la transformation passe par plusieurs phases :
=˃ Fixation ;
=˃ Pénétration :
=˃ Phase d’éclipse :

♦ Intégration : L’ADN modifié s’intègre dans le chromosome de la bactérie réceptrice et celle-ci va
acquérir les caractères portés par les gènes transférés.
e) Caractères de la transformation :
► La transformation naturelle ou physiologique exige l'état de compétence qui n'apparaît qu'à certains
stades de la division cellulaire et uniquement chez une fraction de la population bactérienne.
► La transformation artificielle est précédée du traitement chimique ou enzymatique de la paroi bactérienne
avant sa mise en contact avec l'ADN.
La transformation naturelle peut s'observer chez un nombre limité d'espèces bactériennes à Gram positif
(Streptococcus et Bacillus) ou à Gram négatif (Neisseria, Branhamella, Acinetobacter, Haemophilus).
III.2- La conjugaison :
1. Définition :
La conjugaison est un transfert d'ADN entre une bactérie donatrice et une bactérie réceptrice, qui nécessite
le contact et l'appariement entre les deux bactéries, et repose sur la présence dans la bactérie donatrice ou
mâle d'un facteur de sexualité ou de fertilité (facteur F). Celui-ci permet la synthèse de pili sexuels et donne
la polarité au chromosome.
♦ Si ce gène est localisé sur un plasmide, la bactérie male est appelée F (+);
♦ Si ce gène est localisé sur le chromosome, la bactérie male est appelée Hfr (pour haute fréquence de
recombinaison);
♦ La bactérie femelle dépourvue du gène (F) et donc de pilis sexuels est appelée bactérie F(-)
2. Mise en évidence : Expérience de Lederberg et Tatum

3) Caractères de la conjugaison :
a) Spécificité :
Le transfert d'ADN chromosomique par conjugaison ne se produit qu'entre bactéries d'une même
espèce : spécificité;
b) Différentiation sexuelle :
Le transfert, qui est à sens unique (donatrice → réceptrice) repose sur la présence chez la bactérie
donatrice du facteur sexuel ou le caractère mâle (F+). L'information génétique qu'il porte code pour la
biosynthèse de pili sexuels, pour son insertion possible dans le chromosome bactérien et pour la
mobilisation (le transfert) de ce dernier vers des bactéries réceptrices (F-).
c) Contact ou appariement :
Le transfert chromosomique n'est possible qu'après appariement par couple des bactéries donatrice
et réceptrice. Les pili sexuels (2 à 3 par bactérie F+) permettent ainsi leur contact et la formation
d'un pont cytoplasmique de 100 à 300 μm par lequel va s'opérer le transfert chromosomique.
4) Transfert de l'ADN :
Après la formation du pont cytoplasmique, le transfert génétique peut être effectué. Il ne porte
d'abord que sur un brin d'ADN, ce qui permet de restaurer l'intégrité du génome de la bactérie
donatrice par un processus de réplication asymétrique.
5) Caractères chromosomiques transférés :
Tous les gènes du chromosome peuvent être transférés. En effet le facteur F peut être intégré dans le
chromosome bactérien à certains sites. Dans cette position il permet le transfert de gènes
chromosomiques proches de ces sites d'une bactérie à une autre mais ne transfère que rarement le
facteur lui-même.

6). Plasmides conjugatifs
Certains plasmides sont capables d'assurer tous seuls leur transfert par conjugaison. On les appelle
plasmides conjugatifs.
Conclusions
Le transfert de gènes par conjugaison est un facteur majeur d'évolution du patrimoine génétique
bactérien, qui joue un rôle essentiel en bactériologie médicale (résistance aux antibiotiques...).
3. Mécanismes :
La conjugaison passe par plusieurs étapes :
a) Fixation de la bactérie male
sur la bactérie femelle grâce aux
pili sexuels ;
b) Rétraction du pili sexuel et rapprochement des deux bactéries ;
c) Etablissement d’un pont inter cytoplasmique ;
d) Transfert de l’ADN : Il diffère selon la localisation du gène (F).
Le facteur (F) passe toujours en dernier.
Si le gène (F) est sur le plasmide :
● Un seul brin passe et sera dédoublé :
● l’ADN prend la forme circulaire ; puis la séparation des deux bactéries et on obtiendra 2 bactéries
males;
● En plus du facteur (F) la bactérie va acquérir tous les gènes de la bactérie male portés par le
plasmide.
Si le gène (F) est sur le chromosome :

● Transfert progressif ;
● Lent (100 mn) à 37°C;
● Fragile (arrêté par simple agitation);
● Pour ces raisons le transfert n’est jamais complet (exceptionnellement) et la bactérie reste une bactérie
femelle, mais va acquérir tous les caractères des gènes qui ont pu être transférés.

III.3. Transduction et conversion (Transfert grâce à un phage):
1) Définition :
La transduction est le transfert d'ADN bactérien par l'intermédiaire de bactériophages (ou phages). Ces
derniers sont des virus de bactéries, qui existent sous la forme virulente ou tempérée.
♦ Les phages virulents se multiplient dans la bactérie et la lysent.
♦ Les phages tempérés s'intègrent dans le chromosome bactérien sans induire la réplication et sont répliqués
en même temps que lui. Le bactériophage est alors appelé prophage et la bactérie qui en est porteuse, une
bactérie lysogène. Si, au cours de sa libération, le prophage emporte avec lui plusieurs gènes bactériens, il
peut y avoir transfert par le bactériophage de gènes bactériens d'une bactérie (lysogène) à une autre
(lysogène). C'est la transduction.
2) Le phage ou Bactériophage :
est une particule infectieuse de très petite taille (nm) capable d’infecter une bactérie pour y réaliser deux
cycles :

3) Caractères de la transduction
Incidence
La transduction est liée à l'existence de bactéries lysogènes, à Gram positif (staphylocoque, streptocoque,
Bacillus) ou à Gram négatif (entérobactéries, Pseudomonas).
4) Types de transductions ;
a)- Transduction généralisée ou complète :
Lorsque les gènes transférés (pas plus de 1 à 2 % du génome de la bactérie lysogène) s'intègrent dans le
chromosome de la bactérie réceptrice et que celle-ci les transmet à sa descendance.
b)- Transduction abortive :

Lorsque les gènes transférés ne sont pas intégrés dans le chromosome, ce qui est fréquent. Dans ce cas, les
gènes passent de la cellule mère à une seule cellule fille, etc... Il n'y a pas généralisation du caractère
transféré à l'ensemble des descendants.
c) La conversion lysogénique:
Dans certains cas, le génome du bactériophage apporte par lui-même un nouveau caractère très important
que la bactérie réceptrice ne possédait pas auparavant (exp. la sécrétion de la toxine diphtérique, ou la
présence de certains facteurs antigéniques).

2. Mise en évidence : Expérience de Zindet et Lederberg :
Conclusion :
Le transfert d’ADN bactérien par transduction a été très utilisé par les généticiens en raison de sa faible
fréquence (10-6), de son caractère partiel (1-2 % du génome bactérien) et de sa relative non spécificité. On
peut concevoir qu’elle a joué, plus que la trasformation mais moins que la conjugaison, un rôle important
dans l’évolution bactérienne.

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Département de Biologie

Cours de Microbiologie Générale

Pr. Boughribil Said

Faculté des Sciences et Techniques, B.P. 146 Mohammedia 28806 Maroc

Tel.: +212 5 23 31 47 05/08 | Fax : +212 5 23 31 53 53 | Email: fstm@fstm.ac.ma

Chap.1. Historique et introduction à la microbiologie générale.

Chap.2. Nature et étendu du monde microbien.

Chap.3. Classification des bactéries.

Chap.4. Morphologie et ultrastructure des bactéries.

Chap.5. A- Nutrition bactérienne.

Chap.6. Métabolisme bactérien.

Chap.7. Génétique bactérienne.

2 Pr. BOUGHRIBIL Said

I) Principales étapes de la microbiologie.

La découverte des microorganismes :

3 Pr. BOUGHRIBIL Said

4 Pr. BOUGHRIBIL Said

5 Pr. BOUGHRIBIL Said

6 Pr. BOUGHRIBIL Said

Modes de Portes d’entrées Moyens utilisés Exemples

voie digestive ingestion d’eau ou aliments Choléra, Typhoïde

voie cutanée Inoculation par Tétanos, surinfections de

voie sexuelle maladies sexuellement Syphilis, SIDA…..

C-2- : Les différentes étapes d’infection:

7 Pr. BOUGHRIBIL Said

LPS = constituant de la membrane externe des bactéries

8 Pr. BOUGHRIBIL Said

E: moyens de défense de l’hôte contre l’infection bactérienne:

9 Pr. BOUGHRIBIL Said

10 Pr. BOUGHRIBIL Said

b-4-. Mécanismes de résistance à l’antibiotique

11 Pr. BOUGHRIBIL Said

Produits laitiers Souches bactériennes utilisées

Le fromage Espèces les plus utilisées : Lactococcus (Lc) et de Lactobacillus (Lb).

12 Pr. BOUGHRIBIL Said

I- Les principes de la taxonomie.

C) Système binomial de nomenclature :

1ère lettre majuscule 1ère lettre minuscule

13 Pr. BOUGHRIBIL Said

2) Forme, Elévation et bord de la colonie ;

14 Pr. BOUGHRIBIL Said

15 Pr. BOUGHRIBIL Said

• Dénaturation par chaleur : ADN bicaténaire → 2 brins homologues ;

16 Pr. BOUGHRIBIL Said

17 Pr. BOUGHRIBIL Said

I) Les principaux groupes de micro-organismes:

♦ myxo = gélatineux, mucilagineux, gluant ;

II- Un troisième règne : Les Protistes.

18 Pr. BOUGHRIBIL Said

Végétaux Groupes contestés Animaux

II-1- Les différences entre les trois règnes :

Règnes Propriétés Exemples

II-2. Classification biologique actuelle (Contemporaine)

Eucaryotes Procaryotes Organismes non

19 Pr. BOUGHRIBIL Said

Structures cellulaires Eucaryote Procaryote

III- Principales Caractéristiques du règne des protistes.

20 Pr. BOUGHRIBIL Said

21 Pr. BOUGHRIBIL Said

♦ Incapables de produire seuls la moindre énergie ≠ Rickettsies ;

22 Pr. BOUGHRIBIL Said

23 Pr. BOUGHRIBIL Said

♦ Ils ne synthétisent pas la Catalase (-) ≠ Les Bacillus ;

24 Pr. BOUGHRIBIL Said