UNIVERSITÉ IBN ZOHR

FACULTÉ POLYDISCIPLINAIRE DE TAROUDANT

Département des Sciences et Techniques

Cours de Microbiologie Générale

Module : M20. Partie I.
Filière AGRO + SV (S3)

Responsable : Pr. M. SADIKI

Année Universitaire 2020-2021

 Chapitre I- Histoire de la Microbiologie

Microbiologie Générale
I. Introduction
La microbiologie est la science qui a pour objet l’étude des organismes microscopiques
appelés également microbes ou micro-organismes.
Elle concerne leur morphologie, leurs aspects physiologiques et fonctionnels, ainsi que
leurs interactions avec d’autres microorganismes et avec les autres êtres vivants.
Les micro-organismes constituent un groupe très diversifié, ils existent à l'état de cellule
isolée ou en groupe. Ils sont tous de petite taille et regroupent :
– Virus (acellulaires). Certains microbiologistes incluent les virus mais d'autres ne les
considèrent pas comme des êtres vivants
– Bactéries Procaryotes
– Champignons inférieurs
– Protozoaires Eucaryotes
– Algues

Les microorganismes possèdent des propriétés structurales et fonctionnelles fondamentales :

1- L’organisation cellulaire
Tous les microorganismes présentent une organisation cellulaire à l’exception des virus.
Cette organisation est simple chez les procaryotes (pas de noyau, ni d’organites cellulaires,
sont tous unicellulaires), et complexe chez les eucaryotes.
2- Unicellularité et invisibilité
Puisqu’ils sont unicellulaires, ils sont de petite taille et par conséquent, invisibles à l’œil nu.
3- Taille et volume cellulaire
Les microorganismes ont une taille variable : 0,5 à 1 mm de diamètre sur 3 à 5 mm de
longueur chez les bactéries ; 400 à 600 mm chez les amibes.
4- Potentiel métabolique et potentiel de reproduction élevés
Ils peuvent se développer soit à partir de matières minérales soit à partir de matières
organiques, et ils disposent de plusieurs moyens de se procurer l’énergie nécessaire.
5- Omniprésence et abondance
Les microorganismes sont présents partout dans la nature « Ubiquistes » : on les
trouve dans l’eau, l’air, le sol, à la surface des tissus accessibles…
En plus, ils constituent le groupe le plus abondant de tous les êtres vivants : >109 / g de sol
et ~109/ml dans le tube digestif.
N. B. Les microorganismes sont souvent utiles, parfois nuisibles, exceptionnellement
dangereux.

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Ils jouent plusieurs rôles : Industrie agroalimentaire, Cycles des éléments nutritifs,
Fonctionnement des écosystèmes, Maladies des animaux et végétaux.
II. Découverte des microorganismes
a- Rappels de la découverte de la cellule et théorie cellulaire

Robert Hooke (Physicien et astronome anglais : 1635-1703) a découvert la cellule, en 1665, en

examinant un morceau de liège, au moyen d'un microscope rudimentaire.

Il observa des cavités délimitées par des parois de cellulose qu’il a appelée : cellules

Dutrochet (1824) a énoncé : Les cellules sont des unités individuelles chez les êtres vivants.

La théorie cellulaire :

• Tous les êtres vivants sont constitués de cellules (au moins une seule).

• Toute cellule provient d'une autre cellule

• La cellule est l'unité de base des êtres vivants.

Un être humain contient environ 100 000 milliards de cellules (1014).

On connaît près de 200 types différents de cellules dans le corps humain.

Chaque type rempli une fonction précise (Cellules sanguines : transport d’O2 et réponse
immunitaire ; Cellules nerveuses : Transmission de l’influx nerveux ; cellules adipeuses :
sécrétion de toxines par la sueur ; C. squelettiques : contraction musculaire).

Certains êtres vivants sont constitués d'une seule cellule, exemple : Saccharomyces cerevisae
(levure), Paramécie, bactéries.

Dans ce cas, la cellule assure les différentes fonctions vitales :

- Nutrition et digestion : les aliments sont absorbés par phagocytose, digérés dans des vacuoles
digestives par des enzymes, les produits de digestion passent dans le cytoplasme.

- Métabolisme et Respiration : Les produits de digestion sont utilisés pour des synthèses
(anabolisme) ou des dégradations (catabolisme) ou oxydations (nécessite de l’O2 fournissant de
l’énergie).

- Excrétion des déchets du métabolisme (CO2, NH3,…)

- Reproduction et croissance

- Les fonctions de relation :

- Mobilité par des pseudopodes, cils, flagelles …

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- Sensibilité aux excitants mécaniques, thermiques, chimiques, lumineux.

b- Découverte des micro-organismes à la Fin du 17ième siècle,

Puisque les microorganismes sont invisibles à l’œil nu, on ignorait leur existence avant
l’invention du microscope.
Antonie Van Leewenhoock (1632-1723), a observé pour la première fois les
microorganismes grâce à la construction de microscopes simples :
• Une seule lentille biconvexe
• Un focal réduit
• Un grossissement de 50x à 300x.
Ainsi, il a observé les structures des embryons de plantes, des invertébrés, des hématies… et a
mis en évidence la présence de microorganismes dans une goutte d’eau de pluie (1673).
Il a révélé au monde scientifique : la grande diversité des microorganismes et la richesse
des milieux naturels (rivières, lacs, sols, salive...) en protozoaires, algues, levures et bactéries.

c- Fin du 19ième siècle : Développement de la microbiologie

Ce retard est du à un retard du développement des techniques de microscopie et des
techniques d’étude de micro-organismes
- Deux questions ont contribué au développement de ces techniques d’étude des
microorganismes et à la fondation de la science de la microbiologie
- L’existence de la théorie de la génération spontanée
- La nature des maladies contagieuses

- Ces deux questions ont été résolues dès la fin du 19ième siècle et la science de la
microbiologie a été établie comme une science solide distincte et en plein développement.

III. Controverse de la génération spontanée

Les micro-organismes sont ubiquistes (présents partout)
Question : D’où viennent ces micro-organismes ?

1- Théorie de la génération spontanée (= Abiogenèse)

Ils se forment brusquement à partir de la matière inerte (non vivante)
2- Théorie de la Biogénèse :
Un organisme vivant ne peut provenir que d’un autre organisme vivant.
Les partisans de cette théorie l’ont prouvé par plusieurs expériences.

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 Expérience de Lazarro SPALLANZANI (1750)

En scellant (fermant) à l’avance les flacons, puis les plaçant dans l’eau bouillante trois quarts
d’heures. Il suggéra que non seulement l’air transportait les germes dans l’infusion, mais aussi
qu’il était nécessaire à la croissance des germes déjà présents dans l’infusion. L’air chauffé
perdait son « pouvoir de vie »

Figure 1 : Expérience de Lazarro SPALLANZANI

Le chauffage empêche la multiplication des microbes dans les infusions.

Cette propriété est utilisée comme technique de stérilisation (pour la conservation des
aliments), à une condition : Empêcher l’air d’entrer en contact avec l’infusion (fermer)
 Expériences de Louis PASTEUR (1861)
Lors de sa première expérience, Louis Pasteur filtre l’air à travers un coton et observe le
contenu du coton. Il constate la présence de nombreuses particules ressemblant à des spores
végétales piégées par la ouate (flèche numéro 1). En prenant ce coton et en le déposant sur un
milieu nutritif il constate un développement de microorganismes (flèche numéro 2) (voire la
figure 2).

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Figure 2 : Première expérience de Louis Pasteur

Dans une autre expérience, il a constaté que :
* Un liquide organique (extrait de viande), après avoir bouilli suffisamment, demeure clair, si
le flacon est pourvu d’un tube long et sinueux.
* Le milieu se trouble si l’on brise le tube : il s’infecte par les microorganismes de l’air.

Figure 3 : Deuxième expérience de Louis Pasteur

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Toutes ces expériences ont prouvées la 2ème théorie (Un organisme vivant ne peut provenir
que d’un autre organisme vivant).
- John Tyndall : Médecin anglais (1820-1893) a démontré que la poussière porte réellement
les germes. Il a montré l’existence de formes bactériennes (Bacillus subtilis) résistantes à
la chaleur : thermorésistantes.
- Indépendamment, le botaniste Allemand Ferdinand Cohn (1828-1898) découvrit
l’existence d’endospores bactériennes résistantes à la chaleur.

- Tyndallisation : est un procédé de stérilisation par chauffage discontinu, c'est-

à-dire porter à température modérée à plusieurs reprises.
70°C(5’) 25°C (24h) 70°C (5’) 25°C (24h) 70°C (5’)
a b a b a

(a) Éliminer les formes thermolabiles.

(b) Permettre la germination des formes thermorésistantes (spores).

IV. Rôle des microorganismes dans la transformation de la matière

organique

Les infusions contaminées étaient modifiées dans leur composition chimique grâce à
deux principales réactions :
– La fermentation : décomposition des hydrates de carbone en alcool + acide
organique et gaz carbonique.
Saccharomyces cerevicae
Exemple : Sucre alcool + CO2.
– La putréfaction : Décomposition de la viande en acides aminés + amines
(odeurs désagréables).
V. Découverte de la vie en anaérobiose
Pasteur : Certains microorganismes ne se développent qu’en absence d’oxygène. Ce
sont les germes anaérobies. Exemple : Clostridium.

• Les organismes aérobies utilisent la respiration

Dégradation complète
Matière organique CO2 + H2O
Énergie

• Les anaérobies utilisent la fermentation

Dégradation incomplète
Matière organique molécules organiques.
Énergie

Croissance (fermentation) << croissance (respiration).

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VI. Découverte des substances antiseptiques

* 1840 : Anesthésie = grand progrès médical.

Mais la mort des malades par Septicémie (infection généralisée) était inévitable.
Lister (chirurgien anglais : 1827-1912) a montré que ce sont les microorganismes qui se
trouvent partout (air, outils, pansements …) qui causent les maladies et la septicémie.
* 1867 : développement de la chirurgie aseptique
Met en place les premières pièces d’opération aseptisées (instruments stérilisés par chaleur,
les pansements imbibés de phénols et vaporisation des phénols).

L’utilisation de l’alcool éthylique (solution désinfectante) a augmenté le pourcentage de

réussite des interventions chirurgicales.
Ce qui a apporté une preuve indirecte de l’implication des micro-organismes dans les
infections humaines.

VII. Rôle des micro-organismes dans les maladies

Robert Koch (1876) a isolé à partir du sang d’animaux attaqués par la maladie du
charbon des bâtonnets, Gram+, sporulés : Bacillus anthracis
Isolement Culture
Moutons charbonneux B. anthracis Inoculum

ré isolement Infection
expérimentale

Souris malades

Ainsi, il a déterminé le rôle éthiologique des microbes dans certaines infections

Ethiologie : est l’étude des causes d’une maladie.
Koch a énoncé les postulats de koch, permettant de distinguer qu’un micro-
organisme est responsable d’une maladie donnée :
1) On trouve toujours un micro-organisme spécifique lié à une maladie donnée
2) On peut isoler ce micro-organisme en culture pure, et il peut reproduire la
maladie expérimentalement lorsqu’il est inoculé en culture pure.
3) Il peut être ré-isolé à partir d’animaux expérimentalement infectés
Association des microorganismes aux maladies des plantes :
- 1878 : Burrill, feu bactérien : Erwinia amylovora
- 1888 : Beijerinck, symbiose rhizobium légumineuses

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- 1892 : Ivanowski a isolé le primer virus de Tabac.

VIII. Prévention et traitement des maladies
1- Vaccination : Immunisation
La vaccination est l’injection d’un vaccin (agent extérieur) dans un organisme vivant pour
produire un état de résistance (réaction immunitaire) contre une maladie infectieuse. Elle
permet une protection efficace, de longue durée surtout si on fait une hyper-immunisation
(rappels) : pour augmenter le taux d'anticorps ou de cellules spécialisées et leur durée de vie.
Un vaccin est une suspension de micro-organismes pathogènes (agents infectieux) tués
(inactivés) ou atténués, ou de sous unités de ces microorganismes ou de toxines
inactivées, utilisée pour produire une réponse immunitaire chez un individu contre ce
microbe. Le principe actif d’un vaccin est un antigène qui stimule le système immunitaire
d’un organisme. Il existe quatre types de vaccins selon leur préparation :
 agents infectieux (microorganismes pathogènes) tués ou inactivés
 agents infectieux (microorganismes pathogènes) atténués.
 Sous unités de microorganismes inactivées
 toxines inactivées.
2- Antisepsie (désinfection)
Les antiseptiques (Formol ; alcool éthylique, iode…) permettent de combattre ou
empêcher l’infection.
3- Chimiothérapie
Les agents chimiothérapiques sont des substances chimiques utilisées pour le traitement
(chimiothérapie) ou la prévention (chimioprophylaxie) des maladies.
Exemple : Mercure, Sulfamides, Antibiotiques (ATB)…
Un ATB est un métabolite d’un organisme, ou un dérivé produit par synthèse chimique,
qui en faible quantité inhibe certains micro-organismes (effet bactériostatique) ou les détruit
(effet bactéricide), par :
 Perturbation de la genèse ou des propriétés de la membrane cellulaire.
 Inhibition de la chaîne de transport des électrons
 Inhibition de certains processus de synthèse : des acides nucléiques, des protéines, des
constituants de la paroi (ex : peptidoglycane) ou de certains métabolites essentiels.
Exemples : La Pénicilline produite par Penicillium notatum (un champignon) ; la
Streptomycine produite par Streptomyces griseus (une Bactérie actinomycète), le
Chloramphénicol est un antibiotique de synthèse chimique.
Les antibiotiques sont définis par leur :

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 activité antibactérienne (spectre d'activité),

 toxicité sélective (mode d'action),
 activité en milieu organique (pharmacocinétique),
 bonne absorption et diffusion dans l'organisme.
On a cinq grands types (classés dans l’ordre d’importance croissante) (figure 4) :
- Inhibition de la synthèse des métabolites essentiels.
- Inhibition de la transcription et/ou de la réplication de l’ADN (novobiocine, rifampicine).
- Dénaturation de la membrane plasmique (polypeptides).
- Inhibition des synthèses protéiques (action bactériostatique) (streptomycine).
- Inhibition de la synthèse de la paroi.

Figure 4 : Mécanismes et cibles d’action des principales familles d’antibiotiques

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 Pouvoir pathogène

Le pouvoir pathogène d'un microorganisme est sa propriété de déclencher chez l'hôte des
troubles physiologiques (perturbation du métabolisme)
Il dépend de son pouvoir invasif (virulence : capacité à se répandre dans les tissus et à y
établir un/des foyers infectieux malgré les défenses immunitaires que celui-ci peut lui
opposer), et de son pouvoir toxicogène (capacité à produire des toxines).
Une toxine est toute substance toxique et antigénique élaborée par un microorganisme et qui
possède une activité spécifique sur des cibles précises de l'hôte.
Certaines bactéries sécrètent des toxines (exotoxines) dans les tissus qu'elles colonisent : ce
sont les toxines vraies. D'autres bactéries (Gram -) conservent en elles-mêmes la plus grande
partie des composés toxiques (les endotoxines), qui ne sont libérés qu’après lyse cellulaire.
Tableau comparatif des principales propriétés des toxines bactériennes
Propriétés Exotoxines Endotoxines
Relation cellule-toxine Liberées principalement hors de la cellule Font partie du corps cellulaire
Origine Principalement bacilles Gram+ Bacilles Gram-
En général des
Nature biochimique Protéines
Lipoplysaccharides
Solubilité Oui Non
Thermolabiles (sauf entérotoxine
Action de la chaleur Thermostables
staphylococcique)
Pouvoir toxique Très élevé Élevé
Pouvoir antigénique Très élevé Très élevé
Pouvoir vaccinant Très élevé Très élevé
Transformation en
Oui Non
anatoxines

 Une anatoxine est une toxine qui est traitée de manière à conserver son pouvoir
antigénique et perdre son pouvoir toxique. On s'en sert par exemple pour les vaccins. Il s’agit
en général d’une toxine inactivée par la chaleur ou par un traitement chimique. Exemple : la
culture bactérienne est incubée à 40°C, à un pH 7,8 à 8 en présence de formol, pendant 3 à 5
semaines (Procédé de Ramon).
 Une antitoxine est un anticorps produit au cours de la réaction immunitaire d'un
organisme infecté et victime d'une toxine.
 Une intoxination est une infection due à des germes exerçant un pouvoir toxique. Elle
est provoquée par l'ingestion de la toxine, sans qu'il y ait besoin de la présence du germe.
C'est le cas des phycotoxines produites par les algues unicellulaires (Dinophyta par exemple)
et qu'on retrouve dans les fruits de mer.
 Une toxi-infection est liée à la diffusion d'une toxine produite par des micro-
organismes se développant dans l'organisme.

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