Cours Microbiologie 2024 Gbe Lp1imsa

IMSA GBE
GENIE BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
Licence 1 : Module : MICROBIOLOGIE

Cours de Microbiologie générale
M. Sévérin MEDZEGUE
Biologiste Médical, MSc. Bactériologie-Virologie, PhD3 Microbiologie
Année Universitaire 2023-2024

Préalables
Préalables
Les bases de la biologie et de la biochimie élémentaire (nature et fonction des principales
macromolécules: protéines, glucides, lipides, métabolisme de base, membranes biologiques,
notions d'énergie
- bases de la biologie cellulaire: membranes, transports, compartimentation ;
- Les concepts de l'expression des gènes chez les bactéries et eucaryotes
Thèmes abordés
PARTIE I: LES MICROORGANISMES ET L’HUMAIN :
PARTIE II : LES AGRESSEURS MICROBIENS:
PARTIE III : CONTRÔLE ANTIMICROBIEN
PARTIE IV: LES MALADIES INFECTIEUSES
PARTIE V: ELEMENTS D’APPLICATION D’HYGIENE, SECURITE ET QUALITE EN MICROBIOLOGIE
Acquis d'apprentissage
Au terme de cet enseignement, l'étudiant est capable de:
- Définir une série de termes de base de la bactériologie et de la virologie
- Décrire les composants principaux des bactéries en distinguant bactéries Gram+ et Gram-
- Expliquer le mode d'action et la base de la spécificité d'un antibiotique ou d'une molécule anti-virale.
- Décrire les caractéristiques du monde microbien et les relations des microorganismes avec l’hote
- Expliquer les mécanismes de l’immunité microbienne,
- Décrire les différents microorganismes,
Modes d'évaluation
des acquis des étudiants
Toutes les parties sont à étudier pour l’examen:

Examen écrit composé d'une partie QCM, d'une partie de
question ouvertes à réponses courtes et d'une partie de
questions posées sous forme d'exercices en vue d'évaluer le
niveau de compréhension de l'étudiant.
Ressources
Reference bibliographique et ressources en ligne:
BROCK: Biologie des micro-organismes

ATLAS DE POCHE Microbiologie
Syllabus (texte + illustrations présentées au cours),
Site Web d'initiation à la virologie
http://www.virologie-UCLouvain.be
PROGRAMME DU COURS DE MICROBIOLOGIE
• PARTIE I: LES MICROORGANISMES ET L’HUMAIN :

L’ÉCOLOGIE MICROBIENNE
• 1-INITIATION A LA MICROBIOLOGIE;
• 2- DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN;
• 3- RELATIONS DES MICROORGANISMES AVEC L’HÔTE ET DES

MICROORGANISMES ENTRE EUX;
• 4- ÉTABLISSEMENT DE LA FLORE MICROBIENNE CHEZ L’HOMME.

• PARTIE II : LES AGRESSEURS MICROBIENS

• 1- LES BACTÉRIES;
• 2- LES VIRUS;
• 3- LES PARASITES;
• 4- LES CHAMPIGNONS MICROSCOPIQUES.
• PARTIE III : CONTRÔLE ANTIMICROBIEN
• 1- MOYENS D’ÉLIMINATION DES MICROORGANISMES :
• 2- TYPES DE CONTRÔLE ANTIMICROBIEN : SUR LE MICROORGANISME LUI-
MÊME
• PARTIE IV: LES MALADIES INFECTIEUSES
• PARTIE V: ELEMENTS D’APPLICATION D’HYGIENE, SECURITE ET QUALITE EN
MICROBIOLOGIE
▪ MICROBIOLOGIE ET QUALITE DANS LES INDUSTRIES AGROALIMENTAIRES
▪ MICROBIOLOGIE ET QUALITE DANS LES LABORATOIRES D’ANALYES MEDICALES
▪ LES METHODES CLASSIQUESDE CONTRÔLE QUALITE EN MICROBIOLOGIE
▪ CONTRÔLE MICROBIOLOGIQUE EN HYGIENE HOSPITALIERE
PARTIE I:
LES MICROORGANISMES ET L’HUMAIN :
L’ÉCOLOGIE MICROBIENNE
1. Initiation à la microbiologie; définitions, principales étapes
et découvertes de la microbiologie ;
2. Place des MO dans la classification du monde vivant ;
3. Composition et le rôle des flores microbiennes,
Objectifs du cours :
Connaitre les principales étapes et découvertes de la
microbiologie ;
Maitriser la place des MO dans la classification du monde
vivant ;
Maitriser la composition et le rôle des flores microbiennes.
Chp 1: INITIATION A LA MICROBIOLOGIE
• Objectifs du cours :
• Connaitre les principales étapes et découvertes de la microbiologie ;

• Connaitre les principaux microbiologistes.
1.1 GENERALITES SUR LA MICROBIOLOGIE
Microbiologie?
• La microbiologie (du grec "mikros" = petit, "bios" = vie,"logia"= théorie, science) est la science qui étudie
les micro-organismes (organismes microscopiques): bactéries (→bactériologie), virus(→virologie), parasites
(→ parasitologie), champignons (→ mycologie) et des relations avec leur environnement..
• Science fondamentale qui étudie la structure, la physiologie et l’écologie des microorganismes. Elle est
divisée en microbiologie générale et spéciale (particulère). La microbiologie générale étudie les lois générales
de la vie microbienne, la microbiologie spéciale examine les espèces et les types séparément.
Microorganismes?
Microorganismes: constitue un groupe extrêmement diversifié d‘organismes microscopiques. Ils se
distinguent les uns des autres par leur forme, leur taille et leur mode de vie. Leur taille est généralement
inférieure à un millimètre : ils doivent être observés au microscope (photonique ou électronique) et cultivés
dans des milieux permettant leur croissance et leur isolement.
1.1 GENERALITES SUR LA MICROBIOLOGIE
Microbe?
Le terme de microbe regroupe l’ensemble des micro-organismes capables de
se nourrir, de respirer, de se reproduire de façon autonome, ils forment un
ensemble d’organismes vivants microscopiques, invisibles à l’oeil nu.
Les branches de la microbiologie?

• La microbiologie est divisée en plusieurs branches, en fonction
du type de « microbe » étudié.
• On peut diviser tous les MO en eucaryotes et procaryotes.
• Les eucaryotes possèdent un noyau et beaucoup d’organelles
très organisés. Ce sont les protozoaires, les champignons et les
algues sauf les algues bleues-vertes.
• Les procaryotes n’ont pas de noyau. Ce sont les bactéries, y
compris les actinomycètes et les algues bleues-vertes ainsi que les
virus et les prions.
2. GENERALITES SUR LES MICROORGANISMES
Les micro-organismes sont ubiquitaires (très diversifiés), et retrouvés sur tous les types de surfaces : air, sol, eau,
etc. Les microbes sont également présents dans divers phénomènes de notre quotidien : production d’aliments,
alicaments, biofilms, croissance des végétaux, digestion des animaux, etc. Certains d’entre eux sont bénéfiques
et d’autres sont jugés néfastes (maladies).
Les microorganismes ont des propriétés communes : leur taille microscopique, et leur organisation simple. La
plupart sont unicellulaires (composés d’une seule cellule : bactéries, protozoaires, levures, algues unicellulaires),
mais si ils sont pluricellulaires (Moisissures, algues pluricellulaires), alors leurs cellules sont équivalentes ou
identiques (indifférenciées), sans aucune différence morphologique, physiologique ou fonctionnelle (pas
d’organes et de tissus différenciés). Certains microorganismes peuvent même être acellulaires (Ils n’ont pas de
cellule : virus).
Les microorganismes peuvent se différencier également par la nature du noyau : ils peuvent être acaryotes (sans
noyau : virus), procaryotes (noyau primitif ou nucléoide : bactéries) ou eucaryotes (vrai noyau : protozoaires,
algues microscopiques, champignons microscopiques). Ils se composent donc : des bactéries
(Bactériologie), des protozoaires (Parasitologie), des champignons (Mycètes) microscopique (Mycologie), des algues
(Phycologie), mais également des virus (Virologie), dont l’absence de structure cellulaire, de métabolisme et de croissance fait
qu’on ne peut les considérer véritablement comme des êtres-vivants.
3. IMPORTANCE DU MICROSCOPE EN MICROBIOLOGIE
3.1. La microscopie optique
La mise au point du premier microscope qui utilise un rayonnement lumineux par Antony Van Leeuwenhoek au
cours du XVIIe siècle marque le point de départ de la microbiologie. Le microscope photonique a été
constamment amélioré depuis, et atteint actuellement des grandissements pouvant aller jusqu’à 2500 (1000
étant l’utilisation courante) et permet d’observer des structures dont la taille est de l’ordre de 1μm. Le pouvoir
de résolution reste cependant limité ; pour révéler des éléments d’une taille de 5 à 10 nm, on fait appel à la
microscopie électronique.
3. IMPORTANCE DU MICROSCOPE EN MICROBIOLOGIE
3.2. La microscopie électronique

Le microscope électronique utilise la propriété des différentes structures de
retenir ou de laisser passer un faisceau d’électrons. Cette technique exige
une préparation préalable du matériel cellulaire (fixation). Il existe deux types
de microscopes électroniques :
Le microscope électronique à transmission (MET) qui peut donner des
détails sur le contenu des cellules.
Le microscope électronique à balayage (MEB) qui permet d’obtenir

des images en « relief » de la cellule bactérienne.
4- Historique
L'histoire de la microbiologie s'est clairement développée en trois phases:
La première phase -17ème et 18ème siècles-
Le drapier hollandais Antony Van Leeuwenhoek (1632-1723), est
l'homme clé de cette période. Il est connu comme l'inventeur du microscope et le
découvreur des «animalcules»,
La remise en cause de la notion de la génération spontanée,
La deuxième phase -19ème siècle-
Pasteur (1822-1895) et Koch (1843-1910) ont mis en évidence le rôle des micro-
organismes –appelés encore microbes– comme:
agents de la fermentation des aliments (fermentation lactique, f. alcoolique, f. butyrique)
agents de certaines maladies,
chute de la théorie de la génération spontanée),
La troisième phase -20ème siècle-
Il y a longtemps: microbiologie = étude des microbes
Actuellement: microbiologie = étude de tous les micro-organismes
(les algues, les protozoaires, les champignons et les bactéries),
la microbiologie se spécialisa dans trois domaines principaux :
la physiologie, la biochimie et la génétique. (naissance de la génie
génétique et biotechnologie).
4- Historique
• Les étapes de la microbiologie:
•1. Civilisation ancienne (Antiquité)- Hippocrate, Fracastoro et d’autres.
•2. Etape morphologique- Antoni van Leeuwenhoek
•3. Etape physiologique- Louis Pasteur, Ivanovsky, Robert Koch.
•4. Etape immunologique- Louis Pasteur, Jenner, Erlich, Métchnikov, Petrov,
Vorobiev.
•5. Etape moléculo-génétique (1944)
Essor de la microbiologie pendant la 2ème moitié du
• Les grandes découvertes de la microbiologie: XIXème siècle avec les travaux de Louis Pasteur (travaux sur
les fermentations, mise au point de la vaccination...), Robert
Koch (postulats de Koch permettant de démontrer qu'un
micro-organisme est responsable d'une maladie), Iwanowski
(découverte des virus en 1892)...
4- Historique
• Les grandes découvertes de la microbiologie:
•Antonie Van Leeuwenhoek (1632-1723) observe et • En 1884, Hans Christian Gram (1853-1928) développe une
décrit en 1676 des MO grâce à un microscope qu’il a technique de coloration qui est encore aujourd’hui la plus utilisée
lui-même construit. Il emploie le terme « animalcules » dans l'étude et la classification des bactéries.
pour qualifier les diverses formes présentes dans des • La première édition du manuel de Bergey est publiée en 1923.
échantillons d’eau, des décoctions de foin ou dans la • En 1928, Griffith découvre la conjugaison bactérienne.
salive. • En 1929, Fleming découvre la pénicilline.
•• En 1857, Louis Pasteur (1822-1895) démontre que • En 1952, Zinder et Lederberg découvrent la transduction
la fermentation du sucre en acide lactique est due à un généralisée.
MO. Il participe à la remise en cause de la théorie de la • En 1961, Jacob et Monod proposent le modèle de l’opéron pour
génération spontanée (apparition d’organismes la régulation des gènes.
vivants à partir de matière non vivante). ==> Utilisation empirique (qui s'appuie sur l'expérience et non pas
•• En 1876, Robert Koch (1843-1910) démontre que le sur des données scientifiques et rationnelles) des MO dès la
charbon est dû à Bacillus anthracis. Il cultive des Préhistoire pour la production et la conservation des aliments (ex:
bactéries sur de la gélatine, puis découvre l’agent de la vin, fromage...).
tuberculose (le bacille de Koch : Mycobacterium ==> Découverte du microscope par Van Leeuwenhoek à la fin du
tuberculosis). 17ème siècle (loupe constituée d'une lentille biconvexe) qui
permit d'observer les MO ("animalcules").
Les postulats de Koch sont publiés pour la première Iwanowski (découverte des virus en 1892)...
fois en 1884.
THEORIE DE LA GENERATION SPONTANNEE
Le concept ou théorie de la génération spontanée existe depuis plusieurs dizaines de
siècles. Le philosophe Aristote défendait cette théorie.
On croyait que les organismes vivants naissaient de végétaux et d’animaux en décomposition
grâce à une mystérieuse force vitale.
Après la découverte des animalcules par Van Leeuwenhoek, cette théorie se confirma,
notamment par les expériences de John Needham, en 1745, qui démontra la croissance des
micro-organismes dans des flacons contenant des bouillions de viande ou de maïs.
Ces bouillons furent chauffés avant d’être enfermés dans des flacons. Puis, Lazzaro
Spallanzani démontra que les flacons de Needham n’étaient pas étanches. Il ferma les
flacons avant le chauffage et aucune croissance ne fut observée.
Donc, les micro-organismes proviennent de l’air. Ses travaux furent critiqués par Needham
(les bouchons ont empêché l’entré de la force vitale !) et par Lavoisier (La fermeture des
flacons empêche l’entrée de l’oxygène, nécessaire à la vie !).
Le concept de la génération spontanée resta très ancré dans les esprits jusqu'en 1861. Le
chimiste Louis Pasteur, partisan de la biogenèse prit en charge cette question. Il montre
qu'aucun micro-organisme ne se développe dans un ballon fermé et stérilisé contenant de la
matière organique. Bref, que la génération spontanée n'existe pas. Il affirma la biogenèse
(que l’apparition de vie dans une solution non vivante provient de la contamination par des
micro-organismes présents dans l’air). Cette prouesse lui vaudra le prix de l'académie des
sciences en 1862.
LES POSTULATS DE KOCH
La relation directe entre une bactérie et une maladie a été démontrée par le médecin
allemand Robert Koch (1843-1910) en étudiant la tuberculose et son agent Mycobacterium
tuberculosis.
Pour affirmer cette causalité, il faut vérifier plusieurs critères rassemblés sous le nom de «
Postulats de Koch ».
1-Le micro-organisme doit être présent chez tous les sujets malades, et absent chez les sujets
sains;
2-Le micro-organisme doit être isolé et cultivé en culture pure ;
3-A partir de ces cultures pures on doit être en mesure de provoquer la maladie par
inoculation expérimentale ;
4-Le même micro-organisme doit être de nouveau isolé des malades expérimentaux.
Chp2: PLACE DES MICROORGANISMES DANS LE MONDE VIVANT
Depuis leur découverte par Anthony Van

Avant la découverte des microorganismes, Leeuwenhoeck, la place des MO dans le monde vivant
les organismes vivants a beaucoup évoluée. Le botaniste suédois Carl van
Linné (1735), élabora une première classification des
étaient classés en deux règnes organismes vivants en deux règnes Plantae et Animalia.
En 1857, Karl van Nägeli proposa de classer les
bactéries et les champignons dans le règne des Plantes.
Règne Animal Règne végétal
* Organismes multicellulaires *Organismes multicellulaires
* Pas de paroi cellulaire. * ayant une paroi squelettique.
* Hétérotrophes par ingestion *autotrophes (photosynthèse)
* Pas de chloroplastes *Cellules avec chloroplastes
* Capables de se déplacer (chlorophyle)
* Toutes les espèces se * Incapables de se déplacer
reproduisent sexuellement.
1. PLACE DES MICROORGANISMES DANS LE MONDE VIVANT
Après la découverte des MO, les scientifiques ont essayé de
les classer parmi les deux règnes.
- Ceux ayant des caractères proches des végétaux
(photosynthétiques, immobiles…) règne végétal
- Ceux ayant des caractères proches des animaux

(non photosynthétiques, mobiles….) règne animal
Mais, certains microorganismes ne ressemblaient ni aux
animaux, ni aux végétaux
Euglène = protozoaire
Ayant de la chlorophylle
Nécessité de créer un nouveau système de classification comprenant les MO

2- CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE DES MICRO-ORGANISMES
• Notre planète est âgée d’environ 4.6 milliards d’années.
• Les premiers procaryotes datent d’au moins 3.5 à 3.8 milliards d’années.
• Des restes fossiles ont été découverts dans les stromatolithes et les roches sédimentaires.
• Les cellules eucaryotes modernes auraient dérivé des procaryotes voici environ ~ 1.4 milliard d’années.
• Les théories actuelles concernant la classification des êtres vivants sont principalement basées sur la
caractérisation de séquences d’ARNr (Études de Carl Woese et al. dans les années 1970).
2- CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE DES MICRO-ORGANISMES
Classification des MO : = attribution de chaque microorganisme à une catégorie d’êtres vivants déjà
existants.
1) Classification de Haeckel
En 1866, Haeckel proposa la création d’un troisième règne qui comprendrait

les microorganismes c’est le règne des Protistes
3 règnes
Règne des Règne des Règne des Protistes

animaux végétaux ( Bactéries, Cyanobactéries, algues, protozoaires,
champignons)
NB : les virus ne rentrent pas dans ce cadre, ce sont des organismes non cellulaires
L’observation de l’ultrastructure des protistes a montré l’existence de certaines
différences au sein de ce règne, ce qui a engendré l’appellation suivante :
Règne des protistes
Protistes inférieurs Protistes supérieurs

= =
Bactéries + Algues + mycètes + protozoaires
Cyanobactéries
* Absence de membrane autour * Possèdent un véritable noyau

du matériel nucléaire bien délimité par une membrane
Procaryotes Eucaryotes
2) Classification de Whittaker
En 1969, Whittaker a proposé une classification selon 5 règnes
Règne des Règne des

protistes Monères
Règne des Règne animal

mycètes
Règne végétal
Les principaux règnes et les trois domaines du monde vivant
Tableau avec d’autres classifications
Haeckel Whittaker Woese (1977) Cavalier - Consensus ? Woese (1990)

(1894) (1969) Six règnes Smith (1981) Trois domaines
Trois règnes Cinq règnes 8 règnes
Protiste Monera Eubacterie Eubactérie Bactérie Bactérie
(Bacteria)
Archéobactérie Archéobactérie Archée Archées Procaryotes
(Archaea)
Protiste Protiste Archéozoaire Eucaryote
Protozoaire Protozoaire (Eucarya)
Chromiste Chromiste
Champignon Eucaryotes
Champignon
Végétal Champignon Champignon
Végétal Végétal Plante Plante
Animal Animal Animal Animal Animal
Règnes pouvant contenir

des microorganismes
Classification Génomique selon , CR, Woese (1978)
• Le développement des
techniques de biologie
moléculaire a permit de
caractériser les gènes qui codent
pour les ARN ribosomaux
(ARNr).
• En comparant une multitude de
séquences d’ARNr 16S,
appartenant à divers organismes
vivants, il est arrivé à diviser les
organismes vivants en trois
domaines.
• Le domaine des Bacteria ou
Eubacteria, le domaine des
Archaea et le domaine des
Eucarya (animaux, plantes, les
mycètes et les protistes).
Arbre phylogénétique universel
Les systèmes actuels classent les microorganismes en deux grands groupes
Eucaryote - cellule Eucaryote - cellule
Procaryote - bactérie
animale végétale
Définitions
Procaryote
« pro » = primitif, avant
« karyote » = noyau
Ces organismes n’ont pas de véritable noyau, leur matériel génétique est
organisé sous la forme d’un nucléoïde. Ils se divisent par fission binaire.
Les procaryotes comprennent deux règnes :
- les archées : bactéries vivant dans des conditions extrêmes

- les bactéries sensus stricto : la majorité des bactéries qui se trouvent
dans notre environnement
Définitions
Eucaryote
« eu » = vrai, « karyote » = noyau
Ces organismes possèdent un vrai noyau, c’est-à-dire que leur matériel

génétique est organisé au sein d’un organite intracellulaire délimité par
deux membranes. Ils se divisent par mitose et souvent aussi par méïose.
Les eucaryotes comprennent:

les protozoaires, les algues, les champignons, les animaux et les végétaux.
1.3.2 Comparaison entre cellules eucaryote et procaryote
Tableau 1: Les caractères différentiels entre la cellule
eucaryote et la cellule procaryote.
Structure cellulaire eucaryote procaryote
Taille 2 - 20 µm 0,3 - 2,5 µm
Presque toujours présente
Pas chez tous les protistes Polymère caractéristique :
Paroi
Pas de glycopeptide peptidoglycane
Constituants spécifiques
présence absence
Noyau
plusieurs chromosomes un seul chromosome
Nucléole présence absence
Membrane nucléaire présence absence
Mitochondrie présence absence
Lysosome présence absence
Appareil de Golgi présence absence
Réticulum endoplasmique présence absence
présence
Ribosome Ribosomes libres
association au RE rugueux
Asexuée (mitose)
Reproduction Asexuée
Sexuée (méiose)
1.3.3 Caractéristiques des principaux groupes des microorganismes
Les Virus
- Taille : 0,015 à 0,2 µm

- Parasites obligatoires
- Visibles seulement au microscope électronique
- Causent maladies chez l’homme, plantes, animaux et infectent d’autres microorganismes
Les bactéries
- procaryotes unicellulaires (diamètre = 0,5 à 1,5 µm)

- Structure simple
- peuplent tous les milieux
- ont un fort pouvoir de génération : en moyenne, une bactérie peut se diviser toutes les 20 minutes.
- Certaines sont pathogènes, d’autres utiles
1.3.3 Caractéristiques des principaux groupes de microorganismes
Les cyanobactéries
-Taille : 5,0 à 15 µm
- Procaryotes unicellulaires
- Structure comme les bactéries
- contiennent de la chlorophylle
- utilisées comme nourriture d’animaux aquatiques
- contribuent à la formation du sol
Les mycètes
Les levures Les moisissures

- Eucaryotes pluricellulaires (2 à10 µm
- Eucaryotes unicellulaires (5 à 10 µm) de diamètre
- Culture en laboratoire comme les - Culture en laboratoire
bactéries - décomposent la matière
- Production de boissons alcooliques - utiles en fabrications industrielles (pénicilline)
- supplément nutritif - Pathogènes des hommes, animaux et plantes
- certaines sont pathogènes
1.3.3 Caractéristiques des principaux groupes de microorganismes
Les protozoaires
- Taille : 2 à 200 µm
- Eucaryotes unicellulaires
- culture en laboratoire ou parasites intracellulaires
- sources de nourriture pour les animaux aquatiques (ex : Entamoeba histolytica).
- certains sont pathogènes
Les algues
-Taille : 1 µm à plusieurs mètres
- Eucaryotes unicellulaires et multicellulaires
- la plupart sont aquatiques
- photosynthétiques (chlorophylle) ex : Trypanosoma brucei).
- source de nourriture dans les milieux aquatiques
- suppléments alimentaires
- source de gélose pour la microbiologie
- certaines produisent des toxines
Exemple d’abondance des microorganismes dans le sol
Taille Concentration Régime alimentaire
Nématodes 0,1 à 5 mm 106 à 108/m2 Champignons, bactéries, cellules de végétaux
Lombrics 3 à 30 cm 10 à 103/m2 Résidus de végétaux, champignons, bactéries
Arthropodes > 1 mm Carnivores ou phytophages
Micro arthropodes < 1 mm 103 à 104/m2 Résidus de végétaux, algues, champignons,

bactéries
Protozoaires 0,2 mm 103 à 105/g de sol Algues, champignons, bactéries, débris
organiques
Algues cellulaires 0,2 mm 102 à 104/g de sol Arthropodes
Bactéries 0,01 à 0,05 108 à 109/g de sol Matière organique

mm
Champignons 50 à 250 hyphes/g de sol Parasite ou symbiote endo et ecto mycorhizes
D’après Chaussod,
1996.
1.3.4 Taxonomie et nomenclature des microorganismes
Taxonomie = science de classification des organismes dans des groupes appelés Taxons.
= Arrangement ordonné d’unités dans des groupes plus grands.
Mais, avant leur arrangement systématique, il faut nommer et

Identifier les microorganismes
Nomenclature : C’est l'ensemble des règles qui président à l'attribution d'un nom à
chaque taxon .
Les nomenclatures scientifiques sont des noms latins ou latinisés

Identification = donner une identité à un microorganisme inconnu en
le comparant aux microorganismes connus
Il existe différents systèmes de classification
Systèmes de classification
Système de classification Des bactéries
Des animaux
Adopté en 1947 par l’association
Système de classification Internationale des sociétés
Microbiologiques.
Des végétaux C’est le code international de
Nomenclature des bactéries
Les premiers modèles de classification ont été crées par Linné en 1750
* Chaque système de classification présente une unité de base = Espèce
Définition de L’espèce biologique

=
C’est l’unité de base de tout système de classification
=
C’est un groupe d’organismes très apparentés, différents
des autres groupes d’organismes et capables de se
croiser entre eux.
Cette définition n'est pas applicable aux procaryotes (bactéries).
En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et par l'ensemble des
souches considérées comme suffisamment proches de la souche type pour être
incluses au sein de la même espèce .
Cette dernière définition repose sur un ensemble de caractères
- caractères morphologiques
- Aspects tinctoriaux
- Types trophiques
- métabolisme
- Critères immunologiques
- Critères pathologiques
* Un système de classification biologique est aussi basé sur une
hiérarchie taxonomique
Les échelons hiérarchiques sont :
Espèce = groupe de microorganismes présentant en commun le plus

grand nombre de caractéristiques semblables.
Genre = un groupe d’espèces semblables
Famille = un groupe de genres semblables
Ordre = un groupe de familles semblables
Classe = un groupe d’ordres semblables
Embranchement = un groupe de classes semblables
Règne = tous les organismes de cette hiérarchie

Exemple de structure hiérarchique des taxons
Rang Exemple
Règne Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe γ-Proteobactéries
Ordre Enterobactériales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia
Espèce Escherichia coli
DIVISIONS HIERARCHIQUES DES MICROORGANISMES
En biologique, les niveaux hiérarchiques ou rangs taxonomiques de la classification scientifique du monde

vivant forment les étages ou les niveaux accueillant les taxons de la systématique d'un groupe donné
d'animaux, de plantes, de champignons, de bactéries ou d’archéobactéries. Classiquement, on retrouve 7
rangs principaux :
• Parfois on trouve d’autres subdivisions
(Sous-classe , Sous-ordre , Sous-famille, Sous-genre , Sous espèce )
Pseudomonas syringae pathovar Corynebacterium afermentans sous-espèce

Savastanoi lipophilum
Domaine ou empire "Bacteria " "Bacteria "

Phylum ou division "Proteobacteria " "Actinobacteria "
Classe Gammaproteobacteria Actinobacteria
Sous-classe aucune Actinobacteridae
Ordre Pseudomonadales Actinomycetales
Sous-ordre Pseudomonadineae Corynebacterineae
Famille Pseudomonadaceae Corynebacteriaceae
Sous-famille aucune aucune
Genre Pseudomonas Corynebacterium
Sous-genre aucun aucun
Espèce Pseudomonas syringae Corynebacterium afermentans
Sous-espèce aucune Corynebacterium afermentans subsp .

lipophilum
Rang hiérarchique inférieur à la sous- Pseudomonas syringae pv. aucun
espèce Savastanoi
Nomenclature binomiale
* Les microorganismes sont nommés selon les règles du système binomial de
Linné (1750).
* Le nom de chaque microorganismes est formé par deux fragments :
- le premier = le nom du genre, - le second = qualificatif = nom descriptif,
sa première lettre en majuscule première lettre en minuscule
* Les deux termes sont en latin

* Ils forment le nom scientifique de l’espèce
* Ils s’écrivent toujours en italique
Exemple : Escherichia coli
Staphylococcus aureus
* Quand on nomme et on classe un microorganisme, il constitue une référence
* Il existe des collections de microorganismes classés (Bergey’s manual…)
* La taxonomie microbienne est un domaine dynamique et non statique

Chp3- RELATIONS DES MICROORGANISMES AVEC L’HÔTE ET DES
MICROORGANISMES ENTRE EUX
• Objectifs:
• Connaitre les relations des MO avec l’ hôte et entre eux, notions de:
• Saprophytisme;
• Commensalisme;
• Symbiose;
• Parasitisme,
• Flore microbienne;
• Flore résidente;
• Flore transitoire ou épisodique;
• Flore barrière;
• MO pathogène;
• MO non pathogène;
• Rapports de force entre les microorganismes et l’hôte.
INTRODUCTION
• Les micro-organismes sont ubiquitaires, ils sont présent dans tous les écosystèmes :
• Dans les mers et les océans, ils constituent la biomasse (base du 1er échelon de la chaine alimentaire) qui nourrit
l’ensemble de la faune marine.
• Dans le sol, ils jouent un rôle dans la décomposition de la matière organique, la fourniture de l’azote assimilable aux
plantes, la minéralisation de la matière organique.
• Les micro-organismes participent activement aux équilibres gazeux de l’atmosphère, en étant à la fois producteurs et
consommateurs, d’O2, H2, N2 CO2, CH4.
• Le long de l’appareil digestif : Tapissé des bactéries très utiles à notre bien-être digestif, car procurent les enzymes
nécessaires à la digestion de certains aliments. De plus, elles évitent que d’autres MO dangereux colonisent le tube
digestif et ne nous rendent malades. La majorité d’entre elles sont apportées à la naissance par la mère, puis, par
l'environnement et la nourriture. Tout au long de la vie, les populations évoluent.
• Les micro-organismes établissent donc des relations étroites avec les êtres vivants.
• Seule une très faible proportion de ces M.O. associés à l'homme ou aux animaux est capable de produire chez eux des
effets pathologiques ou une maladie infectieuse.
• On peut alors les classer en 2 catégories :
- M.O. non pathogènes,
- M.O. pathogènes.
1. M.O. non pathogènes:
notions de saprophytisme, commensalisme, notion
de symbiose
• Saprophytisme et commensalisme
• Le saprophytisme désigne un mode de vie au cours duquel les micro-
organismes vivent sur des matières organiques en décomposition, dans
l'environnement de l'homme.
• Par extension, on appelle saprophytes les micro-organismes vivant chez l'homme, sans
provoquer de troubles. Ces MO saprophytes, adaptés à l'homme, constituent la flore
commensale ou microbiote (du latin "mensa" : table → qui mange à la même table
que d’autres).
1. M.O. non pathogènes: notions de
saprophytisme et commensalisme, notion de
symbiose
• Le commensalisme
• Dans ce type de relation, le microorganisme tire un bénéfice de son hôte,

sans lui nuire pour autant. Les bactéries vivant sur la peau, au niveau de
l’oropharynx, de l’appareil génital ou dans le tube digestif (figure 18) sont
des bactéries commensales.
Les différentes flores microbiennes chez l’Homme
• La symbiose est une association durable et réciproquement profitable entre deux
organismes vivants.
• La symbiose peut associer des organismes très différents :
• 1) Deux animaux. Par exemple, les pique-bœufs sont des oiseaux d'Afrique qui mangent les
parasites des buffles : l’oiseau se nourrit, et le buffle est débarrassé des insectes qui le dérangent.
2) Un végétal et un champignon. Par exemple, le lichen est une union entre une algue
microscopique et un champignon.
3) Un animal et un végétal. Par exemple, quand elle vient chercher du nectar, l’abeille peut
emporter du pollen qu’elle transporte jusqu’à une autre fleur. Ainsi, l’abeille se nourrit et la fleur
peut se reproduire.
4) Une bactérie et un animal (par exemple les bactéries présentes dans le système digestif des
herbivores et de l’homme) ou une bactérie et un végétal…
• De nombreuses bactéries vivent en symbiose avec l’homme et constituent les flores

de l’organisme. On distingue :
• La flore résidente : ensemble des micro-organismes implantés de façon permanente. Flore
résidente = flore commensale = flore saprophyte
• La flore transitoire : ensemble des micro-organismes "de passage", acquis au contact des
personnes, des surfaces ou objets touchés au cours des gestes quotidiens. Elle est surtout
importante au niveau des parties découvertes, notamment les mains.
Flores Composition Rôles
-Streptocoques Protection des muqueuses contre les
-Neisseria espèces pathogènes
Oropharyngée -Staphylocoques
-Corynébactéries
-Anaérobies
Flore résidente Flore transitoire Protection contre les espèces
-Corynébactéries -Entérobactéries pathogènes
-Microcoques - Pseudomonas: de l'environnement.
-Streptocoques - Streptocoques du groupe A
-Bacillus - Enterococcus
Cutanée
-Coliformes - Staphylococcus aureus
- Candida albicans : chez les sujets
immunodéprimés ou diabétiques
- Spores de Bacillus et Clostridium:
proviennent de l'environnement.
-Bactéries anaérobies essentiellement -Protection contre les espèces
-Entérobactéries, entérocoques, staphylocoques… pathogènes
Intestinale -Apport de vitamines
-Dégradation de substrats→aide à la
digestion
-Féminine : Lactobacillus essentiellement, anaérobies Protection contre les espèces
Génitale
-Masculine : Staphylocoques, microcoques, streptocoques, corynébactéries pathogènes
A propos des Lactobacillus (bacilles de Döderlein) de la flore vaginale…
• Ils inhibent la prolifération des espèces pathogènes grâce à des mécanismes très variés :
• Le pH du milieu vaginal : en métabolisant le glycogène emmagasiné dans les cellules de l’exocol utérin (sous l’influence des œstrogènes), les lactobacilles
produisent de l’acide lactique. Cet acide produit permet le maintien du pH du milieu vaginal entre 4 et 4,5 ; cette acidité joue un rôle bactériostatique empêchant la
prolifération de la plupart des germes vaginaux pathogènes excepté Candida albicans.
• La sécrétion de peroxyde d’hydrogène par les lactobacilles : par son effet oxydatif, le peroxyde d’hydrogène joue le rôle de puissant inhibiteur de la prolifération
des germes pathogènes anaérobies stricts en inhibant l’implantation de ces germes, en particulier Gardnerella vaginalis.
• La sécrétion des bactériocines : ce sont des dérivés protéiques produits par les lactobacilles ; ils sont capables de se fixer et de déstabiliser la membrane
cytoplasmique des germes en formant des pores.
• L’arginine désaminase : les lactobacilles produisent cette enzyme, qui en métabolisant l’arginine, prive les germes pathogènes de cet acide aminé nécessaire à
leur croissance et leur prolifération.
• Inhibition de l’adhésion des germes pathogènes : en adhérant à la surface de la muqueuse vaginale, le biofilm constitué par la flore vaginale joue le rôle de
barrière limitant l’adhésion des germes pathogènes.
La capacité des lactobacilles à adhérer de façon spécifique à la fibronectine renforce l’efficacité du biofilm protecteur. Cette capacité est plus forte dans les milieux
à pH acide, comme c’est le cas dans le milieu vaginal normal.
• Les lactobacilles produisent aussi des biosurfactants, en particulier la surfactine, un inhibiteur d’adhésion de certains germes pathogènes comme E.coli,
et Candida albicans.
• La flore vaginale joue aussi le rôle de la première ligne de défense immunitaire vaginale en stimulant les défenses pré-immunitaires grâce aux antigènes de
surface des micro-organismes composant cette flore.
Ces différentes situations sont en fait liées à un équilibre. Si celui-ci est rompu, les bactéries profitent de l’opportunité pour envahir l’hôte et
provoquer une maladie. Elles sont alors qualifiées de bactéries opportunistes.
• Le parasitisme
• Les microorganismes parasites vivent au dépend d’un autre organisme vivant. Le parasite tire
profit de cette association.
• L’établissement des liens peut satisfaire des besoins nutritionnels ou réaliser des conditions de vie
optimales.
• L’hôte parasité peut être indifférent : commensalisme, souffrir : pathogènicité ou tirer profit de
l’association : symbiose
• La notion de porteur sain
• Un porteur sain* est un individu qui héberge le microorganisme pathogène sans présenter les
symptômes de la maladie. Par contre, il présente un danger car il peut transmettre et contaminer
d’autres personnes ou des aliments (dissémination).
• Ex : le staphylocoque doré est présent dans la gorge, le nez de nombreux
porteurs sains qui contaminent sans le savoir l’environnement. Ceci explique le
dépistage* de ce microbe chez les cuisiniers. Il existe aussi un portage sain à
salmonelle dans l’intestin de certains individus et de certains animaux (les
coquilles d’œufs, le lait et la viande de ces animaux sont contaminés)
TRAVAUX DIRIGES SUR LES FLORES MICROBIENNES.
• Objectif 1 : définir flore, flore résidante, flore transitoire et flore commensale.
• Flore : La flore ou population microbienne est l’ensemble des espèces microbiennes qui vivent dans un milieu appelé réservoir
• Flore commensale : ou inoffensive. Ce sont les MO vivant sur l’hôte sans lui causer de troubles.
• Flore résidante : ou permanente. Ce sont des MO présents de façon permanente à la surface de la peau. Ces MO sont
généralement abondants, dépourvus de rôle pathogène tant qu’ils restent dans leur habitat normal.
• Ex : résidantes de la main : Staphylococcus epidermidis
• La fore résidante ne peut pas être éliminée en totalité par un nettoyage même par les antiseptiques. Seul le port de gant est susceptible de réduire les
contaminations par la flore résidante de la peau.
• Ces flores sont combattues dans les services hospitaliers à très haut risque infectieux.
• Flore transitoire : ou flore inconstante ou touristique. Ces micro-organismes peuvent souvent être pathogènes ou opportunistes.
Cette flore est peu abondante comparativement à la flore résidante.
•
• Ex : Staphylococcus aureus, entérobactéries sont les représentants les plus fréquents.

• Ces micro-organismes sont les plus dangereux pour la sécurité des personnes à l’hôpital où les infections à germes opportunistes sont redoutées, mais ils sont
plus faciles à éliminer même par un lavage simple
• Objectif 2 : indiquer les sources et la nature des principales flores microbiennes
• Flore du sol : le sol renferme une infinité de MO utiles dans la nature. Mais ces MO déposés par les chaussures des
visiteurs peuvent se révéler dangereux pour la santé des usagers. Ex : Aspergillus, Candida albicans.
• Flore de l’eau : La qualité de l’eau peut être altérée par la présence de biofilm : accumulation
régulière de MO adhérant aux surfaces inertes telles que les canalisations ou les siphons. La
stagnation de l’eau favorise le développement de germes.
ex : Legionella pneumophila, entérobactéries…
• Flore de l’air : la flore de l’air rassemble les MO de l’air qui proviennent du sol, de l’eau et les
MO de l’air confiné qui sont issus des voies respiratoires de l’homme. Ces MO peuvent rester
en suspension dans l’air, se déposer sur des surfaces ou être véhiculés d’un patient à l’autre. Ex :
virus de la grippe, Bacille de Koch…
• Flore des aliments : un petit nombre de MO tels que Lactobacillus, Candida albican sans danger
est classique dans un aliment qui n’a pas été traité à la chaleur, mais l’hygiène doit veiller à ne pas
laisser ces populations devenir trop importantes
• Flore humaine : pour la plupart des MO commensaux, leur présence est normale et bénéfique
• Objectif 3 : énoncer les principales flores résidantes et transitoires de l’homme.
Exemples de MO Exemples de MO
Nature de la flore Localisation de la flore
résidants transitoires
- Staphylococcus
Flore nasale Nez
epidermidis
Staphylococcus aureus
(= staphylocoque doré)
Bouche Streptococcus salivarius Staphylococcus aureus
Flore buccopharyngée Pseudomonas aeruginosa
Pharynx Neisseria
Escherichia coli Pseudomonas
Flore intestinale Intestin Shigella lactobacilles
Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus

Flore cutanée Peau
entérobactéries
Flore vaginale Vagin Lactobacilles Enterobactéries
Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus
2. M.O. pathogènes
• La pathogénicité est la capacité d’un MO à produire une maladie chez l’homme, l’animal ou les plantes.
• L'infection est une maladie provoquée par des agents pathogènes vivants. On distingue deux types de
bactéries responsables d'infections:
• Les bactéries pathogènes spécifiques (ou strictes) = BPS : elles sont responsables de maladies
spécifiques chez le sujet sain (ex : peste, tuberculose, choléra, typhoïde…).
• Il existe cependant des individus, appelés porteurs sains ou porteurs asymptomatiques qui sont
infectés par un MO pathogène mais qui ne présentent pas de signes cliniques de cette infection. Ils sont
contagieux. Exemple : porteur sain de Salmonella.
• Les bactéries pathogènes opportunistes (occasionnelles) = BPO : elles produisent une maladie chez
l’hôte dont les défenses sont compromises, chez le sujet fragilisé, chez les immunodéprimés. Ce sont des
bactéries commensales ou saprophytes qui deviennent pathogènes quand l’occasion se présente.
Les bactéries pathogènes spécifiques (ou strictes)
Le pouvoir pathogène conditionne le type de maladie et va dépendre de l'espèce bactérienne responsable de
l'infection. Par exemple, le choléra dont l'agent est Vibrio cholerae est une maladie complètement différente de la
méningite à méningocoque. Cette notion de pouvoir pathogène est à distinguer de celle de virulence.
- Ces bactéries pathogènes peuvent (pneumocoque, Haemophilus, méningocoque..) ou non (Mycobacterium tuberculosis,
Salmonella, Shigella, Vibrio cholerae..) appartenir à la flore humaine commensale.
Pour certaines bactéries, comme le méningocoque, le portage sain dans le nasopharynx est la situation de loin la plus
fréquente, la maladie est l'exception puisqu'elle ne touche qu'un porteur sain sur 10 000.
Ce point souligne que pour ces bactéries qui en réalité appartiennent à la flore commensale de l'homme bien que
"pathogènes", il existe une susceptibilité individuelle qui peut être l'âge (plus fréquentes chez les jeunes enfants) ou
propre à certains individus, de nature encore indéterminée.
- La virulence est une notion quantitative alors que le pouvoir pathogène est une notion qualitative.
Ainsi pour un même pouvoir pathogène, il peut y avoir des souches plus ou moins virulentes.
Exemple : Shigella dysenteriae et Shigella flexneri sont toutes les deux responsables d'une dysenterie bacillaire, mais pas
avec les mêmes doses.
Quelques bactéries suffisent pour développer une infection avec S. dysenteriae alors que plusieurs milliers sont
nécessaires avec S. flexneri. Cette espèce est donc considérée comme moins virulente que S.dysenteriae.
•Les facteurs de pathogénicité
• Les MO pathogènes provoquent une maladie quand ils infectent l’homme grâce à 2 grands
processus de pathogénicité :
• La virulence*
C’est la capacité de certains MO à envahir l’organisme, à s’y multiplier, et à provoquer
plus ou moins rapidement des troubles.
• La toxinogénèse* (ou pouvoir toxique)

C’est la capacité du microorganisme à fabriquer des toxines. Il en existe 2 grandes
variétés de toxines :
• les exotoxines* rejetées hors du microbe au fur et à mesure de leur fabrication par la bactérie.
Exemples : toxines de Staphylocoque doré, toxine des Clostridium tetani, botulinum
Elles ont une toxicité spécifiques très élevée.
Parfois même, les bactéries meurent dans l’aliment (à la cuisson par ex) et seules les toxines
thermorésistantes subsistent, provoquant une Toxi-Infection Alimentaire* (TIA) chez le consommateur :
on parle d’intoxination*.
• les endotoxines* sont accrochées à la paroi des bactéries et elles ne sont libérées qu’a la mort de la
bactérie. Exemple : Salmonelles.
Elles ont une action peu spécifique et sont thermorésistantes* (30 minutes à 100°C). Elle provoque la
fièvre grâce à son effet pyrogène.
•Les bactéries pathogènes opportunistes
- Les bactéries opportunistes ne donnent habituellement pas de maladie chez les
sujets sains. En revanche, elles peuvent devenir pathogènes chez les sujets aux
défenses immunitaires altérées.
- Ces bactéries sont souvent des bactéries commensales qui vivent à la surface de la
peau et des muqueuses de l'homme
Chez le sujet normal, elles ne donnent pas d'infections, mais à la faveur d'une
immunodépression ou d 'une antibiothérapie, elles vont être contre-sélectionnées et
proliférer leur donnant ainsi un avantage sélectif.
- Le type de maladie (et donc le pouvoir pathogène) dont ces bactéries sont
responsables est, en général, monomorphe : colonisation de la porte d'entrée avec
développement d'une inflammation non spécifique à ce niveau (pneumonie,
infection urinaire, infection sur cathéter,.. ), éventuellement suivie d'une
généralisation, septicémie avec des localisations secondaires possibles (endocardite,
abcès profond, ostéites, méningites...)
• Les infections alimentaires bactériennes
• Certains microbes pathogènes contaminent et se multiplient facilement dans

certains aliments.
• S’ils sont consommés en quantité importante par l’homme, ils provoquent des
maladies alimentaires de nature et de gravité variables.
• Ces maladies sont classées en T.I.A (Toxi-Infections Alimentaires) et en M.I.A

(Maladie Infectieuses Alimentaires)
• Dans certains cas plus de deux personnes développent la même symptomatologie

(diarrhée, vomissement…) après avoir ingérer le même repas, on parle alors de TIAC
(Toxi Infection Alimentaire Collective).
Les infections alimentaires bactériennes
MIA TIA
Cause des symptômes Le microorganisme qui agit directement dans Toxine bactérienne préformée ou non
l’organisme
Nombres de germes Quelques microbes suffisent Nombre important quelques millions par gramme
nécessaires pour induire les
troubles
Origine du germe présent -présent dans l’aliment (animal malade) Introduit dans l’aliment par contamination
dans l’aliment -introduit dans l’aliment par contamination
Durée d’incubation Longue (quelques jours à quelques semaines) Courte (quelques heures an général)
Résistance du microbe et des Faible le microbe est très vite détruit Forte pour la toxine du staph qui résiste à une
toxines éventuelles à la chaleur de 100°C pendant 30 minutes
chaleur Faible pour celle de Clostridium botulinum
Principaux agents pathogène -Salmonella typhi et paratyphi fièvre typhoïde et -salmonelles
responsables paratyphoïde -staphylocoque doré
-Listeria monocytogenes -Clostridium perfringens
-hépatite virale A -Clostridium botulinum
Réaliser un tableau de synthèse avec une ligne pour chaque germe (Salmonella, Staphylococcus aureus, Clostridium botulinum et perfringens, Listeria monocytogenes) et une colonne pour tous les items
suivants : Nom du microorganisme, Origine/source de la contamination, Agent responsable de l’infection (toxine ou microbe), Aliments à risque, Temps d’incubation (temps nécessaire pour
l’apparition des symptômes), Symptômes (signes de la maladie), Personnes touchées , Mesures de prévention, Caractéristiques du germe (type respiratoire, T°C optimale de développement,
sporulation + ou -, portage sain + (où, mode de contamination) ou - , nom de la maladie dont il est responsable, Toxinogène + ou – (type de toxine)….)
ROLE ECOLOGIQUE DES MICRO-ORGANISMES
• Dans l’environnement
Au niveau de l’eau
• Eaux douces
Les bactéries jouent un rôle fondamental : elles éliminent les matières
organiques qu’elles contiennent.
• Les océans
Les bactéries participent aux grands cycles de la matière vivante.
Elles contribuent ainsi au maintien de l’équilibre entre les différentes formes de
vies, animale ou végétale.
Au niveau du sol
La flore microbienne est très variée : bactéries essentiellement (bactéries
telluriques), virus, champignons, algues, protozoaires.
Les bactéries interviennent dans la dégradation de la cellulose, de la lignine
(constituants du bois), dans la fixation d’azote etc. Elles sont abondantes au
niveau des racines végétales qui leur fournissent les éléments nécessaires à leur
croissance. Cette région de symbiose entre les racines végétales et les bactéries est
appelée rhizosphère.
ROLE ECOLOGIQUE DES MICRO-ORGANISMES
Au niveau de l’air
• La quantité de MO présents varie de façon importante selon les situations : ils sont plus nombreux :
- en été qu’en hiver,
- dans les villes que dans les campagnes,
- dans les écoles, les hôpitaux, les usines que dans les habitations familiales etc.
Ils jouent un rôle important de supports et vecteurs de certaines infections dites aérogènes.
Les grands cycles biologiques
• Ils s’effectuent dans la biosphère (océans, sols, partie inférieure de l’atmosphère). Chaque élément
entrant dans la constitution des organismes vivants suit un cycle de transformation qui le mène des
formes minérales aux formes organiques pour revenir de nouveau à ces formes minérales.
• Cycle de l’azote
• L’azote est la principale composante de l’air (78%) et est fixée par les plantes, puis par les animaux
qui les consomment. Les déchets de ces plantes et de ces animaux se décomposent en matières
organiques contenant de l’azote (N2).
Ces matières sont elles-mêmes décomposées par des bactéries qui produisent alors de
l’ammonium (NH4+). Il faut pour cela que l’eau contienne de l’oxygène (aération). L’ammonium,
peu toxique, peut aussi se transformer en ammoniac qui lui est très toxique pour la faune.
Puis d’autres bactéries transforment l’ammonium en nitrites (NO2-) qui sont toxiques pour les
poissons. Ces nitrites sont à leur tour transformés en nitrates (NO3-) qui eux sont non-toxiques et
absorbables par les plantes (c’est ce que l’on retrouve dans les engrais…).
De plus, en l’absence de plantes et d’oxygène, les nitrates peuvent être retransformés en azote par
des bactéries dénitrifiantes qui vont consommer l’oxygène qu’ils contiennent.
3- ÉTABLISSEMENT DE LA FLORE MICROBIENNE CHEZ L’HOMME :
• Objectifs
• Connaitre les mécanismes d’implantation de la flore
microbienne:
• Au moment de l’accouchement;
• Après la naissance;
• Flore définitive.
• Décrire la flore microbienne;
• Connaitre les interactions entre les microorganismes et l’hôte;
• Connaitre le rôle joué par la flore microbienne chez l’hôte .
GENERALITES
• L’organisme humain héberge toute une communauté de microorganismes : bactéries,
archées, levures et virus, regroupés sous le terme de « microbiote ».
• Le microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de
l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, champignons et autres micro-organismes
que le corps humain contient en grand nombre. Ils participent à de nombreuses fonctions
biologiques. Nous avons ainsi développé un véritable mutualisme avec eux.
• Nous hébergeons des microorganismes au niveau de la peau (microbiote cutané), dans la
bouche (microbiote bucco-dentaire), dans les organes génitaux (microbiote vaginal) et dans
l’intestin (microbiote intestinal).
• Nous concevons aisément d’avoir des bactéries dans des zones de contact avec l’extérieur
(peau, bouche).
• Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal.
• Le microbiote est très varié. Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout
dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
• Le microbiote intestinal contient 100 000 milliards de micro-organismes
contribuant très largement au bon fonctionnement de l’organisme et à notre santé.
• Les Hommes représentent donc un écosystème complexe composé de cellules
humaines et de micro-organismes.
• La plupart des microorganismes du microbiote sont naturellement présents sur la
peau ou dans le tube digestif où ils effectuent des tâches utiles, voire essentielles à la
survie de l'individu hôte.
• Dans des circonstances normales, ils ne provoquent pas de maladies (ils sont
également désignés sous le nom de « flore normale »).
• Ils forment une « communauté écologique complexe » qui « influe sur la physiologie
normale et la susceptibilité à la maladie, à travers une activité métabolique collective
et ses interactions avec l'hôte ».
• Le plus connue des organismes du microbiote est la bactérie Escherichia coli, qui
vit dans le côlon.
ÉVOLUTION DE LA FLORE MICROBIENNE AU COURS DE LA VIE
• Le microbiote de chaque individu évolue beaucoup entre la naissance (microbiote
placentaire) et la fin de l'adolescence pour se stabiliser à l'âge adulte.
• C’est au moment de l’accouchement qu’a lieu la transmission des bactéries de la

mère à l’enfant. En laissant une empreinte à vie même si l’enfant développe
ensuite son propre microbiote.
• On estime qu'il y a entre 15 et 30 000 espèces de bactéries différentes vivant dans le corps
humain.
• Bien que la flore normale se situe sur toutes les surfaces exposées à l'environnement (peau, yeux, nez,
intestin grêle et côlon), la grande majorité des bactéries se situent principalement dans le gros intestin.
• Le nombre de cellules microbiennes (en moyenne dix fois plus petites que les cellules
humaines) était estimé à 10 fois le nombre de cellules humaines, soit cent mille
milliards de micro-organismes (1014)[]. Par exemple, le nombre total de bactéries
hébergées par (un être humain âgé de 20 à 30 ans, pesant 70 kg et mesurant
1,70 m) est de 3,9.1013.
LA NAISSANCE D’UN ÉCOSYSTÈME
• A la naissance, notre corps peut être considéré comme exempt de micro-organismes : la colonisation débute dès
que commencent les contacts avec l’environnement.
• Les bactéries de la famille des Lactobacilles et des Entérobactéries (E. coli) ainsi que des Bifidobactéries
colonisent le tube digestif dès la naissance.
• Nommées « primo-colonisatrices », les premières bactéries font diminuer le taux d’oxygène, ce qui va ensuite
favoriser l’arrivée de bactéries trop sensibles à l’oxygène comme les Clostridium leptum. Ces bactéries primo-
colonisatrices sont abondantes et dominantes en période périnatale, puis deviennent sous-dominantes dès 2-3 ans.
• Ce processus de primo-colonisation dépend de nombreux paramètres, dont les conditions de naissance et le
mode d’alimentation du bébé.
• Par exemple, les bactéries du lait maternel participent à la diversification du microbiote intestinal de l’enfant. On
a aussi découvert que les microbiotes intestinaux diffèrent entre les enfants nés par césarienne ou par voie
basse.
• Dans le premier cas, le microbiote des enfants a une composition proche des populations bactériennes de
l’environnement (mains du personnel médical, peau).
• Tandis que les enfants nés par voie basse ont un microbiote intestinal plus proche de celui du vagin de la mère.
• Les bactéries primo-colonisatrices jouent un rôle prépondérant pour le nouveau-né puisqu’elles établissent le
premier dialogue avec l’hôte.
• L’acquisition du microbiote à la naissance peut donc ensuite perturber l’implantation d’autres bactéries.
LA NAISSANCE D’UN ÉCOSYSTÈME
• Dans le ventre de sa mère, le futur petit humain a un tube digestif parfaitement stérile:
• Aucune bactérie n’y a encore élu domicile. C’est en venant au monde qu’il se contamine. «Les
premières bactéries qu’il rencontre sont celles provenant du vagin et de la région périnéale de sa mère, si
l’accouchement a lieu par voie basse».
• La colonisation microbienne s’effectue dans un ordre précis.
Les premières espèces qui s’installent sont des bactéries ayant besoin d’oxygène pour se multiplier: la fameuse
Escherichia Coli, puis les entérocoques, les staphylocoques, etc. Comme elles consomment tout l’oxygène présent
dans le tube digestif, d’autres espèces, qui ne prolifèrent qu’en l’absence de ce gaz, peuvent elles aussi prendre
possession des lieux: elles ont pour nom Clostridium, Bifidobacterium, Bacteroides. Mais l’implantation n’est
pas la même si la naissance se fait par césarienne.
• Durant les trois premières années de vie, le microbiote intestinal se façonne à la suite de la primo-
colonisation, puis au gré de l’alimentation et des bactéries rencontrées dans les aliments, l’entourage et
l’environnement. Cependant, notre mode de vie actuel réduirait trop l’exposition aux bactéries.
• En cause : une trop large utilisation d’antibiotiques, et des environnements de vie trop
aseptisés. Cela pourrait retarder ou compromettre la mise en place de la symbiose entre l’hôte et son
microbiote.
• L’altération de cette symbiose pourrait à son tour entrainer des défauts de maturation du système immunitaire. En
bout de chaine : un risque accru de maladies telles que les allergies, y compris l’asthme allergique ou les maladies
inflammatoires.
ÉTABLISSEMENT DE LA FLORE MICROBIENNE CHEZ LE NOUVEAU-NÉ
• La séquence d'établissement de la flore digestive, quoique maintenant relativement bien connue, reste un
phénomène complexe.
• Le nouveau-né, stérile in utero, se trouve à la naissance brutalement plongé dans un univers bactérien riche et se
colonise rapidement avec une flore simple à partir des flores de sa mère et de l'environnement proche.
• Un « tri » apparaît effectué par l'enfant, toutes les bactéries auxquelles il est exposé ne s'implantant pas. La
colonisation par les bactéries des flores vaginale et fécale de la mère a été clairement montrée.
• La flore fécale maternelle apparaît être le déterminant essentiel des premières bactéries s'implantant
chez l'enfant, les nouveau-nés étant colonisés plutôt par les entérobactéries et bifidobactéries d'origine fécale
que par les lactobacilles d'origine vaginale.
• Le nouveau-né est ensuite continuellement exposé à de nouvelles bactéries provenant de
l'environnement, de la nourriture et des bactéries cutanées des adultes via les tétées, les caresses ou les
baisers. Une flore complexe et stable, proche de celle de l'adulte, ne semble être obtenue qu'entre 2 et 4
ans.
• Chez l'enfant à terme, les premières bactéries implantées sont des organismes aérobies-anaérobies facultatifs :
• les entérobactéries (principalement l'espèce E. coli),
• les entérocoques et les staphylocoques.
• Les bactéries aérobies-anaérobies facultatives, dont le niveau atteint rapidement 109 à 1010 ufc/g de contenu colique,
consomment l'oxygène, diminuant ainsi le potentiel redox de la lumière du tube digestif, ce qui permet l'implantation des genres
anaérobies stricts (Bifidobacterium, Clostridium, Bacteroides) ainsi que celle des lactobacilles, microaérophiles.
FACTEURS INFLUENÇANT LA CINÉTIQUE D'IMPLANTATION DE LA FLORE
DIGESTIVE DU NOUVEAU-NÉ
De nombreux éléments vont influencer cette cinétique d'implantation et la composition de la flore intestinale du nouveau-né parmi lesquels le mode
d'accouchement, l'environnement, le type d'alimentation, l'âge gestationnel et l'antibiothérapie.
• Influence du mode d'accouchement
Les enfants nés par césarienne rencontrent majoritairement en premier lieu les bactéries de leur environnement : air et personnel soignant.
L'implantation de leur flore est donc différente de celle des nouveau-nés nés par voie basse. Les premières bactéries implantées sont toujours les anaérobies
facultatifs (entérobactéries, entérocoques, staphylocoques), mais la flore anaérobie stricte s'implante beaucoup plus tardivement, ce retard portant
principalement sur les genres Bifidobacterium et Bacteroides, bactéries d'origine entérique.
• Influence de l'environnement
L'environnement joue un rôle important dans la colonisation intestinale. Certaines études ont mis en évidence la colonisation à plus haut niveau et
plus fréquente chez les enfants nés dans les pays en voie développement par les bifidobactéries. Ces différences de flore sont vraisemblablement liées aux
conditions plus strictes d'hygiène entourant les accouchements dans les pays industrialisés, réduisant l'exposition de l'enfant aux flores fécale et vaginale de sa
mère.
• Influence du mode d'alimentation
La flore qui s'implante chez le nouveau-né allaité est moins diversifiée que celle du nouveau-né nourri au lait artificiel. La différence la plus notable
est la colonisation dominante par le genre Bifidobacterium chez le nouveau-né allaité. Parallèlement l'implantation des entérobactéries, et surtout des
Clostridium et des Bacteroides est retardée et/ou se fait à un niveau moins élevé. Dès qu'une alimentation mixte est en route, la flore semble reprendre un
profil de flore de nouveau-né nourri au lait artificiel. Cependant, certaines études ont montré que les nouveau-nés nourris au lait artificiel peuvent être colonisés
par le genre Bifidobacterium aussi rapidement et à un niveau aussi élevé que les nouveau-nés allaités.
• Influence du terme de naissance
Les faits notables de l'implantation de la microflore digestive chez ces nouveau-nés sont d'une part un retard de colonisation important par rapport
aux enfants à terme et d'autre part une colonisation par un nombre plus réduit d'espèces bactériennes. La flore aérobie (entérobactéries, entérocoques,
staphylocoques) colonise assez rapidement le prématuré, l'implantation de la flore anaérobie Bifidobacterium et Bacteroides est retardée.
• Influence de l'antibiothérapie
Les conséquences d'une antibiothérapie ont été étudiées surtout sur la sélection de micro-organismes résistants. Une antibiothérapie supérieure à 3
jours est un facteur de risque de colonisation par des entérobactéries.
RÔLE DE LA FLORE MICROBIENNE ET INTERACTION
MICROORGANISME L’HOMME
• Beaucoup de bactéries du système digestif (faisant partie du microbiote intestinal)

sont capables de décomposer les hydrates de carbone (sucres) que l'être humain ne
pourrait pas digérer autrement. La plupart de ces bactéries commensales sont anaérobies
c'est-à-dire qu'elles peuvent survivre dans un environnement dépourvu d'oxygène.
• Escherichia coli est une bactérie qui vit dans le côlon. C'est un organisme modèle très
étudié et probablement la plus connue des bactéries. Certaines souches mutantes de
cette bactérie de la flore intestinale causent des maladies, comme la souche E. coli
O157:H7.
• Certaines bactéries comme les Actinomyces viscosus et A. naeslundi, vivent dans la bouche
où elles forment sur les dents un biofilm qui produit la plaque dentaire. Si cette plaque
n'est pas nettoyée par un brossage régulier, elle se durcit pour former du tartre qui peut
faciliter la carie. On cherche à mieux connaitre le microbiote buccal pour notamment
faciliter les installations de prothèses dentaires ancrées dans l'os de la mâchoire[.
• Des problèmes articulaires ou osseux ont déjà été associés à un déséquilibre ou une
modification du microbiote buccal.
• La microflore vaginale ou « microbiote vaginal » est normalement très stable, essentiellement composée de 4 genres de
bactéries de types lactobacilles. Ces lactobacilles rendent le pH vaginal acide, ce qui protège la femme des infections génitales.
La perturbation de la flore vaginale peut cependant conduire à la vaginose bactérienne et à de nombreux états pathologiques.
• La plupart des microbes intestinaux sont soit inoffensifs, soit bénéfiques pour l'hôte.
• Le microbiote intestinal protège contre les entéropathogènes, notamment par la production d'acétate dans l'intestin[] extrait des
nutriments et de l'énergie à partir du bol alimentaire, et contribue au bon fonctionnement de la fonction immunitaire.
• Les bactéries sont essentielles pour le maintien de la santé humaine, mais quelques-unes, ou d'autres dans certaines
circonstances (ex : déficit immunitaire) constituent également une menace significative à la santé en causant des maladies ou
semblent impliquées dans des problèmes tels que l'obésité.
• Un grand nombre de bactéries vivent sur la peau et dans le tube digestif et la sphère ORL.
Sur la peau, la croissance de certaines d'entre elles peut être augmentée par la chaleur et la sueur.
Avec des champignons, elles sont en partie responsables des odeurs corporelles (transpiration, odeur de la peau, des cheveux, de
l'haleine, etc.) et certaines jouent un rôle dans l'acné (Propionibacterium acnes).
• Il y a plus de 500 espèces bactériennes actuelles dans l'intestin humain et leurs rôles sont généralement salutaires :
• Elles synthétisent des vitamines telles que l'acide folique la vitamine K et la biotine ainsi que des glucides.
• Les autres bactéries bénéfiques de la flore normale comprennent les bactéries du groupe des lactobacilles qui convertissent les protéines du lait en
acide lactique dans les intestins.
• La présence de telles colonies bactériennes empêche également la croissance des bactéries potentiellement pathogènes (quelques bactéries réputées
bénéfiques sont d'ailleurs vendues en tant que suppléments diététiques probiotiques). Toutes produisent des antigènes.
• Chez l'enfant précocement exposé à ces antigènes, une plus grande diversité de
microbes intestinaux diminue les risques futurs d'allergie et d’eczéma (cela vaut aussi
pour certaines maladies auto-immunes et d'autres perturbations de l'immunité telle que
le diabète de type 1 par exemple),
• ce qui expliquerait l'augmentation des allergies dans les pays riches où les enfants
vivent dans des environnement plus aseptisés qu'ailleurs, tout en étant exposés à un
grand nombre de produits chimiques d'origine anthropiques.
• Le système immunitaire intestinal du jeune enfant bénéficie de contacts répétés
avec une plus grande diversité d'antigènes bactériens. Certaines bactéries pourraient
jouer un rôle plus important.
• Ces relations micro-organismes-hôte ont longtemps été regardées essentiellement sous
l'angle de la pathogénicité.
• Cependant, de plus en plus de travaux montrent les interactions bénéfiques entre la
flore commensale et l'organisme humain, faisant de la flore un véritable partenaire.
Exemple de Rôle de la flore microbienne et Interaction avec l’homme:
microbiote intestinale et système nerveux
Microbiote et maladies neurologiques

La communication entre nos bactéries
intestinales et notre cerveau passe par des
métabolites extrêmement variés que celles-ci
peuvent produire.
Ces métabolites jouent un rôle sur nos
neurones, en passant par le sang ou en agissant
directement sur des terminaisons nerveuses de
notre tube digestif.
De plus, il a été démontré que la nature de
notre microbiote intestinal peut jouer sur
l’étanchéité de la barrière hémato-encéphalique ;
cette barrière protège notre cerveau en limitant le
passage de nombreuses substances qui pourraient
avoir un effet néfaste sur son fonctionnement.
PARTIE II : LES AGRESSEURS MICROBIENS
Chapitre I
Les Bactéries
Les Bactéries
Définition
Une bactérie est un micro-organisme unicellulaire

"procaryote", de morphologie différente et qui se
reproduit par scissiparité. Certaines bactéries sont
pathogènes pour l’Homme, d’autres sont bénéfiques.
Structure de la cellule bactérienne
Chromosome
Mésosome
Pili sexuel
Chromatophore
Capsule
Grains de réserve
Paroi
.... Périplasme
Membrane cytoplasmique
Vacuole
Plasmide Pigments
Pilis communs
Ribosomes Flagelle
Morphologie bactérienne
Dimension: est de l'ordre du micromètre; on doit donc utiliser un microscope pour les
observer.
Formes:
Bacille Cocci
virgule
hélicoïdale coccobacille
Groupement :
(a) paires (diplocoques)
(b) chaînettes (streptocoques)
(c) groupe de 4 (tétrades)
(d) groupe de 8 (sarcines)
(e) grappes (staphylocoques)

Les flagelles :
Les bactéries mobiles se déplacent soit par glissement (cyanobactéries),
soit par rotation autour d'un axe central (spirochètes), soit au moyen de cils ou de
flagelles.
Insertion polaire
Monotriche (a) Amphitriche (b) Lophotriche (c)
Insertion péritriche
Péritriche (d)
Les pili ou Fimbriae :
Ce sont des appendices filiformes différents des flagelles. On
distingue deux catégories de morphologie et de fonction distincts :
• Pili dits communs sont distribués en grand nombre autour de la

bactérie. Ils sont en rapport avec les propriétés antigéniques de la
bactérie.
• Pilis sexuels atteignant 20 µm et se terminent par un
renflement. Leur nombre est faible (1 à 4). Ils jouent un rôle dans le
transfert du chromosome de la cellule dite à la cellule .
La capsule :
La capsule est de nature polysaccharidique. Elle joue un rôle
important dans le pouvoir pathogène de certaines espèces bactériennes
(Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae) par son rôle
protecteur contre la phagocytose
La paroi cellulaire :
toutes les bactéries possèdent une paroi cellulaire à l’exception des

mycoplasmes,
c’est un véritable exosquelette formé d'un polymère : le peptidoglycane,
encore appelé mucopeptide, muréine ou encore muco complexe,
Si on enlève la paroi, on obtient des cellules sphériques dites protoplastes.
Structure du peptidoglycane:
Le peptidoglycane est un polymère complexe formé de 3 éléments

différents :
une épine dorsale faite d'une alternance de molécules de N-
acétylglucosamine et d'acide N-acétylmuramique;
un ensemble de chaînes latérales peptidiques identiques, composées de 4
acides aminés (L-Alanine - D-Glycine - L-Lysine - D-Alanine) et attachées à l'acide
N-acétylmuramique ;
un ensemble de « ponts interpeptidiques » identiques.
NAG: N-acétylglucosamine NAM: Acide N-acétylmuramique
Structure du peptidoglycane
Différence structurale entre la paroi des bactéries à Gram+ et à Gram-
structure de la paroi chez les Gram+:
épaisseur de (15 à 80 nm),
peu ou pas de protéines
grande quantité d’acide teichoïque (polymère de glycérol ou de ribitol relié à des
groupes phosphates), antigène,
d’autres acides dits lipoteichoïques, s'enfoncent jusqu'à la membrane
cytoplasmique.
structure de la paroi chez les Gram-
épaisseur de (6 à 15 nm),
structure plus complexe, en plus de peptidoglycane on trouve:
La membrane externe contient une protéine : la lipoprotéine de Braun.
Le LPS (lipopolysacchadides) est formé de 3 parties : les lipides A, le
polysaccharide central (10 sucres) et d’une chaîne latérale O (antigène)
protéines groupées pour former des porines (transport non spécifique)
La paroi bactérienne confère à la bactérie plusieurs

«originalités»:
- Maintien de la pression osmotique,

- Propriétés antigéniques Acide téchoïque
(Gram +) Antigène O (Gram -),
- Action de différents antibiotiques,
- Coloration de Gram.
Rôle de la paroi dans la différentiation entre bactéries Gram+ et Gram-
structure de la membrane cytoplasmique
interface entre cytoplasme et structures externes.
formée de phospholipides,
les perméases (protéines), ont un rôle important dans les échanges.
d'autres protéines sont des enzymes respiratoires ou impliquées dans la production
d'énergie (ATPase).
rôle métabolique majeur : on y trouve la plupart des activités associées aux
mitochondries dans la cellule supérieure.
Le mésosome :
structure formée par l’invagination de la membrane cytoplasmique. Le
mésosome est en étroite liaison avec le matériel nucléaire.
joue un rôle dans sa division et la naissance du septum séparant les deux
cellules filles.
joue un rôle dans la synthèse de la paroi.
Cytoplasme et structures intra-cytoplasmiques :
Le matériel cellulaire intracellulaire peut contenir :
• ARN ; il s’agit des ribosomes, sites de biosynthèse des protéines,

• inclusions. renfermant des substances de réserve, glycogène, de l’amidon, des
lipides parfois chez certaines bactéries du soufre, du fer ou des phosphates, etc.
• Chromatophores, : chez les bactéries photosynthétiques, au niveau desquels
s’effectue la photosynthèse sont appelés chromatophores. Leur structure est différente de
celle des chloroplastes et leurs pigments photosynthétiques sont appelés
bactériochlorophylles
• Vacuoles à gaz. Rencontrées chez les cyanobactéries et les bactéries
photosynthétiques. Elles leur servent de flotteurs à la surface de l’eau ;
Matériel "nucléaire"
• Le matériel génétique est constitué:
d’un chromosome unique formé d’une boucle d’ADN en
suspension dans le cytoplasme. Dans le cas d’Escherichia coli, la
longueur a
été évaluée à un millimètre (environ 500 à 1000 fois plus que la longueur
de
la cellule).
d’un plasmide: matériel génétique extrachromosomiques,
constitué de brins circulaires d’ADN bicaténaire. Il a une réplication
autonome et contenient des gènes supplémentaires (exemple : facteurs de
résistance aux antibiotiques)
• Les spores: certaines espèces bactériennes sont capables de
produire
des spores (structures de résistance lorsque les conditions deviennent
défavorables). Spores à l’extérieur de la cellule végétative (exospores),
spores à l’intérieur de la cellule végétative (endospore).
Physiologie bactérienne
physiologie
Science des fonctions et des constantes du
fonctionnement normal des organismes vivants,
unicellulaires comme pluricellulaires
Structure antigénique
Les bactéries possèdent différents antigènes:
antigène commun dénommé ECA (pour Enterobacterial

Commun Antigen)
antigène O ou somatique
antigène R correspond au polysaccharides de la core
centrale (moins pathogène)
antigène H ou flagelaires
antigène K capsulaire
• les principaux éléments de la physiologie bactérienne.

les conditions de la croissance bactérienne:
nutritionnelles
environnementales
la croissance bactérienne proprement dite
division bactérienne
dynamique de la croissance
• leurs implications :
dans la conduite d’un examen cytobactériologique
dans le diagnostic d’une infection bactérienne
Besoins nutritifs:
Les bactéries se multiplient à partir des aliments présents dans les milieux de
culture. Elles ont toutes un certain nombre de besoins communs :
Source d'énergie:
• lumineuse : bactérie phototrophe
• composés minéraux ou organiques : bactérie chimiotrophe
-élément minéral : bactérie chimiolithotrophe
-élément organique : bactérie chimioorganotrophe
Source de carbone:
• bactérie autotrophe: utilisent le CO2 comme seule source de carbone
• bactérie hétérotrophe: exigent des composés organiques
Source d’azote:
• synthèse des protéines.
• Quelques bactéries sont capables de fixer l’azote moléculaire (cas des
Rhizobium).
• d’autres composés inorganiques peuvent être utilisés: les nitrates, les
nitrites, l’ammoniac..
Source de soufre
• présence dans certains acides aminés
Source de phosphore
• fait partie des acides nucléiques, de l’ATP et de nombreux coenzymes.
Autres éléments :
• Sodium, Potassium, Magnésium, Chlore
• Oligo-éléments : Manganèse, Nickel, Zinc,
Facteurs de croissance :
Les facteurs de croissance regroupent trois catégories de substances :
• Les acides aminés : synthèse des protéines
• Les bases puriques et pyrimidiques : synthèse des acides nucléiques
• Les vitamines : synthèse des coenzymes ou précurseurs de coenzymes
(exemple : Nicotinamide :NAD, transporteur d’électrons)
On classe les bactéries en deux catégories :
• Les prototrophes : ne nécessitent pas un apport de facteurs de croissance
dans le milieu de culture.
• Les auxotrophes : exigent un ou plusieurs facteurs de croissance dans le
milieu.
Conditions physiques nécessaires à la croissance bactérienne
Influence de la température :
- Bactéries psychrophiles: Température proche de 0°C (optimum à 10-15°C).
- Bactéries psychrotrophes: température de croissance proche de 0°C avec
optimum des bactéries mésophiles.
- Bactéries mésophiles: La température optimale se situe à 18/25°C pour les
saprophytes et 25/37°C pour les pathogènes. La température minimale voisine 10°C et la
température maximale 45 °C ;
- Bactéries thermophiles : se développent à des températures élevées.
Influence du pH :
Selon ce paramètre on distingue
- bactéries neutrophiles se développent à pH compris entre 6 et 8 (exemple :
Escherichia coli),
- bactéries alcalinophiles ou basophiles se développent à pH alcalin (>8) (exemple : les
vibrions).
- bactéries acidophiles se développent à pH acide (<6) (exemple : Lactobacillus).
Influence de l’O2 moléculaire:
Les bactéries réagissent différemment en présence d’oxygène,
Bactéries aérobies strictes Bactéries anaérobies strictes

présence d’O2 absence d’O2
Pseudomonas Clostridium
Bactéries microaérophiles Bactéries Aérobies/anaérobies

faible quantité d’O2 facultatives
présence ou absence d’O2
Campylobacter
Escherichia coli
Culture des bactéries
- La culture des bactéries est réalisée sur des milieux de culture.
- Les milieux de culture contiennent les substances nutritives indispensables à
la croissance bactérienne.
Les milieux de culture sont
- liquides, bouillon nutritif
- solides (milieu liquide + l’agar-agar).
Colonies
Trouble
Croissance sur milieu solide Croissance sur milieu liquide

Milieux de cultures :
Le choix d’un milieu de culture est fonction:
• du but que l’on veut atteindre
• des besoins de la bactérie recherchée.
Exemple de milieux de culture:

• Milieu d’isolement : utilisé pour la croissance de nombreuses espèces
bactériennes (gélose nutritive…),
• Milieu sélectif : utilisé pour la croissance de la gent recherché et
inhibition de la flore associée (chapman
• Milieu d’identification : utilisé pour l’identification des bactéries
(Kligler….),
• Milieu enrichi : utilisé pour l'obtention des bactéries dites exigeantes

(gélose au sang…).
Culture pure des bactéries:
Après les isoler les unes des autres et cultiver chacune d’elles séparément, les
bactéries donnent alors naissance à des populations homogènes (des cultures pures).
Conservation des cultures pures
Elle permet de conserver la culture pure pendant un temps plus au moins long,
• Gélose inclinée à -4°C
• l’azote liquide à –196°C
• lyophilisation
Croissance des bactéries:
La croissance est l’accroissement ordonné de tous les composants d’un organisme.

• Chez les organismes pluricellulaires elle aboutit à une augmentation de taille
ou de masse.
• Chez les microorganismes unicellulaires, elle conduit à une augmentation du
nombre d’individus c’est donc l’équivalent d’une multiplication.
Méthodes de mesure de la croissance bactérienne:
méthodes directes;
Lecture au microscope (numération totale): utilisation d’un hématimètre.
Dénombrement après culture (numération viable)
Détermination du poids sec
Mesure du trouble
méthodes indirectes;
mesure d’un paramètre lié à l’activité métabolique (consommation d’un
substrat, une molécule excrétée….).
Constantes et expression mathématique de la croissance:

La croissance d’une bactérie placée dans des conditions idéales de culture peut être
définie par deux constantes;
Le Temps de génération : C’est l’intervalle de temps entre deux divisions successives
ou celui nécessaire au doublement de la population. Le temps de génération est donné par la
formule : G = t/n,
Taux de croissance: on le définie comme étant le nombre de divisions par unité de temps
: µ= 1/G = n/t.
La reproduction bactérienne
Elle se fait de façon asexuée selon un mode de division cellulaire appelée fission
binaire (ou scissiparité).
Le temps de génération; dépend de type et de l’âge de la bactérie ainsi que

des conditions de culture.
Courbe de croissance:
La représentation graphique de la croissance s’effectue en coordonnées semi-
logarithmique,
Le nombre ou la masse bactérienne étant traduit en nombre logarithmique sur l’ordonnée,
le temps en nombre arithmétique sur l’abscisse.
Nbre Phase stationnaire
Phase de ralentissement
Phase exponentielle Phase de déclin
Phase de latence
Temps
Expression mathématique de la croissance
On considère une population bactérienne de concentration initiale N0, elle augmente à
chaque génération de la façon suivante :
• Après la 1ère génération : N1 = 2 N0
• Après la 2ème génération : N2 = 2 N1 = 2x2 N0 =22 N0
• Après n génération : Nn = 2nN0
Cette équation peut être exprimée en

fonction du taux de croissance
(µ = n/t d’où n = µt)

donc N = 2µtNo
log N= log 2µtNo
log N= log 2µt+logNo
logN= µtlog2 + logNo
logN-logNo
µ=
tlog2
Classification des bactéries
Taxonomie ou systématique:
Science du classement des individus, qui consiste à former des groupes

d'individus qui se ressemblent selon des critères prédéfinis et à éliminer ceux qui s'en
distinguent qui pourront former un autre groupe avec leurs semblables.
La taxonomie est essentielle pour l'identification et la nomenclature des souches
bactériennes que l'on isole chez les malades ou dans leur environnement.
Les règles qu'on applique sont celles édictées par Linné en 1753 pour classer les
végétaux; elles sont également utilisées par les zoologistes pour classer les animaux.
Les échelons hiérarchiques sont : Règne, Embranchement, Classe, Ordre,
Famille, Genre et Espèce.
L’espèce est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les

organismes qui possèdent de nombreux caractères communs. Cependant à l’intérieur
d’une même espèce, il est possible de distinguer des souches et des clones :
- Une souche est la sous-division d’une espèce.
- Un clone est une population descendant d’une même souche.
Les noms des bactéries sont désignés par deux

noms latins :
le nom de genre, écrit avec une majuscule, est suivi du

nom d’espèce, écrit en minuscule. L’ensemble du nom
est écrit en italique
Exemple:
Escherichia coli - E. coli
Genre Espèce
Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :
- biochimiques (classification en biotypes ou biovars)

- antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
- pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
- enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)
- de sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
- de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)
Les bactéries peuvent aussi être classées selon :
- la coloration de Gram
- la morphologie, la mobilité et la capacité à sporuler,
- la température de croissance
- les besoins nutritionnels
- le mode respiratoire
- la capacité de photosynthèse
- l’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote
- le GC% du génome.
Chapitre II
Les Virus
Structure des virus
virus?
Un virus est une particule microscopique infectieuse
possédant un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN)
qui ne peut se répliquer qu'en pénétrant dans une cellule et
en utilisant sa machinerie cellulaire.
Les virus sont en général des germes pathogènes.
Virologie, science qui consiste à l’étude des virus.

Structure des virus
Une particule virale complète, appelée virion, est composée :

- d’un filament d’acide nucléique,
- d’une coque protéique protectrice appelée capside.
L’acide nucléique représente le génome viral, est peut être de:
- l'ADN,
- l'ARN.
Il peut être circulaire ou linéaire, bicaténaire (double brin) ou
monocaténaire (simple brin).
La capside
- coque qui entoure et protège l'acide nucléique viral. La
- constituée par l'assemblage de sous-unités protéiques
appelées capsomères.
- l'ensemble de la capside et du génome est nommé
nucléocapside.
Structure des virus
Selon la structure de la capside on distingue en général deux

groupes principaux de virus :
Virus à symétrie cubique Virus à capside tubulaire

(ou à capside icosaédrique) hélicoïdale
Structure des virus
Enveloppe (ou péplos)
Elle a une structure complexe , on y trouve des protéines, des
glucides et des lipides. On distingue deux groupes de virus selon
la présence ou l’absence d’une enveloppe :
Virus enveloppés Virus nus

Structure des virus
Virus complexe –exemple des bactériophages
- Une capside symétrique qui n’est ni hélicoïdale, ni vraiment
icosaédrique.
- Ils possédent une tête icosaédrique liée à une queue hélicoïdale à
laquelle sont attachés des poils et des fibres caudales.
Structure
d’un bactériophage
Classification des virus
Classification des virus
Quatre critères sont retenus pour cette classification :

- Nature de l'acide nucléique viral : ADN ou ARN
- Symétrie de la capside : cubique ou hélicoïdale
- Présence ou non d'enveloppe ce qui permet de distinguer
les virus nus et ceux enveloppés.
- Nombre de capsomères pour les virus à symétrie cubique et
diamètre de la nucléocapside pour les virus à symétrie hélicoïdale.
Structure des virus
Cycle de multiplication de virus
Le cycle d’infection d’une cellule par un virus peut être décomposé
en trois grandes étapes:
L’attachement, la pénétration, et la décapsidation qui conduisent à
l’internalisation du génome viral dans la cellule cible.
L’expression des gènes et la réplication qui vont, respectivement,
assurer la synthèse des protéines codées par le génome viral et permettre
la multiplication de ce génome.
L’assemblage et la sortie qui vont mener à la production et la
libération de particules virales infectieuses, capables de propager
l’infection à d’autres cellules.
Pour les bactériophages On distingue deux cas :
Cas des phages virulents : ils se multiplient aux dépends de la
bactérie, ce qui conduit à la lyse bactérienne : on parle d'infection
lytique.
Cas des phages tempérés : leur acide nucléique s'intègre au
chromosome bactérien : phénomène de lysogénie.
Cycle d’infection lytique couplé à l’état de lysogénie
Cycle lysogénique Cycle lytique

Chapitre III:
Les parasites
Définitions
Parasitologie?
Branche de la biologie consacrée à l'étude morphologique et
biologique des parasites et des affections qu’ils entrainent ainsi
que leur diagnostic, leur prophylaxie et leur traitement. L’étude
porte également sur les vecteurs, les hôtes et les réservoirs
animaux des parasites.
Parasitisme?
association de deux êtres vivants, obligatoire pour le parasite,
qui seul tire bénéfice de cette association, plus ou moins
préjudiciable à l’hôte.
Parasite?
être vivant animal ou champignon (règne des Fungi) qui
pendant une partie ou la totalité de son existence vit aux dépens
d’autres êtres vivants (hôtes).
Définitions
Le saprophyte?
se nourrit de matières organiques animales ou végétales en
décomposition.
La vie libre?
l’organisme peut subvenir par lui-même aux besoins de son
métabolisme.
Réservoir?
être vivant qui héberge et assure la survie prolongée d’un agent
pathogène transmissible à l’homme.
Hôte?
organisme qui héberge un agent pathogène.
Vecteur?
organisme qui ne provoque pas lui-même une maladie mais qui
disperse l'infection en transportant les agents pathogènes d'un hôte à
l'autre.
Classification des parasites
Les parasites sont classés en 4 grands groupes :
➢ les protozoaires: sont des unicellulaires;
➢ les helminthes ou vers sont des métazoaires se présentent

sous des formes adultes des deux sexes mais avec des stades
larvaires, embryonnaires ou ovulaires;
➢les fungi ou micromycètes: ce sont des champignons

microscopiques identifiés sous forme de spores isolées ou
regroupées, ou de filaments;
➢les arthropodes, mollusques, annélides sont aussi des êtres

pluricellulaires parasites (insectes, arachnides, mollusques et
crustacés), pouvant se présenter sous divers stades pour leur
parasitisme (adultes males et/ou femelles, larves et œufs).
Cycles parasitaires
Définitions
Cycle évolutif :
représente l’ensemble des transformations que doit subir un parasite
pour assurer la pérennité de son espèce.
Les cycles évolutifs comprennent :
des cycles directs:
(monoxène) comprennent un seul hôte qui sont courts si le parasite
est immédiatement infestant ou longs si le parasite nécessite une
maturation dans le milieu extérieur;
des cycles indirects:
(hétéroxène): le parasite passe par plusieurs hôtes.
L'hôte peut être soit :
- hôte définitif qui héberge les formes adultes ou les stades
propres à la reproduction sexuée du parasite ;
- hôte intermédiaire qui héberge les formes larvaires ou la
reproduction asexuée du parasite.
Exemples de cycles parasitaires
Exemple I: le paludisme
Le paludisme est une maladie infectieuse humaine, causée

par un parasite du genre Plasmodium transmis par la piqûre
d'un moustique (ce qui en fait une maladie vectorielle)
appartenant au genre Anopheles. C’est un des problèmes
majeurs de santé publique au monde.
Agents pathogènes
Classification : parasite protozoaire sanguin
(hématozoaire).
Espèces responsables : Plasmodium falciparum, Plasmodium
vivax, Plasmodium ovale et Plasmodium malariae.
Cycles biologique du Plasmodium
Etape de l’anophèle Etape humaine
Amibiase (amoebose)
Amibiase
Maladie strictement humaine due au protozoaire rhizopode
Entamoeba histolytica. L’amibiase est fréquente en zone tropicale et
sub-tropicale
Agent pathogene
Morphologie
Entamoeba histolytica (E. h.) existe sous 2 formes :
- le kyste : forme de résistance présent dans le tube
digestif et le milieu extérieur à l’origine de la dissémination de la maladie.
Le kyste survit au minimum 15 jours dans l'eau, 10 jours dans les selles, il
résiste bien aux agents chimiques.
- La forme végétative ou trophozoïte sous 2 formes:
- la forme minuta (E. h. minuta), présente dans la
lumière du tube digestif ;
- la forme hématophage (E. h. histolytica), qui
contient des globules rouges et présente dans les tissus.
Cycles biologique d’Entamoeba histolytica
Cycle commensal Fatigue Cycle pathogène
E. h. minuta saprophyte stress E. h. histolytica hématophage
Absence symptôme maladie pathogène
Virulence
Amibiase
Le sujet « lésion de la muqueuse
viscérale
porteur sain intestinale
ulcérations
» Abcès
Amibiase cerveau
intestinale
poumons
foie
TÆNIASES
TÆNIASES
Tæniase maladie provoquée par un parasite appartenant à
la classe des Cestodes de, appelé Tænia,
Agent pathogene
Les tænias sont de longs vers parasites de l'intestin, et
couramment appelés vers solitaires. Ils sont des vers plats rubanés,
segmentés et hermaphrodites.
Deux espèces de tænia sont pathogènes pour l’homme : Tænia

saginata ou tænia du boeuf (hôte intermédiaire) et Tænia solium ou
tænia du porc (hôte intermédiaire).
Cycles biologique de Tænia
Tæniase adulte
Solex attaché
à l’intestin
Tænia adulte
dans l’intestin
Cysticercose
Œufs ou proglottides
gravides pseudotumeur cérébral
nodules sous cutanés.
La bilharziose ou schistosomiase
La bilharziose ou schistosomiase
La bilharziose ou schistosomose est une maladie parasitaire due à des
trématodes, vers plats, à sexes séparés, hématophages, vivant au stade
adulte dans le système circulatoire des mammifères et évoluant au stade
larvaire chez un mollusque d’eau douce.
Agents pathogènes
Il existe deux formes principales de schistosomiase: intestinale et
urogénitale, provoquées par cinq espèces :
Schistosoma mansoni : bilharziose intestinale aux Antilles et en
Amérique centrale
Schistosoma haematobium : bilharziose urogénitale en Afrique, Inde
et Péninsule Arabique
Schistosoma intercalatum : bilharziose rectale et génitale en Afrique
centrale
Schistosoma japonicum : bilharziose intestinale avec complications
artério-veineuses en Chine, Japon et Thaïlande
Schistosoma mekongi : bilharziose intestinale avec complications
artério-veineuses en Chine, Japon, Cambodge et Thaïlande
Cycles biologique de Schistosoma
Chez les escargots Chez les Homme

Chapitre III
Les champignons
Définitions
Les champignons?
sont des eucaryotes dépourvus de chlorophylle et ne comportent ni feuilles,
ni tiges, ni racines. Ils se nourrissent par absorption transmembranaire. Ils sont
en général saprophytes ou commensaux mais peuvent devenir parasites sous
différentes conditions. C’est le passage de la forme saprophyte à la forme
parasite (opportunisme) qui génère la pathogénicité d’un champignon.
La mycologie médicale?
étudie les champignons microscopiques susceptibles de provoquer chez
l’homme l’installation d’un état pathogène.
Les mycoses?
sont des lésions provoquées chez l’homme par des champignons
microscopiques.
Classification
Selon le classement de mycologie médicale on distingue:
- les champignons filamenteux ;
- les champignons levuriformes (levures) ;
- les champignons dimorphiques.
Les champignons
dimorphiques
champignons champignons
filamenteux levuriformes
Les mycoses
Caractéristiques cliniques des mycoses
Les mycoses se distinguent par :
- une évolution lente, d’allure chronique ou subaiguë,
pouvant durer plusieurs semaines à plusieurs mois ;
- une absence de fièvre (sauf en cas de septicémie ou de
colonisation d’organes profonds) ;
- une absence de douleurs (sauf localisations nerveuses) ;
- un prurit, pour la majorité des atteintes cutanées ;
- une sensation inconstante de brûlure en localisation
muqueuse.
Localisation des mycoses
- superficielles : peau, phanères, muqueuses et tube digestif

;
- profondes : viscérales, ostéo-articulaires, septicémiques
Exemples de mycoses
Les aspergilloses sont
des mycoses localisées ou généralisées,

champignons filamenteux.
des affections opportunistes allergiques ou infectieuses fréquentes.
Agents pathogènes
Le genre Aspergillus
Ces champignons microscopiques, saprophytes
Spores, très volatiles,
La principale voie de dissémination des spores d’Aspergillus est aérienne.
Clinique
Les aspergilloses sont des maladies cosmopolites, à localisation essentiellement
respiratoire (Aspergilloses pulmonaires). On peut rencontrer également :
Aspergillose sinusienne
Otite aspergillaire
Exemples de mycoses
Les candidoses
Les candidoses sont des mycoses cosmopolites provoquées par des champignons
levuriformes (levures) commensaux appartenant au genre Candida. L'espèce la plus
courante est Candida albicans.
Agent pathogène: Les levures du genre Candida mesurent 2 à 15 μm et se
multiplient par bourgeonnement.
Les aspects cliniques: sont nombreux et de gravité variable.
PARTIE IV : CONTRÔLE ANTIMICROBIEN
Chapitre III:
Moyens de lutte contre

les microorganismes
Moyens de lutte contre les microorganismes
La lutte contre la contamination et l’infection
Les agents antimicrobiens sont indispensables pour:

- lutter contre les microorganismes pathogènes,
- lutter contre les microorganismes susceptibles d'altérer les produits alimentaires
ou différents autres milieux.
Les moyens de lutte sont variés. L'utilisation de tel ou tel moyen dépend:
- des miroorganismes visés,
- de son environnement,
- de l'intensité de l'action souhaitée,
- durée d’exposition,
- Température……
Définitions
Stérilisation: procédé par lequel on détruit ou élimine toutes les cellules

vivantes, spores et virus.
Désinfection: destruction, inhibition ou élimination des

microorganismes pathogènes.
Décontamination: réduction de la population microbienne à des

niveaux considérés sans danger par les normes de santé publique.
Définitions
Sepsie ou septicémie: une infection générale grave de l’organisme par des germes
pathogènes
Septique: (infectant, putréfier): ce dit de ce qui est souillé ou porteur de germes

L’asepsie: est un ensemble de mesures préventives permettant d’éviter la contamination par
les micro-organismes.
Les antiseptiques: ensemble de produits permettent de tuer les microbes à la surface d’un
organisme vivant.
Les antibiotiques détruisent les bactéries visées à l’intérieur du corps. Ils sont synthétisés par
les micro-organismes (bactéries, champignons) ou par méthode chimiques.
La vaccination permet d’empêcher l’infection par certains microbes.
Agents
antimicrobiens
formol béta-propiolactone
l'oxyde d'éthylène Les gaz
Agents l'ozone Agents
physiques chimiques
composés
Les radiations phénoliques
Filtration Alcool
ammoniums
Chaleur humide ⚫Les colorants quaternaires
Chaleur sèche ⚫les conservateurs alimentaires
Chimiothérapie antimicrobienne
Les agents chimio-thérapeutiques:

Ils tuent les micro-organismes pathogènes en inhibant leur développement à des
concentrations suffisamment faibles pour éviter d’occasionner des dommages chez
l’hôte.
Les sulfamides et les antibiotiques ont cette qualité d'être de toxicité sélective.
Substances
antimicrobiennes
Substances Substances
antibactériennes antivirales
Substances
Sulfamides
antifongiques
Antibiotiques
Généralités sur les antibiotiques
Antibiotique: Du grec anti: «contre» et bios: «la vie»

▪ Médicament
. origine naturelle, synthétique ou hémisynthétique,
.
action spécifique.
- empêche le développement bactérien = bactériostase (bactériostatique)
- ou détruit les bactéries = bactéricidie
▪ Action spécifique sur une cible bactérienne
▪ Bonne absorption et bonne diffusion dans l’organisme
Antiseptique ou désinfectant (biocides) cibles multiples, pas spécifiquement

bactériennes, virus, champignons, parasites…..
toxicité par voie générale
utilisation limitée à la voie locale
Classification des antibiotiques
Origine: élaboré par un organisme vivant ou produit par synthèse,
Nature chimique: très variable, souvent une structure de base sur la quelle
il y a hémisynthèse,
Modes d’action: l’activité thérapeutique se manifeste à très faible dose
d’une manière spécifique, par l’inhibition de certains processus vitaux.
Modalités: interaction dans le temps entre des concentrations variables
d’un antibiotique et une bactérie
Modalités: interaction entre un antibiotique et une bactérie

. CMI: concentration minimale inhibitrice, Plus faible concentration
d’antibiotiques capable d’inhiber in vitro toute culture visible de la souche
étudiée pendant une période de temps définie.
. CMB: concentration minimale bactéricide, plus faible concentration
d'antibiotique capable de tuer les bactéries après 24 h d'incubation dans un
milieu de croissance spécifique.
Détermination du CMI en milieu liquide
Détermination du CMI en milieu gélosé

Quelle est la nécessité pour un clinicien de demande un antibiogramme de la souche

pathogène?
Un antibiogramme permet de déterminer de la sensibilité d’une bactérie aux
antibiotiques.
On peut dire que la bactérie sensibles à l’antibiotique

A et B. Mais résistante aux autres antibiotiques
B
PARTIE IV : LES MALADIES INFECTIEUSES :
- Cycles des maladies infectieuses

- Maladies Virales, Bactériennes, Parasitaires,
Fongiques et leurs modes de transmission
LES MALADIES INFECTIEUSES
INTRODUCTION:
Une maladie infectieuse est une altération de l’état normal d’un individu ou de
l’un de ses organes suite à un contact avec un agent infectieux.
Dans le cas des MO, cet agent put être, un virus, un champignon, une bactérie ou
un protozoaire.
Ces maladies infectieuses peuvent être contagieuses ou non.
Certaines maladies sont bénignes et d’autres plus graves, pouvant entrainer la
mort.
En épidémiologie, on étudie le cycle de la maladie infectieuse, qui, pour une
maladie donnée, doit répondre à cinq questions majeures.
LE CYCLE DE LA MALADIE INFECTIEUSE
1-Par quel agent la maladie est causée ?

La cause directe de la maladie doit être identifiée en appliquant le
postulat de Koch.
Le laboratoire de diagnostic doit l’isoler et tester différents agents
de contrôle de micro-organisme, afin de proposer éventuellement
une thérapie.
2-Quel est le foyer et le réservoir de l’agent infectieux ?
Si on identifie l’origine d’une maladie, on peut contrôler le cycle infectieux.
Sa transmission sera stoppée.
Le foyer est le lieu à partir duquel l’agent est transmis directement à l’hôte.
Cela peut être une source d’eau, un aliment, un animal.
Cela peu être aussi un être humain qui revient d’un voyage durant lequel il a contracté un
agent infectieux qui n’existe pas dans son pays d’origine, il est appelé porteur. Il y a différents
types de porteur :
Actif : il présente les symptômes de la maladie.
Sain : Il porte en lui les germes pathogènes mais il n’est pas malade et ne sera jamais malade.
En voie de guérison : Il n’est plus malade, mais porte en lui encore l’agent pathogène.
En incubation : Il porte l’agent pathogène depuis peu, mais il n’a pas encore de symptômes
cliniques
Le réservoir est le lieu naturel dans lequel l’agent infectieux est retrouvé naturellement.
Beaucoup de maladie infectieuses sont transmises par des animaux, se sont des zoonoses. Les
animaux peuvent être domestiques ou sauvages.
3-Quel est le mode de transmission ?
Pour se maintenir dans une population, un agent infectieux doit se transmettre d’un hôte à
l’autre.
On distingue quatre modes de transmission.
La transmission par un aérienne
La transmission par contact
La transmission par un vecteur inanimé ou passif
La transmission par un vecteur animal
Dans la transmission aérienne, l’agent est transporté par des microgouttelettes d’eau ou une
poussière en suspension. Si les hommes sont à l’origine de la maladie, cette transmission se fait
par la toux et les éternuements.
La transmission par contact se fait par attouchement entre la source et l’hôte. Elle peut être
directe ou indirecte.
La transmission par un vecteur inanimé se fait par des objets, instruments chirurgicaux,
l’eau les aliments.
La transmission par un vecteur animal se fait par des arthropodes et par des vertébrés
(chiens, chat et autres animaux sauvages).
4-Pourquoi l’hôte est-il sensible à l’agent infectieux ?

Cela dépend de la virulence de l’agent et des défenses immunitaires
de l’hôte.
Le facteur génétique et l’alimentation sont également pris en compte.
5-Comment l’agent infectieux est sorti de l’hôte ?

La sortie est aussi importante que l’entrée dan la compréhension et la
lutte contre la maladie infectieuse. Les voies de sorties sont souvent
passives (sécrétion, urine, selles, salive).
EXEMPLES DE MALADIES VIRALES, BACTÉRIENNES, PARASITAIRES, FONGIQUES ET
LEURS MODES DE TRANSMISSION.
Maladie virales transmises par l’air : la varicelle, la grippe, la rougeole, le SRAS

(syndrome respiratoire aigu sévère), la rubéole.
Maladies virale transmises par un contact : Le SIDA, l’herpès labiale et génital, le rhume
par contact des mains, La COVID-19, les hépatites virales.
Maladies virales transmissible par un vecteur passif (eau, aliment) : Les gastroentérites
virales, l’hépatite A et E, la poliomyélite.
Maladies virales transmisses par un vecteur animal : la rage par la morsure d’animaux
enragés, les fièvres hémorragiques (Ebola, Marburg). Les virus sont portés par des primates et
des chauves-souris.
Maladies bactériennes transmisses par l’air : La COVID-19, La pneumonie, la diphtérie,
la légionellose, les méningites, la tuberculose…
Maladies bactériennes transmises par des arthropodes : Les tiques, les poux, les puces
peuvent transmettre des maladies très graves, comme la peste (Yersinia pestis) , le typhus
(Rickettsia typhi), la maladie de Lyme (Borrelia sp).
Maladie bactérienne transmises par contact :

La gangrène gazeuse à clostridies, la conjonctivite à chlamydias, la lèpre par Mycobacterium
leprae, l’ulcère gastrique par Helicobacter pylori et les maladies staphylococciques à
manifestation dermatologique comme l’impétigo, les furoncles, le syndrome
staphylococcique de la peau ébouillantée, qui par une toxine codée par un gène plasmidique,
décolle l’épiderme et met la peau à nu. Le tétanos qui forme des endospores, le trachome.
Dans ce groupe, On peut rajouter à ceux-ci, les maladies bactériennes, sexuellement

transmissible comme la syphilis, le chancre mou, la vaginite, l’urétrite, la blennorragie à
gonocoque qui atteint les muqueuses génitales.
Maladies bactériennes transmises par l’eau et les aliments : On parle d’empoisonnement alimentaire. Si le MO
est apporté par les aliments puis, il se développe dans le tube digestif de l’hôte avant d’envahir d’autres tissus, on
parle d’infection alimentaire.
Si le MO se développe dans l’aliment, puis sécrète une toxine qui va être ingérée, on parle d’intoxication
alimentaire, les plus connues sont le botulisme (Clostridium botulinum) trouvé dans les conserves et
l’intoxication alimentaire staphylococciques (S. aureus).
Parmi les infections alimentaires on distingue les gastro-entérites (Campylobacter), le cholera (Vibrio), la
listeriose (Listeria) transmise par le lait. Les salmonelloses (eau et nourritures contaminées par les déjections
d’animaux contenant des Salmonella.
Une forme de dysenterie bactérienne appelée shigellose. Les shigelles sont portées uniquement par les humains.
Elles sont parasites intracellulaires des cellules intestinales et provoquent des diarrhées une inflammation des tissus
intestinaux.
Les E. coli entéropathogénes très fréquentes dans les diarrhées chez le nourrisson. Les E. coli entérotoxiques,
responsables des diarrhées dans les pays en développement et chez le touriste de passage. Les E. coli entéro-
invasive, pathogénie identique à celle de Shigella.
Les protozoaires sont impliqués dans des maladies parasitaires très graves.
On peut citer l’amibiase (amibes), le paludisme, la toxoplasmose (apicomplexa), la
leishmaniose, la maladie du sommeil, la maladie de Chagas et la trichomonose . Ces
trois groupes de maladies sont transmis respectivement par l’eau, par des piqures d’insectes
vecteurs, par relation sexuelle.
Les champignons microscopiques causent également certaines maladies qu’on regroupe

sous le nom de mycoses.
Ces mycoses peuvent être cutanées et sous-cutanées, systémiques (phagocytes, poumon,
peau, os, cerveau, viscères) et opportunistes (chez les patients immunodéprimés).
PARTIE V: ELEMENTS D’APPLICATION D’HYGIENE,
SECURITE ET QUALITE EN MICROBIOLOGIE
EXPOSE
▪ MICROBIOLOGIE ET QUALITE DANS LES

INDUSTRIES AGROALIMENTAIRES
▪ MICROBIOLOGIE ET QUALITE DANS LES
LABORATOIRES D’ANALYES MEDICALES
▪ LES METHODES CLASSIQUESDE CONTRÔLE
QUALITE EN MICROBIOLOGIE
▪ CONTRÔLE MICROBIOLOGIQUE EN HYGIENE
HOSPITALIERE
Merci de votre attention
Et
Je vous souhaite une
bonne continuation
Travaux dirigés
Partie A : Questions à choix multiples.
Concernant la bactérie :
A - c'est une cellule haploïde
B - le cytoplasme est dépourvu de réticulum endoplasmique
C - les fimbriae facilitent l'adhésion des bactéries aux muqueuses
D - ses ribosomes ont la même structure que ceux de la cellule eucaryote
La paroi bactérienne :
A - est composée d'un polymère glycopeptidique réticulé
B - est responsable de la coloration différentielle de Gram
C - contient des acides aminés de la série D
D - résiste à l'action du lysozyme
Structures périphériques de la bactérie responsables de sa fixation à la surface des
cellules :
A - la capsule
B - les flagelles
C - les mésosomes
D - les pilis
Concernant le peptidoglycane :
A - il est responsable de la coloration différentielle de Gram
B - les bactéries Gram négatif en sont dépourvues
C - le lysozyme hydrolyse les liaisons glucosidiques
D - la pénicilline hydrolyse les liaisons interpeptidiques
E - il est absent de la paroi des spirochètes
La capsule :
A - est un facteur de virulence
B - peut être perdue par mutation
C - peut être acquise par transformation
D - empêche la production d'anticorps protecteurs
Les spores bactériennes:

A – sont sensibles aux conditions hostiles exemple la température
B – existent chez toutes les bactéries
C – sont l’équivalent des kystes chez les parasites
D – après germination donnent naissance à la forme végétative
E – peuvent être endo ou exo cellulaire
Une infection nosocomiale hospitalière :

A - n'atteint que les malades hospitalisés
B - est une infection provoquée par un traitement médical ou chirurgical invasif
C - est une infection survenant chez un sujet immunodéprimé
D - est une infection contractée à l'hôpital
E - est due à une "BMR" (bactérie multirésistante aux antibiotiques)
Concernant les exotoxines

A – sont produites généralement par les bactéries Gram-
B – ont un pouvoir immunogène élevé
C - correspondent aux acides teichoïques des bactéries Gram+
D – sont thermolabiles
E – ne peuvent être transformées en anatoxines
Concernant les endotoxines :

A - sont thermostables
B - peuvent être transformées en anatoxines
C - correspondent aux antigènes O des bactéries Gram négatif
D - doivent leur nom à leur mode d'action : toxines endocellulaires
E - provoquent la formation d'anticorps protecteurs
Les bactéries virulentes

A – ont un pouvoir pathogène toxique
B – possèdent des moyens pour échappées de la phagocytose
C – se caractérisent par un pouvoir invasif
D - doivent leur nom au mode d'action de leurs toxines endocellulaires
E – produisent toujours des exotoxines
Partie B : Nutrition des bactéries
Exercice I.
Les phrases suivantes sont-elles vraies ou fausses
A- le terme auxotrophe désigne les microorganismes capables de se développer avec du
CO2 comme seule source de carbone.
Fausse: auxotrophie est l'incapacité d'un organisme vivant de synthétiser un facteur de
croissance nécessaire à son développement.
B- Le terme facteur de croissance désigne une substance qui doit entrer impérativement
dans la composition d’un milieu de culture destiné à étudier la croissance des
microorganismes.
Fausse: Cette substance est indispensable qu’à un certain types de microorganismes dits
auxotrophes.
C- Un milieu d’enrichissement est un milieu liquide destiné à favoriser la croissance
d’un microorganisme au détriment de celle des autres, en agissant sur la vitesse
spécifique de croissance.
Vrai.
D- un milieu sélectif est un milieu destiné à la croissance d’un microorganisme en
inhibant la croissance de la flore associée.
Vrai.
E- Un milieu enrichi est un milieu destiné à l’identification d’une bactérie.
Fausse: un milieu enrichi est un milieu destiné pour la culture de certaines bactéries
dites exigeantes
Partie B : Nutrition des bactéries
Exercice I.
1- Milieu 1: milieu de base (milieu minimum) aucune source de carbone
2- Ces bactéries peuvent se multiplier dans le milieux 1, car elles sont
capables de fixer le CO2 et de produire la matière organique. Ces bactéries
sont des autotrophes.
3- Milieu 1 Phosphate d’ammonium
Milieu B: Phosphate d’ammonium + acides aminés
Milieu C: Phosphate d’ammonium + acides aminés
4- le type trophique des 3 souches:

-La souche A cultivée sur milieu type A plus glucose qui lui apporte le
carbone organique. Donc la souche A est hétérotrophe vis à vis du carbone
(glucose). Mais elle est prototrophe vis à vis des facteurs de croissance.
Souche B: auxotrophe vis à vis des acides aminés, mais prototrophe vis-à-vis
des vitamines
Souche C: auxotrophe vis à vis des acides aminés et vitamines.
Partie C : Croissance bactérienne
Exercice I
1- une colonie est un ensemble de cellule qui proviennent de la division d’une

même cellule mère.
2- Dénombrer les bactéries = donner le nombre de bactéries par unité de

volume, très souvent par ml de culture analysée.
3- Différentes applications du dénombrement bactérien:

Ex1 : Contrôle de qualité d’un aliment
Le nombre de bactéries existant dans un échantillon d’un lait est comparé à
des seuils à ne pas dépasser (normes de qualité d’un lait).
EX 2 : Diagnostic d’une maladie infectieuse :

Le dénombrement des bactéries dans une urine renseigne sur l’infection
urinaire ou pas, grâce à une comparaison à des seuils à ne pas dépasser.
Parmi les boites comptables on ne considèrera que la boite qui a donné un

nombre de colonies compris entre 30 et 300 colonies.
Si le nombre est inférieur à 30, il n’est pas statistiquement significatif.
Si le nombre est supérieur à 300, on risque de sous estimer le nombre de
bactéries du fait qu’il peut y avoir une compétition entre ce grand nombre de
bactéries vis a vis des éléments nutritifs disponibles et vis-à-vis de l’espace et par
la suite une inhibition d’une bonne proportion de cellules au niveau de la boite.
Dans notre exemple, la dilution choisie est la dilution 10-3.
On calcule la moyenne des bactéries pour la dilution 10-3

La moyenne 120 + 110 + 95 /3 = 108 bactéries
Le nombre de bactéries = 108(moyenne) x 103 ( facteur de dilution)/

(volume ensemencé 0,1ml)
= 10,8 x 105 UFC /ml d’urine
= 11 x 105 UFC /ml d’urine
L’unité utilisée est l’Unité Formant Colonie (U.F.C.) :

c’est une unité plus précise que l’unité bactéries/ml. Car on compte
le nombre d’unités qui forment des colonies, quelque fois,
plusieurs bactéries côte à côte pouvant donner une même colonie.
Il est donc plus exact de parler du nombre d’unités formant
colonies que de nombre de bactéries.
5 et 6- le nombre des bactéries dénombré par méthode directe est

supérieur à celui obtenu par dénombrement sur gélose.
La différence entre les deux méthodes vient du fait que la méthode
directe au microscope compte aussi bien les cellules vivantes et les
cellules mortes.
Exercice II (Remarque, cette donnée manque au niveau de l’exercice au départ on compte dans 0,2 μl 120
bactéries (méth microscopique)
A 37°C:
A t=0 on compte dans 0,2 μl 120 bactéries (méth microscopique),
càd 60 bactéries par 0,1 μl
on a 240 bactéries dans 0,1 μl au bout de 2h soit
120 min. On peut calculer n selon la formule Nt = 2n. N0 en
ramenant N et N0 à un nombre de bactérie par même unité de
volume.
On peut tout ramener à 0,1 μl et multiplier par 2
t = 0 min, 0,1 μl donne 60 bactéries
Génération 1: 60 x 2 = 120
Génération 2: 120 x 2 = 240
d’où TG = 120 min / 2 générations = 60 min
La souche A mésophile
A 42°C, on a 480 bactéries dans 0,05 μl càd 960 bactéries pour

0,1 μl après 2h soit 120 min.
On peut calculer n selon la formule Nt = 2n. N0 nombre de
bactérie par même unité de volume.
On peut tout ramener à 0,1 μl et multiplier par 2

Génération 1: 60 x 2 = 1 génération = 120
d’où TG = 120 min / 4 générations = 30 min
La souche B thermotolérente
Exercice III
On a Nt = 2n. N0
Nt/ N0 = 2n
Log(Nt/N0) = n log2
Pour les rats traitées:
log(3e8/1e4)/log(2)=n=14,8
8H/14.8=0.53h=33 min
Pour les rats non traites :
log(6e6/1e4)/log(2)=n=9,22
8h/9.22=0.86h=52 min
Competition nutritive. Competition de l'espace. La flore

normale peut produire les inhibiteurs.
Partie D : La contamination et l’infection par les micro-organismes
Exercice I :
Les micro-organismes sont très nombreux autour de nous. On en trouve

en grande quantité dans l’air, l’eau, le sol, les aliments, sur notre peau…
Certains, dits pathogènes, font courir des risques de maladies à l’Homme.
Les micro-organismes pathogènes peuvent se transmettre de différentes

façons mais les plus courantes sont les transmissions par l’alimentation, l’eau,
l’air
A la faveur d’une lésion, si petite soit-elle, les micro-organismes

franchissent les
barrières naturelles de notre organisme (la peau et les muqueuses). On parle
alors de contamination.
Dans le cas des IST dont le Sida, la contamination peut se faire par le
sang. Parfois, elle peut intervenir lors des transfusions.
Exercice 2 :
Les micro-organismes, une fois entrés dans l’organisme,

trouvent des conditions favorables à leur multiplication.
Leur prolifération se fait:

- dans l’organisme pour les bactéries,
- dans les cellules pour les virus, qui vont détruire les
cellules infectées et se propager pour infectés d’autres cellules.
La prolifération des micro-organismes peut atteindre un

rythme impressionnant (EX: une bactérie se multiplie toutes les
20 minutes).
Exercice 3:
Les risques de contamination et d’infection peuvent être limités de

différentes manières.
Les règles d’hygiène élémentaires (se laver les mains, utiliser un

mouchoir en papier, se laver régulièrement…),
l’utilisation d’antiseptiques en cas de plaies avec risque de

contamination (alcool à 70°, bétadine…),
les règles d’asepsie en milieu médical (aiguilles stériles, salles

d’opération décontaminées, vêtements, masques, gants…).
Ces moyens visent tous à limiter les contacts avec les micro-organismes ou à
réduire les risques d’infection en cas de contamination possible.

Cours Microbiologie 2024 Gbe Lp1imsa

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IMSA GBE

GENIE BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT

Licence 1 : Module : MICROBIOLOGIE

Année Universitaire 2023-2024

Toutes les parties sont à étudier pour l’examen:

BROCK: Biologie des micro-organismes

• PARTIE I: LES MICROORGANISMES ET L’HUMAIN :

• 2- DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN;

• 3- RELATIONS DES MICROORGANISMES AVEC L’HÔTE ET DES

• 4- ÉTABLISSEMENT DE LA FLORE MICROBIENNE CHEZ L’HOMME.

• PARTIE II : LES AGRESSEURS MICROBIENS

• Connaitre les principales étapes et découvertes de la microbiologie ;

Les branches de la microbiologie?

3.2. La microscopie électronique

Le microscope électronique à balayage (MEB) qui permet d’obtenir

2-Le micro-organisme doit être isolé et cultivé en culture pure ;

Depuis leur découverte par Anthony Van

- Ceux ayant des caractères proches des animaux

Nécessité de créer un nouveau système de classification comprenant les MO

• Notre planète est âgée d’environ 4.6 milliards d’années.

En 1866, Haeckel proposa la création d’un troisième règne qui comprendrait

Règne des Règne des Règne des Protistes

Règne des protistes

Protistes inférieurs Protistes supérieurs

* Absence de membrane autour * Possèdent un véritable noyau

En 1969, Whittaker a proposé une classification selon 5 règnes

Règne des Règne des

Règne des Règne animal

Tableau avec d’autres classifications

Haeckel Whittaker Woese (1977) Cavalier - Consensus ? Woese (1990)

Règnes pouvant contenir

Les procaryotes comprennent deux règnes :

- les archées : bactéries vivant dans des conditions extrêmes

Ces organismes possèdent un vrai noyau, c’est-à-dire que leur matériel

Les eucaryotes comprennent:

- Taille : 0,015 à 0,2 µm

- procaryotes unicellulaires (diamètre = 0,5 à 1,5 µm)

Les levures Les moisissures

Taille Concentration Régime alimentaire

Nématodes 0,1 à 5 mm 106 à 108/m2 Champignons, bactéries, cellules de végétaux

Lombrics 3 à 30 cm 10 à 103/m2 Résidus de végétaux, champignons, bactéries

Arthropodes > 1 mm Carnivores ou phytophages

Micro arthropodes < 1 mm 103 à 104/m2 Résidus de végétaux, algues, champignons,

Bactéries 0,01 à 0,05 108 à 109/g de sol Matière organique

= Arrangement ordonné d’unités dans des groupes plus grands.

Mais, avant leur arrangement systématique, il faut nommer et

Les nomenclatures scientifiques sont des noms latins ou latinisés

Il existe différents systèmes de classification

Définition de L’espèce biologique

Cette définition n'est pas applicable aux procaryotes (bactéries).

Les échelons hiérarchiques sont :

Espèce = groupe de microorganismes présentant en commun le plus

Genre = un groupe d’espèces semblables

Famille = un groupe de genres semblables

Ordre = un groupe de familles semblables

Classe = un groupe d’ordres semblables

Embranchement = un groupe de classes semblables

Règne = tous les organismes de cette hiérarchie

En biologique, les niveaux hiérarchiques ou rangs taxonomiques de la classification scientifique du monde

Pseudomonas syringae pathovar Corynebacterium afermentans sous-espèce

Domaine ou empire "Bacteria " "Bacteria "

Sous-espèce aucune Corynebacterium afermentans subsp .

* Le nom de chaque microorganismes est formé par deux fragments :