Cours de Microbiologie générale Riba A. Dpt. Biologie, FS.

UMBB

MICROBIOLOGIE GENERALE
Programme du cours
I. LE MONDE MICROBIEN
II. MORPHOLOGIE ET STRUCTURE DE LA CELLULE BACTERIENNE.
IV. CROISSANCE BACTERIENNE.
V. SYSTÉMATIQUE BACTÉRIENNE.
VI. NOTIONS DE MYCOLOGIE ET DE VIROLOGIE.
VII. LES AGENTS ANTIBACTÉRIENS.

I. LE MONDE MICROBIEN
1. INTRODUCTION
Microbiologie = Science qui étudie les microorganismes.
• Les micro-organismes = organismes microscopiques (de petite taille).
• Groupe très diversifié : bactéries, virus, champignons, algues unicellulaires et protozoaires.
• Existent à l'état de cellule isolée ou en groupe (amas)
Les microorganismes ou protistes se composent de : bactéries, protozoaires, champignons (Mycètes), et algues.
Les virus sont des parasites obligatoires, acellulaires qui dépendent entièrement des cellules hôtes infectées.
2. Domaines d’intervention des microorganismes
•Environnement : Sol, Air, Eau
• Domaine industriel : biotechnologie (production de métabolites d’intérêt Ex : ATB, Enzymes ; hormones, acides)
• Bioremédiation
• santé alimentaire : les contaminations des aliments et leurs conséquences
• santé publique : les maladies infectieuses etc.

3. Historique. La découverte du monde microbien

C’est le Hollandais LEEUWENHOEK (1632-1723) qui a révélé à l’Homme l’existence du monde microbien,
en utilisant des microscopes simples. Il appela ces micro-organismes des animalcules. Il observa, l’eau de
pluie, sa propre matière fécale, la matière prélevée de ses dents.
La microbiologie est devenue une science à part entière, lorsqu’on a réussi à obtenir des cultures pures,
grâce au développement des milieux de culture gélosés (solides) et les boites de Petri. Aussi, grâce à la
fabrication de microscopes plus puissants que les premières loupes et l’élaboration de colorations
spécifiques…
La relation directe entre une bactérie et une maladie a été démontrée par le médecin allemand Robert
Koch (1843-1910), en étudiant la tuberculose et son agent Mycobacterium tuberculosis. Pour affirmer cette
causalité, il faut vérifier plusieurs critères rassemblés sous le nom de « Postulats de Koch »:
1-Le micro-organisme doit être présent chez tous les sujets malades, et absent chez les sujets sains.
2-Le micro-organisme doit être isolé et cultivé en culture pure
3-A partir de ces cultures pures on doit être en mesure de provoquer la maladie par inoculationexpérimentale
4-Le même micro-organisme doit être de nouveau isolé des malades expérimentaux.
En même temps et par la suite d’autres scientifiques célèbres :
Tyndall 1877 : découverte des spores, leur thermorésistante et il mit au point la tyndallisation.
Winogradsky 1856-1953 : Travaux sur les bactéries nitrifiantes, les bactéries fixatrices de l’azote, sulfureuses
et la décomposition bactériennes de la cellulose dans les sols.
Beijerinck 1851-1931 : les bactéries fixatrices d’azote, symbiotiques.

4. Classification des microorganismes :

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Définition : Classification des microorganismes = attribution de chaque microorganisme à une catégorie d’êtres
vivants déjà existants.
Depuis leur découverte par Anthony van Leeuwenhoeck, la place des bactéries dans le monde vivant a beaucoup
évoluée. Le botaniste suédois Carl van Linné (1735), élabora une première classification des organismes vivants
en deux règnes Plantae et Animalia.
4.1. Classification de Haeckel
En 1866, Haeckel proposa la création d’un troisième règne qui comprendrait les microorganismes c'est le règne
des Protistes.
4.2. Distinction entre cellules eucaryotes et procaryotes selon Edward Chatton
En 1937 et grâce à l’invention du microscope électronique, Edward Chatton mis en opposition deux types de
cellules, la cellule eucaryote (noyau est entouré d'une membrane et qui renferme des d'organites
cellulaires) et la cellule procaryote (noyau sans membrane et dont l'organisation est très simple).
En 1938, H.F. Copeland sépare le règne des bactéries (ou "Monera") de celui des protistes. Cette définition
des procaryotes fut renforcée en 1961 par Roger Stanier.
Le règne des protistes est à son tour divisé en deux :
- Les protistes inférieurs : bactéries et cyanobactéries = cellules procaryotes
- Les protistes supérieurs : champignons, protozoaires et algues= cellules eucaryotes
4.3. Classification à cinq règnes
En 1969, Robert H. Whittaker a proposé une classification selon 5 règnes :
1- Monères= • Procaryotes, cellules sans noyau = Bactéries
2- Protistes =• eucaryotes unicellulaire avec noyau= Protozoaires
3- Mycètes ou champignons= • Eucaryotes hétérotrophes avec paroi
4- Végétaux= • Organismes autotrophes avec paroi
5- Animaux= • Eucaryotes, hétérotrophes, sans paroi

4.4. Classification Génomique selon , CR, Woese (1978)

Le développement des techniques de biologie moléculaire a permit de caractériser les gènes qui codent pour
les ARN ribosomaux (ARNr). En comparant une multitude de séquences d’ARNr 16S, appartenant à divers
organismes vivants, il est arrivé à diviser les organismes vivants en trois domaines. Le domaine des Bacteria
ou Eubacteria, le domaine des Archaea et le domaine des Eucarya (animaux, plantes, les mycètes et les
protistes).
Woese et Fox (1977) propose une classification des êtres vivants en 6 règnes. En fait, les procaryotes
comprennent deux règnes :
- les archées : bactéries vivant dans des conditions extrêmes
- les bactéries sensus stricto (eubactéries) : la majorité des bactéries qui se trouvent dans notre environnement.
• Les Bacteria et les Archaea sont des procaryotes ou cellules sans noyau ni organites, ce qui
correspond à l'ancien règne des bactéries. Les Eucarya regroupent les 4 anciens règnes des animaux, plantes,
champignons et protistes.

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5. Caractéristiques générales d’une bactérie

• Organisme vivant unicellulaire de petite taille (microorganisme, micron) de morphologie variée et qui présente
des caractéristiques spécifiques des procaryotes :
• Paroi • Un seul chromosome
• Absence de membrane nucléaire • Multiplication par scissiparité : pas de
• Absence d’organite : ni mitochondrie, ni reproduction sexuée
chloroplaste, ni R.E…
Comparaison entre cellule eucaryote et cellule procaryote
Procaryote Eucaryote
Taille 0,3 à 2,5 μm 2 à 20μm
Noyau non oui avec membrane
Chromosome(s) 1 plusieurs
ADN chromosome, plasmides… noyau, mitochondries…
Respiration membrane cytoplasmique mitochondries
Appareil de golgi absence présence
Ribosomes 30S, 50S/70S 40S, 60S/80S, 70S
Enveloppe cellulaire peptidoglycane (paroi) cellulose (plantes)
Mobilité flagelle cils
Stérols membranaires absence présence
Caractéristiques des principaux groupes de microorganismes
5.1. Les bactéries :
- procaryotes unicellulaires (diamètre = 0,5 à 1,5 μm)
- Structure simple
- peuplent tous les milieux
- ont un fort pouvoir de génération : en moyenne, une bactérie peut se diviser toutes les 20 minutes.
- Certaines sont pathogènes, d’autres utiles
5.2. Les Virus:
- Taille : 0,015 à 0,2 μm
- Parasites obligatoires
- Visibles seulement au microscope électronique
- Causent maladies chez l’homme, plantes, animaux et infectent d’autres microorganismes
5.3. Les cyanobactéries
-Taille : 5,0 à 15 μm
- Procaryotes unicellulaires
- Structure comme les bactéries
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- contiennent de la chlorophylle
- utilisées comme nourriture d’animaux aquatiques
- contribuent à la formation du sol
5.4. Les mycètes (règne des champignons) (Fungi)

 Les moisissures
- Eucaryotes pluricellulaires (2 à10 μm de diamètre)
- Culture en laboratoire
- décomposent la matière
- utiles en fabrications industrielles (pénicilline)
- Pathogènes des hommes, animaux et plantes
 Les levures
- Eucaryotes unicellulaires (5 à 10 μm)
- Culture en laboratoire comme les bactéries
- Production de boissons alcooliques
- supplément nutritif
- certaines sont pathogènes
5.5. Les protozoaires
- Taille : 2 à 200 μm
- Eucaryotes unicellulaires
- culture en laboratoire ou parasites intracellulaires
- sources de nourriture pour les animaux aquatiques
- certains sont pathogènes
5.6. Les algues
-Taille : 1 μm à plusieurs mètres
- Eucaryotes unicellulaires et multicellulaires
- La plupart sont aquatiques
- Photosynthétiques (chlorophylle)
- Source de nourriture dans les milieux aquatiques
- Suppléments alimentaires
- source de gélose pour la microbiologie
- certaines produisent des toxines

6. Taxonomie et nomenclature des microorganismes

Taxonomie = classification, nomenclature et identification
science de classification des organismes dans des groupes appelés Taxons.
= Arrangement ordonné d’unités dans des groupes plus grands.
Mais, avant leur arrangement systématique, il faut nommer et Identifier les microorganismes
Nomenclature : C’est l'ensemble des règles qui président à l'attribution d'un nom à chaque taxon.
Les nomenclatures scientifiques sont des noms latins ou latinisés.
Identification = donner une identité à un microorganisme inconnu en le comparant aux microorganismes connus.
Il existe différents systèmes de classification
- Système de classification des animaux
- Système de classification des végétaux
- Systèmes de classification des bactéries. Elle est adoptée en 1947 par l’association Internationale des sociétés
Microbiologiques. C’est le code international de Nomenclature des bactéries
Les premiers modèles de classification ont été crées par Linné en 1750
Chaque système de classification présente une unité de base = Espèce
Définition de L’espèce biologique = C’est l’unité de base de tout système de classification.
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= C’est un groupe d’organismes très apparentés, différents des autres groupes d’organismes et capables de se
croiser entre eux.
Cette définition n'est pas applicable aux procaryotes (bactéries). En bactériologie, une espèce est constituée par
sa souche type et par l'ensemble des souches considérées comme suffisamment proches de la souche type pour
être incluses au sein de la même espèce.
Cette dernière définition repose sur un ensemble de caractères :
 caractères morphologiques  Métabolisme
 Aspects tinctoriaux  Critères immunologiques
 Types trophiques  Critères pathologiques
* Un système de classification biologique est aussi basé sur une hiérarchie taxonomique
Les échelons hiérarchiques sont :
Espèce = groupe de microorganismes présentant en commun le plus grand nombre de caractéristiques
semblables.
- Genre = un groupe d’espèces semblables
-Famille = un groupe de genres semblables
-Ordre = un groupe de familles semblables
-Classe = un groupe d’ordres semblables
-Embranchement = un groupe de classes semblables
-Règne = tous les organismes de cette hiérarchie
Exemple de structure hiérarchique des taxons (tableau)

Rang Exemple

Règne Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe γ-Proteobactéries
Ordre Enterobactériales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia
Espèce Escherichia coli

* Les microorganismes sont nommés selon les règles du système binomial de Linné (1750).
* Le nom de chaque microorganisme est formé par deux fragments, le premier = le nom du genre,
sa première lettre en Majuscule. Le second = qualificatif = nom descriptif, première lettre en minuscule. * Les deux
termes sont en latin. Ils forment le nom scientifique de l’espèce. Ils s’écrivent toujours en italique (ex : Escherichia
coli).

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II. MORPHOLOGIE ET STRUCTURE DE LA CELLULE BACTERIENNE

1. Morphologie cellulaire
Dimensions : Escherichia coli (bâtonnet) 5 à 10 μm.
Les staphylocoques et les streptocoques qui sont des bactéries sphériques ont un diamètre variant entre 0,75 et
1,25 μm.
Forme :
- sphériques (coques ou cocci),
-cylindriques (bacilles ou bâtonnets)
-spiralées (hélicoïdales ou spirilles)
- virgule (vibrions)

Groupement : les cocci, peuvent former des groupements caractéristiques. Ils peuvent se rassembler
en paires (diplocoques), en chaînettes (streptocoques), en grappes (staphylocoques), en grappe de 4 (tétrades) ou
en groupe de 8 (sarcines).
2. Ultrastructure des cellules bactériennes

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2.1 Les principaux éléments

Les bactéries sont formées par des éléments :
- obligatoires (présents chez toutes les bactéries)
- facultatifs (présents uniquement chez quelques espèces)
Eléments obligatoires ou constants : Paroi - membrane plasmique- Periplasme- Cytoplasme - Chromosome
Ribosomes - Polysomes
Elément facultatifs ou inconstants: Capsule - Pili et Fimbriae - Flagelle- Mesosome - Plasmide -Vacuole à gaz –
Inclusions de réserve - La spore

La Paroi
- Enveloppe rigide = FORME (exosquelette) ;
PROTECTION de la cellule, couche externe solide : dégâts mécaniques et lyse osmotique (pH ; T°, radiations)

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- Interface avec milieu extérieur : tamis moléculaire, barrière de perméabilité à certains substances (ATB),
rôle actif dans la régulation des entrées/ sorties des ions et molécules
- Interfaces avec cellules hôtes :composants pariétaux impliqués dans la physiopathologie des infections
(Lipopolysaccharides des Gram négatif, adhésines)

- Différente chez les Gram positif et les Gram négatif, mais comporte un polymère commun, partie la plus
interne : PEPTIDOGLYCANE = MUREINE = MUCOPEPTIDE

Le peptidoglycane est une macromolécule (= sac entourant la bactérie) de structure réticulée composée de :
- chaines polysaccharidiques : N-acétyl glucosamine et acide N-acétyl muramique
- chainons tétrapeptidiques (ex : L-Ala – D-gly – L-Lys – D-Ala) branchés sur l’acide muramique et reliés entre eux
par une courte chaîne peptidique

Biosynthèse
- dans le cytoplasme par sous-unités [disaccharide-pentapeptide]
- puis traversée de la membrane cytoplasmique (transporteur phospholipidique)
- fixation à la chaîne glucidique de la paroi préexistante (transglycosylation)
- puis liaison entre les peptides (transpeptidation). Enzymes (transpeptidase, carboxypeptidase) sur lesquelles se
fixent les bétalactamines = protéines se liant à la pénicilline ou PLP
Propriétés biologiques d’intérêt médical du peptidoglycane
• Sensible au lysozyme : moyen de défense non spécifique
• Activation du complément : rôle dans l’immunité non spécifique
• Antigénique
• Destruction par les enzymes des bactériophages
• Site d’action de désinfectants : phénol
• Site d’action d’antibiotiques interférant avec diverses étapes de la synthèse de la paroi :
- Béta-lactamines (PLP)
- Fosfomycine (phase de synthèse intracytoplasmique)
- Glycopeptides

Paroi : nature et organisation chez les GRAM POSITIF

Paroi épaisse (30 à 50 nm)
· peptidoglycane = constituant majeur (30% du poids sec), nombreuses couches
· autres constituants fixés sur le peptidoglycane :
- acides teichoïques (polymères de ribitol-phosphate) branchés sur la Nacétyl
Glucosamine : immunogènes ®diagnostic indirect (staphylocoque)
- polysaccharides : immunogènes ®diagnostic direct et indirect
- protéines (enzymes) : adhésines, antiphagocytaire, sérotypie (SGA)
· acide lipoteichoïque (polymère de glycérol phosphate) fixé par un lipide dans
la membrane cytoplasmique : rôle dans adhérence, colonisation faible action toxique, immunogène

Paroi : nature et organisation chez les GRAM NEGATIF

Paroi beaucoup plus complexe

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· séparée du corps bactérien par l’espace périplasmique

· couche mince de peptidoglycane (3-5 nm) (<15% du poids sec)
· une membrane externe : couche trilamellaire
- double couche de phospholipides
- couche externe de lipopolysaccharide (LPS), endotoxine
- protéines : - de structure consolidant la paroi
- porines : perméabilité
Paroi des GRAM NEGATIF : membrane externe = structure du LPS
couche externe de lipopolysaccharide (LPS), endotoxine, avec 3 régions :
► Lipides (lipide A) liés à la glucosamine et à du phosphore
►rattachés au core ou noyau polysaccharidique de base
►sur lequel est fixé un polysaccharide complexe immunogène (antigène O) se développant à l’extérieur de la paroi

Paroi des GRAM NEGATIF : membrane externe rôle dans la physiologie bactérienne
• Permet la diffusion des nutriments
• Empêche la pénétration de certaines grosses molécules (enzymes, antibiotiques) : barrière de perméabilité
• Empêche la sortie d’enzymes périplasmiques
• Résistance aux facteurs de défense de l’organisme :
- lysozyme
- protéines leucocytaires toxiques
• Protège les entérobactéries du tube digestif contre les sels biliaires et les enzymes digestives
Paroi des GRAM NEGATIF :
Membrane externe : intérêt médical
• Contient l’endotoxine :
- en quantité importante à choc septique
- physiopathologie complexe
- mortalité élevée
• Immunogène (antigène O) : diagnostic direct et indirect (salmonelles : sérotypage et sérodiagnostic)
• Sensibilité aux antiseptiques (par sa nature essentiellement lipidique)
• Sensibilité aux antibiotiques polypeptidiques (action sur la partie phospholipidique)
• Site d’action de certains bactériophages
• Activation du complément : rôle dans l’immunité non spécifique
Autres propriétés : coloration de Gram, morphologie
Coloration de Gram (1853-1938) inventée en 1884
donne une information rapide et médicalement importante
1 - cristal violet + lugol
2 - décoloration par l’alcool
- la paroi des Gram + n’est pas traversée : reste violet
- la paroi des Gram – est traversée, l’alcool dissout le colorant, la bactérie est décolorée
3 - fuschine : contre coloration en rose des bactéries précédemment décolorées

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Bactérie à Gram positif : couche unique ; epaisse ; homogène ; dense aux éléctrons
Bactérie à Gram négatif : complexe ; plusieurs couches suprposées ;
Membrane externe avec 2 feuillets denses aux e- entourant un feuillet transparent ;
Fine couche de peptidoglycane siégeant entre les membranes externe et interne

Comparaison entre la paroi des bactéries à Gram + et des Bactéries à Gram -

Constituant Bactéries Gram + Bactéries Gram -
Osamines +++ +
Acides aminés 24 à 35 % 50 %
Acides teichoiques +++ -
Oses 20-60 % 20-60 %
Lipides 1-2,5 % 10-22 %

NB: La paroi des archéobactéries:

 Ne comporte pas de peptidoglycane.

 Peut être composée de protéines, glycoprotéines, ou de polysaccharides.

2.3. la membrane plasmique

La membrane plasmique entoure le cytoplasme et représente le point principal de contact avec le
monde extérieur.

 Certains procaryotes possèdent aussi un système de membranes internes.

 La membrane plasmique est composée de lipides et de protéines.
 Les lipides forment habituellement une double couche.

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 Les protéines sont enfouies dans la membrane.

 Structure organisée, asymétrique, flexible et dynamique.

La membrane des archéobactéries

 Habituellement composée principalement ou uniquement de lipides.

 La plupart possèdent une seule couche de lipides contrairement aux membranes bactériennes qui en possèdent

plutôt deux.
2.4. Le cytoplasme
 Espace délimité par la membrane plasmique et le nucléoïde.

 Constitué à 70% d’eau et remplit de ribosomes et d’inclusions.

 Les bactéries n’ont pas de vrai cytosquellette mais un système de protéines cytoplasmiques analogue à un

cytosquellette.
 La membrane plasmique et tout ce qu’elle contient est appelé le protoplaste.

2.4.1. Les inclusions

 Granules de matière organique et inorganique emmagasinées pour un usage future.

 Exemples: glycogène, poly-β-hydroxybutyrate (PHB), granules de cyanophycine, carboxysomes, granules de

phosphate, magnétosomes, vacuoles gazeuses.

 Certains organismes (les cyanobactéries par exemple) contiennent une vacuole gazeuse, qui leur permettent de

flotter à différentes profondeurs d’un milieu liquide.

2.4.2. Les ribosomes
 Structures complexes composées de protéines et d’ARN.

 Sites de la synthèse protéique.

 Les ribosomes présents dans le cytoplasme synthétisent les protéines intracellulaires, tandis que les ribosomes

liés à la membrane plasmique fabriquent les protéines qui sont exportées.

 Plus petits que les ribosomes eucaryotes

 Ribosomes procaryotes  70S

 Ribosomes eucaryotes  80S

 S = Unité de Svedberg (coefficient de sédimentation)

2.4.3. Le nucléoïde
 Région de forme irrégulière habituellement composé de 60% d’ADN, 30% d’ARN et 10% de protéines.

 Contient le chromosome (une molécule circulaire unique d’ADN double-brin).

 Habituellement 1 par cellule.

 N’est pas lié à une membrane.

Nucléoïdes inhabituels
 Certains procaryotes ont plus d'un chromosome.

 Certains procaryotes ont des chromosomes composés d’ADN linéaire double-brin.

 Certains genres ont un nucléoïde délimité par une membrane.

2.4.4 Les Plasmides

Molécules circulaires d’ADN double brin de petite taille.
 Existent et se répliquent de manière indépendante du chromosome.

 Ils sont transmis à la descendance et peuvent parfois s’intégrer au chromosome.

 Ne sont pas nécessaires au développement et à la reproduction.

 Peuvent porter des gènes conférant un avantage sélectif (i.e., résistance à un antibiotique). Ils sont médiateurs de

nombreuses propriétés permettant une meilleure adaptation des bactéries (exemple : résistance aux
antibiotiques, antiseptiques, métaux toxiques, irradiation).
Certaines bactéries possèdent plusieurs plasmides différents. Les plasmides permettent à la bactérie une meilleure
adaptation à son environnement.
Leur transmission d'une cellule à l'autre s'effectue habituellement par conjugaison (codent pour des pilis
sexuels), ou encore transduction ou transformation, mais souvent sans spécificité d'hôte.
Les plasmides s’intègrent parfois dans le chromosome et on les appelle des épisomes. Ils sont transmissibles aux
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cours des générations mais pas de façon équitable comme pour le chromosome. La perte d’un plasmide est dite
curage.

Les plasmides sont généralement de petite taille, (1 kb à 400 kb), 1/100 du chromosome bactérien. Ils portent
très peu de gènes, moins de 30. On classe les plasmides selon leur fonction et leur propagation.
On distingue ainsi : des plasmides conjugatifs, qui portent le gène responsable de la synthèse des pili sexuels,
nécessaires à la conjugaison.
Des plasmides R (facteurs de résistances) : ils permettent aux bactéries de résister aux antibiotiques.
Des plasmides Col qui codent pour des protéines dites bactériocines, telle que la colicine d’E.coli. Les
bactériocines donnent un avantage à la bactérie en tuant des souches très proches systématiquement parlant
d’E.coli.
Des plasmides de virulence qui codent pour des toxines responsables des symptômes causés par des
bactéries pathogènes.
Des Plasmides métaboliques qui codent pour des enzymes capables de cataboliser des molécules complexes,
aromatiques qui polluent notre environnement (pesticides) ou bien des nutriments comme le lactose, citrate
de Na, urée. Enfin la fixation de l’azote chez Rhizobium.
- Réplication
Le plasmide peut se répliquer selon deux modèles :
La réplication de type Theta θ, uni ou bidirectionnelle, à partir d’une origine de réplication en utilisant
l’équipement enzymatique de la bactérie hôte.

Réplication de type θ
Une réplication de type « rolling cercle » ou cercle déroulant. Un brin est coupé par une nucléase. Ce brin va
se dérouler autour de l’autre brin dans le sens 5’P et la bactérie va synthétiser un brin complémentaire
simultanément aux deux brins parents

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- Propriétés
a) Résistance aux antibiotiques (90% plasmidique) les 10% restant (chromosomique).
b) Résistance aux métaux lourds (mercure, sels de cadmium, bismuth, de plomb, d’antimoine et arsénites.
c) Production de substances à rôle pathogène. L’exemple le plus étudié est rencontré chez les Escherichia
coli, responsables de diarrhées
d) Le pouvoir pathogène dans les 3 cas est contrôlé par une information génétique portée par un plasmide,
codant pour des entérotoxines et des facteurs de colonisation permettant l’attachement des bactéries à la
surface de l’intestin (épithélium intestinal).
e) Production de bactériocines
f) Caractères métaboliques : un grand nombre de caractères biochimiques des bactéries sont d’origines
plasmidiques.

2.4.5.Les composants externes à la paroi cellulaire

Capsules, couches mucoïdes et les couches S: Structures localisées à l’extérieur de la paroi cellulaire:

- La capsule
La capsule et les couches mucoïdes peuvent êtres regroupées sous le terme de glycocalyx. Le glycocalyx est
un réseau de polysaccharides. Bacillus antharacis agent de la maladie du charbon, possède une capsule de
nature protéique.
La couche mucoïde est fréquente chez les bactéries aquatiques et particulièrement importante chez les
bactéries du genre Zooglea qui produisent des masses gluantes. Certains polyosides produits par des bactéries
ont un intérêt industriel et sont produits comme gélifiant notamment en industries alimentaires :
Leuconostoc mesenteroides produit des dextrans, Xanthomonas des xanthanes …
La couche S est composée de protéines et de glycoprotéines, organisés en pavement.
- Fonctions de la capsule
Les bactéries peuvent vivre sans la capsule, mais cette dernière lui confère des avantages grâce à ses rôles :
De protection : contre les Ultraviolets, la dessiccation, les agents physiques et chimiques.
De Virulence (la pathogénicité) : Elle s’oppose à la phagocytose en diminuant l’adhésion de bactéries aux
macrophages. Elle exerce un chimiotactisme négatif sur les leucocytes.
Antigénique : les Ag capsulaires sont responsable de la spécificité sérologique (Ag K). A partir de cette
propriété, une classification peut être établie (ex : 70 types sérologiques différents chez Streptococcus
pneumoniae).
La Couche S : Elle est trouvée chez des Archéobactéries ( Methanococcus par ex) et chez des Bactéries (Chlamydia,
Treponema, Helicobacter, Bacillus Clostridium …). La couche S joue un rôle en tant que structure
pariétale en plus de la paroi. Elle est impliquée dans l’adhésion, dans la résistance aux protéases des macrophages
et dans la protection vis à vis des bactériophages. La couche S sert de filtre excluant aussi bien

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l’entrée que la sortie des molécules trop grosses.

- Les pili et les fimbriae

 Fimbriae (singulier, fimbria): Courts appendices protéiques fins et plus minces que les flagelles, qui ne sont pas
impliqués dans le mouvement.  Jusqu’à 1000 fimbriae / cellule. Permettent d’adhérer à des surfaces.
 Pili sexuels (singulier, pilus); Similaires aux fimbriae mais plus épais et moins nombreux (1-10 pili / cellule).

Déterminés génétiquement par des facteurs sexuels et sont nécessaires à l’appariement des bactéries.
Les fimbriae I et III jouent un rôle dans l’adhésion des bactéries aux différents supports vivant ou non. Ils favorisent
la formation de biofilm.
Les fimbriae de type IV, retrouvés par exemple chez Pseudomonas aeruginosa , en plus de l’attachement, ils
sont impliqués dans un autre mode de mobilité, dite saccadée ou irrégulier. On les retrouve au niveau des pôles
des cellules bactériennes. Les fimbriae IV se contractent et se rétractent comme un ressort, pour permettre la
mobilité de la bactérie.
Le pili sexuel ou de type II: Il a un rôle dans la conjugaison bactérienne (un des 3 modes de transfert de
matériel génétique d’une bactérie à une autre). Les pili sexuels de la bactérie donatrice vont permettre de
reconnaître une bactérie réceptrice (de l’amarrer) et entraîner la création d’un pont cytoplasmique entre les 2
bactéries, permettant ainsi le passage d’une molécule de plasmide.

Le flagelle
Ce sont des organes locomoteurs spécialisés. Ils sont très rares chez les coques.
Ils mesurent en moyenne 16 à 20 μm (beaucoup plus que la bactérie) et sont très fins (300 Å d’épaisseur).
Il existe différents modes d’insertion des flagelles, selon le nombre et la position de ceux-ci :

L’organisation des flagelles

 Monotriche – Un seul flagelle.

 Flagelle polaire – Un seul flagelle situé à une extrémité.

 Amphitriche – Un flagelle à chaque extrémité.

 Lophotriche – Touffe de flagelles à l’une ou aux deux extrémités.

 Péritriche – Flagelles distribués sur toute la surface de la bactéries.

Fonctions du flagelle
La locomotion
Mises en évidence sur des milieux semi-gélosés (diffusion dans la gélose) ou sur milieu solide (envahissement
de la surface de la boîte. Ex : Proteus).
Rôle antigénique
Les antigènes flagellaires (Ag H) déterminent différents sérotypes (exemple : sérotypage des Salmonella). En
présence de l’anticorps correspondant à leur Ag H, les bactéries agglutinent et les bactéries s’immobilisent. La
spécificité antigénique repose sur le nombre et la séquence des acides aminés de la flagelline.
Fixation des bactériophages

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Les flagelles sont le lieu de fixation de certains bactériophages.

Autres types de mobilité

 Certaines bactéries, comme les spirochètes par exemple, se déplacent par

des mouvements de flexion et de rotation produits par un filament axial particulier.

 D’autres bactéries se déplacent par mobilité par glissement. Ainsi, les bactéries glissent sur une surface solide, et

ce, sans qu’aucune structure visible de mobilité n’ait été identifiée.

Chimiotactisme
 Mouvement orienté vers des substances attractives ou en sens opposé si il s’agit de substances répulsives.

 Des concentrations faibles de substances attractives ou répulsives sont détectées par des chimiorécepteurs

protéiques situés dans l’espace périplasmique ou dans la membrane plasmique.

La spore
Ce sont des structures de résistance formées par certaines bactéries lorsque les conditions deviennent
défavorables. Elle permet aux bactéries sporulantes de survivre dans des conditions difficiles et extrêmes de
l’environnement. Les genres bactériens les plus connues qui forment des endospores sont Bacillus,
Clostridium, Sporosarcina. Ce sont toutes des bactéries Gram (+). D’autres genres sont capables également
de sporuler.
Mise en évidence : Les spores sont visibles à la coloration de Gram où elles apparaissent comme des espaces
vides à l’intérieur des bactéries : seul le contour de la spore apparaît coloré. A l’état frais, elles apparaissent
comme de petites masses réfringentes au sein de la bactérie, ou libres dans le milieu. Il existe des colorations
spéciales basées sur le caractère acido-alcoolo-résistant des spores. Exemple : coloration au vert de
malachite = coloration de Benito-Trujillo. Après une contre coloration par la fushine, les spores apparaissent
vertes dans la bactérie rose.
Morphologie
Les spores sont de petites unités ovales ou sphériques. Elles peuvent déformer ou non le corps bactérien.
Leur position dans la cellule est variable : centrale, terminale, subterminale. Elles servent également dans
l’identification bactérienne. La spore peut-être libre ou non. La recherche de tous ces caractères se fait dans
un but taxonomique.

La spore possède une paroi et une membrane plasmique identiques à celle de la cellule végétative.
L’enveloppe la plus externe est mince, appelée exosporium. Sous l’exosporium on trouve le manteau ou la
tunique, composée de plusieurs feuillets protéiques. Le cortex est localisé juste sous la tunique. Enfin le
protoplaste (cytoplasme) ou cœur de la spore, contient les ribosomes, le nucleoïde et des enzymes inactives.
Composition chimique
L’exoporium de Bacillus anthracis par exemple est composée de protéines, d’osamines et de polysaccharides
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neutres. Elle contient une multitude d’enzymes nécessaires à la germination et/ou à l’interaction avec les
cellules de l’hôte tels que les macrophages.
La tunique est de nature protéique et selon l’espèce elle est constituée de protéines ressemblant à la
kératine chez Bacillus cerus ou au collagène chez Bacillus subtilus. Elle contient également les enzymes
nécessaires à la germination.
Le cortex est constitué de peptidoglycane différent de celui de la paroi avec moins de ponts interpeptidiques
car 50% de NAM (acide N-acetyl muramique) sont remplacés par des MAL (résidus lactam-muramique)

Le protoplaste pauvre en eau, contenant des enzymes inertes et du dipicolinate de Calcium qui stabiliserait
l’ADN chromosomique de la spore. Il contient également d’autres protéines acides qui se fixent en grandes
concentration sur l’ADN pour également le protéger. On trouve également des enzymes de la réparation de
l’ADN lors de la germination.
Phénomène de sporulation
Des conditions défavorables de croissance entraînent la sporulation ou l’absence de germination de la spore. Il
représente le passage de la forme végétative à la forme sporulée. La sporulation dure environ 10.5 heures,
chez Bacillus megaterium
Elle est provoquée par l’épuisement du milieu en substrat nutritif et elle peut nécessiter des conditions
particulières : absence d’oxygène pour les Clostridium, présence d’oxygène au contraire pour B. anthracis. Le
processus de sporulation débute à la fin de la phase exponentielle et se déroule en 6 étapes :
Stade I formation du filament axial : la division nucléaire n’étant pas suivie d’une division cellulaire, les deux
génomes fusionnent donnant un filament chromatique axial.
Stade II : les deux génomes se séparent et en même temps la membrane cytoplasmique s’invagine près d’un
pôle de la cellule pour former un septum de sporulation qui partage la cellule en deux parties inégales. Ce
septum va envelopper le cytoplasme de la plus petite partie pour former une préspore caractéristique.
Stade III : Engloutissement de la préspore.
Stade IV : entre les deux membranes limitant la préspore se forme la paroi sporale puis apparaît rapidement
le cortex.
Stades V and VI : apparition des tuniques et après maturation.
Stade VII : la cellule végétative se lyse et libère la spore.

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Le cycle sporal
Propriétés
La spore possède de nouvelles propriétés par rapport à la cellule végétative :
Dans la nature (conditions naturelles), la spore permet de résister au manques d’eau et de nutriments.
Expérimentalement on a démontré les propriétés suivantes :
La thermo résistance : La spore résiste en général à des températures de 70-80°C pendant 10 minutes, parfois
plus. Cette propriété est due à la présence de l’acide dipicolinique, la déshydratation de la spore et aux
protéines « SASP » (petites protéines acides et solubles pouvant se fixer à l’ADN.
Résistance aux agents physiques et chimiques : La spore résiste aux rayons Ultraviolets, aux rayons gamma
(Calcium, et SASP). Aux antiseptiques, désinfectants, antibiotiques (la tunique).
Synthèse d’antibiotiques : Certaines bactéries synthétisent des antibiotiques au début de la phase de
sporulation. Exemple : Bacillus licheniformis synthétise ainsi la Bacitracine ; Bacillus polymyxa le polymyxine.
Mais aussi des toxines (entérotoxine de Clostridium perfringens) ou des substances à activité biopesticide
(toxines qui tue des insectes), le corps parasporal de Bacillus thuringiensis et de Bacillus sphaericus. C’est un
cristal protéique, lorsqu’il est ingéré par les insectes, il se dissout dans l’intestin et détruit l’épithélium. Les
peptides clivés par les protéases passent dans le sang et provoque la paralysie, suivie de la mort de l’insecte.
Germination
Afin que la spore germe, elle doit se trouver dans des conditions favorables : eau, nutriments, pH, force
ionique, température convenable, aucun d’agent antimicrobien.
Placée dans des conditions favorables (eau glucose acides aminés) la spore redonne naissance à une cellule
végétative. On distingue 3 stades dans le processus de germination :
L’activation : correspondant à une lésion des enveloppes sporales par des agents physiques (choc thermique) ou
chimiques (acides, lysozyme) ou mécaniques (abrasion, choc). Remarque : l’activation thermique est mise à profit
au cours de la tyndallisation qui consiste à chauffer 3 fois le produit à stériliser : 30 min à 60°C (destruction des
formes végétatives et induction de la germination d’éventuelles spores), le deuxième chauffage à 60°C et pendant
30 minutes, tue les spores issues da la germination et induit la germination des spores résiduelles. Le troisième
chauffage dans les mêmes conditions, détruit les dernières formes végétatives.
L’initiation débute en présence de conditions favorables d’hydratation et de métabolites effecteurs
(alanine, magnésium, adénosine) qui pénètrent à travers les enveloppes endommagées. Des enzymes
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hydrolytiques dégradent les constituants de la spore ; il y a libération du dipicholinate de calcium. Le cortex

ainsi détruit, la spore s ‘imbibe d’eau et gonfle.
L’émergence de la nouvelle cellule végétative, grâce à l’altération des enveloppes.

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