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Diversité du monde microbien

1. Généralités
Le monde microbien se caractérise par une grande diversité. Outre les êtres visibles à
l’œil nu, notre environnement est peuplé d’organismes qui ne peuvent pas être observés qu’au
microscope. Si ces microorganismes sont caractérisés par leur petite taille, ils diffèrent et
varient par leur morphologie, leur physiologie, leur mode de reproduction, leur écologie et
leurs effets. Les microorganismes (plus connus sous le terme de microbes) sont très divers et
présents partout dans notre environnement (eau, air, sol, objets, sang contaminé).
Les microorganismes apportent de nombreux avantages à notre société : la production
du pain, des fromages, des antibiotiques, des vaccins, etc. et ils sont à la base de la
biotechnologie moderne. Ils sont, en outre, des acteurs indispensables de l’équilibre de notre
environnement. En revanche, les microorganismes sont aussi associés à de nombreuses
maladies infectieuses et sont dits pathogènes.
Un microorganisme (du grec mikrós, « petit » et de organismós, « organisme ») ou
microbe est un organisme de très petite taille, invisible à l'œil nu, qui ne peut être observé qu'à
l'aide d'un microscope.
La microbiologie est la science qui étudie microorganismes. Parmi eux : les êtres
vivants (bactéries, levures et moisissures, protozoaires, algues unicellulaires) et non vivants
(virus, prions). La microbiologie est divisée en plusieurs branches en fonction du type de
microbe étudié :
- la bactériologie qui étudie les bactéries ;
- la mycologie étudie les champignons ;
- la protozoologie étudie les protozoaires ;
- l’algologie étudie les algues ;
- la virologie qui étudie les virus.
Les microorganismes peuvent être divisés en trois groupes :
- les micro-organismes procaryotes, dont l’organisation cellulaire est simple, c'est-à-dire sans
noyau. L’ADN portant l’information génétique est directement au contact du cytoplasme. Les
bactéries appartiennent à ce groupe.
- les micro-organismes eucaryotes, dont l’organisation cellulaire comprend un noyau
contenant l’information génétique, portée par l’ADN des chromosomes. Ce groupe
comprend :

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 - les algues unicellulaires, dont les cellules ressemblent aux cellules végétales ;
- les protozoaires, dont les cellules ressemblent aux cellules animales ;
- les levures et les moisissures, dont les cellules ressemblent aux cellules des
champignons.
- les microorganismes acellulaires : les virus qui sont considérés comme des microorganismes
non vivants, acellulaires (ils n'ont pas de structure cellulaire) qui dépendent entièrement des
cellules hôtes infectées. Ils sont incapables de se multiplier en dehors d'une cellule qu'ils
parasitent.
Les micro-organismes constitués d'une seule cellule sont dits unicellulaires. Ceux
constitués de plusieurs cellules sont dits pluricellulaires.

2. Classification du monde vivant et place des microorganismes

Dans la classification contemporaine, le monde vivant peut être divisé en trois règnes :
le règne animal, le règne végétal et le règne des protistes.
Avant la découverte des microorganismes, les êtres connus étaient macroscopiques,
d'où la classification simple en deux règnes : le règne animal et le règne végétal.
Après la découverte des microorganismes, les scientifiques ont essayé de les classer
parmi les deux règnes, mais, certains microorganismes ne ressemblaient ni aux animaux, ni
aux végétaux, d’où la nécessité de créer un nouveau système de classification comprenant les
microorganismes.
En 1866, Haeckel propose la création d’un troisième règne qui comprend les
microorganismes: c’est le règne des Protistes. Le règne des Protistes englobe tous les micro-
organismes (algues, champignons, protozoaires, bactéries). Selon l’organisation cellulaire, le
règne des protistes comprend :
- les Procaryotes (protistes inférieurs) : cellule unique dépourvue de véritable noyau. Il s’agit
des algues bleu-vert ou Cyanobactéries et des bactéries.
- les Eucaryotes (protistes supérieurs) : organisation cellulaire complexe avec véritable noyau
délimité par une membrane nucléaire. Il s’agit des algues (sauf les algues bleu-vert),
champignons, protozoaires.
Mais les Procaryotes sont beaucoup plus diversifiés qu’on ne le soupçonnait. Suite à
des études sur l'ARN ribosomal, les travaux réalisés par Carl Woese à la fin des années 70
ont montré que les procaryotes étaient constitués de 2 types de cellules bien distinctes. Il a
donc résolu de créer un niveau de classification au-dessus du règne: le domaine. Il propose
donc une classification du monde vivant en trois domaines :

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- domaine des Eubactéries (Bactéries vraies) avec 01 Règne (Règne des Bactéries): c’est le
premier groupe de qui comportent tous les caractères classiques des Procaryotes ;
- domaine des Archaebactéries (Règne des Archaebactéries): c’est le deuxième groupe, elles
sont classées au sein des Procaryotes de part leur simplicité d'organisation, elles possèdent des
caractères communs avec les Eucaryotes et certains caractères qui leur sont propres. Ce sont
des bactéries primitives.
- le domaine des Eucaryotes, constitués de cellules avec noyau délimité par une membrane
nucléaire avec 04 règnes (Plantes, Animaux, Protistes, Mycètes). Ce domaine regroupe les
eucaryotes supérieurs et les microorganismes eucaryotes (champignons microscopiques,
algues unicellulaires, protozoaires).
Les virus n'ont pas d'organisation cellulaire. Ils ne sont pas des organismes autonomes car
ils ne peuvent se reproduire sans infecter une cellule hôte.

3. Principaux types de microorganismes

Le monde microbien est constitué de micro-organismes différents par leur taille, leur
forme, leur mode d’action sur l’organisme. Les principaux groupes de microbes sont les
bactéries, les champignons microscopiques, les algues unicellulaires, les protozoaires et les
virus.

3.1 Bactéries
Les bactéries sont des micro-organismes unicellulaires procaryotes, mobiles ou
immobiles, de morphologie différente et qui se reproduisent par scissiparité. Certaines
bactéries sont pathogènes pour l’Homme, d’autres sont bénéfiques.
Leur taille de l’ordre du micromètre (1 μm = 10-6 m). Les bactéries sont retrouvées
dans tous les habitats : eau, terre, aliments, homme, animaux, air…Les cellules bactériennes
se présentent sous plusieurs formes. Les plus courantes sont la forme sphérique ou coccoïde,
la forme en bâtonnet ou cylindrique et la forme spiralée ou hélicoïdale :
- les bactéries en forme sphériques appelées des coques ou cocci ;
- les formes cylindriques ou bâtonnets. On en distingue deux principales : le bâtonnet droit ou
bacille (bacille de Koch) et le bâtonnet incurvé en virgule ou vibrion (Vibrio cholerae) ;
- les formes hélicoïdales (formes spiralée) sont des spirilles (Spiroplasma).
Les bactéries peuvent former des paires (diplocoques), des chaînettes (streptocoques),
des amas (staphylocoques) ou d’autres regroupements ; ces associations sont habituellement
caractéristiques d’espèces.

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 Les bactéries sont des cellules entourées d’une paroi rigide qui est composée
principalement d’une substance complexe appelée peptidoglycane (muréine). Au microscope,
on différencie deux groupes de bactérie en fonction de leur paroi : les bactéries
Gram+ (colorées en violet) et les bactéries Gram- (colorées en rose). Les bactéries possèdent
en outre tous les éléments nécessaires pour survivre de façon indépendante et pour se
reproduire. Beaucoup de bactéries, particulièrement les bacilles et les spirilles, peuvent se
déplacer au moyen d’appendices mobiles appelés flagelles.
En règle générale, les bactéries se reproduisent par scissiparité (multiplication
asexuée). Elles se nourrissent pour la plupart de composés organiques qui, dans la nature,
peuvent être dérivés d’organismes vivants ou morts. D’autres bactéries peuvent produire leur
propre nourriture par photosynthèse (autotrophes) et certaines peuvent se servir de substances
inorganiques (soufre, méthane, etc.) pour se nourrir (hétérotrophes).

3.2 Archébactéries
Les archéobactéries ont été découvertes à la fin des années 1970, grâce à la biologie
moléculaire par Carl Woese. Comme les bactéries, les archébactéries ou archées sont des
microrganismes unicellulaires de structure procaryote, c'est-à-dire des êtres vivants constitués
d'une cellule unique qui ne comprend ni noyau ni organites, à l'instar des bactéries. Leur
génome est généralement constitué d’un seul chromosome circulaire. Ce sont des êtres
microscopiques de taille comprise entre 0,1 et 15 µm. Elles possèdent une paroi cellulaire
constituée de lipides spécifiques, mais cette dernière est dépourvue de peptidoglycane. Les
archées sont Gram‐, cependant certaines méthanogènes sont gram+. Certaines sont autotrophes
et d’autres hétérotrophes.
Les archaebactéries sont adaptées à la vie dans des conditions de vie extrêmes (forte
salinité, haute température, faible pH, sans oxygène). Des conditions qui ressemblent à celles
de la terre lors de l’apparition de la vie. Ce sont des bactéries primitives, d’où leur nom.
Les archées ressemblent par leur morphologie aux bactéries, bien que certaines
espèces d’archées présentent une forme inhabituelle. Selon l’espèce, il existe des archées en
forme de coques, de grappes, de bâtonnets, de filaments, de forme rectangulaire, carrée…
En dépit de ces similarités visuelles avec les bactéries, les archées disposent des
particularités originales, comme la constitution de la membrane cellulaire qui est constituée de
lipides retrouvés nulle part ailleurs dans le monde vivant. De plus, elles présentent des gènes
et des voies métaboliques qui sont plus similaires à ceux qui sont rencontrés chez les
eucaryotes. La principale caractéristique des archéobactéries est leur capacité à survivre dans
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les milieux extrêmes : eaux très acides (pH < 1) ou très salées ou très chaude (> 120 °C) ou
très froides (< 0 °C), bien que la plupart d'entre elles vivent dans des milieux plus cléments.
Elles sont capables de produire du méthane et sont de plus incapables de faire la
photosynthèse alors que les bactéries et les eucaryotes le peuvent. Leur ARNr est différent des
ARNr des bactéries et la paroi ne possède pas de peptidoglycane. Par opposition aux bactéries
et aux eucaryotes, aucune espèce d’archées identifiée à ce jour n’est capable de former des
spores.
Les archées utilisent une plus grande variété de source d’énergie que les eucaryotes :
composé organique comme les sucres, l’ammoniac, les ions métalliques et même l’hydrogène
gazeux comme nutriments.
Elles font preuve d'une grande diversité de modes de reproduction par fission binaire,
bourgeonnement ou fragmentation. Les spores n’ont jamais été mises en évidence dans les
espèces d’archées connues.
Les archaea sont extrêmement diversifiées. Certaines sont connues pour leur capacité
à vivre dans des conditions extrêmes, ce sont des organismes extrêmophiles et occupent des
niches écologiques qu'elles sont souvent seules à occuper (pH proche de 0, température
supérieure à 100 °C, salinité élevée), mais il existe beaucoup d’archées vivant dans des
biotopes plus courants et très variés comme le sol, l'eau de mer, des marécages, et les intestins
des termites et d'autres animaux et même le nombril humain.
Comme les bactéries, leur diversité se situe clairement au niveau métabolique. Sur la
base de critères uniquement métaboliques, les archées ont été divisées en trois catégories
correspondant à des conditions de vie très différentes :
- les méthanogènes : archéobactéries qui produisent du méthane comme déchet de la
respiration. Ils se trouvent sous la surface des marais et étangs. Ils utilisent le CO2, N2, H2S
comme sources d’énergie.
- les extrêmophiles : sont capables de se développer dans des milieux très hostiles, on peut
ainsi citer comme exemple :
- les thermophiles se développent à des températures très élevées, plus de 100 °C
(sources thermales) ;
- Les halophiles vivent dans des milieux dont la teneur en sel est importante (mer
morte) ;
- Les archéobactéries tolérantes au pH, qui sont capables de vivre dans des milieux
fortement acides ou basiques ;

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- les archéobactéries non extrêmes qui vivent dans des milieux non hostiles tout comme les
bactéries.
Il n’y a pas d’exemple clairement reconnu d’archées pathogènes ou parasites, mais il
existe des espèces mutualistes ou commensales. Par exemple, les archées méthanogènes du
tractus intestinal de l’Homme et des ruminants participent à la digestion des aliments.
Les Archées peuvent jouer un rôle dans le cycle du carbone et le cycle de l’azote. Les
archées ont également une importance en technologie, avec par exemple l’utilisation des
méthanogènes pour produire des biogaz ou leur participation au traitement des eaux usées. Par
ailleurs, les enzymes des archées extrémophiles, résistantes aux températures élevées et aux
solvants organiques, sont exploitées en biotechnologie.

3.3 Protozoaires
Les protozoaires sont des eucaryotes unicellulaires hétérotrophes, la cellule étant à elle
seule un organisme, siège des différentes fonctions vitales. Ils vivent dans l’eau, les sols
humides, ou à l’intérieur d’autres organismes. Certains provoquent des maladies comme la
malaria et l’amibiase.
Ex. : les paramécies : plusieurs exemples de paramécies vivent dans des milieux d’eau
douce. La plus commune est Paramecium caudatum de forme ovale. Elle se déplace grâce à
des cils vibratiles.
La structure des protozoaires est proche de celle d’une cellule animale. Ils possèdent
tous les constituants classiques de la cellule eucaryote (membrane, noyau, appareil de Golgi,
réticulum endoplasmique, etc.), mais peuvent aussi posséder d’autres constituants (cils,
flagelles, etc.) qui caractérisent leur morphologie ou leur physiologie. Contrairement aux
algues, ils ne possèdent pas de paroi cellulaire. Ils sont différents par leur taille, leur forme,
leur mode d’action sur l’organisme. Les protozoaires ont une taille comprise entre 1 et
environ 700 μm, mais les amibes peuvent atteindre jusqu’à 5 mm.
Les protozoaires ont des formes variées (ovale, sphérique ou allongée). Certains sont
libres (amibe des mares), d’autres sont parasites de l’homme (amibe, trypanosomes). Lorsque
les conditions de vie sont difficiles, l’amibe s’entoure d’une paroi résistante : on dit qu’elle
s’enkyste. Les protozoaires se reproduisent soit de façon asexuée (scission binaire), soit de
façon sexuée (conjugaison notamment chez la paramécie), et certains utilisent les deux
modes. Très souvent mobiles, les protozoaires se déplacent au moyen de pseudopodes, de
flagelles ou de cils. Leur mode de vie est différent selon les espèces. Beaucoup vivent dans
l'eau ou du moins dans la terre humide.

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 La nutrition des protozoaires se fait par un phénomène de phagocytose donc les
protozoaires avalent des éléments comme des bactéries. Elle peut aussi se faire par ingestion
de nutriments qui ont simplement traversé la membrane plasmique. Certains sont des parasites
qui vivent aux dépens de leur hôte.
Les protozoaires jouent un rôle important dans la nature. Ils détruisent, pour s'en
nourrir, une foule de bactéries pathogènes et surtout d'agents de putréfaction, en même temps
que certains sont les agents de maladies qui peuvent être très dévastatrices. Ils sont
responsables des maladies graves (ex: paludisme, l’amibiase).
Classification des protozoaires
La classification des protozoaires est très complexe et a subi ces dernières années de
nombreux remaniements. Une des principales discriminations se fait en fonction de l’appareil
locomoteur.
De façon très simple, on peut distinguer quatre catégories.
- Les flagellés : ils se déplacent grâce à un ou plusieurs flagelles. Ex. : Trypanosoma brucei,
parasite de l’homme est transmis à l’homme par la mouche Tsé- Tsé et cause la maladie du
sommeil.
- Les ciliés : ils possèdent de nombreux cils à la surface de la cellule qui permettent leur
déplacement. Ex. : la paramécie qui vit dans les eaux douces.
- Les sporozoaires ou apicomplexes : ils ne sont pas mobiles (ils ne possèdent ni cils, ni
flagelles, ni pseudopodes). Ils sont souvent transmis par un vecteur (le moustique). Ex. :
Plasmodium, protozoaire qui est transmis par un moustique (l’anophèle) à l’homme et qui est
responsable du paludisme. Il parasite les globules rouges.
- Les rhizopodes : ils se déplacent grâce à des pseudopodes, qui servent aussi à la capture de
leur proie. Ils ne possèdent ni cils ni flagelles. Cette catégorie comprend les amibes, que l’on
trouve partout dans les eaux douces ou salées et en abondance dans le sol. Ils parasitent
fréquemment les mammifères et peuvent être symbiotiques ou pathogènes. Ex. : Entamoeba
histolytica se localise dans l’intestin de l’homme et provoque une amibiase.

3.4 Champignons microscopiques

Les champignons microscopiques ou mycètes sont des organismes eucaryotes c’est-
à-dire des organismes dont les cellules possèdent un noyau distinct contenant le matériel
génétique et limité par une membrane nucléaire. L’organisation cellulaire des champignons
est appelée thalle. Le thalle peut être lévuriforme ou filamenteux. Les champignons
microscopiques se répartissent en deux catégories : les levures et les moisissures.

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 Les levures sont des organismes eucaryotes unicellulaires de forme ovale, sphérique,
de taille variable. Le thalle des levures est dit lévuriforme (thalle unicellulaire). La structure
est semblable à celle des autres cellules eucaryotes. Chez les levures la reproduction asexuée
se fait le plus souvent par bourgeonnement. Après la mitose, la cellule fille (plus petite que la
cellule mère), se détache et laisse une cicatrice visible au microscope électronique à balayage.
Chez certaines levures (Schizosaccharomyces), une cellule parentale se divise en deux
cellules filles. En plus de la reproduction asexuée, il existe également une reproduction sexuée
chez les levures qui implique la fusion de deux cellules haploïdes à rôle de gamètes, et
entraîne la formation d’un zygote diploïde.
Les moisissures sont des organismes eucaryotes pluricellulaires. Le thalle des
moisissures est filamenteux. Les filaments, plus ou moins ramifiés, sont appelés hyphes.
L’ensemble des hyphes constitue le mycélium. Chaque hyphe possède la même structure que
toute cellule eucaryote : une membrane plasmique, un noyau entouré d’une membrane, le
cytoplasme dans lequel baignent des organites. De plus, chaque hyphe est entouré d’une paroi
de chitine. La reproduction est asexuée par des spores qui se différencient à partir des cellules
végétatives. Chez de nombreuses moisissures, la fragmentation des hyphes peut donner
naissance à de nouveaux individus. Il existe également une reproduction sexuée chez les
mycètes qui implique la fusion de deux cellules haploïdes à rôle de gamètes, et entraîne la
formation d’un zygote diploïde.
La localisation est principalement terrestre bien que certains soient marins ou vivent
en eaux douces.
Les levures et les moisissures appartiennent au règne des Mycètes (Fungi). La
classification est basée sur le cloisonnement des hyphes et des caractères morphologiques
observés lors de la reproduction sexuée.
Les levures et les champignons sont en majorité des saprophytes. Les levures et les
champignons peuvent aussi être utiles ou nuisibles. Ils parasitent aussi les animaux et les
végétaux. Les maladies causées par les champignons aux animaux sont appelées mycoses et
les maladies causées par les champignons aux végétaux sont appelés maladies
cryptogamiques.

3.5 Algues unicellulaires

Les algues unicellulaires sont capables, comme les végétaux supérieurs, d'utiliser la
lumière comme source d'énergie. Elles pratiquent donc la photosynthèse, grâce à leurs

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pigments, dont le plus important est la chlorophylle. Les algues sont des eucaryotes de formes
très diverses capables de photosynthèse et de reproduction aussi bien sexuée qu’asexuée.
Les algues qui intéressent les microbiologistes sont habituellement unicellulaires.
Dans bien des cas, leur paroi cellulaire, comme celle des plantes, est composée de cellulose.
Les algues se trouvent en abondance dans l’eau douce et l’eau salée, dans le sol et en
association avec des plantes. Grâce à la photosynthèse, elles produisent de l’oxygène et des
glucides, qui sont consommés par d’autres organismes, dont les animaux. C’est ainsi qu’elles
jouent un rôle important dans l’équilibre de la nature.

3.6 Virus
Un virus est une particule microscopique infectieuse possédant un seul type d'acide
nucléique (ADN ou ARN) qui ne peut se répliquer qu'en pénétrant dans une cellule et en
utilisant sa machinerie cellulaire. Les virus sont en général des germes pathogènes. La
virologie est la science qui étudie les virus.
Les virus sont acellulaires, c’est-à-dire que ce ne sont pas des cellules proprement
dites. Ils ont une structure beaucoup plus simple que la cellule eucaryote ou procaryote.
Une particule virale complète, appelée virion, est composée :
- d’un filament d’acide nucléique,
- d’une coque protéique protectrice appelée capside.
L’acide nucléique représente le génome viral, peut être de l'ADN, ou de l'ARN.
La capside, coque qui entoure et protège l'acide nucléique viral est constituée par l'assemblage
de sous-unités protéiques appelées capsomères. L'ensemble de la capside et du génome est
nommé nucléocapside.
Certains virus sont recouverts d’une membrane lipidique appelée enveloppe (ou
péplos). Elle a une structure complexe, on y trouve des protéines, des glucides et des lipides.
On distingue deux groupes de virus selon la présence ou l’absence d’une enveloppe : les virus
enveloppés et les virus nus.
Classification des virus
Quatre critères sont retenus pour la classification des virus :
- nature de l'acide nucléique viral : ADN ou ARN ;
- symétrie de la capside : cubique ou hélicoïdale ;
- présence ou non d'enveloppe ce qui permet de distinguer les virus nus et ceux enveloppés ;
- nombre de capsomères pour les virus à symétrie cubique et diamètre de la nucléocapside
pour les virus à symétrie hélicoïdale.

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 Les virus ne peuvent se multiplier qu’à l’intérieur des cellules qu’ils infectent, en
détournant à leur profit, la machinerie et l’énergie d’une cellule vivante. Tous les virus sont
donc ainsi des parasites intracellulaires obligatoires ; hors d’une cellule vivante, ils sont
inertes. Pour cette raison, les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants. Ils
ne sont pas organismes autonomes car ils ne peuvent se reproduire qu’à l’intérieur d’une
cellule vivante appelée cellule hôte.
Les virus sont de 10 à 100 fois plus petits que les bactéries. Leur taille varie de 30 nm
à 300 nm. Ce n’est qu’avec l’arrivée de la microscopie électronique en 1932 que les virus ont
pu être observés.
Selon la structure de la capside on distingue en général trois groupes principaux de
virus : les virus de forme cubique (virus de la poliomyélite), les virus de forme hélicoïdale ou
cylindrique (VIH, VMT), les virus de forme complexe qui associe la forme cubique et la
forme hélicoïdale (bactériophage).
Certains virus sont très utilisés en biologie fondamentale et clinique. Leur ADN peut
être utilisé comme vecteur de gènes en thérapie génique. D’autres virus sont responsables de
maladies chez l’homme : virus de l’hépatite B, virus du sida.

4. Habitat des microbes et relation avec l’hôte

On appelle hôte, l'organisme qui héberge le microorganisme. Selon le type de relation
qui s'établit entre le microorganisme et son hôte, on distingue :
- le saprophytisme : les microorganismes saprophytes vivent à l’état libre dans la nature
(eaux, sol…). Ils n’établissent pas de relation de dépendance avec d’autres êtres vivants. Ils se
nourrissent de matière organique morte provenant de cadavres ou de résidus végétaux et
participent à leur dégradation. Leur rôle est très important dans le cycle de la vie : ils
permettent la dégradation des déchets organiques et la fertilisation des sols par l’humus. Une
bactérie est saprophyte lorsqu’elle vit et se nourrit dans l’environnement (sol, eaux…).
- le commensalisme : les bactéries commensales sont des bactéries qui colonisent l'homme
sans être pathogènes. Elles vivent à la surface du tube digestif, de la peau et des muqueuses
d'un hôte sans entraîner d'infection. Elles jouent un rôle dans les défenses du corps humain.
Les bactéries commensales proviennent soit de l'environnement, soit d'autres hôtes. Dans
cette relation seuls les microorganismes dits commensaux tirent profit de l’hôte sans que ce
dernier en souffre, mais aussi sans qu’il n’en tire des bénéfices. Ex : flore de la peau
(Staphylococcus aureus).

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- la symbiose : Dans cette relation symbiotique, chacun tire bénéfice de l’association. Ex : la
termite incapable de digérer la cellulose héberge des protozoaires qui digèrent la cellulose
pour elle. Et ces protozoaires meurent s’ils quittent la termite.
- le parasitisme : les microorganismes parasites vivent au dépend d’un autre organisme
vivant. Le parasite tire profit de cette association.
- la pathogénicité : dans cette relation, les microorganismes dits pathogènes provoquent un
ensemble de troubles chez l’hôte infecté, pouvant être plus ou moins graves. Les organismes
pathogènes sont de deux types :
a. les pathogènes opportunistes qui ne donnent pas de maladie chez les sujets sains, mais
peuvent devenir pathogènes chez les sujets immunodéprimés. Ce sont des bactéries
commensales de la peau et des muqueuses de l'homme qui suite à une immunodépression
prolifèrent (Ex. : Pseudomonas aeruginosa provoque les infections).
b. les pathogènes strictes qui sont capables de provoquer une pathologie chez un hôte dont les
mécanismes de défense sont normaux. Ces pathogènes sont à la base de beaucoup d'infections
bien connues tels que la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis), la dysenterie (Entamoeba
histolytica), le choléra (Vibrio cholerae) etc...

5. Rôle des microbes

Suivant leur rôle, les microbes sont classés en trois grands groupes : les microbes
nuisibles, les microbes pathogènes et les microbes utiles à l’homme.
5.1 Microorganismes nuisibles
Ce sont des microorganismes qui dégradent ou détériorent les aliments. Ils peuvent les
rendre acides, modifier la texture ou les rendre moins attrayants :
- les moisissures ont un fort pouvoir de dégradation des aliments : Penicillium et Aspergillus :
moisissures qui dégradent les aliments (pain, céréales, fruits, légumes) et les rendent
impropres à la consommation ;
- les levures se développent sur le pain, les confitures, les boissons sucrées et rendent
l’aliment impropre à la consommation ;
- les bactéries : les bactéries protéolytiques : bactéries qui attaquent les protéines des aliments
(viande, les poissons) ; les bactéries lipolytiques qui dégradent les matières grasses ; les
bactéries celullolytiques et glucidolytiques attaquer les sucres des fruits et légumes
provoquant le ramollissement puis le pourrissement des aliments.

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5.2 Microbes pathogènes
Les microbes pathogènes sont ceux qui sont responsables des maladies. Ils vivent au
dépend de notre organisme
L'élimination de ces agents pathogènes requiert l'utilisation de substances chimiques
(antibiotiques, antiseptiques, détergents...) ou de procédés physiques (chauffage,
rayonnements UV...). En fonction de leur activité "destructrice", ces méthodes seront
qualifiées de :
- bactéricides, si elles détruisent les bactéries ;
- fongicides, si elles détruisent les champignons (levures et moisissures en particulier)
- virucides, si elles détruisent les virus.

5.3 Microbes utiles à l’être humain

Les champignons, les bactéries et les virus sont parfois des vecteurs de maladies, mais
ils jouent aussi un rôle important et utile pour l’homme et dans la nature.
La biotechnologie est l’art d’utiliser des organismes pour produire ou transformer des
composés d’intérêt. Les microorganismes sont, en effet, souvent utilisés en biotechnologie
dans plusieurs domaines (domaine agroalimentaire, médical, industrie, ….).

5.3.1 Dans l’industrie alimentaire

La fermentation est l’œuvre des microorganismes. La fermentation en acide lactique
produit du yaourt et du fromage. Des levures sont également utilisées pour produire de
l’alcool lorsque la fermentation se produit à l’abri de l’air et pour faire le pain.
- la levure de bière Saccharomyces cerevisiae, agents de la fermentation alcoolique, permet de
produire les boissons fermentées alcoolisées (vin et bière) à partir du sucre (glucose) ;
- Saccharomyces cerevisiae, la levure de boulanger permet de gonfler la pâte à pain ;
- les bactéries acétifiantes, agents de la fermentation acétique, elles permettent de produire le
vinaigre à partir de l’alcool (éthanol) ;
- les lactobacilles (Lactubacillus) et les streptocoques, agents de la fermentation lactique, qui
permettent de produire du yaourt ou du fromage.
- Penicillium roquefortii, Penicillium camemberti moisissures utilisées pour la fabrication des
fromages.

5.3.2 Dans le domaine médical

Les microbes sont utilisés pour produire les antibiotiques, les vitamines et même les
vaccins :

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- la moisissure verte ou Penicillium notatum est à la base de la production de la pénicilline;
plusieurs autres types d’antibiotiques sont fabriqués par des microbes, chacun étant spécifique
du microbe qui est à son origine (streptomycine fabriquée à partir des streptocoques) ;
- les bactéries génétiquement modifiées (Echerichia coli) permettent actuellement de
fabriquer l’insuline, qui est une hormone naturellement produite par le pancréas pour faire
baisser la glycémie ;
- certaines bactéries permettent de fabriquer la vitamine B12 ; d’autres, la lysine, acide aminé
indispensable dans l’alimentation ;
- les vaccins sont généralement fabriqués à partir de formes atténuées ou inactivées des
microbes qui nous rendent malades.

5.3.3 Rôle dans la fertilisation des sols

La très grande majorité des végétaux chlorophylliens vivent en symbiose avec des
champignons qui forment des mycorhizes autour des racines. Les filaments mycéliens du
champignon permettent d’augmenter la surface d’échange et de faciliter le transfert d’eau et
de sels minéraux (phosphore) du sol vers la plante.
Certaines plantes présentent au niveau de leurs racines des renflements : les nodosités.
Leur observation en coupe microscopique révèle la présence de bactéries. Celles-ci
fournissent au végétal de la matière minérale (azote) utilisable pour la synthèse de matière
organique azotée (protéines) ; tandis que le végétal fournit aux bactéries des sucres, source
d’énergie. Il s’agit donc là encore d’une symbiose.
En présence de ces micro-organismes, les plantes ont une croissance et un
développement plus rapides. Ces bactéries et ces champignons favorisent la croissance des
plantes et fertilisent le sol.

5.3.4 Autres rôles des microbes

D’autres microorganismes utiles à l’homme sont :
- les bactéries méthanogènes qui permettent d’obtenir du méthane à partir des matières
organiques des boues et autres liquides valorisant ainsi les déchets urbains ;
- certaines informations présentes dans le programme génétique des bactéries sont prélevées
puis greffées aux plantes : on obtient ainsi des organismes génétiquement modifiés (OGM)
dont les caractéristiques sont parfois très intéressantes (résistance aux parasites, forte
productivité, résistance aux herbicides, …).

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- les champignons et les bactéries interviennent dans le recyclage de la matière organique. Ce
processus appelé minéralisation permet de restituer au sol les sels minéraux puisés par les
plantes.
- Bactériophages : virus qui infectent les bactéries et qui permettent parfois de les combattre.

6. Mode de nutrition des microbes

La plupart des microbes sont hétérotrophes c’est-à-dire qu’ils doivent, pour se
nourrir, se procurer des matières organiques auprès d’autres organismes. L’hétérotrophie
oblige les microbes à un mode de nutrition soit saprophyte (ils consomment pour cela de la
matière organique morte), soit parasite (ils se nourrissent aux dépens d’organismes vivants).

7. Mode de respiration des microbes

- Certains microorganismes ne peuvent vivre qu’en présence d’oxygène : ils sont dits aérobies
stricts. Ex. : le bacille subtil, le bacille diphtérique.
- D’autres microorganismes ne se développent qu’en l’absence d’oxygène : ce sont des
microbes anaérobies stricts. Ex. : le bacille tétanique
- D’autres microorganismes ne se développent seulement que dans une zone de pression en
oxygène faible : ce sont des microaérophiles. Ex. : Campylobacter

- Enfin, d’autres microbes vivent indifféremment en présence ou en l’absence du dioxygène :

ce sont les microbes aérobies facultatifs ou anaérobies facultatifs. Ex. : le bacille typhique ou
typhoïdique.
Conclusion
Les microorganismes (plus connus sous le terme de microbes) sont très divers et
présents partout dans notre environnement (eau, air, sol, objets, sang contaminé). La science
qui étudie ces petits êtres-vivants (bactéries, algues unicellulaires, protozoaires, levures et
moisissures) et des virus est la microbiologie. Les champignons, les bactéries et les virus sont
parfois des vecteurs de maladies, mais ils jouent aussi un rôle important et utile pour l’homme
et dans la nature.

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