Les bactéries sont des organismes formés d’une cellule, de taille
microscopique, présents dans tous les milieux. Elles font partie des premières formes de vie connues sur Terre. Il en existe des milliers de types différents. Elles vivent dans la terre, dans la mer et dans les profondeurs de la croûte terrestre. Une bactérie est une cellule, mesurant une dizaine de µm qui ne possède pas de noyau, mais d’un ADN chromosomique circulaire situé dans le cytoplasme. Elle est formée obligatoirement de sa paroi cellulaire lui donne la forme et qui la protège contre l’éclatement. Elle est constituée d’un cytoplasme où se trouvent des ribosomes et l’appareil nucléaire. Néanmoins, il existe différentes sortes de bactéries, et donc des structures différentes (certaines possèdent donc des flagelles ou des pilis . La membrane détermine deux grands groupes : les bactéries à paroi unimembranée (ne contenant qu'une seule membrane, la membrane plasmique) et les bactéries à paroi bimembranée (constituée de deux membranes superposées, la membrane interne et la membrane externe). Les bactéries jouent un rôle dans le cycle des nutriments des sols, et sont notamment capables de fixer l'azote. Elles jouent donc un rôle dans la fertilité des sols pour l'agriculture. De nombreuses bactéries vivent sur et dans le corps de l’homme et des animaux (au niveau de la peau et dans les voies respiratoires, la bouche, le tube digestif…) sans causer de maladie. De telles bactéries sont appelées flore résidente, ou microbiome. La plupart des bactéries de la flore résidente sont utiles à l’homme, par exemple, en aidant à la digestion des aliments ou en empêchant la croissance d’autres bactéries plus dangereuses. À l’intérieur du corps humain, on compte plusieurs centaines d’espèces différentes de bactéries, mais il existe environ 10 000 espèces de bactérie connues à ce jour, mais on suppose que la diversité réelle du groupe est probablement supérieure. Les bactéries étant microscopiques, elles ne sont donc visibles qu'avec un microscope. Antoine van Leeuwenhoek fut le premier à observer des bactéries, grâce à un microscope de sa fabrication. Les bactéries présentent une grande diversité de tailles et de formes. Les cellules bactériennes typiques ont une taille comprise entre 0,5 et 5 µm de longueur, cependant, quelques espèces (nommé les bactéries géantes) peuvent mesurer jusqu’à 750 µm. Seul un petit nombre de bactéries provoquent des maladies. Elles sont dites pathogènes. Certaines bactéries peuvent déclencher une inflammation pouvant affecter le cœur, les poumons, le système nerveux, les reins ou le tube digestif ou peuvent être des otites, angines, infections de la peau etc.
Néanmoins les bactéries disposent de nombreux moyens pour se défendre.
Certaines bactéries produisent une substance qui les aide à se fixer à d’autres bactéries, à des cellules ou à des objets appelé biofilm. D’autres sont enveloppées dans une capsule de protection. Cette capsule empêche les globules blancs, qui luttent contre les infections, d’ingérer les bactéries. Certaines bactéries produisent des spores, qui leur permettent de survivre lorsque les conditions environnementales sont difficiles. Certaines bactéries sont naturellement résistantes à certains antibiotiques.
Les bactéries sont classées de différentes manières :
Grâce à leurs noms scientifiques : Les bactéries sont classées par genre et, à l’intérieur du genre, en espèces. Le nom scientifique est composé du genre suivi par l’espèce. À l’intérieur d’une espèce, il peut exister différents types appelés des souches. Les souches diffèrent au niveau de leur matériel génétique et des composants chimiques. Les bactéries peuvent être classées selon la coloration qu’elles prennent après traitement par certaines substances chimique Certaines bactéries sont colorées en bleu. Elles sont dites Gram positives. D’autres sont colorées en rouge. Elles sont dites Gram négatives. La différence de coloration entre des bactéries Gram positives et des bactéries Gram négatives est due à des différences au niveau de leurs parois cellulaires. Il existe de nombreuses autres colorations en plus de la coloration de Gram. Il existe trois formes de base permettant de classifier les bactéries : forme sphérique (coques), forme de bâtonnets (bacilles) et forme de spirale ou d’hélice (spirochètes). La classification des bactéries est faite également suivant leurs besoins en oxygène pour vivre et se multiplier. Celles qui ont besoin d’oxygène sont dites aérobies. Celles qui n’ont pas besoin d’oxygène et qui ont du mal à vivre ou qui ne peuvent pas se multiplier en présence d’oxygène, sont dites anaérobies. Certaines bactéries appelées bactéries aéro-anaérobies facultatives peuvent vivre et se multiplier avec ou sans oxygène. Des examens spécialisés peuvent permettre de déterminer les différences au niveau des caractéristiques génétiques (génotype) des bactéries.