Université Saad Dahleb-Blida-

Faculté de Médecine
Département de Médecine

INTRODUCTION
À
LA MYCOLOGIE

DR L.REZKALLAH
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
Année universitaire: 2019-2020

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 Introduction à la mycologie

I. Introduction-Définition:
La mycologie médicale est une science qui étudie les champignons microscopiques appelés
micromycètes, responsables d’affections humaines (parfois redoutables) ou animales
appelées : Mycoses, infections fongiques ou infections mycosiques.
Les champignons (mycètes), sont des organismes de type eucaryotes (possédant un noyau
bien individualisé, entouré d’une membrane nucléaire), dépourvus de pigment assimilateur, la
chlorophylle, ce qui les différencier des plantes. De ce fait, ils sont incapables de réaliser la
photosynthèse, Ils sont dit hétérotrophes et sont condamnés à mener une vie saprophytique,
commensale ou parasitaire.
Les micromycètes, sont des champignons microscopiques par opposition aux macromycètes
(champignons, visibles à l’œil nu dans l’environnement et qui ne sont pas des agents habituels
de mycoses).
Les champignons, sont très répandus et cosmopolites, vivant le plus souvent en saprophytes
dans le milieu extérieur à partir de substrats organiques en décomposition. Ils sont très
nombreux, on évalue à environ 1 200 000 le nombre d’espèces, dont seulement quelques
centaines (≈150 espèces) sont habituellement incriminées en pathologie humaine.
Les mycètes vivent également en commensaux (par exemple Candida.sp) chez l’homme sans
occasionner de lésions. Ils vivent parfois en parasites, d’où le terme de mycoses pour désigner
les lésions qu’ils occasionnent. L’état de commensalisme et de parasitisme est réversible selon
l’état de défenses du patient et des facteurs favorisants.
Il convient de mettre à part, le Pneumocystis jirovecii, agent de la pneumocystose, dont la
position taxinomique actuelle le place parmi le règne des champignons.

II. Caractères généraux des champignons :

A. Caractères morphologiques :
La paroi cellulaire des champignons est rigide, constituée de polyosides, en particulier de la
chitine, de la cellulose, de glucanes et de mannanes. Elle est constituée également de
l’ergostérol qui représente le principal stérol de la paroi fongique.
La chitine caractérise les insectes et les nématodes, et la cellulose les végétaux. De ce fait, les
champignons ne peuvent être classés ni dans le règne animal, ni dans le règne végétal. Ils
constituent par conséquent un règne particulier à part qui est le « regnum fungorum »,
« Fungi » ou «champignons ».
Les champignons noirs (Dématiés) possèdent généralement de la mélanine à des
concentrations parfois importantes dans la paroi. Exemple : Alternaria.sp.
Un champignon se détermine et s’identifie par l’aspect macroscopique de ses colonies, par ses
formes microscopiques et par ses caractères physiologiques.

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D’un point de vue pratique, selon leur aspect morphologique, on distingue trois types :

1) Champignons filamenteux :
Ils se développent sur leur substrat nutritif par un système de filaments ou hyphes plus ou
moins ramifiés, cloisonnés (septés) ou non. L’ensemble de ces hyphes constitue le thalle ou
mycélium. Ce sont donc des Thallophytes. Parmi ces mycètes filamenteux, on différentie :
a) Champignons à filaments septés ou cloisonnés :
Les filaments de diamètre régulier (3 à 5µm), cloisonnés. Les cloisons ou septa se forment à
intervalles plus ou moins réguliers et délimitent des « articles » qui contiennent du noyau et
du cytoplasme. Les cloisons ou septa sont incomplètes, possédant un ou plusieurs pores,
permettant le passage de courant cytoplasmique et de noyaux d’un article à l’autre et ainsi les
échanges entre les différents articles du filament. Leurs ramifications se font à angle aigu.
C’est le cas des champignons supérieurs (Septomycètes). Exemple : Dermatophytes qui sont
des pathogènes vrais, et les Aspergillus, moisissures, au comportement opportuniste.

b) Champignons à filaments non septés, non cloisonnés:

Les filaments, plus larges souvent dilatés, de diamètre irrégulier (5 à 15µm), non cloisonnés.
Ces filaments sont dits : siphonnés ou cœnocytiques. Leurs ramifications se font à angle droit.
C’est le cas des champignons inférieurs et sont caractéristiques de la classe des zygomycètes
(exemple : Mucorales).

2) Champignons levuriformes :
Dans ce cas, le thalle se réduit à un état unicellulaire. L’aspect classique est celui d’une levure
de forme ronde ou ovalaire, de taille variable, qui se reproduit par bourgeonnement donnant
des blastospores. Certaines levures comme celles appartenant au genre Candida peuvent
donner naissance à des filaments mycéliens et/ou des pseudomycéliums. Parmi les levures
d’intérêt médical, il convient de citer : Candida, Malassezia et Cryptococcus.

3) Champignons dimorphiques:
Certains champignons présentent les deux formes de croissance et peuvent exister soit sous
forme de levures, soit sous forme de filaments, en fonction de la température et du milieu. Ils
sont dits « champignons dimorphiques ». La forme levure « état parasitaire » est retrouvée
dans le tissu du malade et en cultures spéciales (au sang) à 37°C, alors que la forme
filamenteuse, « état saprophytique » se présente dans l’environnement (sol) et est observée en
culture sur milieux usuels d’isolement de Sabouraud à des températures inférieures, entre 25
et 28°C et est à l’origine de la contamination.
Les dimorphiques (comme Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis et Penicillium
marneffei), agents de «mycoses exotiques», sont limités géographiquement, et se voient dans
les régions tropicales ou subtropicales. Mais, en raison des échanges internationaux, la
maladie peut se voir n’importe où.

B. Nutrition-Physiologie:
Les champignons, organismes hétérotrophes, incapables de réaliser la photosynthèse, ils
vivent aux dépens de matières organiques préformées. Le passage des substances nutritives se
fait par absorption.

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La majorité des champignons est capable de se développer sur des milieux très simples,
contenant une source de carbohydrates (glucose), d’azote (sulfate d’ammonium), et des sels
minéraux (potassium, phosphate, magnésium, fer et zinc). Cependant quelques uns sont
exigeants.
Au laboratoire, les milieux de culture usuels (milieu de Sabouraud) fournissent aux
champignons les éléments organiques nécessaire pour leur développement. Ces milieux
contiennent :
 Une source carbonée, un sucre (glucose), indispensable pour obtenir une bonne
croissance.
 Une source azotée (peptone).
 Un support solide, la gélose.
 Un pH légèrement acide convient mieux à leur développement.
La température de développement : 20 à 30°C pour les champignons issus de prélèvements
superficiels (la peau, phanères et des muqueuses) et 37°C pour les champignons issus de
prélèvement profond et de sites stériles.
La croissance se fait généralement de façon centrifuge dans toutes les directions, à partir d’un
point central, donnant des colonies rondes.
La majorité des champignons se développe facilement sur ce milieu simple (milieu de
Sabouraud). Les champignons exigeants nécessitent pour leur croissance l’apport d’acides
aminés et de vitamines telle la thiamine ou la biotine. De plus, des milieux spéciaux
permettent aux champignons de donner leur forme parasitaire levure (milieu au sang) ou leurs
organes de fructification (milieu Lactrimel Borrelli).
Certaines levures (comme Candida.sp) assimilent et fermentent les sucres. Ce caractère
physiologique est important pour l’identification des différentes levures d’intérêt médical.

C. Reproduction :
Une autre de leur caractéristique remarquable est leur reproduction. Ils produisent en effet un
grand nombre de spores, ce qui leur assure un pouvoir de diffusion (et de contamination)
considérable. Ces spores sont issues de plusieurs modalités de reproduction, sexuée ou
asexuée.
La multiplication et la reproduction des champignons se fait sous forme de spores selon 2
mécanismes : sexué et asexué. Un champignon peut se reproduire :
 Sous forme asexuée : c’est l’anamorphe
 Sous forme sexuée : c’est la téléomorphe
 Sous les 2 formes en même temps, sexuée et asexuée : c’est l’holomorphe
Les deux formes portant des noms différents. Il existe des espèces qui ne produisent pas de
spores, on les dénomme « mycelium sterilum ».

1) Reproduction sexuée :
Ce type de reproduction n’existe pas chez tous les champignons. Elle est intéressante sur le
plan fondamental, elle permet la classification du champignon. En fonction des champignons,
il existe 3 types de spores sexuées produites : Les zygospores, les ascospores et les
basidiospores.

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Elle fait intervenir la rencontre de filaments spécialisés, la conjugaison des noyaux et enfin
une réduction chromatique et se déroule en 3 phases successives :
 La plasmogamie : fusion des protoplasmes de 2 cellules fongiques.
 La caryogamie : fusion des 2 noyaux.
 La réduction chromatique ou méiose suivie d’une ou plusieurs mitoses.
a) Les zygospores pour les champignons inférieurs:
Caractéristiques des Zygomycètes (Mucorales). La reproduction sexuée se fait par l’union de
deux filaments différenciés en organes reproducteurs avec production d’une zygospore.

b) Pour les champignons supérieurs (Septomycètes) :

La reproduction résulte de l’union de deux hyphes haploïdes complémentaires qui formeront
un dicaryon, c'est-à-dire un filament à articles binuclés portant les organes sexués. Cette
fusion aboutit à la formation de deux types de spores : les ascospores ou les basidiospores.
Les ascospores, caractéristiques des Ascomycètes, sont toujours internes et se forment dans
une poche ou asque qui contient en général 8 ascospores (asque octosporée). Exemple :
Aspergillus nidulans dont la forme parfaite est Emericella nidulans.
Les basidiospores, caractéristiques des Basidiomycètes, sont externes et formées par
bourgeonnement à l’apex de cellules allongées, les basides. Exemple : Cryptococcus
neoformans dont la forme parfaite est Filobasidiella neoformans.

2) Reproduction asexuée :
C’est la plus fréquente et la plus simple. Elle fait intervenir une division du noyau par simple
mitose. Ce type de reproduction est retrouvé chez tous les champignons. Son intérêt réside
dans l’identification du champignon. Elle est assurée par la production de spores végétatives
pouvant être internes ou externes.

a) Spores internes ou endogènes (endospores ou sporangiospores) :

Sont caractéristiques des champignons inférieurs (Zygomycètes), les spores se forment à
l’intérieur d’un sac, le sporocyste (sporange), porté par un filament spécialisé : le
sporocystophore (sporangiophore). A maturité, la paroi du sporocyste se déchire, libérant les
spores dans le milieu extérieur. Exemple : les Mucorales.

b) Spores externes ou exogènes (spores, conidies ou conidiospores):

Elles se forment librement sur le substrat et sont caractéristiques des Hyphomycète et les
champignons levuriformes. La conidiogenèse est la façon dont se forment les spores exogènes
à partir des filaments et elle permet de se rapporter à des « groupes » définis de champignons
et ainsi de les identifier.
Selon leur mode de formation, les conidies ont des appellations différentes :
 Blastospores (Blastoconidies) : C’est l’exemple des levures. Une spore est produite à
partir de la cellule mère par simple bourgeonnement (exemples : Candida,
Malassezia,..). Dans ce mode de conidiogenèse, chaque site de bourgeonnement ne
fonctionne qu’une seule fois. Cependant une même balastospore peut produire
plusieurs cellules filles, de manière successive et en des sites différents mais contigus.

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 Le pseudomycélium (pseudofilament), chez certaines espèces de Candida, est formé
d’une succession de bourgeons qui s’allongent tous d’une même longueur sans se
séparer et sans cloisons les séparant.
 Arthrospores : Ce sont des spores, d’aspect rectangulaire, naissant par fragmentation
et désarticulation du filament. Exemple : Geotrichum.sp, Trichosporon.sp.
 Aleuriospores : Ce sont des spores formées par la différenciation d’un article terminal
ou porté latéralement par un filament. Elles peuvent être unicellulaires (microconidies)
ou pluricellulaires (macroconidies). Exemple : Dermatophytes.
 Phialospores : La cellule conidiogène, appelée phialide, apparait souvent bien
différenciée. Elle a une forme de bouteille qui produit un nombre illimité de spores les
unes après les autres. Exemple : Aspergillus.sp, Penicillium.sp.
 Sympodulospores: Les conidies naissent par bourgeonnement, mais après chaque
bourgeonnement, la cellule conidiogène reprend sa croissance latéralement. Cette
alternance de phénomène de bourgeonnement terminal et de reprise de croissance
latéral se traduit par un aspect en sympode ou en zig-zag de la cellule conidiogène où
chaque angle correspond à un site de bourgeonnement. Exemple : Sporothrix
schenckii, agent de la sporotrichose.
 Porospores : Les conidies naissent à travers un pore de la cellule conidiogène. Ces
spores (porospores) ont des cloisons de type mural. Exemple : Alternaria.sp, les
porospores sont brunes, pluricellulaires d’aspect piriforme ou ovoïde, avec une partie
basale arrondie et une extrémité apicale allongée en bec plus ou moins important.
 Annelospores : Après avoir formé une conidie terminale à son extrémité apicale, la
cellule conidiogène (appelée annellide), reprend sa croissance à travers l’orifice
initial, et forme une deuxième conidie qui repousse la première, et ainsi de suite. On
obtient ainsi une chaine non ramifiée de spores. La cellule conidiogène s’allonge en
formant un anneau chaque fois qu’elle produit une spore. Exemple : Scopulariopsis.sp.
 Chlamydospores (Spores de résistance): Placés dans des conditions défavorables
(culture trop âgée, appauvrissement du milieu nutritif), les champignons filamenteux
et levuriformes élaborent des formes de résistance appelées « Chlamydospores ». Elles
peuvent être terminales (Candida albicans) et/ou intercalaires (dermatophytes). Ces
chlamydospores sont formées par condensation du cytoplasme et épaississement de la
paroi. Elles peuvent constituer une aide au diagnostic.
Remarque : Un champignon ayant les deux modes de reproduction, sexuée et asexuée, est dit
« Champignon parfait », exemple : Aspergillus nidulans. Si seule la reproduction asexuée
existe, ce dernier est dit Champignon imparfait ou « Fungi imperfecti », cas des
Deutéromycètes. La plus grande partie des mycoses sont due à des « fungi imperfecti ».
Le pléomorphisme est un phénomène de dégénérescence du champignon (filaments grêles et
absence de fructifications). Il peut toucher n’importe quel champignon surtout les
dermatophytes. Il peut être total ou partiel. Ce phénomène est irréversible lorsqu’il est total.

D. Classification :
Les champignons appartiennent au règne des Fungi (ou champignons) qui comprend des
divisions (phylums), elles mêmes subdivisées en classes. Celles-ci englobent les ordres qui
rassemblent les familles.
Les noms se terminent par : mycotina pour les divisions, mycètes pour les classes. Le suffixe
« ale » est employé pour désigner les ordres, le suffixe « aceae » pour les familles et le suffixe
« adeae » pour les sous-familles. Une famille comprend des genres qui englobent des espèces,
celles-ci peuvent se subdiviser en variétés.

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Chaque champignon porte un nom qui suit les règles de la nomenclature binomiale désignés
par deux mots latinisés (binôme linnéen): (Genre et espèce). Exemple : Candida albicans ou
Candida albicans (Genre est Candida, l’espèce est albicans).
Selon le type de spores produites, on divise les champignons en 4 divisions (phylum):
 Zygomycotina : présence de zygospores.
 Ascomycotina : présence d’ascospores.
 Basidiomycotina : présence de basidiospores.
 Deuteromycotina (champignon imparfaits ou Fungi imperfecti) : absence de spores
sexuées.
Ce dernier phylum, regroupe tous les champignons pour lesquels on ne connait pas la
reproduction sexuée : soit qu’elle ait disparu au cours des temps, soit que les conditions de
culture ne permettent pas de l’obtenir. C’est dans cette division qu’on retrouvera le plus
grand nombre des espèces d’intérêt médical.
Dans la division des :
 Zygomycotina, on trouve la classe des Zygomycètes.
 Ascomycotina, on trouve la classe des Ascomycètes.
 Basidiomycotina, on trouve la classe des Basidiomycètes.
 Deuteromycotina, sont divisés en trois classes :
- Blastomycètes qui regroupent l’ensemble des champignons levuriformes (y
compris Candida.sp).
- Hyphomycètes : qui regroupent tous des champignons filamenteux à thalle
septé dont les cellules conidiogènes (productrices de spores ou conidies) sont
libres.
- Coelomymètes : qui rassemblent les champignons filamenteux dont les
cellules conidiogènes sont contenues dans des organes protecteurs appelés
pycnides ou acervules.
Schématiquement, on oppose deux types d’Hyphomycètes : les hyalins ou clairs
(hyalohyphomycètes) appartenant à la famille des Moniliaceae et les foncés ou noirs appelés
Dématiés ou phaéohyphomycètes appartenant à la famille des Dematiaceae.
La classification est en constante évolution. Dès que l’on découvre la reproduction sexuée ou
téléomorphe d’un champignon, on reclasse ce dernier dans le phylum adéquat en lui donnant
un nouveau nom.
Les champignons holomorphes qui possèdent les formes sexuée et asexuée ont deux noms
différents, la priorité étant donnée à la forme sexuée dite parfaite. L’usage actuel voudrait que
l’on nomme le champignon d’après la forme obtenue en culture. En pratique de laboratoire
journalière, on peut garder le nom le plus usuel.

III. Pouvoir pathogène des champignons :

Les infections provoquées par le développement des champignons microscopiques sont
appelées mycoses. Le nom de la maladie découle soit du nom de la partie du corps envahie
(onychomycose, teignes), soit, plus souvent, du nom du champignon en cause (aspergillose,
candidoses, etc).
Les champignons déterminent des mycoses, d’évolution chronique ou subaiguë, pouvant être :
 Soit superficielles correspondant à des atteintes de la peau « pityriasis versicolor » et
des phanères (ongles « onyxis », poils et cheveux « sycosis, teignes ») ainsi que de
l’ensemble des muqueuses en particulier les tractus digestifs et génitaux« candidoses »
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  Soit sous cutanées : Mycétomes, sporotrichose.
 Soit profondes, invasives, viscérales, systémiques ou septicémique correspondant à
des atteintes viscérales, uni ou multi viscérales : Cryptococcose, aspergillose invasive,
histoplasmose, candidoses invasives.
Les mycoses profondes, peuvent se manifester également par des lésions cutanées ou
muqueuses et certaines mycoses superficielles peuvent, dans certaines situations
particulières, se disséminer secondairement aux organes profonds (candidoses).
Un autre type d’affection est représenté par la réaction allergique spécifique aux antigènes
fongiques, qui suit généralement l’inhalation de spores fongiques.
Les agents des mycoses peuvent avoir une origine exogène ou endogène.
Les champignons d’origine exogène ne vivent pas normalement en parasites mais en
saprophytes dans le milieu extérieur. Cette catégorie de champignons constitue la majorité.
C’est le cas par exemple : Coccidioides immitis (sol des régions sèches et désertiques
d’Amérique) et Sporothrix schenckii (sol, végétaux). Il en est de même pour, les
dermatophytes, cosmopolites, qui sont des champignons kératinophiles et kératinolytiques,
adaptés à la peau et aux phanères de l’homme ou l’animal, provoquant des lésions, quel que
soit l’état immunitaire du patient. Ils sont donc des vrais pathogènes (parasites obligatoires).
Les Aspergillus, d’origine exogène, sont des moisissures ubiquitaires dans l’environnement et
au comportement opportuniste, dont le développement chez l’homme est permis par
l’affaiblissement de ses défenses immunitaires.
Les champignons commensaux, d’origine endogène, comme les espèces du genre Malassezia
sur la peau, ou Candida des muqueuses digestives ou vaginale (Candida albiacans,
C.glabrata), peuvent avoir un rôle pathogène lorsque certains mécanismes de protection sont
altérés chez l’hôte ou lors de présence de certains facteurs favorisants permettant alors au
champignon de se multiplier et d’envahir les tissus, et provoquant ainsi le développement
d’infections endogènes (par exemple : candidose buccale ou oropharyngée chez le sujet
VIH +, candidoses vaginales au cours de la grossesse, pityriasis versicolor à Malassezia.sp
chez les sujets à peau grasse).
Enfin, il existe une autre catégorie de mycètes qui mènent à la fois une vie dans le milieu
extérieur et dans le tube digestif d’un animal. Exemple : Cryptoccocus neoformans se
multiplie aussi bien dans le jabot des pigeons que dans leurs fientes.
Certains champignons pathogènes se distinguent par des affinités particulières pour certains
tissus ou organes ; ainsi, les dermatophytes s’attaquent seulement à la kératine de la peau et
phanère et Cryptococcus neoformans a une affinité particulière pour le tissu nerveux (SNC).
En général, les mycoses ne s’accompagnent pas de fièvre (sauf atteintes profondes :
septicémie à Candida, cryptococcose, aspergillose invasive), ni de modification de la formule
de numération sanguine. Certains caractères cliniques des mycoses peuvent orienter le
diagnostic : lésions cutanées circinées (épidermophytie circinée), périonyxis.

IV. Modes de contamination : La pénétration du champignon peut se faire :

A. Voie transcutanée :
Le mycète est introduit à la faveur d’une piqure d’épine, d’écharde de bois.
Exemple : Sporothrix schenckii (sporothrichose), Madurella mycetomatis (mycétomes).

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Les actes médico-chirurgicaux (pose de cathéters) ou chirurgie cardiaque peuvent être à
l’origine d’affections fongiques.

B. Voire aérienne (respiratoire) :

La contamination se fait par inhalation de spores. Exemple : Aspergillus, Cryptococcus
neoformans, Histoplasma capsulamtum, Coccidioides immitis.

C. Contact direct :
En règle générale, les mycoses peuvent être considérées comme des maladies non
contagieuses d’homme à homme, suite à un contact direct avec un hôte infecté. Seules
certaines d’entre elles le sont exemple: Teignes du cuir chevelu (homme-homme, homme-
animal).

D. Contact indirect :
La marche pied nu (sol), la fréquentation des piscines, des bains maures, sales de sport, jouent
un rôle important dans la transmission des dermatophytes. De plus, l’utilisation des objets
contaminés (brosse en cas de teignes).

E. A partir d’un foyer profond initial :

Conduisant à une dissémination de l’infection par voie sanguine ou lymphatique. C’est le cas
des mycoses systémiques, elle est responsable de foyers à distance.

F. Voie digestive (non prouvée) : Exemple : Aspergillus.

V. Champignons opportunistes :
Ce sont tous les micromycètes filamenteux (moisissures) ou levuriformes qui vivent en
saprophytes dans l’environnement, parfois en commensal du revêtement de la peau, et des
muqueuses, sans pour cela entrainer des lésions chez l’individu sain.
Les champignons opportunistes se développent dans des conditions particulières, c'est-à-dire
en présence de facteurs de risque favorisants, qui rendent l’homme « plus vulnérable » et
devient « plus réceptif » à des espèces fongiques issues de l’environnement, ou déjà présentes
dans l’organisme « hôte » dont pouvoir pathogène est quasi nul chez le sujet « sain ».

Exemples des champignons opportunistes : Aspergillus, Candida, Cryptococcus et

Penicillium marneffei,...
Les facteurs de risque peuvent être:
 Des facteurs intrinsèques (facteurs liés à l’hôte) : Ils peuvent être :
- D’ordre physiologique : âges extrêmes (vieux ou nouveau-nés), grossesse
(augmentation des candidoses vaginales).
- D’ordre pathologique : hémopathies malignes, diabète, déficit acquis de
l’immunité (SIDA).
- Facteurs locaux : macération, humidité et transpiration, contact avec les sucres
(confiseurs) et traumatismes.
 Des facteurs extrinsèques (facteurs iatrogènes surtout) :
- il s’agit surtout de médicaments (antibiothérapie massive,
immunosuppresseurs, corticoïdes, antimitotiques) mais aussi de gestes médico-

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 chirurgicaux tels que la pose de cathéters veineux, artériels, sondes vésicales
ou gastriques et prothèse dentaire
- La chirurgie cardiaque, pulmonaire ou osseuse ainsi que les transplantations
d’organes et les greffes de moelle osseuse favorisent l’installation de mycoses.
A ces différents facteurs de risque s’ajoutent des facteurs de virulence liés au champignon lui-
même.

VI. Répartition géographique :

Certains champignons sont cosmopolites (Aspergillus, Candida, Cryptococcus,
Dermatophytes). D’autres limités géographiquement, par exemple : Coccidioïdes immitis dans
les régions désertiques du Sud-ouest des USA; Histoplasma capsulatum en Amérique centrale
et Afrique du Sud et Histoplasma duboisii en Afrique. Mais, en raison des échanges
internationaux, la maladie peut se voir n’importe où.

VII. Diagnostic de laboratoire :

Le diagnostic d’une mycose dépend beaucoup de la façon dont la récolte du matériel
pathologique suspect est effectuée. Pour cela, il faut accorder une attention particulière aux
prélèvements. Le diagnostic précis d’une mycose se fait essentiellement par la mise en
évidence du champignon dans les prélèvements et/ou en culture ; et par l’identification de
l’agent responsable.
Toutes les techniques employées en mycologie médicale ont pour but de faire apparaitre dans
les prélèvements et en culture les caractères distinctifs des champignons pathogènes ou leurs
propriétés immunologiques.

A. Diagnostic direct (Diagnostic mycologique):

1) Prélèvements :
Il consiste une étape importante du diagnostic. C’est de sa qualité que dépendra la fiabilité de
l’examen mycologique et par conséquent la mise en route d’une thérapeutique adéquate.
Le prélèvement doit être fait avant toute toilette et toute thérapeutique antifongique locale ou
générale. Si un traitement est en cours, il est conseillé de l’arrêter et d’observer un certain
délai avant de procéder au prélèvement (Le laps de temps entre l’arrêt et le prélèvement est
fonction de la localisation de la lésion et du médicament déjà prescrit). En cas de lésions
multiples, il faudra les prélever séparément et les traiter de façon individuelle.
Le matériel destiné au prélèvement doit être stérile, tant pour le prélèvement lui-même que
pour le recueil des produites pathologiques.
Les prélèvements sont divers. La technique de prélèvement diffère avec le produit
pathologique à prélever, qui est fonction de signes cliniques d’appel et de siège de la lésion.
Les prélèvements peuvent être :
 Squames (lésions de la peau glabre) : Elles sont prélevées par raclage au moyen de
vaccinostyles, curettes, grattoirs. Ces squames sont recueillies dans des boites de
pétri stériles ou entre deux lames porte-objet préalablement flambées. Les lésions
suintantes sont prélevées par écouvillonnage.
 Cas particulier du Pityriasis versicolor (scotch test cutané) : Il est réalisé à l’aide
d’un scotch transparent que l’on applique sur la lésion. On retire cette cellophane

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 adhésive aussitôt et on la colle sur une lame porte-objet. L’examen de la lame se
fait au microscope, au faible grossissement.
 Lésions unguéales : Deux éventualités sont possibles :
- Onyxis dermatophytique : On coupe le bord libre de l’ongle à l’aide de
ciseaux. On gratte profondément le tissu unguéal jusqu’au contact du tissu
sain au moyen d’une curette ou d’un bistouri.
- Onyxis avec périonyxis candidosique : Prélever le pus ou la sérosité, à
l’écouvillon ou à la pipette Pasteur, par pression au niveau du bourrelet
péri-unguéal. On racle ensuite le tissu unguéal à la base de l’ongle.
 Cheveux-Poils : Le siège du prélèvement peut être guidé par un examen à la
lampe de Wood. On arrache les cheveux, au moyen d’une pince à épiler. On
choisit les cheveux cassés courts. On racle énergiquement les squames au niveau
des plaques alopéciques (Teignes tondantes du cuir chevelu).
Pour les teignes faviques : on ôte les toits des godets faviques à la curette et on
prélève les cheveux ternes décolorés et non cassés. Dans le cas de Kérions, on
prélève le pus par écouvillonnage.
Les lésions inapparentes : dans la fratrie du malade, on utilise la technique du carré
de moquette. On frotte la totalité du cuir chevelu à l'aide d'un carré de moquette
stérile.
 Prélèvements des muqueuses (buccales, vaginale) : Le prélèvement sera réalisé par
écouvillonnage, en frottant les muqueuses par des écouvillons imbibés avec de
l’eau distillée stérile, faire au moins 2-3 écouvillons.
 Liquides biologiques :
- Urines : Les recueillir de façon aseptique et réaliser l’examen du culot de
centrifugation.
- Sang : Il sera recueilli sur un milieu de Sabouraud liquide citraté ou sur un
milieu de Castanéda (milieu bactériologique).
- LCR (liquide céphalorachidien) : On utilisera le culot de centrifugation
(centrifuger à 2000 trs/mn pendant 15 minutes ou 2500 trs/mn pendant 5-
10mn).
- Pus : Ce sera le pus des nodules fermés qui sera prélevé.
- Expectoration, LBA (liquide de lavage broncho alvéolaire): Procéder au
préalable à un nettoyage de la cavité bucco-pharyngée par gargarisme avec une
solution d’antiseptique.
 Selle : Les recueillir dans un récipient stérile à fermeture hermétique.
 Biopsies : La biopsie sera partagée en deux fragments :
- L’un d’entre eux sera destiné à l’examen mycologique. Pour cela, il sera
conservé dans de l’eau physiologique stérile.
- L’autre sera destiné à l’examen anatomopathologique et sera mis dans un
fixateur biologique (type Bouin).
2) Examen direct : Se fait après traitement des prélèvements :
 Il est nécessaire d’éclaircir les squames et phanères (cheveux, poils, ongles), ce
matériel opaque, pour visualiser le champignon. Mettre une partie du prélèvement
sur lame, rajouter une goutte de réactif éclaircissant.
Le réactif éclaircissant : Le Chloral lactophénol pour les cheveux et poils ; et la
potasse à 30 ou 40% pour les squames, ongles. Recouvrir d’une lamelle et chauffer
très doucement sur une veilleuse d’un bec bunsen jusqu’à dissolution de la kératine.
L’observation se fera aux faibles grossissements.
 Centrifugation des liquides biologiques (urines, LCR) et examen du culot de
centrifugation avec une goutte de colorant.
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  Faire des frottis ou des appositions des biopsies et les colorer.
Remarque : Cas du LCR : Examiner le culot de centrifugation dans une goutte d’encre de
chine diluée au 1/3 (Recherche de la capsule de Cryptococcus).
L’étape de l’examen direct présente des intérêts multiples :
 Visualiser le champignon sous sa forme parasitaire (levures ou filaments) :
- Forme levure : Noter la taille, la forme, le bourgeonnement (ainsi que la base
de ce bourgeonnement), la coexistence de filaments et/ou de pseudofilaments,
la présence éventuelle d’une capsule.
- Forme filamenteuse : Noter le diamètre de ces filaments, la présence ou
l’absence de cloisons (et leur régularité).
 Evaluer l’abondance du mycète.
NB : Garder toujours l’excédent du produit pathologique.

 Examen anatomopathologique :
(Le prélèvement destiné à l’analyse histopathologique doit être mis dans un fixateur. Cet
examen nécessite des colorations de routine (non spécifiques) et des colorations spécifiques
(PAS = acide périodique-schiff, imprégnation argentique = Gomri-Grocott)
Cette étude complète obligatoirement l’examen direct en cas de mycoses profondes,
viscérales. Il devient indispensable pour affirmer le caractère pathogène d’un champignon
opportuniste, habituellement saprophyte.

3) Culture :
C’est une étape obligatoire du diagnostic. Elle est systématique et doit être réalisée quelque
soit le résultat de l’examen direct.
a) Les milieux d’isolement: Il est conseillé d’ensemencer plusieurs tubes (au moins
deux : 1 SC et 1 SAC).
 Le milieu de base est le milieu de Sabouraud (glucose à 2% et peptone)
 Milieux aux antibiotiques :
- Milieu de Sabouraud + Chloramphénicol (SC)
- Milieu de Sabouraud + Actidione +Chloramphénicol (SAC)
Le chloramphénicol inhibe la croissance des bactéries qui peuvent empêcher la croissance des
champignons. L’actidione (cyclohéximide) inhibe la croissance des champignons saprophytes
(moisissures) mais aussi celle de quelques champignons pathogènes (Cryptococcus
neoformans et certaines espèces de Candida : C.glabrata, C.parapsilosis, C.tropicalis).

b) Techniques d’ensemencement : Ensemencer plusieurs tubes (SC et SAC) devant

bec à bunsen :
 Prélèvements solides (squames, poils, cheveux, ongles) : Déposer à l’aide d’une anse
de platine, le matériel pathologique en 4 ou 5 points espacés les uns des autres.
 Prélèvement fait à la moquette : Taper le carré de moquette sur la gélose coulée en
boite de pétri, puis la retirer.
 Liquides biologiques : Les ensemencer à la pipette Pasteur stérile.
 Biopsie : La réduire en fragments et les déposer sur la gélose (broyer et ensemencer le
broyat).

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 c) Température d’incubation : Les cultures sont incubées entre 20 et 30°C pour les
prélèvements superficiels et à 37°C pour les prélèvements issus de localisations
profondes.
d) Délai de croissance : Il varie avec l’agent causal. Il est de 24-48 à 72h pour les
levures et de quelques jours à plusieurs jours voire plusieurs semaines pour les
champignons filamenteux (Dermatophytes : 3 semaines).
Remarque: En cas de suspicion d’affection bactérienne (Actinomycètes), ensemencer des
milieux bactériologiques (type Lowenstein), Sabouraud sans antibiotiques.

e) Identification des champignons:

La détermination et l’identification des champignons isolés (Genre et espèce), reposent sur les
caractères macroscopiques et microscopiques de la culture obtenue sur les milieux
d’isolement. Parfois, cette détermination nécessite un repiquage sur les milieux
d’identification. Pour les levures, il est nécessaire d’étudier les caractères physiologiques.
 Aspect macroscopique : L’observation doit se faires au recto et au verso du tube :
- Recto : Noter la couleur, l’aspect de la culture (plate, surélevée, plissée,
plâtreuse, poudreuse ou crémeuse).
- Verso : Noter l’existence ou pas d’un pigment diffusible.
 Aspect microscopique : Les éléments à noter au cours de cette observation en
examinant entre lame et lamelle un fragment de gel sont :
- Thalle : Levuriforme, filamenteux
- Fructification : Microconidies, macroconidies (leur forme et taille), têtes
aspergillaires, blastospores, ect.
La méthode du drapeau (Méthode au scotch : En périphérie de la colonie) et la culture sur
lame aident parfois à l’identification.
 En cas de difficulté d’identification des champignons isolés sur les milieux
d’isolement, des repiquages sur des milieux spéciaux dit milieux d’identification,
s’avère nécessaire :
- Milieux d’identification:
Permettant l’identification de levures du
genre Candida et de l’espèce Candida
albicans :
PCB (Pomme de terre, Carotte, Bile)
Rice Cream (Crème de Riz) La présence de chlamydospores terminales
Rice cream Agar Tween (RAT) sur le milieu de Rice Cream, permet
l’identification de Candida albicans.

D’autres milieux existent :

- Milieu Lactrimel Borrelli: Dermatophytes.
- Milieu de Czapek : Identifier les Aspergillus en cas de difficultés.
- Milieu au sang : Obtention des formes parasitaires des champignons dimorphiques
- Milieu de TTC (Chlorure de Triphényl Tétrazolium) : Recherche de la réductase
(NB : La culture sur lame : Recourir à ce procédé en cas de difficultés de détermination)

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  L’étude des caractères physiologiques est nécessaire pour l’identification des levures:
- Auxanogramme (assimilation des sucres).
- Zymogramme (fermentation des sucres).
- (Réduction de tétrazolium : Recherche de la réductase qui se manifeste par virage
ou non du milieu Sabouraud-tétrazolium (TCC))
 Test à l’uréase : L’hydrolyse de l’urée libère de l’ammoniaque d’où réaction alcaline
entrainant le virage du milieu
 Etude des besoins vitaminiques : Ensemencer le champignon sur des milieux avec et
sans vitamines et vérifier la croissance du champignon
4) Diagnostic séro-immunologiques direct : Détection des antigènes fongiques
circulants :
Elle est indiquée en cas de mycoses profondes. Elle est intéressante dans la cryptococcose, les
aspergilloses invasives et les candidoses profondes. La technique utilisée est la réaction
d’agglutination ou immunoenzymatique (ELISA).

5) Inoculation à l’animal :
L’inoculation du produit pathologique à l’animal est utile dans les cas d’un prélèvement
souillé, reproduire expérimentalement la maladie et dans le cas de culture dangereuse
(champignons dimorphiques). Exemple : Coccidioïdes immitis.

6) Biologie moléculaire :
Elle est réservée aux laboratoires spécialisés et n’est pas un moyen de diagnostic de routine.
Elle permet dans certains cas:
 Le diagnostic.
 L’identification.
 Le typage moléculaire.
7) Détermination in vitro de la sensibilité du champignon aux antifongiques :
Elle est indiquée dans le cadre des mycoses invasive. En effet, en cas des candidoses
invasives, parallèlement à l’identification de la levure, la détermination de la sensibilité aux
antifongiques doit être réalisée lorsque la levure est isolée d’une hémoculture ou d’un site
profond.
Elle est également indiquée :
 Lorsque le champignon est isolé d’un site superficiel, en cas de récidive ou d’échec
thérapeutique.
 Lorsqu’il s’agit de patients immunodéprimés ou soumis à une forte pression de
sélection liée à une prophylaxie ou à un traitement antifongique en cours.

B. Diagnostic séro-immunologiques indirect : La détection des anticorps

circulants
La détection des anticorps circulants est indiquée pour le diagnostic : de l’aspergillome
pulmonaire, des aspergilloses immuno-allergiques. Dans certaines mycoses
profondes, comme candidoses invasives, la détection des anticorps circulants doit être
couplée à la recherche des antigènes circulants, pour être fiable. Dans d’autres comme la
cryptococcose, cette recherche est non contributive au diagnostic.

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Toutes les techniques séro-immunologiques peuvent être utilisées à la recherche des anticorps
spécifiques dans le sérum du malade: Réactions de précipitation en gel (IEP), réactions
d’immunofluorescence indirecte (IFI) et réactions immunoenzymatiques (ELISA).

NB : Le test de sensibilité cutanée par intradermoréaction (IDR), (témoin d’un contact récent
ou ancien avec le champignon), n’a qu’une valeur épidémiologique en zone d’endémie, il peut
avoir une valeur diagnostique pour certaines mycoses en dehors de zones d’endémie (IDR à
l’histoplasmine dans l’histoplasmose).

VIII. Traitement et prévention:

Le traitement peut être :
 Médical : Candidoses, Cryptococcose, Mycétomes actinomycosiques, Pneumocystose.
 Chirurgical : Aspergillome pulmonaire, Mycétomes fongiques.
 Association des deux : Aspergillomes pulmonaires, Mycétomes fongiques.
A coté du traitement curatif, il faut lutter contre les facteurs favorisants: macération, humidité,
transpiration, contact avec les sucres, traumatismes, utilisation des objets personnels,
traitement des pathologies sous jacentes et surveiller les sujets immunodéprimés qui
constituent la catégorie à haut risque des infections fongiques invasives de mauvais pronostic.

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16
 Arthrospores

Aleuriospores :
Dermatophytes

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Phialospores d’Aspergillus.sp et de Penicillium.sp

Sympodulospores de Sporothrix schenckii

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Porospores d’Alternaria.sp Annelospores de Scopulariopsis.sp

Chlamydospores

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