République Algérienne Démocratique et Populaire

Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique

Université Mouloud Mammeri, Tizi Ouzou
Faculté des Sciences Biologiques et des Sciences Agronomiques
Département de Biochimie-Microbiologie

Cours de Microbiologie Générale

Destinés aux étudiants de 2éme Année licence (LMD). Domaine S.N.V
Dr. TITOUCHE. Y

1
 I. Le monde microbien
Introduction
Depuis la plus haute antiquité, les microorganismes ont été utilisés pour produire et conserver
les aliments. Actuellement, ils sont nécessaires à la production du pain, du fromage, de la bière,
des antibiotiques, des vaccins, des vitamines, des enzymes et de beaucoup de produits
importants.
Les microorganismes sont des acteurs indispensables de notre environnement et permettent
aux cycles de carbone, de l’oxygène et du souffre de fonctionner dans les milieux terrestres et
aquatiques ; ils sont à l’origine de toutes les chaines alimentaires. En revanche, les
microorganismes causèrent des problèmes aux hommes et à la société depuis le début des temps
historiques.
1. Définition

La microbiologie est l’étude d’organismes vivants de très petite taille qui ne peuvent pas être
perçus par l’œil nu. On les appelle pour cela des micro-organismes ou microbes ou protistes.
Le terme microbes a été donné par un chirurgien Sedillot en 1878 pour désigner les organismes
microscopiques.
L’œil nu ne peut percevoir des objets ou des micro-organismes dont le diamètre est égal à
1mm. On peut dire que tout organisme dont le diamètre est inférieur à 0.1mm est un micro-
organisme. Dans cette catégorie d’être vivants il y’a quelques métazoaires, les protozoaires,
un grand nombre d’algues, des mycètes, les bactéries et les virus.

2. Place des microorganismes dans le monde microbien

Avant la découverte des microorganismes tous les êtres vivants étaient classés à l’intérieur du
règne animal ou du règne végétal. La découverte de ces formes vivantes microscopiques
rendait de plus en plus difficile leur classement dans le règne animal ou végétal. Parmi elles,
les algues et les champignons pouvaient être rapprochés de plantes, les premières à cause de
leur pouvoir de photosynthèse, les seconds en raison de leur immobilité ; les protozoaires
mobiles et non photosynthétiques étaient considérés comme des animaux ; la place des
bactéries par contre restait à fixer ?.
Des tentatives de classification furent proposées. En 1886, le zoologiste allemand Haeckel
proposa une solution logique en demandant la création, pour ses formes microscopiques, d’un
troisième règne, celui des protistes (qui signifie « les tout premiers (Protistos) » en grec), qui
rassemble les algues, les protozoaires, les champignons et les bactéries.

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 Etres vivants

Procaryote

Eubactéries Archéobactéries

(Bacteria) (Archaea)
Eucaryote

(Eukarya)

Animaux Plantes Champignons

(Animalia) (Plantae) (Fungi)

Figure 1 : Classification du monde vivant et place des microorganismes

Les archéobactéries, qu’on trouve souvent dans des milieux ou règnent des conditions
extrêmes, sont reparties en plusieurs groupes et ceci en fonction de leurs propriétés
physiologiques et écologiques : les halophiles extrêmes (halobactéries), les thermophiles
extrêmes et les méthanogènes.

I. Cellule bactérienne

Introduction
Durant de longues années, la bactérie est considérée comme « un sac d’enzymes » car le
pouvoir de résolution du microscope optique était insuffisant pour révéler les détails de
structure. C’est le microscope électronique, avec ses différents modes d’exploitation, qui a mis
en lumière l’architecture de la bactérie.

1. Morphologie cellulaire
Au microscope optique, la morphologie bactérienne se définit par la forme des cellules, leurs
dimensions et les arrangements ou les groupements (agencement) qu’elles constituent entre

2
elles. Ces caractéristiques qui définissent la morphologie bactérienne constituent les critères
essentiels de reconnaissance et d’identification.

1.1. Taille

Les dimensions des bactéries varient selon les espèces. Elles se situent entre les virus et les
algues unicellulaires ou les protozoaires.
Dans les zones limites, des chevauchements, c'est-à-dire que les plus grandes des bactéries
comme certains spirilles atteignent la taille d’une algue et que les plus petites ont des
dimensions analogues à celles de certains gros virus.
1. 2. Formes et groupements
Les formes des bactéries sont extrêmement diverses. Ce caractère est très important en
bactériologie, il peut conduire à la détermination du genre, mais on doit l’utiliser avec une
extrême prudence. Les bactéries les plus communes ont deux formes : les coques et les
bâtonnets.

Bactéries en coque ou cocci (formes sphériques)

Les coques sont à peu près sphériques. Ils peuvent exister en tant que cellules individuelles,
mais sont aussi associées en arrangements caractéristiques qui sont souvent utiles pour leur
identification.
Les diplocoques : se forment quand les coques se divisent et restent ensemble pour former des
paires. On peut citer les pneumocoques (ex Streptococcus pneumoniae), diplocoque encapsulé,
chaque coque ayant la forme d’une flamme de bougie, l’ensemble formant un 8. Neisseria,
diplocoques non capsulés aplatis à un pôle (en grain de café).
Des chainettes de coques : se forment quand les cellules restent attachées après plusieurs
divisions dans un plan ; ce type d’arrangement se rencontre dans les genres Streptococcus,
Enterococcus, Leuconostoc et Lactococus.
D’autres se multiplient dans 2 plans perpendiculaires et forment des tétrades : c’est le cas des
membres du genre Micrococcus qui se divisent souvent selon deux plan pour donner des
groupes carrés de quatre cellules appelés tétrades.
Lorsque la division se fait dans 3 plans perpendiculaires, on obtient des amas cubiques
(agglomérats cubiques) de huit cellules, c’est le cas du genre Sarcina.
Les coques peuvent se diviser dans de nombreux plans en produisant des amas plus ou moins
irréguliers (grappe de raisin), c’est le cas du genre Staphylococcus.
Bactéries en bâtonnet ou bacillaires (forme cylindrique)
L’autre forme habituelle de bactéries est celle d’un bâtonnet souvent appelée bacille. Les
bacilles peuvent présenter des formes et des arrangements divers.
Bacilles proprement dit, droit, réguliers plus ou moins allongés, extrémités arrondies ; c’est
le cas des Enterobacteriaceae (2 à 3 microns de long) ou rectangulaires, c’est le cas des
Bacillus.
Les bacilles sont très différents dans leur rapport longueur/largueur, les coccobacilles étant
si courts et larges qu’ils ressemblent à des coques.
La forme des extrémités du bâtonnet varie souvent selon les espèces, elle peut être plate,
arrondie, en forme de cigare ou bifurqué. Les bacilles peuvent avoir une forme fusiforme aux

3
extrémités effilées ou bien en forme de fuseau, c’est le cas des corynébactéries renflées à l’un
de leurs pôles (en massue).
Les bâtonnets peuvent être isolés, associés 2 par 2 (diplobacilles) ou en chainettes
(streptobacilles) ou en palissades ou en paquets d’épingles dans le cas des corynébactéries.
Ils peuvent être incurvés (en forme de virgule), c’est le cas de Vibrio : un seul groupe
regroupant des espèces aquatiques et quelques espèces pathogènes pour l’homme (Vibrio
cholerae).
Autres formes existantes :
Les bactéries peuvent avoir un grand nombre de formes bien qu’elles soient souvent de
simples sphères ou des bâtonnets. Les actinomycètes forment de longs filaments multinucléés
ou hyphes qui peuvent être ramifiés et produire un enchevêtrement appelé mycélium.
Beaucoup de bactéries ont une forme de long bâtonnet tordu en spirale ou en hélice, elles
sont appelées spirilles si elles sont rigides et spirochètes si elles sont flexibles (c’est le cas de
la famille des Spirochetaceae).
D’autres bactéries (Gallionella, Caulobacter) forment un pédoncule (forme pédonculée)
On trouve aussi la forme filamenteuse, c’est le cas de la famille des Sphaerotilus. Enfin,
certaines bactéries changent de forme et n’ont pas une seule forme caractéristique. Elles sont
dites pléomorphes (Corynebacterium).

Figure 2 : Aspect et groupement des principales bactéries de forme sphérique

4
 Figure 11 : Formes et groupement des bacilles

Forme spiralée Forme spirochète

Figure 3 : Autres formes de bactéries

2. Ultra-structure de la cellule bactérienne

L’observation au microscope électronique de coupes ultraminces de bactéries révèle une
organisation relativement rudimentaire par rapport aux cellules animales et végétales. Certains
éléments sont présents chez toutes les bactéries (éléments constants), alors que d’autres sont
facultatifs (éléments non constants) : n’existent que chez certains groupes bactériens.
Eléments présents chez toutes les bactéries
• Deux enveloppes : une enveloppe rigide « paroi bactérienne » entourant le
cytoplasme et séparé de ce dernier par la membrane cytoplasmique. Cette paroi donne
la forme et confère aux cellules bactériennes leurs résistances.
• La membrane cytoplasmique : qui constitue une enveloppe plus mince, plus délicate.
• Le cytoplasme : en général très homogène, contient essentiellement des
granulations d’acide ribonucléique, les ribosomes, ainsi que des substances de réserve
comme le glycogène.
• L’appareil nucléaire : long filament d’ADN, il occupe une grande partie de
l’espace cellulaire, pouvant être mille fois plus long que la cellule bactérienne. Il n’est
pas entouré d’une enveloppe comme le cas des eucaryotes.
Eléments présents chez certains groupes bactériens seulement
• La capsule : une couche visqueuse entourant complètement la paroi
• Les flagelles : sont des organites conférant à certaines bactéries leur mobilité

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 • Les pili : filaments ténus, très courts, appelés encore « pili communs » qui
jouent un rôle dans l’adhésion de certaines bactéries aux cellules ou aux surfaces.
• Les pili sexuels : par lesquels se fait le transfert du matériel génétique d’une
bactérie « mâle » à une bactérie « femelle » au cours de la conjugaison bactérienne.
• Les spores : qui sont des formes de résistance de certaines bactéries, qui sont
toujours des bacilles à Gram positif (Clostridium et Bacillus)

Figure 4 : Ultrastructure d’une cellule bactérienne

3. Paroi bactérienne

La cellule bactérienne est entourée par une enveloppe rigide, la paroi, qui est pour plusieurs
raisons une des parties les plus importantes d’une cellule procaryote. Cette paroi consiste en un
exosquelette conférant à la cellule sa forme et la protège de la lyse osmotique lorsqu’elle se
retrouve dans un environnement dilué.
Cette forme et cette force de la paroi est due à la présence d’un polymère, le peptidoglycane
appelé encore mucopeptide, muréine ou mucocomplexe.
Sur la base d’une coloration développée par Christian Gram en 1884, les bactéries se
divisent en deux grands groupes : les bactéries à Gram positives (se colorent en violet) et les
bactéries à Gram négative (se colorent en rose). La différence de structure entre ces deux
groupes fut découverte au microscope électronique.

6
 La paroi des cellules à Gram positives est formée d’une seule couche homogène de
peptidoglycanes de 20 à 80 nm d’épaisseur logée à l’extérieur de la membrane cytoplasmique.
Au contraire, la paroi des Gram négatives est fort complexe, elle est formée d’une couche de
peptidoglycane de 2 à 7 nm d’épaisseur entourée d’une membrane externe épaisse de 7 à
8 nm.

Figure 5 : Paroi cellulaire des bactéries Gram positives et Gram négatives.

L’enveloppe d’une bactérie Gram positive (Bacillus licheniformis) et d’une bactérie Gram
négative (Aquaspirillum serpens) au microscope électronique. M : muréine ou
peptidoglycane ; OM : membrane externe ; P : espace périplasmique ; W : peptidoglycane de
la paroi bactérienne Gram positive.
3.1.Composition chimique
La paroi représente 20% du poids sec de la cellule bactérienne. Elle est composée des
éléments suivants :
La N-acétylglucosamine (NAG) :

7
 L’acide N-acétylmuramique (NAM) : qui représente l’éther lactique en position 3 de
la N-acétylglucosamine

La galactosamine : qui est présente chez certaines espèces seulement et en faible

quantité.

 Les acides aminés :

Quatre acides aminés sont régulièrement isolés chez la plupart des bactéries, ce sont :
• La D-alanine et la L-alanine :

• L’acide glutamique :

8
 • La lysine ou l’acide diamino-pimélique :

D’autres acides aminés sont rencontrés chez certaines espèces : la glycine chez Staphylococcus
aureus, l’acide aspartique chez Lactobacillus acidophilus,…
 Acides teichoïques :
Ils sont présents uniquement chez les bactéries à Gram positif et peuvent représenter jusqu'à
50% du poids de la paroi (environ 5% du poids sec de la bactérie)
Ils sont localisés soit dans la paroi, soit dans le feuillet externe de la membrane cytoplasmique
et ils pourraient avoir un rôle antigénique.

Deux types d’acides teichoïques ont été isolés :

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Le polyribitol phosphate : polymère linéaire rencontré en particulier chez Staphylococcus
aureus.

Le polyglycérol phosphate : plus ou moins glycosylé, isolé en particulier chez Bacillus subtilis
et Streptococcus faecalis.

 Oses simples :

10
Plusieurs oses simples ont été mis en évidence : glucose, galactose, mannose, fucose,….
Certains sont spécifiques (rhamnose chez Streptococcus du groupe A). Leur nature et leurs
types d’associations avec les autres composants de la paroi confère à la bactérie une spécificité
antigénique.
 Lipides :
Ils sont présents en faible quantité et parfois totalement absents chez les bactéries à Gram
positif. Ce sont essentiellement des lipides simples intervenant dans la composition des
lipopolysaccharides (LPS) des bactéries Gram négatif.

 Les acides mycoliques :

Ils ne sont présents que chez les bactéries acido-alcoolo-résistantes, telles que les
mycobactéries. Ce sont des acides gras à très longues chaines. Chez les Corynébactéries, des
acides gras à plus courte chaine ont été isolés : acides corynémycoliques. Ex : Acide α-
mycolique.

Figure 6 : Enveloppes de bactéries à Gram positifs et des bactéries à Gram négatifs

11
 Tableau 1 : Comparaison chimique de la paroi des bactéries Gram positif et des bactéries
Gram négatif
Bactérie Gram positif Bactérie Gram négatif
Aspect en microscope Une couche épaisse et Deux couches séparées par
électronique amorphe un espace clair
Présence d’une membrane Non oui
externe
Présence d’un espace Mince Epais
périplasmique
Peptidoglycane Epais 10 à 80 nm, Mince 20 à 6nm, représente
représente 40% du poids moins de 10% du poids sec,
sec, détermine la détermine la morphologie
morphologie bactérienne bactérienne
Acides teichoïques Présents Absents
Présence de protéines Possible : liaisons Fréquente
covalentes avec le
peptidoglycane, rôle
éventuel dans le pouvoir
pathogène, rôle éventuel
dans l’antigénicité
spécifique
Présence de polysaccharide Possible : antigène Possible
spécifiques de groupes pour
certaines espèces
Lipopolysaccharides Absents Présents

Lipides 1-2.5% 10-22%

3.2. Structure moléculaire

Le peptidoglycane ou muréine est un énorme polymère composé de plusieurs sous unités

liées entre elles. Le polymère contient deux dérivés de sucres : la N-acétylglucosamine (NAG)
et la N-acétylmuramique (NAM), reliés entre eux par une liaison glycosidique.
L’ossature de ce polymère est constituée de l’alternance de résidus de NAG et de NAM. Un
tétra peptide constitué d’acides aminés L alternant avec des acides aminés D est lié au groupe
carboxyle de l’acide N-acétylmuramique.

12
 Figure 7 : Structure moléculaire de peptidoglycane

Beaucoup de bactéries possèdent un autre acide diaminé, habituellement la L-lysine, en

troisième position à la place de l’acide méso-diaménopimélique.
Les chaines de peptidoglycanes sont reliées entre elles par des liaisons interpeptidiques. Le
peptidoglycane de la plupart des cellules Gram négatives possède moins de ponts
interpeptidiques. Le résultat du pontage est un énorme sac de peptidoglycane qui est en fait un
réseau dense de polymères interconnectés. Ces sacs ont été isolés des bactéries Gram positives
et sont assez solides pour garder leur forme et leur intégrité.

13
 • Paroi des bactéries à Gram positif
La paroi des bactéries à Gram positif est homogène et épaisse. Celle-ci est constituée
principalement de peptidoglycane qui contient souvent un pont interpeptidique. Au-dessus de
ce composé, à la surface de la bactérie, se trouvent une grande quantité d’acides teichoïques,
polymères de glycérol ou de ribitol reliés par des groupes phosphates. Des acides aminés tels
que la D-alanine ou des sucres comme le glucose sont attachés au glycérol ou au ribitol.
Les acides teichoïques sont connectés soit au peptidoglycane lui-même, soit aux lipides de la
membrane cytoplasmique : on parle donc d’acides lipoteichoïques (donnent à la paroi des
cellules Gram positives leur charge négative).
Des protéines de surface jouent un rôle important dans le pouvoir pathogène de certaines
espèces : Protéines A de Staphylococcus aureus et Protéines T et M de Streptococcus pyogenes.

Figure 8 : Enveloppe des bactéries Gram positif

• Paroi des bactéries à Gram négatif
Une analyse rapide montre que les parois des bactéries à Gram négatives sont beaucoup plus
compliquées que celles des bactéries à Gram positives. En effet, outre le peptidoglycane de base
logé dans l’espace périplasmique, ces parois comprennent une couche phospholipidique dite
membrane externe. Cette dernière est constituée de :
 Des phospholipides : organisés en un feuillet bimoléculaire dont l’intérieur,
rassemblant les chaines d’antigènes. Constitue une couche hydrophobe.
 Des protéines : dont certaines forment des canaux traversant le feuillet de
phospholipides : ce sont les porines, ce sont des protéines spéciales majeures
représentant 70 % de protéines membranaires, groupées pour former des pores au niveau
de cette membrane externe. En effet, trois molécules de porines s’assemblent et
traversent la membrane externe et forment des canaux étroits permettant la diffusion
passive des petites molécules hydrophiles dans l’espace périplasmique.
D’autres protéines jouant un rôle structural : lipoprotéines de Braun, c’est une petite
lipoprotéine attachée par des liaisons covalentes au peptidoglycane sous-jacent et enfoui dans
la membrane externe par son extrémité hydrophobe. Elle confère la rigidité à la paroi.

14
 Figure 9 : Enveloppe des bactéries à Gram négatives

 Des lipopolysaccharides (LPS) : ces grandes molécules complexes contiennent

à la fois des lipides et des glucides. Elles sont formées de trois parties : le lipide A, le
polysaccharide central, et la chaine latérale O.
Le LPS apporte plusieurs caractères aux bactéries Gram négatives :
• Il crée une charge négative nette à la surface de la cellule
• Il peut empêcher l’accès des molécules toxiques à la surface de la cellule
et donc jouer un rôle protecteur
• Le lipide A est un constituant majeur de la membrane externe et par
conséquence le LPS aide à la stabilisation de la structure membranaire.
• Le lipide A est souvent toxique ; le LPS peut donc agir comme une
endotoxine et provoquer des symptômes qui apparaissent lors d’infections à bactéries
à Gram négatives.

Figure 10 : Structure des lipopolysaccharides (LPS)

15
 3.3. Fonctions de la paroi bactérienne

- La paroi confère à la bactérie sa forme et sa résistance à la pression interne dans les

milieux hypotoniques
- Les espèces bactériennes sont capables de fixer des virus, appelés bactériophages.
Cette propriété est également liée à la paroi où se trouvent des sites de fixation. En effet,
la nature de ces récepteurs varie avec le phage ; elle peut être le LPS, les protéines
pariétales, les acides teichoïques, les flagelles et les pili.
- Les principaux constituants antigéniques bactériens, de même que les récepteurs
bactériophagiques se trouvent au niveau des structures de surface.

3.4. Coloration de Gram

La paroi bactérienne peut être plus ou moins perméable au passage de certains solvants, et il
semble que la différence entre les bactéries Gram positives et les bactéries Gram négatives est
due à la nature de cette paroi cellulaire.
C’est un médecin danois, Christian Gram qui en 1884, mit au point la coloration qui porte
son nom. Elle consiste à traiter un frottis fixé à la chaleur, par une solution de violet de
gentiane, puis par une solution iodo-iodurée, le lugol, qui fixe le colorant primaire. En
soumettant la préparation à l’action de l’éthanol qui réduit la dimension des pores du
peptidoglycane, les bactéries réagissent de deux façons et forment deux groupes distinctes : les
unes appelées Gram négatives se décolorent rapidement sous l’action du solvant ; les autres au
contraire conservent leur coloration pourpre et sont dites Gram positives.
Pour accentuer le contraste, la préparation est traitée par de la fuchsine ou de la safranine :
les bactéries à Gram négatives se colorent en rose, tandis que les bactéries à Gram positives
demeurent colorées en violet. Ces résultats de la coloration de Gram laissent entendre que la
distinction entre les bactéries Gram positives et Gram négatives soit due à des différences
chimiques fondamentales de leur paroi cellulaire.
Mode opératoire :

Préparer un frottis ;
Recouvrir le frottis avec le violet de gentiane ;
Laisser agir 1 min ;
Rejeter le colorant sans rincer ;
Recouvrir le frottis avec du lugol ;
Laisser agir 45 secondes ;
Rejeter le lugol ;
Recouvrir une 2éme fois avec du lugol ;
Laisser agir 45 secondes ;
Verser sur le frottis de l’alcool et laisser agir 30 secondes ;
Rincer à l’eau ;
Recouvrir le frottis avec de la fuschine. Laisser agir 1 min ;
Laver à l’eau

16
 Sécher la lame
Observer à l’immersion au G : 10×100

4. Plasmides
La cellule bactérienne peut contenir des éléments génétiques extrachromosomiques, capables
d’autoreproduction appelés : plasmides.

4.1. Structure

Le plasmide est une molécule d’ADN bicaténaire, extrachromosomique, plus petite que le
chromosome bactérien (environ 1000 à 3000 pb soit 1/100 du chromosome) et capable
d’autoréplication.

Les plasmides portent un nombre de gènes réduit, généralement moins d’une trentaine. Leurs
informations génétique n’est pas essentielles pour l’hôte et les bactéries qui en sont dépourvues
vivent normalement.

Le transfert d’un plasmide d’une bactérie dite donatrice à une bactérie dite réceptrice peut se
faire par conjugaison, transduction ou transformation

 Par conjugaison :
Ce mode de transmission est caractéristique des bacilles à Gram négatif. De nombreux
plasmides sont capables d’organiser leur propre transfert par conjugaison, après contact
physique entre la bactérie donatrice et la bactérie réceptrice. Ces plasmides, dit conjugatifs, ont
une masse molaire supérieure à 30Md. Le nombre de copies par cellule est faible 1 à 3 et, de
plus, le plasmide induit la synthèse de pili sexuels permettant l’accouplement. Il peut se réaliser
entre bactéries de même espèce mais entre espèces éloignées, par exemple : entre
entérobactéries et Pseudomonas ou Vibrio.

Figure 11 : Conjugaison bactérienne

 Par transduction :
Dans ce cas-là, le transfert s’effectue par l’intermédiaire d’un bactériophage. Il ne concerne
que les bactéries proches phylogénnétiquement et sur lesquelles les bactériophages peuvent se
fixer.

Donc, la transduction est le transfert de gènes bactériens par l’intermédiaire de virus. Les
gènes bactériens sont incorporés dans une capside de phage, suite à des erreurs commises durant
17
le cycle du virus. Le virus transportant ces gènes les injecte alors dans une autre cellule
bactérienne. C’est le mode de transfert exclusif des caractères de résistance aux antibiotiques
observés chez Staphylococcus et Streptococcus.

Fixation de bactériophage sur la

cellule Lyse des cellules avec libération des
particules virale

Phage emportant l’ADN en

infectant une autre cellule Lyse de la cellule
bactérienne

Donneur
d’ADN
Intégration de l’ADN donneur
dans le chromosome receveur

Figure 12 : Transduction bactérienne

Par transformation :

La transformation est la prise par la cellule de molécules ou de fragments d’ADN nu, présents
dans le milieu, et leur incorporation dans le chromosome receveur de manière héréditairement
stable. Au cours de la transformation naturelle, l’ADN vient d’une bactérie donneuse : lorsque
les bactéries se lysent, elles libèrent une importante quantité d’ADN dans le milieu environnant.
Ces fragments peuvent être assez grands et contenir assez de gènes. La transformation naturelle
a été mise en évidence chez certains nombres de genres bactériens : Streptococcus, Bacillus,
Neisseria, Pseudomonas,…

Figure 13 : Transformation bactérienne

18
 4.2. Propriétés des plasmides

Les plasmides ne sont pas indispensables à la survie de l’espèce, ils apportent du matériel
supplémentaire à la bactérie. De plus, ils codent pour des caractères additionnels mais non
indispensables au métabolisme normal de la cellule bactérienne. Les plasmides confèrent aux
bactéries des avantages sélectifs importants :

Résistance aux antibiotiques : les plasmides confèrent souvent la

résistance aux antibiotiques chez les bactéries qui les contiennent. Les facteurs R ou
plasmides R ont des gènes codant pour des enzymes capables d’inactiver ou de modifier
les antibiotiques. Généralement, ils ne sont pas intégrés dans le chromosome. Des gènes
codant pour la résistance aux antibiotiques tels que l’ampicilline, le chloramphénicol et
la kanamycine ont été trouvés sur des plasmides. Certains plasmides R possèdent un
seul gène de résistance alors que d’autres en ont jusqu’à huit.
Résistance aux métaux lourds : la résistance plasmidique aux métaux
lourds est de plus en plus fréquemment observée. Il a été remarqué chez Staphylococcus
aureus et plus récemment des bacilles Gram – deviennent résistants aux métaux lourds
comme les composés mercuriels, les sels de cadmium, de bismuth, de plomb,….
Production de substances intervenant dans la pathogénicité : il a été
observé que le pouvoir pathogène de plusieurs espèces est sous la dépendance de gènes
plasmidiques responsables de la synthèse d’entérotoxines et de certaines substances
appelées facteurs de colonisation qui assurent l’adhérence des bactéries à l’épithélium
intestinal puis son envahissement. Exemple : les souches d’Escherichia coli
entérotoxinogénes causent la diarrhée à cause d’un plasmide (plasmide de virulence)
qui code pour une entérotoxine.
Caractères métaboliques : les gènes plasmidiques sont à l’origine d’un
grand nombre de caractères biochimiques particulièrement observés chez les
entérobactéries. En effet, les plasmides métaboliques portent des gènes d’enzymes qui
métabolisent des substances telles que des composés aromatiques (toluènes), des
pesticides (acide 2,4-dichlorophénoxyacétique) et des sucres (lactose). Des plasmides
métaboliques portent même des gènes nécessaires à certaines souches de Rhizobium
pour induire la nodulation chez les légumineuses et effectuer la fixation de l’azote.

5. Pili ou fimbriae

5.1. Structure
Beaucoup de bactéries Gram négatives possèdent de courts appendices fins comme des
cheveux, plus minces que les flagelles, qui ne sont pas impliqués dans le mouvement. On les
appelle fimbriae. Bien qu’une cellule puisse être couverte de 1000 fimbriae, on les voit qu’au
microscope électronique à cause de leur petite taille. Ils apparaissent comme minces tubes
composés de sous unités protéiques arrangées en hélices et ils ont à peu près de 3 à 10 nm de
diamètre sur plusieurs µm de long.

19
 Certains types de fimbriae permettent aux bactéries d’adhérer à des surfaces telles que les
rochers des rivières et les tissus d’un hôte.

Les pili sont quasi systématiques chez les bacilles Gram - ; mais rares chez les formes Gram
+. On distingue deux catégories de pili :

Les pili communs ou de type I : ils sont nombreux autour de la bactérie (100 à 200 par
bactérie), courts (de l’ordre de 1µm) et rigides, donc cassants.

Les pili sexuels ou de type II : ils sont plus longs (10µm jusqu’à 20µm) et souples. Ils se
terminent par un renflement (bouton). Leur nombre est compris entre 1 à 4. Les plus connus
sont les pili F.

5.2. Fonctions

Les pili communs sont antigéniques. Ils sont impliqués dans les propriétés d’adhésion des
bactéries aux tissus. Ainsi, ils constituent un facteur de virulence pour les bactéries pathogènes.

Quant aux pili sexuels, ils jouent un rôle dans la conjugaison bactérienne. Les pili de la
bactérie donatrice vont permettre de reconnaitre une bactérie réceptrice et entraine la création
d’un pont cytoplasmique entre les 2 bactéries permettant le passage d’une molécule d’ADN.
De plus, l’extrémité renflée de ces pili sexuels peuvent fixer, spécifiquement, certains phages
qui injectent leur matériel génétique dans le canal des pili.

6. Capsule

Certaines bactéries élaborent des substances visqueuses qu’elles accumulent autour de leur
paroi pour former une couche plus ou moins étendue et plus en moins dense : capsule.

Pour que la capsule existe, il faut que la bactérie :

- Possède les gènes codant pour sa fabrication ;

- Ait à sa disposition, dans le milieu de culture, les éléments nécessaires à sa fabrication
(surtout les glucides) ;

Figure 14 : Capsule bactérienne

20
 Quelques exemples de bactéries capsulées : Pneumocoques, Leuconostoc, Klebsiella,
Acinetobacter, Clostridium perfringens, Bacillus anthracis, Bacillus subtilis, certaines
souches d’Escherichia coli,…..

Les constituants capsulaires sont généralement de nature polysaccharidiques (ex

Pneumocoques = acides polyaldobioniques : polymère d’un acide uronique et d’un ose.
Clostridium perfringens = polymère de glucose et de rhamnose), mais quelques fois ils peuvent
être polypeptidiques constitués d’un seul types d’acides aminés.

La capsule n’a pas un rôle vital pour la bactérie. Une bactérie dépourvue de sa capsule peut
vivre et se multiplier, mais elle peut être utile à la bactérie. En effet, les substances capsulaires :

- Sont de véritables facteurs de virulence, c’est le cas chez les pneumocoques. Une perte
de capsule correspond à une perte de la virulence. Ainsi, les pneumocoques capsulés
sont pathogènes ; injectées à la souris, ils déclenchent en 24 heures une septicémie
mortelle. Les mêmes cellules acapsulées perdent en même temps leur agressivité.
- Sont le support du pouvoir infectieux, en empêchant les défenses de l’organisme de se
manifester, en protégeant les bactéries de la phagocytose, en diminuant l’adhésion des
bactéries aux macrophages ;
- Semblent exercer un chimiotactisme négatif vis-à-vis des leucocytes. Le mécanisme de
ce pouvoir est mal connu ;
- Empêchent la pénétration des antibiotiques ;
- Sont le support de l’antigénicité ;
- Sont responsables, de fait que les bactériophages sont incapables de se fixer et de pénétrer
dans les bactéries capsulées ;
- Empêchent le pouvoir agressif des agents physiques et chimiques de se manifester, ex :
la capsule protège de la dessiccation.

7. Cils et flagelles

Les cils et les flagelles sont des organes locomoteurs. Ils sont très rares chez les coques. Les
flagelles sont des organites plus longs que les cils et sont mobiles par rotation alors que les cils
le sont par battement. Cependant, en bactériologie, les termes flagelles et cils sont généralement
considérés comme synonymes.

La mise en évidence indirecte des flagelles consiste en l’observation de bactéries en

mouvement en effectuant un examen à l’état frais ou après ensemencement en milieu semi-
gélosé (mannitol mobilité). Cependant, la meilleure méthode d’étude est l’observation au
microscope électronique qui permet de détailler leur forme, leur mode d’insertion et leurs
dimensions.

Les flagelles sont des organites filamenteux, sinueux et flexibles, généralement plus longs
que la bactérie elle-même (10 à 20µm) et ils sont très fins, leur épaisseur varie d’une espèce à
une autre, elle serait de 12 nm chez Proteus et de 20 à 25 nm chez les Vibrions et les
Pseudomonas.

21
 Les flagelles sont constitués de chaines polypeptidiques enroulées en hélices à la manière de
d’une corde. Leur constituant principal, est la flagelline est une protéine de PM de 41000.

Il existe deux types principaux d’insertion : polaire et péritriche. Le type de ciliature est un
critère d’identification des bactéries Gram -. Ainsi, les entérobactéries mobiles le sont par
ciliature péritriche. Les Pseudomonas et les vibrions ont une ciliature polaire.

Figure 15 : Positions des flagelles au sein de la cellule bactérienne

Chimiotactisme : Les bactéries ne nagent pas toujours sans raison, mais sont attirées par des
éléments nutritifs comme les sucres et les acides aminés et sont repoussées par certaines
substances nuisibles et de produits de déchets bactériens. Le mouvement orienté vers des
substances attractives ou en sens opposé quand il s’agit de substances répulsives est appelé
chimiotactisme. Un tel comportement est évidement avantageux pour les bactéries. Il existe
donc une chimiotaxie positive et une chimiotaxie négative.

8. Spore bactérienne

Les spores ou endospores sont des structures de résistance formées par certaines bactéries
lorsque les conditions deviennent défavorables.

Trois genres bactériens sont caractérisés par les endospores : Bacillus, Clostridium et
Sporosarcina.

8.1. Morphologie

Les spores sont de petites unités ovales ou sphériques. Elles peuvent déformer ou non le
corps bactérien. Leur position dans la cellule est variable : centrale, terminale ou subterminale.

La spore peut être libre ou non. La recherche de tous ces caractères se fait dans un but
taxonomique.

22
 Figure 16 : Positions de la spore au sein de la cellule bactérienne

8.2. Structure de la spore bactérienne

La spore libre observée en microscope électronique présente une structure complexe. De

l’intérieur vers l’extérieur, on trouve :

- Le protoplasme contenant l’appareil nucléaire et le cytoplasme qui est très réduit. Il

contient également les acides ribonucléiques et les substances de réserve.
- Une membrane fine appelée paroi sporale qui contient le peptidoglycane ou mucopeptide
normal qui deviendra, après germination de la spore, la paroi de la cellule végétative.
- Le cortex, de structure stratifiée, qui représente 10 à 20% de l’ensemble et qui est une
couche épaisse d’aspect monomorphe. Il est formé d’un peptidoglycane inhabituel avec
beaucoup moins de liaisons internes et très sensibles au lysozyme. Il contient une forte
proportion de dipicolinate de calcium. Son autolyse constitue une étape déterminante de la
germination.
- Les tuniques (interne et externe) représentent de 20 à 35% de l’ensemble ; elles sont
composées d’une protéine de type kératine riche en liaisons disulfures. Imperméables, elles sont
responsables de la résistance aux agents chimiques.
- L’exosporium qui est la couche la plus externe est une membrane lipoprotéinique
contenant 20% de sucres. Cette couche n’est pas essentielle à la survie de la spore.

23
 Figure 17 : Structure de la spore bactérienne

8.3. Phénomène de sporulation

La sporulation débute après la phase exponentielle de croissance. La spore qui se forme dans la
cellule végétative est une cellule entièrement nouvelle et différente de la cellule végétative de
point de vue structure, composition chimique et enzymatique.

Les endospores, qu’elles proviennent des Clostridium ou des Bacillus, présentent, à peu près,
la même nature et les mêmes propriétés.

La sporulation est déclenchée par l’épuisement des ressources nutritives dans des conditions
physicochimiques qui peuvent varier suivant les espèces. Elle dure environ 7 heures et peut être
décomposée en plusieurs étapes :

- Stade 1 : dans la cellule végétative en phase de croissance stationnaire, la sporulation

débute avec l’arrêt total de la synthèse d’ADN, d’ARN et donc de protéines. L’appareil
nucléaire se réorganise en un filament chromatique axial, après duplication, s’étend sur presque
toute la longueur de cellule.
- Stade 2 : le matériel nucléaire se condense et se fragmente aux 2 extrémités de la cellule.
Tandis qu’en même temps, la membrane cytoplasmique s’invagine en position cellulaire
asymétrique. La croissance interne de la membrane se poursuit de telle sorte qu’elle fusionne
pour former un septum subpolaire qui partage la cellule en deux parties inégales, l’une petite,
donnera naissance à la spore, l’autre plus importante, correspondant à la cellule végétative qui
porte la spore embryonnaire, est appelée sporange.
- Stade 3 : au cours de ce stade, la synthèse du septum se poursuit et localise une zone
lisse, transparente, entièrement, autonome, comprenant, un cytoplasme, un appareil nucléaire
et une double membrane continue, l’une cytoplasmique, l’autre préfigurant la future paroi. Cette
zone est la spore immature ou préspore.
- Stade 4 : la cellule mère continue à produire des composants d’enveloppes qui protègent
la spore, ils viennent s’assembler entre la double membrane et forment une couche épaisse
d’aspect monomorphe appelée le cortex.

24
 - Stade 5 : la préspore dans le sporange mûrit progressivement en s’entourant de nouvelles
enveloppes protéiques ou tuniques. Elles sont synthétisées par la cellule mère. L’exosporium
est ensuite synthétisé.
- Stade 6 : la spore mûre a acquis ses propriétés de résistance à la chaleur et à divers
solvants organiques.
- Stade 7 : sous l’effet des enzymes lytiques, la cellule mère se lyse libérant la spore.

Figure 18 : Principales étapes de la sporulation bactérienne

25
 Chap III : Nutrition bactérienne

Introduction
Pour obtenir de l’énergie et construire de nouveaux constituants cellulaires, les organismes
doivent avoir une source de matériaux de base ou de nutriments. Les nutriments sont des
substances utilisées dans la biosynthèse et la conversion de l’énergie et par conséquent requis
pour la croissance microbienne.
Les bactéries se multiplient à partir des aliments ou nutriments que l’on mit à leur disposition
dans les milieux de culture. Elles ont toutes un certain nombre de besoins communs : de l’eau,
une source d’énergie, une source de carbone, une source d’azote et des éléments minéraux.
Beaucoup dans ces conditions peuvent croitre et se multiplier. Certaines autres sont incapables
parce qu’un constituant essentiel leur fait défaut. Ces molécules que la bactérie ne peut
synthétiser et qu’il faut donc lui fournir pour assurer sa croissance sont appelées des facteurs
de croissance.
1. Besoins énergétiques et élémentaires
1.1. Source d’énergie
Tout organisme a besoin d’une source d’énergie nécessaire pour sa croissance. Il y’a
seulement deux sources d’énergie disponibles pour les organismes : l’énergie lumineuse captée
durant la photosynthèse, l’énergie provenant de l’oxydation de molécules organiques et
inorganiques. Sur la base de la source d’énergie, on peut reconnaitre deux grandes classes de
bactéries :

Les phototrophes ou les photosynthétiques : utilisent la lumière comme source

d’énergie. Dans ce cas-là, les bactéries réalisent la photosynthèse comme les végétaux.
En revanche, les mécanismes sont distinctes selon qu’il s’agit des végétaux et de
bactéries.
Les chimiotrophes ou chimiosynthétiques : utilisent l’oxydation de composés
chimiques (organiques ou inorganiques) comme source d’énergie.
Lorsqu’ en plus de la lumière (source d’énergie), des composés minéraux ou organiques
servent de donneurs d’électrons, on parle de bactéries photolithotrophes ou de bactéries
photoorganotrophes respectivement.
Un exemple de bactéries photolithotrophes, les bactéries sulfureuses pourpres
(Thiorhodaceae) et les bactéries vertes (Chlorobacteriaceae) qui sont capables de se
développer dans un milieu purement minéral comme le font les végétaux. Les bactéries
photoorganotrophes comme les bactéries pourpres non sulfureuses (Athiorhodaceae) qui
exigent des composés organiques comme source d’énergie.
Les bactéries chimiotrophes ou chimiosynthétiques puisent leur énergie à partir de composés
minéraux ou organiques. Si le donneur d’électrons est un corps minéral, on parlera de bactéries
chimiolithotrophes ; s’il est organique, la bactérie sera chimioorganotrophe.
La majorité de bactéries pathogènes, les bactéries ayant un intérêt médical, les bactéries de
contamination alimentaire, les bactéries utilisées dans l’industrie pour la synthèse
d’antibiotiques, de vitamines et d’acides aminés sont toutes des chimioorganotrophes.

26
 Bactéries

Source d’énergie

Bactéries phototrophes ou Bactéries chimiotrophes ou

photosynthétiques chimiosynthétiques

Source d’électrons

Photoorganotrophes Photolithotrophes Chimioorganotrophes Chimiolithotrophes

Figure 19 : Classification des bactéries selon leur source d’énergie et d’électrons

1.2. Source de carbone
Le carbone est nécessaire à la formation du squelette de toutes les molécules organiques, il
est l’élément constitutif de la cellule bactérienne. Les molécules servant de source de carbone
sont également une source d’énergie. L’étude des besoins nutritifs des bactéries a progressé
grâce à l’utilisation des milieux chimiquement définis. Elle a permet de connaitre les substances
qui peuvent servir de source de carbone. On distingue :
Les autotrophes : ce sont des bactéries capables de se développer en milieu inorganique
contenant le CO2 comme seul source de carbone. Exemples : les bactéries photosynthétiques et
la plupart des chimiolithotrophes.
Les hétérotrophes : ce sont des bactéries qui exigent des composés organiques pour se
reproduire. Les hétérotrophes peuvent dégrader une large variété de substances
hydrocarbonées. Les unes sont des molécules simples comme l’alcool, l’acide acétique ;
d’autres sont plus complexes, comme les polysaccharides.
1.3. Source d’azote
L’azote est nécessaire pour la synthèse des acides aminés, des purines, des pyrimidines, de
certains glucides et des lipides, de cofacteurs enzymatiques et d’autres substances. Quelques
bactéries sont capables de fixer l’azote atmosphérique (moléculaire). Les Rhizobium, par
exemple, vivent en symbiose avec certaines légumineuses en leurs permettant de fixer l’azote
atmosphérique. D’autres espèces comme Azotobacter et certains Clostridium sont des fixateurs
libres. D’autres composés inorganiques peuvent être utilisés : les nitrites par les Nitrobacter,

27
les nitrates par de nombreux groupes, l’ammoniaque sous forme de sels d’ammonium par
certaines espèces comme Nitrosomonas.
La source d’azote peut aussi être organique : avec les groupements amines des composés
organiques (R-NH2).

Figure 20 : Cycle d’azote

1.4. Source de soufre et de phosphore
Parmi les constituants minéraux de la bactérie, le soufre et le phosphore tiennent une place
de choix. Le premier est présent dans certains acides aminés, donc dans les protéines sous forme
de groupements thiols (SH). Le second fait partie des acides nucléiques, de nombreux
coenzymes et de l’ATP.
1.5. Eléments minéraux
Certains de ces éléments (macroéléments) jouent un rôle dans l’équilibre physicochimique
de la cellule. Ce sont notamment le sodium (Na), le potassium (K), le magnésium (Mg) et le
chlore (Cl). D’autres, beaucoup plus nombreux sont partie constituante d’enzyme ou de
coenzyme : tels sont le fer (Fe) des cytochromes, le magnésium de la chlorophylle, le nickel et
le sélénium des hydrogénases. Outre les éléments cités, le calcium (Ca), le cobalt (Co), le cuivre
(Cu), le manganèse (Mn) jouent le rôle de cofacteurs ou d’activateurs enzymatiques. Ces
éléments sont appelés oligoéléments, car ils sont indispensables en quantités infimes, le plus
souvent apportés sous forme de traces dans les produits chimiques qui servent à préparer les
milieux de culture.
Exemple : Lactobacillus exigent des ions Mn et Mg pour leur croissance, la synthèse de la
pénicilline nécessite le fer, le soufre et le phosphore.

28
2. Facteurs de croissance
Les microorganismes se développent souvent en présence de minéraux et de source d’énergie,
de carbone, d’azote, de phosphore et de soufre. Ces organismes ont les enzymes et les voies
métaboliques nécessaires à la synthèse de tous les éléments cellulaires. D’un autre côté, de
nombreux microorganismes sont dépourvus d’une ou plusieurs enzymes essentielles et par
conséquent ne peuvent pas fabriquer tous les constituants indispensables, ils doivent les obtenir
de leur environnement. Ces constituants cellulaires essentiels qui ne peuvent pas être
synthétisés sont appelés des facteurs de croissance. Il y’a trois classes de facteurs de
croissance : les acides aminés, les purines et les pyrimidines, les vitamines. Les acides
aminés sont nécessaires à la synthèse protéique, les purines et les pyrimidines à celle des acides
nucléiques. Les vitamines sont de petites molécules qui forment des cofacteurs.
En fonction de ces besoins, on classe les microorganismes en deux catégories : les
prototrophes qui ne nécessitent pas de facteurs de croissance et les auxotrophes qui les
exigent. L’auxotrophie peut concerner un ou plusieurs facteurs de croissance.
A titre d’exemple, le nicotinamide est une vitamine nécessaire à la croissance d’E. coli et de
Proteus vulgaris. Ce dernier ne peut croitre que si le nicotinamide est fourni dans le milieu de
culture (apport extérieur) alors que E. coli le synthétise (apport externe n’est pas nécessaire).
Le nicotinamide est un facteur de croissance pour P. vulgaris et non pour E. coli.

29
 Tableau 2 : Principaux facteurs de croissance microbiens

La connaissance des besoins spécifiques en facteurs de croissance de nombreux

microorganismes, permet le dosage d’une variété de substances. Par exemples, des espèces des
genres bactériens Lactobacillus et Streptococcus peuvent être utilisées pour doser la plupart des
vitamines et des acides aminés.
Lorsqu’un facteur de croissance n’est pas fourni en quantité suffisante, il limite la croissance
microbienne, on dit c’est un facteur limitant.
Les besoins en facteurs de croissance d’une espèce microbienne peuvent quelques fois être
satisfaits par la présence d’une autre espèce qui synthétise le dit facteur. Ce phénomène

30
d’interaction métabolique est connu sous le nom de syntrophie. Il est illustré par l’existence de
colonies satellites qui se développent au voisinage d’une colonie productrice de ce facteur de
croissance. Exemple : ce phénomène de syntrophie peut être utilisé dans le but de diagnostic.
Haemophillus influenzae nécessite pour sa croissance un facteur V, produit par des
staphylocoques.

Figure 21 : Syntrophie bactérienne

3. Paramètres physicochimiques de la croissance
La croissance des microorganismes est considérablement influencée par la nature chimique
et physique de l’environnement. Une compréhension de l’influence du milieu aidera à contrôler
la croissance microbienne et à étudier la distribution des microorganismes dans les milieux
naturels.
3.1. Température
Les microorganismes, comme tous les êtres vivants, sont profondément affectés par la
température de leur environnement. En effet, ils sont habituellement unicellulaires et leur
température varie avec celle du milieu extérieur. Les températures élevées endommagent les
microorganismes en dénaturant les enzymes, les systèmes de transport et d’autres protéines.

31
Les membranes microbiennes sont aussi détruites par la chaleur. A de très basses températures,
les membranes se solidifient et les enzymes ne fonctionnent pas rapidement.
Selon la température optimale de développement, on distingue généralement trois catégories
de microorganismes :
-Les mésophiles : se développent à des températures optimales d’environ 20-45°C et ont une
température minimale de 15 à 20°C. Leur maximum est égal ou inférieur à 45°C. La plupart
des microorganismes font partie de cette catégorie : bactéries pathogènes, bactéries des cavités
naturelles ou de revêtement cutanéomuqueux humain,…
-Les psychrophiles : se développent bien à 0°C et on un optimum de température de à 15°C
ou moins ; le maximum est d’environ 20°C. Beaucoup de bactéries psychrophiles font partie
des genres Pseudomonas, Vibrio, Bacillus, Moritella, Photobacterium, Shewanella,
Arthrobacter et Alcaligenes. Les microorganismes psychrophiles sont adaptés à leurs
environnements de plusieurs façons. Leurs enzymes, leurs systèmes de transport et leurs
mécanismes de synthèse protéique fonctionnent bien à basse température. Leurs membranes
cellulaires possèdent des niveaux élevés d’acides gras insaturés et restent semi fluides dans le
froid.
De nombreux microorganismes peuvent vivre à 0°C même s’ils ont des optimums variant de
20 à 30°C et des maximums à 35°C. Ils sont classés psychrotrophes ou psychrophiles
facultatifs. Ils sont responsables de la détérioration de la nourriture réfrigérée.
-Les thermophiles : ils peuvent se développer à des températures de 55°C ou plus. Leur
minimum est situé autour de 45°C, avec des optimums entre 55 et 65°C. Certains thermophiles
ont des maximums au-dessus de 100°C. Ces microorganismes prospèrent dans le compost, les
conduites d’eaux chaudes, les sources chaudes,…Les thermophiles différent des mésophiles :
ils ont des enzymes beaucoup plus stables à la chaleur et des systèmes de synthèse protéique
capables de fonctionner à des températures élevées. Leurs lipides membranaires sont saturés et
ont des points de fusion plus élevés.
Les procaryotes dont l’optimum de croissance se situe entre 80 et 113°C sont appelés
hypethermophiles (thermophiles extrêmes). Exemple : Pyrococcus abyssi, Pyrodictium
occultum, les Sulfolobus sont tous des hypethermophiles.
Cette classification est schématique est simplificatrice. Il peut exister en effet des
chevauchements d’un groupe à l’autre.

32
 Figure 22 : Echelle de température pour la croissance microbienne
Tableau 3 : Températures cardinales de quelques microorganismes
Microorganisme Températures cardinales
Minimale Optimale Maximale
Procaryotes non photosynthétiques
Bacillus psychrophilus -10 23-24 28-30
Micrococcus cryophilus -4 10 24
Pseudomonas fluorescens 4 25-30 40
Staphylococcus aureus 6.5 30-37 46
Enterococcus faecalis 0 37 44
Escherichia coli 10 37 45
Neisseria gonorrhoeae 30 35-36 38
Bacillus stearothermophilus 30 60-65 75
Sulfolobus acidocaldarius 60 80 85
Pyrodictium occultum 82 105 110
Pyrolobus fumarii 90 106 113
Bactéries photosynthétiques
Synechococcus eximius 70 79 84
Mycètes
Candida scottii 0 4-15 15
Saccharomyces cerevisiae 1-3 28 40
Protozoaires
Amoeba proteus 4-6 22 35
Trichomonas vaginalis 25 32-39 42
Algues eucaryotes
Euglena gracilis 23
Chlorella pyrenoidosa 25-26 29

33
3.2. La concentration en oxygène

Les exigences des bactéries vis-à-vis de l’oxygène moléculaire (O2) permettent de distinguer
plusieurs groupes physiologiques (types respiratoires) :
-Les bactéries aérobies strictes (aérobies obligatoires) : qui exigent de l’oxygène pour leur
développement. Ils réalisent la chaine respiratoire dont l’accepteur final d’électrons est
l’oxygène.
-Les bactéries anaérobies strictes : qui ne peuvent se multiplier qu’en l’absence d’oxygène
libre. Ex : Fusobacterium, Clostridium pasteurianum,…
-Les bactéries aéro-anaérobies (anaérobies facultatives) : capables de croitre avec ou sans
oxygène
-Les bactéries micro-aérophiles : qui ne se reproduisent qu’en présence d’une faible tension
d’oxygène. Ex : Campylobacter
Mise en évidence des types respiratoires :
On ensemence un tube fin contenant un milieu gélosé par piqure centrale à partir d’une
colonie pure. On l’incube et on observe la zone de développement microbien. Si le
développement s’est opéré en surface (environ 1cm de profondeur), la bactérie est aérobie
stricte. Si le développement s’est observé sur toute la longueur de tube, la bactérie est aéro-
anaérobie. Enfin, si le développement s’est produit dans la partie profonde de tube, la bactérie
est dite anaérobie stricte.

(1) : aérobie stricte ; (2) : micro-aérophile ; (3) : aéro-anaérobie ; (4) : anaérobie stricte
Figure 23 : Mise en évidence de types respiratoires
De nombreux microorganismes possèdent des enzymes les protégeant de substances
toxiques, produites à partir de l’O2. Les aérobies stricts et les anaérobies facultatifs possèdent
généralement la superoxyde dismutase et la catalase qui catalysent respectivement la
destruction des radicaux libres, superoxyde d’hydrogène. La peroxydase peut être aussi utilisée
pour détruire le peroxyde d’hydrogène.

34
3.3. L’humidité (activité de l’eau aw)
L’activité de l’eau peut être définie comme le rapport entre la pression de vapeur de l’eau de
la substance et la pression de vapeur de l’eau pure à la même température. Ce facteur a une très
grande importance dans le développement des microorganismes dans les produits alimentaires.
Lorsque les valeurs de l’aw sont élevées et voisines de 1 (entre 0.98 et 1), presque tous les
microorganismes peuvent se développer, mais les bactéries sont les prédominants par rapport
aux moisissures et aux levures. Avec une aw inférieure à 0.87 (fruits confits, sirops), la
croissance des bactéries et de la plupart des levures est inhibée, seule les moisissures et les
quelques levures dites osmophiles pourront se développer. Les moisissures xérophiles
prédominent dans les produits secs (aw inférieures à 0.75). Dans les produits riches en sel, c’est
les bactéries halophiles qui s’implantent.
Tableau 4 : aw de quelques microorganismes et aliments
Microorganismes Aliments
Acinetobacter (0.99) Viandes (0.99)
Clostridium botulinum (0.97) Raisin (0.986)
Pseudomonas fluorescens (0.957) Pommes (0.98)
Escherichia coli (0.95) Cerises (0.977)
Salmonella sp (0.95) Confiture (0.75-0.80)
Staphylococcus aureus (0.86) Céréales (<0.70)
Bactéries halophiles (0.75) Chocolat (<0.60)
Saccharomyces cereviseae (0.90-0.94)
Levures halophiles (0.62)
Fusarium (0.90)
Mucor (0.80-0.90)
Aspergillus flavus (0.78)

3.4. Le pH
Paramètre intervenant dans les réactions biochimiques, la perméabilité membranaire et les
équilibres ioniques. La plupart des bactéries affectionnent plus particulièrement les milieux
neutres ou légèrement alcalins ayant un pH de 7 à 7.5, mais peuvent se multiplier à des pH
acides ou basiques.
Exemples : E. coli se multiplie à partir de pH 4.4 à pH 8.
Thiobacillus thiooxydans a un pH optimum de 2 (bactérie acidophile). Les Lactobacillus
exigent aussi un pH bas, voisin de 6.
Vibrio a un pH optimum de 9 (bactérie basophile)

35
 Ces particularités sont mises à profit pour l’isolement des bactéries. Pour éviter toute
modification chimique, résultant de la dégradation du substrat, on a recours à des solutions
tampons (tampons phosphates) ou à des carbonates alcalins insolubles.
3.5. La pression
Les microorganismes qui résistent à des fortes pressions mécaniques (allant jusqu’à plus de
1000 bars) s’appellent barophiles. C’est le cas des microorganismes des grands fonds marins.
Pour ce qui concerne de de la pression osmotique, ils sont insensibles, vu la présence d’une
paroi.

36
 Chapitre IV : Croissance bactérienne
Introduction
La croissance peut être définie comme une augmentation des constituants cellulaires, elle
aboutit à un accroissement du nombre de cellules, quand les microorganismes se multiplient
par scissiparité ou par bourgeonnement. Dans ce cas-là, les cellules s’élargissent et se divisent
pour donner deux cellules filles, de taille plus ou moins égale. Il y’a aussi croissance si les
cellules deviennent plus longues ou plus grandes (organismes coenocytiques ou multi-
nucléés). La croissance dans ce type de micro-organismes conduit à une augmentation de la
taille de la cellule et non du nombre de cellules. Chez les organismes pluricellulaires, la
croissance se manifeste par l’augmentation de taille ou de masse. Chez les microorganismes
unicellulaires, elle se manifeste par l’augmentation du nombre (multiplications suite à des
divisions binaires).
1. Mesure de la croissance bactérienne
Il existe plusieurs moyens pour mesurer la croissance bactérienne. Elle peut se faire soit par :
• l’évaluation du nombre de cellules (numération bactérienne après culture, comptage en
lame de malassez) ;
• l’évaluation de la biomasse (poids sec)
• l’évaluation de l’activité cellulaire (consommation d’un substrat, production d’un
produit)

1.1. Mesure du nombre de cellules

Comptage direct (cellule de thoma, cellule de Malassez)
La façon la plus évidente de déterminer le nombre de cellules est de les compter directement.
L’utilisation d’une chambre de comptage (Chambre de comptage de Petroff-Hausser) est
facile, peu couteuse, relativement rapide, et donne des informations aussi bien sur la taille et la
morphologie des microorganismes. Ces lames, spécialement conçues, ont des chambres de
profondeur connue dont le fond est muni d’une grille.

Figure 24 : Dénombrement cellulaire à l’aide de la cellule de Malassez

37
 Figure 25 : Cellule de Malassez
Le nombre de microorganismes dans un échantillon est calculé en tenant compte du volume
de la chambre et du facteur de dilution. Cette technique présente quelques désavantages. La
population microbienne doit être suffisamment dense puisque les échantillons sont de petits
volumes. Il aussi difficile de distinguer les cellules mortes des cellules vivantes.

Mise en culture et comptage de colonies

Il existe des techniques pour dénombrer les cellules viables, capables de se développer. Un
échantillon, dilué de bactéries est étalé sur une surface solide ou bien ensemencé en profondeur
avec ajout d’un milieu de culture (ensemencement en masse).
Les techniques d’isolement par étalement en surface ou en profondeur permettent de
déterminer le nombre de microorganismes dans un échantillon. Ces techniques sont simples,
sensibles et largement utilisées pour compter des bactéries ainsi d’autres microorganismes dans
la nourriture, l’eau et le sol. Les résultats sont souvent exprimés en termes d’unités formatrice
de colonies (UFC) plutôt qu’en nombre de microorganismes.

38
 Figure 26 : Techniques d’ensemencement sur un milieu solide
Pour obtenir les meilleurs résultats, les échantillons doivent contenir entre 30 et 300 colonies.

Figure 27 : Préparation des dilutions décimales

Le nombre de bactéries ou bien de microorganismes est souvent déterminé à partir de
colonies se développant sur des filtres spéciaux à pores suffisamment petits pour ne pas laisser
passer les cellules. Dans cette technique, un échantillon est filtré sur une membrane filtrante
spéciale. Le filtre est alors déposé sur un milieu gélosé ou sur un buvard imprégné du milieu

39
liquide et incubé jusqu'à ce que chaque cellule forme une colonie séparée. Cette technique est
plus adaptée à l’analyse de l’eau.

Figure 28 : Filtration d’eau sur une membrane de filtration

Les bactéries sont parfois colorées avec un colorant fluorescent (orangé d’acridine) et sont
facilement comptés au microscope à épifluorescence.
1.2. Mesure de la masse cellulaire
La croissance d’une population est accompagnée d’une augmentation de la masse cellulaire
totale aussi bien du nombre de cellules ; par conséquent, les techniques mesurant les variations
de la masse cellulaire permettent de suivre la croissance.

40
 Détermination du poids sec
L’approche la plus direct pour estimer la masse cellulaire est la détermination du poids sec
des microorganismes. Les cellules se développant dans un milieu liquide sont récoltées par
centrifugation, lavées, séchées dans un four et pesées. Cette technique est utilisée surtout pour
mesurer la croissance des champignons. Elle est cependant très longue et peu sensible
(centrifuger plusieurs centaines de millilitres de culture pour recueillir une quantité suffisante
de bactéries).

Mesure du trouble (Turbidité)

Des techniques plus simples et plus rapides sont basées sur le fait que les cellules
bactériennes dispersent la lumière incidente. Comme dans une population bactérienne, les
cellules ont approximativement la même taille, la quantité de lumière difractée est
proportionnelle à la quantité de cellules. Ainsi, la croissance d’une population bactérienne est
mesurée par spectrophotomètre à condition que la population soit suffisamment dense pour
donner une turbidité détectable.

Figure 29 : Mesure de la turbidité bactérienne

1.3. Mesure de l’activité métabolique
On peut mesurer la consommation d’un substrat présent dans le milieu (source de carbone,
d’azote, d’oxygène ou un facteur spécifique de croissance), soit la concentration d’un
constituant cellulaire, soit la production d’une molécule excrétée par les cellules (dioxyde de
carbone, acides aminés, acides organiques qui résultent de leur catabolisme), soit une
variation physicochimique du milieu (pH, mesure de la production de chaleur).
2. Paramètres de croissance
Lors de la mise en culture de bactéries, les cellules se divisent et leur nombre augmente en
fonction du temps. Au cours de ces divisions, une cellule donne naissance à 02 cellules filles
qui vont chacune donner à leur tour 02 autres cellules et ainsi de suite, selon une progression
géométrique : 1 cellule ---> 2 cellules ---> 4 cellules ---> 8 cellules ---> 16 cellules ---> 32
cellules ...
Nombre de cellules : 1 2 4 8 16 32 ………………
Nombre de cellules : 20--->21--->22--->23--->24--->25--->………………2n
Nombre de générations : 1 2 3 4 5 6 n

41
 La population doublera en nombre après un intervalle de temps spécifique appelé temps de
génération ou temps de doublement. Puisque la population double à chaque génération,
l’augmentation de la population est toujours 2n où n est le nombre de générations.

Considérons :
N0 : Nombre initial des cellules de la population
Nt : la population au temps t
n : le nombre de générations dans le temps t
Nt= N0. 2n
µ= Δn/Δt=n/t
n= µ . t
Log Nt= log N0 + log 2n
Log Nt= logN0 + nlog2
= logN0 + µ. t log2
Log Nt= µ log 2 .t + log N0

Y= a x + b
(Log Nt - log N0) = µ log 2 .t
µ= (Log Nt - log N0)/ log 2 .t
µ : la vitesse de croissance ou le taux de croissance
G= 1/ µ

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 Le temps de génération varie selon les espèces de microorganismes mais aussi selon les
conditions environnementales. Il varie de 10 minutes pour quelques bactéries à quelques heures
pour d’autres microorganismes.
Tableau 5 : Temps de génération de quelques microorganismes

3. Courbe de croissance
Lorsque des microorganismes sont cultivés en milieu liquide, ils se développent
habituellement dans un système fermé, culture en batch ou bien culture en milieu non
renouvelé. Ils sont incubés dans un flacon contenant un seul lot de nutriments. Comme il n’y a

43
pas d’apports de milieu frais au cours de l’incubation, la quantité d’éléments nutritifs diminue
et la concentration de déchets augmente.
La croissance des microorganismes se divisant pas scissiparité est représentée graphiquement
comme le logarithme du nombre de cellules en fonction du temps d’incubation, la courbe
résultante est constituée de quatre phases distinctes

Phase stationnaire

Phase Phase de déclin

exponentielle

Figure 30 : Courbe de croissance bactérienne

3.1. Phase de latence
Lorsque les microorganismes sont introduits dans un milieu de culture frais, il n’y a pas
d’augmentation immédiate du nombre ou de la masse cellulaire, cette période est appelée phase
de latence. Dans cette étape, de nouveaux constituants cellulaires commencent à être
synthétisés. Une phase de latence est nécessaire avant la division cellulaire et ceci pour
différentes raisons. Les cellules peuvent être âgées et dépourvues d’ATP, de cofacteurs
essentiels et de ribosomes. Le milieu pourrait être différent de celui dans lequel les
microorganismes se développaient précédemment. Dans ce cas, les cellules pourraient avoir
besoin de nouvelles enzymes pour utiliser d’autres nutriments. Les organismes peuvent avoir
été endommagés et requérir un certain temps de réparation.
La durée de la phase de latence varie selon les microorganismes et la nature du milieu. Cette
phase pourrait être très longue si l’inoculum provient d’une culture âgée ou d’une culture
refroidie. L’inoculation d’une culture dans un milieu de composition différente donne aussi une
phase de latence plus longue.
3.2. Phase exponentielle
Pendant la phase exponentielle ou logarithmique, les microorganismes se développent et se
divisent à la vitesse maximale. Durant cette phase, la vitesse de croissance est constante et la
population est presque uniforme en termes de propriétés chimiques et physiologiques. C’est
pour cette raison, des cultures en phase exponentielle sont habituellement utilisées dans le cadre
des études biochimiques et physiologiques.
3.3. Phase stationnaire
La croissance de la population finit par s’arrêter et la courbe devient horizontale. Cette phase
stationnaire est généralement atteinte par les bactéries à une concentration cellulaire de
109cellules/ml. Pendant la phase stationnaire, le nombre total de microorganismes viables est

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constant. Ceci peut résulter d’un équilibre entre division et mort cellulaire, ou bien, la
population cesse de se diviser et reste métaboliquement active.
Les populations microbiennes entrent dans la phase stationnaire pour plusieurs raisons. La
plus importante est la limitation des éléments nutritifs (disponibilité en O2). L’accumulation de
déchets toxiques peut également arrêter la croissance d’une population microbienne.
Ex : les streptocoques produisent de l’acide lactique par fermentation des sucres ce qui conduit
à l’acidification du milieu et par conséquence l’inhibition de leur croissance.
3.4. Phase de déclin ou de mortalité
Un changement nuisible de l’environnement comme la carence en nutriments et
l’accumulation de déchets toxiques conduisent à la diminution du nombre de cellules viables,
caractéristique de la phase de mortalité.
4. Phénomène de diauxie
Le phénomène de diauxie, mis en évidence par Monod, se traduit par une courbe de
croissance diphasique (a deux phases). Il est observé dans des milieux synthétiques contenant
au moins deux sources de carbone et il est lié à un mécanisme de répression catabolique. Par
exemple, dans un milieu contenant du glucose et du lactose, certaines espèces vont dans un
premier temps utiliser le glucose grâce à des enzymes constitutives.

Figure 31 : Phénomène de diauxie

La dégradation du lactose est sous la dépendance d'enzymes inductibles dont l'induction est
réprimée en présence de glucose. Lorsque le glucose sera épuisé, les bactéries utiliseront le
lactose et donneront une nouvelle phase de croissance exponentielle après un temps de latence
intermédiaire.
5. Culture en Chémostat (milieu renouvelé)
Il est possible de cultiver des microorganismes dans un système ouvert, où les conditions de
culture sont maintenues constantes par apport de nutriments et élimination de déchets. Ces
conditions sont réalisées au laboratoire dans des systèmes de culture continue où une population
microbienne peur être maintenue longtemps en phase exponentielle de croissance et à une
concentration constante de la biomasse.

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 Figure 32 : Système de culture continue (Chémostat)

Exercice d’application :

On étudie la croissance de Salmonella typhimurium, une espèce impliquée dans les toxi-
infections alimentaires, en bouillon nutritif ordinaire. On obtient les résultats suivants (N est le
nombre de bactéries par millilitre du milieu) :
t 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
(heure)
Ln N 4.60 4.60 4.60 4.80 5.60 6.70 7.70 8.75 9.80 10.80 11.85 12.90

t 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
(heure)
Ln N 13.95 14.95 16.00 16.90 17.26 17.26 17.26 17.26 17.15 16.35 15.10 14.05

1. Dégager les différentes phases de la croissance de cette espèce bactérienne, leur durée
et leur signification physiologique
2. Calculer la vitesse de croissance et le temps de génération de cette bactérie
3. Cette bactérie est cultivée dans les mêmes conditions, mais dans un autre bouillon
(trypticase-soja). Quels sont les paramètres qui pourront connaitre des variations suite
au changement de milieu de culture ? tracer l’allure de la courbe de croissance (sur le
même graphique) après ce changement.

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