Université

NANGUI ABROGOUA UFR Gouvernance et

Développement Durable

UE: MICROBIOLOGIE, AGRICULTURE ET

TECHNOLOGIES DURABLES
ECUE: Introduction à la microbiologie générale et
durabilité

LICENCE 1

Dr N’GUESSAN Kouadio Florent, Maître de Conférences

 Chapitre 1: LE MONDE MICROBIEN
Microorganismes (ou microbes): organismes vivants microscopiques, invisibles à l’œil
nu. La Microbiologie est l’étude des êtres vivants de très petite taille

I. HISTORIQUE
 Robert Hooke (1665): père de la théorie cellulaire (la plus petite unité structurale
d’un organisme vivant est la cellule)
 Anthony van Leeuwenhoek (1632-1723): découvrit et décrivit pour la première fois
le monde microbien. Il appela ces microorganismes des animalcules
 Louis Pasteur (1822-1895): chimiste français; il réfuta la théorie de la génération
spontanée et inventa le vaccin ainsi que la pasteurisation
 Robert Koch (1843-1910): découvrit les bactéries pathogènes telles que le bacille
de la tuberculose et la bactérie du choléra; il conçut des méthodes pour étudier
sans danger ces organismes
 Joseph Lister (1827-1921): a mis au point la technique d’aseptie chirurgicale à
partir des travaux de Pasteur
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 II. PLACE DES MICROORGANISMES DANS LE MONDE VIVANT
o Avant la découverte des microorganismes, tous les êtres vivants étaient classés soit
dans le règne animal, soit dans le règne végétal
o En 1886, Haeckel proposa un 3ème règne, celui des protistes, qui rassemble les algues,
les protozoaires, les champignons et les bactéries
o En 1937 et grâce à la microscopie électronique, Edward Chatton a mis en opposition
deux types de cellules, la cellule eucaryote et la cellule procaryote

Cellule procaryote
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o En 1968, Murray divise le monde vivant en deux règnes: le règne des Eucaryotae et le
règne des Procaryotae (ou Monera). Murray distinguait quatre divisions:
 Les Gracilicutes qui regroupent les bactéries à Gram négatif
 Les Firmicutes qui regroupent les bactéries à Gram positif
 Les Tenericutes qui regroupent les bactéries dépourvues de paroi
 Les Mendosicutes qui regroupent les Archéobactéries
o En 1978, Carl Woese proposa un système de classification fondé sur l’organisation
cellulaire des êtres vivants. Il regroupa tous les organismes en trois domaines:
• Bactéries (Eubacteria), présence d’une paroi pourvue de peptidoglycane
• Archéobactéries (Archeae), paroi de structure spéciale, différente de la paroi des
Eubactéries
• Eucaryotes qui comprend les protistes (protistes fongiformes, protozoaires et algues),
les mycètes (levures, moisissures, …), les plantes, les animaux

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 Chapitre 2: MORPHOLOGIE ET STRUCTURE DES MICROORGANISMES

I. CELLULE BACTERIENNE
1. Morphologie cellulaire

Les bactéries sont des organismes unicellulaires de formes variées:

- forme arrondie ou cocci, isolée, en chaînette ou en amas
- forme allongée ou bacille, isolée, en chaînette ou en amas
- forme spiralée: spirilles, spirochètes
- forme filamenteuse

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2. Eléments constants et inconstants de la structure bactérienne

3. Paroi bactérienne
Composée essentiellement de peptidoglycane, permet de faire la
distinction entre bactéries Gram négatif et positif
Fonctions
- Assure le maintien de la forme de la bactérie
- Assure une fonction de protection contre la pression osmotique
intracellulaire
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 4. Membrane plasmique
Elle est composée de 60-70% de protéines et 30-40% de lipides
- rôle de barrière semi-perméable
- support des enzymes de la chaine respiratoire
- siège de la phosphorylation oxydative qui conduit à la
synthèse de l’ATP

5. Capsule

Coloration à l’encre de chine Techniques immunochimiques Microscopie électronique

- Rôle de protection contre les ultraviolets, la dessication, les agents physiques et chimiques
- Rôle de virulence (s’oppose à la phagocytose)
- Rôle antigénique (antigènes capsulaires)
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 6. Les flagelles
Les flagelles ou cils sont les organes locomoteurs spécialisés chez
les eubactéries. Le nombre et le mode d’insertion des flagelles sur
la bactérie constituent un critère de classification
- rôle de locomotion
- rôle antigénique (antigène flagellaire) Pseudomanas fluorescens après coloration selon la
méthode de Rhodes (flagelle monotriche)
- fixation des bactériophages

II. NOTIONS DE MYCOLOGIE ET DE VIROLOGIE

1. Mycologie
La mycologie est l’étude des mycètes ou champignons. On distingue deux groupes majeurs :
- les champignons macroscopiques ou macromycètes
- les champignons microscopiques ou micromycètes (les moisissures et les levures)
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  Morphologie et structure
L’organisation cellulaire des champignons est appelée thalle. Chez les champignons
microscopiques, le thalle peut être unicellulaire (levures) qui sont des organismes
souvent associés en agrégats de plusieurs cellules, ou filamenteux (moisissures) qui sont
des organismes filamenteux enchevêtrés, sous forme mycéliennes.

Organisation pluricellulaire (moisissure) Organisation unicellulaire (levure)

Les levures ont des formes sphériques,

allongées, cylindriques ou ovoïdes. Certaines
levures sont toutefois capables de former des
structures filamenteuses (pseudomycélium)
dans certaines conditions
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 2. Virologie
Le virus est un parasite intracellulaire obligatoire :
- possède qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN)
- se reproduit à partir de son seul acide nucléique
- est incapable de croitre et de se diviser
- est incapable de réplication autonome car la multiplication
nécessite
des structures de la cellule hôte et, spécialement de ses
ribosomes
- est incapable de générer de l’énergie (ne possède aucune enzyme
 Morphologie et structure
pouvant produire de l’énergie)
Le virus est composé de 2 éléments constants: le génome et la
capside qui forment le nucléocapside
Il comporte également un élément inconstant: l’enveloppe
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Selon la conformation de la capside, on définit trois grands types de structure virale :
- les virus à symétrie hélicoïdale (en forme de cylindre protéique creux: virus de
la grippe, virus Ebola, virus des oreillons, virus de la rougeole, virus
de la rage)
- les virus à symétrie icosaédrique (en forme de cube: poliovirus, papillomavirus)
- virus à symétrie complexes (la symétrie de la capside n’est pas totalement
icosaédrique ou hélicoïdale: bactériophages)

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 Chapitre 3: NUTRITION ET CROISSANCE BACTERIENNE

I. NUTRITION BACTERIENNE
 Une bactérie a des besoins nutritifs (pour se diviser ou juste se maintenir en vie).
Selon la nature de ces besoins, on définit des bactéries prototrophes et des
bactéries auxotrophes.
 Les bactéries prototrophes ont des besoins élémentaires (Eau-source d’énergie-
source de carbone et d’azote, macro- et micronutriments).
 Les bactéries auxotrophes nécessitent en plus des besoins élémentaires, des
facteurs de croissances.
 Les facteurs environnementaux sont également très importants pour la croissance
(le pH, la température, la pression osmotique, la présence ou non d’oxygène).

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 1. Besoins nutritifs
Type du besoin Nature du besoin Type trophique
Rayonnement lumineux Phototrophe
Source d'énergie Oxydation de composés organiques Chimiotrophe
ou inorganiques
Donneur d'électrons Minéral Lithotrophe
Organique Organotrophe
Source de carbone Composé minéral (CO2) Autotrophe
Composé organique (alcool, sucre,…) Hétérotrophe
Facteurs de croissance Aucun besoin Prototrophe
(vit. B1, B6, B12, acide Nécessaires Auxotrophe
folique, acides aminés, …)

 Les bactéries photoautotrophes sont photosynthétiques (cyanobactéries, bactéries

vertes). Les bactéries photohétérotrophes sont photosynthétiques et puisent le
carbone de composés organiques.
 Les bactéries chimioautotrophes puisent leur énergie de substances inorganiques et
transforment le CO2 en matière organique. Les bactéries chimiohétérotrophes
puisent leur énergie et leur carbone des substances organiques.
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 2. Facteurs environnementaux
 Température
 Les bactéries psychrotrophes peuvent se cultiver à 0°C. Température optimale de
multiplication entre 20 et 25°C.
 Les bactéries psychrophiles: Température maximale 20°C. Température optimale de
croissance inférieure à 15°C.
 Les bactéries cryophiles peuvent se développer à des températures négatives. Elles
sont souvent isolées des matières fécales d’animaux polaires. Température optimale
de croissance (- 5°C).
 Les bactéries mésophiles: croissance entre 25 et 40°C. Optimum à 37°C ; la
majorité des bactéries pathogènes.
 Les bactéries thermophiles: température optimale entre 50 et 60 °C.
 Les bactéries hyperthermophiles ont une température optimale de croissance entre
70°C et 110°C.

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  pH
 Les bactéries acidophiles préfèrent un pH acide
 Les bactéries alcalophiles ou basophiles préfèrent des pH alcalins
 Les bactéries neutrophiles préfèrent des pH se situant entre 5,5 et 8 (E. coli,
Pseudomonas)
 Besoins gazeux

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 II. CROISSANCE BACTERIENNE
 La croissance bactérienne se traduit par une augmentation du nombre de bactéries.
On observe un allongement de la taille et une augmentation du volume suivis la
division cellulaire par scissiparité.
 D’autres mécanismes de division existent chez des bactéries particulières, comme
le bourgeonnement (observé chez les cyanobactéries) et la fragmentation (chez les
bactéries filamenteuses).
1. Méthodes de mesure de la croissance
 Mesure directe par dénombrement après culture

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  Comptage du nombre de cellule
On compte le nombre total de bactéries (vivantes ou mortes) dans un volume connu.
Cette opération se fait manuellement en utilisant une lame spéciale (chambre de
comptage de Petroff-Hausser, lame de Thoma, lame de Helber)

Chambre de comptage de Petroff-Hausser

 Mesure par filtration

sur membrane

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 2. Courbe de croissance en milieu non renouvelé
Dans une culture discontinue où les nutriments s’épuisent avec le temps, la croissance
suit une courbe à 4 phases: la phase de latence, la phase de croissance exponentielle,
la phase stationnaire et la phase de déclin.

 La phase de latence : les bactéries s’adaptent aux

conditions de leur milieu environnemental
(synthétisent les enzymes nécessaires).
 La phase de croissance exponentielle : les cellules
bactériennes se divisent sans arrêt, tant que les
nutriments sont disponibles et les substances toxiques
absentes et le pH est optimal.
 La phase stationnaire : les nutriments s’épuisent, les
produits toxiques s’accumulent et le pH change. Le
nombre de cellules ne varie plus.
 La phase de déclin : les bactéries ne se divisent plus.
Elles meurent par lyse cellulaire.
Courbe de croissance bactérienne

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 Chapitre 4: MICROORGANISMES AU SERVICE DU DEVELOPPEMENT
DURABLE
I. PRATIQUES AGRICOLES DURABLES
 Un inoculant microbien, ou inoculant du sol, est un
amendement agricole qui apporte dans le sol des micro-
organismes rhizosphériques ou endophytes.
 Les inoculants microbiens améliorent la nutrition des
plantes. Ils peuvent également favoriser la croissance
des plantes en stimulant la production d'hormones
végétales.
 Les avantages des inoculants en agriculture va au-delà
de leur capacité en tant que biofertilisants. Ils peuvent
induire chez certaines espèces de plantes cultivées une
résistance systémique acquise (RSA) à plusieurs maladies
courantes des cultures.

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 1. Biofertilisants
 Les biofertilisants sont des produits qui contiennent des cellules vivantes ou
inactives de bactéries, de champignons ou d’algues efficaces, seuls ou en
association.
 Les microorganismes qu’ils contiennent sont en mesure de coloniser la
rhizosphère ou l’intérieur de la plante.
 Ils favorisent la croissance des plantes, soit en fixant l'azote atmosphérique, soit
en favorisant la mobilisation des nutriments primaires (azote, phosphore,
potassium…), des vitamines et des oligoéléments des sols.
 Les biofertilisants peuvent être appliqués sur le sol, la semence ou la surface des
végétaux.
 Espèces de biofertilisants et modes d’action
 Fixateurs d’azote
Certaines souches bactériennes et algues sont capables de fixer l’azote atmosphérique
(N) et de le restituer sous des formes assimilables par les plantes, telles que
l’ammoniac et le nitrate.
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  Les fixateurs d’azote peuvent être divisés en trois groupes: bactéries libres et
associatives telles qu’Azobacter et Azospirillium et les bactéries symbiotiques
telles que Rhizobium, Frankia et Azolla
 Solubilisateurs de phosphore
La solubilisation du phosphore est principalement assurée par les bactéries
solubilisatrices de phosphore (BSP) et, dans une moindre mesure, par des champignons
solubilisateurs de phosphore (CSP).
 Pseudomonas putida et Bacillus megaterium (bactéries) et Aspergillus, Penicillium et
Trichoderma (champignons).

 Solubilisateurs de potassium et de zinc

 Bacillus licheniformis, Pseudomonas azotoformans
et Enterobacter hormoechei figurent parmi les
solubilisateurs de potassium les plus efficaces.
 (Zn) peut être dissous par diverses espèces
microbiennes telles que Bacillus subtilis,
Thiobacillus thioxidans et Saccharomyces sp.
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  Champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA)
 Les CMA forment des associations symbiotiques avec les racines de plus de 80 % de
toutes les plantes terrestres, y compris la plupart des cultures agricoles.
 Ils entrainent l’augmentation de l’absorption par la plante du phosphore et du
zinc, mais également de l’azote, du potassium, du magnésium, du calcium et
du soufre.

2. Biopesticides
 Les biopesticides microbiens sont des produits constitués de microorganismes
(bactéries, champignons entomopathogènes ou virus) utilisés pour la lutte contre
les maladies et les ravageurs des plantes.
 Les biopesticides à base de Bacillus thuringiensis sont les plus commercialisés. Ils
ont une action insecticide.

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23
 II. BIOREMEDIATION
1. Définition
 C’est un ensemble des techniques biologiques qui est basé sur
utilisation des microorganismes (bactéries et /ou champignons)
pour dégrader les contaminants. Ces organismes peuvent être
déjà présents dans la zone polluée (indigènes) ou ajoutés au
milieu (exogène).
 Elle peut s’appliquer au sol (bioremédiation du sol), à l’air ou
aux eaux usées (domestiques et industrielles).
2. Principales méthodes de la bioremédiation
La bioremédiation regroupe trois méthodes : la bioatténuation, la biostimulation et la
bioaugmentation
 Bioatténuation
Consiste uniquement en un suivi de la pollution par mesure régulière des
concentrations en polluants dans le sol (et les eaux souterraines). Si la vitesse de
disparition du(des) polluant(s) n'est pas suffisamment rapide, la biostimulation voire à
la bioaugmentation sont employées. 24
  Biostimulation
 Le préalable est que les microorganismes indigènes (naturellement présents
dans le sol) dégradent le(s) polluant(s) à éliminer et/ou modifient la mobilité
des polluants inorganiques dans le sens souhaité.
 On agit alors sur ces populations en apportant des nutriments (C, N, P...)
mélangés au sol à traiter et/ou en modifiant les conditions du milieu (teneur
en O2, Eh, pH, humidité).

 Bioaugmentation
 Des microorganismes préalablement sélectionnés à partir d'échantillons
environnementaux (sol, eau) et produits en grande quantité (d'où le terme de bio-
augmentation) en bioréacteurs sont inoculés dans leur milieu d'origine ou dans un
nouveau milieu afin d'accélérer le procédé de bioremédiation.
 La bioaugmentation est notamment employée lorsque les microorganismes
indigènes ne sont pas présents ou à des densités trop faibles pour être efficaces
rapidement.
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  Le succès de la bioaugmentation des sols dépend de plusieurs facteurs :
a. croissance des microorganismes inoculés et leur colonisation du sol
;
b. conservation des capacités métaboliques des microorganismes
inoculés dans leur nouvel environnement ;
c. contact entre les microorganismes et les polluants.
3. Microorganismes utilisés en bioremédiation
 Quelques micro-organismes capables de dépolluer :

- Nitrates : Comamonas, Hyphomicrobium - Huiles, graisses : Pseudomonas, Xanthomonas,

- Phosphates : Acinetobacter, Moraxella
Bacillus
- Pesticides : Enterobacter
- Hydrocarbures : Acinetobacter, Flavobacterium,
- Dioxines : Brevibacterium Bacillus, Pseudomonas,
- Cyanides : Thiobacillus, Rhizoctonia Achromobacter, Arthrobacter
- Composés soufrés : Thiobacillus - Métaux lourds : Saccharomyces, Rhizopus,
Chlorella, 26
 4. Bioremédiation des sols
 On distingue 4 types de traitements: le traitement par épandage (ou Landfarming),
le compostage, les réacteurs à boues activées et la biolixiviation.
 Le Landfarming consiste au retournement du sol par un labour ou par d’autres
formes mécaniques de labourage. Ce qui augmente le niveau d’oxygène dans le sol
et distribue les contaminants de manière plus uniforme, augmentant ainsi le taux
de la dégradation. Cette méthode est adaptée pour les contaminations faibles des
sols.
 Le compostage un procédé qui met en œuvre des microorganismes aérobies et
thermophiles et qui est traditionnellement utilisé pour dégrader des matières
organiques et les transformer par fermentation en un produit moins volumineux
(composte), appauvri en carbone, enrichi en éléments nutritifs et qui peut être
réutilisé comme engrais.
 Les réacteurs à boues activées: le sol creusé est mélangé à une phase aqueuse
ainsi qu’à des microorganismes pour obtenir un produit fluide, homogénéisé et
enrichi en éléments nutritifs qui sont aérés par insufflation d'air. Le polluant est
dégradé dans ce mélange. 27
 La biolixiviation est une méthode de solubilisation des métaux lourds grâce à
des bactéries acidophiles. Elles produisent de l’acide qui oxide le métal et
permet sa précipitation.
5. Bioremédiation des eaux usées et des effluents gazeux
 On distingue 3 types de traitements biologiques des eaux usées: les réacteurs
à boues activées, les réacteurs anaérobies (ou digesteurs anaérobies) et la
biolixiviation.
 La bioremédiation des effluents gazeux comprend la biofiltration et le
biolavage.
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