CYCLE D’AGRONOMIE GENERALE (CAG)

Licence 2

Microbiologie Générale

Dr Martine Zandjanakou-Tachin, Maître de Conférences

Dr Razaki A. OSSE, Maître de Conférences
Dr Yann ADJOVI, Maître de Conférences
Dr Euloge KPOCLOU, Maître Assistant
Dr Christian KONFO, Maître Assistant
Objectifs d’apprentissage
• Définir une série de termes de base de la bactériologie,
de la mycologie et de la virologie

• Décrire les composants principaux des bactéries en

distinguant bactéries Gram+ et Gram-

• Décrire les moisissures et connaitre leur classification.

• Expliquer les modes de multiplication, de respiration et les

conditions de croissance des microorganismes.
• Citer les facteurs et préciser le rôle de tels facteurs,
susceptibles d'être impliqués dans une voie fonctionnelle
microbienne
Objectifs d’apprentissage
• Expliquer le mode d'action et la base de la spécificité d'un
antibiotique ou d'une molécule antivirale.

• Déduire certaines particularités du cycle de réplication

d'un virus et de son interaction avec l'hôte à partir de la
nature d'un virus.

• Proposer des conditions d’utilisation de microorganismes

dans les industries agroalimentaires.
 Plan du cours

Partie 1: Bactériologie

Partie 2 : Mycologie

Partie 3 : Virologie
Quelques repères historiques
==> Utilisation empirique des microorganismes dès la Préhistoire pour la
production et la conservation des aliments (ex: vin, bière, fromage...).

==> Girolamo Fracastoro (1500): émet l'hypothèse que les êtres vivants invisibles
provoquaient des maladies

==> Découverte du microscope par Van Leeuwenhoek (1632-1733) qui

permit d'observer les micro-organismes ("animalcules").
Première personne qui réellement observa et décrivit les microorganismes
L’Homme possède une vue qui ne permet pas de voir des objets de
taille inférieure à 0,1 mm.
Les micro-organismes tels les bactéries possèdent une taille bien
inférieure à celle-ci. C’est la raison pour laquelle l’existence d’un monde
microscopique était ignorée de l’Homme.

==> Essor de la microbiologie pendant la 2ème moitié du XIXème siècle avec

les travaux de Louis Pasteur (travaux sur les fermentations, mise au point de
la vaccination, remise en cause de la théorie de la génération spontanée...)
Quelques repères historiques
==> Robert Koch: cultive des bactéries sur de la gélatine, puis découvre
l’agent de la tuberculose : le bacille de Koch : Mycobacterium tuberculosis.

« Postulats de Koch » permettant de démontrer qu'un micro-organisme est

responsable d'une maladie (1 microbe = 1 maladie),

- le micro-organisme doit être présent chez tous les sujet malades et absent chez
les sujets sains ;
- le micro-organisme doit être isolé et cultivé en culture pure ;
- à partir de ces cultures pures, on doit être en mesure de provoquer la maladie
par inoculation expérimentale ;
- le même micro-organisme doit être de nouveau isolé des malades
expérimentaux.

==> Hans Christian Gram (1853-1928) développe une technique de coloration qui est
encore aujourd’hui la plus utilisée dans l'étude et la classification des bactéries.

==> Iwanowski : découverte des virus en 1892

Microbes et Microbiologie
1. Définition et branches de la microbiologie

Sous-discipline de la biologie qui étudie les microbes

(microorganismes) et les relations avec leur environnement.

Microbe ou microorganisme: organisme unicellulaire invisible à

l’œil nu et visible au microscope ordinaire ou électronique.

Microbiologie divisée en deux: microbiologie générale et

spéciale.
Microbiologie générale: étudie les lois générales de la vie
microbienne

Microbiologie spéciale: examine les espèces et les types

séparément.
Microbes et Microbiologie
Microbiologie spéciale:
 microbiologie médicale qui étudie les microbes pathogènes.

- bactériologie (bactéries),
- virologie (prions, virus, viroïdes),
- mycologie (levures et moisissures)
- parasitologie (protozoaires et helminthes).

 microbiologie vétérinaire: étudie les mêmes problèmes

concernant les animaux.

 microbiologie agriculturale : microorganismes des plantes,

des sols.

 microbiologie marine et spatiale.

Microbes et Microbiologie
Microorganisme: Un jardin invisible qui nous environne
Quelques ordres de dimension…
2. Les membres du monde microbien
 Cellules procaryotes
 Cellules eucaryotes

Procaryotes: morphologie plus simple que les cellules eucaryotes

et n’ont pas de noyau limité par une enveloppe.
Eucaryotes: noyau entouré d’une enveloppe et beaucoup
d’organelles très organisés.

Classification des organismes vivants en 5 règnes :

· les procaryotes (bactéries et archéobactéries)
· les protistes (eucaryotes unicellulaires)
· les champignons (eucaryotes multicellulaires)
· les végétaux
· les animaux
5 règnes
Les Procaryotes
Cellules dont l'organisation cellulaire est simple (sans noyau),
avec l'ADN portant l'information génétique directement au
contact du cytoplasme.

Deux groupes très différents :

 Eubactéries ou Bactéries
 Archéobactéries.
Les Archéobactéries
Environ 260 espèces souvent à peine discernables au point
morphologique et distingué grâce à leur métabolisme et à la structure
de l’ARN des ribosomes.

 Archéobactéries mésophiles: vivent dans des milieux « normaux »

en ce qui concerne leurs propriétés physiques ou chimiques, comme le
sol, les eaux usées, les marais, les eaux marines littorales.

 Archéobactéries extrémophiles : vivent dans des milieux

extrêmes pour la température, la salinité, le pH, la pression, etc.
Ex: Halobactéries qui ont besoin pour se développer de milieux riches
en sel comme les lacs salés, les marais salants ou les conserves de
poissons salés.
Les Bactéries
¥ Généralement des organismes unicellulaires dont la plupart ont des
parois contenant le peptidoglycane, une molécule structurante.

¥ abondantes dans le sol, l’eau, l’air et sont également les principaux

habitants de notre peau, de notre bouche et de nos intestins.

¥ Certaines bactéries vivent dans des environnements aux

températures, pH ou salinité extrêmes.

¥ Bien que certaines provoquent des maladies, de nombreuses

bactéries ont des rôles bénéfiques tels que le recyclage des
éléments dans la biosphère, la dégradation des matières végétales
et animales et la production de vitamines.
 Différences entre archées et bactéries

Archéobactéries Eubactéries
Absence, dans la paroi cellulaire, Les peptidoglycanes sont
de peptidoglycanes présents dans la membrane
cellulaire
Les lipides de la membrane sont Les lipides de la membrane sont
formés par des chaînes d’alcools formés par l’union d’acides gras
isopréniques unies au glycérol avec le glycérol grâce à des
par des liaisons éther liaisons éther
Les ARN polymérases ont une Les ARN polymérases ont une
structure complexe proche de structure simple
celle des Eucaryotes
Les Eucaryotes
‡ Regroupent tous les êtres vivants dont les cellules
possèdent un noyau.

‡ Deux groupes :
- Eucaryotes pluricellulaires : les champignons (Fungi), les
plantes et les animaux ;

- Eucaryotes unicellulaires ou protistes : des algues

unicellulaires, des protozoaires et des levures.

‡ Possèdent plusieurs chromosomes, linéaires et présents

chacun en deux copies: diploïdes.
‡ Seuls capables de reproduction sexuée.
Les Eucaryotes
Structure d’une cellule eucaryote
Les Eucaryotes
Fonction des éléments

Réticulum endoplasmique : assemblage et synthèse des protéines

non cytoplasmiques

Appareil de Golgi : synthèse des produits sécrétés par la cellule

Vésicules de digestion (peroxysome, lysosomes, endosome):

recyclage des protéines, de la membrane et des autres organites

Mitochondrie : Souvent appelés les «centrales électriques» de la

cellule. Elles sont le siège de l’activité du cycle des acides
tricarboxyliques, de la génération d’ATP par transport d’électrons et de
phosphorylation oxydative.
Les Eucaryotes
Fonction des éléments

Filaments : interviennent dans le déplacement de la cellule et les

changements de forme.

Microtubules : servent à maintenir la forme cellulaire et participent au

transport intracellulaire des substances.

Cils et les flagelles sont les organites les plus importants associés au
mouvement cellulaire.
 Les algues
Protistes qui, avec les cyanobactéries, produisent environ 75 % de
l’oxygène planétaire.

Les algues unicellulaires sont capables, comme les végétaux

supérieurs, d'utiliser la lumière comme source d'énergie. Elles sont
autotrophes et pratiquent la photosynthèse, grâce à leurs pigments,
dont le plus important est la chlorophylle.

La classification des algues ne tient pas compte de leur caractère

unicellulaire ou pluricellulaire : elle est avant tout basée sur la
composition en pigments.

Certaines micro-algues sont directement toxiques pour la faune

aquatique. D'autres espèces, peu toxiques pour la faune marine,
synthétisent des substances qui sont accumulées au niveau du tube
digestif principalement chez les mollusques.
 Les protozoaires
 Protistes unicellulaires hétérotrophes de type animal,
habituellement mobiles.

 Dépourvus de paroi, leur membrane plasmique est directement au

contact du milieu extérieur, dans lequel ils doivent puiser leurs
nutriments

 Organismes animaux unicellulaires eucaryotes ayant une

organisation supérieure en comparaison avec celle des bactéries.

 Systématique basée sur le caractère de la motilité, le mode de

reproduction et le cycle de développement.

 Quelques-uns sont des agents pathogènes chez les humains et les

animaux.
Les champignons ou Fungi

Eucaryotes unicellulaires ou pluricellulaires, sans chlorophylle,

dépourvus de flagelles et produisant des spores.

Tous les champignons sont des hétérotrophes à l’exception des

Lichens.

Lichens : association d’une Algue avec un champignon. Ils contribuent

à dégrader la roche et à initier la formation d’une couche de terre où les
autres végétaux pourront s’installer.
Principales différences entre Procaryotes et Eucaryotes
Caractéristiques Procaryotes Eucaryotes

Taille 0,3 – 2,5 µm 2-20 µm

Noyau Rudimentaire, sans membrane Vrai, avec double membrane
nucléaire (nucléoïde) (ADN libre nucléaire
dans le cytoplasme)
Organismes Généralement unicellulaire dont les Souvent pluricellulaires dont les
cellules sont de petites tailles (moins cellules sont de plus grande taille
de 10µm) avec l’exception notable (plus de 100 µm) à l’exception des
d’une bactérie marine qui atteint 700 espèces du picoplancton
µm de diamètre

Membrane Non Oui

nucléaire
Chromosome 1 haploïde >1 Diploïde
Division de la Division cellulaire simple (directe) ; Mitose (réplication de la cellule)
cellule pas de centriole ni de fuseau, ; pas de Méiose (menant à la formation de
réplication gamètes); présence d’un fuseau et
de centrioles
Caractéristiques Procaryotes Eucaryotes

ARN et Couplé au cytoplasme Synthèse d'ARN dans le noyau

synthèse des Synthèse de protéines dans le
protéines cytoplasme

Reproduction Reproduction sexuée rare Reproduction sexuée presque

toujours la règle
Espèces Beaucoup d’espèces anaérobies Presque toutes les espèces sont
aérobies
Métabolisme Grandes variations des types de Un seul type de métabolisme ;
métabolisme. Beaucoup peu d’espèces dans les milieux
d’espèces vivent dans des milieux extrêmes
extrêmes

Organites Pas de mitochondrie Mitochondries, appareil de Golgi,

intracellulaires réticulum endoplasmique,
Lysosomes, chloroplastes chez
les plantes, microtubules
Flagelles, cils Flagelle de type bactérien, Flagelle de structure complexe
simple. Pas de cils
Caractéristiques Procaryotes Eucaryotes

Paroi cellulaire Oui Non

avec
peptidoglycane

Ribosomes Dispersés dans le cytoplasme, 70S Dispersés dans le cytoplasme ou

liés au réticulum endoplasmique ;
80S sauf mitochondries et
chloroplastes
Photosynthèse Les enzymes assurant la La chlorophylle et les enzymes
photosynthèse ne sont pas situées de la photosynthèse sont dans les
dans des chloroplastes chloroplastes

Enveloppes Hétéropolymère, glucido- Cellulose et polysaccharides chez

cellulaires peptidique les plantes
LES BACTÉRIES
Caractères généraux des bactéries

Qu'est-ce qu'une bactérie?

 Etre unicellulaire,
 Taille microscopique ,
 Type procaryote,
 Autonome,
 Ubiquitaire

Multiplication se fait par scissiparité (scission binaire transversale)

Etapes de la multiplication bactérienne ou division par scissiparité
Structure et fonction des éléments d’une bactérie
Bactérie: cellule vivante constituée d’éléments constants (obligatoires) et d’éléments
inconstants (facultatifs).
Structure et fonction des éléments d’une bactérie

‡ Eléments constants :

 Mésosome  Cytoplasme
 Membrane cytoplasmique  Ribosome
 Acide nucléique  Inclusion
 Paroi

‡ Eléments inconstants

 Capsule
 Plasmide
 Spore
 Fimbriae ou pilis communs
 Pili sexuel
 Corpuscule basal et flagelle: organe locomoteur
 Fonction des éléments d’une bactérie

Paroi cellulaire: structure rigide qui détermine la forme

bactérienne, participe à la division cellulaire, au transport de
diverses substances à l’intérieur de la cellule et au milieu
extérieur. Elle protège la bactérie de la lyse dans des solutions
diluées et permet aussi de distinguer les bactéries Gram+ des
bactéries Gram-.

Cytoplasme: constitué de protéines et d’enzymes solubles dans

l’eau. En outre, il contient les 70 S-ribosomes pour la synthèse
protéique et de diverses inclusions telles que des
polysaccharides de réserve, des lipides et des polyphosphates.
Ces inclusions jouent un rôle énergétique.
 Fonction des éléments d’une bactérie

Membrane plasmique : barrière perméable sélective, limite

mécanique de la cellule, transport des éléments nutritifs et des
déchets, localisation de plusieurs processus métaboliques de
plusieurs processus métaboliques

Vacuole gazeuse : permet à la bactérie de flotter dans un

environnement aquatique.

Ribosomes : synthèse des protéines

Inclusions : réserve de carbone, de phosphate et d’autres
substances.

Espace périplasmique : contient des enzymes hydrolytiques et

les protéines de liaison nécessaire pour capter la nourriture
liaison nécessaire pour capter la nourriture et la transformer.
 Fonction des éléments d’une bactérie

Nucléotide : localisation du matériel génétique

Capsides et couches mucoïdes : résistance à la phagocytose

et adhérence aux surfaces

Fimbriae et pili : attachement aux surfaces et conjugaison

bactérienne.

Flagelle : mobilité

Endospore : survie dans des conditions extrêmes de

l’environnement
Morphologie de la bactérie

Trois critères sont pris en compte:

 La taille: s’exprime en µm
 La forme
 Le mode d’assemblage

Taille
• Variable au sein du monde bactérien
• Les plus petites: 0,1-0,2µm. Ex: Chlamydiales
• Le plus grand procaryote connu: Thiomargarita namibiensis a un diamètre
100-750 µm

Forme et mode de regroupement

Forme: diffère en fonction des espèces

Certaines espèces pas de forme fixe dites polymorphes
Regroupement: soit:

 Isolée:

 Associées de manières particulières

(en amas, en chaînette, regroupés par deux ou isolés)

On distingue trois formes principales

o Sphériques

o Cylindriques

o Spiralées
Sphérique ou arrondie
Bâtonnets ou rectilignes ou cylindriques
Spiralées
Nomenclature

Définit les différents noms ou taxons de la classification.

Toute bactérie est désignée par deux noms latins : Genre et espèce; première
lettre du genre en majuscule et l’espèce en minuscule.
Dans la littérature scientifique, ces noms doivent être soulignés ou écrits en
caractères italiques

Genre Espèce
Escherichia coli
Salmonella typhi
Bacillus anthracis
Coloration des bactéries

 Coloration simple
 Coloration différentielle

Coloration simple: un seul agent colorant est utilisé, Simple,

facile à utiliser.

 Réalisation des frottis

 Couvre les frottis fixés de colorant pendant un laps de temps
déterminé,
 Lavage de l’excès de colorant à l’eau
 Séchage de la lame.

Les colorants basiques comme le cristal violet, le bleu de

méthylène ou la carbolfuchsine (ou fuchsine phéniquée) sont
fréquemment utilisés pour déterminer la taille, la forme et
l’arrangement des bactéries.
Coloration différentielle

La coloration de Gram
Christian Gram (1853-1938) : inventeur de la coloration en 1884.

Coloration de Gram : fondée sur l'action successive d'un colorant, le cristal

violet, d'iode puis d'un mélange d'alcool et d'acétone.

Intérêt : donner une information rapide et médicalement importante, car le

pouvoir pathogène et la sensibilité aux antibiotiques des bactéries sont
radicalement différents.

Elle permet de distinguer la paroi des bactéries ayant + du peptidoglycane.

Coloration en 4 étapes :
1. coloration par le violet de gentiane ;
2. mordançage avec du lugol (solution d’iode iodo-iodurée) ;
3. décoloration par l’alcool (éthanol à 95°)
4. coloration par la fuchsine
Etapes 1 et 2 = coloration en violet du contenu de la bactérie et fixation par le
lugol des structures internes.

Etape 3 = décoloration du cytoplasme des bactéries ayant une paroi pauvre

en peptidoglycane qui laisse passer l’éthanol à 95° pour éliminer le violet de
gentiane = bactérie à Gram négatif

Etape 4 = recoloration par la fuchsine teintant en rose les bactéries

précédemment décolorées par l’alcool: celles-ci apparaissent alors en rose ou
en rouge : les bactéries Gram-.

Les bactéries à Gram+ restent colorées en violet (pas de passage à

travers la couche de peptidoglycane.

L’observation se fait au microscope ordinaire avec l’objectif à immersion.

Exudat diphtérique
(Gram). Staphylocoques, Pneumocoques d'un crachat (Gram).
streptocoques et bacilles de
Loeffler).

Staphylocoques dans du pus (Gram) Streptocoques de culture (fuschine)

La coloration de Ziehl-Neelsen

Réservée aux bacilles alcoolo-acido-résistants (AAR). Les étapes sont :

- Coloration à la fuchsine de Ziehl (colorant rouge) à chaud ou à froid

- Décoloration à l’alcool et à l’acide : les bactéries alcoolo-acido-résistantes ne
sont pas décolorées
-Recoloration avec du bleu de méthylène

Les bactéries AAR apparaissent rouges à l’objectif à immersion : Ziehl+

Bacilles de la tuberculose et de
l'influenza (méthode de Ziehl)
Les milieux de culture

 Préparation nutritive qu’on prépare au labo pour cultiver les

microorganismes.

 Les bactéries introduites dans le milieu de culture constituent l’inoculum.

Les micro-organismes qui s’y développent forment une culture.
 Caractéristiques des milieux de culture varient, de même que leur
composition.
 Utilisation à des fins diverses: recherche, diagnostic, fermentations
industrielles
Classification des milieux de culture
Classification selon la consistance

 Les milieux de culture sont liquides ou solides.

• Selon les analyses et les expériences à effectuer, on peut cultiver des
bactéries sur des milieux liquides bouillons de culture.
• Si on rajoute de l’agar-agar (polysaccharides isolés des algues), on obtient
des milieux solides.
• Les micro-organismes se développent sous forme d’un trouble ou voile en
suspension.

 Milieux solides peuvent être préparés sur boîte de Pétri ou en tube (gélose
inclinée, gélose profonde). Selon la quantité d’agar rajoutée, on a des géloses
solides (1,5%) et des géloses molles (0,75%).

 Développement des bactéries sous forme de colonies, dont la forme, la

couleur, l’odeur, dépendent à la fois de l’espèce et du milieu utilisé.

 L’agar fond lorsqu’on la réchauffe à 100°C et se solidifie lorsqu’elle se

refroidit (dès 40°C).
 Classification selon la composition chimique

Réalisée selon le type trophique de la bactérie et de ses exigences.

Les milieux complexes ou empiriques

• Très nutritifs, constitution ne peut être connue avec exactitude.

• Utilisés pour la culture de nombreux organismes, ce sont les plus appropriés.
• Employés pour la culture des chimiohétérotrophes.
• Ils dérivent du bouillon de viande, d’extrait de soja, de levure. Ils fournissent une
source de carbone, d’azote, vitamines B.
Exemple : bouillon nutritif (Peptone (5g), extrait de boeuf (3g), NaCl (8g), Eau
distillée (1 litre))

Les milieux synthétiques

• Encore appelé milieux chimiquement définis.

• On connaît avec exactitude la nature et la quantité des divers éléments
constitutifs.
• Ils sont utilisés pour les bactéries autotrophes ou des tests bien précis .

Exemple: Milieu urée – indole utilisé lors du diagnostic des entérobactéries

 Classification selon la composition chimique

Les milieux semi-synthétiques

• Mélange de composés chimiques purs et de substances naturelles empiriques.

• Ils contiennent en plus certains composés favorisant la croissance comme l’extrait
de levure ou une peptone.
Exemple: milieu de Chapman qui est également sélectif pour les Staphylocoques.

Les milieux sélectifs

• Ces milieux inhibent la croissance de la majorité des micro-organismes et

stimulent celles des bactéries qu’on cherche à isoler.
• On fait intervenir un pH acide, une concentration de sel élevée.

Les milieux différentiels

• Contiennent un indicateur (colorant) qui permet de différencier deux types

bactériens qui poussent sur le même milieu, mais ne dégradent pas tous les deux
un substrat particulier.
• La gélose Hektoën, qui différencie la fermentation de 3 glucides (lactose,
saccharose et salicine) ainsi que la production de sulfure d'hydrogène.
 Classification selon la composition chimique

Les milieux enrichis

• Ils contiennent, outre les composants de base, des composants indispensables

aux bactéries, que celles-ci ne peuvent pas synthétiser.
• Ce sont des milieux utilisés pour l'obtention des bactéries dites exigeantes et
auxotrophes.
Exemple : les milieux au sang frais.

Les milieux d'identification

• Utilisés dans la mise en évidence des caractères biochimiques des bactéries dans
l'identification différentielle .
Exemple: recherche de l’utilisation ou fermentation d’un sucre, la production de gaz
(hydrogène sulfure), la formation d’indole etc.

Les milieux de conservation

• Milieux pauvres au sein desquels les bactéries survivent dans un état de vie
ralentie.
Culture spéciale et bactéries non cultivables

- Bactéries dites non cultivables, souvent stressées par les conditions du

milieu où elles se trouvent ou par le transfert sur un milieu de culture auquel
elles n’arrivent pas à s’adapter.
- En réalité, il faut dire que l’on ne sait pas encore les cultiver à ce jour.
- Beaucoup d’entres elles sont identifiées uniquement sur la base de leur
ARNr 16S.
Exemple:
En microbiologie clinique, l’agent de la lèpre, Mycobacterium leprae est cultivé
dans un petit animal appelé Tatou.
Les bactéries intracellulaires obligatoires (Rickettsies, Chlamydias), sont
cultivées dans des cellules mammifères en monocouches.
Les anaérobies stricts ont besoin de milieux réducteurs et d’équipements
spéciaux comme la jarre anaérobie ou une hôte anaérobie étanche, dont l’air est
contrôlé.
Techniques d’isolement des bactéries

Intérêt:
- isoler une ou plusieurs souches contenues dans un mélange : il
y aura autant de colonies différentes que de souches différentes.
- vérifier la pureté d'une souche étudiée : une souche pure ne
donnera qu'un type de colonie.

 Isolement sur boîte de Pétri par étalement en surface et

par la technique des stries

 Ecrire son numéro de poste, la date et l’identifiant du

mélange ou de la souche sur le couvercle de la boîte.
 Sur le fond de la boîte, dessiner le patron suivant :
 Isolement sur boîte de Pétri par étalement en surface et
par la technique des stries

• Prélever la suspension bactérienne à l'aide d'une anse ou d'une

pipette Pasteur boutonnée stérilisée en effleurant une colonie
isolée ou en trempant dans la suspension.

• Ouvrir la boîte et déposer la pointe de l'anse ou de la pipette au

point initial (partie 1).

• Faire des stries serrées sans rayer la gélose sur la partie 1.

• Eventuellement, stériliser l’anse si la suspension est trop dense

 Isolement sur boîte de Pétri par étalement en surface et
par la technique des stries
• Tourner la boîte d'un quart de tour et faire des stries serrées sur
la partie 2.

• Tourner la boîte d'un quart de tour et faire des stries larges sur la
partie 3.

• Stériliser l'anse ou jeter la pipette. Refermer la boîte et la

déposer dans l'étuve, couvercle vers le bas.
Techniques de conservation des bactéries

 A long terme: la lyophilisation et la cryogénie.

 A court terme: conservation sous l’huile minérale, la

préservation dans un sol stérile ou conservation dans l’eau
distillée.

 La lyophilisation
 Elle combine la congélation de la suspension et la
déshydratation sous vacuum.
 Indispensable d’utiliser un milieu de suspension convenable
pour protéger les microorganismes contre les dommages liés à
la lyophilisation.
 Ce milieu permet également la stabilisation des protéines.
Techniques de conservation des bactéries

 L’un des milieux utilisés avec succès pour la collecte des

microorganismes est le Mist desicans. Ce milieu est un
mélange de ¾ de sérum de cheval à ¼ de solution stérile
filtrée contenant 12g de Difco peptone et 30g de glucose dans
100ml d’eau stérile.

 La cryogénie

 La plupart des microorganismes incluant les bactéries, levures,

champignons, virus, bactériophages et quelques algues et
protozoaires peuvent survivre pendant longtemps à l’état
congelé.
 Les microorganismes sont maintenus dans des congélateurs à
des températures d’environ -20 et -70°C.
 Techniques de conservation des bactéries

 Bien que beaucoup de bactéries sont souvent congelés sur

leur milieu de croissance, l’addition de cryoprotecteurs tels que
5 à 10% de glycérol ou de diméthyle-sulphoxide est
indispensable.

 D’autres cryoprotecteurs comme le méthanol, les sucres,

l’amidon et le polyvinyl-pyrrolidone peuvent être utilisés
Agents antibactériens et les Antibiotiques

Essentiel de détruire les micro-organismes ou inhiber leur

développement de manière à minimiser leurs effets indésirables
tels que la détérioration de la nourriture et les maladies.

Stérilisation : procédé par lequel on détruit ou élimine toutes les

cellules vivantes : spores et virus.

Désinfection : destruction, inhibition ou élimination des micro

organismes pathogènes.

Décontamination : réduction de la population microbienne à de

niveau considérés sans danger par les normes de santé publique.
Agents antibactériens et les Antibiotiques
Efficacité d’un agent antimicrobien affectée par 6 facteurs :

- La taille de la population
- composition de la population (cellules, endospores …)
- concentration ou intensité de l’agent antimicrobien
- durée d’exposition
- T°
- Environnement local (pH, nourriture ….)
 Agents antibactériens et les Antibiotiques
1. Agents physiques
 La chaleur

a) la chaleur humide: Tue facilement virus et bactéries

.
- L’exposition à l’eau à 100°C pendant 10 minutes est suffisante pour détruire
les cellules végétatives et les spores eucaryotes

- La stérilisation à la vapeur est réalisée dans un autoclave à 121°C pendant 15

minutes.

b) chaleur sèche
Le matériel à stériliser est placé dans un four à 170°C pendant 2 à 3 heures
(oxydation des constituants cellulaires et dénaturation des protéines).
 Agents antibactériens et les Antibiotiques

 La filtration

Elle permet de réduire la population microbienne jusqu’à la stérilisation

 Les radiations

Les UV proches de 260 microns sont utilisés pour stériliser l’air, l’eau. Les
radiations ioniques pénètrent en profondeur les objets.

Les radiations gamma stérilisent à froid les ATB, hormones, objets en

plastique.
Agents antibactériens et les Antibiotiques
2. Agents chimiques
 Composés phénoliques

- 1er antiseptique et désinfectant utilisé largement: désinfectant dans

les labo et hôpitaux de nos jours
- Agissent par dénaturation des protéines et altération des
membranes cellulaires.
- Efficace en présence de matières organiques, restent actifs
longtemps sur les surfaces, odeur désagréable et irritent la peau.

 Les alcools

- Bactéricides et fongicides mais non sporicides.

- Détruisent certains virus, dénaturent les protéines et dissolvent les
lipides membranaires.
Agents antibactériens et les Antibiotiques
 Les halogènes
- L’iode sert comme antiseptique de labo. Il oxyde les constituants
cellulaires et iode les protéines cellulaires. A concentration élevée,
peut tuer certaines spores.

- Les iodophores sont des complexes iode + transporteurs

organiques (bétadine).
• Ils sont utilisés en hôpitaux pour une antisepsie pré opératoire
de la peau et comme désinfectant à l’hôpital et au labo.
• Ils sont non tachant et minimise les irritations de la peau.

- Le chlore est un désinfectant pour l’eau de consommation. Il

provoque une oxydation des constituants cellulaires.
Agents antibactériens et les Antibiotiques
 Ammoniums quaternaires

- Les détergents servent d’agents mouillants et d’émulsifiants grâce

leurs extrémités hydrophiles et hydrophobes.
- Agents de nettoyage efficace.

 Les aldéhydes

- Le formaldéhyde inactive les protéines. Il est sporicide.

- Le glutaraldéhyde désinfecte le matériel et équipement hospitalier

 Les gaz stérilisants

- L’oxyde d’éthylène permet de stériliser de nombreux objets

thermosensibles (seringues, cathéters).
- Il est germicide et sporicide en se fixant sur les protéines
Agents antibactériens et les Antibiotiques
3. Chimiothérapie antimicrobienne
Agents chimio thérapeutiques: tuent les micro-organismes
pathogènes en inhibant leur développement à des concentrations
suffisamment faibles pour éviter d’occasionner des dommages
chez l’hôte.

 Caractéristiques

- Agent chimio thérapeutique: doit avoir une toxicité sélective.

- Beaucoup d’Antibiotiques sont à spectre étroit, efficacité
limitée à une variété restreinte de micro-organismes.

 Quelques substances antibactériennes

Quinolones, Sulfamides, pénicillines, Céphalosporines,
Tétracyclines, Aminoglycosides, Erythromycine, Chloramphénicol
Agents antibactériens et les Antibiotiques
4. résistances aux anti bactériens

- En empêchant la pénétration de l’ATB dû à la modification des

protéines liant l’ATB.

- Inactivation de l’ATB par modifications chimiques : hydrolyse du

noyau Béta lactame (pénicilline), ou addition de groupe chimique
(phosphorylation ou acétylation des aminoglycosides et
chloramphénicol.)

- Utilisation d’une voie alternative pour éviter la séquence inhibée

Croissance des bactéries
Les facteurs de croissance

En fonction des besoins en facteurs de croissance:

 Les prototrophes : peuvent être cultivées sur un substrat minéral,

mais n’ont pas besoin de facteurs de croissance ou d’aliments
spécifiques ;

 Les auxotrophes : pas capables de faire toute la chaîne de

biosynthèse : Elles ont donc besoin de facteurs de croissance
retrouvés par exemple dans le sang ou le sérum. Ces bactéries sont
cultivées sur milieu enrichi.
Croissance des bactéries
Les conditions physico-chimiques

La température:

 Les bactéries cryophiles : elles se développent entre -10 et 30°C

(optimum : 15-20°C). Les maladies provoquées sont dites frigorifiques ;

 Les bactéries mésophiles se développent entre 30 et 45°C. L’optimum est

entre 37 et 40°C sauf Listeria (4°C), Yersinia (20°C). Ce sont des bactéries
pathogènes.

 Les bactéries thermophiles : elles se développent entre 45 et 70°C

(optimum 50 à 60°C). Elles concernent surtout les conserves alimentaires.
Croissance des bactéries
Les conditions physico-chimiques

Le pH: Les bactéries se développent à un pH compris entre 7 et

9. L’optimum est 7,5

Le NaCl: Un taux >2% entraîne une inhibition des bactéries sauf

les bactéries halophiles (comme les staphylocoques).

Les inhibiteurs: Cela a conduit à la mise en place des milieux

sélectifs. On distingue comme inhibiteurs :
- chez les Gram+ : les sels biliaires, le vert brillant ;
- chez les Gram- : le cristal violet, l’acide nalidixique, l’azide
de sodium.
Croissance des bactéries
Courbe de croissance bactérienne

Phase
stationnaire
phase de
croissance Phase de déclin

Phase de
latence
Croissance des bactéries
Interprétation de la courbe

N° 1 Latence = Adaptation des bactéries au milieu.

N° 2 Croissance = Croissance intense avec un taux de croissance maximal

et constant.

N°3 Stationnaire = Arrêt de la croissance car présence de déchets toxiques

et épuisement du milieu nutritif .

N°4 Déclin = Le nombre de bactéries mortes est de plus en plus

important.
Utilisation des bactéries
Utilisation des bactéries
Utilisation des bactéries
 Rôle biologique des bactéries
Transformer des matières organiques animales ou végétales
notamment à travers les phénomènes de putréfaction (protéines) et de
fermentation (hydrates de carbone).

Contribuer à l’amélioration de la fertilité des sols, en transformant

l’azote atmosphérique en composés azotés assimilables par les
plantes.

 Utilisation dans l’industrie

fabriquer des antibiotiques
fabriquer des vaccins et des sérums
enrichir les aliments du bétail
la fermentation alcoolique
la fabrication d’enzymes
la fabrication d’acides organiques, de fromage, de yaourt
la purification des excréments et déchets organiques humains.
 Utilisation au laboratoire

Utilisées dans les études analytiques quantitatives : certaines

interviennent dans le dosage des substances telles que les
vitamines, les antibiotiques, les acides aminés.

Elles sont également utilisées comme modèles d’étude en

biologie moléculaire, en biologie cellulaire et en génétique
cellulaire.
Mesure de sécurité au laboratoire

Les mesures de sécurité doivent être suivies durant les travaux

microbiologiques à cause de substances toxiques (antibiotiques,
bactéricides, enzymes, inhibiteurs etc.) qui sont utilisées et de
quelques maladies bactériennes de plantes qui sont associées
aux maladies humaines
Mesure de sécurité au laboratoire
- Nourritures, bonbons, chewing-gum et boissons ne doivent
pas être conservés ou consommés au laboratoire.

- Il est interdit de fumer au laboratoire.

- Les blouses doivent être portées tout le temps et enlevées

avant de quitter le laboratoire. Elles doivent être tenues à
l’écart des portes de dehors ou autres habits ou autres habits.

- Garder les mains éloignées de la bouche, du nez, de la face et

des cheveux

- Garder les vestes et les chaussures en dehors du laboratoire.

Mesure de sécurité au laboratoire
- Laver fréquemment les mains et toujours après enlèvement
d’habits de protection souillés, avant de quitter le laboratoire et
avant de manger ou de fumer.

- Garder les portes du laboratoire et de l’incubateur toujours

fermées.

- Utiliser un appareil de pipetage mécanique, quand vous

travaillez avec des solutions ou suspensions dangereuses.
Les pipettes Pasteurs en verre doivent être remplacées par
celles en plastique.

- Certains instruments comme les centrifugeuses et

homogénéisateurs doivent être régulièrement inspectés.
Mesure de sécurité au laboratoire
- Le désinfectant convenable doit être utilisé après chaque
travail.

- Les bancs et surfaces de travail doivent être régulièrement

désinfectés après renversement de produits toxiques ou de
matériel infecté.

- Tous les articles contaminés doivent être autoclavés ou

désinfectés dès que possible avant lavage ou réutilisation.

- Désinfecter ou autoclaver les seringues et aiguilles avant de

les jeter à la poubelle.
MYCOLOGIE
Champignon: Définition

Champignon ou macro-champignon ou macromycète (le plus

souvent muni d'un pied et d'un chapeau) n'est qu'une sorte de
fruit, plus exactement un sporophore, un appareil portant les
spores et permettant la reproduction.

Champignon microscopique (ou micro-champignons ou

micromycètes) = terme très vaste qui regroupe des
microorganismes vivants (principalement pluricellulaires) ni
végétaux, ni animaux, tels que les moisissures, les rouilles, ou
encore les levures.

Taille: entre 4 à 100 microns (1 micron= 1/1000ème de

millimètre) environ.
MYCOLOGIE
- Moisissures: plus de 50 000 espèces connues

Rôle
- Interviennent dans des grands cycles biologiques comme le
cycle du carbone ou de l’azote.

- transforment la matière organique afin de se développer

rôle de parasite lorsqu’ils se développent au détriment de
certains être vivants, comme par exemple un fruit ou certaines
parties du corps humain.

- permettent la décomposition organique ou la fermentation,

utilisée par exemple pour la fabrication du vin, du fromage, du
pain.
MYCOLOGIE
Caractères généraux des champignons
- Organismes eucaryotes (leur matériel génétique est enfermé
dans un noyau et ils possèdent des organites cellulaires),
thallophytes dont la paroi contient de la chitine, qui se
reproduisent et se multiplient par l’intermédiaire de spores.

- Eucaryotes : ils peuvent être multinucléé (homo ou

hétérocaryotique) ou uninucléé. Ils sont à l’état végétatif
haploïdes, pour la plupart.

- Thallophytes : c’est à dire ne possédant pas de racine, ni de

tiges, ni de feuille
MYCOLOGIE
Classification

Rappel

Classification des champignons se fait en suivants les règles

générales de taxonomie.

- Le genre peut contenir plusieurs espèces.

- Les genres sont regroupés en familles.
- Les familles en ordres.
- Les ordres en classes.
- Et les classes en embranchements.
- Un règne regroupe plusieurs embranchements.

RègneEmbranchementsClassesOrdresFamillesGenresEspèces
MYCOLOGIE
Classification

Classification des champignons

 Le règne: champignons ou mycètes

 Les embranchements: 4 embranchements

- Les embranchements des champignons dits « inférieurs » dont

les cellules ne sont pas compartimentées :
* Chytridiomycota, ou Chytridiomycètes: espèces aquatiques, qui
produisent des spores flagellées

* Zygomycota ou Zygomycètes: espèces qui produisent des

spores flagéllées.
MYCOLOGIE
Classification
Classification des champignons
- Les embranchements des champignons dits « supérieurs » à
mycélium cloisonné

* Ascomycota ou Ascomycètes: espèces qui produisent des

spores qui sont regroupées à l’intérieur de sacs (les asques).

* Basidiomycota ou Basidiomycètes : spores se développent à

l’extérieur de cellules spécialisées : les basides.

Les micromycètes sont des champignons microscopiques

regroupant les levures et les champignons filamenteux
MYCOLOGIE
Les Levures
Champignon unicellulaire généralement de forme ovale apte à
provoquer la fermentation des matières organiques animales ou
végétales.

 Principaux types et classification

- Levures « vraies », ou levures ascosporogènes, forment des ascospores

dans des asques qui sont des cellules d'aspect ordinaire ou issues de la
fusion de deux cellules végétatives ;

- Les Levures « fausses », ou levures anascosporogènes, forment un

ensemble hétérogène constitué, pour une part de formes issues des
levures vraies, pour une autre part de Champignons supérieurs,
Euascomycètes et Basidiomycètes ayant acquis, avec le bourgeonnement,
des thalles dissociables et une vie plus ou moins franchement unicellulaire.
MYCOLOGIE
Les Levures
 Structure des levures

Les levures possèdent toutes:

 une membrane plasmique protégée des agressions
extérieures par une paroi cellulaire.
 un noyau clairement délimité et différents chromosomes.
 des mitochondries
 un appareil végétatif réduit à une seule cellule.
MYCOLOGIE
Les Levures
Les levures :

 organismes non chlorophylliens.

 Saprophytes pour la plupart

 réalisent la reproduction sexuée ou asexuée en fonction du

contexte.

 Plusieurs d’entre elles se multiplient par bourgeonnement

(reproduction asexuée).
MYCOLOGIE
 Isolement et identification
Identification sur la base de différents critères :

-Caractères culturaux : délai de croissance, Température

optimale, aspect macroscopique de la colonie en fonction du
milieu de culture.

-Morphologie cellulaire : forme, coloration de la paroi, présence

ou absence d’une capsule.

-Structure antigénique : détection des antigènes de paroi par

des anticorps monoclonaux (exemple: le BICHRO-LATEX ALBICANS
est un test au latex qui permet l’identification directe de Candida albicans à
partir des colonies de levures).

- Activités biochimiques : production d’enzymes.

MYCOLOGIE
Milieux de culture

 Milieu de base: milieu Sabouraud + antibiotiques: les

champignons peuvent pousser sur la plupart des milieux
utilisés en bactériologie. Mais il existe des milieux dont la
composition est spécifiquement adaptée à leurs besoins
nutritifs.

 Milieux à base de substrats chromogènes inclus dans la

gélose. Ce type de milieux permet à la fois l’isolement et
l’identification : exemple le milieu CHROMagar®

 Milieux spécifiques sélectifs

o Sabouraud + antibiotiques : permet d’inhiber la
croissance des bactéries.
o Sabouraud + antibiotiques + anti-moisissures : inhibe en
plus le développement de certaines moisissures.
MYCOLOGIE
Galerie d’identification
Identification par un ensemble de réactions du métabolisme
intermédiaire ou utilisation de l’assimilation des sucres
(auxanogrammes) sous forme de galeries type API (exemple :
galerie Api candida ; ID 32 C).

Le Génotypage
présente un intérêt uniquement en épidémiologie.

Biologie moléculaire
la PCR et le séquençage peuvent être un recours dans les cas
où l’identification est réellement difficile mais ils ne constituent en
aucun cas une technique de routine.
MYCOLOGIE
 Utilité et importance des levures

 Utilisées dans le cadre de procédés naturels pour la

production à grande échelle de substances actives qui font
partie des « biotechnologies blanches »(production massive des
molécules d’intérêt employées dans les secteurs de la santé, de la nutrition, de
la chimie des matériaux ou de l’énergie).

 Meilleur organisme pour obtenir de l’alcool par fermentation

(éthanol produit utilisé par exemple dans la préparation des spiritueux, en
parfumerie, et même comme biocarburant alternatif à l’essence)

 contribue également tous les jours à notre santé et à

notre bien-être en accumulant naturellement de nombreuses
molécules bénéfiques telles que des antioxydants ou des anti-
inflammatoires.
MYCOLOGIE
Les moisissures
 Taxonomie
Pluricellulaires : les filaments, plus ou moins ramifiés, sont
appelés hyphes. L’ensemble des hyphes constituent le mycélium.

a- Chez les Phycomycètes, les cellules ne sont pas séparées par

des cloisons transversales : le thalle est dit coenocytique (ou «
siphonné »).

b- Chez les Septomycètes, le thalle est cloisonné (ou «septé »).

 MYCOLOGIE
Les moisissures
 Structure
cellules tubulaires (30 - 100μm) (hyphe), qui se développent par
extension apicale (production possible de champignons
filamenteux très longs)

Observations diverses

Conidiphore
Vésicule
et tête
unisériée
conidienne

Jeune
Stipe
vésicule
rugueux
unisériée

Métules
Vésicule
et
bisériée
phialides

Structures microscopiques du genre Aspergillus

MYCOLOGIE
Les moisissures
 Classification selon l’intérêt
 Les nuisibles
-Champignons provoquant une altération:

• Peuvent se développer sur des aliments ayant une activité de

l’eau plus faible que la plupart des bactéries
• Altèrent généralement les aliments semi-humides (fromages,
viandes séchées et fumées, pain, pâtisseries, confitures de fruit,
etc)
• Les céréales, grains, noix, le café et le cacao stockés dans de
mauvaises conditions (humidité) - pertes annuelles d’aliments et
de produits d’alimentation du bétail sont considérables.

- Champignons toxinogènes.
MYCOLOGIE
Les moisissures
 Classification selon l’intérêt
 Les utiles
-En Industrie agroalimentaire : divers produits transformés
comme le fromage, les saucissons

-En industrie pharmaceutique : antibiotiques principalement

Fromage (Roquefort) Pénicilline

MYCOLOGIE
Les moisissures
 Isolement et identification
-Macroscopie:

• se fait en culture sur gélose

• Ensemencement pour la détermination de la flore fongique sur

un substrat se fait en culture directe ou culture indirecte.

• Caractères culturaux : sur différents milieux, T°, mycélium

(couleur, texture,…), aspect colonie face et revers
MYCOLOGIE
Les moisissures
 Isolement et identification
-Microscopie

Principaux genres retrouvés

-Caractérisation moléculaire
MYCOLOGIE
Les antifongiques
- Substance antifongique ou antifungique (fongicide ou
fongistatique) = substance possédant la capacité de tuer ou
de limiter la prolifération des champignons microscopiques.

- Ces molécules sont synthétiques et d’origine naturelle.

- Traitement des mycoses souvent plus difficile que celui des

infections bactériennes.
Raison principale: cellules des mycètes sont très proches des
cellules humaines ou animales et que les produits qui leur sont
toxiques le sont aussi pour les cellules de leur hôte .

- Traitement mycoses superficielles: des dérivés de l'imidazole.

- Traitement mycoses profondes: griséofulvine ou la nystatine

LES VIRUS
Définition
- Selon Luria : « ce sont des entités dont le génome est un
élément d’acide nucléique, acide désoxyribonucléique (ADN)
ou acide ribonucléique (ARN), qui se reproduisent à l’intérieur
de cellules vivantes et qui utilisent le mécanisme synthétique
de ces cellules pour diriger la synthèse de particules
spécialisées (les virions) qui contiennent le génome viral et le
transfèrent à d’autres cellules ».

- Ce sont des acaryotes, ce ne sont pas des cellules.

- une structure beaucoup plus simple que la cellule eucaryote

ou procaryote.

- Ne peuvent se multiplier qu’à l’intérieur des cellules qu’ils

infectent, en détournant à leur profit, grâce à l’information
génétique portée par leur génome, les systèmes cellulaires
LES VIRUS
Structure
- un acide nucléique (ADN ou ARN) porteur de l’information
génétique ;

- une structure protéique, la capside qui protège l’acide

nucléique ; l’ensemble acide nucléique-capside est appelé
nucléocapside.

- parfois d’une enveloppe

LES VIRUS
Structure

 Le génome
-Un virus comporte toujours un génome qui est de l’ADN ou de
ARN, de sorte que dans la classification des virus on distingue
en premier lieu virus à DNA et virus à RNA.

-Ce génome peut-être monocaténaire (simple brin) ou

bicaténaire (double brin).
LES VIRUS
Structure
 La capside
-structure protéique qui protège le génome.

-selon les virus, deux types de nucléocapsides:

• nucléocapside tubulaire ou hélicoïdale
LES VIRUS
Structure
 La capside
• nucléocapside
polyèdrique (icosaèdre)
LES VIRUS
Classification des virus

Elle se fait selon :

- les cellules infectées : animaux, plantes, insectes,
champignons, bactéries

- leur structure : virus nus ou enveloppés

- leur mode de reproduction (réplication) : réplication

cytoplasmique ou nucléaire, retrovirus

- leur matériel génétique : ARN ou ADN

- les maladies associées ou leur mode de transmission : virus

des hépatites, virus transmis par les arthropodes (Arbovirus).
LES VIRUS
Classification des virus
LES VIRUS
Les Antiviraux

 Agents physiques
La chaleur
La dessiccation (les virus y sont très sensibles sauf virus
de la variole, présent dans les croûtes).
Les ultraviolets (inactivation)

 Agents chimiques
- Les oxydants comme l’eau de Javel
- La bêta-propiolactone est utilisée pour préparer des
vaccins inactivés
- Solvants des lipides (éther, désoxycholate de sodium).