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Cours pour les étudiants de 2 année
Préparé par Dr. KHADIR Abdelmounaim
Introduction
Le monde microbien :
La microbiologie est une sous-discipline de la biologie basée sur l’étude des microorganismes (microbes) et
leurs interactions entre eux et avec environnement. Les micro-organismes sont des êtres vivants de trop
petite taille pour être vus à l’œil nu et qui nécessitent d’être examinés au microscope ; on a les virus,
bactéries, algues, champignons (levures et moisissures) et protozoaires. Les microbes sont présent
partout ; dans l’air, sol, eau des lacs et des océans ect., certains colonisent le corps humain et des animaux,
d’ailleurs Le nombre total de bactéries qui colonisent notre peau et nos muqueuses est 10 fois supérieur au
nombre des cellules de notre corps.
La majorité des microorganismes sont unicellulaires et certains sont pluricellulaires (cyanobactéries) alors
que d’autres sont acellulaire tel que les virus (ne sont pas des cellules).
La microbiologie s’intéresse à étudier leurs morphologies, structure, réactions biochimiques, génome,
physiologie, et les infections causé par ces microorganismes ect.
La grande partie des microbes jouent un rôle important dans la nature et pour la vie des êtres vivants, dans
certains cas les microbes sont bénéfiques par exemple ; la présence de certains de ces microbes est
indispensable pour le corps humain. Dans d’autres cas les microbes sont inertes ni bénéfiques ni nuisibles
alors que une petite partie de microbes sont dit pathogène c’est-à-dire provoque des maladies chez l’être
humain et les animaux.
L’étude des microbes permet d’augmenter les connaissances de ce monde microscopique et aussi les utiliser
à des fins thérapeutique, industrielle et écologique mais aussi pour mieux lutter contre ceux qui sont
pathogène pour l’homme et les animaux.
1- Historique
2 Cellule procaryote
On considère habituellement qu'il y a deux grands types de procaryotes : Les Archéobactéries ; c’est les
bactéries les plus ancienne et ils sont caradtérisé par leurs aptitudes à vivre dans des environnement
extrèmes. Les eubactéries ; sont les microorganismes les plus communes.
2-1 Morphologie de la cellule bactérienne
Les bactéries sont des organismes unicellulaires de formes variées.
bactéries de forme arrondies ou cocci, isolées, en chaînette, en amas (nombre variable de cellules) :
Staphylocoques, Streptocoques …
bactéries de forme allongée ou bacille, isolée, en chaînette ou en amas, de longueur et de diamètre
variables : E.coli, Salmonella, Bacillus.
bactéries de forme spiralée : spirilles ou spirochètes, comme Treponema.
un groupe particulier de bactéries de forme filamenteuse se rapprochant des moisissures : les
Actinomycètes.
2-2 Mode de regroupement (Associations cellulaires) : une espèce bactérienne peut apparaître sous
forme de cellules isolées séparées ou en groupements caractéristiques variables selon les espèces :
association par paires (diplocoques ou diplobacilles), en amas réguliers tel que la forme en grappe de
raisin exemple ; les staphylocoques, en chaînette tel que les streptocoques, par quatre (tétrades) exemple
les microcoques.
2-3 La structure cellulaire de la bactérie
Chez les bactéries, on distingue des structures obligatoires, présentes chez toutes les bactéries et des
structures dont la présence est facultative et caractérisent certains groupes bactériens. Concernant les
structures obligatoires, on trouve le cytoplasme, généralement constitué d'un hyaloplasme où baignent
essentiellement des ribosomes et parfois des éléments supplémentaires comme les substances de réserve.
Dans le cytoplasme, on trouve l’appareil nucléaire diffus non entouré par une membrane. La membrane
cytoplasmique qui entoure le cytoplasme possède deux feuillets phospholipidiques contenant des protéines.
Au dessus de la membrane cytoplasmique, on trouve la paroi (sauf chez les mycoplasmes) qui forme une
enveloppe rigide. Les structures facultatives, quant à elles, peuvent être des polymères de surface comme la
capsule, des appendices comme les flagelles et les pili ou des structures génétiques comme les plasmides
(molécules d'ADN extrachromosomiques). Les endospores caractérisent quelques genres bactériens
(Bacillus et Clostridium); elles ne sont élaborées que lorsque les conditions de vie deviennent défavorables.
La paroi est une enveloppe rigide assurant l’intégrité des bactéries donc responsable de la forme de la
cellule. Malgré la forte pression osmotique (5 à 20 atmosphères) qui règne à l'intérieur du cytoplasme
bactérien, la bactérie n'éclate pas grâce à l'existence d'une structure rigide, appelée paroi, de nature
polymérique. Les polymères et leur mode de liaison varient selon les espèces bactériennes. Toutefois, une
substance de base, spécifique des bactéries, est partout présente : c'est la muréine, appelée encore
peptidoglycane. Chez certains Archéobactéries tel que les méthanogène la paroi est constitué de pseudo-
peptidoglycane
2-4. la paroi
Chez les bactéries à Gram positif, la paroi est caractérisée par la présence d’une épaisse couche de
peptidoglycane qui entoure la membrane cytoplasmique et qui se retrouve en contact direct avec le milieu
extérieur. Cette couche atteint une épaisseur comprise entre 20 et 50 nm et peut représenter jusqu’à 50% de
la paroi.
La paroi des bactéries à Gram positifs contiennent également les acides teichoiques qui sont liés de façon
covalente avec le groupement « 6-hydroxyle de l’acide muramique ».
Chez les bactéries à Gram négatif, la couche de peptidoglycane est beaucoup plus fine, avec une épaisseur
comprise entre 3 et 6 nm elle erprésente 10 à 20% de la paroi bactérienne et elle est située dans l’espace
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périplasmique, entre la membrane cytoplasmique et la membrane externe. Les acides teichoiques n’existent
pas chez les bactéries à Gram négatif
Le peptidoglycane c’est un polymère continu localisé à la périphérie de la membrane plasmique
Les corynébactéries et les mycobactéries présentent une paroi atypique dont certains aspects sont
communs à la fois aux bactéries à Gram positif et aux bactéries à Gram négatif.
Ainsi, leur membrane cytoplasmique est entourée par une couche de peptidoglycane liée de façon covalente
par des liaisons phosphodiester à un polymère d’arabinogalactane, de plus ches les mycobactéries, l’acide
muramique est glycolylé au niveau de sa fonction amine.
On a comme exemple la bactérie ;Corynebacterium diphtheriae responsable de la diphtérie et aussi la
bactérie Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch) responsable de la tuberculose.
2-4-1. Structure et fonction du peptidoglycane
Le peptidoglycane est un hétéropolymère constitué de longues chaînes de sucres reliées entre elles par de
courts peptides. La partie osidique est composée d’une alternance d’acide N-acétylmuramique (NAM) et de
Nacétylglucosamine (NAG) reliés par des liaisons β-(1→4) formant ainsi un plymère linéaire « un
glycane ».
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Les bactéries à Gram négatif ont en plus du peptidoglycane une membrane externe avec une structure
semblable à la membrane plasmique avec des lipides et des protéines prédominant et aussi des
polysaccharides orientés vers l’extérieur.
Le feuillets externe est le point de fixation du lipide A qui est lié avec un polysaccharide « O » , le
complexe lipide A- polysaccharide est appelé « lipopolysaccharide » ou LPS ce complexe est une
endotoxine du fait de sa toxicité. Exemple l’endotoxine LPS de Yersinia pestis agent de la peste mortelle.
Remarque : En général il n'y a pas ou peu de protéines dans la paroi des bactéries à Gram positif. Parmi les
exceptions, notons la protéine A de Staphylococcus aureus.
En 1884, un médecin danois, Christian GRAM a fait la distinction entre deux types de bactéries: Gram+ et
Gram-. Ceci a été possible après avoir coloré un frottis bactérien
Christian GRAM
Etapes de la coloration de Gram : 1853 /1938
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1. Coloration des bactéries par le violet de Gentiane ( 1 minute)
2. Addition d'une solution de lugol (solution iodo-iodurée, de mordançage) ( 1 minute).
3. Traitement par l'alcool ou un mélange alcool + acétone (étape rapide 5 à 10 secondes).
4. Coloration des bactéries par la fuchsine ( 1 minute)
Après la troisième étape, certaines bactéries restent colorées en violet, elles sont dites Gram+ ; d'autres se
décolorent, elles sont dites Gram- et ils se colorent par la fuchsine.
3. La membrane plasmique
Elle possède le même type de structure que celle d’une cellule eucaryote (bicouche phospholipidique) mais avec
beaucoup moins de glucides et jamais de stérols (sauf chez les mycoplasmes). Donc elle a le modèle de mosaïque
fluide.
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Les protéines membranaires participent dans le transport des substances à travers la membrane plasmique.
On distingue 2 grands types de transport :
Le transport passif : il se fait dans le sens du gradient de concentration et ne nécessite pas d’énergie.
Le transport actif : il se fait en sens inverse du gradient de concentration des molécules, ce qui
nécessite l’utilisation d’énergie (généralement fournie sous forme d’ATP)
La membrane plasmique contient les enzymes de la chaine respiratoire, les déshydrogénases et les
coenzymes associés : NAD+, FAD, cytochromes, cytochrome oxydase. Donc c’est le lieu de l’élaboration
de l’énergie sous forme d’ATP
3-1. Fonctions de la membrane plasmique
Rôle de barrière semi-perméable (ou semi sélective): elle permet le passage de molécules lipophiles et
empêche le passage des molécules hydrophiles.
Site de fixation des flagelles
Possède des protéines membranaires ayant pour rôles :
Enzymes responsables de la biosynthèse et de l’excrétion dans l’espace périplasmique de
molécules nécessaires à la synthèse de la paroi.
Des Enzymes de la chaîne respiratoire permettant la synthèse d’ATP et celles de la
photosynthèse.
Enfin, des transporteurs de diverses molécules (ions, sucres, …) dans les 2 sens.
détection des signaux et de composés présents dans le milieu environnant grâce à la présence de
protéines transmembranaires du chimiotactisme ; Ceci, permet aux bactéries dotées de flagelles, de
nager vers les endroits les plus riches en nutriments, ou bien, de s’éloigner des endroits
défavorables comme ceux qui contiennent des substances toxiques.
4. Le cytoplasme :
Délimité par la membrane cytoplasmique. C’est un sorte de gel à pH neutre contenant de l’eau et :
Des ribosomes: qui interviennent dans la synthèse des protéines. Sont associés sur l’ARNm sous
forme de polysomes.
Des substances de réserve = inclusions cytoplasmiques : en général, chaque groupe de bactéries
synthétise une seule catégorie de substances de réserve qui forment des agrégats, parfois de grande
taille. Cela peut être des glucides (amidon et glycogène), des lipides (poly-hydroxy-butyrate), du
polyphosphate, et parfois des minéraux (fer, soufre).
Des organites spécialisés : On trouve des chromatophores (organites spécialisés dans la
photosynthèse exemple chez Les cyanobactéries).
des vacuoles à gaz (permettant aux bactéries aquatiques de flotter à la surface de l’eau).
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5. Le chromosome bactérien
5-1. Morphologie et structure : La majorité des bactéries possèdent un chromosome unique,
circulaire. Par contre, Vibrio cholerae en possède deux, un grand de 2,9 millions de bases et un petit de 1
million de bases.
ADN bactérien est associé à des protéines notamment des topoisomérases qui interviennent dans le
repliement de la molécule d’ADN, par contre on ne trouve pas d’histones comme chez les eucaryotes. On
trouve par contre des polyamines analogues aux histones, tel que la protéine II, riche en Arginine.
Composition :
L’ADN ou acide désoxyribonucléique est un polymère de PM élevé, composé d’unités appelées nucléotides.
Nucléotide : « Groupement phosphoré + sucre à 5 atomes + une base purique ou pyrimidique ».
Bases puriques : Adénine A et Guanine G
Bases pyrimidiques : Cytosine C et Thymine T
Le sucre : Désoxyribose
Le groupement phosphoré : est un phosphate diester.
Le rapport (A+T)/G+C) mieux connu sous le nom de coefficient de Chargaff varie selon les espèces. On
l’exprime en GC%. Exemple : GC% est de 50% chez E.coli 60% chez Pseudomonas, 25 à 45% chez
Clostridium. Ce rapport est utilisé comme paramètre pour la Systématique ou taxonomie bactérienne.
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Ce sont des molécules d’ADN bicaténaire, généralement circulaires, mais il en existe des linéaires
Parfois ils s’intègrent dans le chromosome et on les appelle des épisomes, Ils sont transmissibles aux cours
des générations mais pas de façon équitable comme pour le chromosome. La perte d’un plasmide est dite
curage.
Les plasmides sont généralement de petite taille, (1 kb à 400 kb), 1/100 du chromosome bactérien. Ils
portent très peu de gènes, moins de 30. « kilobase (kb) est une unité de mesure en biologie
moléculaire représentant une longueur de 1 000 paires de bases d'ADN bicaténaire ou de 1 000 bases
d'ARN »
Le plasmide peut se répliquer selon deux modèles ; La réplication de type Theta θ, uni ou bidirectionnelle,
à partir d’une origine de réplication en utilisant l’équipement enzymatique de la bactérie hôte.
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5-4. Les Plasmides sont classés selon leur fonction et leur propagation :
plasmides conjugatifs : ils portent le gène responsable de la synthèse des pili sexuels, nécessaires à la
conjugaison
Des plasmides R (facteurs de résistances) : ils permettent aux bactéries de résister aux antibiotiques.
plasmides Col qui codent pour des protéines dites bactériocines, telle que la colicine d’E.coli .
plasmides de virulence qui codent pour des toxines responsables des symptômes causés par des bactéries
pathogènes.
Plasmides métaboliques qui codent pour des enzymes capables de cataboliser des molécules complexes
6- Pili ou fimbriae :
En latin, fimbriae :, signifie filament ». Tandis que Pili en latin signifie cheveu. C’est un appendice court
(de l’ordre de 1μm), creux, rigide, composé de protéines disposées en hélice. Il est largement retrouvé en
grand nombre autour du corps bactérien (1000) chez les Gram négatives et exceptionnellement chez les
Gram positives. Le gène pili est porté par un plasmide conjugatif.
Il existe quatre types de Pili A ce jour on distingue 4 types de Pili (I, II III et IV). parmi lesquels les pili
sexuels (II ) sont plus longs et plus épais , (10 μm, 9 nm respectivement) et moins nombreux (1 à 4 par
cellule).
Les fimbriae de type I, III, jouent un rôle dans l’adhésion des bactéries aux différents supports vivant ou
non. Ils favorisent la formation de biofilm.
Les fimbriae de type IV, retrouvés par exemple chez Pseudomonas aeruginosa , en plus de l’attachement,
ils sont impliqués dans un autre mode de mobilité, dite saccadée. On les retrouve au niveau des pôles des
cellules bactériennes. Les fimbriae IV se contractent et se rétractent comme un ressort, pour permettre la
mobilité de la bactérie.
Le pili sexuel ou de type II: Il a un rôle dans la conjugaison bactérienne (un des 3 modes de transfert de
matériel génétique d’une bactérie à une autre).
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Remarque : Dans l’environnement naturelle, Les bactéries peuvent adopter deux modes de vie radicalement
différents, soit celui à l’état planctonique ou libre dans lequel les organismes isolés flottent dans leur
environnement naturelle soit dans un état biofilm ou sessile où les bactéries sont attachées à des surfaces
solides et vivent en communauté.
7. La capsule :
Certaines bactéries possèdent des structures entourant la paroi sous forme de couches; On distingue en
réalité 3 types de couches,, et selon les bactéries : les capsules, Les gaines, et Les couches muqueuses.
La capsule, elle est bien organisée, bien définie et elle est difficilement détachable de la bactérie. Ce sont
des facteurs de virulences qui augmentent la faculté d’une bactérie de provoquer une maladie Exemple
Streptococcus pneumoniae qui provoque la pneumonie su fait que la capsule protège cette bactérie contre la
phagocytose des macrophages.
Les capsules sont composées de polysaccharides homopolymères; les dextranes (polymère de glucose)
les levanes (polymère de fructose). Ou de de polysaccharides hétéropolymères comme le polymère
composé de glucose et de l’acide glucuronique qui constitue la capsule de Streptococcus. Les capsules
peuvent être composées de polypeptides exemple ; unités répétées de l’acide D-glutamique. On peut
observer la capsule grâce à la Coloration à l’encre de chine ou le fond de la bactérie apparait noir et la
capsule apparait transparente.
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Coloration à l’encre de chine de la capsule
7-2. Les gaines: Ce sont des couches externes denses, rigides et facilement discernables par microscopie
électronique, Se trouvent chez les bactéries vivant dans les eaux courantes et les rivières et sert à les
protéger des turbulences.
7-3. Les couches muqueuses ; sont constitué de polysaccharides d’arabinose de glucose de mannose et
de xylose. Ces couches sont utilisées pour certain bactérie appartenant au genre Cytophaga et
Flavobacterium pour réaliser un mouvement de glissement « Gliding » lorsque ces microorganismes sont
en contact avec un milieu solide.
8- Les Flagelles :
Les flagelles sont des organes locomoteurs spécialisés. Ils sont très rares chez les coques, ce sont Longues
appendices flexibles de diamètre entre 5 et 10 nm et de longueur entre 5 et 20 µm.
Mise en évidence au laboratoire : on peut savoir la présence des flagelles par la détection de la mobilité en
faisant un état frais sur lame.On peut également faire un test de mobilité grâce au milieu mannitol mobilité.
Toutefois l’observation directe des flagelles se fait par la Coloration de Rhodes, cette dernière permet leur
observation par la microscopie optique du fait de leur épaississement par le colorant de Rhodes.
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8-1. Structure des flagelles :
Les flagelles sont constitués des éléments suivants :
Le filament C’est un cylindre creux constitué d’une seule protéine multimérique : la flagelline
Le corpuscule basal : Enfoui dans la cellule, il insère le flagelle dans le corps cellulaire.
Le crochet : Il lie le filament au corpuscule basal. Il est constitué de la flagelline mais ne possède pas
le même pas d’hélice, ce qui permet la formation d’un coude.
Le crochet est plus court que le filament, mais plus large. Très flexible, il permet d’induire le
mouvement de la bactérie.
Les flagelles peuvent être inséré de plusieurs manière dans la bactérie, la figure ci-dessous montre les types
flagellaires et les modes d’insertion :
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8-2. Mouvement du flagelle :
Il existe deux types de mouvements du flagelle permettant ainsi des mobilités caractéristiques :
1 : Dans le sens inverse des aiguilles d’une montre, la bactérie avance en tournant légèrement sur elle-
même exemple chimiotactisme positif
2 : Dans le sens des aiguilles d’une montre, la bactérie culbute et change alors de direction pour repartir en
avant avec les flagelles tournant. Exemple chimiotactisme négatif.
Fonctions du flagelle
Rôle antigénique: Les antigènes flagellaires (Ag H) déterminent différents sérotypes (exemple :
sérotypage des Salmonella).
Fixation des bactériophages
Le chimiotactisme : Certaines substances attirent les bactéries mobiles, d’autres les repoussent.
9- La spore
Ce sont des structures de résistance formées par certaines bactéries lorsque les conditions deviennent
défavorables. Elle permet aux bactéries sporulantes de survivre dans des conditions difficiles et extrêmes de
l’environnement.
Les genres bactériens les plus connues qui forment des endospores sont Bacillus, Clostridium, Sporosarcina.
Ce sont toutes des bactéries Gram (+). D’autres genres sont capables également de sporuler.
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9-4. Le cycle sporal
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L’activation : correspondant à une lésion des enveloppes sporales par des agents physiques (choc
thermique) ou chimiques (acides, lysozyme) ou mécaniques (abrasion, choc).
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La stérilisation
La stérilisation est l'opération qui consiste à éliminer les micro-organismes d'un objet, et ce de
manière durable. En microbiologie, le but de la stérilisation est d'une part de maîtriser les
micro-organismes introduits dans le milieu d'étude, et d'autre part d'éviter la contamination du
milieu extérieur et des personnes. Il existe deux grands moyens de Stérilisation :
I. La chaleur
II. La filtration
I. La stérilisation par la chaleur
La chaleur détruit les bactéries et les spores. On distingue les procédés à chaleur « sèche » ou
« humide ».
1. Chaleur sèche :
a. Flambage : Le passage dans la flamme (bec BUNSEN) de la surface de matériel non
inflammable assure une bonne stérilisation. On stérilise de cette façon les fils de platine et les
pipettes Pasteur.
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(saccharose, raffinose, cellulose...etc.) ou polymère de sucres amines (chitine). Les glucides sont
ajoutes en général a raison de 10g/L de milieu de culture. Certaines batteries peuvent utiliser plusieurs
sources de carbone alors que d'autres sont extrêmement limitées comme Pseudomonoas methanica qui
ne peut utiliser que le méthane ou le méthanol comme source de carbone. Les substances carbonées
jouent également le rôle de source énergétique. Leur dégradation libère de l'énergie que la bactérie
utilise pour ses propres synthèses.
3 - La source d'azote : Pour leurs protéines qui représentent environ 10% de leur poids sec, les
batteries ont besoin de substances azotées.
L'azote peut être utilise:
3.1 - Sous sa forme moléculaire N2: cas des batteries fixatrices d'azote telles que Azotobacter (fixation
libres d'azote dans le sol) et Rhizobium (fixateur symbiotique des plantes). 3.2. Sous une forme
inorganique - Nitrites (NO2)—► Nitrobacter - Nitrates(NO3) NaNO3 ou KNO3: cas de beaucoup de
batteries. - Sels d'ammonium (NH+4) NH4CI 3.3 - Sous forme organique plus ou même complexe
Sous forme d'acides aminés, protéines, sucres amines ... etc.
4. Facteur de croissance :
Les facteurs de croissance sont des composés organiques spécifiques de relativement faible poids
moléculaire qui doivent être présents dans le milieu de culture des microorganismes qui ne peuvent
pas les synthétiser. Les substances qui servent généralement de facteurs de croissance sont certains
acides aminés, des purines ou des pyrimidines et des vitamines.
5- Types trophiques
Selon le mode de vie des batteries, selon leurs besoins élémentaires et énergétiques, on distingue
divers types physiologiques appelés types trophiques. Ces types sont fondés sur la nature de la source
d'énergie, sur la nature de la source de carbone et sur la nature de l'accepteur final d'électrons aux tours
des réactions d'oxydoréductions. Les types trophiques ont un intérêt primordial dans la classification
bactérienne.
5-A - Source de carbone
II existe 2 types trophiques importants représentés par l'autotrophie et l'hétérotrophie .
5-A -1 – L’autotrophie: les bactéries sont dites autotrophes lorsqu'elles sont capables de se
développer en milieu inorganique contenant le CO2 comme seule source de carbone (ou encore les
sets de CO, tel que le CaCO3). La source de carbone est de nature minérale. On distingue des
batteries:
➢ Autotrophes strictes: comme exemple, la plupart des bactéries photosynthétiques, les bactéries
nitrifiantes du genre Nitromonas et certaines bactéries sulfureuses du genre Thiobacillus.
➢Autotrophes facultatives: bactéries utilisant soit le CO2, soit une source de carbone organique.
Comme exemple, les bactéries du genre Hydrogenomonas qui tirent leur énergie à partir de
l'hydrogène, et celles du genre Pseudomonas.
5-A -2 – Hétérotrophie: les bactéries sont dites hétérotrophes lorsque la source de carbone
assimilable est obligatoirement un composé organique. La majeure partie des bactéries sont
hétérotrophe.
On distingue 2 sous-groupes:
* Les bactéries nécessitant une seule source de carbone organique sont dites "Prototrophes".
* Les bactéries nécessitant plusieurs sources de carbone organique sont dites "Auxotrophes".
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- Les prototrophes: ces bactéries ont besoin d'une source de carbone organique. Elles peuvent se
développer sur un milieu minimum, c'est à dire un milieu qui apporte tous les éléments dont les
bactéries ont besoin sous forme de sels minéraux. II suffit d'ajouter une source d'azote et une seule
source de carbone comme par exemple le glucose (b bactéries prototrophes pour le glucose).
- Les auxotrophes: ce sont des batteries dépourvues d'un ou de plusieurs systèmes enzymatiques
intervenant dans la synthèse de métabolites essentiels (acides aminés ou acides nucléiques). II faut leur
apporter dans le milieu de culture les métabolites qu'elles ne peuvent pas les synthétiser. Parmi les
bactéries auxotrophes, on retrouve plusieurs bactéries pathogènes.
Exemple de bactéries auxotrophes: quelques espèces du genre Lactobacillus exigent environ 18
vitamines et 19 acides aminés pour se développer.
6. Paramètres physico-chimiques (température, pH, O 2 , aW influant la croissance microbienne :
Les nutriments constitutifs ou énergétiques nécessaires à un micro-organisme pour son développement
doivent lui être apportés dans certaines conditions d’environnement, Certaines conditions
environnementales (paramètres physico-chimiques) influencent la croissance des micro-organismes.
Parmi celles-ci figurent le pH (acidité et alcalinité), la température, la présence d’O2, de CO2, la
disponibilité de l’eau (Aw Activity of Water).La plupart des micro-organismes tolèrent une gamme de
pH permettant la croissance.
6.1 La température.
Elle influence profondément la multiplication et le métabolisme bactérien (action sur la vitesse des
réactions biochimiques). Selon la température optimale de développement, on distingue 3 catégories
de micro-organismes :
T°c optimum Dénomination Exemples et remarques
< 0°C Les cryophiles
0°C - 15°C, Les psychrophiles : Très répandues dans les
(psychros = froid) milieux naturels, ce sont
surtout des bacilles gram –
asporulés ( Pseudomonas,
Aeromonas, Acinetobacter,
levures et moisissures )
Conséquence : prolifération
dans des aliments si la chaîne
du froid n’est pas respectée
(stockage, congélation –
décongélation, …).
Croissance entre 20°C et Les mésophiles : (méso = Exemples :
45°C milieu, centre) - bactéries commensales de
avec un optimum entre l’homme et des animaux, et
30°C et 37°C toutes les bactéries
pathogènes.
- bactéries saprophytes
responsables de la dégradation
de la matière organique.
45°C et 55°C- Les thermophiles : Exemples : surtout Bacillus et
70°C certains atteignent (thermo = chaud) Clostridium qui se rencontrent
110°C à peu près partout. De même,
les bactéries peuvent être
distinguées selon leur aptitude
à croître en fonction de la
3
température.
> à 70°C hyperthermophiles
6.3. pH :
Le pH (concentration en ion hydrogène [H+]) de l'environnement varie entre 0,5 (sols acides)
et 10,5 (eaux alcalines des lacs).Le pH optimal de croissance de beaucoup de bactéries est
proche de la neutralité (pH 7). Le pH joue un rôle important au niveau :
- de la production d’énergie par la chaîne respiratoire : gradient de pH
- de la perméabilité membranaire et des échanges
- activité métabolique : activité des enzymes est sensible aux variations de pH
On distingue 3 catégories de micro-organismes :
Dénomination Se développent à Exemples et remarques
acidophiles pH acide (3 < pH< 6) Exemples : Lactobacillus, ou Thermophilus
thiooxydans est capable de se développer à pH
=0
neutrophiles 6,5 < pH < 7,5 Exemple : E coli, etc.
basophiles alcal Se développent à pH Exemple : genre Vibrio
inophiles voisin de 9
AW signifie « Activity of Water » estime la part de l’eau libre dans un produit, c’est à dire
disponible par exemple pour la croissance de micro-organismes. Plus l’Aw est élevée, plus il y a d’eau
disponible pour le développement de ces micro-organisme
L’eau biologiquement disponible ou Aw joue deux rôles : C’est le solvant des molécules organiques
et inorganiques et l’eau intervient dans les réactions enzymatiques comme réactif (réaction
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d’hydrolyse). On définit l’Aw : Activity of Water pour quantifier l’eau biologiquement disponible
pour les bactéries. La mesure de Aw est entre 0 et 1 ; 0 < Aw < 1
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La technique d'épifluorescence : Elle distingue les cellules vivantes des cellules mortes. Elle
utilise l'acridine orange, un colorant qui se fixe sur l'ADN. En microscopie sous UV, les
bactéries vivantes apparaissent vertes alors que les bactéries mortes apparaissent rouges.
La mesure de la turbidimétrie : Plus une bactérie pousse dans un liquide plus ce dernier
devient trouble. On utilise un spectrophotomètre (La mesure de la densité optique) pour
mesurer cette turbidimétrie.C’est la technique la plus simple, la plus rapide et la plus
utilisée
Mesure de la biomasse : De très nombreuses techniques permettent de mesurer la
biomasse : détermination du poids sec, mesure d'un ou de plusieurs constituants
cellulaires, mesure de la consommation d'un substrat, mesure des produits d'excrétion ect..
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7.3 Courbe de la croissance :
Dans une culture discontinue ou les nutriments s’épuisent avec le temps, la croissance suit une courbe
à 05 phases. La phase de latence, la phase de croissance exponentielle, La phase de ralentissement, la
phase stationnaire et la phase de déclin.
La phase de latence : Le taux de croissance (k) est égal à zéro. Les bactéries ne se divisent pas, mais
s’adaptent aux conditions de leur milieu environnemental. Elles synthétisent les enzymes nécessaires
spécifiques des substrats (nutriments) présents. Si on inocule le même milieu avec des bactéries
prélevées en phase exponentielle, il n’y aura pas de pas de latence.
La phase de croissance exponentielle : Les cellules bactériennes se divisent sans arrêt, tant que les
nutriments sont disponibles et les substances toxiques absentes et le pH est optimal. Le taux de
croissance (k) est maximal. L’état physiologique est maximal également.
La phase stationnaire : Lorsque la culture est faite dans un flacon ou un tube, à un moment donné,
les nutriments s’épuisent, les produits toxiques s’accumulent et le pH change. Le nombre de cellules
ne varie plus. Il y a autant de division que de mort cellulaire.
• Désinfection Elle peut concerner le matériel, le sol, les mains… C’est une opération permettant
l’élimination momentanée de microorganismes et l’inactivation des virus. Les désinfectants sont des
agents généralement chimiques, n’assurant pas forcément la stérilisation complète d’un objet.
• Antisepsie Opération permettant l’inhibition ou la destruction de micro-organismes pathogènes au
niveau de tissus vivants. En principe, on doit réserver le terme "désinfection" aux milieux inertes et
"antisepsie" aux tissus vivants. Les antiseptiques sont moins toxiques que les désinfectants, mais leur
utilisation reste externe.
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• Décontamination Processus réduisant la population microbienne à des niveaux considérés sans
danger par les normes de la santé publique. •
Asepsie Ensemble des mesures empêchant tout apport exogène de microorganismes. La stérilisation,
la désinfection et la décontamination sont des moyens de réaliser l’asepsie.
• Type d’action Une substance est dite bactériostatique (ou fongistatique) si elle possède la propriété
d’inhiber momentanément la multiplication des bactéries (ou des champignons). Une substance est
dite bactéricide (ou fongicide) si elle détruit totalement les bactéries (ou les champignons). • Spectre
d’activité Il s’agit de la liste des espèces vis-à-vis desquelles un agent exerce son pouvoir bactéricide
ou bactériostatique. Si les désinfectants et les antiseptiques ont un spectre très large, les antibiotiques
ont un spectre beaucoup plus étroit. Par exemple la pénicilline G n’agit que sur les bactéries à Gram
positif.
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10. La mycologie
Définition:
La mycologie est la science qui étudie les champignons (du grec "mukes"=champignon et "logos"= étude,
science).
Les champignons constituent un ensemble très diversifié que l’on estime bien que les chiffres soient
approximatifs a environ un million d’espèces. Leur origine est ancienne, ils sont connus depuis l’ère
primaire et leur filiation est discutée. Longtemps classé avec les végétaux, ils sont actuellement considérés
comme une lignée à part, distincte à la fois des animaux et des végétaux, par des caractéristiques
biochimiques bien distinctes des végétaux on cite par exemple la synthèse fréquente de chitine au lieu de
cellulose.
Les mycètes microscopiques ou micromycètes désignent les champignons microscopiques regroupant les
levures et les champignons filamenteux. Ce sont des microorganismes eucaryotes, hétérotrophe, non
photosynthétique, caractérisés par la présence d’une membrane nucléaire et de mitochondries. Ils sont
ubiquitaires et très répandus dans la nature. Les moisissures se trouvent dans les endroits obscurs, humides
et mal aérés, le plus souvent entre 10 et 30°C. On les rencontre à la surface du sol, dans les salles de bain, les
cuisines, sur les tapisseries, mais aussi sur les fruits, les légumes et tous les végétaux en décomposition, le
fromage, le pain, les plantes d’intérieur, les aquariums, les vêtements et chaussures en cuir, etc .
Cellule mycélienne
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10-2. physiologie des champignons :
La majorité des champignons filamenteux sont aérobie tandis que les levures regroupe des espèces
aérobie et des espèces qui tolère l’anaérobiose aussi bien que en présence d’oxygène. La majorité des
champignons microscopiques se développent à des températures de 10 C° jusqu’à 30C° et beaucoup
d’entre eux sont acidophile (tolèrent l’acidité).
Le mycélium est la partie végétative des champignons, Il est composé d'un ensemble d’hyphes, que l'on
trouve dans le sol ou le substrat de culture (aliments, surfaces contenant la matière organique, milieux de
culture de laboratoire...).
L’organisation tubulaire du mycélium résulte du fait que le protoplasme est canalisé dans des parois rigides
pourvues d’une charpente fibrillaire résistante qui s’oppose à l’élargissement. Cette paroi présente souvent,
notamment dans les formes évoluées, des composés particuliers, comme la chitine, qui forment des
microfibrilles se substituant à la cellulose. Les microfibrilles de chitine sont formées d’acétylglucosamine
polymérisée en chaînes non ramifiées.
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Les filaments des mycéliums sont dans certains cas perforés (cas des hyphes cloisonné), les solutions de
continuité entre cellules portent le nom de plasmodesmes.
Les levures ont été découvertes au 19ème siècle par Pasteur qui démontrera leur rôle dans la transformation
des sucres en alcools. Ce sont des microorganismes formés d'une seule cellule, sphérique, ovoïde ou
cylindrique, de taille très variable selon les espèces (diamètre de 4µm environ, voire plus), limitée par une
paroi constituée essentiellement de polysaccharides, de protéines, lipides, sels minéraux.
Ces cellules peuvent être isolées, en chaînettes, et peuvent être capsulées.
Les levures peuvent engendrer des filaments qui ne sont pas des hyphes et portent le nom de
pseudomycélium.
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10-6. Structure cellulaire de la levure :
Levure
Saccharomyces cerevisiae,
vue au microscope
électronique
Les champignons sont d'un grand intérêt pour l'homme dans plusieurs domaines d'activité :
En écologie, les champignons saprophytes participent au maintient de l'équilibre écologique en libérant dans
l'environnement, à partir de la matière qu'ils décomposent, du carbone et des sels minéraux.
En biotechnologie, les champignons tels que Ashbya gossypii, sont exploités dans la production de
vitamines A, B ou D. d’autres champignons sont utilisés dans la production des acides, des polysacharides,
des enzymes, des aromes ect.
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En agriculture, les champignons à l'instar de Beauveria bassiana sont utilisés dans la lutte biologique. Ce
champignon permet de lutter contre le doryphore dans la culture des pommes de terre ou contre une chenille
responsable de la pyrale du maïs.
Bien que les champignons soient exploités dans tous ces domaines, plusieurs sont des parasites des plantes,
des animaux et de l'homme.
11. La Virologie
11-1. Définitions :
Les Virus sont infectieux et potentiellement pathogènes Ce sont des entités nucléo-protéiques possédant un
seul type d’acide nucléique (ARN ou ADN) Se reproduisent dans la cellule hôte en utilisant leurs propres
matériel génétique et en utilisant le métabolisme et les constituants le la cellule hote pour se répliquer, les
virus sont incapables de croître et de se diviser sans infecter une cellule hôte (parasitisme intracellulaire
absolu ), Les virus sont donc totalement différents des bactéries ou des parasites, qui sont des cellules.
11-2. Découverte des virus : Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune ou la variole affectent
les humains depuis des siècles, cependant la cause de ces maladies n’était pas bien élicidé, À partir de 1859,
Pasteur mène une lutte contre les partisans de la « génération spontanée » et propose l’explication de la
dissémination des maladies par les agents infectieux, mais a cet époque les microorganismes et les virus
n’était pas encore connus.
Entre 1887 et 1892, le botaniste russe Dimitri Ivanovskiétudia une maladie végétale, la mosaïque du tabac,
et montra que la sève des plantes malades contenait un agent infectieux qui n’était pas retenu par les filtres
Chamberland . C’est le chimiste hollandais Martinus Beijerinck qui approfondit ces travaux et, en 1898,
écarta non seulement l’hypothèse bactérienne mais aussi l'hypothèse toxinique et il lui donna le nom de
Contagium vivum fluidum.
L’apparition de la microscopie électronique dans les années 1930 permit l’observation des virus, mais on ne
savait toujours pas à cette époque ce qu’ils étaient réellement. Le biochimiste américain Wendell
Stanley cristallisa le virus de la mosaïque du tabac sous forme de cristal protéique en 1935.il a reçu u prix
Nobel de chimie de 1946 pour ses travaux en chimie qui ont intiter la science de virologie.
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Nucléocapside polyédrique : Ce n’est pas n’importe quel polyèdre mais un ICOSAÈDRE : polyèdre
à 20 faces qui sont des triangles équilatéraux, et 12 sommets. Vu sous un certain angle, l’icosaèdre
présente un contour hexagonal.
Enveloppe ou péplos : D’un mot grec signifiant manteau, c’est l’élément le plus externe de certains virus,
Ce terme évoque une structure souple et, de fait, le péplos est une membrane, dérivée des membranes
cellulaires, cytoplasmique, golgienne, ou nucléaire selon les virus. En effet, les virus à péplos terminent leur
multiplication dans la cellule par bourgeonnement. Les Virus nus, ce sont des virus sans péplos, les
poliovirus par exemple. Les virus ayant un péplos sont plus fragiles aux conditions externes que les virus
nus.
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11-4. Multiplication des virus
11-4-1. Conditions de multiplication des virus
Se multiplier pour un être vivant, c’est reproduire un édifice fait d'un ensemble complexe et précisément
organisé de macromolécules. Pour réussir un tel édifice, il faut quatre sortes d'éléments.
1) Le plan de travail : c'est l'information génétique du virus contenue dans son génome et fondée sur la
séquence des bases de son ADN ou ARN.
2) La matière première : de petites molécules telles qu’acides aminés, acides gras, nucléotides.
Le virus n'a pas de réserves de petites molécules et n’a pas non plus de système, même primitif, qui lui
permettrait de puiser ces composants dans le milieu extérieur.
3) L'énergie : c'est l'énergie libérée par hydrolyse de composés tels que l'ATP. Le virus n'a pas de réserve
d'ATP ni les moyens d'en constituer ; il n’a aucune source d’énergie propre.
4) Les accélérateurs biologiques « les enzymes » :
Sans enzymes, les assemblages ne se feraient pas ou si lentement que les édifices biologiques seraient
détruits durant leur construction.
Les virus n'ont pas les chaînes enzymatiques des grandes voies de synthèse biologique.
Un virus est donc incapable par lui-même de synthétiser un autre virus, alors qu'une bactérie est capable de
produire une autre bactérie. Pour se multiplier, un virus n'a que son génome et doit l’introduire dans un
endroit où se trouvent des sources de matière première, des sources d'énergie, des enzymes : l'intérieur d'une
cellule vivante. C'est donc la cellule infectée qui va fabriquer de nouveaux virus, selon un procédé de
biosynthèse que l'on appelle réplication.*
L’attachement :
Le cycle viral commence par l'attachement de la surface virale à la surface cellulaire. Il se fait par des
protéines de la capside pour les virus nus, par des glycoprotéines de l’enveloppe pour les virus enveloppés.
Pénétration :
Le virus pénètre à l'intérieur de la cellule. Pour les virus nus, cela survient essentiellement par un processus
d’endocytose. Pour les virus enveloppés, cela s’effectue par endocytose ou directement par fusion entre
l'enveloppe virale et la membrane cytoplasmique, processus dénommé fusion-lyse.
Décapsidation :
Les structures virales sont ensuite dégradées, à l'exception du génome qui, débarrassé de la capside, se
trouve libéré dans la cellule. Il est nécessaire que la capside soit détruite, ou au moins très remaniée, pour
que le génome puisse interagir avec la machinerie cellulaire.
Réplication
Le génome viral libéré commence sa réplication en utilisant la machinerie cellulaire et en produisant des
copies (répliques) du génome viral, des protéines virales des capsides, des glycoprotéines et aussi des
enveloppes (péplos) pour les virus enveloppés.
Transcription :
Après multiplication du génome virale, commence l’étape de transcription de l’ARNm permettant ainsi de
fabriquer les enzymes nécessaire pour la multiplication du virus et des protéines qui vont servir a la
fabrications des capsides virales.
Assemblage
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Les nouveaux génomes fabriqués par la cellule s'entourent de nouvelles protéines virales elles-aussi
fabriquées par la cellule. Cet emballage est l'encapsidation (l'inverse de la décapsidation) des génomes qui
aboutit à la formation de nouvelles particules virales.
Libération
Les nouveaux virus sont libérés par la cellule par éclatement cellulaire pour les virus nus, par
bourgeonnement pour les virus enveloppés. C'est lors du bourgeonnement que les virus enveloppés
reçoivent leur enveloppe hérissée de spicules glycoprotéiques. Une cellule infectée produit de l’ordre de 100
à 1000 particules virales. La multiplication d'un virus est donc très différente de la multiplication d'une
bactérie ou d’une cellule eucaryote car le virus n’augmente pas de taille et ne se divise pas : il sort sous
forme complète de la cellule et ne se modifie plus avant d’infecter une autre cellule.
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