Microbiologie

I. Introduction
o Le microbiote est un « organe » à part indispensable à notre existence
o L’homme est composé de 1013 cellules et il est habité par 1013-14 qui forment son microbiote
o Les microorganismes peuvent être soit good soit bad (pathogènes)
o Voir diapos
o On étudie les microbes pour leur rôle écologique : ils influencent fortement le fonctionnement de tous les
écosystèmes et contribuent majoritairement aux cycles géochimiques (N, C, P, S..)
o https://Oceans.taraexpeditions.org/
Arbre universel du vivant
o LUCA est le premier ancêtre commun de tous les organismes terrestre
o On a 3 domaines : bactérie archée et eucaryote : 2 procaryotes et 2 eucaryotes
o Les mitochondries et chloroplastes : origines bactériennes (symbiose)
o Hyp : On a aussi une fusion d’une bactérie et une archée qui donne la branche eucaryote
o La diffèrent cellules et leurs caractéristiques :
 Les bactéries et les archées ont un seul chr circulaire qui est diffus.
 On n’a pas d’histones chez les bactéries main il y en a chez les archées
 Diapos
o Autour de branche bactérienne on a un modern virosphere qui est des viruses bactérien, et on a la même
sphère chez les eucaryotes et archée qui forme des viruses archeeal et des viruses eucaryotes.
o Voir diapos pour historique : important!
o Google the CRISPR thing
Taxonomies
o ..
La coloration de Gram :
 Grace à cette coloration on peut distinguer les bactéries a gram positive et a gram négatif
(dans les diapos en +ve = violet et –ve=rose)
 La propriété de paroi nous permet de distinguer le +ve et –ve. Les bactéries a gram +ve,
on a une couche épaisse de peptidoglycane dans le paroi.
 Les bactéries à gram -ve, on a 2 membranes, Mb interne et externe, et entre ces 2
membranes on a une très fine couche de peptidoglycane qui est contenu dans un espace
qui s’appelle perplasmique.
o La majorité de phylum de bactéries sont gram négatif : cyanobac, spirochaetes, proteobacteria
o Le gram + forment 2 phylum : firmicutes et actinobacteria
o Le gram et la phylogénie est 2 choses différents mais il y a une relation, ça nous permet d’identifier les
organismes.
 Bactéries a G- : phylum Proteobacteria
o Le plus grand group de gram – qu’on connaisse 
o 5 classes : alpha, beta, gamma, delta, epsilon
o Nombreux pathogènes dans le groupe gamma
o E. coli : 1er bactérie a colonisé l’intestin des nouveau-nés
o Présente a l’état libre dans l’eau et le sol
o Présente dans l’intestine de l’homme (1% de microbiote) et des animaux à sang chaud
o Le temps de génération (temps pour diviser) est petit.
Vibrio cholerae : Cholera
o Souche spécifiquement humaine
o Provoque les diarrhées brutales et très abondantes (gastro-entérite) menant à une sévère déshydratation.
o Jusqu’à 50% de mortalité
o Diarrhea is a form of allowing the bacteria to be spread in the environment through the human host
La peste noire : The Plague : Yersina pestis
o L’origine est Yersina pestis (« cousine » de E. coli)
 Bactéries a G+ : Firmicutes
o G+ : a faible GC% par rapport a AT%
o Des espèces dans le microbiote de l’intestin.
o On a des firmicutes sans paroi cellulaire ou avec, ce qui ont des parois, il y en a qui produit les endospores
et l’autres qui ne les produisent pas
o Bacteroides ..?
o Ce qui on des endospores, ils se divisent en respiration aérobie et anaérobie.
Bacillus anthracis : la maladie du charbon :
o Bactérie sporulant
o Le spore peut se résister à des hautes températures (pasteurisation a 120 degrés pour 15 min), et aussi à
des fortes doses d’UV ou X-rays
o Quand les Bacillus rencontre une mauvaise situation, elle commence à activer sa motilité, et ils rentrent
dans l’état de compétence et absorber l’ADN de l’extérieur (il utilise l’ADN comme source d’énergie)
o Ensuite il va attaquer ses frères et sœurs par cannibalisme et enfin initier la sporulation afin d’avoir tous ces
ressources.
Les lactobacilles :
o Fermentation des produits laitiers, du pain, et du vin.
o La fermentation se fait à partir du sucre.
o On a des differentes especes de lactobacilles qui contribuent aussi a la production de la biere
Mycoplasma pneumoniae  :
o Un des plus petits bactéries extracellulaire connues
o Absence de parois classique insensibles a la penicilline