Biologie 10/09/2015

L’arbre du vivant

A. Les trois domaines du vivant

Woese & Fox (1997) ont trouvé de grandes différences dans le groupe anciennement dit des
procaryotes. Il est alors divisé en deux groupes : les archées et les eubactéries. Ils forment, avec les
eucaryotes, les trois domaines du vivant : trois groupes monophylétiques. Leur ancêtre commun
hypothétique serait commun à tous les organismes, un « Luca » (last universe common ancester).
Des données biochimiques ont appuyé les différences entre les archées et les eubactéries, bien
qu’elles ne soient pas évidentes d’un point de vue morphologique. Néanmoins, la place de la racine
dont ces espèces sont issues est débattue : le manque d’un extra-groupe pose problème.

B. Dimensions comparées des cellules

Archées, eubactéries : de l’ordre du micromètre (de 0.5 à 10 micromètres).
Eucaryotes : de l’ordre du centimètre, voire des mètres.

A partir d’un micromètre (taille d’une bactérie en moyenne), on utilise pour l’observation un
microscope électronique. On peut cependant on trouver de très grandes tailles (jusqu’à 750
micromètres) comme de très petite taille (300 nm comme les mycoplasmas).
La plupart des cellules eucaryotes photosynthétiques sont plus grandes que les eucaryotes animales.
Exemples :
- Acetabularia : une algue verte marine unicellulaire qui fait jusqu’à 10cm de long !
- Cellule nerveuse du cou de la girafe : 3m
-> Attention aux échelles de grandeur !

C. Un aperçu de la diversité des eubactéries

1683 : première observation et découverte des bactéries.
Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723) met au point le premier microscope qui grossi 275 fois.
Morphologie des eubactéries : unicellulaires, solitaires ou en colonies. Leur forme varie (coque,
bacille, spirille, vibrion …).
Deux types : les Gram+ et les Gram- qui ont une différence de paroi.
Les eubactéries présentent une grande diversité de métabolismes. Elles sont présentes dans tous les
milieux : sans lumière etc. Leur source d’énergie peut être seulement chimique. Sans les Eubactéries
et Archées, il n’y aurait pas d’organismes vivants dans ces milieux (symbiose des autres vivants avec
les bactéries). Elles sont indispensables pour le cycle de l’azote chez certaines plantes.

Les eubactéries peuvent poser des problèmes de santé publique, mais ne sont pas toujours
pathogènes : on les utilise pour la production de yaourt, de vinaigre, de bière, de fromage …
Grace aux cyanobactéries photosynthétiques, on peut respirer l’oxygène atmosphérique qu’elles
produisent.

D. Les Archées 
Ce sont des organismes unicellulaires, solitaires ou formant des colonies. Elles ont des formes
diverses : sphériques, en bâtonnets ou en spirales … elles sont présentent dans des milieux variés :
les milieux hypersalés (halophiles), qui présentent de hautes températures, qui n’ont pas d’oxygène
… Jusqu’à présent, les archées qu’on connait ne sont pas pathogènes.
Elles peuvent vivre sans oxygène -> quelle définition de la vie ?

E. Les eucaryotes
Ce sont les plus complexes des cellules connues aujourd’hui. Ils sont caractérisés par des
synapomorphies : la présence de noyaux, d’un cytoplasme, d’un cytosquelette, d’organites …
Un eucaryote est une cellule compartimentée : sa membrane plasmique donne des différentes
« pièces » qui ont des fonctions différentes. Cette cellule s’étend sur un très grand domaine du
vivant.
Membrane plasmique : elle clôt la cellule mais lui permet les échanges avec son environnement.
Une mitochondrie ressemble beaucoup à une eubactérie. Théorie : c’était anciennement une
bactérie qui a cohabité en symbiose avec une cellule eucaryote. Elle permet de fabriquer de
l’énergie. Chloroplastes = mitochondries chez les cellules non animales.
Division eucaryote
Organisation du génome et mode de division cellulaire :
-Plusieurs chromosomes linéaires
-Division par mitose similaire pour toutes les cellules somatiques
Différences avec les eubactéries et les archées :
-Un chromosome circulaire
-Division par scissiparité

Les groupes d’eucaryotes 

Les unicontes
Définition : cellule dotée d’un flagelle. Exemple : les spermatozoïdes
En sont issus :
-> Les opisthocontes (cellule à un flagelle propulseur, présence de collagène)
-> Les amoebozoaires (organismes unicellulaires dont les cellules libres sont de type amibe.
Beaucoup de nutrition = chaque cellule autonome, mais manque de nourriture = ils se mettent
ensemble en sécrétant des molécules messagères, mais gardent leur autonomie. Ils se mettent en
« limace », une structure qui les aide à survivre. Ils changent ensuite de structure pour former un
type de spore (tige vers le haut)).

Les métazoaires, ou animaux (présence de collagène, organismes pluricellulaires), sont issus des
opisthocontes, tout comme les choanoflagellés (petit groupe d’organismes unicellulaires marins) et
les eumycètes (groupe d’organismes unicellulaires ou pluricellulaires hétérotrophes, type
champignons).

Lignée verte ou plantae (cellules avec chloroplaste à deux membranes)

-> Chlorobiontes : algues vertes et plantes terrestres
-> Rhodobiontes : algues rouges

Les Stramenophiles (cellules à structure hétérocontée (un flagelle lisse et un flagelle plumeux))
Les alvéolobiontes (cellules avec des vésicules (alvéoles) sous la membrane plasmique. Exemples :
ciliés, dinophytes, apicomplexés … )

Bouleversement des classifications traditionnelles : La photosynthèse et la pluricellularité sont des

caractères apparus plusieurs fois, sur plusieurs branches de l’arbre de l’évolution. Les champignons
ne forment plus un groupe monophylétique.