Transcription

1. Introduction et généralités

Comment réguler les protéines suivant les besoins et l’environnement (et donc la fonction de
génome) ?

La synthèse protéique est le processus cellulaire coutant le plus d’énergie.

A quel niveau se fait la régulation ? Plusieurs niveaux :

- Au niveau génique, l’activité transcriptionnelle. L’ADN est transcrit, et ARN messager doit être
traduit pour produire la protéine.

- Post transcriptionnelle : régulation au niveau de la transcription et de la traduction. Un ADN permet

la synthèse de plusieurs ARN et un ARN de plusieurs protéines, c’est un système d’amplification.

Le brin d’ADN transcrit est le brin codant (et pas celui traduit).

Extrémité 5’ et 3’ sur l’ARN monocaténaire. Attaque de l’hydroxyle pour forme la liaison

phosphoester (ribose ou desoxyribose ?). L’allongement se fait de 5’ vers 3’.

Unité de transcription : synthétisé et transformé en ARN. Un brin matriciel transcrit et l’autre non
transcrit donc codant.

Chez les procaryotes, le facteur cible l’ARN polymérase sur les promoteurs. S’il n’est pas là, il n’y a
pas de fixation spécifique de l’ARN polymérase.

La seule forme capable d’initier la transcription est l’holoenzyme (core enzyme + facteur sigma).

Qu’est-ce qui définit le promoteur ?

Deux boite, deux séquences : - 10 (premier nucléotide transcrit +1) dix nucléotides en amont de +1,
et la boite -35. Ce sont les séquences reconnues par le facteur sigma qui permettent de recruter
spécifiquement l’ARN polymérase.

Séquence consensus déterminée pour les deux (basée sur la fréquence d’apparition des diff
nucléotides), et toute dérivation rend la compatibilité moindre. La distance entre les différentes
boites est un élément important également : si on a le bon écartement (16-19pdb), les deux
composantes vont pouvoir être reconnues simultanément. Sinon, le promoteur ne pourra plus fixer
qu’une seule des deux boites. Donc deux choses importantes : séquences et distance.

L’ARN polymérase vient couvrir environ 60 nucléotides autour du point d’initiation (40 en amont, 20
en aval). Le positionnement du facteur sigma va positionner le site au niveau du premier nucléotide
transcrit. Il permet donc de positionner le site actif et la spécificité.

Notions de brins codants et transcrits :

Les boites -35 et -10 jouent sur l’orientation de l’ARN polymérase. La boite -35 est toujours avant la
-10, et lorsque l’ARN se fixe, il sait qu’il va transcrire vers la droite. Les boites sont localisées sur le
brin codant (qui ne va pas servir de matrice). Le brin matriciel sera appelé transcrit ou non codant.

Les deux brins peuvent servir mais ne codent pas pour les mêmes unités de transcription.

On définit ensuite un promoteur fort (les séquences -10 et -35 sont proches du consensus, donc très
facilement et très efficacement recruter l’ARN polymérase, il se suffit à lui même) et un promoteur
faible (les séquences sont éloignées du consensus et il aura du mal a recruter l’ARN polymérase et le
facteur sigma, il a besoin d’activateurs transcriptionnels pour l’aider).

Le facteur sigma :

Il y a une seule ARN polymérase mais plusieurs facteurs sigmas, ce qui permet un basculement rapide
de l’expression d’un gène à l’autre (reprogramme et oriente et fonction des changements
d’environnement qui apparaissent). Le facteur sigma de base est le 70 exprimé dans les conditions
normales. Un autre spécifique de changement d’environnement peut prendre sa place.

Exemple : on soumet E. Coli à un choc thermique. Le facteur sigma de base est le 70 à 37°C. Si on
chauffe jusqu’à 42°C, il faut que la bactérie s’adapte : les protéines du choc thermique sont
exprimées en changeant le facteur sigma (-> 32). On peut ainsi reconnaitre des promoteurs
spécifiques de gènes pour l’adaptation au choc thermique.

-> formation d’un complexe fermé et ouverture de la double hélice d’ADN qui dépend de la fixation
de l’ADN sur l’ARN polymérase. Démarrage de la transcription avec synthèse d’un hybride ADN-ARN.

Elongation

Synthèse continue de l’ARN. Pour passer de l’initiation à l’élongation, il y a perte du facteur sigma.
Sinon, l’ARN polymérase ne peut quitter le promoteur. Passage le long de l’ADN, canal qui sépare le
double hélice et canal qui le reforme … On obtient un hybride d’ADN/ARN de l’ordre de 8pdb.

On induit des tensions topologiques qui se traduisent par l’apparition de supertours positifs devant la
fourche de transcription et de supertours négatifs derrière. Pour les enlever, on a besoin des ADN
topoisomérases.

L’élongation n’est pas soumise à un grand nombre de négulations, jusqu’à l’apparition de

terminateurs transcriptionnels. Ils permettent le décrochage de l’ARN polymérase de son brin de
matrice. La séquence du terminateur, contrairement au promoteur, est transcrite. Elle va induire la
formation de structures tiges-boucles de l’ARN (une structure tridimentionnelle qui va déstabiliser
l’ARN polymérase). La structure la ralentit. Cette déstabilisation prend de l’importance car après il y a
une grande séquence de A (avec seulement deux liaisons hydrogènes) donc ça affaiblit les
interactions ADN-ARN et l’ARN est relargué du site catalytique.

Il existe un deuxième mode de termination : quand les AU ne font pas suite à la structure tige-boucle
(terminaison rho-dépendante), il faut la protéine rho qui entre sur l’ARN et se déplace le long afin de
rattrapper l’ARN polymérase, en séparant l’hybride ADN-ARN. Il faut que l’ARN polymérase
ralentisse, donc au niveau de sites rho-dépendants.
Toutes les ARN polymérases sont sensibles à la rifampicine : elle vient inhiber l’ARN polymérase en se
localisant sur le site catalytique de la sous-unité β et bloque l’incorporation de nucléotides au niveau
de l’extrémité 3’.

2.2 Organisation du génome procaryote

L’unité de transcription est définie par :

- le site où débute la transcription : nucléotide +1

- le sens de transcription (choix du brin transcrit)

- le site où s’arrête la transcription : le terminateur

Pour les ARN, le 3’ est associé à l’ADN et le 5’ à l’extérieur.

Notion de gène : un segment d’ADN qui constitue l’unité d’expression menant à la formation d’un
produit fonctionnel diffusible qui peut être sous la forme d’ARN ou de polypeptide. Un gène est donc
un segment d’ADN codant pour :

- une protéine (par l’intermédiaire d’un ARNm mature)

- un ARNt

- un ARNr

- un ARN régulateur

Les définitions de gène et d’unité de transcription sont chevauchantes mais pas équivalentes.

Chez les procaryotes, une unité de transcription peut contenir un ou plusieurs gènes. A partir d’un
même codon d’initiation, il peut donc y avoir plusieurs protéines synthétisées : ARN messager
polycistronique.

Le cas de l’opéron lactose : on peut coordoner d’un seul coup la production des enzymes
responsables de l’utilisation du lactose, avec un seul promoteur lorsqu’il est activé. On peut ainsi
réguler facilement une chaine métabolique.

Chez E. Coli, les deux brins servent de support aux gènes donc servent à la synthèse d’ARN
messagers.

Il y a quatre grands types de gènes :

La quantité et la stabilité des différents types d’ARN :

3. Régulation de la transcription : exemple de l’opéron lactose

L’essentiel de la régulation se fait au niveau de la transcription.

Deux entités importantes : perméase et β-galactosidase.

On présence de lactose, la bactérie produit plus de β-galactosidase : il y a une induction. On absence
de lactose, il n’y a quasiment pas d’ARN messager. La quantité x1000 en quelques minutes (synthèse,
puis dégradation, pour atteindre une quantité optimale codant pour les différents gènes). Le lactose
est capable d’induire la transcription de l’opéron lactose.

Grande caractéristique : les courbes de dioxy. Si les bactéries sont en milieu lactose-glucose, on
obtient ces courbes :

On observe une phase de latence, puis exponentielle de croissance, et de nouveau de latence qui
correspond au changement de machinerie cellulaire.

Si on met une bactérie en présence de deux sucres dont l’un est le glucose, elle utilise en priorité le
glucose. En effet, la machinerie pour utiliser le glucose est toujours présente et toujours synthétisée.
On parle de répression catabolique. Le lactose induit la transcription de l’opéron, le glucose
l’empêche.

Une cellule cherche toujours à économiser l’énergie : elle ne synthétise un composant que si elle en a
besoin (comme la β-galactosidase). Le glucose peut être directement assimilé, ce qui n’est pas le cas
des autres sucres. Les autres sucres sont transformés en glucose.

Même lorsque la répression est mise en place, on observe un peu de synthèse de l’ARNm de l’opéron
lactose. Porté par cet ARN, on a un peu de perméase qui permet de laisse entrer le lactose et ainsi
d’initier le système.

Un niveau transcriptionnel refète la capacité de l’ARN poly a venir initier le système.

Le lac I est un répresseur transcriptionnel, un gène en dehors de l’opéron lactose mais à proximité.
L’unité de transcription est exprimée de manière constitutive. On obtient une protéine Lac Ip qui se
fixe sur le site O (opérateur) entre le site opérateur et l’unité de transcription : empêche la
transcription de l’opéron lactose.

Changement de conformation qui empêche la protéine lac I de se fixer et initiation puis traduction.

Régulation de la transcription de l’opéron lac par un contrôle négatif

Lac I exerce un contrôle négatif (répressif) sur l’opéron lac, et l’activation de la transcription de cet
opéron résulte de la levée d’une répression en présence de l’inducteur.

Importance d’un bruit de fond de transcription : en absence de lactose, l’opéron lactose n’est pas
totalement réprimé.

Le démarrage de la transcription de l’opéron lac nécessite la présence d’activateurs (activateur CRP-

AMPc) en amont du promoteur lac). Activateur = régulation positive ;

Facteurs dont dépend le niveau de transcription d’une unité transcriptionnelle

Qu’est-ce qui détermine le niveau « basal » de transcription de l’unité considérée ?

Le niveau de transcription en absence de toute régulation est déterminé par le promoteur.

Comment les conditions internes ou externes de la cellule ²influencent le niveau de transcription ?

Régulation par contrôle positif ou contrôle négatif.

L’unité de transcription eucaryote : les ARN messagers sont monocistroniques en général, sur un seul
gène (et pas plusieurs comme dans le cas de l’opéron lactose), et un grand nombre de régions
régulatrices.

Trois ARN polymérases différentes :

- ARN polymérase I, qui transcrit les ARN ribosomiques (ARNr) -> dans les nucléoles

- ARN polymérase II, transcrit les ARN messagers (ARNm) et certains ARN régulateurs.

- ARN polymérase III, transcrit les ARN de transfert (ARNt) et d’autres ARN régulateurs.

On se focalisera sur l’ARN polymérase II.

Les ARN polymérases eucaryotes ne peuvent pas démarrer la transcription seules : elle nécessite des
cofacteurs (+ extraits nucléaires), des protéines nécessaires à l’initiation de la transcription. Chez les
eucaryotes, c’est TFIID responsable de la reconnaissance du promoteur. Elle donne la protéine TBP
qui vient reconnaitre le site. -> TFIIB et vient recruter différentes protéines, et enfin vient se rajouter
l’ARN aussi associée à d’autres cofacteurs, et le tout forme le complexe d’initiation. Les facteurs sont
spécifiques de l’ARN polymérase II.

Un cofacteur important : TFIIH qui a l’activité catalytique hélicase : c’est lui qui est responsable de
l’ouverture de l’ADN et qui permet de commencer la transcription. Protéine kinase responsable de la
phosphorylation qui favorise un changement de conformation de l’enzyme qui permet de passer
d’initiation à élongation.

Le promoteur : boite TATA, concensus avec différentes fréquences et variations, à la hauteur -30.

La TBP vient se fixer dans le petit sillon sous forme de dimère de la double hélice d’ADN. Elle
recherche une région riche en pdb AT ou TA. Elle recrute alors tout le facteur de transcription TFIID.

3.2 Notions de régulation de la transcription

Trois difficultés :

- problème d’accès aux promoteurs : l’ADN n’est pas nu (histones etc)

Il faut que l’ADN soit montré de manière ouverte ; la transcription est donc potentiellement toujours
inhibée in vivo chez les eucaryotes, faute d’accessibilité. D’où la nécessite de cofacteurs pour ouvrir
la chaine. Tous les résidus présents sur les histones peuvent être modifiés de manière post-
traductionnelle. On obtient ainsi une chromatine soit ouverte, soit fermée.

Modification : l’acétylation -> marque de la chromatine permissive à la transcription. Annulation de la

charge positive de la lysine qui relache la chromatine. Associé avec un accroissement de la
transcription.

Recrutement d’histones acétylases et acétylation des histones. On casse l’interaction forme entre le
nucléosome et l’ADN -> ouverture, déplacement voir suppression des histones.
Histone D-acétylase : ferme l’ADN.

- niveau basal de transcription faible

Les séquences régulatrices de la transcription peuvent être éloignées des promoteurs. Enhancer :
activateurs qui accroissent la transcription au niveau du promoteur. Silencer : séquence réduisant le
niveau de transcription du promoteur.

Caractéristiques des séquences régulatrices eucaryotes : un rayon d’action de plusieurs dizaines de

kilobases, une localisation en amont ou en aval de l’unité de transcription, et deux orientations
possibles. Fixation de protéines régulatrices, appelées « transactivateurs » (enhancer) ou «
répresseurs » (silencer) qui favorisent ou inhibent le recrutement de l’ARN polymérase et ses
cofacteurs. Ils ont le rôle d’ouvrir et de recruter de manière efficace l’ARN polymérase II.

Ils peuvent agir loin car la chromatine est flexible et peut former une boucle.

- nécessite d’une intégration de nombreux signaux : activateurs, répresseurs …

3. Maturation des ARNm et export nucléaire

Une particularité facultative primordiale :

- formation d’une coiffe à l’extrémité 5’ de l’ARNm qui le stabilise, de 7-méthyl guanosine

- polyadénylation (queue poly-A en 3’)

- l’épissage (les gènes sont morcelés et contiennent des exons et des introns)

ARNm sensibles aux nucléases, donc ajout d’un GTP à l’extrémité 5’ de manière co-transcriptionnelle,
catalysée par la guanine transférase.

Les deux premiers nucléotides de l’ARNm ont une modification sur leur ribose, l’ARNm devient
résistant aux nucléases. Cette coiffe joue un rôle important dans la traduction des ARNm chez les
eucaryotes.

En 3’ : queue de polyA qui fait entre 80 et 250nucléotides. Elle n’est pas codée par le génome, c’est
une modification post-transcriptionnelle.

L’extrémité 3’OH sera reconnue et il y aura synthèse d’une queue polyA sans matrice. Ces
modifications de l’ARN doivent se faire dans le noyau, car l’ARNm ne peut être exporté hors du
noyau sans ça.

Epissage : souvent, mais pas toujours. Perte d’information entre l’ADN et l’ARNm : certaines parties
dans le transcrit primaires disparaissent dans la transcrit final qui sert à la traduction. On retrouve les
exons dans l’ARNm final, et pas les introns. Il y a une étape qui a permis d’évincer tous les introns, un
concensus détermine la force des sites d’épissage au niveau des introns. Des protéines viennent
activer ou réprimer l’épissage : alternatif, car à partir d’un même ARN on peut générer plusieurs
ARNm. Les sites forts sont systématiquement épissés, et certains exons faibles sont activés dans
certains cas ou réprimés (exon optionnel), comme les introns qui peuvent être optionnels (codon
stop qui bloque la traduction -> protéines tronquées), et exons mutuellement exclusifs (qui ne
peuvent pas être ensemble sur le même ARNm, donc plusieurs ARNm donc plusieurs protéines).

Les ARNm ne pourront être exportés que si ils ont les trois modifications, grâce aux protéines fixées
sur eux. Le couplage direct transcription/traduction est impossible chez les eucaryotes,
contrairement aux procaryotes.

Rappels :

Le répresseur est synthétisé pour la transcription de l’opéron lactose en présence de glucose

uniquement, et le répresseur se lie à l’opérateur. Le glucose est un inhibiteur de l’AMPc, donc le
complexe CRP-AMPc ne peut pas être formé.

A propos de la régulation, en présence de lactose uniquement : le répresseur est synthétisé et se lie

au lactose, le complexe CRP-AMPc est formé, et l’ARN polymérase se fixe sur le promoteur.

L’ARN polymérase d’E Coli n’a pas besoin d’amorce pour débuter la synthèse, n’a pas d’activité
3’exonucléasique, se lie spécifiquement au promoteur grâce à sa sous-unité sigma, couvre 60
nucléotides lorsqu’elle est fixée au promoteur.

Le promoteur est en amont du site d’initiation.