Poly Infecto

UE 18
FGSM 3
Agents infectieux
Bactériologie-virologie
Année universitaire 2018-2019
UE 18
Agents infectieux – Bactériologie et virologie
Sommaire p. 1
Préambule p. 3
Préface – Les cours inversés (J. ETIENNE) p. 5
Généralités, sémiologie et antibiotiques Lu Fiché

Anatomie bactérienne F. VANDENESCH p. 7
Généralités sur les virus L. JOSSET p. 15
Développement et identification bactérienne S. JARRAUD ; A. TRISTAN p. 27
Principaux prélèvements bactériologiques S. JARRAUD ; A. TRISTAN p. 37
Séméiologie des pathologies infectieuses I. DURIEU p. 45
Mécanisme d’action des antibiotiques F. VANDENESCH ; C. BOUCHIAT p. 59
Antibiotiques & pratique F. VANDENESCH p. 73
Infections cutanées et des tissus mous N° Item Lu Fiché

A. TRISTAN & C. GUSTAVE
Staphylocoques p. 85 152
Streptocoques p. 90 152
Zoonoses p. 96 169
Tableau récapitulatif p. 100 /
Infections neuro-méningées N° Item Lu Fiché

S. JARRAUD, A. TRISTAN & J-S CASALEGNO
Streptococcus agalactiae p. 103 144
Listeria monocytogenes p. 105 144
Haemophilus influenzae p. 107 144
Neisseria meningitidis p. 109 144
Streptococcus pneumoniae p. 112 144
Les virus neurotropes p. 113 Transversal
Infections digestives et urinaires N° Item Lu Fiché

C. DUPIEUX, A. TRISTAN & V. ESCURET-PONCIN
Les entérobactéries p. 125 Transversal
Bactéries anaérobies strictes p. 127 156
Les infections urinaires p. 131 157
Diarrhées infectieuses p. 135 172
Toxi-infections alimentaires collectives p. 143 175
Helicobacter pylori p. 151 /
Les virus des gastroentérites p. 153 172
Page 1
Les infections sexuellement transmissibles N° Item Lu Fiché
T. PERPOINT & A. TRISTAN DECLOISONNE !
Généralités sur les IST p. 159 158
Bactéries des écoulements p. 161 158
Bactéries des ulcérations p. 167 158
Schémas bilans p. 174 158
Les infections respiratoires N° Item Lu Fiché

F. ADER, S. JARRAUD & B. LINA DECLOISONNE !
Pneumonie aigue communautaires de l’adulte p. 177 151
Grippe et viroses respiratoires p. 195 162
Les hépatites N° Item Lu Fiché

V. ESCURET-PONCIN
Les hépatites virales p. 207 163
Hépatite A p. 211 163
Hépatite E p. 213 163
Hépatite B p. 215 163
Hépatite D p. 223 163
Hépatite C p. 225 163
Les infections materno-fœtales N° Item Lu Fiché

A. TRISTAN, J-S. CASALEGNO & V. ESCURET-PONCIN
Infections materno-fœtales bactériennes p. 231 Transversal
Virus et grossesse p. 237 Transversal
Autres infections N° Item Lu Fiché

F. VANDENESCH, C-A. GUSTAVE & A. TRISTAN
Les endocardites infectieuses p. 249 149
Les infections ostéo-articulaires p. 255 153
QCMs, questions & cas cliniques p. 257
Les cours sur les Herpesviridae et les Virus des éruptions seront ronéisés de novo cette année (décloisonnement)
Ressources complémentaires
(module Claroline IPE² - FGSM – UE 18)
• Diapositives des enseignants (attention, elles n’y sont pas toutes ; cf le module de la scolarité)
• Fiches de Connaissances Essentielles (FCE) : réalisées par des étudiants de votre promotion, elles
seront disponibles au cours du semestre : vos responsables Ronéos vous tiendront informés.
• Ronéo de cours des années précédentes sur les Herpesviridae et les virus des éruptions.
• Fiches transversales sur diverses infections et sémiologie
Page 2
Préambule
Le polycopié de bactériologie et virologie a été réalisé par une équipe d’étudiants des promotions
précédentes. Il est basé sur les enseignements (cours magistraux et enseignements dirigés) dispensés pendant
l’année universitaire 2017-2018. Ce document est le fruit d’une collaboration étroite entre enseignants et étudiants.
Dans la mesure du possible, chacun des cours a été rédigé par un binôme d’étudiants, relu plusieurs fois, et enfin
corrigé et validé par l’enseignant.
Dans un souci d’amélioration des ressources pédagogiques, des étudiants volontaires « veilleurs » seront
présents à chaque cours, afin de vérifier que le polycopié reflète bien l’enseignement dispensé en amphithéâtre. En
cas de changement de programme ou de modification majeure du cours, vous serez informé via les actualités de la
Ronéo.
Le polycopié vous offre la possibilité d’organiser votre travail personnel librement. Vous pouvez également
travailler les cours en amont des Cours Magistraux pour poser toutes vos questions aux enseignants !
Equipe 2017-2018
Ronéistes UE 18 : Claire ALLIOT, Capucine BLANC-JOUVAN, Brieuc BERTHELON, Solène CHAMBOST (coordinatrice),
Julie FOURNERON, Flora OZIAT, Guillaume TRAN, Simon VISCOGLIOSI
Co-responsables ronéos : Sandra BAZENVAL, Sarah KANDIL, Mathilde WAUTIER
Vice-président de l’ACLE en charge des polycopiés FGSM : Quentin VERDET
Vice-Présidents de l’ACLE, en charge du pôle IPE²: Valentin ANDRIEUX et Quentin VERDET
Vice-Président de l’ACLE, en charge des polycopiés FGSM du pôle IPE² pour l’année 2017-18 : Félix BOIVIN
Vice-Présidents de l’ACLE, en charge du pôle IPE² pour l’année 2017-18 : Félix BOIVIN et Anas MAHMOUDI
Page 3
Décloisonnement
A partir de cette année, certains items de l’ECNi d’infectiologie seront traités dans les cours dès la FGSM 3 en
tant que tels. Ces cours ne seront pas revus en CM en FASM 1, mais tomberont aux examens de FGSM 3 ET de FASM
1. Il est donc important de bien les travailler dès cette année. Vous pouvez choisir de les travailler directement sur le
collège, mais il est fait en sorte que le polycopié étudiant soit un support fidèle d’apprentissage si vous ne souhaitez
pas acquérir dès cette année le référentiel du collège enseignant d’infectiologie.
Vous pouvez voir le détail de ces items dans le tableau ci-dessus.
Pour en savoir plus sur le décloisonnement, consultez le PDF des élus « Décloisonnement kézaquo » sur
Claroline, module ACLE/Elus UFR → Elus UFR Lyon Est
LISTE DES ITEMS ABORDES DANS L’ENSEIGNEMENT D’INFECTIOLOGIE

Fondamental abordé, et item vu en FASM 1 /!\ Items complets et non-revus en FASM2
148 Méningites, méningoencéphalites chez 151 Infections broncho pulmonaires
l’adulte et l’enfant communautaires de l’adulte et de l’enfant
149 Endocardite infectieuse 159 Coqueluche
152 Infections cutanéo-muqueuses et des 158 Infections sexuellement transmissibles (IST)
phanères, bactériennes et mycosiques de : gonococcies, chlamydioses, syphilis,
l’adulte et de l’enfant papillomavirus humain (HPV), trichomonose
153 Infections ostéo articulaires (IOA) de 164 Infections à herpès virus du sujet
l’enfant et de l’adulte immunocompétent
156 Tétanos 161 Oreillons
157 Infections urinaires de l’enfant et de l’adulte 162 Grippe
163 Hépatites virales 160 Exanthèmes fébriles de l’enfant
169 Zoonoses Items dont les connaissances sont abordées au
fil de plusieurs cours
172 Diarrhées infectieuses de l’adulte et de 142 Surveillance des maladies infectieuses
l’enfant transmissibles
173 Prescription et surveillance des anti- 144 Fièvre aiguë chez l’enfant et l’adulte
infectieux chez l’adulte et l’enfant
Liste des items uniquement abordés en FASM 2 155 Tuberculose de l’adulte et de l’enfant
143 Vaccinations 145 Infections naso-sinusiennes de l’adulte et de
l’enfant
165 Infections à VIH 146 Angines de l’adulte et de l’enfant et
rhinopharyngites de l’enfant
147 Otites infectieuses de l’adulte et de l’enfant
150 Surveillance des porteurs de valve et
prothèses vasculaires
154 Septicémie/Bactériémie/Fongémie de
l’adulte et de l’enfant
174 Risques émergents, bioterrorisme, maladies
hautement transmissibles
175 Risques sanitaires liés à l’eau et à
l’alimentation. Toxi-infections alimentaires
Page 4
Vers la mise en place de classes inversées ou du passage d’un enseignement passif vers un
enseignement actif.
Application à l’enseignement de la Bactériologie-Virologie
Cher(e)s Ami(e) Etudiant (e)s,
Pendant des années et notamment en PACES, vous avez reçu un enseignement dit « passif », c’est-à-dire
que vous avez écouté passivement le cours de votre enseignant ; votre simple rôle étant de prendre des
notes. Vous avez ainsi appris vos cours à partir de vos prises de notes. Il est largement démontré que le
coefficient de rétention des connaissances par les étudiants ayant suivi ce type d’enseignement est faible et
la durée de persistance des connaissances dans la mémoire est courte. Ce mode d’enseignement facilite de
plus l’apprentissage dit superficiel qui est un apprentissage de facilité, c’est-à-dire de mémorisation à court
terme, parfois suffisant pour réussir ses examens.
Mais pour devenir un véritable médecin, il faut d’abord apprendre en profondeur, pour pouvoir établir des
connexions entre ses connaissances acquises, pour développer le véritable art médical qu’est le
raisonnement clinique. Il faut développer toute une stratégie d’apprentissage pour passer de
l’apprentissage superficiel à l‘apprentissage en profondeur. Ceux qui vont rester dans des modes
d’apprentissage superficiel vont déserter les cours dans les amphithéâtres si l’enseignement donné n’est
qu’un récitatif d’anciens cours ; ces étudiants préférant apprendre dans les ronéos uniquement chez eux, en
général juste avant les contrôles de connaissances ou les examens finaux.
Il est largement démontré que la meilleure façon d’apprendre est de permettre à l’étudiant de devenir lui-
même enseignant. C'est le principe de l’enseignement inversé. Cette forme d’enseignement oblige
l’étudiant à présenter une toute petite partie du cours, qu’il a lui-même préparé avant le cours. Cela oblige
l’étudiant qui fait le cours à avoir compris ce qu’il présentait et ceci force le développement de
l’apprentissage en profondeur. Ce dernier améliore la rétention des connaissances à long terme. Cette
meilleure rétention des connaissances est également due à la participation active des autres étudiant(e)s
qui assistent au cours. Ces derniers se sentent très proches de leur camarade qui est subitement devenu
leur enseignant. Les questions et les échanges vont être multiples. Chaque étudiant sait qu’il va à un
moment devenir enseignant et est très attentif sur la façon d’enseigner.
Que fait l’enseignant pendant la classe inversée ? Lors des cours de bactériologie-virologie, il y a en général
plusieurs enseignants assistant aux cours. Les enseignants ne sont là que pour accompagner les étudiants,
les corriger, les encourager, faire des synthèses, insister sur les points importants, répondre aux questions
du forum de questions ouvert sur Spiral Connect avant le cours.
Comment se déroule une classe inversée ? Dans un amphi, les étudiants sont rassemblés tous en bas sur les
4-5 premiers rangs (la dispersion des étudiants dans l’amphi ne favorisant pas l’écoute prolongée). Deux
micros sont destinés aux étudiants enseignants qui vont descendre sur le podium. Ils sont en général
désignés au début de l’enseignement inversé, puis quand la découverte de cette forme d’enseignement est
faite, ils sont volontaires. Etre deux étudiants enseignants permet aux étudiants de se soutenir si l’un ne se
sent pas très à l’aise pour expliquer un point particulier. Le 2ème micro circule parmi tous les étudiants,
permettant à tout étudiant de poser à tout moment les questions qu’il souhaite. Le 4ème micro est pour le
ou les enseignant(s) pour intervenir quand il(s) le souhaite(nt).
Une classe inversée ne marche bien que si les étudiants participant à cette classe ont préparé un tant soit
peu en amont le cours de l’enseignant. Il faut donc lire avant le cours. Au début, nous ne mettions à
disposition des étudiants que les présentations sous format Power Point du cours des enseignants. Nous
nous sommes vite rendus compte, que les étudiants ne pouvaient pas expliquer une partie de
l’enseignement à partir d’une forme simplifiée d’enseignement. Il fallait assister au cours classique pour
comprendre la présentation Power Point de l’enseignement. Les étudiants ont eu l’idée d’éditer un
Page 5
polycopié, dont le contenu est validé par les enseignants et qui sert de support officiel à cet enseignement.
De plus quelques fiches de synthèse ont été créees par les étudiants et doivent encore être améliorées et
complétées.
Pour venir à une classe inversée et pouvoir participer activement, il faut donc se préparer en lisant le
polycopié de référence, le cours Power Point ou la fiche de synthèse. Il ne faut surtout pas aller dans les
détails. Il faut essayer de dégager les points essentiels, de fixer les points que vous allez retenir à long
terme. Il faut savoir poser les questions sur les points qui ne restent pas clairs (une plateforme de questions
est créée sur Spiral Connect pour chaque cours). Il faut chercher à développer cet apprentissage en
profondeur qui va vous permettre de comprendre les points essentiels de chaque question, de les
mémoriser sur le long terme et de créer en final le coeur de votre métier centré sur le raisonnement
clinique. Cette forme d’organisation demande un nouvel effort avant le cours, mais ceux qui se sont mis à
pratiquer cette technique d’apprentissage sont unanimes : le coefficient de rétention des connaissances au
niveau de la mémoire est augmenté, ce qui demande à terme moins de travail de révision.
Reste les sceptiques, ceux qui considèrent que le rôle des enseignants est d’enseigner de façon
conventionnelle ou ceux qui n’osent pas venir en cours, car ils n’ont rien préparé avant le cours. Envers ces
étudiants, il n’y a qu’un seul message : venez assister à une classe inversée et vous verrez que même si vous
êtes interrogés, il n’y a aucun ridicule à ne pas savoir. L’acceptation du non-savoir est la base de cet
enseignement. C’est le groupe ensemble qui doit progresser. Ne soyez pas étonné qu’une feuille
d’émargement circule pendant les classes inversées. Celle-ci nous permet d’établir une corrélation
significative entre la participation active aux classes inversées avec les notes de l’examen final.
L’organisation des 4 enseignements dirigés (ED) de bactériologie-virologie a également une forme

particulière. Il s’agit de 4 séances de 2 heures chacune. Ces ED sont organisés par thème et ne sont en
aucun cas une répétition des cours, mais une application pratique clinique de l’enseignement fait en amphi.
Chaque groupe d’ED est divisé en 4 sous-groupes d’une douzaine d’étudiants. Chaque sous-groupe reçoit
un dossier clinique avec 5 questions. Pendant les 30 premières minutes, chaque sous-groupe discute
ensemble du dossier clinique qu’il a reçu avec l’ensemble des étudiants du groupe. Cette partie correspond
donc uniquement à un travail entre étudiants. Puis l’enseignant appelle pour chaque sous-groupe, un chef
de sous-groupe qui expose devant l’ensemble des participants de l’ED, le dossier clinique étudié, pose des
questions, donne les réponses du sous-groupe, puis l’enseignant affiche les réponses que ce dernier a
préparées. Cette forme d’enseignement cherche à développer un apprentissage collectif des étudiants entre
eux, à échanger et à collaborer. Il a été démontré que les notes des questions d’examen associées à des ED
où l’apprentissage a été collectif sont significativement meilleures par rapport aux autres formes
d’enseignement.
Nous tenons à remercier d’abord tous les étudiant(e)s qui ont cru dans cette forme d’enseignement, qui
sont devenu(e)s à terme de bien meilleur(e)s enseignant(e)s que les enseignant(e)s officiel(le)s, qui ont
permis de développer le polycopié officiel, qui l’ont corrigé, amélioré, transformé. Nos remerciements vont
également aux enseignant(e)s qui ont pris de leur temps pour participer activement à la correction de ce
polycopié.
Que vous reste-t-il à faire, étudiant(e)s de la promotion 2016-2017 ? Il vous faut continuer de participer au
développement de ces formes d’enseignement, continuer d’améliorer ces outils d’apprentissage, en les
corrigeant, en développer de nouveaux et certainement renforcer l’évaluation de votre enseignement dont
nous enseignant(e)s avons grandement besoin.
Bonne année universitaire 2016-2017.
Jérôme Etienne
Responsable de l'UE18
Page 6
UE 18 – Généralités – F. VANDENESCH
Anatomie bactérienne
Introduction
Une bactérie est un procaryote
unicellulaire qui ne possède pas
d’orga ite (ni mitochondrie, ni
réticulum e doplas i ue…)
comprenant une paroi et souvent
une capsule. La structure
conditionne les propriétés
biologiques de la bactérie. Certains
éléments structuraux sont
importants pour identifier les
bactéries, d’aut es ont un impact
médical (pour la virulence ou la
vaccination).
La taille d’u e bactérie varie de
3 à 5 microns, ce qui la rend visible au microscope optique (x 103). Les virus sont beaucoup plus petits que les
bactéries. Les bactéries ont été la première forme de vie sur Terre.
Les microbes sont nombreux. Les bactéries représentent 50% de la biomasse, ’est-à-dire la moitié de ce qui
vit sur Terre. Ces bactéries effectuent principalement un recyclage de la matière organique. On a plus de
bactéries dans notre corps que de cellules (1013 cellules contre 1014 bactéries). Les bactéries pathogènes ne
représentent u’u e infime portion du monde bactérien.
I) Structure bactérienne
1) L’ADN chromosomique
Les procaryotes ’o t pas de noyau organisé et possèdent un couplage transcription-traduction. Leur
génome (ADN chromosomique) est haploïde, avec un chromosome unique circulaire constitué d’u e double
hélice.
2) L’ADN extra-chromosomique (plasmides)
Les bactéries possèdent souvent des plasmides dans leur cytoplasme. Ce sont des molécules d’ADN de
petite taille qui peuvent, pour la plupart, se répliquer indépendamment. Les plasmides peuvent être le support
de gènes de résistance aux antibiotiques ou de virulence, et constituent donc un vecteur de transfert horizontal
de résistance.
Qu’elles soient chromosomique ou plasmidique, le caractère haploïde du génome a pour effet que les
mutations s’e p i e t immédiatement et sont soumises à la pression de sélection. Cela a une importance dans
l’a uisitio de la résistance aux antibiotiques. La production d’u nombre de mutants avantageux importants
permet l’e pa sio de cette bactérie mutée et résistante. La résistance diffuse au sein de la descendance et
entre des bactéries, d’esp es différentes. Cela permet une réponse adaptative très rapide.
Rappel :
• Transfert horizontal : transmission de matériel génétique d’u individu à un autre qui ’appa tie t pas à
sa descendance.
• Transfert vertical : transmission de matériel génétique d’u individu à sa descendance.
3) Le cytoplasme bactérien non vu l’année dernière
Le cytoplasme contient des protéines et des sels minéraux en solution. Il est plus simple que celui des
eucaryotes car il ne possède pas d’organites (mitochondrie, Golgi, réticulum endoplasmique, noyau) mais est
doté d’i lusio s correspondant aux réserves énergétiques, de l’ADN et des ribosomes.
On retrouve une grande richesse en ARN (ARN messager et ARN de transfert) et surtout en ARN ribosomal
(plus que chez les cellules eucaryotes).
FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 1 sur 7 . Page 7

4) La membrane cytoplasmique non vu l’année dernière

La membrane cytoplasmique est la limitante externe du cytoplasme, elle contient des protéines cibles des
pénicillines.
La membrane cytoplasmique est constituée d’u e double couche phospholipidique avec quelques rares
stérols. Elle contient de nombreuses protéines, dont celles présentes sur les membranes des organites des
eucaryotes, et est donc proche de la membrane des eucaryotes. Elle contient l’e se le des fonctions
enzymatiques de la bactérie puis u’il ’y a pas d’organites.
5) La paroi bactérienne
a. Forme d’une bactérie
Le constituant essentiel de la paroi bactérienne est le peptidoglycane, qui une structure polymérique
rigide mais perméable (on peut la comparer à une côte de mailles), qui à la manière d’u exosquelette est
responsable de la forme de la bactérie et de l’a a ge e t. Elle a une fonction de résistance aux différences de
pression osmotique. On retrouve plusieurs types de paroi, mais il faut noter u’il ’e iste aucun lien entre
l’invasivité d’u e bactérie et son type de paroi. Cette paroi joue un rôle important dans la division cellulaire et
les échanges et transports. Elle conditionne aussi la coloration Gram, et est la cible de nombreux antibiotiques.
• Les cocci (un coccus) sont sphériques (staphylocoque,

streptocoque, pneumocoque).
• Les bacilles sont allongés (bacille tuberculeux, E. coli …).
• Les spirochètes sont en hélice (treponema pallidum qui est
l’age t responsable de la syphilis …).
b. Arrangement
La division d’u coccus en deux est spécifique, il y a des arrangements qui dépendent du
plan de division :
• en amas pour les staphylocoques, en haut
• en chaînes pour les streptocoques, au milieu
• en diplocoques avec halo (dû à leur capsule typique) pour les pneumocoques, en bas
• en palissades pour les corynébactéries.
Ces arrangements sont vus directement à l’e a e direct microscopique d’u
prélèvement (donc en moins de 30’ après réception du prélèvement au laboratoire), ils
offrent une orientation rudimentaire, mais utile au choix des antibiotiques utilisés en
première intention.
c. Coloration de Gram : Gram + et Gram –

La coloration de Gram est déterminée par la paroi de la bactérie. Les informations
données à la fois par la coloration Gram +/- et la forme de la bactérie vont permettre une
identification rapide de la bactérie.
Mécanisme de la coloration de Gram :

• Première coloration avec un agent hydrophile (cristal Violet ou violet Gentiane)
qui colore les structures de peptidoglycanes en bleu.
• Puis décoloration et recoloration avec un colorant lipophile rose qui se fixe sur
la membrane.
• les bactéries à Gram négatif avec leur membrane externe riche en lipides et
leur couche fine de peptidoglycanne sont facilement décolorées par l’a tio de
sensible de l’al ool ou l’a to e d’ou le caractère « Gram négatif ».

Bactéries à Gram positif (Gram +) : VIOLET Bactérie à Gram négatif (Gram -) : ROSE
La paroi ne présente u’u e ou deux couches de

Elles possèdent de nombreuses couches de peptidoglycanes.
peptidoglycanes jus u’à 90% des constituants de la A cette couche s’ajoute une membrane externe.
paroi). La couche de peptidoglycanes se trouve entre les
membranes externes et cytoplasmique.
La membrane externe des bactéries

Gram négatif contient le lipopolysaccharide
(LPS), qui constitue l’antigène O. Le LPS est
extrêmement toxique et représente l’endotoxine
des bactéries Gram - pouvant être à l’origine d’u
choc septique.
D’aut e part, dans la membrane externe,
on retrouve des porines permettant le passage
des molécules hydrophiles dont la plupart des
antibiotiques. Les antibiotiques agissent sur les
peptidoglycanes, directement accessibles chez les
Gram+, cachés chez les Gram- sous la membrane
externe.
Certains antibiotiques ont des
conformations moléculaires beaucoup trop
grosses pour passer la membrane externe. Par exemple, les glycopeptides ne sont actifs que sur les Gram+, car
trop gros pour passer la membrane externe (donc inefficaces sur les Gram-).
En résumé
• Membrane externe → Gram - → ROSE (moins = rose)
• Pas de membrane externe → Gram + → VIOLET (plus = bleu/violet)
d. Structure de la paroi bactérienne

Le peptidoglycane est l’ l e t clé de la paroi bactérienne. Sa synthèse se faire par l’a tio des PLP
(Protéines Liant la Pénicilline) qui sont des enzymes membranaires. Leur fonction consiste, chez la bactérie, à
réaliser des pontages entre chaînes peptidiques pour former une structure réticulée : ce sont des
transpeptidases.
Les pénicillines piègent ces enzymes et empêchent leur fonctionnement normal : cela affaiblit le
peptidoglycane qui perd sa réticulation. Les beta-lactamines ont une analogie structurale avec le substrat des
PLP et inhibent ainsi la synthèse du peptidolycane. Leur activité est donc bactéricide.
6) Structures inconstantes des bactéries

a. La capsule anti-phagocytaire
Elle est de nature polysaccharidique et possède un
rôle important dans le pouvoir pathogène de certaines
bactéries (Streptococcus pneumoniae, Haemophilus
influenzae) car elle inhibe la phagocytose et l’opso itatio .
Ci-contre hallo autour des cocci à Gram + du pneumocoque).
La capsule est un facteur de virulence important
(on peut rendre à-virulentes certaines bactéries en agissant
sur la capsule). C’est aussi une cible vaccinale
(Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae,
Méningocoque A, C, W135, Y) et elle est utile à
l’ide tifi atio bactérienne.

b. Cils ou flagelles non vu l’année dernière

Ce sont des organes de locomotion attachées à la membrane cytoplasmique comparables aux flagelles
des spermatozoïdes dans leur structure protéique. Les bactéries en possédant sont plus mobiles, mais celles qui
en sont dépourvues ont d’aut es moyens pour se déplacer.
c. Pili ou fimbriae (prononciation fimbrié) non vu l’année dernière

Les pili sont des appendices de surface plus courts et plus fins que les flagelles, permettant la fixation de
certaines bactéries sur les muqueuses (rôle dans l’adhésion bactérienne → pouvoir pathogène). Par ailleurs Il
peut y avoir transmission de plasmides et donc de matériel génétique via les pili conjugatifs.
d. Spores
La spore est une cellule bactérienne dormante, hautement
résistante à la dessication (= le dessèchement), à la chaleur et aux
agents chimiques (gel hydro-alcoolique), et redevient une bactérie si
les conditions sont favorables. Elle représente un système de veille de
la bactérie (résistance).
Les spores se forment lorsque les conditions de survies de la
bactérie sont défavorables en l’a se e d’ali e ts (Ex : bactéries de
la terre). L’e e ple classique d’u e bactérie qui devient une spore est
le Clostridium (responsable du tétanos : lorsque la spore entre en
contact avec une plaie cutanée, elle germine et
redevient une bactérie. On prévient la transmission par la vaccination). Spores d’un bacille en formation
II) Croissance et métabolisme

La croissance d’u e bactérie dépend de son temps de division.
E. Coli a courbe de croissance rapide, avec une phase de croissance
exponentielle durant laquelle la population double. S’il y a des mutants qui
apparaissent dans cette période, ils seront donc amplifiés de manière
exponentielle d’auta t plus u’ils confèrent un avantage sélectif à la bactérie,
exemple : mutant résistant à un antibiotique.
Les bactéries d’i t t médical ont des temps de réplication courts,
elles doublent leur population entre 30-40 minutes.
D’aut es bactéries ont un temps de doublement beaucoup plus
élevé.
Conséquence pour le clinicien : délai d’o te tio du résultat. Le
lendemain, avec E. Coli (car beaucoup de générations obtenues en 18h),
Courbe de croissance bactérienne
plusieurs semaines si on cherche une o a t ie…
1) Nutriments
Les exigences en nutriments peuvent être très faibles (glucose et sels), comme pour E. coli ou S. aureus,
qui poussent sur ’i po te quel milieu de culture standard
D’aut es bactéries demandent des milieux complexes : comme Bordetella (agent de la coqueluche) ou
Legionella (agent de la légionellose).
2) Température
On trouve des bactéries psychrophiles qui se développent à une température inférieure à 20°C, des
bactéries mésophiles qui se développent entre 25 et 40°C, et d’aut es thermophiles qui se développent entre 55
et 80°C.
L’i u atio habituelle des prélèvements se fait à 35°C.

3) Métabolisme
Certaines bactéries sont aréobies. D’aut es sont anaérobies, et ne supportent pas l’o g e. Si on veut
les isoler, on fait en sorte que le prélèvement soit préservé de l’o g e.
Il existe 3 catégories de bactéries :
• Aérobies strictes, comme pseudomonas
• Anaérobies strictes, comme clostridium, ou aérotolérantes, comme streptocoques
• Aéro-anaérobies facultative, comme certaines entérobactéries ou staphylocoques.
4) Conséquences pratiques
La vitesse de croissance conditionne le délai du diagnostic.
Il n’ a pas d’e ige e natives particulières pour les bactéries standards, mais d’aut es bactéries
demandent un milieu spécifique.
Il existe des conditions particulières pour les prélèvements à la recherche de bactéries anaérobies.
Certains antibiotiques sont actifs chez les anaérobies (imidazolés), d’aut es ne sont actifs que chez les
aérobies (aminosides).
En effet, les bactéries anaérobies ’o t pas les enzymes qui permettent aux aminosides de traverser la
membrane plasmique. Les streptocoques sont naturellement résistants aux aminosides. Si on fait association
pénicilline + aminoside, on restaure chez les streptocoques la sensibilité aux aminosides. C’est extrêmement
efficace.
III)Flore résidente, pathogène, microbiote, interaction bactérie-hôte

1) Le microbiote
L’e se le des bactéries qui nous colonisent forme
un organe.
Le microbiote est l’e se le des bactéries,
champignons et autres micro-organismes d’u
environnement spécifique (ou microbiome), par exemple
l’i testi , chez un hôte comme l’ho e ou tout autre
organisme/écosystème. Le métagénome est l’e se le
des gènes microbiens d’un microbiote.
En médecine, le microbiote le plus important est le
microbiote intestinal. Il est propre à chaque individu en
termes de proportion et de types de bactéries présentes, il
existe une conservation fonctionnelle malgré une
hétérogénéité de distribution des micro-organismes. On
estime u’il existe 1000 bactéries différentes pouvant le
peupler, mais les individus ’en possèdent que 200 chacun.
Les organismes anaérobies strictes sont en plus grande
quantité (99%) ce qui explique une mise en culture difficile.
Ce microbiote est organisé selon un gradient croissant de
concentration oro-anal. Il est le plus abondant au niveau du
rectum où on retrouve 100 milliards de microorganismes
par gramme de contenu luminal. Trois types bactériens déterminent notre entérotypes de microbiote :
bacteroides, prevotella, ruminococcus. Chaque individu est plutôt l’u des trois.
Il reste beaucoup à découvrir sur le microbiote intestinal, cependant on connait déjà l’effi a it des
greffes fécales pour traiter les infections à Clostridium difficile et l’o suspecte que la composition du microbiote
joue un rôle déterminant dans la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique ou l’o sit . La croissance
dépend de la présence d’u microbiote normal, et ce dernier participerait à la lutte contre les carcinogènes. Il y
a une influence réciproque entre le psychisme et le microbiote intestinal. Le microbiote est essentiel au
développement de l’immunité innée.

Le tube digestif est stérile à la naissance et est colonisé dès la rupture de la membrane fœtale. La voie
d’a ou he e t (incorporation de la flore vaginale par voie basse ou de la flore cutanée par césarienne),
l’e vi o e e t, le lieu de naissance, le lait maternel, la diversification alimentaire sont autant d’ l e ts
influençant la composition du microbiote. Stable dans le temps, des variations transitoires peuvent apparaître
en fonction d’u changement de régime alimentaire, d’i fe tio s ou de la prise d’a ti ioti ue. Il revient à la
normale en 1 à 2 mois. Une succession de déséquilibres peut conduire à des conséquences néfastes (maladies
allergiques, infectieuses ou inflammatoires). Les mères en surpoids ont une flore intestinale spécifique transmise
à l’e fa t si l’a ou he e t se fait par voie basse.
Il peut aussi être impliqué dans les cancers, dans les maladies immunitaires du tube digestif, rôle dans
l’o sit et les désordres métabolique.
Attention : un usage répété et précoce des antibiotiques perturbe durablement le microbiote intestinal.
2) Les bactéries : un habitat, un type

Les définitions de commensale et saprophyte diffèrent de celles vues avec le Professeur Durieu, il existe une
confusion dans la littérature. [Commentaire du Pr Vandenesch : Personnellement je pense que tout cela est désuet et
dépassé à la lumière de ce que l’o découvre aujou d’hui sur les microbiotes et les fonctions bénéfiques inattendues d’u e
multitude de micro-organismes que l’o pensait n’ t e que des saprophytes ou des commensaux. L’esse tiel des interactions
sont probablement symbiotiques, en tous cas il y a probablement un continuum entre saprophytisme, commensalisme et
symbiose.
C’est pour cela que je ’i te vie d ai pas sur les définitions ci-dessous…]
Il existe différents types de bactéries selon leur habitat.

• Les bactéries commensales : elles colonisent les revêtements cutanéo-muqueux, sans provoquer de
maladies (Ex : Escherichia Coli), sauf en cas de traversée de la barrière cutanéo-muqueuse ou de
multiplication excessive. Les bactéries trouvent leur bénéfice mais ne sont pas délétères pour nous.
• Les bactéries saprophytes : ce sont celles de l’e vi o e e t (Ex : Clostridium, responsable du tétanos)
flore de passage, avec effet neutre.
• Les bactéries pathogènes : elles provoquent des maladies, ce sont des dommages collatéraux, la
pathologie infectieuse ne représente u’u e portion infime de nos relations avec les bactéries.
• Les bactéries opportunistes : elles provoquent des maladies que si les défenses immunitaires du sujet
sont amoindries (par exemple en cas de traitement par immunosuppresseurs)
• Symbiose : bénéfice partagé, comme avec le microbiote digestif, cutané, vagi al…
Il existe des pathogènes strictes, toujours responsable de maladie, comme le bacille tuberculeux
(mycobacterium tuberculosis), ou la brucella. Mais la plupart du temps, les bactéries qui nous rendent malades
font partie de notre flore commensale. Les bactéries commensales d’u individu pourraient être pathogènes pour
un autre : il existe des susceptibilités génétiques.
3) Mode de transmission des bactéries non vu l’année dernière

Une bactérie peut se transmettre d’u individu à l’aut e de trois manières :
• Transmission directe : via l’i dividu (par les voies aériennes et les microgouttelettes de salive en
suspension lo s u’o éternue par exemple)
• Transmission indirecte : avec un objet, un ali e t…. Donc un élément de l’e vi o e e t
• Transmission verticale : in utero
4) Voies de contamination d’une bactérie non vu l’année dernière

Différentes portes d’e t es permettent à une bactérie de pénétrer dans l’o ga is e :
• La voie digestive : par ingestion d’eau par exemple (Ex : choléra)
• La voie respiratoire : par inhalation d’a osols (Ex : le pneumocoque)

• La voie cutanée : cette porte d’e t e peut se manifester par contact direct ou après effraction
(lo s u’u e plaie se surinfecte ou après une piqûre, comme pour le staphylocoque doré)
• La voie sexuelle (Ex : chlamydia)
5) Bases physiopathologies des maladies infectieuses non vu l’année dernière

On retrouve deux types de maladies infectieuses :
• Les maladies invasives : la bactérie elle-même par sa présence est responsable de la maladie, qui se
développe en deux étapes :
o 1ère étape : colonisation par adhésion bactérienne
o 2e étape : l’invasion bactérienne en elle-même. L’i fe tio peut être localisée (par exemple
l’i fe tio urinaire ou cutanée) ou disséminée après passage par voie sanguine ( ’est une
bactériémie) et métastases septiques (ostéomyélite, endocardite).
• Les maladies toxiniques : ’est la toxine sécrétée par la bactérie qui est responsable de la maladie. On
obtient ainsi une maladie systémique avec passage de la toxine dans la circulation sanguine.
o Exemple : la toxi-infection alimentaire à Staphylococcus aureus
À retenir
• Un microbiote unique, façonné dès la naissance et résilient
• Tout déséquilibre est potentiellement délétère pour l’hôte (cancer, obésité, diabète, allergies, maladies
inflammatoires)
• Métagénomique quantitative
o Vers une médecine prédictive et préventive
o Nouveaux médicaments, nutrition préventive, aliments fonctionnels, fécalothérapie,
transplantation fécale.
• Les éléments de structure utiles à comprendre l’a tio des antibiotiques et les mécanismes de
résistance
• Les éléments de physiologie bactérienne utiles
o A la gestion du diagnostic microbiologique (conditions de prélèvements, recherche spécifique,
délai d’o te tio des sultats…)
o A la prescription de certains antibiotiques
• Des bactéries et des hommes
o La majorité de leurs interactions ’est pas pathogène ! Il faut les perturber au minimum.

Si ja ais t’avais e ore
des doutes en anatomie
a térie e…
Page 14
UE 18 – Généralités – L. JOSSET
Généralités sur les virus

Objectifs
• Comprendre les éléments de la structure des virus, leur classification, et le cycle de multiplication des
virus
• Comprendre les différents types d’i fe tio virale
• Comprendre les mécanismes d’a tio des antiviraux
• Comprendre les outils du diagnostic virologique
I) Structure, morphologie et organisation d’un virus

Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires dont la taille est de l’o d e du nanomètre (nb : il
existe des « virus géants » de la taille des bactéries). Leur croissance ne passe pas par une division cellulaire mais
par une réplication.
Il y a 3 éléments qui composent un virus :
• Les acides nucléiques = patrimoine génétique, génome viral, soit de l’ADN dou le ou si ple i , soit
de l’ARN simple brin à polarité positive (ARN+) ou négative (ARN- , ou e de l’ARN dou le i . Il
peut aussi y avoir des génomes ambisens (une partie ARN+ et une partie ARN-). Toutes les possibilités
existent. Toutefois, dans les familles de virus, la structure est toujours la même. Ex : l’he p s est toujou s
un ADN bicaténaire que ce soit HSV1 ou HSV2. Le génome peut être linéaire ou circulaire, segmenté ou
non. Les virus à ARN sont plus sujets à des utatio s ui s’e p i e o t pa la suite, via les protéines
traduites. En effet, la va ia ilit vie t su tout du fait ue l’ARN pol ase fait eau oup plus d’e eu
ue l’ADN pol ase
ARN = variabilité
NB : Pour faire simple un ARN dit « positif » est un brin sens s ue e ide ti ue à l’ARN et un
« négatif » est un brin anti-sens s ue e o pl e tai e à l’ARN .
• La capside : toujours présente chez les virus, ’est une coque protéique rigide qui protège les acides
nucléiques en entourant le génome, il en existe plusieurs types :
o Icosaédrique : en forme de diamant (20 faces qui sont des triangles équilatéraux) ; rarement
associée à une enveloppe.
o Hélicoïdale : les éléments de la capside se déposent sur les acides nucléiques (moins protecteur) ;
souvent associée à une enveloppe. (Note : certains phages ou virus de plante ne possèdent pas
d’e veloppe
o Complexe
• Une enveloppe (inconstante) : ’est u d te i a t de la ph siopathologie du vi us. Similaire à une
i ou he lipidi ue ui p ovie t de la ellule d’où est so ti le vi us, elle est do se la le à u e
membrane cytoplasmique. Les virus qui en possèdent une sont dits « enveloppés » (Ex : le VIH). Sur
l’e veloppe se t ouve t des glycoprotéines de surface jouant le rôle de communication cellulaire via
l’atta he e t au epteu s de la cellule cible. Les virus enveloppés ne sont en général pas résistant
da s l’eau, su u e ta le. Ils so t transmis par contact rapproché, il ’ a pas de transmission oro-fécale
(note : il existe quelques rares exceptions) Les virus enveloppés sont donc les plus fragiles : leurs
p ot i es d’a o he so t plus apide e t d g ad es da s la i ou he lipidi ue à jou s . Ils sont
alors non-infectieux (mais toujours détectables en PCR).
Les virus ne portant pas cette enveloppe sont dits « nus » (Ex : papillomavirus). Les protéines
d’atta he so t alo s su la apside. Les virus nus sont plus résistants, ils peuvent rester 6 à 8 semaines
dans l’e vi o e e t sa s t e d t uits.
Enveloppe = fragilité
FGSM3 Lyon Est Généralités sur les virus Page 1 sur 12 Page.15
Le virus est tout petit et ne se voit pas au microscope optique, il faudra donc utiliser le microscope
électronique. Quand on fait de la biologie sur les virus, on ne voit que les stigmates de la présence des virus,
mais jamais on ne verra le virus (pas de coloration). On pourra aussi détecter les acides nucléiques.
Note : On a des morphologies de virus très différentes :

• Vi us de l’he p s (un des plus gros) : e veloppe et à l’i t ieu u e apside i osa d i ue
• Virus respiratoire syncytial (responsable de la bronchiolite) : symétrie hélicoïdale
• Virus Ebola : filiforme, pas de capside icosaédrique possible.
• Virus de la grippe : génome en 8 morceaux appelés segments.
• Coronavirus : avec des protéines en surface qui font une sorte de couronne.
➢ Parasites intracellulaires obligatoires
➢ Acides nucléiques (génome viral) : ADN (détecté par PCR) ou ARN (détecté par RT-PCR)
➢ Capside (obligatoire) icosaédrique ou hélicoïdale (ou complexe)
➢ Enveloppe (facultative) → virus enveloppés fragiles
➢ Pas d’e veloppe → virus nus résistants
II) Classification des virus

Il y a une très grande diversité de structure des virus humains ; cependant, ils possèdent quand même tous
les mêmes éléments.
1) Taxonomie
La taxonomie théorique se définit en 4 points :
• Ordre (-virales)
• Famille (-viridae)
• Genre (-virus)
• Espèce
Cependant, celle-ci est imparfaite, en effet l’ordre ou encore la famille de certains virus reste inconnus jusqu'à
nos jours (ex : Human Enterovirus type A).
Exemple de taxonomie : le virus de la grippe
• Ordre : Mononegavirales
• Famille : Orthomixoviridae
• Genre : Inflenzavirus A
• Espèce : Influenza A virus
• Sous-type : H1N1
2) Selon leur structure

Les virus sont le plus souvent classés selon leur structure.
3) Classification de Baltimore
La classification de Baltimore s’i t esse au type de
génome viral et le chemin que celui-ci prendra pour arriver
à l’e p essio d’u ARNm.
4) Selon le type de cellules infectées

Dans cette classification nous retrouvons 2 grands types de
virus :
• Les virus infectant les cellules eucaryotes
• Les virus infectant les bactéries : les
bactériophages
Ce u’il faut bien retenir ’est que dans la classification des virus il y a ceux à ADN et ceux à ARN. Ceci est
important pour 3 raisons :
• Le diagnostic : si on veut détecter un virus à ARN il faut faire une rétro-transcription puis la PCR, alors
que pour un virus à ADN on peut faire une PCR directement.
• La prise en charge thérapeutique (la cible) : le traitement est différent entre les virus.
• Le suivi épidémiologique : Les structures ADN sont beaucoup plus stables que les structures ARN qui
vont donc muter plus facilement !
III) Multiplication (réplication) virale (Les étapes n’ont pas été détaillées)
Notion de spectre d’hôte et de permissivité
Spe t e d’hôte d’u vi us est d fi i pa :

• L’esp e a i al
• Le tissu ellulai e u’il peut infecter
→ spe t e t s la ge (ex : Influenza A) ou plus étroit (ex :
influenza B et C ’i fe te t ue l’Ho e)
Note : u vi us est ei t à l’ho e peut s’ li i e e : variole)
Permissivité des cellules :

• Cellules résistantes à un virus : non infectables (pas de
récepteur)
• Non permissive à un virus : infectables mais cycle abortif : pas
de production de particules virales
• Permissives à un virus : infectables et cycle productif
A chaque étape, le virus détourne la machinerie cellulaire.
1) Adsorption = Attachement
Un virus est donc un agent infectieux comportant une capside et une enveloppe (inconstante) qui doit rentrer
dans une cellule pour se multiplier. Pour cela, il doit trouver un récepteur via son enveloppe ou sa capside sur une
cellule cible, u’il reconnait, et qui lui est spécifique.
Ex : un virus des hépatites infectera le foie, mais tous les virus ’i fe te t pas le foie. Le virus des hépatites,
lui, a son récepteur sur les cellules hépatiques.
2) Pénétration par endocytose

C’est une étape facultative pour certains virus, car il en existe qui se contentent d’i je te leurs acides
nucléiques dans la cellule sans y entrer. En revanche, le virus enveloppé rentre dans la cellule : il y aura fusion
entre la membrane de l’e dosome et l’e veloppe du virus.
3) Décapsidation
C’est la destruction ou désorganisation de la capside du virus pour permettre la libération des acides
nucléiques viraux dans le cytoplasme, c’est à ce moment-là que le cycle infectieux commence vraiment.
• Si le matériel nucléique est de l’ARN positif : souvent il est traduit par les ribosomes directement et donc
reste dans le cytoplasme (cas particulier du VIH qui lui fera une rétro transcription dans le noyau avant).
On recherchera donc des signaux cytoplasmiques.
• Les virus à ADN, eux, rentrent dans le noyau pour être transcrits.
4) Réplication des acides nucléiques viraux

La multiplication virale se fait par réplication, c’est du recopiage, ce ’est pas de la division comme pour les
bactéries. Pour faire la réplication, il faut apporter les éléments protéiques structurants.
5) Assemblage
L’asse lage onsiste à mettre ensemble les acides nucléiques et les protéines du virus. Il est généralement
polarisé dans une cellule (pôle apical ++).
6) Relargage de la particule virale

La libération de la particule virale se fait selon 2 mécanismes :
• Si le virus est non enveloppé : la cellule explose sous l’accu ulatio des particules virales, ce qui libère
les néo-virions.
• Pour les virus enveloppés : un bourgeon se forme à partir de la membrane plasmique pour entourer et
protéger les éléments viraux. Le rendement est moins bon que celui des virus non enveloppés mais cela
pe et d’ tale a production de virus dans le temps.
7) Cinétique de multiplication d’un virus dans une cellule

Le virus (bactériophage dans cet exemple) rentre dans la bactérie à t=0.
De t=0 à t=10min, on est dans les phases précoces de réplication où se fait la
mise en place des outils pour la réplication.
Entre 10 et 17 minutes : les différents éléments sont présents et il
o e e à avoi de l’asse lage : formation de néo-virions.
Puis on a la phase de production (exponentielle) : on trouve du virus dans
le milieu extérieur.
30 i utes ap s l’i fe tio de la a t ie, elle-ci meurt et on a environ 1
milliard de virus.
Toute cellule infectée fonctionne de cette manière, mais parfois ce sont

des heures voire des jours entre les différentes phases.
Ex : Poliovirus : 4-8h, Herpesviridae : > 40h.
8) Conséquences cellulaires de la multiplication virale

• Devenir des cellules infectées :
o Lyse de la cellule (ex : influenza virus)
o Transformation en cellule cancéreuse (ex : papillomavirus)
o Pas d’alt atio appa e te ex : VIH)
• Réponse immunitaire innée : s th se d’i te f o par la cellule infectée
9) Exemples de réplication virale (non traité l’année dernière)

Les virus possèdent des gènes qui codent pour les polymérases qui permettront la réplication virale. Ces
gènes sont traduits en détournant la machinerie cellulaire.
a. Virus à ADN double brin

La réplication ressemble à ce que l’o sait pour les cellules eucaryotes. L’ADN se place dans le noyau et une
enzyme le transcrit en pré-ARNm. Le pré-ARNm est maturé (coiffage, queue polyA et épissage des introns) pour
obtenir un ARNm qui s’e po te a hors du noyau. Celui-ci est traduit en protéines qui serviront à la réplication, la
transcription, la capside et éventuellement l’e veloppe.
Les virus utilisent les outils de la cellule pour se répliquer (notamment l’ADN polymérase cellulaire).
b. Virus à ARN positif

Les ARN+ arrivent avec les éléments protéiques
attachés aux acides nucléiques qui permettent de faire les
premières étapes de la réplication : le virus apporte ou fait
synthétiser de l’ARN polymérase ARN-dépendante (car la
cellule ne la possède pas !).
Les virus à ARN restent purement ARN.
L’ARN+ une fois dans la cellul peut :
• Soit être directement traduit par les ribosomes
cellulaires (car à l’e t it des ARN se trouvent
des IRES (internal ribosome entry site) qui sont des
sites qui permettent à l’ARN de se faire diriger
jus u’au ribosome et de se faire accepter même
s’il n’ a pas de coiffe) = création de toutes les
protéines virales (dont l’ARN polymérase ARN-
dépendante)
• Soit créer une sorte de boucle pour augmenter le

nombre d’ARN+ : pour cela, le virus utilise des
ARN polymérases virales qui sont apportées conjointement avec l’ARN viral lors de la décapsidation. Ces
ARN polymérases vont synthétiser des intermédiaires de réplication qui sont des ARN anti-génomiques
(=ARN-) complémentaires de l’ARN+ viral. Ensuite, ces 2 brins se séparent et l’ARN polymérase est
capable de rester accrochée à l’ARN- pour synthétiser de grandes quantités d’ARN+ qui, à leur tour,
retourneront aux ribosomes créer des protéines virales...
NB : Les Interférons permettent de défendre la cellule contre les infections. Dès qu’u e cellule détecte des ARN
bicaténaires (qui correspondent donc comme on vient de le voir à une étape de réplication du virus à ARN), elle
sait que ’est anormal et donc se met à produire des interférons pour signaler une « bizarrerie ».
IV) Les différents types d’infections virales
Les différents modes de transmission :
• Interhumaine
o Aérienne
o Oro-fécale (ex : hépatite A)
o Sexuelle
o Parentérale (sang)
o Materno-fœtale
• Non interhumaine (ex : grippe A)
o Zoonotique (animaux)
o Anthropodes (moustiques, tiques) (ex : virus Zika)
Un virus animal (zoonotique) peut ou peut ne pas avoir de transmission interhumaine u e fois u’il a i fe t
une personne, selon le virus en question.
1) Infection aiguë simple isolée

Concerne la majorité des virus. (Ex : grippe A, Hépatite A)
Diagnostic : pendant la phase d’ tat de la maladie.
Une fois la réponse immunitaire faite, on ne pourra plus être
infecté par ce virus (sauf mutation ou existence de divers virus. Ex :
400 virus pour le rhume !).
2) Infection aiguë suivie de récurrences, latente

On fait une primo-infection puis le génome viral reste sous
forme silencieuse dans les cellules il ’est plus détectable = phase
de latence. Occasionnellement, il réapparait : réactivation =
récurrence.
(note : Dans les cellules eucaryotes on ne parle pas de plasmide mais
d’ piso e Les vi us late ts peuve t t e i t g s da s le g o e hu ai
ou este sous fo e d’ piso e
La clinique de la primo-infection ’est pas la même que celle de la récurrence. Les réactivations ne sont pas
obligatoires, parfois asymptomatiques et cliniquement différentes de la primo-infection (Ex : herpès simplex,
varicelle).
NB : 95% de la population générale âgé de 18 ans est séropositif pour l’he p s. La transmsission se fait aussi
bien durant l’i fe tio aigue que pendant une période de récurrence (typiquement le bouton de fièvre) à une
personne non contaminée. L’e e ple type de transmission est la récurrence assymptomatique chez une femme
qui vient d’a ou he et qui est donc immunodéprimée. Elle goute le biberon du nouveau-né et lui transmet
l’he p s par sa salive.
NB : Varicelle zona : primo-infection = varicelle ; réactivation = zona. Le zona chez un papy peut donner la
varicelle chez un enfant /!\.
3) Infection aiguë suivie d’une infection chronique

Ces virus ne s’ li i e t pas de l’o ga is e. L’h patite C
peut disparaître avec un traitement, pas le VIH pour le moment.
Multiplication du virus à très grande échelle, suivie d’u e
phase silencieuse, et enfin l’i fe tio échappe au système
immunitaire (→ maladie chronique).
Exemples : VIH, hépatite B et C, HPV
4) Infection lente
Maladie totalement silencieuse jus u’à ce que les symptômes
apparaissent, à ce moment il est souvent trop tard. Il ’ a pas de
réplication à la première phase.
Ex : maladie de Creutzfeldt-Jacob (NB: le prion ’est pas un virus).
V) Un mot sur le virome

Pour une cellule humaine, on a 1 à 10 fois plus de bactéries, et 5 à 10 fois plus de virus que de cellules.
La partie virale du microbiote est le virome. C’est l’e se le des génomes viraux, présents sur ou dans le corps
humain.
Le virome humain est composé de plusieurs types de virus :
• Ies virus d’eu a otes :
o Ceux responsables d’i fe tio s aigues ou chroniques (VIH, hépatites), ou latentes
(herpesviridae… .
o Certains peuvent être non pathogènes. Nous avons une flore virale commensale inoffensive. Des
anellovirus, comme anelloviridae, ne rendent pas malade (90% d’e t e nous en auraient !).
Selon des études en cours, ces virus non pathogènes seraient des marqueurs de fonctionnement
du système immunitaire, ils se répliquent plus si on a une baisse du niveau immunitaire.
• Les virus bactériophages, qui modulent le microbiote bactérien. Les viromes des patients obèses ’est
pas le même que ceux d’aut es patients, pareil pour les enfants nés par voie basse ou par césarienne.
• Les virus des archées (= procaryotes non bactériens)
• les virus endogènes (= anciens rétrovirus dont le génome a été intégré dans notre ADN). Les gènes
codant les protéines du placenta proviennent de génome viral !
VI) Mécanismes d’action des antiviraux

Lorsque l’o veut tuer un virus on ne veut pas tuer la cellule. Les virus se répliquant dans la cellule, Il est
donc très difficile de trouver des traitements ciblant uniquement le virus. De ce fait, Il ’ a pas beaucoup
d’a tivi au et la plupart ’o t pas un spectre d’a tio large (contrairement aux bactéries).
On a des antiviraux contre VIH, virus des hépatites B et C, les herpesviridae, les virus de la grippe. La
ribavirine est un antivirus à large spectre actif contre virus à ARN et ADN.
Les antiviraux peuvent cibler chacune des étapes de la réplication :
• L’e t e du virus via les récepteurs.
• La réplication des gènes viraux : molécules qui inhibent l’ADN polymérase, l’ARN polymérase, la
transcriptase inverse (antirétroviraux dans ce dernier cas).
Concernant la transcriptase inverse, cette enzyme ’e iste pas dans la cellule humaine, elle synthétise
de l’ADN à partir d’ARN, ’est spécifique du virus !
• La maturation des protéines en les inhibant : ce sont les inhibiteurs de protéases, il ’ a plus de
réplication du virus possible.
• Inhibe la libération des virions : Les virus ne peuvent pas se détacher de la cellule. (Seul antiviral contre
la grippe.)
/!\ Les antiviraux sont uniquement virostatiques, ils ne sont pas virucides et ’o t pas d’a tio sur les virus
latents !! (on ’ li i e pas le VIH comme ça…. )
Les antiseptiques (gel hydro-alcoolique), détruisent la structure du virus et sont virucides.
Notion de résistances aux antiviraux
Un virus à ARN (comme le VIH) peut faire émerger des résistances très rapidement. En effet, les virus à ARN
mutent très facilement.
D’où la trithérapie pour les patients atteints du VIH, pour diminuer le risque d’ e ge e de résistance.
Une seule molécule impliquerait directement des résistances virales.
NB : la résistance existe pour les virus à ADN, mais celle-ci est plus rare.
VII) Les méthodes de diagnostic en virologie

1) Objectifs du diagnostic
• Re he he u e tiologie vi ale lo s d’u e i fe tio aiguë ou chronique
• Suiv e l’évolution d’u e i fe tio vi ale t ait e ou o
Si o fait u p l ve e t hez uel u’u ui a le VIH, o t ouve a toujou s le vi us. Si o fait u p l ve e t
hez uel u’u ui a de l’he p s, o e le t ouve a pas fo e t a il au a des phases d’ lipses ua d il
va en intracellulaire). On a des phases de primo-infection (premier contact avec un agent infectieux), qui
se o t diag osti u es o e pou u e i fe tio aigue. E eva he le suivi se a fait ave d’aut es outils.
Attention : o soig e u alade, pas des sultats iologi ues. Si le patie t ’a au u s ptô e, o e fait
rien !
• Etudie l’épidémiologie des infections virales (communautaires, nosocomiales)
• Déterminer le statut immunitaire vis-à-vis d’u vi us
• Dépistage systématique (VIH, Hépatites, AES)
• Assurer la sécurité virale pour les dons (organes, tissus, cellules)
Si le diagnostic virologique ’a e aucun changement dans la prise en charge, le traitement et s’il ’a
aucun intérêt épidémiologique, il ’est alors pas utile de faire ce diagnostic.
2) Outil du diagnostic
Plusieurs approches sont possibles pour poser un diagnostic virologique :
• Diagnostic direct : détecte une infection en cours aiguë, chronique, ou une a tivatio d’u vi us late t.
Recherche du virus ou de ses constituants (protéines, acides nucléiques ou autre génome viral,
a tig es vi au da s le p l ve e t iologi ue. C’est le eilleu a gu e t pou o fi e u e
infection.
• Diagnostic indirect = sérodiagnostic :
o Pour affirmer le diagnostic de primo-infection : appa itio d’a ti o ps e t e deu prélèvements
d’u patie t.
o Pour définir le statut immunitaire vis-à-vis d’u vi us : savoir si un patient a déjà rencontré un
virus précis (détection anticorps positive).
Moment et sites de prélèvement :

• Adaptés à la physiopathologie du virus : pour cela il faut connaître la durée de la période d’i u atio ,
la cinétique d’appa itio et le seuil de détection des marqueurs viraux directs et indirects.
o Il faut prélever toute lésion accessible (lésion cutanéo- u ueuse, i fe tio ORL…
o Il faut prélever les sites d’e t e du virus, les tissus cibles, le sang, la voie d’ li i atio .
o Pour les infections respiratoires aiguës on prélève au plus près du début des signes cliniques.
Importance des phases pré-analytiques

1. Choix de prélèvement à effectuer selon la clinique (toute lésion accessible doit être prélevée), la
po te d’e t e, les sites de ultipli atio et d’e tio du vi us suspe t .
2. Réalisation des prélèvements (importance +++ de la qualité et du timing du prélèvement pour
le diagnostic)
3. Acheminement des prélèvements au laboratoire ! Milieux de transport pour virologie ;
transport rapide ou conservation
4. Importance des renseignements cliniques. Ils doivent être transmis au laboratoire avec le
prélèvement.
Exemple : la méningite virale. Les amygdales sont sa porte d’e t e. Ai si le p l ve e t doit t e fait à
ce niveau et non dans le LCR.
Si o e o ait pas le o e t de l’i fe tio il est alo s diffi ile de o ait e le ti i g , o peut s’appu e su la
clinique, ou faire simplement une sérologie.
Si c’est la uit, et u’o e peut pas avoi le sultat tout de suite, g â e à la PCR o peut o e e le
t aite e t e as d’i fe tio vi ale puis fai e le p l ve e t ap s le la e e t du t aite e t, ela ’alt e a e
ie les sultats o t ai e e t à u e i fe tio a t ie e. Ce ui est i po ta t ’est la th apeuti ue e
premier dans les cas urgents !
VIII) Diagnostic direct

1) Détection d’antigènes viraux
• Tests de détection rapide (TDR) : immunochromatographie sur membrane, réalisable au lit du patient
en 10 à 15 minutes mais mauvaise sensibilité, la valeur prédictive gative ’est pas o e. Cependant,
ils sont spécifiques (si le test est positif, o sau a u’il a e vi us).
• Test ELISA (2h).
• Test d’i u ofluo es e e (30 min).
 Ces techniques sont assez peu sensibles et utilisables si le prélèvement est riche en virus (rotavirus,
adénovirus, grippe, VRS, HSV, confirmation de culture cellulaire)
2) Culture des virus
4 à 5 jours, donc peu utilisée. Il faut d’a o d cultiver des cellules, adaptées à chaque virus (cellules
permissives au virus). C’est long et compliqué, ’est le seul moyen d’isole un virus. On regarde l’état des cellules
au microscope optique. Cette technique est essentiellement employée dans les laboratoires spécialisés.
NB : cette technique est utilisée lors de l’ la o atio de vaccins.
3) Microscopie électronique sur prélèvement

Quand on ne trouve rien, on regarde sur un échantillon du site infectieux pour éventuellement trouver la
présence d’u autre virus. Reste ultraspécialisé.
4) Diagnostic moléculaire = Détection du génome

90% des diagnostics actuels.
• PCR, RT-PCR : lecture en point final (réponse binaire : présence ou absence) Durée : inférieure à 1 heure.
La PCR en temps réel est quantitative (machines qui font de la PCR où la sonde se colle sur les produits
d’a plifi atio , et la le tu e se fait e di e t, ap s ha ue le de PCR ; la machine lit et dit quand le
seuil de positivité est dépassé). La qPCR permet de quantifier une charge virale (quantité de virus).
L’app iatio de la ha ge vi ale est utilis e pou esu e l’effi a it d’u t aite e t lo s d’u e
infection au VIH ou une hépatite par exemple.
o PCR point final : on attend les 40 cycles de PCR, et on a al se pa ig atio su gel, ’est
qualitatif, résultat en 3h.
o PCR temps réel : on mesure la fluorescence à chaque cycle, le résultat est quantitatif, résultat
en 1h.
• Puces à ADN : PCR + hybridation sur la puce, très sensible ais ’est t op lo g et t op he . Utilisation :
typage des papillo avi us ui fo t le a e du ol de l’ut us hez la fe e.
• Séquençage haut débit :
o Métagénomique : analyse sans étape de culture préalable de l’e se le des a ides u l i ues
de i oo ga is es p se ts da s u ilieu do le p l ve e t . C’est u e a al se o
biaisée et sans a priori. Début de mise en place, utilise des algorithmes sur ordinateur. C’est
l’ave i a ua d o fait u e PCR o e t ouve ue e ue l’o he he, alo s ue la
métagénomique peut détecter tous les virus. Cette technique est le futur du diagnostic en
infectiologie !
o S ue çage ci l d’u g e viral pour la recherche de r sistance aux antiviraux par exemple.
Le diagnostic direct est essentiellement moléculaire, avec surtout la PCR en temps réel. Mais attention : on
ne trouve que ce que l’o cherche !
IX) Diagnostic indirect (sérologie)

Le diagnostic indirect se fait par recherche d’i u oglo uli e spécifique ciblant un agent infectieux. Le
diagnostic indirect permet d’affi e une primo-infection ou de définir le statut immunitaire d’u patient
(séropositif ou séronégatif).
Remarque : Il existe des anticorps ciblant un génogroupe entier de virus (Ex : Adénovirus).
Recherche des différentes classes d’i u oglo uli es :
• IgM apparaissent en premier lo s d’u e i fe tio , ils so t peu avides lo s ue l’i fe tio est à so d ut.
On peut tester l’avidit du s u e p se e du vi us pou o ait e le stade de l’i fe tio .
NB : Avidité = fo e d’i te a tio e t e plusieu s sites A s et u Ag ultivale t. La esu e de l’avidit est
soumise à une forte marge d’e eu . On préfère faire directement une PCR.
• IgG (réponse tardive)
La recherche des IgM et IgG peut se faire dans tous les liquides biologiques (labo spécialisés) et non
uniquement dans le sang (LCR, salive, urine, humeur aqueuse, liquide articulaire…
Ex : Diagnostic sérologique chez une femme enceinte,
on doit savoir si ’est une primo-infection (pouvant poser
problème sur le fœtus ou si ’est une réinfection.
• 1er contact → IgM puis IgG

Les IgM disparaissent rapidement et pour
les IgG ’est plus lent.
• Quand on a une réinfection : ++++ IgG et un

peu d’IgM (qui sont plus avides que lors du
premier contact !)
 La primo-infection ne peut être affirmée que si l’o dispose de deux sérums : l’u avant l’i fe tio
montrant des Ig négatifs ; et l’aut e une quinzaine de jours plus tard avec un dosage d’Ig positifs.
Un résultat avec des IgM positifs et des IgG négatifs ne signe pas une primo-infection (ce peut être une
réinfection avec des IgG qui sont encore indétectables). De même, un test d’avidit montrant des IgM
peu affins est en faveur d’u e primo-infection mais cela reste probabiliste. L’affi atio ne peut être
posée que par l’o jectivation de l’appa itio des anticorps avec deux sérums prélevés à 15 jour
d’i te valle.
La séroconversion est le changement d’ tat, ’est-à-dire le passage de séronégatif à séropositif. La

séropositivité peut marquer une infection par l’age t infectieux ou bien une vaccination (on peut parfois les
différencier si leur signature immunologique ’est pas la même).
X) Stratégie diagnostique
Différents éléments à prendre en compte :
1) Le prélèvement :
• Connaître le site d’i fe tio (diagnostic clinique) et groupe de virus ou le virus probablement
responsable (étiologie probabiliste)
• Durée et l’ volutio p o a les de la aladie du patie t au o e t de l’e a e pe ti e e du
prélèvement et du type de prélèvement)
2) Le diagnostic
• Connaître les outils diagnostiques à utiliser en fonction du contexte clinique, du virus présumé
et les limites des analyses
3) La prise en charge médicale du patient :
• Traitement ?
• Isolement ?
• Vaccination ?
• Enquête épidémiologique ?
« Toute lésion accessible doit être prélevée »
XI) Limites des techniques

• Diagnostic direct :
o Pa d te tio d’a tig e vi au : peu sensible
o Par détection du génome viral : /!\ contamination
o Par culture : long, nécessite de cultiver les cellules permissives au virus
o Ne pe et pas le diag osti t ospe tif d’u e i fe tio aiguë
• Diagnostic indirect par sérologie

o Faux positifs (ex : administration d’ig, transfusion, pathologie aut-immunes, grossesse, réaction
croisée …
o Faux négatifs (hémodilution, immunodéprimés car réaction immunitaire affaiblie, hémodialyse,
p l ve e t t op p o e …
o D lai essai e à la p odu tio d’AC : sans intérêt pour le diagnostic des infections
respiratoires aiguës (IRA), gastro-e t ite aiguës GEA …
XII) Cas cliniques

Cas clinique n°1
Mme Z, 24 ans vient pour un dépistage de la rubéole (infection aiguë simple). Pas de notion de vaccination
connue. Elle prévoit une grossesse dans quelques mois.
Quelle analyse faites-vous ?
 Une sérologie a ’est u dépistage et non un diagnostic. Il faut donc déterminer son statut sérologique
(« a-t-elle des anticorps ? »).
Résultats :
• IgM négatifs, IgG positifs → elle a donc eu la maladie et elle est protégée. Pas de soucis pour la
grossesse. Soit elle a t va i e, soit elle l’a d jà o t a t e : elle a des a ti o ps, il ’ a pas d’i t t
de la (re)-va i e , il ’ au a pas d’i t t à fai e u p l ve e t futu .
• IgM + et IgG + → on ne sait pas si ’est i ui ta t. A-t-elle des symptômes ?
o Primo-infection (réponse primaire)
o Deuxième contact (réponse secondaire) /!\ la u ole ’est pas u vi us latent, il ne peut pas y
avoir de réactivation !
o Faux positifs, patiente avec maladie auto-immune qui induit des croisements.
Si elle n’a pas de symptômes et u’elle ’est pas enceinte, il ’ a pas de problème pour sa grossesse
dans quelques mois. Si elle est enceinte, on fait un test d’avidit pour distinguer la primo-infection (risque
pour le fœtus) de la réactivation (pas grave pour fœtus car aura les anticorps). Si ’est une primo-infection,
on lui conseille d’atte d e pour sa grossesse, le temps que l’i fe tio soit passée.
• Sérologie négative : vaccination. On lui dit d’attendre pour sa grossesse car le vaccin est vivant. On ne
vaccine pas contre la rubéole pendant la grossesse.
Cas clinique n°2

Bronchite virale invalidante chez jeune homme de 24 ans.
Quelle(s) analyse(s) faire ?
• Prélèvement : crachat mais il faut le faire dans de bonnes conditions (crachat induit : kiné qui tape le
patient puis pseudo-Heimlich !) ou prélèvement du fond de la gorge. On peut aussi utiliser un
écouvillon naso-pharyngé, ou faire une aspiration naso-pharyngée pour les enfants.
• Puis diagnostic étiologique direct. On fait une PCR ciblée sur les virus probables de la période. Si la
PCR g ippe est positive, o e fait pas d’aut e p l ve e t. Si la PCR est négative, on peut élargir le
spectre sur les autres virus probables. Ou on refait sur le même (grippe) dans 3- jou s… On peut
également fai e u s ue çage haut d it, pou voi si ’est u vi us variant, ou autre. est fait dans
lo s u’il a des fo e s d’i fe tio s s v es dans des EHPAD par exemple (pas encore pour patient
i dividuel… , encore du stade de la recherche
Cas clinique n°3

Mr AA, 75 ans a eu une éruption sur la lèvre supérieure, il y a 15 jours qui est maintenant terminée. Il voudrait
savoir si ’ tait un herpès labial.
Quelle réponse et/ou quelle analyse ?
• « Rentrez chez vous je ne peux pas vous le prouver, vous êtes guéris ». On ne peut pas faire de
diagnostic direct.
• Sérologie : dira oui comme pour 95% des français de plus de 18 ans.
• Prélèvement ne montrera rien.
 On ne doit rien faire, dites-lui de revenir quand ça recommence.
A retenir
• Virus : Parasite intracellulaire obligatoire
• Variabilité importante du monde viral
• Les vi us peuve t do e diff e ts t pes d’i fe tio soit aiguë, soit h o i ue, soit late te ave
récurrence
• Les antiviraux sont virostatiques : ciblent 1 étape du cycle de réplication virale
• Nombreux virus présent sur et dans le corps humain : le virome
• Les outils du diagnostic ont tous leurs intérêts et limites
• Des diagnostics virologiques urgents et rapides sont possibles
UE 18 – Généralités - S. JARRAUD – A. TRISTAN
Développement bactérien et identification bactérienne

Rappel de cours : dénomination des bactéries
• Bactérie commensale : ’est u e a t ie de l’ho e, o pathog e et atu elle e t p se te su la
peau ou dans le corps.
• Bactérie saprophyte : ’est u e a t ie atu elle e t p se te da s l’e vi o e e t.
• Bactérie opportuniste : ’est u e a t ie o e sale , ui devient pathogène chez les personnes
immunodéprimées.
Les différents examens abordés dans ce cours seront revus dans les chapitres correspondants. Le but de
ce cours est de donner une idée du raisonnement diagnostique en bactériologie.
I) Le développement des bactéries – Conditions de développement

1) Milieux de culture
Les bactéries se développent et se multiplient sur des supports solides ou liquides, en puisant les
nutriments présents dans le milieu de culture (ex : oite de p t i ave de l’aga . On va utiliser le milieu le plus
adapt à la a t ie u’o he he.
La méthode de culture des bactéries consiste à la alisatio o e te d’u p l ve e t puis à
l’e se e e e t de e de ie su un milieu de culture propice au développement des bacté ies ue l’o pe se
retrouver. On laisse ensuite incuber le temps que les bactéries se multiplient et créent une colonie.
Les milieux de culture peuvent être simples ou complexes en fonction des besoins des bactéries pour leur
développement. En effet, leurs développements nécessitent la présence de facteurs de croissance plus ou moins
sp ifi ues, d’où l’i t t d’i di ue la suspi io tiologi ue lo s du p l ve e t ex : les mycobactéries sont très
e igea tes pa appo t à E. oli ui e l’est pas du tout).
Il est également nécessaire de respecter les conditions atmosphériques adéquates à leur développement
: température, humidité, ... Par exemple, il existe des bactéries aérobies viva t e p se e d’O2) et anaérobies
(vivant sans O2, voire pour les uels l’O2 est toxique). Il est possi le de e u e a a o iose e ôta t l’o g e du
ilieu à l’aide de sa hets ui apte t l’O2.
Certaines bactéries ne peuvent pas se cultiver, l’age t de la s philis Treponema pallidum ou l’age t de
la lèpre (Mycobacterium leprae) par exemple.
Chez un même patient et pour un même échantillon, on peut observer des cultures polymicrobiennes
(plusieurs types de bactéries coexistantes) et des cultures monomicrobiennes.
2) Cinétique de développement
Les bactéries suivent un mode de division binaire, par scissiparité : une bactérie mère engendre deux
bactéries filles. Les bactéries ont des temps de division variables, donc des délais de croissance des colonies
différents, et ainsi des d lais diff e ts d’o te tion des résultats de diagnostic (identification + antibiogramme)
iologi ue d’u e i fe tio .
A tit e d’e e ple, su la oite de p t i, les olo ies à E. oli appa aisse t da s u d lai de 6 à 10h environ
(résultat des tests diagnostiques en 24h) alors que le délai des colonies de Mycobacterium tuberculosis peut
atteindre 4 semaines.
Cou e de oissa e d’u e olo ie a t ie e:
• Phase de latence : Développement lent en raison du faible nombre de bactéries.
• Phase de croissance : Développement rapide, les bactéries puisent dans les nutriments du milieu.
• Phase stationnaire : Il ’ a plus assez de ut i e ts da s le ilieu pou assu e la oissa e de la olo ie,
’est l’ uili e e t e p odu tio et o t des a t ies. Si o ajoute des ut i ents, la phase de croissance
reprend.
FGSM3 Lyon Est Développement et identification bactérienne Page 1 sur 9 Page 27

• Phase de déclin : Il ’ a plus assez de ut i e ts da s le ilieu, les a t ies eu e t.
3) Le dénombrement bactérien
Le dénombrement permet de calculer le nombre de bactéries présentent dans un échantillon. Il est
exprimé en Unités Formant Colonie/mL (UFC/mL).
Il est i po ta t e li i ue a ’est u critère diagnostique de certaines infections.
Certaines bactéries so t o ale e t a se tes de l’e vi o e e t, ce sont des pathogènes strictes : il
’ a do pas besoin de seuil pou le diag osti , u e seule a t ie p se te da s l’ ha tillo pe et de pose
le diag osti de l’i fe tio le méningocoque pour la méningite, légionellose).
D’aut es i fe tio s nécessitent un seuil diagnostic (pour certaines infections pulmonaires ou urinaires par
exemple , a s’agissa t de a t ies sap oph tes, il est diffi ile de disti gue u e olo isatio o
pathogène/portage sai d’u e i fe tio .
4) Le diagnostic des infections

Il existe deux types de diagnostic des infections : diagnostic direct et indirect.
• Le diagnostic direct : fait à pa ti d’u p l ve e t, il pe et le plus souve t d’ide tifie la ou les bactéries
après culture.
o 1) Prélèvement du patient. (où pourrait être loger la bactérie)
o 2) Examen direct : olo atio de G a et o se vatio au i os ope de l’ ha tillo pou i le
la recherche lors des étapes ultérieures.
o 3) Mise en culture, incubation
o 4) Identification et antibiogramme.
S’il est i possi le de ultive la a t ie ha tillo st ile , il est alo s possi le de alise u e PCR pour
d te te la p se e ou l’a se e de l’ADN a t ie di e te e t à pa ti d’u p l ve e t o e le LCR.
Cependant la PCR nécessite des amorces spécifiques et on ne t ouve ue e ue l’o he he. On peut faire
également une PCR universelle du gène 16S, commun à toutes les bactéries, lorsque le milieu est normalement
stérile pour détecter sa présence. Puis fai e d’aut es PCR ave des a o es sp ifi ues pou ide tifie la a t ie
en question.
Ex : pour infection osseuses (os stérile)
La d te tio des a tig es a t ie s di e te e t da s u p l ve e t fait gale e t pa tie de l’e a e
direct
• Le diagnostic indirect : ’est u s odiag osti ui se alise pa d te tio des a ti o ps du patient en
po se à l’i fe tio a t ie e. Il est surtout utilisé pour les bactéries non cultivables ou si le
prélèvement est impossible pour la mise en culture.

II) Cas clinique – L apprentissage par l exemple

1) Cas clinique n°1 – Jules
Enoncé : Jules, âgé de 20 ans, voulait recoudre son maillot de bain et s'est piqué le doigt avec une aiguille. Dans
les 48 h, il a développé un abcès avec du pus au niveau de la piqûre.
➔ Comment faire le diagnostic pour connaître la bactérie responsable ?
a. Diagnostic d une infection cutanée
P l ve e t de l’ ha tillo : il existe deux possibilités, soit on fait une incision et on prélève avec un écouvillon
eswab stérile, soit on prélève le pus avec une seringue. Da s le ad e d’u p l ve e t uta , le is ue de
o ta i atio pa la flo e o e sale est i po ta t, et il faut veille à e pas souille l’ ha tillo si o le
résultat sera faussé.
Le o p l ve e t de l’ ha tillo est p i o dial da s le diag osti iologi ue de l’i fe tio , un bon

diagnostic passe par un bon prélèvement.
b. Analyse au laboratoire
Au labo : o p o de à l’e se e e e t des ilieu de ultu e et à l’i u atio da s
une étuve (pour les conditions atmosphériques). En parallèle, on étalera le pus sur
une lame de verre avec coloration Gram pou l’ide tifi atio de la a t ie dans cet
exemple : cocci à Gram +)
Rappel : Coloration de Gram
• Bactérie Gram + : couleur violette.
• Bactérie Gram - : couleur rose.
Résultats labo : Après 24h d’i u atio :

• Examens sur les milieux de culture : après coloration, on observe des colonies de cocci Gram + (violettes).
• R alisatio d’u e ide tifi atio : ensemencement dans le sérum de lapin (anticorps anti coagulase) pour
réaliser le test de la coagulase (produit par le staphylocoque doré) (test enzymatique) ou faire un Maldi
Tof spe t ophoto t e de asse ui pe et d’ide tifie les a t ies e fo tio du p ofil p ot i ue .
Autrefois, on réalisait des tests enzymatiques (galerie Api) pour savoir vers que type de bactérie on
s’o ie tait.
➔ Le Maldi Tof est plus rapide (<1 jou ue les gale ies Api, ’est pou uoi il est p ivil gi lo s de
l’ide tifi atio . O e fait pas le Maldi Tof di e te e t su le p l ve e t a il e faut u’u e seule
bactérie à analyser.
• E se e e e t d’u a ti iog a e : milieu de culture avec bacté ie et a ti ioti ues ue l’o i u e
encore 24H00.
Résultat labo : Après 48h d’i u atio :

• Le sérum de lapin a coagulé : Test coagulase positif → Staphylococcus
aureus.
• Antibiogramme : on détermine les sensibilités et résistances aux divers
antibiotiques test s e fo tio du dia t e du e le d’i hi itio pa
l’a ti ioti ue.
Co u i atio des sultats pou t aite e ts du patie t ave l’a ti ioti ue le plus effi a e.
Donc antibiothérapie probabiliste et en fonction de la coloration si nécessaire à J0 et J1 puis ciblé à partir de J2.

c. L antibiogramme
O e se e e les a t ies su u e g lose de so te u’elles e ouv e t toute la su fa e de la oite de
P t i et o dispose des dis ues d’a ti ioti ues. Autou des dis ues d’a ti ioti ues appa ait o t des zones
d’i hi itio plus ou moins grandes, mettant en évidence la sensibilité ou la résistance de la bactérie à
l’a ti ioti ue test Cf t avau p ati ues .
d. Questions-réponses sur le cas
Q : Connaît-o des a ti ioti ues p ivil gi s pou les diff e tes sou hes d’u e e a t ie ?
R : Les bactéries ont des résistances naturelles, ue l’o o aît, ais les diff e tes sou hes peuve t acquérir
des résistances pour des antibiotiques, d’où la essit de fai e u a ti iog a e. Cepe da t, l’a ti iog a e
’est pas s st ati ue : en fonction des bactéries identifiées et du prélèvement on peut éviter ce test car
e tai es a t ies ’o t pas de sista e a uise o ue pou e tai a ti ioti ue. Il suffit alo s de t aite le
patient avec le dit antibiotique.
Q : Pou uoi fai e u G a su l’ ha tillo à pa ti du p l ve e t alo s ue l’o peut fai e u Maldi Tof à
pa ti de la ultu e ue l’o a fait pousse ?
R : Un test Gram permet de faire un premier tri parmi les bactéries en les séparant en Gram + ou –, confirmant ou
infirmant la suspicion de ase, et pe etta t ai si d’o ie te le diag osti à J alo s ue le Maldi Tof e se fait
u’à J .
Il est esse tiel de o ait e la li i ue afi d’o ie te le diag osti a t iologi ue ve s l’ tiologie la
plus probable. Un test de Gram associé à la clinique peut orienter le diagnostic étiologique probabiliste de
l’i fe tio et pe ett e de hoisi u t aite e t a ti ioti ue e u ge e.
Q : Existe-t-il un danger à donner un mauvais antibiotique pour un traitement en urgence ?
R : U e e eu d’a ti ioti ue peut e t ai e la o t du patie t pa ho to i ue. De plus, ela peut a outi à des
résistances aux antibiotiques des bactéries commensales et pathogènes.
Maldi Tof : Un laser tape sur une lame (= la cible) sur laquelle est déposée une colonie de la bactérie à
identifier. On rajoute une matrice qui va lyser la paroi de la bactérie. Après introduction de la cible dans le
s st e, elle est o a d e pa u lase . Les io s ai si g s da s la ha e d’io isatio so t a l és dans
u ha p le t i ue ui les di ige da s u tu e de vol ve s l’a al seu . Ce de ie pe et de s pa e et de lasse
les ions accélérés selon leur temps de vol (TOF : Time-Of-Flight) et de produire un spectre de masse. Le spectre de
masse obtenu est u e so te d’e p ei te digitale sp ifi ue et u i ue de la o positio e p ot i es du
i oo ga is e a al s , ui peut t e o pa à u e a ue de do es de spe t es pou do e l’ide tifi atio
de la bactérie.
2) Cas clinique n°2 – Julien

Enoncé : Julien, âgé de 20 ans, se présente aux services des urgences de l'hôpital avec des céphalées très
importantes, une photo-phonophobie, des vomissements en jets et une fièvre à 40°C. L'examen clinique met en
évidence une raideur méningée et un purpura pétéchial. On cherche à savoir comment faire le diagnostic.
NB : La cli i ue doit i édiate e t ous ale te ca il s’agit ici d’u pu pu a ful i a s (pu pu a associé à u
syndrome méningé), seul cas où on administre des antibiotiques avant les tests.
a. Prélèvement
Hémoculture :
C’est u p l ve e t de sa g ui est is da s u fla o ilieu li uide pou ultu e a t ie e e milieu
aérobie et anaérobie dans une étuve. Les bactéries étant très diluées dans le sang, on maximisera les chances de
recueil des bactéries en réalisant 2 pai es d’h o ultu es a o ies et a a o ies , le volu e d’u fla o
étant de 10mL.
Nb : L’h o ultu e est seule e t alis e s’il a de la fi v e ui sig e l’attei te s st i ue.

b. Au laboratoire
En raison de la t s fai le o e t atio de a t ie da s l’ ha tillo de l’o d e d’ a t ie/ L , il est
essai e de alise l’i u atio des fla o s d’h o ultu e da s u i u ateu d di . On ne réalisera pas
d’e a e di e t à J0.
• Incubation à 35-37°.
• L’i u ateu so e a s’il d te te la p se e de a t ies da s le fla o d’h o ultu e d te te la
production de CO2 par les bactéries).
Enoncé : Da s le as de Julie , les deu pai es d’h o ultu es so t d te t es positives.

• Coloration de Gram à partir des hémocultures incubées.
Enoncé : Cocci à Gram négatif pour 3 flacons (suspicion de Neisseria meningitidis) et Cocci à Gram positif pour 1
flacon.
• Cultu e de a t ie à pa ti d’h o ultu es i u es : o p l ve u e goutte da s le fla o ue l’o
dépose sur de la gélose pour cultiver les bactéries et faire leur identification et leur antibiogramme si
nécessaire.
Au labo : après 24h.
• Colonies sur milieux de culture des 3 flacons avec des cocci Gram négatif :
o Coloration de Gram : cocci Gram négatif.
o Maldi Tof ➔ Neisseria meningitidis.
o Sérogroupage ➔ sérogroupe B (identification du sous-type de bactérie, méningite A,B,C). En
fo tio des s og oupes, o o ga ise u e a ti ioth apie pou les p o hes et va i atio s’il le
vaccin existe (ex : méningite C)
o Antibiogramme : sensibilité et résistance.
Le résultat peut être rendu et une d la atio à l’ARS age e gio ale de sa t est obligatoire.
Nb : L’ARS e u e e u te su l’o igi e et les t a s issio s pote tielles de la a t ie.
• Pour le quatrième flacon : C'est un cocci à Gram positif :
o Identifié comme Staphylococcus epidermidis. C’est u e o ta i atio du p l ve e t pa les
bactéries commensales lors du prélèvement.
A retenir sur les hémocultures

• La ponction veineuse doit :
– Éviter au maximum toute contamination (risque de faux +)
– Recueillir un volume de sang suffisant (risque de faux -)
• Quand hémoc se positive J0 : ED, J1 : culture, J2 : ATBg
• Interprétation en fonction de la bactérie, du nombre de flacons et du délai de pousse
• A ti ioth apie p o a iliste adapt e au o te te et à l’ED puis adapt e e fo tio de
l’a ti iog a e
• Toujours rechercher la po te d’e t e souvent urinaire)
c. La ponction lombaire
Prélèvement de LCR : sur les 3 tubes prélevés lors d’u e PL, l’u est desti à l’a al se tologi ue et
io hi i ue, l’aut e à la a t iologie et le de ie à la vi ologie.
Analyse biochimique, pour le diagnostic on recherchera :
• Une hypoglycorachie : baisse du taux de sucre car consommé par les bactéries.
• Une hyperprotéinorachie.
• Une recherche de polynucléaires neutrophiles par analyse cytologique.
Ces sultats so t apides, o te us da s l’heu e !

Analyse bactériologique du LCR :

• Analyse à J0 :
o Coloration de Gram.
o Si on constate la présence de cocci Gram négatif, suspicion de méningocoque (Neisseria
meningitidis) ➔ Appel service clinique pour traitement.
• Ensemencement milieu de culture.
• Résultats à J1 : les colonies ont poussées, identification des souches.
• Résultats à J2 : antibiogramme.
• Le résultat peut alors être rendu.
Les résultats sont obtenus sous 48h !
Enoncé : Appelé au domicile de Julien, le Dr Juliette évoque le diagnostic de méningite à méningocoque devant
les signes cliniques et le purpura. Elle lui pratique à juste titre une injection de Ceftriaxone (C3G) et appelle le
SAMU pour transférer Julien à l'hôpital. Toutes les analyses bactériologiques (hémocultures et PL) demeureront
stériles (rôle des antibiotiques).
En réalité, le patient a reçu un traitement antibiotique avant le prélèvement pour les tests biologiques,
les ultu es de a t ies se o t do i possi les à ause de la p se e de l’a ti ioti ue da s le sa g. Il
convient dans ce cas de réaliser une PCR, do t l’ADN a t ie e he h se a d duit de la li i ue : ici, on
re he he l’ADN du i go o ue.
La PCR est réalisée à partir des prélèvements de la PL ou de la biopsie cutanée des lésions purpuriques
(non réalisable à partir des hémocultures).
Rappel sur la PCR spécifique : C’est u e thode de iologie ol ulai e ui pe et d’ide tifie u g e sp ifi ue
de la a t ie et de e des so des sp ifi ues ui vo t s’h ide su l’ADN e ueilli da s l’ ha tillo . S’il a
h idatio , alo s il a p se e d’ADN a t ien, et on aura un signal positif.
Cette méthode valide la présence de la bactérie mais e do e pas d’i fo atio su l’a ti iog a e
a ha tillo e ueilli st ile, les a t ies so t d apit es pa l’a ti ioti ue .
Indication de la PCR : lorsque l’o a u e ultu e st ile ou ue l’o veut u e a e apide (Attention :
la PCR doit être un minium adapté aux germes suspectés (ex méningite : méningocoque/pneumocoque). On peut
fai e u e PCR u ive selle pou d te te l’ADN o u à toutes les a t ies, cependant elle sera beaucoup
moins informative et e peut t e alis e ue su le p l ve e t d’u site o ale e t st ile.
Rappel :
• Diagnostic direct : on détecte quelque chose directement sur la bactérie (ex : antigène).
• Diagnostic indirect (sérologie) : o d te te u e po se à l’i fe tio e : anticorps).
• Examen Direct : Colo atio G a , ue l’o peut pa fois fai e di e te e t ap s avoi eçu l’ ha tillo au
labo (permet un diagnostic direct).
3) Cas clinique n°3 – Julot

Enoncé : Julot, âgé de 30 ans, n'est pas sage. Il a eu de multiples relations sexuelles à risque, donc non protégées.
Les virologues découvrent que Julot est porteur du virus VIH, agent du SIDA. Lors du bilan initial, on recherche 3
IST dues à des bactéries : le gonocoque, la syphilis et une infection due à Chlamydia.
a. Recherche d une infection à Neisseria gonorrhoreae - Gonocoque
On fait le prélèvement à J0, avant tout traitement. La nature du prélèvement diffère selon le sexe :
• Homme : écoulement urétral ou urine 1er jet.
• Femme : écoulement urétral ou urine 1er jet ou endocol.
Le go o o ue est f agile e su vit pas à u e te p atu e i f ieu e à 7 °C d’où la essit de le
transporter immédiatement au laboratoire. On fait un examen direct microscopique, la coloration Gram, qui nous
montre des diplocoques à Gram négatif intra-leucocytaire. A J1 on obtient les résultats de la mise en culture et on
o tie t les sultats de l’a ti iog a eàJ .

b. Recherche d une infection à Chlamydia

Chlamydia est une bactérie intra cellulaire stricte (elle vivent seulement dans les cellules), on ne va pouvoir
l’ tudie ue da s les ellules u’elle o upe. Il faut do avoi des ellules da s os p l ve e ts, et ’est pou
cela que les prélèvements vont être différents par rapport à ceux du gonocoque. On a le choix entre un 1er jet
d’u i e plus d’ h ap s la de i e i tio , u auto-p l ve e t vagi al ou u p l ve e t de l’e do ol.
Dans tous les cas, on utilisera la PCR comme diagnostic direct pour identifier la bactérie.
c. Recherche d une infection de la Syphilis
Si la syphilis est active, on va pouvoir faire un diagnostic direct à partir des lésions. Dans le cas de Julot, le
diagnostic sera INDIRECT : sérologie. On va rechercher des anticorps anti-tréponème par deux techniques
complémentaires.
4) Cas clinique n°4 – Juan Carlos

Enoncé : Juan-Carlos, retraité de 70 ans, fumeur à 55 paquets-année, revient d'Ibiza où il a passé 4 semaines de
vacances. Il est fébrile à 39°C, tousse fortement et est très dyspnéique. Admis aux urgences, la radio pulmonaire
met en évidence une pneumonie lobaire inférieure gauche. Comme son état pulmonaire se dégrade, il est
transféré en réanimation, où il est mis sous ventilation mécanique.
2 bactéries sont suspectées :
• Streptococcus pneumoniae = pneumocoque : 1ère étiologie PAC (pneumonie aiguë communautaire), car le
patient a 70 ans et de la fièvre.
• Legionella pneumophila : car le patient a 70 ans, est tabagique, en retour de voyage, et hospitalisé en
réanimation.
a. Le prélèvement
On va faire 2 pai es d’h o ultu es (pour faire culture et antibiogramme), un prélèvement urinaire (pour
rechercher des antigènes urinaires tels que ceux de la légionelle et du pneumocoque, résultats très rapides), et
un prélèvement pulmonaire. (Examens à faire systématiquement pour les infections respiratoires)
Ce tai es a t ies de la flo e pul o ai e so t espo sa les de p eu o ies lo s u’elles so t p se tes
en trop grand nombre : on va devoir les dénombrer : notion de seuil.
Pour prélever une expectoration, il faut faire faire un rinçage buccodentaire au patient, et le faire tousser
pa fois ave l’aide d’u ki .
Attention : Il ’ a pas de seuil pou Legionella, si on trouve cette bactérie dans le prélèvement, ’est ue le
patient est malade.
b. Au laboratoire
Pour les expectorations, on peut directement faire un examen direct : on trouve des cocci à Gram + et des
bacilles à Gram – (bactéries commensales). On dénombre ensuite les leucocytes et les cellules épithéliales, pour
savoir si le prélèvement est purulent ou non. (Si on trouve une origine salivaire, avec peu de leucocytes et beaucoup
de ellules pith liales, le p l ve e t a t al fait, et e do e pas d’i fo atio s su les voies espi atoi es .
Résultats de la culture : 107 UFC/ L seuil ≥ 7
/mL)
A J1 on peut identifier Streptococcus pneumonie, et à J2 on fait un antibiogramme.
En moins de 2 heures, on peut avoir les résultats pour le prélèvement urinaire : les antigènes urinaires du
pneumoco ue so t les seuls positifs. C’est u e seig e e t diag osti ue i po ta t, o appelle le se vi e pou
les en informer.
En 12h, les hémocultures reviennent positives : o fait l’e a e di e t su le fla o : Cocci à Gram+. On
ensemence les milieux de cultu e pou o fi e l’ide tifi atio le le de ai et fai e u a ti iog a e do t o
aura les résultats le jour suivant.

5) Cas clinique n°5 – Julie

Enoncé : Julie, 20 ans, a déjà fait plusieurs infections urinaires. Elle vient à votre cabinet décrivant un nouvel
épisode de ce type, caractérisé par des brûlures mictionnelles et une pollakiurie. On se demande comment
diagnostiquer cette infection urinaire.
a. Prélèvement
NB : Si ’ tait u e p e i e i fe tio u i ai e, o pou ait o e e pa fai e u e BU (pour voir les nitrites et les
leu o tes , puis u t aite e t a ti ioti ue p o a iliste si la BU est positive. Mais i i ’est u e récidive donc on
fait directement une ECBU.
Recueil des urines :
• Avant traitement antibiotique.
• Toilette du périnée : savon antiseptique, rinçage + séchage.
• Urine de milieu de jet dans le poudrier stérile.
• Transport au laboratoire rapidement à + 4°C ou dans tube avec conservateur (borate).
Pou l’ECBU, o e e ueille ue le e jet, pou e pas t e o ta i pa la voie vaginale.
b. Au laboratoire
A J0, on ensemence 10 μL d’u i es, A J o va pouvoi ua tifie et ide tifie les a t ies :
Le seuil de leucocyturie est de 104 /mL.

Seuils de bactériurie – ECBU :
Esp es a t ie es Seuil de sig ifi ativit

UFC/ l
Ho e Fe e
E. oli, S. sap oph ti us ≥ ≥
E t o a t ies aut es u’E. oli, ≥ ≥
e t o o ue, C. u eal ti u , P.
ae ugi osa, S. au eus
Les valeurs sont plus élevées chez les femmes, car les bactéries des flores digestive et vaginale peuvent
plus fa ile e t o ta i e l’appa eil u i ai e de la fe e, du fait d’u u t e plus ou t.
Résultats :
• J0 : 105 leucocytes/mL.
• J1 : 106 UFC/mL Staphylococcus saprophyticus.
• J2 : antibiogramme.

6) Cas clinique n°6 – Judith

Enoncé : Judith, 20 ans, est partie en Inde avec une association humanitaire. Contrairement aux conseils reçus,
elle a mangé des pâtisseries, des légumes frais, n'a pas pelé les fruits qu'elle mangeait et a bu de l'eau au robinet.
Du coup, elle développe une diarrhée très importante glairo-sa gla te. Il ’ a pas d’aut es as da s l’e tou age.
On cherche à identifier la bactérie responsable de cette infection. (Campylobacter, salmonelle, shigella)
On prélève les selles, on fait déjà un examen macroscopique :
A tit e d’e e ple

A l’e a e i os opi ue, o a al se la flo e, les leu o tes et le u us pou avoi u e o ie tatio
étiologique.
A gauche une selle normale, au milieu une selle muco-sanglante et à droite une selle liquide.
Il y a beaucoup de bactéries dans les selles, en trouver une particulière au milieu de toutes les autres est
très difficile. On va faire des cultures en milieu particulier afin de favoriser le développement de la bactérie que
l’o he he : on parle d’isole e t su ilieu sélectif. On fera ensuite un antibiogramme à J2.

Instant daddy jokes
Comment appelle-t-on un avocat sous pression ?
Un barreau-mètre
Quelle est la drogue qui est tentante à consommer deux fois ?
Le canna-bis
Page 36
UE 18 – Généralités – S. JARRAUD – A. TRISTAN
Les principaux prélèvements bactériologiques

I) Prélèvement bactériologiques des bactériémies
1) Définitions
Le sang est un milieu stérile, la présence de bactéries dans le sang est do pathologi ue, o l’appelle
u e a t i ie o la d fi it d’u poi t de vue pu e e t iologi ue . La septi ie est u e a t i ie
asso i e à des sig es li i ues ui d ote t de la g avit d’u e telle i fe tio : fi v e, f isso s… .
Une bactériémie peut être :
• As pto ati ue pa e e ple da s le as de l’e do a dite i fe tieuse su valve a i ue .
• Un sepsis, si associé à un syndrome de réponse inflammatoire systémique (SRIS).
• Un sepsis sévère.
• Un choc septique/défaillance multi-viscérale.
Un prélèvement bactériologique a plusieurs utilités : il sert pour le diagnostic, l’identification de la
bactérie, la réalisation de l’a ti iog a e pou l’a ti ioth apie et do e u e orientation quant à la porte
d’e t e, do e apitale puis u’il ’e iste pas de o ta i atio di e te du sa g. Le sa g ’est ue le lieu de
transport des a t ies. La a t i ie est do fo e t le sultat d’u e diss i atio e t ete ue depuis le
lieu de contamination initial.
Ce transport de bactéries dans le sang fait ou i le is ue d’e se e e e t à dista e ui peut
prendre des formes multiples : endocardite infectieuse, abcès profonds, i fe tio osseuse… , o appelle e
phénomène une métastase infectieuse pa a alogie à l’o ologie.
Pour tout patient suspect suspecté de faire une bactériémie, en pratique pour tout patient fébrile, sont
prélevées des hémocultures (pour note, les hémocultures représentent environ 120 000 flacons/an sur les HCL,
avec seulement 5% de positivité).
2) Prélèvement des hémocultures

• Le prélèvement :
Il faut prélever suffisamment de sang pour avoir une « chance » de trouver une bactérie dans le
prélèvement (remarque : une personne en septicémie a environ 1 bactérie/mL de sang donc on prélève chez
l’adulte à pai es d’h o ultu e pour avoir un volume de sang suffisant). En pratique, on prélève trois paires
de flacons de 10 mL : le premier flacon de chaque paire possède un milieu aérobie, le second un milieu
anaérobie.
• Les précautions :
Les risques de contamination des prélèvements sont élevés (environ 3% à 10% des résultats sont dus à
des contaminations).
Il faut désinfecter le bras du patient et laisser agir

pendant 1 minute et d si fe te l’ope ule des fla o s. Il
faut également éviter de prélever sur le matériel en place,
à part si celui- i est suspe t d’ t e la ause de l’i fe tio .
Dans ce cas de figure, on effectue des hémocultures
différentielles en prélevant non seulement en
périphérique (donc normalement), mais aussi en
prélevant par le matériel suspecté puis on surveille la
vitesse de positivation (plus rapide (>2 heures) dans les
flacons prélevés via le at iel s’il est à l’o igi e de
l’i fe tio .
Page 37
FGSM3 Lyon Est Les principaux prélèvements bactériologiques Page 1 sur 8 .
• Principe :
Il suffit d’u e seule a t ie da s le fla o pou u’elle se ultiplie. Lors de sa croissance, la bactérie
produit du CO2 qui modifie le PH et modifie la couleur de la pastille située au fond du flacon. Les flacons sont
placés dans un incubateur entre 35-37°C, avec vérification automatique toutes les 5 min pendant 5 jours sauf si
la ou les bactéries ont poussé avant.
L’appa eil sig ale tout fla o d s ue la va iatio de ouleu de la pastille est d te ta le.
J0 : Il ’ pas d’e a e di e t  qui est réalisé. En effet, le taux de bactéries dans le sang étant faible, la
p o a ilit d’e o se ve u e au i os ope est fai le. Les fla o s so t do di e te e t is e i u ateu .
Lorsque la croissance bactérienne est détectée, et que le flacon est détecté positif :
• On effectue une coloration de Gram pour donner une idée de la morphologie des bactéries.
• O e se e e des g loses, ui se vi o t à l’ide tifi atio des a t ies à J .
• On prépare un antibiogramme, dont les résultats seront disponibles à J3.
Les h o ultu es e so t jet es u’au out de 5-7 jours si elles sont restées stériles, sauf indications du
clinicien suspectant une bactérie pouvant croître plus lentement comme dans le cas des endocardites
infectieuses.
3) Interprétation des hémocultures

L’i te p tatio d pe d du t pe de bactéries trouvées.
• Bactéries hautement pathogènes :
Telles que Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Entérobactéries, Pseudomonas
aeruginosa, Candida albicans, Streptocoques, Méningocoques. Ces bactéries sont connues pour donner des
bactériémies. Dans le cas où on en trouve, et quel que soit le nombre de flacons positifs, on traite.
• Ba t ies plus souve t et ouv es à ause d’u e o ta i atio du p l ve e t :
Cas des staphylocoques à coagulase négative et autres bactéries de la flore cutanée : corynébactéries,
Propionibacterium, Bacillus (plutôt environnement).
Pour ces bactéries souvent responsables de contamination, il faut prendre en compte le nombre de
flacons positifs (un seul fera penser à une contamination, trois flacons positifs seront davantage évocateurs
d’u e v ita le a t i ie , le contexte clinique (la bactériémie véritable est plus probable chez un
immunodéprimé profond) et les facteurs de risque (matériel a a t pu se vi de po te d’e t e et le délai de
positivité du flacon en fonction de la bactérie.
Page 38
II) Prélèvement bactériologiques des méningites

1) Ponction lombaire
Pour le diagnostic de méningite on réalise une ponction lombaire (PL), entre autre (hémoculture,
biopsie cutanée si lésions purpuriques).
• Les contre-indications :
o Hypertension intracrânienne : is ue d’e gage e t !
o Syndromes hémorragiques : is ue d’h ato e pidu al !
Attention : Da s le as d’u tatouage, pas de contre-indication directe à la PL mais il faut éviter dans la mesure
du possi le de t ave se ave l’aiguille le tatouage pou vite de diss i e les pig e ts. Réfléchissez bien à
l’e d oit où vous vous faites tatoue esdames, la péridurale est par contre bel et bien contre-i di u e lo s u’il
a présence d’u tatouage da s le as du dos.
• Recueil :
Après asepsie, le recueil se fait dans 3 tubes pour les différentes analyses : un pour la cytologie et la
biochimie, un pour la bactériologie et un pour la virologie. Chaque tube doit contenir 1 mL minimum.
• Transport :
Il doit être rapide ’est-à-dire inférieur à 30 min, pour ne pas risquer de tuer les bactéries fragiles.
2) Diagnostic différentiel bactérie/virus

Il est i po ta t de pouvoi fai e apide e t la diff e e e t e u e i gite d’o igi e vi ale et u e
i gite d’o igi e a t ie e a :
• U e i gite d’o igi e a t ie e p se te u oi s o p o osti u’u e i gite d’o igi e vi ale.
Elle a une évolutio plus g ave, il est do i po ta t de la ep e au plus tôt afi d’ad i ist e le plus
rapidement possible les antibiotiques.
• U e i gite a t ie e se a t ait e di ale e t à la diff e e d’u e i gite d’o igi e vi ale
qui nécessitera simplement une surveillance médicale.
Attention : La méningo-e phalite he p ti ue est u ta leau de i gite, il s’agit de la seule u ge e
d’o igi e vi ale da s e as.
Page 39
Cytochimie du LCR  :
Normal Purulent Lymphocytaire Hémorragique
Aspect Eau de roche Trouble Clair Trouble-sanglant
Nombre de cellule < 5 enfant, adulte
> 10 > 10 1 pour 800 GR
nucléée/mm3 < 30 Nouveau-né
Type de cellule > 10 % PNN > 50 % lymphocytes Identique au sang

0.4 g/L + .01g pour
Protéinorachie < 0,4 g/L > 0,4 g/L > 0,4 g/L 1000 GR
Glycorachie/ < 0,5 ≥ ,

> ou égal 0,5 < 0,5
glycémie Sauf si vi ale : ≥ ,
Diminue si
Normal
Chlorurachie 120 mM normal tuberculose (BK)
Normal pour virale
Méningite à Hémorragie
Méningite Listeria, méningée ou de
Orientation normal
bactérienne tuberculeuse ponction
ou virale
NB : En cas de méningite bactérienne, la glycorachie est abaissée car les bactéries consomment du glucose. La
glycorachie peut être normale en cas de listériose.
3) Conduite à tenir différente selon les résultats du LCR
Page 40
III) Prélèvement bactériologiques des diarrhées (coprocultures)

1) Examen macroscopique des selles
On fait une première observation du flacon pour
évaluer la consistance, la présence de mucus, de sang ou de
pus.
Des selles avec du sang et un peu de pus seront
vo at i es d’u e i fe tio pa Shigella.
A l’i ve se, des selles ave eau oup de u us et u
peu de sang seront davantage évocatrices de Salmonella,
Yersinia, Campylobacter, Clostridium difficile ou certaines
infections virales.
Enfin, des diarrhées fécales puis eau de riz feront
penser à des infections toxiniques de Staphylococcus aureus
ou Clostridium perfringens ou bien une infection à Vibrio cholerae mais cela arrive également fréquemment lors
d’i fe tions virales.
Cet e a e a os opi ue ’a u’u ut d’o ie tatio et surtout d’e lu e l’a al se de selles
moulées.
2) Examen microscopique des selles

On commence par rechercher la présence de la flore intestinale (diverse si équilibrée), des leucocytes
et/ou du mucus.
La coloration de Gram ’a pas d’i t t a o spécifique d’u e a t ie sauf pour Vibrio cholerae car
aspect particulier et très mobile (examen mobilité sur lame) et pour Campylobacter très spécifique car aspect en
« vol de mouettes ».
3) Culture des selles

Les ultu es so t alis es da s des ilieu s le tifs se olo a t diff e e t e fo tio de l’esp e
bactérienne (via les e z es u’elles p oduise t e ui pe et de s le tio e les olo ies o pa le
d’isolement sélectif) à identifier plus précisément par Maldi Tof (= spectrométrie de masse), sérotypage, … Les
cultures permettent également de réaliser un antibiogramme essentiel au traitement.
4) Détection par PCR multiplex

Cette te h i ue a l’ava tage d’ t e plus rapide, et permet de rechercher plusieurs pathogènes (bactéries
/ virus / parasites da s la e a al se à l’aide de PCR mais e pe et pas d’o te i u a ti iog a e.
5) Cas particulier du Clostridium difficile

Le Clostridium difficile cause une diarrhée simple ou une diarrhée
pseudomembraneuse (diagnostique par endoscopie, photo ci-dessous).
Le diagnostic :
1. Mise en évidence la présence de Clostridium difficile par la
Glutamate Déshydrogénase (GDH, enzyme spécifique du C.
difficile) ou par un test immuno-enzymatique.
2. Si ce test est positif, on effectue un second test pour vérifier que
le Clostridium difficile est toxinogène : toxine recherchée par test
immuno-chromatographique ou PCR. (il y a en effet des porteurs sains de Clostridium difficile non
toxinogène dans la population générale)
Page 41
IV) Prélèvement bactériologiques des infections respiratoires

1) Prélèvements bactériologiques des voies respiratoires
• Expectoration – Examen cytobactériologique des crachats (ECBC) :
De préférence le matin, après rinçage bucco-de tai e à l’eau, lo s d’u effo t de tou de p f e e ave
l’aide d’u ki . A J0, on fait un examen direct avec coloration de Gram, on dénombre les leucocytes, cellules
épithéliales et on cherche des bactéries. Cf. tableau  (vérification de la qualité du prélèvement). On quantifie
les bactéries sur gélose à J1.
Cellules épithéliales Leucocytes Interprétation Culture
>25 <25 Salivaire non
>25 >25 Douteux oui
<25 >25 Purulent oui
La culture se fait à partir des endroits purulents. Il faut faire attention à demander si nécessaire la
recherche non-systématique de L. pneumophila et M. tuberculosis.
Le seuil est de 107 bactéries/mL.
Attention, Streptococcus pneumoniae fait partie de la flore commensale !

Legionella et Mycobacterium tuberculosis ’e fo t pas pa tie : il ’ a pas de seuil !
Il est bien important de noter que dans le corps humain il existe des sites stériles et des sites qui ne le sont
pas. Ainsi, un prélèvement réalisé dans un site stérile (LCR par exemple) qui met en évidence la présence de
bactéries permet de prouver (si le prélèvement a été correctement réalisé) ue l’i fe tio e plo e est aus e pa
ette a t ie. Alo s ue pou u p l ve e t da s u site o st ile, ’est-à-dire colonisée de manière
ph siologi ue pa des a t ies o e sales (pa e e ple l’i testi , la sphère vaginale ou ORL) ou pouvant être
contaminé par un site non stérile, il est important de définir un seuil : ’est à pa ti de e seuil ue l’o pou a
affirmer que l’i fe tio est due à un développement accru de bactéries déjà présentes. Il existe des seuils
notamment pour les prélèvements pulmonaires et les ECBU. Ne pas oublier que le second critère important pour
définir une infection bactérienne est la présence de polynucléaires neutrophiles.
• Aspiration endotrachéale :
On aspire par la sonde d’i tu atio eau oup alis e e a i atio . Elle se fait à l’aveugle, elle
présente un risque de contamination par la flore salivaire. On fait un examen direct pour rechercher des
bactéries (J0).
• Prélèvement distal protégé – méthode de référence :
On recueille de façon ciblée les sécrétions sous fibroscopie avec une brosse ou un cathéter protégé. On
fait un examen direct pour rechercher des bactéries.
• Lavage Broncho Alvéolaire (LBA) :
On fait ce lavage par fibroscopie, dans la bronche drainant le territoire suspect. On injecte du sérum
physiologique et on le récupère en partie. On fait un examen direct pour rechercher des bactéries.
• Mini-LBA :
Il se fait à l’aveugle par un double cathéter, on injecte et récupère moins de sérum physiologique que
lo s d’u LBA lassi ue. O fait u e a e di e t pou e he he des a t ies.
Type de ECBC Aspiration PDP LBA Mini-LBA

prélèvement endotrachéale
Seuil  107 105 103 104 103
Page 42
2) Ponction pleurale
Elle se fait à l’aveugle ou sous hog aphie. O peut value l’aspe t a os opi ue. O fait u e a e
direct avec coloration de Gram/MGG. Le résultat étant e s t e st ile, il ’ a pas de seuil !
3) Diagnostic rapide – Antigènes urinaires

On peut chercher les antigènes urinaires pour deux bactéries seulement : Legionella et pneumocoque.
4) Diagnostic rapide – PCR

On peut classiquement utiliser la PCR pour Chlamydia, Mycoplasma, Legionella, Mycobacterium
tuberculosis qui sont des pathogènes stricts.
V) Prélèvement bactériologiques des infections urinaires

1) Bandelette urinaire
On recherche la présence de nitrites et d’u e leucocyturie.
On observe une distinction homme/femme :
• Chez la femme : la VPN est bonne, c'est-à-di e u’u e BU gative doit fai e ha ge de diag osti .
• Chez l’ho e:
o La VPP est bonne, si la BU est positive (pour les leucocytes +/- les nitrites) on est conforté dans
le diag osti d’i fe tio u i ai e. Mais il faut epe da t fai e u ECBU E a e
Cytobactériologique des Urines) pour identifier la bactérie et faire son antibiogramme.
o La VPN est fai le, do u e BU gative ’e clue pas une infection urinaire.
Chez l’ho e l’ECBU est s st ati ue. 
2 L’examen cytobactériologique des urines ECBU

• Recueil des urines :
Le recueil des urines doit être effectué 4h après la précédente miction et avant tout traitement
antibiotique. Il nécessite quelques précautions : une toilette du périnée au savon antiseptique avec rinçage puis
séchage. Lors du recueil, il ne faut pas garder le premier jet car il emporte avec lui tous les germes présents au
niveau du méat urétral. Il ne faut avoir que l’u i e de ilieu de jet da s le poud ie st ile. E suite il faut
transporter les urines rapidement au laboratoire, ou utiliser des tubes avec conservateurs qui limitent la
multiplication bactérienne avant ensemencement.
• Examen macroscopique :
Les uri es so t souve t t ou les lo s d’u e i fe tio à ause des pol u l ai es et/ou des a t ies
pyogènes.
• Quantification des leucocytes :
Il y a deux manières simples de quantifier les leucocytes : la bandelette urinaire et le microscope. La
bandelette détecte la Leucocyte Estérase des leucocytes. Le seuil de leucocyturie est de 104 /mL.
Au i os ope o peut fai e l’o se vatio la e-la elle si ple d’u e goutte d’u i e et o pte le
nombre de leucocytes par mL. Enfin, la numération peut se faire à l’aide d’auto ates.
Page 43
• Quantification des bactéries  :

La ua tifi atio et l’i de tifi atio des a t ies se fait ap s la ise e ultu e. Le seuil de
significativité est de 10 3 à 10 4 UFC/mL (Unité Formant Colonie selon la bactérie. L’U it Fo a t Colonie
correspond à 1 colonie sur la gélose = 1 unité.
Les bactéries peuvent être pré-identifiées par une couleur particulière que prendra la gélose au cours de
la culture. Pour une identification plus précise on utilise le spectromètre de masse (Maldi-Tof).
Esp es a t ie es Seuil de sig ifi ativit

UFC/ l
Ho e Fe e
E. oli, S. sap oph ti us ≥ ≥
E t o a t ies aut es u’E. oli, ≥ ≥
e t o o ue, C. u eal ti u , P.
ae ugi osa, S. au eus
A retenir
• Multiples outils pour le diagnostic bactériologique.
• Les méthodes de diagnostic pour les principales maladies infectieuses bactériennes.
• Les délais moyens d'obtention des résultats.
• L'importance du dialogue clinico-bactériologique.
Page 44
UE 18 – Généralités – I. DURIEU
Sémiologie des maladies infectieuses

I) Introduction
1) Infection
Chacun est confronté à des agents microbiens. La notion d’i fe tio signe déjà une maladie, on a un
appo t de fo e e t e l’age t pathog e et la a tio i u itai e.
Il existe des agents infectieux microbiens non-pathogènes en situation normale (ex : pneumocystose,
CMV… :
• Agents saprophytes : ils sont présents dans le corps en permanence, par exemple dans le système digestif,
la bouche ou sur les mains. Ce sont des hôtes habituels, non pathogènes normalement.
• Agents commensaux : e so t des hôtes i ha ituels, ais ils ’i duise t pas de s ptômes.
• Agents opportunistes : ils concernent les patients immunodéprimés.
O disti gue diff e ts t pes d’i fe tio s :
• Infections inapparentes : elles sont extrêmement fréquentes car on a tous des agents infectieux et
pou ta t o ’e p i e pas forcément de maladie pour chacun.
Ex : Dans la mononucléose infectieuse vi us d’Epstei -Barr), la majorité des personnes est immunisée, ils
ont eu une séroconversio et ’o t pas de s ptô e. Pour une minorité on aura de la fièvre.
• Infection latente : infection ne ma ifesta t au u s ptô e hez l’hôte ais pouva t t e o ta i a te
pour autrui.
Ex : T a s issio de la Sal o ellose pa u e pe so e l’a a t da s so tu e digestif à aut ui.
• Infection-maladie : On a un agent pathogène qui va déclencher une réaction inflammatoire locale puis
une réponse inflammatoire systémique (SRIS). La g avit de la po se l’i fe tio d pe d de l’age t
pathogène et de la personne (terrain).
2) Contage et incubation
a) Contage
Le contage est la tra s issio d’u age t pathog e après une exposition (à l’eau, l’air, contact…). Il est
très important de connaitre le mode de contage, car cela aide en épidémiologie, da s l’a al se li i ue et da s la
détermination du type de maladie.
Ex : U e fi v e appa ue uel ues jou s ap s s’ t e piqué sur une épine de rosier peut donner une idée de
diagnostic.
Le mode de contamination ’est pas fo e t i tuitif.
Ex : Ce tai es fi v es uptives va i elle, ougeole de l’e fa t e se fo t pas de peau à peau ais pa
contamination aérienne. Le contage dirige les modes de prévention contre la maladie.
b) Durée d’incubation
L’i u atio est le d lai e t e l’e positio et le premier symptôme clinique. Elle dépend de la vitesse de
réplication (virulence de l’age t pathogène et de la résistance et des défenses de l’hôte. On donnera donc des
fourchettes et non des intervalles de temps précis.
Le te ps d’i u atio aide à fai e le diag osti , ’est t s i po ta t a ela pe et de p voi l’ volutio
d’u e pid ie.
Ex : La connaissance du temps d’i u atio du vi us E ola pe et de prévoir après contage le moment où
le patie t va p se te des s ptô es, et do d’agi e o s ue e.
FGSM3 Lyon-Est Sémiologie des maladies infectieuses Page

Page 1 sur 13 Page 1 sur 1345
3) Fièvre
a) Température
Il faut u’elle soit précise, on la mesure donc au repos. La mesure est généralement anale ou tympanique
(de plus en plus fréquent). Attention : par voie axillaire (imprécis) et buccale, il faut rajouter 0,5 °C !
b) Fièvre
On parle de fièvre lorsque la température est > 37,5°C le matin et > 37,8°C l’ap s-midi. Il existe des
fa teu s e pli ua t l’ a t e t e la température du matin et du soir : le réveil, le pic cortisolique du matin, une
a tivit ph si ue…
La fièvre est un symptôme très fréquent au cours des maladies infectieuses mais peut être absente (dans
de rares maladies infectieuses, chez un patient précis ou associée à un traitement antipyrétique).
Ex : La tuberculose chronique peut do e peu ou pas de fi v e. Il faud a do he he d’aut es a gu ents en
faveu de l’i fe tio (CRP élevée, modifications du profil leu o tai e…).
La fi v e ’est pas fo e t spécifique de l’i fe tio : d’aut es aladies do e t de la fi v e. Si le
diag osti de l’i fe tio e fait pas ses p euves, o pou a pe se e se o d lieu à :
• Une maladie inflammatoire (vascularite, rhumatisme auto-immun, poussée de polyarthrite rhumatoïde,
lupus…
• Une réaction immuno-allergique (à un médicament par exemple ➔ urticaire et fièvre)
• Une thrombose (une grosse phlébite à la jambe)
• Une nécrose (traumatisme, infarctus pulmonaire)
• Des pathologies cancéreuses (souvent déjà très évoluées : un gros cancer du côlon un peu nécrosé, des
tastases h pati ues…
• Des pathologies hématologiques (les lymphomes donnent des fièvres très anarchiques, importantes en
le d’alte a e, a o pag es de sueurs)
• Des fi v es d’o igi e endocrine (plutôt des hyperthermies, ex : hyperthyroïdie, insuffisance
su alie e…). Il ’ au a pas d’i fla atio sa gui e : pas d’ l vatio de CRP i d’h pe leu o tose.
/!\ Avoir une infection ne mène pas forcement à avoir de la fièvre.

Avoir de la fièvre ne veut pas forcément di e ue l’o a u e i fe tio !
A demander à propos de la fièvre +++

• Début • Tolérance
• Intensité • Efficacité des antipyrétiques pris (en général
• Evolution du paracétamol)
• Rythme pe a e te, dis o ti ue… • Sig es d’a o pag e e t : frisson, sueurs
c) Courbes de fièvre
Utilis es aut efois, elles so t t s peu sp ifi ues et sou es de eau oup d’e eu s. O e se o te te
donc pas de la description de la fièvre pour poser un diagnostic.
• Fièvre en plateau : peut être liée à une maladie cancéreuse, typhoïde

• Fièvre hectique (grand clocher fébrile) : signe souvent un abcès profond (on a des décharges bactériennes
régulières) ou un lymphome, leishmaniose viscérale
• Fièvre vespérale : tuberculose
• Fièvre intermittente (tierce ou quarte) : paludisme (peu spécifique)

II) Abords cliniques du malade fébrile

1) Interrogatoire
Toute infection même bénigne peut devenir grave chez un sujet fragile !! Par exemple, la grippe sur un
sujet âgé ou sensible peut devenir fatale. Il faut donc prêter énormément attention au terrain su le uel l’i fe tio
survient, pour en apprécier sa gravité! Le terrain fait référence à l’âge du patient (nourrissons, sujets âgés) mais
aussi aux comorbidités (diabète, IR, BPCO, IC) qui rendent le sujet plus sensible.
a) Recherche contextuelle
• ATCD médicaux et chirurgicaux • Vaccination
• Ancienneté de la fièvre et mode de début (brutal ou • Contact avec des animaux, plaie, piqûres
progressif) ti ue…
• Vo age à l’ t a ge (avec ou sans prophylaxie : • Prise de médicaments : antipyrétiques,
USA/ASIE, Hôtel 5*/2*, Vaccination avant / ou non) antibiotiques (qui peuvent masquer des
• Notion de contage, enfants en bas âge symptômes)
b) Recherche de signes d’appel et signes fonctionnels appareil par appareil

O veut savoi si ’est u e i fe tio lo o gio ale ou ie u e fi v e isol e :
• ORL : pharyngite, rhinorrhée • Cutané : plaie, éruption
• Neurologique : céphalées, photophobie • Digestif : diarrhée, douleur
• Urinaire : brulure, pollakiurie
Il o vie t d’avoi u e a e o plet.

On recherche un foyer infectieux par un examen clinique soigneux et complet.
2) Examen clinique
a) Recherche de signes d’intolérance ou de gravité
S’il e a, o sécurise d’a o d le patie t ava t de d te i e la atu e de l’i fe tio ! On évalue la
tolérance hémodynamique et générale de la fièvre : si le patient est ve u à pied, ou si ’est u sepsis sévère (aux
urgences, à domicile, avec une profonde AEG). O ega de le ete tisse e t su l’ tat g al.
Tolérance hémodynamique Signe de gravité associé, à connaître +++

• Pouls ▪ Hypotension
• Fréquence cardiaque ▪ Tachycardie
• Aspect cutané ▪ Marbrure (vasoconstriction périphérique en rapport avec un état de
choc)
Purpura
• Diurèse ▪ Oligurie
• Conscience ▪ Signes neurologiques, somnolence, prostration
• Fréquence ▪ Polypnée, désaturation, tirage, cyanose
respiratoire
On mesure la FC, la PA, la FR, la SaO2 et le score de Glasgow.

b) Examen clinique soigneux et complet ++
• Téguments : éruption, ictère, plaies • Aires ganglionnaires
• ORL (bouche, gorge, oreilles, sinus) • Splénomégalie (souvent signe de septicémie)
• Poumons • Examen neuro-méningé (raideur méningée,
• Cœu (on recherche un souffle qui signerait une recherche de localisation, confusion)
endocardite, par exemple après une infection • Touchers pelviens
dentaire) • Articulations

3) Démarche diagnostique
a) Les grandes urgences à identifier rapidement
Elles nécessitent toutes une hospitalisation immédiate :
• Syndrome septicémique ou choc septique (infection bactérienne, fièvre élevée, souvent des signes de
gravité et défaillance hémodynamique)
• Syndrome méningé fébrile (bénin si viral, pour autant on hospitalise car il faut le temps de faire une PL
pou d te i e si e ’est pas a t ie
• Purpura fulminans (urgence vitale)
• Cellulite ou dermo-hypodermite nécrosante (sur des terrains particuliers : diabète, immunodépression)
• Colique néphrétique fébrile. Ex : U e suspi io d’a s du ein est une urgence chirurgicale si douleur
(ventre sensible) + forte fièvre (40 °C) ➔ hospitalisation
• Douleur abdominale fébrile ou diarrhée sanglante : urgence chirurgicale
• Ictère fébrile (calcul du cholédoque, hépatite virale grave)
• Suspicion de paludisme : retour de séjour à risque, crainte de neuro-paludisme si pas de traitement pris.
Toutes les i fe tio s su te ai s f agiles peuve t t e à l’o igi e d’hospitalisatio .
Une fois le foyer infectieux aigu localisé, on utilise un traitement adapté. Le p l ve e t ’est pas toujou s
né essai e, sauf da s le as d’attei tes s st i ues.
Da s le as d’u e u ge e, o t aite ava t de e evoi les sultats, selo u e d a he p o a iliste.
b) Fièvre aiguë récente (moins de 5 jours)

L’i fe tio est-elle ?
• Une urgence vitale ? Réanimation
• En rapport avec un foyer identifié ? Recherche de foyer puis traitement particulier
• Une virose simple saisonnière ? Syndrome grippal, adulte jeune/grand enfant/adolescent sans
pathologie associée, fièvre isolée et bien tolérée, caractère saisonnier, contexte épidémique,
examen clinique normal avec guérison spontanée. ➔ On traite seulement les symptômes par du
paracétamol. Si nouveau signe : on refait le point.
c) Fièvre persistante (plus de 5 jours)
On répète un examen médical o plet et u i te ogatoi e pou e he he l’appa itio de ouveaux
signes de localisation. On réévalue l’ tat g al et la tol a e.
C’est à e stade là u’o d ute u bilan complémentaire : NFP, CRP, bilan hépatique, ECBU, RP,
sérologies (ex : mono u l ose , h o ultu es… Eventuellement, chez le sujet plus âgé, on va commencer à
évoquer les causes de fièvre non infectieuses.
III) Principaux syndromes infectieux

1) Syndrome septicémique
a) Définition
C’est u e infection systémique due à des décharges de bactéries pathogènes dans le sang. Généralement,
il y a une po te d’e t e pour le germe (plaie cutanée, cathéter veineux non stérile) à l’o igi e d’u e infection
nosocomiale à l’hôpital ou ie u e aut e ause (foyer dentaire, diverticulite, a e du ôlo os … ui
correspond à un foyer primaire.
Le germe circule ensuite dans les veines (ou vaisseaux lymphatiques), remonte par voie sanguine, pour
donner ensuite des foyers secondaires.
Ex : infection ostéo-articulaire sur prothèse de hanche, après une plaie cutanée infectée par un staphylocoque.

b) Symptômes
• Fièvre généralement (très) élevée. A noter que certains streptocoques peuvent donner des fièvres
modérées.
• Associée à des frissons au o e t de l’as e sio the i ue ave tachycardie
• Splénomégalie inconstante
c) Orientation
• Recherche des signes de gravité
• Re he he d’u e po te d’e t e et de foyers secondaires si o l’i fe tio va t e e t ete ue
Exemple : Si o e t aite pas u a s de tai e, l’a ti ioth apie va a he sa s etto e l’a s. Il faud a ensuite
drainer la dent et la soigner pour ne pas avoir de nouvelle infection.
▪ SRIS (Syndrome de Réponse Inflammatoire Systémique) : association de signes cliniques et biologiques

o T° > 38°C ou < 36°C
o FC > 90 / min
o FR > 20 / min
o GB > 12 000 / mm3 ou < 4 000 / mm3 (= leucopénie)
▪ Sepsis : SRIS + infection documentée
▪ Sepsis sévère : d failla e d’o ga e et h pote sio
▪ Choc septique : défaillance multi viscérale / multi-organ failure (MOF) ➔ anomalies des téguments :
marbrures ui o e e t souve t au iveau des ge ou et de l’a do e
d) Prise en charge
• Surveillance rapprochée du malade, hospitalisation
• Prise en charge des symptômes
• Réalisation des prélèvements microbiologiques (pour traiter dans la foulée).
• Bila iologi ue pou s’assu e notamment de la fonction rénale et hépatique).
• Mise e oute d’u ttt antibiotique probabiliste (après réalisation des prélèvements et avant réception
des résultats)
Rappel : da s le as d’u e i fe tio s v e, o ’atte d pas les résultats avant de traiter !
e) Exemples particuliers
• Fièvre typhoïde : forme liée à la Salmonelle (bacille Gram négatif, rares cas autochtones) généralement
issue d’u e contamination alimentaire (oro-fécale par des aliments non lavés) avec une importation
d’Af i ue du o d ou de zo es t opi ales.
o D ut d’i u atio de 8 à 15 jours.
o Phase d’i vasio : fi v e p og essive jus u’à °C ave asthénie, céphalées et insomnies associées
à des douleurs abdominales et une constipation (il n'y a pas de diarrhée à la phase initiale), une
langue saburrale et une dissociation pouls / température (la ta h a die ’est pas à la hauteur
de la fièvre).
o Phase d’ tat : fièvre en plateau avec troubles psychiques : somnolence, prostration voire tuphos
(obnubilation diurne et insomnie nocturne). Association à des lésions cutanées semblables à des
papules rose lenticulaires, avec diarrhée et une fosse iliaque droite sensible et gargouillante.
o Biologie : a se e d’h pe leu o tose voi leu o-neutropénie, parfois thrombopénie. Isolement
de la bactérie dans les hémocultures (on la retrouve rarement dans les selles).
o Guérison : bon pronostic avec les antibiotiques (fluoroquinolones) adaptés.

• Endocardite infectieuse (cardiopathie valvulaire fébrile) : survient chez un patient possédant déjà une
valvulopathie o ue ou o ave u ge e ui, ap s avoi pass u e po te d’e t e i fe tio
de tai e… , se fixe sur la valve lésée.
Il y a une fièvre peu élevée et prolongée, ai si u’u souffle d’i suffisa e valvulai e.
/!\ Tout souffle valvulaire fébrile est une EI jus u’à preuve du contraire
La présence des signes « systémiques » s’e pli ue pa l’e iste e de complexes immuns
circulants disséminés :
o Signes cutanés : faux panaris, purpura
o Signes rhumatologiques : arthralgies
o Signes ophtalmologiques : purpura conjonctival, tâches de Roth, signes de vascularite
o Signes rénaux : néphropathie glomérulaires
Une EI peut aussi donner des accidents thrombotiques : AVC, i fa tus al…
Cela se confirme facilement par une échographie cardiaque : la apidit du diag osti pe et d’ vite la
chirurgie cardiaque pour remplacer la valve devenue défaillante.
 Co ait e l’ tat li i ue du alade, évaluation régulière

 Hémocultures avant tout traitement antibiotique (puis ttt si urgence)
 Recherche de la porte entrée (orientation en fonction du germe) et fo e se o dai e lo s u’il e iste
des arguments en faveur de leurs existences
 Echocardiographie si suspicion d’EI
2) Syndrome méningé fébrile

a) Définition
Il sulte de l’i fla atio des i ges et est issu de causes multiples. C’est u e u ge e ui essite
une hospitalisation pour un diagnostic précis. Il requiert une PL pour obtenir du liquide rachidien.
b) Symptômes
• Fièvre d’i te sit va ia le ; souvent élevée avec des signes spécifiques

• Céphalées souvent violentes, diffuses, permanentes (en casque = p e e t l’e se le du â e
• Photophobie (gêne importante à la lumière)
• Vomissements en jet, neurologiques, ( aus s pa l’hypertension intracrânienne, donc pas de nausées
préalables, contrairement aux vomissements de la gastroentérite).
• Raideur méningée +++ su tout v ai hez le g a d e fa t et adulte ta dis u’o e a i e a la fo ta elle
du nourrisson) : s’e plo e g â e à sig es :
o Signe de Brudzinski : en décubitus dorsal : quand on plie la nuque en relevant la tête, cela induit
une flexion des jambes.
o Signe de Kernig : en décubitus dorsal et si on lève les jambes à la verticale, il pliera également les
genoux, car il y a une tension des méninges.
2 types de méningites : virale (environnement épidémique) ou bactérienne (brutale). On recherche des signes de
gravité ++ qui sont les suivants :
 Prostration
 Troubles de la conscience (cf. score de Glasgow) : on craint la méningo-encéphalite
 Signes de localisation neurologique : pa al sie ot i e ou se sitive d’u e e, trouble de la parole, de
la déglutition → désigne la souffrance encéphalique → Méningo-encéphalite plus grave !
 Purpura extensif : URGENCE, car prémonitoire du purpura fulminans (très haute mortalité +++)
Purpura fulminans : ’est u e l sio en relief, qui ne disparait pas à la vitropression. Elle risque de devenir
extensive avec des nécroses importantes. Si le patient survit, il y a des souvent des séquelles assez invalidantes
(amputation) → URGENCE, on commence les antibiotiques immédiatement.

A l’i ve se, il e iste des signes « rassurants » → ils orientent sur une méningite virale (qui est bénigne !):
• Contexte viral
• Tableau progressif lent : le patient avait mal à la gorge ou était enrhumé, etc
• Saiso d pe da t ave des sig es d’allu e vi ale p ala le.
Une méningite virale guérit toute seule.
 En cas de suspicion de méningite : il faut faire une ponction lombaire !
Elle se fait généralement entre les vertèbres lombaires L3-L4 ou L4-L5, en décubitus latéral ou parfois assis,
en gardant la colonne la plus droite possible.
U e gage e t peut se fai e si il s’agit d’u e tu eu ou d’h pe te sio i t a â ie e do t l’o igi e est
inconnue (et toute lésion du parenchyme) → dans ce cas la PL est contre-indiquée.
c) Exemples de méningites
• Méningite purulente (méningocoques ou pneumocoques → urgence thérapeutique) :
o PNN +++
o Hyperprotéinorachie
o Hypoglycorachie (par consommation du sucre par les bactéries)
o Aspect épais, vis ueu , la hât e…
• Méningite lymphocytaire : le plus souvent virale : la guérison se fait seule, le traitement est
symptomatique et se fait avec des antipyrétiques et du repos.
o Lymphocytes +++
o Hyperprotéinorachie modérée
o Sans hypoglycorachie
• Méningite panachée : Se retrouve avec certains germes particuliers : listériose (dangereux chez la femme
e ei te . O e peut pas savoi si ’ tait u e i gite vi ale ou « décapitée » par des ATB (malade avec
fi v e, p es iptio d’ATB, puis maux de tête et passage aux urgences → dur de trouver le germe à cause
des ATB p es its… ou les entérovirus…
o Présence de lymphocytes et de PNN
o Hyperprotéinorachie
o Glycorachie variable
Qua d o ’est pas sû du diag osti , o t aite o eu e i gite a t ie e pou e pas p e d e de

risque +++
Les données de la PL normale : le LCR normal ’a ni cellules ni germes, des protéines entre 0,2-0,4 g/l et une
gl o a hie à , g/l ≈ la oiti de la gl ie sa gui e .
3) Syndrome grippal
a) Définition
S’o se ve le plus souvent au cours de la grippe et présente une association de symptômes qui correspond
à un état grippal.
T pi ue de l’i fe tio à Myxovirus influenzae en période épidémique mais non spécifique.
b) Symptômes
Signes fonctionnels et généraux très intenses et brutaux :
• Fièvre intense • Signes respiratoires : toux sèche sans

• Courbatures : Arthromyalgies +++ expectoration
• Céphalées • Asthénie forte
 S’appli ue gale e t à d’aut es ta leau li i ues se la les ui présentent une évolution favorable
vers la guérison en 4- jou s. Si le s d o e pe siste, o is ue de s’ t e t o p ave l’attei te d’u aut e
germe.

c) Prise en charge
• E a e li i ue souve t o al o t asta t ave l’i te sit des sig es g au

• G ale e t, pas de essit d’e a e o pl e tai e lo s de la saiso pid i ue.
• Traitement symptomatique (par antipyrétiques) et repos, mais prudence chez les patient dits «débilités»,
’est-à-dire fragiles sujets âg s, IR, IC, dia ti ues… ou i u odéprimés.
4) Séméiologie des angines

a) Définition
Douleur constrictive spontanée de l’o opha u i- ou bilatérale, avec une odynophagie +++ (dysphagie
douloureuse) et une fièvre d’i te sit va ia le selo le ge e.
b) Examen clinique de l’oropharynx et symptômes
• Amygdales hypertrophiées
• Extension : luette, pilier, voile Angine érythémateuse
• Signes associés endobuccaux : purpura, stomatite, rhinite,
conjonctivite, otite ?
• Re he he d’ad opathies
• Recherche de signes respiratoires ou systémiques
• Aires ganglionnaires, foie, rate
c) Différents types d’angines
• Erythémateuse ou érythémato-pultacée :
o Forme un enduit blanc punctiforme, se décollant facilement
o Cryptique : dépôts caséeux dans les cryptes
 L’o igi e de l’a gi e th ateuse est le plus souvent virale, ou si bactérienne, à streptocoque A.
/!\ L’o igi e vi ale e essite pas de ttt ATB, alors que celle à streptocoque oui !
Angine vésiculeuse
• Vésiculeuse : elles sont plus rares, associée à une gingivo-stomatite pour
l’he p s ou li it e au pilie et au voile pou l’he pa gi e à o sackie A (1
à 7 ans).
• Pseudomembraneuse :
o Forme un enduit blanc nacré, grisâtre, épais, adhérent parfois extensif
o Diagnostic : on voit e ge e d’a gi e da s deu situatio s :
Mononucléose infectieuse ou diphtérie (vaccination en Europe, mais
réapparait avec des personnes mal va i es ve a t de l’Est)
• Ulcéreuse (voire ulcéro-nécrotique) :

o Rare, souvent unilatérale
o Appa itio d’u e ul atio ave pe te de su sta e à fo d oi ât e (germe anaérobies)
o Haleine fétide (provoquée par les germes)
o Se retrouve volontiers chez des gens avec un mauvais état bucco-dentaire, fu eu s, uveu s…
Quelques exemples :
• Angine de Vincent (à fusobacterium) : peu de fièvre, mauvaise haleine, adénopathie satellite, risque de
thrombose jugulaire (= syndrome de Lemière) et de phlegmon.
• Cha e s philiti ue de l’a gdale : grosse amygdale ulcérée et dure mais peu douloureuse
• Angine des hémopathies
• Ca e de l’a gdale ve tuel hez le patie t fu eu , ui onsulte pour une gêne, dont la cause ne
disparait pas après traitement)

5) Syndrome mononucléosique Non revu à l’oral, mais sur les diapos, et vu en UE15
a) Définition
• Augmentation des éléments mononuclés du sang (plus de 4 000 / ₃ et de plus de % des GB.
• Egalement apparition de grandes cellules atypiques à gros noyau et à cytoplasme basophile, qui signent
l’a tivatio des LT.
• Le syndrome mononucléosique se déroule dans un contexte fébrile chez l’adoles e t ou le jeu e adulte.
b) Symptômes
• Fièvre élevée et souvent prolongée • Poly-adénopathies

• Angine érythémateuse ou à fausses • Thrombopénie
membranes • Splénomégalie possible
• Rash cutané
c) Données biologiques du syndrome mononucléosique

• Thrombopénie
• C tol se h pati ue ave ↗ des ASAT et ALAT va ia le, possi le
d) Autres causes possibles du syndrome mononucléosique
• Peut aussi être une primo-infection à CMV, sa s l’a gi e
• Primo-infection à VIH
• Toxoplasmose acquise
• Rubéole, même si de plus en plus de personnes sont vaccinées.
 Rappel : il o vie t d’ t e rassurant avec le patient et sa famille pour éviter les syndromes post-viraux, qui
font que le patient suit une consultation pendant des mois de façon non fondée.
6) Diarrhées infectieuses
a) Santé publique
Problème très fréquent qui reste un motif de consultation. Souvent bénin en occident (à nouveau :
prudence selon le terrain → ou isso , sujet âg . Reste g ave da s les pa s e voie de d veloppe e t, a ’est
une source de déshydratation rapide +++.
On distingue souvent 2 mécanismes physiopathologiques :
• Mécanisme entéro invasif : la bactérie pullule dans le tube digestif et colonise la muqueuse.
• Mécanisme toxinique : ’est la to i e ui est espo sa le, l’a ti ioth apie ne sert à rien
b) Interrogatoire, contexte, environnement, terrain ++
• Ages extrêmes++ et immunodépression

• Dia h e au etou d’u vo age e pa s t opi al
• Dia h e ap s p ises d’antibiotiques
• Contexte épidémique
• Contexte de toxi-infection alimentaire
c) Syndromes et exemples de diarrhées
 Syndrome gastroentéritique
• Diarrhée non spécifique (selles fréquentes et liquides), douleurs abdominales diffuses mais
supportable, nausées et vomissements, fièvre modérée.
• Modèle de la gastroentérite virale (rotavirus, entérovirus), évolution rapidement favorable le plus
souvent.
• Risque de déshydratation

 Syndrome dysentérique
• Selles glaireuses, sanglantes, afécales, parfois mucopurulentes
• Mécanisme entéro-invasif
• Douleurs abdominales fortes diffuses avec épreinte, ténesme et faux besoin
• Fièvre élevée le plus souvent
Ex : Shigellose, E.Coli entéro invasifs et entéro-hémorragiques, Amibiase (pas de fièvre) pour des personnes qui
reviennent de pays africains.
 Syndrome cholérique / cholériforme
• Diarrhées aqueuses : selles liquides et profuses, en « eau de riz », fréquentes et abondantes →
déshydratation importante : cause +++ de décès → traiter en réhydratant le patient, pas d’ATB !
• Mécanisme toxinique
• Vomissements
• Douleurs abdominales modérées
• Pas ou peu de fièvre
Ex: Choléra, E.Coli entérotoxinogène, toxiinfection alimentaire à staphylocoque aureus
d) Signes d'urgence
• Signes de déshydratation :
o HypoTA
o Sécheresse muqueuse
o Troubles de la conscience
• Signes de sepsis sévère
• Signes de colite grave → risque de perforation → péritonite
o Douleur abdominale intense +
o Défense à la palpation
o Imagerie : signes de souffrance digestive
7) Fièvres éruptives
a) Définition et caractéristiques
Désignent les maladies infectieuses, contagieuses et épidémiques caractérisées par des éruptions
uta es et u e volutio li ue, o e la ougeole, la u ole ou la va i elle…
Pour nommer la pathologie, il faut caractériser la lésion et reconnaitre les signes d’a o pag e t de
l’i fe tio .
Ca a t isti ues de l’ uptio :
• Localisation : par exemple aux muqueuses, en particulier au niveau de la bouche
• Extension
• Type de lésions : (cf. sémiologie cutanée)

b) Infections éruptives
Rougeole
• Eruption morbilliforme
• Tou he souve t l’e fa t de à 7 ans
• Transmission par voie aérienne
• Incubation de 10 jours (normalement)
• 1er signe : catarrhe oculo-respiratoire (= inflammation des voies respiratoires) avec yeux rouges, toux++,
paupi es go fl es. L’e fa t est grognon et bouffi.
 Signe de Köplick (36ème heure) : pathognomique de la rougeole avec des petites tâches blanches
apparaissant à la face interne de la joue.
• 2ème phase : éruption descendante en une seule poussée : maculo-papuleuse
o 15 jours après contage : derrière les oreilles et la face
o Dispa itio de l’ uptio e u e se ai e
• Diagnostic clinique, traitement uniquement symptomatique et isolement respiratoire
• Prévention par la vaccination
• On vaccine parce que dans certains cas, la maladie peut présenter des formes compliquées :
o Surinfections bactériennes : otites, laryngites, surinfections bronchiques, pneumopathies,
k atites….
o Complication neurologiques: peuvent être très grave
▪ Précoces : encéphalite aigue (1/2000)
▪ Tardives : panencéphalite sclérosante (très rare en Europe)
Rubéole
• Bénigne
• Exanthème maculeux, peu érythémateux
• Pas de traitement étiologique – il existe une vaccination et la guérison est spontanée
/!\ Peu grave, SAUF chez la femme enceinte → Risque de malformation foetale
Varicelle
• Infection à VZV (Virus Varicelle Zona) très contagieuse, qui présente une éruption progressive de vésicules
par poussées successives a a t le le suiva t lo s de la phase d’ tat avec de la fièvre
→ Macule → papule → vésicule → croûte (~4ème jour)
• Se retrouve sur la face, le thorax, le cuir chevelu le plus souvent
• Contexte épidémique saisonnier chez des enfants de 2 à 10 ans avec un contage aérien (2 à 3 jours avant
l’appa itio des v si ules .
• Te ps d’i u atio d’e vi o jou s
• Guérison en 10 à 15 jours
• Diagnostic clinique
A noter :
• Enanthème buccal fréquent et micro-adénopathies possibles
• Complications
o Fréquentes : surinfections cutanées après grattement des lésions
o Rarement : encéphalite
• Chez l’adulte, ’est eau oup plus u a t : la varicelle s’a o pag e de p eu opathies ave AEG ++
• La varicelle est davantage crainte chez les sujets immunodéprimés parce que la forme développée est
très sévère. On ne vaccine pas ce type de patient (car le vaccin produit est à virus vivant) : dans le cas
d’un transplanté avec des jeunes enfants, on ira vacciner les e fa ts de l’e tou age.
/!\ R su ge e possi le hez l’adulte : ’est le zo a.

8) Infections cutanées Non revu à l’oral, mais présent sur les diapos.
a) Infection folliculaire pilosébacée
• Folliculite profonde et nécrosante : à la a i e d’u poil a e…

• Evolue vers un sphacèle → peut alle jus u’au fu o le
• Risque → staphylococcie de la face
b) Infections dermo-epidérmiques
Un exemple important, l’ r sip le du membre inférieur :
• Début brutal avec grosse jambe, rouge, aigue et fièvre ++ (40°)
• Œd e, peau te due, i du e, luisa te, pa se e de p t hies sa s ou elet autou de la l sio
cutanée)
Erysipèle jambe droite
Terrain favorisant : sujet o se, sujet ui p se te des l phœd es Iifs ou IIaires g â e à u e po te d’e t e pa
plaie ou intertrigo (champignons entre les orteils qui donnent des plaies entre les orteils → streptocoque)
 C’est u e i fe tio ui se p te souve t à l’o asio d’u e l sio uta e.
Exemple 1 : Au niveau du membre supérieur : œd e au iveau des as, ap s hi u gie du sei pathologie
a euse… ui este doulou eu peut do e u sip le.
Exemple 2 : Erysipèle de la face : plus grave et souvent lié à un staphylocoque → donne des furoncles, est invasif et
peut donner un sepsis sévère → il faut v ifie u’il ’ ait pas d’e te sio s o ulai es, ....). Ce cas-ci présente un
bourrelet périphérique.
 O su veille l’ sip le ave u t ait au feut e pou v ifie u’il e s’ te de pas ou u’il di i ue au ou s
du temps.
9) Pneumopathies ou pneumonies aigues communautaires : Non revu à l’oral, mais

présent sur les diapos
a) Définitions
Les pneumopathies présentent généralement une forme commune avec un syndrome infectieux intense,
une fièvre entre 39-40°C ai si u’u alaise g al. Ce sont des infections «acquises en ville», parfois graves,
do t le p o osti d pe d de l’age t e ause et du te ai su le uel elle su vie t.
Agents en cause :
• Streptococcus pneumoniae
• Mycoplasma pneumoniae
• Chlamydia pneumoniae donnent des pneumopathies atypiques
• Legionella pneumophila
b) Symptômes
Signes fonctionnels :
• Toux avec expectoration parfois purulente (voire hémoptoïque)
• Douleur thoracique (au iveau de la pleu al, ’est ela ui est doulou eu …
• Dyspnée selon le germe → signe de gravité ++

Signes physiques auscultatoires → syndrome de condensation alvéolaire :

• Augmentation des vibrations vocales
• Matité systématisée
• Abolition du MV
• Souffle tubaire
• Râles crépitants
Ces signes sont souvent uni-latéraux
Signes biologiques :
• Syndrome inflammatoire Ateinte du lobe moyen gauche
• Hyperleucocytose à PN +++
• Parfois hémoculture positive à S. Pneumoniae
 Le diagnostic est assez clair et facile à poser.
Pour information, le scanner (non nécessaire) montre bien que les alvéoles sont pleines, le bronchogramme dessine
bien la condensation, qui explique le souffle tubaire – la bronche est rigide.
c) Formes atypiques : mycoplasme, chlamydia
Dans ces cas, le début est plus progressif, avec une fièvre moins élevée, une toux non constante, ou
retardée. G rale e t, il ’ a pas d’e pectoratio s ++.
/!\ Les signes cliniques existants sont piégeux car extra-respiratoires +++ :
signes digestifs, céphalées, syndrome grippal (avec arthromyalgies), confusion
da s le as de la l gio elle …
• Quelques crépitants à l’aus ultatio , ui so t plutôt ilat au ais
sans condensation (contrairement à ci-dessus) : en bref, les anomalies
sont légères.
• Signes biologiques moins spécifiques : syndrome inflammatoire sans
hyperleucocytose.
• Généralement, les hémocultures sont stériles → il faut faire une
e he he d’Ag ou u e s ologie da s e as. Exemple : pneumopathie grippale
atteig a t le ul e et ui s’a o pag e
d’u e d t esse espi atoi e.
d) Prise en charge
Da s le as d’u e p eu opathie s st atis e ou o , pou d ide du t aite e t et du ode de p ise e
ha ge, o s’i t esse au fa teu s de is ues et au te ai suivant :
• Age > 65ans
• Comorbidités (à savoir +++) : IC, IH, IR, diabète, BPCO, immunodépression innée ou acquise.
Conclusion
• Les maladies infectieuses restent une cause courante de consultation en médecine générale à tous les
âges de la vie.
• Le contexte e vi o e e tal et le te ai so t t s i po ta ts da s l’a al se des situatio s.
• Un interrogatoire et un examen clinique soigneux permettent le diagnostic dans la majorité des cas.
• La e he he des sig es de g avit d’u e i fe tio li s à l’age t i fe tieux ou liés au terrain) est
impérative.

Guide de survie simple pour votre première semaine en stage
« Putain, j’vois ici les hommes les plus forts et les plus intelligents que j’aie jamais vu.
J’vois tout ce potentiel, et j’le vois gâché. J’vois une génération entière qui travaille à des pompes à
essences, qui fait le service dans des restos, qui est esclave d’un petit chef dans un bureau. La pub
nous fait courir après des voitures et des fringues, on fait des boulots qu’on déteste pour se payer des
merdes qui nous servent à rien. On est les enfants oubliés de l’histoire mes amis, on n’a pas de but
ni de vraie place ; on n’a pas de grande guerre, pas de grande dépression. Notre grande guerre est
spirituelle, notre grande dépression, c’est nos vies. La télévision nous a appris à croire qu’un jour
on serait tous des millionnaires, des dieux du cinéma ou des rock stars, mais c’est FAUX. Et
nous apprenons lentement cette vérité. On en a vraiment, vraiment, plein le cul. »
Fight Club, Tyler.
Page 58
UE 18 – Généralités – F. VANDENESCH – C. BOUCHAT
Mécanismes d’action des antibiotiques

Objectifs :
• Co aît e les p i ipau a is es d’a tio des a ti ioti ues
• Comprendre les fondements des notions de sensibilité, résistance, bactériostase, bactéricide, PK-PD
• Comprendre les mécanismes de résistance et leur implication en pratique clinique
• Co p e d e l’e jeu de la sista e et du o usage des a ti ioti ues
Histoire rapide des antibiotiques :

• 1897 : Ernest Duchesne (un lyonnais) met en évidence les propriétés bactéricides de Penicillium glaucum
et il émet la théorie d’u e « concurrence vitale » entre les micro-organismes, avec la production par
certains micro-o ga is es de su sta es apa les d’i hi e la oissa e de i o-organismes d’u e
autre espèce.
• 1928 : Ale a de Fle i g, lo s d’u t avail su les staph lo o ues, laisse sa s su veilla e des oîtes de
culture contaminées accidentellement par un champignon, Penicillium. En retrouvant les boîtes, il
o state l’a se e de olo ies autou des zo es o ta i es pa les ha pig o s, p ouva t ai si ue
es de ie s s te t u e su sta e apa le d’i hi e la oissa e des staphylocoques. Cette
substance, une fois modifiée, donnera la bien connue pénicilline.
Références citées par le professeur :

• Un film, « Le cauchemar de Darwin », o t e la vitesse ave la uelle l’ os st e du La Vi to ia a t
odifi et ouleve s pa l’i t odu tio de pe hes du Nil. Le p ofesseu Va de es h d veloppe une
analogie entre ce cas et l’i t odu tio des a ti iotiques dans le monde bactérien, à une autre échelle.
• « Revenge of the microbes » est un livre décrivant la situation actuelle de la course entre découvertes
d’a ti ioti ues et d veloppe e t de a t ies sista tes. Co e so tit e l’i di ue, ot e sto k de
ol ules th apeuti ues te d à s’ puise , et le o e d’esp es a t ie es sista tes voi e
multirésistantes à augmenter.
I) Les antibiotiques
1) Introduction
/!\ Antibiotique (étymologie : du grec anti : « contre » et bios : « la vie ») : molécule naturelle ou
synthétique qui tue une bactérie ou empêche sa réplication (inhibe la croissance bactérienne) sans interférer
ave l’hôte sp ifi it a t ie e .
On appelle bactériostatique un antibiotique qui inhibe la croissance bactérienne sans forcément la tuer
et bactéricide un antibiotique qui détruit la bactérie.
Antibiotique idéal :
• ne sélectionne pas de résistance
• est facile à ad i ist e et sous plusieu s fo es IV, pe os…
• longue demi-vie
• pas d’effets secondaires pas d’a tio su l’hôte
• efficace sur la ou les bactéries visées
• capacité de diffusio au site de l’i fe tio si besoin, peut passer la barrière hémato-encéphalique)
Deu g a des i di atio s d’u e a ti ioth apie :

• Traitement d’u e i fe tio , ut th apeuti ue
• Prophylaxie des infections bactériennes, but préventif
Le as le plus ou a t de p oph la ie est l’a ti ioth apie ava t u e op atio hi u gi ale. O pou a utilise
des a ti ioti ues visa t la flo e i testi ale lo s d’u e hi u gie digestive, d’aut es visa t la flore cutanée lors
d’u e hi u gie o thop di ue… Et e afi d’ vite la diss i atio de ge es o e sau ou e t ieu s au
patient susceptibles de développer une infection post-opératoire. A ne pas confondre avec la notion
d’a ti ioth apie « probabiliste » qui vise à traiter une infection sans en connaître le germe responsable.
FGSM3 Lyon Est M a is e d’a tio des a ti ioti ues Page 1 sur 14 Page 59
2) Enjeux de notre pratique

Le p i ipal e jeu de ot e p ati ue di ale et de la p es iptio d’a ti ioti ues est li à la otio de
résistance bactérienne. L’utilisatio des a tibiotiques et la résistance bactérienne sont liées.
Le temps de doublement de certaines bactéries est de 20 à 30 minutes. Une population bactérienne est
donc une population nombreuse, à la multiplication rapide. Cette réplication massive du génome de la
population entraîne forcément la survenue de mutations, ui peuve t s’a u ule . Ces utatio s so t
al atoi es, ave u e p o a ilit de su ve ue fai le, ais le g a d o e d’i dividus da s la populatio
bacté ie e fait u’o au a statisti ue e t, chez au moins un des individus de cette population, survenue de la
mutation.
Les antibiotiques induisent une pression de sélection. Les bactéries ayant une mutation leur
pe etta t de siste à u a ti ioti ue su viv o t à l’usage de et a ti ioti ue, et pou o t fo e
(rapidement) une nouvelle population résistante. La pression de sélection est proportion elle à l’appa itio
des sista es. E d’aut es te es, plus on utilise les antibiotiques, plus o o se ve l’appa itio de
populations bactériennes résistantes.
Conclusion grave : ous so es aujou d’hui da s u e situatio d li ate et diffi ile pa apport aux
possibilités thérapeutiques. En effet, on observe une réduction du nombre de molécules utilisables, pouvant
mener à des impasses thérapeutiques. La ou se e t e l’a uisitio de sista es hez les a t ies et le
développement de nouvelles molécules su le a h tou e e ot e d faveu . C’est donc notre responsabilité
d’avoi u usage réfléchi et adapt des a ti ioti ues lo s de os p es iptio s, da s et e deho s de l’hôpital.
Il faut également connaître les règles de prescription des antibiotiques.
Et ’est assez logi ue e t da s les hôpitau ue l’o et ouve le plus de a t ies sista tes, a ’est là
ue l’o p es it u e g a de ua tit d’a ti ioti ues au patie ts da s les tats les plus g aves. Da s la e
idée, les eaux usées des hôpitau so t u v ita le os st e à a t ies sista tes. C’est u p o l e o u
mais pas vraiment traité. Il faut avoi u e elle fle io autou de la p es iptio d’a ti ioti ues. Il e faut i
prescrire à outrance ni clamer que « les antibiotiques ’est pas auto ati ue ». Devant des cas cliniques graves ou
douteux, il faut être capable de faire jouer tous les éléments dont nous disposons (clinique, interrogatoire du
patient, notion de contage, fiabilité des tests employés) pour trancher. En bref, il faut réfléchir et ne pas se placer
dans un des deux extrêmes.
II) Mécanismes d’action et cibles des antibiotiques

4 mécanismes à connaître 
1) Rappels sur la structure bactérienne Ceci est une cotte de maille
Une bactérie est une cellule sans compartiment intracellulaire avec une membrane
cellulaire proche de la e a e des ellules eu a otes. O t ouve, de l’e t ieu ve s
l’i t ieu :
• Une paroi : polymère réticulé de chaînes peptidoglycaniques liées par des ponts
peptidiques. Ils forment une structure résistante mais perméable (des molécules
peuvent diffuser à travers), déterminant la forme de la bactérie. C’est u peu o eu e
cotte de maille, solide, protectrice, ais laissa t passe l’ai et l’eau.
o Bactéries Gram + : la paroi est uniquement constituée de ce peptidoglycane
recouvrant la membrane cellulaire. La coloration de Gram hydrophile va pouvoir se
fixer sur la paroi.
o Bactéries Gram - : il a p se e d’u e membrane lipidique externe qui couvre le peptidoglycane
(qui est donc pris « en sandwich » entre ces deux membranes). Cette dernière possède des porines
et permet donc le passage de molécule par des pores. La coloration de Gram hydrophile ne peut
pas passer la membrane externe de la bactérie et se fixer sur la paroi.
 Il faut donc que les molécules antibiotiques soient capables de traverser la membrane externe si elles
veulent avoir un effet sur les bactéries Gram - !
• La membrane cellulaire. Attention à la confusion entre membrane externe et membrane cellulaire !

• Le cytoplasme de la bactérie, contenant l’ADN a t ie et les ribosomes nécessaires à sa traduction.
2) Cibles d’action des antibiotiques
Le spe t e d’a tio d’u a ti ioti ue les a t ies o t e les uelles il se a effi a e se a d te i à la
fois par la physiologie et la structure des bactéries visées et d’ ve tuelles sista es atu elles.
Il faut e effet savoi u’e plus des sista es sélectionnées par les antibiotiques, il existe des
résistances naturelles à u ou plusieu s a ti ioti ues, po t es pa o s ue t pa toutes les populatio s d’u e
espèce de bactérie.
Les antibiotiques peuvent agir par exemple sur :
• La synthèse de la paroi
• La traduction, et donc la synthèse protéique
• La transcription, les acides nucléiques, le super enroulement du génome bactérien, la machinerie
traductionnelle…
• La membrane cellulaire ou la membrane externe des bactéries Gram -
3) Action sur la synthèse de la paroi

On rappelle que les bactéries Gram - ont une membrane externe qui recouvre leur paroi. Par
o s ue t, tout a ti ioti ue d si eu de s’e p e d e à la pa oi d’une bactérie Gram - devra passer cette
membrane externe.
On a donc les antibiotiques capables de passer la membrane externe, agissant sur les bactéries Gram +
et les Gram -, et ceux incapables de passer la membrane externe, agissant sur les bactéries Gram + uniquement.
a) Les β-lactamines
Exemples : A savoir ++ (en vrai tout est apprendre dans ce chapitre ☺ )
• Les pénicillines : Les pénicillines G, A (amoxicilline, ampicilline), M (Oxacilline, Cloxacilline), ou encore la
a o p i illi e et l’u idop i illi e es de i es so t su tout p es ites à l’hôpital
• Les céphalosporines qui possèdent un noyau β-lactame différent des pénicillines. On a plusieurs générations
C1G (la 1ère génération), C2G (la 2ème), C3G (la 3ème) et désormais C4G (4ème génération). Ce sont les C3G qui
sont les plus utilisées (Céfotaxime = Claforan®, Ceftriaxone = Rocéphine®, Ceftazidime = Fortum®) à l’hôpital.
• Les carbapenèmes : molécules de dernier recours, u’o utilise o t e les a t ies sista tes au lasses
précédentes. Ex : Imipénème/Méropénème/Ertapénème
Les β-lactamines sont des antibiotiques bactéricides rapides 

Elles représentent 50% des antibiotiques consommés (chiffre approximatif).
Formation de la paroie bactérienne :
Le peptidoglycane de la paroi est ponté par des enzymes transpeptidases appelées aussi PLP, (Protéine Liant la
Pénicilline) qui se fixent sur 2 chaines individuelles de peptidoglycane pour former un pont. Ce sont ces PLP qui
vont permettre la réticulation de la paroi, et donc sa solidité.
Les β-lactamines présentent une analogie structurale avec le substrat des PLP, elles vont ainsi faire une
liaison covalente avec les PLP. Les β-lactamines vont donc agir en substrats-suicides, ou leurres, des
transpeptidases (PLP), en les bloquant et empêchant la synthèse de la paroi. Cette inhibition de la synthèse du
peptidoglycane entraine un stress : il y a un déséquilibre entre la synthèse et la destruction de la paroi qui
conduit secondairement à la lyse et à la mort de la bactérie
On peut avoir une sista e au β-lactamines par modification de la cible (PLP), p odu tio d’e z es
d g ada t l’a ti ioti ue ou encore par mutation des gènes des porines, qui permettent le passage à travers la
e a e e te e. Sa s po i es ad uates, plus d’a tio su les bactéries Gram -.
On peut noter une différence de spectre entre les générations car on réussit à augmenter l’affinité, à
augmenter le nombre de PLP inhibées pour une même bactérie et pour différentes espèces de bactéries.
Sous traitement par les β-lactamines, on peut avoir du mal à distinguer Gram + et – à l’e a e i os opi ue
b) Les glycopeptides
Les seuls glycopeptides sont la Vancomycine (Vancocine®) et la
Téicoplanine (Targocid®).
Ce sont des molécules volumineuses, elles ne peuvent pas
passer la membrane externe (elles ne passent pas les porines). Elles
sont donc inefficaces contre les bactéries Gram -.
Les glycopeptides sont des bactéricides lents  pour une raison

inconnue. Cela peut être dû au fait u’ils n’i hi e t pas directement les PLP.
L’e o e e t u’ils provoquent tue la bactérie plus longtemps après.
Elles vont se fixer sur les motifs D-Ala-D-Ala terminaux des pentapeptides (= extrémité de la chaine
peptidique), qui sont les substrats de la transpeptidase. L’e o e e t stérique ainsi provoqué va empêcher
la fixation de la PLP, et ainsi lo ue l’asse lage et la réticulation de la paroi. Cela induira un stress car la
bactérie remanie en permanence son peptidoglycane et ainsi, la destruction physiologique du peptidoglycane
(turn over) ne pourra pas être compensée par la synthèse habituelle : ’est u e auto-lyse. Ce sont les mêmes
effets ue les β-lactamines.
c) La fosfomycine
La fosfomycine est apa le d’agi su les a t ies G a - et Gram +.
Elle agit en amont de la synthèse de la paroi, s’atta ua t à la s th se des p u seu s du peptidoglycane.
Elle est notamment utilisée dans les infections urinaires banales (commercialisée sous le nom de Monuril® en
PO). Elle est utilisée par voie parentérale dans les infections sévères.
4) Inhibition de la synthèse protéique

Elle va se faire soit : en ciblant les ARNm ou les ribosomes. Les ribosomes des bactéries sont composés
de deux sous-unités différentes 30S ou 50S. Les ATB vont se fixer à l’u e des sous-unités. Il y a un grand nombre
d’a ti ioti ues, il faut e ete i deu : les aminosides, les macrolides et apparentés et les Tétracyclines
Ils ont un mécanisme commun qui les obligent à passer la paroi, la membrane cellulaire, et
éventuellement une membrane externe. Ce sont donc des médicaments qui doivent trouver un moyen de
diffuser à travers ces barrières.
a. Les aminosides C’est la plus a ie e fa ille d’a ti ioti ues toujou s t s utilis e .
C’est u bactéricide très efficace, à très large spectre. 

L’a i oside ta t une molécule très hydrophile, il va avoir recours à un processus requérant de l’ e gie pou
traverser la membrane cellulaire. Il va se servir de la force proton-motrice de la chaîne respiratoire des
bactéries aérobies pour traverser la membrane.
L’a inoside ne peut donc agir que sur les bactéries aérobies, il est absolument inefficace sur les
bactéries anaérobies ui ’o t pas l’appa eillage pou le fai e passe à t ave s leu e a e ellulai e.
Une fois dans la bactérie, il va cibler la sous-unité 30S du ribosome et bloquer la traduction.
Particularité des streptocoques : ces bactéries Gram + sont anaérobies préférentielles donc elles
tol e t l’o g e. Elles ’o t do pas la haî e espi atoi e apa le de e l’ e gie essai e à la
t ave s e de la e a e ellulai e, ie u’elles puisse t se d veloppe e p se e d’o g e. Elles so t
donc peu se si les à l’a i oside.
Pou u e aiso i o ue, o peut o i e l’a i oside au β-lactamines pour obtenir une très forte
synergie se traduisant par une action bactéricide extrêmement importante et une action très rapide, et ce
même sans chaîne respiratoire. (Cette synergie fonctionne aussi avec les glycopeptides).
O pou ait l’e pli ue pa le fait ue Les β-lactamines détruisent la paroi ce qui créent des portes
d’e t e via des « trous » dans la membrane. Les a i osides ’au o t plus esoi de la haî e respiratoire pour
rentrer. Cette association est essentiellement utilisée sur les streptocoques (anaérobie un peu particulier) en
li i ue. Ils so t do sista ts à l’a i oside o ote « résistant de bas niveau » su l’a ti iog a e ais
très sensible quand on les couple avec la β-lactamine.
Il est à ote ue si l’o effe tue u a ti iog a e pou u patie t i fe t pa des st epto o ues, le
la o atoi e ous i di ue a ue la a t ie a u iveau de se si ilit as à l’a i oside sa s avoi o plus u e
sista e totale, ais da s l’id e o pou ait se di e ue l’a i oside e se t à ie . Or, il faut bien penser à
l’asso iatio au β-la ta i es ui pe et de e pas e lu e l’a i oside, uoi u’e dise l’a ti iog a e!
Dans la pratique, le choix d’utilise ou o ette asso iatio d pe d a de la g avit de la pathologie. U e
angine à strepto o ues au a juste esoi de β-lactamines, alors que pour une septicémie, beaucoup plus grave,
on utilisera u e β-lactamine et un aminoside.
a) Macrolides (et apparentés) et tétracyclines
Exemple de :
• Macrolide : Erythromycine, Azythromycine, Josamycine
• Apparentés aux macrolides : lincosamide, oxazolidinones, sinergestine, acide fusidique, clindamycine,
chloramphénicol
Ils sont des bactériostatiques, avec une inhibition de la phase d’ lo gatio (en se fixant sur le ribosome)
de la synthèse des protéines.
On aura des cibles variées, le plus souvent une sous-unité du ribosome. Leur rôle bactériostatique
permet leur utilisation chez des patients immunocompétents, qui pourront éliminer la population bactérienne
figée dans sa croissance, sans complication. On évitera ces médicaments chez des patients immunodéprimés,
ou lo s d’i fe tio s v ai e t s v es ave u i o ulu a t ie lev . C’est vala le pou tous les
antibiotiques bactériostatiques.
Les lincosamides et les oxazolidinones ont une activité anti-toxinique.  Ils sont apa les d’i hi e la
synthèse des toxines bactériennes, e t e e t da ge euses lo s d’i fe tio s à a t ies G a + et Gram –
On d o e a t ies pou les uelles l’effet a ti-toxinique de ces molécules est reconnu bénéfique chez le
patient : Il s’agit du staph lo o ue do , et de e tai s st epto o ues du g oupe A, ausa t tous deu des ho s
toxiques. Pou plus d’i fo atio f. Antibiotique et Pratique)
Le choc toxique staphylococcique menstruel, pathologie charmante liée à un manque de changement des
ta po s lo s des gles. S’il e a ue ça i t esse… Pou plus d’i fo atio su le is ue de ho to i ue
menstruel, consulte la oti e d’utilisatio p se te da s ha ue oite de ta po …
Note sur le chloramphénicol : avant cette période de « crise » de résistance des bactéries, les firmes
pha a euti ues faisaie t u lo i g pou u’o utilise les ouveau a ti ioti ues, chers et récents, et pas les
a ie es ol ules ui e leu appo taie t plus ie . Mai te a t u’o a ue de ol ules th apeuti ues
et d’i ovatio s, on revient vers les anciens antibiotiques pour diversifier notre panel de médicaments. Le
chloramphénicol est un antibiotique efficace et peu cher mais assez toxique. Utilisé dans les pays en voie de
développement pour son coût modique, il est peut- t e desti à edeve i au goût du jou e F a e…
5) Action sur les acides nucléiques

Ils inhibent les précurseurs de la s th se de l’ADN, i hi e t l’ARN pol ase, l’ADN g ase (qui permet de
d oule l’ADN ava t la pli atio ou e o e alt e t di e te e t l’ADN.
a) Le cotrimoxazole
Sulfamétoxazole (sulfamide) + triméthoprime = Cotrimoxazole = Bactrim®
L’asso iatio triméthoprime-sulfamétoxazole est bactériostatique (+ bactéricide secondairement).
C’est u inhibiteur de la synthèse des folates (précurseurs des acides nucléiques) appartenant à la
famille des anti-métabolites. En bloquant la synthèse des folates, il bloque ainsi la croissance bactérienne.
En tant u’asso iatio de deu ol ules, cet antibiotique cible deux enzymes responsables de la
synthèse des folates, ce qui lui permet de contourner une mutation sur une seule de ses deux cibles. Cela
pe et do d’ vite la sista e. On les administre per os ou en IV.
b) La Rifampicine
Il inhibe l’ARN pol ase, il y aura donc un blocage de la transcription.
c) Les quinolones et fluoro-quinolones.
Les (fluoro)quinolones sont des bactéricides. Ces molécules inhibent les topo-isomérases (II = gyrase et
IV), et par là le super-enroulement/désenroulement et la réplication du génome bactérien. Ainsi les gènes ne
sont plus accessibles à la transcription et donc à la production de protéine. Il s’e suit u e réaction de stress
détruisant la bactérie par apoptose. Les fluoro-quinolones sont les antibiotiques de deuxième génération par rapport
aux quinolones.
d) Les nitro-imidazolés
Un exemple : le métronidazole (Flagyl®), qui possède aussi une action anti parasitaire.
Ces antibiotiques sont des pro-drogues. Ils ont esoi d’ t e réduits pour être actifs. Ce phénomène
d’a tivatio est uniquement possible chez les bactéries anaérobies car la chaine respiratoire a un effet oxydatif
chez les bactéries aérobies. On a la libération de radicaux libres ce qui entraine la oupu e des i s d’ADN.
6) Action sur les membranes phospholipidiques

Cette action peut se manifester au niveau de la membrane externe des bactéries Gram – et au niveau de la
membrane cellulaire des bactéries Gram + et –
a) Les polymixines
Ce sont des bactéricides 
O s’atta de u i ue e t su la Colistine (Colimycine®). C’est un vieil antibiotique ressorti du placard en raison
de l’effo d e e t de la dive sit de l’a se al th apeuti ue (comme le chloramphénicol, cf supra)
O l’e ploie u i ue e t pou les infections graves car il a beaucoup d’effets secondaires, avec une
toxicité rénale importante, il est donc difficile à manipuler avec une faible marge thérapeutique (il nous faut
considérer la balance bénéfice/risque).
La Colistine désorganise la membrane externe induisant la lyse la bactérie et elle ’agit ue su les bactéries
Gram -. Elle est injectée en IV ou via un aérosol, l’utilisatio e pe os ta t desti à u effet su la flo e
digestive uniquement.
b) La daptomycine
C’est u bactéricide 
Ce lipopeptide est une nouvelle molécule volumineuse, donc restreinte aux bactéries Gram + (ne passe pas la
membrane externe). Elle attaque la membrane cellulaire ’est u e ol ule atio i ue atti e pa les
phospholipides chargés négativement), y créant un pore qui va permettre une lyse osmotique (fuite ionique de
K+) de la bactérie
Elle sert souvent d’alte ative à la va o i e. Utilisé essentiellement à l’hôpital.
III) Paramètres d’activité

1) CMI et CMB
Pou ue l’ATB soit effi a e, il faut u’il puisse :
• Atteindre le foyer infectieux (absorbé par l’o ga is e, diffuse au site
• Atteindre la cible bactérienne (pénétration et reconnaissance de la cible)
• Etre actif sur la bactérie (inhibition de croissance/destruction de la bactérie)
• Administré à bonne dose et/ou pendant assez longtemps
• Ne pas être toxi ue pou l’hôte sp ifi it de i le, ta olisatio , li i atio
La CMI et la CMB sont deux paramètres de base d’u a ti ioti ue :
• CMI = Concentration Minimale Inhibitrice : ’est la plus fai le o e t atio d’a ti ioti ue apa le
d’i hi e la oissance bactérienne (absence de multiplication visible en culture).
• CMB = Concentration Minimale Bactéricide : ’est la plus fai le o e t atio d’a ti ioti ue apa le
de tue les a t ies si l’a ti ioti ue e est apa le .
Le graphique ci-contre montre l’ volutio de populatio s de a t ies e pos es à des o e t atio s
va ia les d’u a ti ioti ue pe da t heu es. O suit l’ volutio de la populatio lo s de ette i u atio .
• La CMI est à 2 g/L, a ’est à ette
o e t atio u’o esse d’o se ve une
croissance (la quantité de bactéries reste
constante). Définition universelle
• La CMB est plus difficile à définir. On ’a ive a
jamais à 0 bactérie (pourquoi ? pa e u’il e
aura toujours quelques-unes mutées et
résistantes), on a donc un problème de
définition de la CMB. Selon les pays, on
demande des pourcentages différents de
di i utio de la populatio a t ie e… I i, on
fixe arbitrairement la CMB à une destruction de
. % de l’i o ulu i itial, soit e vi o 3 log
donc, dans cet exemple, 8 mg/L.
Avant, on calculait le rapport CMB/CMI. S’il tait supérieur à 2, on parlait d’a ti ioti ue a t iostati ue
(CMB très éloignée de CMI) comme les Tétracyclines et Cotrimoxazole, et s’il tait inférieur à 2 on parlait
d’a ti ioti ue bactéricide (CMB proche de CMI).
Ce u’il est i t essa t de ete i , ’est su tout u’il e iste des a ti ioti ues atu elle e t a t i ides : β-
lactamines, Glycopeptides, Aminoside, (fluoro)Quinolones, Polymixine, Daptomycine.
Dans la pratique, on ne rend pas la CMI en détail mais son interprétation en terme de Sensible/
Intermédiaire/Résistant. On peut dans certains cas demander directement une mesure précise de la CMI (par
bandelette E-test) pour un antibiotique. A noter que la CMI d’u e a ti ioti ue va ie e fo tio de la
famille et de la résistance de la bactérie.
2) CMI50 et CMI90 (non vu en cours l’année dernière mais pertinent à savoir en pratique)
• CMI50 : plus faible concentration inhibant la multiplication de 50% des bactéries
• CMI90 : plus faible concentration inhibant la multiplication de 90% des bactéries
On peut aussi lire ces concentrations comme étant les plus faibles concentrations agissant
espe tive e t su % et % des a t ies de la populatio . C’est u e lecture probabiliste des CMI. La CMI90
est do e da s le Vidal, ave le spe t e d’a tivit de l’a ti ioti ue. Ai si, o peut al ule la p o a ilit d’effet
de l’a ti ioti ue su u e populatio do e de a t ies.
C’est le p i ipe du t aite e t p o a iliste. E se asa t su es do es, o va utilise u a ti ioti ue à
spectre large afin de tou he le plus de a t ies possi les e te e de dive sit d’esp es spe t e d’a tivit
te du et e te e d’i dividus CMI asse . Not e ut va t e de dui e apide e t l’i o ulu a t ie du
patient, sans grande spécificité bactérienne.
Par la suite, au fu et à esu e des e a e s e la o atoi e a ti iog a e, ise e vide e d’u

ge e pa ti ulie , o ett a e pla e u e a ti ioth apie à spe t e t oit, sp ifi ue d’u e esp e et apa le
de contourner les résistances acquises (après notre p e i e vague d’a ti ioti ues et atu elles e tai es
bactéries sont insensibles à certains antibiotiques) de la population infectant le patient.
Exemple : e as d’i fe tio a t ie e à point de départ intestinal, on peut éventuellement
commencer ave des β-la ta i es à spe t e la ge afi de dui e apide e t l’i o ulu a t ie . Si o se e d
o pte u’il e se passe pas g a d- hose, o peut suppose u’o est e p se e d’e t o o ues faecalis
Gram +, peu sensibles à ces antibiotiques. Un antibiogramme le confirmera. On passera à un antibiotique plus
ciblé, comme la vancomycine (glycopeptide) par exemple.
3) Temps et Concentration-dépendance
a) Temps-dépendance
L’effet de l’a ti ioti ue dépend du temps de contact entre antibiotique et inoculum bactérien (à
bonne posologie évidemment). On doit donc maintenir une concentration efficace assez longtemps pour
u’elle puisse agi . On administrera ces antibiotiques en perfusion continue (avec un pousse seringue) ou avec
des administrations répétées et fréquentes pour maintenir une concentration efficace. Ce qui compte est le
temps au-dessus du CMI
La demi-vie de l’a ti ioti ue est un paramètre très important pour les antibiotiques temps-
dépendants ! En effet, ceux avec une demi-vie longue pourront se co te te d’u e i je tio pa jou pa
exemple (cefriaxone par exemple avec une demi vie de 8h alo s ue pou l’a o i illi e, ’est de l’o d e de 50-100
min).
Retenir : β-lactamines et fluoro-quinolones
b) Concentration-dépendance
L’effet de l’a ti ioti ue d pe d de la concentration atteinte lo s de l’ad i ist atio . Ce sont des
antibiotiques à a tio apide, ta t u’o attei t la o e t atio essai e. Une seule dose importante par
jour suffira do à attei d e l’effet voulu (sous se ve de sta ilit de l’a ti ioti ue da s l’o ga is e . On
ret ouve l’i ip e β-lactamine : exception !), les aminosides, les fluoro-quinolones (sur les bactéries Gram-),
la daptomycine.
Certains antibiotiques concentration-d pe da ts o t l’ava tage d’ t e assez peu to i ues si leu to i it
est temps-d pe da te, ’est-à-di e fo tio du te ps de o ta t e t e le patie t et l’a ti ioti ue. Pa e e ple,
les aminosides ont une toxicité rénale et auditive. Mais s’ils so t i je t s e u e seule dose, o au a u pi
i po ta t pe etta t l’effet a ti ioti ue, puis u e to i it li it e da s le te ps. C’est pa fait pou ous et
surtout pour le patient !
Retenir : Aminoside
Fo te dose = a i ise l’effi a ité
Li ite le o e d’ad i ist atio = i i ise la to i it
4) Paramètres pharmacocinétiques des antibiotiques

Paramètres de base de la pharmacocinétique : LADMER
• Libération : le comprimé se dissout dans le suc gastrique par exemple
• Absorption : I po ta t, il faut v ifie ue l’a ti ioti ue se a convenablement absorbé pour être
efficace, il faut donc choisir la bonne forme galénique.
• Distribution : là aussi, il faut v ifie ue l’a ti ioti ue soit apa le d’attei d e le fo e i fe tieu s’il
est connu). Utiliser une molécule incapable de traverser la BHE pour une méningite est assez inutile (ex :
aminoside).
• Métabolisation : t a sfo atio de la ol ule, i te f e es ave d’aut es t aite e ts ui
conditionnent la demi-vie de la molécule.
• Elimination : la voie d’ li i atio est importante ! Par exemple, un antibiotique éliminé par voie
urinaire pourra traiter une infection des voies urinaires s’il est e o e a tif.
• Résorption
Toutes es tapes o t lieu da s l’o ga is e du patie t

Cette courbe est extrêmement importante ! Elle définit trois paramètres :
• Cmax : la o e t atio a i ale de l’a ti ioti ue attei te ap s u e i je tio u i ue. Attention, elle
doit être supérieure à la CMI ! C’est le pa a t e esse tiel de l’effet concentration-dépendance, elle
définit l’effet de l’a ti ioti ue.
• AUC > CMI : ai e sous la ou e sup ieu e à la CMI. Elle o espo d à la ua tit d’a ti ioti ue i je t e
dépassant la CMI. C’est le pa a t e esse tiel de l’effet temps-dépendance. C’est le te ps pass au-
dessus de la CMI qui est important et pas le maximum de concentration. Tant que la concentration
atteinte est supé ieu e à la CMI, l’a ti ioth apie e tie t pas o pte des va iatio s de o e t atio .
• T > CMI : du e pe da t la uelle la o e t atio d’a tibiotique est supérieure à la CMI. Ce paramètre
est extrêmement important pour les antibiotiques temps-dépendants. En effet, il détermine le temps
du a t le uel l’a ti ioti ue est effi a e.
5) Paramètres pharmacodynamiques des antibiotiques

Le point i po ta t est u’à pa ti de deu ol ules, on perd déjà une grande marge de contrôle sur
les paramètres pharmacocinétiques et pharmacodynamiques.
• Si on associe deux antibiotiques de la même famille, o s’e pose à u e s e gie to i ue voir un
antagonisme, avec une multiplication des effets indésirables sa s fo e t aug e te l’effi a it des
antibiotiques utilisés (ils attaquent les mêmes cibles, et on peut difficilement tuer deux fois le même
e e i si vous suivez l’a alogie . On ne fait une telle association que dans des situations très
spécifiques!
• Si on associe des antibiotiques de familles différentes, on peut o se ve u e s e gie d’a tivit
(exemple des β-lactamines et des aminosides sur de nombreuses bactéries), mais aussi parfois un
antagonisme, surtout dans les cas où l’o asso ie plus de deu fa illes d’a ti ioti ue.
IV) Mécanismes de résistance

L’ tude des utatio s a t ie es est d’u g a d i t t : elles so t lev es (surtout chez certaines
espèces de bactéries) à cause du taux de réplication particulièrement haut des bactéries associées à une
mauvaise correction des erreurs et de leur population importante (ce qui augmente la probabilité de trouver un
mutant résistant).
Les mécanismes de défense peuvent être structurels tels que le peptidoglycane ou la membrane externe
des bactéries Gram -.
1) Résistance naturelle et acquise

a) Résistance naturelle
La sista e atu elle est u e a a t isti ue de l’espèce bactérienne, partagée par 100% des souches
de cette espèce. Son support génique est le chromosome, la transmission de la caractéristique est verticale.
Transmise à toutes les souches descendantes, elle détermine donc le phénotype sauvage.
Quelques exemples : Listeria et les C3G, Entérocoques et les C3G, Bactéries Gram négatif et glycopeptides (par
exemple la vancomycine)
b) Résistance acquise
C’est u e sista e pa tag e pa seule e t u e pa tie des sou hes de l’esp e, souvent médiée par un
élément génétique mobile (un plasmide par exemple), donc la transmission horizontale entre bactéries est
possible. Elle peut également avoir un support chromosomique, lors de mutations ponctuelles. Elles ne sont
jamais portées par toutes les sou hes d’u e esp e, e da s le as de sista es a ie es. On ne peut
JAMAIS atteindre 100% de résistante acquise, il y aura toujours une fraction qui restera sensible.
Les résistances acquises sont favorisées par la pression de sélection antibiotique donc par une utilisation
excessive ou inadaptée des antibiotiques.
Elles déterminent le phénotype de résistance su l’a ti iog a e t ait plus loi .
Quelques exemples : 80% des Staphylocoques dorés siste t à l’a o i illi e (et autres pénicillines G), 15-20% à
l’o a illi e à l’hôpital.
2) Types de résistances
Pour être actif, un antibiotique doit atteindre sa
cible, rester fonctionnel et se fixer à sa cible. A chaque
étape correspond un mécanisme de résistance différent.
NB : il faut apprendre les différents mécanismes de
résistance.
a) Résistance par imperméabilité et/ou absence de transport
Ce a is e e p he l’a ti ioti ue de pa ve i à sa i le, il se fait pa imperméabilité. Il peut être
présent naturellement (streptocoques et bactéries anaérobies avec les aminosides, ou bactéries Gram – et
glycopeptides) ou acquis, par perte de fonction des porines (diminution de la quantité et/ou de la qualité)
comme les Pseudomonas aeruginosa (« pyo ») et l’i ip e β-lactamine)). Cependant, la perte de cette
fonction entraîne une diminution de l’a s aux nutriments, donc un fort coût métabolique qui explique la
disparition de telles résistances lorsque la pression antibiotique diminue.
b) Résistance par efflux
Ce a is e e p he gale e t l’a ti ioti ue de pa ve i à sa i le. La a t ie s th tise une
pompe à efflux active rejetant immédiatement l’a ti ioti ue à l’e t ieu d’elle-même. On peut prendre ici
l’e e ple des Pseudomonas avec les quinolones. Là aussi, on a un surcoût métabolique pour faire fonctionner
l’e z e d’efflu . Ex : macrolide, fluoro-quinolone.
c) Résistance par inactivation enzymatique

I i, l’a ti ioti ue su it u e perte de fonction. La bactérie synthétise une enzyme qui dégrade ou inhibe
l’a ti ioti ue. Ce sont par exemple des β-lactamases : pénicillinases, carbapénèmases, céphalosporinases, BLSE
(β- la ta ases de Spe t e Éla gi …. Ce a is e est e o e sou e d’u oût ta oli ue suppl e tai e
puis u’il essite de fai e fo tio e u e e z e pa ti uli e.
d) Résistance par modification de la cible / diminution de l’affinité

Elle e p he la fi atio du a le à la i le. Elle peut passe pa diff e ts p o d s. L’e jeu pou la a t ie
est de o se ve l’effi a it de la i le alg les odifi atio s. C’est u p o essus o pli u , ui epose
souvent sur de nombreuses mutations ponctuelles à différents endroits du gène :
• Mutation modifiant la cible (dans ce cas, un nombre très limité de mutations ponctuelles peut suffire à
o f e u e sista e . E e ples : Mutatio de l’ADN pol ase et Rifa pi i e, utatio de l’ADN
gyrase et quinolones. Pour éviter cette résistance, il faut par exemple faire des bithérapies avec de grosses
doses (fluoro-quinolones, rifampicine)
• A uisitio d’u ouveau g e : on le constate particulièrement dans les cas des protéines liant la
pénicilline (PLP), qui sont en fait des enzymes de « tricotage » du peptidoglycane. Les SARM
(Staphylococcus aureus Résistant à la Méthicilline) utilisent ce procédé lors de la présence de β-lactamines,
pa a uisitio d’u e nouvelle PLP (PLP2a) non sensible au β-lactamines. Elle est directement induite par
la présence des antibiotiques et complémentaire à la PLP normalement présente. Les pneumocoques,
pour leur part, construisent une PLP « mosaïque » à partir de f ag e ts de h o oso es d’aut es
streptocoques de la cavité buccale afin de remplacer la PLP habituelle. Ces pneumocoques sont appelés
PSDP (Pneumocoque de Sensibilité Diminuée à la Pénicilline).
• Enzyme de modification de la cible : certaines bactéries sont capables de produire une enzyme de
th latio des i oso es, se soust a a t ai si à l’a tio des Ma olides.
3) Support génétique de la résistance

Les résistances naturelles sont portées par des protéines codées par les gènes chromosomiques. Les
résistances acquises sont, elles, causées soit par :
• Des mutations chromosomiques modifiant la cible : da s e as, l’a ti ioti ue est l’age t s le teu et o
peut te te de p ve i e ph o e pa ad i ist atio de ith apies a la p o a ilit d’u e
résistance cumulée aux deux antibiotiques (modification de deux cibles !) est extrêmement réduite
• A uisitio d’u g e de sista e : via un plasmide ou un autre élément génétique mobile présent chez
une bactérie voisine (ce qui rend possible la transmission épidémique de gène de résistance).
V) Mesure de la résistance
1) Mesure de la CMI
La concentration minimale inhibitrice est le principal paramètre de d te i atio de la sista e d’u e
bactérie à un antibiotique donné.
a) Dilution en milieu liquide
Cette méthode, bien que méthode de référence

historique, est aujou d’hui peu utilis e. On utilise une gamme
de l’a ti ioti ue à diff e tes o e t ations avec une
suspension calibrée de la souche bactérienne à tester. Dans
cette suspension, on met peu de bactéries et tous les tubes
sont transparents. L’i u atio se fait à °C et dure 18-24h. A
la suite de ce temps, on regarde si une population bactérienne
est appa ue ave u t ou le visi le à l’œil u. La CMI
correspond au premier tube sans croissance bactérienne, le
premier resté transparent, suggérant que la croissance a été inhibée.
La détermination de la CMB se fait à partir du tube de CMI. On repique ce tube pour voir si on a inhibé la
croissance ou si on a tué la population bactérienne. On repique avec une o e t atio d’a ti iotique croissante
et on regarde si la croissance bactérienne repart : le tu e où la oissa e a t ie e ’est pas repartie
correspond à la CMB.
b) Le E-test (technique de diffusion)

Ce test epose su l’utilisatio de a delettes i p g es d’u g adie t de
o e t atio d’u a ti ioti ue pa ti ulie . O d pose e papie su u e oîte de p t i
ensemencée avec une suspension de la bactérie à tester, elles sont à ce moment
indétectables à l’œil u. La CMI o espo d à l’e d oit où la oissa e a t ie e
s’a te, e u’o voit g ale e t assez ette e t après 18-24h de culture, grâce à ce
type de test.
En pratique, une CMI aussi précise, ’est de a d e ue pou e tai es aladies
: par exemple les endocardites, pour lesquelles la CMI conditionne le type et la quantité
d’a ti ioti ues à utilise .
c) Antibiogramme (technique en diffusion)
Il est réalisé sur des souches isolées considérées comme pathogènes. Il existe
deu te h i ues de alisatio de l’a ti iog a e : u e te h i ue auto atis e e
milieu liquide [non détaillée en cours] ou par diffusion en milieu gélosé.
Dans une boite, on ensemence une suspension bactérienne calibrée à J0, les
a t ies se o t i visi les à l’œil u. O dépose dans cette boite des pastilles
d’a ti ioti ue et o laisse e suite i u e -24h à °C. Du a t l’i u atio ,
l’a ti ioti ue diffuse à pa ti du dis ue, o aura donc un gradient de concentration
d oissa t d’a ti ioti ue e alla t ve s la p iph ie.
A la fi de l’i u atio , o esu e le dia t e de la zo e d’i hi itio et o lit le sultat da s des tables
qui lient le diamètre et la concentration de l’antibiotique sur g lose. Cela pe et d’e d dui e la CMI a le
pou tou de la zo e d’i hi itio o espo d à l’e d oit où les a t ies ’o t pas pu pousse do la CMI . Le
diamètre est inversement proportionnelle à la CMI Cette méthode ’est pas très fiable, on a une approximation
peu précise de la CMI à cause de la construction empirique des tables de diffusion dans la gélose. De plus,
certains antibioti ues se p te t al à l’a ti iog a e a la diffusio su g lose ’est pas li ai e do la
o st u tio de la ta le ’est pas fa ile (ex : glycopeptides)…
2) Catégories cliniques S/I/R

Les catégories cliniques Sensible,
Intermédiaire ou Résistant sont déterminées par
des bornes de concentration appelées
concentrations critiques. En effet, on définit pour
un antibiotique des bornes de sensibilité. Si la CMI
de la a t ie pou l’ATB test se t ouve e -
dessous de la borne basse, on considère que
l’a ti ioti ue fo tio e =Se si le et au-dessus
de la borne haute, on considère que les bactéries
sont résistantes. Entre ces deux bornes se trouve
la zo e i te diai e et o o sid e l’effi a it
de l’a ti ioti ue e fo tio de la fa ille de
bactérie, on évalue au cas par cas.
Ces concentrations critiques sont
déterminées à partir de données de natures
diverses : pharmacologiques (les concentrations
sériques attendues aux posologies habituelles), bactériologiques (résultats cliniques en fonction de la sensibilité
in vitro) et surtout cliniques (obtenues à partir des essais cliniques réalisés). Ainsi, la catégorie « sensible » ne
o espo d pas à la se si ilit a solue de la a t ie à l’a ti ioti ue ais à u e p di tio d’effi a it clinique
du traitement. De même, la catégorie « résistante » correspond en réalité à une résistance observée aux doses
habituellement prescrites.
L’ valuatio de la sista e est do à adapte à la li i ue du patie t : pa e e ple, e as de

i gite, la a t ie pou a t e se si le à l’Aug e ti , ais ta t do ue l’a ide lavula i ue e passe
pas la barrière hémato-encéphalique, il ne servira à rien de traiter avec cet antibiotique.
L’a ti iog a e est u e te h i ue si plifi e de d te i atio du S/I/R, il permet en fait une
approximation de la CMI.
Il faut do appli ue es do es au o te te di ale. U e a t ie ’est pas se si le e a solue, elle
est plus ou oi s se si le da s des o ditio s pa ti uli es, selo l’hôte e t… La se si ilit et la sista e e
sont pas des définitions absolues. On prend un chiffre de CMI : pour certains ATB il basculera dans une zone
se si le, pou d’aut es da s u e zo e sista te : ela d pe d de la faço do t l’ATB i te agit da s l’hôte.
Quelle concentration maximale peut-on atteindre chez ce patient sans le tuer ? Cela dépend du patient.
T ois uestio s ue l’e seig a t app ie de pose à l’e a e , et ui o t e t ue uel ues

connaissances microbiologiques de base peuvent aider à mémoriser de manière plus solide certaines données
essentielles :
1) Quelle est la p i ipale aiso de l’i effi a it des gl opeptides su les a t ies à G a - ?
Leu taille les e p he de f a hi la e a e e te e et d’attei d e la pa oi.
2) Pourquoi les bactéries anaérobies sont-elles naturellement résistantes aux aminosides ?
Elles ’o t pas de haî e espi atoi e apa le de fou i l’ e gie essai e à la t ave s e de la pa oi.
Co e t doit t e ad i ist u a ti ioti ue do t l’a tivit est te ps-dépendant ?
En perfusion continue ou en injections répétées.
A retenir
• A ti ioti ues : diff e tes lasses, diff e ts a is es d’a tio s
• Action bactériostatique ou bactéricide
• Action temps/concentration-dépendante
• Sou he a t ie e Se si le, I te diai e ou R sista te e fo tio de la CMI à l’ATB
• Résistance naturelle et/ou acquise, chromosomique et/ou plasmidique
UE 18 – Généralités – C. BOUCHIAT & F. VANDENESCH
Antibiotiques et pratique
Lo s u’o doit hoisi le t aite e t a ti ioti ue à ett e e pla e, o doit fl hi selo diff e ts
critères :
• Critères bactériologiques (Gram + / Gram -, a o ie / a a o ie…
• Critères pharmacocinétiques dispo i ilit da s l’o ga is e, voie d’ad i ist atio …
• Critères de tolérance (selon la balance bénéfice-risque)
• Critères écologiques o se pla e du poi t de vue de l’ ologie i o ie ne du patient : quel est
l’i pa t su l’ os st e du sujet de l’ATB ue j’utilise ?)
• Critères de confort (effets secondaires, si pli it d’ad i ist atio , iodispo i ilit de la fo e o ale…
• Critères économiques.
I) Rappel sur les antibiotiques :

1) Les β-lactamines
Elles agissent toutes sur la paroi. Elles représentent 70% des antibiotiques utilisés.
a. Pénicillines A :
• Grande molécule : Amoxicilline
• (Pivmécillinam : amoxicilline modifiée qui r siste au p i illi ases d’E. oli)
• Administration : PO ou IV
• Cibles : variées ++
o Tous les streptocoques sont naturellement se si les à l’amoxicilline. Enterococcus faecium, bien
ue atu elle e t se si le à l’a o , d veloppe de plus e plus de sista e à elle-ci (comme
d’aut es st epto o ues
▪ S. pyogenes : angine, érysipèle
▪ Pneumocoque : pneumonie, ORL, méningite (2ème intention)
o Listeria
o Maladie de Lyme, pasteurellose
• Mécanisme : inhibition de la synthèse de la paroi
• Bactéries résistantes :
o Résistance naturelle : entérobactéries groupe 2 et 3
o Résistance acquise : staphylocoques ai si ue d’aut es ge es, o e les p eu o de se si ilit
diminuée par exemple)
• Autorisé chez la femme enceinte
Page 73
FGSM3 Lyon-Est Antibiotique et pratique Page 1 sur 10
b. Pénicillines M :
• Grande molécule : Oxacilline
• Voies d’administration : IV (ne pas utiliser PO car on constate une mauvaise disponibilité)
• Spectre plus étroit
• Anti-staphylococcique de f e e, o s’e se t pou tous les staph lo o ues ti-S, traitement des
bactériémies à S. aureus
• On constate une résistance acquise importante :
o 20-40% de SARM hospitaliers
o Apparition de SARM communautaires
c. Pénicillines A + inhibiteur de β-lactamase :
• Amoxicilline + acide clavulanique (= Augmentin®)
• Voie d’ad i ist atio : IV et PO
• L’a ide lavula i ue est u substrat-suicide (= il se lie de façon covalente aux β-lactamases, qui se
et ouve t ai si pi g es et i apa le d’alle h d ol se l’a o i illi e p se te des β-lactamases (plus
précisément : des pénicillinases). Attention, cette association ne sera efficace que sur les tissus où
diffuse l’a ide lavula i ue (ne passe pas la BHE, dans le LCR par exemple)
• Spectre large +
• Restau atio de l’a tivit vis-à-vis des bactéries productrices de β-lactamases (de type pénicillinase) :
o S. aureus Péni-R et oxa-S
o Anaérobies
o Entérobactéries sensibles
o H. influenzae
• Effets secondaires : troubles digestifs (diarrhées ++) et vertiges
• Atte tio , la diffusio de l’a ide lavula i ue est oi s la ge ue elle de l’a o i illi e
• Indications :
o Infections ORL et respiratoires
o Infections à bactéries anaérobies
Notez u’il e iste d’aut es p i illi es u ido et a o p i illi e, d’usage hospitalie e pa e t al
uniquement, non développé dans le cours car assez spécialisé)
d. Céphalosporines
Il en existe 4 générations do t l’a tio est croissante sur les bacilles gram négatif et décroissante sur
les cocci gram positif. Ce gradient est important à noter !!
e. Céphalosporines de 1ère génération
• Voies d’ad i ist atio :
o Parentérale : Céfalotine, Céfazoline
o PO : Céfadroxil,
• Spectre limité : staphylocoques méti-S, Haemophilus influenzae, certains bacilles gram négatif
• Utilisé en prophylaxie au cours de chirurgies propres (IV) et dans les infections ORL (per os)
f. Céphalosporines de 2ème génération
• Voies d’ad i ist atio
o Parentérale : Céfamandole, Céfoxitine, Céfotetan
o PO : Cefuroxime axetil pour les infections ORL
• Spectre limité : S. aureus méti-S, bacilles gram négatif (> C1), bactéries anaérobies pour Cefoxitine et
Cefotetan
• Surtout utilisés en prophylaxie de chirurgie propre et en chirurgie gynécologique
Page 74
g. Céphalosporines de 3ème génération

• Grandes molécules : Ceftriaxone (Rocéphine®), Céfotaxime (Claforan®), Céfixime, Ceftazidime.
• Administration : IV, IM, SC sauf Cefixime PO
• Parentérales
o Spectre :
▪ Bacilles gram négatif (>C2>C1) (surtout entérobactéries +++) mais inactivés par BLSE et
hyperCase
▪ Neisseria
▪ Streptocoques (sauf entérocoques), pneumocoque
▪ P. aeruginosa : ceftazidime uniquement
▪ Mauvais anti-staphylococcique
o Usage hospitalier
o Indications
▪ Infections sévères ou sujet à risque
▪ Traitement des méningites communautaires sauf Listeria
▪ Infections graves à entérobactéries (pyélonéphrites)
▪ Infections nosocomiales pour Ceftazidime
• Orales
o Cefixime (Oroken®)
o Cefpodoxime-Proxétil
o Indications :
▪ Pathologies ORL
▪ Relais PO des C3G injectables (pyélonéphrites mais attention faible concentration
sérique)
• Résistance : LEA : Listeria monocytogenes, Enterococcus spp, Anaérobies
• Antibiotique temps dépendant mais à demi-vie longue, donc une seule injection par jour. → e ’est
valable que pour la ceftriaxone (demi-vie de 8h) avec une seule injection quotidienne, les autres sont à
prendre 2-3x/jour
Petit point sur la ceftriaxone :

La ceftriaxone est éliminée par voie biliaire, do digestive. L’utilisatio de eft ia o e est do intéressante
pou les attei tes digestives. Cepe da t, il faut l’utilise le oi s possi le lo s ue l’i fe tio est e t a-
digestive) : le système digestif étant colonisé par une quantité très importante de bactéries, une prescription
fréquente induirait une forte pression et donc la sélection de bactéries résistantes.
Petit rappel sur les Bactéries Multi Résistantes (BMR) et la Bactéries Hautement Résistantes émergentes (BHRe)
L’utilisatio d’a ti iotiques exerce une pression sur la population bactérienne, favorisant la sélection de souches
résistantes à es a ti ioti ues. O a do vu da s u p e ie te ps l’appa itio de BMR o e pa e e ple les
Staphylococcus Aureus Résistant à la Methicilline (SARM) : résistance par modification de la cible (PLP), ou
encore les entérobactéries résistantes aux C3G, (par production de bêta-lactamases (cephalosporinase ou BLSE).
De nos jours, due à l’utilisatio de plus e plus i po ta te d’a ti ioti ues et do , une plus forte pression), on
voit apparaitre des souches encore plus résistantes : les BHRe. Cela comprend les entérobactéries résistantes aux
carbapénèmes par production de carbapenemases. Il est à noter que les carbapenèmes, faisant parties de la
famille des �-lactamines, sont des molécules de derniers recours ! Cela comprend aussi les entérocoques
résistants aux glycopeptides.
L’appa itio de BHRe pose do des p o l es de sa t pu li ue : il faut trouver de nouvelles molécules plus
puissantes pour pouvoir soigner les patient ayant contracté ces BHRe. Depuis quelques années, quelques
nouvelles molécules ont été commercialisées.
Page 75
2) Les glycopeptides
• Grandes molécules : Vancomycine, Teicoplanine
• Voies d’administration : IV ++, PO possible mais ils présentent une très mauvaise biodisponibilité. Seule
exception : Clostridium difficile où on donne de la vancomycine en per os
• Cibles : Gram + exclusifs (car molécules volumineuses qui ne passent donc pas au travers des porines
de la membrane externe des Gram – )
o SARM et Staphylocoque coagulase négative méti-R (vancomycine > teicoplanine)
• Toxicité : Rénale / Hépatique / auditive / veineuse locale
• Mécanisme : Inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne (peptidoglycane). Globalement même
action que les β-lactamines mais en se fixant sur une cible différente.
• Diffusion tissulaire limitée vers le LCR et les tissus mous
• Antibiotiques bactéricides temps dépendant, induisant donc une perfusion en continu ou par larges
périodes.
3) Les aminosides
• Grandes molécules : Ge ta i e → Gram +, A ika i e → Gram –
• Voies d’administration : IV, pas d’a so ptio e t ale, diffusion médiocre dans le LCR, passage de la
barrière placentaire
• Agit sur les ribosomes des bactéries
• Très utilisée dans les associations thérapeutiques (en effet rarement utilisé en monothérapie en Europe)
avec :
o Les β-lactamines
o Les fluoro-quinolones (plus rarement)
o Les glycopeptides (mais attention à la néphrotoxicité !!)
• Cibles : Bactéries aérobies (résistance naturelle pour les anaérobies), ou e s e gies ave u e β-
lactamine pour les streptocoques.
• O s’e se t da s le milieu hospitalier dans la limite de 5 jours de traitement à cause de la toxicité.
• Toxicité : Rénale et auditive temps-dépendant
• Activité concentration-dépendante (cela permet une délivrance unique journalière DUJ)
• Fort potentiel bactéricide : aisse apide de l’i o ulu a t ie
4) Macrolides et apparentés
• Cible les ribosomes
• Spectre étroit :
o Cocci et bacille Gram + : Staphylocoques et Streptocoques (pneumocoque)
o Campylobacter (bacille Gram -)
o Germes intracellulaires (Chlamydia, Legionella)
o Germes anaérobies (clindamycine)
o Bactérie à Gram - : Haemophilus (ORL) mais en générale résistante à e tai es d’e t e elles ++
o Traitement de référence monodose pour Chlamydia trachomatis
Classe Macrolide Lincosamide Synergistine

Antibiotique Erythromycine et Azithromycine Clindamycine (PO et IV) Pristinamycine (PO)
Indication - Alternatives aux β-lactamines - Infections à anaérobies Infections à staphylocoques
(allergie) : angine à streptocoque A - Infections toxiniques (même méti-R)
- Utilisable chez la femme enceinte staphylococciques ou Infections à streptocoques
- Bonne diffusion pulmonaire : streptococciques Infections à pneumocoques
bronchite, pneumopathie à germe IC (inhibition de la synthèse
donc Legionella toxinique)
NB : il existe aussi les kétolides avec la télithromicine.

On parle des MLSK (Macrolide, Lincosamide, Synergistine, Kétolides).
Page 76
5) Fluoro-quinolone
• Cible les topoïsomérases
• Administration PO ou IV, sachant que la biodisponibilité est identique dans les deux voies donc préférer
la voie per os dès que possible, que ce soit grave ou non, car beaucoup moins chère (en IV si
i possi ilit d’avale : bon sens ☺)
Fluoro- Ofloxacine, Norfloxacine Levofloxacine (FQAP) Ciprofloxacine

quinolone (diffusion urinaire) Moxifoxacine
Efficace contre Staphylococcus aureus Même spectre que Même spectre que
Streptococcus pyogenes (efficacité l’Oflo a i e + l’Oflo a i e +
modérée) sensibilité élargie au sensibilité élargie au
Bactéries à Gram négatif (Haemophilus pneumocoque Pseudomonas
influenzae, entérobactéries)
Bactéries intracellulaires (Legionella,
Chlamydiae…
Bactéries anaérobies
Inefficace contre Pseudomonas et
pneumocoque
L’Oflo a i e est o stitu e de 50% de fo e de t og es i a tives et de 50% de fo es levog es

(actives). La Levofloxacine est à 100% de formes levogyres, donc deux fois plus concentrée ue l’Oflo a i e.
• Traitement
o Des pyélonéphrites et prostatites (bonne diffusion urinaire)
o Des infections ostéo-articulaires (bonne diffusion osseuse)
o Légionellose
• Effets indésirables :
o Photosensibilisation do pas d’e positio au soleil
o Confusion
o Atteinte du cartilage de conjugaison, tendinites
o Contre-i di ué hez la fe e e ei te et l’e fa t de oi s de 15 a s
6) Rifamycines
• Grande molécule : Rifampicine
• Administration PO ou IV
• Cible l’ARN-polymérase
• Bonne diffusion tissulaire (infections osseuses)
• Spe t e d’a tio :
o Gram positifs
o Germes intracellulaire (Brucellose)
o Mycobactéries
o Cocci à Gram négatif → prophylaxie des méningites à méningocoques
• On note une émergence de mutants résistants, il faut do l’utilise e association. O l’utilise e
o oth apie u i ue e t pou le ttt p oph la ti ue de i gites…
Toxicité : hépatique, inducteur enzymatique (Donc attention aux associations de traitement qui peuvent se
« dérégler » comme les AVK, immunosuppresseurs ou encore contraception orale), lentilles oculaires (à
enlever) [la molécule colore les fluides corporels en orange : urine, larme, etc ...]
Page 77
7) Autres
Les FQ et la rifampicine
induisent facilement
l’ e ge e de a t ies
résistantes. On essayera de
ne jamais les donner en
monothérapie (sauf cas
particuliers)
II) Les bactéries

1) Staphylococcus aureus
Le traitement de première intention va être l’OXACILLINE IV (β-lactamine du groupe des pénicillines M)
ou les C1G a e e o e t, il a u e uptu e de sto k de l’o a illi e, on donne donc de la céfazoline). La
forme per os a une mauvaise disponibilité.
Rappel : 95% des Staph aureus possèdent une pénicillinase contre les pénicillines G et A (la benzylpénicilline) -> ils
sont résistants aux pénicillines G et A.
On retrouve également des résistances aux pénicillines M par mutation des PLP : % à l’hôpital, % e
communautaire ; on parle alors de SARM (Staphylococcus Aureus Résistant à la Méticilline).
E fo tio de l’i fe tio , il a diff e tes o duites à te i :

❖ Infection sévère (ex : septicémie) : BITHERAPIE : OXACILLINE + GENTAMICINE (aminoside)
Rappel : les aminosides ont une synergie de bactéricidie très efficace quand on les associe aux β-lactamines.
Rappel : La gentamicine est chez S. aureus, l’a i oside le plus lo gte ps pa g pa les mécanismes de
résistance aux aminosides.
❖ Méthicilline-Résistant (Méthi-R) = SARM suspecté ou confirmé : VANCOMYCINE ± GENTAMICINE
La vancomycine peut être utilisée seule mais on fait alors face à de possibles émergences de résistances.
Rappel : la vancomycine est u gl opeptide. Elle ’est a tive ue su les G a + ’est u e g osse ol ule, e
traversant pas la membrane externe des BG-).
Rappel : Le SARM est une BMR (Bactérie Multi Résistante)
Une alternative : la DAPTOMYCINE
❖ Méthicilline-Sensible (Méthi-S) -> infections peu sévères, souvent utilisé en pédiatrie : AMOXICILLINE +
AC. CLAVULANIQUE (AUGMENTIN) en PO.
Rappel : l’AUGMENTIN pa voie o ale à u e iodispo i ilit o e te o t ai e e t à l’O a illi e.
Autres antibiotiques éventuels pour Staphylococcus aureus ais ’ ta t pas da s les p e i es lig es de
recommandation : FQ (souvent utilisé quand on veut bénéficier de la diffusion pulmonaire et osseuse), FQAP,
Rifampicine, Fosfomycine.
Page 78
2) Strepto A = Streptococcus pyogenes

O appelle ue le st epto A est le plus souve t espo sa le d’a gi es.
Le traitement de première intention va être l’AMOXICILLINE. O ’ ajoute pas d’a ide lavula i ue a
les streptocoques ne développent pas de β-lactamases.
❖ Infection sévère : BITHERAPIE : AMOXICILLINE + GENTAMICINE (ou VANCOMYCINE + GENTAMICINE si
allergie aux β-lactamines)
❖ Allergie aux β-lactamines : MACROLIDES (Azythromycine, Clarythromycine, Erythromycine…) ou
PRISTINAMYCINE (= PYOSTACINE©).
La pristinamycine est une synergistine = streptogramine, la seule représentante de cette famille.
❖ Infection sévère + allergie aux β-lactamines : VANCOMYCINE (glycopeptide).
Les autres antibiotiques efficaces contre le Strepto A sont les FQ, les FQAP, la Rifampicine et la
Fosfomycine.
3) Pneumocoque = Streptococcus pneumoniae

Cet agent cause majoritairement des infections communautaires telles que des pneumonies, mais
également des méningites à pneumocoques.
Le t aite e t de p e i e i te tio se a l’AMOXICILLINE.
❖ Alternative (allergie) ou résistance de haut niveau : C3G ou FQAP (FQ anti-pneumococciques).
❖ Méningite :
o Méningite (en 1ère intention ou si Pneumocoque de Sensibilité Diminuée aux Pénicillines PSDP) :
C3G
o Méningite (en 2ème intention, pas de PSDP) : AMOXICILLINE (en fonction de la CMI)
❖ Pneumonie : si présence de PSDP, il faut augmenter les doses d’AMOXICILLINE
O essa e le plus possi le d’aug e te les doses d’a o i illi e plutôt ue de do e des C G (dans les
infections peu sévères) On peut « rétrograder » à l’a o i illi e sa s is ue, en fonction de l’a ti iog a e:
’est la d ses alade. Il est même recommandé de rétrograder en fonction des sensibilités.
[Le Strepto B (≠ p eu o o ue vit au niveau du périnée chez la femme ce qui entraîne un risque de
transmission au nouveau-né lo s de l’a ou he e t. Ai si pou p ve i les is ues d’i fe tions néonatales on
effectue un prélèvement au dernier trimestre de la grossesse pour déterminer si celle-ci est porteuse du germe.
O peut ai si ett e e pla e u e a ti iop oph la ie à l’A o i illi e si ’est le as pou prévenir ces types
d’i fe tio .]
4) Enterococcus spp.
Cocci Gram + partiellement anaérobie, les aminosides seuls ne sont donc pas efficaces.
/!\ Les C3G sont inefficaces contre les entérocoques !
I i e o e le t aite e t de p e i e i te tio se a l’AMOXICILLINE.
❖ Infection urinaire : AMOXICILLINE ou FURANES (antiseptiques urinaires). On peut aussi envisager un
traitement par Fosfomycine (MONURIL©).
❖ I fe tio a do i ale, e do a dite i fe tieuse… :
o E. faecalis +++ : AMOXICILLINE + GENTAMICINE
o E. faecium (+rare) : VANCOMYCINE + GENTAMICINE (car souvent au moins relativement
sista t à l’a o i illi e
/!\ Il est a oi s possi le d’utilise la o i aiso C3G + A o i illi e hez l’e t o o ue de e u’il
est possi le d’utilise la o i aiso A i oside + β-lactamine chez le st epto o ue. E effet, l’utilisatio de la
p i illi e A pe et d’utilise les C3G. ’est u d tail, e pas s’atta de dessus
Page 79
5) Listera monocytogenes
Retrouvée dans les méningites du nouveau- , de l’i u od p i ou de la pe so e âg e.
/!\ Les C3G sont inefficaces contre Listeria !
Le t aite e t de p e i e i te tio est l’AMOXICILLINE.
Infection grave : AMOXICILLINE + GENTAMICINE ou AMOXICILLINE + COTRIMOXAZOLE (BACTRIM ©) (si
insuffisance rénale sévère)
NB : l’aminoside ne passe pas la barrière hémato-encéphalique, il sert à traiter la bactériémie
C’est u e i fe tio à déclaration obligatoire pour enquêter sur le mode de contamination
6) Neisseria meningitidis
Le traitement de première intention face à une infection par méningocoque est une C3G. (Les C3G en IM
étant aussi à la base du traitement probabiliste pour prévenir un purpura fulminans).
❖ Deuxième intention après antibiogramme : AMOXICILLINE
❖ Prophylaxie des sujets au contact du germe : RIFAMPICINE (y compris les femmes enceinte). Cette
p oph la ie ’a plus d’i t t e 7 à jou s
❖ Allergie VRAIE aux β-lactamines (ayant été bilantée) : CHLORAMPHENICOL (plus vraiment utilisé en
Europe, mais encore largement utilisé en Afrique Sub-Saharienne).
C’est u e infection à déclaration obligatoire.
7) Entérobactéries (Escherichia coli ++)

Ce so t ajo itai e e t des age ts d’i fe tio s de l’a e u i ai e. Le traitement de première intention
sera une C3G. (pour une infection grave)
❖ Infection urinaire basse = cystite : FOSFOMYCINE ou FURANES (Nitrofurantoïne) ou PIV-MECILLINAM
(amoxicilline modifiée, vieille molécule, agit uniquement sur arbre urinaire), ou FQ.
Les vieilles molécules (fosfo, furanes, piv- e illi a … seront de plus en plus utilisées dans les années à
venir, les taux de résistance aux autres ATB étant en constante augmentation.
❖ Pyélonéphrite non à risque de complication : C3G ou FQ l’u e ou l’aut e e ère intention en fonction de
certains critères vus dans les cours précédents).
De e leu utilisatio va s’a oît e da s les a es ui vie e t.
❖ I fe tio s g aves, sista es va i es… Selo l’a ti iog a e:
• AMOXICILLINE + AC. CLAVULANIQUE (AUGMENTIN©)
• IMIPENEME + AMIKACINE si BMR
• C3G + AMIKACINE
/!\ Il existe un risque non négligeable de sista e à l’Aug e ti par hydrolyse type pénicillinase ou
cephalosporinase.
Si on souhaite une association synergique du type β-lactamines + a i osides, l’a i oside de hoi est :
Face à une bactérie Gram + ➔ Gentamicine
Face à une bactérie Gram - ➔ Amikacine
8) Pseudomonas aeruginosa = Pyo

Bacille Gram -
Attention avec ette a t ie ’est LE piège : elle nécessite des molécules spécifiques :
• C3G : CEFTAZIDIME ou PIPERACILLINE-TAZOBACTAM (céfotaxime et ceftriaxone inefficaces)
• FQ : CIPROFLOXACINE (ofloxacine et FQAP inefficaces).
• Si BMR : IMIPENEME (= β-lactamine qui reste efficace le plus longtemps contre les résistances).
/!\ Attention donc, avec un patient traité par exemple par Cefotaxime ou Oflo a i e… O ou t u is ue
de surinfection au PYO par sélection de bactéries résistantes aux ATBs.
Page 80
9) Bactéries anaérobies
O les et ouve ota e t da s le tu e digestif, d’où u e a ti iop oph la ie s st ati ue e as
d’i te ve tio hi u gi ale digestive. Elles peuvent donner lieu à des infections de la sphère ORL : sinusites,
infections bucco-dentaires.
/!\ Les aminosides sont inefficaces contre les bactéries anaérobies (pas de chaîne respiratoire pour pénétrer
dans la bactérie).
• METRONIDAZOLE (Flagyl ©) appartenant aux nitro-immidazolés

• AUGMENTIN (AMOX + Ac CLAVULANIQUE)
• CLINDAMYCINE (lincosamide)
Rappel : dans les agents antibiotiques inhibiteurs de la synthèse protéique on a entre autres les MLS :
Macrolides, Lincosamides (clindamycine), et Streptogramines ou Synergistines (pristinamycine).
Cas du Clostridium difficile :
Bactérie anaérobie responsable de colite pseudomembraneuse
• Traitement :
o 1°Métronidazole
o 2° Vancomycine PO (seule indication PO de la vancomycine)
• Formes sévères intolérance, CI ou échec clinique à J4-J5 : Vancomycine PO
• Formes très sévères : Vancomycine + Métronidazole
• Formes récidivantes : Fidaxomycine ou greffe fécale
10) Legionella pneumophila

/!\ Les β-lactamines sont inefficaces contre la légionelle car bactérie intracellulaire !
• Macrolides (AZYTHROMYCINE)
• FQ
• RIFAMPICINE o e l’utilise e alit pas v ai e t e o oth apie à ause des risques de sélection,
on aime bien garder cet ATB pour la Tuberculose)
‼ Petit moyen mémotechnique pour retenir les ATBs contre les bactéries intracellulaires : MaC FlurRy
(Macrolides-Cycline-Fluoroquinolone –Rifampicine).
III) Choix du traitement

1) Association ou monothérapie ?
Quels sont les objectifs des asso iatio s d’a ti ioti ue ?
1. La e he he d’u e synergie en bactéricidie da s le ad e d’u e i fe tio s v e
2. Traitement probabiliste si le pathogène est inconnu : on vise un spectre large pour couvrir tous les
germes potentiels.
3. Eviter la sélection de mutants résistants. Il faut savoi u’il suffit d’une mutation ponctuelle chez
e tai es a t ies pou u’elles devie e t sista tes au FQ, à la ifa pi i e… A l’inverse, une
résistance aux β-la ta i es s’a uie t plus diffi ile e t do ATBs + f ue e t utilis s .
4. Contourner un mécanisme de résistance naturel ou acquis.
Pou eu ue ela i t esse, e e ples d’asso iatio s pou o tou e u e sista e :
- Amoxicilline + C3G sur entérocoques
- Daptomycine + Oxacilline sur les SARM GISA (sensibilité intermédiaire aux glycopeptides).
- β-lactamine + Aminoside sur les streptocoques
I di atio s ajeu es des asso iatio s d’a ti ioti ues :
• Selon la ou les bactéries suspectées
• Selon le site de l’i fe tio : endocardite, infection ostéo-articulaire, abdominopelvienne non
do u e t e, espi atoi e g ave o do u e t e…
• Selon le terrain : tat iti ue, eut op ie, i fe tio oso o iale…
Page 81
2) Choix des antibiotiques

• Connaître les pathogènes les plus p o a les selo le site d’i fe tio , la po te d’e t e, le te ai , le
contage.
• Te i o pte de la diffusio au site de l’infection. Exemple : l’A o i illi e diffuse da s le LCR ais pas
l’A ide Clavula i ue do o e t aite pas d’i fe tio neuro-méningée par Augmentin !
• Tenir compte de la tolérance en fonction de la gravité (rapport bénéfice/risque) :
➢ Infection bénigne ➔ privilégier la tolérance
➢ Infection grave ➔ p ivil gie l’effi a it
3) Balance bénéfice-risque*
Elle doit être estimée pour toute p es iptio d’a ti ioti ue. Par exemple, les
FQ ont un bon rapport entre bactéricidie et toxicité.
4) Diffusion tissulaire
Certains tissus et organes ne sont pas propices à la diffusion des
antibiotiques : LCR et e veau, p ostate, œil, os, v g tatio s da s l’endocardite
i fe tieuse…
Il faut privilégier les antibiotiques ayant une bonne diffusion : C3G, FQ et Rifampicine
5) Chez la femme enceinte

Il faut retenir les antibiotiques NON CONTRE-INDIQUES :
• β-lactamines
• Groupe MLS
• Fosfomycine
- Contre-indiqués au premier trimestre : Rifampicine, métronidazole
- Contre-indiqués sauf indication majeure : Glycopeptides, Aminosides, Cotrixomazole
- Contre-indication absolue : Tétracyclines, FQ.
6) Prélèvement bactériologique avant l’antibiothérapie ?

• TOUJOURS si infection sévère / bactéries nombreuses / de sensibilité inconstante ➔ méningite,
e do a dite…
• SAUF lorsque le diagnostic clinique est facile ➔ s a lati e, i p tigo, sip le, stite si ple…
• SAUF lorsque l’u ge e est a solue : purpura fébrile, i gite sa s a s hospitalie < 9 i utes…
7) Voie IV ou PO ?
IV PO
- Infection grave - Infection peu sévère
- ATB o dispo i le PO a i oside, gl opeptide… - Bonne biodispo i ilit de l’ATB FQ +++
ou mauvaise biodisponibilité - Ba t ie t s se si le à l’ATB
- Troubles digestifs vo isse e t…
Il faut privilégier l’utilisatio des FQ pe os : elles coûtent 0 fois oi s he à l’hôpital, pour une efficacité
équivalente à celle de la forme IV.
8) Place de la chirurgie
Tout foyer i fe tieu fe est à is ue d’ he : taille de l’i o ulu , auvaise diffusio de
l’a ti ioti ue…
• Toute collection doit faire envisager son évacuation chirurgicale
• Toute infection canalaire obstructive doit faire envisager la levée de l’o sta le
• Toute infection sur matériel implanté doit faire envisager le retrait du matériel.
Page 82
Bactéries responsables
des infections cutanées
et des tissus mous
 A. TRISTAN ; C. GUSTAVE
A traiter en lien avec le cours de parasitologie sur les parasitoses et mycoses de la peau et des phanères
Cours non décloisonné → Sera réabordé en FASM 1

• N° 152 → Infections cutanéo-muqueuses et des phanères, bactériennes et mycosiques de
l’adulte et de l’e fa t
o Diagnostiquer un impétigo, une folliculite, un furoncle, une dermo hypodermite bactérienne
(DHB) et ses signes de gravité.
o Co aît e les p i ipes du t aite e t de l’i p tigo, de la folli ulite, du fu o le, de la de o-
hypodermite bactérienne (DHB).
o Diagnostiquer et connaître les principes du traitement des infections cutanéo-muqueuses à
Candida, cutanée à Malassezzia et des phanères (teignes, onychomycose).
o Diagnostiquer et connaître les principes du traitement des infections à dermatophytes de la
peau glabre, des plis et des phanères.
• N° 169 → Zoonoses
o Diagnostiquer et connaître les principes du traitement des principales zoonoses : brucellose,
fièvre Q, leishmaniose, toxoplasmose, maladie de Lyme, maladie des griffes du chat,
pasteurellose, rickettsioses, tularémie, échinococcoses (hydatidose).
o Connaître et expliquer les mesures préventives contre la rage.
Page 83
SOMMAIRE
Les staphylocoques – p. Les streptocoques – p.
I) Ha itat atu el I) Ca a t es a t iologi ues
II) I fe tio s dues à S. Au eus II) St epto o us p oge es
III) Diag osti III) Diag osti
IV) Se si ilit au a ti ioti ues IV) Se si ilit au a ti ioti ues
V) Staph lo o ues à oagulase V) Politi ue de p ve tio
gative
Les zoonoses – p. Tableau récap – p.
I) Pasteu ella ulto ida
II) Bo liose
Page 84
UE 18 – Infections cutanées et des tissus mous – A. TRISTAN, C. GUSTAVE
Les staphylocoques
Objectifs :
• Savoir évoquer une infection à staphylocoque
• Savoir diagnostiquer une infection à staphylocoque
• Savoir traiter une infection à staphylocoque
Le genre « staphylocoque » comprend environ 200 espèces dont:

• Un pathogène très fréquent : Staphylococcus aureus (= Staphylocoque doré)
• Des pathogènes rares :
o Staphylococcus epidermidis : p se t su la peau, il s’agit du principal contaminant des
hémocultures et peut être responsable des infections sur matériels comme les prothèses (valves
mécaniques).
o Staphylococcus saprophyticus : il est responsable de certaines infections urinaires chez la jeune
femme
/!\ Le 1er germe responsable des infections urinaires est E. coli
I) Habitat naturel de S. aureus

L’ha itat atu el de S. aureus est constitué par les zones humides et chaudes dont le nez (au niveau du
vestibule).
 30% des individus sont porteurs sains : les porteurs ont un is ue a u d’i fe tio s oso o iales post-
opératoires, ainsi que de transmission de la bactérie par les mains. Cependant, les infections sont moins
graves chez un porteur sain que chez un sujet ui ’a ja ais e o t la a t ie.
II) Infections dues à S. aureus

1) Infections suppuratives
a. Infections superficielles
Le staphylocoque doré est une bactérie pyogène, c'est à dire qu'elle forme du pus, il est le 1er pathogène
espo sa le d’i fe tio s uta es. Les manifestations cliniques pouvant être causées par S. aureus sont :
• Abcès : foyer de pus encapsulé dans une membrane de tissu conjonctif pouvant se former dans
’i po te uel tissu de l’o ga is e. L’i fe tio peut t e primitive (spontanée) ou secondaire (après
eff a tio uta e) autou d’u ath te à la suite d’u e pi û e su u e pi gle.
• Impétigo : il peut se former sur une peau saine ou sur des lésions pré-e iste tes ui s’i fe te t pa
grattage. Des vésicules naissent et se transforment en pustules contenant un liquide trouble (pus).
Celles-ci de rompent et prennent alors un aspect croûteux e tou d’u pou tou ouge,
inflammatoire.
• Folliculite superficielle : infection localisée à l’ostium folliculaire. La pustule évolue vers une croûte.
• Furoncle : a s dû à l’i fe tio d’u follicule pileux i fe tio folli ulai e), il e se p oduit u’à la
surface de la peau. Un traitement par antiseptique est parfois suffisant.
NB : furoncle et folliculite sont deux atteintes du follicule pileux. Le furoncle désigne une infection plus
étendue.
FGSM3 Lyon Est Les staphylocoques Page 1 sur 5 Page.85

b. Infections liées aux soins

Les infections liées aux soins sont surtout à point de départ cutané. Il peut s’agi d’u e suppu atio au poi t
de po tio d’u ath te ou d’u e su i fe tio de plaie post-opératoire.
c. Infections profondes
Les infections profondes sont caractérisées par une dermo-hypodermite (zone de
peau érythémateuse et tuméfiée) sous forme de cellulite (infection du derme, de
l’h pode e, et des tissus sous-cutanés généralement due aux streptocoques ou à S.
aureus). Le diag osti diff e tiel est l’ sip le qui est aussi une dermo-hypodermite mais
e tou ha t ue le de e et l’h pode e et aus e pa le streptocoque A.
La bactérie passe ensuite dans le sang ce qui engendre une bactériémie et enfin se fixe :
• Sur un os → ostéomyélite su tout hez l’e fa t)
• Dans une articulation → arthrite
Si la a t ie se fi e à la fois su l’os et da s l’a ti ulatio , elle p ovo ue u e ostéoarthrite
• Su l’e do a de → endocardite infectieuse
Infections suppuratives à S. aureus :

• Infection superficielle : présence de pus (abcès, furoncle, folliculite, impétigo)
• Infection profonde : dermo-hypodermite puis attei te de l’os, a ti ulatio , endocarde avec
syndrome infectieux (fièvre +++) et évolution clinique rapide → gravité +++
2) Infections toxiniques
a. Toxi-infection alimentaire collective – TIAC
Ex : P pa atio d’u e e a glaise pou vos a is, sa s t op d’h gi e pa e e ple e se grattant le nez), il y
au a alo s o ta i atio de la e et p odu tio d’entérotoxines (Staphylococcal enterotoxin de type A) par le
S. aureus ➔ 6h ap s l’i gestio de la e a glaise : vomissements, diarrhées hez tous vos i vit s, … On parle
de « maladie des banquets ».
Ce ’est pas la a t ie ais la toxi e ui e la TIAC. Certains aliments sont plus à risque (ceux qui ne
sont pas congelés par exemple).
Remarques :
• La to i e se ultiplie autou de 7°C, ’est pou uoi elle se ultiplie moins dans le nez car la température
’est pas adapt e. De plus, il a o p titio ave d’aut es a t ies.
• Le terme « collectif » s’utilise à pa ti de as.
b. Choc toxique staphylococcique
Physiopathologie du choc toxique : la toxine du choc toxique
staphylococcique (TSST-1) est un super-antigène : sa fixation entraine une
a tivatio assive des LT, d’où la s tio assive de toki es TNF-α, IL-1),
accompagnée de nombreux signes cliniques : fièvre, hypotension, éruption.
Les super-antigènes créent un pontage entre le CMH et le TCR externe à la niche
et donc indépendant de la spécificité antigénique : l’a tivatio est aspécifique et
donc généralisée.
Ex : Jeune fille de 18 ans, période menstruelle, ise e pla e d’u ta po vagi al, p se te u e fièvre très élevée,
éruption érythémateuse, choc, hypotension, défaillance multi-viscérale ➔ réanimation.
S. aureus peut être retrouvé dans le vagin (portage sain). En période menstruelle, le tampon utilisé va
favoriser la multiplication de la bactérie, et la p odu tio d’u e toxine : la toxine du choc toxique
staphylococcique. Les toxines vont passer dans le sang et créer un choc.
/!\ Le diagnostic est difficile car on ne trouve pas la bactérie dans le sang, seulement la toxine. Il faut
questionner la patiente sur ces cycles et son utilisation de tampons vaginaux.

Un choc toxique staphylococcique peut survenir en post-opératoire à partir d'une plaie opératoire
infectée par une souche de S. aureus productrice de "la toxine du choc toxique staphylococcique".
Un même staphylocoque peut produire plusieurs toxines différentes et donc créer aussi bien des
infections pyogènes que des chocs toxiques. Les chocs toxiques seront traités par des immunoglobulines pour
bloquer les toxines ainsi que des antibiotiques comme la clindamycine qui bloquent la synthèse protéique et donc
la production de toxines.
Le choc toxique staphylococcique et rare mais grave : ’est u e URGENCE !
c. Toxines associées aux infections cutanées

Les toxines produites par S. aureus peuve t t e espo sa les d’i fe tio s cutanées. On retrouve les toxines
ET la bactérie. →
• La leucocidine de Panton-Valentine : seules certaines souches de staphylocoque doré peuvent la
produire. Elle est responsable
o Furoncles (forme familiale : contagiosité à toute la famille, par contact avec des lésions ou des
su fa es o ta i es o e lo s de l’ ha ge de se viettes de toilette).
o Abcès sur peau saine ’est la to i e ui ause la fo atio d’u t ou) souvent récidivants et
nécessitant un drainage chirurgical.
o Pneumonie aigüe nécrosante. (Rare mais gravissime !)
• Les exfoliatines : créent un clivage intra-épidermique (impétigo bulleux, maladie exfoliante généralisée).
La bactérie ne se retrouve pas dans le sang mais :
- Seulement da s la ulle e as d’i p tigo ulleu lo alis .
- Uniquement au iveau d’u site de po tage go ge ou ez en cas de maladie des enfants
ouilla t s ou s d o e d’e foliatio g alis e. Diagnostic différentiel : syndrome de Lyell,
livage i t a de i ue sulta t d’u effet se o dai e di a e teu . La toxine diffuse alors dans
le sa g. L’e fa t des ua e su tout le o ps. Da s les 8 jou s, ap s t aite e t, la peau edevie t
saine.
Impétigo bulleux Maladie exfoliante généralisée
Infections toxiniques à S. aureus :

• TIAC → entérotoxines
• Choc toxique staphylococcique → supe a tig e
• I fe tio s uta es → leu o idi e de Pa to -Valentine (furoncles, abcès sur peau saine) et
exfoliatines (impétigo bulleux, maladie exfoliante généralisée)
III) Diagnostic
1) Le prélèvement
• Pour prélever le pus on utilisera un écouvillon de type e-swab ou une seringue.
• On fera une hémoculture quand on aura de la fièvre.
• Il faut faire un prélèvement vaginal lo s d’u choc staphylococcique.
• On peut aussi faire des prélèvements articulaires et osseux (ponction).

• Il ne faut pas faire de coproculture : le portage de S. aureus da s les selles ’a au u e sig ifi atio ++.
En cas de TIAC, il faut rechercher la toxine dans le vomi des patients et dans les aliments à risque si
possible.
2) Au laboratoire
• Pus : on fait un examen direct, une coloration de Gram, un ensemencement à J0. La culture sera positive
à 4h, puis il faud a 4h de plus pou l’a ti iog a e.
• Les hémocultures : pas d’e a e di e t, o fait u e i u atio , p e ie sultat e 4h et

l’a ti iog a e se a fait e 48h.
Le pus peut être analysé tout de suite, le diagnostic final sera fait en 24-48h. Pour les hémocultures, le temps
d’i u atio e pe et pas d’o te i des sultats di e ts.
Caractères bactériologiques de S. aureus :

• Cocci à Gram positif en amas (grappe de raisin)
• Coagulase positif (quand on met le staphylocoque doré dans du sérum de lapin, le sérum coagule après
incubation)
IV) Sensibilité aux antibiotiques

S. aureus est résistant à la pénicilline G (dans 70 à 80% des cas)
Toutefois, il est sensible à la méticilline (méti-S) pou 80% des sou hes. L’a ti ioti ue de référence est l’oxacilline
qui appartient à la famille des pénicillines M :
• A l’hôpital, 20% des sou hes de S. aureus sont résistantes à la méticilline. O dit u’elles so t Méti-R ;
SARM signifie Staphylococcus aureus résistants à la méticilline.
• 3 % seulement sont résistants à la méticilline en ville.
De plus, ils sont sensibles à :
• La gentamicine (appartient à la famille des aminosides).
• La pristinamycine.
• La vancomycine en IV (glycopeptide qui agit sur la paroi bactérienne).
Pour les souches résistantes à la méticilline, on utilise donc la vancomycine +/- associée à la gentamicine.
V) Staphylocoques à coagulase négative

1) Staphylococcus epidermidis
Présent sur la peau, c’est le premier contaminant des hémocultures. Il est responsable d’i fe tio s su les
prothèses et les cathéters. De plus, il est souvent multi-résistant aux antibiotiques.
Toute plaie infectée chez un porteur de prothèse est un danger !!

2) Staphylococcus saprophyticus
Il est espo sa le d’i fe tio s u i ai es hez la jeu e fe e. Le traitement de la cystite simple (due à E. Coli) est
la fosfomycine-trométamol, et S. saprophyticus est naturellement résistant à cet antibiotique. Fa e à l’ he du
traitement de première intention, il faut prescrire de la nitrofurantoïne.
 On pense souvent à E. coli pour les infections urinaires, dans 5/ 0 % des as ’est le S. saprophyticus.

Suspi io d’i fe tio à S. aureus :

• Fièvre (hémocultures) avec
o Infection cutanée et souffle cardiaque → endocardite infectieuse
o Enfant avec impotence à la marche et douleur osseuse→ ostéomyélite
o Abcès large et profond
o Plaie post-opératoire
• SARM si a t de t d’hospitalisatio isole e t du patie t)
• Pas de fièvre mais abcès
Pathologies rarement dues à S.aureus, à ne pas évoquer au 1er diagnostic :
• Infections urinaires
• Diarrhée
• Infections cérébrales (méningite, abcès cérébral communutaire)
• Ul atio uta e da s le ad e d’u e IST
• Angine
• Infections pulmonaires communautaires
A retenir
Staphylococcus aureus :
• Cocci à Gram positif.
• Commensal du nez.
• Respo sa le d’i fe tio s suppuratives :
o Cutanées : furoncle, abcès.
o Profondes : ostéomyélite, EI.
• Respo sa le d’i fe tio s to i i ues :
o Toxi-infection alimentaire.
o Choc toxique staphylococcique ➔ TTT de la bactérie ET de la toxine.
Antibiotiques habituellement actifs :

• Oxacilline ++
• Gentamicine
• Vancomycine

Les streptocoques
Objectifs :
• Connaître les infections associées aux streptocoques en particulier aux streptocoques du groupe A
• Savoir évoquer une infection à streptocoque du groupe A
• Savoir diagnostiquer une infection à streptocoque du groupe A
• Savoir traiter une infection à streptocoque du groupe A
I) Caractères bactériologiques des streptocoques

1) Taxonomie
Dans la famille des streptococcaceae, il y a 2 genres :
• Streptococcus :
o Pathogènes fréquents : S. pyogenes (groupe A), S. agalactiae (groupe B), S. pneumoniae =
pneumocoque
o Pathogènes rares : S. gallolyticus et S. infantarius (groupe D), S. viridans
• Enteroccocus : E. faecalis et E. faecium (groupe D)
2) Bactériologie
Ce sont des cocci Gram positifs, en chainettes (petites boules
formant une chaîne) ou diplocoques (pour le pneumocoque), catalase
négative aérobies ou anaérobies. La culture est facile sur un milieu riche
comme la gélose au sang.
Catalase : à l’e a e di e t, la diff e e e t e les hai ettes et les
grappes n'est pas évidente, on réalisera donc un test ave de l’eau o gé ée ue l’o et e contact avec la
a t ie, et s’il y a apparition de bulles (O2 ’est ue la a t ie p oduit u e atalase. Cela pe et do de
différencier les staphylocoques (catalase +) des streptocoques (catalase -).
Rappel Coagulase + : la coagulase permet de différencier S. aureus (coagulase +) des autres staphylocoques
(coagulase -).
3) Méthodes d’identification au laboratoire

• L’hé ol se permet une première orientation sur gélose.
Certains streptocoques vont hémolyser totalement les
GR, d’aut es pa tielle e t, ta dis ue d’aut es pas du
tout. Elle permet donc de différencier en partie les
différents streptocoques :
o Hémolyse ß : complète ➔ streptocoques des
groupes A, B, C, G.
o Hémolyse α : incomplète ➔ S. pneumoniae, S.
viridans, streptocoques du groupe D. Lors de la
culture sur gélose au sang, celle-ci devient
verdâtre.
o Hémolyse γ : absence d’hémolyse
• Sérogroupage : classification de Lancefield permettant de différencier les streptocoques A, B, C, D et G.
Les Streptocoques ont des antigènes de paroi ui se o t ide tifi s g â e à l’utilisatio d’a tis u =
a ti o ps su illes de late . U e aggluti atio sig e u’il a p se e de e g oupe d’a tig e.
• Spectrométrie de masse (Maldi Tof) ou gale ie d’ide tifi atio io hi i ue.
FGSM3 Lyon Est Les streptocoques Page 1 sur 6 Page.90

4) Pouvoir pathogène
Les streptocoques pathogènes sont ceux qui induisent des infections aiguës (groupe A pour les angines,
g oupe B, p eu o o ues, … . Lorsque ces bactéries pathogènes sont présentes transitoirement et en faibles
quantités sur les muqueuses ou les téguments, on parle de « portage » et de porteurs sains.
Les streptocoques commensaux font partie de la flore normale des muqueuses de l’ho e o au et
groupe D). Dans certaines circonstances, ces bactéries commensales deviennent des pathogènes opportunistes
et peuve t t e espo sa les d’i fe tio s, ota e t de septi ies ou d’e do a dites.
Dans ce cours, seul le streptocoque A sera abordé. Voici cependant une petite présentation rapide des
autres streptocoques et de leur implication en pathologie. Ils seront vus dans les cours correspondants.
II) Streptocoque β-hémolytique du groupe A – Streptococcus pyogenes

Le streptocoque A est une bactérie strictement humaine et pyogène. Son habitat naturel est
principalement l’o opha . Il existe des porteurs sains ++ hez l’e fa t : 20%), la transmission est aérienne ou
via contact direct. Il a de nombreux facteurs de virulence, et son pouvoir pathogène est diversifié :
NB : « post-streptococciques » ➔ elles ne sont pas liées à la bactérie, mais à des réactions immunologiques (auto-
anticorps) → rhu atis e articulaire aigu, glo érulo éphrite aigue, … D’où l’i porta ce de traiter rapide e t et
correctement les angines à streptocoques A.

1) Infections suppuratives
a. Angines érythémateuses ou érythémo-pultacées
Le streptocoque groupe A est la première étiologie bactérienne des a gi es puis u’il ep se te 5-40%
des a gi es de l’e fa t pi de 5 à 5 a s et - 5% des a gi es de l’adulte.
/!\ La première étiologie des angines est virale
Plus rarement, le streptocoque A peut causer otites, conjonctivites, sinusites.
b. Infections superficielles de la peau et des tissus mous
Parmi les infections cutanées il y a l’i pétigo, (qui peut aussi être due au staphylocoque
doré) qui est une dermite vésiculo-bulleuse évoluant vers des croûtes. Mais le streptocoque A
peut aussi être en cause dans des surinfections de vésicules de varicelle, de plaies, brûlures,
eczéma, …
c. Infections profondes des tissus mous
Elles tou he t su tout le de e et l’ pide e ais peuve t t e plus p ofo des et peuvent atteindre les
muscles.
• Erysipèle : dermo-hypodermite aigue non nécrosante
Su tout su les e es i f ieu s ou la fa e, ’est u e i fe tio s v e ave fi v e, ui peut deve i
nécrosante. Il est favorisé par la stase veino-lymphatique, donc fréquence plus élevée chez les sujets âgés.
En général, on aura un membre inferieur qui sera rouge chaud et douloureux. Fréquence ++ du
streptocoque A.
• Dermo-hypodermite aigue nécrosante (ancienne dénomination = gangrène ou fasciite nécrosante

toucha t l’apo évrose, e tre le der e et le uscle) :
o Lésion cutanée rouge, chaude, très douloureuse et mal limitée, extension rapide.
o N ose tissulai e et attei te de l’apo v ose supe fi ielle sous-jacente (voire au-delà).
o Signes généraux +++.
o Excision chirurgicale du tissu nécrosé ou amputation.
/!\ Le risque de septicémie est élevé. Le streptocoque A est appelé « germe mangeur de chair ».
• Autres localisations rares : arthrite, pneumonie
• Cas particulier – fièvre puerpérale post-partum : ce sont des infections de la femme enceinte qui
su vie e t ap s l’a ou he e t, t s f ue tes au XIXè siècle dues aux mauvaises conditions
d’h gi e. O peut do i fe te le vagi de la fe e e ei te lo s de l’e a e du vagi ua d
l’e a i ateu parle (porteur sain), par voie manuportée ou via les instruments.
o endométrite ➔ risque de choc toxique.
o infection nosocomiale le plus souvent.
o /!\ au gles d’h gi e : po t de as ue, lavage ai , …

2) Infections non suppuratives toxiniques

Il existe 2 g a ds t pes d’i fe tio s to i i ues, ui dépendront de la toxine sécrétée par le streptocoque :
a. Scarlatine
La triade clinique est composée de :
• Angine
• Eruption cutanée (diffusion de la toxine érythrogène) : placards rouges uniformes sans
intervalle de peau saine, évoluant vers la desquamation généralisée
• Langue framboisée
Les to i es espo sa les de l’ uptio so t les toxines érythrogènes A, B et C (ou Streptococcal pyogenic
exotoxins SpeA, B, C) relarguées par le streptocoque A.
b. Choc toxinique streptococcique
Le choc toxinique streptococcique est secondaire à une infection localisée et
provoque diarrhées, vomissements, choc (hypotension), nécrose cutanée et
tissulaire, défaillance multiviscérale. Il est mortel dans plus de 90% des cas sans
traitement. Celui- i o siste e l’ad i ist atio d’a ti ioti ues a ti-toxiniques
permettant de diminuer la quantité de toxines et par là la mortalité.
Les toxines responsables sont les superantigènes du S. pyogenes : les toxines SpeA et Spe C. Celles-ci
activement les LT qui induisent une activation massive de cytokines provoquant alors un choc toxique.
3) Complications aseptiques post-streptococciques

Ces o pli atio s so t si ple e t li es au st epto o ue A. O dit u’elles so t asepti ues ar la bactérie
’est plus p se te, elles so t à dista e de l’i fe tio aigüe.
• Rhumatisme articulaire aigu : En post-angine le plus souvent (par rapport aux post infections cutanées).
Cette atteinte est due aux dépôts de complexes immuns da s le œu et/ou les a ti ulatio s du fait d’u e
communauté antigénique. On ne retrouve pas de bactérie dans les lésions. Cela se retrouvait 4 semaines
ap s l’i fe tio p i ai e ais ’e iste p es ue plus ave seule e t u e dizai e de as pa a .
• Glomérulonéphrite aigue : Atteinte du rein avec atteinte cutanée. Concerne surtout les enfants de 2 à 10
ans (œd e, h atu ie, ...)
• Erythème noueux : Dermo hypodermite nodulaire.
Streptocoque A versus Staphylocoque doré :
• Différence de morphologie
• Diff e e d’ha itat
• Similarité du pouvoir pathogène mais seul le streptocoque A peut induire des manifestations post-
infection
Infections causées par le Streptocoque A :
• Infections suppuratives
o Angine érythémateuse
o Infections superficielles → impétigo
o Infections profondes → dermo-hypodermite aiguë non nécrosante (= érysipèle), dermo-
hypodermite aiguë nécrosante, fièvre puerpérale
• Infections toxiniques
o Scarlatine
o Choc toxique streptococcique
• Complications aseptiques post-streptococciques
o Rhumatisme articulaire aigu
o Glomérulonéphrite aiguë
o Erythème noueux

III) Diagnostic des infections à streptocoque du groupe A

1) Diagnostic d’une angine
Recommandations SPILF/SFORL (2011)
2) Diagnostic d’une infection cutanée et des tissus mous à streptocoque A

Réaliser le prélèvement :
• Ecouvillon ou seringue pour du pus
• Morceau de tissus
• Hémocultures
J0 :
• Examen direct (sauf hémocultures) → Cocci Gram + en chainettes ou diplocoque
• Ensemencement
J1 : Culture positive :
• Hémolyse totale sur gélose au sang
• Sérogroupage : agglutination avec le groupe A
• Résultats d’ide tifi atio précise par Maldi Tof : Streptococcus pyogenes
J2 : Résultat de l’a ti iog a e
3) Diagnostic des complications post-streptococciques

Diagnostic indirect pa s ologie pas d’aut es i di atio s ue elui des o pli atio s d’u e i fe tio au
Streptocoque A).
On recherche les anticorps puisque la a t ie ’est plus là :
• Anticorps anti-streptolysine O (ASLO) : p se ts hez tout le o de, si ie u’u tit e significatif a été
fixé > 200 U. Cependant, beaucoup de faux positifs.
• Anticorps anti-streptodornase (ASDOR) : plus spécifiques et plus sensibles.

IV) Sensibilité aux antibiotiques des streptocoques

Les streptocoques sont sensibles :
• Aux β-lactamines
o Pénicilline A (= amoxicilline)
o C phalospo i es sauf l’e t o o ue
• Aux macrolides sauf l’e t o o ue (en cas de contre-indication aux β-lactamines)
• Aux glycopeptides
/!\ Les entérocoques peuvent développer des résistances à la vancomycine → ce sont des VRE
Les streptocoques peuvent présenter une sensibilité intermédiaire aux aminosides, auquel cas ils seront associés
à des β-lactamine (synergie). S’ils so t sista ts, alo s il ’ au a pas de s e gie possi le.
Antibiotique de choix pour les streptocoques : pénicilline A
V) Politique de prévention
Pour le Streptocoque A, le médecin généraliste se doit de réaliser, face à une angine, un TDR streptocoque
A. L’o je tif est do de e t aite ue les a gi es à Streptococcus pyogenes.
Les autres politiques de prévention, pour le streptocoque B et le pneumocoque seront abordés dans
d’autres cours.
S. aureus S. pyogenes
Morphologie CGP en amas CGP en chaînettes
Habitat Nez (30% de porteurs sains) Oropharynx (5% de porteurs sains)
Pouvoir pathogène Infections suppuratives Infections suppuratives
Infections toxiniques Infections toxiniques
Manifestations post-infection (+/-) Manifestations post-infection
TIAC
Antibiotique et résistance ATB : pénicilline M (oxacilline) ATB : pénicilline A
Résistance : SARM
Vaccin Non Non
Diagnostic ED, culture TDR, ED, culture, sérologie
A retenir
Streptocoque du groupe A est :
• Cocci à Gram positif
• Portage oropharynx
• Respo sa le d’i fe tio s suppu atives :
o Pharyngite
o Cutanées : impétigo, érysipèle
• Respo sa le d’i fe tio s to i i ues :
o Scarlatine
o Choc toxique streptococcique
• Complications aseptiques post-streptococciques : RAA, GNA
Antibiotiques habituellement actifs :

• Pénicilline A
• Synergie aminosides-β-lactamines

Les zoonoses
U e zoo ose est u e aladie t a s issi le de l’a i al à l’ho e. L’a i al ep se te u se voi de
ge es et e t e e ta t d’hôte atu el da s le le de la aladie ; l’ho e est un hôte accidentel.
Le terme zoonose ne concerne pas uniquement des « maladies des animaux » ais s’appli ue à des aladies :
• Transmises directement entre animaux et hommes
• Transmises indirectement via des vecteurs (arthropodes) lorsque les animaux constituent les réservoirs
identifiés des agents infectieux en cause
Deux exemples de zoonose seront développés dans ce cours : la pasteurellose et la borréliose.
I) Pasteurella multocida
1) Diagnostic biologique
• Prélèvement : pus et sérosité profonde au niveau de la morsure
• J0 = Examen direct : Petits bacilles à Gram négatif. On ensemence une culture sur gélose classique.
• J1 = Identification par Maldi Tof : Pasteurella multocida
• J2 = R sultats de l’a ti iog a e
2) Habitat et transmission
Pasteurella multocida est un hôte strict des muqueuses des cavités naturelles des vertébrés et est
commensale de la cavité buccale du chien et du chat. Elle est responsable du « choléra des poules » (septicémie)
et de la rhinite atrophique des porcs.
La transmission peut se faire par morsure (par un chien surinfecté dans 1/3 des cas ou par un chat surinfecté
dans ½ des cas), griffade (via le chat), léchage.
3) Pouvoir pathogène
L’i u atio est brève (3-6h). La zone infectée est très inflammatoire et très douloureuse du fait d’u e
toxine dermonécrotique. Du pus sort à la pression, même quelques heures après la morsure. Il y a une grande
disso iatio e t e l’i po ta e de la douleu et la taille de la l sio !
/!\ La prise en charge est très importante, car la douleur disparaitra seule mais la bactérie rentrera plus
profondément et on pourra avoir une nécrose profonde avec des ostéolyses ou ténosynovites voire même des
algodystrophies (pas de récupération totale) !
La pasteurellose peut aussi engendrer des infections plus rares telles que :
• Infections respiratoires (chez les immunodéprimés)
• Septicémie
• Méningite, abcès cérébraux
Evolutio de l’i fe tio :
• Guérison spontanée en 10 jours
• Evolutio ve s l’algod st ophie h o i ue
4) Prise en charge
Antibiothérapie :
• Morsure sans étiologie claire : pénicilline A / inhibiteur β-lactamases → couvre les bactéries de la salive
• Morsure à pasteurella : minocycline ou doxycyline ou β-lactamines (enfants)
• Forme pulmonaire : pénicilline A ou C3G
Durée du traitement : 7 à 10 jours (15 jours si septicémie).
FGSM3 Lyon Est Zoonoses Page 1 sur 4 Page.96

5) Autres risques liés aux morsures

Il existe d’aut es ge es ui peuve t t e is e vide e da s les o su es :
• Eikenella corrodens : morsure humaine.
• Virus de la rage auquel il faut toujours bien penser…
Devant toute morsure (ou griffure animale), la conduite à tenir doit systématiquement associer :
• Prévention du tétanos et de la rage
• Soins locaux et avis chirurgical si besoin
• Prélèvements bactériologiques
• Traitement antibiotique par AUGMENTIN® devant toute plaie i fe t e et/ou sig es g au e l’a sence
d’o ie tatio tiologi ue
• Evite l’usage des a ti-inflammatoires
Utilisation de l’AUGMENTIN® (amoxicilline + acide clavulanique) en urgence devant toute morsure ! ++
Dans le cadre de la pasteurellose, administration de minocycline/doxycycline/β-lactamines
II) Borréliose – Maladie de Lyme

1) Bactérie
La bactérie Borrelia est une bactérie spiralée (spirochète) qui est transmise via les tiques (notamment
Ixodes ricinus en Europe) et peut deve i espo sa le d’u e pathologie ui se o e la maladie de Lyme
(prévalence différente selon les pays et en France selon les régions ++ dans les Vosges !). Il en existe différentes
espèces dont e tai es pathog es pou l’ho e, d'aut es pathog es pou l’a i al, d'aut es e o e e so t pas
pathogènes ! L’esp e pathog e pou l’ho e la plus o ue est : B. burgdorferi.
NB : La aladie de L e po te le o d’u e petite ville a icaine qui a notamment été touchée en 1945 par une
pid ie d’a th ite, et ’est o e ela ue l’o d ouv i a l’e iste e de « Borrelia burgdorferi sensu lato »,
responsable de cette maladie et présente en grandes quantités dans les glandes salivaire de la tique !
2) Epidémiologie
L’h isphère Nord est plus tou h pa ette aladie ue l’h isph e sud Etats-Unis : > 10 000 cas/an).
En Europe, l’i ide e est plus i po ta te da s les pa s s a di aves et d’Eu ope e t ale. En France, les régions
les plus touchées sont : Alsace, Berry, Limousin, Franche-Comté, Rhône-Alpes et Midi-Pyrénées (régions pas trop
sèches et trop hautes).
Période : printemps-début automne.
3) Clinique
Il s’agit d’u e zoo ose = i fe tio atu elle e t t a s issi le de l’a i al à l’ho e ui se fait via u e
tique (= Ixodes ricinus) sous forme de larve, nymphe ou adulte. Toutes les ti ues e so t pas po teuses d’u e
Borrelia. L’ho e est do u hôte o asio el et lui do e a des a ifestatio s li i ues pa ti uli es. La
p iode d’i u atio est de 3 à 30 jours e o e e, ais peut alle jus u’à 8 jou s. Il faut ue la du e de
fixation de la tique soit sup ieu e à 6h pou u’il ait t a s issio . C’est une maladie professionnelle des
forestiers.
O l’ vo ue ua d il a u e e positio à u e o su e de ti ue et des manifestations cliniques. Parfois, on
ne remarque pas la morsure de tique.
Il s’agit d’u e attei te pol s st i ue e phases :
• Primaire localisée : érythème migrant
• Secondaire disséminée : atteintes articulaire, neurologiques, cardiaques
• Tertiaire : manifestations chroniques

a) Stade Primaire localisé – Erythème Migrant

L’ th e est p se t da s 80% des cas : macule érythémateuse
a ulai e à oissa e e t ifuge, la zo e s’ la git au fil des jou s. Si o faisait u e
PCR dans cette zone on trouverait la Borrelia. Cet érythème est
pathognomonique. Il disparait spontanément.
/!\ Manifestation la plus précoce !!!
Le fait d’avoi u th e ig a t et u e otio de o su e de ti ue pe et d’affi e le diag osti de la
maladie de Lyme ➔ pathognomonique.
Traitement par un antibiotique qui couvre la Borrelia d’e l e, sa s a al se o pl e tai e.
b) Stade secondaire disséminé

Infection tissulaire localisée (unique ou multiple) qui peut être à distance et qui apparait en absence de
traitement au stade primaire.
• Atteintes rhumatologiques :
o Myalgies, arthralgies migratrices +++
o Mono-arthrite + (enfant)
• Atteintes neurologiques :
o Atteintes centrales : encéphalite, méningite
o Atteintes des nerfs crâniens avec paralysies
faciales
• Plus rarement : cutanées comme le lymphocytome
cutané bénin, trouble de la conduction cardiaque ou
atteinte oculaire
c) Stade tertiaire
Le stade tertiaire correspond à des manifestations
chroniques, à distance de la zone de morsure. La bactérie ne
sera pas forcément présente sur la zone en question.
o Manifestations neurologiques chroniques :
affections démyélinisantes du SNC avec
troubles de l’hu eu et/ou de la oi e
o Arthrite récidivante ou chronique avec
poussées
o Manifestations cutanées : acrodermatite
chronique atrophiante (ACA) ou maladie de
Pick-Herxheimer
d) Syndrome Post-Lyme :
• Asthénie, algies diffuses, plaintes cognitives
• L’a ti ioth apie e odifie pas l’ volutio !
4) Diagnostic
Le diagnostic est avant tout CLINIQUE ➔ érythème migrant + o su e pe et d’affi e le diag osti de
la aladie de L e. Le diag osti peut aussi s’appu e su l’ pid iologie et la iologie.
Diagnostic biologique :
• Direct :
o /!\ C’est u e a t ie o ultiva le car sa culture est très lente et difficile, sur milieu complexe,
elle ’est do pas faite e outi e.
o PCR sur prélèvement tissulaire (pas sur LCR) ou anatomopathologie.
• Indirect par sérologie : réponse anticorps contre les différents antigènes de B. burgdorferi.
o Utile que pour les stades 2 et 3 non traités sans manifestation clinique de type érythème migrant.

o Prélèvements : sang, LCR (synthèse intrathécale des anticorps).

o Tests quantitatifs de dépistage pa ELISA. S’il evie t gatif, efai e à -3 semaines
d’i te valle.
o Confirmation (si dépistage positif) par Western blot.
Interprétation : o i aiso e t e o e de a des et atu e des a tig es d te t s ’est u
système de classification de code, vis-à-vis du nombre de bandes). Difficile en Europe : 3 espèces.
5) Traitement
/!\ Pas d’a ti iop oph la ie s st ati ue ap s toute o su e ! Traitement uniquement si signes cliniques !
• Phase primaire : amoxicilline (β-lactamines) ou doxycycline (cycline) ou azithromycine (macrolide).
• Phase secondaire ou tertiaire : doxycycline ou ceftriaxone (C3G).
6) Prévention
a) Prévention primaire – Eviter le contact avec les tiques
• Information du public, des sujets exposés et des professionnels de santé
• Protection mécanique : vêtements longs et fermés
• Répulsifs cutanés
• Répulsifs vestimentaires : perméthrine (sauf jeune enfant)
b) Prévention secondaire – Détection et retrait rapide d’une ou plusieurs tiques
• Examen minutieux de la peau
• Extraire la tique rapidement par une technique mécanique. /!\ L’ the et l’al ool fo t ela gue la salive
de la tique et donc la bactérie.
• Désinfecter le site de la morsure
• Surveiller la zone qui a été piquée pendant 30 jours pour dépister un érythème migrant éventuel !
c) Quelles sont les mesures préventives à proposer ?
U e o su e de ti ue e pose à la t a s issio d’age ts pathog es a t ie s vi au et pa asitai es
autres que la Borrelia (Erlichia, Coxiella, …). Nous appelo s ue les a ti o ps so t o -protecteurs pour les fois
suivantes, donc maladie à répétition possible.
Mesures prophylactiques à mettre en place même si patient a déjà été atteint pas la borréliose !
Cas particulier : E zo e d’e d ie ou si le is ue est lev , ’est-à-dire : morsures multiples, long délai
d’atta he e t, fo t tau d’i festatio s de tiques, on peut proposer une antibioprophylaxie.
A retenir
Pasteurellose : Borréliose :
• Zoonose après morsure ou griffade (rares • Zoonose après morsure de tique (1-4%),
formes pulmonaires) surtout Borrelia burgdorferi (spiralée).
• Pasteurella multocida (petits bacilles Gram -) • Clinique : érythème migrant, arthrite,
• Clinique : neuroborréliose, acrodermique atrophiante,
o Aigue : morsure très douloureuse et atteinte cardiaque et oculaire
inflammatoire • Diagnostic : uniquement clinique si EM,
o Chronique : algodystrophie sinon sérologie à confirmer par W. Blot, ou
• Diagnostic : culture + identification + PCR, anapath, culture (rare)
antibiogramme • Traitement : retrait de la tique, désinfection,
• Traitement : β-lactamines/cyclines ATB uniquement si clinique (β-lactamines,
cyclines, macrolides)
• Prévention : vêtements, répulsifs, examen
de la peau après balades en forêt/campagne

UE 18 – Infections cutanées et des tissus mous – A. TRISTAN & C. GUSTAVE
STAPHYLOCOCCUS AUREUS STREPTOCOCCUS PYOGENES (groupe A)

− Cocci à Gram positif − Cocci à Gram positif
Germe − Commensal du nez − Portage oropharyngé
− Catalase + et Coagulase + − Catalase -
Infections suppuratives : Infections suppuratives :
• cutanées : furoncle, abcès • pharyngite
• profondes : ostéomyélites, endocardites infectieuses • cutanées : impétigo, érysipèle
Infections Infections toxiniques : Infections toxiniques :
• toxi-infection alimentaire • scarlatine
• choc toxique staphylococcique • choc toxique streptococcique
Complication aseptique post-streptococcique
− Oxacilline (= pénicilline M) − Pénicilline A
ATB actifs − Gentamicine − Synergie aminosides et 𝛽-lactamines
− Vancomycine
PASTEURELLOSE BORRELIOSE
− Pasteurella multocida (petits bacilles à Gram négatif) − Zoonose après morsure de tique (1-4%),
Germe − Zoonose transmissible par morsure/griffade − surtout Borrelia burgdorferi (spirochete).
− Aigue : lésion très douloureuse et inflammatoire − Erythème migrant (EM).

− Chronique : algodystrophie − Arthrite.
Clinique − Rares formes pulmonaires − Neuroborréliose.
− Acrodermite atrophiante.
− Atteinte cardiaque et oculaire.
culture + identification + antibiogramme − Érythème migrant chronique = clinique uniqmnt
Diagnostic − Sinon ➔ sérologie à confirmer par W.Blot.
− Autres : PCR, anapath, culture.
− 𝛽-lactamines − Retrait de la tique et désinfection de la morsure.
Traitement
− cyclines − ATB si clinique +++ : 𝛽-lactamines/cyclines/macrolides.
− Vêtements couvrant et répulsif
Prévention
− Examen après ballade en forêt/montagne.
FGSM3 Lyon-Est Synthèse Page 100 Page 1 sur 1

Infections neuro-
méningées
 A. TRISTAN ; S. JARRAUD ; J-S. CASALEGNO

• N° 148 → M i gites, i goe phalites hez l’adulte et l’e fa t
o Co aît e l’ pid iologie des i gites et e phalites hez l’adulte et l’e fa t.
o Diagnostiquer un purpura fulminans (voir item 328), une méningite, une
méningoencéphalite.
o Connaître les principaux agents infectieux responsables de méningites, de
i goe phalites, d’a s aux.
o Connaître la conduite à tenir dont le traitement en urgence face à un purpura fulminans, une
suspicion de méningite ou de méningoencéphalite, au domicile, au cabinet médical et aux
urgences hospitalières.
o Hiérarchiser les examens complémentaires en cas de suspicion de méningite, de
méningoencéphalite.
o I te p te le sultat d’u exa e du li uide phalo a hidie .
o Co aît e le t aite e t de p e i e i te tio d’u e i gite o u autai e p su e
bactérienne.
o Connaître les recommandations de la prophylaxie des infections à méningocoque dans
l’e tou age d’u as de i gite à i go o ue.
Page 101
SOMMAIRE
Streptococcus agalactiae – p. 101 Listeria monocytogenes – p.
I) I fe tio s o- atales 103
II) I fe tio s de la fe e du a t la I) Des iptio
g ossesse II) Pouvoi pathog e
III) Diag osti et t aite e t III) Diag osti
IV) P ve tio et d pistage IV) T aite e t
Haemophilus influenzae – p. 105 V) D la atio o ligatoi e
I) Ca a t isti ues Neisseria meningitidis – p. 107
II) Pouvoi pathog e I) Epid iologie
III) Fa teu de pathog ie II) Pouvoi pathog e
IV) Diag osti III) Diag osti
V) T aite e t IV) T aite e t
Streptococcus pneumoniae – p. Les virus neurotropes – p. 111
110 I) M i gites et e phalites
I) I fe tio des voies espi atoi es II) Vi us des i fe tio s i g es
II) I fe tio eu o- i g e • O eillo s, e t ovi us
III) Septi ies III) Vi us des e phalites
IV) P ve tio - Va i atio • HSV, age, poliovi us
Page 102
UE 18 – Les infections neuro-méningées – S. JARRAUD – A. TRISTAN
Streptococcus agalactiae
Etiologies bactériennes des méningites communautaires :
• Nouveaux nés (jus u’à 2-3 mois) :

o Streptococcus agalactiae.
o Escherichia coli K1 (germe encapsulé – Cf. chapitre 11).
o Listeria monocytogenes.
• Nourrissons et enfants < 5 ans :

o Streptococcus pneumoniae.
o Neisseria meningitidis.
o Haemophilus influenzae Ib (enfant non vacciné ou déficit immunitaire).
• E fa ts ≥ 5 a s et adultes :
o Streptococcus pneumoniae.
o Neisseria meningitidis.
o Listeria monocytogenes (femme enceinte, personnes âgées ou ID).
Introduction
Il s’agit du streptocoque du groupe B. Il est commensal des voies digestives. Il y a un portage au niveau
du vagin pour 10 à 35% des femmes, en chronique ou intermittent. Il est responsable de 30 à 50% des infections
bactériennes néo-natales.
/!\ S’il est p ése t au cou s de l’accouche e t il peut avoi des i fectio s éo atales.
I) Les infections néonatales

• Syndrome précoce : dès les 24 premières heures à la 1ère semaine de vie.
Il représente 50% des infections néonatales à streptocoque B. Il se manifeste par un syndrome de détresse
respiratoire, pneumonie co pli uée d’u e septicémie voire des méningites (4 à 28 % des cas). La
contamination se fait par voie ascendante in utero à travers la membrane placentaire ou alors au cours
de la délivrance via ingestion ou inhalation par le nouveau-né des sécrétions vaginales contaminées.
• Syndrome tardif : d’u e se ai e à plusieu s ois ap s la aissance.

On va plus retrouver ici une méningite (dans 25 à 65% des cas). La contamination se fait par transmission
ve ticale lo s de l’accouche e t et la acté ie pou a e o te l'appa eil digestif et pe siste da s le tu e
digestif du nouveau-né.
Comment expliquer la différence entre les précoces et tardifs ? Le streptocoque B responsable des
infections tardives est hyper-virulent, appartenant au clone « ST-17 » (80 % des méningites à syndrome tardif). Ce
clone a une capacité accrue de persister dans le TD et surtout de passer les barrières biologiques dont la barrière
intestinale (passage dans le sang) et la BHE.
Atte tio , si la fe e e cei te est porteuse, ad i istratio d’a ti ioti ue lors de l’accouche e t !
FGSM3 Lyon Est Streptococcus agalactiae Page 1 sur 2 Page 103

.
II) Infections de la femme au cours de la grossesse

C’est u e bactérie grave chez la femme enceinte, avec dans 60% des cas une issue fatale pour le
nouveau-né (= Infections du placenta et de la cavité amniotique ➔ o t fœtale in utero)
Les infections les plus fréquentes sont : bactériémies, endométrites, chorio-amniotites,

pneumonies, fièvre puerpérale.
III) Diagnostic bactériologique et traitement

• Prélèvements : hémocultures, LCR, liquide gastrique, placenta.
• Caractéristiques bactériologiques : Cocci Gram positif en chainettes.
• Traitement de la méningite néonatale : amoxicilline + gentamicine, C3G.
IV) Prévention – Détection du portage à streptocoque B

• Portage asymptomatique des voies génitales féminines chronique ou intermittent : 10 à 35% des
femmes.
• Si pas d’a ti iop oph la ie pe -partum :

o 50 à 70% des nouveau-nés de femmes colonisées seront colonisés.
o 2% auront une infection invasive à SGB.
• Détection du portage vaginal en fin de grossesse.

o Entre la 34 et 38ème se ai e d’a é o hée.
o Si dépistage + : pénicilline A en IV pendant le travail (maman).
A retenir
• Streptococcus agalactiae = streptocoque du groupe B
• Cocci Gram positif en chainettes
• Portage vaginal (et digestif)
• Infections néonatales :
o Précoces : bactériémies et pneumonies, méningites
o Tardives : méningites
• Infections de la femme enceinte
• Traitement : amoxicilline + gentamicine, C3G
FGSM3 Lyon Est Streptococcus agalactiae Page 2 sur 2 Page 104

.
UE 18 – Les infections neuro-méningées –S. JARRAUD – A. TRISTAN
Listeria monocytogenes
Il y a cinq notions essentielles à retenir pour la Listeria monocytogenes :
• L’ha itat atu el de ette a té ie, et sa présence dans certains aliments crus.
• Les aladies u’elle p ovo ue :
o La méningite néo- atale ou chez l’i u odépri é.
o L’i fectio fœto-maternelle provoquant un avortement.
• Le diagnostic est réalisé par culture bactérienne et non par sérologie.
• Le traitement de base associe amoxicilline et gentamicine.
• La déclaration obligatoire de cette maladie.
I) Description de la bactérie
Listeria monocytogenes est une actérie de l’e viro e e t, présente dans :
• L’eau, où elle peut contaminer les poissons, les coquillages. S’ils so t o so és us, ces aliments
pourront transmettre la bactérie.
• Le sol, où elle peut :
o Contaminer les a i aux d’élevage et se développer dans leur tractus digestif. On a alors une
contamination des aliments crus à base de viandes (charcuterie notamment, mais aussi viandes
crues comme le tartare ou le carpaccio) et de produits laitiers animaux (fromages à pâte crue),
o Contaminer des légumes s'ils sont mangés crus.
Elle est do c tra s ise à l’ho e par i gestio d’ali e ts co ta i és crus ou mal cuits. Si
elle infecte une femme enceinte, on aura une transmission materno-fœtale.
Listeria monocytogenes se multiplie à 4°C, ’est u e g a de pa ti ula ité de ette a té ie. Cela sig ifie
que placer des ali e ts au frigo ’e p che pas la réplication de cette bactérie dans les aliments.
Suite à u e uestio , le P J. Etie e a e pli u u’o e savait pas ua tifie le o e de a t ies
nécessaires pour déclencher une infection. Celui-ci dépend du statut immunitaire (immunodépression ou non), mais
aussi simplement des individus. Certains individus pourront manger un fromage grouillant de Listeria
o o toge es sa s o s ue es, et d’aut es d veloppe o t u e list iose ave u ali e t oi s o ta i .
II) Pouvoir pathogène et maladies

Selo l’âge, on aura des tableaux cliniques différents :
• Le nouveau-né est contaminé à la naissance et développe une méningite néo-natale.
• Chez les adultes, ce sont les personnes âgées et les immunodéprimés qui seront touchés. Ils développent
des méningo-encéphalites ou plus exactement des rhombencéphalites. On a une combinaison de signes
é i gés aideu de la u ue, photopho ie, vo isse e ts et de sig es eu ologi ues sig a t l’attei te
de l’e éphale.
• Chez la femme enceinte, on aura un état pseudo grippal. L’i fe tio attei t le pla e ta et est espo sa le
d'avortement ou d'accouchement prématuré.
Toute femme enceinte fébrile est suspecte de listériose.

Toute méningite ou méningo-encéphalite est une urgence diagnostique et thérapeutique.
III) Diagnostic
En cas de suspicion de listériose (par exemple chez une femme enceinte fébrile), on :
• Prélèvera 2 paires d’hémocultures (soit 4 flacons, 2 aérobies et 2 anaérobies) devant un tableau de
syndrome infectieux (fièvre).
• Effectuera une ponction lombaire devant un tableau de méningite ou de méningo-encéphalite.
• Effectuera un prélèvement de placenta chez une femme enceinte fébrile après l'accouchement.
• + prélèvement de liquide gastrique.
FGSM3 Lyon Est Listeria monocytogenes Page 1 sur 2 Page 105

.
UE 18 – Les infections neuro-méningées –S. JARRAUD – A. TRISTAN
Listeria monocytogenes est un bacille à Gram +, par opposition aux streptocoques B, qui sont des cocci à Gram +.
L’exa e direct après coloration du LCR a donc un réel intérêt pour faire la différence entre les deux principales
causes de méningites néo-natales ! En effet, on va voir dans le paragraphe suivant que les traitements sont
complètement différents. Le diag osti d’u e i fe tio à Listeria monocytogenes se fait donc en associant à des
arguments cliniques ceux de l’exa e direct actériologi ue.
Exemples de cas cliniques :
• Enfant né prématurément à 28 SA, avec un tableau de méningite. La PL révèle un bacille à Gram+ : au vu
de la clinique et de la biologie, on suspecte en premier une infection à Listeria monocytogenes.
• Enfant de 4 ans avec un tableau de méningite : ce ne sera normalement pas une infection à Listeria (on
so t de la pé iode éo atale à pa t si ’est u i u odép i é seule aut e atégo ie logi ue pou l’âge .
La formule du liquide céphalo-rachidien est très importante : ga dez e t te e u’o a vu da s le ou s su
les i gites et l’i te p tatio d’u e po tio lo ai e se fe a toute seule.
IV) Traitement
Traitement curatif :
• Listeria monocytogenes est résistante aux céphalosporines de troisième génération (ceftriaxone) ! Or
’est le traite e t de pre i re i te tio d’u e é i gite co munautaire. Il faut absolument retenir
cette résistance.
• Elle est par contre se si le à l’associatio d’a oxicilli e pé i illi e A, do β-lactamines) et de
gentamicine (aminoside) : ’est u traitement synergique spécifique.
En cas de doute, on peut t s ie asso ie les C3G ave l’a o i illi e et la ge ta i i e le te ps de
o fi e la a t ie espo sa le…
Traitement préventif :
• Eviter les aliments à risque hez la fe e e ei te et l’i u odép i é (fromages à pâte crue,
charcuterie, viande crue, saumon fumé, coquillages). Il faut aussi éviter les produits du « petit producteur
local » ha ute ie, f o age o pasteu isé… et favoriser les aliments des grandes chaînes de
distribution, plus contrôlés.
• Nettoyer le réfrigérateur à la Javel toutes les semaines chez une femme enceinte.
• Conserver les aliments au frais (même si ça ne stoppe pas la réplication des bactéries, ça reste plus sain).
• Bien réchauffer les plats cuisinés pour détruire les bactéries.
• Faire attention aux mesures générales d’h gi e (se laver les mains notamment).
V) Déclaration obligatoire
La listériose est une maladie à déclaration obligatoire à l’ARS. Il y a é essité d’u e enquête
épidémiologique autour du cas, afin :
• D’éviter des cas groupés.
• De rechercher la source de la contamination : u lot de ou itu e al o t ôlé, …
Les do ées épidé iologi ues e so t pas à ete i , ais il faut o p e d e e u’elles sig ifie t. O a
e vi o 280 as de listé iose pa a , ’est u e infection rare grâce aux normes européennes strictes de contrôle
des ali e ts. Mais ’est éa oi s u e infection très grave, avec 26% de mortalité foeto-néonatale et 20% de
mortalité chez les immunodéprimés.
A retenir
• Bacille Gram positif. • Responsable :
• Transmission « alimentaire ». o Méningite néonatale.
• Traitement : amoxicilline + gentamicine. o Méningo-e éphalite de l’i u odép i é
• !!!! Résistance naturelle aux C3G. ou sujet âgé.
• Déclaration obligatoire. o Infection materno-fœtale.
• Prévention : hygiène +++.
FGSM3 Lyon Est Listeria monocytogenes Page 2 sur 2 Page 106

.
Haemophilus influenzae
I) Caractéristiques
Petit bacille à Gram négatif isolé pendant une épidémie de grippe d'où le nom d'espèce : influenzae.
Elle colonise le rhino-pharynx des sujets sains (40-60% d'enfants porteurs) :

• Portage avec des souches non capsulées.
• Portage rare de souches avec la capsule b (Haemophilus influenzae Ib = capsule I, type b).
La transmission est interhumaine.
II) Pouvoir pathogène

C’est un agent d’i fectio s ORL :
• Infections des voies respiratoires (souches non capsulées) :
o Otites, sinusites, épiglottites.
o Surinfections de broncho-pneumopathies chroniques obstructives (BPCO).
o Pneumonies de l'enfant et de l'adulte (rares).
• Méningites (souches capsulées) :
o Entre 3 mois et 3 ans.
o Prévenues par la vaccination.
• Conjonctivites.
III) Facteur de pathogénie

• La capsule est anti-phagocytaire : c’est le sérotype b (rôle dans des infections sévères).
• Absence d’i u ité : risque de méningite.
• Infections simples : souches non typables (non capsulées).
IV) Diagnostic
Prélèvements au niveau des sinus (otites et sinusites) ou LCR (méningites) pour examen direct (J0), puis
mise en culture (J1 résultats).
La mise en culture exige des facteurs de croissance présents dans le sang :

• Besoin d'hémine.
• Besoin de nicotinamide adénine nucléotide : NAD.
• D'où culture sur gélose dite au sang cuit.
Petits bacilles à Gram négatifs Culture sur milieu gélosé (dit « au chocolat »)
FGSM3 Lyon Est Haemophilus influenzae Page 1 sur 2 Page 107

.
V) Traitement
1) Curatif
Amoxicilline en première attention, mais :
• β-lactamase fréquemment détectée (40%), d'où : amoxicilline + acide clavulanique (inhibiteur des β-
lactamases) (= AUGMENTIN®)
• Si méningite, on utilise une céphalosporine de 3ème génération : ceftriaxone = ROCEPHINE®
2) Préventif
Vaccin avec la capsule b qui protège des méningites (pas des otites ni sinusites car pas de capsule b).
Les injections :
• 2 et 4 mois.
• rappel 11 mois.
Les schémas vaccinaux sont toujours à revoir en fonction de l’évolution du calendrier vaccinal
VI) Les questions que je dois me poser

• Quels antibiotiques pour une infection respiratoire ?
Amoxicilline pour Haemophilus influenza et Pneumocoque
• Quelles vaccinations chez les enfants ?

Haemophilus + coqueluche + DT-Polio
• Quelles sont les bactéries des méningites ?

Méningocoque, pneumocoque et Haemophilus
• Les méningites néo-natales ?

Listeria, streptocoque B (présent dans le vagin - le A est dans la gorge) et E. coli K1
• Quel est le traitement des méningites ?

C3G sauf pour Listeria on donne amoxicilline + gentamicine
VII) Haemophilus ducreyi

Agent d’u e maladie vénérienne : chancre mou avec adénopathie satellite (dans les pays en voie de
développement). Voir cours IST
A retenir
Haemophilus influenzae est une bactérie bacille Gram - :
• Des infections ORL de l'enfant : otites, sinusites.
o Habituellement traitées par amoxicilline.
o En cas de production de β-lactamases, par AUGMENTIN® (amoxicilline + acide clavulanique)
(inhibiteur de β-lactamases).
• Des méningites de l'enfant, largement prévenues par la vaccination (souche capsulée Ib), que l’o traite
par C3G.
FGSM3 Lyon Est Haemophilus influenzae Page 2 sur 2 Page 108

.
Neisseria meningitidis
I) Epidémiologie
Il s’agit du méningocoque. Ce sont des infections endémiques (persistantes dans le temps) en Europe. On
a environ 500 cas/an en France, avec un pic en hiver. Les méningites à Neisseria meningitidis sont contagieuses.
La létalité est d’e viro %, et peut t e a aiss e pa l’i je tio p o e de eft ia o e. L’Afrique quant à elle
est touchée par des infections épidémiques.
Si on observe la répartitio des cas selo l’âge, on observe deux pics :

• Le premier chez les enfants de moins de 5 ans % des as), ave u e aug e tatio de l’i ide e da s
les âges les plus jeunes.
• Le second chez les jeunes adultes entre 15 et 20 ans, sa s pouvoi l’e pli ue .

N. meningitidis fait partie de la flore co e sale stricte de l’esp ce hu ai e. Son habitat naturel est le
rhinopharynx de l’ho e, ave u portage sain chez 5 à 15% de la population.
La transmission est interhumaine directement, par voie respiratoire (contact rapproché, intubation à
ai s ues, ou he à ou he, …), et se fait à pa ti des alades o e des po teu s sai s.
De te ps e te ps, la a t ie devie t pathog e, sa s u’o sa he pou uoi. O e he he pas à t aite

les porteurs sains, unique e t les patie ts s pto ati ues de e u’o e he he pas à li i e
Staphylococcus aureus de ot e ez…).
1) Méningite purulente (2/3 des cas)

Infection du LCR :
• Syndrome infectieux : fièvre élevée, syndrome biologique inflammatoire.
• Syndrome méningé :
o Raideur de nuque.
o Céphalées.
o Vomissements incoercibles, non précédés de nausées.
o Photophobie et phonophobie (photophonophobie pour les petits malins).
• Avec ou sans purpura fulminans.
2) Méningococcémie (1/3 des cas)

• Syndrome infectieux sévère : syndrome septicémique couplé à une méningococcémie (les hémocultures
seront positives et montreront la présence de méningocoques dans le sang).
• Avec ou sans méningite.
• Avec ou sans purpura fulminans.
FGSM3 Lyon Est Neisseria meningitidis Page 1 sur 3 Page 109

.
3) Purpura fulminans
Pas toujours présent, il signe une URGENCE THERAPEUTIQUE. Devant un tableau de méningite ou
de méningococcémie, ou même devant un enfant franchement fébrile pauci symptomatique, il faut absolument
désha iller i tégrale e t le patie t et l’exa i er ! M e si ’est u e fa t, e si les symptômes ne sont pas
très marqués ! C’est u e erreur édicale, l’e fa t peut décéder e oi s de 4h.
Le purpura fulminans prend la forme de lésions cutanées hémorragiques rouges violacées non
réductibles à la vitropression. O au a d’a o d uelques taches éparses qui vont se multiplier avec le temps et
s’élargir (si on a un doute, on entoure les taches au feutre puis on examine à nouveau le patient une demi-heure
ap s). Si la p ise e ha ge ’est pas assez p o e, le pu pu a peut volue ve s la nécrose et mener à une
amputation des quatre membres...
Le purpura est quasi pathognomonique de Neisseria meningitidis. O peut le et ouve da s d’aut es

infections couplées à une bactériémie, mais il faut penser en priorité à cette bactérie. D’où l’i jectio e urge ce
de C3G.
IMPORTANT : Il vaut ieux u exc s de C3G ue passer à côté d’u ta leau cli i ue aussi grave. Deva t u
purpura fulminans, on traite immédiatement : i jectio de ceftriaxo e da s le ca i et ava t d’hospitaliser le
patient.
III) Diagnostic
1) Les prélèvements
• Hémocultures en cas de syndrome infectieux : 3 paires de flacons pour rechercher la présence de
Neisseria meningitidis dans le sang.
• Ponction lombaire en cas de méningite (si pas de CI souvent impossible en cas de purpura car CIVD) :
o LCR trouble, purulent.
o Augmentation des cellules > 100 avec polynucléaires neutrophiles > 80% (dans les méningites
virales, ce sont les lymphocytes qui sont augmentés).
o Hypoglycorachie : glycorachie < 50% de la glycémie.
o Hyperprotéinorachie : protéinorachie > 0,40 g/L.
• Biopsie cutanée au niveau de la lésion en cas de purpura fulminans. On retrouvera la bactérie au niveau
de la lésion.
Les prélèvements doivent être transportés rapidement, Neisseria meningitidis est une bactérie qui
« meurt vite ».
2) Les techniques diagnostiques au laboratoire

• Techniques conventionnelles :
o Examen direct du LCR ou de la biopsie cutanée.
o Coloration de Gram : cocci (diplocoques en grains de café) à Gram -. Si on a administré des C3G,
le prélèvement sera assez logiquement négativé.
o Mise en culture.
• La technique de choix sera la PCR sur le LCR ou sur u e iopsie cuta ée. E effet, l’ad i istratio de
C3G ’affecte pas cet exa e !

.
3) La culture conventionnelle
Elle permet l’ide tificatio de sérot pes e 8h. Il faut les connaître car la vaccination ne protège pas
contre tous les sérotypes.
Sérotypage A, B, C, Y, W135 :
• Sérogroupe A : existe très rarement en France, mais surtout dans les zones à risque en Afrique (Afrique
sub-saharienne, la Mecque, Médine).
• Sérogroupe B : 50 - 70%, le plus fréquent.
• Sérogroupe C : 25 - 40%.
• Sérogroupe Y : 4 - 6%.
• Sérogroupe W135 : 2%.
O dispose d’u vaccin contre les sérogroupes A, C, Y et W135. Un nouveau vaccin a été développé contre
le groupe B, mais son efficacité est encore limitée.
Quelques souches sont résistantes à la pénicilline mais elles sont normalement sensibles aux C3G
eft ia o e et fota i e). L’antibiogramme permettra de détecter d’éve tuelles résista ces à la pé icilli e.
O rappelle ue deva t tout purpura ful i a s, o traite avec des C3G e urge ce…
Il y a une déclaration obligatoire pour tout purpura fulminans et pour toute infection invasive à Neisseria
meningitidis afi d’ vite u e pid ie).
IV) Traitements
• Pas de nécessité de recherche de portage, dans la mesure où 15% de la population est porteuse saine.
• Risque accru de survenue d’aut es as da s l’entourage d’u patie t. N a oi s, o o sid e ue la
o tagio se fait ap s plus d’u e heu e à oi s d’u t e du alade, fa e à lui.
• Il faut rechercher des sujets contacts : famille proche, pensionnaire, soldat, médecin ayant intubé le
patient sans masque de protection ’est l’ARS ui s’e o upe).
• Proph laxie da s les jours apr s l’hospitalisatio du as i de : l’a ti ioth apie à do e e
prophylaxie est la rifampicine do e e pe os, là où des C G e se aie t utilisa les u’e IV), plus e
fonction du sérogroupe de la souche épidémique, un vaccin anti méningocoque A, C, W135 et B.
• Attention la rifampicine inhibe les contraceptifs : bien prévenir les jeunes femmes prenant une
contraception !
La vaccination :
• Contre le méningocoque de groupe C : e u e seule i je tio e o a d e hez tous jus u’à a s.
• Contre le méningocoque des groupes A, C, Y et W135 : une seule injection, elle est destinée aux
perso es ui vo age t e zo e d’e dé ie (Afrique Sub Saharienne, la Mecque et Médine) ou pour les
patients à risque (immunodéprimés, aspléniques).
• Contre le méningocoque du groupe B : chez les patients à risque et les as g oup s pou l’i sta t.
A retenir
• Méningocoque = Neisseria meningitidis. C’est u cocci à Gram -
• Les deux maladies associées sont la méningite (syndrome méningé fébrile) et la méningococcémie
(syndrome infectieux, septicémie) avec ou sans méningite et le purpura fulminans
• Le traite e t d’urge ce est l’i jectio de céphalospori es de 3e génération dont le chef de file est le
CEFTRIAXONE. O ’atte d pas le résultat diag ostic pour traiter u e é i gite avec les C3G !
• En prophylaxie, o dispose soit de l’ad i ist atio de rifampicine (en per os), soit de la vaccination.
• C’est u e maladie à déclaration obligatoire a espo sa le d’épidémies. On va regarder qui était exposé
8 jours précédant la déclaration du as afi de p ve i l’ pid ie.

.
Streptococcus pneumonia
Le portage se situe principalement au niveau du rhinopharynx humain. Il est plus i po ta t chez l’e fa t
(20-40 % ue chez l’adulte 5-10 %). La transmission est interhumaine par voie aérienne. Cocci gram + en
diplocoque.
Patie ts à is ue d’i fectio ➔ Il faut les vacciner :
• Splénectomisés et aspléniques.
• Ages extrêmes de la vie : < 2 ans et > 65 ans.
• Déficit immunitaire, déficit en complément.
• I suffisa t espi atoi e, …
I) Infections des voies respiratoires

• Otite, sinusite, mastoïdite : 1ère étiologie bactérienne en particulier chez l'enfant.
• Pneumonie franche lobaire aigue : le début est assez brutal, dyspnée, toux, expectoration et douleur
thoracique en coup de poignard. Il y a une fièvre à 39/40°C.
/!\ Mortalité importante sur terrains fragilisés.
Diagnostic : antigènes urinaires (dans le LCR et pas dans l’urine) ou prélèvement respiratoire. Traitement
par amoxicilline.
II) Infections neuro-méningées

1ère étiologie bactérienne des méningites, elle est le plus souvent primitive et entraine des séquelles
notamment la surdité. Il faudra rechercher une infection locale (mastoïdite...) ou une brèche ostéoméningée.
C’est u e tiologie des i gites ap s 3 ois puis tout au lo g de la vie ais pas e o atal .
Traitement par C3G.
Remarque : pour le diagnostic, on ne cherche pas les antigènes urinaires.
III) Septicémies
Comme toute infection, on peut avoir des septicémies, souvent secondaires à des pneumonies ou des
méningites. Le purpura fulminans est possible mais plus rare que pour le méningocoque (qui en cause 70 %).
IV) Prévention - Vaccination

• Capsule polysaccharidique :
o 80 types sérologiques (virulence variable).
o Anticorps protecteurs mais spécifiques de type.
• Vaccin polysaccharidique non conjugué 23-valent (PNEUMO23®) : > 5 ans – adulte avec risque
d’i fectio s i vasives à p eu oco ues = spl ecto is s, pe so es f agiles sujets âg s, … .
• Vaccin conjugué 13-valent (PREVENAR 13) :
o Polyoside non reconnu par système immunitaire du jeune enfant ➔ vaccin osidique conjugué à
une protéine porteuse.
o Tous les enfants < 2 ans.
A retenir
• Streptococcus pneumoniae = pneumocoque. • Méningites : > 3 mois ➔ personnes âgées
• Cocci à Gram positif en diplocoque. o Traitées par C3G.
• Pneumonies : habituellement traitées par o Prévention = vaccination.
amoxicilline. • Résistance aux β-lactamines : résistance par
• I fectio ORL de l’e fa t : otites, sinusites, modification de la cible (PLP) pneumocoque de
mastoïdites. sensibilité diminuée. PAS DE PENICILLINASE !!!!
FGSM3 Lyon Est Streptococcus pneumoniae Page 1 sur 1 Page 112

UE 18 – Les infections neuro-méningées – J-S. CASALEGNO
Les virus neurotropes

Attention : Ne pas diag osti uer u e e éphalite herpéti ue, ’est o da er le patie t.
Rappels sur les infections du SNC :
• Méningite : (1400 méningites bactériennes/an)
o Avec signe de gravité (purpura fulminans) : décès dans les 4h sans traitement ➔ antibiothérapie
immédiate (C3G IV).
o Sans signe de gravité → p él ve e t :
▪ Bactérien → hospitalisation sous ATB ca le is ue de o talit est de % chez l’adulte,
% chez l’e fa t et le is ue de s uelles est de %.
▪ Viral : traitement symptomatique et évolution favorable.
• Encéphalite : (1/100 000 habitants/an) ➔ Prélèvement ➔ L’e céphalite est u e urgence thérapeutique
et diagnostique.
o Bactérien : traitement antibiotique.
o Viral : traitement antiviral sinon 70% de décès dans les 6 mois.
• Myélite.
I) Méningites et encéphalites
• Méningite : inflammation du compartiment méningé.

• Encéphalite : inflammation du parenchyme cérébral.
/!\ La différe iatio e tre la é i gite et l’e éphalite se ase sur la li i ue alors que la différenciation
e tre l’étiologie virale et a térie e repose sur la po tio lo aire.
1) Méningites
a) Syndrome méningé
Le s d o e é i gé est l’associatio des s ptô es suiva ts : fièvre, raideur de nuque (mise en
évidence par les signes de Brudzinski et de Kernig), céphalées, photophobie et vomissements ± constipation ou
diarrhées.
Le purpura doit toujours être recherché, o le diffé e cie de l’é th e à la vit op essio : les pétéchies
e dispa aisse t pas. S’il s’agit d’u purpura fulminans (à Neisseria meningitidis c’est u e urgence vitale u’il faut
traiter par des C3G = Ceftriaxone = ROCEPHINE® en IV immédiatement.
Il faut être vigilent face à un nourrisson ou une personne âgée : ils peuvent présenter des tableaux
incomplets ou des signes associés peu spécifiques comme des convulsions, des troubles de la conscience voire des
comas.
FGSM3 Lyon Est Les virus neurotropes Page 1 sur 9 Page 113
b) Prise en charge
c) Etiologies virales des méningites
Des étiologies les plus fréquentes au moins fréquentes (Attention, liste non-exhaustive) :
• Epidémie dans une collectivité en période estivale : entérovirus +++ (surtout chez les enfants).
• VZV : éruption vésiculeuse, Zona. Adolescent et adulte.
• Primo-infection ou récurrence HSV2 chez l’adulte à o p o ostic.
• Primo-infection par HIV : méningite dans 10 % des cas car le virus a un tropisme neurologique.
• Oreillons (rare car vaccination) : donnent des méningites dans 10% des cas.
2) Encéphalites
Ou méningo-e c phalites, c’est la e chose. Da s le cas d’u e e c phalite, les sy ptô es i g s
peuvent aussi être présents mais passent au second plan.
a) Symptômes
Les encéphalites associent un syndrome infectieux (fièvre), à des signes cliniques traduisant les lésions
de l’e éphale : confusion, crises convulsives, des troubles du comportement et de la mémoire ou des
hallucinations, ainsi que des signes déficitaires (ou signes de focalisation) tels u’u e mono ou hémiplégie,
paralysie d’u nerf crânien. Le syndrome méningé peut être associé à ces symptômes.
Ces lésio s so t égale e t visi les e pa acli i ue via l’i age ie, ue ce soit au scanner cérébral (avec
u e h pode sité focale, te po ale ou pa l’EEG (on y constatera une anomalie non spécifique anormale,
décharges épileptiques).
En pratique, on suspecte une encéphalite devant tout tableau de confusion fébrile.
b) Physiopathologie
Il e iste t ois t pes d’e céphalites :

• Encéphalite primitive avec multiplicatio du vi us da s l’e céphale : l’e e ple p i cipal est l’e céphalite
he péti ue HSV chez l’adulte, HSV chez l’e fa t . Elle peut gale e t se p odui e lo s d’i fectio pa
les autres Herpesviridae (dont VZV) ou la rage.
• Encéphalite post-infectieuse, déclenchée par mécanisme immunoallergique (infiltrats lympho-
plasmocytaires), elle se décle che à ois ap s l’i fectio . Elle peut être constatée suite à une infection
comme la rougeole, la rubéole, les oreillons, des infections respiratoires (grippe) ou VZV.
• Encéphalite subaigüe ou chronique, causée par la persistance du virus au niveau du SNC, en particulier
chez les i u odép i és et da s le cas d’u HIV.
c) Etiologies
La plupa t du te ps 5 % des cas , o e et ouve pas l’étiologie de l’e céphalite. Lo s u’o la et ouve,
l’o igi e est le plus souve t virale : HSV dans 42% des cas, VZV à hauteur de 15%.
Les bactéries peuvent également causer des encéphalites, en particulier Mycobacterium tuberculosis
(15%) et Listeria monocytogenes (10%).
Su u te ai i u odép i é déficit de l’i u ité cellulai e les virus en cause sont : CMV EBV, VZV,
HHV6.
II) Les virus des infections méningées

1) Entérovirus
Le genre entérovirus appartient à la famille des Picornaviridae : ils sont petits, portent un ARN sens positif
(donc directement traductible : les virus à ARN se multiplient beaucoup plus rapidement) dans une capside. Ce
sont des virus nus, très résistants et persista ts da s l’e viro e e t d’où l’i po ta ce des esu es d’h gi e
pour prévenir les infections).
Les entérovirus sont un regroupement de nombreux sérotypes regroupés en : Coxsackievirus (23 sérotypes
pour le sous-groupe A, 6 pour le B), Echovirus (31 sérotypes), Entérovirus (le 68 et le 71) et Poliovirus (3 sérotypes).
a) Physiopathologie
L’i fectio se fait e t ois te ps : contamination fécale/orale avec pénétration pharyngée ou digestive,
puis phase lymphatique avec des adénopathies lors de la réplication dans les organes lymphoïdes, et finalement
la phase virémique lors de laquelle on constate les manifestations cliniques.
b) Epidémiologie
Les méningites à Entérovirus touchent surtout les enfants de 0 à 14 ans, tout au lo g de l’a ée, e
particulier sur la période de mai à octobre (particulièrement en semaine 27). Les sé ot pes ci cula ts va ie t d’u e
a ée su l’aut e.
c) Symptômes
Le patient type est un enfant de 4 mois, amené en urgence avec AEG, fièvre entre 39 et 40°C, sans
syndrome méningé franc. La présentation clinique est souvent jugée rassurante par le pédiatre, mais la suspicion
de é i gite i pose la éalisatio d’u e PL.
Il e iste d’aut es ta leau , plus a es :

• Le syndrome pied-main-bouche (stomatite vésiculeuse, érosions grisâtres, atteinte similaire mains/pieds)
à Entérovirus 91
• L’herpangine ui ’est pas l’a gi e he p ti ue, atte tio !) : Énanthème vésiculeux, dysphagie, fièvre,
céphalées, myalgies
• Une myocardite
• Une encéphalite dans de très rares cas
Attention bien que le nom soit « Entérovirus », il ’e iste pas de signes digestifs de type gastro-entérite.
d) Diagnostic
Les indications de ce diagnostic sont : la méningite (prélèvement du LCR), la myocardite (il se fera sur du
sang ou une biopsie cardiaque), la mort subite du nourrisson (nécropsie), une éruption vésiculeuse (prélèvement
sur les lésions ou par écouvillonnage pharyngé).
• J1 : On fait la ponction lombaire (le liquide est clair). Les résultats de la biochimie (normoglycorachie,
hyperprotéinorachie) et cytologie du LCR sont accessibles dans les deux heures après envoi au laboratoire
(plus de 5 éléments nucléés dont au moins 50% de lymphocytes).
• J2 : On obtient les résultats de la virologie, qui recherche systématiquement HSV 1, 2 ainsi que entérovirus
LCR positif à l’e té ovi us pa RT-PCR : sensibilité à partir de 1 copie du génome du virus, spécificité à 99%)
et à ceux de la culture bactériologique.
e) Traitement
Il ’e iste pas d’a tivirau spécifiques, le traitement est uniquement symptomatique. Il ’e iste pas o -
plus de vacci atio sauf pou le poliovi us . Le seul o e de s’e p otége est la p éve tio asée su les gles
d’h gi e.
Transmission de personne à personne :
• Directe (sécrétions nasales pharyngées).
• Indirecte (transmission fécale-orale/mains/surface).
Pas d’évictio o ligatoi e, pas de traitement antiviral.
A retenir sur les entérovirus

• Ce sont des petits virus à ARN, résistants dans le milieu extérieur.
• La transmission se fait de manière fécale/orale.
• Ils sont prédominants en été et sont les agents étiologiques majeurs des méningites virales.
• Les méningites à entérovirus sont bénignes, la prise en charge est symptomatique.
• La ultipli atio et l’e rétio se fo t da s le pharynx (gorge) et les intestins (selles).
• Organes cibles : méninges (méningite), peau (syndrome pied-main- ou he , us les, œur
(myocardite, péricardite), conjonctives.
2) Oreillons
Les oreillons sont de la famille des Paramyxoviridae, ils ont un tropisme respiratoire. Ce sont des virus à
ARN linéaire monocaténaire. Le virus est enveloppé (donc fragile) et de grande taille (100-300 nm). Une fois la
virémie établie, les virions ont un tropisme particulier pour les tissus glandulaires (glandes sexuelles, pancréas,
glandes salivaires-parotide +++) et les méninges.
a) Epidémiologie
Avant la vaccination on observait des épidémies scolaires et familiales entre janvier et mai. Cette maladie
se raréfie grâce à la vaccination ROR, qui sans être obligatoire, est recommandée. La transmission se fait par les
sécrétions respiratoires et par la salive, un malade est contagieux de 7 jours avant à 9 jours après le début de sa
parotidite.
Quelques chiffres : 500 000 cas en 1987 avant les campagnes de vaccinations, 40 000 cas en 1997, 17 000
cas en 2000, 5000 cas en 2008.
Malheu euse e t la couve tu e vacci ale 5% ’est pas e co e suffisa te pou pa ve i à l’é adicatio
de la aladie. Pou u’u vi us soit ’éli i a le’’ il a co ditio s sine qua non : le réservoir doit être strictement
humain, le virus ne doit pas pouvoir muter trop rapidement et la couverture vaccinale doit être optimale d’où les
difficultés face à la grippe).
b) Clinique
Les oreillons sont asymptomatiques dans 1/3 des cas, pour les 2/3 de malchanceux.
Forme typique :
• Incubation de 18-21J.
• Invasion brève 1-2J accompagnée de fièvre, céphalées, otalgie et sensation de malaise général.
• Parotidite ourlienne unilatérale, qui deviendra bilatérale dans 70% des cas (en 2-3J), la palpation est très
doulou euse. Elle se diffé e cie d’u e adé opathie pa l’effa e e t du sillo rétro a di ulaire et la
forme piriforme u’elle do e au visage. O peut o se ve u e tu gesce ce/ ougeu à l’o ifice du ca al
de Sténon.
• Evolution favorable en 10J.
Atteintes glandulaires extra-salivaires :
• Orchite :
o Après la parotidite, pour le sujet pubère.
o Tuméfaction scrotale douloureuse, unilatérale mais qui se bilatéralise dans 25% des cas.
o Ris ue d’at ophie testiculai e a e : 5/1000 orchites).
• Pancréatite aiguë (très rare).
• Ovarite, mastite, thyroïdite (rarissimes).
Atteinte neuro-méningée :
Elle peut se manifester sous trois formes :
• Méningite fréquente (5-15% des cas) le plus souvent bénigne et infraclinique
• Encéphalite (à mécanisme immunologique a e et é ig e chez l’e fa t
• Exceptionnellement atteinte des nerfs crâniens avec risque de surdité et/ou cécité.
c) Diagnostic
C’est u diag ostic de ce titude à l’aide de tests vi ologiques :
• Soit direct (en CHU) par RT-PCR du LCR ou de la salive/sécrétions pharyngées.
• Soit indirect (hors CHU) par des sérologies qui révèlent une primo-infection ou une séroconversion entre
des sérums prélevés à 5J d’i tervalle.
d) Traitement et prévention
Le traitement est surtout symptomatique, il faut être prudent car les oreillons sont très contagieux, d’où
les esu es p éve tives d’isolement et d’évi tio s olaire jus u’à la gué iso .
Individuellement, la prévention repose sur le ROR qui est un vaccin vivant atténué dont la première
injection se fait à 12 mois et la seconde entre 16 et 18 mois.
A retenir sur les oreillons

• Transmission respiratoire, très contagieux.
• Prévention par Vaccin ROR (recommandé).
• Tropisme tissu glandulaire (parotidite ++, orchite, pancréatite) et méninges (fréquente 10% cas,
bénigne).
• Diagnostic clinique.
• Diagnostic virologique (si atypique)
o Indirect : sérologie
o Direct : prélèvements par Aspiration Nasopharyngée, salive, LCR (PCR).
• Traitement symptomatique.
3) Autres virus de méningites
VZV :
• Adolescents et adultes.
• Méningites : réactivation +/- éruption cutanée
• Varicelle : ataxie cérébelleuse (1/4 000).
HSV :
• 1 à 5% des méningites dues à HSV.
• Plutôt HSV-2 : méningites satellites dans 10 à 30% des primo-infections.
• Bon pronostic.
III) Les virus des encéphalites

1) HSV
L’e céphalite he péti ue est rare (100 cas/an en France) mais grave (70 % de mortalité si non traitée).
Elle est la p i cipale cause d’e céphalite aigue focale éc osa te. Elle est le plus souvent causée par HSV1 (que
ce soit en primo-infection ou par récurrence), parfois HSV2 (dans des cas bien particuliers). Le patient type est
gé é ale e t u e pe so e d’u e ci ua tai e d’a ée, p ése ta t u ta leau de confusion fébrile (sans lésions
cutanées).
a) Diagnostic clinique
Le diag ostic d’e céphalite est ava t tout cli i ue. O co state de la fièvre ai si u’u e atteinte focale
temporale (uni ou bilatérale), avec des sig es d’attei te éré rale rapidement progressifs tels que des céphalées,
une altération du comportement, une aphasie, des convulsions puis des troubles de la conscience. Les lésions
he péti ues cuta éo u ueuses so t i co sta tes. L’i age ie co fi e l’e iste ce de lésio s de l’e céphale :
IRM, scanner ou EEG (ce de ie est utile ca il appa aît a pe tu é ava t les aut es tech i ues d’i age ie
cérébrale. Elle peut-être faussement négative les premiers jours).
La po ctio lo ai e co fi e l’e iste ce d’u e i fla atio et o ie te ve s u e étiologie vi ale :

Cytobiologie du LCR : pléiocytose (grand nombre de cellules) avec une majorité de lymphocytes,
h pe p otéi o achie, gl co achie o ale ésultats da s l’heu e .
b) Diagnostic virologique
Il est réalisé à partir de la ponction lombaire : confirmation par diagnostic virologique direct par PCR sur le LCR,
qui peut être positive dès le premier test (dans ce cas, le diagnostic est confirmé immédiatement : 95 % des cas)
ou faussement négative (on fera alors une seconde PCR de contrôle, à trois jours, pour être certain du résultat).
Les résultats des PCR sont disponibles dans les 24 heures après prélèvement.
c) Encéphalite herpétique du nouveau-né
C’est la p i cipale étiologie des encéphalites du nouveau-né (1 nouveau-né/ 10 000). Cette pathologie est
grave avec un sepsis, une dissémination hématologique du virus avec atteinte pluri-viscérale massive et, en
dernier lieu, la mort du nourrisson. Elle nécessite un traitement immédiat par Aciclovir en IV dès suspicion
d’e céphalite, ava t e les ésultats de la PCR de confirmation qui sera effectuée à J1 et de nouveau à J3 si
précédemment négative. Elle est surtout causée par une primo infection par HSV2 chez la mère juste avant
l’accouche e t, d’où l’i po ta ce du contrôle des primo-infections et réactivations chez la mère. L’e céphalite
est plus rarement causée par une infection post-partum à HSV1.
A retenir sur l’encéphalite virale

• Multipli atio euro ale ausa t des sig es d’attei te éré rale.
• Souvent HSV1 (primo-infection ou réactivation).
• Nouveau-né : HSV2++, HSV1.
• Urgence diagnostique : toute confusion fébrile doit donner lieu à une ponction lombaire et une imagerie
cérébrale.
• Urgence thérapeutique : Aciclovir en IV, sans attendre le résultat de la PCR.
2) Virus de la rage
La rage est une zoonose : le virus est transmis par les animaux. Il appartient à la famille des Rhabdoviridae
et au genre Lyssavirus, avec un ARN monocaténaire anti-sens, une capside hélicoïdale et une enveloppe dérivée
de la membrane cytoplasmique.
a) Physiopathologie
La contamination est cutanée. De là, le virus accède au système nerveux périphérique via les terminaisons
nerveuses. Il se réplique alors dans le ganglion dorsal de la moelle, le début de la réplication dans la moelle marque
le point de non- etou à pa ti du uel tout t aite e t se a i efficace. S’e suit u e asce sio da s le s st e
nerveux central et une septinévrite diffusio du vi us depuis le SNC ve s le este de l’o ga is e, pa les voies
nerveuses).
b) Epidémiologie
La rage humaine est responsable de 55 000 Décès par an (Asie,

Afrique,). 99 % des cas mortels sont transmis par les chiens.
Les hôtes sont potentiellement tous les animaux à sang chaud (et
carnivores). Dans les zones de forte endémie, on trouve la rage citadine
(portée par les chiens errants). En Europe, la rage est essentiellement due à
des animaux domestiques importés. Elle peut également être retrouvée sur
les renards roux (rage vulpine , ie u’e fo te di i utio g âce au
campagnes de vaccination, et extrêmement rarement chez la chauve-souris.
La transmission est salivaire, accidentelle, sur morsure ou lé hage d’u e lésio uta ée. Les enfants sont
plus à risque puisque plus facilement en contact avec les animaux. Attention, un animal infecté est contagieux
ava t l’apparitio des s ptô es.
c) Symptômes – Encéphalomyélite
L’incubation p e d jou s à ois e fo ctio de la p o i ité e t e lieu de co ta i atio et SNC. S’e

suit la phase prodromique, qui dure 2 à 3 jours : le sujet est inquiet, change de caractère et souffre de céphalées.
La forme furieuse se déclare finalement : agressivité, hydrophobie due à un spasme pharyngolaryngé,
hypersensibilité au bruit et à la lumière puis paralysie flasque (qui sera la cause de la mort : arrêt respiratoire 4
à 10 jours après le début des symptômes).
d) Diagnostic
Le diagnostic de la rage se fait uniquement en centre de référence (laboratoire de confinement L3). Il peut
être indirect pou vé ifie l’efficacité de la vacci atio pa titrage des anticorps ou direct par
immunofluorescence, ELISA, RT-PCR et sera anté-mortem chez l’ho e ais uniquement post-mortem chez
l’a i al (tout animal suspecté devra être mis vivant en quarantaine en attendant la déclaration des symptômes).
e) Prévention
A l’ét a ger, il est conseillé d’éviter tout o ta t ave des hie s ou hats, en particulier en zones
d’e dé ie. Il est fo te e t déco seillé d’i po te illégale e t des a i au do esti ues.
En France, la vacci atio co t e le vi us de la age se fait à l’aide d’un vaccin inactivé adjuvé (souche
Pasteur). Elle est obligatoire dans certains cas : professions exposées (avec un rappel à un an puis tous les 5 ans),
pour les animaux domestiques tels que les chiens dangereux et les chiens/chats/furets importés hors Union
Européenne ou voyageant en UE. Plusieurs campagnes de vaccination ont également été effectuées dans la
populatio des e a ds, à l’aide d’appâts à vacci eco i a t, e a t à u e uasi-disparition de la rage vulpine.
f) Traitement
Le traitement antirabique est post-exposition. Il consiste en un lavage abondant de la blessure (savon
puis Bétadine) et une consultation du centre antirabique le plus proche, où on effectuera un vaccin post-
e positio et u e i jectio d’Ig a ti a i ues hu ai es (attentio , le t aite e t ’est utile et efficace u’ava t
l’appa itio des sy ptô es . L’a i al, ua t à lui, e dev a pas t e tué i édiate e t ais is e ua a tai e.
Attention : la rage est une maladie à déclaration obligatoire
A retenir sur l’encéphalite virale

• Zoonose (renards, chiens errants, chauve-souris).
• Transmission salive/lésion cutanée (morsure, griffure, léchage peau lésée) ou aérosol (chauve-souris).
• Encéphalomyélite mortelle.
• Prévention : éviter animaux errants et vaccination faune sauvage, animaux domestiques, professions
exposées.
• Traitement post-exposition : nettoyer la plaie et se rendre au centre antirabique pour Ig et vaccination.
3) Poliovirus (paralysie fébrile)

Le poliovirus appartient au genre Entérovirus, famille Picornaviridae. Ils portent un ARN sens positif,
monocaténaire, linéaire dans une capside icosaédrique. Ce sont des virus nus résistants dans le milieu extérieur.
a) Epidémiologie
Le poliovirus (3 sérotypes) est la cause majeure de
paralysie fébrile ou poliomyélite. Quelques entérovirus peuvent
également causer la polio : l’E té ovi us et le Co sackievi us
B24.
Depuis que la vaccination a été mise en place (1944 en
France), le nombre de cas a grandement diminué, ils sont
maintenant limités à certaines zones endémiques. Ainsi, alors
ue les p e ie s cas date t de l’a ti uité (visibles sur les
hiéroglyphes de la pyramide de Memphis), le dernier cas
autochtone français date de 1989 et le dernier cas importé en
France date de 1995. Aujou d’hui, seules este t uel ues rares
zo es e dé i ues ota e t l’Afgha ista , le Pakista et le Nigé ia.
La transmission est interhumaine directe oro-fécale, espi atoi e ou alo s i di ecte pa i gestio d’eau ou
d’ali e ts co ta i és.
b) Physiopathologie
La paralysie est causée par l’attei te spé ifi ue des euro es oteurs de la corne antérieure de la moelle.
La poliomyélite se caractérise par un s dro e paral ti ue de l’e fa t (localisé le plus souvent au niveau des
membres inférieurs) associé à des symptômes de type grippal +/- méningite ➔ Paralysie fébrile.
c) Symptômes
La poliomyélite se manifeste généralement chez des enfants de moins de 5 ans. Environ 1/200 patients
souffrent d’u e pa al sie i éve si le et 5 à % des pa al sés eu e t d’a t espi atoi e.
d) Conduite à tenir
D s la suspicio d’u cas, il faut préve ir l’I VS (Institut de Veille Sanitaire) : c’est-à-dire devant toute
paralysie des membres inférieurs en contexte fébrile. Il ne faut pas attendre la validation du diagnostic.
La prévention comprend essentielle e t des esu es d’h gi e et acc s à l’eau pota le et la vacci atio .
Le vaccin DTpolio (inactivé injectable) est le seul obligatoire en France. Il consiste en 2 injections : les deux
premières doses à 2 et 4 mois puis une série de rappels : 11 mois, 6 ans, 11-13 ans, 25 ans, 45 ans, 65 ans, 75 ans
et 85 ans.
Il existe un vaccin atténué buvable mais celui-ci est contre-indiqué chez la femme enceinte et
l’i u odép i é. De plus, il co po te u is ue de éve sio de / 000.
Cas clinique
Mr A.E arrive au Maroc : température 40°C traitée par antibiotiques et désorientation temporo-spatiale.
Hospitalisation sur place :

• Scanner cérébral : hypodensité temporale et frontale gauche.
• Diagnostic retenu : AVC ischémique.
• En réanimation : état de mal convulsif + température à 40°C.
• H pe the ie ise su le co pte d’u e p eu opathie.
Retour en France (hôpital neurologique) :
• Diagnostic de méningo-encéphalite herpétique.
• PL positive en PCR HSV-1 :
o Liquide clair.
o Globules blancs à 18 M/L.
o Protéinorachie à 0,7 g/L.
o Glycorachie à 0,6 g/L.
o PCR herpès : CT 26.
• Mise en route du traitement Aciclovir IV à J+6 de retard.
Evolution :
• Evolution des lésions avec des atteintes bifrontales et bitemporales.
• Décès un mois plus tard.
Ne pas diagnostiquer une méningo-encéphalite herpéti ue ’est o da er le patie t.
A retenir
• Diagnostic : Analyse biologique du LCR, Imagerie, EEG.
• Méningites : Entérovirus +++, HSV- hez l’adulte , HIV, oreillo s.
• Encéphalites : pri itives : HSV +++, V)V, autres virus ou d’origi e i u e post-infectieuse : rougeole,
rubéole (diminution grâce vaccination), virus respiratoires ou chroniques : PESS rougeole, LEMP à JC,
encéphalopathie HIV.
• Paralysies : Poliovirus, Rage.
De la page fb « Plei s d’ite s ie sales pou éussi to ECNi à l’a ie e »,
Pou uoi fai e les t u s ie , ua d o peut les fai e à l’a a he ?
Page 122
Infections digestives et
urinaires
 A. TRISTAN ; C. DUPIEUX, V. ESCURET-PONCIN

• N° 156 → Tétanos
o Connaître les mesures de prévention du tétanos.
• N° 157 → I fectio s u i ai es de l’e fa t et de l’adulte
o Interpréter les résultats des bandelettes urinaires et des examens
cytobactériologiques des urines
o Diagnostiquer et traiter une cystite aiguë.
o Connaître la conduite à tenir face à une cystite récidivante.
o Diagnostiquer et traiter une pyélonéphrite aiguë, identifier les situations nécessitant
une hospitalisation.
o Diagnostiquer et traiter une prostatite aiguë, identifier les situations nécessitant une
hospitalisation.
o E pli ue la place de l’a ti iothé apie chez u patie t po teu d’u e so de u i ai e.
• N° 172 → Dia hées i fectieuses de l’adulte et de l’e fa t
o Connaître les principaux agents infectieux causes de diarrhées.
o Reco aît e les sig es de g avité d’u e dia hée i fectieuse.
o Co aît e les i dicatio s et savoi i te p éte les ésultats d’u e amen
bactériologique, virologique et parasitologique des selles.
o Connaître les principes des traitements des diarrhées infectieuses.
o Connaître les principes de prévention de la toxi-infection alimentaire et savoir la
diagnostiquer.
o Connaître les principes de la conduite à tenir en cas de toxi-infection alimentaire
familiale ou collective.
• N° 175 → Ris ues sa itai es liés à l’eau et à l’ali e tatio . To i-infections alimentaires
o P écise les p i cipau is ues liés à la co so atio d’eau ou d’ali e ts c udités,
viandes et poissons ingérés crus ou insuffisamment cuits).
Page 123
SOMMAIRE
Entérobactéries – p. 123 Bactéries anaérobies strictes
I) I t oductio – p. 125
II) I fectio s e t a-digestives
I) Gé é alités
III) Résista ces i ées et ac uises
II) Clost idiu teta i
IV) P éve tio et dépistage
Diarrhées infectieuses – p. 133
Les infections urinaires – p. 129 I) I t oductio
I) Défi itio II) Sy d o e cholé ifo e
II) Facteu de is ue de co plicatio III) Sy d o e dyse té i ue
III) Physiopathologie IV) Bacté ies espo sa les
IV) Epidé iologie • E. coli ; Sal o ella ; Shigella ;
V) Diag ostic Ye si ia e te ocolitica ; Vi io
VI) T aite e t et co duite à te i chole ae ; Ca pylo acte
Les TIAC – p. 141 X) Dia hée post-ATB à C. difficile
I) Epidé iologie XI) Diag ostic
II) P i cipau age ts espo sa les XII) T aite e t
III) TIAC à actio i vasive XIII) P éve tio
IV) TIAC à actio cytoto i ues Helicobacter pylori – p. 149
V) TIAC à actio e té oto i og e I) I t oductio
VI) Co duite à te i II) Pouvoi pathog e
Les virus des gastro-entérites – p. III) Diag ostic
151 IV) T aite e t
I) Gast o-e té ites vi ales
II) Epidé iologie
III) Cli i ue
IV) Diag ostic
V) T aite e t et p éve tio
VI) Rotavi us et vacci atio
Page 124
UE 18 – Les infections digestives et urinaires – C. DUPIEUX
Les entérobactéries
I) Introduction
En pa la t d’e t o act ies, ce cou s sous-entend la famille des enterobacteriacae, do c l’e se le du
microbiote digestif, et non seulement le genre Enterobacter.
Le microbiote digestif est constitué d’hôtes +/- constants du tube digestif de l’ho e et de l’a i al. Ils
ont de nombreuses fonctions biologiques comme le métabolisme, la maturation du système immunitaire, la
constitution de barrière, d’u e flore, la ph siologie i testi ale, … Ces bactéries sont des hôtes physiologiques ou
pathologiques, suivant les espèces microbiennes, du tube digestif de l'homme et/ou des animaux.
Les entéropathogènes sont principalement des bacilles à Gram négatif droits ou incurvés.
Ces bactéries sont responsables d’infe tions u inai es +++ (nosocomiales et communautaires), de
diarrhées bactériennes, plus rarement de méningites (E. coli K1 et d’aut es i fectio s pul o ai es/a do i ales
par extension du foyer digestif).
II) Infections extra-digestives

1) Méningites
• Méningite néo-natale à E. coli capsulé K1 :
La méningite néo-natale à E. Coli K1 est la 2ème étiologie méningites néonatales.
Rappel : 1er : Streptocoque B  2ème : E. coli K1  3ème : Listeria
La pathogénie se déroule en trois temps : i halatio lo s de l’accouche e t, t a slocatio digestive puis

franchissement de la barrière hémato-méningée. Le diagnostic se base sur l’a al se du LCR, du li uide gast i ue,
des hémocultures.
• Méningites iatrogènes post neurochirurgie avec toutes les entérobactéries.
FGSM3 Lyon Est Les entérobactéries Page 1 sur 2 Page 125

.
2) Autres infections extra-digestives

Il faut retenir que les entérobactéries sont apa les d’infe te tous les tissus : infections osseuses et des
plaies, infections abdominales comme les angiocholites, p eu opathies ac uises sous ve tilatio , …
L’e se le des bactéries GRAM-, entérobactéries incluses peuvent provoquer un choc endotoxémique :
Lors de leur destruction se libère le Lipopolysaccharide (LPS, appel aussi e doto i e de la pa oi capa le d’active
les leucocytes et les plaquettes. Il y a alors libération de cytokines espo sa le de l’appa itio d’u e fi v e,
activatio du co pl e t et de la coagulatio is ue de CIVD . L’alt atio de l’e dothélium par ces phénomènes
e t ai e u e fuite capillai e espo sa le de l’hypotension. Sa s t aite e t, l’attei te devie t multi-viscérale, se
propageant aux poumons, aux reins, au cerveau et peut entraîner le décès du patient.
III) Les résistances naturelles et acquises des entérobactéries

Carboxi/uréido- Céphalo Céphalo Céphalo
Groupe Espèces Amoxi
pénicilline 1G 2G 3G
E. coli,
Groupe
Salmonella, S S S S S
1
Shigella
Groupe
K. pneumoniae R R S S S
2
Groupe
Enterobacter R S R V S
3
Tableau à titre informatif, ne pas savoir
La difficulté majeure face aux entérobactéries est la grande diversité de leurs résistances naturelles aux
a ti ioti ues, à cause d’e z es co e les pénicillinases pour Klebsiella pneumoniae ou des céphalosporinases
produites par les bactéries du genre Enterobacter.
Ces sista ces e so t do c pas dues à la p essio de s lectio pa a ti ioti ues, ais il faut ote u’une
a té ie ayant déjà des ésistan es au a plus de apa ité à en a ué i d’aut es pa la suite.
Les Entérobactéries posent ainsi de gros problèmes de prise en charge thérapeutique, avec de surcroit
une augmentation des résistances acquises, notamment à cause des β-lactamases de spectre élargi ou BLSE, qui
leur procure une résistance aux C3G (= BMR donc isolement du patient).
D’aut es e z es espo sa les de sista ces ac uises so t les carbapénémases, qui provoquent des
résistances à toutes les β-lactamines d’où u e i activit totale des ca ap es u e classe d’a ti ioti ues
appartenant à la famille des β-lactamines : imipenèmes, méropénème, ertapénème, doripénèmes) or ceux-ci sont
g ale e t le t aite e t de de ie ecou s e cas d’i fectio act ie e g ave (= BHRe bactérie hautement
résistante émergente = isolement du patient et fermeture des services).
A retenir
• Les entérobactéries sont des composants physiologiques de la flore digestive et jouent un rôle majeur.
• Elles so t espo sa les d’u e g a de dive sit d’i fectio s :
o Infections extra-digestives :
▪ Infections urinaires : E. coli, Proteus, K. pneumoniae, …
▪ Méningites néonatales : E. coli K1.
▪ Peste : Y. pestis.
▪ Infections abdominales, septicémies, choc septique : E. coli, K. pneumoniae ± Salmonella.
o Diagnostic microbiologique de ces infections extra-digestives :
▪ Fièvre typhoïde : coproculture + hémoculture.
▪ M i gite : LCR et h ocultu e et li uide gast i ue si suspicio à l’accouche e t.
▪ Peste : bubon, hémoculture, sécrétion pulmonaire.
▪ Infection urinaire : BU, ECBU ± hémoculture.
FGSM3 Lyon Est Les entérobactéries Page 2 sur 2 Page 126

.
UE 18 – Les infections digestives et urinaires – A. TRISTAN
Les bactéries anaérobies strictes

I) Généralités
C’est u e se le de act ies pou les uelles l’o g e est to i ue. C’est pou cela ue l’eau oxygénée
mise sur une plaie peut être utile pour tuer ces bactéries anaérobies.
1) Réservoir
On trouve ces bactéries anaérobies au niveau de la flore exogène tellurique (dans la terre) et de la flore
endogène commensale ou flore de Veillon.
Les circonstances de survenue :
• Diminution de la pression en oxygène tissulaire (lors de problèmes de perfusion par exemple).
• Nécrose.
• Suppuration fermée à p o i it des u ueuses et suite à u e o su e, plaie, co ps t a ge , … u e
plaie de t pe f actu e ouve te avec co ta i atio pa l’e vi o e e t est u haut is ue de
contamination par bactéries anaérobies).
NB : A l’i verse, ertai es a t ries o e elle de la tu er ulose o t u esoi e o yg e tr s i porta t. C’est pour ela
que les patients étaient pris en charge en sanatorium en altitude.
Les bactéries anaérobies endogènes constituent ce

u’o appelle la flore de Veillon.
On les trouve au niveau :
• De la bouche (la fameuse Angine de Vincent
nauséabondes).
• De la peau (acné).
• Et surtout au niveau de l’i testi et des voies
génitales féminines le vagi alo s u’à l’i ve se
l’ut us est st ile .
Bacille Gram + Bacille Gram -

Clostridium (+++) Bacteroides (+++)
Propionibacterium Prevotella
Actinomyces Porphyromonas
Peptostreptococcus Fusobacterium
2) Types d’infections
Ces bactéries peuvent donner des infections très

diverses.
Les ci co sta ces favo isa t l’a c s pul o ai e :
Lo s d’u t ou le de la ve tilatio pa i halatio , c’est-à-
di e lo s d’u e fausse route, les bactéries anaérobies de la
salive vont passer dans le poumon et vont pouvoir donner
un abcès.
FGSM3 Lyon Est Les bactéries anaérobies strictes Page 1 sur 4 Page 127
.
3) Diagnostic microbiologique
a) Prélèvement
Attention, il ne faut aucun contact avec l'air +++ :
• Suppuration.
• Plaie.
Il e faut pas utilise des couvillo s secs ca il au a co tact avec l’ai ais des écouvillons spéciaux avec
un milieu de culture anaérobie. Si on ne peut pas avoir accès à ce t pe d’ couvillo , o utilise un poudrier stérile
ou encore une seringue sans aiguille o ett a à la place u oucho e e leva t l’ai .
b) Hémocultures
• Il y a toujours 2 flacons : un aérobie et un anaérobie.
• L’e a e di ect : souvent on est face à des infections plurimicrobiennes.
Exemple :
Abcès abdominal Angine de Vincent
• Il faut des enceintes anaérobies

indispensables pour ces bactéries.
• La culture de ces bactéries est en général

plutôt longue, minimum 48h à 72h.
4) Sensibilité aux antibiotiques

a) Les Gram +
• Ils so t e g al t s se si les à l’amoxicilline (ou aux pénicillines G)
b) Les Gram -
• E g al ils p oduise t u e β-lactamase qui diminue leur sensibilité aux β-lactamines seules.
• O utilise do c l’Augmentin = p icilli e + acide clavula i ue ui est u i hi iteu de la β-lactamase) ou
métronidazole.
.
c) Résistances naturelles
• Les bactéries anaérobies sont résistantes aux aminosides et aux quinolones.
• L’utilisation des C3G ’est pas reco a dée ca cet a ti ioti ue ’est pas t s efficace e s’il e s’agit
pas v ita le e t d’u e sista ce atu elle.
En pratique, les infections anaérobies sont le plus souvent des multi-bactériennes anaérobies et aérobies.
Il faut utiliser une antibiothérapie large spectre : anti-anaérobies + anti-a o ies. C’est da s ce cas-là ue l’o
dev a la gi le spect e et e pas utilise u i ue e t des β-lactamines.
II) Clostridium tetani – Bacille de Nicolaïer

NB :
• Clostridium difficile est abordée dans le chapitre « Les diarrhées infectieuses ».
• Clostridium perfringens et Clostridium botulinum sont abordées dans le chapitre « Les TIAC ».
C’est u acille anaérobie à Gram positif sporulé = bactérie tellurique. On retrouve cette bactérie dans le
tube digestif des animaux, dans les sols cultivés, les dépôts vaseux des rivières et des mers, poussières. Elle peut
contaminer des objets inanimés : outils de jardinage, clous rouillés, ... La transmission se fait par contact (effraction
cutanée) : contamination par les spores.
L’i oculatio se p oduit chez les sujets pas ou mal vacci s. L’i cu atio va de 5 à 21 jou s ap s
co ta i atio , e fo ctio de la dista ce e t e la po te d’e t e et le SNC.
On a des atteintes musculaires :
• Au niveau des masséters : trismus.
• Du visage : faciès sardonique.
• Et fini par une atteinte musculaire généralisée : opisthotonos.
• 20-30% finissent par mourir d’asphyxie (spasme laryngé).
La maladie est uniquement due à la toxine.
Le diag ostic est cli i ue ++ : co t actu es avec otio de lessu e a t ieu e. Il ’ a pas de diag ostic
act iologi ue si ple pas d’i t t de eche che de la act ie da s la plaie, pas d’i t t de l’a ti iog a e.
La sérologie permet de voir le statut vaccinal : au la o atoi e o utilise la thode ELISE, et à l’hôpital face à toute
plaie on utilise un test rapide : le Tétanos Quick Stick®.
.
Traitement et prévention :
• Hospitalisation en unité de soins intensifs.
• Traitement symptomatique (myorelaxants, sédatifs, respiration assistée, ventilation assistée).
• Sérum antitétanique (sérothérapie) qui agit sur la toxine circulante : à débuter précocement car la
neurotoxine fixée est inaccessible aux Ig.
• Vacciner le malade (à faire ou à compléter).
• Parage de la plaie et pénicilline 5 à 10 jours.
• Prévention :
o VACCINATION = anatoxine (toxine inactivée par le formol). On réalise 3 injections SC à 2, 4 et 11
mois, 6 ans, 11-13 ans, 25 ans, 45 ans, 65 ans puis tous les 10 ans (toujours se référer au dernier
calendrier vaccinal).
o SEROTHERAPIE (toujours associée à une vaccination) = injection de gammaglobulines spécifiques
dans le cas de plaie souillée chez une personne non vaccinée ou vaccination incertaine (donne
une protection pendant un mois).
C’est une maladie à déclaration obligatoire
A retenir sur le tétanos

• Clostridium tetani = bactérie tellurique.
• Plaie bénigne à sévère chez patient non/mal vacciné.
• Toxine bloque la synapse de la voie inhibitrice entrainant des contractures douloureuses spontanées et
provoquées.
• Diagnostic clinique : trismus puis contractures généralisées.
• Bact iologie : a se ce d’a tico ps a ti-tétanospasmine.
• Traitement curatif en réanimation/préventif
o Symptomatique.
o Parage des plaies.
o Vaccination/sérothérapie gammaglobuline spécifique.
o Antibiothérapie.
o D cla atio o ligatoi e à l’ARS.
A retenir sur les bactéries anaérobies strictes

• Bact ies a a o ies p se t da s l’e vi o e e t et flo es hu ai es digestive, vagi ale, cuta e .
• Infections diverses, favo is pa di i utio de l’O2 tissulaire.
• Diversité des bactéries anaérobies : Clostridium perfringens (bacille à Gram positif), Bacteroides fragilis
(bacille à Gram négatif), ….
• P l ve e ts sp ciau pe etta t le i i u de co tact avec l’ai .
• Gram positif se si les à l’A o icilli e, G a gatif au t o idazole et P icilli e + i hi iteu de β-
lactamases.
• Résistance naturelle aux aminosides et quinolones.
.
Les infections urinaires

Il est important de savoir distinguer cystite, pyélonéphrite et infection urinaire masculine. De même avec
les IU simple et les IU à risque de complication.
I) Définitions
Si signes urinaires = cystite :
• Pollakiurie.
• Brûlures mictionnelles.
• Urines troubles.
Si syndrome infectieux = pyélonéphrite :
• Fièvre, frissons.
• Douleurs abdominales ou lombaires.
Si homme + infection urinaire = IU masculine : Le te e d’i fectio u i ai e e place l’a cie te e de
« prostatite » et est caractérisé par sa diversité clinique. Chez l’ho e, o o sid re u’u e i fe tio uri aire est
une prostatite car la contamination se fait par voie ascendante.
II) Facteurs de risques de complications des IU

• Homme.
• Grossesse.
• Anomalie organique ou fonctionnelle de l’ar re uri aire.
• IR sévère (clairance créatinine < 30 mL/mn).
• Immunodépression sévère.
• Sujets âgés
o > 65 ans « fragile » : > 3 critères de la classification de Fried :
▪ perte de poids involontaire au cours de la dernière année.
▪ vitesse de marche lente.
▪ faible endurance.
▪ faiblesse/fatigue.
▪ activité physique réduite.
o > 75 ans (sauf exception).
NB : Le diabète n’est plus considéré comme un facteur de risque.
III) Physiopathologie
L’a e u i ai e est st ile sauf au iveau de l’u t e distal.
Mécanisme de contamination : principalement par voie ascendante++, rarement par voie hématogène
On distingue les IU communautaires (femmes >> hommes) des IU nosocomiales (principalement sur
so de à de eu e . L’IU osoco iale u i ai e est la plus f ue te des i fectio s osoco iales. Ces i fectio s so t
dues aux bactéries de la flore fécale, en particulier aux bactéries possédant des adhésines pour les cellules du
tractus urinaire. Le ris ue d’i fe tio uri aire aug e te ave le o re de jour sous so de, il y a for e tu e
infection urinaire au bout de 10 jours.
FGSM3 Lyon Est Les infections urinaires Page 1 sur 4 Page 131
.
IV) Epidémiologie
Pour les IU communautaires, on retrouve principalement :
• Entérobactéries :
o Escherichia coli (61 à 78%).
o Proteus (9 à 15%).
o Autres espèces plus rarement, Klebsiella (4 à 10%).
• Staphylococcus saprophyticus (5-10%) : staphylocoque à coagulase négative, responsable de cystite
simple chez la femme jeune, résistance naturelle à la fosfomycine.
Typiquement, une jeune femme qui vient consulter avec un tableau de cystite simple à qui vous donnez de
la Fosfo y i e et ui revie t vous voir le le de ai par e ue les douleurs ’o t pas d es, a de fortes chances
de faire une cystite simple à staphylocoque saprophyticus. Pour note, la fosfomycine permet une disparition des
symptômes en quelques heures.
Pour les IU nosocomiales, on retrouve principalement :
• E. coli (35%).
• Candida (10%).
• Pseudomonas aeruginosa, aut es e t o act ies, …
• Les IU sont majoritairement monomicrobiennes.
V) Diagnostic bactériologique
On peut réaliser des bandelettes urinaires (BU), un Examen Cytobactériologique des Urines (ECBU).
/!\ Importance du recueil ECBU pour éviter les contaminations par les bactéries présentes au niveau de
l’u t e distal.
On peut également réaliser des hémocultures si fièvre.
Bandelette urinaire (BU) :
Chez la femme, la BU a une bonne valeur prédictive négative donc si la BU est négative (leucocytes - et
nitrites -), rechercher en priorité un autre diagnostic. Si leuco + et nitrites -, ’est le staphylo o ue saprophyti us
car il ne produit pas de nitrite.
Chez l’ho e, la BU a une bonne valeur prédictive positive, donc si la BU est positive (leucocytes + et
nitrites +) IU à confirmer par ECBU. Par contre, une BU gative ’e clut pas le diag ostic d’IU asculi e.
Chez un patient symptomatique :
• Seuil de leucocyturie : ≥ 4
/mL ou 10 Méga/L.
• Seuils de bactériurie :
Esp ces actérie es Seuil de sig ificativité

UFC/ l
Ho e Fe e
E. oli, S. saprophyti us ≥ 10
3
≥ 10
3
E t o act ies aut es u’E. oli, ≥ 10

3
≥ 10
4
e t oco ue, C. urealyti u , P.

aerugi osa, S. aureus
L’ECBU de co t ôle ’est pas eco a d e cas d’ volutio cli i ue favo a le da s les p lo ph ites
aigues et les IU asculi es sauf e ceptio : IU su lithiase…
.
VI) Traitement et conduite à tenir

1) Cystite simple
Traitement de 1ère intention : fosfomycine-trométamol en dose unique.
Traitement de 2ème intention : pivmécillinam 400 mg x 2/j, pendant 5 jours
Traitement de 3ème intention (en dernier recours)
- Fluoroquinolone : à dose unique (ciprofloxacine ou ofloxacine)
- Nitrofurantoïne : pendant 5 jours
2) Cystite à risque de complication
3) PNA sans signes de gravité

On co e ce pa d te i e s’il a ou o p se ce de facteu s de is ue de co plicatio : toute
uropathie, immunodépression sévère, IR sévère, sujet âgé « fragile ».
On démarre ensuite une antibiothérapie probabiliste :
• Pas de facteur de risque : FQ (sauf traitement par FQ < 6 mois) ou C3G parentérale (céfotaxime,
ceftriaxone) ➔ Durée totale du TTT (probabiliste + relais) : 7 jours si FQ ou β-lactamines parentérale, 10
à 14 jours dans les autres cas.
• Facteur de risque : C3G parentérale (céfotaxime, ceftriaxone) à privilégier si hospitalisation ou FQ (sauf
traitement par FQ < 6 mois) ➔ Durée totale du TTT (probabiliste + relais) : 10 à 14 jours le plus souvent.
• Si CI : aminoside (amikacine, gentamicine ou tobramycine) ou aztréonam (hospitalisation) ➔ Cas
particulier : 5 à 7 jours si aminoside durant tout le traitement.
Enfin, relais par voie orale adapté aux résultats de l’a ti iogra e
• Amoxicilline.
• Amoxicilline – acide clavulanique.
• FQ (ciprofloxacine ou ofloxacine ou lévofloxacine).
• Céfixime.
• Cotrimoxazole.
.
4) PNA grave
Trois critères : sepsis sévère, choc septique ou acte chirurgical nécessaire.
• C3G IV (céfotaxime ou ceftriaxone) + amikacine.
• Si [sepsis grave ou geste urologique] ET [a t c de t d’IU ou colo isation urinaire à entérobactérie BLSE
dans les 6 mois] : carbapénème (imipenème, méropenème) + amikacine.
• Durée : 10 à 14j.
5) IU masculine
Idem PNA simple sans gravité / PNA grave / PNA avec FDR de complication. Traitement à adapter en
fo ctio de la act ie et de l’a ti iog a e
A retenir
• Infections très fréquentes en communautaire et en nosocomial.
• Bactéries responsables : entérobactéries +++ (E. coli, Proteus), S. saprophyticus chez la jeune femme.
• Distinction cystite / pyélonéphrite / IU masculine.
• IU simples / IU à risque de complications.
• Diagnostic : BU +/- ECBU +/- hémocultures.
• ECBU :
o Examen cytologique : seuil 104 leucocytes/mL.
o Examen bactériologique : seuil 103 ou 104 UFC/mL selon sexe du patient et bactérie en cause.
Recommandation pour les traitements : infectiologie.com → onglet document → recommandation
.
Les diarrhées infectieuses

I) Introduction
La diarrhée se d fi it co e u e li i atio d’u e ua tit a o ale de selles et ota e t d’eau
(>350 mL/j . C’est l’ issio d’au oi s 3 selles liquides et/ou molles par jour depuis moins de 14 j.
NB : Tous les épisodes diarrhéiques ne sont pas infectieux (inflammatoires, tumoraux, médicamenteux).
Toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas bactériennes (virus, parasites).
Dans le monde et particulièrement en Afrique, il y a 1,7 milliard de cas de diarrhées infectieuses par an
ui so t à l’o igi e d’e vi o 0,7 illio s de d c s pa a . Ces dia h es so t ajo itai e e t vi ales et touche t
surtout les enfants de < 5 ans (2ème cause de mortalité infantile soit 16% des décès, par déshydratation). Afrique,
moyen orient.
Bactéries responsables de diarrhées :
• Entérobactéries (plus fréquents)
o Sal o elle : fi v es t phoïdes et pa at phoïdes ≠ salmonelloses mineures. 2ème cause bactérienne
o Shigella : dysenterie. 3ème cause bactérienne
o E. coli.
o Yersinia enterocolitica (+/-).
• Campylobacter : C. jejuni et C. coli. 1ère cause bactérienne
• Vibrio cholerae : choléra (voyage récent en pays tropical).
• Clostridium difficile : diarrhée post-antibiotiques, colite pseudomembraneuse.
/!\ Les autres esp ces d’e téro actéries e so t pas respo sa les de diarrhées Klebsiella, Proteus,
Enterobacter, …
La contamination se fait par l’a sorptio d’eau, d’ali e ts co ta i és, par a ue d’h gi e (mains
sales . Les act ies vo t e suite da s l’i testi , au iveau de la lu i e, se fi e su l’ pith liu et i te agi avec
les entérocytes. De temps en temps, des bactéries plus agressives vo t alt e l’ pith liu . La dia h e est la
réponse tissulaire à cette invasion.
Deux mécanismes physiopathologiques sont responsables de deux syndromes cliniques différents.
II) Bactéries entérotoxinogènes – Syndrome cholériforme

Principe général : li atio d’u e to i e à l’o igi e de t ou les de la fo ctio s c toi e s c tio active
d’eau et lect ol tes, sa s l sio a ato i ue . Les dia h es so t a ueuses, e « eau de riz ».
C’est le p i cipal t pe de act ies do t E. coli responsables de la Tourista (= turista) et V. cholerae, dont
l’i fectio do e le choléra.
1) Pathogenèse
La bactérie ingérée se fi e sur l’épithéliu digestif et produit une toxine particulière de type toxine AB
(Active Binding). La partie B permet la fixation sur son récepteur. Après internalisation, la portion A est responsable
de l’activit iologi ue.
Pour E. coli, la toxine est thermostable (la cuisson des aliments ne peut servir de prévention) et entraîne
une augmentation de GMPc.
Pour V. cholerae, la toxine est thermolabile et e t aî e u e aug e tatio d’AMPc.
Ces aug e tatio s so t à l’o igi e d’u e odificatio du ta olis e o al : fuite de Cl- et blocage de
la réabsorption de Na et Cl (en gros, fuite de Cl et d’eau . L’eau suit les io s et la s c tio , et les pe tes
+ - -
li uidie es peuve t attei d e jus u’à 6/J e t aî a t u syndrome cholériforme :

• Diarrhée aqueuse, sans hématies, ni globules blancs.
• Peu/pas de fièvre.
• Risque de déshydratation.
NB : Dans le synd o e cholé ifo e, les dia hées sont dues à une incapacité fonctionnelle des u ueuses, il n’y a
pas de lésions/d’infla ation.
FGSM3 Lyon Est Les diarrhées infectieuses Page 1 sur 8 Page 135
.
2) Epidémiologie
La Diarrhée du voyageur, ou Tourista, est endémique de
l’h isph e Sud et de l’Asie pa ticuli e e t la Russie .
L’i cu atio du e 1 à 7 jou s.
Elle se transmet par i gestio d’eau ou d’ali e ts
contaminés crus.
Le Choléra est endémique de certaines zones,
particulièrement en Inde, au Népal, en Chine, au Moyen-
O ie t et e Af i ue T opicale. L’i cu atio du e 1 à 5 jou s.
Le Choléra est transmis par i gestio d’eau ou aliments contaminés.
Un exemple de cette répartition peut être constaté avec
l’épidé ie ui a eu lieu en Haïti après les tremblements de terre,
la bactérie a été importée depuis le Népal par des casques bleus
qui en étaient porteurs sains. En raison des tremblements de
te e, les éseau d’eau p op e n’étaient plus étanches et il y a
eu contamination de l’eau pota le via les syst es de lat ines.
Les épidémies sont généralement fulgurantes, comme au
Sénégal en 2005 avec très peu de cas dans un premier temps
puis un tau d’atta ue de cas/j, ce ui pose un p o l e
majeur de prise en charge des malades déshydratés.
Ainsi, les réservoirs de ces maladies sont principalement aquatiques avec co ta i atio d’u i dividu
où la act ie s’a plifie et puis va se vi de se voi plus i po ta t, poi t de d pa t de l’ pid ie.
III) Bactéries entéroinvasives – Syndrome dysentérique

Principe général : i vasio de la u ueuse avec dest uctio des villosit s, à l’o igi e de t ou les de la
fo ctio d’a so ptio . Les dia h es so t glai o-sanglantes.
Un agent particulièrement pathogène est Shigella dysenteriae, pour laquelle il suffit de 10 bactéries
pour causer l’i fectio . Ceci peut également se produire lors de contaminations par E. coli, Salmonelle,
Campylobacter et Yersinia, mais à des taux de bactéries beaucoup plus élevés (environ 106 bactéries).
1) Pathogenèse
La bactérie commence par se fixer sur les cellules M de la muqueuse digestive, puis elles y pénètrent et
s’ ultiplie t. Elles diffuse t e suite au este de l’ pith liu et da s les cellules phagoc tai es, e t aî a t u e
inflammation responsable de la destruction des cellules au fur et à mesure de leur multiplication et une réaction
inflammatoire.
Le syndrome ainsi provoqué est du type syndrome dysentériforme avec :
• De la fièvre.
• Des diarrhées glairo-sanglantes, mucopurulentes (GB).
Infections entéro-invasives = Risque de translocation sanguine → Pas d’a tidiarrhéi ue ralentisseur de transit
intestinal car favorise la bactérie, utiliser des antisécrétoire
Les bactéries diffusent ensuite vers les ganglions lymphatiques
mésentériques, s’ ultiplie t et, de là, gag e t la ci culatio sa gui e. La
bactériémie est sou ce de co plicatio s diff e tes selo l’esp ce
bactérienne en cause : Shigella, Yersinia, E. coli et les Salmonelles mineures
causent une septicémie. En revanche, les Salmonelles majeures (Typhi et
paraTyphi) se o t à l’o igi e de la fièvre typhoïde et paratyphoïde, c’est-à-
dire une fièvre ondulante ou en plateau du fait de bactériémie.
Les fièvres typhoïde et paratyphoïde sont des maladies à déclaration
obligatoire.
.
2) Epidémiologie
La contamination se fait là aussi par ingestion
d’ali e ts co ta i s : généralement de la volaille pour
Campylobacter, du porc pour Yersinia, des œufs pour
Salmonella. Shigella est à transmission exclusivement
interhumaine (le réservoir est humain).
Les aliments sont généralement fiables pour
t ouve l’étiologie.
A droite, la carte de répartition de la fièvre typhoïde.
3) Complications
Pour Shigella, Yersinia, E. coli : septicémie.
Pour Salmonella Typhi –Paratyphi A, B ou C : fièvres typhoïdes et paratyphoïdes à déclaration obligatoire.
IV) Escherichia coli

E. coli est une entérobactérie majeure du tube digestif, à pouvoir pathogène varié :
• Infections urinaires : 1er agent étiologique.
• Septicémies à point de départ urinaire.
• Méningites néonatales : E. coli capsulé K1.
• Infections à point de départ digestif.
• Diarrhées : pathovars particuliers (entérotoxinogènes ETEC, entéro6hémorrragiques EHEC,
entéro6pathogènes EPEC, entéro-i vasifs EIEC, … .
1) E. coli entérotoxinogènes ETEC – La turista

La turista est une infection endémique. L’i cu atio du e de 1-7 j, aboutissant à un syndrome
cholériforme : diarrhées infantiles et touristes
Elle est li e au fai le iveau d’hygiène dans les pays en voie de développement. La contamination se fait
par ingestion d'eau ou d'aliments contaminés crus (crudités, fruits non pelés)
2) E. coli entérohémorragiques EHEC

Le mécanisme est toxémique et lié à une bactérie particulière : la Shigatoxine stx1 et stx2 = Vérotoxine.
Cette bactérie bloque les ARN ribosomaux des cellules eucaryotes, causant ainsi une atteinte des cellules à fort
taux de renouvellement, particulièrement les entérocytes et les cellules endothéliales.
On observe alors une colite hémorragique par mort cellulaire des entérocytes (semblable à un syndrome
dysentériforme mais sans fièvre) puis un syndrome hémolytique et urémique (SHU). La destruction de
l’e doth liu des vaisseau a u ete tisse e t su les pla uettes co so es pou pa e la pa oi et il a
destruction des hématies à cause de la mauvaise qualité des vaisseaux. Finalement, les retentissements causeront
u e i suffisa ce ale aut efois dava tage ualifi e pa le tau d’u e ue pa la clai a ce de la c ati i e . Da s
les cas gravissimes, les atteintes i o t jus u’à des t ou les eu ologi ues.
D’où la t iade : anémie hémolytique avec schizocytes, IR aiguë et thrombopénie.
Si la prise en charge en réanimation est rapide, ce syndrome est régressif.
Epidémiologie :
L’i cide ce est de 70 à 100 cas/a e F a ce. E co e u e fois, l’i fectio est caus e pa les ali e ts, da s
ce cas ce sont des ali e ts d’origi e ovi e ou co ta i és par les ovi s. Les SHU interviennent en poussées
épidémiques.
La SHU peut survenir à tous les âges, mais surtout chez les enfants
.
Diagnostic :
PCR des gènes stx1 et 2
Quelques exemples de SHU : 5, à Bo deau , plusieu s cas chez des enfants, signalés à l’InVS pa les
pédiat es. Il s’av e pa la suite ue les cas étaient liés à des steaks conta inés. , Alle agne, l’infection était
p opagée pa des g aines ge ées égyptiennes. L’identification de la sou ce a p is du te ps en aison du ca act e
e ceptionnel de l’o igine de conta ination et pa le fait ue les souches E. coli présentaient dans ce cas-là des
ca acté isti ues enté ohé o agi ues Et enté oag égatives l’association de deu écanis es étant
théoriquement impossible).
V) Salmonella
On distingue une espèce et 6 sous-espèces (> 2000 sérotypes) : Salmonella enterica subsp enterica très
majoritaire
Il faut distinguer les salmonelloses majeures : Typhi, Paratyphi A, B, C (fièvres typhoïdes et paratyphoïdes)
➔ GRAVES avec fièvre + troubles neuropsychiques (prostration, tuphos) et digestifs
Diagnostic : coproculture + hémoculture.
T phi et Pa at phi A so t st icte e t hu ai s p il f cal ≠ aut es s ot pes p se ts chez a i au .
Les salmonelloses mineures : Enteritidis, Typhimurium (TIAC).
1) Epidémiologie
Pour les voyageurs, il existe un vaccin Typhim Vi
VI) Shigella
Il y a 4 espèces :
• S. dysenteriae = dysenterie bacillaire
• S. flexneri
• S. boydii Entérites
• S. sonnei (la + fréquente en France)
So se voi est le tu e digestif de l’Ho e. La

transmission est oro-fécale : ingestion d'aliments ou de boissons
co ta i s pa l’ho e ou co tact di ect i te hu ai .
L’i oculu est fai le 10 act ies suffise t
La dysenterie provoquée par cette bactérie est due à une
toxine: shigatoxine, à action entérotoxique, neurotoxique et
néphrotoxique, peut entrainer un syndrome hémolytique et
urémique.
.
VII) Yersinia enterocolitica

Présent dans le tube digestif des animaux (porc+++, outo , o geu s… . Il est espo sa le de gast o-
entérite, de diarrhée sanglante et parfois de syndrome post-infectieux (arthrite réactionnelle, érythème noueux)
La t a s issio se fait pa i gestio d'ali e ts via de de po c, eau, lait, … co ta i s c us - pas assez cuits.
NB : il y d’aut es esp ces de Yersinia
• Y. pseudotuberculosis (adénite mésentérique aigüe = syndrome pseudo-appendiculaire).
• Y. pestis (la peste).
Yersinia pestis :
C’est u e maladie à déclaration obligatoire car agent du bioterrorisme. La peste est une zoonose et survie
dans le sol. La létalité est de 30-60% sa s t aite e t. So fo e atu el co espo d au o geu s, l’ho e est u
hôte accidentel.
Elle est transmise par les puces des rats (chez qui il existe des foyers naturels). Elle se déroule en deux
phases, d’a o d la peste bubonique, caractérisée par une adénopathie périphérique territoire de la piqûre,
ulcération. Parfois forme septicémique sans bubon. Cette p e i e phase est à l’o igi e d’u e o talité
spontanée importante (60 à 90%). La seconde phase est la peste pulmonaire après passage sanguin, de la bactérie
et contamination des poumons. Cette phase a u e o talit de 100% e l’a se ce de t aite e t. Le is ue de la
peste pulmonaire est la transmission interhumaine de cette forme extrêmement mortelle.
On a entre 1000 et 4000 cas/an, mais « seulement » 200 morts grâce à la bonne réponse aux antibiotiques.
En 2013 : 783 cas dans le monde, 126 décès ; endémique à Madagascar, Congo, Pérou
VIII) Vibrio cholerae

C’est u e act ie st icte e t humain, bacille Gram négatif très mobile. Elle est éliminée dans
l’e viro e e t eau pa les selles de alades ou de po teu s, aladie li e au fai le iveau d’h gi e. La dose
infectieuse est élevée (108 act ies . L’i cu atio est de 1 à 5 jou s.
Elle est espo sa le d’u s d o e chol ifo e, dia h e « eau de riz », sans fièvre + vomissements,
avec une déshydratation majeure.
Epidémiologie :
Peu de cas en France (<20/an), Outre-mer +++.
Deux pandémies en cours :
• Indes et pays voisins : sérotype 0139.
• Asie, Afrique et Amérique du Sud.
Il existe un vaccin pour les personnes
intervenant auprès des malades en zone
épidémique.
Cette actérie est à l’origi e du choléra, aladie à déclaratio o ligatoire
IX) Campylobacter
C’est u acille à g a gatif micro-aérophile. Elle vit dans le tube digestif des volailles (C. jejuni), porc
et volailles (C. coli et C. fetus . La t a s issio à l’Ho e pa la chaî e ali e tai e.
Il existe différentes espèces responsables de différentes manifestations :
• Infections intestinales (C. jejuni et C. coli).
• Septicémies (C. fetus).
• Complications non infectieuses (syndrome de Guillain-Barré, arthrite réactionnelle, érythème noueux).
.
RECAPITULATIF DES DIARRHEES BACTERIENNES
X) Diarrhées bactériennes post-ATB à Clostridium difficile

1) Clostridium difficile
• Clostridium difficile est un bacille Gram + anaérobie.
• Habitat : Flore naturelle du tube digestif, minoritaire
• Ses spores sont résistantes aux solutions hydro-alcooliques.
a) Physiopathologie
Toxine A (entérotoxine), Toxine B (cytotoxine), sont responsables de la clinique (il y a du portage de
souches o to i og es ais o ’est pas po teu sai de souches toxinogènes)).
b) Diagnostic
La cli i ue est i po ta te à l’i te ogatoi e, p ise ce te d’a ti ioti ues ais pas u i ue e t.
On réalise une coloscopie. On voit des zones blanchâtres qui correspondent à la colite c’est-à-dire les
cellules détruites pa les to i es. O e passe pas le tu e da s tout l’i testi ca le patie t a souve t t s al.
Diagnostic microbiologique : il faut s’assu e u’u e dia h e ap s p ise d’u a ti ioti ue soit ie due à
C. difficile :
• Immunologique : mise en évidence de la GDH ui signe la p ésence d’un Clost idiu difficile
Puis o doit s’assurer ue la souche produit des to i es do c :
• Méthode biologie moléculaire : mise en évidence des gènes de toxines par PCR.
• (Culture longue et fastidieuse car germe anaérobie).
.
2) Colite pseudomembraneuse
Dans les diarrhées post-antibiotiques, bien distinguer :
• Diarrhées bénignes par dysmicrobisme secondaire à une antibiothérapie.
• Diarrhée à Clostridium difficile toxinogène.
C’est u age t osoco ial, résistant aux solutions hydro-alcooliques (spores). Il peut causer des diarrhées
jus u’à parfois u état de choc. Il existe un risque d’épidé ies hospitali res.
Clinique : formes plus ou moins sévères allant de la diarrhée à la colite pseudomembraneuse.
Nécessité d’isoler le patie t et d’arr ter les a ti iothérapies.
XI) Diagnostic
Cf cours prélèvement bactériologique
1. Examen macroscopique des selles
2. Examen microscopique des selles : flore, leucocytes et mucus ? Coloration de Gram non spécifique sauf
Campylobacter et V. cholerae
3. Coproculture standard : recherche de Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia
Milieux sélectifs : colonies suspectes ? Identification, sérotypage, antibiogramme.
4. Hémoculture si fièvre !
Choléra : recherche spécifique
PCR multiplex (bactéries/virus/parasites) en développement.
XII) Traitements des diarrhées bactériennes

• Réhydratation +++.
• Hospitalisation des enfants si perte de plus de 10% du poids.
• Antibiotique = pas systématique, sauf pour :
o Diarrhée à Shigella.
o Forme sévère, septicémique.
On utilise alors :
o Azithromycine.
o Ou fluoroquinolone.
o Ou céphalosporine 3ème génération.
Pour le C. difficile : métronidazole per os en 1ère intention, ou vancomycine per os ou fidaxomicine si
récidives. La transplantation de flore fécale en développement.
XIII) Prévention
1) Dépistage du portage
On recherche également la colonisation par les entérobactéries multi-résistantes (BMR) dans les services
à risque a i atio … et, eche che la colo isatio pa act ies à carbapénémases (BHRe) pour toute patients
ayant une hospitalisation dans un pays étranger. Isolement du patient porteur.
E cas de suspicio d’i fectio ate o-fœtale : (/ !\c’est du diag ostic et non du dépistage de portage)
Il est réalisable pour E. coli K1, chez les enfants pas chez la e , à pa ti d’u e analyse bactériologique de
liquide gastrique en prévention de la méningite néonatale.
2) Gestes préventifs
Les esu es d’h gi e so t p i o diales pou vite les pid ies. Il faut p e d e ga de à l’eau et au
aliments, en particulier dans les zones à risques. On préconise donc des esures d’h gi e +++ (mains et
aliments). En cas de contamination alimentaire, ce sont les services vétéri aires ui so t chargés de l’e a e
des aliments. Tout patient porteur de bactéries multi-résistantes doit être mis en isolement.
Il ’e iste pas de vaccin à part pour la typhoïde (en cas de voyage en zones endémiques) et pour la
paratyphoïde (se fait uniquement chez le militaires), ainsi que pour le choléra.
.
3) Déclaration obligatoire
Les organismes auquel il est nécessaire de déclarer diffèrent selon les affections :
• CLIN (Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales) : OBLIGATOIRE pour les entérobactéries multi-
résistantes (résistantes aux C3G et/ou aux carbapenèmes).
• ARS (Agence Régionale de Santé) : OBLIGATOIRE pour les TIAC, les cas de fièvre typhoïde et paratyphoïde,
de choléra, de peste.
• Santé Publique France (anciennement appelée InVS) : SHU (sont signalés par les pédiatres : ce ’est pas
une vraie déclaration obligatoire).
A retenir
• Diarrhées infectieuses par a ue d’h gi e
o Syndrome cholériforme : E. coli (divers), V. cholerae eau , …
o Syndrome dysentériforme : Shigella (homme), Salmonella œuf , Campylobacter (volaille),
Yersinia (porc), E. coli dive s , …
o Syndrome hémolytique & urémique : E. coli steak hach peu cuit, lait c u, … .
• Diagnostic microbiologique de diarrhées infectieuses :
o Diarrhée : coproculture ± hémoculture.
o Syndrome hémolytique et urémique : recherche par PCR des gènes stx et eae à pa ti d’u
prélèvement de selles.
.
Les toxi-infections alimentaires collectives - TIAC

Toxi-Infections Alimentaires Collectives ou TIAC = apparition d’au oi s deu as si ilai es d’u e
symptomatologie, en général gastro-intestinale, dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire.
Cela peut être intrafamilial.
C’est u e aladie à déclaration obligatoire.
Enquête épidémiologique : i te ogatoi e / cli i ue/ eche che de l’ali e t i c i i .
I) Epidémiologie
En 2013, en France :
• 1346 foyers de TIAC déclarés en France.
• 10 602 personnes touchées.
• 6% hospitalisés.
• 2 décès.
Dû à :
• 28% repas familiaux.
• 39% restauration commerciale.
• 33% restauration collective.
II) Principaux agents responsables

Les différents responsables de TIAC ont différents modes d’actio :
• Action invasive dont les responsables sont :
o Salmonelles avec Salmonella enterica E te itidis ue l’o et ouve da s les œufs et p oduits
dérivés (mousse chocolat, pâtisseries, mayonnaise), et Salmonella enterica T phi u iu ue l’o
retrouve dans les viandes (steaks hachés de œuf co gel s et volaille.
o Shigella.
o Campylobacter.
o Yersinia.
• Action cytotoxique dont les responsables sont :
o Vibrio parahaemotyticus.
• Action entéro-toxinogène dont les responsables sont :
o Staphylococcus aureus u’o et ouve da s le lait et les produits laitiers, dans les plats ayant
nécessité des manipulations.
o Bacillus cereus présentes dans les céréales (salade de riz).
o Clostridium perfringens dans les plats en sauce.
o Clostridium botulinum.
Les diff e ts odes d’actio jouent dans le délai d’appa itio des s ptô es.
III) TIAC à action invasive
1) TIAC à salmonelle mineure
Cette toxi-i fectio p ovie t de la co so atio d’œufs, de via des ou volailles co ta i s.
a) Physiopathologie
L’i cu atio est longue, 12 à 36 heures. Les symptômes sont :
• Diarrhée non sanglante.
• Douleurs abdominales.
• Fièvre élevée (39°C).
• Nausées et vomissements.
b) Diagnostic
Par la coproculture (culture bactériologique des selles).
FGSM3 Lyon Est Les Toxi-Infections Alimentaires Collectives – TIAC Page 1 sur 7 Page 143
.
2) TIAC à Campylobacter
Cette toxi-infection provient de la consommation de volailles contaminées.
a) Clinique
L’i cu atio est longue : 2-5 jours.
Les symptômes sont :
• Entérite.
• Sang dans les selles (car action invasive)
• Fièvre.
• Douleur.
b) Diagnostic
Via la coproculture (croissance difficile et conditions de culture particulières car cette bactérie est micro-
aérophile).
3) TIAC à Yersinia enterocolitica

Cette toxi-infection provient de la consommation de viandes de porc contaminées.
a) Clinique
L’i cu atio est longue : 3 à 7 jours. Les symptômes sont :
• Syndrome pseudo appendiculaire.
• Fièvre modérée.
• Nausées, vomissements.
• Diarrhées.
b) Diagnostic
Via la coproculture.
4) TIAC à Shigella
L’ho e est le seul ése voi
a) Clinique
L’i cu atio est longue, 1 à 3 jours. Les symptômes sont :
• Syndrome dysentérique.
• Fièvre élevée (39°C).
• Vomissements.
b) Diagnostic
IV) TIAC à action cytotoxique – Vibrio parahaemolyticus

Cette toxi-infection provient des poissons ou de fruits de mer contaminés crus ou insuffisamment cuits.
1) Clinique
L’i cu atio est de 12-24H. Les symptômes sont :
• Diarrhée aqueuse.
2) Diagnostic
.
V) TIAC à action entérotoxinogène

La toxinogenèse peut avoir lieu :
• Da s l’ali e t :
o Staphylococcus aureus.
o Bacillus cereus.
• Dans la lumière intestinale :
o Clostridium perfringens.
1) TIAC à Staphylococcus aureus

a) Source
• Plats préparés, manipulés, contaminés par le cuisinier.
• Crèmes glacées, pâtisseries, pâtés, salades composées, produits laitiers.
b) Clinique
L’i cu atio est courte : 2 à 4 heu es. C’est la « maladie des banquets » lo s d’u a iage la pi ce o t e
est contaminée, 3h après tous les invités vomissent). Les symptômes sont :
• Nausées et vomissements.
• Diarrhée liquide profuse non sanglante.
• PAS de fièvre.
c) Diagnostic
PAS de cop ocultu e, ais eche che de la p oductio de to i es da s les vo isse e ts et da s l’ali e t.
2) TIAC à Bacillus cereus

La bactérie est un bacille à Gram positif qui peut produire deux entérotoxines :
• Thermostable : vomissements et incubation : 1-6H.
• Thermolabile : diarrhées et incubation : 6-12H.
a) Source
• Céréales (salade de riz).
• Volailles, …
b) Clinique
• Fébricule.
• Nausées, vomissements.
c) Diagnostic
Isolement de B. cereus dans les aliments.
3) TIAC à Clostridium perfringens

Clostridium perfringens : c’est u e act ie spo ul e the o sista te. O peut se co ta i e pa
l’i gestio de via des e sauces co ta i es. L’i cu atio est de 9 à 15h. Elle cause des e t ocolites c osa tes
avec les souches de type C.
Ses habitats sont la terre, les eaux, les égouts, ... On le retrouve également dans le côlon (20 à 35% de
porteurs) et dans les sécrétions vaginales.
C’est u acille anaérobie sporulé, G a positif, β-hémolytique. Ces spores sont thermorésistantes. Il
peut produire 12 toxines identifiables :
• To i e α : une phospholipase qui détruit la membrane cytoplasmique des cellules eucaryotes.
• Entérotoxine : thermolabile et responsable de toxi-infections alimentaires.
Il est espo sa le d’i fectio s tissulai es plaies suppuratives) et de TIAC (7%).
.
a) Infections tissulaires
• Gangrène gazeuse myonécrose (mortalité +++) :
o Plaie profonde souillée (guerre, accident, contamination chirurgicale à partir du tube digestif,
avortement septique).
o Transformation de la spore en bactérie (germination).
o Evolution rapide en 1 à 3 jours.
o Dégradation des tissus avec dégagement gazeux : crépitation sous-cutanée (on entend la plaie
crépiter quand on rentre dans la chambre).
o Nécrose nauséabonde, avec décollement sous cutanée.
o Signes généraux : fièvre, choc septique.
• Septicémies après avortements clandestins.
Le diagnostic de la gangrène est avant tout clinique. Mais on peut faire :
• Prélèvements : pus, biopsies, hémocultures.
• Examen direct sur pus : bacille Gram positif rarement sporulé.
• Culture sur pus, sang :
o Rapide à 37°C en anaérobiose sur milieu gélosé.
o Très gazogène +++.
b) TIAC
Pourquoi ? Parce que la bactérie est thermorésistante et produit une entérotoxine.
Les sou ces so t les ali e ts i s, plats e sauce co ta i s. Il s’agit d’u e co ta i atio pa
négligence dans la préparation et stockage des aliments.
L’i cu atio o e e est de 9 à 15h. Les s ptô es so t li s à la p se ce de to i es :
• Dia h e a ueuse pas d’h aties i de glo ules la cs .
• Douleur abdominale.
• Nausée.
• Pas de fièvre.
• Pas de vomissement.
La résolution est spontanée en 12 à 24h.
Le diag ostic se fait pa la cultu e de l’ali e t suspect.
c) Les traitements
• Pour TIAC : traitement symptomatique.
• Gangrène gazeuse urgence +++ :
o Nettoyage chirurgical URGENCE : enlever TOUTE la nécrose et TOUS les tissus à risque de nécrose
o Débridement des plaies
o Oxygénothérapie hyperbare.
o Sérovaccination antitétanique si nécessaire.
o Antibiothérapie selon la localisation de la gangrène.
La prévention passe par un parage des plaies et une bonne désinfection des plaies.
.
4) TIAC à Clostridium botulinum

Clostridium botulinum : c’est u e bactérie sporulée thermorésistante. On peut se contaminer en
a gea t le co te u de co se ves, salaiso , p oduits fu s co ta i s. L’i cu atio est de 12 à 36H. Elle est
responsable de botulisme : symptomatologie neurologique.
C’est u acille anaérobie sporulé à Gram positif dont les spores sont aussi thermorésistantes.
Il fait pa tie des flo es co e sales des a i au et de l’ho e et est gale e t p se t da s
l’e vi o e e t. La contamination se fait par une mauvaise stérilisation de conserves familiales ou autres
préparations : jambon, saucisson. Du fait de la grande thermorésistance des spores (3-5h à 100°C), pour stériliser
l’ali e t il faut le fai e chauffe 10 i à 120°C.
Il y a plusieurs toxines botuliques : 7 variétés antigéniques (A à G dont A aux USA et B en France). Ces
toxines résistent au pH intestinal et aux enzymes du tube digestif mais est détruite par le chauffage pendant 15
min à 120°C. Ce sont des thermolabiles puissantes :
• 1 mg peut tuer 31 millions de souris.
• 200 g la population mondiale mais difficile à contrôler !
• Agent de bioterrorisme : toxine A.
La contamination se fait par voie exogène directe (jambon artisanal ++) ou indirecte (spores dans plaie :
toxicomanes IV).
La toxine agit sur les synapses ayant l'acétylcholine et entraîne la dégradation des protéines des vésicules
d’ac t lcholi e e p cha t leu li atio . Elle est do c espo sa le de paralysie flasque. On aura aussi une
sécheresse buccale, pa e e ple, ca il au a i hi itio de l’ac t lcholi e du système nerveux autonome. Cette
toxine purifiée et diluée est utilisée en chirurgie esthétique et en neurologie. Botox = neurotoxine A purifiée et
diluée.
Il y a trois formes de botulisme :
• Botulisme alimentaire : ingestion de toxines préformées dans l’ali e t co ta i .
• Botulisme infantile : botulisme du nourrisson : formation endogène de toxine botulique après
ge i atio , da s l’i testi , de spo es i g es iel co ta i su t ti e i e o .
• Botulis e d’i o ulatio : toxi-infection par production de toxine botulique à partir de plaies contaminées
(rare).
a) Le botulisme alimentaire
La clinique est :
• I gestio d’ali e ts co ta i s.
• I cu atio de 12 à 36 H jus u’à jou s .
• On observe des troubles digestifs : vomissements.
• Puis une paralysie : diplopie e g al ce sig e pe et le diag ostic ca les uscles i t i s ues de l’œil
’acco ode t plus ie , ptosis, d sphagie, t ou les de déglutitio , ela va e s’éte da t à des
paralysies de la racine des membres.
• Il y a aussi des troubles sécrétoires : tarissement des sécrétions.
• Mais pas de fièvre.
• Le risque est la mort par asphyxie (paralyse des muscles intercostaux).
L’ volutio est heu euse e t favo a le e F a ce s ot pe B .

Le diagnostic est clinique (++), sinon il existe des laboratoires spécialisés.
Diagnostic bactériologique par le Centre National de Référence :
• Recherche de la toxine dans le sérum, présente à partir du 2ème jour et persiste 2-3 semaines.
• Reche che de la to i e da s l’ali e t.
• Recherche du pouvoir létal → souris qui peut être protégée par un antisérum spécifique (on injecte le
sérum à la souris et on regarde si elle meurt ou non).
.
b) Traitement
• Traitement symptomatique +++.
• Sérothérapie :
o Sérum trivalent A, B et E (utilisation précoce).
o Neutralisation des toxines circulantes.
o Aucun effet sur les toxines intra-neuronales.
• Vaccination :
o Anatoxines A, B, C, D et E.
o Pour le personnel de laboratoire ou les militaires exposés.
Le traitement antibiotique est controversé.
C’est u e aladie à déclaration obligatoire. La prévention passe par des mesures d'hygiène alimentaire :
• Respect de la chaîne du froid.
• Eviter le miel chez les enfants < 1 an.
• Respect de gles co ce a t l’a attage du tail.
• Conservation et transport de la viande à basse température.
• Précaution lors de la réalisation des charcuteries artisanales, conserves.
• Décontamination des objets souillés.
A retenir sur le botulisme

• Clostridium botulinum = bactérie tellurique.
• Intoxication alimentaire.
• Blocage par la toxine de la synapse motrice entrainant une paralysie.
• Diagnostic clinique : vomissement puis diplopie, dysphagie, paralysie généralisée.
• Bactériologie : recherche de toxines dans les selles et le sérum dès J2.
• D cla atio o ligatoi e à l’ARS.
• Prévention : préparation des aliments à 120°C pendant 15 min.
VI) Conduite à tenir face à une TIAC

Il faut réhydrater le malade avec administration +/- d’u a ti ioti ue selo la act ie.
Lo s d’u e d cla atio o ligatoi e à l’ARS : on recherche tous les cas, et on fait un rappel de lot.
A retenir sur les TIAC

• Toxi-Infection Alimentaire Collective.
• Déclaration obligatoire.
• Principaux agents responsables :
o Salmonelle non Typhi.
o Staphylococcus aureus.
o Bacillus cereus.
o Clostridium perfringens.
• Les plus graves :
o Listeria monocytogenes.
• Diagnostic : recherche de la bactérie ou recherche de la production de toxines selon les cas.
• Traitement : réhydration +/- ATB.
• Hygiène alimentaire ++++++.
.
• Bact ies a a o ies p se t da s l’e vi o e e t et flo e hu ai e

• Infections diverses, favorisé par diminution de la O2 tissulaire
• Diversité des bactéries anaérobies : Clostridium perfringens,
Bacteroides fragilis….
Bactéries anaérobies • Prélèvements spéciaux permettant le i i u de o ta t ave l’ai
• G a positif se si le à l’A o icilli e, G a gatif au t o idazole
et P icilli e + i hi iteu de β-lactamases
• Résistance naturelle aux aminosides et quinolones
• Bactérie tellurique
• Plaie bénigne à sévère chez patient non/mal vacciné
• Toxine bloque la synapse de la voie inhibitrice entrainant des
contractures douloureuses spontanées et provoquées
• Diagnostic clinique : trismus puis contractures généralisées
• Bactériologie : a se ce d’a tico ps a ti-tétanospasmine
Tétanos • Traitement curatif en réanimation/préventif
• Symptomatique
• Parage des plaies
• Vaccination/sérothérapie gammaglobuline spécifique
• Antibiothérapie (CF fiche infections anaérobies)
• D cla atio o ligatoi e à l’ARS
• Bactérie tellurique
• Intoxication alimentaire > toxicomanie IV
• Toxine bloque la synapse motrice entrainant une paralysie
• Diagnostic clinique : vomissement puis diplopie, dysphagie, paralysie
Botulisme généralisée
• Bactériologie : recherche de toxine dans les selles et le sérum dès J2
• Traitement symptomatique
• D cla atio o ligatoi e à l’ARS
• Traitement prophylactique : préparation des aliments 120°C 15 min
• Flore endogène, minoritaire sauf si p ise d’a ti ioti ues
• Entérotoxine A et cytotoxine B, cytotoxique, produites uniquement à
forte densité bactérienne
• Diarrhée et colite pseudomembraneuse uniquement post
antibiothérapie
• Diagnostic clinique + coloscopie
• Diagnostic microbiologique : toxines dans les selle par technique
immunologique, g e coda t ces to i es pa PCR ou ≥ 103 C. difficile/g
Clostridium difficile de selle
• Traitement curatif
• Arrêt des antibiotiques
• Métronidazole, Fidaxomicine, ou vancomycine per os
• Traitement préventif
• Isolement du patient, lavage des mains avec savon antiseptique
(spores résistantes aux solutions hydro-alcooliques)
• Déclaration au CLIN
• Présent dans colon et égout, terre etc.
• Bacille G a + β-hémolytique
Clostridium • P oduit to i e α + entérotoxine
Perfringens • Clinique : gangrène gazeuse sur plaie sale
• Traitement : mise à plat chirurgical + antibiothérapie
• Prévention : parage des plaies + antibioprophylaxie
.
Au cas où t’aurais pas rete u le traite e t d’u e i fectio digestive post-antibiothérapie à C. difficile
« Tu sais... tu sais ce que j’ai remarqué ? Personne ne panique quand tout se déroule selon
le plan. Et ceci même si le plan est affreux. Si demain soir je dis à la presse que, un brigand va se
faire descendre ou qu’un fourgon chargé de soldat va exploser... personne ne panique. Parce que
tout ça, ça fait parti du plan. Mais si je dis qu’un, malheureux petit maire va mourir. Alors là...
tout le monde s’affole ! On entrouvre la porte à l’anarchie, on bouscule l’ordre établi et très vite le
chaos le plus total règne. Et moi j’annonce le chaos... et tu sais ce qu’il a pour lui le chaos ? ... Il
est impartial ! »
The Dark Knight: Le Chevalier noir, le Joker à Harvey Dent.
Page 150
Helicobacter Pylori
I) Introduction
Cette bactérie fut découverte en 1907 par Krienitz. Elle fut initialement baptisée Campylobacter pylori
(Warren et Marshall, 1982).
Il s’agit d’u e bactérie spiralée, micro-aérobie é essite u lége appo t d’O , e su vit pas e ilieu
anaérobie ni en milieu hyper-oxygéné). Elle est commensale des muqueuses, et se trouve exclusivement dans le
mucus gastrique.
La seule espèce pathog e pou l’ho e da s la fa ille des Helicobacter est H. pylori.
1) Transmission
C’est u e a té ie spé ifi ue de l’esp ce hu ai e. La t a s issio i te hu ai e est possi le d s l’e fa t
en bas âge :
• Liquide gastrique : vomissements – régurgitations.
• Voie fécale-orale.
La transmission se fait à partir de malades ou de porteurs sains. Le taux de colonisation est le plus bas
dans les pays les mieux développés (20 à 25% en France).
La t a s issio t s fo te e t fa iliale, à tel poi t u’o a pu fai e de la phylogéographie à partir du
g o e d’H. pylo i et ouv chez diff e tes populatio s oi es d’Af i ue et d’A i ue, et e o te les o igi es
de population immigrées plusieurs siècles auparavant.
2) Physiopathologie
Le mucus gastrique est normalement très acide. Helicobacter pylori a développé une résistance contre
ette a idité g â e à u e e zy e, l’uréase. Elle est responsable (grossièrement) de la réaction [urée ➔ NH3].
Les NH , asi ues, vo t ta po e l’a idité gast i ue et pe ett e le développe e t d’H. pylori.

Une fois que le développement bactérien est permis, H. pylori va attaquer la paroi digestive :
1. Adhésion.
2. Sécrétion de cytotoxines.
3. Réaction inflammatoire locale.
4. Destructio de l’épithéliu = Ulcère gastroduodénal (UGD). A ce stade on peut avoir des hémorragies de
volumes plus ou moins importants, par atteinte des micro-vaisseaux.
5. Prolifération cellulaire compensatrice, qui à terme peut devenir néoplasique.
1) Ulcère gastroduodénal
• Défini anatomiquement.
• Pe te de su sta e i te o pa t la pa oi gast i ue, au oi s jus u’à la us uleuse.
• Cicatrisation par ré-épithélialisation sur un bloc scléreux ➔ Sclérose / Fibrose.
2) Processus multi-étapes
Parmi les infectés à Helicobacter pylori qui ont contracté une gastrite chronique :
• 25 % subiront une atrophie tissulaire.
• 8 % subiront une métaplasie intestinale.
• Et entre 0,5 – 2,0 % contracteront une dysplasie / cancer.
FGSM3 Lyon Est Helicobacter pylori Page 1 sur 2 Page 151

.
3) Chronologie
1. Gastrite : inflammation de la muqueuse gastrique.
2. Maladie ulcéreuse (autrefois considérée comme psychosomatique) : on a une fragilisation de la
u ueuse ui va deve i se si le à l’a ide. A e stade, l’é adi atio de H. pylori permet de guérir la
maladie.
3. Cancer gastrique : première bactérie associée au cancer chez l’ho e RR a e si i fe tio = , .
4) Lymphome gastrique du MALT = Maltome

Le pronostic de ce cancer a été transformé avec la découverte de H. pylori. Il équivaut à 3% des tumeurs
malignes gastriques. Il peut être séparé en deux types (petites ou grandes cellules) dont les caractéristiques ne
sont pas à retenir.
III) Diagnostic
1) Méthodes non-invasives
• La sérologie : a l’i o vé ie t de este positive plusieu s ois ap s l’é adi atio .
• La recherche d’a tig es da s les selles : les tests sont assez récents, et pas encore recommandés dans
la o fé e e de o se sus f a çaise. Elle epose su le p i ipe de l’i u o h o atog aphie.
• Le test respiratoire ou test de l’uréase : on fait avaler au patient de l’u ée a uée au Ca o e 13 (13C –
Urée , ui se a hyd olysée pa l’u éase de H. pylori, entraînant la formation de 13CO2. Le dioxyde de
carbone marqué passera dans le sang, et via la membrane alvéolo-capillaire, dans le contenu expiratoire
(30 minutes après ingestion).
Le test espi atoi e est i di ué e as d’e dos opie o i te p étée / o éalisa le, de fai le de sité
a té ie e, ou da s le suivi d’u t aite e t d’é adi atio de la a té ie.
2) Méthodes invasives
• Biopsie lors d’u e e doscopie : permet un examen de la gastrite + recherche de complications : atrophie,
métaplasie intestinale, lymphome, cancer.
Sa principale limite est sa faible sensibilité si on a peu de bactéries. On effectue ensuite :
• Un examen anatomopathologique : mise en évidence bactérienne par une coupe au niveau de la
muqueuse
• U test apide à l’u ée = Clotest, e he he d’u e odifi atio du pH
• Une culture sur milieu spécifique appauvrie en O2 (micro-aérophilie) ➔ long délai et cultures délicates à
ett e e pla e, d’où l’utilisatio de la PCR.
• PCR +++ : Helico DR est le nom du test qui en plus de rechercher le génome bactérien va aussi rechercher
certains mécanismes de résistance aux antibiotiques !
IV) Traitements
1ère intention = quadrithérapie : Inhibiteur de la Pompe à Protons (IPP) + PYLERA® (= tétracycline + métronidazole
+ bismuth) pendant 10 jours.
Ou traitement séquentiel :
• 5 premiers jours.
• amoxicilline + IPP 5 jrs.
• puis IPP + clarithromycine + métronidazole 5 jrs.
Co t ôle de l’é adi atio est systé ati ue ap s se ai es d’a t des ATB et j s d’a t des IPP.
Quand rechercher ?
Pas de recherche si patient asymptomatique ou si RGO et dyspepsie (sauf si explorée par endoscopie).
Recherche si : ulcère, MALT, AINS et aspirine, prévention du cancer gastrique
FGSM3 Lyon Est Helicobacter pylori Page 2 sur 2 Page 152

.
UE 18 – Les infections digestives et urinaires – V. ESCURET-PONCIN
Les virus des gastroentérites

I) Les gastroentérites virales
• Un des premiers motifs de consultation en médecine et principalement en pédiatrie.
• Morbidité élevée (beaucoup d’i fectio s osoco iales :
o Pays en voie de développement : > 500 000 décès /an chez les enfants < 5 ans.
o USA : 70 000 hospitalisations /an et 20 à 60 décès /an.
o France : 18 000 hospitalisations /an et 7 à 20 décès /an.
• Impact économique important.
• Les vi us so t à l’o igi e de plus de la moitié des cas de gastro-entérites (GE) (autres étiologies : bactéries
ou parasites).
Structure des principaux virus des GE : ce sont tous des virus nus, donc résistants dans le milieu extérieur :
Leur nom provient à l’o igi e de leu aspect e ic oscopie lect o i ue à t a s issio (cf images ci-dessous)
Reoviridae - Rotavirus (ARN) Caliciviridae – Norovirus et Sapovirus (ARN)
➔ Vaccin ➔ Norovirus : 2ème cause de GE chez les enfants
Astroviridae – Astrovirus (ARN) Adenoviridae – Adenovirus 40 et 41 (ADN)

➔ Moins fréquent
II) Epidémiologie
• Les virus sont nus donc résistants dans le milieu extérieur et aux
agents de désinfection (chlore, ozone, UV).
• La transmission est fécale-orale (environnement souillé, mains
sales).
• Ce sont des virus avec une infectivité élevée : 10 à 100
particules virales suffisent.
• Il y a une grande quantité de virus dans les selles (1010 virus /ml de selles).
• La fo te p vale ce de ces vi us ai si ue leu sista ce e t ai e t d’i po ta ts is ues d’i fectio s
nosocomiales, surtout en pédiatrie. Les épidémies ont lieu en hiver surtout (mais pas seulement).
FGSM3 Lyon Est Les virus des gastroentérites Page 1 sur 4 Page 153
.
1) Reoviridae – Rotavirus
Principale étiologie de gastro-entérite virale :
• Touche surtout les enfants entre 6 mois et 2 ans, les immunodéprimés et les personnes âgées. Réservoir
vi al chez l’a i al.
• 90% des enfants de 3 ans ont des anticorps.
• Principale cause d’hospitalisatio des ou isso s.
• 1ère cause d’i fectio s osoco iales p diat i ues.
• Principale cause d’hospitalisatio des ourrissons → engorgement des hôpitaux
I cu atio d’e vi o 2 jou s.
SC : diarrhées + vomissements + fièvre qui durent environ 5-6 jours.
2) Caliciviridae – Norovirus et Sapovirus

Norovirus :
• 2ème age t tiologi ue des GE hive ales chez l’e fa t. Réservoir animal.
• Agent majeur des épidémies brutales des GE dans les collectivités (de tous âges).
• Incubation assez courte.
• SC : apparition brutale de vomissements + diarrhées qui durent 1 à 3 jours.
Sapovirus :
• Plus rare.
• Enfants (crèches) et personnes âgées.
• SC : signes plus modérés -> souvent que des diarrhées sans vomissements.
Transmission : par consommation d’eau et co uillages souillés ou de personne à personne
3) Astroviridae – Astrovirus
• Gastro-entérites :
o Infantiles communautaires.
o Dans les collectivités.
o Personnes âgées et ID.
• SC : symptomatologie modérée en général -> diarrhées pendant 2-3 jours, vomissements, fièvre modérée.
4) Adenoviridae – Adénovirus 40 et 41
• Incubation environ 10 jours.
• SC : symptomatologie plus longue et plus sévère ➔ dure 5-15 jours environ :
o Vomissements (dans 80% des cas).
o Diarrhée + fièvre (dans 40% des cas).
o Signes respiratoires (dans 20% des cas).
o Des cas d’i vagi atio i testi ale aiguë o t t d c its.
III) Clinique
Donc il faut retenir que la gastro-entérite est une maladie à début brutal avec :
• Des diarrhées aqueuses (pas de sang ou de mucus).
• Des vomissements.
• Des douleurs abdominales.
• Une fièvre possible.
• Une déshydratation et des troubles hydro-électrolytiques.
• Une irritabilité.
• Une anorexie.
• La GE est de courte durée en général (<7 jours), sauf pour les adénovirus (plus long : 10 jours).
Il existe de nombreuses formes asymptomatiques ou modérées.
.
Virus Durée moyenne Signe clinique + leur durée moyenne Durée moyenne
d’i cu atio d’e o atio
Rotavirus 1-2 jours Vomissement + diarrhée + fièvre 10 jours
5-6 jours
Caliciviridae (Norovirus) 1-2 jours Apparition brutale de vomissement ± diarrhée 3 jours
24-48 heures
Astrovirus 24-36 heures Signes cliniques modérés 12 jours
2-3 jours
Adénovirus 8-10 jours Vomissement + diarrhée + fièvre, 5-15 jours 10 jours
Chez l’i u od p i , les i fectio s pa virus responsables de GEA peuvent devenir persistantes voire
chroniques chez les sujets greffés ou transplantés.
IV) Diagnostic
Le diagnostic virologique ’est pas alis e g al
sauf dans les cas graves et pour la surveillance
épidémiologique.
On fait du diagnostic direct sur prélèvement de selles.
L’ide tificatio du vi us e cause e cha ge pas la p ise e
charge, sauf dans le cas des patients ID.
On peut utiliser les tests ELISA et les techniques
d’i u och o atog aphie pou les Rotavi us et les
Adénovirus. Pour les Norovirus et les Astrovirus la PCR est
privilégiée (plus sensible). En pratique dans les laboratoires de
virologie hospitaliers, ces virus sont tous recherchés par PCR.
V) Traitement et prévention
Traitement :
• Il ’ a pas de traitement antiviral spécifique.
• Le traitement est symptomatique = réhydratation :
o Par voie orale
▪ Soluté de réhydratation orale (SRO) (sodium-glucose) environ 60mL toutes les 20-30
minutes.
▪ Systématique.
▪ Le nourrisson ne connait pas la soif.
o Par voie intraveineuse :
▪ Si perte de poids > à 10% du poids du corps.
Prévention : hygiène +++ (lavage des mains).
Il existe 2 vaccins contre les rotavirus.
VI) Rotavirus et vaccination

1) Structure du rotavirus
ARN génomique bicaténaire en 11 segments : réassortiment génétique possible.
Capside icosa d i ue fo e d’u e triple couche de protéines :
• Couche externe = VP7 + spicules de VP4.
• Couche intermédiaire = VP6.
• Couche interne = VP2.
3 principales protéines antigéniques : VP4, VP6 et VP7.
• La couche VP7 co espo d à l’Ag de eut alisatio spécificité G = 14 génotypes).
• VP4 co espo d au p ot i es d’attache e t spécificité P = 20 génotypes).
• VP6 va permettre de coder pour des groupes : A à G et de les classer.
Donc il existe un grand nombre de variants de Rotavirus. Le vaccin correspond à certains de ces virus.
.
2) Rotavirus – Physiopathologie et traitement

• U e fois da s l’i testi g le le vi us cha ge et devie t i fectieu pou les villosités, les protéines médient
alo s l’i vasio des cellules hôtes et la réplication du génome viral.
• Il suffit de moins de 10 particules virales pour déclencher la maladie.
• La GE se t aduit pa u e attei te des cellules de l’ pith liu i testi al.
• La multiplication est rapide : en 24h, 10 particules virales deviennent des millions.
• Les cellules intestinales sont tuées par les protéines et toxines virales : diarrhée sécrétoire.
• O et ouve u e des ua atio de l’ pith liu i testi al ➔ flu de li uide et d’ lect olyte.
• Sans traitement :
o U e fa t peut pe d e jus u’à 10% de son poids.
o Etat de choc en 2 jours.
• Réhydratation par soluté de réhydratation orale.
• Si su vie à l’i fectio : d veloppe e t d’u e i u it atu elle.
• Le vaccin vivant atténué imite cette immunité naturelle en permettant la production d’IgA
3) Rotavirus – Vaccination
La vacci atio co t e les otavi us ’appa aît pas su le cale d ie vacci al e F a ce ca o co sid e ue
les o e s de p ise e cha ge h d atatio … so t suffisa ts.
Le vaccin a été recommandé initialement par le HCSP (29.11.2013) mais suite à plusieu s cas d’i vagi atio s
intestinales post-vaccination et à 2 décès, le HSCP ne recommande plus ces vaccins (avis du 21.04.2015).
• Vaccins vivants atténués, par voie orale : immunisation active.
• Chez le nourrisson à partir de 6 semaines.
• ROTARIX® : vaccin à 2 et 3 mois.
• ROTATEQ® : vaccin à 2, 3 et 4 mois.
• Ces vaccins confèrent une protection > à 85% vis-à-vis des infections sévères à Rotavirus.
• Effets secondaires mineurs et invagination intestinale ➔ bien prévenir les parents de ce risque (si
l’e fa t pleu e, e a ge pas, il faut pe se à ce is ue d’i vagi atio i testi ale pour commencer une
prise en charge rapidement. Souvent l’invagination est réduite par simple lavement)).
Pour information :
Rotateq® (Sanofi Pasteur MSD)

Vaccin pentavalent: 5 virus réassortants humain-bovins
Rotarix® (GSK)
Vacci o ovale t viva t atté ué issu d’u e souche hu ai e G1P[8]
A retenir
• Virus nus résistants da s l’e vi o e e t.
• Transmission fécale-orale indirecte et de personne à personne.
• Tropisme intestinal : malabsorption et diarrhées sécrétoires.
• Vomissements, diarrhées, ± fièvre.
• Diagnostic clinique, virologique (cas graves ou épidémies) : détection antigène ou génome.
• Rotavirus : enfants avant 2 ans surtout, immunodéprimés et personnes âgées, épidémies hivernales.
Morbidité et mortalité importante dans les PVD.
• Norovirus : tous les âges.
• Astrovirus : symptômes plus modérés, communautés enfant et personnes âgées.
• Adénovirus 40-41 : enfants surtout.
• Traitement : solutés de réhydratation orale.
• Prévention :
o Lavage des mains.
o Vaccin contre les rotavirus.
.
Les infections
sexuellement
transmissibles
 A. TRISTAN ; T. PERPOINT
Décloisonné → NE SERA PAS REVU EN FASM 1 ! Tombera aux partiels de DFGSM 3 & DFASM 1
• N° 158 → Infections sexuellement transmissibles (IST) : gonococcies, chlamydioses, syphilis,
papillomavirus humain (HPV), trichomonose
o Diagnostiquer et traiter une gonococcie, une chlamydiose, une syphilis récente et
tardive, une infection génitale à HPV, une trichomonose
o Connaître les principes de la prévention et du dépistage des IST, notamment chez les
partenaires.
o Connaître les principes de prévention et dépistage des infections à HPV, frottis et
vaccination.
Page 157
SOMMAIRE
Généralités sur les IST – p. 157 Bactéries des écoulements – p.
I) Défi itio 159
II) Epidé iologie I) Neisseria go orrhoeae
III) Pri cipau age ts i fectieu II) Chla dia tracho atis D-K
IV) Classificatio cli i ue III) M coplas e gé itau
Bactéries des ulcérations – p. 165 Schémas bilans – p. 172
I) Trepo e a pallidu - S philis
II) Hae ophilus ducrevi
III) Chla dia tracho atis L
IV) Dépistage des IST
Page 158
UE 18 – Les infections sexuellement transmissibles – T. PERPOINT et A. TRISTAN
Généralités sur les IST

I) Définition
Les Infections Sexuellement Transmissibles sont les maladies transmises lors de rapports sexuels.
Le t pe d’i fectio d pe d du type de rapport (anal, vaginal, oral). De plus, entre homme et femme, la clinique
est différente.
Le problème majeur de ces infections est la stérilité. Il existe également des conséquences fonctionnelles,
un risque vital et un risque de t a s issio fœto-maternelle (la syphilis acquise pendant la grossesse a par
exemple un haut risque de mortalité chez le nouveau-né).
Les principaux symptômes apparaissent plutôt chez les hommes, alors que les femmes atteintes auront
plus un tableau asymptomatique.
Un des problèmes majeurs est le portage asymptomatique des agents pathogènes de ces maladies. En
effet, environ 80% des individus infectés ne déclarent pas de symptômes, mais sont contagieux et peuvent
également développer des symptômes par la suite (pour des raisons inexpliquées, les symptômes peuvent se
d cla e de a i e ta dive, ou pas du tout, ie ue l’i dividu soit po teu . D’où la cessit du dépistage, qui
est t s i po ta t d’u poi t de vue de santé publique.
II) Epidémiologie
Selo l’OMS, o dé o e 499 illio s de ouveaux as d’IST gué issa les ha ue a ée. De plus, on
assiste à une bouffée épidémique en Occident. L’e positio à ces age ts pathog es peut t e favo is e pa
certaines situations à risque : l’ho ose ualit , le multi partenariat et la prostitution.
Il ne faut pas considérer certains propos de ce cours comme stigmatisant, notamment concernant les
o ie tatio s sexuelles et p ati ues pe so elles de ha u . E effet, il s’agit i i de d i e les faits d’u poi t de vue
médical dans des buts diagnostiques et thérapeutiques. En outre il est important en consultation de savoir parler
de es p o l ati ues ave le patie t, tout o e il est i po ta t da s d’aut es pathologies d’ vo ue les
consommations de toxiques, drogues, etc.
Il ’ a plus de déclaration obligatoire pour toutes les IST sauf pour l’hépatite B aigue, A et le VIH.
Cepe da t, les seau de la o atoi es fo t de l’ pid iologie afi de savoi ce u’il se passe à l’ chelle f a çaise
et au niveau de la résistance des souches.
Aujou d’hui, il se le ue le o e de patie ts attei ts augmente e ati e d’IST ; cela peut être lié à
l’aug e tatio de la p ise de is ue, ais aussi de la thodologie de diag ostic ui se p cise : on trouve plus
de cas. Les hommes homo- et ise uels so t plus ci l s pa cette aug e tatio . E out e, la p ve tio ’est pas
toujours mise en place. Par exemple, l’utilisatio du p ése vatif pou les appo ts o o-génitaux tourne autour de
3 %, o c’est la ase de la t a s ission du gonocoque et de la syphilis (portage pharyngé, on revoit ça plus tard).
NB : les professeurs nous ont parlé du « chem sex » sexe hi i ue . C’est l’a s à des p ati ues sexuelles
sous-produits, d ogues, utilis s seul, e ouple ou à plusieu s. C’est une préoccupation de santé publique car ces
p ati ues aug e te t le is ue des i fe tio s. Ce i se d o atise depuis g â e à l’a iv e de p oduits de
synthèse, et tend vers une banalisation de leur utilisation. On voit ainsi naitre des « centres de santé sexuelle »
pour répondre à cette nouvelle problématique.
Le ut de es p oduits est de se d si hi e , de fa ilite les elatio s et d’avoi a s à de ouvelles se satio s.
Les produits utilisés peuvent être par exemple la LSD, des amphétamines (psychédéliques et stimulants), la
o aï e e fo e s iff e et i je ta le, la GHB d ogue du violeu , k ta i es… Le poppe s pa exe ple a des
propriétés myorelaxantes et vasodilatatrices. Celui- i va se fixe su l’h oglo i e duite et e s’e l ve pas,
pouvant ainsi entraîner une hypoxémie. Le patient peut présenter en consultation une cyanose.
L’utilisatio de es p oduits e t ai e des situatio s d’expositio à is ue.
FGSM3 Lyon Est Généralités sur les IST Page 1 sur 2

Page 159
III) Principaux agents infectieux

Les agents en gras sont à garder en tête.
• Bactériens :
o Neisseria gonorrhoeae (Gonocoque) o Mycoplasma hominis
o Chlamydia trachomatis L ou D-K (deux types o Mycoplasma genitalium (Mycoplasme)
entrainant 2 symptomatologies différentes) o Treponema pallidum (Syphilis)
o Ureaplasma urealyticum o Haemophilus ducreyi
• Parasitaires :
o Trichomonas vaginalis
• Fongiques :
o Candida albicans (pas toujours considéré comme une IST, car traiter le patient ne protège pas le partenaire)
• Viraux :
o VIH 1 et 2 (D2) o Papillomavirus (un diaporama est disponible sur
o VHB Claroline, et ce virus sera vu en gynécologie)
o HSV 1 et 2 o VHA VHC
La protection vaccinale est fortement conseillée dans les populations à risque, elle couvre :
• HPV papillomavirus : chez la fe e, et chez l’ho e ava t 26 a s chez l’ho ose uel
• Hépatite B : chez l’ho e et la fe e
• Hépatite A : vacci atio chez l’ho e ho ose uel suite à u e pid ie da s cette co u aut plus
de 1500 cas e Eu ope à l’ t 2017
IV) Classification au niveau de la clinique

Concernant la clinique, une classification est
proposée. Cependant, il est difficile en pratique de
classer certaines cliniques dans ce tableau-ci.
Les facteurs de risque à rechercher en

consultation sont :
• L’âge : entre 18 et 30 ans
• Le nombre de partenaires
• La situation : vie en couple
• L’o ie tatio sexuelle
7 principes fondamentaux à retenir :

1. Connaître les signes évocateurs génitaux et extra-génitaux
2. Idéalement, toute IST suspectée doit être confirmée bactériologiquement
o Intérêt épidémiologique
o Intérêt diagnostic et thérapeutique
3. Reco aît e u e IST c’est pose la uestio de l’e iste ce de l’aut e pa te ai e
4. Le traitement anti i fectieu d’u e IST est insuffisant
o R gles d'h gi e de vie vite d’aut es i fectio s : conseils en prévention, peut-être
médicamenteuse comme par exemple la « prep », antiviral pris avant rapport pour éviter le VIH)
o Contrôle de guérison +++
o Dépistage des autres IST éventuellement associées +++
5. Toute IST découverte chez un enfant de moins de 15 ans est synonyme d’a us sexuel
6. Traitement sur site pour améliorer l’o se va e avec une offre de soin (création centre de dépistages et
centre de prévention de diagnostic des infections génitales, avec diagnostic et traitement anonyme)
7. Formes asymptomatiques ++++++ problème de santé publique
FGSM3 Lyon Est Généralités sur les IST Page 2 sur 2
Page 160
Bactéries responsables d’écoulement

I) Neisseria gonorrhoeae
1) La bactérie
C’est u cocci à Gram négatif, intra ou extracellulaire.
La bactérie est strictement humaine. Elle est fragile donc nécessite un transport rapide au laboratoire.
Elle est localis e au iveau des u ueuses g itale, ectale et pha g e. C’est u pathogène strict : sa présence
sig e la aladie. E effet, ie u’u e pe so e i fect e puisse t e symptomatique ou asymptomatique, on ne
parle pas de portage sain (car un patient asymptomatique peut déclarer des symptômes par la suite).
Le risque de contamination/transmission sexuelle après un contact de la partie infectée est de 0 % hez l’ho e
et de 50 à 90 % chez la femme.
Le portage pharyngé est très souvent asymptomatique, cependant, il est contaminant au même titre
u’au iveau g ital. Il est do c i po ta t de le t aite gale e t.
2) Physiopathologie
Le pathog e i fecte l’hôte pa adhésion, endocytose, multiplication puis exocytose au sein de la cellule.
Il est opsonisé par les phagocytes de notre système immunitaire et va entraîner une réaction inflammatoire.
Cependant, le pathogène va échapper au système immunitaire et persister da s l’o ga is e e l’a se ce de
t aite e t. Les diff e ces de s pto atologie e t e ho e et fe e peuve t s’e pli ue pa les différences
de mécanismes des réactions immunitaires (on rappelle que les hommes sont plus souvent symptomatiques) :
• Moindre production de cytokines pro-inflammatoires chez la femme pa appo t à l’ho e
• R epteu C R a se t de l’ pith liu u t al hez l’ho e
Ce r epteur est essaire à l’i ter alisatio du pathog e par les phago ytes. Ai si, e so a se e, le
go o o ue ’est pas internalisé. La réaction est donc bruyante da s l’ur tre as uli (pour rappel : C3R =
récepteur du complément). Au niveau anal et vaginal, le C3R est présent, donc le gonocoque est « caché » dans les
phago ytes, d’où le portage asy pto ati ue.
• Flore et pH acide chez la femme protègent normalement des bactéries
Les femmes souffrant de vaginoses (dérèglement de la flore vaginale) ont un pH plus alcalin et donc sont
plus à risque de développer des réactions inflammatoires symptomatiques.
Cependant, la physiopathologie e per et pas de o aître so ode d’ volutio , poi t ui reste o s ur :
• Evolution de la phase de latence à la phase symptomatique, en termes de durée et de proportion de formes
restant asymptomatiques ?
• Dur e de l’i fe tio des for es asymptomatiques pures ?
• Evolution en cas de non-traitement ou d'échec de traitement ?
3) Clinique
Le gonocoque est la deu i e ause d’u t ite après
Chlamydia. L’u t ite est pa co s ue t d fi ie co e ta t
gonococcique ou non gonococcique.
Il s’agit d’u e i fla atio des de ie s de l’u t e.
L’u t ite se a ifeste pa u e douleur au moment de la
miction (les patients parlent de « pisser des lames de rasoir »),
et d’u écoulement purulent au niveau du méat urétral avec
une petite collerette rose inflammatoire autour.
L’i cu atio du go oco ue est de 3-4 jours.
FGSM3 Lyon Est Bactéries responsables des écoulements Page 1 sur 6

Page 161
Voici les signes cliniques les plus courants au niveau génital :

HOMME FEMME
Urétrite aigue (90%), subaiguë (5%) ou Cervicite asymptomatique (60-90 %), vulvo-
Clinique asymptomatique (5%), vaginite, urétrite
rectite
Epididymite, orchite, prostatite, Endométrite, salpingite (10-20%), pelvi-
Complications
rétrécissement urétral péritonite
Le go oco ue s’e p i e le plus souve t au niveau génital (cf tableau), mais il peut aussi provoquer des
symptômes au niveau ano-rectal (10% des femmes et 25% des hommes homosexuels), pharyngé (pour rappel :
portage pharyngée, peut provoquer des angines, mais cela reste très rare) ou conjonctival plus rarement (donne
une conjonctivite purulente).
L’i fectio peut gale e t s’ te d e et p ovo ue des lésions de gonococcémie : celle-ci s’e p i e a pa des
maculo-papules dues à une vascularite inflammatoire. Une gonococcémie fébricule nécessite de faire des
hémocultures.
Le diapora a o tie t d’autres ag ifi ues photos illustra t les e pli atio s li i ues.
4) Diagnostic
On effectue des prélèvements à J0, avant tout traitement et si
possible au laboratoire, au niveau de :
• homme : urètre, urines 1er jet
• femme : urètre, endocol, urines 1er jet
Le transport doit être rapide car il s’agit d’u e act ie f agile. Des
hémocultures seront également réalisées en cas de fièvre (et
seule e t e cas de fi v e, i utiles da s l’u t ite si ple
J2 : mise en culture dans un milieu riche
J2 : antibiogramme
L’e a e di ect à J0 o t e des diplocoques à Gram

négatif en grain de café (on dit aussi paire de fesses dans le cas du
gonocoque, je vous laisse deviner pourquoi) souvent intra-
leucocytaires.
Recommandations :
• Microscopie : examen direct chez un patient symptomatique da s l’u t ite aigue asculi e +++
• PCR : dans un autre contexte moins symptomatique car la densité de la bactérie est réduite, ou bien dans
un cadre de dépistage :
Dans un contexte de dépistage, on va faire de la biologie moléculaire (PCR . Chez l’ho e, ce se a su le
p e ie jet d’u i es ; chez la femme, ce sera un auto-prélèvement vaginal. En fonction des pratiques sexuelles
dans les deux sexes, on fera un prélèvement pharyngé et/ou anal.
On reche che a gale e t Chla dia e e te ps, ca elle est aussi u e cause ajeu e d’u t ite.

Page 162
5) Traitement d’une gonococcémie génitale non compliquée

On utilise de la ceftriaxone (C3G) en systémique par injection et dose unique à 500 mg (on utilisait avant
des doses plus fai les, ais elles ’ taie t pas suffisa tes pou supp i e le po tage pha g . Il faut e effet
aussi décoloniser le portage au niveau pharyngé chez la personne infectée. Un traitement anti-chlamydia doit
être systématiquement associé. En effet, Chlamydia est la 1re cause d’u t ite, et so te ps d’i cu atio est ie
plus lo g jus u’à 60 jou s , le patie t is ue ai si de efai e u e u t ite u ou deu ois ap s s’il est i fect pa
les deux agents pathogènes et non traité correctement.
Les symptômes disparaissent en 3 jours, la guérison revient à 7 jours, avec un contrôle clinique à J7. Le
risque de transmission persiste pendant ces 7 jours. On ne teste pas le patient à la fin du traitement, sauf si le
diagnostic avait été porté au niveau du pharynx, ou si le traitement était autre que les C3G.
Le patient doit être revu à 3 mois pou s’assu e de l’a se ce de la act ie. En effet, il a 25 à 50% de
ha es d’avoi e o e la a t ie, e aiso d’ ve tuelles recontaminations par des partenaires.
Les partenaires dans les 60 jou s ava t l’appa itio des sy ptô es te ps d’i cu atio de la chla dia doivent
être recherchés et testés pour le gonocoque et chlamydia pour casser la chaine de transmission.
On observe depuis quelques années une augmentation de la résistance aux antibiotiques, notamment aux
pénicillines et tétracyclines.
Traitement des différents cas si infection au gonocoque (ECN) :
• Conjonctivite : Ceftriaxone (Rocéphine*) 1g IM
• Gonococcie et grossesse : Ceftriaxone (Rocéphine*) 500 mg IM, ou Cefixime (Oroken*) 400 mg po ,
Spectinomycine (Trobicine*) 2g
• Gonococcémie :Ceftriaxone (Rocéphine*) : 1 g / j, IM ou IV pendant 15 j (arthrite ou méningite) à 1 mois
(endocardite), Spectinomycine (Trobicine*) 2g/12h
II) Chlamydia trachomatis D-K

1) La bactérie
C’est u e bactérie intracellulaire obligatoire. Plusieu s esp ces e iste t, class es selo l’a tig e po t :
trachomatis, psittaci, pneumoniae o s’i t esse ici u i ue e t à t acho atis .
Il existe ainsi plusieurs sérotypes de C. trachomatis, causant différentes lésions et donc différents tableaux
symptomatiques :
• A, B, C = trachome  1° cause infectieuse de cécité dans le monde
• D-K = infections génitales et néonatales, inclusions  écoulement
• L1-L2-L3 = lymphogranulomatose vénérienne  ulcérations
Dans cette partie, nous parlons de Chlamydia trachomatis D-K.
2) Physiopathologie
La cible de la bactérie est la cellule endothéliale. Ava t d’e t e da s la cellule, la act ie est sous fo e
de corps élémentaire : il s’agit d’u e so te de spore (bactérie « dormante », résistante à la dessication).

Page 163
Le cycle de développement comprend plusieurs

étapes :
• Le co ps l e tai e s’attache et e t e
dans la cellule hôte
• Il se différencie en corps réticulé : c’est
une forme de réplication, fragile
• Puis le corps réticulé se multiplie dans une
inclusion cytoplasmique
• Les corps réticulés se différencient en
corps élémentaires à nouveau
• Puis les corps élémentaires sortent de la
cellule par éclatement
La réponse immunitaire initiale protège que
partiellement et est de courte durée. Les
réinfections par la bactérie sont ainsi possibles.
Par la suite, la réaction immunitaire est délétère
pour l’hôte : les anticorps produits ne sont pas
p otecteu s. L’i flammation génitale à répétition
va entraîner une fibrose et des modifications structurelles irréversibles (adhérences).
3) Epidémiologie
La fréquence élevée du portage asymptomatique dans les 2 sexes favorise la diffusion de l'infection dans
la populatio g ale. La p iode d’i cu atio est d’e vi o 10 à 15 jours (3-60 jours).
Du fait des complications chez la femme (stérilit ,́ grossesse extra-utérine, algies pelviennes chroniques,
salpingites), les infections à Chlamydia trachomatis représentent un problème de sant publique important. Le
dépistage semble efficace, car le nombre de diagnostic de femmes asymptomatiques augmente.
Chlamydia trachomatis est la 1re ause d’u t ite. Elle se traduit par une inflammation.
Il est important de traiter également le partenaire. Comme pour le Neisseria gonorrhoeae, il faut rechercher les
ve tuels pa te ai es da s les 60 jou s ava t l’appa itio des s ptô es.
Dans 15 à 40% des urétrites, on retrouve un couplage entre Chlamydia trachomatis et Neisseria
Gonorrhoeae.
4) Clinique
HOMME FEMME
Urétrite subaiguë (50%), aigue, goutte Asymptomatique +++
matinale (20%), balanite en carte de Ou révélé par une cervicite + salpingite avec ou
Clinique géographie sans leucorrhées sanguinolentes, syndrome de
Asymptomatique (20%) dysurie, cystalgie à urines claires
Prostatite, épididymite (stérilité), Peut être révélée par une complication :

Complications rétrécissement urétral salpingite, algies pelviennes, GEU, bilan de
st ilit …

Page 164
L’u t ite chez l’ho e se a peu douloureuse avec un écoulement clair

(contrairement au gonocoque), et sans croûte donc beaucoup moins
symptomatique que le gonocoque.
Chez la fe e, c’est plus souve t asymptomatique, ou découvert suite à
une salpingite ou une cervicite, avec Chlamydia retrouvée sur la glaire cervicale.
Une éventuelle complication peut être une périhépatite : la trompe infectée est
ouverte dans le péritoine, et peut entrainer une péritonite et créer une fausse
e a e autou du foie Σ Fitz Hugh Cu tis .
Une autre complication est le syndrome Fiessinger Leroy Reiter. C’est u e
réaction immunologique aberrante déclenchée par la Chlamydia. Ce
syndrome se traduite par des arthrites réactionnelles avec conjonctivite
ilat ale o pu ule te, ai si u’u e ala ite ci ci e au iveau du sillo
balano-prépucial, on a une réaction inflammatoire en carte de géographie).
Ce ph o e est i u itai e, dû à l’actio a e a te du s st e ui
essaye de se défendre, et non un phénomène bactérien comme plus haut
lo s ue l’o a vo u la co jo ctivite pu ule te due au go oco ue pa
exemple, ainsi par exemple, on ne retrouve pas forcément de bactéries au
niveau des lésions.
Il faut des cellules car la bactérie est intracellulaire.
Chez l’ho e, as pto ati ue ou o , o p l ve le 1er jet d’u i es, 2 heures après la dernière miction.
Chez la femme symptomatique, ce sera un prélèvement de col.
Chez la femme asymptomatique vue dans le cadre de dépistage, on demandera plutôt un auto-prélèvement
vulvo-vaginal.
Le s odiag osti ’est i di u hez l’ho e et la femme que pour le diagnostic des infections hautes
(salpingite, péri hépatite, épididymite) ou d’u e a th ite a tio elle ou d’u syndrome de Reiter.
Le diagnostic est direct, effectué par une PCR.
6) Traitement
Le but est la diminution du risque secondaire de PID, stérilité, GEU et douleur chronique, une diminution
de la transmission et une amélioration des symptômes (86% en 2 semaines).
Les urétrites et cervicites seront traitées par :
• Azithromycine (Zithromax monodose*) : 1 g p.o. dose unique
• Doxycycline : 200 mg / j p o, en 2 prises pendant 7 j
Il s’agit de deu t aite e ts d’efficacit ide ti ue, avec cependant des effets secondaires au niveau digestif. Ils
sont curatifs dans 98 % des cas.
Les patients sont contagieux dans les 7 jours après traitement (protection, abstinence). On recherche les
pa te ai es da s les 60 jou s ava t l’appa itio des s ptô es gale e t. Le patie t doit t e etest 3 ois
ap s le t aite e t et t e ve tuelle e t et ait s’il a t eco ta i ou s’il a sist au t aite e t.

Page 165
III) Mycoplasmes génitaux

1) La bactérie
Ce sont des bactéries sans paroi, donc difficile à cultiver. La PCR sera ainsi très utile au diagnostic.
Les mycoplasmes sont fragiles, non colorés par le Gram. De plus, ils sont insensibles aux ß-lactamines et croissent
sur des milieux spéciaux.
Les coplas es so t co e sau des u ueuses et colo ise t le t actus g ital de patie ts ’a a t
jamais eu de relatio s se uelles. La colo isatio aug e te à la pu e t et avec l’activit se uelle.
Il existe plusieurs types de mycoplasmes :
• Ureaplasma urealyticum est pathogène : il est responsable de 10 à 20% des urétrites non gonococciques
• Mycoplasma hominis : il entraine des prostatites chroniques
• Mycoplasma genitalium : espo sa le d’u t ite, e do t ite
Mycoplasma genitalium se a la act ie ue l’o tudie ici.
2) Diagnostic
Le diagnostic est direct et passe par le prélèvement : on effectue un grattage cellulai e de l’u t e et de
l’e do ol, ou alors on prélève les urines du 1er jet.
On utilise en première intention la PCR pour faire le diagnostic. Il est également possible de faire une culture sur
milieu acellulaire une sérologie.
Cepe da t, l’i te p tatio est difficile ca les coplas es ta t des act ies co e sales, il a u e notion
de seuil.
3) Thérapeutique
On utilise des macrolides, tétracyclines et fluoroquinolones pour le traitement des mycoplasmes
génitaux.
Il existe une exception : Mycoplasma hominis sera traité par R érythromycine et S josamycine.
Voici un tableau récapitulatif entre le gonocoque et la chlamydia :
Aux Etats-Unis, le médecin a le droit de prescrire pour le partenaire sans l’avoir vu e o sultatio . Ce ’est pas
possi le epe da t e Fra e, ais ’est u o ept i t ressa t du poi t de vue sa t pu li ue.
Page 166
Bactéries responsables d’ulcérations

L’he p s de type 2 est la 1re ause d’ul é atio gé itale e F a ce. C’est u e uptio o ili u e avec des
v sicules, ui s’e vo t t s vite au co tact des v te e ts, p ovo ua t des ulc atio s. Elle cidive souve t au
même endroit, et encore plus quand le patient est immunodéprimé. Il ne se manifeste pas forcément au niveau
génital, mais peut des développer autre part (par exemple : l’he p s du de tiste ui s’i fecte avec l’he p s du
patient situé au niveau des lèvres).
L’he p s est vu da s u aut e cou s de cette UE, ous allo s ici ous i t esse au aut es causes
d’ulc atio s.
I) Treponema pallidum : bactérie de la syphilis

1) La bactérie
La bactérie de la syphilis est un spirochète fin et mobile. Elle est très fragile, non retrouvée dans
l’e vi o e e t, et elle est o cultiva le in vitro. Elle est également strictement humaine.
2) Evolution de la maladie
La s philis se a ifeste tout d’a o d pa
une phase primaire : l’appa itio d’u chancre.
Il s’agit d’u e ulcération au poi t d’i oculatio ,
indolore, dure i p essio d’u e pi ce de
monnaie) et ne saignant pas. On trouve des
adénopathies en périphérie de celui-ci. Il peut
appa aît e jus u’à 90 jou s ap s la
contamination, puis disparait tout seul en 3
semaines-1 mois. La phase primaire de la
syphilis est obligatoire. Le chancre est toujours
présent.
La bactérie peut ensuite :
• d veloppe d’aut es s ptô es avec la
syphilis secondaire (30% des cas
développent une phase secondaire) ou/et la syphilis tertiaire (10% des cas de syphilis)
• être présente et active (se développe), mais non visible cliniquement. On la détecte par sérologie car les
anticorps sont présents = syphilis latente
Il est possi le de passe d’u e phase à l’aut e.
Par exemple, un patient, après avoir eu un chancre (phase primaire), peut passer en phase latente pendant
des a es, puis d la e su ite e t u e phase te tiai e. Le p ofesseu a e dit u’il est possi le u’u patie t
redéclare une phase primaire après une phase latente (cf flèche violette sur le schéma)
Il est gale e t possi le de e ja ais passe e phase late te et de toujou s t e sy pto ati ue d’u e
des trois phases.
3) Clinique
L’i cu atio de la pathologie est d’e vi o 3 semaines (10 à 90 jours). La clinique se définit en plusieurs phases.
a. Phase primaire
Elle apparait obligatoirement, i diate e t ap s le te ps d’i cu atio .
O a l’appa itio et p se ce du chancre et d’ad opathies. La act ie est et ouv e au iveau du cha c e. Le
chancre disparait en 3 semaines.
Le chancre peut se situer au niveau génital ou extra-génital : chez l’ho e, c’est souve t au iveau du sillo
balano-p putial, du at ou du p puce. Chez la fe e, c’est plutôt au iveau des g a des l v es ou petites
lèvres, et plus rarement au niveau du vagin.
FGSM3 Lyon Est Bactéries des ulcérations Page 1 sur 7
Page 167
On peut égaleme t e et ouve au iveau de l’a us, des l v es celles de la ouche cette fois , des a gdales…
b. Phase secondaire
Elle apparait dans 30% des cas, 1 à 4 ans après.
Les manifestations cliniques de la bactériémie

syphilitique sont essentiellement cutanéomuqueuses. La
grande majorit ́ des manifestations secondaires survient
da s l’a e ui suit le cha c e. C’est la phase de
dissémination bactérienne. La densité bactérienne est très
forte → très contagieux à cette phase.
On retrouve ainsi surtout des éruptions :
• Dans la syphilis précoce :
o roséoles, plaques muqueuses très contagieuses
o alopécie
• Dans la syphilis tardive 1 a ap s l’appa itio du
chancre) :
o syphilides : papules squameuses
o polyadénopathies
o AEG
(On précise ce que sont les syphilis précoces et tardives juste après)
c. Phase tertiaire
Elle apparait dans 10% des cas, 4 à 20 ans après.
Elle correspond à des atteintes cérébrales, vasculaires, destructions
d’o ga es. Les manifestations sont viscérales. C’est u e phase où il a peu
de bactéries mais beaucoup de réactions immunologiques, avec une forte
inflammation et une destruction des organes. Le faible nombre de bactéries
fait que le patient est moins contagieux.
Les atteintes principales :
• Des gommes (destruction totales de tissus, laissant un espace vide)
• Atteinte neurologiques comme le tabes
• Aortite : insuffisance aortique, anévrysme de la crosse
On peut aussi retrouver une Neurosyphilis : méningite précoce

d. Phase latente (aussi appelée sérologique)
Aucune manifestation clinique, le patient ’est do pas o tagieu (car aucune atteinte dermatologique
par laquelle la bactérie pourrait être transmise par contact). Cependant, la bactérie est bien active et se
développe, la sérologie est positive. Le patie t peut passe d’u e phase late te au aut es phases.
Page 168
e. La syphilis précoce
Il s’agit d’u e lassifi atio si plifi e utilis e e li i ue : la syphilis précoce ou tardive.
La syphilis précoce est définie par une évolution datant de oi s d’u a J0 ta t le jou d’appa itio du
cha c e . C’est la p iode où la s philis est t s iche e tréponèmes (bactérie de la syphilis) : la contagion est
donc maximale à cette période.
Elle regroupe les phases de la syphilis primaire, secondaire, et latente (ou sérologique) précoce.
Cepe da t, da s ce de ie cas, affi e u’u e s philis late te est p coce est difficile e aiso de la cli i ue
i e ista te o peut s’aide ve tuelle e t de otio de cha c e ou d’ uptio seco dai e ce ts, a t io it ́
sérologique récente, contage récent ...)
L’i té t de ette lassifi atio si plifiée est ajeu : au cou s de cette p iode, e si l’i fectio est
disséminée (avec présence de tréponèmes dans le LCR dès la phase primaire), une atteinte neurologique
pa e ch ateuse p ofo de est e ceptio elle. Il ’est do c pas utile de p ati ue u e po ctio lo aire et un
traitement simple par une seule injection de benzathine p nicilline G en intramusculaire suffit dans la très grande
majorit ́ des cas.
f. La syphilis tardive
Elle est définie par une évolution datant de plus d’u a . C’est la p iode où la s philis est la moins riche en
tréponèmes (donc risque minime de contagion).
Elle regroupe la syphilis tertiaire et la syphilis latente (ou sérologique) tardive.
Toutes les s ologies s philiti ues d’a cie et i d te i e so t, par principe, considérées, quelques soient leur
taux, comme appartenant à cette phase de syphilis latente tardive, en raison de la gravité des atteintes de cette
dernière.
Au cours de la syphilis tardive, toute la réflexion doit être centrée sur la possi ilité d’u e s philis
neurologique parenchymateuse ou méningée asymptomatique. En effet, si les tréponèmes sont rares au cours
de cette phase, la diffusion parenchymateuse de ces derniers et la réaction immunologique granulomateuse
autour de ces tréponèmes peut provoquer des manifestations de la syphilis tertiaire (gommes) sur la peau, les
u ueuses et tous les visc es e pa ticulie l’ao te et le s st e e veu .
Dans la mesure où un examen neurologique même très complet peut être normal au cours de la syphilis
neurologique, toute la discussion thérapeutique doit être centrée autour des indications de la ponction lombaire.
a. Diagnostic direct
On utilisait auparavant un microscope à fond noir, sensible mais pas assez spécifique. Ceci avait le défaut de
d tecte t op de fau positifs. Cette tech i ue ’est aujou d’hui plus utilis e.
La PCR est aujou d’hui le o e de diag ostic di ect utilis . Cette tech i ue est plus sensible et plus
spécifique que le microscope à fond noir. On prélève au niveau du chancre pour analyser. Il est possible de
p leve gale e t à d’aut es e d oits plus at pi ues, co e les p l ve e ts o atau sa g, place ta si
suspicion congénitale) ou le LCR.

Page 169
b. Diagnostic indirect : sérologie
Le diagnostic indirect est fait par sérologie avec 2 types de test :

1. Test non tréponémique (TNT) (on dit « non tréponémique » ca ce ’est pas u a tig e sp cifi ue de la
bactérie de la syphilis) : VDRL ou RPR. Ce sont des techniques d’aggluti atio avec des pa ticules de
charbons contenant des Ag non spécifiques (cardiolipidiques) qui réagissent avec les Ac anti-lipidiques de
la bactérie. Ce test est très sensible mais non spécifique.
(NB : o peut fai e u e eche che d’IgM aussi
2. Test tréponémique, (TT):
o Les deux plus utilisés sont EIA : réaction immunoenzymatique avec des antigènes recombinants
spécifiques et CMIA : technique de chimiluminescence (Cf recommandations HAS). Ces tests sont
spécifiques et sensibles sous automate
o Le plus classique TPHA (encore présent dans de nombreux cas cliniques car les
recommandations sont très récentes) : ces anciens TT étaient spécifiques mais moins sensibles
que TT
Donc dans les nouvelles recommandations en 1 on fait un TT et si positif on fait un TNT quantitatif dans les
a ie es e o a datio s, o faisait 1TT et 1TNT d’e lée ( eau oup de as li i ues o espo de t e o e
aux anciennes recos)
Ainsi :
• Le VDRL/RPR détectera la
p ése e d’u e a té ie et di a
si la maladie est active ou non.
En effet, Ces marqueurs sont
positifs uniquement si la maladie
est active (ne pas confondre avec
« latente », la maladie est bien
active en phase latente, mais
sans symptômes.)
• Le TPHA confirmera que la
maladie est bien la syphilis
Après traitement, le VDRL/RPR va diminuer car elle ne sera pas active. Cependant, pour ce qui est du TPHA, on
aura une cicatrice sérologique, même après traitement (il restera des anticorps, cf schéma ci-contre)

Page 170
En vue des caractéristiques de ces tests, pour le dépistage, la HAS fait les recommandations suivantes :
• On commence par un test tréponémique (spécifique).
➢ S’il est gatif, e p i cipe le patie t ’est pas alade, ais il peut s’agi d’u e s philis p coce,
on refait donc le test plus tard pour être sûr.
➢ S’il est positif, on fait un test non tréponémique pour vérifier si la maladie est active
• Le test non tréponémique donne :
➢ S’il est positif, o a u e s philis active.
➢ S’il est gatif, o fait u aut e test t po i ue
• Le deuxième test tréponémique donne :
➢ S’il est positif il peut s’agi d’u e cicat ice s ologi ue, ais aussi d’u e s philis p coce o p te
la sérologie)
➢ S’il est gatif, le p e ie test tait u fau positif, ou ie il s’agit d’u e s philis p coce

Page 171
5) Traitements (ECN)
a. Traitement de la syphilis précoce (I, II, Latence Précoce)
Le t aite e t est d’auta t plus i po ta t ue la s philis est t s co tagieuse et u’il faut vite les co plicatio s
tardives :
• Benzathine-pénicilline (Extencilline*) : 2 400 000 u dose unique par voie IM, en 1 dose (4 cc Xylocaine 2%
+ 4 cc SSI)
• ou si allergie cycline : doxycycline : 200 mg / j per os, en 2 prises (CI si grossesse) pendant 14 jours
• Si grossesse et allergie, désensibilisation
• Prévenir de la réaction de Jarish-Herxheimer chez la femme enceinte (parac tamol syst matiquement
voire prednisone : 1/2 mg/kg la veille et les 3 premiers jours du traitement en cas de syphilis secondaire
profuse)
• Si atteinte neuro ou manifestation ophtalmologique, faire PL et lampe à fente, et ttt type neuro. En
l’a se ce de ces sig es : pas de PL co p is chez les patie ts VIH +
b. Traitement de la syphilis tardive (III non neuro, Latente Tardive)
• Benzathine-pénicilline (Extencilline*) : 2 400 000 u par voie
IM, en 1 dose par semaine, trois semaines
• ou si allergie cycline : doxycycline : 200 mg / j per os, en 2 prises
(CI si grossesse) pendant 28 jours
• Si ou li de doses… o accepta le pou la fe e e cei te
• Si grossesse et allergie, désensibilisation
c. Traitement des partenaires
Il faut traiter le partenaire sexuel si le patient était en contact avec une
personne ayant la syphilis précoce.
• Si contact > 6 semaines : on fait la sérologie de la syphilis. Si elle
est positive, on traite ; si elle est négative, on refait une
sérologie à 3 mois.
• Si contact < 6 semaines : on traite systématiquement le patient contact
Les syphilis tardives sont peu contagieuses. En cas de contact sexuel avec une personne ayant une syphilis tardive,
il faut examiner le patient contact, pratiquer une sérologie et traiter si cette dernière est positive (trois injections
de benzathine p nicilline G).
d. Dépistage
La syphilis est recherchée chez la femme enceinte au premier semestre.
II) Haemophilus ducreyi

Bactérie endémique en zone tropicale. Elle a une incubation courte : 3 à 7 jours
1) Clinique
On retrouve :
• des ulcérations multiples, molles (contrairement au chancre de la syphilis), douloureuses et à fond sale
(cf photo ci-contre)
• Adénite inguinale inflammatoire évolution vers le bubon avec fistulisation spontanée simultanée à
l’ulc atio g itale
2) Diagnostic
Examen direct :
O le fait avec u couvillo du cha c e ou u e po ctio du u o à l’aiguille
On retrouve des bacilles à Gram négatif
On fait ensuite à J1 et J2 culture et antibiogramme
Page 172
3) Traitement
Le traitement est basé sur des C3G ou azithromycine
On peut également utiliser des fluoroquinolones
III) Chlamydia trachomatis sérotype L

Elle développe la maladie de Nicolas Favre : lymphogranulomatose vénérienne
Elle correspond aux sérotypes L de Chlamydia trachomatis. Elles sont endémiques en Asie, Afrique, Amérique du
Sud, et avaie t dispa u d’Eu ope. Cepe da t, o est face à u e ec udesce ce e F a ce.
On distingue 3 phases de cette maladie :

• primaire : micro-ulcération inaperçue (rectum, bouche)
• secondaire : u o satellite ADP i gui ales, doulou euses, fistulisatio e po e d’a osoi
• tertiaire : complications locorégionales : sténose rectale, troubles du drainage lymphatique
Le diagnostic est direct, avec un prélèvement au niveau du chancre et on effectue une PCR avec l’ADN act ie .
Traitement (ECN):
• Doxycycline 200 mg / j x 21 j, en 2 prises
• Roxithromycine (Rulid*) 300 mg / j x 21 j, en 2 prises
• Ou érythromycine 500mg *4/j 21 jours
• Ou peut-être azithromycine 1g/sem, 3 sem
• Partenaire : dans les 60 jours, si symptomatique, ttt 7 jours par doxy 100*2
IV) Dépistage des IST
Il faut s’e u i de l’histo i ue se uel des patie ts et ose l’i te oge .

Voici les 5 P utilisés aux Etats-Unis, pour une aide-mémoire :
1. Partners
"Do you have sex with men, women, or both?"
" how many partners have you had sex with?"
2. Prevention of pregnancy
"Are you or your partner trying to get pregnant?" If no, "What are you doing to prevent pregnancy?"
3. Protection from STDs
"What do you do to protect yourself from STDs and HIV?"
4. Practices
"To understand your risks for STDs, I need to understand the kind of sex you have had recently."
5. Past history of STDs
"Have you ever had an STD?"
"Have any of your partners had an STD?"

Page 173
Schémas bilans - IST
FGSM3 Lyon Est Schémas bilans Page 1 sur 1

Page 174
Les infections
respiratoires
 F. ADER ; S. JARRAUD
Décloisonné → NE SERA PAS REVU EN FASM 1 ! Tombera aux partiels de DFGSM 3 & DFASM 1
• N° 151 → I fe tio s o ho pul o ai es o u autai es de l’adulte et de l’e fa t

o Connaître la prévalence et les agents infectieux.
o Diag osti ue les o pli atio s et o aît e les it es d’hospitalisatio ai si ue
les traitements des bronchites aiguës, des bronchiolites, des exacerbations de BPCO
et des pneumonies communautaires.
o Connaître le traitement de la pneumonie à pneumocoque.
• N° 162 → Grippe
o Diagnostiquer une grippe et les signes de complications.
o Connaître les principes de la prise en charge thérapeutique.
o Connaître les modalités de prévention de la grippe.
o Co aît e les sou es d’i fo atio e as d’ pid ie ou de pandémie.
o Ide tifie les situatio s d’u ge e et pla ifie leu p ise e ha ge.
Page 175
SOMMAIRE
Pneumonies aigues Grippe et autres viroses
communautaires de l’adulte respiratoires – p. 195
– p. 177 I) I flue zavi us
I) Epid iologie des PAC II) Aut es vi oses espi atoi es
II) Co st ui e et o fi e le diag osti
III) O ie tatio des patie ts
IV) Diag osti tiologi ue
V) A ti ioth apie p o a iliste
Page 176
UE 18 – Infections respiratoires – F. ADER & S. JARRAUD
Pneumonies aigues communautaires de l’adulte - 151

Ce cours fait partie du projet décloisonnement UE18/UE6, il ne sera pas revu pendant le 2 nd cycle.
La f e e est l’ECN PILLY 2018.
L’ite 1 1 o p e d gale e t des otio s su la o hite aiguë, l’e a e atio de BPCO de l’adulte, et les PAC
de l’e fa t ( f i-dessous).
Bronchite aiguë : épidémiologie, diagnostic clinique, diagnostic paraclinique, diagnostic différentiel, ttt et évolution
naturelle
Pneumonie aiguë communautaire (PAC) : pid iologie g ale, diag osti , it es d isio els utiles à l’o ie tatio
d’u e PAC et diag osti tiologi ue, app o he pa age ts i fe tieu et fo es li i ues asso i es, o ie tatio étiologique en
fonction du terrain et du contexte, complications, ttt des PAC
Exacerbation de BPCO : épidémiologie, diagnostic clinique, diagnostic microbiologique, diagnostic différentiel, complications
et it es d’hospitalisatio , ttt, p ve tio
Introduction : Les différentes infections respiratoires
Le pou o a u e su face d’e vi o ², ui co espo d à la su face d’écha ges gazeux. C’est u

organe qui est exposé à la plupart des micro-organismes de l’e vi o e e t. Ai si os voies aériennes
supérieures (VAS) et inférieures (VAI) sont exposées à de nombreux pathogènes. Ceux-ci sont responsables
entre autres :
• Epiglottite : forme grave de laryngite

• Bronchite → vi us : inflammation des bronches et bronchioles 2ndaires
• Bronchiolite → vi us : inflammation des bronchioles terminales
• Pneumonie ou pneumopathie : atteinte inflammatoire des compartiments distaux bronchiolo-alvéolaires
et du tissu de soutien → c’est u e i fectio pa e ch ateuse
NB : pneumonie et pneumopathie sont utilisés indifféremment dans ce cours et ont la même signification pour les
professeurs.
Ph siologi ue e t, le pou o doit éso e l’hu idité de l’ai : c’est ce u’o appelle la clai a ce
liquidienne alvéolaire (sinon, les alvéoles se noieraient). Les cellules responsables de ce mécanisme sont les
pneumocytes de type II.
L’alvéole est u petit sac do t la fo ctio est l’écha ge gazeu ais ça vous le savez déjà ☺ . Ce u’il est
i té essa t de ote , c’est u’elle est u e zo e s che et sté ile, da s la uelle résident environ 50 macrophages.
Si un pathogène arrive jusque-là, les cellules de la membrane alvéolo-capillaire laissent passer des PNN pour
lutter in situ contre le pathogène. Lors du passage des PNN, il y a extravasatio de li uide da s l’alvéole du fait
de la réaction inflammatoire : c’est l’alv olite.
Cepe da t, si le o e d’age t pathog e aug e te da s l’alvéole, il y aura une affluence massive de
PNN, de ac ophages, de l phoc tes, l’alvéole peut fi ale e t finir noyée, remplie de liquide. L’alvéole sera
donc « noyée » et ne pourra plus jouer son rôle physiologique : les échanges gazeux entre le sa g et l’ai e
seront plus possibles, il y a hypoxémie.
 L’i po ta e de l’i fla atio ua tité de PNN et de li uide da s l’alvéole détermine la gravité de la
maladie.
FGSM3 Lyon-Est Grippe et autres virus respiratoiresPage 1 sur Page 1 sur 18

Page 177
sur 18Page
I) Epidémiologie des PAC : prévalence, agents infectieux

1) Les chiffres
La Pneumonie Aiguë Communautaire (PAC) ou pneumopathie, est une pathologie fréquente. Sont
recensés environ 500 000 cas/an.
La mortalité est en moyenne à 10-15%. Cependant ceci est à moduler en fonction du « type » de patient :
• Pour les patients en ambulatoire : 5% de mortalité
• Pour les patients hospitalisés : 7% de mortalité
• Pour les patients âgés institutionnalisés : jus u’à 4 % de mortalité
Le pronostic dépend essentiellement :

• Du terrain
• Du pathogène (gravité +++ : pneumocoque et Legionnella)
On retient 3 facteurs de risque principaux :

• Tabagisme
• Age > 65 ans
• Comorbidité
La plupart des PAC surviennes chez le sujet âgé > 5a s et chez l’e fa t.
2) Etiologies
➔ Dans 50% des cas, o ’arrive pas à trouver d’age t étiologique. Ceci peut être expliqué par :
• Le fait u’il soit difficile d’o te i des crachats profonds, notamment pour les personnes âgées. L’E a e
CytoBactériologique du Crachat (ECBC) ne sera pas concluant.
• La p ise a té ieu e d’a ti ioti ue ui décapite l’i fectio .
➔ Dans 25% des cas on retrouve le pneumocoque (S. pneumoniae).
➔ Dans 15% des cas, on retrouve les bactéries intracellulaires et autres atypiques :
• Legionnella
• Mycoplasma pneumoniae
• Chlamydophila pneumoniae
➔ Dans 5% des cas l’étiologie est virale
➔ Dans les 5% derniers on retrouve :

• S. aureus
• Bacilles Gram - p eu o ies d’i halatio avec les a aé o ies)
NB : il ne faut pas oublier Mycobacterium Tuberculosis

Page 178
sur 18Page
3) Le pneumocoque (S. pneumoniae)

Streptococcus pneumoniae est un diplocoque Gram + en chainette.
a. Physiopathologie
Les enfants commencent à être colonisés pa le p eu oco ue ve s l’âge de a s, ua d ils

co e ce t à viv e e collectivité. Il est do c t s i po ta t de co p e d e ue l’écologie du p eu oco ue
’est pas ative ais acquise.
 Une pneumonie à pneumocoque ’est do pas contagieuse. En effet, ua d o est attei t d’u e
p eu opathie à p eu o o ue, ’est de notre p eu o o ue, et la aladie ’est pas t a s issi le.
Le streptocoque peut être responsable :
➔ D’i fectio s non invasives : plutôt et ouvées chez l’e fa t

• Sinusites
• Otite Moyenne Aiguë (OMA)
➔ D’i fectio s invasives (touchant un organe profond) : plutôt et ouvées chez l’adulte
• Bactériémie
• Méningite si passage de la barrière hématoencéphalique
• Pneumonie
De ce fait, une PAC à pneumocoque doit faire rechercher :

✓ Un syndrome méningé
✓ Un purpura nécrotique extensif
✓ Des localisations secondaires poi ts d’appel cli i ue
Les terrains à risque sont :

• Age > 40 ans
• Infections à VIH
• Ethylisme chronique
b. Virulence du pneumocoque
Out e l’i fectio vi ale p é-infection à pneumocoque, deux facteurs de virulence sont intéressants à retenir :
• Capsule anti-phagocytaire
La capsule le protège de la lyse ainsi que de la phagocytose.
Il existe 80 stéréotypes différents. Ceci est important à savoir, car les vaccins se font en fonction des
sérotypes préférentiels des infections. (Un typage des pneumocoques est ainsi réalisé pour connaître ceux
responsables de la majorité des infections.)
Les anticorps fabriqués pa l’hôte, post i fectio ou post vacci atio , sont protecteurs et spécifiques du
sérotype.
• Pneumolysine
C’est u e p otéi e ui est cytotoxique (pour les cellules épithéliales et endothéliales respiratoires) et
pro-inflammatoire (qui est en partie responsable de la symptomatologie clinique).
Rappel : Multiplication bactérienne + inflammatio → signes cliniques.

Page 179
sur 18Page
4) Legionella
Legionella une bactérie d’o igi e e vi o e e tale. Elle habite dans les eaux douces (eau, lacs) en
quantité faible mais peut se retrouver dans les réseaux d’eau do esti ues hôtel, hôpitau , aiso s… , e
concentration plus importante.
Lo s u’u o i et se a ouve t, ou u’u e douche se a p ise, u e pa tie de l’eau s’a osolise a

ic ogouttelettes d’eau et se a inhalée (≠ i gestio d’eau . Cet aé osol se epa ti a da s l’e se le de l’a e
bronchique et la bactérie pourra commencer son attaque ! Il ’ a pas de co ta i atio i te hu ai e.
 Contamination : par inhalation ++
NB : Legionella est éliminée par le chlore.
a. Physiopathologie
L’Ho e est u hôte accide tel, elle ’a aucu i té t d’alle chez lui. La bactérie se multiplie
habituellement dans les amibes, en intracellulaire.
On ne note pas de grosse virulence, cependant, les infections se font selon deux facteurs :
• Fa teu d’hôte : l’i fectio se fait p éfé e tielle e t chez les immunodéprimés :
o Immunosuppression
o Cancer
o Diabète
o Age élevé
o Sexe masculin
o Tabagisme
o Alcool
• Facteur bactérien :
o L. pneumophila sérogroupe 1 est responsable de 90% des légionelloses
o Il e iste d’aut es sérogroupes de légionnelles responsables aussi de légionellose.
Tableau récapitulatif
GRAVITE +++
Pneumonie à Pneumocoque Légionellose
Peu fréquente (1500 cas/an) et plutôt chez
Fréquente : 50% des PAC documentées (soit 25% des PAC)
l’immunodéprimé
Commensal des VAS Contamination par eau (aérosol)
Pas de transmission interhumaine, risque épidémique à

Transmission interhumaine, pas de risque épidémique
pa ti d’u e sou ce co ta i ée
Ttt par �-lactamines Ttt par macrolides (bactérie intracellulaire)

Page 180
sur 18Page
5) Pneumonies atypiques : Mycoplasma et Chlamydia

Ce sont des bactéries intracellulaires. Elles touchent plutôt chez le sujet jeune (< 40 ans). La
transmission interhumaine est responsable de micro-épidémies, avec un tableau habituel de trachéobronchite
bénigne.
a. Mycoplasma pneumoniae
Les mycoplasmes sont des bactéries sans paroi : ils sont donc NON sensibles aux β-lactamines.
Sa structure particulière induit des réactions croisées, et entraine la production d’auto-anticorps. Ces
derniers sont détectables et sont intéressant pour le diagnostic.
b. Chlamydophila pneumoniae
Elle sévit dans durant la petite enfance. Elle donne pharyngite, bronchite et pneumonie peu sévère.
c. Chlamyophila psittaci
Maladie professionnelle, du fait d’un contact avec des oiseaux.
6) PAC et grippe
Le fait d’avoi u e g ippe s v e va favoriser les surinfections bactériennes. La cytotoxicité engendrée
par la réplication virale, entraine l’a asio du tractus respiratoire et des bronches (symptômes axiaux :
bronchite, douleur rétrosternale), par épidermolyse. Le tractus bronchique se nécrose et laisse à nu la
membrane basale. Les bactéries, peuvent lors se fixer et coloniser le tractus bronchique fragilisé, jus u’au
parenchyme.
 La g ippe favo ise l’ag gatio a t ie e !
Séquence post-grippale
1. Incubation
2. Maladie grippale en tant que telle : obstruction nasale, céphalées, toux, sensation de brûlure
rétrosternale, arthro- algies, fi v e…
3. Intervalle libre de 3-5 jours
4. Puis ré-ascension fébrile avec symptômes plus intenses, toux productive (expectorations de pus) →
surinfection post-influenzae.
Point culture : Le nombre de morts élevé (50 millions) lors de la grippe espagnole en 1918, était surtout
dû à la surinfection bactérienne sur la grippe. Les antibiotiques ’e istaie t pas à l’ po ue…
On remarque que l’épidé iologie des p eu opathies est cal uée su celle des p eu o ies g ippales.
→ ce phénomène de concordance temporelle est connu depuis longtemps.

Page 181
sur 18Page
7) Exacerbation de BPCO (BronchoPneumopathie Chronique obstructive)

La BPCO est une maladie respiratoire qui touche les petites bronches dont la 1ère cause est le tabac.
Celle-ci entraine :
• Une réduction du calibre
• Une inflammation persistante
On parle d’e ace atio , lo s u’il a u e majoration de la dyspnée, une toux et des expectorations.
Dans 50% des cas l’e ace atio est d’o igi e infectieuse :
• Bactérie : Haemophilus influenza, pneumocoque, Pseudomonas aeruginosa
• Virus : grippe, rhinovirus
Du fait de l’i fla atio pe sista te, ces pe so es so t sujettes à des infections à répétitions (> 4
bronchites par an) et sont donc très à risque de contracter des pneumopathies.
Les bactéries le plus souvent responsables des surinfections sont de type Haemophilus influenza (cf.
cours méningites) :
• Non capsulées
• Produisant des �-lactamases
 Le traitement est l’Aug e ti ®
Synthèse de la Partie I
Point 1
> 50% = PAS de documentation -> thérapeutique probabiliste
Point 2
Quand documentions (du + au – fréquent)
• S. pneumoniae (25%)
• Virus
• Intracellulaires : Legionella, Mycoplasma et Chlamydia
• A aé o ies p eu o ie d’i halatio
Point 3
La notion de virose préalable est importante. Est-ce que notre patient a eu la grippe récemment ?
Point 4
Formes sévère et létale : S. pneumoniae et Legionella

Page 182
sur 18Page
II) Construire et confirmer le diagnostic

1) Algorithme de prise en charge d’une PAC
Les deu g a des uestio s u’il faut se poser devant la suspicion de PAC sont les suivantes :
2) Construire le diagnostic avec la clinique

a. A l’examen clinique
b. Orientation clinique
La clinique nous oriente vers une étiologie plutôt virale ou bactérienne. Ceci est primordial ! En effet, la
totale p ise e ha ge d pe d de l’ tiologie de la pneumopathie ! (Attention toutefois aux infections à bactéries
« atypiques ») ui esse le t au i fectio s vi ales au iveau s pto atologie…

Page 183
sur 18Page
Le tableau ci-dessus décrit les présentations cliniques habituelles. Cependant il faut être vigilant : les
formes atypiques sont fréquentes. En particulier chez le sujet âgé (a fortiori institutionnalisé) ou les
immunodéprimés (moindre réaction inflammatoire).
On aura alors :
• Fièvre inconstante ou isolée
• Toux fébrile
• Révélatio pa la déco pe satio d’u e co o idité
• Révélation par trouble du comportement
• Signes extra-respiratoire (AEG, signe digestif, arthro- algies, sig e eu ologi ues …
c. Les signes de gravités ++
Les signes d’o ie tatio ET signes de gravité sont à rechercher +++.
Constantes vitales :
• Altération des fonctions supérieures (trouble de la conscience)
• Fréquence respiratoire > 30 c/min
• PA systolique < 90 mmHg
• FC > 120 bpm
• T < 35°C ou > 40°C
Signes associés :
• Cyanose
• Tirage
• Marbrures
3) Poser un diagnostic positif de PAC
Pour les pneumonies nous somme souvent confrontés à deux stéréotypes :
1. Pneumonie alvéolaire : l’inoculum bactérien est concentré avec extravasation de liquide (provoquant
des œd es et de PNN. L’œd e et les PNN comblent les multiples grappes alvéolaires. Ceci se
t aduit su l’image par une condensation systématisée, qui ne touche u’u territoire segmentaire.
2. Pneumonie interstitielle : qui est une infection bronchique puis péri-bronchique à caractère bilatéral
diffus, c’est le syndrome interstitiel. On observe des opacités réticulaires (= bordant les bronches), et
parfois micronodulaires par extension des zones infectées vers les zones satellites parenchymateuses.

Page 184
sur 18Page
4) Construire le diagnostic en tenant compte du terrain

Lorsque nous établissons le diagnostic, il faut tenir compte du terrain. En effet ceci aura impact sur le
pronostic du patient et la prise en charge thérapeutique (et même dans quelques cas sociale) du patient.
a. Patient immunocompétent ?
• Tabac
• Alcool
• Contexte saisonnier (post-grippal)
• Agé > 65 ans (il faut tenir compte au maximum de l’âge ph siologi ue du patient : des jeunes de 70 ans
et des pépés de 50 ans ça existe ! Dans ces cas-là, c’est ot e o se s et vous e avez !! ☺ u’il faud a
utiliser !
• Comorbidités I suffisa t ca dia ue, espi atoi e [l’e e ple de la BPCO], ca ce , dia te …)
b. Existe-t-il des circonstances particulières ?
• Vie en institution
• Troubles de la déglutition (ceci pou ait ous o ie te ve s u e p eu opathie d’i halation, mais ne pas
exclure les autres causes !)
• Isolement social : pensons aux personnes âgées
• Conditions socio-économiques défavorables (un SDF aura peut-être du mal à être observant avec son
traitement)
• Inobservance thérapeutique prévisible (ah ! ces fameux patients rebelles !)
Vous recueillerez toutes ces informations pendant l’e t etie et l’e a e li i ue du patient.

Page 185
sur 18Page
III) Orientation des patients

➢ Est-ce ue j’ai des critères de gravité globale ?
➢ Est-ce ue j’ai des critères de gravité respiratoire ?
Il faut rechercher les typologies cliniques (brutal/progressif, signes fonctionnels isolés, signes extra-
respiratoires, complications extra-respiratoires…).
Les scores ne remplacent pas le jugement clinique.
1) Signes de gravité
a. Gravité septique
La gravité septique correspond au sepsis sévère ou au choc septique. On observe :
• Défaillance hémodynamique (Pas < 90 mmHg, FC > 120 bpm)

• Défaillance respiratoire
• Défaillance neurologique (troubles de conscience)
• Hyperlactatémie
• Troubles métaboliques et de la coagulation
b. Gravité respiratoire
La gravité respiratoire correspond à une défaillance respiratoire,

pour laquelle on observe :
• Tirage
• Balancement TA
• Muscles respiratoires accessoires
• Difficultés à parler
• Cyanose
• Hypoxémie
2) Facteurs de risque de mortalité

• Âge > 65 ans o pa le ici d’âge ph siologi ue
• Comorbidités significatives
o IC congestive
o Maladie cérébro-vasculaire (AVC ou AIT)
o IR chronique
o Hépatopathie chronique
o DT sucré non équilibré
o BPCO avec TVO (troubles ventilatoires obstructifs)
o Drépanocytose
o Maladie néoplasique associée
• Immunodépression
o Corticothérapie, IS > 6 mois, splé ecto ie, VIH, cache ie…
• ATCD de pneumonie bactérienne
• Hospitalisatio da s l’a e
• Vie en institution

Page 186
sur 18Page
3) Score CRB65
• Si on ne trouve pas de critère, le traitement en

ambulatoire est possible.
• A pa ti d’ it e, on envisage sérieusement
l’hospitalisation.
NB : l’âge > a s o e e l’âge physiologique.
4) Circonstances particulières
/!\ Il faut toujours penser aux gens en situation de précarité, aux circonstances particulières : isolement
social, vie en institution, trouble de déglutition, inobservance prévisible, conditions socio-éco o i ues…
Recommandations :

Page 187
sur 18Page
IV) Diagnostic étiologique

1) Examens microbiologique et biologiques
/!\ La radio thoracique est systématique. On optimise le bilan étiologique en fonction de la gravité :
• Pour un patient en ambulatoire

o Aucun examen microbiologique
• Pour un patient hospitalisé

o Hémocultures si fièvre
o ECBC (examen cytobactériologique des crachats) sur prélèvement pulmonaire
o Ag urinaire Legionella
• Pour un patient en réanimation

o Hémocultures si fièvre
o ECBC (examen cytobactériologique des crachats) sur prélèvement pulmonaire
o Aspiration endo-bronchique (si intubation orotrachéale ou IOT)
o Ag urinaire Legionella
o Ag urinaire pneumocoque
a. Antigènes urinaires
Pour deux bactéries :
➔ Legionella
o Non invasif, simple, rapide (30 min), non influencé par ATB
o Positivité pendant plusieurs mois
o Ne détecte que Lp1, soit 90% des légionelloses. On demande une PCR sur un prélèvement
pulmonaire si les ag reviennent négatifs malgré une forte suspicion
o Bonnes Se et Sp
Rappel : il ’ a pas de portage sain pour la Legionella, ’est u pathog e st i t.
➔ Pneumocoque (avec portage)

o Mauvaise Se et faible Sp
o Possible dans le liquide pleural
→ pour les patients en réanimation avec charge bactérienne plus importante.
b. Prélèvements pulmonaires
Notion de seuil bactériologique : le seuil permet de distinguer colonisation et infection. Il ’ a pas de

seuil pour Legionella et Mycobacterium tuberculosis, qui ne connaissent pas de portage sain.
On a différents seuils en fonction du prélèvement pulmonaire : globalement, plus le prélèvement est
profond, ciblé et sécurisé, plus le seuil est bas. On aura en effet moins de risque de contamination par la flore
commensale. Les techniques invasives et proches du foyer infectieux connaissent moins de contamination, mais
on privilégiera les techniques non invasives dans la mesure du possible.
Les explorations suivantes ont pour seuil de bactériémie/mL :

• Expectoration 107 bactéries/mL
• Aspiration endotrachéale (AET) à l’aveugle 105
• LBA sous fibroscopie 104
• Mini-LBA à l’aveugle, dou le cathéte 103
• Prélèvement distal protégé (PDP) sous fibroscopie avec brosse ou cathéter 103

Page 188
sur 18Page
Pou l’e pecto atio ou crachat : o aug e te le seuil ui pe et de di e si c’est co e sal ou

infectieux, et on admet un seuil important de 107 bactéries/mL.
 En bref : Ce u’il faut ete i ’est ue plus o s’app o he du fo e i fe tieu , plus o est i vasif, oi s o
a besoin de bactéries pour poser le diagnostic.
Indications du LBA :
• Echec thérapeutique
• Immunodéprimé
• Suspicion de tumeur / corps étranger
• Forme sévère (IOT)
c. Exemple : diagnostic bactériologique des infections invasives à pneumocoques
• On fait des prélèvements :

o Urines
o Respiratoires : ECBC, LBA, aspiration bronchique
o Hémocultures
o +/- PL
• A J0 :
o ag urinaires pneumocoque pour patients en réanimation -> appel service clinique si positifs
o PAS d’appel di ect pou les hé ocultu es
NB expectoration : Le ecueil se fait à pa ti d’u rinçage bucco-dentaire à l’eau, par effort de toux
(induits/kiné).
A J , o éalise l’ED : coloration de Gram, dénombrement des leucocytes et cellules épithéliales.
→ Si beaucoup de cellules épithéliales : crachat salivaire, de mauvaise qualité.

→ Si beaucoup de leucocytes : crachat profond de bonne qualité.
Résultats culture : 107 bactéries/mL (seuil >= à 107/mL)
• A J1 : identification : S. pneumoniae
• A J2 : antibiogramme
S. pneumoniae et β-lactamines
Rappels :
Streptococcus est g ale e t t ait pa p i illi e A et β-lactamines de manière générale.
Les β-lactamines agissent au niveau des PLP (Protéines de Liaison aux Pénicillines), qui permettent la
synthèse du peptidoglycane et de la paroi bactérienne. Des phénomènes de résistance peuvent apparaitre par
modification des PLP (résistance par modification de la cible en PLP mosaïque). Il ’ a pas de résistance
e z ati ue pa β-lactamase chez S. pneumoniae. O ’utilise a do c pas d’a ide lavula i ue !

Page 189
sur 18Page
Pour les infections invasives, on détermine des CMI (concentrations minimales inhibitrices) pour la
p i illi e G, l’a o i illi e et la céfotaxime C G . L’i te p étatio de ces CMI est diffé e tes selo u’o est
face à une pneumonie ou à une méningite.
Les valeurs pour la pneumonie sont :

• CMI pénicilline G < 0,064 : se si ilité à toutes les β-lactamines
• CMI pénicilline G entre 0,064 et 2 : se si ilité si aug e tatio de la dose d’ATB
• La résistance in vitro des p eu oco ues au β-lactamines ne conduit pas à l’échec cli i ue des
traitements par amoxicilline ou C3G injectable.
On trouve ainsi des pneumocoques sensibles à la pénicilline, des streptocoques pénicilline-R, et des
pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP) avec PLP mosaïque.
PSDP et méningite : t s fo te ↑ des doses d’ATB car les méninges sont un compartiment très profond.
d. Légionellose
Pas de signes spécifiques mais évocateurs. Notion de terrain immunodéprimé.

• Diagnostic
o par ag urinaires Legionella (Lp1)
o ou PCR Legionella sur prélèvements respiratoires (toutes les Legionella)
• Santé publique
o Déclaration obligatoire
o Prélèvements respiratoires pour culture : comparaison souche clinique/environnement.
• Antibiotiques à visée intracellulaire :

o Pas/peu de résistance acquise : pas d’antibiogramme
o Résistance naturelle aux β-lactamines
o Sensible aux macrolides et FQ
e. Bactéries « atypique » intracellulaires

Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia psittaci.
On fera le diagnostic par PCR +++ sur prélèvements respiratoires (AET/LBA).

Le traitement repose sur des antibiotiques à diffusion intracellulaire : macrolides ou FQ.
2) Place de la TDM thoracique

a. Indications TDM thoracique
• si radiographie thoracique non contributive ;

• si complications
o abcès (détersion du parenchyme par les PNN)
o pleurésie, empyème pleural
o obstacle endo-bronchique (corps étranger, tumeur) ;
• pour diag osti diff e tiel d’EP (embolie pulmonaire)
Le TDM est à faire avant la fibroscopie ou LBA, et avant l’e dos opie o hi ue.

Page 190
sur 18Page
b. Exemples d’images
1
2
1
3 4
1
Image 1 :
G appes alvéolai es e plies de cellules et d’œd e : condensation parenchymateuse.
Bronchogramme aérique : o che visi le au sei d’u e condensation.
Image 2 :
Image en verre dépoli : épaississement du secteur interstitiel pulmonaire alors que les alvéoles sont peu
atteintes. Image en granité. ↑ de taille de la a i e alvéolo-capillaire, très inflammée.
Image 3 :
Abcès du poumon D.
Image 4 :
Empyème pleural : liquide dans la plèvre, pleuro-pneumopathie.
3) Place de l’endoscopie bronchique

L’e doscopie o chi ue joue u ôle i po ta t e cas d’ he th apeuti ue, de pneumopathie
récidivante ou traînante, chez l’i u od p i , en cas de tumeur ou de suspicion de corps étranger, à
dista e de l’ pisode aigu ta agis e et dépistage d’u ca ce . L’endoscopie bronchique aide à la
documentation.

Page 191
sur 18Page
V) Rappel ATB probabiliste de la PAC – Traitement de la PAC à

pneumocoque
Ce sera généralement du pneumocoque. On respecte la stratification (malade ambulatoire, diagnostic

clinique, radiologique, et on compile les données…
• En situation habituelle, on retrouve majoritairement S. pneumoniae, mais aussi des virus, des
bactéries intracellulaires, H. influenzae. Les plus graves sont S. pneumoniae et L. pneumophila.
• En contexte grippal (pandémie, épidémie), on trouve majoritairement S. pneumoniae toujours,
mais aussi S. aureus, H. Influenzae, S. pyogenes A, et autres germes atypiques et intracellulaires.
1) PAC non grave ambulatoire

Stratégie de « switch ».

Page 192
sur 18Page
2) PAC non grave hospitalisée

Stratégie d’additio .
Arguments pour le pneumocque : ED et ccoci G+, antigénurie pneumocoque +
Arguments pour Legionella : AgU Legionella +
3) PAC grave (Legionella ou pneumocoque)

O dé ute d’e lée avec a ti ioti ues : antibiothérapie active sur les deux pathogènes :
C3G + macrolide !
4) PAC post-influenza (post-grippale)

Due à la flore commensale (S. aureus, S. pyogenes, H. influenzae).
• Soit on part en ambulatoire, on donne en 1ere intention amoxicilline + ac. clavulanique, et si échec à 48h,
on donne de la pristinamycine.
• Soit on part en hospitalisation en cas de sujet âgé ou avec comorbidités. On donne alors en 1ere intention
amoxicilline + ac. clavulanique, ou céfotaxmie ou ceftriaxone. Et si échec à 48h, on donne des FQAP (LEV).

Page 193
sur 18Page
Scanner de légionellose
Pneumopathie sévère multi-lobaire (répartition dans
tout le pa e ch e d’u côté et de l’aut e, de l’aé osol .
Infection endo-alvéolaire intracellulaire d’où l’aspect de
la pneumopathie condensante qui ne permet pas de différencier
de la pneumopathie à pneumocoque. (Les macrophages envahis
pa les légio elles so t da s l’alvéole / les p eu oco ues so t
li es da s l’alvéole .
Pneumocoque plutôt segmentaire et focal alors que

légionellose plutôt bilatéral et multifocal.
O évite d’utilise les FQ si ça a che avec les ac olides.
Take-home messages
• PAC : sujets âgés

• Sécurisation du parcours de soins
• Evaluer la gravité
• Streptococcus pneumoniae (pneumocoque)
• Legionella pneumophila (légionellose)
• Socle antibiotiques = amoxicilline / macrolides
• PAC post-grippale/virus pneumotropes

Page 194
sur 18Page
UE 18 – Infections respiratoires – B. LINA
Grippe et autres virus respiratoire - 162

5% de la population Française est grippée chaque année, signe d u e grande variabilité des virus d u
hiver sur l aut e. Les infections respiratoires représentent 10 millions de consultations en hiver en France. Il y a
entre 2 et 4 millions de cas de grippe chaque année.
I) Influenzavirus
1) Généralités sur la grippe
Influenzavirus est le virus de la grippe, une infection des voies aériennes respiratoires supérieures. Il a
une transmission aérienne (avec les gouttelettes de Flügge) dans un périmètre de 1m à 1m50, mais le plus
souvent le virus est transmis de manière manuportée (mouchoir poreux, … .
C’est un petit virus avec à sa surface 2
glycoprotéines importantes qui permettent de classifier
les virus de la grippe :
• L’hé aggluti i e Ha qui est la protéine
d’attache e t du virus à la cellule. Il y a
théoriquement un seul type d Ha pa vi us.
• La neuraminidase (Na) qui permet de libérer
les particules virales produites dans la cellule.
 Il en découle une classification « H ; N » des
virus de la grippe.
Le virus de la grippe est un virus enveloppé à ARN monocaténaire segmenté de polarité négative.
Il existe 3 types de virus influenza infectant l’ho e:
• Les virus de type C : ils e do e t pas d’épidé ie, seulement une rhinite simple.
• Les virus de types A et B : ils donnent des épidémies saisonnières.
Les virus A sont sous-classés en fonction des H et N, ce sont les seuls à donner des pandémies. Chez
l'homme ce sont les sous-types H1N1 et H3N2 qui sont responsables de la grippe saisonnière et qui donnent les
épidémies hivernales. Les sous-types de virus influenza A responsables des épidémies saisonnières varient en
fonction des pandémies.
Les virus B forment un groupe plutôt homogène qui a divergé durant les années 1970 en deux lignées
(lineages) : Victoria et Yamagata.
Les acides sialiques sont des récepteurs cellulaires qui permettent l'infection en interagissant avec
l'hémagglutinine du virus. Les acides sialiques sont ubiquitaires et présents en très grande quantité dans l’a e
respiratoire. C’est par l'interaction entre l’hé aggluti i e et le récepteur acide sialique que l'infection virale
commence.
L'hémagglutinine peut voir son interaction avec les acides sialiques rendue impossible du fait de
l'existence d'anticorps protecteurs/neutralisants. Ces anticorps, acquis lors de l'infection ou de l'immunisation
post-va i ale e p he t la liaiso physi ue e t e l’hé aggluti i e et l’a ide siali ue. D’aut es a ti o ps
(anticorps opsonisants) sont aussi produits lors de l'infection : ils agissent par un autre mode d'action, se liant
en général loin du site d'interaction Ha-SA., plutôt su le ôté de l’hé aggluti i e.
• Il existe des virus influenza A, B, et C.

• Seuls les virus A et B participe t à l’épidé ie de grippe a uelle.
• Les virus sont identifiés grâce à leurs protéines de surface : l’hé aggluti i e Ha et la eura i idase
(Na).
• Les sous-types de virus influenza A responsables des épidémies saisonnières varient en fonction des
pandémies.
FGSM3 Lyon-Est Grippe et autres virus respiratoires Page sur Page 1 sur 9 sur Page
9Page195
2) Evolution et épidémiologie
Lors u’il y a des mutations au niveau de la séquence de l’hémagglutinine, les épitopes reconnus par
certains anticorps (dont les protecteurs) sont modifiés. Le virus échappe donc à la réponse immunitaire
préexistante. Les modifications sur l’hé aggluti i e sont fréquentes, une éradication de la grippe est
impossible. Les virus sont toujours différents, ils évoluent de façon inéluctable, +/- rapidement et il n’y a pas
de retour en arrière. Ces modifications existent pour le type A et B, de façon rapide pour H3N2, moins rapide
pour H1N1. Ces virus se sélectionnent positivement sur le « fitness », capacité à se répliquer et à infecter. À la fin
de la sélection du variant antigénique, le virus le plus performant est celui qui va entrainer l’épidé ie.
Environ 5 % de la population française est infecté par la grippe chaque hiver, ’est en tout 500 millions
de personnes infectées par an dans le monde. Ces infections ne sont donc pas anodines. Chaque hiver, au
moment de l’épidé ie de grippe, il est observé une surmortalité de 7000 décès en moyenne pour la France.
L’évolution des virus influenza est liée à la sélection de variants d'échappement à la réponse
immunitaire. En effet, pour la grippe, ’est la pression immunitaire qui engendre les mutations, on parle alors
de mutants d’échappe e t créés par glissement antigénique. Il est nécessaire de se revacciner chaque hiver.
L’i unité préexistante ne suffit pas en cas de mutation de l’ARN entraînant des hémagglutinines avec un site
de reconnaissance des Ac diffèrent.
Pour construire le vaccin du prochain hiver, on identifie les virus les plus récents parmi ceux circulant
durant l’épidé ie de grippe contemporaine et on utilise leurs épitopes. Si le virus est à évolution rapide, un
nouveau variant apparaitra entre temps et le vaccin ne sera que peu efficace. On peut surveiller quels virus sont
responsables d’épidé ies dans l’hé isph e SUD pour prédire l’effi a ité du vaccin. La vaccination induit une
pression mais elle ne fait pas évoluer les virus plus rapidement.
Les effets de la grippe sont très variables d’u e année sur l’aut e en termes de nombres de
consultations, taux de cas grave, durée d’épidé ie… Toutes ces variables ne sont pas prédictibles. L’épidé ie
de grippe a lieu durant le premier trimestre de l’hive , à partir de janvier. Il y a une dynamique épidémique avec
une alternance d’appa itio des virus. En fonction de la période annuelle, un patient se présentant avec un
syndrome grippal ’a pas forcément le virus influenza, il peut aussi avoir été infecté par un picornarviridae (type
entérovirus, rhinovirus). On ne fait cependant pas de diagnostic probabiliste en fonction du calendrier.
Enchaînement de 3 épidémies chaque année, en début de saison hivernale :

1. Rhinovirus 2. VRS 3. Grippe
• Les virus influenza saisonniers évoluent en permanence.

• Ils so t respo sa les d’u e épidé ie saiso ière chaque année qui dure de 4 à 8 semaines.
• Cette évolution est due à la pression immunitaire (patients immunisés).
• Cette évolution concerne les virus A et B et s'appelle le glissement antigénique.
• Cette évolution est imprévisible et ne suis pas une marche linéaire.
• La pression immunitaire est engendrée par l'immunité de groupe. Individuellement, la mémoire
immunitaire est excellente et peut être maintenue plus de 60 ans après son installation.
3) Influenza A – Une zoonose

Les pandémies grippales sont toutes dues à un virus
animal (le plus souvent aviaire) qui s'est adapté à l’ho e.
Ce sont des virus qui sortent du réservoir animal.
Les pandémies de grippes existent depuis l élevage des
oiseaux donc elles sont très anciennes. Pendant la grippe
« Russe » de 1889 on a comptabilisé les morts pour la 1ère fois.
La pandémie de 1918 a été violente avec 40 millions de décès
en 1 année (il y avait 1,5 milliards d ha ita ts dans le monde
en 1918). Mais toutes les pandémies ne sont pas
catastrophiques.
9Page196
En 2009, avec un virus issu du réservoir aviaire et porcin il n'y a eu que 400 000 décès à l é helle mondiale et 400
décès en France. Cela s e pli ue car le virus ressemblait antigéniquement aux virus qui avaient circulé entre 1918
et 1957. Les personnes qui avaient déjà été exposées à ce virus à cette époque n'ont donc pas été infectées lors
de la vague pandémique.
Les virus influenza de la grippe saisonnière sont tous des virus qui ont été pandémiques. Cela signifie
u’ils sont issus du réservoir animal, et u’ils ont provoqué une épidémie mondiale (pandémie vient du grec pan
qui signifie tous et de demos qui signifie le peuple). Ces pandémies sont liées à des virus émergents qui
s’i stalle t durablement dans leur nouveau réservoir l’ho e . Ce phénomène d’é e ge e est imprévisible
mais inéluctable ; il y a en moyenne de 3 à 5 pandémies par siècle.
 Actuellement, il existe 2 alertes pandémiques : H5N1 avec une mortalité de 50% et H7N9 avec une
mortalité de 35%.
Le virus de la grippe est à l’o igi e un virus présent chez les oiseaux sauvages aquatiques. Il n’y a pas de
transmission directe de l’oiseau à l’ho e. Le virus de la grippe transite d’a ord par les oiseaux domestiques,
les cochons ou plus récemment les phoques qui jouent le rôle d’i te édiai es.
Quel facteur limite la transmission ?
L hé aggluti i e est porteuse d u RBS (receptor binding site). Le récepteur cellulaire correspondant est
constitué d a ide sialique. L a ide sialique aviaire et l a ide sialique humain diffèrent, à l o igi e de la nécessité
d u hôte intermédiaire (cochon et oiseaux domestiques) possédant les deux types d a ide sialique : l a ide
sialique humaine a une conformation en � 2-6 alors que l a ide sialique aviaire est en � 2-3.
Cependant les dernières recherches sur le virus de la grippe et ses cibles ont montré que les pneumocytes
humains de type 2 sont, avec celles de la conjonctive oculaire, les seules cellules du corps humain à présenter des
récepteurs acides sialiques � 2-3. Le virus de la grippe se multipliera uniquement là et donnera une pneumonie
sans chaîne de transmission interhumaine. Les contaminations, très rares, sont possibles à proximité d oiseaux
sauvages.
Prenons l’exe ple du virus H1N1pdm2009, un virus pandémique : en 2009 ce virus a fait des échanges
génétiques avec d’aut es virus de la grippe puis a proliféré chez le cochon et a ensuite été transmis à l’Ho e.
La pandémie est donc due à la naissance d’u nouveau virus adapté à l'homme par un mécanisme appelé le saut
antigénique. Il est dû à l’é ha ge de segments de gènes entre virus influenzas différents par réassortiment
génétique. Puis, dans un second temps, des mutations additionnelles permettent au nouveau virus de s’adapte
à l’ho e. Ce virus H1N1pdm 2009 s’est bien adapté puis u’il a mis 3 mois pour faire une pandémie.
• Les virus influenza A (et seulement les A) sont des virus zoonotiques. Les réservoirs sont les oiseaux
sauvages.
• Ces pandémies sont imprévisibles, il y en a 3 à 5 par siècle.
• Elles apparaissent grâce au mécanisme de réassortiment génétique ; on dit que le virus fait un saut
antigénique.
• Ces pandémies ont des impacts variables, de très important (grippe espagnole) à plus modéré (grippe
de Hong Kong et grippe mexicaine).
• Plus de formes graves de grippe sont observées lors des pandémies.
4) Clinique de la grippe
a) Généralités
La grippe est une infection virale des voies aériennes supérieures à transmission aérienne. Les malades
transmettent le virus en parlant, en toussant, se mouchant, éternuant. La contamination est facilitée par le
contact étroit. C’est u vi us très contagieux et à haut niveau de transmission (à dose infectante faible). La
o tagio existe à h ava t le dé ut des sy ptô es et du e pe da t jou s pou l’adulte et /8 jou s pou
l’e fa t.
On distinguera les grippes non-compliquées des formes graves (compliquées et malignes).
9Page197
b) Grippe non-compliquée
• Signes respiratoires : tableau de trachéo-bronchite
o Rhinite (car multiplication nasale) ou coryza
o Toux
o Maux de gorge
• Signes généraux
o Céphalées
o Fièvre élevée d’appa itio brutale
o Frissons
o Anorexie
o Myalgies
o Malaise
Les sig es li i ues peuve t t e dus à l’a tio di e te du vi us se ultiplia t ou aux effets lo aux et
systémiques cytokines ’est le as pou u e la ge ajo ité des sy ptô es .
➔ Il ’y a aucun signe pathognomique de la grippe. On ne peut pas faire un diagnostic de certitude rien
u’ave la li i ue. Il ’y a ja ais u sig e li i ue et ouvé pou % des as.
En revanche si on combine asthénie, fièvre et toux (les 3 symptômes les plus fréquents), on a
globalement le syndrome grippal. Cepe da t u e aladie est diffé e te d’u sy d o e, et e sy d o e g ippal
peut aussi t e o se vé lo s d’i fe tio s pa d’aut es vi us.
Voici 2 circonstances où on peut être sûr ue ’est ie la g ippe : l’e tourage du patient est contaminé
aussi et contracte les mêmes symptômes et pour un cas isolé o peut di e ue ’est t s p o a le e t la g ippe
au moment de l’épidé ie. O sait ua d a lieu l’épidémie
grâce aux données de surveillance fournies par l’I stitut de
Veille Sanitaire (InVS).
Chez un grippé, après l’i u atio , les symptômes
apparaissent 1,5 jours après l’i fe tio . La fièvre apparait en
même temps que les signes respiratoires. Les signes cliniques
apparaissent vraiment avec la fièvre au moment du pic
d’ex étio du virus (vers J2-J3). On est le plus contagieux à
ce moment-là. Puis la charge virale disparait 1 semaine après
le début de l’i fe tio , soit 4 à 5 jours après le début des
symptômes. C’est donc une maladie à courte durée. Par
contre les signes généraux (asthénie, malaise gé é al…
peuvent durer plus longtemps.
 Les prélèvements sont inutiles après 5 à 6 jours après l’appa itio des symptômes.
ATTENTION : La sérologie des infections virales respiratoires ne sert à rien ! Les Ig arrivent trop tard et
on ne se sait pas si elles datent de cette infection ou de la précédente. Dans les infections aiguës, le diagnostic
sérologique arrive trop tard.
Il faut aller chercher l’agent infectieux au site de l’i fe tio par prélèvement. Ici, on prélève dans les
voies aériennes supérieures (VAS). Il faut prélever au site de l’i fe tio et pendant l’i fe tio . Toutes les
infections virales respiratoires sont courtes. Tous les outils de diagnostic ’o t pas la même sensibilité.
Pourquoi faire un diagnostic de grippe ?
• Surveillance épidémiologique.
• Mise à jour de la composition des vaccins.
• Mise e œuv e d’u traitement curatif ou prophylactique.
9Page198
a) Prélèvements
• Respiratoires : doivent être réalisés moins de 3 jours après le début des signes cliniques ! (cf. courbe
d’ex étio vi ale .
o Ecouvillonnage, aspiration ou lavage naso-pharyngé.
o Aspiration bronchique ou LBA chez les patients graves.
• Sérums ➔ étude sérologique retardée (1 à 2 semaines après début de la maladie).
b) Diagnostic direct
• Détection rapide du virus par une technique immunologique (sensibilité médiocre) ➔ la plus utilisée
o Test unitaire au lit du patient (Test Diagnostic Rapide : 15 min) : ça marche très bien pour les
enfants.
o IF, ELISA ou immunochromatographie au laboratoire (2 heures).
o Simple, économique, plus ou moins sensible et rapide.
• Détection par RT-PCR ➔ la plus sensible :
o Fiable et rapide (2-3h pour la PCR normale).
o Possible détection multiplexe (grippe A H1N1, grippe A H3N2 et Grippe B).
o Simple, économique, sensible et rapide (3-6 heures).
Pour les patients présentant des formes graves, au-delà de l’u ge e thé apeuti ue, la a he diag osti ue à
suivre est de faire une détection rapide ui a la p op iété d’ t e spé ifi ue :
• O tie t o pte d’u ésultat positif,
• Si le résultat est négatif, on procède à une RT-PCR.
• Isolement et identification du virus en culture ➔ la plus informative mais peu utilisée, correspond à des
protocoles de santé publique :
o Inoculation sur cellules.
o La ultipli atio du vi us est évélée pa l’appa itio d’u effet ytopathog e.
o Réservé aux laboratoires spécialisés (4 à 12 jours).
c) Diagnostic indirect
Le diagnostic indirect par sérologie ’a aucun intérêt !
Prélèvements de sang :
• P e ie p él ve e t à la phase aiguë p e ie s jou s de l’i fe tio .
• Le deuxième à la phase de convalescence (10 à 14 jours après le premier).
• Les 2 sérums sont analysés dans la même réaction sérologique.
➔ Utile pour les enquêtes sérologiques post-épidé i ues déte i atio des taux d’i fe tio s
• Le diagnostic biologique de la grippe peut être rapide et sensible.

• Seul le diagnostic direct est utile pour la prise en charge du patient.
• Les prélèvements doivent être faits dans les VAS et VAI.
• La durée d’excrétio est à pre dre e co pte pour savoir si le diag ostic est e core réalisa le.
• Les tests rapides (TDR) type immunochromatographie sur membrane peuvent être faits au lit du
patient (15min).
• La RT-PCR en temps réel est la technique la plus sensible.
• La culture est possible, mais réservée à des laboratoires spécialisés.
• Ce diagnostic sensible est indispensable pour les formes graves hospitalisées.
9Page199
6) Formes graves
Il existe deux autres formes : la grippe compliquée et la grippe grave maligne.
a) Grippe compliquée
Elle apparait à tout âge mais pas de la même façon chez tout le monde. Ce sont les groupes à risque qui
font généralement une forme compliquée. On trouve ceux qui ont tous les risques de surinfections bactériennes
et les risques de décompensation d’u état de santé préalable. Ce sont les femmes enceintes et les enfants de
moins 6 mois qui ont le plus fort taux de mortalité.
La réplication du virus conduit à une surinfection bactérienne qui ne survient que parce u’il y a eu la
grippe. Les 3 bactéries responsables de surinfections bactériennes (à connaître++) sont :
• Haemophilus influenza.
• Staphylococcus aureus.
• Streptococcus pneumoniae.
Symptômes :
• Augmentation de la toux, devenant purulente.
• Foyer de pneumopathie (râles crépitants, souffle tubaire).
• Abcès du poumon.
• Pleurésie purulente.
• Otites moyennes aigues très fréquentes chez l’e fa t (VAS) dues au pneumocoque, sinusites chez le
jeune adolescent.
Plus exceptionnellement : myocardite, glomérulonéphrite, syndrome de Guillain-Barré (paralysies ascendantes
touchant les muscles des membres, parfois associée à une atteinte réversible de la sensibilité), par agression
immunologique, non dus à la présence d u pathogène.
b) Grippe grave - Maligne
C’est la grippe qui tue, en moyenne à 45 ans. Il y a 100 à 150 morts chaque hiver, sans prise en charge,
elle est fatale dans 20-50% des cas. La grippe démarre normalement puis survient :
• Une défaillance respiratoire aiguë au 2ème jour (SDRA)
• Cliniquement, on peut observer dyspnée, polypnée, cyanose, hypoxie, hypercapnie
• Les alvéoles pulmonaires sont noyées et surviennent des complications graves : AOP, défaillance
cardiaque droite, cytolyse hépatique, insuffisance rénale
Devant toute dyspnée dans un contexte de syndrome grippal, le patient doit être hospitalisé. La grippe
maligne nécessite une ventilation voire une ECMO (oxygénation par membrane extracorporelle).
Le phénomène est purement inflammatoire, causé par une surinfection bactérienne, qui peut causer des
nécroses supplémentaires.
Facteurs de gravité ♥ :
• Cliniquement : essoufflement, fièvre mal supportée ➔ Ceci conduit à un syndrome de détresse
respiratoire aiguë (SDRA).
• Biologiquement : désaturation, lymphopénie avec ou sans thrombopénie.
• Toute perturbation de la réponse immunitaire humorale.
7) Traitement et prévention
Le traitement est symptomatique et étiologique si cela est justifié.
a) Traitement symptomatique
• Mise en place de mesures d’hygi e.
• Antipyrétique : paracétamol uniquement. Pas d’aspi i e, i d’a ti-inflammatoire (risque de syndrome
de Reye hez l’e fa t, e éphalo-hépatite).
9Page200
• Antiviraux spécifiques si le patient est à risque de faire une forme grave : Oseltamivir 75mg 2x par jour
sur 5 jours (avec possibilité de doubler/modifier la dose et la durée). À commencer dans les 48 heures
suiva t l’appa itio des sy ptô es si o il ’y au a pas d’effet. Ce sont des inhibiteurs de la
neuraminidase, efficaces si donnés précocement, inutiles après 48h.
Le traitement symptomatique suffit dans la plupart des cas.
/!\ O e do e pas des ATB pour la grippe, ais pour éviter u e suri fectio d’u e i fectio actérie e
documentée
b) Traitement étiologique – Oseltamivir – TAMIFLU®

Ce t aite e t ’est do é ue s’il est justifié :
• Résolution des symptômes plus rapide.
• Amélioration du statut physique / retour à une activité normale.
• Prévention des complications :
o Baisse de la o so atio d’a ti ioti ues.
o Baisse des complications et surinfections bactériennes (OMA).
o Évite les hospitalisations.
o Réduit la mortalité.
• Réduction de la transmission.
• Evite les surinfections.
On ne débute pas un traitement antiviral plus de 48h après le début des symptômes car ça ’a plus
aucun effet. Le traitement antiviral est à donner à toute personne à risque.
[Instant ECN] En cas de question sur la grippe :
• Je mets en place un traitement s pto ati ue e évita t l aspi i e.
• Je e do e pas d a ti ioti ue.
• Si le patient présente des facteurs de gravité (toute personne susceptible de ne pas avoir fait sa
va i atio et toute pe so e ui est ve ue à l hôpital pou d sp ée ou ui e suppo te pas la fièvre), je
lui prescris un antiviral type Oseltamivir 75mg 2x/jour sur 5 jours à la condition que je sois dans les 48
pre ières heures d’apparitio des sy ptô es.
c) Vaccination
Il s’agit d’u vaccin inactivé, sans adjuvant qui comporte les 3 virus (trivalent) et sans effets secondaires
graves. Il est responsable d’u e réponse inflammatoire post-vaccinale chez certain individus (un peu de fièvre,
myalgies et maux de tête). Environ 40% des enfants font une fièvre post-vaccinale. La seule contre-indication est
l’allergie à l’œuf (1 personne/1 000 000).
L’o je tif est de vacciner 12 millions de personnes par an en France.
Recommandations actuelles :
• Femmes enceintes.
• Personnes âgées de plus de 65 ans.
• Immunodéprimés.
• Asthmatiques et BPCO.
• Malades de longue durée (diabète, AVC, insuffisance rénale, affections neurologiques et musculaires,
mucoviscidose, affections cardiaques, insuffisance respiratoire, drépanocytose).
• Enfants et adolescents traités par acide acétylsalicylique de façon chronique.
Le soignant doit être vacciné pour ne pas être le vecteur du virus car la grippe est aussi une infection
nosocomiale. Le taux de vaccination dans les HCL est de seulement 17% en moyenne, 3% chez les sages-femmes
alors u’il est de 20% dans la population française. La vaccination évite 3 à 4 000 d’i fe tio s/a .
L’effi a ité est variable en fonction des individus. Il arrive que l'efficacité vaccinale soit faible,
notamment lorsque le virus a évolué trop vite.
9Page201
II) Les autres viroses respiratoires

1) Généralités
La transmission est toujours aérienne. La réplication est intra-nasale. Les prélèvements doivent se
faire au niveau des VAS.
Il y a 4 à 6 infections respiratoires/an chez les enfants, 3/an chez les adultes.
Il y a plus de 1 000 sérotypes différents :
• Virus influenza A, B et C.
• Virus respiratoire syncytial VRS (A et B) → donne la bronchiolite du nourrisson
• Métapneumovirus humain (2 génogroupes).
• Virus parainfluenza (1, 2, 3 et 4).
• Adénovirus (plus de 8 génogroupes et 60 sérotypes).
• Rhinovirus (plus de 100 sérotypes).
• Entérovirus (plus de 90 sérotypes).
• Coronavirus (au moins 6 sérotypes).
• Bocavirus.
• Autres.
a) Epidémiologie
La grippe va du 15 novembre au 1er mars. Certains virus circulent l’été et l'automne (ex : le rhinovirus).
Le pic de l’épidé ie de VRS est toujours la semaine 52 (Joyeux Noël !). Il est responsable de la bronchiolite de
l’e fa t. Les deux autres agents potentiels sont le rhinovirus et le métapneumovirus.
Par ailleurs, il faut se rappeler u’à tout âge, les bronchites ont une cause virale, donc on ne donne pas
d’a ti ioti ue. Il ’y a pas de bronchite bactérienne.
b) Formes cliniques
• Bronchiolite du nourrisson :
• Syndrome grippal sévère : o Virus respiratoire syncytial (A & B).
o Virus influenza A, B. o Rhinovirus.
o Virus parainfluenza. o Métapneumovirus humain (2 géno-
o Adé ovi us hez l e fa t . groupes).
o Virus influenza A, B.
• Rhume banal :
o Virus parainfluenza (1, 2, 3 & 4).
o Rhinovirus (plus de 100 sérotypes). o Bocavirus.
o Coronavirus (au moins 6 sérotypes).
o Virus influenza C (+/-). • Bronchites aigues :
o Virus respiratoire syncytial (A & B).
• Otite moyenne aiguë :
o Rhinovirus.
o Virus influenza. o Métapneumovirus humain (2 géno-
o Virus respiratoire syncytial.
groupes).
o Autres. o Virus influenza A, B.
• Sinusite aiguë : o Virus parainfluenza (1, 2, 3 & 4).
o Rhinovirus. o Bocavirus.
o Coronavirus. o Adénovirus (plus de 8 génogroupes,
et 60 sérotypes).
o Rhinovirus (plus de 100 sérotypes).
o Coronavirus (au moins 6 sérotypes).
9Page202
2) Face cachée des viroses respiratoires

Le rhinovirus, dans 40% des cas donne une otite ou sinusite aiguë alors que le nez s’ass he (à la fin de
l’i fe tio .
La bronchiolite du nourrisson donne des spasmes avec dyspnée expiratoire. Les spasmes sont dus à une
réponse inflammatoire au niveau des alvéoles.
➔ Chez l’e fa t de < 2 ans : toute perte de poids, dyspnée expiratoire, trouble de l’ali e tatio doit
entrainer une hospitalisation ! Il s’agit sûrement une bronchiolite à VRS. On fait alors un prélèvement des VAS
et un lavage nasal.
3) Stratégie diagnostique des viroses respiratoires

On réalise des diagnostics directs uniquement :
• Détection rapide du virus par une technique immunologique :
o Test unitaire au lit du patient (Test Diagnostic Rapide pour les VRS seulement), résultats en 15 min,
o Tests unitaires au laboratoire (IF, ELISA), qui donnent des résultats en 3 heures.
• Détection par RT-PCR :
o Elle est fiable, sensible et rapide (résultats en 2-6 heures)
o Possible détection multiplex (recherche jus u’à 18 virus simultanément)
On peut mettre en culture le virus dans des laboratoires spécialisés. La présence du virus et sa
multiplication sont mis en évidence suite à un intervalle de 4 à 12 jours de culture par l’appa itio d’u effet
cytopathogène. C’est ce u’il y a de plus informatif mais les délais importants limitent l’i té t à l’épidé iologie.
4) Stratégie thérapeutique des viroses respiratoires

Contrairement à la grippe, il n'y a aujourd'hui aucun traitement antiviral efficace pour lutter contre les
autres virus respiratoires. Le traitement est donc symptomatique, à base d'antipyrétiques, avec une
réhydratation si nécessaire.
Ces virus sont très contagieux, leur transmission est aérienne et manuportée. Des mesures d'hygiène
doivent toujours être données afin d'éviter la diffusion intrafamiliale de ces viroses. Il faut aussi expliquer que
les personnes âgées doivent être éloignées des enfants infectés jusqu'à leur guérison.
A retenir
• Diversité importante des virus respiratoires.
• Les virus respiratoires évoluent par bouffées épidémiques.
• Les virus de la grippe évoluent en permanence.
• Les virus influenza de type A sont des virus zoonotiques qui peuvent provoquer des pandémies.
• Le diagnostic clinique de certitude est impossible.
9Page203
Vu sur le Blog du Pharmachien
Page 204
Virus des hépatites
 V. ESCURET-PONCIN
• N° 163 → Hépatites virales

o Connaître les modes de transmission des différentes hépatites virales et les
modalités de leur prévention.
o Prescrire et interpréter les examens sérologiques utiles au diagnostic.
o Connaître les grands principes du traitement et de la surveillance des hépatites
chroniques B et C.
o Connaître les modalités de prévention.
o Ide tifie les situatio s d’u ge ce et planifier leur prise en charge.
Page 205
SOMMAIRE
Les hépatites virales – p. 205 Hépatite A – p. 209
I) Etiologies vi ales I) Physiopathologie
II) Hépatites aigues ou ch o i ues II) Epidé iologie
III) Diag ostics diffé e tiels III) Cli i ue
IV) P i cipales ca acté isti ues IV) Diag ostic
V) Sig es des hépatites vi ales V) T aite e t
Hépatite E – p. 211 VI) P éve tio
I) Phylogé ie Hépatite B – p. 213
II) Epidé iologie I) St uctu e
III) Cli i ue II) Gé o e
IV) Diag ostic III) Multiplicatio hépatocytai e
V) T aite e t IV) Epidé iologie
VI) P éve tio V) Histoi e atu elle
Hépatite D – p. 221 VI) Sé ologie
I) Epidé iologie VII) P écisio s diag osti ues
II) Cli i ue VIII) P éve tio et vacci atio
III) Diag ostic IX) T aite e t
IV) T aite e t Hépatite C – p. 223
V) P éve tio I) Vi us de l’hépatite C
II) Epidé iologie
III) Histoi e atu elle
IV) Diag ostic
V) T aite e t
VI) P éve tio
Page 206
UE 18 – Virus des hépatites – V. ESCURET-PONCIN
Les hépatites virales

Ce ou s s’i t esse u i ue e t au h patites vi ales. Les aut es tiologies p i ipales d’h patite so t
les to i ues o e l’al ool, les di a e ts e : sui ide au pa a ta ol , puis l’auto-i u it et d’aut es
étiologies.
Les hépatites virales sont dues à des infections systémiques avec atteinte hépatique due à la réponse
i u itaire de l’orga is e (et non causée par un effet cytopathique direct du virus).
Les hépatites induisent des lésions inflammatoires, ainsi que des altérations dégénératives pouvant évoluer
vers la fibrose et la cirrhose. La cytolyse hépatique qui en résulte se traduit par une augmentation des
transaminases (ALAT > 10 fois la Normale . L’h patite ta t due à la po se i u itai e du patie t, les sig es
li i ues so t va ia les d’u sujet à l’aut e. Les h patites vi ales so t souve t as pto ati ues ais selo l’âge
du patie t, so tat d’i u o o p te e ou d’i u od p essio et selon le virus, la clinique sera différente.
I) De nombreuses étiologies virales

• Principalement : virus des hépatites A, B, C, D (delta), E (HAV, HBV, HCV, HDV, HEV).
• Autres étiologies virales : HSV, VZV, EBV, CMV, HHV6, adénovirus, coxsackie virus, arbovirus, virus des
fièvres hémorragiques, VIH, et d’aut es.
II) Hépatites virales aiguës ou chroniques

• Hépatite aiguë possible pour tous.
• Hépatite chronique = dues aux virus B, B+D et C. Elles évoluent vers la cirrhose et/ou le carcinome
h pato ellulai e CHC . L’h patite A e passe ja ais à la h o i it . L’h patite E peut deve i h o i ue
chez certains patients immunodéprimés.
Le HDV est un virus défectif qui nécessite l’e veloppe du HBV. Ainsi la vaccination contre le HBV
protège également du virus HDV.
La majorité des hépatites virales sont asymptomatiques tant à la phase aiguë que chronique ce qui rend le
dépistage difficile.
III) Diagnostic différentiel des hépatites : causes d’augmentation des

transaminases
• Virus hépatotropes (A, B, C, D, E) et autres virus.
• Médicaments et toxiques (champignons)
• Alcool.
• Auto-immunité, ischémie hépatique, foie de choc, angiocholite, hépatopathies de la grossesse,
syndrome de Budd-Chiari (après thrombose des veines hépatiques), maladie de Wilson (maladie
g ti ue i duisa t u e d sfo tio de la p ot i e pe etta t d’ li i e le uiv e da s la ile .
FGSM3 Lyon Est Les hépatites virales Page 1 sur 3 Page 207
.
IV) Principales caractéristiques des virus des hépatites

Le diagnostic se fait par sérologie. Il existe un vaccin pour HAV, HBV ; le vaccin pour le HEV est en cours
de développement chez nous mais déjà commercialisé en Chine. Il ’e iste pas de va i o t e le HCV ais o
peut gu i et li i e HCV, o t ai e e t au HBV ui este late t sous fo e d’ADN et peut aussi s’i t g er
au g o e de l’hôte ta dive e t au ou s de l’ volutio de la aladie. Il e iste g ot pes d’HEV tous
transmissibles par voie fécale-o ale, les g ot pes et ta t u e zoo ose t a s is à pa ti d’a i au
infectés).
Tous les virus sont à risque d’hépatite ful i a te Sauf l’HCV !!
V) Signes des hépatites virales

Hépatites Virales aiguës
Diagnostic
• Souvent asymptomatiques
• Signes cliniques aspécifiques :
o asthénie, arthralgies, myalgies
o nausées
o parfois urticaire
o ictère: présence inconstante mais oriente sur atteinte hépatique
• Biologie
o ALAT > 10N
o Hyperbilirubinémie mixte, plutôt conjuguée (ictère)
• Bilan de 1ère intention:
o IgM anti-VHA,
o IgM anti-VHE, ARN VHE
o Ag HBs et IgM anti-HBc,
o ARN VHC, Ac anti-VHC
o Eventuellement tests moléculaires selon épidémiologie
.
Conduite à tenir
• Chercher des signes de gravité: suivi clinique et biologique
o TP (taux de prothrombine) à répéter tant que cytolyse importante
o Facteur V (si traitement par AVK)
o TP< 50% = hépatite sévère
➢ Hospitalisation rapide en service spécialisé
o Sig es d’e céphalopathie hépatique → hépatite fulminante
➢ somnolence, inversion du rythme nycthéméral
➢ astérixis
➢ troubles de la conscience
➢ Hospitalisation en urgence en réanimation / centre de transplantation hépatique
• Mesures à prendre:
o éviter médicaments hépatotoxiques ou à is ue d’a u ulatio suite à l’i suffisa e
hépatique = éviter paracétamol, anti-émétiques, benzodiazépines
o prise d’alcool co tre-indiquée
o esu es d’h gi e sp ifi ues si h patite A et E: rechercher la source de la contamination
o enquête familiale notamment si hépatite B : prise e charge ou vacci atio de l’e tourage
o traitement antiviral si hépatite C aiguë
Hépatites Virales chroniques : histoire naturelle
• Atteinte hépatique évolue > 6 mois

o symptômes souvent absents ou non spécifiques
o transaminases : élévation chronique mais peut être minime ou fluctuante
• Hépatites chroniques (B, B+D, C)
o lésions associant nécrose hépatocytaire, inflammation portale, fibrose
o possi le o stitutio d’u e cirrhose (délai variable : fa teu s d’hôte et de o o idit
o la cirrhose expose à un is ue i po ta t d’hépatocarcinome (3 à 5% par an)
▪ Dépistage systématique par échographie ou imagerie chez tout porteur de cirrhose.
• Hépatite E : da s e tai es situatio s d’immunodépression, possibles hépatites E chroniques
A retenir
• Mode de transmission principal
o Oral : VHA et VHE
o Parentéral et sexuel, materno-foetal : VHB, VHC
• Hépatite aiguë
o Recherche large ou selon contexte épidémiologique et situation à risque
o Surveiller le risque d’hépatite sévère ou fulminante → t a spla tatio h pati ue d’u ge e
• Hépatite chronique (si VHB ou VHC surtout)
o A dépister chez les sujets à risque
o Ris ue d’ volutio ve s la cirrhose et le CHC
o VHB : traitements antiviraux prolongés
o VHC : antiviraux directs permettant une guérison dans plus de 90% des cas
.
Par VdC sur sa page facebook « Vie de Carabin »
Instant daddy jokes
Quel est le légume préféré de Batman ?
La batavia
Que se passe-t-il quand deux poissons se disputent ?
Le ton monte
Page 210
Hépatite A
Ce virus fait partie des Picornaviridae, (famille à laquelle appartiennent aussi les entérovirus). HAV est un
virus nu, avec une capside icosaédrique et un ARN+ monocaténaire. Il persiste da s l’e viro e e t et est
transmis par voie fécalo-orale +++ ou manuportée. L’i u atio du e 1 ois. Il existe 6 génotypes et 1 sérotype.
I) Physiopathologie
Le HAV pénètre par voie digestive, résiste au pH gastrique et passe dans le grêle puis dans le foie afin de
commencer sa multiplication dans les hépatocytes. Il ’ a pas d’effet topathog e di e t, ’est la réponse
immunitaire ui est espo sa le de l’h patite. Il a u e virémie sanguine (dure 7 à 15j) puis une excrétion
i po ta te du vi us da s l’i testi pa la bile et une excrétion dans les selles brève mais intense (concentrations
> 109 virions/g de selles) qui est présente 10 jours avant à jours apr s le dé ut de l’ict re +++. Même avant
l’i t e il peut do avoi u e o ta i atio de l’e tou age !
II) Epidémiologie
Le HAV est un virus présent surtout dans les PED (lien avec un niveau socioéconomique bas +++), en raison
du mode de contamination fécalo-orale (essentiellement par les eaux ou aliments (coquillages) souillés) On
estime à 1,4 millions/an le nombre de cas de HAV dans le monde. En France, les gens nés avant 1945 sont
fréquemment immunisés contre le HAV. Souvent la contamination se produit suite à un voyage en zone
d’e d ie. Il faut do va i e les vo ageu s. La o ta i atio pa voie sa gui e est a e ais e tai s patie ts
o e les h ophiles doive t se fai e va i e o t e l’h patite A.
On note une épid ie e ou s d’h patite A e Eu ope hez les HSH depuis fin 2016. Il y a des campagnes
de vaccination ciblées en cours.
Da s les pa s ou le vi us i ule t s fa ile e t, l’i u it se fait da s l’e fa e. O l’h patite A est

as pto ati ue da s plus de 9 % des as hez l’e fa t de oi s de ans, les épidémies sont donc rares dans les
zo es d’e d ie où le vi us est t s p se t. Lo s ue la i ulatio du vi us est oi s i po ta te pa s à
e d i it i te diai e pou le HAV), alo s l’âge de la p i o-infection est plus tardif et les signes cliniques plus
a u s, d’où des pid ies f ue tes.
III) Clinique
Les s ptô es et la sévérité aug e te t avec l’âge +++. Da s les pa s où l’e d i it du HAV est
importante, de nombreux enfants sont contaminés très petits et sont asymptomatiques. Plus l’e d i it
diminue, plus les signes cliniques sont importants car le HAV infecte les adultes :
• I cu atio ≈ ois.
• Asthénie durable, myalgies, anorexie, vomissements.
• Chez l’adulte, un ictère est présent dans 75% des cas.
• Cytolyse hépatique avec augmentation des transaminases (x20 à 40 fois la normale).
• 1 % de e hutes possi les uel ues ois plus ta d ais il ’ a pas d’i fe tio h o i ue pa le HAV
(évolution favorable).
• HAV responsable de 25% des hépatites aigues graves, 10% des transpla tatio s de foie hez l’e fa t.
FGSM3 Lyon Est Hépatite A Page 1 sur 2 Page 211

.
La o talit est fai le hez l’e fa t alo s u’elle est plus lev e hez l’adulte su tout pou les fo es
fulminantes). Les formes fulminantes sont dues à une réponse immunitaire trop importante conduisant à une
destruction brutale du foie. Le facteur V et le taux de prothrombine i di ue t l’ tat de fo tio alit du foie.
Face à une hépatite fulminante, il faut envisager une transplantation en urgence.
IV) Diagnostic
On cherche un contexte épidémiologique : consommation de crustacés, d’eau souillée, notion de voyage
+++.
L’h patite aiguë se d te te pa sérologie ui i di ue a la p se e d’IgM spécifiques anti-HAV +++ dans
le sang qui culminent 1 semaine après les signes cliniques et disparaissent en 3-6 mois. Après cette phase aiguë,
des IgG p ot ge t à vie l’i fe t . Chez e tai es pe so es, il peut avoi des e hutes e si l’h patite A e
devient jamais chronique.
C’est u e aladie à déclaration obligatoire à l’ARS (IgM positives et ALAT augmentées)
V) Traitement
Il est symptomatique : repos, pas de o so atio d’al ool et e p e d e aucun médicament
hépatotoxique comme le paracétamol.
E as d’insuffisance hépatique aiguë, hospitalisation en réanimation. On surveille les facteurs

biochimiques (bilirubine, transaminases) et l’h ostase (facteur V, TP). E as d’hépatite fulminante, on fait une
transplantation hépatique.
VI) Prévention ++
• Hygiène individuelle et collective : lavage des mains, surveillance des eaux de récoltes des coquillages (le
t aite e t pa les statio s d’ pu atio se fait e a o t des zo es de aig ade ou des pa s o h li oles),
personnel de uisi e e lu jus u’à gu iso .
• Vaccin inactivé très efficace +++. Il faut une injection puis un rappel 6 à 12 mois plus tard, la protection
dure 10 ans. Ce vaccin est conseillé pour les sujets professionnels à risque ou les voyageurs, les jeunes des
internats et services enfance et handicapés, les hémophiles (la contamination par le sang est rare mais
peut exister à cause de la phase de virémie), les hommes ayant des rapports sexuels ave d’aut es
hommes (=HSH), les sujets attei ts d’hépatopathies chro i ues (HBV ou HCV : + de risque de faire une
hépatite fulminante) et de mucoviscidose.
• E tourage fa ilial d’u cas : il faut vacci er da s u délai a i al de 4j apr s l’apparitio des sig es
cliniques du cas et sa s v ifi atio du statut s ologi ue si s ap s 19 , pas d’ATCD d’i t e et pas de
s jou > 1 a e zo e d’e d ie.
A retenir
• Virus ARN nu : contamination fécale/orale.
• Prévalence liée au niveau socio-économique.
• Aug e tatio des cas s pto ati ues et sévérité avec l’âge : ict re chez l’adulte.
• Incubation 1 mois, excrétion selles 10j avant à 10j après le début ictère.
• Pas de passage à la chronicité :
o Notion de voyages, consommation de coquillages.
o IgM spécifiques.
o Déclaration obligatoire.
• Vaccin inactivé.
FGSM3 Lyon Est Hépatite A Page 2 sur 2 Page 212

.
Hépatite E
Ce petit virus nu, à capside icosaédrique et ARN+ monocaténaire appartient à la famille des Hepeviridae
et au genre Hepevirus. HEV est à transmission fécale-orale. Il existe 4 génotypes pour 1 sérotype. Les hôtes sont
les hommes et animaux.
I) Phylogénie
• Génotype 1 : HEV Asie/Afrique.
• Génotype 2 : HEV Mexique (1 souche) + variants en Afrique centrale.
• Génotype 3 : HEV humaines et porcines des pays industrialisés.
• Génotype 4 : HEV hu ai es et po i es d’Asie Chi e/ Tai a /Japo ).
Les génotypes 1 et 2 sont strictement humains, à transmission fécale-orale ++++ et interhumaine efficace.
Les ǵ ot pes et so t des HEV a i au i fe ta t l’ho e de faço occasionnelle (zoonoses).
II) Epidémiologie
Le HEV est endémique en Asie, Afrique, Amérique centrale et du Sud (PED, faible niveau socio-
économique++++) : génotypes 1 et 2 avec une transmission interhumaine par voie oro-fécale, de personne à
personne, de façon minoritaire verticale in utéro (3ème trimestre ++) et par transfusion sanguine. La séroprévalence
est de 20 à 40 % dans les zones endémiques.
E Eu ope et A i ue du No d, il e iste des as spo adi ues d’i fe tio pa HEV. Ce so t des cas importés
de génotypes 1 et 2, liés aux voyages, et surtout des cas de génotypes 3 et 4 à transmission zoonotique. Il existe
uel ues as de t a s issio pa t a sfusio ou t a spla tatio d’o ga es. De nombreuses espèces peuvent être
infectées, surtout les porcs, sangliers, cerfs, volailles, o uillages… La transmission se fait par ingestion de viandes
de sangliers et cervidés mal cuites ++++ (saucisses de foie de porc – figatelli), par contact avec animaux infectés,
pa l’e vi o e e t o ta i .
Donc selon les aires géographiques, des génotypes sont dominants mais ces génotypes ne sont pas limités
à cette zone. Les génotypes 1 et 2 donnent un phénotype proche du HAV mais contaminent encore plus de monde
: 20 millions de cas sont répertoriés dans le monde et 70000 décès en 2005, surtout dans les pays pauvres. Le HEV
(surtout génotype 1) est responsable d’h́patite ful i a te hez la fe e e ei te (surtout au 3ème trimestre).
III) Clinique
• Hépatite aiguë.
• Incubation ≈ 1-2 mois puis on aura une augmentation des ALAT.
• Excrétion dans les selles prolongée : 2 semaines avant à 4 semaines après le début de signes cliniques
• La vi ́ ie d́ ute e e te ps ue l’e ́tio da s les selles et du e 1-2 semaines
• Différentes formes, de manière similaire au HAV ++++ :
o Asymptomatique hez l’e fa t.
o Symptomatique hez l’adulte jeu e ota e t → malaise, anorexie, nausées, douleurs abdominales,
fi v e, h pato galie, i t e, …
o Fulminantes → génotype 1 chez la femme enceinte au 3ème t i est e ++ / ATCD d’h́patite h o i ue.
o Génotypes 3,4 : asymptomatique (80% des cas) ; formes extrahépatiques (5%) : atteintes neuro,
cryoglobulinémie, thrombocytopénie ; atteintes sévères si hépatopathie sous-jacente
Pas de passage à la h o i it́ hez l’i u o o ṕte t sauf cas particulier. Le génotype 3 peut donner
u e i fe tio h o i ue hez l’i u od́p i ́ ++++ (ceci est lié à une faible réponse des Lymphocytes T). La
mortalité est, comme pour le HAV, faible pour la population générale (0,2 à 0,4%). Mais elle est élevée chez la
femme enceinte (10 à 25%) à ause de l’h patite ful i a te.
FGSM3 Lyon Est Hépatite E Page 1 sur 2 Page 213

.
IV) Diagnostic
• Sérologie ++++ → IgM anti-HEV peut a ue de se si ilit hez l’i u od p i ), IgG anti-HEV en
augmentation sur 2 échantillons sériques constitutifs. La sérologie peut-être en défaut chez
l’i u od p i d’où i t t de la e he he du g o e vi al.
• RT-PCR pou e he he de l’ARN d’HEV da s le sa g ou les selles au ou s de la phase d’h́patite aiguë,

chez les patients immunodéprimés et si persistance de la cytolyse du VHE dans le sang ou les selles
supérieure à 6 mois (forme chronique).
V) Traitement
Il est symptomatique pour une hépatite aigue. E as d’hépatite fulminante, il faut faire une
transplantation.
Da s u as d’infection chronique due au génotype 3 hez l’i u od́p i ́ :

• Di i utio de la dose d’i u osupp esseu pour rétablir les Lymphocytes T.
• Traitement en monothérapie : bonne efficacité → Ribavirine, guérison dans 66% des cas en 3 mois
VI) Prévention
Elle repose toujours sur les gles d’h gi e et l’a lio atio des conditions sanitaires. Il faut faire
atte tio au via des peu uites ou ues, au seau de dist i utio d’eau. U vaccin anti-HEV (antigène
o espo da t à u e pa tie de la p ot i e de apside du VHE de g ot pe 1, s’asse la t sous fo e de pseudo-
pa ti ules vi ales) est is à dispositio e Chi e ais il ’est pas disponible en France. (Ce vaccin a pour le moment
été évalué dans la région du Jiangsu en Chine où circulent du HEV génotypes 1 et 4).
A retenir
• Virus ARN nu :
o G. 1 et 2 : contamination fécale/orale.
▪ Endémie PVD, retour voyages Europe, USA.
o G. 3 et 4 : zoonose.
▪ Contamination viande sanglier/porc mal cuite.
• Aug e tatio as s pto ati ues et śv́ it́ ave l’âge :
o I t e hez l’adulte.
o Hépatite fulminante femme enceinte 3ème trimestre, mortalité 20%.
• I u atio 1 ois, pas de passage à la h o i it́ hez l’i u o o ṕte t. Mais as d’h́patite E
chronique (VHE ǵ ot pe ) hez l’i u od́p i ́.
• Diagnostic :
o Notion de voyages, eau souillée ou consommation de viande mal cuite.
o IgM anti HEV ; ARN HEV si immunodéprimé.
o Traitement symptomatique.
o Vaccin en cours de développement (approuvé en Chine).
FGSM3 Lyon Est Hépatite E Page 2 sur 2 Page 214

.
Hépatite B
L’HBV est u vi us de la fa ille des Hepad avi idae à ADN circulaire partiellement bicaténaire à capside
icosaédrique. Il est enveloppé ET t s sista t p o l e de t a s issio lo s d’AES ava t u’il e iste u va i
anti-HBV ! ave u e e veloppe esse tielle e t d’o igi e vi ale o stitu e d’Ag HBs (S = Surface) et de lipides. Il
existe 9 génotypes, il est important de le savoir pour adapter le traitement. Il s’agit d’u des vi us les plus
o tagieu d’où u e vaccination obligatoire des personnels de santé.
I) Structure
Dans le sang se trouvent différentes sortes de particules virales :
• Particules de Dane = virions complets = e veloppe vi ale ave l’Ag HBs + apside + p ot i es vi ales +
ADN viral + polymérase virale).
• Enveloppes vides non infectieuses (= auto-assemblage des Ag HBs en excès).
II) Génome
Le génome très petit (3200 paires de bases) est un ADN circulaire partiellement bicaténaire. Il possède
des cadres de lecture partiellement chevauchants permettant de compenser la petite taille du génome viral et
de coder pour les différentes protéines du virus.
Différents gènes vont code pou l’Ag de su fa e HBs :

• Les gènes pré-S1, pré-S2 et le gène S codent pou l’a tig e HBs.
La protéine majeure (S) → est codée par le gène S, la protéine moyenne (M) est codée par les gènes
préS2 + S, la grande protéine (L) est codée par les gènes préS1+ préS2 + S.
• Le gène P code pour la polymérase à activité multiple :

o Transcriptase inverse (cible des antiviraux).
o ADN polymérase ARN dépendante.
o ADN polymérase ADN dépendante.
• Le gène X code pour la protéine transactivatrice. Ce g e a u ôle da s l’o oge se du vi us, il agit en
ta t ue p o oteu de l’ADN de l’HBV et p o oteu du g o e de l’hôte.
• Le gène C et le gène pré-C vo t ode l’Ag de capside. L’Ag HBc est od pa le g e C, l’Ag HBe secrété
dans le sérum est codé par les gènes pré-C + C (forme sécrétée de l’Ag de capside qui ’est présent que
dans le foie). Une mutation dans le gène pré-C (mutant pré- o e e t aî e l’a se e de s tio d’Ag
HBe da s le s u , ais le g e C ode toujou s pou l’Ag HBc et les virus sont toujours présents ! L’Ag
HBe est un marqueur de réplication du virus.
FGSM3 Lyon Est Hépatite B Page 1 sur 8 Page 215

.
On peut détecter des anticorps anti HBe, anticorps anti HBs, anticorps anti HBc et les Ag HBs, mais pas
les Ag HBc : le eflet de l’Ag HB est l’a tig e HBe d te t da s le s u du patie t sauf e as de utatio
dans la région pré-C.
III) Multiplication hépatocytaire

Le g o e vi al est li da s l’h pato te. O l’ADN ta t pa tielle e t i at ai e, la pol ase
finit dans un 1er te ps la fa i atio de l’ADN dou le i a tivit ADN pol ase ADN d pe da te . Ai si o
aboutit à un ADN super-enroulé ou ADNccc (circular covalently closed DNA) : ADN circulaire fermé de manière
covalente.
L’ADN est espo sa le du fait ue l’o e gu it ja ais de l’HBV a et ADN pe siste sous ette
forme ccc da s les h pato tes. Chez l’i u o o p te t, l’h patite est souve t solutive ais o ’ li i e
jamais complètement cet ADNccc.
Puis les enzymes cellulaires vont fabriquer à partir de cet ADN ccc des ARN pré-génomiques et des
ARNm qui seront traduits ensuite en protéines par la machinerie cellulaire. A partir des ARN pré-génomiques la
polymérase par son activité RT (reverse transcriptase ou t a s iptase i ve se va s th tise l’ADN viral.
L’e se le du g o e et des p ot i es pe et la efo atio de vi us. (Contrairement au HIV, ici la RT
intervient à la fin du cycle viral) → Ce système est très spécifique du vi us de l’HBV.

.
IV) Epidémiologie
Dans le monde, 2 milliards d’i dividus o t
rencontré le virus. 257 millions de personnes sont
po teuses h o i ues d’HBV da s le o de et l’HBV
provoque 600 000 décès par an. En France, 8,2% soit 5
millions de personnes ont rencontré le virus, on considère
que 0,7% de la population est infectée chroniquement
(300 000 cas). Il a environ 1500 décès par an. La
prévalence est très forte en Asie et en Afrique (8 à 10%).
Le VHB est responsable de 50% des hépatocarcinomes
qui peuvent survenir même en absence de cirrhose (rôle
pro-oncogène du VHB). Il faut donc suivre ces patients et
faire des échographies abdominales ++. Le dépistage CHC
consiste en une échographie abdominale au moins une
fois par an en cas de cirrhose et une fois tous les 2 ans si
le patie t est po teu d’Ag HBs sans cirrhose.
L’HBV est u vi us t s sista t p se t da s tous les fluides de l’o ga is e ais à des o e t atio s
différentes (cf tableau ci-dessous . C’est u e MST. La t a s issio est lev e, pa voie sa gui e AES ou
toxicomanie) et sexuelle.
Forte Moyenne Faible

sang sperme urines
sérum sécrétions vaginales selles
lymphe sueur
salive lait
larmes
Transmission : L’e veloppe est d’o igi e vi ale et non membranaire ce qui lui confère sa résistance.
• Voie sanguine : si pas de matériel à usage unique (aiguilles, seringues) ou blessures: toxicomanes,
tatouage, piercing, AES
• Voie sexuelle
• Transmission horizontale (enfant-enfant, famille, de personnes à personnes) par la salive si lésion.
• Transmission verticale mère-enfant
o Au o e t de l’a ou he e t / Sang maternel contaminé (important en Asie notamment).
o Allaitement.
En raison de la transmission mère-enfant, il existe un dépistage obligatoire de l’Ag HBs hez la e au

6ème mois de la grossesse (elle est maintenant recommandée lors de la première consultation prénatale avant
10 SA). E effet l’ volutio devie t h o i ue da s % des as e as d’i fe tio hez le ouveau-né (risque
important de carcinome hépatocellulaire à 40 ans).

.
V) Histoire naturelle
L’i fe tio solutive e veut pas di e gu iso a l’ADN pe siste da s les ellules, ais o e
d te te plus l’Ag HBs, et o d te te les a ti o ps a ti-HBs et anticorps anti-HBc.
L’i fe tio est h o i ue si l’a tig e HBs pe siste ois ap s l’infection car la réponse immunitaire
est i suffisa te. Lo s du po tage i a tif, l’o ga is e tol e la p se e du vi us sa s aug e tatio des
aminotransférases.
La diff e e des fo es li i ue est due à la po se i u itai e de l’o ga is e ui ha ge selon les

personnes.
On a 3 cas :
• Formes asymptomatiques % : la po se i u itai e est i suffisa te et le vi us gag e. Do il ’ a
aucune lyse des hépatocytes. Mais il y a un risque de passage à la chronicité.
• Formes symptomatiques : il y a une réponse adaptée avec destruction des hépatocytes infectés :
résolution.
• Formes fulminantes : il y a une réponse immunitaire trop forte et on aura une lyse hépatique.

.
VI) Sérologie
Lo s d’u e hépatite aiguë résolutive o d te te e phase aiguë l’Ag HBs et l’Ag HBe si i fe tio pa u
vi us sauvage . La p se e d’IgM puis d’IgG a ti HB so t le eflet de la po se i u e a ti-HBV. Puis
apparaissent les Ac anti-HBe. L’appa itio des A a ti-HBs sig e la solutio de l’i fe tio et la « guérison »
du sujet.
L’h patite devie t h o i ue si l’Ag HBs est p se t plus de 6 ois ap s le d ut de l’i fe tio en
aiso de l’a se e d’A a ti-HBs. L’Ag HBe va aussi pe siste , ap s plusieu s a es il pou a avoi u e
réponse anti-HBe se t aduisa t pa la dispa itio de l’Ag HBe. Cette i u it peut o dui e à la s le tio de
virus mutants pré-core qui échappent aux Ac anti-HBe. Ta t u’il ’ a pas d’appa itio d’A a ti-HBs l’i fection
sera toujours présente.
En cas de co-infection avec le VIH, on a seulement des Ac anti HBc.
Que e soit da s l’h patite aiguë ou h o i ue, les IgG a ti-HBc ne disparaissent jamais : ils signent
une infection actuelle ou résolue par HBV.
Voici les différents profils sous formes de tableau qui reprend les données des courbes vues plus haut et
leur code couleur.

.
La stratégie diagnostique s’appuie sur 2 à 3 marqueurs parmi Ag HBs, anti HBs et anti HBc
nd
• Découverte Ag HBs : à confirmer sur un 2 prélèvement (contrôle identité)
• + recherche d’une co-infection par HDV est indispensable !
• Présence d’Anti HBc signe un contact avec HBV (infection en cours ou résolue)
• Présence d’Anti HBs signifie vaccination si Anti-HBs isolés; ou infection ancienne par HBV si avec
Anti-HBc
• Ag HBe : produite lors de la réplication sauf si mutant pré-core
• Anti-HBe présents chez tous les porteurs de mutants pré-core (70% en France)
• ADN VHB présent = infection active à VHB et risque de contamination de l’entourage → Cela nous
sert à savoir si on traite ou non les patients
I te p tatio e as d’Ag HBs positif d’ap s REMIC 0
3 catégories de patients :
• Ceux qui sont immunotolérants (infection en étant enfant) : charge virale très élevée, transaminases
normales mais pas de lésion au niveau du foie → traitement ap s l’âge de 0 a s (et vaccin possible
pour lutter contre la contagiosité).
• Ceux dont le système immunitaire a réagi : hépatite immunoactive avec augmentation des
transaminases se traduisant par une baisse de la réplication du virus. On fait une ponction/biopsie
hépatique pou voi le deg de l’attei te → Traitement.
• Ceux qui ont un portage inactif : charges virales peu élevées et sans lésions hépatiques → pas de
traitement mais surveillance.
VII) Précisions diagnostiques

L’h patite B aiguë est à déclaration obligatoire.
Le génotype est important à déterminer pour le choix du traitement et le pronostic (séquençage ou
hybridation moléculaire) :
• Mutants pré-core : séquençage de la région pré-C :

o A se e de p odu tio d’Ag HBe (par mutation au niveau région pré-C).
o En phase aiguë si contamination par un variant mutant pré-core.
o E phase h o i ue ap s s le tio atu elle d’u uta t p -core par anticorps anti-HBe.
• IgM anti-HBc : ne signe pas forcément une infection aiguë : présents au cours de réactivations.

.
VIII) Prévention et vaccination

Le va i est le ode de p ve tio p i ipal de l’h patite B.
Les mesures préventives générales sont le port du préservatif et la prévention des transmissions par le
sang (exclusion des dons).
L’i u oth apie passive pa i je tio d’a ti o ps a ti-HBs + vaccination est possi le e as d’AES hez
un sujet non vacciné, chez tout nouveau-né ayant une mère Ag HBs+ (dans les 3 jours après la naissance).
Une immunothérapie passive seule est utilisée après une transplantation du foie (pour éviter la
recontamination du greffon) et e as d’AES hez le sujet e po da t pas à la va i atio .
Vaccin : à base d’A tig e HBs recombinant. Chez un sujet vacciné on ne trouve que des Ac anti HBs. Le
vaccin contre HBV est recommandé chez les nourrissons (bonne tolérance). Le vaccin doit être administré à 2
mois, 4 mois et 11 mois : ’est u vaccin hexavalent (associé au vaccin anti Haemophilus influenzae type b,
diphtérie, tétanos, poliomyélite, coqueluche). Il faut 1 mois de délai entre les deux premières injections et 6
mois de délai entre la 2ème et la 3ème injection. Mais si on veut immuniser rapidement, on peut injecter 3
doses rapprochées puis une 4ème un an plus tard. La population générale est non vaccinée.
Immunothérapie passive par Ig spécifiques anti-HBs : Cas du nouveau- d’u e e a tig e HBs+ : il
a u o t ôle o ligatoi e du a t le e ois de g ossesse de l’A tig e HBs. Si o d te te u a tig e HBs+
chez la mère le nouveau-né est vacciné à la naissance et on lui administre des Ig anti-HBs puis il reçoit deux
doses de vaccin à 1 et 6 mois. Il faut contrôler la sérovaccination afin de voir si le vaccin a été efficace. Ainsi on
contrôle la sérologie à 9 mois (1 à 4 mois après la dernière injection).
IX) Traitement
Traitement curatif :
• Hépatite B aiguë : ttt symptomatique avec du repos et éviction des hépatotoxiques. Il faut une enquête
fa iliale pou voi si l’e tou age po te l’Ag a ti-HBs et mettre en place une immunoprophylaxie et une
vaccination.
• Hépatite B fulminante : ttt symptomatique, ttt possible par ténofovir ou entécavir, il faut envisager une
transplantation.
• Hépatite B chronique : ttt lou d ave eau oup d’effets se o dai es. On ne traite donc pas forcément
tous les cas. On traite si on détecte une activité inflammatoire ou une fibrose de stade A2 et/ou F2
(Score METAVIR ≥ A2F2). L’app iatio de la fi ose h pati ue est faite par des tests biochimiques
fibrotests (dosages de protéines) et par fibroscan i age ie pe etta t de esu e l’ lasti it du foie et
d’ value le deg la fi ose . La Po tio Biopsie H pati ue ’est plus s st ati ue i vasive, pas
toujours juste car parfois biaisée par le lieu de ponction . La ua tifi atio de l’ADN pe da t le
t aite e t pe et de suiv e l’effi a it du t aite e t a tivi al et de d te te si u vi us sista t a t
sélectionné.
Les patients ID et de moins de 30 ans sont à traiter pour prévenir les complications !
• Les patients immunodéprimés sont traités par analogues de nucléosides quel que soit le stade de la
aladie h o i ue. E as d’h patite B solue, la a tivatio possi le du vi us est suivie pa ha ge
virale et selon le contexte un traitement par analogue de nucléoside est instauré.
Le but du traitement est :

• De diminuer la réplication du virus et de contrôler la charge virale (< 103 copies/mL) afin de normaliser
les transaminases afin de prévenir la cirrhose et le carcinome hépatocellulaire.
• D’i dui e u e s o o ve sio ave l’appa itio des a ti o ps a ti-HBe puis au final des anticorps anti-
HBs seul v e e t pe etta t d’e visage l’a t du t aite e t da s le ut de p ve i la
transmission virale.

.
Bilan traitement : conduite à tenir en première intention
• Immuno-modulateurs : IFN- pégylé

o Injection SC, pb de tolérance (effets secondaires trop importants, état grippal ect..)
o Après 48 semaines: séroconversion HBe et HBs chez 30% et 15% des patients
OU
• Analogues de nucléos(t)ides ++ : Entécavir (Baraclude) ou Ténofovir (Truvada, Viread)

(effets secondaires au niveau osseux et au niveau rénal)
o Peu de mutants résistants et bien tolérés pour le moment
o Peu de séroconversion anti-HBs (environ 2% pour entécavir)
o Restent actifs si résistance à la lamivudine, cependant entécavir moins actif si résistance à la
lamivudine
• Autres molécules :
o Non envisagées en 1ère intention. Pas de monothérapie par Lamivudine (résistance)
o Poursuivies si efficaces chez un patient déjà traité
•
Le traitement as su l’i te f o α pégylé est possible chez les patients jeunes, avec fibrose modérée,
charge virale faible, ALAT élevées et génotype A.
Beau oup d’effets i d si a les so t li s à e t aite e t donc on le réserve aux cas où il a des chances
d’ t e le plus effi a e et ie tol . La ol ule pe et d’aug e te la po se i u itai e. Ap s e vi o
an de ttt, 30% des patients développent des anticorps anti-HBe et 15% des anticorps anti-HBs.
Da s les aut es as, o utilise d’aut es ol ules, des analogues de nucléos(t)ides. L’entécavir ou le
ténofovir sont actuellement recommandés en 1ère intention. Ils pe ette t de dui e la ha ge vi ale jus u’à e
u’elle soit i d te ta le da s plus de % des as. Ces ttt inhibent la réplication du virus mais induisent peu de
séroconversion anti-HBs et doivent être pris à vie. Si des virus mutants sont sélectionnés il faut changer de
molécule.
(Le contrôle viral est réalisé tous les 3 mois et si la baisse virale sur 6 mois est inférieure à 2log, ça veut
di e ue le t aite e t ’est pas efficace, il faut en changer.)
A retenir
• Virus ADN, enveloppe résistante.
• Cy le vi al : ADN = pe sista e, a tivit T a s iptase I ve se de l’ADN poly ase.
• > 240 millions porteurs chroniques/monde (Asie, Afrique).
• Virus présent au niveau sécrétions sexuelles, salive, sang, lait, urines, selles, sueur :
o Transmission verticale, horizontale, sanguine.
• Incubation 2-3 mois, 80% asymptomatique, peu de chronicité (10%) sauf nouveau-né (90%) et
Immunodéprimés (risque de réactivation virale).
• Chronicité avec différentes phases : surveillance au long cours car risque carcinome hépatocellulaire !
• Profils sérologiques. Hépatite B aiguë symptomatique : déclaration obligatoire.
• Prévention : VACCIN, mesures préventives T° Sg, sexuelle, lait, Ig spécifiques (cas nouveau-né).
• Traitement :
o Formes aigues : symptomatique.
o Formes chroniques avec activité inflammatoire et réplication :
▪ IFN-α pégylé ou
▪ Analogues de nucléos(t)ides : Ténofovir, Entécavir.

.
Hépatite D
• Pas de famille attribuée, proche des viroïdes et des virus satellites à ARN des plantes.
• Genre : Deltavirus.
• Virus défectif à ARN (petit ARN circulaire simple brin).
• 8 génotypes.
U e i fe tio pa l’HDV essite o ligatoi e e t soit u e co-infection HBV-HDV soit une surinfection
pa HDV hez uel u’u ui est d jà i fe t pa HBV. Ce vi us ’e iste jamais seul : il utilise l’e veloppe de HBV
(Ag HBs) pour sa réplication complète et sa transmission.
I) Epidémiologie
Description initiale HDV chez toxicomanes en Italie. La répartition est mondiale mais les zones les plus
touchées sont : l’A azo ie, e tai s pa s d’Af i ue et d’A i ue lati e, le assi dite a e , les pays
d’Eu ope de l’Est.
• Dans le monde > 15 millions de porteurs de HBV sont infectés par HDV.
• En France, 2 à 5% des porteurs d’HBV so t i fectés par HDV (plus de 8 % so t des igra ts d’Afri ue
ou d’Europe de l’Est
Transmission : idem que pour HBV.
II) Clinique
1) Co-infection HBV + HDV
• Plus grave ++
• Les sig es li i ues so t les es ue pou l’h patite B seule, pas plus de ris ue d’hépatite
chronique.
• Aug e tatio du ris ue d’hépatite fulminante (5% des cas contre 1% avec l’HBV seul)
• Si la répli atio d’HBV s’a te, la pli atio d’HDV s’a te gale e t.
2) Surinfection par HDV d’une hépatite B chronique

• L’hépatite ui e résulte est ful i a te da s à 2 % des cas.
• Elle est chronique dans 80% des cas : une hépatite D chronique complique l’h patite B d jà e ista te :
o présence Ag HBs en abondance ce qui favorise la réplicatio assive d’HDV.
o l’HDV i te f e ave HBV ce qui entraine une di i utio de l’ADN d’HBV (sauf si ID associée).
o l’HDV accroit la sévérité des lésions hépatiques et diminue l’efficacité du TTT anti-HBV.
III) Diagnostic
• Recherche au départ par sérologie chez :
o Sujets Ag HBs+
o Hépatite aiguë chez un porteur connu Ag HBs +.
o Hépatite fulminante.
• Si anticorps anti-HDV + :
o Rechercher ARN HDV.
o Quantification ARN HDV pour faire un suivi par TTT antiviral.
FGSM3 Lyon Est Hépatite D (delta) Page 1 sur 2 Page 223

.
IV) Traitement
• Formes aigues : traitement symptomatique.
• Formes aigues fulminantes : transplantation hépatique.
• Formes chroniques :
o IFN-α pégylé (1an). Si ’est effi a e ave u e di i utio de l’ARN, o pou suit l’IFN-α pégylé (6
mois à 1 an de plus si toléré). L’association d’analogues de nucléosides cont e l’ADN de HBV est
peu efficace si VHB+VHD ca tant u’il y a de l’Ag HBs le VHD peut se épli ue .
o Transplantation hépatique.
V) Prévention
• Idem que pour HBV.
• Vaccin anti-HBV.
A retenir
• Virus ARN défectif : nécessite co-infection avec HBV pour se répliquer (utilisation enveloppe HBV).
• Répartitio géographi ue ( assi éditerra ée , pa s de l’est, certains pays Afrique et Amérique
Sud).
• Transmission : idem HBV
• Co-infection HBV-HDV :
o cli i ue proche HBV, aug e te ris ue d’hépatite ful i a te
• Surinfection HBV par HDV :
o Aug e te ris ue d’hépatite ful i a te.
o Ris ue d’hépatite D chro i ue (8 % des cas .
• Diagnostic : ARN HDV à rechercher si patient infecté par HBV, si hépatite fulminante.
• Traitement : IFN-α pégylé.
• Prévention : vaccin anti HBV.
FGSM3 Lyon Est Hépatite D (delta) Page 2 sur 2 Page 224

.
Hépatite C
I) Virus de l’hépatite C – VHC
• Découvert en 1989 par des techniques entièrement moléculaires.
• Famille des Flaviridae, genre : Hepacivirus.
• Virion associé à des lipoprotéines ➔ il suit le métabolisme des lipoprotéines ce qui le rend difficile à
cultiver in vitro.
• Virus à ARN + avec une capside et une enveloppe.
• 6 génotypes majeurs (dont le 1 est le plus fréquent en Europe et Amérique), plus de 24 sous-types et
quasi-espèces multiples dues aux e eu s de l’ARN poly é ase vi ale ➔ virus qui échappe à la réponse
i u itai e et is ue d’é e ge e de ésista es aux a tivi aux. Le t aite ent repose sur des
associations d’a tivi aux pou li ite le is ue d’é e ge e de ésista es. Les virions sont associés aux
lipoprotéines : les lipides sont importants dans toutes les étapes du cycle viral.
La pa tie ’ est e o ue pa u i oso e pou i itie la
traduction.
Dans le génome du virus, on a une région codant les
protéines structurales (S) : capside (C), glycoprotéines
d’e veloppe E et E , p otéi e t a s e a ai e p .
On a également une région codant pour les protéines non
structurales (NS) :
• NS3 = protéase permettant de cliver la protéine traduite
• NS4A = co-facteur de NS3
• NS5B = polymérase du virus
• NS5A = co-facteur de la NS5B
Certai es de ces protéi es o structurales so t les ci les d’a tiviraux très efficaces contre le virus de
l’hépatite C.
II) Epidémiologie
• Prévalence : (Chiffres OMS 2015) 71 millions de cas dans le monde (1% de la population mondiale
infectée) et 350 000 décès /an dans le monde. Il y a 2,3 millions de coinfectés VIH-VHC.
En France : prévalence Ac anti VHC : 0,84 % et 220 000 porteurs chroniques.
• Transmission :
o Par voie sanguine +++ :
▪ Toxicomanie (prévalence anti VHC chez 50% des toxicomanes) : réinfections
fréquentes !
▪ Matériel contaminé mal désinfecté (endoscopes avant 1995, piercing, tatouages,
acupuncture, mésothérapie).
▪ AES.
▪ Transfusion avant 1991 (prévention : RT-PCR réalisée sur les dons de sang depuis 2001).
o Par voie sexuelle et périnatale : possible mais beaucoup plus faible que pour HBV (il faut des
lésions).
o Materno-fœtale : 3-4%
o Risque accru si co-infection VIH-VHC
o Mode inconnu dans 20 à 30% des cas (probablement par matériel de toilette commun).
o Intrafamiliale par le sang : ne pas partager des objets tranchants, les brosses à dents, etc !
• Génotypes : le virus existe sous la forme de 6 génotypes.
o Génotype 1 (1a, et surtout 1b) : sujets contaminés par transfusion ou dont le mode de
contamination est inconnu.
o Génotype 3a, 4 : toxicomanes.
o Génotypes 2a, 4, 5, 6 : plus rares.
FGSM3 Lyon Est Hépatite C Page 1 sur 4 Page 225

.
Le VHC est responsable dans les pays développés de 70% des hépatites chroniques, 60% des CHC, 30% des
transplantations hépatiques.
Gros problème de santé publique.
III) Histoire naturelle
L’i u atio est assez lo gue : de jou s à ois. L’hépatite aigue est t s souve t asy pto ati ue
(90%). Dans 20% des cas la guérison est spontanée mais dans 8 % l’hépatite devie t chro i ue si la virémie est
supérieure à 6 mois : elle est souvent asymptomatique (80%) mais si elle est active on a une augmentation des
transaminases et des lésions hépatiques dues à la réponse immunitaire après multiplication du virus dans les
hépatocytes.
• Les lésions au niveau hépatique peuvent évoluer en fibrose hépatique puis en cirrhose puis en carcinome
hépatocellulaire. L’évolutio est le te su u e vi gtai e d’a ées et se a a té ise do à te e pa u
cancer du foie.
• Lo s d’u i fe tio h o i ue, o peut o se ve u syndrome métabolique lié au VHC (stéatose
hépatique, hypocholestérolémie, insulino-résistance) et/ou un lymphotropisme (possibles
manifestations auto-immunes chroniques dues à la réponse immunitaire : cryoglobulinémie, vascularite,
ou des lymphomes).
Problème : la primo-i fe tio et l’i fe tio h o i ue éta t la plupa t du te ps asy pto ati ue, le vi us
est gé é ale e t dé ouve t ta d. Le patie t a été o tagieux lo gte ps sa s le savoi , d’où l’i po ta e du
dépistage.

.
IV) Diagnostic
Le diagnostic se base sur un dépistage qui se fait par :
• Détection des anticorps anti-VHC par test ELISA. Test très sensible. /!\ La séroconversion est tardive (3 à
4 mois après la contamination)
o Si la sérologie est négative :
- A se e de o texte d’expositio é e te ou d’ID sévère : absence de contact avec le VHC
- Si exposition ou ID : e he he de l’ARN du VHC
o Si la sérologie est positive on doit confirmer le résultat par :
- Un second test ELISA sur un second prélèvement : on sait que le patient a des anticorps mais
on ne sait pas si l’i fectio est aigue, chro i ue ou si le patie t a guéri.
- RT-PCR sur un second prélèvement :
▪ si elle est positive elle confirme une hépatite aiguë ou chronique selon le contexte. La
pe sista e de l’ARN du VHC > ois ap s épisode aigu sig e u e i fe tio h o i ue.
Dans ce cas on réalise un génotypage qui conditionne la stratégie thérapeutique.
▪ Si RT-PCR égative → le patient est immunisé et a guéri de son hépatite C. Attention il
peut y avoir des réinfections (fréquent chez les toxicomanes).
La RT-PCR quantitative permet de connaitre la charge virale et donc de suivre la réponse au traitement.
Si l’ARN viral est i détecta le - 4 se ai es apr s l’arr t du traite e t, alors o a une RVS (Réponse
Virologique Soutenue).
E as d’hépatite C h o i ue, la sévé ité de la fi ose doit t e app é iée pou guide la dé isio
thérapeutique (Score Métavir établi par Fibrotest [test biochimique] et Fibroscan). Les nouveaux traitements
antiviraux sont actuellement remboursés si le score de fibrose F≥2. S’il y a des pathologies asso iées al ool,
stéatose, … ), on fait une biopsie de foie.
L’attei te hépati ue est appréciée par échographie abdominale (dépistage) et IRM (pour confirmation).
V) Traitement
1) Traitement de l’hépatite C aiguë
• Da s les o textes d’AES p ofessio els, de toxi o a ie, t a s issio sexuelle, éi fe tio f é ue te, …
• Le diagnostic est basé sur la recherche d’ARN viral avec un suivi sérologique (Les Ac peuvent rester
négatifs dans les 6 semaines après contamination).
• Il est e o a dé de t aite pou p éve i le is ue d’hépatite C h o i ue et di i ue les is ues de
transmission. Il faut sensibiliser le patient pour réduire le risque de contamination.
• O a aujou d’hui des olé ules t s effi a es ui so t utilisées e asso iatio . Il existe aussi des molécules
pangénotypiques. Par exemple, génotype 1 ou 4 : traiter par Sofosbuvir (élimination rénale) + Ledipasvir
(8 semaines) ou génotype non 1 et 4 : Sofosbuvir + Velpatasvir (12 semaines)
• Les traitements vont probablement évoluer suite à la découverte des nouveaux antiviraux spécifiques du
VHC à leur évaluation en cours dans ce contexte.
2) Traitement de l’hépatite C chronique aujourd’hui

Le t aite e t de l’hépatite C h o i ue a lo gte ps reposé sur l’associatio IFN-α pégylé + Ribavirine.
Ces molécules ont des effets secondaires non négligeables et le traitement était très long (6 mois à 2 ans selon les
génotypes).
• Effets se o dai es f é ue ts de l’IFN : syndrome pseudo-grippal, asthénie (syndrome dépressif grave mais
plus rare)
• Effets secondaires fréquents de la ribavirine : anémie hémolytique, tératogénicité.

.
Des Inhibiteurs directs spécifiques du VHC ont été

découverts et ont révolutionné le t aite e t de l’hépatite C.
A tuelle e t o peut gué i l’hépatite C da s plus de 9 % des
cas avec 3 mois de traitement associant 2 antiviraux
spécifiques. Le traitement peut différer selon : le génotype, le
stade de la aladie, si patie t aïf ou é he d’u t aite e t
antérieur.
Les recommandations de traitement à utiliser sont
régulièrement mises à jour par les experts (cf site AFEF).
Ex ttt de malade naïf : Sofosbuvir + Ledipasvir (3 mois).
De nombreuses combinaisons sont possibles.
Objectif : préve ir l’é erge ce de résista ces !
Ces traitements sont très efficaces mais très chers (au moins 50 000 euros pour 3 mois de traitement).
Actuellement les experts recommandent de traiter tous les patients mais le remboursement par la sécurité sociale
ne se fait que si le score de Fibrose est ≥F2. Il est également très important de sensibiliser les patients à la réduction
du risque de contamination.
3) Recommandation HAS 2014 – Traitement par antiviraux à action directe

Stratégie de traitement : o jectif d’u e guériso virologi ue i dividuelle. Né essité d’u e RCP o p e a t au
moins 1 hématologue et 1 virologue.
• Cirrhose ou fibrose hépatique stade 3 ou 4 : traiter tous les patients.
• Traiter quel que soit le stade de fibrose pour les situations particulières :
o Co-infection VIH-VHC (attention aux interactions médicamenteuses).
o Cryoglobulinémies mixtes symptomatiques is ues d’attei tes systémiques, rénales, neurologiques
périphériques, cutanéo-articulaires et musculaires), parfois associées à un lymphome B.
o Lymphome B associé au VHC.
• Traitement des malades au stade ≥ F2 sévère
• Pas de justification à traiter dès le diagnostic au stade F ou F a l’évolutio peut p e d e plusieu s a ées
et rester asymptomatique longtemps. Ceux-ci auront une simple surveillance.
VI) Prévention
• Il ’existe pas de vaccin.
• Dépistage des donneurs de sang : PCR VHC depuis 2001.
• Inactivation virale des produits dérivés.
• Désinfection complète des endoscopes.
• Lutte contre la toxicomanie : sevrage, substitution, seringues à usage unique.
• Proscrire le partage des affaires de toilette (brosse à dent, ciseaux, épilateurs, rasoirs).
• Préservatifs si lésions ou règles.
A retenir
• Virus à ARN (+), enveloppé.
• Transmission par le SANG, sexe, périnatale, inconnue.
o Génotypes 1a, 1b : sang ou inconnu.
o Génotypes 3a : toxicomanie.
• Asymptomatique dans 90% des cas, passage à la chronicité dans 80% des cas.
• Traitement antiviral en évolution constante :
o IFN alpha pégylé + Ribavirine (TTT de référence entre 2001 et 2011) :
▪ Effets secondaires.
▪ Meilleure réponse génotypes 2 et 3 vs génotype 1.
o Antiviraux spécifiques du VHC en évolution constante.
• Pas de vaccin !

.
Infections materno-
foetales
 A. TRISTAN ; J-S. CASALEGNO ; V. ESCURET-PONCIN
Pas d’items ECN spécifiquement lié à ce cours ; les connaissances abordées sont transversales.
SOMMAIRE
Infections bactériennes – p. 229 Virus et grossesse – p. 235
I) Gé éralités I) I fectio s virales ater o-foetales
II) Streptococcus agalactiae II) CMV
III) Listeria o oc toge es III) Ru éole
IV) Escherichia coli K1 IV) Parvovirus B19
V) Diag ostic V) VZV
VI) Traite e t VI) HSV
VII) Bila i fectieu de la fe e e cei te VII) VIH
VIII) VHB
IX) VHC
Page 229
Page 230
UE 18 – Les infections materno-fœtales – A. TRISTAN
Les infections materno-fœtales bactériennes

I) Généralités
1) Définition
Une infection materno-fœtale IMF) est une infection du nouveau- sulta t d’u e t a s issio ve ti ale
de la e ve s le fœtus
2) Comment le microorganisme parvient-il au fœtus ?
Il existe deux principaux modes de contamination :

• La contamination hématogène : pa voie sa gui e e t e la e et l’e fa t via la i ulatio pla e tai e.
Ex. : Listeria Monocytogenes, CMV.
• La contamination basse qui lieu en per partum do au o e t de l’a ou he e t.
Ex. : Streptococcus agalactiae, HIV, HSV.
3) Bactéries responsables d’infections materno-fœtales

Principalement on trouve :
• Streptococcus agalactiae +++ (SGB = streptocoque du groupe B) responsable de 2/3 des IMF.
• Escherichia coli K1 ++.
• Listeria monocytogenes : plus rarement.
Les autres bactéries possibles sont :
• Autres streptocoques.
• Autres Bacilles ̀ Gram négatif (entérobactéries, Haemophilus sp.).
• Anaérobies.
• Staphylocoques sp.
• Treponema pallidum.
II) Streptococcus agalactiae

1) Rappels
Le Streptococcus agalactiae est une bactérie commensale des voies digestives, avec un portage chronique ou
intermittent au niveau du vagin à hauteur de 10 à 35 %
Il est espo sa le d’i fe tio s g aves hez la fe e e ei te ui e t ai e t u e issue fatale pou le ouveau-né
dans 60 % des cas :
• I fe tio du pla e ta et de la avit a ioti ue ui e t ai e u e o t fœtale i ute o.
• Des bactériémies, endométrites, chorioamniotite.
• Des pneumonies.
FGSM3 Lyon Est Les infections materno-fœtales bactériennes Page 1 sur 5 Page 231
.
Il peut causer selon le moment de contamination :

• Syndrome précoce : dès les 24 p e i es heu es 8 % jus u’̀ la p e i e se ai e de vie. Cela
représente 50 % des infections néonatales à SGB, et cause :
o Un syndrome de détresse respiratoire, des p eu o ies o pli u es d’u e septicémie.
o Méningite (4 à 28 %).
o Contamination :
▪ Ascendante in utero via membrane placentaire.
▪ Au cours de la délivrance par ingestion ou inhalation par le nouveau-né des sécrétions
vaginales contaminées.
• Syndrome tardif, au-del̀ d’u e se ai e et jus u’̀ plusieu s ois ap s la aissa e :
o Responsable de méningite (25-65 % des cas).
o Contamination par tra s issio verti ale à l’a ou he e t, la bactérie persisterait dans le TD
du nouveau-né.
o Clone hypervirulent ST-17 (responsable de 80% des méningites).
2) Dépistage
Il existe un dépistage systémique des SGB entre la 34 et la 38ème SA (environ 8ème mois). Ce dépistage est mis
en place car le S. agalactiae a un portage élevé en France : 10 à 15% soit 75 000 femmes enceintes par an et ce
portage est associé aux infections materno-fœtales, puis ue les SGB ep sentent 2/3 de ces infections. De plus
l’a ti ioproph la ie per-partum administré en cas de dépistage positif est très efficace : on constate une
diminution de ¾ du risque infectieux néonatal. Ce dépistage est réalisé par écouvillon vaginal, puis mise en
culture en milieu spécifique.
3) Antibioprophylaxie per-partum
a) Qui ?
• En cas de portage à SGB.
• E as d’ATCD de a t iu ie ̀ SGB pe da t la g ossesse.
• ATCD d’i fe tio o atale ̀ SGB.
• Absence de dépistage au 8ème mois, et si un des facteurs de risque suivants est présent :
o Accouchement avant 37 SA.
o Durée de rupture des membranes > 12 heures.
o Température maternelle > 38°C pendant le travail.
b) Quoi ?
On administre de l’AMOXICILLINE e per-partum à la mère avec une injection initiale puis une toutes les 4h.
E as d’alle gie o ad i ist e a des a olides ou des C G.
III) Listeria monocytogenes

1) Rappels
• Bacille Gram positif.
• Transmission « alimentaire » via ingestion de certains aliments crus ou mal cuits, préparations
artisanales, …
• Responsable de :
o Méningite néonatale.
o Méningo-encéphalite de l’i u od p i ou sujet âg .
o Infection materno-fœtale.
• Traitement : AMOXICILLINE + GENTAMICINE avec existence d’u e résistance naturelle aux C3G.
• Déclaration obligatoire +++.
• Diagnostic réalisé par culture bactérienne.
• Prévention : esu es g ales d’hygiène +++, éviction des aliments à risques.
.
2) Listériose fœto-maternelles
a) Femme enceinte
On retrouve un état fébrile pseudo-grippal bénin ou une diarrhée banale qui passe souvent inaperçu. Le
diag osti est ta li lo s de l’avo te e t spo ta ou de l’a ou he e t p atu
b) Contamination du fœtus in utero par voie sanguine
C’est u e aladie +/- sévère en fonction de la date de la grossesse au moment de la contamination (plus la
contamination est tardive moins la maladie est sévère) La mortalité est élevée (>50%). La forme la plus grave
est la granulomatis infantiseptica.
L’i fe tio est vide te ̀ la aissa e : on a un nouveau-né cyanosé, en apnée, avec une détresse
respiratoire et des troubles de conscience.
c) Contamination en période périnatale ou lors de l’accouchement

Cela se p oduit da s oi s de % des as. L’e fa t ait appa e e t sai , ais l’i fe tio appa aît 8 ̀ 6
jou s ap s l’a couchement sous forme de : méningite purulente, fièvre, insomnie, irritabilité, troubles de la
conscience.
Le diagnostic étant précocement établi la mortalité est faible.
IV) Escherichia coli K1

• Entérobactérie, Bacille Gram négatif.
• Réservoir humain : dans le tube digestif.
• Responsables de Méningites néonatales, bactériémie.
• Pathogénicit ́ du sérotype K1 (antigène capsulaire).
• Les complications immédiates (abcès, ventriculite, infarctus ischémo-hémorragique) aggravent le
pronostic.
• Résistance : 50 % des E. coli sont résistants à l’a o i illi e, donc le traitement de référence repose sur
les C3G.
V) Diagnostic des infections materno-fœtales bactériennes

1) Prélèvements si infection suspectée lors de l’accouchement
• Prélèvements périphériques du bébé +++ :
o Liquide gastrique : J0 Gram, J1 culture, J2 Antibiogramme
O essaye de et ouve la a té ie u’a i gé é le ouveau- é lo s de l’a ou he e t.
o Placenta : même procédé.
• Autres prélèvements du béb ́ selon la clinique :
o LCR : si suspicion de méningite (méningite associée dans 10-20% des cas).
o Hémocultures devant un nouveau-né fébrile.
o ECBU : i utile a l’i fe tio u i ai e du ouveau é est rarissime avant 72h.
.
2) Prélèvements si infection suspectée plus tardivement jusqu’à 2 mois

• LCR : si suspicion de méningite.
• Hémocultures.
• ECBU.
VI) Traitement des infections materno-fœtales

O et e pla e u t aite e t p o a iliste e atte da t les sultats des ultu es et de l’a ti iog a e:
AMOXICILLINE + C3G + AMINOSIDE.
Puis on adaptera le t aite e t e fo tio des sultats de l’i de tifi atio de la a t ie.
Escherichia Coli
Sensibilité aux C3G
Streptococcus agalactiae
Se si ilit ̀ l’A o i illi e

Listeria monocytogenes
VII) Bilan infectieux de la femme enceinte

1) Sérologies infectieuses de la femme enceinte
La première consultation doit avoir lieu avant 10 SA. Les sérologies obligatoires sont :
• Toxoplasmose.
• Rubéole.
• Syphilis.
• Antigène HBs : consultation du 6ème mois.
• (Glycosurie, protéinurie pour les suivis des infections urinaires des femmes enceintes).
• Sérologie VIH proposé systématiquement.
2) La syphilis congénitale
a) Rappels
Da s le as de la s philis o g itale, le is ue va va ie e fo tio du te e. Plus l’i fe tio a lieu
précocement plus la gravité est importante.
Pou oi e l’age t de la s philis est le Treponema pallidum (bactérie intracellulaire, non cultivable, cf.
cours IST). Elle cause 40 % mortalité in utéro, 20 % de mortalité périnatale, et dans 20 % des cas il y a des
séquelles graves.
.
Le diag osti s’effe tue pa sérologie pa asso iatio de e he he d’IgM et de deu a tio s :
• Avec dans antigènes cardio-lipidiques non tréponémiques (VDRL), rapide et sensible.
• Avec des antigènes spécifiques tréponémiques (TPHA, FTA).
L’e jeu du diag osti est de d piste et de t aite ava t 6 SA. E effet le t aite e t au er
semestre diminue de
plus de 90 % le risque de mortalité périnatale.
b) Conduite à tenir en cas de syphilis

• Pour la mère :
o Sérologie de dépistage.
o Traitement en cas de doute.
• Pour le nouveau-né :
o Re he he d’IgM.
o Tout enfant né de mère Syphilis + doit être traité par pénicilline même si la mère a été traitée
pendant la grossesse.
• Mise e pla e d’u suivi de l’e fa t ̀ , 6 et ois ou jus u’̀ e ue tous les tests soient négatifs.
A retenir
• Prélèvements :
o Si ̀ l’a ou he e t :
▪ Nouveau-né : liquide gastrique, hémocultures, PL.
▪ Mère : Prélèvement vaginal, hémoculture.
o si plus tardif (plus de 2 mois) :
▪ Nouveau-né : hémocultures, PL, ECBU.
• Bactéries en cause :
o Streptococcus agalactiae +++ dans 2/3 des cas.
▪ Prévention : dépistage portage au 8° mois de grossesse et antibiothérapie per partum
par amoxicilline si mère porteuse.
o E. coli K1 ++.
o Listeria monocytogenes +.
o Treponema pallidum (rare mais dépistage/sérologie obligatoire).
• Traitement des IMF bactériennes (sauf syphilis) : probabiliste : amoxicilline + C3G + aminoside.
.
Qua d t’as pas vrai e t co pris le cours sur les a ti io…
Page 236
UE 18 – Les infections materno-fœtales – J-S. CASALEGNO – V. ESCURET-PONCIN
Virus et grossesse
Introduction – Cas clinique
Une femme de 26 ans sans antécédents vient dans le laboratoire pour faire le bilan obligatoire du 6 e mois de
sa première grossesse. La technicienne réalise par erreur une sérologie CMV.
Le résultat est le suivant : CMV IgG positif + CMV IgM positif ➔ infection ou réactivation possible.
Aya t p is o aissa e du ésultat la patie te s’i fo e su i te et photos de fœtus t s sév e e t
atteints). La g ossesse était sa s p o l e jus u’à p ése t : l’é hog aphie fœtale est o ale, ha ge vi ale
mère CMV de 100 copie/mL, liquide amniotique négatif en CMV. A goissée à l’idée d’avoi u e fa t ha di apé
elle souhaiterait réaliser une IMG.
L’é uipe plu idis ipli ai e du Diag osti a té atal o lut u’il ’y a pas assez d’élé e ts pou p ati ue u e
IMG. La patie te éalise a l’i te uptio de g ossesse e Espag e.
Le travail du soignant est de comprendre et d’expli ue :
• Toutes les incertitudes liées au diag osti de l’i fe tio hez le fœtus.
• Toutes les i e titudes da s l’évaluatio du p o osti du futu e fa t.
En effet :
• Ce ’est pas parce u’il a des IgM chez la re u’il a eu i fectio pendant la grossesse.
• Ce ’est pas parce u’il a i fectio pe da t la grossesse ue le fœtus est i fecté.
• Ce ’est pas parce u’il a i fectio du fœtus u’il aura des lésio s.
La prise e charge i itiale et l’a o ce des pre iers résultats so t primordiales.
I) Infections virales materno-fœtales

Infection materno-fœtale IMF = infection du nouveau- é ésulta t d’u e t a s issio verticale de la
e ve s le fœtus
Deux points de départ sont possibles :
❖ Anomalie dans le suivi de la grossesse, le plus souvent par un poi t d’appel échographi ue (ex : retard
de croissance intra-utérin) Il y a alo s types d’étiologies possi les :
• Génétique : même risque à la prochaine grossesse.
• Infectieuse : la mère est immunisée, pas de souci pour une prochaine grossesse.
• Toxique : il faut trouver et suppri er l’expositio .
→ Cela détermine le pronostic et la prise en charge de la grossesse en cours et mais aussi de la grossesse
suivante !
❖ Suspi io d’i fe tio vi ale sig e d’appel li i ue ou de o tage . Il y a trois étapes importantes :
• Docu e ter et dater l’i fectio /réactivatio de la mère.
• Docu e ter l’i fectio du fœtus e si la e est i fe tée, le fœtus e l’est pas fo é e t .
• Evaluer les lésions du fœtus pour le pronostic et la prise en charge.
Il existe voies de t a s issio au fœtus, les i fe tio s o gé itales pe da t la g ossesse et les

infections péri et post natales
1) Physiopathologie des infections congénitales

Le virus est transmis au fœtus par :
• Voie trans-placentaire suite à une virémie maternelle,
• Plus a e e t, pa voie gé itale as e da te pa p oxi ité d’u e i fe tio vagi ale via le ol uté i
La date de su ve ue de l’i fe tio pa appo t au stade de la g ossesse déte i e le risque de
transmission et la gravité des lésions.
FGSM3 Lyon Est Virus et grossesse Page 1 sur 10 Page

. 237
Une infection au cours du 1er trimestre de grossesse pourra provoquer :

• Avortement
• Mort in utero
• Modifi atio s de l’o ga oge se : Embryopathie
Plus précisément :
• I pla tatio de l’e yo : 2 premières semaines ➔ Fausse ou he spo ta ée e as d’a o alie loi
du tout ou rien).
• Période embryonnaire : 2 premiers mois ➔ a o alie de l’o ga ogé se si i fe tio du a t e laps de
temps ➔ malformation congénitale.
• Pé iode fœtale : après les 2 premiers mois (à partir du 3ème/4ème mois), fœtopathies, les organes sont
déjà développés il y au a do u e lésio des o ga es ais pas d’a o alie d’o ga ogé se ajeu e.
Il est donc très important de dater de la a i e la plus p é ise possi le l’i fe tio hez la mère. C’est u
facteur pronostic ++.
Les p i ipaux vi us espo sa les d’i fe tio s congénitales :
• CMV (le plus fréquent +++) (risque de malformations)
• Parvovirus B19 (non tératogène, entraine une anémie hez le fœtus…)
• Rubéole (historique ; le plus fréquent avec des épidémies de grossesses avec malformations
congénitales avant introduction de la vaccination).
• VZV (risque de malformations mais très rare)
• VHC peut être transmis in utero (30 à 50% des cas) mais non tératogène.
2) Physiopathologie des infections péri et postnatales

U e i fectio péri atale a lieu lors de l’accouche e t, u e i fectio post-natale après la naissance.
En périnatal, le vi us est t a s is au fœtus ou ouveau-né par :
• Voie trans-placentaire : virémie maternelle en fin de grossesse.
• Voie génitale ascendante : p oxi ité d’u e i fe tio vagi ale via le ol uté i .
• Lors du passage du nouveau- é da s la sph e gé itale pe da t l’a ou he e t.
En post-natal, le nouveau-né peut être infecté :
• Au contact des personnes de l’e vi o e e t e, fa ille, pe so el de soi s .
• Lors de l’allaite e t (HIV, HTLV, HBV, CMV).
Les p i ipaux vi us espo sa les d’i fe tio s pé inatales et postnatales :
• HSV
• VZV
• VHB, VHC
• VIH.
3) Bases du diagnostic virologique

On distingue les infectio s de la re, du fœtus et du ouveau-né.
a) Diagnostic virologique chez la mère
En cas de signes cliniques évoquant une maladie infectieuse virale, il faut :
• Documenter le virus (diagnostic primaire).
• Dater l’i fectio s’il s’agit d’u vi us espo sa le d’i fe tio o gé itale .
Si l’i fectio a eu lieu ava t la grossesse ou lors des premières semaines (loi du tout ou rien) le risque pour
le fœtus est p es ue ul.

. 238
Pou date l’i fe tio il faut réaliser deux sérologies sur deux prélèvements :
1. Un prélèvement antérieur à la grossesse (si possible) ou antérieur à la date des premiers symptômes.
2. Un deuxième prélèvement réalisé apr s l’apparitio des pre iers s ptô es.
• La sé ologie pe ett a de do u e te l’i fe tio à partir de ces deux prélèvements : l’appa itio
des IgG sur le deuxième prélèvement montre la séroconversion.
• En cas de réactivation, on observe une augmentation du titre des IgG et/ou une apparition des IgM
sur le deuxième prélèvement.
La p ése e d’IgM est toujours à interpréter avec prudence : il y a un risque de faux positifs ou de
éa tio oisée ave d’aut es vi us.
La p ése e d’IgG pose oi s de p o l e d’i te p étatio il ’y a pas de faux positifs et t aduit u e
immunité a uise o t e l’age t i fe tieux à l’ex eptio du as où il y a eu appo t passif d’IgG pa exe ple par
transfusion ou IgG polyvalentes).
Le test d’avidité des IgG pe et de date l’i fe tio :
• Une avidité élevée sig ifie ue l’i fe tio est ancienne (date de plus de 3 mois par rapport à la date du
sérum).
• Une avidité basse sig ifie ue l’i fe tio est récente (moins de 3 mois par rapport à la date du sérum).
• L’avidité est dispo i le u i ue e t pou la rubéole et le CMV.
La recherche de virus par PCR (charge virale) est aussi réalisée sur le sang de la mère.
b) Diagnostic virologique chez le fœtus
Le diagnostic anténatal est encadré par des lois de bioéthiques. Il ne peut être réalisé sans le
consentement éclairé et signé de la patiente.
Le diagnostic est réalisé le plus souvent par ponction de liquide amniotique (LA), mais peut aussi se faire
su le sa g du o do du fœtus. Le vi us est déte té pa des te h i ues de PCR (CMV, parvovirus, rubéole) et
culture cellulaire (CMV).
Avant de réaliser le prélèvement il faut s’assu e :
• D’ t e à au oi s 6 semaines après la primo infection de la mère (=séroconversion) pour que le
passage e t e la e et le fœtus puisse avoi eu lieu.
• D’ t e au oi s à se ai es d’a é orrhée SA pour pouvoir réaliser le geste (il faut un volume
suffisant de liquide amniotique pour pouvoir effectuer la ponction).
• D’avoi u e charge virale (PCR quantitative) sanguine de la mère négative sinon on peut contaminer le
fœtus pa le geste de po tio .
Attention :
• Ce ’est pas parce ue la re est i fectée ue le fœtus est i fecté.
• U li uide a ioti ue positif pour la recherche du virus traduit l’i fectio du fœtus.
• Ce ’est pas parce ue le fœtus est i fecté u’il aura s sté ati ue e t des lésio s associées.
c) Diagnostic virologique chez le nouveau-né

On peut mettre en évidence le virus chez un nouveau-né de 2 à 3 semaines.
On peut faire différents prélèvements :
• Déte tio d’IgM et du gé o e vi al da s le sang par PCR (IgG inutiles, car on détecterait des IgG
d’o igi e ate elle alors ue les IgM so t sy thétisés pa le fœtus ou le ouveau- né)
• Urine des premiers jours : on y retrouve le virus pendant plusieurs semaines/ mois +++.
• Prélèvements périphériques (, nez, gorge, yeux)
• LCR selon le contexte.

. 239
II) CMV et grossesse

Le CMV est l’i fectio co gé itale la plus fré ue te : elle correspond à 0,3 à 0,5% des naissances en Europe
de l’Ouest. La sé op évale e est esti ée à 50% en France.
Le fœtus peut t e i fe té lo s de la primo-infection ou lors des de réactivations. La primo-infection CMV est
souvent asymptomatique chez la re. L’i fectio co gé itale est do c découverte à dista ce de la pri o-
infection, lors du suivi échographique.
1) Transmission mère-enfant
La t a s issio au fœtus est possi le tout au long de la grossesse. Le risque de transmission dépend de
la atu e de l’i fe tio hez la e (primo-infection ou réactivation) :
• Primo-infection maternelle : la trans issio au fœtus a lieu dans 30 à 50% des cas ; le plus souvent
asymptomatique, dans 90 % des cas, ave u e évélatio pa des a o alies à l’é hog aphie, et da s à
10 % des cas symptomatique avec un syndrome mononucléosique.
• Réactivation : la t a s issio au fœtus ’au a lieu ue da s , à % des as.
➔ Attention, toutes les femmes (immunisées ou pas contre le CMV) sont donc à risque !
2) Retentissement fœtal
/!\ L’i fectio ater o-foetale à CMV ’e traî e pas s sté ati ue e t d’attei te cli i ue du fœtus ou du
nouveau-né
L’i fe tio du fœtus est asymptomatique dans 90% des cas avec éventuellement 5 à 15% de
manifestations neurosensorielles ultérieures : sé uelles eu ologi ue su dités espo sa les d’u eta d de
développe e t psy ho oteu de l’e fa t et o ulai es.
Il existe environ 10% de formes symptomatiques avec :
• 95% d’attei tes paucis pto ati ues : hépato égalie ou th o opé ie attei te d’u seul o ga e
• Dans 5% des cas ➔ maladie des inclusions cytomégaliques : infection générale (atteintes multi-
organes, ictère, hépato-splénomégalie, thrombopénie), atteintes céphaliques (microcéphalies,
calcifications intracérébrales, choriorétinite) ➔ mortalité dans 20% des cas.
Les formes symptomatiques se détectent souvent suite à des sig es d’appels échographi ues : retard de
croissance intra-utérin (RCIU), calcifications cérébrales périventriculaires, calcification intra-abdominale,
hydrocéphalie, anasarque...

. 240
3) Diagnostic virologique
• Infection maternelle : recherche du CMV dans le sang par PCR ; comparaison à des sérums antérieurs++
(pour objectiver une séroconversion) ; indice d’avidité des IgG pou date l’i fe tio .
• I fe tio fœtale : détection du virus par PCR du liquide amniotique ; vérifier que la PCR est négative
dans le sang de la mère avant de prélever, attendre 22 SA pour éviter les faux négatifs, et attendre 6
semaines après la séroconversion (délai de transmission).
• Infection du nouveau-né : l’isole e t du CMV da s les uri es ou da s u prél ve e t phar gé d’u
nouveau- é au cours des pre iers jours de vie sig e l’infection acquise in utero si prélèvement
après un mois de vie, doute sur une infection possible après la naissance).
4) Prise en charge
Peu d’outils de p éve tio et de t aite e t :
• Pas de vaccin → Mesures d’h gi e++ pour la prévention de la t a s issio de la e à l’e fa t (ex.
contagiosité par les urines pendant 1 an).
• Recommandation de traitement des enfants symptomatiques attei ts d’i fe tio CMV o gé itale :
Valganciclovir per os pendant 6 mois et effets secondaires à surveiller : neutropénie, thrombopénie,
cytolyse hépatique.
• Suivi spécialisé de l’e fa t (bilan auditif et ophtalmo d s l’âge de a jus u’à a s).
Il ’ a pas de dépistage recommandé pendant la grossesse car :
• Pas de prévention primaire.
• Pas de traitement validé pendant la grossesse.
• Difficulté d’i terprétatio des tests sérologi ues.
• Conséquences lourdes du dépistage sur la grossesse (anxiété).
Par co tre le respect de r gles d’h gi e doit tre rappelé aux femmes enceintes pour éviter une
co ta i atio par les uri es ou la salive d’u e fa t lavage des ai s s sté ati ue apr s cha ge, e pas fi ir
les repas ou sucer les tétines, etc.)
III) Rubéole et grossesse

Virus à transmission aérienne (aérosol).
Incubation de 16j environ, contagiosité 8j avant et 8j
apr s l’éruptio .
5% des femmes en âge de procréer sont
séronégatives ais le o e d’i fe tio s
rubéoleuses durant la grossesse diminue depuis
l’apparitio du vacci . Actuellement moins de as a uels d’i fe tio s
rubéoleuses durant la grossesse par an en France. Pas de déclaration
o ligatoi e ais existe e d’u éseau de su veilla e Re aRu .
1) Transmission et lésions
Si primo infection après 20 SA (4ème mois) : il y a aucun risque de
lésion. Il faut dater l’i fectio +++
Atteinte au cours du 1er trimestre ++ plus grosse atteinte
• Embryopathies.
• Microcéphalie
• Retard de croissance intra-utérin (RCIU)
Atteintes après le 1er trimestre :
• Rétinopathie.
• Surdité.
Ces anomalies congé itales peuve t passe i ape çues à l’ hog aphie.

. 241
2) Diagnostic
a) Examens obligatoires durant la grossesse
 Détermination du statut immunitaire systématique au cours du premier examen prénatal (en
l’a se e de p euve é ite su exa e s a té ieu s
Si IgG -, 1 seul examen obligatoire :
• Refaire une sérologie vers 20SA pou s’assu e u’il ’y a pas eu de sé o o ve sio e t e te ps.
• Vacciner en post-partum.
Prése ce d’u vacci viva t atté ué ROR ais co tre-i di ué chez la fe e e cei te et l’ID.
Vacci er les fe es e âge de procréer d s u’o peut, soit ava t, soit apr s la grossesse.
b) Diagnostic chez la femme enceinte

Le diagnostic a lieu suite à un contage, en présence de signes cliniques évocateurs ou en présence d’IgM + sur la
sérologie du 3e mois.
On réalise des sérologies :
• Sur des sérums antérieurs à la grossesse et/ou aux symptômes cliniques.
• Sur un deuxième sérum avec u i tervalle de te ps d’au oi s jours
• Et u test d’avidité des IgG.
Cela doit per ettre de dater l’i fectio de la rubéole. Si cette infection est antérieure à la grossesse, dans les
deux pre i res se ai es de la grossesse loi du tout ou rie ou postérieure à la SA, le ris ue pour le fœtus
est presque nul.
Attention, si les IgM so t positives e deho s d’u o texte évo ateu , il peut s’agi d’u e sti ulatio
poly lo ale du syst e i u itai e sa s i fe tio u éoleuse, d’u e éa tio a tigé i ue oisée ou d’IgM
persistantes (elles peuvent persister 2 à 6 mois après la vaccination ou une infection).
c) Diagnostic chez le fœtus

On réalise une ponction de sang de cordon in utero pour détection des IgM spécifiques après 22 SA et
o déte te l’ARN vi al pa RT-PCR du sa g fœtal. O peut aussi fai e u p él ve e t pa a iocentèse de
liquide amniotique au moins 6 semaines après la séroconversion de la mère et après 22 SA pour une détection
d’ARN vi al pa RT-PCR.
IV) Parvovirus B19 et grossesse

Le parvovirus B19 est un virus nu à ADN monocaténaire avec une capside icosaédrique. 60% de la
population général et 40% des adultes jeunes (20 à 30 ans) sont séropositifs. La transmission se fait par voie
respiratoire.
L’i fe tio est souvent asymptomatique ou pauci-symptomatique. Il y a une possibilité de
mégalérythème épidermique et d’a th algies.
1) Transmission et lésions
Le risque de primo-i fe tio hez u e e o i u isée est d’e vi o %.
E as de sé o o ve sio , il y a à % de t a s issio fœtale is ue axi al au nd
trimestre) et 9%
de o talité des fœtus i fe tés.
Le risque principal est le tropisme viral pour les précurseurs ér throïdes fœtaux.
• 1er trimestre ➔ avortement spontané, mort in utero
• 2e trimestre (et plus rarement 3e trimestre) ➔ ris ue d’a asar ue fœto-placentaire et o t fœtale i
utero.
O réalise le traite e t de l’a é ie par tra sfusio s i utero cathéter au iveau de la vei e fœtale .

. 242
Lésions :
• Anasarque = œd e gé é alisé fœto-placentaire.
• Hydramnios.
• Hépatomégalie splénomégalie.
Mécanisme de l’a asar ue : L’a é ie sév e e t ai e u e hausse de la te sio a té ielle vaso o st i tio
à l’o igi e d’u e i suffisa e a dia ue. L’hé atopoï se aug e tée da s le foie e t ai e u e i suffisa e
hépati ue à l’o igi e d’u e hypoal u i é ie. Tout ela a outit à la fo atio d’œd es et d’hyd a ios.
2) Diagnostic
Infection maternelle : sérologie avec la p ése e d’IgM + (qui est en faveu d’u e p i o-infection récente)
et PCR pour détecter le parvovirus dans le sang.
I fe tio fœtale : vérifier que la PCR est négative dans le sang de la mère et attendre 22 SA pour éviter les
faux négatifs.
• Détection du parvovirus par PCR du liquide amniotique.
• Détection du parvovirus par PCR du sa g fœtal à pa ti de 8 SA et déte tio d’IgM.
• L’H fœtale est i porta te pour évaluer le iveau de l’a é ie.
En cas de primo-infection maternelle avant 20 SA, on réalise un suivi plus fréquent par échographie.
V) VZV et grossesse
L’i fectio fœtale a lieu u i ue e t e cas de varicelle ater elle, il ’ a pas de ris ue e cas de
zona (absence de virémie). Le risque de primo-infection chez la mère est rare (1 cas pour 1000 grossesses).
Le contexte est important : voir si notion de contage VZV chez une femme enceinte.
Il y a une séroprévalence de 90%en Europe, (et 90% des femmes ne connaissant pas leur statut sont
immunisés). Il faut donc rassurer une femme enceinte en cas de contage avec le VZV car elle est immunisée dans
90% des cas. Il faut être vigilant avec des femmes originaires de pays tropicaux où la prévalence du VZV est plus
faible (50 à 80%).
La primoinfection par VZV est plus grave au cours de la grossesse ! Elle provoque une pneumopathie
varicelleuse chez la mère, on traite par Valaciclovir per os (ou Aciclovir en IV si signes de gravité !)
La su ve ue d’u zo a au ou s de la g ossesse e p ése te aucun risque pou le fœtus, o t aite ua d e
comme pour tout zona.
Evaluatio du ris ue d’i fectio fœtale :
• T a s issio fœtale da s 8 à 10% des cas.
• 0-20 SA : embryopathie exceptionnelle (1-2%) ➔ syndrome malformatif (atrophie des membres,
microcéphalie, cataracte, chorio-rétinite, lésions cutanées cicatricielles).
• Si 21-36 SA : RAS mais risque de zona post-natal (1-2%).
• En fin de grossesse (37SA – terme) : forme disséminée gravissime e effet la re ’a pas eu le te ps
de transmettre des Ac anti-V)V à l’e fa t ➔ 30% de mortalité e l’a se ce d’IgG IV à la naissance
→ Prophylaxie post exposition à VZV :

• Vaccination :
Chez les adolescents > 12 ans et chez les adultes immunocompétents non immunisés contre la varicelle
Da s les à jou s suiva t l’expositio + ème dose 4 à 6 semaines ou 6 à 10 semaines plus tard
• Immunoglobulines spécifiques (ATU nominative) : Seulement en cas de CI au vaccin (personnes ID,
femmes enceintes non immunes, nouveau-nés dont la mère a présenté une varicelle au cours de la
grossesse et nouveau-nés prématurés hospitalisés) : da s les jou s suiva t l’expositio
Reco a datio s d’apr s Charlier et al. Presse ed 4 actualisatio reco a datio s Hôpital Necker
Enfants Malades 2009)

. 243
→ 3 uestio s ava t de s’affoler :

• Est-ce u’il a eu u co tact à ris ue ? Si le risque est intrafamilial ou si > 1h dans la même pièce u’u
enfant contaminé
• Est-ce que la patiente est protégée contre le VZV ? On regarde dans le carnet de santé : si vaccination
ou maladie, la patiente est protégée. Si elle ne sait plus : se montrer rassurant (séroprévalence 90%). Si
on a un doute faire une sérologie VZV
• Délai par rapport au contage ? Si expositio + A se e d’i u ité, deux possi ilités :
o Soit le contage est <10 jours (idéalement ≤ 4 jours) → on donne des IG anti-VZV (ATU)
o Soit le contage >10 jours → Vaciclovir per os 3 fois par jour pendant 14 jours (hors AMM)
E as d’effi a ité a se e de V)V : Vacciner en POST-PARTUM++
Ris ue d’é he de la p ophylaxie, pe sez à su veille les sig es li i ues et traiter en cas de varicelle !
→ Si infection :
• Avant 36 SA : Hospitalisation si gravité seulement évite t a s issio oso o iale V)V à des és… ,
isolement air et contact, traiter par Valaciclovir per os 7j ou Aciclovir IV si signes de gravité (7-10 jours)
+ surveillance échographique avant 20SA
• Après 36 SA : Hospitalisation, isolement air et contact, traiter la mère par Aciclovir IV 10 jours + Ig
spécifique pour le nouveau-né si PI entre J-5 et J+2. Si apparition de signes cliniques chez le nouveau-
né : Aciclovir IV
VI) HSV et grossesse

L’HSV tou he à naissances pour 10 000 naissances.
Ris ue d’i fe tio pe da t la g ossesse 2%
1) Transmission
La transmission en début de grossesse (<5%) entraine un avortement ou des embryopathies.
Le plus souve t, la co ta i atio a lieu au o e t de l’accouche e t ou en fin de grossesse (>85%) :
• Si primo-infection de la mère dans le mois précédent l’accouche e t : risque de 50%
• Si récurrence (lésion) durant travail ou mois précédent : risque < 2%.
• Si pas de lésio s ais otio d’he p s : risque 1/1000.
• Si pas de notio d’he p s : risque très rare de 1/10 000 mais qui représente 2/3 des cas
Il y a une possible contamination en périnatal à pa ti d’u he p s o al de la e ou de l’e tou age.
2) Clinique
/!\ Il ’ a pas de forme asymptomatique
Début des signes cliniques 5 à 10 jours après contamination
Il existe différentes formes :
• Formes localisées dans 40% des cas : atteintes cutanéo-muqueuses et oculaires.
• Formes neuro-méningées dans 35% des cas : atteinte localisée au SNC (encéphalite) : 5% de décès et
70% de séquelles neurologiques
• Formes polyviscérales disséminées dans 25% des cas : 30% de décès, 20% de séquelles neurologiques
3) Diagnostic
Il s’agit d’u diagnostic direct : Détectio d’ADN vi al pa PCR
• Chez la mère : Prélèvement en cas de lésions
o A discuter si le couple a des antécédents, consultez en cas de récurrence ou de doute sur la
récurrence
• Chez le nouveau-né : Prélèvement si lésions maternelles au cours de la grossesse non ou
insuffisamment traités → Le prélèvement est oral, naso-pharyngé ou oculaire à 48-72h de vie
Si l’e fa t est sy pto ati ue, le p él ve e t est : sang total, oral, naso-pharyngé, oculaire, lésions cutanés,
LCR si encéphalite

. 244
4) Prise en charge
→ Traitement de la mère (PI ou récurrence): Valaciclovir (10j si PI, 5 jours si récurrence)
+ Préventif pa Vala i lovi de SA à l’a ou he e t
→ Traite e t de l’e fa t i fecté : Aciclovir IV à fortes doses pendant 21 jours puis relais per os.
Prévention : préservatifs, désinfection génitale au cours du travail, césarienne, traitement
p ophyla ti ue de la e pa a tivi aux a i lovi IV pe da t le t avail et l’e fa t à la aissa e.
VII) VIH et grossesse

Concerne 1500 naissances par an.
La transmission a lieu esse tielle e t au o e t de l’accouche e t. De manière plus rare, elle peut
avoi lieu e fi de g ossesse pa voie t a spla e tai e ou e post atal pa l’allaite e t. L’allaite e t est do c
contre-indiqué++ pour les femmes porteuses du VIH.
Le taux de t a s issio est d’e vi o à % sa s t aite e t. Par contre, si la femme a un VIH
contrôlé (traité avec charge virale indétectable pendant la grossesse) et u’elle a ou he pa voie asse, il ’y a
quasiment aucun risque de contamination. Ce sera une grossesse programmée et suivie, avec une adaptation du
traitement antiviral si celui-ci est tératogène. Les facteurs de risque de transmission sont la prématurité, la
rupture prématurée des membranes et une charge virale élevée.
 Le VIH est non tératogène.
E as d’i fe tio , elle est rapidement évolutive chez l’e fa t : le déficit immunitaire se constitue en
quelques mois, avec des risques de complications précoces, surtout des encéphalopathies. Il existe aussi des
formes évoluant plus lentement de faço si ilai e à l’adulte.
1) Deux situations selon le statut VIH de la patiente

• Si statut VIH de la patiente connu avant la grossesse :
o La Conception sera : Programmée, ise e pla e d’u suivi multidisciplinaire (équipe de
gynécologie/assistance médicale procréation), les objectifs sont de prévenir une transmission
sexuelle (si le couple est séro- discordant)
o Suivi de grossesse : obtenir ou maintenir indétectable la charge virale VIH dans le sang maternel
durant toute la grossesse ; limiter la foeto-toxicité des antiviraux ; suivi de l’o se va e du
traitement (principale cause d’échec)
• Si statut VIH de la patiente découvert pendant la grossesse :
o Initiation d’u t aite e t le plus rapidement possible
o Objectif : o te i u e ha ge vi ale VIH i déte ta le ava t l’a ou he e t
2) Prise en charge en per-partum

Charge virale < 400 copies/ml Charge virale > 400 copies/ml
Accouchement par voie basse Perfusion zidovudine IV pendant l’a ou he e t

Précaution standard Accouchement par voie haute (césarienne 38 SA)
Pas de de pe fusio d’a tivi aux pe da t l’a ou he e t
3) Suivi et traitement du nouveau-né

Il y a la ise e pla e d’u suivi multi-disciplinaire. Les objectifs sont de poursuivre et d’adapte la
prévention TPE (traitement post-expositio , de pose le diag osti de o i fe tio ou d’i fe tio du
nourrisson, et enfin de dépister à court, moyen et long terme la toxicité des anti-rétroviraux.
À noter que 10 % des femmes en moyenne ne se voient pas proposer un dépistage du VIH, alors que celui
doit t e syst ati ue e t p opos , à l’i ve se de o euses fe es so t d pist es pou le CMV alo s ue
celui- i ’est pas e o a d . Il y a e o e des hoses à a lio e e ati e de d pistage des maladies
infectieuses au cours de la grossesse.

. 245
VIII) VHB et grossesse

La tra s issio a lieu esse tielle e t au cours de l’accouche e t. De manière plus rare, elle peut
avoir lieu en fin de grossesse par voie trans-placentaire ou en post natal par l’allaite e t ais l’allaite e t
’est pas contre-indiqué dans ce cas).
 le VHB ’est pas tératogène, il ’e t ai e i e r opathie, i fœtopathie.
En absence de traitement préventif immédiat, il y a une évolution du VHB vers la chronicité (tolérance
immune) avec un risque important de cirrhose et de carcinome hépatocellulaire vers 30-40 ans.
/!\Prévention pour le nouveau-né si mère Ag HBs + : Dépistage Ag HBs au 1er trimestre de la grossesse
(HAS mai 2016).
• Si Ag HBs+
o Charge virale VHB chez la mère
o Si déjà traitée : poursuivre le traitement ou switcher pour ténofovir
o Si découverte d’u e hépatite B h o i ue : traiter par ténofovir si CV VHB > 200 000 UI/mL ou si Ag
HBs > 10 000 UI/mL. Débuter à 24- 8 SA jus u’à se ai es post-partum.
On administre à la naissance des Ig anti-HBs + vaccination (1ère dose). Une 2ième dose de vaccin est
donnée à ois d’âge et ième dose à ois d’âge. A partir de 9 mois, on fait des contrôles sérologiques :
recherche des Ag HBs et on titre les Ac anti-HBs. L’allaitement ’est pas contre-indiqué.
IX) VHC et grossesse

Dépistage recommandé ota e t si o texte à is ue ’est-à-dire si présence de piercing, tatouages,
toxicomanie. Dans 5% des cas, il y a un risque de t a s issio et da s % des as s’il y a u e o-infection par le
VIH. La transmission se fait in utero (30 à 50% des cas), en fin de grossesse ou au moment de l’accouche e t
(>50% des cas).
Idéalement, on traite une infection VHC avant le projet de grossesse (molécules très efficaces mais non
évaluées si g ossesse . L’allaite e t ’est pas o t e-indiqué.
E as d’i fe tio h o i ue pa le VHC hez la e, le suivi de l’e fa t s’o ga ise ai si :
• Sérologie à 18 mois
• Charges virales VHC à tester 2 fois hez l’e fa t âgé de plus d’ ois
A retenir
• CMV : responsable de la majorité des infections congénitales, le plus souvent asymptomatique mais
possibles atteintes neurosensorielles ou généralisées.
• Parvovirus B19 : a é ie, a asa ue du fœtus et hyd a ios à l’é hog aphie.
• Diagnostic virologique :
o Mère : séroconversion, avidité IgG (CMV/rubéole), PCR/sang.
o Fœtus : PCR/liquide amniotique (après 22SA), si PCR/sang maternel négative et délai de 6
semaines au moins après infection de la mère. Agrément du labo et accord de la patiente
obligatoires.
• Traitement :
o Aciclovir: HSV, VZV ; antirétroviraux : VIH
o Transfusion in utero : parvovirus B19.
• Prévention :
o Dépistage obligatoire rubéole (1er trimestre) et Ag HBs au premier trimestre de grossesse
o Séro-vaccination à la naissance pour prévenir VHB si Ag HBs+
o Ig-anti VZV en cas de contage VZV chez femme enceinte non immunisée
o Hygiène : prévention CMV.
o Allaitement contre-indiqué si VIH (Pas de CI pour VHB et VHC). Pour HSV et VZV, allaitement CI
seulement si vésicules au niveau du mamelon.

. 246
Autres infections
 A. TRISTAN ; C. GUSTAVE ; F. VANDENESCH
• N° 149 → Endocardite infectieuse

o Diagnostiquer une endocardite infectieuse.
o Co aît e les po tes d’e t ées et les age ts i fe tieux les plus f é ue e te
cause.
o Connaître les grands principes du traitement médical et chirurgical.
o Connaître la prévention des endocardites infectieuses.
• N° 153 → I fe tio s ostéo a ti ulai es IOA de l’e fa t et de l’adulte

o Co aît e les p i ipaux age ts i fe tieux espo sa les des IOA selo l’âge, le te ai
et leur profil de résistance.
o Diag osti ue et o aît e les p i ipes du t aite e t d’u e a th ite ave ou sa s
até iel, d’u e ostéite ave ou sa s até iel.
o Diag osti ue et o aît e les p i ipes du t aite e t d’u e i fe tio osseuse su
pied diabétique.
Page 247
SOMMAIRE
Les endocardites infectieuses – p. Infections ostéo-articulaires –
247 p. 253
I Cli i ue et épidé iologie I Cli i ue et épidé iologie
II St atégie diag osti pa hé o ultu es II St atégie diag osti ue
III Tests diag osti ues III P ise e ha ge et p éve tio
IV P ise e ha ge et p éve tio
Page 248
UE 18 – Les endocardites infectieuses – F. VANDENESCH – C-A. GUSTAVE
Les endocardites infectieuses

I) Données cliniques et épidémiologiques
1) Définition
L’e doca dite i fectieuse a été décrite par Sir William Osler en 1855. Elle est due à une infection secondaire à
u e g effe ou à la ultiplicatio d’u age t i fectieu su l’e doca de valvulai e ou su du at iel p oth ti ue
intracardiaque (ex : valves, sonde de pacemaker ou de défibrillateur) au cou s d’u e act i ie. L’e doca de
valvulaire est touché en particulier car il est exposé à des turbulences qui provoquent des microlésions. Ainsi
’i po te uel ic oo ga is e ci cula t da s le sa g pou a s’ g effe et e t ai e u e infection. La localisation
infectieuse la plus fréquente se situe sur la valve aortique.
2) Incidence
C’est u e aladie peu f ue te, ui touche p i cipale e t les ho es 2/3 d’u âge o e de 59 a s.
3) Signes cliniques
• Des a ifestatio s gé érales liées à l’i fectio :
o Fièvre : d’i te sit t s va ia le : « tout patient porteur d'une lésion cardiaque à risque
présentant une fièvre inexpliquée doit être considéré comme suspect d'endocardite ». Le
terrain cardiaque à risque regroupe des pathologies valvulaires, la p se ce d’u e valve
proth ti ue, l’ATCD d’e doca dite++.
o Altératio de l’état gé éral : amaigrissement, anorexie, sueurs, pâleur.
• Des manifestations cardiaques :
o Souffle d’appa itio ce te ou ce e t odifi .
o Ma ifestatio s d’i suffisa ce ca dia ue : d sp e, essouffle e t, …
• Des manifestations extracardiaques :
o Cutanées : purpura pétéchial, faux panaris, érythème de Janeway.
o Rhumatologiques : arthralgies, spondylodiscites.
o Neurologiques : emboles ou abcès cérébraux.
o Ophtalmologiques : fo d d’œil : tâches de Roth.
o Respiratoires : p eu opathie EI du cœu d oit .
o Rénaux : protéinurie, hématurie.
Elles sont liées à des micro-emboles septiques pour la plupart ou à des complexes immuns circulants.
• Complications :
o Ca dia ues avec u e i suffisa ce ca dia ue, u e attei te des aut es valves, a c s, …
o Des phénomènes emboliques : atteinte du cerveau,
pou o , ate, ei s, foie, … Des anévrismes
mycotiques (5% des EI) localisés au niveau de
l'aorte proximale, des artères viscérales, des
extrémités, et du cerveau avec un risque de rupture
+++.
4) Microorganismes en cause
Parmi les microorganismes mis en cause il y a les Streptococcus
qui représentent 36,2% des infections en 2008. Les streptocoques
oraux sont majoritaires (=Le Streptococcus viridans) à entrée bucco-
dentaire, et sont les responsables historiques des endocardites.
Avec l’a lio atio des soi s et de l’h gi e ucco-dentaire, les
infections à streptocoques ont diminués.
FGSM3 Lyon Est Les endocardites infectieuses Page 1 sur 5 Page 249
.
Les entérocoques, ou streptocoques du groupe D, sont aussi des étiologies potentielles des endocardites
infectieuses.
Dans le même temps, on a une augmentation du o e d’EI à Staphylococcus aureus. Cela peut s’e pli ue
par l’allo ge e t de la du e de vie ai si ue la ultiplicatio des soi s avec utilisation de matériel (KT, pose de
prothèse… . O a do c u plus g a d o e d’EI osoco iales dues au staph loco ues.
Les po tes d’e t es et les situatio s à is ue d’e doca dites i fectieuses à pa ti de ces ic oo ga is es so t :
• Dentaires à pa ti d’u fo e i fectieu ais aussi à pa ti de soi s co p is d ta t age. C’est la seule
voie pa la uelle l’e doca dite peut se d veloppe chez u sujet sain sans u’il ait u fo e p ala le
• ORL à pa ti d’u fo e a gdalie ou ap s u e chirurgie
• Cutanées à pa ti de plaies i fect es, de de atoses, …
• Urinaires à pa ti d’u e i fectio ou ap s u e chi u gie de la p ostate.
• Génitales à pa ti d’u e infection ou suite à une intervention.
• Iatrogènes suite à la pose d’u KT dial se , ap s u e chi u gie, ...
• Digestives si présence de tumeurs, diverticulose, chirurgie digestive
II) Stratégie diagnostique – Les hémocultures

Il existe 5 g oupes d’e doca dite i fectieuse e fo ctio des h ocultu es.
1) Endocardite infectieuse à hémocultures habituellement positives

Ces EI représentent 80% des cas et microorganismes responsables correspondent à ceux vus précédemment.
2) Endocardite infectieuse négativée par les antibiotiques

O les et ouve da s u co te te ha ituel d’EI le te de t pe st eptococci ue. Le patie t vie t co sulte avec
une fièvre et une AEG. Si le médecin ne repère pas les manifestations cardiaques, il prescrira des ß-lactamines
orales pour un syndrome fébrile. A l’a t du t aite e t, il au a u e echute otiva t u e hospitalisatio et les
hémocultures seront négatives.
Les endocardites à staphylocoque sont beaucoup plus bruyantes que les EI à streptocoque, le diagnostic est
donc plus rapide.
Cela représente 50% des causes de négativité des hémocultures conventionnelles.
3) Endocardite infectieuse à hémocultures souvent négatives

Elles sont dues à des microorganismes à croissance lente ou difficile (2 à 4% des cas) pour lesquelles il y aura
souve t de g osses v g tatio s. Le diag ostic pou a t e a lio pa : l’i fo atio du iologiste pou u’il
garde les h ocultu es ca ces ic oo ga is es cessite t u e du e d’i cu atio jus u’à 21 jou s.
On peut voir :
• HACCEK :
o H : Haemophilus aphrophilus, paraphrophilus (nouvelle nomenclature Aggregatibacter aphrophilus).
o A pour Actinobacillus actinomycetemcomittans (nouvelle nomenclature Aggregatibacter
actinomycetemcomittans).
o C pour Cardiobacterium hominis et valvarum.
o C pour Capnocytophaga sp.
o E pour Eikenella corrodens.
o K pour Kingella kingae.
Ce sont des Bacilles à Gram négatif commensaux des muqueuses notamment buccales et des voies
respiratoires supérieures. Leur détection et leur identification sont délicates.
.
• Brucella : responsable de la Brucellose ou fièvre de Malte.

C’est u e A th opozoo ose, agent du bioterrorisme (par inhalation) do t l’ho e est u hôte accidentel. Il
e iste 4 esp ces pathog es pou l’ho e : B. melitensis, B. abortus, B. suis, B. canis. Elle est à déclaration
obligatoire.
Transmission : elle se fait par voie cutanéomuqueuse par un contact avec des animaux infectés ou par voie
digestive pa la co so atio d’ali e ts co ta i s p oduits lact s . Risque de contamination par inhalation
dans les laboratoires. Bactérie de niveau 3.
Clinique : Brucella provoque une fièvre ondulante, une EI et une spondylodiscite.
Diagnostic : il se fait par des hémocultures ou une sérologie (+/- PCR sur valve).
Traitement : on utilise des ATB à diffusion intracellulaire (cyclines + rifampicine).
• Champignons.
4) Endocardite infectieuse à hémocultures toujours négatives

Ces sont des bactéries à tropisme intracellulaire :
• Monocyte-macrophage pour Coxiella (2 à 5% des cas).
• Cellule endothéliale pour Chlamydia (?).
• Erythrocytes pour Bartonella (2 à 3%).
• Histiocytes pour Tropheryma whipplei (< 1%).
a) Coxiella burnetii
C’est u e zoonose ubiquitaire, obligatoirement intracellulaire, dont le réservoir principal se trouve chez les
a i au d’ levage. Elle est à déclaration obligatoire. Bactérie de niveau 3
Transmission : elle est directe par aérosol à partir des animaux infectés.
Clinique : elle provoque 2 maladies :
• Fièvre Q aiguë : pneumopathie spontanément résolutive
• Fièvre Q chronique : hépatite, endocardite (plus grave)
Diagnostic : il se fait par sérologie (+/- PCR sur valve)
Traitement : il se fait par hydroxychloroquine (pour remonter le pH intracellulaire et ainsi favo ise l’actio de la
cycline) + cycline.
b) Bartonella henselae
Les hôtes sont les chats qui se contaminent entre eux par les puces. Les puces (vecteur) présentent dans le poil
des chats (réservoir) peuvent libérer Bartonella dans les poils qui pourront alors accidentellement être transmis
à l’ho e.
Transmission : elle se fait du chat à l’ho e pa g iffu e lo s ue le chat se co ta i e les g iffes e se grattant.
Clinique : chez l’i u oco péte t, elle provoque la maladie des griffes du chat et chez l’i u odépri é elle
provoque une angiomatose bacillaire et une péliose hépatique. Elle est aussi espo sa le d’EI.
Diagnostic : elle se fait par sérologie (+/- PCR sur valve).
c) Bartonella quintana
Le réservoir est humain.
Transmission : se fait par un vecteur, le pou de corps Pediculus hu a us . D’a o d o Fièvre des tranchées,
connue depuis la 1ère guerre mondiale ou fièvre quintane (cycle 5 jrs) avec des épisodes de fièvre récurrentes, elle
est récemment retrouvée chez les SDF.
Clinique : e t ai e des co plicatio s chez les i u od p i s tels u’u e attei te cuta e sous la fo e d’u e
angiomatose bacillaire. Elle est aussi responsable d’EI.
Diagnostic : elle se fait par sérologie (+/- PCR sur valve).
.
d) Tropheryma whipplei
C’est u e Bact ie ui ne cultive pas sur milieu classique.
Clinique : Elle peut provoquer une Maladie de Whipple classique poly-viscérale avec signes digestifs, arthralgies,
adénopathies, lésions cérébrales ou cardiaques.
Elle peut aussi provoquer une endocardite à hémocultures négatives : isolée ou avec des signes rhumatologiques.
Il existe également des formes neurologiques isolées.
Diagnostic : PCR : sang, selles, salive, LCR, biopsie synoviale, valve coloration PAS + anapath (biopsies digestives,
valves).
5) Endocardite infectieuse sans diagnostique étiologique

Les endocardites sans diagnostic étiologique concernent 5,2 % des cas. Elles ’o t pas t p c d es d’u e
antibiothérapie préalable et leur bilan précédent est négatif. Elles peuvent devenir grave avec :
• Multiples antibiothérapies.
• Remplacements valvulaires itératifs.
• Mortalité significativement plus élevée.
Le diagnostic peut être potentiellement amélioré par une PCR universelle à partir du tissu valvulaire.
III) Tests diagnostiques

1) Hémocultures
C’est la cl du diag ostic da s 80% des cas.
L’i cu atio prolongée doit t e de a d e et est i dispe sa le pou d tecte d’aut es ic oo ga is es ui o t

besoi d’u te ps suppl e tai e → Avertir le biologiste ue l’o suspecte u e EI !
En fonction du résultat des hémocultures et du contexte clinique, on choisira de faire des examens spécialisés.
2) Sérologie bactériennes et fongiques

Elles sont fortement contributives pour Coxiella burnetii avec u e VPP > 95% pou tit e : IgG e phase I ≥ 1/ 00 et
IgA e phase I ≥ 1/100.
Elles o t u e valeu d’o ie tatio pou Bartonella, Brucella, cha pig o s, …
3) Cultures cellulaires
Elles ont une grande valeur « confirmative » pour tous les intracellulaires exigeants que sont Coxiella, Bartonella
et Tropheryma.
4) Prise en charge spécifique et systématique des valves cardiaques
L’a apath est le gold standard pour la classification de Duke. On réalise un examen macroscopique puis une
cultu e act iologi ue co ve tio elle. Si la cultu e est gative ais l’a al se histologi ue e faveu d’u e EI,
o va eche che l’ADN actérien par PCR à partir de tissus frais congelés et non de coupes paraffinées.
.
IV) Prise en charge et prévention

• Curatif
o Médical ou chirurgical (selon germe, tolérance, risque embolique, …).
o On utilise une antibiothérapie bactéricide, prolongée (4-5 semaines), adaptée au germe et à sa
localisation.
• Curatif et prophylactique
o O che che et t aite la po te d’e t e de l’EI actuelle.
o O che che et t aite toutes po tes d’e t es d’u e futu e EI : par exemple par une coloscopie.
• Prophylactique
o Hygiène cutanée et buccodentaire.
o Antibioprophylaxie chez tous les patients à haut risque devant subir un geste à risque.
o Diffusion de la carte de prévention chez tout cardiaque à risque.
A retenir
• H ocultu e = cl du diag ostic ic o iologi ue de l’e doca dite infectieuse.
• Importance communication entre cliniciens, microbiologistes et anatomopathologistes.
• La atu e de la act ie isol e o ie te ve s la po te d’e t e de l’i fectio .
• T aite la po te d’e t e de l’e doca dite i fectieuse actuelle.
• Traiter les po tes d’e t e pote tielles de futu s pisodes.
.
Celle-là est e he h e…
« Alo s voilà, aujou d’hui, Bi i vous fait e o te le te ps… … … … … fi des
a es , le do teu M. est jeu e e plaça t da s u e petite ville…
Peu de o de e salle d’atte te, effet o et de e u’o appelle e t e ous l’effet e plaça t :
J’ai telle e t telle e t al !.. Je dois AB“OLUMENT alle hez o de i ! Quoi, vous aussi vous
atte dez ? Quoi ? C’est pas le do teu X., ’est le de i e plaça t ? Celui ui ’a pas de lu ettes
et ui it ie ? Le jeu e ? Ah… Je epasse ai ou i de ai da s e as…
(Croyez- oi, e 5 a s ap s, ’est toujou s pa eil, et pa eille e t ve a t…
Malg tout, Do teu M. tait ie o up … Les o sultatio s s’e haî aie t e flu te du, ua d e
fut e fi au tou de Miss Bett Boop. I possi le de la ate : u v ai o o pou les eu … petite,
accorte, maquillée (trop ?), une coupe à la Jessica Rabbit. Belle, rousse, et jolie.
Do teu M. l’a fait e t e , puis s’asseoi .
– Bonjour.
– Bonjour.
– Vous ?.. a commencé M.
Elle a penché la tête sur le côté, a rougi. Timide ou mutine ?
– Je vie s… pou … u e ouvelle e t de pilule.
Ap s les uestio s d’usage et les e a e s ha ituels à ette po ue, M. lui a fait l’o do a e et la
lui a te due. Mais so ai i uiet l’a i te pell .
– Ça va ?
-Docteur, puis-je vous poser une question ?
-Mais bien sûr, mademoiselle.
O pa lait u peu o e des o ots, à l’ po ue… O pa lait e oi et fe -blanc)
– Ce ’est pas pour moi, a-t-elle dit e ougissa t de plus elle, ais pou a soeu … elle p e d la
e pilule ue oi, et… so a i est pa ti e d pla e e t depuis uel ue te ps et… “o visage
tait f a he e t a oisi ai te a t, elle s’i ui tait v ai e t eau oup pou sa sœu … elle a fait
la o aissa e d’u aut e ho e… Je, e fi elle, a soeu , est t s i ui te, et…
– … Et ?.. l’a e ou ag Do teu M.
R po se v idi ue et ag ifi ue ua d o a u aste d’a th opologie o e Bi i ! de la patie te
– Et ils o t fait l’a ou 5 fois da s la uit, alo s je voulais savoi : pe sez-vous que cette pilule est
assez forte pour ça ?
[…Je vous laisse app ie la eaut a th opologi ue de ette uestio … Pe s e agi ue, ua d tu
nous tiens ! ]
– Vous savez, lui a répondu Do teu M., il ’ a pas de pilule fo te ou pas fo te… Ne vous e faites
pas… e fi ue vot e soeu e se fasse pas de sou i.
Elle est partie comme elle était venue. Belle, rousse, et jolie.
O e peut v ai e t ie o t e l’a ou f ate el, je veu di e : on ne peut VRAIMENT rien contre
l’a ou f ate el !..
Baptiste Beaulieu, dans son blog « Alors Voilà »
Page 254
UE 18 – Les infections ostéo-articulaires – F. VANDENESCH – A. TRISTAN
Les infections ostéo-articulaires

I) Données cliniques et épidémiologiques
1) Classification
On peut classer les infections ostéo-articulaires en :
• Atteinte articulaire pure : arthrite.
• Atteinte osseuse pure : ostéite, ostéomyélite.
• Atteinte ostéo-articulaire : ostéo-arthrite.
• Atteinte d'un disque intervertébral et des corps vertébraux adjacents : spondylodiscite.
On classifie aussi les atteintes en fonction de la présence ou non de matériel.
L’attei te se a ch o i ue au-delà de 1 mois.
2) Mode de contamination et germes en cause

La contamination est variable et peut se faire :
❖ Par inoculation directe :
• Lo s d’u traumatisme.
• De façon iatrogène lo s d’u geste dical i filt atio ou lo s d’u geste chi u gical
(arthroscopie).
❖ Par voie h atog e au cou s d’u e bactériémie (localisation secondaire) durant laquelle la porte
d’e t e est a e e t et ouv e.
Il peut y avoir une contiguïté dans la contamination : par exemple à pa ti d’u fo e septi ue do t la po te
d’e t e est u e plaie ch o i ue pied dia ti ue, ulc e .
Germe principalement impliqué selon

l’âge +++
Nouveau-né : SGB
Enfant < 5 ans : Kingella kingae
Enfant > 5ans et adulte : S. aureus
3) Infection par voie hématogène – Infection ostéo-articulaire de l’enfant

L’inoculation se fait par voie hématogène +++, l’IOA se t aduit pa u e ost o-arthrite et ost omy lite en
fo ctio de l’âge :
• Avant 18 mois : il y a une infection du réseau inter- piphysaire = ost́o-arthrites.
• Après 18 mois : arthrite et ost́omýlite bien distinguées.
Elle va toucher les os longs, ceux des membres inférieurs principalement avec une atteinte du tibia et du fémur
dans 50% cas. Les germes impliqués peuvent être :
• Kingella kingae.
La po te d’e t e est p i cipale e t ORL ais peut aussi t e cuta e.
FGSM3 Lyon Est Les infections ostéo-articulaires Page 1 sur 2 Page 255
.
UE 18 – Les infections ostéo-articulaires – F. VANDENESCH – A. TRISTAN
4) Infection sur matériel – Infection ostéo-articulaire de l’adulte

Elle se fait principalement sur des prothèses articulaires dont la surface inerte est le support pour la formation
de biofilm qui constitue un acteur favorisant +++ des IOA. Le risque est toujours le même ta t u’o a u e
prothèse, il ne disparait jamais (environ 10%).
L’i oculatio peut t e di ecte lo s de l’i pla tatio ou h atog e. Les ge es i pli u s so t :
• Autres staphylocoques.
II) Stratégies diagnostiques

On fait des prélèvements :
• A visée étiologique :
o Hémocultures.
o Prélèvements locaux pendant l’op atio minimum 3, idéal 5) puis on fait une culture
conventionnelle, lecture possible jus u’à J14
o Sérologies.
o PCR
o Reche che po te d’e t e.
• A la eche che de a ueu s de l’i fla atio .
III) Prise en charge et prévention

Il y a des prérequis pour le choix des antibiotiques tels que :
• La diffusion osseuse (et biofilm).
• Le ai tie de l’activit ́ da s l’e vi o e e t osseu .
• L’ad i ist atio o ale p olo g e.
C’est u e a ti ioth apie ui doit t e docu e t e ce ui suppose des p l ve e ts fia les. Parfois elle pourra
t e p o a iliste e aiso d’u e u ge ce ais elle se a à adapte le plus apide e t possi le d sescalade .
On va constituer 3 groupes selon le ratio de diffusion os/sang :
• excellent (> 30%) : rifampicine, fluoroquinolones, acide fusidique, clindamycine, métronidazole,
lin zolide.
• oye 3 ‐ 5% : β‐lacta i es, gl copeptides, sulfa ides, ac olides.
• faible (< 15%) : aminosides.
A retenir
• Infections sévères et difficiles à traiter.
• Plusieurs entités cliniques :
o Voie d’i oculatio .
o Aiguë ou chronique.
o Avec ou sans matériel.
• Rôle fondamental de la microbiologie dans le diagnostic et le traitement ➔ antibiogramme :
o Qualitatif : prélever aseptiquement pour éviter les contaminations.
o Quantitatif (idéalement 5 prélèvements) : indispensable pou l’i te p tatio des ge es
(notamment cutanés).
• Traitement : associatio d’a ti ioti ues, o e diffusio osseuse.
FGSM3 Lyon Est Les infections ostéo-articulaires Page 2 sur 2 Page 256
.
QCM – QUESTIONS – CAS CLINIQUES
DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS
Cas clinique 1
De garde aux urgences, vous recevez un homme de 72 ans envoyé par son médecin traitant
pour céphalées intenses et fièvre à . °C. L’interrogatoire est difficile chez ce patient désorienté et
confus. Sa femme vous explique que la fièvre, la confusion et les céphalées sont apparues deux jours
avant et ont évolué rapidement. Le patient est sous corticoïdes au long cours pour un asthme
sévère. A l’examen clinique, le patient est fébrile et ne supporte pas la lumière. Vous retrouvez une
raideur de la nuque. L’examen est normal par ailleurs.
1. Quel(s) diagnostic(s) clinique(s) évoquez-vous ?
2. Quel(s) examen(s) paraclinique(s) à visée microbiologique demandez-vous, comment procédez-
vous et quels types de données en attendez-vous ? Dans quel délai ?
3. Quels sont les 3 agents bactériens les plus probables chez ce patient et quels sont leurs aspects à la
coloration de Gram ?
L’interne du laboratoire vous appelle pour transmettre les résultats de la ponction lombaire.
Glycorachie : 1 mmol/l (N = 2,75 – 4,25 mmol/l)
Glycémie est à 4 mmol/l (N = 3,5 – 5 mmol/l)
(glycorachie/ glycémie normale = 0,5 à 0,75)
Protéinorachie : 0,90 g/l (N < 0,4 g/l)
Hématies : 12 /mm3 (N < 10)
Leucocytes : 200 / mm3 (N < 10) avec
Lymphocytes : 10 %
Polynucléaires neutrophiles : 89 %
Monocytes : 1%
Coloration de Gram : présence de cocci à Gram positif en diplocoques et chainettes.
4. Quel est le pathogène le plus probable ? Quel est son mode de contamination ?
5. Quelle est votre prise en charge individuelle et collective ?
FGSM3 Lyon Est QCM – Questions – Cas cliniques Page 1 sur 22 Page 257
.
INFECTIONS BACTERIENNES ET VIRALES
Cas clinique 2
Une patiente de 30 ans vient consulter le 3 Mai au matin car elle présente une lésion de la
face postérieure du mollet à gauche. Elle a été cueillir du muguet en forêt le 1er mai dans l’après-
midi. A l’examen clinique, vous constatez que la lésion est en fait une tique, sans érythème ni
œdème autour.
1. Quelle est votre attitude ? Justifier.
La patiente revient 3 semaines après pour un érythème de 10cm de diamètre sur le même
mollet, qui s’étend progressivement depuis une semaine, centré sur l’ancienne morsure de tique.
2. Quels diagnostics évoquez-vous et sur quels arguments ?
3. Quels sont vos prescriptions d’examens complémentaires à visée microbiologique dans ce
contexte ? Justifier.
4. En l’absence de traitement efficace, quelles sont les complications cliniques à craindre à long
terme ?
5. Pour ces complications, quels examens (nature du prélèvement, technique utilisée, interprétation
des résultats) à visée microbiologique peuvent aider au diagnostic ?
6. Citer quatre autres pathologies infectieuses transmises par piqûre ou morsure animale (au sens
large).
Cas clinique 3
Un patient diabétique de ans souffrant d’artérite des membres inférieurs consulte pour
une plaie douloureuse suite à une coupure lors de jardinage. Le patient est fébrile à 39°C et
l’examen du pied relève une plaie nauséabonde, nécrosée, gonflée, douloureuse à la palpation avec
crépitation. L’hémogramme montre une hyperleucocytose à /mm dont % de
polynucléaires neutrophiles. Le reste de l’examen clinique est normal.
1. Quel diagnostic retenez-vous et sur quels arguments ?
2. Quels prélèvements à visée bactériologique réalisez-vous ?
3. Quelle est votre attitude thérapeutique ?
4. L’examen direct du prélèvement montre la présence de bacilles à Gram positif. De quelles bactéries
peut-il s’agir ?
5. Quels sont les moyens de prévenir ces infections ?
Réponses :
1. Dermo-hypodermite (=cellulite), car on a une nécrose, de la fièvre, une hyperleucocytose.
2. Biopsie de la plaie, hémoculture.
3. Mise à plat chirurgicale, antibiothérapie (augmentin + gentamicine), et RECHERCHER LE TETANOS
(sauf si vous voulez perdre la moitié des points ! si vous voyez jardin, plaie, … ➔ TETANOS).
4. Clostridium perfringens.
5. Parage, nettoyage, antisepsie, antibioprophylaxie, et poser la question du vaccin.
.
Cas clinique 4
Dans un service de soins intensifs, Monsieur X, recevant des antibiotiques per os
(amoxicilline + acide clavulanique) pour broncho-pneumopathie sévère sur un terrain insuffisant
respiratoire depuis 8 jours présente depuis 24 heures une diarrhée importante avec douleurs
abdominales dans un contexte de ré-ascension thermique. Son voisin d’alvéole, Monsieur Y,
hospitalisé dans l’alvéole contiguë pour insuffisance cardiaque sur valvulopathie aortique, présente
ce jour les mêmes symptômes.
1. Dans ce contexte, quelle est l’étiologie bactérienne la plus probable pour Monsieur X et pour
Monsieur Y ?
2. Quels examens bactériologiques doit-on prescrire pour affirmer ce diagnostic ?
3. Quels sont les principes du traitement anti-infectieux pour les patients X et Y ?
4. Quelles sont les mesures à prendre pour éviter la dissémination de cette infection ?
5. Faut-il déclarer ces infections et à qui ?
Réponses :
1. Clostridium Difficile.
2. Recherche de toxine dans les selles, GDH, test PCR.
3. Monsieur X : arrêt augmentin → vancomycine ou FLAGYL® (per os).
Monsieur Y : vancomycine ou FALGYL® (per os).
4. Prévention : se laver les mains, attention à l’hygiène en hôpital !
5. Déclaration au CLIN.
Cas clinique 5
Edouard, ans, commercial, marié, un enfant consulte pour une dysurie. )l n’a pas
d’antécédent excepté des condylomes anaux il y a un an , ni d’allergie. )l se plaint d’un écoulement
de pus au méat depuis 2 jours. Il est apyrétique et son état général conservé.
1. Diagnostic ?
2. Quel(s) prélèvement(s) faut-il réaliser ?
3. Quel bilan complémentaire ?
4. Quelles modalités thérapeutiques?
Réponses :
1. Urétrite.
2. Gonocoque :
• A faire au laboratoire ou au cabinet si l’on dispose de milieux de transport adaptés.
• Ecouvillonnage du méat ou recueil d’une goutte de pus.
• Mise en évidence de Cocci à Gram négatif.
• +/- prélèvements anaux et pharyngés.
Chlamydia trachomatis :
• Ecouvillonnage urétral (IF, PCR).
• Premier jet urinaire (PCR).
• Aucun intérêt des sérologies.
3. Sérodiagnostic VIH.
TPHA VDRL.
Sérodiagnostic hépatite B.
4. Ceftriaxone monodose 500 mg ou Cefixime monodose 400 mg P.O. ou Spectinomycine 2 g I.M. une
dose.
Azithromycine une dose de 1 g.
.
Cas clinique 6
Un étudiant rentrant d’un voyage au Maghreb présente le tableau suivant : Fièvre avec
vomissements et céphalées, selles jaunes liquides et profuses avec ténesme. Il a pris de
l’amoxicilline, sans effet. On constate à l’examen que le patient est prostré avec altération de l’état
général, une fièvre à °C, la présence d’un pli cutané, des fosses iliaques douloureuses des deux
côtés ainsi qu’une hypotension avec une augmentation du pouls.
1. Que suspectez-vous ?
A. Syndrome cholériforme
B. Syndrome dysentériforme
C. Toxi-infection collective
D. Septicémie
E. Déshydratation
2. Quelle physiopathologie évoquez-vous ?
A. Entérotoxinogène
B. Entéropathogène
C. Entéroaggrégatif
D. Entéroinvasive
E. Entérohémorragique
3. Quels germes peuvent être en cause ?
A. Escherichia coli
B. Salmonella
C. Clostridium perfringens
D. Vibrio cholerae
E. Yersinia
4. Quel examen prescrivez-vous ?
A. 1 coproculture
B. 3 coprocultures
C. Recherche de toxines dans les selles
D. paires d’hémocultures
E. PL
5. L’examen a mis en évidence Shigella dysenteriae, quelle peut être la source de
contamination ?
A. Volaille
B. Porc
C. Œuf
D. Eau
E. Homme
6. Quelle thérapeutique engagez-vous ?
A. Réhydratation
B. Antibiothérapie après l’antibiogramme
C. Arrêt du traitement amoxicilline-acide clavulanique
D. Antibiothérapie aux FQ per os
E. Antibiothérapie à la vancomycine
.
Réponses :
1. ADE
A : Les diarrhées sont aqueuses et profuses
D : La fièvre dénote la septicémie
E : Pli cutané et hypotension avec tachycardie
2. A
Dans le cas d’un syndrome cholériforme, on a une grande déshydratation qui résulte la plupart du
temps de mécanismes entéro-toxiques. NB : )l est possible d’avoir de la fièvre avec un syndrome
toxique.
3. AD
E : Faux, les Yersinia donnent plutôt des syndromes dysentériforme.
4. A
C : Faux, possible uniquement pour le C. difficile en cas de SHU.
5. E
C’est bien une contamination interhumaine le professeur a dit qu’il était rare de voir un syndrome
cholériforme à Shigella dysenteriae).
6. AD
QCM 1 – Parmi les pathologies suivantes, lesquelles sont dues à un virus des Herpesviridae ?
A. « Bouton de fièvre » ou herpès labial
B. Varicelle
C. Zona
D. Roséole
E. Mononucléose infectieuse
F. Syndrome de Kaposi
G. Eruption vésiculeuse
H. Eruption maculo-papuleuse
Réponses : ABCDEFGH
QCM 2 – Parmi les propositions suivantes à propos des Herpesviridae, lesquelles sont exacte ?
A. Petits virus
B. Génome à ADN
C. Capside icosaédrique
D. Virus nu
E. Transmis par l’eau contaminée
Réponses : BC
A : Virus de grande taille.
D : Virus enveloppé.
E : Transmission par contact interhumain étroit, virus latents dans différents types de cellules et transmis
par greffes, et passage trans-placentaire possible.
QCM 3 – Parmi les propositions suivantes à propos de la physiologie des Herpesviridae, lesquelles
sont exacte ?
A. La primo-infection est toujours accompagnée de signes cliniques
B. Le génome persiste sous forme d’épisome dans le noyau de cellules infectées
C. La réactivation est due à une défaillance du système immunitaire
D. La réactivation est toujours symptomatique
E. Les traitements antiviraux permettent d’éliminer les virus latents
Réponses : BC
A : Cela dépend des virus. Le plus souvent asymptomatique sauf la varicelle.
D : La réactivation peut être asymptomatique d’où risque de transmission même sans signes cliniques ou
symptomatique (on parle de récurrence).
E : Les traitements anti-herpes sont des analogues de nucléosides capables seulement d’inhiber la
réplication des virus.
.
QCM 4 – Parmi les propositions suivantes à propos des traitements des Herpesviridae, lesquelles
sont exactes ?
A. L’Aciclovir est utilisé dans le traitement des infections à HSV-1 et HSV-2
B. Le Valaciclovir est utilisé dans le traitement du zona
C. L’Aciclovir est utilisé dans le traitement du CMV
D. Le Valganciclovir est utilisé pour prévenir les réactivations du CMV chez les greffés
E. Le Foscarnet et le Cidofovir sont actifs sur HSV, VZV et CMV et sont utilisés en cas de résistance aux
molécules de première intention
Réponses : ABDE
C : Ganciclovir
Question 1 – Toxicité principale du Ganciclovir ?

Réponses : hématologique
Question 2 – Toxicité principale du Foscarnet et du Cidofovir ?

Réponses : rénale
QCM 5 – Parmi les propositions suivantes à propos de la physiopathologie des HSV-1 et HSV-2,
lesquelles sont exactes ?
A. HSV-1 et HSV-2 peuvent se répliquer au niveau de la peau et des muqueuses orales ou génitales
B. HSV-1 et HSV-2 se répliquent pendant leur phase de latence
C. HSV-1 établit une latence au niveau des ganglions sacrés
D. La réactivation signifie nouvelle réplication virale à partir du site de latence et excrétion virale
E. Chez l’immunodéprimé, la réactivation des HSV doit être prévenue et surveillée
Réponses : ADE
B : Par définition la latence signifie absence de réplication et persistance sous forme d’épisome.
C : HSV-1 est latent au niveau du ganglion de Gasser.
QCM 6 – Parmi les propositions suivantes à propos de l’épidémiologie à (SV-1 et HSV-2, lesquelles
sont exactes ?
A. Un sujet séropositif pour HSV-1 ou HSV- n’est contagieux que s’il présente des signes cliniques
B. Les virus HSV-1 sont à transmission indirecte
C. La primo-infection par HSV-1 est très souvent symptomatique
D. L’herpès génital peut-être dû à HSV-1
E. La prévalence d’(SV-2 est de 70%
Réponses : D
A : L’excrétion virale au cours de la primo-infection comme des réactivations n’est pas forcément associée à
des signes cliniques.
B : nécessité de contacts étroits.
C : La primo-infection HSV-1 passe souvent inaperçue.
E : Prévalence HSV-2 : 20% selon populations.
QCM 7 – Parmi les propositions suivantes à propos des infections à HSV-1 et HSV-2, lesquelles sont
exactes ?
A. La stomatite herpétique est une pathologie fréquente de l’enfance
B. Le bouton de fièvre correspond à une réactivation d’(SV-1
C. Les réactivations d’(SV-1 peuvent être asymptomatiques
D. Les réactivations d’(SV- peuvent s’accompagner de signes de méningite
E. Les réactivations d’(SV-2 sont moins étendues et moins douloureuses que les primo-infections
Réponses : BCDE
A : Primo-infection HSV-1 asymptomatique dans 80% des cas.
.
QCM 8 – Parmi les propositions suivantes lesquelles correspondent toujours à des infections graves
à HSV ?
A. La stomatite herpétique
B. L’encéphalite herpétique
C. Le syndrome de Mollaret
D. Les infections herpétiques chez l’immunodéprimé
E. L’herpès néonatal
Réponses : BDE
A : Primo-infection HSV-1 asymptomatique dans 80% des cas.
QCM 9 – Parmi les propositions lesquelles correspondent à celles utilisées pour le diagnostic
virologique des infections à HSV ?
A. La réactivation des HSV-1 est surveillée par des écouvillonnages oraux chez les patients
immunodéprimés
B. En présence de signes cliniques, les écouvillonnages oraux ou génitaux sont riches en virus
C. En cas de méningo-encéphalite le génome de HSV-1 et HSV-2 sera recherché par PCR sur le LCR
D. Les virus HSV ne sont jamais détectables dans le sang
E. En cas de suspicion de kératite herpétique le génome de HSV- est recherché par PCR sur l’humeur
oculaire
Réponses : ABCE
D : HSV peut-être détecté dans le sang chez les immunodéprimés et les nouveau-nés
QCM 10 – Parmi les propositions suivantes à propos des infections à VZV, lesquelles sont exactes ?
A. La varicelle est un virus peu contagieux
B. Le VZV est un virus à transmission respiratoire
C. L’incubation du VZV est de jours en moyenne
D. La varicelle se traduit par une éruption vésiculeuse
E. Le zona se traduit par une éruption localisée et douloureuse
Réponses : BCDE
A : VZV est très contagieux
QCM 11 – Parmi les propositions suivantes à propos de la varicelle, lesquelles sont exactes ?
A. La varicelle débute par une fièvre à 38°C
B. L’éruption évolue en poussées
C. La varicelle a toujours une présentation très typique
D. Les lésions sont prurigineuses
E. Les lésions peuvent toucher les muqueuses
Réponses : ABDE
C : Présentation atypique possible notamment chez le jeune enfant ou l’adulte ou l’immunodéprimé
QCM 12 – Parmi les propositions suivantes à propos des infections à VZV, lesquelles sont exactes ?
A. La varicelle est plus grave chez l’enfant de moins de an et chez l’adulte
B. La varicelle de l’adulte peut se traduire par une pneumopathie grave
C. La varicelle peut donner des atteintes viscérales chez l’immunodéprimé
D. Les surinfections bactériennes cutanées ou respiratoires peuvent compliquer la varicelle
E. La varicelle peut se compliquer d’atteintes neurologiques
Réponses : ABCDE
.
QCM 13 – Parmi les propositions suivantes à propos des infections à VZV au cours de la grossesse,
lesquelles sont exactes ?
A. La survenue d’une primo-infection de varicelle est fréquente au cours de la grossesse
B. Le risque pour le fœtus est majeur si la primo-infection survient en fin de grossesse
C. Le zona n’est pas décrit chez l’enfant mais seulement chez l’adulte de plus de ans
D. La survenue d’un zona au cours de la grossesse est sans risque pour le fœtus
E. En cas de primo-infection VZV jours avant l’accouchement on traite la mère et l’enfant par
Aciclovir IV
Réponses : BDE
A : Prévalence % à l’âge adulte
C : Si infection in utero avant 25 SA risque de zona avant 1 an
QCM 14 – Parmi les propositions suivantes à propos des complications liées au zona, lesquelles sont
exactes ?
A. Le zona reste une éruption localisée et ne peut pas se généraliser
B. Le risque principal du zona est la persistance de douleurs pendant plusieurs semaines
C. Le zona peut se compliquer de signes neurologiques
D. Le zona chez la femme enceinte est sans risque pour l’enfant à naître
E. Le zona ne nécessite pas de traitement antiviral
Réponses : BCD
A : Le zona peut se généraliser chez l’immunodéprimé
E : Au contraire il faut traiter pour éviter les complications et la persistance des douleurs.
QCM 15 – Parmi les propositions suivantes à propos du traitement et de la prévention des infections
à VZV, lesquelles sont exactes ?
A. La vaccination généralisée contre le VZV est recommandée en France
B. Le vaccin contre le VZV peut entrainer l’apparition d’une éruption cutanée
C. Le vaccin contre le VZV est un vaccin vivant atténué
D. Le traitement du zona est basé sur l’utilisation du Ganciclovir )V
E. L’administration d’)g )V spécifiques anti-VZV peut être réalisée en cas de contage VZV chez une
femme enceinte non immunisée
Réponses : BCE
A : Infection naturelle et vaccin chez enfant ou adulte à risques graves non immunisé.
D : Valaciclovir (per os) ou Aciclovir IV si forme grave ou ID.
QCM 16 – Parmi les propositions suivantes à propos du CMV, lesquelles sont exactes ?
A. Le CMV est un virus à ARN
B. Le CMV est un virus oncogène
C. Le CMV est un virus strictement humain
D. Le CMV alterne phases de réplication et de latence
E. Le CMV peut infecter toutes les cellules de l’organisme
Réponses : CDE
A : CMV est un virus à ADN comme tous les Herpesviridae
B : CMV pas oncogène (EBV et HHV8 sont oncogènes)
QCM 17 – Parmi les propositions suivantes à propos du CMV, lesquelles sont exactes ?
A. Le CMV est un virus très contagieux
B. Le CMV se dissémine par voie hématogène
C. Le CMV demeure latent dans les polynucléaires neutrophiles
D. Le CMV est la première cause d’infection virale congénitale
E. Le CMV a une prévalence de % chez l’adulte en France
.
Réponses : BDE
A : Transmission par contacts interhumains étroits.
C : CMV latent surtout dans les monocytes, macrophages et cellules endothéliales et dissémination par
polynucléaires neutrophiles.
QCM 18 – Parmi les propositions suivantes à propos du diagnostic du CMV, lesquelles sont exactes ?
A. La détection d’une séroconversion de la mère au CMV au cours de la grossesse signe l’infection du
fœtus
B. La détection du génome du CMV par PCR sur le liquide amniotique confirme l’atteinte du foetus
C. L’isolement du CMV par culture à partir d’une biopsie digestive permet le diagnostic d’atteinte
digestive
D. Le suivi des réactivations CMV chez les greffés est réalisé sur des prélèvements d’urine
E. L’efficacité des traitements antiviraux est suivie par des PCR quantitatives
Réponses : BCE
A : Transmission 40%.
D : Prélèvements de sang dans un tube EDTA.
QCM 19 – Parmi les propositions suivantes à propos du Ganciclovir, lesquelles sont exactes ?
A. C’est un analogue de la guanosine
B. Son dérivé tri-phosphaté inhibe l’ADN polymérase du CMV
C. Son administration IM est recommandée
D. C’est un composé mutagène
E. Associé à la Zidovudine, il a une toxicité hématologique augmentée
Réponses : ABDE
C : Administration IV (TTT curatif : attaque 10mg/kg/j pdt 21 j puis entretien 5mg/kg/j).
QCM 20 – Parmi les propositions suivantes à propos du traitement du CMV, lesquelles sont exactes ?
A. Le Ganciclovir est utilisé en traitement curatif des pneumopathies à CMV
B. Il ne faut pas traiter une réplication sanguine du CMV en absence de signes cliniques
C. Le Ganciclovir peut être responsable de neutropénies sévères
D. Le Foscarnet a besoin d’être tri-phosphorylé pour inhiber la polymérase du CMV
E. Le Cidofovir a une mauvaise diffusion dans le SNC
Réponses : ACE
B : En fonction de l’immunodépression il faut traiter pour éviter le développement d’une maladie à CMV.
D : Le Foscarnet est directement actif.
QCM 21 – Parmi les propositions suivantes à propos de HHV6, lesquelles sont exactes ?
A. HHV6 a pour cible principale les lymphocytes B
B. La réplication d’((V induit une immunodépression
C. Une charge virale HHV6 très élevée persistante (106 copies/ml) doit faire suspecter une intégration
chromosomique du génome d’((V
D. HHV6 se transmet essentiellement par la salive
E. La prévalence d’((V est d’environ % chez l’adulte
Réponses : BCD
A : La cible c’est les lymphocytes T les monocytes, ... Lymphocytes B : EBV et HHV8).
E : Environ 90%.
A. La primo-infection à HHV6-A passe souvent inaperçue
B. Une fièvre élevée (39°C à 40°C) persistante sans autre signe chez un enfant de 6 mois à 2 ans doit
faire évoquer une primo-infection HHV6-B
C. L’éruption maculo-papuleuse au cours de la roséole survient dès le 1er jour de fièvre
D. Chez l’immunodéprimé la survenue d’une encéphalite liée à ((V est de mauvais pronostic
E. La réplication d’((V favorise le rejet du greffon et la réaction du greffon contre l’hôte
.
Réponses : ABDE
C : L’éruption signe l’apparition des anticorps, environ après jrs de fièvre, et généralement marque la fin
de celle-ci.
D : Comme la plupart des complications chez le sujet immunodéprimé.
QCM 23 – Parmi les propositions suivantes à propos des infections à EBV, lesquelles sont exactes ?
A. L’EBV se transmet par la salive
B. La primo-infection à EBV est aussi appelée mononucléose infectieuse
C. La primo-infection EBV associe fièvre, asthénie, angine et adénopathies
D. La primo-infection EBV s’accompagne systématiquement d’une éruption
E. La prévalence de l’infection à EBV est faible chez l’adulte
F. La primo-infection à EBV peut se compliquer d’une rupture de rate
Réponses : ABCF
D : C’est vrai si on a prescrit de l’amoxicilline, autrement non.
E : 95% des adultes ont les Anticorps anti-EBV.
QCM 24 – Parmi les propositions suivantes à propos des complications liées à EBV, lesquelles sont
exactes ?
A. EBV reste latent au niveau des lymphocytes T
B. EBV est responsable de lymphoproliférations malignes
C. EBV est responsable de leucoplasie chevelue de la langue chez le sujet infecté par le VIH
D. EBV est un cofacteur du carcinome du nasopharynx
E. La réactivation d’EBV est suivie par PCR quantitative dans le sang chez l’immunodéprimé
Réponses : BCDE
A : ce sont les lymphocytes B !
A. HHV8 a pour cible principale les lymphocytes B
B. HHV8 est un virus ubiquitaire en France
C. HHV8 se transmet par voie sexuelle et par la salive
D. HHV8 est un virus oncogène
E. HHV8 est associé la maladie de Kaposi et à des syndromes lymphoprolifératifs
Réponses : ACDE
B : Prévalence entre 2- % pour la population d’Europe du Nord.
Question 3 – Relier chaque virus à son site de latence.
.
Réponses :
Question 4 – Relier chaque virus à sa prévalence.
Réponses :
.
Question 5 – Relier chaque virus à sa manifestation clinique la plus fréquente.
Réponses :
Question 6 – Relier chaque virus à son type d’éruption.
.
Réponses :
Question 7 – Relier chaque virus à son traitement.
Réponses :
.
QCM 26 – Généralités sur virus des éruptions : parmi les propositions suivantes lesquelles sont
exactes ?
A. La rougeole peut se compliquer de pneumonie et d’encéphalite
B. La rubéole présente un risque tératogène
C. Les entérovirus peuvent donner des éruptions vésiculeuses ou maculo-papuleuses
D. Le parvovirus B provoque une anémie en cas d’hémoglobinopathie
E. Les adénovirus donnent des tableaux associant pharyngite adénopathie et conjonctivite
Réponses : ABCDE
A : C’est pour ça qu’on vaccine.
B : C’est pour ça qu’on vaccine : il y avait plein d’avortement et de syndromes malformatifs avant le vaccin.
C : Il y a plus de 100 entérovirus différents et donc de nombreux sérotypes et de nombreuses formes
cliniques selon l’entérovirus.
E : Adénovirus ➔ diagnostic différentiel de la rougeole.
QCM 27 –Parmi les propositions suivantes concernant la rougeole, lesquelles sont exactes ?
A. La rougeole se transmet par voie aérienne
B. La rougeole est responsable d’une éruption vésiculeuse généralisée
C. La rougeole est tératogène
D. La rougeole est une maladie à déclaration obligatoire
E. La prévention est basée sur la vaccination
Réponses : ADE
B : Maculo-papuleux.
C : C’est la rubéole qui est tératogène.
A. La rougeole débute par un catarrhe oculo-naso-pharyngé
B. L’éruption de la rougeole apparaît 18 jours après la contamination
C. L’éruption débute à la tête puis s’étend à tout le corps
D. La rougeole peut se compliquer d’otite et de pneumonie
E. La rougeole ne se complique d’encéphalite que dans les pays en voie de développement
Réponses : ACD
B : Débute 14 j après la contamination
E : La prévalence de complication d’encéphalite est la même que ce soit un pays en VDD ou un pays
européen.
A. La rougeole est une maladie peu contagieuse
B. La vaccination ROR se fait à 12 mois puis à 16-18 mois
C. La vaccination peut donner de la fièvre et/ou une éruption
D. Le ROR est contre-indiqué chez la femme enceinte
E. )l est recommandé d’administrer une dose de ROR si adulte non vacciné en contact avec cas de
rougeole depuis moins de 3 jours.
Réponses : BCDE
QCM 30 –Parmi les propositions suivantes concernant la rubéole, lesquelles sont exactes ?
A. La rubéole se transmet par voie aérienne
B. La rubéole provoque des avortements et des malformations congénitales
C. Après infection la rubéole provoque toujours une éruption maculo-papuleuse
D. La rubéole est une maladie à déclaration obligatoire
E. La vaccination a pour objectif de prévenir les infections congénitales
Réponses : ABE
C : Dans 50% des cas seulement.
D : Seulement la rougeole, mais il y a quand même un réseau de signalement.
.
QCM 31 –Parmi les propositions suivantes concernant la rubéole, lesquelles sont exactes ?
A. La rubéole est détectable sur un prélèvement pharyngé
B. Le vaccin contre la rubéole est un vaccin inactivé injectable
C. La preuve d’une immunité contre la rubéole doit être vérifiée au er trimestre de la grossesse
D. En cas de sérologie rubéole négative on vaccine la femme enceinte contre la rubéole
E. En cas de sérologie rubéole négative on contrôle le statut immunitaire tous les mois jusqu’à la fin de
la grossesse
Réponses : AC
B : Vaccin vivant atténué.
D : On ne vaccine pas la femme enceinte, mais après l’accouchement.
E : Ce n’est pas tous les mois, juste à SA.
QCM 32 –Parmi les propositions suivantes à propos du parvovirus B19 (PAB19), lesquelles sont
exactes ?
A. Plus de 95% des adultes sont immunisés contre le PAB19
B. Le PAB19 se transmet par voie respiratoire
C. Le PAB19 provoque des éruptions vésiculeuses localisées
D. Le PAB provoque des anémies en cas d’hémoglobinopathie
E. Le PAB19 est un virus tératogène
Réponses : BD
A : Seulement 60%.
C : Maculo-papuleux.
E : C’est l’anémie qui a des conséquences.
QCM 33 –Parmi les propositions suivantes à propos des entérovirus (EV), lesquelles sont exactes ?
A. Les infections à EV sont souvent asymptomatiques
B. Les EV peuvent donner des éruptions maculo-papuleuses
C. Les EV peuvent donner des éruptions vésiculeuses
D. Les infections à EV sont fréquentes en été
E. Les EV sont la première cause de méningite virale
Réponses : ABCDE
QCM 34 – A propos des méningites et encéphalites, quelles sont les propositions exactes ?
A. L’analyse cytochimique du LCR permet de différencier une méningite d’une encéphalite
B. L’absence de raideur de nuque permet d’éliminer le diagnostic de méningite
C. La méningite virale est une infection le plus souvent bénigne
D. L’(SV est le principal viral responsable des encéphalites virales
E. La distinction entre méningite virale et bactérienne est clinique
F. La cytologie du LCR caractéristique d’une méningite virale à liquide clair retrouve < cellules
nucléées (>50% lymphocytes)
Réponses : C
A : Distinction entre virale et bactérienne (la distinction méningite/encéphalite est clinique).
D : C’est l’(SV ;
E : Biologique.
F : > 5 cellules nucléées.
QCM 35 – A propos des méningites virales, quelles sont les propositions exactes ?
A. Les entérovirus sont la cause principale des méningites virales
B. Les méningites virales sont de mauvais pronostic
C. La distinction entre méningite virale et bactérienne est clinique
D. La cytologie du LCR caractéristique d’une méningite virale à liquide clair retrouve < cellules
nucléées (>50% lymphocytes)
E. Les méningites à entérovirus induisent une hypoglycorachie dans le LCR
.
Réponses : A
B : C’est l’inverse.
C : C’est la différence encéphalite/méningite qui est clinique, la distinction bactérienne/virale est
paraclinique.
D : > 5 cellules nucléées.
E : Les virus n’induisent pas d’hypoglycorachie contrairement aux bactéries qui elles, consomment du
glucose.
QCM 36 – A propos des encéphalites virales, quelles sont les propositions exactes ?
A. HSV-2 est la cause principale des encéphalites virales
B. La Ponction lombaire permet la distinction entre méningite et encéphalite
C. L’Aciclovir doit être introduit dès la confirmation virologique par PCR dans le LCR.
D. Les encéphalites herpétiques non traitée sont associées à 30% mortalité dans les 6 mois.
E. Une confusion fébrile doit faire évoquer ce diagnostic
Réponses : E
A : HSV1.
B : Elle permet de distinguer une atteinte virale d’une atteinte bactérienne.
C : Dès la suspicion.
D : 70%.
QCM 37 – Le laboratoire m’appelle pour me dire que le LCR du petit Yaniss mois est positif pour
l’entérovirus. Quelle est ma prise en charge ?
A. Saute de joie et renvoie l’enfant à son domicile
B. Transfère le patient en réanimation
C. Donne le téléphone à mon chef de clinique (ou infirmière si absent)
Réponses : A
Il faut absolument retenir que le diagnostic de méningite à entérovirus « est une bonne nouvelle ».
QCM 38 – Quels sont les virus responsables de méningites ?

A. HSV-1
B. HSV-2
C. VZV
D. Entérovirus
E. Oreillons
F. Virus de la rage
Réponses : ABCD
QCM 39 – Pour quels virus dispose-t-on d’un traitement antiviral ?

A. HSV-1
B. HSV-2
C. VZV
D. Entérovirus
E. Oreillons
F. Virus de la rage
G. Poliovirus
Réponses : ABC
.
QCM 40 – Pour quels virus dispose-t-on d’un vaccin ?
A. HSV-1
B. HSV-2
C. VZV
D. Entérovirus
E. Oreillons
F. Virus de la rage
G. Poliovirus
Réponses : CEFG
QCM 41 – Pour quels virus doit-on réaliser une déclaration obligatoire ?

A. HSV-1
B. HSV-2
C. VZV
D. Entérovirus
E. Oreillons
F. Virus de la rage
G. Poliovirus
Réponses : FG
QCM 42 – Pour quels virus un cas humain autochtone a été détecté dans les 30 dernières années ?
A. HSV-1
B. HSV-2
C. VZV
D. Entérovirus
E. Oreillons
F. Virus de la rage
G. Poliovirus
Réponses : ABCDE
QCM 43 – Concernant le VIH, quelles sont les propositions exactes ?

A. Le principal sérotype est le HIV-2
B. )l s’agit d’un virus nu très résistant dans l’environnement
C. La retro-transcriptase est une enzyme peu fidèle
D. Lors de l’infection le virus établit des réservoirs viraux
E. La gp120 est la protéine virale externe responsable de la fixation au récepteur CD4
Réponses : CDE
QCM 44 – Concernant l’épidémiologie du V)(, quelles sont les propositions exactes ?

A. En France il existe 50 000 personnes vivant avec le VIH
B. L’incidence la plus importante est retrouvée dans la population des UD)
C. 80% des PVVIH sont des HSH
D. En 2011 1/3 des cas ont été diagnostiqués au stade SIDA
E. L’épidémie cachée correspond aux personnes infectées au stade de la primo-infection et ne
présentant pas encore de marqueurs virologiques d’infection
Réponses : D
QCM 45 – Concernant la primo-infection au VIH, quelles sont les propositions exactes ?

A. Le test de dépistage permet de faire un diagnostic 1 semaine après exposition
B. La primo-infection est asymptomatique dans 75% des cas
C. Un test de dépistage positif doit toujours être confirmé sur un deuxième prélèvement
D. La phase asymptomatique est caractérisée par la présence de lymphadénopathies diffuses
E. Aux premiers stades de l’infection le patient est peu contagieux
Réponses : CD
.
QCM 46 – Concernant l’infection au V)(, quelles sont les propositions exactes ?
A. Toutes les personnes évoluent au stade SIDA mais le délai varie selon la prise en charge
B. La première cause de décès est liée aux infections opportunistes
C. Les deux paramètres fondamentaux de la surveillance biologique sont la charge virale et la
numération CD4
D. L’objectif est le maintien d’une charge virale indétectable dans le sang.
E. Les infections opportunistes surviennent lorsque le taux de CD4 est inférieur à 50 / mm3
Réponses : D
QCM 47 – Concernant l’(PV, quelles sont les propositions exactes ?

A. Responsables de pathologies uniquement gynécologiques
B. Est associé uniquement au cancer du col
C. Est complètement prévenu par la vaccination
D. La vaccination contre l’(PV permet de diminuer la fréquence du frottis cervical
E. Le vaccin contre l’(PV fait partie des rares vaccins disponibles contre le cancer
Réponses : E
QCM 48 – Concernant le virus de l’hépatite A, quelles sont les propositions exactes ?

A. Il est enveloppé
B. Il est à transmission fécale-orale
C. Il résiste 1h à 60°C
D. )l n’est pas détruit dans le cycle d’épuration biologique des eaux usées
E. La France est devenue depuis peu un pays de faible endémicité pour le VHA
Réponses : BCDE

A. Il est excrété de façon prolongée dans les selles
B. Il peut se transmettre par voie sexuelle chez les homosexuels masculins
C. Plus de 90% des enfants de moins de 5ans font une hépatite aigue
D. Les formes d’hépatite A aigue graves s’observent chez les patients atteints d’hépatopathie
chronique sous-jacente
E. L’hépatite A ne devient jamais chronique mais des rechutes sont possibles
Réponses : ABDE
C : Au contraire hépatite A très souvent asymptomatique chez l’enfant.
E : Pas d’hépatites A chronique, mais il y a des gens chez qui l’élimination va être plus lente, cela
ressemblera à des formes de rechutes.

A. Le diagnostic de l’hépatite A est basé sur la RT-PCR sur sang ou selles
B. La Ribavirine est utilisée comme traitement des hépatites A aigües graves
C. Le traitement de l’hépatite A aigüe est symptomatique
D. Le vaccin contre l’hépatite A est un vaccin oral atténué
E. En cas de contage avec un patient atteint de VHA, des immunoglobulines spécifiques peuvent être
utilisées en France
Réponses : C
A : Sérologie. Si IgM positives : déclaration obligatoire à l’ARS.
B : On utilise seulement un traitement symptomatique.
D : Vaccin inactivé.
E : )l n’y en a plus en France car il n’y a plus assez de gens attrapant l’hépatite A donc plus assez d’)g.
.
QCM 51 – Concernant le virus de l’hépatite E, quelles sont les propositions exactes ?
A. En France, l’hépatite E aigüe chez un sujet n’ayant pas séjourné en zone d’endémie est le plus
souvent une zoonose
B. L’hépatite E provoque des formes fulminantes chez la femme enceinte
C. L’hépatite E peut devenir chronique
D. Le diagnostic de l’hépatite E est basé seulement sur la sérologie
E. Le traitement de l’hépatite E peut parfois nécessiter l’utilisation de Ribavirine
Réponses : ABCE
D : Car chez un ID la sérologie a été mise en défaut pour le type 3 et 4. On fait donc un diagnostic par RT-
PCR.
QCM 52 – Concernant le virus de l’hépatite B, quelles sont les propositions exactes ?

A. Le VHB est un virus enveloppé très résistant
B. Il se transmet par voie sanguine, sexuelle, materno-fœtale, et intrafamiliale
C. Chez l’adulte immunocompétent, l’hépatite B devient chronique dans 80% des cas
D. Le profil sérologique AgHBs (+), Ac anti-HBc (+), Ac anti-HBe (+), peut correspondre à une infection
par un mutant pré-core
E. Le profil sérologique Ac anti-HBs (+), Ac anti HBc (+) correspond à un profil post-vaccinal
Réponses : ABD
C : Dans 5% des cas chez les immunocompétents.
E : Après vaccination présence seulement d’Ac anti-(Bs. Le profil est celui d’une infection résolue.
QCM 53 – Concernant le virus de l’hépatite B, quelles sont les propositions exactes ?

A. La vaccination contre le VHB est recommandée chez les nourrissons
B. Le dépistage du VHB est inutile au cours de la grossesse
C. La prévention de l’infection chez un nouveau-né de mère Ag (Bs + est basée sur l’utilisation
d’immunoglobulines spécifiques et la vaccination
D. Le traitement de l’hépatite B aigüe associe interféron alpha pégylé et ribavirine
E. Le ténofovir peut être utilisé pour traiter l’hépatite B chronique
Réponses : ACE
B : Détection obligatoire de l’Ag (Bs au ème mois de grossesse.
D : Le traitement de l’hépatite B aigue simple est symptomatique.
QCM 54 – Concernant le virus de l’hépatite C, quelles sont les propositions exactes ?

A. Le VHC est un virus à ARN très variable
B. Le génome du V(C peut s’intégrer au génome de la cellule après transcription inverse
C. Le VHC se transmet surtout par voie sexuelle
D. L’hépatite C devient chronique dans % des cas
E. On ne peut pas guérir de l’hépatite C
Réponses : AD
B : Pas de transcription inverse, ne s’intègre pas au génome, c’est la raison pour laquelle on peut guérir
après une infection par le VHC.
C : Transmission par voie sanguine.
E : Au contraire (cf B) et encore plus de chances de guérir avec les nouveaux antiviraux spécifiques.

A. Le dépistage de l’hépatite C est basé sur la sérologie
B. En cas de sérologie VHC positive, il faut confirmer le résultat par une 2nde technique ELISA sur un 2nd
prélèvement
C. En cas de sérologie VHC positive la RT-PCR est inutile
D. L’évaluation du stade de fibrose doit être réalisée à partir d’une PB(
E. Le génotypage viral est utile pour la stratégie de traitement
.
Réponses : ABE
C : Au contraire il faut la faire pour savoir si hépatite guérie (RT-PCR négative) ou chronique (RT-PCR
positive).
D : On utilise fibroscan et tests biochimiques en 1ère intention, PBH dans certains cas seulement.

A. Un traitement par Ribavirine doit s’accompagner d’une contraception des partenaires
B. Les effets secondaires de l’interféron sont atténués par la prise de paracétamol ou d’ibuprofène
C. La présence d’une cryoglobulinémie ou d’un lymphome B lié au V(C est un facteur d’indication de
traitement du VHC
D. Le Sofosbuvir est un inhibiteur spécifique de la polymérase NS5B du VHC
E. Le traitement de l’hépatite C est estimé à dollars pour mois de traitement avec les
nouveaux antiviraux spécifiques
Réponses : ABCDE
Cas clinique 7
Madame R. 20 ans, se présente chez son médecin généraliste pour une déclaration de
grossesse. D’après la date des dernières règles elle est à semaines d’aménorrhée SA .
1. Elle a entendu parler de l’infection à cytomégalovirus et demande si un dépistage est
possible. Que lui répondez-vous ?
A. Le dépistage est obligatoire
B. Le dépistage systématique est recommandé mais pas obligatoire
C. Le dépistage systématique n’est pas recommandé mais possible
2. Madame R. insiste pour se faire dépister et vous prescrivez une recherche des IgG et IgM
anti-CMV. Résultats : IgG+ et IgM+. Que lui proposez-vous (plusieurs réponses possibles) ?
A. Ponction de liquide amniotique (LA)
B. Recherche de sérum antérieur à la grossesse
C. Mesure de l’index de l’avidité des )gG
D. Surveillance échographique
3. Un sérum antérieur à la grossesse a été retrouvé : IgG-. L’avidité du sérum à 8SA est à 16%.
Que concluez-vous ?
4. Que préconisez-vous pour la suite de la grossesse compte tenu du risque de transmission et
de séquelles ?
A. Surveillance échographique rapprochée
B. PCR CMV dans le sang de la mère
C. Amniocentèse immédiate pour rechercher le virus dans le liquide amniotique
D. Amniocentèse à 22SA et au moins 6 semaines après la séroconversion pour rechercher le virus
dans le LA
E. Ponction de sang fœtal
5. Vous optez pour une amniocentèse à SA. L’ensemble de la grossesse se déroule
normalement, aucune anomalie échographique n’est détectée. Du CMV est détecté dans le LA
par PCR et en culture cellulaire. Que concluez-vous ?
A. )l y a eu transmission au fœtus
B. )l n’y a pas eu de transmission au fœtus
6. Pouvez-vous juger du pronostic pour l’enfant ?
A. Oui, la présence de séquelles est très vraisemblable dès lors que le virus est détecté
B. Non, la présence de virus et/ou la charge virale dans le LA ne sont pas des éléments
pronostiques validés
.
7. Vous poursuivez la surveillance échographique. Aucune anomalie n’est détectée avant la
naissance. Le nouveau-né est bien portant. Que pratiquez-vous chez le nouveau-né ?
A. Une ou plusieurs recherches de virurie par culture cellulaire ou PCR avant 10 jours de vie
B. Une recherche de virémie avec mesure de la charge virale sanguine
C. Une PL à la recherche de virus
8. Que proposez-vous à Mme R. ?
A. Une surveillance spécifique de son enfant par un pédiatre averti, destiné à dépister une surdité
ou des anomalies neurologiques pendant un an seulement
B. Une surveillance spécifique de son enfant par un pédiatre averti, destinée à dépister une
surdité ou des anomalies neurologiques pendant 8 ans
C. Pas de surveillance
D. Un traitement de l’enfant par Ganciclovir
E. Un traitement de l’enfant par Valaciclovir
Réponses :
1. C
Dépistage systématique non recommandé du fait de l’absence de traitement préventif ou curatif et
des risques.
Mais l’information sur les mesures d’hygiène universelles doit être diffusée aux femmes enceintes et
à leurs conjoints.
Femmes enceintes en contact familial ou professionnel avec des enfants < 3 ans gardés en crèche ou
collectivité.
Personnels travaillant au contact d’enfants < ans, en crèche, dans des services d’enfants
handicapés ou dans les services hospitaliers.
En pratique: limiter le contact avec les urines, la salive, les larmes des jeunes enfants < 3 ans.
2. BC
Il faut déterminer si Mme R a fait une primo-infection à CMV :
• Soit en identifiant une séroconversion.
• Soit en mesurant l’avidité des )gG.
3. Primo-infection à CMV
4. ABD
La présence d’anomalies échographiques a une valeur pronostique forte.
La présence du virus dans le LA prouve l’infection du fœtus. Elle peut être négative avant SA
diurèse fœtale insuffisante ou moins de semaines après la séroconversion.
La recherche du virus dans le sang maternel est recommandée avant l’amniocentèse pour éviter une
contamination iatrogène.
La ponction de sang fœtal n’est pas encore bien codifiée et pourrait avoir une sensibilité inférieure à
celle du LA.
5. A
La présence du virus dans le LA signe la transmission.
Ces recherches de virus dans le LA sont pratiquées par les laboratoires possédant l’autorisation de
Diagnostic Anténatal DAN dans le cadre d’un centre de DAN auquel participent cliniciens et
biologistes.
6. B
7. AB
La virémie signe l’infection in utero lorsqu’elle est détectée avant j de vie. Au-delà il peut s’agir
d’une infection périnatale de bon pronostic sans séquelles .
La charge virale sanguine a une valeur pronostique pour la survenue de séquelles. Inversement elle
ne détecte pas toutes les infections in utero (certains enfants ne sont pas virémiques).
La PL n’est indiquée qu’en cas d’anomalies neurologiques.
.
8. BD
L’infection à CMV évolue sur plusieurs années. )l est nécessaire de suivre les enfants jusqu’à
l’acquisition complètes des bases scolaires afin de détecter tout retard.
La Ganciclovir )V n’a montré d’efficacité chez le nouveau-né que pour prévenir ou limiter la surdité.
Son hématotoxicité potentielle limite son utilisation. La durée d’administration est de semaines. Son
administration doit être mise en balance avec le risque de séquelles. )l n’y a pas de recommandation
générale à l’heure actuelle.
Cas clinique 8
Une femme enceinte de SA. SAE signes d’appels échographiques) : signes discrets
d’anasarque. Vous prescrivez une analyse sérologique recherchant les )g antivirales.
1. Que recherchez-vous ?
A. IgG anti-CMV
B. IgG et IgM anti-CMV
C. IgG anti-Parvovirus B19
D. IgG et IgM anti-Parvovirus B19
E. IgM anti-Rubéole
2. Résultats : IgM+ faible et IgG ++ PVB19 / IgM- et IgG- CMV. Quelle sera votre prescription ?
A. Une culture du sang maternel
B. Une PCR Parvovirus B19 dans le sang maternel
C. Une PCR CMV dans le sang maternel
D. Injection de gammaglobulines
E. Mesurer l’hémoglobine maternelle
3. Une ponction du sang fœtal a été faite. Quelles sont les analyses biologiques que vous
demanderez ?
A. Une PCR CMV
B. Une PCR Parvovirus B19
C. Hémoglobine
D. PCR Adénovirus
E. RT-PCR Rubéole
F. IgM anti-Parvovirus B19
Réponses :
1. BD
2. B
3. BCF
.

Poly Infecto

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Poly Infecto

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

UE 18

Généralités, sémiologie et antibiotiques Lu Fiché

Infections cutanées et des tissus mous N° Item Lu Fiché

Infections neuro-méningées N° Item Lu Fiché

Infections digestives et urinaires N° Item Lu Fiché

Les infections respiratoires N° Item Lu Fiché

Les hépatites N° Item Lu Fiché

Les infections materno-fœtales N° Item Lu Fiché

Autres infections N° Item Lu Fiché

QCMs, questions & cas cliniques p. 257

Co-responsables ronéos : Sandra BAZENVAL, Sarah KANDIL, Mathilde WAUTIER

Vice-président de l’ACLE en charge des polycopiés FGSM : Quentin VERDET

Vice-Présidents de l’ACLE, en charge du pôle IPE²: Valentin ANDRIEUX et Quentin VERDET

Vous pouvez voir le détail de ces items dans le tableau ci-dessus.

LISTE DES ITEMS ABORDES DANS L’ENSEIGNEMENT D’INFECTIOLOGIE

Cher(e)s Ami(e) Etudiant (e)s,

L’organisation des 4 enseignements dirigés (ED) de bactériologie-virologie a également une forme

Bonne année universitaire 2016-2017.

FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 1 sur 7 . Page 7

4) La membrane cytoplasmique non vu l’année dernière

• Les cocci (un coccus) sont sphériques (staphylocoque,

c. Coloration de Gram : Gram + et Gram –

Mécanisme de la coloration de Gram :

FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 2 sur 7 . Page 8

La paroi ne présente u’u e ou deux couches de

La membrane externe des bactéries

d. Structure de la paroi bactérienne

6) Structures inconstantes des bactéries

FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 3 sur 7 . Page 9

b. Cils ou flagelles non vu l’année dernière

c. Pili ou fimbriae (prononciation fimbrié) non vu l’année dernière

II) Croissance et métabolisme

FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 4 sur 7 . Page 10

III)Flore résidente, pathogène, microbiote, interaction bactérie-hôte

FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 5 sur 7 . Page 11

2) Les bactéries : un habitat, un type

Il existe différents types de bactéries selon leur habitat.

3) Mode de transmission des bactéries non vu l’année dernière

4) Voies de contamination d’une bactérie non vu l’année dernière

FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 6 sur 7 . Page 12

5) Bases physiopathologies des maladies infectieuses non vu l’année dernière

FGSM3 Lyon Est Anatomie bactérienne Page 7 sur 7 . Page 13

Généralités sur les virus

I) Structure, morphologie et organisation d’un virus

Note : On a des morphologies de virus très différentes :

II) Classification des virus

2) Selon leur structure

4) Selon le type de cellules infectées

Spe t e d’hôte d’u vi us est d fi i pa :

Permissivité des cellules :

A chaque étape, le virus détourne la machinerie cellulaire.

2) Pénétration par endocytose

4) Réplication des acides nucléiques viraux

6) Relargage de la particule virale

7) Cinétique de multiplication d’un virus dans une cellule

Toute cellule infectée fonctionne de cette manière, mais parfois ce sont

8) Conséquences cellulaires de la multiplication virale

• Réponse immunitaire innée : s th se d’i te f o par la cellule infectée

9) Exemples de réplication virale (non traité l’année dernière)

a. Virus à ADN double brin

b. Virus à ARN positif

• Soit créer une sorte de boucle pour augmenter le

1) Infection aiguë simple isolée