MICROBIOLOGIE ET BIOCHIMIE ENZYMATIQUE Chapitre 1 4éme1GP

MICROBIOLOGIE
INTRODUCTION

C’est l’étude des organismes microscopiques ou micro-organismes vivants et leur interactions,

entre eux ou avec le milieu environnemental, les micro-organismes sont appelés aussi ‘microbes ou
germes’, ils sont des organismes très microscopiques et invisible à œil nu, le développement de la
microbiologie est liée à l’intervention de microscope, les micro-organismes peuvent être des
bactéries, levures ou champignons, virus, protozoaires et algues, qui ce trouvent indépendamment
soit dans les eaux, sol ou l’air. La microbiologie participe et elle est utilisée dans plusieurs
domaines et disciplines, dans la pharmacologie pour la production des médicaments, dans
l’industrie alimentaire, l’immunologie, l’écologie et la médecine…etc.

1- Taxonomie

C’est la science qui s’intéresse à la classification des organismes vivants, un domaine très vaste
organise les êtres vivants en hiérarchie selon leur développement, la systématique c’est la
dénomination de nouvelles espèces selon une approche scientifique basé sur une hiérarchie
phylogénétique. Touts les êtres vivants s’organisent en Règne, puis Embranchement, Classe, puis
Ordre, ensuite Famille, Genre et Espèce.

Les micro-organismes peuvent êtres soit des bactéries (Archaea), protozoaires, des algues,
champignons et virus. Les virus, sont des microorganismes unicellulaires, ils sont des parasites
intracellulaires obligatoires, leur réplication fait intervenir une cellule hôte, de taille très
microscopique. Les champignons (mycètes) sont des eucaryotes, ils possèdent un noyau, de grande
taille que les bactéries, ils peuvent faire des assemblages de grande taille, ont une paroi nommé
(chitine). Les algues sont des eucaryotes photosynthétique avec une très variété de morphologie,
soit unicellulaire ou pluricellulaire, on distingue les algues bleue, verte, rouge, marron et jaune. Les
protozoaires qui sont des microbes unicellulaires eucaryotes, ils se déplacent par des pseudopodes
(flagelle, cils ou amibes), tandis que, les bactéries sont des organismes microscopiques
unicellulaires de taille comprise entre 0.5 et 20µm, leur forme est varie selon le genre à titre
d’exemple Escherichia coli a une forme bâtonnet tandis que Staphylococcus aureus a une forme
sphérique (rend), il s’assemble en amas, ce sont des cellules procaryotes qui ne possèdent plus de
noyau, mais un matériel génétique circulaire. La plus part des bactéries vivent dans l’environnement
soit sol, air ou marin mais ils peuvent se croitre dans des milieux de culture synthétique, ils sont
utilisés dans la production d’antibiotiques, les expériences biologiques et la fermentation
alimentaire.
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2- Les types des cellules

La cellule est l’unité de base de tous les organismes, soit des plantes, animaux, hommes ou
micro-organismes, elle peut être soit eucaryote (animaux, plantes, homme, algues
uni/pluricellulaire, amibes, mycètes (champignons, levures et moisissures) ou procaryote (les virus,
les bactéries, les cyanobactéries et les actinomycètes). Dans le tableau au-dessus, la différence entre
ses deux types est illustrée.

Structure Eucaryote Procaryote

Appareil nucléaire
Division cellulaire
Cytoplasme et organites
Paroi
Taille
Présence de membrane
nucléaire assure les échanges
avec le cytoplasme (présence
de noyau)
Plusieurs chromosomes
Méiose
Nombreuses ribosomes,
Présence des organites
(réticulum endoplasmique,
appareil de golgi,
mitochondrie…etc.)
Photosynthèse chez des algues
Inconstante
Rôle de protection
Absence de murèine
Plus grande
Absence de membrane
nucléaire (pas de noyau)
Chromosome (ADN) circulaire
Absence
Quelques ribosomes libres,
Absences des organites
Photosynthèse chez des
cyanobactéries et quelques
bactéries photosynthétiques
Constante
Rôle de protection
Présence de murèine
Très petite

Les images suivantes présentent les structures d’une cellule eucaryote et une cellule procaryote
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LA MORPHOLOGIE ET L’ANATOMIE PHYSIOLOGIQUE DES BACTERIES

Les bactéries se diffèrent par la morphologie, la composition chimique, la nutrition nécessaire,

les activités biochimiques et la source d’énergie. La morphologie bactérienne est le premier critère
essentiel de reconnaissance et d’identification des bactéries, soit cultivées dans des milieux de
culture ou isolé par des prélèvements pathologiques, c’est l’observation sous microscope de la
forme, les dimensions et enfin les arrangements ou les groupements qu’elle constitue entre-elle.

La taille des bactéries se situe entre les virus et les algues, il existe des bactéries spirilles
atteignent la taille des algues (les plus petits unicellulaires) et des bactéries ont des taille inférieur
similaires aux virus de grande taille.

La forme des bactéries est très diverse on connait trois formes principales, la forme sphérique
(rende), la forme cylindrique (bâtonnet) et la forme spirale (hélicoïdale).

- La forme sphérique (rende ou coccoïde):

Elle caractérise les cocci (pluriel de coccus), on trouve les pneumocoques (aspect effilé en
flamme de bougie selon la division qui se fait dans un seul plan exp: Diplococcus pneumonieae), les
gonocoques ou les méningocoques, réniforme comme les grains de café, exp: Neisserie
meningitidis, si la division est régulière et elle forme des en chainettes plus ou moins longues on
parle de streptocoques exp: Streptococcus faecalis, les staphylocoques un type de bactéries ont la
forme de grappe de raisin, la multiplication s’effectue irrégulièrement et dans les trois dimensions
exp de Staphylococcus aureus.
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- La forme cylindrique (bâtonnet):

On distingue deux principaux types: le bâtonnet droit (bacille) ou le bâtonnet incurvé ou

vibrion, la première caractérise de nombreuses bactéries, comme les entérobactéries (à extrémité
arrondie), les Bacillus (plus grand et aux extrémités rectangulaires), les bacillus fusiformes
extrémité effilé et les corynébactéries renflées à l’un des deux pôles. Le nom coccobacilles est
donné aux bactéries plus petits de forme bacille mais sous observations microscopiques elles
apparient comme cocci. Le deuxième est celui du vibrion caractérise les bactéries incurvées, sous
frome de virgule, elle constitue un seul genre des espèces aquatiques et quelques espèces
pathogènes exp de Vibrion cholerae.

- La forme spirale:

Elle caractérise un petit nombre de bactéries avec une structure typique et un corps extrémement
allongé, on distingue entre eux par le nombre et longueur d’ondulation, la hauteur d’amplitude, on
trouve les leptospires, les tréponèmes et les spirocheta.

Ils se trouvent d’autres formes de bactéries comme les bactéries filamenteux, les bactéries
pédonculaires, les formes mycéliennes et les actinomycètes.

La composition et le fonctionnement des bactéries

La mise en évidence des bactéries est grâce aux méthodes d’isolement, séparation, purification et
identification. Ces procédés d’extraction a permet de caractérisé les constituants majeurs des
bactéries.

Toutes les bactéries se composent des constituants constants (commun) et de constituants

facultatifs (inconstantes), le tableau suivant résume les compositions les plus connus

STRUCTURES CONSTANTES STRUCTURES FACULTATIFS

La paroi bactérienne: elle diffère selon les
bactéries Gram+ ou Gram-, constitué d’une
substance majeur qu’est le peptidoglycane;
constitué de 3 éléments: le N-acétyl glucosamine,
l’acide N-acetyl muramique et la chaine latéral
peptidique lié par des ponts internes, assure la
rigidité et la forme
La membrane cytoplasmique: formé d’une
double couche phospholipidique où s’insère des
protéines enzymatiques, elle est une membrane
semi-perméable, délimite le cytoplasme et contient
des enzymes de respiration et participe à la division
cellulaire.
Le cytoplasme bactérien: présenté majoritaire-
ADN extra-chromosomique: comme les
plasmides (ADN bicaténaire de petite taille),
code des enzymes conférant à la bactérie la
possibilité d’utiliser certains substrats ou
d’être résistants à certains antibiotiques
Capsule: enveloppe la plus externe avec une
structure développée de polysaccharide, a un
rôle antigénique, constitue un facteur de
virulence et de résistance, protection contre
les parasites
Glycolyx: feutrage de fibres polysacch-
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ment d’eau, ne contient pas d’organites, riche en aridiques à la surface des bactéries dans leur
ARN solubles, des ribosomes, contient des granules milieu nature, elle favorise l’adhésion de la
de phosphore, de carbone…etc. bactérie (exp: liaison des bactéries aux
plaque dentaire).
L’appareil nucléaire: ADN bicaténaire, circulaire, Cils ou flagelle: appendice filamenteux,
unique, ne possède plus de membrane nucléaire (la constitué de flagelline et des antigènes, ils
rapidité du transfert de l’information génétique), assurent la mobilité de bactérie
surenroulé, assure le support de l’information
génétique
Pili ou fimbriae: présentent essentiellement
chez les bactéries Gram-, ils existent deux
types, des pili commun et des pili sexuelles
Spore: forme de résistance de certaines
bactéries, très résistance aux chaleurs, froids
et agents chimiques, (ralentissement de
métabolisme bactérien), ils se divisent selon
la forme et la position en ronde/ovale,
centrale/subterminale ou terminale et
déformante et non déformante.

Technique de mise en évidence des bactéries Gram+ et Gram-

C’est la coloration de Gram mis en point en 1884 par Hans Christian Gram qui permet de
différencier entre les deux types bactériens, elle est basée sur les propriétés de résistance de paroi
bactérienne, le protocole est comme suit:

- Coloration de bactéries en culture par du cristal violet. les bactéries sont alors colorées en
violet.
- Fixation de la coloration par du Lugol
- Décoloration rapide (5 à 10 sec) à l’alcool acétone. Cette étape permet de différentier les
Gram+ et les Gram-. En effet, l’alcool acétone va désorganiser la paroi de certains types de
bactéries (Gram-). La culture est hétérogène; on retrouve des bactéries violettes dont la paroi
aura résiste à l’attaque du décolorant et des bactéries décolorées invisibles.
- Recoloration des bactéries précédemment décolorées à la Fuschine. Les bactéries dont les
parois ont été attaquées par le décolorant vont alors être colorées en rose (Gram-), tandis que
les autres resteront violettes (Gram+). L’image suivante résume le protocole de cette
technique
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La physiologie bactérienne consiste à étudié la nutrition, le métabolisme et la croissance des

bactéries en fonction des variations (naturelles ou contrôlées) du milieu dans lequel elles vivent.

1- Nutrition bactérienne

C’est l'étude des facteurs physico-chimiques et l’analyse des besoins élémentaires, énergétiques
et spécifiques nécessaires au fonctionnement et à la croissance de la bactérie.

Elle doit être satisfaite par deux types de substances (nutriments ou micro-éléments) doit être
trouver dans le milieu naturel ou dans le milieu de culture, et les substances élémentaires quelques
soit des matériaux constitutifs de la cellule, qui permettent à la cellule de réaliser la synthèse de ses
propres macromolécules constitutifs.

Le tableau écrit précédemment dans le cours illustre les éléments nutritifs (besoins élémentaires)
nécessaires pour les bactéries.

Les bactéries ont tous un certain nombre de besoins communs: l’eau, source d’énergie, source de
carbone, sources d’azote et d’éléments minéraux, sont appelés besoins élémentaires, les besoins
spécifiques qui sont nécessaires à la multiplication bactérienne, qui sont indispensable dans le cycle
cellulaire sont des facteurs de croissance, selon la nature de ses besoins, on définit les types
trophiques (Tableau 03). Toutes les micro-organismes pathogènes sont des chimio-organo-
hétérotrophes.
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Type de besoin Nature de besoin Type trophique

Rayonnement solaire Phototrophe
Source d’énergie
Oxydation des composées Chimiotrophe
organiques et inorganiques
Minéral Lithotrophe
Donneur d’électrons
Organique Organotrophe

Composé minéral Autotrophe

Source de carbone
Composé organique Hétérotrophe
Non nécessaire Prototrophe
Facteur de croissance
Nécessaire Auxotrophe

Les paramètres physico-chimiques

La température, la pression osmotique, le pH, et la concentration en nutriments sont des facteurs

environnementaux influencent la croissance bactérienne, ceci peuvent favoriser ou inhiber la
nutrition des bactéries, chaque bactérie possèdent des valeurs optimales de chaque facteur comme
conditions de leur activité, vitalité et croissance.

- Température

Elle a un rôle essentiel dans la stimulation des réactions enzymatiques, la croissance bactérienne
est limité par une valeur minimal ou il n’y’a plus un développement et une valeur maximal où la
croissance s’arrête, cinq catégories bactériennes sont réparties selon le développement de la
température optimal: les psychrotrophes (plus proche aux mésophiles ont des TOM à 25°C mais ils
peuvent s’adapter à 0°C), les psychrophiles (préfèrent des T° aux environ de 10°C, en dessous de
0°C sont des cryophiles), les mésophiles (préfèrent une T° moyenne de 20-40°C avec une TOM de
30-37 °C°), les thermophiles (ils se multiplient préférentiellement entre 45°C-55°C) et les
hyperthermophiles ou thermophiles extrêmes ayant un optimum situé vers 70°C, les thermotrophes
se développent aux environ 50°C mais plus nettement à la TOM de 30°C.

- pH

C’est le potentiel d’hydrogène qui traduit [H +] dans un milieu, l’action de pH se situe entre trois
niveaux; le milieu, la perméabilité membranaire et l’activité métabolique, la disponibilité de
certains nutriments (métallique) peut être modifiée par l’équilibre ionique, la synthèse d’ATP et
l’activité enzymatique qui est très sensible aux variations de pH. Comme la température, le pH est
un facteur limité par deux intervalle plus ou moins important, la valeur minimale au dessous de
laquelle il n’y’a plus de croissance et une valeur maximal où la croissance s’arrête, selon ce critère,
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on distingue plusieurs types de bactéries: des acidophiles, des neutrophiles et des basophiles
(alcalophiles).

- Concentration d’oxygène

C’est vis-à-vis de l’oxygène, les exigences gazeuses des micro-organismes sont précises; certains
sont des aérobies strictes (présence d’O2 libre dans le milieu), d’autres sont anaérobies strictes (la
multiplication s’effectue que dans l’absence d’O 2). D’autres sont aéro-anaérobies ou aérobies
facultatifs (elle peut se croitre avec ou sans oxygène libre), un autre type qui ne se reproduisent
qu’en présence d’une faible tension d’oxygène ils sont appelé des microaérophiles.

La culture des micro-organismes aérobies ne présente pas de difficulté puisqu’elle est réalisée à
l’air libre, celle des anaérobies nécessite des précautions spéciales tels que: l’absence d’O2 libre
dans la zone profonde d’un milieu solide, l’addition de réducteurs à des milieux liquides et/ou
l’élimination de l’O2 du récipients où les milieux de culture sont déposés.

Dans le cytoplasme cellulaire, on trouve des enzymes capables de transférer les électrons à
l'oxygène moléculaire (O2) pour produire des formes toxiques: le peroxyde d'hydrogène (H2O2) et
l'ion superoxyde (O2). Les peroxydes ont une toxicité modérée comparés à l'ion superoxyde qui
contient un nombre impair d'électrons et qui se comporte comme radical libre, très instable et
capable d'engendrer des radicaux libres hydroxyles (OH-) encore plus réactifs et plus toxiques. Les
bactéries se débarrassent (détoxification) de l'ion superoxyde grâce à l'enzyme superoxyde
dismutase, et des peroxydes d'hydrogène grâce à la catalase et à la peroxydase. La distribution de
ces enzymes est variable en fonction des groupes bactériens. La toxicité de l'oxygène pour les
bactéries anaérobies strictes s'explique par l'absence des enzymes de détoxification chez ces
dernières.

- La pression osmotique

La plus part des bactéries sont pratiquement insensibles aux variations de pression osmotique,
grâce à leur paroi rigide, en cas de destruction, les cellules libèrent de fragiles protoplastes; la
pression intérieur de ces cellules est élevée, elle doit être équilibrée par une pression extérieur égale,
comme celle qui peut fournir une solution de saccharose 20%, sinon les protoplastes s’éclatent. Elle
se traduit par la concentration totale des ions et molécules en solution dans ce milieu.

L'activité de l'eau (Aw: Activity of water) est inversement proportionnelle à la pression

osmotique d'un milieu, elle est affectée par la concentration plus ou moins importante de sels ou de
sucres dissous dans l’eau. Un milieu à faible Aw, ne sera pas favorable au développement de la
bactérie et provoquera même une plasmolyse bactérienne pression osmotique élevée.
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Selon la sensibilité à la pression osmotique on distingue:

Les bactéries halophiles nécessitent du sel (NaCl) pour leur croissance. La concentration peut
varier de 1-6 % pour les faiblement halophiles jusqu'à 15-30% pour les bactéries halophiles
extrêmes (Halobacterium).

Les bactéries halotolérantes acceptent des concentrations modérées de sels mais non
obligatoires pour leur croissance (Ex: Staphylococcus aureus) et certains levures et moississures.

Les bactéries halophiles poussent de 0,2M à 5,2M du NaCl (ex: Halobacterium salinarum)

Les bactéries non halophiles ne supportent pas le sel inferieur à 0,2 M de NaCl comme les
entérobactéries et les pseudomonas. Et selon le besoins en sucres on note:

Les bactéries osmophiles nécessitent des sucres pour leur croissance. Les osmotolérantes
acceptent des concentrations modérées mais non obligatoires pour leurcroissance.

Les bactéries xérophiles peuvent se multiplier en l’absence d’eau dans leur environnement.

Figure représentant la différence entre les bactéries qui utilisent l’oxygène