MICROBIOLOGIE

PARTIE 1 :

Bactériologie
générale

2ème année de médecine

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 OBJECTIFS D’ENSEIGNEMENT

L’enseignement de la microbiologie comporte 2 parties:

o Bactériologie générale et Virologie générale

o Systématique bactérienne et virale: de l’agent infectieux à la maladie

Les objectifs d’enseignement en bactériologie et virologie générale sont:

➢ Connaitre les aspects fondamentaux des agents infectieux: morphologie, structure,
physiologie , croissance .
➢ Connaitre les éléments de génétique microbienne nécessaires à la compréhension des
variations des bactéries en relation avec potentiel de virulence, résistance aux
antibiotiques, épidémique …
➢ Connaitre les principaux marqueurs épidémiologiques et leur intérêt dans le
diagnostic et la prévention: sérotype, génotype ..
➢ Connaître les modes de vie et de transmission des agents infectieux, les relations
hôte-agents infectieux et les enjeux en matière de santé publique
➢ Connaitre les principaux antibiotiques, leurs mécanismes d’action et leur spectre
d’activité
➢ Connaître les moyens diagnostiques d’une infection chez l’homme et les principes
d’utilisation et d’interprétation

Les objectifs de la bactériologie et la virologie systématiques sont communs pour tous les
germes:
➢ Préciser les données épidémiologiques, à savoir l’habitat, les réservoirs de germes et
les modes de transmission
➢ Connaître la morphologie, les propriétés tinctoriales et les caractères culturaux
➢ Citer les principales infections causées
➢ Identifier les mécanismes de virulence
➢ Connaitre la physiopathogénie
➢ Identifier la nature des prélèvements à recueillir et préciser les conditions de
prélèvement
➢ Connaitre la démarche du diagnostic direct et son interprétation
➢ Connaître les caractères antigéniques utiles au diagnostic et à la prévention (sérums
et vaccins)
➢ Connaitre les sensibilités aux antibiotiques / antiviraux
➢ Préciser les indications des tests de sensibilité
➢ Choisir les tests utiles, conduire un diagnostic indirect
➢ Interpréter un diagnostic indirect
➢ Préciser les différents moyens prophylactiques.
➢ Connaitre les vaccins spécifiques existants et ceux inscrits dans le PNI

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 - INTRODUCTION A LA MICROBIOLOGIE

-Les bactéries sont des petites cellules dont le noyau est constitué d'un chromosome
unique et dépourvu de membrane nucléaire.

- Les virus sont caractérisés par leur taille (1000 fois plus petite que les bactéries en
moyenne), la présence d'un seul type d'acide nucléique ADN ou ARN, l'absence de croissance
et de division, l'absence d'enzymes nécessaires à la biosynthèse des métabolites essentiels et
l'obtention d'énergie et enfin par la reproduction par réplication à partir du matériel
génétique seul.

BACTERIES VIRUS

2 types d'acide nucléique : 1 seul type d'acide

ADN et ARN
Systèmes enzymatiques pour
l'obtention des métabolites
essentiels et de l'énergie
Croissance et division
nucléique ADN ou ARN
Absence de système enzymatique
de biosynthèse
Absence de croissance et division

Reproduction par mitose Reproduction par réplication du

matériel génétique

Vie autonome ou Parasitisme Parasites intracellulaires

parfois intracellulaire obligatoires

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 - ANATOMIE ET STRUCTURE DES BACTERIES

I) MORPHOLOGIE BACTERIENNE

Etant donné leur petite taille, on utilise le microscopie optique (grossissement de 250 à 1000
fois) pour étudier la morphologie bactérienne. L’observation est faite à l’état frais ou après
fixation et coloration
1) L'examen à l'état frais:
Il est réalisé sur un produit pathologique (ex urine, pus…) ou une culture bactérienne. Il
permet d'observer les cellules, macrophages, polynucléaires et les bactéries vivantes et
noter leur forme, taille, mobilité.
2) L'examen microscopique après fixation et coloration:
Il permet l'observation de bactéries tuées et fixées sur lame puis colorées.
Plusieurs types de colorations:

a) Colorations simples: ex: bleu de méthylène.

Un seul colorant colore la bactérie et les autres cellules. Il permet d'apprécier seulement la
présence et la forme des bactéries.
b) Colorations différentielles
La coloration de GRAM est une coloration fondamentale à la base de tout diagnostic
bactériologique. ; c’est la coloration la plus pratiquée en bactériologie médicale.
La coloration de Ziehl Neelsen permet la mise évidence des bactéries acido-alcoolo
résistantes (BAAR) comme le Mycobacterium tuberculosis et est utilisée uniquement sur
demande spéciale dans le cadre du diagnostic de la tuberculose par exemple

3) Formes des bactéries

Chez les bactéries, il existe 3 formes morphologiques fondamentales: sphérique -
cylindrique - spiralée.
Les bactéries en forme de sphère sont appelées coques ou cocci.
Les bactéries cylindriques en forme de bâtonnets sont appelées bacilles. Les extrémités des
bacilles sont généralement arrondies mais elles peuvent être fines et pointues (bacille
fusiforme), renflées en massue (coryneformes) ou planes (bacilles à bout carré).
Quand les bacilles sont incurvés en virgule, ils sont appelés vibrion.
Les bactéries spiralées ou spirochètes sont constituées d’un corps cellulaire cylindrique
enroulé en spirale.
Les bactéries peuvent être associées en groupements souvent caractéristiques d’espèces: Ex
cocci en amas ou grappe de raisin pour les Staphylocoques., Cocci en chainettes pour les
Streptocoques.

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II) STRUCTURE DE LA CELLULE BACTERIENNE
Grace au microscope électronique permettant un grossissement de 10 000 fois, il est
possible d’étudier la structure bactérienne et d’observer les virus.
Chez les bactéries on peut distinguer plusieurs éléments: certains sont constants comme la
paroi, la membrane cytoplasmique (enveloppes), le noyau et les ribosomes, d’autres sont
facultatifs comme la capsule, les flagelles, les pili, la spore.
- Capsule

Pili sexuel - Paroi

-
Flagelle Cytoplasme

Pili

Figure 1: Structure de la bactérie

A) Les enveloppes bactériennes
1) La capsule:
C'est l'enveloppe la plus superficielle qui n'existe que chez certaines espèces bactériennes
comme le Pneumocoque, l’ Haemophilus influenzae ou Klebsiella pneumoniae;
Elle peut être mise en évidence par sa réfringence ou par coloration spécifique comme
l’encre de chine.
La capsule est constituée le plus souvent de polysaccharides spécifiques de types (comme
chez le pneumocoque), ou plus rarement de polypeptides (comme chez le bacille du
Charbon).

Elle joue plusieurs rôles:

➢ dans la virulence de la bactérie car elle s'oppose à la phagocytose (ex: pneumocoque)
➢ dans l’identification:
o présence ou absence
o ses composants peuvent être retrouvés à l’état d’antigènes solubles dans les
liquides biologiques
o Identification des sérotypes ou sérovars: grâce au caractère antigénique spécifique
de type. Intérêt pour le typage des Pneumocoques dont il existe plus de 90 types
par exemple.

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➢ Dans la prophylaxie vaccinale: ces polysaccharides capsulaires purifiés sont la base des
vaccins anti Haemophilus b , anti Pneumocoque …

2) La paroi

a. Définition et structure
C'est un constituant essentiel qui ne manque que chez de très rares espèces bactériennes
comme les Mycoplasmes.
Cette enveloppe rigide assure la forme des bactéries et les protège des variations de
pressions osmotiques. Elle est constituée d’une enveloppe interne commune à l’ensemble
des bactéries appelée le peptidoglycane, constituant qui n'existe que chez les bactéries.
Le peptidoglycane est un polymère de chaines poly osidiques reliées entre elles par des
chaines peptidiques.
Sa synthèse est sous la dépendance de plusieurs enzymes comme les PLP (Proteines de
Liaison à la Pénicilline). Elle commence au niveau du cytoplasme sous forme de sous unités
qui seront transportées jusqu’à la paroi puis assemblées. Cette synthèse peut être entravée
par l’action du lysozyme (enzyme) et celle de certains antibiotiques comme les béta
lactamines .
La paroi a une structure différente selon qu'il s'agit de bactérie à Gram positif ou à Gram
négatif :
Chez les bactéries à Gram négatif, la couche de peptidoglycane est mince et peu dense et
est recouverte d'une membrane externe de nature glucido-lipido-proteïque qui correspond à
l'antigène 0 et à l'endotoxine des BGN.
Au niveau de la membrane externe, se trouvent des protéines formant des canaux appelés
porines qui permettent le passage sélectif de certaines molécules de petite taille.
Chez les bactéries à Gram positif, le peptidoglycane est le constituant majeur de la paroi et a
une structure très dense.

b. Fonctions :
✓ la paroi conditionne la forme des bactéries

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✓ Rôle dans la Classification des bactéries sur la base de la coloration de Gram. Cette
coloration différentielle est basée sur une différence de structure de la paroi des
bactéries. Les bactéries gram (+) apparaissent en violet et les bactéries gram (-) en rose.
✓ Rôle dans l’antigénicité: Au niveau de la paroi il existe:
- l'antigène 0 des bactéries à gram négatif.
- Le polyoside C des streptocoques.
✓ Rôle dans la sensibilité aux ATB: Les bétalactamines agissent au niveau de la paroi en
perturbant l'assemblage du peptidoglycane ce qui entraîne l'éclatement de la bactérie
sous l’effet de la pression interne du cytoplasme.
✓ Rôle dans la virulence: la membrane externe (= lipo polysaccharide) correspond à l’
endotoxine des bactéries à gram -.
3) La membrane plasmique
C’est une membrane tri lamellaire qui est détruite par certains antibiotiques comme les
polypeptides et les antiseptiques.
4) le génome bactérien
Il est constitué d’un seul chromosome, ADN bi caténaire. Certains antibiotiques agissent à
son niveau (ex sulfamides, quinolones)
Le génome bactérien peut être étudié à des fins diagnostiques ou épidémiologiques
(méthodes de diagnostic moléculaire: techniques d’hybridation, amplification génique ou
PCR).
5) Les appendices
a) Les cils ou flagelles
Ce sont les organes qui assurent la mobilité des bactéries qui les possèdent. Les flagelles
sont constitués de protéines antigéniques permettant
✓ l'identification précise des bactéries (antigène H),
✓ le diagnostic indirect des infections dues à ces bactéries (recherche des anticorps
spécifiques).

b) Autres appendices :
Pili communs ou fimbriae :
Ce sont des appendices protéiques fibrillaires et rigides fixés sur la paroi. Ils interviennent
dans l'adhérence des bactéries aux cellules épithéliales, 1er stade de la maladie.
Ex: E. coli et adhérence aux cellules du tractus urinaire
✓ Le Glycogalyx
Ce sont des polymères entourant les bactéries vivant en biofilm et permettant l’attachement
des bactéries aux cellules ou aux supports inertes comme les prothèses (intérêt médical); : il
protège les bactéries du biofilm de la dessication et de l’action des antibiotiques

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 Pili sexuels:
Ils permettent les échanges génétiques entre les bactéries.

6) La spore

Certaines bactéries dites sporulées peuvent développer une forme de résistance appelée
spore, lorsque les conditions de vie sont défavorables. Dès que les conditions redeviennent
favorables la spore germe et redonne une forme végétative identique à la bactérie qui lui a
donné naissance. Les spores sont des formes de survie, métaboliquement inactives, très
résistantes à la température: cette résistance conditionne les températures à atteindre pour
assurer la stérilisation: 20mn à 121°C en chaleur humide ou 30mn à 180°C en chaleur sèche.
Elles sont aussi résistantes aux rayonnements, aux agents chimiques et aux antibiotiques. La
forme et la position de la spore dans le corps bactérien sont des caractères d’identification
des bactéries sporulées. La spore peut être centrale, subterminale ou terminale, déformante
ou non déformante.

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 GENETIQUE BACTERIENNE

I. Le matériel génétique bactérien

A. Le chromosome
C’est un ADN (acide désoxyribonucléique), bi caténaire circulaire, généralement unique, de
taille variable en fonction des espèces bactériennes. Il constitue l'élément essentiel du
matériel génétique des bactéries et est parfois associé à des plasmides
Il est constitué de gènes de structure, de gènes régulateurs et d’éléments mobiles
(transposons, intégrons, prophages, séquences IS d’insertion….); Il peut perdre ou acquérir
de nouveaux gènes lui conférant des propriétés nouvelles (résistance aux antibiotiques,
facteurs de virulence ….) par des mécanismes divers (mutation, conjugaison, transduction,
transformation).
Les 2 chaines de l’ADN sont maintenues entre elles par les liaisons A-T (Adénine – Thymine)
et C–G (Cytosine- Guanine). Le nombre de relations G–C (GC%) dans la molécule d’ADN
chromosomique est un critère de classification des bactéries
Au laboratoire il est possible d’analyser l’ADN génomique à des fin diagnostiques ou
épidémiologiques. Pour cela Les 2 chaines ou brins d’ADN peuvent être séparées en brins
monocaténaires par chauffage (=fusion ou dénaturation).
L’ADN peut être coupé par des enzymes de restriction en fragments qui seront séparés par
électrophorèse sur gel donnant un profil de restriction spécifique qui est utilisé comme
marqueur pour tracer une épidémie (intérêt en épidémiologie)

M = Marqueur de PM
1,2, …. ,10 = numéro des isolats analysés

B. Les plasmides
Ce sont des ADN bi caténaires extra chromosomiques, de taille variable, non indispensables
à la vie bactérienne, doués de réplication autonome, transmissibles naturellement d'une
bactérie à une autre le plus souvent par conjugaison.

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Ils sont le support de nombreuses propriétés biologiques très importantes telles que la
résistances aux ATB (généralement plusieurs antibiotiques à la fois = multirésistance), ou la
production de toxines (Exemple: toxines responsables de diarrhées).
Découverte: Dans les années 1955 -1960, des Shigella (entérobactéries responsables de
dysenterie bacillaire) multi résistantes aux antibiotiques sont isolées, dans les selles de
patients diarrhéiques. Chez ces mêmes malades, des souches d’Escherichia coli multi
résistantes sont identifiées. Or ces entérobactéries sont naturellement sensibles aux
antibiotiques.
Il y a donc eu transfert en bloc des gènes codant pour la résistance à streptomycine,
chloramphénicol, tétracycline et sulfamide (multirésistance).

C. Les transposons
Ce sont des séquences d’ADN capables de changer de localisation dans le génome sans
jamais apparaître à l’état libre et sans capacité de réplication autonome. Ils peuvent
s’intégrer dans un autre ADN (chromosome ou plasmide) par recombinaison (Gène
« sauteur »).
Ces structures portent les gènes codant pour la transposition et ceux d’autres propriétés
comme la résistance aux antibiotiques.

II. Les variations génétiques

Il existe deux types de variations chez les bactéries:
A. Les variations phénotypiques:
Elles correspondent à l’adaptation de la population bactérienne à diverses conditions
extérieures, sans modification du génome. Ces variations sont induites, réversibles non
héréditaires. Leur mécanisme est en relation avec l’activité ou l’expression des gènes sous
contrôle de gènes régulateurs.

B. Les variations génotypiques

Elles correspondent à une modification du matériel génétique de façon autonome
(mutation) ou par transfert de matériel génétique d'une bactérie donatrice à une bactérie
réceptrice.
Les 3 principaux mécanismes de transfert de matériel génétique connus sont:
transformation, transduction et conjugaison.

1) les mutations
La mutation est un changement brusque et spontané d'un caractère, changement
transmissible héréditairement.
Certaines mutations sont létales, d'autres permettent une meilleure adaptation aux
conditions du milieu extérieur.

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Le mécanisme le plus souvent en cause est la substitution d’un nucléotide par un autre, au
moment de la réplication de l’ADN.
Les mutations sont caractérisées par leur:
a) Rareté
La probabilité d'apparition d'une mutation entre 2 divisions (par génération) est faible, de
l'ordre de 10-6.
b) Stabilité
Le caractère nouvellement apparu se transmet indéfiniment aux cellules filles et est donc
héréditaire. Les mutations reverses existent (retour à l'état antérieur), mais à faible
fréquence.
c) Spécificité
La mutation ne concerne qu'un seul caractère à la fois. De nombreux caractères peuvent
être concernés: résistance aux antibiotiques, production de toxine ….
La probabilité de survenue de deux mutations distinctes est égale au produit des
probabilités individuelles de ces 2 mutations et sera donc encore plus faible.
Cette notion explique l’intérêt des associations d’antibiotiques pour éviter la sélection de
mutants résistants. C’est le Cas de la tuberculose
d) Spontanéité
La variation génétique est spontanée. Les antibiotiques ne provoquent pas l'apparition de
mutants résistants mais ils agissent en sélectionnant ces mutants.

2. Les transferts de matériel génétique

Les transferts de matériel génétique peuvent se faire directement entre une bactérie
donatrice et une bactérie réceptrice par transformation ou conjugaison. La transduction fait
intervenir un bactériophage.
a) la Transformation
Mise en évidence par l’expérience de Griffith en 1928: transformation d’uns souche de
pneumocoque non capsulé par contact avec un lysat d’une autre souche de pneumocoque
capsulé.
La transformation est une variation du patrimoine génétique due à l'introduction dans une
bactérie réceptrice d'un fragment d'ADN appartenant à une bactérie génétiquement
différente. Ce phénomène n’a été mis en évidence que pour quelques espèces:
Streptococoques, Pneumocoques, Haemophilus et Neisseria.
Le transfert de matériel génétique par transformation ne peut avoir lieu qu’entre bactéries
de même espèce ou d’espèces apparentées.
La transformation est le mécanisme expliquant l’acquisition de la résistance à la pénicilline
par le Pneumocoque à partir de gènes provenant de streptocoques oraux

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Mécanisme :
La bactérie donatrice libère des fragments d’ADN par lyse bactérienne. Cet ADN se fixe sur la
bactérie réceptrice en état de compétence qui va l’absorber. Puis il y a recombinaison
génétique entre les 2 ADN avec acquisition de nouveaux caractères
b) La Transduction
La transduction est le transfert d'un fragment d'ADN chromosomique ou plasmidique d'une
bactérie donatrice à une bactérie réceptrice grâce à un bactériophage à ADN.
Les bactériophages sont des virus spécifiques des bactéries.
* Les bactériophages virulents, accomplissent un cycle lytique au cours duquel ils se
répliquent dans la bactérie infectée. Celle-ci finit par être lysée et libérer d'autres phages qui
vont entamer d'autres cycles lytiques
Les bactériophages dits "tempérés" n'entrainent pas la lyse de la bactérie, mais leur
matériel génétique s'intègre au chromosome bactérien et se réplique avec lui: le phage est
appelé prophage et la bactérie dite lysogène. De temps en temps un prophage se détache du
chromosome et entame un cycle lytique.
* Les bactéries lysogènes ont acquis du matériel génétique bactériophagique appelé
prophage qui gouverne une nouvelle propriété. Quand les bactéries ne sont plus lysogènes la
propriété nouvelle est perdue.
Ex: bacille diphtérique et streptocoque A ne sont toxinogènes que quand ils sont
lysogénisés.
La transduction est le seul mécanisme connu de transfert de plasmides chez les
staphylocoques.
c) La Conjugaison
C’est le mécanisme le plus fréquent dans la nature.
C'est le transfert de matériel génétique d'une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice
par contact direct entre les 2 germes. Le matériel génétique transféré peut être
chromosomique ou extra chromosomique (plasmide)
Mécanisme du transfert
La bactérie réceptrice possède à sa surface des structures permettant l’accolement: pili
sexuels chez les bacilles Gram négatif et adhésines chez les Gram positif.
III. Le transfert par conjugaison concerne essentiellement les plasmides et se fait de
préférence entre bactéries de même espèce. Mais il peut parfois s’effectuer entre des
espèces différentes.
Les caractères génétiques concernés sont: la résistance aux antibiotiques, la production de
toxine. Le transfert par conjugaison explique le caractère épidémique que peut revêtir la
résistance aux antibiotiques.
III) Applications
Les méthodes de biologie moléculaire actuellement un outil diagnostique

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 1) Identification bactérienne
L’hybridation avec des sondes marquées spécifiques d’une espèce bactérienne donnée
permet l’identification de la bactérie. Cette technique est surtout utilisée pour
l’identification des bactéries de culture lente comme Mycobacterium tuberculosis.

2) Diagnostic rapide par amplification de gène

Pour rechercher une bactérie directement dans un produit pathologique, il est possible
d’utiliser la technique dite de PCR (Polymerase Chain Reaction) ou amplification en chaîne.
Un segment limité du génome bactérien caractéristique de l’espèce est amplifié puis
caractérisé grâce à sa taille (PM) après migration électrophorétique ou par hybridation avec
une sonde spécifique.
Ces techniques se sont beaucoup développées et sont appliquées au diagnostic des bactéries
de culture lente et/ou difficile.
3) Etudes épidémiologiques
Il est possible de comparer le matériel génétique des bactéries isolées lors d’une
suspicion d’épidémie pour déterminer s’il s’agit d’une diffusion anormale d’une souche ou
qu’il s’agit de bactéries différentes.
Pour cela le contenu plasmidique et / ou le chromosome de ces bactéries est analysé après
extraction et migration électrophorètique après digestion par des enzymes.

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 - POUVOIR PATHOGENE ET
RELATION HOTE - BACTERIES

I. LES DIFFERENTS TYPES DE RELATION HOTE - BACTERIE

L'homme vit dans un environnement contaminé par les bactéries de l'air, de l'eau, du sol et
des végétaux. D'autre part il joue le rôle d'élément contaminateur par élimination des
bactéries vivant au niveau de sa peau, ses muqueuses et ses téguments.
On distingue:
- Les bactéries saprophytes : Ce sont les bactéries qui se développent dans
l’environnement en utilisant les matières organiques en décomposition et qui mènent
une vie indépendante d'un autre organisme vivant humain ou animal. Normalement non
pathogènes, elles peuvent se retrouver comme une flore de passage (transit) sur la peau
ou les muqueuses.
- Les bactéries commensales : Par définition ce sont des bactéries qui vivent au dépens
d’un organisme sans lui causer de dommage (de maladie). Ces bactéries se développent
au contact de la peau et les muqueuses et forment les flores commensales de
l’organisme: Flore cutanée, flore intestinale, flore oro- pharyngée, flore vaginale. Dès la
naissance une flore bactérienne s’installe au niveau de la peau et des muqueuses et cette
association durera toute la vie. La composition de la flore est spécifique de chaque site et
varie dans le temps en fonction de plusieurs facteurs comme l’âge, l’alimentation, les
traitements antibiotiques.
Les flores commensales jouent un rôle important dans les défenses de l’organisme en
empêchant l’installation de bactéries pathogènes.
- Les bactéries pathogènes sont celles capables d’entrainer une maladie chez un sujet dont
les mécanismes de défenses sont normaux (immunocompétent)
(exemple: la bactérie du choléra, tuberculose
Certaines bactéries pathogènes peuvent faire partie de la flore commensale mais de
façon non permanente: pneumocoque, méningocoque, Haemophilus influenzae. Ces
bactéries ne provoquent une maladie que chez les personnes présentant une
susceptibilité à la maladie, liée à l’âge (pneumocoque) ou autres facteurs liés au
patrimoine génétique. Ces bactéries se trouvent transitoirement au sein des flores
commensales sans entrainer de maladie et sont dites à l’état de « portage sain »
- Les bactéries opportunistes font partie en général des flores commensales (Escherichia
coli, Staphylocoque, Enterocoque) ou saprophytes (pyocyanique) et sont habituellement
non pathogènes chez le sujet immunocompétent. Elles peuvent provoquer des infections
graves chez des patients présentant une altération des défenses immunitaires (exemple
le bacille pyocyanique chez les brûlés.).

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II. POUVOIR PATHOGENE DES BACTERIES
Les maladies ou infections bactériennes sont le résultat d'un conflit entre la bactérie et
l'organisme qui l'héberge (hôte).
Le pouvoir pathogène ou pathogénicité d’une bactérie correspond à l’ensemble des
mécanismes conditionnant le type de maladie provoqué par cette bactérie (notion
qualitative) chez un sujet sain (immunocompétent).
Exemples: Vibrio cholerae donne le choléra (=diarrhée aigue)
Le méningocoque donne la méningite alors que le gonocoque est responsable de
la blennorragie.
La virulence d’une bactérie se définit par la dose minimale (ou nombre de bactéries minimal)
pouvant entrainer la maladie. (notion quantitative). Ainsi pour un même pouvoir pathogène
(méningocoque), il peut y avoir des souches plus ou moins virulentes donnant une maladie
plus ou moins sévère (méningite à purpura fulminans)
Applications : La virulence peut être atténuée ou même disparaître de façon artificielle par
passages successifs de la bactérie sur des milieux de culture. C'est le principe même
d'obtention des vaccins pastoriens à base de souche atténuée (charbon). Le vaccin
antituberculeux BCG a été obtenu à partir d'une souche virulente de Mycobacterium bovis.
La virulence d'une bactérie peut être conservée naturellement pour les bactéries sporulées
ou artificiellement par congélation ou lyophilisation.
Les facteurs de virulence des bactéries pathogènes sont:
- Sa capacité à s’'implanter sur le revêtement cutanéeo-muqueux de l'organisme hôte
= Colonisation
- puis en fonction du pouvoir pathogène elle peut:
o produire des toxines (Toxinogénèse)
o produire une inflammation
o produire des enzymes d’agression et de dissémination:
o disséminer dans l’organisme et atteindre les organes cibles: septicémies,
méningites …
Les bactéries pathogènes peuvent entrainer une infection principalement suivant 3 modes:
Toxi infection: Production de la toxine par la bactérie sans qu’il y ait colonisation
par la bactérie au préalable Cas des toxi infections alimentaires: toxine produite
dans l’aliment ou dans la lumière intestinale
Colonisation puis toxi infection: cas de la diphtérie, du choléra …;
Colonisation puis invasion: bactéries invasives

III. Physiopathologie de l’infection

Les bactéries responsables d’infection sont transmises à partir d’une source appelée «
Réservoir de germes « , par voie directe (contact direct avec la souce ) ou indirecte par
l’intermédiaire d’un objet ou d’un vecteur (insecte ). La première étape de l’infection
correspond à la colonisation.

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Dans le cas de bactéries invasives, après la colonisation ces bactéries vont franchir la
barrière cutanéo-muqueuse, se multiplier in situ avec développement d’une réaction
inflammatoire au niveau de la porte d’entrée (exemple: infection urinaire) . Dans certaines
situations, cette étape sera suivie d’une dissémination par voie hématogène (bactériémie)
ou lymphatique avec localisations secondaires de l’infection (exemple: ostéite, méningite).
Parmi les bactéries invasives, on distingue les bactéries à développement intracellulaire et
celles à développement extracellulaire
Dans le cas des toxi infections, les bactéries produisent une exo toxine protéique
(toxinogénèse) qui est responsable de l’infection après l’étape de colonisation (exemple:
diphtérie) ou en absence de colonisation (exemple: botulisme).
A. Colonisation
C’est la première étape du pouvoir pathogène. La bactérie va se fixer sur les récepteurs
cellulaires des cellules épithéliales de la muqueuse de la porte d’entrée en adhérant à ces
cellules à l’aide de protéines de surface appelées adhésines. Ces adhésines sont soit au
niveau des pili ou fimbriae soit sur la membrane externe de la bactérie. Puis la bactérie se
multiplie à ce niveau: c’est la colonisation de la porte d’entrée.
Le déterminisme génétique de ces adhésines est soit chromosomique (gonocoque) soit
plasmidique (E. coli entéroadherant).
B. Enzymes d’agression:
Certaines bactéries pathogènes dites pyogènes comme les Staphylocoques, peuvent
produire des enzymes hydrolytiques: hyaluronidase, protéases, DNAses …..permettant de
lyser les tissus avec production de pus et faciliter la dissémination des bactéries.

C. Toxines
Les bactéries peuvent élaborer des substances toxiques de deux types :
les toxines protéiques ou exotoxines,
les toxines glucido-lipido-protéiques ou endotoxines des bactéries à Gram (-).
1. Les toxines protéiques
Ce sont des protéines produites par les bactéries à gram positif et plus rarement des
bactéries gram (-). Ces toxines élaborées dans le cytoplasme des bactéries sont soit
secrétées soit libérées par lyse bactérienne.
✓ Elles diffusent à distance de la porte d’entrée et sont responsables du pouvoir
pathogène des bactéries qui les produisent.
Exemples: Diphtèrie, Cholera, Tetanos, coqueluche ….
✓ Elles sont caractérisées par leur spécificité d’action: elles agissent sur une cible
cellulaire précise entrainant un ensemble de lèsions cellulaires et tissulaires
caractéristiques correspondant au pouvoir pathogène de la bactérie.
Exemples:
Choléra : toxine responsable de la perte hydro-electrolytique
Diphtérie : toxIne responsable du croup et des signes généraux

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 ✓ L'information génétique de la toxinogénèse peut être:
o chromosomique Ex: Vibrion cholerae
o plasmidique Ex: Entérotoxine de E. coli
o bactériophagique Ex: Toxine diphtérique
✓ Les toxines protéiques sont caractérisées par leur toxicité considérablement élevée:
elles agissent à très faible concentration.
✓ Les toxines protéiques sont antigéniques: elles suscitent la formation d'anticorps ou
antitoxines qui neutralisent leurs effets.
✓ Les toxines protéiques sont détoxifiables par le formol et transformables en
anatoxines qui ont perdu leur pouvoir toxique mais conservé leur pouvoir
antigénique.
Les anatoxines sont utilisées pour la vaccination.
Ex: anatoxine diphtérique, et tétanique.
2. Les toxines glucido-lipido -protéiques
Elles correspondent aux endotoxines des bactéries gram négatif. Elles sont formées d'un
complexe protéino-lipido-polysaccharidique: le LPS est le constituant de la membrane
externe des bactéries à Gram négatif.
la fraction protéique supporte l'antigénicité,
la fraction polysaccharidique supporte la spécificité antigénique,
la fraction lipidique est responsable de la toxicité.
Les effets biologiques sont comparables quelque soit l’espèce bactérienne dont provient le
LPS.
IV. FACTEURS DE RECEPTIVITE LIES A L’HOTE
La réceptivité de l’organisme aux bactéries pathogènes augmente avec certains facteurs tels
que:
Les âges extrêmes
la malnutrition, l'alcoolisme,
la fatigue,
la température : le refroidissement est un facteur de plus grande réceptivité,
les conditions sociales : surpopulation,
les conditions professionnelles : professions de santé, vétérinaires, éleveurs etc…
Maladie sous-jacente comme le diabète
Immunodépression
Le stress: anesthésie, intervention chirurgicale …..

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V. DEFENSES DE L’ORGANISME CONTRE LES BACTERIES
L’organisme résiste à l’invasion par les micro organismes par la mise en jeux des facteurs
de défenses non spécifiques (résistance naturelle) et/ou spécifique (immunité acquise)
A. La résistance naturelle
1. La barrière cutanéo-muqueuse
La peau ou les muqueuses forment une barrière naturelle par l’association de trois
mécanismes:
Mécanismes physiques
Le revêtement cutané est fait de couches superposées de cellules épithéliales kératinisées,
en permanence renouvelées par desquamation. En cas d’altération de la peau (plaie,
brûlure, piqûre), il y a risque d’infection par pénétration des bactéries.
Au niveau des muqueuses, les cellules épithéliales ciliées au niveau des voies aériennes
supérieures, permettent l'élimination mécanique des bactéries inhalées et piégées dans le
mucus.
Au niveau des conjonctives, les sécrétions lacrymales représentent une barrière efficace vis-
à-vis des bactéries.
Mécanismes chimiques
La présence d'acide gras dans les sécrétions des glandes sébacées et sudoripares, de
même que le lysozyme dans les sécrétions lacrymales et l'acidité du pH gastrique
entraînent l’inhibition des bactéries.
Mécanismes biologiques
Les bactéries commensales des flores cutanées et muqueuses constituent des flores
permanentes qui s'opposent à l'implantation de bactérie pathogène nouvelle en constituant
une barrière active par compétition pour les aliments et les sites d'attachement aux cellules
épithéliales. La modification ou perturbation de ces flores par exemple par utilisation
d'antibiotiques favorise la prolifération des germes pathogènes.
2. L’immunité innée non spécifique
Après la pénétration microbienne dans l'organisme, différents systèmes de l’immunité non
spécifiques se mettent en jeu: afflux des cellules phagocytaires (macrophages et
polynucléaires) et réaction inflammatoire au niveau du site infecté pour arrêter le
développement de l'infection et éliminer l’agent pathogène.
Cette réaction inflammatoire se traduit par une hyperleucocytose neutrophile, une
augmentation des protéines de l’inflammation (C Réactive Protéine)
Succédant à cette résistance naturelle, apparaît l'immunité spécifique en réponse à la
stimulation par les antigènes bactériens libérés.
B. L’immunité spécifique acquise
(se référer au cours d’immunologie)
L'antigène microbien va induire la réponse immunitaire spécifique qui sera humorale et/ou à
médiation cellulaire. L'immunité humorale se traduit par l'apparition d'anticorps sériques

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spécifiques appartenant à la classe des IgM puis ultérieurement aux autres classes en
particulier IgG. L'immunité à médiation cellulaire fait intervenir des lymphocytes T activés
par les Ag bactériens qui vont libérer des substances appelées lymphokines.

La vaccination vise à stimuler artificiellement les mécanismes de l’immunité spécifique

acquise.
La vaccination confère une immunité protectrice identique ou supérieure à la maladie
elle-même. Elle est réalisée par des:
anatoxines : diphtérie, tétanos…
bactéries tuées : coqueluche,
bactéries vivantes atténuées: BCG,
antigènes bactériens purifiés : Méningocoque, Pneumocoque, coqueluche
acellulaire…

La sérothérapie consiste à injecter un sérum riche en anticorps sériques à un sujet non

immunisé. Ce dernier se trouve protégé passivement pendant 10 à 15 jours.
Ex : sérothérapie antidiphtérique et séroprophylaxie antitétanique.
Le nouveau-né est protégé pendant les 4 à 6 premiers mois de la vie, par les Ac de la
classe des IgG élaborés par la mère et transmis passivement par passage transplancentaire.

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 EPIDEMIOLOGIE DES INFECTIONS et HYGIENE HOSPITALIERE
La connaissance de l’épidémiologie des infections bactériennes et virales (réservoirs, modes
de transmission, facteurs de risque….) est indispensable pour la prise en charge
thérapeutique et prophylactique de ces infections.
Il est important de connaitre le réservoir de germe, le mode d’acquisition et de transmission,
et le mode de propagation des maladies au sein de la population ou à l’intérieur d’un
établissement de santé pour maitriser leur dissémination.
I) Définitions
A) Infections communautaires
Les infections communautaires sont les infections acquises dans la communauté sans
aucune relation avec des soins ou des investigations diagnostiques (sondage…).
Certaines infections communautaires sont à déclaration obligatoire (= signalement de cas et
notification) aux instances responsables du ministère de la santé par le médecin traitant et le
laboratoire. La liste de ces infections et germes doit donc être connue (infection à
méningocoque, typhoïde, tuberculose, choléra, rougeole ….)
Elles sont opposées aux infections associées aux soins (IAS) dont font partie les infections
nosocomiales (infections acquises à l’hôpital).
B) Les infections nosocomiales
Les infections nosocomiales sont les infections associées aux soins acquises en milieu
hospitalier et par définition, celles qui apparaissent plus de 48 h après l’hospitalisation.
Elles touchent entre 5 et 10 % des patients hospitalisés, avec de grandes variations selon les
services (réanimation, chirurgie, médecine)
Les facteurs qui favorisent la survenue d’infections nosocomiales sont:
Les gestes invasifs à visée diagnostique ou curative (prélèvements, injections,
sondes, cathéters….)
Le terrain qui peut diminuer les mécanismes de défense
Le non-respect des mesures d’hygiène, notamment le lavage des mains
La proximité d’autres malades infectés
Les bactéries responsables des infections nosocomiales sont souvent multirésistantes aux
antibiotiques à cause de la pression de sélection qui existe en milieu hospitalier.
Les infections les plus fréquentes sont celles des voies urinaires, les infections du site
opératoire, les infections respiratoires et les infections sur cathéter intra vasculaire.

C) Infections endogènes / exogènes

Les infections peuvent être d’origine endogène: le germe responsable provient de la flore
de l’hôte,
Une partie des micro organismes des flores commensales sont susceptibles de provoquer
une maladie dans certaines circonstances (infections urinaires à Escherichia coli) et en

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particulier lorsque sont altérées les défenses locales (blessures, brulure, intervention
chirurgicale) ou générales (déficit immunitaire …).
Exemples: Pneumopathie nosocomiale à Pneumocoque
Infection urinaire à E. coli chez malade porteur de sonde
L’infection est dite d’origine exogène lorsque le germe responsable de l’infection provient
d’une source externe: humaine, animale ou environnement. Dans le cas des infections
nosocomiales, lorsque la source est exogène il s’agit la plupart du temps d’infections
croisées (transmises d’un patient à l’autre à l’occasion d’un défaut des règles d’hygiène:
manuportage, matériel souillé …,

D) Réservoirs de germes
Les micro organismes responsables d’infection sont caractérisés par leur écologie çàd leur
habitat naturel.
L’homme peut être le réservoir unique: c’est le cas des micro organismes qui lui sont
exclusivement adaptés comme: méningocoque, pneumocoque, Salmonella typhi,
Mycobacterium tuberculosis, Vibrio clolerae, virus de la rougeole etc….
Dans ce cas la transmission est dite interhumaine. Le réservoir de germes est constitué de
l’homme à l’état malade (contagiosité maximale pendant la période d’invasion et d’état de la
maladie) ou porteur sain (absence de signes cliniques de la maladie ou phase de guérison).
Le réservoir de germe peut être animal: on parle d’anthropo -zoonoses: Salmonella,
Brucella, virus rabique etc….
Enfin les bactéries pathogènes peuvent provenir de l’environnement: sol (germes telluriques
comme Clostridium tetani) , l’eau (Legionella).

II) Modes de transmission

Il existe une transmission horizontale des infections et une transmission verticale.
Les infections bactériennes peuvent être transmises directement (d’un malade ou d’un
porteur à un sujet sain) ou indirectement par l’intermédiaire d’un véhicule (eau, aliments,
linge….)
A) Transmission directe
La transmission directe d’une personne à l’autre est:
Aérienne: tuberculose, grippe, rougeole etc…
Cutanée: varicelle.;
Manu portage: les mains sont souvent le vecteur entre la source fécale et
l’ingestion pour les germes à transmission féco-orale, ou pour les infections
nosocomiales en milieu hospitalier.
Sexuelle par contact direct pour les infections sexuellement transmissibles:
gonocoque, syphilis, hépatite B etc…

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 Sanguine lors de transfusions, de blessures professionnelles …. : hépatite B et C ,
VIH etc….
La transmission peut être directe à partir d’un animal contagieux par voie aérienne (Coxiella
burnetti) ou par voie cutanée (rage, brucellose…)
B) Transmission indirecte
La transmission indirecte passe par l’intermédiaire d’un vecteur animé ou inerte:
Eau et aliments contaminées par des germes d’origine fécale humaine (choléra,
salmonelles etc….) ou animale.
Air: fievre Q (Coxiella burnetti)
Sol: tétanos
Arthropodes: puces et tiques (rickettsioses, maladie de Lyme) ou moustiques
(fièvre jaune …)
C) Transmission verticale
La transmission verticale correspond à la transmission mère –enfant par voie trans-
placentaire et: ou lors de l’accouchement: rubéole, syphilis, VIH … streptocoque B, Listeria

III) Modes de propagation des maladies infectieuses

Les infections bactériennes et virales évoluent essentiellement sur 2 modes:
Le mode endémique est caractérisé par la survenue de cas à faible fréquence
dans le temps et dans l’espace (cas sporadiques). A tout moment une fraction
faible et constante de la population est infectée.
Le mode épidémique est défini comme la survenue de cas groupés dans le temps
et dans l’espace.
Une épidémie d’envergure mondiale est appelée pandémie. Enfin sur un fond
endémique peuvent survenir de petites épidémies.

III/ Les marqueurs épidémiologiques

Un marqueur épidémiologique est un caractère phénotypique ou génotypique des bactéries
permettant une distinction fine entre les bactéries d’une même espèce (caractère
discriminant).
En cas de suspicion d’épidémie, l’enquête microbiologique vise à démontrer si les germes
appartiennent à un même clone et à retrouver le réservoir de germes (malades, porteurs
sains parmi les malades et parfois parmi le personnel soignant, dans l’environnement, sur
l’équipement….).
Pour cela, des marqueurs sont utilisés.
1) Marqueurs phénotypiques:
Caractères métaboliques : biotype
Caractères antigéniques : sérotype
Profil de résistance aux antibiotiques: antibiotype
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 Profil de sensibilité aux bactériophage: lysotype
2) Marqueurs génotypiques:
Le matériel génétique peut être analysé et comparé par différentes techniques de biologie
moléculaire dont:
a) Analyse du chromosome après digestion enzymatique:
Le chromosome peut être analysé après découpage grâce à des enzymes qui coupent à des
endroits spécifiques et comparaison des fragments obtenus. Différentes techniques sont
utilisées comme la RFLP (Restriction Enzyme Lenght Polymorphism), l’ECP (electrophorese
en champ pulsé)
Exemple d’application: RFLP dans la tuberculose

b) Techniques basées sur l’amplification génique (PCR):

Le principe général est d’amplifier grâce à des amorces plusieurs régions du génome. La
migration électrophorètique du produit amplifié montre ainsi plusieurs bandes qui sont
comparées visuellement.
Exemple ERIC PCR pour comparer les isolats d’une épidémie intra hospitalière

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 LES ANTIBIOTIQUES

I. DECOUVERTE
Le premier antibiotique découvert fut la pénicilline G par Sir Alexander Flemming en
1928 en constatant l’effet d’inhibition de la croissance des staphylocoques par une
substance élaborée par un champignon, le Penicillium. Cette substance a été ensuite purifiée
en 1938 et utilisée en clinique dans les années qui suivirent sous le nom de pénicilline G.
II. DEFINITIONS
A. Antibiotiques / antiseptiques
Un antibiotique (ATB) est une substance chimique élaborée par un organisme vivant
ou produite par synthèse, capable d'inhiber le développement et de détruire les bactéries et
autres micro-organismes, en agissant spécifiquement sur une étape essentielle du
métabolisme de ce micro-organisme. En fonction de la concentration de l’ATB, il y aura un
effet bactériostatique (arrêt de la croissance) ou un effet bactéricide (arrêt de la croissance
et mort bactérienne).
Les antiseptiques (ATS)et désinfectants sont des substances chimiques capables d’inhiber la
croissance et de détruire les bactéries par destruction des protéines et des / ou des acides
nucléiques entrainant la coagulation des organistes intracellulaires, l’altération de la
membrane cytoplasmique …
B. Classification
Une structure chimique de base est commune aux ATB de la même famille et leur confére le
même mécanisme d'action. Dans la même famille on distingue des groupes et des sous
groupes
Les principales familles d’ATB sont:
les béta-lactamines dont la structure de base est constituée du noyau β-lactame sur
lequel il y a hémi synthèse avec 2 groupes: les pénicillines et les céphalosporines
Les aminosides sont composés de deux à cinq unités de sucres (osides) substitués
par des fonctions « amine »(NH2).
Les phénicolés sont des dérivés de l’acide dichoroacètique.
Les macrolides sont des macrocycles avec 14 atomes de carbones (érythromycine),
15 atomes de carbone (azithromycine), ou 16 atomes de carbones (spiramycine).
Les tétracyclines
Les quinolones sont toutes des molécules de synthèse ont une structure bi cyclique.
Les fluoro- quinolones ont un atome de fluor en R6
Certains ATB sont dits « orphelins » (sans famille) comme le triméthoprime.

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 C. Spectres d’activité
Antibiotiques et antiseptiques sont caractérisés par leur spectre d’activité = ensemble des
micro organismes sensibles.
Le spectre théorique d'activité d'un antibiotique est défini par l'ensemble des espèces
bactériennes sensibles à cet ATB. Le spectre peut être étroit ou large. Les bactéries non
comprises dans ce spectre théorique sont dites naturellement résistantes. Il existe des ATB à
spectre large c'est-à-dire actifs sur les bactéries gram négatif (BGN) et les bactéries à gram
positif (BGP), des ATB à spectre limité aux bactéries gram négatif ou à gram positif et des
antibiotiques à spectre très étroit limité à une espèce bactérienne (izoniazide et M.
tuberculosis). Schématiquement les ATB sont classés selon qu’ils agissent sur les bactéries à
Gram +, Gram- ou les deux:
Famille ATB Gram + Gram -
Benzylpénicillines (G,V) + -
Pénicilline M(méthicilline – oxacilline) +
β-lactamines
Penicillines A (ampicilline , amoxicilline) + +
Cephalosporines + +
Aminosides Gentamycine … + +
Macrolides Erythromycine + -
Acide nalidixique - +
Quinolones
Fluoroquinolones + +

Cependant le spectre est spécifique à chaque couple bactérie - ATB dans le même groupe.

III. MECANISMES D’ACTION DES ATB

Les ATB agissent sur une étape spécifique du métabolisme qui varie en fonction des
familles.
A. Antibiotiques agissant sur la synthèse du peptidoglycane de la paroi
La synthèse du peptidoglycane au cours de la phase de croissance est bloquée: par les β-
lactamines (pénicillines, céphalosporines, carbapenemes) et les glycopeptides (vancomycine,
teicoplanine)

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 1. Les bétalactamines
Elles agissent en se liant sur une cible « les protéines de liaison aux pénicillines (PLP) » qui
sont des protéines membranaires impliquées dans l’étape de polymérisation du
peptidoglycane.
a) Les Pénicillines
a-1) Les Pénicillines G et V sont actives sur les Cocci gram (+) à l’exception des
staphylocoques producteurs de pénicillinase, les Cocci gram (-), les bacilles gram (+), les
Leptospires, les Tréponèmes, les anaérobies à l’exception des Bacteroïdes. Ces ATB sont
inactivés par les pénicillinases.
a-2) Les Pénicillines M appelées aussi pénicillines antistaphylococciques = Pénicillines
résistant aux pénicillinases des staphylocoques: méthicilline, oxacilline, cloxacilline.
Les staphylocoques peuvent acquérir une résistance à ces produits par mutation et
acquisition d’une PLP de très faible affinité pour toutes les bétalactamines entraînant une
résistance à l’ensemble des bétalactamines. La prévalence de ces souches (SARM) est
importante en milieu hospitalier.
a-3) Les Pénicillines A = Aminopénicillines (ampicilline et amoxicilline) ont un spectre élargi
aux bacilles gram négatif non producteurs de bétalactamases comme Haemophilus,
Escherichia coli, Salmonella, Shigella. Elles sont par contre inactives sur les entérobactéries
secrétant une pénicillinase (Klebsiella et Enterobacter…), et sur P. aeruginosa.
a-4) Les pénicillines à large spectre: spectre élargi à P. aeruginosa
✓ Les carboxypénicillines = Ticarcilline
✓ Les ureidopénicillines: Pipéracilline, Azlocilline
a-5) Les Carbapénèmes = (Imipenem, Ertapenem, Meropenem). De spectre large couvrant
un nombre d’espèces bactériennes Gram + et Gram-, ils résistent à la plupart des
bétalactamases y compris les bétalactamases à spectre élargi (BLSE)
a-6) Les Inhibiteurs de bétalactamases: Ces molécules (acide clavulanique, sulbactam et
tazobactam) ont une structure semblable à celle des pénicillines et servent à piéger les
bétalactamases bactériennes permettant l'activité antibactérienne de la bétalactamine
associée. Ces molécules n'ont aucune activité antibactérienne propre et sont toujours
utilisées en association avec une pénicilline: on parle alors de pénicillines protégées:
amoxicilline – acide clavulanique, Ticarcilline – acide clavulanique, Pipéracilline – tazobactam
…
b) Les Céphalosporines
Elles résistent à la pénicillinase des staphylocoques mais sont inactives sur les
Staphylocoques méthicillino- résistant.
Elles sont classées en 3 générations:
▪ Céphalosporines de l ère génération: céfalotine, cefazoline, cefaloridine ….. Leur
spectre couvre celui des Pénicillines M et Pénicilline A, associés. Elles sont sensibles
aux céphalosporinases des BGN et sont inactives certaines entérobactéries
productrices de céphalosporinases comme les Enterobacter et sur les P. aeruginosa.

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 ▪ Céphalosporines de 2ème génération: cefuroxime (Zinnat©), cefoxitine (Mefoxin©)
▪ Céphalosporines de 3ème génération: Environ une quinzaine de molécules existent
actuellement dont certaines commercialisées au Maroc: Céfotaxime - Céfopérazone -
Céftriaxone – Ceftazidime – céfepime, cefpirome.
Ces céphalosporines ont une activité au mieux égale à celle de la pénicilline G sur les
streptocoques et celle de la pénicilline M sur les staphylocoques. Elles sont inactives sur les
Entérocoques et les Listeria.
Sur les bactéries à Gram-, ces céphalosporine sont actives à des concentrations très faibles.
De plus elles ont une très bonne diffusion tissulaire
Leur grande stabilité aux bétalactamases leur permet une activité importante sur de
nombreuses espèces de bacilles à gram (-). Mais néanmoins ces céphalosporines sont
souvent inactivées par les béta lactamases à spectre élargi (BLSE).
c) Les monobactams: Aztréonam
Leur spectre est limité aux bactéries à gram négatif (BGN) aérobies, P. aeruginosa compris.
2. Les glycopeptides
Ce groupe comprend la Vancomycine et la Teicoplanine. Ces molécules n’agissent que sur les
bactéries à Gram positif.

B. ATB inhibant la synthèse protéique

Plusieurs familles d’ATB agissent en inhibant les traductions des acides nucléiques:
aminosides, cyclines, macrolides et phénicolés
1. Les aminosides
Plusieurs molécules: Kanamycine , streptomycine, gentamicine, tobramycine,
nétilmicine, amikacine …
Ils ont un spectre large: staphylocoques, bacilles gram (-), bacilles gram (+),
mycobacteries.
Ils sont inactifs sur les streptocoques et les bactéries anaérobies et les bactéries
intracellulaires.
Les aminosides agissent en se fixant sur la sous unité 30 S du ribosome.
2. Les macrolides et apparentés (lincosamides, synergistines)
Leur spectre d'activité est limité à: Cocci gram (+), cocci gram (-), bacilles gram +, Rickettsia,
Chlamydia, Mycoplasma, Campylobacter, Legionella et sur les anaérobies.
Les principales molécules de ces familles utilisées en thérapeutique sont:
Macrolides: érythromycine, clarithromycine, roxithromycine, azythromycine,
spiramicine, josamycine.
Lincosamides: lincomycine, clindamycine
Synergistines (pristinamycine): molécules ayant une très bonne activité sur les
staphylocoques méthicillino résistants (SARM)

Page 30
 3. Les tétracyclines
Leur spectre théorique est large (Gram + et Gram-), mais les souches présentant des
résistances acquises sont nombreuses.
Elles sont actives sur les bactéries à développement intracellulaire : Brucella, Chlamydia,
Mycoplasma, Rickettsia.
Elles sont inactives sur les anaérobies (naturellement résistants).
4. Les phénicolés
Ce sont des antibiotiques à spectre large mais à activité seulement bactériostatique et doués
d’une bonne diffusion. En raison de leur toxicité hématologique (aplasie médullaire) ces
molécules ont des indications thérapeutiques bien précises: Fièvres typho- paratyphiques,
méningites et abcès cérébraux, exceptionnellement infections à anaérobies.

C. Antibiotiques agissant sur les membranes

les polymyxines: colistine ont un spectre limité aux bacilles à Gram – sauf certaines
entérobactéries: proteus, serratia, providencia et sur les Bacteroides.
Cette molécule est peu utilisée du fait de sa faible diffusion tissulaire et de sa toxicité rénale
non négligeable.

D. ATB agissant sur les acides nucléiques:

1. Rifamycines
Deux molécules: Rifacycine SV (Rifocine) et rifampicine
La rifamycine SV a un spectre limité aux bactéries gram+ et les cocci gram –
La rifampicine est un antibiotique à activité bactéricide, à spectre large (sauf P. aeruginosa)
c’est un anti tuberculeux majeur. Elle diffuse bien dans l’organisme et dans les cellules. La
sélection des mutants résistants est rapide lorsqu’elle est utilisée en monothérapie.

2. Les quinolones
Elles agissent en se fixant sur l’ADN gyrase = topo-isomérases II, enzymes intervenant dans
la conformation de l’ADN.
On distingue:
a) Les quinolones de 1° génération dont l’acide nalidixique est le
chef de file
Le spectre étroit est limité aux bacilles à Gram négatif
Leur diffusion tissulaire est faible: utilisation principalement dans les infections urinaires.
b) Les fluoroquinolones: Ofloxacine, Lévofloxacine, Norfloxacine,
Pefloxacine, Ciprofloxacine…
Leur spectre beaucoup plus large, inclut les staphylocoP. Aeruginosa.
Elles sont caractérisées par leur diffusion tissulaire et intracellulaire qui permet leur action
sur les bactéries à développement intracellulaire
Comme pour les quinolones de 1° génération, la survenue des mutants résistants est
fréquente en particulier avec le Pyocyanique et impose leur utilisation en association

E. ATB agisssant sur la synthèse des folates: sulfamides et le trimethoprime

Les sulfamides ont un spectre théoriquement large, mais actuellement les bactéries sont de
plus en plus résistantes, cette résistance étant croisée à l'ensemble de ces produits.
Le trimethoprime est un ATB à large spectre Les bactéries toujours résistantes sont: P.
aeruginosa, Mycobactéries, Campylobacter, Anaérobies et Tréponèmes.
Il agit en synergie avec le sulfamide auquel il est associé.
Exemple: Trimethoprime- sulfaméthoxazole.
L’association a une bonne diffusion tissulaire.

IV. La RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES

A. Définitions
La résistance aux ATB peut être naturelle ou acquise par modification génétique.
La résistance naturelle est l’expression d’un ou plusieurs mécanismes de résistance innés,
propres à l’espèce bactérienne. Elle permet de définir le spectre théorique ou spectre
clinique d’un ATB.
Exemple: résistance naturelle des streptocoques aux aminosides.
La résistance est acquise lorsque la bactérie habituellement sensible acquiert un mécanisme
de résistance par modification de son patrimoine génétique: mutation ou acquisition de
gènes provenant de bactéries de même espèce ou d’espèces différentes. Les mécanismes
d’acquisition de ces gènes sont le plus souvent la conjugaison avec échange de plasmides ou
de transposons conjugatifs ou par transformation comme dans le cas du pneumocoque. La
fréquence des variations génotypiques est augmentée par la pression de sélection exercée
par l'antibiotique au cours de son utilisation clinique: l'administration de l'ATB inhibe la
prolifération des souches sensibles et favorise la diffusion des bactéries résistantes
sélectionnées.
La résistance est croisée quand elle concerne plusieurs ATB de la même famille ou du même
groupe parce qu’elle fait intervenir le même mécanisme de résistance.
Exemple: Staphylocoque et pénicillines
La résistance est dite associée quand elle concerne des antibiotiques n’appartenant pas à la
même famille mais dont le mécanisme de résistance est commun: plasmide avec plusieurs
gènes de résistance, efflux intéressant plusieurs ATB;
B. Mécanismes de la résistance
Pour qu’un ATB soit actif, il doit être capable de
- traverser la paroi bactérienne
 - trouver une cible
- ne pas être inactivé
- ne pas être expulsé par la pompe à efflux
Chacune de ces conditions constitue une cible pour la résistance: En effet il existe 4
mécanismes de résistance naturelle ou acquise aux ATB liés à:
1. L’imperméabilité de la paroi
Pour qu’un ATB puisse atteindre sa cible il doit traverser la paroi bactérienne en empruntant
des canaux protéiques appelés porines. En cas de modification de ces porines, la bactérie
habituellement sensible peut devenir résistante.
L’importance de la perméabilité de la paroi bactérienne est illustrée par le mécanisme
d’action et de résistance des Streptocoques aux aminosides: Les streptocoques sont
naturellement résistants à bas niveau aux aminosides car ceux ci ne peuvent traverser leur
paroi. Par contre les aminosides agissent en synergie avec les bétalactamines qui altèrent la
paroi et permettent leur pénétration. En cas de résistance acquise aux aminosides, il n’y a
plus de synergie avec les bétalactamines.
Cette modification de la perméabilité entraine une résistance associée de plusieurs ATB.
2. Modification de la cible
Deux types de mécanismes existent:
a) Modification d’affinité de la cible
Cas du Pneumocoque et PLP: la résistance du pneumocoque à la Pénicilline est due à la
modification des gènes des PLP se traduisant par une diminution de l’affinité de ces PLP avec
un niveau variable de résistance à la pénicilline (bas niveau de résistance BNR et haut niveau
de résistance HNR).
b) Substitution de cible:
Ce mécanisme concerne principalement la résistance intrinsèque à la méthicilline de S.
aureus R liée à la présence d’une PLP nouvelle (PLP2a codée par le gène mecA)) ayant une
très faible affinité pour l’ensemble des bétalactamines, et qui implique une résistance
croisée à toutes les bétalactamines.
3. Inactivation enzymatique de l’ATB
C’est un mécanisme très répandu de résistance naturelle ou acquise qui touche presque
toutes les familles d’ATB;
Cas des Béta-lactamines: les béta lactamases
Chez les bactéries gram (+) et gram (-), la résistance aux béta lactamines est souvent due à la
production de bétalactamases: enzymes qui hydrolysent le cycle béta lactame avec
production de molécules inactives. Ces bétalactamases sont le plus souvent d'origine
plasmidique mais peuvent être codées par le chromosome.
Leur présence peut être détectée rapidement par un test enzymatique simple très utile en
pratique courante pour la détection des Haemophilus résistant à l’ampicilline, des
gonocoque producteur de pénicillinase etc.
Il existe une grande variété de bétalactamases (= 350).
 La pénicillinase produite par S. aureus inactive la Pénicilline G et les Pénicillines A
(Résistance croisée).
Les bactéries gram (-) produisent un grand nombre de bétalactamases dont le profil
d’activité est très distinct -> suivant la bétalactamase produite la bactérie aura un profil de
sensibilité particulier. Certaines de ces bétalactamases sont dites à spectre élargi (BLSE) et
peuvent inactiver l'ensemble des bétalactamines à l’exclusion des carbapenèmes. Les
carbapénèmases sont des bétalactamases qui hydrolysent mêmes les carbapénèmes.

4. Excrétion de l’ATB par mécanisme d’efflux

L’excrétion active (= efflux) des antibiotiques peur être accentuée sous l’effet d’une
mutation sur le gène régulateur ce qui se traduit par une résistance acquise pouvant toucher
plusieurs familles d’ATB.
Tableau récapitulatif ( voir www. Microbres) :
Antibiotique Spectre Mécanisme d’action Mécanisme de
& cible résistance
Β-lactamines Gram + Inhibition synthèse Modification cible
Gram – paroi
Anaérobies β-lactamases
Spirochètes PLP
Aminosides Gram – Inhibition synthèse -modification cible
Gram + sauf Strepto protéines - Enzymes
Ribosomes
Macrolides et Gram + Inhibition synthèse -Modification cible
apparentés Gram - protéines Imperméabilité de la
Ribosomes paroi
Production
inhibiteurs
Quinolones Gram + Inhibition de la Modification cible
Gram - réplication ADN
ADN gyrase
Glycopeptides Gram + Inhibition synthèse Modification cible
paroi
Tétracycline Gram + Inhibition synthèse Modification cible
Gram- protéines Efflux
Rifampicine Gram + Inhibition synthèse Modification cible
Gram - protéine:
ARN polymérase
V. FACTEURS FAVORISANT LA DIFFUSION DES BACTERIES RESISTANTES AUX ATB
Les résistances aux antibiotiques ont deux principaux supports génétiques:
chromosome et plasmide.
La résistance par mutation chromosomique, phénomène rare, ne concerne actuellement
que 10 à 20 % des cas (antituberculeux à part). La résistance plasmidique permet d'expliquer
80 % des résistances actuelles (diffusion épidémique + multirésistance).
Deux facteurs favorisent la diffusion des souches résistantes:
1. La pression de sélection exercée par l’antibiothérapie:
L'apparition d'une résistance à un ATB est un phénomène génétique indépendant de
l'antibiotique. L'augmentation du nombre de souches résistantes est directement liée à
l'utilisation intensive de cet antibiotique qui amplifie la tendance en favorisant les souches
résistantes et en limitant celle des souches sensibles. Cette pression de sélection est encore
plus dangereuse quand il s'agit d'un ATB concerné par les résistances plasmidiques: un ATB
sélectionne en une fois une souche résistante à plusieurs ATB à la fois.

2. La transmission croisée à l’hôpital:

La transmission croisée d’une bactérie résistante, d’un malade à un autre, existe à l’hôpital
et est favorisée surtout dans les services particuliers par les conditions suivantes: malades
fragilisés par des affections sous jacentes ou des traitements immunodépresseurs,
multiplication des portes d'entrée (actes à visée diagnostique ou curative) et la mauvaise
observance des conditions d’hygiène.
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