UE9 Agents infectieux

Pr Hedi MAMMERI
Le 24/01/218 de 14h30 à 15h30
Ronéotypeur : BOUGHZALA Ryan
Ronéoficheur : PERNOUD Hélène

COURS 4 : STRUCTURE, CLASSIFICATION ET

GENETIQUE DES BACTERIES

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 1 sur 12

I) Strucure d’une bactérie

II) Classification des bactéries

III) Génome bactérien et mécanisme de variabilité génétique

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 2 sur 12

 I/ STRUCTURE D’UNE BACTERIE

- Une bactérie est une cellule procaryote : son ADN

n’est pas enveloppé et elle ne contient qu’un seul
chromosome (libre, soluble dans le cytoplasme)

 PAROI :

1) Définition - La bactérie est également caractérisée par sa paroi

qui se situe au-dessus de la membrane
cytoplasmique. C’est une structure rigide qui va
solidifier l’enveloppe de la bactérie.

- Cette paroi est constituée d’un enchevêtrement de structures glucidiques et peptidiques

= peptidoglycane. Ce dernier est assemblé par des enzymes comme la transpeptidase,
carboxypeptidase, transglycosylase. C’est enzymes sont aussi connues sous le nom de
PLP (protéines liant les pénicillines) et sont des cibles d’antibiotiques (βlactamines)

- La synthèse de la paroi commence dans le cytoplasme, se continue dans la membrane

plasmique et se termine au niveau périplasmique

GRAM + GRAM -
SHEMA
STRUCUTRE

 Membrane externe (constituée de phospholipides

 Peptidoglycane EPAIS et lipopolysaccharides)
 Membrane cytoplasmique  Peptidoglycane MINCE
 Membrane plasmique

- Les lipopolysaccharides sont des molécules à l’extérieur

CARACTERISTIQUES

de la bactérie qui contiennent une molécule appelée le

Lipide A (qui est une endotoxine) et une structure
antigénique : l’antigène O qui sert dans certains cas au
sérotypage de la bactérie

- Les Bactéries GRAM- contiennent des protéines qui

forment des canaux, les porines qui permettent le passage
de certains antibiotiques dans la bactérie, mais aussi le
passage de certains nutriments

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 3 sur 12

 1) On commence par colorer les bactéries avec du violet de gentiane qui pénètre à l’intérieur
et colore le cytoplasme et ses constituants en bleu  a ce stade toutes les bactéries sont
colorées en bleu/violet

2) Coloration 2) On décolore ensuite les bactéries dont la parodie est mince avec de l’alcool
GRAM  GRAM -  pénètre à l’intérieur de la bactérie et décolore le violet de gentiane
 GRAM +  le peptidoglycane forme une barrière et empêche l’alcool de pénétrer.
La bactérie reste bleue

3) Etape de contre-coloration : on utilise de la Fushine qui est un colorant rouge 

pénètre à l’intérieur des cellules devenues transparentes au cours de l’étape précédente
(GRAM -) et les colore en rouge. Pour les GRAM+ le bleu l’emporte sur le rouge, elles
restent donc bleues

- Les Mycoplasmes (ex : Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum) ne possèdent pas

de peptidoglycane  ils ne sont donc pas colorés par la coloration de Gram et naturellement
résistants aux βlactamines

- Les Mycobactéries (ex : Mycobacterium tuberculosis) possèdent une structure de paroi très
particulière, caractérisée par trois couches : le peptidoglycane, l'arabinogalactane et les
acides mycoliques. La couche d’acides mycolique forme une sorte de cire hydrophobe au-
dessus de la bactérie qui empêche la coloration de GRAM. Cette couche permet une
résistance à l’alcool et aux acides. On met a profit cette résistance pour la coloration de Ziehl
Neelsen.

3) Structures
pariétales
particulières

COLORATION DE ZIEHL NEELSEN

1) On colore les bactéries avec de la Fushine à chaud  toutes les bactéries deviennent
rouges

2) Décoloration grâce à une solution d’alcool et d’acide  Les mycobactéries vont être
résistance à l’action de cette solution donc elles ne seront pas décolorées (elles restent
rouges). A l’inverse les bactéries standards vont être sensible à l’action de l’alcool, la
Fushine va disparaitre et les bactéries vont devenir transparentes

3) Etape de contre-coloration : on utilise du bleu de méthylène  les bactéries qui étaient

devenues transparentes à l’étape précédente se colorent en bleu et les mycobactéries
restent rouge

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 4 sur 12

 - Enveloppe qui peut entourer la paroi de certaines bactéries,
généralement de nature polysaccharidique.
La capsule
- Elle forme une grosse enveloppe qui a un rôle protecteur contre la
phagocytose.

- La capsule est antigénique (antigène K)  elle est utilisée pour

synthétisée les vaccins.
Ces morceaux de capsule (antigènes) sont aussi utilisés pour le
diagnostic des infections : lorsque la bactérie infecte le patient il va par
la suite y avoir une lyse de bactérie. Elle libère sa capsule qui se retrouve
ensuite dans le sang et dans les urines. Ces morceaux de capsule sont
détectables dans le sang, c’est ce qu’on appelle la recherche
d’antigénurie et cequi permet le diagnostic de certaines infections
(comme les infections à pneumocoque ou recherche de Legionella
Pneumophila = pneumopathie)

4) Structures
inconstantes - Ce sont des structures protéiques.
(Pas toujours Cils ou flagelles
exprimées chez - Elles constituent les organes de locomotion : permettent aux bactéries
toutes les
de se déplacer dans l’organisme
bactéries)
- Selon la disposition des flagelles on distingue 3 types de bactéries :
 Monotriches (un seul flagelle polaire),
 Lophotriches (une touffe de flagelles à une extrémité de la
bactérie)
 Péritriches (flagelles répartis sur toute la surface de la bactérie).

- Les flagelles = Antigène H (sert au sérotypage de certaines bactéries

(ex : les salmonelles), souvent en combinaison avec le sérotypage de
l’Ag O)

De nombreuses bactéries à Gram négatif possèdent des courts

appendices de surface = pili (de pilus = poil), ou fimbriae (frange). On
en distingue deux catégories :

Les pili communs Les pili sexuels

Les pili ou
fimbriae - Disposés régulièrement à la
surface de la bactérie.
- Ils sont constitués par la
polymérisation d'une même sous-
unité polypeptidique, la piline,
associés à des polypeptides
mineurs dont l'adhésine.
- Plus longs mais en nombre plus
restreint (1 à 4) que les pilis
communs.
- Ils ne sont pas codés par les
chromosomes mais par les
plasmides

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 5 sur 12

 - L'adhésine peut interagir avec un
récepteur à la surface des cellules
eucaryotes et permet donc la
fixation de la bactérie sur les
cellules eucaryotes  l’adhésine a
un rôle dans le pouvoir pathogène
des bactéries
- Ils jouent un rôle essentiel la
conjugaison : permet le passage
d’ADN extra chromosomique
(plasmide) de la cellule donatrice à
la cellule réceptrice

- Dans des conditions hostiles de croissance, une spore se forme à

Les spores l'intérieur de la bactérie : c’est un système de résistance bactérienne.

- La spore est une cellule bactérienne au repos : apparition de la spore

dans le cytoplasme de la bactérie, qui elle meurt. Replacée dans des
conditions favorables, la spore germe et redonne une bactérie identique à
celle qui lui a donné naissance.

II/ CLASSIFICATION DES BACTERIES

- La classification des êtres vivants peut être hiérarchisée :

Règne : Bacteria
Embranchement (phylum) : Firmicutes
Classe : Bacilli
Ordre : Bacillales
Famille : Staphylococcaceae
Genre : Staphylococcus
Espèce : Aureus

- On désigne les bactéries par leur genre et espèce.

- A l’intérieur d’une même espèce, il est possible de distinguer des souches et des clones.

Souche = sous division d’une espèce

Clone = population descendant d’une même souche

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 6 sur 12

Différentes classifications des bactéries :
Phylogénétique En fonction de la En fonction du type respiratoire
coloration GRAM

- 12 groupes de bactéries - Ces différences de - Les bactéries aérobies strictes ne se

d’après l’analyse de leur coloration et les
ARN ribosomal 16S et différences de forme
23S : Firmicutes, (bacille ou cocci) sont à
Chlamydiae, l’origine de la
Chlorobiaceae, classification des bactéries
Actinobacteria, dans le domaine médical :
Planctomycetes, principale classification en
Spirochaetes, bactériologie clinique
Fusobacteria,
Cyanobacteria, - Cette classification a un
Thermophilic, intérêt dans le traitement
Acidobacteria, probabiliste : c’est le
Proteobacteria. traitement que l’on donne
au patient sans connaitre
- En comparant cet ARN l’identité de la bactérie et
on peu tracer un arbre sans connaitre son
phylogénétique qui permet antibiogramme.
de voir le lien de parenté L’antibiothérapie
ce certaines espèces entre probabiliste, c’est le pari
elles que l’on fait pour traiter au
mieux le patient lorsque
- Cette classification n’est l’on commence à connaitre
pas forcément bien adapté quelques éléments utiles
à la pathologie comme la coloration de
GRAM
développent qu’en présence d’oxygène (ex :
Pseudomonas aeruginosa). Elles ne peuvent pas
vivre sans oxygène
- Les bactéries microaérophiles se développent
mieux ou exclusivement lorsque la pression
partielle en oxygène est inférieure à celle de l’air
(ex : Campylobacter jejuni).
- Les bactéries anaérobies strictes ne se
développent qu’en l’absence totale d’oxygène,
l’énergie est produite par voie fermentative (ex :
Bacteroides fragilis). Ces bactéries ne supportent
pas l’oxygène car ne peuvent pas détoxifier les
radicaux libres oxygénés.
- Les bactéries anaérobies aéro-tolérantes : Ces
bactéries produisent leur énergie par voie
fermentative, exclusivement. Cependant, ils
possèdent les enzymes permettant de détoxifier les
radicaux libres oxygénés (ex : les streptocoques et
les entérocoques)  supportent la présence d’O
- Les bactéries aéro-anaérobies facultatives
L’énergie provient de la chaîne respiratoire et de
la voie fermentative (ex : entérobactéries et
staphylocoques).

En fonction de la température optimale de En fonction de leur En fonction de leur exigence

croissance source de Carbonne nutritionnelle

- Bactéries mésophiles : température maximale - Les bactéries autotrophes - Les bactéries prototrophes
de croissance proche de celle du corps humain peuvent synthétiser par = bactéries non exigeantes.
(37°C) (ex : Escherichia coli). photosynthèse des Sont capables de proliférer
molécules organiques à dans un milieu de base 
- Bactéries thermophiles : température optimale partir du CO2 milieu non enrichis (ex :
atmosphérique
de croissance comprise entre Escherichia coli)
- Les bactéries
45°C et 70°C (ex : Thermus aquaticus) hétérotrophes dégradent
les substances - Les bactéries auxotrophes
- Bactéries psychrophiles : température hydrocarbonées (comme les = bactéries exigeantes qui
optimale de croissance comprise entre sucres, les acides etc..) nécessitent des milieux de
10°C et 15°C. pour en tirer leur source de culture enrichis de facteurs de
- Bactéries psychrotropes : bactéries dont la carbone et leur énergie. croissance (ex : Haemophilus
température optimale de croissance est proche influenzae)
de celles des bactéries mésophiles, mais qui
peuvent se développer aussi à basse température.

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 7 sur 12

 III/ GENOME BACTERIEN ET MECANISME DE VARIABILITE GENETIQUE

- Génome bactérien : le génome de la bactérie

comporte la molécule d’ADN chromosomique
(permanant) non enveloppée, soluble dans le
cytoplasme ainsi que les plasmides
(transitoires) qui sont des éléments génétiques
mobiles (somme des gènes bactériens)
1) Définitions - Les plasmides correspondent au matériel
génétique extra chromosomique. Ils sont
indispensables à la bactérie lorsqu’elle est au contact d’antibiotiques, ils apportent des
mécanismes de résistance. A l’inverse quand la bactérie n’est pas au contact
d’antibiotiques, elle se débarrasse de ses plasmides

- Génotype : Toutes les informations codées par le génome bactérien

- Phénotype : La somme des caractères observés provenant de l’expression du génotype.

LES MUTATIONS A L’ECHELLE MOLECULAIRE

- Définition: C’est un changement qui
affecte la séquence nucléotidique soit au - Mutations par substitution, addition ou délétion
niveau du chromosome soit au niveau de bases nucléotidiques :
du plasmide  Substitution: ex : A  G
 Addition: ATCG  ATGCG
2) Les - Stabilité : Transmission à la (modification du cadre de lecture)
mutations descendance  Délétion: ATGCG--> ATCG
( permettent - Une mutation dans un gène toutes les (modification du cadre de lecture)
le transfert 10^7 à 10^9 divisions cellulaires. Elles
vertical d’un sont dues à des erreurs commises par - Les mutations peuvent être :
nouveau l’ADN polymérase lors de la  Silencieuses
caractère) réplication.  Létales (protéine tronquée)
Les mutations sont rares, spontanées,  Intermédiaires (se traduit par un
imprévisibles. changement d’acide aminé)
Les nouveaux gènes résultant d’une
mutation sont appelés allèles.

LA TRANSFORMATION
3) Le C’est un transfert passif d’ADN nu dans une cellule
transfert
bactérienne.
d’information
génétique L’ADN qui est introduit dans la bactérie provient d’une
(transfert cellule morte. Il est libéré sous forme bicaténaire dans le
horizontal) : milieu extérieur.
 1ère étape : Fixation covalente de l’ADN à un complexe
transformation protéique membranaire : le "Transformasome"
conjugaison
 transposition 2ème étape : Fragmentation de l'ADN (nucléases), destruction d’un brin d’ADN.
3ème étape : Entrée de l'ADN simple brin dans la bactérie
4ème étape : Devenir de l'ADN simple brin transformant dans la bactérie.

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 8 sur 12

 Devenir de l’information génétique échangée par transformation naturelle :

- Pour que le processus de transformation soit durable il faut qu’il y ait une
recombinaison homologue entre les brins d’ADN introduit et le génome de la souche
réceptrice (nécessité de larges homologies entre
l'ADN exogène et endogène).  Une fois que le
brin d’ADN se trouve dans le cytoplasme, il va
reconnaitre une séquence qui est homologue à sa
propre séquence et va par homologie remplacer la
séquence d’ADN sauvage (ADN naturel) qui se
trouve sur le chromosome de la bactérie.
- En général l’ADN provient de la même espèce
bactérienne ou d’une espèce bactérienne très
proche.

- L’exemple type que l’on peut évoquer pour la transformation est celui du pneumocoque
(Streptococcus Pneumoniae). C’est une bactérie qui est très sensible aux pénicillines. 30
à 40% ont des résistances acquises aux pénicillines et aux βlactamines grâce au
phénomène de transformation  le pneumocoque reçoit notamment de l’ADN du
Streptococcus Mitis mort

- Cela créer un nouveau gène que l’on appelle

gène mosaïque qui est en partie constitué du
fragment d’ADN initial sauvage et du fragment
d’ADN provenant de la cellule morte. Ce
nouveau gène va coder pour une nouvelle
protéine : quand il s’agit des PLP, on obtient des
PLP hybrides qui ont pour caractéristique de
moins bien lier les pénicillines. La bactérie sera
donc moins sensible à l’action des antibiotiques
(mécanisme de résistance)

LA CONJUGAISON (La sexualité des bactéries)

Définition : Processus qui implique un transfert unidirectionnel d’ADN (plasmide) d’une

cellule donatrice à une cellule réceptrice, par un mécanisme requérant un contact
spécifique : formation d’un pont cytoplasmique.
Les plasmides sont des moléculaire bicaténaire circulaire capable d’autoréplication dans
la cellule.

- Leur caractère conjugatif ou mobilisables :

 Certains plasmides sont conjugatifs ils possèdent des gènes TRA permettant la
formation du pili sexuel et le transfert réplicatif.
 Plasmides mobilisables : Ils empruntent le pili synthétisé grâce à un autre
plasmide qui réside dans la même cellule.

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 9 sur 12

 - Plusieurs étapes :
 Synthèse du pili sexuel par la cellule
donatrice
 Fixation du pili sur une cellule réceptrice
(sur des sites spécifiques)
 Raccourcissement du pili
 Transfert réplicatif du brin d’ADN de la
cellule donatrice vers la cellule réceptrice.
Puis un nouveau brin d’Adn est
resynthétisé dans la cellule donatrice :
c’est un phénomène qui permet de
conserver le plasmide
 Le brin monocaténaire qui se retrouve
dans la cellule réceptrice va servir de matrice à la synthèse d’un nouveau brin
d’ADN

 phénomène qui permet l’extension, la dissémination d’un plasmide (et non pas un
simple transfert) qui va être conservé par les cellules donatrices et acquis par les cellules
réceptrices

LA TRANSPOSITION

- C’est un mécanisme permettant la mobilisation de fragments d’ADN entre deux

supports génétiques différents (ex : entre un plasmide et un chromosome) caractérisé par
des structures génétiques particulières : les transposons.

- Les transposons sont classés en fonction de leur capacité à s’autorépliquer et à se

transférer par conjugaison. On distingue 3 grandes familles de transposons :
 Les transposons composites (les plus fréquents)
 Les transposons de type Tn3
 Les transposons conjugatifs (transposons possédant des gènes TRA)

- Le mécanisme d’action des transposons composites repose sur une structure de base : la
séquence d’insertion (IS) qui code pour une enzyme que l’on appelle Transposase. Cette
enzyme va permettre le déplacement de la séquence d’insertion sur un nouvel élément
génétique

- Comment ces IS peuvent permettre le déplacement de gènes de résistance ?

On a un fragment d’ADN sur un chromosome, une IS (ici à droite) qui se fixe sur le
chromosome et une seconde IS qui se fixe sur le chromosome (à gauche du fragment
d’ADN d’intérêt)  on obtient alors un transposon composite qui va pouvoir se détacher
grâce à l’action de transposases et permet mobiliser le fragment d’ADN se trouvant entre
les deux copies d’IS. Si ce fragment d’ADN contient des gènes de résistance, le
transposon composite va pouvoir les transférer sur un nouveau support d’ADN (transfert
d’un plasmide sur le chromosome)

RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 10 sur 12

 - C’est un mécanisme permettant la mobilisation de gènes dans des structures génétiques
particulières : les intégrons

4) Système de - Il existe plusieurs classes d’intégrons. Les plus répandus sont les intégrons de classe 1.
capture des Ils se caractérisent par le gène int1 qui code pour une intégrase. Cette enzyme catalyse
gènes : les l’intégration des gènes cassettes
intégrons circulaires, mobiles (solubles dans le
cytoplasme de la bactérie) dans l’intégron au
niveau du site de recombinaison attI.  cela
forme une structure qui contient plusieurs
gènes de résistances au sein d’une même
structure génétique

- Définition : Transfert d'ADN bactérien d'une bactérie à une autre par l'intermédiaire d'un
bactériophage ( ce sont des virus qui vont infecter les bactéries)
- Processus essentiellement intra spécifique (échange d'ADN entre des bactéries d'une
même espèce)
Plusieurs types de transductions :
 La conversion lysogénique : le bactériophage va infecter la bactérie et va
5) La transmettre son matériel génétique dans la bactérie, et quelque fois ce matériel va
transduction s’intégrer dans le chromosome de la bactérie sans la tuer. Ce gène peut apporter un
et la facteur de virulence à la bactérie (exemple de la diphtérie)
conversion
lysogénique  La transduction généralisée : le bactériophage infecte la bactérie  bactérie meurt
 Fragmentation du génome bactérien au cours de la réplication virale
(nucléases virales ou non spécifiques).
 Les particules encapsident de l'ADN bactérien.
 Formation de particules transductrices infectieuses capables d'injecter l'ADN
bactérien dans une autre cellule.
 Devenir de l'ADN transduit : remplacement allélique

 Transduction abortive : Les gènes transférés ne sont pas intégrés dans le

chromosome  perte de l ’information génétique au cours des divisions cellulaires
RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 11 sur 12
RONEO 1 UE9 COURS 4 Page 12 sur 12