Introduction

Objectifs

Rappeler les notions de biologie cellulaire

Présenter l’inventaire simplifié des bactéries pathogènes pour l’homme

Décrire la thérapeutique antibiotique

 PLAN DU COURS

• Première partie: bactériologie médicale générale

• Deuxième partie: bactériologie médicale spéciale

• Troisième partie: Antibiotiques

Prémière partie- Bactériologie médicale générale
Chapitre I- LA DECOUVERTE DU MONDE BACTERIEN
L’existence du monde bactérien fut méconnu jusqu’à l’invention du microscope au
début du XVIIIe siècle
La découverte des microorganismes en 1673 est attribuée au hollandais Antonie
Van Leeuwenhoek (1632-1723) qui observa au moyen d’un microscope
rudimentaire de sa fabrication un grand nombre de particules invisibles à l’œil nu,
qu’il appelait « animacules ». parmi ces organismes d’une excessive petitesse, il
décrivit des sphères, des batonnets, des spirilles correspondant aux principales
variétés morphologiques des bactéries

• Antonie Van Leeuwenhoek (1632-1723)

 • L’étude des bactéries débutera vraiment qu’au cours
de la deuxième partie du XIXe siècle avec les travaux
de Louis Pasteur. Cette période allait marquée par
l’acquisition de preuves expérimentales du rôle des
microorganismes dans la transformation organique
(animale ou végétale). Ces travaux mettaient fin à la
controverse autour de la théorie de la génération
spontanée: les microorganismes naissent des germes
LOUIS PASTEUR (1822 - 1895)
semblables à eux et non à partir de la matière inerte.
Ces êtres vivants un peu particulier furent classés initialement dans le règne végétal et
non animal
Le mot « bactérie » apparaît pour la première fois avec le microbiologiste allemand
Christian Gottfried Ehrenberg en 1838. Ce mot dérive du grec βακτηριον, qui signifie
« bâtonnet »
En 1866, Haeckel proposa la création d’un troisième règne: le règne des protistes
regroupant des êtres unicellulaires ou pluricellulaires qui ne forment pas de tissus
différenciés
En 1937 Chatton proposa la subdivision de ce règne en Protistes eucaryotes et
Protistes procaryotes
Protistes superieurs ou “eucaryotes” Protistes inferieurs ou “procaryotes”

Ex: Algues, protozoaires, champignons Ex: bactéries, Algues bleues

- Presence d’un noyau entouré d’une - Absence d’un noyau entouré d’une
membrane membrane
- Nombreux chromosomes - Présence d’un chromosome unique
- Un appareil de mitose pour la - Absence d’appareil mitotique
replication cellulaire - Multiplication par scissiparité
Caractères fondamentaux qui différencient les bactéries des virus

Protistes supérieurs et inférieurs Virus

(bactéries)
Unité de structure La cellule Le virion: particule
Acides nucléiques Deux types: ADN, ARN Un seul type: ADN ou ARN
présents
Systèmes enzymatiques Présents: synthèse autonome des Absents: parasitisme strict
de biosynthèse macromolécules et des « liaisons d’une cellule évoluée
riches en énergie »
Réproduction Par division cellulaire: à partir de la Par réplication: à partir du
totalité de ses constituants; la seul matériel génétique: le
cellule nait toujours d’une cellule virion ne nait jamais d’un
préexistante virion pré-existant
Croissance Présence d’une croissance: réside Absence d’une croissance: la
en une augmentation harmonieuse structure du virion est
de tous les constituants de la cellule définitivement organisée
après la synthèse de ses
constituants
Chapitre 2- ANATOMIE FONCTIONNELLE DES BACTERIES

2.1.définition
Une bactérie est un être vivant, unicellulaire, sans noyau, à structure très simple de
petite taille: généralement µm de longueur considéré comme ni animal ni végétal

2.2. moyens d’étude

2.2.1. microscope optique
L’examen à l’état frais entre lame et lamelle, renseigne sur la forme des bactéries et
leur mobilité éventuelle
L’examen après fixation et coloration permet de mieux apprécier leur morphologie. Il
existe de nombreuses méthodes de coloration. La plus utilisée est la coloration de
Gram qui permet de différencier les bactéries selon la structure de leur paroi, en
bactéries à Gram positif et bactéries à Gram négatif.
 2.2.1. microscope électronique
Elle n’est utilisée que pour des travaux de recherche. Elle permet l’étude de la
structure fine des bactéries
La technique d’examen après ombrage ou après coloration négative renseignent
sur la forme et les structures superficielles de la bactérie. les coupes ultrafines
permettent d’étudier l’organisation interne de la cellule bactérienne. Le
cryodécapage met en évidence les différentes couches superficielles. Le
microscope électronique à balayage visualise exactement la forme et les structures
externes de la bactérie
 2.2.2. Fractionnement des bactéries
Les bactéries peuvent être désintégrées par différents moyens:
 Procédés physiques
• broyage en présence de microbilles de verre
• ultra-sons
• variations de pression
• Etc…
 Procédés chimiques
• digestion enzymatique
• Actions d’antibiotiques
• Action de détergents
Les différents constituants bactériens ainsi libérés peuvent être séparés par les
techniques physicochimiques utilisés en biologie moléculaire: centrifugation
différentielle, gel, filtration, électrophorèse.
L’utilisation judicieuse de ces différents moyens et méthodes a permis d’obtenir
de nombreux renseignements sur l’anatomie des microorganismes
 2.3. Morphologie bactérienne
2.3.1 Taille
Les bactéries sont de taille variable. Taille habituelle 0,3 – 2,5 µm
Ex: Mycoplasma 0,3 – 0,8 µm; Chlamydia 0,3 – 1 µm

2.3.1 Morphologie
Les formes les plus fréquemment observées
o sphères (coques ou cocci)
o les batonnets (bacilles)
o les spirilles
 2.4. Anatomie bactérienne
2.4.1. les enveloppes
La capsule, la paroi, la membrane cytoplasmique
2.4.1.1. la capsule
La capsule est un enduit excrêté par certaines bactéries. Elle est habituellement de nature
polysaccharidique. La capsule joue un rôle important dans le pouvoir pathogène de
certaines espèces bactériennes (Streptococcus pneumoniae, Haemophilus
influenzae, Klebsiella, E.coli K1) par son rôle protecteur contre la phagocytose.
2.4.1.2 le glycocalyx
Le Glycocalyx est une matrice sécrétée par la cellule bactérienne et qui va l'entourer, lui
donnant un caractère hydrophile. Il est composé de polysaccharides ou de glycoprotéines.
Il est aussi appelé slime. Il est responsable de l'attachement des bactéries aux cellules
(cellules buccales, respiratoires, par exemple), à des supports inertes (plaque dentaire sur
l'émail dentaire, biofilms sur les cathéters, ou les prothèses dans le cas de bactéries
d'intérêt médical). Il protège les bactéries du biofilm de la dessiccation, sert à concentrer
ou à modifier les éléments nutritifs exogènes et rend les bactéries résistantes:
antiseptiques, désinfectants, antibiotiques.
 2.4.1.3. la paroi
C’est une enveloppe rigide assurant l'intégrité de la bactérie, donc responsable de la forme des cellules. Elle
protège des variations de pression osmotique (5-20 atmosphères). Elle est absente chez les Mollicutes
(Mycoplasma). En dehors des bactéries halophiles et thermophiles, la partie commune à toutes les parois
bactériennes est le peptidoglycane (ou muréine), enveloppe la plus interne.
Le peptidoglycane est un hétéropolymère formé de 3 éléments :
● une épine dorsale alternant des chaînons N-Acétyl Glucosamine - Acide N-Acétyl Muramique.
● des chaînes latérales peptidiques formées au minimum de quatre aminoacides (par exemple L-Alanine - D-
Glycine - L-Lysine - D-Alanine) toujours fixées sur l'acide muramique. L'enchaînement des aminoacides des
séries D et L est une constante
● des ponts inter-peptidiques.
• La composition de la paroi bactérienne en peptidoglycane varie selon l'espèce ou le groupe
bactérien
Paroi des bactéries à Gram positif
la paroi est épaisse, composée de plusieurs couches de peptidoglycane (environ 90% de la paroi
des bactéries Gram positif est composée de peptidoglycane) et est en contact avec le milieu
extracellulaire.
Paroi des bactéries à Gram négatif
le peptydoglycane est plus fin (il compose environ 5 à 20% du total de la paroi des bactéries Gram
négatif), et enchâssé entre deux membranes plasmiques.
C'est grâce à cette différence qu'on peut facilement distinguer les deux types de bactéries, à l'aide
du colorant de Gram.
La coloration de Gram:
• elle consiste dans un premier temps à réaliser un complexe colorant soluble dans
l’alcool (cristal violet-lugol) qui colore en violet le cytoplasme de toutes les
bactéries
• Dans un second temps, intervient la décoloration par l’alcool, qui traverse bien la
paroi des bactéries à Gram négatif et les decolore, et qui dissout le complexe
colorant. chez les BG+, la paroi ne se laisse pas traverser et restent colorées en
violet
• Le troisième temps consiste en une courte contre-coloration par la fuschine.
Seules les bactéries décolorées par l’alcool fixent ce colorant. Elles apparaissent
rouge; on les dit à Gram négatif
Rôles de la paroi
• Elle confère la forme.
• Elle constitue, en effet, une enveloppe rigide qui évite aux bactéries de
s'éclater malgré la forte pression osmotique qui règne à l'intérieur du
cytoplasme
• Elle joue un rôle dans la division cellulaire.
• Elle confère à la bactérie ses propriétés antigéniques. Par les acides
teichoïques pour les bactéries à Gram +, par le LPS pour les bactéries à
Gram - et permet le sérogroupage (ex.:Antigène O de Salmonella). La
paroi aide aussi à la pathogénité de la bactérie.
• La paroi est le site d’action d’enzymes exogènes (lysozyme) ou endogènes
(autolysines) ou d’antibiotiques qui inhibent la synthèse du
peptidoglycane.
 2.4.1.4. La membrane cytoplasmique
 Structure
Elle est située sous la paroi C'est une membrane trilamellaire formée d’une
double couche de phospholipides dont les pôles hydrophobes sont face à
face, associée à des protéines. La membrane cytoplasmique ne possède pas
de cholestérol (sauf chez les mycoplasmes).

 Fonctions principales
●Responsable des échanges entre la bactérie et le milieu extérieur:
● Fonction respiratoire par transport d’électrons et de phosphorylation
oxydative pour les bactéries aérobies.
● Point d’impact de diverses substances antimicrobiennes: ex:
antibiotiques
 2.4.2. Les constituants internes
2.4.2.1. le cytoplasme
Présence d’ARN solubles (ARN messager et ARN de transfert), et ARN ribosomal. Présence
d’environ 15.000 ribosomes (40% du poids de la bactérie, 90% de l’ARN) constitués de
protéines ribosomales et d’ARN (16S, 23S, 5S) divisés en sous-unités : sous-unité 30S contient
de l’ARN16S, sous-unité 50S constitué d’ARN23S.

2.4.2.1. Nucléoïde ou appareil nucléaire

Le chromosome de la cellule procaryote est situé dans une région de forme irrégulière appelée
nucléoïde. Il n'est pas entouré d'une membrane. Le chromosome est le plus souvent unique
(haploïde). C’est le support de l’information génétique. Il est composé d’ADN (60%), d’ARN
(30%) et de protéines (10%). Il est le site d’action de certains antibiotiques
 2.4.2.1. L’ADN extrachromosomique
Encore appelé ADN plasmidique ou plasmide. Il est capable d'autoréplication i.e indépendamment
du chromosome; qui peut s’intégrer à celui-ci et qui est transmissible. ADN double brins, environ
cent fois moins volumineux que l'ADN chromosomique. Il est porteur de caractères de fertilité
(Facteur F), de résistance aux antibiotiques (Facteur R), de bactériocines (plasmides Col), de
virulence, de résistance aux antiseptiques, de caractères métaboliques, entre autres.

2.4.3. Les appendices externes

2.4.3.1. les flagelles
Assure la mobilité de la bactérie. C’est un assemblage de molécules de protéines (flagelline)
implanté autour de la bactérie (disposition peritriche) ou à une extrémité de la bactérie
(disposition polaire). Les flagelles sont le support de l’antigenicité H.
2.4.3.2. Pili
- Les Pili sexuels: interviennent dans le phénomène de la conjugaison bactérienne
- Les pili Fimbriae: support de propriétés d’adhésion aux cellules eucaryotes, facteur de pathogénicité
favorisant la colonisation par la bactérie des muqueuses de l’hote (E. coli). Protection de la bactérie de la
phagocytose favorisant ainsi sa virulence ( N. gonorrhoeae)
- Protéines fibrillaires de surface: jouent un rôle dans l’adhérence de l’expression du pouvoir pathogène
 2.4.3.3. la spore
Certaines bactéries, (genre Clostridium et Bacillus), ont la propriété de se différencier en
formes de survie appelées spores. Elles se présentent sous une forme végétative
métaboliquement active et potentiellement pathogène ou métaboliquement inactive et
non pathogène (forme sporulée). La transformation de la forme végétative en spore est la
sporulation. Propriétés: thermorésistante et résistance aux antibiotiques et certains
antiseptiques
Chapitre 3: PHYSIOLOGIE ET CROISSANCE BACTERIENNE
1. Nutrition bactérienne
Pour se maintenir, croitre et se reproduire, une bactérie doit trouver dans le milieu
extérieur, des conditions physicochimiques favorables ainsi que les aliments qui lui
sont nécessaires.
Nutriments: aliments directement assimilables par la bactérie sans digestion
préalable capable de satisfaire les besoins constitutifs et énergétiques de la
bactérie
Ration d’entretien: quantité de nutriments nécessaire au maintien de la vie de la
bactérie (état de repos)
Ration de croissance: quantité de nutriments nécessaire à l’élaboration des
matériaux et à l’obtention d’une énergie de synthèse.
Ration totale: ration d’entretien + ration de croissance
 1.1. Besoins nutritifs des bactéries
1.1.1. Besoins constitutifs élémentaires
Macronutriments (95%)
• Carbone(C): pour les bactéries d’intérêt médical, la source de C est un composé
organique (bactéries hétérotrophes) qui est le glucose
• H et O: apporté par l’eau
• N: sert pour la synthèse des protéines
• S et P: doivent être disponibles en faible quantité
Les éléments mineurs
Na, Ca, Mg et K
Micronutriments
Co, Cu, Zn, Mo: traces

1.1.2. Besoins constitutifs spécifiques

Certaines bactéries peuvent exigés des molécules organiques qu'elles sont incapables de
synthétiser, ce sont des facteurs de croissance. Une bactérie qui a besoin de ces facteurs
est dite auxotrophe, celles qui n'en ont pas besoin les prototrophes. Ex Proteus vulgaris
est auxotrophe vis-à-vis de l'acide nicotinique, car incapable de croître sur un milieu de
culture n'en contenant pas. S. typhi est auxotrophe pour le tryptophane.
 1.1.3. Besoins énergétiques
Pour les bactéries d’interet médical, la formation des liaisons riches en énergie telle que l’ATP,
glucose6P etc. exige un apport d’energie qui a pour origine des réactions chimiques
d’oxydoreduction (bactéries chimiotrophes). A l’opposé des bactéries photothrophes
(photosynthétiques) pour lesquelles la source cette énergie est la lumière

1.2. Pénétration des nutriments dans la bactérie

Les nutriments doivent traverser la paroi, la membrane bactérienne, la membrane cytoplasmique
• Diffusion simple
Les éléments simples traversent suivant le gradient de concentration. ne nécessite pas d'énergie, ni
de protéines de transport.
• Diffusion facilité
Nécessite des protéines de transports (protéines transmembranaires). Le glycérol est transporté de
cette façon par les bactéries.
• Transport actif
Il se fait contre le gradient de concentration, nécessite de l'énergie, et à recours à des protéines de
transport. Ce transport est très utilisé pour l'absorption des sucres et acides aminés (ex : lactose
absorbé ainsi par E.coli).
2. Conditions Physico-chimiques de la croissance
2.1. Température
On distingue les microorganismes :
• Mésophiles: optimum entre 20°C et 40°C
• Thermophiles: optimum entre 40°C
• Psychrophiles: optimum inférieur à 20°C
• Cryophiles: poussant aux environs de 4°C
Les bactéries pathogènes pour l’homme font partie des mésophiles et ont un optimum aux
environs de 37 °C. Pour la stérilisation: chaleur sèche au four à 180°C pendant 30 min et la
chaleur humide (vapeur d’eau sous pression) par l’autoclave à 120 °C pendant 30 à 60
minutes
2.2. pH
• pH 7: pour la plupart de bactéries
• pH 6.3-6.5: pour certaines bactéries (lactobacillus)
• pH > 7: pour d’autres bactéries (Pseudomonas et Vibrio)
 2.3. l’oxygène
Il existe plusieurs classes de bactéries en fonction de leurs rapports avec l’oxygène.
Les bactéries aérobies strictes ne se développent qu’en présence d’air (Pseudomonas,
Acinetobacter, Neisseria). Leur source principale d’énergie est la respiration (O2)

Les bactéries microaérophiles se développent mieux ou exclusivement lorsque la

pression partielle d’oxygène est inférieure à celle de l’air (Campylobacter,
Mycobacteriaceae).
Les bactéries aéro-anaérobies facultatives se développent avec ou sans air. C’est le cas
de la majorité des bactéries rencontrées en pathologie médicale : les entérobactéries
(Escherichia, Salmonella), les streptocoques, les staphylocoques.
Les bactéries anaérobies strictes ne se développent qu’en absence totale ou presque
d’oxygène qui est le plus souvent toxique. La source principale d’énergie est
la fermentation. Ces bactéries doivent se cultiver sous atmosphère réductrice. Ex:
Bacteroides, Fusobacterium, Clostridium et de nombreuses bactéries présentes dans
les flores normales de l’organisme.
3. Croissance des bactéries
3.1. les milieux de culture
Supports nutritifs: source de carbone, azote, aliment énergétique, oligoéléments…
 Selon leur composition
• Les milieux empiriques: milieux d’isolement non sélectif de composition connue avec
approximation, utilisé pour la culture des micro-organismes peu exigeants. ils dérivent du bouillon
de viande, l’addition d’agar permet d’obtenir un milieu gélosé nutritive simple ou gélose ordinaire.
On peut y ajouter des suppléments divers (milieux sélectifs)
• Les milieux synthétiques: Composition exactement connue, qualitativement et quantativement. Ils
sont rarement utilisés en routine
 Selon leur isolement
• Les milieux d’isolement: de composition simples pour permettre le développement de plusieurs
espèces bactériennes.
• Les milieux d’enrichissement: milieux utilisés pour l'obtention des bactéries dites « exigeantes » et
auxotrophes. Par exemple : les milieux au sang frais
• Les milieux d’identification: galeries biochimiques d’identification
 3.2. Croissance en milieu solide
Si on dépose une cellule bactérienne à la
surface d’une gélose nutritive, elle se
multiplie et forme un amas visible à l’œil nu
(colonie) dès qu’elle contient environ 1
million de bactéries, ce qui correspond à
peu près à 20 générations. Les colonies se
repartissent en trois aspects principaux:
type S (ou smooth: lisse), type M(ou
muqueux), type R (ou rough: rugueux)
Afin de pouvoir identifier une espèce
bactérienne de façon convenable, il faut
obtenir des colonies bien isolées. Le
principe est d’épuiser un dépôt initial en
faisant des étalements successifs dans
différentes directions (d’où le nom de la
technique : épuisement par la méthode
des quadrants ).
 3.3. Croissance en milieu solide
Les milieux liquides sont utilisés pour la culture de bactéries pures. En pratique dans un milieu liquide,
on introduit, au temps initial t0, un inoculum bactérien (obtenu à partir d’une culture pure) mesuré
par une valeur X0. on suit en fonction du temps, les variations de X et l’on en dresse la courbe
3.3.1. Mesure de la croissance
On peut mesurer X par des :
Méthodes directes:
• Détermination du poids sec ou biomasse: (les bactéries sont lavées, séchées et pesées( 1 mg de
poids sec correspond à quelques milliards de cellules bactériennes)
• Numération totale en dénombrant au microscope ou avec des compteurs spéciaux, les individus
viables ou non
• Numération viable: en dénombrant les colonies auxquelles ont donné naissance les bactéries
viables présentes dans des dilutions successives du milieu nutritif étalées sur un milieu solide, en
partant du principe qu’une bactérie donne naissance à une colonie.
 Méthodes indirectes
• Mesures optiques par turbidimétrie: l’absorption lumineuse mesurée en D.O. est proportionnelle à
la biomasse. Cette methode est la plus rapide
• Dosage: par absorption dans l’infrarouge du CO2 libéré pendant la croissance
• Dosage de l’azote bactérien
• Mesure de l’activité enzymatique des bactéries

3.3.1. La courbe de croissance et les phases de croissance

La façon la plus simple d'étudier la croissance bactérienne est de mesurer le
nombre de bactéries à intervalles de temps réguliers dans une culture en milieu
liquide. Si on consigne les mesures sur un graphique exprimant la DO en fonction
du temps, on obtient la courbe de croissance bactérienne (04 phases)

• Phase de latence : le taux de croissance nul (µ = 0). La durée de cette phase dépend de l'âge
des bactéries et de la composition du milieu. C'est le temps nécessaire à la bactérie pour
synthétiser les enzymes adaptées au nouveau substrat
• Croissance exponentielle : le taux de croissance atteint un maximum (µ=max). Cette phase
dure tant que la vitesse de croissance est constante. Le temps de doublement des bactéries
est le plus court. La masse cellulaire est représentée par des cellules viables (mortalité
nulle).
• Phase maximale stationnaire : le taux de croissance devient nu (µ = 0). Les bactéries qui se
multiplient compensent celles qui meurent.
• Phase de déclin : le taux de croissance est négatif (µ < 0). Toutes les ressources nutritives sont
épuisées. Il y a accumulation de métabolites toxiques. Il se produit une diminution d'organismes
viables et une lyse cellulaire sous l'action des enzymes protéolytiques endogènes.
 Chapitre 4: BACTERIOPHAGES

Historique
Un bactériophage, ou phage, est un virus qui infecte des bactéries. Les phages ont été mis
en évidence par le Britannique Frederick Twort en 1915 et le franco-canadien Félix
d'Hérelle en 1917.
À l'époque de cette découverte, il n'était pas possible de voir le bactériophage
au microscope. Les chercheurs l'ont mis en évidence par le fait qu'il pouvait détruire des
bactéries et qu'il traversait le filtre de Chamberland, ce qui prouvait qu'il était plus petit
qu'une bactérie. Il faudra attendre le début des années 1940 pour voir ce virus
au microscope électronique. Le terme de bactériophage, inventé par Félix d'Hérelle,
provient du grec et signifie « mangeur de bactéries ».
 Utilisation des bactériophages en médecine et en biologie moléculaire
• Les phages sont utilisés pour des expériences de biologie moléculaire,
par exemple comme vecteurs de clonage.
• Comme les phages lytiques détruisent les bactéries, ils peuvent être
utilisés pour lutter contre des infections bactériennes : c'est le principe
de la phagothérapie. Inventée par Félix d'Hérelle à Paris, la
phagothérapie est toujours pratiquée dans certains pays de l'ancien bloc
soviétique (Géorgie, Russie...). En raison des problèmes de résistance
aux antibiotiques, de plus en plus de chercheurs s'intéressent à la
phagothérapie car elle apparaît comme une alternative aux
antibiotiques. Les phages ont pour avantage d'être spécifiques d'une
bactérie : contrairement aux antibiotiques qui déstabilisent la flore
intestinale, ils ne tuent que leur bactérie cible.
4.1. la lyse des bactéries par les bactériophages

 Mise en évidence en milieu liquide

Si à une culture en bouillon d’une bactérie E. coli on
ajoute un phage actif sur cette bactérie (dite sensible), on
observe après quelques heures un éclaircissement total
du milieu de culture: c’est la manifestation du
phénomène de lyse des bactéries
 Mise en évidence en milieu solide
Une gélose nutritive en boite de pétri est ensemencée en
nappe avec une culture d’ E. coli
Avant de mettre la boite à l’étuve, on dépose une goutte
d’un filtrat contenant un phage actif sur cette souche.
Après 18h d’incubation à 37 °C, on observe un
développement de la culture bactérienne sauf au niveau
de la goutte de suspension de phages ou il y a absence
totale de culture: les bactéries ont été lysées
Exemple en image: Plages de lyse traduisant l'activité
lytique du phage PaBor 1 sur Pseudomonas aeruginosa
 4.2. Morphologie et structure
Le phage T2 d’E. coli se présente au ME sous la
forme d’une tête polyédrique (icosaèdre
allongé) de 80x115 nm avec une queue de 100
nm de long. A la partie distale de la queue se
trouve une plaque héxagonale , la plaque
basale ou sont insérées des spicules et des
fibres caudales. La queue est constituée par
deux tubes concentriques, un tube interne
rigide , le canal axial entouré d’une gaine
contractile. Tous les phages n’ont pas la même
morphologie
On y trouve un seul type d’acide nucléique
(ARN ou ADN) entouré par une capside
protéique
 4.3. multiplication des
bactériophages
Les phages existent à l’état de virions
(particules phagiques), extracellulaires mais
lorsqu’ils infectent une bactérie, ils peuvent
donner naissance à deux types d’infections:

L’infection lytique: ce sont les phages

virulents. A la fin du cycle de
multiplication, la bactérie infectée
meurt en libérant les phages. Ex
phages T2 d’E.coli
L’infection non lytique ou lysogénie.
Ce sont les phages tempérés. Ils
infectent les bactéries sans les
détruire obligatoirement comme le
phage lambda(λ) d’E.coli.
 Chapitre 5: GENETIQUE BACTERIENNE
Génétique: Science de la variation et de l'hérédité, née de l'étude chez les organismes
doués de reproduction sexuée, du croisement ou hybridation entre races ou variétés de
la même espèce.
La bactérie peut être l'objet de variations génétiques autres que la mutation. Celles-ci
peuvent résulter du transfert de matériel génétique d'une bactérie à une autre par des
processus aussi différents que la transformation, la conjugaison et la transduction.

5.1. mutations chromosomiques

5.1.1. définition
Les mutations peuvent être définis à 02 niveaux
• Cellulaire. Apparition au sein d’une population d’individus qui diffèrent de la
bactérie d’origine
Ex: on prend une culture de bacilles de la tuberculose qui n’ont jamais été au
préalable en contact de la streptomycine. On étale sur des milieux ne contenant pas
cet antibiotique et sur des milieux contenant la streptomycine, lesquels permettent
la sélection des colonies correspondant aux bactéries résistantes
 • Moléculaire: il s’agit d’une modification fortuite au niveau de la séquence des
nucléotides d’un gène bactérien (ADN/plasmide bactérien).

5.1.2. Caractères des mutations

 Rareté: La mutation est un phénomène rare et qui peut être quantifiée.
Le taux de mutation: est la probabilité pour une bactérie de muter (pour un
caractère défini) pendant une unité de temps qui est habituellement le temps de
création d’une génération. Il est estimé de l'ordre 10-5 à 10-10 par génération i.e.
qu’il faudrait disposer d’une population 100 000 à 10 000 000 000 pour y trouver
un mutant (taux de mutation:10-6)
Spontanéité: Des mutations apparaissent spontanément au cours de la
réplication de chromosomes bactériens. On sait que le processus de réplication
de chromosome, de façon générale, n'est pas complètement dépourvu d'erreurs,
ça arrive très souvent malgré les corrections qui ont lieu durant cette étape. les
mutations peuvent êtres induites aisément par les différents agents mutagènes
tel que des produits chimiques, des irradiations ( rayons X ou UV ) ou des
insertions d'éléments génétiques transposables(transposons).
 5.1.3. Discontinuité
La mutation n’apparaît pas à travers une suite continue de formes intermédiaires mais en une seule étape : E
Coli est sensible à 1 μg de streptomycine (antibiotique) Expérience : sur la boite on a mis E. Coli et on pose
un disque d'antibiotiques. L'antibiotique va diffuser à l'intérieur de la gélose. Si la bactérie est sensible, elle
n'arrive pas à pousser, à croître, jusqu'au contact de l'antibiotique et forme un disque autour. Mais d'un
coup, il se forme une mutation et E. Coli va devenir résistant à 1000 μg ( 1mg ) d’un coup grâce à la
mutation, sans passer par une résistance intermédiaire à 10 puis100μg.
 5.1.4. Spécificité et indépendance
La mutation n'affecte le plus généralement qu'un seul caractère sans modifier les autres. Mais le fait de subir
une mutation pour un caractère précis ne modifie pas, chez une bactérie, sa capacité de subir une ou
plusieurs autres mutations, c'est-à-dire une mutation ça touche un gène, et un gène c'est un caractère mais
cela ne veut pas dire que si une bactérie a subi une mutation, elle ne peut pas en subir d'autres en même
temps. La mutation est un phénomène rare donc la double mutation est ainsi très peu probable, cette règle
est utilisée en antibiothérapie et justifie le principe des associations d'antibiotiques.
5.1.5. Stabilité
Le nouveau caractère acquis par mutation est transmissible héréditairement à toutes les descendances (de la
cellule mère à la cellule fille). Cependant cette stabilité n'implique pas nécessairement l'irréversibilité en
raison d'une possibilité de mutation reverse vers le type sauvage. C'est-à-dire qu’une nouvelle mutation peut
apparaître dans la descendance et faire redevenir sensible une bactérie. Le caractère est réversible.
5.1.3. la mutation à l’échelle moléculaire
 Mutations ponctuelles: une mutation
ponctuelle est un changement de la structure
du gène, affectant un à plusieurs nucléotides
(entre un et dix). Il existe quatre types de
mutations ponctuelles :
• mutation par substitution : remplacement
d’un (ou plusieurs) nucléotides par un autre
(ou plusieurs autres) ;
• mutation par insertion : ajout d’un ou
plusieurs nucléotides ;
• mutation par délétion : perte d'un ou
plusieurs nucléotides.
• mutation par inversion : permutation de 2
désoxyribonucléotides voisins ;
 5.2. Transfert de matériel génétique
Indépendamment des mutations, d’autres
modifications du matériel génétique peuvent
intervenir; résultat du transfert d’ADN d’une
bactérie (donatrice) à une autre (réceptrice) qui
va s’y intégrer par recombinaison (ADN
recombinant). Il s’agit de la transformation, de
la transduction et de la conjugaison.
• La transformation: transfert d’un fragment
d’ADN en solution issu d’une bactérie
donatrice à une bactérie réceptrice
• la transduction : transfert de matériel
génétique d’une bactérie à une autre par
l’intermédiaire d’un phage
• la conjugaison : transfert d’ADN d’une
bactérie à une autre par contact direct.
Chapitre 6: RELATIONS HOTE-BACTERIE
Introduction
Le conflit hôte- bactérie met en présence deux adversaires la bactérie
caractérisée par son pouvoir pathogène et l’hôte caractérisé par sa
réceptivité ou son pouvoir de défense. La maladie infectieuse résulte
donc de la rupture de l’équilibre en faveur de la bactérie. Elle est liée à
la pénétration et à la multiplication d’un agent microbien virulent
capable d’entraîner des troubles dans l’organisme infecté

1. Définitions
saprophytisme: une bactérie est saprophyte lorsqu’elle vit et se
nourrit dans l’environnement (sol ,eaux , surfaces).
 commensalisme: une bactérie est commensale lorsqu’elle vit au contact
du revêtement cutanéo –muqueux d’un hôte sans entraîner de désordres.
L’exposition de tout individu aux bactéries est inévitable. C’est le cas des
bactéries obligatoirement associées à la peau et aux muqueuses
(oropharyngée, intestinale, cavité vaginale) et qui constituent l’élément
majeur des flores microbiennes dites commensales normalement présente
en ces territoires.
Dès la naissance, une flore bactérienne s’installe au niveau de la peau et des
muqueuses et cette association constante de bactéries avec les surfaces au contact
du milieu extérieur durera tout au long de la vie.
A u cours de l’évolution, un système complexe de défense se met en place pour
éviter l’envahissement de l’individu par les bactéries.
Un équilibre s’installe entre l’individu et les différentes flores commensales de la
peau et des muqueuses. La flore est variable dans le temps en fonction de l’âge,
de l’alimentation, de l’état de santé, de l’antibiothérapie,……).
cette flore est source de certains nutriments et vitamines nécessaires à l’hôte est
constitue une barrière écologique contre l’implantation de germes virulents.
Bactéries pathogènes : bactéries capables de provoquer une maladie chez un
sujet sain (ex : Tuberculose, choléra). Les bactéries pathogènes peuvent
(pneumocoque , staphylococcus aureus) ou non (Salmonella typhi ,Vibrio
cholerae) appartenir à la flore humaine commensale.
Virulence : capacité de la bactérie à déclencher une maladie infectieuse. Elle
est définie par la dose infectante. Parfois pour un même pouvoir pathogène, il
peut y avoir des souches plus ou moins virulentes (ex : Shigella dysenteriae est
beaucoup plus virulente que Shigella flexneri , donnant une maladie plus
sévère pour des doses infectantes très faibles).
Bactéries opportunistes certaines bactéries peuvent devenir pathogènes
lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblies mais ne donnent pas
habituellement de maladie chez le sujet sain. Ces bactéries sont souvent des
bactéries commensales (ex : Enterocoque , Escherichia coli) , ou bien des
bactéries saprophytes de l’environnement (ex : Pseudomonas aeruginosa)
Chapitre 7: défense de l’organisme contre les bactéries
Introduction
Les mécanismes de défense antimicrobienne sont nombreux, diversifiés, complexes et
interdépendants. Ils font intervenir à la fois des éléments des éléments non spécifiques
cellulaires et humoraux, c’est-à-dire intervenant quelque soit le microorganisme en cause, et
des éléments spécifiques c’est capable de reconnaitre des antigènes et de l’agent pathogène.
Il est donc important d’étudier la résistance naturelle ou immunité naturelle qui existe dés le
premier contact avec l’agent pathogène et la résistance acquise ou immunité spécifique
acquise qui se forme secondairement

1. l’immunité naturelle ou innée

1.1. les barrières cutanéo-muqueuses
Constituent les premières lignes de défense non spécifiques, les barrières agissent par des
actions physiques, chimiques et biologiques. La rupture de ces couches par un agent agressif,
quel qu'il soit, permet la pénétration des microbes.
 1.1.1 barrière physique
La peau
 L'épiderme, constitué de plusieurs couches,
représente la première protection de l'Homme
contre les infections
 Kératinisation : présence de kératinocytes
produisant de la kératine ,protéine difficilement
dégradée par les microorganismes
 Desquamation superficielle( élimination
mécanique ) des germes en surface

Les muqueuses
les turbulences de l'air au niveau du nez, les
mouvements des cils vibratiles de l'arbre
respiratoire, le balayage de l'œil par les paupières et
les larmes ou le lavage sous pression de
la muqueuse urétrale par l'urine s'opposent à
l'implantation des micro-organismes
1.1.2 barrière chimique
larmes, salive, mucus nasal et bronchique, suc
gastrique, bile. Elles sont toxiques de différentes
manières pour les micro-organismes (pH, enzymes,
mucus « engluant »). Tout obstacle à l'écoulement des
sécrétions peut être source d'infections.
 1.1.2 barrière biologique
la flore commensale cutanée
normale (Staphlococcus
épidermidis, corynébactéries,
propionibactérium acnes ……)
empêche la colonisation par des
bactéries pathogènes .
Si la barrière cutanéomuqueuse
est franchie, une réaction
inflammatoire locale va
mobiliser sur le site de
l'agression une armée de cellules
phagocytaires qui ont pour
mission d'éliminer les intrus,
avec la collaboration de facteurs
humoraux.
1.2 la réaction inflammatoire
La réaction inflammatoire est
un processus dynamique
comportant plusieurs étapes
successives
2. Immunité spécifique acquise ou adaptative
La réponse immune adaptative est spécifique et douée de mémoire. Elle comprend
l’immunité humorale et l’immunité à médiation cellulaire
2.1 immunité humorale
Elle est assurée par la production d’anticorps par les cellules B. Lors de la première
rencontre avec un antigène, une première réponse, que l’on appelle réponse primaire va
prendre place avec la synthèse par les plasmocytes des anticorps (IgM ou IgG) qui
apparaissent dans le sang et pour atteindre son pic dans le sang en 8 à 15 jours. Ils se
combinent rapidement aux antigènes qui les ont suscités et représentent ainsi dans la
majorité des cas une conséquence heureuse pour la défense de l’organisme.
Si le même antigène est réintroduit plus tard, la réponse, dite secondaire sera plus rapide
(une semaine environ), plus intense, et plus adaptée au pathogène. Cette réponse
secondaire est l’expression de la mémoire du système immunitaire.
Quatre types d’action sont à considérer pour les
anticorps antibactériens sériques

 la neutralisation d’un facteur de

pathogénicité du germe
De nombreuses bactéries exercent leur pouvoir
pathogène en sécrétant des protéines appelées
" toxines ". Ces toxines peuvent endommager ou
détruire les cellules de l’hôte. Pour exercer son
pouvoir pathogène, la toxine doit interagir avec un
récepteur spécifique à la surface de la cellule cible. Les
anticorps qui se fixent par l’intermédiaire de leur
fragment Fab sur le site d’interaction entre la toxine et
son récepteur empêchent la pénétration intracellulaire
de la toxine et donc ses effets pathogènes. Cet effet
protecteur est appelé " neutralisation " et les
anticorps qui agissent ainsi sont appelés anticorps
neutralisants.
Exp. antistaphylolysines, antistreptokinases
  L’opsonisation
L'opsonisation se produit lorsque des
opsonines, comme les anticorps, se lient aux
agents pathogènes pour qu'ils soient plus
facilement reconnus par les phagocytes qui
peuvent les engloutir et les digérer.
 La bactéricide et la bactériolyse
Les anticorps se fixant se fixant sur la
bactérie avec activation du complément,
il s’ en suit une perforation de la paroi
par le produit final de la cascade du
complément activé
La toxicité à médiation cellulaire dépendante des anticorps (ADCC)
2.2. Immunité à médiation cellulaire
L'immunité cellulaire réagit
principalement aux micro-organismes
intracellulaires.
L’antigène (agent infectieux) est
présenté à des lymphocytes T par des
cellules présentatrices d’antigènes (ex.:
cellules dendritiques).
​Les cellules présentatrices d’antigènes
activent les lymphocytes T, qui se
différencient en: Lymphocytes T
cytotoxiques (CD8+), qui détruisent les
cellules infectées (immunité cellulaire);
par production d’une substance
appelée « perforine » qui induit la
production de canaux membranaires
dans la cellule infectée
Deuxième partie- bactéries pathogènes pour l’homme
1. Entérobactéries
- bacilles à Gram négatif (BGN)
- une vingtaine est impliquée en
pathologie humaine :Escherichia coli,
Shigella , Salmonella, Citrobacter,
Klebsiella, Entérobacter, Proteus
Habitat: hôtes normaux
pathologiques du tube digestif de
l’homme et des animaux
Caractères bactériologiques:
- mobiles, certains sont immobiles
(Klebsiella, Shigella, Yersinia pestis).
- Ils sont aéro-anaérobies facultatifs et
se développent sur milieu ordinaire.
- oxydase négatif; fermente le glucose,
réduire les nitrates en nitrites.
Pouvoir pathogène
• Les infections urinaires
• Les infections intra abdominales
(cholicystites, appendicites.)
• Septicémies à point de départ urinaire
ou intra abdominale
ou
• Surinfection respiratoire
Diagnostic bactériologique
• Il est essentiellement direct,
• ces bactéries dans des prélèvements
très divers.
• Le diagnostic bactériologique est
nécessairement accompagné de
l’antibiogramme, ces bactéries étant
souvent résistantes à des nombreux
antibiotiques.
2. Brucella
3 sérotypes: B. militensis, B. abortus, B.
suis
Habitat
Animaux, homme
Caractères bactériologiques
Cocco bacilles à gram négatif non
capsulés, non sporulés, immobiles.
aérobies strictes; croissance lente. milieux
enrichis spécifiques.
Pouvoir pathogène
Brucellose : maladie à déclaration
obligatoire.
-Pénétration cutanéo, rarement digestive
(ingestion d’aliments contaminés). Pas de
contamination interhumaine. Fièvre,
douleurs, maux de tête
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : Hémocultures, biopsies
osseuses et ganglionnaires, LCR, liquide de
ponction…
• Diagnostic direct par PCR.
• Diagnostic indirect par :
Sérodiagnostic de Wright,
Immunofluorescence indirecte, Méthodes
immunoenzymatiques.
Propositions thérapeutiques
Antibiotiques conseillés : Cotrimoxazole +
rifampicine

3. Vibrio cholerae
2 sérogroupes responsables des
épidémies du choléra : O1(2 biovars
:cholerae et eltor) et O139.
Habitat
Bactérie strictement humaine, fragile
éliminée dans l’environnement par les
selles des malades ou porteurs.
Pouvoir pathogène
Le Choléra est une maladie
infectieuse à déclaration obligatoire
responsable après une période
d’incubation de 5 jours, d’une
diarrhée très importante, très
contagieuse, avec des selles liquides,
une déshydratation majeure avec un
taux de mortalité élevé
Caractères bactériologiques
• Bacille gram négatif, incurvé, très mobile
• Culture sur milieux usuels.
• environ 200 sérogroupes. Les sérogroupes qui sont
responsables de Vibrio cholera sont O139 et O
• Substances élaborés : Enzymes (Neuraminidases,
protéases) et l’Entérotoxine cholérique (Exotoxines
protéique cholérique A et B).
Diagnostic bactériologique
Echantillon biologique : selles
diagnostic direct : isolement et identification du germe au
niveau des selles.
Examen macroscopique : selles liquides, blanc sale, avec
«grains de riz».
• − Examen direct à l’état frais : les vibrions sont visibles en
très grande abondance et très mobiles dans les selles
aqueuses. Bacilles à gram négatif en virgule.
• − La culture est facile sur les milieux sélectifs (Milieu TCBS
et milieux alcalins ).
• − L’identification fait appel aux Caractères biochimiques
du genre Vibrio
Propositions thérapeutiques
Les cyclines sont les médicaments de choix
4. Pseudomonas aeruginosa
espèce représentant du genre P. aeruginosa
Habitat
Bactérie ubiquiste à l’origine d’infections nosocomiales
d’origine exogène (infections manu portées, infections
sur matériel implanté) et d’origine endogène (flore
cutanée, digestive) chez des patients le plus souvent
immunodéprimés.
Caractères bactériologiques
• Bacille à Gram négatif à extrémité effilée ou arrondie,
réguliers, fins, très Mobile par ciliature polaire.
• Bactérie non exigeante, aérobie stricte. Certaines de
ces bactéries élaborent des pigments : La pyocyanine
ou la pyoverdine, pigment bleu-vert
pathognomonique du Pseudomonas aeruginosa. Des
pigments jaunes, allant du jaune pâle au jaune
orangé, peuvent être produits par diverses espèces.
• P.aeruginosa cultive facilement sur milieux ordinaires
développant une odeur caractéristique en fleur de
seringa. Ces bactéries ne fermentent pas le glucose,
elles possèdent un métabolisme respiratoire strict et
possèdent l’oxydase.
Pouvoir pathogène
• Infections communautaires : oculaires (lentilles++),
ORL, cutanées. endocardites, ostéo- arthrites et
septicémies (toxicomanes, …), entérites et
suppurations diverses : abcès …
• Infections associées aux soins : pneumopathies,
infections urinaires, infections post-opératoires, ostéo-
articulaires; oculaires; ORL, méningées, cutanées (sur
escarres et brûlures), endocardites et septicémies.
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : hémoculture, urine, expectoration,
pus...
• Le diagnostic bactériologique est direct : isolement et
identification de la bactérie.
Propositions thérapeutiques
association de deux antibiotiques agissant de façon
synergique:
bêtalactamine ou la ciprofloxacine avec un aminoside

5. Acinetobacter baumannii
Espèce la plus souvent isolée chez l’Homme.
Habitat
Bactérie ubiquitaire. Présente dans l’environnement
surtout hospitalier : Peut être retrouvée en situation de
portage chez l’Homme au niveau de la peau, du tube
digestif …
Caractères bactériologiques
Bacilles ou Cocco bacilles à gram négatif, parfois capsulés
et immobiles. C’est une bactérie aérobie stricte non
fermentaire qui pousse facilement sur les géloses
nutritives et sélectives. Les colonies sont lisses et
arrondies et ne possèdent pas l’oxydase.
Pouvoir pathogène
• Bactérie pathogène opportuniste. responsable d’une
grande variété d’infections, le plus souvent
nosocomiales :
• − Pneumopathies, bactériémies, sepsis, infection du
site opératoire, infection urinaire. Ces infections
peuvent évoluer sur un mode épidémique
principalement dans les services de réanimation.
• − Le manuportage est la voie de transmission la plus
fréquente.
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : sécrétions bronchiques, cathéter,
sang, pus, urines …
• Le diagnostic est direct : isolement et
identification du germe au site de l’infection.
L’identification est basée sur les caractères
biochimiques, enzymatiques et antigéniques. Le
diagnostic différentiel avec les entérobactéries se
fait par le caractère aérobie strict , avec
Pseudomonas par l’oxydase et avec les autres
espèces d’Acinetobacter par la croissance à 44°C.
Propositions thérapeutiques
L’antibiothérapie doit idéalement inclure
simultanément une bêtalactamine (ticarcilline, C3G,
IMP) et un aminoside lorsqu’il est actif pour une
activité synergique et rapidement bactéricide afin de
prévenir l’émergence de résistance
6. Streptococcus pneumoniae
Communément appelé pneumocoque : cause
majeure de pneumonie, de méningite, d’otite et de
sinusite.
Habitat
Bactérie strictement humaine commensale des
voies respiratoires supérieures. Colonise le rhino
pharynx, transmission strictement interhumaine
Caractères bactériologiques
Diplocoques lancéolés en flamme de bougie, gram
positif, capsulés, non sporulés, immobiles.
Principalement anaérobies tolérant l’oxygène.
croissance sur géloses nutritives enrichis au sang
frais et géloses sélectives. Les colonies sont alpha
hémolytiques. sensible à l’optochine et lysé par les
sels biliaires, existence de 91 sérotypes.
Pouvoir pathogène
• Infections des voies respiratoires : Pneumonie franche
lobaire aigue, Broncho-pneumopathie Otite, sinusite,
mastoïdite, Pleurésie, abcès du poumon …
• Infections neuro méningés : méningites primitives ou
secondaires Bactériémies
• Autres : Arthrites, urétrites, péritonites.
Diagnostic bactériologique
Prélèvements : Sécrétions bronchiques, LCR, Pus d’otite, Pus
de sinusite, Hémoculture…
Le diagnostic est direct : isolement et identification du
germe au site de l’infection. L’identification est basée sur les
caractères biochimiques, enzymatiques et antigéniques.
Diagnostic rapide par agglutination latex
Propositions thérapeutiques
L’amoxicilline: traitement de référence des pneumonies à
pneumocoque
7. Streptococcus pyogenes (Groupe
A)
S. pyogenes est un streptocoque bêta-
hémolytique appartenant au groupe A.
Habitat
bactéries strictement humaines, se propagent par
voie aérienne ou par contact direct dans
l’entourage des enfants ou des adultes atteints de
pharyngites ou de lésions cutanées. Elles peuvent
provoquer des épidémies. Il existe de nombreux
porteurs sains.
Caractères bactériologiques
Coques arrondis, en chainette ou en diplocoque,
Gram positif, non sporulés, immobiles et parfois
capsulés. Bactéries exigeantes qui nécessitent
pour leur croissance des géloses nutritives
enrichis au sang frais et des géloses sélectives. Les
colonies sont bêta hémolytiques, catalase
négative, sensibles à la bacitracine et possèdent
l’antigène de paroi de groupe A.
Pouvoir pathogène
angine, infections de la sphère rhinopharyngée, Scarlatine,
Infection cutanée, cellulite, endométrite dans les suites de
couches, Bactériémie ou choc septique, le rhumatisme
articulaire aigu et la glomérulonéphrite aiguë.
Diagnostic bactériologique
Prélèvements : gorge, sérosités, pus, secrétions
Diagnostic direct : isolement et identification de la bactérie.
L’identification est basée sur la mise en évidence de
l’hémolyse béta
La sérologie antistreptococcique qui met en évidence une
élévation du taux des anticorps neutralisant l’effet biologique
des exotoxines streptococciques (anticorps antistreptolysine
O (ASLO), antistreptodornase (ASD)
Propositions thérapeutiques
• amoxicilline pendant 6 jours. En cas d’allergie aux
bêtalactamines, les macrolides ou apparentés sont
prescrits.
• La vancomycine ou le linezolide peuvent être également
prescrits en cas de contre indications aux bêtalactamines.
8. Streptococcus agalactiae (Groupe B)
S.agalactiae est un streptocoque bêtahémolytique
appartenant au groupe B (SGB) impliqué dans les
infections materno fœtales et les salpingites aigues.
Habitat
• Ce sont de hôtes normaux du tube digestif, des voies
respiratoires supérieures et des voies génitales
féminines. Bactérie retrouvée chez les bovidés.
Caractères bactériologiques
• Coques arrondis, en chainette ou en diplocoque,
Gram positif, non sporulés, immobiles et parfois
capsulés. Bactéries exigeantes nécessitent pour leur
croissance des géloses nutritives enrichis au sang
frais et des géloses sélectives. Les colonies sont bêta
hémolytiques, catalase négative et possèdent
l’antigène de paroi de groupe B.
• S.agalactiae possède une capsule polysaccharidique
jouant un rôle anti-phagocytaire. Ces antigènes
externes permettent d’individualiser des sérotypes (
Ia Ib II III IV V VI) dont l’identification a un intérêt
épidémiologique (composition d’un vaccin).
Pouvoir pathogène
• Infections materno fœtales, uro génitales, opportunistes
chez les sujets immunodéprimés ou atteints d’affections
fragilisantes (pneumopathies, arthrites, méningites,
cellulites, endocardites).
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : liquide gastrique, auriculaire, placenta,
hémoculture, méconium, LCR, suppuration profonde,
cutané…
• Diagnostic direct : Repose sur l’isolement et
l’identification du germe au site de l’infection.
L’identification est basée sur la mise en évidence de
l’hémolyse béta et la caractérisation du polyoside de
groupe B.
• Le streptocoque B libère spontanément ses antigènes
caractéristiques dans les produits pathologiques (sérum,
LCR, urines). Ces antigènes peuvent être mis en
évidence par agglutination latex pour un diagnostic
rapide
Propositions thérapeutiques
• Bêtalactamines: pénicilline G, amoxicilline ou
cefotaxime
9. Streptocoque Groupe « Milleri
comprend 3 espèces : S.anginosus, S.constellatus, S.intermedius
Habitat
Chez l’Homme : rhinophraynx, tube digestif, vagin. Ne pas les rechercher dans ces sites
Caractères bactériologiques
• Cocci à Gram positif en chainettes, immobiles.
• Cultive sur gélose au sang et géloses sélectives. Les colonies sont bêta hémolytiques fines
• « minutes » alpha hémolytiques ou non hémolytiques. Elles ont une odeur de caramel.
Pouvoir pathogène :
Suppuration profondes : abcès de cerveau, hépatique, appendiculaire, sepsis.
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : Pus - hémoculture
• Diagnostic direct : repose sur l’isolement et l’identification du germe au site de l’infection. L’identification
est basée sur les caractères biochimiques, enzymatiques et antigéniques.
• Groupage : C, G, F souvent ou non groupable.
Propositions thérapeutiques
bêtalactamines.
10. Streptocoque de Groupe « Viridans »
Espèces: S.sanguinis, S.mitis, S.oralis, S.mutans, S.salivarius...
Habitat
Commensal des muqueuses de l’orpharynx de l’Homme.
Caractères bactériologiques
Cocci à Gram positif en chainettes, immobiles. Bactéries exigeantes qui cultivent sur gélose au sang et géloses
sélectives. Les colonies sont alpha hémolytiques ou non hémolytiques.
Pouvoir pathogène
• Endocardites : après soins dentaires chez des valvulopathes ou après des lésions muqueuses chez des
malades sous chimiothérapie.
• Infections invasives chez des sujets granulopéniques.
Diagnostic bactériologique
Prélèvements : Pus - hémoculture…
Diagnostic direct : repose sur l’isolement et l’identification du germe au site de l’infection. L’identification est
basée sur les caractères biochimiques, enzymatiques et antigéniques.
Résistance aux antibiotiques
• Sensibilité : Bêtalactamines, macrolides, lincosamides et streptogramines, rifampicine, tétracycline,
cotrimoxazole, glycopeptides.
• Résistance : aminosides et quinolones
• Propositions thérapeutiques
Certaines souches peuvent avoir une sensibilité diminuée aux bêtalactamines.
11. Enterococcus
Deux espèces dominent la pathologie humaine : E. faecalis
(80-90%) et E. faecium (5-10%).
Habitat
• Bactérie ubiquitaire. Principalement : flore digestive
de l’homme et des animaux
• Colonise la peau par contamination de voisinage,
notamment de la région périnéale et du vagin. Se
rencontre dans l’environnement : eaux usés, eau
douce, sol et contamine les aliments.
Caractères bactériologiques
Coques ovoides à gram positif, en courte chainette,
rarement capsulés, non sporulés et immobiles. aéro
anaérobies facultatives, cultivent sur géloses nutritives et
géloses sélectives. C’est une bactérie résistante qui pousse
dans des conditions hostiles et hydrolyse l’esculine. Les
colonies sont non hémolytiques (quelques souches sont
bêtahémolytiques).
Pouvoir pathogène
Infections urinaires, endocardites, infections abdomino
pelviennes, infections de la peau et des parties molles,
infections néonatales, bactériémies
Diagnostic bactériologique
Prélèvements : Urine, hémoculture, pus…
• Diagnostic direct : repose sur l’isolement et l’identification
du germe au site de l’infection : l’isolement se fait sur les
milieux usuels de culture et des milieux hyper salés.
• L’identification est basée sur les caractères biochimiques,
enzymatiques et antigéniques.
Résistance aux antibiotiques
• Résistance naturelle :
• Céphalosporines, Aminosides (bas niveau), Lincosamides
(bas niveau), Streptogramines ( E.faecalis )
• Cotrimoxazole (in vivo seulement), Vancomycine
(seulement chez E.gallinarum et E.casseliflavus)
Résistance acquise :
• Aminopénicillines : Bêtalactamase (rare) ; Modification PLP
(fréquent chez E.faecium) Glycopeptides (Van A +++ , Van
B + ); Aminosides (haut niveau surtout chez E.faecium)-
;Lincosamides (Haut niveau)
Propositions thérapeutiques
associations Bêtalactamines et aminoside ou à défaut en cas
de résistance glycopetides et aminoside.
12. Staphylococcus
deux espèces :
• Staphylococcus aureus (le staphylocoque à coagulase
positive) qui possède un potentiel
• de pathogénicité important, impliqué dans les infections
communautaires et nosocomiales.
• Staphylocoques à coagulase négative : pathogènes
opportunistes impliqués dans les infections nosocomiales.
Habitat
L’Homme: fosses nasales, de l’intestin, de la peau ou de ses
annexes glandulaires (aisselle, périnée), surfaces, l’air et
l’eau. La transmission est avant tout interhumaine directe et
manu portée.
Caractères bactériologiques
Cocci à Gram positif, immobiles, regroupés en amas (grappe
de raisin +++) , en tétrade ou en diplocoques. peu exigeants
et peuvent être isolés en bouillon ou sur des milieux solides
simples tels que géloses ordinaires ou gélose au sang ou
géloses sélectives. Ils sont aéro anaérobie facultatifs,
Fermentent le glucose et le glycérol et possédant la
catalase.
Pouvoir pathogène
• Infections suppuratives superficielles ou profondes :
peau, tissu mou, muscle, os, tractus respiratoire, valves
cardiaque, tractus urinaire, infection sur matériel
étranger,
• Toxi infection
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : Hémoculture, LCR, Pus , pulmonaire (LBA,
liquide pleurésie, PDP…), Urines, muqueuses , cutanées.
Diagnostic direct : isolement et identification de la
bactérie au site de l’infection. Culture sur milieux
ordinaires
Propositions thérapeutiques
Staph Méti-S: Pénicilline M
SARM: glycopeptide (vancomycine ou teicoplanine
13. Staphylocoques à coagulase négative (SCN)
Bactéries pathogènes opportunistes, notamment les espèces S.epidermidis, S.haemolyticus et S.saprophyticus.
Staphylococcus épidermidis représente l’espèce majoritaire suivi par S.haemolyticus.
Habitat
• Bactérie ubiquitaire. Flore résidente de la peau de l’Homme et des animaux. Flore transitoire dans les autres flores.
Caractères bactériologiques
• Ce sont des Cocci à Gram positif, immobiles, regroupés en amas (grappe de raisin +++) , en tétrade ou en diplocoques.
Germes peu exigeants aéro anaérobie facultatifs, Fermentent le glucose et le glycérol, possédant la catalase et
dépourvues de coagulase.
Pouvoir pathogène
• Infection urinaire chez la femme jeune : S.saprophyticus
• Infections nosocomiales : sur matériel étranger (sonde, cathéter, prothèse, valves cardiaques ..)
• Infections opportunistes : sepsis, endocardites, méningites, péritonites, infections urinaires…
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : très nombreux. A identifier dans les prélèvements normalement stériles (cultures de cathéters,
prélèvements per opératoires en traumatologie, en chirurgie cardio vasculaire).
• Diagnostic direct : isolement et identification de la bactérie sur le site infectieux.
Résistance aux antibiotiques
• Idem Staphylococcus aureus
• La multi résistance à la méticilline et aux aminoglycosides, rencontrée chez S. epidermidis et S. haemolyticus,
fréquemment isolés en milieu hospitalier.
Propositions thérapeutiques
Antibiotiques conseillés : Vancomycine, Rifampicine. Alternatives : Oxacilline, Cotrimoxazole, Fluoroquinolones.
14. Neisseria
Deux espèces sont pathogènes pour l’homme :
• Neisseria meningitidis, agent régulièrement identifié lors de cas de méningite cérébrospinale.
• Neisseria gonorrhoeae, agent de la gonococcie, de la blennorragie ou encore de la gonorrhée.

1. Neisseria meningitidis
Diplocoques à Gram négatif
Habitat
Bactérie strictement humaine (nasopharynx) de l’homme qu’elle colonise chez environ 5 à 15 % d’une population donnée.
Caractères bactériologiques
coques à Gram négatif immobiles, en diplocoques à face aplatie ou en tétrades, aérobies strictes (mais nécessité d’un enrichissement en
CO2). Ce sont des Bactéries fragiles et sensibles aux variations de température, d’où la nécessité de milieux de culture riches tels que la
gélose au sang cuit ou chocolat supplémentée ou non. Au moins 12 sérogroupes différents (A, B, C, X, Y, Z, 29 E, W135...) sont identifiés. Les
infections sont dues aux groupes A, B, C et plus récemment W135.
Pouvoir pathogène
Méningites purulentes, méningococcémie sévères, sepsis, péricardite, arthrite, rhino- pharyngites, conjonctivite...
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : LCR, Hémoculture, Lésions cutanées, Liquide pleural, péricardique, articulaire, Prélèvement de gorge
• Diagnostic direct : isolement de la bactérie ou certains de ses facteurs : La présence de diplocoques Gram négatif à l’examen direct du
LCR. Culture positive, La recherche des antigènes solubles (LCR, sang, urines), − La recherche d’ADN bactérien par amplification génique
dans le LCR et le sérum
Propositions thérapeutiques
céphalosporines de 3ème génération (céfotaxime, ceftriaxone
2-Neisseria gonorrhoeae
Habitat
l’homme (appareil urogénital)
Caractères bactériologiques
Ce sont des cocci en diplocoques, faces aplaties, à Gram négatif et immobiles. Bactéries
aérobies strictes (mais nécessité d’un enrichissement en CO2). Ce sont des Bactéries fragiles
très sensibles aux variations de température et qui poussent lentement en 3 à 4 jours sur des
milieux enrichis sélectifs (vancomycine par exemple). Les colonies sont grisâtres , brillantes
et irrégulières.
Pouvoir pathogène
Chez la femme, l’infection est le plus souvent asymptomatique. En revanche chez l’homme,
l’infection s’accompagne d’une intense inflammation responsable de l’urétrite. La
dissémination est exclusivement par voie sexuelle. Il existe d’exceptionnelles souches
responsables d’infections invasives.
Diagnostic bactériologique
Prélèvements : Prélèvements de l’endocol, uréthral, rectal, pharyngé, oculaire, cutanée,
liquide articulaire (formes invasives), hémoculture (formes invasives)
Diagnostic direct : il repose sur l’isolement et l’identification de la bactérie.
15. Haemophilus influenzae : bacille de Pfeiffer
Habitat
Commensale de l’orpharynx et du naso pharynx. Le réservoir est strictement humain et la contamination par aérosol se fait
à partir des malades et du portage naso pharyngé très fréquent chez le jeune enfant. C’est une bactérie fragile transmise
directement par voie aérienne.
Caractères bactériologiques
fins coccobacilles gram négatif extracellulaires, capsulés ou non, très polymorphes. Ils sont petit et aéro anaérobie
facultatif. La culture nécessite des milieux enrichis en facteurs de croissance: gélose au sang cuit (chocolat) + polyvitamines
(Exigence en facteur X (hémine) et en facteur V (NAD).
Pouvoir pathogène
infections de la sphère ORL, surinfections des bronchites chroniques et plus rarement de pneumonies chez l’enfant et
l’adulte. Des localisations secondaires type ostéo-articulaires sont également décrites. Les infections respiratoires,
infections très sévères du nourrisson (méningite, épiglottite)
Diagnostic bactériologique
Prélèvements : LCR, exsudat de suppurations (gorge, sinus, oreille) , Expectorations et autres prélèvements respiratoires,
sang (hémocultures)
Diagnostic direct : isolement et identification de la bactérie. Cette identification portera aussi sur le sérotype (antigène de
la capsule ).
Propositions thérapeutiques
l’amoxicilline en probabiliste. Et Amoxicilline + acide clavulanique, céphalosporines de 2ème ou de 3ème génération ou
pristinamycine en cas d’allergie aux bêtalactamines.
16. Haemophilus ducreyi : bacille de Ducreyi
Agent du chancre mou (infection sexuellement transmissible). La maladie est mondialement répandue, endémique dans
certaines régions. La transmission est vénérienne et par contact direct. La maladie se traduit par un chancre génital (ou extra-
génital) douloureux et multiple associé à une adénopathie satellite (bubon).
Habitat
Bactérie strictement humaine qui se transmet par contact sexuel.
Caractères bactériologiques
Coccobacille Gram négatif à coloration bipolaire ou en «banc de poissons». Anaérobie facultatif, exigeant et non sporulé. Il
mesure 1,5 µm de longueur et 0,5 µm de largeur. Dans les exsudats, les bactéries ont une disposition typique en chaîne de
bicyclette. Bactérie exigeante en facteur X.
Pouvoir pathogène
Infection bactérienne aiguë habituellement localisée dans la région génitale.
Diagnostic bactériologique
• Le diagnostic est surtout clinique car le diagnostic biologique est difficile.
• Prélèvements : sérosités du chancre et/ ou le pus du bubon (par ponction de l’adénopathie inguinale)
• L’isolement et l’identification sont difficiles et réservées à des laboratoires spécialisés.
Résistance aux antibiotiques
H. ducreyi présente une résistance naturelle aux pénicillines A par production de bêta-lactamases.
Propositions thérapeutiques
Cotrimoxazole, macrolides, association pénicilline A- inhibiteur de bêtalactamase, cyclines , ceftriaxone et ciprofloxacine sont
régulièrement actifs .
17. Listeria monocytogenes
Responsable d’infections humaines et animales (listérioses). Les listérioses humaines
sont principalement liées à l’ingestion d’aliments contaminés.
Habitat
• Homme : contamination occasionnelle-portage sain Animaux : tube digestif
• Environnement : terre- sol-eaux-végétaux, en particulier en décomposition-
entourage des animaux (déjections , locaux d’élevage). Cette bactérie peut
survivre longtemps dans l’environnement, y compris dans des conditions
défavorables.
Caractères bactériologiques
• Petit bacille à Gram positif, aux extrémités arrondies, se disposant le plus souvent
en palissade, en diplobacille, rarement en courtes chaînes. Sa mobilité est surtout
observable vers 25°C. Cette bactérie n’est pas sporulée, ni capsulée.
• Aérobie-anaérobie facultative. Croissance de 4 à 42°C sur gélose simple et sur
milieux hyper salés. Elle hydrolyse rapidement l’esculine et possède une catalase.
Pouvoir pathogène
Elle touche essentiellement les personnes dont le système immunitaire est modifié,
altéré ou immature (femmes enceintes, nouveau-nés, les personnes âgées (selon le
terrain), sujets immunodéprimés). La contamination est essentiellement alimentaire
et la période d’incubation varie de quelques jours à plusieurs semaines.
• Listériose maternofeotale : mort in utéro ou enfant infecté à la naissance selon
l’âge de la grossesse.
• Listériose néonatale précoce est plutôt d’allure septicémique alors que pour les
enfants de plus de 5 jours, le tableau de la méningite prédomine.
• Listériose de l’adulte : formes neuro méningés (méningites, méningoencéphalites
ou encéphalites pures) et sepsis le plus souvent chez la personne âgée ou
immunodéprimée.
• Les formes localisés sont très rares : hépatites, pleurésies, ostéomyélites,
arthrites, péritonites, endocardites.
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : Liquide amniotique, placenta, prélèvements du
nouveau né, LCR, sang.
• Diagnostic direct. L’identification est basée sur les caractères
morphologiques culturaux et biochimiques (morphologie au
Gram, aspect des colonies sur gélose au sang, croissance en
aérobie et anaérobie, présence d’une catalase et absence
d’oxydase ) qui permettent une orientation vers le genre Listeria
et conduisent à la réalisation d’une galerie d’identification de
type Api Listeria. La recherche de Listeria monocytogenes par
amplification génique (PCR) directement dans le prélèvement
(sang, LCR)
Résistance aux antibiotiques
• Résistance naturelle : céphalosporines, fosfomycine, acide
nalidixique , colistine.
• Sensibilité habituelle : aminopénicillines (amoxicilline),
aminosides (gentamicine, nétilmicine, amikacine), macrolides,
tétracyclines, sulfamides, triméthoprime, rifampicine,
vancomycine.
• Les fluoroquinolones sont inefficaces dans le traitement des
listérioses.
• Des résistances acquises ont été décrites pour les tétracyclines,
l’érythromycine, le triméthoprime, la rifampicine, la kanamycine.
Propositions thérapeutiques
Aminopénicillines
17. Corynébactérium
agent de la diphtérie
Habitat
Corynebacterium diphteriae
• Homme : portage sain ou en situation pathogène
• Environnement : rarement isolée à partir de sols contaminés par diverses excrétions humaines.
• Il s’agit d’un germe se transmettant d’homme à homme par des particules de salive des malades ou porteurs de germes. Il est relativement résistant dans les
milieux extérieurs.
• Autres espèces de corynebactériums :
• Homme : flore commensale de la peau et des muqueuses
• Environnement : Prélèvements de surfaces en milieu hospitalier
Caractères bactériologiques
Bacille à gram positif non-sporulés, morphologie coryneforme, groupement en palissade, ou lettres de l’alphabet, catalase positive, croissance aérobie préférentielle.
exigeantes pour de nombreux facteurs de croissance, elles ne cultivent bien que sur milieux riches (gélose au sang).
Pouvoir pathogène
angine pseudo membraneuse, paralysie – troubles oculaires et cardiaques, bactériémies avec des localisations diverses ( endocardite , arthrite ..) souvent à partir d’un foyer
cutané, Les autres espèces de corynébactérium (ulcérans, pseudotuberculosis, ovis, pseudodiphtericum) considérés comme des pathogènes opportunistes chez des sujets
immunodéprimés ou souffrant d’affections prédisposantes
Diagnostic bactériologique
Prélèvements :
• Diphtérie : frottis pharyngé en bordure des fausses membranes, prélèvements cutanés.
• Autres infections : sang (hémoculture), liquide articulaire, valves cardiaques…
Diagnostic direct : il repose sur l’isolement et l’identification de la bactérie. La recherche de la production de la toxine diphtérique à partir d’une souche par PCR.
Résistance aux antibiotiques
• Résistance naturelle à certains antibiotiques comme la colymicine, l’acide nalidixique.
• Sensibilité modérée aux pénicillines, résistance rare aux macrolides et à la rifampicine.
• Toujours sensible aux glycopeptides.
18. Bacillus
au moins 36 espèces dont le groupe Bacillus cereus formé par plusieurs espèces. Bacillus anthracis est le plus pathogène.
Habitat
• Les Bacillus sont ubiquitaires. Homme et animaux : colonisation à partir de l’environnement (terre – végétaux- eaux douces ou salées).
Champs contaminés par des cadavres d’animaux.
• Cutanée : par contact direct avec les animaux malades dans les professions exposées
• Digestive : due à l’ingestion de viande contaminée
• Aérienne : par inhalation de spores provenant de poussières de laine, peaux et poils
Caractères bactériologiques
• Bacilles à gram positifs réguliers mais qui peuvent paraitre courbés, taille variable selon les espèces, souvent en chaine, catalase
généralement positive.
• Bacillus anthracis est un gros bacille à Gram positif à extrémités carrées, groupés en longues en chaînettes. Il est immobile
(contrairement aux autres espèces du genre) et capsulé. Il a une spore centrale, ovalaire et non déformante.
• Aéro-anaérobie facultative mais préfère l’aérobiose. La température optimale de croissance est : 30 à 35° C. La culture est facile sur
milieux usuels. Les colonies de Bacillus anthracis sont blanchâtres, larges, d’aspect cireux non hémolytiques présentant des
excroissances caractéristiques. Les colonies de Bacillus cereus sont grisâtres, larges arrondies et hémolytiques.
• La toxine charbonneuse induit la formation d’anticorps neutralisants qui jouant un rôle important dans l’immunité anticharbonneuse
Pouvoir pathogène
• Bacillus anthracis est responsable de la maladie du charbon ou anthrax ou fièvre charbonneuse : les localisations sont diverses :
cutanées (papule rouge évoluant vers une escarre noirâtre), digestives ou pulmonaire d’aspect initialement pseudo grippal puis
d’évolution rapidement mortelle avec la possibilité d’atteintes méningées.
• Utilisation terroriste : le Bacillus anthracis a commencé à être utiliser comme une arme bactériologique depuis la fin de la Seconde
Guerre mondiale. La dispersion de spores dans l’air ambiant peut entrainer le développement de la forme respiratoire de la
maladie du charbon, fatale dans 50 % des cas.
• Maladie professionnelle par contact avec les animaux (éleveurs, vétérinaires) et par contact avec les produits contaminés (os,
laine).
• Bacillus cereus : Toxi infections alimentaires collectives, infections des tissus mous (abcès cutanés, infections osseuses sur plaies
traumatiques, infections sur brulure), endophtalmie, pneumonies, infections systémiques sur terrain d’immuno dépression.
• Bacillus spp incluant B.cereus : contaminants de nombreux prélèvements , contaminant de poches de sang.
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : Sérosité ou pus de la lésion locale, sang, prélèvements per opératoires, respiratoires, selles, environnement …
• Manipulation sous hotte, avec des gants et masque.
• Diagnostic direct : Il est basé sur l’isolement de la bactérie dans les prélèvements. L’identification est basée sur la morphologie,
l’aspect des colonies et les caractères biochimiques.
Résistance aux antibiotiques
Bacillus anthracis est sensible aux bêtalactamines. Il est sensible à la pénicilline G en particulier mais il faut s’assurer que la souche
n’est pas productrice de Bêtalactamase.
• B.cereus est résistant à la pénicilline G, amoxicilline et aux céphalosporines.
Propositions thérapeutiques: fluoroquinolones
19. Campylobacter
Plusieurs types : fetus, jéjuni, coli , lari.
Habitat
Bactéries commensales des muqueuses digestives des oiseaux et de très nombreux animaux de rente (volailles,
bovins..). Tube digestif des animaux pour C. jéjuni et fetus.
Caractères bactériologiques
Bacilles à gram négatif, en virgule ou en S. Nécessite des milieux enrichis, microaérophiles. Les colonies sont
plates, filantes et mucoides. L’identification est basée sur la catalase, l’oxydase, la réduction des nitrates, la
culture à 42°C et à 22°C, la sensibilité à l’acide nalidixique et à la céfalotine.
Pouvoir pathogène
• La transmission à l’Homme se fait par la chaine alimentaire (lait, viande).
• Pathologie digestive (C.jejuni, C.coli ) : entérite responsable de diarrhées avec douleurs abdominales (enfants).
• Bactériémies et sepsis avec localisations diverses, plus fréquentes sur terrain immunodéprimé. Méningite
pour C.jejuni et fetus.
Diagnostic bactériologique
• Prélèvements : Selles principalement (nécessité de milieux spécifiques incubés en micro aérophile à 42°C et
ou à 37°C).
• Hémoculture (importance de l’état frais en cas de positivité)
• Diagnostic direct : isolement et identification de la bactérie (Coprocultures et hémocultures pour C.jejuni et
fetus ).
• Diagnostic indirect : Sérologie par ELISA.
Propositions thérapeutiques
Antibiotiques conseillés : Erythromycine +++ Alternatives : Imipénème, aminosides.
AUTRES BACTÉRIES PATHOGÈNES CHEZ L’HOMME
20. Bordetella pertussis
21. Helicobacter pylori
22. Legionella
23. Mycoplasmes
24. Chlamydiae
25. Spirochètes : Tréponema – Leptospira – Borrelia
26. Anaérobies
27. Bacteroides fragilis
28. Clostridium
29. Mycobactéries
30. Nocardia
Troisième partie-Antibiotiques
OBJECTIFS SPECIFIQUES
• Définir antibiotique
• Connaitre les mécanismes d’action des antibiotiques sur les bactéries
• Connaitre les mécanismes biochimiques de la résistance bactérienne
aux antibiotiques
• Connaitre les méthodes pour la détermination des résistances aux
antibiotiques

85
• L’antibiotique se définit comme tout composé chimique élaboré par
un microorganisme ou produit par synthèse, dont l’activité
thérapeutique se manifeste à très faible dose d’une manière spécifique
à l’égard des microorganismes sensibles. Les antibiotiques ont deux
mode actions : l’effet bactéricides ( tue la bactérie) et l’effet
bactériostatique (pour inhibé la croissance des bactérie)
1- Antibiotiques et mécanisme d’action

87
 Antibiotiques et mécanismes d’action
Famille d’antibiotiques Mécanismes d’action
β-lactamines inhibition de la synthèse du peptidoglycane par analogie de structure
avec le substrat des PLP (D-ALA – D-ALA) et agissent donc par inhibition
compétitive
Glycopeptides Inhibition de la synthèse du peptidoglycane par fixation sur le résidu D-
ALA – D-ALA empêchant l’action des PLP par encombrement stérique
Fosfomycine Inhibition de la synthèse d’un précurseur du peptidoglycane par
inhibition compétitive par analogie de substrat de la pyruvyl-transférase
Polymyxines B et Altération de la membrane plasmatique par formation de pores
colistine
Sulfamides et 2,4 Inhibition de la synthèse des bases puriques. Les sulfamides sont des
diamino-pyridines analogues compétitifs de la dihydroptéroate synthétase. Les 2,4
diaminopyridines sont des analogues compétitifs de la dihydrofolate
réductase.
Nitrofuranes Altération de l'ADN après réduction du groupement NO2

88
 Antibiotiques et mécanismes d’action
Famille d’antibiotiques Mécanismes d’action
Quinolones Inhibition des étapes de réplication et de transcription de l’ADN. Les
quinolones forment un complexe avec l’ADN et la gyrase ou la
topoisomérase IV (enzymes assurant le déroulement ou le surenroulement
de l’ADN)
Oxazilidones Inhibition de la phase d’initiation de la synthèse protéique
Rifampicine Inhibition de la transcription par inhibition de l’ARN polymérase ADN
dépendante
Cyclines Fixation irréversible sur la sous-unité 30S du ribosome et inhibition de la
phase d’élongation de la synthèse protéique.
Aminosides Fixation sur les sous-unités 30S ± 50S du ribosome et inhibition de toutes
les étapes de la synthèse protéique :
MLS Fixation sur la sous-unité 50S du ribosome et blocage de l’élongation. Les
macrolides et les lincosamides possèdent une activité bactériostatique
Phénicolés Inhibition de la phase d’élongation de la synthèse protéique par fixation
sur la sous-unité 50S du ribosome
Acide fusidique Inhibition de la phase d’élongation de la synthèse protéique par formation
d’un complexe avec le ribosome
89
RESISTANCE BACTERIENNE AUX ANTIBIOTIQUES

1. Résistance naturelle
 Pénétration de l’ATB
• Absence
 Cible moléculaire de l’ATB
• Production naturelle d’enzyme d’inactivation
• Expulsion innée de l’antibiotique par des pompes à efflux
chromosomiques

• support du gène de la résistance: le Chromosome

• Transmission à la descendance
90
2. Résistance acquise

A- Résistance par mutation chromosomique B- Résistance par acquisition

des gènes
 Non induite par l’antibiotique

 Rare  support des gènes de

 Transmission à la descendance (verticale) résistance: le plasmide
 L’ATB agit comme agent sélecteur des individus  Non induite par l’antibiotique
résistants au sein de la population sensible  répandue

 Sélection des bactéries multi

résistantes

 Transmission horizontale
Mécanismes biochimiques de la résistance bactérienne aux antibiotiques

1. Inactivation enzymatique de l’antibiotique

1.1. Hydrolyse enzymatique de l’antibiotique

EX: résistance aux β-lactamines

92
1.2. modification enzymatique de la structure de l’antibiotique
• Ex: sites d’inactivation enzymatique des aminosides

93
1.3. Modification de la cible de l’antibiotique

94
2. Réduction de la perméabilité membranaire

95
3. l'efflux des antibiotiques. C'est l'un des principaux
mécanismes de résistance de Pseudomonas aeruginosa, pathogène
opportuniste responsable de nombreuses infections nosocomiales

96
Mécanismes biochimiques de la résistance bactérienne aux
antibiotiques/famille d’antibiotique
Famille d’antibiotiques Mécanismes d’inhibition
β-lactamines - Enzymes inactivatrices : belactamases
- Modification de la cible
- Imperméabilité Mutation de la porine D2 (P.
aeruginosa)
- Efflux P. aeruginosa
Glycopeptides Modification de la cible Remplacement du résidu D-
ALA – D-ALA par D-ALA – D-SER ou D-ALA – D-Lac
Fosfomycine - Défaut de transport de l’antibiotique
- Enzymes inactivatrices: Glutathion transférase,
hydrolase …
Sulfamides et 2,4 Mutation de la cible
diamino-pyridines
Quinolones - Mutation de la cible ADN gyrase (gyrA, gyrB)
topoisomérase IV (parC, parE)
- Imperméabilité Déficit de l’expression des porines
- Efflux 97
Mécanismes biochimiques de la résistance bactérienne aux
antibiotiques/famille d’antibiotique
Famille d’antibiotiques Mécanismes d’inhibition

Aminosides - Enzymes inactivatrices - Aminosides phospho-

transférases (APH) - Aminosides nucléotidyl-transférases
(ANT) - Aminosides acétyl-transférases (AAC) Il existe
plusieurs sous groupes de chaque enzyme.
- Imperméabilité Modification du LPS, diminution des
porines
- Modification de la cible Modification du ribosome

MLS - Modification de la cible Méthylation de la sous-unité 50S

(erm)
- Enzymes inactivatrices Acétyl-transférase, hydrolase,
acétylase
- Efflux

Phénicolés Enzymes inactivatrices Chloramphénicol acétyltransférase

98
MÉTHODES POUR LA DÉTERMINATION DES
RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES
Interprétation de l’efficacité clinique d’un antibiotique

• Sensible (S): probabilité élevée de succès thérapeutique avec un

dosage standard.

• Intermédiaire (I): résultat thérapeutique incertain avec un dosage

standard ou possibilité d’un succès clinique avec des
concentrations antibiotiques plus élevées.

• Résistant (R): probabilité élevée d’échec thérapeutique.

99
 Chapitre I: EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DU SPERME

Introduction
o Le sperme est une sécrétion
stérile à l’état normal.
o La recherche d’une
bactérie, d’un champignon
ou d’un virus permet le
diagnostic étiologique d’une
infection haute de la sphère
génitale masculine.
 MÉTHODES POUR LA DÉTERMINATION DES
RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES
Méthodes de réalisation de l’antibiogramme
1- Méthode de diffusion en
milieu gélosé
• Méthode de disque
Elle consiste en une diffusion sur
milieu solide. Sur une gélose qui
aura été préalablement
ensemencée avec la bactérie à
étudier, un support (disque de
papier buvard) contenant
les antibiotiques (à différentes
concentrations) à tester sera
déposé par dessus

101
 MÉTHODES POUR LA DÉTERMINATION DES
RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES
• Méthode de disque
consiste à incorporer
l'antibiotique à une
concentration donnée
dans la gélose, maintenue
liquide à 42°C. Une série
de boites de Pétri est
préparée avec des
concentrations
d'antibiotique variant
selon une progression
géométrique de base 2,
102
 MÉTHODES POUR LA DÉTERMINATION DES
RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES
c (concentration
critique inferieur) :
dose minimale
d'antibiotique qu'un
malade peut recevoir sans
dangers et qui fait effet sur
la souche bactérienne.

C (concentration
critique supérieur) :
dose maximale
d'antibiotique qu'un
malade peut recevoir sans
dangers et qui fait effet sur
la souche bactérienne.
103
 MÉTHODES POUR LA DÉTERMINATION DES
RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES
• Méthode de E-Test
Un gradient de concentrations
d'antibiotique est obtenu dans
une bandelette plastifiée. Il suffit
de déposer l'une de celle-ci (une
bandelette par antibiotique) à la
surface d'une boite de Pétri
ensemencée par la suspension de
la bactérie à tester puis après un
nuit d'incubation à 37°C dans une
étuve, de lire directemnt la valeur
de la CMI au niveau de la zone à
lire

104
MÉTHODES POUR LA DÉTERMINATION DES
RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES

2-Methodes de dilution en
milieu liquide
1. On met dans chaque tube une
même quantité connue de
bactérie, et on ajoute des
quantités croissantes
d'antibiotique.
2.Au bout de 18 heures si le
tube est trouble , c'est que la
bactérie s'est multipliée,
3.Le premier tube clair nous
donne la CMI.

105
MÉTHODES POUR LA DÉTERMINATION DES
RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES

Méthode semi-
automatisée

106