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TITRE DE L’ETUDE

R emerciements
Nous tiens tout particulièrement à remercier le personnel

médical pour leur accueil chaleureux, ainsi que le directeur du

monsieur Hmamda Bahouse, le directeur de laboratoire centrale

d’El-Bayadh, de m’avoir accepté en tant que stagiaire au sein

de leur établissement.

Nous remercions également les techniciens, laborantins,

biologistes, pour leur soutien technique, et pour le temps qu’ils

m’ont consacré toute au long de cette période, sachant

répondre à mes interrogations.

D’une façon plus générale, Nous remercions notre famille et mes

camarades du groupe pour leur collaboration et leur appuie le

long de mon stage.

Nous remercions de même, mes professeurs, pour leurs

confiances et conseils concernant l’élaboration de ce rapport

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TITRE DE L’ETUDE

D édicace
Du profond de mon cœur, je dédie ce travail à tous ceux qui me sont chers,
A Ma chère mère
A mon mére Ben Mhidi F. aucune dédicace ne saurait exprimer mon respect,
mon chère éternel et ma considération pour les sacrifices que vous avez consenti
pour mon instruction et mon bien être.
Je vous remercie pour tout le soutien et l’amour que vous me portez depuis mon
enfance et j’espère que votre bénédiction m’accompagne toujours.
Que ce modeste travail soit l’exaucement de vos vœux tant formulés, le fruit de
vos innombrables sacrifices. Puisse Dieux, le très haut, vous accorder santé,
bonheur et longue vie
A La mémoire de mon père
Ce travail est dédié à mon père Mokadem Slimane, décédé trop tôt, qui m’a
toujours poussé et motivé dans mes études
J’espère que, du monde qui est sien maintenant, il apprécie cet humble geste
comme preuve de reconnaissance de la part d’un fils qui a toujours prié pour le
salut de son âme. Puisse Dieu, le tout puissant, l’avoir en sa sainte miséricorde !
A Mon chère Enseignant Mr.naimi
Merci énormément pour ton soutien plus que précieux, merci pour ton grande
cœur et votre amour de tous les étudient ton sérieuse dans ton travail, toutes vos
qualités qui seraient trop longues à énumérer.Nos vie d'étude ne serait pas aussi
magique sans ton présence et ton amour
Je t’aime de tout mon cœur

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Introduction :
À la fin de mes trois années en biologie système (License/Master/Doctorat),
Spécifiquement en microbiologie, j’ai réalisé un stage déroulé au niveau de
laboratoire centrale du l’hôpital « MOHAMED BOUDHYAF El-MADANI » de
la wilaya d’El-Bayadh. Et alors j’ai préparé un rapport de stage de fin d’étude en
examen cytobactériologique de type des urines et des selles à partir laboratoire
cytobactériologique et laboratoire d’analyse médicale.

Le choix de stage s’est révélé très intéressant et très enrichissant pour mon
expérience professionnelle En effet, ma spécialité s’inscrit précisément et pour
acquérir les connaissances pratiques dans le domaine de microbiologie.
Je vous expose dans la 1ère partie : les moyens humaine et matériaux, et le service
de réception qui s’occupe essentiellement de bureau de chef service …… et
ensuite dans la 2éme partie : la zone médicale qui s’occupe de paillasse
microbiologie, et les examens de type bactériologiques.
Et pour finir mon rapport de stage je vous présente la méthode de (ECBU)
Examens Cytobactériologique des Urines/(ECBS) Examens Cytobactériologique
des Selles et ses résultat + les tests effectués
Le laboratoire de bactériologique introduit précède à l’analyse médicale …
bactériologique d’hémoculture d’urines et selles de prélèvement du système
respiratoire, de liquide céphalo-rachidiens, et divers frouttis et ponctin
Ce laboratoire (Bactériologie) organisé en deux secteurs principaux (diagnostic
des maladies bactériennes, parasitaires et mycotiques d’une part, et diagnostic
des maladies virales d’autre part), le laboratoire de microbiologie comporte
différents pôles d’activités :
* Réalisation des analyses de microbiologie courante (hémocultures,
LCR, urines, pus, sécrétions des voies respiratoires etc…) pour plus de 50.000
échantillons annuels de culture et pour plus de 100.000 paramètres annuels de
sérologie infectieuse.
* Réalisation en routine de tests basés sur des techniques de biologie
moléculaire pour la détection, le diagnostic et le suivi des pathologies
infectieuses (HIV, HCV, HBV, C trachomatis, N gonorrhoae etc.) ainsi que la
détection de microorganismes particulièrement résistants aux antibiotiques
(MRSA, VRE, BLSE ..etc)
* Des techniques de biologie moléculaire pour la surveillance
épidémiologique des infections sont en cours de développement et seront
prochainement introduites en routine.
* Participation active à la promotion de la prévention de l’infection
menée au CHL.
* Participation à un réseau européen de surveillance des résistances
bactériennes (EARSS).

Lieu de stage :
*Le stage et déroulé au niveau Laboratoire centrale situé dans l’hôpital
« MOHAMED BOUDHYAF El-MADANI » de la wilaya d’El-Bayadh, est un
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établissement sanitaire qui a récemment ouvert ses portes. Le responsable de ce


laboratoire c’est Monsieur Hmamda Bahouse le chef service de laboratoire
centrale

Objectif de stage :
J’ai eu l’occasion de voir les services de bactériologie et de parasitologie qui
s’effectuent des analyses qui ont leur rôle : identification des agents responsables
des infections (Les Bactéries/Les Champignons/Les parasites/Les Caractères
microscopique ………Etc.) Elles procèdent par prélever un échantillon et à
rechercher l’élément pathogène soit par une observation directe après mise en

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culture, L’indentification du germe pathogène aidera à définir le meilleur


traitement et l’antibiotique
Et en générale pour acquérir la connaissance pratique nécessaire de nos domaines
de la microbiologie, son but principale est découvrir le monde du travail, de
mettre en pratique vos connaissances et ainsi acquérir une expérience
professionnelle, il constitue un moyen de pré-recruter a nous les étudiants en les
observant à nos futur poste, et c’est mieux connaître ou découvrir un métier

DEROULEMENT DE STAGE :
* Laboratoire centrale du l’hôpital « MOHAMED BOUDHYAF El-MADANI »
de la wilaya d’El-Bayadh il contient ainsi trois compartiments :
1/ Compartiment de Bactériologie
2/ Compartiment de Hématologie (Immunologie)
3/ Compartiment de Biochimie
 Il comprend des ingénieurs et six paramédicaux (11 ulairtite, les autres sont
des pré-emploi ) et un seul biologiste (niveau Master2)
 Il peut accepter presque 70 malades (internes et externes) dans le jour
 Les malades externes avec une rendis vus

1ère Partie :
1)-Présentation du service de réception:
1)-1-Présentation de réception:
C’est le bureau de chef service qu’il est le premier responsable, il recepter les
malades et donne les rendivus pour la prélèvement au niveau la salle de
prélèvement
1)-2-La salle d’attente :
Les malades attendent leur ordre
1)-3-La chambre froid :
c’est le lieu de stockage de tous les produits et réactifs utilisés ou non sous la
responsabilité de la chef de service Monsieur Hmamda Bahousse
1)-4-Le stocks :
Est le lieu de stockage de tous les matériels utilisés comme les tube, les
compresses, ligans, les boite de pétri …….etc.
1)-5-salle de repos :
C’est une salle confortable ou reposent les laborantins après une lourde travail
2)-Zone Paramédical :
2)-1-Salle de prélèvement :
En présence de la surveillance médicale, cette salle assure le prélèvement
sanguin uniquement sur des patients non hospitalisé venus faire des analyses
hématologiques et sérologique
(Groupage,Urée,TGO/TGP,FNS,cholésterol,triglycéride,créatinine,calcium……
Etc), Contient des matériels comme les seringue pour prélever le sang.
2éme Partie :
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La zone technique :
3)Zone médicale :
3)-1Paillasse de Bactério-parasitologie
3)-2Présentation de la zone technique ou médicale :
Ce service comprend trois rayons, chacun équipé de matériel spécifique à une
technique.
On distingue :
3)3-Le laboratoire de microbiologie
4) Paillasse de Bactério-parasitologie :
Le paillasse de bactériologie comprend cinq biologistes diviser on deux groupes
(deux jours/deux jours), leur travail consiste à l’élaboration des examens
cytobactériologiques des urines (ECB des Urines), ou des pus (ECB des pus), et
une partie de parasitologie des selles, ainsi que d’autres analyses tels que le
spermogramme et l’analyse des pertes.

a-Matériel et réactifs :
Matériel :
• Bec bunsen.

• Tubes à essai.

• Boites de pétri.

• Pipette pasteur ou anse de platine.

• Bandelettes urinaires pour mesurer le pH des urines.

• Centrifugeuse.

• Microscope optique.

• Lame et mamelle.

• Des milieux de culture :

*Gélose nutritive : permettre une numération des bactéries les plus


fréquemment rencontrées, (les entérobactéries, les Pseudomonas , les
Staphylocoques et les entérocoques ).

*Gélose lactosée au bromocrésol pourpre (BCP) : pour l’isolement des


bactéries peu exigeantes. milieu de Mac Conkey : qui permet d’inhiber les
bactéries à Gram+ et le développement en nappe du Proteus .

*Gélose au sang frais ou cuit : peut permettre d’isoler des Streptocoques ou des
Haemophilus.

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*Milieu Mueller Hinton : pour le test de l’antibiogramme Compresseur des


antibiotiques :

Réactifs :
• Alcool 100%
• Eau distillé
• Eau oxygéné
• Lugol
• L’huile
• Formol

I. ECBU (examen cytobactériologique des urines) :

Introduction :
L'examen cytobactériologique des urines, est un examen simple de biologie
médicale, susceptible de procurer des éminents renseignements particulièrement
utiles pour le diagnostic des maladies de l'arbre urinaire, et notamment des
infections urinaires en étudiant l'urine d'un patient. Le rôle du laboratoire est de
prouver l'infection en identifiant la bactérie responsable, et d'évaluer l'importance
de l'inflammation on déterminant la leucocyturie.

Objectif :
L’ECBU permet :

• D’isoler, de dénombrer et d’identifier les bactéries responsables de l’infection


urinaire et de réaliser un antibiogramme de la bactérie responsable.

• De dénombrer les leucocytes.

• De rechercher la présence de cylindres et de cristaux urinaires.

Méthode :
L’ECBU s’effectue en plusieurs étapes et en plusieurs jours.
2.1. Prélèvement :
Il peut être réalisé au laboratoire ou à domicile. Dans ce dernier cas, le
prélèvement doit être apporté sans délai au laboratoire. Pour éviter une
contamination trop importante au cours du recueil de l’urine, le prélèvement doit
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être effectué dans des conditions précises :


• Se laver les mains
• Attendre minimum 3 h après la miction précédente (ou préférer la
1ère urine du matin) • Rejeter le premier jet d’urine
• Recueillir le milieu de jet dans un flacon stérile (à demander au
laboratoire)
2.2. Examen macroscopique de l’urine :
2.2.1. Couleur et trouble :
Homogénéiser l’urine par retournement ou par agitation mécanique et noter
l’aspect limpide ou trouble et la présence d’une éventuelle hématurie.
2.2.2. Mesure du pH :
Fait appel à des bandelettes revêtues de deux indicateurs colorés et dont le
changement des couleurs allant de l’orange au bleu couvre une gamme de pH de
5,0 à 8,5. La réalisation de ce test s’effectue également sur urines fraîches.

2.3. Dénombrement des bactéries et des leucocytes urinaires :


2.4. Examen du culot urinaire :

2.4.1. Préparation du culot urinaire :

• Homogénéiser l’urine.

• Remplir les 3/4 d’un tube à centrifuger.

• Centrifuger 5 minutes à 2 000 tours/minute.

• Rejeter le surnageant dans le bac d’eau de Javel.

2.4.2. Examens microscopiques réalisés sur le culot urinaire :


•À partir du sédiment urinaire, des frottis colorés (Gram, Ziehl) peuvent être
réalisés pour orienter le diagnostic.

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•Cependant, c’est l’examen à l’état frais qui renseignera avec précision sur la
présence et la nature d’éléments cellulaires et cristallins.

•On prélève verticalement avec l’anse calibrée et par capillarité une goutte
d’urine que l’on ensemence par stries sur la boîte de gélose :

•Une strie centrale est ensemencée puis perpendiculairement réaliser un


isolement de haut en bas de la boite en desserrant légèrement les dernières stries.
2.5. Isolement :
•Les bactéries responsables d’infections urinaires se développent bien sur les
milieux ordinaires.

•Dans la majorité des cas, l’urine est monomicrobienne (un seul type de
bactéries), il n’est donc pas nécessaire de choisir des milieux sélectifs ou même
enrichis (sauf si suspicion d’un streptocoque : dans ce cas, isoler sur gélose au
sang frais de cheval + acide nalidixique et colimycine (ANC)) Par contre, il est
intéressant d’isoler sur des milieux lactosés avec indicateur de pH afin de
déterminer les caractères lactose et ONPG hydrolase (BCP, CLED).

•Dans le cas d’urine polymicrobienne associant un coque Gram + et un ou


plusieurs bacilles Gram –, isoler sur un milieu sélectif lactosé (Drigalski, Mac
Conkey).

2.6. Identification :
Seules les colonies présentes en nombre significatif font l’objet d’une
identification. Les bactéries peu représentées ont une signification de
contaminant. La démarche d’identification est classique et repose sur l’examen
macroscopique, les examens microscopiques, les tests enzymatiques et la
détermination des caractères biochimiques.

2.7. Antibiogramme :
Un antibiogramme est obligatoirement réalisé si le dénombrement signe une
infection urinaire et lorsqu’on possède des colonies isolées des bactéries
responsables de l’infection.

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Technique d’antibiogramme :

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Résultats et discussion :
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1. Couleur :
Normalement jaune. Rose à rouge : hématurie Orange-acajou : ictère (jaunisse)
2. Troubles :
Indique à la Présence de leucocytes, de bactéries et éventuellement de pus
3. pH :
Le pH normal de la première urine du matin est acide. Un pH alcalin suggère
une infection urinaire.
*Le pH normal des urines varie de 4,5 à 7,8 en fonction de l’alimentation et des
modifications du pH sanguin. *En cas d’infection urinaire, en particulier à
germes uréasiques, il existe une alcalinisation intempestive.
Rôle des germes uréasiques (Proteus, Klebsiella) métabolisant l'urée
grâce à leur uréase et la transformant en une molécule de bicarbonate et une
molécule d'ammoniac.
4. résultats d’observation microscopique ( entre lame et lamelle) :
L’expression quantitative de la leucocyturie s’opère par examen du culot urinaire
entre lame et lamelle, à l’objectif 40 x (nombre de champs à parcourir dizaine /
cinquantaine).
Nombre de leucocytes par champs Expression du résultat
microscopiques
0-5 Rares leucocytes (= valeur normale)
5-10 Quelques leucocytes
10-20 Leucocytes en quantité un peu supérieure
à la normale
Plus de 20 leucocytes isolés et intacts Nombreux leucocytes intacts
Paquets de plus de 20 leucocytes Nombreux leucocytes agglutinés et altérés
agglutinés et altérés
Paquets de plus de 50 leucocytes Rares leucocytes (=valeurs normales)
agglutinés et altérés Chez l’enfant :
Garçon : 0-10 Fille : 0-50

* L’expression quantitative des hématies se fait par le même procédé :

Nombre d’hématies par champs Expression du résultat


microscopiques
0-5 Rares hématies (= valeur normale)
5-10 Hématies en quantité un peu supérieur à la
normale
10-20 Hématies assez nombreuses
Supérieur à 20 Nombreuses hématies

-Description des éléments de l’urine sur une préparation à l’état frais :


-L’examen de l’urine totale entre lame et lamelle (à x 40) permet de distinguer
les éléments suivants :
1- Les leucocytes :
Ils se présentent comme des disques granuleux à l’intérieur desquels le noyau
apparaît plus réfringent. La présence de leucocytes dans les urines signe

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l’existence d’une réaction inflammatoire. L’altération des leucocytes peut être


liée à de mauvaises conditions de conservation du prélèvement avant son
examen.
2- Les hématies :
Elles se présentent comme de petits disques de 7 mm de diamètre aux bords plus
réfringents.
* La présence d’hématies témoigne d’une lésion des muqueuses de
l’appareil urinaire.
*Le passage des globules rouges dans les urines peut être considéré
comme pathologique.
*Les hématies intactes ont une forte probabilité de provenir de la vessie
ou de l’urètre. Les hématies altérées viennent du rein.
L’hématurie s’observe :
- dans les formes hémorragiques des néphrites.
- dans le cas d’une atteinte glomérulaire.
- dans les cystites hémorragiques tuberculeuses, gonococciques, germes banaux.
- dans la tuberculose rénale.
- l’hématurie peut être associée à d’autres affections d’étiologie non infectieuse :
cancer, lithiase rénale, tumeurs de la vessie.
3- Les cellules épithéliales :
Peuvent être observées dans les urines : des cellules rénales, urétérales vésicales
et urétrales.
4- Les cylindres :

*Les cylindres granuleux*

*les cylindres hyalins*

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Une cylindrurie n’a pas une grande signification. On peut l’observer chez des
individus normaux lorsque l’urine est très concentrée ou très acide, ou encore
après un effort musculaire très intense.
5- Les cristaux urinaires :
Les cristaux observés peuvent correspondre à un constituant normal de l’urine ou
bien à un métabolite anormal dont elle est physiologiquement dépourvue.
Certains cristaux sont retrouvés exclusivement dans une urine acide et d’autres
dans une urine alcaline
PH alcalin PH acide
Phosphates amorphes Urates amorphes
Triple phosphate Acide urique
Biurate d’ammonium Oxalates de calcium
Phosphate de calcium Cystine
Carbonate de calcium bicarbonate de calcium Ca(HCO3)2

- Cristaux de substances présents dans l’urine normale


Des cristaux assez fréquents :
Oxalate de calcium :
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En forme d’enveloppe de lettre ou en cacahuéte .

Acide urique :
En losange, en carré, en fleur, en fins filaments rassemblés de couleur jaune ou
brun rougeâtre.

Urates ammoniacaux magnésiens :


En glomérules hérissés de pointe ou en paquets glomérules hérissés de pointe ou
en paquets d’aiguille, jaune.

Phosphate triple :
En couvercle de cercueil, en feuilles de fougère, incolore réfringents

Des cristaux moins fréquents :


Carbonate de calcium :
très petits cristaux groupés par deux, ovoïdes, solubles dans l’acide acétique ,
incolores.

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Sulfate de calcium :
Lames plates et longues isolées ou en paquets (urine acide).

Phosphate bi calcique :
Amas de lames en étoiles, incolores (urine alcaline ou neutre)

-Cristaux de substances anormalement présentes dans l’urine :


Leucine :
Cristaux jaunâtres, de forme ronde avec nombreuses situations radiales (affection
hépatique grave)

Tryosine :
Cristaux longs et fins, aiguilles en bottes de foin (affection hépatique grave).

Cystine :
Lames hexagonales incolores et très réfringentes (maladie héréditaire cystinurie)

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Sulfamides :
Retrouvés chez des malades traités aux sulfamides, leurs présences peuvent
endommager le rein
Cholestérol :
Plaque carré avec coté en escalier, soluble dans l’éther

Elément minéraux amorphes :


Sont deux types :
Phosphates amorphe : petites granulations blanchâtres (culot
blanchâtre, urine alcaline ou neutre)

Urates amorphes : petits grains jaunâtres rassemblés en amas plus


denses et plus larges que les phosphates (culot rosé, urine acide)

6- Les bactéries :
A l’état frais on peut apprécier la présence éventuelle de bactéries, leurs formes
(cocci ou bacilles) et leurs mobilités

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7- Les parasites :
-Trichomonas vaginalis : parasite protozoaire globuleux, d’un diamétre de 15
µm en moyenne, mobile dans les urines fraîche ou il se déplace en tourbillonnant
grâce à une membrane ondulante et 4 flagelles.

- Œufs de schistosome haematobium

8- Autres éléments :
-Levures :
Elles présentent à l’état frais une forme sphérique ou ovalaire, de taille variable
(5à12mm).
Certains montrent un bourgeonnement à l’un de leur pôle

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-Spermatozoïde:
Peuvent être observés dans les urines fraîches. Mobiles, ils sont constitués d’une très
petite tête (5mm) prolongée d’un long flagelle souple de 50mm
5-résultats d’observation macroscopique des colonies :
Aspect des colonies :
1-Milieux usuels :
-Entérobactérie : colonies de 1 à 3 mm de diamètre généralement bombées, lisses et
brillantes, opaque et blanchâtres

Les Aspect particuliers :


-Proteus vulgaris et mirabilis : envahissement de la gélose en voile montrant des
vagues successives

-Salmonella donnes des colonies petites et transparents, à centre noir sur milieu
hektoene

-Serratia donne des colonies pigmentées en rouge sur gélose nutritive


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-P.aeruginosa donne de petites colonies plates et pigmentées en vert sur gélose


nutritive

-Les streptocoques : fine colonies transparentes sur nutritive

-Les staphylocoques : colonies volumineuses éventuellement pigmentées en


jaune pour S.aurens sur gélose nutritive.
Interprétations :
Selon la bactériurie et la leucocyturie :
• Leucocyturie ≤104/ml et la bactériurie ≤103 UFC/ml : absence
d’infection urinaire. • Leucocytaire ≥104/ml et la bactériurie ≥105 UFC/ml, avec
un seul type de bactérie, il s’agit d’une infection urinaire certaine.
• Leucocyturie ≥104/ml et la bactériurie ≥105 UFC/ml : avec deux
types de bactéries chez la femme est un examen direct qui retrouve de
nombreuses cellules épithéliales, il s’agit de deux probables possibilités : -
Infection génitale. - Infection urinaire mais contaminée
• Leucocyturie ≤104/ml et la bactériurie ≥105 UFC/ml : avec un seul
type de bactérie, c’est une infection urinaire dans les cas suivants :
- Femme enceinte : confirmer par un deuxième ECBU.
- Immunodéprimé
- diabétique
- Nourrisson
- Personne âgée
Une bactériurie sans leucocyturie :
Peut être également observée lorsque le prélèvement est gardé trop longtemps à
+4°C ou lorsque les urines sont hypertonique ou trop alcalines. Ces conditions
contribuent à détruire les leucocytes.
selon les germes:

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L’identification de la bactérie mérite aussi une interprétation lorsque le germe


n’appartient pas à une espèce courante de l’infection urinaire, en sachant que
toute bactérie peut être responsable d’une infection et aussi peut être un
contaminant.
*Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, et Staphylococcus
saprophyticus (chez la femme) sont des germes dont le rôle est bien établi dans
l’infection urinaire
*Les Staphylocoques coagulase négative sont en nette augmentation dans les
infections urinaires, mais ils ne peuvent être incriminés que s’ils sont retrouvés
dans un deuxième prélèvement surtout en l’absence de leucocyturie, car ce sont
des bactéries de la flore cutanée.
*Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus meticillino- résistant sont
incriminés avec une numération ≥ 104UFC/ml dans les cas suivants :
- Malade hospitalisé
- Prise d’antibiotiques à large spectre
- Intervention sur l’arbre urinaire
- Streptococcus agalactiae, retrouvé chez la femme enceinte.
* Enterobacter sp, Serratia sp., Citrobacter sp et Proteus indole positif sont des
bactéries responsables surtout d’infections urinaires nosocomiales.
Résultat sur BCP :
Taille des colonies Aspect des colonies Orientation
Petite taille < 1mm Ronde Bombée Catalase +
Milieu bleu ou légèrement Staphylocoques
jaune Ronde peu bombée Catalase –
transparents Entérocoques
Moyenne à grande taille (1- Ronde peu bombée Escherichia Coli
2mm) donc lactose + Ronde très bombée grasse Klebsiella
Moyenne à grande bleue Contour irrégulier odeur de Pseudomonas (aérogenosa)
(1-2mm) jasmin ou de miel
Très petite colonies bleues / Bacille + courts
(limites de la visibilité) corynebacteris longs
lactobacills levures

6. Résultats d’antibiogramme :
- la bactérie est sensible à ATB quand la CMI est inférieure à la concentration
critique inférieure (dose minimale d'ATB qu'un malade peut recevoir sans
dangers et qui fait effet sur la souche bactérienne). Ceci signifie qu'il suffit d'une
faible concentration d'antibiotique pour tuer les bactéries.
- la bactérie est résistante à l'antibiotique quand la CMI est supérieure à la
concentration critique supérieure (dose maximale d'antibiotique qu'un malade
peut recevoir sans dangers et qui fait effet sur la souche bactérienne.).la dose
nécessaire pour tuer les bactéries est bien trop élevée pour être supportée chez
l'homme sans effets secondaires importants. Cet antibiotique ne peut pas être
utilisé pour traiter une infection.

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- la bactérie est intermédiaire à l'antibiotique quand la CMI est comprise entre les
deux concentrations critiques. Il ne faut pas utiliser cet antibiotique.

II. Coproculture (examen des selles) :

Introduction :
Le tube digestif de l'être humain contient une importante flore microbienne
commensale, bien que dans certains cas, il y ait la présence d'autres bactéries
réputées par leur pouvoir pathogène.
Cet examen est demandé en cas de diarrhée, il peut aussi être réalisé dans un
bilan d'une intoxication alimentaire. Le délai d'exécution est de 1 à 3 jours avec
un test d'antibiogramme
Objectif :
• Rechercher et isoler les bactéries responsables de diarrhées.
• Identifier ces bactéries en donnant l'antibiogramme.
La démarche diagnostique:
1- Prélèvement des selles :
a- Chez l'adulte et l'enfant : un peu de selles suffit dans un flacon hermétique.
b- Chez le nourrisson : un écouvillonnage récital suffit.
- Un échantillon muco-purulent ou sanglant est choisi lorsqu'il en existe.
- le choix du flacon idem que l’ECBU.
2- Technique :
Premier jour :
Examen macroscopique :
- Il est important de noter l'aspect macroscopique des selles, car il nous aidera à
choisir les milieux de culture.
-Les selles peuvent être liquides, molles ou solides.
-Elles peuvent être aussi hémorragiques.
Examen microscopique :
-Si les selles sont solides ou molles, nous devons préparer une suspension.
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-L'état frais permet d'observer la morphologie des bactéries, leur mobilité ainsi de
déceler la présence des leucocytes et d'hématies. Il est possible de révéler des
parasites.
-L'examen des selles après coloration permet d'étudier l'équilibre de la flore
(concernant le Gram, la morphologie).
-Si les selles sont liquides, l'examen microscopique est important pour
orienter les cultures :
-La présence des leucocytes montre que la diarrhée est á germes invasifs
(provoquent la lésion des tissus), les germes caractéristiques sont : Salmonella sp,
Shigella sp, Campylobacter sp.
- En cas d'absence des leucocytes, la diarrhée est du aux germes
enterotoxigéniques, les germes caractérisant ce cas sont : Vibrio cholerae,
Aeromonas sp.
Mise en culture :
Les germes recherchés systématiquement :
•Salmonelles et Shigelles:
-Concernant les Salmonelles, un milieu d'enrichissement est indispensable tel que
: bouillon au sélénite - milieu Leifson ou Muller Kauffmann avec 0.5ml de selle,
puis incubation á 37°C. -Il n'existe pas un milieu d'enrichissement pour les
Shigelles.
-Il est important de repiquer le milieu d'enrichissement des Salmonelles sur
gélose sélective après 3-6h maximum d'incubation afin d'éviter la multiplication
des bactéries commensales mal inhibées au-delà de ce temps.
-Les milieux sélectifs les plus utilisés pour l'isolement de Salmonelles et de
Shigelles sont : gélose SS, gélose Hektoen.
-L'incubation se fait pendant 24h à 37°C.
•E .coli:
-Recherchée systématiquement chez l'enfant moins de trois ans.
Autres germes :
• Levures :
Leur présence se révèle lors de l'observation microscopique à l'état frais. Dans ce
cas, on utilise le milieu Sabouraud + chloramphénicol.
•Staphylococcus aureus :
Recherchée en cas de toxi-infection alimentaire, le milieu utilisé Chapman.
•Vibrio cholerae :
Recherchée directement sur milieu sélectif(GNAB) et après enrichissement par
EPA, puis repiquage après 3heures sur GNAB et sur EPA, puis repiquage de ce
dernier dans GNAB. Incubation 37°C/24h.
Deuxième jour :
Repérage des colonies :
Caractérisation et identification biochimiques des colonies suspectes.
1- Les colonies suspectes de Salmonelles et de Shigelles sur gélose Hektoen sont
transparentes, vertes, elles sont lac, H2S + ou -. - On réalise un test d'oxydase
instantané, afin d'éliminer les Pseudomonas qui sont oxy + - Réaliser un test

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TITRE DE L’ETUDE

d'uréase - Après incubation, ajouter le réactif de KOWACS - Ensemencer sur


milieu Kliger Hajnaincubation 24h/37°C.
- Pour les colonies saumons, on élimine les Proteus par le test d'uréase sur milieu
urée indole, Proteus est uréase+ (le milieu devient rouge en 2heures) a- Urease +
:Proteus. b- Urease : ajouter le réactif de Kowacsindole +Possibilité d'avoir
E.coli.
2- Les tests effectués pour E.coli sont : lactose, acétoïne, citrate, H2S, gaz.
3- Les Staphylocoques pathogènes forment des colonies pigmentées, entourées
d'une auréole jaune due à la fermentation du mannitol. Les tests effectués sont :
cat(+), coagulase(+).
4- Pour l'identification des Vibrio cholerae, qui se présentent en colonies
transparentes bleutées, on effectue un test d'oxydase (oxy+), catalase (cat+), urée
indole, TDA
L'antibiogramme : L'antibiogramme est impératif pour Salmonella, Shigella, E.
coli et pour V. cholerae.
Troisième jour :
Lecture des résultats d'identification biochimique et de l'antibiogramme.
Salmonella, Shigella :
Hajna Kligler
Tests Lac H2s Uréase Indole
Glucose Gaz LDC

Salmonella - +/- - - + + +

Shigella - - - - + - -

- Les Salmonelles sont sensibles à l'amoxicilline.


- Les Shigelles sont sensibles à la céphalosporine.
-E.coli : oxy, Lac+, indole+, acétoïne, citrate, H2S, gaz+, uréase.
-Staphylococcus aureus: cat+, coagulase+, mannitol+.
-Vibrio cholerae: oxy+, cat+, urée, indole+, TDA.
- Les Vibrio sont sensibles aux sulfamides et aux tétracyclines.
-Donc, un résultat normal se traduit par l'absence de bactéries
entéropathogenes, il y a seulement la présence de la flore commensale dont on
retrouve 10% d'Entérobactéries surtout les Colibacilles. En cas de pathologie,
il y ait la présence d'Entérobactéries pathogènes.
Entérobactéries H2S+ Copro
Salmonella Proteus Citrobacter
Mobilité + Mobilité + Mobilité +
Mannitol + Mannitol - Mannitol +
Citrate + Citrate - Citrate +
Urée - Urée + Urée -
Indole - Indole +/ - Indole +/ -
Lactose - Lactose - Lactose +/ -
Sucre - Sucre +/ - Sucre +/ -
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TITRE DE L’ETUDE

Parasitologie des selles :


La parasitologie des selles met en évidence les parasites qui colonisent le tube
digestif de l'homme. Cet examen est prescrit pour toute personne présentant des
douleurs abdominales, diarrhées, fièvres. Il est demandé également pour des
personnes ayant des troubles digestifs.
But d'examen :
Il permet d'affirmer l'existence d'une parasitose intestinale.
Prélèvement :
Avant le prélèvement, éviter les aliments riches en fibres, et certains
médicaments . Les selles recueillies dans un pot stérile devront être rapidement
transmises au laboratoire.
Déroulement d'examen :
1- Examen macroscopique :
Cet examen permet de noter la couleur, la consistance, la présence du sang, de
mucus, ainsi la présence de parasites visibles á l'oeil nu.
2- Examen microscopique :
Met en évidence les kystes et les formes végétatives de protozoaires ainsi que les
oeufs et les larves d'helminthes. Il comprend deux étapes :
a- Examen direct : Se fait à l'état frais entre lame et lamelle et s'effectue sur des
selles fraîches liquides ou en suspension (selle solide), il permet de rechercher le
maximum de protozoaires et de kystes.
b- Examen après concentration : Permet la recherche des œufs et des kystes qui
sont en petites quantités invisibles par l'examen direct. Résultats :
- Résultats normaux : Absence de parasites dans les selles.
- Résultats anormaux : La présence de parasites. Tab : Principaux parasites
des selles chez l'homme.
Protozoaires Sporozoaires (coccidies)
Infusoires (Balantidium coli)
Flagellés(Giardia)
Rhizopodes (amibes)
Helminthes=Nématodes Ascaris lombricoïdes Trichuris trichiura
(trichocéphale)
(Vers ronds) Enterobius vermicularis (oxyure)
Strongyloides stercoralis (anguillule
intestinale)
Plathelminthes (vers plats) Distomatoses (douves)
Schistosoma (bilharzies) Cestodes(Taenia)
Prélèvement sanguin :
Après préparation de la salle et du matériel de prélèvement :
1- choix de la veine :
•Poser un garrot légèrement serré au-dessus du pli du coude
•Recherche de la meilleure veine.
2- Antisepsie :
• Passer sur la zone choisie un antiseptique le plus souvent de l'alcool sans
repasser sur la zone déjà traitée
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TITRE DE L’ETUDE

3- Introduction de l'aiguille :
•Positionner l’aiguille.
•Piquer, en tirant vers le bas, la peau sous le point de piqûre, puis aspiré.
4- Retrait de l'aiguille :
• Positionner au niveau du point de piqûre un coton propre et enlever l’aiguille.
5- Remplissage des tubes :
• Remplir le tube jusqu'au trait indique sur celui-ci et l'agiter.
• Eliminer les aiguilles
• Il faut identifier les tubes pour ne pas confondre les résultats.

Les tests effectués :


1- Glycémie :

• Cet examen est demandé pour la surveillance de l'évolution du taux de glucose.


• Il est basé sur une méthode enzymatique colorimétrique.
• Pour la mise en évidence du taux de glucose, on a besoin de 3 tubes :
- Le 1er du blanc contenant 1 cc du réactif de travail
-Le 2eme d'étalon contient 1ml du R de travail +0.1 ml R3
Celui d'ech, contient 1ml de R de travail +0.1ml du sérum
•Il faut agiter les tubes et attendre 30mn pour mesurer la D.O á 505 nm.
•D.O Calculer le taux du glucose (G = g/l).
 Valeurs normales : 0.70 -1.05 g/l
2- Créatinine :

• Le dosage de la créatinine est prescrit pour le diagnostic d'une altération de la


fonction rénale et pour la surveillance des sujets insuffisants rénaux.
• C'est une méthode colorimétrique cinétique.

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TITRE DE L’ETUDE

• Pour le dosage, on à besoin de 2 tubes un du standard et l'autre pour l'ech, le


zéro du spectrophotomètre est ajusté par l'air. Ici, nous devons prendre 2 valeurs
de D.O (la 1ere après 30S et la 2eme après 1mn á une longueur d'onde de 492nm.
 D.O ech Créa = 20 mg/l
 D.O etalon Créa: 7 -14 mg/l

3- Acide urique :
• Ce test est prescrit pour la surveillance des insuffisants rénaux.
• Le dosage de l'A.U est basé sur des réactions enzymatiques (colorimétriques)
• La valeur de D.O est prise pour l'ech et l'étalon après le réglage par le blanc à
une longueur d'onde de 510nm.
 D.O ech A.U = 60 mg/l.
 D.O etalon Hommes : 34 - 70 mg/l

Femmes : 25 - 60 mg/l
4- Cholestérol total :
• Puisqu'il fait partie des lipides, il est prescrit dans un bilan lipidique.
• Concernant la technique, semblable à celle de la glycémie.
• La D.O est prise à 500nm
 D.O ech CHO = 2 g/l.
 D.O etalon CHO< 2.2 g/l

5- Triglycérides :

•Cet examen est prescrit pour le diagnostic des hyperlipidémies, ainsi dans un
bilan lipidique.
•Le principe du dosage est colorimétrique.
•Un taux très élevé en T.G est remarqué sur le sérum (celui-ci est trouble même
après la centrifugation).
• Les D.O de l'étalon et d'ech sont notées, après le réglage du zéro par le blanc
 D.O ech T.G = 2 g/l.
 D.O étalon T.G=0.35 - 1.35 g/l

6- Vitesse de sédimentation (VS) :


•La VS est la mesure de la chute des hématies en mm/h sur un ech de sang.
•Pour la prise de VS, on utilise un tube au citrate (anticoagulant).
•Cet examen est prescrit pour le dépistage des maladies infectieuses.
•Pour la mesure, on utilise des pipettes Westergreen et on note 2 valeurs (la 1ere
après 1h et la 2emeaprès 1h de la 1ere prise).
 Valeurs normales : Hommes : 3 - 15 mm

Femmes : 7 - 20 mm
7/-FNS :
C’est le Formule Numérique Sanguin est un examen sanguin particulièrement
complet après le prélèvement du sang au niveau la salle de prélèvement puisqu'il
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TITRE DE L’ETUDE

permet à la fois de comptabiliser et d'analyser qualitativement les différents


composants sanguins. Cette polyvalence en fait d'ailleurs l'un des examens
exploratoires de référence. Cette examen peut donne des plusieurs résultat :
(GB/Lymphe/Mid/Gran/%Lymph/%Mid/%Gran/HGB/GR/HCT/VGM/TMH/CC
MH/IDR-CV/IDR-DS/PLT/VMP/IDP/PCT)

8- Groupe sanguin (groupage) :


• Les 4 groupes sanguins (A, B, AB, O) sont déterminés par la présence ou
l'absence de 2 protéines agglutinogènes se trouvent à la surface des hématies et
jouant le rôle des Ag : protéine A et protéine B.
• La méthode consiste à poser 3 gouttes de sang sur une lame, on ajoute une
goutte de chaque sérum (anti A, anti B, anti Rh), sans toucher le sang.
•Avec un bâtonnet en plastique, on mélange la goutte du sang et celle du sérum.
•Après 30S environ, bouger la lame d'un mouvement circulaire et noter le
résultat. Tab : résultats possibles du groupe sanguin

Sérum test anti A Sérum test anti B Sérum test anti AB Résultat groupe
A

AB

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Sérum test groupe Sérum test groupe B Sérum test groupe Résultat groupe
A O
A

AB

: Agglutination

: Pas d’agglutination (pas de changement)


Tab : résultats possibles du groupe sanguin
Conclusion :
- Durant notre stage, nous avons remarqué que le personnel du laboratoire
néglige les conditions d'asepsie tels que les gants, le masque..., alors qu'ils nous
les conseillent
- Du coté bactériologique (ECBU, Coproculture), ces laborantins se basent sur
l'étude cytologique et délaissent la culture et l'identification bactérienne dans son
aspect particulier c.-à-d. le suivi des étapes.
- Concernant le dénombrement des leucocytes, ils utilisent une méthode semi
quantitative c.-à-d. non précise (- / + / ++).
- La recherche des parasites est limitée á l'examen microscopique direct.
-D'une façon générale, le stage a été bénéfique puisque nous avons pu voir de
près le déroulement des tests et certain temps de manipuler.
-Un stage plus long serait meilleur pour nous afin d'en savoir d'avantages.

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https://www.google.com/maps/@33.6723881,1.016909,356m/data=!3m1!1e3

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