Introduction

La microbiologie est l'étude des organismes

microscopiques, tels que les bactéries, les virus, les
archées, les champignons et les protozoaires.
Cette discipline comprend la recherche fondamentale
sur la biochimie, la physiologie, la biologie cellulaire,
l'écologie, l'évolution et les aspects cliniques des
micro-organismes, y compris la réponse de l'hôte à
ces agents.
Objectif Du Module Hygiène Hospitalière

Au terme de cet enseignement , l’apprenant

doit être capable de promouvoir l’hygiène ,
de prévenir et de lutte contre les infections
nosocomiales .
Le mode microbienne
Notions de microbiologie
 Définitions De La Microbiologie
Grec: Mikros, «petit» et Organismos, «organisme»
 Organisme microscopique qui comprend soit une
seule cellule (unicellulaires) ou amas de cellules
identiques,
Ils comprennent:
 Agents transmissibles conventionnels : les bactéries,
les virus, les parasites et les champignons.
 ATNC (agent transmissible non conventionnel) :
Prion
 Types d’agents pathogènes :
 Tous les micro-organismes (germes) n’ont pas les mêmes capacités à
provoquer des infections, certains étant pratiquement toujours associés
à des manifestations cliniques (maladies) alors que d’autres ne
provoquent qu’exceptionnellement des maladies.
 Les pathogènes obligatoires :
Un agent infectieux pathogène obligatoire est soit :
 Un micro-organisme qui ne fait pas partie de notre flore normale et
qui provoque une infection. Son identification est toujours
pathologique, ce qui veut dire que sa présence provoque en règle
générale des manifestations cliniques (ex : le virus VIH, la bactérie du
choléra,…)
 Un micro-organisme pouvant faire partie de notre flore mais dont la
présence (l’identification) dans certains sites ou localisations
entraîne en règle générale des manifestations cliniques, exemple :
 la bactérie de la méningite à méningocoque peut être retrouvée dans la
gorge sans infection alors que sa présence dans le liquide céphalo-
rachidien (LCR) provoque toujours une méningite.
 Les pathogènes occasionnels
Un agent infectieux pathogène occasionnel est un
micro-organisme qui peut faire partie de notre flore
normale sans entraîner de manifestation clinique mais
qui peut dans certaines circonstances être responsable
des maladies (exemple : Staphylocoque épidermidis de
la peau peut infecter occasionnellement une blessure).
Un agent infectieux opportuniste est un germe qui
est habituellement peu agressif mais qui peut le
devenir et provoquer des infections graves dans
certaines circonstances, en particulier chez des
patients présentant une altération des défenses
immunitaires (exemple : Pneumocystis carinii
provoque des pneumonies chez le patient VIH).
 Types de micro-organismes
1. Les bactéries
- Les bactéries sont des micro-organismes unicellulaires, de petite taille (1 à 2 μ de
diamètre)
- Ce sont des cellules Procaryote : qui ne possèdent qu'un seul chromosome et qui sont
dépourvu de membrane nucléaire. Pas de mitochondrie, pas de réticulum endoplasmique
et pas d'appareil de golgi.
- Par contre la plupart des bactéries possède un constituant qui leur est spécifique: Le
peptidoglycane
- En fonction de sa quantité dans la paroi ça va définir un mode de classement (Le GRAM + /
GRAM -)
* Beaucoup de peptidoglycane : GRAM + (rose foncé)
* Peu de peptidoglycane : GRAM - (rose clair)
- C'est le site d'action des pénicillines (casser la paroi)
Rôle des éléments de la cellule bactérienne
Éléments Rôles

ADN chromosomique Support de l'information génétique.

Ribosomes Synthèse des protéines.
Cytosol Siège du métabolisme

Paroi et membrane – Délimitation, perméabilité sélective, rôle

plasmique toxique et antigénique chez les bactéries à
gram négatif.
– Résistance contre les chocs osmotiques.
– Antigéniques.
– Support des flagelles.

Inclusions Réserves.
Capsule – Résistance à la phagocytose.
– Antigénique.
Flagelles et cils Mobilité et adhérence
 Les spores :
 Lorsque les conditions extérieures deviennent
défavorables, certaines espèces bactériennes ont la
possibilité de former une spore.
- La spore est une structure de résistance.
- Il n’y a pas d’échange avec le milieu extérieur, la bactérie
ne se nourrit plus et stoppe toute activité.
Ex : tétanos
La spore peut résister ainsi :
- A une pénurie de nourriture.
- A une élévation de température.
- A une dessiccation Aux désinfectants.
 Sporulation et germination des bactéries
Température et reproduction des germes
 LES VIRUS :
A- Définition du virus :
-Le mot virus est issu du latin virus, qui signifie « poison ».
-Un virus est une entité biologique qui nécessite une
cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se
multiplier.
-Les virus sont des agents infectieux microscopiques
possédant un seul type d’acide nucléique (ADN ou
ARN), ne pouvant se reproduire qu’à l’intérieur d’une
cellule, et parasitant aussi bien les êtres vivants
pluricellulaires (animaux et végétaux) que les
unicellulaires (bactéries).
 Structure des virus
-Les virus sont composés :
*d’un acide nucléique (AND ou ARN) formant son génome
* d’une Capside = manteau de protéine protectrice
*L’ensemble acide nucléique + capside = Nucléocapside
-La nucléocapside peut avoir une symétrie hélicoïdale,
icosaédrique ou complexe
-Ils peuvent avoir ou non une enveloppe composée de lipides
dérivés de la cellule hôte.
Structure d’un virus
a- Le génome viral
A l’opposé du génome cellulaire, l’information est
fortement comprimée avec souvent chevauchement
des gènes par chevauchement des trois cadres de
lecture.
ARN ou ADN
b- La capside virale
Elle est constituée de protéines assemblées de
façon géométrique dont certaines ont des
propriétés antigéniques. A deux rôles :
 renferme et protège l’acide nucléique
 permet l’attachement du virus à la cellule hôte (cas
des virus nus= sans enveloppe)
c- L’enveloppe virale (peplos)
Elle est constitutive de certain virus et dérive par
bourgeonnement du virus à partir de la cellule hôte:
 soit à partir de la membrane cytoplasmique : cas du
VIH et du virus de la grippe
 soit à partir de la membrane nucléaire : cas des virus
Herpès (aux étapes précoces)
 également à partir des membranes intra
cytoplasmiques (RE, Golgi, Vacuoles) : Rubéole
- Elle est composée de : bicouche lipidique cellulaire,
glycoprotéines virales sous forme de spicules
- La face interne de l’enveloppe virale peut être dans
certains cas associée à une protéine virale = Matrice
Formation de l’enveloppe virale par
bourgeonnement (ex : virus de la grippe)
Propriété des virus (enveloppé et nu)
d- Glycoprotéines
 Protéines transmembranaires qui servent de ligand
pour les récepteurs cellulaires et de système de
reconnaissance pour les anticorps
C – Classification
-Basée sur l'ensemble des données biochimiques et
morphologiques
* Selon le génome :
1- la nature du matériel génétique
- ADN
- ARN
2- la structure de l'acide nucléique
- Monocaténaire
- Bicaténaire
3- la forme de l'acide nucléique
- linéaire
- circulaire
- non segmenté
- segmenté
* Selon l’enveloppe :
- virus nus (N)
- virus enveloppés (E)
* Selon la symétrie de la capside :
- symétrie hélicoïdale (H) : virus Ebola
- symétrie complexe : VIH
D- Réplication des virus (infection virale)
-Ce sont toutes les étapes que doit subir un virus pour
aboutir a la production de nouvelles particules virales
(virions)
LES PARASITES :
A. Définition :
- Un parasite est un organisme qui vit au dépend de son
hôte.
- L'hôte fournit au parasite l'habitat et les ressources dont
il a besoin pour vivre.
- L'hôte n'a pas besoin du parasite pour vivre, il en subit
même parfois des effets néfastes.
- Symbiose : Parfois, les parasites sont bénéfiques
pour l'organisme parasité : on parle alors de
symbiose (équilibres des flores intestinales ou
vaginales).
B. Différents types de parasites (selon la localisation)
- Ectoparasites : parasites localisés sur les parties
externes de l'hôte (la peau et les phanères) ou bien
dans des cavités débouchant sur l'extérieur, comme la
cavité buccale ou les cavités branchiales.
- Mésoparasites : parasites qui pénètrent dans l'hôte
sans effraction (sans perforation de tissus). Ils
peuvent s'installer dans l'intestin, le foie, les poumons,
les sinus, l'appareil excréteur, etc ...
- Endoparasites ou Euparasites (Eu = vrai) : parasites
qui entrent et sortent de l'hôte par effraction. Ils
peuvent ainsi atteindre des organes comme le cerveau,
le cœur ou plus généralement, l'appareil circulatoire.
C. Parasitisme :
Le parasitisme est une relation non réciproque entre
des organismes de différentes espèces où un seul des
deux, le parasite, bénéficie d'avantages au détriment de
l'autre, l'hôte
D. modes de parasitisme
 Parasitisme permanent
– Un être vivant est parasite tout au long de sa vie chez
un ou plusieurs hôtes
 Parasitisme temporaire
– Un être vivant n’est parasite que pendant une (courte)
période de sa vie
E. Types de parasites (selon la forme)
a. Les parasites faits d'une seule cellule
(unicellulaire)
- On les appelle des protozoaires. Ils ne vivent pas en
colonie.
- Ils se déplacent, soit grâce à des flagelles (sorte de
petit filament qui s'agite à l'arrière) comme c'est le cas
des trypanosomes dans la maladie du sommeil, soit
grâce à des ondulations ou des structures de sa
membrane externe, comme c'est le cas des amibes.
 Les Protozoaires = cellules eucaryotes ont :
- Un système de cyto-membranes (y compris une enveloppe
nucléaire)
- Une organisation complexe et originale du génome
- Des éléments de cytosquelette et systèmes moteurs associés
(y compris l’appareil mitotique)
 Des organites métaboliques cytoplasmiques (Golgi, réticulum
etc…)
Ils se présentent sous plusieurs états :
- Etat végétatif (trophozoïte,…),
- Etat sexué (gamétocyte, gamète…),
- Etat de multiplication
- Etat de latence, qui peut se produire pendant une phase
asexuée (kyste) ou sexuée (oocyste)
Les Protozoaires parasites peuvent être :
 Extra-cellulaires :
– Trypanoma brucei (maladie du sommeil)
Intracellulaires :
– Toxoplasma
 Alterner entre les deux :
– Plasmodium (GR)
– Leishmania (macrophage)
b. Les parasites microscopiques faits de plusieurs
cellules (multicellulaires) :
- On les appelle des métazoaires :
1. Les helminthes : - Organismes pluricellulaires, complexes.
- Ce sont des vers (peuvent se développer dans un milieu
particulier : dans le tube digestif ou dans le foie ; ex: douve
du foie ou sous la peau comme les filaires).
Exemple : le vers solitaire (Tenia)
- Ils ont des formes très diverses: ronds comme les oxyures ,
plats comme les plathelminthes, etc.
2. Les acariens :
- Organismes pluricellulaires (petits insectes
microscopiques invisibles à l'œil nu)
- Ces parasites restent en surface (peau, poils, cheveux)
Exemple : les poux, les puces, la gale
F. Mode de transmission
Par contact direct :
- D’un sujet à l’autre,
- Maladie sexuellement transmissible.
- Absorbant dans l'alimentation lorsqu'ils sont sous forme de
kyste,
- Piqure par un insecte qui a lui-même été parasité
 Par contact indirect
- Avec le linge, la literie, les surfaces inertes.
- post-transfusionnel and post-transplantation (Toxoplasma
gondii, Trypanosoma cruzi et Leishmania sp).
Les parasites sont associés à des infections acquises
dans la communauté, mais très exceptionnellement
4. LES CHAMPIGNONS :
- Les champignons ne ressemblent ni aux animaux ni aux
végétaux ni aux bactéries.
- Ils appartiennent, dans la classification de Whitteker, à
un règne propre : les champignons ou fungi.
- Ce sont des cellules eucaryotes incapables de réalisé la
photosynthèse.
- Il existe des espèces pathogènes pour l’homme et des
espèces dont l’homme se sert pour fabriquer des
boissons, du pain, du fromage, etc
A. Définition :
Des organismes eucaryotes dépourvus de chlorophylle,
hétérotrophes dont la nutrition se fait exclusivement et directement
par absorption. Comme ils sont dépourvus de chlorophylle, ils doivent
trouver une source de carbone pour se développer, soit provenant
des matières organiques en décomposition ou d'êtres vivants.
B. Morphologie :
- Les champignons se présentent sous deux formes essentielles : les
champignons filamenteux et les champignons levuriformes. A ces
deux formes on rajoute la forme de résistance et les
champignons dimorphiques.
a. Les champignons filamenteux :
- Qui existent uniquement sous forme de filaments.
- La reproduction se fait selon deux modes : asexué et sexué
Ex: Les moisissures (putréfaction): micro-organismes
pluricellulaires (plusieurs cellules eucaryotes identiques)
b. Les champignons levuriformes:
- Une levure est un élément unicellulaire (une seule
cellule eucaryote), en principe uni-nucléé, qui se
reproduit par bourgeonnement.
- Là également la reproduction se fait selon deux
modes :
* asexué : par bourgeonnement simple ou multiple.
* sexué
c. Les formes de résistance :
 Placé dans des conditions défavorables, la levure
va donner naissance à une chlamydospore par
épaississement de la paroi du champignon.
Dès que les conditions redeviennent favorables, la
chlamydospore donne à nouveau une levure.
d. Les champignons dimorphiques :
Ce sont des champignons filamenteux en milieu de
culture et levuriformes dans les tissus humains.
C. Pouvoir pathogène :
a. Facteurs favorisants et pouvoir pathogène :
Un grand nombre de champignons potentiellement pathogènes pour
l'homme sont des saprophytes dans la nature et deviennent pathogènes
à l'occasion d'un affaiblissement des défenses.
 Certains champignons sont pathogènes dès qu'ils pénètrent dans un
organisme, d'autres vont profiter de circonstances particulières pour
jouer un rôle pathogène (traitements immunosuppresseurs,
corticothérapie, antibiothérapie au long court).
La source de contamination peut-être un animal ou exclusivement
humaine
b. Portes d'entrée :
Cutanée : contact direct homme-homme, homme-animal, homme-
sol.
Transcutanée : exemple aiguille contaminée.
 Digestive : rare
Respiratoire : la plus fréquente
c. Le prélèvement :
- C'est une étape capitale, de sa qualité dépendra la qualité du
résultat.
- Les échantillons récoltés dépendent de la localisation de la
mycose :
* Cutanée : squames, cheveux, poils, ongles, pus.
* Sous-cutanée : ponctions d'abcès.
* Muqueuse : écouvillonnage stérile.
* Digestive : Selles
* Broncho-pulmonaire : crachats, aspiration bronchique,
biopsie.
* Viscérale : cérébrale (LCR), rénale (urine), endocardites,
septicémies (sang) Biopsies
* Sérum : pour les sérologies