Chapitre II – Caractérisation et classification des microorganismes

I. Place des microorganismes dans le mande vivant

1. Première classification : C. Linné (18ème siècle) 2 règnes.

Bien avant, les êtres vivants étaient classés dans le règne des végétaux ou dans le règne des
animaux.
La découverte des microorganismes a rendu difficile leur classement à cause de leurs
caractères qui ne correspondent ni à l’un ni à l’autre des deux règnes. Ainsi, les
microorganismes de grande taille, mobiles et dépourvus du pouvoir photosynthétique sont
rangés dans le règne animal. Alors que les autres sont classés dans le règne végétal (Tableau
1).
Tableau 1 : Classification du mande vivant selon deux règnes.
Plantes Animaux
Cyanobactéries Protozoaires
Bactéries Métazoaires
Chrysophytes
Algues vertes, brunes et rouges
Moisissures
Champignons
Bryophytes
Trachéophytes

2. Création du règne des Protistes :

Certains microorganismes possèdent simultanément les propriétés des deux règnes ; d’où la
difficulté de les classer.
Exemple : Euglena gracilis
 Ne possède pas de membrane cellulosique
Donc : elle peut être considérée comme
 Mobile par des flagelles un animal.

 Possède des chloroplastes Elle peut être considérée comme un végétal.

Dans quel règne faut-il alors les classer ?

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Heackel (1868) propose alors la création d’un 3éme règne des Protistes regroupant : les algues,
les mycètes, les protozoaires et les bactéries.
Ce règne possède 2 caractéristiques distinctives :
 Organisation biologique relativement simple.
 Unicellularité ou absence de différenciation tissulaire chez les microorganismes
pluricellulaires (pas de spécialisation fonctionnelle).

Tableau 2 : Deux classification du mande vivant selon trois règnes

Protistes Protistes
Cyanobactéries Cyanobactéries
Bactéries Bactéries
Protozoaires Protozoaires
Moisissures visqueuses Chrysophytes
Plantes Algues vertes, brunes et rouges
Chrysophytes Moisissures visqueuses
Algues vertes, brunes et rouges Mycophytes
Champignons Plantes
Bryophytes Bryophytes
Trachéophytes Trachéophytes
Animaux Animaux
Métazoaires Métazoaires

Plusieurs classifications des êtres vivants selon trois règnes ont été proposées. Mais, elles
présentent de grandes différences.

3. Classification de whittaker (1969) :

On crée 2 nouveaux règnes :
Monères ; regroupant les protistes procaryotes (Cyanobactéries, Bactéries).
Mycètes : regroupant les moisissures, les levures et les champignons vrais.
Les principaux critères de cette classification sont :
 La complexité de l’organisation cellulaire
• Présence ou absence de composés comme la chitine, la cellulose…
• Présence ou absence d’organisation coenocytique.
• Mode de reproduction
 Le type nutritionnel (Hétérotrophie, autotrophie).

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Tableau 3 : Classification du mande vivant selon cinq règnes (classification de

Whitaker).
Monères Plantes
Cyanobactéries Algues vertes, brunes et rouges
Bactéries Bryophytes
Protistes Trachéophytes
Protozoaires Animaux
Chrysophytes Métazoaires
Moisissures visqueuses
Mycètes
Moisissures
Levures
Champignons vrais

4. Classification biologique contemporaine (classification de Woese 1981)

Le développement des techniques de biologie moléculaire a permit de caractériser les gènes
qui codent pour les ARN ribosomaux (ARNr). En comparant une multitude de séquences
d’ARNr 16S, appartenant à divers organismes vivants, il est arrivé à diviser les organismes
vivants en trois domaines. Le domaine des Bacteria ou Eubacteria (procaryotes) le
domaine des Archaea et le domaine des Eucarya (animaux, plantes, les mycètes et les
protistes supérieurs).
La classification contemporaine est résumée dans la figure suivante :

Figure 1 : Classification biologique contemporaine des organismes vivants

4.1 Caractéristiques générales de la cellule eucaryotes et procaryote

Le progrès de la microscopie électronique à permis de distinguer les cellules eucaryotes
(plantes, animaux et protistes supérieurs) des cellules procaryotes (protistes inferieurs).
 Cellule Eucaryote : « eu » = vrai, « karyote » = noyau

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La cellule eucaryote comprend un « vrai » noyau entouré d’une enveloppe nucléaire et

contenant deux jeux semblables de chromosomes (homologues). Elle est diploïde (2n). Son
cytoplasme, siège des activités métaboliques de dégradation et de synthèse, est constitué d’un
milieu homogène, le hyaloplasme, dans lequel baigne un grand nombre d’organites
cellulaires : réticulum endoplasmique, mitochondries, appareil de Golgi, lysosomes,
peroxysomes, etc. (Figure 2*
).
Les eucaryotes se divisent par mitose et souvent aussi par méiose.

Figure 2 : Organisation d’une cellule eucaryote

Cellule procaryote « pro » = primitif, avant ; « karyote » = noyau

Ces cellules se caractérisent par l’absence d’un vrai noyau et la présence d’un appareil
nucléaire diffus dans le cytoplasme de la cellule dite haploïde (Figure 3).
D’autres caractéristiques comme la taille étroite des cellules et la réduction des constituants
cytoplasmiques en nombre et en nature sont attribuées aux procaryotes.
Les procaryotes comprennent :
- les archées (ou archéobactéries) : bactéries vivant dans des conditions extrêmes ;
- les bactéries (ou eubactéries) : la majorité des bactéries qui se trouvent dans notre
environnement.
Les procaryotes se divisent par fission binaire (scissiparité).

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Figure 3 : Organisation d’une cellule procaryote

Le tableau 4 résume les différences existant entre les cellules eucaryotes et procaryotes.
Tableau 4 : Principaux caractères des cellules eucaryotes et procaryotes

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II. Caractérisation des principaux groupes de Protistes

1. Les algues microscopiques
Ce sont des microorganismes eucaryotes autotrophes, photosynthétiques, immobiles au stade
adulte et caractérisé par leur paroi cellulosique rigide.
Autotrophes : organismes capables d’élaborer leurs propres constituants à partir de composés
inorganiques.
Importance :
• Écologique : elles constituent le phytoplancton qui représente le point de départ des
chaines alimentaires.
• Économique : - synthèse des vitamines A, B1, D…
- Production de polyosides alimentaires (Agar-agar, Carraghénine,
Alginates)
- Fabrication d’engrais fertilisants.
• Certains sont pathogènes, Exemple : Gonyaulax produit des substances toxiques ;
Cephaleurus attaque les plantes de café, thé, poivre..

Classification : les algues forment un groupe très diversifié dont la classification repose sur :
- L’organisation cellulaire (unicellulaire, coloniale ou filamenteuse)
- La présence ou l’absence des flagelles
- La nature des pigments photosynthétiques
- La composition chimique des réserves nutritives
- Le cycle vital et le mode de reproduction

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2. Les protozoaires
Ce sont des eucaryotes, unicellulaires, non photosynthétiques, mobiles et hétérotrophes
(organismes incapables de synthétiser leur matière organique à partir des substances
minérales, c'est-à-dire : utilisent des composés organiques comme unique source de carbone).
Importance :
• Écologique : - Ils constituent le Zooplancton qui joue un rôle important dans la chaine
alimentaire
- Ils peuvent assurer la décomposition de la matière morte.
• Médicale : certains sont pathogènes. Exemple : Plasmodium malariae Paludisme.

Classification : elle est basée sur : - la présence ou non d’un appareil locomoteur
- La nature de cet appareil locomoteur (flagelles, cils, pseudopodes…).
3. Les mycètes
Ce sont des protistes eucaryotes, non photosynthétiques, immobiles et hétérotrophes.
Ils sont caractérisés par une paroi cellulaire imprégnée de cellulose ou de la chitine.
Leurs organisation cellulaire est variable :
Unicellulaire Levures
Multicellulaire ou Coenocytique Moisissures
Importance :
Décomposition de la matière et formation de substances chimiques qui augmentent la fertilité
des sols les Saprophytes.
Intérêt industriel :
 Fabrication de boissons alcooliques
 Fabrication de pain et de fromages
 Production de substances organiques complexes d’intérêt industriel (alcools, acide
lactique, acide citrique...) ou pharmaceutique (vitamines, antibiotiques :
Pénicilline…).

Certains sont parasites et donnent des mycoses, ou secrètent des substances toxiques.
Classification : Elle est basée sur les caractéristiques de la reproduction sexuée et sur
l’organisation cellulaire.

4. Les bactéries
Ce sont des protistes procaryotes, unicellulaire, autonomes, ayant une structure simple et une
variabilité métabolique importante. Certains sont photosynthétiques (Cyanobactéries...).
Importance :
 Recyclage de la matière et amélioration de la fertilité du sol.

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 Plusieurs possèdent un intérêt agroalimentaire (fabrication de produits laitiers, de

produits à intérêt industriel).
Certains sont pathogènes.
Classification : Elle basée sur les caractères morphologiques, biochimiques, métaboliques et
génétiques.
5. Les virus
Les virus sont des êtres acellulaires (dépourvus d’organisation cellulaire), visibles seulement
au microscope électroniques.
Ce sont des parasites obligatoires qui ne se reproduisent qu’à l’intérieur des cellules vivantes.
À l’extérieur de leur hôte, ils sont inertes et sont considérés comme des particules.
Ils causent des maladies chez tous les êtres vivants (l’homme, les animaux, les plantes et
même certains microorganismes).
Leur classification est basée sur :
- La nature de l’acide nucléique (ADN ou ARN)
- Le type de symétrie de la capside
- La présence ou l’absence d’une enveloppe
- Le nombre de capsomères ou le diamètre de l’hélice.

III. Taxonomie et nomenclature des microorganismes

II.1 Introduction
La taxonomie est la science qui a pour objet de classer les êtres vivants selon des critères bien
définis. Elle permet d’établir des groupes naturels d’organismes appelés taxons ou phylons
présentant des caractères communs.
En microbiologie, cela nous permet d’identifier (l’identification) les micro-organismes pour
mieux les utiliser ou les exploiter (ceux qui sont bénéfiques) ou bien pour mieux s’en protéger
et de les contrôler (ceux qui sont pathogènes). Il consiste également à classer les bactéries sur
la base de leur similitude en groupes ou taxons (genres, espèces…), à les nommer selon le
code international de la nomenclature des bactéries et à identifier les nouveaux
microorganismes et à déterminer leur appartenance ou non à l’une des espèces les plus
connues.
Une confusion existe entre taxinomie et systématique. La systématique étudie la diversité
biologique et permet de classer, d’organiser les taxons dans un ordre logique.
Enfin, on doit définir la phylogénie, comme l’étude de l’histoire évolutive d’un groupe
d’organisme à partir d’un ancêtre commun. Elle permet de regrouper les organismes selon
leurs liens de parenté.
La nomenclature est l’ensemble des règles qui permettent de donner un nom stable à chaque
taxon et de réglementer la façon de le faire (code international de nomenclature des bactéries).

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On distingue deux catégories de noms : Les noms informels, noms spécialisés et les noms
scientifiques des taxons.
Par exemple : Colibacille = nom informel - E. coli O157, nom spécialisé. On parlera de
l’espèce E. col du genre Escherichia et de la famille des Enterobacteriaceae.
Les noms scientifiques sont des mots latins.
Règles de formation des noms :
On utilise le système binomial du botaniste suédois Carl Von Linné.
La première partie du nom est le nom du Genre, la seconde partie est celui de l’espèce.
Le genre : écrit en Italique. Avec sa première lettre en majuscule. Après sa citation le nom
du genre abrégé à sa première lettre.
L’espèce : écrite en Italique (ou souligné dans les livres et manuscrits). Avec sa première
lettre en minuscule.
La famille : Le nom est fondé sur un genre valide, il est féminin, pluriel et se termine par –
aceae.
Le système de classification biologique est aussi basé sur une hiérarchie taxonomique.

Espèce = groupe de microorganismes présentant en commun le plus grand nombre de

caractéristiques semblables. (L’unité de base de tout système de classification)
Genre = un groupe d’espèces semblables
Famille = un groupe de genres semblables
Ordre = un groupe de famille semblables
Classe = un groupe d’ordres semblables
Embranchement = un groupe de classes semblables
Règne = tous les organismes de cette hiérarchie
Un exemple de structure hiérarchique des taxons
Rang Exemple
Règne Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria
Ordre Enterobacteiales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia
Espèce Escherichia coli

En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et par l’ensemble des souches
considérées comme suffisamment proches de la souche type pour être incluse au sein de la
même espèce.

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Une souche est une population d’organismes descendant d’un organisme unique ou d’un
isolat de culture pure. Au sein d’une même espèce les souches peuvent présenter des
différences légères entre elles qui pourront être caractérisées sur la base :
 de leurs propriétés biochimiques ou physiologiques pour les biovars
 de leurs propriétés antigéniques pour les sérovars
 de leur facteur de virulence pour les pathovars
Plusieurs méthodes ont été développées pour la classification et l’identification des micro-
organismes. On distingue, les méthodes phénotypiques et les méthodes génotypiques.

II.2 Classification phénotypique (classification classique)

La classification phénétique (ou phénotypique) utilise un nombre de caractères considérés
comme importants :
-Observations macroscopiques, microscopiques et caractères tinctoriaux :
Descriptions des colonies (forme, taille, couleur, odeur) ; la morphologie des cellules
(bacille, coque) ; leurs arrangements. Les colorations (Gram, bleu méthylène, acido-alcool-
résistante). Observation de la mobilité à l’état frais.
On peut également rechercher :
 La présence d’endospores ;
 La croissance aérobie, anaérobie (relation vis-à-vis de l’oxygène) ;
 Autotrophie/hétérotrophe (source de carbone) ;
 Phototrophe/chimiotrophe (source d’énergie) ;
 Prototrophe/auxotrophe (besoin en facteurs de croissance).

Les caractères morphologiques sont utiles pour l’identification, mais ne peuvent pas
démontrer à eux seuls les relations phylogénétiques.
-Les Tests métaboliques :
Très importants, ils peuvent distinguer des bactéries très apparentées. On recherche la
présence d’enzymes (oxydase, catalase), la dégradation de l’urée, de l’esculine. La
transformation du lactose et la production de gaz, l’utilisation de différents sucres comme
source de carbone, l’utilisation du citrate, la production d’acétoïne.
Ces techniques ont été miniaturisées dans des galeries spécialisées (API), on peut faire 20
tests sur une même galerie spécifique des entérobactéries (Figure 4).

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Figure 4 : Tests métaboliques en mini galerie

-La méthode sérologique (critères immunologiques) : Le sérodiagnostic et le sérotypage est

basé sur la réaction spécifique antigène –anticorps. Cette méthode permet de différencier
des espèces et même des souches au sein d’une même espèce. Les antigènes ciblés sont les
Ag O chez les Gram négatives, les Ag H flagellaires et les Ag K capsulaires.
-Les tests d’inhibition : On évalue la croissance des micro-organismes sur des milieux
sélectifs, en présence d’antibiotiques (antibiogramme).
- Critères de lysotypie :
La fixation des bactériophages est liée à des sites sur la paroi bactérienne. Le site de fixation
est une protéine spécifique d’un phage. Si le phage est virulent il provoque la lyse bactérienne
(cycle lytique). Ainsi, deux souches capables de fixer les mêmes phages et développant des
cycles lytiques appartiennent au même lysotype et peuvent appartenir à la même espèce.
-Mesure de l’affinité entre les souches :
 L’indice de Jacquard : SAB= (nS+/(nS+ + nd)) X 100

SAB = Coefficient de similitude entre les souches A et B.

nS+ = Nombre de caractère semblables
nd = nombre de caractères différents
Ici seuls interviennent les similitudes entres caractères positifs, les négatifs ne sont pas pris en
considération.
On peut calculer l’indice de pseudo-distance d= 1 – S.
« Cet indice sera autant plus petit que la similitude est grande ».
Limites de la classification phénotypique
Ce sont des techniques non adaptée au diagnostic des bactéries dont la culture est lente ou
difficile (Chlamidia, Rikettsiae…) ou aux germes que l’on ne sait pas cultiver. Il faut
disposer d’une culture pure.
Les progrès réalisés dans la connaissance de l’ADN bactérien permettent des comparaisons
plus fines et précises entre les bactéries et une classification plus juste.

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II.3. Classification génétique :

Les critères recherchés sont :

1. La composition globale en bases GC (coefficient de Chargaff)
Le % GC dans l’ADN est déterminé par mesure de la température de fusion de cet ADN.
L’ADN natif est caractérisé par l’arrangement régulier et parallèle des paires de base le long
de la double hélice. Chaque paire de base constitue un dipôle qui absorbe faiblement la
lumière UV (260 nm) : c’est l’effet hypochrome.
Si l’ADN est soumis à un agent dénaturant, comme la température, la double hélice se sépare
à la suite de la destruction des liaisons hydrogènes entre les bases. Cette modification
structurale se traduit par une température de l’absorption UV : c’est l’hyperchrome.
Cette absorption est maximale lorsque les deux chaines sont entièrement désappariées.
La température de transition (de fusion) Tm est celle pour laquelle la moitié de l’effet
hyperchrome maximum est obtenu (50% des molécules d’ADN sont désappariées).
Comme les paires de bases GC (triples liaisons hydrogènes) exigent pour leur rupture une
température supérieur à celle de la séparation des bases AT (doubles liaisons hydrogènes), la
Tm est en relation linéaire avec le contenu en GC selon De Ley : %GC= 2,44 (Tm – 69,4).

ADN simple brin

ADN 50% des bases appariées

ADN double brin

Figure 5 : Point de fusion Tm

Règles d’interprétation du %GC

 2 espèces ayant des %GC différents n’ont pas de communauté génétique.
 2 bactéries ayant les mêmes séquences nucléotidiques ont nécessairement le même
contenu en G+C. l’inverse n’est pas vrai.
 Les bactéries d’une même espèce doivent avoir le même %GC
2. Hybridation ADN/ADN
Lorsqu’on chauffe l’ADN bicaténaire, ses deux chaines se dissocient donnant 2 brins
monocaténaires (dénaturation). Si l’on refroidit les deux chaines se réassocient par
appariement spécifiques (renaturation).

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Si on mélange 2 ADN dénaturés de 2 espèces différentes et qu’on refroidit, une chaine

d’ADN d’une espèce pourra se réassocier à la chaine complémentaire de l’ADN et l’autre
espèce pour former un ADN bicaténaire « hybride » (phénomène d’hybridation).
Plus deux espèces sont proches génétiquement (ont des séquences de bases qui se
ressemblent), plus facile sera la formation d’ADN hybride, pour lequel on peut déterminer le
degré d’homologie (% de séquences complémentaire par rapport aux séquences totales).
Ainsi, l’hybridation moléculaire est la fabrication artificielle d’acide nucléique bicaténaire par
le pairage de brins monocaténaires. Elle repose sur :
1) La complémentarité des bases azotées des acides nucléiques (une base purique est
toujours liée à une base pyrimidique).
2) Le comportement des acides nucléiques une fois placés dans des conditions
particulières de température et de salinité.

Expérience de Brenner : l’ADN de 2 souches est extrait, dénaturé par chauffage, puis refroidit
rapidement pour maintenir les édifices monocaténaires. L’ADN de la souche de référence R
est marqué (chaud), celui de la souche analysée A ne l’est pas (froid).
On mélange l’ADN-R (monocaténaire et marqué) avec un excès de l’ADN-A. Après
incubation le mélange est dilué en solution tampon, puis soumis à une chromatographie sur
gel d’hydroxyapatite : seuls les hybrides seront retenus. Ensuite, ces hybrides seront élués par
un tampon de plus forte molarité et la radioactivité sera mesurée.
𝐑𝐚𝐝𝐢𝐨𝐚𝐜𝐢𝐭𝐢𝐯𝐢𝐭é 𝐝𝐚𝐧𝐬 𝐥𝐞𝐬 𝐡𝐲𝐛𝐫𝐢𝐝𝐞𝐬
% d’homologie = 𝐑𝐚𝐝𝐢𝐨𝐚𝐜𝐭𝐢𝐭𝐢𝐯𝐭é 𝐝𝐞 𝐝é𝐩𝐚𝐫𝐭

3. Séquençage nucléotidique
Cette technique permet de déterminer la séquence d’un ADN simple brin ou d’un ARN
ribosomal (en particulier l’ARN de la petite sous unité du ribosome). Selon Woese, les ARNr
(ARNr 16S, ARNr 23S, ARNr 5S) sont les meilleurs chronomètres moléculaires par : leur
constance de leur fonction, leur répartition dans tous les organismes et par leur taille.
Après l’extraction de l’ADN génomique (chromosome bactérien) et sa purification, On peut
l’amplifier en utilisant la technique de l’ACP (l’amplification en chaine par polymérase) ou
PCR en anglais. C’est une technique qui permet de multiplier l’ADN codant pour l’ARN 16S
pour l’analyser par électrophorèse et le séquencer base par base. A partir d’une copie on peut
obtenir 01 million de copies.
Deux méthodes peuvent être utilisées pour le séquençage : par coupure chimique ou par
réplication enzymatique. Après le séquençage, l’étape suivante consiste à aligner l’ADN

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linaire obtenu avec celui d’autres organismes connus en utilisant la base internationale de
données ribosomiques.

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