Cours: MICROBIOLOGIE DE L’EAU

Prof. NAOUAL EL HAMDANI, Chercheuse Associée

Equipe de Photochimie, Hémisynthèse, Synthèse, Spectroscopie et Chemoinformatique
Lab. Synthèse, Extraction et Valorisation, FSAC, UH2C, Casablanca
Relations entre les microorganismes et l’eau?
 PLAN DU COURS
INTRODUCTION
I. Le monde des microorganismes
II. Les cycles biogéochimiques de la matière
1. cycle d’eau
2. cycle de carbone
3. cycle de l`azote
4. cycle de phosphate
IV. La microbiologie de l’eau :
• Milieu aquatique
• Eau d’alimentation
• Eau usée
V . Analyse de l’eau à travers :
• L’examen bactériologique
• Les analyses physico-chimiques

VI. Exemple de l’ONSSA

 INTRODUCTION: sur la microbiologie

-Les microbes sont présents partout dans notre environnement (air, sol, eau…….. )

-La plupart sont inoffensifs et sont capables de vivre en relation harmonieuse avec nous.

-Un très grand nombre joue un rôle très important dans l’équilibre des écosystèmes
(cycles de carbone, de l’azote…..)

-D'autres, peu nombreux, peuvent causer des maladies parfois graves (animaux, végétaux……)
 La microbiologie est une sous-discipline de la biologie
consacrée à l’étude des microorganismes

les micro-organismes sont des organismes vivants de taille

microscopique

Sciences des différents microbes

Le pouvoir de séparation de l'œil étant estimé à 100 µm à une distance de 25 centimètres.
En dessous de cette taille, un organisme est considéré comme étant microscopique
 Les micro-organismes

Procaryotes Eucaryotes (levures, algues

(les bactéries) ne possèdent possèdent un et protozoaires)
pas de noyau noyau
Le monde des microorganismes dans l’eau

Helminthes

DEFINITION
 Le monde des microorganismes dans l’eau
Les virus
• Les virus sont des agents infectieux acellulaires de très petites tailles (20 -25 nm à 200 – 300 nm).

• Ils contiennent de l'acide nucléique (ADN ou ARN) et sont recouverts de protéines

 Le monde des microorganismes dans l’eau
Les virus

• Les virus peuvent se reproduire seulement dans une cellule hôte vivante.

En biologie, et notamment en parasitologie, un hôte est un organisme qui héberge un parasite, un partenaire mutuel ou un partenaire
commensal, nécessaire à son cycle de vie. Dans le cas du parasitisme, l'organisme hébergé peut provoquer des effets néfastes pour l'hôte.

• Ils sont présents soit intentionnellement (après une vaccination contre la poliomyélite, par exemple), soit chez un
individu infecté accidentellement.

• L’infection se produit par l’ingestion dans la majorité des cas, sauf pour le Coronavirus où elle peut aussi avoir lieu par
inhalation.

• Les virus qui peuvent se multiplier dans le tractus gastro-intestinal des humains ou des animaux sont appelés « virus
entériques ». Il y a plus de 140 sérotypes de virus entériques qui peuvent infecter les humains.

• Santé Canada a terminé récemment son examen des risques pour la santé découlant de la présence de virus entériques
dans l’eau potable.

• Les virus non entériques, comme les virus respiratoires, ne sont pas considérés comme des pathogènes d’origine
hydrique puisque les virus non entériques ne se transmettent pas facilement des personnes infectées aux sources d’eau.
 Le monde des microorganismes
Les bactéries

• Les bactéries sont des organismes unicellulaires simples et procaryotes

• la taille s'exprime le plus souvent en micromètres (µm) et elle est variable au sein du monde bactérien: 0,1 -
10 µm.
Exemple: Eschérichia coli est de l'ordre de 3µm de longueur et 1µm de diamètre;

forme types
sphériques cocci :

cylindriques ou -Le bâtonnet droit → bacille

bâtonnets -Le bâtonnet incurvé → vibrion
spiralées Ce sont des corps hélicoïdaux
extrêmement allongés

Elles remplissent des fonctions fondamentales dans l’écosystème terrestre, comme par exemple dans le cycle de l’azote ou du
soufre.
Elles jouent aussi un rôle prépondérant dans le recyclage des déchets organiques.
 Le monde des microorganismes

Les protozoaires

Les protozoaires sont des organismes unicellulaires munis d’un noyau, plus complexes et
plus gros que les bactéries.
La taille des protozoaires est généralement microscopique certains parasites ont moins de 1 µm de diamètre.

Beaucoup de protozoaires ont quelques dizaines de microns, mais les plus grands peuvent mesurer jusqu’à
plusieurs centimètres.

Ils se présentent sous différentes formes et colonisent tous les milieux (mers, eaux douces, milieux biologiques et sol humide)

Il existe plusieurs groupes de protozoaires :

- les rhizopodes : les amibes, qui utilisent des pseudopodes pour se déplacer ;
- les actinopodes, de forme sphérique, comme les radiolaires qui ont un squelette de silice ;
- les foraminifères ayant une coque calcaire ;
- les apicomplexes ou sporozoaires, qui sont des parasites animaux ;
- les zoomastigophores ou zooflagellés qui utilisent des flagelles pour leur déplacement ;
- les ciliophores ou ciliés qui utilisent des cils pour se déplacer et se nourrir. C'est le cas de la paramécie.
 Le monde des microorganismes
conclusion
 Le monde des microorganismes
Les agents infectieux ou pathogènes

Ils correspondent aux virus, bactéries, moisissures, êtres vivants unicellulaires… çàd à tous les micro-organismes ou
microbes responsables de maladies ou allergies.
Ils vivent au dépend de notre organisme. Ils sont dits pathogènes.
 Le monde des microorganismes
Bénéfique
Exemple: Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes - bactéries, virus, champignons - qui vivent dans un
environnement spécifique (peau, muqueuse…). Ces micro-organismes ne sont pas dangereux mais au contraire, ils sont
utiles, ils coopèrent avec l’organisme. Ils vivent en symbiose avec lui.
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Introduction

Pour qu’une bactérie puisse se développer dans un environnement, il faut qu’elle contienne
de quoi satisfaire ses besoins nutritifs: sources d’énergie, de carbone, d’azote, etc…

Ces éléments doivent être apportés dans un milieu ou règnent des conditions
physico-chimiques favorables (température, PH, pression osmotique, etc…)
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
Définitions 1:
Nutriment: substance utilisée dans les réactions de biosynthèse et de production
d’énergie et donc requis pour la croissance et la reproduction des microorganismes

Définitions 2:
La croissance microbienne est définie comme une
augmentation des constituants cellulaires, et peut se
traduire par une augmentation de taille ou du nombre
des microorganismes.
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Définition 3:
Le métabolisme est l’ensemble des réactions biochimiques mises en jeu par un organisme pour permettre sa
croissance.
Les réactions métaboliques peuvent être classées en deux catégories:
- Celles qui produisent de l’énergie: catabolisme
- Celles qui consomment de l’énergie: anabolisme ou biosynthèse
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Besoins vitaux de la cellule

Énergie Matière pour la croissance cellulaire

 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Besoins vitaux de la cellule

Énergie Matière pour la croissance cellulaire

Les besoin en éléments majeurs
Cause de ces besoins
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
Matière pour la croissance cellulaire

95% du poids sec d’une cellule est composé de quelques éléments majeurs : C, O, H, N, S, P,
K +, Ca2+, Mg2+ et Fe2+ …
Composition élémentaire caractéristique des cellules bactériennes :
C (50%)
O (20%)
N (14%)
H (8%)
P (3%) S, Na et K (1% chacun)
Ca , Mg (0,5% chacun)
Fe (0,2%)
les oligoéléments (0,2% cumulé)
La cellule a besoin d’environ 30 éléments.
Macro-, micro-éléments, oligoéléments (éléments traces : Co, Zn, Mo, Cu, Mn, Ni, W, Se…)
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Source de carbone

Le carbone est l'élément constitutif le plus abondant chez les microorganismes.

-Les bactéries autotrophes: Elles utilisent la source minérale.

(littéralement "qui se nourrissent par eux mêmes")

-Les bactéries hétérotrophes: La source de carbone assimilable doit être un substrat organique.
(littéralement "qui se nourrit grâce à un autre")
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
Microorganismes autotrophes
Microorganismes hétérotrophes
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Eau

L'eau représente 80 à 90 % du poids

cellulaire.

Elle joue un rôle fondamental:

- en solubilisant les nutriments,
- en assurant leur transport
- en assurant les réactions d'hydrolyse.
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Source d'azote

La synthèse des protéines nécessite des

substances azotées.
- ammoniac (NH3)
- sels d'ammonium,
- nitrites (NO2)
- nitrates (NO3)
-groupements amines des composés
organiques (NH2)
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Source d'azote
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
Source de phosphore
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Le soufre :présent dans les acides aminés et les protéines

 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
Les besoins en oligoéléments
Causes de ces besoins

Beaucoup d`oligoéléments: cofacteurs (Zn2+ et Mn2+) utiles a la catalyse de la plupart

des rections.

Beaucoup d`oligoéléments: éléments servant au maintien de la structure des protéines.

Beaucoup d`oligoéléments: éléments servant a la synthèse de substances spécifiques ( pigments,

toxines, vitamines: vitamine B12…)
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
Les besoins en éléments majeurs
Causes de ces besoins
L`éléments minéraux:

 K+ et Na+ utile pour

- l`équilibre osmotique de la cellule
- l`activité de diverses enzymes
 Mg2+ utile pour
- l`activité de de diverses enzymes ( cofacteurs enzymatiques)
- diverses autres activités
 Ca2+ utile pour
- l`activité de certaines enzymes
- la thermorésistance des spores
 Fe2+ ou Fe3+ pour
- l`activité de diverses enzymes ( cofacteurs enzymatiques)
- diverses autres activités ( utiles pour la synthèse des protéines transporteuses d`électrons…)
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Source d'énergie

Les microorganismes, pour qu’elles puissent synthétiser leurs constituants et se déplacer, doivent dépenser de l’énergie.
Cette énergie est procurée soit par photosynthèse ( énergie lumineuse), soit par des réactions chimiques d’oxydo-reduction.

Selon la source d'énergie, les microorganisme se divisent en 2 groupes:

-Les phototrophes: La source d'énergie est la lumière.
-Les chimiotrophes: La source d’énergie provient de l’ oxydation des composés chimiques minéraux ou organiques

Cette énergie est stockée dans des liaisons chimiques comme l`ATP
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

ATP
L'adénosine triphosphate (ATP) est la principale forme d'énergie
utilisée par les cellules chez tous les organismes vivants.
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION

Source d'énergie
Photosynthèse :
6 H2O + 6 CO2 + énergie solaire → C6H12O6 (glucose) + 6 O2

Respiration cellulaire :
C6H12O6 + 6 O2 → 6 H2O + 6 CO2 + énergie

Fermentation :
La fermentation est la production
C6H12O6 → 6 CO2 + énergie + déchets variés (méthane, éthanol etc.)
d’énergie à partir du sucre

Il y’a également production de déchets:

 L’alcool, l’acide lactique et le CO2,
utile a notre alimentation
 La fermentation alcoolique produit
de l’alcool et la fermentation lactique
de l’acide lactique
 LLLeemmoonnddeeddeessmiccrrroooorrggaannissmmeess
LA NUTRITION
Les micro-organismes ont , en commun, un certain nombre de besoins :

- l'eau

- une source d'énergie

Selon la source d’énergie, les micro-organismes se divisent en 2 groupes:
Les phototrophes: La source d’énergie est la lumière.
Les chimiotrophes: La source d’énergie provient de l’ oxydation des composés chimiques minéraux ou organiques.

- Des sources externes de C, N, S, P. autotrophe

(littéralement "qui se nourrissent par eux mêmes")
Selon que la source de carbone : organique ou minérale, on distingue.
hétérotrophe
(littéralement "qui se nourrit grâce à un autre")

- d'éléments minéraux: La matière minérale constitutive est catégorisée

macronutriments K+, Cl-, Na+, Ca2+, Mg2+, Fe2+.
micronutriments minéraux : Exemples : Cu2+, Zn2+, Mn2+...

- Et parfois de facteurs de croissance, qui sont des substances organiques indispensables à la croissance et que la bactérie est
incapable de synthétiser.
Parmi les facteurs de croissance, nous distinguons : les acides aminés, les bases puriques et pyrimidiques et les vitamines.
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
Les différents types trophiques en fonction des besoin nutritifs
 Le monde des microorganismes
LA NUTRITION
On peut classer les microorganismes en fonction de leur mode de nutrition.
Exemple: