Plan Chapitre 1

Etymologie du mot Microbiologie

Définitions
Activités Microbiennes/ Illustrations/ Images
L’avènement du Microscope/Evolution de la microscopie
Place de la Microbiologie dans les sciences du vivant
Le Monde vivant intègre le monde Microbien
La Terre et la vie: Chronologie
Les grandes étapes de l'évolution du vivant
Les tailles du Vivants /Taille comparée des cellules
Microorganismes entre Biodiversité et simplicité
 Microbiologie

Etymologie du mot Microbiologie

 Du grec ancien μικρόν, mikrón, mikrós (« petit »). Du français micron,

lui-même issu du grec ancien μικρόν.
La biologie (du grec bios « la vie » et logos, « discours ») est la science
du vivant
Ces microorganismes ont été baptisés « Microbe » qui signifie
littéralement (petite vie) en 1878 par le chirurgien français Charles
Sédillot.
 Microbiologie

Définitions

 Un ensemble de disciplines différentes qui étudient les êtres vivants

microscopiques encore appelés microorganismes. La microbiologie
s’occupe de l’étude des activités microbiennes, des structures, de
l’identification de la classification; de leur évolution….et ce dans
différents domaines dont le médical, environnemental, industriel,
énergétique, Biotechnologie, Agricole, Alimentaire….
 Activités Microbiennes

Les activités microbiennes ont précédé la microbiologie.

L’Homme s’est accommodé de manière empirique et spontanée des
activités microbiennes et a utilisé les microorganismes sans les connaitre.
A titre d’exemple:
 La cuisson des aliments: Domestication du feu et cuisson des aliments
La fermentation: Plusieurs siècles av. J.-C, les femmes faisaient le pain à
partir de broyat de céréales. Dans l’antiquité, en Egypte, Une galette
oubliée au chaud et au contact de l’atmosphère serait à l’origine de la
naissance du PAIN.
 Activités Microbiennes
La transformation des aliments: 5000 ans av. J.-C, le vinaigre est utilisé comme
condiment dans l’alimentation par les babyloniens et 2000 ans av. J.-C, le vinaigre est
utilisé en médecine pour les blessures. conserver, soigner, désinfecter, digérer les
substances grasses… En cosmétique, par ses propriétés astringentes, il servait à
nettoyer et tonifier la peau…
En présence d’ Acetobacter la transformation de l’alcool en vinaigre
CH3CH2OH (éthanol) + O2 → CH3COOH (acide acétique) + H2O

L'hygiène: l’enterrement des cadavres pour éviter leur putréfaction

La conservation des aliments: salage; séchage, fumage et mettre dans la saumure les
aliments
 Quelques Images
Histoire de la Boulangerie La plus ancienne tombe (environ 2500
http://technomitron.aainb.com/culture- av J.-C.),
professionnelle-2/histoire-de-la- https://
boulangerie/#Lesoriginesdupain q=La+plus+ancienne+tombe+&tbm=isch
&ved
Domestication du feu, une
histoire brûlante...
https://www.franceculture.fr/
emissions
 Microbiologie L’avènement du Microscope
En 1673, Antony Van Leeuwenhoek hollandais (1632-1723), en
utilisant un microscope rudimentaire qu’il a fabriqué lui même, a
découvert les microorganismes.

Antony Van Leeuwenhoek

(1632-1723)

Site-svtmethodes/observer
Le principe du microscope

Remarque
L’œil nu ne peut
observer moins de
0,2mm à 25 cm de
distance
Place de la Microbiologie dans les sciences du vivant
Le Monde vivant intègre le monde Microbien
Le monde du vivant a évolué pendant des
milliards d’années à partir d’un ancêtre
commun unicellulaire appelé proto-
cellule ou progénote qui est un organisme
procaryote.

L’état actuel de la science reconnait trois

règnes cellulaires actuels : les eucaryotes, les
archées et les bactéries.

Les virus ont sans doute participé au

façonnement de ce monde en infectant les
Place des microorganismes dans Les grandes étapes de l'évolution du vivant

Frédéric David. ACCES-INRPFrédéric David. ACCES-INRP

 Les tailles du Vivants

Le monde
microbien est
constitué de:
Archéobactéries
Bactéries
Protistes
Mycètes
Microalgues
Taille comparée des cellules

10
10-6 m
-6
m

10-10-10
m
10-10 m
 Rapport vitesse de croissance et petite taille
Qui dit qu’on a une petite taille, dit un rayon plus petit, dit que le rapport surface externe sur
volume est important et donc la surface d’échange est importante par rapport au volume
interne et donc plus de facilités pour l’entrée des nutriments et sortie des déchets
(Métabolisme). Par conséquent, la croissance est facilitée et la vitesse de croissance
augmentée.

Temps de génération in vitro et in vivo de quelques bactéries

Microorganismes entre Biodiversité et simplicité
L’unité du vivant est une cellule (coursS1).

Un microorganisme est soit Procaryote de type

Bacteria
Archea
Les cyanobactéries (algologie)

Soit Eucaryote
Protistes, Mycètes (levures et
champignons filamenteux), et
Microalgues
Les virus ne sont pas des cellules
http://pst.chez-alice.fr/svtiufm/classif.htm
 Qu’est-ce qu’un Microorganisme?

Taille microscopique
Êtres vivants : se multiplient et se reproduisent dans plusieurs
biotopes
Structure simple d’apparence rudimentaire mais capable d’assurer la
continuité de l’espèce
Très diversifiés (métabolismes, physiologies,,)
Pas d’organes, Pas de tissus, si oui , pas ou très peu différenciés
La microbiologie en dates (lectures)

• http://www.cphr.fr/wp-content/uploads/2017/03/Histoire_du_mic
roscope_optimise.pdf
 Cellule eucaryote /procaryote

Tous les micro-organismes sont eucaryotes SAUF les bactéries et les

archéobactéries, qui sont procaryotes.
Les virus qui ne sont pas des formes de vies, mais des particules qui se
multiplient et se répliquent grâce et aux dépens de l’hôte (Parasites
obligatoires).

https://sa.maxime-cruzel.fr/sa_mc_bp_bl/co/familles_micro_orga.html
Cellules eucaryote et procaryote

http://vetopsy.fr/biologie-cellulaire/biologie-cellulaire-moleculair
La cellule eucaryote: Algue, mycète et protozoaire
Les caractéristiques
Structures hautement organisées
Chaque organite est enveloppé
Chaque organite a une fonction métabolique spécifique
L’ADN est entouré d’une membrane nucléaire
L ’ADN est organisé en chromosomes
Les cellules peuvent avoir des extensions: Flagelles et cils…
Récapitulatif:
Les eucaryotes présentent des organites cellulaires qui sont inexistants chez les
procaryotes
L’ADN des procaryotes flotte dans le cytoplasme tandis que celui des eucaryotes
est contenu dans le noyau
Les organites des eucaryotes leur permettent des niveaux plus élevés de division
intracellulaire
 Les protozoaires : principales caractéristiques

 Eucaryotes
Unicellulaires
Taille comprise entre 10 et 100 µm
 Type de Cellule : Animale peu évoluée (proto/ zoa)
Forme : arrondie ou ovalaire
Cytoplasme caractérisé par de nombreuses vacuoles (digestives, pulsatiles) et de
nombreuses inclusions
Le groupe a plusieurs types de divisions:
asexuée (fission et bourgeonnement) sexuée (conjugaison)
Classés par leur moyen de locomotion
Aquatiques : libres dans les eaux
 La classification classique des protozoaires

Amoeba (amibiase)

Giardia (giardiase)

Plasmodium (paludisme) Plaramecium (aquatique)

Les protozoaires les plus représentatifs
 Les protozoaires: 20000 espèces connues

On les trouve partout; dans l’eau, le sol;.

Certains sont bactérivores (boucle
microbienne)
Ciliés Parfois ce sont des agents parasites qui
vivent aux dépens de l’hôte
On les trouve dans tous les milieux et
également dans des milieux pauvres en
matière organiques
Paramécie
Il peuvent survivre à des températures
comprises entre 0 à 50 degrés Celsius
Ils peuvent s’enkyster pour résister aux
conditions défavorables
Giardia
 Les protozoaires
(quelque microns à quelques mm)

Trichomonas intestinalis
Vorticella 100 µm à qq
10 à 15µ sur 7 à 10µ mm

Les vorticelles sont les

premiers infusoires décrits
par Anthon Van
Leeuwenhoek qui en 1713
constatait comment ces
animalcules étaient
capables d'attirer à eux la
nourriture par le
mouvement provoqué par
les cils vibratiles
 Les microalgues ou microphytes
 Eucaryotes et procaryotes les cyanophycées ou cyanobactéries (procaryote)
Unicellulaires ou pluricellulaires
Taille comprise entre 1µm et quelques centaines de microns
 Type de Cellule : Végétale avec une paroi pectocellulosique
Forme : très variable
Cytoplasme caractérisé par la présence de pigments photosynthétiques
La plupart sont autotrophes (Source de C est le CO2)
Le groupe a plusieurs types de divisions:
asexuée (fission et bourgeonnement) sexuée (conjugaison)
Classés par leur type de pigments
Aquatiques car ne peuvent se fixer (absence de racines)
 Les procaryotes : Cyanobactéries

Chroococcus sp.

Schéma d’une cyanobactérie Anabaena sphaerica.

La taille varie beaucoup; elle peut être invisible au microscope optique 0,2 à 2µm. D’autres
espèces forment des filaments très longs, Mais la plupart dont invisibles à l’œil nu
 Les microalgues eucaryotes: 30000 espèces connues
microalgues (200 000 estimées)
Un vrai potentiel pour diverses Applications:
En plus des cycles biogéochimiques, de la
production d’oxygène, d’êtres à la base des
chaines trophiques dans les eaux douces et
marines; ces organismes font un
métabolisme secondaire et produisent des
molécules d'intérêt donc ils sont utilisés en:
• Bioénergie (biogaz)
Chlorella • Nutrition (riches en protéines)
• Pharmaceutique
 Capables de capter l'Energie de la lumière solaire grâce• àCosmétique
la photosynthèse, et la transformer en énergie
chimique (ATP)
 Se multiplient rapidement (Petite taille)
 Prennent le CO2 atmosphérique comme source de carbone (Autotrophes),
Les microalgues sont capables de convertir directement du CO 2 en lipides — autrement dit en huiles — ou
d’autres réserves pouvant être transformés en molécules utiles.
 Les microalgues ou microphytes: grande diversité

Isochrysis sp. (A) et Tetraselmis sp. (B)

Utilisées en Ecloserie (nourriture des coquillages)
les microalgues sont aujourd’hui considérées comme une « usine cellulaire »
grâce aux transformations génétiques chez ces espèces.
Les espèces les plus utilisées sont Chlamydomonas reinhardtii, Dunaliella
salina, Phaeodactylum tricornutum
 Application dans le monde de la médecine

J-P. Cadoret et al; 2008

Chlorella

Chlamydomonas
 Les micro-mycètes ou Fungi
 Eucaryotes
Unicellulaires ou levures de forme ovoïde et de diamètre de 4µm en
moyenne
Pluricellulaires ou champignons filamenteux avec un appareil végétatif
ramifié tubulaire
Paroi chitineuse
 Tous hétérotrophes : Absence de pigments assimilateurs
Le groupe a plusieurs types de divisions:
asexuée (fission et bourgeonnement) sexuée
Ubiquistes (partout, dans les sols, eaux, air…)
 Absorbotrophes : nutrition uniquement par absorption
Sporulant
 Les mycètes ; levures moisissures est le groupe le + diversifié

Levure unicellulaire Taille 5à 8 µm Champignon filamenteux Taille variable

Les levures se reproduisent par Diamètre d’une cellule 5 µm en moyenne.
bourgeonnement. Hyphes ou filaments cloisonnés ou non.
.
Remarques:
 Dimorphiques: forme filamenteuse, produisant des spores dans l’environnement et sous forme
de levure dans les tissus parasités chez l’Homme ou l’animal.
 Les inclassables : champignon atypique, non cultivable
Les levures (industrie agro- limentaire)

Saccharomyces
cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae
 Levures en Mycologie médicale

Candida albicans Candidose

Candida albicans 3 à 6 µm sur 6 à 10 µm
Les champignons filamenteux

 Variés et diversifiés
 Nombreux
 Polymorphes
 Les archéobactéries (extrêmophiles) : Ni Eucaryotes ni Bactéries

Pyrococcus Furiosus

Sulfolobus se trouve dans

les sources chaudes et prospère
dans les environnements acides
et riches en soufre.

Champs hydrothermal (Ethiopie) dont les eaux chaudes (100°C) traversent des
couches d'évaporites. On y trouve donc haute température, bas pH, haute salinité,
forte concentration en métaux divers…
 Les procaryotes : Bactéries (La taille -10µm)

Vue au microscopie optique

Escherichia coli sont des bacilles

mesurant généralement 1 à 2 µm de
long. C’est une bactérie intestinale
des mammifères (µscope
électronique)
Colonies sur Gélose nutritive
Quelques mystères du monde bactérien (du nanisme au gigantisme)
B
A

A:Des chercheurs de l'université de

Berkeley viennent de fournir les
B: Dans leur étude(Z.W. El-Hajj and
premières images des bactéries les
E. B. Newman) parue dans la revue
plus petites au monde, découvertes
Journal of Bacteriology 2015, les deux
dans les eaux souterraines du
chercheurs (Canada) décrivent ce mutant de
Colorado (0,3µm= Taille d’un gros
E. coli qui produit des cellules
virus). Leurs travaux, publiés
exceptionnellement longues (750 fois sa
dans la revue Nature Communications
taille normale) sur un milieu de culture Luria
(2015) Image au microscope
 Cellules eucaryote et procaryote

L’universalité du code génétique : Partout dans le monde vivant; L’ADN est lu

(transcrit=lecture); les nucléotides sont ensuite traduits ( codés et exprimés par un acide
aminé) en construisant une chaine qu’on appelle protéines. L’ensemble de règles de
codage a été baptisé code génétique

Conséquences/ déduction: Eucaryotes et

procaryotes descendent d’un même ancêtre
commun

Maintenance du code génétique: L’étude des gènes

à différents étages de l’évolution du monde vivant a
montré une très lente variabilité au cours du temps,
ce qui permet de faire des connections et de déduire
les liens et les différents mécanismes évolutifs
Différentes classifications (Whittaker ; 1969 )
Ce classement est basé sur des études
comparatives (arbitraire).5 règnes
proviennent d’un ancêtre commun :
1- Monères (procaryotes sans noyau)
2-Protistes (unicellulaires avec noyau)
3- Mycètes (ou champignons) qui
regroupent les organismes eucaryotes
hétérotrophes et possédant une paroi),
4-Les Végétaux (autotrophes avec
paroi),
5- Les Animaux (organismes eucaryotes
hétérotrophes sans paroi).

Question:
- Quelles remarques sur cette
classification?
-Quelle est la base de cette classification?
 Différentes classifications (Woese et al ; 1990)
Selon certains auteurs : un ancêtre
commun procaryote a donné naissance A:
Archaebactéries + Eubactéries +
Eucaryotes

donnant le classement suivant :

La branche des Eucarya (ou eucaryotes
avec 4 règnes : animal, végétal,
champignons, et protistes),
La branche des Archaea (vivant dans
les milieux hostiles : méthanogènes,
halophiles, Sulfolobus),

Arbre phylogénétique de Woese La branche des Eubacteria (bactéries

proprement dites).
 Tableau récapitulatif

Structure cellulaire eucaryote procaryote

Taille 2 - 20 mm 0,3 - 2,5 µm
Noyau présence absence
plusieurs chromosomes un seul chromosome

Nucléole présence absence

Membrane nucléaire présence absence
Mitochondrie présence absence
Lysosome présence absence
Appareil de Golgi présence absence
Réticulum endoplasmique présence absence
Ribosome présence présence
association au RE
rugueux
http://www.microbes-edu.org/etudiant/intro.html
 Exercices
1- Construire un tableau récapitulatif des différences entre microorganismes
eucaryotes et procaryotes
2- Pour atteindre les objectifs escomptés, reprendre le cours et le reproduire
sous forme d’un schéma qui tient sur une seule page.
3- Placer sur les données transcrites sur la page en couleurs différentes les
points communs et les différences entre les différents microorganismes