Chapitre 1 : Le Monde Microbien

Introduction
I y a des milliards d’années, par un processus chaotique et violent, la poussière émanant d’une
étoile nouvellement formée dans la galaxie appelée la Voie Lactée a commencé à s’agréger en
corps plus volumineux. Il y a environ 4,5 milliards d’années, l’un de ces corps a atteint la taille
d’une planète : la Terre s’était formée. Dans le milliard d’années qui a suivi, les premières
formes de vie cellulaires sont apparues : les microbes. Depuis lors, les micro-organismes se
sont diversifiés et ont évolué pour occuper pratiquement tout habitat disponible sur la Terre
depuis les sources géothermales des profondeurs océaniques jusqu’aux glaces les plus froides
de l’Arctique. Aujourd’hui, indispensables au recyclage des éléments essentiels à la vie, ils
contribuent de façon essentielle au fonctionnement de la biosphère. Ils sont aussi une source de
matières nutritives à la base de toutes les ramifications des écosystèmes. Plus important encore,
certains microorganismes, rivalisant donc avec les plantes, font de la photosynthèse pour
capturer le dioxyde de carbone, former la matière organique et relarguer l’oxygène dans
l’atmosphère. Actuellement, on estime que les microbes contiennent 50 % du carbone
biologique et 90 % de l’azote biologique de la Terre et que leur nombre excède largement celui
de tous les autres organismes vivants sur la planète.

1.1.- Historique
Anthony VAN LEEUWENHOEK (1632-1723), drapier hollandais et grand amateur de loupes
et instruments d'optique, découvre et décrit entre 1674 et 1687 le monde microbien. Il donne la
première description précise des globules rouges du sang, que MALPIGHI et
SWAMMERDAM avaient seulement entrevus. En 1675, il fait une autre découverte très
importante, celle des infusoires, ces protozoaires aujourd'hui appelés « ciliés », et il écrit à la
Société royale de Londres que ces animalcules lui ont paru « dix mille fois plus petits que les
puces d'eau dont a parlé M. SWAMMERDAM et qu'on peut voir à l'œil nu ».
En 1750, NEEDHAM, un abbé anglais, démontre l'existence d'une "force végétative" qui fait
naître ces animalcules. Cependant, son protocole expérimental laisse à désirer : il ne chauffe
pas assez l'eau et ne ferme pas ses fioles de manière étanche. L'abbé italien SPALLAZANI
refera donc les mêmes expériences en remédiant à ces défaillances et constatera qu'aucune vie
n'apparaît dans les flacons. Selon lui, la "force végétative" n'existe pas. Et en 1765, il publie
un ouvrage dans lequel il explique que les animalcules ne naissent pas de rien, mais sont déjà
présents à l'état d'œufs, de semences ou de germes. C'est novateur mais cependant, pour de

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nombreux savants, observer les moucherons est une activité si inutile et méprisable que ces
travaux seront ignorés.
L'idée de la génération spontanée sera donc encore très ancrée dans les esprits jusqu'au début
du XIXe. Jusqu'en 1830 précisément. Car à cette date, on découvre des êtres vivants encore
plus minuscules, les "microbes" (levures et bactéries). D'où viennent-ils ? Cet événement
relance le débat. Devant les querelles des scientifiques, l'Académie de sciences leur demande
de trancher et d'en finir une bonne fois pour toutes.
Le chimiste Louis PASTEUR prit en charge cette question. A l'aide d'un protocole très
rigoureux, il montre qu'aucune culture ne se développe dans un ballon fermé et stérilisé
contenant de la matière organique. Bref, que la génération spontanée n'existe pas. Cette
prouesse lui vaudra le prix de l'Académie des sciences en 1862.

Figure 1 : Expérience de Louis PASTEUR

En 1866, HAECKEL crée le terme de protistes pour désigner, entre le monde animal et le
monde végétal, les êtres unicellulaires et les êtres pluricellulaires sans tissus différenciés. Les
protistes sont classés en deux catégories :
• Les protistes supérieurs ou eucaryotes qui possèdent un noyau entouré d’une membrane,
des chromosomes, un appareil de mitose et une structure cellulaire complexe
(mitochondries notamment) ;
• Les protistes inférieurs ou procaryotes qui ont un chromosome unique sans membrane
nucléaire et sans appareil de mitose, et une structure cellulaire élémentaire (pas de
mitochondries).
Les bactéries font partie des protistes procaryotes.
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En 1878, SEDILLOT crée le terme de microbes parmi lesquels on distinguera ensuite les
bactéries proprement dites et les virus. Le terme virus, qui au début désignait tout agent
infectieux, est maintenant réservé à la catégorie bien particulière de microbes qui ne possèdent
qu'un seul type d'acide nucléique et qui sont incapables d'assurer à eux-seuls la synthèse de
leurs propres constituants.
L’âge d’Or de la microbiologie et sa reconnaissance en tant que science n’ont pu se réaliser que
grâce au développement de microscopes puissants au début du 19eme siècle, par le
développement de techniques simples, mais efficaces à ce jour, tel que, les milieux gélosés, les
boites de pétri, cultures pures, colorations spécifiques… PASTEUR, Robert KOCH
(bactériologie médicale, tuberculose et le cholera) et leurs élèves y contribuèrent de façon
considérable.
La relation directe entre une bactérie et une maladie a été démontrée par le médecin allemand
Robert KOCH (1843-1910) en étudiant la tuberculose et son agent Mycobacterium
tuberculosis. Pour affirmer cette causalité, il faut vérifier plusieurs critères rassemblés sous le
nom de « Postulats de KOCH ».
1. Le micro-organisme doit être présent chez tous les sujet malades et absent chez les sujets
sains ;
2. Le micro-organisme doit être isolé et cultivé en culture pure ;
3. A partir de ces cultures pures en doit être en mesure de provoquer la maladie par inoculation
expérimentale ;
4. Le même micro-organisme doit être de nouveau isolé des malades expérimentaux.

En même temps et à la suite d’autres scientifiques de renom :

TYNDALL 1877 : découverte des spores, leur thermorésistante et il mit au point la
tyndallisation.
LISTER 1827-1912 : Chirurgien, il a mis au point la pratique de la chirurgie aseptique.
WINOGRADSKY 1856-1953 : Travaux sur les bactéries nitrifiantes, les bactéries fixatrices
de l’azote, sulfureuses et la décomposition bactérienne de la cellulose dans les sols.
BEIJERINCK 1851-1931 : les bactéries fixatrices de l’azote, symbiotiques.

1.2.- Place de microorganismes dans le monde vivant

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La microbiologie a souvent été définie comme l’étude d’organismes trop petits pour être vus à
l’oeil nu — c’est-à-dire l’étude des microorganismes (Fig. 2). La microbiologie est
principalement concernée par des organismes et des agents aussi petits ou plus petits.

Figure 2: Diagramme de concept montrant les divers types d'entités biologiques

Cependant, certains microorganismes, en particulier certains micro-organismes eucaryotes,

sont visibles sans microscope, ainsi les moisissures du pain et les algues filamenteuses. Ces
microbes macroscopiques forment souvent des colonies constituées de petits agrégats de
cellules. D’autres sont multicellulaires et se distinguent des autres formes de vie multicellulaires
par l’absence de tissus hautement différenciés. Bien que la plupart des microbes unicellulaires
soient microscopiques.
Les micro-organismes sont différents et leur classification a toujours été un défi pour les
taxinomistes. Leur description initiale soit comme plantes soit comme animaux était trop
simple. Par exemple, certains sont mobiles comme les animaux, mais ont également des parois
ou sont photosynthétiques comme les végétaux. Ces microorganismes ne peuvent être aisément
placés dans l’un ou l’autre règne.
Un autre facteur important dans le classement des micro-organismes est que certains sont
composés de cellules procaryotes et d’autres de cellules eucaryotes. Les cellules procaryotes
(du grec pro, avant, et karyon, amande ou noyau) ont une morphologie plus simple que les
cellules eucaryotes et n’ont pas de noyau limité par une enveloppe. Par contre, les cellules
eucaryotes (du grec eu, vrai, et karyon, amande ou noyau) ont un noyau entouré d’une

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enveloppe, leur morphologie est plus complexe et elles sont habituellement plus grandes que
les cellules procaryotes.
Ces observations ont alors conduit au développement d’un schéma de classification répartissant
les organismes en 5 règnes : Monera, Protista, Fungi, Animalia et Plantae.
Les micro-organismes (exception faite des virus qui sont acellulaires et qui ont leur propre
système de classification) furent placés dans les trois premiers règnes. Dans ce schéma, tous les
organismes pourvus d’une structure cellulaire procaryotique furent placés dans les Monera.
Bien que ce système à cinq règnes ait constitué un réel progrès pour la taxinomie microbienne,
il est actuellement rejeté par les microbiologistes : on a observé que tous les « procaryotes »
n’étaient pas semblables et qu’en conséquence, ils ne devaient pas être regroupés dans un même
règne. En plus, le débat soutenu sur la signification du terme procaryote aboutit à la conclusion
que ce terme ne signifie plus grand-chose et qu’il doit être abandonné, cette conclusion repose
sur le développement des outils utilisés pour étudier les microbes.
En effet, ces dernières décennies, des progrès énormes ont été réalisés dans trois domaines qui
ont profondément affecté la classification des micro-organismes : d’abord, l’étude détaillée de
la structure cellulaire par microscopie électronique, ensuite, la caractérisation physiologique et
biochimique de nombreux micro-organismes et enfin, la comparaison des séquences d’acides
nucléiques et de protéines d’une grande variété d’organismes. La comparaison des ARN
ribosomiques (ARNr), initiée de façon déterminante par Carl WOESE dans les années 1970,
montre qu’il y a deux groupes très différents d’organismes procaryotes, les Bacteria et les
Archaea, placés ensemble dans le groupe des Monera dans le système à 5 règnes. Plus tard, les
études basées également sur la comparaison des ARNr suggérèrent que le règne des Protista
n’était pas non plus une unité taxinomique cohésive (c.- à-d. un taxon) et qu’il devait être divisé
en trois règnes au moins. Avec d’autres, ces études amenèrent de nombreux taxinomistes à la
conclusion que le système à 5 règnes était trop simple. Plusieurs alternatives ont été proposées
mais actuellement, la plupart des microbiologistes pensent que les organismes devraient être
divisés en trois domaines : les Bacteria (les bactéries vraies ou eubactéries), les Archaea (les
archées) et les Eucarya (tous les organismes eucaryotes) (figure 3).

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Figure 2: Diagramme de concept montrant les divers types d'entités biologiques

Depuis leur mise en évidence à la fin du 17ème siècle par Anthony van LEEUWENHOECK,
la place des bactéries dans le monde vivant a beaucoup varié.
A. Classification de Haeckel
En 1866, E. HAECKEL divise le monde vivant en trois règnes, le règne animal, le règne
végétal et le règne des protistes qui rassemble les algues, les protozoaires, les champignons et
les bactéries.
En 1938, H.F. COPELAND sépare le règne des bactéries (ou "Monera") de celui des protistes.
En 1959, R.H. WHITTAKER individualise celui des champignons. La proposition de R.H.
WHITTAKER (Animal, Végétal, Champignons, Protistes et "Monères") a été largement
acceptée par la communauté scientifique.

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Ce schéma donnait le même rang taxonomique à ces cinq règnes alors que, les différences
entre les "Monères" et les quatre autres règnes sont plus importantes que celles qui opposent
Animal, Végétal, Champignons et Protistes.

B. Distinction entre cellules eucaryotes et procaryotes selon E. CHATTON

Dès les années 1930, E. CHATTON avait nettement opposé deux types de cellules au sein du
monde vivant, la cellule eucaryote dont, le noyau est entouré d'une membrane et qui
renferme un certain nombre d'organites cellulaires et la cellule procaryote dont le noyau
ne possède pas de membrane et dont l'organisation est rudimentaire.
Bien qu'ils soient incompatibles, les points de vue de E. CHATTON et de R.H. WHITTAKER
ont coexisté pendant longtemps.

C. Classification selon MURRAY

En 1968, R.G.E. MURRAY formalise les propositions de E. CHATTON et divise le monde
vivant en deux règnes, celui des "Eucaryotae" et celui des "Procaryotae" (ou "Monera").
Au sein du règne des Procaryotae, N.E. GIBBONS et R.G.E. MURRAY distinguaient quatre
divisions :
✓ La division des "Gracilicutes" regroupant les bactéries dont la paroi a la structure des
bactéries à Gram négatif ;
✓ La division des "Firmicutes" regroupant les bactéries dont la paroi a la structure des
bactéries à Gram positif ;
✓ La division des "Tenericutes" rassemblant les bactéries dépourvues de paroi ;
✓ La division des "Mendosicutes" correspondant aux archaebactéries.

D. Classification Génomique selon , CR, WOESE

Les progrès réalisés en biologie moléculaire ont montré que cette division en deux règnes
était trop simple. Tous les organismes vivants ont un génome. Au cours du temps, des
mutations apparaissent et s'accumulent. Cette accumulation de mutations permet de
reconstruire l'histoire des organismes vivants en postulant que plus deux génomes sont
semblables plus les organismes sont apparentés. Pour comparer des organismes très éloignés
il faut comparer entre elles des séquences génétiques qui ont été conservées durant des
centaines de millions d'années.

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Les gènes qui codent pour les ARN ribosomaux (ARNr) ont des fonctions universelles, ils
sont présents chez tous les êtres vivants et ils ont une structure bien conservée car une
modification structurale importante peut avoir des conséquences sur les synthèses protéiques
(il existe même des portions d'ARNr dont la séquence est identique chez tous les êtres vivants).
L'analyse des séquences des ARNr (16 S) a permis à C.R. WOESE de séparer tous les
organismes vivants en trois grands groupes appelés domaines dont la séparation remonte à
plus de 2 milliards d'années : le domaine des "Bacteria" (ou "Eubacteria"), le domaine des
"Archaea" (ou "Archaeobacteria") et le domaine des Eucarya.

Figure 3: Arbre phylogénétique universel

1.3.- Caractéristiques générales de la cellule procaryote

En 1673, Antoni Van LEEUWENHOEK, fut le premier à observer les bactéries qu’il appela
animacules (on les observant dans un prélèvement de salive).
La cellule eucaryote : (du grec eu = vrai, caryos = noyau), possède un noyau : des amas de
chromatine, pouvant se différencier en un nombre pair de chromosomes, délimité par une
membrane nucléaire et un nucléole.

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Le noyau de la cellule procaryote (du grec pro = rudimentaire et caryos = noyau), ne

possède ni membrane nucléaire, ni suc nucléaire, se réduit à l’existence d’un seul
chromosome ; d’autres différences doivent être soulevées :
➢ Les cellules procaryotes ne possèdent pas de mitochondries, les fonctions de celles-ci
étant assurées par la membrane cytoplasmique ;
➢ Les cellules procaryotes et les cellules eucaryotes végétales, sont entourées d’une paroi
de nature chimique différente.
Organisation des cellules eucaryotes et procaryotes :
Caractéristiques Procaryotes Eucaryotes
Taille habituelle 0,2 – 2,5 µm 2 – 20 µm
Noyau avec membrane Non Oui
Nombre de chromosome 1 >1
Réplication par mitose Non Oui
Position de l’ADN Nucléoïde ou plasmide Noyau et organique IC
Organites intra-cellulaires Non Mitochondries, Golgi
Membranes avec stérols Non Souvent
Hétéropolymère glucide- Cellulose et polysaccharides
Enveloppes cellulaires
peptidique chez les plantes

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