INTRODUCTION A LA

BACTERIOLOGIE
MEDICALE
 MICROBIOLOGIE ?
◼ Science qui étudie les protistes ou
microbes

◼ Microbes: organismes
unicellulaires ou multicellulaires
microscopiques

◼ Ubiquistes (organisme / environs)

2
 Bactériologie

Mycologie

Microbiologie Virologie

Algologie

Parasitologie

3
 Les contours de la microbiologie

◼ Formes de vie microscopiques

◼ Bactéries, virus, champignons, algues, protozoaires
◼ Domaines d’intérêt
◼ Histoire et compréhension du monde vivant
◼ Agriculture

◼ Environnement

◼ Industrie

◼ Médecine (maladies bactériennes, virales et

parasitaires)
◼ Bactériologie = une partie de la microbiologie

4
Repères historiques

5
 Les maladies infectieuses:
première cause de mortalité dans le passé
◼ Les grandes
épidémies
◼ La mortalité
infantile
◼ Ignorance des
règles d’hygiène
◼ Ignorances des
causes des
infections La peste de 1721 à Marseille

6
 Les précurseurs

Van Leeuwenhoek 17e S (1623-1723)

Invente le microscope
Observe « des animalcules » dans l’eau et la
salive

Edward Jenner 18e S (1749-1823)

Imagine la vaccination
7
 HISTORIQUE

◼ Essor de la bactériologie médicale:

19e s Rayer, Davaine, Koch, Pasteur

Hansen, Shiga, Eberth, Petri,etc.

(++ bacilles naissance de Vaccins)

8
 Le 19ème siècle
Rôle des micro-organismes
Transmissibilité Louis Pasteur
Méthodologie microbiologique (1822-1885)

Robert Koch (1843-1910) Emil Von Behring (1854-1917) Hans Gram (1884)
Nobel 1905 Nobel 1901
9
 HISTORIQUE
◼ 19e s:ère moderne de la
microbiologie
alimentaire
◼ 1857:microorganismes
altérants le lait
◼ Chaleur:élément de
contrôle des
microorganismes
présents dans le vin et Louis Pasteur (1822-1895)
la bière
10
Le début du 20ème siècle

◼ Les antibiotiques
◼ L’essor de la
virologie
◼ Le microscope
electronique

Sir Alexander Flemming

Découvreur de la penicilline (1928)
Nobel 1948
11
 La fin du 20ème
siècle
◼ L’essor de la génétique
◼ Rôle de l’ADN (Watson et
Crick 1953)
◼ La biologie moléculaire
◼ OGM Watson et Crick
La double helice (1953)
◼ PCR Nobel medecine 1962
◼ Génomique, protéomique
◼ Les maladies
infectieuses émergentes
et ré-émergentes
◼ L’extension de l’antibio- Kary Mullis
résistance PCR (1984)
Nobel chimie 1993
12
 LE 21eme SIECLE

◼ BACTERIOLOGIE ET
BIOLOGIE
MOLECULAIRE

◼ BACTERIOLOGIE ET
GENIE GENETIQUE

◼ BACTERIOLOGIE ET
BIOTECHNOLOGIE

 Application des sciences ou de l’ingénierie à l’utilisation des organismes vivants ou de leurs parties ou
produits, sous leur forme naturelle ou modifiée

13
Place des bactéries dans le
monde vivant

14
 Chronologie des formes de vie
Premiers mammifères
0
Dinosaures

-1
Premiers

Milliards d ’années
eucaryotes
-2

-3 Evolution
des
vertébrés
Formation des océans et des -4
continents

-4.5

-5 Evolution
Formation de la terre des bactéries
15
 La biomasse terrestre

Les bactéries Végétaux et animaux

représentent
80% de la
biomasse Bactéries cultivables
terrestre Bactéries médicales

La plupart des Bactéries encore inconnues

bactéries sont peu (océans, sols…)
ou pas étudiées
100% de la biomasse
16
 La biomasse bactérienne dans
l’environnement
Eau de mer Animaux
2,2%) (0,00008%)
Bactéries « Humaines »
(0,000008%)

Sous-sol terrestre
(26%)

La plupart
des bactéries
n’ont aucun
Sous-sol marin
contact avec
l’homme 17
Une vision hiérarchisée du
monde vivant

18
 Représentation phylogénétique
du monde vivant
Humains Plantes
Champignons
Animaux Flagellés
Ciliés
Myxomycetes
Microsporiales EUCARYOTES

ARCHEABACTERIES
Sulfolobales
Thermoprotéales
Thermophiles
Cyanobactéries LUCA
BACTERIES Thermococcales
Gram
Méthanobactériales
positif
Protéobactéries Méthanogènes
Méthanomicrobiales
Spirochetes Thermotogales Halobactériaceae
Bactéries Bactéries vertes Flavobactéries
Halophiles
« médicales »
19
Les 3 règnes sont également performant dans leur milieu

Eubactéries Archaeabactéries Eucaryotes

Etapes prébiotiques
20
 Classification des êtres
vivants

• Plantes : nutrition liée à

la photosynthèse
• Animaux : nutrition par
ingestion
• Bactéries : nutrition en
fc° du C / source
d’énergie
• Procaryotes

21
 PHYSIOLOGIE MICROBIENNE
Tableau 1: Sources de carbone, d’énergie
et d’hydrogène/électrons
Source de Autotrophes CO2, principale source de
carbone carbone biosynthétique
Hétérotrophes Molécules ie. glucides
organiques
lipides
préformées, réduites
et provenant d’autres protéines
organismes

Source Phototrophes Lumière

d’énergie Chimiotrophes Oxydation de - Glycolyse

composés organiques transforme le glucose

et inorganiques en pyruvate (org.)
ie. H2O et N
Source d’ Litotrophes Molécules inorganiques réduites
hydrogène/ Organotrophes Molécules organiques
électrons
Prescott et al. (1995)
22
 Quatre grands types nutritionnels en fonction de
leurs sources de carbone et d’énergie :

◼ Les photoautotrophes utilisent la lumière comme

source d’énergie et le CO2 comme source de carbone.
◼ Les photohétérotrophes se développent par
photosynthèse. Ils dépendent de sources organiques
de carbone et de donneurs organiques d’électrons, mais
assimilent le CO2 en présence d’un donneur d’électrons.
◼ Les chimioautotrophes utilisent des substrats
inorganiques réduits pour l’assimilation réductrice du
CO2 et comme source d’énergie.
◼ Les chimiohétérotrophes utilisent des substrats
organiques comme source de carbone et d’énergie.

23
GENERALITES ET SYSTEMATIQUE

24
BACTERIES
◼ (Bacteria)
◼ Organismes vivants unicellulaires
procaryotes, caractérisées par une
absence de noyau et d'organites

◼ La plupart des bactéries possèdent

une paroi cellulaire glucidique, le
peptidoglycane

25
 BACTERIOLOGIE
◼Bactérie
Forme arrondie
allongée
spiralée

Taille ordre du µm

Source de C, énergétique,
donneur d’ē/H
26
◼ formes sphériques (coques)

◼ formes allongées ou en
bâtonnets (bacilles)

◼ formes plus ou moins spiralées

27
Les bactéries constituent
le groupe des procaryotes
◼ Unicellulaires
◼ Matériel génétique = 1 seul
chromosome sans membrane
nucléaire
◼ Recombinaison partielle
◼ Paroi avec peptidoglycane
◼ Ribosomes 70S

28
 Bactéries
◼ Ubiquitaires: présentes dans tous les
types de biotopes rencontrés sur
Terre.
◼ isolées du sol, des eaux douces,
marines ou saumâtres, de l’air, des
profondeurs océaniques, de la croûte
terrestre, sur la peau et dans
l’intestin des animaux.
29
Bactéries
◼ Il y a quarante millions de
cellules bactériennes dans un
gramme de sol et un million de
cellules bactériennes dans un
millilitre d’eau douce. En tout,
il y aurait cinq quintillions (5 ×
1030) de bactéries dans le
monde.
30
 Bactéries
◼ Chez l'Homme, il a été calculé que:
◼ 1012 bactéries colonisent la peau
◼ 1010 bactéries colonisent la bouche
◼ 1014 bactéries habitent dans l'intestin
ce qui fait qu'il y a dix fois plus de
cellules bactériennes que de cellules
humaines dans le corps humain.
◼ La plupart de ces bactéries sont
inoffensives ou bénéfiques pour
l’organisme.
31
Bactéries

◼ Il existe cependant de
nombreuses espèces
pathogènes à l'origine de
beaucoup de maladies
infectieuses comme le choléra,
la syphilis, la peste, l’anthrax,
la tuberculose.
32
 Bactéries

◼ Peuvent entraîner des troubles

respiratoires ou intestinaux
alors que d’autres peuvent être
responsables de l’infection de
blessure.

33
 Bactéries

◼ Les infections bactériennes

peuvent être traitées grâce aux
antibiotiques qui le plus souvent
inhibent une de leur fonction
vitale (p.e. la pénicilline bloque la
synthèse de la paroi cellulaire).

34
Bactéries & Ecosystèmes

◼ Les bactéries ont une importance

considérable dans les cycles
biogéochimiques comme le cycle
du carbone et la fixation de l’azote
de l’atmosphère

35
 Utilisations des bactéries

◼ Peuvent être très utiles à l’Homme

lors des processus de traitement des
eaux usées, dans l’agroalimentaire
lors de la fabrication des yaourts ou
du fromage et dans la production
industrielle de nombreux composés
chimiques.
36
 Virulence des Bactéries
◼ Dans l'espace, les bactéries deviendraient
presque trois fois plus virulentes.
i.e. Salmonella typhimurium,
responsable d'intoxication alimentaire.
Voyage à bord de la navette Atlantis en
2006.
◼ À leur retour, les bactéries conservaient
dans un récipient étanche, ont été
transmises à des souris. Il n'a fallut que le
1/3 de la dose habituelle pour tuer la moitié
du groupe de souris qui avait été infecté.

37
 STRUCTURE CELLULAIRE

◼ En tant que procaryote (organisme

sans noyau), les bactéries sont des
cellules relativement simples,
caractérisées par une absence de
noyau et d’organites comme les
mitochondries et les chloroplastes
38
Schéma de la structure cellulaire
d’une cellule bactérienne typique

39
STRUCTURE CELLULAIRE
◼ Une caractéristique importante des
bactéries est la paroi cellulaire. Les
bactéries peuvent être divisées en
deux groupes (Gram négatif et
Gram positif) basé sur la différence
de la structure et de la composition
chimique de la paroi cellulaire mise
en évidence grâce à la coloration
de Gram.
40
STRUCTURE CELLULAIRE
◼ Les bactéries à coloration de Gram
positif possèdent une paroi
cellulaire contenant un
peptidoglycane (ou muréine) épais
et des acides teichoïques alors que
bactéries à coloration de Gram
négatif présentent un
peptidoglycane fin localisé dans le
périplasme entre la membrane
cytoplasmique et une membrane
cellulaire externe. 41
NB : Chez lez Gram - ,la paroi est plus petite mais est
entourée d'une membrane externe incluant des LPS
(LipoPolySacharrides) 42
STRUCTURE CELLULAIRE
◼ La paroi donne à la bactérie sa
forme et la protège contre
l’éclatement sous l’effet de la très
forte pression osmotique du
cytoplasme.
◼ Le peptidoglycane assure la
rigidité de la paroi. Il existe
toutefois des bactéries sans paroi :
ce sont les mycoplasmes.
43
 STRUCTURE CELLULAIRE

◼ Au niveau intracellulaire, les bactéries possèdent

un chromosome sous forme de filament d’ADN,
support de l’hérédité.
◼ Le chromosome bactérien est en général circulaire.
◼ En plus de cet ADN génomique, les cellules
bactériennes contiennent souvent des molécules
d’ADN circulaire extra chromosomiques appelées
plasmides.
◼ Les cellules contiennent aussi de nombreux
ribosomes permettant la synthèse protéique grâce
au mécanisme de la traduction.

44
STRUCTURE CELLULAIRE

◼ Le cytoplasme des procaryotes

contient souvent des substances
intracellulaires de réserve qui sont
des stocks de nutriments sous
forme de glycogène, amidon ou
poly-b-hydroxybutyrate (PBH).

45
STRUCTURE CELLULAIRE
◼ Certaines espèces de bactéries
aquatiques possèdent des
vésicules à gaz qui assurent la
flottabilité des cellules.

◼ les bactéries magnéto tactiques,

ont la particularité de présenter un
magnétosome.

46
STRUCTURE CELLULAIRE

◼ Beaucoup de bactéries possèdent

des structures extracellulaires
comme des flagelles utilisés pour
la mobilité des cellules, et des
fimbriae permettant l’attachement
ou le phénomène de conjugaison.

47
 STRUCTURE CELLULAIRE
◼ Les bactéries hétérotrophes
peuvent utiliser leurs flagelles
pour se diriger vers des zones
riches en substances organiques
(nutriments) grâce au
phénomène appelé
chimiotactisme.
48
STRUCTURE CELLULAIRE
◼ Quelques bactéries peuvent fabriquer
de fines couches externes à la paroi
cellulaire, généralement constituées de
polysaccharides (des sucres).
◼ Quand la couche est compacte, on parle
de capsule. Les capsules constituent par
exemple une barrière de protection de
la cellule contre l’environnement
externe.
◼ Elle facilite aussi l’attachement aux
surfaces et la formation de biofilms.

49
STRUCTURE CELLULAIRE
◼ Klebsiella, Bacillus anthracis,
Streptococcus pneumoniae
exemples de bactéries capsulées.

◼ Quand la couche est diffuse, on parle de

couche mucoïde ou glycocalyx.
◼ Le glycocalyx permet aux bactéries
d’adhérer à un support.

50
 STRUCTURE CELLULAIRE

◼ Certaines bactéries qualifiées de bactéries

engainées produisent une couche externe
dense et rigide : la gaine.
◼ Ce phénomène est courant chez les
bactéries de l’eau qui forment des chaînes
filamenteuses (Sphaerotilus natans p.e.).
La gaine protège les cellules contre les
turbulences de l’eau.
51
STRUCTURE CELLULAIRE

◼ Les bactéries du groupe Cytophaga

– Flavobacterium produisent une
couche muqueuse qui leur permet
de rester en contact étroit avec un
milieu solide.
◼ Les Spirillum peuvent s’envelopper
d’une couche protéique appelée la
couche S.
52
 STRUCTURE CELLULAIRE

◼ Quelques bactéries comme

Bacillus ou Clostridium peuvent
fabriquer des endospores leur
permettant de résister à
certaines conditions de stress
environnemental ou chimique.

53
 CROISSANCE & REPRODUCTION

◼ Deux cellules identiques sont produites à

partir d’une cellule mère.
◼ La croissance cellulaire se manifeste par un
accroissement du volume cellulaire, suivi de
la synthèse d’un septum transversal au
milieu de la cellule, aboutissant à la
séparation des deux cellules filles.
◼ La division bactérienne est précédée par la
duplication du chromosome bactérien grâce
à la réplication de l’ADN
54
 CROISSANCE & REPRODUCTION

◼ Qq bactéries présentent des structures

reproductives plus complexes mais
toujours de manière asexuée,
facilitant la dispersion :

◼ Myxococcus élabore des fructifications

◼ Streptomyces forme des hyphes aériens

55
CROISSANCE & REPRODUCTION

◼ Quand elles se trouvent dans

un milieu propice les bactéries
peuvent se multiplier à une
allure vertigineuse.

56
 CROISSANCE & REPRODUCTION
◼ Une population de bactérie peut doubler
toutes les 20 minutes en fonction de :
➢ la disponibilité en nutriments, la présence
de bactéries concurrentes, la présence de
prédateurs (p.e. des paramécies), la
présence de bactériophages, la présence
d’antibiotiques (inhibant par exemple la
synthèse de la paroi bactérienne,
entraînant donc leur mort) produits par des
champignons ou des actinomycètes
(bactéries filamenteuses).
57
CROISSANCE & REPRODUCTION
◼ Colonies bactériennes sur milieu
solide gélosé en boîte de Petri

58
CROISSANCE & REPRODUCTION

Au laboratoire, les bactéries

peuvent être cultivées en milieu de
culture liquide ou en milieu solide. Le
milieu de culture doit apporter les
éléments nutritifs ou nutriments
élémentaires à la bactérie.

59
CROISSANCE & REPRODUCTION

Les milieux de culture gélosés

solides sont utilisés pour isoler
des cultures pures de cellules
bactériennes.

60
 CROISSANCE & REPRODUCTION

Bactéries se divisant rapidement:

une cellule bactérienne dispersée
sur un milieu gélosé va se
multiplier pdt de 24/48 heures,
devenir un amas de bactéries,
appelé une colonie bactérienne,
visible à l’œil nu.
61
Morphologie & Associations
◼ Trois critères sont pris en compte :
taille, forme, mode d'assemblage

➢ Petite, moyenne, grande

➢ Sphérique, cylindrée, spiralée
➢ Chaîne, grappe, amas, palissades,
gpt en V/L

62
Morphologie & Associations

63
 Mobilité des Bactéries 1/6
A-Monotriche
B-Lophotriche
C-Amphitriche
D-Péritriche
Différentes organisations des flagelles bactériens:

Certaines bactéries sont mobiles et

peuvent se déplacer grâce à un ou
plusieurs flagelles, d’autres bactéries
peuvent se déplacer par glissement.
64
 Mobilité des Bactéries 2/6
◼ Les flagelles des bactéries:
longs appendices protéiques flexibles.
*nombre et position peuvent
différer selon les espèces de
bactéries.
◼ La flagellation (ou ciliature) polaire
monotriche correspond à la présence
d’un seul flagelle à un pôle de la
bactérie (e.i. Vibrio).
65
 Mobilité des Bactéries 3/6
◼ La flagellation polaire lophotriche
correspond à la présence de plusieurs
flagelles au pôle de la bactérie
(Pseudomonas par exemple).
◼ D’autres bactéries comme Escherichia
coli produisent des flagelles sur toute
la surface cellulaire et possèdent donc
une flagellation péritriche.
66
 Mobilité des Bactéries 4/6

◼ Le filament du flagelle est

constitué d’une protéine, la
flagelline. Le type de rotation du
flagelle peut déterminer le type de
mouvement de la bactérie.

67
68
 Mobilité des Bactéries 6/6

◼ Les bactéries mobiles peuvent réagir à

des stimuli
◼ être attirées par des substances
nutritives:
◼ les sucres
◼ les acides aminés
◼ l’oxygène
◼ ou être repoussées par des substances
nuisibles
69
Interactions avec autres
organismes
◼ En dépit de leur apparente
simplicité, les bactéries peuvent
entretenir des associations
complexes avec d’autres
organismes. Ces associations
peuvent être répertoriées en
parasitisme, mutualisme et
commensalisme

70
Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 1/10

◼ Production:
➢ boissons alcoolisées
➢ Pain
➢ fromage

71
Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 2/10

◼ La capacité des bactéries

hétérotrophes à dégrader une
large variété de composés
organiques est exploitée dans des
processus de traitement des
déchets comme la bioremédiation
ou le traitement des eaux usées.

72
Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 3/10

◼ Des bactéries sont également

utilisées dans les fosses septiques
pour en assurer l'épuration.
◼ Des bactéries, capables de
dégrader des hydrocarbures du
pétrole, peuvent être utilisées lors
du nettoyage d'une marée noire.

73
 Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 4/10

◼ Des bactéries peuvent être

utilisées à la place de
pesticides en lutte biologique
pour combattre des parasites
des plantes.

74
 Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 5/10

◼ P.e., Bacillus thuringiensis produit une

protéine Bt qui est toxique pour certains
insectes. Cette toxine est utilisée en
agriculture pour combattre des insectes
qui se nourrissent de plantes.

75
Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 6/10

◼ En raison de leur capacité à se

multiplier rapidement et de leur
relative facilité à être manipulées,
certaines bactéries comme
Escherichia coli sont des outils très
utilisés en biologie moléculaire,
génétique et biochimie.

76
Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 7/10

◼ Les scientifiques peuvent

déterminer la fonction de gènes,
d’enzymes ou identifier des voies
métaboliques nécessaires à la
compréhension fondamentale du
vivant et permettant également de
mettre en œuvre de nouvelles
applications en biotechnologie

77
Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 8/10

◼ De nombreuses enzymes utilisées

dans divers processus industriels
ont été isolées de micro-
organismes.
◼ Les enzymes des détergents sont
des protéases de certaines souches
de Bacillus.

78
Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 9/10
◼ Des amylases capables d’hydrolyser
l’amidon sont très utilisées dans
l’industrie alimentaire.
◼ La Taq polymérase utilisée dans les
réactions de polymérisation en chaîne
(PCR) pour l’amplification de l’ADN
provient d’une bactérie thermophile
Thermus aquaticus

79
 Importance des bactéries dans
l’industrie et les technologies 10/10

◼ Les bactéries génétiquement modifiées

sont très utilisées pour la production de
produits pharmaceutiques.

✓ P.e. insuline, hormone de croissance,

vaccins, des interférons…
✓ Certaines bactéries comme
Streptomyces sont très employées pour
la production d’antibiotiques
80
TYPE DE BACTERIES 1/2
◼ Les bactéries à Gram-négatif : les
aérobies strictes, les aéro-anérobies
facultatifs à culture facile et ceux à
culture difficile
◼ Les bactéries à Gram-positif : les cocci,
les bacilles corynéformes et non
corynéformes

81
TYPE DE BACTERIES 2/2

◼ Les bactéries à culture spécifique et

bactéries non cultivables
◼ Les bactéries anaérobies strictes
◼ Les mycobactéries

82
TESTS DE BACTERIOLOGIE
◼ Antibiogrammes : choix, tests, détection
phénotypique et interprétation
phénotypique
◼ Sérodiagnostic
◼ Outils moléculaires : PCR, champ pulsé,
séquençage et analyse de l'ADN

83
REFERENCES
◼ Madigan, M. T., Martinko, J. M. Brock Biology of
Microorganisms, 11th Ed. Pearson Prentice Hall,
Upper Saddle River, NJ, 2005.
◼ Perry J., Staley J., Lory S. Microbiologie. Editions
Dunod, 2004.
◼ Prescott, L.M., Harley, J.P. Klein, D.A.,
Microbiologie 2e édition DeBoeck eds, 2003.
◼ Singleton P. Bactériologie : Pour la médecine, la
biologie et les biotechnologies. Cours, 6e édition,
Dunod, 2005.
◼ Internet.

84