CHP1

28/04/2021
Chapitre I.
LE MONDE MICROBIEN
1. Définition de la microbiologie
* Microbiologie = Science qui étudie les micro-organismes .
• Les micro-organismes = organismes microscopiques (de petite

taille).
Champignons
Virus • Groupe très diversifié,
• Existent à l'état de cellule isolée ou en groupe..
Bactéries Algues unicellulaires

PTE1/ 2021 Microbiologie Générale Dr. Nedra.ASSESProtozoaires 4
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Définition de la Microbiologie
La microbiologie est la science qui étudie les microorganismes et de leur

activité.
Elle s’est développée vers la fin de 19ème siècle grâce à la découverte du
microscope
Elle s’intéresse à leur forme, structure, reproduction, métabolisme et à leur

identification.
Elle comprend l’étude de leur distribution dans la nature, leurs relations les uns
les autres et avec les autres organismes vivants.
Elle se préoccupe des effets des microorganismes sur l’homme et sur

l’environnement.
PTE1/ 2021 Microbiologie Générale Dr. Nedra.ASSES 5
Définition du microorganisme
- Les microbes ou microorganismes sont des organismes, le plus

souvent invisibles à l’œil nu, unicellulaires ou multicellulaires
dénuées de différenciation tissulaire. Les cellules sont équivalentes et
ne présentent pas, de spécialisation fonctionnelle (pas de notion de
tissu dans le monde microbien).
- Une cellule microbienne est capable de vivre indépendamment des

autres cellules en assurant la production de sa propre énergie pour
se maintenir en vie et se reproduire
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Le seul critère pour définir un microorganisme

est celui de la taille:
Microorganisme = organisme < 1mm
C’est-à-dire invisible à l’œil nu.
2. Histoire de développement de la microbiologie
On peut envisager cinq étapes principales :
1) La première étape correspond aux temps des civilisations anciennes

quand l’homme ne savait encore rien sur les microbes, mais il pouvait
déjà produire du vin, du pain, du fromage, corroyer les peaux. A cette
époque il existait déjà des idées sur les petits agents infectieux. C’était
l’opinion des savants et des médecins d’Antiquité tels que Hippocrate,
Fracastoro et d’autres.
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2) La deuxième étape est appelée morphologique. Elle est liée à

l’invention des microscopes optiques, électroniques et d’autres types de
microscopes permettant de découvrir, d’observer et d’étudier
morphologiquement les microbes.
Le microscope optique est crée par un hollandais Antoine van
Leeuwenhoek
à la fin du dix-septième siècle. Le microscope électronique est un
appareil du vingtième siècle.
3) La troisième étape constitue l’étude physiologique des microbes

(à partir des dix-huitième—dix-neuvième siècle à nos jours). C’est
là qu’on refuse la théorie de la génération spontanée des microbes
(par Louis Pasteur), qu’on détermine les agents infectieux de la
peste, du choléra, de la tuberculose.
En mille huit cent quatre-vingt-douze (1892) le botaniste russe
Ivanovsky a découvert les virus.
Elaboration de diverses méthodes d’étude des bactéries et
d’obtention des cultures pures bactériennes (Robert Koch) et
virales. PTE1/ 2021 Microbiologie Générale Dr. Nedra.ASSES 10
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4) La quatrième étape c’est l’étape immunologique. Son début est associé

au nom de Louis Pasteur qui était le premier à obtenir les vaccins contre la
rage. Plus tôt un savant anglais Jenner a élaboré une méthode de
vaccination contre la variole. Le savant allemand Erlich et le savant russe
Métchnikov ont aussi beaucoup contribué à la théorie et à la pratique de
l’immunité.
5) La cinquième étape. A partir de mille neuf cent quarante quatre

après la mise en évidence sur les pneumocoques du rôle génétique
de l’ADN commence une étape moléculo-génétique. C’est
l’étape des plus grandes découvertes en microbiologie et en
immunologie. Ces découvertes ont une grande importance pour
toute la biologie et toute la médecine. Nous allons les aborder
dans notre cours.
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Dès l'Antiquité, on postulait sur l'existence d'agents

infectieux transmissibles invisibles à l'œil nu.
1546 : Jérôme Fracastor impute la

transmission des maladies à des germes
vivants, qu'il appelait « seminaria ».
1677 : Découverte du microscope puis des

“animalicules” bactéries par le
microscopiste hollandais Antoine van
Leeuwenhoek
1796: Edward Jenner

Médecin britannique qui
découvre vaccin contre la
variole
1828 : Christian Gottfried

Ehrenberg utilise pour la
première fois le terme bactérie.
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1857-1876 : Louis Pasteur met en

évidence les rôles des micro-
organismes dans la fermentation
lactique et alcoolique. Il développe les
techniques de pasteurisation et de
stérilisation
1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des

maladies sont la conséquence de la présence de ces
micro-organismes
Premières recherches sur l'origine de certaines maladies,
ainsi que la vaccination
1885 : réalisation du vaccin contre la rage

1882 : Robert Koch découvre

Mycobacterium tuberculosis
(bacille de Koch), responsable de la
tuberculose.
1884 : Hans Christian Gram

développe une technique de
coloration qui est la plus utilisée
dans l'étude et la classification des
bactéries en deux grands groupes :
les bactéries à Gram positif et
celles à Gram négatif.
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1921: Calmette et Guérin: mise au

point du BCG, vaccin contre la
tuberculose.
1928 : l'écossais Sir Alexander

Fleming
découvre les propriétés
antibactériennes de la pénicilline
produite par Penicillum.
L'humanité entre dans l'ère des
antibiotiques.
3. Place des micro-organismes

dans le monde vivant.
Avant la découverte des microorganismes, les organismes vivants
étaient classés en deux règnes
Règne Animal Règne végétal

* Organismes multicellulaires *Organismes multicellulaires
* Pas de paroi cellulaire. * ayant une paroi squelettique.
* Hétérotrophes par ingestion *autotrophes (photosynthèse)
* Pas de chloroplastes *Cellules avec chloroplastes
* Capables de se déplacer (chlorophyle)
* Toutes les espèces se * Incapables de se déplacer
reproduisent sexuellement.
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Les principaux règnes et les trois domaines du monde vivant:
Haeckel Whittaker Woese (1977) Cavalier- Consensus ? Woese (1990)

(1894) (1969) Six règnes Smith (1981) Trois domaines
Trois règnes Cinq règnes 8 règnes
Protiste Monera Eubacterie Eubactérie Bactérie Bactérie
(Bacteria)
Procaryote
Archéobactérie Archéobactérie Archée Archées
(Archaea)
Protiste Protiste Archéozoaire Eucaryote
Protozoaire Protozoaire (Eucarya)
Chromiste Chromiste
Champignon
Champignon
Végétal Champignon Champignon
Végétal Végétal Plante Plante
Animal Animal Animal Animal Animal
Règnes pouvant contenir des

microorganismes
Un arbre du vivant
Bacteria Archeae Eucarya
Animaux
Euryarchaeota Halophiles extrêmes Moisissures
Bactéries Champignons
visqueuses
vertes non- Methanobacterium Amibes
sulfureuses Plantes
Bactéries Thermoproteux Methano- Ciliés

coccus Thermoplasma
Gram positif Crenarchaeota
Protéobactéries
Pyrodictium
Cyanobactéries Flagellés
Flavobactéries Trichomonades
Thermogota Microsporidies
Aquifex LUCA
Diplomonades
Last universal commun ancestor
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Les principaux groupes des

microorganismes
Les
microorganismes:
5 groupes
Les Protozoaires Les Algues Les Mycètes Les Bactéries Les virus
Les Eucaryotes Les Procaryotes
N.B: Les virus: structure non cellulaire

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L’observation de l’ultrastructure des protistes a montré l’existence de certaines

différences au sein de ce règne, ce qui a engendré l’appellation suivante :
Règne des protistes
Protistes inférieurs Protistes supérieurs

= =
Bactéries + Algues + mycètes + protozoaires
Cyanobactéries
* Absence de membrane autour

du matériel nucléaire * Possèdent un véritable noyau
bien délimité par une membrane
Procaryotes Eucaryotes
Les systèmes actuels classent les microorganismes en deux grands groupes
Les protistes procaryotes Les protistes eucaryotes

= =
Bactéries + Archées Algues + champignons + protozoaires
Structure cellulaire simple

Structure cellulaire complexe
Mitochondrie
Ribosome
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Eucaryote - cellule Eucaryote - cellule

Procaryote - bactérie
animale végétale
Les Procaryote
« pro » = primitif, avant
« karyote » = noyau
Ces organismes n’ont pas de véritable noyau, leur matériel

génétique est organisé sous la forme d’un nucléoïde. Ils se
divisent par fission binaire.
Les procaryotes comprennent deux règnes :
- les archées : bactéries vivant dans des conditions extrêmes

- les bactéries sensus stricto : la majorité des bactéries qui se
trouvent dans notre environnement
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Eucaryote
« eu » = vrai, « karyote » = noyau
Ces organismes possèdent un vrai noyau, c’est-à-dire que leur

matériel génétique est organisé au sein d’un organite
intracellulaire délimité par deux membranes. Ils se divisent par
mitose et souvent aussi par méïose.
Les eucaryotes comprennent les protozoaires, les algues (les

champignons, les animaux et les végétaux.
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4. Les différents groupes de microorganismes

4.1) Les protozoaires
Ce sont des microorganismes non photosynthétiques hétérotrophes le plus
souvent (mais certaines espèces sont photosynthétiques) formés d'une seule
cellule, mobiles (le plus souvent) et se nourrissant essentiellement par
phagocytose. Sur la base de la locomotion, on en distingue 4 groupes :
- les flagellés : se déplacent à l’aide d’un flagelle. Ex : trypanosome,
Euglena, Dinoflagellés
- les amibes : se déplacent à l’aide de pseudopodes Ex : Amoeba
- les ciliés : se déplacent à l’aide de cils. Ex : Paramecium
- les sporozoaires : parasites non mobiles formant des spores. Ex :
Plasmodium
• Beaucoup sont inoffensifs pour l’homme
paramécie
• Certains sont pathogènes
Hématozoaire Plasmodium Trypanosoma brucei

falciparum (responsable du (agent de la maladie du
paludisme)
PTE1/ 2021 Microbiologie Générale Dr. Nedra.ASSES sommeil) 30
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4.2) Les algues
Groupe très hétérogène si l’on se rapporte à leur

taille, habitat et mode de reproduction.
Essentiellement aquatiques, on les rencontre

dans les eaux douces des lacs, les rivières,
les étangs, les eaux salines des mers et des
océans mais aussi dans les sols humides.
Diatomées
Leurs dimensions varient:

• Formes unicellulaires microscopiques
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• Formes filamenteuses
Propriétés particulières
• photosynthèse utilisent la lumière comme

source d’énergie
Chloroplastes au niveau desquels se

situent les pigments photosynthétiques
comme la chlorophylle
• paroi le plus souvent cellulosique
• substances de réserve = amidon dans la

plupart des cas.
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4.3) Les champignons microscopiques

Les Champignons (fungi) regroupent les
organismes eucaryotes non photosynthétiques
hétérotrophes et possédant une paroi. Leur
alimentation se fait par absorption. Ils forment
un groupe phylogénétique homogène constitué :
- des champignons microscopiques (= mycètes) :
- levures (yeast)
- moisissures (mold) = champignons
filamenteux
- des champignons macroscopiques (mushroom)
• Certains sont utiles à l’homme
Levure:
Saccharomyces
cerevisiae
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Penicillium Penicillium
camemberti roqueforti
• d’autres sont pathogènes:
Candida albicans
mycoses muguet
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4.4) Les bactéries

Dépourvus de noyau complet, ils appartiennent à au moins deux
taxons distincts :
 Les archéobactéries ou archées sont un groupe particulier, car il

ne comprend essentiellement que des espèces anaérobies Les
archéobactéries ne sont pas que des extrémophiles, ce sont aussi des
organismes plus communs qui vivent dans des conditions de vie
classique comme les marais ou les rumens des ruminants..
 On retrouve les eubactéries dans notre quotidien, sol,

nourriture... Ce sont les bactéries les plus connues.
• Elles sont parmi les plus petites formes

organisées de vie
• unicellulaires
• Si milieu favorable où elles trouvent les aliments

nécessaires à la fabrication de leur propre matière,
elles croissent rapidement et se divisent.
• Certaines peuvent former des spores pour résister à

une atmosphère hostile
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Elles présentent des formes variées
Bacille et coque
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4.4) Les virus

 Parasite intracellulaire obligatoire ne pouvant se multiplier qu'à l'intérieur d'une
cellule hôte et utilisant sa machinerie cellulaire, la taille est de 50 nm. Il contient :
 Une information génétique sous forme d'ADN ou d'ARN
 Une structure de protection souvent protéique, compacte, pour protéger son acide
nucléique : la capside,
 Le virus prend le pouvoir dans la cellule infectée: tous les systèmes de la cellule
sont canalisés pour fabriquer du virus.
Virus de la grippe Papillomavirus Virus de la mosaïque

du tabac
5. Taxonomie et nomenclature des microorganismes

Taxonomie = science de classification des organismes dans des
groupes appelés Taxons.
= Arrangement ordonné d’unités dans des groupes

plus grands.
Mais, avant leur arrangement systématique, il faut nommer et

Identifier les microorganismes
Nomenclature : C’est l'ensemble des règles qui président à

l'attribution d'un nom à chaque taxon .
Les nomenclatures scientifiques sont des noms latins ou latinisés
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Identification = donner une identité à un microorganisme

inconnu en le comparant aux microorganismes connus
Il existe différents systèmes de classification
Systèmes de classification
Système de classification
Des bactéries
Des animaux
Système de classification Adopté en 1947 par l’association
Des végétaux Internationale des sociétés
Microbiologiques.
C’est le code international de
Nomenclature des bactéries
Les premiers modèles de classification ont été crées par Linné en 1750
* Chaque système de classification présente une unité

de base = Espèce
Définition de L’espèce biologique
=
C’est l’unité de base de tout système de classification
=
C’est un groupe d’organismes très apparentés, différents
des autres groupes d’organismes et capables de se
croiser entre eux.
Cette définition n'est pas applicable aux procaryotes (bactéries).
En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et

par l'ensemble des souches considérées comme suffisamment
proches de la souche type pour être incluses au sein de la même
espèce .
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Cette dernière définition repose sur un ensemble de caractères
- caractères morphologiques
- Aspects tinctoriaux
- Types trophiques
- Critères métabolique
- Critères immunologiques
- Critères pathologiques
* Un système de classification biologique est aussi basé sur une

hiérarchie taxonomique
Les echelons hiérarchiques sont :
Espèce = groupe de microorganismes présentant en commun le plus

grand nombre de caractéristiques semblables.
Genre = un groupe d’espèces semblables
Famille = un groupe de genres semblables
Ordre = un groupe de familles semblables
Classe = un groupe d’ordres semblables
Embranchement = un groupe de classes semblables
Règne = tous les organismes de cette hiérarchie
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Exemple de structure hiérarchique des taxons
Rang Exemple
Règne Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe γ-Proteobactéries
Ordre Enterobactériales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia
Espèce Escherichia coli
• Parfois on trouve d’autres subdivisions (Sous-classe , Sous-ordre ,

Sous-famille, Sous-genre , Sous-espèce )
Pseudomonas syringae pathovar Corynebacterium afermentans

Savastanoi sous-espèce lipophilum
Domaine ou empire "Bacteria " "Bacteria "

Phylum ou division "Proteobacteria " "Actinobacteria "
Classe Gammaproteobacteria Actinobacteria
Sous-classe aucune Actinobacteridae
Ordre Pseudomonadales Actinomycetales
Sous-ordre Pseudomonadineae Corynebacterineae
Famille Pseudomonadaceae Corynebacteriaceae
Sous-famille aucune aucune
Genre Pseudomonas Corynebacterium
Sous-genre aucun aucun
Espèce Pseudomonas syringae Corynebacterium afermentans
Sous-espèce aucune Corynebacterium afermentans

subsp .lipophilum
Rang hiérarchique inférieur à la Pseudomonas syringae pv. aucun
sous-espèce Savastanoi
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Nomenclature binomiale
* Les microorganismes sont nommés selon les règles du système binomial
de Linné (1750).
* Le nom de chaque microorganismes est formé par deux fragments :
- le premier = le nom du genre, - le second = qualificatif = nom descriptif,
sa première lettre en majuscule première lettre en minuscule
* Les deux termes sont en latin

* Ils forment le nom scientifique de l’espèce
* Ils s’écrivent toujours en italique
Exemple : Escherichia coli
Staphylococcus aureus
* Quand on nomme et on classe un microorganisme, il constitue une référence
* Il existe des collections de microorganismes classés (Bergey’s manual…)
* La taxonomie microbienne est un domaine dynamique et non statique
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• Les micro-organismes = organismes microscopiques (de petite

• Existent à l'état de cellule isolée ou en groupe..

Bactéries Algues unicellulaires

La microbiologie est la science qui étudie les microorganismes et de leur

Elle s’intéresse à leur forme, structure, reproduction, métabolisme et à leur

Elle se préoccupe des effets des microorganismes sur l’homme et sur

- Les microbes ou microorganismes sont des organismes, le plus

- Une cellule microbienne est capable de vivre indépendamment des

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Le seul critère pour définir un microorganisme

Microorganisme = organisme < 1mm

C’est-à-dire invisible à l’œil nu.

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2. Histoire de développement de la microbiologie

On peut envisager cinq étapes principales :

1) La première étape correspond aux temps des civilisations anciennes

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2) La deuxième étape est appelée morphologique. Elle est liée à

3) La troisième étape constitue l’étude physiologique des microbes

4) La quatrième étape c’est l’étape immunologique. Son début est associé

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5) La cinquième étape. A partir de mille neuf cent quarante quatre

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Dès l'Antiquité, on postulait sur l'existence d'agents

1546 : Jérôme Fracastor impute la

1677 : Découverte du microscope puis des

1796: Edward Jenner

1828 : Christian Gottfried

PTE1/ 2021 Microbiologie Générale Dr. Nedra.ASSES 14

1857-1876 : Louis Pasteur met en

1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des

1885 : réalisation du vaccin contre la rage

1882 : Robert Koch découvre

1884 : Hans Christian Gram

1921: Calmette et Guérin: mise au

1928 : l'écossais Sir Alexander

3. Place des micro-organismes

Règne Animal Règne végétal

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Les principaux règnes et les trois domaines du monde vivant:

Haeckel Whittaker Woese (1977) Cavalier- Consensus ? Woese (1990)

Règnes pouvant contenir des

Bactéries Thermoproteux Methano- Ciliés

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Les principaux groupes des

Les Eucaryotes Les Procaryotes

N.B: Les virus: structure non cellulaire

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L’observation de l’ultrastructure des protistes a montré l’existence de certaines

Règne des protistes

Protistes inférieurs Protistes supérieurs

* Absence de membrane autour

Les systèmes actuels classent les microorganismes en deux grands groupes

Les protistes procaryotes Les protistes eucaryotes

Structure cellulaire simple

Eucaryote - cellule Eucaryote - cellule

Ces organismes n’ont pas de véritable noyau, leur matériel

Les procaryotes comprennent deux règnes :

- les archées : bactéries vivant dans des conditions extrêmes

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« eu » = vrai, « karyote » = noyau

Ces organismes possèdent un vrai noyau, c’est-à-dire que leur

Les eucaryotes comprennent les protozoaires, les algues (les