Rapport Micro100

Automates en microbiologie
Introduction
La microbiologie présente la science qui s’occupe des études des

microorganismes, de nos jours elle présente des applications importantes
dans différents domaines, la microbiologie médicales, la microbiologie
alimentaire, l’écologie microbienne…, dont l’objectif principale est la
protection de l’environnement et la santé humaine.
Dans les années précédentes, les analyses microbiologiques sont

réalisées dans la plupart des cas manuellement et en présence des certains
appareils. Actuellement, les automates en microbiologie connaissent un
développement et sont devenus très variés.
Le rapport suivant présente un aperçu général de la microbiologie,

l’ensemble des matériels du laboratoire, l’étude technique de l’automate
WalkAway 96 et l’étude commerciale d’un exemple de deux automates.
Historique
 Dès l'Antiquité, on postulait l'existence d'agents infectieux

transmissibles invisibles à l'œil nu.
 1546 : Jérôme Fracastor impute la transmission des maladies à des
germes vivants, qu'il appelait « seminaria ».
 1677 : Découverte des bactéries par le microscopiste hollandais Antoine

van Leeuwenhoek.
 1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la première fois le

terme bactérie.
 1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle propose une « théorie des

germes » pour les maladies.
 1857-1876 : Louis Pasteur met en évidence les rôles des micro-

organismes dans la fermentation lactique et alcoolique. Il développe les
techniques de pasteurisation et de stérilisation lui permettant la mise
en place de cultures pures de micro-organismes. La possibilité de
culture a permis de démontrer que la génération spontanée était une
aberration.
 1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des maladies sont la

conséquence de la présence de ces micro-organismes. Premières
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recherches systématiques sur l'origine de certaines maladies, ainsi que

la vaccination (connue depuis Edward Jenner pour la variole - maladie
virale).
 1873-1882 : Robert Koch met en évidence le bacille responsable de la

tuberculose (Mycobacterium tuberculosis). Koch a établi les règles
(toujours utilisées) qui permettent de démontrer rigoureusement
qu'une bactérie donnée est à l'origine d'une infection.
 1884 : Hans Christian Gram développe une technique de coloration qui

est la plus utilisée dans l'étude et la classification des bactéries en deux
grands groupes : les bactéries à Gram positif et celles à Gram négatif.
 1912 : Paul Ehrlich découvre le premier traitement efficace (dérivé

d'arsenic) contre la syphilis. C'est la première fois qu'on traite avec un
agent chimiothérapeutique une maladie bactérienne.
 1917 : Découverte des bactériophages par Frederick Twort et Felix

d'Herelle.
 1928 : Frederick Griffith découvre la transformation bactérienne et

établit les fondements de la génétique moléculaire.
 1929 : Alexander Fleming découvre les propriétés antibactériennes de

la pénicilline produite par Penicillum. L'humanité entre dans l'ère des
antibiotiques.
 1944 : Albert Schatz et Selman Waksman découvrent un autre

antibiotique: la streptomycine qui sera bientôt utilisée contre la
tuberculose.
 1960 : François Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et Jacques Monod

proposent le concept d'opéron pour le contrôle de l'expression des
gènes bactériens.
 1977 : Carl Woese étudie l'ARN ribosomal pour découvrir une

troisième forme de vie, les Archaea, distincte génétiquement des
bactéries et des eucaryotes.
 1986 : En utilisant une enzyme de la bactérie Thermus aquaticus, Kary

Mullis invente la technologie de PCR (Polymerase Chain Reaction). La
technique de PCR est devenue l'outil de base de la biologie
moléculaire.
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 1995 : Séquençage complet du premier génome bactérien (Haemophilus

influenzae) par Craig Venter et ses collègues du TIGR. La microbiologie
entre dans l'ère de la génomique.
1- La microbiologie
La microbiologie est l'étude des "microbes" qui sont des êtres petits et
vivants qui nous intéressent en médecine car ils sont responsables d'infection.
Les microbes nous habitent, notre organisme fait de 1013 cellules héberge 1014
bactéries et les relations entre hôte et microbe sont des relations normalement
équilibrées et contrôlées: toute rupture de cet équilibre est source de
désordres ou cause de maladie.
Les agents infectieux sont :
 des bactéries ;
 des virus ;
 des parasites ;
 des champignons inférieurs.
De ce fait on distingue les 4 branches de la microbiologie :
a- la bactériologie
La bactériologie, science qui étudie les bactéries, a été fondée par Louis
Pasteur qui le premier a apporté la preuve de l'existence de ces germes
comme étant source de nombreuses maladies infectieuses.
b- La parasitologie :
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La parasitologie est l'étude des parasites, de leurs hôtes et de leurs

interactions mutuelles. En tant que discipline biologique, le but de la
parasitologie n'est pas déterminé par l'organisme ou l'environnement en
question, mais par leur mode de vie.
c- La mycologie :
La mycologie est la science consacrée à l'étude des champignons. Cette

science, assez proche de la botanique qui étudie les plantes.
d- La virologie :
La virologie est l'étude des virus qui sont des entités de très petite taille
qui ne peuvent être examinés qu'en microscopie électronique. Ils ne se
multiplient qu'à l'intérieur de cellules vivantes en déviant à leur profit le
métabolisme cellulaire.
2- Laboratoire de microbiologie
Le laboratoire d’analyse microbiologique doit être à même de réaliser des

analyses de routine, mais aussi de permettre l’évaluation de la qualité des
opérations de transformation ou de préparation, l’évaluation de l’efficacité
des traitements antimicrobiens. Ceci impose donc des règles fondamentales
de conception et de fonctionnement du laboratoire d’analyse microbiologique.
Le laboratoire doit être composé de trois parties principales :
 le laboratoire proprement dit où sont réalisées les analyses ;

 la salle de préparation des milieux de culture ;
 la laverie qui traite les produits et matériels utilisés pour l’analyse et qui
fournit la verrerie et le matériel propre et stérile ;
 la laverie et la salle de préparation peuvent ne constituer qu’une seule
pièce.
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Le plan présenté ci-dessous est une proposition type de conception du

laboratoire. Il ne faut pas perdre de vue que le bon fonctionnement du
laboratoire requiert, en particulier aux niveaux des manipulations, des
personnels qualifiés. Propreté et règles d’hygiène strictes doivent y régner.
3- Equipements et analyses en microbiologie
3-1- les techniques microbiologiques
a- La stérilisation
La stérilisation est l'opération qui consiste à éliminer les micro-organismes

d'un objet et ce, de manière durable. En microbiologie, le but de la stérilisation
est d'une part maîtriser les micro-organismes introduits dans le milieu
d'étude, et d'autre part éviter la contamination du milieu extérieur et des
personnes.
Il existe trois façons pour stériliser un milieu de culture. Une destruction
par la chaleur, par une méthode de filtration ou par l'emploi de radiation et
d'agent chimique (gaz)
 La chaleur
On distingue les procédés à chaleur « sèche » ou « humide ».
Chaleur sèche :
o Bec Bunsen : tout l'air qui se trouve dans un globe virtuel

de 15 cm de rayon de la flamme d'un bec Bunsen, est
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passé une fois dans la flamme. Ceci crée une enceinte

fictive stérile.
o Four Pasteur ou four Poupinel : C'est un four classique
utilisé à 180°C pendant 90 minutes au minimum.
Chaleur humide :
o Autoclave : cette technique consiste à faire bouillir de

l'eau dans une enceinte close pour augmenter la pression
et donc dépasser les 100°C d'ébullition (principe de
l'autocuiseur). Ceci est réalisé à 121°C pendant 15
minutes au minimum.
Cas particuliers : la pasteurisation et tyndallisation
La pasteurisation consiste à :
 la conservation des produits naturels pendant un temps limité, ne détruit

que les formes végétatives mais pas les spores.
 la conservation des produits alimentaires.
 porter le liquide rapidement à 90°C pendant 30s, par exemple, puis on le

refroidit brusquement à 10°C.
La tyndallisation :
C’est une série de chauffages brefs à des températures de 70°C à

intervalles réguliers, L'ébullition n'est pas une méthode de stérilisation. Les
formes sporulées des bactéries peuvent résister jusqu'à 8h30 à 100°C.
 La filtration
La filtration est une technique qui consiste à faire passer un liquide à
travers un filtre dont les pores ont un diamètre de 0,2 µm; les micro-
organismes sont trop gros pour passer et sont donc retenus par le filtre. Pour
forcer ce liquide à traverser le filtre on utilise deux solutions:
 mise en pression du liquide par l'intermédiaire d'un piston.

 aspiration du liquide en créant par exemple une enceinte dépressurisée
de l'autre côté du filtre.
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Dans certains cas le filtre ayant servi à stopper les micro-organismes peut
être déposé sur un milieu de culture solide afin de permettre la multiplication
des germes, ceci dans le but de procéder à leur dénombrement et à leur
identification.
 Radiation UV
Leur effet sur un germe donné est fonction de la puissance de la lampe, de

la longueur d’onde du rayonnement UV, de la distance et du temps
d’irradiation. Les lampes UV sont efficaces sur les « zones éclairées ». Il est
essentiel de se protéger vis-à-vis d’une exposition directe, la muqueuse
oculaire étant particulièrement sensible.
b- Ensemencement
L’ensemencement consiste à déposer dans un milieu neuf des germes

prélevés dans un milieu de culture mère. Le transport est en général effectué
avec une anse ou une pipette Pasteur.
c- Isolement
Pour étudier les microorganismes, il est indispensable de les isoler et d'en

faire une culture pure. Deux techniques sont alors utilisées :
 la méthode des stries

 la méthode des dilutions
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 Technique des stries
Elle est basée sur la notion d'UFC (Unité Formant une Colonie). Chaque
unité cellulaire va donner une colonie. Sur un milieu de culture, il y a
formation d'un monticule de bactéries ou de levures avec une forme
particulière (la colonie). La forme de ce monticule est déterminée par
l'organisation de la colonie, qui elle-même est déterminée génétiquement.
L'observation macroscopique de l'aspect des colonies permet de différencier
les colonies de bactéries contaminées de celles qu'on cherche à isoler.
 Technique de suspension dilution
Cette technique permet, après un étalement sur milieu solide, d'évaluer le

nombre de colonies par ml de suspension. Elle peut permettre également, si
l'on ne dispose pas de lame à numération, la détermination du nombre de
cellules par unité de volume ou du nombre de cellules présentes dans une
colonie.
3-2- Equipements microbiologiques
Il est indispensable de disposer d’un certain nombre d’équipements et de

matériels tels que :
a- Systèmes de stérilisation / désinfection et zones stériles
1o L’autoclave vertical ou horizontal pour la stérilisation en milieu vapeur des

milieux, des “déchets” est indispensable.
2o Le four Pasteur permet la stérilisation à sec du matériel en verre ou en

métal et doit pouvoir atteindre une température de 170 - 180°C.
3 o Les système de micro ou ultra filtration à membrane sont utilisés pour les
milieux de culture liquides non autoclavables et pour l’analyse de liquides.
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Membrane Ultrafiltration Membrane de micro filtration
4o Les lampes UV germicides munies d’une minuterie et installées dans la

pièce principale de manipulation ainsi que dans les hottes à flux laminaires.
6 o Une hotte à flux laminaire est un plan de travail enfermé dans un meuble et
conçu pour éviter la contamination microbienne d'échantillons biologiques.
Les hottes à flux laminaire sont généralement équipées d'une lampe UV-G à
effet germicide pour stériliser le plan de travail et son contenu lorsqu'il n'est
pas utilisé (Il est important d'éteindre cette lampe lorsqu'on travaille sous la
hotte car elle brûlera rapidement toute surface exposée de peau et peut causer
des cataractes).
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b- Matériels d’incubation et de préparation des milieux
1o Etuve, cet appareil se trouve généralement dans les différents laboratoires

d’analyses médicales. Parmi ses différentes applications, la production du
chauffage et de la transpiration, le séchage de diverses substances. Ainsi, que
le maintient des substances à une température fixe et contrôlée. En
microbiologie plus particulièrement, pour la préparation des cultures et pour
le suivi des réactions. Elle doit être réglée avec précision entre 25 et 55°C.
2oJarres anaérobies et leur nécessaire de contrôle de l’atmosphère (catalyseur,

générateur d’hydrogène et de gaz carbonique, indicateur au bleu de
méthylène) sont indispensables à l’étude des germes anaérobies stricts.
3o bains- marie sont nécessaires pour régénérer les milieux de culture (100°C)
et les maintenir en surfusion (45 à 47 °C). Une diminution de l’émission de
vapeur d’eau est obtenue par recouvrement de la surface par des petits
morceaux de polystyrène.
4o Four à microondes permet de réduire la durée des traitements thermiques

des milieux (préparation à chaud, régénération).
5o Balances (portée 1 à 2 kg au 1/10 de g et portée d’environ 200 g au 1/10 de

mg) sont indispensables à la préparation des milieux et de l’échantillon.
6oAgitateurs magnétiques sont utilisés pour la préparation des milieux de

culture ou des réactifs.
c- Préparation des échantillons et culture microbienne
La préparation des échantillons consiste à utiliser :
1o centrifugeuse atteignant 3 à 4000 g permet, en peu de temps, de décanter les

microorganismes présents dans les liquides. Des tubes bouchés sont
indispensables pour éviter la contamination aérienne.
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2oBroyeur ultra-centrifuge s’utilise pour le broyage fin, rapide, de matériaux

mous à midurs et fibreux. Grâce à l’efficacité de sa technique de broyage et à
un large éventail d’accessoires, le garantit en un temps minimum une
préparation d’échantillons adaptée aux analyses, sans destruction du
matériau.
3oVortex permet d’homogénéiser les suspensions bactériennes présentes dans

les tubes, en particulier au moment des dilutions ou des prélèvements. Avec
cet appareillage, il faut engendrer un nœud de vibration entre pouce et index
à une hauteur du tube qui est en dessous du niveau du coton cardé.
4oEnsemenceur spiral et un compteur de colonies laser ou par analyse d’image

ne s’imposent que si le nombre d’analyses à réaliser quotidiennement est
élevé. Pour faciliter la numération des colonies dans les boîtes de Pétri il est
possible d’utiliser un système du type stylo-compteur. Un système complet
de filtration doit faire partie intégrante de l’équipement de base du
laboratoire.
Exemple
 Compteur de colonies STUART
Le compteur de colonie Stuart Scientific SC5 est un appareil destiné au

comptage rapide et précis des colonies en bactériologie et microbiologie.
 Système de comptage par pression à sensibilité réglable

 Peut être utilisé avec tout type de feutre ou stylo
 Compteur digital de 0 à 999
 Confirmation sonore de chaque pression
 Choix d’un fond sombre ou éclairé
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Une visualisation optimum des colonies est obtenue par un éclairage

périphérique. Il est aussi possible d’avoir un fond noir pour observer les
colonies translucides. Une loupe intégrée facilite le comptage de petites
colonies.
Fourni complet avec une grille de Wolffhuegel et un adaptateur de

centrage qui permet l’utilisation de boîtes de Pétri de 50 et 90 mm.
 Ensemenceur automatique Spiral DS+
Le Spiral® DS+ est un ensemenceur automatique qui permet le

dénombrement bactérien d’un échantillon jusqu’à 108UFC/ml sur une seule
boîte de Pétri. La méthode Spiral® permet un gain de temps considérable, une
économie de consommables en dilutions intermédiaires et des résultats précis
selon la norme AFNOR V08-100.
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Le système WalkAway 96 de la gamme WalkAway (W/A), est un appareil

automatique capable d’identifier les bactéries et d’indiquer l’antibiothérapie
la plus adéquate, en moins de 4 heures.
En microbiologie et dans le domaine de l’identification bactérienne et de la

réalisation des antibiogrammes, le système de W/A est construit dans le but
de transmettre des informations d’intérêt clinique au bon endroit, dans les
meilleurs délais, pour améliorer les soins apports au patient tout en réduisant
les couts de fonctionnement du laboratoire d’analyse.
Identification bactérienne /Antibiogramme :
Lorsqu'une bactérie pathogène est identifiée dans un prélèvement

bactériologique, un antibiogramme peut être réalisé. Celui-ci consiste à tester
un panel d'antibiotiques vis à vis de la bactérie isolée.
Le principe consiste à placer la culture de bactéries en présence du ou des

antibiotiques et à observer les conséquences sur le développement et la survie
de celle-ci.
L'antibiogramme apporte une aide très importante au médecin pour

choisir l'antibiotique à prescrire; il peut ainsi être amené à changer de
traitement au vu de ces résultats.
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A- Description technique du WalkAway 96
Le WalkAway 96 se compose de 8 éléments principaux :
1- Trois portes avec contacts d’ouverture
On peut citer ces trois portes :
 La première est réservée au chargement et à l’addition des réactifs;

 La deuxième est utilisée pour le chargement et le déchargement des
plaques;
 La troisième est une porte utilisant un capot. Pour éviter l’ouverture
successive du capot, on laisse toujours le 8ième emplacement vide.
Les deux portes du WalkAway
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La troisième porte du WalkAway
2- Le système de lecture
a- Le spectrophotomètre
Le spectrophotomètre est situé dans l’ensemble de la roue colorimétrique,

son rôle est l’étude de la croissance bactérienne.
Le spectrophotomètre est composé des éléments suivants:
 la roue colorimétrique;
 les fibres optiques: ils guident la lumière en provenance des filtres à
interférence. On distingue 12 fibres optiques.
 le diffuseur plat: c’est une plaque de protection qui protège les fibres
optiques ;
 la platine de maintien des plaques : elle maintien les plaques en place
pendant la lecture.
 la photodiode scield : c’est un écran de protection en verre transparent
qui protège les photodiodes.
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 la carte C/D photodiodes: elle comporte 12 photodiodes qui détectent la

quantité de la lumière passant à travers chaque puit en générant un
signal électronique proportionnel.
Les différents composants du spectrophotomètre
b- Le fluorimètre
Il est situé derrière l’aimant de la tête d’ingestion des réactifs et il se

compose des éléments suivants:
 Une ampoule tungstène-halogène;

 Un tube optique en quartz: son rôle est de diriger la lumière ;
 Des filtres d’excitation : (365);
 Une lentille de focalisation ;
 Des filtres d’émission (450) ;
 Un tube photomultiplicateur : il génère et amplifie un signal électrique
proportionnel à la fluorescence ;
 Une carte A/D : elle convertir le signal analogique en fréquence
numérique.
c- Le lecteur des codes à barres
Le lecteur des codes à barres lit seulement le blanc et le noir. Il ne peut

pas lire les plaques sans étiquettes.
d- La tête de distribution des réactifs
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Les différents réactifs / révélateurs utilisés par le WalkAway sont :
 KOVACS ;
 Chlorure de fer à 10% ;
 Alpha – naphtol à 5% (VPA) ;
 KOH a 40% (VPB) ;
 Acide sulfanique à 0,8% (NITA) ;
 N,N Diméthyle-alpha-naphthylamide(NITB) ;
 P-Diméthyle-aminocinnamaldehyde (réactifs peptidase ou pyrrolidonnase) ;
 Pénicilline ;
 Indure.
Ces réactifs sont programmés avant la mise en marche de l’appareil.
La tête de destruction des réactifs se situe dans l’entonnoir à déchets placé

sur le module d’addition des réactifs, devant le fluormètre. Pendant l’addition
des réactifs, elle se déplace horizontalement pour assurer l’addition dans la
cupule adéquate. Elle peut être démontée pour le nettoyage.
La tête de distribution des réactifs
3- Positionnement des plaques
a- Les tours avec plateaux
Le WalkAway 96 dispose de 8 tours comportant chacune 12 emplacements

se trouvant sur le carrousel et ne pouvant être montées que dans un sens.
b-La platine de maintien
Elle appartient à l’ensemble « tête de lecture » et elle manipule la plaque

pour réaliser la lecture.
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4- La section robotique
a- Le moteur pas à pas
Le moteur pas à pas se déplace d’un pas à chaque impulsion électrique, il

est caractérisé par une très grande précision et fiabilité.
b- Les capteurs de rotation des axes
C’est un mécanisme de sécurité qui arrête le mouvement en cas de choc

intempestif et il joue aussi le rôle de codeur de rotations qui décompte le
nombre de pas effectués.
La tour des plaques
5- Le système d’addition des réactifs
a- La capacité
La capacité de l’appareil est de 10 réactifs, il y a pour cela 9 emplacements

qui sont utilisés actuellement le 10ème emplacement est destiné à des
évolutions ultérieurs de l’appareil. Les 10 flacons de réactifs doivent être déjà
en place pendant le fonctionnement.
b- La purge
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La purge s’effectue automatiquement sur la longueur approximative de la

tubulure avant l’addition des réactifs. Si sa durée dépasse les 6 heures après
la dernière commande de purge automatique, cette fonction pour éviter le
bouchage des tubulures/embouts.
6- Le système d’incubation/humidification
a- L’incubateur /réchauffeur
◦
Il maintient la température à 35 2 C.
b- L’humidificateur
L’humidificateur maintient l’humidité à 60% et évite le desséchement des

plaques. Il y a aussi un réservoir d’eau avec un capteur qui détecte la chute du
niveau d’eau en dessous de deux litres.
L’humidificateur du WalkAway
7- Unité informatique
Elle est composée des éléments suivants :
a-Unité principale (le cerveau)
Il commande l’environnement et l’exécution des séquences
b- L’auxiliaire de l’unité principale (le muscle)
Il commande les différents moteurs
c- La mémoire vive
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Son rôle est le stockage temporaire des données d’exécution.
d-Le disque dur :
Le disque dur W/A 96 a une capacité de 20 méga octets.
8 - L’interface d’utilisateur :
a -L’afficheur alphanumérique :
Il affiche le temps et la température. Les boutons du clavier permettent de

déplacer la tourelle dans le sens horaire ou anti- horaire et il affiche un
message en cas d’erreur.
b-L’afficheur vertical
Allumé, il signifie un emplacement disponible
 Eteint, il veut dire « ne pas toucher, plaque en cours de traitement ».

 Clignotant, il veut dire « traitement de la plaque terminé »
B- Mode de fonctionnement de l’automate WalkAway 96
La procédure de fonctionnement du W/A 96 est:
 L’incubation à 37 °C.
 L’identification des germes se fait à l’aide des méthodes colorimétriques
et fluorimétriques. Le W/A peut identifier exactement les germes par
usage de réactifs appelés révélateurs.
 La réalisation de l’antibiogramme, c'est-à-dire déterminer le ou les
antibiotiques les plus adéquats pour le traitement des germes en cause.
I- Déroulement d’une analyse
1- La gestion des plaques
Il faudrait préciser est ce qu’il s’agit de plaques conventionnelles ou de

plaques rapides
 Plaques rapides : pour ce type de plaques, la réalisation de

l’antibiogramme se fait en 4 heures.
 Plaques conventionnelles : elles mettent entre 24 et 48 heures pour être
réalisées.
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La machine émet un signal tous les 4 heures. Si elle a pu identifier le germe,

la machine peut même s’arrêter avant les 24 heures.
L’entrée des plaques dans la 3ème porte
a- Inoculation des plaques
Les différentes étapes à suivre sont :
 Verser l’inoculum dans le bac d’inoculation.

 Le placer sur l’inoculateur et taper dans chaque coin de la plaque.
 Laisser reposer quelques secondes puis fixer le RENOK.
 Réhydrater et inoculer la plaque.
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Système Renok : inoculation des plaques
b- Codes à barres
Les plaques sont identifiées par un code à barres. Le W/A 96 ne traite pas
les plaques sans codes à barres. Ces codes à barres sont obtenus à l’aide d’une
imprimante à codes à barres.
L’imprimante à codes à barres
c- Lecture des plaques :
Les plaques entrées sont identifiées grâce à un lecteur de codes à barres qui
lit seulement le blanc et le noir.
2- Distribution des réactifs
Le moteur pas à pas reçoit une impulsion électrique qui correspondra à un

déplacement horizontal de la tête de distribution des réactifs pour assurer
l’addition des réactifs dans la cupule adéquate.
3- Lecture des plaques
L’identification des germes se fait par deux méthodes :
 La colorimétrie
L’identification des germes est décrite par une variation de couleur. La
détection de la CMI (concentration minimale inhibitrice) se fait lorsque
l’intensité de la lumière transmise est inversement proportionnelle à la
concentration en bactéries.
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 La fluorimétrie
L’identification des germes est indiquée par la présence de fluorescence. La
détection de CMI se fait lorsque l’intensité est directement proportionnelle à
la concentration en bactéries.
II- Aspect technique et informatique
1- Le système de gestion des bases de données (DMS)
Le système de gestion de bases de données (Data Management System ou

DMS) est un système de traitement « multitâche ».
Ce système possède les fonctions suivantes:
o La sauvegarde du fichier ;
o La reconstitution du fichier ;
o La suppression d’un fichier ;
o Le formatage d’une disquette ;
o La fusion de fichiers ;
o La réinterprétation des données ;
o La sélection des plaques.
Le menu principal du DMS est le suivant :
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o l’entrée et modification des données ;

o lecture des plaques micro scan ;
o étiquettes listes, résultats épidémiologiques ;
o recherches rapides
o adaptation du système ;
o entretien du système ;
o activation d’un fichier ;
o logiciel d’option : traitement alternatif ;
o fermeture de la console ;
o fermeture du système.
L’adaptation se fait par l’utilisation des codes abréviés en maximum de 3

caractères pour différencier les types des plaques utilisées (rapide ou
conventionnelle).
2- Le système robotique
Ce système est constitué d’un moteur pas à pas qui est sécurisé par un
capteur de rotation des axes.
Moteur pas à pas
Les moteurs pas à pas permettent de convertir directement un signal

électrique numérique en un positionnement angulaire de caractère
incrémental. Chaque impulsion envoyée par le système de commande au
module de puissance se traduit par la rotation d'un pas du moteur. La
résolution angulaire d'un moteur pas à pas va de 4 à 400 pas.
3- Système électronique
Le fonctionnement de l’automate WalkAway 96 s’effectue grâce aux

commandes des cartes suivantes :
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La carte maîtresse PCAs :
Identiques et utilisées pour contrôler le mouvement des différents moteurs.

 Capable de fournir l’alimentation, distribution.
La carte SBX PCA
 Faire la distribution et contrôler le signal pour actionner le Moteur de

pilotage et le Mini Bus.
 Recevoir de la fréquence proportionnelle à l’intensité vue dans la

fluorimétrie et la colorimétrie et translater cette fréquence.
 Enlever le moteur en cas d’une erreur de position.
Auxiliaire CPU PCA
 Lié au SBX PCA

 Maintenir la position de l’appareil
 Contrôler le mouvement du moteur
 Transférer les informations du bus standard
La carte Maîtresse CPU PCA
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 Contient toutes les données.

 Transfère les informations à la mémoire.
Disque dur
 Connecté au disque dure PCA.

 Il sert à stocker les informations sur les programmes utilisés dans
l’appareil et réserve les informations collectées avant de les stocker dans
l’ordinateur.
La carte GPIB PCA
Il permet la communication entre l’appareil et l’ordinateur
III- Maintenance de l’appareil
1- Maintenance préventive
a- Impression du conte rendu du diagnostic
L’impression est obligatoire chaque jour, elle permet de contrôler

l’exécution des tâches quotidiennes de maintenance.
b- L’étalonnage
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Le WalkAway 96 s’étalonne avant la lecture, l’étalonnage se fait par l’usage

d’une plaque spéciale :
Les valeurs des étalonnages électroniques et celles hors tolérance sont

soulignées :
 La valeur de l’étalonnage N/A ajuste le signal des diodes en fonction de

l’échelle de tension.
 La lecture de référence de la ligne de base est la valeur dans l’air.
 La valeur de décalage est la tension générée par la photodiode en
l’absence de lumière.
 Le gain: c’est la quantité d’amplification de tension.
 Les conditions de l’environnement: l’humidité relative doit être située
entre 50 et 70 %.
 La température ambiante égale à 30 °C et la température interne de
l’appareil de 45 °C.
c- La température
L’appareil doit afficher une température de 35° C
d-Le réservoir d’eau
Il contient l’eau stérile désionisée au H2O distillée (3l), il nécessite un

appoint quotidien en eau. Il y a un capteur qui déclenche une alarme lorsqu’il
ne reste plus que près de 500 ml d’eau. C’est un capteur de remplissage.
e- Les embouts d’addition des réactifs
Il contrôle l’absence de cristallisation, la tête d’addition des réactifs peut

être démontée de l’entonnoir à déchets pour permettre le nettoyage.
o Le flacon de réactifs
Le niveau des réactifs est non surveillé par le WalkAway 96 c’est le
technicien de maintenance qui doit le contrôler.
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o La poubelle de réactifs
La poubelle de réactifs
o Le remplacement des réactifs
Les flacons doivent être remplacés un par un. Un niveau de 19 mm dans le

flacon suffit pour une séance de travail, il faut laisser un vide d’air de 6 mm.
Tout flacon dans le fond présente la moindre trace de précipitation doivent
être remplace.
o La purge des réactifs
Avant de quitter le programme de la maintenance, il faudrait s’assurer que

l’écran (purge des réactifs) indique une pression de 2,75 à 3,25 PSI. La
configuration des purges automatique des réactifs: les réactifs représentés
28
sont purgés automatiquement, cette purge automatique n’influe pas sur la

purge manuelle.
o L’écran de protection du fluorimètre
A nettoyer quotidiennement avec un produit de nettoyage de lentilles et du

papier spécial puis sécher immédiatement. La porte doit être fermée pour
entrer l’option 5 (position de nettoyage des écrans de protection).
o L’écran de protection des photodiodes
L’écran de protection des diodes doit être contrôlé quotidiennement et

nettoyé au moins une fois par semaine avec de produit de nettoyage de
lentilles et du papier spécial ou avec une solution d’eau savonneuse. Dans ce
cas la porte doit être fermée pour entrer l’option 5 (position de nettoyage des
écrans de protection). Si l’écran est rayé ou taché, il faudrait le remplacer.
o La plaque de diffusion (diffuseur plat)
Elle doit être contrôlée quotidiennement et nettoyé au moins une fois par
semaine avec de produit de nettoyage de lentilles et du papier spécial ou avec
une solution d’eau savonneuse. La porte doit être fermée pour entrer l’option
5 (position de nettoyage des écrans de protection).
o Le disque de référence fluorimètre
A nettoyer quotidiennement avec un produit de nettoyage de lentilles et un

bâtonnet ouaté. Sécher ensuite immédiatement. Le portillon doit être fermé
sur l’option 4 (position de nettoyage du disque de référence fluorimètre).
Remarques : Il faudrait nettoyer seulement la partie supérieure du disque. Les

écrans et le disque de référence ne doivent pas être nettoyés entre les lectures
initiales et finales.
o Entonnoir à réactifs
Il doit être rincé chaque semaine par l’alcool
o Le filtre du ventilateur
Il doit être rincé à l’eau et séché en le secouant.
29
o Les joints de réactifs

Leur contrôle est mensuel et leur remplacement doit se faire tous les 6
mois.
2- Maintenance curative
Message Cause Action curative
Temps d’accès Avertissement Terminer votre intervention sur l’incubateur

dépassé -
Refermer la porte et appuyer sur la touche
Dépêcher vous
<ECHAP> du clavier pour signaler que vous
SVP-
avez terminé.
Erreurs de lecture Erreurs de lecture de Imprimer la liste chargement /états pour

de codes à barres codes à barres illisible savoir quelles plaques ont été lues ou non
utilisées.
L’option « identifier » de w/a ou réimprimer

de nouvelles étiquettes a codes a barres et les
placer sur les plaques. Dans certains cas, il
faut repositionner la plaque ou réaligner
lecteur de codes a barres. voir si une étiquette
à codes à barres ne s’est pas collée sur le
lecteur de codes à codes à barres.
Contrôler l’état Panne de lampe, défaut Imprimer le compte rendu de contrôle

du système d’étalonnage ou qualité appareil/diagnostic ou appeler le
coupure/fluctuation de la service d’assistance technique si le problème
tension d’alimentation. est du à une autre cause qu’une panne de
courant commue
Contrôler le Ecran/plaque de diffusion Nettoyer l’écran de protection des

système sale ou panne de la lampe photodiodes et la plaque de diffusion et ré
colorimétrique utilisée la pendant la étalonner. Si le problème persiste on doit
30
lecture colorimétrique appeler le technicien de maintenance
Contrôler le Disque de référence/écran Nettoyer le disque de référence/l’écran du

système du fluorimétre sale ou fluorimétre
fluorimétrique panne de fluorimétre
Pression Fuite ou pression Le système d’addition des réactifs n’a pas

d’addition hors excessive (pression atteint la pression voulue pendant l’addition
tolérances correcte : 2,75 à 3,25 PSI) des réactifs dans une plaque. W/A attend la
correction de cette situation pendant les cinq
minutes suivant l’apparition du message. Si
aucune correction n’est effectuée par
l’opérateur dans ce délai, toutes les plaques
exigeant des réactifs sont traitées sans ceux-ci
et incorporées à la liste de contrôle avec
l’annotation « défaut d’addition des
réactifs ». Pendant ce délai de cinq minutes,
l’accès pour la maintenance est immédiat
pour permettre de l’opérateur de corriger le
problème.
Porte ouverte Porte avant ouverte plus Refermer la porte

longtemps que prévu ou
ouverte pendant une
tentative
Température Température incubatrice Mesure de la température manuellement

incubatrice trop trop élevée ou trop basse température correcte est de 35 C 2 C.
élevée (trop
basse)
Niveau d’eau Pas assez d’eau dans le Ajouter de l’eau stérile désionisée dans le
trop bas réservoir réservoir
31
Dans cette étude nous allons comparer les systèmes automatisés de deux différents
fabricants, MicroScan (WalkAway) et BioMérieux (VITEK®).
I- L’automate VITEK
VITEK® automatise toutes les étapes nécessaires à la réalisation des

tests d'identification et d'antibiogramme avec les cartes VITEK. Il est composé
d'un préparateur, d'un incubateur/lecteur, d'un ordinateur et d'une
imprimante. Le préparateur permet l'ensemencement des cartes.
L'incubateur/lecteur assure simultanément l'incubation et la lecture des cartes
pour une capacité variant de 32 à 480 cartes selon le modèle. L'ordinateur
équipé des logiciels VITEK effectue un contrôle permanent des opérations en
cours, mémorise les valeurs, traite et interprète les résultats.
1- La carte VITEK
32
Destinée à l'identification ou l'antibiogramme avec les automates

VITEK, la carte VITEK est prête à l'emploi. Elle est présentée en
conditionnement unitaire, ce qui garantit une parfaite conservation des tests
jusqu'à l'emploi. Une fois inoculée, elle est hermétiquement fermée et donc
manipulable sans risque de contamination.
 L'identification VITEK
Chaque carte identification comporte 30 puits qui contiennent les

substrats biochimiques sous forme déshydratée. Aucun réactif n'est à ajouter
ce qui évite tout risque d'oubli ou d'erreur. L'identification VITEK couvre plus
de 300 espèces rencontrées dans le domaine clinique et dans le domaine
industriel.
 L'antibiogramme VITEK
La carte antibiogramme comporte 30 ou 45 puits qui contiennent les

antibiotiques déshydratés. Des tests spécifiques pour la détection des
mécanismes de résistance sont systématiquement inclus dans les cartes
antibiogramme.
Le système expert VITEK bénéficie de la connaissance et de

l'expérience de bioMérieux dans le domaine de l'antibiogramme et de
l'expertise. Tout résultat d'antibiogramme est systématiquement contrôlé,
interprété et commenté par le système expert : la surveillance de la qualité des
réponses est permanente.
2-Les logiciels VITEK
a- BioLiaison : la gestion des informations
Le logiciel bioLiaison centralise les informations du laboratoire,

organise les comptes-rendus de résultats et gère les données concernant les
produits, les identifications et autres tests. Une interface graphique permet à
tous, mêmes aux moins familiarisés avec l'informatique, d'utiliser l'automate
VITEK® en toute confiance.
 statistiques
Le module statistique regroupant plus de 30 critères de tri ou de

sélection permet d'effectuer des études de répartition des germes, de
fréquence d'apparition de profils biochimiques, de charges de travail, de
tendance,...
33
 contrôle qualité
Un module de contrôle qualité intégré permet de réaliser les contrôles

intra-laboratoire.
 connexion
VITEK peut être relié à l'informatique centrale par liaison mono ou

bidirectionnelle.
 Multitâches
La station de travail est multitâche. Il est donc possible de lancer

simultanément une étude statistique, éditer un rapport, tout en consultant un
dossier.
b- TheraTrac
Ce logiciel permet au pharmacien de l'hôpital d'être informé des

résultats du laboratoire en temps réel et d'intervenir aussitôt afin d'améliorer
la thérapie en cours par un choix d'antibiotiques plus approprié et moins
coûteux, ou de détecter une éventuelle antibiothérapie incorrecte.
c- Système expert
Ce logiciel permet de contrôler, interpréter et commenter

systématiquement tout résultat d'antibiogramme réalisé avec les cartes
VITEK.
II- Comparaison entre VITEK et WalkAway
34
Tableau de comparaison des caractéristiques
Tableau de comparaison d’identification bactérienne
Tableau de comparaison d’antibiotiques
Conclusion
Dans des structures hospitalières ou autres où la demande en examen

bactériologique est importante. Il faudrait disposer d’une importante équipe
de laborantins encadrés par un plusieurs médecins biologistes. Ceci ne peut se
faire qu’au prix d’un investissement humain et matériel important.
La mise au point d’automate d’analyses bactériologiques de type

WalkAway 96 constitue dans ce domaine incontestable. Le WalkAway 96
permet de réaliser un nombre important d’analyses simultanées, avec une
grande précision, une grande fiabilité avec un personnel réduit à une seule
personne pour piloter l’automate.
35
36

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Automates en microbiologie

La microbiologie présente la science qui s’occupe des études des

Dans les années précédentes, les analyses microbiologiques sont

Le rapport suivant présente un aperçu général de la microbiologie,

 Dès l'Antiquité, on postulait l'existence d'agents infectieux

 1677 : Découverte des bactéries par le microscopiste hollandais Antoine

 1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la première fois le

 1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle propose une « théorie des

 1857-1876 : Louis Pasteur met en évidence les rôles des micro-

 1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des maladies sont la

recherches systématiques sur l'origine de certaines maladies, ainsi que

 1873-1882 : Robert Koch met en évidence le bacille responsable de la

 1884 : Hans Christian Gram développe une technique de coloration qui

 1912 : Paul Ehrlich découvre le premier traitement efficace (dérivé

 1917 : Découverte des bactériophages par Frederick Twort et Felix

 1928 : Frederick Griffith découvre la transformation bactérienne et

 1929 : Alexander Fleming découvre les propriétés antibactériennes de

 1944 : Albert Schatz et Selman Waksman découvrent un autre

 1960 : François Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et Jacques Monod

 1977 : Carl Woese étudie l'ARN ribosomal pour découvrir une

 1986 : En utilisant une enzyme de la bactérie Thermus aquaticus, Kary

 1995 : Séquençage complet du premier génome bactérien (Haemophilus

Les agents infectieux sont :

 des champignons inférieurs.

De ce fait on distingue les 4 branches de la microbiologie :

La parasitologie est l'étude des parasites, de leurs hôtes et de leurs

La mycologie est la science consacrée à l'étude des champignons. Cette

Le laboratoire d’analyse microbiologique doit être à même de réaliser des

Le laboratoire doit être composé de trois parties principales :

 le laboratoire proprement dit où sont réalisées les analyses ;

Le plan présenté ci-dessous est une proposition type de conception du

3- Equipements et analyses en microbiologie

3-1- les techniques microbiologiques

La stérilisation est l'opération qui consiste à éliminer les micro-organismes

On distingue les procédés à chaleur « sèche » ou « humide ».

o Bec Bunsen : tout l'air qui se trouve dans un globe virtuel

passé une fois dans la flamme. Ceci crée une enceinte

o Autoclave : cette technique consiste à faire bouillir de

Cas particuliers : la pasteurisation et tyndallisation

 la conservation des produits naturels pendant un temps limité, ne détruit

 porter le liquide rapidement à 90°C pendant 30s, par exemple, puis on le

C’est une série de chauffages brefs à des températures de 70°C à

 mise en pression du liquide par l'intermédiaire d'un piston.

Leur effet sur un germe donné est fonction de la puissance de la lampe, de

L’ensemencement consiste à déposer dans un milieu neuf des germes

Pour étudier les microorganismes, il est indispensable de les isoler et d'en

 la méthode des stries

 Technique des stries

 Technique de suspension dilution

Cette technique permet, après un étalement sur milieu solide, d'évaluer le

3-2- Equipements microbiologiques

Il est indispensable de disposer d’un certain nombre d’équipements et de

a- Systèmes de stérilisation / désinfection et zones stériles

1o L’autoclave vertical ou horizontal pour la stérilisation en milieu vapeur des

2o Le four Pasteur permet la stérilisation à sec du matériel en verre ou en

Membrane Ultrafiltration Membrane de micro filtration

4o Les lampes UV germicides munies d’une minuterie et installées dans la

b- Matériels d’incubation et de préparation des milieux

1o Etuve, cet appareil se trouve généralement dans les différents laboratoires

2oJarres anaérobies et leur nécessaire de contrôle de l’atmosphère (catalyseur,

4o Four à microondes permet de réduire la durée des traitements thermiques

5o Balances (portée 1 à 2 kg au 1/10 de g et portée d’environ 200 g au 1/10 de

6oAgitateurs magnétiques sont utilisés pour la préparation des milieux de

c- Préparation des échantillons et culture microbienne