His To Rique

UQTR - MICROBIOLOGIE GNRALE 1 MCB1004
Cours 1 - 16 janvier 2012 - Concepts fondamentaux

Historique de la microbiologie
Vue densemble du monde microbien
Caractristiques des microorganismes
pidmiologie
Cours 2 - 23 janvier 2012 - Bactriologie

Classification et morphologie bactrienne
Composantes structurales et fonctionnelles
Croissance, culture et identification bactrienne
Yves Bergeron Ph. D., Micro-immuno-infectiologie, U. Laval

Marie-Laure Escudero Ph. D., Chimie-Biologie, UQTR
Marc Sirois Ph. D., Chimie-Biologie, UQTR
Denis Beauchamp Ph. D., Micro-immuno-infectiologie, U. Laval
1
Les maladies infectieuses ne datent pas dhier.
Dcouverte d'ADN de Mycobacterium tuberculosis dans des
momies gyptiennes vieilles de 3000 ans;
Ramss V serait mort de la variole, en 1143 avant J.-C;
Le pharaon Siptah souffrait de la poliomylite, en 1193
avant J-C.;
Entre 1348 et 1377, une pidmie cause par un seul
microorganisme, Yersinia pestis, a tu entre le tiers et la
moiti de la population d'Europe.
2
Invention dun microscope simple une seule lentille
Premire description des protozoaires et bactries
Pouvoir de grossissement de 50X 200X
Antony van Leeuwenhoek

1670
3
tablissement du rapport entre microorganismes et maladie:
thorie germinale des maladies
1668
Le mdecin italien
Francesco Redi
S'oppose vigoureusement la notion de gnration spontane:

Les asticots ne se forment pas spontanment dans la viande!
1861
Louis Pasteur:
Les flacons
becs de cygne
Contredit la thorie de la gnration

spontane laide de cultures de
milieux nutritifs en flacons bec de
cygne
Dcouvre la fermentation et tablit la

pasteurisation suite aux tudes sur le
vin et la bire
Combat la maladie du ver soie

cause par un protozoaire
Suite aux travaux de Jenner sur la

variole-vaccine, il dcouvre pourquoi
la vaccination fonctionne, en confrant
limmunit contre le cholra des
poules et le virus de la rage.
Isole le pneumocoque de la salive
Un des pres de la microbiologie
LOUIS PASTEUR 1822-1895
1867
Joseph Lister:
Prvention de
linfection des
plaies
Instruments striliss par la chaleur
Pansements imbibs de phnols
vaporisation de phnols dans les pices d'opration
7
1876
Robert Koch
Mdecin allemand
Postulats de Koch
La premire preuve que les bactries causent effectivement des maladies:

L'anthrax est en train de dtruire les bovins en Europe: Bacillus anthracis
Le bacille de la tuberculose: Mycobacterium tuberculosis
8
Quelques autres dates..
1929
Fleming
Pnicilline
1953
Watson et Crick
Structure de lADN
1983
Montagnier
Virus VIH
1985
Mullis
Technologie PCR
(polymerase chain reaction)
Depuis 25 ans: dveloppement de la biologie molculaire

9
LES VIRUS
Les virus sont les plus petits microorganismes qui dmontrent un potentiel
pathogne. Ils sont trop petits pour tre visualiss en microscopie optique.
parasites intracellulaires obligatoires;
dpendent entirement du potentiel mtabolique de la cellule hte pour

leur reproduction;
contiennent un seul type d'acide nuclique, soit de l'ADN ou de l'ARN

(jamais les deux la fois), quils injectent la cellule infecte;
les gnes viraux dtournent les activits de la cellule hte pour produire
de nouvelles composantes virales;
les virions sont librs, de nouvelles cellules sont infectes et le cycle

viral se rpte.
10

LES VIRUS
11

LES VIRUS
12
LES BACTRIES
Les bactries sont de taille plus grande et de structure plus complexe que les
virus. La plupart des bactries sont visibles en microscopie optique:
Elles sont appeles procaryotes car ne possdant pas de vraie

membrane nuclaire. Le matriel gntique est libre dans le cytoplasme;
Contrairement aux virus, les bactries possdent de l'ADN et de l'ARN;
Elles se reproduisent par division binaire, dite aussi scissiparit;
Plusieurs bactries pathognes peuvent se dvelopper de faon

autonomes et sont donc cultivables sur milieux artificiels.
13

LES BACTRIES
14

LES BACTRIES
15
LES MYCTES (CHAMPIGNONS)

Les myctes (levures et moisissures) sont de taille plus grande que les
bactries et dmontrent une structure cellulaire plus volue:
Ils peuvent tre unicellulaires (levures) ou pluricellulaires (moisissures);
Les myctes sont des organismes eucaryotes, leur matriel gntique

est spar du cytoplasme par une membrane nuclaire;
Certains myctes se reproduisent par bourgeonnement (levures) alors

que d'autres forment des hyphes cloisonnes, des colonies attaches,
des spores (moisissures);
La plupart des myctes pathognes existent dans la nature en tant que

saprophytes environnementaux; les infections chez l'humain ne
semblent pas ncessaires leur cycle de vie.
16

LES MYCTES
17

LES MYCTES
18

LES MYCTES
19
LES PROTOZOAIRES
Le terme parasite est souvent utilis dans un sens large pour faire rfrence
une varit de protozoaires et dorganismes eucaryotes multicellulaires
(incluant des helminthes) capables d'induire des maladies.
Plusieurs parasites ont des cycles de vie complexes qui peuvent

impliquer plusieurs espces, dont l'humain;
Les infections parasitaires demeurent un problme de sant majeur et

un souci conomique, particulirement dans les pays en voie de
dveloppement (ex. malaria, leishmaniose, trichomoniase,
trypanosomiase, etc.).
20

LES PROTOZOAIRES
21

Les microbes capables dinduire des maladies chez lhomme (pathognes)
incluent des membres des 4 grandes classes de microorganismes.
Virus
Bactries
Myctes
Protozoaires
Caractristiques communes:
Unicellularit
Taille (invisibilit)
Organisation cellulaire
Leur potentiel mtabolique
Omniprsence et abondance
22

Les pathognes varient en taille et en complexit biologique
-------
Procaryote
Eucaryote
Eucaryote
VIRUS
BACTRIE
CHAMPIGNON
PROTOZOAIRE
Noyau
Aucun
Sans membrane
Vrai noyau
Vrai noyau
Chromosome
<1
>1
>1
Acides nucliques
ADN ou ARN
ADN + ARN
ADN + ARN
ADN + ARN
Mitose
Non
Non
Oui
Oui
ADN extrachromosomal Non
Plasmides
Dans organelles
Dans organelles
Peptidoglycan (parois) Non
Oui
Non
Non
Ribosomes
Non
70S
80S
80S
Mitochondries
Non
Non
Oui
Oui
Strols membranaires Non
Non
Oui
Oui
Mtabolisme
Aucun
Autonome
Autonome
Complexe
Croissance sur milieu
Vivant
Synthtique
Synthtique
Difficile, synthtique
Dimensions
20-250 nm
0.5-5 m
0.5 m-mm
10 m-mm
Multiplication
Assemblage Fission binaire

dans cellule
hte
Exospores et
bourgeonnement
Complexe, cycles
vitaux dans htes
intermdiaires
Antimicrobiens
Antiviraux
Antifongiques
Antiparasitaires
Antibactriens
23
PIDMIOLOGIE
Dfinition classique:
tude des pidmies, cest--dire, du dveloppement

des maladies qui atteignent simultanment de
nombreux individus rpartis sur un territoire plus ou
moins tendu et soumis des influences identiques et
inhabituelles.
Dfinition actualise:
Branche de la mdecine qui tudie les diffrents
facteurs intervenant dans l'apparition et l'volution des
maladies, que ces facteurs dpendent de l'individu ou
du milieu qui l'entoure.
24
PIDMIOLOGIE
Postulats de Koch : (infections bactriennes surtout)

1- La bactrie est prsente dans tous les cas de maladie en question
et sa prsence peut expliquer ces changements pathologiques et
cliniques attribus l'infection;
2- Elle ne se retrouve pas dans aucune autre maladie de faon
fortuite ou non pathogne;
3- Une fois isole et cultive in vitro, sa rinjection un autre individu

entrane la maladie.
25
PIDMIOLOGIE
Postulats de Rivers : (infections virales surtout)
1. Un virus particulier doit tre RGULIREMENT associ une
maladie;
2. Le virus doit se retrouver chez l'individu malade et causer l'infection;
3a) La transmission de l'infection doit se faire des individus
susceptibles lorsqu'il y a inoculation de matriel biologique provenant
d'un patient malade.
3b) Les tudes immunologiques doivent dmontrer que le virus n'tait
pas prsent chez le sujet qui lon a inocul le matriel biologique.
26
PIDMIOLOGIE
MALADIES DCLARATION OBLIGATOIRE (MADO) :
Pour pouvoir suivre les tendances et dtecter les pidmies

au Qubec et au Canada, il existe une liste de maladies
dclaration obligatoire par le mdecin qui pose l'un ou
l'autre des diagnostics sur la liste.
Les caractristiques de ces maladies sont quelles sont
contagieuses d'un individu l'autre et quelles peuvent tre
transmises plusieurs individus partir d'une source
commune.
27
PIDMIOLOGIE
PIDMIOLOGIE DE LA TUBERCULOSE :
90% des 8.7 millions de nouveaux cas annuels se dclarent dans les pays
conomiquement sous-dvelopps;
Mondialement, 2 millions personnes meurent annuellement de la tuberculose;
Pour la priode 2000-2020, lOMS estime le nombre de nouvelles personnes
infectes environ 1 milliard;
Chaque personne porteuse dune tuberculose non traite infecte annuellement
10 15 autres personnes;
Un grand nombre de malades ne sont ni reconnus ni traits;
90% des tuberculoses diagnostiques atteignent le poumon;
Dans certains pays africains, un tiers des sidens sont atteints de tuberculose.
28
PIDMIOLOGIE
MALADIES INFECTIEUSES MERGENTES:
Encphalopathie spongiforme bovine
Maladie de Creutzfeldt-Jakob
Diarrhes E. coli O157:H7

Infection invasive au streptocoque du groupe A
Fivre hmorragique d'Ebola
Cryptosporidiose
SIDA
29

PRINCIPES DE CLASSIFICATION
Classification binomiale: Genre et espce (ex. Staphylococcus aureus)
(Livre de rfrence: Bergeys Manual of Systematic Bacteriology)
Appellation suivant la racine latine:

Bacillus
petit btonnet
Lactobacillus
petit btonnet du lait
Sarcina
en paquet
Appellation suivant la racine grecque:
Micrococcus
petit grain
Clostridium
fusel
Corynebacterium
btonnet en forme de massue
Appellation en lhonneur de personnalits:
Pasteurella
Louis Pasteur, microbiologiste
Erwinia
Erwin F. Smith, biologiste
Neisseria
Albert Neisser (gonorrhe, 1879)
Nom commun:
Gonocoque
Mningocoque
Pneumocoque
Entrocoque
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Enterococcus faecalis
30

CRITRES DE CLASSIFICATION
Types dorganisation cellulaire;

Prsence de composs chimiques particuliers;
Existence de voies mtaboliques particulires et de
produits terminaux caractristiques;
Degr de parent du gnome.
Morphologiques
Biochimiques
Mtaboliques
Physiologiques
cologiques
Gntiques
31

Morphologie bactrienne:
Forme et taille des bactries, arrangement spatial
Nature, nombre et disposition des flagelles
Prsence de structures intracellulaires particulires (ex. spores)
Apparence des colonies sur glose
Forme et taille:
Arrangement spatial:
Btonnets: Bacilles, coccobacilles
Individuelles
Sphres: Cocci
En paires: diplocoques
Spirales: Vibrio et spirochtes
Chanettes: streptocoques
Difformes: Plomorphes
Amas: organiss ou non
32

CRITRES DE CLASSIFICATION:
- Morphologie coloniale
33

Biochimiques:
Composantes de la paroi, de la capsule. Srotypes
Nature des composs de rserve
Prsence de pigments, inclusions particulires
Ractions la coloration
Mtaboliques:
Nature des sources de carbone. Biotypes
Arobiose, anarobiose
Potentiel de fermentation
Produits terminaux du mtabolisme
Tolrance aux inhibiteurs mtaboliques et antibiotiques
Galerie API
34

CRITRES DE CLASSIFICATION:
Physiologiques:
Temprature optimale de croissance
pH optimal de croissance
Tolrance la pression osmotique
cologiques:
Mode de vie (eau, sol, vgtal, animal, humain)
Nature des relations symbiotiques
Pathognicit (+ toxines)
35
36

Gntiques (molculaires):
Gnomique:
Squenage de lADN et de lARN (mthode taxonomique la plus puissante pour dmontrer que deux
organismes descendent dun anctre commun);
Composition relative des bases azotes de lADN
Protomique:
Squence en acides amins des protines
Mobilit lectrophortique des protines
Techniques immunologiques: anticorps, srologie
Proprits physiques, cintiques et rgulatrices

37

Composition en bases des acides nucliques:
Permet de mettre en vidence des homologies molculaires;
Le contenu en bases puriques et pyrimidiques varie dun

organisme lautre, mais est constant pour une espce donne;
Coefficient % GC varie de 25 75% chez les bactries;
Permet de sparer des bactries qui avaient t places dans un

mme genre sur la base dautres critres.
38

Hybridation des acides nucliques:
Lorsque 2 valeurs de % GC sont identiques, la preuve que les deux
bactries descendent dun anctre commun ne peut tre apporte
quen montrant que les squences de leur ADN sont identiques ou
trs voisines.
39

Hybridation des acides nucliques:
40

Applications
Critres ou mthodes
Classification
Identification
Caractres morphologiques
Non
Oui
Coloration diffrentielle
Oui
Oui
preuves biochimiques
Non
Oui
Srologie
Non
Oui
Composition des bases dADN
Oui
Non
Hybridation molculaire
Oui
Oui
Squenage de lADN
Oui
Non
Le dveloppement de sondes ADN permet une identification

gntique rapide des microbes laide de trousses diagnostiques.
41
42

LES ENVELOPPES:
Les enveloppes sont les diffrentes structures qui
entourent les cellules bactriennes, soit:
A.
B.
C.
D.
Capsule
Glycocalyx
Paroi
Membrane cytoplasmique
43

LES ENVELOPPES: A) La capsule:
44

LES ENVELOPPES: A) La capsule:
Seules certaines bactries en possdent une;

Non indispensable la survie;
Rle essentiel dans la virulence (pouvoir pathogne):
- empche la phagocytose;
- favorise ladhrence;
Polysaccharides constitutifs servent la classification antignique:
- cest lAntigne K
- ex. 80 srotypes pneumocoques (Pneumovax 23-valent)
45

LES ENVELOPPES: B) Le glycocalyx:
Similaire la capsule (exopolymre, polysaccharide)

Forme des biofilms agglutinants en milieu externe
Favorise ladhsion aux matriaux (prothses, etc.)
Exemple: Streptococcus mutans --> carie dentaire
46

LES ENVELOPPES: C) La paroi:
Enveloppe rigide qui assure la forme de la bactrie

Il en existe 2 structures trs diffrentes: GRAM +/Constituant commun: peptidoglycan (murine)
Facteur de virulence (endotoxine = Antigne O)
Cible pour les antibiotiques b-lactamines
47

48

49

Diffrences chimiques et physiques de la PAROI bactrienne
Caractristiques
Structures
Gram-positif
Gram-ngatif
paisse 15-80 nm
Mince 10-15 nm
peptidoglycan
peptidoglycan
lipopolysaccharides
lipoprotines
Composition chimique
Peptidoglycan
++++
(50% poids sec)
+
(10% poids sec)
Acides teichoques et
lipoteichoques
Lipoprotines
Lipopolysaccharides
(LPS)
Phospholipides
Porines
50

LES ENVELOPPES: D) La membrane cytoplasmique:
- Barrire osmotique: contrle les taux ioniques;
- Transport: rgulation des changes interne/externe;
- Enzymes: mtabolisme nergtique (respiration);
- Division cellulaire: fission binaire;
- Cible pour antibiotiques: ex. polypeptides.
51

LES CONSTITUANTS INTERNES:
CYTOPLASME: Contient les ribosomes et lappareil nuclaire
APPAREIL NUCLAIRE: ADN double brin sans membrane nuclaire
PLASMIDES: ADN extra-chromosomique, circulaire et de rplication autonome.

Codent pour des proprits facilitant la survie, incluant des gnes de rsistance.
52

LES APPENDICES EXTERNES
A) Flagelles:
Assurent la mobilit
Constitu de flagellines, Antigne H
Nombre et disposition varient selon les genres
53

A) Flagelles
54

A) Flagelles
Gram positif
Composantes:
Filament
Crochet
Corpuscule basal
Gram ngatif
55

A) Flagelles:
Mouvement
Procaryotes
Eucaryotes
56

B) Fimbriae: nombreux, fixation aux tissus, pouvoir pathogne
57

B) Pili sexuels:
(peu nombreux)
Conjugaison bactrienne
58

LA SPORE (ENDOSPORE)
Les bactries des genres Bacillus et Clostridium ont la
capacit de former des endospores;
Forme de rsistance permettant aux bactries de survivre
dans des conditions dfavorables;
Fonction trs diffrente des spores de myctes;
Volume et position dans la cellule sont des caractres
didentification car constants pour une espce;
59

60

Proprits de rsistance:
- temprature basse et leve
- faible humidit (dessiccation)
- insensible aux produits chimiques et antibiotiques
Rsistance cause par lacide dipicolinique, le constituant majeur

de lenveloppe de lendospore.
Mdicalement importantes dans la dissmination de quelques

maladies telles que :
-
Gangrne:
Ttanos:
Botulisme:
Anthrax
Clostridium perfringens
Clostridium tetani
Clostridium botulinum
Bacillus anthracis
61

LA SPORE (ENDOSPORE): Cycle de sporulation et de germination
62

Structures obligatoires et facultatives
Structures obligatoires
Paroi
Membrane cytoplasmique
Cytoplasme
Nuclode
Ribosomes
Structures facultatives
Capsule
Pili (fimbriae)*
Flagelles
Endospores
Plasmides
Pili et fimbriae sont des termes interchangeables bien que certains auteurs
rservent le terme pili la notion de pili sexuels. Singulier: pilus, fimbria.
63
Antignes bactriens
H
Flagelles
Capsule
Endotoxine
Paroi Gram -
64
Croissance, culture et identification bactrienne

(A suivre sur le prochain diaporama.)
RFRENCES:
Gladwin M., Trattler B. Clinical microbiology made ridiculously simple.
Edition 4. MedMaster Inc., Miami. 2010.
Prescott, Harley, Klein, etc. Microbiologie. Edition 3. De Boeck, Bruxelles.
2010.
Tortora, Funke, Case. Introduction la microbiologie. ditions du
Renouveau Pdagogique, Saint-Laurent, Qubec. 2003.
65

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Cours 1 - 16 janvier 2012 - Concepts fondamentaux

Cours 2 - 23 janvier 2012 - Bactriologie

Yves Bergeron Ph. D., Micro-immuno-infectiologie, U. Laval

Antony van Leeuwenhoek

S'oppose vigoureusement la notion de gnration spontane:

Contredit la thorie de la gnration

Dcouvre la fermentation et tablit la

Combat la maladie du ver soie

Suite aux travaux de Jenner sur la

Isole le pneumocoque de la salive

Un des pres de la microbiologie

LOUIS PASTEUR 1822-1895

La premire preuve que les bactries causent effectivement des maladies:

Depuis 25 ans: dveloppement de la biologie molculaire

Vue densemble du monde microbien

parasites intracellulaires obligatoires;

dpendent entirement du potentiel mtabolique de la cellule hte pour

contiennent un seul type d'acide nuclique, soit de l'ADN ou de l'ARN

les virions sont librs, de nouvelles cellules sont infectes et le cycle

Vue densemble du monde microbien

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Elles sont appeles procaryotes car ne possdant pas de vraie

Contrairement aux virus, les bactries possdent de l'ADN et de l'ARN;

Elles se reproduisent par division binaire, dite aussi scissiparit;

Plusieurs bactries pathognes peuvent se dvelopper de faon

Vue densemble du monde microbien

Vue densemble du monde microbien

Vue densemble du monde microbien

LES MYCTES (CHAMPIGNONS)

Ils peuvent tre unicellulaires (levures) ou pluricellulaires (moisissures);

Les myctes sont des organismes eucaryotes, leur matriel gntique

Certains myctes se reproduisent par bourgeonnement (levures) alors

La plupart des myctes pathognes existent dans la nature en tant que

Vue densemble du monde microbien

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Plusieurs parasites ont des cycles de vie complexes qui peuvent

Les infections parasitaires demeurent un problme de sant majeur et

Vue densemble du monde microbien

Caractristiques des microorganismes

Caractristiques des microorganismes

ADN extrachromosomal Non

Peptidoglycan (parois) Non

Strols membranaires Non

Croissance sur milieu

Assemblage Fission binaire

tude des pidmies, cest--dire, du dveloppement

Postulats de Koch : (infections bactriennes surtout)

3- Une fois isole et cultive in vitro, sa rinjection un autre individu

Pour pouvoir suivre les tendances et dtecter les pidmies

Diarrhes E. coli O157:H7

Classification et morphologie bactrienne

Appellation suivant la racine latine:

Classification et morphologie bactrienne

Types dorganisation cellulaire;

Classification et morphologie bactrienne

Btonnets: Bacilles, coccobacilles

Spirales: Vibrio et spirochtes

Amas: organiss ou non

Classification et morphologie bactrienne