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UQTR - MICROBIOLOGIE GNRALE 1 MCB1004

Cours 1 - 16 janvier 2012 - Concepts fondamentaux


Historique de la microbiologie
Vue densemble du monde microbien
Caractristiques des microorganismes
pidmiologie

Cours 2 - 23 janvier 2012 - Bactriologie


Classification et morphologie bactrienne
Composantes structurales et fonctionnelles
Croissance, culture et identification bactrienne

Yves Bergeron Ph. D., Micro-immuno-infectiologie, U. Laval


Marie-Laure Escudero Ph. D., Chimie-Biologie, UQTR
Marc Sirois Ph. D., Chimie-Biologie, UQTR
Denis Beauchamp Ph. D., Micro-immuno-infectiologie, U. Laval
1

Historique de la microbiologie
Les maladies infectieuses ne datent pas dhier.
Dcouverte d'ADN de Mycobacterium tuberculosis dans des
momies gyptiennes vieilles de 3000 ans;
Ramss V serait mort de la variole, en 1143 avant J.-C;
Le pharaon Siptah souffrait de la poliomylite, en 1193
avant J-C.;
Entre 1348 et 1377, une pidmie cause par un seul
microorganisme, Yersinia pestis, a tu entre le tiers et la
moiti de la population d'Europe.
2

Historique de la microbiologie
Invention dun microscope simple une seule lentille
Premire description des protozoaires et bactries
Pouvoir de grossissement de 50X 200X

Antony van Leeuwenhoek


1670
3

Historique de la microbiologie
tablissement du rapport entre microorganismes et maladie:
thorie germinale des maladies

1668
Le mdecin italien
Francesco Redi

S'oppose vigoureusement la notion de gnration spontane:


Les asticots ne se forment pas spontanment dans la viande!

Historique de la microbiologie
tablissement du rapport entre microorganismes et maladie:
thorie germinale des maladies

1861

Louis Pasteur:
Les flacons
becs de cygne

Historique de la microbiologie

Contredit la thorie de la gnration


spontane laide de cultures de
milieux nutritifs en flacons bec de
cygne

Dcouvre la fermentation et tablit la


pasteurisation suite aux tudes sur le
vin et la bire

Combat la maladie du ver soie


cause par un protozoaire

Suite aux travaux de Jenner sur la


variole-vaccine, il dcouvre pourquoi
la vaccination fonctionne, en confrant
limmunit contre le cholra des
poules et le virus de la rage.

Isole le pneumocoque de la salive

Un des pres de la microbiologie

LOUIS PASTEUR 1822-1895

Historique de la microbiologie
tablissement du rapport entre microorganismes et maladie:
thorie germinale des maladies

1867
Joseph Lister:
Prvention de
linfection des
plaies
Instruments striliss par la chaleur
Pansements imbibs de phnols
vaporisation de phnols dans les pices d'opration
7

Historique de la microbiologie
tablissement du rapport entre microorganismes et maladie:
thorie germinale des maladies
1876
Robert Koch
Mdecin allemand
Postulats de Koch

La premire preuve que les bactries causent effectivement des maladies:


L'anthrax est en train de dtruire les bovins en Europe: Bacillus anthracis
Le bacille de la tuberculose: Mycobacterium tuberculosis
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Historique de la microbiologie
Quelques autres dates..
1929

Fleming

Pnicilline

1953

Watson et Crick

Structure de lADN

1983

Montagnier

Virus VIH

1985

Mullis

Technologie PCR
(polymerase chain reaction)

Depuis 25 ans: dveloppement de la biologie molculaire


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Vue densemble du monde microbien

LES VIRUS
Les virus sont les plus petits microorganismes qui dmontrent un potentiel
pathogne. Ils sont trop petits pour tre visualiss en microscopie optique.

parasites intracellulaires obligatoires;

dpendent entirement du potentiel mtabolique de la cellule hte pour


leur reproduction;

contiennent un seul type d'acide nuclique, soit de l'ADN ou de l'ARN


(jamais les deux la fois), quils injectent la cellule infecte;

les gnes viraux dtournent les activits de la cellule hte pour produire
de nouvelles composantes virales;

les virions sont librs, de nouvelles cellules sont infectes et le cycle


viral se rpte.

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Vue densemble du monde microbien


LES VIRUS

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Vue densemble du monde microbien


LES VIRUS

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Vue densemble du monde microbien

LES BACTRIES

Les bactries sont de taille plus grande et de structure plus complexe que les
virus. La plupart des bactries sont visibles en microscopie optique:

Elles sont appeles procaryotes car ne possdant pas de vraie


membrane nuclaire. Le matriel gntique est libre dans le cytoplasme;

Contrairement aux virus, les bactries possdent de l'ADN et de l'ARN;

Elles se reproduisent par division binaire, dite aussi scissiparit;

Plusieurs bactries pathognes peuvent se dvelopper de faon


autonomes et sont donc cultivables sur milieux artificiels.

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Vue densemble du monde microbien


LES BACTRIES

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Vue densemble du monde microbien


LES BACTRIES

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Vue densemble du monde microbien

LES MYCTES (CHAMPIGNONS)


Les myctes (levures et moisissures) sont de taille plus grande que les
bactries et dmontrent une structure cellulaire plus volue:

Ils peuvent tre unicellulaires (levures) ou pluricellulaires (moisissures);

Les myctes sont des organismes eucaryotes, leur matriel gntique


est spar du cytoplasme par une membrane nuclaire;

Certains myctes se reproduisent par bourgeonnement (levures) alors


que d'autres forment des hyphes cloisonnes, des colonies attaches,
des spores (moisissures);

La plupart des myctes pathognes existent dans la nature en tant que


saprophytes environnementaux; les infections chez l'humain ne
semblent pas ncessaires leur cycle de vie.
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Vue densemble du monde microbien


LES MYCTES

17

Vue densemble du monde microbien


LES MYCTES

18

Vue densemble du monde microbien


LES MYCTES

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Vue densemble du monde microbien

LES PROTOZOAIRES

Le terme parasite est souvent utilis dans un sens large pour faire rfrence
une varit de protozoaires et dorganismes eucaryotes multicellulaires
(incluant des helminthes) capables d'induire des maladies.

Plusieurs parasites ont des cycles de vie complexes qui peuvent


impliquer plusieurs espces, dont l'humain;

Les infections parasitaires demeurent un problme de sant majeur et


un souci conomique, particulirement dans les pays en voie de
dveloppement (ex. malaria, leishmaniose, trichomoniase,
trypanosomiase, etc.).

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Vue densemble du monde microbien


LES PROTOZOAIRES

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Caractristiques des microorganismes


Les microbes capables dinduire des maladies chez lhomme (pathognes)
incluent des membres des 4 grandes classes de microorganismes.

Virus

Bactries

Myctes

Protozoaires

Caractristiques communes:
Unicellularit
Taille (invisibilit)
Organisation cellulaire
Leur potentiel mtabolique
Omniprsence et abondance
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Caractristiques des microorganismes


Les pathognes varient en taille et en complexit biologique
-------

Procaryote

Eucaryote

Eucaryote

VIRUS

BACTRIE

CHAMPIGNON

PROTOZOAIRE

Noyau

Aucun

Sans membrane

Vrai noyau

Vrai noyau

Chromosome

<1

>1

>1

Acides nucliques

ADN ou ARN

ADN + ARN

ADN + ARN

ADN + ARN

Mitose

Non

Non

Oui

Oui

ADN extrachromosomal Non

Plasmides

Dans organelles

Dans organelles

Peptidoglycan (parois) Non

Oui

Non

Non

Ribosomes

Non

70S

80S

80S

Mitochondries

Non

Non

Oui

Oui

Strols membranaires Non

Non

Oui

Oui

Mtabolisme

Aucun

Autonome

Autonome

Complexe

Croissance sur milieu

Vivant

Synthtique

Synthtique

Difficile, synthtique

Dimensions

20-250 nm

0.5-5 m

0.5 m-mm

10 m-mm

Multiplication

Assemblage Fission binaire


dans cellule
hte

Exospores et
bourgeonnement

Complexe, cycles
vitaux dans htes
intermdiaires

Antimicrobiens

Antiviraux

Antifongiques

Antiparasitaires

Antibactriens

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PIDMIOLOGIE
Dfinition classique:

tude des pidmies, cest--dire, du dveloppement


des maladies qui atteignent simultanment de
nombreux individus rpartis sur un territoire plus ou
moins tendu et soumis des influences identiques et
inhabituelles.
Dfinition actualise:
Branche de la mdecine qui tudie les diffrents
facteurs intervenant dans l'apparition et l'volution des
maladies, que ces facteurs dpendent de l'individu ou
du milieu qui l'entoure.
24

PIDMIOLOGIE

Postulats de Koch : (infections bactriennes surtout)


1- La bactrie est prsente dans tous les cas de maladie en question
et sa prsence peut expliquer ces changements pathologiques et
cliniques attribus l'infection;
2- Elle ne se retrouve pas dans aucune autre maladie de faon
fortuite ou non pathogne;

3- Une fois isole et cultive in vitro, sa rinjection un autre individu


entrane la maladie.

25

PIDMIOLOGIE
Postulats de Rivers : (infections virales surtout)
1. Un virus particulier doit tre RGULIREMENT associ une
maladie;
2. Le virus doit se retrouver chez l'individu malade et causer l'infection;
3a) La transmission de l'infection doit se faire des individus
susceptibles lorsqu'il y a inoculation de matriel biologique provenant
d'un patient malade.
3b) Les tudes immunologiques doivent dmontrer que le virus n'tait
pas prsent chez le sujet qui lon a inocul le matriel biologique.

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PIDMIOLOGIE
MALADIES DCLARATION OBLIGATOIRE (MADO) :

Pour pouvoir suivre les tendances et dtecter les pidmies


au Qubec et au Canada, il existe une liste de maladies
dclaration obligatoire par le mdecin qui pose l'un ou
l'autre des diagnostics sur la liste.
Les caractristiques de ces maladies sont quelles sont
contagieuses d'un individu l'autre et quelles peuvent tre
transmises plusieurs individus partir d'une source
commune.

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PIDMIOLOGIE
PIDMIOLOGIE DE LA TUBERCULOSE :
90% des 8.7 millions de nouveaux cas annuels se dclarent dans les pays
conomiquement sous-dvelopps;
Mondialement, 2 millions personnes meurent annuellement de la tuberculose;
Pour la priode 2000-2020, lOMS estime le nombre de nouvelles personnes
infectes environ 1 milliard;
Chaque personne porteuse dune tuberculose non traite infecte annuellement
10 15 autres personnes;
Un grand nombre de malades ne sont ni reconnus ni traits;
90% des tuberculoses diagnostiques atteignent le poumon;
Dans certains pays africains, un tiers des sidens sont atteints de tuberculose.

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PIDMIOLOGIE
MALADIES INFECTIEUSES MERGENTES:
Encphalopathie spongiforme bovine
Maladie de Creutzfeldt-Jakob

Diarrhes E. coli O157:H7


Infection invasive au streptocoque du groupe A
Fivre hmorragique d'Ebola

Cryptosporidiose
SIDA

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Classification et morphologie bactrienne


PRINCIPES DE CLASSIFICATION
Classification binomiale: Genre et espce (ex. Staphylococcus aureus)
(Livre de rfrence: Bergeys Manual of Systematic Bacteriology)

Appellation suivant la racine latine:


Bacillus
petit btonnet
Lactobacillus
petit btonnet du lait
Sarcina
en paquet
Appellation suivant la racine grecque:
Micrococcus
petit grain
Clostridium
fusel
Corynebacterium
btonnet en forme de massue
Appellation en lhonneur de personnalits:
Pasteurella
Louis Pasteur, microbiologiste
Erwinia
Erwin F. Smith, biologiste
Neisseria
Albert Neisser (gonorrhe, 1879)
Nom commun:
Gonocoque
Mningocoque
Pneumocoque
Entrocoque

Neisseria gonorrhoeae
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Enterococcus faecalis
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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Types dorganisation cellulaire;


Prsence de composs chimiques particuliers;
Existence de voies mtaboliques particulires et de
produits terminaux caractristiques;
Degr de parent du gnome.

Morphologiques
Biochimiques

Mtaboliques
Physiologiques
cologiques
Gntiques
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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Morphologie bactrienne:
Forme et taille des bactries, arrangement spatial
Nature, nombre et disposition des flagelles
Prsence de structures intracellulaires particulires (ex. spores)
Apparence des colonies sur glose
Forme et taille:

Arrangement spatial:

Btonnets: Bacilles, coccobacilles

Individuelles

Sphres: Cocci

En paires: diplocoques

Spirales: Vibrio et spirochtes

Chanettes: streptocoques

Difformes: Plomorphes

Amas: organiss ou non

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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION:

- Morphologie coloniale

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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Biochimiques:
Composantes de la paroi, de la capsule. Srotypes
Nature des composs de rserve
Prsence de pigments, inclusions particulires
Ractions la coloration
Mtaboliques:
Nature des sources de carbone. Biotypes
Arobiose, anarobiose
Potentiel de fermentation
Produits terminaux du mtabolisme
Tolrance aux inhibiteurs mtaboliques et antibiotiques
Galerie API

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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION:

Physiologiques:
Temprature optimale de croissance
pH optimal de croissance
Tolrance la pression osmotique

cologiques:
Mode de vie (eau, sol, vgtal, animal, humain)
Nature des relations symbiotiques
Pathognicit (+ toxines)

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Classification et morphologie bactrienne

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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Gntiques (molculaires):
Gnomique:
Squenage de lADN et de lARN (mthode taxonomique la plus puissante pour dmontrer que deux
organismes descendent dun anctre commun);

Composition relative des bases azotes de lADN

Protomique:
Squence en acides amins des protines

Mobilit lectrophortique des protines

Techniques immunologiques: anticorps, srologie

Proprits physiques, cintiques et rgulatrices


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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Gntiques (molculaires):
Composition en bases des acides nucliques:

Permet de mettre en vidence des homologies molculaires;

Le contenu en bases puriques et pyrimidiques varie dun


organisme lautre, mais est constant pour une espce donne;

Coefficient % GC varie de 25 75% chez les bactries;

Permet de sparer des bactries qui avaient t places dans un


mme genre sur la base dautres critres.

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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Gntiques (molculaires):
Hybridation des acides nucliques:
Lorsque 2 valeurs de % GC sont identiques, la preuve que les deux
bactries descendent dun anctre commun ne peut tre apporte
quen montrant que les squences de leur ADN sont identiques ou
trs voisines.

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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Gntiques (molculaires):
Hybridation des acides nucliques:

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Classification et morphologie bactrienne


CRITRES DE CLASSIFICATION

Applications
Critres ou mthodes

Classification

Identification

Caractres morphologiques

Non

Oui

Coloration diffrentielle

Oui

Oui

preuves biochimiques

Non

Oui

Srologie

Non

Oui

Composition des bases dADN

Oui

Non

Hybridation molculaire

Oui

Oui

Squenage de lADN

Oui

Non

Le dveloppement de sondes ADN permet une identification


gntique rapide des microbes laide de trousses diagnostiques.

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Composantes structurales et fonctionnelles

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES:
Les enveloppes sont les diffrentes structures qui
entourent les cellules bactriennes, soit:

A.
B.
C.
D.

Capsule
Glycocalyx
Paroi
Membrane cytoplasmique

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES: A) La capsule:

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES: A) La capsule:

Seules certaines bactries en possdent une;


Non indispensable la survie;
Rle essentiel dans la virulence (pouvoir pathogne):
- empche la phagocytose;
- favorise ladhrence;
Polysaccharides constitutifs servent la classification antignique:
- cest lAntigne K

- ex. 80 srotypes pneumocoques (Pneumovax 23-valent)

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES: B) Le glycocalyx:

Similaire la capsule (exopolymre, polysaccharide)


Forme des biofilms agglutinants en milieu externe
Favorise ladhsion aux matriaux (prothses, etc.)
Exemple: Streptococcus mutans --> carie dentaire

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES: C) La paroi:

Enveloppe rigide qui assure la forme de la bactrie


Il en existe 2 structures trs diffrentes: GRAM +/Constituant commun: peptidoglycan (murine)
Facteur de virulence (endotoxine = Antigne O)
Cible pour les antibiotiques b-lactamines

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES: C) La paroi:

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES: C) La paroi:

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Composantes structurales et fonctionnelles


Diffrences chimiques et physiques de la PAROI bactrienne
Caractristiques
Structures

Gram-positif

Gram-ngatif

paisse 15-80 nm

Mince 10-15 nm

peptidoglycan

peptidoglycan
lipopolysaccharides
lipoprotines

Composition chimique
Peptidoglycan

++++
(50% poids sec)

+
(10% poids sec)

Acides teichoques et
lipoteichoques

Lipoprotines

Lipopolysaccharides
(LPS)

Phospholipides

Porines

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES ENVELOPPES: D) La membrane cytoplasmique:
- Barrire osmotique: contrle les taux ioniques;
- Transport: rgulation des changes interne/externe;
- Enzymes: mtabolisme nergtique (respiration);
- Division cellulaire: fission binaire;

- Cible pour antibiotiques: ex. polypeptides.

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES CONSTITUANTS INTERNES:
CYTOPLASME: Contient les ribosomes et lappareil nuclaire
APPAREIL NUCLAIRE: ADN double brin sans membrane nuclaire

PLASMIDES: ADN extra-chromosomique, circulaire et de rplication autonome.


Codent pour des proprits facilitant la survie, incluant des gnes de rsistance.

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES APPENDICES EXTERNES
A) Flagelles:

Assurent la mobilit
Constitu de flagellines, Antigne H
Nombre et disposition varient selon les genres

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES APPENDICES EXTERNES

A) Flagelles

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES APPENDICES EXTERNES

A) Flagelles

Gram positif

Composantes:
Filament
Crochet
Corpuscule basal

Gram ngatif

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES APPENDICES EXTERNES

A) Flagelles:

Mouvement

Procaryotes

Eucaryotes

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES APPENDICES EXTERNES
B) Fimbriae: nombreux, fixation aux tissus, pouvoir pathogne

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Composantes structurales et fonctionnelles


LES APPENDICES EXTERNES

B) Pili sexuels:

(peu nombreux)
Conjugaison bactrienne

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Composantes structurales et fonctionnelles


LA SPORE (ENDOSPORE)
Les bactries des genres Bacillus et Clostridium ont la
capacit de former des endospores;
Forme de rsistance permettant aux bactries de survivre
dans des conditions dfavorables;
Fonction trs diffrente des spores de myctes;
Volume et position dans la cellule sont des caractres
didentification car constants pour une espce;

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Composantes structurales et fonctionnelles


LA SPORE (ENDOSPORE)

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Composantes structurales et fonctionnelles


LA SPORE (ENDOSPORE)

Proprits de rsistance:
- temprature basse et leve
- faible humidit (dessiccation)
- insensible aux produits chimiques et antibiotiques

Rsistance cause par lacide dipicolinique, le constituant majeur


de lenveloppe de lendospore.

Mdicalement importantes dans la dissmination de quelques


maladies telles que :
-

Gangrne:
Ttanos:
Botulisme:
Anthrax

Clostridium perfringens
Clostridium tetani
Clostridium botulinum
Bacillus anthracis
61

Composantes structurales et fonctionnelles


LA SPORE (ENDOSPORE): Cycle de sporulation et de germination

62

Composantes structurales et fonctionnelles


Structures obligatoires et facultatives

Structures obligatoires

Paroi
Membrane cytoplasmique
Cytoplasme
Nuclode
Ribosomes

Structures facultatives

Capsule
Pili (fimbriae)*
Flagelles
Endospores
Plasmides

Pili et fimbriae sont des termes interchangeables bien que certains auteurs
rservent le terme pili la notion de pili sexuels. Singulier: pilus, fimbria.
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Composantes structurales et fonctionnelles

Antignes bactriens
H

Flagelles

Capsule

Endotoxine
Paroi Gram -

64

Croissance, culture et identification bactrienne


(A suivre sur le prochain diaporama.)

RFRENCES:
Gladwin M., Trattler B. Clinical microbiology made ridiculously simple.
Edition 4. MedMaster Inc., Miami. 2010.
Prescott, Harley, Klein, etc. Microbiologie. Edition 3. De Boeck, Bruxelles.
2010.
Tortora, Funke, Case. Introduction la microbiologie. ditions du
Renouveau Pdagogique, Saint-Laurent, Qubec. 2003.

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