UNIVERSITE NOTRE DAME D’HAITI (UNDH)

Ecole des sciences Infirmières (ESI)

Cours de MICROBIOLOGIE

Préparer par Dr. Rose Naïkah St-Louis

 CHAPITRE 1- GENERALITES
L’objectif de ce cours est de fournir un cadre permettant de comprendre les agents pathogènes
(prions, virus, bactéries, champignons, protozoaires et parasites pluricellulaires) qui infectent l'homme.
Leurs caractéristiques, les infections qui leur sont associées.

INTRODUCTION
DEFINITION

La microbiologie est une sous-discipline de

la biologie basée sur l'étude des micro-
organismes et des relations avec leur
environnement.

La microbiologie médicale est l'étude des

micro-organismes pathogènes pour
l'homme.
Elle a pour principal objectif le diagnostic
spécifique des infections, mais embrasse
également l'épidémiologie, la pathogenèse,
le traitement et la prévention des maladies
infectieuses.

Les microorganismes (« microbes », «

germes », « protistes ») constituent un
groupe extrêmement diversifié
d‘organismes microscopiques, unicellulaires et répartis dans les trois domaines du vivant
(bactérie, archées et eucaryote). Ils se distinguent les uns des autres par leur morphologie, leur
physiologie, leur mode de reproduction et leur écologie.

Les microbes ont dominé la terre pendant plus de 3 milliards d’années et sont la source
de toutes les autres formes de vie. Les microbes représentent plus de 60% de
toute la matière organique sur terre! Ils se composent : des bactéries, des protozoaires, des
champignons (Mycètes) microscopique, et des algues.

Les virus sont considérés comme des microorganismes acellulaires qui dépendent entièrement
des cellules hôtes infectées.

La microbiologie c'est la science qui étudie les organismes microscopiques, cette science est
divisée en plusieurs branches, en fonction du type de « microbe » étudié.

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HISTORIQUE :

• Antonievan Leeuwenhoek (1632-1723) observe et décrit en 1676 des microorganismes

grâce à un microscope qu’il a lui-même construit. Il emploie le terme « animalcules » pour
qualifier les diverses formes présentes dans des échantillons d’eau, des décoctions de foin
ou dans la salive.
• En 1857, Louis Pasteur (1822-1895) démontre que la fermentation du sucre en acide
lactique est due à un microorganisme. Il participe à la remise en cause de la théorie de la
génération spontanée (apparition d’organismes vivants à partir de matière non vivante).
• En 1876, Robert Koch (1843-1910) démontre que le charbon est dû à Bacillus anthracis.
Il cultive des bactéries sur de la gélatine, puis découvre l’agent de la tuberculose (le bacille
de Koch : Mycobacterium tuberculosis). Les postulats de Koch sont publiés pour la
première fois en 1884.
• En 1884, Hans Christian Gram (1853-1928) développe une technique de coloration qui
est encore aujourd’hui la plus utilisée dans l'étude et la classification des bactéries.
• En 1928, Griffith découvre la conjugaison bactérienne.
• En 1929, Fleming découvre la pénicilline.

CARACTERISTIQUES GENERALES DE CELLULES PROCARYOTES / CELLULES EUCARYOTES :

On distingue encore une fois les protistes procaryotes et les protistes eucaryotes ;

• Les protistes procaryotes, dont l'organisation cellulaire est simple, c'est à dire sans noyau,
l'ADN portant l'information génétique est directement au contact du cytoplasme. Les
bactéries appartiennent à ce groupe.
• Les protistes eucaryotes, dont l'organisation cellulaire complexe comprend un noyau
contenant l'information génétique, portée par l'ADN des chromosomes.

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LES DOMAINES DE LA MICROBIOLOGIE

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Les agents pathogènes responsables d'infections chez l'homme couvrent un large spectre.
Suivant un ordre croissant :

• Prions
À l'extrémité de l'échelle des plus petites tailles se situent les protéines auto-réplicatives
appelées prions ou agents transmissibles non conventionnels. Ils sont responsables des
encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles telles que le kuru, la maladie de
Creutzfeldt-Jakob, et, chez les bovins d'élevage, de la maladie dite « de la vache folle »
(encéphalopathie spongiforme bovine).

• Virus
Suivent, dans l'ordre croissant, les virus dont le diamètre
varie de 20 à 400 nm. Ce sont des parasites intracellulaires
obligatoires, incapables de mener une existence
indépendante. Leurs stratégies réplicatives sont variées,
utilisant toujours les voies métaboliques de la cellule hôte.

• Bactéries
Les bactéries ont une taille comprise entre 0,5 et
10-15 µm, et une forme qui varie selon le genre. À
titre d'exemple,
o Escherichia coli a la forme d'un bâtonnet,
o Staphylococcus aureus est sphérique et
s'assemble en amas « grappe de raisin ».
o Streptococcus pyogenes est également
sphérique, mais croît en longues chaînettes,
o et Vibrio cholerae est incurvé en forme de virgule.

Les bactéries sont des procaryotes et ne possèdent donc pas de noyau, mais un seul
chromosome circulaire d'ADN. Bien que certaines bactéries comme Chlamydia trachomatis
soient des pathogènes intracellulaires stricts, la plupart sont capables de croître sur des
milieux de culture synthétiques acellulaires. Les bactéries se reproduisent par scissiparité. La
majorité d'entre elles possèdent une paroi composée de peptidoglycane.

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• Champignons ou mycètes
Les champignons ou mycètes sont des eucaryotes, et possèdent donc un noyau
entouré d'une membrane nucléaire, ainsi que différents types d'organites cytoplasmiques
limités par des membranes. Ils sont plus grands que les bactéries et peuvent constituer
des assemblages de grande taille. Ils se reproduisent par scissiparité, et leur paroi
cellulaire est constituée de chitine et non de peptidoglycane. Parmi les agents pathogènes
de ce règne, on trouve des levures comme Candida albicans ou Cryptococcus neolormans,
et des dermatophytes formant des filaments mycéliens complexes comme
Epidermophyton floccosum.

• Parasites
Le diagnostic de certaines
infections dues aux protozoaires
et aux parasites pluricellulaires
peut nécessiter l'expertise d'un
centre spécialisé en parasitologie
et médecine tropicale.
Cependant, nombre d'entre elles
peuvent être identifiées au
laboratoire de microbiologie
médicale.
o Les protozoaires sont des micro-organismes unicellulaires qui se
reproduisent par scissiparité mais qui ont aussi un cycle vital complexe,
comprenant plusieurs étapes et une reproduction sexuée. Leur taille varie de 5 à
30 µm. On rencontre par exemple Entamoeba histolytica, Cryptosporidium
parvum et Giardia intestinalis, qui sont responsables de diarrhées, Trichomonas
vaginalis, pathogène sexuellement transmissible, ou encore Plasmodium
falciparum, agent du paludisme.
o Les helminthes sont des parasites pluricellulaires dont la taille est comprise entre
5 mm et 3 mètres. Certains (comme le ver solitaire, Taenia saginata) produisent
des infections asymptomatiques ; d'autres (comme les oxyures, Enterobius
vermicularis) sont simplement irritants, alors que les anguillules (Strongyloides
stercoralis) peuvent être à l'origine d'un syndrome infectieux fatal.

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 FLORE NORMALE

Les virus, bactéries et champignons sont souvent considérés comme des micro-
organismes agressifs et invasifs pour le corps humain, ce qui n'est cependant pas l'exact reflet de
la réalité. En fait, le corps humain est normalement colonisé par un grand nombre de germes
qui constituent la « flore normale ». Il a été estimé qu'un individu adulte, homme ou femme,
n'était qu'à 10 % humain. Il y a en effet 1014 cellules chez un homme adulte, dont seules 1013
sont humaines. Les 9 x 1013 cellules restantes sont des bactéries, des champignons, des
protozoaires ou appartiennent à des arthropodes de la flore normale. De plus, certains virus
peuvent infecter l'homme de façon persistante, et sont excrétés tout au long de la vie. Parmi
eux, on trouve des Herpès virus comme le Cytomégalovirus, le virus Epstein-Barr, l'Herpès virus
6, de même que le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). Leur place au sein de la flore
normale est controversée.

In utero, le fœtus reste microbiologiquement stérile. Le premier contact avec des

microorganismes a lieu à la naissance lors du passage de la filière maternelle, puis lors de
l'alimentation par le contact maternel. L'installation d'une flore normale et stable prend environ
2 à 3 semaines pour les enfants nés à terme et nourris au sein. Le processus est plus lent pour les
prématurés et les enfants nourris au biberon, chez lesquels peuvent se produire une colonisation
par une flore anormale.

La flore normale n'est pas répartie uniformément et certains sites sont normalement
stériles. À leur niveau, la mise en évidence d'un micro-organisme signe une infection. Les
bactéries constituent la plus grande part de la flore normale, et les bactéries anaérobies
prédominent dans la plupart des sites. Des bactéries potentiellement pathogènes peuvent aussi
faire partie de la flore normale. Par exemple, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae
et Neisseria meningitidis, qui peuvent être à l'origine de méningites bactériennes, colonisent la
gorge de nombreux individus. L'infection survient quand ces micro-organismes accèdent à des
sites normalement stériles.

Les champignons sont moins fréquemment rencontrés, par exemple Pityrosporon

(Malassezia) ovale sur la peau et Candida albicans dans la bouche et le vagin. Des protozoaires
comme Entamoeba coli et Endolimax nana, parfois même certaines souches de E. histolytica,
peuvent être retrouvés dans l'intestin en l'absence de maladie. L'infection due aux cestodes
Taenia solium, T. saginata ou Trichuria trichiuris est rarement symptomatique. L'arthropode
Demodex follicularum, comme son nom l'indique, se rencontre dans les follicules pileux et les
glandes sébacées du visage.

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7
 QUESTIONNAIRE CHAPITRE 1

1. Définition :
a. Microbiologie
b. Microbiologie médicale
c. Microorganismes (« microbes », « germes », « protistes »)
d. Protiste procaryote
e. Protiste eucaryote
f. Prions
g. Virus
h. Bactérie
i. Champignons ou mycètes
j. Protozoaires
k. Flore normale

2. Citez les principaux types de micro-organismes qui existent ?

3. Comment les virus sont-ils considérés en microbiologie ?
4. Citer les différentes branches de la microbiologie ?
5. Quelles a été la réalisation de :
a. Antonie Van Leeuwenhoek
b. Louis Pasteur
c. Robert Koch
d. Hans Christian Gram
e. Fleming
6. De quel élément caractéristique est composée la paroi :
a. Des bactéries
b. Des mycètes
7. Quels microbes constituent la plus grande part de la flore normale ?
8. Quels sont les virus pouvant infecter l'homme de façon persistante, et sont excrétés tout au
long de la vie ?
9. A quel stade de la vie humaine, l’homme a-t-il son premier contact avec des
microorganismes ?
10. Citez les zones du corps humain : (tableau p 7)
a. Normalement colonisées
b. Normalement stériles

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 CHAPITRE 2 - BACTERIES
Les bactéries sont les premières formes de vie; elles ont une capacité d’adaptation énorme et l’on en
trouve plusieurs millions d’espèces sur terre (seuls quelques milliers d’entre elles seulement donnent des
maladies).

La majorité d’entre eux vivent en milieu aquatique ou terrestre, où ils assurent principalement la
décomposition des substances organiques mortes. La plupart des microbes sont sans danger et beaucoup
sont bénéfiques, voire indispensables (« flore » microbienne). Les infections bactériennes sont
responsables de maladies allant de l'angine bénigne aux épidémies de choléra et de peste.

Les bactéries se divisent en eubactéries et en archaebactéries.

• Archaebactéries: sont adaptées à la vie dans des conditions de vie extrêmes (forte salinité, haute
température, faible pH, sans oxygène).
• Eubactéries: sont des "vraie" bactérie, Les eubactéries représentent le domaine réunissant tous
les Procaryotes à l'exception des Archées.

Ces deux groupes des bactéries englobe nombreuses types tell que :

• Bactéries ubiquitaires; Faisant preuve d'une extraordinaire diversité, les bactéries ont colonisé
tous les milieux (air, eau, sol et être vivant…). Certaines peuvent même vivre dans des conditions
extrêmes.
• Bactéries commensale : On appelle flore commensale un ensemble de bactéries qui vivent sur ou
dans un organisme sans lui porter préjudice. Elle contribue soit à sa défense, soit à son
fonctionnement, soit au bon état de ses muqueuses. La flore commensale est principalement sur
les muqueuses : peau, tube digestif, arbre respiratoire, appareils génitaux.
• Bactéries pathogènes : sont des bactéries qui provoquent un ensemble de troubles spécifiques
plus ou moins sévères chez un hôte infecté. Ils sont responsables de maladies humaines et
causent des infections. Les organismes infectieux peuvent être distingués en trois types : les
pathogènes obligatoires, accidentels ou opportunistes.
o Un pathogène obligatoire ne peut survivre en dehors de son hôte. Parmi les bactéries
pathogènes obligatoires, Corynebacterium diphtheriae entraîne la diphtérie, Treponema
pallidum est l’agent de la syphilis, Mycobacterium tuberculosis provoque
la tuberculose, Mycobacterium leprae la lèpre, Neisseria gonorrhoeae la gonorrhée.
Les Rickettsia à l’origine du typhus sont des bactéries parasites intracellulaires.
o Un pathogène accidentel présent dans la nature peut infecter l’Homme dans certaines
conditions. Par exemple, Clostridium tetani provoque le tétanos en pénétrant dans une
plaie. Vibrio cholerae entraîne le choléra à la suite de la consommation d’une eau
contaminée.

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 o Un pathogène opportuniste infecte des individus affaiblis ou atteints par une autre
maladie.
▪ Des bactéries comme Pseudomonas aeruginosa. De plus en plus souvent
responsable d'infections nosocomiales. C'est l'une des bactéries les plus difficiles
à traiter cliniquement. On rencontre surtout ce type d’infection en milieu
hospitalier.
▪ Des bactéries commensales normalement présentes dans l'organisme sans
l'affecter, mais qui peuvent provoquer des maladies à la suite d'une diminution
des défenses de l'organisme (chez les immunodéprimés ou les malades du
SIDA…). Des espèces de la flore normale, comme des Staphylococcus de la flore
cutanée, peuvent devenir des pathogènes opportunistes dans certaines
conditions.

La capacité d’une bactérie à provoquer une maladie est son pouvoir pathogène.
L’intensité du pouvoir pathogène est la virulence.
L’aboutissement de la relation bactérie-hôte et l’évolution de la maladie dépendent :
1. Du nombre de bactéries pathogènes présentes dans l’hôte,
2. De la virulence de cette bactérie,
3. Des défenses de l’hôte et de son degré de résistance.

DEFINITIONS SUPPLEMENTAIRES :

• Bactériémie

La bactériémie est définie par la présence d'une bactérie pathogène dans le sang circulant,
authentifiée par des hémocultures positives. Cette présence peut être éphémère ou chronique et peut
être accompagnée de signes cliniques ou non.

• Septicémie

La septicémie, ou sepsis se définit comme l’association de deux phénomènes interdépendants :

1. État infectieux généralisé, dû à la dissémination d'un germe pathogène dans tout

l'organisme, par l'intermédiaire du sang.
2. Une réaction inflammatoire généralisée à l’ensemble de l’organisme.

Le plus souvent, l’infection à l’origine de la septicémie est initialement locale, mais elle se dégrade
progressivement et se propage à l’ensemble de l’organisme (entrainant un dysfonctionnement
d'organes potentiellement mortel), une fois que l’agent pathogène a envahi la circulation sanguine.
Toutes sortes d’infections locales peuvent évoluer vers une septicémie.

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 • Choc septique

Une septicémie responsable d’un niveau dangereusement bas de la tension artérielle est appelée
un choc septique. Il en résulte un apport insuffisant de sang aux organes internes ce qui provoque leur
dysfonctionnement. Un choc septique est une menace pour le pronostic vital.

IDENTIFICATION

➢ Règne (Procaryotesou procaryotae)

➢ Embranchement ou phylum (Gracilicutes)
➢ Classe (Scotobacteria)
➢ Famille (Enterobacteriaceae)
➢ Genre (Escherichia)
➢ Espèce (Escherichia coli)

NOMENCLATURE DES BACTERIES

• Les noms des bactéries sont désignés par deux noms latins :
o Le premier mot commençant par une majuscule correspond au genre.
o Le deuxième grammaticalement un adjectif s'écrit en minuscule définissant ainsi
l'espèce.
• L’ensemble du nom est écrit en italiques
• Exemples : Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus.

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 CLASSIFICATION BACTÉRIENNE

La forme des bactéries et leur affinité pour les colorants constituent la base de leur classification.

1. Classification des bactéries selon la morphologie et leurs associations

a. Formes arrondies ou sphériques ou arrondiesou coques
i. Amas, grappe (Staphylocoques)
Chaînette (Streptocoques)
Diplocoque (Pneumocoque)

b. Formes intermédiaires ou coccobacilles (Haemophilus influenzae)

c. Formes allongées en forme de bâtonnet ou bacilles

i. Extrémités carrées (Bacillus anthracis)
ii. Extrémités éffilées (Fusobacterium)
iii. Pléiomorphes (Corynebacterium diphtheriae)
iv. Incurvées : vibrions (Vibrio cholerae), bacille incurvé, en virgule

d. Formes spiralées
i. Flexibles : Spirochètes (Treponema palidum)
ii. Rigide (Spirilles)

e. Un groupe particulier de bactéries de forme filamenteuse se rapprochant

des moisissures : les Actinomycètes.

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NB : Associations cellulaires : une espèce bactérienne peut apparaître sous forme de cellules isolées
séparées ou en groupements caractéristiques variables selon les espèces : association par paires (diplo),
en amas réguliers, en chaînette, par quatre (tétrades).

2. Classification des bactéries selon Leur coloration de Gram

➢ La coloration de Gram : Les différences de constitution et de structure chimique des parois
Gram(+) et Gram(-) permettent d’établir le principe de la coloration élaborée par Christian GRAM
(1884).

➢ Procédure de la coloration de Gram : Après fixation du frottis on colore avec le violet de

gentiane. On rince avec de l’eau. On rajoute un fixateur qui est le Lugol. On rince avec de l’eau
distillée. On procède ensuite à une étape de décoloration par un mélange d’alcool et d’acétone.
Ce dernier pénètre dans les bactéries Gram négatives et non dans les bactéries Gram positives
dont les pores sont fermés par déshydratation par l’alcool. On rince et on procède à une contre
coloration à la safranine.
➢ La plupart prennent la coloration de Gram,
• les bactéries à Gram positif en bleu-violet (violet),
• les bactéries à Gram négatif en rosé.

3. Classification des bactéries selon leur relation avec l’oxygène

a. Bactéries aérobies (Pseudomonas, Neisseria)
b. Bactéries microaérophiles (Campylobacter, Mycobacterium)
c. Bactéries aéro-anaérobies (E. coli, Salmonelles, Streptocoques, Staphylocoques)
d. Bactéries anaérobies strictes (Bacteroides, Fusobacterium, Clostridium)

STRUCTURE DES BACTÉRIES

Les bactéries sont des cellules procaryotes, leur ADN

n'étant pas localisé dans un noyau. Certaines structures
sont présentes chez toutes les bactéries, ce sont les
éléments « constants » ; d’autres sont retrouvés
seulement chez certaines bactéries : ce sont les éléments
« inconstants » ou « facultatifs ».

➢ Eléments « constants » ou obligatoires

o Paroi
o Espace périplasmique
o Membrane cytoplasmique
o Cytoplasme
▪ Ribosomes (polysomes)
▪ Substances de réserves
▪ Chromosome

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 ➢ Eléments « inconstants » ou accessoires ou
facultatifs
o Des organites spécialisés
▪ Chromatophores
▪ Vacuoles à gaz
o Plasmide
o Pili ou Fimbriae
o Capsule
o Cils et Flagelles
o Spore

ELEMENTS « CONSTANTS » OU OBLIGATOIRES

❖ Paroi

Enveloppe rigide assurant l'intégrité de la bactérie. Elle est responsable de la forme des cellules. Elle
protège des variations de pression osmotique. Elle est absente chez les Mollicutes, (Mycoplasma). La paroi
permet la différenciation de deux grands types de bactéries. En effet, la distinction entre bactéries à gram
positif et à Gram négatif repose sur une différence de composition pariétale.

Aussi bien les bactéries à Gram positif que les bactéries à Gram négatif ont une membrane
cytoplasmique formée d'une bicouche lipidique associée à des protéines. Dans les deux cas, le composant
principal de structure de la paroi est le peptidoglycane, un réseau tridimensionnel de chaînes
polysaccharidiques (composées de N-acétylgiucosamine et 'd'acide N-acétylmuramique) et d'acides
aminés.

Chez les bactéries à Gram positif, la paroi est constituée presque exclusivement de la, couche de
peptidoglycane, à laquelle sont associés des polymères d'acide teichoïque.

Les bactéries à Gram négatif ont une paroi plus complexe. La couche de peptidoglycane est plus fine
que celle des Gram positif, et elle est entourée par une membrane externe composée de
lipopolysacchandes et de lipoprotéines. La partie lipopolysaccharidique de la paroi des Gram négatif
comprend les molécules d'endotoxine (lipide A) qui contribuent au pouvoir pathogène bactérien.

• Acide téichoïque

L'acide téichoïque est un acide qui permet au peptidoglycane de s'attacher à la membrane

cytoplasmique des bactéries. IL est présent sur les Gram + mais pas sur les Gram -. Les acides téichoïques
retiennent le Violet de Gentiane lors de la coloration de Gram.

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Structure moléculaire de la paroi des Gram négatives et positives :

❖ Espace périplasmique

Contient :

o Des enzymes qui participent à la nutrition (hydrolases)

o Et des protéines qui sont impliquées dans le transport de molécules à l’intérieur de la
cellule.
o Les Gram (+) excrètent plutôt les enzymes hors de la cellule. Ce sont alors des «
exoenzymes ». Celles des Gram – sont retenues entres les membranes Interne et Externe.

❖ Membrane cytoplasmique

La membrane cytoplasmique limite le cytoplasme de la bactérie. Elle a une épaisseur de 8 nm environ

et comporte deux feuillets denses limitant un feuillet interne transparent (structure en double feuillet).
Elle contient principalement des phospholipides (30 à 40%) et des protéines (60 à 70%).

Fonction de la membrane cytoplasmique :

▪ Barrière semi-perméable (ou semi sélective): elle permet le passage de molécules lipophiles et
empêche le passage des molécules hydrophiles.
▪ Site de fixation des flagelles.
▪ Possède des protéines membranaires ayant pour rôles :
o La biosynthèse.
o Enzymes de la chaîne respiratoire.
o Transporteurs.

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 ❖ Cytoplasme

Le cytoplasme est un hydrogel colloïdal neutre (pH situé entre 7 et 7,2)

comprenant :

▪ Ribosome bactérien : Sont de petites granulations sphériques de

20 à 30 nm de diamètre, contenant environ 66% d’ADN ribosomal
(ARNr) et 33% de protéines. Il n'y a pas d'autre organite dans le
cytoplasme que les ribosomes, qui sont de plus petite taille que
ceux des cellules eucaryotes.
Les ribosomes interviennent dans la synthèse des protéines. Sont associés en chapelets sur
l’ARNm sous forme de polysomes.

▪ Substances de réserve ou inclusions cytoplasmiques: en général, chaque groupe de bactéries

synthétise une seule catégorie de substances de réserve qui forment des agrégats, parfois de
grande taille. Cela peut être des glucides (amidon et glycogène), des lipides (polyhydroxy-
butyrate), du polyphosphate, et parfois des minéraux (fer, soufre).

❖ Chromosome

Chez les bactéries, le chromosome est constitué d’un unique filament continu et circulaire formé
d’une double chaîne d’ADN

ELEMENTS « INCONSTANTS » OU ACCESSOIRES OU FACULTATIFS

De nombreuses bactéries possèdent des flagelles, des pili, ou une capsule à l'extérieur de la paroi.
Beaucoup contiennent des structures circulaires d'ADN extra-chromosomique appelées plasmides.

❖ Des organites spécialisés

Au niveau de cytoplasme bactérien, il existe aussi des organites spécialisé. On trouve des:

▪ Chromatophores (organites spécialisés dans la photosynthèse).

▪ Vacuoles à gaz (permettant aux bactéries aquatiques de flotter à la surface de l’eau).

❖ Plasmide

La cellule bactérienne peut contenir des éléments génétiques extra chromosomiques, capables
d’autoréplication. On les appelle plasmides. Certaines bactéries possèdent plusieurs plasmides
différents. Les plasmides permettent à la bactérie une meilleure adaptation à son environnement.

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 Les plasmides portent souvent des gènes qui ne sont pas indispensables à la vie normale de la cellule
mais notons que de nombreuses activités biologiques sont sous la dépendance de plasmides. Les plus
importantes sont les propriétés suivantes :

a) Résistance aux antibiotiques

b) Résistance aux métaux lourds
c) Production de substances à rôle
pathogène.
d) Le pouvoir pathogène
e) Production de bactériocines
f) Caractères métaboliques

❖ Pili ou Fimbriae

Appendices filiformes différents des flagelles ont été révélés par le microscope électronique. Ils sont
fréquents chez les bacilles à Gram négatif, rares chez les formes à Gram positif.

A ce jour on distingue 4 types de Pili (I, II III et IV). Il est plus juste de nommer les types I, III, IV des
fimbriae et le type II un Pili sexuel.

▪ Les fimbriae : mot latin, signifie filament ». C’est un appendice court (de l’ordre de 1μm), creux,
rigide, composé de protéines disposées en hélice. Il est largement retrouvé en grand nombre
autour du corps bactérien (1000) chez les Gram négatives et exceptionnellement chez les Gram
positives.
▪ Les pili sexuels ou de type II : Pili en latin signifie cheveu. Ils sont plus longs et plus épais que les
fimbriae (10 μm, 9 nm respectivement) et moins nombreux (1 à 4 par cellule). Le gène pili est
porté par un plasmide conjugatif.

❖ Capsule

Certaines bactéries possèdent des structures entourant la paroi. On distingue en réalité 3 types de
couches, la capsule, les couches mucoïde et la couche S selon les bactéries.

▪ La capsule, est bien organisée, bien définie et elle est difficilement détachable de la bactérie.
▪ La couche mucoïde, retrouvée chez les bactéries aquatiques est moins bien organisée, diffuse,
elle est facilement détachable de la bactérie.
▪ La couche S, plus rigide, très structurée. C’est une couche de surface mise en évidence que par
microscopie électronique. La couche S est composé de protéines et de glycoprotéines.

La capsule et les couches mucoïdes peuvent être regroupées sous le terme de glycocalyx. Le glycocalyx
est un réseau de polysaccharides. Bacillus antharacis agent de la maladie du charbon, possède une capsule
de nature protéique.

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Fonctions de la capsule :

▪ De protection : contre les Ultraviolets, la dessiccation, les agents physiques et chimiques.

▪ De Virulence (la pathogénicité) : Elle s’oppose à la phagocytose
▪ Antigénique
▪ La Couche S : Elle est impliquée dans l’adhésion, dans la résistance aux protéases des
macrophages et dans la protection vis à vis des bactériophages.
▪ La couche S : sert de filtre excluant aussi bien l’entrée que la sortie des molécules trop grosses.

❖ Cils et Flagelles

Ce sont des filaments de plusieurs μm constitués d’une seule protéine, la flagelline, permettant le
mouvement des bactéries. Ils sont fixés à la bactérie par insertion dans la membrane.

Structure:

▪ Dans le système polaire : le ou les cils sont insérés à une ou aux deux extrémités de la cellule. La
cellule est :
▪ Monotriche si l’on ne rencontre
qu’un seul flagelle à l’une de ses
extrémités
▪ Amphitriche lorsqu’un flagelle
émerge à chacun des pôles
▪ Lophotriche lorsqu’une touffe de cils
apparaît à l’une ou aux deux
extrémités
▪ Dans le système péritriche : la bactérie
porte de très nombreux cils insérés sur
tout le pourtour de la cellule.

Fonction de flagelle :

▪ La locomotion ou la mobilité
▪ Rôle antigénique
▪ Fixation des bactériophages

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 ❖ Spore

Les spores sont de petites unités ovales ou sphériques. Elles

peuvent déformer ou non le corps bactérien. L’endospore ou
spore est un organite facultatif qui se forme au sein du
cytoplasme de certaines bactéries et qui diffère de la cellule
végétative par :

▪ Sa forme,
▪ Sa structure,
▪ Son équipement enzymatique
▪ Et par sa résistance aux agents physiques et
chimiques, ce qui lui permet de survivre dans des
conditions très défavorables.

Structure :

La spore possède :

▪ Une paroi et une membrane plasmique identiques à celle de la cellule végétative. L’enveloppe
la plus externe est mince, appelée exosporium.
▪ Sous l’exosporium on trouve le manteau ou la tunique, composée de plusieurs feuillets
protéiques.
▪ Le cortex est localisé juste sous la tunique.
▪ Enfin le protoplaste (cytoplasme) ou cœur de la spore, contient les ribosomes, le nucléoïde et
des enzymes inactives.

Propriétés : Expérimentalement on a démontré les propriétés suivantes :

▪ La thermo résistance : La spore résiste en général à des températures de 70-80°C pendant 10

minutes, parfois plus.
▪ Résistance aux agents physiques et chimiques : La spore résiste aux rayons Ultraviolets, aux
rayons gamma (Calcium, et SASP). Aux antiseptiques, désinfectants, antibiotiques (la tunique).
▪ Synthèse d’antibiotiques : Certaines bactéries synthétisent des antibiotiques au début de la
phase de sporulation. Mais aussi des toxines (entérotoxine de Clostridium perfringens) ou des
substances à activité biopesticide (toxines qui tue des insectes).

Phénomène de sporulation :

Des conditions défavorables de croissance entraînent la sporulation ou l’absence de

germination de la spore. Il représente le passage de la forme végétative à la forme sporulée. Elle est
provoquée par l’épuisement du milieu en substrat nutritif et elle peut nécessiter des conditions
particulières : absence d’oxygène pour les Clostridium, présence d’oxygène au contraire pour B.
anthracis.

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La Germination :

Afin que la spore germe, elle doit se trouver dans des conditions favorables : eau, nutriments, pH,
force ionique, température convenable, aucun agent antimicrobien.

Placée dans des conditions favorables (eau glucose acides aminés) la spore redonne naissance à
une cellule végétative. On distingue 3 stades dans le processus de germination :

1- L’activation : correspondant à une lésion des enveloppes sporales par des agents physiques
(choc thermique) ou chimiques (acides, lysozyme) ou mécaniques (abrasion, choc).
2- L’initiation : débute en présence de conditions favorables d’hydratation et de métabolites
effecteurs (alanine, magnésium, adénosine) qui pénètrent à travers les enveloppes
endommagées. Des enzymes hydrolytiques dégradent les constituants de la spore. Le cortex
ainsi détruit, la spore s ‘imbibe d’eau et gonfle.
3- L’émergence de la nouvelle cellule végétative, grâce à l’altération des enveloppes.

LES BACTERIES SONT-ELLES TOUJOURS NOCIVES ?

Nous entendons souvent parler des bactéries pathogènes, mais seulement une infime fraction
des bactéries dans le monde nous cause du tort. En fait, de nombreuses bactéries nous rendent service !

Par exemple, la présence de bactéries probiotiques dans notre système digestif nous protège
contre d’autres bactéries.

Beaucoup d’aliments et de boissons sont fabriqués à partir de bactéries. Les bactéries

comme Lactobacillus, Lactococcus ou Streptococcus, combinées aux levures et moisissures interviennent
dans l’élaboration d’aliments fermentés comme:

• Les vinaigres;
• La biere
• Le vin
• La sauce de soja
• Le kombucha (acétobacter);
• Le yogourt (Lactobacillus bulgaricus et Streptococcus thermophilus);
• Le chocolat;
• Le kimchi (accompagnement coréen préparé à l’aide de diverses bactéries);
• Les fromages (comme les lactobacilles);
• Le pain au levain

Les bactéries peuvent être très utiles à l’humain lors des processus de traitement des eaux usées;
pour éliminer des polluants du sol, de l'eau et de l'air ; dans l’agroalimentaire lors de la fabrication
des yaourts ou du fromage et dans la production industrielle de nombreux composés chimiques.

20
CLASSIFICATION DES PRINCIPALES BACTERIES PATHOGENES CHEZ L’HOMME

21
22
23
AUTRES BACTERIES (BACTERIES DE CLASSIFICATION INCERTAINE)

24
 QUELQUE BACTERIES ET LES PATHOLOGIES DONT ELLES SONT RESPONSABLES

• Cocci positif anaérobie

1. Streptococcus pyogenes (angine bactérienne, rhumatisme articulaire aigu,
glomérulonéphrite aiguë, atteintes cutanées ou sous-cutanées comme l’érysipèle
ou les fasciites nécrosantes, pneumonie)
2. Streptococcus pneumoniae (Otite moyenne, pneumonie, sinusite, méningite,
endocardite, arthrite septique, péritonite (rare), bactériémie)
3. Staphylococcus aureus (infections cutanées ou sous-cutanées, bactériémie,
endocardite, ostéomyélite)
4. Enterococcus (endocardites, infections urinaires, prostatites, infections intra-
abdominales, bactériémies)
• Cocci négatif aérobie
1. Neisseria meningitidis (Méningites)
2. Neisseria gonorrhoeae (Gonorrhée, gonococcie, infection conjonctivale)
• Bacilles positif aérobie
1. Corynebacterium diphtheria (Diphtérie)
2. Listeria monocytogenes (Listériose)
3. Bacillus anthracis (Anthrax ou maladie du Charbon)
4. Gardnerella vaginalis (vaginite bactérienne)
• Bacilles positif anaérobie
1. Clostridium tetani (Tétanos)
2. Lactobacillus (Chez les sujets immunodéprimés, peut être à l'origine d'une
bactériémie, d'une septicémie et d'une insuffisance polyviscérale)
• Bacilles négatif aérobie
1. Escherichia Coli (entérites, diarrhée)
2. Salmonella enterica typhi (Fièvre typhoïde)
3. Salmonella enterica paratyphi (Fièvre paratyphoïde)
4. Pseudomonas aeruginosa (infection oculaire, pneumonie, infection urinaire,
infection des plaies {brûlure, plaies opératoires}, septicémies)
5. Haemophilus influenzae (otite, sinusite, pneumonie, méningite, arthrite septique)
6. Helicobacter pylori (gastrite)
7. Vibrio cholerae (Choléra)
• Autres bactéries
1. Treponema pallidum (Syphilis)
2. Mycobacterium tuberculosis (Tuberculose)
3. Mycobacterium leprae (Lèpre)
4. Chlamydia trachomatis (urétrite, cervicite, salpingite, endométrite, kérato-
conjonctivites…)
5. Mycoplasma pneumoniae (trachéobronchites, pneumopathies atypiques)

25
 6. Mycoplasma genitalium: endocervicites, endométrites, salpingites, urétrite,
infections materno-fœtales.
7. Mycoplasma pneumoniae
1. Trachéobronchites trainantes
2. Pneumophathies atypiques
8. C. trachomatis : - lymphogranulomatose vénérienne - infections urétrales et utéro-
annexielles
9. C. pneumoniae : - trachéobronchites, pneumopathies atypiques
10. Bartonella (angiomatose bacillaire, maladie des griffes du chat)
11. Tropheryma whipplei (Maladie de Whipple)
12. Richettsiae (typhus, fièvres pourprées et boutonneuses)
13. Borrelia buradorferi (Maladie de Lyme)

QUESTIONNAIRE CHAPITRE 2

1. Définir :
a. Bactérie j. Eléments « constants » ;
b. Bactérie ubiquitaire k. Eléments « inconstants » ou «
c. Bactéries commensale facultatifs ».
d. Bactérie pathogène l. Bactérimie
e. Bactérie pathogène obligatoire m. Septicémie (Définition
f. Bactérie pathogène accidentel supplémentaire)
g. Bactérie opportuniste n. Choc septique (Définition
h. Pouvoir pathogène supplémentaire)
i. Virulence
2. Citez les trois conditions dont dépendent l’aboutissement de la relation bactérie-hôte et
l’évolution de la maladie.
3. Quels sont les 3 principaux critères selon lesquelles sont classées les bactéries?
4. Citez les principales formes de bactéries que vous connaissez ?
5. Citez un exemple de bactérie pour chacune des formes suivantes :
a. Coques ou Cocci
i. Amas, grappe ______________
ii. Chaînette _________________
iii. Diplocoque ________________
b. Coccobacilles ________________
c. Formes allongées en forme de bâtonnet ou bacilles
iv. Extrémités carrées ____________________
v. Extrémités éffilées ____________________
vi. Pléiomorphes________________________
vii. Incurvées ______________________

26
 d. Formes spiralées
viii. Flexibles : Spirochètes _________________
ix. Rigide _________________
e. Un groupe particulier de bactéries de forme filamenteuse se rapprochant
des moisissures : _____________________
6. Qu’est-ce que permet d’établir le principe de la coloration de Gram ?
7. La coloration de Gram colore :
a. Les bactéries à Gram positif en _________________
b. Les bactéries à Gram négatif en ________________

8. Citez 2 à 3 exemples de bactéries selon leur relation avec l’oxygène :

e. Bactéries aérobies
f. Bactéries microaérophiles
g. Bactéries aéro-anaérobies
h. Bactéries anaérobies strictes
9. Citez
a. Les Eléments « constants » ou obligatoires de la bactérie
b. Les Eléments « inconstants » ou accessoires ou facultatifs

10. Définir :
a. Paroi i. Cils et flagelles
b. Membrane cytoplasmique j. Monotriche
c. Ribosome k. Ampitriche
d. Polysome l. Lophotriche
e. Plasmide m. Péritriche
f. Pili ou Fimbriae n. Spore
g. Capsule o. Acide téichoïque (Définition
h. Glycocalyx supplémentaire)

27
11. La distinction entre les bactéries à gram positif et à gram négatif repose sur quelle différence
majeure ?
12. Quel est le principal composant de structure de la paroi bactérienne ?
13. Quelle est la constitution de la membrane cytoplasmique ?
14. Citez 2 principales fonctions de la membrane cytoplasmique
15. De quoi est constitué le chromosome bactérien ?
16. Quel est le rôle d’un plasmide ? Sont-ils indispensables à la vie de la bactérie ?
17. Citez les 4 types de pili que vous connaissez ? Par quoi est porté le gène pili ?
18. Citez 4 rôles de la capsule bactérienne
19. Quel est le rôle des flagelles ? Ou sont-ils fixés au niveau de la bactérie ?
20. Quels sont les propriétés de la spore ?
21. Ces bactéries sont responsables de quelles pathologies ?
• Cocci positif anaérobie
1. Streptococcus pyogenes
2. Streptococcus pneumoniae
3. Staphylococcus aureus
4. Enterococcus

• Cocci négatif aérobie

1. Neisseria meningitidis
2. Neisseria gonorrhoeae

• Bacilles positif aérobie

1. Corynebacterium diphtheria
2. Listeria monocytogenes
3. Bacillus anthracis
4. Gardnerella vaginalis

• Bacilles positif anaérobie

1. Clostridium tetani
2. Lactobacillus

• Bacilles négatif aérobie

1. Escherichia Coli
2. Salmonella enterica typhi
3. Salmonella enterica paratyphi
4. Pseudomonas aeruginosa
5. Haemophilus influenzae
6. Helicobacter pylori
7. Vibrio cholerae

28
• Autres bactéries
1. Treponema pallidum
2. Mycobacterium tuberculosis
3. Mycobacterium leprae
4. Chlamydia trachomatis
5. Mycoplasma pneumoniae

29
 CHAPITRE 3 - VIRUS ET INFECTIONS VIRALES

Bien que l'on ait su depuis un certain temps que de très petits agents « filtrables » étaient
responsables de certaines infections humaines, « l'ère des virus » n'a pas débuté avant 1950.

Les virus sont les plus petits et les plus primitifs des agents infectieux conventionnels. S'ils sont inclus
dans la biologie et l'étude des maladies, les virus sont l'objet de débats depuis leur première découverte
et celles qui ont suivi.

DIFFERENCE ENTRE LES VIRUS ET LES AUTRES MICROBES (bactéries, champignons et protozoaires)

Ils diffèrent de la plupart des bactéries, champignons et protozoaires par le fait qu'ils sont des
parasites intracellulaires obligés. Les virus ne disposent pas de l'équipement enzymatique nécessaire
pour leur réplication. Pour se reproduire, ils doivent donc « pirater » :

• Les réserves énergétiques de la cellule hôte,

• Ses nucléotides,
• Ses acides aminés,
• Ses lipides,
• Ainsi que ses voies métaboliques de biosynthèse.

En fait, la plupart des virus possèdent des facteurs qui détournent les processus métaboliques des
cellules hôtes, au profit de la production de nouvelles particules virales. Ceci est en partie responsable
de la mort des cellules infectées, et contribue aux manifestations cliniques infectieuses.

Les autres différences majeures entre les virus et les micro-organismes plus complexes sont les
suivantes :

• Un génome viral est constitué d'ARN ou d'ADN, jamais des deux simultanément
• Les bactéries, champignons et protozoaires se reproduisent par scissiparité, tandis que les virus
utilisent un mode complexe de désassemblage, réplication et réassemblage au sein de la cellule
hôte. On caractérise donc un virus par son incapacité à se reproduire par mitose,
par scissiparité ou par méiose.
• Les virus n'ont ni paroi, ni organisation cellulaire, et sont beaucoup plus petits que les autres
micro-organismes.

Deux conséquences majeures découlent de ces différences.

• La première est qu'après excrétion par l'hôte, le nombre des particules virales ne peut que
décroître, celles-ci étant incapables de se multiplier dans un environnement inanimé, à la
différence des bactéries et des champignons.
• La seconde est qu'il est beaucoup plus difficile de concevoir des antiviraux efficaces et atoxiques
que des drogues antibactériennes, les virus utilisant les systèmes cellulaires de l'hôte.

30
Tout être vivant peut être infecté par un virus. Il existe des virus de bactéries (les bactériophages), des
virus d'archées, des virus d'algues (Phycodnaviridae), des virus de plantes, des virus fongiques, des virus
d'animaux, parmi lesquels on trouve de nombreux agents pathogènes, et même des virus de virus.

VIROME

Le virome est la composante virale d'un microbiome. La recherche actuelle estime que dans le corps
humain il y a 100 fois plus de virus (1015) que de cellules humaines (1013). Chaque individu en bonne santé
porte en moyenne plus de 10 types de virus responsables d'infections virales systémiques chroniques et
asymptomatiques.

La plupart des virus du virome humain sont des bactériophages infectant les bactéries présentes dans le
tractus intestinal et sur les muqueuses. L'impact de ces virus n'est pas encore complètement compris,
mais on peut déjà parier qu'ils jouent un rôle important dans la régulation de la composition des
communautés bactériennes vivant en symbiose avec l’homme ».

« Plus de 8 % du génome humain dérivent de rétrovirus », ce qui permet de dire que « nous sommes
d’une certaine manière apparentés aux virus »1.

CLASSIFICATION DES VIRUS

A l'origine, les virus ont été classés selon leur pouvoir pathogène, et selon des considérations
épidémiologiques et écologiques. La classification actuelle repose largement sur des considérations
biophysiques, antigéniques, et de biologie moléculaire.

Les virus sont divisés en familles, sous-familles et genres selon :

• La structure et l'organisation de leur génome,

• La symétrie de leur capside,
• Leur taille,
• Le lieu d'assemblage,
• Et la présence éventuelle d'une enveloppe lipidique.

Au sein d'un même genre, les différents membres sont définis :

• Par la présence de différents antigènes (ex. les subdivisions des Echovirus et Coxsackievirus),
• Par des différences génomiques (Papillomavirus humains),
• Ou même par des différences dans la présentation clinique ou les vecteurs (ex. FIaviviridae).

1
"Les humains sont apparentés aux virus" (lemonde.fr)

31
CLASSIFICATION DES PRINCIPAUX VIRUS PATHOGENES CHEZ L’HOMME

32
33
STRUCTURE D’UN VIRUS

Un virus est constitué d'un génome d'ADN ou d'ARN contenu dans

une enveloppe protéique appelée capside. Certains virus
présentent une enveloppe membranaire extérieure.

➢ GÉNOME

La première grande subdivision est faite selon la nature, ARN

ou ADN du génome.

Nous pensons souvent que l'ADN a un double brin et que l'ARN n'en a qu'un. Et c'est généralement le
cas dans nos propres cellules. Cependant, les virus peuvent contenir toutes les combinaisons possibles de
type de brins d'acide nucléique (ADN double brin, ARN double brin, ADN simple brin ou ARN simple brin).

• Le génome des virus à ARN peut être :

o Monocaténaire ou Simple brin (ex. Picornaviridae), ou bicaténaire ou double brin (ex.
Rotavirus). Le génome sous forme d'ARN est généralement monocaténaire.
o Chez certains, il peut être circulaire (ex. Arenaviridae), mais il est linéaire chez la plupart,
constitué d'un seul long brin (ex. Retroviridaé) ou de plusieurs segments (ex.
Orthomyxoviridae ou Rotavirus).
o Enfin, le génome simple brin peut être à :
▪ Polarité positive (dans le même sens qu'un ARN messager) c’est -à-dire
traduisible directement en polypeptides viraux, ex. Coronaviriofae),
▪ Ou à polarité négative (complémentaire d'un ARN messager) c’est -à-dire devant
être transcrit en ARNm, comme chez les Myxoviridae et les Rhabdoviridae) ou
même ambisens (ex. Bunyaviridaé).

• Les virus à ADN ont un génome double brin linéaire (ex. Herpesviridaé) ou circulaire (ex.
Adenoviridaé). Les seuls virus à ADN simple brin sont les Parvovirus, et leur
génome est en général à polarité négative.

➢ SYMÉTRIE DE LA CAPSIDE
• La capside est une coque protéique qui entoure et protège le génome
viral.
• Les sous-unités protéiques qui la composent sont appelées capsomères.
• Les capsomères et le génome forment la nucléocapside.
• Les capsides peuvent prendre de nombreuses formes. Les sous-unités
peuvent être assemblées :
o Soit en capside à symétrie hélicoïdale,
▪ Les capsides allongées sont appelées de la sorte à cause
de leur apparence semblable à une hélice, fine et linéaire.

34
 o Soit en structure tridimensionnelle à trois axes de symétrie (capside à symétrie cubique). En
fait, la plupart des capsides à symétrie cubique possèdent vingt facettes, et sont dites
icosaédriques (du grec eicosa, vingt, et hedron, côté).
o Enfin, certains virus ont une symétrie indéfinie (ex. Flaviviridaé) ou complexe (ex. Poxviridaé).

➢ ENVELOPPE LIPIDIQUE

En plus de la capside, certains virus ont également

une membrane lipidique externe qu'on appelle
l'enveloppe et qui entoure toute la capside.

De nombreux virus sont entourés

d'une enveloppe (ou péplos) qui prend naissance au cours de
la traversée des membranes cellulaires. Sa constitution est
complexe et présente un mélange d'éléments cellulaires et
d'éléments d'origine virale. On y trouve des protéines,
des glucides et des lipides.

Il existe deux structures différentes de virus :

• Les virus « nu » : ils sont composés d’une simple capside contenant le matériel génétique. Ils
sont très résistants.
• Les virus enveloppés : leur capside est elle-même contenue dans une enveloppe qui
comporte des glycoprotéines à sa surface. Ils sont très fragiles.

En général, les virus non enveloppés (nus) (ex. Rotavirus, Picornaviridae, Adenoviridaé) sont
capables de survivre plus longtemps dans un milieu inanimé que ceux qui possèdent une enveloppe
lipidique (ex. Myxoviridae, Retroviridaé, Herpesviridaé). Pour ces derniers, exception faite des Poxviridae,
la perte de l'enveloppe lipidique s'accompagne de la perte du pouvoir infectieux. Ainsi, les virus
enveloppés peuvent être inactivés par l'éther ou par des détergents. Ils présentent également des spicules
de glycoprotéines à leur surface, qui permettent l'attachement et la pénétration dans la cellule hôte.
L’enveloppe peut être constituée par bourgeonnement au travers de la membrane nucléaire, de l'appareil
de Golgi (ex. Hantavirus), ou de la membrane cytoplasmique.

35
 CLASSIFICATION SIMPLIFIÉE DES VIRUS SELON LA PRESENCE OU L’ABSENCE DE PEPLOS ( OU
ENVELOPPE)

A. VIRUS À ARN

36
 B. VIRUS À ADN

CONTRACTION ET PROGRESSION DE L’INFECTION VIRALE

Comment les virus infectent-ils ?

La surface externe du virus est cruciale pour sa capacité à reconnaître et à se fixer aux cellules
hôtes. Typiquement, la surface du virus contiendra certaines protéines qui peuvent reconnaître et se lier
aux récepteurs cellulaires pour faciliter sa fixation à la cellule hôte.

Une fois que le virus s'attache à la cellule hôte, il est englouti à travers la membrane cellulaire et
pénètre ensuite dans le cytoplasme de la cellule. À l'intérieur de la cellule, le virus retirera son enveloppe
virale, libérant ainsi son matériel génétique dans le cytoplasme pour sa réplication.

Les virus n'ont pas les mécanismes nécessaires pour survivre de manière indépendante et
recherchent des cellules hôtes végétales, animales ou bactériennes où ils peuvent utiliser la machinerie
de ces cellules pour se répliquer. Par conséquent, les virus utiliseront l'une des nombreuses voies de
transmission différentes pour infecter les cellules hôtes, parmi lesquelles le contact direct, le véhicule
indirect, le véhicule commun et la transmission aérienne.

37
 • Transmission par contact direct

La voie de transmission par contact direct nécessite un

contact physique entre un sujet infecté et un sujet non
infecté par des baisers, des morsures ou des rapports
sexuels, par exemple. Certains des virus sexuellement
transmissibles les plus notables comprennent le virus de
l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1), le virus T-
lymphotrope humain de type 1 (HTLV-1), le virus de
l'hépatite B (VHB) et les papillomavirus humains de types
16 et 18 (VPH -16 et HPV18, respectivement).

• Transmission indirecte

Par transmission indirecte, le virus se transmet par contact avec des objets ou du matériel contaminés
tels que du matériel médical ou des ustensiles de cuisine partagés.

• Transmission de véhicule commune

La transmission par véhicule courant fait référence au moment où des individus sont exposés au virus à
partir d'une source contaminée telle que de la nourriture, de l'eau, des médicaments ou des liquides
intraveineux. Alors que le cytomégalovirus est un virus associé à l'urine, plusieurs virus sont transmis par
voie fécale-orale, parmi lesquels les poliovirus, les coxsackievirus, le virus de l'hépatite A, le rotavirus,
l'astrovirus et le norovirus.

• Transmission aérienne

La transmission par voie aérienne fait référence à la voie respiratoire d'exposition aux virus qui peuvent
se présenter sous la forme de gouttelettes, d'aérosols et de sécrétions respiratoires sur les mains et les
objets. Certains des virus les plus notables qui sont transmis par cette voie comprennent le virus de la
grippe, le virus varicelle-zona, le rhinovirus humain, l'adénovirus humain, le virus respiratoire syncytial, le
virus para-influenza, le métapneumovirus et les coronavirus.

A. Voies d’entrée et sortie des virus

a. Transmission congénitale (des parents)
b. Infection des cellules au niveau :
i. Peau : Traverser la peau,
1. Par traumatisme : injection, tatouage, piercing, (hépatite B et C, CMV, EBV,
VIH)
2. Par morsure animal ou d’un insecte (togavirus, flavivirus, réovirus,
bunyavirus)
ii. Muqueuse
1. Tractus génito-anal-Conjonctive.

38
B. Tropisme cellulaire et tissulaire des Virus

C’est leur affinité pour des cellules ou tissus

spécifiques

- Neurotropes : poliovirus
- Mucotropes : tractus respiratoire ;
Rhinovirus adaptés aux faibles T° et PH,
et aux fortes tensions d’oxygène
(rougeole, grippe)
- Enteroptropes : Intestin, (résistent aux
enzymes digestives, bile et l’acide)
Hépatotropes : (A, B, C, D, E)
- Récepteurs cellulaires :
o Virus rabique (rage) (récepteur
d’acétylcholine des neurones
o VHB (récepteur de l’albumine
sur cellules du foie).
o VEB (CD21 sur les lymphocytes
B)
o VIH (CD4 sur les lymphocytes T)
- Adénotropes : VEB (mononucléose
infectieuse), tumeurs (carcinome du
nasopharynx, lymphome B).
- Epidermotropes :
o Herpès : cellules épithéliales,
o HPV : cellules de la paroi utérine.

39
 MULTIPLICATION D’UN VIRUS
La multiplication d’un virus comporte six étapes

1. Attachement

Elle commence par l’entrée en contact du virus et de

la cellule. C’est l’ATTACHEMENT de la surface virale
sur la surface cellulaire. Il se fait donc par :

• Des protéines de la capside pour les virus nus,

• Des glycoprotéines du péplos pour les virus à
péplos.

Ces protéines ou glycoprotéines s’attachent à des

récepteurs situés sur la membrane cytoplasmique de
la cellule hôte. Ce besoin de récepteurs cellulaires de
la membrane cytoplasmique pour les virus explique
qu’un virus donné ne peut infecter qu’un nombre
restreint d’espèces animales (tropisme d’hôte) avec
des tropismes tissulaires et cellulaires précis.

Les virus de l’immunodéficience humaine (HIV)

infectent principalement les lymphocytes T CD4+ car
leur enveloppe peut s’attacher sur la molécule CD4,
récepteur spécifique de ces virus.

2. Pénétration

Le virus pénètre à l’intérieur de la cellule, le plus souvent par :

• Endocytose pour les virus nus

• Et, pour les virus enveloppés, Fusion de l’enveloppe virale et de la membrane cytoplasmique en une
membrane unique, fusion suivie de lyse, par formation d’un pore (trou) qui s’élargit et laisse passer
la capside dans le cytoplasme. Cette fusion-lyse résulte de l’action d’une glycoprotéine de
l’enveloppe virale : pour l’HIV, c’est la gp41.

3. Décapsidation

Les structures virales sont ensuite dégradées, à l’exception du génome qui, débarrassé de la capside, se
trouve libéré.

4. Réplication

Le génome viral libéré prend la direction des synthèses, dans la cellule. Plus précisément, elle va faire des
copies, (répliques) du génome viral, des répliques de protéines virales, protéines de capside et
glycoprotéines de péplos pour les virus à péplos. Il y a donc un changement radical dans la direction des
synthèses.

40
Le mécanisme de cette réplication virale varie selon que le génome est à ARN ou à ADN. Mais dans tous
les cas, c’est par des ARN messagers viraux que les génomes viraux transmettent leur information,
donnent leurs ordres à la machinerie cellulaire.

Suivant les virus, l’élaboration des messagers viraux ou transcription est une opération plus ou moins
complexe.

• Virus à ARN + : ex: polyovirus

o Pénètre par endocytose (cycle normal) le mécanisme cellulaire s'arrête.
o Rôle de l'ARN : -ARNm : décrypté et traduit par les ribosomes=> synthèse virale
o Matrice : permet la réplication des ARN « fils »

• Virus à ARN – : ex: Virus de la grippe

o Pénètre par fusion de la capside avec la membrane cellulaire
o Pénétration de l'ARN - dans le noyau et formation d'ARN+
o La suite est similaire au cycle de l'ARN+

• Adénovirus :
o Pénètre par endocytose et décapsidation
o L’ADN va dans le noyau et transcrit en ARNm = >synthèse des enzymes.
Les protéines précoces sont nécessaires pour la production du virus
o ADN répliqué dans le noyau (ADN fils) =>synthèse des protéines de la capside (protéines
tardive)
o Assemblage dans le noyau

• Rétrovirus ex : Sida (VIH ou HIV, virus des sarcomes et leucémies animales, HTLV)
o Il y a également une transcription, transcription du génome à ARN en une copie d’ADN
qui sera intégrée dans l’ADN cellulaire, cela par une transcriptase virale dite inverse (elle
catalyse l’opération inverse de la transcription cellulaire normale de l’ADN en ARN).
o L'ADN gagne ensuite le noyau=>intégration de cet ADN dans l'ADN cellulaire (provirus)
ou poursuite d'un cycle de multiplication classique avec libération par bourgeonnement.

5. Assemblage

Les nouveaux génomes fabriqués par la cellule s’entourent de nouvelles protéines virales fabriquées
par la cellule. Cet emballage est l’encapsidation (l’inverse de la décapsidation) des génomes qui
aboutit à la formation de nouveaux virus.

6. Libération

Ces nouveaux virus sont relargués hors de la cellule par :

a) Eclatement pour les virus nus,

b) Bourgeonnement pour les virus à péplos. C’est lors du bourgeonnement que les virus à enveloppe
reçoivent leur enveloppe qui est une bicouche lipidique cellulaire hérissée de spicules
glycoprotéiques. Une cellule produit de l’ordre de 100 à 1000 virus.

41
PROGRESSION DE L’INFECTION VIRALE

Trois phases :

1. Période de latence,

De durée variable. Au cours de la période de latence, l'acide nucléique viral est incorporé dans la
cellule sans lésion morphologique visible.

2. Période de stimulation,
- Augmentation du métabolisme cellulaire
(synthèses d'ADN et protéines)
- Propagation virale
3. Et/ou effet cytopathogène ; lésions dont la forme et le siège sont évocateurs du
diagnostic (herpès).

CONSEQUENCES DE LA MULTIPLICATION VIRALE POUR LA CELLULE INFECTEE

Trois conséquences sont possibles :

1. Mort de la cellule

La cellule en meurt, les synthèses cellulaires ayant été gravement perturbées par les virus. C’est
l’INFECTION LYTIQUE. C’est ce que donnent la plupart des virus humains dans les cellules. Lors de
l’infection lytique, l’accumulation dans la cellule infectée de matériel viral désorganise les structures et
les fonctions cellulaires. Tout le problème est de savoir si ces cellules peuvent être remplacées par
d’autres cellules au sein de l’organisme.

Ainsi, au cours des infections par poliovirus, la destruction des neurones de la corne antérieure de la
moelle donne des paralysies définitives, car un neurone détruit n’est pas remplacé. En revanche, si ce sont
les cellules gliales qui sont détruites, les paralysies peuvent régresser.

2. Tolérance de l’infection

L’INFECTION TEMPÉRÉE : la cellule tolère l’infection. Le génome viral et le génome cellulaire se partagent
le potentiel de synthèse de la cellule et les deux métabolismes, cellulaire et viral, coexistent, selon un «
compromis » acceptable.

3. Transformation cellulaire maligne

La cellule se multiplie de façon anarchique : c’est la TRANSFORMATION CELLULAIRE MALIGNE, la cellule

infectée acquérant des caractères généralement attribués aux cellules cancéreuses.
Dans le génome viral, l’oncogène se trouve en effet sous contrôle des promoteurs viraux qui sont
considérablement plus actifs que les promoteurs du génome cellulaire.

42
Chez l’homme, cinq catégories de virus sont liées à un cancer :

1. l’HTLV-1 humain (Human T lymphotrope virus type 1) qui est un rétrovirus responsable de leucémies
et sarcomes à lymphocyte T de l’adulte dans des zones géographiques particulières (Caraïbe, Japon,
Afrique).

2. le virus de l’hépatite B ou HBV, responsable du cancer primitif du foie, endémique dans la zone
intertropicale. Le virus de l’hépatite C ou HCV participe également à l’étiologie du cancer primitif du foie.

3. les HPV-16 18 et 31, virus des papillomes humains associés au cancer du col utérin.

4. le virus Epstein-Barr ou EBV, associé notamment au lymphome africain de Burkitt, au carcinome

nasopharyngé des Chinois de la région de Canton, aux lymphomes des sujets immunodéprimés.

5. Le 8e herpès virus humain ou HHV-8 associé à la maladie de Kaposi et au lymphome diffus des séreuses.

VIRUS ET TRAITEMENTS

Un virus ne peut être éliminé que par le système immunitaire.

A. Immunoprophylaxie

La vaccination permet de résister à l'infection. (Vaccins à base de virus atténués- Vaccins à base de virus
tués (inactivés) - Antigènes viraux)

B. Appliquez des mesures d’hygiène reconnues

C. Chimiothérapie antivirale

Étant donné que les virus utilisent la machinerie cellulaire de l'hôte pour se reproduire à l'intérieur
même de la cellule, il est difficile de les éliminer sans tuer la cellule hôte. Des
médicaments antiviraux permettent cependant de perturber la réplication du virus.

Aciclovir (VHS, Varicelle), ribavirine (RSV, VHC), Idoxuridine (VHS), Ganciclovir (CMV), Azidothymidine
[AZT] (VIH).

D. Autres médicaments

Divers médicaments permettent de traiter les symptômes liés à l'infection, mais pas les antibiotiques,
qui sont sans effet sur les virus. Les antibiotiques interfèrent en effet avec des constituants ou le
métabolisme des bactéries et permettent donc de traiter seulement les maladies d'origine bactérienne et
non les maladies d'origine virale.
Diverses méthodes de désinfection in vitro permettent d'inactiver les virus (hypochlorite de sodium à
1 %, éthanol à 70 %, glutaraldéhyde à 2 %, formaldéhyde, eau oxygénée à 2 %, acide peracétique).

43
INTERACTION VIRUS/BACTERIE

Les bactériophages : « virus qui mange, qui se nourrit de bactéries »

• Structure : Même structure globale que les autres virus, ainsi que les mêmes propriétés.
• Cycle de multiplication :
o Infection lytique =>multiplication du phage : bactériophage virulent
o Intégration de l'acide nucléique dans le génome de la bactérie : prophage =>transmis à la
génération successive

Un phage doit posséder un récepteur qui reconnais une protéine spécifique de la bactérie ce qui fait que
les phages sont spécifiques à une bactérie.

SARS-CoV-2

Le SARS-CoV-2, est un type de virus enveloppé de symétrie sphérique

et couvert de spicules (constituées de diverses protéines) lui donnant
l'apparence d'une couronne.

Une seule souche avec de nombreux variants serait en circulation

actuellement.

Caractéristiques

La séquence génétique de ce coronavirus est similaire à 80 % à celle

du coronavirus du SRAS. Il est d'abord désigné provisoirement par
l'OMS et les CDC sous le terme anglais 2019 novel coronavirus, ou
2019-nCoV, avant d'être nommé SARS-CoV-2.Il appartient au sous-genre Sarbecovirus. Son génome,
stable et constitué d'un ARN simple-brin à polarité positive.

Durée d'infectiosité du virus

Elle serait dans l'air, selon son support, de 24 à 72 heures. Les matières plastiques favorisent sa durée de
vie. Sous une température inférieure à 20 °C, il persiste plus longtemps. Au-dessus de 30 °C, sa durée de
vie diminue fortement.

Les coronavirus ciblent surtout les voies respiratoires, mais sont fréquemment retrouvés dans le sang et
dans le plasma ou le sérum des malades. Ceci implique un risque de transmission via la transfusion de
produits sanguins.

44
VIRUS DE L'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE OU VIH-1
Le virus de l'immunodéficience humaine ou VIH-1, (en
anglais, human immunodeficiency viruses- 1 ou HIV-1) est
une espèce de rétrovirus infectant l'humain et responsable
du syndrome d'immunodéficience acquise (sida), qui est un
état affaibli du système immunitaire le rendant vulnérable à
de multiples infections opportunistes.
Transmis par plusieurs fluides corporels (sang, sécrétions
vaginales, sperme ou lait maternel), le sida est aujourd'hui
considéré comme une pandémie ayant causé la mort
d'environ 32 millions de personnes entre 1981 (date de la
première identification de cas de sida) et 2018.

Le VIH est présent dans de nombreux fluides organiques. On

en a retrouvé dans la salive, les larmes et l'urine, mais en des
concentrations insuffisantes pour que des cas de
transmission soient enregistrés. La transmission par ces
fluides est considérée de ce fait comme négligeable. En
revanche des quantités de VIH suffisamment importantes
pour déclencher une infection ont été détectées dans
le sang, le lait maternel, la cyprine, le sperme, ainsi que le
liquide précédant l'éjaculation et la concentration du virus
dans les sécrétions génitales (sperme et sécrétions au niveau
du col de l’utérus chez la femme) sont de bons prédicteurs
du risque de transmission du VIH à une autre personne.
Par voie de conséquence, les trois modes de contaminations
sont :

• Les rapports sexuels non protégés. Qu'ils

soient hétérosexuels ou homosexuels, ils
représentent la part la plus importante des
contaminations ;
• Le contact avec du matériel contaminé chez :
o Les toxicomanes, par injection,
o Les tatouages, par une mauvaise
hygiène du matériel,
o les transfusés,
o le personnel de santé;

45
 • La transmission mère-enfant, durant la grossesse, pendant l'accouchement et lors de
l'allaitement. Sans traitement et avec un accouchement naturel, le taux de transmission varie,
selon les études, entre 10 et 40 %54. C'est durant l'accouchement que les risques d'infection
sont les plus élevés (65 % de tous les cas d'infection). Un traitement et la pratique éventuelle
d'une césarienne peuvent faire baisser ce chiffre à 1 %.

Les cellules cibles du VIH sont celles présentant des récepteurs CD4 à leur surface. Ainsi, les lymphocytes
T CD4+, les macrophages, les cellules dendritiques et les cellules microgliales cérébrales peuvent être
infectées par le VIH. Ainsi, la réplication virale a lieu dans plusieurs tissus.

QUELQUES DEFINITIONS

• Le terme virome fait référence à l'ensemble des génomes des virus associés à un écosystème ou un
organisme.
• Le microbiome est l'expression des conditions écologiques de ces milieux (température, pH, teneurs
hormonales, en graisses, en protéines, exposition aux UV, absence de lumière, type de muqueuse,
etc.), conditions auxquelles vont répondre les communautés microbiennes en cause, individuellement
et/ou collectivement, et qu'elles peuvent modifier ou entretenir à court et moyens termes, mais aussi
sur le long terme, c'est-à-dire celui de l'évolution, ou plus précisément de la coévolution du microbiote
avec ses hôtes.
• Le microbiote de l'organisme humain ou flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble
des bactéries, microchampignons et autres microorganismes que le corps humain contient en grand
nombre.

46
 QUESTIONNAIRE CHAPITR 3

VIRUS ET INFECTIONS VIRALES

1. Définir :
a. Virus g. Virus enteroptropes
b. Capside h. Virus hépatotropes
c. Capsomères i. Virus à récepteurs cellulaires
d. Nucléocapside j. Virus adénotropes
e. Virus neurotropes k. Virus épidermotropes
f. Virus mucotropes l. Bactériophage
2. Pourquoi les virus sont-ils des parasites intracellulaires obligés ?
3. Quelles sont les différences majeures existant entre les virus et les autres micro-organismes ?
4. Selon quels critères les virus sont-ils classés ?
5. De quoi est constitué un virus ?
6. Quelle différence faites-vous entre les virus enveloppés et ceux sans Péplos ?
7. Par quelles voies (d’entrée ou de sortie) que l’homme peut-il contracter des infections virales ?
8. La multiplication d’un virus comporte combien d’étapes ? Citez-les ?
9. Quelles sont les trois conséquences possibles de la multiplication virale pour la cellule
infectée ?
10. Citez les cinq catégories de virus qui sont liées à un cancer chez l’homme : Et précisez le cancer
qu’ils provoquent.
11. Par quel système de l’organisme les virus peuvent-ils être éliminés ?
12. Quels sont les moyens préventifs des infections virales que vous connaissez ?
13. Quelles maladies entrainent les virus suivants :
a. Poliovirus p. Virus de l’hépatite A B C D E
b. Virus Influenzae
c. Virus des oreillons
d. Virus de la rougeole
e. Coronavirus humains
f. VIH
g. Virus Chikungunya
h. Virus amaril
i. Virus dengue
j. Virus Ebola
k. Papilloma Virus
l. Virus herpès simplex
m. Virus varicelle zona
n. Virus herpès humain de type 8
o. Virus d’Epstein-Barr

47
 Chapitre 4 - CHAMPIGNONS D’INTERET MEDICAL
Les champignons ou mycètes constituent un règne très important, dont seul un petit nombre de
représentants sont pathogènes pour l'homme. Ce sont des eucaryotes, possédant un noyau et une paroi
cellulaire composée de chitine.

MORPHOLOGIE

Les champignons peuvent se présenter sous 2 formes :

• Soit de levures : micro-organismes unicellulaires, ronds ou ovalaires se reproduisant par

bourgeonnement (exemple : Cryptococcus neoformans, Candida albicans)
• Soit de filaments de structure tubulaire et ramifiée ; lorsque les cellules s'allongent pour former
des filaments ou hyphes (pluricellulaire) qui constituent le mycélium.

Les champignons dimorphiques, agents de mycoses dites exotiques, ont la particularité de

pouvoir exister sous deux formes selon l’environnement :

1. La forme levure présente dans les organes infectés,

2. La forme filamenteuse présente dans la nature ou obtenue en culture sur les milieux standard
(exemple : Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis). Pour ce dernier champignon, la forme
parasitaire est une grande sphérule, variante d’une levure.

EMBRANCHEMENTS
Les quatre principaux embranchements des champignons vrais (eumycètes) se distinguent par leur mode
de reproduction.

1. Les zygomycètes peuvent avoir une reproduction sexuée, les zygotes se formant par fusion des
extrémités des filaments (gamétanges). On trouve parmi eux les genres pathogènes Mucor et
Absidia.
2. Les basidiomycètes possèdent des spores sexuées externes produites par des cellules en forme
de massue appelées basides (Cryptococcus neoformans est la forme levure d'un champignon
basidiomycète).
3. Les ascomycètes forment des spores sexuées à l'intérieur d'un asque (cellule allongée productrice
de spores); Piedraia hortae est un pathogène appartenant à cet embranchement.
4. Les principaux pathogènes humains appartiennent à l'embranchement des deutéromycètes,
aussi appelés champignons imparfaits (Fungi imperfecti), car on n'a pas pu mettre en évidence
chez eux de reproduction sexuée. En revanche, ils forment des spores ou conidies. Les Fungi
imperfecti comprennent les genres : Epiderinophyton, Candida et Pityrosporum. Cependant, on
utilise une classification plus pratique basée sur l'association à des maladies : mycoses
superficielles, sous-cutanées ou systémiques.

NB : Bien que les genres Actinomyces et Nocardia soient formés de bactéries ramifiées, ils ont été placés
ici par commodité.

48
CLASSIFICATION DES PRINCIPAUX CHAMPIGNONS PATHOGENES CHEZ L’HOMME

49
50
 QUESTIONNAIRE CHAPITRE 4

CHAMPIGNONS D’INTERET MEDICAL

1. Définir : Champignon ou mycète ou fungi

2. Morphologiquement, sous combien de formes peuvent se présenter les mycètes ?
3. Quelle est la forme des mycètes, présente dans les organes infectés ?
4. Citez les quatre principaux embranchements des champignons vrais (eumycètes)
5. A quel embranchement appartiennent les principaux champignons pathogènes pour les
humains ?
6. Citez les autres dénominations des deutéromycètes
7. Le genre Candida fait partie de quel embranchement des mycètes ?
8. Quelles sont les muqueuses de l’organisme pouvant être agressés par le Candida albicans ?

51
 CHAPITRE 5 - PARASITES D’INTERET MEDICAL
Ce chapitre traite des protozoaires (parasites unicellulaires) et des helminthes (parasites
pluricellulaires) rencontrés en microbiologie médicale.

De nombreux protozoaires se rencontrent dans l'environnement animé et inanimé ; certains sont

même des commensaux de l'homme (ex. Entamoeba coli. Endolimax nana).

Seul un petit nombre sont pathogènes pour l'homme. La classification des protozoaires repose
sur des caractères morphologiques et biologiques, mais il est aussi pratique de les séparer en pathogènes
des muqueuses et pathogènes des tissus et du sang.

Généralement la transmission est oro-fécale, par ingestion d'aliments ou d'eau contaminés par
des kystes (Œufs).

PATHOGÈNES DES MUQUEUSES

• Microsporidies
o Enterocytozoon bieneusii, sont responsables de diarrhées chez les sujets
immunodéprimés, en particulier sidéens. On peut aussi observer chez ces patients des
conjonctivites à microsporidies.
• Entamoeba histolytica
o Entamoeba dispar : Elle est à l'origine de la dysenterie amibienne et peut traverser le gros
intestin et provoquer des abcès du foie.
• Giardia intestinalis (syn. Giardia lamblia). La forme infectieuse Giardia infecte la partie
proximale de la grêle entraînant une affection diarrhéique.
• Trichomonas vaginalis. Il est responsable de vaginite qui se présente habituellement sous la
forme de pertes souvent abondantes et occasionnant une inflammation périnéale.
• Isospora belli : L’infection est en général asymptomatique mais peut provoquer de graves
diarrhées chez les patients immunodéprimés en particulier sidéens.
• Cryptosporidium parvum : Cette petite coccidie parasite est une cause majeure de diarrhée de
l’enfant (2 à 19 % des cas) et un pathogène qui peut être mortel chez 1 immunodéprimé.
• Cyclospora cayetanensis : Ce protozoaire récemment décrit est responsable de diarrhées au long
cours.
• Balantidium coli
B. coli est le seul protozoaire cilié qui infecte l’homme. Il est responsable de rares cas de diarrhées.

52
PATHOGÈNES DU SANG ET DES TISSUS

• Naegleria fowleri : II s'agit d'une amibe possédant une forme flagellée, mais qui est amiboïde
dans les tissus. Elle est à l'origine de rares cas de méningite purulente, survenant à partir d'eau
de piscine contaminée
• Tryponosomes
Deux types de pathologies dues à des trypanosomes surviennent chez l'homme.
o La maladie du sommeil en Afrique est due à Trypanosoma brucei (sous-espèces
gambiense et rhodesiense). Les deux peuvent entraîner une méningoencéphalite. Elle est
transmise par la morsure de la mouche tsé-tsé.
o T. cruzi est transmis par les déjections d'une punaise (le réduve, Panstrongylus megistus).
Le trypanosome se développe dans le tube digestif de la punaise, qui défèque sur
l'homme au moment de la piqûre urticante. T. cruzi pénètre alors par grattage dans les
tissus sous cutanés, et produit un chagome (chancre d'inoculation ou nodule cutané isolé
ressemblant à un furoncle) au point d'inoculation, accompagné du signe de Romana. Le
parasite dissémine ensuite par voie sanguine, au foie et à la rate, où il peut être éliminé.
Dans le cas contraire, il se développe intracellulairement sous forme amastigote (cellule
protiste qui n'a pas de flagelles externes ni de cils visibles), dans le muscle cardiaque ou
d'autres tissus.
• Leishmanies
Le bouton d'Orient est dû à Leishmania tropica, et est transmis par un phlébotome (Ce sont des
moucherons piqueurs morphologiquement proches des moustiques). L’infection est fébrile, avec
des malaises, une anémie et une hépatosplénomégalie.
• Plasmodium
o Plasmodium falciparum est responsable de paludisme
o P. vivax
o P. malariae
o P. ovale
• Toxoplasma gondii
Cette coccidie parasite à une distribution mondiale, et son hôte définitif est le chat. Chez les
patients immunodépnmés, le risque d’encéphalomyélite est majeur. T. gondii est capable de
passer la barrière placentaire et d'infecter le fœtus. La principale conséquence est une chorio-
rétinite entraînant la cécité. On l'observe chez les nouveau-nés infectés in utero (jusqu'à 60 %),
mais rarement lorsque 1 infection survient à la naissance. Des atteintes cérébrales avec
calcification et microcéphalie peuvent aussi se produire.

53
CLASSIFICATION DES PRINCIPAUX PARASITES PATHOGENES CHEZ L’HOMME

54
55
 QUESTIONNAIRE CHAPITRE 5

PARASITES D’INTERET MEDICAL

1. Définir : Protozoaires
2. Comment se fait généralement la transmission des protozoaires à l’homme ?
3. Citez les parasites :
a. Pathogènes de muqueuses
b. Pathogènes du sang et des tissus
4. De quelle pathologie sont responsables les protozoaires suivants :
a. Giardia intestinalis ou Giardia lamblia
b. Trichomonas vaginalis.
c. Plasmodium falciparum

56
CHAPITRE 6 - LES PRINCIPALES PATHOLOGIES INFECTIEUSES EN AMERIQUE CENTRALE ET
DANS LES CARAÏBES.

57
 CHAPITRE 6 - TRANSMISSION DES INFECTIONS
La compréhension du mode de transmission des infections permet de proposer des mesures de
protection individuelles et collectives adaptées :

1. À la population réceptive,
2. Aux malades
3. Et au personnel soignant.

La transmission d’une maladie infectieuse peut se faire selon deux modes :

1. En dehors d’un milieu de soins : infections communautaires

2. En milieu de soins : infections nosocomiales.

L’agent infectieux (bactérie, virus, parasite, champignon) peut contaminer l’homme à partir de réservoirs:

• Milieu naturel : sol (ex : Clostridium tetani), eau (ex : Vibrio cholerae) ou air (ex : Histoplasma
capsulatum) ;
• Animal (zoonose, ex : virus de la rage) ou homme (ex : Myxovirus influenzae) malade ou porteur
sain ;
• Sang, produits dérivés du sang ou greffons contaminés (ex : VIH) ;
• Matériel médical contaminé (ex : VHB).

Leur très haute contagiosité justifie des mesures d’isolement, de transport et d’analyse des prélèvements
stricts ainsi qu’une protection renforcée du personnel soignant.

• La quarantaine : est l’isolement de personnes ou d’animaux suspects d’être porteurs d’agents

infectieux transmissibles à une population réceptrice. Sa durée est fonction du temps
d’incubation propre à la maladie et elle doit respecter les droits des personnes.

• L’isolement « septique » d’un patient infecté (malade, porteur sain ou suspect de contagiosité)
vise à éviter qu’il ne transmette l’agent infectieux à des individus non infectés et non porteurs
mais réceptifs.

• Il est à distinguer de l’isolement « protecteur » qui vise à protéger des patients immunodéprimés
de tout agent potentiellement infectieux.

58
VOIES DE TRANSMISSION DES MALADIES INFECTIEUSES ET MESURES DE PREVENTION

59
60
 ANTI-INFECTIEUX ESSENTIELS
En milieu tropical, les maladies infectieuses sont fréquentes, graves, curables pour la plupart par
des anti-infectieux ou prévenues par la vaccination. Les anti-infectieux y représentent le principal
groupe de médicaments prescrits et achetés.

61
 QUESTIONNAIRE CHAPITRE 6

TRANSMISSION DES INFECTIONS

1. Que permet la compréhension du mode de transmission des infections ?

2. Selon combien de mode une maladie infectieuse peut-elle se transmettre ?
3. Quels sont les principaux réservoirs par lesquels, un microbe (agent infectieux) peut contaminer
l’homme ?
4. Définir :
a. Quarantaine
b. Isolement « septique »
c. Isolement « protecteur »

CHAPITRE 7- VACCINATIONS. SEROPREVENTION, SEROTHERAPIE.

1. VACCINATIONS
• Vacciner consiste à administrer à un individu une préparation antigénique spécifique d’un agent
infectieux dans le but de provoquer une réponse immunitaire susceptible de le protéger contre
les aléas de la maladie naturelle : décès (tétanos ou rougeole) ou invalidités définitives
(poliomyélite).

• Vis-à-vis de certaines infections graves toxiniques ou virales, souvent sans autres possibilités de
recours thérapeutiques ou préventifs, les vaccinations sont particulièrement efficaces.

• Vis-à-vis des maladies épidémiques (rougeole), leur efficience repose sur l’immunité de groupe
tout autant que sur l’immunité individuelle.

• Certaines maladies ont pu être éliminées d’une région (poliomyélite aux Amériques) ou même
éradiquées, c’est-à-dire rayées de la carte du monde (variole).

• C’est l’application large d’une véritable « politique vaccinale » qui permet d’obtenir les meilleurs
résultats à condition de disposer de vaccins efficaces, bien tolérés et que la vaccination puisse
être assurée sans difficulté et sans discontinuité.

62
 1.1. Les vaccins

• Les vaccins produits sont de plus en plus nombreux, de plus en plus spécifiques.

• Leur efficacité peut être majorée (vaccins conjugués) pour permettre une application à des âges
où l’immunité est moins développée (nourrissons). C’est le cas des vaccins Haemophilus,
méningocoque ou pneumocoque.
• On distingue :
o Les vaccins vivants atténués induisent une immunité proche de celle induite par la
maladie naturelle au risque de réactions inflammatoires transitoires contemporain de la
phase de réplication du virus vaccinal (rougeole), d’infections limitées (BCGites) ou de
réversion de la souche virale (vaccin polio atténué). Pour maintenir l’efficacité de ces
vaccins, il est indispensable d’assurer la chaîne du froid et la protection
vis-à-vis des agressions physiques et thermiques (particulièrement importante dans les
pays tropicaux) jusqu’au moment de leur inoculation.

o Les vaccins inactivés ou inertes induisent une immunité mieux dirigée mais également
plus limitée imposant souvent plusieurs injections et des rappels. Par définition, ils
n’entraînent pas de phénomènes de type infectieux ; leur innocuité est meilleure.

• L’amélioration de leur tolérance et de leur innocuité est une grande préoccupation : vaccins «
sous-unités » et recombinants remplaçant des vaccins « corps entier », recours à des souches
mieux atténuées pour les vaccins vivants.

• Les règles d’utilisation, les indications et contre-indications de chacun de ces vaccins doivent être
respectées. D’une manière générale, ces vaccins sont de mieux en mieux tolérés ; les inquiétudes
qui ont pu être soulevées vis-à-vis du vaccin contre l’hépatite B (en France et dans les pays
francophones) ou contre la rougeole (dans les pays anglo-saxons) ont été démenties par de
nombreuses études scientifiques menées pour les vérifier. Le vaccin polio atténué n’a aucune
raison de transmettre l’infection à VIH ni de menacer la fertilité des femmes...

63
 2. SEROTHERAPIE, SEROPREVENTION

2.1. Sérums et immunoglobulines

• La sérothérapie anti-infectieuse consiste à utiliser le sérum d’un individu (homme ou animal)
immunisé contre une infection pour traiter un sujet infecté par cette même infection. Les
immunoglobulines en sont les protéines effectives : le titre des immunoglobulines spécifiques peut
être dosé permettant d’en estimer l’efficacité.

• La séroprévention consiste à utiliser ces produits pour protéger des sujets non immuns simplement
exposés à une infection particulièrement menaçante, en prenant de vitesse l’incubation de la maladie.
L’efficacité protectrice est fonction de la quantité d’immunoglobulines spécifiques présentes dans le
sérum et de sa précocité d’administration.

64
• De longue date certains établissements notamment les Instituts Pasteur se sont spécialisés dans la
préparation (conjointement à celle des vaccins) de sérums d’origine animale notamment chez des
chevaux (sérums équins). Malgré les progrès dans leur purification, on préfère les remplacer par des
immunoglobulines humaines obtenues dans des centres de transfusion sanguine et des préparations
de produits du sang, mieux tolérées, efficaces plus longtemps, mais plus onéreuses.

• Sérums et immunoglobulines sont susceptibles d’être dénaturés par les agents physiques et doivent
être gardés au réfrigérateur.

2.2. Applications

• La sérothérapie, réalisée par voie IM est d’usage de plus en plus réduit. Des indications persistent
encore dans le traitement de la diphtérie, du tétanos (voir chapitres correspondants).

• La séroprévention du tétanos chez un blessé se fait par l’administration IM de sérum équin ou

d’immunoglobulines équines à raison de 1 500 UI ou d’immunoglobulines humaines antitétaniques à
raison de 250 UI (x 2 chez les sujets atteints de blessures à haut risque tétanigène qui n’ont jamais été
vaccinés). Cette immunoprévention doit être précédée de l’inoculation du vaccin antitétanique, en un
autre point du corps, à distance du site d’injection du sérum ou des immunoglobulines. Pour la
prévention du tétanos néonatal chez les nouveaux-nés de mère non vaccinée, la dose est de 750 UI.

• La séroprévention de la rage lors de blessures à haut risque (visage) provoquées par un animal
enragé, suspect ou disparu se fait par l’administration la plus précoce possible d’immunoglobulines
antirabiques (20 UI/kg pour les immunoglobulines humaines).

• Les immunoglobulines humaines sont également indiquées chez des sujets non immunisés exposés à
des infections graves pour eux pour des raisons circonstancielles :
o Prévention de la rougeole par immunoglobulines polyvalentes (IV ou IM) pour la protection
des enfants (avant l’âge de 6 mois), des femmes enceintes et des immunodéprimés.
o Prévention de l’hépatite B par immunoglobulines spécifiques (conjointement à la vaccination)
chez les nouveaux-nés de mère porteuses d’antigène HBs.
o Prévention de la varicelle par immunoglobulines spécifiques pour les immunodéprimés.

• La prévention de l’hépatite A se fait maintenant par la vaccination qui, même après exposition,
semble apporter une réduction du risque suffisante

65
 QUESTIONNAIRE CHAPITRE 7

VACCINATIONS. SEROPREVENTION, SEROTHERAPIE

1. Définir :
a. Vacciner
b. Sérothérapie anti-infectieuse
c. Séroprévention
2. Différence entre les vaccins vivants atténués et les vaccins inactivés (ou inertes)
3. Qu’est-ce qu’il est indispensable d’assurer, pour maintenir l’efficacité des vaccins vivants
atténués ?

66