Licence Professionnelle : Sciences et Technologie de l'Assainissement des Déchets Liquides et Solides

Module : Chimie et Microbiologie des eaux

La diversité microbiologique dans les

écosystèmes aquatiques
Realisé par :
Supervisé par :
* ELHAJIBI Safa Professeur : MEZRIOUI Nour-
* KARKORI Fadwa Eddine
* KHALIL Malika

Année universitaire: 2022-2023 1

 Plan
I) Introduction

II) Les microorganismes acteurs de l’environnement

II-1) La communauté microbienne
II-2) Caractéristiques principales des microorganismes
II-3) Quelles sont les 4 grandes catégories de Micro-organismes ?
III) Diversité microbienne
◦ III-1) Diversité selon la taille
◦ III-2) Diversité du métabolisme
◦ III-3) Diversité selon le type trophique
◦ III-4) Diversité selon l’habitat: Microorganismes extremophiles

Conclusion

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 I) Introduction
Les progrès réalisés au niveau des
techniques d'identification, de
dénombrement et de mesure d'activité
métabolique des micro-organismes ont
permis d'entrevoir l'extraordinaire Les microorganismes jouent un rôle
diversité des microorganismes prépondérant dans les flux de matière
aquatiques, leurs conditions de vie et et d'énergie au sein des écosystèmes
leurs abondances . aquatiques

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 I) Introduction
Les microorganismes de part leur diversité, jouent des rôles très importants dans
le fonctionnements des écosystèmes terrestres et aquatiques. Ils sont ubiquistes et
peuvent s’adapter aux différentes conditions environnementales. Leur diversité est
liée à plusieurs critères qui peuvent être:
▪ morphologiques
▪ physiologiques
▪ écologiques
▪ génétiques etc.

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 II) Les microorganismes acteurs de
l’environnement
▪ Les micro-organismes existent sur la terre depuis des milliards d’années;
▪ Ils constituent un ensemble important et diversifié d’organismes microscopiques existant en tant que
cellule seule ou en groupe;
▪ Ils fonctionnent en tant que populations ou assemblages d’organismes similaires;
▪ Ils ont évolué tout en interagissant avec le monde inorganique et avec les organismes
supérieurs;
▪ Certains d’entre eux jouent des rôles bénéfiques et vitaux;
▪ Les interactions des micro-organismes avec leur environnement contribuent au fonctionnement des
écosystèmes.

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II-1) Habitat de la communauté microbienne
Il y a trois types principaux d’environnement :
▪ Eaux douces,
▪ Eaux saumâtres
▪ Eaux marines
▪ Type terrestre.
Puisque les organismes sont adaptés à leur environnement, chacun de ces trois
types a sa propre flore et faune.
Dans le cadre de cet exposé nous allons nous limiter seulement aux
environnements aquatiques.

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 Habitat des microorganismes

Les microbes, et particulièrement les bactéries et les archéobactéries, vivent

dans des habitats extrêmement variés. On les trouve autant dans les eaux
limpides des ruisseaux, dans le désert de glace qu’est l’antarctique que dans les
sources thermales les plus chaudes, à plus de 1 km dans la croûte terrestre, à
des milliers de mètres d’altitude (atmosphère raréfiée), dans les profondeurs
océaniques, à une obscurité totale et une pression considérable. Et même
dans les eaux salines presque saturées de la mer morte.

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 II-2) Caractéristiques principales des
microorganismes
▪ Invisibles à l’œil nu= microscopiques
▪ Ubiquistes ou ubiquitaires: existent partout
▪ Très diversifiés: bactéries, virus, micro-algues, champignons,
protozoaires etc.
▪ Très abondants:
▪ Très adaptatifs: ils peuvent s’adapter aux différentes conditions
physicochimiques: T°C, pH, O2, salinité etc.

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 II-3) Quelles sont les 4 grandes catégories de Micro-
organismes ?

Les microorganismes sont regroupés dans les familles suivantes :

• les virus
• les bactéries.
• les protozoaires
• les Mycètes (champignons microscopiques)
• les algues microscopiques.

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 III) Différents groupes de Microorganismes

Virus
Les virus sont des entités acellulaires, mais qui constituent une classe majeure des micro-organismes. Il y a
entre 10 6 et 109 particules virales par millilitre à la surface de l’océan. Ce sont pour la plupart des
bactériophages qui peuvent infecter des bactéries hétérotrophes et des cyanobactéries.

Bactéries hétérotrophes
l’énumération directe par épifluorescence montre leur abondance dans l’eau (104 – 106 /mL). Alors
que dans les sédiments et les sols terrestres, l’énumération directe donne 1-60 X 109 cellules/g poids
sec.

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 Les protozoaires
Sont des micro- participent à
organismes l'épuration des dépolluent les
milieux eaux en surface
ieucaryotes

s'associent en Ou terres fixent l'azote

colonies humides aux sols

forment des êtres vivent consomment les

exclusivement microbes de plus
pluricellulaires dans l'eau petite taille
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Protozoaires= terme qui désigne les protistes hétérotrophes mobiles qui ingèrent leur
nourriture par phagocytose, contrairement à d'autres protistes.

Ils répandus dans l’eau (10 - 104 /mL) et les sols ; avec une affinité taxonomique avec les divisions d’algues
(chrysophytes, cryptophytes sont reclassifiées dans le règne des Protistes).
Ce sont des microorganismes bactivores et algivores, formant la chaine alimentaire microbienne
ou “boucle” microbienne. Quelques protozoaires sont des pathogènes importants de l’homme transmis par
l’eau: Giardia, Cryptosporidium, et sont résistants au chlore.

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 Mycètes

Les
champignons= Mycètes microscopiques Importants, particulièrement dans les
les Fungi
= les Mycètes milieux terrestres, entrent en compétition pour les bactéries
pour la matière organique. Se subdivisent en trois phylums :
Organismes
vivants deutéromycètes, ascomycètes et basidiomycètes (quelques espèces
eucaryotes
(un vrai ont la capacité de dégrader la lignine). Quelques espèces sont
noyau)
saprophytes, alors que d’autres sont pathogènes pour les
plantes (Moisissures/pourritures blanches, brunes, bleues du
pluricellulaires unicellulaires
(moisissures) ( levures) bois). Ces moisissures sont un problème majeur de la qualité
de l’air, la nourriture, la santé publique en générale.

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 les algues microscopiques

▪ Les micro-algues sont des micro-organismes photosynthétiques

unicellulaires aquatiques.
▪ Leur nombre est estimé entre 200 000 et plusieurs millions d’espèces.
▪ Les micro-algues sont capables de convertir l’énergie solaire et le CO2
en matière organique via la photosynthèse.
▪ Les micro-algues établissent des relations très étroites avec les
bactéries et les autres microorganismes (symbiose, antagonismes etc.)

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 Les micro-algues

des micro- photosynthéti Plus de 200000

Les micro algues unicellulaires
ques Millions
organismes aquatiques
d'espèces

Convertir
l'Energie
solaire +
O2

Via la
photosynthè
se

En matière
organique

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 Diversité des microorganismes
La diversité microbienne est immense. C’est la résultante de l’évolution sur presque quatre
milliards d’années. Cette diversité peut être étudiée sous des angles multiples. Elle
peut être liée à:
❖ Leur variation de la taille des cellules
❖ Leur stratégies métaboliques (physiologie)
❖ Leur rôle dans les différents cycles biogéochimiques
❖ Leur adaptation aux différents environnements aquatiques
❖ Leur distribution dans les différents environnements
❖ Leur pathogénèse etc.

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 Diversité selon la taille

▪ Femtoplancton: 0,02 – 0,2 µm: Exemple virus bactéries de petite taille

▪ Picoplancton: 0,2 – 2 µm: Exemple certains virus de grande taille et bactéries
▪ Nanoplancton: 2 – 20 µm: Exemple flagellés et ciliés
▪ Microplancton: 20 – 200 µm: Exemple cillés , amibes
▪ Mesoplancton: 0,2 – 20 mm: Exemple Cyanobactéries filamenteuses

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EXEMPLES DES DIFFERENTS GROUPES MICROBIENS

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 Diversité selon le type respiratoire

En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4 types

respiratoires de bactéries :

▪ Bactéries aérobies strictes

▪ Bactéries anaérobies strictes
▪ Bactéries aéro-anaérobies facultatives
▪ Bactéries micro aérophiles
▪ Bactéries anaérobies aéro-tolérants

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 Diversité selon la température

La croissance des bactéries est très dépendante de la Température:

Les bactéries peuvent être classées :
• Mésophiles: 10-45°C optimum 30-37°C, c’est le cas de la plupart des
bactéries pathogène
• Psychrophiles : -15°C à 20°C (5-10°C) ex: Listeria monocytogènes.
• Thermophiles (45-70°C) ex: Les Coliformes fécaux (44,5°C)
• Hyperthermophiles (>80°C)

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 Diversité selon le pH

Le pH influence l’équilibre ionique du milieu, les réactions

métaboliques et l’activité enzymatique.

Acidophiles (pH: 1– 4)
Neutrophiles (pH: 5,5 – 8,5)
Basophiles (pH: 8,5 - 11,5)

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 Diversité selon la pression osmotique
➢ Les organismes halophiles (du grec halos, sel et philein, aimer) sont des microorganismes qui
requiert du sel (NaCl) pour leur croissance. Ils sont retrouvés dans les environnements salins ou
hypersalins tels les lacs, les océans, les salines et les marais salants.
➢ Les environnements hypersalins sont généralement définis comme étant des environnements où la
concentration en sel est supérieure à celle de l’eau de mer (35%). Ces écosystèmes représentent un
réservoir de microorganismes spécifiquement adaptés.

Les bactéries non-halophiles : (NaCl < 0,2 M) (Entérobactéries)

Les bactéries halophiles : 0,2 <NaCl< 5,2 M (Marina, Halobacterium salinarium)
Les bactéries halotolérants : Concenration NaCl élevée (Staphyloccus)

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 Récapitulation
Paramètre Variations Type de bactérie
Supérieure à 45° THERMOPHILE

Température 20°-45° MESOPHILE

4°-20° PSYCHROPHILES
Inférieure à 0 CRYOPHILES

Supérieure à7,4 ALCALOPHILES

pH 7-7,4 NEUTROPHILES
Inférieure à7 ACIDOPHILES

Présence obligatoire AEROBIES STRICTES

Oxygène Absence obligatoire ANAEROBIES STRICTES

Présence à faible pression MICROAEROPHILES
Présence non obligatoire AERO-ANAEROBIES FACULTATIFS
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 Diversité selon le type trophique
Fonction vitale Classe de besoin Nature de besoin Type trophique

CO2 AUTOTROPHE
Source de carbone
Anabolisme Compose organique HETEROTROPH
E
(Biosynthèse)
Facultatif PROTOTROPHE
Facteurs de croissance
obligatoire AUXOTROPHE

Lumière PHOTOTROPHE
Source d’énergie
Catabolisme Oxydation biochimique CHIMIOTROPHE
(Dégradation)
Minérale CHIMIO-
Substrat énergétique LITHOTROPHE
Organique CHIMIO-
ORGANOTROPHE 24
Les phototrophes capturent l’énergie radiante du soleil, les chimioorganotrophes oxydent les
molécules organiques pour libérer de l’énergie, tandis que les chimiolithotrophes emploient comme
sources d’énergie des aliments inorganiques. Cependant, par définition, seuls les autotrophes
utilisent l’anhydride carbonique (CO2) comme unique ou principale source de carbone. Les
organismes qui utilisent des molécules organiques préformées, réduites, comme source de carbone
sont hétérotrophes.

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 Microorganismes extremophiles
Les extrêmophiles sont des microbes qui vivent dans des conditions extrêmes de
température, d’acidité, d’alcalinité ou de salinité. La plupart appartiennent au
domaine des Archæ. L’industrie s’intéresse beaucoup aux enzymes permettant la
croissance de microorganismes dans de telles conditions, parce qu'elles tolèrent
des températures et des pH extrêmes, par exemple la Taq polymérase extraite
de Thermus aquaticus.

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 Les microorganismes des milieux extrêmes

Ex: Déserts glaciaires,

Il existe peu d’endroits sources chaudes, fonds
stériles sur la planète : océaniques, milieux
hypersalés, roches du
manteau terrestre…

abritent une riche

biodiversité de
Milieux extrêmes micro-organismes dits
extrêmophiles
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 Microorganismes marins
Par comparaison avec les environnements La communauté microbienne est
dominée par de nombreuses ultra micro-bactéries ou nano bactéries, en
particulier Sphingomonas, qui passe facilement au travers des filtres de 0.2µm. Un
autre retrouvée sur la côte de Namibie : Thiomargarita namibiensis : la plus grosse
bactérie du monde (100 à 300 µm) utilisant le sulfure et le nitrate comme réducteur et
oxydant, qu’elle emmagasine dans une énorme vacuole (800mM de nitrate ; granules
de soufre en périphérie). Ces bactéries sont importantes pour le recyclage du soufre et
de l’azote dans ces milieux.

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 Conclusion

Malgré ces progrès considérables dans le domaine de l'écologie

microbienne, près de 90% des microorganismes présents dans
l'environnement n'ont pas encore été décrits et la compréhension
des relations entre les microorganismes et le fonctionnement des
écosystèmes restent un enjeu majeur pour les années à venir.

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30
 Références consultées

❖ C. AMBLARD, J. C. BOISSON, G. BOURDIER, D. FONTVIEILLE, X. GAYTE et T. SIME-NGANDO:Écologie microbienne en

milieu aquatique : des virus aux protozoaires Microbial ecology in aquatic systems: a review from viruses to protozoa.
Revue des sciences de l'eau Journal of Water Science. n" spécial (1998) 145-162
❖ LENCHI N: Etude de la biodiversité microbienne dans les écosystèmes aquatiques pétroliers. Université M’hamed Bougara
de Boumerdès (2014)
❖BERG, I. A. 2011. Ecological Aspects of the Distribution of Different Autotrophic CO2 Fixation Pathways. Applied and
Environmental Microbiology, 77, 1925-1936.
❖ CYTRYN, E., MINZ, D., OREMLAND, R. S. & COHEN, Y. 2000. Distribution and diversity of archaea corresponding to the
limnological cycle of a hypersaline stratified lake (Solar lake, Sinai, Egypt). Appl Environ Microbiol, 66, 3269-76.
❖ http://staff.univ-batna2.dz (Chapitre 1. Généralités)
❖ Cours de Microorganismes des milieux extrêmes: Melle DJINNI Ibtissem
❖ Cours_Microbiologie des eaux_LP_STAD-Partie1: assuré par Pr MEZRIOUI en 2022;
❖ https://microbiologynotes.org/microbial-interactions-in-the-environment

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MERCI DE VOTRE
ATTENTION

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