Module PG : Pédologie et potentialité des sols

Des approches complémentaires indispensables

pour comprendre les enjeux qui pèsent sur les
sols (cultivés)
Hydro Pédologie
Maritxu Guiresse Pédologie générale :
4 cours + 1 TD Maritxu Guiresse
5 cours + 1 TD

Faune du sol
Microbiologie des sols Benjamin Pey
Maialen Barret 3 cours + 1 TD
2 cours
MICROBIOLOGIE
DU SOL

Maialen BARRET, MCF INPT-ENSAT

3 Mes coordonnées
maialen.barret@ensat.fr
Bureau 1241
4 Objectifs du cours
Comprendre les
processus microbiens
dans le sol
Bases de AGRONOMIE:
microbiologie Analyser l’impact de
et biochimie pratiques culturales
ENVIRONNEMENT:
Comprendre les enjeux
globaux liés au sol
 Introduction: microbiologie
5

 Microorganismes
0.1µm 1µm 10µm 100µm 1mm 10mm 100mm

Bactéries
Archaea
Fungi
Moisissures
µalgues
Protozoaires
Nématodes
Acariens
Collemboles
Lombrics
Microflore/faune Mésofaune Macrofaune Mégafaune
 Aperçu: Bactéries (1-10 µm)
6

Sarcina
Desulfuromonas
Pseudomonas

Azotobacter
Clostridium
Rhizobium
Thiomicrospira
10 µm

J.B. Nardi (2007) Life in the soil. The University of Chicago Press, Ltd., London.
 Aperçu: Archaea (1-10 µm)
7

Halobacterium
Methanosarcina

Thermoproteus
10 µm

J.B. Nardi (2007) Life in the soil. The University of Chicago Press, Ltd., London.
 Aperçu: Champignons (diamètre: 2-10 µm)
8

Hyphes
Levures Reproduction par
spores (conidies)
Blastoconidies Mycelium

Fission

Medical Microbiology, 1990, Murray, et al.

 Les actinomycètes sont des bactéries!
9

J.B. Nardi (2007) Life in the soil. The University of Chicago Press, Ltd., London.
 Aperçu: microalgues du sol (1-30 µm)
10

Spiruline Dictyosphaerium Oocystis

Gleocapsa Protoderma
Palmella
 Aperçu: protozoaires (10-50 µm)
11
Amibes
Cilliés

Flagellés
 Aperçu: nématodes (long.=80µm-8m!)
12

Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry, 3rd edition (2007)

Academis Press, Ed. Eldor A. Paul
 Introduction: microbiologie
13

 Microorganismes
0.1µm 1µm 10µm 100µm 1mm 10mm 100mm

Bactéries
Archaea
Fungi
Moisissures
µalgues
Protozoaires
Nématodes
Acariens
Collemboles

Micro Lombrics
Microflore faune Mésofaune Macrofaune Mégafaune
14
 Les microorganismes du sol
15

 Phylogénie des microorganismes du sol

Fungi: 1 groupe
monophylétique Moisissures:
Bactéries: groupe
1 domaine Archaea: 1 polyphylétique
domaine
Microalgues:
groupe
polyphylétique
 Microbiologie et écologie microbienne
16

Microbiologie Ecologie microbienne

Communauté
microbienne
Microorganisme

Facteurs Autres
abiotiques organismes

ECOSYSTEME
 Les ères de l’écologie microbienne
17

P.A. Maron et coll. (2007) Metaproteomics: A New Approach for

Studying Functional Microbial Ecology. Microbial Ecology
Abondance des microorganismes dans le sol
18

1 gramme de sol contient:

 109 bactéries (qq µgADN)

 Plusieurs km d’hyphes
Abondance des microorganismes dans le sol
19

Occupation du sol Concentration

moyenne en ADN
microbien
(µg/g de sol
Prairie 12
Forêt 10
Cultures 9
Autres (milieux 8
naturels, parcs
urbains)
Vignes et vergers 6

Texture des sols, teneur en carbone

organique et en azote, pH, occupation et
usage du sol
 Diversité structurelle
20
 Une diversité inexplorée!!!
21

Nombre d’espèces décrites Nombre d’espèces estimé

Vertébrés

Lombrics 50 %

Protozoaires 20 %

Champignons 4,7 %

Bactéries 0,1%

1 000 10 000 100 000 1 000 000 10 000 000

 Rôles dans l’écosystème
22

Bactéries et champignons, en tant qu’acteurs majeurs de la

décomposition, sont à la base de la chaîne trophique des sols.
 Diversité fonctionnelle
23
24 Plan du cours
Introduction: écologie microbienne & sol
I. Le cycle du C
II. Le cycle de N
III. Interactions microorganismes-plantes
25 Plan du cours
Introduction: écologie microbienne & sol
I. Le cycle du C
II. Le cycle de N
III. Interactions microorganismes-plantes
IV. Dépollution
 Le cycle du C: vision globale
26

Le sol:
 Carrefour de flux
 Réservoir
 Cycle du C: zoom sur le sol
27

 Apports de C dans les sols?

4 entrées de C dans les sols:

- Litière de parties aériennes végétales
- Exsudats racinaires
- Litière de racines
- Photosynthèse microbienne
 Cycle du C: zoom sur le sol
28

CO2 atmosphérique
Photo-
synthèse Respiration
Fixation par
microorganismes
autotrophes

MINERALISATION
AEROBIE ou
Litières + exsudats ANAEROBIE
DECOMPOSITION
Substances
ASSIMILATION HUMIFICATION humiques
Organismes du sol
 Cycle du C: MO entrant dans le sol
29

MO
soluble

Hémi-
cellulose
Cellulose
Lignine
Cellulose

Hémicellulose:
Polymère branché de pentoses
Lignine (xylose, mannose, galactose,
rhamnose, arabinose)
 Cycle du C: décomposition
30

1 2 3
MO
soluble CO2 – RESPIRATION
Polymères - HUMIFICATION
Hémi-
cellulose

Cellulose
Biomasse microbienne
ASSIMILATION
Lignine

0 1 2 Temps (années)
 Cycle du C: décomposition
31

 Phase 1:
 MO soluble, faible poids moléculaire, facilement
dégradable
 Croissance de microorganismes variés

 Dégagement de CO2
 Cycle du C: décomposition
32

1 2 3
MO
soluble CO2 – RESPIRATION
Polymères - HUMIFICATION
Hémi-
cellulose

Cellulose
Biomasse microbienne
ASSIMILATION
Lignine

0 1 2 Temps (années)
 Cycle du C: décomposition
33

 Phase 2:
 Dégradation cellulose/hémicellulose
 Excrétion d’enzymes extracellulaires par Fungi cellulolytiques et
bactéries: Bacillus, Cellulomonas, Pseudomonas
 Cycle du C: décomposition
34

 Phase 2:
 Dégradation cellulose/hémicellulose
 Excrétion d’enzymes extracellulaires par microorganismes
cellulolytiques: Fungi et bactéries

Aspergillus (aérobie) Bacillus,

Anaeromyces (anaérobie) Cellulomonas
Hémi-
cellulose Grande
diversité de
Monomères µorg.

Cellulose
 Cycle du C: décomposition
35

1 2 3
MO
soluble CO2 – RESPIRATION
Polymères - HUMIFICATION
Hémi-
cellulose

Cellulose
Biomasse microbienne
ASSIMILATION
Lignine

0 1 2 Temps (années)
 Cycle du C: décomposition
36

 Phase 3:
 MO récalcitrante, hétérogène (lignine mais aussi cires, résines)
 Aérobie

 Lente

 Nécessité de sources de C complémentaires

 Champignons et actinomycètes lignolytiques excrètent

des enzymes extracellulaires : polyphénoloxydase et
peroxidase (Basidiomycètes, Ascomycètes)
 Cycle du C: décomposition
37
CO2 atmosphérique

Litières + exsudats
Enzymes DECOMPOSITION

Composés C assimilé C respiré (CO2)

organiques simples: Fungi
sucres, protéines Composés
phénoliques
Bactéries
aérobies Composés
récalcitrants
Bactéries
(lignine, cire, résine)
ASSIMILATION anaérobies

Champignons et bactéries
 Cycle du C: humification
Amine
R2 NH2
R2
38
CO2 atmosphérique
Polyphénol
oxydase
R1 R1 R1

Composé Quinone Substance

Litières + exsudats phénolique humique

Enzymes DECOMPOSITION

Composés Composés
organiques simples: aminés
sucres, protéines Composés
phénoliques
Composés Polyphénols
récalcitrants
(lignine, cire, résine) HUMIFICATION
ASSIMILATION
Abiotique
Quinones
Humus
Champignons et bactéries Enzymes
 Substances humiques: définition
39

 Substances humiques ~ composés humiques ~ humus,

regroupent:
 Acides fulviques Noyaux condensés reliés par des
chaînes aliphatiques et portant des
 Acides humiques
groupes fonctionnels à caractère
 Humines acide (-COOH, -OH)
 Substances humiques: propriétés
40

Acides fulviques Acides humiques Humines

Degré de polymérisation

2 000 Masse moléculaire 300 000

45% Teneur en carbone 62%

48% Teneur en oxygène 30%

1400 « Exchange acidity » 500

Solubilité
D’après Stevenson, 1985
 Substances humiques: fractionnement
41

 Principe: différences de solubilité

Sol + NaOH

Fraction soluble + HCl, H2SO4 Fraction insoluble

Fraction soluble Fraction insoluble

Acides fulviques Acides humiques Humines

 Substances humiques: fractionnement
42

 Principe: différences de solubilité

 En détail: protocole International Humic Subst. Society

Standards: Elliott
soil, Suwanee river,
Quantification,
Pahokee peat
caractérisation
 Interactions substances humiques - argiles
43

Complexe
argilo-
humique

Soil microbiology, ecology and biochemistry, 2007

 Cycle du C: synthèse
44

CO2 atmosphérique

MINERALISATION
Litières + exsudats
DECOMPOSITION

ASSIMILATION
Substances
humiques
Champignons et bactéries HUMIFICATION

Stock C, structure, résistance

CHAÎNE TROPHIQUE
érosion, rétention eau
 Cycle du C: intensification
45

2m 3m
 Et si limitation en O2 dans le sol?
46
 Cycle du C: déviation du flux
47

CO2 atmosphérique
CH4 : 1%

Litières + exsudats
DECOMPOSITION

ASSIMILATION
Substances
humiques
Champignons et bactéries HUMIFICATION

Stock C, structure, résistance

CHAÎNE TROPHIQUE
érosion, rétention eau
 Cycle du C: déviation du flux
48

Pouvoir de réchauffement global à 100 ans

N2O

CH4

CO2

0 100 200 300 400

 Emissions globales de méthane
49

21%

11%
 Cycle du C: Méthanogénèse
50
Litières + exsudats

Monomères
Bactéries
ACIDOGENESE fermentaires
Acides gras volatiles,
acides organiques
ACETOGENESE Bactéries fermentaires

Acétate H2, CO2

Bactéries
Archaea homoacétogènes Archaea
METHANOGENESE
méthanogènes méthanogènes
acétoclastes hydrogénotrophes
CH4, CO2 CH4
 Cycle du C: Méthanogénèse
51

Litières + exsudats

Acides
Polysaccharides Lipides Protéines
nucléiques

Acides Acides Bases

Glucose
gras aminés azotées

ALCOOL ACIDES ORGANIQUES ACIDES GRAS VOLATILES GAZ

Ethanol Lactate Succinate Formiate Acétate Propionate butyrate H2 CO2
 Cycle du C: Méthanogénèse
52
Litières + exsudats

Monomères
Bactéries
ACIDOGENESE fermentaires
Acides gras volatiles,
acides organiques
ACETOGENESE Bactéries fermentaires

Acétate H2, CO2

Bactéries
Archaea homoacétogènes Archaea
METHANOGENESE
méthanogènes méthanogènes
acétoclastes hydrogénotrophes
CH4, CO2 CH4
 Cycle du C: Méthanogénèse
53
 Cycle du C: Méthanogénèse
54

 Voie hydrogénotrophe: « respiration anaérobie »

 Methanobacterium, Methanobrevibacter

 CO2 + 4 H2  CH4 + 2 H2O, (∆G=-131 kJ/mol)

Accepteur Donneur
d’électrons d’électrons
+
évacuation
d’un
inhibiteur
des étapes
amont
 Cycle du C: Méthanogénèse
55

 Voie hydrogénotrophe: « respiration anaérobie »

 Methanobacterium, Methanobrevibacter

 CO2 + 4 H2  CH4 + 2 H2O, (∆G=-131 kJ/mol)

 Voie acétoclaste: « dismutation »

 Methanosarcina, Methanosaeta

 CH3COO- + H2O  CH4 + HCO3-, (∆G=-36 kJ/mol)

Faible rendement énergétique: absence d’autres

accepteurs d’électrons ( oxygène, nitrate, fer, sulfate…)
 Cycle du C et CH4: pratiques agricoles
56
Nbr copies gène mcrA / g de sol
Rizière continuellement submergée
Alternance submergée/assechée

Vitesse d’émission de CH4 (mmol/j/m2)

PRESENCE
ACTIVITE
Nbr transcrits gène mcrA/ Nbr
copiesgène mcrA
TRANSCRIPTION

0 90
Temps (jours)

50 90 Temps
(jours)
 Cycle du C: Méthanisation
57

 Le processus naturel de méthanogénèse peut être

intensifié
 Cycle du C: déviation du flux
58

CO2 atmosphérique
CH4 : 1%

Litières + exsudats METHANOTROPHIE

DECOMPOSITION

ASSIMILATION
Substances
humiques
Fungi et bactéries HUMIFICATION

Stock C, structure, résistance

CHAÎNE TROPHIQUE
érosion, rétention eau
 Méthanotrophie
59
 Méthanotrophie
60

Aérobie Anaérobie
 Bactérie Gram –  Archaea « ANME »
 Aérobie stricte ~ méthanogènes
 CH4: source de C et  Enzyme fonctionnant en
d’énergie sens inverse
 Genres: Methylosinus, CO2 + 4 H2  CH4 + 2 H2O,
Methylocystis, +
(∆G= - 131 kJ/mol

Methylomonas,  Syntrophie nécessaire:

Methylobacter bactéries sulfato-
réductrices ou
dénitrifiantes
 Cycle du C: synthèse
61

CO2 atmosphérique

MINERALISATION
Litières + exsudats
DECOMPOSITION

ASSIMILATION
Substances
humiques
Champignons et bactéries HUMIFICATION

Stock C, structure, résistance

CHAÎNE TROPHIQUE
érosion, rétention eau
MICROBIOLOGIE
DU SOL
PARTIE II

S6 2017-2018
Maialen BARRET, MCF INPT-ENSAT
63 Plan du cours
Introduction: écologie microbienne & sol
I. Le cycle du C
II. Le cycle de N
III. Interactions micro-macroorganismes
IV. Dépollution
Cycle de l’azote: approche « compartiments »
64
Cycle de l’azote: approche biochimique
65

N2O NO

N2 NO2-

NH4+ NO3-

NO2-

Norg
 Cycle de l’azote: 2 états
66

ATMOSPHERE N2O NO

N2 NH3 NO2-

NH4+ NO3-

NO2-
SOL
Matière organique, organismes
 Cycle de l’azote: 2 environnements
67

N2O NO

N2 NO2-

NH4+ NO3-

NO2-

Hétérogénéité spatiale et temporelle du sol est nécessaire!

 Cycle de l’azote: 2 métabolismes
68

N2O NO

N2 NO2-

NH4+ NO3-

NO2-
 Cycle de l’azote: 5 processus majeurs
69

N2O Dénitrification
NO

N2 NO2-

Fixation
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
 Minéralisation: N organique  NH4+
70

N2O Dénitrification
NO

N2 NO2-

Fixation
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
 Minéralisation: N organique  NH4+
71

 Minéralisation C & N
Matériaux organique Ratio C:N
Microorganismes du sol 8:1 DECOMPOSITION
MO du sol 10:1
Résidus de luzerne 16:1 Excédent
azote
Lisier 20:1
Maïs fourrage 60:1
Paille céréales 80:1
Litière de chêne 200:1
Litière de pin 300:1
Bois de conifère 625:1

Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry, 3rd edition (2007) Academis Press, Ed. Eldor A. Paul
 Minéralisation: N organique  NH4+
72

 Formes d’azotes excrétées par les organismes

Organisme Formes d’azote Chitine
Guanine
Bactérie NH4+, parois cellulaires
Champignon NH4+, chitine des parois cellulaires
Protozoaires NH4+
Nématodes NH4+, purines Acide urique
Rotifères NH4+ Urée
Oribatides Cristaux de guanine
Collemboles Acide urique
Oligochaeta NH4+, urée et acide urique Urease, désaminase,
urate oxidase

NH4+
The ecology of soil decomposition (2003). CABI Publishing, Cambridge.
 Fixation: N2  2NH4 +
73

N2O Dénitrification
NO

N2 NO2-

Fixation
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
 Fixation: N2  2NH4 +
74

 Exclusivité des bactéries et archaea

 Diazotrophes : groupe fonctionnel très divers

Sol riche en C, forte

décomposition,
disponibilité d’exsudats

Sol pauvre en C

Soil Microbiology, Ecology and

Biochemistry, 3rd edition (2007)
Academis Press, Ed. Eldor A. Paul
 Fixation: N2  2NH4 +
75

 Complexe enzymatique: « nitrogénase »

Gènes nif de Klebsiella pneumoniae

 Fixation: N2  2NH4 +
76

 Un processus coûteux en énergie:

 16 ATP / N2
 Transcription/traduction de >20 gènes

Fixation n’a lieu qu’en absence Soil Microbiology, Ecology and

d’autres sources de N Biochemistry, 3rd edition (2007)
Academis Press, Ed. Eldor A. Paul
 Fixation: N2  2NH4 +
77

 Nitrogénase sensible à l’O2

Cyanobactéries : protection par hétérocystes (H)

Autres Cyanobactéries : fixation en

absence de production d’O2 (nuit)

Azotobacter: active respiration

 Fixation : 2 modes
78
« Libre »: voie mineure
 ~20 genres de bactéries
aérobies (Azotobacter) et
anaérobies (Clostridium)
 ~15 genres de cyanobactéries
(photosynthétiques)
Symbiose: voie majeure
 Plantes: légumineuses, quelques
céréales et herbes
 Bactéries: Rhizobium, Allorhizobium,
Bradyrhizobium… et actynomycètes
Frankia
Comment se forment les nodules de Rhizobia?
79

 Etape 1 : La plante excrète des flavonoïdes

Flavonoïdes

NodD

NodD Protéine
active
Protéine
constitutive,
inactive
Comment se forment les nodules de Rhizobia?
80

 Etape 2 : Les Rhizobia excrètent les facteurs Nod

Flavonoïdes

NodD NodC

NodD Protéine Nod

NodB
active A
Protéine
constitutive,
inactive
 Comment se forment les nodules de Rhizobia?
81

 Etape 2 : Les Rhizobia excrètent les facteurs Nod

Flavonoïdes

NodD NodC

NodD Protéine Nod

NodB
active A
Protéine
constitutive,
3 inactive
Les facteurs Nod
induisent
courbure + canal
de préinfection
Comment se forment les nodules de Rhizobia?
82

4 5

3
NH4+
1 2 C
N2

6
 Fixation: performances
83

Azolla
Bactéries diazotrophes et associations N2 fixé
(kg ha-1 an-1)
Alnus Bactéries libres <1 - 10
Exemple de plante associée à des cyanobactéries
Azolla ≤300
Exemples de légumineuses associées à des Rhizobia
Soja 60-115
Haricots 50-100
Luzerne 130-250
Ex. de non-légumineuses associées aux Frankia
Ceanothus Alder 50-300
Ceanothus 50-60
Hippophae 10-60
Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry, 3rd
Hippophae edition (2007) Academis Press, Ed. Eldor A. Paul
 Qu’est-ce qui détermine la spécificité
plante-microorganisme?
84

Flavonoïdes

NodD NodC

NodD Protéine Nod

NodB
active A
Protéine
constitutive,
inactive
 Qu’est-ce qui détermine la spécificité
plante-microorganisme?
85

 Les flavonoïdes:
 Qu’est-ce qui détermine la spécificité
plante-microorganisme?
86

 Les facteurs Nod

 Fixation d’N2 et agronomie
87

 30 à 300kg d’N/ha/jour
 Rotation des cultures/engrais verts
 Bioaugmentation:
 Nitrification
88

N2O Dénitrification
NO

N2 NO2-

Fixation
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
 Nitrification: NH4 + NO2 - NO3 -
89

 En absence de fertilisation, nitrate produit in situ

par nitrification
 Processus majeur:
 NO3- = source azotée pour plantes
 NO3- est plus mobile que NH4+

 Aérobie
 Autotrophie majoritaire:
 AOB: bactéries oxydant l’ammonium
 NOB: bactéries oxydant les nitrites
 Nitrification: NH4 + NO2 - NO3 -
90

 AOB: gène amoA, Nitrosomonas, Nitrosovibrio,

Nitrosococcus, Nitrosospira

2e- génèrent énergie

 NOB: gène nxrA, Nitrospira, Nitrobacter, Nitrospina

 Nitrification: NH4 + NO2 - NO3 -
91

 Régulation: disponibilité de NH4+, O2

 Facteurs environnementaux: humidité, pH,

Fixation O2
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
 Dénitrification
92

N2O Dénitrification
NO

N2 NO2-

Fixation
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
Dénitrification: NO3- NO2- NO N2O N2
93

 Cinétique de dénitrification:
Dénitrification: NO3- NO2- NO N2O N2
94

 4 réactions, 4 enzymes

 Bactéries très diverses, anaérobies facultatives, transmission

horizontale des gènes de dénitrification
 Dénitrification: exemple de transfert
95
horizontal de gènes
 Dénitrification: exemple de transfert
96
horizontal de gènes
 Dénitrification: régulation
97

 Nitrates comme accepteur d’électrons: absence d’O2

Dénitrifi
cation
Profil d’O2 dissout
dans un aggrégat
(Sextone et al., 1985)

L’hétérogénéité du sol est nécessaire!

 Dénitrification: régulation
98

 Nitrates comme accepteur d’électrons: absence d’O2

 Hétérotrophes: suffisamment de C!

C available (mg flask-1)

C épuisé : émissions de N2O!!!

 Dénitrification: et les Fungi alors?
99

N2OFungi≤ 18% (N2OFungi + N2OBacteria)

 Assimilation
100

N2O Dénitrification
NO

N2 NO2-

Fixation
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
 Assimilation
101

 Sources d’azote pour les plantes

R.D. Bardgett (2005) The biology of soil – A community and Ecosystem Approach. Oxford University Press
 Assimilation: symbiose mycorrhizienne
102

 Presque toutes les plantes

 Classification des champignons selon la morphologie
 Assimilation: symbiose mycorrhizienne
103

 Presque toutes les plantes

 Classification selon la morphologie
 Assimilation: symbiose mycorhizienne
104

 Presque toutes les plantes

 Classification selon la morphologie
 Mécanisme reconnaissance – infection – colonisation
variable (mycelium ou hyphe ou spore)
 Assimilation: symbiose mycorhizienne
105

Les hyphes prélèvent les nutriments

plus efficacement:
- Surface
- Distance
- Mécanisme

Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry, 3rd edition (2007) Academis Press, Ed. Eldor A. Paul
106
 Assimilation: symbiose mycorhizienne
107

Champignon Nutriments etc

Plante
mycorhizien Sources C
 Cycles de C et N sont connectés!
108

N2O Dénitrification
NO

N2 NO2-

Fixation
NH4+ NO3-

NO2- Nitrification
Minéralisation
Assimilation
Norg
 Cycle de N et Environnement
109

Forme Source Vecteur Impacts

azotée
Nitrate Nitrification Eaux souterraines Pollution de l’eau
Fertilisation potable
Perturbations de la nitrification Eutrophisation
Ammonium Fertilisant Ruissellement Pollution de l’eau
Déchets animaux Atmosphère potable
Eutrophisation
N2O Sous-produit de dénitrification Atmosphère Gaz à effet de serre
(nitrification et anammox) Destruction de l’ozone
NO Sous-produit de dénitrification Atmosphère Ozone
(nitrification et anammox)

N organique Sous-produit de décomposition Ruissellement Eutrophisation

dissout Eaux souterraines
 Question 1: QCM
110

 Quel processus de fixation d’azote est favorisé

dans un sol pauvre en matière organique?

 A: fixation libre
 B: fixation symbiotique
 Question 2: vrai ou faux ?
111

 Les zones rouges de cette parcelle seront propices à

de fortes émissions de N2O.

Mapping field-scale spatial patterns of size and activity of the

denitrifier community (Philippot et al., 2009)
 Question 2: vrai ou faux ?
112

 Les zones rouges de cette parcelle seront propices à

de fortes émissions de N2O.

Faux!

Mapping field-scale spatial patterns of size and activity of the

denitrifier community (Philippot et al., 2009)
 Question 3: QCM
113

 Quel peut être l’impact du non-labour sur la vitesse

de minéralisation de la matière organique?

 A: accélération

 B: décélération
114 Plan du cours
Introduction: écologie microbienne & sol
I. Le cycle du C
II. Le cycle de N
III. Interactions micro-
macroorganismes
 Les PGPR
115

PGPR
(Plant growth
promoting
rhizobacteria)

Fixation
Biocontrôle
N2

Transfert Production
nutriments d’hormones
Production
de
Interactions sidérophores
nutritionnelles
 PGPR: Production microbienne de
116
phytohormones
 Auxines (IAA), gibberelines, cytokinines

IAA: indole-3-acetic acid

 PGPR: Biocontrôle
117
 PGPR: Biocontrôle
118
 Bactéries pathogènes
119

Prescott’s principles of microbiology, McGraw-Hill, 2009

 Champignons pathogènes
120

Microbiology: an introduction, G.J. Tortora et al., 10th edition, 2010

 Interaction & évolution: endosymbiose
121

Cellule eucaryote Cellule eucaryote

primitive hétérotrophe
Bactérie

Mitochondrie
(respiration)

Bactérie
Cellule eucaryote
photosynthétique
phototrophe

Chloroplaste
(photosynthèse)
 Interactions micro - macroorganismes
122
 Interactions micro - macroorganismes
123

Pischedda, L, Cuny, P, Esteves, JL, Poggiale, JC and Gilbert, F. Spatial

oxygen heterogeneity in a Hediste diversicolor irrigated burrow.
(2012). Hydrobiologia, vol. 680 (n° 1). pp. 109-124.
124
DES QUESTIONS ???
→ FORUM MOODLE

Maialen BARRET, MCF INPT-ENSAT