Interactions Plantes-Mo

1
Interactions
plantes / micro-
organismes
à travers quelques
exemples
Université de Bourgogne, UFR SVTE
Claire OLIVE
PAF - 12 janvier 2017
Schématisation de l’interaction entre une

plante et des bactéries pathogènes
et symbiotiques (D’après Grant et al., 2006).
Introduction : les notions de plante et micro-organisme
Rhodobiontes 2
(Algues rouges) Ulvophytes
(Algues vertes)
Lignée verte
Chlorobiontes
Charophytes
Embryophytes
(Archégoniates)
Haptophytes
(Coccolithophoridées) Diatomées
Lignée brune
Straménopiles Phéophycées
(Algues brunes)
Dinophytes Oomycètes
(Mildiou de la vigne)
Ciliés
Alvéobiontes
(Paramécies)
Apicomplexés
Organismes photosynthétiques
Euglénobiontes
Champignons sens large
Eumycètes
Opistochontes
Métazoaires
Phylogénie simplifiée des Eucaryotes
Mycétozoaires d’après Lecointre et Le Guyader (2006)
(Myxomycètes)
Introduction : les notions de plante et micro-organisme
Notre perception du monde microbien 3
1700 1800 1900 2000

Temps (années)
Phylogénie moléculaire et Microbiologie

Vie microbienne classification naturelle environnementale
A. van Leeuwenhoek (1632‐1723) E. Zuckerkand & L. Pauling (1965)
Woese et al. (1977, 1990)

Introduction – les notions de plante et micro-organisme
L’écologie moléculaire, entre 4
biais et puissance
Techniques actuelles d’écologie moléculaire : comment connaître la

diversité microbienne écosystémique ?
Introduction – les notions de plante et micro-organisme
5
* *
* *
* Acquisition
pluricellularité
Introduction - Différents lieux d’interaction
Les interactions au niveau 6
de la phyllosphère
Photographie de
trichomes à la
surface foliaire de
tomate observée au
microscope
électronique à
balayage (d’après
Ojanen-Reuhs et al.,
1997).
Colonisation
d’une feuille de tomate
par X. axonopodis pv.
vesicatoria. La flèche
1 mm indique la localisation
préférentielle des
massifs bactériens au
niveau des trichomes.
Introduction - Différents lieux d’interaction
de la phyllosphère
Micrographie (microscope
confocal à fluorescence)
de la flore microbienne
naturelle de la
phyllosphère de Haricot
(Phaseolus vulgaris).
Marquage fluorescent par

Live BacLight, qui confère
une fluorescence verte aux
bactéries Gram-négatives et
20 mm une florescence rouge aux
bactéries Gram-positives.
Introduction – Différents lieux d’interaction
de la phyllosphère
Composition des communautés bactériennes identifiées dans la

phyllosphère du seigle (Lolium perenne) et de l’olivier (Olea europea) (d’après
Hirano et Upper, 2000).
de la rhizosphère
Observation microscopique
de bactéries marquées au
DS-red (fluorescence rouge)
adhérant à la surface
racinaire (apex).
de la rhizosphère
Vue d’ensemble des interactions plantes-micro-organismes dans la rhizosphère

et le sol entourant les racines.
V.Coats et M.Rumpho, Front. Microbiol., 23 July 2014
de la rhizosphère
Effets trophiques
+
+
Effets sur la
morphogenèse -
Effets des PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) sur l’architecture du

système racinaire et le fonctionnement racinaire.
Frontiers in Plant Science, September 2013, Volume 4
Introduction – Différents types d’interactions
12
Les différents types

d’interactions biologiques
Gain pour l’espèce A
Positif Neutre Négatif

Gain pour l’espèce B
Positif Mutualisme Commensalisme Prédation

Symbiose Parasitisme
Neutre Commensalisme Neutralisme Amensalisme
Négatif Prédation Amensalisme Antagonisme (dont

Parasitisme compétition)
Les gains correspondent à des variations de valeur sélective.

Introduction – Différents types d’interactions
13
Les interactions symbiotiques
Les différents types de contacts entre symbiontes.

D’après MA Selosse (2000).
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2
14
Symbiose Rhizobium / Fabacées
Nodosités sur des racines de Medicago truncatula

15
Symbiose Rhizobium / Fabacées
Electronographie (MET) d’une coupe de nodosité de racine de Glycine, avec

bactéroïdes de Bradyrhizobium japonicum.
16
Nodosités indéterminée ou déterminée
Nodosité indéterminée en coupe, sur Médicago (gauche)

et schéma de zonation (droite)
D’après Rodriguez-Haas et al., Metallomics, 2013,5, 1247-1253
Importance biologique 17
de la fixation de N2
Cultures d’A. thaliana et épis de Maïs sauvage récoltés avec (gauche)

ou sans (droite) intrants nitratés
18
Nutrition azotée des plantes

Sources minérales d’azote :
 N2 : diazote atmosphérique (forme la plus abondante )
 NH3 ammoniaque
 NH4+ ammonium
 N2O oxyde nitreux
 NO oxyde nitrique Faibles quantités
 NO2- nitrite
 NO2 dioxyde d’azote
 NO3- nitrate
19

Sources minérales d’azote :
 N2 : diazote atmosphérique (forme la plus abondante )
 NH3 ammoniaque
 NH4+ ammonium
 N2O oxyde nitreux
 NO oxyde nitrique Faibles quantités
 NO2- nitrite
 NO2 dioxyde d’azote
 NO3- nitrate
Les plantes assimilent l’azote sous les formes NH4+ et NO3-

• Absorption (‘uptake’) du nitrate (NO3-) : nitrate transporter (NRT)
• Conversion nitrate en nitrite (NO2-) : Nitrate Reductase (NR) dans le cytosol
• Conversion nitrite en ammonium (NH4+) : Nitrite reductase (NiR), dans le chloroplaste
20

Les plantes assimilent l’azote sous
les formes NH4+ et NO3-
• Absorption (‘uptake’) du nitrate (NO3-) :
nitrate transporter (NRT)
• Conversion nitrate en nitrite (NO2-) :
Nitrate Reductase (NR) dans le cytosol
• Conversion nitrite en ammonium (NH4+) :
Nitrite reductase (NiR), dans le
chloroplaste
Dans les nodules :

• Fixation du N2 atmosphérique par la
nitrogénase
21
La nitrogénase
N2 + 8 H+ + 8 e- + 16 ATP  2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi
Modélisation moléculaire (droite) et schéma fonctionnel (gauche)

22
Une symbiose trophique
Schéma de la coopération entre cellule hôte et bactéroïde pour la fixation

du diazote (Lb : leghémoglobine). D’après MA Selosse (2000).
23
Mise en place de la symbiose
Infection des poils absorbants

par Rhizobium
A = inoculé (« hair curling »)

B = non inoculé
24
20 mm 20 mm
100 mm
Micrographies b, c, d : Détection histochimique de la b-galactosidase de

Rhizobium leguminosarum exprimant lacZ, sur racines de Pisum sativum.
Oldroyd & Downie (2004). Calcium kinases and nodulation signaling in legumes.
Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 5, 566-576.
25
Coupe de racine d’Alphalpha : jeune nodule et racine latérale émergente

26
Racine de Medicago truncatula : 4 jours post-inoculation

27
D’après M.A. Selosse (2000). « La symbiose : structure et fonctions, rôle écologique

et évolutif »
28
Dialogue moléculaire entre

bactérie et légumineuse lors
de la mise en place de la
nodosité.
D’après M.A. Selosse (2000). « La symbiose : structure et fonctions, rôle écologique et

évolutif »
29
Recherche des acteurs de la voie de signalisation Nod par l’approche

génétique chez Medicago truncatula.
D’après F.Debelle et al., M/S n° 2, vol. 23, février 2007
30

Modèle hypothétique des
voies de signalisation
symbiotiques Nod et Myc
chez M. truncatula.
NFP : recepteur kinase a

domaines LysM ;
DMI1 : canal cationique
presomptif ;
DMI2 : recepteur kinase a
domaines LRR ;
DMI3 : proteine kinase
calcium- et calmoduline-
dependante ;
NSP1, NSP2 : facteurs de
transcription.
D’après F.Debelle et al.,

M/S n° 2, vol. 23, février
2007
31
Signalisation en aval des

facteurs Nod dans une
cellule épidermique.
32
Modèle moléculaire de formation du nodule au niveau du cortex.

33
Importance dans le cycle du N
Bactéries dénitrifiantes
H2 + 2NO3-  N2 + 6H2O
Bactéries nitriques
NO2- + ½ O2  NO3-
Bactéries nitreuses
NH4+ + 3/2 O2  NO2- + H2O + 2H+
Partie 2 : les mycorhizes
Diversité des 34
mycorhizes
Principaux types
d'associations symbiotiques
entre des champignons (en
bleu) du sol et des racines
de végétaux
(A) racine sans mycorhize,

(B) endomycorhizes à
vésicules et à arbuscules (MA)
(C) endomycorhizes à
pelotons,
(D) ectendomycorhizes,
(E) ectomycorhizes chez les
Angiospermes,
(F) ectomycorhizes chez les
Gymnospermes
(Duhoux & Nicole, 2004).

35
Des échanges trophiques

Ectomycorhizes (ECM) 36
Endomycorhizes vésiculaires 37
arbusculaires(AM)
Gigaspora margarita (Gloméromycète) sur

des racines de lotier (Lotus japonicus,
Fabacées)
arbusculaires(AM)
La zone arbusculaire
PAS = PeriArbuscular Space

PAM = PeriArbuscular Membrane
Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6,
763-775 (October 2008)
arbusculaires(AM)
Prélèvement du phosphate (Pi)

par des racines non mycorhizées
(a) ou mycorhizées (b)
Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6, 763-
775 (October 2008)
arbusculaires(AM)
Flux métaboliques dans l’AM

Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6, 763-775 (October 2008)
arbusculaires(AM)
Attribution des ressources de carbone de la plante à ses différents

symbiotes en fonction de leur niveau de coopération.
Si la valeur indiquée par le trait dans le rectangle gris est au-dessus de zéro, cela signifie
que davantage de carbone a été attribué à l'espèce du haut. Kiers et al. 2011 - Science
arbusculaires(AM)
Signalisation endosymbiotique précoce

LCOs = lipochitooligosaccharides
EP Journet – LIPM Toulouse
arbusculaires(AM)
Etapes du développement de l’AM

PPA = prepenetration apparatus
Myc = mycorrhiza factors
arbusculaires(AM)
Nodulation et
mycorhization :
des acteurs communs
de la voie de
signalisation
Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6,
763-775 (October 2008)
Mycorhizes et évolution des 45
plantes terrestres
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes
46
La théorie endosymbiotique
Konstantin
Mereschkowsky,
1905
Lynn
Margulis,
1967
• Mitochondries et chloroplastes dérivent des mitochondries et chloroplastes

préexistants (scissiparité)
• Organites entourés par une double membrane, nature de la membrane interne
• Ribosomes de type bactérien ‐ synthèse de leurs protéines
• Génomes (souvent 1 molécule d’ADN circulaire) … avec des gènes de type
procaryote
47
La théorie endosymbiotique
Arbre obtenu à partir de 21 séquences complètes d'ARN ribosomial 16S et

18S de bactéries, d'Eucaryotes, et d’organites semi-autonomes.
(Pace, Olsen et Woese, 1986)
48
… et l’origine de la cellule eucaryote

Deux hypothèses pour
l’origine de la cellule
eucaryote
A- Scénario en deux étapes :

- Création par fusion
bactérie/archée d’une
cellule eucaryote
amitochondriale puis
- endosymbioses avec une
a-protéobactérie.
B- Création simultanée du
noyau eucaryote et de la
mitochondrie.
Le partenaire bactérien est
toujours une a-
protéobactérie. Le partenaire
archée varie suivant les
théories (ici méthanogène).
Embley, T. M. & Martin. W. Eukaryotic evolution, changes and challenges.
Nature 440, 623–630 (2006).
49
Diversité actuelle des plastes
Diversité ultrastructurale des plastes de quelques lignées d’Eucaryotes

D’après Robert et Roland (1998) modifié par Jean.
50
Diversité actuelle des plastes
Les chloroplastes chez les Eucaryotes. Les groupes possédant des

chloroplastes sont encadrés en vert.
D’après Koonin, 2010.
Une endosymbiose primaire à 51
l’origine de la lignée verte

52
Des endosymbioses secondaires
Schéma d’un Cryptophyte
Les Cryptophytes sont de petites

algues unicellulaires.
Elles contiennent quatre génomes
distincts situés respectivement dans
leur noyau, dans les mitochondries,
dans le nucléomorphe (noyau
vestigial) et dans le plaste.
D’après MA Selosse (2000).

Des 53
endosymbioses
secondaires
Arbre phylogénétique des

Eucaryotes, construit à partir des
séquences des gènes nucléaires
codant les ARNr des petites sous-
unités ribosomiques
NM = codage par ADN du

nucléomorphe
NU = codage par ADN du noyau
54
Des endosymbioses secondaires
Relations de parenté entre

chloroplastes et Cyanobactéries
déduites de l'étude de 6
protéines
(Reyes Prieto et al., 2007)

Modèle de l’origine des plastes 55
de différents taxons
Keeling, 2013
Modèle de l’origine des plastes 56
de différents taxons
Keeling, 2013
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes
Diversité des MO pathogènes 57
Mildiou (Plasmopara viticola, L’érinose (Colomerus

Oomycètes) vitis, Acarien)
Oïdium (Erysiphe necator,

Ascomycètes)
Maladie de Pierce (Xylella

La pourriture grise (Botrytis
fastidiosa, Protéobactérie)
cinerea, Ascomycètes)
Diversité des MO pathogènes 58
30 mm
Mildiou (Plasmopara viticola, L’érinose (Colomerus
Oomycètes) vitis, Acarien)
Oïdium (Erysiphe necator,

Ascomycètes)
Maladie de Pierce (Xylella

La pourriture grise (Botrytis
fastidiosa, Protéobactérie)
cinerea, Ascomycètes)
Défense des plantes : 59
immunité inductible MTI = PTI
Le système immunitaire des plantes en interaction avec des microbes.

MAMP = PAMP = Microbe (Pathogene)-Associated Molecular Pattern
D’après Heribert Hirt, 2012
Mécanisme d’infection et résistance ETI 60
ETI
Réponse
HR
Le système de sécrétion de type III est utilisé par des bactéries pathogènes des
plantes et des animaux (Pseudomonas, Yersinia, Salmonella, Shigella…) pour injecter
des protéines (effecteurs ; ici protéines Avr) dans le cytoplasme de l’hôte.
Hrp = Hypersensitive Response and Pathogenicity ; Avr = Avirulence ; ETI Effector
Triggered Immunity ; HR = Hypersentive Response
Mécanisme d’infection et résistance ETI 61
ETI
Structure du système de sécrétion de type III (SST3) des bactéries

phytopathogènes (D’après Büttner & He, 2009).
Modèle « gène pour gène » de l’ETI

62
ETI
Modèle génétique de la relation « gène pour gène ».

La résistance de la plante, souvent associé à la HR, ne s’établit que si la plante
possède un gène R correspondant à un gène Avr de l’agent pathogène. Dans tous
les autres cas, la maladie se met en place (Flor, 1971)
Mécanisme d’infection
63
Les mêmes gènes bactériens peuvent être impliqués dans la pathogénicité

sur les plantes et sur les animaux.
Une course à l’armement

64
Infection par le pathogène du maïs

Cochliobolus
Production d’une toxine inhibant la
transcription des gènes de défense.
Les plantes résistantes produisent une
réductase de l’HC-toxine.
Une course à l’armement

65
Le modèle « zigzag » illustre l’intensité des réponses des défenses végétales

mises en place au cours du dialogue entre la plante et la bactérie (D’après
Jones & Dangl, 2006).
66
Importance économique
Production réelle et pertes estimatives de huit récoltes de 1988 à

1990, par parasite et par région (en billions$ US)
E. Oerke et al., “Crop production and crop protection : Estimated losses in
major food and cash crops »
67
Agrobacterium tumefasciens
Galle du collet sur racine de Carya illinoensis (Pacanier).

68
Electronographie d’Agrobacterium tumefaciens sur racine de carotte (gauche) et cycle

de développement (droite).
69
Schéma général de l’infection d’une cellule hôte par A.tumefasciens.

70
Technique de transgénèse par utilisation d’A.tumefasciens.

Pathogènes et densité 71
dépendance-négative
Prunus serotina
Nb de germinations
À 4 mois
A 6 mois
Compétition
intraspécifique ?...
 Influence
microbienne
Comita et al. (2010)

Sur 31 000 plantules de 180
espèces d’arbres des forêts du
Panama
Bagchi et al. (2010), sur Pleradenophora longicuspis (Euphorbiacée) en

ombrière (a) ou in situ (b), au Bélize
La densité-dépendance négative, une cause microbienne potentielle pour :

- la rareté de certaines espèces
- l’hyper-diversité végétale tropicale
CONCLUSION
75
Les applications agronomiques
Interactions entre
plantes et les
bactéries
coopératives (ici
PGPR) dans la
rhizosphère
http://www.ecologiemic
robiennelyon.fr/spip.ph
p?rubrique29&debut_b
iblio=50&lang=fr
CONCLUSION
76
Des réseaux d’organismes

Etude de 6400 m2 de forêt Corse (Fango)
Richard et al., 2006. New Phytologist 166: 1011
228 arbousiers 105 chênes verts

15 000 mycorhizes typées
CONCLUSION
77
Plus de 500 espèces de champignons mycorhiziens :

la diversité n’est pas ce qu’on voit… et la symbiose mycorhizienne est un réseau
MA Selosse, conférence AFPSVT, 8 février 2011

CONCLUSION
78
Neottia nidus-avis…
associée avec des Sebacina…
… elles-mêmes associées aux arbres voisins

CONCLUSION
79

CONCLUSION
Des réseaux d’organismes… ayant 80
permis une évolution vers

l’hétérotrophie ou la mixotrophie
Une évolution originale, grâce aux réseaux mycorhiziens – chez les Orchidées, mais
aussi des Ericacées, des Gentianacées et des Polygonacées (tropicales), etc.

Merci de votre attention ! 81
ANNEXE
Symbiose fougère aquatique / 82
cyanobactéries
Association symbiotique entre Azolla et Anabaena.

ANNEXE
Symbiose actinorhizienne 83
Frankia / Alnus
Section d’un nodule

d’Aulne
ANNEXE
84
Mycorhizes orchidoïdes
Peloton jeune entourant un reste

de peloton lysé (stade 4)
Peloton âgé, lysé

(stade 2)
Peloton très âgé, très

lysé (stade 3)
Peloton jeune, hyphes

bien visibles (stade 1)
CT de racine d’Orchidée mycorhizée

ANNEXE
85
Signalisation Nod (nodulation)
Front. Plant Sci., 22 December 2015 | https://doi.org/10.3389/fpls.2015.01121

ANNEXE
86
Structure de la nitrogénase

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1

Schématisation de l’interaction entre une

Notre perception du monde microbien 3

1700 1800 1900 2000

Phylogénie moléculaire et Microbiologie

A. van Leeuwenhoek (1632‐1723) E. Zuckerkand & L. Pauling (1965)

Woese et al. (1977, 1990)

L’écologie moléculaire, entre 4

Techniques actuelles d’écologie moléculaire : comment connaître la

Les interactions au niveau 6

Les interactions au niveau 7

Marquage fluorescent par

Les interactions au niveau 8

Composition des communautés bactériennes identifiées dans la

Les interactions au niveau 9

Les interactions au niveau 10

Vue d’ensemble des interactions plantes-micro-organismes dans la rhizosphère

Les interactions au niveau 11

Effets des PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) sur l’architecture du

Les différents types

Positif Neutre Négatif

Positif Mutualisme Commensalisme Prédation

Négatif Prédation Amensalisme Antagonisme (dont

Les gains correspondent à des variations de valeur sélective.

Les interactions symbiotiques

Les différents types de contacts entre symbiontes.

Symbiose Rhizobium / Fabacées

Nodosités sur des racines de Medicago truncatula

Symbiose Rhizobium / Fabacées

Electronographie (MET) d’une coupe de nodosité de racine de Glycine, avec

Nodosités indéterminée ou déterminée

Nodosité indéterminée en coupe, sur Médicago (gauche)

Cultures d’A. thaliana et épis de Maïs sauvage récoltés avec (gauche)

Nutrition azotée des plantes

Nutrition azotée des plantes

Les plantes assimilent l’azote sous les formes NH4+ et NO3-

Nutrition azotée des plantes

Dans les nodules :

Modélisation moléculaire (droite) et schéma fonctionnel (gauche)

Une symbiose trophique

Schéma de la coopération entre cellule hôte et bactéroïde pour la fixation

Mise en place de la symbiose

Infection des poils absorbants

A = inoculé (« hair curling »)

Mise en place de la symbiose

Micrographies b, c, d : Détection histochimique de la b-galactosidase de

Mise en place de la symbiose

Coupe de racine d’Alphalpha : jeune nodule et racine latérale émergente

Mise en place de la symbiose

Racine de Medicago truncatula : 4 jours post-inoculation

Mise en place de la symbiose

D’après M.A. Selosse (2000). « La symbiose : structure et fonctions, rôle écologique

Mise en place de la symbiose

Dialogue moléculaire entre

D’après M.A. Selosse (2000). « La symbiose : structure et fonctions, rôle écologique et

Mise en place de la symbiose

Recherche des acteurs de la voie de signalisation Nod par l’approche

Mise en place de la symbiose

NFP : recepteur kinase a

D’après F.Debelle et al.,

Mise en place de la symbiose

Signalisation en aval des

Mise en place de la symbiose

Modèle moléculaire de formation du nodule au niveau du cortex.

Importance dans le cycle du N