Vous êtes sur la page 1sur 86

1

Interactions
plantes / micro-
organismes
à travers quelques
exemples
Université de Bourgogne, UFR SVTE
Claire OLIVE
PAF - 12 janvier 2017

Schématisation de l’interaction entre une


plante et des bactéries pathogènes
et symbiotiques (D’après Grant et al., 2006).
Introduction : les notions de plante et micro-organisme
Rhodobiontes 2
(Algues rouges) Ulvophytes
(Algues vertes)
Lignée verte
Chlorobiontes
Charophytes

Embryophytes
(Archégoniates)

Haptophytes
(Coccolithophoridées) Diatomées
Lignée brune
Straménopiles Phéophycées
(Algues brunes)

Dinophytes Oomycètes
(Mildiou de la vigne)

Ciliés
Alvéobiontes
(Paramécies)

Apicomplexés

Organismes photosynthétiques
Euglénobiontes
Champignons sens large
Eumycètes
Opistochontes
Métazoaires
Phylogénie simplifiée des Eucaryotes
Mycétozoaires d’après Lecointre et Le Guyader (2006)
(Myxomycètes)
Introduction : les notions de plante et micro-organisme

Notre perception du monde microbien 3

1700 1800 1900 2000


Temps (années)

Phylogénie moléculaire et Microbiologie


Vie microbienne classification naturelle environnementale

A. van Leeuwenhoek (1632‐1723) E. Zuckerkand & L. Pauling (1965)

Woese et al. (1977, 1990)


Introduction – les notions de plante et micro-organisme

L’écologie moléculaire, entre 4

biais et puissance

Techniques actuelles d’écologie moléculaire : comment connaître la


diversité microbienne écosystémique ?
Introduction – les notions de plante et micro-organisme
5

* *
* *
* Acquisition
pluricellularité
Introduction - Différents lieux d’interaction

Les interactions au niveau 6

de la phyllosphère
Photographie de
trichomes à la
surface foliaire de
tomate observée au
microscope
électronique à
balayage (d’après
Ojanen-Reuhs et al.,
1997).

Colonisation
d’une feuille de tomate
par X. axonopodis pv.
vesicatoria. La flèche
1 mm indique la localisation
préférentielle des
massifs bactériens au
niveau des trichomes.
Introduction - Différents lieux d’interaction

Les interactions au niveau 7

de la phyllosphère

Micrographie (microscope
confocal à fluorescence)
de la flore microbienne
naturelle de la
phyllosphère de Haricot
(Phaseolus vulgaris).

Marquage fluorescent par


Live BacLight, qui confère
une fluorescence verte aux
bactéries Gram-négatives et
20 mm une florescence rouge aux
bactéries Gram-positives.
Introduction – Différents lieux d’interaction

Les interactions au niveau 8

de la phyllosphère

Composition des communautés bactériennes identifiées dans la


phyllosphère du seigle (Lolium perenne) et de l’olivier (Olea europea) (d’après
Hirano et Upper, 2000).
Introduction – Différents lieux d’interaction

Les interactions au niveau 9

de la rhizosphère

Observation microscopique
de bactéries marquées au
DS-red (fluorescence rouge)
adhérant à la surface
racinaire (apex).
Introduction – Différents lieux d’interaction

Les interactions au niveau 10

de la rhizosphère

Vue d’ensemble des interactions plantes-micro-organismes dans la rhizosphère


et le sol entourant les racines.
V.Coats et M.Rumpho, Front. Microbiol., 23 July 2014
Introduction – Différents lieux d’interaction

Les interactions au niveau 11

de la rhizosphère

Effets trophiques

+
+

Effets sur la
morphogenèse -

Effets des PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) sur l’architecture du


système racinaire et le fonctionnement racinaire.
Frontiers in Plant Science, September 2013, Volume 4
Introduction – Différents types d’interactions
12

Les différents types


d’interactions biologiques
Gain pour l’espèce A

Positif Neutre Négatif


Gain pour l’espèce B

Positif Mutualisme Commensalisme Prédation


Symbiose Parasitisme
Neutre Commensalisme Neutralisme Amensalisme

Négatif Prédation Amensalisme Antagonisme (dont


Parasitisme compétition)

Les gains correspondent à des variations de valeur sélective.


Introduction – Différents types d’interactions
13

Les interactions symbiotiques

Les différents types de contacts entre symbiontes.


D’après MA Selosse (2000).
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

14

Symbiose Rhizobium / Fabacées

Nodosités sur des racines de Medicago truncatula


Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

15

Symbiose Rhizobium / Fabacées

Electronographie (MET) d’une coupe de nodosité de racine de Glycine, avec


bactéroïdes de Bradyrhizobium japonicum.
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

16

Nodosités indéterminée ou déterminée

Nodosité indéterminée en coupe, sur Médicago (gauche)


et schéma de zonation (droite)
D’après Rodriguez-Haas et al., Metallomics, 2013,5, 1247-1253
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

Importance biologique 17

de la fixation de N2

Cultures d’A. thaliana et épis de Maïs sauvage récoltés avec (gauche)


ou sans (droite) intrants nitratés
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

18

Nutrition azotée des plantes


Sources minérales d’azote :
 N2 : diazote atmosphérique (forme la plus abondante )
 NH3 ammoniaque
 NH4+ ammonium
 N2O oxyde nitreux
 NO oxyde nitrique Faibles quantités
 NO2- nitrite
 NO2 dioxyde d’azote
 NO3- nitrate
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

19

Nutrition azotée des plantes


Sources minérales d’azote :
 N2 : diazote atmosphérique (forme la plus abondante )
 NH3 ammoniaque
 NH4+ ammonium
 N2O oxyde nitreux
 NO oxyde nitrique Faibles quantités
 NO2- nitrite
 NO2 dioxyde d’azote
 NO3- nitrate

Les plantes assimilent l’azote sous les formes NH4+ et NO3-


• Absorption (‘uptake’) du nitrate (NO3-) : nitrate transporter (NRT)
• Conversion nitrate en nitrite (NO2-) : Nitrate Reductase (NR) dans le cytosol
• Conversion nitrite en ammonium (NH4+) : Nitrite reductase (NiR), dans le chloroplaste
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

20

Nutrition azotée des plantes


Les plantes assimilent l’azote sous
les formes NH4+ et NO3-
• Absorption (‘uptake’) du nitrate (NO3-) :
nitrate transporter (NRT)
• Conversion nitrate en nitrite (NO2-) :
Nitrate Reductase (NR) dans le cytosol
• Conversion nitrite en ammonium (NH4+) :
Nitrite reductase (NiR), dans le
chloroplaste

Dans les nodules :


• Fixation du N2 atmosphérique par la
nitrogénase
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

21

La nitrogénase
N2 + 8 H+ + 8 e- + 16 ATP  2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi

Modélisation moléculaire (droite) et schéma fonctionnel (gauche)


Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

22

Une symbiose trophique

Schéma de la coopération entre cellule hôte et bactéroïde pour la fixation


du diazote (Lb : leghémoglobine). D’après MA Selosse (2000).
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

23

Mise en place de la symbiose

Infection des poils absorbants


par Rhizobium

A = inoculé (« hair curling »)


B = non inoculé
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

24

Mise en place de la symbiose

20 mm 20 mm

100 mm

Micrographies b, c, d : Détection histochimique de la b-galactosidase de


Rhizobium leguminosarum exprimant lacZ, sur racines de Pisum sativum.
Oldroyd & Downie (2004). Calcium kinases and nodulation signaling in legumes.
Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 5, 566-576.
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

25

Mise en place de la symbiose

Coupe de racine d’Alphalpha : jeune nodule et racine latérale émergente


Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

26

Mise en place de la symbiose

Racine de Medicago truncatula : 4 jours post-inoculation


Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

27

Mise en place de la symbiose

D’après M.A. Selosse (2000). « La symbiose : structure et fonctions, rôle écologique


et évolutif »
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

28

Mise en place de la symbiose

Dialogue moléculaire entre


bactérie et légumineuse lors
de la mise en place de la
nodosité.

D’après M.A. Selosse (2000). « La symbiose : structure et fonctions, rôle écologique et


évolutif »
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

29

Mise en place de la symbiose

Recherche des acteurs de la voie de signalisation Nod par l’approche


génétique chez Medicago truncatula.
D’après F.Debelle et al., M/S n° 2, vol. 23, février 2007
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

30

Mise en place de la symbiose


Modèle hypothétique des
voies de signalisation
symbiotiques Nod et Myc
chez M. truncatula.

NFP : recepteur kinase a


domaines LysM ;
DMI1 : canal cationique
presomptif ;
DMI2 : recepteur kinase a
domaines LRR ;
DMI3 : proteine kinase
calcium- et calmoduline-
dependante ;
NSP1, NSP2 : facteurs de
transcription.

D’après F.Debelle et al.,


M/S n° 2, vol. 23, février
2007
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

31

Mise en place de la symbiose

Signalisation en aval des


facteurs Nod dans une
cellule épidermique.
Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

32

Mise en place de la symbiose

Modèle moléculaire de formation du nodule au niveau du cortex.


Partie 1 : Les nodosités à Rhizobium, fixatrices de N2

33

Importance dans le cycle du N

Bactéries dénitrifiantes
H2 + 2NO3-  N2 + 6H2O

Bactéries nitriques
NO2- + ½ O2  NO3-

Bactéries nitreuses
NH4+ + 3/2 O2  NO2- + H2O + 2H+
Partie 2 : les mycorhizes
Diversité des 34

mycorhizes
Principaux types
d'associations symbiotiques
entre des champignons (en
bleu) du sol et des racines
de végétaux

(A) racine sans mycorhize,


(B) endomycorhizes à
vésicules et à arbuscules (MA)
(C) endomycorhizes à
pelotons,
(D) ectendomycorhizes,
(E) ectomycorhizes chez les
Angiospermes,
(F) ectomycorhizes chez les
Gymnospermes

(Duhoux & Nicole, 2004).


Partie 1 : les mycorhizes

35

Des échanges trophiques


Partie 2 : les mycorhizes

Ectomycorhizes (ECM) 36
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 37

arbusculaires(AM)

Gigaspora margarita (Gloméromycète) sur


des racines de lotier (Lotus japonicus,
Fabacées)
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 38

arbusculaires(AM)
La zone arbusculaire

PAS = PeriArbuscular Space


PAM = PeriArbuscular Membrane

Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6,
763-775 (October 2008)
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 39

arbusculaires(AM)

Prélèvement du phosphate (Pi)


par des racines non mycorhizées
(a) ou mycorhizées (b)

Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6, 763-
775 (October 2008)
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 40

arbusculaires(AM)

Flux métaboliques dans l’AM


Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6, 763-775 (October 2008)
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 41

arbusculaires(AM)

Attribution des ressources de carbone de la plante à ses différents


symbiotes en fonction de leur niveau de coopération.
Si la valeur indiquée par le trait dans le rectangle gris est au-dessus de zéro, cela signifie
que davantage de carbone a été attribué à l'espèce du haut. Kiers et al. 2011 - Science
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 42

arbusculaires(AM)

Signalisation endosymbiotique précoce


LCOs = lipochitooligosaccharides
EP Journet – LIPM Toulouse
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 43

arbusculaires(AM)

Etapes du développement de l’AM


PPA = prepenetration apparatus
Myc = mycorrhiza factors
Partie 2 : les mycorhizes

Endomycorhizes vésiculaires 44

arbusculaires(AM)

Nodulation et
mycorhization :
des acteurs communs
de la voie de
signalisation

Martin Parniske
Nature Reviews Microbiology 6,
763-775 (October 2008)
Partie 2 : les mycorhizes

Mycorhizes et évolution des 45

plantes terrestres
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

46

La théorie endosymbiotique

Konstantin
Mereschkowsky,
1905

Lynn
Margulis,
1967

• Mitochondries et chloroplastes dérivent des mitochondries et chloroplastes


préexistants (scissiparité)
• Organites entourés par une double membrane, nature de la membrane interne
• Ribosomes de type bactérien ‐ synthèse de leurs protéines
• Génomes (souvent 1 molécule d’ADN circulaire) … avec des gènes de type
procaryote
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

47

La théorie endosymbiotique

Arbre obtenu à partir de 21 séquences complètes d'ARN ribosomial 16S et


18S de bactéries, d'Eucaryotes, et d’organites semi-autonomes.
(Pace, Olsen et Woese, 1986)
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

48

… et l’origine de la cellule eucaryote


Deux hypothèses pour
l’origine de la cellule
eucaryote

A- Scénario en deux étapes :


- Création par fusion
bactérie/archée d’une
cellule eucaryote
amitochondriale puis
- endosymbioses avec une
a-protéobactérie.

B- Création simultanée du
noyau eucaryote et de la
mitochondrie.
Le partenaire bactérien est
toujours une a-
protéobactérie. Le partenaire
archée varie suivant les
théories (ici méthanogène).
Embley, T. M. & Martin. W. Eukaryotic evolution, changes and challenges.
Nature 440, 623–630 (2006).
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

49

Diversité actuelle des plastes

Diversité ultrastructurale des plastes de quelques lignées d’Eucaryotes


D’après Robert et Roland (1998) modifié par Jean.
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

50

Diversité actuelle des plastes

Les chloroplastes chez les Eucaryotes. Les groupes possédant des


chloroplastes sont encadrés en vert.
D’après Koonin, 2010.
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

Une endosymbiose primaire à 51

l’origine de la lignée verte


Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

52

Des endosymbioses secondaires

Schéma d’un Cryptophyte

Les Cryptophytes sont de petites


algues unicellulaires.
Elles contiennent quatre génomes
distincts situés respectivement dans
leur noyau, dans les mitochondries,
dans le nucléomorphe (noyau
vestigial) et dans le plaste.

D’après MA Selosse (2000).


Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

Des 53

endosymbioses
secondaires

Arbre phylogénétique des


Eucaryotes, construit à partir des
séquences des gènes nucléaires
codant les ARNr des petites sous-
unités ribosomiques

NM = codage par ADN du


nucléomorphe
NU = codage par ADN du noyau
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

54

Des endosymbioses secondaires

Relations de parenté entre


chloroplastes et Cyanobactéries
déduites de l'étude de 6
protéines

(Reyes Prieto et al., 2007)


Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

Modèle de l’origine des plastes 55

de différents taxons

Keeling, 2013
Partie 3 : Les endosymbioses à l’origine des mitochondries et des plastes

Modèle de l’origine des plastes 56

de différents taxons

Keeling, 2013
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Diversité des MO pathogènes 57

Mildiou (Plasmopara viticola, L’érinose (Colomerus


Oomycètes) vitis, Acarien)

Oïdium (Erysiphe necator,


Ascomycètes)

Maladie de Pierce (Xylella


La pourriture grise (Botrytis
fastidiosa, Protéobactérie)
cinerea, Ascomycètes)
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Diversité des MO pathogènes 58

30 mm
Mildiou (Plasmopara viticola, L’érinose (Colomerus
Oomycètes) vitis, Acarien)

Oïdium (Erysiphe necator,


Ascomycètes)

Maladie de Pierce (Xylella


La pourriture grise (Botrytis
fastidiosa, Protéobactérie)
cinerea, Ascomycètes)
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes
Défense des plantes : 59

immunité inductible MTI = PTI

Le système immunitaire des plantes en interaction avec des microbes.


MAMP = PAMP = Microbe (Pathogene)-Associated Molecular Pattern
D’après Heribert Hirt, 2012
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Mécanisme d’infection et résistance ETI 60

ETI
Réponse
HR

Le système de sécrétion de type III est utilisé par des bactéries pathogènes des
plantes et des animaux (Pseudomonas, Yersinia, Salmonella, Shigella…) pour injecter
des protéines (effecteurs ; ici protéines Avr) dans le cytoplasme de l’hôte.
Hrp = Hypersensitive Response and Pathogenicity ; Avr = Avirulence ; ETI Effector
Triggered Immunity ; HR = Hypersentive Response
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Mécanisme d’infection et résistance ETI 61

ETI

Structure du système de sécrétion de type III (SST3) des bactéries


phytopathogènes (D’après Büttner & He, 2009).
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Modèle « gène pour gène » de l’ETI


62

ETI

Modèle génétique de la relation « gène pour gène ».


La résistance de la plante, souvent associé à la HR, ne s’établit que si la plante
possède un gène R correspondant à un gène Avr de l’agent pathogène. Dans tous
les autres cas, la maladie se met en place (Flor, 1971)
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Mécanisme d’infection
63

Les mêmes gènes bactériens peuvent être impliqués dans la pathogénicité


sur les plantes et sur les animaux.
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Une course à l’armement


64

Infection par le pathogène du maïs


Cochliobolus
Production d’une toxine inhibant la
transcription des gènes de défense.
Les plantes résistantes produisent une
réductase de l’HC-toxine.
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Une course à l’armement


65

Le modèle « zigzag » illustre l’intensité des réponses des défenses végétales


mises en place au cours du dialogue entre la plante et la bactérie (D’après
Jones & Dangl, 2006).
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

66

Importance économique

Production réelle et pertes estimatives de huit récoltes de 1988 à


1990, par parasite et par région (en billions$ US)
E. Oerke et al., “Crop production and crop protection : Estimated losses in
major food and cash crops »
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

67

Agrobacterium tumefasciens

Galle du collet sur racine de Carya illinoensis (Pacanier).


Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

68

Agrobacterium tumefasciens

Electronographie d’Agrobacterium tumefaciens sur racine de carotte (gauche) et cycle


de développement (droite).
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

69

Agrobacterium tumefasciens

Schéma général de l’infection d’une cellule hôte par A.tumefasciens.


Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

70

Agrobacterium tumefasciens

Technique de transgénèse par utilisation d’A.tumefasciens.


Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Pathogènes et densité 71

dépendance-négative
Prunus serotina

Nb de germinations

À 4 mois
A 6 mois

Compétition
intraspécifique ?...
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Pathogènes et densité 72

dépendance-négative

 Influence
microbienne
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Pathogènes et densité 73

dépendance-négative

Comita et al. (2010)


Sur 31 000 plantules de 180
espèces d’arbres des forêts du
Panama
Partie 4 : les interactions plantes-pathogènes

Pathogènes et densité 74

dépendance-négative

Bagchi et al. (2010), sur Pleradenophora longicuspis (Euphorbiacée) en


ombrière (a) ou in situ (b), au Bélize

La densité-dépendance négative, une cause microbienne potentielle pour :


- la rareté de certaines espèces
- l’hyper-diversité végétale tropicale
CONCLUSION
75

Les applications agronomiques

Interactions entre
plantes et les
bactéries
coopératives (ici
PGPR) dans la
rhizosphère

http://www.ecologiemic
robiennelyon.fr/spip.ph
p?rubrique29&debut_b
iblio=50&lang=fr
CONCLUSION

76

Des réseaux d’organismes


Etude de 6400 m2 de forêt Corse (Fango)
Richard et al., 2006. New Phytologist 166: 1011

228 arbousiers 105 chênes verts


15 000 mycorhizes typées
CONCLUSION

77

Des réseaux d’organismes

Plus de 500 espèces de champignons mycorhiziens :


la diversité n’est pas ce qu’on voit… et la symbiose mycorhizienne est un réseau

MA Selosse, conférence AFPSVT, 8 février 2011


CONCLUSION

78

Des réseaux d’organismes

Neottia nidus-avis…

associée avec des Sebacina…

… elles-mêmes associées aux arbres voisins


CONCLUSION

79

Des réseaux d’organismes

MA Selosse, conférence AFPSVT, 8 février 2011


CONCLUSION

Des réseaux d’organismes… ayant 80

permis une évolution vers


l’hétérotrophie ou la mixotrophie

Une évolution originale, grâce aux réseaux mycorhiziens – chez les Orchidées, mais
aussi des Ericacées, des Gentianacées et des Polygonacées (tropicales), etc.

MA Selosse, conférence AFPSVT, 8 février 2011


Merci de votre attention ! 81
ANNEXE

Symbiose fougère aquatique / 82

cyanobactéries

Association symbiotique entre Azolla et Anabaena.


ANNEXE

Symbiose actinorhizienne 83

Frankia / Alnus

Section d’un nodule


d’Aulne
ANNEXE

84

Mycorhizes orchidoïdes

Peloton jeune entourant un reste


de peloton lysé (stade 4)

Peloton âgé, lysé


(stade 2)

Peloton très âgé, très


lysé (stade 3)

Peloton jeune, hyphes


bien visibles (stade 1)

CT de racine d’Orchidée mycorhizée


ANNEXE

85

Signalisation Nod (nodulation)

Front. Plant Sci., 22 December 2015 | https://doi.org/10.3389/fpls.2015.01121


ANNEXE

86

Structure de la nitrogénase