Rapport Yemblima DJETTA Version Finale.

REPUBLIQUE DU BENIN
*********
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

(MESRS)
**********
INSTITUT SUPERIEUR HILL CITY UNIVERSITE DU BENIN

(IS-HCUB)
*********
DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (D/GBH)

*********
FILIERE : ANALYSES BIOMEDICALES (ABM)
RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION

POUR L’OBTENTION DU DIPLOME DE LICENCE PROFESSIONNELLE
THEME
IMPACT DE LA DUREE DE CONSERVATION DES DBS

DANS LE DIAGNOSTIC PRECOCE DE L’INFECTION PAR
LE VIH CHEZ LES ENFANTS EXPOSES : CAS DES
ECHANTILLONS CONSERVES
Réalisé par : AU LNR DU PSLS AU
BENIN de 2018
DJETTA Yemblimaà 2020
Réalisé et soutenu par

DJETTA Yemblima
Sous la supervision de :
Directeur du stage : Dr KEKE K. René Maitre de mémoire : TOSSOU Omer
Médecin Biologiste ; responsable du LNR
Année académique 2021-2022

5ème Promotion
IMPACT DE LA DUREE DE CONSERVATION DES DBS DANS LE DIAGNOSTIC PRECOCE DE L’INFECTION PAR LE VIH CHEZ LES
ENFANTS EXPOSES : CAS DES ECHANTILLONS CONSERVES AU LNR DU PSLS AU BENIN de 2018 à 2020
REPUBLIQUE DU BENIN
*********
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
(MESRS)
*********
INSTITUT SUPERIEUR HILL CITY UNIVERSITE DU BENIN
(HCUB)
*********
DEPARTEMENT DE GENIE CHIMIQUE ET BIOLOGIQUE (D/GCB)
*********
VICE PRESIDENT
Dr RORLINS GABRIEL
RECTEUR DE HCUB
Professeur Paulin AZOKPOTA
DIRECTEUR DES ETUDES
M. FAGNON ORI FRANGIS
CHEF DE DEPARTEMENT
M. KINDJIHOSSOU René
Année Académique 2021-2022

5ème Promotion
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page i

LISTE DES ENSEIGNANTS

N° Nom et Prénom Matières enseignées
1 AGUESSY Pamphile Sérologie
2 ALAPINI Franck Soins infirmiers
3 AVOCE Ferdinand Informatique
4 AYELESSO Cyrille Technique d’expression écrite et orale (TEEO) ; Préparation de
mémoire
5 BADA Juste Mathématique
6 BOSSOU René Anglais; Anglais Biologique
7 DAHOUINDJI Michel T.E.E.O; Culture générale
8 DANDJESSO Vital Cycle cellulaire
9 DANHOUEGNON Romaric Transfusion sanguine; Immunologie ; hématologie
10 DASSOU Euloge Anatomie fonctionnelle; Grandes fonctions
11 DOSSOU François Anglais Biologique
12 GANFON Jean-Luc Physiques ; Activités technologiques en physique ;
Physicochimie
13 HODONOU Moussiliou Biochimie clinique ; Activités technologiques en Biochimie;
Métabolisme ; Microbiologie générale
14 HOUNKPATIN Cosme Culture générale ; TEEO
15 KAPO Judicaël T.I.C médicale; Organisation cellulaire ; Hémopathie
16 KELOMEY Aude Hémostase ; Hématologie; Activités technologiques en
hématologie ; Mécanisme de l’Immunité ; Antigène-Anticorps
17 KINDJIHOSSOU René Travaux Pratiques; Technique instrumentale; Bactériologie
générale
18 KINSIKLOUNON Gil Christ Pharmacologie ; Toxicologie; Qualité hygiène, sécurité et
environnement ; Anatomocytopathologie
19 KOTHOEDO Auguste Droit de travail
20 KOUTEGNON Angelo Environnement professionnel et législation; Anglais
21 LOKOSSOU Gil Christ Biophysique ; Chimie générale
22 MEKPOSSI Charles Chimie organique ; Chimie structural
23 N’TCHA Christine Biologie moléculaire; Mycologie ; Transmission des caractères
héréditaires ; Activités technologiques en Biochimie
24 NANOUKON Chimène Activités technologique en Microbiologie ; Nature de
l’information génétique
25 SEMASSA Josiane Bactériologie systémique; Activités technologies en
Microbiologie ; Méthodologie de recherche
26 SOCOHOU Akim Bactériologie Systémique
27 SOSSAH-HIFFO Jonas Biostatistique; Mitose-Méiose
28 TOSSOU Omer Parasitologie
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page ii

29 YESSOUFOU Bolatito Expression de la réponse immunitaire ; Mécanisme

immunitaire; Génie Génétique ; Virologie
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page iii

AVERTISSEMENT
L’INSTITUT SUPERIEUR HILL CITY UNIVERSITE DU BENIN N’ENTEND DONNER NI

APPROBATION NI IMPROBATION AUX OPINIONS EMISES DANS CE MEMOIRE. CES
OPINIONS DOIVENT ETRE CONSIDEREES COMME PROPRES A LEURS AUTEURS .
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page iv

DEDICACE
A mon oncle DJETTA Djoiri Imali qui m’a encourager et continue toujours de me motiver à
aller de l’avant. C’est l’occasion pour moi de vous remercier pour tous le soutien et sacrifices que
vous déployez à mon égard ; puisse Dieu vous accordez longévité et prospérité.
A ma mère TCHABILI Kpaguile et mon père DJETTA Yempabou qui m’ont donné la vie.
Recevez ici l’expression de mon profond amour.
Aux enfants nés de mères séropositives et infectés par le VIH ; puisse Dieu vous accordez santé et
longévité.
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page v

REMERCIEMENTS
Je voudrais, avant tout, rendre grâce à Dieu le tout Glorieux, le très miséricordieux pour nous
avoir donné la volonté et la santé de commencer et de terminer ce travail.
Toute seule, je ne serais parvenue à ce résultat. Je tiens à remercier toutes les personnes qui ont
contribué aux succès de notre stage et qui ont favorisé l’aboutissement de ce travail. J’exprime
ainsi ma profonde gratitude à :
 Monsieur TOSSOU Omer, mon superviseur de stage, pour avoir accepté de diriger ce travail
malgré ses multiples occupations et aussi pour toute son attention et sa contribution
scientifique. J’approuve franchement ses apports techniques, contributions scientifiques et ses
principes de travail qui m’ont été d’une très grande utilité ;
 Qu’il me soit permis de rendre un hommage mérité à tout le corps professoral et administratif
de l’institut supérieur Hill-City University Benin(IS-HCUB) pour la précieuse formation
offerte et pour l’encadrement.
 Dr KEKE K. René, mon directeur du stage, Médecin Biologiste/ Responsable du LNR pour
les nombreux sacrifices consacrés tout au long de ce travail malgré les multiples occupations.
Merci pour l’accueil chaleureux, l’encadrement et l’expérience dont j’ai pu bénéficier à vos
côtés. Longévité et prospérité ;
 Tout le personnel du LNR du PSLS pour l’accueil, l’accompagnement et l’amour du vivre
ensemble qui suscite admiration ;
 Dr TCHIAKPE Edmond pour nous avoir fait bénéficier de sa compétence, ses qualités
professionnelles et sa rigueur intellectuelle malgré son agenda très chargé. Puisse Dieu vous
accorder longévité et prospérité ;
 Monsieur KINDJIHOSSOU René, pour nous avoir initié à la pratique de la biologie humaine
et pour tout son soutien et ses conseils. Que Dieu vous le rende au centuple ;
 Professeur YESSOUFOU Bolatito pour sa contribution à la réalisation de ce travail.
 Mes parents, frères et cousins pour leur soutien constant et leurs encouragements ;
 Tous les autres stagiaires du LNR pour l’amitié et les bons moments passés ensemble. Merci
pour votre soutien inestimable ;
 Toutes mes reconnaissances aux membres du jury qui ont accepté d’apprécier ce travail ;
 Enfin, j’aimerais exprimer mes sincères reconnaissances à tous ceux qui, de près ou de loin, ont
contribué d’une manière ou d’une autre à la réussite de ce travail.
Infiniment merci à tous.

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page vi
HOMMAGE
À son Excellence, Madame la Présidente du jury.

C'est un honneur que vous nous faites en acceptant de présider le jury de soutenance de notre
mémoire de licence professionnelle en Analyses Biomédicales. Veuillez recevoir, l'expression de
notre profond respect.
Aux Honorables Membres du jury.
Nous vous sommes reconnaissant de l'honneur que vous nous faites en acceptant de siéger dans le
jury de soutenance de notre mémoire et de juger notre travail. Espérant que vous apprécierez ce
rapport de stage tout en apportant vos critiques, nous vous prions de recevoir l'expression de nos
sincères considérations.
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page vii

LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES

Ac : Anticorps
ADN : Acide Désoxyribonucléique
Ag : : Antigène
ARN : Acide Ribonucléique
ARV : Antirétroviraux
CI : Contrôle Interne
CMH : Complexe Majeur d’Histocompatibilité
CNHU-PP : Centre National Hospitalier Universitaire de Pneumo Phtisiologie
CT : Cycle Threshold
CV : Charge Viral
DBS : Dried Blood Spots
EDTA : : Ethylene Diamine Tetra acetic Acid
ELISA : Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay
env : Enveloppe
gag : Groupe Specific Antigen
gp : Glycoprotéine
IST : Infection Sexuellement Transmissible
LMD : Licence Master Doctorat
LNR : Laboratoire National de Référence
Log : Logarithme décimal
LTR : Long Terminal Repeat
nef : Negative Expression Factor
NFS : Numération Formule sanguine
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
PCR : Polymerase Chain Reaction
pol : Polymérase
PSLS : Programme Santé de Lutte contre le Sida
PTME : Prévention de la Transmission Mère Enfant
PVVIH : Personne Vivant avec le VIH
rev : Regulator of Expression Virus
RNaseH : Ribonucléase H
RT : Reverse Transcriptase
RT-PCR : Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
SIDA : Syndrome Immunodéficience Acquise
tat : Trans-Activator of Transcription
TI : Transcription Inverse
VHB : Virus de l’Hépatite B
VHB : Virus de l’Hépatite B
VHC : Virus de l’Hépatite C
vif : : Viron Infectility Factor
VIH : Virus de l’Immunodéficience Humaine
vpr : Viral Protein R
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page viii

LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Comparaison des moyennes des valeurs obtenues actuellement et antérieurement….26
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page ix

LISTE DES FIGURES

Figure 1 : FACSPrestoTM Near-Patient CD4 counter………………………………… 5
Figure 2 : cyflow counter (Cyview 2.11)……………………………………………. 5
Figure 3 : Lecteur de plaque ELISA……………………………………………….. 6
Figure 4 : Agitateur de plaques………………………………………………………. 6
Figure 5 : Equipement Roche…………………………………………………………. 6
Figure 6 : Hotte à flux laminaire………………………………………………………. 6
Figure 7 : structure du VIH…………………………………………………………….. 14
Figure 8 : organisation génomique du VIH…………………………………………….. 15
Figure 9 : cycle de réplication du VIH…………………………………………………. 18
Figure 10 :Répartition de la population selon le sexe……………………………….. 23
Figure 11 : corrélation entre les CT antérieurs et ceux actuels……………………….. 24
Figure 12 : Diagramme de Bland Altman comparant les mesures des CT. …………. 25
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page x

RESUME
Les prélèvements (DBS) sont une alternative au plasma de sang veineux prélevés sur tube ETDA
et permettent le diagnostic précoce de l’infection par le VIH chez les enfants nés de mères
infectées. L’OMS recommande leur utilisation dans les pays à ressources limités du fait que la
collecte d'échantillon est facile et moins couteuse ainsi que les conditions de transport et de
stockage de ces prélèvements. La présente étude a été réalisée au LNR du PSLS du Bénin. Nous
avons étudié l'impact de la durée de conservation des DBS dans le diagnostic précoce de
l’infection par le VIH chez les enfants exposés. Il s’agit d’une étude rétrospective et prospective
qui a pris en compte 54 DBS (positifs pour le VIH 1), conservés à température ambiante dans les
sérothéques de 2018 ;2019 et 2020 au LNR du PSLS du Bénin. En utilisant un seul spot de chaque
DBS, nous avons réalisé la RT-PCR qualitative sur les échantillons à l’aide de l’automate Roche
Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan 96 avec le kit réactif « test HIV-1 qualitative version 2.0 ». Les
résultats sont interprétés en regardant les valeurs des CT (Cycle Threshold ou Cycle Seuil). Nous
avons obtenu un résultat négatif (1 sur 54) correspondant à un échantillon dont les acides
nucleiques ont été déchargés au cours du temps sur la base de son CT qui était de 30 en
2020.Toutes les valeurs de CT nouvellement trouvées sont supérieures aux anciennes valeurs pour
chaque échantillon. Mais cette différence qui s’observe dans le temps n’est pas statistiquement
significative.
Mots clés : DBS, diagnostic précoce, RT-PCR qualitative.
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page xi

ABSTRACT
DBS is an alternative to venous blood plasma collected on ETDA tubes and allows for the early
diagnosis of HIV infection in children born to infected mothers. The WHO recommends their use
in resource-limited countries because of the ease and low cost of sample collection, transportation
and storage. The present study was conducted at the NRL of the PSLS in Benin. We studied the
impact of the storage time of DBS in the early diagnosis of HIV infection in exposed children.
This is a retrospective and prospective study that took into account 54 DBS (HIV 1 positive),
stored at room temperature in 2018;2019 and 2020 at the NRL of Benin PSLS. Using a single spot
from each DBS, we performed qualitative RT-PCR on the samples using the Roche Cobas
AmpliPrep/Cobas TaqMan 96 automated system with the "HIV-1 qualitative test version 2.0"
reagent kit. The results are interpreted by looking at the CT (Cycle Threshold) values. We
obtained one negative result (1 out of 54) corresponding to a sample whose nucleic acids have
been discharged over time based on its CT value of 30 in 2020. All newly found CT values are
higher than the old values for each sample. But this difference that is observed over time is not
statistically significant.
Keywords: DBS, early diagnosis, qualitative RT-PCR.
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page xii

SOMMAIRE
INTRODUCTION.............................................................................................................................1
PREMIERE PARTIE : PRESENTATION DU CADRE DE FORMATION....................................3
DEUXIEME PARTIE : DEROULEMENT DU STAGE..................................................................7
TROISIEME PARTIE : ETUDE DU THEME................................................................................10
CONCLUSION................................................................................................................................27
SUGGESTIONS..............................................................................................................................28
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.........................................................................................29
TABE DES MATIERES………………………………………………………………………………………………………………………..31
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page xiii

INTRODUCTION
L’infection à VIH (virus de l’immunodéficience humaine) est responsable du SIDA (syndrome de

l’immunodéficience acquise), une maladie aux conséquences multiples et multiformes affectant
toutes les couches sociales depuis des décennies. En 2020, 37.7 millions [30.2 millions–45.1
millions] de personnes vivaient avec le VIH dans le monde. Environ 1.5 million [1.0 million–2.0
millions] de personnes étaient nouvellement infectées par le VIH, contre 3.0 millions [2.1
millions–4.2 millions] en 1997 et 680 000 [480 000–1.0 million] de personnes sont décédées de
maladies liées au sida en 2020 (ONUSIDA, 2021b). On estime à 150 000 le nombre de nouvelles
infections chez les enfants âgés de 0 à 14 ans en 2020. En effet, l’un des dix engagements de la
stratégie de l’ONUSIDA entre 2016-2021 était « éliminer les nouvelles infections à VIH chez les
enfants d'ici 2020 et garantir l'accès au traitement du VIH à 1,6 million d'enfants ». Cependant, les
enfants continuent de courir un risque très élevé de mourir du sida, comme en témoignent les 100
000 décès d’enfants estimés en 2020. (UNICEF, 2021) Ainsi, l’ONUSIDA prévoit dans sa
déclaration de la politique sur le SIDA 2021 de veiller à ce que 95 % des enfants exposés au VIH
soient dépistés à l’âge de deux mois et le soient à nouveau après l’arrêt de l’allaitement.
(ONUSIDA, 2021a)
L'Afrique subsaharienne abrite 12% de la population mondiale et concentre les deux tiers de
toutes les personnes infectées par le VIH. (Fadare et al., 2021). Chaque année en Afrique
subsaharienne, environ 1 million d'individus contractent le VIH tandis que 440 000 en décèdent.
(ONUSIDA, 2021c). Veiller à ce que 75 % de tous les enfants vivant avec le VIH aient une
charge virale supprimée d’ici à 2023 et 86 % d’ici à 2025, conformément aux objectifs de
traitement 95–95–95 en matière de VIH fait partir de la stratégie mondiale de lutte contre le sida
2021–2026. (UNICEF, 2021). Plus de 90 pour cent des infections par le VIH chez les enfants
résultent de la transmission de la mère à l’enfant, processus par lequel le virus est transmis par une
mère vivant avec le VIH à son bébé pendant la grossesse, l’accouchement ou l’allaitement.
Le Bénin, pour lutter contre cette forme de transmission, a mis en place depuis 2004 à l’échelle
nationale un programme de prévention de la transmission de mère à enfant (PTME). Le dépistage
précoce du nouveau-né a pu être accéléré, grâce à la mise en place d’un circuit d’acheminement
des prélèvements DBS qui permet de collecter les échantillons de sang et de les acheminer vers les
centres de référence disposant d’appareil PCR. La réalisation du prélèvement peut se faire au talon
ou au bout du doigt. Après dépôt d'une goutte de sang total sur, un papier filtre, celui-ci, après
séchage, peut être transporté sans nécessité de réfrigération à un laboratoire à proximité. Ainsi,
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page
cette stratégie devrait permettre de réaliser le diagnostic précoce de l'infection à VIH-1 chez les
enfants et d'évaluer la réponse virologique chez les patients traités par ARV, à partir de structures
décentralisées (Marlysz et al., 2007). La quantification de la charge virale sur papier filtre est
réalisée sur du sang total. Les données ont indiqué que l'ADN proviral et l'ARN viral étaient
stables pendant au moins un an lorsqu'ils étaient conservés à -20 °C, alors que lorsqu'ils étaient
conservés à +30 °C, il y avait une perte progressive de détection de l'ARN à chaque instant. Après
un an de stockage à +30°C, seul l'ADN proviral était amplifié et l'ARN viral n'était plus détectable
à aucune des concentrations testées. (Aitken et al., 2015) Peu d’études ont abordé sur les DBS du
diagnostic précoce de l’infection à VIH chez les enfants exposés et c’est pour voir la sensibilité
dans le temps que nous abordons cette étude.
Pour présenter notre travail nous avons adopté le plan suivant articulé en trois parties ; la première
partie est destinée à la présentation du cadre de formation ; la deuxième partie concerne le
déroulement du stage et la troisième partie est consacrée à l’étude du thème. Nous terminerons par
la conclusion et les suggestions.
Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page 2

PREMIERE PARTIE : PRESENTATION DU CADRE DE FORMATION

1.1. CADRE INSTITUTIONNEL
Le cadre institutionnel, HILL CITY UNIVERSITY BENIN est une université du Bénin situé dans
le département du littoral, dans la commune de Cotonou et dans le quartier Jacques pour le siège
et derrière le collège Akpakpa centre pour l’annexe. Reconnu et autorisée sous l’arrêté
NB327/CAD/DC/DGM/DPP/DGES/SP du 19 Mai 2015, elle répond aux exigences du système
LMD et avec ses enseignants compétents et rompus à la tâche. Elle offre des formations de qualité
dans quatre filières que sont : Analyses Biomédicales, Informatique de Gestion, Relations
Internationales, Marketing et Action commerciales. Pendant trois ans nous y avons été formés
dans le département de Génie Biologique, en Analyses Biomédicales pour l’obtention de la licence
professionnelle. Des stages de fin de formation de trois mois en milieu professionnel sont prévus
dans les curricula de formation en vue de permettre à l’apprenant en Licence Professionnelle(LP)
de passer des acquis théoriques à leur mise en situation pratique.
1.2. CADRE DE STAGE

1.2.1. Historique et Localisation (Kottin, 2022)
Pendant longtemps et après la découverte du premier cas de SIDA au Bénin, les activités liées à
l’infection au VIH étaient coordonnées par les Services Départementaux de Transfusion Sanguine
et couplées aux activités des services de transfusion sanguine pour la qualification des poches de
sang. En 1996, le laboratoire du Programme Santé de Lutte contre le SIDA (PSLS) a été créé dans
les anciens locaux du PSLS à Placodji (Cotonou) à côté des anciens locaux du Ministère de la
Fonction Publique et du Travail et a commencé par jouer pleinement son rôle de Laboratoire de
référence, tenant ainsi le flambeau du réseau des laboratoires VIH de tout le pays. En 2003, le
laboratoire de référence du PSLS a bénéficié d’un nouveau bâtiment plus spacieux, situé dans
l’enceinte du Centre National Hospitalier et Universitaire de Pneumo-Phtisiologie (CNHU-PP
LAZARET) au niveau de l’arrondissement d’Akpakpa (Cotonou). Le Laboratoire National de
Référence du PSLS est dirigé par un Médecin Biologiste. Ce Laboratoire est organisé en trois
divisions que sont : la division de Sérologie, la division d’Immunohématologie et la division de
Biologie Moléculaire. Le LNR dispose des structures décentralisées, les laboratoires de CIPEC qui
assurent les activités liées au suivi des PVVIH dans tous les départements.

1.2.2. Mission du Laboratoire National de Référence du PSLS

- Définir les directives et normes en matière de biologie du VIH et veiller au respect de leur
application ;
- Evaluer la qualité des réactifs VIH ;
- Procéder au contrôle de qualité des laboratoires des niveaux intermédiaire et périphérique ;
- Organiser et de gérer la sérothèque et la plasmathèque en matière de VIH, VHB et VHC au

Bénin
- Réaliser les investigations biomédicales, des études et enquêtes sur le VIH, le SIDA et les IST
(Infection Sexuellement Transmissible) ;
- Organiser et assurer le génotypage de résistance du VIH-1 aux antirétroviraux ;
- Assurer la réalisation de la charge virale et le diagnostic précoce des enfants nés de mères
infectées par le VIH-1 ;
- Assurer l’organisation des stages pratiques des élèves et étudiants en provenance des structures
de formation agréées
1.2.3. Infrastructures et équipements

Le Laboratoire occupe deux niveaux d’un immeuble à deux étages disposant d’une technologie de
pointe permettant d’effectuer diverses prestations. A l’entrée dudit laboratoire, il y a l’accueil qui
constitue un système d’enregistrement et de contrôle d’accès. Au niveau du rez-de-chaussée, on
trouve une salle de prélèvement, deux bureaux, un magasin, l’unité d’immunohématologie, de
sérologie, de Biologie Moléculaire (Virologie) et la pré-PCR. Le premier étage est occupé par le
département de biologie moléculaire qui s’occupe du diagnostic des fièvres hémorragiques (Ebola,
Lassa,), d’une salle d’extraction des acides nucléiques, une salle de Mix, une salle d’amplification,
une salle des thermocycleurs, une salle de séquençage avec un séquenceur Applied Biosystem
Analyser 3500 à 8 capillaires, de trois bureaux et d’une salle de réunion et de documentation. Lors
de l’installation et avant utilisation d’un nouveau matériel, le LNR procède à des vérifications du
matériel pour s’assurer de son bon fonctionnement conformément aux exigences relatives aux
examens concernés. Ces différents équipements sont maintenus et /ou remplacés au besoin afin
d’assurer la qualité des résultats (KOTTIN, 2022).

 Division d’immunohématologie
Elle est dotée d’un automate d’hématologie XN-1000 de marque SYSMEX, de quatre BD
FACSPrestoTM Near-Patient CD4 counter et d’un cyflow de modèle Cyview marque Partec. Le
XN-1000 permet d’assurer la numération formule sanguine des échantillons de sang total des
PVVIH. Le Cyview et les appareils FACSPresto permettent la numération des lymphocytes
TCD4.
estoTM Near- Figure 2: cyflow counter

nter (photo) (Cyview 2.11) (photo)
 Division sérologie
Elle est dotée d’une chaine ELISA (laveur, lecteur, incubateur, réfrigérateur, agitateur) et le
western blot pour la réalisation du test de dépistage du VIH ; d’une centrifugeuse à tubes.
La figure 3 montre le lecteur de plaque ELISA et la figure 4 présente le laveur de plaque ELISA.

Figure 3: Lecteur de plaque Figure 4: Agitateur de plaques

ELISA(photo) (photo)
 Division de Biologie moléculaire
Cette division est équipée de deux automates Abbott et Roche pour la réalisation de la charge
virale. On y trouve également une hotte à flux laminaire, un séquenceur d’ADN, un
thermocycleur, un révélateur d’ADN Biorad, et de trois centrifugeuses réfrigérées dont une à
plaque.
La figure 5 nous présente l'équipement Roche Cobas Ampliprep/Cobas TaqMan 96 et la figure 6

présente une Hotte à flux laminaire.
Figure 5: Equipement Figure 6: Hotte à flux

Roche (photo) laminaire (photo)

DEUXIEME PARTIE : DEROULEMENT DU STAGE

2 .1. OBJECTIFS DU STAGE
2.1.1 Objectif général du stage
Se familiariser aux pratiques du laboratoire dans le cadre des stages de fin de cycle pour
l’obtention de diplôme de licence professionnelle.
2.1.2 Objectifs spécifiques du stage

- Participer aux différentes étapes de réalisation des examens de biologie médicale,
- identifier les difficultés liées au processus du diagnostic et l’environnement de travail,
- identifier une problématique,
- développer cette problématique,
- proposer des solutions techniques de gestions appropriées,
- maitriser toutes les procédures de réalisation des examens de biologie.
2.2. TRAVAUX EFFECTUES

2.2.1. Les activités pratiquées sur le lieu de stage
Au LNR, plusieurs analyses et activités sont effectuées dans le but d’apporter une réponse aux
patients. Nous avons :
 Le counseling avant et après le dépistage du VIH
Le counseling pré-test et post-test est un élément essentiel du test du VIH. Le counseling pré-test
est considéré comme le meilleur moyen de donner les informations nécessaires pour garantir le
consentement éclairé. Il comprend la fourniture d’informations générales sur l’infection par le
VIH, une évaluation du risque d’infection chez le patient, les comportements à risques et les
moyens de les réduire, les avantages et les inconvénients du test et la détermination de la date du
rendu du résultat (visite post-test).
Quant au counseling post-test, il comprend : la communication du résultat du test, l’évaluation du

besoin de suivi et de soin et une discussion sur l’importance des comportements qui réduisent le
risque, quelques soit les résultats du test.
 Le prélèvement
Le prélèvement sanguin se fait dans un tube sec ou tube avec anticoagulant (EDTA) en fonction
de l’analyse à faire.

 L’Hémogramme
Encore appelé Numération Formule Sanguine (NFS), l’hémogramme est un examen biologique
permettant de déterminer la nature des cellules présentes dans le sang, de les quantifier et
d’évaluer certains paramètres sanguins. Il concerne les globules blancs, les globules rouges et les
plaquettes. La NFS permet de déceler la présence de différentes pathologies comme : l’anémie,
l’infection, etc.
 Le comptage des CD4 chez les PVVIH
C’est un paramètre de surveillance du taux de lymphocytes T CD4 du sang périphérique. Il permet

d’évaluer le niveau de déficit immunitaire, d’envisager la mise en route des traitements préventifs
des infections opportunistes, et d’évaluer l’efficacité thérapeutique qui se traduit entre autre par la
récupération immunitaire.
 Le dépistage VIH
La sérologie du VIH est demandée si le patient à des risques d’exposition au virus (rapports
sexuels non protégés, contamination par voie sanguines, chez la femme enceinte, dépistage
volontaire). Elle permet de rechercher la présence d’anticorps anti-VIH 1, anti-VIH 2. Le
dépistage se fait suivant l’algorithme en vigueur au Bénin.
 La PCR en temps réel
La PCR est une technique d’amplification génique permettant d’obtenir une grande quantité
d’acides nucléiques. Et pour la faire il faut l’extraction et l’obtention de l’acide nucléique ARN ou
ADN. On peut ainsi par exemple détecter la présence du VIH, VHB, VHC ou mesurer une charge
virale (concentration du virus dans le plasma) grâce à la PCR.
Une PCR se décompose en trois étapes :
 Dénaturation : les deux brins d'ADN sont séparés par chauffage (95 °C),
 Hybridation : en abaissant la température (50-70 °C), des amorces constituées de courts

fragments d'ADN viennent s'hybrider sur les brins d’ADN,
 Élongation : une enzyme polymérase, la Taq polymérase, complète la synthèse du brin d'ADN à
partir de l'amorce grâce aux oligonucléotides présents dans le milieu de réaction. Un
thermocycleur, permet d'automatiser la réaction PCR en programmant des cycles consécutifs de
montée et de baisse de température.

 La réception des échantillons venant de divers sites
En dehors des prélèvements réalisés sur place, le LNR reçoit également des échantillons des sites
de prise en charge connexes. Ces échantillons une fois parvenus au LNR sont identifiés avec un
numéro unique de laboratoire et sont manipulés.
 L’enregistrement et sortie des résultats
L’enregistrement des bulletins d’examens et la sortie des résultats se fait grâce au logiciel
GestLab. Avant la sortie d’un résultat on procède à la validation technique des manipulations et à
la validation biologique qui aboutit à l’édition du résultat de l’analyse.
2.2.2. Difficultés rencontrées sur le lieu de stage

Ce travail n’a pas été effectué sans difficulté. Au nombre des difficultés, nous pouvons énumérer :
 Le délai court du stage pour mener l’étude ;

 L’insuffisance d’articles et de revues pour documenter la thématique.

2.3. CHOIX DU SUJET

En 2018, 37,9 millions de personnes vivaient avec le VIH dans le monde ; dont 36,2 millions
d’adultes et 1,7 million d’enfants, de moins de 15 ans (ONUSIDA ;2021a). En 2019,1,3 million de
femmes enceintes étaient séropositives et 82 000 enfants de moins de 5 ans ont été infectés durant
la grossesse ou l’accouchement et 68 000, durant l’allaitement, selon les estimations
(UNICEF ;2021). Ces statistiques alertant sont encore plus important en Afrique subsaharienne.
L’Afrique subsaharienne est la région la plus touchée par l’épidémie où 25,6 millions de
personnes étaient infectées en 2016 (UNIAIDS) ; elle concentre près de deux tiers des nouvelles
infections.
Au Bénin, les DBS sont réalisés chez les enfants nés de mères infectés par le VIH.
Notre étude vise à évaluer la déplétion des acides nucleiques du VIH 1 dans les prélèvements DBS
au cours de la durée de conservation. Les spots de sang conservés plus d’un an, et sur une période
consécutive de trois ans, seront manipulés suivant la technique des laboratoires Roches Diagnosis
afin de déterminer la fiabilité des résultats des tests réalisés sur les DBS en fonction du temps de
conservation. Notre but final est d’évaluer l’impact de la durée de conservation des DBS dans le
diagnostic précoce de l’infection par le vih chez les enfants exposés.

TROISIEME PARTIE : ETUDE DU THEME

3.1. OBJECTIFS DE L’ETUDE
3.1.1. Objectif global
Notre objectif global est d’évaluer l’impact de la durée de conservation sur les DBS du diagnostic
précoce de l’infection à VIH chez les nouveaux nés de mères infectés en utilisant les échantillons
conservés plus d’un an au LNR au Benin.
3.1.2. Objectifs spécifiques

De façon spécifique, notre étude vise à :
 Collecter les résultats de PCR qualitative positive des années antérieures
 Collecter les DBS dont les résultats étaient positifs et conservés depuis plus d’un an au
LNR
 Réaliser la PCR qualitative des acides nucleiques du VIH 1 sur les DBS conservés au LNR
 Évaluer la stabilité des acides nucleiques totaux du VIH1 dans les prélèvements DBS en
comparant les résultats actuels à ceux antérieurs.
3.2. BREVE SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

3.2.1. Situation du VIH dans le monde
Depuis le premier cas de VIH/SIDA décrit en 1981, bien que rare, ce virus continue d’être un
grave problème de santé dans plusieurs régions du monde. D’après ONUSIDA, à travers le
monde, 38 millions de personnes vivent avec le VIH et 1,7 million ont été nouvellement infectées
en 2020. Depuis le début de l’épidémie, il est estimé que 76 millions de personnes ont contracté ce
virus et que peut-être 38 millions en sont morts (ONUSIDA, 2021c). Cependant, des traitements,
des programmes d'éducation, des soins médicaux appropriés et un soutien ont été mis en place
pour accompagner les porteurs du virus. La couverture mondiale des traitements antirétroviraux
chez les femmes enceintes, qui était de 17 % en 2010, a atteint 85 % en 2020 et même 95 % en
Afrique de l’Est et Australe. Il aurait été autrefois impensable que les programmes de santé
publique parviennent à intégrer et maintenir le dépistage et le traitement du VIH pour les femmes
enceintes à tous les niveaux des services de santé, en particulier au niveau des soins primaires et
prénatals. (UNICEF, 2021) Le nombre de personnes infectées par le VIH continue d'augmenter
dans la plupart des régions du monde, malgré la mise en œuvre de stratégies de prévention.
L'Afrique subsaharienne est de loin la région la plus touchée, avec environ 25 millions de
personnes infectées en 2020, 65 % du total global. Avec 5,6 millions de personnes infectées par le

VIH, l'Inde et l'Asie de l'Est et du Sud-Est représentent environ 15 % du total mondial.

L'Amérique latine en compte 2,1 millions (5 %), tout comme l'Occident (5 %). En ex-URSS, il y
aurait 1,7 million de personnes infectées au VIH (4 % du total mondial) (ONUSIDA, 2021c). La
prévalence du VIH/SIDA parmi la population adulte (15-49 ans) au Moyen-Orient et en Afrique
du Nord est estimée à moins de 0,1% entre 1990 et 2018. Dans cette région, environ 240 000
personnes vivent avec le VIH et l'Iran représente environ un quart (61 000) de la population
séropositive. Chaque année, 20 000 personnes sont nouvellement infectées et 8 000 décèdent du
sida (ONUSIDA, 2021c). En 2018, la moitié des décès liés au sida dans cette région sont survenus
en Iran et en Egypte. (Mahieu et al., 2012).
3.2.2. Généralités sur le VIH

 Structure et classification des VIH
Le virus de l’immunodéficience humaine est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive, à
capside polyédrique et enveloppé, appartenant à la famille des Rétroviridae, du genre lentivirus.
Les rétrovirus ont en commun que leur génome doit être transcrit en ADN par une ADN
polymérase ARN-dépendante (synthétisant l’ADN à partir d’une matrice qui est l’ARN
génomique), autrement dit une transcriptase inverse (TI ou RT pour reverse transcriptase).
L’ADN viral ainsi synthétisé s’insère dans l’ADN cellulaire par ses deux extrémités appelées LTR
(pour long terminal repeat, séquences terminales redondantes). L’information génétique virale se
trouve ainsi intégrée sous forme d’un ADN dit « proviral » définitivement dans le génome
cellulaire grâce à l’intégrase virale, d’où elle sera exprimée par l’action de la machinerie
transcriptionnelle cellulaire, aboutissant à la synthèse de nouveaux génomes viraux et d’ARN
messagers viraux qui seront traduits en protéines. (Avettand-Fenoel et al., 2017)
Établie en 1992, la classification des différentes souches virales a évolué progressivement avec les
découvertes de nouvelles formes. Deux types de virus se distinguent tout d’abord : le VIH-1 et le
VIH-2, dont les structures génétiques diffèrent de 58 %, essentiellement au niveau du gène env et
des gènes de régulation. Dans chacun de ces types, des sous-types, qui diffèrent d’au moins 20 %
les uns par rapport aux autres, ont été répertoriés. Le VIH-1 est ainsi divisé en 3 groupes : le
groupe M (pour majeur), qui est responsable de l’épidémie mondiale du sida et subdivisé en 10
sous-types environ (nommés de A à J) ; le groupe O (pour outlier), qu’on retrouve essentiellement
en Afrique centrale (Cameroun, Gabon, Guinée équatoriale) et qui n’a que 50 % d’homologie avec
le groupe M ; et enfin, le groupe N (pour « non M-non O ») qui a été isolé en 1987 chez 6
personnes camerounaises. Ce qui complique la classification, les VIH-1 de sous-types E et I

seraient en fait, par exemple, des formes recombinantes. Certains de ces virus recombinants sont à
l’origine d’épidémies importantes en Asie du Sud-est (avec la forme CRF01, issue d’une
recombinaison entre les sous-types A et E) ou en Afrique de l’Ouest (avec la forme CRF02, issue
d’une recombinaison entre les sous-types A et G). Le VIH-1 de sous-type B représente, quant à
lui, la souche virale majoritaire dans les pays industrialisés (Europe, États-Unis et Australie), en
particulier au sein des populations homosexuelles et toxicomanes. Cependant, la prévalence des
infections à sous-type non B augmente parmi les hétérosexuels de ces pays. Sur le continent
africain, tous les types et sous-types de VIH sont représentés, avec une prédominance du VIH-1 de
sous-type A.
 Aspects structuraux
Le VIH-1 est doté d’un génome ARN simple brin en double copie de polarité positive de 9817
paires de bases protégé par une nucléocapside icosaédrique. C’est un virus possédant une
enveloppe formée de trimères protéiques. Le VIH se présente sous forme de particules sphériques
d’un diamètre de 90 à 120 nm. Il comporte une enveloppe virale constituée d'une bicouche
lipidique et de deux glycoprotéines : gp120 et gp41. La molécule gp41 traverse la bicouche
lipidique tandis que la molécule gp120 occupe une position plus périphérique. La gp120 joue le
rôle de récepteur viral de la molécule membranaire CD4 des cellules hôte. La gp41 est responsable
de la fusion de l’enveloppe avec la membrane cellulaire. Ces deux glycoprotéines sont liées entre
elles par des liaisons non covalentes. (Pancera et al., 2010) L'enveloppe virale dérive de la cellule
hôte, elle contient donc quelques protéines membranaires de cette dernière, y compris des
molécules du Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH). (Alcami & Koszinowski, 2000) A
l’intérieur, le corps viral ou nucléocapside inclut une couche de protéines de matrice p17 et une
couche plus profonde de protéines de capside p24. La protéine p17 est une protéine renfermant la
protéase virale. La polymérisation de p24 conduit à la formation d’un cône tronqué renfermant le
génome viral. Ce génome est constitué de deux copies d'ARN simple brin associés à deux
molécules de transcriptase inverse (p64) et à d'autres protéines enzymatiques (protéase p10 et
intégrase p32). Contrairement aux autres rétrovirus, le VIH-1 présente, en plus des produits des
gènes gag, pol, env, toute une série de protéines accessoires (Tat, Rev, Nef, Vpu, Vpr, Vif) dont
certaines sont essentielles comme Tat et Rev. (Tossa et al., 2019).
La figure 7 montre la structure du VIH

Figure 7: structure du VIH (Issia et al.; 2008)
 Organisation génomique
Le génome de tous les rétrovirus suit la même organisation générale :
Gène gag (group antigen) codant les protéines de structure (capside, matrice, nucléocapside, …) ;
Gène pol (polymérase) codant les enzymes nécessaires au cycle viral : TI, protéase et intégrase ;
Gène env (enveloppe) codant les glycoprotéines d’enveloppe (gp120 : surface ; gp41 :
transmembranaire ou fusion).
Le génome viral comporte, en plus des gènes classiques (gag, pol et env), des gènes de régulation
ayant un rôle essentiel dans le pouvoir pathogène du virus (tat, rev, vif, vpr, vpu ou vpx et nef).
(Avettand-Fenoel et al., 2017)
La figure 8 montre l'organisation génomique de VIH

Figure 8 : organisation génomique du VIH (Avettand-Fenoel et al., 2017)
 Variabilité génétique et classification des VIH

La rétro-transcription est une opération complexe assurée par la TI. Cette enzyme clé dans le cycle
viral assure une étape complexe, au niveau cytoplasmique. Elle est une cible thérapeutique
majeure et est responsable de la grande variabilité du VIH au sein de chaque individu.
En forme de main droite, elle reçoit la matrice d’ARN entre le “pouce” et la base des “autres
doigts”. C’est là qu’est synthétisé, en début de cycle, un brin d’ADN complémentaire (ADNc) à
partir de la matrice ARN. En outre, l’enzyme à fonctions multiples qu’est la TI assure ensuite
l’hydrolyse de la matrice d’ARN (par une activité RNaseH) et la synthèse du deuxième brin de cet
ADN. La TI doit donc, de façon répétée, s’attacher et se détacher de l’ADN et de l’ARN viral,
avec un risque d’erreur par dérapage (frameshift) à chaque réattachement.
De plus, la TI n’a pas de mécanisme de correction, une incorporation erronée survient tous les
10000 nucléotides. Sachant que le génome viral est de 10000 nucléotides environ, une mutation
est incorporée à chaque cycle viral. Il en résulte que la population virale est un mélange de virus
génétiquement différents mais voisins, appelé quasi-espèce.
D’autre part, un à 10 milliards de virus composant la population virale sont renouvelés tous les 2
jours par l’organisme infecté. La pression que subit cette population très diverse de virus conduit à
la sélection des souches permettant un échappement aux anticorps neutralisants, aux lymphocytes
CD8+ anti-VIH, et la résistance aux antirétroviraux. La variabilité du VIH chez chaque individu

infecté est importante. Certaines régions du génome VIH sont plus instables que d’autres, comme
par exemple la très variable boucle V3 (V pour variable) au niveau de la gp120 de l’enveloppe
virale où se fixent les anticorps neutralisants.
 Physiopathologie de l'infection à VIH

 Modes de transmission du VIH
Depuis le début de l'épidémie, trois principaux modes de transmissions sont observés :
 Transmission sexuelle
A l'échelon mondial, la grande majorité des infections par le VIH ont été acquises à l'occasion de
rapports sexuels non protégés, qu'ils soient hétérosexuels ou homosexuels. La transmission
sexuelle de l'infection à VIH se fait par l’intermédiaire des muqueuses buccale, génitale ou rectale,
lorsqu'elles sont en contact avec des sécrétions sexuelles ou du sang contenant du virus. La
muqueuse présente une certaine perméabilité vis-à-vis du VIH, et on peut retrouver des cellules
infectées (cellules dendritiques) dans la sous muqueuse après une exposition non traumatique de
l'épithélium vaginale au VIH. La muqueuse rectale, par son épithélium monocellulaire est la plus
susceptible à l'infection. (Sontie, 2010)
 Transmission par voie sanguine
La transmission par voie sanguine concerne principalement trois groupes de population : les
usagers de drogues par voie intraveineuse, les hémophiles et les transfusés, et plus rarement les
professionnels de santé en milieu de soins et laboratoires, victimes d'accident d'exposition au sang.
(Sontie, 2010)
 Transmission verticale
La transmission du VIH de la mère à l'enfant peut survenir à différentes étapes : in utero, dans les
semaines précédant l'accouchement ; intra-partum, au moment de l'accouchement ; post-partum
pendant l’allaitement. Le risque de transmission du VIH 1 étant largement supérieur à celui du
VIH 2.
 Réplication du VIH (Sontie, 2010)
Les principales étapes du cycle réplicatif du VIH sont communes à tous les rétrovirus. Leur
connaissance est essentielle à la compréhension de la physiopathologie de l’infection à VIH et,
surtout chacune de ces étapes constitue une cible potentielle pour une thérapeutique
antirétrovirale.

Etape 1 : Reconnaissance et entrée du virus
L’entrée du virus dans la cellule commence par la liaison de la glycoprotéine gp 120 du virus à
son récepteur spécifique, la molécule CD4.Cette liaison de très haute affinité entraîne un
changement conformationel du gp 120 qui permet à une région spécifique de cette protéine
appelée la boucle V3, de se fixer à des corécepteurs à la surface de la membrane cellulaire. Cette
interaction entre gp 120 et corécepteurs met en contact la gp 41 du virus qui contient un peptide de
fusion entre l’enveloppe virale et la membrane de la cellule hôte.
Etape 2 : Retrotranscription et intégration
Elle comprend d’une part la synthèse d’ADN proviral résultant de la copie de l’ARN viral grâce à
la transcriptase inverse au sein d’un complexe de pré intégration ; lors de cette synthèse, des
erreurs de copie à l’origine de variabilité génétique du VIH sont effectuées par cette enzyme peu
fidèle et d’autre part l’intégration de l’ADN proviral au génome de la cellule hôte grâce à
l’intégrase virale.
Etape 3 : Transcription
L’ADN proviral est transcrit en ARNm par l’ARN polymérase II cellulaire à partir du LTR5’ où
se trouve le promoteur. Les ARNm précoces transcrits codent pour les gènes régulateurs et en
particulier les gènes tat, rev et nef. La protéine tat, dont l’absence entraînerait un arrêt immédiat de
la transcription, active la réplication virale. Le gène nef par contre, régule négativement la
réplication virale. Les ARNm tardifs transcrits codent pour les protéines gag, pol, env, vif, vpr,
vpu (ou vpx).
Etape 4 : Synthèse de protéines virales, maturation, assemblage et bourgeonnement
Cette étape conduit à l’expression de nouvelles particules virales et dépendent du type et de l’état
de la cellule. La synthèse des protéines virales se fait à partir des ARNm viraux. L’assemblage
des polyprotéines virales et l’encapsidation de l’ARN viral conduisent à la maturation des
protéines virales, et à la formation de nouvelles particules virales qui bourgeonnent à la surface de
la cellule avant d’être libérées dans le milieu extracellulaire, prêtes à infecter une nouvelle cellule
cible.
La figure 8 illustre le mode de réplication du VIH

Figure 9: cycle de réplication du VIH (Martinat, 2018)
 Evolution physiologique de l'infection à VIH-1 (Soubeiga, 2012)

Trois phases se distinguent lors d’une infection par le virus du SIDA :
 La phase de primo-infection
Elle correspond aux premières semaines qui suivent l’entrée du virus dans l’organisme. Le
virus se multiplie alors intensivement dans ses cellules cibles, les lymphocytes T CD4.
Durant cette période, appelée syndrome rétroviral aigüe, la charge virale plasmatique est
élevée et on observe une déplétion des T CD4. Plus tard, le nombre de lymphocytes
augmente mais est généralement inférieur à la normal.
 La phase asymptomatique
L’individu atteint ne présente aucun symptôme de la maladie. Le virus continue de se

répliquer, tandis que le taux de lymphocytes T CD4 circulants continue de baisser
régulièrement. Nonobstant le contrôle de la maladie par le système immunitaire, les
lymphocytes T sont progressivement détruits par le virus.
 La phase SIDA
Le nombre des lymphocytes CD4 diminue et par conséquent, il se produit une dépression
du système immunitaire principalement de type cellulaire mais également de type
humorale. Ces événements conduisent à l’apparition des premiers symptômes de la

maladie et des infections opportunistes (Tuberculose, pneumocystose, Toxoplasmose

cérébrale, Sarcome de Kaposi, infection à Cytomégalovirus etc.)
3.3. MATERIEL ET METHODES

3.3.1. Matériels de l'étude
Procédures du diagnostic précoce de l’infection par le vih 1 chez les enfants nés de mères
infectées par le vih 1 par la technique des laboratoires Roche Diagnostic disponible au LNR
 Matériels
DBS conservés ; pipettes de 100 et de 1000 ; portoirs pour les S-tubes ; portoir pour échantillons ;
portoir réactifs ; rack SPU ; K-carrier.
 Equipements
Vortex ; Hotte de manipulation de matériels infectieux à flux laminaire ; AmpliPrep ; TaqMan 96,
Thermomixer, Onduleur online.
 Réactifs
Réactif de pré-extraction (diluent) ; Cassette Réactif CS1(les billes) ; Cassettes Réactifs

CS2(mLysis), CS3(protéase Elution-buffer) et CS4 (master mix) ; Wash solution.
 Consommables
Bidon de tampon de lavage ;S- tubes ;Tubes SPU ; K-tubes ;K-Tips ; K-carrier ;code Barre clip
pour échantillons ;portoir des S-tubes et K-tubes ;code Barre des S tubes ;portoir des tubes
SPU ;portoir réactifs + code Barre ;portoir k-carrier + code Barre ;porteur K-carrier ;porteur K-
tube ;lecteur code barre ; réservoir de déchet liquide ; cône à filtre 1000 µl; gants sans talc;
micropipette 1000 µl variable;papier essuie-tout mou;alcool (éthanol) 70°;eau distillée;lunettes de
protection; sacs poubelles en plastique pour les k-tubes ;javel dilué au 10ème.
3.3.2. Méthode
Il s’agit d’une étude rétroprospective et comparative réalisée sur des DBS (Dried Blood Spots)
conservés à température ambiante depuis plus d’un an et dont les résultats étaient positifs.

3.3.2.1. Collecte des échantillons

L’échantillonage de commodité a été utilisé pour collecter les DBS dans les sérothéques de 2018,
2019 et 2020.
3.3.2.2. La taille de l’échantillon

Les DBS ont été collectés entre le 22 Avril et le 16 Juin 2022 au LNR au Bénin. Au cours de cette
période, nous avons rassemblé 56 échantillons positifs, sans tenir compte de l’âge ou du sexe des
patients, à partir des sérothéques DBS.
3.3.2.3. Crictères d’inclusions et d’exclusions

Sont inclus dans notre étude, tout échantillon dont le résultat est positif; se trouvant dans les
sérothéques DBS du LNR et enregistré dans le registre d’aceuil DBS.
Sont exclus de notre étude tout DBS dont le résultat est négatif; se trouvant ou non dans les
sérothéques DBS du LNR.
3.3.2.4. Variables de l’étude

 Variable dépendante : acides nucleiques (ADN proviral et ARN) du VIH 1 ;
 Variable indépendante: l’âge; le sexe du patient, durée de conservation du DBS
3.3.2.5. Procédure de réalisation de la PCR en temps réel des laboratoires Roche Diagnostics dans
le cadre du diagnostic précoce de l’infection à VIH chez les enfants nés de mères infectées
(protocole disponible au LNR)
 Principe
La détection par Cobas Ampliprep/Cobas TaqMan 96 du VIH-1 utilise la RT-PCR afin de générer
un produit amplifié des acides nucléiques totaux (ADN et ARN) du VIH-1 dans des échantillons
cliniques de taches de sang séché, au moyen de l’instrument COBAS® AmpliPrep pour le
traitement automatisé des échantillons et de l'analyseur COBAS® TaqMan pour l'amplification et
la détection automatisées. La présence de la séquence cible du VIH-1 est indiquée par le signal
fluorescent généré par l'utilisation d'oligonucléotides clivés doublement marqués, spécifique de la
cible et du contrôle interne. Les sondes sont des oligonucléotidiques spécifiques au VIH-1 et au
CI du VIH-1 avec un fluorophore rapporteur et un fluorophore quencher. Les sondes ne génèrent
un signal que lorsqu’elles sont spécifiquement liées au produit amplifié. Une séquence d'ARN qui
n'est pas liée à la séquence cible du VIH-1 est introduit dans chaque spécimen au début de la
préparation de l'échantillon. Cette séquence d'ARN non apparentée est simultanément amplifiée

par RT-PCR et sert de contrôle interne (CI) pour démontrer que le processus d’amplification s'est
déroulé correctement pour chaque échantillon.
 Phase préanalytique
- Décontaminer le poste de travail;
- Reunir le materiel;
- Sortir les réactifs et les laisser à température ambiante
- Faire le plan de paillasse;
- Réaliser la maintenance quotidienne de l’appareil
 Phase analytique
- Couper un spot DBS à l’aide d’une pince ou, à l’aide de cônes, détacher le cercle dans
chaque S- tube numéroté ouverts préalablement déposés sur le portoir thermo-mixeur
- Ouvrir les S-Tubes individuellement et introduire 1100 µl de diluent et refermer
immédiatement
- Vortexer le témoin négatif pendant 20 secondes puis transférer 1000µl dans le S-Tubes
prévu pour le contrôle négatif
- Vortexer le témoin positif pendant 20 secondes puis transférer 1000µl dans le S-Tubes
prévu pour le contrôle positif
- Incuber les S Tubes contenant les échantillons sans les contrôles sur le thermo mixeur à
1000 rpm (rpm= rotation par minute) pendant 10 Min à 56°C
- Rétirer les tubes du thermo mixeur et insérer les tubes échantillons et contrôles (S-tube)
dans les racks à l’intérieur des codes-barres (portoirs échantillons)
- Charger les réactifs; les Consommables puis les échantillons
- Lancer le processus
- L’appareil réalise l’extraction dans le Cobas AmpliPrep puis l’amplification et la
detection dans le Cobas TaqMan 96
 Possibilités de résultats
Lire le résultat du test sur l’écran de l’ordinateur et imprimer au besoin.
- S’il n’y a aucun message à la place des contrôles, la manipulation est invalide et il faut
reprendre une autre fois.
- S’il y a présence d’un message à la place de chaque contrôle et du message « no detected »
à la place de l’échantillon, la manipulation est valide et le résultat du test est négatif.

- S’il y a présence d’un message à la place de chaque contrôle et du message « detected » à

la place de l’échantillon, la manipulation est valide et le résultat du test est positif.
Observer puis noter les CT de l’échantillon et du contrôle interne.
- Si aucun message n’est affiché à la place de l’échantillon, ce dernier est inhibé et il faut le
reprendre la manipulation une seconde fois.
 Phase post analytique
- Ranger le materiel de travail et décontaminer le poste de travail;
- Gérer les déchets;
- Sortir les résultats suivant le plan de travail;
- Transcrire les résultats dans le registre ainsi que sur les bons d’analyses
3.3.2.6. Analyse des données
Les données collectées ont été saisies dans le tableur Excel 2016 de Microsoft et également dans
le logiciel STATISTICA. Les résultats sont présentés sous forme de diagramme de camembert ; de
tableau de comparaison et de graphes de corrélation.

3.4. RESULTATS ET COMMENTAIRES

3.4.1. Résultats
3.4.1.1. Présentation de la population d’étude
L’étude a porté sur 54 échantillons collectés chez les enfants nés de mères infectées par le VIH 1
reçus au LNR du PSLS.
 Répartition des patients selon l’âge
L’âge des patients de notre étude est compris entre un mois et demi et 6 ans.
 Répartition des patients selon le sexe

La figure 9 nous montre la répartition des patients selon le sexe. Nous remarquons que 55% de
notre population d’étude sont du sexe féminin. Nous notons ainsi une répartition de la maladie
dans le sexe féminin qui est 1,22 fois supérieure à celle du sexe masculin.
MASCULIN; 45%
FEMININ; 55%
FEMININ MASCULIN
Figure 10: Répartition de la

population selon le sexe
 Corrélation entre les valeurs de CT antérieurs et actuels

La Figure 11 nous présente le graphe de corrélation des résultats des mesures des CT nouveaux
(axe des abscisses) et antérieurs (axe des ordonnées) par PCR qualitative. L’analyse de la
régression linéaire simple a montré une corrélation entre les deux valeurs (R 2 = -1,995). Chaque
point représente les mesures des CT des deux variables pour une observation. Le meilleur
ajustement pour l’analyse de corrélation est indiqué par la ligne continue. Et il s’agit ici d’une
corrélation positive et linéaire entre les valeurs de CT traduite par l’équation Y=0,9021x. La
relation étant linéaire, les grandes valeurs de CT actuels observées sont fortement corrélées aux

grandes valeurs de CT anciens, pareil pour les petites valeurs. Les points sont proches de la droite
sauf un seul qui est situé sur l’axe des ordonnées et chacun de ces points correspond aux deux
valeurs de CT. Notons que le point éloigné de la droite correspond à l’échantillon dont le CT
actuel est nul.
35
30 f(x) = 0.902129436895382 x
R² = 0.972242095124109
25
valeurs CT antérieurs
20
15
10
0
0 5 10 15 20 25 30 35 40
valeurs CT actuels
Figure 11 : corrélation entre les CT antérieurs et ceux actuels
 Diagramme de Bland Altman

La figure 12 présente le diagramme de Bland Altman. L’axe vertical représente la différence entre
les valeurs des CT de la première et de la deuxième PCR qualitative (CT anciens et nouveaux);
l’axe horizontale représente la moyenne des différences des valeurs des CT de la première et de la
deuxième PCR qualitative des mêmes échantillons.
Sur ce graphe, on remarque que les données sont dispersées de manière homogène. La limite de
concordance à (95%) est conforme pour les valeurs élevées et aussi pour les valeurs basses.
On voit que les limites de concordance à 95% sont proches de zéro et comprennent toutes les
différences (c’est-à-dire les points) sauf une seule (un seul point). On en déduit qu’il n’y a pas de
biais cohérent des résultats du test PCR qualitatif actuel par rapport à celui des années antérieures.
La courbe de validation de Bland Altman permet de confirmer que les résultats obtenus par la
première mesure des CT et la deuxième mesure ne sont pas significativement différents.

Figure 12 : Diagramme de Bland Altman comparant les mesures des CT.
 Profil comparé des valeurs de CT antérieurs et nouveaux

Le Tableau I présente la comparaison des moyennes des valeurs obtenues antérieurement et
actuellement. On note que les CT obtenus actuellement sont supérieurs à ceux obtenus
antérieurement. Il ressort de l’analyse de ce tableau qu’il y a une différence entre les valeurs. Mais
cette différence n’est pas statistiquement significative. P-value > 0,05.

Tableau I : Comparaison des valeurs de CT antérieurs et nouveaux
MOYENNE EC-TYPE VALEUR DE P

REF
CT ANTÉRIEUR DE 24,65455 2,384659 27,41000 0,536696

L’ÉCHANTILLON
CT ACTUEL DE 27,21182 2,363749 27,41000
L’ÉCHANTILLON
NB : Différence significatives marquées à p< 0,05
3.4.2. Commentaires
Notre étude a été réalisé au Laboratoire National de Référence du PSLS. Elle nous a permis
d’évaluer l’impact de la durée de conservation des DBS dans le diagnostic précoce de l’infection
par le VIH chez les enfants nés de mères infectées. Dans le but de voir la sensibilité des DBS dans
le temps, notre étude a pris en compte 54 échantillons positifs conservés dans les sérothéques DBS
répartis en trois lots : 2018 (2/54) ; 2019(32/54) puis 2020 (20/54). La technique utilisée pour la
préparation et l’analyse des échantillons a été réalisée par l’automate Roche Cobas AmpliPrep
pour le traitement automatisé et l’analyseur Cobas TaqMan 96 pour l’amplification et la détection
automatisées en utilisant le kit réactif « test HIV-1 qualitative version 2.0 »
Notre population d’étude est constituée uniquement d’enfants ayant un âge compris entre 6
semaines et 6 ans. Nos résultats montrent une répartition de la maladie dans le sexe féminin qui est
1,22 fois supérieure à celle du sexe masculin (45%).Ces résultats sont en accord avec ceux de
N’sougan en 2012 qui ont montré un sexe ratio de 1,09 en faveur des filles. Notons que tous les
DBS ont été manipulé simultanément et les résultats qualitatifs ont montré que l’ARN viral du
VIH 1 se conserve dans les DBS au-delà d’un an de stockage à température ambiante (un résultat
négatif sur 54 tests). Ces résultats s’expliquent par le fait que les DBS ont une sensibilité élevée et
que l’échantillon qui s’est négativé au cours du temps avait une charge virale initiale faible
(CT=30). Une sensibilité de 93.3% [81.7–98.6], 90.1% [80.7-95.9] et 54.9% [40.3– 68.9] a été
trouvé avec respectivement l’ancien et le nouveau protocole fournis par Abbott et le nouveau
protocole fourni par Roche (Fabien, 2018). Après analyse des valeurs de CT anciens et nouveaux,
nous avons constaté qu’il y a une différence entre ces valeurs ; mais nous notons que cette
différence n’est pas statistiquement significative (P-Value> 0,05). De plus, les valeurs de CT
nouvellement trouvées sont toujours supérieures aux anciennes valeurs obtenues pour les mêmes
échantillons. Ce qui concorde avec les résultats rapportés par d’autres études qui ont montré qu'il
n'y avait pas de différence statistiquement significative entre les valeurs de charge virales de
l'ARN du VIH 1 des DBS conservés à température ambiante (37°C) pendant une période de 8 à 15
jours selon C. Kane et al en 2008 et entre 18 - 25 °C pendant une période de 80 jours (Kane et al.,
2008 ; Sarah et al., 2009). D’après l’analyse des données, les méthodes standards de statistiques
montrent que les valeurs de CT nouvellement trouvées et celles obtenues antérieurement
présentent une corrélation positive avec un coefficient de corrélation de Pearson (95% IC) qui est
de -1,995. Ces résultats sont similaires à ceux des travaux de C. Kane et al (Kane et al., 2008). Le
diagramme de Bland et Altman montre une concordance entre les valeurs de CT antérieurs et
nouveaux. Nous pouvons expliquer cela par le fait que la durée de conservation des DBS n’a pas
eu d’impact significatif sur la stabilité des acides nucleiques du VIH 1 initialement présents dans
les échantillons. Par ailleurs, nous notons que les différences des valeurs de CT s’observent dans
le temps. Selon S. Zida (2018), la limite inférieure de détection diminue sur DBS en raison du
volume de sang disponible (50-70 µl de sang total au maximum), alors que 1 ml de plasma est la
norme sur les techniques ultra-sensibles ayant un seuil inférieur à 50 copies/ml.
En effet, le diagnostic précoce de l’infection par le VIH 1 chez les enfants exposés reste un défi
qui préoccupe de nombreux programmes des nations dans la lutte contre le VIH/SIDA, dans un
contexte de déficit en ressources économiques dans les pays en développement. Les prélèvements
DBS constitue une alternative prometteuse pour le diagnostic précoce de l’infection à VIH chez
les nourrissons exposés du fait de la simplicité de la technique à coût moindre. Par exemple,
l’efficacité de ces prélèvements dans la détection des acides nucleiques du VIH 1 à l’aide de la
PCR en temps réel permet de renforcer le dispositif de la PTME au Bénin. De plus, ces
prélèvements peuvent se faire dans les centres de santé ou formations sanitaires les plus reculés
sans nécessiter de personnels qualifiés. En fin, il est possible de conserver ces échantillons sur une
période plus ou moins longue à température ordinaire afin de diagnostiquer tous les enfants
exposés dans les zones les plus reculées. D’après les résultats de notre étude, nous recommandons
l’utilisation des DBS conservés un an à température ambiante pour la détection des acides
nucleiques du VIH 1 par la méthode de PCR qualitative en temps réel.

CONCLUSION
La durée de stockage du DBS a un impact significatif sur la détection des acides nucléiques
amplifiés du VIH 1. Dans les échantillons à faible quantité d’acides nucléiques, la perte de
l’intégrité de l'échantillon entraîne une perte des virus présents et entraine un test indétectable.
Nos résultats indiquent que le stockage DBS à température ambiante ne doit pas dépasser un an si
l’on veut mener une étude sur les acides nucléiques. Nous envisageons donc au terme de notre
étude, d’agrandir la taille de la population d’essai.

SUGGESTIONS
A l'issue de notre étude nous avons formulé quelques suggestions :
Aux biologistes et biotechnologistes ; exiger la lecture du protocole et de la notice des réactifs

avant toute manipulation.
Au fabriquant des tests commerciaux ; améliorer la qualité du test et réduire la limite de détection.
Au chercheur ; élargir la population d’étude et permettre pour approfondir la recherche et analyser

les différents gènes du VIH 1 affectés par la conservation des DBS.

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
Aitken, S. C., Wallis, C. L., Stevens, W., de Wit, T. R., & Schuurman, R. (2015). Stability of
HIV-1 Nucleic Acids in Dried Blood Spot Samples for HIV-1 Drug Resistance
Genotyping. PLOS ONE, 10(7), e0131541. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0131541
Alcami, A., & Koszinowski, U. H. (2000). Viral mechanisms of immune evasion. Trends in
microbiology, 8(9), 410-418.
Avettand-Fenoel, V., Charpentier, C., & Visseaux, B. (2017). Virus de l’immunodéficience
humaine (VIH).
Fabien, T. (2018). Accès à la charge virale pour les patients infectés par le VIH sous traitement
antiretroviral, en zone décentralisée des pays à niveau de ressources faible ou modéré.
Médecine humaine et pathologie. Université Montpellier.
Fadare, O., Yakubu, T., Emerenini, F., Dare, B., Ijaiya, M., Ogundare, Y., Atuma, E., Brickson,
K., Strachan, M., & Curran, K. (2021). Sustaining Early Infant Diagnosis of HIV During
Coronavirus Disease 2019 Pandemic : Experience Collecting Dry Blood Spots Samples at
Home From HIV-exposed Infants in Nigeria. The Pediatric Infectious Disease Journal,
40(12), e529-e530.
Kane, C. T., H. D. Ndiaye, & S. Diallo, 1. Ndiaye, A. S. Wade, P. A. Diaw, A. Gaye OIallo, and
S. Mboup. (2008). Quantitation of HIV-1 RNA in dried blood spots by the real-time
NuclîSENS EasyQ HIV-1 assay in Senegal. Journal of Virological Methods 148:291-295.
Kottin, M. L. (2022). Rapport de fin de formation pour l’obtention du diplôme de licence
professionnelle de Génétique, Biotechnologies et Ressources Biologiques ; UAC BENIN.
Mahieu, M., Ferré, B., Madassamy, M., & Arquet, R. (2012). Résistance aux anthelminthiques
des parasites gastro-intestinaux des petits ruminants-résultats d’une enquête en
Guadeloupe. 9. Journées Techniques de l’AMADEPA.
Marlysz, C., Knuchel, Boniface J., & Cyril S., et al. (2007). Adaptation of ultrasensitive HIV‐1
p24 antigen assay to dried blood spot testing. J Aquir Immune Defic Syndr. . Vol 44(Num
3), p.247-253.
N’sougan, V. (2012). Évaluation du risque de transmission mère-enfant du VIH 1 à travers son
diagnostic précoce par la technique RT/PCR [Mémoire de Master]. EPAC/CAP/UAC.
ONUSIDA. (2021a). Déclaration politique sur le VIH et le sida : Mettre fin aux inégalités et agir
pour vaincre le sida d’ici à 2030.
https://www.unaids.org/fr/resources/documents/2021/2021_political-declaration-on-hiv-and-aids

ONUSIDA. (2021b). fiche d’information –journée mondiale du SIDA 2021. Statistiques

mondiales sur le VIH.
ONUSIDA. (2021c). Fiche d’information—Dernières statistiques sur l’état de l’épidémie de sida.
https://www.unaids.org/fr/resources/documents/2021/UNAIDS_FactSheet
Pancera, M., Majeed, S., Ban, Y.-E. A., Chen, L., Huang, C., Kong, L., Do Kwon, Y., Stuckey,
J., Zhou, T., & Robinson, J. E. (2010). Structure of HIV-1 gp120 with gp41-interactive
region reveals layered envelope architecture and basis of conformational mobility.
Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(3), 1166-1171.
Sarah, M., Lofgren, A. B. M., Caroline C., & Chevallier, Anangisye 1. Malabeja, Sally Edmonds,
Ben Amos, David J Sifuna, Lorez Von Seidlein, Werner Schimana, Wendy S. Stevens,
John A. Bartlett, and John A. Crump. (2009). Evaluation of a dried blood spot HIV-1 RNA
program for early infant diagnosis and viral load monitoring at rural and remote healthcare
facilities. AI DS 23.
Sontie, B. S. (2010). Intérêt du « dried blood spot » ou dbs dans le diagnostic precoce de
l’infection par le vih‐1 chez les enfants de moins de 18 mois nes de mere infectee :
comparaison des resultats de la pcr‐arn plasmatique et de la pcr‐adn sur dbs [thèse n°95].
universite de ouagadougou.
Soubeiga, R. S. T. (2012). Evaluation de la performance des tests Abbott Real Time HIV-1
Qualitative (Abbott) et Generic HIV DNA Cell (Biocentric) pour le diagnostic de
l’infection au VIH-1 chez les enfants de moins de 18 mois nés de mères séropositives
[Mémoire Master II]. Université de Ouagadougou.
Tossa, R. M., KLOTOE, J. R., KOUDOKPON, C. H., DOUGNON, T. V., & DEGBELO, G.
(2019). Transmission mère enfant du VIH-1 dans les départements du mono et du Couffo
au Bénin. EPAC/CAP/UAC.
UNICEF. (2021). Rapport oral sur la suite donnée par l’UNICEF aux recommandations et
décisions adoptées lors des quarante-septième et quarante-huitième réunions et des deux
séances extraordinaires du Conseil de coordination du Programme commun des Nations
Unies sur le VIH/sida.
TABLE DES MATIERES

AVERTISSEMENT..........................................................................................................................iv
DEDICACE.......................................................................................................................................v
REMERCIEMENTS.........................................................................................................................vi
LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES..................................................................................viii
LISTE DES TABLEAUX.................................................................................................................ix
LISTE DES FIGURES.......................................................................................................................x
RESUME..........................................................................................................................................xi
ABSTRACT.....................................................................................................................................xii
SOMMAIRE...................................................................................................................................xiii
INTRODUCTION.............................................................................................................................1
PREMIERE PARTIE : PRESENTATION DU CADRE DE FORMATION....................................3
1.1. CADRE INSTITUTIONNEL..................................................................................................3
1.2. CADRE DE STAGE...............................................................................................................3
1.2.1. Historique et Localisation (KOTTIN, 2022)....................................................................3
1.2.2. Mission du Laboratoire National de Référence du PSLS.................................................4
1.2.3. Infrastructures et équipements..........................................................................................4
DEUXIEME PARTIE : DEROULEMENT DU STAGE..................................................................7
2 .1. OBJECTIFS DU STAGE.......................................................................................................7
2.1.1 Objectif général du stage...................................................................................................7
2.1.2 Objectifs spécifiques du stage...........................................................................................7
2.2. TRAVAUX EFFECTUES......................................................................................................7
2.2.1. Les activités pratiquées sur le lieu de stage [4]................................................................7
2.2.2. Difficultés rencontrées sur le lieu de stage.......................................................................9
2.3. CHOIX DU SUJET...............................................................................................................10
TROISIEME PARTIE : ETUDE DU THEME................................................................................11
3.1. OBJECTIFS DE L’ETUDE..................................................................................................11

3.1.1. Objectif global................................................................................................................11
3.1.2. Objectifs spécifiques.......................................................................................................11
3.2. BREVE SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE.......................................................................11
3.2.1. Situation du VIH dans le monde.....................................................................................11
3.2.2. Généralités sur le VIH....................................................................................................12
3.3. MATERIEL ET METHODES..............................................................................................19
3.3.1. Matériels de l'étude (procedures du diagnostic précoce de l’infection par le vih 1 chez
les enfants nés de mères infectées par le vih 1 par la technique des laboratoires Roche
Diagnostic disponible au LNR)................................................................................................19
3.3.2. Méthode..........................................................................................................................19
3.3.2.1. Collecte des échantillons..........................................................................................20
3.3.2.2. La taille de l’échantillon..........................................................................................20
3.3.2.3. Crictères d’inclusions et d’exclusions......................................................................20
3.3.2.4. Variables de l’étude.................................................................................................20
3.3.2.5. Procédure de réalisation de la PCR en temps réel des laboratoires Roche

Diagnostics dans le cadre du diagnostic précoce de l’infection à VIH chez les enfants nés
de mères infectées (protocole disponible au LNR)...............................................................20
3.4. RESULTATS ET COMMENTAIRES.................................................................................23
3.4.1. Résultats..........................................................................................................................23
3.4.1.1. Présentation de la population d’étude......................................................................23
3.4.2. Commentaires.................................................................................................................26
CONCLUSION................................................................................................................................28
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.........................................................................................30

ATTESTATION DE CORRECTION DE MEMOIRE
Nous soussigné (e)s,

1-Pésidente du jury de soutenance : SEMASSA Josiane Adjodignon
2-Examinateur du jury de soutenance : BOLATITO Yessoufou
3-Rapporteur du jury de soutenance : HODONOU Moussiliou
de l’étudiant DJETTA Yemblima que les corrections exigées par le jury en sa date du
27 juin 2022 ont été effectuées.
Présidente Examinateur
Rapporteur

Rapport Yemblima DJETTA Version Finale.

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Rapport Yemblima DJETTA Version Finale.

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

REPUBLIQUE DU BENIN

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

INSTITUT SUPERIEUR HILL CITY UNIVERSITE DU BENIN

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (D/GBH)

FILIERE : ANALYSES BIOMEDICALES (ABM)

RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION

IMPACT DE LA DUREE DE CONSERVATION DES DBS

Réalisé et soutenu par

Directeur du stage : Dr KEKE K. René Maitre de mémoire : TOSSOU Omer

Médecin Biologiste ; responsable du LNR

Année académique 2021-2022

Professeur Paulin AZOKPOTA

DIRECTEUR DES ETUDES

M. FAGNON ORI FRANGIS

Année Académique 2021-2022

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page i

LISTE DES ENSEIGNANTS

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page ii

29 YESSOUFOU Bolatito Expression de la réponse immunitaire ; Mécanisme

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page iii

L’INSTITUT SUPERIEUR HILL CITY UNIVERSITE DU BENIN N’ENTEND DONNER NI

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page iv

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page v

Infiniment merci à tous.

À son Excellence, Madame la Présidente du jury.

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page vii

LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page viii

LISTE DES TABLEAUX

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page ix

LISTE DES FIGURES

Figure 2 : cyflow counter (Cyview 2.11)……………………………………………. 5

Figure 3 : Lecteur de plaque ELISA……………………………………………….. 6

Figure 4 : Agitateur de plaques………………………………………………………. 6

Figure 5 : Equipement Roche…………………………………………………………. 6

Figure 6 : Hotte à flux laminaire………………………………………………………. 6

Figure 7 : structure du VIH…………………………………………………………….. 14

Figure 8 : organisation génomique du VIH…………………………………………….. 15

Figure 9 : cycle de réplication du VIH…………………………………………………. 18

Figure 10 :Répartition de la population selon le sexe……………………………….. 23

Figure 11 : corrélation entre les CT antérieurs et ceux actuels……………………….. 24

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page x

Mots clés : DBS, diagnostic précoce, RT-PCR qualitative.

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page xi

Keywords: DBS, early diagnosis, qualitative RT-PCR.

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page xii

PREMIERE PARTIE : PRESENTATION DU CADRE DE FORMATION....................................3

DEUXIEME PARTIE : DEROULEMENT DU STAGE..................................................................7

TROISIEME PARTIE : ETUDE DU THEME................................................................................10

TABE DES MATIERES………………………………………………………………………………………………………………………..31

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page xiii

L’infection à VIH (virus de l’immunodéficience humaine) est responsable du SIDA (syndrome de

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page 2

PREMIERE PARTIE : PRESENTATION DU CADRE DE FORMATION

1.2. CADRE DE STAGE

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page 3

1.2.2. Mission du Laboratoire National de Référence du PSLS

- Evaluer la qualité des réactifs VIH ;

- Procéder au contrôle de qualité des laboratoires des niveaux intermédiaire et périphérique ;

- Organiser et de gérer la sérothèque et la plasmathèque en matière de VIH, VHB et VHC au

- Organiser et assurer le génotypage de résistance du VIH-1 aux antirétroviraux ;

1.2.3. Infrastructures et équipements

Réalisé et soutenu par DJETTA Yemblima Page 4