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Sophie Sacquin-Mora - Antoine Taly Anmryn
CARNET DE LABO
CARNET DE LABO
Un voyage au centre de la cellule
Anmryn
PROTÉINES
Sophie Sacquin-Mora
Antoine Taly
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Sophie Sacquin-Mora - Antoine Taly Anmryn
S P O U R Q U O I
MAI
P R O T É I N E S ?
PARLER DE
COMMENT FON
CTIONNE
CE LIVRE ?
Dans le premier chapitre (Back to basics), on commence par vous présenter tout ce qu’il faut savoir
sur les protéines pour comprendre leur structure et leur fonctionnement. Après quoi, les lecteurs les
plus curieux pourront découvrir quand et comment les scientifiques ont commencé à s’intéresser aux
protéines, et les méthodes qu’ils utilisent pour les étudier.
Les chapitres suivants de l’ouvrage présentent toute une série de protéines regroupées autour de
grands thèmes comme la vie quotidienne, la santé ou les biotechnologies. Chacun de ces courts
chapitres peut être lu indépendamment des autres, dans l’ordre ou le désordre, c’est à vous de choisir !
À la toute fin de l’ouvrage, on trouve un glossaire qui vient rappeler un certain nombre de définitions
et une bibliographie.
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SOMMAIRE
1. BACK TO BASICS...................................................................................................7
Les virus attaquent !..........................................................................................................8
Les protéines, des molécules clés du vivant........................................................... 10
Les acides aminés, briques élémentaires des protéines......................................13
Une protéine, ça ressemble à quoi ?.......................................................................... 16
S’il te plaît, dessine-moi une protéine !..................................................................... 19
Au fait, à quoi ça sert une protéine ?......................................................................... 21
Comprendre le nom des protéines............................................................................ 23
2. ET COMMENT ON SAIT TOUT ÇA ?................................................................. 25
Une (pas si) brève histoire des protéines................................................................26
La cristallographie, des Nobel et des protéines...................................................... 28
E pur si muove ! La RMN, pour des protéines en mouvement...........................31
Winter is coming, l’âge de la cryo-EM.................................................................... 33
Du côté de la théorie......................................................................................................35
3. LES PROTÉINES DU QUOTIDIEN,
CELLES QUI FONT TOURNER LA BARAQUE..................................................... 37
Dans la fabriquedes protéines.................................................................................... 39
Les chaperons, c’est l’histoire d’une grue, qui monte une grue,
qui monte une grue…...................................................................................................... 41
Les globines, la grande famille qui voit la vie en rouge....................................... 44
On the road again ! Voyager à travers la cellule.................................................... 47
La télomérase, l’élixir de jeunesse des chromosomes........................................ 51
4. DES PROTÉINES POUR NOS CINQ SENS............................................................53
L’olfaction, des protéines plein le nez...................................................................... 55
La rhodopsine,une protéine rien que pour nos yeux..............................................57
Des goûts et des protéines..........................................................................................59
Des protéines jusqu’au bout des doigts................................................................... 61
Une protéine presto, prestissimo !............................................................................. 63
5. PROTÉINE ET BIOTECHNO-LOGIES : DU TUNING
DANS LES ÉPROUVETTES...................................................................................65
La GFP, un Nobel en technicolor.................................................................................67
La soie des araignées, un textile pour demain ?.....................................................70
Les moules font de la résistance...............................................................................72
Les biopiles, quand les protéines se mettent au turbin......................................... 74
CRISPR-Cas9, la boîte à outils du génome............................................................76
6. DU CÔTÉ OBSCUR DES PROTÉINES....................................................................79
Les toxines, du curare au botox, comment dompter le vivant ?.......................81
L’agrégation amylo de, quand les protéines se la jouent Walking Dead................83
Poison/contre-poison, la course à l’armement protéique................................... 85
La ricine, permis de tuer pour une protéine...............................................................87
Un seul résidu vous manque et tout est déformé.................................................. 89
CONCLUSION...............................................................................................................92
BIBLIOGRAPHIE...........................................................................................................99
LES AUTEURS.............................................................................................................103
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BACK TO
BASICS
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Chaque année, quand reviennent l’hiver et son jusqu’au plafond. Mais ces livres, il faut bien
flot de microbes, les virus sont de retour pour que de temps à autre quelqu’un les ouvre, les
nous jouer un mauvais tour semer la terreur et lise, les recopie et parfois les répare. Ces livres,
la désolation dans nos foyers. Partout ce ne sont ils ne serviraient pas à grand-chose si jamais
plus que nez qui coulent, gorges qui grattent et personne ne venait diffuser les connaissances et
estomacs barbouillés, tandis qu’un cri s’élève : savoir-faire qu’ils contiennent hors de la biblio-
thèque et dans le vaste monde cellulaire.
Mais pourquoi tant de glaires ?
Toutes ces tâches, ce sont les protéines qui les
Parfois, à l’approche des fêtes, entre deux accomplissent. Une infatigable armée de biblio-
mouchoirs et une tasse de tisane, on se prend à thécaires, d’archivistes, de traducteurs, d’ingé
rêver d’un monde en paix, un monde où, touchés nieurs ou autres, qui permet à la cellule de
par l’esprit de Noël, les virus auraient soudaine- respirer, de fabriquer de l’énergie, de croître et
ment décrété une trêve hivernale… en vain. de se reproduire. Bref, tout simplement de vivre.
à leur tour une vie de flibuste à l’image de Dans ce livre, nous allons donc vous emmener
leur glorieux ancêtre. Souvenez-vous en lors à la rencontre de ce petit peuple de la cellule,
de votre prochain rhume, le combat des virus celui que tout le monde viral nous envie et sans
contre notre espèce n’a rien de personnel, ils lequel la grande bibliothèque de l’ADN ne
en veulent simplement à nos protéines. serait d’aucune utilité aux êtres vivants.
LES PROTÉINES,
DES MOLÉCULES
CLÉS
DU VIVANT
Prenez place dans la machine à remonter le temps, à la recherche des origines de la vie !
Notre histoire commence sur la Terre primi- par la vie, du fond des océans aux sommets
tive il y a plus de 4 milliards d’années, avant des montagnes. Malheureusement, les traces
que celle-ci ne soit entièrement colonisée fossiles des premiers organismes vivants ne
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sont pas aussi faciles à lire que les squelettes Aujourd’hui ce sont les êtres vivants qui
de dinosaures, et les origines de la vie restent fabriquent les molécules biologiques, mais
un sujet pour le moins mystérieux. Pour en comment celles-ci ont-elles pu apparaître dans
savoir plus, il va donc nous falloir remonter un monde sans vie (dit aussi abiotique) ? Le
le temps depuis l’époque contemporaine, et biochimiste russe Alexandre Oparine a proposé
analyser les organismes vivants actuels, afin que les molécules organiques pourraient être
d’en déduire des caractéristiques communes apparues spontanément sur la Terre primitive.
qui seraient partagées par tous. L’ensemble Cette possibilité a ensuite été démontrée par les
des êtres vivants est constitué d’une ou expériences de Urey et Miller dans lesquelles
plusieurs cellules et l’on pense généralement un milieu aqueux mimant ce que l’on appelle la
que l’organisme qui est à l’origine de tous soupe primitive (méthane, ammoniaque, eau et
les êtres vivants actuels (largement connu par hydrogène), associé à une décharge électrique
son acronyme anglais, LUCA, Last Universal comme source d’énergie (reproduisant les
Common Ancestor) avait une organisation éclairs), permet l’apparition spontanée d’une
similaire, avec une cellule. partie des molécules biologiques, notamment
des acides aminés.
Dans une cellule, les ingrédients moléculaires
se répartissent entre quatre grandes familles de Certains présentent l’hypothèse d’une appa-
composés à base de carbone (appelés égale- rition extra-terrestre et d’une arrivée sur terre
ment molécules organiques). Les membres de de biomolécules via des météorites. Cela ne
chacune de ces familles ont tous leur utilité modifie pas le raisonnement mais ne fait que
propre pour les organismes vivants : reporter à plus loin la synthèse abiotique des
• les sucres (connus aussi comme les glucides biomolécules.
quand on parle de nutrition) sont une source
d’énergie pour l’organisme ; Mais il existe un autre paradoxe : les molécules
• les acides gras (ou lipides) permettent de présentées plus haut dépendent les unes des
former la membrane cellulaire. C’est donc grâce autres. Dans notre monde vivant actuel, aucune
aux lipides qu’il y a un intérieur et un extérieur d’entre elles ne pourrait fonctionner seule. On
pour chaque organisme et chaque cellule ! se retrouve donc avec un problème d’œuf et de
• les nucléotides, dits aussi acides nucléiques, poule ancestral : quelle molécule biologique a
sont les briques élémentaires de l’ADN (ainsi bien pu apparaître la première ?
que de l’ARN), la molécule qui contient l’infor-
mation génétique et va jouer le rôle de mode L’hypothèse privilégiée actuellement est celle
d’emploi de la cellule ; d’un monde ARN dans lequel l’ARN (le petit nom
• et enfin, les protéines sont composées de l’acide ribonucléique, qui est donc un cousin
d’acides aminés (appelés aussi résidus), et vont du célèbre ADN, ou acide désoxyribonucléique)
faire fonctionner tout ce petit monde, en suivant était capable d’assurer plusieurs fonctions biolo-
le plan fourni par l’ADN. giques, que ce soit le stockage de l’information
ou la catalyse de réactions chimiques. Dans la
Si l’on cherche à remonter le temps avant préhistoire des molécules du vivant, l’ARN aurait
LUCA, vers la transition du non-vivant vers le donc tenu le rôle du chasseur-cueilleur non spécia-
vivant, on rencontre une série de paradoxes. lisé. Le passage vers LUCA s’est ensuite effectué
Tout d’abord, comment toutes ces molécules avec l’apparition, d’une part de l’ADN, dédié
sont-elles apparues ? au seul stockage de l’information, et d’autre
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part des protéines, qui permettent de réaliser Pourtant, si on y regarde bien, elles sont au cœur
des réactions chimiques variées et hautement de la science contemporaine. Depuis le début du
spécialisées. Ce petit peuple moléculaire labo- siècle, ce sont pas moins de 16 prix Nobel (en
rieux aurait alors donné un avantage compétitif médecine ou en chimie) qui ont été attribués à des
aux cellules capables de les synthétiser. travaux de recherche concernant des protéines.
D E S A M I N É S ,
LES ACI
L É M E N TA I R E S
BRIQUES É
D E S P R O T É I N E S
Les protéines sont des macromolécules. Elles Si on attache un petit nombre d’acides aminés
sont formées par l’association de molécules plus les uns à la suite des autres (de deux à quelques
petites, les acides aminés. Il existe 20 acides dizaines), on parle de peptide. Dans le cas
aminés naturels que l’on retrouve dans les proté- d’une chaîne plus longue, on a alors affaire à
ines de la totalité des êtres vivants connus, et une protéine. La diversité des acides aminés et
qui présentent une grande variété de tailles, de de leurs combinaisons est à l’origine de la diver-
formes et de propriétés chimiques. sité structurale et fonctionnelle des protéines.
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Dans les acides aminés on trouve majori- • les ponts disulfure sont les liaisons covalentes
tairement du carbone, de l’hydrogène, de qui vont se former entre deux atomes de soufre
l’azote et de l’oxygène, et puis aussi parfois portés par des cystéines ;
un peu de soufre. Tous les acides aminés • les liaisons ioniques, dites aussi ponts salins,
comportent un atome de carbone central (dit se forment entre des atomes portant des charges
souvent carbone α) relié à une fonction amine opposées ;
d’une part et une fonction acide d’autre part. • les liaisons hydrogène apparaissent lorsqu’un
Le carbone α est également relié à une série atome d’hydrogène est pris en sandwich entre
d’atomes qui caractérise l’acide aminé consi- deux atomes plus électronégatifs que lui
déré et que l’on appelle la chaîne latérale (notée (oxygène ou azote). Une liaison hydrogène
R de manière générale). sera d’autant plus forte que les trois atomes
impliqués dans celle-ci sont bien alignés ;
Dans une protéine, les fonctions amine et acide • les liaisons de van der Waals entraînent un
de deux acides aminés successifs ont réagi regroupement des chaînes latérales non polaires
entre elles pour former une liaison peptidique loin du solvant aqueux (qui est, lui, polaire).
et une molécule d’eau. L’enchaînement liaison
peptidique/carbone α/liaison peptidique… Ces trois derniers types de liaisons sont dits
constitue alors le squelette de la protéine. non covalents, les atomes associés ne vont pas
partager d’électrons. Les liaisons non cova-
Au sein d’un acide aminé et dans le cadre de lentes sont beaucoup moins costaudes que les
la liaison peptidique, les atomes sont reliés liaisons covalentes, mais elles sont néanmoins
entre eux par des liaisons covalentes. Ce type essentielles pour donner à la protéine sa struc-
de liaison particulièrement robuste résulte ture tridimensionnelle. Elles sont également à
de la mise en commun d’un ou deux élec- l’origine des interactions qui peuvent se former
trons par chacun des atomes impliqués dans entre plusieurs protéines.
celle-ci. Notez que cette garde partagée des
électrons n’est pas toujours parfaitement équi- Dans chaque type d’acide aminé, la chaîne
table, certains atomes (tels que l’oxygène et latérale présente des propriétés chimiques
l’azote) sont plus électronégatifs que d’autres particulières qui vont influer sur la structure et
(les atomes de carbone et d’hydrogène) et vont la fonction de la protéine dont il fait partie.
avoir tendance à capter les électrons vers eux. Les acides aminés non polaires, hydrophobes,
Dans ce cas, on dira que la liaison et du même vont surtout se retrouver au cœur de la protéine,
coup la molécule qui la contient sont polaires. tandis que les résidus hydrophiles (ou polaires)
Lorsque la chaîne d’acides aminés se replie sur et parfois chargés se retrouvent préférentielle-
elle-même, il peut également se former d’autres ment à la surface de la protéine, en contact
types de liaisons, covalentes ou non : avec le solvant aqueux.
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UNE PROTÉINE
, ÇA
RESSEMBLE À Q
UOI ?
Les protéines présentent une très grande variété va appeler la structure primaire, ou encore
de formes et de tailles. Celles-ci peuvent en effet la séquence protéique. Les séquences protéiques
être constituées de 50 à plus de 30 000 acides ont un sens de lecture (qui indique l’ordre dans
aminés (pour l’immense titine que l’on peut lequel les résidus ont été associés les uns aux
trouver dans les muscles). Et si on s’intéresse autres par le ribosome). On démarre toujours
aux très grands assemblages de plusieurs par un atome d’azote (au niveau de l’extrémité
protéines, on peut même monter à plus de que l’on appelle donc N-terminale, N étant le
300 000 acides aminés dans les enveloppes symbole de l’azote), qui correspond à la fonc-
de virus. En biochimie, on décrira la structure tion amine (NH2) portée par le premier acide
d’une chaîne protéique en distinguant quatre aminé, et on conclut par un atome de carbone
niveaux d’organisation : (au niveau de l’extrémité C-terminale) de la
• Tout commence en suivant le plan fourni fonction acide (COOH) du dernier acide aminé
par l’ADN. Le ribosome (qui est lui-même de la chaîne protéique.
un énorme assemblage de protéines avec • La structure secondaire décrit les arrangements
lequel vous pourrez faire plus ample connais- locaux de ces acides aminés qui sont générale-
sance un peu plus loin dans ce livre) va lire ment stabilisés par des liaisons hydrogène (cf.
la séquence de nucléotides de l’ADN et la le chapitre précédent). Boucles, hélices α ou
déchiffrer grâce au code génétique. Cela feuillets β, plusieurs éléments de structure secon-
donne l’enchaînement des acides aminés daire distincts peuvent coexister au sein d’une
(ou résidus) constitutifs de la protéine, que l’on même chaîne protéique.
Les liaisons hydrogène (en magenta) maintiennent la forme des éléments de structure
secondaires en se formant au sein des hélices α et entre les brins des feuillets β.
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• La structure tertiaire décrit comment plusieurs plus là-dessus, il faut faire un tour au chapitre 6).
éléments de structure secondaire vont s’agencer les Enfin, on appelle structure native la structure
uns par rapport aux autres au sein d’un domaine d’une protéine qui lui permet de réaliser une
protéique. Pour décrire la forme d’ensemble fonction biologique donnée (cf. le chapitre
d’une protéine, qui peut donc comporter plusieurs suivant). Lorsque cette structure est modifiée
domaines et fluctuer au cours du temps, on parlera (par exemple sous l’effet de la chaleur ou suite
de conformation ou de repliement protéique. à une réaction chimique), on parlera alors
• Finalement la structure quaternaire définit l’as- de dénaturation de la protéine.
semblage au sein d’un complexe de plusieurs
chaînes protéiques déjà repliées (que l’on
appellera alors des sous-unités). Toutes les proté- Vous pensez pouvoir déterminer la structure
ines ne comportent pas forcément plusieurs native d’une protéine ?
sous-unités et donc de structure quaternaire.
La prédiction d’une structure protéique (secon-
daire, tertiaire et éventuellement quaternaire si
C’est quoi une protéine native ? la molécule présente plusieurs chaînes) à partir
de sa seule séquence d’acides aminés est un
On parle de protéine native, ou encore de problème incroyablement complexe qui occupe
forme sauvage de la protéine, lorsque sa les chercheur·se·s en biologie structurale depuis
séquence est celle produite majoritairement plusieurs décennies.
par une population d’organismes vivants, et
de variant (ou mutant), lorsque cette séquence Les méthodes actuelles utilisent les outils déve-
native a été modifiée ponctuellement au niveau loppés en chimie théorique et en bioinforma-
de l’ADN, et donc de la protéine. tique, et sont régulièrement confrontées lors
de l’expérience CASP (Critical Assessment of
Une mutation peut être : protein Structure Prediction) qui a démarré en
• spontanée : la mutation d’un acide aminé vers 1994 et a lieu tous les deux ans. À cette occa-
un autre dans la séquence d’une protéine peut sion, des chercheur·se·s du monde entier travail-
se produire spontanément : c’est le moteur de lant sur le sujet entrent en compétition et doivent
l’évolution avec la sélection naturelle. En effet proposer les meilleures prédictions de structure
la sélection naturelle se fait sur une population possible pour des protéines.
dans laquelle il y a des différences et favorise
les individus qui sont les plus adaptés à un envi-
ronnement et à un moment donnés ; Vous voulez tenter votre chance ?
• artificielle : les mutations peuvent également
être provoquées lors d’expériences en labora- C’est possible grâce à un projet de science
toire, il s’agit alors d’évolution dirigée. citoyenne : le logiciel Foldit
Les modifications de la séquence d’une protéine (https://fold.it/portal/info/about)
peuvent être sans conséquence sur celle-ci ; dans vous apprend à replier les protéines dans le
ce cas, on parlera de variant d’une protéine cadre d’un jeu vidéo !
quand il n’y a pas de pathologie associée à une
mutation. Mais parfois, au contraire, les variations Les meilleur·e·s joueur·se·s de Foldit ont ainsi
de séquence peuvent avoir un fort impact sur la pu contribuer à la détermination de la structure
structure et l’activité protéiques (et pour en savoir d’une protéine virale que les chercheur·se·s et
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leurs ordinateurs n’avaient pas réussi à résoudre. ou qui ne vont se replier que dans le cadre d’une
À l’origine, les chercheur·se·s sont parti·e·s interaction avec d’autres biomolécules (protéine,
du principe qu’une protéine devait forcément ADN, membrane lipidique). Ces IDP (Intrinsically
adopter une structure secondaire, et/ou tertiaire, Disordered Proteins) sont pourtant parfaitement
bien définie pour être fonctionnelle. On sait fonctionnelles et mêmes indispensables à de
désormais qu’il existe aussi toute une catégorie nombreux processus cellulaires. Bref, les cher-
de protéines dites intrinsèquement désordon cheur·se·s ont encore du pain sur la planche avant
nées qui ne possèdent pas de structure native, d’épuiser le sujet du (non)-repliement protéique !
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CARNET DE LABO
CARNET DE LABO
Anmryn
Les protéines rendent de nombreux services à la cellule.
Elles lui permettent de se nourrir, respirer, croître
et se multiplier. C’est grâce à elles également qu’elle
peut communiquer avec ses petites camarades, et ce
PROTÉINES
sont elles aussi qui la défendent contre les invasions
microbiennes.
Ce livre rend hommage aux ouvrières invisibles du
vivant sans lesquelles nos cellules, et par là même
notre organisme tout entier, ne pourraient fonctionner
correctement. On y trouvera (entre autres et en
vrac) : une discothèque à -173 °C, un mammouth,
des bigoudis, des sabres lasers bio, des zombies,
une chèvre araignée, une star du petit écran et un
Terminator moléculaire.
Découvrez le monde des protéines à travers des tas
d’histoires drôles avec de vrais morceaux de science
à l’intérieur…
Sophie Sacquin-Mora
Antoine Taly
www.edpsciences.org
Chacun des ouvrages de la collection
Carnet de labo réunit des chercheurs
et un dessinateur, et est consacré à
une thématique scientifique. ISBN : 978-2-7598-2548-6