Université Mohammed V- Rabat, Maroc

Faculté des Sciences,

Département de Biologie

Master 2
Année universitaire 2020 - 2021

Module de Phytopathologie
Séances 6 et 7

Pr. A. ELAISSAMI
Rappels Les agents du stress biotique des plantes

*Champignons

*Procaryotes
-bactéries
-mollicutes

*Angiospermes

*Virus et
Viroides

*Nématodes

*Protozoaires 2
 Champignons
phytopathogènes

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A- Caractères généraux des champignons

Les champignons forment un groupe très hétérogène

polyphylétique dont la caractéristique essentielle commune
est la nutrition hétérotrophe par absorption.

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 Champignons Pathogènes

Tous les nivaux taxonomiques des fungis

Tous les taxons du règne

- Insectes végétal
- Nématodes
- Crustacés
- mammifères Incidence économique grave

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6
 Paroi fongique
La paroi cellulaire des champignons renferme
80 à 90% de polysaccharides associés
principalement à des protéines et à des
lipides.
La composition chimique des parois fongiques
varie selon les espèces, ce qui lui confère une
valeur taxonomique.

7
 **

** N.B:

Les Glomeromycota (glomeromycètes) ont été définis par les phylogénies moléculaires. Cet embranchement
comprend deux ordres, les glomales et les geosiphonales. Il inclut essentiellement des espèces qui vivent en
association obligatoire avec des plantes ainsi qu'une une espèce vivant en association avec des cyanobactéries
(Geosiphon pyriformis).

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 B - Appareil végétatif
Thalle unicellulaire Thalle a plasmode

Thalle mycélien
Septomycète (hyphe)
Siphomycètes (siphon)

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 Le thalle peut différentier plusieurs organes de
diverse morphologie:
❑ Les Stolons (des organes d’extension)
Filaments rampants qui se développent rapidement à la surface du substrat
pour le coloniser totalement. Ils permettent la propagation du champignon
dans le milieu.
Ex: Rhizopus stolonifer

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❑Les appressoria: organe de fixation et de
pénétration
❑ Les suçoirs: expansions ramifiés ou
globuleuses (haustoria)

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12
 ❑ Les boucles pièges
assurent la capture de micro organismes (prédateurs
de nématodes)

Boucle
piège turgescence
Nématode
Dactylella,
champignon
prédateur de
Nématodes.

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❑ Les stromes

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C - La reproduction des champignons
Mycélium se développe

Température, Lumière, ...

Épuisement du milieu Reproduction sexuée

teleomorphe
(dispersion +)
Mycélium stérile Reproduction asexuée
anamorphe (dispersion ++++)

Les organes de la reproduction sexuée assurent la

conservation des champignons pendant la saison
froide ou chaude (conditions difficiles)

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 1- La reproduction asexuee des champignons
Les spores produites par reproduction asexuée
- Nom générique des spores asexuées: conidies
- Forme particuliéres de reproduction asexuée:

* Chlamydospores ( forme de résistance apparaissant sous

forme d’articles terminaux ou intercalaires)

* Zoospores

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 Exemples de spores végétatives
Penicillium Phytophtora infestans

mycélium
phialides conidies
Zoospore
biflagellée

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Organes de fructification asexuée

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Organes de fructification asexuée (suite)

sporodochie

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2- La reproduction sexuée des champignons

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21
22
23
24
25
 D- Fondement des Systèmes de Classification
1- Généralités

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Pseudo-champignons = Oomycota et Plasmodiophoromycota
Absence de la chitine dans la paroi cellulaire
(= champignons – algues)

Champignons vrais = Eumycètes ( Eumycota)

Présence de la chitine dans la paroi cellulaire
Reproduction par des spores sexuées ou asexuées

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28
29
 2- Classification

N.B: Trophicité (phase trophique) c’est l’ensemble des mécanismes et des processus qui
participent à la nutrition et à croissance des organes et des tissus.

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2-1 Classification fondée sur les critères morphologiques

31
32
2-2 Classification des champignons phytopathogènes

Des niveaux taxonomiques particuliers pour des problématiques

pathologiques
- Variété ( var.)
- Forme spécialisée ( forma spécialis: f. sp.) espèce végétale
- Race Variété (R)
- Biotype propriétés particulières de l’isolat
(ex: résistance aux fongicides)

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Exemples
1- L’oïdium de l’orge (race capable de contourner la résistance des
variétés porteuses du gène de résistance MLa13
Erysiphe graminis f sp. Hordei ( MLa13)
2- F usariose vasculaire de la tomate ( souche capable d’attaquer
spécifiquement la tomate):
Fusarium oxysporum f. sp. Lycopersici ( race 0)

3- F usariose vasculaire du cotonnier ( souche capable d’attaquer

spécifiquement le cotonnier):

Fusarium oxysporum f. sp. Malvacearum

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 2-3 Classification moléculaire

ITS espaceur interne transcrit: présentent une variabilité interspécifique plus importante que les régions codantes tout en variant
faiblement au niveau intraspécifique. IGS: espaceur interne non transcrit
NB: Les séquences nucléotidiques des régions ITS sont excessivement utilisées depuis que White et al. [1990] ont développé des
amorces universelles permettant leur amplification par PCR (réaction en chaîne de la polymérase)

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 Marqueurs moléculaires
RFLP

les régions ITS sont utilisées pour la comparaison entre espèces

(régions les plus séquencées chez les champignons
actuellement)(Nasraoui et Lepoivre, 2003).

les IGS sont plus recommandées pour l’étude de la diversité

intra-spécifique (car possèdent la variabilité la plus importante
observée au niveau de l’ADN rib).

B. Cinerea: grande variabilité gén. ➔ possibilité de s’adapter +

rapidement aux cdt du mil (fongicides..) (Ajouz, 2009)
E- Les Grands groupes des champignons
phytopathogènes

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1- Champignons à plasmodes: Les plasmodiophoromycota
Parasites obligatoires

* Cl/ Plasmodiophoromycètes

une seule famille: F/plasmodiophoraceaes

Germination et attaque des

* Phase mobile (zoospores) racines par des plasmodes
Sol humide

* Forme de conservation :spores durables formés dans le

tissu végétal parasité (nombreuses années, sol)

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40
41
42
 2- Champignons à thalle unicellulaire ou filamenteux coenocytique
Aquatiques,
o/ saprolégnales saprophytes ou
parasites de
végétaux, poissons,
Phycomycètes écrevisses...
Ou Cl/ Oomycètes
f/ pythiaceaes
straminopiles
f/ phytophtoraceaes
o/ peronosporales
f/ peronosporaceaes
f/ albuginacées
Cl/ Chytridiomycètes

Cl/ Zygomycètes

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 2-1 Cl Oomycota
f/ Saprolegnacées
Genre: Aphanomyces sp.

Fonte du semi de la luzerne

Oospore au sein du
tissu contaminé

Mycélium et organes
reproducteurs

La betterave à sucre atteinte

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(Oomycètes)

f/ pythiacées: Agents de fonte de semis et

de pourritures radiculaires, le genre Pythium

anthéridie
oogone sporange
Pythium: isolat marocain

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f/ phytophtoraceas
Les mildious
Les peronosporaceae sont responsables de divers mildious
(downy mildew)
Late blight of tomato caused by
Phytophthora infestans

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 sol

R.C

47
48
 R.A

R.S

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f/ Albuginacées
agents de rouille blanche
*Albugo tragopogonis (Tournesol)

*Albugo candida (Cucurbitaceae)

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2-2 Classe des chytridiomycètes: Chytridiomycota
(zoospores uniflagellés)
Champignons Aquatiques ou terrestres
* Olpidium
*Synchitrium * Pathogènes
*Physoderma * Vecteurs de virus pathogènes
* urophlyctis

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52
 2-3 Zygomycètes,
o/ mucorales
-Agents des moisissures, essentiellement saprophytes
- Milieux riches en sucres hydrolysables, pauvres en
composés azotés.
- Ils s’attaquent aux Fruits: maladies de poste -récolte
-Exemples: Rhizopus sur fraise Mucor sur pomme

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3- Champignons à thalle unicellulaire ou filamenteux
septé

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 3-1 Ascomycètes
Asques non agrégés dans un ascocarpe Archiascomycètes
= proto ascomycètes
Asques agrégés dans un ascocarpes Euascomycètes

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 3-1-1 Proto ascomycètes
Ascomycètes dépourvus d’ascocarpes
A - Asques libres, thalle unicellulaire (espèce levuriformes)
Candida ipomoeae isolé
O/ endomycétales des ovules du coton

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 Ascomycètes dépourvus d’ascocarpes
B -Asques formant une couche sur les tissus de l’hôte
agents de Cloque des végétaux O/ Taphrinales
Une seule famille: taphrinaceae
Un seul genre: Taphrina

Le parasite forme un mycélium intercellulaire

asques libres à la surface de l’organe parasité * Déformation des
organes:
-Cloque de feuille
Hyperplasie, hypertrophie
- pochette des fruits
- balai de sorcière, ..

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 Symptômes et plantes hôtes
agent de cloque agent de
de pêcher boursouflure d'orme

T. deformans T. ulmi

agent de cloque agent du balai de

sorcière du cerisier
de chêne
T. caerulescens T. cerasi

agent de cloque agent des poches de

d’érable prunes
T. carveri T. communis et T. pruni

Les champignons du genre Taphrina infectent un large éventail de plantes ligneuses

 Taphrina sp dans le monde et au Maroc

Symptômes de cloque de
Répartition de Taphrina deformans agent de cloque du pécher l’amandier dans la région de
Tafraout
 Caractéristiques de l’agent pathogène
Nature du parasitisme
• Taphrina est un endobiotrophe (il trouve sa nourriture en se développant à l’intérieur des tissu de la
plante)
• Le mycélium est surtout localisé dans le parenchyme foliaire, mais on peut le trouver sous la cuticule et
parfois dans les parois des cellules de l’épiderme

Des hyphes de Taphrina qui se sont développe sous la cuticule de la

Coupe de feuille saine feuille ( et dans le parenchyme intercellulaire )

• Le développement du mycélium provoque une perturbation cellulaire, une altération de la

chlorophylle et un faible développement de la cuticule
 Mode de propagation de l’agent pathogène

- Les espèces de Taphrina hibernent sous forme d’ ascospores et des spores secondaires (ou spores-levures);
elles passent la mauvaise saison dans les anfractuosités des rameaux et sous les écailles des bourgeons foliaires

- Ces spores germent au printemps lorsque les condition sont favorables (10-20 °C; une pluviométrie
supérieure à 10 mm en 24h ) infectent les jeunes feuilles
- Les asques éclatent et projettent les spores qui se propagent ensuite par le vent et la pluie, mais
ne causent pas d’infections supplémentaires pendant la même saison de croissance; ses spores restent
en dormance jusqu’au printemps suivant.

Par conséquent, les maladies à Taphrina n’ont qu’un cycle d’infection par an
 Diagnostique
Caractéristiques morphologiques
L’identification de la majorité des champignons Taphrina est basé sur
les symptômes visuels des plantes infectées et les caractéristiques
morphologiques :
• port du mycélium,
• forme et taille des asques,
Asques de T.
epiphylla dans la • taille des ascospores
couche sous- • Une évaluation au moyen d’un Microscope des coupes transversales
cuticulaire de A.
incana minces de feuilles ou de rameaux
• Isolement de la phase de levure sur un milieu de culture

Inconvénient: Le champignon peut ne pas être observé sur les plaques

d'isolement, menant à des diagnostics erronés

Microscopie électronique à
balayage des cultures de
T. alni
 Diagnostique
Caractéristiques moléculaires
• Les méthodes moléculaires sont avantageuses, rapides et fiables pour
le diagnostic car elles ne nécessitent pas l'isolement du champignon
sur des milieux de culture

- L'amplification directe en utilisant la réaction en chaîne de la

polymérase (PCR)
- l'hybridation fluorescente in situ (FISH)

• Des diagnostics spécifiques de cloque de pêcher se font avec

- l'amorce TDITS1, en utilisant la détection par PCR,
- la sonde TDE634, en utilisant FISH, à la fois sur des feuilles infectées
et dans des lavages de boutons de pêche asymptomatiques.
Empreintes PCR des souches de Taphrina
epiphylla provoquant des «balais de
sorcière» et des taches jaunes ou gris-
blanc sur les feuilles de l’aulne blanc
 Moyens de lutte contre le genre Taphrina
Les espèces de Taphrina sp sont un groupe d’ascomycète cosmopolite qui cause
des dégât et des pertes importants sur différente culture d’importance
économique:
▪ Agent de cloque de pêcher, de chêne, d’érable, …
▪ Agent de boursouflure d'orme,…
▪ Agent du balai de sorcière du cerisier,…
▪ Agent des poches de prunes, …

Les moyens de lutte sont chimiques ou biologiques, mais les

traitements chimiques sont les plus efficaces.
Les recherches en cours concernent:
• Recherche de variétés tolérantes
• Des fongicides d’origine naturelle
• Des espèces mycoparasites des espèces du genre Taphrina
 Champignons
phytopathogènes
(Fin de la première partie )

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