Licence en Biologie Fondamentale : 2018-2019

SV6 - Parcours : Biotechnologies et Amélioration des Plantes "BAP"

Module : Outils de biotechnologie et phytopathologie
3ème partie: Introduction à la phytopathologie
https://sites.google.com/site/sv6nema/

Pr. El Hassan Mayad

Faculté des Sciences d’Agadir
Dept. de Biologie
e.mayad@uiz.ac.ma
 Objectives

Initiation à la phytonématologie
o Connaitre les caractéristiques générales biologiques et
écologiques ainsi que l’importance économique des
nématodes phytoparaistes
o connaitre les principaux genres des phytonématodes ainsi
que les symptômes des maladies qu’ils causent
(Diagnostique).
o Expliquer en détaille le cycle biologique des nématodes à
galles,
o Connaître et Expliquer les principes des différentes
méthodes de gestion intégrés des nématodes
 Les nématodes:

1. Généralités biologiques
Charactéristiques générales des nématodes

 Aquatique

 Non segmenté

 Transparent

 Symétrie Bilatérale

 Généralement bisexué

 vermiforme

 Biotrophes
Meloidogyne hapla
 Anatomie & morphologie

 Présence d’une cuticule assez résistante (lisse ou ornementée)

 Systèmes digestif & reproductif & sensoriel très développé
 Absence de systèmes de circulation et de respiration
 Organes sensoriels

 Absence des yeux et

appendices ou de
segmentation

 Organes mécanosensoriels
(sensilla )

 Organes Chimiosensoriels
(Amphides )
Fig. 2. Spiral-shaped chemosensory
organs called amphids in an anterior
position of Achromadora sp.
collected from soil of Jumbo Valley
fen in Cherry County, Nebraska.
 Les nématodes

2. Les nématodes:

Généralités écologiques
 Le nématode: où il vit?
 Les nématodes connus sont de l’ordre de 500.000
espèces décrites et se subdivisent en:
Abondance des nématodes dans le sol

1206 Individus/m2
Versatilité Physiologique

 Tolèrent les habitats difficiles (milieux

extrême)
Contourner la compétition interspécifique et
plusieurs pression de sélection environnementale.

 Régulent l’absorption de l’O2 entre 100 to 5%

 Anhydrobiose / hydrobiose
 Tolèrent pH de1.6 to 11.0

 Températures : de - zéro à plus de 60C

Les 5 modes trophiques des nématodes du sol

a) bactérivore
b) bactérivore
c) bactérivore,
prédateur
d) Fungivore and/or
herbivore
e) omnivore
f) herbivore
g) herbivore
h) prédateur
 les nématodes

Les nématodes:

impacts majeurs
 Les impacts majeurs des nématodes

 Décomposition de la matière organique et recyclage

des éléments nutritifs (réseau trophique du sol)
Bioindicateurs de la qualité de l’écosystème
 Agents de control biologique pour les insectes
 Modèles biologiques pour la recherche scientifique
 Maladie aux animaux et humains
 Pathogènes important aux plantes
3. Les nématodes phytoparasites (NPP)
 Classification

Nomenclature utilisée en Nématologie

Terminaison
Classe/ ea
Ordre / ida
Sous O/ ina
Super F/ oidea
F/ idae
Sous F/ inae
 Classification

Nématodes phytoparasites SSU Tree

appartient à quatre ordres: Blaxter et al. 1998, Nature
Fig. from Dorris et al., 1999
• Aphelenchida
• Tylenchida
• Triplonchida
• Dorylaimida Classe:
Secernentea
(Phasmidia)

Classe:
Adenophorea
(Aphasmidia):
 Anatomie & morphologie des NPP

Systèmes
digestif &
reproductif &
sensoriel très
développé
systèmes
Absence de
systèmes de
circulation et
de respiration
Identification des phytonématodes

Pratylenchus Xiphinema Criconemella

 Morphometrie :
- De Man Formulae: http://nemaplex.ucdavis.edu/Methods/De%20Man%20Formula.htm

n = number of specimens on which measurements are based

L = overall body length
V = % distance of vulva from anterior
a = body length / greatest body diameter
b = body length / distance from anterior to esophago-intestinal valve
MB% = % distance from anterior to median bulb relative to length of esophagus
c = body length / tail length
s = stylet length / body diameter at base of stylet
T = % length of male gonad relative to body length
etc….

 Moléculaires: PCR (RAPD, RFLP, SCAR, qPCR..), Séquençage

Morphologie et taille relative des important nématodes
phytoparasites
22 Genres de nématodes communs

Agrios
L= 250-3,000 microns, W= 15-20 microns
Taille relative des NPP
 Polyphages ou spécialisés
 Spectre d'hôtes: 1 to 100
 Toute les cultures sont au moins sensible à
une espèce des nématodes

 La plus part sont des parasites de racines mais certaines

espèces se sont adaptés à parasiter différents tissues et
organes
 Les dégâts sévères sur la plante peuvent êtres associés à
des des textures de sols grossières et/ou moins
sablonneuses (Espace des pores larges)
Les Nématodes Parasites des Plantes (NPP)

 Répondent au CO2 &

exudates de la racine
 Se déplacent quelques
cm par jours
 Cycle de vie : 3
semaines (RKN) à + 2
années (Xiphinema)

 Explorent avec le stylet

Figure 3. Variation in morphology of spear-like structure in oral opening a) male plant-parasite Hoplolaimus galeatus (1000x
magnification) collected from soil with big bluestem (Andropogon gerardii Vitman) in the Konza Prairie (96W35’ 39N05’) near
Manhattan, Kansas, and b) female fungivore Enchodelus hopedorus (400x magnification) collected from the summit of Long’s Peak,
Colorado (105W35’ 40N16’). Photographs are provided courtesy of Peter Mullin/2000.
Les types trophiques des NPP
Ectoparasites: se nourrissent de l’extérieur de la plante
Migrateurs: se déplacent et se nourrisse de plante à une
autre (Xiphinema)
Sédentaires: reste sur la même plante (Helicotylenchus)

Endoparasites: se nourrissent de la partie interne de la

plante
Migrateurs: se déplacent dans les tissues et en se
nourrissent (Pratylenchus)
Sédentaires: restent sur la même plante et se nourrissent
à des sites spécialisés (Meloidogyne)
Sedentary ectoparasite (spirale: Migratory ectoparasite
Criconema) (dague: Xiphenema)

Essential Plant Pathology, 2006 NC State Univ.

Sedentary endoparasite Migratory endoparasite

(nématode à galles: Meloidogyne) (lesions: Pratylenchus)
Genres des NPP économiquement importants
 La reproduction chez NPP

Trois types de reproduction chez les NPP:

1. Amphimixie - union of spermatozoïdes et des
oeufs
2. Hermaphroditisme – Organes sexuels male et
femelle sont fonctionnel au niveau d’un seul
individus
3. Parthénogenèse - Production de la progéniture
à partir des œufs non fécondées

Le cycle de vie (de l’œufs à l’œufs) généralement

se fait de 3 à 4 semaines.
Cycle de vie des nématodes phytoparasites

(Éclosion)

(Mue)
M
M
M
H
M
 Importance économique des NPP

Les pertes annuelles globales dues aux NPP sont estimées à

plus de 80 Milliard USD

Cultures % pertes Cultures % pertes

Bananier 19.7 Agrumes 14.2
Orges 6.3 Caffée 15.0
Manioc 8.4 Cotton 10.7
Pois chiche 13.7 Aubergine 16.9
Pomme de tèrre 12.2 Grains de Raisin 12.5
Riz 10.0 Papaye 15.1
Soja 10.6 Ananas 14.9
Canne à sucre 15.3 Tomates 20.6
Moyenne 10.7 Moyenne 14.0
 Pertes de la productivité
des plantes

Meloidogyne, Root knot

nematode damage
 Pertes de la qualité
Dégâts de Meloidogyne chitwoodi sur
Tubercules de pomme de terre

Dégâts sur Racine tubérisé de la carotte

attaqué par Meloidogyne hapla
 Comment les nématodes endommagent les plantes?

Alimentation direct sur les plants

Malformation des tissues de l'hôte
Prédispose la plante au stress physique
Facilitent l’entrée des pathogènes secondaire
Brisent la résistance à d’autre pathogènes
Vecteur d’autre agent pathogènes (virus &
bactérie)
Suppression des organismes bénéfiques
Les nématodes phytoparasites: Biologie et Ecologie

A suivre……. Symptômes, exemple de maladies dues

au nématodes et les méthodes de gestion
Les nématodes phytoparasites: Symptômes et Pathologies

I. Les symptômes d’attaque des nématodes

phytoparasites sur cultures

II. Exemple de maladie due aux nématodes:

Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.

III. Méthodes de Gestions

Les nématodes phytoparasites: Symptômes et Pathologies

I. Les symptômes d’attaque des nématodes

phytoparasites sur cultures
Les nématodes phytoparasites: Symptômes et Pathologies

I. Les symptômes

 Les symptômes révèlent des altérations du végétal par

rapport au phénotype attendu

 Les symptômes peuvent être localisés ou généralisés,

s'ils s'étendent par la voie du système conducteur, on
les qualifie de systémiques.
 Les symptômes d’attaque des NPP sur cultures

Partie
aérienne
 Les symptômes d’attaque des NPP sur cultures

Partie
aérienne
 Les symptômes d’attaque des NPP sur cultures

Racines
 Les symptômes d’attaque des NPP sur cultures

Racines
Les symptômes d’attaque des NPP sur cultures
Les symptômes d’attaque des NPP sur cultures
II. Exemple de nématodes phytoparasites
d’importance économique
Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.
 les nématodes phytoparasites d’importance économique

Les topes 10 de la liste des dix nématodes émergents:

• (1) root-knot nematodes (Meloidogyne spp.);
• (2) cyst nematodes (Heterodera and Globodera spp.);
• (3) root lesion nematodes (Pratylenchus spp.);
• (4) the burrowing nematode Radopholus similis;
• (5) Ditylenchus dipsaci;
• (6) the pine wilt nematode Bursaphelenchus xylophilus; (7) the
reniform nematode Rotylenchulus reniformis;
• (8) Xiphinema index (the only virus vector nematode to make the
list);
• (9) Nacobbus aberrans;
• (10) Aphelenchoides besseyi.
Mol Plant Pathol. 2013 Dec;14(9):946-61. doi: 10.1111/mpp.12057. Epub 2013 Jul 1.
 les nématodes phytoparasites d’importance économique

 Les nématodes à galles (Root-knot nematode)

 Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.

 Classification

Classe : Nématoda
Ss Classe : Secernentea
Ordre : Tylenchida
Super Famille : Tylenchoidea
Famille : Heteroderidae / Meloidogynidae
Genre : Meloidogyne
 Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.

 Nombre des espèces : Plus de 70

 régions tropicales and subtropicales
Meloidogyne enterolobii, Meloidogyne paranaensis or
Meloidogyne exigua,

 Régions tempérées
Meloidogyne hapla, Meloidogyne fallax, Meloidogyne
minor or Meloidogyne chitwoodi,

 Région Méditerranéenne :
Meloidogyne javanica, Meloidogyne incognita,
Meloidogyne arenaria
 Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.

 Nombre des espèces : Plus de 70

 Maroc / Région de Souss Massa:

Meloidogyne javanica, (88 %)

Meloidogyne incognita, (9%)
Meloidogyne arenaria, (3%)
 Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.
 Gamme d’hôtes et espèces
 Le nombre d’espèces végétales sensibles aux Meloidogyne
est très élevé, non seulement parmi la flore spontanée,
mais aussi parmi les plantes cultivées.

 Les Meloidogyne sont des ravageurs dangereux qui

attaquent toutes les cultures ; les plus sensibles sont :
o Les solanacées (tomate, aubergine, pomme de terre,
etc..).
o Cucurbitacées (melon, concombre, etc..)
o Légumineuses (haricot,etc..), carotte, la laitue, l’endive,
l’artichaut, la betterave ,etc..…
 Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.
 BIOLOGIE
Les Meloidogyne sont :
- polyphages,
- endoparasites - sédentaires des racines
et des tubercules,
- le dimorphisme sexuel est accentué: les
femelles adultes deviennent piriformes,
- cosmopolites,
 Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.

 Distribution de M. incognita
 Les nématodes à galles: Meloidogyne spp.
 BIOLOGIE (Suite)

- œufs qui sont souvent réunis en masse gélatineuse,

- Le parasite est présent dans le sol sous forme d’œufs

libres ou enveloppés dans une matrice gélatineuse
protectrice.
- Les œufs éclorent  des larves du 2ème stade L2 ou
juvénile du 2ème stade (J2).
- J2 est la forme infective.

- Elles pénètrent alors dans ces racines en perçant les

parois cellulaires à l’aide de leur stylet.
 les nématodes phytoparasites d’importance économique
 BIOLOGIE (Suite)

- Ils vont s’enfoncer par la suite jusqu’au cylindre central et

induisant un site nourricier (cellule géante) dans le végétal la
formation de galles.

- Ces larves subissent par la suite 3mues pour se

transformer en mâle ou en femelle.

- La durée du cycle dépend de nombreux facteurs, en

particulier la sensibilité de l’hôte et la température.
 les nématodes phytoparasites d’importance économique

 BIOLOGIE (Suite)

- Les œufs et les larves L2 présentent une résistance

élevée aux contraintes de l’environnement (induction de
de quiescence).

- La substance gélatineuse joue certainement un rôle

important dans la conservation des œufs (une diapause)
Cycle biologique 3rd stage juvenile 4th stage juvenile
de Meloidogyne
javanica

Formation of giant cells and galls

J2 infect root

Egg
2nd stage juvenile (J2) mass
mobile in soil

1st stage juvenile Egg Modified from Agrios, 1997

 les nématodes phytoparasites d’importance économique

 Influence de l’environnement
Les principaux facteurs :
 Température : la T° optimale: 25°C et 30°C ,

 Humidité du sol :

 PH du sol : Le PH optimum pour le développement

des larves de M. javanica se situe entre 7et 8.

 la texture et les propriétés chimiques du sol.

 les nématodes phytoparasites d’importance économique

 DEGATS ET SYMPTOMES
Partie racinaire :
- Une apparition de petites galles sur les racines qui se
multiplient et grossissent formant de véritables
chapelets.

- Les galles s’hypertrophient, puis confluent donnant

naissances à d’énormes nodosités qui déforment
complètement le système racinaire ;

- Les galles perturbent la physiologie de la nutrition et

entraînent un développement du végétal fortement
ralenti.
 les nématodes phytoparasites d’importance économique

 DEGATS ET SYMPTOMES
Partie racinaire :
 les nématodes phytoparasites d’importance économique

 DEGATS ET SYMPTOMES
- Partie aérienne :
La plante présente une croissance réduite accompagnée
d’un jaunissement des feuilles.

les plantes infestées sont sensibles à la sécheresse et les

attaques de champignons tels que Fusarium et
Verticilium.
les nématodes phytoparasites d’importance économique
III. Les méthodes de gestion des nématodes
Phytoparasites
 Les méthodes de gestion des NPP

Principes de gestion des nématodes

• Prevention- Éviter l'organisme nuisible / pathogène

implique la sélection de zones géographiques avec
inoculum initial faible / nul (inoculum)

• Éradication – Consiste à l'élimination des parasites ou

pathogènes de la culture ou de la zone après
établissement

• Exclusion - est un principe visant à prévenir la

propagation du parasite / de la maladie
 Les méthodes de gestion des NPP

 Principes de gestion des nématodes (suites)

• Protection - visant à tuer le parasite / pathogène

avant qu'il n'envahisse la culture

• Résistance - capacité génétique ou innée à Prévenir,

réduire ou tolérer les organismes ravageurs / maladies.

• Thérapie / traitement - application de traitement des

plantes malades
 Les méthodes de gestion des NPP

Chimique Physique Culturale Biologique

Génétique
• Solarisation • Amendements • Champignons
• Inondation • Cultivars organiques et • Bactéries
• Nématicides
résistants minéraux
• 1. fumigants • Traitement • Dérivés de
à l’eau • Greffage • Cover crop plantes
• 2. N. fumigants chaude • Date de semis
• Organo- • traitement • Biofumigation
phosphates à la Vapeur
• Carbamates
• Benzamides
(fluopyram)

• Voir index
phytosanitaire
 Les méthodes de gestion des NPP

Physique/Solarisation/Biofumigation
 Les méthodes de gestion des NPP

Culturale
 Les pratiques culturelles sont actuellement
considérées comme une procédure de sauvegarde
essentielle pour la gestion des variétés résistantes et
aussi pour les cultures protégées par des produits
chimiques.
 Les pratiques culturelles impliquent les principes
suivants:
• Évitement
• Éradication
• Exclusion
 Les méthodes de gestion des NPP
Culturale
Rotation des
cultures

Gestion de
Le compost la surface
du sol

Cover crops Date de

semis

amendments Gestion de la
Organiques nutrition
 Les méthodes de gestion des NPP/ Biologique

• Champignons:
- Trichoderma harizianum,
- Paecillomyces lilacinus,
• Bactéries: Bacillus thuringus, Bacillus sp..

• Dérivées de plantes: SDN, HE, pyréthrinoïdes,

 méthodes de gestion des NPP/ exp. Champignons nématophages

Biologique
Culturale
 Plusieurs mode du méchanismes d’action :
- Champignons prédateurs / capture
- Champignons endoparasites
- champignons parasites des oeufs / kystes
- Champignons producteurs de toxines
Champignons nematophages/ mode du mechansimes d’action
1. Prédateurs/Pièges/

Biologique
Culturale

Mycelium Adhesive network Attaching knob

Non C. ring Constricting ring Adhesive zoospores

(Pandit, 2014)
Champignons nematophages/ mode du mechansimes d’action

(Pandit, 2014)
 méthodes de gestion des NPP/ exp. Bactérie
Bacteries parasitaires
Pathogènes aux nematodes
Pasteuria penetrans,
P. thornei ,
P. nishizawae
Spore s’attache au nématode, penetre la
cuticle/epidermique et se reproduit à
l’intérieur du nématode
B: productrices de Toxines
Biologique
Culturale
Secretions/metabolites/toxines
Agrobacteriumm radiobacter
Azotobcater chrococcum
Bacillus thuringiensis/ B.firmus
B. nematocida/ B. subtilus
B. cereus, Clostridium spp.
Pseudomonas spp.
Streptomyces spp
 Gestion Biologique/ Avantage

 Spécificité d’hôte.
 Absence de résidus toxiques.
 Aucune preuve ou absence de résistance.
 Aucun problème de résistance croisée.
 Technique/méthodes classiques pour les applications.
 Contrôle à effet persistant et prolongé.
 Idéale pour l'intégration avec la plupart des autres
mesures de protection écologique
 Non polluante pour l'environnement
 Gestion Biologique/ inconvenients

 Haute sélectivité ou spécificité de l'hôte.

 Exigence de mesures de contrôle supplémentaires.
 Le bon moment de l'application.
 Effet retardé ou mortalité.
 Problème de stockage.
 Difficulté de culture en grande quantité.
 Difficulté d’adaptation
 Les méthodes de gestion des NPP

 Certains agents sont difficiles à combattre.

 Les pesticides chimiques accentuent la toxicité de
l’agroécosystème
 Raréfaction des pesticides écologiques.
 Plusieurs méthodes alternatives de contrôle existent
mais peu efficaces
 les combinaisons de ces méthodes dans le cadre de la
gestion intégrée et raisonnée améliorent la gestion des
NPP.
A vous la parole
A vous la parole

FIN