ECOLOGIE MICROBIENNE

. I.Les microorganismes du sol 

1. Les bactéries

De tous les microorganismes du sol, ce sont les plus nombreux et les plus petits . Ce sont des
procaryotes unicellulaires de formes très diverses. Leur taille peut varier entre 0,3 et 3 µm. Les
bactéries sont classées en bactéries autotrophes (utilisation de carbone sous forme minérale), et
bactéries hétérotrophes (utilisation de carbone sous forme organique). Elles prolifèrent dans les
milieux les plus riches en azote et peu acides, un milieu aéré à pH supérieur à 6. Elles sont
surtout abondantes autour des racines de certaines plantes (Graminées, légumineuses) au sein de
la rhizosphère).
-L’importance dans le sol
Les bactéries prolifèrent dans les milieux les plus riches en azote et peu acides, sont
surtout abondantes autour des racines et certaines plantes (graminées, légumineuses) au sein de
la rhizosphère. A une activité essentielle dans l’économie de l’azote dans certains types de sol. Il
existe certaines bactéries, peu actives, sont libres « azotobacter », les plus actives, vivent en
symbioses avec légumineuses en présence des nodosités (Rhizobium) ,

Localisation des bactéries dans le sol

2. Les actinomycètes
Ce sont des bactéries filamenteuses hétérotrophes et la plupart sont des gram-positifs . Ces
bactéries sont aérobies, elles se distinguent par la formation d’hyphes filamenteux qui se
différencient pour produire des spores asexuées. Elles ressemblent fortement aux champignons
par leur morphologie générale, cette ressemblance résulte probablement en partie d’une
adaptation aux mêmes habitats
-L’importance dans le sol

La présence des actinomycètes est très importante dans le sol car elles sont capables de
dégrader les substances organiques non biodégradables par les champignons et les bactéries
.
3. Les champignons

Les microbiologistes utilisent le terme champignon pour désigner les organismes eucaryotes,
porteurs de spores, dont la nutrition se fait par absorption, qui sont dépourvus de chlorophylle.
Comme certaines bactéries, les champignons digèrent des matières organiques insolubles en
sécrétant des exo-enzymes et en absorbant ensuite les nutriments solubilisés
L’importance dans le sol 
Sont capables de décomposer les résidus organiques sont polyvalents interviennent aussi
dans la phase de décomposition de la matière organique.

4. Les algues
Les algues constituent un ensemble hétérogène d’organismes photosynthétiques allant des
formes microscopiques unicellulaires à des formes géantes multicellulaires ayant l’apparence de
plantes. Les algues se subdivisent en deux groupes distincts :
- Algues bleu-vert appelées aussi Cyanophycées ou cyanobactéries, ces organismes
procaryotes renfermant des espèces capables de fixer l’azote moléculaire.

Algues eucaryotes, elles-mêmes subdivisées en fonction de la nature de leur système

pigmentaire : algues vertes, algues brunes, algues rouges.
. L’importance dans le sol 
Sont des eucaryotes unicellulaires, mobiles, non parasites. La plupart sont aquatiques et
d’autres se développent dans le sol. Leur cycle de vie se résume en une phase active et une phase
inactive.

5. Les protozoaires 

Les protozoaires sont des protistes unicellulaires de type animal, habituellement mobiles. De
nombreux protozoaires libres sont les principaux chasseurs et brouteurs du monde microbien. Ils
obtiennent leurs aliments en ingérant des matières organiques et d’autres microorganismes. On
les trouve dans de nombreux milieux différents .
L’importance dans le sol :
La distribution des protozoaires dans le sol est en général, calquée sur celle des bactéries,
ce qui s'explique par le fait que les bactéries constituent la base de leur alimentation.

II. Les facteurs de variation de l’activité des microorganismes dans le sol

-Les facteurs physiques

. La texture du sol
La texture fine du sol (< 50 μm) aurait un effet de protection sur la biomasse microbienne
totale, due à la plus forte proportion de micropores par rapport à un sol sableux et par la
limitation du développement des prédateurs de microorganismes Il existe 2 types de répartitions
sur et dans les agrégats :
- Une biomasse relativement plus active, mais aussi plus sensible à l'action des prédateurs
se situerait à la surface des microagrégats.
 Une biomasse plus passive serait localisée dans les microagrégats dont l'abondance
dépendrait de la teneur en argile du sol ,
. La structure du sol
La composition qualitative et quantitative de la biomasse résulte en partie de la nature
physico-chimique et de la structure du sol ;L’importance de la structure des différents horizons
est fondamentale en raison du rôle majeur qu’elle joue dans le fonctionnement général des sols :
- Relativement à l’air : accès de l’air dans les horizons de surface comme en profondeur,
dans des grandes cavités comme dans de très petits sites.
- Relativement à l’eau : le stockage de l’eau et la mise à sa disposition des racines et des
organismes qui y vivent.
Conséquences sur les organismes vivants notamment les microorganismes : lieux d’hébergement
et conditions de vie et d’activité des organismes vivants (bactéries, champignons, mycorhizes,
nématodes, vers de terre, insectes.
Les facteurs climatiques
1. L’humidité
L’activité microbienne demeure dans le sol étroitement corrélée avec la teneur en eau du
sol. Un excès d'humidité peut affecter négativement l'activité microbienne en empêchant le
mouvement de l'air et donc en diminuant la quantité d'oxygène disponible, source principale
d'accepteurs d'électrons pour la majorité des micro-organismes du sol. La modification
quantitative et qualitative des populations microbiennes au cours de la diminution de la teneur en
eau du sol est directement liée à la capacité de ces populations à extraire l'eau retenue dans les
pores très fins ou à la quantité d'air disponible. L'eau du sol sert aussi de milieu de transport à
travers lequel de nombreux nutriments et composés organiques diffusent jusqu'à la cellule
microbienne, et grâce auquel les déchets métaboliques sont éliminés.
2. La température
La température influe profondément la multiplication microbienne et sur leurs
métabolismes. Les températures optimales de la croissance et de l'activité des réactions
chimiques des microorganismes du sol varient selon l'espèce. L’intervalle de température
favorable à la bonne activité microbienne se situe entre 20 et 37°C.
. Les facteurs chimiques
1. La réaction du sol : Le pH
Le facteur environnemental influençant le plus la diversité bactérienne apparaît être le pH
du sol avec une diversité plus élevée dans les sols neutres et plus faible dans les sols acides
2. Le pouvoir d’oxydoréduction
La nature de la flore microbienne demeure étroitement dépendante de l’état d’aération du
sol qui, pour une large part, détermine le pouvoir oxydo-réducteur du volume considéré. En sol
convenablement aéré, à l’état textural et structural satisfaisant, s’installe une flore microbienne
dite aérobie dont la source d’énergie relève de l’oxydation des substances organiques mortes.
Dans les sols dont les qualités structurales médiocres, ou une humidité excessive limitent plus ou
moins la circulation de l’air, se développe une flore anaérobie.
3. La salinité du sol
La salinité exerce un effet osmotique sur les micro-organismes, qui ont aussi des besoins
en sels comme le NaCl, KCl et MgCl 2. Les fortes concentrations ont tendance à dénaturer les
protéines, c'est-à-dire à casser la structure tertiaire des protéines qui est essentielle à l'activité
enzymatique. La plupart des micro-organismes ont des besoins limités en sels et sont inhibés par
des teneurs en NaCl supérieures à 2%, sauf les espèces halophiles (bactéries, champignons,
algues) qui croissent en milieux salins et supportent bien des teneurs en NaCI de 15%.

Action des microorganismes sur la Matière Organique du sol :

On désigne sous le terme de matière organique un ensemble de substances organiques de

nature et de propriétés variées. La matière organique est définie comme la matière spécifique des
êtres vivants végétaux et animaux. Elle provient de l'activité de tout organisme présent à la
surface ou à l'intérieur du sol. Une partie de cette matière organique est produite par les
organismes. Le reste est constitué par les débris des végétaux morts, les cadavres d'animaux et
les cellules microbiennes lysées.
On appelle également matière organique l'ensemble des composés organiques susceptibles
d'être incorporés au sol.
La matière organique du sol composées de 58 % de carbone organique en moyenne, qui
libère du dioxyde de carbone (CO 2) et des composés organiques en se décomposant sous
l’influence du climat et des conditions édaphiques. L’évolution du stock de carbone organique
dans les sols, résulte de l’équilibre entre les apports de matières organiques végétales au sol et
leur minéralisation

Evolution de la matière organique dans le sol :

Les molécules complexes de la matière organique fraîche subissent une décomposition

microbienne qui libèrent des composés simples, le plus souvent solubles.
Une partie subit aux processus de minéralisation, c'est la minéralisation primaire, c'est-à-
dire la transformation en composés minéraux solubles ou gazeux. Certains de ces composés
peuvent d'ailleurs se réorganisent au cours de l'humification.
Une partie échappe à la minéralisation est sert de matériau à l'édification de molécules
nouvelles, de plus en plus complexe, dont l'ensemble constitue l'humus : c'est l'humification. Ces
composés humiques contractent des liens plus ou moins étroits avec les composés minéraux
(argiles et oxydes) puis ils se minéralisent à leur tour, mais plus lentement que la matière
organique fraîche, c’est la minéralisation secondaire.
 1. La minéralisation primaire (M1)
L’ammonification
L’ammoniac fabriqué par la fixation de N2 est immédiatement incorporé dans la matière
organique sus forme d’amines, Ces atomes d’azote des amines sont finalement introduits dans
les protéines, les acides nucléiques et d’autres biomolécules. Le cycle de l’azote se poursuit par
la dégradation de ces molécules en ammonium NH4+ par des populations mixtes de
microorganismes.

Protéines → peptides → acides aminés NH4+

La nitrification
La nitrification, c'est-à-dire l'oxydation de l'ammonium (NH 4+) en nitrate (NO3-), est
réalisée en deux étapes par deux groupes distincts de bactéries autotrophes, aérobies strictes:
- La nitrosation ou nitritation: consiste en la réduction de NH 4+ en NO2- par certaines
bactéries du genre Nitrosomonas.
La nitratation : étape au cours de laquelle certaines bactéries notamment celles du genre
Nitrobacter oxydent les nitrites NO2- en nitrates NO3- assimilables par les végétaux

L’humification
C’est l’ensemble des processus biochimiques qui font évoluer les matières organiques du
sol en humus. Dans les terres cultivées l’humification affecte, pour l’essentiel, les substances
végétales enfouies directement (racines, résidus de récoltes) ou après transformation préalable
(fumiers, composts,…). L’humification est le résultat d’un grand nombre de réactions
biogéochimiques qui se déroulent simultanément ou successivement. On considère aujourd’hui
que le processus de

2 . La minéralisation secondaire
La minéralisation secondaire est au contraire un processus très lent, à raison de 2 – 3 % par
an. Elle affecte l’humus formé depuis de nombreuses années et libère des quantités annuelles
d’éléments nutritifs considérables qui sont mis à disposition des plantes. Cette notion de
minéralisation de l’humus (perte) est reprise dans les modèles de calcul du bilan humique. Elle
est exprimée sous le symbole de K2 ). Le coefficient de minéralisation K2 dépend, non seulement
des conditions pédoclimatiques, mais aussi du niveau des restitutions en matières organiques et
dons du système de culture appliqué sur la parcelle.
 . La réorganisation
Inversement, pour transformer les matières organiques pauvres en azote, les
microorganismes utilisent l’azote minéral du milieu au lieu d’en fournir. Concurrence, mais
moyen de soustraire l’azote au lessivage par le phénomène de réorganisation.
-

N2
Minéralisation primaire M1 Dénitrification
Matières organiques fraiche CO2, SO4 , PO4 , NH4 , NO3-
2- 3- +

Réorganisation

HUMUS CO 2, SO42-, PO43-, NH4+, NO3-

Minéralisation secondaire M 2
-

Importance de la matière organique du sol

En matière agricole, il convient de faire la distinction entre la matière organique fraîche et

celle humifiée. C'est cette dernière qui joue un rôle important dans la fertilité des sols par
l'évolution biochimique qu'elle y subit et par les propriétés physico-chimiques qui en découlent.
 La matière organique joue un rôle nutritionnel en fournissant des éléments nutritifs parl'inter-
médiaire des processus de minéralisation (notamment l'azote, le phosphore et le soufre).
 Elle a aussi un effet favorable sur les propriétés physico-chimiques du sol, effet d'autant plus
marqué que l'humification de la matière organique est plus poussée :
 Elle régularise l'humidité de tous les type de sol : en favorisant l'évacuation de l'eau en excès
des sols argileux. En augmentant la capacité de rétention en eau des sols sableux.
 Elle améliore les qualités chimiques du sol. Par sa réaction acide, ses propriétés colloïdales et
sa minéralisation continuelle, l'humus agit sur les caractéristiques chimiques du sol et sur la
nutrition des plantes.
 Elle augmente l'activité microbienne : la matière organique constitue, en effet, une source
énergétique pour les micro-organismes.