‫اﻟﺠﻤﮭﻮرﯾﺔ اﻟﺠﺰاﺋﺮﯾﺔ اﻟﺪﯾﻤﻘﺮاطﯿﺔ اﻟﺸﻌﺒﯿﺔ‬

RÉPUBLIQUE ALGÉRIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIRE

Université des Frères Mentouri

Constantine ‫ﺟﺎﻣﻌﺔ اﻻﺧﻮة ﻣﻨﺘﻮري ﻗﺴﻨﻄﯿﻨﺔ‬
Faculté des Sciences de la Nature et ‫ﻛﻠﯿﺔ ﻋﻠﻮم اﻟﻄﺒﯿﻌﺔ و اﻟﺤﯿﺎة‬
de la Vie

Cours
Microbiologie de l’Environnement

Cycle : Licence Microbiologie 3éme Année Auteur : Dr. BOULTIFAT-LEBAD Linda

 Microbiologie de l’Environnement

Microorganismes dans la nature

Distribution
 La nature et la densité de la microflore déterminée par les conditions du
milieu
 Les fluctuation des conditions sont l’élément majeur de leur distribution
qualitative et quantitative,

Microbiotes environnementaux
Les Microorganismes d’un écosystème sont répartis en :

- Microorganismes autochtones (indigènes)

- Microorganismes allochtones (zymogènes) (WINOGRADSKY).

 - Microorganismes autochtones (indigènes) toujours présents dans leur
écosystème indépendamment de l’apport de nutriments exogènes,

- Microorganismes allochtones (zymogènes) fondamentalement étrangers à

l’écosystème.
Ils persistent en état de dormance et se développer à l’occasion d’un apport de
substrats exogènes

- Les milieux naturels les plus communs , tels les eaux et les sols reçoivent de la
microflore allochtone,

- Introduite par différentes voies: précipitations, ruissellement des eaux de pluies,

apport des débris animaux et végétaux

- Elles sont inadaptées aux conditions physicochimiques du milieu récepteur

s’opposant à leur implantation.
 Ecosystèmes microbiens

Les différents groupes de microorganismes sont présents dans tous les écosystèmes
aux conditions convenables.

Ils colonisent tous les types d’écosystèmes terrestres et aquatiques où se

développent les animaux et les végétaux

Ces organismes sont entièrement colonisés par ces microoganismes au niveau :

- peau, poils des animaux,rcines ,tiges,
- Abondamment présent dans le tube digestif des mammifères (écosystèmes dense
et stable)
- Leur présence dans les écosystème explique leur adaptation à leurs conditions
 Ecosystèmes microbiens

 La diversité et l’importance relative de leurs différentes populations dépendent :

-Potentiel nutritionnel du milieu

- L’équilibre issu de la complémentarité et de la compétition établies entres eux et avec les organismes
vivant de la biocénose.

Micro-environnement
 L’espace vital des microorganismes est très réduit( Micro-environnement )

Il est formé de l’ensemble des conditions régnant dans un espace donné qualifié également de niche
écologique
Chaque microenvironnement représente par sa spécificité une niche écologique où un ou plusieurs
microorganismes peuvent optimiser leurs activités.
 Biofilms
 Dans de nombreux écosystèmes : dents, tube digestif, station d’épuration des eaux, matériaux
inertes (conduites d’eaux, prothèses médicales cathetères)…, les bactéries constituent leurs propres
micro-environnement sous forme de biofilms

 Les bactéries constituent en communautés structurées en couches plus ou moins épaisses et

étendues , qui peuvent comporter différents types bactériens qui coopèrent par leur
complémentarité physiologique.

 Ils sont structurés en piliers formés de la superposition des cellules bactériennes et parsemés de
canaux qui permettent la circulation des nutriments et l’évacuation des déchets.

Activités

 La biocénose d’un écosystème joue deux rôles complémentaires fonctionnant en un cycle qui est
fondamentale à la vie sur terre.
1/ Biosyntèse de MO à partir de CO2, d’autres élément inorganiques et d’énergie solaire (production
primaire)
2/Décomposition de la MO en ses éléments constitutifs
Nutrition et croissance
 Le flux des nutriments dans les écosystèmes naturels est très variable (disponibilité
limitée)

 L’état physiologique des microorganismes est conditionné par le manque et la pénurie des
nutriments
 L’accès aux nutriments dépend de la compétition vitale résultant de la présence de
populations diverses et concurrentes pour les même substrats

 De nombreux microorganismes s’accommodent à ses situations de pénurie nutritionnelles

et de compétition vitale en s’adaptant de différentes manières.

 La concentration de la matière organique d’un milieu est l’une des conditions majeure de
la croissance des microorganismes hétérotrophes. Selon la concentration en matière
organique les milieux sont réparties en 3 catégories:

Milieux eutrophes teneur > 30mg/l

Milieux mésotrophes teneur entre15mg et 30mg/l
Milieux oligitrophes teneur < 15mg/l
 Croissance

 La croissance exponentielle observée au laboratoire sur des cultures pures de microorganismes est très
exceptionnelle dans les milieux naturels.

 Les déficiences des milieux naturels limitent leurs activités ce qui se répercute sur le taux de croissance
largement inférieur au taux obtenu au laboratoire

Exp: Dans le tube digestif, E. coli se divise en moyenne toutes les 12heures alors que son temps de génération
moyen en culture pure au laboratoire est de 20mn

Interactions microbiennes

 Il existe différentes nomenclatures qui définissent les interactions qui s’établissent entre les organismes
vivants en association dans les écosystèmes ( entre microorganismes ou entre microorganismes et
animaux ou végétaux)

 Les associations peuvent être bénéfiques, dommageables ou sans effet sur les partenaires.
Types d’associatios
 La présence microbienne dans les milieux naturels se manifeste par la cohabitation
de nombreuses populations qui par leur activités métaboliques exercent de multiples
interactions entre elles et les autres organismes de la biocénose.

-entre microorganismes , les interactions principales se manifestent par rapport aux

besoins nutritionnels (concurrence, dépendance, complémentarité)
- Entre animaux et végétaux, les interactions déterminent différents types
d’associations:

- -saprophytisme (neutralisme) absence de relation significative

- -mutualisme (symbiose) mutuellement avantageuse

- -commensalisme permet à un partenaire de tirer profit sans dommage ni bénéfice

pour l’autre partenaire

- - parasitisme association bénéfique pour l’ un des partenaire qui vis à ses dépens en
lui occasionnant des dommages.

- - prédation exercée par des organismes qui tuent d’autres pour se nourrir
(protozoaires, quelques moisissures certaines bactéries)
 Compétition vitale

 La compétition vitale pour les ressources nutritives d’un milieu est un facteur majeur de leur distribution
qualitative et quantitative , mais pas la seule situation,

 L’équilibre écologique est établi au profit des microorganismes dont le métabolisme est le mieux adapté à la
situation nutritionnelle et physico-chimique du milieu, qui s’exprime de diverses manières:

- Diversité métabolique permettant l’utilisation de substrats multiples

- Aptitude à faire des réserves intra-cellulaires en période d’abondance pour les utiliser en période de
pénurie

- Production de composés antagonistes comme les bactériocines, les antibiotiques et d’autres substances
capables d’inhiber leur croissance.

- Sécrétion de métabolites capables de modifier les propriétés physicochimiques du milieu telle le pH

 Endosymbioses chez les eucaryotes

De nombreuses cellules eucaryotes portent des endosymbiotes bactériens, pour lesquels le milieu intra-
cellulaire de la cellule hôte offre à la fois une protection et des conditions de vie très convenable.

Exp: Les tuniciers organismes apparentés aux vertébrés) sont associés à des cyanobactéries à la fois en
endosymbiose et en ectosymbiose profitant de leur production photosynthétique mais accumulant aussi leur
toxines, probablement pour dissuader leurs prédateurs.

Syntrophie
Différentes populations microbiennes développent une coopération métabolique au sein d’associations
complémentaires, où le produit métabolique des uns constitue le substrat des autres.
Ce phénomène appelé syntrophie, s’observe par exemple dans la métabolisation de l’ammoniaque(NH3)en
nitrate (NO3-) . L’ammoniaque est oxydé par Nitrobacter en nitrite NO2-, à son tour oxydé en nitrate par
Nitrosomonas.
 Microbiologie des eaux

 L’eau recouvre plus des deux tiers de la planète et représente une masse colossale de 1,5. 1015 Kt,
dont plus de 97% sont mobilisés dans les océans et les mèrs.

 Les eaux de surface des lacs et des cours d’eau ne représentent qu’un volume relativement très réduit,
mais elles ont un rôle majeur car c’est la fraction accessible aux besoins de l’homme.

 Les eaux de surface permettent également le transport et la circulation des substances solubles et en
suspension, dont les microorganismes, entre les différents écosystèmes de la planète: atmosphère,
sol, eau.

Milieux aquatiques
 Les milieux aquatiques sont formés des eaux marines et des eaux douces. Elles se différentient en de
nombreux écosystèmes , tous potentiellement favorable aux microorganismes dont l’activité dépend,
cependant, des ressources nutritionnelles du milieu et de ses conditions climatiques et géographiues.
 Eaux marines

 Eau de mer est principalement caractérisée par sa salinité qui varie de 33 à 37g/l.

 Elle contient en solution des composé minéraux cationiques( Sodium, calcium,

magnésium) et des composés anioniques (chlore, brome, iode fluor, sulfate,
bicarbonate) et des gaz dissous (carbonique, oxygène, azote)

 La matière organique est très inégalement répartie horizontalement et

verticalement. Sa concentration peut être élevée dans les zones côtières et à
l’embouchure des cours d’eau, mais les volumes gigantesques des océans
engendrent un pouvoir de dilution les rendant oligotrophes.

 La majorité des eaux marines se situe en moyenne au-delà de 1000m de profondeur

 La pression exercée par la colonne d’eau qui augment de 1atm/10m, dépasse les
1000 atm aux plus grandes profondeurs, cette dernière conditionne la distribution
des organismes vivants dans ce type d’écosystème.
 Eaux douces

 Les eaux douces de la planète sont à 90% inaccessibles aux besoins de l’homme et, en même temps
,elles sont protégés de ses activités car bloquées dans les glaces polaires ou très profondément
enfouies dans les sols

 L’eau douce des milieux naturels est en général de qualité variable.

-faiblement saline et riche éléments minéraux et en matière organique drainée par les pluies à partir du
sol, notamment dans les zones agricoles et forestières

Microbiotes aquatiques

 Les microbiotes aquatiques sont très variés, formés de bactéries, d’algues, de champignons, de
protozoaires et de virus.

 Ils participent activement aux processus biologiques de biosynthèse et de dégradation de la matière

organique aquatique

 Dans les eaux les microorganismes sont soit en suspension dans le plancton , soit ils adhèrent aux
différentes surfaces inertes ou vivantes

 Les algues sont les organismes phototrophes majeurs des milieux aquatiques
Microbiotes aquatiques

 Parmi les microorganismes hétérotrophes : bactéries, protozoaires et champignons, les bactéries sont
largement dominantes dans les milieux aquatiques et leurs populations sont directement corrélées à la
matière organique

 Tous les types physiologiques sont présents: phototrophes, lithotrophes, hétérotrophes

 et des bactéries du cycle de l’azote

 Les espèces les plus fréquentes sont à Gram -, on trouve occasionnellement des Actinomycètes

 Les bactéries à GRAM + sporulantes des genres Clostridium et Bacillus , présentes dans les eaux douces
principalement sont issues des du lessivage des sols

 Dans les eaux polluées on trouve aussi des bactéries d’origine digestive, animale et humaine qui peuvent
survivre dans les cours d’eau récepteurs et même en milieu marin
 Matière organique aquatique

 La MO aquatique a pour origine principale la photosynthèse, générée par les algues et les cyanobactérie

 Dans les milieux aquatiques( lacs ,cours d’eau, milieux marins et océaniques), jusqu’à la limite de
pénétration de la lumière, soit environ 300m de profondeur, la MO produite (production primaire) sert
pour une partie à la nutrition des organismes vivants.

 Pour le reste, elle est décomposée pendant sa lente sédimentation vers les fond océaniques

Eaux d’alimentation
L’eau destinée à l’alimentation humaine est prélevée des eaux brutes naturelles. Elle possède des qualités
intrinsèques définies: limpidité et incolore, absence de gout et d’odeur perceptible

Normes

En plus de ses qualités physico-chimiques et organoleptiques, elle doit être exempte de tout organisme
pathogène et de tout composé chimique polluant susceptible d’ être nuisible à la santé du consommateur
 Selon leur origine, les eaux d’alimentation sont de qualité différente nécessitant un
traitement spécifique destiné à les rendre conformes aux normes de potabilité

 Ces normes sont rigoureusement contrôlées et tiennent compte de l’élimination du plus

grand nombre de risques connus pour la santé publique.

 Les normes de potabilité de l’eau ont une valeur réglementaire et varient

relativement d’un pays à l’autre, ou elles peuvent être homogénéisées dans un groupe de pays

 Elles concernent la qualité physico-chimique de l’eau que sa qualité microbiologique

 Elles se recoupent , cependant sur l’essentiel de la grille des paramètres analysés et sur les
seuils maximums admissibles, notamment au point de vue microbiologique.
Propriétés
Les eaux d’alimentation ont des propriétés différentes principalement liées à leurs origines souterraine ou de
surface

Eaux souterraines

 Proviennes de la gravitation des eaux à travers le sol, jusqu’aux couches imperméables où elles
s’accumules en nappes plus ou moins importantes et profondes

 Elles sont protégés par la capacité filtrante des sols qui les sépare des sources de pollution domestiques
ou industrielles

 Ces types d’eaux sont largement exploitées sont souvent de qualité suffisante pour être distribuées en
l’état sans traitement

 Les nappes moins profonde ou situés dans les zones industrielles et agricoles sont beaucoup plus
vulnérables à la contamination notamment par les pesticides et les engrais, répandues sur les sols et
drainés plus aisément en profondeur par les eaux de ruissellement
Eaux de surface

 Elles sont mobilisés dans les lacs, les étangs, les barrages et sont les plus exposées aux pollutions, liées
aux activités humaines telles que les rejets domestiques et industriels et les activités agricoles

 Leur qualité est souvent médiocre et nécessite un traitement complexe et couteux

 Elles sont classées en plusieurs catégories en fonction de leur qualité qui détermine les
caractéristiques du traitement de potabilisation appliqué

 Elles sont bien plus sensibles aux variations de leur environnement climatique. Leur contenu en
éléments nutritifs et en gaz dissous permet en général le développement d’une microflore autochtone
riche et variée où coexiste tous les types physiologiques: phototrophes, litothrophes, hétérotrophes

 Elles accueillent également une microflore transitoire exogène, drainée à partir des sols ou issue des
rejets domestiques humains
Traitement de potabilisation
 Le traitement des eaux d’alimentation a pour objectif l’élimination de leur turbidité et de leur charge
polluante éventuelle: microorganismes et substances chimiques

 Le type de traitement appliqué est directement lié à leur qualité initiale et comprend plusieurs
phases consécutives appliquées dans l’ordre: stockage et sédimentation, coagulation, filtration,
désinfection.

Stockage
 Il consiste à stocker l’eau dans des réservoirs pour des séjours plus ou moins long qui ont une
incidence sur qualité à la fois par la sédimentation des particules nutritives et par leur métabolisation
par les microorganismes indigènes.

 Les microorganismes exogènes, et en particulier les bactéries pathogènes, tendent à disparaitre en

raison de la compétition vitale imposée par les espèces saprophytes (barrages)
Coagulation

 L’eau partiellement clarifiée par le stockage, est dirigée dans des bassins de coagulation

 Elle est mélangée à des agents chimiques floculants comme le chlorure ferrique

 Ces agents ont la capacité de former un floc de coagulation dont la propriété est de complexer la matières et les
particules en suspension,
 Il se forme des précipités insolubles qui entrainent aussi, par leur sédimentation la plus grande partie des
microorganismes restant, soit jusqu’à 99%

Filtration

 L’eau subit une filtration lente dur sable fin ou rapide sur sable de plus gros calibre, pour retenir physiquement les
particules non encore décantées.

 L’eau est donc limpide et débarrassée de l’essentiel de sa charge organique , microbienne et chimique , elle peut
cependant, contenir encore en solution des polluants organiques solubles (gout et odeur indésirables)

 Une filtration complémentaire est réalisée sur charbon actif qui élimine, par adsorption, polluants organiques
résiduels dissous.
Désinfection

 Elle constitue la dernière étape du traitement et s’ effectue par l’addition d’agents désinfectants chimiques divers.

 Les désinfectants agissent sur une eau très largement débarrassée de sa charge chimique et microbienne affecte
négativement leur action

 Le choix et l’action du désinfectant sont conditionnés par la nature du milieu et dépendent en particulier: du type de
désinfectant et de sa concentration , du temps de contact et de la température.

 L’ozonation est un autre procédé de désinfection des eaux, de plus en plus utilisé. Il est plus onéreux mais son efficacité
est de 10à 100 fois plus supérieure à celle du chlore, y compris vis-à-vis les spores microbiennes.

 Il présente , cependant, l’ inconvénient majeur , de l’absence d’une activité résiduelle qui expose les eaux déjà traitées à
une re-contamination éventuelle dans les circuits de distribution.
Chloration

 Le chlore est employé depuis le début du 20ème siècle dans la désinfection des eaux d’alimentation et il
représente, aujourd’hui encore dans le monde , 80% des agents de désinfection de l’eau.

 Son cout relativement modéré , son efficacité et sa facilité d’utilisation ont permis de maitriser
efficacement la dissémination épidémique des maladies infectieuses à transmission hydrique

Mode d’action
 Le chlore est utilisé sous forme gazeuse (Cl2)ou sous forme liquide d’hypochlorite de sodium (NaOCl)
 Dans l’eau il réagit en donnant l’acide hypochloreux HOCl, selon la réaction:

Cl2 + H2O HOCl + H + Cl

NaCl + H2O HOCl + Na + OH

 Le chlore se caractérise par sa capacité à réagir rapidement avec la Mo et l’ammoniaque et ses dérivés,
éventuellement présents dans le milieu, pour former des composés organochlorés et des chloramines.

 Cette situation constitue un inconvénient car l’eau a, de ce fait , et fonction de sa composition chimique , une
demande intrinsèque en chlore nécessaire à la saturation de sa MO et des autres substances réductrices qui sont
oxydées. Ce n’est donc que lorsque cette situation atteinte que le chlore ajouté en excès sera disponible pour assurer
la destruction des microorganismes présents.

 Le protocole technique de chloration au point critique (break point) est à la base du processus de désinfection
communément et très largement utilisé. Il permet de produire ce phénomène par l’apport progressif de chlore dont
l’action se développe en 4 phases:

1/ Le chlore introduit à faible dose se combine immédiatement aux composé minéraux réduits et à la MO non azotée qui
sont alors oxydés (A).

2/Le chlore supplémentaire ajouté avec la MO azoté et avec l’ammoniaque et ses dérivés, jusqu’à la saturation pour
former des composé organchlorés et des chloramines (B).
3/La courbe présente théoriquement un maximum quand le rapport molaire entre le chlore (HOCl) et l’ azote
ammoniacal (NH4) est de 1/1. Au delà, se produit l’oxydation des composés organochlorés et des chloramines
qui sont détruits, en entrainant une chute du chlore résiduel (C).

4/Le chlore ajouté à partir de ce point théorique , le point critique , reste sous forme libre avec une activité
chimique maximale dans l’action de désinfection (D), alors que persiste dans le milieu les complexes
organochlorés résiduels (E).
Efficacité

 Le protocole de chloration au point critique montre bien que l’action du chlore est étroitement liée à la
composition de l’eau

 Elle est largement influencée par d’autres facteurs : sensibilité spécifique des microorganismes, pH,
température, temps de contact.

 Les différentes formes de chlore varient avec le pH du milieu. Elles ont toutes une action désinfectante mais
à d’efficacité variable

 Dans le processus de chloration la quantité de chlore employé doit être suffisante pour que le chlore libre
résiduel ait une concentration comprise entre 0,2 et 2mg/l. En général une désinfection satisfaisante est
obtenue par l’application du protocole technique suivant: un temps de contact de 10min, un taux de chlore
résiduel de 0,2mg/l, un pH entre 7 et 8, une température de 10à 15°C
Contrôle bactériologique

 Le contrôle bactériologique d’une eau potable devrait logiquement consister à rechercher les germes
pathogènes qu’elles pourrait contenir.

 Cette opération est très difficile à mettre en œuvre, en raison du nombre considérable d’analyses à
réaliser, de leur cout et de leur complexité. Mais il existe une alternative réaliste à cette situation: la
recherche des indicateurs de contamination fécale.

 Plusieurs germes ou groupes de germes indicateurs de contamination sont proposés et recherchés dans
le cadre de protocoles techniques rigoureusement normalisés.

 Chacun d’eux est porteur d’une signification particulière mais pris dans leur ensemble ils offrent une
grille d’information complémentaires et satisfaisantes pour une évaluation globale et acceptable de la
qualité bactériologique de l’eau.
Indicateurs de contamination fécale

 Les germes pathogènes à dissémination hydrique: bactéries, protozoaires, virus, sont rejetés essentiellement
dans les matières fécales et dans les urines de l’homme et des animaux malades ou porteurs sains. Ils peuvent
alors par diverses voies, directes ou indirectes, contaminer les milieux récepteurs et parvenir jusqu’aux eaux
d’alimentation.

 Dans les matières fécales, les germes pathogènes sont toujours accompagnés d’une microflore saprophyte
d’origine digestive considérablement plus importante et donc en pratique plus facile à rechercher.

 Le contrôle bactériologique de l’eau potable est justement basé sur la mise en évidence d’éléments de la
microflore fécale saprophyte, utilisés comme indicateurs de contamination fécale et spécifiquement
sélectionnés en raison de propriétés particulières et avantageuses dont principalement:

- la présence constante dans les fèces de l’homme et des animaux à sang chaud et
- l’absence dans l’environnement,
- l’incapacité à se multiplier dans l’environnement,
- la résistance aux agents de désinfectons supérieure à celle des organismes pathogènes,
- l’importance relative de leur population,
- la simplicité de sa détermination.
 Les indicateurs bactériologiques les plus recherchés et intégrés aux protocoles de contrôle microbiologique des
eaux potables sont:

 Dénombrement de la FTAM, les coliformes totaux, les coliformes fécaux, E. coli, les streptocoques fécaux et les
Clostridium sulfito-réducteurs.

 Les indicateurs considérés comme les plus importants sont les coliformes totaux, fécaux et surtout E.coli. Mais
la portée de leur signification spécifique est actuellement contreversée.

 La mise en évidence d’une contamination fécale ne signifie pas pourtant la présence obligatoire de germes
pathogènes, elle indique seulement la probabilité de leur présence. Mais cette situation suffit alors pour
déclarer l’eau non potable, par mesure de précaution.

FTAM
• Microflore complexe et constitue un élément majeur de la population microbienne. Elle est dénombrée sur
des milieux gélosés,
• Les cultures sont incubées à 20°C pour différencier la flore saprophyte de l’eau et à 37°C pour favoriser la
croissance bactérienne des bactéries d’origine intestinale, improprement qualifiée de pathogènes car elles ne
le sont pas obligatoirement.
• La signification de la FTAM est en elle-même un critère peu important pour la potabilité de l’eau, puisque une
parfaitement saine peut présenter une FTAM élevée mais composés de bactéries saprophytes, sans impact sur
la santé du consommateur.
Mais si le test est réalisé de manière régulière dans le temps , il donne des indications appréciables sur les
fluctuations de la qualité de l’eau liée aux variations de sa FTAM.

Coliformes totaux

 Ils regroupent des bactéries très hétérogènes, faisant partie de la famille des Enterobacteriaceae. Ils comptent
aussi bien des espèces saprophytes très communes d’environnement aquatiques et telluriques divers que des
espèces d’habitat spécifiquement intestinal des animaux dont l’homme.

Selon L’ISO comme des bactéries aérobies anaérobies facultatives, à GRAM négatif, en forme de batonnets , non
sporulées cytochrome oxydase négative , capables de croitre en présence de sels biliaires ou d’autres agents
antibactériens similaires , fermentant le lactose avec production d’acides et de gaz en 48h à 35-37°C.

 En raison de leur caractère ubiquitaire dans les milieux naturels , la présence de coliformes totaux dans les eaux
d’alimentation n’est pas synonyme d’une contamination. Mais parce qu’ils résistent mieux et survivent à la
chloration que les fécaux et les autres pathogènes communes, ils sont largement utilisés comme des indicateurs
de l’efficacité du traitement de potabilisation de l’eau.

 Leur détermination est considéré de ce fait comme ayant une signification sanitaire de première importance par
la plupart des instances de normalisation et de contrôle des eaux potables.
Coliformes fécaux

 Ou coliformes thermotolérants, sont spécifiques du tube digestif de l’homme et des animaux homéothermes.
Ils sont classiquement considérés formés des espèces: E. coli, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freudii Enterobacter
cloaceae.

 Ils possèdent des caractéristiques de culture que les coliformes totaux. Mais ils sont en plus capables de fermenter le
lactose en produisant des acides et des gaz en moins de 24h à 44,5°C.

 La recherches des coliformes thermotolérants est classiquement réalisée sur bouillon lactosé bilié au vert brillant,
muni d’une cloche de DURHAM pour recueillir les gaz. Après 24h d’incubation à 44,5°C, le virage de couleur du milieu
et la production de gaz indiquent la présence de coliformes thermotolérants.

E. Coli
 La mise en évidence des coliformes thermotolérant est très significative mais la présence d’ E. coli reste l’indicateur
privilégié. Car hautement spécifique de l’habitat intestinal, elle possède des propriétés similaires à celles des
bactéries pathogènes fécales et son identification est aisée. C’est pourquoi quand la présence de coliformes
thermotolérants est établie, il est souvent utile de poursuivre l’investigation jusqu’à l’identification finale de E. coli
 Une fois la présence des thermotolerants établie, une sub-culture est réalisée à partir des tubes positifs pour
rechercher la production d’indole à partir de la croissance sur milieu au tryptophane.

 Ce dernier est fourni dans un bouillon peptoné qui est incubé 48h à 44,5°C. Si ce test se révèle positif, la
culture est qualifiée « d’E.coli présumée ». Un test confirmatif permettra de conclure la présence certaine d’
E.coli.

 L’identification d’ peut se faire par un protocole analytique séquentiel, classique et normalisé. Il est composé
de différents milieux inoculés à partir de tubes de culture indole positif. La présence est avérée si la culture d’E.
coli présumée se révèle en plus: RM positif ,carboxylase positive ,citrate négatif

Streptocoques fécaux
 Ces bactéries possèdent toutes l’antigène D de LANCEFIELD (streptocoques D),

 Certains sont spécifiques de intestin de l’homme et/ou d’autres mammifères, alors que d’autres ont des habitats
divers et quelques sont ubiquitaires.

 Il s’agit d’un groupe très hétérogène et composé de streptocoques et d’enterocoques

 Leur recherche est en complément aux coliformes thermotolérants, notamment en raison de leur forte
résistance aux conditions de l’environnement qui permettrait la détection de contamination anciennes.
Clostridum sulfito-reducteurs

 Ces bactéries anaérobies sporulentes ont des habitats naturels très variés, certaines étants ubiquitaires.

 Elles sont mises en évidence dans les eaux par germination de leurs spores, inoculées dans un milieu
adéquat où elles forment des colonies noires en présence de sulfite de sodium et d’alun de fer.

 La signification de leur présence dans l’eau est très contreversée car aucune des espèces n’a pour habitat
spécifique le tube digestif de l’homme ou des animaux,

De nombreux auteurs suggèrent plutôt de rechercher Clostridium perfrengens comme des témoins ( par leur
absence) de l’efficacité d’un traitement de potabilisation, sans autre signification.

Eaux usées

 Les eaux usées sont des eaux initialement potables ou à usage industriel, souillés par des activités
domestiques et industrielles humaines.
 Quand elles sont d’origine domestique, les eaux usées sont en majeur partie formées d’excréments humains dilués
dans les eaux de lavage (eaux de toilettes, eaux de lessive, eaux de vaisselle…)

 Les eaux usées industrielles ont une composition chimique plus variée, liée à la nature de l’activité. Selon leur
origine, les eaux usées sont susceptibles de contenir toute sorte de polluant d’origine biologique ou chimique.

 Elles sont normalement toutes traitées dans des stations d’épuration qui ont pour rôle de les débarrasser de leur
charge polluante, avant de les déverser dans les cours d’eau récepteurs qui conservent ainsi, en principe, leur
équilibre écologique spécifique.

 Les substances polluantes de toutes nature :solides, liquides, gazeuses, contaminent l’environnement aquatique
essentiellement par leur solubilité. Mais il apparait en pratique que même des composés aussi peu solubles que les
hydrocarbures ou certains pesticides peuvent s’insérer et s’accumuler dans la biocénose aquatique.
Pollution

Pollution biologique

 Les microorganismes polluants comprennent principalement des bactéries mais aussi des protozoaires, des
champignons et des virus.

 Ils proviennent tous des matières fécales contaminantes.

 Cette population soulève bien dans des cas de sérieux problèmes d’hygiène publique et d’épidémiologie.
Car non traités, ces rejets contiennent des microorganismes pathogènes viables qui sont alors transportés
par les eaux et disséminés sur leur parcours.

 La présence de matière organique naturelle est une caractéristique fondamentale des eaux de surface et des eaux
peu profondes,.

 Son origine principale est le drainage des sols où s’accumulent des matières végétales plus ou moins décomposées.

 Les digestions animales en fournissent également une partie, ainsi que les rejets de l’industrie agroalimentaire.

 Les rejets urbains peuvent représenter un pourvoyeur majeur en composés organiques, pouvant atteindre dans
certains cas 1kg/m3 dont plus de la moitié sous forme dissoute.
 Les principaux composés polluants sont: des lipides, des protides, des glucides, des savons, des détergents, des
huiles et des débris cellulosiques, auxquels s’ajoutent leurs produits de décomposition.
.
Pollution chimique

 Hors hydrocarbures, la pollution chimique organique est diversifiée mais elle est principalement due à des
composés organiques de synthèse, de structure moléculaire souvent très complexes, abondamment utilisés dans la
fabrication de produit d’usage très courants dans l’agriculture et l’industrie: biocides (pesticides, herbicides
,fongicides), polychlorobiphényles et phénols.

 A ces composés s’ajoutent des substances minérales: engrais azotés et phosphatés et des métaux divers ,dont le
plomb utilisé encore dans certains pays comme agent détonnant dans les carburants.

 Ces polluants chimiques sont peu ou pas biodégradables. Ils constituent par eux même ou par leurs résidus des
composés toxiques pour la biocénose aquatique.

 A leur action directe s’ajoute également leur accumulation dans les organismes à leur contact et leur concentration
le long de la chaine trophique.
Effets toxiques généraux

 Les polluants rejetés en milieu aquatique présentent une toxicité par leur action chimique directe en vers des
organismes aquatiques et/ou par les modifications physicochimiques qu’ils peuvent provoquer dans le milieu
récepteur

 Ils réagissent également entre eux et avec les substances naturellement présentes dans les eaux, ce qui peut modifier
profondément leurs effets.
Au sein de la biocénose, les polluants peuvent exercer trois formes de toxicité:

- Une toxicité aigue, qui engendre une mortalité rapide de certains organismes ou même de toute la biocénose dans la
zone immédiate du rejet.

- Une toxicité chronique, responsables de troubles physiologiques plus ou moins graves, en fonction de la nature du
toxique et de l’espèce animale ou végétale mise à son contact;

- Une toxicité transmise, qui s’exprime par la concentration des polluants par les organismes, par différents mécanismes:
filtration, fixation de composés non métabolisables.
Eutrophisation

 Dans les milieux aquatiques fermés ou peu renouvelés, tels que: les lacs , les étangs ou même les oueds, un
apport ponctuel trop important minéraux et de matière organique polluante peut aboutir à l’eutrophisation du
milieu qui résulte du bouleversement irrémédiable de son équilibre écologique. Cette situation se répercute sur
la biocénose et provoque , à plus ou moins long terme, sa disparition.

 L’enrichissement excessif du milieu en ions nitrates (NO3) et phosphates(PO4), puis en matières organiques
nutritives issues des eaux résiduaires polluantes, favorise dans un premier temps la prolifération considérable
d’algues eutrophes.

 Au terme d’une croissance excessive, ces algues s’accumulent en dépôts de matières organiques tellement
important que leur putréfaction, par leur métabolisation microbienne aérobie, consomme l’essentiel de
l’oxygène dissous du milieu le transformant ainsi en un écosystème anaérobie

 La biodiversité du milieu est alors drastiquement réduite, par l’élimination des végétaux, des animaux et des
microorganismes aérobies. Il ne subsiste alors dans le milieu devenu anoxyque, qu’une activité bactérienne
anaérobie, fortement nuisible par sa production de méthane et de sulfure d’hydrogène nauséabond.
Maladies à transmission hydrique

 D’un point de vue épidémiologique les eaux usées sont le véhicule des maladies à transmission hydrique qui
.
représentent encore un véritable fléau dans les pays en développement.

 Les microorganismes responsables de ces maladies sont des bactéries , des protozoaires, ou des virus rejetés par les
matières fécales dans les eaux usées puis dans les cours d’eau récepteurs.

 Ils y survivent plus ou moins longtemps, en contaminant les utilisateurs directement ou indirectement.

 Les bactéries pathogènes responsables de MTH sont le plus souvent d’origine entérique, comme:
Salmonella sp, Shigella sp, E. coli enterotoxinogène, Yersinia enterolitica, Campylobacter jejuni, Vibrio cholerea, Legionella
sp, mais elles sont aussi d’origine muco-cutanée, telles que Staphylococcus ou Pseudomonas aeruginosa.

 Les principaux virus à MTH on compte les agents de la polymyélite et des hépatites anisi que les virus Rotavirus.

 Les protozoaires sont principalement représentés par les amibes, les hélmintes et les Giardia, alors que Candida albicans,
une levure, est la plus représentative des champignons.
Autoépuration

 L’autoépuration est un phénomène naturel et général qui tend à rétablir les écosystèmes pollués
dans leur conditions d’équilibre écologique spécifique, par l’élimination des éléments exogènes.

 Dans le processus d’autoépuration naturelle des eaux, la minéralisation de la matière organique est l’étape
fondamentale. Elle se réalise par l’oxydation progressive mais , en fin de compte, totale de la matière organique dont
les différents éléments constitutifs sont alors libérés sous la forme oxyde minéraux: CO2, nitrates sulfates,…

 La présence d’O2 est indispensable à la finalisation du processus de minéralisation de la matière organique.

Les algues jouent à cet égard un rôle important par leur photosynthèse qui assure la réoxygénation permanente de l’eau.
En retour, elles bénéficient du CO2 et des autres composés minéraux indispensables, résultant du métabolisme oxydatif
aérobie des bactéries.

 Tous les microorganismes capables de se développer en métabolisant les substances polluantes au profit de leur
croissance sont qualifiés d’autoépurateurs.

 En réalité ce sont les bactéries et singulièrement les bactéries autochtones du milieu, qui ont le rôle principal, grâce à
leur diversité métabolique.
Traitement

 Le traitement d’épuration des eaux usées a pour objectif de les débarrasser de leur charge organique et de
limiter, leur charge microbienne et particulièrement sa composante pathogène.

 Son action principale est basée sur l’activité métabolique de dégradation exercée par les microorganismes
autochtones des milieux aquatiques. C’est cette activité qui permet de débarrasser le milieu de ses matières
polluantes.
 Le traitement comporte en général trois phases consécutives et complémentaires

- Épuration primaire 1ère phase du traitement, C’est un processus physique d’élimination des débris flottants et
des grosses particules insolubles. Dans un 1er temps par tamisage des eaux usées recueillies, puis par leur
décantation passive dans des bassins. Cette étape peut être provoquée ou accélérer par l’addition d’agents
coagulants. Les huiles et graisses sont aussi éliminées à ce niveau par écrémage. C traitement permet
d’éliminer 60% des matières solides en suspension et permet de réduire la DBO de 20à30%.

- Epuration secondaire, 2ème phase du traitement est un processus de nature essentiellement biologique
destiné à éliminer la matière organique dissoute. Elle peut être réalisée par divers processus biologiques, tous
aérobies et basés sur l’activité métabolique de dégradation la MO par les microorganismes: lagunage, lits
bactériens , boues activées. Cette phase réduit la DBO de 90à95% et élimine une part importante de bactéries
pathogènes
- Parmi les processus employés à grande échelle est celui des boues activées, parallèlement à l’aération
soutenue du milieu pour favoriser la minéralisation des MO par leur oxydation totale par les bactéries
aérobies. Mais quel que soit le traitement appliqué, une masse organique et microbienne en excès (boues de
-Epuration tertiaire, est la 3ème et dernière phase du traitement. C’est un processus physique et/ou biologique,
ayant pour rôle l’élimination des composés minéraux azotés et phosphatés et de la MO persistante.
Souvent, les eaux ainsi traitées sont désinfectées en fin de cycle par chloration, avant leur évacuation vers le
milieu récepteur final

Boues activées:
L’aération vigoureuse et continue des eaux usées, ayant déjà subi l’épuration primaire, provoque la formation
d’un floc ou zooglée qui est un amas visqueux formés de la prolifération intense d’une microflore très variée de
bactéries aérobies, de leur sécrétion métaboliques, et de la MO colloïdale du milieu.

Cette masse , aux propriétés fortement floculantes et oxydantes, sédimente en dépôt appelés boues activées
parce que dès qu ’elles sont mélangées à des eaux usées nouvelles et bien aérées elles provoquent la floculation
de leur MO et de leur microorganismes en quelques heures seulement. Alors qu’en leur absence , le même
phénomène nécessiterait plusieurs semaines.

Digestion anaérobie
Les boues activées produites en excès dans l’épuration secondaire et les dépôts organiques sédimentés dans
l’épuration primaire doivent à leur tour être traitées. Elles le sont, le plus souvent, par une digestion anaérobie.
Elle est réalisée dans de grandes enceintes de fermentation: des fermenteurs appelés digesteurs
Le processus fermentaire appliqué implique plusieurs étapes où une grande partie de la MO est métabolisée en
gaz (CH4, CO2,H2, NH3,H2S) à haute teneur en méthane, donc combustible et susceptible d’ être
commercialement valorisé comme source d’énergie La fermentation dure de 3à 4 semaines et elle est optimisée
à une température de 50à60°C, favorable aux bactéries thermophiles méthanogènes.
Il reste encore en fin de fermentation des boues résiduelles qui sont alors enlevées et séchées pour être
 Microbiologie des sols
• La formation des sols résulte de l’action conjuguée et complexe de processus géologiques, physiques
chimiques et biologiques qui comprennent l’altération des roches mères, suivie de leur dissolution
progressive et multiforme en particules de plus en plus réduites.

• L’importance de ces processus et leur dynamique permanente déterminent la composition, la structure ainsi
que la surface des différents types de sols. Les conditions climatiques de même que l’activité humaine,
notamment agricole, jouent également un rôle en ce domaine.

Nature des sols

• Les sols sont composés de deux phases, minérale et organique, combinées en différentes proportions qui
caractérisent la diversité des sols. De ce fait les sols se répartissent en deux types:
Les sols minéraux qui dérivent directement de la décomposition de roches mères ou d’autres matériaux
inorganiques et les sols organiques sédimentaires.

• La plupart des sols dont les sols agricoles et forestiers sont des sols minéraux. Ils sont globalement composés
de mélange de particules solides de différentes tailles, soumises à une dynamique permanente de
changement imposée par les fluctuations des facteurs de l’environnement, dont les plus importants sont les
facteurs climatiques.
 Un sol minéral typique est formé pour la moitié de son volume d’espace poreux, occupé par un mélange de gaz et
d’eau qui ont une influence décisive sur l’activité microbienne.

 La matière minérale représente la majeur partie de la phase solide du sol leurs principaux éléments sont: Fe, Al,
auxquels s’ajoute de nombreux autres éléments (Ca, Mg, K, Na, P…).

 La composante organique des sols minéraux peut atteindre des teneurs de 30% , alors que dans de nombreux cas
elle se situe entre 5% et 20%.

 La MO tellurique est formée à la fois de débris animaux et végétaux bruts, de composés organiques solubles et de
l’humus.

 L’humus constitue un colloïde , brunâtre formé de deux éléments: les produits de la dégradation partielle de la
MO essentiellement végétale ,et les produits de la biosynthèse et de la biodégradation des microorganismes.

 La nature d’un sol est déterminée par sa composition mais aussi par son environnement climatique et
géographique, qui conditionnent à la fois la distribution son couvert végétal et de sa faune.

 Les débris et les résidus de ces derniers constituent ses ressources nutritionnelles organiques entièrement
colonisées puis progressivement décomposées par la microflore du sol au profit de sa croissance.
Facteurs physico-chimiques

 Les principaux facteurs physicochimiques qui agissent significativement sur les microenvironnements sont
climatiques: la température et l’eau.

 L’eau des sols provient des pluies. Elle est naturellement perdue par ruissellement et gravitation. Elle ne persiste
que dans les espaces capillaires et dans les phases colloïdales, propices à sa rétention.

 La disponibilité de l’eau, en tant qu’eau libre (Aw) est bien plus importante que sa teneur globale dans un milieu,
elle régit à la fois l’activité microbienne et l’importance et la nature du couvert végétal.

 La température possède un effet direct et déterminant sur le métabolisme cellulaire.et sur la plupart des
facteurs physicochimiques du milieu. Collectivement ces derniers déterminent ses propriétés spécifiques: pH,
potentiel redox, diffusion des solutés et des gaz.

Ecosystèmes telluriques

La structure et la composition hétérogène des sols engendrent une succession de microenvironnements définis
comme la situation physicochimiques dans laquelle une cellule , une population ou une communauté microbienne
sont considérés en un temps et dans un espace donnés.
Les ressources nutritionnelles carbonées d’un sol, sont l’élément moteur de toute activité microbienne et le principal
facteur limitant de la croissance des microorganismes, mais des éléments inorganiques come l’azote ou le phosphore,
peuvent également jouer un rôle en ce domaine.

Microbiotes du sol
 La nature des microbiotes dépendent du type des sols. Ils sont formés de bactéries, d’archaébactéries de
champignons( levures et moisissures), d’algues et de protozoaires.

 Pour la plupart ils adhèrent de manière spécifique ou non aussi bien aux particules inertes qu’aux différentes
surfaces des organismes vivants du sol .

 La présence des microorganismes autochtones est permanente et sans relation avec L’apport externe de nutriments ,
au contraire de la microflore allochtone. Elle se développe en en fonction de la disponibilité des nutriments et
comprend souvent des organismes hautement spécialisés dans la métabolisation de substrats spécifiques du milieu.

 Au sein de la microflore tellurique les bactéries et les champignons sont les éléments dominants., à la fois par
l’importance numérique de leur population et par leur biomasse.

• Ils se situent principalement dans les zones privilégiées de croissance et d’échange nutritionnels. Zones où leur
distribution qualitative et quantitative est fortement liée à la nature et à la concentration des substrats nutritionnels
disponibles : cellulose, hémicellulose lignine,péctine,composés azoté et soufrés.

• En certaines zones tempérés, les microorganismes autochtones du sol atteignent des populations considérables de
l’ordre de 109 bactéries /g et au-delà de 105 pour les champignons et de 104 pour les algues et protozoaires.
• L’activité microbienne principale des sols se localise dans les couches superficielles , riches en Mo auxquelles se fixent
massivement les microorganismes, dans l’humus et , surtout, dans la rhizosphère périphérique des racines végétales.

Bactéries

• Dans le sol les bactéries sont les plus abondantes et les plus actives.

• On y trouves tous les types physiologiques bactériens :autotrophes, hétérotrophes, mésophiles, thermophiles,
aérobies anaérobies ,AAF.

• Le sol par sa nature ouvert et sensible aux facteurs de l’environnement est le réceptacle d’apport continu de
microorganismes exogènes qui disparaissent ou survivent en situation de dormance , en raison des conditions
défavorables d’un milieu qui n’est pas le leur. M ais certain d’entre eux peuvent s’implanter.

• Les bactéries du sol sont à dominance GRAM positif, avec pour groupes principaux: Les Corynébactéries, les
Actinomycètes, les Mycobactéries et les Nocardiformes
Les genres les plus communs sont: Arthrobacter, Pseudomonas, Achromobacter, et Bacillus dans les couches aérobies.
Alors que les Clostridium sont dominantes dans les conditions anaéobies.

• Les variations du potentiel nutritionnel favorisent l’apparition de bactéries autotrophes du cycle de l’azote (
Nitrosomonas et Nitrococcus) et du soufre (Thiobacillus).
Activités

• En raison de la structure solide du sol et de l’absence d’eau en quantité suffisante en temps normal, les bactéries sont peu
mobiles. es se fixent sur toutes sortes de supports, où elles se développent en microcolonies de manière à rester au
contact de leurs ressources en eau et nutriments.

• Dans le sol elles sont les agents agents majeurs de l’élimination des résidus organiques. Grace à la diversité de leur
capacité métaboliques elles peuvent décomposer et minéraliser quasiment tous les composés naturels dont les
hydrocarbures et certaines peuvent même dégrader les molécules organiques de synthèse , tels les pesticides.

• Dans les sols très pauvres en MO (<15mg/g)on observe une croissance soutenue de bactéries oligotrophes.

Champignons
• L’ examen direct au microscope optique montre la présede Bsidiomycètes. De nombreux travaux indiquent la
prédominance des genres: Mucor, Tricoderma et Aspergillus Alors que les genres rhyzopus,Zygorhynchus, Cephalosporium,
Cladosporium et Verticilum sont aussi courants.

• En général, la présence de champignons dans les sols cultivés excède , en biomasse, celle de tous les autres groupes de
microorganismes. Ils sont aussi dominants dans les sols acides mais absents dans les sols saturés , ces conditions étant
bien plus favorables aux bactéries.
Activités
• Leurs activités métaboliques sont multiples et fondamentales à l’équilibre écologique des sols , par : leur interactions
avec les systèmes racinaires des plantes, leur aptitude à coloniser et à dégrader les débris organiques de grande taille
et les composés les plus divers et de structure les plus complexes.

• Ils colonisent les espaces et les particules nutritionnelles de milieu par la croissance multilatérale de leurs filaments
mycéliens qui multiplient ainsi leur surface d’ adsorption et étendent leur zone de croissance, arrivant ainsi à établir
de véritables ponts de transfert des nutriments.

• Ces filaments s’imbriquent intimement désintégration physique qui augmente la surface d’ adhésion et d’attaque des
bactéries , facilitant ainsi leur métabolisation.

• Certains champignons sont des prédateurs de nématodes ou d’amibes ou d’autres protozoaires. Ils jouent
probablement un rôle dans le contrôle de leur populations.
Algues et protozoaires

 Les algues sont considérées comme relativement peu abondantes dans le sol. Mais leur présence est cependant
commune. Elles ont même étaient isolées de milieu très hostiles comme les déserts chauds ou les zones glaciales. Cette
situation suggère une présence générale des algues dans les autres types de milieux, de nature bien plus favorable. Les
algues du sol incluent des espèces coccoides et des espèces filamenteuses.

 Les groupes les plus courants sont des Chlorophyceae présents dans les milieux humides et certains diatomés,
particulièrement.

 Parmi les microorganismes photosynthétiques du sol, les cyanobactéries sont dominantes dans les sols neutres et
alcalins.

 Les protozoaires isolés des sols sont variés et se développent dans les zones superficielles humides , au niveau des films
d’eau entourant les particules.

Interactions microorganismes /plantes

 C’est autour des racines que se développe l’activité microbienne majeur du sol, engendrant des interactions multiples
très importantes et plus ou moins spécifiques avec les plantes

 Le sol est par ailleurs le réservoir de microorganismes pathogènes, principalement des champignons parasites qui
infectent les plantes par leur racines.
 Il existe aussi dans le sol de nombreux types d’associations symbiotiques entre microorganismes et plantes ,les plus
remarquables sont les systèmes racinaires , de nodules par des bactéries fixatrices d’azote et de mycorhizes par les
mycètes.

Rhizosphère
La rhizosphère est formée du volume sol situé à la périphérie des racines végétales. Son épaisseur n’excède pas quelques
centimètres mais elle s’étend sur toute la longueur du système racinaire qui, par contre, peut atteindre au total plusieurs
dizaines de mètres.

Microbiote de la rhizosphère
 La microflore de la rhizosphère est significativement très dense que celle du même sol dépourvue de racines.

 Les bactéries sont largement dominantes, suivies des champignons, alors que la population des algues augmente
légèrement , tandis que le niveau des protozoaires demeure constant.

 Les bactéries les plus dominantes sont à GRAM négatif, avec pour genres principaux: Pseudomonas, Achromobacter et
Agrobactérium, auxquels s’ajoutent les bactéries du cycle de l’azote.

 Dans la rhizosphère sont également établies les bactéries fixatrices d’azote des genres: Rhizobium,Bradirhizobium,
Azorhizobium
Interactions microbiennes

 Dans la rhizosphère s’établit une activité microbienne privilégiée, impliquant des interaction métaboliques majeures,
caractérisées par des échanges intensifs de métabolites, dans les deux sens et au profit des deux partenaires.

 Par leur racines les plantes sécrètent en quantité significative des composés organiques de faible poids moléculaire
parmi lesquels on recense tous les acides aminés, une large variété de glucides simples ainsi que des molécules
complexes comme les hormones et les vitamines.
Ces composés sont absorbés et activement utilisés par les microorganismes pour leur croissance. En retour, les
microorganismes affectent les plantes par leurs sécrétions métaboliques directement assimilables comme les composés
azotés réduits que les plantes sont incapables de synthétiser

 Dans la rhizosphère les bactéries fixatrices d’azote établissent avec les plantes légumineuses et d’autres plantes, une
association symbiotique remarquable et unique dans le monde vivant: elles fixent l’azote atmosphérique pour le
réduire en ions ammonium , directement assimilés par la plante hôte et intégrés dans la synthèse de ses acides aminés
composant les protéines des graines.et des fourrages.

 Chaque espèce de légumineuse est infectée par une espèce bactérienne spécifique , par un processus complexe qui
implique la pénétration des poils radiculaires, suivie de la formation de nodules où prolifère les bactéries.
Mycorhizes

Les mycorhizes sont des associations symbiotiques entre les champignons et les racines des plantes elles
concernent environ 80% des plantes et plus de 5000 espèces de champignons, dont principalement les
Basidiomycètes, Ascomycètes et Zygomycètes. La plante et le champignons et la plante tirent de leur
association symbiotique un profit mutuellement bénéfique, issu de leurs activités métaboliques respectives
au niveau des racines.

Les champignons mycorhiziens ne sont pas isolés , dans la nature, à l’état libre, en dehors de leur
associations, ce sont donc des symbiotes obligatoires, on distingue deux types principaux d’associations
mycorhiziennes:

Ectomycorhizes; où le mycélium forme une gaine externe, le plus souvent uniforme, autour des racines qui ne
sont que superficiellement pénétrées
Endomycorhizes; dans ce cas, le mycélium fongique s’enfonce dans les racines en pénétrant leurs cellules et
les espaces intercellulaires
Microbiologie du tube digestif
 Il existe dans le monde animal de nombreuses espèces qui développent des écosystèmes symbiotiques avec des
microorganismes. Parmi les cas les plus remarquables, par la densité de leurs microbiotes, le tube digestif des
mammifères, dont l’homme( monogastrique) et surtout les ruminants (polygastriques)

Principes généraux
Colonisation microbienne
 Les animaux naissent en principe stériles, mais leur tube digestif est immédiatement et abondamment colonisé par
des microflores diversifées qui s’établissent de manière séquentielles au niveau de différents sites de leur tractus
digestif.
 Le nouveau née est colonisé par les microflores de son environnement immédiat, constitué principalement de
bactéries des microflores génitales et digestive de la mère, qui atteint son niveau maximal de prolifération en quelques
heures. Elle évolue alors quantitativement jusqu’à se stabiliser dans un équilibre spécifique, défini à la fois par: leurs
aptitudes physiologiques, la nature physicochimique du site colonisé et leurs interactions à la fois entre
microorganismes et et les mécanismes de défense de l’hote.
 Cette microflore est dite commensale, elle est le plus souvent bénéfique à l’ hote et joue , parfois même
un rôle physiologique et nutritionnel essentiel.

 Chez les monogastriques comme chez les polygastriques, la microflore digestive se caractérise par l’extrème diversité
des espèces bactériennes, fondamentalement anaérobies stricte qui la composent.
Elles sont accompagnées de champignons et de protozoaires.
Interactions microbiotes digestifs / hôte

 Par leurs activitées métaboliques très variées, les microflores digestifs exercent vis-à-vis de l’hote de multiples
interactions dont deux sont d’importance majeure:
1/Digestion des aliments, de leurs résidus et de leurs sécrétions digestives;
2/La répression du développement des espèces microbiennes pathogènes d’origine pathogène.

Effets bénéfiques:

 L’action bénéfique des microflores digestives s’exerce de diverses façons chez les différentes espèces biologiques
hotes. Parmi les effets les plus remarquables, on cite:

 La cellulolyse des ruminants qui permet à ces animaux de couvrir l’essentiel de leur dépenses énergétiques par
l’absorption des produits métaboliques de leur microflore ruminale, issue de la dégradation des polymères végétaux
alimentaires qu’eux meme sont incapables de métaboliser

 La protéosynthèse microbienne du rumen qui transforme en protéines microbiennes , potentiellement digestibles par
l’hote, l’urée ou l’azote inorganique inutilisable par l’animal;

 La production de vitamines, principalement B ( B12)

Et K par de nombreuses espèces microbiennes digestives, libérés dans le milieu et absorbés par l’hote;

 La fonction de détoxification éxercée par la dégradation microbienne de substances toxiques ingérées, telles que les
composants de certaines plantes: protéines végétales toxiques, acide oxalique,…
Effets néfastes

 Elle résulte principalement de la rupture de l’équilibre de ses composants qui se traduit par une
modification néfaste des activités métaboliques microbiennes. Cette situation peut survenir suite à des
variations profondes du régime alimentaire, de l’ingestion d’antibiotiques oraux ou par d’autres facteurs.

 L’acidose à l’acide D-lactique , provoqué par la prolifération excessive de bactéries lactiques disposant en
abondance de substrats amylacés.

La toxification de substances alimentaires à l’origine non toxiques. En effet le métabolisme microbien peut
induire ou activer la toxicité de certaines substances présentes dans les aliments. C’est le cas de la réduction
des nitrates (neutres) en nitrites (toxiques).

Effets de barrière

 La microflore digestive exerce un effet barrière qui empêche toute implantation « barrière drastique » ou
permet une implantation limitée « barrière permissive » de bactérie exogène, dont les bactéries
pathogènes. Si son équilibre naturel est perturbé, notamment par l’emploi d’antibiotiques oraux, cet effet
est altéré. Cette situation engendre alors l’émergence en population dominantes de bactéries
contaminantes ou de bactéries autochtones normalement maintenues à un niveau non significatif.
Microbiotes digestifs humains

 En conditions normales , l’embryon humain de développe dans un milieu stérile, jusqu’à la naissance . Le
nouveau- né est alors rapidement colonisé par les microorganismes de son environnement immédiat,
fournis principalement par les microflores maternelles.

 Le microbiote digestif évolue dans sa composition qualitative , puis se stabilise dans un équilibre qualitatif
et quantitatif spécifique au site d’implantation et à l’espèce animale hôte.

Microbiote buccal,
 La cavité buccale est caractérisée par des conditions de milieu convenables au développement des
bactéries: abondance d’eau, disponibilité de nutriments divers, température et pH adéquats.

 Cependant, le flux continu de la saliveconstitue un facteur antagoniste, en chassant les bactéries en

permanencevers l’estomacoù elles sont présumées détruites par l’acidité gastrique.

 La cavité buccale est parmi les premiers sites humains à etre colonisés.
L’apparition et le développement de la dentition , ainsi que l’évolution du régime alimentaire , influent sur la
diversité de la microflore buccale, également déterminée par la présencede sites aux conditions
physicochimiques variés: dents, gencives, langue, glandes salivaires...
Au niveau des gencives, la microflore est composée de bactéries anaérobies aérotolérantes et anaérobies
strictes: qui se développent dans un environnement anaérobie du sillon gingival à la surface des racines
dentaires.
Une partie est à l’état libre dans la salive mais les populations principales se fixent à l’émail des dents et. aux
cellules épithéliales des autres compartiments , en formant un biofilm de composition complexe, avec pour
composant majeurs les bactéries des genres Lactobacillus et streptococcus. On note également la présence de
levures, notamment Candida albicans. Le développement des bactéries à la surface des dents et des gencives
est largement impliqué dans la formation des plaques dentaires , de caries de gingivites

Microbiote gastrique

 Pendant longtemps, le pH gastrique très acide (pH=1-2)a été considéré comme un élément suffisant pour
empêcher toute implantation bactérienne. Il a fallu attendre la découverte d’Helicobacter pylori, bactérie
se développant spécifiquement dans l’estomac et reconnue responsable de la plupart des ulcères
gasrtiques, pour reconsidérer cette vision.
 Malgré cette situation, H. pylori est considéré come un élément de la microflore normale de l’estomac,
puisqu’elle est présente chez la majorité de la population humaine sans causer la moindre pathologie.

 La microflore de l’estomac reste mal connue et compte peu de bactéries( moins de 103 à 105/ml) , selon le
cas.
Les autres bactéries présentes dans l’éstomac, en dehors de H. pylori, sont d’origine salivaires ou alimentaires.
Microbiote intestinal

 L’intestin grêle est composé de deux compartiments principaux , aux conditions physiologiques différentes,
reliés par le jéjunum.
- Le duodénum; dont les conditions s’apparentent à celles de l’estomac contient peu de bactéries , de l’ordre
de 104/ml de contenu, essentiellement des bactéries appartenant au genres: Streptococcus, Lactobacillus ,et
Veilonella

- Le jéjunum a une microflore à majorité anaérobie facultative, streptococcus accompagnée de quelques

bactéries anaérobies strictes des genres Bactéroides et Bifidobactérium

- L’iléumn où le pH augmente progressivement , jusqu’au colon, qui héberge une microflore plus variée et plus
abondantes 105à 107 bactéries/ml.

 Globalement l’intestin grêle est un milieu relativement peu favorable au développement bactérien, car
malgré son pH moyen proche de la neutralité et sa richesse en eau et en nutriments divers, il reçoit les
sécrétions biliaires et pancréatiques qui ont une effet inhibiteur sur les bactéries.

 De plus ,le contenu intestinal, et avec lui sa microflore, sont en permanence balayés par les mouvements
incessants du péristaltisme et chassés constamment vers les parties basses du tube digestif. Mais certaines
bactéries adhèrent aux parois intestinales et résistent donc à ce phénomène.
Microbiote colique

 Contrairement aux bactéries buccales et intestinales , soumises à des mouvements incessants de rejets, les
bactéries du colon bénéficient d’une stase importante et d’un milieu très riche en eau et en résidus
alimentaires, insuffisamment ou en totalité non digérés par les enzymes intestinales (polysaccharides des
parois végétales, cellulose, xylanes, pectines)

 Le colon se caractérise également par des conditions physicochimiques stables: température de 37°C, pH
neutre et tamponné.
 Ces conditions de milieu anaérobies entrainent la prolifération de bactéries et d’autres microorganismes
spécifiques qui forment les écosystèmes bactériens les plus denses de la planète

 La population bactrienne du colon est renouvelée en permanence et elle est régulièrement et

partiellement évacuée avec les selles (représente 10% du poids humide des selles).

 Chez l’homme adulte , elle atteint 1012 bactéries /ml de contenu. Elles est très diversifiée et compte plus de
300 espèces identifiés, à plus de 95% anaérobies strictes. Les AAF, dont E.coli forment moins de 0,1% de la
population bactérienne globale.

Le genre bactérien dominant est Bacteroides (25% de la masse bactérienne), suivie des genres Eubacterium et
Clostridium, des archaébactéries méthanogènes qui sont également présentes accompagnées d’autres
organismes spécifiques anaérobies: champigons et protozoaires.
L’écosystème Rumen

 C’est dans le rumen (compartiment digestif équivalent à l’estomac chez l’homme) que se réalisel’hydrolyse
et la métabolisation de la cellulose et des autres composés pariétaux des végétaux alimentaires: amidon,
hémicellulose et xylane, péctine, sous l’action exclusive des microorganismes. Car comme les autres
mammifères, les ruminants sont dépourvues d’enzymes digestives, les cellulases en particulier, nécessaires
à la métabolisation des composés cellulosiques qui forment l’essentiel des végétaux de leur alimentation.

Microbiote ruminal

 Les réactions métaboliques ruminales sont très complexes et intègrent l’activité de populations
microbiennes anaérobies très diversifiés formés principalement de bactéries mais aussi des champignons
et des protozoaires anaérobies.

Bactéries
 Les bactéries sont dominantes par leur diversité, leur activités et leur densité qui représente plus de 50%
de biomasse microbienne à plus de 75% adhérentes aux particules alimentaires et ou aux parois du rumen.
Les principaux groupes sont constitués de bactéries cellulolytiques et amylolytiques accompagnées de
bactéries méthanogènes.
Champignons

 Les champignons du rumen sont anaérobies strictes et spécifiques de leur habitat. Ils sont à structure
unicellulaire ou mycélienne.
 Ils participent à la fermentation de la cellulose en acides gras volatils(AGV) et jouent également un rôle dans
la dégradation des autres composés pariétaux d’origine végétale: lignine, hémicellulose, pectine.
 Ils sont en particulier, aptes à coloniser les débris végétaux et les désintégrer, facilitant ainsi leur accès aux
bactéries.

Protozoaires
 Les populations des protozoaires appartiennes principalement, au groupe des ciliés. Ils sont souvent
accompagnés de population limitée de flagellés.
 Ces protozoaires sont des anaérobies strictes ,qui hydrolysent la cellulose et l’amidon en produisant des
AGV. Ils se nourrissent aussi par l’ingestion de bactéries, jouant ainsi un rôle pour le contrôle de leur densité
de population.

Activités microbiennes
 Rôle vital par métabolisation des composés pariétaux végétaux dégradés puis fermentés avec comme
produits terminaux principalement, des AGV: acétate, propionate et butyrate en plus des gaz,
essentiellement CO2 et CH4.
Les produits terminaux de la fermentation ruminale des aliments résulte finalement des interactions
métaboliques très complexes existant entre ses différentes communautés microbiennes:

- Les populations hydrolytiques, qui hydrolysent les polymères pariétaux végétaux

- Les populations fermentatives qui hydrolysent les glucides alimentaires solubles et les substrats produits
par le groupe précédent;

- Les populations qui hydrolysent les acides organiques issus des espèces précédentes;

- Les archaébactéries méthanogènes qui réduisent l’acide formique et le CO2en méthane, en utilisant
l’hydrogène produit par les autres espèces.