Différents types d’interactions microbiennes

Introduction
L’écologie microbienne est une discipline scientifique qui étudie les interactions des micro-organismes
entre eux et avec leur milieu, ainsi qu’entre les micro-organismes et les organismes supérieurs (plantes et
animaux). Elle couvre des domaines très variés : cycle biogéochimique, dépollution, agriculture,
médecine humaine et vétérinaire, agroalimentaire, biotechnologie…

Un écosystème est constitué d’un ensemble d’être vivants (biocénose) qui vivent au sein d’un milieu
(biotope) ou d’un environnement spécifique et interagissent entre eux au sein de ce milieu et avec ce
milieu. Exemples : forêts, milieux marins (mers et océans), milieux d'eau douce (rivières, lacs), zones
humides, déserts et montagnes.
• Le biotope : milieu de vie caractérisé par des conditions physico-chimiques (Température,
humidité, luminosité, salinité, pH et qualité du sol etc.).
• La biocénose : l’ensemble d’êtres vivants (animaux, végétaux, microorganismes) en interaction.

Plusieurs types de relations peuvent s'établir entre les individus d'une même espèce (relation
intraspécifique) ou entre des individus d'espèces différentes (relation interspécifique). Les
microorganismes peuvent être associés à d’autres organismes de multiples façons:
• Ectosymbiotes : le microorganisme s’installe à la surface d’un autre organisme
• Endosymbiotes : le microorganisme s’installe à l’intérieur d’un autre organisme
• ecto/endosymbiote : le microorganisme s’installe à la fois à l’intérieur et à l’extérieur d’un autre
organisme

Les interactions microbiennes peuvent être positives (mutualisme, coopération et commensalisme) ou

négatives (prédation, parasitisme, amensalisme et compétition) (Figure 1). Elles peuvent être liées à des
facteurs physicochimiques (interactions trophiques), ou à de véritables systèmes de communication
intercellulaires (quorum sensing).

Symbiose "vie ensemble" : le terme symbiose ou « vie en commun » de deux (ou plus) organismes
différents ou symbiontes, association réciproquement bénéfique entre deux organismes. Les scientifiques
classent les relations symbiotiques comme :
• Mutuelles (bénéfice pour chaque symbionte) ex. Biofilms
• Commensales (bénéfice pour seulement un symbionte)
• Parasites (l’un exploite ou endommage (voire tue) l’autre.

1 Interactions entre microorganismes

1-1 Interactions positives
a) Mutualisme : relation dans laquelle les deux partenaires bénéficient réciproquement de l’interaction, il
s’agit d’une relation obligatoire.

Exemple 1 : dans le compost, on observe une relation entre deux bactéries thermophiles qui vivent en
symbiose : Bacillus sp. fournit à Symbiobacterium thermophilum du CO2 issu de sa respiration. L’intérêt
de Bacillus sp. à vivre en symbiose avec S. thermophilum est que ce dernier cataboliserait différents
composés du compost, inhibiteurs de Bacillus sp.

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Exemple 2 : un lichen, résulte de l’association entre un ascomycète "mycosymbiote" et une
cyanobactérie "photosymbiote". Il s'agir d'une interdépendance nutritionnelle avec transfert des
photosynthétats vers le champignon et transfert de l'eau, de substances dissoutes vers le photosymbiote.

c) Protocoopération : relation mutuellement bénéfique pour les deux partenaires, non obligatoire. La
croissance d’un organisme dépend des nutriments ou des substrats, fournis par un autre organisme se
développant à proximité et, les deux organismes en tirent bénéfice.

Exemple : l’association d’un microorganisme fixateur d’azote (Azotobacter) avec un microrganisme

cellulolytique (cellulomonas). Dans ce cas l’Azotobacter utilise le glucose fourni par cellulomonas, lequel
emploie l’azote fixé par l’Azotobacter.

d) Commensalisme "mangent à la même table" : relation à bénéfice non-réciproque, dans laquelle

l’organisme commensal tire profit alors que l’autre n’est ni affecté, ni aidé. Processus unidirectionnel.

Exemple 1 : l’oxydation de l’ion ammonium en nitrite par Nitrosomonas, et l’oxydation subséquente du

nitrite en nitrate par Nitrobacter, qui tire bénéfice de son association avec Nitrosomonas, puisqu’il utilise
le nitrite pour obtenir l’énergie nécessaire à sa croissance.

Exemple 2 : Dans notre flore intestinale, Escherichia coli et Bacteroïdes qui entretiennent une relation de
commensalisme. E. coli utilise préférentiellement l’oxygène quand il y en a. Autour de lui, le milieu est
anoxique, Bacteroïdes est anaérobie strict. En restant près d’E. coli, il évite de rencontrer de l’oxygène.
L’association est positive pour Bacteroïdes et indifférente pour E. coli.

1-2 Interactions négatives

Ces interactions sont la plupart des cas basées sur des aspects trophiques car les ressources sont toujours
limitées.

a) Prédation : relation dans laquelle une espèce prédatrice attaque sa proie, et la tue.
Exemple : Bdellovibrio bacteriovorus, en milieu marin, cette bactérie est un chasseur actif, extrêmement
mobile, qui nage à la recherche de sa proie (une bactérie Gram−) à la vitesse maximale et pénètre à
l’intérieur. La bactérie dégrade la membrane interne de sa proie et vit des produits de dégradation.

b) Amensalisme : processus unidirectionnel, basé sur la production par un organisme, d’un composé
spécifique qui a un effet négatif sur un autre organisme.

Exemple 1 : Les lactobacilles du tractus génital femelle maintien un pH faible et inhibent la colonisation
par des bactéries pathogènes en produisant bactériocines (protéines).

Exemple 2 : Les streptocoques sont des espèces amensales, tandis que le champignon Penicillium est une
espèce inhibitrice. La pénicilline produit par Penicillium, détruit les streptocoques sans affecter ce dernier

c) Compétition : s’installe lorsque différents microorganismes d’une population ou d’une communauté

cherchent à partager une même ressource, qu’il s’agisse d’occuper un endroit physique ou de consommer
un aliment limitant particulier. Si un des deux organismes en compétition peut dominer le milieu, il
supplantera l’autre organisme.

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2 Interactions entre microorganismes et organismes supérieurs
2-1 Interactions positives
a) Mutualisme
Exemple 1 : la communauté microbienne du rumen a une relation mutualiste avec l’animal (ruminant).
Les bactéries produisent la cellulase, enzyme responsable de la dégradation de la cellulose en glucose, qui
sera ensuite fermenté en aides organiques (acétate, butyrate et propionate). Ces acides organiques avec les
acides gras sont les véritables sources énergétiques de l’animal.

Exemple 2 : les aliments consommés par les insectes, sont souvent faits de sèves végétales ou de fluides
animaux, dépourvus des vitamines et des acides aminés essentiels. Ces derniers sont fournis par les
symbiotes bactériens, en échange d’un habitat sûr et d’une nourriture abondante. Les pucerons constituent
un excellent exemple de cette relation mutualiste. Cet insecte abrite dans son cytoplasme, Buchnera
aphidicola.

b) Amensalisme
Exemple : les lactobacilles du tractus génital femelle maintien un pH faible et inhibent la colonisation par
des bactéries et des levures pathogènes.

c) Symbiose : quelques exemples de cette interaction :

Symbioses fixatrices d'azote : s’établie entre un partenaire autotrophe et un partenaire

hétérotrophe. deux groupes de bactéries ont été identifiés comme fixatrices d'azote en association avec les
plantes supérieures :
- Les rhizobia qui s'associent généralement avec les légumineuses,
- Les Frankia, bactéries filamenteuses sporulantes associées à des plantes dites actinorhiziennes comme
les Casuarinacées.
Ces associations spécifiques impliquent un système de reconnaissance mutuelle entre les deux
partenaires, qui permet la pénétration des bactéries dans la racine et la formation de nodules. Au sein
desquels les bactéries sont capables de convertir l’azote atmosphérique (N2) en ammoniac (NH3)
assimilable par la plante hôte. En échange, la plante fournit des substrats carbonés dérivés de la
photosynthèse aux bactéries.

Symbioses mycorhiziennes : dans le sol la symbiose entre un végétal et un champignon aboutissent

à la formation de mycorhizes. Cette association améliore la nutrition minérale (principalement phosphore)
de la plante, alors qu'elle fournit au champignon hétérotrophe des assimilats photosynthétiques qu'il ne
peut pas obtenir dans le sol.

Les lichens : sont formés par l’association d’une algue est d’un champignon.

Les coraux constructeurs de récifs : vivent en symbiose avec des espèces d’algues
unicellulaires.

2-2 Interactions négatives

a) Compétition
Exemple : en cas de carence en azote, les microorganismes qui utilisent l’azote minéral vont être en
compétition avec la plante pour cet élément, qui est un facteur limitant.

b) Parasitisme : relation où le parasite tire profit en se nourrissant, en s’abritant ou en se reproduisant au

dépend de l’hôte. Le parasite est destructeur et parfois mortel pour son propre hôte. Le parasitisme est
souvent décrit comme relevant de la prédation.

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Exemple 1 : Rhizophydium sphaerocarpum est un champignon parasite qui vit aux dépens de l’algue
Spyrogyra.

Exemple2 : Certains bactéries et champignons peuvent envahir les tissus des racines des plantes, où elles
peuvent provoquer de nombreuses maladies. Ces maladies apparaissent chez les plantes sous forme de :
- Clavibacter michiganenese responsable de la nécrose chez la pomme de terre,
- Erwinia chrysanthemi responsable des pourritures molles chez la pomme de terre,
- Agrobactérium tumefaciens responsable de la galle du collet (tumeur) chez le framboisier.

Exemple 3 : la Pathogénicité est la capacité d'un agent infectieux de causer une maladie. Exemples de
maladies infectieuses : le choléra, la peste, la tuberculose et la grippe.

Exemple 4 : le champignon Cordiceps parasite une fourmi, le champignon utilise la fourmi pour
disséminer ses spores sur une large surface. Cette forme de parasitisme est basée sur la reproduction.

Figure 1 : Interactions microbiennes

L’enseignante : Dr N. RIAH

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