FACULTE DES SCIENCES – SEMLALIA

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
Parcours: BAGE

Module M3
Microbiologie environnementale
Cours de Microbiologie des eaux
Semestre 6

Par le Professeur N. MEZRIOUI

2023- 2024 1
 Objectifs du cours
* Ce cours de Microbiologie Aquatique permettra à l’étudiant d’acquérir
certaines notions de base sur les différents rôles positifs et aussi négatifs
joués par les microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes
aquatiques.
* Ce cours est structuré selon des chapitres qui traitent différents aspects où
les microorganismes jouent un rôle prépondérant. L’accent sera mis sur:
• les différentes interactions (interspécifiques et intra- spécifiques) établies
entre ces microorganismes.
• Les facteurs qui influencent la survie des microorganismes dans les milieux
aquatiques (eaux douces /eaux marines).
• La compréhension des incidences des microorganismes dans le
fonctionnement des écosystèmes aquatiques et aussi leur utilisation, comme
des éléments clés, dans les systèmes de traitement biologiques des eaux
usées.

2
 CHAPITRE I

GENERALITES
Notions de base indispensables à l’étudiant pour pouvoir
comprendre le contenu des différents chapitres du cours

3
 RAPPELS
I-1: Quelques définitions

 Microbiologie = Étude des microorganismes et de leur

activités.

 Elle s’intéresse à l’étude de leur: forme, structure,

reproduction, métabolisme et à leur identification.

 Elle correspond aussi à l’étude de leur distribution dans la

nature, leurs relations les uns avec les autres et aussi avec
les autres organismes vivants.

 Elle se préoccupe, d’une façon générale, des effets des

microorganismes sur l’homme et sur l’environnement.

4
Le seul critère pour définir un microorganisme est celui
de la taille

Microorganisme = organisme < 0,1mm

C’est-à-dire invisible à l’œil nu

La taille des bactéries est exprimée en micromètre= µm

1 µm = 10-6 m

5
 I-2) Microorganismes
Les microorganismes ou microbes sont des
organismes vivants microscopiques, unicellulaires ou
pluricellulaires.
 les bactéries ------------- Procaryotes
 les virus ne sont ni eucaryotes ni procaryotes
 les algues ----------------------
 les protozoaires Eucaryotes
 les champignons inférieurs
(moisissures, levures) --------

6
 I-3) Les branches de la Microbiologie

1. Bactéries --------------- 1. Bactériologie

2. Algues ----------------- 2. Phycologie/Algologie
3. Parasites --------------- 3. Parasitologie
4. Champignons ------- 4. Mycologie
(Moisissures et levures)

5. Virus ------------------- 5. Virologie

Microorganismes = Microbes = Germes

7
 I-4) Domaine de la microbiologie
Océanographie Limnologie
Microbiologie
Pédologie

Ecologie Ecologie microbienne Chimie

Médecine Agronomie
Statistiques

8
1-5) Interfaces avec d’autres disciplines de la
Microbiologie

 Microbiologie aquatique et qualité des eaux

 Microbiologie des sols
 Microbiologie industrielle
 Biotechnologie
 Bioremédiation
 Santé alimentaire
 Santé publique.

9
 Microorganismes - Récapitulatif

 Êtres vivants unicellulaires/pluricellulaires microscopiques;

 micro-organismes étant très abondants, ubiquistes (présents
partout dans le monde);
 Très diversifiés; mais seulement 3% sont connus à ce jour
 Très adaptatifs;
 Possèdent tout l’équipement enzymatique pour assurer leur
métabolisme lorsqu’ils sont en présence d’une alimentation
composée d’éléments chimiques simples (C, N, H2O, sels
minéraux, oligoéléments…);
 Véritables usines cellulaires.
10
 I-6) Différents groupes de Microorganismes

a)Virus
Les virus sont des entités acellulaires, mais qui constituent une classe majeure des
micro-organismes. Il y a entre 10 6 et 109 particules virales par millilitre à la
surface de l’océan. Ce sont pour la plupart des bactériophages qui peuvent
infecter des bactéries hétérotrophes et des cyanobactéries.

b) Bactéries hétérotrophes
l’énumération directe par épifluorescence montre leur abondance dans l’eau
(104 – 106 /mL). Alors que dans les sédiments et les sols terrestres,
l’énumération directe donne 1-60 X 109 cellules/g poids sec.

11
 c) Les protozoaires
Protozoaires= terme qui désigne les protistes hétérotrophes mobiles qui ingèrent leur
nourriture par phagocytose, contrairement à d'autres protistes.

Sont des micro- participent à dépolluent les

organismes l'épuration des eaux en
eucaryotes milieux surface

s'associent en fixent l'azote

terres humides aux sols
colonies

forment des vivent consomment les

êtres exclusivement microbes de
plus petite
pluricellulaires dans l'eau taille

12
 d) Mycètes
Les champignons=
les Fungi
= les Mycètes

Image de katerynakon
Organismes
vivants
eucaryotes
(un vrai
noyau)

pluricellulaires unicellulaires
(moisissures) ( levures)

13
 e) les algues microscopiques
 Les micro-algues sont des micro-organismes
photosynthétiques unicellulaires aquatiques.

 Leur nombre est estimé entre 200 000 et plusieurs millions

d’espèces.

 Les micro-algues sont capables de convertir l’énergie solaire

et le CO2 en matière organique via la photosynthèse.

 Les micro-algues établissent des relations très étroites avec

les bactéries et les autres microorganismes (symbiose,
antagonismes etc.)
14
 e) Les micro-algues

Plus de
Les micro des micro- photosynt unicellulaires 200000
algues organismes hétiques aquatiques Millions
d'espèces

Convertir
l'Energie
solaire +
O2
Via la
photosynthè
se

En matière
organique
https://blog.lendopolis.com/energies-renouvelables/produire-
energie-microalgues/

15
La microalgues produisent des molécules d'intérêt donc ils sont utilisés en:

 Bioénergie (biogaz)
 Nutrition (riches en protéines)
 Pharmaceutique
 Cosmétique
 Capables de capter l‘énergie de la lumière solaire grâce à la
photosynthèse, et la transformer en énergie chimique (ATP)
 Se multiplient rapidement (Petite taille)
 Prennent le CO2 atmosphérique comme source de carbone
(Autotrophes),
 Les micro-algues sont capables de convertir directement du CO 2 en
lipides - autrement dit en huiles - ou d’autres réserves pouvant être
transformés en molécules utiles.

16
 I-7) Les réservoirs des microorganismes

Ils sont ubiquistes

1) L’Environnement :
• L’eau (les rivières, les mers, les lacs...)
• Le sol
• Les aliments
• L’air par ses poussières et ses aérosols: élevage avicole, STEP
2) Les êtres vivants dans leur flore normale :
• La flore cutanée (ils sont au nombre de 100 000 par cm² de peau)
• La flore intestinale
• La flore des voies aériennes supérieures
• La flore vaginale.

17
 I-8) Combien y a-t-il de microorganismes ?

Les microorganismes représentent la biomasse la plus importante de

la Terre.
 1 g de yaourt -------------------------- 109 bactéries
 1 g de terre -------------------------------- 25x109 bactéries
(4 fois plus que d’Hommes sur Terre)
 1 g de fèces -----------------------------------1012 bactéries
(autant de cellules que dans le cerveau)
 Intestin humain -------------------------------1014 bactéries
(10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre corps).

18
I-9) Utilité des microorganismes
Aspects négatifs Aspects positifs

• Santé: flore endogène, • Santé: prolifération,

Aspects neutres
probiotiques, ATB Maladies hydriques
• Importance écologique: • Agriculture:
lutte pollution, cycle Phytopathogènes…..
matière • Agroalimentaire: pertes
• Agriculture: économiques…
fertilisation… • Industrie: corrosion des
• Agroalimentaire… matériaux…
• Géni génétique…

Créateur : Eloi Pailloux

Levure de bière bio 90 gélules -

1BIOGLEV 19
 I-9-1) Rôles positifs des Microorganismes

Cycles biogéochimiques

Biotechnologie
ATB, levures, etc…

a) Rôles positifs:
Épuration des eaux usées
Bio-dépollution de l’air
Bio-dépollution des sols

Autres: solubilisation
des phosphates, etc…

20
 Rôles Positifs (suite)
I-9-1-1) Rôle des bactéries dans les
cycles biologiques
------------------------
Importance de la biodiversité microbienne dans:

 Cycle du carbone,
 Cycle de l’azote,
 Cycle du soufre,
 Cycle du phosphate...

21
 Exemple 1:
Cycle de carbone

http://www2.ggl.ulaval.ca/personnel/bourque/s3/cycle.carbone.html
22
I-9-1-1-a) LE CYCLE DU CARBONE COMPREND TROIS
ÉTAPES

1- Fixation,
2- Minéralisation
3- Rétention.
 La fixation correspond à l’étape de synthèse au cours de laquelle le carbone du
gaz carbonique est incorporé dans les molécules organiques
Inversement à la fixation, la minéralisation est l’étape à l’issue de laquelle le
carbone contenu dans les composés organiques retourne dans l’environnement à
l’état minéral,
 Un nouveau cycle recommence sauf pour une partie du carbone libéré qui
entreprend une étape de Rétention. Ce carbone se trouve emprisonné dans des
composés insolubles, inaccessibles ou temporairement réfractaires à la dégradation
microbienne,

23
Ces mécanismes peuvent être résumés dans le
schéma suivant:

Photosynthèse

Respiration

Fermentation

24
 I-9-1-1-b) CYCLE DE L’AZOTE

Les cinq étapes du cycle d’azote sont:

 Fixation,
 Nitrification,
 Dénitrification,
 Assimilation
 Ammonification

25
 La fixation correspond à la transformation de l’azote
atmosphérique en Ammoniac puis en ions ammonium.

 L’Ammonium est ensuite converti en Nitrites puis en Nitrates au

cours de la Nitrification; Ces deux premières étapes ne sont
réalisées que par quelques rares espèces bactériennes.

 Les Nitrates produits peuvent:

Subir une dénitrification et retourner dans l’atmosphère;
Être assimilés et servir à la synthèse de composés organiques
azotés;
Être décomposés lors de l’ammonification et de la dénitrification
avant d’entreprendre un nouveau cycle.

26
 Exemple
Intervention des bactéries dans le cycle de l’azote

Vue macroscopique et microscopique des processus du cycle de l'azote dans le sol

entraînant l'absorption d'azote par les plantes. Figure adaptée de Pearson Education In,

27
https://permaforet.blogspot.com/2013/04/culture-de-nfp.html 28
 Rôles Positifs (suite)

I-9-1-2) Utilisation des

microorganismes en Biotechnologies

29
 Biotechnologie (définition)
Bio = Vie - Techno = Outils - Logis = maîtrise des outils du
vivant

 Science née lorsque l'homme a commencé à utiliser des microorganismes

dans différents procédés de fabrication (pain, vin, fromage);

 Aujourd'hui, on entend par biotechnologie toutes les utilisations

industrielles d'organismes vivants (parfois utilisation des substances

naturelles produites /microorganismes);

 Science qui se situe au carrefour de la chimie, de la biologie et du génie

génétique.

30
 Les biotechnologies sont situées au carrefour de trois
domaines de compétences :

 Santé,
 Agro-alimentaire,
 Environnement.
 Il existe plusieurs types de biotechnologies:
 Biotechnologies blanches: domaine de l’industrie

 Biotechnologies vertes: domaine agricole

 Biotechnologies rouges: domaine de la santé

 Biotechnologies bleues: domaine de la biodiversité marine

 Biotechnologies jaunes: domaine de l’environnement: traitement des eaux

usées

31
 Production d’antibiotiques

 Penicillin
Alexander Fleming

 Mold
– Penicillium notatum

 1928 Alexander Fleming

https://fr.wikipedia.org/wiki/Alexander_Fleming
Penicillium notatum
32
 Certaines bactéries synthétisent des produits chimiques
indispensables à notre corps et que celui-ci est incapable
de synthétiser

Example: E. coli
• B vitamins - for metabolism
• Vitamin K - blood clotting

Escherichia coli
• Dr. Escherich
• Colon (intestine)

33
 Rôles Positifs
Utilisation en Génie Génétique

Cellules bactériennes avec ADN humain.

(Image par Amgen Biotech Experience © Amgen Foundation)

34
 Autres utilisations
Production de protéines

Les microorganismes sont des outils très performants de

production de certaines protéines:
• Enzymes
• Hormones (insuline, hormone de croissance)
• Interféron
• Antigènes

https://fr.wikipedia.org/wiki/G%C3%A9nome

35
 Rôles Positifs (suite)

I-9-1-3) Rôle des Microorganismes dans le

secteur environnemental

36
Rôle des bactéries dans les systèmes d’épuration biologique

Dans tous ces systèmes épurateurs, les micro-organismes

(surtout les bactéries) sont largement mis à contribution
dans l’épuration des eaux car :
 grande diversité des réactions métaboliques des bactéries
 possibilités d’adaptation métabolique très diversifiées (température,
salinité, oxygénation…)
 potentiel génétique important
 mécanismes de régulation physiologiques et transport actif
 taux de croissance élevé
Voir détails dans le chapitre réservé à l’épuration biologique des eaux
usées

37
 Rôle dans la dépollution
----------------------

 Épuration des eaux usées= Bio-assainissement

 Dépollution des sols = Bio-remédiation: La
bioremédiation consiste en la décontamination de milieux
pollués au moyen de techniques issues de la dégradation
chimique ou d'autres activités d'organismes vivants.
 Dissociation du Méthyle mercure dans les sédiments
marins
Rôle dans la dépollution de l’air

 Les bio-filtres pour capter et réduire le Gaz

38
 Rôles Positifs (suite)
I-9-1-4) Rôle des Microorganismes dans les
domaines: santé et agroalimentaire

Importance de la biodiversité microbienne dans des

processus de transformation ou de fermentation de
produits alimentaires (fromage, yaourt, vin,
choucroute, saucisson... )

39
 Contribution des microorganismes en
agroalimentaire
En industrie agroalimentaire, l'Homme se sert des
microorganismes pour 3 raisons :
 Rendre plus digeste,
 Conserver plus longtemps et
 Produire une substance d'intérêt.
Les micro-organismes sont également employés pour faire des additifs qui
améliorent la consistance des aliments.
Exemple: Conservation et transformation des aliments

 Fermentation: Yaourt, Fromage, Lait, Beurre, Smen

 Fermentations alcooliques: bière, vin…..
 Fabrication du pain, vitamine B12

40
 I-9-1-5) Microorganismes et Agriculture

Amélioration des productions agricoles:

• Fertilisation
• Compostage = un procédé biologique de conversion et de valorisation des matières
organiques ,

• Fixation d’azote,
• Mycorhizes= association symbiotique entre des champignons et les racines des
plantes
• Protection des cultures contre les agents pathogènes,
• Lutte biologique (spores anti-insectes et ravageurs),
• Production d’herbicides. 41
 I-9-1-6) Médecine humaine et vétérinaire
---------------------------
Production de:

 Vaccins d’antiparasites,
 Antifongiques, antibactériens, anti-cancéreux
 Immunosuppresseurs,
 Vitamines (B6, B12 ergosterol….) et d’autres nutriments à
incidence théra-peutique.

42
I-9-2) Rôles négatifs des Microorganismes

Maladies hydriques
Infections microbiennes

b) Rôles négatifs:
Mortalité d’autres
Organismes:
pertes économiques
(poissons, denrées alimentaires)

43
 1-9-2-1) Maladies hydriques: définition

Les maladies hydriques sont des maladie causée par l’ingestion ou le

contact avec une eau insalubre, souillée par des matières fécales. Ces

dernières véhiculent des micro-organismes (virus, bactéries, parasites)

qui déclenchent des maladies chez les personnes contaminées.

44
 I-9-2-1) Maladies hydriques: Constat

 Les maladies hydriques sont à l’origine de la mortalité très

élevée des populations des pays en voie de développement:

 Des millions d’enfants meurent suite à des gastro-entérites

 des centaines de millions d’individus sont atteints de
Bilharziose

 Chaque jour, les maladies hydriques tuent des milliers

d’enfants dans le monde. (Voir TD2).

45
 I-9-2-2) Microorganismes et pertes
économiques

Un grand nombre de moisissures et de levures sont présents

dans les aliments. Ces microorganismes peuvent entrainer

parfois, la contamination et la détérioration des qualités

nutritionnelles, organoleptiques et sanitaires des aliments.

46
 Exemples: Expression des maladies phytopathogènes
----------------------------------------------

Les dommages engendrés par les maladies

phytopathogènes sur la production mondiale
agricole sont de:
12 à 14 %

70% à 80% sont causées par les champignons.

47
I-9-3) Les modes de propagation des microorganismes

Transmission par la voie orale :

Voie qui consiste à s’infecter en mangeant et/ou en buvant des aliments contaminés.
Ex de maladies : salmonellose, listériose, botulisme.

Transmission par les gouttelettes ou aérosols :

Transmission par des particules générées par la toux, la conversation …
Ex de maladies : coqueluche, rubéole, méningite, grippe, scarlatine, oreillons, tuberculose,
varicelle, rougeole, covid19…..

Transmission par contact:

Voie qui consiste à transmettre des germes par le contact d’une personne à une autre,
directement ou par l’intermédiaire d’un objet.
Ex : Staphylococcus aureus (origine humaine) retrouvée fréquemment dans les
réfrigérateurs.

48
 CHAPITRE II

La diversité microbiologique dans les

écosystèmes aquatiques

49
 II-1) Les microorganismes acteurs de
l’environnement
 Les micro-organismes existent sur la terre depuis des milliards d’années;
 Ils constituent un ensemble important et diversifié d’organismes microscopiques
existant en tant que cellule seule ou en groupe;
 Ils fonctionnent en tant que populations ou assemblages d’organismes
similaires;
 Ils ont évolué tout en interagissant avec le monde inorganique et avec les
organismes supérieurs;
 Certains d’entre eux jouent des rôles bénéfiques et vitaux;
 Les interactions des micro-organismes avec leur environnement contribuent au
fonctionnement des écosystèmes.

50
 II-1-1: Diversité microbienne
Fonctionnement des écosystèmes = f(diversité microbienne)

Les microorganismes de par leur diversité, jouent des rôles très importants dans
le fonctionnements des écosystèmes terrestres et aquatiques. Ils sont ubiquistes et
peuvent s’adapter aux différentes conditions environnementales. Leur diversité
est liée à plusieurs critères qui peuvent être:
 morphologiques
 physiologiques
 écologiques
 génétiques etc.

51
 II-1-1-a: Diversité microbienne selon la taille

 Femtoplancton: 0,02 – 0,2 µm: Exemple virus bactéries de petite taille

 Picoplancton: 0,2 – 2 µm: Exemple certains virus de grande taille et bactéries

 Nanoplancton: 2 – 20 µm: Exemple flagellés et ciliés

 Microplancton: 20 – 200 µm: Exemple cillés , amibes

 Mesoplancton: 0,2 – 20 mm: Exemple Cyanobactéries filamenteuses.

52
EXEMPLES DES DIFFERENTS GROUPES MICROBIENS

53
 Taille en µm

Hétérotrophes Photoautotrophes
2000
MEH (Radiolaires,
Mésoplancton foraminifères)

200
MEP (diatomées,
MEH dinoflagellés)
Microplancton
(Ciliés)

20

MEH MEP
Nanoplancton
(Flagellés)

Bactéries hétérotrophes Bactéries autotrophes

Picoplancton

0,2
minéralisation

Matière organique dissoute ou Matière inorganique dissoute

particulaire

MEH=MicroEucaryotes Hétérotrophes MEP=MicroEucaryotes Phototrophes 54

II-1-1-b: Diversité microbienne selon le type
respiratoire

• En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4 types

respiratoires de bactéries :

 Bactéries aérobies strictes

 Bactéries anaérobies strictes
 Bactéries aéro-anaérobies facultatives
 Bactéries micro aérophiles
 Bactéries anaérobies aéro-tolérants

55
 II-1-1-c: Diversité microbienne selon la
température

• La croissance des bactéries est très dépendante de la Température:

Les bactéries peuvent être classées :

• Mésophiles: 10-45°C optimum 30-37°C, c’est le cas de la plupart des bactéries
pathogène
• Psychrophiles : -15°C à 20°C (5-10°C) ex: Listeria monocytogènes.
• Thermophiles (45-70°C) ex: Les Coliformes fécaux (44,5°C)
• Hyperthermophiles (>80°C)

56
 II-1-1-d: Diversité microbienne selon le pH

Le pH influence l’équilibre ionique du milieu, les réactions métaboliques

et l’activité enzymatique.
Acidophiles (pH: 1– 4)
Neutrophiles (pH: 5,5 – 8,5)
Basophiles (pH: 8,5 - 11,5)

57
II-1-1-e: Diversité selon la pression osmotique
 Les organismes halophiles (du grec halos, sel et philein, aimer) sont des
microorganismes qui requiert du sel (NaCl) pour leur croissance. Ils sont
retrouvés dans les environnements salins ou hypersalins tels les lacs, les
océans, les salines et les marais salants.
 Les environnements hypersalins sont généralement définis comme étant
des environnements où la concentration en sel est supérieure à celle de
l’eau de mer (35%). Ces écosystèmes représentent un réservoir de
microorganismes spécifiquement adaptés.

 Les bactéries non-halophiles : (NaCl < 0,2 M) (Entérobactéries)

 Les bactéries halophiles : 0,2 <NaCl< 5,2 M (Marina, Halobacterium
salinarium)
 Les bactéries halotolérants : Concenration NaCl élevée (Staphyloccus)

58
 II-1-1-f: Diversité microbienne selon le type
trophique
Fonction vitale Classe de besoin Nature de besoin Type trophique

Source de carbone
CO2 AUTOTROPHE

Anabolisme Compose organique HETEROTROPHE

(Biosynthèse)
Facteurs de croissance Facultatif PROTOTROPHE

obligatoire AUXOTROPHE

Lumière PHOTOTROPHE
Source
Catabolisme d’énergie
Oxydation biochimique CHIMIOTROPHE
(Dégradation)
Minérale CHIMIO-
Substrat LITHOTROPHE
énergétique Organique CHIMIO-
ORGANOTROPHE

59
 II-1-1-g: Microorganismes extremophiles

Les extrêmophiles sont des microbes qui vivent dans des conditions
extrêmes de température, d’acidité, d’alcalinité ou de salinité. La
plupart appartiennent au domaine des Archæ. L’industrie s’intéresse
beaucoup aux enzymes permettant la croissance de microorganismes
dans de telles conditions, parce qu'elles tolèrent des températures et
des pH extrêmes, par exemple la Taq polymérase extraite de Thermus
aquaticus.

60
 II-1-1-g: Les microorganismes des milieux extrêmes

Ex: Déserts glaciaires,

Il existe peu d’endroits sources chaudes, fonds
stériles sur la planète : océaniques, milieux
hypersalés, roches du
manteau terrestre…

abritent une riche biodiversité

de micro-organismes dits
Milieux extrêmes extrêmophiles
[Sources :© Ifremer.]

61
 II-1-1: Biodiversité des microorganismes
De plus
Il existe 3 niveaux de la biodiversité microbienne:

La diversité génétique. Elle correspond à la diversité des gènes

au sein d'une espèce. Il existe une variabilité génétique entre les
espèces et entre les individus d'une même espèce.
 La diversité spécifique correspond à la diversité des espèces
proprement dite.
 La diversité écosystémique correspond à la diversité d'un
niveau d'organisation supérieur du vivant: l’écosystème.

62
 Conclusion

Malgré ces progrès considérables dans le domaine de

l'écologie microbienne, près de 90% des microorganismes
présents dans l'environnement n'ont pas encore été décrits et la
compréhension des relations entre les microorganismes et le
fonctionnement des écosystèmes reste un enjeu majeur pour les
années à venir.

63
 CHAPITRE III

Écologie Microbienne

64
Etude des relations entre les Microorganismes
et leur environnement?

III) Écologie Microbienne

65
 III-1) Microbiologie environnementale

 Domaine de recherche qui a débuté dans les années 1970

 Domaine intimement relié a l’écologie microbienne, laquelle
s’intéresse aux interactions entre les microorganismes et
l’environnement qui les entoure (eau, air , sol, etc..)

 Comment peut-on utiliser nos connaissances en écologie

microbienne et en bénéficier?

66
 III-2) Écologie Microbienne
Définition

L’écologie microbienne est la science qui étudie les interactions

existant entre les micro-organismes et leur milieu, entre les

micro-organismes eux-mêmes ainsi qu’entre les micro-

organismes et les organismes supérieurs: végétaux et

animaux.

67
 III-3) Quels sont les objectifs de l’écologie microbienne?

 Comprendre les différents types de micro-organismes dans les différents

environnements
 Evaluer leur abondances relatives
 Comprendre les fonctions qu’ils exercent au sein des écosystèmes
 Comprendre comment ils changent ou transforment chimiquement et
physiquement l’environnement
 Etudier les différents facteurs qui contrôlent leur survie dans les
écosystèmes
 Déterminer les facteurs qui contrôlent leur activité et leur abondance
 Etudier leur rôle dans les cycles biogéochimiques …….

68
 III-4) Composantes de l’Écosystème

Écosystème

Biotope
(conditions
physiques et
chimiques)

Biocénose
(peuplements, http://www.profsvt71.fr/pages/premiere-s/theme-2a-tectonique-et-geologie-
populations, appliquee/les-ecosystemes-des-interactions-entre-les-etres-vivants-et-entre-eux-et-leur-
espèces) milieu.html

69
 III-5) Interactions biologiques

Une interaction biologique désigne un processus

impliquant des échanges ou relations
réciproques entre plusieurs éléments biologiques
(espèces, groupes, biocénoses) dans un
écosystème (relations interspécifiques), ou entre
deux ou plusieurs individus d'une même
population (relations intra -spécifiques).

70
 III-5-1) Relations au sein des biocénoses
Relations intra-spécifiques : territorialité, reproduction, …
Relations inter-spécifique : associations

A B
Compétition - -
Exploitation (parasitisme, prédation) - +
Antibiose - 0
Neutralisme 0 0
Carpose ou Commensalisme + 0
Mutualisme ou Symbiose + +
Science de comptoir – ISSN : 2270-4310

- : Nuisible 0 : Neutre + : bénéfique

71
III-5-1) Diagramme simplifié des six principales
interactions biologiques

https://fr.wikipedia.org/wiki/Interaction_biologique
72
 Il existe deux types de relations: bénéfiques et conflictuelles

Relations
Bénéfiques
Le commensalisme Le mutualisme La symbiose

Relations
conflictuelles
La prédation La compétition Le parasitisme L’amensalisme

73
 Exemples de
Relations bénéfiques

74
 a) Le commensalisme
Une relation entre deux espèces différentes

Le L’Hôte
commensal

l’espèce bénéficiant de l’espèce = zéro dommage et

l’interaction (+) aucun avantage (0)

75
b) Le mutualisme

76
77
78
 c) La symbiose
-Au moins deux organismes
-Différentes espèces
hétérospécifiques État durable

SYMBIOSE

Obligatoire
partage et échange de
(parasitisme,
ressources et services
mutualisme)

Facultatifs
(commensalisme;
coopération)

79
https://nature43.fr/urgence/biodiversite/lichens/le-monde-des-lichens/

80
Exemple de Relations conflictuelles

81
 a) La prédation
Définition:

 La prédation exprime l’acte d’un animal ou végétal (un prédateur) , capturant

ou se nourrissant d’un autre organisme (proie), appartenant à une espèce

différente et en général de petite taille,

 La prédation est une relation trophique, une interaction biologique, dans

laquelle un individu, le prédateur, se nourrit d’autres individus (proies)

82
 a) La prédation

Prédation /protozoaire Prédation/ vorticelle

Les protozoaires tendent à Les vorticelles :

diminuer la concentration en - organismes unicellulaire
biomasse nitrifiante - vivent seuls ou en
groupe (colonies)

83
84
 b) La compétition
La compétition est une interaction négative la où deux (ou plusieurs) espèces
occupent le même habitat et ont besoin, par exemple, de la même nourriture.
une relation entre des espèces qui ont besoin des mêmes ressources limitées (nourriture,
eau, territoire, etc…)

On distingue deux
types:

1 2

Par
Par interférence
exploitation

85
 c) Le parasitisme
Le parasitisme et la prédation sont les formes extrêmes d'interaction négatives

C’est le cas de certains virus bactériens (bactériophages) qui établissent une

relation de lysogénie, procurant à la bactérie des caractères nouveaux ;
exemple : la production de toxines chez Corynebactérium diphterae. Ou encore
le cas de certains mycètes impliqués dans le biocontrôle ; exemple : Rhizoctonia
solani qui parasite Mucor.

86
 Parasitisme: Bactérie - Virus

En infectant la cellule bactérienne avec leur matériel génétique, les phages se reproduisent jusqu’à
la détruire, avant de contaminer d’autres bactéries (tiré de «Biologie: notions fondamentales»).
87
 Conclusion
 L’interaction est un caractère fondamental du vivant tout comme
le métabolisme. Elle prend des formes diversifiées
particulièrement chez les micro-organismes.
 Les interactions peuvent êtes conflictuelle ou bénéfiques.
 Ces interactions sont la plupart des cas basées sur des aspects
trophiques car les ressources sont toujours limitées.

88
 CHAPITRE IV

IV) Dynamique des populations

bactériennes

89
 IV-1) C’est quoi la dynamique d’une
population?

La dynamique d’une population est une branche de l'écologie qui

s’intéresse à la fluctuation, dans le temps, des abondances (nombre

d'individus) au sein d'une population d’êtres vivants. Elle a

également pour but de comprendre les influences environnementales

sur les effectifs de cette population.

90
Dynamique = f( conditions biotiques et abiotiques)

Les bactéries pour qu’elles puissent se développer ont besoin de deux

conditions indispensables:

• des conditions nutritionnelles (C, N sels minéraux, H2O,…..)

• des conditions physicochimiques : pH, T°C, PO, ……..

Dans les eaux, les bactéries dégradent les Matières Organiques (MO)

MO + Bactéries  formation d’une biomasse bactérienne en fonction

du temps: voir courbe suivante

91
 Dynamique des microorganismes dans l’environnement

Pop. D

Population A Pop. B Pop. E

Biomasse
Organisme
Pop. C Pop. F
pionnier

Temps

Exemple d’une succession primaire

D’après Gilles MIRALLES – Labo. Microb. Géochim. Ecol. Mar. (LMGEM)

Centre d’Océanologie de Marseille 92
DYNAMIQUE DES POPULATIONS MICROBIENNES
IV-2) Quelques exemple

93
 IV-1-1) Évolution temporelle de certains microorganismes (Rotifères,
Cladocères et Copépodes) dans un écosystème aquatique

Daphnia pulex

Evadne spinifera,
l'un des très rares
cladocères marins https://fr.wikipedia.org/wiki/Cladocera 94
 IV-1-2) Dynamique des bactéries:
quelques exemples

a) Dans les bassins d’oxydation  populations aérobies

et anaérobies
Une dynamique s’installe au cours du temps

 Les germes à tendance glucidolytique (Pseudomonas)

 Les germes protéolytiques (Flavobacterium, Cytophaga)
 Les germes lipidolytiques (Achromobacter)

95
Exemple de dynamique des coliformes fécaux
dans un lagunage

Abondances des CF(log (X+1)/ml)

Hiver Été Hiver

Temps (mois)
96
 b) Dans les lits bactériens  Micro-organismes
composés principalement de :

bactéries, protozoaires, champignons

microscopiques
bactéries = Zooglea, Pseudomonas, Achromobacter,
Alcaligenes, Flavobacterium (principalement)

97
 c) Dans les biodisques  1er groupe dominant =
Pseudomonas & Flavobacterium

d) Dans les boues activées  grand nombre de
bactéries parmi lesquelles :

 Bacilles Gram (-) : Pseudomonas, Alcaligenes,

Flavobacterium
 Bacilles Gram (+) : Kurthia etc.
 Coques Gram (+) : Micrococcus etc

98
e) Dans les boues activées

99
IV-2) Rappels concernant les matières
organiques=MO

100
 IV-2-1) Mécanismes de dégradation
microbienne de la matière organique dans
les milieux aquatiques

101
 IV-2-2) Introduction
 La présence de matières organiques: MO (selon leur concentrations) dans les
écosystèmes aquatiques, est responsable de leur fonctionnement et aussi de leur
dégradation.
 La décomposition des matières organiques peut se faire sous l'action de
microorganismes (bactéries, champignons, les algues, etc.) qui y puisent l'énergie
et les substances nécessaires à leur croissance et à leur métabolisme.
 Ces microorganismes produisent des enzymes extracellulaires capables de lyser
certaines liaisons chimiques des matières organiques particulaires (MOP), et donc
d'en détacher des sucres solubles.
 La réduction de la concentration des MO est tributaire des microorganismes mis en
jeu

102
IV-2-3) Définitions

103
 IV-2-3-a) C’est quoi une matière organique ?

Ensemble des macromolécule provenant de la dégradation des débris animaux et

végétaux et aussi de la production primaire des phytoplanctons dans les
écosystèmes aquatiques.

104
 I V- 2 - 3 - b ) B i o d é g r a d a t i o n d e s M O

Biodégradation = dégradation par voie biologique (par microorganismes)

Minéralisation à travers
Matière organique substance minérale
des micro-organismes

105
IV-2-3-c) Origine de la matière organique

106
a) Origine de la Matière Organique
• les cellules vivantes ou mortes, animales ou végétales et toutes les
molécules résultant de la décomposition de ces cellules.

• les métabolites produits • les molécules de synthèse dont font

par les êtres vivants partie les produits phytosanitaires.

107
b) Composition de la Ma tièr e Or ganique

Carbone organique Total

90% 10%

Carbone organique Dissous de carbone organique particulaire

(COD) (COP)

• dégradation des végétaux et • sédiments,

des détritus animaux • zooplancton,
• l’activité agricole, des rejets • phytoplancton
industriels et urbains • bactéries

108
b) Composition de la Ma tièr e Or ganique

Azote organique Dissous

Fertilisation rejets agricoles Nature de bassin

L’azote organique peut être un facteur, contribuant au problème d’eutrophisation

109
IV-2-3-c) La forme de la matière
organique

110
Fo r m e d e l a M a t i è r e Or gan i que d an s l es eau x d e su r f aces

• Les acides humiques et fulviques.

A - Solubles et • La cellulose
colloïdales • Les hydrocarbures
(carbone • Les acides aminés, lipides et sucres
organique dissous • Les sécrétions animales ou végétales, autolyse des
COD) organismes aquatiques, virus …

 Les micro-organismes tels que les algues (phytoplancton), le

zooplancton, les champignons et les bactéries ;
B - Particulaire  Les substances humiques fixées aux argiles (complexe argilo-
(carbone organique humique) ;
particulaire COP)
 Les débris divers issus de la fragmentation (feuilles mortes à
l’automne, résidus de fauche sur les rives).

111
IV-2-3-d) cycle de la matière
organique

112
 Cycle de la matière organique

Bactéries

Décomposition des

Substance ORG
Matière vivante des Substances minérales
Animaux (subst. simples dissoutes
organiques complexes) dans l'eau

Matière vivante des

Végétaux
(subst. organiques
complexes)

113
IV-2-3-e) DEGRADATION DE LA MATIERE
ORGANIQUE DANS UN MILIEU AQUATIQUE

114
 C ’ e s t q u o i l e m é t a b o l i s me ?
Ra p p e l

Succession des réactions chimiques ordonnées

Catabolisme

Dégradation + Libération
d’énergie
Matière complexe Molécules simples
Synthèse + Consommation
d’énergie
Anabolisme

115
 Source d'Ener gie

Oxydation d’une
Lumière
substance chimique

chimiotrophes phototrophes

Donneur d’e- Donneur d’e- Donneur d’e- Donneur d’e-

organique minérale organique minérale

Chimioorganotrophe Chimiolithotrophe Photoorganotrophe Photolithotrophe

116
 L’ h y d r o l y s e

Matière Matière
organique L’eau organique
(complexe) plus simple

Exemple : hydrolyse de saccharose

Saccharose L’eau Glucose Fructose

C12H22O11 H2O C6H12O6 C6H12O6

117
 Dégr ada tion d’azote or ganique

1. l’ammonification

2. la nitrification

3. la dénitrification

118
 L’ammonifica tion

Azote organique Ammonification

Ammoniaque
(Acides aminés) (NH4 + et NH3)

• Bactéries :
• Bacillus
• Pseudomonas
• Clostridium
• Algues
• Mucor

119
 La nitrification

Faite en deux étapes :

I. l'ammoniaque (NH3) est oxydé en nitrites (NO2−) Nitritation

Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrosospira

II. le nitrite est oxydé en nitrate (NO3−) Nitratation

Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrospira

120
NH3

NO2−
NO3−

Nitrosomonas Nitrobacter
(chimiotrophe) (Chimio-autotrophe)

121
 La dénitrification

Les bactéries dénitrifiants utilisent les ions nitrates comme accepteurs finales des électrons
(Respiration anaérobie)
Condition : un milieu anoxique (manque d’O2)

NO3− NO2− NO N2O N2

Nitrate Ion nitrite monoxyde d’azote Oxyde nitreux Diazote
Bactéries dénitrifiants
Paracoccus dénitrifiants (hétérotrophe)
Thiobacillus dénitrifiants (autotrophe)

122
 Dégr ada tion du phosphor e or ganique

Se fait par des organismes accumulateurs de phosphore dans les conditions

anaérobies

Le phosphate intervient dans le processus de synthèse des protéine,

acide nucléique et la production de l’énergie (ADP et ATP)

Accumulation dans
la cellule
Composés de la
Comme énergie
cellule

Exemple : Accumulibacter

123
Processus microbien dominant: Décomposition de la matière
organique en fonction de la profondeur

Colonne d’eau O2 Profondeur

Sédiments 0 - 1 cm Respiration aérobie

O2

NO3- 1 - 5 cm Dénitrification

SO42- 5 - 100 cm Sulfatoréduction

CO2 > 100 cm Méthanogenèse

124
Points à retenir

125
• La plupart des composés organiques naturels (c'est à dire issus du
vivant) sont susceptibles de se dégrader par voie biologique, avec
une vitesse plus ou moins grande. Cette biodégradation est
effectuée surtout par les microorganismes qui sont très diversifiés et
abondants.
• L'élimination de produits industriels toxiques dans les sols et dans les
milieux aquatiques est devenue une tâche nécessaire.
• La dégradation de la MO est la cause principale de la
consommation de l'oxygène dissous dans l'eau.
• Plus la charge en MO est élevée dans un écosystème aquatique,
plus sa concentration en oxygène dissous diminue (O2 consommé par
les microorganismes pour dégrader les MO).
• Les eaux qui sont riches en MO doivent être bien traitées (réduction
des leur concentration en MO) avant leur rejets dans les milieux
récepteurs.
126
 CHAPITRE V

Traitements biologiques des eaux

usées: rôle des microorganismes

127
 V-1) Pouvoir d’auto-épuration

Les eaux usées d’origine urbaine ou industrielle sont parfois

rejetées en mer ou océan:
 Phénomène d’invasion est tamponné et contrôlé par un
ensemble de facteurs: physiques, chimiques et
biologiques= pouvoir auto-épurateur
 Pouvoir auto-épurateur= somme des effets physico-
chimiques et biologiques.

128
V-2) Bactéries - Système d’épuration biologique

Dans tous ces systèmes épurateurs, les micro-

organismes (surtout les bactéries) sont largement mis
à contribution dans l’épuration des eaux car :
 grande diversité des réactions métaboliques des bactéries
 possibilités d’adaptation métabolique très diversifiées
(température, salinité, oxygénation….)
 potentiel génétique important
 mécanismes de régulation physiologiques et transport actif
 taux de croissance élevé.

129
 V-3) Micro-organismes auto-épurateurs
Ex. Achromobacter, Pseudomonas, Flavobacterium…..

Déf. : Ce sont des micro-organismes capables de se développer au dépens

de la MO

Les espèces rencontrées résultent de la sélection exercée par : taux d’O2 dissous et
les exigences nutritionnelles de ces espèces

 Dans une eau bien oxygénée = micro-organismes aérobies qui interviennent
(dégradation des polluants organiques)
 Dans une eau non oxygénée ou mal oxygénée = micro-organismes anaérobies


Micro-organismes qui interviennent sont inféodés aux conditions environnementales

du milieu aquatique (exp. Les germes comme E. coli adaptés aux T=37°C du tube
digestif ne participe pas activement à l’épuration)
130
V-4) État des micro-organismes dans les eaux usées

* Les bactéries possèdent souvent une couche externe

mucogélatineuse de nature polysaccharidique

* se développent dans des conditions de croissance

limitantes (rapport C/N élevé)

* Ionisation des constituants chimiques  Formation

d’un floc bactérien

Agrégation & adsorption

131
 V-5) Conséquences de l’adsorption et de
l’agrégation

 Augmentation du temps de survie bactérienne dans le milieu

environnant par : protection des micro-organismes des
facteurs inhibiteurs de ce milieu

 Gène de l’effet des oxydants au cours du traitement des

eaux usées

 Sédimentation des micro-organismes en même temps que

celle de leur support: phénomène qui pourra être exploité au
cours du traitement des eaux usées.
132
 V-6) Les différents systèmes biologiques
où interviennent les microorganismes

Parmi ces systèmes on peut citer:

Les bassins de stabilisation ou d’oxydation (=lagunage naturel
par exemple)
Les lits bactériens
Les biodisques
Les boues activées
La percolation infiltration
La sur-irrigation drainage
Etc …… (autres)

133
 V-7) Classification des systèmes biologiques

Il existe deux types de systèmes:

a) Systèmes extensifs demandant:
• de grandes superficies
• un temps de séjour (= temps de rétention) très long plusieurs jours ou
mois)

• Presque pas d’énergie (énergie utilisée= celle issue de l’environnement)

• Ne nécessite pas de main d’œuvre qualifiée.
Exemple de ces systèmes: lagunage, percolation infiltration , …..

134
 V-7) Classification des systèmes biologiques

b) Systèmes intensifs:
• Superficies restreintes
• Consommateurs d’énergie
• Temps de séjour très courts (exprimés en heures)
• Nécessitant une main d’œuvre qualifiée.
Exemple de ces systèmes: Boues activées, lits
bactériens etc…..

135
 a) Exemple de Lagunage

Ce système possède plusieurs variantes:

 Lagunage aérobie
 Lagunage anaérobie
 Lagunage de maturation
 Autres
Ces variantes dépendent de plusieurs paramètres:
 La profondeur du bassin
 La forme des bassins
 Le nombre de bassins
 Etc…

136
 Lagunage facultatif expérimental de Marrakech
137

137
 Lagunage facultatif de Marrakech
138

138
b) Station de traitement des eaux usées par Boues activées
Le traitement par boues activées correspond à plusieurs étapes:
Les eaux usées brutes subissent dans l’ordre:
• Un traitement primaire
• dégrillage
• Un déshuilage
• Un dessablage
• Un traitement secondaire
• Décanteur primaire
• Aérateur: étape majeure dans le traitement: apport de l’Oxygène nécessaire à la
dégradation des MO par les BHA: Bactéries Hétérotrophes Aérobies)
• Décanteur secondaire ou clarificateur: séparation des boues des eaux traitées
• Stabilisation des boues en excès: leur traitement par différentes méthodes

Remarque: Une station par boues activées élimine essentiellement les MO.
Le risque sanitaire lié aux microorganismes pathogènes est toujours présents dans les
eaux traitées. Pour s’en débarrasser, il faut utiliser un traitement tertiaire (filtration sur
sable + traitement de l’effluent par UV: cas de la station par boues activées de
Marrakech).

139
Station de traitement par boues activées

https://fr.wikipedia.org/wiki/Boue_activ%C3%A9e

140
V-8) Rendement épuratoire= Efficacité épuratoire
des systèmes de traaitement

Le rendement épuratoire d’un système de traitement est sa

capacité à réduire la charge organique et aussi les risques
sanitaires liés aux eaux usées traitées.
Cette efficacité épuratoire = f(type de système, ses caractéristiques
physiques, conditions environnementales, etc…).

Il est connu qu’au points de vues élimination du risque sanitaire, les

systèmes biologiques extensifs (lagunage par Ex.) sont très
performants par rapport aux systèmes intensifs (Boues activées).

141
 V-8) Calcul de l’efficacité épuratoire

Le calcul de l’efficacité épuratoire (=% d’abattement) d’un système

vis-à-vis d’un paramètre « X » se fait en calculant:
XEntrée - XSortie x 100

XEntrée
Entrée du système Sortie du système

L’efficacité épuratoire d’un système peut être calculée en Unité

Logarithmique (UL): Log10 de XEntrée - Log10 XSortie

142
 Exemple: Efficacité épuratoire de certains systèmes de traitement

143 % Abattement
Temps de séjours
Localité et dates Nombre de bassins
(en jours)
d’expérimentation Œufs
DBO5 CF
d’Helminthes
Marrakech
2 bassins en série 30 97 99.4 100
1985- 1987
Marrakech
2 bassins en série 22 53.4 98.4 100
1987- 1988

Ouarzazate 1 bassin anaérobie + 5

27,2 80.3 100 100
1990- 1992 bassins de maturation

2 bassins anaérobies +
Boujaad
2 bassins facultatifs + 2 7 45 99.9 100
1992
bassins de maturation

143
Lagunage
144
Lagunage

145
Lits bactériens

146
Biodisques

147
Boues activées

148
Déshydratation des boues

149
Flocs bactériens

150
Percolation infiltration

151
 CHAPITRE VI

Incidence des bactéries sur le fonctionnement

des milieux oligotrophes et eutrophes.

152
 VI-1) Définitions
En écologie, un degré trophique, ou l'indice d'état trophique,
indique le niveau de trophicité d'un milieu, terrestre ou aquatique.
L'occupation en nutriments d'un milieu se définit par plusieurs
niveaux (ou degrés) https://www.aquaportail.com/dictionnaire/definition/14087/degre-
trophique

 Milieu Oligotrophe= Milieu pauvre en éléments nutritifs

 Milieu Eutrophe= Milieu riche en éléments nutritifs
 Milieu Mésotrophe= Milieu moyennement riche en éléments
nutritifs

153
 VI-2) Relation bactéries - degré
d’oligotrophie

Les bactéries hétérotrophes, tirent leur énergie de

l’oxydation de la matière organique;
Elles représentent une part importante de la biomasse
planctonique totale, et cette contribution augmente avec le
degré d’oligotrophie ;
La production de biomasse bactérienne représente environ
10 à 30 % de la production primaire dans les écosystèmes
sans apports extérieurs de matière organique.

154
 VI-2) Relation bactéries - degré d’oligotrophie

https://rappel.qc.ca/fiches-informatives/transparence-de-leau/
L’oligotrophie
• Les bactéries sont dans une eau de mer carencée en nutriments. Donc, elles
passent vers un état Viable Non Cultivable (VNC).

• Les substrats organiques de l‘eau n’étant pas tous assimilables par les
bactéries entériques diminuent ainsi le transport de la cellule de façon très
grande dans le milieu marin.
155
155
 https://rappel.qc.ca/fiches-informatives/transparence-de-leau/

Les lacs eutrophes sont souvent caractérisés par une forte abondance de
plantes aquatiques. L'abondance du périphyton sur les roches dans le
littoral du lac. Le périphyton désigne les algues microscopiques vivant à la
surface des objets submergés (roches, branches, piliers de quai, etc.).
https://www.google.com/search?q=eutrophie&source

156
a) Incidence des bactéries sur le fonctionnement des milieux
oligotrophes

1. Un premier effet de l’activité bactérienne est donc la

production d’un surcroît de biomasse exploitable par
rapport à celle des producteurs primaires.
2. L’autre effet majeur du fonctionnement de la boucle
microbienne est la régénération des éléments minéraux.

157
 b) Réseau trophique

• Généralement, dans les milieux aquatiques les

flux de matière et d’énergie ne s’organisent pas
seulement selon la voie trophique linéaire
classique basée sur l’assimilation
photosynthétique:

phytoplancton zooplancton Poisson

mais empruntent aussi la voie de la boucle microbienne

pour former un véritable réseau trophique.

phytoplancton zooplancton poissons

Bactéries
hétérotrophes

158
 b) Réseau trophique
159

159
 c) Boucle microbienne
Définition:
La boucle microbienne est une nouvelle notion introduite pour mieux
comprendre le fonctionnement des écosystèmes aquatiques;
La boucle microbienne est un élément clé qui permet de mieux comprendre
les différentes interactions microbiennes;
La boucle microbienne, et plus généralement le réseau trophique
microbien, expliquent comment les micro-organismes s'intègrent dans la
chaîne alimentaire classique.

160
La boucle microbienne forme de la la matière organique dissoute :

https://www.aquaportail.com/dictionnaire/definition/14639/boucle-microbienne 161
 Schéma simplifié de la boucle microbienne
• (Schéma réalisé grâces aux informations de Mostajir (2013) et basé sur les schémas de Okuda et al.
(2014) Caron et Fuhrman (2015).
162
c) fonctionnement de la boucles microbienne

163
 d) Contribution des boucles microbiennes à la biomasse et
à la productivité des milieux aquatiques

• Forte abondance et grande diversité taxonomique et fonctionnelle

Microorganismes jouent un rôle prépondérant dans les flux de matière et

d’énergie au sein des écosystèmes aquatiques.

• Aussi, grâce aux relations trophiques entre les microorganismes, la boucle

microbienne peut y être intégrée.

Pour plus de détail, lire l’article d’ C. AMBLARD et al. Intitulé « Écologie

microbienne en milieu aquatique : des virus aux protozoaires » publié dans la
revue « Sciences de l’Eau », Numéro spécial " (1998) 145-162.

164
 e) Rôle des virus dans la boucle

Exemple des virus:

• Lorsqu’une cellule hôte est lysée, les virus libérés ainsi que les débris
cellulaires constituent des produits (protéines, acides nucléiques…) riches
en éléments N, P ou C, utilisables par les bactéries et le phytoplancton
(Gobler et al., 1997 ; Noble et al., 1999).

Donc l’activité virale transforme le carbone particulaire en carbone

dissous, court-circuitant ainsi le flux de carbone et de nutriments vers les
consommateurs supérieurs de la chaîne alimentaire aquatique.

165
 A retenir donc que:

Les bactéries hétérotrophes utilisent la Matière Organique Dissoute (MOD)

détritique.

 Elles vont être consommées par le nanoplancton hétérotrophe (flagellés et

ciliés).

 Une partie de la biomasse bactérienne produite va donc parvenir jusqu’aux

consommateurs terminaux en s’ajoutant aux flux décrits par la chaîne
alimentaire classique.

166
 RECAPITULATION: LES MICRO-ORGANISMES :
PRINCIPAUX ACTEURS DES ÉCOSYSTÈMES AQUATIQUES
Dans un seul millilitre d’eau de lac ou de rivière, peuvent se développer de 1 à 10 millions de
micro-organismes. Acteurs invisibles mais essentiels du fonctionnement de la biosphère, ces micro-
organismes jouent un rôle prépondérant dans les flux de matière et d’énergie au sein des
écosystèmes aquatiques. Les micro-organismes aquatiques forment, par des interactions
multiples, un réseau trophique microbien extrêmement complexe. Ce réseau est composé,
notamment, de la boucle microbienne, c’est-à-dire de bactéries hétérotrophes, qui utilisent la
matière organique dissoute, et de protistes phagotrophes, qui consomment les bactéries. La
boucle microbienne accroît la productivité des milieux en transférant une part significative de la
production picoplanctonique vers les niveaux trophiques supérieurs. Ces conclusions se
démarquent de l’hypothèse classique, qui attribue la quasi-totalité du flux de matière à la voie
photosynthétique (phytoplancton  zooplancton  poissons) .
Par ailleurs, l’impact des virus sur la boucle microbienne n’est pas à sous-estimer, car ils sont
responsables de 10 à 30 % de la mortalité des communautés bactériennes et
phytoplanctoniques. Parce qu’ils favorisent les processus d’échanges et de recombinaison du
matériel génétique, les virus représentent probablement un facteur essentiel dans la dynamique
de la diversité.

167
Cette biomasse bactérienne produite est consommée par le
nanoplancton hétérotrophe et retourne ainsi dans le réseau
trophique. Les éléments minéraux libérés de la matière
organique peuvent ainsi connaître une deuxième vie dans la
couche euphotique et servir à produire un surcroît de
production primaire, dite de régénération. Toutefois, ce rôle
varie considérablement avec l’état trophique de ces
écosystèmes.

168
 Incidence des bactéries sur le fonctionnement des milieux
eutrophes

Dans les écosystèmes eutrophes, recevant généralement des

apports extérieurs, qu’ils soient d’origine terrestre ou benthique,
naturels ou issus de l’activité humaine, la production bactérienne
augmente considérablement et peut excéder la production
primaire.

169
Le « bactérioplancton = ∑bactéries » est composé de
cellules plus grosses et une proportion importante est
attachée sur des particules. Elles peuvent être alors
activement consommées directement par des ciliés ou le
meso-zooplancton et accroissent ainsi la productivité
terminale de ces écosystèmes déjà riches.

170
VII) EUTOPHISAPTION D’UN MILIEU AQUATIQUE

https://www.samudelenvironnement.org/2020/11/17/l-eutrophisation-des- 171
milieux-aquatiques/
 VII-1) Introduction
Pollution= introduction, par l’Homme, ou présence dans l’environnement d’agents physiques,
chimiques ou biologiques ayant des effets néfastes sur la santé humaine, les ressources
biologiques ou l’écosystème.

• Un milieu aquatique est dit pollué lorsque son

équilibre a été modifié de façon durable par
l’apport en quantité trop importances de substance
plus ou moins toxiques, d’origine naturelle ou
issues d’activités humaines.
• L’eutrophisation est considéré comme un type de
pollution de l’eau.
Les marées vertes : conséquence visible de la dystrophisation
due aux épandages agricoles – © Ecotoxicologie.fr – Licence :
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172
VII-2) Définition de l’eutrophisation

• L’eutrophisation est une forme de pollution qui se

produit lorsqu’un milieu aquatique reçoit trop de matières
nutritives assimilables par les algues et que celles-ci
prolifèrent.
• Ce phénomène peut être naturel, il peut alors s’étaler
sur plusieurs siècles. Ou il peut être le résultat des activités
humaines

173
VII-3) PROCESSUS D’EUTROPHISATION

https://www.samudelenvironnement.org/2020/11/17/l-eutrophisation-des-
milieux-aquatiques/

174
 VII-3-1) Les différentes étapes de l’eutrophisation

Dégradation des
Apport excessif de
algues par les
substances nutritives
bactéries

1 2 3 4

Croissance et
Asphyxie du milieu
multiplication des
aquatique
algues

175
176
VII-3-2) LES CAUSES DE L’EUTROPHISATION

https://www.samudelenvironnement.org/2020/11/17/l-eutrophisation-des-
milieux-aquatiques/

177
a) Causes principales de l’eutrophisation
L’ajout de N et de P stimulent la croissance et améliore les rendements des
plantes MAIS à forte dose= POLLUTION

Phosphore Azote

178
 Certaines pollutions sont bénéfiques ou vitales
pour l’environnement

MAIS, leur forte concentration entraine une

POLLUTION

Exemple: L’azote et le phosphore sont des éléments très utiles pour les plantes
mais leur utilisation excessive entraine une pollution (= Eutrophisation).

179
 Eaux industrielles et eaux usées

 Rejettent énormément les 2 éléments (N et P) surtout si les stations

d’épuration ne fonctionnent pas bien;

 L’enrichissement des eaux en N et P entraine une dégradation du

milieu récepteur. On parle de milieux eutrophisés et aussi
d’eutrophisation (= enrichissement excessif en nutriments azotés et
phosphorés).

180
 1) Azote
Rejets diffus
Rejets issus du
Rejets
lessivage des
Domestiques industriels sols enrichis en
engrais azotés

 Azote organique (urée, acide  les concentrations d'azote  la pédologie,

urique, créatinine) .
 azote ammoniacal (N-NH4 + ).
 L'azote organique sera plus ou
moins ammonifié.
dans le rejet sont très  l'hydrographie,
variables.  le climat,
 Les industries les moins  les pratiques culturales,
polluantes produisent des  la nature des récoltes
concentrations de 5 à 20 mg/L  bonne maîtrise des
. agriculteurs de l'emploi des
 industries les plus polluantes divers engrais.
(fabriques d'engrais: 1500 à
5000 mg/L). 181
 1-a) Sources d’azote

 Source principale = Azote minéral est produit industriellement

(industrie chimique) à partir de N2 et moyennant importantes
sources d’énergie.

 2ème source= azote organique issu du fumier, urines, composte etc.

182
 Sources d’azote

 N2 participe à plusieurs problèmes environnementaux

 NH3 se volatilise et se transforme en N2O (protoxyde d’azote) qui
est presque 300 fois plus puissant que le CO2

 L’azote est très soluble et peu retenu par le sol. Il va donc être
emporté par H2O vers les nappes phréatiques et les cours d’eaux
avoisinants.

183
 L’azote

Rôle Disponibilité

 L'azote se trouve dans le sol sous forme

 L'azote joue un rôle primordial
organique ou minérale.
dans le métabolisme des plantes .
 La minéralisation de N-organique se fait par
En effet , c'est le constituant numéro
ammonification et nitrification. Cette
un des protéines qui sont les
transformation est effectuée par la microflore
composés fondamentaux de la
du sol (les bactéries)
matière vivante .
 La forme ammoniacale se fixe sur le complexe
adsorbant (NH4+) , une partie peut se volatiliser
(NH3). La forme nitrique est très soluble et donc
très disponible pour les plantes, mais
facilement lessivable.

184
 1-b) Phosphore

 Les phosphates (sous forme HPO42- " ou PO4- " dans les eaux naturelles)
correspondent à la fraction de phosphore qui se trouve sous forme minérale
dissoute.

 Le phosphore total (PT) rassemble le phosphore organique et minéral, dissous et

particulaire.

 La majorité des apports de phosphore provient de sources ponctuelles.

 Il apparaît que le phosphore provenant d'apports diffus parvient aux cours

d'eau principalement sous forme particulaire et par ruissellement de surface.

185
 Le phosphate

Rôle Disponibilité

Cet élément joue les rôles suivants: Le phosphore est sous trois formes dans le sol:

 Transfert d'énergie (ATP) ,  Forme diffusible: P est lié au complexe argilo-

 Transmission des caractères héréditaires humique par Ca et Mg.

(acides nucléiques)  Forme combinée : P est immobilisé, en partie,

 photosynthèse et dégradation des par les hydroxydes d'Aluminium et de Fer dans

glucides . les sols acides. Il faut chauler le sol et apporter

 élément essentiel pour la floraison, la de l'humus pour le libérer.

nouaison, la précocité de la production, le  Forme insoluble: en terre calcaire, l'acide

grossissement des fruits et la maturation phosphorique donne des phosphates de Ca dont

des graines. certaines formes sont insolubles.

186
 1-c) Comment un milieu devient eutrophe?
L’enrichissement du milieu en N et P, provoque d’abord une
prolifération rapide et spectaculaire d’algues et de
Cyanobactéries. Ex voir ce qui se passe en mer Baltique et lac
VaLucia (Venezuela).
La multiplication des algues et de cyanobactéries en surface =
sécrétion de toxines, consommation de O2, turbidité en surface et
arrêt de pénétration de la lumière, ce qui pose un sérieux
problème pour les animaux et végétaux qui habitent le milieu.
Résultats = asphyxie du milieu et mortalité importante de la
biocénose.

187
 1-d) Mortalité de la biocénose sera suivie par:

Décomposition de la forte quantité de matières organiques

par les bactéries = libération d’éléments toxiques et forte
consommation en O2.

Devant la diminution de O2, la sécrétion de substances

nocives, la diminution de la pénétration de la lumière = le
plancton (zoo, poisson, insectes etc.) va disparaitre.

Les bactéries anaérobies vont prendre la relève

(anaérobiose) = dystrophisation (= cas extrême de
l’eutrophisation) = création de ZONES MORTES.
188
1-e) Autres facteurs qui favorisent l’eutrophisation

Température
Température Eclairement fort Courant
élevée
élevée faible

189
 1-f) Secteurs incriminés dans l’eutrophisation?

Agriculture (excès des engrais = cause majeure)

Activités humaines

Elevage

Rejet des eaux usées non traitées.

190
 1-g) Conséquence de l’eutrophisation:
récapitulation

L’asphyxie du milieu
aquatique
Diminution de la biodiversité
animale
Dégradation de la qualité de
l’eau Développement de
pathogènes
Déséquilibre écologique de
tout l’écosystème

191
 1-h) Solutions

Diminution de
l’utilisation des Instauration des
engrais chimiques lois: Législation.

Amélioration technologique Sensibilisation des

des stations d’épuration et du agriculteurs et de
traitement des eaux usées et toute personne dans
des lisiers issus d’élevage votre entourage.
.

192
 Conclusion
Conclusion
l’eutrophisation est un phénomène qui se manifeste par la
prolifération d’un nombre limité d’espèces végétales dans des
eaux trop chargées en nutriments (Azote, Phosphore,
oligoéléments) ou dans des cours d’eau très dégradés
physiquement. Il faut donc agir pour:
• Bien gérer la fertilisation des sols
• Lutter contre l’érosion des sol
• Installer des stations d’épuration à la sortie des villes et des
industries polluantes.
193
 Conclusion générale

Ces quelques exemples sur des écosystèmes aquatiques situés aux deux
extrémités de la gamme trophique montrent que le bactérioplancton
hétérotrophe joue un rôle déterminant et varié dans leur fonctionnement et
dans leurs propriétés macroscopiques (productivité, recyclage, rétention,
exportation…). On sait en effet maintenant que les conséquences de la
boucle microbienne dans le fonctionnement des réseaux trophiques
planctoniques dépendent très largement des conditions de milieu (degré
trophique, éléments limitants, structures de tailles, etc..). L'écologie
microbienne est donc une discipline essentielle dans l'étude des cycles
biogéochimiques au sein des écosystèmes aquatiques.

194
 CHAPITRE VIII

Étude de la survie bactérienne

195
 VIII-1) Les principales stratégies de survie sont :

1. La production de toxines qui détruisent les cellules du système immunitaire et

éventuellement les tissus permettant ainsi la dissémination des
microorganismes.
2. Le camouflage, c'est-à-dire le mimétisme moléculaire qui permet aux
microorganismes de ne pas être reconnu facilement par les défenses
immunitaires.
3. La métamorphose c'est à dire un changement brutal des antigènes exposés en
surface des germes (variation antigénique qui permet la survie « itérative » du
microorganisme dans le microenvironnement de l'hôte).
4. La recherche d'un sanctuaire c'est à dire la quête d'un lieu où le système
immunitaire ne « verra « pas le microorganisme qui survit dans même de
l'hôte et parfois même dans les cellules du système immunitaire.

196
 VIII-2) Étude de la survie bactérienne
-----------------
Le traitement des eaux usées par bassins de stabilisation, c’est
un procédé extensif très efficace dans le traitement des eaux
usées. Cependant, les mécanismes par lesquels ce système
élimine les bactéries pathogènes restent le sujet de débat. En
effet, il fait intervenir des processus complexes qui résultent
de l’interaction des facteurs physico-chimiques et biologiques
régnant dans le milieu.

197
 VIII-2-1) La croissance microbienne - Facteurs limitants
RAPPEL

 Disparition d'un composé essentiel à la nutrition bactérienne;

 Mécanisme de régulation (produit final de la réaction toxique, …);

 Mécanisme de compétition entre les micro-organismes;

 Variations physico-chimiques du milieu : pH, température...;

 Présence d'agents chimiques ou bactériostatiques.

198
 VIII-2-2) Facteurs intervenant sur la survie bactérienne
SURVIE BACTERIENNE = maintien de la viabilité bactérienne sous des conditions
défavorables du milieu

1) FACTEURS PHYSIQUES :
 Dilution
Sédimentation (effet protecteur)
Température
Rayonnement solaire….(Maroc 216h/mois: 1700J/Cm2/J)

2) FACTEURS CHIMIQUES :
Salinité
Nutriments: manque de nutriments = mortalité (Diminution de survie des Coliformes si
MO<20mg/L)
pH
Oxygène….

3) FACTEURS BIOLOGIQUES
Prédation
Bactériophages
Antibiose….

4) Approche expérimentale pour l’étude de la survie: en Microcosmes

199
 VIII-2-2-1) Facteurs physique

La dilution
• Les bactéries vont être diluées dans une masse d'eau
selon la dynamique de l’eau. Cette dilution diminue
faiblement ou sensiblement la concentration en bactéries
entériques cultivables dans l'eau marine.
• Les bactéries adsorbées vont pouvoir sédimenter par la
suite.

200
200
 VIII-2-2-1) Facteurs physique

L’adsorption
• L’adsorption est la fixation des polluants sur toutes
les particules organiques ou minérales en suspension
dans le milieu marin.
• Elle est un phénomène très connu par lequel les
bactéries s'accrochent à des corpuscules dont elles
suivent le sort: décantation par exemple Substances
Phase solide
• Elle contribue alors à un isolement des
microorganismes et réduit leur abondance.

201

201
 VIII-2-2-1) Facteurs physique

https://www.google.com/search?q=s%C3%A9dimentation&tbm

Sédimentation/décantation
• Faite d’une manière directe ou indirecte.
• Elle détermine la disparition momentanée des
microorganismes.
• Cette disparition peut être provisoire, suite à une remise
en suspension des sédiments et des bactéries.
202
202
 VIII-2-2-1) Facteurs physique

Température
5 Thermophiles

Mésophiles Hyperthermophiles
4
Taux de croissance

3
Psychrophiles
2

0 15 30 45 60 75 90 105 120

Température en °C
https://www.aquaportail.com/dictionnaire/definition/5601/mesophile

203
 VIII-2-2-1) Facteurs physique
Rayonnement solaire
L’ensoleillement (UV et lumière visible)
• La survie des bactéries en mer varie
sensiblement suivant le cycle nycthéméral.
• Les rayonnements solaires agissent par
l'intermédiaire des ultra-violets (essentiellement
les UV-A) et de la lumière visible.
• La lumière visible pourrait intervenir
directement sur les bactéries ou par
l’intermédiaire de photo-sensibilisateurs dans
l'eau de mer.
• La lumière visible agit par l'intermédiaire de
photosensibilisateurs présents dans le milieu
aquatique ou ceux dans les bactéries autres
que l'ADN. Effet du rayonnement
solaire: UV
https://www.aquafides.at/fr/desinfection-uv/

204
204
 VIII-2-2-1) Facteurs physique
Rayonnement solaire
L’ensoleillement (UV et lumière visible)
L’effet du rayonnement solaire peut être:
•Direct: action des rayons UV sur l’ADN
bactérien = endommagement= Mortalité
•Indirect: Action par élévation du pH par les
algues,
• Action par production des ATB par les algues
• Action par production de sensibilisateurs : H2O2,
OH- etc….
• L’action du Rayonnement solaire est dépendante
de la turbidité du milieu
Effet du rayonnement
solaire: UV
https://www.aquafides.at/fr/desinfection-uv/

205
205
 VIII-2-2-1) Facteurs physique

Pression
Barophiles Barophiles
faibles extrêmes

Barophiles
5
modérés
Taux de croissance

1bar par 10m

1
de profondeur

200 400 600 800 1000 1200

Pression en bars

206
VIII-2-2-2) Facteurs chimiques:
a) Le pH

Growth rate and pH optimum of microorganisms

https://microbeonline.com/ph-requirements-microorganism/ 207
 VIII-2-2-2) Facteurs chimiques:
b) La salinité

La salinité: cas des bactéries entériques

• La salinité diminue la survie des entérobactéries en mer.
• Les entérobactéries doivent obligatoirement rétablir l’équilibre
osmotique entre le milieu extérieur et leurs cytoplasmes.
• Le choc hyper-osmotique modifie la membrane bactérienne et
les capacités de transports.
• Certaines bactéries peuvent trouver des composés
osmoprotecteurs tels que la glycine et la bétaïne qui vont leur
permettre d'éviter la déshydratation due à la salinité.

208
208
 VIII-2-2-2) Facteurs chimiques:
b) La salinité

Halophiles
faibles = bactéries marines
Halophiles extrêmes

5 Halophiles
modérées
4
Taux de croissance

saturation
1 2 3 4 5

NaCl en moles par litres

209
VIII-2-2-2) Facteurs chimiques:
c) Les nutriments

• b) La salinité

https://www.google.com/search?sca_esv=d25cc1ac68398341&q

210
 VIII-2-3) Facteurs biologiques
3 types de phénomènes peuvent être évoqués pour expliquer l’auto-
épuration dans ses aspects biologiques:

Phénomène de parasitisme

Phénomène de lyse

Phénomène de proie

Relation « Bactérie-Algues »
https://www.google.com/search?q=lyse+bact%C3%A9rienn
e&tbm

211
VI-2-2-3-1) Phénomène de parasitisme :

https://research.pasteur.fr/wp-content/uploads/2015/07/research.pasteur.fr_group-
laurent-debarbieux.jpg

212
 Exemple : Bactéries + Bdellovibrio
bacteriovorus

The predatory life cycle of Bdellovibrio bacteriovorus

(Snježana Rendulic, Jürgen Berger, Stephan C. Schuster, PhD/Max-Plank-Institute)

213
 Bactéries + Bdellovibrio bacteriovorus

https://www.geocities.ws/
sean_mcisaac/

Ces bactéries qui en dévorent

https://cronodon.com/BioTech/Bdellovibrio.html
d'autres | Pour la Science

214
 VIIII-2-2-3-2) Phénomène de lyse

https://souslemicroscope.com/toxine/

• Elaboration de substances antibactériennes

• Antibiose: bactériolyse et bactéricidie
• Enzymes bactériennes (Bacillus, Pseudomonas, etc)
• Substances antibiotiques (Actinomycètes etc.)
• Champignons (pénicillines (Aspergillus)
• Algues: Chlorelline (Chlorella)
• Mollusques, Spongiaires: substances inhibitrices

215
 VIII-2-2-3-3) Phénomène de proie
Les bactéries constituent une nourriture particulaire appréciée par de nombreux
protozoaires (= nourriture halozoique)

bactéries

https://www.google.com/search?q=clarification+des+eaux+par+des+protozoaires

216
Compétition: principe d’exclusion compétitive

 Ci-haut deux espèces de

Paramécies (P. aurelia et P.
caudatum) en culture
distinctes avec constance de
bactéries atteignent tous les
deux la capacité limite du
milieu.
 Cultivées conjointement
(illustré en bas), P aurelia se
nourrit plus efficacement et
élimine P. caudatum de la
culture….

217
Modélisation du système proie - prédateur

système proie - prédateur

https://www.ammoneo.org/crise-euro/
218
 VIII-2-2-3-4) Relation bactérie-algue
DOM pool

Allochtone -
DOM + Production du -
Bactérioplancton
+
- Nutriments
+ (N, P)

PDOM - Production du -
+
+ Phytoplancton

-
CO2 +

Conceptual model of organic matter flow in a nutrient- limited plankton system. Boxes indicate phytoplankton
orbacterioplankton production. Ovals indicate abiotic pools of dissolved organic or inorganic (CO 2 ) carbon or mineral nutrients
(e.g. N or P). The available DOM pool, composed of allochthonous labile organic
matter (Alloch DOM) and PDOM, is indicated by a dashed line. Arrows indicate direction of fluxes. Signs ( þ or 2) indicate
responses of the system to relative amounts of available Alloch DOM input to PDOM input. Signs above arrows are for when Alloch
DOM input exceeds PDOM input. Signs below arrows are for when Alloch DOM
input is less than PDOM input. The model is highly simplified, with only fluxes and compartments relevant to the study indicated,
and the effect of light intensity not considered.
219
• Les bactéries d'origine entérique éliminées par l’Homme et
les animaux et rejetées au niveau du milieu marin peuvent
présenter un danger important pour la santé humaine suite
à leur présence dans un milieu hostile.
• Dans le milieu marin, ces bactéries sont soumises à de
multiples pressions environnementales de nature abiotique et
biologique limitant leur survie.
• Certains agents pathogènes peuvent échapper à ce stress
par le développement de différents mécanismes de
résistances, provocant ainsi un risque sanitaire important
pour les personnes infectées.
220
220
• L’étude de la survie bactérienne permet de mettre en relief l'importance de la
lumière et de la salinité dans la perte de viabilité des Coliformes Fécaux (CF).
• L'effet létal du rayonne solaire sur ces bactéries induit une augmentation de leur
survie avec la profondeur.
• La prédation par les protozoaires joue aussi un rôle important dans
l'élimination de ces bactéries.
• Il apparait clairement que la survie des CF diminue, mais leur disparition
rapide est loin d'être totale.
• Les techniques classiques de comptage de ces bactéries ne permettent pas
d'évaluer correctement leur effectif et donc le risque auquel sont exposés les
usagers de cet écosystème d'où l’intérêt croissant pour le développement de
nouvelles méthodes de dénombrement spécifiques capables de détecter les
bactéries fécales dans l’état VBNC dans les eaux marines.

221