La Place Des Aerococcus en Clinique Huma

1
UNIVERSITE PAUL SABATIER

TOULOUSE III
FACULTE des SCIENCES PHARMACEUTIQUES
Année 2010 Thèse n° 2010-TOU3-2027
THESE
POUR LE DIPLOME D'ETAT DE DOCTEUR EN PHARMACIE
obtenu après soutenance
du Mémoire du DIPLOME d'ETUDES SPECIALISEES
de BIOLOGIE MEDICALE
(conformément décret n° 90-810 du 10 septembre 1990 modifié par arrêté du 4 juillet 2003)
Présenté et soutenu publiquement à Toulouse par
DELSARTE Marie
Le 30 Avril 2010
LA PLACE DES AEROCOCCUS EN CLINIQUE HUMAINE :

REVUE SUR UNE SERIE DE 29 CAS HOSPITALIERS
DE 2001 à 2009
Directeur de thèse : Monsieur le Docteur Alain LE COUSTUMIER
JURY
PRESIDENT : Madame le Professeur Christine ROQUES

1er assesseur : Monsieur le Docteur Alain LE COUSTUMIER
2ème assesseur : Monsieur le Professeur Patrice MASSIP
3ème assesseur : Monsieur le Docteur Eric HUYGHE
2
REMERCIEMENTS
A Madame le Professeur Christine Roques pour m’avoir fait l’honneur de

présider mon jury de thèse. Nous avons pu apprécier votre enseignement au sein de la
Faculté de Pharmacie et votre compétence au cours de nos années d’étude.
Veuillez recevoir ici l’expression de notre profonde gratitude.
A Monsieur le Docteur Alain Le Coustumier pour m’avoir proposé ce sujet de

thèse et guidé dans sa réalisation avec gentillesse et compétence, et ce malgré la
distance. Merci également pour votre enseignement appliqué de la microbiologie au sein
du laboratoire du Centre Hospitalier de Cahors et votre patience lors de mon
apprentissage.
Veuillez trouver ici le témoignage de ma reconnaissance et l’assurance de toute ma
gratitude.
A Monsieur le Professeur Patrice Massip pour m’avoir fait l’honneur d’accepter

de prendre part à ce jury et d’apporter ses connaissances sur le sujet.
Soyez assuré de mon plus profond respect.
A Monsieur le Docteur Eric Huyghe pour avoir accepté de participer à ce jury et

de juger ce travail. Merci également pour ces années d’internat passées à te côtoyer
toujours dans la bonne humeur. Reçois ici toute ma gratitude.
3
Merci au Professeur Claire Poyart et à toute l’équipe technique du CNR-Strep

pour m’avoir accueillie au sein de leur service et guidée avec compétence et gentillesse
lors du séquençage de mes souches. Merci également pour le suivi par mails réguliers
tout au long de la rédaction de ce travail.
Merci aux Professeurs Christensen, Vela et Fernandez et au Docteur Loubinoux

pour leur collaboration à ce travail au travers l’envoi de diverses publications ou
souches bactériennes nécessaires à son élaboration.
Merci à l’équipe de technicien(ne)s du laboratoire du Centre Hospitalier de

Cahors pour leur accueil chaleureux et leurs conseils, et particulièrement à l’équipe du
secteur de microbiologie pour leur participation active et leur compétence lors de
l’élaboration de ce travail.
4
A titre plus personnel, je souhaite remercier :
Maman et Mamée, vous qui veillerez toujours sur nous. Merci pour tout ce que vous nous avez
transmis, j’espère être aussi forte que vous l’avez été dans votre vie. Je vous aime.
Mon père et ma grand-mère, pour avoir toujours cru en moi et m’avoir soutenue dans les
moments difficiles de la vie comme des études. Merci d’être là pour nous.
Sylvain et Alice, les deux « bels », merci d’être comme vous êtes !
Nicolas, pour tout ce que tu m’apportes, merci de me donner confiance en moi. Et merci pour tes
initiations bivouac et ski de rando…
Merci à Stéphanie et Xavier, pour tous ces bons moments passés avec vous, tous ceux à venir, et
tous ces apéros du PORC ratés ! Merci aussi de votre soutient dans les coups durs. Merci Steph
pour ton incroyable capacité d’organisation de petits repas sympas, sorties culturelles, WE en
gite et vacances en tout genre ! Et merci Xav pour ta persévérance dans mon apprentissage
laborieux du babyfoot, c’est mon dernier DES à valider !
Merci à Fanny pour notre WE à Marseille toujours planifié, toujours pas fait… nos supers WE
fille, et le soutient réciproque pendant les coups de blues (girl power !!)
Merci à Claire (Lise…), tout a commencé par un coup de pinceau dans un appartement avec vue
sur le Puy de Dôme. Aujourd’hui, tu côtoies la Tour Eiffel mais ça n’a rien changé : tu gardes ta
bonne humeur et ton rire communicatif ! Je te souhaite beaucoup de bonheur.
Merci à Marina, ma binôme de choc à la fac, pour notre formulation du principe qui va
révolutionner la chimie du XXIème siècle : toujours garder les deux phases de l’ampoule à
décanter, on ne sait jamais…
Céline et Pierre, Aude et Jérôme, Julie et Olivier, Ariane et Marion « les 2 swoofs », Guillaume,
Manu, Anne Claire, Pamela, Marie Lise, Isabelle, Cécile, les Clermontois, Stéphanie, Adeline,
Anne Séverine, Audrey : pour toutes ces années passées ensemble. Et bon courage pour les
futurs thésards…
5
TABLE DES MATIERES
LISTE DES ABREVIATIONS…………………………………………………………8

INTRODUCTION………………………………………………………………………9
PARTIE I
LE GENRE AEROCOCCUS........................................................................................ 10
1. Historique............................................................................................................. 11
2. Taxonomie bactérienne........................................................................................ 12
3. Phylogénie............................................................................................................ 13
4. Genres apparentés ................................................................................................ 14
5. Bactériologie ........................................................................................................ 16
5.1. Morphologie en microscopie optique .......................................................... 16
5.2. Culture.......................................................................................................... 17
5.2.1. Conditions de culture ........................................................................... 17
5.2.2. Aspect des colonies.............................................................................. 18
6. Caractères biochimiques ...................................................................................... 19
6.1. Caractères principaux................................................................................... 19
6.1.1. Cytochrome oxydase............................................................................ 20
6.1.2. Catalase ................................................................................................ 20
6.1.3. Recherche de leucine aminopeptidase (LAP) ...................................... 21
6.1.4. Recherche de la pyrrolidonyl arylamidase (PYR) ............................... 21
6.1.5. Étude de la fermentation des sucres..................................................... 21
6.2. Caractères secondaires ................................................................................. 22
7. Les différentes espèces d’Aerococcus ................................................................. 23
7.1. Aerococcus viridans..................................................................................... 23
7.1.1. Bactériologie ........................................................................................ 24
7.1.2. Physiopathologie.................................................................................. 26
7.1.3. Aerococcus viridans et antibiotiques ................................................... 28
7.2. Aerococcus urinae ....................................................................................... 29
7.2.1. Bactériologie ........................................................................................ 29
7.2.3. Aerococcus urinae et antibiotiques...................................................... 35
7.3. Aerococcus christensenii ............................................................................. 39
7.3.1. Bactériologie ........................................................................................ 39
7.3.3. Aerococcus christensenii et antibiotiques............................................ 41
7.4. Aerococcus sanguinicola ............................................................................. 42
7.4.1. Bactériologie ........................................................................................ 42
7.4.3. Aerococcus sanguinicola et antibiotiques............................................ 47
7.5. Aerococcus urinaehominis........................................................................... 48
7.5.1. Bactériologie ........................................................................................ 48
7.5.3. Aerococcus urinaehominis et antibiotiques ......................................... 51
7.6. Aerococcus suis............................................................................................ 51
7.6.1. Bactériologie ........................................................................................ 51
6
7.6.3. Aerococcus suis et antibiotiques .......................................................... 56

7.7. Aerococcus urinaeequi................................................................................. 58
7.7.1. Bactériologie ........................................................................................ 58
7.7.3. Aerococcus urinaeequi et antibiotiques ............................................... 59
8. Tableau de synthèse des principales caractéristiques des différentes espèces
d’Aerococcus................................................................................................................ 60
9. Aerococcus et difficultés diagnostiques............................................................... 61
9.1. Difficulté d’identification ............................................................................ 61
9.2. Difficultés rencontrées avec les galeries commerciales d’identification ..... 62
10. Aerococcus :sensibilité aux antibiotiques et antibiothérapie ........................... 66
PARTIE II
MATERIEL ET METHODES ..................................................................................... 69
1. Méthodes.............................................................................................................. 70
1.1. L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) ..................................... 70
1.1.1. Généralités ........................................................................................... 70
1.1.2. Conditions de recueil ........................................................................... 71
1.1.3. Examen cytologique............................................................................. 71
1.1.4. Mise en culture et dénombrement des colonies ................................... 72
1.1.5. Identification ........................................................................................ 73
1.1.6. Antibiogramme .................................................................................... 74
1.2. Outils taxonomiques : étude de la Superoxyde Dismutase sodA et de l’ARNr
16S ...................................................................................................................... 74
1.2.1. La superoxyde dismutase sod .............................................................. 75
1.2.2. Extraction de l’ADN bactérien ............................................................ 76
1.2.3. Amplification du gène codant la sod ................................................... 76
1.2.4. Amplification du gène codant l’ARNr 16S ......................................... 77
1.2.5. Purification, séquençage et comparaison des séquences ..................... 78
2. Matériel ................................................................................................................ 81
2.1. Les infections urinaires (IU) ........................................................................ 81
2.1.1. Infections urinaires communautaires (IUC)......................................... 81
2.1.2. Infections urinaires nosocomiales (IUN) ............................................. 81
2.1.4. Clinique des infections urinaires.......................................................... 83
2.1.5. Facteurs favorisants les infections urinaires ........................................ 84
2.1.6. Traitement des infections urinaires ...................................................... 85
2.2. Patients inclus dans l’étude de cas ............................................................... 86
2.3. Observations cliniques ................................................................................. 87
PARTIE III
RESULTATS................................................................................................................ 114
1. Données démographiques des patients inclus dans l’étude ............................... 115

2. Nature des prélèvements .................................................................................... 117
3. Récapitulatif des bactéries isolées et identifications obtenues par les différents
systèmes commerciaux .............................................................................................. 118
4. Espèces identifiées dans les prélèvements urinaires.......................................... 120
5. Signes d’infection urinaire retrouvés chez les patients...................................... 121
7
6. Facteurs favorisants d’infection urinaire retrouvés chez ces patients................ 122

7. Evaluation de la fonction rénale chez les patients ............................................. 123
8. Caractéristiques des urines et bactéries associées.............................................. 127
9. Sensibilité aux antibiotiques .............................................................................. 131
10. Traitements antibiotiques……………………………………………………....134
PARTIE IV
DISCUSSION ............................................................................................................... 136
1. Etude clinique des infections à Aerococcus....................................................... 137

1.1. Répartition par âge et par sexe................................................................... 137
1.2. Rôle des facteurs favorisants dans l’infection urinaire .............................. 137
1.3. Manifestations cliniques des infections urinaires à Aerococcus................ 141
2. Problèmes d’identification par les systèmes commerciaux ............................... 142
3. Modifications des caractéristiques des urines.................................................... 146
4. Etude de la sensibilité aux antibiotiques............................................................ 146
4.1. Aerococcus urinae ..................................................................................... 146
4.2. Aerococcus viridans................................................................................... 150
4.3. Aerococcus sanguinicola ........................................................................... 152
5. Rôle des Aerococcus en pathologie humaine : réelle infection ou simple
colonisation ? ............................................................................................................. 154
CONCLUSION……………………………………………………………………….157
BIBLIOGRAPHIE…………………………………………………………………...158
8
LISTE DES ABREVIATIONS
ADH : Arginine dihydrolase

ADN : Acide déoxiribonucléique
ALO : Aerococcus « like organism »
ARN: Acide ribonucléique
ARNr 16S: ARN ribosomal 16S
BMR: Bactérie multi résistante
CASFM: Comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie
CDC: Centers for Disease Control and Prevention
CG: Cockroft et Gault
CMI: Concentration minimale inhibitrice
CNR-Strep : Centre National de Référence des Streptocoques
CPS : Gélose chromogène fabricant bioMérieux
C3G: Céphalosporine de 3ème génération
ECBU : Examen cytobactériologique des urines
EHPAD : Etablissement d’hospitalisation pour personnes âgées dépendantes
ESC : Esculine
FQ : Fluoroquinolones
GS : Gélose au sang (sauf indication contraire : gélose base Columbia au sang de mouton,
fournisseur bioMérieux)
IU : Infection urinaire
IUC : Infection urinaire communautaire
IUN : Infection urinaire nosocomiale
IV : Intra veineuse
JNI : Journées nationales d’infectiologie
LAP : Leucine aminopeptidase
MDRD : Modification of the diet in renal disease
MH: Müller Hinton
Orient : Gélose Chromagar chromogène fabricant BD
PYR: Pyrrolidonyl arylamidase
RBP: Recommandations de bonne pratique
REMIC : Référentiel en microbiologie médicale
SAU : Service d’accueil et d’urgences
VAN : Vancomycine
VP : Vosges Proskauer
9
INTRODUCTION
Le genre Aerococcus a été décrit pour la première fois en 1953 par Williams, lors
d’une étude des microorganismes trouvés dans les atmosphères confinées.
Les cocci gram positif, micro-aérophiles, catalase négative, disposés en amas ou
tétrades, mis en évidence prennent le nom d’Aerococcus viridans, seule espèce du genre
à l’origine.
Au cours de ces dernières décennies, l’amélioration des méthodes de biologie
moléculaire, notamment du séquençage de l’ARN ribosomal 16S, a contribué à la
reclassification de Pediococcus urinaeequi en Aerococcus urinaeequi et à la description
de cinq nouvelles espèces : Aerococcus urinae, Aerococcus sanguinicola, Aerococcus
christensenii, Aerococcus urinaehominis et Aerococcus suis.
Les Aerococcus sont isolés à partir de l’air, de la végétation, de la poussière et

peuvent être présents chez des individus sains.
Cependant, ils sont également responsables d’infections plus ou moins graves chez
l’homme. Ainsi, Aerococcus viridans a été associé à des cas d’endocardites, méningites,
bactériémies, arthrites ou infections urinaires et Aerococcus urinae a été reconnu agent
d’infections urinaires, de bactériémies et endocardites.
Il ne faut donc pas ignorer les infections humaines à Aerococcus et être capable
d’identifier ces espèces dans les divers prélèvements reçus au laboratoire de
microbiologie.
De même, avec l’augmentation de mise en évidence de ces bactéries, les
connaissances sur leur sensibilité aux antibiotiques progressent. Mais il n’existe pas
encore, à ce jour, de recommandation sur la prise en charge de ces infections.
Nous avons donc au cours de ce travail, fait une revue des connaissances
actuelles sur les Aerococcus, au travers l’étude de la littérature et l’étude de 29 cas
d’infection, diagnostiqués au Centre Hospitalier de Cahors entre 2001 et 2009.
10
PARTIE I
LE GENRE AEROCOCCUS
11
1. HISTORIQUE
Les Aerococcus ont été décrits pour la première fois en 1953 par Williams [1].
Ces isolements ont été réalisés dans l'air ambiant de chambres de patients hospitalisés,
sur des milieux de culture sélectifs contenant du cristal violet et du tellurite de
potassium.
Les bactéries observées étaient des cocci gram positif en amas, aéro-anaérobie
facultatifs, catalase négative et produisant une α hémolyse sur gélose au sang.
La question s'est alors posée de savoir à quel genre rattacher ces cocci, notamment par
rapport aux Streptocoques viridans et au genre Pediococcus.
Bien que la bactérie ait des caractéristiques biochimiques similaires à celles des
Streptocoques, et plus particulièrement aux Entérocoques, elle était clairement différente
de ceux-ci en coloration de gram [2].
Les Aerococcus différaient également des Pediococcus de part leur aspect au
gram, leur métabolisme respiratoire (Pediococcus est une espèce micro aérophile) et leur
capacité d'acidification du milieu et de fermentation du glucose.
De plus, les bactéries isolées à partir de l'air ambiant étaient capables de croissance sur
des milieux contenant du cristal violet et du tellurite de potassium, et produisaient une α
hémolyse sur gélose au sang.
Il a donc été proposé par Williams de créer un nouveau genre, Aerococcus, avec
une espèce Aerococcus viridans.
En 1960, Deibel et son équipe mène une étude comparative sur des souches de
cocci gram positif formant des tétrades au gram: Gaffkya homari (pathogène des
homards) et Aerococcus viridans. Il considère que les cultures sont suffisamment
similaires du point de vue de leurs caractéristiques morphologiques et phénotypiques
pour être réunies au sein d'une même espèce.
Et du fait de leur relation proche avec le genre Pediococcus, il est proposé le nom de
Pediococcus homari nov. comb [3].
En 1963, Clausen décrit un autre groupe de bactéries dont la morphologie

cellulaire est semblable aux Aerococcus décrits par Williams en 1953, mais catalase
12
positive. Il propose alors que le genre Aerococcus pourrait contenir deux espèces, l'une,
Aerococcus viridans, catalase négative, et l'autre, Aerococcus catalasicus, catalase
positive [4]. Cette idée n'a jamais été officiellement reconnue par les comités chargés de
la taxonomie bactérienne.
En 1965, Whittenbury conclut finalement que les Aerococcus et les Pediococcus

peuvent être distingués l’un de l’autre sur la base de leurs caractéristiques phénotypiques
[5].
L'espèce Aerococcus viridans est restée unique jusqu'à la mise en évidence par
Christensen, au Danemark, de bactéries proches, dans des prélèvements urinaires ou à
point de départ urinaire. Ces bactéries sont alors appelées ALO pour « Aerococcus like
organism » [6]. Celles-ci prendront le nom d’Aerococcus urinae en 1992, après
séquençage et étude phylogénétique du gène codant leur ARN 16S ribosomal (ARNr
16S) par Aguirre et Collins [7].
Depuis 1992, quatre nouvelles espèces ont été décrites dans le genre: Aerococcus
christensenii (1999), Aerococcus sanguinicola (2001), Aerococcus urinaehominis (2001)
et Aerococcus suis (2007).
Enfin, il faut noter qu’en 2005, Pediococcus urinaeequi, espèce décrite en 1986, a été
reclassée en Aerococcus urinaeequi suite à l’analyse des séquences des ARNr 16S et des
hybridations ADN-ADN réalisées.
2. TAXONOMIE BACTERIENNE
Comme nous venons de le voir, la position taxonomique des Aerococcus a

longtemps fait l’objet de controverses et de changements.
On admet aujourd’hui qu’il s’agit d’un genre indépendant des Streptococcus, des
Enterococcus et des Pediococcus, appartenant à la famille des Streptococcaceae.
13
Domaine Bacteria
Phylum Firmicutes
Classe Bacilli
Ordre Lactobacillales
Famille Streptococcaceae
Genre Aerococcus
Tableau 1 : Position taxonomique des Aerococcus

(Source: J.P Euzéby: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature,
http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Firmicutes)
3. PHYLOGENIE
En 1997, Christensen mène une étude sur les relations génétiques et

phénotypiques intra espèce d’Aerococcus urinae [8].
Pour cela, il réalise un séquençage et une comparaison de 1320 nucléotides de l’ARNr
16S de différentes souches d’Aerococcus urinae et autres espèces gram positif catalase
négative (issues de la banque américaine de séquences nucléotidiques en libre accès Gen
Bank). Le dendrogramme suivant est obtenu.
14
Figure 1 : Dendrogramme d’Aerococcus urinae et autres espèces gram positif catalase négative
(Source : [8])
4. GENRES APPARENTES
La famille des Streptococcaceae regroupe un ensemble de cocci gram positif,

dépourvus de catalase et oxydase et produisant de l’acide lactique par fermentation du
glucose.
Cette famille, à de nombreuses reprises remaniée, comprend aujourd’hui 15 genres
différents.
Outre Streptococcus et Enterococcus, on y trouve les genres : Abiotrophia, Aerococcus,
Alloiococcus, Gemella, Pediococcus, Leuconostoc, Lactococcus, Tetragenococcus,
Helcococcus, Vagococcus, Globicatella, Facklamia et Dolsigranulum.
15
Les espèces des genres Streptococcus et Enterococcus sont les plus impliquées en
pathologie humaine. Mais d’autres espèces comme Abiotrophia, Aerococcus,
Alloiococcus et Gemella sont de plus en plus fréquemment rencontrées chez l’homme.
Les principales caractéristiques biochimiques et les implications en pathologie humaine
des genres apparentés à Aerococcus sont résumées dans les tableaux 2,3 et 4 suivants.
Tetra-
Alloio- Helco- Pedio- Entero- Lacto- Strepto- Vago- Globi- Abio- Leuco-
Aerococcus geno- Gemella
coccus coccus coccus coccus coccus coccus coccus catella trophia nostoc
coccus
cocci,
cocci et cocci et cocci et cocco- cocci et
très gros
Morphologie cocci cocci cocci cocci cocci cocco- cocco- cocco- cocci cocci bacilles et cocco-
cocci
bacilles bacilles bacilles pseudo- bacilles
bacilles
A. urinae, viridans,
G.haemolysans :
sanguinicola: amas, paires, paires, paires, paires,
amas paires, paires, diplocoques paires, paires, paires et
Groupement tétrades tétrades et tétrades tétrades, tétrades chainettes
G.morbillorum : chainettes chainettes et chainettes chainettes chainettes chainettes
A. christensenii: amas et amas amas et amas
chainettes
chainettes
Croissance
+ + + v + - + v - + - v
NaCl 6,5%
Test bile
v - - + + - + + v + v - v
esculine
LAP v + - + + + + + + + - + -
PYR v + + - - + + v - + + + -
Sensibilité
S S S R S S S S S S S S R
vancomycine
A. urinae,
Autres A. viridans: mobiles
R cotrimoxazole
Tableau 2 : Caractères utilisés pour différentier entre eux les cocci gram positif, catalase négatif
(Sources : d’après [9] et [10] et cette étude)
* : reclassé en 2005 en Aerococcus urinaeequi
Tableau 3 : Caractéristiques phénotypiques des cocci gram positif catalase négative se divisant
suivant deux plans (Source : [8] )
16
Genre Hote Habitat Pouvoir pathogène

homme: A. viridans, A.
infections urinaires, septicémies,
urinae, A.sanguinicola, A.viridans : environnement (air, eau
Aerococcus endocardites, plaies cutanées, infections
A.christensenii, sol, plantes)
articulaires
A.urinaehominis
pneumopathies, otites
Alloiococcus homme / septicémie
suppurations
Helcococcus homme peau ( membres inférieurs) suppurations de plaies cutanées, abcès
Pediococcus contaminant bière et vin rare
Tetragenococcus / sauces en forte teneur en sel non décrit

endocardites, septicémies,
pneumopathies,
voies respiratoires supérieures
Gemella homme méningites, arthrites, ostéomyélites
tube digestif
suppurations péritonéales, abcès,
surinfections plaies cutannées
endocardites, sépticémies,
environnement
Lactococcus / pneumopathies,
produits laitiers
ostéomyélites
poulet
Vagococcus / septicémies, péritonites
eaux de rivière
Globicatella animal / septicémie
rhinopharynx endocardites
Abiotrophia homme intestin infections osseuses
voies génitales infections ophtalmiques
produits laitiers, végétaux
Leuconostoc / non pathogène
fermentables
Tableau 4 : Genres apparentés aux Streptocoques rencontrés en pathologie humaine (Source :

d’après [9] et [10])
5. BACTERIOLOGIE
5.1.Morphologie en microscopie optique
En coloration de gram, les Aerococcus sont des cocci à gram positif, groupés en
tétrades ou amas, du fait de leurs divisions successives selon deux plans
perpendiculaires. Ils peuvent aussi se présenter par paires (diplocoques) ou isolément.
L’étude de la morphologie au gram a une grande importance, car elle permet de
différencier les Aerococcus (en amas) des Streptocoques viridans (en chaînette) ayant le
même aspect en culture.
A l’état frais, ce sont des cocci immobiles.
17
Figure 2 : Aerococcus sp, coloration de Gram, culture (grossissement x100)

(Source: bacterioweb.univ-fcomte.fr/photo2detail.php)
5.2.Culture
5.2.1. Conditions de culture
Les conditions de culture sont importantes à connaître afin de pouvoir réaliser

correctement l’isolement et l’identification des bactéries.
Plusieurs paramètres sont utiles à prendre en compte :

- la richesse du milieu de culture
- la température d’incubation (10°C, 37°C, 45°C)
- l’atmosphère enrichie ou non en CO2
Les Aerococcus sont des bactéries exigeantes. Leur pousse nécessite l’utilisation
de gélose enrichie avec 5% de sang, contenant ou non des antibiotiques (type gélose
Columbia Acide Nalidixique + Colistine ANC).
Leur croissance sur gélose usuelle (type gélose d’orientation contenant des substances
chromogènes), utilisée lors de l’ensemencement des urines par exemple, est variable.
Ceci pouvant expliquer les discordances retrouvées dans certains cas entre des
hémocultures positives et des cultures d’urine négatives.
18
Toutes les espèces se multiplient en bouillon hypersalé (6.5% NaCl).

La plupart des souches ne se multiplient pas en présence de 40% de bile ou sur milieu
bile-esculine [11].
L’optimum thermique de croissance est de 35-37°C.

Cependant certaines souches sont capables de croissance à 45°C (Aerococcus urinae).
Concernant la capacité de croissance à 10°C, notamment d’Aerococcus viridans, les
auteurs ont des avis différents selon les études menées (Brauer dans son étude de 1983
ne décrit pas de pousse [12] alors qu’elle est recensée comme caractéristique
d’identification dans le Clinical Microbiology Newsletter volume 16 de 1994 [13]).
Anaérobie facultatifs mais préférentiellement microaérophiles, leur croissance est

favorisée par l’incubation des cultures sous atmosphère enrichie en 5-7% de CO2.
5.2.2. Aspect des colonies
Les colonies d’Aerococcus sont de petite taille. Les colonies d’A. viridans sont
plus grosses (1 mm) que celles de A. urinae (0.5 mm) et des autres espèces du genre.
Sur gélose au sang de mouton, elles ont une couleur pouvant aller de blanc-
grisâtre à verdâtre et produisent une α hémolyse.
A 24 heures, les colonies d’Aerococcus ressemblent à celles des Streptocoques ou
Lactobacilles α hémolytiques.
A 48 heures, elles sont similaires à celles des Entérocoques [14].
Zhang, au cours de son rapport en 2000 de deux cas d’infection urinaire, a étudié
l’aspect des colonies de deux souches d’Aerococcus urinae et Aerococcus viridans
cultivées sur gélose avec 5% de sang de mouton et incubées à 35°C sous différentes
atmosphères [14].
A 24 heures, les diamètres des colonies d’Aerococcus urinae incubées en air
ambiant, atmosphère enrichie à 8% de CO2 et en anaérobiose étaient respectivement de
0.1, 0.5 et 0.5 mm. A 48 heures, toutes les colonies étaient plus grosses.
19
A 24 heures, les colonies d’Aerococcus viridans avaient respectivement des

diamètres de 0.7 et 1 mm en air ambiant et air plus 8% de CO2.
Par contre, il n’y avait aucune pousse en anaérobiose. A 48 heures, cette dernière était à
peine visible [14].
En raison de leur caractère catalase négative, et de leur aspect α hémolytique sur

gélose au sang, les Aerococcus peuvent être confondus avec des Streptocoques,
Entérocoques α hémolytiques, beaucoup plus fréquemment isolés dans les urines ainsi
qu’avec les autres coques gram positif catalase négative apparentés (décrits dans le
paragraphe 4 Genres apparentés)
L’arrangement des cocci à la coloration de gram est important à noter puisque il
peut alors permettre d’orienter l’identification dans ces genres apparentés (Aerococcus,
Gemella et Helcococcus étant groupés par amas ou tétrades et les Streptocoques en
diplocoques ou chaînettes).
Il n’est cependant pas toujours aisé de faire cette distinction sur un gram réalisé à partir
d’une culture, le gram de référence étant normalement celui réalisé sur bouillon.
En milieu liquide (bouillon de thioglycolate) la croissance prend l’aspect de petits

grains.
6. CARACTERES BIOCHIMIQUES
6.1.Caractères principaux
Ils comprennent la recherche d’une catalase et oxydase, la recherche d’enzymes

(principalement la leucine aminopeptidase LAP et pyrrolidonyl arylamidase PYR) et
l’étude de la fermentation des sucres.
Les principaux caractères biochimiques d’identification des Aerococcus sont résumés
dans le chapitre 8.
20
Cependant, il faut noter ici que les bases de données des systèmes commerciaux
d’identification disponibles sont incomplètes.
En effet, dans la majorité des cas, seuls les profils des espèces Aerococcus viridans et
quelquefois Aerococcus urinae sont renseignés, et certains ne sont pas assez
discriminants dans l’identification des espèces, conduisant ainsi à des identifications
erronées.
6.1.1. Cytochrome oxydase
Tous les Aerococcus sont dépourvus de cytochrome C oxydase.
L’oxydase est une enzyme essentielle retrouvée chez toutes les bactéries
possédant une chaîne respiratoire complète.
La mise en évidence de cette oxydase est effectuée à l’aide d’une solution de
chlorhydrate de tétraméthylparaphénylène diamine qui forme un complexe violet au
contact de celle ci. Il est à noter que cette technique ne peut être utilisée que dans le cas
de culture pure.
6.1.2. Catalase
Il s’agit d’une enzyme de dégradation du peroxyde d’hydrogène H2O2,

empêchant ainsi son accumulation, nocive pour la bactérie.
En présence de catalase, on observe la libération d’oxygène gazeux selon la réaction :
H202 H2O + ½ O2.
Une culture pure prélevée à l’aide d’une œse et plongée dans quelques millilitres d’eau
oxygénée produira un dégagement gazeux si la bactérie possède une catalase.
Tous les Aerococcus sont catalase négative.

21
6.1.3. Recherche de leucine aminopeptidase (LAP)
Il s’agit d’une exopeptidase hydrolysant l’acide aminé NH2 terminal des

peptides.
Des disques de papier filtre sont imprégnés de leucine-β-naphtylamide qui sert de
substrat pour la détection de la leucine aminopeptidase. A la suite de l’hydrolyse du
substrat par l’enzyme, la β-naphtylamine produit une coloration rouge si on ajoute du ρ-
diméthylaminocinnamaldéhyde (révélateur de couleur) (principe test LAP Remel).
La présence de cette enzyme est variable en fonction de l’espèce d’Aerococcus.
6.1.4. Recherche de la pyrrolidonyl arylamidase (PYR)
La pyrrolidonyl arylamidase est une enzyme retrouvée chez les Streptocoques du

groupe A, les Streptocoques déficients dépendants du pyridoxal (Abiotrophia) et 99%
des Entérocoques. Pour le genre Aerococcus, la présence de cette enzyme est variable en
fonction des espèces.
Le principe du test est le suivant : l’hydrolyse du L-pyrrolidonyl-béta-
naphtylamide par la PYR libère la βnaphtylamine qui peut alors être détectée par du N,N
diméthylaminocinnamaldéhyde par une réaction colorée.
6.1.5. Étude de la fermentation des sucres
L’étude de la fermentation des sucres est réalisée dans des microcupules

contenant un milieu déshydraté composé notamment du sucre à étudier et d’un
indicateur de pH.
On réalise une suspension bactérienne dense, à partir de colonies en culture pure,
que l’on introduit dans les différentes cupules. Après incubation, la fermentation du
22
sucre, si elle a eu lieu, provoque une acidification du milieu et le virage de l’indicateur

coloré.
La lecture est alors faite soit manuellement, à l’aide d’une table d’interprétation des
réactions qui permet d’obtenir un profil codé comparé à une base de données, soit
automatiquement grâce à un logiciel adapté.
Les différents profils de fermentation des principaux sucres, en fonction des
espèces, sont résumés au chapitre 8.
Figure 3 : Exemple de réactions colorées obtenues sur galerie API 20 Strep (bioMérieux) pour
Aerococcus urinae (Source : Centre Hospitalier de Cahors)
6.2.Caractères secondaires
- recherche d’une β glucosidase (hydrolyse de l’esculine), β glucuronidase, β

galactosidase
- recherche d’une arginine dihydrolase ADH, d’une hydrolyse de l’hippurate
- réaction de Vosges Proskauer (VP) : production d’acétoïne
- croissance à 45°C, à 10°C
23
A. A. A. A. A.
christensenii sanguinicola A. suis A. urinae urinaehominis viridans urinaeequi
Production de
LAP - + - + - -
PYR - + - - - +
ADH - + + - - - -
β−glucosidase - - - - V V
β−glucuronidase - + - + + V ND
Fermentation du
lactose - - - - - +
maltose - + - - + + +
mannitol - - - + - V V
ribose - - + V + V ND
saccharose - + - + + + +
thréalose - + - - - + +
Légende : ND : non déterminée
Tableau 5 : Principaux caractères de différentiation des espèces du genre Aerococcus (Source :

d’après [11], [15], [16] et données du Centre Hospitalier de Cahors)
7. LES DIFFERENTES ESPECES D’AEROCOCCUS
Le nom Aerococcus provient de l’isolement à partir de l’air de la souche type

Aerococcus viridans par Williams en 1953.
Cette espèce est restée unique jusqu’à la description de Aerococcus urinae,
décrite dans un premier temps comme « Aerococcus like organism ALO » (Christensen
et al., 1992), Aerococcus christensenii (Collins et al., 1999), Aerococcus sanguinicola et
Aerococcus urinaehominis (Lawson et al., 2001) et plus récemment de Aerococcus suis
(Vela et al., 2007).
7.1.Aerococcus viridans
C’est en 1950, lors d’une étude des bactéries trouvées dans les atmosphères
confinées, qu’est mis en évidence pour la première fois un coccus à gram positif α
hémolytique ressemblant à un Streptocoque.
24
En 1953, Williams propose le nom d’Aerococcus viridans pour cette bactérie, la

séparant ainsi définitivement des Staphylocoques et des Streptocoques.
7.1.1. Bactériologie
• Aspect au gram : la coloration de gram montre des cocci gram positif disposés
en tétrades, associées à des diplocoques et des petits amas. On ne note pas de
chaînettes ni de grappes [12].
Ils sont immobiles à l’état frais.
Figure 4 : Aerococcus viridans, coloration de gram (grossissement x100), GS CO2 48h (Source :
Centre Hospitalier Cahors)
• Aspect en culture : sur gélose au sang, les colonies d’Aerococcus viridans

sont blanches ou grisâtres, légèrement translucides, de diamètre de environ 1
mm. Elles sont entourées d’une zone d’α hémolyse verdâtre sur gélose au
sang de mouton [17].
Les colonies sont plus petites et grisâtres sur gélose ordinaire [12].
Elles sont vertes sur gélose chromogène Orient BD (source CH Cahors).
L’optimum thermique de croissance est de 35-37°C. Celle-ci est également

favorisée par l’incubation sous atmosphère enrichie par 7 à 10% de CO2.
25
1 2
Figure 5 : Aerococcus viridans, GS sous CO2 à 24h (1) et 48h (2) (Source : Centre Hospitalier de
Cahors)
Figure 6 : Colonies d’Aerococcus viridans sur GS sous CO2 à 48h (Source : Centre Hospitalier
Cahors)
Aerococcus viridans pousse en présence de 6.5% de NaCl mais ne pousse pas

à 10°C et 45°C.
Il peut cultiver sur gélose au sang contenant 40% de bile, donnant des
colonies noires [12].
La culture en bouillon n’est pas uniformément trouble mais le germe a
tendance à sédimenter au fond du tube comme les Streptocoques [12].
• Métabolisme respiratoire : Aerococcus viridans est une bactérie

microaérophile. Elle peut cultiver faiblement et lentement en anaérobiose.
Par contre la croissance est excellente en atmosphère enrichie de 7 à 10% de
CO2 [12].
26
• Biochimie : l’ensemble des caractères biochimiques et enzymatiques de

l’espèce sera résumé dans le chapitre 8.
Il s’agit d’une espèce catalase et oxydase négative, PYR positive LAP
négative.
Elle ne réduit pas les nitrates, ne produit pas d’acétoïne (VP -) et n’hydrolyse
pas l’hippurate.
Elle ne possède pas d’arginine dihydrolase et les caractères β glucosidase, β
glucuronidase et β galactosidase sont variables entre les souches.
On observe une fermentation du lactose, maltose, saccharose et tréhalose.
Celle du mannitol et du ribose est variable.
Pour l’identification de routine au laboratoire, beaucoup s’accordent à dire
que la détection de LAP, PYR et de la sensibilité à la vancomycine sont les
tests les plus utiles à prendre en compte [18].
A. viridans
LAP -
PYR +
Fermentation du
lactose +
maltose +
mannitol V
ribose V
saccharose +
thréalose +
Production de
ADH -
β−glucosidase V
β−glucuronidase V
Tableau 6 : Principaux caractères biochimiques d’Aerococcus viridans (Source : d’après [11])
7.1.2. Physiopathologie
• Réservoir extérieur : longtemps considéré comme un aérocontaminant

(Aerococcus viridans représente 5% des germes dans une atmosphère confinée),
cette bactérie est largement distribuée dans la nature et l’environnement
hospitalier. Elle a également été isolée de végétaux et de produits d’origine
animale crus ou cuits [12].
27
• Chez l’animal : Aerococcus viridans est un agent commun d’infections chez les
homards (responsable de gaffkiose) et les autres crustacés [19].
• Chez l’homme :
Il peut être retrouvé au niveau des voies aériennes supérieures et de la peau

d’individus sains [19].
Chez l’homme, il est rarement responsable d’infections, et celles ci surviennent

sur des tissus déjà endommagés au préalable ou lors de situations dites à risque :
hospitalisation prolongée, traitement antibiotique préalable, procédures invasives,
présence de corps étrangers, état neutropénique [17].
- Endocardites et bactériémies :
Cette bactérie a été isolée d’hémocultures de patients à l’occasion d’endocardites

[2], [20], [21] et de bactériémies [2], [17], de liquide synovial de patients avec une
arthrite septique [2], de liquide céphalorachidien au cours de méningite [2] et de
plaies cutanées [11].
Plus récemment, un cas de spondylodiscite à Aerococcus viridans a été décrit par
Nasoodi et al. [19].
- Infections urinaires :
Aerococcus viridans est également retrouvé lors d’infections urinaires chez des
patients présentant des facteurs favorisants de stase vésicale (adénome prostatique,
séquelles d’accident vasculaire cérébral) [6], [12], [22], facteurs également
retrouvés lors des infections à Aerococcus urinae. Chez ces malades, Aerococcus
viridans vient souvent se surajouter aux entérobactéries habituellement retrouvées.
Il faut noter que l’importance clinique de ce germe est probablement sous

estimée en raison de sa croissance fastidieuse sur les milieux autres que gélose au
sang et des confusions fréquentes avec les Streptocoques viridans [22].
28
7.1.3. Aerococcus viridans et antibiotiques
• Sensibilité aux antibiotiques : les données de la littérature concernant la

susceptibilité d’Aerococcus viridans aux différents antibiotiques disponibles sont
limitées, du fait que celui-ci était rarement reconnu comme responsable
d’infection chez l’homme jusqu’à présent.
De plus, seules les valeurs des Concentrations Minimales Inhibitrices (CMI) sont
valables pour l’interprétation de sensibilité des Aerococci.
Il n’existe pas de valeurs de référence pour la lecture des diamètres d’inhibition
et dans la plupart des cas, ce sont les critères des Streptocoques non
Pneumocoques qui ont été utilisés par les investigateurs [17].
La sensibilité aux antibiotiques d’Aerococcus viridans a longtemps été

considérée comme comparable à celle de tous les membres des Streptococcaceae,
avec une sensibilité naturelle à la pénicilline, aux macrolides, aux tétracyclines et
au chloramphénicol.
Une résistance intrinsèque de bas niveau aux aminosides [23] existe.
Les souches sont sensibles à la vancomycine [24].
Cependant, depuis ces dernières années et l’augmentation de l’intérêt porté à

cette espèce, des souches d’Aerococcus viridans résistantes à l’érythromycine, la
tétracycline, la minocycline et le chloramphénicol ont été observées [11].
Buu Hoi en 1989 a rapporté que quelques souches avaient développé une
résistance à l’érythromycine par acquisition du gène ermB d’Enterococcus
faecalis et que d’autres avaient acquis le gène tetM codant la résistance à la
tétracycline [23].
Deux souches d’Aerococcus isolées d’hémocultures, sensibles à la pénicilline G
et la pipéracilline mais résistante aux fluoroquinolones et nétilmicine données en
prophylaxie orale, ont été décrites [17].
En 1996, un cas d’Aerococcus viridans résistant à la pénicilline au cours d’une
bactériémie chez un enfant ayant reçu une prophylaxie par pénicilline a été
rapporté [17].
29
Augustine rapporte, en 1993, un cas d’endocardite à Aerococcus viridans avec

une résistance associée à différents antibiotiques (pénicilline, ampicilline,
céfotaxime, gentamicine et résistance intermédiaire à la ciprofloxacine) [21].
Les données d’une étude portant sur la sensibilité de 30 souches d’Aerococcus
viridans (obtenues du Centers for Disease Control and Prevention) montrent que
environ 46% de celles ci étaient résistantes à la pénicilline (9 souches sur 30
testées avaient une CMI à la pénicilline de 0,5 mg/l ou plus et 5 souches avaient
une CMI supérieure à 1mg/l [25].
• Antibiothérapie : depuis les années 1980, les données concernant la sensibilité

aux antibiotiques ont donc évoluées. Certains se sont demandé si la résistance
aux antibiotiques d’Aerococcus viridans était induite par la pression de sélection
liée à une utilisation prolongée d’antibiotiques, notamment en prophylaxie.
Bien que Aerococcus viridans soit rarement associé à des cas graves en
pathologie humaine, il serait utile que des études plus larges soient menées afin
de mieux appréhender ses profils de résistance et d’établir un protocole
thérapeutique optimal en fonction des différents cas.
7.2.Aerococcus urinae
Aerococcus urinae a été dans un premier temps décrit par Christensen comme un
« Aerococcus like organism ALO » [6], avant qu’Aguirre et Collins prouvent, en 1992,
grâce au séquençage du gène codant son ARNr 16S, qu’il s’agissait d’une espèce
différente d’Aerococcus viridans et que le nom d’Aerococcus urinae soit proposé [7].
• Aspect au gram : l’aspect au gram est celui de cocci gram positif disposés
en amas semblables aux Staphylocoques.
Ils ont immobiles à l’état frais.
30
Figure 7 : Aerococcus urinae, coloration de gram (grossissement x100), GS CO2 48h (Source :
Centre Hospitalier Cahors)
• Aspect en culture : sur gélose au sang (mouton ou cheval), les colonies sont
blanches à grisâtres, de la taille de petites colonies de Streptocoques (0.5
mm) et entourées d’une zone d’α hémolyse verdâtre. Elles sont plus nettes
après 48 heures d’incubation.
La croissance sur milieu gélosé ordinaire (milieu chromogène d’orientation
pour urocultures par exemple) est peu fiable. Sur gélose chromogène Orient
BD, les colonies sont vertes (source CH Cahors).
L’optimum thermique de croissance est de 35-37°C et la croissance est

favorisée par l’incubation sous 7 à 10% de CO2.
1 2 3
Figure 8 : Aerococcus urinae GS CO2 à 24h (1), 48h (2) et 72h (3) (Source : Centre Hospitalier
Cahors)
31
1 2 3
Figure 9 : Colonies d’Aerococcus urinae GS CO2 à 48h (1 et 2) et dissociant (3) (Source : Centre
Hospitalier Cahors)
Aerococcus urinae est capable de croissance sur milieu contenant 6.5% de

NaCl, et une culture est possible à 45°C mais pas à 10°C (à la différence
d’Aerococcus viridans).
En milieu liquide (bouillon au thioglycolate), la croissance prend l’aspect de
petits grains.
• Métabolisme respiratoire : Aerococcus urinae est un germe microaérophile

dont la croissance est favorisée en atmosphère enrichie en CO2.
• Biochimie : l’étude des caractères biochimiques et enzymatiques est résumée

dans le tableau du paragraphe 8.
Il s’agit d’une espèce catalase et oxydase négatives, PYR négative et LAP
positive, ne possédant pas d’arginine dihydrolase ni de β glucosidase et β
galactosidase.
Elle hydrolyse l’hippurate et possède une β glucuronidase.
Aerococcus urinae se différentie des autres Aerococcus par la fermentation
du mannitol (ce caractère peut se retrouver de façon variable chez
Aerococcus viridans seulement).
La variabilité de l’hydrolyse de l’esculine (β glucosidase) a pu faire

distinguer deux biotypes : 1 (esculine négative) et 2 (esculine positive).
32
Une étude consistant à étudier les relations génétiques et phénotypiques intra

espèces de vingt deux souches d’Aerococcus urinae a été menée en 1997 par
Christensen et al. Au cours de celle-ci, un biotype « hydrolyse esculine
positive », inconnu jusque là, a été identifié, les tests d’hybridation ADN
confortant les observations phénotypiques. Au cours de cette étude, les
souches « esculine négative » avaient été isolées au Danemark, les « esculine
positive » provenant du CDC de Atlanta [8].
A. viridans A. urinae
LAP - +
PYR + -
Fermentation du
lactose + -
maltose + -
mannitol V +
ribose V V
saccharose + +
thréalose + -
Production de
ADH - -
β glucosidase V V
β glucuronidase V +
Tableau 7 : Comparaison des principaux caractères biochimiques de Aerococcus viridans et

Aerococcus urinae (Source : d’après [11])
• Réservoir extérieur : l’habitat normal d’Aerococcus urinae n’est pas connu.
• Chez l’homme :
- Localisations urinaires :
Aerococcus urinae a principalement été décrit comme responsable d’infections

urinaires et de prostatites chez des sujets âgés, porteurs d’uropathie ou de facteurs
33
prédisposants (diabète, pathologie prostatique, maladie neurologique,

immunodépression…) [6], [11], [14], [26], [27], [28], [29].
Il est responsable d’approximativement 0.15 à 0.8% des infections urinaires [30].
Sierra Hoffman a mené une étude rétrospective sur les souches d’Aerococcus
urinae isolées d’urine sur une période de un an. Sa conclusion est qu’Aerococcus
urinae est peu pathogène mais est capable de causer des infections beaucoup plus
sévères chez des adultes présentant des anomalies génito-urinaires [26].
Les patients atteints présentent les signes classiques d’infection urinaire (fièvre,
dysurie, douleurs mictionnelles) et des récidives sont possibles [6], [28].
Comme pour Aerococcus viridans, le problème réside dans les difficultés
d’identification de cette bactérie en culture.
Il faut noter que, même si la majorité des infections urinaires décrites dans la
littérature l’ont été chez des patients âgés présentant des facteurs de prédisposition,
la première description d’une infection à Aerococcus urinae chez un enfant a été
faite récemment.
En effet, Murray a rapporté en 2008 le cas d’une pyélonéphrite avec cette bactérie
chez un enfant de 12 ans ayant des antécédents de chirurgie rénale et de reflux
urinaire [31]. Le patient a été traité par ampicilline/sulbactam IV pendant 48 heures
puis céfazoline IV et sa fièvre et les douleurs abdominales ont disparu au 5ème jour
d’hospitalisation. Les urocultures réalisées pendant la période de traitement sont
revenues négatives.
A noter que parmi les cas d’infections à Aerococcus urinae recensés au Centre
Hospitalier de Cahors, nous comptons un garçon de deux ans.
- Endocardites et bactériémies:
Aerococcus urinae a été également décrit dans des cas d’endocardites, avec ou
sans bactériémie associée [30, 32, 33, 34, 35, 36].
Les Aerococcus ont été associés pour la première fois à un cas d’endocardite en
1972 par Parker et Ball, et Christensen, en 1991, décrit le premier cas
d’endocardite à « ALO » [37].
En 2008, seuls 16 cas d’endocardite à Aerococcus urinae ont été rapportés [35].
34
Les endocardites à Aerococcus urinae se traduisent par les signes cliniques

classiques suivants : fièvre (pratiquement toujours présente, différentes formes :
clochers thermiques, fébricule prolongé), apparition ou modification d’un souffle
cardiaque, altération de l’état général, manifestations neurologiques, articulaires
(lombalgies, arthralgies), hippocratisme digital.
Elles surviennent principalement chez des hommes âgés, présentant en parallèle
des pathologies de l’arbre urinaire et autres comorbidités [32].
Elles sont caractérisées par un taux de mortalité élevé, qui pourrait être lié à un
passage systémique plus fréquent, survenant dans 55% des cas, pour 20 à 40%
seulement dans les endocardites liées à d’autres germes [30, 32].
Ce taux de mortalité pourrait également s’expliquer par un diagnostic souvent
tardif lié aux symptômes non spécifiques chez des personnes âgées avec
comorbidités et aux difficultés diagnostiques, notamment de culture [32].
Du fait de la rareté de ces endocardites, il n’a pas été conduit d’études permettant
la standardisation du traitement antibiotique de ces cas.
Les recommandations actuelles de la prise en charge de ces endocardites sont
l’utilisation d’une βlactamine (telle l’ampicilline) ou d’un glycopeptide
(vancomycine) associée à un aminoside comme la gentamicine (durée non
spécifiée) [30].
Aerococcus urinae est également un agent responsable de bactériémie [29].

En 1995, Christensen et son équipe ont publié les résultats d'une étude menée au
niveau national au Danemark rapportant 17 cas de bactériémie/septicémie à
Aerococcus urinae [38]. Tous les patients, dont un tiers a développé une
endocardite, présentaient les signes classiques de septicémie. On a retrouvé, chez
tous sauf un, un foyer au niveau du tractus urinaire, et tous présentaient des
facteurs prédisposants, principalement urinaires (hyperplasie de la prostate…).
Aerococcus urinae a été isolé en culture pure à partir des hémocultures réalisées
chez 15 patients (en association avec Escherichia coli et Staphylococcus aureus
chez les deux autres).
35
- Autres :
Enfin, Aerococcus urinae peut être un agent d’infection des tissus mous :
phlegmon, balanite [33].
En 2003, Astudillo et l’équipe du Professeur Arlet (service médecine interne
hôpital Purpan Toulouse) ont rapporté le premier cas de spondylodiscite à
Aerococcus urinae [39].
7.2.3. Aerococcus urinae et antibiotiques
• Sensibilité aux antibiotiques : l'identification des souches d'Aerococcus urinae

a longtemps été basée sur l'étude de leur morphologie au gram, de leurs
caractéristiques en culture, du caractère catalase négative et d'un antibiogramme
montrant une sensibilité constante aux pénicillines et une résistance aux
sulfamides et aminosides.
Par la suite, plusieurs études de sensibilité à divers agents antibactériens ont été
réalisées afin d'essayer d'affiner ces affirmations.
Le résultat de l'étude menée en 1998 sur la susceptibilité de 66 souches danoises

isolées à partir d'urine ou d'hémoculture est présenté dans le tableau suivant [29].
36
Tableau 8: Susceptibilité in vitro de Aerococcus urinae à différents antibiotiques (Source : [29])
Les premières souches d'Aerococcus urinae ayant été isolées lors d'infections
urinaires, on peut déjà noter la résistance des souches aux sulfamides et autres
antibiotiques utilisés pour le traitement des infections urinaires, comme le
cotrimoxazole ou l'acide nalidixique.
En 2001, Skov et son équipe [40] étudie pour la première fois la sensibilité in
vitro de 56 souches d’Aerococcus urinae à 14 antibiotiques, et pour les 2 souches
des patients souffrant d'endocardite, une étude de la bactéricidie est également
réalisée.
Les CMI sont déterminées par la méthode de dilution (milieu Mueller Hinton
supplémenté de 5% de sang de cheval) après 2 jours d'incubation à 37°C sous 5%
de CO2, et lues à la plus faible concentration d'antibiotiques permettant la pousse
de 3 colonies maximum.
Les CMI obtenues figurent dans le tableau 9.
Toutes les souches étaient sensibles aux pénicillines alors qu'une sensibilité
diminuée aux céphalosporines testées était décrite.
37
Toutes les souches possèdent une sensibilité réduite aux aminosides, cependant
aucune résistance de haut niveau n'a été détectée, ce qui laisse ouverte la
possibilité d'un effet synergique avec les βlactamines ou la vancomycine.
Toutes les souches étaient sensibles à la vancomycine.
La rifampicine semble être l'antibiotique le plus actif parmi ceux testés.
En ce qui concerne l'étude de la bactéricidie, la pénicilline, la vancomycine et la

gentamicine ont été testées.
Ni la pénicilline ni la vancomycine ne possède d'effet bactéricide vis-à-vis des 2
souches testées. Par contre, combiné à la gentamicine, cet effet est obtenu que ce
soit pour la pénicilline ou la vancomycine. C'est d'ailleurs cette association qui
est recommandée pour le traitement des endocardites d'étiologie inconnue.
En 2005 Sierra Hoffman rapporte 29% de souches d’Aerococcus résistantes à la

tétracycline, 4% à la pénicilline, 4% à la lévofloxacine et 11% au ceftriaxone
[26].
• Antibiothérapie : il semble donc que l'utilisation des pénicillines est l'option

thérapeutique retenue dans les cas peu sévères d'infection à Aerococcus urinae.
Dans les cas d'infections plus sévères, comme les endocardites, les études de
bactéricidie suggèrent un bénéfice à utiliser une combinaison pénicilline ou
vancomycine avec la gentamicine. En cas d'allergie à la pénicilline, l'alternative
reste l'utilisation de la vancomycine.
38
Tableau 9 : CMI de 14 antibiotiques testés pour Aerococcus urinae (Source : [40])

39
7.3.Aerococcus christensenii
En 1999, Collins et son équipe [41] décrit deux souches d’ALO, inconnues
jusqu’ici, retrouvées dans des prélèvements vaginaux.
L’analyse comparative des séquences des gènes codant l’ARNr 16S de ces souches
montre qu’elles constituent un nouveau groupe dans le genre Aerococcus.
Ces deux souches ont également été facilement distinguées des deux espèces connues
d’Aerococcus, Aerococcus urinae et Aerococcus viridans, par les tests biochimiques de
routine et l’analyse électrophorétique de leurs protéines.
Sur la base de ces différences phénotypiques et phylogénétiques, il a été proposé
de classer cette bactérie comme Aerococcus christensenii (d’après le nom du
microbiologiste Danois Jens J. Christensen).
• Aspect au gram : cocci gram positif, ne sporulant pas, groupés par paires,
tétrades ou petits groupes. L’aspect en courtes chaînettes peut être retrouvé, ce
qui est caractéristique de cette espèce au sein du genre Aerococcus.
A l’état frais, ils sont immobiles.
• Aspect en culture : sur gélose au sang de cheval 5%, les colonies sont de petite
taille, α hémolytiques. La culture se fait à 37°C sous 5% de CO2.
La croissance est possible sur milieu contenant 6,5% de NaCl.
• Métabolisme respiratoire : Aerococcus christensenii est une espèce aéro-

anaérobie facultative.
• Biochimie : cette espèce est catalase et oxydase négatives, ainsi que PYR et LAP
négative.
L’utilisation de galerie commerciale de type API Rapid ID32Strep (bioMérieux)
révèle qu’il s’agit d’une espèce non réactive.
40
Aucune production d’acide à partir des sucres testés n’est observée et aucune des
enzymes testées n’est détectée. Seule l’hydrolyse de l’hippurate est positive.
Tableau 10 : Principales caractéristiques biochimiques de Aerococcus christensenii (Source : [41])
A.
A. viridans A. urinae christensenii
LAP - + -
PYR + - -
Fermentation du
lactose + - -
maltose + - -
mannitol V + -
ribose V V -
saccharose + + -
thréalose + - -
Production de
ADH - - -
β glucosidase V V -
β glucuronidase V + -
Tableau 11 : Comparaison des principaux caractères biochimiques de Aerococcus viridans,

Aerococcus urinae et Aerococcus christensenii (Source : d’après [11], [41])
41
• Phylogénie : l’ADN des deux souches a été amplifié par PCR puis séquencé.
L’arbre phylogénétique, obtenu par comparaison de séquences de 1320
nucléotides avec celles des autres bactéries gram positif, montre que Aerococcus
christensenii est bien un membre des Aerococcus, et qu’il est plus proche
d’Aerococcus urinae que d’Aerococcus viridans (respectivement 4% et 6% de
différence au niveau des séquences).
Figure 10 : Arbre phylogénétique de Aerococcus christensenii et autres bactéries gram positif à

faible taux C+G (Source : [41])
Aerococcus christensenii a été isolé du vagin humain et on ne connaît

actuellement pas son pouvoir pathogène chez l’homme.
7.3.3. Aerococcus christensenii et antibiotiques
A ce jour, aucune étude concernant la sensibilité d’Aerococcus christensenii aux

différents antibiotiques n’a été menée.
42
7.4.Aerococcus sanguinicola
En 2001, Lawson et son équipe décrit la quatrième espèce du genre Aerococcus :

Aerococcus sanguinicola, suite à l’étude phénotypique et phylogénétique d’un coque
gram positif inconnu isolé d’hémocultures [42].
• Aspect au gram : Aerococcus sanguinicola est un coque gram positif, disposé

par paires, tétrades ou petits amas, et ne sporulant pas.
A l’état frais, il est immobile.
Figure 11 : Aerococcus sanguinicola, coloration de gram (grossissement x100), GS CO2 (Source :

Centre Hospitalier de Cahors)
• Aspect en culture : la culture est réalisée sur gélose au sang, à 37°C sous
atmosphère enrichie en 5% de CO2.
Les colonies sont de petite taille (< 1mm), grisâtres et produisent une α hémolyse
sur gélose au sang.
La croissance est possible sur milieu contenant 6.5% de NaCl et la réaction sur
milieu bile esculine est positive.
43
1 2
Figure 12 : Aerococcus sanguinicola GS CO2 à 24h (1) et 48h (2) (Source : Centre Hospitalier de
Cahors)
• Métabolisme respiratoire : Aerococcus sanguinicola est une bactérie aéro-

• Biochimie : Aerococcus sanguinicola est une espèce oxydase et catalase

négative.
C’est la seule espèce d’Aerococcus à être à la fois PYR et LAP positive.
Cependant, la réaction de mise en évidence de la LAP est faible après 24 heures
d’incubation avec l’inoculum recommandé, et ce test peut donc se révéler
difficile à interpréter [43].
Elle possède une β glucuronidase et une arginine dihydrolase ADH.
La production d’acide à partir des différents sucres est résumée dans le tableau
suivant.
44
Tableau 12 : Caractéristiques biochimiques d’Aerococcus sanguinicola et autres espèces

d’Aerococcus (Source : [42])
A. A.
christensenii sanguinicola
LAP - + - +
PYR + - - +
Fermentation du
lactose + - - -
maltose + - - +
mannitol V + - -
ribose V V - -
saccharose + + - +
thréalose + - - +
Production de
ADH - - - +
β glucosidase V V - -
β glucuronidase V + - +
Tableau 13 : Comparaison des principaux caractères biochimiques de Aerococcus viridans,

Aerococcus urinae, Aerococcus christensenii et Aerococcus sanguinicola (Source : d’après [11, 42])
Il faut cependant noter que Aerococcus sanguinicola est absent des bases de
données de tous les systèmes d’identification disponibles sur le marché [44].
L’identification rendue par ceux-ci devrait donc être « profil inacceptable » ou
« non identifié ». Mais ce n’est pas toujours le cas.
45
Facklam en 2003, a testé 10 souches d’Aerococcus sanguinicola sur plusieurs

systèmes d’identification rapide disponibles sur le marché, et au mieux, 9
souches sur 10 ont été correctement identifiées en « profil inacceptable » avec
une galerie API RapidID 32Strep (bioMérieux) [44].
Les autres systèmes ont été moins performants, rendant divers résultats, de profil
inacceptable à Aerococcus viridans, Streptococcus acidominimus, Streptococcus
sanguinis, Streptococcus uberis.
Pour autre exemple, les identifications obtenues pour 6 souches d’Aerococcus

sanguinicola isolées au Danemark ont été Aerococcus viridans en premier choix
et Streptococcus acidominimus en second choix. Aucune souche n’avait un profil
acceptable [43].
• Phylogénie : Comme pour les deux autres espèces décrites (Aerococcus

christensenii et urinaehominis), la description d’Aerococcus sanguinicola a été
faite sur une seule souche grâce à l’amplification et au séquençage du gène
codant son ARNr 16S.
L’analyse de l’arbre phylogénétique obtenu par comparaison avec les séquences
d’autres Aerococcus et autres coques gram positif catalase négative montre que
cette bactérie inconnue est un nouveau membre du genre Aerococcus.
46
Figure 13 : Arbre phylogénétique d’Aerococcus sanguinicola et autres bactéries gram positif à faible
taux C+G (Source : [42])
• Réservoir extérieur : À ce jour, l’habitat d’Aerococcus sanguinicola est

inconnu.
• Chez l’homme : Aerococcus sanguinicola a été isolé pour la première fois en

2001 à partir d’une hémoculture, d’où sa dénomination.
En mars 2008, seuls quinze cas d’infections humaines à Aerococcus sanguinicola ont
été décrits, douze chez des patients souffrant d’infection urinaire et trois à partir
d’hémocultures.
47
Ibler rapporte, en 2008, six cas de bactériémie à Aerococcus sanguinicola survenus

chez des patients Danois, dont deux associés à une endocardite infectieuse [43].
La plupart des patients étaient âgés (moyenne d’âge 70 ans). Tous souffraient de
troubles neurologiques associés et deux avaient des sondes urinaires à demeure.
Aerococcus sanguinicola est donc un pathogène opportuniste, pouvant causer des

infections sévères chez des patients possédant déjà des facteurs de risque :
immunodépression, troubles neurologiques, pathologies de l’arbre urinaire ou
facteurs favorisants les infections, alcoolisme.
7.4.3. Aerococcus sanguinicola et antibiotiques
• Sensibilité aux antibiotiques : en 2003, Facklam a étudié avec son équipe la

sensibilité de 15 souches d’Aerococcus sanguinicola à 17 antibiotiques différents
[44].
Toutes les souches ont été rapportées sensibles aux βlactamines, à
l’érythromycine, chloramphénicol, vancomycine, quinupristine-dalfopristin,
rifampicine, linézolide et tétracyclines.
Une résistance a été détectée à la ciprofloxacine et lévofloxacine mais pas à la
sparfloxacine.
Deux souches se sont révélées être résistantes à haut niveau au méropenem.
Une souche a été retrouvée résistante à haut niveau au sulfaméthoxazole-
triméthoprime et dix possédaient une résistance intermédiaire à cette association
(données ne figurant pas dans le tableau 14). Par contre, une sensibilité au
triméthoprime seul semble exister d’après cette étude.
48
Tableau 14 : CMI de 15 souches d’Aerococcus sanguinicola pour 17 antibiotiques (Source : [44])
• Antibiothérapie : Comme pour les autre espèces d’Aerococcus, le traitement

optimal des infections à Aerococcus sanguinicola n’a toujours pas été déterminé
et il semble judicieux de traiter les endocardites à cette bactérie par pénicilline
haute dose IV associée à un aminoside, comme c’est le cas pour les endocardites
à Streptocoques α hémolytiques et Entérocoques.
7.5.Aerococcus urinaehominis
En 2001, Lawson et son équipe décrit également une autre espèce du genre
Aerococcus : Aerococcus urinaehominis, suite à l’étude phénotypique et phylogénétique
d’un coque gram positif catalase négative inconnu, isolé à partir d’urines [45].
• Aspect au gram : Aerococcus urinaehominis est un coque gram positif, isolé ou

par paires, tétrades ou petits amas, et ne sporulant pas.
49
• Aspect en culture : la culture est réalisée sur gélose au sang, à 37°C sous
atmosphère enrichie en 5% de CO2.
Les colonies sont de petite taille (< 1mm), verdâtres et produisent une α
hémolyse sur gélose au sang de cheval.
• Métabolisme respiratoire : Aerococcus urinaehominis est une bactérie aéro-

• Biochimie : Aerococcus urinaehominis est une espèce oxydase, catalase et PYR

négative.
La mise en évidence de la β glucosidase est variable en fonction du système
d’identification utilisé.
La production d’acide à partir des différents sucres est résumée dans les tableaux
15 et 16 suivants.
Tableau 15 : Caractéristiques biochimiques d’Aerococcus urinaehominis et autres espèces

d’Aerococcus (Source : [45])
50
A. A. A.
christensenii sanguinicola urinaehominis
LAP - + - + -
PYR + - - + -
Fermentation du
lactose + - - - -
maltose + - - + +
mannitol V + - - -
ribose V V - - +
saccharose + + - + +
thréalose + - - + -
Production de
ADH - - - + -
β glucosidase V V - - V
β glucuronidase V + - + +
Tableau 16 : Comparaison des principaux caractères biochimiques d’Aerococcus viridans,

Aerococcus urinae, Aerococcus christensenii, Aerococcus sanguinicola et Aerococcus urinaehominis
(Source : d’après [11, 45])
• Phylogénie : Comme précédemment, la description d’Aerococcus urinaehominis

a été faite sur une seule souche grâce à l’amplification et au séquençage du gène
codant son ARNr 16S.
L’analyse de l’arbre phylogénétique obtenu par comparaison avec les séquences
d’autres Aerococcus et autres coques gram positif catalase négative montre que
ce coque est un nouveau membre du genre Aerococcus.
Figure 14 : Arbre phylogénétique d’Aerococcus urinaehominis et autres bactéries gram positif

(Source : [45])
51
• Réservoir extérieur : l’habitat naturel d’Aerococcus urinaehominis demeure

inconnu à ce jour.
• Chez l’homme : le premier isolement de cette espèce a été réalisé à partir

d’urines humaines, mais nous ne possédons pas à ce jour de plus de détails
cliniques et le potentiel pathologique de cette espèce reste encore méconnu.
On peut cependant penser que la description de cette nouvelle bactérie pourra
faciliter son identification au laboratoire et de ce fait, nous apporter des
informations sur sa prévalence et sur son implication en pathologie humaine.
7.5.3. Aerococcus urinaehominis et antibiotiques
Nous ne possédons pas à ce jour de connaissances sur la sensibilité d’Aerococcus

urinaehominis aux antibiotiques.
7.6.Aerococcus suis
Aerococcus suis est la dernière espèce à avoir été découverte en 2007, par Vela, à
Madrid, suite à l’étude de 5 souches d’un coque gram positif catalase négative, trouvées
dans des échantillons provenant de porcs d’élevage intensif [15].
• Aspect au gram : Aerococcus suis est un coque gram positif, isolé ou par paires,
tétrades ou petits amas.
52
• Aspect en culture : les colonies sont rondes, de petite taille (< 1mm après 24
heures de pousse), et produisent une α hémolyse sur gélose au sang.
La croissance s’effectue à 37°C et elle est possible sur milieu contenant 6.5% de
NaCl.
Figure 15 : Aerococcus suis souches type 1821/02 (1) et 519/03 (2) GS CO2 à 48h (Source : Centre
Hospitalier de Cahors)
• Métabolisme respiratoire : Aerococcus suis est aéro-anaérobie facultatif.

53
• Biochimie :
- Données de la littérature [15]
Aerococcus suis est une espèce oxydase négative.

La réaction de mise en évidence de la catalase est positive lorsque la culture est
effectuée sur gélose au sang et négative lorsque celle-ci s’effectue sur milieu
dépourvu en sang.
Elle est PYR et LAP négative.
L’esculine et l’hippurate ne sont pas hydrolysés, l’hydrolyse de l’urée est variable.
Les principales caractéristiques de cette espèce sont résumées dans le tableau
suivant.
A. A. A.
A. viridans A. urinae A. suis
christensenii sanguinicola urinaehominis
LAP - + - + - -
PYR + - - + - -
Fermentation du
lactose + - - - - -
maltose + - - + + -
mannitol V + - - - -
ribose V V - - + +
saccharose + + - + + -
thréalose + - - + - -
Production de
ADH - - - + - +
β glucosidase V V - - V -
β glucuronidase V + - + + -
Tableau 17 : Principales caractéristiques biochimiques d’Aerococcus suis et autres espèces

d’Aerococcus (Source : d’après [11, 15])
- Données obtenues au laboratoire de microbiologie du Centre Hospitalier de

Cahors
Le professeur Vela nous ayant aimablement fait parvenir les deux souches
d’Aerococcus suis de référence de son laboratoire (1821/02 et 519/03), nous avons
pu repiquer celles-ci sur GS au sang à 37°C sous 5-7% de CO2 afin d’obtenir des
cultures pures.
54
Les identifications des colonies obtenues ont été réalisées au laboratoire de

microbiologie de l’hôpital de Cahors par deux techniques (galerie API 20 Strep
bioMérieux et carte GP Vitek2 v03.01 bioMérieux) selon les recommandations du
fournisseur.
Les caractères biochimiques retrouvés au cours de ces identifications sont
résumés dans le tableau 18 suivant.
Vela et al., 2007 Souche 1821/02 Souche 519/03

API 20 Strep GP Vitek2 API 20 Strep GP Vitek2
Production de
LAP - - - - -
PYR - - - - -
ADH + - + (+) +
acétoine (VP) - + ND v ND
β glucosidase
- - ND - ND
(hydrolyse esculine)
β glucuronidase - - - - -
β galactosidase + + - + -
α galactosidase - - - - -
Hydrolyse de
hippurate - v ND v ND
Fermentation de
maltose - ND - ND -
mannitol - - - - -
saccharose - ND - ND -
lactose - - - - -
ribose + à J7 + à J4 - + à J4 -
sorbitol - - - - -
thréalose - - - - -
Tableau 18 : Comparaison des caractères biochimiques de 2 souches d’Aerococcus suis (Source :

d’après [15] et Centre Hospitalier de Cahors)
• Phylogénie : Un séquençage du gène codant l’ARNr 16S des cinq souches a été
réalisé et un arbre phylogénétique construit.
L’analyse montre que les cinq souches possèdent le même ARNr 16S et sont
clairement affiliées au genre Aerococcus en tant que nouvelle branche à
l’intérieur de celui-ci.
55
Tableau 19 : Arbre phylogénétique d’Aerococcus suis et autres Aerococcus (Source : [15])
• Chez l’animal : les cinq souches ont été isolées de différents prélèvements chez
les porcs : poumon, ganglion lymphatique bronchique, articulation, intestin et
cerveau, qui présentaient respectivement des signes de pneumonie, arthrite,
entérite et méningite.
Il faut cependant noter que seule la souche issue du cerveau a été obtenue en
culture pure, ce qui ne permet pas pour le moment de conclure à la pathogénicité
de cette nouvelle espèce.
• Chez l’homme : la souche n’ayant jamais été isolée chez l’homme, son rôle
pathogène demeure inconnu.
56
7.6.3. Aerococcus suis et antibiotiques
• Données de la littérature : aucune étude portant sur la sensibilité de Aerococcus

suis aux antibiotiques n’a été publiée à ce jour.
• Données obtenues au laboratoire du Centre Hospitalier de Cahors : des

antibiogrammes ont été faits pour les deux souches envoyées par le Professeur
Vela.
Ceux-ci ont été réalisés en boite, sur gélose Muller Hinton MH au sang de
mouton sous 9% de CO2 (disques Rosco, lecture à 48 heures).
Les diamètres d’inhibition référencés pour les Streptocoques ont été utilisés pour
l’interprétation de l’antibiogramme.
Les résultats figurent dans la figure 16 et le tableau 20 suivants.
Figure 16 : Antibiogramme des 2 souches d’Aerococcus suis, MH sang de mouton sous CO2 48h
disques Rosco (Source : Centre Hospitalier Cahors)
57
Souche n° 1821/02 Souche n°519/03

Disques d'ATB
Diamètre Interprétation Diamètre Interprétation
diamètres critiques cm
Pénicilline G
28 S 24 R
26
Streptomycine 500 28 S 10 R
Kanamycine-Amikacine 500 28 S 38 S
Gentamicine 250
32 S 40 S
20-23
Erythromycine
36 S 10 R
21-25
Lincoamides
40 S 10 R
23-26
Pristinamycine
25 S 20 R
21-25
Rifampicine
41 S 43 S
24-28
Péfloxacine
16 R 10 R
17-23
Cotrimoxazole
10 R 10 R
24-28
Vancomycine
24 S 25 S
>20
Teicoplanine
26 S 25 S
>16
Ac fusidique
26 I 25 I
21-28
Minocycline
22 I 20 R
20-23
Nitrofurantoine
21 I 21 I
20-23
Fosfomycine
26 S 20 S
16
Tableau 20 : Valeurs des diamètres d’inhibition et interprétation obtenus pour les deux souches
d’Aerococcus suis (Source : Centre Hospitalier Cahors)
On constate que la souche 519/03 a un profil nettement plus résistant que la 1821/02.
Avec notamment une sensibilité diminuée à la pénicilline et l’acquisition d’une
résistance de type MLS.
Cette dernière pose la question du rôle de l’antibiothérapie (très utilisée chez les porcs
d’élevage intensif) dans l’acquisition des résistances chez les souches bactériennes
animales.
58
7.7.Aerococcus urinaeequi
La description de Pediococcus urinaeequi est réalisée par Garvie en 1986 et sa

nomenclature approuvée en 1988. Diverses études d’hybridation ADN-ADN, puis un
séquençage du gène codant l’ARNr 16S réalisé en 1990 par Collins, montrent que
Pediococcus urinaeequi est plus proche du genre Aerococcus, et particulièrement de
l’espèce Aerococcus viridans, que les autres Pediococcus.
Simpson et Taguchi en 1995 puis Stiles et Holzapfel en 1997 montrent que

Pediococcus urinaeequi n’appartient pas au genre Pediococcus mais aucune nouvelle
classification n’est proposée.
Et Christensen en 1997, lors de son étude de comparaison des caractéristiques
phénotypiques des cocci gram positif catalase négative, différenciait déjà Pediococcus
urinaeequi (sensible à la vancomycine) des autres Pediococcus spp. (résistants à la
vancomycine).
Suite aux résultats de séquençage de l’ARNr 16S et d’hybridation ADN-ADN

réalisés en 2005 par Giovanna et son équipe, il est proposé la reclassification de
Pediococcus urinaeequi en Aerococcus urinaeequi, genre qui comporte désormais 6
espèces [16].
• Aspect au gram : Aerococcus urinaeequi est un coque gram positif, en tétrades,

ne sporulant pas. Lors de croissance en milieu liquide, il peut prendre la forme de
petits amas irréguliers.
Il est immobile à l’état frais.
• Aspect en culture : la culture nécessite l’utilisation de milieux enrichis.

Sur gélose au sang, les colonies sont rondes, lisses, de couleur blanc gris, de
petite taille (1 à 2,5 mm) [46].
L’optimum thermique est de 25-30°C.
59
• Métabolisme respiratoire : bactérie aéro-anaérobie facultative.
• Biochimie : cette espèce est catalase négative, PYR et LAP négatives. Les
principales caractéristiques de l’espèce sont résumées dans le tableau 21 suivant.
A. A.
A. viridans A. urinae A. urinaehominis A. suis A. urinaeequi
christensenii sanguinicola
LAP - + - + - - -
PYR + - - + - - -
Fermentation du
lactose + - - - - - V
maltose + - - + + - +
mannitol V + - - - - V
ribose V V - - + + +
saccharose + + - + + - +
thréalose + - - + - - +
Production de
ADH - - - + - + -
β glucosidase V V - - V - ND
β glucuronidase V + - + + - ND
Tableau 21 : Comparaison des principaux caractères biochimiques d’Aerococcus viridans,

Aerococcus urinae, Aerococcus christensenii, Aerococcus sanguinicola, Aerococcus urinaehominis et
Aerococcus urinaeequi (Source : [11, 16])
Il s’agit d’un germe de l’environnement, retrouvé principalement sur les végétaux

et utilisé la fabrication de produits laitiers et les boissons alcoolisées.
Pediococcus urinaeequi n’est pas isolé chez l’homme et reconnu non pathogène
pour l’homme [47].
7.7.3. Aerococcus urinaeequi et antibiotiques [47]
Aerococcus urinaeequi est un germe résistant à la vancomycine.

Parmi les autres molécules, les plus actives sont : la pénicilline G, l’imipenème, la
gentamicine, l’érythromycine, la nétilmicine, la clindamycine, la rifampicine et le
chloramphénicol.
60
8. TABLEAU DE SYNTHESE DES PRINCIPALES

CARACTERISTIQUES DES DIFFERENTES ESPECES
D’AEROCOCCUS
A. viridans A. urinae A. christensenii A. sanguinicola A. urinaehominis A. suis A. urinaeequi
Aspect au gram / paires, amas, paires, amas, paires, amas,

chainettes paires, amas, tétrades paires, amas, tétrades amas, tétrades
bouillon tétrades tétrades tétrades
Catalase - - - - - - -
Oxydase - - - - - - -
PYR + - - + - - -
LAP - + - + - - -
Croissance en NaCl
+ + + + NR + +
6,5%
Croissance à 10°C - - NR NR NR NR -
Croissance à 45°C - + NR NR NR NR -
β glucosidase =
V V - - V - +
hydrolyse esculine
ADH - - - + - + -
Hippurate - + (v) + + + - -
β galactosidase V - - - - + NR
β glucuronidase V + - + + - NR
Glucose + + NR NR + - NR
Maltose + - - + + - +
Ribose V V - - + + +
Saccharose + + - + + - +
Lactose + - - - - - V
Thréalose + - - + - - +
Sorbitol - + - - - - -
Mannitol V + - - - - V
Acétoine - - - - - - NR
Réduction nitrates - - NR NR - - -
Sensibilité vancomycine S S NR S NR S S
Sensibilité
S R NR V NR R NR
cotrimoxazole
Tableau 22 : Résumé des principales caractéristiques biochimiques des espèces d’Aerococcus

61
9. AEROCOCCUS ET DIFFICULTES DIAGNOSTIQUES
Nous avons vu au cours de la description des différentes espèces d’Aerococcus

que l’identification de ceux-ci au laboratoire peut se révéler difficile.
9.1.Difficulté d’identification
En effet, la pousse est variable voire nulle sur les milieux dépourvus en sang. Or
pour les ensemencements d’urines, les milieux chromogènes d’orientation sont très
fréquemment utilisés et rarement associés à un ensemencement sur gélose au sang.
De ce fait, il est probable que certaines colonies d’Aerococcus ne sont pas observées et
identifiées lors de l’observation des boites à la paillasse.
De plus, les colonies sont de petite taille à 24 ou 48 heures et de pousse lente. Il

existe donc un risque pour que celles-ci ne soient pas mises en évidence si les boites
d’ensemencement sont conservées sur une durée trop courte ou observées trop
rapidement.
Ou en cas de culture poly microbienne comme dans le cas des urines par exemple, où la
pousse d’un Escherichia coli comme germe prédominant gênera la mise en évidence des
colonies viridans, plus petites.
Enfin, l’aspect α hémolytique de la plupart des colonies, semblable à celui des

Streptocoques viridans ou des Entérocoques, prête à confusion lors de l’identification.
Certains suggèrent qu’il faudrait accorder une plus grande importance à la

croissance à 45°C afin de mieux discriminer ces espèces lors de mise en culture d’urines
[27].
62
9.2.Difficultés rencontrées avec les galeries commerciales

d’identification
Les tests biochimiques d’identification bactérienne sont le plus souvent réalisés

en routine à l’aide de galeries commerciales d’identification (galeries API bioMérieux,
Vitek2 bioMérieux, BBL Crystal Becton Dickinson, Remel RapidID Oxoid par
exemple).
Ces galeries permettent la recherche d’enzymes ou l’acidification des sucres.

Ces activités sont recherchées vis-à-vis de substrats chromogènes ou « fluorogènes ».
Après révélation puis lecture comparativement à une charte colorée, les réactions de
chaque cupule sont codées pour obtenir un profil numérique qui sera saisi sur un
ordinateur ou lu par un système automatisé et comparé à la base de données fournie par
le fabricant.
C’est au niveau de ces bases de données que les problèmes d’identification se
posent. En effet, dans la majorité des cas, seul les profils des espèces Aerococcus urinae
et Aerococcus viridans sont renseignés.
Ainsi dans leurs dernières versions, les galeries API 20Strep, API RapidID 32Strep et
Vitek2 ont intégré le profil d’Aerococcus urinae. Il faut ici noter que lorsque le recueil
des souches de ce travail a commencé, ce n’était pas encore le cas et l’identification était
particulièrement fastidieuse, avec nécessité d’utiliser les caractères de plusieurs galeries.
En 2003, Facklam a comparé les identifications, obtenues par six systèmes

commerciaux d’identification (API Rapid ID32 Strep, API 20Strep, Vitek, Microscan
WalkAway, MIDI et Crystal), d’Aerococcus viridans, A. urinae, A. sanguinicola, A.
christensenii et A. urinaehominis [44].
Aerococcus viridans étant compris dans les bases de données de ces six systèmes,
l’identification des trois souches testées (dont la souche type) aurait du être correcte dans
tous les cas.
L’API Rapid ID32 Strep a identifié les trois souches, mais sur deux laboratoires
différents, le Vitek n’a identifié aucune souche et le Microscan WalkAway a identifié
correctement les trois souches.
63
Le système MIDI a identifié correctement une souche mais pas la souche type, le Crystal
en identifiant deux mais pas la souche type. Enfin, l’API 20 Strep a identifié
correctement les trois souches (données dans le tableau 23 page suivante).
En 2003, Aerococcus urinae était compris uniquement dans la base du BBL
Crystal, dont l’identification a été correcte. Les autres systèmes auraient du rendre « non
identifié » ou « profil inacceptable », le Vitek et la galerie RapidID 32strep ont rendu ces
réponses mais certains systèmes ont identifié la souche type testée comme Gemella
morbillorum (Microscan WalkAway), Streptococcus pyogenes (MIDI) ou Streptococcus
acidominimus (API 20 Strep) (données dans le tableau 23 page suivante).
Aerococcus sanguinicola, christensenii et urinaehominis n’étant dans aucune
base de données, les identifications correctes auraient du être « profil inacceptable ». Or
certains systèmes ont rendu des identifications comme Streptococcus acidominimus,
Streptococcus sanguinis, Staphylococcus haemolyticus ou Aerococcus viridans (voir
données du tableau 23 de la page suivante)
64
Tableau 23 : Identification obtenue pour Aerococcus par différents systèmes commerciaux (Source :
[44])
65
Il apparaît donc dans l’étude de Facklam en 2003 que certains systèmes ne sont
pas assez discriminants pour l’identification des Aerococcus.
Le grand nombre d’identifications erronées rendues pour Aerococcus viridans,
normalement inclus dans leurs bases de données, peut être lié au fait que tous les
systèmes n’ont pas utilisé la même souche de référence pour documenter leur base et que
tous les profils n’étaient pas disponibles au moment de la création de celle-ci [44].
Pour l’identification d’Aerococcus sanguinicola, Facklam conclut que la RapidID32strep
et le Crystal sont les systèmes les plus adaptés, puisque qu’ils ont rendus la réponse
correcte « no identification ». L’addition de nouveaux profils dans leurs bases de
données pourraient augmenter le nombre d’identifications correctes rendues par ces 2
systèmes.
Les autres systèmes d’identification testés nécessitant une remise à niveau beaucoup plus
importante de leurs bases au regard du nombre d’identifications erronées rendues.
Peu à peu donc, les nouvelles versions des systèmes commerciaux sont mises à
jour, ce qui permettra sûrement d’améliorer l’identification d’un bon nombre de souches.
Ainsi, Aerococcus urinae et Aerococcus urinae sont désormais retrouvés dans les bases
de données les plus récentes des systèmes suivants : API 20 Strep (V7.0), API
RapidID32 Strep (V3.0), Vitek2, Phoenix system, Crystal GP ID system.
L’identification des souches d’Aerococcus ne doit donc pas reposer sur

l’utilisation unique des galeries, mais prendre en compte un ensemble de critères,
comme les caractères culturaux, les conditions de culture et l’étude de la sensibilité au
triméthoprime notamment [27].
66
10. AEROCOCCUS : SENSIBILITE AUX

ANTIBIOTIQUES ET ANTIBIOTHERAPIE
Il semble qu’à l’heure actuelle, les résistances acquises aux antibiotiques ne

soient pas un problème chez les Aerococcus.
Cependant, très peu d’études ont été menées sur la résistance des différentes espèces, et
des investigations supplémentaires seront nécessaires dans le futur afin de compléter les
données de la littérature encore maigres sur le sujet.
De plus, les résultats de ces antibiogrammes sont d’interprétation délicate, car il

n’existe actuellement pas de critères officiels de lecture et interprétation des diamètres
d’inhibition pour les Aerococcus.
Par analogie, ceux sont ceux des Streptocoques autres que Pneumocoque qui sont utilisés
par la plupart des microbiologistes, mais ils n’ont pas été réellement validés pour le
genre Aerococcus.
• Aerococcus viridans a été pendant longtemps considéré comme sensible à la

plupart des antibiotiques, notamment aux βlactamines, macrolides et
tétracyclines. Les souches sont sensibles à la vancomycine mais possèdent une
résistance intrinsèque de bas niveau aux aminosides.
Cependant des études récentes ont rapporté des cas de résistance non seulement à
la pénicilline, mais aussi au chloramphénicol, aux fluoroquinolones.
En 1987, Kern et Vanek ont décrits deux cas d’Aerococcus isolés d’hémocultures
sensibles à la pénicilline G et à la pipéracilline, mais résistants aux
fluoroquinolones et à la nétilmicine donnée en prophylaxie orale.
En 1994, Augustine et al. rapporte un cas d’endocardite à Aerococcus viridans
avec résistance à plusieurs antibiotiques : pénicilline, ampicilline, céfotaxime,
gentamicine et résistance intermédiaire à la ciprofloxacine [21].
En 1989, Buu-Hoi et al. décrit une résistance, chez huit souches d’Aerococcus
viridans testées, à l’érythromycine (6 souches sur 8), à la tétracycline et
minocycline (5 souches sur 8), au chloramphénicol (1 souche) et de haut niveau à
la streptomycine (1 souche) [23].
67
En 1990, sur les trente souches provenant du CDC et testées par Bosley, 46% se
sont révélées être résistantes, à plus ou moins haut niveau, à la pénicilline (9
souches sur 30 avaient une CMI supérieure ou égale à 0,5 mg/l et 5 avaient une
CMI > 1 mg/l) [25].
Christensen a d’ailleurs proposé d’utiliser ce critère de résistance pour
différencier Aerococcus viridans de Aerococcus urinae, jusqu’à présent
constamment sensible à la pénicilline [24].
Il a été émis l’hypothèse que l’apparition de résistance chez Aerococcus viridans
serait favorisée par une antibioprophylaxie prolongée [17].
• Aerococcus urinae se caractérise par une sensibilité constante aux pénicillines et

βlactamines de manière générale, ainsi qu’une résistance aux sulfamides et de
bas niveau aux aminosides [29].
Cependant, on ne relève pas de résistance de haut niveau aux aminosides et ceux-
ci peuvent donc être utilisés en combinaison avec une βlactamine.
Cette espèce, responsable dans la majorité des cas d’infections urinaires, est
résistante à d’assez nombreux antibiotiques utilisés dans le traitement de celles-
ci, comme les sulfamides, l’acide nalidixique ou le triméthoprime.
Les souches sont sensibles à la vancomycine.
Il est intéressant de noter que au cours de l’étude menée par Facklam en 2003
[44], le National Center for Streptococcus NCS, qui y participait, a fait
l’observation suivante : lors de l’utilisation de disques de pénicilline 10µg pour la
réalisation d’un antibiogramme en boite (gélose au sang de cheval 3%), il existe
pour Aerococcus viridans et Aerococcus sanguinicola, en plus de la zone
d’inhibition autour du disque, une zone périphérique où l’α hémolyse est plus
importante. Cette observation n’est pas faite pour les souches d’Aerococcus
urinae.
68
• Aerococcus sanguinicola : les études de sensibilité menées ont permis de

conclure à une sensibilité de l’espèce aux βlactamines, érythromycine,
chloramphénicol, vancomycine, tétracyclines et rifampicine.
L’espèce est résistante à la ciprofloxacine et lévofloxacine.
1/3 des souches testées sont résistantes à l’association
sulfaméthoxazole/triméthoprime.
• Aerococcus christensenii, A. urinaehominis: nous ne possédons pas à ce jour de

données concernant la sensibilité de ces espèces aux antibiotiques.
• Aerococcus suis : les deux souches testées au laboratoire du Centre Hospitalier

de Cahors se sont révélées être sensibles à la vancomycine et résistantes au
cotrimoxazole. Il n’existe pas actuellement d’études de la sensibilité de cette
souche dans la littérature.
69
PARTIE II
MATERIEL ET METHODES
70
1. METHODES
1.1.L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)

(Source : REMIC 3ème édition 2007, VIVACTIS)
1.1.1. Généralités
• Objectifs :
Les objectifs de l’ECBU sont de mettre en évidence la présence de bactéries dans les
urines, de les identifier et d’étudier leur sensibilité aux antibiotiques, de mettre en
évidence des éléments anormaux ou de contrôler l’efficacité du traitement.
• Indications :
Les infections du tractus urinaire étant une des infections les plus fréquentes,
l’ECBU est par conséquent une analyse bactériologique très demandée.
Les circonstances amenant le clinicien à demander un ECBU sont variées :
o symptomatologie clinique urinaire présente : dysurie, pollakiurie,
incontinence urinaire, douleurs lombaires, avec signes biologiques
d’infection : bandelette urinaire positive (protéines, sang, nitrites,
leucocyte estérase).
o symptomatologie clinique urinaire absente mais existence d’une
hyperthermie isolée, personne âgée ou diabétique ou signes biologiques
présents.
o de façon systématique chez la femme enceinte.
o en pré opératoire urologique, orthopédique ou gynécologique.
o en contrôle post thérapeutique.
71
1.1.2. Conditions de recueil
Le recueil des urines est dit « à la volée » ou « du milieu de jet ». Il doit être
précédé du lavage hygiénique des mains et d’une toilette soigneuse au savon ou
antiseptique doux de la région vulvaire chez la femme et du méat chez l’homme, suivi
d’un rinçage.
Le premier jet d’urines doit être éliminé, et le recueil de 10-30 ml d’urine se fait
dans un flacon stérile, en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du récipient.
Le flacon, fermé hermétiquement, identifié et avec l’heure de prélèvement, doit être
acheminé rapidement (dans les deux heures) au laboratoire, accompagné de la
prescription.
En cas d’empêchement, on peut placer le flacon quelques heures à + 4°C ou utiliser un
tube boraté. Ce tube contient en effet un tampon pour stabiliser le pH et un conservateur
doux (borate) pour arrêter la multiplication bactérienne sans tuer les bactéries.
On prélève deux tubes : un tube sans additif pour réaliser les analyses biochimiques et
cytologiques, et un avec conservateur et tampon pour la culture.
Chez un malade sondé à demeure, après désinfection de la sonde et clampage en

aval, on peut prélever directement à la seringue au niveau proximal de la sonde, puis
transvaser dans un flacon stérile.
Chez le nourrisson, on utilise un collecteur stérile spécifique à usage unique, qui

sera placé après désinfection soigneuse et ne pourra être laissé en place que 30 minutes
maximum.
Les différentes étapes de réalisation d’un ECBU sont détaillées ci après.
1.1.3. Examen cytologique
Au centre hospitalier de Cahors, la cytologie urinaire est réalisée sur l’automate

IQ select (IRIS)
72
• Aspect quantitatif : il s’agit du dénombrement des différents éléments

figurés contenus dans un volume donné d’urine (mm3 à Cahors) : hématies,
leucocytes, cellules épithéliales, cellules « rondes » rénales (cellules
épithéliales du tubule collecteur).
A l’état physiologique, l’urine contient moins de 10 leucocytes et 5 hématies

par mm3, de rares cellules « rondes » et pas de cellules épithéliales.
En cas d’infection urinaire, le processus inflammatoire se traduit le plus
souvent par la présence de plus de 50 leucocytes et 10 hématies par mm3, de
cellules du revêtement urothélial et de cylindres hématiques ou leucocytaires.
L’automate nous fournit également une lecture standardisée et semi

automatisée des bandelettes urinaires (densité, pH, acide ascorbique, acétone,
glucose, protéines, bilirubine, urobilinogène, sang, nitrites et leucocyte
estérase), ainsi que l’aspect, la couleur et la présence éventuelle de cylindres
ou bactéries. Ces paramètres sont mesurés sur le tube sans additif.
• Aspect qualitatif : soit directement sur l’urine soit à partir du culot de

centrifugation, on peut réaliser une coloration de gram permettant d’observer
les éventuels micro-organismes présents, et d’orienter le choix des milieux de
culture supplémentaires à éventuellement ensemencer.
1.1.4. Mise en culture et dénombrement des colonies
L’urine est ensemencée à l’aide d’une anse calibrée de 1µl : le dénombrement des
colonies obtenues sur le milieu après incubation permet une évaluation quantitative de la
bactériurie (une colonie correspondant à 10p3 UFC/ml). La quantification des bactéries
peut s’effectuer par ensemencement en étoile, par la technique de l’anse calibrée ou par
la technique de la lame immergée.
Les milieux ensemencés sont des géloses contenant des substances chromogènes
(gélose Chromagar Orientation BD) associées à une gélose au sang lorsque les urines
sont alcalines (pH ≥ 6).
73
Les milieux sont placés à l’étuve à 37°C sous 9% de CO2 et observés à 24 et 48 heures
afin de dénombrer, différentier et identifier les colonies.
1 2
Figure 17 : Exemples de technique d’ensemencement des milieux : (1) technique de la anse calibrée
(2) : technique en étoile (Source : (1) http://www.memobio.fr/images/bact/ensemecbu.jpg (2) Centre
Hospitalier Cahors)
1.1.5. Identification
A coté des germes banals, la recherche et l’identification des colonies d’intérêt

observées au laboratoire du centre hospitalier de Cahors est réalisée par les techniques
suivantes.
• aspect des colonies en culture primaire : colonies minuscules à 24h.
Sur Chromagar Orientation BD, les colonies d’Aerococcus urinae et
d’Aerococcus viridans sont vertes.
Sur gélose au sang, les deux espèces sont α hémolytiques, avec une plage
d’hémolyse plus nette pour Aerococcus urinae.
• réalisation d’une coloration de gram et d’une catalase sur les colonies
d’intérêt.
• ré isolement de la colonie d’intérêt sur gélose au sang.
74
• identification à l’aide des systèmes commerciaux suivants, selon les

recommandations du fournisseur :
o galerie API 20 Strep (bioMérieux)
o galerie API rapid ID 32 Strep (bioMérieux)
o carte d’identification ID GP Vitek2 (bioMérieux)
1.1.6. Antibiogramme
L’antibiogramme est réalisé au laboratoire de microbiologie de Cahors par deux

techniques:
• soit en boite Muller Hinton additionnée de 5% de sang de mouton (AES) +
comprimés Rosco, ensemencement par écouvillonnage selon les
recommandations du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de
Microbiologie (CASFM) pour les Streptococcus spp.
• soit à l’aide d’une galerie API ATB Strep, selon les recommandations fabricant
(bioMérieux).
Les résultats obtenus sont confirmés par le CNR-Strep lors de l’envoi de nos
souches pour identification par séquençage (antibiogramme en boite Muller Hinton au
sang BioRad référence 63901 + disques BioRad sous CO2 5-7%).
1.2.Outils taxonomiques : étude de la Superoxyde Dismutase sodA et

de l’ARNr 16S
Comme nous l’avons vu précédemment, l’identification en routine au laboratoire

repose sur l’utilisation de galeries commerciales utilisant l’étude de la fermentation de
divers sucres, la recherche d’activités enzymatiques par hydrolyse de certains substrats.
Or, le problème posé avec ces tests phénotypiques est qu’il existe une variabilité
de réaction entre les souches d’une même espèce et éventuellement au sein d’une même
souche selon les conditions de culture.
75
De plus, pour certaines espèces, les bases de données sont incomplètes ou inexistantes,
ne permettant pas l’identification de la souche ou au pire, conduisant à des
identifications erronées.
Peu à peu, l’idée d’une identification génotypique, basée sur l’amplification et le
séquençage de gènes cibles, s’est donc développée.
Pour le genre Aerococcus, cette identification génotypique est réalisée au Centre

National de Référence des Streptocoques CNR-Strep, par séquençage du gène de la
superoxide dismutase sodA et/ou de l’ARNr 16S.
1.2.1. La superoxyde dismutase sod
Les sod sont des enzymes de conversion d’anions superoxydes O2- en molécule
d’oxygène O2 ou en peroxyde d’hydrogène H2O2. Ces enzymes constituent un
mécanisme de défense majeur des cellules contre le stress oxydatif [48].
Les sod sont des métallo enzymes, dont il existe trois types en fonction du
cofacteur qu’elles utilisent :
• Cuivre/zinc Cu/Zn-sod: présente essentiellement chez les eucaryotes
• Manganèse Mn-sod : présente chez les procaryotes et dans les mitochondries des
eucaryotes
• Fer Fe-sod : présente chez les procaryotes et chondroplastes des eucaryotes
Pour les Aerococcus, c’est le gène codant une Mn-sod qui est séquencé.
On peut déjà noter à ce niveau que parmi les Aerococcus, seul Aerococcus urinae ne
possède pas de sod.
76
1.2.2. Extraction de l’ADN bactérien
Les souches envoyées par le laboratoire sont remises en culture (gélose enrichie
de 5% de sang de mouton) au CNR-Strep et incubées 24 heures à l’étuve à 37°C sous 5-
7% de CO2.
L’extraction du matériel génétique bactérien, sous réserve de colonies en culture
pure, est réalisée le lendemain grâce au kit d’extraction rapide InstaGene Matrix
(BioRad), selon les préconisations du fabricant.
1.2.3. Amplification du gène codant la sod [49, 50]
Pour l’amplification du gène codant la sod, on utilise un couple d’amorces

SOD1 (5’-CCITAYICITAYGAYGCIYTIGARCC-3’) et SOD2 (5’-
ARRTARTAIGCRTGYTCCCAIACRTC-3’), qui permet d’amplifier un fragment
représentant environ 85% du gène (480pb).
La PCR est réalisée à l’aide du Gene Amp System 2400, sur un volume final de
50µl : 5µl d’ADN et 45µl de Mix contenant le couple d’amorces, des dNTP, la Taq
Perkin Elmer Gold, du tampon, du MgCl2 et de l’eau.
Le mélange est dénaturé 3 minutes à 95°C puis subit 30 cycles de dénaturation
(30 secondes à 95°C), hybridation (1 minute à 37°C), élongation (1 minute à 72°C) et
enfin 10 minutes à 72°C pour le dernier cycle d’élongation.
Puis on fait migrer le produit de PCR par électrophorèse sur gel d’agarose à 1%
contenant du bromure d’éthidium (BET), avec une piste contenant un marqueur de taille.
Si la sod est présente et donc son gène amplifié, une bande à 480pb doit être
observée sur le gel d’électrophorèse.
Aerococcus urinae est la seule espèce d’Aerococcus à ne pas posséder de sod. On

n’observera donc pas de bande à 480pb pour cette espèce, et on procédera alors à
l’amplification et au séquençage du gène codant l’ARNr 16S de la bactérie pour affirmer
cette identification. Les autres espèces possèdent la sod, et une bande à 480pb doit donc
être observée.
77
Bande à 480 pb
correspondant
à la sod
Dépôt
24 1 24 12 20 8 9 9 22 16 27 N° patient
Figure 18 : Gel d’électrophorèse obtenu après migration du produit d’amplification du gène de la

sodA des patients. Marqueur de taille non figuré sur la photo (Source : CNR-Strep)
1.2.4. Amplification du gène codant l’ARNr 16S [51]
Les brins sens et anti sens du gène codant l’ARNr 16S sont amplifiés.
Pour cela, on utilise un couple d’amorces spécifiques Ehs (5’-
TACGGGAGGCAGCAGTGG-3’) pour le brin sens et S15 (5’-
GGGCGGTGTGTACAAGGC-3’) pour le brin anti sens.
La PCR est réalisée à l’aide du Gene Amp System 2400, sur un volume final de
50µl : 5µl d’ADN et 45µl de Mix contenant le couple d’amorces, des dNTP, la Taq
Perkin Elmer, du tampon, du MgCl2 et de l’eau.
Le mélange est dénaturé 2 minutes à 94°C puis subit 25 cycles de dénaturation
(30 secondes à 94°C), hybridation (30 secondes à 57°C), élongation (30 secondes à
72°C) et enfin 3 minutes à 72°C pour le dernier cycle d’élongation.
On fait ensuite migrer le produit de PCR par électrophorèse sur gel d’agarose à
1% contenant du bromure d’éthidium, avec une piste témoin contenant un marqueur de
taille.
La mise en évidence d’une bande sur le gel d’électrophorèse témoigne de la
correcte amplification du gène et le séquençage de celui-ci peut donc être réalisé.
78
M 24 1 24 12 20 8 9 9 22 16 27
N° patient
Dépôt
Figure 19 : Gel d’électrophorèse obtenu après migration du produit amplification du gène codant
l’ARNr 16S des patients. M = marqueur de taille (Source : CNR-Strep)
1.2.5. Purification, séquençage et comparaison des séquences
Le produit d’amplification est purifié sur micro colonnes à l’aide du kit

QIAquick PCR Purification Kt (Qiagen), selon les recommandations du fournisseur.
Les séquences du gène de la sod ou de l’ARNr 16S ainsi purifiées sont envoyées
au centre de séquençage.
La technique est basée sur la méthode de Sanger utilisant des ddNTP marqués par des
fluorochromes. Elle comprend une étape d’élongation par une Taq polymérase, une
étape de purification puis de migration en microcapillaire. Elle est réalisée sur le 3130xl
de Applied Biosystems.
Un logiciel d’analyse (sequencing analysis ou sequence scanner Applied Biosystems)
permet d’obtenir la séquence, qui sera renvoyée par courriel en quelques jours.
Pour l’ARNr 16S, les séquences des brins sens et anti sens sont dans un premier
temps assemblées grâce à un logiciel.
79
Puis les séquences de la sodA ou de l’ARNr 16S sont comparées, par alignement,
à une banque de séquences connues, à l’aide de logiciels d’identification adaptés : le Bio
Informatic Bacteria Identification BIBI (pbil.univ-lyon1.fr/bibi, développeur JP
Flandrois) ou le logiciel Blast.
Concernant la comparaison des séquences du gène codant pour la sodA, si celle-
ci est concluante, la bactérie est identifiée et l’identification est rendue.
Mais pour certaines espèces dont la base de données est pauvre, on doit poursuivre
l’identification par amplification et séquençage du gène codant l’ARNr 16S.
Un arbre phylogénétique est construit en utilisant la méthode « joinning
neighbourg » afin de connaître le pourcentage d’homologie avec la souche référence.
On a vu précédemment que les banques de données de séquences concernant la sodA
sont incomplètes, notamment pour les dernières espèces d’Aerocccus identifiées, et qu’il
faut donc recourir au séquençage de l’ARNr 16S afin de parvenir à une identification.
Le CNR-Strep construit donc également une banque « en temps réel », à partir des
séquences de sodA qui n’ont pas pu être analysées dans un premier temps, mais dont
l’identification d’espèce a été faite grâce à l’ARNr 16S.
Ainsi, lorsque l’identification n’est pas concluante avec les logiciels classiques, une
comparaison peut être faite avec la base « maison » et un arbre phylogénétique construit.
En augmentant ainsi la base de données, on espère devoir de moins en moins recourir au
séquençage de l’ARNr 16S.
80
PCR sodA
Migration électro phorétique
Bande 480 pb Bande 480 pb

+ -
purification
séquençage
comparaison bases de données
identification non concluant

% homologie inconnu dans les bases ARNr 16S
Alimentation purification
base données
CNR-Strep séquençage
comparaison
bases de données
identification
Rendu de l’espèce % homologie
81
2. MATERIEL
2.1.Les infections urinaires (IU)
2.1.1. Infections urinaires communautaires (IUC)
En France, les infections urinaires communautaires sont le deuxième motif de

consultation et de prescription d’antibiotiques au cabinet du médecin et dans les services
d’urgence. L’incidence annuelle française est estimée de 4 à 6 millions de cas, avec une
prédominance féminine [52].
Les bactéries responsables sont au premier rang Escherichia coli (90%), Proteus
spp (5%), Klebsiella-Enterobacter (1%), Staphylococcus saprophyticus (1%), autres
(3%). Chez la femme jeune, les infections basses peu ou pas symptomatiques sont dues
dans 10 à 40% des cas à Staphylococcus saprophyticus.
A noter une préoccupante antibiorésistance de ces bactéries communautaires aux
antibiotiques normalement utilisés : ainsi 40 à 50% des Escherichia coli sont devenus
résistants à l’amoxicilline, 15 à 30% à l’association amoxicilline-acide clavulanique, 15
à 30% au cotrimoxazole.
2.1.2. Infections urinaires nosocomiales (IUN)
L’infection urinaire est l’infection nosocomiale la plus fréquente, dont le

principal facteur de risque est le sondage vésical à demeure (60 à 80% des infections).
Entre 15 et 25% des patients hospitalisés sont porteurs d’une sonde urinaire. L’incidence
de l’infection urinaire oscille de 3 à 10% par jour de sondage. Les taux les plus élevés se
retrouvent en réanimation.
Les bactéries responsables sont au premier rang Escherichia coli (30 à 60% cas),
puis on retrouve Proteus mirabilis, Enterococcus faecalis, Pseudomonas aeruginosa,
Staphylococcus aureus.
82
Figure 20 : Principales espèces microbiennes responsables d’infections urinaires nosocomiales.

(Source : REMIC 3ème édition 2007 Vivactis)
Ces infections constituent le premier réservoir de bactéries multirésistantes (BMR) dans

les hôpitaux.
L’arbre urinaire est physiologiquement stérile, en dehors de l’urètre distal

colonisé par la flore périnéale.
Au cours des infections urinaires communautaires, il s’agit avant tout d’un
mécanisme d’infection ascendante, la colonisation bactérienne des voies urinaires étant
normalement limitée par l’effet de rinçage des mictions (le rinçage périodique et la
sécrétion de la protéine de Tamm-Horsfall, empêchant l’adhérence aux muqueuses des
voies urinaires, sont les mécanismes de défense principaux). On observe que très
rarement des infections par voie hématogène au cours de bactériémie.
Les infections urinaires nosocomiales sont, comme nous l’avons vu,
essentiellement liées au sondage vésical, par bouleversement des mécanismes de défense
et production d’un biofilm.
83
2.1.4. Clinique des infections urinaires
L’infection urinaire peut intéresser les différentes parties de l’arbre urinaire :

o infection des urines et de l’épithélium vésical : on parle alors de cystite
o infection du bassinet ou du parenchyme rénal : pyélonéphrite
o « infection » limitée aux urines vésicales ou colonisation selon les
auteurs: bactériurie asymptomatique
On peut y inclure également les infections des glandes annexes de l’appareil uro-
génital (prostatite).
L’IU symptomatique est un syndrome clinique associant de façon variable

brulures urinaires, mictions impérieuses, dysurie, pollakiurie, hématurie macroscopique,
pesanteurs pelviennes et/ou lombaires post mictionnelles.
La cystite aigue typique se limite à un ou plusieurs signes fonctionnels urinaires
sans fièvre.
La pyélonéphrite ou la prostatite aigue comportent en plus une fièvre au moins
égale à 38,3°, des douleurs spontanées lombaires pour la pyélonéphrite, pelviennes pour
la prostatite.
Les IU non compliquées sont les plus fréquentes et ont été définies en 1996 par
L’Agence Nationale pour le Développement de l’Evaluation Médicale comme des IU de
la femme âgée de 15 à 65 ans, non enceinte, en l’absence d’anomalies urologiques
connues ou présumées. Elles se résument à la cystite et la pyélonéphrite aigue bénigne
de la femme, toutes les autres situations étant a priori « à risque » ou compliquées.
Chez l’homme, les infections urinaires sont rarement bénignes.
A noter que certaines IU, surtout chez la femme, sont récidivantes, c'est-à-dire se
manifestant à l’arrêt des antibiotiques (rechute ou réinfection). Ces cystites récidivantes
sont généralement bénignes.
Une IU sera dite compliquée s’il existe au moins un facteur de complication

comme des anomalies fonctionnelles ou anatomiques de l’arbre urinaire, des maladies de
système ou métaboliques, un terrain physiologique particulier (enfant, femme
84
enceinte…), ou si l’infection est cliniquement sévère, s’accompagnant d’un sepsis ou

d’un état de choc.
2.1.5. Facteurs favorisants les IU
Plusieurs facteurs prédisposants aux IU ont été identifiés. Ils sont résumés dans les 2
tableaux suivants.
● age avancé
- sont incriminés l'incontinence, les dysfonctionnements mictionnels et le sondage urinaire
● sexe féminin
- urètre court (3-4 cm) et topographiquement proche du vagin et du périnée
qui sont régulièrement colonisés pardes bactéries d'origine fécale
● antécédants d'infections urnaires récidivantes
● antécédants maternels d'IU et survenue d'IU dans l'enfance
- expose à la récurrence d'IU chez la femme jeune
● facteurs génétiques
- phénotype non sécréteur de facteur Lewis
- antécédants maternels d'IU
● facteurs anatomiques
- anomalies génito-urinaires fonctionnelles (résidu post mictionnel, incontinence…)
et anatomiques liées à l'âge
- rétrécissement et calculs urétraux (surtout chez l'homme)
- colonisation du gland et du prépuce chez les hommes
- anomalies congénitales (1er facteur de risque chez l'enfant)
● facteurs comportementaux
- rapports sexuels fréquents et récents
- utilisation de diaphragme vaginal et de spermicides
- rapports anaux
- mictions différées après rapports sexuels
● prise récente d'antibiotiques, quel qu'en soit le motif
Tableau 24 : Facteurs de risque potentiels d’infection urinaire (Source : [52])

85
● anomalies anatomiques, fonctionnelles ou métaboliques, ou propices à l'obstruction des voies urinaires

● âges extremes de la vie (avant 15 ans et après 65 ans)
● sexe masculin, meme si l'IU parait cliniquement bénigne
● grossesse
- l'IU est la 1ère complication médicale de la grossesse
● post ménopause (le défaut d'ostrogènes peut favoriser la survenue de cyctites)
● immunosuppression associée à l'infection par le VIH
● polykystose rénale
● insuffisance rénale (de toute origine) et greffe rénale
● comorbidités
- diabète
- sclérose en plaques
● lésions médullaires, notamment post traumatiques
● sondage urinaire, intermittent ou à demeure
Tableau 25 : Facteurs favorisants les infections urinaires compliquées (Source : [52])
2.1.6. Traitement des infections urinaires (RBP IU adulte JNI 2008)
• La cystite aigue non compliquée est traitée par antibiothérapie courte, après
s’être assuré cliniquement de l’absence de facteurs de complication :
fluoroquinolones FQ à dose unique (ciprofloxacine, ofloxacine), soit en cure de 3
jours (norfloxacine) ou furanes pendant 5 jours.
• La cystite aigue compliquée sera traitée par antibiothérapie longue, supérieure ou

égale à 5 jours, durée à moduler selon la bactérie et le contexte clinique. Les
molécules à notre disposition sont les furanes (en première intention), les FQ
(ofloxacine, ciprofloxacine, norfloxacine), le cotrimoxazole, les β lactamines
orales (amoxicilline, amoxicilline-acide clavulanique, céphalosporines de 3ème
génération C3G).
• La pyélonéphrite aigue de l’adulte non compliquée sera traitée dans un premier

temps par antibiothérapie probabiliste : FQ (ciprofloxacine, ofloxacine,
lévofloxacine) par voie orale (IV si impossible) ou C3G parentérale (ceftriaxone,
céfotaxime). En cas de sepsis sévère, un aminoside peut être rajouté pendant les 1
à 3 premiers jours.
86
L’antibiothérapie sera réévaluée à la 48ème heure et éventuellement adaptée en

fonction de l’antibiogramme, avec relais par voie orale si l’antibiothérapie
probabiliste était parentérale, pour une durée de 10 à 14 jours (7 jours pour les
FQ). Les molécules à notre disposition sont l’amoxicilline, associée ou non à
l’acide clavulanique, le cotrimoxazole, les FQ.
Une échographie est réalisée en parallèle de l’ECBU dans le seul but d’exclure
une forme compliquée méconnue par la clinique.
Un ECBU de contrôle sera réalisé seulement en cas d’échec du traitement initial.
• La pyélonéphrite compliquée de l’adulte nécessite l’hospitalisation du patient et

la réalisation d’imagerie à la recherche d’un obstacle, d’un abcès, pour
l’exploration du parenchyme rénal, ainsi que le prélèvement d’hémocultures.
L’antibiothérapie probabiliste mise en place utilise les FQ (ciprofloxacine,
lévofloxacine, ofloxacine) per os ou IV ou des C3G (ceftriaxone, céfotaxime) par
voie injectable. En cas de formes graves, un aminoside peut être associé pendant 1
à 3 jours.
L’antibiothérapie est réévaluée à la 48ème heure et adaptée si besoin en fonction de
l’antibiogramme (relais par voie orale réalisé si voie parentérale préalable), pour
une durée de 10 à 14 jours, parfois supérieure à 21 jours selon le contexte. Les
mêmes molécules que pour les pyélonéphrites simples peuvent être utilisées.
On effectuera un suivi clinique du patient et un ECBU per (48-72 heures) et post
traitement (4 à 6 semaines) pour vérifier la stérilité des urines.
2.2.Patients inclus dans l’étude
Nous avons réalisé une étude rétrospective sur les 29 cas d’infections à
Aerococcus diagnostiqués au laboratoire du Centre Hospitalier de Cahors entre février
2001 et décembre 2009.
Pour chaque patient, nous avons étudié le dossier d’hospitalisation contemporain au
diagnostic en nous efforçant de noter la symptomatologie du patient au moment de
l’infection, ses antécédents médicaux, les traitements en cours ou précédents
87
(notamment antibiothérapie dans les mois précédents), la notion d’une neutropénie ou

d’infections urinaires à répétition.
On peut dès à présent noter la difficulté d’étude des dossiers les plus anciens ou
des personnes âgées hospitalisées dans les services de long séjour, dans lesquels il est
souvent difficile de trouver des informations pertinentes.
2.3.Observations cliniques (classées par ordre alphabétique des

patients)
• Observation n°1
Mr A., 80 ans, est admis le 9 mai 2000 au SAU du Centre Hospitalier de Cahors
pour chutes à répétition à son domicile. Il sera ensuite transféré dans le service long
séjour de l’hôpital dans lequel il restera hospitalisé jusqu’à son décès.
On retrouve dans les antécédents de ce patient la notion d’une rétention urinaire
chronique sur adénome prostatique, une tuberculose rénale et pulmonaire, une
BPCO, une arthrose dorso-lombaire et des problèmes d’alcoolisme.
Au cours de l’été 2002, il présente plusieurs épisodes de globes vésicaux avec
des urines troubles et des difficultés à uriner et une sonde vésicale est posée le 8
juillet.
Le 14 aout 2002, on réalise un ECBU en vue d’une consultation d’anesthésie. Le
patient est apyrétique et ne présente pas de signes de dysurie.
A la coloration de gram on observe des cocci gram positif en diplocoques et petits
amas. La biochimie urinaire montre une leucocyturie (1020/mm3) sans présence
d’hématies, la recherche de nitrites et de protéines est négative. La culture retrouve
un Aerococcus identifié en routine Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml et Proteus
mirabilis à 10p5 UFC/ml. La souche est envoyée au CNR-Strep qui ré identifie
Aerococcus sanguinicola.
Une antibiothérapie par amoxicilline (Clamoxyl®) 2g par jour est entamée le 16
aout.
88
Le 2 septembre, l’ECBU de contrôle retrouve le Proteus mirabilis seul, pour

lequel il est donné à boire de l’eau de Vichy.
Au cours des mois d’octobre et novembre 2002, plusieurs épisodes d’infections
urinaires à Proteus mirabilis puis Enterococcus faecalis seront retrouvés chez ce patient,
sans symptomatologie urinaire associée.
1 2
Figure 21 : Aerococcus sanguinicola coloration de gram Gx100 culture GS CO2 48h (1) ; réisolement
sur GS CO2 24h (2) cas n°1
Mr A., 39 ans, est admis le 25 mai 2009 au SAU du CH de Cahors, pour douleurs
dans le bas ventre, sans frissons, sans fièvre et sans douleurs lombaires. On retrouve
dans ses antécédents urologiques une opération de sténose de l’urètre antérieur en
2003.
Un ECBU est réalisé à son entrée et retrouve un Aerococcus urinae à 10p5
UFC/ml en culture pure, dont l’identification sera confirmée par le CNR-Strep.
La leucocyturie est de 165/mm3, on note une présence de sang mais pas de protéines.
La leuco estérase est positive 3+ et les nitrites négatifs.
Le patient est mis sous ofloxacine (Oflocet®) 200 mg par jour pendant huit jours.
On ne retrouve pas dans le dossier du patient la notion d’un ECBU de contrôle.
89
L’observation n°3 est une observation exceptionnelle réalisée chez une patiente
en 2008.
Mme B., 83 ans, est hospitalisée en octobre 2007 dans le service d’hospitalisation
long séjour du CH pour perte d’autonomie avec fausses routes et chutes à répétition.
On note dans ses antécédents urologiques la notion d’infections urinaires à
répétition, la patiente est continente à l’entrée. Cette patiente souffre également de
troubles neuro cognitifs avec un parkinson axial et une démence.
Episode n°1 : en février 2008, un ECBU est réalisé chez cette patiente, devant
une modification de son comportement. La patiente est apyrétique avec un abdomen
souple et indolore. Elle est incontinente.
Les urines sont troubles, la leuco estérase est positive 2+ avec une leucocyturie à
53/mm3, les nitrites et le sang sont négatifs et il y a présence de protéines. La culture
retrouve un Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml. La patiente est mise sous traitement
céftriaxone (Rocéphine®) 1g par jour pendant huit jours.
Episode n°2 : en mai 2008, un nouvel ECBU est réalisé devant des urines à odeur
forte très troubles en fin de miction. La patiente est apyrétique et on ne peut pas
savoir si elle ressent des brulures mictionnelles étant donné son niveau de
conscience.
La culture retrouve un Aerococcus « viridans » à 10p8 UFC/ml. La leuco estérase est
positive 3+ avec 146 leucocytes/mm3, les nitrites le sang et les protéines sont
positifs. La patiente est traitée par furantoïne (furadantine®) pendant dix jours.
Episode n°3 : en aout de la même année, la patiente présente à nouveau des
épisodes d’urines troubles, malodorantes, avec des bandelettes urinaires positives
pour la leucoestérase. La patiente est apyrétique et non plaintive. On réalise un
nouvel ECBU : les urines sont troubles et Aerococcus urinae à 10p8 UFC/ml est
identifié. La leuco estérase est positive 3+ avec des leucocytes à 3427/mm3, les
protéines et le sang sont positifs, les nitrites sont négatifs. Mme B. est à nouveau
traitée par furantoïne pendant dix jours.
Episode n°4 : au début du mois d’octobre, une bandelette urinaire réalisée au lit
du patient révèle une leucoestérase positive et un ECBU est réalisé. La patiente est
apyrétique et non plaintive. A l’ECBU, on retrouve des urines troubles et la culture
permet l’isolement et l’identification de Citrobacter freundii et Aerococcus sp à 10p6
90
UFC/ml que le CNR-Strep identifiera Aerococcus sanguinicola par séquençage du

gène codant pour la SodA.
La patiente est mise sous amoxicilline pendant deux jours puis furantoïne deux
comprimés trois fois par jour pendant quinze jours.
Au total chez cette patiente, trois espèces d’Aerococcus ont été identifiées sur
quatre ECBU successifs en sept mois, associées ou non à d’autres bactéries.
2
1
3
4
Figure 22 : Aerococcus urinae culture primaire sur gélose chromogène Orient BD (1) et GS (2), et
réisolement sur GS CO2 (3) et (4), cas n°3 épisode n°1
Mr B., 84 ans, est admis dans le service de neurologie le 6 octobre 2009 pour
troubles du comportement avec inversion du rythme du sommeil, troubles du
comportement alimentaire et incontinence urinaire. Il est suivi dans le service pour
démence frontale. On ne retrouve pas de foyer infectieux clinique à son entrée.
On note dans ses antécédents un adénocarcinome prostatique traité en 1990 par
prostatectomie radicale et radiothérapie. Puis une castration hormonale pour
élévation secondaire du PSA, arrêtée en 2005.
Il est également porteur d’une gammapathie monoclonale connue.
91
Au cours de son hospitalisation, les neuroleptiques ont du être intensifiés,

favorisant la rétention aigue d’urines et nécessitant un sondage à demeure du patient.
Le patient s’arrache la sonde urinaire à plusieurs reprises pendant
l’hospitalisation.
Le 27 novembre, un ECBU est réalisé. Le patient est toujours porteur de la sonde
à ce moment là.
Les urines sont claires, la leuco estérase est positive 3+ avec des leucocytes à
518/mm3, les protéines et le sang sont positifs et les nitrites sont négatifs. La culture
met en évidence Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml. Le CNR-Strep confirme cette
identification.
Nous ne disposons pas d’informations concernant la mise en place d’une
antibiothérapie et la réalisation d’un ECBU de contrôle.
Figure 23 : Culture primaire sur CPS bioMérieux à 4 jours (en haut) et réisolement des colonies
viridans sur GS CO2 à 24h (en bas), cas n°4
92
Mme C., 83 ans, est admise le 23 aout 2008 pour chute avec fracture de la
clavicule gauche, puis est transférée dans le service de psychiatrie.
Ses antécédents comprennent de nombreuses chutes et malaises vagaux, un kyste de
l’ovaire gauche, une mycose vulvaire et des micro-calculs vésicaux.
Du point de vue urologique, on note des infections urinaires à répétition, des
antécédents de cystite et une rétention urinaire sous psychotropes.
En septembre 2008, elle présente des brulures urinaires et un méat urinaire
enflammé. La bandelette urinaire réalisée est positive pour la présence de sang et de
leucoestérase, la leucocyturie est de 2326/mm3. Un ECBU est donc réalisé et permet
d’identifier un Aerococcus urinae à 10p6 UFC/ml associé à un Staphylococcus
haemolyticus. Le CNR-Strep confirme cette identification.
La patiente sera traitée par ofloxacine (Oflocet®), à une posologie et pour une
durée qu’il ne nous a pas été possible de retrouver dans le dossier. A noter que celle
ci avait été traitée par furantoine le mois précédent cet épisode.
On retrouve dans le dossier clinique la notion d’une bandelette urinaire positive
en octobre 2008 suite à laquelle un ECBU est réalisé et la patiente traitée par
furantoïne. Il n’a pas été possible de retrouver les résultats de cet ECBU.
Mme C., 63 ans, est admise le 13 février 2009 au SAU pour intoxication
médicamenteuse volontaire par bromazépam (léxomil®) (trois boites ingérées), puis
transférée dans le service de psychiatrie de l’hôpital.
A son entrée elle est consciente mais somnolente, apyrétique et se plaint de
brûlures mictionnelles. Une bandelette urinaire est donc réalisée, positive pour la
leucoéstérase, et un ECBU prélevé. Les urines ont une odeur forte.
Elle n’a pas d’antécédents particuliers : obésité, hypertension artérielle traitée,
insuffisance veineuse des membres inférieurs et hypothyroïdie.
L’ECBU retrouve une leucocyturie à 16/mm3, avec une leuco estérase positive
2+ et des nitrites positifs. La culture met en évidence Aerococcus urinae à 10p6
UFC/ml associé à un Entérocoque. Le CNR-Strep confirme cette identification.
93
La patiente est mise sous furantoïne 50mg trois fois par jour pendant dix jours.
Elle est transférée par la suite dans un centre spécialisé, il n’a donc pas été
possible de retrouver la trace d’un ECBU de contrôle.
Mme C., 81 ans, est admise à l’UHCD le 8 janvier 2007 pour état de mal
convulsif. La patiente est incontinente totale, elle n’est pas insuffisante rénale et on
ne note pas de globe vésical. Pas d’antécédents notables.
Elle est transférée en neurologie et le lendemain, elle est fébrile à 38,5°. Une
bandelette urinaire est donc réalisée dans le service, et devant la positivité, un ECBU
est prélevé.
Celui-ci met en évidence un Aerococcus viridans en culture pure à 10p9 UFC/ml,
une leucocyturie à 600/mm3, une leco estérase positive 1+ ainsi que des protéines et
du sang.
La patiente est traitée par furantoïne 50mg trois fois par jour pendant six jours.
Durant une nouvelle hospitalisation la première quinzaine de février, une
infection urinaire basse à Escherichia coli est diagnostiquée et sera traitée par
ofloxacine (Oflocet®) 200mg 2 fois par jour pendant 8 jours.
94
Figure 24 : Comparaison des cultures primaires d’Aerococcus viridans obtenues sur 3 milieux
chromogènes de fabricants différents : CPS bioMérieux (haut), Orient BD (milieu) et UTI Oxoid
(bas), culture directe urines 24h, cas n°7
Mme D., 92 ans, est admise le 26 février 2001 dans le service de chirurgie
orthopédique et traumatologie pour suspicion de fracture de la hanche gauche, deux
jours après une chute de son lit.
A son entrée, la patiente est apyrétique et une sonde est mise en place car elle est
incontinente. Elle souffre également d’un diabète non insulinodépendant mal
équilibré. Dans ces antécédents, on note une suspicion d’angiomyolipome
centromérique rénal droit en 1996.
95
La bandelette urinaire réalisée dans le service est positive et un ECBU sur urines
par sondage est donc réalisé. La leucocyturie est à 140/mm3, avec une leuco estérase
positive 1+, la recherche de sang, de protéines et de nitrites est négative. On retrouve
une culture pure d’Aerococcus urinae à 10p6 UFC/ml et le CNR-Strep confirme
cette identification.
La patiente est mise sous cotrimoxazole (Bactrim fort®) du 2 au 7 mars 2001.
Elle sort du service le 4 mars et on ne retrouve donc pas dans son dossier
d’ECBU de contrôle, ce qui aurait été intéressant car Aerococcus urinae est une
espèce résistante au cotrimoxazole.
1 2
Figure 25 : Aerococcus urinae réisolement sur GS CO2 à 24h (1) et 48h (2) cas n°8
Mme D., 98 ans, est admise en juin 2002 à l’EHPAD pour perte d’autonomie,
service dans lequel elle est toujours hospitalisée en 2007, au moment de la réalisation
de l’ECBU. On note dans ses antécédents médicaux une lithiase vésiculaire, une
néoplasie colique opéré il y a une quinzaine d’années (patiente porteuse d’une sonde
rectale) et une insuffisance rénale.
En juillet 2007, la patiente étant fébrile à 38,6°C, on réalise une bandelette
urinaire qui se révèle positive 1+ à la leuco estérase. Un ECBU est donc réalisé le 25
96
juillet et il retrouve une leucocyturie à 140000/mm3, 4000 hématies /mm3, la

recherche de protéines et de sang et positive et les nitrites négatifs. La culture
retrouve Proteus mirabilis à 10p6 UFC/ml, Aerococcus viridans à 10p8 UFC/ml et
Aerococcus urinae à 10p8 UFC/ml.
Les deux souches sont envoyées au CNR-Strep qui confirme l’identification
d’Aerococcus urinae mais associé avec Aerococcus sanguinicola.
La patiente sera traitée par amoxicilline-acide clavulanique (Augmentin®) 1g
x3/j du 2 au 13 aout 2007.
Aucun ECBU de contrôle ne sera réalisé.
1 2
Figure 26 : Différences observées à la coloration de gram (Gx100) entre Aerococcus sanguinicola (1)
et Aerococcus urinae (2), réisolement sur GS CO2 48h, cas n°9
1 2
Figure 27 : Aerococcus sanguinicola réisolement surGS CO2 24h (1) et 48h (2), cas n°9
97
1 2
Figure 28 : Aerococcus urinae réisolement sur GS CO2 24h (1) et 48h (2), cas n°9
Mme D., 93 ans, est hospitalisée le 28 mai 2009 en unité de gériatrie aigue pour
décompensation d’un syndrome démentiel avec troubles du comportement, associant
un syndrome anxieux, des troubles productifs à type d’idées délirantes et de
persécution, et une agressivité.
A l’entrée, la patiente est apyrétique, on ne retrouve pas de syndrome
inflammatoire ou infectieux. L’examen clinique retrouve une diminution du
murmure vésiculaire et une ulcération au niveau du membre inférieur gauche. Les
bruites du cœur sont réguliers.
La patiente souffre d’une insuffisance rénale avec un débit de filtration glomérulaire
estimé à 43 ml/minute.
Ses antécédents sont marqués par une coxarthrose droite, une hypertension
artérielle et surtout des infections urinaires récidivantes.
Le 31 mai, la bandelette urinaire réalisée dans le service se révèle positive pour la
leucocyte estérase et un ECBU est donc prélevé.
Les urines sont troubles, la leucocyturie est à 676/mm3 et l’hématurie à 31/mm3, la
recherche de sang, de protéines et de nitrites est négative. La culture met en évidence
un Aerococcus urinae à 10p5 UFC/ml en culture pure. Cette identification est
confirmée par le CNR-Strep.
98
Les gériatres concluent à une bactériurie asymptomatique et décident de ne pas

mettre de traitement antibiotique. De même, aucun ECBU de contrôle n’est réalisé.
Mme E., 100 ans, est hospitalisée dans le service de long séjour en avril 2002 car
elle est devenue inadaptée à sa structure d’accueil précédente, avec une très forte
dépendance et des troubles du comportement qui s’accentuent (service dans lequel
elle restera hospitalisée jusqu’à son décès).
On retrouve dans ses antécédents la pose d’un stimulateur cardiaque en 1998,
l’existence d’un syndrome démentiel avec dépendance totale et un AVC ischémique
en 2002. La patiente est incontinente.
Le 09 avril 2002, une sonde à demeure est mise en place. Le 18, un ECBU est
réalisé pour contrôle d’une bandelette urinaire positive pour la leuco estérase réalisée
dans le service. La patiente est alors apyrétique.
Les urines sont troubles, la leucocyturie est à 120/mm3, l’hématurie à 30/mm3, la
recherche de sang est positive, celle de protéines et nitrites est négative. La culture
retrouve un Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml. Le CNR-Strep confirmera cette
identification.
La patiente étant apyrétique, les gériatres décident de ne pas la traiter et aucun
ECBU de contrôle ne sera réalisé.
Mme E., 84 ans, est hospitalisée le 9 janvier 2007 dans le service de médecine de
l’hôpital de Gourdon, pour anoxie.
On retrouve dans ses antécédents l’existence d’une BPCO, d’une maladie
thromboembolique veineuse, d’une diverticulose colique et la notion d’infections
urinaires à répétition. La patiente restera toujours apyrétique.
Le 14 janvier, la patiente se plaint de douleurs à la vessie mais sans brulures. Un
ECBU est donc prélevé.
99
L’aspect des urines est trouble, la leuco estérase est positive 1+ avec une
leucocyturie >1000/mm3 et une recherche de sang et de protéines positive. La culture
retrouve Gardnerella vaginalis à 10p8 UFC/ml associé à Aerococcus urinae à 10p6
UFC/ml.
La souche est envoyée au CNR-Strep qui confirme cette identification.
La patiente est mise sous ofloxacine (Oflocet®) 200mg le 17 janvier à une
posologie et pour une durée non indiquée dans le dossier.
1 2
Figure 29 : Gardnerella vaginalis et Aerococcus urinae cultures primaires depuis urines surCPS CO2
48h (1) et GS CO2 48h (2), cas n°12
1 2
Figure 30 : Aerococcus urinae réisolement sur GS CO2 à 24h (1) et 48h (2), cas n°12
100
Mr F., 82 ans, est hospitalisé le 18 décembre 2008 au SAU du centre hospitalier

de Cahors pour bradycardie à 40 battements par minute. A l’admission l’état général
est bon. Le patient est insuffisant rénal avec un débit de filtration glomérulaire de
32ml/min, il est apyrétique.
On note dans ses antécédents un syndrome sub-occlusif avec hypertension
artérielle, un dyslipémie et une hyper uricémie.
Le patient est transféré en cardiologie pour mise en place d’un stimulateur
cardiaque puis en rhumatologie pour tassement vertébral L3L4 suite à une chute au
moment de la mise en place du stimulateur.
Le 2 janvier 2009, le patient est apyrétique mais la bandelette urinaire réalisée est
positive pour la leuco estérase. Un ECBU est donc réalisé ce même jour.
Les urines sont troubles, la leuco estérase est positive 3+ avec une leucocyturie à
12756/mm3, la recherche de sang est positive, celle de protéines et de nitrites
négative. La culture identifie Aerococcus urinae à 10p8 UFC/ml associé à un
Enterococcus faecalis à 10p7 UFC/ml. Le CNR-Strep confirme cette identification.
Devant l’absence de signes cliniques locaux et généraux, les rhumatologues
décident l’abstention thérapeutique. Le patient sort du service et il ne sera donc pas
possible de savoir si un ECBU de contrôle est réalisé.
Cette observation est la seule réalisée chez un enfant dans notre étude.
L’enfant F., 2 ans, de sexe masculin, est admis en pédiatrie le 7 février 2009 pour
gastroentérite aigue et rhinopharyngite fébrile (T 38.5°C). On note également chez
lui des adénopathies, une hépato-splénomégalie et un eczéma. Cet enfant est sujet
aux infections ORL à répétition. L’écouvillon nasal réalisé pour recherche de grippe
le 9 février est positif pour la grippe A.
Un ECBU est réalisé, au niveau du collecteur d’urines.
Les urines sont troubles, avec une leucocyturie à 61/mm3, la leuco estérase et la
recherche de nitrites, sang et protéines est négative. La culture retrouve Aerococcus
urinae à 10p6 UFC/ml en culture pure. Le CNR-Strep confirme cette identification.
101
Aucune antibiothérapie n’est débutée pour cet épisode d’hyperthermie prolongée

mal tolérée dans un cadre de syndrome grippal.
Les ECBU de contrôle réalisés le 9 et le 25 février sont négatifs en cytologie et
en culture.
Mr J., 77 ans, est admis le 17 juin 2009 en chirurgie urologique pour résection
trans-urétrale de la prostate.
On note dans ses antécédents urologiques une rétention chronique d’urine sur
prostate obstructive et sténose du col, avec infections urinaires à répétition et
existence d’un résidu post mictionnel très important.
Il est apyrétique le jour de son admission (fièvre à 39.8° le lendemain de
l’intervention).
Un ECBU est prélevé la veille de son intervention.
Les urines sont hémorragiques, la leuco estérase est positive 3+, la leucocyturie est à
53911/mm3, l’hématurie à 9980/mm3, les recherches de protéines et sang sont
positives. La culture retrouve Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml en culture pure,
identification confirmée par le CNR-Strep.
En post opératoire, le patient bénéficie d’un traitement par ofloxacine (Oflocet®)
et amoxicilline-acide clavulanique (Augmentin®) (posologie et durée inconnue).
L’ECBU sous traitement du 22 juin 2009 est négatif en culture mais positif en
cytologie (194 leucocytes/mm3 et 60 hématies/mm3).
Mme J., 94 ans, est admise le 26 juin 2004 en chirurgie à l’hôpital de Gourdon
pour fécalome. La patiente est apyrétique. Elle souffre de démence de type
Alzheimer et est incontinente.
On retrouve dans ces antécédents de nombreuses infections urinaires à Escherichia
coli.
102
La bandelette urinaire réalisée dans le bilan standard d’entrée est positive pour la
leucoéstérase. Un ECBU est donc réalisé le 26 juin. Les urines sont troubles, la leuco
estérase positive 1+, la leucocyturie à 280/mm3, l’hématurie à 80/mm3, la recherche
de sang et de protéines positive. La culture isole Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml
associé à Streptococcus anginosus à 10p7 UFC/ml. Le CNR-Strep confirme cette
identification.
Aucune antibiothérapie n’est débutée chez cette patiente et nous ne retrouvons
pas la notion de contrôle de cet ECBU.
1 2
Figure 31 : Aerococcus urinae réisolement sur GS CO2 à 24h (1) et 48h (2), cas n°16
Mme J., 78 ans, est admise le 21 juillet 2004 dans le service Long Séjour de
l’hôpital de Cahors pour troubles du comportement et perte d’autonomie. A l’entrée,
la patiente est apyrétique.
On note dans ses antécédents une néphrectomie gauche sur néoplasie, une
hystérectomie sur cancer de l’utérus, des ulcères variqueux et une démence
dégénérative.
En 2005, une échographie abdominale montre une hypotonie au niveau du rein
droit sans dilatation.
Le 12 septembre 2006, une bandelette urinaire réalisée dans le service montre
une positivité à la leuco estérase 3+ et aux nitrites. Un ECBU est réalisé le 12 et la
103
patiente est mise sous ofloxacine (Oflocet®) pendant deux jours puis cotrimoxazole
(Bactrim®) pendant huit jours. L’ECBU de contrôle réalisé le 28 septembre est
négatif en culture.
Le 2 novembre 2006, la patiente, apyrétique, se plaint de douleurs au niveau de la
fosse lombaire.
Une bandelette urinaire est réalisée dans le service et un ECBU est prélevé. Les
urines sont troubles, la leuco estérase est positive 1+, la leucocyturie est à
10000/mm3 et la recherche de sang est positive (traces de protéines). La culture
retrouve Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml en culture pure, identification confirmée
par le CNR-Strep.
La patiente est traitée par céftriaxone (Rocéphine®) du 3 au 10 novembre 2006
(posologie inconnue).
1 2
Figure 32 : Culture primaire des urines sur CPS à 24h (1) et ré isolement d’Aerococcus urinae sur
GS à 24h (2), cas n°17
Mr L., 97 ans, est admis le 21 juin 2001 dans le service de chirurgie de Gourdon
pour déshydratation et suspicion de rétention aigue d’urine. A l’entrée, le patient est
apyrétique.
104
On retrouve dans ses antécédents urologiques la notion d’un adénocarcinome de

la prostate diagnostiqué en 1987, opéré puis mise en place d’un blocage complet par
nilutamide (Anandron®) puis estramustine (Estracyt®).
En 1996 il subit une résection endoscopique de la prostate dont la mauvaise
cicatrisation conduira à la mise en évidence en 1998 d’un regorgement lié à la
sclérose du col vésical (avec dysurie et incontinence nocturne). Cette sclérose sera
opérée fin 2000.
En avril 2001, une échographie abdominopelvienne révèle une dilatation
bilatérale des cavités pyélocaliciennes avec syndrome obstructif mécanique
chronique.
Le 21 juin 2001, on note un échappement thérapeutique du cancer prostatique, il
a des difficultés à uriner, sans globe vésical. Les urines sont épaisses et
nauséabondes. Une bandelette urinaire réalisée dans le service est positive 3+ pour la
leuco estérase et un ECBU est donc prélevé. La leuco estérase et la recherche de
sang et de protéines sont positifs. La leucocyturie est de 1050/mm3 et l’hématurie de
20/mm3. La culture retrouve Aerococcus « viridans » à 10p6 UFC/ml en culture
pure. La souche n’a pas été conservée et donc pas pu être envoyée au CNR-Strep
pour confirmation.
Le patient est mis sous ofloxacine (Oflocet®) 200mg IV deux fois par jour le 22
juin puis relais oral à la même posologie jusqu’au 30 juin.
Mr L., 67 ans, est admis en consultation préopératoire le 15 septembre 2008 en

vue d’une résection trans urétérale de la prostate.
Le patient souffre d’un syndrome Parkinsonien. Il est porteur d’une sonde urinaire à
demeure, posée en juillet 2008 pour globe vésical.
En vue de l’intervention, on prélève un ECBU. Les urines sont légèrement
troubles, la leuco estérase est positive 3+, la recherche de protéines et de sang est
positive. La leucocyturie est à 42/mm3 et l’hématurie à 34/mm3. La culture retrouve
Aerococcus urinae à 10p8 UFC/ml et Enterococcus sp. à 10p4 UFC/ml. Le CNR-
Strep confirme cette identification.
105
Le patient est mis dès la consultation préopératoire sous antibioprophylaxie

ofloxacine (Oflocet®) 200mg deux fois par jour à partir du 16 septembre et jusqu’à
l’intervention du 24.
A noter la récidive de la rétention d’urines avec vessie de lutte suite à l’opération.
On ne retrouve pas la notion d’ECBU de contrôle en post opératoire.
Mme L., 83 ans, est admise le 24 mars 2009 en chirurgie vasculaire pour
angioplastie/recanalisation. A l’entrée on note une ischémie bilatérale des membres
inférieurs, un mal perforant du pied droit et un ulcère du talon gauche. Elle souffre
d’hypertension artérielle, de surpoids et d’un diabète insulinodépendant.
L’intervention a lieu le 26 mars 2009. Au cours de celle-ci est réalisée
l’amputation du séquestre osseux du 5ème rayon du pied droit, responsable de l’ulcère
latéral externe et du mal perforant plantaire.
Le prélèvement est envoyé au laboratoire de microbiologie et la culture de celui-
ci retrouve de rares Proteus mirabilis, quelques Staphylococcus simulans, quelques
Aerococcus sp et de rares Streptococcus dysgalactiae spp equisimilis groupe C.
La souche est envoyée au CNR-Strep qui identifie Aerococcus viridans.
La patiente reçoit une injection de clindamycine (Dalacine®) 600mg IV le 25
mars puis est traitée par ofloxacine (Oflocet®) 200mg deux fois par jour du 27 au 30
mars, clindamycine 600mg per os deux fois par jour à partir du 27 mars et pour une
durée de trois mois et par moxifloxacine (Izilox®) 400mg par jour à partir du 31
mars et pour une durée de trois mois. Les suites opératoires ont simples et l’évolution
de la plaie est favorable (pansement propre, pas de saignements).
Mme L., 97 ans, est admise à l’EHPAD. Il est très difficile de retrouver des
informations cliniques dans son dossier. On sait que cette patiente est atteinte de
démence de type Alzheimer et qu’elle est incontinente.
106
Le 25 juillet 2008, un ECBU est prélevé. Les urines sont troubles, la leuco
estérase et la recherche de nitrites sont positives, on note des traces de sang et de
protéines. La leucocyturie est à 1100/mm3 et l’hématurie à 20/mm3.
La culture retrouve Aerococcus urinae à 10p7 UFC/ml, identification confirmée par
le CNR-Strep, associé à Escherichia coli à 10p7 UFC/ml.
La mise en place d’un traitement n’est pas retrouvée dans le dossier.
1 2 3
Figure 33 : Aerococcus urinae, ré isolement sur GS CO2 à 24h (1) 48h (2) et 72h (3), cas n°21
Mme M., 97 ans, est admise dans le service de chirurgie de l’hôpital de Gourdon
le 29 mars 2003 pour chute accidentelle avec fracture de la diaphyse fémorale droite.
A son entrée la patiente est pâle, algique et apyrétique. Elle souffre d’une
hypertension artérielle modérée.
Un ECBU est réalisé à l’entrée.
Les urines sont troubles, la leuco estérase et la recherche de sang et de protéines sont
négatives. La leucocyturie est à 390/mm3 et l’hématurie à 23000/mm3. La culture
retrouve Aerococcus urinae à 10p8 UFC/ml, identification confirmée par le CNR-
Strep.
La patiente ne sera pas traitée pour cet épisode.
107
1 2 3
Figure 34 : Aerococcus urinae, ré isolement sur GS CO2 à 24h (1) 48h (2) et 72h (3), cas n°22
Mme M., 94 ans, est admise dans le service de soins de suite et réadaptation.
Le dossier clinique concernant la période d’hospitalisation nous concernant n’est pas
consultable, le recueil de données est donc impossible.
Cette patiente est connue pour être porteuse de BMR urinaire : isolement à
plusieurs reprises (mai et aout 2008) d’un Escherichia coli ayant une résistance
acquise à quatre familles d’antibiotiques.
Le 22 octobre 2008, un ECBU est réalisé. Les urines sont troubles, la leuco
estérase est positive 1+, la recherche de sang, de protéine et de nitrites est négative.
La leucocyturie est à 156/mm3. La culture met en évidence Aerococcus « viridans » à
10p6 UFC/ml associé à Escherichia coli (souche sensible) à 10p3 UFC/ml. Le CNR-
Strep ré identifie l’Aerococcus en Aerococcus sanguinicola alors que l’identification
réalisée en routine au laboratoire de Cahors à deux reprises sur automate Vitek2
(bioMérieux) avait donné pour cette première identification un niveau de fiabilité
« très bon » et « excellent ».
La mise en place d’un traitement n’est pas retrouvée dans le dossier.
108
Episode n°1 : Mr M., 89 ans, est admis le 12 mars 2008 au SAU de l’hôpital de
Cahors pour broncho-pneumopathie et syndrome confusionnel. A son entrée il est
fébrile à 40°C et son osculation révèle des ronchies de la base droite avec quelques
sous crépitants bilatéraux au niveau des bases. Il n’est pas retrouvé de signes
fonctionnels urinaires.
Ses antécédents montrent des infections urinaires à répétition avec des bactéries
de plus en plus résistantes et une cholécystite aigue lithiasique et une
cholécystectomie en 2003.
Ce 12 mars, on réalise un ECBU, un examen cytobactériologique des crachats
(ECBC) et deux jeux d’hémocultures chez ce patient.
Les urines, obtenues par sondage, sont claires, la leuco estérase est positive 3+ ainsi
que la recherche de protéines et de sang. La leucocyturie est à 1239/mm3 et
l’hématurie à 52/mm3. La culture met en évidence Aerococcus urinae à 10p7
UFC/ml et Proteus mirabilis à 10p2 UFC/ml.
Cet Aerococcus urinae (même profil de résistance) est retrouvé au niveau des
quatre flacons d’hémocultures prélevés (deux aérobies et deux anaérobies). On peut
remarquer que la culture des flacons anaérobies se positive plus rapidement que celle
des flacons aérobies. Le CNR-Strep confirme l’identification de l’Aerococcus isolé
des hémocultures.
L’ECBC est non contributif.
Le patient sera traité pour sa broncho-pneumopathie principalement par
amoxicilline (Clamoxyl®) 2g trois fois par jour et ofloxacine (Oflocet®) 200mg
pendant dix jours.
Episode n°2 : en octobre de la même année, le patient est hospitalisé dans l’unité
des maladies infectieuses et tropicales pour bilan d’hyperthermie avec suspicion
d’infection urinaire. A l’admission le patient dit ne pas avoir de problèmes pour
uriner mais il existe un doute sur un globe vésical, les urines ramenées par sondage
itératif sont foncées et nauséabondes. Le patient est conscient, désorienté avec une
toux irritative. A noter que le patient est traité par fluoxétine (Prozac®).
109
L’échographie rénale réalisée montre une structure normale avec absence de

résidu post mictionnel ou de lésion sur l’arbre urinaire.
Des hémocultures sont réalisées et un ECBU prélevé.
Les urines sont troubles, la leuco estérase est positive 3+, la recherche de sang et de
protéines est positive. Il existe une leucocyturie à 3283/mm3 et une hématurie à
97/mm3. La culture retrouve Aerococcus urinae à 10p6 UFC/ml, Pseudomonas
aeruginosa à 10p4 UFC/ml et Enterococcus sp. à 10p4 UFC/ml. Le CNR-Strep
confirme l’identification d’Aerococcus urinae.
Les hémocultures restent négatives.
Le patient a été mis dès son admission sous pipéracilline-tazobactam
(Tazocilline®) 4g trois fois par jour pendant cinq jours. Puis ce traitement est
modifié par ceftazidime (Fortum®) 4g IV sur 24h en 2 fois et amoxicilline
(Clamoxyl®) 1g per os trois fois par jour pendant quatre semaines.
Le patient sort du service le 31 octobre 2008 et il est préconisé à l’équipe de sa
structure d’accueil de réaliser un ECBU 10 à 12 jours après l’arrêt du traitement,
ECBU dont nous ne savons pas si il a été réalisé.
1 2 3
Figure 35 : Aerococcus urinae ré isolement sur GS CO2 à 24h (1) 48h (2) et 72h (3), cas n°24
110
Mme P., 78 ans est résidente à l’EHPAD. On retrouve très peu d’informations
dans son dossier clinique, on sait seulement qu’elle est incontinente et souffre d’un
syndrome Parkinsonien, d’un ralentissement psychique et d’un syndrome anxio-
dépressif.
On note dans ses antécédents l’existence de colites, de polypes intestinaux, d’une
sténose hépatique et d’une cholécystectomie.
Le 21 octobre 2008, un ECBU est réalisé. Les urines sont troubles, la leuco
estérase est positive 1+, la recherche de sang, protéines et nitrites est négative. La
leucocyturie est à 100/mm3. La culture retrouve Aerococcus sp. à 10p5 UFC/ml en
culture pure, que le CNR-Strep identifie par Aerococcus sanguinicola.
La patiente est mise sous antibiothérapie, sans que nous ne puissions retrouver
l’antibiotique utilisé, sa posologie et la durée du traitement.
Un ECBU de contrôle est réalisé le 23 décembre 2008 : les urines sont claires,
seule la leuco estérase est positive 1+. Il n’y a pas de leucocyturie et la culture est
négative.
Mr R., 89 ans, est admis le 11 février 2008 au SAU du centre hospitalier de

Cahors pour hématuries macroscopiques d’aggravation récente. A son entrée, il est
apyrétique, avec altération de l’état général, pâleur et tremblements. Il souffre de
pollakiurie et d’une insuffisance rénale aigue obstructive avec rétention aigue
d’urine.
On retrouve dans ses antécédents une prostatectomie radicale pour
adénocarcinome de la prostate avec radiothérapie puis mise en place d’une
hormonothérapie en 1999 pour récidive. En 2007, une tumeur infiltrante de la vessie
est mise en évidence.
Devant l’impossibilité du patient à uriner le jour de son entrée aux urgences, une
échographie abdominale est réalisée et met en évidence une vessie pleine.
En soirée, une miction spontanée à lieu et un ECBU est donc réalisé. Les urines sont
hémorragiques, la leuco estérase est positive 3+, la recherche de sang et de protéines
111
est positive. On retrouve 1405 leucocytes/mm3 et 115349 hématies/mm3. La culture

met en évidence Aerococcus « urinae » à 10p8 UFC/ml, Corynebacterium striatum à
10p8 UFC/ml, Staphylococcus warneri à 10p3 UFC/ml et Staphylococcus simulans à
10p3 UFC/ml.
La souche n’ayant pas été conservée elle n’a pu être envoyée pour confirmation
d’identification.
Le patient rentre à son domicile le soir même. Il sera réhospitalisé le 26 février
2008 pour insuffisance rénale sévère (créatinine 1308,32 µmol/l) puis transféré dans
le service d’urologie du CHU de Rangueil pour néphrostomie d’urgence.
Mr V., 94 ans, est admis dans le service de neurologie le 4 juin 2001 pour
suspicion l’accident ischémique transitoire. A son entrée, le patient est fébrile à
39,1°C, confus, avec une paralysie faciale, une apraxie et une ataxie. Le patient est
également incontinent et se plaint de brulures mictionnelles. La bandelette urinaire
réalisée est positive pour la leucocyte estérase mais l’ECBU ne peut pas être réalisé
car le patient a uriné dans sa couche.
Une hémoculture est réalisée le 4 juin car le patient est secoué de tremblements et
l’ECBU sera finalement prélevé le 5 juin, le traitement par ceftriaxone (Oroken®)
étant débuté le même jour.
Le flacon d’hémoculture permet la mise en évidence d’Aerococcus urinae. L’ancien
CNR (Hôtel Dieu Paris) confirme cette identification par séquençage du gène codant
l’ARNr 16S.
Les urines sont troubles, la leuco estérase est positive 1+ et la recherche de sang et de
protéines est positive. On retrouve 170 leucocytes/mm3 et 120 hématies/mm3. La
culture retrouve Streptococcus agalactiae à 10p6 UFC/ml.
Le patient est traité pour sa « pyélonéphrite à Streptocoque » (sic) par ceftriaxone
(Rocéphine®) 1g par jour du 5 au 12 juin associé deux injections de gentamicine
250mg le 6 juin et à 2 jours de furantoïne le 7 et 8 juin, puis relais par cefixime
(Oroken®) 200mg deux fois par jour à partir du 13.
112
L’évolution sur le plan urinaire et respiratoire (le patient décompense une

broncho-pneumopathie chronique obstructive) et favorable et le patient rentre chez
lui le 19 juin.
1 2 3
Figure 36 : Aerococcus urinae ré isolement sur GS CO2 à 24h (1) 48h (2) et 72h (3), cas n°27
Mme V.D., 89 ans, est admise le 20 septembre 2006 dans le service de

neurologie du centre hospitalier de Cahors pour chute dans son jardin, la patiente
étant restée étendue toute la nuit sur le dos. A son entrée, la patiente est apyrétique.
Elle souffre d’un syndrome confusionnel avec désorientation spatio-temporelle et
d’une hypertension artérielle avec surcharge pondérale.
Elle est incontinente et est atteinte d’une insuffisance rénale modérée.
Le 22 septembre, une bandelette urinaire est réalisée : elle est positive 3+ pour la
leucocyte estérase et un ECBU est donc réalisé. Les urines sont troubles, la leuco
estérase est positive 1+, la recherche de sang, de protéines et de nitrites est négative.
On retrouve 300 leucocytes/mm3 et 30 hématies/mm3. La culture retrouve
Aerococcus « urinae » à 10p7 UFC/ml associé à Proteus mirabilis à 10p4 UFC/ml.
La souche n’a pas été conservée et n’a pu être envoyée au CNR-Strep pour
confirmation.
La patiente n’est pas traitée pour cet épisode.
Le 27 septembre, la patiente a des urines nauséabondes. La bandelette urinaire
est positive 3+ pour la leucocyte estérase et l’ECBU réalisé retrouve le Proteus
mirabilis. Un traitement probabiliste par furantoïne 500mg 6 fois par jour pendant 8
113
jours est débuté et ne sera pas réévalué à la réception des résultats d’identification de
la souche de Proteus mirabilis (résistance naturelle) ni à celle de l’antibiogramme.
La patiente est prise en charge par son fils et retourne à domicile.
Mr V., 70 ans, résident de l’EHPAD, est hospitalisé le 4 mai 2009 au SAU de

l’hôpital de Cahors pour hyperthermie à 38,7°C. On note une altération de l’état
général avec une confusion modérée. Le patient souffre également d’un diabète de
type II.
Dans ses antécédents, on retrouve la notion d’une résection trans-urétérale de la
prostate en 2003 et de la mise en évidence sur un scanner abdominal de calculs
rénaux hilaires et d’un petit kyste cortical du rein droit en 2006.
A son entrée, une bandelette urinaire est réalisée, qui révèle une leucocyturie.
Un ECBU est donc réalisé chez ce patient. On note un léger trouble des urines, la
leuco estérase est positive 2+, la recherche de sang, protéines et nitrites est négative.
On retrouve 271 leucocytes/mm3. La culture retrouve Aerococcus urinae à 10p6
UFC/ml en culture pure. Le CNR-Strep confirme cette identification.
Un traitement probabiliste par amoxicilline-acide clavulanique (Augmentin®) 1g
trois fois par jour est instauré pour une durée de dix jours. Le patient regagne ensuite
son EHPAD.
Figure 37 : Comparaison des pousses d’Aerococcus urinae : culture primaire sur gélose chromogène
Orient (à gauche) et sur GS (à droite), cas n°29
114
PARTIE III
RESULTATS
115
1. DONNEES DEMOGRAPHIQUES DES PATIENTS

INCLUS DANS L’ETUDE
29 patients ont été inclus dans notre étude de cas. Le sexe et les tranches d’âge de
ceux-ci se répartissent ainsi :
Femmes Hommes
<30 ans 0 1
30-50 ans 0 1
51-70 ans 1 2
71-90 ans 8 6
>90ans 8 2
total 17 12
Tableau 26 : Répartition des patients par âge et par sexe
10
nombre de patients
6 Femmes
4 Hommes
0
<30 ans 30-50 ans 51-70 ans 71-90 ans >90ans
Tableau 27 : Histogramme de la répartition par classe d’âge des patients inclus
La moyenne d’âge des patients inclus est de 81,3 ans, le patient le plus jeune
étant un garçon de 2 ans et le plus âgé une femme de 100 ans.
La grande majorité (82,8%) a plus de 70 ans.
isolées
Tableau 28 : Tableau récapitulatif de la démographie des patients classés en fonction des espèces
signes infections
facteurs DFG estimé bactéries (sang)
n° cas sexe age service type plvmt traitement
de risque d'IU MDRD identifiées CRP GB
(mg/l) /mm3
Les différents points de ce tableau seront détaillés dans les chapitres suivants. 3
ep n°2
F 83 long séjour ECBU jet 05/08 3 71 A. "viridans" nd nd OUI
7 F 81 neurologie ECBU jet 0 91 A. "viridans" 3 15540 OUI
18 M 97 chir uro ECBU jet 1 48 A. "viridans" nd nd OUI
20 F 83 chir vasculaire pus profond 1 nd A. viridans 51 6380 non
2 M 39 urgences ECBU jet 1 nd A. urinae nd nd OUI
3 ep n°1 long séjour ECBU jet 02/08 3 71 A. "urinae" nd 5780 OUI
F 83
3 ep n° 3 long séjour ECBU jet 08/08 3 71 A. "urinae" nd nd OUI
4 M 83 neurologie ECBU jet 3 65 A. urinae 10 5410 nd
5 F 83 psychiatrie ECBU jet 1 86 A. urinae nd nd OUI
6 F 63 psychiatrie ECBU jet 1 86 A. urinae <3 4100 OUI
8 F 92 chir ortho ECBU sondage 1 35 A. urinae 59 12390 OUI
10 F 94 long séjour ECBU jet 2 34 A. urinae <3 4190 non
11 F 100 long séjour ECBU sondage 3 54 A. urinae 14 8420 non
12 F 84 médecine ECBU jet 1 45 A. urinae nd nd OUI
13 M 82 rhumatologie ECBU jet 1 28 A. urinae 52 8490 non
116
14 M 2 pédiatrie ECBU jet 0 non applicable A. urinae 29 12090 non
15 M 77 chir uro ECBU jet 2 79 A. urinae 84 10360 OUI
16 F 94 chirurgie ECBU jet 1 57 A. urinae nd nd non
17 F 78 long séjour ECBU jet 2 56 A. urinae nd nd OUI
19 M 67 chir uro ECBU sondage 4 88 A. urinae 17 10650 non
21 F 97 EHPAD ECBU jet 1 52 A. urinae 129 5100 nd
22 F 97 chirurgie ECBU jet 0 70 A. urinae nd nd non
hémoc x2 03/08 1 44 A. urinae 156 12000 OUI
24 ep n°1 urgences hémoc x2 03/08 1 44 A. "urinae" 156 12000 OUI
M 89
ECBU sondage 1 44 A. "urinae" 156 12000 OUI
24 ep n°2 urgences ECBU jet 09/08 1 44 A. urinae 253 24000 OUI
26 M 89 urgences ECBU jet 1 23 A. "urinae" 136 8570 non
27 M 94 neurologie hémoculture 0 nd A. "urinae" 66 9180 non
28 F 89 neurologie ECBU jet 1 54 A. "urinae" 50 9080 non
29 M 70 urgences ECBU jet 1 85 A. urinae 45 16490 OUI
A. urinae
9 F 98 EHPAD ECBU jet 1 60 54 11200 non
A. sanguinicola
1 M 80 long séjour ECBU sondage 2 59 A. sanguinicola 10 7970 OUI
3 ep n°4 F 83 long séjour ECBU jet 10/08 3 71 A. sanguinicola <3 4460 OUI
23 F 94 long séjour ECBU jet NR 35 A. sanguinicola 7 7600 nd
25 F 78 EHPAD ECBU jet 1 62 A. sanguinicola nd nd OUI
117
2. NATURE DES PRELEVEMENTS
On dénombre un total de 38 prélèvements positifs chez ces 29 patients. La nature de

ces prélèvements est la suivante :
Nature des prélèvements

pus profond
ECBU jet ECBU sondage hémoculture
(pied diabétique)
n= 26 n=5 n=5
n=1
A. urinae 20 4 5 0
A. "viridans" 3 0 0 1
A. sanguinicola 4 1 0 0
Tableau 29 : Nature des prélèvements
• Isolats multiples : l’ECBU par jet du cas n°9 retrouve Aerococcus urinae et
Aerococcus sanguinicola en culture, d’où le chiffre de 27 trouvé dans le tableau.
• Isolements multiples :
Une patiente a eu quatre ECBU par jet positifs dans la même année (observation
n°3).
Un patient a eu un ECBU par sondage et quatre flacons d’hémoculture (deux
aérobies et deux anaérobies) prélevés, puis un ECBU par jet 6 mois après
(observation n°24).
Une patiente a eu un prélèvement au niveau du 5ème métatarse du pied droit (pus

profond pied diabétique). C’est le seul isolement d’Aerococcus viridans qui a pu être
confirmé par le CNR-Strep.
118
3. RECAPITULATIF DES BACTERIES ISOLEES ET

IDENTIFICATIONS OBTENUES PAR LES
DIFFERENTS SYSTEMES COMMERCIAUX
Les Aerococci isolés sur les différents prélèvements se répartissent de la façon

suivante :
• 29 isolats d’Aerococcus urinae dont les 21 envoyés ont tous été confirmés par le
CNR-Strep, les autres souches n’ayant pas été conservées, elles n’ont pas pu être
envoyées.
• 4 isolats d’Aerococcus « viridans » dont une seule souche a pu être confirmée par
le CNR-Strep (autres souches non conservées).
• 5 isolats d’Aerococcus sanguinicola, tous identifiés par le CNR-Strep.

Les identifications, obtenues en routine au laboratoire de Cahors pour ces 5
isolats, étaient Aerococcus « viridans ». On peut donc penser que les 3 souches
d’Aerococcus « viridans » non confirmées par le CNR-Strep doivent plutôt être
assimilées à Aerococcus sanguinicola.
par les différents systèmes commerciaux.
Tableau 30 : Récapitulatif des espèces identifiées dans les prélèvements et identifications obtenues
Légende : X : non réalisé
API 20 strep API Rapid ID 32 strep VT2
discrimi-
PATIENT n° cas plvmt identification T % id version identification T % id version identification % id type carte version CNR
nation
AUFFRAY 1 ECBU sondage A. viridans 0,69 99,3 V6.0 A. viridans 0,31 99,8 V2.0 A. viridans 96 excellente IDGP V03.01 A. sanguinicola
AVEZOU 2 ECBU jet X X A. urinae nd nd IDGP V03.01 A. urinae
BASTIDE ECBU jet 02/08 X X A. urinae 99 excellente GPI R04.02 X
ECBU jet 05/08 X X A. viridans nd nd nd nd X
3
ECBU jet 08/08 X X A. urinae nd nd nd nd X
ECBU jet 10/08 A. urinae 0,69 92,1 V7.0 A. viridans 0,32 99,9 V3.0 A. viridans 90 bonne GPI R04.02 A. sanguinicola
BONDAT 4 ECBU jet X X A. urinae nd nd nd nd A. urinae
CATTANT 5 ECBU jet X X A. urinae 99 excellente GPI R04.02 A. urinae
CICCHERO 6 ECBU jet X X A. urinae 96 faible IDGP V03.01 A. urinae
nd : non déterminé
CRAMAN 7 ECBU jet X X A. viridans 90 bonne GPI R04.02 X

S. acidominimus
DELAVAUD 8 ECBU sondage X nr nr V2.0 A. urinae nr faible IDGP V03.01 A. urinae
profil inacceptable
A. urinae 99 excellente GPI R04.02 A. urinae
DESTRAU 9 ECBU jet X X
A. viridans 97 excellente GPI R04.02 A. sanguinicola
DOULCET 10 ECBU jet X X A. urinae 97 excellente IDGP V03.01 A. urinae
S. acidominimus S. acidominimus
EMMANUEL 11 ECBU sondage nr nr V6.0 nr nr V2.0 A. urinae 99 excellente IDGP V03.01 A. urinae
profil inacceptable profil inacceptable
EQUEY 12 ECBU jet X X A. urinae 99 excellente GPI R04.02 A. urinae
nr : non rendu
FERRANT 13 ECBU jet X X A. urinae 99 excellente IDGP V03.01 A. urinae
119
FONTAINE 14 ECBU jet X X A. urinae nd nd nd nd A. urinae
JAPE 15 ECBU jet X X A. urinae nr faible IDGP V03.01 A. urinae
JIMENEZ 16 ECBU jet S. acidominimus 0,68 58 V6.0 S. acidominimus 0,44 83,9 V2.0 A. urinae nr faible IDGP V03.01 A. urinae
JOURDAN 17 ECBU jet S. acidominimus 0,31 83,3 V6.0 X A. urinae 99 excellente GPI R04.02 A. urinae
LABROUSSE 18 ECBU jet A. viridans 0,84 99,7 V6.0 A. viridans 0,43 99,8 V2.0 X X
LANDOIS 19 ECBU sondage X X A. urinae 99 excellente GPI R04.02 A. urinae
LAPORTE M 20 pus prof A. viridans 0,77 99,2 V7.0 A. viridans 0,73 99,9 V3.0 A. viridans 97 excellente IDGP V03.01 A. viridans
LAPORTE O 21 ECBU jet X X A. urinae 33 basse GPI R04.02 A. urinae
S. acidominimus
MALEVILLE 22 ECBU jet S. acidominimus 0,36 99,7 V6.0 nr nr V2.0 A. urinae 97 excellente IDGP V03.01 A. urinae
profil inacceptable
MAURY 23 ECBU jet X X A. viridans 97 excellente GPI R04.02 A. sanguinicola
hémoc x2 03/08 X X A. urinae nd nd nd nd A. urinae
hémoc x2 03/08 X X A. urinae nd nd nd nd X
MORTERA 24
ECBU sond 03/08 X X A. urinae nd nd nd nd X
ECBU jet 09/08 X X A. urinae nd nd nd nd A. urinae
POMICHTER 25 ECBU jet A. urinae 0,76 61,8 V7.0 X A. viridans 88 acceptable GPI R04.02 A. sanguinicola
REGODIAT 26 ECBU jet A. urinae 0,75 99,9 V7.0 X A. urinae 99 excellente GPI R04.02 X
S. acidominimus S. acidominimus
VARGUES 27 hémoc nr nr V6.0 nr nr V2.0 A. urinae 99 excellente IDGP V03.01 A. urinae
profil inacceptable profil inacceptable
VATIER 28 ECBU jet X X A. urinae 95 très bonne GPI R04.02 X
VEROLLEMAN 29 ECBU jet X X A. urinae 97 excellente IDGP V03.01 A. urinae
120
Le VT2, quelle que soit sa version, a correctement identifié les 21 souches

d’Aerococcus urinae dont l’identification a été confirmée par la suite par le CNR-Strep.
Par contre, les galeries API 20strep et RapidID 32strep, dans leurs anciennes versions
respectives, ont identifié Streptococcus acidominimus avec un indice de typicité T faible.
La seule espèce d’Aerococcus viridans confirmée par le CNR-Strep a été
correctement identifiée par les 2 galeries API et le Vitek2 dans leurs dernières versions.
Aerococcus sanguinicola n’appartient à aucune base de données et ne peut donc
être identifié correctement par aucun système commercial. Le problème qui se pose est
que ces systèmes l’identifient en tant que Aerococcus viridans, et on peut donc se
demander ce qu’il en était de toutes les descriptions anciennes d’infections à Aerococcus
viridans.
Tout isolat ou toute souche identifié comme Aerococcus viridans doit donc être
confirmé par envoi de la souche au CNR-Strep et par la réalisation de tests discriminants
les deux espèces.
4. ESPECES IDENTIFIEES DANS LES PRELEVEMENTS

URINAIRES
Dans notre étude de cas, 27 patients atteints d’infection urinaire à Aerococcus ont
été inclus. 31 ECBU ont été réalisés : 26 ECBU avec urines par jet et 5 ECBU avec
urines par sondage.
32 isolats ont été identifiés :
• 24 Aerococcus urinae ont été identifiés, 19 souches ont été envoyées au CNR-
Strep et toutes les identifications ont été confirmées (autres souches non
conservées).
• 3 Aerococcus « viridans » non confirmés par le CNR-Strep.
• 5 Aerococcus sanguinicola, tous confirmés.
121
Nature du prélèvement
ECBU jet ECBU sondage total
A. urinae 20 62,5% 4 12,5% 24 75%
A. "viridans" 3 9,5% 0 0% 3 9%
A. sanguinicola 4 12,5% 1 3% 5 16%
total 27 84,5% 5 15,5% 32
Tableau 31 : Répartition des espèces d’Aerococcus isolées dans les différents prélèvements urinaires
75% des espèces identifiées sont des Aerococcus urinae, 19% des Aerococcus
« viridans » et 16% des Aerococcus sanguinicola.
Aerococcus a été obtenu en culture pure sur 17 prélèvements (55%) et associé à
d’autres bactéries dans 14 cas (45%).
5. SIGNES D’INFECTION URINAIRE RETROUVES CHEZ

LES PATIENTS
Il faut signaler d’emblée la difficulté de ce recueil, l’étude des dossiers étant

rétrospective, les données manquantes ne peuvent pas être confirmées par le clinicien.
signes cliniques Aerococcus culture pure Aerococcus associé

identifiés pas de sonde sonde pas de sonde sonde
fièvre isolée 2 0 2 1
dysurie isolée 1 0 2 2
brulures mictionnelles
0 0 2 0
isolées
fievre + incontinence 1 0 0 0
pas de symptomes 0 0 0 0
pas d'information 10 3 5 0
total 14 3 11 3
Tableau 32 : Signes cliniques d’infection urinaire retrouvés chez les patients de l’étude
122
Parmi les 27 patients atteints d’infection urinaire, un a eu 4 ECBU au total et un

autre 2 ECBU soit 31 prélèvements au total.
Pour les raisons que nous avons vues plus haut, la notion de fièvre était celle la
plus fréquemment notée dans les dossiers
Les renseignements sur une dysurie ou des brulures mictionnelles étaient absents dans
une grande majorité des cas, ce qui explique sans doute l’absence d’association de
symptômes dans notre tableau.
6. FACTEURS FAVORISANTS D’INFECTION URINAIRE

RETROUVES CHEZ CES PATIENTS
Les facteurs favorisants d’infection urinaire ont été recherchés chez les 29
patients.
Nous les avons classés en facteurs systémiques et facteurs locaux.
Ces facteurs sont indiqués dans le tableau 33 suivant.
nombre de
FACTEURS GENERAUX
patients
maladies neurodégénératives 10
traitements favorisants la rétention urinaire 12
traitement antibiotique dans le mois précédent 1
diabète 3
VIH, immunodépression, cancer 0
FACTEURS LOCAUX
sonde à demeure 4
hyperplasie, adénome prostate 3
reflux ureteral ou sténose 5
incontinence 10
PAS DE SIGNES CLINIQUES 1
PAS DE RENSEIGNEMENTS 1
Tableau 33 : Facteurs favorisants d’infection urinaire retrouvés chez les patients de l’étude
123
Quatorze patients ne possèdent qu’un seul facteur de risque, neuf en ont deux, un
en ont trois associés et trois en ont quatre.
Une patiente avait reçu un traitement antibiotique par nitrofurantoïne trois
semaines auparavant.
Il n’a pas été possible de retrouver des facteurs de risque chez un patient de notre
étude car son dossier était peu renseigné.
Parmi les patients, l’incontinence urinaire (10 patients/29 soit 34,5%), l’existence
de maladies neurodégénératives (34,5%) et la prise d’un traitement médicamenteux
favorisant la rétention urinaire (12 patients/29 soit 41,4%) sont les facteurs
prédisposants les plus fréquemment rencontrés.
7. EVALUATION DE LA FONCTION RENALE CHEZ LES

PATIENTS
Le débit de filtration glomérulaire (DFG) est le meilleur indicateur du

fonctionnement rénal. Du fait de la complexité et du coût de la mesure du DFG, des
techniques d’estimation ont été développées.
Deux formules simples permettent d’estimer la fonction rénale à partir de la
créatininémie.
• La formule de Cockcroft et Gault (CG)

Elle estime la clairance de la créatinine et non le DFG.
Elle prend en compte le poids et l’âge du sujet, indépendamment de sa surface
corporelle.
DFG = ((140-âge) x poids)/(0,814x créatininémie en µmol/l) ml/min/1,73m²
124
• La formule issue de l’étude MDRD (Modification of Diet Renal Disease)

Elle prend en compte l’âge, le sexe et l’origine ethnique.
Elle estime directement le DFG indexé sur la surface corporelle.
DFG = 186x (créatininémie en µmol/l / 88,4)-1,154 x âge-0,203 ml/min/1,73m²
A multiplier par 0,742 si la personne est de sexe féminin et 1,21 si elle est
d’origine africaine.
Pour savoir laquelle de ces deux techniques est la meilleure pour évaluer le DFG,
elles ont été comparées à la technique de référence : la clairance de l’inuline.
La formule de Cockcroft et Gault sous estime la fonction rénale du sujet âgé et surestime
la fonction rénale du sujet obèse.
La formule du MDRD estime mieux le DFG chez l’homme et celle de la CG chez la
femme.
La formule du MDRD a une performance prédictive supérieure, en particulier chez le
sujet âgé ou obèse. Enfin, si la fonction rénale est altérée, le DFG est toujours mieux
estimé par la formule du MDRD.
Dans le cadre de notre étude, c’est la formule du MDRD qui a été utilisée pour
estimer la fonction rénale des patients, car il était parfois difficile de retrouver le poids
des patients dans les dossiers, et la formule de CG ne pouvait pas être utilisée.
125
DFG évalué par

créatininémie
n°cas age la formule du MDRD
µmol/l
ml/min/1,73m²
1 113 73 59
2 ND 39 ND
3 72 82 71
4 78 84 65
5 58 82 86
6 61 63 86
7 59 79 91
8 134 84 35
9 81 96 60
10 135 94 34
11 90 93 54
12 107 82 45
13 198 82 28
14 37 2 non applicable
15 82 77 79
16 86 89 57
17 91 75 56
18 130 89 48
19 77 66 88
21 87 96 52
22 72 91 70
23 123 93 35
24 139 88 44
25 78 77 62
26 247 88 23
28 91 86 54
29 64 70 85
Tableau 34 : Evaluation de la fonction rénale des patients ayant eu une infection urinaire à
Aerococcus
L’ANAES a publié en septembre 2002 une synthèse des recommandations pour

le diagnostic de l’insuffisance rénale chronique chez l’adulte (http://www.has-
sante.fr/portail/upload/docs/application/pdf/irc_chez_ladulte_2002_-_synth_350se.pdf).
Elle définit quatre stades d’insuffisance, en fonction de la valeur estimée du DFG.
126
Tableau 35 : Classification proposée de la maladie rénale chronique et de sévérité d’insuffisance

rénale (Source :http://www.has-sante.fr/portail/upload/docs/application/pdf/irc_chez_ladulte_2002_-
_synth_350se.pdf)
2 patients souffrent d’une insuffisance rénale sévère, 12 patients d’une

insuffisance rénale modérée et 11 patients ont une fonction rénale normale avec un DFG
≥ à 60 ml/min/1,73m².
14
nombre de patients
12
10
8
6
4
2
0
15-29 30-59 60-79 ≥80
DFG (ml/min/1,73m²)
Figure 38 : Répartition des patients atteints d’infection urinaire en fonction de leur fonction rénale
127
8. CARACTERISTIQUES DES URINES ET BACTERIES

ASSOCIEES
bactérie type pH leuco cellules hématies leucocytes

n° cas aspect densité nitrites bactéries associées
(UFC/ml) plvmt (4,5-5,5) estérase epithéliales (<5/mm3) (<10/mm3)
léger
2 10p5 A. urinae jet 1,005 6 - +++ quelques 11 165 pure
trouble
10p7 A. "urinae" jet trouble 1,01 7 - ++ rares 1 53 pure
3
10p8 A. "urinae" jet trouble 1,00 8 - +++ nd 0 3427 pure
4 10p7 A. urinae jet clair 1,015 6 - +++ rares 58 518 pure
5 10p6 A. urinae jet trouble nd nd nd nd quelques 23 2326 10p4 S. haemolyticus
6 10p6 A. urinae jet trouble 1,005 8 + ++ quelques 5 16 10p7 Enterococcus
8 10p6 A. urinae sondage trouble 1,01 7,5 - + nd 0 140 pure
10p6 P. mirabilis
9 10p8 A. urinae jet purulent 1,025 8 - + nombreuses 4000 140000
10p8 A. sanguinicola
10 10p5 A. urinae jet trouble 1,02 6 - +++ tres nbses 31 676 pure
11 10p7 A. urinae sondage trouble 1,015 7 - + nd 30 120 pure
12 10p6 A. urinae jet trouble 1,02 6 - + nd Hb >1000 10p8 G. vaginalis
13 10p8 A. urinae jet trouble 1,015 5 - +++ quelques 55 12756 10p7 E. faecalis
14 10p6 A. urinae jet trouble 1,005 5 - - nd 6 61 pure
15 10p7 A. urinae jet hémo 1,005 6 - +++ nd 9980 53911 pure
16 10p7 A. urinae jet trouble 1,015 6,5 - + nd 80 280 10p7 S. anginosus
17 10p7 A. urinae jet trouble 1,015 7,5 - + nd Hb 10000 pure
léger
19 10p8 A. urinae sondage 1,00 8 - +++ nd 34 42 10p4 Enterococcus
trouble
21 10p7 A. urinae jet trouble >1,030 6 + + nd 20 1100 10p7 E. coli
22 10p8 A. urinae jet trouble 1,02 5,5 - + nd 2300 390 pure
10p7 A. "urinae" sondage clair 1,01 8 - +++ quelques 52 1240 10p2 P. mirabilis
24 10p4 P. aeruginosa
10p6 A. urinae jet trouble 1,025 6 - +++ quelques 97 3283
10p6 Enterococcus
10p8 C. striatum
26 10p8 A. "urinae" jet hémo 1,005 7 - +++ nd 115000 1405 10p3 S. warneri
10p3 S. simulans
28 10p7 A. "urinae" jet trouble 1,01 6 - + nd 30 300 10p4 P. mirabilis
léger
29 10p6 A. urinae jet 1,005 8 - ++ rares 7 271 pure
trouble
3 10p8 A. "viridans" jet trouble 1,005 8 + +++ nombreuses 79 146 pure
7 10p9 A. "viridans" jet trouble 1,025 6,5 - + nd 600 pure
18 10p6 A. "viridans" jet purulent 1,02 8 - + nd 20 1050 pure
10p7
1 sondage trouble 1,01 7,5 - + nd 0 1020 10p5 P. mirabilis
A. sanguinicola
10p6
3 jet trouble 1,005 7 + +++ rares 1 33 10p6 C. freundii
A. sanguinicola
10p8 10p6 P. mirabilis
9 jet purulent 1,025 8 - + nombreuses 4000 140000
A. sanguinicola 10p8 A. urinae
10p6
23 jet trouble 1,01 6 - +++ quelques 5 156 10p3 E. coli
A. sanguinicola
10p5
25 jet trouble >1,030 6 - + nd 0 100 pure
A. sanguinicola
Légende : nd : non déterminé
Tableau 36 : Caractéristiques biochimiques des urines en fonction de l’espèce d’Aerococcus et

bactéries associées dans les urines
128
>= 10p5 <= 10p4

Bactéries associées
UFC / ml UFC / ml
Escherichia coli 1 1
Proteus mirabilis 2 2
Pseudomonas aeruginosa 1
Citrobacter freundii 1
Staphylocoques coagulase négative 3
Streptococcus anginosus 1
Enterococcus sp 2 1
Enterococcus faecalis 1
Corynebacterium sp 1
Gardnerella vaginalis 1
Tableau 37 : Tableau récapitulatif des bactéries associées dans les urines
Sur les 31 prélèvements urinaires, Aerococcus a été trouvé en culture pure dans
17 cas et associé à d’autres bactéries dans 14 cas.
Quelle que soit l’espèce d’Aerococcus mise en évidence, les urines étaient en
grande majorité troubles : 25/31 étaient d’aspect légèrement trouble à trouble.
Deux urines étaient d’aspect purulent, l’une d’entres elles présentant en culture une
association de Aerococcus urinae, Aerococcus sanguinicola et Proteus mirabilis.
10
nombre de patients
6 A. urinae
A. sanguinicola
4 A. viridans
2
0
10p5 10p6 10p7 10p8 10p9
UFC/ml
Figure 39 : Répartition des 3 espèces d’Aerococcus isolées en fonction de leur abondance en culture.
La majorité des souches d’Aerococcus urinae a été isolé en culture entre 10p6 et 10p8
UFC/ml (22 souches sur 24).
129
14
12
10 leucocytes >10000
leucocytes 1000-9999
8
leucocytes 100-999
6
leucocytes 10-99
4 leucocytes 1-9
2
0
cult pure associé cult pure associé cult pure associé
A. urinae A. sanguinicola A. " viridans"
Figure 40 : Répartition des espèces isolées en fonction de la leucocyturie et du caractère associé ou

non de la souche.
Dans toutes les urines, quelle que soit l’espèce identifiée ou le caractère associé
en culture, on retrouve une leucocyturie >10 leucocytes/mm3.
• Aerococcus urinae : en culture pure, la majorité des souches (7 sur 12) est
retrouvée associée à une leucocyturie de 100 à 999 leucocytes/mm3. Lorsque la
souche est associée à d’autres bactéries, la leucocyturie observée est plus
importante.
• Aerococcus sanguinicola associé en culture, la leucocyturie observée est
variable.
Concernant le pH des urines, il semble qu’il y ait alcalinisation de celles-ci en

présence d’Aerococcus.
pH
4,5 - 5,5 5,6 - 6,5 6,6 - 7,5 7,6 - 8,5
pur 2 4 4 2
A. urinae
associé 1 5 1 4
pur 0 1 0 0
A. sanguinicola
associé 0 1 2 1
A."viridans" pur 0 1 0 2
Tableau 38 : pH des urines en fonction de l’espèce d’Aerococcus identifiée et du caractère associé.

130
12
10
nombre de souches
8 A. sanguinicola associé
A. sanguinicola pur
6
A. urinae associé
4 A. urinae pur
2
0
4,5 - 5,5 5,6 - 6,5 6,6 - 7,5 7,6 - 8,5
pH
Figure 41 : pH des urines en fonction de l’espèce d’Aerococcus identifiée et du caractère associé.
• Aerococcus urinae : les urines recueillies sont en majorité alcalines pH≥6 (20
urines sur 23). Le caractère associé ou non en culture ne semble pas avoir
d’influence sur l’alcalinité des urines.
• Aerococcus sanguinicola : contrairement à Aerococcus urinae, toutes les urines

dont la culture a mis en évidence Aerococcus sanguinicola sont alcalines, que la
souche soit pure ou associée.
• Aerococcus « viridans » : dans le cas des infections à Aerococcus viridans, les 3

urines avaient un pH alcalin ≥6, et dans les trois cas, la culture était pure.
131
9. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
Pour chaque espèce d’Aerococcus isolée, un antibiogramme a été réalisé au

laboratoire de microbiologie de l’hôpital de Cahors puis au CNR-Strep lorsque la souche
leur a été envoyée.
Au laboratoire de l’hôpital de Cahors, les techniques suivantes ont été utilisées :
• Galerie ATB STREP bioMérieux selon recommandations du fournisseur
• MH au sang AES avec disques Rosco, ensemencement et lecture des diamètres
selon les recommandations du CASFM
Au CNR-Strep, les antibiogrammes sont réalisés en boite, sur milieu MH au sang Biorad
avec des disques du même fournisseur. La lecture des diamètres d’inhibition est faite à
l’aide du Sirscan 2000 (i2A).
Afin de pouvoir comparer les antibiogrammes obtenus avec les différentes

espèces, nous avons étudié les résultats fournis par le CNR-Strep.
Pour les souches n’ayant pas pu être envoyées au CNR-Strep, ce sont les résultats
obtenus au laboratoire de microbiologie de Cahors qui sont utilisés, en précisant la
technique employée.
Les résultats des antibiogrammes pour les différentes souches sont indiqués dans le
tableau n°39 suivant.
Tableau 39 : Antibiogrammes des différentes espèces d’Aerococcus isolées
Légende : Péni G : pénicilline G / Amox : amoxicilline / Piper : pipéracilline / Genta : gentamycine / Amik : amikacine / Erythro :
β lactamines aminosides macrolides glycopeptides
n° cas bactérie référence
PéniG Amox Piper Genta HC Kana HC Erythro Clinda Pristina Tetra TSU trimétho sulf Rifam Vanco Teico
2 A. urinae CNR S S S BN BN S S S S nd nd nd S S S
A. "urinae" 15/02/08 ATB strep S S S BN R S nd S S R nd nd S S S
3
BN : résistance bas niveau aminosides (équivalent I du CNR-Strep)
TSU : cotrimoxazole / Sulfa : sulfamides / Rifam : rifampicine / Vanco : vancomycine / Teico : teicoplanine
érythromycine / Clinda : clindamycine / Pristina : pristinamycine / Tétra : tétracycline / Trimétho : triméthoprime /
A. "urinae" 11/08/08 ATB strep S S S BN BN S nd S S R nd nd S S S
4 A. urinae CNR S S S BN BN S S S R R R R S S S
5 A. urinae CNR S S S BN BN S S S S R R R S S S
8 A. urinae CNR S S S BN BN R R I S R R R S S S
13 A. urinae CNR S S S BN BN S R S S R R R S S S
14 A. urinae CNR S S S BN BN S R S S R R R S S S
17 A. urinae ATB strep S S S BN R R nd S R R nd nd S S S
132
21 A. urinae CNR S S S BN BN R R I S R R R S S S
22 A. urinae CNR S S S BN BN S S S S R S R S S S
A. urinae hémoc 03/08 CNR S S S BN BN R R S S R R R S S S
24 A. "urinae" ECBU 03/08 CNR S S S BN BN S S S S R R R S S S
A. urinae ECBU 09/08 CNR S S S BN BN S S S S R R R S S S
26 A. "urinae" boite S nd nd BN R S S S S R nd nd S S S
27 A. "urinae" CNR S S S BN BN S S S S R R R S S S
28 A. "urinae" ATB strep S S S BN R S nd S S R nd nd S S S
3 A. "viridans" ATB strep S S S BN BN S nd S S R nd nd S S S
7 A. "viridans" boite I nd nd BN BN S S S S R nd nd S S S
20 A. viridans ATB strep S S S BN BN R nd S S S nd nd S S S
18 A. "viridans" boite S nd nd R R S S S S R nd nd S S S
1 A. sanguinicola CNR S S S BN BN S S S S S R S S S S
3 A. sanguinicola CNR S S S BN BN S S S S R nd nd S S S
9 A. sanguinicola CNR S S S BN BN S S S S S R S S S S
23 A. sanguinicola CNR S S S BN BN S S S S S I S S S S
25 A. sanguinicola CNR S S S BN BN S S S S S I S S S S
133
• β lactamines : les trois espèces d’Aerococcus sont sensibles aux β lactamines

testées (pénicilline G, amoxicilline et pipéracilline).
• Aminosides : Aerococcus urinae et Aerococcus viridans possèdent naturellement

une résistance de bas niveau à la kanamycine (et à l’amikacine) et à la
gentamicine, à l’identique des Streptocoques. En routine, quelques souches ont
été déterminées résistantes à haut niveau à l’aide de galeries API ATB strep,
mais aucune de ces quelques souches n’a été étudiée au CNR-Strep.
• Macrolides : Aerococcus sanguinicola est sensible aux macrolides, ainsi que les
trois souches d’Aerococcus « viridans » testées au laboratoire de Cahors.
Une résistance érythromycine + clindamycine a été retrouvée chez trois souches
d’Aerococcus urinae ainsi qu’une résistance isolée à la clindamycine (deux cas)
ou l’érythromycine (un cas).
• Tétracyclines : Aerococcus « viridans » et Aerococcus sanguinicola ont été

retrouvés sensibles aux tétracyclines. Deux souches d’Aerococcus urinae sont
résistantes. Cette résistance pourrait être liée à la présence du gène tet.
• Cotrimoxazole, triméthoprime et sulfamides

Toutes les souches d’Aerococcus urinae sont résistantes au cotrimoxazole.
La sensibilité d’Aerococcus « viridans » est variable, trois souches sur quatre
sont retrouvées résistantes. La sensibilité de la souche S a été confirmée par un
antibiogramme réalisé en boite.
Une souche d’Aerococcus sanguinicola est résistante au cotrimoxazole.
Parmi les 20 souches d’Aerococcus urinae testées pour le triméthoprime et les
sulfamides isolément, toutes sauf une ont été retrouvées résistantes à ces deux
molécules.
Parmi les quatre souches d’Aerococcus sanguinicola testées, toutes étaient
sensibles aux sulfamides mais de sensibilité intermédiaire (2 souches) ou
résistantes (2 souches) au triméthoprime.
134
• Rifampicine, glycopeptides : les trois espèces sont sensibles à la rifampicine

et aux glycopeptides (vancomycine et teicoplanine), quelle que soit la
méthode utilisée pour l’antibiogramme.
10. TRAITEMENTS ANTIBIOTIQUES
Nous avons ensuite recherché si une antibiothérapie avait été instituée suite à la
mise en évidence d’Aerococcus.
traitement ATB
sensibilité évolution: clinique,
n° cas bactérie molécule posologie durée
à l'ATB ECBU de contrôle
2 A. urinae ofloxacine 200mg /j 8j S X
A. "urinae" 02/2008: céftriaxone 1g /j 8j S X
3
A. "urinae" 08/2008: nitrofurantoine nd 8j S X
4 A. urinae nd nd nd X X
5 A. urinae ofloxacine nd nd S X
transféré vers
6 A. urinae nitrofurantoine 50mg x3/j 10j S
structure adaptée
8 A. urinae bactrim forte® 2cp /j 5j R sort du service
9 A. urinae NON X X
10 A. urinae NON X X
12 A. urinae ofloxacine nd nd S X
évolution favorable
13 A. urinae NON X
sort du service
14 A. urinae NON X ECBU ctrl: culture -
ofloxacine +
15 A. urinae nd nd S ECBU ctrl: culture -
amoxicilline + clav
17 A. urinae céfriaxone nd 7j S X
21 A. urinae nd nd nd X X
03/2008: amoxicilline 2g x3/j
A. urinae 10j S
+ ofloxacine 200mg /j X
24 09/2008: tazocilline 4g x3/j
A. urinae puis ceftazidime 2g x2/j nd S
+ amoxicilline 1g x3/j X
26 A. "urinae" NON X
retour à domicile
retour à domicile
ECBU ctrl: culture -
pour A. urinae
29 A. urinae amoxicilline + clav 1g x3/j 10j S
retour à domicile
ECBU ctrl: culture -
1 A. sanguinicola amoxicilline 2g /j inconnue S
pour A. urinae
3 A. sanguinicola nitrofurantoïne nd 15j S X
9 A. sanguinicola NON X X
23 A. sanguinicola nd nd nd X X
25 A. sanguinicola oui nd nd X ECBU ctrl: culture -
3 A. "viridans" nitrofurantoïne nd 10j S X
7 A. "viridans" nitrofurantoine 50mg x3/j 6j S X
18 A. "viridans" ofloxacine 200mg x2/j 8j R X
20 A. viridans NON X évolution favorable
Tableau 40 : Traitements mis en route chez les patients de notre étude

135
14 patients ont été mis sous antibiothérapie suite à l’identification d’Aerococcus

dans les prélèvements, 12 n’ont pas été traités. Il n’a pas été possible de retrouver de
notion de mise en place de traitement chez 3 d’entre eux.
Parmi les patients traités, 6 l’ont été par des β lactamines : amoxicilline seule (1
patient), associée à l’acide clavulanique (1 patient) ou à d’autres antibiotiques (3
patients). Un patient a été traité par céphalosporines de 3ème génération.
Quatre patients ont été traités par fluoroquinolones (ofloxacine), deux par des
furanes (nitrofurantoïne) et un par cotrimoxazole.
Le patient qui a eu quatre infections à Aerococcus dans la même année à été traité
successivement par ceftriaxone puis furanes.
Il est très difficile de connaître l’évolution des infections suite à la mise en place
de l’antibiothérapie, car beaucoup de dossiers ne contiennent pas ces renseignements et
les ECBU de contrôle préconisés sont rarement réalisés.
Il aurait été intéressant de pouvoir disposer de ces informations pour évaluer l’efficacité
des traitements mis en place. Notamment pour l’observation n°8, le patient ayant été
traité par une association de molécules à laquelle Aerococcus urinae est résistant.
On constate cependant à partir de nos observations que pour 6 patients,
l’évolution de l’infection a été favorable et/ou la culture de l’ECBU de contrôle
négative, cela même alors qu’ils n’avaient pas été traités par antibiotiques. Cette
observation nous amène à nous demander dans quelle mesure la mise en place d’un
traitement est nécessaire, certaines infections évoluant spontanément de manière
favorable.
2 patients traités ont été transférés dans une autre structure ou sont retournés à
domicile et il n’est donc pas possible de connaître l’évolution de leur infection sous
antibiothérapie.
136
PARTIE IV
DISCUSSION
137
1. ETUDE CLINIQUE DES INFECTIONS A AEROCOCCUS
1.1.Répartition par âge et par sexe
Parmi nos 29 patients inclus, 17 sont des femmes (58,6%) et 12 des hommes
(41,4%).
La moyenne d’âge des patients inclus dans notre étude est de 81,3 ans, le patient le plus
jeune étant un garçon de 2 ans et le plus âgé une femme de 100 ans.
Cette répartition des sexes et des âges est conforme ce qui a été décrit par Christensen et
al. en 1991 [6]: la moyenne d’âge des 63 patients inclus dans son étude était de 73 ans
(patient le plus jeune 3 ans et le plus âgé 97 ans) et il y avait 34 femmes (54%) pour 29
hommes (46%).
Parmi nos patients, cinq ont moins de 70 ans (17,2%), et 82,8% ont plus de 70
ans. Ceci confirme ce qui avait été précédemment décrit [6, 14, 26, 29], que les
infections à Aerococcus atteignent principalement le sujet âgé.
Dans la tranche d’âge des plus de 70 ans, 66,7% des patients sont des femmes.
On ne peut cependant pas conclure à une prédominance féminine car cette répartition
correspond également à la répartition usuelle des sexes à ces âges : 62% de femmes dans
la population de plus de 75 ans (données INSEE au 1er janvier 2010).
1.2.Rôle des facteurs favorisants dans l’infection urinaire
Parmi nos 29 patients atteints d’une infection à Aerococcus, 27 présentaient des

facteurs favorisants, 1 ne présentait pas de signes cliniques et aucune donnée n’a pu être
retrouvée pour l’un d’entre eux.
138
• Les principaux facteurs généraux de risque retrouvés sont liés à la

démographie des patients de notre étude : maladies neurodégénératives liées à
l’âge, traitements médicamenteux complexes et multiples.
o Facteurs médicamenteux :
Douze patients sur les 29 (41,4%) prennent un traitement médicamenteux
responsable de rétention urinaire et/ou d’un globe vésical. Parmi ceux-ci, on
retrouve les neuroleptiques (6 patients sur 12), les antidépresseurs (4 patients sur
12), mais aussi certains antispasmodiques urinaires (2 patients). Les 2 derniers
patients sont traités par midodrine (Gutron®).
C’est via leur effet anti cholinergique, responsable de rétention urinaire chez les
patients, que ces médicaments favorisent la prolifération bactérienne au niveau
vésical et donc la survenue d’infections.
o Atteintes urologiques d’origine neurologique :

Dans notre étude, 10 patients souffrent de ce type d’atteinte (34,5%).
Les atteintes neurologiques (neuropathie périphérique) vont être responsables de
la survenue d’une « vessie neurologique » : vessie acontractile flasque
responsable d’un résidu urinaire post mictionnel.
Les maladies neurodégénératives vont entrainer une perte d’autonomie avec
survenue d’incontinence, de dysfonctionnements mictionnels pouvant conduire à
la réalisation de sondage urinaire.
o Antibiothérapie préalable :
Une patiente avait reçu un traitement antibiotique par nitrofurantoïne trois
semaines auparavant. Deux autres patients avaient reçu un traitement antibiotique
préalable mais à deux mois d’intervalle de l’infection. Une antibiothérapie
préalable ne semble pas constituer un facteur de risque dans les infections à
Aerococcus et il n’a notamment pas été retrouvé de traitement préalable au
cotrimoxazole, dont on aurait pu penser qu’il sélectionnerait Aerococcus urinae.
o Concernant les services d’accueil des patients inclus, on retrouve une

répartition parallèle aux facteurs de risque évoqués ci-dessus. La plupart des
patients sont hospitalisés dans des services de long séjour (9 patients) ou de
139
neurologie/psychiatrie (6 patients) pour prise en charge de démence, maladie

d’Alzheimer, de Parkinson, ayant entrainé une perte d’autonomie et un
délabrement de l’état général plus ou moins important. Beaucoup de ces patients
étant traités en parallèle par les médicaments abordés ci-dessus.
7 patients étaient hospitalisés en chirurgie, dont 3 en chirurgie urologique pour
adénome prostatique ou sclérose du col vésical.
4 patients ont été diagnostiqués lors de leur entrée aux urgences.
• Les facteurs locaux retrouvés sont les suivants : incontinence (10 patients sur
29 soit 34,5%), sténose et reflux urétéral (5 patients soit 17,3%), adénome ou
hyperplasie de la prostate (3 patients soit 10%), et le sondage à demeure (4
patients soit 13,8%).
On retrouve également chez de nombreux patients des antécédents qui peuvent
favoriser la survenue d’infections urinaires comme une tuberculose rénale (1
patient), un antécédent d’adénocarcinome de la prostate (3 patients), de cancer de
la vessie (1 patient) ou de tumeur rénale (1 patient). On retrouve également chez
un patient la notion d’une opération pour sténose de l’urètre antérieur.
Ces facteurs de risque généraux et locaux sont ceux retrouvés dans les études de
la littérature [12, 14, 26-29, 32], et également retrouvés pour les infections urinaires à
autres bactéries plus fréquentes comme Escherichia coli par exemple.
Il semble que les infections urinaires à Aerococcus surviennent de façon quasi exclusive
sur une population spécifique caractérisée par : sujets âgés, avec un état général altéré,
souvent en hospitalisation de longue durée, et présentant des facteurs de risque généraux
et locaux d’infections urinaires.
Deux cas de bactériémie à Aerococcus urinae ont également été mis en évidence
au CH de Cahors, sans évolution vers une endocardite infectieuse.
Le premier patient avait été admis au SAU en juin 2001 pour suspicion
d’accident ischémique transitoire et hyperthermie. Suite à un pic thermique à 39,1°C
avec tremblements, une hémoculture avait été prélevée, puis le patient se plaignant de
brulures mictionnelles un ECBU avait été réalisé. On ne retrouvait pas chez ce patient de
facteurs de risque particuliers si ce n’est une incontinence. Aerococcus avait été mis en
évidence dans l’hémoculture, mais on ne retrouvait pas de foyer urinaire, l’ECBU
140
prélevé alors que l’antibiothérapie débutait ne mettant en évidence qu’un Streptococcus

agalactiae. La bactériémie était résolutive sous ceftriaxone (Rocéphine®) 1g pendant 8
jours associé à deux injections de gentamicine 250mg et à 2 jours de furantoïne, puis
relais par cefixime (Oroken®) 200mg deux fois par jour pendant 7 jours.
Le deuxième patient est hospitalisé en mars 2008 au SAU pour broncho-
pneumopathie compliquée d’un syndrome confusionnel. On retrouvait chez lui un
syndrome inflammatoire biologique mais pas de signe fonctionnel urinaire. Les
hémocultures aérobies et anaérobies prélevées mettront en évidence un Aerococcus
urinae qui est retrouvé dans l’ECBU. Le patient sera traité pour sa broncho-
pneumopathie principalement par amoxicilline (Clamoxyl®) 2g trois fois par jour et
ofloxacine (Oflocet®) 200mg pendant dix jours.
Christensen en 1996 [29], fait une description de 17 cas de bactériémie à

Aerococcus urinae survenus au Danemark sur une période de 10 ans.
Les patients présentaient les symptômes classiques de bactériémie que nous retrouvons
chez nos 2 patients (fièvre, frissons) et il retrouvait un point de départ urinaire chez
quasiment tous les patients (chiffres non disponibles). Tous les patients présentaient des
facteurs prédisposants, principalement urinaires ou cardiaques.
Dans notre étude, il a été possible de retrouver un point d’appel urinaire dans un cas sur
deux et l’existence de facteurs favorisants chez un seul des 2 patients, mais notre nombre
de cas était faible et il parait donc difficile de tirer une conclusion.
De même, Uh en 2002 [17] suggérait que la neutropénie était un facteur
favorisant la bactériémie à Aerococcus viridans. Cette observation n’a pas été retrouvée
pour nos 2 cas de bactériémie à Aerococcus urinae, les 2 patients ayant un nombre de
globules blancs normal.
Enfin, un cas d’Aerococcus viridans a été mis en évidence dans un pus profond
sur un « pied diabétique » (ostéite du séquestre osseux du 5ème rayon du pied droit).
141
1.3.Manifestations cliniques des infections urinaires à Aerococcus
Il faut signaler à nouveau la difficulté de ce recueil, l’étude des dossiers étant

rétrospective, les données manquantes ne peuvent pas être confirmées par le clinicien.
Au cours de l’étude de dossiers des 27 patients chez lesquels on a diagnostiqué

une infection urinaire à Aerococcus, se sont les notions de fièvre et de dysurie que nous
avons notées le plus souvent comme signes cliniques.
Parmi les 6 cas ayant présenté une fièvre, on retrouve une notion de rhinopharyngite ou
broncho-pneumopathie chez 3 d’entre eux ; ce foyer infectieux pulmonaire pouvant donc
expliquer la fièvre au même titre que l’infection urinaire.
De plus, la plupart des patients sont des personnes âgées, fréquemment atteintes de
syndrome démentiel, qui sont hospitalisées et donc souvent alitées de longue durée.
L’appréciation clinique est donc plus difficile, les symptômes urinaires n’étant pas
toujours identifiables du fait de la détérioration cognitive. Le patient n’est pas plaintif et
les signes d’appel sont souvent seulement extra urinaires : incontinence récente,
asthénie, anorexie, syndrome confusionnel, agitation, fièvre. Les notions de brulures
mictionnelles sont ainsi absentes dans la majorité des cas.
On peut cependant conclure que les infections urinaires à Aerococcus ne

semblent pas être responsables d’infections avec signes cliniques très francs ou très
intenses.
Ces infections peuvent donc aisément être ignorées chez les patients âgés, peu plaintifs
et souffrants d’une détérioration cognitive ainsi que d’une altération de l’état général
globale.
De même, il n’a pas été mis en évidence de différence au niveau de la clinique entre
les infections urinaires à Aerococcus urinae, « viridans » ou sanguinicola.
142
2. PROBLEMES D’IDENTIFICATION PAR LES

SYSTEMES COMMERCIAUX
Au cours de notre étude, divers systèmes commerciaux d’identification ont été

utilisés conformément aux recommandations du fabricant :
• Galerie API 20strep (bioMérieux)
• Galerie API rapidID 32strep (bioMérieux)
• Vitek2 (bioMérieux)
Nous avons identifié 29 isolats d’Aerococcus urinae, dont 21 ont été confirmés
par le CNR-Strep, 4 isolats d’Aerococcus « viridans », dont un seul a pu être confirmé et
5 isolats d’Aerococcus sanguinicola, tous confirmés par le CNR-Strep.
Ce nombre de cas à Aerococcus sanguinicola identifiés est remarquable au regard du
faible nombre de cas décrits dans la littérature mondiale (une quinzaine seulement en
mars 2008).
• Concernant Aerococcus urinae, les 29 isolats ont été correctement identifiés par
le Vitek2, quelle que soit sa version (11 identifications par la nouvelle version du
logiciel, 9 par l’ancienne et 9 non déterminées).
Cinq indentifications ont été réalisées à l’aide de galerie API rapidID 32strep
dans leur ancienne version (V2.0). L’espèce identifiée a été dans les 5 cas
Streptococcus acidominimus, avec un « profil inacceptable » dans 4 cas et un
pourcentage d’identification à 83,9% mais un indice de typicité T à seulement
0,44 dans le dernier cas.
Enfin sept identifications ont été réalisées avec des galeries API 20 strep, 5 dans
leur ancienne version (V6.0) et 2 avec la nouvelle (V7.0).
Les identifications obtenues avec l’ancienne version ont été Streptococcus
acidominimus, avec des « profil inacceptable » dans 2 cas ou des indices T
faibles. Cette erreur d’identification avait déjà été notée par Facklam en 2003
[44].
143
Une souche a été correctement identifiée par la nouvelle version de la galerie (T=
0,75 et %id= 99,9%) et une a été faussement identifiée en Aerococcus viridans
(T= 0,77 et %id= 99,2%).
Aerococcus urinae étant absent des bases de données des anciennes versions des
galeries API, l’identification correcte aurait du être « profil inacceptable ».
Ceci a été le cas dans 6 cas sur 10. Pour les 4 cas restants, une identification a été
rendue avec un indice T faible.
Une identification rendue avec un pourcentage d’identification élevé mais un
indice de typicité T faible doit donc nous alerter lors de notre pratique
quotidienne au laboratoire et nous conduire à réaliser des tests complémentaires
afin de pouvoir conclure.
Respectivement, les versions 7.0 et 3.0 des galeries API 20strep et rapidID
32strep ont intégré Aerococcus urinae dans leurs bases de données et au regard
de l’observation n°26, on peut penser que ces nouvelles versions sont plus
performantes pour l’identification de cette espèce.
• Concernant Aerococcus viridans, la seule souche dont l’identification a été

confirmée par le CNR-Strep avait été correctement identifiée par le Vitek2
(excellente identification), par la galerie API 20strep V7.0 (T=0,77 et %id=
99,2%) et par la API rapidID 32strep V3.0 (T= 0,73 et %id= 99,9%).
Cinq souches, identifiées Aerococcus viridans en routine ont été réidentifiées en

Aerococcus sanguinicola par le CNR-Strep.
En routine, le Vitek2 avait identifié Aerococcus viridans, quelle que soit sa
version, avec des profils d’identification allant d’acceptable à excellent.
3 souches ont été identifiées par une galerie API 20strep, 2 dans sa nouvelle
version et une dans l’ancienne. La version 6.0 a identifié Aerococcus viridans
(T=0.69 et %id=99.3) et la version 7.0 a identifiée Aerococcus urinae dans les 2
cas, avec un indice de typicité T élevé (0.76 et 0.69) et un pourcentage
d’identification respectivement de 61.8 et 92.1%.
Enfin 2 souches ont été testées sur galerie API rapidID 32strep, qui a identifiée
Aerococcus viridans avec un indice de typicité T faible (0.31 et 0.32) et un
pourcentage d’identification élevé (99.8 et 99.9%).
144
Une identification rendue avec un pourcentage d’identification élevé mais un

indice de typicité T faible doit donc attirer notre attention, car l’identification
Aerococcus viridans rendue peut être correcte, mais comme nous venons de le
voir, il peut également s’agir d’un Aerococcus sanguinicola mal identifié. Il
convient donc de confirmer l’identification rendue par les galeries par des tests
complémentaires ou par envoi de la souche au CNR-Strep.
Une souche, non confirmée par le CNR-Strep, a été identifiée comme Aerococcus
viridans par la API 20strep V6.0 (T= 0,84 et %id= 99,7%) et la API rapidID
32strep V2.0 (T= 0,43 et %id= 99,8). Au regard du faible index de typicité rendu
par la deuxième galerie, il aurait été intéressant de pouvoir faire confirmer cette
souche.
En 2003, Facklam [44] avait déjà testé des souches d’Aerococcus viridans (dont
la souche type) avec différents systèmes commerciaux d’identification
comprenant cette espèce dans leur base de données. Il avait mis en évidence que
tous n’étaient pas capable d’identifier correctement les souches. La version du
Vitek utilisée à ce moment là n’avait identifié aucune des trois souches testées,
l’API 20strep (version disponible en 2003) avait rendu des identifications
correctes pour les 3 souches et l’API rapidID 32strep (version disponible en
2003) également.
Depuis, des mises à jour ont été faites sur les dernières versions de ces 3
systèmes et au regard de l’observation n°20, les identifications rendues semblent
être meilleures ; affirmation cependant à nuancer vu le faible nombre de souches
testées et confirmées par le CNR-Strep.
• Aerococcus sanguinicola étant absent des bases de données de tous les systèmes
commerciaux, son identification correcte devrait être « profil inacceptable » ou
« non identifiée ».
Parmi nos 5 souches identifiées Aerococcus sanguinicola par le CNR-Strep,
toutes ont été identifiées comme Aerococcus viridans par les cartes GPI du
Vitek2, quelle que soit sa version, avec des profils d’identification allant de
acceptable à excellent.
145
Facklam [44] a testé 10 souches d’Aerococcus sanguinicola sur le Vitek1 : celui-

ci a correctement rendu 4 souches comme « non identifiées », une comme
Aerococcus viridans et 5 comme appartenant à d’autres espèces.
Dans sa version Vitek2, les espèces ont bien été identifiées comme appartenant
au genre Aerococcus mais une mise à jour des profils sera nécessaire afin
d’identifier la bonne espèce.
Deux souches ont été testées au laboratoire sur la galerie API rapidID 32strep,
une avec la version 2.0 et une avec la version 3.0.
Dans les 2 cas, l’identification obtenue a été Aerococcus viridans, avec un index
de typicité faible (respectivement 0,31 et 0,32) et un pourcentage d’identification
élevé (99,8% et 99,9%). Ceci nous montrant encore une fois la prudence à avoir
au laboratoire devant des résultats d’identification obtenus avec un indice de
typicité T faible et ce malgré un pourcentage d’identification élevé.
Enfin, 3 souches ont été identifiées à l’aide de galeries API 20strep (2 avec la
V7.0 et 1 avec la V6.0).
La version V6.0 a rendue comme identification Aerococcus viridans (T= 0,69) et
la nouvelle version Aerococcus urinae (T= 0,69 et 0,76). Dans les 2 cas, les
identifications étaient donc erronées mais en plus l’indice de typicité obtenu était
assez haut. Sur les 10 souches testées par Facklam [44], 8 avaient été identifiées
comme Aerococcus viridans, avec des identifications allant de faible à bonne.
Encore une fois, une mise à jour des bases de données est nécessaire afin
d’améliorer les identifications obtenues pour cette espèce.
146
3. MODIFICATIONS DES CARACTERISTIQUES DES

URINES
Au cours de notre étude, 31 ECBU ont retrouvé Aerococcus, en culture pure dans
17 cas et associés à d’autres bactéries dans 14 cas.
Quelle que soit l’espèce mise en évidence, les urines étaient troubles dans leur grande
majorité : 25 prélèvements sur 31 étaient de légèrement trouble à trouble.
Deux urines étaient d’aspect purulent.
De façon plus intéressante, on constate une modification de la valeur du pH des
urines en présence des différentes espèces d’Aerococcus.
En effet, 27 urines sur les 31 étudiées avaient un pH alcalin ≥ 6. L’association
d’Aerococcus à d’autres espèces bactériennes ne semble pas avoir d’importance, puisque
dans 14 cas sur 27, la culture était pure, et elle était associée dans 13 cas sur 27.
Cette observation est intéressante à noter car elle pourrait être utile dans la pratique
quotidienne de la microbiologie au laboratoire. En effet, on sait que les espèces
d’Aerococcus poussent mal sur les milieux utilisés en pratique quotidienne au laboratoire
pour l’ensemencement des urines. La mise en évidence d’une urine de pH ≥ 6 lors de la
réalisation de la cytochimie urinaire doit nous conduire à ensemencer une gélose
enrichie au sang, en supplément des milieux d’orientation utilisés en routine.
En effet les espèces d’Aerococcus poussent mieux sur ce type de milieu et leur mise en
évidence pourrait ainsi être facilitée.
4. ETUDE DE LA SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
4.1.Aerococcus urinae
La sensibilité à différents antibiotiques a été testée sur 26 souches d’Aerococcus

urinae isolées à partir d’urines (24) et d’hémocultures (2).
147
21 souches ont été testées au CNR-Strep, les autres par galerie ATB strep (4) ou par
antibiogramme en boite MH (1) au laboratoire du CH de Cahors.
• β lactamines : toutes les souches sont sensibles aux β lactamines testées :

pénicilline G, amoxicilline et pipéracilline. Nos données corroborent les études
précédentes [14, 29, 31, 40] pour lesquelles des CMI basses aux pénicillines
avaient été mises en évidence. Murray et al., en 2008 [31], trouvait une CMI
pour l’amoxicilline à 0,047mg/l (méthode E-test AP Biodisk) pour la souche
identifiée lors d’une pyélonéphrite chez un enfant de 12 ans, et Skov en 2001
[40] trouvant ses 51 souches sensibles avec des CMI ≤ 0,25 mg/l (méthode par
dilution milieu gélosé MH avec 5% de sang de cheval).
Par contre, Skov avait mis en évidence une sensibilité diminuée aux
céphalosporines qui ne sont pas testées dans notre étude (sur ses 54 souches
testées pour la ceftriaxone, 41 ont une sensibilité intermédiaire ou résistante avec
une CMI comprise entre 0,5 mg/l et 32 mg/l ; sur ses 55 souches testées pour le
céfépime, 13 ont une sensibilité intermédiaire ou résistante avec une CMI
comprise entre 1 et 8 mg/l) (voir tableau n°9 page 39).
• Aminosides : Aerococcus urinae possède une résistance naturelle décrite de bas

niveau aux aminosides. Celle-ci est retrouvée pour nos 26 souches testées au
CNR-Strep.
L’existence de cette résistance de bas niveau est décrite dans des études
antérieures de la littérature [14, 29, 31, 40]. Ainsi, les CMI des 56 souches testées
par Skov en 2001 [40] avaient des CMI > 1 mg/l pour la gentamicine et > 8 mg/l
pour l’amikacine ; et les 2 souches testées par Zhang en 2000 [14] étaient
résistantes à la gentamicine (aucune zone d’inhibition par méthode de diffusion
en boite MH au sang).
Il faut cependant noter l’absence jusqu’à présent de résistance de haut niveau
(CMI gentamicine > 1000 mg/l) [40].
Ceci laisse donc probablement la possibilité d’utiliser les aminosides en synergie
avec les β lactamines ou la vancomycine, comme cela se fait pour les
Streptocoques, bien qu’aucune étude expérimentale n’ait jamais été réalisée
spécifiquement sur les Aerococcus.
148
• Macrolides : la sensibilité des souches testées est variable : 3 souches étaient

résistantes à l’érythromycine et la clindamycine, 2 à la clindamycine seule et une
à l’érythromycine seule. On trouve peu de données concernant la sensibilité de
cette espèce aux macrolides dans la littérature mondiale.
Christensen en 1996 [29] décrit Aerococcus urinae comme sensible à
l’érythromycine et la clindamycine mais sans préciser les valeurs des CMI.
Skov en 2001 [40] a testé la susceptibilité de 56 souches à l’érythromycine : 34
souches étaient sensibles (CMI ≤ 0,5 mg/l), 17 avaient une CMI à 1 mg/l et 1 à 2
mg/l.
• Tétracyclines :
2 souches sur 26 ont été trouvées résistantes aux tétracyclines, ce qui témoigne
d’une bonne sensibilité de l’espèce à cette famille d’antibiotiques.
Une bonne sensibilité (55 souches sur 56 avec une CMI ≤ 2 mg/l) avait déjà été
décrite par Skov en 2001 [40], sous réserve d’une possible influence de
l’incubation sous CO2 qui pourrait conduire à surestimer la sensibilité. Murray en
2008 [31] trouvait une CMI à 1mg/l pour la souche testée.
• Fluoroquinolones : la sensibilité aux fluoroquinolones n’est pas testée au CNR-

Strep.
Les 3 souches testées en milieu semi gélosé ATB strep au laboratoire du CH de
Cahors ont été trouvées sensibles à la lévofloxacine et la souche dont
l’antibiogramme a été réalisé en boite MH au sang a été trouvée intermédiaire à
la péfloxacine.
Une bonne sensibilité d’Aerococcus urinae à la ciprofloxacine et la sparfloxacine
avait déjà été décrite [29, 31, 40]. Ainsi, Skov en 2001 [40] trouvait les 55
souches testées pour la sparfloxacine avec des CMI ≤ 1 mg/l, et 50 souches sur
56 testées pour la ciprofloxacine avec des CMI ≤ 1 mg/l.
149
• Cotrimoxazole, sulfamides et triméthoprime

25 souches testées sur 26 sont résistantes au cotrimoxazole (une souche non
testée).
Parmi les 21 souches envoyées au CNR-Strep, il a également été testé sur 20
d’entre elles la sensibilité aux sulfamides et le triméthoprime indépendamment.
19 souches sont résistantes à ces deux molécules isolément, et une est résistante
uniquement aux sulfamides.
Ces données sont confirmées par celles de la littérature [14, 29, 31, 40]: Murray
en 2008 [31] trouvait une CMI > 32 mg/l pour le cotrimoxazole, et Zhang en
2000 [14] retrouvait 2 souches résistantes par la méthode des E-test.
Cette résistance est importante à noter car ces 3 molécules sont couramment
utilisées dans les cas d’infections urinaires, d’où l’importance pour le choix
d’une antibiothérapie adaptée de correctement identifier Aerococcus urinae des
Streptocoques généralement sensibles chez les patients atteints d’infection
urinaire.
• Rifampicine : nos 26 souches ont été trouvées constamment sensibles à la

rifampicine. Skov en 2001 [40] avait testé 55 souches pour la rifampicine toutes
avec des CMI ≤ 0,125 mg/l.
• Vancomycine et teicoplanine : nos 26 souches ont été trouvées constamment

sensibles à la vancomycine et la teicoplanine, comme précédemment décrit dans
la littérature [14, 29, 31, 40].
Skov en 2001 [40] avait testé 56 souches pour la vancomycine, toutes avec des
CMI ≤ 1 mg/l (22 souches à 1 mg/l et 34 à 0,5 mg/l). La souche testée par
Murray en 2008 [31] était sensible avec une CMI à la vancomycine 0,5 mg/l et
les 2 souches de Zhang [14] également avec des CMI à la vancomycine par la
méthode E-test de 0,75 mg/l.
• Choix d’un traitement adapté : il semble donc aux vues de ces résultats, que les
options thérapeutiques des infections peu sévères à Aerococcus urinae
comprennent l’utilisation des pénicillines.
150
Dans les cas plus sévères, comme les endocardites par exemple, l’association à la
gentamicine permettra une synergie d’action bénéfique pour la prise en charge du
patient. Enfin dans les cas l’allergie à la pénicilline, l’utilisation de vancomycine
associée à la gentamicine représente la meilleure alternative.
Cependant, ces observations ne reposent que sur des données in vitro, très peu
d’expériences in vitro ayant eu lieu, et il faut donc ne pas les considérer comme
des consensus officiels et nuancer en fonction de l’évolution de chaque patient.
4.2.Aerococcus viridans
La sensibilité de nos 4 souches d’Aerococcus « viridans » a été testée (2 en ATB

strep et 2 en boite MH au sang). L’identification d’une seule de ces souches a été
confirmée par le CNR-Strep.
Il existe peu de données concernant la sensibilité de cette espèce dans la littérature
compte tenu de sa mise en évidence peu fréquente en pathologie humaine.
• β lactamines : parmi nos 4 souches testées, une seule est de sensibilité

intermédiaire à la pénicilline G. Les 2 souches pour lesquelles l’amoxicilline et la
pipéracilline ont été testées sont sensibles.
Ces données sont confirmées par les quelques études de la littérature :
Aerococcus viridans, décrit à l’origine comme sensible aux pénicillines, est de
plus en plus fréquemment retrouvé résistant à la pénicilline, l’ampicilline et le
céfotaxime [17, 21, 25].
Ainsi, Uh en 2002 [17] a déterminé une CMI ≥ 256 mg/l à la pénicilline G et la
ceftriaxone pour la souche mise en évidence.
Il faut donc être prudent dans la prescription de ces molécules en cas d’infection
à Aerococcus viridans et adapter la prescription initiale en fonction de
l’antibiogramme.
De plus, Swanson et al., en 1996, a rapporté un cas de bactériémie à Aerococcus
viridans résistant à la pénicilline (CMI 0,5 mg/l) chez un enfant qui avait reçu
une antibioprophylaxie comportant cette molécule. Il pourrait donc y avoir une
151
sélection de souches résistantes lors de l’utilisation prolongée d’antibiotique qui

encore une fois doit nous amener à réfléchir sur le bon usage de ces molécules.
• Aminosides : 3 souches ont été trouvées avec une résistance de bas niveau à la
gentamicine et la kanamycine, et une avait une résistance de plus haut niveau à
ces antibiotiques. Comme pour Aerococcus urinae, il est décrit pour Aerococcus
viridans une résistance naturelle de bas niveau aux aminosides [12, 17, 21].
Mais ceux-ci, en cas de résistance de bas niveau, peuvent toujours être utilisés en
association aux β lactamines pour une action synergique.
• Macrolides, lincosamides, synergistines : parmi nos 4 souches, 3 sont sensibles

à l’érythromycine et 1 est résistante. Toutes ont été trouvées sensibles à la
pristinamycine et les 2 testées pour la clindamycine sont également sensibles.
Aerococcus viridans est décrit comme naturellement sensible aux macrolides,
cependant il existe des cas de résistance acquise. La souche testée par Uh en 2002
avait une CMI à l’érythromycine et la clindamycine ≥ 256 mg/l [17].
Buu-Hoi et al., en 1989 [23] a étudié les bases génétiques de cette résistance chez
5 souches d’Aerococcus viridans résistantes aux macrolides.
Elle a mis en évidence la présence du gène ermB (présent également chez
Enterococcus faecalis) chez 4 souches et un gène erm inconnu (ni ermA ni ermB)
chez une souche. Par contre, le gène ermA de Staphylococcus aureus n’a été
retrouvé chez aucune souche.
• Tétracyclines : toutes nos souches sont sensibles aux tétracyclines.

Cependant des cas de résistance existent et Buu-Hoi [23] en a étudié le
mécanisme chez 5 souches résistantes à la tétracycline et à la minocycline. Elle a
mis en évidence que le gène tetM d’un transposon d’Enterococcus faecalis était
présent sur le chromosome de 4 des 5 souches testées. Il y aurait donc comme
pour les macrolides, un échange de gènes de résistance possible entre ces
différentes espèces bactériennes.
152
• Cotrimoxazole, sulfamides et triméthoprime : 3 souches sur 4 étaient

résistantes au cotrimoxazole. La sensibilité de la souche S a été contrôlée en
boite au CH de Cahors, ainsi que son identification par le CNR-Strep.
L’identification des 3 autres souches n’ayant pu être confirmée par le CNR-
Strep, il faut analyser ces cas de résistance avec précautions, car comme nous
l’avons vu, Aerococcus sanguinicola est souvent identifié en Aerococcus
viridans en routine.
On retrouve peu de données dans la littérature concernant la sensibilité à ces
molécules : Kern et Vanek en 1989 rapporte que 19 de leurs 29 souches testées
étaient résistantes au cotrimoxazole, tandis que Brauer en 1983 [12] décrit une
sensibilité sur 15 souches ( CMI basse, valeur non indiquée) ainsi que Popescu en
2005 sur 4 souches isolées au cours d’endocardite [20].
• Rifampicine : nos quatre souches testées sont sensibles.
• Vancomycine et teicoplanine : nos quatre souches testées sont sensibles.
• Choix d’une antibiothérapie adaptée : longtemps considéré comme sensible

aux pénicillines, le traitement des infections sévères à Aerococcus viridans
reposait sur l’utilisation d’une pénicilline associée à un aminoside.
Avec la mise en évidence de souches résistantes à la pénicilline, voire des
souches multi résistantes, il est nécessaire de déterminer systématiquement
l’antibiogramme avec les CMI des β lactamines pour les infections les plus
sévères.
4.3.Aerococcus sanguinicola
Parmi nos cinq souches testées, toutes étaient sensibles aux β lactamines, aux
macrolides, à la tétracycline, à la rifampicine et aux glycopeptides. On retrouve une
résistance de bas niveau aux aminosides testés (gentamicine et kanamycine).
153
Facklam en 2003 [44] avait également retrouvé une sensibilité des 15 souches testées à
la pénicilline (CMI=0,03mg/L), l’amoxicilline (CMI=0,03mg/l), les C3G
(CMI≤0,25mg/l), l’érythromycine(CMI≤0,25mg/l) , la tétracycline (CMI=2mg/l), la
rifampicine (CMI=2mg/l), la vancomycine (CMI≤0,25mg/l) et le linezolide
(CMI=2mg/l).
Il mettait également en évidence une résistance à la ciprofloxacine (9 souches sensibles
CMI=1 mg/l, 1 souche intermédiaire CMI=2 mg/l et 5 souches résistantes CMI=4 mg/l)
et la lévofloxacine (9 souches sensibles CMI=1 mg/l, 1 souche intermédiaire CMI=4
mg/l et 5 souches résistantes CMI≥8 mg/l), mais pas la sparfloxacine (15 souches
sensibles CMI=1 mg/l) généralement considérée comme plus active sur les cocci gram
positif. Ces molécules n’ont pas été testées sur nos cinq souches.
Plus important, 4 de nos 5 souches sont sensibles au cotrimoxazole.

Les 4 souches sensibles ont également été testées au CNR-Strep, pour le triméthoprime
et les sulfamides seuls : 2 sont résistantes au triméthoprime et 2 sont de sensibilité
intermédiaire. Toutes sont sensibles aux sulfamides.
Cette observation n’a pas été faite par Facklam en 2003 [44], qui retrouve un nombre de
souches résistantes plus important : 1 souche sur 15 résistante à « haut niveau » et 10 de
sensibilité intermédiaire au cotrimoxazole (CMI non communiquées). De même, il ne
met en évidence que 2 souches sur 15 de résistance intermédiaire au triméthoprime seul
(CMI de 2 mg/l et 4 mg/l), les 13 autres étant sensibles (CMI≤1 mg/l).
Cette différence peut être liée aux techniques différentes utilisées : les antibiogrammes
du CNR-Strep sont réalisés sur diffusion à partir de disques sur MH au sang (milieu
déplété en thymidine) avec lecture des diamètres d’inhibition, tandis que Facklam a
travaillé par méthode de microdilution en bouillon MH au sang de cheval 3%.
Parmi les différentes espèces d’Aerococcus retrouvées en pathologie humaine,

Aerococcus sanguinicola semble être la plus sensible, avec notamment une sensibilité
supérieure aux autres espèces pour le cotrimoxazole.
Il n’existe pas à l’heure actuelle de critères spécifiques aux Aerococcus d’interprétation
des diamètres d’inhibition et par défaut, ce sont ceux des streptocoques non
pneumocoque ou des pneumocoques qui sont utilisés. Il serait donc nécessaire de
déterminer les CMI de toutes ces souches afin d’établir les courbes de concordance
154
CMI/diamètre d’inhibition et de s’assurer qu’elles sont superposables à celles des

Streptocoques.
5. ROLE DES AEROCOCCUS EN PATHOLOGIE

HUMAINE : REELLE INFECTION OU SIMPLE
COLONISATION ?
Nous avons vu que le nombre d’infections humaines à Aerococcus décrites dans

la littérature est encore très faible à ce jour.
Cependant, les Aerococcus peuvent être responsables d’infections « peu graves » telles
que des infections urinaires banales, mais également d’infections sévères profondes
comme des bactériémies, des endocardites ou des spondylodiscites, avec un taux de
mortalité important.
Au niveau urinaire, l’incidence des infections à Aerococcus est faible : 0,15 à

0,8% des cas d’infections pour Aerococcus urinae par exemple [30]. Dans notre étude,
l’incidence d’Aerococcus dans les ECBU reçus au laboratoire (qu’ils soient positifs ou
négatifs) est de 0,07% (32 isolats pour 45000 ECBU en 9 ans), soit environ 0,15% des
ECBU positifs.
Cependant, la mise en évidence d’un Aerococcus ne relève pas de la simple
colonisation. La conférence de consensus de 2002 définit les critères bactériologiques et
cliniques d’une infection urinaire : bactériurie > 10p3 UFC/ml et leucocyturie > 10/mm3
associées à au moins un symptôme urinaire (impériosité, fièvre, brulures mictionnelles,
pollakiurie, douleurs sus pubiennes).
S’il n’a pas été possible de retrouver des critères cliniques chez tous nos patients pour les
raisons évoquées plus haut, tous remplissaient les critères bactériologiques.
A noter que l’importance de la leucocyturie est indépendante de la présence d’une sonde
ou du caractère associé ou non de la culture.
155
Par contre, la mise en évidence d’Aerococcus au niveau urinaire ne

s’accompagne pas constamment d’un syndrome inflammatoire systémique. Sur les 31
ECBU réalisés, un bilan biologique sanguin comprenant CRP et nombre de globules
blancs n’a pu être retrouvé que dans 20 cas. La valeur de la CRP était <3 mg/l dans 3
cas, les valeurs pour les 15 autres étant comprises entre 7 et 253 mg/l.
8
nombre de patients
0
3-10 11-50 51-100 > 100
CRP mg/l
Figure 42 : Répartition des valeurs de CRP obtenues pour nos patients
Il faut noter que parmi les valeurs de CRP les plus élevées obtenues, 3 (84, 156 et 253
mg/l) étaient associées à un contexte infectieux supplémentaire (broncho pneumopathie
ou post opératoire immédiat).
Il ne semble pas y avoir de relation entre la valeur de la CRP et l’association ou
non d’Aerococcus à d’autres uropathogènes en culture.
De même, le nombre sanguin de globules blancs est variable chez les patients :
seuls 9 d’entre eux sur 21 a une leucocytémie supérieure à 10000/mm3, sans influence
apparente de l’association à un autre germe au niveau urinaire.
Les infections à Aerococcus ne semblent donc pas être associées à un syndrome
inflammatoire élevé. Ceci pouvant être relié à l’âge moyen des patients atteints, dont le
système immunitaire peut être diminué physiologiquement et au fait que l’infection est
le plus souvent locale.
156
Enfin, chez deux de nos patients, Aerococcus urinae a été identifié à différentes
reprises dans des ECBU prélevés à plusieurs mois d’intervalle, ce qui confirme sa
capacité à générer des infections urinaires persistantes ou récidivantes [27].
Il ne faut donc pas négliger la présence d’Aerococcus au niveau urinaire, ceci d’autant
plus que, comme le décrit Christensen en 1996 [29], on retrouve un point de départ
urinaire chez la plupart des patients atteints d’affections plus graves à Aerocoocus. Dans
notre cas, ce point d’appel n’a pu être mis en évidence que dans un cas sur les deux
bactériémies. On est cependant en droit de penser qu’une infection urinaire négligée à
Aerococcus peut conduire dans certains cas à une bactériémie et éventuellement une
endocardite chez des patients possédant des facteurs de risque, principalement urinaire
ou cardiaque.
Les manifestations cliniques et le taux de mortalité élevé des infections profondes

sévères, relevées dans la littératuure, à Aerococcus ne laissent eux pas de doute sur le
caractère pathogène, voire parfois invasif, de cette bactérie.
Les espèces Aerococcus urinae et Aerococcus sanguinicola constituent donc 2

espèces au pouvoir uropathogène démontré, pouvant déboucher sur des affections
profondes beaucoup plus sévères, telles que septicémies et endocardites, chez des
patients le plus souvent âgés affectés de facteurs de prédispositions locaux et généraux.
157
CONCLUSION
Aerococcus est resté longtemps un agent méconnu d’infections humaines.

Les premiers cas rapportés ont été ceux à Aerococcus viridans, la première espèce
identifiée en 1953, puis des cas d’infection à « ALO », ensuite renommés Aerococcus
urinae. Ces dernières années, avec le développement des techniques de séquençage de
l’ARNr 16S, de nouvelles espèces ont été identifiées. On constate au travers de ce
travail, que les infections humaines à Aerococcus viridans sont finalement assez rares
par rapport à la fréquence d’isolement d’Aerococcus urinae, et qu’Aerococcus
sanguinicola représente une grande part des souches qui devaient être décrites comme
Aerococcus viridans auparavant.
Les infections décrites sont plus ou moins sévères, de l’infection urinaire banale à
des cas de bactériémie, endocardites ou spondylodiscite, et surviennent chez des sujets
âgés, porteurs de facteurs favorisants ou de comorbidités.
Nous avons vu dans ce travail que, même si des progrès ont déjà été réalisés en
matière d’identification des espèces d’Aerococcus, il est encore nécessaire d’améliorer
celle-ci via le développement des bases de données des galeries et automates, en
attendant de nouvelles méthodes de type MALDI-TOF.
Ce développement ne peut passer que par une collaboration avec les laboratoires de
microbiologie hospitaliers, qui en envoyant les souches et les profils obtenus lors des
identifications en routine, alimentent et augmentent les bases de données fournisseur.
Cette amélioration des isolements et des identifications de ces bactéries

fastidieuses pourra conduire à une augmentation de la mise en évidence des infections à
Aerococcus, probablement sous diagnostiquées. Et permettre également une
amélioration de leur connaissance par des études plus larges sur l’épidémiologie, la
clinique, la sensibilité aux antibiotiques, et l’élaboration de protocoles de prise en charge
des patients souffrant de ces infections.
158
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45. Lawson, P.A., Falsen, E., Ohlen, M., and Collins, M.D., Aerococcus
urinaehominis sp. nov., isolated from human urine. Int J Syst Evol Microbiol,
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46. Tankovic, J., Leclercq, R., Diagnostic bactériologique des infections à
Pediococcus et Leuconostoc. Revue française des laboratoires, 1992. 236.
47. Tankovic, J., Leclercq, R., and Duval, J., Antimicrobial susceptibility of
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dismutase genes from gram-positive bacteria by polymerase chain reaction using
degenerate primers. FEMS Microbiol Lett, 1995. 131 (1): 41-45.
49. Poyart, C., Quesne, G., Coulon, S., Berche, P., and Trieu-Cuot, P., Identification
of streptococci to species level by sequencing the gene encoding the manganese-
dependent superoxide dismutase. J Clin Microbiol, 1998. 36 (1): 41-47.
50. Poyart, C., Quesnes, G., and Trieu-Cuot, P., Sequencing the gene encoding
manganese-dependent superoxide dismutase for rapid species identification of
enterococci. J Clin Microbiol, 2000. 38 (1): 415-418.
51. Aguirre, M. and Collins, M.D., Development of a polymerase chain reaction test
for specific identification of the urinary tract pathogen Aerococcus urinae. J Clin
Microbiol, 1993. 31 (5): 1350-1353.
52. Lobel, B., Soussy, C.J., Epidémiologie de l'infection urinaire communautaire de
l'adulte en France, in Les infections urinaires (Monographies en urologie),
Springer, Editor. 2007. 1-15.

La Place Des Aerococcus en Clinique Huma

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1

UNIVERSITE PAUL SABATIER

Année 2010 Thèse n° 2010-TOU3-2027

Présenté et soutenu publiquement à Toulouse par

LA PLACE DES AEROCOCCUS EN CLINIQUE HUMAINE :

Directeur de thèse : Monsieur le Docteur Alain LE COUSTUMIER

PRESIDENT : Madame le Professeur Christine ROQUES

A Madame le Professeur Christine Roques pour m’avoir fait l’honneur de

A Monsieur le Docteur Alain Le Coustumier pour m’avoir proposé ce sujet de

A Monsieur le Professeur Patrice Massip pour m’avoir fait l’honneur d’accepter

A Monsieur le Docteur Eric Huyghe pour avoir accepté de participer à ce jury et

Merci au Professeur Claire Poyart et à toute l’équipe technique du CNR-Strep

Merci aux Professeurs Christensen, Vela et Fernandez et au Docteur Loubinoux

Merci à l’équipe de technicien(ne)s du laboratoire du Centre Hospitalier de

A titre plus personnel, je souhaite remercier :

TABLE DES MATIERES

LISTE DES ABREVIATIONS…………………………………………………………8

7.6.3. Aerococcus suis et antibiotiques .......................................................... 56

1. Données démographiques des patients inclus dans l’étude ............................... 115

6. Facteurs favorisants d’infection urinaire retrouvés chez ces patients................ 122

1. Etude clinique des infections à Aerococcus....................................................... 137

LISTE DES ABREVIATIONS

ADH : Arginine dihydrolase

Les Aerococcus sont isolés à partir de l’air, de la végétation, de la poussière et

En 1963, Clausen décrit un autre groupe de bactéries dont la morphologie

En 1965, Whittenbury conclut finalement que les Aerococcus et les Pediococcus

Comme nous venons de le voir, la position taxonomique des Aerococcus a

Tableau 1 : Position taxonomique des Aerococcus

En 1997, Christensen mène une étude sur les relations génétiques et

La famille des Streptococcaceae regroupe un ensemble de cocci gram positif,

* : reclassé en 2005 en Aerococcus urinaeequi

Genre Hote Habitat Pouvoir pathogène

Pediococcus contaminant bière et vin rare

Tetragenococcus / sauces en forte teneur en sel non décrit

Tableau 4 : Genres apparentés aux Streptocoques rencontrés en pathologie humaine (Source :

5.1.Morphologie en microscopie optique

Figure 2 : Aerococcus sp, coloration de Gram, culture (grossissement x100)

5.2.1. Conditions de culture

Les conditions de culture sont importantes à connaître afin de pouvoir réaliser

Plusieurs paramètres sont utiles à prendre en compte :

Toutes les espèces se multiplient en bouillon hypersalé (6.5% NaCl).

L’optimum thermique de croissance est de 35-37°C.

Anaérobie facultatifs mais préférentiellement microaérophiles, leur croissance est

5.2.2. Aspect des colonies

A 24 heures, les colonies d’Aerococcus viridans avaient respectivement des

En raison de leur caractère catalase négative, et de leur aspect α hémolytique sur

En milieu liquide (bouillon de thioglycolate) la croissance prend l’aspect de petits

Ils comprennent la recherche d’une catalase et oxydase, la recherche d’enzymes

6.1.1. Cytochrome oxydase

Tous les Aerococcus sont dépourvus de cytochrome C oxydase.

Il s’agit d’une enzyme de dégradation du peroxyde d’hydrogène H2O2,

Tous les Aerococcus sont catalase négative.

6.1.3. Recherche de leucine aminopeptidase (LAP)

Il s’agit d’une exopeptidase hydrolysant l’acide aminé NH2 terminal des

La présence de cette enzyme est variable en fonction de l’espèce d’Aerococcus.

6.1.4. Recherche de la pyrrolidonyl arylamidase (PYR)

La pyrrolidonyl arylamidase est une enzyme retrouvée chez les Streptocoques du

6.1.5. Étude de la fermentation des sucres

L’étude de la fermentation des sucres est réalisée dans des microcupules

sucre, si elle a eu lieu, provoque une acidification du milieu et le virage de l’indicateur

- recherche d’une β glucosidase (hydrolyse de l’esculine), β glucuronidase, β

Légende : ND : non déterminée

Tableau 5 : Principaux caractères de différentiation des espèces du genre Aerococcus (Source :

7. LES DIFFERENTES ESPECES D’AEROCOCCUS