Module 

: interaction plantes microorganismes pour une agroécologie

durable

Analyse d’article :

Les propriétés antimicrobiennes, promotion

de la croissance et génomiques de la souche
de Bacillus velezensis LDO2 d’arachide

Par :
El Fadil Meryem
L’arachide (Arachis hypogaea L.) est l’une des cultures vivrières les plus importants dans le
monde. Mais il est très sensible à diverses maladies causées par les champignons ou les
bactéries ce qui entraine une baisse de rendement et de la qualité. Dans cet article ils ont
signalé le rôle de la bactérie endophytique Bacillus velezensis LDO2 pour ces capacités d’inhibé
les agents pathogènes ainsi la promotion de la croissance de l’arachide.

Les études morphologiques ont montré que les cellules de la souche LDO2 ont une forme
bâtonnet, avec des spores et sans capsules et des colonies blanches et opaques avec des bords
irréguliers et qui poussant sur gélose nutritive. Cette souche utilise le glucose, le saccharose, le
fructose, le mannose, comme source de carbone. Et le séquençage de l’ARN 16s de cette souche
montre qu’elle appartient au membre de l’espèce Bacillus velezensis.

Des tests de cocultures sur plaque PDA ont été réalisées pour révéler la capacitée de la souche
LDO2 à inhiber la croissance des champignons comme Alternaria tenuissima, Aspergillus flavus,
A. niger, Fusarium oxysporum, F. moniliforme, Rhizoctonia solani, Rhizopus sp., cette inhibition
se fait par ; l’inhibition de la croissance mycélienne ou par la déformation mycélienne (hyphes
gonflées). Ainsi que des essais de coculture sur plaque cylindrique indiquant l’activité
antibactérienne de la souche LDO2 contre Ralstonia solanacearum par la présence d’un halo
autour du cylindre traité avec le bouillon LDO2.

La souche LDO2 présente ainsi des activités de promotion de la croissance des plantes
d’arachide comme la solubilisation du phosphate qui a été mise en évidence par la présence
d’un halo solubilisant le phosphate autour de la colonie de la souche LDO2. La production des
sidérophores (bacillibactine) a été détecté dans le bouillon de LDO2 par UHPLC-ESI-MS. Ainsi
que des tests en serre ont montré que les plantes inoculées par la souche LDO2 ont une
longueur des semis et des racines supérieures à celle des plantes témoins.

On ce qui concerne les caractéristiques génomiques, la souche LDO2 à un chromosome

circulaire de 3 947 271 PB avec un totale de 3774 gènes codant pour les protéines, 27 pour les
ARNr, 86 pour les ARNt et 135 pour les protéines secrétées, jusqu’à nos jours peu de séquences
génomiques ont été publiées de la souche LDO2. Pour l’inhibition des agents pathogènes 135
cluster de gènes impliqués dans la biosynthèse des métabolismes secondaires, 8 d'entre eux ont
été identifiés comme étant associés à des métabolites secondaires antimicrobiens exacts, dont
quatre antibiotiques polycétides (butirosine, bacillaène, difficidine, macrolactine), deux
lipopeptides cycliques (fengycine, surfactine), un sidérophore (bacillibactine) et un dipeptide
(bacilysine) la bacillibactine , la butirosine, le bacillaène, la difficidine et la macrolactine
possèdent une excellente activité antibactérienne , la fengycine était bien reconnue pour sa
forte activité antifongique contre les champignons filamenteux ,tandis que la surfactine et la
bacilysine ont démontré une activité antibactérienne et antifongique.

Pour la promotion de la croissance des plantes d’arachides une série de gènes ont impliquées
dans cette activité parmi lesquels on a le cluster de gène dhb qui codent pour la bacillibactine.
L’acétolactate synthase (alsS) et le 2,3-butendiole déshydrogénase (bdhA) qui codent
respectivement à 2 composes volatiles très répondus, le 3-hydroxy-2-butanone et le 2,3-
butendiole qui favorisant la croissance et induisent une resistance systémique. Ainsi la N-
acétyltransférase (yshE) qui codent pour la synthèse de l’AIA et le 3-phytase (phy) codent pour le
phytase, et d’autres gènes qui codent pour le tréhalose et la spermidine etc.

Les bactéries endophytes colonisent les tissus internes de la plante hôte, forment une relation
mutualiste stable avec l'hôte et partagent certains métabolismes ainsi que des métabolites.
Notamment, les protéines sécrétées sont l'une d'entre elles, qui est connue pour jouer plusieurs
rôles très importants tels que l'absorption de nutriments, la communication cellulaire, la
détoxication ou la destruction des concurrents. Dans le génome LDO2, 135 gènes codant pour
des protéines sécrétées, ont été identifiés. Parmi ces gènes, 42 gènes (31,11%) codaient pour
diverses sécrétases, notamment les hydrolases, les oxydoréductases, les transférases, les lyases
et les isomérases. Alors que l'hydrolase (64,29%) était la plus courante dans ces sécrétases,
telles que l'acylhydrolase, l'amidase, l'arabinosidase, la carboxypeptidase, l'estérase, la
lactamase, la peptidase, la phytase et la xylanase.

Pour conclure, la souche de Bacillus velezensis LDO2 est considéré comme un agent de lutte
biologique et capable d’améliorer la croissance des plantes d’arachides et les études
génomiques de la souche LDO2 est un moyen efficace pour comprendre les mécanismes mis en
place lors de diverses actions de la souche LDO2.