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IV-4 La taxonomie phylogénique :

• Extraction de l’ADN génomique.

• PCR de l'ADNr 16S
• Le séquençage

Figure 9 Portion d’un séquençage d’ADN automatisé

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• Les ARNr sont un outil presque idéal dans

l'étude de l'évolution et des parentés
microbiennes, car ils sont essentiels à un
organite critique trouvé chez tous les micro-
organismes.
• Comme l'ARNr contient des séquences
variables et invariables, des micro-organismes
aussi bien très proches que très distants
peuvent être comparés.

•L'ADN ribosomique 16S est un composant de la

petite sous-unité 30S du ribosome procaryote
ayant une longueur de 1542 kb.

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• Les raisons de l'utilisation de l'amplification du

gène de l'ADNr 16S à des fins d'identification
sont notamment les suivantes:

• Présence du gène dans tous les organismes

remplissant la même fonction.

•la séquence du gène est suffisamment conservée et

contient des régions conservées, variables et
hypervariables

•1542 pb de taille, qui est relativement facile à

séquencer et suffisamment grande pour contenir
suffisamment d'informations pour l'identification et
l'analyse de la phylogénie.

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•Les programmes FASTA et BLAST permettent de

comparer une séquence nucléotidique d’une souche
inconnue avec les banques de séquence (EMBL,
GenBank) et retiennent les séquences les plus
proches.

•Il est admis qu’en dessous de 97% d’homologie

deux bactéries ne peuvent appartenir à la même
espèce.

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• 1/ Définir le groupe d’étude de telle sorte qu’il

représente une lignée taxonomique réelle. Ce doit
être un groupe monophylétique.

• 2/ Définir un groupe extérieur constitué de

l’ensemble des lignées de même niveau
taxonomique que le groupe d’étude.

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• La Phylogénie (Phylo = race ou tribu, genesis

= origine) ; C’est un système de classification
basé sur les relations évolutives plutôt que
sur une similarité générale des caractères.

Le concept phylogénétique d’une espèce

bactérienne est considéré comme un
assemblage des isolats d’origine commune,
et la génération de la diversité génétique est
résulté dans un clone avec différents degré
de recombinaison, et est caractérisée par un
degré significatif d’hybridation ADN-ADN et
en plus de 97% d’homologie des séquences
d’ADNr 16S.

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Phylogenetic Tree Software

• PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package):
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

• PAUP: http://paup.csit.fsu.edu
• MrBayes: http://mrbayes.csit.fsu.edu
• MEGA(Molecular Evolutionary Genetic
Analysis) http://www.megasoftware.net

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Les arbres phylogéniques

• Les relations phylogéniques sont illustrées
sous forme de diagrammes ramifiés ou arbres.
Un arbre phylogénique est un graphe fait de
branches reliées par des nœuds.
• Les nœuds représentent des unités
taxinomiques telles que l'espèce ou le genre ;
les nœuds externes, à l'extrémité des
branches, représentent des organismes
vivants.

• Les taxons microbiens au sein des bacteria et

des Archaeas, forment des groupes distincts
de façon généalogique qui peuvent être
illustrés sous forment d’arbres
phylogénétiques.

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Figure 10 Les relations phylogénétiques parmi les Bacteria et les Archaea

V. Les grands phylums bactériens

selon la classification du Bergey's
Manual

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Figure 11 Phylogénie des bactéries

I. Phylum des Proteobacteria

• Le groupe des proteobactéries est le groupe de
bactéries le plus grand et le plus diversifié ; il
compte actuellement plus de 380 genres et 1.300
familles. Bien que les études de l’ADNr 16S
montrent qu’elles sont phylogénétiquement
apparentées, les protéobactéries offrent à
beaucoup d’égards des variations marquées.

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La comparaison des séquences de l’ADNr 16S a

révélé cinq lignées dans le phylum des
Proteobacteria : les Alphaproteobacteria, les
Bétaproteobacteria, les Gammaproteobacteria,
les Deltaproteobacteria et les
Epsilonproteobacteria.

1-La classe des Alphaproteobacteria

La classe des Alphaproteobacteria

comprend 6 ordres et 18 familles.
Cette classe inclus la plupart des
proteobactéries oligotrophes. Beaucoup
d’entre elles ont évolué pour vivre à
l’intérieur des cellules végétales et
animales.

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1-1- Familles :Rickettsiaceae et

Coxiellaceae
• La première édition place ces deux genres Rickettsia et
Coxiella et d'autres bactéries à croissance
intracellulaire dans une section séparée, et elle sont
présentées ensemble à cause de la similarité de leur
mode de vie .

• Ces bactéries sont bacilliformes, coccoïdes ou

pléomorphes, avec des parois Gram-négatives typiques
et sans flagelles. Bien que de tailles variées, ces
bactéries sont fort petites. Par exemple, Rickettsia
mesure 0,3 à 0,5μm de diamètre et 0.8 à 2,0 pm de
long : Coxiella à 0,2 à 0,4 μm sur 0,4 à 1 μm.

• Tous sont parasites ou mutualistes. Les formes

parasites se développent chez les vertébrés
dans les érythrocytes, les cellules
réticuloendothéliales et les cellules de
l'endothélium vasculaire. Elles vivent aussi
souvent chez les arthropodes suceurs de sang,
tels que puces, tiques ou poux qui servent de
vecteurs ou d'hôtes primaires.

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•Les rickettsies ont une physiologie et un

métabolisme très différents des autres bactéries.
Elles ne possèdent pas les voies glycolytiques et
n’utilisent pas le glucose comme source
d’énergie. Elles utilisent plutôt le glutamate et
des intermédiaires du cycle des acides
tricarboxyliques, comme le succinate.
• La membrane cytoplasmique des rickettsies
contient des systèmes transporteurs ; les
nutriments et coenzymes de la cellule hôte sont
ainsi absorbés et utilisés directement.

Ces ordres comprennent de nombreux

pathogènes importants. R. pruwazekii et R.
typhi sont associés au typhus et R. rickettsii à
la fièvre pourprée des Montagnes Rocheuses.
Coxiella burnetii est responsable de la fièvre Q
chez les humains.

photographie au microscope inversé en contraste de phase

d’une cellule infectée par C. burnetii.

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1-2- Les Caulobacteraceae et les

Hyphomicrobiaceae
• Ces bactéries présentent au moins une des trois
caractéristiques suivantes : une prosthèque, un
pédoncule ou une reproduction par
bourgeonnement.
• Au début du cycle reproductif, la cellule mature
produit un hyphe ou prosthèque d'un diamètre
de 0,2 à 0,3µm qui s'allonge sur plusieurs µm.

• Les familles des Caulobacteraceae et des

Hyphomicobiaceae des α-protéobactéries
contiennent deux des genres à prosthèque les
mieux étudiés : Caulobacter et
Hyphomicrobium.

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• La physiologie et la nutrition d’ Hyphomicrobium

sont aussi particulières. Hyphomicrobium se
développe sur l’éthanol et l’acétate et prospère
sur des composés monocarbonés comme le
méthanol, le formiate et formaldéhyde.

• Les Caulobacter sont habituellement isolés d’eaux

douces et marines à niveau nutritionnel faible,
mais ils sont aussi présents dans le sol.

1-3-L’ordre des Rhizobiales

• L’ordre des Rhizobiales dans les

alphaproteobacteries contient 11 familles avec
une grande variété de phénotypes. Une
importante famille de cet ordre est celle des
Rhizobiaceae, où figurent deux genres
aérobies, Rhizobium et Agrobacterium.

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• Les membres du genre Rhizobium sont des

bâtonnets mobiles de 03 à 0,9 sur 1.2 à 3,0 µm.
Elles croissent en symbiose dans les cellules des
nodules radiculaires des légumineuses, sous forme
de bactéroïdes fixateurs d’azote.
Leur prolifération est due à leur capacité d’établir des
relations symbiotiques avec des bactéries qui
forment des nodules sur leurs racines. Dans ces
nodules, les micro organismes réduisent ou fixent
l’azote atmosphérique sous forme d’ammonium, ce
qui le rend directement disponibles à l’hôte végétal.

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• Le genre Agrobacterium est placé dans la

famille des Rhizobiaceae, mais diffère de
Rhizobium parce qu’il est phytopathogène
(pathogène des plantes). Les Agrobacterium
envahissent les collets, racines et tiges de
nombreuses plantes et transforment les
cellules végétales en cellules tumorales dont la
prolifération est autonome.
• L’espèce la mieux étudiée est A. tumefaciens
qui pénètre dans beaucoup de plantes à large
feuilles par des blessures et est responsable de
la maladie de la galle du collet.

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