INTRODUCTION A LA TAXONOMIE BACTERIENNE

Introduction

La taxonomie bactérienne est la science qui permet de classer, de nommer et d’identifier rationnellement les organismes vivants en groupes d'affinité
ou taxons sur la base de leurs propriétés.
 La classification décrit les taxons et les rapports qu’ils ont entre eux.
 La nomenclature réunis les règles permettant de nommer une bactérie. Elle est universelle
 L’identification consiste à placer une bactérie dans un taxon.

II. BASES DE LA TAXONOMIE BACTERIENNE

1. Les unités taxonomiques

 Le monde des procaryotes (organismes unicellulaires ne présentant pas de noyau individualisé) est divisé en deux domaines (ou empires) :
– Les Archaea (ou Archaeobacteria)
– Les Bacteria (ou Eubacteria).
 Le règne (Procaryotae) est le premier niveau de classification. Vient ensuite le domaine (Bacteria), le phylum, la classe, l'ordre, la famille, le
genre, et l'espèce.
 Les Eucaryotes (Eucarya) regroupent l'ensemble des organismes unicellulaires ou multicellulaire à noyau individualisé.
 L’espèce peut être subdivisée en sous-espèces (subspecies).
– Exemple de classification : Escherichia coli

Règne : Procaryotae
Domaine : Bacteria
Phylum : Proteobacteria
Classe : Gammaproteobacteria
Ordre : Enterobacteriales
Famille : Enterobacteriaceae
Genre : Escherichia
Espèce : Escherichia coli
 L’espèce est l’unité fondamentale de la classification = Ensemble de souches bactériennes présentant des homologies génétiques se traduisant
par des pourcentages d’hybridation ADN-AD ≥ 70 % et par une stabilité thermique des hybrides telle que ΔTm≤5°C. Définie ainsi, l’espèce est
une espèce génomique.
 Une souche est constituée par une succession de cultures dérivées d'une culture pure (le plus souvent une colonie parfaitement isolée).
 La souche type d’une espèce est une souche prise comme possédant les caractères qui définissent l’espèce. Elle est toujours stable et conservée
dans des collections de référence.
 A l’intérieur d’une espèce, il peut exister des variants qui se différencient de l’espèce-type par des caractères mineurs et stables mais n’entrants
pas dans la définition de l’espèce. Il peut s’agir de caractères :

Biochimiques : Définissant un biovar ou biotype.

Antigénique : Définissant un sérovar ou sérotype.
Pathogénique : Définissant un pathovar.
D’isotypie des enzymes : Définissant un zymovar.
De sensibilités aux bactériophages : Définissant un lysovar ou lysotype.
De sensibilités aux antibiotiques : Définissant un antibiotype.

2. Nomenclature bactérienne
 Une souche est nommée en latin de son nom de genre, écrit avec une majuscule et du nom d’espèce, écrit en minuscule. L’ensemble du nom
s’écrit sans accent, en italique.
 Exemple :
 Vibrio cholerae = Vibrion du choléra.
 Staphylococcus aureus = Staphylocoque doré.
III. DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES

1. Taxonomie phénotypique
a. Définition
 Classification regroupant les organismes suivant la similitude de leurs caractères phénotypiques : morphologiques, structuraux, culturaux,
physiologiques, métaboliques, antigéniques.
b. Marqueurs structuraux
Ce sont les marqueurs qui rendent compte de la morphologie et de la constitution chimique des cellules bactériennes.
 La coloration de gram :
 Permet de classer les bactéries en deux grands groupes : BGP ou BGN, selon la structure de la paroi.
 La morphologie des bactéries:
Bacilles, coques, spirilles

 La mobilité des bactéries :

 Entre lame et lamelle ou en évaluant la diffusion de la bactérie dans un milieu faiblement gélosé.
 Ce caractère est lié à la présence de flagelles
 Les flagelles peuvent être mis en évidences par des colorations spéciales (coloration de Rhodes) ou par la microscopie électronique.
 La nature des constituants bactériens:
 Certains composés ont un grand intérêt dans la classification des bactéries : lipopolysaccharides, polyamines, diaminosides, ubiquinones…
L’étude de ces composés est basée sur des méthodes de chimie analytique (chromatographie…) => chimiotaxonomie .Ce sont des
méthodes réservés aux laboratoires spécialisés.
 Détermination du profil protéique par électrophorèse: protéinotypie.
 Déterminations des constituants antigéniques de la bactérie: sérotypie.
 Déterminations des récepteurs de surface par des bactériophages: lysotypie.
c. Marqueurs culturaux et nutritionnels
 Besoins en facteurs de croissance: acides aminés, coenzymes....
– Bactérie prototrophe : Capable de proliférer dans un milieu de base, sans nécessité la présence de facteurs de croissance
particuliers.
– Bactérie auxotrophe : incapable de synthétiser un composé organique nécessaire à son développement, nécessite des
milieux de cultures enrichies
 Conditions de croissance:
– Conditions physico-chimiques (T°, pH),
– Temps nécessaire à la culture,
– Culture en présence de certains inhibiteurs.
d. Marqueurs métaboliques
 Marqueurs de métabolisme énergétique :
– Auxanogrammes
– Voie d’attaque du glucose: oxydation, fermentation.
– Type respiratoire
– Utilisation des nitrates comme accepteurs d’électron.
– Oxydase, catalase…
e. Recherche de certains enzymes ou voies métaboliques
 Production d’acétoine, H2S.
 Uréase, gélatinase, tryptophanase…

2. Taxonomie numérique
 Consiste à étudier pour chaque souche plus d’une centaine de caractères morphologiques, biochimiques, culturaux, structuraux et à attribuer le
même poids à chacun des caractères qui sont codés 1 ou 0.
 Le but recherché est de rassembler dans une classe les individus les plus semblables.
 Progrès avec le développement des outils de l’automatisation et de l’informatique

3. Taxonomie génotypique
 Biologie moléculaire permet de palier les limites de l’approche phénotypique:
– Espèce cultivables
– Variation intra-espèce
– Évolution dans le temps
a. Détermination du pourcentage G + C
 Mesurer le contenue en guanine et cytosine (G+C %) dans l’ensemble du génome bactérien par des techniques de séquençage.
 En pratique, le G+C % est déterminé en mesurant la température de fusion(Tm) de l’ADN.
 Chez les bactéries le %
G+C varie de 25 à 75%.
 Si variations >5%:
espèces différentes.
 Si variation > 10 %:
genres différents.
 Si G+C% identiques ╪
bactéries proches
b. Les hybridations d'acides nucléiques
 Si on sépare 2 brins d’ADN de 2 souches A et B et on essaye de réapparier les brins hétérologues, le degré de réappariement est directement lié
à la ressemblance des génomes et donc à la proximité taxonomique des deux souches
 Deux souches appartenant à la même espèce ont un pourcentage d’hybridation ADN/ADN > 70 %.
c. Analyse des séquences d’ARNr
 Les séquences codant pour l’ARN ribosomal sont très conservées dans une espèce et dépend directement de sa phylogénie.
 Plus l’ancêtre commun de deux espèces est phylogénétiquement proche plus leur séquence d’ARNr sont proches.
 On compare les séquences conservées d’ARNr 16 S à celles qui sont disponibles dans des banques de données.
 Cette méthode est très puissante pour l’établissement des arbres phylogéniques et pour la définition des groupes taxonomiques supérieurs au
genre.
d. Etudes des différences entre deux génomes
 Profils de restriction de l’ensemble du génome:
– Enzyme de restriction= enzyme qui coupe ADN en des points extrêmement précis.
– Deux ADN identiques coupés par la même enzyme de restriction donnent les mêmes fragments d’ADN.
– Les fragments obtenus sont analysés: électrophorèse
 Amplifications de fragments génomiques:
– PCR permet d’amplifier une région du génome et d’identifier les produits d’amplifications en les hybridant avec des sondes
spécifiques
– Les différences observées dans les produits d’amplification obtenus seront d’autant plus grands que les souches seront
plus éloignées.
4. Taxonomie polyphasique
 Ce terme a été introduit par Colewell en 1970 pour désigner une classification consensuelle et qui se base sur toutes méthodes de classifications
disponibles incluant les caractères phénotypiques et génotypiques.
 Généralement la classification des taxons au niveau du phylum, division, classe, ordre et famille se fait sur la base des caractères génotypiques,
mais au niveau de l’espèce et même du genre la classification se base sur les caractères phénotypiques.
Applications des approches taxonomiques

 Identification des bactéries en bactériologie clinique:

 La démarche d’identification et de diagnostic en bactériologie clinique se fait en 3 étapes:
1. Diagnostic d’orientation
 ED du prélèvement
 Repérages des divers types de colonie obtenus sur les milieux d’isolement
 Classement des souches retenues dans un groupe taxonomiques (genre ou famille): par l’utilisation de marqueurs fiables et rapide (morphologie,
mobilité, métabolismes énergétique, oxydase, catalase…)
2. Le diagnostic d’espèce
Il est réalisé grâce à un plus grand nombre de marqueurs diagnostiques: ces marqueurs sont biens standardisés, de nombreux schéma d’identification
existe, et des kits de dg performants sont en vente dans le commerce (API système par exemple)
3. Détermination de marqueurs utiles au traitement et des marqueurs épidémiologiques
 Utiles au traitement: antibiogramme.
 Marqueurs épidémiologiques (sérovar, lysovar, biovar)
CONCLUSION

De par la diversité du monde bactérien, le classement est très difficile à effectuer et en fait, il n'est pas "arrêté", mais en constante évolution, au fur
et à mesure que de nouvelles études et de nouvelles découvertes sont réalisées.