SV2 A

Organisation du monde vivant

Aix- Montperrin

Anne 2006-2007

Introduction la systmatique

Larbre du vivant

Caractristiques de la ligne verte

Caractristiques des Mtazoaires

E. Franquet
Introduction la systmatique
Les caractristiques du vivant

- Constitus de cellule(s): unit fondamentale de la vie

- Capables de recopier par eux mmes leur squence dADN et de propager

leur squence dADN dans lespace et dans le temps

- Capables de traduire linformation gntique en protines

enzymatiques ou constitutives.

CES 3 PROPRIETES DAUTONOMIE DEFINISSENT LA VIE

Croissance et reproduction, raction des stimuli, mtabolisme,

adaptation et volution

Introduction la systmatique
Organisation du monde vivant

Organites
Atomes
Molcules Cellules

Tissus

Organe

Biosphre Organisme

Population
Ecosystme
Quelques chiffres...

Daprs Lecointre et Le Guyader : 1 747 851 organismes vivants

Nombre despces estime : entre 7 et 100 millions !!!

10 000 nouvelles espces par anne !!!

Introduction la systmatique
 Quelques dfinitions

Taxon et taxinomie (ou taxonomie)

Dlimitation, description, inventaire et dnomination des taxons dans un

systme de nomenclature scientifique

La nomenclature binominale de LINNE (1750)

TAXONS : Les groupes dorganismes dfinis par la taxinomie

Exemple :
Espce Homo sapiens
Genre Homo
Famille des Hominidae
Ordre des Primates

Introduction la systmatique
 Quelques dfinitions...

La systmatique :

Objectifs :

1) TAXINOMIE

2) Comprendre les relations de parent entre les organismes tant vivants que
fossiles: PHYLOGENIE

3) Comprendre les mcanismes dEVOLUTION qui sont lorigine des espces

Introduction la systmatique
Quelques dfinitions (suite)

Qui sont les

systmaticiens ?

Biologistes
molculaires
Gnticiens
Ecologues
Naturalistes

Introduction la systmatique
La systmatique : pour faire quoi ?

Rendre intelligible limmense diversit du monde vivant

Applications:

Sant publique : lutte contre les pidmies parasitaires

Agronomie : lutte contre des attaques parasitaires

Pharmacie : recherche de nouvelles molcules

Ecologie : Indicateurs de pollutions
Sciences de lenvironnement : reconstruction des climats
Il existe 6 espce jumelles dans le complexe Anophles
BIOINDICATEUR
Dsigne des taxons du fait de leurs particularits cologiques,
constituent l'indice prcoce de modifications biotiques ou
abiotiques de l'environnement dues des activits humaines.

Exemple IBGN
Comment classer les organismes vivants ?

Mthode divisive :

Diviser lensemble des organismes suivant des critres prdfinis, en

rptant cette opration jusqu ce quon arrive aux seules espces
(Dfinition Drive dAristote).

Chaque tape correspond un partage dichotomique dont lun des terme

est dfini ngativement par rapport lautre.

Exemple : plantes fleurs/plantes sans fleurs

Introduction la systmatique
Mthode divisive :

OUI

Critre B
NON
OUI

Critre A
NON

OUI

Critre C
NON
Comment classer les organismes vivants ?

Mthode agglomrative :

Rassembler les espces en diffrents groupes sur des critres de

similarit, puis ritrer lopration en prenant comme nouvelle unit les
groupes dfinis ltape prcdente.

Dans ce cas les critres de regroupement sont dfini posteriori et

peuvent tre le rsultat de lobservation des organismes

Introduction la systmatique
Mthode agglomrative :

Les carrs

Les triangles

Les losanges
 Principe de la systmatique cladistique

Objectif : classer les espces en groupes monophyltiques ou clades : un

anctre et tous ses descendants.
1 Branche = un groupe
monophyltique
= clade
A

B Groupes
paraphyltiques
C

D
Les clades sont bass sur les SYNAPOMORPHIES =

caractres drivs partags entre les espces (actuelles ou fossiles) connues.

Ce sont les caractres que plusieurs espces ont hrit dun anctre commun.

Introduction la systmatique
 Notion de caractres drivs
Quest ce quun caractre ?

Tout structure observable, sur laquelle on peut faire une hypothse dhomologie,
a un caractre particulier (forme, composition biochimique).

Notion dhomologie :

Lorsquon compare des

organismes de mme plan
dorganisation, ces structures
entretiennent les mme
connexions avec les structures
voisines, et ce quelles que
soient leurs formes et leurs
fonctions.
Elles sont hrites dun anctre
commun

Introduction la systmatique
 Membre antrieur des Mammifres

Humrus

Cubitus
Radius

Carpe
Mtacarpe

Phalange
 Principe de la systmatique cladistique

Synapomorphie
Symplsiomorphie
a a a
Espces A B C b b b
A B C

a
b

1er cas : caractre ancestral a

2eme cas : caractre ancestral b
 Principe de la systmatique cladistique

1 Branche = un groupe
monophyltique
= clade A Groupe
monophyltique
B
1 noeud =
Cladogense C Groupes
= Formation dune nouvelle paraphyltiques
ligne D Groupe
monophyltique
1 groupe est monophyltique si:
toute espce lui appartenant est plus troitement apparente
nimporte laquelle des espces du groupe qu tout autre espce nen
faisant pas partie.
 Principe de la systmatique cladistique

Hypothses
* les clades proviennent de la descendance des taxons dj prsents.
* la formation dun clade se fait par bifurcation.
* les caractres changent progressivement, notamment sous leffet de la
slection naturelle.

Attributs tudis
* anatomiques,
* physiologiques
* embryologiques.
* molculaires : bass sur les squences gnomiques.

Calcul des arbres

Plusieurs algorithmes de calcul (Cf S5 module de systmatique
phylogntique)
Introduction la systmatique
Larbre du vivant
 Les 3 EMPIRES (Domaines)

Arches

Eucaryotes

Eubactries

Procaryotes

Larbre du vivant
Arbre phylogntique universel : introduction

Deux avances ont permis cela :

Avance conceptuelle :

systmatique phylogntique : on recherche des clades : un anctre et ses

descendants ayant tous le mme caractre driv propre : synapomorphie

(diffrent de symplesiomorphie, caractre commun mais plus ancien dj

partag par dautres clades)

Avance technique : biologie molculaire permet de comparer des organismes

qui ne se ressemblent pas du tout

Larbre du vivant
 ARNr 16s
Avance technique : biologie molculaire permet de comparer des organismes
qui ne se ressemblent pas du tout

Un Ribosome comprends deux sous-units de tailles diffrentes, constitues

d'ARNr associs des protines ribosomales.

La taille relative, mesure par le coefficient de sdimentation (s)

La plus grosse sous-unit (50S chez les procaryotes, 60S chez les eucaryotes)
est constitue de 2 chanes ARN (5S + 23S / 5S + 28S ).

La plus petite sous-unit (30s/40S) contient une chane d'ARN (16S /

18S)

Larbre du vivant
REMISE EN CAUSE DE CETTE CLASSIFICATION

Larbre du vivant
Larbre du vivant
 Quest ce quun grade ?

Un grade est groupe dorganismes ayant une mme organisation gnrale et

un mme avancement volutif.

Le grade peut tre paraphyltique par opposition au clade

Exemple : Le grade des reptiles

REPTILES : GRADES et non PHYLUM

Larbre du vivant
 Les 3 EMPIRES (Domaines)

Arches

Eucaryotes

Eubactries

Procaryotes

Larbre du vivant
 Les Eubactries

Dfinitions

Structure cellulaire sans noyau: structure PROCARYOTES

Fischerella (Eubacteria, Cyanobacteria).

Susan M. Barns.
Larbre du vivant
 Les Eubactries

Diversit

9021 espces (suivant lARN 16S)

La taille des Eubactries varie de 0,05 m (nanobactries) 600 m pour
une bactrie symbiote de lintestin d un poisson-chirurgien

Diversit des ressources nergtiques

Selon les lignes, on trouve
- des phototrophes (tirant leur nergie de la lumire),
- des chimiotrophes (trouvant leur nergie de gradients chimiques non organiques),
- des htrotrophes (trouvant leur nergie dans la matire organique, qu'elle
soit vivante (parasitisme) ou morte)
- des arobies ou des anarobies strictes.

Larbre du vivant
Les Eubactries

Ecologie
Les eubactries occupent la plupart des milieux,

Elles constituent certainement en nombre de cellules, et peut-tre en masse,

la plus grande partie du vivant.

Elles remplissent des fonctions fondamentales dans l'cosystme terrestre :

le cycle de l'azote ou du soufre.

Les mitochondries et les chloroplastes tant des eubactries symbiotiques,

cela inclut aussi la photosynthse et le mtabolisme de l'oxygne (les
eubactries sont l'origine de tout l'oxygne de l'atmosphre), et elles sont
donc la porte d'entre de toute l'nergie qui fait marcher le vivant.

Elles jouent aussi un rle prpondrant dans le recyclage des dchets

organiques (Chane doxydation de la matire organique azote).

Larbre du vivant
Les arches dcouvertes la fin des annes 1970, par Carl
Woese (l'Universit de l'Illinois Urbana, tats-Unis).

Dfinitions
Les archobactries ou arches ou archeas (du grec archaios, ancien et
backterion, bton) constituent un taxon du vivant caractris par des cellules
sans noyau, comme les Eubactries mais en diffrent gntiquement et
chimiquement

Photo en microscopie
lectronique de Pyrodictium
connect par un rseau de fibres
protinique (Rieger 1995)

Larbre du vivant
En quoi les archobactries se diffrencient-elles des
bactries et des eucaryotes ?

la structure et la chimie des parois cellulaires atypiques (absence de peptidoglycane

classique chez les bactries)

leur mtabolisme (mthanognes...)

la prsence d'ARN-polymrases inhabituelles, beaucoup plus complexes que les

ARN-polymrases des bactries, et tonnamment proches de celles des
eucaryotes.

un chromosome circulaire de type bactrien mais comportant des gnes en

mosaque similaires ceux des eucaryotes.

Larbre du vivant
 Les Arches

Diversit
Les archobactries constituent un groupe trs htrogne, regroupant peu d'espces
connues (mais la liste augmente).

259 espces (suivant lARN 16S)

Elles peuvent tre sphriques, spirales, en forme de btonnet... Leur taille
varie entre 0,1 et 15 m (filaments jusqu' 200 m).
D'un point de vue nutritionnel, elles se rpartissent en de trs nombreux groupes,
depuis les chimiotrophes aux organotrophes.

Elles font preuve d'une grande diversit de modes de reproduction, par

fission binaire, bourgeonnement ou fragmentation.

D'un point de vue physiologique, elles peuvent tre arobies, anarobies

facultatives ou strictement anarobies.

Larbre du vivant
 Les Arches

Ecologie
Les archobactries se dveloppent de prfrence dans des niches
extrmes, o les conditions de vie sont trs difficiles ou impossibles pour la
plupart des autres organismes.

le Pyrobaculum provient de rservoirs profonds de ptrole chaud.

Le Methanopyrus se dveloppe dans un fumeur en mer profonde (les fluides
hydrothermaux y mergent des chambres magmatiques des tempratures allant
de 200C 350C).
Le Pyrobolus peut prolifrer 113C.

Les Arches mthanognes vivent dans le rumen des ruminants,

elles produisent du mthane partir du CO2 et de lH2
Dans une acidit pH=0,
De mme, certaines archobactries prolifrent dans des sels 30 % =
HALOBACTERIE, elles sont photosynthtiques
Larbre du vivant
 Rfrences bibliographiques

Lecointre G., Le Guyader H. 2001. Classification phylogntique du vivant.

Belin, Paris, 543 pp.

Lvque C. & Mounolou J.C. 2001. Biodiversit. Dunod, Paris, 248 pp.

Tassy P. 1998. Larbre remonter le temps. Latitude, Paris, 388 pp.

 Les Eucaryotes

Dfinition

Les eucaryotes : organismes unicellulaires ou pluricellulaires dfinis par leur

structure cellulaire.

Taille variable de quelque m 100m

Forme variable

Quelques caractres drivs propres

1- LADN, sous forme de chromosome, est contenu dans un noyau, dlimit par une
membrane nuclaire

2- Les mitochondries assurent la fonction de respiration

3- La division cellulaire est une mitose

Larbre du vivant
 Les Eucaryotes

Ecologie
Rpartition mondiale, toutes latitudes, profondeurs ou altitudes

Fondamentalement Arobie

Larbre du vivant
Les Eucaryotes

Arbre simplifi daprs Lecointre et Le Guyader p.97

Ligne verte

Champignons

Mtazoaires

Ligne brune

Autres Unicellulaires
Larbre du vivant
 La ligne verte

Descendant direct de l organisme qui a

effectu la premire endosymbiose
chloroplastique (une cyanobactrie)

ENDOSYMBIOSE
PRIMAIRE

Chlorobiontes
Rhodobiontes
 La ligne verte

Glaucophytes
Spirogyra
Unicellulaire avec deux flagelles ingaux

Rhodobiontes
Algues vertes
Mtabiontes Chlorobiontes
Embryophytes

Larbre du vivant
Les Embryophytes Mousse

Fougre

Hepatica

Les Angiospermes
Les Conifres
 Les Champignons

Myclium

Rond de sorcire

Larbre du vivant
 Les Mtazoaires

Eponges

Cnidaires
(anmones de mer, mduses)

Eumtazoaires
Protostomiens
Bilatriens
Deutrostomiens
Larbre du vivant
 Bilatriens

Deutrostomiens

Protostomiens

Larbre du vivant
 La ligne brune

Diatomes

Fucus vesiculosus
 Les autres unicellulaires

Euglne : Flagells

Cili : Paramcie

Foraminifres
Amibe
Les hypothses de lanctre commun : LUCA

LUCA : Last universal common ancestor

Larbre du vivant
situer LUCA sur
l'arbre universel,
Et
les hypothses sur
la position
phylogntique des
hyperthermophiles.

Larbre du vivant
Portrait robot de LUCA : possdait un gnome
ADN .

tait capable dassurer le maintien de son information

gntique

les mcanismes molculaires doxydation devaient

dj tre en place, malgr un environnement
dpourvu doxygne.
 Chapitre 3 :
Caractristiques de la ligne verte

Gnralits
Les caractristiques des Embryophytes
 La ligne verte

Glaucophytes
Spirogyra
Unicellulaire avec deux flagelles ingaux

Rhodobiontes
Algues vertes
Mtabiontes Chlorobiontes
Embryophytes

Caractristiques de la ligne verte

La cellule vgtale

La cellule vgtale se distingue de la cellule animale par trois caractristiques cytologiques majeures :
Les plastes et pigments assimilateurs, la paroi et la vacuole

Cellule vgtale observe en

microscopie optique (x100).

Caractristiques de la ligne verte

Autotrophie et Photosynthse

Ils synthtisent leur matire organique partir de substances

minrales qu'ils puisent dans le sol (eau et sels minraux) et dans
l'air (carbone sous forme de CO2).

L'nergie requise cette synthse, apporte par le soleil, est capte par les
pigments assimilateurs (chlorophylles) au cours de la raction de
photosynthse que l'on peut rsumer par la formule :

n[CO2+H2O] + Energie lumineuse -> [CH2O]n + nO2

Caractristiques de la ligne verte

Caractristiques des Embryophytes

Les tissus vgtaux

Alternance de phases chromosomiques

Les Embryophytes Mousse

Fougre

Hepatica

Les Angiospermes
Les Conifres
 Les tissus

Les cellules d'un vgtal vont se diffrencier, se spcialiser pour former

diffrents tissus.

les mristmes
les tissus superficiels
les tissus vasculaires
les tissus assimilateurs et de rserve
les tissus de soutien

Coupe transversale tige

La formation des organes et des tissus rsultent de l'activit des mristmes et a

lieu tout au long de la vie de la plante.

Le regroupement de ces tissus en vue d'assurer les

diffrentes fonctions donneront naissance aux organes :
racines, tiges, feuilles et fleurs.
Caractristiques des vgtaux
Les tissus

Totipotentialit et multiplication vgtative

Facilit de rgnration qui contrebalance lincapacit

de fuir.

Caractristiques des vgtaux

Alternance de phases chromosomiques
et alternance de gnrations

SPOROPHYTE : Individu vgtal issu d'un oeuf

fcond, et qui, maturit, porte des spores.

Le sporophyte est rduit un sporogone chez les

mousses ; chez les plantes suprieures, il
constitue la plante presque entire.

Cest le stade diplode, 2N chromosomes

Le gamtophyte est le stade haplode du cycle
reproductif des plantes. Il produit les gamtes de la
plante. Chaque cellule du gamtophyte contient un
seul lot de chromosomes.

Chez les mousses (Bryophytes), le gamtophyte est

constitu par l'axe feuill, qui est la partie la plus
visible de la plante.

Chez les angiospermes, plantes fleur,

gamtophyte mle est rduit au grain de pollen.
Alternance de phases chromosomiques
et alternance de gnrations

Caractristiques des embryophytes

Caractristiques des Animaux (Mtazoaires)

Animaux pluricellulaire

Mobiles

Htrotrophes

La miose donne des gamtes et non des spores

Plus ancien fossile connu : 680 millions dannes

Caractristiques des Animaux (Mtazoaires)

Le nombre de feuillets embryonnaires

Le coelome

Protostomien et deutrostomien

La symtrie

La cphalisation

La mtamrie
Diploblastiques et triploblastiques

Blastula

Gastrulation

Gastrula

Caractristique des animaux

 Eponges

Cnidaires
(anmones de mer, mduses)

Eumtazoaires
Protostomiens
Bilatriens
Deutrostomiens
Spongiaires

Cnidaires
Protostomiens et deutrostomiens

Le tube digestif primitif, l'archenteron, communique avec le milieu

extrieur par le blastopore.

Toutefois, un tube digestif normal comporte deux orifices, la bouche et l'anus.

L'autre extrmit de l'archenteron fusionnera avec l'ectoderme pour percer

ce deuxime orifice.

chez les protostomiens le blastopore deviendra la bouche de l'adulte,

chez les deutrostomiens il donnera l'anus.

Caractristique des animaux

 Autres
Acanthocphales
Les Protostomiens

Plathelminthes

Mollusques

Annlides

Euarthropodes

Nmatodes
Exemple de Protostomiens MONOPHYLETIQUE

Caractristique des animaux

Exemples de deutrostomiens

Ascidie (Urochords)
chinodermes

Amphioxus (cphalochords)
MONOPHYLETIQUE

CHORDES

VERTEBRES

Caractristique des animaux

Symtrie radie, bilatrale et pentaradie.

Symtrie de type radie ou circulaire. Les animaux sont des sacs avec un orifice, la
bouche, orient vers le haut et une couronne de tentacule autour. On ne peux
distinguer chez eux ni avant, ni arrire, ni cots droits et gauche.

La symtrie bilatrale, caractristique de tous les autres animaux, apparat avec le

troisime Feuillet embryonnaire. N'tant plus limit une forme circulaire, les
animaux vont pouvoir avoir une morphologie trs varie.

Un groupe d'animaux, les chinodermes (oursins, toiles de mer), a abandonn la

symtrie bilatrale pour revenir une symtrie radie d'ordre 5 ou pentaradie.

Caractristique des animaux

Triblastiques acoelomates ou coelomates
coelomates

acoelomates

Plathelminthes
(vers plats)
Nmathelminthes
NON MONOPHYLETIQUES (vers ronds)
Caractristique des animaux
Schmas dacoelomates et Coelomates
Cphalisation

Ce phnomne dsigne l'importance croissante de la partie antrieure du corps au

cours de l'volution.

Pour qu'il ait cphalisation, il faut qu'il y ait partie

antrieure et donc symtrie bilatrale.

Ce phnomne se manifeste de deux faons :

1) le regroupement de la plupart des organes sensoriels dans la partie

antrieure, autour de la bouche

mieux surveiller ce qui y rentre ou de mieux diriger ses mouvements pour y

amener les proies,

Caractristique des animaux

Cphalisation

2) le dveloppement du systme nerveux devient alors invitable pour

traiter toutes les informations qui proviennent la tte

la convergence de toutes les informations sensorielles en un mme endroit

permet une meilleure intgration de l'ensemble des stimuli.

Caractristique des animaux

Cphalisation

Caractristique des animaux

 Mtamrie

Le corps d'un animal mtamris est constitu d'une succession de segments (mtamres)
clairement discernables.

Primitivement, les mtamre taient tous identiques, ils contenaient :

-une portion de tube digestif,

-une portion du tgument,
-une paire d'organe excrteur,
-une portion de systme circulatoire
-son ganglion nerveux,
- ses muscles,
-ses glandes et sa paire de gonades (quand l'animal en possde des diffrencies).

Les animaux qui se rapprochent le plus de cette structure sont les annlides

Les mtamres primitivement identiques vont se spcialiser. Les mtamres vont devenir tous
diffrents aux points que la structure mtamrise de l'animal n'est plus discernable, comme
c'est le cas chez les mammifres.

Caractristique des animaux

 Conclusions

Une nouvelle approche pour structurer le monde vivant : la

cladistique

Une complexit rsultat de lvolution

Des outils molculaire et statistique dvelopper

 Connaissances attendues

Les caractristiques du vivant : autonomie du vivant ARN ribosomaux

Structure hirarchique du vivant Grade
Cellule vgtale Eponges
Phototrophe
Savoir utiliser la mthode cladistique Cnidaires
Chimiotrophe
Les tissus des vgtaux Bilatriens
Autotrophe
Le dveloppement embryonnaire (morula, blastula Gastrula) Protostomiens
Htrotrophes
Origine thermophile du monde vivant? Deutrostomiens
Ligne verte
LUCA Hyperthermophilie
Ligne brune
Etre capable de dfinir et dillustrer les notions suivantes Dernier anctre commun universel
Mtazoaire
Gamtophytes
Eumtazoaires
Systmatique Sporophytes
Champignon
Taxinomie Coelomates
Chlorobiontes
Monophylie Acoelomates
Rhodobiontes
Paraphylie Cphalisation
Spermaphytes
Symplsiomorphie Crbralisation
Gymnosperme
Synapomorphie Mtamrisation
Angiospermes
Archobactrie Bryophytes
Eubactrie Fougres
Procaryotes
Eucaryotes
Endosymbiose primaire, secondaire
1) Expliquer le principe de la systmatique cladistique (2 points).
2) Quelle sont les trois branches de larbre universel, pourquoi a t-on russi
construire cet arbre (2 points) ?
3) Quest ce qui caractrise la ligne verte (2 points).
4) Quest ce qui caractrise les mtazoaires (2 points).
5) Complter cet arbre (simplifi daprs Lecointre et Le Guyader) en replaant
la ligne verte , la ligne brune , les autres unicellulaires et les
Mtazoaires . Donner et placer le 5me groupe. Sil y a plusieurs possibilits,
donner en une seule (2 points).
 Rfrences bibliographiques

Lecointre G., Le Guyader H. 2001. Classification phylogntique du vivant.

Belin, Paris, 543 pp.

Lvque C. & Mounolou J.C. 2001. Biodiversit. Dunod, Paris, 248 pp.

Tassy P. 1998. Larbre remonter le temps. Latitude, Paris, 388 pp.

http://www.imep-cnrs.com