Introduction

Pour reconnaitre les êtres sans être obligé de les

décrire par l’ensemble de leurs caractères, l’homme
attribue un nom à chacun d’entre eux.

 Il doit donc comparer les êtres les plus

ressemblants pour savoir s’il peut les désigner par
le même nom.

A chaque fois que l’homme attribue un nom à un

être,
il fait un classement qui permet de condenser
l’information de l’observation de nombreux êtres et
de décrire qu’un nombre limité de modèles.
 Systématique
Classe les êtres vivants
Attribue un nom

Taxonomie
Nomenclature
Classe les organismes
Ensemble de règles
en groupes ou taxons
gouvernant l’attribution d’un
nom à un taxon
 Taxonomie

Science dynamique L’absence de

-Classification est faite pour sujette à de définition précise
le bactériologiste et pas pour nombreux des rangs
les bactéries changements hiérarchiques

-Passé ; caractère phénotypique seulement.

-Le degré de pathogénicité -actuellement; critères génétiques:
-Intérêt médicale ou vétérinaire. -hybridation ADN-ADN
-Caractères phénotypiques -séquençage des ADNr 16S
-séquençage de divers gènes
 7 règnes du monde vivant

Protozoa
Eukaryota

Prokaryota:

Chromista

Eubacteria
Archaebacteria Plantae

Animalia
Comparaison entre Bactéries, Archaea et
Eucaryotes
Procaryotes Eucaryotes

Eubactéries Archaebactéries Eucaryotes

Noyau - - +

Organites - - +

Lipides
ester éther ester
membranaires

Ribosomes 70S 70S 80S

ARN polymérase 1 Plusieurs 3

Peptidoglycans Glycoprotéines
Paroi Cellulose / Chitine
Ac. muramique Pas d’ac. muramique
Les ribosomes
 Les notions
1. Historique et principes de la taxonomie:

Le suédois Carl Von Linné (1707 – 1778) Le botaniste suisse Augustin De

les véritables fondements d’une science Candolle (1778 – 1841) donna en
qui identifie les organismes vivants et les 1813 à cette science le nom de
arrange en catégories que l’on appellera taxonomie.
taxons.

Linné a donné la classification de type C’est ainsi que le chat est

binomial ou binaire. Chaque être vivant est appelé Felix catus et
désigné par un nom double : le premier l’homme Homo sapiens.
terme correspond au genre et le deuxième
à l’espèce.

Ce système de classification obéit à un système hiérarchique pyramidal

Le système hiérarchique de la classification du vivant montrant les principaux
rangs taxonomiques
Il existe des règles qui gouvernent la nomenclature bactérienne et qu’il faut
respecter pour établir une « nomenclature correcte ».

Ces règles sont rassemblées dans le « Code International de Nomenclature des

Bactéries » établi par le « Comité International de Systématique des Procaryotes ».

Une nomenclature est correcte si elle respecte ces règles :

Le nom latin comprend deux parties:

Nom du genre: italique et débutant par une majuscule (Escherichia).

 L’épithète spécifique: italique et minuscule ( coli).

Peut être abrégé après le premier usage ( E. coli).

Structure hiérarchique en taxinomie

Genre: Groupe bien défini, d’une ou plusieurs espèces, qui est clairement
séparé des autres genres.
 Définir une espèce de procaryote

On ne peut pas utiliser la même définition que pour les organismes
eucaryotes supérieurs car les procaryotes ne se reproduisent pas de
façon sexuée.

Les espèces biologiques sont le produit de l’évolution et il en résulte que

des ensembles d’un même taxon sont semblables car ils sont la
descendance d’un ancêtre commun.

Les taxonomistes se doivent donc d’étudier cette espèce biologique à

travers la phylogénie.

 Par ailleurs, les bactéries forment une très grande diversité comparées
à des êtres supérieurs et ceci résulte de deux principales causes :
La durée de leur évolution est très différente puisque l’apparition des
procaryotes pourrait remonter à trois ou quatre milliards d’années
tandis que celle de l’homme par exemple ne remonte qu’à 300 mille
ans et le temps de génération est très différent (ex. 20 minutes pour
Escherichia coli et 25 ans pour l’homme).

dans la nature les modifications génétiques résultent principalement des

mutations et moins souvent de l’échange de plasmides. Les
recombinaisons sexuelles sont très incomplètes chez les bactéries et ne
correspondent pas à un échange de caractères venant des deux
partenaires.

Dans ces conditions la définition de l’espèce bactérienne est difficile. Elle

diffère selon les critères retenus pour apprécier la similitude des
souches, ce qui a conduit à constituer des comités internationaux
chargés de définir ces critères.
Il n’existe donc pas une définition exacte et universelle de l’espèce
bactérienne.

Plusieurs propositions ont été formulées, notamment les suivantes :

● Genomospecies : Les individus issus d’un même ancêtre et ayant

conservé une structure génétique complètement ou partiellement
identique appartiennent à la même genomospecies. Ces individus
peuvent donc être phénétiquement différents.

Aujourd’hui une genomospecies est définie par un taux d’hybridation

ADN-ADN (taux de réassociation de leurs brins d’ADN) supérieur à 70%
pour des souches d’une population bactérienne donnée (Wayne et al.,
1987; Wellington et Ul-Hassan, 2009).
● Taxospecies : définie un ensemble d’individus adaptés à une niche
écologique, partageant la majorité des caractères et
phylogénétiquement plus ou moins semblables et différents des
individus des autres taxospecies.

● Nomenspecies : définie dans un but pratique (médicale, industriel…)

par quelques caractères intéressants que doit posséder tous les individus
du taxon.
En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche-type (la
première souche de l’espèce décrite et par l’ensemble des souches
considérées comme suffisamment proches de la souche-type pour être
incluses au sein de la même espèce.

Une souche
oElle provient d’un organisme unique ou d’un isolat de culture pure.

o Biovars: Différences biochimiques ou physiologiques.

oMorphovars: Différences morphologiques.

oSérovars: Propriétés antigéniques distinctes.

 Une souche type

Habituellement une des premières souches étudiées.

Souvent plus complètement caractérisée que les autres souches.

Cependant, elle n’est pas toujours le membre le plus représentatif.

La souche type de l’espèce est appelée espèce type. C’est le type
nomenclatural ou détenteur du nom de l’espèce.
 Le Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology
Le Manuel de Bergey de bactériologie déterminative a été lancé pour la
première fois en 1923 par la Société des Bactériologistes Américains
(SAB), appelée aujourd’hui (American Society for Microbiology), en
composant un comité de rédaction dont David H. Bergey était le président.

Ce conseil, a publié sa première édition du Manuel en 1923.

Le conseil d’administration, a publié une deuxième édition du Manuel en

1925 et une troisième édition en 1930.

En 1936, la société des bactériologistes américains a exécuté un acte de

fiducie (transfert de propriété soumis à des conditions d’usage) désignant
David H. Bergey, Robert S. Race, et E.G.D. Murray comme fiduciaires
initiaux, et fixant la possibilité de transfert de la propriété du Manuel aux
fiduciaires successeurs, ses droits d’auteur et le droit de recevoir les
revenus provenant de sa publication.

La Fiducie est un organisme à but non lucratif et son revenu est utilisé
uniquement à des fins de préparation et d’édition du Manuel.
Cette association est devenue depuis une véritable entreprise internationale dirigée
par une fiducie indépendante. Les fiduciaires ont publié plusieurs éditions du Manuel
de Bergey de bactériologie déterminative (datées de 1934, 1939,1948,1957, et
1974, 1977 et 1994).
La Fiducie publie actuellement dans le « Manuel de Bergey de bactériologie
systématique »,
un document plus complet et un recueil unique sur la systématique bactérienne.

Sa première édition (1984 - 1989) est composée de quatre volumes dont 33 sections
: Principalement phénétique

Volume 1 (1984): Gram-negatif Bacteria of general, medical, or industrial importance.

Volume 2 (1986): Gram-positif Bacteria other than Actinomycetes.

Volume 3 (1989): Archaeobacteria, Cyanobacteria, and remaining Gram-negatif

Bacteria.

Volume 4 (1989): Actinomycetes.

La deuxième édition, plus récente (2001 - 2012) est composée de 5 volumes
: Principalement phylogénique plutôt que phénétique

Volume 1 (2001): The Archaea and the deeply branching and phototrophic
Bacteria.

Volume 2 (2005): The Proteobacteria. Composé de trios parties, A, B et C.

Volume 3 (2009): The Firmicutes

Volume 4 (2010): The Bacteroidetes, Spirochetes, Tenericutes (Mollicutes),

Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes,
Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes.

Volume 5 (2012): The Actinobacteria.

Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria

 Les bases de données
taxonomiques
Les chercheurs en microbiologie font appel à des
bases de données taxonomiques, afin de connaître la
classification d’organismes d’intérêt.

Il en existe actuellement huit majeures répertoriant

des noms taxonomiques associés à une
classification.
1-La List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
(LPSN, http://www.bacterio.net/, Euzéby 1997 ; Parte 2014 ;
Parte 2018)

2-Le NCBI Taxonomy The National Center for Biotechnology

Information (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy, Federhen
2012) est la base de données taxonomiques de l’INSDC (formée
par GenBank, Embl et DDBJ (DNA Data Bank of Japan)).

3-The All-Species Living Tree Project (LTP, https://www.arb-

silva.de/projects/living-tree/) a débuté en 2007 et son but est de
fournir une taxonomie phylogénétique basée sur le gène de
l’ARNr 16S (Yarza et al. 2008 ; Yarza et al. 2010 ; Munoz et al.
2011).
4-La taxonomie SILVA (https://www.arb
silva.de/documentation/silva-taxonomy/) est basée sur un arbre
phylogénétique guide, de séquences du gène de l’ARNr 16S initié
en 2004 par le projet ARB (Ludwig et al. 2004 ; Yilmaz et al.
2014)
5-Greengenes (https://greengenes.secondgenome.com) est une
base de données de séquences de gènes de l’ARNr 16S qui
contient également une classification et une taxonomie
(McDonald et al. 2012)

6-The Ribosomal Database Project (RDP, https://rdp.cme.msu.edu/)

est à la fois une base de données de séquences alignées et annotées
de gènes de l’ARNr 16S et une compilation d’outils permettant
d’analyser ces séquences ou des séquences extérieures (Cole et al.
2014).
 7-Open Tree of Life (OTL, https://tree.opentreeoflife.org/) est
un projet de construction de super arbre phylogénétique
représentant l’intégralité des organismes vivants (Hinchliff et
al. 2015).

8-Genome Taxonomy DataBase (GTDB,

https://gtdb.ecogenomic.org/) est une base de données taxonomique
(Parks et al. 2018).
Sélection de collections de cultures majeures. L’ensemble des
abréviations est disponible sur le site d’IJSEM (International
Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (previously
International Journal of Systematic Bacteriology)
 Les différentes approches taxonomiques
Taxonomie
numérique
-caractères La La taxonomie
Taxonomie
morphologiques, chimiotaxonomie moléculaire ou
Phénétique
biochimiques, Constituants phylogénitique
caractères
culturaux , cellulaire -détermination du G+C
morphologiques
présence ou Peptidoglycane p.cent.
absence d’un Quinones -les hybridations
constituant Lipides polaires d’acides nucléiques
cellulaire ADN-ADN
-Présence de -Etude de diverses
caractère codé séquences génétiques.
1
Absence de
caractère codé 0

Rassembler dans
une classe de
similitude
 Taxonomie Phénétique

Groupe les organismes suivant la similitude de leurs caractères

phénotypiques.

Depuis la classification proposée par Cohn en 1872 et jusqu'au début des

années 1960, toute la taxonomie bactérienne reposait sur une classification
phénétique.

La classification phénétique ou phénotypique utilise un faible nombre de

caractères considérés comme importants tels que la morphologie, la mise en
évidence d’un caractère biochimique, l’habitat, etc., mais elle ne reflète qu’un
nombre très réduit d’informations.

De plus, les caractères considérés comme importants sont subjectifs et peuvent
varier d’un auteur à un autre, ce qui est une source d’instabilité. Il faut savoir
également que ces caractères peuvent être absents notamment chez les germes
mutants.
 La taxonomie numérique

En 1763, le botaniste français Adanson proposait une

méthode de classification qui tenait compte de l'ensemble
des caractères d'un organisme. En 1957, Sneath applique
une méthode similaire aux bactéries et développe une
taxonomie qualifiée de numérique ou d'adansonienne.

Cette méthode consiste à étudier pour chaque souche,

plus d’une centaine de caractères et attribuer la même
importance à chacun des caractères qui sont codés 1 (en
cas de présence du caractère) ou 0 (en cas d’absence).

Les donnés sont introduites dans un ordinateur qui calcule

les similitudes entre les individus et les regroupe ainsi en
catégories de ressemblance.
L’établissement de la structure taxonomique se fait donc à l’aide
d’un programme d’agrégation (cluster analysis) qui évalue la
ressemblance entre les souches en calculant un indice
numérique.

Un dendrogramme résulte de cette analyse .

Pour estimer la ressemblance entre deux souches ‘‘i’’ et ‘‘j’’, on
utilise le coefficient de Jaccard-Sneath:

[ S (i,j) = Np/(Np + Nn) ]

S (i,j) = coefficient de similitude entre i et j (varie de 0 à 1)

Np = nombre de caractères positifs chez i et chez j
Nn = nombre de caractères négatifs chez i et j.
Il faut savoir toutefois que même en augmentant le nombre
de caractères étudiés, jusqu’à 300 tests, la taxonomie
numérique n’évalue que 5 à 20 % du potentiel génétique
d’une bactérie.
Figure : Schéma représentant un dendrogramme résultant
d’une analyse taxonomique numérique. S(1-6):
 La chimiotaxonomie

La chimiotaxonomie se base sur l'étude de constituants

cellulaires. Les plus utilisés sont:

 le peptidoglycane,

les quinones (présence de ménaquinones ou d'ubiquinones),

 les lipides polaires (utilisés par exemple pour la taxonomie du

phylum des Actinobacteria) et les acides mycoliques
(taxonomie des genres Corynebacterium, Dietzia, Gordonia,
Nocardia, Rhodococcus et Tsukamurella).

 Les méthodes chimiotaxonomiques sont complexes et réservées

à des laboratoires spécialisés.
La taxonomie moléculaire ou phylogénitique

A partir de la deuxième moitié du vingtième siècle, avec

le développement des outils moléculaires et les méthodes
génétiques, la taxonomie phylogénétique a commencé à
se mettre en place.

Actuellement, la classification des procaryotes est

basée sur l’analyse des acides nucléiques.
 Composition en base des acides nucléiques

En 1949, Chargaff et al. montrent que le contenu en bases puriques

(G = guanine, A = adénine) et en bases pyrimidiques (C = cytosine,
T = thymine) de l'ADN pouvait varier, mais qu'il était relativement
constant pour les individus d'une même espèce.

Contenu en GC
Mol% G + C = (G + C) x100
(G + C + A + T)
Contenus en GC représentatifs des micro-organismes
 Le contenu en GC% de l’ADN bactérien est très dispersé
et varie entre 25-75%.

 Actuellement, on admet que les bactéries dont le GC %

diffèrent de plus de 5 % ne peuvent appartenir à la même
espèce et que les bactéries dont les GC diffèrent de plus de
10% ne peuvent appartenir au même genre.

 Il faut cependant savoir que des valeurs de GC %

identiques n’impliquent pas l’appartenance obligatoire des
bactéries à la même espèce, car la disposition des bases
peut être très différente sur l’ADN.
Hybridation des acides nucléiques

oMarmur et al. (1961) ont découvert que les brins d’ADN

séparés sous l’effet de température pouvaient se réassocier
à nouveau. C’est le phénomène de la renaturation de l’ADN.
Ce phénomène peut se produire entre deux molécules
d’ADN à condition de présenter une homologie.

oLa renaturation est réalisée à partir d’un mélange de deux

ADN dénaturés provenant de bactéries différentes et afin de
reconnaitre la provenance de chaque brin d’ADN dans
l’hybride, l’un des ADN est marqué par un isotope radioactif
(32P ou 3H).
 Hybridation des acides nucléiques

oLe principe consiste donc à déterminer le taux de

ressemblance entre deux espèces, suivant le taux de
réassociation de leurs brins d’ADN. Deux espèces sont
considérées différentes si elles ont un taux de ressemblance
(taux de réassociation de leurs brins d’ADN) inférieur à 70%.

oL’hybridation a permis de rapprocher des genres bactériens

qui étaient à priori assez éloignés. Ex : les genres Shigella et
Escherichia de la famille des Enterobacteriaceae.
 Etude des ADN codant pour l’ARN 16S
Le principe de base consiste à comparer des gènes homologues
c’est-à-dire descendant d’un ancêtre commun et ayant conservé
une fonction identique au cours du temps.

Le choix des séquences à comparer a posé un problème, car il

était difficile de trouver une molécule qui soit présente et
homologue chez tous les organismes et qui présente des niveaux
successifs d’informations.
En effet, pour comparer des organismes très éloignés, il faut
utiliser des séquences qui restent sensiblement conservées durant
des centaines de millions d’années, tandis que la comparaison
d’organismes proches requiert l’étude des séquences où des
mutations se seront accumulées en quelques millions d’années.

Les séquences d’ADN codant pour les ARN ribosomaux ont été
choisies pour les raisons suivantes:
:
1. Elles sont présentent chez toutes les cellules ce qui permet
une comparaison entre procaryotes et eucaryotes.

2. Elles ont une structure conservée car toute modification

pourrait avoir des conséquences importantes sur les synthèses
protéiques.

3. Il existe des parties dans ces séquences qui sont identiques

chez tous les êtres vivants et qui sont les vestiges communes
du vivant.

4. - Il est facile de les extraire et de les purifier

L’ADN codant pour l’ARN 16S est le plus souvent utilisé en

taxonomie parce qu’il est moins long (et donc plus facile à
manipuler) que le 23S et plus long (et donc plus riche en
information) que le 5S.
oPour Kim et al., (2014), lorsqu’il existe moins de 98,65 %
d’homologie (ressemblance) entre les séquences d’ADNr 16S de
deux souches, ces souches appartiennent à des espèces
différentes; en revanche si le pourcentage d’homologie est égal ou
supérieur à 98,65 %, seul l’hybridation ADN-ADN pourra nous
renseigner sur l’appartenance des deux souches à la même espèce
ou à deux espèces différentes.

oAu bout d’une étude phylogénétique, on finit par établir un arbre

phylogénétique qui consiste à représenter les distances existantes
entre les espèces étudiées.

oAutrement dit, un arbre phylogénétique nous renseigne sur le lien

de parenté qui sépare les individus mais en répondant qu’à la
question de qui est plus proche de qui, contrairement à un arbre
généalogique ou on peut savoir qui descend de qui.
 Les arbres phylogénétiques

Nœuds = Unités
taxinomiques (i.e.,
espèce ou genre)

Nœuds terminaux =
Organismes vivants

Arbres racinés =
Comporte un
nœud qui sert
d’ancêtre
commun
1. Aligner les séquences.

2. Déterminer le nombre de
positions qui varient
entre les séquences.

3. Exprimer cette
différence i.e., distance
évolutive

4. Utiliser cette mesure de

différence pour créer un
arbre phylogénétique.
 Comparaison d'organismes proches 

Des gènes, autres que ceux codant pour les ARNr 16S,
peuvent être séquencés.

Le séquençage d'un "gène de ménage" (housekeeping

gene, gène qui assure les fonctions indispensables à la vie de
tous les types de cellules) ou de plusieurs ( 6 à 7) "gènes de
ménage" (MLSA ou MultiLocus Sequence Analysis) ont été
largement utilisés pour classer des espèces au sein de
genres bactériens.
 Réaction de polymérase en chaîne
Si on connaît la séquence de
certaines portions d’un gène ou d’un
fragment d’ADN d’intérêt, on peut
l’amplifier en conditions in vitro. Cette
procédure s’appelle la réaction de
polymérase en chaîne (PCR ou
Polymerase Chain Reaction). Étapes
de la réaction:

1) Dénaturation (95°C) étape qui

dénature les deux fragments d’ADN

2) Hybridation (température variable)

étape où les amorces s’hybrident à
leurs séquences complémentaires

3) Élongation (72°C) Extension des

amorces par l’ADN polymérase
Enzymes qui clivent l’ADN
•Reconnaissent des séquences
nucléotidiques spécifiques
Taxonomie mixte et consensuelle (polyphasic taxonomy)

Les termes de "polyphasic taxonomy" ont été introduits en

1970 par Colwell pour faire référence à une classification qui
tient compte d'un maximum de données :

1. données génétiques,

2. données phénotypiques,

3. données chimiotaxonomiques,

4. données écologiques...