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Les propriétés antimicrobiennes, promotion de la

croissance et génomiques de la souche de Bacillus


velezensis LDO2 d’arachide

Présentée par:
El Fadil Meryem
Rharbi Siham
isolement et identification de Bacillus velezensis
LDO2
Méthode d’isolement de la souche LDO2

Stérilisation en • Immersion des racines dans 75% d’éthanol/3min.


surface des • Immersion dans 3% d’hypochlorite de sodium/6min.
racine • Immersion dans 75% d’éthanol/ 30 s.
d’arachide • Rinçage par l’eau distillée stérile 6 fois.

• écrasement des racines de manière aseptique avec 5ml du


Culture des tampon PBS.
• échantillon obtenu été diluée et étalée sur des plaque de
bactéries
gélose nutritive/ cultivée pendant 48h.
• Obtention des colonies.

Vérification de la • Différents colonies sont sélectionné et striée


pureté des
colonies sur des plaques de gélose nutritive
Identification des caractéristiques de la souche LDO2

 Caractéristique morphologique:

Forme
Formebâtonnet
bâtonnet,Gram+,
,Gram+,spore
sporesans
sans
capsule
capsule
colonie
colonieblanche
blancheopaque
opaque, ,rugueuse
rugueuseetetcrémeux
crémeuxavec
avecdes
des
bord
bordirrégulier
irrégulieretetqui
quipousse
poussesur
surgélose
gélosenutritive
nutritive
Identification des caractéristiques de la souche LDO2
 Caractéristique physiologique:

la souche LDO2 était négative pour la


Source de carbone: le positive pour la réaction d'oxydase et
glucose, le saccharose, le fermentation du glucose, la production
fructose, le mannose, le l'hydrolyse de la caséine, la d'indole.
ribose et le maltose liquéfaction de la gélatine,
l'hydrolyse de l'amidon
Identification des caractéristiques de la souche LDO2
 Caractéristique moléculaire :

Le séquençage de l’ARNr 16s de la souche LDO2 montre qu’elle formé


un cluster étroitement lié aux souches de B. velezensis
Caractéristique génomique de la souche LDO2

La
Laplupart
plupartdes desgènes
gènesqui quicodent
codent
pour les protéines ils sont associées
pour les protéines ils sont associées
ààdes
desfonctions
fonctionscomme:
comme:
métabolisme,
métabolisme, transport
transport des
desles
acides 135
86 gènes
chromosome
aminées,
135 gènes
chromosome
gènes codants
circulaire
des
codants
circulaire
codants pour
de
de
pour
3,947,271
carbohydrate
pour les
3,947,271
l’ARNt
27
3774
acides
Pb 86
27
3774 gènes
gènes
gènes
gènes
avec une
codants
codants
aminées,
gènes des
codants
codants
codants
teneur
pour
pour les
pour
pour
pour
de G+C=
l’ARNr
protéines
carbohydrate
l’ARNt
les l’ARNr
protéines
46,50%
Pb avec
etetdes ionsprotéines
une
inorganiques
protéines secrétés
teneursecrétés
de G+C= 46,50%
des ions inorganiques
transcription
transcription
biosynthèse,
biosynthèse,transport
transportetetlele
catabolisme
catabolismedes desmétabolites
métabolites
secondaires
secondaires
Activité antimicrobienne de Bacillus velezensis
Activité antimicrobienne de Bacillus valenzensis
(Essai de co-culture sur plaque PDA)

 Activité antifongique
Inoculation d’un
Inoculation d’un
Culture de chaque bouchon de Inoculation de la
Culture de chaque bouchon de Inoculation de la
champignon sur mycélium de 6 mm bactérie B. valenzensis
champignon sur mycélium de 6 mm bactérie B. valenzensis
une plaque PDA de diamètre au sur la même plaque
une plaque PDA de diamètre au sur la même plaque
pendant 4 à 6 jours centre de plaque avec 25 mm du centre
pendant 4 à 6 jours centre de plaque avec 25 mm du centre
PDA
PDA

La présence d'une zone


d'inhibition entre la souche
Plaque cultivée à 28 °C
LDO2 et le champignon Plaque cultivée à 28 °C
Jusqu’à ce que le
indique une activité Jusqu’à ce que le
champignon de la
antifongique champignon de la
plaque témoin atteint la
plaque témoin atteint la
totalité de la plaque
totalité de la plaque
Activité antimicrobienne de Bacillus valenzensis
(Essai de co-culture sur plaque cylindrique)

 Activité antibactérienne
Ajout d’une faible Refroidissement de
concentration de gélose, placement
Inoculation de la bouillon à la gélose à
bactérie pathogène d’une cylindre stérile
45°C, puis au centre de la boîte
dans bouillon nutritif versement de
pendant 24 h à de pétri, ajout d’une
bouillon dans des concentration précise
30 °C boîtes de pétri dans ce cylindre

Les plaques ont


d'abord été maintenues
La présence d'une zone d'inhibition autour
à 4 ° C pendant 2 h,
du cylindre indique une activité puis cultivé à 30 ° C
antibactérienne pendant 24 h
Activité antimicrobienne de Bacillus valenzensis
Alternaria tenuissima

Aspergillus flavus
Bacillus
Bacillus Aspergillus niger
valenzensis
valenzensis
inhibe la
inhibe la Fusarium oxysporum Champignons
croissance de
croissance de
Fusarium moniliforme

Rhizoctonia solani

Rhizopus sp
Ralstonia solanacearum
Promotion de la croissance des plante
Caractéristiques liées à la croissance de la plante

Solubilisation du
phosphate

Promotion de
la croissance
de la plante

Stimulation de la Synthèse des


croissance des racines sidérophores
Solubilisation de phosphate

la souchePrésence
LDO2 a étédes
Présence deshalos
incubée sur un
halos
milieu dedephosphore inorganique
solubilisation de
de solubilisation
contenant du phosphate tricalcique de
phosphate
et cultivéephosphate autour
à 35 ° C pendant autour
7 jours
de
pour observer lasicolonie
le halo de la
solubilisant
de la colonie de la
le phosphatesouche
était apparu.
LDO2
souche LDO2
Synthèse des sidérophores
 la bacillibactine est un sidérophore détecté dans le bouillon de la souche
LDO2 et a pour but de:
• favorisé la croissance de la plante
• protégé la plante contre les agents pathogènes

Cluster de gène
dhb
Stimulation de la croissance des racines

Essai biologique de croissance des


racines avec le cultivar HY15.
une augmentation significative de la
longueur des racines a été observée dans
les plants d'arachide traités (à gauche)
,Par rapport au témoin non inoculé (à
droite)
Les gènes impliquant dans la synthèse des composés favorisant la
croissance de la plante
Gènes Produits géniques Fonctions
alsS Acétolactate synthase Synthèse de 3-hydroxy-2-
butanone
bdhA 2,3-butanediol déshydrogénase Synthèse de 2,3-
butanediol
ysnE N-acétyltransférase Synthèse d’AIA
treA Trehalose-6-phosphate hydrolase Synthèse de tréhalose
phy 3-Phytase Synthèse de phytase
Bases génétiques pour l'inhibition des agents pathogènes
Bases génétiques pour l'inhibition des agents pathogènes
Dans le génome de B. valenzensis LDO2 32 gènes codent pour la
biosynthèse de métabolites secondaires dont 8 ont été identifiés comme étant
associés à des métabolites secondaires antimicrobiens.

4 antibiotiques 2 lipopeptides: 1 sédérophore: 1 dipeptide:


polycétides: • Fengycine • Bacillibactine Bacilysine
• Butirosine • Surfactine
• Bacillaéne
• Difficidine
• Macrolactine

une excellente activité antibactérienne


Fengycine Forte activité antifongique

Surfactine et Activité antibactérienne et


Bacilysine antifongique

Bacillaéne Activité antibactérienne


et Macrolactine

Donc ces métabolites constituent la base de l’inhibition des agents pathogènes


Gènes liés aux protéines sécrétées
Gènes liés aux protéines sécrétées
 Dans le génome de la souche LDO2, 135 gènes codent pour les protéines
sécrétées qui jouent plusieurs rôles,dont 42 gènes codent pour diverses sécrétases.

Communication Les Destruction des


Les hydrolases Détoxication Les transférases
cellulaire oxydoréductases concurrents

Absorption des
Les isomérases Les lyases
nutriments
L’arabinosidase l'amidase

l'estérase l'acylhydrolase

L’hydrolases
la lactamase la phytase

la peptidase la xylanase
la
carboxypeptidase
Conclusion
 Bacillus velezensis LDO2 possèdent la capacite de:
o synthétiser des métabolites antimicrobienne
o promotion de la croissance de la plante

Agent de lutte biologique potentiel dans la production d’arachide


 le génome complet de la souche LDO2 a fourni des moyens efficaces
de comprendre les mécanismes génétiques qui sous-tendent
l'inhibition des agents pathogènes et la promotion de la croissance.