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BIOLOGIE Biotech 1
MODULE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
Chapitre 1
ADN, chromosomes et génomes
Biotech 1 - 2021-2022
ADN & génomes SOMMAIRE
1. Introduction
2. Structure des acides nucléiques (rappels de biochimie)
2.1. Les nucléotides
2.1.1. Composition des nucléotides
2.1.2. Nomenclature
2.2. Structure de l’ADN
2.2.1. Deux chaînes de nucléotides
2.2.2. La double hélice
2.2.3. Conformations alternatives
2.2.4. ADN circulaires
2.2.5. ADN topoisomérases
2.3. Structure des ARN
2.3.1. Différents types d’ARN
3. Conditionnement de l’ADN chez l’humain
3.1. Niveaux de compactage
3.2. La chromatine
3.3. Les nucléosomes
3.4. Régulation du niveau de compaction
3.5. Génome mitochondrial
4. Organisation et contenu du génome humain
4.1. Les chromosomes
4.2. Séquences d’ADN non répétées
4.3. Séquences d’ADN modérément répétées
2
4.4. Séquences d’ADN fortement répétées
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ADN & génomes SOMMAIRE
1. Introduction
2. Structure des acides nucléiques (rappels de biochimie)
3. Conditionnement de l’ADN chez l’humain
4. Organisation et contenu du génome humain
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ADN & génomes 1. INTRODUCTION
HISTORIQUE
cf BIOTECH 2
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Biotech 1 - 2021-2022
ADN & génomes 1. INTRODUCTION
QUELQUES DÉFINITIONS
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Biotech 1 - 2021-2022
ADN & génomes 1. INTRODUCTION
2 TYPES
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Biotech 1 - 2021-2022
ADN & génomes 1. INTRODUCTION
ADN
cytoplasme
traduction
protéines
- compartimentalisation chez les eucaryotes
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ADN & génomes SOMMAIRE
1. Introduction
2. Structure des acides nucléiques (rappels de biochimie)
2.1. Les nucléotides
2.1.1. Composition des nucléotides
2.1.2. Nomenclature
2.1.3. Polymérisation
2.2. Structure de l’ADN
2.2.1. Deux chaînes de nucléotides
2.2.2. La double hélice
2.2.3. Conformations alternatives
2.2.4. ADN circulaires
2.2.5. ADN topoisomérases
2.3. Structure des ARN
2.3.1. Différents types d’ARN
3. Conditionnement de l’ADN chez l’humain
4. Organisation et contenu du génome humain
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
- nucléotides :
P base
O
sucre
= 1 base azotée + 1 sucre + 1 groupement phosphate
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
LES SUCRES
- ribose → ARNs
- β-2-désoxyribose → ADN
- numérotation 1’ à 5’
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
BASES AZOTÉES
- 3 bases pyrimidiques
- 2 bases puriques
→ adénine (A), guanine (G)
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
BASES AZOTÉES
liaison N-osidique
- C1’ du sucre
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
LE GROUPEMENT PHOSPHATE
O O
-
HO P OH O P O-
OH O-
acide ion phosphate
phosphorique inorganique Pi
P
OH O
base base P base
O P OH H O CH2 O HO P O CH2 O
= O
OH sucre sucre sucre
OH
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
liaison phosphoester
O
- P
O O 5' base
a
O- O
sucre 1'
liaison N-osidique
nucléoside
nucléotide
14
- - -
C O C O P O C C O C O P O C O P O P O-
Biotech 1 - 2021-2022 O- O- O- O-
ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
ester ester phosphorique anhydride d'acide anhydride mixte anhydride d'acide phosphoriq
ou phosphoester ou anhydride phosphorique
!
2.1. Les nucléotides
liaison phosphoester
2.1.2. Nomenclature
1.1.2. Nomenclature
O
Les nuclé oside s sont composés d'une ba se azotée associée -
O P O à 5'un r ibose par une liaison N-osid
base
entre le C1' de l’ose et le N 1 de s ba se s pyr im idiqu e s oua le- N 9 de sOba se s pur iqu e s.
O
sucre :1' A pour l'adénine,
Les bases azotées sont conventionnellement désignées par une initiale T pou
liaison N-osidique
- nucléoside = base + sucre
thymine, C pour la cytosine, G pour la guanine, U pour l'uracile.
nucléoside
Chaque
- nucléotide base peut entrer
= nucléoside dans la structure
monophosphate (α) de deux nucléosides, selon que le sucre est un ribose ou
désoxyribose. nucléotide
Les nuclé ot ide s sont composés d'une ba se azotée, d'un r ibose et d'un ph ospha t e (α) relié par
liaison ester à une fonction alcool du ribose. D'autres groupements phosphates (β et γ) peuvent
reliés, le nombre total de résidus phosphates ne pouvant pas excéder 3.
Les nuclé ot ide s sont donc des nuclé oside s liés à u n ou plusie ur s ph ospha t e s. Les groupem 15
phosphate sont reliés entre eux par des liaisons a n h ydr ide ph osph or iqu e r iche s e n é ne r gie .
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
NUCLÉOTIDES POLYPHOSPHATES
- 1, 2 ou 3 groupements phosphates
→ liaison anhydride phosphorique riche en énergie
liaisons
anhydride
phosphorique !
liaison phosphoester
O O O
- P P P
O O O O 5' base
g b a
O- O- O- O
sucre 1'
N9 (purines) ou
N1 (pyrimidines)
nucléoside
nucléoside triphosphate
O O O
O O O 2 Pi
-
O P O P O P O base
-O P O P O P O base O
O - - - pyrophosphat ase
O O O
O- O- O -
OH O O O
liaison -O liaisons -
P O phosphoesters + O P O P O-
phosphodiester
O O O O O- O-
- base CH2 base PPi
O P O P O P O O
O
O- O- O-
extrémité libre pour la
OH OH
pousuite de la polymérisation
OLIGONUCLÉOTIDE
extrémité 5'
O
-
O P O
5'
base - unités alignées dans la même direction
O
O- bases azotées
3' branchées - orientation : extrémités 5’ et 3’
O latéralement
-
O P O - squelette sucre-phosphate invariant
O
5'CH2 base - bases azotées branchées latéralement
O
3' squelette
O
- séquence variable = séquence des bases
sucre-phosphate
-
O P O azotées
O
5'CH2 base
O
3' nombreuses charges négatives
O
-
O P O
O
base
CONVENTIONS
5' CH2
O
! - séquence = enchaînement des bases
3'
extrémité 3' OH - 5’ → 3’
etc...
ACG ≠ GCA 18
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
- 2 brins antiparallèles
- largeur : 20 Å
- pas : 34 Å
- environ 10 paires de bases (pb ou bp) par tour
- translation de 0,34 nm
- structure stabilisée par liaisons H + interactions hydrophobes entre les plan des bases
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
N O H NH N HN H O
7 7
8 8
9 5 6 4 5 9 5 6 4 5
N 1N H N3 6 N 1N H N3 6
4 4
3 2 2 1 3 2 2 1
N N N N
H
guanine HN O
adénine O
cytosine thymine
EN RÉSUMÉ
- 4 types de nt
(liaisons covalentes)
-2 brins complémentaires et
antiparallèles
- bases au centre
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
physiologique alternance de purines
2.2. Structure! de l’ADN et pyrimidines
étroit large
grand sillon plat
profond profond
étroit étroit
petit sillon large
très profond très profond
- tous les ADN bactériens, certains ADN viraux, ADN mitochondriaux et chloroplastiques,
quelques eucaryotes unicellulaires
- surenroulés par rapport aux ADN linéaires (nombre d’enlacements supérieur) → superhélice
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
- ARNm (messager)
- environ 2%
- transcription des gènes → information nécessaire à la synthèse protéique
- durée de vie courte → renouvellement rapide
- un même ARN peut être lu plusieurs fois
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
- ARN 7SL
- < 1%
- dans particule de reconnaissance du signal peptide
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ADN & génomes 2. STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES
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ADN & génomes SOMMAIRE
1. Introduction
2. Structure des acides nucléiques (rappels de biochimie)
3. Conditionnement de l’ADN chez l’humain
3.1. Niveaux de compaction
3.2. La chromatine
3.3. Les nucléosomes
3.4. Régulation du niveau de compaction
3.5. Génome mitochondrial
4. Organisation et contenu du génome humain
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN
- de petite taille
- ADN double brin circulaire = unique chromosome circulaire associé à des protéines
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
GÉNOME HUMAIN
= 6.109 pb
= 2x 3.109 pb
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
- autres protéines 36
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
vert : 30 premiers aa de
la queue de chaque histone
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
queues :
- très mobiles, changent de conformation selon liaison d’autres protéines
- siège de modifications post-traductionnelles régulatrices (acétylation, phosphorylation,
méthylation, ribosylation,…)
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
exemple de l’histone H3
→ compaction de l’ADN contrôlé par modifications des histones sur les queues
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
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ADN & génomes 3. CONDITIONNEMENT DE L’ADN HUMAIN
gènes mitochondriaux :
- 2 gènes d’ARN ribosomiques (12S et 16S)
1. Introduction
2. Structure des acides nucléiques (rappels de biochimie)
3. Conditionnement de l’ADN chez l’humain
4. Organisation et contenu du génome humain
4.1. Les chromosomes
4.2. Séquences d’ADN non répétées
4.3. Séquences d’ADN modérément répétées
4.4. Séquences d’ADN fortement répétées
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ADN & génomes 4. ORGANISATION ET CONTENU DU GÉNOME HUMAIN
chromosomes 1 à 22 : autosomes
- classés selon la taille
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ADN & génomes
cf chap 8
GÉNOME :
- gènes (30%) :
- séquences “codantes” (< 10%)
- séquences “non codantes”
- régions intergéniques (70%)
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ADN & génomes 4. ORGANISATION ET CONTENU DU GÉNOME HUMAIN
mais la plupart des gènes humains sont plus longs que chez la levure
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ADN & génomes 4. ORGANISATION ET CONTENU DU GÉNOME HUMAIN
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ADN & génomes 4. ORGANISATION ET CONTENU DU GÉNOME HUMAIN
→ gènes : séquences codant les protéines (sauf histones : ADN modérément répété)
25 000 gènes
- génome humain relativement petit par rapport à d’autres espèces (drosophile 13 000 gènes)
→ épissage alternatif !
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ADN & génomes 4. ORGANISATION ET CONTENU DU GÉNOME HUMAIN
- séquences non-codantes
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ADN & génomes 4. ORGANISATION ET CONTENU DU GÉNOME HUMAIN
LOCALISÉES
DISPERSÉES
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