Origines de La Biologie Contemporaine Une Histoire Des Idées Et Des Hommes by Pierre Vignais PDF

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LA BIOLOGIE,
DBS ORIGINES A NOS JOURS
UNE HISTOIRE DBS IDEES ET DBS HOMMES

Grenoble Sciences
Grenoble Sciences poursuit un triple objectif :
• realiser des ouvrages correspondant a un projet clairement defini,
sans contrainte de mode ou de programme,
• garantir les qualites scientifique et pedagogique des ouvrages retenus,
• proposer des ouvrages a un prix accessible au public le plus large possible.
Chaque projet est selectionne au niveau de Grenoble Sciences avec le concours
de referees anonymes. Puis les auteurs travaillent pendant une annee (en
moyenne) avec les membres d'un comite de lecture interactif, dont les noms
apparaissent au debut de 1'ouvrage. Celui-ci est ensuite publie chez 1'editeur le
plus adapte.
(Contact: Tel. : (33)4 76 51 46 95, e-mail: Grenoble.Sciences@ujf-grenoble.fr)
Deux collections existent chez EDP Sciences :
• la Collection Grenoble Sciences, connue pour son originalite de projets et sa
qualite
• Grenoble Sciences - Rencontres Scientifiques, collection presentant des
themes de recherche d'actualite, traites par des scientifiques de premie.r plan
issus de disciplines differentes.
Directeur scientifique de Grenoble Sciences
Jean BORNAREL, Professeur a 1'Universite Joseph Fourier, Grenoble I
Comite de lecture pour "La biologie, des origines a nos jours"

Eva PEBAY-PEYROULA, Professeur a 1'Universite Joseph Fourier, Grenoble I
Franchise FRIDLANSKY, Charge de Recherche CNRS, Gif-sur-Yvette
Jean-Claude MOUNOLOU, Professeur a 1'Universite de Paris-Sud, Orsay
Jean-Bernard ROBERT, Professeur a 1'Universite Joseph Fourier, Grenoble I
Jean GAYON, Professeur a 1'Universite Denis Diderot, Paris VII
Jean VICAT, Professeur a 1'Universite Joseph Fourier, Grenoble I
Alain BOURRET, Ingenieur au CEA, Grenoble
Jean BORNAREL, Professeur a 1'Universite Joseph Fourier, Grenoble I
Grenoble Sciences rec,oit le soutien

du Ministere de 1'Education nationale, du Ministere de la Recherche,
de la Region Rhone-Alpes, du Conseil general de 1'Isere
et de la Ville de Grenoble.
Realisation et mise en pages : Centre technique Grenoble Sciences

Illustration de couverture : Alice Giraud
(d'apres R. Perrier, 1936 - E. Haeckel, 1877 - A.L. Lehninger, D.L. Nelson & M.M. Cox, 1993)
ISBN 2-86883-519-8
© EDP Sciences, 2001
LA BIOLOGIE,
DES ORIGINES A NOS JOURS
UNE HISTOIRE DES IDEES ET DES HOMMES
Pierre VIGNAIS
SCIENCES
7, avenue du Hoggar
Pare d'Activite de Courtaboeuf, BP 112
91944 Les Ulis Cedex A, France
Ouvrages Grenoble Sciences edites par EDP Sciences
Collection Grenoble Sciences

Chimie. Le minimum vital a savoir (/. Le Coarer) - Electrochimie des solides
(C. Deportes et al.) - Thermodynamique chimique (M. Oturan & M. Robert) -
Chimie organometallique (D. Astruc)
Introduction a la mecanique statistique (E. Belorizky & W. Gorecki) - Mecanique
statistique. Exercices et problemes corriges (E. Belorizky & W. Gorecki) - La
symetrie en mathematiques, physique et chimie (/. Sivardiere) - La cavitation.
Mecanismes physiques et aspects industriels (J.P. Franc et al.) - La turbulence
(M. Lesieur) - Magnetisme : I Fondements, II Materiaux et applications (sows la
direction d'E. du Tremolet de Lacheisserie) - Du Soleil a la Terre. Aeronomie et
meteorologie de 1'espace (/. Lilensten & P.L. Blelly) - Probabilites et incertitudes
dans 1'analyse des donnees experimentales (K. Protassov)
Exercices corriges d'analyse, Tomes 1 et 2 (D. Alibert) - Introduction aux varietes
differentielles (/. Lafontaine) - Analyse numerique et equations differentielles
(J.P. Demailly) - Mathematiques pour les sciences de la vie, de la nature et de la
sante (F. & J.P. Bertrandias) - Approximation hilbertienne. Splines, ondelettes,
fractales (M. Atteia & }. Caches) - Mathematiques pour 1'etudiant scientifique,
Tomes 1 et 2 (Ph.]. Haug)
Bacteries et environnement. Adaptations physiologiques (/. Pelmont) - Enzymes.
Catalyseurs du monde vivant (/. Pelmont) - La plongee sous-marine a Fair.
L'adaptation de 1'organisme et ses limites (Ph. Foster) - L'ergomotricite. Le corps,
le travail et la sante (M. Gendrier) - Endocrinologie • et communications
cellulaires (S. Idelman & J. Verdetti)
L'Asie, source de sciences et de techniques (M. Soutif)
Minimum Competence in Scientific English (J. Upjohn, S. Blattes & V. Jans) -
Listening Comprehension for Scientific English (/. Upjohn) - Speaking Skills in
Scientific English (/. Upjohn, M.H. Fries & D. Amadis)
Grenoble Sciences - Rencontres Scientifiques

Radiopharmaceutiques. Chimie des radiotraceurs et applications biologiques
(sous la direction de M. Comet & M. Vidal) - Turbulence et determinisme (sous la
direction de M. Lesieur) - Methodes et techniques de la chimie organique (sous la
direction de D. Astruc)
AVANT-PROPOS
"Modern Science rests on the older discoveries. Every scientist is intensively aware of
this, and knows also that it would be instructive for himself and for students to refer
back to the original work as an aid to understanding present-day ideas and
terminology."
T.R. BOYDE - Foundation stones of Biochemistry - 1980
En 1802, le terme biologie est cree independamment par deux naturalistes, le

francais Jean-Baptiste LAMARCK et I'allemand Gottfried TREVIRANUS, pour
designer une science qui etudie les differentes formes de vie ainsi que les condi-
tions et les lois qui regissent le phenomene du vivant. Tout en conservant un
lien avec la systematique, cette definition autonomisait la biologie en tant que
discipline visant a etudier 1'organisation et le fonctionnement des organismes
vivants. Pendant le siecle precedent, des systematiciens avaient accompli un
effort considerable pour mettre de 1'ordre dans 1'extraordinaire diversite du
monde animal et vegetal, regrouper les especes qui s'y trouvent en categories et
etablir une classification. Des le XVII e siecle, 1'utilisation du microscope avait
montre, d'abord sur des cellules isolees, en particulier des protozoaires, puis sur
des fragments de tissus, qu'il etait possible grace a cet instrument d'aller plus
avant dans la connaissance du vivant que par le simple examen de la morpho-
logic de 1'animal ou du vegetal. Le XVIII 6 siecle est le temoin de progres en
physique avec des decouvertes significatives en electrostatique et en magnetisme
ainsi qu'en chimie avec, en particulier, une percee spectaculaire dans la
connaissance des gaz et la demonstration que 1'air respire par les animaux sert,
grace a 1'oxygene qu'il contient, a bruler des nutriments. La fonction de
reproduction et la mise en place des feuillets embryonnaires a partir de 1'ceuf
feconde sont egalement activement etudiees. Dans le fatras de la pathologie
s'elabore une classification des maladies, appelee nosologie. Quelques timides
propos sur le transformisme apparaissent dans la litterature, qui sont les
premisses de la theorie de revolution developpee au XIX e siecle. L'engouement du
public eclaire pour la science au XVIII6 siecle se traduit par un accroissement
notable du nombre de cabinets scientifiques a Paris et en province, ou Ton
expose des collections d'animaux, des fossiles, des herbiers, ainsi que par une
proliferation d'enseignements de la chimie, de la physique et des sciences
naturelles accompagnes de demonstrations.
Au debut du XIX 6 siecle, 1'idee de rassembler des methodes et des concepts se
rattachant a la structure et au fonctionnement du vivant dans une discipline a
part entiere, la biologie, arrivait done a point nomme. C'est sous cette banniere
6 LA BIOLOGIE, DES ORIGINES A NOS JOURS
que finirent par s'imposer a partir de 1850, en quelques decennies, la theorie de

revolution ainsi que la theorie cellulaire et les lois de I'heredite. La biologic cellulaire
s'individualisa au XX e siecle comme une expansion de la cytologie structurale,
apportant a cette derniere la necessaire information fonctionnelle. Dans la
premiere moitie du XX e siecle, les progres de la chimie et de I'enzymologie
accompagnes de la maitrise des preparations tissulaires et cellulaires permirent
le decryptage du metabolisme intermediate, c'est-a-dire du reseau des reactions
de degradation et de synthese qui caracterisent 1'etat vivant. L'interet des
geneticiens et des cytologistes pour 1'analyse microscopique du nombre, de la
forme et de 1'appariement des chromosomes fut a 1'origine de la cytogenetique.
Dans le milieu du XX e siecle, la conjonction de la biochimie et de la genetique
conduisit a 1'emergence d'une nouvelle discipline, la biologie moleculaire, dont
1'ambition est de comprendre le fonctionnement des cellules au travers du fonc-
tionnement des genes et de leurs produits. La microbiologie, de concert avec
Yimmunologie, prit ses racines a la fin du XIX e siecle alors que se developpait
1'analyse microscopique des cellules eucaryotes. Les interactions entre cellules
eucaryotes et microorganismes, en termes aussi bien de mecanismes qu'en
termes d'applications a 1'infectiologie, sont devenues des sujets d'actualite.
Le present ouvrage est issu d'un cours donne a des etudiants en physique et en
chimie en fin de cursus universitaire. Plutot que de leur enseigner, en un laps de
temps necessairement restreint, les connaissances actuelles en biologie, quelque-
fois difficiles a assimiler sans les bases indispensables, il m'a semble plus
interessant de retracer 1'origine de quelques disciplines fondamentales qui
constituent le cceur de la biologie contemporaine, a savoir les theories de
1'evolution, la biologie cellulaire, la biologie moleculaire et le metabolisme
cellulaire, en insistant sur les liens qui les unissent. En remontant a une epoque
ou les notions de base etaient rudimentaires et les moyens techniques limites, j'ai
pense que cette demarche permettait de mieux apprehender la complexite des
processus inherents a la vie et surtout qu'elle donnait 1'occasion de rendre justice
au genie audacieux des pionniers de la biologie a travers leurs interrogations et
leur vision intuitive des mecanism.es vitaux, souvent en depit d'obstacles et
d'errements, quelquefois a la faveur du hasard et de la chance. L'accueil des
decouvertes de la biologie, par 1'impact de leur application sur la vie des
hommes, sur leurs habitudes et leurs modes de pensee, a souvent ete influence
par le contexte politique et confessionnel du moment. II ne faut pas s'etonner
des debars passionnes et passionnels que ces decouvertes ont pu susciter. Par
ailleurs, il arrive que, dans des combats d'idees ou de doctrines scientifiques ou
s'opposent des chercheurs armes d'arguments puissants et persuasifs, celui qui
detient la verite abandonne la partie ; la tradition herite alors de concepts
errones et les perpetue a longue distance dans le temps. L'histoire de la biologie
n'est pas une "histoire lisse". Son parcours est cahotique comme le lecteur
pourra en juger. M'adressant a un public scientifique non specialise en biologie,
je me suis efforce de concilier historique et pedagogie, en limitant mon propos a
des faits marquants de 1'histoire de la biologie et en essayant de montrer
AVANT-PROPOS 7
comment s'est construit notre savoir actuel. Conscient de la difficulte de cette

tache et d'inevitables raccourcis dans la presentation des faits, j'ai selectionne
une gamme suffisamment large de references relevant de sources primaries et
secondaires que le lecteur interesse pourra utilement consulter.
Get ouvrage n'aurait pas vu le jour si un soutien sans faille ne m'avait ete
apporte par Paulette VIGNAIS et Isabelle GEAHEL qui ont eu le courage de se
confronter avec le manuscrit dans sa version originale et, apres maintes reecri-
tures, en ont assure rimpression. D'elles sont venues nombre de remarques et
critiques avisees. Ma reconnaissance va egalement a Jeannine BOURNET-CAUCI.
Elle a eu, en son temps, le merite de dechiffrer mon ecriture hieroglyphique et
de fournir, a 1'usage de jeunes physiciens et chimistes, un texte resume qui allait
etre a 1'origine du present ouvrage. Jean BORNAREL et Jean VICAT surent me
persuader d'entreprendre la redaction de 1'histoire et des "histoires" de la
biologie que je venais d'enseigner. Je remercie Sylvie BORDAGE et son equipe
qui ont assure avec soin et patience 1'illustration du texte et sa mise en forme
ainsi qu'Alice GIRAUD pour la realisation inspiree de la couverture et Nicole
SAUVAL pour son travail de preparation editoriale. Mes collegues universitaires,
Jean BORNAREL, Alain BOURRET, Francoise FREDLANSKY, Jean GAYON, Jean-
Claude MOUNOLOU, Eva PEBAY-PEYROULA, Jean-Bernard ROBERT, et Jean
VICAT ont pris sur leur temps pour faire une lecture attentive du manuscrit. Us
en ont note les failles inevitables et m'ont prodigue de precieux conseils. Les
avis de Marie-Luce VIGNAIS et de Flavio DELLA SETA m'ont ete egalement
utiles. Je n'oublie pas les etudiants qui dans cette aventure furent les premiers a
se mesurer a un enseignement non conventionnel et a en evaluer les avantages
et les defauts. Leurs reactions et leurs commentaires dans un esprit de totale
liberte et de grande "fraicheur" intellectuelle me furent une source de reflexions
salutaires et enrichissantes. A tous un grand et sincere merci.
Cette page est laissée intentionnellement en blanc.
CHAPITRE I
LES ARTISANS DES THEORIES DE DEVOLUTION
1. SURVOL DU PHENOMENE DE DEVOLUTION
"All living things have much in common, in their chemical composition, their
germinal vesicles, their cellular structures, and their laws of growth and
reproduction."
Charles DARWIN - The Origin of Species by Means of Natural Selection or the
Preservation of Favored Races in the Struggle for Life - 1859
Le monde vivant est caracterise par 1'enorme diversite morphologique des

especes animales et vegetales et par la formidable complexite des mecanismes
moleculaires qui president a leur fonctionnement. II existe plusieurs millions
d'especes vivantes sur notre planete, au moins dix millions d'especes animales et
deux millions d'especes vegetales auxquelles s'ajoutent des dizaines de milliers
d'especes de protozoaires et de bacteries. Parmi les 1,4 millions d'especes ani-
males deja identifiees, plus d'un million appartiennent au groupe des Arthro-
podes, c'est-a-dire d'animaux a pattes articulees qui comprennent les insectes,
les crustaces et les arachnides alors que seulement un peu plus de 4 000 especes
de mammiferes ont ete denombrees. Quant aux especes vegetales, 270 000 ont
ete repertoriees.
1.1. LES IDEES SUR DEVOLUTION DEPUIS L'ANTIQUITE
Le terme evolution designe la fagon dont les differentes formes de vie, animale
et vegetale, sont apparues sur notre globe. Ainsi Ton sous-entend qu'il s'est
produit au cours des temps, depuis 1'apparition des premieres formes de vie il y
a pres de 4 milliards d'annees, des changements dans les structures animales et
vegetales qui ont abouti a la formation d'especes nouvelles. Accepter cette
definition est un prealable a la construction de toute theorie explicative de
1'evolution. Les reflexions sur 1'evolution ne sont pas seulement d'ordre
scientifique ; elles ont souleve des debats d'ordre philosophique, religieux,
economique, voire politique.
Les philosophes de 1'ere chretienne jusqu'au XVIII6 siecle pensaient que chaque
espece vivante avait ete creee grace a la volonte predeterminee d'une force
divine. C'est la theorie du fixisme. En d'autres termes, le fixisme nie revolution.
On assimile souvent fixisme et creationnisme. En fait, le creationnisme n'exige

pas le fixisme, car on peut concevoir qu'une entite supranaturelle ait impose des
contraintes physico-chimiques au monde atomique et moleculaire issu du big-
bang, tout en laissant une grande marge de liberte au hasard, ce que Christian
DE DUVE (n. 1917), Prix Nobel de physiologic et de medecine a designe par le
terme "hasard contraint".
Dans 1'ere pre-chretienne, des philosophes grecs ont reflechi sur la fac.on dont le
monde vivant avait fait son apparition sur terre et s'etait diversified Leur
philosophie etait essentiellement transformiste. C'est ainsi qu'ANAXIMANDRE
(611 - 517 avant J.C.) ecrivait que les premiers animaux proviennent de la vase
marine et qu'ils sont les precurseurs des animaux terrestres. DEMOCRITE
(460 - 370 avant J.C.), reprenant les theses de son maitre LEUCIPPE (460 - 370
avant J.C.), postulait que la matiere est constitute de particules tres petites, non-
secables, les atomes, qui s'assemblent et engendrent des formes qui sont mode-
lees sous certaines contraintes. EPICURE (341 -270 avant J.C.) suggerait que les
organes des animaux se developpent par 1'usage et s'affaiblissent par inaction.
L'un des plus celebres des philosophes grecs,
ARISTOTE (384 - 322 avant J.C.) avait ete 1'eleve
de PLATON. II fut le precepteur d'ALEXANDRE le
Grand, fils de PHILIPPE de Macedoine. Un tiers
de 1'ceuvre d'ARISTOTE est consacre a la descrip-
tion des animaux et a une reflexion sur le role des
differents organes. Les deux documents les plus
connus ont trait a 1'histoire naturelle des animaux
Historia Animalium et a la formation de leur
corps De Partibus Animalium. Dans ces ouvrages
sont decrits en detail 1'anatomie de differentes
especes d'animaux, leur mode de reproduction,
ARISTOTE
H84 322 t T C1 ainsi que leur fac.on de vivre, de se nourrir et de
se comporter. ARISTOTE peut etre considere
comme le premier naturaliste. Son systeme de classification du regne animal
comportait neuf groupes. Dans les cinq premiers entraient les animaux a sang
rouge : les quadrupedes vivipares (qui engendrent des petits vivants) corres-
pondant a nos mammiferes moins les cetaces, les oiseaux, les quadrupedes
ovipares (qui pondent des ceufs) avec les reptiles et les batraciens, puis les
cetaces et enfin les poissons. Les quatre autres groupes correspondaient aux
invertebres, ils etaient depourvus de sang et comprenaient les mollusques, les
malacostraces ou crustaces superieurs, les ostracodermes caracterises par une
coquille et les entomes ou animaux articules (insectes, arachnides...) auxquels
furent rattaches les vers.
ARISTOTE postulait que, si dans un animal chaque partie est indispensable a son
tout, le tout est plus que la somme des parties, une reflexion en accord avec le
principe d'integration inherent a la physiologie des etres vivants, totalement
admis par les biologistes du XX e siecle. II formula des principes d'anatomie
I - LES ARTISANS DES THEORIES DE L 'EVOLUTION 11
comparee. II nota par exemple qu'il existe une correspondance entre les nageoires
anterieures des poissons et les ailes des oiseaux, ou bien entre les nageoires
posterieures des poissons et les pattes des oiseaux. II affirmait que chaque espece
vivante est caracterisee par une entelechie specifique, c'est-a-dire une force
vitale interieure dont 1'activite est dirigee vers une fin; 1'ame etait considered
comme 1'entelechie du corps, ressemblant au pilote qui gouverne son navire.
Pour ARISTOTE, la matiere dont sont faites les especes vivantes et la forme
qu'elles reverent le sont en fonction d'un but determine, tendant vers la
perfection et dicte par un principe de finalisme. Ainsi, la relation d'une plante
avec le sol s'explique par la nourriture qu'elle tire du sol. Les organes de
perception d'un animal s'expliquent par 1'utilisation que 1'animal en fait pour
reagir vis-a-vis de son environnement. L'homme est a part dans la creation, car
il se distingue des animaux par la pensee. C'est cette philosophic teleonemique
aristotelicienne que les theologiens du XIII 6 siecle au XVIII6 siecle retiendront
pour batir une theorie fixiste de 1'apparition des formes vivantes sur la terre,
selon laquelle chaque espece vivante a ete creee par Dieu telle qu'elle est
actuellement, sans aucune transformation. ARISTOTE considerait que le monde
etait eternel et que 1'ame et le corps etaient une seule et meme entite, ce qui
contrastait avec la theorie dualiste du corps et de 1'ame de PLATON. Pour
concilier la philosophie d'ARISTOTE avec la tradition biblique de la creation du
monde, un compromis fut trouve par THOMAS D'AQUIN (1225 -1274). Au Dieu
moteur du monde eternel d'ARISTOTE, THOMAS D'AQUIN substitua un Dieu a
la fois createur et moteur.
Le finalisme d'ARISTOTE fut fortement conteste par LUCRECE (98 - 55 avant J.C.),
poete latin auteur du celebre ouvrage De Rerum Natura. LUCRECE deniait le
finalisme et faisait appel au hasard : pour lui, 1'ceil, la langue, 1'oreille sont
apparus spontanement; ce n'est qu'apres leur apparition qu'ils ont ete utilises
pour la vision, le langage et 1'oui'e. II ne semble pas malgre tout que cette
philosophie du vivant, fondee sur le hasard, ait eu de prise sur 1'heritage des
idees finalistes d'ARISTOTE.
La periode qui va de la fin du XV e siecle au debut du XVIe et qui se situe au cceur
de la Renaissance fut le temoin d'un bouleversement des idees et des traditions
du monde occidental. Deux des grandes affaires qui marquerent cette periode
furent la revision du systeme geocentrique de 1'astronome grec PTOLEMEE
(90 - 168) et les premieres explorations de terres inconnues que la legende
peuplait de creatures malefiques. La theorie du geocentrisme de PTOLEMEE,
selon laquelle la terre etait au centre d'un ensemble d'etoiles dans un ensemble
ferme, une vaste sphere dont la voute etait le ciel, etait en accord avec la Bible.
Ce fut le credo du Moyen Age. La premiere rupture avec ce systeme vint de
1'astronome polonais Nicolas COPERNIC (1473 -1543) qui fit 1'hypothese que le
soleil, non la terre, etait au centre de 1'univers et que la terre, comme d'autres
planetes, gravitaient autour du soleil. Malgre de vives oppositions, la theorie
heliocentrique suivit son chemin et, en 1609 1'astronome et mathematicien
allemand Jean KEPLER (1571 -1630) publia les premieres lois fondamentales qui
regissent le mouvement des astres selon des orbites elliptiques.
Le XVIIe siecle ouvrit une periode de realisations techniques remarquables avec
1'invention ou le perfectionriement d'appareils tels que le microscope, la lunette
astronomique, la pompe pneumatique capable de realiser le vide, le thermometre,
le barometre, 1'horloge a balancier. Avec la lunette astronomique, GALILEE
(GALILEO GALILEI) (1514 -1642) decouvre le monde infini des etoiles et se rallie
au systeme heliocentrique, mais se retracte en 1633 face a 1'Inquisition. Le
microscope donne acces a rinfiniment petit, non visible a 1'ceil nu. Dans le
Discours de la Methode pour bien conduire sa raison et chercher la verite dans les
sciences (1637), Rene DESCARTES (1596 -1650), tout en pronant la transcendance
de Thomme dans la nature, dissocie Tame du corps. Si 1'ame est immortelle, le
corps fonctionne comme une machine, mais une machine mortelle. En Angle-
terre, le philosophe politique et scientifique Thomas HOBBES (1588 -1679)
ironise 1'aristotelisme du Moyen Age en creant le terme "aristotelity". Ainsi, en
deux siecles, le divorce avec la scholastique medievale aristotelicienne sera
consomme. La doctrine du fixisme restait cependant inebranlable.
A partir du milieu du XVIII6 siecle, grace aux progres de la paleontologie et de
1'anatomie comparee, le fixisme commenc,a a etre mis en doute. II fut serieu-
sement conteste au debut du XIX e siecle dans la premiere theorie transformiste,
ceuvre de Jean-Baptiste LAMARCK (1744 -1829), laquelle fut completee cinquante
ans plus tard par Charles DARWIN (1809 -1882) avec le postulat que la selection
naturelle, c'est-a-dire la survie du plus apte dans un environnement hostile, est
un facteur majeur de revolution.
La notion de force vitale introduite en 1774 par 1'Allemand Casimir MEDICUS
(1736 -1808) fut developpee en France par Paul Joseph BARTHEZ (1734 -1806) et
Xavier BICHAT (1771 -1802). Pour les vitalistes, les fonctions des etres vivants ne
pouvaient pas s'expliquer par le simple jeu de lois physico-chimiques; elles
necessitaient la presence d'un principe vital. A partir des annees 1840 -1850, le
vitalisme commenca a s'effriter devant les coups de boutoir assenes par la jeune
ecole de physiologic allemande avec Emil DU BOIS-REYMOND (1818 -1896),
Karl LUDWIG (1816 -1895), Hermann HELMOTZ (1821 -1894). Ceci coi'ncidait
avec les progres de la biologic cellulaire et de la chimie et la montee en
puissance de la theorie transformiste.
Avec la formulation des lois de 1'heredite par Gregor MENDEL (1822 -1884)
dans les annees 1860 et leur redecouverte au tournant du XX e siecle, les vues
transformistes formulees par LAMARCK et DARWIN furent radicalisees dans une
nouvelle theorie denommee neo-darwinisme. Dans cette theorie, 1'evolution
s'explique par 1'apparition de mutations dues au hasard, entrainant des varia-
tions phenotypiques, compatibles ou non avec 1'environnement, capables selon
le cas de se perpetuer. Tandis que se developpait la theorie du transformisme,
s'instaurait et progressait une nouvelle voie d'exploration du vivant avec
1'analyse des reactions chimiques a 1'interieur de la cellule. On commenga alors
a parler de metabolisme cellulaire, de machinerie cellulaire, puis a evoquer les

differents niveaux de complexite qui caracterisent 1'organisation des materiaux
moleculaires a I'interieur de la cellule.
Dans la deuxieme moitie du XX e siecle, avec les progres de la biochimie, de la
biologie moleculaire et de la genetique, le debat sur 1'evolution a pris une
nouvelle dimension en s'interessant a 1'apparition des premieres molecules
organiques dans le monde pre-biotique et a la naissance des premieres formes
de vie avec 1'apparition de la premiere cellule capable de se reproduire.
1.2. LES AGES DE LA TERRE ET I/EMERGENCE DES ESPECES VIVANTES.

UN BREF APER£U
L'histoire de la terre est divisee en une serie d'ages (Tableau I.I). L'age d'une
roche peut etre mesure de fac.on relativement precise'a 1'aide des radioisotopes
qu'elle contient. Les datations modernes utilisent des mesures de radioactivite
d'elements dont on connait la demi-vie. A titre d'exemple, le potassium 40K se
desintegre en argon 40 Ar et calcium 40Ca avec une demi-vie de 1,3 milliard
d'annees. Lors de phenomenes eruptifs qui ont eu lieu, il y a des millions ou
centaines de millions d'annees, tout 1'argon 40Ar s'est volatilise alors que le
potassium 40K est reste emprisonne dans la lave ou les cendres. Une fois la
roche refroidie, le potassium a continue a se decomposer en argon et calcium
dont la mesure donne une indication sur 1'anciennete du phenomene eruptif.
Comme 1'ont montre les datations radiologiques sur les roches les plus
anciennes connues, la terre s'est formee, il y a 4,5 milliards d'annees, peut-etre a
la suite du choc entre deux planetes ou par agregation de poussieres inter-
stellaires. Un demi-milliard d'annees plus tard, apres un abaissement notable de
la temperature du globe terrestre et dans des conditions physiques exception-
nelles d'irradiation particulaire, de pression et de temperature, de simples
molecules comme 1'eau, le methane, I'ammoniac, 1'hydrogene sulfure et le gaz
carbonique ont ete engagees dans des reactions qui ont engendre des molecules
plus complexes, certaines d'entre elles possedant un fort degre d'organisation
structurale : oses, acides amines, acides gras a courte chaine, bases puriques et
pyrimidiques, nucleosides, voire nucleotides et polynucleotides. Ces molecules
se sont accumulees a la surface du globe. Ce fut 1'ere pre-biotique.
La premiere cellule vivante ou protocellule entouree d'une membrane serait
apparue, il y a 3,8 a 3,5 milliards d'annees. Cette cellule etait capable de se
diviser, c'est-a-dire de produire des cellules filles identiques a elle-meme. Elle
etait aussi le siege de reactions chimiques mettant en ceuvre des biomolecules.
Dans 1'espace compartimente de la protocellule, la concentration des biomole-
cules atteignit des valeurs critiques qui rendirent nettement plus efficaces des
reactions chimiques faisant partie de chaines metaboliques de degradation et de
synthese. De cet evenement dont la probabilite etait infinitesimale, la vie allait
surgir et atteindre la dimension que nous lui connaissons aujourd'hui. Les
14 LA BIOLOGIE, DBS ORIGINES A NOS JOURS
milliards de descendants qui resulterent de la division de la protocellule se

diversifierent, fournissant des milliers d'especes differentes de microorganismes.
Les bacteries sont les vestiges de ces premieres formes de vie. On les appelle
procaryotes car leur materiel de replication, 1'ADN, est diffus dans la cellule et
non enserre dans 1'interieur d'une enveloppe. Les procaryotes regnerent sans
partage pendant un a deux milliards d'annees. En des dizaines de milliards de
generations, ils couvrirent la surface de la terre.
II y a environ trois milliards d'annees sont apparues les premieres bacteries
photosynthetiques (cyanobacteries) capables d'extraire, grace a 1'energie solaire,
1'oxygene a partir de 1'eau. Avec la proliferation de ces bacteries pendant un
milliard d'annees, 1'oxygene relache dans 1'atmosphere atteignit une concen-
tration critique (~ 1%) qui allait permettre le developpement d'organismes aero-
bies, procurant a ceux-ci un avantage energetique considerable. Les bacteries
photosynthetiques avaient de plus la capacite d'utiliser le gaz carbonique de
1'atmosphere comme materiel carbone et d'extraire les electrons de 1'eau pour la
synthese de molecules organiques. La nature venait d'inventer 1'assimilation
carbonee. Dans la haute atmosphere, sous 1'effet du rayonnement solaire, 1'oxy-
gene se transforma en ozone, un gaz capable d'absorber la lumiere ultraviolette.
L'ozone fut ainsi un bouclier efficace de protection pour les especes vivantes.
On fait remonter a 1,5 voire 2 milliards d'annees 1'apparition de la premiere
cellule eucaryote (du grec eu = Men et Kdpuou= noyau). A la difference des
procaryotes, les cellules eucaryotes possedent un compartiment specifique (le
noyau) limite par une membrane, empaquetant 1'ADN ainsi que le materiel
enzymatique necessaire a sa replication et a sa transcription en ARN messager.
Les premieres cellules eucaryotes prolifererent sous forme isolee. Elles sont
designees par le terme "protistes".
II y a 600 a 700 millions d'annees, a la frontiere du Cambrien et du Precambrien,
des cellules eucaryotes isolees s'organiserent en agregats multicellulaires qui
evoluerent rapidement vers des formes de plus en plus diversifiees. Cette
periode fut grouillante de vie. Ce fut 1'emergence des animaux metazoaires et
des plantes. Alors qu'auparavant les cellules eucaryotes isolees entraient en
competition les unes centre les autres pour trouver leur subsistance et se creer
des niches d'espace vital, brutalement, du fait des contacts qui s'etablirent entre
elles, elles coopererent et amorcerent un dialogue moleculaire. Ce processus se
mit en place progressivement et aboutit a 1'emergence des formes superieures
de la vie.
Dans les metazoaires primitifs, 1'association de cellules eucaryotes se fit d'abord
sous forme de monocouches qui se refermerent sur elles-memes pour former
des vesicules closes plus ou moins aplaties en fonction de leur depot sur un
support (Figure I.I). Sur la face de ces vesicules en contact avec le support, en
un endroit defini, le blastopore, appele a devenir la bouche, la membrane
s'invagina sous forme d'un cylindre, le tube digestif, qui s'ouvrit sur la face
opposee (face dorsale) pour former 1'anus.
I - LES ARTISANS DBS THEORIES DE L'EVOLUTION 15
Les metazoaires (eucaryotes pluricellulaires) proviennent d'une cellule-oeuf totipotente

qui, par segmentation, donne naissance a une cavite creuse, la blastula, delimitee par une
seule assise de cellules. Par invagination, la blastula se transforme en gastrula, avec ses
deux feuillets, I'ectoderme et 1'endoderme, ce dernier delimitant une cavite alimentaire
communiquant avec 1'exterieur par un seul orifice, le blastopore. L'espace entre les deux
feuillets est rempli par une gelee avec quelques cellules, la mesoglee (eponges, coelen-
teres). Chez des organismes plus evolues apparait un troisieme feuillet, le mesoderme, et
la cavite alimentaire se perce d'un deuxieme orifice, 1'anus. Les moins complexes de ces
organismes (annelides, mollusques et arthropodes) sont appeles protostomiens ("bouche
en premier"). Plus haut dans 1'evolution, par suite d'une inversion bouche - anus, le
blastopore est devenu 1'anus; a 1'autre extremite du tube digestif, la bouche est apparue
comme une neoformation. On appelle ces organismes deuterostomiens ("bouche en
second").
Figure I.I - Evolution des metazoaires
Les premiers metazoaires ont ete retrouves dans les roches du Precambrien
datees d'environ 670 millions d'annees dans les collines du Sud de 1'Australie
qui correspondent a la region d'Ediacara. C'etaient des etres de forme tres plate
depourvus de squelette. Us devaient vivre en symbiose avec des micro-
organismes photosynthetiques qui leur fournissaient des materiaux organiques
fabriques par photosynthese. La tres faible epaisseur de ces creatures (quelques
millimetres) facilitait 1'acces de la lumiere solaire aux microorganismes photo-
synthetiques heberges dans leur corps et par consequent 1'efficacite de la
photosynthese (Figure 1.2). Quelques dizaines de millions d'annees plus tard
apparurent des etres de forme tubulaire dotes d'une coquille de protection.
Aucun animal vivant actuellement a la surface de la terre n'y est apparente.
Le debut du Cambrien qui remonte a 530 millions d'annees est marque par une
explosion de formes vivantes d'une etonnante diversite. Certaines sont
parvenues jusqu'a nos jours; d'autres ont totalement disparu. Une reserve bien
conservee de ces etres des temps recules fut decouverte en 1909 par 1'Americain
Charles WALCOTT (1850 -1927) dans le site de Burgess dans les Rocheuses
canadiennes a la frontiere de la Colombie britannique. Depuis, plus de 60 000
echantillons ont ete repertories dans ce site appele couramment schiste de
Burgess. Ces echantillons sont conserves au Museum of National History de
Washington. Leur tres bonne conservation s'explique par 1'absence d'oxygene
dans une boue qui etait fortement impregnee d'hydrogene sulfure. Dans
1'extraordinaire diversite faunique du schiste de Burgess, il y avait des
trilobites, dont le corps protege par une carapace se composait d'une tete, d'un
thorax et d'une queue. Les trilobites disparurent, il y a 250 millions d'annees
(Figure 1.2). La presence de coquilles et de carapaces calcifiees constituant des
boucliers de protection suggere qu'il existait a cette epoque des animaux
predateurs. L'un de ces etres, Anomalocaris, de plusieurs dizaines de centimetres
de long, muni d'une machoire circulaire a proximite de crochets recourbes
equipes d'epines, devait etre particulierement redoutable (Figure 1.2). Dans la
faune de Burgess se situe le depart de 1'arthropodisation, c'est-a-dire la
formation d'une carapace articulee et d'appendices. Les arthropodes actuels qui
representent 80% des especes vivantes se repartissent en trois groupes : les
crustaces (crabes et homards), les chelicerates (scorpions, araignees) et les
unirames (insectes).
Dans le cours de 1'evolution, un peu avant la transition invertebres - vertebres,
survint un bouleversement topographique caracterise par une double inversion
des structures anatomiques, a savoir 1'inversion bouche - anus et 1'inversion
dos - ventre (Figure I.I). II est probable que ces remaniements ont ete
accomplis grace a 1'intervention de genes homeotiques, c'est-a-dire de genes
speciaux de regulation dont les produits procurent une identite spatiale aux
cellules de 1'embryon en voie de developpement, et leur assignent un
emplacement precis le long de 1'axe antero-posterieur de Torganisme.
Figure 1.2 - Especes animales de la fin du Precambrien

(Tribrachidium, Pteridinium, Parvancorina, Cloudina, Sinotubulite)
et du debut du Cambrien (Trilobites, Anomalocaris)
(d'apres M. Me MENAMIN - Pour la Science, juin 1987, droits reserves)
Les animaux qui, dans revolution, sont apparus avant les annelides sont appeles
protostomiens, ce qui signifie que leur bouche correspondant au blastopore
s'est formee en premier. Chez les animaux qui, dans 1'evolution, se situent au-
dela des annelides, des mollusques et des arthropodes, le blastopore est devenu
1'anus. Pour cette raison, ces animaux sont appeles deuterostomiens, c'est-a-
dire que leur bouche s'est formee dans un second temps (Figure I.I). Comme
resultat de 1'inversion dos - ventre, le tube neural qui etait ventral chez les
invertebres devint dorsal chez les vertebres. La corde neurale, une structure
rigide qui sous-tend le tube neural se segmenta en s'ossifiant pour former les
vertebres. Au niveau de 1'ouverture buccale, se differencierent des diverticules
qui devinrent chez les poissons des branchies, c'est-a-dire les composants d'un
appareil respiratoire au niveau duquel pouvaient s'effectuer des echanges
gazeux entre le sang et 1'eau.
Les premiers vertebres vivaient dans 1'eau (Tableau I.I). Ce furent d'abord, il y a
500 millions d'annees, des poissons sans machoires dont 1'un des vestiges est la
lamproie. Leur succederent, quelques millions d'annees plus tard, des poissons
porteurs de machoires. II y a 400 millions d'annees, certains animaux dont
1'habitat etait exclusivement aquatique subirent des transformations anatomiques
portant sur 1'appareil respiratoire (apparition de poumons remplagant les
branchies) et 1'appareil de natation (apparition de membres remplac.ant les
nageoires). C'est de cette epoque que date le regne des tetrapodes qui com-
prennent 1'ensemble des vertebres terrestres, amphibiens, reptiles, oiseaux et
mammiferes. Alors que les poissons respirent au moyen de branchies et se
deplacent dans 1'eau grace a des nageoires, les tetrapodes qui vivent sur terre
utilisent des poumons pour respirer et des pattes pour se deplacer. Le
dipneuste, en depit de son apparence de poisson, presente certains caracteres
des amphibiens, comme des poumons, un cceur a deux oreillettes ; il pourrait
etre le vestige d'une forme de transition entre les poissons et les tetrapodes. La
metamorphose des amphibiens mime la transition anatomique et fonctionnelle a
la suite du passage d'un habitat aquatique a un habitat terrestre. Ainsi, le retard
qui vit dans 1'eau possede des branchies comme les poissons alors que la
grenouille adulte possede des poumons qui lui permettent de respirer 1'air sur le
rivage. L'Archseopterix qui vivait il y a 150 millions d'annees, pendant le
Jurassique, fut sans doute un intermediate entre le dinosaure, un reptile, et les
oiseaux; son squelette etait dinosaurien alors que ses plumes ressemblaient a
celles des oiseaux modernes.
Parallelement a 1'evolution des especes animales, les representants du regne
vegetal prirent place dans la nature. On suppose que leur origine lointaine etait
une algue verte. Une classification commode en botanique divise les plantes en
deux grands groupes, les bryophytes (mousses, hepatiques) denues de tissus
vasculaires et les tracheophytes (fougeres, gymnospermes representees abon-
damment par les coniferes et les angiospermes ou plantes a fleurs) qui sont
porteurs de structures vasculaires adaptees au transport de 1'eau et de differents
materiaux moleculaires.
Tableau I.I - Les ages de la terre et 1'apparition de la vie
Ere Millions d'annees avant Formes de vie

aujourd'hui et
Periodes geologiques
1,6 Homme
Quaternaire
T\1 • v -» r • v
Pliocene, Miocene
Singes prehominiens
Tertiaire 23
Oligocene, Eocene,
Paleocene
Proliferation des mammiferes
65 Extinction des dinosaures
Cretace Plantes a fleurs
Oiseaux
130
Secondaire Jurassique Mammiferes
200
Trias
250 Dinosaures
Permien
290
Carbonifere Reptiles
Primaire 360
Devonien Amphibiens
400
Silurien
440 Plantes terrestres
Ordovicien
500 Poissons
Cambrien Premiers vertebres
600 Premiers arthropodes
670 Metazoaires (Ediacara)

1500-2000 Cellules eucaryotes
Precambrien
3800 Cellules procaryotes
4500
Les fougeres et des coniferes sont apparus il y a plus de 400 millions d'annees
comme en temoignent des restes fossilises. Curieusement, les bryophytes de
structure moins complexe que les fougeres ou les coniferes sont apparus une
cinquantaine de millions d'annees plus tard.
II y a 300 millions d'annees, pendant le Carbonifere, se developpent de vastes
forets recouvertes de fougeres geantes et peuplees de coniferes. Les vestiges de
ces arbres constituent les mines actuelles de charbon. Les mammiferes sont
apparus sous forme de petits animaux, de la taille d'une souris, il y a environ
200 millions d'annees, a la fin du Trias, durant 1'ere secondaire, pas tres loin de
1'epoque des dinosaures. Durant le Cretace, les plantes a fleurs ou angiospermes
se developperent avec une proliferation parallele des insectes pourvus d'ailes,
butinant et transportant le pollen d'une plante a une autre. C'est egalement
pendant le Cretace qu'apparurent les premiers oiseaux qui rapidement se
diversifierent en plusieurs especes. Avec les oiseaux s'installa le mecanisme de
1'homeothermie. Au debut du Tertiaire, les mammiferes augmenterent de taille
et accaparerent 1'espace terrestre, tout en se diversifiant.
A 1'extremite de 1'echelle de revolution, les singes prehominiens firent leur
apparition dans la jungle africaine, il y a une vingtaine de millions d'annees. Le
proconsul en est le prototype. Des restes fossilises du proconsul furent decou-
verts au Kenya. Avec une capacite cranienne de 1'ordre de 170 cm3, le proconsul
apparait comme un ancetre commun aux grands singes et a 1'homme. II y a
8 millions d'annees survint en Afrique un bouleversement tectonique qui acce-
lera 1'emergence de 1'espece humaine. II s'agissait d'une fracture par effondre-
ment, balafrant 1'Est de 1'Afrique du Nord au Sud sur 4 000 km. Cette fracture
denommee Vallee du Rift isola deux regions qui, du fait du climat et, partant,
de la vegetation, fournirent des habitats fortement contrasted : a 1'Ouest des
pluies et une foret luxuriante, a 1'Est la secheresse et la savane. Ces deux habitats
eurent une influence determinante sur le destin des singes prehominiens. A
1'Ouest, 1'environnement n'ayant pas ete modifie, 1'evolution des singes
prehominiens resta discrete. Par contre, a 1'Est, du fait de conditions rigoureuses
nouvelles, la loi de la selection naturelle s'imposa, favorisant les plus aptes des
singes prehominiens, les selectionnant impitoyablement et dirigeant leur
evolution vers I'homme pensant. C'est dans ces temps que la temperature a la
surface du globe terrestre commence a decroitre. Les ressources alimentaires a
1'Est en furent d'autant plus affectees. Les menaces de predation augmenterent,
entrainant une accentuation du phenomene de selection naturelle et en meme
temps une organisation sociale avec regroupement hierarchique.
L'australopitheque, etymologiquement singe de 1'Afrique Australe, fut il y a
quelques millions d'annees 1'un des premiers representants pre-humains vivant
dans 1'Est africain. Descendu des arbres, il s'adapta a une vie au sol. Sa
demarche etait bipede, et sa taille etait comprise entre 1 metre et 1,5 metre.
Lucy, dont les fragments de squelette fossilises dates de 3 millions d'annees
furent retrouves dans le lit d'une ancienne riviere en Ethiopie en 1974, etait une
jeune australopitheque. La cavite de son crane etait de 1'ordre de 400 a 500 cm3.
Les restes d'un hominide encore plus ancien, date d'environ 6 millions
d'annees, ont ete recemment decouverts au pied des collines Tugen au Kenya.
L'Homo habilis apparait, il y a un peu plus de 2 millions d'annees. C'est le
premier hominide du genre Homo. Sa cavite cranienne est portee jusqu'a
700 cm3. On retrouve dans son habitat les premiers silex tailles. Puis viennent
I'Homo erectus (- 2 a -1,5 millions d'annees) adoptant definitivement la station
I - LES ARTISANS DBS THEORIES DE L 'EVOLUTION 21
debout, suivi de YHomo presapiens (appele aussi sapiens archaique) il y a

300.000 arts, avec un cerveau de 1000 cm3, et de I'Homo sapiens (ou sapiens
sapiens), il y a seulement 100 000 ans. La station verticale, en liberant les mains,
fournit a celles-ci la possibilite d'exprimer concretement par des oeuvres et des
actes divers ce que le cerveau concevait. La qualite et le nombre des silex tallies
dans les habitats de I'Homo sapiens permettent de suivre 1'ascension intellectuelle
de nos lointains ancetres. II semble y avoir eu deux migrations humaines
importantes a partir de 1'Afrique, 1'une relativement limitee a 1'epoque de I'Homo
erectus, 1'autre massive au niveau de I'Homo sapiens sapiens, il y a 30 000 ans, en
direction de 1'Orient et aussi de 1'Amerique a travers le Detroit de Behring.
L'emergence et la disparition du phylum neanderthalien restent une enigme. On
admet qu'il aurait diverge de la lignee de YHomo habilis, il y a 600 a 700 000 ans.
Le cerveau de 1'homme de Neanderthal avait le meme volume que celui de
I'Homo sapiens (1200 a 1300 cm3). L'homme de Neanderthal a occupe une
grande partie de 1'Europe et du Moyen Orient, pendant une periode de plus de
300.000 ans. Une des caracteristiques de la tete des neanderthaliens etait le grand
developpement des sinus maxillaires et 1'existence de forts bourrelets sus-
orbitaires avec un front fuyant et une large ouverture nasale, ce qui leur aurait
permis de resister plus facilement a un climat froid et sec. Etaient-ils capables de
communiquer par un langage parle ? Parmi differentes hypotheses, il en est une
qui propose que Thomme de Neanderthal ne parlait pas et que 1'apparition du
langage parle chez Homo sapiens sapiens aurait ete la consequence d'une
mutation qui aurait, entre autres, entraine la descente du larynx de quelques
centimetres. Pour des raisons mysterieuses, la lignee neanderthalienne s'est
eteinte il y a seulement 30.000 ans. Elle fit place a la lignee de l'homme moderne
(Homo sapiens sapiens] dont les premiers representants en Europe furent les
hommes de Cro-Magnon. On a calcule qu'un avantage de seulement 1% chez
l'homme moderne par rapport a 1'homme de Neenderthal aurait conduit au
remplacement complet de ce dernier en trente generations, soit environ un
millier d'annees. Les techniques de fabrication des outils sont apparues, il y a
40 000 ans. Au nomadisme avec la chasse des animaux et la cueillette des fruits
succede, il y a 10 000 ans, la revolution agricole et la pratique de 1'elevage. La
population humaine etait estimee, a cette epoque, a un million d'individus ;
6 000 ans plus tard, elle avait decuple.
1.3. LES ETRES VIVANTS ET LEUR ENVIRONNEMENT
Parmi les modifications du milieu qui ont influence 1'evolution des etres
vivants, les contraintes geologiques, en particulier la formation des continents
par fragmentation a partir d'un bloc unique, ont sans doute joue un role majeur,
soit en isolant des especes vivantes et en permettant leur differenciation sur
place, soit en rassemblant des especes differentes et en permettant un melange
de ces especes. Cette separation des continents, Georges Louis DE BUFFON
(1707 -1788) 1'avait envisagee dans son ouvrage Les Epoques de la nature qui
parut en 1779 et fait partie de 1'immense fresque de son Histoire Naturelle.
En 1912, le geophysicien allemand Alfred WEGENER (1880 -1930) formula une
theorie elaboree de la derive des continents. A sa suite, on s'accorda pour
admettre qu'au debut du Precambrien la surface de la terre etait majoritairement
occupee par les oceans. Puis emergerent des continents qui au Cambrien ne
formaient qu'une seule masse correspondant a un supercontinent, la Pangee
(Figure 1.3). Par la suite, la Pangee se fragmenta en deux continents la Laurasie
et le Gondwana. Le premier allait donner naissance a 1'Amerique du Nord,
1'Europe et 1'Asie, et le second a 1'Amerique du Sud, 1'Afrique, 1'Arabic, Mada-
gascar, 1'Inde, 1'Australie et 1'Antarctique. II y a environ 180 millions d'annees,
dans le Gondwana 1'ensemble Afrique - Amerique du Sud, Madagascar et Inde
se detacha d'un autre ensemble forme par 1'Australie et 1'Antarctique. Cette
derive fut rapidement suivie par la separation de 1'Afrique et de 1'Amerique du
Sud entre lesquelles s'engouffra 1'Ocean Atlantique. II y a 80 millions d'annees,
ce fut au tour de Madagascar et de 1'Inde de s'individualiser. Puis la plaque
africaine rejoignit 1'Eurasie. Au cours des differentes eres du Cambrien il y eut
done de vastes rearrangements des plaques terrestres qui, de ce fait, furent sou-
mises a des climats differents. A titre d'exemple, il y a 300 millions d'annees le
Massif Central etait localise a 1'equateur, ainsi qu'en temoignent les restes
fossilises de plantes et d'animaux.
Des cataclysmes naturels comme la chute de meteorites ou les eruptions volca-
niques ou bien des modifications climatiques comme les grandes glaciations ou
la secheresse s'etendant sur des millions d'annees ou encore des epizooties ont
pu etre a 1'origine d'extinctions massives. Les extinctions qui entrecoupent le
cours de 1'evolution sont signalees par 1'accumulation de fossiles dans des
strates geologiques de differente nature (sable, argile, pierre, schiste...). Une
glaciation a la fin du Precambrien elimina une forte proportion d'unicellulaires
eucaryotes. A la fin de 1'Ordovicien (- 440 millions d'annees), 75% des especes
vivantes disparurent. Les autres extinctions remontent a 1'epoque du Devonien
(- 360 millions d'annees), du Permien (- 250 millions d'annees), du Trias (- 210
millions d'annees) et enfin du Cretace (- 65 millions d'annees). L'extinction du
Permien (95% d'extermination des etres vivants) vit disparaitre entierement les
trilobites, qui etaient parmi les plus anciens des arthropodes invertebres apparus
au Cambrien. L'extinction du Cretace est bien connue et a ete fortement
mediatisee car elle vit 1'annihilation des deux tiers des etres vivants de cette
epoque et surtout de la totalite des dinosaures; elle a ete suivie d'une pullu-
lation de petits mammiferes qui se sont rapidement diversifies. Cette derniere
extinction aurait ete provoquee par la collision d'une meteorite de quelques
kilometres de diametre avec le globe terrestre. L'impact aurait souleve une
enorme quantite de poussieres interceptant la lumiere solaire et empechant tout
processus de photosynthese.
a - La Pangee au debut du Cambrien
b - Les continents actuels
La fragmentation d'une plaque emergee unique, la Pangee, suivie par la derive des
fragments (continents) explique, en partie, la repartition et 1'evolution des especes
vivantes a partir d'especes ancestrales qui se sont trouvees isolees (speciation geogra-
phique). Cette theorie fut formulee par A. WEGENER en 1912.
Figure 1.3 - Theorie de la derive des continents

(d'apres A. HALLAM - Scientific American 232 n°2 (1975) 89,
avec 1'autorisation de Ms Raboni)
2. LA SYSTEMATIQUE DANS LES SCIENCES DE LA NATURE
"Les biologistes modernes ne rendent pas toujours justice au genie des hommes qui
sous la stupefiante variete des morphologies et des modes de vie des etres vivants ont
su reconnoitre un nombre fini de plans anatomiques et realise une classification des
especes animales et vegetales."
Jacques MONOD - Le Hasard et la Necessite - 1970
L'interet pour les sciences naturelles dans le monde occidental n'avait pas ete
une preoccupation majeure pendant le Moyen Age. La Renaissance est 1'ere des
grands navigateurs. Des contrees jusqu'alors inconnues sont decouvertes, qui
sont porteuses d'une flore et d'une faune d'une variete insoupc.onnee. Alors
commence a poindre de la curiosite pour le monde vivant. On essaie de com-
prendre comment sont organises les etres innombrables qui le composent. Pour
avancer de fagon constructive dans une reflexion sur le sens de la nature et pour
repondre au formidable defi de son apparente complexite, il etait necessaire
d'organiser en un systeme coherent les especes vivantes animales ou vegetales
a la surface du globe terrestre, en bref d'eriger un systeme rationnel de
classification.
Avec la Renaissance s'amorce un mouvement qui fait revivre les oeuvres
oubliees des naturalistes de 1'Antiquite. Dans les annees 1450, le pape NICOLAS V
fait traduire en latin par Theodore GAZA (1398 -1478) VHistoire des Plantes de
THEOPHRASTE (372 - 287 avant J.C.) et la partie des ceuvres d'ARISTOTE qui
portait sur la zoologie. Les ecrits du medecin grec DIOSCORIDES (40 - 80) sur les
plantes medicinales sont traduites egalement en latin a la fin des annees 1490.
Ces traductions se repandent dans les universites. Elles suscitent un renouveau
d'interet pour les sciences naturelles. Elles incitent a comprendre le fonction-
nement du vivant et, pour commencer, a perfectionner le systeme de classi-
fication ebauche par ARISTOTE. C'est a Andrea CESALPINO (1519 - 1608),
professeur de medecine et de botanique a Pise, puis a Rome, et medecin du
pape CLEMENT VIII que Ton attribue la premiere tentative d'une classification
methodique des plantes. Son ouvrage De plantis publie en 1583 s'inspirait de la
doctrine d'ARISTOTE d'une hierarchic des fonctions. La racine des plantes
qu'ARISTOTE comparait a la bouche des animaux puise dans le sol les elements
de sa nutrition qui sont portes a la tige laquelle engendre les organes de la
fructification. CESALPINO reprend la vieille distinction entre arbres, arbrisseaux
et herbes comme principe de classification.
En zoologie, le Suisse Conrad GESNER (1516 -1565) s'illustre avec son ouvrage
Historia animalium paru entre 1551 et 1558, veritable encyclopedic en 5 tomes,
qui etait en fait une compilation; les animaux y etaient classes par ordre alpha-
betique. Cependant dans deux autres ouvrages, Icones animalium (1553) et
Nomenclator acjuatilium animantium (1560), les animaux etaient classes par ordre;
les trois premiers ordres correspondaient aux quadrupedes vivipares, le
I - LES ARTISANS DES THEORIES DE L'EVOLUTION 25
quatrieme aux quadrupedes ovipares, les animaux aquatiques etaient repertories

dans 17 ordres. A Montpellier, Guillaume RONDELET (1507 -1556) publie en
1555 une monographie sur les poissons. Un autre Frangais, Pierre BELON
(1517 -1564) publie deux ouvrages, 1'un en 1553 consacre aux poissons, 1'autre
en 1555 sur les oiseaux. C'est dans ce dernier ouvrage qu'en comparant les
squelettes de l'homme et d'un poulet BELON fait remarquer un certain nombre
d'analogies. C'etait une idee tellement originale pour Fepoque qu'elle fut oubliee
pendant trois siecles avant de ressurgir avec Etienne GEOFFROY SAINT-HILAIRE.
On voit se creer au XVI e siecle des cabinets d'histoire naturelle, embryons des
museums modernes. S'y entassent des collections d'objets les plus divers
rapportes par des voyageurs et des explorateurs. Une collection celebre au
XVI e siecle fut celle de Bernard PALISSY (1510 -1590). Elle comprenait des
fossiles, des mineraux, des squelettes d'animaux. Se developpe egalement la
pratique des herbiers dans lesquels les plantes sechees sont fixees par de la colle
sur du papier. Les jardins botaniques prennent naissance; 1'idee est de cultiver
des plantes medicinales a des fins therapeutiques. L'exemple vint d'ltalie avec la
creation des premiers jardins botaniques a Padoue en 1545, a Pise en 1547. La
tradition se repandit en Europe. Leyde eut son jardin botanique en 1577, puis
Heidelberg et Montpellier en 1593. A la creation du jardin botanique de
Montpellier fut associee la creation d'une chaire de botanique par Henri IV. En
1616, LOUIS XIII etablit a Paris un jardin botanique qui regut le nom de Jardin
royal des plantes medicinales. L'enseignement qui y etait dispense etait destine
aux futurs medecins et apothicaires en concurrence avec la faculte de medecine.
Initialement dedie a la botanique, 1'enseignement se diversifia au XVII 6 siecle
vers 1'anatomie et la chimie. Le Jardin royal etait associe au College royal (futur
College de France) qui avait ete cree des 1530 en tant qu'institution d'ensei-
gnement des lettres et des sciences, distincte de 1'universite de Paris. Au
XVIII6 siecle, 1'appellation initiate de Jardin royal des plantes medicinales fut
changee en celle de Jardin royal des plantes, puis en celle de Jardin du roi, ceci
jusqu'en juin 1793, date a laquelle la Convention le rebaptisa Museum d'histoire
naturelle.
2.1. LES PIONNIERS DE LA SYSTEMATIQUE DU VIVANT :

TOURNEFORT, RAY ET LlNNE
L'un des grands botanistes issus du Jardin royal de plantes fut Joseph PITTON DE
TOURNEFORT (1656 - 1708) qui assuma la charge de "demonstrateur et de
professeur de 1'interieur et de 1'exterieur des plantes". Dans son ouvrage
Elements de botanique ou Methodes pour reconnaitre les plantes, publie en 1694,
TOURNEFORT repartissait 10 146 especes de plantes en 698 genres et 22 classes.
II avait etabli des subdivisions d'apres les caracteres de la corolle (simple ou
composee, monopetale ou polypetale, reguliere ou irreguliere). Un autre grand
botaniste de la meme epoque fut le Britannique John RAY (1627 - 1704). Eduque
a 1'universite de Cambridge et se destinant a 1'etat ecclesiastique, John RAY fut

ordonne pretre en 1660. Nomme enseignant au Trinity College, il demissionna
de ses fonctions pour avoir refuse de preter le serment exige par decret de
1'universite et dut gagner sa vie comme precepteur. De ses nombreux voyages a
1'etranger, RAY rapporta nombre d'observations qu'il fit paraitre dans Historia
Plantarum (1686). En conservant la division ancienne en arbres, arbrisseaux et
herbes heritee de THEOPHRASTE, il introduisit la distinction fondamentale entre
monocotyledones et dicotyledones et subdivisa ces dernieres d'apres la dispo-
sition des fleurs, le nombre des petales et la forme des fruits. II repertoria
18 655 especes de plantes. RAY fut 1'un des premiers a donner une definition
claire de 1'espece : "Sont de la meme especes toutes les plantes issues de la
meme semence et pouvant se reproduire par semis". En accord avec les idees
de son temps, RAY considerait dans son ouvrage The Wisdom of God as
Manisfested in the Works of Creation (1691) que le monde cree par Dieu etait
stable et parfait.
C'est au Suedois Carl LINNE (1707 -1778) que 1'on doit les veritables fondements
d'une science qui identifie les organismes vivants et les arrange en categories
que Ton appellera taxons. Le botaniste suisse Augustin DE CANDOLLE
(1778 -1841) donna en 1813 a cette science le nom de taxonomie ou encore
taxinomie (du grec TCÎC = arrangement, et v6|ioc = loi). Carl LINNE etait le fils
d'un pasteur. Des son enfance, il manifesta une passion pour les plantes.
Malheureusement ses etudes primaires etaient si peu satisfaisantes que son pere
songea a lui faire apprendre le metier de cordonnier. Grace a 1'intervention d'un
medecin qui devina chez le jeune LINNE des dons exceptionnels, celui-ci put
commencer des etudes de medecine a Lund. II les poursuivit a Uppsala.
Choisi par la Societe litteraire et scientifique d'Uppsala, LINNE part explorer la
flore de la Laponie pendant 1'ete 1732 et en rapporte des informations qu'il
rassemblera dans une publication tres documentee, Flora laponica. On le
retrouve en 1735 en Hollande ou il soutient devant la faculte de medecine de
Hardewijk une these de medecine sur La cause des fievres intermittentes. C'est la
qu'il publiera son premier essai sur la classification des plantes et des animaux
sous le titre Systema Naturae. Get ouvrage, d'une dizaine de pages pour la
premiere edition, sera reedite de son vivant une douzaine de fois, augmentant
de volume au fur et a mesure des parutions. De retour en Suede, LINNE est
nomme en 1741 professeur de botanique et de dietetique a 1'ecole de medecine
d'Uppsala. Son temps libre, il 1'occupe a completer son ceuvre de classification
avec 1'idee que la nature est arrangee selon un ordre dicte par Dieu.
Dans le systeme linneen de classification, les plantes etaient reparties en 24
classes et les classes reparties en ordres selon le caractere du pistil et le nombre
et la disposition des etamines. Cette classification fondee sur la nature des
organes reproducteurs des fleurs dechaina bon nombre de sarcasmes, surtout en
France, mais fut malgre tout reconnue en Angleterre, en Hollande et meme
dans les Etats pontificaux. En 1753, dans son ouvrage Species Plantarum, LINNE
avait classe pres de 7 000 especes vegetales. Quant aux especes du regne animal,
la ressemblance ou la difference de certains caracteres les firent regrouper en six

classes, les quadrupedes, les oiseaux, les amphibiens, les poissons, les insectes et
les vers, et trois degres de complexite. Les quadrupedes et les oiseaux corres-
pondant a un fort degre de complexite (premier degre) ont en commun un cceur
avec deux ventricules et un sang rouge et chaud. Les amphibiens et les
poissons, d'un degre de complexite moindre (deuxieme degre), ont en commun
un cceur avec un seul ventricule et un sang rouge et froid. Enfin, chez les
insectes et les vers, d'un degre de complexite inferieur (troisieme degre), le sang
est remplace par une "sanie froide". L'homme, considere comme une espece de
1'ordre des anthropomorphes, dans les premieres editions de Systema Naturae
sera individualise par LINNE au sommet de la creation dans la 10e edition de
1759.
On doit a LINNE la classification de type binomial ou binaire. Chaque etre
vivant est designe par un nom double : le premier terme correspond au genre et
le deuxieme a 1'espece. C'est ainsi que le chat est appele Felix, catus et le lion
Felix leo. En somme, le lion et le chat presentent des similitudes suffisantes pour
etre classes dans le meme genre, celui des felins, mais avec des differences
cependant significatives qui en font deux especes separees. II restait a donner
une definition de 1'espece. LINNE definit 1'espece comme resultant de la
reunion d'individus qui se ressemblent plus entre eux qu'ils ne ressemblent
a aucun autre. Plus tard, le critere d'interfecondite pour definir 1'espece sera
retenu comme prioritaire.
2.2. NOTION DE PARENTE ET PRINCIPE DE SUBORDINATION
Le systeme de classification etabli par LINNE, fonde sur le seul examen des
organes reproducteurs, ne permettait pas d'etablir de fac.on rigoureuse des liens
de parente entre especes vegetales. Un progres fut realise dans les annees 1750
lorsque Michel ADANSON (1727-1806) et Bernard DE JUSSIEU (1699-1777)
proposerent un systeme de classification naturelle fonde sur 1'examen du plus
grand nombre possible de caracteres. Bernard DE JUSSIEU de meme que son
frere Antoine DE JUSSIEU (1686 -1758), tous deux issus de 1'Ecole de medecine
de Montpellier et contemporains de LINNE, furent demonstrateurs de botanique
au Jardin du roi, ainsi que plus tard leur neveu Antoine-Laurent DE JUSSIEU
(1748 -1834), contemporain de LAMARCK. A la difference de la dynastie des
DE JUSSIEU aureolee par la celebrite, ADANSON malgre son talent et sa perspi-
cacite resta dans 1'ombre. II avait ete remarque par Rene-Antoine DE REAUMUR
(1683 - 1757) et Bernard DE JUSSIEU alors qu'il suivait les enseignements du
College royal et du Jardin du roi. Engage comme commis a la Compagnie de
1'Occident et des Indes, ADANSON fut envoye a 1'age de 21 ans au Senegal ou il
sejourna pendant quatre ans. II eut 1'occasion d'herboriser et d'adresser au
Jardin du roi nombre d'echantillons exotiques. C'est lui qui imagina le fameux
systeme de classification naturelle. II le suggera a Bernard DE JUSSIEU, lequel
le reprit a son propre compte. Ce systeme de classification deboucha sur le

principe de subordination. II trouva sa justification avec la theorie de 1'evo-
lution, un siecle plus tard.
C'est en comparant differentes especes de plantes que Bernard DE JUSSIEU fut
conduit a emettre le principe de subordination qui sera utilise par LAMARCK et
CUVIER avec bonheur pour le regne animal. D'apres ce principe, les caracteres
qui definissent les especes sont subordonnes aux caracteres qui definissent les
genres, lesquels sont subordonnes aux caracteres qui definissent les ordres, puis
les classes. A titre d'exemple, le principe de subordination applique au
chevreuil montre que le chevreuil est une espece differente des autres cervides
par la taille et la robe. II appartient a 1'ordre des artiodactyles, avec un nombre
pair de doigts termines par des sabots comme le mouton. II appartient a la
classe de mammiferes, car il allaite ses petits.
2.3. LE CLADISME
La reflexion apportee a 1'etablissement de systemes de classification eut, au

XIXe siecle, une forte influence sur 1'ordonnancement des idees et sur la rigueur
de raisonnement dans des sciences comme 1'anatomie, la chimie ou la minera-
logie. Curieusement on vit resurgir dans les annees 1950 un renouveau d'interet
pour la taxonomie, avec 1'entomologiste allemand Willy HENNIG (1913 -1976).
L'analyse proposee par HENNIG, le cladisme (du grec K\a86c = branche),
s'appuie essentiellement sur le degre de parente phylogenetique entre plusieurs
especes pour rechercher les ascendants et sur la notion de caracteres primitifs et
de caracteres evolues. Par exemple, le goujon, le lezard et le bouquetin ont tous
trois un ancetre commun car ils possedent tous trois un ensemble de caracteres
primitifs : une colonne vertebrale, des paires de membres et des machoires.
Cependant, seuls le lezard et le bouquetin (non le goujon) ont un ancetre com-
mun du fait qu'ils possedent (a la difference du goujon) des caracteres evolues
tels que des poumons derives des branchies et quatre membres articules. Dans
1'evolution, le lezard et le bouquetin ont done diverge posterieurement au
goujon. Ainsi, 1'emergence des animaux ou des vegetaux les uns par rapport aux
autres peut etre represented dans des cladigrammes qui correspondent en
quelque sorte a des arbres genealogiques.
3. LES PREMISSES DE LA THEORIE DU TRANSFORMISME
Les theories transformistes qui se sont imposees au XIX e siecle avec LAMARCK et
DARWIN ont ete precedees au XVIII6 siecle par des reflexions nombreuses et
pertinentes de la part de philosophes et de savants dans differents domaines de
la science. Le XVIII 6 siecle est celui de la publication de YEncyclopedie ou
Dictionnaire raisonne des Sciences, des Arts et des Metiers sous 1'impulsion de
Denis DIDEROT (1713 - 1784) et de Jean D'ALEMBERT (1717 - 1783). On assiste a

un bouillonnement d'idees issues de decouvertes conduisant a des ruptures de
dogmes dans les domaines de la cosmologie avec Isaac NEWTON (1647 -1727)
et de la mineralogie avec Rene Just HAUY (1743 -1822), le pere de la cristallo-
graphie. HAUY enonce des principes simples qui relient le monde rnicro-
scopique au monde macroscopique, le monde inanime au monde anime. "II
existe, ecrit-il, dans les formes des cristaux, une sorte d'algebre combinatoire
susceptible d'expliquer le fonctionnement des etres vivants", et plus loin : "toute
forme visible et specifique se laisse resoudre a 1'univers microscopique ou elle
correspond a des configurations moleculaires aussi specifiques".
L'idee emise par ARISTOTE dans son histoire des animaux que la nature passe
graduellement des etres inanimes a des etres vivants sans discontinuite est
reprise par Gottfried LEIBNIZ (1646 -1716), mathematicien et inventeur avec
NEWTON du calcul infinitesimal, et egalement expert en sciences naturelles.
LEIBNIZ pensait que les etres vivants forment une chaine unique de vie. Cette
idee fut adoptee par le naturaliste suisse Charles BONNET (1720 -1793). Celui-ci
dans son ouvrage Considerations sur les corps organises (1762) postula une echelle
des etres vivants ou I'homme occupe la plus haute marche.
Si le XVIII6 siecle est le siecle de VOLTAIRE ou les idees liberates affrontent les
dogmes religieux, c'est aussi le siecle ou s'installe une certaine fac,on d'expliquer
la nature. La "philosophic de la nature" fut initiee en Allemagne avec KANT,
SCHELLING, HEGEL, OKEN et GOETHE. Immanuel KANT (1724 - 1804), mathe-
maticien et physicien de formation, versa plus tard dans la philosophie en
s'attachant a comprendre le sens des mecanismes de la vie. C'est en 1771 que
parait son ouvrage sur la Critique de la raison pure. KANT postulait que les
organismes vivants ont ete crees dans un but et qu'il etait vain de vouloir en
comprendre 1'essence et le fonctionnement en se refer ant au monde non-vivant,
non conscient qui, lui, ne dependait que des lois simples de la physique. Dans
le sillage de Kant, deux des plus influents theoriciens de la "Naturphilosophie",
Georg Wilhelm Friedrich HEGEL (1770 - 1831) et Friedrich Wilhelm Josep
SCHELLING (1775 -1854), pronaient 1'idee d'une continuite de la nature visible et
de 1'esprit invisible. Lorenz OKEN (1779 -1851) qui fut Fun des precurseurs de la
theorie cellulaire (Chapitre II-4.1) fut aussi 1'un des philosophies de la nature les
plus ecoutes. En 1802, il fit paraitre un ouvrage sur les Fondements de la
Philosophie de la Nature ou 1'homme etait decrit comme le couronnement de la
creation, le monde animal n'etant que la representation ebauchee des structures
anatomiques et des formes d'activite de 1'homme. OKEN avait regroupe les
representants du monde animal en cinq classes, correspondant a 1'apparition
successive des cinq sens, toucher, gout, odorat, ou'ie et vision : d'abord les
invertebres (dermatozoa) avec le toucher, puis les poissons (glossozoa) avec le
gout, les reptiles (rhinozoa) avec 1'odorat, les oiseaux (otozoa) avec 1'oui'e, et enfin
les mammiferes (ophtalmozoa) avec la vue. Mais c'est surtout la "theorie de la
colonne vertebrale" ou de "1'archetype segmente" qui illustre 1'esprit de la
philosophie d'OKEN. Selon cette theorie qui fut developpee par GOETHE,
chaque vertebre de la colonne vertebrale etait une unite anatomique qui se

repetait jusqu'au niveau du crane, celui-ci n'etant que 1'equivalent d'une de ces
unites. Ce plan segmentaire etait considere comme la manifestation d'un plan
general predetermine : derriere Finfinie diversite du vivant que pergoit 1'ceil, il
existerait une unite de la nature qui transcenderait la vision de 1'oeil et ne serait
perceptible que par 1'esprit. Johan Wolfgang GOETHE (1749 -1832), dramaturge,
philosophe et aussi naturaliste, reprit les idees d'OKEN en leur donnant une
connotation poetico-metaphysique. La philosophic de la nature eut une
influence non negligeable sur la pensee biologique au XIX e siecle. En France,
elle fut relayee en particulier par Henri-Marie DE BLAINVILLE (1777 -1850) dans
son cours de physiologie au Museum d'histoire naturelle.
3.1. MAUPERTUIS, MAILLET ET BUFFON,

TROIS NATURALISTES PRESTIGIEUX
ET DES QUESTIONS PERTINENTES SUR LES ESPECES VIVANTES
Pendant tout le Moyen Age et la Renaissance, le fixisme fut enseigne comme la
seule theorie capable d'expliquer 1'apparition des etres vivants sur terre. Sa
substance etait tiree de la tradition biblique. C'est vers le milieu du XVIII6 siecle,
dans le contexte turbulent de cette epoque, qu'une breche fut ouverte.
MAUPERTUIS, MAILLET et BUFFON furent, parmi les naturalistes de ce temps,
ceux qui oserent en termes non ambigus s'interroger sur le bien fonde du
fixisme. Sous le titre singulier de La Venus physique, Dissertation a I'occasion du
Negre blanc, paru en 1744, Pierre Louis MOREAU DE MAUPERTUIS (1648 -1759)
expose des vues qui tranchent avec le consensus de son epoque. Se referant au
cas d'un enfant de quatre ans d'origine africaine dont la peau etait blanche et les
yeux bleu clair a cote de caracteres propres a la race noire tels que cheveux
crepus et nez epate, MAUPERTUIS donne des exemples d'apparition dans la
descendance animale ou humaine de transformations qui distinguent de faôn
marquante 1'individu de ses parents directs. MAUPERTUIS ecrit pour expliquer
ces phenomenes : "la production de varietes accidentelles, la succession de ces
varietes d'une generation a 1'autre et enfin 1'etablissement ou la distinction de
ces especes, voici ce me semble ce qu'il faudrait supposer. Les parties (germes)
analogues a celles du pere et de la mere etant les plus nombreuses, celles qui
ont le plus d'affinite seront celles qui s'uniront le plus ordinairement et elles
formeront des animaux semblables a ceux dont ils sont sortis. Le hasard ou la
disette des traits de famille feront quelquefois d'autres assemblages et Ton verra
naitre de parents noirs un enfant blanc"... II conclut: "au reste quoique je
suppose ici que le fond de ces varietes se trouve dans les liqueurs seminales
memes, je n'exclus pas 1'influence que le climat et les aliments peuvent avoir".
Ces idees se retrouvent chez LAMARCK et DARWIN.
Benoit DE MAILLET (1656 - 1738) ecrivit un traite qui parut dix ans apres sa mort
et ou etaient relatees des idees revolutionnaires pour 1'epoque, selon lesquelles
la terre aurait ete formee a une date beaucoup plus reculee que celle men-
tionnee dans la Bible. Le traite ecrit par MAILLET etait intitule Telliamed, une
anagramme qui correspondait a 1'orthographe inversee de son nom. Le sous-
titre Conversation entre un Philosophe Indien et un Missionnaire Frangais sur la
Formation de la Terre, I'Origine de I'Homme et des Animaux... autorisait le
philosophe indien a s'interroger sur la doctrine fixiste de cette epoque et a
soutenir devant le missionnaire franc.ais des idees contraires aux dogmes
religieux en vigueur. On pouvait y lire par exemple que les premiers animaux
vivaient dans la mer et que, du fait de I'assechement des oceans, nombreux
furent les animaux qui a partir d'un habitat aquatique evoluerent au plan
anatomique pour s'accommoder d'un habitat terrestre.
BUFFON occupe au XVIII6 siecle une place majeure
comme naturaliste. Bien que dans certains de ses
ecrits transparaisse une philosophic transformiste
voisine de celle de MAUPERTUIS, BUFFON resta
malgre tout attache a une doctrine fixiste, sans
doute sous les contraintes de son temps. Ne en
1707 dans une famille bourgeoise particuliere-
ment aisee de Montbard, pres de Dijon, Georges
Louis LECLERC qui, anobli par Louis XV devien-
dra en 1772 comte DE BUFFON, etait physicien
de formation. Dans sa jeunesse, il avait traduit
les ceuvres de NEWTON et acquis de solides G. DE BUFFON
connaissances en mathematiques et en physique. (1707-1787)
D'emblee il se signale par plusieurs memoires
fort originaux adresses a 1'Academie de sciences sur la geometric, le calcul des
probabilites, 1'optique, et meme la sylviculture. A 28 ans, il est nomme adjoint
dans la section Mecanique de 1'Academie des sciences, grace a 1'appui de
MAUPERTUIS. A 32 ans, il est elu membre de 1'Academie des sciences et
nomme intendant du Jardin du roi. Conscient de la responsabilite qui lui
incombe, BUFFON travaillera a doter le Jardin du roi de riches collections de
mineraux, de vegetaux et d'animaux provenant de differentes regions du
monde. II entreprend des 1740 la redaction d'un traite d'Histoire Naturelle.
Trente-six volumes paraitront entre 1749 et 1788, date de sa mort. Les quinze
premiers volumes traitaient des themes suivants : theorie de la terre, histoire de
1'homme, histoire des quadrupedes vivipares. Suivaient neuf volumes sur les
oiseaux, cinq sur les mineraux, puis sept volumes complementaires, le cin-
quieme portant sur les epoques de la nature. Apres la mort de BUFFON, le Traite
d'Histoire Naturelle fut complete par Etienne DE LACEPEDE (1756 -1825) avec
YHistoire des Quadrupedes Ovipares, des Serpents et des Poissons. Pour ses etudes
d'anatomie comparee, BUFFON fit appel a son compatriote Louis DAUBENTON
(1716 -1800), medecin a Montbard. En sa qualite d'intendant, il le fit nommer
en 1766 demonstrateur au cabinet d'histoire naturelle du roi. DAUBENTON
dissequa pres de 200 especes de mammiferes, fournissant des informations
precieuses a BUFFON pour la redaction de son Traite d'Histoire Naturelle. Dans

la lignee de DAUBENTON, se situe 1'anatomiste francos Felix VICQ D'AZYR
(1748 -1794), medecin de Marie-Antoinette. Ses travaux porterent plus particu-
lierement sur le squelette, le coeur et 1'estomac. Par leurs travaux VICQ D'AZYR
et DAUBENTON annoncent Etienne GEOFFROY SAINT-HILAIRE.
Dans le premier volume de I'Histoire Naturelle (1749), BUFFON formulait
quelques idees sur le magma incandescent de la terre au moment de sa for-
mation et sur sa tres longue histoire, beaucoup plus longue que ne 1'indiquait
la Genese. Cette histoire de la terre fut considered par la faculte de theologie de
la Sorbonne comme contraire a 1'orthodoxie religieuse. Conscient des conse-
quences de cette condamnation pour sa carriere, BUFFON ne fit aucune diffi-
culte pour se retracter en declarant qu'il n'avait presente son hypothese sur la
formation de la terre et sur la creation que comme une "pure supposition philo-
sophique". Trente ans plus tard, lorsque son ceuvre sera suffisamment avancee,
BUFFON reviendra a la charge et expliquera, dans 1'ouvrage intitule Des Epoques
de la Nature (1778), pourquoi il a transforme les six jours de la creation en six
"espaces de temps". Get ouvrage presentait une peinture complete du cosmos,
de la formation de la terre et des caracteres des etres vivants qui 1'habitaient.
BUFFON rejetait la notion de Deluge Universel. II ecrivait que la terre s'etait
formee dans des temps beaucoup plus recules que ceux que Ton pouvait
deduire de la lecture de la Genese. Tout en se referant a la Genese et a ses sept
epoques, il leur donnait une interpretation tres particuliere que Ton peut
resumer ainsi. Dans une premiere epoque qu'il faisait remonter a 75 000 ans, la
terre apparait comme une enorme boule incandescente resultant du choc entre
le soleil et une comete. Dans une seconde epoque de plusieurs dizaines de
milliers d'annees, cette boule incandescente se refroidit et se boursoufle,
donnant naissance a des montagnes. Pour calculer ces durees, BUFFON avait
experimente sur des boules de metal portees a incandescence, et avait extrapole
ses calculs a la dimension de la terre. La troisieme epoque voit le globe terrestre
se recouvrir d'un ocean provenant de la condensation d'enormes quantites de
vapeur d'eau dues au refroidissement de 1'atmosphere. L'ocean par le mouve-
ment de ses vagues arrache aux montagnes des materiaux qui se deposent sous
forme de sediments. La quatrieme epoque est 1'ere des volcans. La cinquieme
epoque voit le peuplement de la terre par les animaux et les vegetaux. La
sixieme epoque est celle de modifications geologiques avec fissure d'un
continent initial unique et derive de ses fragments. L'homme apparait a la
septieme epoque et est considere comme 1'emergence de 1'echelle animale.
BUFFON pensait que la variabilite a 1'interieur d'une espece etait le fait d'une
degenerescence. "La nature descend par degres d'un animal qui parait le plus
parfait a celui qui 1'est moins". Forme a la philosophic newtonienne, BUFFON
concevait que tout phenomene naturel depend d'une cause naturelle. Cepen-
dant il n'erigea jamais ses idees en une doctrine de 1'evolution. Connu pour
1'elegance et la limpidite de son style, il est 1'auteur du fameux aphorisme "le
style est 1'homme meme".
3.2. L'ORIGINE DES FOSSILES APPREHENDEE GRACE A LA

STRATIGRAPHIE
Jusqu'a la fin du XVIII6 siecle, 1'origine des depots de coquillages marins trouves
au sommet des montagnes etait restee enigmatique. En 1580, Bernard PALISSY
avait public un ouvrage sur Les Eaux et Fontaines de la Terre, dans lequel il
suggerait que les "pierres figurees", comme on appelait alors les fossiles, etaient
des restes souvent petrifies d'etres organises. "Un potier de terre qui ne savait ni
grec ni latin, ecrivait en 1720 Bernard DE FONTENELLE (1657 -1757) parlant de
PALISSY, fut le premier a la fin du XVIe siecle qui osa dire dans Paris que les
coquilles fossiles etaient de veritables coquilles deposees autrefois par la mer
dans les lieux ou elle se trouvait alors, que des animaux et surtout des poissons
avaient donne aux pierres figurees leurs differentes figures". Les idees de PALISSY
furent reprises par des geologues italiens, puis par BUFFON au XVIII6 siecle.
BUFFON, dans les Epoques de la Nature, avait postule que les coquilles que Ton
trouve enfouies dans le sol, jusque sur le sommet des montagnes, appartiennent
a des especes autres que celles de nos jours. Cette hypothese, qui aujourd'hui
nous apparait comme une realite indiscutable, fut en butte aux sarcasmes de
VOLTAIRE (1694 -1778) qui pretendait que les coquilles trouvees dans les Alpes
avaient ete jetees par des pelerins a leur retour de Rome. Le doute restait dans
les esprits.
A la fin du XVIII6 siecle, avec le debut de 1'ere industrielle, la demande en fer et
en charbon augmente considerablement. On creuse de profondes tranchees
pour exploiter les filons de charbon et de fer. On se rend compte que les roches
sont formees de couches superposees. Ces couches appelees strates corres-
pondent a des periodes geologiques precises, et Ton decouvre que chaque
couche ou strate contient des fossiles d'un type particulier. L'Allemand
Abraham WERNER (1750 -1817) et 1'Anglais William SMITH (1769 -1839) furent
des pionniers de la stratigraphie. SMITH, ingenieur civil prepose a 1'ouverture
de canaux, remarqua que les tranchees creusees a cet effet laissaient paraitre des
couches superposees riches en depots de fossiles. Plus profondes etaient les
couches, plus grandes etaient les differences avec les especes encore vivantes.
Fait egalement interessant, des fossiles presents en abondance dans une certaine
couche pouvaient etre reperes dans des couches voisines. II y avait done
continuite dans le temps pour quelques especes vivantes. A cette hypothese
realiste s'opposera la theorie du catastrophisme de CUVIER, avec ses extinctions
massives des especes vivantes a la surface du globe.
Au milieu du XIX 6 siecle, il etait definitivement admis que les matieres minerales
qui composent le globe terrestre appartenaient a trois groupes de terrains : les
"terrains cristallises", les plus primitifs, les "terrains sedimentaires", formes en
second lieu par accumulation de debris transported par les eaux, par exemple
silice, chaux, magnesie, et les "terrains eruptifs" dependant de 1'activite des
volcans a toutes les epoques geologiques. Suivant la nature des strates
caracteristiques des terrains sedimentaires, on proposa une classification des

periodes geologiques qui s'etaient succede dans le temps, et on attribua un age
relatif aux fossiles contenus dans les differentes strates (Tableau 1.1). Par
exemple, le Carbonifere fut le terme propose pour designer une periode ou la
vegetation avait ete particulierement luxuriante, les arbres de cette periode
ayant ete par la suite ensevelis dans des marecages, puis decomposes et trans-
formes en charbon. La preuve en etait apportee par la decouverte de troncs ou
de branches d'arbres a peine fossilises dans les mines de houille. Le Cretace dut
son nom au fait que les terrains deposes par la mer a cette epoque etaient
extremement riches en carbonate de calcium, vulgairement appele craie. Cette
craie, materiau essentiel d'enormes falaises, resulte d'amas de coquillages
appartenant a des animaux microscopiques qui flottaient a la surface des mers.
On s'en convainquit par 1'examen microscopique de poudre de craie qui revelait
une multitude de tres petits coquillages. Ce n'est que tres recemment, avec les
datations radiologiques, que Ton a ete en mesure d'attribuer 1'age reel, en
millions d'annees, des differentes eres geologiques.
4. JEAN-BAPTISTE DE LAMARCK, PIONNIER DU

TRANSFORMISME
Le XVIII 6 siecle avait vu se mettre en place les bases d'une classification des
especes vivantes et, par ce fait meme, les esprits s'etaient ouverts a 1'idee d'une
filiation entre ces especes. Le XIX e siecle fut celui de la theorie transformiste ou
s'illustrerent Jean-Baptiste DE LAMARCK, Etienne GEOFFROY SAINT-HILAIRE,
Charles DARWIN et Alfred WALLACE.
4.1. LAMARCK ET SON TEMPS

Jean-Baptiste Pierre Antoine MONNET, Chevalier
DE LAMARCK (1744 -1829) etait le dernier ne d'une
famille de onze enfants peu fortunee. Destine dans
sa jeunesse a entrer dans les ordres, LAMARCK
decide de s'engager a 16 ans dans 1'armee. II
guerroie en Hollande, quitte 1'uniforme a 24 ans
avec le grade d'officier, etudie la medecine a Paris
en assurant sa subsistance par quelques heures de
travail chez un banquier. II frequente egalement
le Jardin du roi ou il suit les cours de botanique
d'Antoine-Laurent D E J U S S I E U . Ce dernier le
remarque, 1'encouraee, le conseille dans des tra-
J.B. DE LAMARCK j ,1 i • • T » * , * ^T, j •
(1744 -1829) vaux d herbonsation. LAMARCK apprend vite. T1II
devient rapidement un expert en botanique et
publie en 1778 une Flore Frangaise. Get ouvrage attire 1'attention de BUFFON qui
lui confie 1'education de son fils. En 1779 LAMARCK est regu a 1'Academic des
sciences en tant que membre adjoint. Dans les annees 1780, il collabore a
1'Encyclopedie et au dictionnaire de botanique et en 1788 il se voit confier la
charge de garde des herbiers du Jardin du roi. Avec la transformation du Jar din
du roi en Museum d'histoire naturelle par decret de la Convention en juin 1793,
les trois chaires d'enseignement sont subdivisees en douze chaires dont trois de
botanique, deux de zoologie, deux de chimie, deux d'anatomie, une de mine-
ralogie, une de geologie et une d'iconographie. La chaire de zoologie des
animaux inferieurs (insectes, vers et microorganismes) echoit a LAMARCK qui se
convertit a la zoologie et celle de zoologie des animaux superieurs a Etienne
GEOFFROY SAINT-HILAIRE (1772 - 1844). C'est en 1802 que Georges CUVIER
(1769 -1832) deviendra titulaire de la chaire d'anatomie comparee. Avec ces
trois zoologistes d'une stature scientifique de geants, le Museum d'histoire
naturelle acquiert au debut du XIXe siecle un rayonnement unique en Europe.
S'inspirant de la systematique linneene, LAMARCK propose en 1801 dans son
ouvrage Systeme des Animaux sans Vertebres une division des invertebres en
sept classes qui comprennent, de la plus complexe a la moins complexe, les
mollusques, les crustaces, les arachnides, les insectes, les vers, les radiaires et les
polypes. Plus tard seront individualises les annelides, les cirripedes et les
infusoires.
L'ceuvre immense de LAMARCK porte sur plusieurs milliers d'especes d'inver-
tebres dont 1'etude est decrite dans son Histoire Naturelle des Animaux sans
Vertebres parue entre 1815 et 1822. Mais sa contribution fondamentale dans
1'histoire de la biologic est 1'elaboration de la premiere theorie transformiste
coherente. Cette theorie est developpee avec force d'exemples dans 1'ouvrage
qu'il publie en 1809 sous le titre Philosophie Zoologique; elle sera retenue sous
le nom de Lamarckisme. C'est dans le Discours d'Ouverture du 21 Floreal de
I'An VIII (11 mai 1800) que LAMARCK expose pour la premiere fois les grandes
lignes de la conception transformiste. A cette date, il avait 55 ans. LAMARCK est
done un savant du XVIII 6 siecle, heritier tout particulierement des idees de
BUFFON et de MAUPERTUIS, auxquels il convient de joindre le nom souvent
oublie de Pierre CABANIS (1757 - 1808), medecin et naturaliste, qui publia entre
1790 et 1796 les six premiers memoires d'un ensemble de douze qui furent
reunis en 1802 dans un ouvrage Rapport du Physique et du Moral. Get ouvrage au
titre enigmatique n'en affichait pas moins des idees sur le transformisme. Ainsi,
on y lisait: "les animaux peuvent etre modifies dans leurs dispositions intimes,
acquerir une aptitude a recevoir certaines impressions et a executer certains
mouvements. Travailles par le climat et toutes les autres circonstances phy-
siques, ils regoivent une empreinte particuliere. Ces dispositions se trans-
mettent des peres et meres aux enfants". Ces reflexions interessantes etaient
malheureusement disseminees sans ordre et sans methode, et leur impact fut
negligeable.
En contemplant 1'echelle animale, LAMARCK fut amene a se demander si les

differentes especes ne derivaient pas les unes des autres, 1'espece etant definie
comme "toute collection d'individus semblables qui ont ete produits par des
individus semblables a eux". II developpa la these selon laquelle les variations
de 1'environnement jouent un role important dans revolution, en amenant
certains organes a se developper et d'autres a s'atrophier.
Du temps de LAMARCK, la notion de 1'adaptation aux conditions du milieu
relevait essentiellement d'observations sans qu'une explication rationnelle
fondee sur un support methodologique puisse etre fournie. Les lois de 1'heredite
seront formulees par MENDEL vers le milieu du XIX e siecle (Chapitre III).
Ce n'est qu'a la fin du XIX e siecle que seront precisees les fonctions respectives
des cellules germinales et des cellules somatiques par WEISMANN (Chapitres II
et III). Comme toute theorie novatrice, par consequent derangeante, la theorie
formulee par LAMARCK fut 1'objet de critiques souvent acerbes.
Un demi-siecle plus tard, Charles DARWIN qui s'inspira largement des idees du
lamarckisme crut affirmer que LAMARCK avait ecrit que 1'adaptation des ani-
maux aux conditions de 1'environnement provenait d'une volonte des animaux
a se transformer, ce qui aurait ete d'une naivete deconcertante ; il s'agissait
en fait d'une erreur de traduction du texte de LAMARCK.
Alors que la theorie transformiste de LAMARCK etait reconnue et saluee dans les
annees 1830 par 1'illustre geologue anglais Charles LYELL (1797 -1875) ainsi
qu'en Allemagne, elle fut loin de recevoir en France 1'attention qu'elle aurait
meritee. Si elle fut confortee par les travaux d'anatomie comparee d'Etienne
GEOFFROY SAINT-HILAIRE, elle fut par contre violemment attaquee par
Georges CUVIER, un defenseur de 1'orthodoxie fixiste puis, toujours sous
1'influence de CUVIER, maintenue ignoree par une conspiration du silence.
LAMARCK meurt en 1829, aveugle et oublie. A la fin du XIXe siecle et au debut
du XX e , ses ecrits seront exhumes. Ses idees devenues surannees seront reprises
en particulier en France, en s'appuyant sur une base plus doctrinale que
scientifique; elles seront alors severement confrontees avec la theorie du neo-
darwinisme.
4.2. LES GRANDES LIGNES DU LAMARCKISME

Les idees de base du lamarckisme peuvent etre resumees ainsi. La nature a
dispose d'un temps quasi infini pour mettre en place des transformations
durables qui ont finalement abouti a 1'emergence de 1'homme. Ces transfor-
mations ont ete conditionnees par des modifications de I'environnement,
englobant les remaniements geologiques, le climat et la nourriture. "La nature,
ecrit LAMARCK, dans la Philosophic Zoologique, en produisant successivement
toutes les especes d'animaux et en commenc.ant par les plus imparfaits ou les
plus simples pour terminer son ouvrage par les plus parfaits, a complique
graduellement leur organisation. Ces animaux se repandant generalement dans
toutes les regions habitables du globe, chaque espece a rec.u, de 1'influence des
circonstances dans lesquelles elle s'est rencontree, les habitudes que nous lui
connaissons et les modifications dans ses parties que 1'observation nous montre
en elle". Par exemple, "1'oiseau que le besoin attire sur 1'eau pour y trouver sa
proie, ecarte les doigts de ses pieds lorsqu'il veut frapper 1'eau et se mouvoir a
sa surface. La peau qui unit ses doigts a leur base contracte par des ecartements
sans cesse repetes 1'habitude de s'etendre. Ainsi avec le temps, les larges
membranes qui unissent les doigts des canards se sont formees telles que nous
les voyons". "Au contraire, poursuit-il, 1'oiseau que sa maniere de vivre habitue
a se poser dans les arbres et qui provient d'individus qui avaient tous contracte
cette habitude a necessairement les doigts des pieds plus allonges et conformes
d'une autre maniere que les animaux aquatiques. Ses ongles avec le temps se
sont allonges, aiguises et courbes en crochet pour embrasser les rameaux sur
lesquels l'animal se repose si souvent". Autre exemple, "la taupe a perdu 1'usage
de la vue car elle vit dans le noir".
LAMARCK explique que "la terre aride et sans herbage ou vit la girafe oblige
celle-ci a brouter le feuillage des arbres, en s'efforgant continuellement d'y
atteindre. II est resulte de cette habitude soutenue depuis longtemps dans tous
les individus de sa race que ses jambes de devant sont devenues plus longues
que celles de derriere et que son col s'est tellement allonge que la girafe sans se
dresser sur ses jambes de derriere eleve sa tete et atteint pres de vingt pieds (six
metres) de hauteur".
Selon LAMARCK, 1'evolution est unidirectionnelle. En partant de systemes
simples, la nature a graduellement elabore des systemes de plus en plus
complexes et perfectionnes. La philosophic de LAMARCK est nettement
deterministe. Du lamarckisme trois principes essentiels ont ete retenus :
1. L'action directe du milieu,
2. Le role de 1'usage et du non-usage,
3. La transmission a la descendance des transformations acquises au contact
avec le milieu, ce que la litterature contemporaine a traduit par heredite des
caracteres acquis.
Si ces principes resument de fac.on correcte, mais lapidaire, la pensee de
LAMARCK, encore convient-il de les nuancer en retournant aux sources. Par
exemple, en ce qui concerne la regie de 1'usage et du non-usage, LAMARCK
insiste sur la plasticite des organes chez le tres jeune animal. "Dans tout animal
qui n'a pas depasse le terme de son developpement, 1'emploi le plus frequent
d'un organe fortifie et developpe cet organe". En ce qui concerne 1'heredite des
caracteres acquis, LAMARCK ecrit: "tout ce que la nature a fait acquerir ou
perdre aux individus par 1'influence des circonstances ou par celle d'un
defaut d'usage, elle le conserve par la generation aux nouveaux individus qui
en proviennent". Si Ton remplac,ait le fragment de phrase "par 1'influence des
circonstances ou par celle d'un defaut d'usage" par tout simplement "grace a
des mutations", la proposition de LAMARCK serait d'actualite. En fait, ce n'est
qu'au debut du XXe siecle que la notion de mutation sera acquise.
II est possible que LAMARCK, comme le fut plus tard DARWIN, ait ete influence
par les idees de Thomas Robert MALTHUS (1766 -1834), un economiste anglais
auteur d'un ouvrage sur Le Principe de Population paru en 1798. L'idee chere a
MALTHUS d'une lutte pour 1'existence est retrouvee chez LAMARCK quand il
ecrit: "la multiplication des petites especes d'animaux est si considerable et les
renouvellements de leurs generations sont si prompts que ces petites especes
rendraient le globe inhabitable si la nature n'eut mis un terme a leur prodi-
gieuse multiplication".
5. LA PERIODE PRE-DARWINIENNE
Bien que de doctrines foncierement opposees, le transformiste Etienne

GEOFFROY SAINT-HILAIRE et le fixiste Georges CUVIER feront, dans la premiere
moitie du XXe siecle, ceuvre de pionniers dans le developpement de 1'anatomie
comparee et de la paleontologie. Avec LAMARCK, ils ouvriront la voie a une
reflexion nouvelle et approfondie sur le sens du vivant.
5.1. ETIENNE GEOFFROY SAINT-HILAIRE ET GEORGES CUVIER :

DEUX DESTINS, DEUX CARRIERES
Etienne GEOFFROY SAINT-HILAIRE est ne a
Etampes d'une famille de magistrats. Destine
initialement a la pretrise, on le retrouve a Paris
etudiant en droit, puis bachelier en droit en 1790.
A ses heures libres, il frequente le Jardin du roi et
suit 1'enseignement de botanique dispense par
Antoine-Laurent DE JUSSIEU, les demonstrations
de chimie et les lemons de zoologie, donnees
respectivement par Antoine D E FOURCROY
(1755 - 1809) et Louis DAUBENTON. II frequente
egalement le college du Cardinal LEMOINE
ou professent Charles-Frangois L H O M O N D
E. GEOFFROY SAINT-HILAIRE
(1772 -1844) (1727 - 1794), grammairien et botaniste, et
Rene-Just HAUY, latiniste et fondateur de la
cristallographie. L'enseignement d'HAUY le passionne, et c'est vers une carriere
de mineralogiste qu'il souhaite s'orienter. Cependant un evenement politique
decidera autrement de son avenir. En 1792 commence la periode sanglante de la
Revolution franchise. En aout de cette annee-la, LHOMOND et HAUY sont
incarceres a la prison du Temple. Se deguisant en commissaire de police,
GEOFFROY SAINT-HILAIRE persuade le gardien de la prison de lui livrer plu-
sieurs prisonniers dont LHOMOND et HAUY pour, soi-disant, une comparution
immediate devant le tribunal revolutionnaire. C'est ainsi que ces prisonniers
echapperont aux massacres de septembre 1792. HAUY ne sera pas oublieux.

Au debut de 1'annee 1793, il persuadera Jacques Henri BERNARDIN DE
SAINT-PIERRE (1737 -1814), alors intendant au Jardin du roi, de nommer Etienne
GEOFFROY SAINT-HILAIRE sous-demonstrateur de zoologie dans cet eta-
blissement. Lorsque peu apres le Jardin du roi est reorganise en Museum
d'histoire naturelle et que le nombre des chaires d'enseignement est quadruple,
GEOFFROY SAINT-HILAIRE se voit attribuer la chaire des animaux superieurs
(mammiferes, oiseaux, reptiles et poissons). II n'a que 21 ans et a tout a
apprendre en zoologie. Quand on connait la contribution majeure de
GEOFFROY SAINT-HILAIRE a la science de l'anatomie comparee, on ne peut etre
qu'impressionne par 1'intuition de ceux qui furent a 1'origine de sa carriere.
Le parcours de Georges CUVIER ne fut pas moins
tourmente et etonnant que celui d'Etienne
GEOFFROY SAINT-HILAIRE. CUVIER est ne a
Montbeliard d'une famille de militaires. Avant la
revolution, Montbeliard faisait partie du duche
du Wurtemberg. C'est pour cette raison qu'on
trouve Georges CUVIER a 15 ans comme etudiant
en droit et en economic politique a 1'universite
de Stuttgart. Montbeliard fut rattache a la France
en 1793. A cote de ses etudes de droit, CUVIER se
passionne pour la botanique et la zoologie et suit
1'enseignement de Karl Friedrich KIELMEYER
G. CUVIER
(1765 -1844), un specialiste de l'anatomie compa- (1769 - 1832)
ree qui sera son mentor. KIELMEYER considerait
le monde vivant comme 1'aboutissement d'un parcours evolutif qui avait debute
avec le monde mineral. Quant aux especes eteintes correspondant aux fossiles, il
les comparait aux organes transitoires qui apparaissent et disparaissent dans le
cours de la vie d'un individu, comme les dents de lait.
On retrouve CUVIER age de 21 ans, a sa sortie de 1'universite de Stuttgart,
precepteur d'un fils de famille noble, la famille d'HERICI, dans les environs de
Fecamp. Son temps libre, il 1'occupe a collectionner, dissequer et dessiner des
animaux marins. Une societe d'agriculture et de sciences naturelles avait ete
fondee a Fecamp. CUVIER en est le secretaire. C'est la que le hasard 1'amene a
rencontrer un naturaliste parisien, membre de 1'Institut, refugie en Normandie,
1'abbe TEISSIER. Ce dernier, frappe par le savoir de CUVIER et la clarte de ses
descriptions decide de le recommander a ses collegues parisiens, notamment a
Antoine-Laurent DE JUSSIEU et Etienne GEOFFROY SAINT-HILAIRE, titulaires a
cette epoque de chaires d'enseignement au Museum d'histoire naturelle. C'est
ainsi que CUVIER fut appele a Paris en 1795 par GEOFFROY SAINT-HILAIRE.
D'emblee les deux hommes collaborent et publient la meme annee quatre
articles sur des sujets de zoologie. Cependant leurs temperaments et leurs types
d'ambition sont trop differents ; leur collaboration ne sera qu'ephemere.
CUVIER s'appuie sur des faits. GEOFFROY SAINT-HILAIRE est un visionnaire.
Participant a la reorganisation de 1'Academie des sciences apres la Revolution

de 1789, CUVIER en deviendra membre elu des 1796, alors que GEOFFROY
SAINT-HILAIRE ne le sera que douze ans plus tard. CUVIER accumulera les
charges et les honneurs. II sera conseiller d'Etat, grand maitre de 1'universite,
pair de France, des marques de prestige dont GEOFFROY SAINT-HILAIRE
semblait detache. Malgre des conceptions divergentes, grace a 1'acuite de leur
esprit et a 1'originalite de leur demarche, tous deux contribuerent a donner une
impulsion aux sciences naturelles de 1'epoque.
5.2. L'AFFRONTEMENT GEOFFROY SAINT-HILAIRE - CUVIER :

TRANSFORMISME CONTRE FIXISME
Quelles etaient les divergences de doctrines chez CUVIER et GEOFFROY

SAINT-HILAIRE ? CUVIER est considere comme un ideologue du fixisme. Dans
un memoire adresse en 1797 a 1'Academie des sciences, il ecrit que 1'elephant
fossilise, dont il vient de decouvrir le squelette, est une espece distincte des
especes actuelles, une espece eteinte, definitivement perdue. Pour CUVIER, aucun
des animaux dont on trouve les ossements fossilises repandus sur differents
points du globe n'existe aujourd'hui. Ces ossements fossilises doivent appartenir
a des etres d'un monde anterieur au notre, largement efface, a des etres disparus
du fait de bouleversements cataclysmiques de la surface du globe. Leur auraient
succede des formes de vie entierement nouvelles impliquant ainsi des disconti-
nuites de la vie entre les differentes eres geologiques. Le deluge universel qu'il
fait remonter a 6 000 ans, aurait ete le dernier cataclysme. CUVIER resume sa
doctrine dans son Discours sur les Revolutions de la Surface du Globe dont la
premiere version date de 1812. C'est la theorie du catastrophisme qui postule
que des extinctions d'especes vivantes a des epoques determinees avaient ete
massives mais non totales et qu'a ces extinctions avait fait suite la creation
d'especes tout a fait nouvelles. Un catastrophisme nettement plus radical que
celui avance par CUVIER, avec eradication totale de la vie a de multiples
reprises, fut postule a la meme epoque par Alcide D'ORBIGNY (1802 -1857). En
realite, 1'evolution s'est faite a partir des especes epargnees a la suite d'extinc-
tions qui ne furent jamais totales. Pour contestable qu'ait ete la doctrine fixiste
de CUVIER, il convient de rendre justice a son immense talent de paleontologue
et d'anatomiste et d'evaluer sa doctrine dans le contexte politique et religieux de
son temps. CUVIER s'ingenia a reconstituer des squelettes d'animaux a partir de
fragments d'ossements fossiles. Sa fac.on de proceder s'appuyait sur le principe
de correlation des formes, selon lequel "chaque etre forme un ensemble clos
dont toutes les parties se correspondent mutuellement pour une meme action".
Le principe de correlation stipule que la modification d'une partie du corps
entraine celle de diverses autres parties. "Supposons, ecrivait CUVIER, dans le
Discours sur les Revolutions du Globe, un animal carnivore. II aura necessaire-
ment des organes du mouvement, des doigts, des dents, un estomac, disposes
pour atteindre, saisir, dechirer, digerer une proie, et toutes ces conditions sont
enchainees, car si une seule manquait, toutes les autres seraient sans effet et
I'animal ne pourrait subsister". II continuait: "les animaux a sabots doivent etre
herbivores, puisqu'ils n'ont aucun moyen de saisir leur proie. N'ayant d'autre
usage a faire de leurs pieds de devant que de soutenir leur corps, ils n'ont pas
besoin d'une epaule vigoureusement organisee, d'ou 1'absence de clavicule et
d'acromion, et 1'etroitesse de 1'omoplate. Leur regime herbivore exigera des
dents a couronne plate pour broyer les herbages". En somme, de la forme d'une
seule partie de son corps, de la forme des dents par exemple, on devait pouvoir
tirer des conclusions sur la forme des pieds ou celle des machoires.
Tout en restant un fixiste convaincu, CUVIER postulait qu'il existait un plan de
creation avec une hierarchie progressive de complexite portant sur deux types
de caracteres : les caracteres dominants, parmi lesquels 1'organisation du
systeme nerveux, et des caracteres de moindre importance, dits subordonnes.
CUVIER utilisa les caracteres dominants pour la division du regne animal en
quatre embranchements : les vertebres, les mollusques, les articules et les
radies, correspondant a quatre plans generaux d'organisation. Chacun de ces
embranchements etait subdivise sur la base des caracteres subordonnes. La
meme fac.on de proceder se retrouva dans 1'ceuvre du naturaliste suisse Louis
AGASSIZ (1807 -1873) qui fut 1'un des derniers representants de la doctrine
fixiste. Pour AGASSIZ, 1'ensemble des etres vivants etait le resultat d'un plan
preconc.u a 1'origine par le Createur, plan realise par une serie de creations dont
la paleontologie donne pour chaque espece la date approchee et qui se
succedent dans le temps selon un ordre determine.
La doctrine transformiste de GEOFFROY SAINT-HILAIRE differe radicale-
ment du fixisme de CUVIER. On la trouve exposee en particulier dans son
ouvrage Philosophie Anatomique des Organes Respiratoires sous le Rapport de la
Determination et de I'ldentite des Pieces Osseuses, paru en 1818. Y sont commentes
des principes d'anatomie comparee qui serviront a etayer la theorie du trans-
formisme. Deux d'entre eux sont fondamentaux : le principe des analogies et le
principe des connexions. En decoulent deux autres, le principe des affinites
electives d'elements organiques et le principe de 1'equilibre du developpe-
ment des organes. En bref, dans des especes animales differentes, il existe des
analogies (denommees actuellement homologies) de disposition d'organes qui,
dans chaque espece, possedent une fonction specifique. Ainsi, le bras de
1'homme, la patte du cheval, 1'aile de la chauve-souris, la nageoire du marsouin
sont soutenus par des squelettes homologues, c'est-a-dire provenant d'un meme
squelette ancestral, bien qu'ils n'aient pas la meme fonction. Un exemple
d'analogie (d'homologie) explicite dans la Philosophie Anatomique porte sur le
squelette sternal chez le lezard, le pic, 1'ornithorynque et le phoque entre autres
animaux (Figure 1.4). GEOFFROY SAINT-HILAIRE note aussi que 1'opercule chez
le poisson, une piece osseuse qui recouvre les branchies, se retrouve dans un
osselet au niveau du tympan ches les mammiferes. II est done clair qu'une
analogic de structure ne conditionne pas une analogic de fonction.
Lezard vert Pic
Ornithorynque Phoque
Figure 1.4 - Mise en evidence d'homologies

dans le squelette sternal de differentes especes animales
(d'apres E. GEOFFROY SAINT-HILAIRE - La Philosophie anatomique, 1818)
Le principe des connexions stipule que, chez des animaux issus d'un ancetre
commun, les organes conservent la meme topographie anatomique, bien que
leur forme et leur fonction aient pu diverger. C'est le cas par exemple des
nageoires pectorales des poissons osseux et des ailes des oiseaux localisees dans
une meme region du corps. En bref, concluait GEOFFROY SAINT-HILAIRE,
la nature n'a, pour former les animaux, qu'un nombre limite d'"elements
organiques" qu'elle peut modifier, par exemple raccourcir, amoindrir... sans
toutefois les deranger de leurs places respectives. On lui fit remarquer que les
connexions dorso-ventrales chez les invertebres sont inversees chez les verte-
bres. Ainsi le systeme nerveux est en position dorsale chez les vertebres alors
qu'il est en position ventrale chez les crustaces et les insectes. GEOFFROY
SAINT-HILAIRE repliqua a cette critique en decrivant 1'anatomie du homard
(1822). II montra qu'en retournant ranimal, le ventre en haut, le dos en bas, les
organes, intestin, cceur, aorte, carotides, etaient ordonnes topographiquement
comme chez les mammiferes. GEOFFROY SAINT-HILAIRE generalisa et postula
que tous les animaux sont batis sur le meme plan. La reside la difference
majeure avec la theorie de CUVIER qui erigeait en dogme 1'existence de quatre
plans differents d'organisation anatomique correspondant aux quatre embran-
chements qu'il avait reconnus chez les animaux : "vertebres, mollusques, articu-
les et radies" et qu'il avait considered comme le resultat de creations successives.
Les recherches modernes sur le developpement ont permis d'identifier des
genes speciaux appeles homeogenes, qui presentent une sequence particuliere,
1'homeoboite retrouvee dans les especes animales jusque chez la drosophile.
Les homeogenes supervisent 1'emplacement de la future tete, du futur thorax et
d'autres parties du corps suivant 1'axe antero-posterieur de ranimal. Comme 1'a
fait remarquer Herve LE GUYADER dans son ouvrage GEOFFROY SAINT-HILAIRE,
un naturalists, un visionnaire publie en 1998, la situation ventrale d'organes chez
les vertebres et la situation dorsale d'organes homologues chez les invertebres
est sous le controle des homeogenes. Le passage des invertebres aux vertebres a
ete accompagne d'un changement d'orientation d'organes, la connexion de ces
organes restant la meme.
L'opposition entre les theses soutenues par CUVIER et GEOFFROY SAINT-HILAIRE
devint quasi passionnelle a la fin des annees 1820 et se concretisa au printemps
1830, lors des seances de 1'Academie des sciences, dans un debat reste celebre,
dont le bruit depassa largement nos frontieres. En aout 1830, GOETHE conver-
sait avec son secretaire Johann Peter ECKERMANN (1792 - 1854) de la situation
explosive qui avait regne a Paris quelque temps auparavant. ECKERMANN
pensait que GOETHE faisait allusion a la revolution de juillet 1830. GOETHE
1'interrompit: "Je ne parle pas de ces gens-la. Je parle de la discussion entre
GEOFFROY SAINT-HILAIRE et CUVIER sur 1'evoiution".
6. CHARLES DARWIN ET ALFRED WALLACE : L'EMER-

GENCE D'UNE NOUVELLE THEORIE DE DEVOLUTION
En novembre 1859, parait le fameux ouvrage On the Origin of Species by means of
Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life par
Charles DARWIN. Son succes est foudroyant. Le premier tirage a 1250 exem-
plaires est epuise le jour meme de la publication. La theorie du transformisme
presentee par Charles DARWIN sera baptisee darwinisme. Alors que le
lamarckisme admettait un certain determinisme, le darwinisme s'accommode
de la contingence. La contingence definie comme la possibilite qu'une chose
arrive ou n'arrive pas implique une grande flexibilite de decision devant des
choix multiples. Dans le lamarckisme, tout etre nouveau representait un progres
par rapport aux etres qui avaient existe avant lui. Dans le darwinisme, des
modifications fortuites, soit des defauts, soit des ameliorations, peuvent
apparaitre, mais la nature ne favorise que les variations compatibles avec 1'envi-
ronnement, ce qui donne 1'impression qu'elle selectionne les ameliorations.
Le principe majeur du darwinisme est la selection naturelle avec ses deux
corollaires, la variation continue engendre des variants et c'est le variant le
plus apte qui survit.
6.1. SELECTION NATURELLE ET LUTTE POUR I/EXISTENCE

Comme pour nombre de savants de cette
epoque, le parcours de Charles DARWIN fut
insolite. Ne en 1809 dans une famille aristo-
cratique, Charles DARWIN, malgre une intelli-
gence peu commune, ne se fit cependant pas
specialement remarquer par son parcours univer-
sitaire. En fait, il etait passionne par les choses de
la nature. II est vrai que son grand-pere etait
zoologiste et avait redige un traite de zoologie
intitule Zoonomia. A 1'age de 16 ans, il est envoye
a 1'universite d'Edimbourg par son pere, brillant
^ r^.,,,,,
C. DARWIN
medecin, rpour suivre des etudes de medecine.
(1809-1882) C est a cette epoque que Charles D A R W I N
entend parler pour la premiere fois de LAMARCK
et de son traite de Philosophic Zoologique. Peu enclin a embrasser la carriere
medicale, il quitte 1'Ecole de medecine d'Edimbourg au bout de deux ans. On le
retrouve a 1'universite de Cambridge ou il poursuit pendant trois ans
(1828 - 1831) des etudes de lettres classiques et de theologie. Comme il le
mentionne dans son autobiographic, il s'interesse beaucoup plus a collectionner
les insectes. A Cambridge il a la chance de frequenter des professeurs au savoir
encyclopedique, parmi lesquels le Reverend John HENSLOW (1796 - 1861),
professeur de botanique, et le Reverend Adam SEDGWICK (1785-1873),

eminent geologue. Des lectures d'ouvrages, comme La Narration Personnelle par
Wilhelm VON HUMBOLDT (1769 - 1859), naturaliste, geologue, geographic, et
1'Introduction a I'Etude de la Philosophic Naturelle par 1'astronome William
HERSCHEL (1738 -1822) auront une profonde influence sur DARWIN.
En aout 1831, le jeune capitaine FITZ-ROY (1805 -1865) s'apprete a faire un tour
du monde avec son bateau, le Beagle, pour differentes missions et entre autres
pour des releves geographiques. Un naturaliste est prevu dans 1'equipage. Sur la
recommandation de HENSLOW, Charles DARWIN est recrute. II n'est age que
de 22 ans. Le 27 decembre 1831 il embarque pour un voyage autour du monde
de pres de cinq ans. La petite histoire raconte que, loge sur le Beagle dans un
espace exigu, il eut a s'en accommoder pour ranger les collections de differente
nature qui s'accumulaient. DARWIN apprit ainsi a s'organiser avec une methode
particulierement efficace qui lui servira plus tard dans la redaction de ses
innombrables documents. Robert BROWN, le decouvreur du noyau de la
cellule (Chapitre II-4.1), avait conseille a DARWIN, avant qu'il ne s'embarque,
de ne pas s'embarrasser d'un microscope compose. C'etait un conseil avise. II
valait mieux decouvrir avec ses yeux le panorama grandiose de la nature pour
en saisir le sens plutot que d'examiner les details microscopiques qui en auraient
alourdi la perception.
A son retour en Angleterre, en octobre 1836, DARWIN commence la redaction
de ses premieres notes de voyage d'abord a Londres, puis a Down dans le
comte de Kent apres son mariage en Janvier 1839. En 1838, il est amene a
prendre connaissance de 1'ouvrage de MALTHUS sur la population. MALTHUS
considerait que la population humaine s'accroit suivant une progression geo-
metrique alors que les ressources augmentent essentiellement suivant une
progression arithmetique. "Comme j'etais bien place, ecrit DARWIN dans son
autobiographie, pour apprecier la lutte omnipresente pour 1'existence du fait de
mes nombreuses observations sur les habitudes d'animaux et des plantes, 1'idee
me vint tout a coup que, dans ces circonstances, les conditions favorables
auraient tendance a etre preservees, et les defavorables a etre detruites. II en
resulterait la formation de nouvelles especes. J'avais done enfin trouve une
theorie sur laquelle travailler; mais j'etais si anxieux d'eviter les critiques que je
decidai de n'en pas ecrire la moindre esquisse pour quelque temps. En juin
1842, je m'accordai pour la premiere fois la satisfaction de rediger au crayon un
tres bref resume de ma theorie en 35 pages; puis je 1'augmentai pendant 1'ete
1844 jusqu'a 230 pages". Darwin poursuit: "mais a cette epoque, je negligeais
un probleme de grande importance. II s'agit de la tendance qu'ont les etres
organiques d'une meme origine a diverger dans leur caractere une fois qu'ils se
modifient... La solution est la suivante : la descendance modifiee de toutes les
formes dominantes et croissantes tend a s'adapter au fur et a mesure a des
situations nombreuses et diversifiees toujours possibles dans 1'equilibre de la
nature". En 1856, le geologue anglais LYELL qui s'interesse aux travaux de
DARWIN lui conseille de developper plus amplement ses vues. C'est au debut
de 1'ete 1858 que brusquement surgit un competiteur redoutable en la personne

de son compatriote naturaliste Alfred Russel WALLACE (1823 -1913).
Le debutsdans la vie d'Alfred WALLACE differe
singulierement de celui de Charles DARWIN. Issu
d'une famille desargentee de la petite bourgeoisie
anglaise, WALLACE quitte 1'ecole a 1'age de 13 ans
et rejoint son frere comme apprenti arpenteur. A
20 ans, il occupe un poste de surveillant dans un
college de Leicester. II frequente la bibliotheque
de la ville. Interesse par les sciences naturelles, il
se passionne pour des ouvrages qui en traitent avec
autorite parmi lesquels Les Principes de Geologie
de LYELL (1832), Le Principe de Populations de
MALTHUS et des publications d'HUMBOLDT et
A.R. WALLACE
(1823 -1913) de DARWIN. Le hasard fait qu'il rencontre un
jeune entomologiste Henry BATES qui 1'initie a la
biologic des insectes. L'influence de BATES sur WALLACE peut etre comparee a
celle de HENSLOW sur DARWIN. A partir de cette epoque, le parcours
scientifique de WALLACE sera quasiment parallele a celui de DARWIN. En 1848,
WALLACE s'embarque avec BATES pour 1'Amazonie. Us explorent la flore et la
faune quasi inconnues de cette contree avec 1'idee bien arretee d'en tirer des
documents revelateurs sur 1'evolution des especes vivantes. Apres quatre ans,
WALLACE retourne en Angleterre. En 1854, il repart a destination de 1'archipel
Malais. En 1855, il ecrit un article qui paraitra dans Annals and Magazine of
National History sur "la loi qui preside a 1'introduction de nouvelles especes". II
note en particulier que des especes etroitement apparentees, mais differant par
un ou plusieurs caracteres, se rencontrent dans une meme region, mais dans des
sites differents, ce qui laisse entrevoir la notion de speciation geographique qui
sera elaboree par DARWIN. L'article de WALLACE attire 1'attention de LYELL et
de DARWIN.
En Janvier 1858, dans 1'archipel des Moluques, WALLACE entrevoit brutalement
le role que pourrait avoir la selection naturelle dans revolution. II jette ses idees
dans un article qu'il ecrit en 1'espace de quelques jours et qu'il adresse pour avis
a DARWIN. L'article etait intitule On the Tendency of Varieties to Depart
Indefinitely from the Original Type. Les memes idees que celles soutenues par
DARWIN y etaient developpees. L'enjeu de la competition entre DARWIN et
WALLACE pour une nouvelle theorie de 1'evolution apparut tellement clair qu'a
la requete du geologue Charles LYELL et du botaniste Joseph HOOKER
(1785 -1865) le memoire de WALLACE et une esquisse du futur ouvrage de
DARWIN The Origin of Species by Means of Natural Selection or the Preservation of
Favored Races in the Struggle for Life furent presentes de concert devant la Societe
Linneenne de Londres le ler juillet 1858. Lorsque L'Origine des Especes parut en
novembre 1859, WALLACE admit, en parfait gentleman, que "jamais on n'eut
reuni d'aussi importantes masses de faits jusque-la disperses et de maniere a
etablir une si grande philosophic, et si simple et si neuve". L'Origine des Especes,

ouvrage majeur dans 1'histoire de la biologic, ne fut pas le seul livre a etre ecrit
par DARWIN. II y en cut une dizaine d'autres, dont deux sont directement lies a
la theorie de 1'evolution, The Descent of Man and Selection in Relation to Sex et
The Expression of the Emotions in Man and Animals. Quand 1'epouse de
1'archeveque de Worcester entendit parler de L'Origine des Especes, elle s'ecria :
"Que nous descendions du singe, esperons que ce ne soit pas vrai. Mais si ca
Test, prions pour qu'on ne le sache pas".
6.2. UNE ILLUSTRATION DU PRINCIPE DE SELECTION : LE EEC DES

PINSONS DES ILES GALAPAGOS ET LE COU DE LA GIRAFE
Un des points forts du voyage de DARWIN autour du monde avait ete 1'escale
prolongee, du 15 septembre au 20 octobre 1835, qu'il fit dans les Galapagos, un
archipel d'une douzaine d'iles distantes les unes des autres de quelques dizaines
de kilometres, situees dans 1'Ocean Pacifique, a un millier de kilometres des
cotes de 1'Amerique du Sud a la hauteur de la Republique de 1'Equateur.
DARWIN fut frappe par des differences phenotypiques mineures, mais signifi-
catives chez des animaux ou des vegetaux qu'il appela variants. Ces variants
provenaient d'une meme espece et etaient localises dans des iles differentes. Le
cas des pinsons est souvent cite dans la litterature. DARWIN remarqua que les
pinsons des iles Galapagos ont des phenotypes, bee, plumage, griffes de pattes,
qui different d'une ile a 1'autre et qui dependent apparemment de 1'environne-
ment. Un exemple typique est celui du pinson a gros bee, Geospiza magnirostris.
Ce pinson se nourrit de gros fruits contenant des graines relativement dures; il
met quelques secondes seulement pour extraire les graines du fruit et les broyer.
Une autre espece de pinson, Castospiza pallida, qui lui est un pinson a bee fin, se
nourrit d'insectes lesquels se logent dans 1'ecorce du bois. II ne pourra pas
entrer en competition avec Geospisza magnirostris pour une nourriture a base de
grosses graines; il devra se con tenter d'insectes xylophages. En bref, les pinsons
qui ont peuple les differentes iles Galapagos peuvent etre regroupes en plusieurs
categories suivant leur type d'alimentation : granivores, herbivores, insecti-
vores, mangeurs de cactus (Figure 1.5). Dans L'Origine des Especes, DARWIN
expliqua qu'a partir d'une population homogene initiale correspondant a une
espece definie, venant du continent americain et se retrouvant par chance sur
1'une des iles Galapagos, serait apparu d'abord un variant qui se serait adapte a
cette ile en fonction des conditions du milieu et 1'aurait peuplee. De ce premier
variant serait issu un autre variant qui se serait mieux adapte a une autre ile et y
aurait prolifere. Chacun aurait ainsi trouve la niche ecologique la mieux
adaptee a sa survie et a sa proliferation. Par une pression de selection due a
une preference d'accouplement entre individus les plus semblables se serait
produite une segregation d'habitat geographique entre des variants d'une
meme espece, a la rigueur entre ceux d'especes tres voisines. C'est le pheno-
mene de speciation, valable pour toutes les especes animales et vegetales.
Diversification des pinsons apres colonisation des lies Galapagos a partir du continent
americain, il y a environ 600 000 ans, et adaptation a des niches ecologiques en fonction
de conditions alimentaires. Cactospiza pallida se nourrit d'insectes extraits avec son bee
de 1'ecorce des arbres. Geospiza magnirostris se nourrit de graines dures.Geospiza
scandens se nourrit de graines de cactus et Certhidea olivacea, insectivore, se comporte
comme une fauvette.
Figure 1.5 - Les pinsons des iles Galapagos

(d'apres M. RIDLEY - L'Evolution biologique, 1997)
Reprenant 1'exemple de la girafe et de son long cou, discute par LAMARCK en

termes d'adaptation, DARWIN ecrit que "pendant une periode de disette une
variete a long cou a eu 1'avantage sous ce rapport sur le reste de 1'espece, et lui
a survecu parce qu'elle a pu brouter le feuillage hors de la portee des autres, et
qu'elle a transmis a sa descendance cette particularite de conformation". Pour
LAMARCK, le caractere "long cou" correspondait a une amelioration lente de
1'espece girafe dans un but clairement utilitaire. Pour DARWIN, le caractere
"long cou" est apparu spontanement, par variations au sein de 1'espece girafe.
Ce genre de variation a ete selectionne comme un avantage, et le variant "long
cou" a supplante le reste de 1'espece. L'exemple de la girafe qui oppose selec-
tion et adaptation illustre la difference majeure qui existe entre le darwinisme
et le lamarckisme. II est essentiel de noter qu'a 1'epoque de DARWIN, les
notions de genes et de chromosomes etaient inconnues. La nature des processus
cellulaires qui pouvaient expliquer les variations spontanees postulees par
DARWIN restait ignoree et ne pouvait faire 1'objet que d'hypotheses, fruits de la
pure imagination.
6.3. LE PARALLELE ENTRE SELECTION NATURELLE

ET SELECTION ARTIFICIELLE
Pour etayer sa theorie, DARWIN proceda en raisonnant par analogie avec la

variabilite chez les animaux domestiques et la selection artificielle pratiquee
par les eleveurs. "Considerons, ecrivait-il dans L'Origine des Especes, la forma-
tion graduelle de nos races domestiques... nous ne pouvons supposer que
toutes ces races ont ete soudainement produites avec toute la perfection et toute
1'utilite qu'elles ont aujourd'hui. Le pouvoir de selection, d'accumulation, que
possede l'homme est la clef du probleme ; la nature fournit des variations
successives, I'homme les accumule dans certaines directions qui lui sont utiles.
Dans ce sens, on peut dire que l'homme cree a son profit des races utiles".
DARWIN poursuivait: "comme des variations manifestement utiles ou agre-
ables a l'homme ne se produisent qu'accidentellement, on a d'autant plus de
chances qu'elles se produisent qu'on eleve un plus grand nombre d'individus...
Pour qu'un grand nombre d'individus d'une espece quelconque existe dans un
meme pays, il faut que 1'espece y trouve les conditions d'existence favorables a
sa reproduction". Encore convenait-il d'extrapoler a la nature sauvage ce que
l'homme a impose et maitrise de faôn artificielle. DARWIN repondit positive-
ment a cette question, en soulignant les divergences nombreuses et legeres qui
se produisent chez les descendants d'un meme parent, et le fait que les especes
les plus repandues sont celles qui varient le plus. "Comment se fait-il, ecrit
DARWIN, que des varietes, appelees especes naissantes, aient fini par se
convertir en especes vraies et distinctes". "Comment se forment ces groupes
d'especes qui constituent ce qu'on appelle des genres distincts; tous ces effets
decoulent d'une meme cause, la lutte pour 1'existence. Grace a cette lutte, les
variations quelque faibles qu'elles soient et de quelque cause qu'elles pro-

viennent, tendent a preserver les individus d'une espece et se transmettent a leur
descendance, pourvu qu'elles soient utiles a ces individus dans leurs rapports
infiniment complexes avec les autres etres organises et avec les conditions
physiques de la vie". "J'ai donne, dit-il, a ce principe en vertu duquel une
variation si insignifiante qu'elle soit se conserve et se perpetue si elle est
utile, le nom de selection naturelle pour indiquer les rapports de cette selection
avec celle que rhomme peut accomplir" et ailleurs : "la selection naturelle
n'agit que par la conservation et 1'accumulation de petites modifications
hereditaires dont chacune est profitable".
Un parametre important qui se degage de ces considerations et qui n'avait pas
echappe a LAMARCK est la tendance de chaque etre a se multiplier. DARWIN
refere a la doctrine de MALTHUS. "Comme il nait plus d'individus qu'il n'en
peut vivre, il doit y avoir lutte pour 1'existence, soit avec un autre individu de
la meme espece, soit avec des individus d'especes differentes". En bref, le
darwinisme postule que la selection est un mecanisme regulateur qui, en
eliminant les moins aptes, limite le surpeuplement.
Le darwinisme s'appuie done sur deux observations indeniables :
1. L'existence de variations dans les especes vivantes,
2. L'existence d'une selection d'individus qui survivent a d'autres au sein d'une
meme espece parce que plus aptes dans une lutte pour 1'existence en face
d'obstacles qui viennent de 1'environnement.
6.4. LA SELECTION SEXUELLE DANS DEVOLUTION
En 1871, Charles DARWIN publia un ouvrage qui etendait a 1'homme sa theorie

de la selection, The Descent of Man and Selection in Relation to Sex, ou le terme
"descent" doit etre traduit par "filiation" ou "origine". Le probleme de 1'origine
de 1'homme etait pose d'emblee en les termes suivants : "1'homme est-il le
descendant modifie de quelque forme preexistante ? Pour resoudre cette ques-
tion, il convient d'abord de rechercher si la conformation corporelle et les
facultes mentales de 1'homme sont sujettes a des variations, si legeres qu'elles
soient, et, dans ce cas, si ces variations se transmettent a sa progeniture confor-
mement aux lois qui prevalent chez les animaux inferieurs". La reponse fournie
par DARWIN etait non-ambigue : "1'homme descend d'une forme moins par-
faitement organisee que lui". Se fondant sur differents criteres empruntes a
1'anatomie comparee (similitude du squelette et des visceres), a 1'embryologie
(meme morphologie dans les premiers stades du developpement embryonnaire)
et a 1'infectiologie (similitude des maladies apportees par certaines bacteries),
DARWIN concluait: "nous apprenons ainsi que 1'homme descend d'un mammi-
fere velu, pourvu d'une queue et d'oreilles pointues qui probablement vivait
sur les arbres..., un quadrumane. Les quadrumanes et tous les mammiferes
superieurs descendent probablement d'un marsupial ancien, descendant lui-
meme de quelque etre pareil a un reptile ou a un amphibie qui descendait a son

tour d'un animal semblable a un poisson". Le postulat aussi clairement exprime
de 1'origine de rhomme et des animaux a partir d'un ancetre commun fut
immediatement frappe d'anatheme par 1'Eglise. Quant a la selection sexuelle
commentee par DARWIN dans le meme ouvrage, elle n'etait pas considered
comme une lutte pour 1'existence, mais comme une lutte pour s'assurer une
descendance. De meme que chaque individu recherche la nourriture qui lui est
indispensable, de meme il cherche a se reproduire. Les males luttent les uns
centre les autres pour la possession des femelles. Sans etre mortelle, la selection
sexuelle est aussi rigoureuse que la selection naturelle, en ce sens que c'est elle
qui controle la proliferation de 1'espece.
6.5. L'ACCUEIL DU DARWINISME

DANS LA COMMUNAUTE SCIENTIFIQUE
Des sa parution, L'Origine des Especes fut en butte a de violentes critiques. Dans
son propre pays, DARWIN connut un adversaire de taille en la personne de
Richard OWEN (1804 -1892), excellent zoologiste et paleontologue qui avait cree
le terme de dinosaure en 1841 et fait la premiere description de I'Archeopterix.
L'attitude antidarwinienne d'OWEN refletait celle du milieu politique et reli-
gieux qui affichait une volonte determinee de maintenir une place a part pour
rhomme dans la hierarchic de la nature. Le paleontologue suisse Louis AGASSIZ
restait un fixiste convaincu. Darwin eut cependant d'ardents defenseurs, en
particulier en Angleterre le philosophe Herbert SPENCER (1820 - 1903) et le
naturaliste Thomas HUXLEY (1825 -1895), et en Allemagne 1'embryologiste et
zoologiste Ernst HAECKEL (1834 -1919).
Thomas HUXLEY publia entre 1860 et 1887 sept essais qui furent rassembles dans
un volume reedite en 1891 et traduit en frangais en 1892 sous le titre L'Evolution
et I'Origine des Especes. Un exemple type fourni par HUXLEY a 1'appui de la these
de DARWIN est celui du cheval et de ses predecesseurs eteints dont on retrouve
des traces dans les sediments geologiques du Tertiaire, en particulier dans
1'Ouest des Etats-Unis. Au cours d'une visite qu'HUXLEY fit aux Etats-Unis en
1876, son collegue americain Othniel MARSH (1831 -1899), celebre paleonto-
logue, lui fournit les superbes documents qu'il possedait sur les chevaux fossiles
de 1'Ouest americain. Ces documents rassembles dans une planche furent
reproduits par HUXLEY dans son livre (Figure 1.6). On peut voir qu'au debut de
1'ere Tertiaire, a la periode Eocene, il y a 65 a 45 millions d'annees, le cheval
(Orohippus) qui avait la taille d'un gros chien possedait quatre doigts a la patte
anterieure et trois doigts a la patte posterieure. On constate qu'a la periode
Miocene un doigt a disparu a la patte anterieure (Mesohippus), puis au fur et a
mesure des millions d'annees, certains des doigts restants continuent de
s'atrophier pour ne laisser aux deux pattes qu'un seul doigt flanque de deux
appendices rudimentaires, vestiges des doigts anciens (Equus).
Cette figure est la reproduction par Thomas HUXLEY d'un diagramme realise a
1'Universite de Yale (USA) par le professeur Othniel MARSH. On remarquera la
modification des doigts des pieds du cheval depuis 1'ere tertiaire jusqu'a nos jours, ainsi
que les modifications de la dentition portant sur les molaires.
Figure 1.6 - Evolution du cheval depuis 1'ere tertiaire

(d'apres Th. HUXLEY - Devolution et I'origine des especes, 1892)
A 1'instar des pattes, les molaires ont change de morphologic avec le temps,
devenant plus hautes avec un dessin plus complique du relief de la couronne.
Aux stades Orohippus et Mesohippus, les dents servaient a broyer les feuilles
tendres de petits arbustes. Plus tard, avec des dents plus hautes avec un reseau
de cretes bien developpe, par consequent plus resistantes a 1'usure et plus
efficaces pour le broyage, le cheval put se nourrir d'herbes plus corrosives que
les feuilles a cause d'une plus forte teneur en silice. En meme temps que ces
transformations, la taille de 1'animal s'accrut de plusieurs fois pour atteindre
celle du cheval actuel. Une autre justification de la these de DARWIN, tombant
juste a point pour HUXLEY fut la decouverte en 1862 dans les schistes de
Solnhofen en Baviere de YArchseopteryx, un animal mi-reptile mi-oiseau, que
Ton pouvait considerer comme une transition entre les deux classes animales.
HAECKEL, professeur de zoologie a 1'universite d'lena, fut un proselyte pas-
sionne du darwinisme. En 1866, il formula la fameuse loi de la recapitulation :
1'ontogenie (c'est-a-dire le developpement d'une espece depuis 1'ceuf jusqu'au
stade adulte) est un resume de la phylogenie (c'est-a-dire 1'histoire evolutive de
cette espece depuis ses ancetres les plus anciens). La loi de recapitulation etait
un argument indirect, mais fort, en faveur du darwinisme. Elle s'appuyait sur
1'observation que les embryons de differentes especes animales au stade le plus
precoce de leur developpement se ressemblent etrangement (Figure 1.7). En fait,
le developpement du phenotype est un phenomene complexe ou interviennent
a la fois un controle genique et 1'interaction des cellules en voie de differen-
ciation avec 1'environnement cellulaire. La loi de recapitulation fut severement
critiquee par Wilhelm HIS (1831 -1904), un anatomiste de Leipzig auquel on
doit la fabrication des microtomes, rasoirs automatiques destines a realiser des
coupes ultrafines de tissus animaux ou vegetaux. La loi de recapitulation
exigeait une similitude relativement persistante chez des embryons de toutes
especes. Or les embryons ne se ressemblent qu'au stade le plus precoce de leur
developpement, apres quoi la diversification ne fait que s'amplifier
(Chapitre II-6.2). L'exemple precis du developpement du crapaud est tout a fait
illustratif avec les etapes suivantes :
1. Le retard qui sort de 1'ceuf a 1'apparence d'un poisson avec une queue, un
cceur a deux cavites et des fentes branchiales qui font communiquer la
bouche avec 1'exterieur. Dans la partie externe des fentes branchiales se
trouvent des branchies qui servent a la respiration.
2. Commence alors une differentiation specifique du crapaud. Les branchies
externes se recouvrent d'un opercule, puis elles disparaissent pour etre
remplacees par des branchies internes qui se developpent sur les parois des
fentes branchiales.
3. Les branchies disparaissent, et les poumons qui avaient deja fait leur appa-
rition deviennent fonctionnels. De plus, les quatre membres se developpent.
4. La queue se resorbe et le crapaud est definitivement constitue.
L'evolution comparee de 1'embryon dans differentes especes animales avait conduit

Ernst HAECKEL a formuler sa these de la recapitulation selon laquelle tous les vertebres au
cours de leur developpement suivraient un meme schema d'evolution, conservant la
memoire des formes adultes successives prises par ses predecesseurs.
Figure 1.7 - Evolution de 1'embryon dans differentes especes animales

(d'apres E. HAECKEL - Anthropogenic ou histoire de revolution humaine,
traduit de 1'Allemand sur la 2e edition, 1877)
Les connaissances modernes en biologie moleculaire permettent de dire que le

programme genetique present dans 1'oeuf feconde dicte d'une fac,on stricte
1'evolution de 1'organisation anatomique jusqu'au stade adulte.
6.6. LE DILEMME DES VARIATIONS CONTINUES

DANS LA THEORIE DE DARWIN
Une question interessante soulevee par DARWIN fut de savoir si les petites
variations phenotypiques favorisees par le milieu etaient continues ou dis-
continues. A cette epoque, le cousin de Charles DARWIN, Francis GALTON
(1822 -1911), mathematicien, appliquait les principes d'une nouvelle discipline,
la biometrie, a 1'etude des variations phenotypiques dans differentes especes de
plantes et d'animaux.L'analyse statistique des donnees collectees conduisit a
conclure que les variations etaient continues. Cette conclusion qui debouchait
sur une interpretation erronee du mecanisme de 1'heredite sera rapidement
sujette a discussion, puis a revision.
DARWIN avait vu juste lorsqu'il avait postule que 1'evolution avait procede par
le processus de la selection naturelle. II lui restait a donner une explication satis-
faisante de 1'heredite, c'est-a-dire de la transmission des caracteres "variants".
Pour ce faire, il faudra attendre Gregor MENDEL et la publication de ses lois de
1'heredite en 1866. Ces lois resteront ignorees pendant plus de 30 ans avant
d'etre redecouvertes en 1900 (Chapitre III-l.l). Cependant, non decourage, et
faisant preuve d'imagination DARWIN specula dans une theorie appelee
Pangenese que toutes les cellules du corps possedaient des facteurs d'heredite
contenus dans des petits grains, les gemmules, qui etaient capables de traverser
les membranes et de circuler dans tout 1'organisme. En penetrant dans une
cellule "inerte", les gemmules conferaient a celle-ci le pouvoir d'evoluer en une
cellule identique a celle d'ou ils etaient venus. Au niveau des organes sexuels,
les gemmules s'agregeaient en elements sexuels. En se melangeant, les gem-
mules d'origine male et d'origine femelle etaient a 1'origine de 1'embryon.
L'idee que les gemmules etaient dispersees dans tout 1'organisme etait fondee
sur 1'observation qu'un petit fragment de begonia suffit pour reproduire la
plante tout entiere, ou bien que si 1'on coupe un ver de terre en morceaux
chacun de ces morceaux repousse et reproduit I'animal tout entier.
La theorie des gemmules fut exposee en 1868 par DARWIN dans son ouvrage
The Variation of Animals and Plants under Domestication. "Je suppose, ecrivait-il,
que les cellules ou unites qui composent le corps engendrent de petits granules
qui se dispersent dans le systeme tout entier ; que ces granules, quand ils
rec,oivent une nutrition suffisante se multiplient par division spontanee... Nous
pourrions donner a ces granules le nom de gemmules. Emises par toutes les
parties du systeme, les gemmules se reunissent pour former les elements sexuels,
et leur developpement dans la generation suivante constitue un etre nouveau".
Dans cet ouvrage, DARWIN formulait des idees proches du lamarckisme.
"Admettant qu'il est difficile de comprendre que les effets longtemps continues
de 1'usage ou du non-usage d'une partie du corps ou que des modifications
dans les habitudes du corps et de 1'esprit puissent devenir hereditaires, si Ton
adopte notre hypothese (celle des gemmules), il suffit de supposer que la
structure des cellules se modifie et que ces cellules emettent des gemmules
modifiees de fagon analogue. Ce fait peut se produire a une periode quelconque
du developpement et la modification devient hereditaire a la periode
correspondante". Cette argumentation qui rappelle estrangement le postulat de
1'heredite des caracteres acquis formule par Lamarck, est pratiquement passee
sous silence par les darwiniens.
DARWIN n'ignorait pas qu'a cote des petites variations donnant Timpression
d'une continuite il existait des variations a caractere de discontinuity tres fort,
par exemple 1'apparition de bceufs sans cornes au Paraguay en 1770, une race
qui se perpetua. II est curieux de constater que DARWIN n'en tint pas compte,
mettant a part ces variations discontinues et les considerant comme des jeux de
la nature, des "sports".
Entre 1886 et 1890, Hugo DE VRIES (1848 -1935) fit une observation cruciale sur
une variete d'cenotheres Oenothem lamarckiana (dediee a LAMARCK), une plante
a grandes fleurs jaunes cultivee dans un champ pres d'Amsterdam. II observa
1'apparition de variants dont les graines donnaient naissance aux memes
variants. II donna a ce phenomene le nom de mutations, et il postula que c'est
par de telles mutations que prennent naissance des especes nouvelles. Ainsi, il
devenait evident qu'au lieu de se faire de maniere continue, certaines variations
se faisaient par degres, en marches d'escalier. Ces variations discontinues etaient
hereditaires et facilement differenciees de simples fluctuations non hereditaires.
A la fin du XIX e siecle sont decouverts les processus de la mitose et de la
meiose. Cette decouverte donne un eclairage nouveau aux lois de MENDEL.
Elle fait la distinction entre cellules somatiques (diploi'des) et cellules germinales
(haploides) et elle explique le mecanisme de la fecondation en termes de
conjugaison de deux cellules germinales haploides, Tune male 1'autre femelle,
fournissant chacune leur propre equipement chromosomique (Chapitres II-5.2 et
III-1.1.4). Le geneticien et naturaliste britannique William BATESON (1861 -1926)
realise que dans les experiences de MENDEL la transmission hereditaire a la
descendance de facteurs isoles et distincts est compatible avec 1'existence de
variations discontinues et hereditaires. Cet ensemble de donnees contribua au
delaissement progressif de la theorie des gemmules, car, a bien reflechir, dans
cette theorie, la combinaison de deux variants aurait du aboutir a un individu
de type moyen, ce qu'on appelait une heredite intermediaire, de la meme
fac.on qu'en melangeant un liquide rouge et un liquide blanc on obtient un
liquide rose. L'observation montrait que ce n'etait pas le cas.
6.7. LE NEO-DARWINISME
La nouvelle donne qui resultait des avancees de la genetique et de la biologie

cellulaire a la fin du XIX e siecle introduisit dans le darwinisme une explication
rationnelle et univoque de 1'apparition des mutants. La theorie darwinienne
revisee sous 1'influence en particulier du biologiste allemand August
WEISMANN (1834 -1914) (Chapitres II et III) prit le nom de neo-darwinisme.
Cette version radicalisee du darwinisme expliquait que les variants phenoty-
piques etaient le resultat de mutations geniques transmissibles hereditai-
rement par les cellules germinales suivant les lois de MENDEL. Le neo-
darwinisme signait la rupture definitive avec 1'idee d'une transmission
hereditaire des caracteres acquis par 1'usage ou le non-usage d'organes en
accordant une influence sans partage aux mutations.
II est piquant de constater que WEISMANN avait ete, dans sa jeunesse,
totalement convaincu de la validite de la theorie lamarckienne de 1'heredite des
caracteres acquis. Ce n'est qu'a partir de 1883 qu'il prit ses distances avec le
lamarckisme, en s'appuyant sur le concept qu'il developpera de la difference
entre cellules somatiques et cellules germinales (ou plasma germinatif). Dans
son memoire sur L'Heredite (1883), WEISMANN ecrit: "II faut bien se persuader
que la comprehension des phenomenes de 1'heredite n'est possible qu'en
admettant la notion fondamentale de la continuite du plasma germinatif". La
theorie du plasma germinatif prendra corps dans un memoire public en 1885 sur
La continuite du plasma germinatif comme base d'une theorie de 1'heredite, ou
WEISMANN analyse le processus de la fecondation, resultat de la fusion du
noyau du gamete male et de celui du gamete femelle. "Les cellules germinales
d'un individu ne contiennent pas les memes tendances hereditaires. C'est la
cause des differences bien connues existant entre les enfants des memes
parents". Dans un autre memoire, date egalement de 1885, sur La signification de
la Reproduction Sexuelle pour la theorie de la Selection Naturelle, on peut lire :
"tout organisme jouit de la faculte de fournir des germes qui peuvent donner
naissance en theorie au moins a des copies exactes de lui-meme". WEISMANN
prophetise : "le plasma germinatif est sans doute une substance extraordinaire-
ment complexe dans sa structure intime. Cette substance s'accroit dans des
proportions etonnantes sans changer le moins du monde de complexite de
structure moleculaire". Un demi-siecle plus tard, cette substance complexe sera
identifiee a 1'acide desoxyribonucleique (ADN).
6.8. RETOMBEES SOCIO-ECONOMIQUES DU DARWINISME

L'impact du darwinisme en tant que theorie de 1'evolution sur les reflexions
d'intellectuels a propos du devenir de la societe humaine fut considerable. II
s'agissait la de Tutilisation par des marginaux de la biologie de donnees
scientifiques interpretees de fac.on fallacieuse pour des buts economico-
politiques. Herbert SPENCER sera 1'apotre du darwinisme social ultra-liberal
fonde sur le principe de la competition - elimination. Francis GALTON, long-

temps apres son travail sur le traitement statistique des variants phenotypiques,
pronera la pratique systematique de 1'eugenisme pour ameliorer 1'espece
humaine et "faire intentionnellement et rigoureusement ce que la nature fait
etourdiment sur les animaux".
La liaison dangereuse entre science et ideologic conduisit a des applications
eugeniques reprehensibles, tolerees dans des contrees comme les Etats-Unis et
les pays scandinaves dans les annees 1920 -1930, poursuivies et amplifiees en
Allemagne durant le dernier conflit mondial. Au plan politique, le marxisme a
la fin du XIXe siecle s'inspira du lamarckisme. Au plan economique, un exemple
malheureux de confusion entre science et ideologic fut le lyssenkisme, qui avait
ete introduit par 1'agronome russe Trofim LYSSENKO (1898 -1976) comme mode
de reflexion pour I'amerioration des especes vegetales et qui prenait le relais
de conclusions formulees par un autre agronome russe Ivan MITCHOURINE
(1855 -1935). Apres la derniere guerre, soutenu par les autorites de son pays,
LYSSENKO fut le chantre du darwinisme dans sa version premiere, c'est-a-dire
depouillee de toute consideration genetique. Puis sa doctrine se radicalisa et il
decida d'eradiquer les modifications apportees au darwinisme par les avancees
genetiques, condamnant en bloc MENDEL, WEISMANN et MORGAN comme
des "degradeurs" du darwinisme, rejetant sans preuves les lois de probabilites
de MENDEL et la theorie chromosomique de I'heredite amorcee par
WEISMANN et definitivement etablie par MORGAN. II se rapprocha alors de la
philosophic de LAMARCK, en soutenant le role du milieu dans 1'acquisition de
nouveaux caracteres transmissibles hereditairement. LYSSENKO pretendait
"eduquer" les especes vegetales en modifiant leur environnement, par exemple
transformer le ble d'automne ou ble tendre Triticum vulgare en ble de printemps
ou ble dur Triticum durum. Cette modification du vegetal en quelques semaines
en fonction des conditions de 1'environnement est incompatible avec la
connaissance de 1'equipement chromosomique du ble, le ble dur de printemps
etant une espece tetraploi'de a 28 chromosomes et le ble tendre d'automne etant
une forme hexaploi'de a 42 chromosomes. On sait que 1'hybridation entre
especes voisines permet d'obtenir des especes nouvelles, mais cette hybridation
interspecifique releve de la genetique classique fondee sur la theorie chromo-
somique de 1'heredite. Pour s'accorder avec le marxisme - leninisme, systeme
politique de 1'epoque en URSS, le lyssenkisme fut erige en doctrine d'Etat. La
regie d'obeissance a cette doctrine conduisit au limogeage systematique des
geneticiens russes.
Tout aussi regrettable que la deviation neo-lamarckiste, subsiste chez certains
fondamentalistes religieux une opposition ideologique au transformisme, et ceci
de fac.on inattendue dans des pays a la pointe du progres scientifique comme les
Etats-Unis.
7. L'APRES DARWINISME
Dans le cours du XXe siecle, differentes retouches a la theorie du darwinisme ou
plus exactement du neo-darwinisme ont ete proposees et publiees. Elles n'en
alterent en rien le principe fondamental, c'est-a-dire la selection naturelle.
7.1. LA THEORIE SYNTHETIQUE
Dans les annees 1930 - 1950 se developpa progressivement une conception

modernised du darwinisme qui fut baptisee theorie synthetique de 1'evolution
en 1942 par le naturaliste Julian HUXLEY (1887 - 1975) petit-fils de Thomas
HUXLEY qui avait ete le chantre du darwinisme du temps de DARWIN. La theo-
rie synthetique represente une synthese des idees regues par des geneticiens,
Theodosius DOBZHANSKI (1900 -1975) et Sewal WRIGHT (1889 -1988), par le
paleontologiste et biogeographe Georges SIMPSON (1902 -1984), le naturaliste
Julian HUXLEY, le biometricien Ronald FISHER (1890 - 1962), le mathematicien
et geneticien John B.S. HALDANE (1892 - 1964) et le systematicien Ernst MAYR
(n. 1904). Tout en confirmant les principes du darwinisme, elle privilegie,
comme 1'a montre DOBZHANSKI dans Genetics and the origin of species (1937),
le role des micromutations dans la selection naturelle a 1'interieur de macro-
systemes biologiques et la tres grande variabilite aleatoire. La theorie synthe-
tique fait appel a 1'isolement geographique de mutants favorises par un habitat
approprie. Elle explique ainsi le phenomene de speciation, c'est-a-dire 1'appa-
rition de nouvelles especes. La speciation est generalement allopatrique comme
1'a montre Ernst MAYR dans Systematics and Origin of Species (1942), c'est-a-dire
qu'elle comporte des aires de repartition bien individualisees pour deux popu-
lations issues d'une espece ancestrale. Dans la speciation allopatrique, la popula-
tion qui donne naissance a une nouvelle espece a ete separee de la population
souche generalement par un accident geologique, par exemple la derive des
continents. L'isolement geographique conditionne 1'isolement "reproducteur",
generateur de la nouvelle espece. La speciation est quelquefois sympatrique,
c'est-a-dire que les aires de repartition se chevauchent.
La theorie synthetique insiste sur 1'influence du milieu. Un exemple typique est
celui du melanisme des phalenes en Angleterre, apparu au XIX e siecle avec la
revolution industrielle. Avant 1'ere industrielle, ces papillons de nuit etaient
d'une couleur creme clair. Les premiers papillons de couleur noire furent
signales en 1848 dans la region de Manchester. Leur frequence augmenta
jusqu'a plus de 90% au XX e siecle dans les zones polluees. Le milieu avait joue
son role en ce sens que les papillons noirs pouvaient se dissimuler plus facile-
ment dans des anfractuosites recouvertes de suie et echapper ainsi aux oiseaux
predateurs. L'influence du milieu fut verifiee a la fin des annees trente par
les experimentateurs Philippe L'HERITIER (1906 - 1997) et Georges TEISSIER
(1900 - 1972) en utilisant la technique des "cages a populations". Ces cages
permettaient d'elever dans un espace reduit des drosophiles selectionnees au
plan genetique, de tester 1'influence directe de I'environnement (temperature,

ventilation, alimentation) et d'en tirer des conclusions sur la pression de selec-
tion en fonction de conditions precises du milieu. Ainsi, 1'influence du vent fut
testee sur une population de drosophiles comportant des individus normaux et
des individus porteurs d'ailes vestigiales. En quelques semaines d'une ventila-
tion forcee, la proportion de drosophiles a ailes vestigiales, qui etait initialement
de 12%, passa a 65%, prenant nettement le pas sur celle des drosophiles
normales. Apres retour a 1'abri du vent, les proportions s'inverserent.
La theorie synthetique prend en compte les catastrophes naturelles. Ainsi, la
disparition des dinosaures il y a 60 millions d'annees fut suivie d'une impres-
sionnante diversification d'especes de mammiferes. Ceux-ci occuperent les
niches ecologiques desertees par les dinosaures. Une telle diversification accom-
pagnee d'une proliferation rapide est typique d'une radiation evolutive.
L'ensemble de ces considerations ressort de la genetique des populations.
Celle-ci fait appel, bien sur, a la selection naturelle, aux mutations et a la specia-
tion geographique, mais elle tient compte aussi du hasard, de la selection
sexuelle, c'est-a-dire du choix du conjoint, des migrations geographiques, des
effets du climat et d'autres parametres en partie aleatoires. Alors que la selection
naturelle tend vers une optimisation et une homogeneisation phenotypiques de
la population, les parametres additionnels exercent des influences qui souvent
s'opposent et concourent a 1'heterogeneite. La genetique des populations, en
faisant appel a 1'outil mathematique pour traiter les problemes de frequence,
introduisit dans la discussion du mecanisme de 1'evolution une approche
quantitative permettant de pronostiquer plusieurs possibilites affectees, chacune,
d'une certaine probabilite.
7.2. LA THEORIE NEUTRALISTE
Impressionne par la tres grande variabilite des sequences d'acides amines dans
les proteines, le biologiste japonais Motoo KIMURA (1924 -1994) expliqua en
1969 dans son ouvrage The Neutral Theory of Molecular Evolution que le facteur
majeur de 1'evolution consiste en une derive genique laissee au hasard, done
aleatoire. Selon KIMURA, la majorite des mutations est neutre, ce qui explique le
polymorphisme de 1'ADN sans repercussion sur le phenotype. Seuls quelques
genes, au cours du passage d'une espece a une autre, seraient mutes avec un
impact sur le phenotype, ces mutations restant maintenues par selection
naturelle.
En fait la theorie neutraliste s'adresse plutot a 1'evolution moleculaire. On peut
concevoir qu'une mutation sans avantage selectif apparent puisse se fixer dans
une proteine et en modifier de fac.on mineure les caracteres fonctionnels. Les
changements de capacite catalytique et d'affinite dans le cas d'enzymes, tout en
laissant intacte la specificite enzymatique, moduleraient 1'efficacite de la catalyse
en fonction des conditions du milieu. Ceci expliquerait que les differentes
isoformes d'un enzyme soient reparties dans differents organes, selon 1'avantage
selectif qu'elles procurent au fonctionnement metabolique propre a ces organes.
La theorie neutraliste ne contredit pas la theorie darwinienne. Cependant, il est
raisonnable de penser que si les mutations neutres ne changent pas le
phenotype de 1'individu et son metabolisme global, ce qui est la base de leur
definition, aucun processus evolutif ne peut prendre place.
7.3. LA MACROEVOLUTION
S'il est possible, grace a des restes fossilises de suivre 1'evolution par petites
variations a 1'interieur d'une espece - c'est le cas du cheval Equus qui a evolue
lentement a partir du Tertiaire -, il est par centre difficile de retrouver des fos-
siles qui temoigneraient d'une micrDevolution darwwinienne entre differentes
especes. En 1940, le geneticien allemand Richard GOLDSCHMIDT (1878 -1958)
suggera que des macromutations pouvaient apparaitre brutalement et produire
des phenotypes bien differents de 1'espece initiale, en attente de conditions
appropriees pour proliferer, en d'autres termes engendrer des "monstres pro-
metteurs". II y avait la une idee de macroevolution qui contrastait avec la
microevolution darwinienne. La mutation homeotique, qui, chez la drosophile,
transpose les pattes sur la tete a la place des antennes, est un exemple de macro-
mutation. Comme le fit remarquer FISHER, de telles macromutations n'ont
aucun avantage evolutif. Elles introduisent dans 1'organisme des perturbations
trop importantes qui desorganisent de fagon irreversible des equilibres vitaux.
Avec une vue plus classiquement darwinienne, Ernst MAYR proposa en 1942
que la macroevolution pouvait simplement deriver de la microevolution, dans
la mesure ou etaient considerees conjointement les notions de population et de
speciation. II suggera que des reorganisations genetiques pouvaient conduire a
des changements evolutifs rapides lorsque les individus affectes par ces
reorganisations se retrouvaient en petit nombre sous forme isolee par le fait, par
exemple, d'accidents geologiques. En effet, un gene qui dans une population de
grande taille est a 1'etat heterozygote peut passer facilement a un etat homo-
zygote dans une population de petite taille, marginalisee, ou la consanguinite
est forte. Ceci conduit a 1'installation d'un nouveau caractere phenotypique qui,
s'il est avantageux, favorise les individus qui en sont porteurs par rapport aux
autres grace a la pression de selection. Cette idee d'evolution par speciation fut
reprise au debut des annees 1970 par Stephen GOULD (n. 1942) et developpee
avec Niles ELDREDGE dans la theorie des "equilibres ponctues". Le modele
des "equilibres ponctues" implique des alternances entre des periodes longues
ou la vitesse d'evolution est tres faible et qui durent des millions ou des dizaines
de millions d'annees et des periodes courtes ou 1'evolution precede a grande
vitesse pendant seulement quelques dizaines de milliers d'annees sur des
populations a faible effectif, marginalisees. Le temps relativement court de
1'evolution rapide expliquerait que les fossiles correspondants sont introuvables,
d'ou 1'impression de "sauts" dans revolution.
8. LES ESSAIS DE RECONSTITUTION DE LA

"SOUPE" MOLECULAIRE PREBIOTIQUE
"If it is true that, generally speaking, science is the science of an object which is not
history, yet, in the particular case we are now dealing with, the object is history, i.e.
the historitical steps which preceded the appearance of the first living cells. We are
writting a history within history, that is, the history in human thought of the history
of living systems."
M. Florkin - Comprehensive Biochemistry -1975
Jusqu'au debut du XX e siecle, les reflexions sur 1'evolution etaient fondees

essentiellement sur 1'observation des etres vivants et des fossiles, c'est-a-dire sur
des principes de 1'anatomie comparee et de la paleontologie. Elles avaient
perrnis de demontrer de fagon irrefutable la realite de la theorie du trans-
formisme. Restait un probleme majeur, celui de 1'origine de la vie.
Au debut des annees I860, Louis PASTEUR (1822 -1895) publia une serie d'expe-
riences qui scellerent 1'acte de deces de la generation spontanee. Un nouveau
dogme prit corps : "la vie a partir de la vie". Les arguments avances par
PASTEUR centre la theorie de la generation spontanee etaient tellement percu-
tants qu'ils figerent pendant quelque temps toute tentative serieuse pour conce-
voir une theorie de 1'origine de la vie sur la terre.
C'est en 1922 que le biologiste russe Aleksander OPARIN (1894 -1980) expliqua
devant la Societe de Botanique de Moscou que des biomolecules complexes
auraient pu se former a partir de molecules simples comme 1'hydrogene sulfure,
1'ammoniaque, le gaz carbonique et le methane presents en grandes quantites
dans 1'atmosphere primitive, sous 1'influence de fortes radiations ultraviolettes
provenant de la lumiere solaire. En 1929, John B.S. HALDANE reformula ces
idees dans la revue Rationalist Annual pour aboutir au concept de "soupe
prebiotique". Dans les annees 1930, OPARIN prepara des agglomerats
microscopiques ou coacervats constitues de proteines basiques de type histone
et de gomme arabique, une substance de nature polysaccharidique. Ces
coacervats se presentaient sous forme de microspheres de quelques dizaines de
micrometres de diametre. En ajoutant du glucose 1-phosphate et de la
phosphorylase a de tels coacervats, OPARIN constata que du phosphate
organique etait relache et que du maltose etait produit par condensation de
molecules de glucose. En attirant 1'attention des chimistes et des biologistes, ces
experiences donnerent le signal qui allait ouvrir un nouveau chapitre de la
science de revolution axe sur des syntheses chimiques realisees dans le but de
reproduire les conditions de 1'ere prebiotique.
8.1. PREUVE GEOLOGIQUE DES PROPRIETES REDUCTRICES

DE LA SOUPE PREBIOTIQUE
Les premieres molecules organiques sont apparues il y a environ quatre
milliards d'annees, c'est-a-dire 500 millions d'annees apres que la temperature
de la surface du globe terrestre soit passee au-dessous de 100°C. A cette epoque,
Fatmosphere issue du degazage de Finterieur de la terre etait probablement
riche en gaz carbonique (CC^), en azote (N2), en hydrogene sulfure (SH2) et en
vapeur d'eau (IrÔ). II y avait un peu d'ammoniac (NHs) et de methane (CFLi).
L'hydrogene sulfure provenait d'une activite volcanique intense. Par contre,
1'oxygene etait absent, ou present a 1'etat de traces dans des niches tres disper-
sees, et par consequent il n'y avait pas d'ozone. Plus tard, 1'oxygene forme par
photosynthese fit son apparition et sa concentration s'accrut pour atteindre une
valeur de 1% il y a un milliard d'annees. L'ozone forme a partir de 1'oxygene
servit a arreter les rayons ultraviolets. Au debut, du fait du manque d'un man-
teau protecteur d'ozone, les radiations solaires arrivaient non filtrees sur la terre
et etaient susceptibles d'initier nombre de reactions chimiques aboutissant a la
synthese de nouvelles molecules carbonees de plus en plus complexes. A cause
de sa legerete, Fhydrogene echappait en grande partie a la gravitation terrestre.
D'autre part, une large surface du globe terrestre devait etre recouverte d'eau
dans laquelle se dissolvaient les molecules organiques nouvellement synthe-
tisees constituant ainsi la soupe prebiotique.
Le passage du monde anaerobic au monde aerobie s'appuie sur des preuves
geologiques, en particulier sur 1'etat d'oxydo-reduction du fer dans des filons
metalliques de la croute terrestre. On trouve le fer a 1'etat ferrique, de couleur
rouge, dans des couches superficielles relativement recentes. Dans des couches
plus profondes, appartenant a des terrains du Precambrien et remontant a plus
de 2 milliards d'annees, le fer est essentiellement a 1'etat ferreux, de couleur
verte, sous forme de pyrite (sulfure de fer) ou de siderite (carbonate de fer).
I/atmosphere de la terre au Precambrien lointain etait done reductrice. Plus
pres de notre temps present, 1'oxygene s'est accumule et le fer s'est oxyde.
8.2. LES PREMIERES TENTATIVES DE REPRODUCTION

DE LA CHIMIE PREBIOTIQUE
En 1953, un jeune etudiant americain, Stanley MILLER (n. 1930), qui travaillait a
Chicago dans le laboratoire d'Harold UREY (1893 - 1981), le decouvreur du
deuterium, proceda a une experience peu banale. II soumit un melange de
methane, d'ammoniac, d'hydrogene et de vapeur d'eau a Faction repetee de
decharges electriques sous un voltage de 60 kilovolts pendant plusieurs jours
(Figure 1.8). II obtint un residu goudronneux. Quelle ne fut sa surprise lorsque,
analysant le contenu de ce residu, il decouvrit la presence d'acides amines
comme la glycine, Falanine, Facide aspartique, Facide glutamique, en somme
des molecules que Ton trouve dans des proteines, et aussi la presence d'acides
organiques frequemment rencontres chez les etres vivants, tels que les acides
formique, acetique, propionique, lactique et succinique, ainsi que de 1'uree et
du propiononitrile. Ces resultats publics en 1953 dans la revue Science firent
beaucoup de bruit dans le monde scientifique. Cependant, un examen critique
des conditions experimentales choisies par MILLER revela que les gaz utilises
differaient notablement de ceux de 1'atmosphere terrestre de 1'epoque
prebiotique qui contenait essentiellement CO2, N2 et SH2 et etait moins riche en
H2, NHs et CH4. L'experience de MILLER refaite dans des conditions plus
proches de la realite prebiotique aboutit a la formation des memes molecules,
mais avec des rendements beaucoup plus faibles.
En 1958, Sidney FOX (n. 1912) obtint des polymeres appeles proteinoides a
partir d'un melange d'acides amines chauffes a sec a 170°C pendant trois heures.
Le produit gommeux, fait de particules de 2 a 7 micrometres, mis en suspension
dans 1'eau, liberait une substance soluble constitute de chaines peptidiques
formees par 1'association d'acides amines. Que des molecules simples puissent,
dans des conditions aussi drastiques que celles utilisees par MILLER et FOX, se
condenser et se transformer pour aboutir finalement a des molecules complexes
que Ton retrouve dans les etres vivants, une telle hypothese devint plausible
apres la decouverte de traces d'acides amines dans des meteorites tels que celui
qui tomba en Australie pres du village de Murchinson. La radioastronomie
moderne a confirme que des molecules complexes pouvaient se former dans les
espaces interstellaires et se retrouver dans des meteorites, ce qui a conduit
certains evolutionnistes a postuler que les premieres molecules organiques
auraient ete apportees sur terre par les meteorites.
Suite a ces experiences se posa rapidement le probleme de la chiralite des
molecules organiques possedant un ou plusieurs carbone(s) asymetrique(s). En
effet, 1'un des caracteres distinctifs des etres vivants est que tous leurs composes
organiques porteurs d'un carbone asymetrique sont presents dans une seule
configuration alors qu'en theorie plusieurs possibilites leur sont offertes. Cette
reflexion prend tout son sens en ce qui concerne les acides amines qui com-
posent les proteines et qui sont dans le monde vivant en immense majorite de la
forme L (Chapitre IV-6.3). La synthese organique d'acides amines conduit a un
melange D et L, c'est-a-dire a un racemique. Dans les conditions du monde
prebiotique, il en fut sans doute de meme. Le meteorite de Murchinson (Cha-
pitre 1-8.2) contenait effectivement des acides amines D et L synthetises dans
1'espace interstellaire dans des conditions abiotiques. Une hypothese plausible
expliquant la selection d'acides amines d'un seul type, en 1'occurence L, dans la
synthese proteique par des etres vivants fait appel a la stereochimie. En effet,
1'arrangement theorique des chaines polypeptidiques des proteines en helice oc
(Chapitre III-2.2.1) se fait a partir d'acides amines qui sont soit tous de la forme
L, soit tous de la forme D. C'est le hasard, la chance pure, qui a preside a la
selection des acides amines L dans le monde vivant et non pas un avantage
selectif des acides amines L sur les acides amines D.
Des decharges electriques sous tres haut voltage dans une enceinte
contenant de la vapeur d'eau, de 1'ammoniac, de 1'hydrogene et du
methane initient les reactions suivantes :
acide propionique
Dans les produits de condensation, on retrouve une douzaine
d'acides amines, des bases puriques, du ribose... Ces molecules se
trouvent dans tous les types de cellules vivant actuellement.
Figure 1.8 - Appareil de S. MILLER ayant servi a la demonstration de la

synthese de molecules organiques dans des conditions prebiotiques
8.3. L'HYPOTHESE DU MONDE DU SOUFRE ET DU PER.

L'IMPORTANCE D'UNE CHIMIE DES SURFACES
II est possible que 1'association du fer et du soufre ait joue un role essentiel dans
les mecanismes de 1'evolution puisque ces deux elements se retrouvent dans les
cellules vivantes sous forme d'agregats cristallins inclus dans des proteines et
fonctionnant comme des transporteurs d'electrons dans des reactions d'oxydo-
reduction.
Dans le monde prebiotique, la surface de la terre devait etre saturee en hydro-
gene sulfure. Le role qu'aurait pu jouer le soufre dans la formation de bio-
molecules a ete considere a maintes reprises. En 1951, le biochimiste allemand
Feodor LYNEN (1911 -1979), prix Nobel de physiologic et de medecine en 1964,
decouvrait le mecanisme de 1'activation des acides gras sous la forme de
thioesters tels que 1'acetyl-S-coenzyme A, ou le groupe carboxylique (-COOH)
de 1'acide gras est thioesterifie par le groupe thiol (-SH) du coenzyme A
(Chapitre IV-7.1.1). Son eleve Theodor WIELAND (1913 -1995) entreprit des
experiences qui le conduisirent a conclure que les derives thioesters d'acides
amines pouvaient former des produits de condensation caracterises par des
liaisons peptidiques apres elimination du groupe thiol. Des experiences recentes
montrent qu'effectivement des liaisons peptidiques peuvent etre formees par
reaction d'un thioacide (-R-COSH) avec un acide amine tel que la phenyl-
alanine ou la leucine en presence d'un oxydant, le ferricyanure (Figure I.9a), et
que par simple chauffage d'acide pantoi'que, de la (3-alanine et de cysteamine
s'accumule un produit de condensation, la pantethei'ne (Figure I.9b). Or, la
pantetheine est le precurseur du coenzyme A qui, en se fixant sur le groupe
carboxylique des acides gras, active ceux-ci et permet leur degradation
enzymatique.
On a beaucoup specule sur le role de la pyrite issue de la condensation de
1'hydrogene sulfure et du fer ferreux comme agent de surface capable de fixer
des molecules carbonees a des fins de synthese. Des couches de pyrite grace a la
presence des cations fer auraient servi de support a des molecules chargees
negativement pour promouvoir des reactions de condensation (Figure 1.10).
D'une fac.on generale, 1'avantage d'un support solide avec un minimum
d'hydratation aurait ete d'empecher la predominance de reactions d'hydrolyse
sur celles de synthese. Une telle chimie des surfaces dans 1'apparition de
biomolecules apparait actuellement comme une hypothese plausible.
Dans le monde prebiotique, il y eut necessairement une demande d'hydrogene
comme source d'electrons pour des reactions de synthese. On pense que, en
reagissant avec le fer a 1'etat ferreux, Thydrogene sulfure aurait pu etre un
donneur efficace d'electrons pour les syntheses reductrices. La pyrite, produit
de la reaction, aurait favorise, du fait de sa precipitation, la reaction dans le sens
de la decomposition de 1'hydrogene sulfure (Figure I.lOb).
La formation d'une liaison peptidique entre un acide amine et un thioester est

realisee en presence d'un oxydant, le ferricyanure.
a - Experience de R. LIU et L.E. ORGEL
(d'apres Nature 389 (1997) 52)
La pantetheine, molecule complexe, precurseur du coenzyme A, a pu etre obtenue

par chauffage de ses composants, 1'acide pantoi'que, la (3-alanine et la cysteamine.
L'importance de cette reaction provient du fait que le coenzyme A est implique
dans 1'activation des acides gras : la condensation du coenzyme A par son groupe
-SH au groupe -COOH d'un acide gras aboutit a une liaison thioester -CO-S-.
b - Experience de A.D. KEEFE, G.L. NEWTON et S. MILLER

(d'apres Nature 373 (1995) 683)
Figure 1.9 - Le soufre et le role des thioesters dans le monde prebiotique
8.4. L'HYPOTHESE DU MONDE DE L'ACIDE RIBONUCLEIQUE (ARN)

Apres la decouverte de 1'arrangement de 1'acide desoxyribonucleique (ADN) en
double helice en 1953, il fut etabli que 1'ADN, du fait de la complementarite des
bases adenine - thymine et cytosine - guanine, etait capable de se repliquer
identique a lui-meme et que, de plus, sa sequence contenait une information
d'abord transcrite en ARN, puis traduite en sequence d'acides amines dans des
proteines (Chapitre III-6). De nombreuses proteines sont des enzymes catalysant
nombre de reactions avec une remarquable efficacite. Certains de ces enzymes
controlent non seulement la replication de 1'ADN, mais egalement les opera-
tions de transcription et de traduction qui aboutissent a la synthese proteique.
La question se pose done : qui a precede quoi ? 1'ADN ou les proteines ?
Dans son article de Nature paru en fevrier 1986, Walter GILBERT (n. 1932)
postula que le monde prebiotique etait un monde de 1'ARN et que TADN ainsi
que les proteines seraient apparus ulterieurement. L'idee fit son chemin.
La vie aurait commence sur un sulfure de fer, la pyrite (FeS2), un mineral qui precipite
dans 1'ocean a la sortie des " fumeurs" hydrothermiques, au niveau de failles sous-
marines tres profondes. Les charges positives de la pyrite auraient permis a des
molecules organiques chargees negativement de se fixer et de se condenser.
a - Role de la pyrite dans des syntheses organiques
(d'apres G. WACHTERHAUSER - Microbiol Rev. 52 (1988) 452)
L'hydrogene sulfure, en tant que donneur d'electrons, aurait pu participer d'une fagon
thermodynamiquement compatible a la synthese de molecules organiques.
b - Hydrogene sulfure comme donneur d'electrons
(d'apres G. WACHTERHAUSER - Syst. Appl. Microbiol 10 (1988) 207)
Figure 1.10 - Le fer et le soufre dans le monde prebiotique

L'un des arguments avarices etait que de nombreux coenzymes tels que NAD,
NADP, FAD, FMN, coenzyme A contiennent la meme unite nucleotidique
adenine-ribose-phosphate. Ces coenzymes pourraient etre les temoins
vestigiaux d'un monde moleculaire enrichi en ribonucleotides et en ARN.
D'autre part, la decouverte dans les annees 1980 des ribozymes, c'est-
a-dire d'ARNs capables de catalyser des reactions chimiques (Chapitre III-8.1)
a revolutionne les modes de raisonnement a propos de 1'origine du monde
vivant. A 1'instar de certains coenzymes nucleotidiques, les ribozymes pour-
raient etre les temoins vestigiaux du monde de TARN.
I/experimentation en laboratoire est venue conforter 1'hypothese de 1'ARN
comme molecule prebiotique. II est en effet possible d'obtenir facilement les
bases puriques et pyrimidiques de 1'ARN a partir de molecules tres simples qui
ont eu toute chance d'exister a 1'ere prebiotique, comme le cyanure d'ammo-
nium ou 1'anhydride cyanhydrique (Figure I.lla et b). D'autre part, a pH
alcalin 1'aldehyde formique forme des produits de condensation parmi lesquels
le ribose. Enfin, des polyribonucleotides avec des liaisons phosphodiesters 3'-5'
entre des riboses de nucleotides adjacents comme dans 1'ARN ont ete obtenus
a partir d'un derive nucleotidique, 1'adenosine phosphoimidazolide, et de
diadenosine 5,5'-pyrophosphate en presence de particules d'une argile, la mont-
morillonite, laquelle doit son nom au fait qu'elle est extraite de carrieres proches
de Montmorillon dans la Creuse. La reaction conduite pendant seulement
trois jours a temperature ordinaire fournissait jusqu'a 61% de polynucleotides
(Figure I.lie).
Des ribozymes, c'est-a-dire des ARNs caracterises par des activites enzyma-
tiques variees, ont ete isoles dans les dernieres decennies du XX e siecle. Les
reactions qu'ils catalysent illustrent le role qu'ils auraient pu jouer dans
1'edification de biomolecules. Un exemple typique est celui de la reaction de
DIELS-ALDER qui consiste a condenser par une liaison carbone - carbone un
diene conjugue acyclique a un residu dienophile porteur d'un groupe carbo-
nyle adjacent a une double liaison (Figure I.12a). Cette reaction est acceleree 800
fois par conjugaison du diene acyclique a un polyribonucleotide. Un deuxieme
exemple porte sur 1'activite acyl-transferase d'un ribozyme (Figure I.12b). Mis
en presence d'un complexe constitue par de la methionine unie a un fragment
oligonucleotidique, le ribozyme se substitue au fragment nucleotidique pour se
fixer sur la methionine. Dans cette reaction, la liaison formee est du type ester,
revelant 1'activite acyl-transferase du ribozyme.
L'idee que les ribozymes aient pu etre les premiers biocatalyseurs dans 1'histoire
de la vie a fait son chemin. Les ribozymes auraient pu synthetiser des molecules
d'ARN de fac,on autoreplicative et promouvoir en outre la formation de
liaisons peptidiques, esters et glycosidiques que Ton retrouve dans des bio-
molecules (proteines enzymatiques, lipides membranaires, polysaccharides
de parois cellulaires, proteines du cytosquelette).
a - Synthese d'adenine
(d'apres R.A. SANCHEZ, J.P. FERRIS et L.E. ORGEL - /. Mol Biol. 38 (1968) 121)
b - Synthese de cytosine et d'uracile

(d'apres M. ROBERTSON et S. MILLER - Nature 375 (1995) 772)
c - Synthese d'ARN
(d'apres J. FERRIS et G. ERTEM - Nature 257 (1992) 1387)
La synthese d'adenine (a), de cytosine et d'uracile (b), composants d'acides ribo-

nucleiques, de meme que la formation de polyribonucleotides par condensation
d'adenosine phosphoimidalozide et de diadenosine 5',5'diphosphate (c) montrent la
plausibilite de telles reactions dans le monde prebiotique.
Figure 1.11 - Synthese de bases puriques et pyrimidiques

dans le monde prebiotique
Reaction de DIELS-ALDER :
Des composes carbonyles a-p non-satures dienophiles reagissent avec des dienes conjugues.
La fixation d'un polyribonucleotide sur un diene accelere 800 fois la reaction de condensa-
tion de ce diene avec un dienophile pyridinique (reaction de DIELS-ALDER).
a - Acceleration de la formation cTime liaison C-C

(DIELS-ALDER) en presence d'ARN
(d'apres T.M. TARASOV, S.L. TARASOV et B.E. EATON - Nature 389 (1997) 54)
b - Activite acyltransferase d'un ribozyme

(d'apres P.A. LOHSE et J.W. SZOSTAK - Nature 381 (1996) 442)
Figure 1.12
Si des nucleotides et des polynucleotides sont apparus tot a la surface de la terre,

il est encore plus probable que des polymeres de phosphate les ont precedes.
On salt que des polyphosphates s'accumulent a partir de phosphate mineral par
deshydratation a temperature elevee. On trouve des polyphosphates dans toutes
les cellules du monde vivant a des concentrations micromolaires chez les
eucaryotes et millimolaires chez les procaryotes. Par clivage hydrolytique, des
polyphosphates ont pu apporter 1'energie necessaire a des reactions de synthese.
D'autre part, des polyphosphates ont pu phosphoryler des nucleosides
(base - ribose) en nucleotides (base - ribose - phosphate(s)).
L'ARN est une molecule fragile. La fonction alcool libre en position 2' du ribose
est son talon d'Achille qui la rend susceptible a 1'hydrolyse a pH alcalin, a
temperature elevee et en presence de cations divalents. II est done possible que
le monde de 1'ARN ait ete precede par un monde plus coriace face a 1'adversite
de 1'environnement, un monde ou des bases cycliques puriques et pyrimidiques
etaient associees a des polypeptides pour former des polymeres, sans faire
intervenir la trop fragile molecule de ribose. Une telle structure est appelee
acide peptidonucleique ou PNA (peptidonucleic acid).
A supposer que 1'ARN ait emerge a un certain moment comme la molecule
dominante du monde prebiotique, on est conduit a admettre qu'il etait dote
d'une double fonction, une fonction genomique avec conservation d'identite
par autoreplication et une fonction catalytique. Restent a determiner les condi-
tions dans lesquelles TARN abandonna sa double fonction au profit de deux
autres partenaires, 1'ADN et les proteines. Malgre 1'apparente simplicite de
1'abstraction d'un atome d'oxygene dans le ribose d'un ribonucleotide pour
aboutir a un desoxyribonucleotide, la connaissance que nous avons de 1'enzyme
qui effectue cette reaction, la ribonucleotide reductase, montre son indeniable
complexite. Quoi qu'il en soit, 1'ADN etant plus stable que 1'ARN, son
emergence procura un serieux avantage a la marche de 1'evolution.
Selon 1'hypothese du polynucleotide replicateur avancee par Richard DAWKINS
(n. 1942), parmi les molecules d'ARN ou d'ADN de la soupe prebiotique, il y
en eut une qui acquit la capacite de s'autorepliquer tres rapidement. Ce replica-
teur se serait multiplie a 1'infini, mais avec des erreurs de temps en temps dans
les copies. La "soupe prebiotique" se serait ainsi trouve envahie par une foule
de replicateurs differents les uns des autres, mais tous descendant d'un meme
ancetre. Ces replicateurs sont devenus les genes dont la structure de base est
1'ADN. Lorsqu'apparurent les premieres structures cellulaires, les genes conti-
nuerent leur fonction d'autoreplication, aides en cela par des proteines enzyma-
tiques dont 1'expression dependait de leur propre fonctionnement. Toute cellule
vivante a une duree de vie limitee, mais le gene est en principe immortel. Selon
DAWKINS, les cellules seraient des machines a survie de 1'ADN.
Comment 1'ADN s'imposa-t-il comme chef d'orchestre de la machinerie mole-
culaire dans la cellule vivante ? On peut imaginer le scenario suivant. Les
messages inscrits dans les sequences nucleotidiques de 1'ADN furent d'abord
transferees a TARN. C'est ce qui est appele aujourd'hui transcription, 1'ARN

transcrit etant TARN messager. Grace a une demarche qui passa sans doute par
de multiples essais sur des millions d'annees, la sequence des nucleotides unis
par des liaisons esters dans TARN messager fut finalement traduite en sequences
d'acides amines unis par des liaisons amides (liaisons peptidiques) dans des
proteines.
Pourquoi finalement les proteines ont-elles ete choisies plutot que 1'ARN
comme catalyseurs enzymatiques ? Tres vraisemblablement parce que leurs
unites de base, les acides amines, au nombre d'une vingtaine, leur procurent
infiniment plus de possibilites d'arrangement structural que les quatre bases de
TARN. Les proteines possedent en effet des modes multiples de repliement de
leur chaine peptidique, ce qui leur confere une flexibilite confortable, tout en
leur laissant un certain degre de stabilite transitoire necessaire a I'etablissement
d'interactions avec d'autres molecules. Les proteines enzymatiques utilisent cet
avantage dans le processus d'ajustement de la geometric de leur site catalytique
a la geometric du substrat. Des arrangements structuraux specifiques peuvent
former des regions interactives dans des especes proteiques differentes et
permettre 1'association transitoire de ces especes. Ce mecanisme a ete developpe
dans des reseaux de signalisation impliques dans des activites relatives a la
division, a la differenciation, au metabolisme et a la motilite des cellules
(Chapitres II-10.2 et III-2.2.1).
En resume, 1'evolution trouva avec la selection de macromolecules de nature
proteique une solution elegante pour concilier 1'efficacite et la specificite
necessaires a 1'edification de la machinerie metabolique des cellules vivantes. II
n'en reste pas moins que des ribozymes particulierement efficaces aient pu
acquerir a un certain moment des caracteristiques structurales compatibles avec
la formation de sites capables de fixer de fac.cn affine et specifique des substrats
pour les transformer en produits. La "solution proteique" finit cependant par
s'imposer pour des raisons d'efficacite catalytique.
9. HYPOTHESES SUR L'APPARITION DU MONDE

CELLULAIRE ET SON EVOLUTION
Comment des cellules capables d'effectuer des reactions chimiques et de se
reproduire sont-elles apparues et comment ont-elles progresse d'une forme sans
noyau (procaryote) vers une forme dotee d'un noyau (eucaryote) ? Comment
des cellules eucaryotes se sont-elles assemblies pour former des tissus et des
organes ? Telles sont les questions fondamentales auxquelles les progres de la
biologic moleculaire, de la genetique classique et de la genetique moleculaire
apportent aujourd'hui quelques elements de reponse.
9.1. L'EMERGENCE DBS PROCARYOTES

Le passage du monde prebiotique au monde cellulaire s'est fait grace a un
processus de compartimentation impliquant la mise en ceuvre d'une mem-
brane enserrant un gel aqueux dans un espace limite d'un diametre de quelques
micrometres. Dans ce gel, les biomolecules synthetisees, telles que proteines,
glucides, lipides et acides nucleiques, pouvaient atteindre des concentrations
elevees qui rendaient plus efficaces la catalyse de reactions chimiques.
Les organismes vivant actuellement sur la terre derivent d'une cellule primitive
nee il y a plus de trois milliards d'annees, sans noyau organise mais possedant
malgre tout un ADN capable de replication et une machinerie de synthese pro-
teique. Recemment, des fossiles microscopiques, qui ressemblent aux proca-
ryotes actuels, ont ete decouverts en Australie et en Afrique du Sud sous forme
de tapis presents dans des affleurements rocheux appeles stromatolites. Ces
tapis bacteriens fossilises correspondent a des colonies bacteriennes enrobees de
mineraux. L'une des plus anciennes bacteries trouvees dans des sediments du
Transvaal date de 3,1 milliards d'annees. Sa taille est de 1 micrometre. Elle a ete
baptisee Eobacterium isolatum ("bacterie de 1'aube des temps"). Des colonies
fossilisees d'une autre bacterie capable d'oxyder le fer en presence de traces
d'oxygene, Metallogenium personatum, datant de 2,8 milliards d'annees, ont ete
mises en evidence en Rhodesie dans des sediments contenant de 1'hydroxyde de
fer, ce qui suggere qu'il existait deja a cette epoque des traces d'oxygene. A
1'ouest du Sahara, on a trouve dans des stromatolites datant de 1,6 milliards
d'annees des couches alternees de carbonate de calcium et d'hydroxyde de fer,
comme s'il y avait eu, presentes a la meme epoque, des bacteries photosynthe-
tiques (cyanobacteries) et des bacteries aerobics. Les cyanobacteries auraient
fourni de 1'oxygene directement aux bacteries aerobies vivant en symbiose avec
elles. Ces dernieres auraient developpe un metabolisme aerobie utilisant des
pigments respiratoires presents dans leurs cellules et contenant du fer capable de
fixer 1'oxygene.
Une fois apparus, les procaryotes ont rapidement evolue. Bien que de morpho-
logic relativement simple, ils se sont dotes sans doute en relativement peu de
temps de systemes enzymatiques complexes et performants, indispensables pour
des mecanismes moleculaires inherents a leur division et a leur metabolisme. Ils
se sont repandus et ont occupe de nombreuses niches ecologiques. On connait
la rapidite de division des procaryotes actuels. Par exemple, a 37°C la bacterie
Escherichia coli se divise toutes les 20 minutes, donnant naissance a des milliards
d'individus en 24 heures. On presume que la faculte de se diviser rapidement
etait egalement un attribut des procaryotes primitifs, a en juger par la densite
des tapis de bacteries fossilisees.
Un evenement qui a marque de fac.on decisive le debut de 1'evolution et en a
facilite la poursuite fut la selection par certaines cellules d'un systeme mole-
culaire capable de capter 1'energie de la lumiere solaire et de 1'utiliser pour
fabriquer de la matiere organique a partir du CO2, ce qui correspond a 1'assimi-

lation carbonee par photosynthese.
Les premiers procaryotes photosynthetiques utiliserent probablement le pouvoir
reducteur de 1'hydrogene sulfure, SH2, pour reduire CO2- Un peu plus tard, les
cyanobacteries ou algues bleues vertes reussirent le tour de force de cliver 1'eau
et d'en tirer un pouvoir reducteur utilisable pour 1'assim.ilation carbonee. Etant
donne que la photolyse de 1'eau s'accompagne de liberation d'oxygene, la
teneur en oxygene de 1'atmosphere terrestre, qui etait inferieure a 0,1% il y a
3,5 milliards d'annees, s'enrichit progressivement pour passer a 1% il y a
1 milliard d'annees, a 10% il y a 500 millions d'annees, pour doubler une
centaine de millions d'annees plus tard avec le concours de la photosynthese
des plantes vertes, et finalement atteindre 21% a notre epoque.
L'apparition de 1'oxygene dans 1'atmosphere terrestre fut a la fois un avantage et
un inconvenient. L'utilisation de 1'oxygene par les organismes aerobies pour
degrader des molecules organiques en CC>2 et IHÔ permit une recuperation
importante d'energie, utilisee pour la synthese d'ATP a partir d'ADP et de
phosphate mineral grace au mecanisme de 1'oxydation phosphorylante.
L'inconvenient fut la toxicite des metabolites derives de 1'oxygene, a savoir 1'ion
superoxyde f 1 ! 02", 1'eau oxygenee H2O2, le radical hydroxyle OH' et 1'oxygene
singulet 1O2- Des bacteries comme 1'enterobacterie Escherichia coli contiennent le
superoxyde C>2~ a la concentration de 10~10 M et H2O2 a la concentration de 10~
7
M. Certains de ces derives comme H2O2, OH' et 1O2 contribuent a 1'oxydation
des bases de 1'ADN, en particulier la guanine, et a celle de residus d'acides
amines (cysteine, histidine, methionine, arginine) dans des proteines.
L'evolution mit en place tres tot, au niveau des procaryotes, des systemes
enzymatiques capables d'eliminer les derives toxiques de 1'oxygene ou en tout
cas de maintenir leur concentration a un faible niveau. Seuls ont survecu en
presence d'air les organismes qui ont ete capables de developper des systemes
enzymatiques du type superoxyde dismutase qui transforme le superoxyde O2~
en H2O2, et du type catalase et peroxydase qui transforment H2O2 en H2O. La
mise en place de ces systemes detoxifiants est complexe. Le traitement de la
bacterie Escherichia coli par de faibles doses d'H2O2 induit la formation d'au
moins 30 especes de proteines. La synthese de ces proteines est controlee au
niveau de 1'ADN par une proteine regulatrice OxyR qui fonctionne comme
une sonde a ^02- La proteine OxyR est une proteine porteuse de groupes
thiols (-SH) oxydo-reductibles (proteine redox). Deux groupes thiols (-SH)
peuvent s'oxyder et former un pont disulfure (-S-S-). C'est uniquement sous sa
forme oxydee que la proteine OxyR active la transcription d'enzymes comme la
catalase, en se fixant sur les regions promotrices des genes qui codent ces
enzymes. En ce qui concerne 1'ion superoxyde O2~, la regulation de la super-
oxyde dismutase qui le transforme en H2O2 est le fait d'une proteine specifique,
[1] L'ion superoxyde est designe dans la litterature par C>2 ' ou par 02"
SoxR, qui passe d'un etat inactif a un etat actif apres oxydation d'un centre
fer/soufre (Fe/S). La forme active de SoxR regule positivement 1'expression
d'une autre proteine SoxS, laquelle regule a son tour positivement 1'expression
de la superoxyde dismutase.
Dans les annees soixante-dix, le microbiologiste americain Carl WOESE (n. 1928)
proposa une classification des procaryotes en fonction des caracteristiques de
leurs ARNS ribosomaux. II distingua deux phylums de procaryotes, comportant
Tun des bacteries vivant dans des conditions extremes, qu'il appela archebac-
teries ou Archaea, et 1'autre les bacteries vraies ou eubacteries ou Bacteria
(Figure 1.13). Les archebacteries avaient ainsi ete denommees car leur prolife-
ration dans des conditions extremes laissait supposer qu'elles avaient pu etre les
premieres formes de vie a la surface du globe terrestre. On pense qu'a partir
d'un procaryote ancestral une divergence aurait donne naissance a ces deux
phylums. Les archebacteries comprennent entre autres des halophiles, des
methanogenes et des thermophiles. Les halophiles ont besoin de concentra-
tions elevees en sel pour survivre. Certains possedent un systeme photosyn-
thetique qui utilise un pigment lie a la membrane, la bacteriorhodopsine. Les
methanogenes vivent dans des milieux sans oxygene et produisent du methane
par reduction du gaz carbonique. Quant aux thermophiles, ils vivent dans des
sources chaudes ou dans des fonds marins a des temperatures de 80 a 90°C. Les
archebacteries different des eubacteries par la nature de leurs lipides membra-
naires, notamment les glycerophospholipides. Alors que le glycerol est lie par
des liaisons esters aux acides gras dans les glycerophospholipides des eubac-
teries, la liaison est de type ether chez les archebacteries. II est probable que
certaines archebacteries contiennent des proteines particulieres dont la con-
naissance devrait permettre de progresser dans 1'elucidation des stades precoces
de 1'evolution. Les eubacteries comprennent des organismes photosynthetiques,
comme les cyanobacteries, mais surtout des organismes non photosynthetiques
(Figure 1.13) .
Grace au sequenâge automatise de 1'ADN, les sequences d'une trentaine de
genomes de procaryotes, y compris d'archebacteries, avaient ete decrites et
repertoriees au debut de 1'annee 2001. II est apparu qu'une nouvelle division
s'imposait chez les archebacteries, a savoir les euryarchaeotes et les crenar-
chaeotes. Dans le groupe des euryarchaeotes se trouvent les methanogenes et
dans celui des crenarchaeotes les hyperthermophiles. Les crenarchaeotes ne
possedent pas de genes codant les homologues d'histones qui sont retrouvees
chez les eucaryotes et les euryarchaeotes; elles possedent, par contre, des genes
codant de petites proteines basiques, capables de se fixer sur 1'ADN comme
c'est le cas chez les eubacteries. Cette observation et d'autres etayent la theorie
d'un transfert horizontal de genes qui a eu lieu dans le cours de revolution
sans aucune specificite entre differentes especes de procaryotes vivant a la
meme epoque dans les memes niches ecologiques.
a - La premiere divergence de 1'evolution

archebacteries et eubacteries
b - La deuxieme divergence de revolution

Apparition des eucaryotes
Figure 1.13 - Les divergences de 1'evolution

9.2. I/EMERGENCE DES EUCARYOTES

Un evenement crucial de 1'evolution fut 1'apparition de cellules eucaryotes,
c'est-a-dire de cellules contenant un noyau enserrant 1'ADN. Le cytoplasme des
cellules eucaryotes du regne animal et du regne vegetal contient des mitochon-
dries ainsi que d'autres organites. Les cellules vegetales contiennent en plus des
chloroplastes. On fait remonter a 1,5 milliard, peut-etre 2 milliards d'annees,
1'apparition de la premiere cellule eucaryote. Les avis restent partages sur la
nature des evenements qui aboutirent a la cellule eucaryote. Toutefois deux
scenarios retiennent 1'attention. On y refere sous les noms d'hypothese de
1'oxygene et d'hypothese de 1'hydrogene (Figure 1.14).
L'hypothese de 1'oxygene admet qu'un protoeucaryote, c'est-a-dire une cellule
nucleee depourvue de mitochondries, est entre en symbiose avec une bacterie
aerobic, dotee d'une chaine respiratoire transferant les electrons a partir de
substrats reduits vers 1'oxygene et d'une machinerie moleculaire capable de
coupler la respiration a la synthese d'ATP. Cette bacterie, une fois endocytee
par le protoeucaryote se serait divisee, donnant naissance aux organites endo-
cellulaires connus sous le nom de mitochondries (Figure I.14a). Cette hypothese
est plausible dans la mesure ou on replace les evenements qu'elle decrit dans
une periode geologique ou 1'atmosphere terrestre etait deja enrichie en oxy-
gene. Ce n'etait pas le cas lorsque les eucaryotes ont fait leur apparition, il y a
2 milliards d'annees a moins de supposer 1'existence de microniches a oxygene.
Selon une theorie originale, appelee "ox-tox", la fonction premiere de la bac-
terie aerobic aurait ete de consommer 1'oxygene et de 1'eliminer en tant
qu'element toxique de la cellule anaerobic.
L'hypothese de 1'hydrogene postule une symbiose entre une archebacterie et
une proteobacterie (apparue dans le phylum des eubacteries au cours de 1'evo-
lution) (Figure I.14b). Elle s'appuie sur la tres forte probabilite que 1'atmosphere
prebiotique contenait tres peu ou pas d'oxygene. Elle comporte un certain
nombre de propositions qui apparaissent raisonnables dans le contexte de la vie
prebiotique, et qui s'enchainent de la fac.on suivante. L'archebacterie est auto-
trophe et utilise, avant la symbiose, 1'hydrogene du milieu exterieur comme
source d'energie et le gaz carbonique comme source de carbone. Dans le
processus de symbiose, 1'archebacterie internalise la proteobacterie qui devient
le symbionte. Deux des produits du catabolisme chez la proteobacterie sont
1'hydrogene et le gaz carbonique. Au lieu de prelever 1'hydrogene et le gaz
carbonique de 1'atmosphere, 1'archebacterie, grace a sa symbiose avec la pro-
teobacterie, est approvisonnee a demeure en ces deux molecules avec une meil-
leure efficacite. En outre, la proteobacterie dispose d'un arsenal enzymatique lui
permettant d'utiliser le glucose par la voie de la glycolyse. Elle possede aussi
des transporteurs membranaires de metabolites, en particulier le transporteur de
glucose. Par transfert des genes qui codent ces especes moleculaires chez la
proteobacterie, 1'archebacterie s'est trouvee dotee de potentialites energetiques
nettement ameliorees par rapport a celles qu'elle possedait avant symbiose.
L'hypothese de 1'oxygene (ou de 1'endosymbiose d'une proteobacterie par un proto-

eucaryote) fut proposee pour expliquer 1'origine des mitochondries dans des cellules
eucaryotes dans un milieu aerobic. (De meme 1'endosymbiose de cyanobacteries serait a
1'origine des chloroplastes dans les eucaryotes photosynthetiques).
a - Hypothese de 1'oxygene
(d'apres L. MARGULIS - Origin of eucaryotic cells, 1970)
(glycolyse, transporteurs de nutriments) a 1'archebacterie (hote) qui devient heterotrophe
L'hypothese de 1'hydrogene refere a une symbiose dans un milieu anaerobic entre une
proteobacterie fermentative productrice d'hydrogene et de CO2 et une archebacterie
autotrophe dependant de la presence d'hydrogene et de CO2/ qui aurait pu etre un
methanogene.
b - Hypothese de 1'hydrogene
(d'apres W. MARTIN et M. MULLER - Nature 392 (1998) 37)
Figure 1.14 - Deux hypotheses pour le premier eucaryote

En contrepartie, elle a perdu son autotrophie du fait de sa conversion en hetero-

trophe dependant des metabolites du milieu (ici le glucose) pour sa survie.
Que devient le symbionte, c'est-a-dire la proteobacterie endocytee ? II peut
disparaitre. S'il continue a relacher de 1'hydrogene, ce sera alors un hydro-
genosome. II peut aussi evoluer et acquerir une chaine respiratoire couplee a
une ATP synthase; ce sera alors une mitochondrie. Un schema de symbiose
analogue a celui qui a abouti a la mise en place de mitochondries dans les
cellules animales et vegetales a sans doute ete utilise pour la mise en place de
chloroplastes dans les cellules vegetales. Dans un tel processus, les chloro-
plastes auraient eu un ancetre de type cyanobacterie. Les hypotheses de 1'oxy-
gene et de 1'hydrogene sont speculatives. De plus, elles ne sont pas les seules a
tenter d'expliquer 1'apparition des eucaryotes ; le debat est loin d'etre clos.
Les eucaryotes unicellulaires evoluerent dans deux directions, soit qu'en restant
unicellulaires ils se doterent d'une anatomic complexe, tube digestif, organes
sensoriels, systeme motile, comme c'est le cas pour les protozoaires, soit qu'ils
acquirent la capacite de s'agreger en colonies cellulaires, point de depart des
metazoaires et des plantes. On retrouve aujourd'hui des formes vestigiales de
vie qui sont, semble-t-il, des transitions entre unicellulaires et metazoaires; c'est
le cas de 1'algue verte flagellee, Volvox, qui a la particularity de s'associer en
colonies de milliers de cellules dont les cils battent de fagon synchrone; lors de
la division cellulaire, les cellules restent unies par des ponts cytoplasmiques.
L'apparition des premieres cellules eucaryotes fut confrontee avec la necessite
d'inventer des mecanismes appropries pour resoudre le tres complexe probleme
de la division cellulaire. Chez les procaryotes, lorsque 1'ADN se replique, les
deux copies qui en resultent sont attachees a la membrane plasmique de la
cellule en des regions qui se separent au moment de la division. Chaque cellule
fille herite d'une copie de 1'ADN parental. Lors du passage aux cellules
eucaryotes, le nombre et la taille des chromosomes ont augmente. Des
mecanismes ont du etre inventes pour que la division cellulaire puisse s'accom-
moder de cette complexite emergente. A travers de nombreuses etudes realisees
chez des protistes et des metazoaires, il apparait clairement qu'au cours de
1'evolution differentes solutions furent elaborees apres de multiples essais dont
on retrouve les vestiges dans les especes vivantes actuelles (Chapitre II-5.2).
9.3. MUTATIONS ET HORLOGES D'ADN

A partir des annees 1960, 1'analyse de la sequence de proteines simples comme
le cytochrome c dans differentes especes animales ou vegetales avait attire
I'attention sur 1'existence d'une derive moleculaire caracterisee par la substi-
tution d'un acide amine par un autre, sans que cette modification n'entraine de
prejudice pour le fonctionnement de la proteine. On voyait en particulier le
nombre de substitutions augmenter au fur et a mesure qu'on remontait 1'echelle
animale. Les techniques modernes de sequenc.age d'ADN par leur rapidite et
leur fiabilite ont supplante celles de sequengage des proteines. Elles ont ainsi
permis d'accumuler un nombre considerable de donnees. De leur analyse s'est
degage le concept d'horloges biologiques ou d'horloges a ADN.
Au cours de revolution, chaque espece de proteine dans un organisme vivant a
vu sa sequence en acides amines "deriver". La vitesse de cette derive varie
suivant 1'espece de proteine. Une fac,on de la calculer consiste a denombrer les
mutations detectees, rapportees a 100 residus d'acides amines dans des proteines
isolees a partir de differentes especes vivantes dont on connait la date d'emer-
gence dans 1'evolution. On porte sur un graphe le nombre de ces mutations en
fonction de leur date d'apparition. La droite obtenue permet de calculer 1'unite
de temps evolutif, c'est-a-dire le temps moyen pour que se produise un
changement, non letal et non handicapant, d'un residu d'acide amine tous les
cent residus que la proteine contient. A titre d'exemple, 1'unite de temps evolutif
est de 5,8 millions d'annees pour 1'hemoglobine, de 20 millions d'annees pour
le cytochrome c et de 600 millions d'annees pour 1'histone H4, un certain type
d'histone associee a 1'ADN dans la chromatine. La sequence primaire de
1'histone H4 a done ete fortement conservee au cours de 1'evolution, ce qui
suggere qu'une mutation aleatoire dans 1'histone H4 est plus handicapante pour
sa fonction que ne 1'est une mutation aleatoire dans le cytochrome c.
La technique de 1'horloge biologique, c'est-a-dire 1'etude comparee des muta-
tions, a ete appliquee a 1'ARN ribosomal 16S que 1'on trouve dans toutes les
especes et dont la taille est suffisamment importante pour detecter des modifi-
cations significatives d'espece a espece. Parce que 1'ARN 16S mute lentement,
son analyse a ete utilisee pour la datation d'evenements anciens. Elle a permis,
par exemple, de s'assurer que les archebacteries appartenaient a un phylum
different de celui des eubacteries. Tout en gardant leur valeur indicatrice, les
horloges biologiques n'ont pas une fiabilite absolue en raison du transfert de
genes entre organismes, en particulier entre eubacteries et archebacteries,
transfert qui aurait pu atteindre un degre tres significatif lors de leur pullulation,
il y a 2 a 3 milliards d'annees.
L'ADN mitochondrial comme horloge biologique presente des particularites
typiques par rapport a 1'ADN nucleaire. C'est un ADN de petite taille (dans
1'espece humaine, 16 500 paires de bases). II n'est pas sujet a recombinaison. II
est transmis a la descendance essentiellement par 1'ovule, ce qui rend son ana-
lyse plus simple. Du fait de sa transmission maternelle, la sequence de 1'ADN
mitochondrial s'est modifiee au cours du temps par accumulation de substitu-
tions de bases puriques ou pyrimidiques, essentiellement dans le lignage mater-
nel. En 1987, une etude sur 1'espece humaine fut publiee, qui portait sur le poly-
morphisme de 1'ADN mitochondrial chez 147 sujets originaires de differents
continents : Afrique, Asie, Europe, Australie, Nouvelle Guinee. Le polymor-
phisme de 1'ADN avait ete analyse a 1'aide d'enzymes de restriction (Cha-
pitre III-8.2), une technique qui venait d'etre mise au point en Grande-Bretagne.
Les resultats montrerent une convergence vers une origine commune d'origine
africaine remontant a 200 000 ans, ce qui conduisit a postuler 1'existence d'une
Eve africaine mere de 1'humanite actuelle. A partir de la population africaine

originelle, il y aurait eu un flux migratoire vers les autres continents.
La divergence du phylum neanderthalien a egalement ete datee a partir d'ADN
mitochondrial recupere a partir d'un extrait d'humerus d'un homme du Nean-
derthal fossilise. Cette divergence remonterait a 600 000 ou 700 000 ans. Grace a
des analyses recentes d'ADN mitochondrial pratiquees chez 1'homme, le gorille
et 1'orang-outang, il apparait que la divergence entre homme et gorille est
moins ancienne que la divergence entre homme et orang-outang. La divergence
entre homme et chimpanze est la plus recente.
Un curieux phenomene ou les mutations ont joue un role indeniable est celui de
la convergence fonctionnelle. II y a convergence quand un meme fonctionne-
ment apparait en plus d'une occasion dans le cours de 1'evolution. C'est le cas
des enzymes proteolytiques du type metalloproteases, cysteine - proteases,
aspartyl - proteases, serine - proteases. Un cas egalement typique est celui de
deux proteases, la subtilisine bacterienne et la chymotrypsine, dont la struc-
ture tridimensionnelle presente une architecture tres voisine, avec trois residus
d'acides amines fonctionnant en relais et formant une triade catalytique :
histidine 57, aspartate 102 et serine 195 pour la chymotrypsine et aspartate 32,
histidine 64 et serine 271 pour la subtilisine. A un niveau d'integration plus
eleve, 1'oeil est apparu a plusieurs reprises comme organe de la vision, sous
forme d'ceil compose a multilentilles, par exemple chez les insectes, et d'ceil a
lentille unique dans d'autres especes animales, par exemple les mammiferes.
9.4. EVOLUTION ET MALLEABILITE DU GENOME

Une caracteristique etonnante des genes eucaryotiques consiste en leur morce-
lement. En effet, ils comportent des sequences codantes, les exons ("expressed
sequences"), separes par des sequences non codantes, les introns ("intervening
sequences"). Au cours de 1'etape de transcription, se produit un epissage entre
les exons aboutissant a une sequence unique de pre-ARN messager codant une
proteine specifique. On pensait jusqu'a une periode recente que 1'existence
d'introns etait une caracteristique des eucaryotes. Cependant on a trouve des
introns dans des archebacteries et aussi dans des cyanobacteries. Certains
auteurs pensent que les bacteries avaient initialement possede dans leurs genes
des introns qu'elles auraient ensuite perdus. Ainsi, leur genome se serait sim-
plifie pour ne laisser subsister que les exons, ce qui aurait augmente leur
efficacite de replication.
La duplication des genes et 1'epissage alternatif ont ete utilises extensivement
au cours de 1'evolution et sont, pour une grande part, responsables de la
complexite genetique que nous connaissons. De petites unites geniques mobiles,
appelees transposons, ont pu egalement influencer 1'expression des genes du
fait de leur facilite a se deplacer dans le genome et a s'y inserer au hasard. C'est
en s'interrogeant sur la raison des differentes pigmentations (jaune, brune...) des
grains d'un meme epi de mai's que Barbara MC CLINTOCK (1902 -1992) entreprit
de determiner, au debut des annees 1940, quelle pouvait etre la relation entre la
synthese de ces pigments et les genes dont ils dependent. Ceci 1'amena a
postuler 1'existence de genes mobiles dits sauteurs. Les transposons, delimites
par des unites d'insertion (IS), se retrouvent aussi chez les bacteries. Leur taille
varie entre 750 et 2 000 paires de bases (Chapitre III-4.2.5). Une particularite des
transposons est de passer a une activite de migration intense apres une longue
periode de repos, ce qui se traduit par des changements majeurs dans le genome
auxquels on a donne le nom de "salves de transposition". II existe des transpo-
sitions simultanees de plusieurs elements transposables ; de tels processus
auraient abouti a 1'emergence de nouvelles varietes d'organismes dont certaines
auraient ete avantagees par rapport aux parents en fonction des conditions du
milieu.
Une categoric speciale de genes, les homeogenes, presents chez tous les meta-
zoaires, ont tres probablement joue un role dans certains remaniements mor-
phologiques apparus dans 1'evolution, par exemple 1'inversion bouche - anus et
dos - ventre. Les homeogenes ont ete particulierement bien etudies chez la
drosophile et plus recemment chez la souris. Chez la drosophile, avant meme la
formation des segments de 1'embryon, une premiere classe de genes assure le
controle de la formation de 1'axe antero-posterieur et de 1'axe dorso-ventral. Une
deuxieme classe de genes, les genes de segmentation, controle la segmentation
de 1'embryon en 15 segments repartis dans la tete, le thorax, et 1'abdomen. Les
homeogenes correspondent a la troisieme classe. II s'agit de genes regulateurs
maitres retrouves chez les vers, les insectes, les mammiferes et l'homme. Le
terme "maitres" signifie que ces genes controlent la transcription d'autres genes
dits secondaires. Les homeogenes ou genes hox possedent une region de tres
forte similitude de 180 paires de bases appelee boite homeotique. Cette boite
code un domaine peptidique tres conserve d'une soixantaine d'acides amines,
1'homeodomaine, apparente au domaine helice - coude - helice des regulateurs
proteiques bacteriens qui se fixent sur des regions specifiques de 1'ADN (Cha-
pitre III). Les homeoproteines, grace a leur homeodomaine, fonctionnent en fait
comme des facteurs de transcription. La machinerie homeotique est apparue il
y a 600 millions d'annees, et a ete conservee tout au long de revolution depuis
les annelides jusqu'a l'homme.
Chez la drosophile qui possede seulement quatre paires de chromosomes, les
genes hox sont repartis en deux complexes, Antennapedia et Bithorax, qui sont
localises sur le chromosome 3. La combinaison du produit d'un gene homeo-
tique avec le produit d'un gene de segmentation definit une adresse unique vis-
a-vis d'un segment determine de I'embryon. Des mutations bien identifiees chez
la drosophile affectent le positionnement d'organes et d'appendices. Ce sont des
mutations homeotiques. La mutation Antennapedia conduit a 1'implantation
de pattes a la place d'antennes sur la tete de la drosophile; la mutation
Bithorax conduit a 1'implantation de deux paires d'ailes sur le thorax a la place
d'une seule (Figure 1.15).
Le corps de la drosophile comporte line tete, trois segments thoraciques (Tl a T3) et neuf
segments abdominaux (Al a A9).
Sur chaque segment sont fixes des appendices bien determines : sur Tl une paire de pattes,
sur T2 une paire de pattes et une paire d'ailes, sur T3 une paire de pattes et une paire
d'halteres.
La mutation bithorax induit I'implantation d'une paire d'ailes a la place des halteres au
niveau de T3.
Figure 1.15 - Controle de la morphogenese par les homeogenes chez la drosophile

10. CONCLUSION. DE LA DEMONSTRATION DE

DEVOLUTION AU DECHIFFRAGE DE SON MECANISME
Depuis 1'Antiquite, philosophes et naturalistes ont essaye de comprendre
comment la vie etait apparue sur terre et comment s'etait installee une si grande
diversite de formes et de fonctionnements des organismes vivants. Les theories
de revolution, c'est-a-dire de transformation de structures vivantes relativement
simples en structures organisees complexes, ont pris corps et se sont deve-
loppees en meme temps que se mettaient en place les fondements de la biologic
cellulaire au XIX e siecle, puis ceux de la biologic moleculaire au XX e siecle. Les
systemes de classification qui se sont succedes dans les deux derniers siecles
(Tableau 1.2) illustrent les fagons differentes d'apprehender la diversite du
monde vivant, d'abord fondees au XIXe siecle sur des criteres morphologiques et
globaux, puis au XX e siecle sur des criteres plus precis allant jusqu'a la
comparaison des genomes.
Tableau 1.2 - Les systemes de classification des organismes vivants
en fonction des theories de revolution
• Regne animal
Ernst HAECKEL (1866) ' R6§ne V^tal
• Regne des protistes
(algues, champignons, protozoaires, bacteries)
• Regne animal
Robert WHITTAKER (1969) * Rê vegetal
• Regne des eumycetes pluricellulaires
(champignons, moisissures)
Roger STANIER & • Regne des eucaryotes
Cornelis VAN NIEL (1962) (animaux, plantes, protistes)
Ernst. MAYR (1998) • Regne des procaryotes
• Regne des eucaryotes
(animaux, plantes, eumycetes)
Carl WOESE (1978) . R£gne des eubacteries
• Regne des archebacteries
(thermophiles, halophiles, methanogenes)
Une des dernieres classifications, celle formulee par Carl WOESE en 1978, fondee
sur les caracteres structuraux des ARNs ribosomaux aboutit a repartir en trois
regnes, eucaryotes (Eucarya), eubacteries (Bacteria) et archebacteries (Archaea)
tous les representants du monde vivant. Cette repartition n'est cependant pas
universellement acceptee. En 1998, Ernst MAYR publia dans les Proceedings of

National Academy of sciences USA (vol. 95, pp. 9720-9723) des arguments pour
conserver eubacteries et archebacteries dans un seul regne, celui des pro-
caryotes, a cote de celui des eucaryotes, comme ceci avait etc propose quelques
dizaines d'annees plus tot par Cornelis VAN NIEL (1897 -1985) et Roger STANIER
(1916 -1982) (Tableau 1.2). La notion d'une cellule-ancetre commune aux diffe-
rents regnes du vivant, un progenote, paraissait logique. Toutefois, il semble a
present qu'au tout debut de revolution il y eut de nombreux transferts de genes
entre cellules avant que les differentes especes cellulaires a 1'origine des grands
phylums, ne se stabilisent (Figure 1.16).
Espece, selection, gene sont des notions qui ont ete proposees, reconnues, puis
definitivement acceptees en 1'espace de deux a trois siecles. La gradation de
complexite dans le mecanisme de 1'evolution a ete cernee de fac,on sobre et
lucide par Jacques MONOD dans la preface qu'il ecrivit dans 1'ouvrage d'Ernst
MAYR Population, Espace et Evolution (1974). "L'unite de transmission hereditaire,
rappelle MONOD, est le gene. L'unite de selection est 1'individu qui exprime
dans son phenotype les interactions complexes du genome dont il a herite.
L'unite devolution n'est ni le gene, ni 1'individu, mais 1'espece ou la population
mendelienne qui se partage, echange et recombine la reserve genetique
constitute par 1'ensemble des genomes individuels".
De nos connaissances encore fragmentaires sur 1'evolution resultent des prises
de position souvent dogmatiques qui portent sur des problemes de determi-
nisme et de contingence. Dans Poussiere de Vie (1994), le biochimiste Christian
DE DUVE s'est fait le juge entre deux positions extremes adoptees par Pierre
TEILHARD DE CHARDIN (1881 - 1955) et Jacques MONOD (1910 -1976). Dans le
Phenomene Humain (1955), TEILHARD DE CHARDIN developpa la notion d'un
univers vivant predetermine avec 1'apparition d'organismes de plus en plus
perfectionnes et 1'emergence finale de 1'homme en tant qu'etre pensant. A 1'in-
verse, MONOD dans Le Hasard et la Necessite (1970) soutint que 1'evolution ne
depend d'aucun elan vital, mais de mutations dues au hasard, necessairement
filtrees par la selection naturelle. De son cote, DE DUVE declare que le deve-
loppement de la vie sur terre a laisse moins de latitude a 1'imprevisible que ne
le pensait MONOD. Des contraintes internes ou externes auraient canalise le
hasard, "forgant 1'evolution a s'immobiliser jusqu'a ce que se produise le type
de mutation qu'il fallait". Un exemple donne par DE DUVE est celui de deux
proteines du cytosquelette, 1'actine et la tubuline. Ces deux proteines apparues
au hasard des mutations ont ete selectionnees par des cellules qui les utili-
serent a leur profit au moment approprie pour en faire leur cytosquelette
(ChapitreII-1.2).
Une question majeure, d'apres DE DUVE, est de savoir si le hasard a travaille
dans le vide, ou bien s'il a ete contraint dans un univers sous le controle de lois
imposees par le monde subatomique du big-bang. En d'autres termes, 1'univers
est-il denue de sens et le fruit du hasard ou a-t-il un sens ?
L'arbre phylogenetique represente en haut est le modele standard, construit en partie a

partir des donnees de sequences d'ARN de la petite sous-unite ribosomale (C.R. WOESE
et al. - Proc. Nat. Acad. Sci. USA 87 (1990) 4576). Get arbre montre la divergence a partir
d'un ancetre commun hypothetique vers les trois domaines du vivant: Bacteria,
Eucarya eiArchaea. Les fleches interieures indiquent les endosymbioses d'ou sont issus
les chloroplastes et les mitochondries. Malgre sa vertu pedagogique qui resulte de sa
simplicite, ce modele est remis en question. II est en effet admis qu'il y a eu de nombreux
transferts de genes entre cellules avant que les especes ne se stabilisent (C.R. WOESE -
Proc. Nat. Acad. Sci. USA 95, 1998) 6854). Ces echanges genetiques sont illustres dans le
modele reticule represente en bas.
Figure 1.16 - Les trois regnes du monde vivant
(d'apres W.F. DOOLITTLE - Science 284 (1999) 2125,
avec 1'autorisation de 1'American Association for the Advancement of Science)
DE DUVE incline pour la seconde possibilite, en prenant comme exemple la

hierarchic des genes. II existe des genes tres signifiants. Ce sont les genes
homeotiques, de veritables maitres-genes. D'autres genes sont m o i n s
signifiants ; ce sont ceux impliques dans 1'expression d'enzymes du
metabolisme. Ainsi au cours de revolution, la perte d'un gene codant un
enzyme responsable de la synthese d'une vitamine sera compensee par 1'apport
de cette vitamine dans 1'alimentation. Une mutation qui pourrait etre letale dans
un contexte de carence n'a aucune incidence dans la mesure ou le facteur,
produit du gene mute, est apporte par 1'alimentation.
Deux images quelque peu caricaturales de 1'idee qu'on peut se faire de 1'evo-
lution ont ete donnees par Stephen GOULD et Christian DE DUVE. Pour
GOULD, contrairement a 1'illusion qu'elle nous procure, revolution ne fonc-
tionne pas suivant une direction lineaire predeterminee. Elle ressemble a un
buisson d'ou peu a peu, mais au hasard, emergent des formes superieures de
vie. Pour DE DUVE, 1'evolution peut etre comparee a un arbre. A partir du
tronc de cet arbre de vie ont pousse des branches et a partir des branches, des
rameaux. Ces rameaux correspondent aux especes emergentes de revolution
avec au sommet une brindille qui correspond a l'homme. Contrairement au
buisson, 1'arbre de vie laisse beaucoup moins de place au contingent et a
1'imprevisible. Dans 1'etat actuel de nos connaissances, le choix entre ces deux
points de vue ne peut etre que subjectif.
CHAPITRE II
LES ORIGINES DE LA BIOLOGIE CELLULAIRE
"Qu'est-ce au fait que la cellule, cet element dont sont fails tons les etres vivants,
que nous avions cru si simple et que les etudes recentes nous montrent si compliquee,
jusqu'a ce que d'autres etudes a venir la ramenent a une simplicite plus grande encore
en trouvant la formule des actions mecaniques auxquelles se reduisent les forces qui
agissent en elle 1 Comment vit-elle ? Comment assimile-t-elle et accroit-elle sa substance
avec des substances de nature differente 1 Pourquoi au lieu de grandir indefiniment se
divise-t-elle a un instant donne et quelle est la raison des phenomenes extraordinaires
qui se passent en elle a ce moment ?"
Yves DELAGE - L'heredite et les grands problemes de la Biologic Generale - 1903
Lorsque de nos jours, on ouvre un livre elementaire de biologic, on y apprend

d'emblee que la cellule est 1'unite structurale et fonctionnelle des organismes
vivants animaux ou vegetaux. Chez les animaux, des milliards de cellules
s'associent pour former des macrostructures qui correspondent a des organes
adaptes a des fonctions precises : cceur, cerveau, foie, poumons, rein... Chez les
plantes, des structures specialisees comme les feuilles, les racines, mettent
egalement en ceuvre des associations cellulaires tres precises. Le monde des
micro-organismes est, lui, constitue de cellules isolees, bacteries, amibes,
levures, dont les potentialites fonctionnelles n'en sont pas moins remarquables.
Si par ailleurs on s'interesse a 1'apparition de la vie sur la terre et a 1'evolution
des structures vivantes, on decouvre que 1'ancetre commun de tous les etres
vivants etait un organisme unicellulaire apparu il y a 3,5 milliards d'annees
(Chapitre I). Cette cellule de quelques micrometres de diametre possedait deja
un materiel nucleique du type acide desoxyribonucleique (ADN) ou acide
ribonucleique (ARN) capable de se repliquer. C'etait un procaryote, c'est-a-dire
que son materiel nucleique etait reparti de fagon diffuse, non enserre dans une
membrane. Un milliard d'annees plus tard, les cellules eucaryotes firent leur
apparition. Elles differaient des cellules procaryotes par le fait que leur materiel
nucleique etait contenu dans un compartiment limite par une enveloppe, le
noyau. Leur volume etait plusieurs centaines de fois superieur a celui des
cellules procaryotes. A partir de cellules eucaryotes isolees emergerent des
organismes multicellulaires, les metazoaires, il y a 600 a 800 millions d'annees.
Ce furent d'abord des invertebres, c'est-a-dire des organismes sans tissu osseux,
puis des vertebres, c'est-a-dire des organismes pourvus d'un squelette. L'asso-
ciation de cellules chez les metazoaires entraina la necessite pour ces cellules de
dialoguer par des messagers moleculaires. Elle s'accompagna d'un processus

d'une fantastique complexite, la differenciation cellulaire : en se regroupant, les
cellules s'organiserent en tissus et organes caracterises par des structures et des
fonctions specifiques. Ainsi, les epitheliums au niveau de la peau et des
muqueuses du tractus digestif eurent une fonction de recouvrement et de
protection, le tissu musculaire, qui etait capable de se contracter sous le controle
de cellules nerveuses, assura la locomotion, la fonction de reproduction mit en
ceuvre les cellules germinales.
1. LES OBJETS DE LA BIOLOGIE CELLULAIRE
"Le premier obstacle qui se presente dans I'etude des sciences naturelles vient de la
grande multitude d'objets"
Georges Louis LECLERC, Comte DE BUFFON
Histoire Naturelle, Generale et Particuliere, Premier Discours - 1749
Les milliers de types de cellules que Ton observe chez les animaux et les vege-
taux, aussi bien chez les organismes unicellulaires que chez les pluricellulaires,
ont, jusqu'a une epoque recente, defie la logique explicative des naturalistes. Au
fur et a mesure des progres dans 1'analyse anatomique puis moleculaire des
especes vivantes, il s'est avere necessaire de reviser, a intervalles, les systemes
de classification en cours. Dans le meme temps, on s'est rendu compte que
1'apparente diversite morphologique des etres vivants recouvrait une reelle
unite au niveau de 1'organisation ultrastructurale et fonctionnelle des cellules.
l.l. SYSTEMES DE CLASSIFICATION DES CELLULES VIVANTES

Lorsque la notion de cellule comme unite de vie fut admise dans le milieu du
XIXe siecle, on en resta pour classer les differents types de cellules du monde
vivant a la bipartition en regne vegetal et en regne animal qui etait en vigueur
depuis 1'antiquite. Les criteres physiologiques du regne vegetal etaient 1'immo-
bilite et la photosynthese, c'est-a-dire la capacite a assimiler le gaz carbonique et
a utiliser 1'energie solaire pour des syntheses. Ceux du regne animal etaient la
mobilite et la necessite de tirer 1'energie necessaire a la vie a partir de 1'oxyda-
tion de nutriments carbones. A cote de ces criteres physiologiques existait un
critere morphologique apporte par 1'examen microscopique. Les cellules vege-
tales etaient entourees d'une paroi cellulosique, veritable cuirasse qui protegeait
la membrane plasmique, alors que les cellules animales en etaient depourvues,
se trouvant en contact avec le milieu environnant directement par leur mem-
brane plasmique.
Tant que les naturalistes s'interesserent aux plus differencies des organismes
pluricellulaires, et les classifierent en rattachant certains organismes au regne
vegetal et les autres au regne animal, il ne se posa pas de probleme majeur.
II - LES ORIGINES DE LA BIOLOGIE CELLULAIRE 91
Avec les progres de la microscopic optique au XIX e siecle et 1'interet porte a la

microbiologie, le monde des micro-organismes apparut avec sa deroutante
diversite accompagnee de bizarreries morphologiques insoupônnees comme le
montrent des figures de protozoaires marins tels que les radiolaires illustres dans
la figure II. 1. Par esprit rationnel, on chercha a rattacher, au fur et a mesure de
leur caracterisation, les differentes especes de micro-organismes soit au regne
vegetal, soit au regne animal. C'est alors que surgirent des difficultes. Conve-
nait-il, par exemple, de classer des micro-organismes unicellulaires flagelles,
photosynthetiques et mobiles comme des vegetaux en raison de leur capacite de
photosynthese ou comme des animaux en raison de leur capacite a se mouvoir.
Le naturaliste allemand, Ernst HAECKEL specialiste de revolution, proposa en
1866 un systeme de classification tripartite, ajoutant aux deux regnes, animal et
vegetal, un troisieme, le regne des protistes, qui regroupait les protozoaires, les
bacteries, les champignons et les algues microscopiques. La science des protistes
devint la microbiologie.
A I'interieur de la microbiologie, deux disciplines, la bacteriologie et la proto-
zoologie, prirent un essor fulgurant a la fin du XIX e siecle en raison de leurs
applications en medecine humaine et veterinaire. Au plan morphologique, les
protozoaires, du fait de leur grosse taille, etaient considered comme des unicel-
lulaires du regne animal, precurseurs des organismes metazoaires. L'etude struc-
turale des tissus des metazoaires devint une specialite de la zoologie. Elle prit le
nom d'histologie (du grec icrroe = tissu). En medecine humaine, elle annexa
1'analyse des tissus pathologiques sous le vocable d'anatomie pathologique.
Dans le milieu du XX e siecle, avec une perception beaucoup plus fine de
1'ultrastructure cellulaire grace a la microscopie electronique, une nouvelle
classification du monde vivant s'imposa, fondee sur la presence ou 1'absence
d'un noyau organise enserrant le materiel genetique de la cellule, c'est-a-dire
1'ADN. Le terme eucaryote servit a designer des cellules porteuses d'un noyau
bien visible que la microscopie optique avait deja mis en evidence, mais avec
une faible resolution. Par centre, dans les bacteries, la microscopie electronique
ne revela pas de membrane nucleaire, mais seulement un materiel nucleique
diffus, quelquefois ramasse en un amas appele nucleoi'de. Pour cette raison, le
terme de procaryotes fut attribue aux bacteries.
1.2. L'ETAT DES CONNAISSANCES EN BIOLOGIE CELLULAIRE

E
VERS LA MOITIE DU XX SIECLE AVANT LA PERCEE
DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
Dans les annees 1950 -1960, la microscopie electronique permit de resoudre dans
les cellules eucaryotes des details structuraux d'organites intracellulaires que la
microscopie optique avait grossierement visualises Les electromicrographies
presentees dans les figures II.2 a II.5 montrent les details de differents organites
de la cellule eucaryote, noyau, mitochondries, reticulum, appareil de GOLGI.
A- Solenosphaera pandora x 250 (H^CKEL)

B - Thalassicola pelagica x 15 (HERTWIG)
C - Actinomma asteracanthion x 250 (HERTWIG)
D - Heliodiscus cingillum x 250 (H/ECKEL)
E - Amphicraspedon macleggianum x 250 (H^CKEL)
F - Periparnatus amphiconus x 250 (H^CKEL)
G - Zonidium octothalium x 250 (H^CKEL)
Figure II.l - Morphologic des radiolaires

(d'apres R. PERRIER - Cours elementaire de Zoologie, Masson, 1936)
Figure II.2 - Plasmocyte montrant un gros noyau avec son nucleole,

un abondant reticulum endoplasmique rugueux et quelques mitochondries
(d'apres D.W. FAWCETT - An Atlas of fine Structure. The Cell,
W.B. Saunders Company, 1966)
Figure II.3 - Mitochondries dans une coupe de tissu adipeux

Figure II.4 - Reticulum endoplasmique rugueux borde par de nombreux

grains opaques aux electrons (grains de Palade ou ribosomes)
avec la presence de quelques mitochondries dans une cellule de foie
Figure II.5 - Empilements de membranes de 1'appareil de Golgi

dans une cellule de duodenum
II - L ES ORIGINES DE LA BIOLOGIE CELLULAIRE 97
La microscopie electronique revela aussi la morphologie fine des procaryotes et

des virus (Figure II.6). Dans les annees qui suivirent furent publics des traites de
biologie cellulaire qui fournirent sur ces sujets une documentation et une illus-
tration abondantes. Le resume qui suit est un survol schematique des connais-
sances de cette epoque, qui par la suite s'enrichirent des apports de la biologie
moleculaire. Ce survol permet de mesurer dans toute son ampleur le chemin
parcouru depuis les premieres descriptions de micro-organismes, il y a un peu
plus de trois siecles, a 1'aide de microscopes rudimentaires, jusqu'a notre vision
presente du monde vivant dans sa fantastique complexite.
Les cellules eucaryotes dont une representation schematique est donnee dans la
figure II.7 sont caracterisees non seulement par un noyau bien delimite, mais
egalement par une multicompartimentation du cytoplasme en organites
specialises dans des fonctions precises.
Le noyau
II occupe 10 a 15% du volume cellulaire quelquefois beaucoup plus, jusqu'a
50% dans certaines cellules comme les lymphocytes. C'est le principal site de
localisation du materiel informatif de la cellule eucaryote, c'est-a-dire 1'ADN,
un autre site, minoritaire, etant constitue par les mitochondries (et les chloro-
plastes dans la cellule vegetale). L'ADN du noyau des cellules eucaryotes est
present dans des chromosomes lineaires, sous une forme associee a des pro-
teines basiques appelees histories. La taille et le nombre des chromosomes
varient suivant les especes animales et vegetales. A titre d'exemple, les cellules
humaines contiennent 23 paires de chromosomes, celles de levure 17 paires, et
celles de lys 12 paires. L'ADN de 1'ensemble des 23 chromosomes dans le
noyau d'une cellule humaine atteint, une fois deroule, une longueur de 1 metre.
En general la longueur des molecules d'ADN des cellules eucaryotes est
superieure de plusieurs milliers, voire centaines de milliers de fois au diametre
des noyaux qui les contiennent. La raison en est que 1'ADN est superenroule
dans des particules de chromatine appelees nucleosomes dont la composante
proteique est represented par des histones.
Le noyau n'est pas seulement un site de replication et de transcription des genes.
II contient aussi une structure specialised, le nucleole. C'est dans le nucleole
qu'ont lieu la maturation des ARNs ribosomaux ainsi que leur assemblage avec
des proteines pour former les deux sous-unites des ribosomes. L'enveloppe
nucleaire est formee de deux membranes, la membrane externe se continuant
avec celle du reticulum endoplasmique. Cette enveloppe est percee de pores de
nature proteique, d'un diametre de 9 a 10 nm, 4 000 a 5 000 par noyau. C'est au
niveau des pores que sont importees plusieurs especes de proteines, en particu-
lier celles qui sont destinees a former les sous-unites des ribosomes et que sont
exportees vers le cytosol des molecules comme les ARNs messagers et les sous-
unites des ribosomes. Le trafic par 1'intermediaire des pores nucleaires est intense.
Salmonella typhi avec Aquaspirillum magnetotactum

ses flagelles et ses pili avec ses particules de magnetite
Escherichia coli avec son Bacteriophage T4 avec

nucleoi'de (amas d'ADN) sa tete (contenant 1'ADN),
sa tige et ses fibres d'adhesion
Figure II.6 - Electromicrographies de bacteries et d'un bacteriophage

(d'apres T.D. BROCK, M.T. MADIGAN, J.M. MARTINKO et J. PARKER
Biology of Microorganisms, 1994, droits reserves)
Une cellule cancereuse (cellule Hela) qui se divise toutes les 24 heures et qui
contient environ dix millions de ribosomes exporte a partir de son noyau des
sous-unites de ribosomes qui permettent de reconstituer dans le cytoplasme de
1000 a 1500 ribosomes par minute.
Mitochondries et chloroplastes
Les cellules eucaryotes, animales et vegetales, possedent des organites
specialises dans la production d'ATP. II s'agit des mitochondries pour les
cellules animates, des mitochondries et des chloroplastes pour les cellules
vegetales. Une difference fondamentale entre mitochondries et chloroplastes
tient a leur comportement vis-a-vis de 1'oxygene. Les mitochondries sont des
consommatrices d'oxygene. En oxydant des nutriments derives de glucides,
lipides et acides amines, elles utilisent 1'energie chimique ainsi produite pour la
synthese d'ATP (oxydation phosphorylante). Les chloroplastes sont des
producteurs d'oxygene par clivage de 1'eau, et la synthese d'ATP qui leur est
specifique depend de 1'energie lumineuse (photophosphorylation).
Les mitochondries, au nombre de quelques centaines ou milliers par cellule,
possedent deux membranes, une membrane externe poreuse vis-a-vis de mole-
cules de masse inferieure a 5 -10 kilodaltons (kDa) et une membrane interne qui
se replie sur elle-meme dans 1'interieur de la matrice mitochondriale. Le nombre
des replis varie selon le type de mitochondries. Tres grand dans les mitochon-
dries de cceur, avec une membrane interne repliee en accordeon, il Test beau-
coup moins dans les mitochondries de foie. Pour 1 g de mitochondries de cceur,
la surface deployee des replis de la membrane interne correspondrait a 400 m2
et pour 1 g de mitochondries de foie a 40 m2 avec 50% de proteines et 50% de
lipides. Ceci donne une idee du degre de compactage des proteines intrinseques
de la membrane mitochondriale interne. Ces proteines sont des transporteurs
d'ions mineraux et de metabolites, ainsi que les composants du systeme de
1'oxydation phosphorylante, c'est-a-dire les transporteurs d'electrons de la
chaine respiratoire et 1'ATP synthetase. L'ATP synthetise par les mitochon-
dries est, pour la majeure partie, exporte vers le reste de la cellule ou il est utilise
pour differents types de travaux qui consomment de 1'energie. En ce sens,
1'appareil mitochondrial est la centrale energetique de la cellule. La notion
classique d'apres laquelle les mitochondries existent dans la cellule sous forme
de particules isolees d'une faille de 1 a 2 |im est actuellement revisee pour laisser
place a la notion d'un reticulum mitochondrial.
Les chloroplastes sont limites par une membrane externe et une membrane
interne comme les mitochondries; ils possedent en plus un systeme membra-
naire detache de la membrane interne et organise en disques, les thylakoi'des.
Ceux-ci sont empiles en cylindres appeles grana. Les thylakoi'des contiennent
une ATP synthetase semblable a celle des mitochondries ainsi qu'une chaine
de transfer! d'electrons, alimente par un photosysteme capable de capter
1'energie lumineuse.
Comme le montrent les electromicrographies des figures II.2 a II.5, le cytoplasme des
cellules eucaryotes est multicompartimente avec un reseau membranaire constitue par
le reticulum endoplasrnique rugueux et lisse et 1'appareil de Golgi. II renferme diffe-
rentes especes d'organites (mitochondries, lysosomes, peroxysomes, chloroplastes chez
les plantes vertes) et un cytosquelette (microfilaments d'actine, microtubules, filaments
intermediaries). Le gel dans lequel baignent les organites et le reseau membranaire est
appele conventionnellement cytosol. En fait, le cytosol est un terme operationnel qui
designe le surnageant obtenu par ultracentrifugation (100 000 g x 1 heure) d'un homo-
genat cellulaire. La figure montre le rapport approximatif entre la taille d'une bacterie et
celle d'une cellule eucaryote.
Figure II.7 - Representation schematique

des compartiments d'une cellule eucaryote
La partie extramembranaire du chloroplaste appelee stroma contient un enzyme

d'une importance capitale, la ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase (RuBisCO),
qui catalyse 1'incorporation du gaz carbonique (CC>2) dans le ribulose 5-phos-
phate. Le CO2 apres un parcours dans plusieurs metabolites qui se succedent dans
une serie de reactions se retrouve dans des glucides tels que le saccharose. Ce
processus qui fait passer le CO2 dans les molecules organiques est appele
assimilation carbonee. La RuBisCO represente 50% des proteines du stroma des
chloroplastes. C'est 1'enzyme le plus abondant de la nature. Le processus cle de
la vie, la photosynthese, detenu par les chloroplastes des plantes est represente
sous forme de la reaction globale :
Chaque annee, les plantes fixent 2 x 1011 tonnes de carbone par photosynthese.
Outre le carbone elles fixent du soufre et de 1'azote grace a 1'energie solaire.
Mitochondries et chloroplastes contiennent un ADN circulaire, 5 a 10 anneaux
d'ADN circulaire par mitochondrie contre plusieurs dizaines par chloroplaste.
Les ARN messagers transcrits a partir de 1'ADN des mitochondries et des
chloroplastes sont traduits en proteines sur des ribosomes localises dans les deux
types d'organites. Mitochondries et chloroplastes ont done la capacite d'assurer
la synthese d'une partie de leur materiel proteique. Mais pour leur bon fonc-
tionnement, les deux types d'organites doivent necessairement importer des
proteines synthetisees dans le cytosol et codees par les genes du noyau.
A partir des annees soixante dix, une nouvelle pathologic humaine a ete indi-
vidualisee, celle des maladies mitochondriales, avec une forte predominance
de myopathies.
Lysosomes et peroxysomes
Les lysosomes, particules de taille heterogene (0,2 a 0,5 Jim), constituent le
systeme digestif de la cellule et servent d'eboueurs de materiaux indesirables.
Us possedent non seulement une fonction autophagique qui porte sur des
constituants endocellulaires, mais aussi une fonction heterophagique qui inte-
resse des materiaux extracellulaires. De nombreux enzymes hydrolytiques sont
presents dans ces lysosomes, a savoir des proteases (elastase, collagenase,
cathepsine), des glycosidases (lysozyme), des nucleases degradant 1'ARN et
1'ADN, ainsi que des phospholipases. Tous ces enzymes ont un pH optimum
proche de 5 ; le pH des lysosomes est egalement proche de 5 et done ajuste a
1'optimum d'activite des hydrolases. Les vacuoles des cellules vegetales et
fongiques sont des organites particuliers dont certains sont assimiles a des
lysosomes du fait de leur contenu en enzymes hydrolytiques. Les vacuoles des
cellules de plantes servent au stockage de metabolites, de pigments ou encore
de dechets.
A 1'instar des lysosomes, un complexe proteique cellulaire depourvu de mem-
brane, le proteasome, fonctionne pour degrader des biomolecules indesirables.
Le proteasome comporte un canal delimite par plusieurs sous-unites dans lequel
s'engouffrent les proteines qui sont destinees a etre degradees apres avoir ete
reconnues grace a un etiquetage par une proteine de petite taille, 1'ubiquitine.
Les peroxysomes se distinguent des autres organites par leur richesse en
oxydases. L'eau oxygenee (H2O2) produite dans les reactions d'oxydation
catalysees par les peroxysomes est detruite par une catalase et des peroxydases
egalement localisees dans les peroxysomes. Comme les lysosomes et a la
difference des mitochondries, les peroxysomes ne sont limites que par une
simple membrane.
Etant depourvus d'ADN, les lysosomes et les peroxysomes importent la totalite
de leurs proteines. Bien que la quantite de lysosomes et de peroxysomes dans
une cellule (quelques centaines) ne represente qu'un tres petit pourcentage de la
quantite totale de proteines cellulaires (1 a 2%), leur role n'en est pas moins
essentiel, un deficit dans leur fonctionnement conduisant a la mort cellulaire.
Reticulum endoplasmique, ribosomes et appareil de GOLGI

Le reticulum endoplasmique est un systeme membranaire organise en canali-
cules qui communique avec un appareil de secretion de proteines, 1'appareil de
GOLGI, par 1'intermediaire de vesicules qui bourgeonnent et se detachent.
L'ensemble de ce reseau membranaire represente plus de 10 m2 pour 1 gramme
de foie.
Sur une region dont la longueur depend du type de tissu, le reticulum endo-
plasmique est borde de ribosomes. A cause de son aspect granuleux au micro-
scope electronique, on 1'appelle reticulum rugueux. La region du reticulum
depourvue de ribosomes est appelee reticulum lisse. Les proteines traduites au
niveau d'ARNs messagers plaques sur les ribosomes de reticulum rugueux
sont destinees en grande partie a 1'exportation. Une fois transferees dans la
lumiere des canalicules du reticulum, elles subissent une premiere maturation
qui consiste en la fixation de residus osidiques, glucose, mannose et acetyl-
glucosamine. Le reticulum rugueux est particulierement abondant dans des
cellules secretrices de type exocrine comme celles du pancreas et des glandes
salivaires. Outre les ribosomes plaques contre le reticulum endoplasmique,
existent des ribosomes libres, generalement en amas. Ceux-ci sont impliques
dans la synthese de proteines endogenes.
L'appareil de GOLGI, qui prend le relais du reticulum endoplasmique dans la
maturation puis la secretion des proteines, est forme par I'empilement de
saccules aplatis ou s'acheve la maturation des proteines commencee dans le
reticulum. L'appareil de GOLGI est tres developpe dans les cellules secretrices.
Des specificites enzymatiques relatives a la maturation proteique permettent de
determiner trois zones dans Tappareil de GOLGI, une zone cis en interaction
avec le reticulum, une zone mediane et une zone trans proche de la membrane
plasmique. Chaque zone communique avec la zone suivante par l'intermediaire
de vesicules de bourgeonnement. Les vesicules de la region trans se dirigent en
majorite vers la membrane plasmique avec laquelle elles fusionnent pour liberer
leur contenu dans 1'espace extracellulaire, et en minorite vers les lysosomes ou

elles deversent des enzymes hydrolytiques. En somme, 1'appareil de GOLGI
fonctionne comme un bureau de tri postal.
Cytosol et cytosquelette
Le terme cytosol avait ete propose en 1965 pour designer le surnageant
provenant de la centrifugation d'un homogenat cellulaire a 100 000 x g pendant
1 heure. Le meme terme fut par la suite utilise pour designer dans une cellule
intacte le gel hydrophile en contact avec les organites endocellulaires et avec
un reseau de filaments de differentes tallies et d'une grande complexite appele
squelette de la cellule ou cytosquelette. II devint d'usage courant pour les
biologistes de considerer comme equivalents les termes cytosol in vitro et
cytosol in vivo. Cette malheureuse confusion, qui continue de persister, trouve
son origine dans les travaux des annees 1940 -1950 sur le fractionnement des
organites endocellulaires apres rupture de la membrane plasmique. Le cytosol
provenant de la centrifugation differentielle d'homogenats cellulaires contient
non seulement le cytoplasme soluble, mais aussi des proteines attachees de
fagon lache aux structures membranaires et qui arrivent a se detacher au cours
de la preparation de I'homogenat cellulaire et du fractionnement des organites
par centrifugation a grande vitesse.
Le cytosquelette comporte trois composants, les microfilaments d'actine, les
microtubules et les filaments intermediaires. Ces entites peuvent etre visua-
lisees avec un microscope a fluorescence en utilisant des anticorps fluorescents
diriges centre 1'actine pour le reseau d'actine, centre la tubuline pour les micro-
tubules, et contre la keratine ou la vimentine pour les filaments intermediaires.
Les filaments intermediaires sont de veritable cordages de 8 a 10 nm de
diametre tres resistants aux contraintes mecaniques, entourant le noyau et se
prolongeant sur les bords de la cellule. Ce sont les seuls composants du
cytosquelette a persister apres un traitement hypotonique ou hypertonique des
cellules ou une extraction avec des detergents non ioniques. (Le terme
cytosquelette a 1'origine fut utilise pour designer ces filaments intermediaires).
Les filaments d'actine de 8 a 9 nm de diametre forment pour une large part
une cuirasse plaquee contre la membrane plasmique, empechant cette membrane
de s'aplatir. A cote de ce reseau cortical d'actine, existe un autre arrangement
d'actine connu sous le nom de fibres de stress. Ces fibres sont amarrees sur
une region de la membrane plasmique et traversent la cellule en profondeur.
Associes a la myosine, les filaments d'actine permettent a des cellules isolees de
se deplacer; c'est le cas des cellules phagocytaires.
Quant aux microtubules, ce sont des batonnets creux de 25 nm de diametre
resultant d'un assemblage de tubuline en longs filaments qui en majorite ont
leur origine au niveau d'un organite fondamental dans la division cellulaire, le
centrosome. Lorsque la cellule entre en mitose, les microtubules s'organisent
pour former un fuseau appele fuseau mitotique, car c'est au niveau de ce
fuseau que se disposent les chromosomes au moment de la mitose. Les micro-

tubules servent egalement de rails sur lesquels se deplacent des organites tels
que les mitochondries.
Chez les metazoaires, des cellules d'un meme type peuvent s'associer pour
former un tissu. Des tissus de differents types s'associent a leur tour pour former
un organe. L'association entre cellules peut etre directe, mettant en ceuvre la
membrane plasmique de cellules juxtaposees ; c'est le cas du tissu epithelial.
Dans le tissu conjonctif, au contraire, les cellules sont separees les unes des
autres et dispersees dans un gel appele matrice extracellulaire. Dans les annees
1960 -1970, grace aux techniques de la biochimie et a la microscopie electro-
nique, il a ete possible d'identifier et de caracteriser differents modes d'associa-
tions entre cellules. Ainsi, les jonctions entre cellules epitheliales comprennent
des structures tres cohesives ou jonctions impermeables ainsi que des
jonctions "gap" ou jonctions communicantes qui correspondent a des canaux
reliant des cellules. La communication entre les cellules permet une synchronie
de fonctionnement. Enfin, des jonctions d'ancrage assurent par leur agrippe-
ment a des constituants du cytosquelette (actine et microtubules) une armature
capable de resister a de fortes tensions mecaniques.
Un caractere particulier des cellules des vegetaux superieurs est la presence
d'une paroi rigide formee de fibres de cellulose enveloppant la membrane
plasmique et protegeant de ce fait la cellule. Percee de pores, cette paroi laisse
passer 1'eau et les molecules de petite taille.
Les cellules procaryotes sont nettement plus petites que les cellules eucaryotes
(1 a 3 jim centre 10 a 30 |0,m et plus). A la difference des cellules eucaryotes,
les cellules procaryotes possedent un ADN circulaire et elles se divisent par
simple fission. Ce sont des cellules haploi'des alors que les cellules eucaryotes
sont diploides. Dans le cas d'une sexualite, une bacterie donatrice transfere de
fac,on unidirectionnelle son chromosome a une bacterie acceptrice ; apparait
alors un etat diploi'de transitoire. Les bacteries contiennent quelques milliers de
ribosomes et des enzymes qui catalysent les reactions necessaires a la synthese
de leurs differents composants : proteines, lipides, glucides et acides nucleiques.
Ces syntheses sont realisees a partir de materiaux moleculaires tres simples :
glucose comme source de carbone, sulfate d'ammonium comme source de
soufre et d'azote, phosphate comme source de phosphore ainsi que des
oligoelements, fer, calcium, magnesium etc. Le passage des cellules procaryotes
aux cellules eucaryotes au cours de 1'evolution s'est accompagne d'une perte
partielle des potentialites de synthese de biomolecules qui s'est accentuee avec
1'apparition d'organismes de plus en plus complexes. Ainsi les animaux
dependent de leur environnement pour leur survie ; ils prelevent sur cet
environnement les materiaux moleculaires qu'ils ne peuvent plus fabriquer, par
exemple les vitamines ainsi que certains acides amines et acides gras dits
essentiels (Chapitre IV-7.2).
A 1'exception des bacteries photosynthetiques, il n'existe pas chez les pro-

caryotes de systeme de compartimentation membranaire. Leur seule membrane
est la membrane plasmique. Les bacteries photosynthetiques contiennent un
systeme membranaire intracellulaire pourvu d'un appareil photosynthetique. La
membrane plasmique des cellules procaryotes est equipee de systemes de
transport d'ions mineraux et de nutriments ainsi que de recepteurs servant de
detecteurs de signaux moleculaires de 1'environnement. Elle contient aussi une
machinerie moleculaire qui permet le couplage de la synthese d'ATP a la
respiration (oxydation phosphorylante). De nombreuses especes de bacteries
possedent des structures chevelues appelees pili. Certaines possedent en plus
des flagelles (Figure II.6).
Le rapport de la surface de la membrane plasmique au volume de la cellule est
singulierement plus eleve dans les cellules procaryotes que dans les cellules
eucaryotes. Chez ces dernieres, un reajustement du rapport membrane a volume
cellulaire s'est opere avec la mise en place de systemes membranaires endo-
cellulaires correspondant aux organites evoques plus haut, mitochondries,
lysosomes, peroxysomes, reticulum...
Quant aux virus, ils sont a la limite du monde vivant. En effet, ils n'ont pas la
capacite de se reproduire par eux-memes et d'effectuer des reactions du metabo-
lisme. Ce sont des parasites de cellules aussi bien procaryotes (bacteriophages)
qu'eucaryotes animales et vegetales. Le materiel genetique des virus est soit de
1'ADN, soit de 1'ARN. A la fin des annees 1930, il fut possible de separer les
virus d'autres constituants dans des homogenats de cellules infectees, et a partir
de la fin des annees 1940 de les observer par microscopic electronique. La forme
extracellulaire d'un virus est appelee virion : son acide nucleique est maintenu
a 1'interieur d'une enveloppe proteique, la capside. Cette capside peut contenir
plusieurs especes differentes de chaines proteiques. Chez certains virus, la
capside est entouree d'une membrane lipo-proteique comportant une bicouche
lipidique (Chapitre II-9.1). Cette bicouche provient de la membrane plasmique
de la cellule infectee. L'ADN du virus peut s'integrer dans 1'ADN du noyau
d'une cellule note et se repliquer avec lui. Un exemple typique est celui du
bacteriophage, bien etudie dans les annees quarante (Chapitre III-7.1). Le bacte-
riophage (Figure II.6), une fois integre dans 1'ADN bacterien, reste inactif sous
une forme dormante. Dans certaines conditions, le virus redevient actif, se
multiplie et tue la bacterie hote.
1.3. DlVERSITE ET UNITE DU MONDE VIVANT
Avec les progres explosifs de la biochimie et de la biologic moleculaire depuis

1950, il apparut que des analogies entre des especes vivantes fort distantes etaient
plus profondes que les differences. Ces analogies peuvent etre resumees ainsi:
1. Le code genetique de toutes les cellules, a de rares exceptions pres, est le
meme.
2. Le decodage des genes portes par 1'ADN se fait, dans toutes les cellules, par
un systeme passant par 1'ARN messager qui traduit 1'information genetique
en proteines au niveau des ribosomes.
3. Les reactions chimiques a 1'interieur de toutes les cellules sont catalysees par
des enzymes de nature proteique, avec 1'exception que certains ARNs, les
ribozymes, se comportent egalement comme des catalyseurs. Ces reactions
chimiques conduisent a la synthese ou a la degradation de proteines, lipides,
glucides et acides nucleiques, ce qui constitue le cceur du metabolisme
intermediaire.
4. L'ATP est la petite monnaie energetique de toutes les cellules. Sa degradation
en ADP et phosphate mineral est couplee aux processus endergoniques
inherents a la vie cellulaire : syntheses, transports de metabolites et d'ions
mineraux centre des gradients de concentration, motilite... La resynthese
d'ATP a partir d'ADP et de phosphate mineral necessite un apport d'energie
qui dans une majorite de cas provient de reactions d'oxydation (oxydation
phosphorylante) et dans le cas d'organismes photosynthetiques de la lumiere
solaire (photophosphorylation).
5. Les membranes de toutes les cellules sont formees d'une double couche de
lipides dans laquelle sont inserees des proteines qui peuvent etre soit des
transporteurs de metabolites, soit des recepteurs de signaux moleculaires.
6. Quel que soit le tissu ou elles resident, la plupart des cellules eucaryotes
possedent la meme panoplie d'organites caracterises par des structures et
des fonctions specifiques, a savoir le noyau, les mitochondries, le reticulum
endoplasmique, les ribosomes, 1'appareil de GOLGI, les lysosomes, les
peroxysomes et le cytosquelette auxquels s'ajoutent les chloroplastes dans les
cellules vegetales.
2. LES PREMIERES OBSERVATIONS DE CELLULES VIVANTES
"Lorsque les historiens de la science moderne essaient de definir son essence et sa

structure, Us insistent le plus souvent sur son caractere empirique et concret par
opposition au caractere abstrait et livresque de la science classique et medievale.
L'observation de I'experience menant une offensive victorieuse contre la tradition et
I'autorite : telle est I'image qui nous est donnee de la revolution intellectuelle au
XVIIs siecle dont la science moderne est a la fois la racine et le fruit"
Alexandre KOYRE - Etudes d'histoire de la pensee scientifique - 1966
Plus de trois siecles nous separent de 1'epoque a laquelle furent faites les
premieres observations sur des etres "infiniment" petits a 1'aide de simples
loupes. Un siecle et demi nous separe de 1'epoque a laquelle la theorie cellulaire
fut formulee. L'acceptation de la theorie cellulaire et la notion de cellule
comme unite de vie se sont imposees a la suite d'une longue demarche qui se
concretisa a la fin du XIX e siecle et prit son essor avec les apports de la
biochimie, de la biologie moleculaire et de la genetique dans la deuxieme

moitie de XXe siecle. Ce qui suit est un aperc.u de cette histoire.
2.1. L'AVENEMENT DU MICROSCOPE OPTIQUE
Un instrument banal de nos jours, une loupe, c'est-a-dire une lentille de verre
polie biconvexe, est a 1'origine de la cytologie au XVII6 siecle. A cette epoque 1'op-
tique se developpe avec le physicien et philosophe franc,ais Rene DESCARTES ,
celebre par son Traite de la Dioptrique, le physicien et astronome italien Galileo
GALILEI, qui fabrique les premieres lentilles pour les lunettes astronomiques, et
1'astronome hollandais Christian HUYGENS (1629 - 1695) qui formule une theorie
des ondes sinusoidales de la lumiere.
Le terme cellule apparait pour la premiere fois en 1665 dans un ouvrage public
par 1'astronome et physicien anglais Robert HOOKE (1635 -1703) et intitule
Micrographia of Some Physiological Description of Minute Bodies Made by
Magnifying Glasses. On pouvait y admirer des dessins de structures micro-anato-
miques observees avec une loupe dans des coupes fines de tiges ou de racines
de vegetaux executees avec un rasoir. HOOKE donna le nom de cellules, du
latin cella - petite chambre, a des compartiments ou pores presents dans des
coupes de liege, un peu semblables aux "alveoles des rayons de cire d'abeille".
II estima qu'il y avait plus d'un million de ces pores par pouce carre (6,5 cm2).
En fait le liege est un tissu mort, et ce qu'observait HOOKE, c'etait une armature
cellulaire faite de cellulose propre au tissu vegetal. Cette structure poreuse, il la
retrouva dans des coupes de moelle de sureau, de tiges de fenouil et de carottes
entre autres vegetaux. Ce premier succes dans 1'approche de la micro-anatomie
du vivant beneficia sans doute de la nature cellulosique de la paroi des cellules
vegetales, particulierement resistante et capable de proteger la cellule lors de la
coupe par un rasoir.
A la micrographie naissante sont attaches le nom de HOOKE et egalement
ceux de son compatriote Nehemia GREW (1641 -1712), de 1'Italien Marcello
MALPIGHI (1628-1694) et des Hollandais Antoni VAN L E E U W E N H O E K
(1632 -1723) et Jan SWAMMERDAM (1637 - 1680). GREW avait appris la medecine
a Leyde et s'etait etabli comme praticien a Londres. Apres avoir occupe ses
instants de loisir a 1'anatomie comparee d'organes chez differents animaux, il
s'interessa a la micro-anatomie des plantes et decrivit, a partir de coupes de
tiges, des structures en dentelle, correspondant a des membranes percees de
pores. MALPIGHI fut un brillant histologiste. II occupa les chaires d'anatomie
des facultes de medecine de Bologne et de Pise. II mit en evidence dans des
coupes de rein des corpuscules en pelote qui seront baptises de son nom. II
observa dans des capillaires le flux de globules lie a la circulation du sang qui
avait ete decouverte en 1628 par William HARVEY (1578 -1657). Contemporain
de GREW, MALPIGHI s'interessa comme ce dernier a la microstructure des
plantes, comparant leurs vaisseaux ou circule la seve aux trachees des insectes.
On ne doit pas s'etonner de la predilection des medecins de cette epoque pour
la botanique. A ceci, deux raisons : tout d'abord, la botanique est partie

integrante du cursus medical; ensuite les coupes de tissus vegetaux sont plus
faciles a realiser que celles de tissus animaux.
2.2. VAN LEEUWENHOEK ET SON TEMPS

VAN LEEUWENHOEK (Figure II.8) etait un autodidacte doue d'une ingeniosite
peu commune. II fut un remarquable pionnier de la cytologie naissante. Son
histoire est assez typique des savants de cette epoque pour que Ton s'y attarde.
VAN LEEUWENHOEK est ne a Delft en 1632. Orphelin a 1'age de 6 ans d'un pere
qui exerâit la metier de vannier, il quitte a 9 ans le domicile paternel pour aller
vivre chez son oncle. On le retrouve a 1'age de 16 ans comme commis chez un
drapier d'Amsterdam. C'est la sans doute qu'il apprit a se servir du compte-fils,
sorte de loupe rudimentaire utilisee pour analyser la texture des etoffes. II se
marie en 1654 et le couple ouvre un commerce de draps a Delft. Apres le deces
de sa femme en 1668, VAN LEEUWENHOEK s'expatrie pour quelque temps en
Angleterre. A Londres il decouvre la celebre micrographie de HOOKE, ou est
decrit le precede de fabrication de lentilles biconvexes pour microscope. II s'en
inspirera. De retour a Delft en 1669, VAN LEEUWENHOEK se remarie, reprend
son commerce de textile. II assure en plus diverses charges au service de la ville
comme huissier a la chambre de echevins, comme geometre arpenteur et
finalement comme controleur des vins. En depit de ses occupations multiples, il
trouvera le temps de construire plus de cinq cents microscopes simples
consistant en lentilles biconvexes a fort pouvoir grossissant (pouvant aller
jusqu'a 200), inserees entre deux plaques metalliques, le plus souvent en cuivre,
quelquefois en argent ou meme en or, de quelques cm2 de surface. Pour obtenir
ces lentilles, 1'extremite de fines baguettes de verre etait portee a la flamme
d'une bougie. La fusion du verre fournissait une gouttelette qui, une fois
refroidie, etait fixee avec un peu de cire sur un support de bois, pour etre polie
avec du sable tres fin. La lentille montee entre les deux plaques metalliques se
comportait comme une loupe a courte distance focale. L'ceil devait etre plaque
contre la lentille et de 1'autre cote, a faible distance, se trouvait 1'objet fixe sur la
pointe d'un stylet (Figure II.8).
II est interessant de noter qu'a 1'epoque de VAN LEEUWENHOEK, on etait
capable de construire des microscopes composes, c'est-a-dire munis d'une
lentille oculaire et d'une lentille objectif. Cependant 1'aberration chromatique
etait telle que les images fournies etaient difficilement interpretables et que la
description des objets examines etait erronee. L'aberration chromatique est due
au fait que les lentilles (comme les prismes) ne refractent pas uniformement les
composants de differentes longueurs d'onde de la lumiere blanche, la lumiere
bleue de courte longue d'onde etant plus device que la lumiere rouge de
longueur d'onde superieure, comme le montra pour la premiere fois Isaac
NEWTON (1642-1727). Le microscope simple evitait ce defaut, tout en
permettant des grossissements d'une centaine de fois et meme plus.
Le microscope de VAN LEEUWENHOEK etait un microscope simple, une loupe. La lentille

etait inseree dans un trou perce dans une plaque metallique de quelques cm2. L'objet
etait place sur 1'extremite d'une tige que Ton pouvait deplacer vers le haut ou le has a
1'aide d'une vis a cremaillere.
Figure II.8 - A. VAN LEEUWENHOEK et son microscope

(d'apres L.N. MAGNER - A History of the Life Sciences, Marcel Dekker Inc., 1994)
Travailleur infatigable, VAN LEEUWENHOEK accumula jusqu'a sa mort, a

90 ans, un nombre impressionnant d'observations sur les micro-organismes.
N'ayant par frequente 1'universite, il fut de ce fait a 1'ecart de la litterature
scientifique publiee en latin qui, a cette epoque, s'appuyait plus sur des dogmes
que sur des faits. Avec la curiosite du neophyte, il decrivit et interpreta, sans
idees precongues, 1'ultrastructure d'une multitude d'objets vivants. Grace a un
de ses amis hollandais, medecin et naturaliste de renom, Reinier DE GRAAF
(1641 - 1673) (qui donnera son nom au follicule ovarien), VAN LEEUWENHOEK
fut introduit aupres de la Royal Society de Londres. II y adressa plus de six cents
notes sur des observations de toute nature touchant au regne animal aussi bien
qu'au regne vegetal. II fut le premier en 1676 a reconnaitre dans des decoctions
ou infusions de foin des etres microscopiques mobiles qu'il appela infusoires.
II observa des bacteries mobiles dans le tartre dentaire. Le compte-rendu de
cette observation a la Royal Society peut etre consideree comme 1'acte de
naissance de la bacteriologie. II nota la presence de globules rouges dans le
sang circulant dans les capillaires qui irriguent les branchies de tetards. II
decrivit sous le nom d'animalcules spermatiques les spermatozoi'des dans le
sperme de belier, de chien et de lapin et il mit en evidence 1'existence de canaux
seminiferes dans les testicules de coq. Encore plus surprenant, il semble avoir
ete le premier a decouvrir la parthenogenese chez le puceron, un phenomene
qui sera etudie en detail, un siecle plus tard par le naturaliste suisse Charles
BONNET. En 1680 c'est la description de globules dans la biere en fermentation.
II s'agissait de cellules de levure. L'heure n'etait pas encore venue de faire le
rapprochement entre levure et fermentation. Pour ce rapprochement, il faudra
attendre deux siecles. N'ayant pas d'etalon standard pour comparer les tallies de
micro-organismes, VAN LEEUWENHOEK utilisa comme references des objets
communs, par exemple le cheveu ou encore des grains de sable etalonnes de
telle fagon que cent grains alignes cote a cote representent la taille d'un pouce,
c'est-a-dire 2,6 cm.
Compatriote et contemporain de VAN LEEUWENHOEK, Jan SWAMMERDAM,
medecin et zoologiste, s'illustra par de superbes travaux sur 1'anatomie des
insectes et les modifications morphologiques liees a leur metamorphose. La
qualite de ses dissections etait exceptionnelle. SWAMMMERDAM aurait disseque
plus de 3000 especes d'insectes a differents stades de developpement. Plus de
cinquante ans apres sa mort en 1680, ses manuscrits furent rassembles et publics
par Herman BOEHRAAVE (1668 -1738), autre medecin et naturaliste hollandais
sous le titre de Bible de la Nature, un authentique document de base de
1'entomologie moderne.
3. LE XVIIIE SIECLE, PERIODE DE TRANSITION
Alors qu'au XVH e siecle, la technique du microscope avait revele 1'existence

de formes innombrables d'etres vivants tres petits, invisibles a 1'ceil nu, le
XVIII6 siecle n'est le temoin d'aucune avancee significative aussi bien dans les
techniques de la microscopie que dans les concepts de 1'organisation ultra-
structurale du vivant. A ce pietinement, on a donne plusieurs explications. Tout
d'abord, les preparations de tissus animaux s'alteraient rapidement, ce qui abou-
tissait a une absence de reproductibilite. D'autre part, les microscopes composes
avec objectif et oculaire en vogue a cette epoque (Figure II.9) introduisaient des
artefacts optiques, du type franges et halos dus en grande partie a 1'aberration
chromatique (Chapitre II-2.2). A ces difficultes techniques s'ajoutait celle
d'etablir des propositions generates a partir d'observations eparpillees et de
choisir des systemes modeles simplificateurs. A titre d'exemple, on s'interrogeait
sur la presence d'un noyau dans les globules rouges d'oiseau et son absence
dans ceux de mammiferes; on sait actuellement qu'a la difference des oiseaux ,
les globules rouges de mammiferes perdent au cours de leur maturation le
noyau qu'ils possedent dans un stade immature.
Le XVIII6 siecle est une periode de fort developpement de la physique marque
par les recherches fondamentales de Benjamin FRANKLIN (1706 -1790) et Henry
CAVENDISH (1731 -1810) sur 1'electricite, de Jean-Antoine NOLLE! (1700 -1770)
sur 1'electrostatique, de Charles-Auguste COULOMB (1736 - 1806) qui etablit les
premieres lois du magnetisme et de 1'electrostatique, et d'Alessandro VOLTA
(1745 -1820) le decouvreur de la pile electrochimique. L'optique progresse
grace a des physiciens, comme William HERSCHEL, qui s'interessent a 1'astrono-
mie et perfectionnent les telescopes. Au XVIII6 siecle, on assiste aussi a 1'eclosion
de la chimie moderne avec entre autres Guillaume ROUELLE (1703 - 1770),
Pierre-Joseph MACQUER (1716 -1784), Antoine BAUME (1728 -1804), Joseph
PRIESTLEY (1733 - 1804), Joseph BLACK (1728 - 1799), Antoine-Laurent LAVOISIER
(1734 -1794), Carl Wilhelm SCHEELE (1742 - 1786), Claude BERTHOLLET (1748 -
1822), Joseph Louis PROUST (1754 -1826), Antoine-Franc.ois DE FOURCROY
(1755 -1809) et Louis Nicolas VAUQUELIN (1763 -1829). Leurs travaux ouvriront
la voie a la biochimie structurale et fonctionnelle (Chapitre V).
En ce qui concerne la biologie, avec le XVIII 6 siecle debute 1'experimentation
animale en physiologic avec TREMBLEY et SPALLANZANI et en biologie du
developpement avec WOLF. On voit aussi s'organiser de fac.on rationnelle des
classifications d'especes animales.
Dans les annees 1740, Abraham TREMBLEY (1710 - 1784) met en evidence la
regeneration des tissus de 1'hydre apres amputation. Cette decouverte peu
banale etait en fait partie d'une erreur de jugement. Ayant abandonne pendant
quelques semaines un bocal rempli d'eau et de plantes aquatiques, TREMBLEY
aperc,ut fixees sur les tiges des hydres vertes qu'il prit d'abord pour des parasites.
Ayant observe que ces hydres n'etaient pas toutes semblables, qu'elles diffe-
raient par le nombre de leurs bras, il fit 1'analogie avec des arbres qui different
par le nombre de leurs branches. II en conclut que les hydres vertes etaient des
plantes qu'il pouvait bouturer. En novembre 1740, TREMBLEY sectionna une
hydre en deux moities qu'il remit dans le bocal d'eau. En Janvier 1741, les deux
moities d'hydre avaient reconstitue des hydres adultes. Lorsqu'il fut reconnu
Le microscope compose est une invention hollandaise. On attribue cette invention a deux
lunetiers de Middelburg, Hans Jansen et son fils Zacharias, aux environs de 1590.
I/utilisation du microscope compose se repandit rapidement. Cependant les images
obtenues avec les premiers microscopes composes etaient entachees d'artefacts causes,
en particulier, par 1'aberration chromatique.
Figure II.9 - Microscope compose (objectif + oculaire) utilise au XVIII e siecle

(d'apres L.N. MAGNER - A History of the Life Sciences, Marcel Dekker Inc., 1994)
que 1'hydre appartenait au regne animal, la decouverte de TREMBLEY prit une

tout autre dimension. REAUMUR, d'abord incredule, confirma les resultats de
TREMBLEY. Ainsi les tissus animaux etaient capables de regeneration, une idee
revolutionnaire en ce temps-la.
Ordonne pretre a 1'age de 33 ans, Lazarro SPALLANZANI (1729 -1799) commence
une carriere de professeur de physique a Modene, puis il enseigne les sciences
naturelles a Pavie. Son activite scientifique est prodigieuse. SPALLANZANI refute
la generation spontanee postulee par John NEEDHAM (1713 -1781). II reprend
les etudes de VAN LEEUWENHOEK sur les spermatozoides et realise les pre-
mieres experiences de fecondation artificielle en mettant en contact du sperme
de grenouilles males avec des ceufs pondus par des grenouilles femelles. II a
laisse des travaux de tout premier ordre sur la circulation sanguine dans 1'em-
bryon de poulet. II decouvre le role du sue gastrique d'oiseau dans la digestion.
Ayant recueilli ce sue gastrique, il le mit dans un flacon au contact d'un mor-
ceau de chair fraiche. En peu de temps le morceau de chair etait dissous.
L'existence d'un ferment degradant les proteines et secrete par 1'estomac etait
ainsi demontree. Plus tard, ce ferment sera caracterise et appele pepsine.
Travaillant dans les annees 1760 sur 1'embryon de poulet, Kaspar Frederic
WOLF (1733-1794) met en evidence, dans les tout premiers stades de 1'embryo-
genese, des changements de morphologie accompagnes d'une complication
croissante d'ebauches : 1'intestin, d'abord simple ruban prend bientot la forme
d'un tube. De meme les vaisseaux, le cceur et d'autres organes se construisent
grace a des remaniements de structures initialement tres simples. Le poulet
n'existait done pas preforme dans 1'ceuf, c'est-a-dire sous la forme d'un poulet
miniature. WOLF conclut que les organes se forment par epigenese a partir de
structures de nature inconnue presentes dans 1'ceuf feconde. Ces remarquables
observations qui jetaient le doute sur la theorie de la preformation ne recurent
pas de leur temps le credit qu'elles meritaient. II faudra attendre plus de
quarante ans pour les voir confirmer et rationaliser avec la theorie des feuillets
embryonnaires (Chapitre II-6.1).
Le XVIII 6 siecle voit progresser la systematique avec le naturaliste Carl VON
LINNE. Georges Louis LECLERC DE BUFFON (Chapitre 1-3.1) ecrit I'Histoire
Naturelle, une ceuvre monumentale. Des anatomistes et pathologistes comme
Giovanni MORGAGNI (1682 -1771), Antonio SCARPA (1752 - 1832), William
HUNTER (1718 - 1783), John HUNTER (1728 - 1793), Albrecht VON HALLER
(1708 -1777) et Xavier BICHAT (1771 -1802) attirent 1'attention sur les relations
qui existent entre maladies et lesions des organes detectees apres autopsie. Us
sont les fondateurs de 1'anatomie pathologique, qui represente 1'etape prealable
a la pathologic cellulaire, une discipline innovee par 1'ecole allemande de
biologie cellulaire dans le milieu du XIX e siecle.
BICHAT fut reconnu a 1'etranger, en particulier par 1'ecole allemande du
XIXe siecle comme 1'un des pionniers les plus brillants de 1'histologie, la science
qui etudie les tissus vivants. et son influence fut considerable.
Originaire du Jura, BICHAT commence ses etudes

de medecine a Lyon. En 1793, il est requisitionne
comme medecin militaire dans 1'armee des
Alpes. A Paris en 1794, il est nomme assistant de
1'eminent anatomiste et chirurgien, Pierre Joseph
DESSAULT, qui exerâit ses fonctions a 1'ancien
Hotel Dieu de Paris, rebaptise pendant la Revo-
lution franchise Grand Hospice de I'Humanite. A
la mort de DESSAULT en 1795, BICHAT organise
un cours d'anatomie qui aura un franc succes. Ses
lemons sont toujours accompagnees de demons-
trations sur le cadavre, ce qui a 1'epoque n'etait
X. BICHAT
(1771 -1802)
pas courant. Durant sa courte vie, BICHAT aura le
temps de dissequer plus de six cents cadavres. En
1798, il supervise la publication des ceuvres de DESSAULT, apres les avoir
completees. On connait de BICHAT trois traites majeurs : le Traite des Membranes
(1799), les Recherches Physiologiques sur la Vie et la Mort (1800) et \'Anatomic
Generale Appliquee a la Physiologic et a la Medecine (1801). En 1802, sa mort
prematuree met fin a une carriere qui s'annongait particulierement feconde.
Se mefiant des analyses microscopiques, sans doute a cause des artefacts du
microscope compose non maitrises a cette epoque, BICHAT postula en tant
qu'anatomiste que les tissus, non les organes, sont les briques elementaires des
organismes vivants. "La plupart des organes etant composes de tissus simples
tres differents" ecrivait-il dans son traite d''Anatomic Generale, 'Tidee de la vie ne
peut s'appliquer qu'a ces tissus simples et non aux organes eux-memes. Par
exemple, 1'estomac est compose de tissus sereux, muqueux, musculaire, tous
differents". II poursuivait: "de meme que la chimie a ses corps simples qui
forment par des combinaisons diverses des corps composes, de meme 1'ana-
tomie a ses tissus simples qui par leur combinaison quatre a quatre, huit a huit
forment les organes". II distingua 21 tissus simples, parmi lesquels les tissus
cartilagineux, fibreux, musculaires, muqueux, etc., sur la base de leur apparence,
de leur fonction et de leur comportement a la dessiccation, a la maceration, a
1'irritabilite. Cette classification des tissus donnait une coherence a un domaine
de 1'anatomie jusque-la particulierement nebuleux.
Claude BERNARD (1813 - 1878), dans ses Leqons sur les phenomenes de la vie
communs aux animaux et aux vegetaux (1870), rendit hommage a BICHAT en ces
termes : "BICHAT, en fondant 1'anatomie generale et en rapportant les pheno-
menes des corps vivants aux proprietes elementaires des tissus, comme les effets
a leurs causes, vint etablir la vraie base solide sur laquelle est assise la
physiologie cellulaire".
BLAINVILLE reprendra les principes de BICHAT, avec la meme prevention pour
le microscope. "Le microscope, ecrivait BLAINVILLE, n'apprend rien de
nouveau sur la composition anatomique des tissus". A la fin du XVIII 6 siecle
prevaut la theorie de la fibre qui avait ete formulee par le medecin d'origine
suisse Albrecht VON HALLER, tous les tissus etant considered comme un
ensemble de fibres avec cet axiome : "la fibre est pour le physiologiste ce que la
ligne est pour le geometre". La theorie de la fibre postulait que les fibres des os
se prolongeaient dans celles des tendons, ces dernieres dans celles des muscles,
continues elles-memes avec les fibres des vaisseaux et des nerfs. HALLER,
medecin mais aussi physiologiste, botaniste et philosophe avait developpe une
theorie de 1'irritabilite des muscles aboutissant a leur contraction sous 1'influence
d'une "energie" apportee par les nerfs. II enseigna dans plusieurs universites
allemandes avant de s'etablir definitivement a Berne. Son traite de physiologic,
edite dans les annees 1760, ou etaient developpees des notions relativement
modernes sur la respiration, la circulation et le systeme nerveux eut une forte
influence sur plusieurs generations de naturalistes.
4. I/EMERGENCE DE LA THEORIE CELLULAIRE

AU XIXE SIECLE
"Le drame des grandes decouvertes, c'est que nous en suivons le deroulement dans
I'histoire d'autant plus facilement que nous avons assiste au cinquieme acte."
Gaston BACHELARD - La formation de Vesprit scientifique - 1938
Les premieres decennies du XIX e siecle sont le temoin d'un tournant decisif dans
la connaissance de 1'ultrastructure du vivant qui aboutira a la formulation de la
theorie cellulaire. Cet essor de la biologic est du en partie aux progres de la
microscopic. L'aberration chromatique des microscopes composes (oculaire
plus objectif) est systematiquement corrigee grace a 1'utilisation de lentilles
d'indices de diffraction differents. Curieusement la solution au probleme de
1'aberration chromatique avait ete ebauchee des le XVIII6 siecle par 1'anglais
John DOLLOND (1706 -1761), mais etait restee sans suite. Parmi d'autres perfec-
tionnements apportes au microscope, citons ramelioration de la qualite des
verres, la decouverte de la technique de 1'objectif a immersion appelee encore
technique du bain d'huile, qui permit d'atteindre des grossissements de cinq
cents a six cents fois avec une excellente resolution et ou s'illustrerent David
BREWSTER (1781 - 1868) en Grande-Bretagne et Giovanni Battista AMICI
(1786 - 1863) en Italic.
4.1. LES PRECURSEURS DE LA THEORIE CELLULAIRE
D'apres les traites modernes de biologic, la theorie cellulaire aurait ete formulee
sous une forme preliminaire entre 1838 -1840 par deux naturalistes allemands,
Matthias Jacob SCHLEIDEN (1804 - 1881) et Theodor SCHWANN (1810 - 1882), et
sous une forme definitive dans les annees 1850 par Robert REMAK (1815 -1855)
et Rudolf VIRCHOW (1821 - 1902). Pour didactique que soit cette presentation,
elle n'en est pas moins restrictive, sinon incorrecte en passant sous silence les
travaux de precurseurs auxquels SCHLEIDEN et SCHWANN emprunterent
beaucoup sans le reconnaitre explicitement. L'entomologiste allemand Lorenz
OKEN, un des apotres de la philosophic de la nature (Chapitre 1-3) a sans doute
ete le premier a proposer, il est vrai sur des bases speculatives, 1'idee que le
corps animal est un agglomerat d'unites microscopiques independantes. OKEN
ecrivait en 1805, dans un ouvrage sur la Generation, que tous les organismes
naissent de cellules et sont formes de cellules, que ces cellules, si on les suppose
separees, sont la masse "infusoriale", le "mucus primitif" d'ou des organismes
de plus grande taille ont ete formes. II avait illustre ses observations par 1'apho-
risme "Omne vivum e vivo". OKEN concluait que les grands organismes ne sont
autre chose qu'une agglomeration d'"infusoires", le terme "infusoire" designant
simplement des structures unicellulaires et le terme "mucus" pouvant etre
traduit par celui plus moderne de protoplasme. C'est en 1841 que DUJARDIN
donnera le nom d'infusoire a une espece particuliere de protozoaire, designa-
tion qui sera definitivement adoptee par les naturalistes.
Le noyau cellulaire fut decrit en 1831 comme un gros corpuscule spherique
et sombre dans des coupes de feuilles d'orchidees par Robert B R O W N
(1773 -1858), un physicien anglais connu pour ses etudes sur 1'agitation ther-
mique de petites particules, laquelle fut baptisee plus tard mouvement brownien.
II est possible que ce soit la meme structure qui ait ete decrite sous le terme de
masse sombre dans des cellules epitheliales par 1'abbe italien, Felice FONTANA
(1730 -1805). Le biologiste franc.ais Felix DUJARDIN (1801 -1860) donnera a la
substance extranucleaire de la cellule ayant la consistence d'une gelee le nom de
sarcode, qui sera en 1846 remplace par celui de protoplasme sur la suggestion
du botaniste allemand Hugo VON MOHL (1805 -1872). Vers 1860, le terme
cytoplasme fait son apparition avec le cytologiste allemand Albert KOLLIKER
(1817 -1905) de 1'universite de Wurzburg pour designer la region extranucleaire
de la cellule, le noyau etant appele nucleoplasme. Ce sont surtout des botanistes
Henri DUTROCHET (1776 - 1847), Francois-Vincent RASPAIL (1794 - 1878),
Charles Frangois BRISSEAU-MIRBEL (1776 -1854) et Pierre TURPIN (1775 - 1840)
en France, Asnund RUDOLPHI (1771 -1832) et Heinrich LINK (1767 -1851) en
Allemagne qui s'illustrerent par des micrographies detaillees de structures
tissulaires et cellulaires de plantes.
Un sujet d'achoppement et de contradiction semble avoir ete le statut des
membranes. Pour BRISSEAU-MIRBEL, une seule membrane separe deux cellules,
le terme "cellule" designant dans 1'esprit de 1'auteur un espace tubulaire ou
fibrillaire. DUTROCHET, le decouvreur de 1'osmose, mentionne 1'existence dans
les coupes de tiges de plantes de petites cellules globuleuses et note : "la ou les
cellules se touchent, la paroi qui les separe est formee d'une double mem-
brane". La difference d'interpretation des deux auteurs pourrait sembler subtile.
Elle est d'autant plus fondamentale que la structure membranaire propre a la
cellule vegetale est etendue par DUTROCHET au regne animal. Dans son
ouvrage Recherches anatomiques et physiologiques sur la structure intime des
animaux et des vegetaux, et sur leur mobilite paru en 1824, DUTROCHET ecrit: "les
animaux et les vegetaux possedent la meme structure cellulaire. Les cellules qui
composent leurs tissus ont des parois distinctes qui peuvent s'accoler, mais qui
retrouvent leur autonomie lorsque les cellules sont dissociees". II prophetise :
"la cellule est 1'organe secreteur par excellence. Elle secrete dans son interieur
une substance qui tantot est destinee a etre portee au dehors par le moyen de
canaux secreteurs et qui tantot est destinee a rester dans 1'interieur de la cellule
qui 1'a secretee et a faire partie de 1'economie vivante ou elle joue un role qui
lui est propre".
De son cote, RASPAIL dans son Nouveau systeme de chimie organique public en
1833 ecrit des lignes premonitoires : "la cellule vegetale ainsi que la cellule
animale est une espece de laboratoire des tissus. Ses parois imperforees ont la
propriete de puiser par aspiration dans le liquide ambiant les elements
necessaires a leur elaboration. Elles ont done la possibilite de faire comme un
triage, c'est-a-dire d'admettre certains materiaux et d'arreter au passage certains
autres". C'est done dans ce contexte historique qu'il convient de replacer les
travaux de SCHLEIDEN et de SCHWANN.
4.2. UNE PREMIERE FORMULATION DE LA THEORIE CELLULAIRE
Apres avoir etudie le droit a Heidelberg,

Matthias SCHLEIDEN entreprend des etudes
medicales a Berlin. Le cursus medical comportait
de la botanique. II s'y passionne. En 1838 il
public un article sur la phytogenese ou les
plantes sont definies comme "des agregats d'etres
individualises et independants qui sont des
cellules". "Toute cellule, ecrivait-il, mene une
double vie, une vie tout a fait autonome relative
a son seul developpement et une autre, mediate,
pour autant que la cellule est devenue partie
integrante de la plante". SCHLEIDEN considerait
M.J. SCHLEIDEN
que le noyau baptise cytoblaste jouait un role (1804 -1881)
primordial dans la formation de la cellule. II
avait imagine un processus de cristallisation dans un fluide non structure, forme
de sucre et de mucus, le cytoblasteme (du grec KUTOC = vesicule et (3X<icn-r||j.a =
bourgeon). Dans la conception de SCHLEIDEN, le cytoblaste (noyau) se formait
autour du nucleole. A la surface du cytoblaste se differenciait a partir du cyto-
blasteme la region extranucleaire de la cellule (appelee plus tard cytoplasme).
Pour SCHLEIDEN, le cytoblaste et la cellule apparaissaient comme des cristaux
dans une eau mere representee par le cytoblasteme. La notion de cytoblasteme
persistera pendant plus d'une quinzaine d'annees avant d'etre definitivement
reconnue comme erronee.
C'est a la suite d'une rencontre avec SCHLEIDEN que SCHWANN est amene a
concevoir la notion de cellule pour le regne animal. Apres avoir etudie la
medecine dans les universites de Bonn, Wiirzburg et Berlin, SCHWANN avait
ete 1'assistant du celebre physiologiste Johannes MULLER (1801 -1858) a Berlin.
Dans ses premieres annees d'assistanat, SCHWANN confirme Faction proteo-
lytique du ferment secrete par 1'estomac, la pepsine, ferment dont les travaux de
SPALLANZANI avaient prevu 1'existence. II montre aussi que les cellules
nerveuses sont recouvertes d'une gaine dotee d'une structure cellulaire, qui plus
tard sera designee sous le nom gaine de SCHWANN.
Ayant eu connaissance en octobre 1837 des
travaux que SCHLEIDEN effectuait sur la cellule
vegetale, SCHWANN se demande si 1'organisa-
tion cellulaire des tissus animaux n'est pas
semblable a celle des tissus vegetaux. Examinant
au microscope des coupes fines de cartilages
branchiaux de retard, il remarque qu'a 1'instar
des tissus vegetaux, le cartilage animal est cloi-
sonne en compartiments limites par une mem-
brane et que ces compartiments contiennent un
noyau porteur de nucleoles. Ces compartiments
correspondent aux cellules. Cette observation
B. SCHWANN ,. , a, ,, .
sera etenc .. T „ , L ,
(1810 -1882) iue d autres tissus. La cellule est done
1'unite ultime des tissus animaux aussi bien que
des tissus vegetaux. SCHWANN fait paraitre en 1839 un memoire , intitule
Mikroskopische Untersuchungen tiber die Ubereinstimmung in der Struktur und dem
Wachstum der Tiere und der Pflanzen ou il postule que la cellule est 1'unite de
base du regne vegetal et du regne animal. SCHWANN developpe sa theorie
dans un chapitre qu'il ecrit dans un manuel de physiologic edite par son
compatriote Rudolph WAGNER (1805 -1864) la meme annee. "A la base de tous
les tissus, ecrit-il, se trouve un principe de developpement commun, a savoir la
formation de cellules. Jamais la nature n'agence immediatement les molecules
en une fibre ou un vaisseau. Elle forme d'abord une cellule ronde et, si
besoin est, elle transforme ulterieurement cette cellule en differentes
formations elementaires telles qu'on les trouve a 1'etat adulte". La theorie de
la fibre de HALLER est ainsi supplantee par la theorie de la cellule. Cependant,
c'est a tort que SCHWANN declare, a 1'instar de SCHLEIDEN, que les cellules
apparaissent independamment d'autres cellules au sein d'un liquide "organi-
sable", le cytoblasteme autour de noyaux libres. A la decharge de SCHLEIDEN
et SCHWANN, il faut convenir que le concept de membrane plasmique, c'est-a-
dire d'une membrane delimitant la cellule, n'etait pas encore adopte dans les
annees 1830 (Chapitre II-9). SCHWANN prophetisa que le cytoblasteme devait
etre le site de changements chimiques innerents a la vie de la cellule. A ces
changements, il donna le nom de metabolisme.
La nouvelle theorie formulee par SCHLEIDEN et SCHWANN, qui considerait la

cellule comme unite de vie, mais admettait de fac,on erronee le developpement
cellulaire aux depens d'un blasteme libre, fut baptisee theorie cellulaire.
Comme le fit remarquer plus tard VIRCHOW, il aurait ete plus judicieux de
1'appeler theorie de la libre formation cellulaire.
A cette epoque, Johannes MULLER s'interessait a la pathologie des tumeurs
cancereuses. II fut un pionnier dans I'utilisation du microscope pour leur
diagnostic. En accord avec les conclusions de SCHWANN sur la structure
cellulaire des tissus sains, MULLER expliqua que la proliferation cancereuse etait
le resultat de la division anarchique d'une cellule initialement tumorale,
cependant sans deroger a la notion du cytoblasteme.
4.3. LA REFUTATION DE LA THEORIE DU CYTOBLASTEME

ETL'ENONCE FINAL DE LA THEORIE CELLULAIRE
L'attaque directe contre la theorie du cytoblas-

teme vint de Robert REMAK (1815 -1865). D'ori-
gine juive polonaise, REMAK avait etudie la
medecine a Berlin. Sa these de medecine (1838)
preparee dans le laboratoire de Johannes MULLER
porte sur les fibres nerveuses non myelinisees.
Des 1840, REMAK emet des reserves sur le role
du cytoblasteme prone par SCHWANN dans la
formation des cellules. Presentee sous une forme
preliminaire en 1841, et avec force arguments en
1855 puis en 1858, la division cellulaire est expli-
quee simplement, sans implication aucune du
. U1 ., ,, , , , ,. . . , R. REMAK
cytoblasteme, avec d abord la division en deux (1815 -1865)
du noyau, la separation des deux noyaux qui en
resultent, enfin la segmentation de la cellule avec localisation de chacun des
noyaux dans chacune des deux cellules filles. En somme, toutes les cellules du
corps proviennent de la division de cellules preexistantes. Le materiel d'etude
a partir duquel REMAK fonde son postulat de la division cellulaire est 1'ceuf
feconde de grenouille ; ce materiel, particulierement bien choisi en tant que
modele lui permettra de suivre les premieres phases du developpement
embryonnaire de la grenouille. L'ceuf de grenouille restera un modele pour les
embryologistes du XXe siecle. Ces belles experiences qui constituent la premiere
demonstration irrefutable de la division cellulaire, REMAK les public en 1855
dans un ouvrage intitule Untersuchungen iiber die Entwickelung der Wilbeltiere.
Dans le dernier chapitre REMAK ecrit: "tout se passe comme s'il se produisait
au milieu de la cellule une ligature qui coupe la cellule en deux". On est encore
loin de la connaissance des etapes de la division cellulaire, qui seront decrites
une vingtaine d'annees plus tard. A cause de son origine, et malgre son talent,
les postes d'enseignement dans 1'Etat prussien seront refuses a REMAK. Qui plus
est, sa refutation de la theorie du cytoblasteme sera accueillie avec reticence par
nombre de ses compatriotes, 1'anatomiste Karl REICHERT (1811 -1883), le
pathologiste Jacob HENLE (1809 -1885) et meme par Johannes MULLER, son
ancien patron. En but au scepticisme de ses pairs, REMAK abandonnera la
poursuite de ses etudes sur la division cellulaire pour se tourner a partir de 1855
vers la pratique de la medecine et I'electrotherapie, un traitement tres prise a
cette epoque.
On retrouve dans les differentes editions du traite d'histologie Handbuch der
Gewebelehre des Menschen, public par KOLLIKER a partir de 1852, une evolution
des idees sur le cytoblasteme. Partant du dogme de la formation libre de cellules
dans le cytoblasteme dans la premiere edition de 1852, KOLLIKER passe dans la
troisieme edition de 1858 a un concept radicalement oppose : "il n'y a point de
formation libre de cellules, ecrit-il, et toutes les cellules derivent les unes des
autres". II assigne au noyau un role primordial: "jamais une cellule ne se divise
sans que prealablement le noyau ne se soit multiplie, et toujours le nombre de
cellules auxquelles donne naissance une cellule-mere repond au nombre de
noyaux qui se sont produits dans cette derniere".
VIRCHOW est cite comme le chercheur qui mit
la derniere main a la theorie cellulaire. II est de
plus reconnu comme le pere de la pathologic
cellulaire. Son parcours universitaire fut tour-
mente. Alors qu'il etait un assistant de MULLER,
il s'engagea en politique et prit part aux mani-
festations revolutionnaires de 1848, ce qui lui
valut d'etre deplace en 1849 a 1'universite de
Wurzburg ou il eut KOLLIKER comme collegue.
II y restera sept ans et y fondera le premier
laboratoire de pathologic cellulaire. En 1855,
VIRCHOW public dans les Archives d'anatomie
R. VIRCHOW . ^ 1 - 1 4 .
(1821 -1902) pathologique de langue allemande un article reten-
tissant qui assurera sa celebrite. Tout en recon-
naissant le merite de SCHWANN en tant que precurseur, en particulier pour sa
demonstration "que le developpement des tissus est a rattacher a la cellule",
mais en ignorant REMAK, VIRCHOW formule une serie de propositions non
ambigues.
1. Les cellules sont des unites fonctionnelles de tous les tissus vivants. Les
tissus sont composes uniquement de cellules accolees les unes aux autres, par
exemple dans le tissu epithelial, ou separees les unes des autres par une
substance intercellulaire, par exemple dans le tissu conjonctif.
2. Les fluides intercellulaires ne sont pas des blastemes formateurs de
cellules, mais des produits derives de 1'activite metabolique des cellules. Une
cellule ne se forme jamais a partir d'une substance non cellulaire inorganisee.
3. Aussi bien dans les tissus normaux que dans les tissus cancereux, chaque
cellule nait d'une autre cellule. VIRCHOW invente la formule magique
"omnis cellula a cellula", qui etait parallele a celle d'Oken "omne vivum e
vivo". Cette formule legerement modifiee trois ans plus tard en "omnis cellula
e cellula" reprenait les conclusions de REMAK, mais sous une forme stylis-
tique plus frappante.
De retour a Berlin en 1856, VIRCHOW y fonde 1'Institut de pathologic cellulaire
qui faisait le pendant avec 1'Institut de physiologie fonde par Johannes MULLER.
L'Institut de pathologic cellulaire etait rattache a 1'Hopital de la Charite, et les
observations cliniques etaient completees par des analyses chimiques et micro-
scopiques, ce qui etait nouveau a cette epoque. VIRCHOW fut le promoteur de
1'idee que la maladie resulte d'une modification de 1'economie cellulaire et que
1'etude de la pathologic en tant que science doit s'appuyer sur 1'etude de la phy-
siologie de la cellule saine donnant ainsi la primaute a la recherche fondamen-
tale. En 1858 apparait son ouvrage majeur Die Cellular Pathologie, compilation
d'un ensemble de conferences faite a 1'universite de Berlin. Get ouvrage sera
traduit en franc,ais dix ans plus tard. En resume, a la fin des annees 1850, la
formulation de la theorie cellulaire est definitive avec ses deux principes :
1. La cellule est 1'unite structurale et fonctionnelle de tous les tissus.
2. Toute cellule se forme a partir d'une cellule preexistante.
Cependant le mode de formation du noyau n'etait pas encore clair dans les faits.
Un quart de siecle plus tard, la demonstration sera faite que les noyaux derivent
de noyaux preexistants, completant ainsi 1'axiome de VIRCHOW par la formule :
"Omnis nucleus e nucleo".
De cette theorie cellulaire, DUTROCHET, RASP AIL et TURPIN en avaient etabli
les premisses dans les annees 1820-1840. SCHLEIDEN et SCHWAN en enon-
cerent en 1838 -1839 le premier principe. Le second principe fut formule plus
d'une quinzaine d'annees plus tard par REMAK et VIRCHOW. Le premier jour-
nal de biologic cellulaire La Cellule, recueil de cytologie et d'histologie generale
parut en 1884 a Louvain. Son succes fut immediat. Quelques dessins empruntes
au traite d'histologie de KOLLIKER (1858) montrent que la microscopic optique
permettait deja a cette epoque une analyse detaillee de la cellule (Figure 11.10).
4.4. L'ACCUEIL FAIT A LA THEORIE CELLULAIRE
En Allemagne, la theorie cellulaire fut accueillie favorablement. Elle permit

d'expliquer un grand nombre de faits epars et de les regrouper dans divers
traites d'anatomie ou d'histologie publics dans la deuxieme moitie du XIX e siecle
et signes par les grands noms de 1'ecole de cytologie allemande : GERLACH,
REMAK , KOLLIKER, VIRCHOW, HERTWIG...
En Angleterre, apres une certaine periode de reserve, la theorie cellulaire fut
adoptee.
Parenchyma
hepatique
Epithelium
intestinal
Cellules bronchiques
a cils vibratiles
Cellules nerveuses
des cornes anterieures
de la moelle epiniere
Figure 11.10 - Coupes de tissus animaux observees par microscopie optique

(d'apres A. KOLLIKER - Elements d'histologie humaine, ed. fr. Masson, 1868)
En France, il y eut une franche reticence et meme un rejet de principe fonde

plus sur des considerations philosophiques que sur le pragmatisme scientifique.
Auguste COMTE (1798 -1857) dans son cours de philosophic positive donne a la
Sorbonne denongait "1'abus des recherches microscopiques" et s'elevait centre
"la deviation manifeste de ces esprits ambitieux qui ont tente de penetrer au dela
de 1'analogie anatomique, en s'efforânt... de concevoir la formation des
tissus... par le chimerique et inintelligible assemblage d'une sorte de monades
organiques - les cellules - qui seraient les vrais elements primordiaux de tout
corps vivant".
Ce denigrement malencontreux de la theorie cellulaire fut relaye par Charles
ROBIN (1821 -1885), le premier titulaire de la chaire d'histologie de la faculte de
medecine de Paris creee en 1862. Pour ROBIN, adepte de la philosophic positive
professee par Auguste COMTE, la cellule n'est qu'un element morphologique, a
cote d'autres elements comme les fibres. Curieusement dans son traite
d'anatomie et de physiologie cellulaire public en 1873, ROBIN reprendra
1'ancienne theorie du cytoblasteme refutee par REMAK et VIRCHOW.
En 1842, Dominique Auguste LEREBOULLET (1804 - 1865), professeur de
zoologie et d'histologie a 1'universite de Strasbourg, s'etait avise d'introduire
dans son cours la theorie cellulaire telle qu'elle venait d'etre decrite par
SCHWANN. II fut averti par 1'universite de Paris qu'il depassait les limites de
son programme!
En 1878, dans ses lemons sur les Phenomenes de la Vie communs aux animaux et
aux vegetaux, Claude BERNARD prit clairement partie pour la theorie cellulaire.
"En resume, ecrivait-il, il est etabli d'une maniere generale, grace aux travaux
accumules des histologistes, que 1'organisme est constitue de cellules plus ou
moins reconnaissables, modifiees a des degres divers, associees, assemblies de
differentes manieres. Ainsi, aux 21 elements de BICHAT, aux 21 tissus qui
formaient pour lui les materiaux de 1'organisme, nous avons substitue un seul
element, la cellule, identique dans les deux regnes, chez 1'animal comme chez le
vegetal, fait qui demontre 1'unite de structure chez tous les etres vivants".
Finalement, au debut du XX e siecle, la theorie cellulaire finit par s'imposer en
France dans le domaine de la biologic animale avec Yves DELAGE (1854 -1920),
Lucien CUENOT (1866 - 1951), Maurice C A U L L E R Y (1868 - 1958), Emile
GUYENOT (1885 - 1963) et dans celui de la biologic vegetale avec Gaston
BONNIER (1853-1922), Leon MAQUENNE (1853-1925), Henri D E V A U X
(1862 -1956) et Alexandre GUILLERMOND (1876 -1945).
Parurent a cette epoque deux traites monumentaux, celui de DELAGE sur L'Here-
dite et les Grands Problemes de la Biologic Generale (1903) et le Traite d'Histologie de
PRENANT, BOUIN et MAILLARD (1904) qui reconnaissaient sans ambiguite la
cellule comme unite structurale et fonctionnelle de tous les tissus vivants.
5. LES PROGRES DANS L'ANALYSE STRUCTURALE DE LA

CELLULE A LA FIN DU XIXE SIECLE
C'est en Allemagne, la ou a ete formulee la theorie cellulaire, que s'instaure

avec une remarquable efficacite une collaboration entre universitaires et indus-
trials pour la mise en place d'outils de plus en plus performants, afin de pousser
1'observation des cellules dans leur infrastructure.
5.1. DES AMELIORATIONS TECHNIQUES DECISIVES
A partir de 1880, des microscopes optiques avec un pouvoir de resolution du

quart de micron sont fabriques a lena par 1'industriel Carl ZEISS (1816 - 1888),
avec le concours du physicien Ernst ABBE (1840 -1905) et du chimiste Otto
SCHOTT (1851 -1935), un specialiste de la fabrication de verres de grande
qualite. ABBE etait professeur de physique et de mathematique a I'universite
d'lena. SCHOTT, fils d'un artisan verrier, s'interessa tres jeune a la confection de
lentilles obtenues avec des melanges de silice et de differents oxydes metal-
liques. Sa collaboration avec ABBE date de 1859. Elle fut suscitee par 1'interet de
SCHOTT de connaitre avec precision la refraction de la lumiere par les differents
verres qu'il fabriquait. Deux defauts des premiers microscopes composes,
1'aberration chromatique et 1'aberration de sphericite, que Ton avait deja
identifies et que Ton savait pallier de fac.on artisanale, furent systematiquement
corriges dans les microscopes fabriques par la Societe Zeiss.
Des objectifs achromatiques de grande qualite, c'est-a-dire capables de former
les memes images pour toutes les longueurs d'onde du spectre visible, furent
fabriques en serie en 1886 par SCHOTT en collaboration avec ABBE, en
combinant des lentilles faites de differents types de silicate avec des indices de
refraction differents, par exemple une lentille biconvexe de crown (silicate de
potasse et de chaux) avec une lentille plan concave de flint (silicate de potasse et
de plomb). L'aberration de sphericite due au fait que les rayons qui traversent
les bords de la lentille biconvexe ne convergent pas exactement au meme point
que ceux qui la traversent au centre fut corrigee en utilisant un objectif a
immersion d'huile. Dans ce procede, on relie la lame porte-objet a 1'objectif au
moyen d'une huile possedant le meme indice de refraction que le verre de
1'objectif. De plus, les microscopes furent systematiquement equipes d'un
condenseur, un dispositif optique invente par ABBE qui permettait de faire
converger la lumiere vers 1'objet. En 1900, la Societe Zeiss assurait la production
de pres de trente mille microscopes repondant a ces criteres rigoureux
d'optique. A la meme epoque, on trouve des fabricants de microscopes de
bonne qualite en France, en Angleterre et aux Etats-Unis. C'est bien plus tard,
dans les annees 1930, que le microscope a contraste de phase verra le jour, mis
au point par le hollandais Fritz ZERNICKE (1888 -1966) qui recevra en 1953 le
Prix Nobel de physique.
La resolution du microscope optique a ses limites. Pour distinguer deux points,

la distance d qui les separe ne peut pas etre inferieure au rapport X / 2 n sin a,
ou A, est la longueur d'onde, oc est Tangle entre 1'axe et le rayon le plus extreme
entrant dans la lentille objectif a partir du centre de 1'objet et n est 1'indice de
refraction du milieu entre la lentille objectif et 1'objet. Dans le meilleur des cas,
d ne peut etre inferieur a A,/2, et si Ton prend une valeur arbitraire de A, egale
a 0,5 |im, d ne peut etre inferieur a 0,25 |im.
L'obstacle de la limite physique du microscope optique fut surmonte avec
1'avenement de la microscopic electronique. Le microscope electronique fut
utilise pour la premiere fois pour des etudes d'ultrastructure cellulaire au
tournant des annees 1940. Dans le microscope electronique, le faisceau de
lumiere est remplace par un faisceau d'electrons rendu convergent grace a
1'etablissement d'un champ magnetique. Les images obtenues permettent
d'observer des details a 1'echelle du nanometre. Le microscope a balayage laser
confocal, qui permet une analyse tomographique du contenu de la cellule, sera
produit dans les annees 1980, de meme que le microscope a effet tunnel et le
microscope a force atomique qui detectent le relief d'une surface cellulaire
avec un pouvoir separateur de 1'ordre de quelques dizaines d'angstroms.
A la fin du XIX e siecle, 1'analyse des structures cellulaires avait beneficie non
seulement des progres de la microscopie optique, mais egalement d'amelio-
rations dans la qualite des preparations histologiques et de la mise en ceuvre de
colorants synthetiques. Jusque dans les annees 1860, seuls des colorants
naturels, tels que le carmin extrait d'un insecte et Thematoxyline tire du bois de
campeche, etaient utilises pour teinter les cellules. L'anatomiste allemand Joseph
GERLACH (1820 - 1896) fut un pionnier de la coloration histochimique. On lui
attribue 1'invention d'un milieu liquide ammoniaque contenant du carmin et de
la gelatine grace auquel le noyau de la cellule se detachait sur un fond granu-
leux. Aux colorants naturels s'ajoutent a partir de 1870 des colorants synthe-
tiques derives de 1'aniline produit a partir du goudron de houille. L'histoire de
ces colorants et de leur promoteur, William PERKIN (1838 -1907), est edifiante et
tout a fait typique du parcours tortueux de la recherche fondamentale, avec des
issues et des applications inattendues, tres souvent sans relation avec le but
recherche. A la fin du XIX e siecle, le gouvernement anglais avait lance une
campagne visant a susciter des projets de recherche permettant d'aboutir a
la synthese de la quinine. Deux pharmaciens frangais, Joseph PELLETIER
(1788 - 1842) et Joseph CAVENTOU (1795 - 1877) avaient reussi en 1820 a
preparer, a partir d'ecorces de quinquina, un extrait actif centre le paludisme.
Cependant la quantite d'extrait obtenu etait notablement insuffisante pour
satisfaire la demande de bon nombre de colonies anglaises infestees par le
protozoaire Plasmodium faldparum, agent du paludisme, d'ou la raison d'etre du
programme d'etude lance par le gouvernement anglais. PERKIN, un eleve du
brillant chimiste August HOFMANN (1818 -1892), directeur du College royal de
chimie a Londres, tenta des series de synthese a partir d'aniline. II echoua dans
la synthese de la quinine. A la place de la quinine, il obtint un produit colore en
mauve qui fut appele la mauveine. C'etait le premier d'une serie de colorants
issus de 1'aniline parmi lesquels on distingue des colorants dits basiques
capables de colorer le noyau de la cellule (safranine, fuschine basique, bleu de
thioneine, bleu de toluidine, bleu de methylene, vert de methyle, violet de
gentiane) et des colorants acides qui teintent le cytoplasme (eosine, fuschine
acide). Puis vinrent les colorants vitaux (rouge neutre, vert Janus) denommes
ainsi car seules les cellules vivantes sont colorees a leur contact.
Jusqu'a la fin du XVIII6 siecle, les preparations cellulaires a partir d'organes ou
de tissus etaient souvent obtenues par dilaceration avec une aiguille. On
procedait quelquefois a la coupe de tissus avec un rasoir a main levee. Les
premiers microtomes, qui sont des rasoirs automatiques, firent leur apparition
dans la decennie 1870 -1880, en meme temps d'ailleurs que les techniques de
fixation par les acides acetique et chromique, ainsi que des techniques
d'inclusion de fragments de tissus dans des blocs de paraffine, facilitant ainsi les
coupes au microtome.
5.2. LA CARACTERISATION DU NOYAU ET DE SON COMPORTEMENT

AU COURS DE LA DIVISION CELLULAIRE
Le noyau de la cellule etait decrit par les premiers microscopistes comme une
vesicule arrondie au centre de la cellule. L'utilisation de colorants et 1'amelio-
ration des techniques de la microscopic a la fin du XIX e siecle revelent que le
noyau peut adopter des morphologies differentes selon les cellules. C'est le cas
pour deux types de cellules sanguines : le lymphocyte et le polynucleaire neu-
trophile. Dans le lymphocyte, le noyau est arrondi et occupe une large fraction
de 1'espace cellulaire. Dans le neutrophile, sa taille est relativement plus petite et
sa forme est polylobee. Sous 1'action de 1'acide acetique, le noyau se ratatine et
la membrane plasmique se dissout ce qui, il y a un siecle, fut une fac.on de
preparer des noyaux de "cellules de pus" (neutrophiles).
Le nucleole, petit corpuscule loge dans le noyau
etait considere par Walther FLEMMING (1843 -
1905) de 1'universite de Kiel et Oscar HERTWIG
(1849 -1922) de 1'universite d'lena comme porteur
de substances de reserve destinee a la refection
des chromosomes. Son volume tres petit dans des
cellules au repos peut atteindre 25% du volume
du noyau dans des cellules qui fabriquent des
quantites importantes de proteines. Dans les
annees 1940, on decouvrit que le nucleole conte-
nait une forte proportion d'acide ribonucleique.
Mais ce n'est que vinet ans plus tard que Ton
o HERTWIG
(1849 -1922) realisa que le nucleole etait le lieu de maturation
des acides ribonucleiques ribosomaux.
La division de la cellule est son seul mode de reproduction. C'est une fonction
capitale sur laquelle repose la reproduction des etres unicellulaires et pluricellu-
laires. C'est bien apres la demonstration de la theorie cellulaire que le processus
complexe de la division cellulaire ou mitose fut correctement evalue. En effet
jusqu'aux travaux de REMAK et de VIRCHOW, on croyait avec SCHLEIDEN et
SCHWANN que les cellules et les noyaux naissaient dans le blasteme par une
sorte de cristallisation. On pensait aussi que la cellule, noyau compris, pouvait
se diviser en deux, ce qui correspondait a une division directe. En fait, il y avait
quelque chose de mysterieux et d'incomprehensible dans le fait que du materiel
contenu dans le noyau de la cellule pouvait passer brutalement d'un etat
granuleux a un etat organise en batonnets au moment de la division cellulaire et
que le meme nombre de batonnets se retrouvaient dans les cellules filles apres
division de la cellule mere.
Dans la longue serie des observations histologiques qui aboutira a la description
de la mitose a la fin des annees 1870, une premiere etape fut la revelation de
1'existence de batonnets ou de filaments a 1'interieur de noyaux dans des cellules
de plantes par Wilhelm HOFMEISTER (1824 -1877) en 1848 et dans des cellules
de tissus animaux par Robert REMAK en 1858. Les images obtenues en fonction
des moyens techniques de 1'epoque etaient de qualite mediocre. Dans les annees
1860 -1870, des progres considerables sont accomplis aussi bien dans 1'instru-
mentation que dans les preparations histologiques destinees a 1'examen micro-
scopique. En 1876, le cytologiste francais Eduard BALBIANI (1825 -1899) decrit
des etapes typiques de la division cellulaire dans des cellules provenant du tissu
ovarien de sauterelle. II met en evidence des faisceaux de batonnets etroits. II
note des modifications dans la morphologic du noyau ainsi qu'une division des
batonnets qu'il interprete malencontreusement comme une coupure transver-
sale. II constate enfin qu'a partir d'un faisceau unique de batonnets dans la
cellule mere emergent par division deux faisceaux de batonnets et que chacun
d'eux se retrouve a 1'interieur d'un noyau dans chacune des cellules filles issues
de la division de la cellule mere. En 1879, le botaniste Eduard STRASBURGER
(1844 -1912) de 1'universite d'lena confirme les observations de BALBIANI par
des etudes sur du materiel vegetal, des etamines de fleurs. La meme annee,
Walther FLEMMING donne une description detainee de la division de cellules
epitheliales de larves de salamandre, cellules qui ont 1'avantage d'etre grosses et
translucides. II montre que des filaments presents initialement dans le noyau
se fissurent longitudinalement et que les entires resultantes migrent vers les
poles opposes de la cellule. Elles se retrouvent reparties en quantites egales dans
les cellules filles.
FLEMMING proposa de donner au processus de la division cellulaire le nom de
mitose (du grec IILTOC = filament) par reference a 1'aspect filiforme des chromo-
somes. A cause de sa coloration intense par 1'hematoxyline, le materiel des
batonnets ou filaments nucleaires fut denomme euchromatine et, comme tout
nouveau concept finit par s'accompagner d'un nouveau langage, les batonnets
furent appeles chromosomes par Wilhelm WALDEYER (1836 -1921). Ce terme
cree en 1888 leur restera definitivement. A partir d'observations sur 1'epithelium

de la cornee de 1'oeil, FLEMMING arriva a la conclusion que le nombre de
chromosomes dans 1'espece humaine etait de 24 paires, un chiffre tres proche de
la valeur exacte de 23 etabli en 1956 par Joe-Hin TIJO (n. 1919) et Albert LEVAN
(n. 1905) a partir de cultures de tissu d'embryons humains preleves apres
avortement.
La raison d'etre d'un processus aussi complique que la mitose fut objet de debat.
Certains cytologistes se demandaient pourquoi une cellule ne se partageait pas
en deux par une simple striction, noyau et cytoplasme compris, pour donner
deux cellules filles. Pour qu'il en fut ainsi, il aurait fallu que le contenu du
noyau fut homogene.
La solution de 1'enigme vint en grande partie
de 1'embryologiste allemand Wilhelm ROUX
(1850 -1924) dans les annees 1880. En s'appuyant
sur le postulat que le siege de 1'heredite etait le
noyau, ROUX fit 1'hypothese que les caracteres
phenotypiques sont controles par des particules
rangees les unes a cote des autres comme les
perles d'un collier. De meme que la division
longitudinale des perles du collier aboutit dans
chacune des moities resultantes au meme arran-
gement des perles, de meme les particules rangees
sur les filaments nucleaires se retrouvent en
W. ROUX quantites egales, avec le meme arrangement dans
(1850 -1924) les cellules filles. Ainsi, chacune des cellules filles
qui resulte de la division par mitose d'une cellule
mere sera identique a la cellule-mere. La mitose appelee encore caryokinese
(du grec rapuov = noyau et Kivr]aic = mouvement) redistribue dans les cellules-
filles. de fagon egale, les chromosomes apres fissuration longitudinale.
Au cours de la division cellulaire apparaissent
dans le cytoplasme deux taches claires autour
desquelles s'organisent des stries refringentes en
forme de fuseau (fuseau mitotique). Ces taches
contiennent en leur centre un globule tres dense,
le centrosome, observe pour la premiere fois en
1876 par Edouard VAN BENEDEN qui 1'appela
corpuscule polaire. Dans les annees 1880, le cyto-
logiste allemand Theodor BOVERI (1862 -1915)
utilisant 1'hematoxyline ferrique comme colorant
fit une excellente description du centrosome. II
reconnut son role dans la division cellulaire et il
1'appela 1'organe de la division cellulaire. On sait
T. BOVERI
(1862 -1924) aujourd'hui que le centrosome contient une paire
d'objets cylindriques disposes en equerre 1'un par
rapport a 1'autre, les centrioles, dont le role est fondamental dans la mitose. On
salt egalement que le fuseau mitotique est constitue d'une proteine bien
caracterisee, la tubuline. Lorsque la cellule amorce sa division, le centrosome se
duplique. Les images de la figure 11.11 tirees du Traite d'Histologie de PRENANT,
BOUIN et MAILLARD (1904) illustrent les differentes phases de la mitose telles
qu'elles etaient deja reconnues a cette epoque :
+ la prophase avec ses chromosomes deja dupliques en structures appelees
chromatides,
* la metaphase avec ses chromosomes disposes au centre du fuseau mitotique
en une plaque, d'abord appelee plaque cellulaire, puis plaque equatoriale
(Figure 11.12); a cette etape 1'enveloppe nucleaire a disparu,
* 1'anaphase avec la migration de chaque paquet de chromatides, chacun en
sens oppose vers les poles opposes de la cellule,
* la telophase avec 1'amorce d'une striction mediane de la cellule qui aboutira
au detachement des deux cellules filles ; les chromosomes s'enferment a
nouveau dans une enveloppe.
Dans le milieu du XX e siecle, les etapes du cycle cellulaire incluant la mitose
furent identifiers. On reconnut que la fin de la mitose coincide avec la fin du
cycle cellulaire et le demarrage d'un nouveau cycle dans les cellules filles. Une
phase de latence (Gl) (G pour "gap") est suivie d'une phase de synthese (S)
d'ADN et de proteines. Une deuxieme phase de latence G2 precede la mitose.
Pour un cycle cellulaire de 24 heures, la mitose occupe un espace de temps
reduit de 1'ordre d'une heure. La microscopie electronique rendit possible une
excellente resolution de certains details de la division cellulaire, par exemple la
fissuration des chromosomes en chromatides (Figure 11.13).
Les pionniers de la cytologie avaient decrit les phenomenes globaux de la
mitose dans des cellules animales et vegetales. La poursuite de ces recherches
sur des especes vivantes de plus en plus nombreuses conduisit a remarquer qu'il
existait des differences dans certains details des etapes de la mitose. Ainsi chez
un grand nombre de dinoflagelles, protozoaires abondants dans le plancton
marin, les microtubules traversent la membrane nucleaire encore intacte de
fagon a etablir une polarite. C'est alors que les chromosomes se separent en
s'associant a la membrane nucleaire sans se lier aux microtubules. Chez la
levure, 1'enveloppe nucleaire reste egalement intacte et le fuseau microtubulaire
se forme a 1'interieur du noyau, associe a 1'enveloppe nucleaire. Chez les
cellules vegetales dont une des caracteristiques est de posseder une paroi rigide
qui protege la membrane plasmique, la division du cytoplasme est effectuee
grace a la formation d'une nouvelle paroi qui traverse de part en part la cellule
vegetale. De fac,on bien differente dans les cellules animales il se produit un
etirement de la membrane plasmique dans des sens opposes. Cet etirement
s'accompagne d'une striction localisee au centre de la cellule.
130 LA BIOLOGIE, DES ORIGtNES A NOS JOURS
Les quatre phases de la division d'une cellule somatique et de son noyau (mitose)
comprennent la prophase avec des chromosomes deja dupliques, la metaphase avec
I'alignement des chromosomes au centre d'un fuseau constitue de microtubules (plaque
equatoriale), I'anaphase avec la migration des paires de chromosomes en sens oppose
vers les deux extremites de la cellule et la telophase avec 1'amorce d'une striction qui
libere deux cellules-filles.
Figure 11.11 - Images de division cellulaire. CEuf feconde de truite

(d'apres A. PRENANT, P. BOUIN et L. MAILLARD - Traite d'histologie, 1904)
Ascaris megalocephala bivalens Pisum (pois) Crepis (Composee)
Mecostethus (Orthoptere) Homme Datura stramonium
Oenothera lamarckiana Drosophila melanogaster Zea mays (ma'is)
Figure 11.12 - Plaques equatoriales et chromosomes de plusieurs

especes animales et vegetales dessines a la meme echelle
(d'apres A. CELESTINO DA COSTA - Elements d'embryologie, Masson, 1948)
La region centrale correspond au centromere. A la peripherie des chromatides, on

distingue des excroissances qui correspondent a de la chromatine superenroulee.
a - Electromicrographie d'un chromosome humain avec ses deux chromatides
b - Representation schematique de la region centromerique

avec les microtubules kinetochoriens
Figure 11.13 - Chromosomes et chromatides

(d'apres W.K. PURVES, G.H. ORIANS et H.C. HELLER
Le Monde du vivant, ed. fr. 1994, droits reserves)
5.3. LE PHENOMENE DE LA MEIOSE

OU DIVISION REDUCTIONNELLE DES CELLULES GERMINALES
En 1875, HERTWIG observe pour la premiere fois

des phenomenes caracteristiques de la feconda-
tion. En melangeant des ovules et des spermato-
zoides d'oursin, il met en evidence la penetration
du spermatozoide dans 1'ovule et la fusion des
noyaux respectifs des deux cellules. En 1883, a
partir d'observations faites sur un ver de 1'intestin
du cheval, Ascaris megalocephala, dont les cellules
sont porteuses de seulement quatre chromosomes,
Edouard VAN BENEDEN (1846 - 1910) decouvre
que les gametes males et femelles du ver ne
possedent que deux chromosomes, et que dans
B. VAN BENEDEN
1'ceuf feconde se retrouvent quatre chromosomes, (1846 -1910)
la moitie venant du gamete male et 1'autre moitie
du gamete femelle. Cette observation fondamentale fut rapidement etendue a
differentes especes de cellules et il fut etabli que 1'equipement en chromosomes
est diploi'de dans les cellules somatiques et haploi'de dans les cellules sexuelles,
dites germinales. A la division reductrice, typique des cellules germinales, on
donna le nom de meiose (du grec |ieicoaic = reduction) (Figure 11.14), mais son
mecanisme restait inconnu. BOVERI, en 1886 -1887, experimental sur Ascaris
megalocephala observa que les chromosomes des gametes proviennent de deux
divisions longitudinales. Ainsi, par un processus de deux divisions nucleaires
consecutives avec un seul cycle de replication chromosomique, une cellule pre-
germinale a noyau diploi'de fournit quatre cellules germinales a noyau haploi'de.
Dans le cas du male, des spermatocytes primaires subissent une premiere
division pour former des spermatocytes secondaires qui sont haploi'des, puis
une seconde division qui aboutit a la formation de quatre spermatides a partir
de chaque spermatocyte primaire. Dans le cas de la femelle, 1'ovocyte primaire
subit une premiere division qui se caracterise par une repartition inegale du
cytoplasme. II en resulte une grosse cellule, 1'ovocyte secondaire et une petite
cellule, le globule polaire, nom propose par Charles ROBIN en 1862. Une
deuxieme division asymetrique aboutit a 1'ovule et a un deuxieme globule
polaire. Seul 1'ovule a la capacite a etre feconde par un spermatozoide.
Au debut du XX e siecle, on decouvrira qu'au moment de la meiose se produit
un brassage de genes d'origine parternel et d'origine maternel et que ce
brassage resulte du phenomene de "crossing-over", c'est-a-dire d'enjambement
de chromosomes suivi de cassure au niveau de la zone d'enjambement et de
recombinaison des fragments issus des cassures (Chapitre III-1.1.5). Ce brassage
de genes, c'est sans doute la raison d'etre de la meiose, et c'est sans doute la que
reside une partie du secret qui a permis 1'evolution vers des structures variees
de plus en plus complexes chez les especes vivantes sexuees.
Dans la mitose, une cellule somatique diploide (2N chromosomes) genere deux cellules-
filles diploi'des (2N chromosomes).
Dans la meiose, une cellule pregerminale diploide (2N chromosomes) produit quatre
cellules germinales ou gametes haploides (IN chromosomes).
Figure 11.14 - Representation schematique des deux types

de division cellulaire : mitose et meiose
Le cycle de vie des especes sexuees comporte des alternances de generations de

cellules diploides (somatiques) et de cellules haploi'des (germinales ou sexuelles).
Du fait de la recombinaison genetique issue du "crossing-over", les gametes
dans une nouvelle generation se caracterisent par un assortiment original de
genes; certains genes au niveau d'un chromosome donne proviennent de Tune
des cellules germinales d'un des parents, d'autres genes dans le meme chromo-
some sont herites de 1'autre parent. A la difference de la plupart des eucaryotes,
les procaryotes se developpent en regie generale de fagon asexuee. Neanmoins
a certains moments, ces procaryotes peuvent s'engager de fac,on transitoire dans
une reproduction sexuee (Chapitre III-4.2.4).
5.4. LES PREMIERES PREUVES A L'APPUI DE LA THEORIE

CHROMOSOMIQUE DE L'HEREDITE
Les deux dernieres decennies du XIX e siecle sont les temoins d'un effort de
rationalisation des decouvertes qui venaient d'etre realisees en cytologie. En
1885, August WEISMANN essaie d'integrer en un ensemble coherent les donnees
cytologiques etablies. II postule que les cellules sexuelles ou germinales ne
derivent jamais de cellules somatiques. A partir d'observations sur la variete
univalens d'Ascaris megalocephala qui n'a que deux chromosomes par cellule, un
materiel par consequent tres favorable, WEISMANN conclut que chacun des
chromosomes possede une morphologic specifique, maintenue d'une genera-
tion a 1'autre.
WEISMANN etait un remarquable theoricien. II avait au debut de sa carriere
perdu en partie 1'usage de la vue, ce qui lui interdisait 1'usage du microscope.
Les idees qu'il exprima etaient des deductions tirees d'observations qui lui
etaient rapportees. Certaines de ces idees exposees dans son ouvrage sur la
theorie de 1'heredite et le role du plasma germinal (1892) furent premonitoires
comme celles de la difference entre soma et germen, ou encore 1'hypothese de
1'existence d'unites moleculaires, les biophores ou determinants genetiques,
impliques dans le controle de 1'ontogenese. Ses travaux sont a 1'origine de la
theorie du neo-darwinisme (Chapitre I).
Au tournant du siecle, BOVERI et son collegue americain Walter SUTTON
(1877 -1916) etablissent les bases de la theorie chromosomique de Theredite
qui allait etre confirmee et developpee avec 1'ecole americaine de Thomas Hunt
MORGAN au debut du XXe siecle (Chapitre III). BOVERI posa la question : est-ce
reellement le noyau qui contient les facteurs de 1'heredite ? II prepara a partir
d'oursins d'une certaine espece (Echinus microtuberculatus) des ovules enuclees,
et il les fit feconder par des spermatozoides originaires d'oursins d'une autre
espece (Sphaerechinus granularis). II obtint des larves qui n'avaient que les
caracteres paternels. On pouvait deduire de cette experience que les facteurs
hereditaires etaient localises dans le noyau. Dans une autre experience, BOVERI
par des manipulations appropriees sur des ceufs d'oursin d'une certaine espece a
36 chromosomes etait parvenu a obtenir des larves porteuses d'un nombre

anormal de chromosomes. Seules les larves porteuses de 36 chromosomes se
developpaient normalement. De son cote, SUTTON demontrait que, dans 1'ceuf
feconde diplo'ide, un des chromosomes d'une paire de chromosomes provenait
du gamete male tandis que 1'autre provenait du gamete femelle. L'ensemble de
ces travaux expliquait sur une base cellulaire 1'heredite mendelienne avec
segregation et reassortiment des caracteres, dans la mesure ou on postulait que
ces caracteres etaient determines par des facteurs (genes) portes sur les
chromosomes.
On pourrait se demander pourquoi les biologistes du XIX e siecle ont experi-
mente sur des etres vivants (vers, oursins) qui en apparence etaient sans interet
economique ou medical car trop eloignes des mammiferes et de l'homme. On
rejoint ici la demarche experimentale qui consiste a choisir le systeme modele
le plus commode et le moins complique, encore compatible avec une appre-
hension rationnelle du mecanisme qu'il comporte. Comme 1'a fait remarquer
DELAGE dans son Traite de 1'Heredite (1903), le ver Ascaris megalocephala par le
petit nombre de ses chromosomes et 1'oursin par la facilite avec laquelle il
accepte la fecondation artificielle firent faire en dix ans plus de progres a la
connaissance du mecanisme de la fecondation et de la division cellulaire que
n'en firent auparavant tous les autres animaux reunis. Encore fallait-il, pour faire
ce choix, que les biologistes du XIX e siecle aient eu une vision panoramique de
la zoologie. Au XX e siecle, d'autres modeles animaux s'imposeront: la droso-
phile, le nematode Caenorhabditis elegans, le poisson zebre, puis la souris.
5.5. A LA RECHERCHE DE L'ULTRASTRUCTURE DU CYTOPLASME
Dans le milieu du XIX e siecle, les cytologistes qui observaient les cellules a 1'etat
vivant avec un microscope optique a fort grossissement faisaient bien le partage
entre le noyau et le gel extranucleaire baptise cytoplasme. Alors que le noyau
commengait a reveler ses secrets, le cytoplasme conservait son mystere. II
prenait des aspects differents selon les cellules et les reactifs que Ton faisait
reagir sur elles. II apparaissait tantot comme une substance homogene parsemee
de fines granulations, tantot comme une masse boursouflee par de petites
vacuoles, tantot comme un entrelacis de filaments. Pour expliquer ces images,
on formula des theories. On ne compte pas moins de cinq theories qui sont
designees par les qualificatifs : homogene, reticulaire, fibrillaire, alveolaire et
granulaire.
Certaines de ces theories faisaient appel a la notion d'etat colloidal en relation
avec 1'existence d'un materiel proteique encore mal defini, mais suffisamment
mysterieux pour susciter des hypotheses hasardeuses comme celles de la theorie
protoplasmique, qui considerait le protoplasme comme la source de 1'energie
vitale. Dans les annees 1860, la theorie protoplasmique eut des avocats celebres
avec Thomas HUXLEY en Angleterre et Ernst HAECKEL en Allemagne
(Chapitre III-1.2.3). A la fin du XIX e siecle, 1'introduction de colorants selectifs

dans le domaine de la cytologie (cytochimie) fera tomber d'un bloc 1'ensemble
de ces theories, en permettant la visualisation d'organites avec des structures
bien definies qui seront caracterisees et appelees mitochondries, ergastoplasme
(reticulum endoplasmique) et appareil de GOLGI.
Grace a 1'utilisation d'un melange de bichromate et d'acide osmique comme
fixateur, d'un melange d'aniline et de fuchsine acide comme colorant et d'acide
picrique comme decolorant differentiel, le cytologiste allemand Richard
ALTMANN (1852 -1900) decrivit en 1886 dans des coupes de foie et de pancreas
de souris sur un fond jaune, qui correspondait au cytoplasme de la cellule, des
batonnets qui apparaissaient comme resultant de 1'association de grains colores
en pourpre et auxquels il donna le nom de bioblastes. ALTMANN avait com-
pare les bioblastes a des bacteries, et la cellule avec ses bioblastes a une colonie
de bacteries vivant en zooglee. L'etrangete de cette theorie fit que les bioblastes
d'ALTMANN furent regardes comme des artefacts et qu'ils resterent quelque
temps dans 1'oubli. En 1904, Carl BENDA (1857 -1933) rebaptisa les bioblastes et
leur donna le nom de mitochondries (JILTOC = fil et xovSpoc = granule), un
terme qui sera definitivement adopte. A la meme epoque, Leonor MICHAELIS
(1875 -1949) montra que les mitochondries pouvaient etre teintees en bleu-vert
par le vert Janus, un colorant vital indicateur d'oxydo-reduction, et que cette
coloration etait transitoire du fait de la reduction du colorant par les
mitochondries. Des lors leur role dans la respiration cellulaire fut soupc,onne; il
sera mis en evidence 50 ans plus tard avec des mitochondries isolees de cellules
de foie et d'autres organes. Le terme chondriome, qui definit 1'ensemble des
mitochondries, apparait dans la litterature et y restera jusque dans les annees
1950. II est piquant de constater qu'a la fin du XXe siecle resurgit la notion d'une
organisation spatio-temporelle de 1'appareil mitochondrial en un vaste reseau
mobile evoquant le chondriome, notion qui s'appuie sur des observations de
microtomographie de la cellule.
Le reticulum endoplasmique fut decrit pour la premiere fois sous le nom
d'ergastoplasme par un jeune medecin franc,ais, Charles GARNIER (1875 -1958),
tout d'abord dans une courte note en 1897, puis dans sa these en 1899. Charles
GARNIER travaillait a la faculte des sciences de Nancy. II observa dans des
cellules de pancreas et de glandes salivaires une organisation du cytoplasme en
filaments colorables par des colorants basiques comme la safranine, le violet de
gentiane et le bleu de toluidine (Figure II.15a). GARNIER montra que les fila-
ments basophiles etaient plus nombreux dans les cellules a forte activite secre-
trice, c'est pourquoi il proposa de les designer par le terme ergastoplasme, (du
grec epydCoiiai = elaborer ou transformer), faisant 1'hypothese que 1'ergasto-
plasme jouait un role dans la secretion. La realite de cette structure fut mise en
doute dans les annees 1920 par des cytologistes qui pretendaient que 1'ergasto-
plasme ne correspondait a rien d'autre qu'a des mitochondries alterees. Au
debut des annees 1940, le Beige Jean BRACKET (1909 - 1988) et le Suedois
Torbjon CASPERSSON (n. 1910) rehabiliterent la notion d'ergastoplasme. Us
demontrerent que sa coloration par des teintures basiques etait due a une forte
teneur en acide ribonucleique (ARN) et ils postulerent que cet ARN devait jouer
un role dans la synthese des proteines secretees. C'est au debut des annees 1950
que la microscopic electronique revela qu'une large portion de 1'ergastoplasme
(qui sera appele reticulum endoplasmique) correspondait a un reseau de
canalicules bordes de granules tres denses aux electrons, appeles grains de
PALADE (Figure II.4). Apres isolement, ces granules furent caracterises cornme
les sites de 1'ergastoplasme porteurs de 1'ARN et furent appeles ribosomes.
L'empilement de saccules dans les cellules qui actuellement est designe par le
terme d'appareil de Golgi, fut mis en evidence en 1898 par le medecin italien
Camillo GOLGI I1! (1844-1925) grace a I'utirisation judicieuse de techniques
histochimiques nouvelles.
Entre a 16 ans a la faculte de medecine de Pavie, la ou avaient enseigne ses illus-
tres predecesseurs SPALLANZANI et MALPIGHI, Camillo GOLGI en sort a 22 ans
avec son diplome de medecin. II commence sa carriere comme dermatologue,
puis se specialise en psychiatric. II apprend les techniques d'histologie et aborde
1'exploration de 1'ultrastructure des cellules nerveuses. En 1871, il est nomme titu-
laire de la chaire d'histologie et de pathologic generale de la faculte de medecine
de Pavie. II developpe de nombreuses techniques originates de coloration des
cellules nerveuses. Apres maintes tentatives, il reussit a visualiser au microscope
un fin reseau dans des cellules de cervelet de rat, apres avoir fixe ces cellules par
un melange de bichromate de potassium et d'acide osmique et les avoir impre-
gnees par du nitrate d'argent (Figure II.15b). C'est la reaction noire. II decrit cet
appareil reticulaire colore en noir par 1'argent dans un article publie en 1898
dans le bulletin de la societe medico-chirurgicale de Pavie, publication qui le
rendit celebre.
L'histologiste espagnol Santiago RAMON Y CAIAL ^ (1852 -1934) utilisera cette
meme reaction noire pour ses etudes sur le tissu nerveux. Avec les percees
methodologiques de la biochimie et de la biologie moleculaire de la deuxieme
moitie du XXe siecle, on decouvrira le role fondamental joue par 1'appareil de
GOLGI dans le trafic intracellulaire et la maturation des proteines.
Dans son traite sur VHeredite et les Grands Problemes de Biologie Generale (1903),
DELAGE mentionne, sous le terme d'organes accidentels du cytoplasme, des
organites qui sont presents dans certaines cellules et absents dans d'autres. Dans
les cellules vegetales, ces organites accidentels se divisent en deux classes : les
vacuoles et les leucites ou plastides. Certaines vacuoles sont contractiles,
d'autres non. DE VRIES avait suggere en 1885 que la paroi des vacuoles, a
laquelle il donna le nom de tonoplastes, etait une partie differenciee du cyto-
plasme ayant pour fonction de secreter le sue des vacuoles et de le maintenir
dans la fixite de composition necessaire a 1'accomplissement de ses fonctions.
[1] Camillo GOLGI et Santiago RAMON Y CAJAL, Prix Nobel de physiologic et de

medecine (1906).
a - Ovocyte d'etoile de mer (Asterina gibbosa) montrant un reseau membranaire

cytoplasmique correspondant a 1'ergastoplasme (reticulum endoplasmique)
fm : fibres motrices, fs : fibres sensitives, p : prolongements protoplasmiques, c : collaterals

des fibres motrices, eg : cellules nerveuses particulieres de GOLGI, r : reseau nerveux
Dans les modeles de GERLACH et de GOLGI, les connexions entre fibres nerveuses sont
continues. Dans le modele de la theorie neurale, les fibres nerveuses sont contigues.
b - Schemas montrant la structure de 1'arc reflexe
dans la moelle epiniere des Vertebres
Figure 11.15 - Representation de types cellulaires divers apres coloration specifique

(d'apres A. PRENANT, P. BOUIN et L. MAILLARD - Traite d'histologie, 1904)
Quant aux leucites, DE VRIES considerait qu'a 1'instar des vacuoles, ils se parta-
geaient par moitie au cours de la division cellulaire entre les deux cellules filles.
Des cette epoque, on reconnait trois sortes de leucites, les leucoleucites ou amy-
locites incolores appeles encore amyloplastes, qui hebergent des grains d'ami-
don, les chloroleucites ou chloroplastes qui sont des reservoirs de chlorophylle
et enfin les chromoleucites ou chromoplastes qui renferment des pigments et
donnent la coloration rouge ou jaune aux petales des fleurs. On avait aussi
reconnu que certaines cellules animales contiennent des gouttelettes graisseuses
ou encore des grains de glycogene, caractere typique des cellules du foie.
5.6. UNE RETOMBEE D'ENVERGURE DE LA THEORIE CELLULAIRE :

LA THEORIE NEURONALE
La theorie neuronale est issue des travaux de RAMON Y CAJAL et de GOLGI

sur le tissu nerveux. Utilisant la reaction noire au nitrate d'argent, tous deux
avaient observe des ramifications ou dendrites avec des anastomoses. De telles
figures avaient deja ete decrites dans les annees 1870 par Joseph GERLACH
(Figure II.15b). A la fin des annees 1880, 1'histologiste suisse Wilhelm HIS avait
suggere que le tissu nerveux etait forme de cellules independantes auxquelles
WALDEYER donnera le nom de neurones. Bien qu'utilisant la meme methodo-
logie, RAMON Y CAJAL et GOLGI divergerent sur 1'interpretation des images
observees au microscope a partir de leurs preparations. S'opposant a une
conception de fusion des ramifications des cellules nerveuses pronee par
GERLACH et GOLGI, RAMON Y CAJAL demontra que les cellules nerveuses
sont contigues et non continues. Cette derniere conception allait devenir la
base de la theorie neuronale qui sera developpee dans la premiere moitie du
XX e siecle. Charles Scott SHERRINGTON W (1857 - 1952) donna le nom de
synapse a la zone de jonction entre deux neurones. En 1931, le physiologiste
allemand Otto LOEWI ^] (1873 - 1961) montra qu'une substance liberee au
niveau de la synapse servait a la propagation de 1'influx nerveux. Cette
substance fut identified a 1'acetylcholine par le pharmacologue britannique
Henry DALE & (1875 - 1968).
5.7. LA SITUATION DE LA CYTOLOGIE DANS LES DERNIERES

DECENNIES DU XIXE SIECLE ET L'ARRIVEE DE NOUVELLES
DISCIPLINES BIOLOGIQUES
Les dernieres annees du XIX e siecle furent une periode bouillonnante d'idees
pendant laquelle la biologic s'imposa comme une science respectable par ses
retombees en medecine, en agriculture, en elevage et dans Tindustrie alimen-
[2] Charles-Scott SHERRINGTON, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1932).

[3] Otto LOEWI et Henry DALE, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1936).
taire. La cytologie avec des techniques de plus en plus eprouvees avait acquis
droit de cite dans 1'enseignement universitaire. Dans la foulee de 1'ascension de
la cytologie, plusieurs disciplines, qui jusqu'alors emergeaient timidement,
connurent un developpement explosif. Ce fut le cas de la physiologic cellulaire
et du metabolisme (Chapitre IV), de la genetique (Chapitre III) et de 1'embryo-
logie experimentale (ce chapitre).
Au tournant des annees 1830, Karl Ernst VON BAER (1792-1876) demontre
1'absence de fondement du concept de la preformation. C'est le depart de
1'embryologie experimentale qui recevra une forte impulsion avec Wilhelm
ROUX. Au debut du XXe siecle, grace a des marqueurs de 1'ceuf feconde utilisant
des colorants vitaux, comme le bleu de Nil et le rouge neutre, on accede a la
determination des territoires presomptifs de 1'embryon. A la fin du XXe siecle,
on decouvre les genes homeotiques qui pilotent les programmes de developpe-
ment de 1'embryon.
La genetique prend naissance avec la formulation en 1865 des lois de transmis-
sion des caracteres hereditaires par Gregor MENDEL (Chapitre III-l.l.l). Apres
un oubli ou une indifference de quelques dizaines d'annees, ces lois seront
redecouvertes au tournant du XXe siecle. La genetique connaitra alors un brillant
developpement. Combinee a la biochimie, elle donnera naissance dans la deu-
xieme moitie du XXe siecle a une nouvelle discipline, la biologic moleculaire.
En 1859, Charles DARWIN publie L'Origine des Especes par la Selection Naturelle.
La theorie de 1'evolution formulee par DARWIN allait donner lieu a des debats
passionnes, scientifiques, politiques et sociologiques. Un autre ouvrage d'une
portee fondamentale, I'Introduction a I'Etude de la Medecine Experimentale, publie
en 1865 par Claude BERNARD, etablit les bases conceptuelles de 1'experimen-
tation en physiologic.
La bacteriologie qui fut au depart une branche de la cytologie s'individualise a
partir des annees 1870 comme une discipline medicale. Louis PASTEUR en
France, Ferdinand COHN et Robert KOCH en Allemagne furent les figures
emblematiques de cette nouvelle discipline.
A la fin du XIX e siecle, on assiste a 1'eveil de la biochimie. Les connaissances
dans ce domaine restent malgre tout sommaires. En ce qui concerne la chimie
de la cellule, les documents tires du Traite d'histologie de PRENANT, BOUIN et
MAILLARD paru en 1904 se limitent a mentionner des composes ternaires cons-
titues d'hydrogene, de carbone et d'oxygene et represented par du glycogene,
un polymere de sucre et par des "cholesterines" formees d'association de
structures carbonees cycliques ainsi que de composes plus complexes phos-
phores et azotes parmi lesquels des lecithines et des proteines. On reconnait
dans les lecithines la presence d'un residu de glycerol, un trialcool sur lequel
sont branches deux acides gras et un phosphate lui-meme porteur d'un residu
de choline. En ce qui concerne les proteines, elles sont regroupees sous le terme
de "matieres albuminoi'des", combinees a des sucres (glycoproteines) ou a des
acides nucleiques (nucleoproteines) (Chapitre IV). Les acides nucleiques sont
deja caracterises comme des molecules qui contiennent du phosphore et des

bases cycliques appelees bases puriques et bases pyrimidiques. L'analyse
cytochimique les trouve en grande partie localises dans le noyau de la cellule;
ce sont eux qui fixent les colorants basiques. Mais leur role reste ambigu.
6. DE LA THEORIE CELLULAIRE A L'EMBRYOLOGIE

EXPERIMENTALE
L'etude de 1'embryogenese qui traite des differents stades de developpement de

1'ceuf feconde jusqu'a la naissance vit son statut s'affirmer a partir du moment ou
la theorie cellulaire fut solidement etablie. Les embryons purent etre alors
analyses en termes de cellules et de composants intracellulaires. D'une fac.on
globale, on peut distinguer trois etapes dans la progression des connaissances
en embryologie, 1'embryologie descriptive, 1'embryologie comparee et I'em-
bryologie experimentale ou causale.
Des observations faites entre 1810 et 1850 sur le comportement de 1'ceuf feconde
dans differentes especes animales (grenouille, triton, poisson, oiseau, mam-
miferes) montrerent que, d'une fac.on systematique, 1'ceuf feconde se segmente
progressivement pour donner 2, 4, 8, 16, 32... cellules, lesquelles s'associent
pour former une monocouche lamellaire a laquelle 1'embryologiste d'origine
russe Christian PANDER (1794 -1865) donna le nom de blastoderme. Les cellules
du blastoderme furent appelees blastomeres.
Lorsque les blastomeres ont suffisamment prolifere, la monocouche lamellaire
qu'ils ferment delimite une cavite remplie de liquide appele blastocele, 1'amas
cellulaire etant lui-meme appele blastula. Au cours de 1'etape suivante, la bias-
tula se creuse par invagination. On appelle gastrula cette nouvelle formation
et gastrulation le processus qui en est responsable. Ainsi, se trouve delimitee
une cavite intestinale primitive qui s'ouvre a 1'exterieur par un orifice appele
blastopore.
A 1'embryologie descriptive, qui decrit dans le detail 1'evolution de la gastrula,
fit suite 1'embryologie comparee qui revela des ressemblances dans le develop-
pement embryonnaire des vertebres, et amena aussi a reconnaitre des points de
similitudes dans 1'organogenese des vertebres et des invertebres. L'approche
mecanistique de 1'embryologie coincide avec le developpement de la physio-
logic experimentale a la fin du XIX e siecle. C'est le depart de 1'embryologie
experimentale dite causale.
6.1. EPIGENESE CONTRE PREFORMATIONNISME

La fin du XVII 6 siecle et le debut du XVIII6 siecle virent s'affrenter deux expli-
cations de 1'embryogenese : le preformationnisme, une theorie selon laquelle le
futur adulte est contenu en miniature, c'est-a-dire est preforme, soit dans 1'ovule
femelle, soit dans le spermatozoi'de male, et 1'epigenese, la theorie concurrente
selon laquelle Foeuf feconde subit des remaniements successifs, c'est-a-dire des
etapes de differenciation qui 1'amenent vers un etat organise caracteristique de
1'embryon. Au sein meme des preformationnistes, la controverse etait forte entre
les ovistes, Nicolas MALEBRANCHE (1638 -1715), Albrecht VON HALLER et
Charles BONNET, qui pretendaient que 1'adulte miniature etait contenu dans
1'ovule et les animalculistes, dont le precurseur fut VAN LEEUWENHOEK, qui
attribuaient au spermatozoi'de un role primordial dans la preformation. Nicolas
HARTSOEKER (1656 - 1725), un compatriote de VAN LEEUWENHOEK, alia jus-
qu'a decrire la presence d'un homme microscopique, un homonculus, dans un
spermatozoi'de.
Le preformationnisme au XVII 6 et au XVIII 6 siecles eut la faveur du milieu
savant. II s'accordait avec les croyances religieuses de 1'epoque. Les ovistes
avaient propose que les germes qui donnent naissance aux etres humains sont
emboites les uns dans les autres dans un ovule. C'etait la theorie de 1'emboi-
tement qui pretendait que 1'individu preforme contenait un autre individu
preforme et ainsi de suite pour tous les descendants. On pensait que le role des
spermatozoi'des etait essentiellement d'activer le fonctionnement des organes de
1'adulte miniature contenu dans 1'ovule, ce qui entrainait le depliement des
formes contenues dans 1'espace minuscule de 1'ovule. La mere de I'humanite,
Eve, aurait ainsi detenu la totalite de 1'humanite a venir dans ses ovules dont le
nombre avait ete estime par HALLER a 200 millions.
A la theorie du preformationnisme s'opposa, d'abord timidement, celle de
1'epigenese. En 1760, Joseph KOELREUTER (1733 - 1806), directeur du jardin
botanique grand-ducal de Karlsruhe, montra dans des experiences
d'hybridation chez les plantes que le "germe male" et le "germe femelle"
contribuent de fagon egale a la formation de 1'hybride, ce qui invalidait 1'idee
d'un adulte preforme dans le germe male ou dans le germe femelle. A la meme
epoque, avec 1'anatomiste allemand Kaspar WOLF, une certaine conception de
1'epigenese avait pris corps, selon laquelle 1'embryon se developpe a partir de
structures solides provenant de la solidification de fluides secretes selon une
certaine sequence d'etapes.
En 1816, a 1'universite de Wiirzburg, PANDER et son compatriote BAER etudient
le developpement de 1'embryon de poulet, un systeme modele en embryologie
deja utilise par WOLF. A partir d'observations faites sur 1'embryon au stade de la
gastrulation, ils sont conduits a formuler la theorie des feuillets embryonnaires
ou feuillets germinatifs qui marquent le triomphe de 1'epigenese. Trente ans
plus tard, REMAK rationalisera le concept des feuillets embryonnaires avec les
termes d'ectoderme, de mesoderme et d'endoderme, laissant entrevoir pour
chacun des feuillets des destins specifiques. Le feuillet ectodermique est a
1'origine de 1'epiderme et du tissu nerveux, le feuillet mesodermique fournit le
tissu conjonctif, les muscles et le squelette; quant au feuillet endodermique en
derivent 1'appareil digestif et 1'appareil respiratoire. BAER montrera que la corde
dorsale ou notocorde derive de 1'endoderme et qu'elle donne naissance par

fragmentation aux vertebres. Par ses recherches etendues a plusieurs especes et
classes d'animaux, BAER peut etre considere comme le pere de 1'embryologie
comparee. A noter que chez les ccelenteres, par exemple la meduse, la
gastrulation aboutit a la formation de seulement deux feuillets embryonnaires,
1'ectoderme et 1'endoderme, ce qui temoigne a nouveau que la diversite du
monde vivant trouve son explication dans le processus de 1'evolution.
6.2. LES DEVIATIONS DOCTRINALES DE L'EMBRYOLOGIE COMPAREE

Des 1'Antiquite, les naturalistes s'etaient interesses au developpement embryon-
naire, essayant de comprendre le sens des differentes etapes de ce mecanisme.
En 1821, Johann MECKEL (1781 -1838) de 1'universite de Halle montra qu'il
existait un parallelisme entre differents stades bien identifies de 1'embryogenese
chez des animaux places au sommet de 1'echelle animale et differents etats
d'organisation morphologique chez des animaux adultes places a des niveaux
inferieurs dans cette echelle. L'anatomiste frangais Etienne SERRES (1787 -1868)
etait arrive a la meme conclusion a la meme epoque. On parla alors de la loi de
MECKEL-SERRES. Quelque temps plus tard, BAER reprit les conclusions de
MECKEL et SERRES en y apportant des nuances correctives. BAER faisait
remarquer que lorsqu'un individu evolue de 1'etat embryonnaire vers 1'etat
adulte, il s'opere, quelle que soit 1'espece animale, des modifications qui conferent
aux organes leur specificite anatomique et fonctionnelle. A titre d'exemple, si un
embryon humain possede des fentes branchiales similaires a celles de 1'embryon
de poisson, a aucun moment de son developpement, 1'embryon humain ne
possede le type d'organisation caracteristique du poisson adulte. En d'autres
termes, selon BAER, 1'ontogenese des etres vivants recapitule la sequence des
formes enbryonnaires et non celle des formes adultes comme le pretendaient
MECKEL et SERRES.
C'est en 1859 que parait L'Origine des Especes (Chapitre I). Le livre de DARWIN
suscite un interet immediat chez les embryologistes. L'embryologie comparee
va s'alimenter aux sources du darwinisme. En 1866 HAECKEL, fervent admira-
teur de DARWIN, reprend les conclusions de MECKEL et SERRES, en leur
imprimant une tournure dogmatique resumee dans le fameux principe de la
recapitulation (Chapitre 1-6.5). Alors que MECKEL et SERRES en etaient restes a
un simple parallelisme entre embryogenese et etat de complexite des formes
adultes dans 1'echelle animale, HAECKEL donna a ce parallelisme un sens
explicatif pour le processus de 1'evolution, en quelque sorte une cle pour
comprendre son mecanisme. Le principe de recapitulation fut favorablement
accueilli par certains evolutionnistes qui se rangeaient sous la banniere du
darwinisme. II y eut cependant des critiques (Chapitre 1-6.5) et, plus tard, une
franche contestation, la theorie de HAECKEL rapportee a 1'evolution etant jugee
excessive.
6.3. LA NAISSANCE DE L'EMBRYOLOGIE EXPERIMENTALE

OU EMBRYOLOGIE CAUSALE
Deux eleves de HAECKEL, Wilhelm ROUX et Hans DRIESCH (1867 - 1941)

contribuerent a batir 1'embryologie experimentale, laquelle sera appelee par la
suite embryologie causale. Dans cette nouvelle aventure, le Frangais Laurent
CHABRY (1855 -1894) avait ete un precurseur. Sa carriere fut rnalheureusement
interrompue par une mort prematuree. C'est CHABRY le premier qui en 1887
observe la formation anormale de demi-embryons chez 1'ascidie. Cette anoma-
lie etait liee a 1'absence de developpement d'un des deux blastomeres resultant
de la premiere division de 1'ceuf feconde. CHABRY reproduit experimentalement
cette anomalie en detruisant avec une baguette de verre effilee un des deux
blastomeres chez 1'ceuf d'ascidie apres sa premiere division. Le blastomere
survivant donne un demi-embryon lateral. En 1888, ROUX retrouve le meme
phenomene chez 1'ceuf feconde de grenouille : en detruisant 1'un des deux
blastomeres de la premiere division avec une aiguille portee prealablement a la
flamme, ROUX observe que la cellule touchee se degrade, alors que 1'autre se
divise pour donner, la aussi, un demi-embryon.
ROUX avait clairement pose la question primordiale de 1'embryogenese a
laquelle son experimentation et celle de CHABRY semblaient apporter une
reponse directe. Toutes les parties de 1'ceuf collaborent-elles pour un developpe-
ment normal de 1'embryon ou bien les cellules provenant des premieres
divisions peuvent-elles se developper en embryon normal independamment les
unes des autres ? La formation d'un demi-embryon a partir d'un seul blastomere
dans le couple de cellules de la premiere division inclinait a penser que le
developpement global etait la somme des differenciations separees de chaque
blastomere. Cette forme de developpement fut appele modele de la mosai'que.
La notoriete de ROUX, fondateur en 1894 du premier journal d'Embryologie,
contribua a en assurer la diffusion.
De nouvelles experiences sur d'autres materiels biologiques allaient singuliere-
ment compliquer la comprehension du mecanisme de la differenciation. A la
meme epoque que ROUX, Hans DRIESCH etudie la division de 1'ceuf d'oursin.
En 1892, il publie des resultats qui contredisent ceux de ROUX. Ay ant separe les
cellules des premieres divisions de 1'ceuf feconde par simple agitation
mecanique, DRIESCH observe que chaque cellule se developpe pour former un
embryon normal, mais de petite taille, et non un demi-embryon, comme 1'avait
decrit ROUX. L'experience de DRIESCH montrait que dans la tres jeune blastula
d'oursin chaque blastomere contient la totalite de 1'information necessaire a sa
differenciation en embryon normal, c'est-a-dire que toutes les cellules sont
equipotentielles en termes de developpement. Modele de 1'equipotentialite
contre modele de la mosai'que, le debat prit une allure doctrinale et polemique
alors que la solution du dilemme residait dans la diversite des mecanismes
biologiques. DRIESCH, jeune chercheur de 24 ans, eut a subir la pression,
puis les foudres de HAECKEL, son patron, aussi bien que de ROUX. DRIESCH
persistant dans ses conclusions, 1'opposition professorale ne se fit pas attendre et

1'obligea a demissionner. DRIESCH a 27 ans quitta le domaine de 1'embryologie
pour se consacrer a la philosophic.
En fait, 1'equipotentialite cellulaire avait pose a DRIESCH un serieux probleme
d'interpretation en termes de mecanisme. Considerant les deux premiers blasto-
meres cornme les deux moities d'une merne machine, comment pouvait-il se
faire que ces deux blastomeres fussent capables de se developper pour fournir
chacun la meme machinerie vivante ? Pourtant, dans les annees qui suivirent la
decouverte de DRIESCH, 1'equipotentialite cellulaire au debut de 1'embryo-
genese fut confirmee par differents chercheurs sur differents modeles animaux,
en particulier le dentale, un mollusque marin, par le cytologiste americain
Edmund WILSON (1856 - 1939). II apparut alors que selon 1'espece animale,
I'information moleculaire qui declenche la mise en route du programme de
1'embryogenese est fixe soit tres tot des la premiere division cellulaire, soit un
peu plus tard apres quelques divisions. Malgre ces debuts erratiques, 1'impul-
sion etait donnee a 1'embryologie experimental.
Le flambeau fut repris par deux excellents experimentateurs, Hans SPEEMANN ^
(1869 -1941) en Allemagne et Ross HARRISSON (1870 -1959) aux Etats-Unis.
C'est sur le tard, a 1'age de 22 ans, que SPEEMANN se decide a entreprendre
des etudes medicales a 1'universite de Heidelberg. II est particulierement inte-
resse par 1'embryologie. Continuant ses etudes a 1'universite de Wiirzburg,
il a la chance d'y travailler sous la direction de 1'eminent cytologiste Theodor
BOVERI qui s'interessait, a cette epoque, au mecanisme de 1'heredite. En 1897,
SPEEMANN entreprend des experiences sur 1'ceuf de salamandre visant a
comprendre le role des differents territoires de 1'ceuf feconde. En 1920, Hans
SPEEMANN et Hilde PROESCHOLDT, qui deviendra 1'annee suivante Hilde
MANGOLD (1898 -1924), realisent des experiences de transplantation de blastula
a blastula, 1'une d'elles servant de greffon, 1'autre de porte-greffe. Us observent
qu'au cours de la gastrulation, des cellules faisant partie de la levre dorsale du
blastopore exercent sur des cellules avec lesquelles elles entrent en contact une
induction qui oblige ces cellules a se differencier et a s'organiser en une
ebauche embryonnaire dotee d'un tube neuronal. A partir des resultats obtenus,
SPEEMANN et MANGOLD proposent en 1924 le concept de centre organisateur
localise dans la levre dorsale du blastopore. D'autres experiences utilisant un
greffon preleve sur une blastula presentant une pigmentation differente de celle
du porte-greffe montrerent que le greffon n'intervenait en fait que pour une part
minime dans 1'embryogenese induite. C'etait 1'hote qui fournissait la quasi
totalite des organes induits. Le seul contact du greffon avec le porte-greffe avait
provoque dans le porte-greffe la mise en route du processus de differenciation.
On decouvrit aussi que la region du blastopore n'etait pas la seule a provoquer
des inductions. Ces experiences et d'autres aboutirent a 1'idee qu'un tissu donne
peut affecter le developpement d'un tissu voisin.
[4] Hans SPEEMANN, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1931).

La revelation ulterieure que des tissus embryonnaires dont les cellules etaient
detruites par la chaleur etaient encore capables d'induire des structures organi-
sees apres greffage eut 1'effet d'un pave dans une mare. II devenait evident qu'il
convenait de rechercher dans des interactions moleculaires a 1'interieur de
systemes de signalisation 1'explication du mecanisme du developpement de
1'embryon ainsi que celui de la differenciation en tissus et organes des cellules
totipotentes des premieres divisions de 1'ceuf feconde. II etait egalement clair
que les signaux moleculaires propages par les chaines de signalisation devaient
au stade ultime aboutir a la mise en alerte de genes specifiques et que ces genes
devaient etre actives a des niveaux differents suivant les tissus et leur stade de
developpement.
L'embryologie allait devoir s'alimenter aux sources de la genetique et de la
biologie moleculaire. Encore fallait-il attendre que ces dernieres disciplines
fissent les progres necessaires pour etre exploitees par les embryologistes. A la
fin des annees 1980, des reponses eclairantes commencerent a etre apportees
avec la decouverte des genes homeotiques qui jouent le role de chef d'orchestre
dans les programmes du developpement embryonnaire des metazoaires.
7. L'ESSOR DE LA MICROBIOLOGIE BACTERIENNE AU

TOURNANT DU XXE SIECLE
Apres la decouverte des micro-organismes par VAN LEEUWENHOEK, le deve-

loppement de la microbiologie fut confronte aux XVIII6 et XIX e siecles a trois
questions majeures :
1. Les micro-organismes apparaissent-ils spontanement ?
2. Les micro-organismes jouent-ils un role dans les fermentations ?
3. Existe-t-il une relation entre microbes et maladies infectieuses ?
Les reponses a ces questions contiennent en elles 1'histoire du developpement
de la microbiologie, pratiquement jusqu'au debut du XXe siecle.
7.1. MICRO-ORGANISMES ET GENERATION SPONTANEE

La theorie de la generation spontanee fut acceptee comme une realite plausible
jusqu'a la Renaissance. VAN LEEUWENHOEK lui-meme pensait que des micro-
organismes pouvaient apparaitre et proliferer dans des plaies en cours de
putrefaction. Dans les annees 1600, le medecin et chimiste flamand Jan Baptist
VAN HELMONT(1577 - 1644) pretendait que la fermentation de grains de ble
pouvait engendrer des souris. Le mythe de la generation spontanee commenc,a
a etre conteste par deux medecins et biologistes italiens Franscisco RED I
(1626 -1697) et Lazzaro SPALLANZANI. En 1668, REDI observa que des asticots
se developpaient a partir d'ceufs de mouches pondus sur de la viande, mais il
nota que la viande restait intacte si Ton evitait son contact avec les mouches, en
la plagant dans un bocal recouvert d'une gaze fine. La querelle de la generation

spontanee fut reouverte en 1745 par un ecclesiastique anglais, amateur de
biologic, John NEEDHAM qui decrivit une proliferation de micro-organismes
dans des bouillons de viande de poulet ou dans des decoctions de grains de ble
prealablement portes a 1'ebullition, puis verses dans des flacons proteges de
1'environnement par un couvercle. Vingt ans plus tard, SPALLANZANI refuta les
conclusions de NEEDHAM en montrant que des extraits de viande ou de
vegetaux restaient steriles si on les portait a 1'ebullition dans des flacons dont
1'ouverture etait scellee a la flamme immediatement apres. NEEDHAM argua
que la chaleur avait detruit une "force vitale" necessaire a la division cellulaire.
La querelle s'envenima lorsque LAVOISIER eut prouve que 1'air contenait un
gaz, 1'oxygene, necessaire a la vie. Les experiences de SPALLANZANI furent
alors critiquees sur la base qu'il n'y avait pas assez d'oxygene dans les flacons
scelles. Faisant fi de ces arguties, 1'industriel frangais Francois APPERT
(1749 -1841) commercialisa un precede de conservation de fruits, de legumes et
d'extraits de viande par sterilisation dans des boites de fer scellees, plongees
pendant plusieurs heures dans de 1'eau a 1'ebullition.
L'argument que la generation spontanee de cellules mettait en ceuvre une force
vitale dependant de la presence d'air fut refutee par la celebre experience du
ballon a col de cygne realisee par Louis PASTEUR en 1861. PASTEUR placait un
extrait de levure dans un ballon surmonte d'un col a longue tubulure. Le col du
ballon etait faônne a la flamme pour le recourber et lui dormer une forme en S,
dite en col de cygne (Figure 11.16). L'extremite de la tubulure restait ouverte,
done en contact avec 1'air. Le contenu du ballon etait alors porte a I'ebullition,
puis on le laissait refroidir. Dans ces conditions, aucun germe ne se developpait
apres des jours et des mois. Des ballons ainsi prepares furent meme conserves
steriles pendant des dizaines d'annees. La critique portant sur 1'apport d'air ne
tenait done plus, puisque 1'air penetrait dans le ballon par la tubulure en S. Les
poussieres de 1'air, porteuses de microbes, etaient piegees dans 1'anse de la
tubulure. Pour s'en convaincre, il suffisait de retourner le ballon pour permettre
au liquide d'entrer dans la tubulure jusqu'a son extremite. Quelques heures
apres, demarrait une proliferation microbienne. L'experience du ballon a col de
cygne d'une elegante simplicite aurait pu convaincre les plus sceptiques. En
toute justice, une mise au point s'impose quand on relit PASTEUR (CEuvres, T. II,
p. 295, Masson 1922). "Je n'ai pas la pretention, ecrit-il, que jamais il n'existe de
generations spontanees. Dans les sujets de cet ordre on ne peut pas prouver la
negative. Mais j'ai la pretention de demontrer que dans toutes les experiences
ou 1'on a cru reconnaitre 1'existence de generations spontanees..., 1'observateur
a ete victime d'illusions ou de causes d'erreurs".
Un des derniers avocats de la generation spontanee, Casimir POUCHET
(1800 -1872), directeur du Museum d'histoire naturelle de Rouen, presenta
contre les conclusions de PASTEUR les resultats de ses propres experiences
realisees sur des infusions de foin portees a I'ebullition pendant plusieurs
heures, en evitant simplement la contamination par les poussieres de Fair.
Etapes:
1 - Recourbement en S de la tubulure du col du flacon qui contient un milieu nutritif.
La tubulure est ouverte a 1'air.
2 - Sterilisation du milieu par ebullition.
3 - Flacon laisse au repos. Le milieu reste sterile, les bacteries portees par les poussieres
de 1'air etant piegees dans le S de la tubulure.
Le flacon avec sa tubulure recourbee en col de cygne avait ete congu de telle fac,on que
1'air puisse entrer librement apres avoir depose ses poussieres et ses micro-organismes
dans le recourbement de la tubulure. Dans ces conditions, le milieu prealablement
sterilise du flacon restait sterile. Cette experience realisee par Pasteur fut decisive pour
refuter la theorie de la generation spontanee.
Figure 11.16 - Sterilisation dans le flacon a col de cygne

Dans 1'infusion revenue a la temperature de la piece, des micro-organismes appa-

rurent apres plusieurs jours. Le physicien anglais John TYNDALL (1820 -1893)
supposa qu'il existait dans 1'infusion de foin des particules vivantes faisant partie
d'un cycle bacterien et que ces particules etaient particulierement resistantes a la
chaleur. Le botaniste et bacteriologiste Ferdinand CORN (1828 -1898) de 1'uni-
versite de Breslau trouva la cle de I'enigme. II mit en evidence par microscopie
optique 1'apparition, au cours du cycle de Bacillus subtilis, de structures intra-
bacteriennes encapsulees, des endospores resistantes au chauffage a 100°C,
confirmant ainsi 1'hypothese de TYNDALL. Les spores representent une forme
dormante de la bacterie; le cycle redemarre par la germination des spores en
bacteries proliferantes et thermolabiles. TYNDALL imagina alors une fac,on astu-
cieuse de bloquer irreversiblement le cycle bacterien par chauffage discontinu.
Cette methode appelee tyndallisation consiste a porter le milieu a steriliser a
100°C pendant plusieurs minutes. Apres quelques heures de repos pour per-
mettre aux spores thermoresistantes de germer et de produire des bacteries
thermosensibles, on soumet de nouveau le milieu a I'ebullition. Ce processus
repete plusieurs fois aboutit a une sterilisation totale.
La pasteurisation est un autre precede de sterilisation par chauffage limite dans
le temps. Ce precede fut mis au point par Louis Pasteur dans le cours des annees
1880 pour prevenir des fermentations secondaires (fermentation acetique par
exemple) a cote de la fermentation alcoolique normale du vin et de la biere.
Applique actuellement a la conservation du lait sur une certaine periode de
temps, il consiste en un chauffage de 63°C pendant 1 h ou de 72°C pendant
15 sec ou de 140°C pendant moins de 1 sec (UHT ou "ultra high temperature").
Le lait ainsi sterilise conserve ses proprietes gustatives.
Avec PASTEUR et TYNDALL s'achevait 1'histoire agitee et passionnelle de la
generation spontanee. Alors s'ouvrit la periode d'or de la microbiologie,
marquee par une floraison ininterrompue de decouvertes et d'applications dans
des domaines varies de 1'activite humaine : isolement et caracterisation de
dizaines d'especes microbiennes, elucidation de voies enzymatiques respon-
sables de diverses fermentations avec d'importantes applications industrielles,
theorie microbienne des maladies contagieuses, decouverte des modes de
defense naturelle des individus comprenant I'lmmunite innee (ou cellulaire)
incluant la phagocytose ainsi que rimmunite specifique (ou humorale) avec la
production d'anticorps, application des regies d'asepsie et d'antisepsie a la
chirurgie, naissance de 1'ecologie microbienne avec la decouverte du role de
micro-organismes dans les cycles du carbone, de Fazote, de 1'oxygene, du
soufre... Avant la seconde guerre mondiale s'amorce un second souffle de la
microbiologie avec la chimiotherapie et 1'antibiotherapie, suivi par le
demarrage explosif dans les annees cinquante de la biologic moleculaire. Dans
les dernieres annees du XXe siecle, la microbiologie classique prend le statut de
microbiologie moleculaire et participe a part entiere a I'mgenierie genetique.
7.2. MICRO-ORGANISMES ET CHIMIE DES FERMENTATIONS
On savait depuis des siecles que les milieux ou proliferaient les micro-
organismes etaient le siege de modifications chimiques avec degagement de
gaz et processus de putrefaction. Au cours de la fermentation alcoolique,
le sucre present dans le jus de raisin disparaissait, de 1'ethanol s'accumulait
et du gaz carbonique etait degage. En 1837, le chimiste franc,ais Charles
CAGNIARD-LATOUR (1777-1859) et les cytologistes allemands Theodor
SCHWANN et Friedrich KUTZING (1807 -1897) montrerent par microscopie
optique non seulement la presence constante, mais aussi la proliferation d'un
micro-oganisme typique, une levure, dans le jus de raisin en etat de fermen-
tation. SCHWANN baptisa cette levure Saccharomyces ou champignon de sucre.
CAGNIARD-LATOUR et SCHWANN penchaient pour une relation directe entre la
levure et la fermentation. Telle n'etait pas 1'opinion du chimiste allemand Justus
VON LIEBIG (1803 - 1873) qui soutenait que la fermentation etait une reaction
essentiellement chimique au meme titre que la putrefaction, sans relation
aucune avec la nature vivante de la levure.
En 1857, PASTEUR entreprit une serie de recherches sur les fermentations, une
ceuvre monumentale qui jetait les bases de la biochimie microbienne. II demon-
tra 1'existence de plusieurs types de fermentations facilement differenciables
par le (ou les) produit(s) qui en etai(en)t issu(s) : fermentation lactique (1857),
ethanolique (1860), butyrique (1861), acetique (1864). Puis, il fit le rapproche-
ment entre un type donne de fermentation et 1'espece bien specifique de micro-
organisme qui en etait responsable. C'est au cours de ces recherches qu'il
decouvrit un aspect fondamental de la fermentation alcoolique : le developpe-
ment possible de la levure en absence d'air et par consequent d'oxygene. Dans
ce contexte, la levure Saccharomyces apparut comme un micro-organisme anae-
robie facultatif. II existe de nombreux autres micro-organismes qui eux sont
strictement anaerobies, 1'oxygene de 1'air exergant sur eux une action toxique.
7.3. MICRO-ORGANISMES ET PATHOLOGIES INFECTIEUSES

Des le XVIe siecle, on admettait la notion de maladies contagieuses, c'est-a-dire
de maladies qui se propagent a partir d'un sujet malade a un sujet sain. La cause
de la contagion restait cependant inconnue. En 1840, a 1'hopital central de
Budapest, Ignaz SEMMELWEIS (1818 -1865) avait constate que, dans un des
services d'obstetrique dont il avait la charge, le simple fait d'observer des
mesures d'asepsie au moment de 1'accouchement, disinfection des mains et
port d'un blouse propre, faisait chuter le nombre de cas de fievre puerperale
mortelle. L'idee d'une contagion par micro-organismes devenait probable. Plus
tard, un chirurgien de Glasgow, Joseph LISTER (1857 -1912), qui se tenait au
courant des experiences de PASTEUR, decida de mettre en ceuvre des mesures
d'aseptie au cours des actes operatoires, utilisant a cet effet la disinfection des
plaies par pulverisation d'acide phenique ainsi que la sterilisation systematique

des instruments operatoires. Le nombre d'accidents infectieux post-operatoires
diminua de fagon spectaculaire.
Au cours de ses recherches sur les fermentations au debut des annees I860,
PASTEUR avait ete frappe par le fait que des transformations metaboliques bien
identifiees etaient associees a des germes differents. L'idee lui vint qu'il devait
en etre ainsi pour les maladies infectieuses. En 1875, Ferdinand COHN public
une premiere classification des bacteries ou apparait le terme Bacillus et fonde
la meme annee le journal Beitrage zur Biologie der Pflanten ou seront publiees les
premieres decouvertes des bacteriologistes allemands, en particulier celles de
KOCH. Avec PASTEUR et KOCH, COHN peut etre considere comme 1'un des
pionniers de la microbiologie.
A partir de la fin du XIXe siecle, le vocable microbiologie designe la science des
micro-organismes avec une connotation fortement medicale. Le terme microbe
avait ete adopte en 1878 par 1'Academie des sciences sur proposition du
chirurgien Charles Emmanuel SEDILLOT (1804 -1883). L'adoption du terme
microbe mettait fin a la confusion qui regnait du fait d'un vocabulaire hetero-
clite utilise pour designer des micro-organismes et a leur rattachement arbitraire
soit au regne animal (microzoaires), soit au regne vegetal (microphytes).
7.3.1. La specificite bacterienne des maladies infectieuses

La premiere preuve du role d'une espece bacterienne specifique dans une
pathologie clairement identifiee par ses symptomes fut apportee par Robert
KOCH I5! (1843 -1910) avec le bacille du charbon Bacillus anthracis et le role
de ce bacille dans la maladie du charbon. Cette maladie fort repandue au
XIXe siecle provoquait des ravages dans les troupeaux de bovins et de moutons.
Elle tirait son nom de la couleur noire du sang et de la rate des animaux morts
et autopsies. En 1850, le medecin et bacteriologiste franc.ais Casimir DAVAINE
(1812 -1882) avait mis en evidence par examen microscopique la presence de
batonnets allonges dans le sang des moutons morts du charbon. De plus, il avait
montre que la maladie pouvait etre transmise a des moutons sains par
inoculation du sang d'animaux malades. Mais, il n'avait pas soupc.onne le role
pathogene des batonnets allonges, presents dans le sang des animaux malades.
Ce n'est que treize ans plus tard en 1863, apres une publication par PASTEUR
decrivant une certaine espece bien definie de bacteries responsables de la
fermentation butyrique, que DAVAINE realisa qu'il devait exister une relation
entre les batonnets microscopiques presents dans le sang de moutons malades et
la maladie du charbon. Encore fallait-il demontrer que les bacteries a forme de
batonnets etaient la cause et non la consequence de la maladie du charbon. La
demonstration en fut faite en 1876 par Robert KOCH.
[5] Robert KOCH, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1905).

Moins peremptoire que PASTEUR, KOCH n'en etait pas moins un remarquable
experimentateur. Sa carriere se demarque nettement d'une ligne classique.
D'une famille de treize enfants, KOCH eut la chance de pouvoir poursuivre des
etudes medicales a 1'universite de Gottingen. Apres avoir obtenu son diplome a
23 ans, il passa plusieurs mois a 1'hopital de la Charite a Berlin. II y suivit les
cours de VIRCHOW, Tun des peres de la theorie cellulaire. Get enseignement
lui fut aussi instructif que decisif pour son orientation scientifique.
Apres s'etre marie, KOCH s'etablit comme medecin de campagne. Chose
exceptionnelle a 1'epoque, il avait installe a cote de son cabinet medical un
laboratoire equipe avec un microscope Zeiss muni d'un objectif a immersion.
La maladie du charbon etait frequente dans les campagnes. L'homme infecte
developpait des lesions ulcereuses de la peau connues sous le nom d'anthrax.
KOCH decida de rechercher la nature du caractere infectieux de la maladie en
experimentant sur la souris. II inoculait a une souris saine une suspension de
cellules de rate de mouton mort du charbon. Une goutte de sang de la souris
infectee servait a inoculer un milieu nutritif dans lequel les bacteries pouvaient
se developper. Apres avoir controle par microscopic la nature des germes,
KOCH inoculait une fraction de la suspension bacterienne a une souris saine qui
a son tour developpait une infection mortelle. Apres avoir ainsi realise une
vingtaine de passages similaires, KOCH obtenait chez la vingtieme souris la
meme pathologic que chez la premiere, et la suspension bacterienne du milieu
de culture examinee au microscope montrait les memes batonnets microsco-
piques que ceux trouves initialement dans le sang preleve a partir du mouton
mort du charbon (Figure 11.17). Cette methodologie fut erigee en critere pour
affirmer qu'un germe est responsable d'une maladie determinee. C'est en 1876,
apres avoir presente ses travaux a Ferdinand COHN et avoir ete encourage par
celui-ci, que KOCH publia dans le journal fonde par COHN le resultat de ses
recherches sur le bacille du charbon. Cette publication etablissait de fagon non
ambigue la relation entre un germe specifique et une maladie caracterisee par
une semiologie typique. En 1882, KOCH isola de crachats de sujets tuberculeux
la bacterie Mycobacterium tuberculosis agent de la tuberculose. Ce faisant, il mit
en evidence la notion de specificite d'espece animale. En effet, seul parmi les
especes animales, le cobaye est receptif au bacille humain de la tuberculose, qui
sera appele bacille de KOCH.
Au debut des annees 1880, KOCH est nomme professeur a 1'Institut d'Hygiene a
1'universite de Berlin. En 1891, on lui cree 1'Institut des Maladies Infectieuses
dont il assume la charge de directeur et qui acquiert rapidement une reputation
internationale.
KOCH etait dote d'un sens technique aigu et on lui doit le developpement de
techniques astucieuses. II eut 1'idee d'isoler, en dehors de 1'animal, une souche
bacterienne pure en utilisant un milieu nutritif, sterile et solide, capable de
fournir des nutriments aux bacteries et une surface ferme et lisse permettant
1'etalement d'une goutte de la suspension bacterienne. Les premiers essais
La relation entre un germe (microbe) et une maladie fut demontree pour la premiere fois
par KOCH avec la bacterie du charbon et la maladie qu'elle provoque. L'experience
comportait les etapes suivantes :
1- Inoculation d'un milieu de culture avec de la pulpe de rate prelevee sur une
souris morte du "charbon".
1 bis - Examen de la pulpe de rate au microscope montrant les bacteries du charbon
en batonnets.
2- Proliferation des bacteries dans le milieu de culture.
3- Inoculation d'une souris saine avec la suspension bacterienne.
4- Infection et mort de la souris avec les symptomes du "charbon".
5- Prelevement de la rate de la souris morte et inoculation d'un milieu de culture.
6-7-8- Transferts successifs des bacteries a dilution limite dans le milieu de culture.
Verification de 1'homogeneite bacterienne au microscope et inoculation a une
souris pour verification finale de la pathologie.
Figure 11.17 - Demonstration de la specificite

microbienne des maladies contagieuses
d'etalement sur tranches de pomme de terre s'etant reveles decevants, le choix

de KOCH se porta alors sur la gelatine. Mais celle-ci etait relativement molle a la
temperature de 37°C favorable pour la croissance bacterienne. De plus, certaines
especes bacteriennes digeraient la gelatine. Finalement, sur le conseil de son
epouse qui utilisait dans des preparations culinaires 1'agar-agar ou gelose, extrait
a partir d'algues marines, KOCH se decida a utiliser ce materiel. Solide a
37-40°C, mais liquide a 100°C, la gelose pouvait etre commodement sterilisee et
on pouvait lui ajouter a 1'etat liquide des nutriments qui en faisaient une gelose
nutritive sur laquelle pouvait se developper des cellules bacteriennes. Une
cellule bacterienne qui se divise par scissiparite donne naissance, la ou elle se
trouve sur la gelose, a une colonie de cellules identiques ou clone. Richard
PETRI (1852 -1921), un eleve de KOCH, imagina la fabrication d'une boite de
verre circulaire fermee par un couvercle egalement en verre, dans laquelle la
gelose fondue etait versee et se solidifiait par refroidissement. La boite de PETRI
est toujours d'usage courant en bacteriologie.
7.3.2. La defense de I'hote contre I'invasion bacterienne

En 1798, un jeune medecin britannique, Edward JENNER (1749 - 1823) fit le
rapprochement entre la vaccine (du latin vacca = vache), une maladie caracte-
risee par 1'apparition de pustules sur le pis de la vache infectee et la variole une
maladie mortelle chez rhomme. JENNER observa que des vachers contamines
par la vaccine developpaient une maladie benigne et qu'au cours d'une
epidemic de variole, ils echappaient a 1'infection. II confirma 1'action postulee
de la vaccine sur des volontaires. Le terme vaccination fut initialement cree
pour designer la protection procuree par la vaccine contre 1'agent de la variole.
Le terme vaccination fut par la suite etendu pour designer toute forme de
protection immune. A PASTEUR revient le merite d'avoir trouve la raison pour
laquelle la vaccination protege.
A la fin des annees 1870, PASTEUR etudiait les symptomes du cholera des
poules, une maladie mortelle chez les oiseaux, differente du cholera humain. II
recherchait aussi si la virulence de la bacterie responsable etait modifiee par
transfert repete, en dehors de la poule, d'un milieu de culture (bouillon de
viande sterile) a un autre milieu. C'est pendant 1'ete 1879 que des circonstances
fortuites conduisirent PASTEUR a faire une decouverte fondamentale. De retour
a son laboratoire apres une absence de quelques semaines, PASTEUR proceda a
1'inoculation de poules saines avec la culture bacterienne qui avait etc aban-
donnee. Les poules inoculees etant restees indemnes, il decida alors de leur
injecter cette fois une culture bacterienne "neuve". Les poules resisterent a
1'infection. Elles avaient ete involontairement vaccinees. Des poules temoins qui
n'avaient pas ete inoculees avec la suspension bacterienne "vieillie" mourraient
apres injection de la suspension bacterienne neuve. PASTEUR venait de decou-
vrir le principe de 1'attenuation de la virulence bacterienne, ce qui permettait
de mettre en ceuvre une technique rationnelle de vaccination. II appliqua ce
principe a la vaccination contre le charbon et plus tard centre la rage. Particu-

lierement spectaculaire fut 1'experience de vaccination contre le charbon rea-
lisee en mai 1881 a Pouilly-le-Fort. Des animaux d'un premier lot constitue de
24 moutons, 6 vaches et 1 chevre rec.urent a intervalle de quelques jours deux
injections de bacteries du charbon prealablement tuees a 42-44°C. Dans un
second lot, 24 moutons, 4 vaches et 1 chevre servirent de temoins. Fin mai 1881,
1'ensemble des animaux fut inocule avec une dose mortelle de la souche viru-
lente. Tous les animaux vaccines survecurent. Tous les temoins succomberent.
Au debut des annees 1890, Friedrich LOFFLER (1852 - 1915), un assistant de
Robert KOCH parvint a isoler, a partir de secretions prelevees dans la gorge
d'enfants atteints de diphterie, des bacilles qu'il cultiva sur un milieu nutritif.
Contrairement au charbon qui declenche une septicemie, la diphterie est une
maladie localisee au larynx avec production de secretions appelees fausses
membranes. LOEFFLER fit 1'hypothese que 1'action mortelle des bacilles de la
diphterie pouvait etre due a la liberation d'un poison par ces bacilles, une toxine.
Emil VON BEHRING I6! (1854-1917) et son assistant Shibasaburo KITASATO
(1852 -1931) a Berlin verifierent qu'effectivement les bacteries de la diphterie
secretent une toxine mortelle. Us decouvrirent que des cobayes inocules avec
un extrait enrichi en toxine diphterique pretraitee par du trichlorure d'iode resis-
taient a 1'injection d'une dose mortelle de bacilles de la diphterie. Non seule-
ment les animaux avaient ete immunises mais, fait surprenant, leur serum injecte
a des animaux neufs qui avaient ete prealablement inocules avec les bacilles de
la diphterie exercait un effet protecteur sur le developpement de la maladie. La
serotherapie venait d'etre decouverte. Des chevaux servirent a la production
massive de serum antidiphterique qui sauva des milliers d'enfants atteints de
diphterie. L'impression laissee par cette decouverte frappa tellement les esprits
que lorsque la Fondation du Prix Nobel fut creee en 1901, BEHRING fut le
premier scientifique a etre honore dans la section physiologic et medecine.
En utilisant la meme technique de neutralisation par le trichlorure d'iode,
KITASATO obtint une toxine tetanique a pouvoir toxique attenue. Suivant la
meme logique que pour la toxine diphterique, de 1'antitoxine tetanique fut
produite chez des chevaux. La serotherapie antitetanique sauva des dizaines de
milliers de blesses graves pendant la premiere guerre mondiale. En 1923, Gaston
RAMON (1886 - 1963) a 1'Institut Pasteur de Paris decouvrit que la toxine
diphterique neutralisee par le formol protegeait directement contre une
inoculation ulterieure de bacilles diphteriques. Cette toxine modifiee fut appelee
anatoxine. S'ouvrait 1'ere de la vaccination antidiphterique.
A la fin des annees 1890, le chimiste allemand Paul EHRLICH W (1854 -1915)
interpreta par une audacieuse theorie 1'action neutralisante des antitoxines. C'est
en 1900 devant la Royal Society de Londres qu'EHRLICH exposa dans le cadre
[6] Emil VON BEHRING, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1901).

[7] Paul EHRLICH et Elie METCHNIKOFF, Prix Nobel de physiologie et de medecine
(1908).
des Croonian Lectures sa fameuse theorie des chaines laterales. II postulait que
des cellules specialisees (identifiees bien plus tard aux lymphocytes B) possedent
des recepteurs de surface capables de reconnaitre et de fixer des molecules
etrangeres appelees antigenes. EHRLICH supposait que ces molecules
neutralisantes etaient produites en abondance puis relachees dans le courant
sanguin apres que les cellules immunitaires fussent entrees en contact avec
1'antigene. Cette vision prophetique etait peu differente dans son principe de la
fac.on dont on explique aujourd'hui la production d'anticorps par les
lymphocytes B. La decouverte de I'immunite humorale fut, en ce qui concerne
les problemes de sante, la grande affaire de la fin du XIX e siecle, soulevant
enthousiasme et perspectives pleines de hardiesse dans 1'avenir de la biologic et
de la medecine. Elle eclipsa la decouverte de I'immunite cellulaire, c'est-a-dire
de la phagocytose, par le zoologiste russe Elie METCHNIKOFF W (1845 -1916).
II faudra attendre la fin du XX e siecle pour voir revenir la phagocytose sur le
devant de la scene en biologic cellulaire avec le trafic membranaire qu'elle met
en ceuvre et les systemes de signalisation qu'elle declenche.
7.3.3. METCHNIKOFF et la decouverte des cellules phagocytaires

Au plan semantique, la phagocytose ne doit pas etre confondue avec 1'endocy-
tose. L'endocytose correspond a 1'internalisation de particules par des cellules.
La phagocytose (du grec (payelv = manger) correspond a 1'ensemble de deux
fonctions : 1'endocytose et la digestion des particules endocytees. Ces deux
fonctions furent clairement individualisees par METCHNIKOFF.
Forme a la zoologie et a 1'embryologie a 1'universite d'Odessa, METCHNIKOFF
eut la bonne fortune de beneficier, a partir de 1865, de plusieurs sejours dans les
universites de Giessen et de Gottingen et a la station marine de Naples ou se
retrouvaient les plus celebres zoologistes et embryologistes. Avec son collegue
embryologiste Vladimir KOWALESKY (1842 - 1883), METCHNIKOFF s'interesse
d'abord a la differenciation des feuillets embryonnaires dans differentes especes
marines, eponges, hydres, echinodermes. A 1'universite de Giessen, il commence
a explorer le processus de digestion chez une planaire, Geodesmus bilineatus, un
petit ver plat dont la digestion est intracellulaire, du fait de 1'absence d'anus.
Plus tard, il comparera la digestion intracellulaire chez la planaire a celle de
protozoaires, tels que Famibe ou a celle des cellules amaebo'ides de 1'eponge qui
se nourissent par phagocytose de materiel bacterien. C'est au debut des annees
1880 qu'il saisira la portee generate de ce mecanisme. II assimilera la phago-
cytose de pathogenes par des cellules specialisees telles que des cellules blanches
du sang, les neutrophiles, a un cas particulier de digestion intracellulaire.
En 1882, METCHNIKOFF decouvre le phenomene du chimiotactisme chez la
larve d'etoile de mer. En implantant une epine de rosier dans 1'epiderme de cette
larve, il constate un afflux massif de cellules amaebo'ides au lieu d'implantation,
phenomene tout a fait semblable a I'afflux de neutrophiles au niveau du point de
piqure d'un doigt par une echarde. Cette experience produira le declic mental
qui aboutira au concept de la phagocytose. Cette accumulation de neutrophiles

au niveau d'un foyer infectieux, suivie de 1'internalisation et de la digestion des
bacteries par les neutrophiles, METCHNIKOFF la considere comme une reaction
de defense de 1'organisme.
Pour comprendre la revolution conceptuelle apportee par 1'idee de la phago-
cytose dans les annees 1880, il faut se reporter au dogme en cours dans ces
annees la, suivant lequel les neutrophiles et les macrophages n'etaient pas des
tueurs de bacteries, mais au contraire des vecteurs de bacteries capables de
transporter et de disseminer des gerrnes a distance du foyer primaire d'infection.
Les plus grands noms de la bacteriologie, Robert KOCH en premier, adheraient
a ce dogme qui nous parait aujourd'hui aberrant, mais qui en cette fin du
XIXe siecle pouvait etre difficilement contredit, en raison meme de 1'observation
au microscope de ces neutrophiles et macrophages bourres de bacteries dans
des prelevements realises chez des patients septicemiques. C'est done par un
malheureux raisonnement au premier degre que le role de vecteurs de bacteries
etait attribue aux neutrophiles et aux macrophages.
Des experiences complementaires decisives de METCHNIKOFF furent realisees
dans les annees 1883 -1884. Elles porterent d'abord sur la daphnie, un petit
crustace appele encore puce d'eau douce quelque fois infectee par le micro-
champignon Monospora bicuspida. Elles mirent en evidence la phagocytose de
ce champignon par des cellules de la lymphe de la daphnie infectee. Ces
experiences furent etendues a la phagocytose du bacille du charbon par des
leucocytes de grenouille, de pigeon, de chien et de rat. Dans un article magis-
tral de synthese paru en 1884, METCHNIKOFF resuma ainsi le cheminement de
ses recherches dans la decouverte de la phagocytose : "il est possible d'eriger
le principe general que les cellules phagocytaires, qui originellement chez
1'eponge se comportent comme des cellules digestives, retiennent leur role dans
les phenomenes pathologiques pour detruire les pathogenes envahisseurs".
La theorie cellulaire de 1'immunite postulee par METCHNIKOFF dut s'affronter
immediatement avec la theorie humorale de I'immunite en vogue chez les
bacteriologistes allemands avec un porte-parole prestigieux et respecte, Paul
EHRLICH. La controverse s'eteignit au tout debut du XX e siecle avec 1'obser-
vation du bacteriologiste anglais Almroth WRIGHT (1861 -1947) que la phago-
cytose etait fortement stimulee lorsqu'on ajoute a une suspension de bacteries du
serum d'animal vaccine contre ces bacteries. Les substances du serum d'animal
vaccine capables de stimuler la phagocytose furent appelees par WRIGHT
opsonines (du grec oijiov = plat prepare). Les opsonines correspondent aux anti-
corps chez le sujet vaccine et a un des composants du complexe du complement
chez le sujet non vaccine. On reconnut dans les annees suivantes que l'immu-
nite cellulaire appelee encore innee ou non specifique etait une caracteristique
de tout le regne animal, vertebres et invertebres et que l'immunite humorale ou
specifique etait un attribut uniquement des vertebres, en somme un produit de
1'evolution.
Dans la periode 1920 - 1970, 1'immunologie humorale beneficia de percees

spectaculaires parmi lesquelles la demonstration par James MURPHY (1884 -1950)
du role des lymphocytes dans le rejet des heterogreffes, la decouverte en 1956
de la tolerance immunitaire chez I'animal nouveau-ne par Frank BURNET ^
(1899 -1985) et Peter MEDAWAR ^ (1915 -1987), la formulation en 1955 d'une
theorie de la selection naturelle des anticorps par Niels JERNE t9! (n. 1911), puis
celle en 1957 de la selection clonale des anticorps par BURNET, la preuve
de 1'existence d'antigenes specifiques dans la membrane de leucocytes (Human
Leukocyte Antigens ou complexe HLA) par Jean DAUSSET I10! (n. 1916) et la
decouverte de 1'idiotypie, c'est-a-dire du caractere immunogenique des
anticorps, en 1963 par Jacques OUDIN (1908-1985). Rodney PORTER I n l
(1917 -1985) et Gerald EDELMAN t11! (n. 1929), donnerent une touche mole-
culaire a l'immunologie humorale en determinant la structure des immuno-
globulines porteuses de deux chaines lourdes de 50 000 Da et deux chaines
legeres de 25 000 Da.
En 1902, c'est de facon fortuite que le zoologiste Paul PORTIER (1866 -1962) et le
physiologiste Charles RICHET^] (1850-1935) mettent en evidence 1'anaphy-
laxie en realisant chez des chiens a intervalle d'une vingtaine de jours des
injections d'extraits de meduse. Au lieu d'etre vaccines, les chiens devenaient
hypersensibles. En pathologic humaine, 1'hypersensibilite aux allergenes est un
probleme majeur de sante publique.
7.3.4. Les premiers pas dans la therapeutique antimicrobienne

Aux armes naturelles de lutte centre les bacteries de 1'environnement, 1'inge-
niosite humaine a ajoute des outils crees a partir de sa propre reflexion. La
chimiotherapie fait son apparition en 1910 avec la synthese par Paul EHRLICH
du salvarsan, un derive arsenical effectif comme traitement de la syphilis.
L'attention d'EHRLICH avait ete attiree par un article relatant 1'action anti-cance-
rigene de 1'atoxyl, le derive 4-amino-phenyl de 1'acide arsenique. EHRLICH
s'embarqua alors dans un programme de recherche pour tester 1'effet de diffe-
rents derives arsenicaux sur differents protozoaires dont des spirochetes. Le
606e derive prepare, appele salvarsan ou 606 se revela actif sur le treponeme
pale, un spirochete agent de la syphilis chez 1'homme. Le 606 etait relativement
peu toxique pour 1'homme, mais tres efficace pour faire regresser les symptomes
de la syphilis.
[8] Frank BURNET et Peter MEDAWAR, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1960).
[9] Georges KOHLER, Cesar MILSTEIN et Niels JERNE, Pris Nobel de physiologie et de
medecine (1984).
[10] Jean DAUSSET, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1980).
[11] Rodney PORTER et Gerald EDELMAN, Prix Nobel de physiologie et de medecine
(1972).
[12] Charles RlCHET, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1913).
En 1927, Gerhard DOMAGld13] (1895-1964), chimiste employe par la firme

allemande I.G. Farben Industrie, commence une exploration systematique de
molecules organiques capables de s'attaquer au streptocoque hemolytique,
responsable d'angines pouvant se compliquer de pneumonic mortelle et de
nephrite. Dans une premiere serie, il teste des composes reconnus etre bacte-
ricides, comme les acridines et les colorants diazotes. Certains de ces colorants
diazotes se revelent peu toxiques chez la souris, mais bactericides. C'est le cas
du rouge de prontosil. En 1933, le prontosil est utilise chez un bebe de 10 mois
atteint d'une septicemie a staphylocoques ; le bebe est sauve. Le prontosil fut
alors experiment^ en Angleterre chez 38 femmes atteintes de septicemie. Trente
cinq d'entre elles furent gueries. On comprit le mode d'action du prontosil
quand on s'aperc.ut qu'in vivo la molecule etait coupee en deux, engendrant la
partie active qui est le sulfanilamide. En 1940 Donald WOODS (1912 - 1964)
observe que 1'acide p-aminobenzoi'que "antagonise" 1'effet du sulfanilamide. La
raison d'etre de cet antagonisme est que le sulfanilamide mime 1'acide p-amino-
benzoi'que dans la synthese par la bacterie de 1'acide folique, une molecule
essentielle en tant que coenzyme dans la synthese des bases puriques des acides
nucleiques. Par cet effet de leurre, la bacterie devient incapable de fabriquer
son materiel nucleique et par consequent de se developper.
Quant a la penicilline, son epopee commence en 1928 quand le bacteriologiste
britannique Alexander FLEMING f 14 ! (1881 -1955) remarque sur une boite de
PETRI remplie de gelose nutritive ensemencee avec des staphylocoques une
moisissure autour de laquelle les staphylocoques avaient cesse de proliferer, la
plupart ayant ete lyses. La moisissure etait le Penicillium notatum. Ce n'est qu'en
1940 qu'Howard FLOREY 1131 (1898 -1969) et Ernst CHAIN I13! (1906 -1979) furent
en mesure d'isoler sous une forme purifiee une quantite suffisante du produit
actif du Penicillium notatum, la penicilline, pour etre injecte a quelques souris
prealablement inoculees avec une suspension de streptocoques virulents. L'effet
antibiotique de la penicilline depassa tous les espoirs. A partir de 1942, sa pro-
duction a grande echelle fut prise en charge par 1'industrie pharmaceutique
americaine. A la fin de 1944, plus de 100 kg de penicilline etaient disponibles et
des milliers de vies de blesses sur les champs de bataille de la deuxieme guerre
mondiale allaient pouvoir etre sauvees. Un des succes les plus flamboyants de la
penicilline fut son effet extraordinairement puissant sur le treponeme pale, agent
de la syphilis. La penicilline interfere avec la synthese de peptidoglycanes,
materiaux de base de la paroi d'un grand nombre de bacteries. De nombreux
autres antibiotiques sont disponibles actuellement (tetracyclines, aminoglyco-
sides, quinolones, macrolides...). A la difference de la penicilline, ils agissent a
differents niveaux de la synthese proteique bacterienne.
[13] Gerhard DOMAGK, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1939).

[14] Alexander FLEMING, Howard FLOREY et Ernst CHAIN, Prix Nobel de physiologie et
de medecine (1945).
7.3.5. Les micro-organismes en tant qu'usines metaboliques

responsables des equilibres naturels
A cote de la fantastique impulsion donnee a la recherche sur les pathologies
infectieuses au tournant du XX e siecle se developpent des recherches sur le
metabolisme microbien et le role des micro-organismes dans les cycles du
carbone, de 1'azote, de 1'oxygene et du soufre a la surface du globe terrestre,
avec en particulier le Russe Sergei WINOGRADSKY (1856 -1953) et le Hollandais
Martinus BEIJERINCK (1851 -1931). En 1889, BEIJERINCK met au point la tech-
nique de culture par enrichissement selectif en un type determine de bacteries
en adoptant un milieu approprie. En absence de composes azotes, il obtient une
culture pure de la bacterie Rhizobium, une bacterie qui est presente dans les
nodules des legumineuses et qui assimile 1'azote atmospherique. La culture par
enrichissement selectif, basee sur 1'utilisation de conditions optimales pour le
developpement d'une bacterie donnee, venait d'etre inventee. L'interet de ces
recherches, eclipse a 1'epoque par 1'engouement porte a 1'infectiologie,
n'apparut que des annees plus tard, lorsqu'on realisa qu'apres tout, sans la
fixation de 1'azote par certaines bacteries du sol et sans celle du dioxyde de
carbone par des organismes photosynthetiques, la vie sur terre n'existerait pas.
Les premiers travaux de WINOGRADSKY porterent sur deux bacteries du soufre,
Thiotrix et Beggiatoa, qui vivent dans des eaux riches en hydrogene sulfure SH2-
Ces bacteries accumulent des granules de soufre. WINOGRADSKY montra que
SH2 est oxyde en soufre. Le soufre lui-meme est oxyde ulterieurement en sulfate
par les memes bacteries. C'etait le premier exemple qu'un micro-organisme
pouvait oxyder une substance minerale. WINOGRADSKY se tourna ensuite vers
le metabolisme de 1'azote. En 1893, il demontra que 1'azote est fixe par une
bacterie anaerobie stricte, Clostridium pasteurianum, qui tire son energie de la
fermentation du glucose en absence d'air. En 1901 BEIJERINCK isola du sol
la bacterie Azobacter qui, elle, tire son energie pour la fixation d'azote de la
consommation d'oxygene. L'ammoniaque est le produit immediatement forme
apres la fixation de 1'azote. L'enzyme mis en jeu fut appele nitrogenase.
WINOGRADSKY montra que 1'ammoniaque chez 1'espece bacterienne Nitroso-
monas etait converti en nitrite NC>2~, et chez 1'espece Nitrobacter en nitrate NC>3~.
Dans la premiere moitie du XXe siecle, le mecanisme de 1'assimilation carbonee
commenâ a etre decrypte. Le microbiologiste Cornelis VAN NIEL decouvrit
que des bacteries pourpres, capables de pieger 1'energie solaire grace a un
pigment, la bacteriochlorophylle, pouvait dans ces conditions fixer le CC>2
atmospherique dans des glucides en presence d'un reducteur, par exemple
1'hydrogene sulfure. Quant a 1'oxygene, certaines bacteries, parmi lesquelles les
cyanobacteries, sont capables de le produire a partir de 1'eau par photosynthese.
Du fait de leur potentialite et de leur versatilite metabolique, les micro-orga-
nismes sont utilises pour de multiples applications dans la vie courante. C'est le
cas, par exemple, de 1'elaboration de produits alimentaires et de biomolecules.
Dans ce cadre entrent la fermentation des produits laitiers (fromages, yaourts), la
panification, la production de boissons alcoolisees et celle de vinaigre, la fabri-

cation de composes biochimiques tels que des acides amines (lysine, acide
glutamique, phenylalanine, acide aspartique), d'acide citrique, de vitamines
(vitamine 6^2, riboflavine), d'hormones (steroi'des). Certaines productions ont un
caractere de gigantisme. Ainsi, la production industrielle annuelle d'acide
glutamique approche les 200 000 tonnes et celle de lysine les 40 000 tonnes.
L'avantage de la synthese biologique de ces acides amines est que, seul est
synthetise 1'isomere L naturel, done metabolisable. Une emergence recente de
cette biotechnologie est 1'ingenierie genetique qui utilise la technologic de
1'ADN recombinant (Chapitre III-9). II existe bien d'autres applications de la
microbiologie. Ainsi, le traitement des eaux usees utilise des bacteries capables
de transformer des materiaux biodegradables en gaz carbonique, nitrate, phos-
phate, ammoniaque, hydrogene sulfure. Dans la bioremediation, des bacteries
sont utilisees pour degrader des produits toxiques dans des zones polluees. En
agriculture, la bacterie Bacillus thurigensis a ete utilisee pour lutter centre des
insectes devastateurs de recoltes.
7.4. LA NECESSAIRE CLASSIFICATION DES BACTERIES
En 1884, le bacteriologiste danois Christian GRAM (1853 - 1935) mit au point la

coloration qui porte son nom et qui permit de classer les bacteries en deux
grands groupes, les bacteries Gram + et les bacteries Gram -. Dans cette
technique, les bacteries etalees sur lame de verre sont traitees d'abord par une
solution de cristal violet, puis par une solution iodee, et enfin elles sont lavees
avec de 1'ethanol. Certaines bacteries retiennent le colorant (Gram +), d'autres
ne le retiennent pas (Gram -). On a demontre plus tard que la retention ou le
relachement du colorant tenait a une difference de structure de 1'enveloppe
bacterienne. Les bacteries Gram + ont une epaisse paroi de peptidoglycane,
contrairement aux bacteries Gram -. Par centre, les bacteries Gram - possedent,
a la difference des bacteries Gram +, une couche de lipopolysaccharides qui est
dissoute par 1'ethanol, ce qui libere le colorant dans le milieu.
Aux bacteries Gram + et Gram -, s'ajoutent les archebacteries et un groupe de
procaryotes constitue par des bacteries de petite taille depourvues de paroi
cellulaire appelees mycoplasmes. Le repertoire bacterien connu actuellement
contient des dizaines de milliers d'especes differenciees sur la base de criteres de
morphologie, de coloration, d'immunoreaction centre des antiserums speci-
fiques, de metabolisme et de caracterisation de 1'ADN par hybridation avec des
sondes nucleiques specifiques.
La terminologie des bacteries utilise le systeme lineen binomial, c'est-a-dire le
genre suivi de 1'espece. Souvent, le genre refere au chercheur decouvreur de la
bacterie. Ainsi, 1'enterobacterie Escherichia coli a ete ainsi nominee en honneur
de Theodor ESCHERICH (1857-1911) qui la decouvrit en 1884. Quelquefois, le
nom de la bacterie provient d'une racine grecque ou latine. Ainsi, la bacterie
Staphylococcus aureus tire son nom du grec aTa(f>uXrj = grappe et KOKKOC - corps
rond, les staphylocoques etant arrondis et associes en amas, et du latin

aureus = dore qui indique que leurs colonies ont une couleur jaunatre.
7.5. LA DECOUVERTE DU MONDE DES VIRUS
A la limite du monde des cellules vivantes dont les criteres sont la division et le
metabolisme assures de fagon autonome, se situent les virus. Bien avant la
decouverte du monde microbien, on appelait virus des entites invisibles respon-
sables des maladies contagieuses. Puis, emergea la notion d'infection par les
bacteries, les champignons microscopiques et les protozoaires, tous des micro-
organismes visibles au microscope optique. C'est a partir de 1884 que le terme
virus fut utilise pour designer des etres non visibles au microscope optique,
filtrables a travers la paroi de recipients en porcelaine poreuse, fabriques par
Charles CHAMBERLAND (1851 - 1908) a 1'Institut Pasteur.
En 1892, Dimitri IVANOSKI (1864 -1920) a Saint Petersbourg constata qu'un
filtrat d'extrait de feuilles de tabac, porteur de la maladie appelee mosai'que,
depose sur des feuilles saines propageait la maladie de la meme fac,on qu'un
extrait total. Martinus BEIJERINCK a Delft rapporta les memes faits en 1898 et
conclut, de ses experiences, que les virus ont besoin de cellules vivantes pour se
developper. La meme annee, Friedrich LOFFLER decouvrait que 1'agent de la
fievre aphteuse etait un virus ultrafiltrable. En 1900, Walter REED (1851 -1902),
medecin americain en mission a Cuba, mit en evidence la transmission du virus
de la fievre jaune par un moustique. La fievre jaune, en tuant plus de 20 000 ou-
vriers occupes a percer le canal de Panama dans les annees 1880, avait eu raison
du chantier. Les travaux ne furent repris qu'au debut du XX e siecle, apres
eradication des moustiques.
Frederick TWORT (1877 - 1950), en 1915, et Felix D'HERELLE (1873 - 1949), en
1917, notent, dans des cultures de bacteries qu'ils cultivent en tapis sur de la
gelose nutritive en boite de PETRI, 1'apparition de temps en temps de plaques
transparentes. Ceci indiquait qu'au niveau de ces plaques les bacteries avaient
ete lysees. Le facteur lytique etait de nature infectieuse. II s'agissait de virus qui
furent appeles bacteriophages par D'HERELLE. De la meme faôn que la micro-
biologie, la virologie pendant la premiere moitie du XX e siecle se developpa
comme un discipline independante, orientee vers des aspects medicaux. Dans
les annees quarante, la microscopic electronique apporta les premieres donnees
morphologiques sur les virus et dissipa le mystere qui pendant longtemps avait
entoure ces agents infectieux invisibles. Dans sa phase extracellulaire, le virus
appele virion apparait sous le microscope electronique constitue d'une capsule
proteique qui enserre un materiel nucleique, soit de 1'ADN, soit de 1'ARN. La
cristallisation du virus de la mosai'que du tabac fut obtenue en 1935 par
Wendell STANLEY!15] (1904-1971). Le virus cristallise etait toujours infectieux.
[15] Wendell STANLEY, Prix Nobel de chimie (1946).

Son materiel de nature nucleoproteique contenait done le principe infectieux. Le

virus de la mosai'que du tabac resta pendant longtemps un modele structural en
virologie, activement etudie par microscopie electronique et par diffraction de
rayons X. La virologie structurale est une discipline en plein essor au debut du
XXIe siecle.
Le role des virus dans la cancerisation animale fut souleve des 1910 par Peyton
ROUS t16! (1879 - 1970) avec la decouverte d'un sarcome chez la poule qui etait
transmissible de poule a poule par inoculation du filtrat d'un homogenat de la
tumeur. L'interet de la decouverte de ROUS fut tardivement reconnu en 1966 par
un Prix Nobel de physiologie et de medecine. Dans le milieu des annees
soixante, furent decrits dans les chromosomes de cellules animales des sequences
d'ADN voisines de celles de 1'ADN de virus tumorigenes. On appela ces
sequences protooncogenes. Une modification ponctuelle d'une seule base dans
ces sequences peut transformer les protooncogenes en oncogenes capables
d'initier une proliferation cellulaire anarchique. La surprise fut de taille a la fin
des annees soixante quand on decouvrit que le virus du sarcome de ROUS etait
un virus a ARN qui se repliquait par 1'intermediaire d'ADN produit grace a une
transcription inverse de TARN du virus. Un tel virus est appele retrovirus (Cha-
pitre III-8.1). Le virus du SIDA est un retrovirus. Des virus non tumoraux,
specifiquement modifies pour en eradiquer tout pouvoir pathogene, sont
actuellement utilises en therapeutique comme vecteurs de genes permettant,
grace a 1'apport de genes fonctionnels de pallier des deficits metaboliques
resultant de mutations geniques.
8. LES PERCEES TECHNIQUES CONTEMPORAINES
"La methode est vraiment une ruse d'acquisition, un stratageme nouveau utile a la
frontiere du savoir."
Gaston BACHELARD - La formation de Vesprit scientificiue - 1938
Pendant la premiere moitie du XX e siecle, la cytologie resta une discipline

essentiellement descriptive, dont 1'horizon prospectif se bornait a 1'observation
microscopique de preparations de tissus. La limite resolutive du quart de
micron avait ete atteinte. Certes, les preparations microscopiques avaient bene-
ficie de perfectionnements techniques. En particulier, de nouvelles colorations
de structures endocellulaires avaient ete decouvertes et etaient bien maitrisees :
noir ou rouge soudan pour les lipides, lugol pour le glycogene, NADI
(melange d'oc-naphtol et de dimethyl p-phenylenediamine) pour les enzymes
respiratoires, reactif de FEULGEN (fuschine decoloree par SO2) pour 1'acide
desoxyribonucleique, coloration differentielle par le bleu de toluidine avant et
[16] Peyton ROUS, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1966).

apres action de la ribonuclease pour 1'acide ribonucleique. Si la cytologie s'etait

ainsi enrichie de methodes chimiques de coloration relativement specifiques,
elle restait, malgre tout, une science essentiellement descriptive de la micro-
anatomie cellulaire.
Alors que les progres de la cytologie marquaient le pas, une nouvelle disci-
pline, la chimie du metabolisme prit une soudaine expansion notamment en
Allemagne, puis en Angleterre. Des experiences mettant en ceuvre des organes
perfuses ou des tranches fines de tissus maintenues en survie dans des milieux
physiologiques aboutirent a la decouverte de chaines et de cycles de reactions
chimiques impliquant des biomolecules simples comme le glucose, des acides
gras et des acides amines. On decouvrit que ces reactions etaient intriquees dans
un vaste reseau et qu'elles etaient necessaires a 1'assimilation des aliments, a la
continuelle resynthese de macromolecules propres aux cellules, a 1'elimination
de produits indesirables et que le principe de leur fonctionnement relevait des
bases fondamentales de la physico-chimie et de la thermodynamique. Ce reseau
complexe de reactions caracterise le processus appele metabolisme inherent a
1'etat vivant (Chapitre IV). Toutes ces decouvertes qui relevaient d'analyses et de
dosages de la chimie organique etaient autant de dividendes qui, quelques
annees plus tard, furent integres dans le cadre des fonctions propres a chaque
espece d'organites endocellulaires.
De meme que la cytologie morphologique etait nee avec la decouverte du
microscope optique, de meme la biologie cellulaire beneficia des les annees
1950 de 1'arrivee de nouvelles techniques qui eurent une influence determinante
sur plusieurs avancees conceptuelles, a savoir la microscopie electronique
pour 1'etude de 1'ultrastructure cellulaire, le fractionnement subcellulaire pour
1'isolement des differentes especes d'organites cytoplasmiques et leur etude phy-
siologique, la culture de cellules eucaryotes et 1'isolement de cellules a partir
de tissus animaux pour des etudes metaboliques extemporanees, ou encore
1'utilisation d'anticorps monoclonaux pour le ciblage de proteines specifiques
dans les cellules.
Un rappel historique permettra de situer I'impact de ces techniques dans le
developpement de la biologie contemporaine. Cependant, il est clair que de
nombreuses autres approches experimentales ont influe sur notre connaissance
du vivant: identification de metabolites par radiomarquage et par spectrome-
trie de resonance magnetique nucleaire (RMN), analyse des variations des con-
centrations d'ions mineraux dans les cellules grace a des electrodes selectives
en electrophysiologie, localisation subcellulaire de metabolites radiomarques
dans des coupes de tissus par autoradiographie, tomographie cellulaire par
microscopie confocale, separation de proteines d'extraits cellulaires en gels
bidimensionnels par focalisation isoelectrique suivie d'electrophorese en
milieu denaturant, modification de 1'equipement proteique de cellules par
transfection avec des plasmides porteurs de genes appropries avec la possibilite
d'exprimer eventuellement des proteines fluorescentes ("green protein"), micro-
injection de toxines capables de bloquer certaines proteines cellulaires de

fac.on specifique, permettant ainsi d'en determiner la fonction in vivo.
Dans cet arsenal methodologique, on peut considerer que la microscopie
electronique, 1'isolement d'organites endocellulaires, la culture cellulaire et la
maitrise de 1'utilisation des anticorps monoclonaux ont ete en leur temps les
moteurs qui ont joue un role decisif dans le passage de la cytologie du stade
d'observation a celui d'experimentation.
8.1. L'ACCES A L'ULTRASTRUCTURE CELLULAIRE

PAR LA MICROSCOPIE ELECTRONIQUE
Alors que le microscope optique utilise la lumiere, le microscope electronique

utilise un faisceau d'electrons acceleres sous tres haut voltage (plusieurs dizaines
de milliers de volts). La relation entre la longueur d'onde du rayonnement qui
etait vraie pour le microscope optique est egalement vraie pour le microscope
electronique. Cependant, dans le microscope electronique la limite de resolution
est plus de 100 fois superieure a celle obtenue avec le microscope optique. On
pourrait sous tres haut voltage descendre au niveau de 1'Angstrom (A). Cepen-
dant pour des raisons qui tiennent a la preservation des echantillons biologiques,
le pouvoir resolutif se limite autour de 10 a 20 A. Comme pour le microscope
optique au XVIII6 et au XIXesiecle, les performances du microscope electronique
ont evolue. Dans le milieu des annees 1970, elles etaient deja excellentes.
Au debut des annees 1930, des physiciens et ingenieurs allemands trouverent
des conditions qui devaient conduire a la conception, puis a la construction
d'un microscope electronique. Le premier microscope electronique fut cons-
truit par la firme allemande Siemens en 1934 (Figure 11.18). Pendant les annees
de la guerre 1939-1945, une cinquantaine de microscopes electroniques furent
fabriques aussi bien en Allemagne qu'aux Etats-Unis, mais la plupart furent
destines aux forces militaires. Aux Etats-Unis, 1'un d'eux fut affecte a 1'Institut de
Technologie du Massachussets (MIT) et un autre a 1'Institut Rockefeller de New
York ou travaillaient le cytologiste Keith PORTER (1912 -1997) et le biochimiste
beige Albert CLAUDE (1889 - 1983). L'analyse ultrastructurale des cellules
necessitait des methodes adequates de fixation et d'inclusion de fragments de
tissus, puis de coupes ultrafines de ces tissus obtenues avec des microtomes
perfectionnes. L'acide phosphotungstique, puis 1'acide osmique furent d'abord
choisis comme fixateurs, avec des resultats midges. En 1952, Georges PALADE
(n. 1912), un jeune medecin roumain en stage dans le groupe d'Albert CLAUDE,
apporta un perfectionnement majeur a la technique de fixation en neutralisant
tout simplement 1'acide osmique par un tampon veronal. Pour 1'inclusion, on
mit en oeuvre des resines polyesters dont on savait a cette epoque maitriser la
polymerisation; Tune d'elles, 1'Epon 812 a ete par la suite largement utilisee.
Des ultramicrotomes a coupe rapide firent leur apparition dans le courant des
annees 1950.
a - Le premier microscope electronique construit a Berlin en 1934

(d'apres C.E. HALL - Introduction to Electron Microscopy,
Me Graw-Hill Book Company, 1966)
b - Microscope Siemens utilise en biologic a partir des annees 1970

(d'apres G.A. MECK -Practical Electron Microscopy for Biologists,
avec 1'autorisation de John Wiley & Sons Inc., tous droits reserves)
Figure 11.18 - Le microscope electronique, son evolution en 40 ans
En 1953 un article de PALADE dans le Journal of Histochemistry and Cytochemistry

revela pour la premiere fois la double membrane des mitochondries avec les
nombreux replis de la membrane interne (cretes mitochondriales) dans 1'inte-
rieur de la matrice mitochondriale. En raison de certaines difficultes liees a la
qualite de la reproduction d'electromicrographies, le groupe de 1'Institut
Rockefeller decida de creer son propre journal sous les auspices de cet Institut.
Le titre choisi fut Journal of Biophysical and. Biochemical Cytology (JBBC). Les
premiers numeros sortis en 1955 contenaient des articles devenus des classiques,
parmi lesquels ceux de PALADE sur 1'ultrastructure du reticulum endoplasmique
(nouveau terme designant 1'ergastoplasme). Sur une large portion, le reticulum
endoplasmique apparaissait sous forme d'un reseau de canalicules tapisses de
grains tres denses aux electrons, qui furent initialement denommes grains de
P A L A D E , puis par la suite ribosomes a cause de leur richesse en acide
ribonucleique. Du fait de cet aspect particulier, cette portion du reticulum
endoplasmique fut appelee reticulum rugueux. Par opposition, 1'autre portion
du reticulum depourvue de ribosomes fut appele reticulum lisse.
La fin des annees 1950 fut temoin d'un interet croissant des cytologistes pour la
microscopic electronique. Le succes du JBBC depassa les espoirs de ses fonda-
teurs, et en 1962 son titre fut remplace par celui plus percutant de Journal of Cell
Biology. Les figures II.2 a II.5, qui reproduisent des images de coupes de cel-
lules eucaryotes focalisees sur differents territoires, illustrent 1'enorme progres
accompli dans la resolution de 1'ultrastructure cellulaire par le passage de la
microscopie optique a la microscopie electronique.
Dans les annees 1960, associee a 1'electromicrographie, 1'autoradiographie vint
apporter un complement d'informations particulierement utiles pour evaluer la
dynamique de la secretion des cellules glandulaires. Dans cette technique, les
coupes de tissus contenant des biomolecules radiomarquees par du tritium (3H)
sont recouvertes d'une emulsion photographique; apres un sejour de quelques
heures 1'emulsion est developpee. Les grains d'argent qui sont le temoin de
disintegration radioactive indiquent la localisation subcellulaire des molecules
radiomarquees. En pratique, dans le cas precis du mecanisme de la secretion qui
met en ceuvre dans le pancreas le reticulum et 1'appareil de GOLGI, on injecte a
des rats ou des cobayes une solution de [3H]leucine. Les animaux sont sacrifies a
differents intervalles de temps s'echelonnant entre quelques minutes et plusieurs
heures. Des coupes de pancreas sont preparees pour examen en microscopie
electronique et autoradiographie. Le schema de la figure 11.19, illustre le chemi-
nement des proteines neosynthetisees au niveau du reticulum rugueux et
radiomarquees par incorporation de 3H leucine avec leur transfert dans les
canalicules de ce reticulum, leur arrivee dans 1'appareil de GOLGI, leur
migration vers la membrane plasmique dans des vesicules de bourgeonnement
et leur secretion dans le milieu extracellulaire par un processus d'exocytose.
Les proteines radiomarquees par la 3 H leucine sont reperees par autoradiographie

(grains d'argent sur 1'emulsion photographique). Elles apparaissent d'abord dans le
reticulum rugueux (a), 3 minutes apres 1'injection. On les observe, apres une injection de
leucine non radiomarquee (chasse), dans 1'appareil de Golgi (b) - 17 minutes - et dans les
grains de secretion (c) - 117 minutes.
Figure 11.19 - Repartition de la 3 H leucine dans les compartiments

de la cellule de pancreas apres injection a la souris
(d'apres P. FA YARD - Handbook of Molecular Cytology, 1969,
d'apres des experiences de J.D. JAMIESON et G.E. PALADE)
8.2. L'OUVERTURE DE LA BOITE NOIRE DE LA CELLULE :

ACCES AUX ORGANITES ENDOCELLULAIRES
Apres son identification par le microscope optique comme unite de vie dans le
milieu du XIXe siecle, puis la mise en evidence de structures intracytoplasmiques
par des colorants selectifs au tournant du XX e siecle, la cellule fut consideree
comme une entite multicompartimentee dont les fonctions restaient malgre tout
enigmatiques, meme a la fin des annees trente. A cette epoque, Albert CLAUDE
a 1'Institut Rockefeller, considerant que les techniques histochimiques en
microscopie optique etaient trop grossieres pour servir a correler des structures
endocellulaires a des fonctions biochimiques, songea a allier le microscope
electronique a 1'analyse fonctionnelle des organites endocellulaires isoles. C'est
ainsi qu'on vit naitre 1'audacieux defi, incroyable pour 1'epoque, d'ouvrir la
boite noire qu'etait la cellule et d'en isoler les differentes especes d'organites
identifiees jusqu'alors par microscopie optique sur des criteres morphologiques.
L'idee etait d'operer une rupture de la membrane plasmique qui constitue
1'enveloppe de la cellule et de recolter dans un milieu approprie les organites
endocellulaires - une operation appelee homogeneisation - puis de separer par
centrifugation ces organites suivant leur densite et leur taille.
En 1940, CLAUDE explorait la nature virale de tumeurs chez la souris et le
poulet. L'experience consistait a broyer le tissu tumoral avec un pilon dans un
mortier en presence d'un petit volume d'eau, et a isoler les particules virales a
partir du broyat par centrifugation a vitesse elevee. Cette experience permit a
CLAUDE d'observer qu'a des forces centrifuges de plus en plus elevees (centrifu-
gation fractionnee ou differentielle) des organites endocellulaires de differentes
tallies pouvaient etre separes par sedimentation. Pour en savoir plus sur ces
organites, CLAUDE decida d'experimenter sur le foie de rat et le foie de cobaye.
Le foie etait un organe approprie car il contient une majorite de cellules iden-
tiques qui forment le parenchyme hepatique. De plus, la membrane plasmique
des cellules hepatiques peut etre facilement rompue par des moyens mecaniques
(broyage menage) sans alterer la structure des organites endocellulaires.
8.2.1. A la recherche d'organites porteurs d'activite respiratoire :

les mitochondries
Lorsque CLAUDE entreprit son travail de fractionnement subcellulaire, le meca-
nisme de la respiration cellulaire etait un sujet favori d'etude pour d'eminents
biochimistes comme Otto WARBURG (1883 - 1970) et Heinrich WIELAND
(1877 -1957) en Allemagne, Albert SZENT-GYORGYI (1893 - 1986) en Hongrie,
David KEILIN (1887-1963) et Hans KREBS (1900-1980) en Angleterre
(Chapitre IV-8.1). WARBURG avait mis au point une methode manometrique de
consommation d'oxygene par des tranches fines de tissus animaux (foie, muscle,
rein). On avait trouve que des molecules organiques simples, comme le succi-
nate, le pyruvate ou le malate, etaient facilement oxydees par ces tissus. Le
terme generique de succinate oxydase avait ete donne a 1'entite moleculaire qui,
dans la cellule, etait supposee oxyder le succinate. Au debut des annees 1940 on
apprenait que 1'energie liberee par la respiration cellulaire etait utilisee dans une
reaction aboutissant a la synthese d'ATP, un processus qui sera appele oxy-
dation phosphorylante (Chapitre IV-8.6). Les bioblastes d'ALTMAN, rebaptises
mitochondries, avaient ete caracterises par MICHAELIS comme des sites
d'oxydo-reduction colorables par le vert Janus, et il y avait fort a parier que ces
organites etaient le siege de reactions d'oxydation propres a la respiration cellu-
laire et a la synthese couplee d'ATP. La decision d'entreprendre leur isolement
a partir d'un homogenat cellulaire representait done un enjeu de taille. A la fin
des annees trente, a 1'universite de Chicago, Robert BENSLEY (1867 -1956)
parvint a obtenir par centrifugation fractionnee de broyats cellulaires un sedi-
ment enrichi en particules colorables par le vert Janus, tres probablement des
particules mitochondriales. Ces essais prometteurs ne furent pas poursuivis.
Avec un materiel plus performant et le concours de biochimistes qualifies,
Albert CLAUDE allait realiser la percee decisive au debut des annees 1940.
Par centrifugation a differentes vitesses d'un broyat de foie en presence d'eau
distillee, CLAUDE isola une fraction d'organites endocellulaires qui manifes-
terent une activite respiratoire significative vis-a-vis du succinate. Ces organites
dotes d'activite succinate oxydase pouvaient etre des mitochondries. CLAUDE
songea a ameliorer sa technique en utilisant comme milieu d'homogeneisation
des solutions salines isotoniques de chlorure de sodium ou de chlorure de
potassium. Les resultats publics en 1946 dans le Journal of Experimental Medicine
(vol. 84, pp. 51-89) montraient que, par centrifugation fractionnee, il etait
possible de separer differentes especes d'organites endocellulaires caracterisees
en propre par la taille et les activites enzymatiques : a faible vitesse une fraction
contenant les noyaux et de gros debris cellulaires, a vitesse plus elevee une
fraction riche en mitochondries porteuse d'une forte activite succinate oxydase,
enfin a tres grande vitesse, une fraction formee de petits fragments membra-
naires appeles microsomes et une fraction surnageante, non sedimentee,
appelee cytosol. Pour encourageante que fut cette approche, elle n'en presentait
pas moins un defaut majeur : la tendance des particules a s'agreger entre elles,
causee, comme on le comprendra quelques temps plus tard, par la forte concen-
tration en sel du milieu d'homogeneisation.
Trois jeunes chercheurs du groupe de CLAUDE, Georges PALADE, Georges
HOGEBOOM (1913 - 1956) et Walter SCHNEIDER (n. 1919) contribuerent a
ameliorer de fagon spectaculaire le fractionnement subcellulaire en apportant
deux modifications techniques. La premiere modification consistait a remplacer
le broyage par pilon dans un mortier, destructeur d'organites endocellulaires,
par une rupture des cellules dans un appareil appele homogeneiseur de
POTTER-ELVEHJEM, du nom de ses inventeurs (Figure 11.20). Cet appareil,
toujours utilise, comporte un tube cylindrique de verre ferme a une extremite,
dans lequel on depose les fragments du tissu prealablement mis en suspension
dans le milieu d'homogeneisation. Dans le tube, on introduit un piston en
La centrifugation differentielle ou fractionnee d'un homogenat tissulaire (tissu hepatique

dans 1'exemple ci-dessus) dans une solution de saccharose (sucrose) 0,25M permet la
recuperation, a des forces centrifuges de plus en plus elevees, de particules enrichies en
noyaux (600 g x 10 min), en mitochondries (6 000 g x 10 min) et en un ensemble de mem-
branes (microsomes) constitutes de fragments de reticulum endoplasmique, d'appareil
de Golgi et de membrane plasmique (100 000 g x 1 h). Apres la centrifugation des noyaux
a 600 g, le liquide surnageant est verse avec precaution dans un nouveau tube pour etre
soumis a une centrifugation a 6 000 g. Apres cette centrifugation qui sedimente la fraction
mitochondriale, le surnageant est verse dans un autre tube pour etre soumis a une
centrifugation a 100 000 g. Le surnageant de cette derniere centrifugation est appele
cytosol. La centrifugation isopycnique permet de separer dans un gradient de concen-
tration en saccharose differentes especes d'organites a partir d'une fraction brute, ici des
lysosomes et des peroxysomes a partir d'une fraction mitochondriale brute.
Figure 11.20 - Separation des organites endocellulaires

Teflon emmanche d'une tige en acier rattache par un adaptateur en caoutchouc

a 1'axe d'un moteur tournant a 1 000 - 2 000 tours par minute. Le piston est mu
par un mouvement circulaire et vertical de va-et-vient, de telle fac.on que les
fragments de tissus en remontant entre la paroi du tube et le piston sont
dilaceres et que les cellules sont etirees (non ecrasees), ce qui entraine la rupture
de la membrane plasmique et le relachement des organites endocellulaires dans
le milieu. La deuxieme modification portait sur le milieu d'homogeneisation.
Au lieu du milieu salin, on utilisait un milieu non ionique, tout simplement
une solution de sucre alimentaire (saccharose, appele aussi sucrose). En
soumettant un homogenat de foie de rat dans une solution de sucrose 0,88 M a
une centrifugation differentielle, HOGEBOOM, SCHNEIDER et PALADE obtinrent
une preparation particulaire enrichie en mitochondries de foie avec une
excellente activite succinate oxydase. Une ultime modification fut introduite par
SCHNEIDER qui substitua a la solution de sucrose hypertonique une solution de
sucrose isotonique (0,25 M). Les resultats obtenus grace aux deux techniques,
"sucrose hypertonique et sucrose isotonique", furent publies en 1948 dans le
Journal of Biological Chemistry (vol. 172, p. 619 et vol. 176, p. 259). De nos jours,
la methode de SCHNEIDER est toujours utilisee (avec de legeres retouches) pour
le fractionnement subcellulaire d'homogenats de differents tissus (Figure 11.20).
Les noyaux sedimentent par centrifugation a 600 g pendant 10 minutes. Le
surnageant de cette premiere centrifugation est repris et centrifuge a 6 000 g
pendant 10 minutes, ce qui fournit un nouveau sediment enrichi en mitochon-
dries, mais contenant aussi des lysosomes et des peroxysomes. Le surnageant
resultant de cette deuxieme centrifugation est soumis a une derniere centrifu-
gation a 100 OOOg pendant 1 heure. Le nouveau sediment correspond a une
fraction de particules heterogenes appele microsomes, constitues de fragments
de reticulum endoplasmique associes ou non a des ribosomes, de fragments de
membranes d'appareil de GOLGI et de membrane plasmique. Le surnageant de
cette derniere centrifugation est appele cytosol. Le cytosol est souvent assimile a
la phase fluide du cytoplasme cellulaire diluee dans la solution de sucrose. En
fait, comme nous 1'avons vu (Chapitre II-1.2), le cytosol est un terme opera-
tionnel, defini par les parametres de 1'operation de centrifugation.
La description resumee ci-dessus correspond a un fractionnement subcellulaire
grossier. Les fractions obtenues sont simplement enrichies en organites de telle
ou telle espece. L'obtention d'organites de haute purete fut obtenue dans les
annees 1950 - 1960 grace a la centrifugation en gradient de sucrose, appelee
encore centrifugation isopycnique car les organites endocellulaires, au cours
de la centrifugation, se localisent dans une zone de densite du gradient de
sucrose qui correspond a leur propre densite. Cette technique fut mise a profit
pour separer, a partir de la fraction microsomiale, les fragments du reticulum
lisse de ceux du reticulum rugueux et isoler a partir d'une fraction mitochon-
driale brute, mitochondries, lysosomes et peroxysomes (Figure 11.20). Georges
PALADE en 1952 et Fritiol SJOSTRAND (n. 1912) en 1953 publierent les pre-
mieres electromicrographies de mitochondries obtenues a partir de preparations
purifiees. Les images montraient la fameuse double membrane mitochondriale,

avec les nombreux replis ou cretes de la membrane interne.
Tres simple dans son principe et sa technique, le fractionnement cellulaire allait
permettre de donner une nouvelle dimension a la biochimie metabolique en
assignant des fonctions specifiques aux differents compartiments endocellu-
laires, en mettant en evidence des systemes de communication entre ces com-
partiments, en permettant enfin de comprendre le sens du dialogue metabo-
lique qui fait que dans une cellule se deroulent au meme instant des milliers de
reactions de synthese et de degradation dans une to tale harmonie (Chapitre IV).
8.2.2. La revelation par fractionnement subcellulaire d'organites

insoupqonnes : les lysosomes et les peroxysomes
Comme beaucoup de decouvertes, celle des lysosomes par Christian DE DUVE
a 1'universite de Louvain dans les annees 1950 fut le resultat d'une reflexion
judicieuse sur une bizarrerie experimentale, en 1'occurrence la mise en evidence
de 1'augmentation d'une activite phosphatase acide, c'est-a-dire maximale a
pH 5, presente dans une fraction mitochondriale "brute" plusieurs heures apres
la preparation de cette fraction. Comme 1'a rapporte DE DUVE dans une retro-
spective des circonstances de sa decouverte des lysosomes, plus on prenait de
precautions pour la preparation de la fraction dite mitochondriale, plus 1'activite
phosphatase etait latente. L'activite phosphatase etait revelee uniquement par
vieillissement de la preparation. Cette observation paraissait bizarre si 1'on se
referait au concept d'enzymes qui une fois leur activite perdue ne la recouvrent
plus. La solution du paradoxe fut trouvee lorsqu'on s'apergut que 1'augmen-
tation d'activite phosphatase acide etait en fait due a la rupture de la membrane
de particules contaminantes contenant cette phosphatase qui se trouvait liberee
dans le milieu et devenait ainsi accessible au substrat phosphore que Ton avait
ajoute. Ces particules furent separees des mitochondries d'abord par centrifu-
gation differentielle dans une solution de sucrose (saccharose) 0,25 M, puis par
centrifugation isopycnique dans un gradient de sucrose. Elles etaient riches, non
seulement en phosphatase acide, mais egalement en un certain nombre d'hydro-
lases capables de degrader des proteines, des lipides, des polysaccharides et des
acides nucleiques a un pH de 1'ordre de 5. II s'agissait done d'une espece bien
definie d'organites porteurs d'activites lytiques representant 1'appareil digestif
de la cellule. DE DUVE leur donna le nom de lysosomes. La microscopie
electronique revela qu'il s'agissait d'organites heterogenes de petite taille, 0.2 a
0.5 |im, delimites par une seule membrane. On decouvrit que la diversite de
taille des lysosomes ressortait de leur mode de formation. La premiere etape
dans la formation des lysosomes consiste dans la fusion de vesicules provenant
de 1'appareil de GOLGI et de vesicules, appelees endosomes, issues d'une inva-
gination de la membrane plasmique. Le produit de cette fusion est un endolyso-
some. Les endosomes apportent a 1'endolysosome une ATPase membranaire
dont le role est d'acidifier 1'interieur de 1'organite. Les vesicules golgiennes
apportent des hydrolases fonctionnant a pH acide.
Des cellules specialisees dans la lutte antimicrobienne, comme les neutrophiles

du courant sanguin ou les macrophages tissulaires, ont la capacite d'endocyter
des micro-organismes dans des phagosomes qui fusionnent avec des
endolysosomes pour former des phagolysosomes ou s'opere la digestion des
micro-organismes. Les endolysosomes peuvent egalement fusionner avec
d'autres organites endocellulaires endommages par vieillissement. C'est le cas
des mitochondries dont le metabolisme oxydatif est intense et dont la duree de
vie est limitee a une vingtaine de jours chez les mammiferes. Ce processus est
appele autophagie.
Les peroxysomes, particules de taille voisine de celle des lysosomes, furent
decouverts par le groupe de Louvain quelque temps apres les lysosomes.
DE DUVE avait ete intrigue par les resultats d'experiences de centrifugation
differentielle d'homogenats cellulaires publics en 1953 par le biochimiste ame-
ricain Alexander NOVIKOFF (1907 - 1987). Ces resultats montraient que 1'urate
oxydase, qui n'est pas une hydrolase, faisait partie du repertoire des enzymes
lysosomiaux. DE DUVE confirma qu'effectivement 1'urate oxydase etait retrou-
vee dans la fraction lysosomiale apres centrifugation differentielle d'homogenats
de foie de rat. Cependant, grace a un examen plus minutieux, mettant en ceuvre
des sedimentations d'homogenats dans divers types de gradients de densite, il
devint possible a la fin des annees 1950, de differencier les lysosomes porteurs
d'hydrolases, d'une autre categoric d'organites de taille voisine contenant non
seulement 1'urate oxydase mais aussi la D-aminoacide oxydase, la catalase et des
peroxydases. Pour cette raison, ces derniers organites furent appeles peroxy-
somes. La preparation de peroxysomes non contamines par des lysosomes fut
obtenue dans le groupe de DE DUVE, grace a un elegant procede base sur le
raisonnement suivant: des lysosomes mis en presence d'une substance etran-
gere de faible densite doivent incorporer cette substance car leur fonction est
celle d'etre les eboueurs de la cellule. Des rats rec,urent deux jours avant leur
sacrifice une injection intraperitoneale de triton WR1339, un detergent de faible
densite et non toxique. Le foie preleve fut homogeneise. La centrifugation dans
un gradient de sucrose montra que les lysosomes gorges de triton sedimentaient
beaucoup plus lentement que les peroxysomes, ce qui permettait leur isolement
et leur caracterisation. L'examen au microscope electronique des peroxysomes
purifies revela des structures globulaires de 0,5 |im de diametre entourees d'une
seule membrane. Considered au moment de leur decouverte comme un compar-
timent dote de fonctions limitees a leur activite oxydase, les peroxysomes ont
vu, dans les annees 1980, leur statut progresser grace a la decouverte de fonc-
tions insoupc,onnees. On decouvrit par exemple que les peroxysomes sont im-
pliques dans la synthese d'une espece particuliere de phospholipides, les plasma-
logenes. Dans les plantes, au stade de la germination, les peroxysomes sont le
siege d'un cycle metabolique ou intervient 1'acide glyoxylique et, dans ce cas
particulier, on leur donne le nom de glyoxysomes. Egalement dans les plantes
et dans certaines conditions, les peroxysomes participent a un processus tres
particulier, la photorespiration, qui entre en competition avec la photosynthese.
Ainsi en une vingtaine d'annees, apres la mise au point de la centrifugation

fractionnee, on etait parvenu a isoler differentes especes d'organites endo-
cellulaires et a faire un inventaire de leurs capacites physiologiques. La cellule
apparaissait des lors comme une structure multicompartimentee et non plus
comme un simple "sac a enzymes". Chaque compartiment correspondant a
une espece definie d'organites se revelait porteur d'activites enzymatiques
specifiques. Albert CLAUDE I17!, Georges PALADE t17] ainsi que Christian
DE DUVE f17! avaient ete les pionniers de cette avancee marquante de la biologic
moderne. D'un statut de science essentiellement morphologique jusque dans les
annees 1940, la cytologie s'ouvrait a une etude non seulement structurale, mais
aussi fonctionnelle des organites endocellulaires. Avec ce nouveau statut elle
prit le label de biologic cellulaire.
L'isolement des differentes especes d'organites endocellulaires fut une demarche
resolument reductionniste. Cette demarche etait indispensable pour assigner aux
differents organites, mitochondries, lysosomes, peroxysomes, leurs roles respec-
tifs dans le metabolisme en tant que porteurs d'enzymes specifiques. Mais il est
evident que cette connaissance ne procurait pas d'informations sur le fonction-
nement global de la machinerie cellulaire sous sa forme integree. Selon 1'apho-
risme que "le tout est plus que la somme des parties", une approche holistique
se mit en place dans les annees soixante-dix en complement de la demarche
reductionniste pour suivre le destin intracellulaire de molecules organiques,
grace a des techniques qui respectent 1'integrite de la cellule, comme la
resonance magnetique nucleaire.
8.2.3. Les retombees de I 'exploration endocellulaire en pathologic

Dans son traite d'Anatomie Generate (1801), BICHAT decrivait non seulement la
morphologie des tissus, mais aussi leurs fonctions physiologiques et leurs
derives pathologiques, instaurant ainsi la pathologie tissulaire. Un demi-siecle
plus tard, VIRCHOW creait le terme de pathologie cellulaire, s'appuyant sur le
nouveau concept de la theorie cellulaire. II signifiait ainsi que les defauts de
fonctionnement aboutissant a 1'etat pathologique devaient etre discutes non plus
en termes de deficit tissulaire mais en termes de deficit cellulaire. Un siecle apres
les travaux de VIRCHOW, avec la possibilite d'isoler les organites endo-
cellulaires et d'explorer leur fonctionnement, on vit s'epanouir une nouvelle
approche de la pathologie beaucoup plus informative que la precedente qui
permettait de distinguer les maladies d'origine mitochondriale, lysosomiale et
peroxysomiale.
La premiere maladie mitochondriale a avoir ete decrite fut la maladie de LUFT,
du nom du medecin suedois qui la mit en evidence en 1959 chez une femme.
Celle-ci presentait un metabolisme de base anormalement eleve, une consom-
[17] Albert CLAUDE, Georges PALADE et Christian DE DUVE, Prix Nobel de physiologie et
de medecine (1974).
mation d'oxygene doublee par rapport a la normale, une forte asthenie et une
transpiration abondante. Le diagnostic d'hyperthyro'idie avait ete ecarte. La
cause des symptomes restait mysterieuse. Des analyses realisees sur une prepa-
ration de mitochondries obtenues a partir d'une biopsie musculaire donnerent la
cle de 1'enigme : la respiration mitochondriale n'etait pratiquement pas couplee
a la synthese d'ATP. En d'autres termes, 1'energie respiratoire etait perdue sous
forme de chaleur. A partir des annees 1970, la connaissance des maladies
mitochondriales s'est considerablement enrichie. Ces maladies ont fait 1'objet
d'une classification dont la symptomatologie dominante est le dysfonctionne-
ment du systeme nerveux. Les lesions responsables resident assez souvent, mais
pas exclusivement dans 1'ADN mitochondrial, ADN non protege, sensible en
particulier aux attaques par les radicaux libres oxygenes. Par le fait que 1'equi-
pement mitochondrial de 1'ceuf feconde provient essentiellement de 1'ovule, les
maladies mitochondriales causees par une mutation dans 1'ADN mitochondrial
sont des maladies a heredite maternelle.
On s'est rendu compte recemment que les mitochondries n'etaient pas simple-
ment les centrales energetiques de la cellule mais que, de faôn inattendue, elles
participaient a la mort cellulaire programmee ou apoptose, en relachant dans le
cytosol leur cytochrome c, ce qui entraine 1'activation de proteases jouant un
role strategique dans le suicide cellulaire. La programmation de ce suicide est
decidee lorsque 1'economie cellulaire est bouleversee de fac.on irreversible.
Les maladies lysosomiales, maladies a transmission hereditaire, sont caracteri-
sees par 1'accumulation dans les lysosomes de materiel moleculaire non digere,
ce qui entraine une augmentation de volume de ces organites et compromet la
vie de la cellule. II existe des dizaines de maladies lysosomiales actuellement
bien definies au plan clinique et au plan biologique. Toutes sont le resultat de
1'absence de 1'une des hydrolases lysosomiales. Par exemple, la maladie de TAY-
SACHS, 1'une des premiere maladies lysosomiales a avoir ete identifiee est due a
1'absence d'une hexosaminidase, qui degrade un certain type de ganglioside,
une molecule glycolipidique. Ce ganglioside, constituant de la membrane plas-
mique des cellules, est soumis, comme les autres constituants de la membrane, a
un renouvellement rapide par hydrolyse suivi de resynthese. L'absence d'hydro-
lyse conduit a son accumulation et a une mort cellulaire, d'ou s'ensuit une
pathologic gravissime, avec cecite, demence et mort precoce. Un examen histo-
logique du tissu nerveux a 1'autopsie montre que les neurones sont augmentes
de taille avec des lysosomes gorges de ganglioside. Le defaut porte sur un gene
recessif qui peut etre detecte par culture de peau suivie d'un test de recherche de
1'hexosaminidase.
Comme dans le cas des lysosomes, des maladies hereditaires dues a des defi-
ciences en enzymes peroxysomiaux ont ete tres tot reconnues. Une des maladies
peroxysomiales les mieux caracterisees est la maladie de ZELLWEGER. Elle
resulte de 1'absence quasi totale d'enzymes peroxysomiaux dans les peroxy-
somes du fait d'un defaut d'importation de ces enzymes. Les patients presentent
de graves lesions cerebrales, hepatiques et renales et decedent dans les semaines

qui suivent la naissance.
Les anciennes et classiques observations de BOVERI sur la relation entre 1'exis-
tence de chromosomes anormaux chez des larves d'oursin et le developpement
anormal de ces larves laissaient prevoir que chez rhomme des anomalies du
caryotype pouvaient avoir un retentissement au plan phenotypique. La
premiere preuve en fut apportee par le geneticien franc.ais Jerome LEJEUNE
(1926 -1994) qui montra que les patients atteints de mongolisme etaient porteurs
d'un chromosome autosomique supplementaire. Depuis, bien d'autres
anomalies chromosomiques causees par des deletions ou des translocations ont
ete identifiees dans des maladies genetiques telles que le retinoblastome, la
neurofibromatose, la tumeur de WILMS...
8.3. I/UTILISATION DE CELLULES EUCARYOTES CULTIVEES,

OU ISOLEES A PARTIR DE TISSSUS ANIMAUX,
POUR DES ETUDES METABOLIQUES
Dans les dernieres annees du XIX e siecle, Wilhelm ROUX semble avoir reussi a
maintenir des tissus embryonnaires en survie hors de 1'organisme dans un
milieu artificiel. II faut cependant attendre les experiences de Ross HARRISSON
aux USA, dans la premiere decennie du XX e siecle, pour parler reellement de
cultures cellulaires, d'abord avec de petits fragments de tissus d'embryons de
grenouille preleves sterilement et places dans de la lymphe coagulee de gre-
nouille adulte, d'ou la notion de la necessite d'un support solide.
Une seconde etape fut franchie avec la decouverte, en 1913, de la necessite d'un
extrait embryonnaire par Alexis CARREL t18] (1873 - 1944). CARREL travaillait a
cette epoque a 1'Institut Rockefeller de New York. II reussit a cultiver des fibro-
blastes, sur plusieurs dizaines de jours, en ajoutant au milieu un extrait soluble
obtenu a partir de broyats d'embryons de poulet. En 1943, Wilton EARLE
(1902 -1964) porta cette performance a plus de 200 jours en utilisant des cellules
de derme de souris. La premiere lignee cellulaire humaine a avoir ete main-
tenue en culture de fagon permanente a ete la lignee HeLa. Elle fut obtenue en
1952 a partir de cellules d'un cancer du col de 1'uterus. De nos jours des dizaines
de lignees de cellules eucaryotes sont disponibles et peuvent etre utilisees
comme materiel d'experimentation. Les cultures sont realisees en boites de
PETRI ou en lames creuses (cultures pendantes) ou a grande echelle en flacons.
Les cellules en culture ont permis d'approfondir nos connaissances sur la
physiologic cellulaire, notamment sur la reponse des cellules vis-a-vis de leur
environnement et sur les chaines de signalisation intracellulaire.
[18] Alexis Carrel, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1912).

Au debut du XXe siecle, il etait d'usage d'utiliser des tranches fines de tissus (foie,
rein, muscle...) mises en incubation dans un milieu physiologique en presence
d'un milieu approprie pour etudier le comportement metabolique de ces tissus.
C'est ainsi que les reactions conduisant a la synthese de 1'uree ont ete mises en
evidence en 1930 par Hans KREBS (Chapitre IV-7.2.4). Dans les annees 1970,
grace a 1'utilisation d'enzymes tels que la collagenase et la hyaluronidase qui
dissolvent le ciment intercellulaire, il a ete possible d'obtenir des preparations
de cellules isolees de foie et de cceur utilisables extemporanement pour des
tests metaboliques. Ces preparations cellulaires presentent 1'avantage d'allier la
commodite de prelevements repetes d'echantillons au respect du fonctionne-
ment integre de la machinerie cellulaire.
8.4. LE CIBLAGE DE PROTEINES SPECIFIQUES

PAR DES ANTICORPS MONOCLONAUX
En 1960 un article de Georges BARSKI (1909 -1985) et de ses deux collaborateurs
SORIEUL et CORNEFERT dans les comptes rendus de 1'Academie des sciences de
Paris decrit un etrange phenomene. Apres melange de cellules provenant de
deux lignees issues du tissu conjonctif chez la souris, apparaissent des cellules
qui contiennent des chromosomes provenant des deux cellules parentes. C'etait
1'indication que des cellules somatiques d'animaux d'origine differente s'etaient
hybridees. Par la suite on favorisa la fusion des cellules par 1'addition du virus
Sendai inactive ou plus simplement de polyethylene glycol. Ce fut le point de
depart d'experiences d'hybridation entre cellules d'especes differentes, par
exemple des cellules humaines et des cellules murines, technologie qui fut initia-
lement utilisee pour la cartographic de genes dans les chromosomes humains.
En 1975, deux immunologistes, Georges KOHLER W (1946 - 1995) et Cesar
MILSTEIN [91 (n. 1927), eurent 1'idee d'appliquer la fusion cellulaire a la prepa-
ration d'hybrides de cellules de myelome et de lymphocytes B qui auraient les
caracteres propres aux deux especes cellulaires, a savoir la capacite de se
diviser de fac.on illimitee et la capacite de produire des anticorps. On savait a
cette epoque que chaque lymphocyte B etait producteur d'une espece et une
seule d'anticorps contre un determinant antigenique precis et que, par expan-
sion clonale, la masse des lymphocytes B provenant de ce seul lymphocyte B
pouvait produire une quantite notable de cet anticorps. KOHLER et MILSTEIN
immuniserent une souris contre des hematies de mouton. Apres le sacrifice de la
souris, la rate riche en lymphocytes B producteurs d'anticorps fut prelevee, et
les cellules spleniques furent mises a fusionner avec des cellules de myelome
murin. Parmi les cellules qui avaient fusionne, certaines produisaient des anti-
corps anti-hematies de mouton. Ces hybridomes en principe immortels assu-
raient done une production continue d'anticorps. De plus, chaque hybridome
secretait un seul type d'anticorps, appele anticorps monoclonal, capable de
reagir avec un seul determinant antigenique.
Les anticorps monoclonaux ont de multiples applications : purification de

proteines par chromatographie d'affinite, immunotests en analyse medicale ou
recherche d'antigenes de differentiation cellulaire sur la membrane plasmique
de cellules. A titre d'exemple, un anticorps monoclonal dirige contre un antigene
de surface et etiquete avec un ligand fluorescent peut etre utilise pour marquer
cet antigene dans une population heterogene de cellules. Les cellules d'interet,
rendues fluorescentes, sont triees et isolees a 1'aide d'un cytofluorimetre de flux.
9. EMERGENCE D'UN NOUVEAU SECTEUR DE LA

BIOLOGIE CELLULAIRE : LA MEMBRANOLOGIE
Dans le milieu du XVIII6 siecle, un anatomiste anglais de 1'universite de Londres,
William HEWSON (1739 -1774) qui utilisait le microscope pour 1'etude des cel-
lules sanguines remarqua la forme biconcave des globules rouges humains. II
nota que cette forme particuliere etait maintenue dans une solution de chlorure
de sodium a 0,9%. Place dans de 1'eau, les globules rouges gonflaient et ecla-
taient. Dans les annees 1820, le mouvement de 1'eau dans les cellules fut con-
firmee et etudiee en detail par DUTROCHET, qui introduisit les termes d'endos-
mose et d'exosmose. Cependant 1'idee de membrane cellulaire restait floue.
L'etat des connaissances sur la membrane cellulaire dans le milieu du XIX e siecle
peut etre objectivement apprecie d'apres des documents empruntes a la 5e edi-
tion du Traite d'histologie humaine d'Albert KOLLIKER (traduction franchise de
1868). Rapportant les travaux du cytologiste Max SCHULTZE (1825 -1874) de
1'universite de Bonn qui faisait autorite dans son domaine, KOLLIKER ecrivait:
"1'idee de cellule comprend deux choses, un noyau et du protoplasme, qui
toutes deux participent a la production des parties constituantes correspondantes
d'une autre cellule..." Une autre proposition de SCHULTZE etait que "les cellules
depourvues de membrane sont les seules qui se multiplient par scission en
totalite, et que la formation d'une membrane a la surface d'un protoplasme est
plutot 1'indice d'une periode regressive commenc.ante, de sorte qu'on pourrait
soutenir que la membrane appartient si peu a la notion de cellule qu'elle serait
meme a considerer comme un signe de decrepitude".
Pour sa part KOLLIKER adopta une attitude mitigee. II admettait que la
membrane cellulaire (qu'il appellait enveloppe) "a peine figuree par un simple
contour sous le microscope peut avoir une signification physiologique". "Son
principal role, ecrivait-il, consiste a proteger le contenu cellulaire contre les
liquides ambiants, et a 1'aider a maintenir sa conformation speciale et sa compo-
sition chimique propre". Cependant, ajoutait-il, "les cellules qui ne renferment
que du cytoplasme, lequel est insoluble dans les liquides cellulaires, peuvent
plutot se passer de membrane que les elements qui renferment beaucoup de
liquide cellulaire, facile a dissocier". A cette epoque, la theorie des colloi'des
(Chapitre III-1.2.7) etait en vogue et Ton admettait que la forme globulaire des
cellules etait le resultat de la condensation d'un gel colloidal. Face a cet etat des
idees a la fin du XIX e siecle, on comprend que ce fut une revolution concep-
tuelle majeure lorsqu'on apprit quelques annees plus tard que les membranes
etaient des "enveloppes obligatoires" pour la cellule et les organites endocel-
lulaires et que leur materiau moleculaire fondamental etait de nature lipidique.
Une contribution decisive quant au role des membranes dans 1'economie
cellulaire fut apportee au tournant du XXe siecle par Charles Ernst OVERTON
(1865 -1933). D'origine britannique, OVERTON pour des raisons familiales vint
en Suisse pour suivre des etudes superieures a 1'universite de Zurich. En 1890,
il est nomme assistant dans cette universite, puis il quitte la Suisse pour
1'Allemagne ou il travaille dans le departement de physiologie de 1'universite de
Wiirzburg. En 1907, il est appele a la direction du departement de pharmaco-
logie de 1'universite de Lund en Suede.
Les premiers travaux d'OVERTON a Zurich portent sur les cellules vegetales et
concernent la relation entre la structure chimique d'un grand nombre de solutes
et leurs proprietes osmotiques. OVERTON note que la partition d'un solute dans
un melange eau/solvant organique est un indicateur de la vitesse de penetration
du solute dans la cellule. Plus le solute est lipophile, plus grande est sa capacite
a traverser la membrane plasmique des cellules. A partir de 1900, a Wiirzburg,
les recherches d'OVERTON s'etendent aux cellules animales. Avec une remar-
quable prescience, OVERTON postule que la membrane plasmique des cellules
est "impregnee" d'un materiel lipidique dont il suppute qu'il peut consister en
cholesterol et phospholipides. Explorant 1'effet de narcotiques sur des tetards ou
de petits invertebres, il decouvre que 1'action anesthesiante est d'autant plus
grande que le caractere lipophile du narcotique est plus marque, et il en deduit
que 1'efficacite des narcotiques est liee a la vitesse avec laquelle ils traversent la
barriere lipidique de la membrane plasmique des cellules.
9.1. LES MEMBRANES CELLULAIRES

EN TANT QUE BICOUCHES LIPIDIQUES
Le globule rouge de mammifere qui avait ete utilise dans les premiers travaux
sur les mecanismes de 1'osmose fut choisi pour sa simplicite structurale (cellule
sans noyau et sans organites endocellulaires, dotee d'une seule membrane, la
membrane plasmique) comme cellule modele en membranologie dans le cou-
rant du XXe siecle.
En 1925, le Hollandais, Evert GORTER (1881 -1954) qui s'interessait a la compo-
sition chimique de la membrane plasmique du globule rouge humain, publia
avec son associe R. GRENDEL, dans le Journal of Experimental Medicine les
resultats d'une experience d'une etonnante simplicite qui allait demontrer que
les lipides membranaires sont organises en bicouche. Partant d'une quantite
precise de globules rouges et ayant evalue la taille de ces cellules par un
examen microscopique, les auteurs calculerent la surface totale de 1'enveloppe
de toutes les cellules presentes dans le prelevement. Us procederent alors a

1'extraction des lipides des globules rouges par des solvants organiques. Us
etalerent les lipides en monocouche sur une surface de verre. Us mesurerent la
surface de la monocouche et comparerent cette surface a celle calculee pour la
totalite des globules rouges de depart. La surface des lipides etales en mono-
couche etait deux fois plus grande que la surface de 1'enveloppe des globules
rouges. La conclusion evidente etait que les lipides de la membrane du globule
rouge etaient arranges en bicouche. La bicouche lipidique etroite et flexible
qui entoure les cellules et leurs organites explique les modifications morpho-
logiques de ces structures en fonction des changements du milieu environnant,
en meme temps qu'elle leur procure une enveloppe protectrice.
9.2. ÂRCHITECTURE MEMBRANAIRE :

UN HISTORIQUE DES THEORIES
Les especes lipidiques predominantes dans les membranes biologiques sont des
glycerophospholipides et des sphingolipides, c'est-a-dire des molecules amphi-
pathiques avec une region polaire hydrosoluble (ou tete polaire) et une region
apolaire hydrophobe (Figure 11.21). Dans la bicouche lipidique d'une mem-
brane, les lipides sont arranges de telle fac.on que leurs regions hydrophobes
sont orientees en vis-a-vis, enserrees en sandwich entre les tetes polaires. Une
fois admise la structure en bicouche des lipides des membranes cellulaires, deux
questions se posaient: comment des proteines interagissent avec la bicouche
lipidique et comment la membrane cellulaire dont la composante lipidique est
impermeable a des molecules hydrophiles peut-elle laisser passer certaines de
ces molecules, en particulier celles impliquees dans les reactions metaboliques.
En 1935, James DANIELLI (1911 -1984) postula que les proteines etaient accro-
chees aux tetes polaires des lipides membranaires (Figure 11.22). Le modele issu
de ce postulat, connu sous le nom de modele de DANIELLI-DAVSON, n'expli-
quait cependant pas le transport transmembranaire specifique de molecules
hydrophiles, comme des glucides et des acides amines. En 1943, le modele fut
affine. La nouvelle version montrait des proteines membranaires traversant la
bicouche lipidique et delimitant des pores a travers lesquels des molecules
hydrophiles pouvaient migrer. Dans les annees d'apres guerre, la microscopic
electronique confirma que, quelle que soit 1'espece cellulaire, on retrouve dans
les membranes cellulaires une meme entire morphologique caracterisee par une
double couche moleculaire de lipides avec une epaisseur totale de 1'ordre de 70 A.
Des membranes artificielles peuvent etre obtenues apres traitement par ultrasons
de phospholipides en milieu aqueux. Comme pour les membranes naturelles,
la microscopie electronique des membranes artificielles fixees par le tetroxyde
d'osmium montre deux bandes sombres, de 20 A environ d'epaisseur, corres-
pondant aux tetes polaires des phospholipides, enserrant une bande claire de 30
a 35 A, correspondant aux chaines grasses de ces phospholipides (Figure 11.23).
acide phosphatidique
phosphatidylcholine
phosphatidylethanolamine
phosphatidylserine
Phosphoglycerides
phosphatidylglycerol
diphosphatidylglycerol
(cardiolipide)
phosphatidylinositol
sphingophospholipide
Sphingolipides
sphingoglycolipide
Cholesterol
Figure 11.21 - Principaux composants lipidiques des membranes

Modeles :
Interaction entre proteines et tetes

polaires de lipides membranaires
DANIELLI-DAVSON
(1934)
Interaction entre proteines

transmembranaires et
chaines grasses des lipides
DANIELLI-DAVSON
(1943)
Mosai'que fluide resultant de la

diffusion laterale et de la rotation
des lipides membranaires
et des proteines intrinseques
SlNGER-NlCOLSON
(1972)
Dans le modele de la mosai'que fluide, les proteines membranaires intrinseques

comportent deux regions, une region hydrophobe, en contact avec les chaines carbonees
hydrophobes des phospholipides de la membrane, et des regions hydrophiles aux
extremites de la molecule proteique, en contact avec les milieux extramembranaires.
Alors que les mouvements de diffusion laterale et de rotation des phospholipides et des
proteines intrinseques sont rapides, la diffusion transversale des phospholipides (flip-
flop) est tres lente et celle des proteines intrinseques est nulle.
Figure 11.22 - Evolution des concepts sur les proteines membranaires

En 1972, fut propose le modele dit de la mosai'que fluide ou modele de

SINGER-NICOLSON. Son originalite reposait sur le concept de proteines mem-
branaires de nature largement hydrophobe traversant de part en part la
bicouche lipidique et interagissant par leur region en majorite hydrophobe avec
les chaines carbonees hydrophobes des acides gras des phospholipides. De
telles proteines membranaires ont rec.u le nom de proteines intrinseques. Parce
qu'elles sont mobiles, animees de mouvements de rotation et de deplacement
lateral dans le plan de la bicouche, le terme de mosai'que fluide a ete propose
pour baptiser une telle architecture membranaire. A cote des proteines
intrinseques solidement ancrees dans la membrane existent des proteines
extrinseques ou peripheriques lachement associees aux tetes polaires des
phospholipides de la membrane. Les proteines extrinseques sont extractibles par
des solutions aqueuses hypertoniques ou hypotoniques tandis que 1'extraction
des proteines intrinseques necessite 1'action de detergents.
On s'est convaincu de la nature transmembranaire des proteines intrinseques
par la technique de la cryofracture qui consiste a ouvrir par un choc la bi-
couche de membranes prealablement congelees. L'empreinte des deux feuillets
separes de la bicouche lipidique, examinee au microscope electronique, revele
la presence de regions protuberantes depassant Tun des feuillets ou encore des
regions concaves, signant ainsi 1'endroit ou se trouvaient des proteines
decollees par la cryofracture (Figure II.23b). Souvent les proteines intrinseques
de la membrane plasmique portent dans la region exposee au milieu envi-
ronnant des chaines polysaccharidiques. La traversee transmembranaire de
proteines intrinseques fut largement confirmee par des approches chimiques
(photomarquage utilisant des ligands photoactivables specifiques) et immuno-
chimiques (immunoreaction utilisant les anticorps antipeptidiques diriges contre
des sequences hydrophiles supposees extramembranaires des proteines intrin-
seques). Dans les annees I960, les fonctions de divers types de proteines intrin-
seques (transporteurs, canaux, recepteurs, ATPases) furent identifiees apres
isolement de ces proteines et reconstitution de leur activite apres insertion dans
la bicouche lipidique de membranes artificielles (voir ci-dessus).
Le fait que des molecules de petite taille comme 1'eau, 1'azote, 1'oxygene, le gaz
carbonique, rammoniaque diffusent a travers des bicouches lipidiques avait
conduit a postuler 1'idee que le transport de ces molecules dans les membranes
biologiques etait de type passif. Aussi la surprise fut-elle grande lorsqu'en 1988
un canal proteique denomme aquaporine, laissant passer selectivement 1'eau, fut
identifie dans des membranes de globules rouges et de tubules renaux. La
nature proteique du canal expliquait 1'action ralentissante de certains poisons
comme les sels de mercure, rappelant ainsi 1'action de tels inhibiteurs sur des
proteines de transport. La structure tridimentionnelle de 1'aquaporine de globule
rouge (Nature, vol. 407, pp. 599-605, 2000) revela que le canal de 1'aquaporine
etait borde d'acides amines hydrophobes et presentait une zone de striction de
3 A, expliquant ainsi la specificite du passage des molecules d'eau.
A gauche, membrane composee uniquement de phospholipides. A droite, membrane

composee de phospholipides associes a une proteine hydrosoluble, la globine, qui se fixe
sur les tetes polaires des phospholipides.
a - Images en microscopic electronique de membranes artificielles fixees au
tetroxyde d'osmium (d'apres micrographies electroniques W. STOECKENIUS, 1962)
Les proteines intrinseques decouvertes par la cryofracture apparaissent sous forme de globules.
b - Image en microscopic electrique obtenue apres cryofracture d'une
terminaison nerveuse isolee a partir de grenouille
(d'apres H.R. RETTY -Molecular Biology of Membranes, 1993
avec 1'autorisation du Dr John Heuser)
La fleche indique le plan de la cryofracture.

c - Principe de la cryofracture d'une membrane biologique
Figure 11.23 - Mise en evidence de la micro-anatomie des membranes

biologiques (bicouche lipidique et proteines intrinseques)
Une belle demonstration de la diffusion laterale des proteines membranaires a

ete fournie par 1'experience de retablissement de la fluorescence apres
photoexcitation. Dans cette experience, une espece bien definie de proteine
intrinseque de la membrane plasmique est marquee par un anticorps specifique
etiquete avec un chromophore fluorescent. Apres avoir repere avec un micro-
scope a fluorescence une region bien delimitee de la membrane, on envoie sur
cette region un rayon laser tres fin qui detruit les molecules fluorescentes. La
region examinee perd immediatement sa fluorescence. Dans les minutes qui
suivent, on observe que cette region devenue non fluorescente est envahie peu
a peu par des molecules fluorescentes venues de regions voisines de la mem-
brane plasmique. Get envahissement est du tout simplement a la diffusion
laterale des molecules de proteines. La diffusion laterale et la rotation des lipides
et proteines membranaires sont des mouvements rapides. Un lipide membra-
naire peut diffuser lateralement sur 2 um en une seconde, c'est-a-dire migrer
d'un bout a 1'autre d'une cellule bacterienne en une seconde, et faire le tour
d'une cellule eucaryote en quelques dizaines de secondes. Certaines proteines
sont presque aussi mobiles que les lipides.
Bien que la notion de mobilite des lipides et des proteines dans 1'epaisseur d'une
membrane cellulaire soit un fait acquis incontestable, des decouvertes recentes
ont attire 1'attention sur quelques limitations imposees a cette mobilite. Par
exemple, dans la membrane plasmique la diffusion laterale de proteines et des
lipides est freinee par la rencontre avec des piliers d'insertion des proteines du
cytosquelette. Par ailleurs, on a recemment mis en evidence dans la membrane
plasmique d'un certain nombre de cellules, lymphocytes, levures, amibes,
1'existence d'agglomerats lipidiques insolubles dans les detergents a froid,
constitues en grande partie par des sphingolipides et du cholesterol. Ces agglo-
merats se deplacent lateralement dans la bicouche. On leur a donne le nom de
radeaux lipidiques. Leur sont accrochees des proteines qui sont impliquees
dans la signalisation cellulaire, ce qui suggere un mecanisme particulier de
regulation metabolique qui devrait donner lieu a d'interessants developpements.
9.3. LA REPARTITION ASYMETRIQUE DES PHOSPHOLIPIDES DANS LES

DEUX FEUILLETS DE LA BICOUCHE LIPIDIQUE DES MEMBRANES
Au debut des annees soixante dix, des resultats d'experiences portant sur la
membrane plasmique du globule rouge montraient que les phospholipides de
cette membrane etaient repartis de fac,on asymetrique dans les deux feuillets de
la bicouche lipidique. Si de la phospholipase A2 et de la sphingomyelinase
etaient ajoutees a des globules rouges intacts, la phosphorylcholine et la sphin-
gomyeline etaient rapidement attaquees et degradees alors que la phosphatidyl-
ethanolamine et la phosphatidylserine etaient epargnees. Lorsque les cellules
etaient permeabilisees, la totalite des phospholipides etait attaquee. De ces resul-
tats, on pouvait conclure que la phosphatidylcholine et la sphingomyeline
etaient en majorite localisees dans le feuillet externe de le bicouche lipidique de

la membrane plasmique tandis que la phosphatidylethanolamine et la phospha-
tidylserine residaient essentiellement dans le feuillet interne. L'asymetrie de
repartition des phospholipides dans une membrane biologique est inherente a
1'etat vivant de la cellule. Elle resulte de 1'action d'un systeme enzymatique
appele flipase qui controle la diffusion transversale des phospholipides mem-
branaires. Un des premiers signes de 1'apoptose (mort cellulaire programmee)
est 1'annulation de 1'asymetrie des phospholipides membranaires.
10. LE NOUVEAU STATUT DE LA BIOLOGIE CELLULAIRE.

VERS UNE RATIONALISATION MOLECULAIRE DE LA
DYNAMIQUE CELLULAIRE
Dans la deuxieme moitie du XXe siecle, la biologic cellulaire passa d'un statut de
science morphologique a un statut de science physiologique, tout simplement
parce que de nouveaux outils avaient ete forges, qui permettaient de repondre a
des questions restees jusque la insolubles. Trois exemples typiques qui se
rapportent au fonctionnement cellulaire seront brievement commentes, des
descriptions detainees pouvant etre trouvees dans des traites modernes de
biologic. Ces exemples concernent 1'adressage de proteines neo-synthetisees a
des organites endocellulaires, 1'organisation de chaines proteiques de signa-
lisation qui transmettent au contenu de la cellule des messages de molecules de
1'environnement extracellulaire (hormones, molecules chimiotactiques), enfin la
regulation homeostatique qui permet a la cellule d'eviter des fluctuations
metaboliques incontrolees.
10.1. LE CODE DE ROUTAGE DE PROTEINES NEOSYNTHETISEES

VERS DES ORGANITES ENDOCELLULAIRES
A la fin des annees cinquante, des experiences de radiomarquage avaient

montre que les constituants des organites endocellulaires, en particulier les
proteines, etaient renouveles avec des vitesses qui differaient suivant le type
d'organites. D'autre part, dans des organes secreteurs comme le pancreas, les
images de microscopie electronique avaient revele la forte densite membranaire
du reticulum rugueux. Comment des proteines synthetisees dans des cellules
secretrices au niveau des ribosomes du reticulum rugueux etaient-elles recon-
nues et transporters a I'interieur de la lumiere des canalicules de reticulum pour
passer dans 1'appareil de GOLGI et finalement etre secretees ? Comment des
proteines synthetisees au niveau de ribosomes libres dans le cytoplasme etaient-
elles dirigees de fac,on specifique vers tel ou tel type d'organite endocellulaire ?
Existait-il dans ces proteines un systeme de reconnaissance, un etiquetage,
capable de jouer le role de repere ? C'est a ce probleme de routage que

s'attaquerent nombre d'equipes de recherche dans les dernieres decennies du
XXe siecle.
Au debut des annees 1970, Giinther BLOBEL t19! (n. 1936) a 1'Institut Rockefeller
etudie la secretion de proteines dans les cellules de pancreas qui, quelque temps
auparavant, avaient fait 1'objet d'analyses electromicrographiques dans le merne
Institut par Georges PALADE. Un phenomene curieux attire son attention. Les
proteines secretees ont une taille plus petite que les memes proteines au moment
de leur synthese. BLOBEL decouvre qu'une sequence d'une vingtaine d'acides
amines, pour la plupart hydrophobes, a ete amputee du cote N-terminal. II
s'avera que cette sequence, qui fut appelee peptide signal, etait 1'etiquette
d'adressage au reticulum des proteines dont le destin est d'etre secrete.
En ce qui concerne les proteines a destinee intracellulaire, synthetisees au
niveau de ribosomes libres du cytoplasme, il existe aussi un mecanisme d'adres-
sage caracterise par une sequence signal qui permet a une proteine donnee
d'etre dirigee vers 1'organite reconnu comme cible (Figure 11.24). Ainsi, des
proteines contenant un motif hexapeptidique comportant au minimum quatre
acides amines basiques (arginine et/ou lysine) ont une propension a etre
dirigees vers le noyau de la cellule pour y etre importees. Les proteines qui
ressortent du noyau contiennent des repetitions de residus de leucine. Les
proteines a destinee mitochondriale possedent des sequences riches en acides
amines basiques (arginine, lysine) et hydroxyles (serine, threonine), ainsi qu'en
acides amines hydrophobes, le tout organise en helices amphiphiles. L'adres-
sage des proteines vers les peroxysomes se fait principalement grace a une
sequence tripeptique, serine - lysine - leucine. Outre 1'adressage de proteines
libres a des organites endocellulaires, il existe un adressage de proteines encloses
dans des vesicules. C'est le cas de proteines empaquetees dans une membrane,
qui sont transferees d'un compartiment a un autre de 1'appareil de GOLGI.
Certaines vesicules de bourgeonnement de 1'appareil de GOLGI peuvent
fusionner directement avec la membrane plasmique et deverser par exocytose
leur contenu a 1'exterieur de la cellule. D'autres vesicules golgiennes qui
concentrent des hydrolases "acides" etiquetees avec du mannose 6-phosphate
fusionnent avec des vesicules, appelees endosomes, issues de la membrane
plasmique par endocytose.
Le processus d'adressage a ete invente tres tot dans le cours de 1'evolution. Les
procaryotes possedaient deja un tel systeme. Par exemple, dans la bacterie
Escherichia coli, certaines proteines synthetisees au niveau des ribosomes dans le
corps de la bacterie sont adressees vers 1'espace periplasmique apres avoir
traverse la membrane plasmique grace a une sequence signal riche en acides
amines hydrophobes avec quelques acides amines basiques.
[19] Giinther BLOBEL, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1999).

Les proteines synthetisees au niveau des ribosomes libres sont a destinee intracellulaire.
Leur etiquetage par une courte sequence peptidique permet un adressage specifique
vers les mitochondries, les peroxysomes ou le noyau. Les proteines dont le destin est
d'etre secretees hors de la cellule sont synthetisees au niveau des ribosomes du reticulum
endoplasmique rugueux avec une etiquette peptidique specifique de reconnaissance.
Apres avoir traverse la membrane du reticulum et perdu leur etiquette, elles subissent
dans la lumiere du reticulum, puis de 1'appareil de Golgi diverses modifications, en
particulier des additions d'oses, avant d'etre liberees dans le milieu extracellulaire. Les
enzymes lysosomiaux contenus dans les vesicules golgiennes et etiquetes avec du
mannose 6-phosphate sont diriges vers des endosomes qui forment les lysosomes.
Figure 11.24 - Destin des proteines synthetisees dans la cellule eucaryote

10.2. LES CHAINES DE SIGNALISATION

Soumis a un stress qui se traduit par une decharge brutale d'adrenaline, le tissu
musculaire rattache au squelette reagit quasi immediaternent en se contractant.
L'energie qui alirnente la contraction musculaire provient de la degradation
du glucose, lequel est relache a partir du glycogene, un polymere de glucose
essentiellement localise dans le tissu musculaire et le tissu hepatique (Cha-
pitre IV-9.2). Dans les annees 1930 -1940, Carl CORI t2°] (1896 -1984) et Gerty
CORI I2°] (1896 -1957) au departement de pharmacologie de 1'Ecole de medecine
de Saint Louis aux Etats-Unis avaient montre que la liberation de glucose a partir
du glycogene etait due a une activation de la glycogene phosphorylase qui en
presence de phosphate mineral transforme le glycogene en glucose 1-phos-
phate. Comment 1'information apportee par 1'adrenaline etait-elle regue au
niveau de la membrane plasmique et comment cette information etait-elle
dechiffree a 1'interieur de la cellule ?
Une premiere reponse fut apportee par Earl SUTHERLAND I21! (1915 -1974), qui
avait commence ses travaux dans les annees 1950 dans la laboratoire des CORI.
II mit en evidence 1'accumulation transitoire d'AMP cyclique, un derive de
1'ATP, dans des cellules de foie au contact d'adrenaline et il observa que 1'AMP
cyclique etait forme a partir d'ATP par activation d'un enzyme membranaire,
1'adenylate cyclase. L'AMP cyclique declenchait 1'activation de la glycogene
phosphorylase. SUTHERLAND venait de decouvrir le premier maillon d'une
premiere chaine de signalisation. Dans les annees qui suivirent, on s'apergut
qu'il existait plusieurs niveaux d'activation dans cette chaine ; un premier niveau
avec 1'activation d'une proteine kinase dependante de 1'AMP cyclique (PKA),
un deuxieme niveau avec la phosphorylation et 1'activation d'une glycogene
phosphorylase kinase, le dernier niveau avec la phosphorylation et 1'activation
de la glycogene phosphorylase (Chapitre IV-9.2). Des dizaines d'exemples de ce
type, parfois d'une extraordinaire sophistication, sont actuellement connus.
Dans le debut des annees cinquante, Edwin KREBS f 22 ^ (n. 1918), un ancien eleve
des CORI, et Edmund FISCHER t22! (n. 1920) constataient qu'au cours de son
activation cellulaire par 1'adrenaline, la glycogene phosphorylase etait
phosphorylee sur des residus de serine. Ainsi, une modification covalente, une
simple phosphorylation de residus de serine, declenchait un changement de
conformation de 1'enzyme necessaire a son activite. La transformation etait
reversible, le passage de la glycogene phosphorylase de 1'etat actif phosphoryle
a 1'etat inactif dephosphoryle etant catalyse par une phosphatase specifique.
Restaient a dechiffrer les premieres etapes de la chaine de signalisation abou-
tissant a 1'activation de la glycogene phosphorylase, c'est-a-dire les etapes qui, a
[20] Carl et Gerty CORI, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1947).

[21] Earl SUTHERLAND, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1971).
[22] Edwin KREBS et Edmund FISCHER, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1992).
partir de la fixation de 1'adrenaline sur son recepteur, conduisent a 1'accumu-

lation d'AMP cyclique. Au debut de la decennie 1970, Martin RODBELL t23!
(n. 1925) mit en evidence le role joue par des proteines trimeriques possedant
une forte affinite pour le GTP et appelees pour cette raison proteines G. La
forme active des proteines G est la forme liee au GTP et la forme inactive celle
liee au GDP. Les proteines G ont la particularite d'hydrolyser tres lentement (en
plusieurs dizaines de secondes) le GTP qui leur est fixe en GDP, et de passer
ainsi a un etat inactif. La reactivation de la proteine G par contact de la
proteine G avec le recepteur charge de son ligand adrenaline passe par le
remplacement du GDP lie par du GTP. La lenteur inaccoutumee de 1'hydrolyse
du GTP lie en GDP a fait comparer les proteines G a des minuteries mole-
culaires. Alfred GILMAN t23! (n. 1941) demontra qu'une proteine G etait 1'inter-
mediaire entre le recepteur d'adrenaline et 1'adenylate cyclase, et qu'elle
intervenait effectivement a la maniere d'une minuterie.
Au cours de 1'evolution, la nature a eu le temps d'inventer et de parfaire bien
d'autres systemes de signalisation tout aussi elegants et efficaces. Tous mettent
en ceuvre des recepteurs specifiques pour des especes moleculaires aussi diffe-
rentes que des hormones, des facteurs de croissance, des substances chimio-
tactiques et meme dans le cas des cellules de la retine les photons de la lumiere.
La litterature biochimique moderne decrit en detail la structure proteique de ces
recepteurs et les mecanismes de signalisation qui en dependent dans les cellules
eucaryotes.
Les cellules procaryotes ne sont pas en reste pour s'informer des conditions de
leur environnement tres changeant. Comme les cellules eucaryotes, elles le
font par des systemes de recepteurs et des mecanismes de signalisation impli-
quant des cascades de phosphorylation. Par chimiotactisme, les bacteries se
deplacent vers des sources de nutriments grace a leurs flagelles, qui sont animes
de mouvements de rotation. Une bacterie de 1 a 2 (im, comme Escherichia coli,
possede 5 a 6 flagelles d'une dizaine de [im de long. Elle reconnait un certain
type de molecule au moyen d'une espece donnee de chimiorecepteur, generale-
ment de nature membranaire. Le signal enregistre a leur niveau est traite par un
complexe proteique et I'lnformation qui en ressort est adressee aux moteurs
moleculaires qui actionnent les flagelles, 1'energie necessaire etant fournie par
1'hydrolyse de 1'ATP.
Une meme molecule peut, par le biais de fonctions differentes, servir a des buts
similaires. C'est le cas de 1'AMP cyclique qui est synthetise dans des conditions
ou la cellule doit faire face a une difficulte d'approvisionnement en energie. On
a vu que dans le tissu musculaire soumis a un stress (apport d'adrenaline) 1'AMP
cyclique induit une chaine de signalisation qui aboutit a la liberation de
glucose, une molecule fortement energetique, a partir de glycogene, son site de
stockage. Chez des bacteries qui se divisent dans un milieu pauvre en glucose,
[23] Martin RODBELL et Alfred GILMAN, Prix Nobel de physiologie et de medecine

(1974).
1'AMP cyclique synthetise en grandes quantites stimule la transcription de genes

qui expriment des enzymes du catabolisme. Les reactions cataboliques qui
portent sur des reserves de nutriments endogenes concourrent a la recharge
energetique de la cellule bacterienne. A 1'inverse, dans un milieu riche en
glucose et autres nutriments, la synthese d'AMP cyclique est diminuee, et avec
elle la synthese des enzymes du catabolisme, un processus qui a rec,u le nom de
repression catabolique. Chez 1'amibe Dictyostelium disco'ideum, 1'AMP cyclique
intervient egalement pour controler un equilibre energetique. Dans des
conditions de disette, 1'amibe fabrique et secrete de grosses quantites d'AMP
cyclique, lequel dans ce cas fonctionne comme un signal chimiotactique
aboutissant a 1'agregation de milliers de cellules d'amibes pour former une
structure de 2 a 3 mm allongee en forme de limace. De cette structure emerge,
dresse sur une tige, un bourgeon dans lequel les cellules evoluent vers 1'etat de
spores aux parois epaisses. Ces spores representent un etat quiescent, ne
reclamant qu'un minimum de besoins energetiques. Ainsi, au cours de
revolution, a travers differentes formes de vie, depuis les bacteries jusqu'aux
mammiferes en passant par les amibes, 1'AMP cyclique a ete retenu comme un
regulateur du potentiel energetique des cellules.
10.3. L'HOMEOSTASIE CELLULAIRE,

UNE IDEE ANCIENNE REMISE A LA MODE MOLECULAIRE
II y a plus d'un siecle, Claude BERNARD suggera que le milieu interieur des
organismes vivants conservait une composition constante en ions mineraux et
en molecules organiques en depit de variations du milieu environnant. Ce
concept fut repris par Walter CANNON (1871 -1945) sous le vocable d'homeo-
stasie. On sait actuellement que 1'homeostasie cellulaire est liee en grande
partie au fonctionnement de proteines specifiques capables d'assurer le transport
d'ions ou de metabolites a travers la membrane plasmique des cellules.
Dans les annees 1950, le biochimiste danois Jens SKOU t24! observa que 1'activite
ATPase de membranes de cellules de rein etait stimulee par 1'addition d'ions
Na+ et K + . L'explication en etait qu'une ATPase dependante du Na+ et du K + ,
localisee dans la membrane plasmique des cellules eucaryotes, fournit 1'energie
necessaire au fonctionnement d'une pompe importatrice de K+ et exportatrice
de Na + appelee encore ATPase Na + /K + .
Deux autres systemes de transport de la membrane plasmique jouent un role
crucial dans 1'economie cellulaire, a savoir le transporteur Ca2+ et le transpor-
teur Na + /H + . Le transporteur Na + /H + assure le maintien du pH intracellulaire
aux environs de la neutralite lorsque le metabolisme cellulaire engendre des
produits acides, comme les acides pyruvique et lactique au cours de la glyco-
lyse (Chapitre IV-6.5). Le transporteur Na+ /H + exporte les ions H+ et importe
[24] Jens SKOU, Paul BOYER et John WALKER, Prix Nobel de chimie (1998).
194 LA.BIOLOGIE, DES ORIGINES A NOS JOURS
des ions Na + , lesquels sont reexportes centre des ions K+ par la pompe Na + /K + .
Au terme de ce processus, le rapport des concentrations en K+ et Na+ a 1'inte-
rieur de la cellule est maintenu et la cellule est debarrassee de son acidite. Ces
mouvements transmembranaires d'ions consomment, bien sur, de 1'energie.
A cote de ces systemes de transport existent dans la membrane plasmique des
cellules eucaryotes des canaux ioniques dont 1'ouverture, pour certains, depend
du potentiel electrique de la membrane. Une methode performante d'electro-
physiologie en vogue depuis plus d'une vingtaine d'annees, connue sous le
nom de patch-clamp, permet de mesurer, grace a une electrode, le courant qui
traverse un seul canal dans une petite piece de membrane decoupee et empalee
sur une micropipette.
Un mecanisme particulier de transport consiste en I'internalisation ou endo-
cytose de molecules ou de particules extracellulaires dans des replis de la mem-
brane plasmique, soit par pinocytose qui correspond a 1'entree de molecules de
petite taille, soit par phagocytose qui correspond a 1'entree de particules suivie
de leur digestion. Chez 1'amibe, la pinocytose et la phagocytose sont les seuls
mecanismes qui lui permettent de se nourrir a partir de son milieu environnant.
En une heure, une amibe absorbe une quantite de liquide egale au tiers de son
volume et endocyte dans des replis de sa membrane plasmique plusieurs milliers
de bacteries qu'elle detruit et digere. Pendant ce processus, la membrane des
vesicules d'endocytose est continuellement recyclee a la membrane plasmique.
L'endocytose fut sans doute un des mecanismes developpes precocement dans
1'evolution pour permettre a des eucaryotes unicellulaires de prelever dans leur
environnement les nutriments necessaires a leur survie et a leur developpement.
C'est egalement par endocytose que des virus et des toxines (diphterique,
cholerique) penetrent a travers la membrane plasmique des cellules eucaryotes
apres avoir ete reconnus par des recepteurs de surface de ces cellules.
Un autre mecanisme puissant de regulation de I'homeostasie cellulaire est le
retrocontrole dans les chaines metaboliques, retrocontrole qui met en ceuvre
des enzymes allosteriques (Chapitre III-3.4). L'une des premieres chaines de
reactions metaboliques a retrocontrole negatif a avoir ete decouverte fut celle
qui aboutit a la synthese d'un nucleotide triphosphoryle, la cytidine triphos-
phate ou CTP. Elle fut decouverte dans les annees 1950 par Richard YATES
(n. 1930) et Arthur PARDEE (n. 1921). La chaine metabolique qui conduit au
CTP est initiee par une reaction de condensation du carbamylphosphate et de
1'aspartate en carbamylaspartate, reaction catalysee par un enzyme specifique,
1'aspartate transcarbamylase (ATCase). L'ATCase possede, en plus de son site
substrat, un autre site (site allosterique) capable de Her le CTP, produit final de
la chaine de reactions. La fixation du CTP sur 1'ATCase inhibe 1'activite de
1'enzyme et par consequent le flux de metabolites dans la chaine reactionnelle.
Ce retrocontrole negatif est un caractere assez general des systemes alloste-
riques. II permet de maintenir a une valeur quasi-constante la concentration des
metabolites a 1'interieur des cellules.
11. CONCLUSION. DE LA CELLULE, UNITE STRUCTURALE

DES ORGANISMES VIVANTS, AU FONCTIONNEMENT
DE LA MACHINERIE CELLULAIRE
Au XVII 6 siecle, le monde vivant invisible a 1'ceil nu venait de livrer ses
premiers secrets grace a 1'utilisation de lentilles grossissantes. A la fin du
XIXe siecle, la connaissance morphologique de la cellule par la microscopic
beneficia des progres de 1'optique, de 1'utilisation de colorants selectifs
d'organites endocellulaires et de la mise au point de rasoirs automatiques, les
microtomes, qui facilitaient 1'obtention de coupes fines de tissus. Mais ce n'est
que dans les cinquante dernieres annees du XXe siecle que la biologie cellulaire
s'erigea en discipline scientifique reconnue avec ses nombreuses revues et
traites ainsi que par ses retombees spectaculaires dans le domaine de la
medecine, de 1'agronomie ou de 1'alimentation. II est tout a fait clair que cette
progression explosive recente a beneficie de 1'acquisition des methodes
performantes de la biochimie, de 1'enzymologie, de la genetique, de la biologie
moleculaire et de la biophysique. Historiquement, ces differentes disciplines ont
demarre avec un decalage dans le temps, la biochimie et 1'enzymologie ayant
ete les premieres a emerger au debut du XX e siecle. Au depart, toutes ces
disciplines ont donne 1'impression de s'assumer et meme de se developper de
fagon autonome, avec des enseignements universitaires totalement separes. Au
tournant du XXIe siecle, force est de constater que se chevauchent d'une part les
avancees methodologiques dans des sciences qui naguere etaient sans dialogue
comme 1'enzymologie et la genetique, et d'autre part les avancees dans les
concepts qui portent sur 1'ultrastructure et le fonctionnement integre de la
cellule.
Dans les annees 1950, on possedait deja des notions substantielles sur la nature
des enzymes et sur leur role dans les reactions du metabolisme. La microscopic
electronique commengait de devoiler 1'organisation compartimentee de la
cellule eucaryote. Cependant, on ignorait tout de la dynamique intracellulaire.
En 1'espace de quelques decennies nous a ete revele le ballet que jouent des
molecules de toutes tailles a 1'interieur de la cellule. On a appris que des orga-
nites endocellulaires echangent les produits de leur metabolisme par 1'inter-
mediaire de transporteurs proteiques membranaires. On a aussi realise que des
macromolecules proteiques sont vehiculees par des systemes de routage sophis-
tiques avec etiquetage et tri, tout ceci sous le regard de systemes de controle
capables de reagir au moindre derapage. On a finalement pris conscience que
I'information moleculaire circule de 1'exterieur vers 1'interieur de la cellule par
de multiples reseaux de signalisation qui s'informent mutuellement de leur etat
de charge, tout en conservant la specificite des messages qu'ils sont charges de
transmettre a leurs effecteurs respectifs, et que la cellule une fois activee peut a
son tour envoyer des signaux moleculaires a 1'adresse de cellules du voisinage.
Les particularites structurales et les specificites fonctionnelles des multiples types

cellulaires qui se trouvent dans les organes des metazoaires sont des sujets
d'experimentation en plein developpement. Certains de ces sujets suscitent une
curiosite d'autant plus aiguisee qu'ils sont en prise avec des preoccupations
d'ordre medical. C'est le cas des recherches sur les cellules du tissu nerveux en
relation avec le fonctionnement de cellules souches totipotentes d'origine fcetale
qui peuvent servir de structure de regeneration ou de substitution.
La masse de resultats dont disposent actuellement les biologistes est issue
d'experiences basees en partie, a partir des annees 1950, sur 1'utilisation de
systemes acellulaires et la reconstitution de fonctions par melange d'organites
endocellulaires ou de proteines purifiees. II est tout a fait clair que 1'expe-
rimentation in vitro, indispensable pour debrousailler la fantastique complexite
cellulaire, ne delivre que des resultats du domaine du "possible". Elle ne rend
pas necessairement compte de la realite de 1'etat vivant; la plupart du temps,
elle ne fait qu'orienter vers une probabilite fonctionnelle. Dans la derniere
decennie du XX e siecle, les biologistes, conscients de cet etat de fait, ont mis a
profit des prouesses techniques en imagerie cellulaire issues du domaine de la
physique instrumentale (microscopie confocale, electrotomographie, detection
de photons emis par des sondes luminescentes). II est devenu possible de
visualiser des structures endocellulaires dans leur etat reel et leurs modifications
dans differentes conditions d'environnement. On est ainsi conduit a reviser des
notions considerees comme etablies. A titre d'exemple, a cote de 1'image d'un
systeme mitochondrial constitue de mitochondries individualisees coexiste celle
d'un reseau tubulaire (le reticulum mitochondrial) poussant ses prolongements
dans la totalite de la cellule, interagissant par endroits tres fortement et de fac,on
transitoire avec le reticulum endoplasmique. La cytologie n'a done rien perdu
de sa vigueur exploratrice. Multiples sont les preuves qui demontrent que
1'imagerie cellulaire reste, en dernier ressort, un critere decisif pour confirmer
les renseignements apportes par 1'experimentation in vitro sur des systemes
acellulaires ou des enzymes isoles.
CHAPITRE III
LES ORIGINES DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
"Toute science est necessairement formee de trois chases : la serie des faits qui
constituent la science, les idees qui les rappelent, les mots qui les expriment. Le mot
doit faire naitre I'idee; I'idee doit peindre le fait. Ce sont les trois empreintes d'un
meme cachet."
A. L. LAVOISIER - Traite elementaire de chimie -1787
Le terme de biologic moleculaire apparait pour la premiere fois en 1938 dans

un rapport scientifique redige par un physicien et biologiste de 1'Institut
Rockefeller a New York, Warren WEAVER (1894 -1978). Le message etait que la
biologic ne pouvait progresser qu'avec le support de methodes empruntees a la
physique et a la chimie et que pour comprendre le fonctionnement d'une
cellule vivante il etait necessaire d'en examiner les rouages au niveau mole-
culaire. Le terme de biologie moleculaire fut popularise avec le lancement en
1959 du prestigieux Journal of Molecular Biology, edite sous la direction du
cristallographe et proteinologue britannique John KENDREW (1917 -1997). La
decennie qui s'achevait apportait une riche moisson d'informations sur les
mecanismes mis en ceuvre dans la synthese des proteines et sur le role qu'y
jouait 1'ADN comme detenteur d'un code contenu dans la sequence de ses
nucleotides. L'organisation des molecules d'ADN en double helice, avec
appariement des bases puriques et pyrimidiques de chacun des deux brins de la
double helice, expliquait comment 1'ADN pouvait se repliquer en conservant
1'information contenue dans la sequence de ses nucleotides, fournissant ainsi
une assise moleculaire aux lois de transmission des caracteres hereditaires portes
par les genes.
A ses debuts, la biologie moleculaire fut consideree comme une nouvelle
discipline resultant d'une hybridation entre la chimie structurale des proteines et
la genetique. Son but etait d'elucider les mecanismes moleculaires utilises pour
lire les messages contenus dans 1'ADN et traduire ces messages en termes de
sequences d'acides amines dans des proteines dotees de fonctions specifiques.
La biologie moleculaire s'interessa par la suite a 1'ensemble des biomolecules,
tout en gardant comme domaines privilegies 1'organisation et 1'expression du
genome ainsi que la structure et la fonction des diverses especes de proteines
qui participent a 1'economie cellulaire (enzymes, hormones, recepteurs,
anticorps, cytosquelette).
De fagon arbitraire, on peut individualiser deux grandes etapes dans les avan-
cees scientifiques aux XIX e et XX e siecles avant la mise en place de la biologic
moleculaire dans les annees 1950. La premiere etape qui s'etend de la fin du
XIXe siecle a la premiere guerre mondiale voit progresser de fac,on separee
plusieurs disciplines majeures de la biologic, a savoir la genetique, la biologic
cellulaire et la biochimie. Avec les acquisitions faites notamment en genetique
et en biochimie, cette periode portait en elle les germes de la biologic mole-
culaire. La deuxieme etape qui va de la premiere guerre mondiale jusqu'a la
moitie du XX e siecle est caracterisee par 1'arrivee et la maitrise de techniques
d'analyse puissantes issues des sciences physiques et chimiques : electrophorese,
ultracentrifugation, chromatographie, microscopic electronique, utilisation de
biomolecules marquees par des isotopes, analyse de la structure de macro-
molecules par diffraction de rayons X. Ainsi au debut des annees 1950, les
biologistes disposaient d'un potentiel methodologique jamais encore atteint.
Une nouvelle fac,on de penser et d'apprehender la biologic emergeait. Pour la
caracteriser, le terme de biologic moleculaire s'imposa et fut rapidement adopte
par la communaute scientifique.
A considerer la progression des connaissances en biologic moleculaire dans la
seconde moitie du XXe siecle et en se retournant vers le passe, on est stupefait
par la vitesse a laquelle se sont accumulees les decouvertes depuis celle de la
structure en double helice de 1'ADN en passant par le decryptage du code
genetique jusqu'a 1'exploration detaillee des mecanismes de regulation de 1'ex-
pression des genes en termes de proteines et a la comprehension du dialogue
entre les proteines a 1'interieur d'une cellule en fonction de 1'environnement.
La periode actuelle se manifeste par des avancees techniques largement depen-
dantes des sciences de 1'ingenieur telles que le sequenc,age automatise de
genomes de plusieurs milliards de paires de bases et la confection de puces a
ADN permettant de realiser de maniere simultanee des dizaines de milliers
d'analyses portant sur 1'expression de genes dans differents etats physiologiques
de la cellule ou sur la recherche de genes responsables de maladies hereditaires.
Cette nouvelle donne de la biologic moleculaire fut initiee dans les annees 1970
par la decouverte et la purification d'enzymes qui permettent le decoupage de
1'ADN en fragments, le recollage de ces fragments et le recopiage precis de
Tensemble en accumulant des copies a des millions d'exemplaires. A partir des
annees 1980, les sciences de 1'ingenieur ont poursuivi leur incursion dans
1'enzymologie de 1'ADN. Elles ont permis la robotisation, 1'automatisation et la
miniaturisation de techniques visant a la manipulation enzymatique de 1'ADN,
elargissant ainsi le champ des applications et entrainant de ce fait une transition
sensible du statut de la biologie moleculaire qui etait essentiellement
academique a un nouveau statut regi par des enjeux economiques et politiques.
Ill - LES ORIGINES DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE 199
1. LES GERMES DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE

AU XIXE SIECLE ET AU DEBUT DU XXE SIECLE
Si Ton decompte les avancees conceptuelles determinantes en biologie au

XIXe siecle et au tout debut du XXe siecle jusqu'a la premiere guerre mondiale, a
part la theorie cellulaire, on peut citer les lois de MENDEL de transmission des
caracteres hereditaires avec leur aspect quantitatif et la revelation d'un monde
de macromolecules organiques dont les structures conditionnent les fonctions a
1'interieur des cellules vivantes.
1.1. LES ETAPES VERS LE CONCEPT DU GENE

SUPPORT DE L'HEREDITE
"Si le contexte intellectual d'une epoque donnee -facteurs socioeconomiques et "esprit

du temps" - ne semble jouer qu'un role mineur dans la formulation de theories
nouvelles, il intervient par contre de fagon tres importante dans la resistance aux
changements de conception en conflit avec les croyances etablies."
Ernst MAYER - Qu'est-ce que la Biologie -1998
En croisant de multiples variants d'especes vegetales, en d'autres termes en rea-

lisant des hybridations dans le but d'ameliorer le rendement et la qualite de la
production agricole, des botanistes a la fin du XVIII6 siecle et au debut du XIX e ,
parmi lesquels Josef KOELREUTER (1733 -1806) en Allemagne, Andrew KNIGHT
(1759 -1838) en Angleterre, Augustin SAGERET (1763 -1851) et plus particulie-
rement Charles NAUDIN (1815 -1899) en France etaient parvenus grace a 1'exa-
men des caracteres de plusieurs milliers d'hybrides aux conclusions suivantes :
4 le gamete male et le gamete femelle contribuent tous les deux au phenotype
de la descendance,
* les hybrides de la premiere generation que Ton appelle par convention FI
sont identiques,
4 par contre, dans la deuxieme generation p2, les individus presentent une
certaine variabilite.
1.1.1. Gregor MENDEL, le decouvreur des lois de la transmission

des caracteres hereditaires
Gregor MENDEL est ne en 1822 d'une famille paysanne dans un petit hameau de
la Moravie, province qui a cette epoque faisait partie de I'empire austro-
hongrois des Habsbourg et qui, apres la premiere guerre mondiale, allait
devenir la Tchecoslovaquie. Son prenom etait Johann ; il prendra celui de
Gregor lors de son entree dans 1'ordre des Augustins. La Moravie etait une
region carrefour de 1'Europe avec un fort developpement agricole, industriel et
scientifique. L'une des principales villes, Brno, avec le monastere des Augustins
200 LA BIQLOGIE, DES ORIGINES A NOS JOURS
ou MENDEL passa une partie de sa vie, etait un centre renomme de 1'industrie

lainiere. L'ordre des Augustins dirige a cette epoque par une forte personnalite,
1'abbe NAPP, avait une vocation non seulement religieuse, mais aussi
enseignante, avec des mathematiciens, des botanistes et des mineralogistes.
L'abbe NAPP, tres feru d'arboriculture et d'horticulture, fut president de la
Societe d'Agriculture de Brno, une societe savante qui compta dans ses rangs
dans les annees 1860 plus de cent cinquante membres, la plupart professeurs,
medecins, pharmaciens et naturalistes amateurs. Les problemes discutes etaient
aussi bien pratiques que theoriques, en particulier les mecanismes mis en jeu
dans la transmission des caracteres des especes vivantes au cours de
1'hybridation. C'est dans ce contexte particulierement favorable par son
ouverture scientifique que le genie creatif de MENDEL a pu s'epanouir.
Remarque pour sa vive intelligence par son maitre d'ecole, Johann MENDEL est
envoye dans un college voisin de sa ville natale ou il continue des etudes
secondaires. A 18 ans, il entre a 1'universite d'Olomouc et y suit les cours de
theologie, philosophic, mathematiques et physique pendant deux ans. A bout
de ressources, mais souhaitant poursuivre un parcours scientifique, MENDEL,
sur le conseil et avec 1'appui de son professeur de physique decide d'entrer
comme novice chez les Augustins de Brno. L'abbe NAPP lui promet une large
autonomie pour ses etudes scientifiques. En 1843, Johann MENDEL devient le
frere Gregor MENDEL. II donne des cours de mathematiques dans le lycee
d'une petite localite proche de Brno. En 1851, il s'inscrit a I'universite de Vienne
pour acquerir une formation scientifique qui puisse lui permettre d'enseigner
officiellement. II a la chance d'avoir comme professeur le celebre physicien
Christian DOPPLER (1801 -1853). II suit aussi les cours de mathematiques, de
chimie, et de sciences naturelles. Excellent en physique, en chimie et en
mathematiques, MENDEL fut recale en zoologie, sans doute pour s'etre oppose
aux conceptions de son examinateur dont la pensee fixiste etait proche de celle
du naturaliste frangais Georges CUVIER. De retour a Brno, MENDEL enseigne la
physique et les sciences naturelles au college de la ville. II consacre cependant
beaucoup de son temps libre a des experiences d'hybridation sur des plantes.
Bien que classe comme botaniste a cause de ses travaux sur le pois et d'autres
vegetaux, MENDEL ne se departit jamais de sa culture de physicien et de
mathematicien, ce qui au fond fit la difference avec ses collegues naturalistes et
fut a 1'origine d'une des grandes decouvertes de la biologie. Son merite est
d'avoir formule des lois simples de transmission des caracteres hereditaires
sur la base d'evaluations statistiques dans des experiences d'hybridation
mettant en ceuvre un systeme modele judicieusement choisi dans le regne
vegetal, une legumineuse, le pois.
On peut se demander pourquoi MENDEL avait choisi le pois comme modele
d'experimentation. En fait, il semble qu'il 1'ait fait apres un certain nombre
d'essais preliminaires sur plusieurs especes de plantes. Les experiences de
MENDEL commencees en 1856 s'acheveront en 1865 apres plusieurs milliers de
croisements entre des especes de pois choisis pour differer par un seul caractere
parmi sept qui avaient ete soigneusement selectionnes : aspect lisse ou ride de la
graine, couleur jaune ou verte des cotyledons, couleur blanche ou teintee des
fleurs, forme rectiligne ou charnue de la gousse, position axiale ou terminale de
la fleur, couleur verte ou jaune de la gousse, taille longue ou courte de la tige.
C'est une quarantaine d'annees plus tard que Ton saura que les caracteres
choisis par MENDEL etaient gouvernes par des genes localises sur des chromo-
somes differents. Par ailleurs, I'autofecondation chez le pois est la regie. MENDEL
verifia que les pois gardaient apres autofecondation les memes caracteres sur
plusieurs generations.
Dans une premiere serie d'experiences, MENDEL realisa des croisements par
fecondation artificielle croisee, en transferant le pollen preleve a partir d'eta-
mines d'une fleur d'une plante sur le pistil d'une fleur d'une autre plante. Les
especes croisees differaient par un seul caractere, par exemple graines lisses et
graines ridees. Ces experiences dites de monohybridisme furent realisees dans
le jardin botanique du monastere des Augustins. En croisant des pois a graines
lisses avec des pois a graines ridees MENDEL obtint a la premiere generation
(Fi) des pois hybrides a graines lisses, tous identiques. En partant de 253 plants
de la generation FI et en procedant par autofecondation (pollen de 1'etamine
d'une fleur transfere sur le pistil de la meme fleur), il recolta a la deuxieme
generation (p2) 7324 graines dont 5474 etaient lisses et 1850 etaient ridees. II y
avait done trois fois plus de graines lisses que de graines ridees. Les resultats de
ces experiences furent exposes publiquement devant la Societe d'histoire
naturelle de Brno en 1865, puis publics en 1866 dans les comptes-rendus de la
meme Societe. Us mettaient en evidence deux types de caracteres dans la
filiation hereditaire, des caracteres recessifs et des caracteres dominants, et en
outre ils apportaient une touche quantitative a partir de laquelle pouvaient etre
formulees des hypotheses sur le fonctionnement de 1'heredite et d'ou se
degageait 1'idee de facteurs particulaires porteurs des caracteres hereditaires.
L'analyse des descendants de la premiere generation FI, puis de la deuxieme
generation p2 revelait deux faits particulierement significatifs :
+ en croisant des pois lisses avec des pois rides, seuls etaient obtenus des pois
lisses. Le phenotype lisse etait done dominant et le phenotype ride recessif, et
a la premiere generation FI le caractere recessif etait masque par le
caractere dominant,
* dans la generation suivante F2 obtenue a partir des graines de la generation
FI par autofecondation, les caracteres recessifs reapparaissaient a cote des
caracteres dominants, avec un rapport stcechiometrique parfaitement repro-
ductible : trois quarts des graines etaient lisses et un quart etait ride.
MENDEL en avait conclu que le caractere ride etait demeure present dans
1'hybride sous une forme latente, sans qu'il y ait eu melange avec le caractere
lisse. II se produisait done dans la generation F2 une disjonction ou
segregation des caracteres recessifs et dominants, alors que dans la generation
FI le caractere recessif (ride) etait reste latent, masque par le caractere dominant
(lisse). Cette propriete de segregation fut confirmee dans une experience
controle ou MENDEL soumit a I'autofecondation les pois lisses et les pois rides
de la generation T?2- H observa que si les fleurs fecondees de plantes dormant des
pois rides engendraient uniquement des pois rides, les fleurs fecondees des
plantes a pois lisses engendraient a la fois des pois lisses et des pois rides dans la
meme proportion 3 a 1 que dans la generation p2- Ces conclusions furent
etendues a la transmission d'autres paires de caracteres (pois jaunes et verts,
fleurs blanches et colorees...). Contrairement a la croyance en vogue a cette
epoque de l'"heredite par melange", les stcechiometries tres tranchees observees
par MENDEL revelaient que les caracteres hereditaires etaient portes par des
"facteurs" distincts qui pouvaient re-emerger au cours des generations. En
adoptant comme symboles la lettre A pour le caractere dominant et la lettre a
pour le caractere recessif, MENDEL ecrivait qu'en generation ?2 il y avait trois
quarts de A et un quart de a (Figure III.la), ce qui est enseigne comme la
premiere loi de MENDEL, dite de segregation independante des caracteres
hereditaires. Lorsque les phenomenes de la meiose furent connus et interpretes
dans les premieres annees du XX e siecle, les experiences de Mendel purent
recevoir une interpretation rationnelle. On designa alors par AA les pois
presentant un caractere dominant, par aa les pois presentant un caractere
recessif et par Aa les hybrides (Figure Ill.lb). On demontra (Chapitre II-5.3) que
la conjugaison de gametes haploi'des males et femelles, les uns porteurs du gene
A et les autres du gene a, aboutissait a la formation d'ceufs ou zygotes porteurs
de couples de genes (alleles) AA, Aa et aa localises dans des couples de
chromosomes (Figure Ill.lb). Les sept caracteres de pois selectionnes par
MENDEL possedaient une dominance complete, ce qui fut une chance et un
avantage inestimables, quand on sait aujourd'hui qu'en regie generale une
dominance n'est jamais complete.
Dans une seconde serie d'experiences, MENDEL croisa des pois qui differaient
non plus par un type, mais par deux types de caracteres (dihybridisme). En
croisant par exemple des pois a grains lisses et a cotyledons jaunes avec des pois
a grains rides et a cotyledons verts, il obtint dans la generation FI uniquement
des pois de type jaune et lisse : ces deux caracteres etaient dominants. Mais a la
generation p2, une nouvelle repartition apparaissait: 9/16 de pois de type jaune
et lisse, 3/16 de pois de type vert et lisse, 3/16 de pois de type jaune et ride,
1/16 de pois de type vert et ride. Tout se passait comme si les facteurs
responsables des phenotypes lisse, ride, jaune, vert etaient independants les uns
des autres. Ces resultats amenerent MENDEL a formuler sa seconde loi dite de
disjonction et de reassortiment de couples de caracteres hereditaires. II se
confirmait done que des facteurs distincts et independants devaient etre les
supports des caracteres hereditaires. La nature de ces facteurs hypothetiques
n'etait pas discutee pour la simple raison que la connaissance de la cellule a
cette epoque etait fragmentaire et que Ton ne savait rien de la maturation des
cellules sexuelles et de la meiose. I/interpretation des resultats correspondant a
la seconde loi de M E N D E L (Figure III.2) fut rendue possible avec la
connaissance du processus de la meiose, cinquante ans plus tard.
Pois differant par un caractere :

le type de la graine
Parents Lisse Ride
[A] x [a]
FI [A]
FixFi [A] x [A]
F2 3/4 [A] 1/4 [a]
Le croisement de pois a graines lisses [A] avec

des pois a graines ridees [a] donne en premiere
generation (F}) uniquement des pois a graines
lisses [A]. Le caractere A est dominant. Le
caractere a est recessif. En deuxieme generation
(p2), apres auto-fecondation entre pois F^, le
caractere ride [a] reapparait pour 1/4 des graines. G. MENDEL (1822 -1884)
a - Experience sur les pois. Observations de MENDEL sur les phenotypes

[lisse] et [ride] de graines de pois en generations FI et p2
b - Interpretation des resultats de 1'experience sur les pois a graines lisses

et a graines ridees avec la notion de gametes porteurs de facteurs de 1'heredite
Figure IH.l - Premiere loi de MENDEL : dominance et recessivite dans le

monohybridisme. Segregation independante des caracteres hereditaires
Pois differant par deux caracteres :

lisse ou ride, pour les graines, et jaune ou vert, pour les cotyledons
Parents
Interpretation des resultats de 1'experience de dihybridisme

avec la notion de gametes porteurs de facteurs de 1'heredite
Figure III.2 - Deuxieme loi de MENDEL sur le dihybridisme

disjonction et reassortiment de couples de caracteres
En 1868, MENDEL succeda a 1'abbe NAPP comme superieur du monastere des

Augustins de Brno. Son travail scientifique souffrit des charges administratives
nombreuses qui des lors lui incomberent. A 1'epoque ou ils furent publics, les
travaux de MENDEL ne susciterent apparemment pas un grand interet. Les
repartitions statistiques des caracteres analyses restaient sans explication au plan
cellulaire et a fortiori moleculaire. II convient de noter que, contrairement a une
opinion repandue, la diffusion de ces travaux avait ete relativement large et
avait atteint les principales universites et instituts de recherche europeens. II
faudra cependant attendre une cinquantaine d'annees pour les voir rationalises
avec la theorie chromosomique de 1'heredite et la notion de genes. Carl
Wilhelm NAGELI (1817- 1891), un botaniste suisse renomme qui etait egalement
verse dans la pratique de 1'hybridation et avait eu une longue correspondance
avec Gregor MENDEL resta sceptique et ne fit aucun commentaire dans un livre
qu'il ecrivit en 1884 sur la theorie de 1'heredite. II y avait aussi a cette epoque
une certaine tendance a considerer comme futiles des recherches sur des pois,
alors que 1'economie rurale reclamait plus d'efforts pour des buts utilitaires
comme la production du lait chez la vache, de la laine chez le mouton ou des
epis pour le ble. II faut enfin rappeler qu'apres la parution en 1859 de L'Origine
des Especes par Charles DARWIN le centre d'interet des biologistes se deplaga
vers un debat quasi-passionnel sur la nature des mecanismes impliques dans
revolution des etres vivants.
1.1.2. La redecouverte des lois de MENDEL

En 1900, au cours d'experiences sur differentes especes des plantes le Hollandais
Hugo DE VRIES, 1'Allemand Carl CORRENS (1864 -1933) et 1'Autrichien Erich
TSCHERMAK (1871 -1962) trouverent qu'un certain nombre de caracteres etaient
transmis dans la descendance selon des modalites similaires a celles que
MENDEL avait decrites quarante ans plus tot. On peut s'etonner que, dans son
premier article adresse en mars 1900, a Paris, aux Comptes rendus de VAcademic
des sciences, DE VRIES n'ait fait aucune mention des travaux de MENDEL, bien
que ses resultats et ses conclusions fussent strictement identiques. CORRENS de
meme que TSCHERMAK reconnaitront d'emblee 1'anteriorite de MENDEL.
Suite aux hypotheses de WEISMANN sur 1'heredite a la fin du XIX e siecle
(Chapitre II-5.4), DE VRIES elabora une theorie de la pangenese cellulaire dans
laquelle il imaginait les pangenes comme des facteurs de 1'heredite localises
dans le noyau de la cellule. La theorie de la pangenese cellulaire differait
radicalement de celle de la pangenese generalisee emise par DARWIN, fondee
sur 1'existence de gemmules migrant de cellule a cellule dans la totalite de
1'organisme d'un etre vivant (Chapitre 1-6.6).
DE VRIES fut amene a remarquer que, chez une plante sauvage Oenothera
lamarckiana, il apparaissait de temps en temps des individus assez nettement
differents du type sauvage par certains caracteres propres aux feuilles et aux
fleurs (Chaoitre 1-6.6). II postula que les variants d'cenothere qui apparaissaient
brutalement et spontanement etaient dus a des mutations qui se transmettaient

de fac,on hereditaire. L'analyse de DE VRIES contribua a ancrer dans les esprits
la notion de mutation comme parametre incontournable dans le mecanisme de
1'heredite. Cependant, dans son esprit, le terme "mutation" etait strictement
operationnel, sans connotation moleculaire.
La redecouverte des lois de MENDEL conduisit a poser la question de leur
generalisation au monde vivant animal et vegetal. En France, Lucien CUENOT
observa que, chez les souris, ces lois s'appliquaient a la transmission de certains
caracteres comme la couleur du pelage. En Grande-Bretagne, William BATESON,
un fervent avocat du mendelisme, demontra la transmission hereditaire de
1'alcaptonurie, une anomalie metabolique humaine sans consequence grave,
dont le medecin Archibald GARROD (1857 -1936) avait reconnu le caractere
familial. Le mariage entre cousins germains apparemment sains, mais porteurs
du defaut dans leur gene, conduisait a la naissance d'enfants alcaptonuriques
dans la proportion attendue pour un caractere recessif d'apres les lois de
MENDEL. On doit a BATESON la creation de termes nouveaux en genetique, par
exemple alleles pour designer les variants d'un meme gene sur une paire de
chromosomes homologues, ainsi que homozygotes et heterozygotes.
1.1.3. Variations continues ou discontinues dans 1'heredite

Dans des experiences touchant a 1'hybridation de la primevere, DE VRIES avait
note, comme 1'avait fait MENDEL sur le pois, qu'il existait une disjonction des
caracteres hereditaires chez les hybrides de deuxieme generation, confirmant la
notion de discontinuite dans la transmission de ces caracteres. MENDEL avait
insiste sur le fait que les facteurs hereditaires sont independants et ne se
melangent pas. Cette vision des faits s'opposait a 1'interpretation que CHARLES
DARWIN donnait aux variations mineures qu'il observait dans les especes
vivantes et qu'il supposait etre continues (Chapitre 1-6.6). La croyance a des
variations continues etait a cette epoque confortee par des calculs statistiques
realises par de biometriciens. C'est William BATESON qui demontra en 1902 que
la theorie darwinienne pouvait fort bien s'accommoder de minivariations
discontinues. Des lors, au lieu de s'opposer, les deux theories mendelisme et
darwinisme firent alliance.
1.1.4. Vers la preuve d'un support materiel de 1'heredite

A la fin du XIX e siecle, a cote de recherches sur 1'hybridation, des cytologistes
tentent de relier la theorie cellulaire d'une part a la theorie de 1'evolution par
selection naturelle (darwinisme) et d'autre part aux lois de transmission des
caracteres hereditaires (mendelisme). De nouvelles methodes de coloration de la
cellule revelent la presence de filaments, les chromosomes, et leurs modifica-
tions au cours de la division cellulaire (Chapitre II-5.2). Oscar HERTWIG montre
1'importance du noyau dans la division cellulaire. Eduard STRASBURGER et
Walther FLEMMING decrivent les transformations des chromosomes dans le
noyau de la cellule au cours de sa division. En 1883, August WEISMANN,

propose une theorie de 1'heredite fondee sur la continuite du "plasma germi-
natif". II postule que les cellules germinales (sexuelles) detiennent les caracteres
hereditaires : en se conjuguant a une cellule germinale male, une cellule germi-
nale femelle fournit un ceuf ou zygote qui evolue vers un embryon, puis un etre
adulte porteur a la fois de cellules somatiques et de cellules germinales. Par
centre, les cellules somatiques ne peuvent donner naissance qu'a des cellules
somatiques. WEISMANN demontre 1'impossibilite de transmission dans la des-
cendance de caracteres somatiques acquis sous 1'influence du milieu environ-
nant. On cite souvent la fameuse experience des souris dont la queue avait ete
coupee. Les souriceaux issus de la conjugaison entre souris a queue coupee
possedaient une queue normale.
A 1'epoque de WEISMANN, on ignorait pratiquement tout de la chimie de la
cellule. Cependant, en examinant certains aspects connus de la dynamique
cellulaire, WEISMANN proposa qu'a la difference de la mitose qui, dans les
cellules somatiques, maintient constant le nombre de chromosomes, une
reduction par deux du nombre des chromosomes devait se produire au cours de
la maturation des cellules germinales (ovules et spermatozoi'des). II s'ensuivait
que la fecondation de 1'ovule par le spermatozo'ide restituait les paires de
chromosomes propres aux cellules somatiques. WEISMANN postulait aussi que
les chromosomes contiennent les "facteurs" de 1'heredite, ces "facteurs" dont
MENDEL avait predit 1'existence et qu'il avait utilises comme des etres de raison
pour expliquer les resultats de ses experiences d'hybridation. Ce postulat
recevra un debut de confirmation entre 1902 et 1905 de la part de cytologistes
parmi lesquels Theodor BOVERI, Edmund WILSON ainsi que son eleve Walter
SUTTON (Chapitre II-5.4). La validite de ce postulat sera definitivement prouvee
grace aux experiences de cytogenetique de MORGAN et de son ecole.
Avec le variant univalens d'Ascaris megalocephala porteur de seulement deux
paires de chromosomes, BOVERI avait constate des 1888 que les chromosomes
presents dans 1'ceuf feconde se retrouvaient avec la meme morphologic dans les
blastomeres issus de sa division. En 1902, travaillant sur des embryons
d'oursins, il avait observe que des defauts dans 1'appariement des chromosomes
resultant de deletions chromosomiques etaient associes a un developpement
somatique anormal.
SUTTON, qui a cette epoque preparait sa these de sciences dans le laboratoire de
WILSON a 1'universite Columbia de New York, essaya de comprendre ce qui se
passait au moment de la mitose et posa le probleme de 1'individualite des
chromosomes. Dans des experiences realisees en 1903 sur des cellules de
sauterelles, SUTTON nota 1'exacte ressemblance morphologique des onze paires
de chromosomes dans les cellules meres et les cellules filles. II insista sur le fait
que chaque paire de chromosomes est caracterisee par une morphologic qui lui
est propre et qui est transmise de generation en generation sans modification. II
expliqua que la segregation des caracteres hereditaires dans les hybrides de pois
de generation ?2 mise en evidence par MENDEL etait due au clivage des paires
de chromosomes au cours de la division reductionnelle (meiose) des cellules

sexuelles, chaque gamete recevant un seul chromosome a partir d'une paire
(Figure Ill.lb). Pour rendre compte des resultats d'hybridation de pois differant
par deux caracteres (pois jaunes et lisses, pois verts et rides), aboutissant en
generation p2 aux rapports de segregation 9 : 3 : 3 : 1 , SUTTON postula que les
genes qui determinent la couleur (jaune ou verte) et ceux qui determinent la
morphologie (lisse ou ridee) sont portes par deux paires de chromosomes
differents (Figure III.2). Cette rationalisation des resultats de la genetique par la
cytologie contribua a rapprocher les deux disciplines. Malgre ce beau travail et
d'evidentes predispositions, SUTTON quitta la recherche scientifique apres sa
these pour se consacrer a la pratique medicale.
La decouverte des chromosomes sexuels est en grande partie due a la cyto-
logiste Nettie STEVENS (1861 -1912). Dans les annees 1904 -1905, a son retour
aux Etats-Unis d'un stage dans le laboratoire de BOVERI a Wiirzburg, Nettie
STEVENS eut la possibilite de continuer ses recherches au college feminin de
Bryn Mawr, sous les auspices de la Fondation Carnegie. Elle s'interessa a la
cytologie du ver de farine et fit des observations cruciales sur son equipement
chromosomique qui deboucherent sur la notion de chromosomes sexuels.
Alors que les cellules somatiques du ver femelle contenait 20 chromosomes de
longue taille, celles du ver male en contenaient 19 de meme taille que ceux de la
femelle, et en plus un chromosome de petite taille. Plus tard, par convention, le
chromosome specifique de 1'individu male fut designe par la lettre Y et le
chromosome correspondant de la femelle par la lettre X. Les chromosomes X et
Y sont les chromosomes sexuels. Nettie STEVENS nota que les gametes males
du ver de farine possedaient pour moitie d'entre eux dix grands chromosomes
et pour 1'autre moitie neuf grands chromosomes, plus un petit chromosome. Par
centre, dans tous les gametes femelles il y avait dix grands chromosomes. Par
conjugaison des gametes males et femelles, on avait 50% de chances d'avoir
dans les cellules somatiques la combinaison XX caracteristique de la femelle et
50% d'avoir la combinaison XY caracteristique du male. La decouverte des
chromosomes sexuels fut confirmee par WILSON. Ainsi etait expliquee d'une
fac,on simple la determination chromosomique du sexe.
II manquait cependant un jalon pour formuler de fagon non ambigue une
relation entre chromosomes et heredite. Le merite en revint a Thomas Hunt
MORGAN (1866 - 1945) et a ses jeunes collaborateurs Alfred STURTEVANT
(1891 -1970), Calvin BRIDGES (1889 -1938) et Hermann MULLER (1890 -1967).
Le groupe initialement installe a 1'universite Columbia de New York migra en
1928 au California Institute of Technology (CalTech) a Pasadena, a 1'exception
de MULLER.
1.1.5. Thomas MORGAN et la theorie chromosomique de Vheredite

Thomas MORGAN avait regu a 1'universite Johns
Hopkins de Baltimore une formation de zoo-
logiste et d'embryologiste qui se retrouve dans
son ouvrage sur le developpement de 1'oeuf de
grenouille public en 1897. En 1904, on offre a
MORGAN la chaire de zoologie experimentale a
1'universite Columbia. C'est la que debuteront ses
fameuses experiences sur la drosophile (Droso-
phila melanogaster) ou mouche du vinaigre. Au
cours des nombreuses visites qu'il fit en Europe
a cette epoque, il eut 1'occasion de rencontrer
DE VRIES. De cette rencontre, MORGAN ressortit
T.H. MORGAN
convaincu de 1'interet des mutations pour 1'etude (1866 - 1945)
des mecanismes de 1'heredite. Pour aborder cette
etude, son choix se porta sur la mouche du vinaigre, la drosophile, typique
avec ses yeux rouges. Ceci pour deux raisons majeures :
* un cycle de vie court, de 1'ordre de deux semaines, associe a une forte fecon-
dite, ce qui permettait une analyse statistique confortable des descendants et
procurait une certaine chance d'observer des mutations;
4 un nombre restreint de chromosomes, seulement quatre paires, ce qui facili-
tait 1'examen microscopique et fut un facteur favorable pour 1'etude des
recombinaisons.
Une autre raison dont 1'interet apparut ulterieurement fut 1'existence de chromo-
somes geants dans les glandes salivaires. Le choix de MORGAN se revela
particulierement heureux. II se solda quelques annees plus tard par 1'etablis-
sement des premieres cartes genetiques et des premieres cartes cytologiques.
En 1910, apres plusieurs centaines de generations de drosophiles apparut un
male aux yeux blancs facilement reconnaissable dans la multitude des droso-
philes a yeux rouges. II fut croise avec une drosophile femelle aux yeux rouges
et les descendants furent analyses. Dans la premiere generation, Fj, la totalite
des drosophiles avait les yeux rouges. Par contre, dans la seconde generation,
p2, des mouches a yeux blancs apparaissaient en meme temps que les mouches
a yeux rouges dans le rapport de 1 a 3 (Figure III.3). Ce resultat concordait avec
celui obtenu un demi-siecle plus tot par MENDEL sur le pois et on pouvait lui
donner la meme explication : le caractere yeux blancs etait recessif et le
caractere yeux rouges etait dominant. Un fait frappa 1'attention de MORGAN :
des caracteres recessifs comme la couleur jaune de 1'abdomen et la presence
d'ailes raccourcies dites vestigiales etaient trouves urr.cjiiement chez Ics ir,£.I:L~.
La raison en etait que ces caracteres dependaient de facteurs portes par un
chromosome sexuel de la drosophile male.
Le caractere [yeux rougesj est porte Le caractere [yeux rougesj est porte
par un facteur present dans les chro- par un facteur present dans le chromo-
mosomes sexuels X de la femelle (noir) some sexuel X du male (noir) et le
et le caractere [yeux blancs] est porte caractere [yeux blancs] est porte par un
par un facteur present dans le chromo- facteur present dans les chromosomes
some sexuel X du male (blanc). sexuels X de la femelle (blanc).
a - Croisement d'une femelle b - Croisement d'une femelle
aux yeux rouges (sauvage) avec aux yeux blancs (mutant) avec un
un male aux yeux blancs (mutant) male aux yeux rouges (sauvage)
Les chromosomes sexuels sont XX (9) et XY (cf).

c - Les quatre paires de chromosomes de la drosophile
Figure III.3 - L'heredite liee au sexe - Cas de la drosophile

(d'apres T.H. MORGAN, A.H. STURTEVANT, H.J. MULLER et C.B. BRIDGES
Le Mmzm'srae de I'heredite mendelienne, ed. fr. 1923)
L'heredite propre aux chromosomes sexuels fut demontree par MORGAN en

s'adressant a nouveau a la mutation yeux blancs de la drosophile, mais cette fois
en croisant une femelle a yeux blancs (mutante) avec un male a yeux rouges
(sauvage). En generation FI, toutes les femelles avaient les yeux rouges et tous
les males avaient les yeux blancs. En generation F2, la moitie des femelles
avaient les yeux rouges et 1'autre moitie les yeux blancs. II en etait de meme
pour les males. L'explication simple de ces resultats etait que le facteur qui
determine la couleur des yeux etait porte par la paire de chromosomes X de la
femelle et par 1'unique chromosome X du male comme 1'illustre la figure III.3.
Morgan publia ces resultats en 1910 dans la revue Science, vol. 32, pp. 120-122,
sous le titre "Sex-limited inheritance in Drosophila".
Le terme gene avait ete introduit dans la litterature en 1909 par le geneticien
danois Wilhelm JOHANNSEN (1857 -1927) pour designer un principe qui, dans
les chromosomes de 1'ceuf feconde, avait une influence sur le phenotype de la
progeniture. II convient de noter que JOHANNSEN fut toujours prudent sur la
definition de la nature du gene, refusant d'assimiler le gene a une entite mole-
culaire. Le terme gene sera utilise plus tard pour remplacer celui de facteur
mendelien. Entre temps, le terme locus avait fait son apparition avec MORGAN.
Le locus designait un emplacement sur un chromosome, un lieu qui, altere
par une mutation, entrainait une modification du phenotype. Ce nouveau
vocabulaire de la genetique coincida avec deux decouvertes cruciales par le
groupe de MORGAN, celle de linkage ou liaison reciproque et celle de
crossing-over.
Apres de multiples hybridations portant sur pres de 400 mutants de drosophile,
MORGAN et ses collaborateurs constaterent que certains genes etaient transmis
par couples, de fac.on simultanee, dans la descendance, par exemple les genes
determinant les caracteres yeux blancs et ailes vestigiales. Ces genes apparais-
saient comme "lies" et on baptisa ce phenomene "linkage" ou liaison reciproque.
Une etude exhaustive des mutants montra qu'il existait chez la drosophile quatre
groupes distincts de genes lies, autrement dit de liaisons reciproques, ce qui
correspondait aux quatre paires de chromosomes des cellules de drosophile.
Si le merite de la caracterisation des "genes lies" revient a MORGAN, il convient
de rappeler que des observations faites par BATESON en 1906 sur le pois
auraient pu etre interpreters des cette epoque en termes de "linkage". II s'agis-
sait d'experiences de croisement de pois a fleurs pourpres et a grains de pollen
allonges avec des pois a fleurs rouges et a grains de pollen ronds. Les deux
caracteres propres a la fleur et au pollen, dependant du meme parent, etaient
transmis simultanement. Les genes responsables de ces caracteres etaient done
vraisemblablement portes par le meme chromosome ; mais cette hypothese ne
fut pas discutee par BATESON.
Poursuivant au debut des annees 1910 1'analyse statistique des liaisons reci-
proques avec deux groupes de drosophiles, les unes de couleur noire avec des
ailes vestigiales tres courtes, les autres de couleur grise avec des ailes normales,
MORGAN remarqua qu'il existait un pourcentage faible, mais significatif, de

dissociation de ces liaisons. Ceci correspondait a la presence d'ailes vesti-
giales dans 17% des drosophiles au corps gris. Quelle pouvait bien en etre la
signification ? En 1909, le cytologiste beige Frans JANSSENS (1863 -1924), qui
s'interessait a la spermatogenese d'insectes orthopteres, avait observe au micro-
scope des images d'accolement et d'entrecroisement de chromosomes homo-
logues. II avait suggere qu'il pouvait se produire une rupture dans une paire de
chromosomes au niveau de leur zone d'association avec echange des fragments,
un phenomene appele chiasmatypie. MORGAN reprit cette idee et interpreta la
disjonction de couples de caracteres lies comme le resultat d'un echange reci-
proque entre chromosomes homologues apres rupture. Ce processus fut appele
"crossing-over" (enjambement ou chevauchement) (Figure III.4). Le crossing-
over est un evenement qui se produit essentiellement dans les gametes au cours
de la meiose. Chez la drosophile, le phenomene de crossing-over est frequent
dans 1'ovule et exceptionnel dans le spermatozoi'de. C'est 1'inverse dans d'autres
especes.
Les genes A et B et leurs alleles a et b sont eloignes sur les chromosomes,

ce qui est favorable a la dissociation des genes lies.
Les genes A et D, a et d sont tres rapproches sur les chromosomes,

ce qui est defavorable a la dissociation des genes lies.
Figure III.4 - Recombinaison de genes par enjambement

(crossing-over) de chromosomes
Le crossing-over permit de reperer les regions ou loci ou sont localises les

genes sur les chromosomes. En effet, la probabilite d'echange par crossing-over
entre deux paires de genes lies, done localises sur une meme paire de chro-
mosomes, est d'autant plus grande que les genes sont eloignes. II fut alors
possible de commencer a dessiner une carte des loci des genes presents dans les
chromosomes de la drosophile, en ordonnant les uns par rapport aux autres les
loci ou residaient des genes mutes, reperes par des modifications phenoty-
piques, en d'autres termes d'etablir une carte genetique. En 1925, MORGAN,
BRIDGES et STURTEVANT publiaient une ebauche de carte genetique de la
drosophile portant sur une centaine de genes. Pour quantifier les distances entre
les genes sur un meme chromosome, on crea une unite, le centimorgan,
calculee a partir du pourcentage de recombinaisons entre deux genes, ce
pourcentage etant proportionnel a la distance entre ces genes.
La carte genetique de la drosophile fut rapidement etayee et validee par des
donnees cytologiques obtenues sur d'enormes chromosomes presents dans les
glandes salivaires. BALBIANI avait decrit en 1881 des chromosomes geants dans
les glandes salivaires de certains insectes, et on savait depuis quelque temps que
de tels chromosomes existaient aussi dans les cellules des glandes salivaires de la
drosophile. Ces chromosomes geants, dits polytenes, 150 fois plus grands et
plus epais que les chromosomes des autres cellules resultent de 1'association de
chromatides, qui sont des copies de replication de chromosomes, au cours de
la division cellulaire. Apres coloration par le reactif de FEULGEN, reactif tein-
tant 1'ADN qui avait ete mis au point en 1914 par Robert FEULGEN (1884 -1955),
on pouvait visualiser a 1'aide du microscope optique sur chaque chromosome
une serie de bandes colorees, separees par des bandes claires et reperer
eventuellement des anomalies dans le nombre et 1'arrangement des bandes.
Dans les annees 1920, Hermann MULLER quitte le groupe de MORGAN a
1'universite Columbia pour une charge d'enseignement a 1'universite du Texas a
Austin. Avec son collaborates, Theophilus PAINTER (1889 -1969), il recherche
la signification fonctionnelle des bandes colorables des chromosomes des
glandes salivaires. En 1929, PAINTER et MULLER publient le resultat de leurs
experiences dans le Journal of Heredity, vol. 20, pp. 287-298, sous le titre "Parallel
cytology and genetics of induced translocations and deletions in Drosophila". Us
apportent la preuve qu'il existe une correlation entre les bandes colorees
presentes dans le chromosome X des glandes salivaires et la localisation lineaire
des genes dans ce meme chromosome deduite des experiences de crossing-over,
et ils postulent que les bandes colorees correspondent a des regions distinctes,
des "loci", ou sont localises les genes des chromosomes. De son cote, grace a
1'examen microscopique minutieux des quatre paires de chromosomes geants de
drosophile, BRIDGES dans 1'equipe de MORGAN put comptabiliser en 1935
jusqu'a 3 500 bandes permettant ainsi la construction d'une carte cytologique
qui se revela en bon accord avec la carte genetique.
En 1925, STURTEVANT observa une curieuse mutation a caractere dominant, liee
au sexe, caracterisee phenotypiquement par un retrecissement de la pupille de
1'ceil qui au lieu d'une forme ronde avait 1'aspect d'un batonnet (Figure III.5).
Pour cette raison, la mutation fut appelee "Bar" ou "ceil barre". Parfois, le
retrecissement etait pousse a 1'extreme et la mutation etait alors denommee
"Double Bar".
CEil barre
GEil normal
(mutation BAR)
Fragment de chromosome X de glande salivaire de Drosophila melanogaster.

Le chromosome X normal possede une seule serie de bandes dans la zone 16 A.
Le chromosome X BAR possede deux series de bandes dans la zone 16 A.
Figure III.5 - Correspondance entre des caracteres phenotypiques

(oeil normal et ceil barre) chez Drosophila melanogaster et la presence
de bandes dans les chromosomes geants des glandes salivaires
(d'apres E. GUYENOT - L'Heredite, 1945)
En 1935, BRIDGES montra que la mutation "Bar" etait associee a la repetition de

sept fines bandes colorees dans le chromosome X, un doublement dans le cas de
la mutation "Bar" et un triplement dans celui de la mutation "Double Bar". Cette
anomalie fut interpretee comme le resultat d'un effet de position. En d'autres
termes, il pouvait exister des influences reciproques entre genes. Cette idee eut
un fort retentissement chez les geneticiens comme DOBZANSKY qui, a cette
epoque, collaborait avec MORGAN.
Dans le milieu des annees vingt, MULLER, physicien de formation et esprit
curieux, avait explore 1'effet de 1'irradiation des drosophiles par des rayons X
sur leurs descendants. Le taux de mutations etait augmente tres fortement, de
plusieurs centaines de fois. Ce resultat etait etonnant et prometteur. MULLER le
rapporta au cinquieme Congres de genetique a Berlin en 1927. Des physiciens
qui s'interessaient aux sciences du vivant furent vivement impressionnes. En
1932 MULLER, qui a cette epoque sejourne a Berlin, commence une collabo-
ration avec Nicolai TIMOFEEF-RESSOVSKY (1900 - 1981), geneticien russe installe
a Berlin depuis 1924, et Karl ZIMMER (n. 1911), physicien russe. Leur ambition
est de determiner le mecanisme de 1'effet mutagene des rayons X. A ce groupe
se joint Max DELBRUCK (1906 -1981), un jeune physicien d'origine allemande
forme a 1'ecole de Niels BOHR (1885 -1962) a Copenhague. En 1935, parut sous
la signature de DELBRUCK, TIMOFEEF-RESSOVSKY et ZIMMER un article
theorique dont la conclusion etait que les genes contenaient une substance
jouant le role de cible pour les rayons X. L'odyssee de MULLER n'etait pas
terminee. II decide en 1935 de partir pour la Russie ou il collabore pendant
quelque temps avec le botaniste et geneticien Nicolai VAVILOV (1887 -1943).
C'est dans ces annees que commence a briller 1'etoile de LYSSENKO qui instaure
sa propre doctrine de la genetique, fondee sur le neolamarckisme. MULLER doit
quitter la Russie en 1937. II sejourne pendant trois ans a 1'universite d'Edim-
bourg. La deuxieme guerre mondiale le contraint a retourner aux Etats-Unis. II
est nomme titulaire de la chaire de zoologie a 1'universite d'Indiana ou il restera
jusqu'a sa mort. En 1946, MULLER se vit attribuer le Prix Nobel de physiologie
et de medecine pour sa decouverte de 1'effet des radiations sur les mutations.
Des 1933, la contribution de MORGAN a la comprehension du mecanisme de
1'heredite avait ete recompensee egalement par le Prix Nobel de physiologie et
de medecine. Pour originaux qu'avaient ete les travaux de MORGAN ainsi que
ceux de MULLER et considerable qu'en ait ete la portee, ils n'apportaient pas de
reponse au probleme du mecanisme d'action des genes et a celui de leur nature
chimique. La solution viendra vingt ans plus tard.
Au tournant des annees cinquante, la situation se compliqua avec la decouverte
d'une heredite non mendelienne, d'abord mise en evidence chez la levure par
Boris EPHRUSSI (1901 -1979) et ses collaborateurs. II s'agissait de 1'heredite
mitochondriale dont sont responsables les genes portes par le genome
mitochondrial. Cette heredite est essentiellement maternelle. En effet, au
moment de la fusion entre ovule et spermatozo'ide, seul le materiel nucleaire du
spermatozoi'de est apporte a 1'ovule.
1.2. LES PREMIERS JALONS DE LA PROTEINOLOGIE
Dans un memoire paru en 1782, intitule Sur I'existence de la matiere albumineuse

dans les vegetaux, Antoine Francois de FOURCROY discute de la presence de
substances azotees dans le gluten de la farine de ble, et aussi dans les parties
vertes des plantes, en se referant aux travaux d'Hilaire Martin ROUELLE
(1718 -1779), frere de 1'illustre chimiste Guillaume-Francois ROUELLE, et a ceux
de Claude BERTHOLLET, dans les annees 1770 -1780. Le terme de matiere albu-
mineuse ou albumine (du latin album = blanc) utilise a cette epoque designait les
substances azotees qui fournissent un precipite blanc par traitement avec les
acides ou par chauffage et qui liberent de rammoniaque par distillation. Par
extension, on donnera le nom d'ovalbumine (du latin ovis ceuf et album blanc)
au materiel du blanc d'ceuf coagulable par la chaleur ou les acides.
Au debut du XIX e siecle, John DALTON (1766 -1844) donne au mot atome sa
signification scientifique. Amadeo AVOGADRO (1776 -1856) precise la notion de
molecule et formule en 1811 le principe selon lequel, dans les memes conditions
de temperature et de pression, des volumes egaux de gaz contiennent le meme
nombre de molecules, principe connu sous le nom de loi d'AVOGADRO. Plus
tard, une molecule-gramme d'un gaz (6.1023 molecules) sera definie comme la
masse de ce gaz qui, a zero degre et sous la pression atmospherique, occupe le
meme volume que deux grammes d'hydrogene, soit 22,4 litres. L'analyse
elementaire initiee par Antoine-Laurent LAVOISIER est perfectionnee et permet
d'obtenir avec une excellente precision les pourcentages d'elements (carbone,
oxygene, hydrogene, azote, soufre, phosphore) d'un bon nombre de molecules
organiques. Parmi les personnalites marquantes de la chimie moderne nais-
sante figurent Joseph GAY-LUSSAC (1778 - 1850), Jons BERZELIUS (1779 - 1848),
Eugene CHEVREUL (1786-1889), Jean-Baptiste D U M A S (1800-1884),
Jean-Baptiste BOUSSINGAULT (1802-1887), Justus VON LIEBIG (1803 - 1873),
Gerrit MULDER (1802 - 1880), Auguste LAURENT (1807 - 1853) et Charles
GERHARD! (1816 -1856). Le terme de chimie organique, qui actuellement
s'adresse a des molecules carbonees, est cree par BERZELIUS pour designer la
chimie des composants de la matiere vivante.
1.2.1. Apparition du terme proteine au XIXe siecle

En 1839, le chimiste hollandais Gerrit MULDER publia les resultats de 1'analyse
elementaire de la fibrine du sang et des "albumines" du serum sanguin et de
1'ceuf. Les pourcentages respectifs des elements carbone, hydrogene, azote et
oxygene pour ces trois substances etaient quasiment identiques, tres voisines de
55%, 7%, 16% et 22% avec des traces variables de soufre et de phosphore. Le
terme proteine (du grec Trporreiov -preeminence) apparait en 1838 dans une
publication de MULDER sur la suggestion du chimiste suedois BERZELIUS, pour
designer la partie essentielle des substances albumineuses auxquelles est donnee
la formule : Pr + SP. Pr represente le "radical proteine" de composition fixe
auquel se rattache une modeste copule soufree et phosphoree (SP). En 1842,

LIEBIG va jusqu'a postuler que les substances albumineuses sont toutes des
isomeres d'un meme "radical proteine" et que la specificite des isomeres releve
de leurs proportions respectives en soufre et phosphore. Ainsi, a la fibrine du
sang etait assignee la formule C4ooH62oNiooOl20 + SP et a la serum albumine la
formule C4ooH62oNiooOl20 + S?2. Les passages suivants extraits des Nouvelles
Lettres sur la Chimie par LIEBIG, traduites en frangais en 1852 par GERHARDT,
attestent 1'etat rudimentaire des connaissances en proteinologie dans le milieu
du XIX e siecle. "La viande renferme comme partie essentielle la fibre musculaire
ou fibrine. L'analyse chimique montre que la fibrine de la chair n'est autre
chose sous le rapport de la composition elementaire que de 1'albumine du sang
solidifiee et fagonnee". Poursuivant avec la caseine du lait obtenue par
coagulation a froid apres addition d'acide acetique, LIEBIG ecrit: "1'analyse
chimique elementaire demontre que la caseine contient les memes elements et
dans les memes proportions que 1'albumine et la fibrine de la chair... Ces
differentes substances donnent par degradation les memes produits. Par
exemple, lorsqu'elles sont traitees par des bases concentrees on obtient deux
substances cristallisables, la leucine et la tyrosine". Ces quelques citations d'un
ouvrage d'un chimiste qui faisait autorite montrent a 1'evidence que les
connaissances fragmentaires de cette epoque ne permettaient pas de tirer
quelque conclusion valide qui soit a partir des materiaux proteiques dont on
disposait. Dans cette enfance de la proteinologie, 1'empirisme prevaut. Ce n'est
que graduellement a la fin du XIX e siecle et au debut du XX e que des methodes
d'isolement et de purification de proteines seront codifiees et que 1'on se rendra
compte de la multitude des structures proteiques existantes dans les tissus
vivants.
1.2.2. Les acides amines reconnus comme

constituants des proteines
Tout en se persuadant de la complexite moleculaire des proteines, on decouvrit
dans le milieu du XIX e siecle que, traitees par des acides ou des bases, les pro-
teines liberaient des molecules de structure relativement simple qui, toutes,
possedaient un groupe carboxylique et un groupe amine branches sur un meme
carbone denomme Ca. Ces molecules furent appelees acides amines (ou amino-
acides). Les acides amines (une vingtaine) entrant dans la composition des pro-
teines different par le chainon carbone branche sur le carbone Ca (Figure III.6).
Les deux premiers acides amines a avoir ete isoles, la leucine et le glycocolle, le
furent en 1820 par le chimiste franc,ais Henri BRACONNOT (1780 - 1855) a partir
de produits d'hydrolyse de la gelatine et de la fibrine par 1'acide sulfurique. La
gelatine obtenue par traitement de cartilage, de tendon ou de peau avec de 1'eau
bouillante fournissait apres hydrolyse acide un produit azote et sucre de faible
masse, purifiable par cristallisation, auquel BRACONNOT donna le nom d'acide
nitrosaccharique. Le produit fut ensuite appele sucre de colle, puis glycocolle.
Chaines laterales polaires mais non chargees
Chaines laterales chargees negativement Chaines laterales chargees positivement
Chaines laterales non polaires (hydrophobes)
Figure III.6 - Les vingt acides amines entrant dans la structure des proteines
Dans les annees 1850, la formule detaillee du glycocolle fut etablie. Elle corres-
pondait a celle de 1'acide aminoacetique : NH2-CH2-COOH. C'est alors que le
terme glycocolle fut remplace par celui de glycine a 1'instigation de BERZELIUS
par souci d'homogeneite euphonique avec le terme proteine. La facilite avec
laquelle la glycine fut isolee de la gelatine se comprend lorsque Ton sait que la
glycine est 1'acide amine le plus abondant de la gelatine dont il represents 25%
du poids.
Quant a la leucine, BRACONNOT 1'obtint a partir de la "fibrine" de muscle,
supposee a cette epoque etre le constituant de la fibre musculaire, et egalement
a partir de la laine. Par hydrolyse acide et differents traitements par 1'ethanol,
BRACONNOT recueillit une poudre blanche qu' il appela leucine (du grec
XeuKoc = blanc). D'autres acides amines furent bientot isoles et caracterises.
Avec la glycine et la leucine, on en decompte treize a la fin du XIX e siecle :
tyrosine (1846), serine (1865), acide glutamique (1866), acide aspartique (1869),
alanine (1875), valine (1879), phenylalanine (1881), lysine (1889), arginine (1895),
histidine (1896), cystine formee par la condensation oxydative de deux cysteines
(1899). Suivront la proline (1901), le tryptophane (1901), 1'isoleucine (1907), la
methionine (1922), la glutamine et 1'asparagine (1932) et enfin la threonine
(1935), au total vingt acides amines qui entrent dans la composition de la plupart
des proteines connues (Figure III.6). II est piquant de noter qu'en 1850, le chi-
miste allemand Adolf STRECKER (1822 -1871) en operant, sans idee preconc.ue,
sur un melange d'acide cyanhydrique, d'acetaldehyde et d'ammoniaque avait
obtenu un precipite caracterise comme un acide amine auquel il avait donne le
nom d'alanine, ceci bien avant que Ton ne decouvrit la presence d'alanine dans
les proteines en 1875.
Un seul acide amine, le tryptophane, avait echappe a la regie de 1'hydrolyse
acide, simplement parce qu'il est detruit en milieu acide. Le tryptophane fut
decouvert en Angleterre en 1901 par Frederick HOPKINS ^ (1861 -1947), un
medecin du Guy's Hospital a Londres, devenu biochimiste sur le tard, a 37 ans.
Avec un sens de la physiologie propre a sa formation medicale, HOPKINS
pensa utiliser la trypsine comme enzyme d'hydrolyse des proteines, plutot que
de proceder a 1'hydrolyse acide qui etait couramment utilisee. C'est dans ces
conditions qu'il decrivit un acide amine alors inconnu qui donnait une reaction
coloree particuliere dans des conditions specifiques. Du fait que cet acide amine
avait ete obtenu par hydrolyse trypsique, HOPKINS 1'appela tryptophane.
L'ecole allemande de chimie, avec comme chef de file Emil FISCHER ^
(1852 - 1919), joua un role majeur dans 1'isolement, la purification et la carac-
terisation de la plupart des acides amines a partir d'hydrolysats de proteines et
dans la demonstration qu'on obtenait toujours les memes acides amines, quelle
que fut 1'espece proteique hydrolysee en milieu acide. Entre a 1'universite de
[1] Frederick HOPKINS et Christian EljKMAN, Prix Nobel de physiologie et de medecine

(1929).
[2 ] Emil FISCHER, Prix Nobel de chimie (1902).
Strasbourg en 1872, Emil FISCHER prepara sa these de sciences sur la phenyl-

hydrazine et ses derives sous la direction du chimiste organicien Adolf
VON BAEYER t 3 ] (1835-1917) bien connu pour sa synthese de colorants, en
particulier 1'indigo. II suivit BAEYER a 1'universite de Munich lorsque celui-ci y
fut nomme titulaire de la chaire de chimie en 1874. Apres avoir enseigne la
chimie a Erlangen, puis a Wiirzburg, Emil FISCHER au sommet de son art,
ayant realise une ceuvre de pionnier dans la chimie des sucres, des peptides et
des purines, fut nomme en 1892 directeur de 1'Institut de chimie de 1'universite
de Berlin ou il continua de developper dans d'excellentes conditions de travail
ses magnifiques recherches.
Jusqu'en 1900, les acides amines etaient isoles a partir d'hydrolysats proteiques
par cristallisation fractionnee de leurs sels de cuivre, d'argent ou d'autres
metaux. II y eut une amelioration notable a partir de 1901 lorsqu'Emil FISCHER
publia une nouvelle methode fondee sur la distillation fractionnee sous pression
reduite des esters ethyliques des acides amines. Chaque espece d'ester ainsi
resolue etait ensuite reconvertie en acide amine par un traitement alcalin, et la
purification se poursuivait par cristallisation.
Tres tot les chimistes ont trouve que les proteines pouvaient etre caracterisees
par des tests colores : coloration jaune (reaction xanthoproteique) obtenue par
chauffage en presence d'acide nitrique (Antoine Francois de FOURCROY et
Nicolas Louis VAUQUELIN), coloration rouge-orangee par chauffage en pre-
sence de nitrate mercurique (Auguste MILLON (1812 -1867)). En 1874, Albert
ADAMKIEWICZ (1891 - 1973) montra qu'une solution de proteine chauffee en
presence d'acide sulfurique dilue et d'une trace d'aldehyde formique deve-
loppait une belle coloration rose violette. Les reactions colorees des proteines
procedaient du plus pur empirisme. Elles furent expliquees d'une fac.on simple
et rationnelle lorsqu'on purifia les acides amines a partir d'hydrolysats de
proteines, et que Ton se rendit compte que certains de ces acides amines etaient
responsables des reactions colorees observees sur les proteines. La phenyl-
alanine et la tyrosine etaient responsables de la reaction xanthoproteique due a
la nitration du cycle benzenique; la tyrosine etait responsable de la reaction de
MILLON et le tryptophane de la reaction d'ADAMKIEWICZ.
1.2.3. La theorie de la macromolecule proteique protoplasmique

Pendant que les chimistes essayaient de comprendre le fonctionnement de la
cellule a travers 1'isolement et la caracterisation de differentes especes molecu-
laires, les cytologistes batissaient une theorie globale d'organisation moleculaire
de la cellule connue sous le nom de theorie de la macromolecule proteique
protoplasmique. La region extranucleaire de la cellule, le protoplasme, avait
effectivement 1'apparence d'un gel plus ou moins mobile, avec un certain degre
d'organisation (Chapitre II-5.5). Un des premiers porte-drapeaux de la theorie
[3 ] Adolf VON BAEYER, Prix Nobel de chimie (1905).

protoplasmique au milieu du XIX e siecle fut le botaniste allemand Ferdinand

COHN relaye en Allemagne par Ernst HAECKEL et en Angleterre par Thomas
HUXLEY dont on a vu le role dans la propagation des idees du darwinisme
(Chapitre 1-6.5). HUXLEY postulait que le protoplasme etait une entite macro-
moleculaire, base physique de la vie, et que la chimie de la cellule etait bien
differente de la chimie de laboratoire. II ajoutait que les nutriments entrant dans
une cellule perdaient leur identite avant d'etre incorpores dans la macro-
molecule protoplasmique. Us y subissaient de mysterieux changements avant de
reapparaitre sous forme de produits rejetes a 1'exterieur de la cellule.
L'immunologiste Paul EHRLICH s'inspira de la theorie protoplasmique pour
expliquer la fac.on dont certaines cellules du sang (on decouvrit plus tard qu'il
s'agissait de lymphocytes B) sont capables de reperer un antigene ; EHRLICH
imaginait la macromolecule protoplasmique bardee de chaines laterales douees
de specif kite de reconnaissance vis-a-vis de 1'antigene (Chapitre II-7.3.2).
1.2.4. Premieres preuves de la diversite des proteines

A la fin du XIX e siecle, le chimiste et botaniste allemand Heinrich RITTHAUSEN
(1826 -1912) decouvre que des proteines vegetales et animales, en depit d'une
formule brute apparemment identique, presentent des differences marquantes
par le pourcentage de certains acides amines qu'elles contiennent. C'est la
premiere lezarde dans la theorie de la macromolecule proteique. Des 1850, le
biochimiste franc.ais Prosper Sylvain DENIS (1789 -1863) avait mis en evidence
deux entites proteiques dans le serum sanguin, I'albumine soluble dans 1'eau et
la "globuline" soluble dans des solutions salines diluees. En 1888, Franz
HOFMEISTER (1850 - 1922), professeur de pharmacologie a 1'universite de
Prague public un remarquable article sur le pouvoir precipitant de certains sels
mineraux vis-a-vis de proteines. II montre que le sulfate et le phosphate d'am-
monium ou de sodium ou de potassium sont de "bons precipitants" contrai-
rement au chlorure de calcium. En 1890, HOFMEISTER parvient a cristalliser
1'ovalbumine par traitement du blanc d'ceuf avec une solution demi saturee en
sulfate d'ammonium. C'est le point de depart de I'emploi systematique des sels
mineraux, en particulier du sulfate d'ammonium, pour la precipitation frac-
tionnee de proteines dans des extraits animaux ou vegetaux. La carriere de
HOFMEISTER se poursuivit dans la prestigieuse universite de Strasbourg, ou il
succeda a Felix HOPPE-SEYLER (1825 - 1895) comme professeur de chimie
physiologique en 1896. A 1'ecole de HOFMEISTER furent formes, en particulier,
PARNAS, NEUBERG et EM B DEN qui, chacun dans leur propre universite,
contribuerent par leurs decouvertes au developpement de la biochimie meta-
bolique (Chapitre IV).
En 1907 et 1908 les Societes britannique et americaine de physiologic proposent
une classification des proteines sur la base de leur comportement en presence
de sulfate d'ammonium ou de sulfate de sodium et egalement d'ethanol:
4 les albumines solubles dans 1'eau et les solutions salines diluees ;
4 les globulines peu solubles dans 1'eau ;
4 les prolamines insolubles dans 1'eau et 1'ethanol absolu, mais solubles dans
1'ethanol a 70% ;
4 les glutelines solubles uniquement dans des solutions aqueuses acides ou
alcalines ;
* les scleroproteines insolubles dans tout milieu aqueux.
Bien que cette classification soit actuellement obsolete, a son epoque elle confir-
mait 1'idee qu'il existait differentes especes de proteines. Le dogme de la macro-
molecule proteique s'effondrait. Un pas decisif etait franchi en proteinologie.
1.2.5. Emit FISCHER et Franz HOFMEISTER,

les promoteurs de la theorie de la liaison peptidique
Le XIXe siecle s'achevait avec de notables progres en proteinologie, avec d'une
part la notion qu'il existait chez les animaux et les vegetaux differentes especes
de proteines et avec d'autre part 1'isolement de la plupart des acides amines qui
entrent dans la constitution de ces proteines. Se posa alors la question de savoir
comment ces acides amines s'assemblaient pour former une proteine. La
reponse vint en 1902. Par une coincidence remarquable, lors du congres des
naturalistes et physiciens de langue allemande, en septembre 1902, Emil
FISCHER et Franz HOFMEISTER presenterent le meme jour une theorie iden-
tique, a partir de preuves differentes, sur le mode de liaison des acides amines
dans les proteines. II s'agissait d'une liaison ou deux acides amines s'enchainent
par le groupe amine de 1'un et le groupe carboxylique de 1'autre, formant ainsi
un groupe amide -CO-NH-. La liaison entre les acides amines fut appelee
liaison peptidique.
L'argumentation de FISCHER s'appuyait sur la comparaison des structures de
peptides de synthese et de peptides provenant d'hydrolysats de proteines. En
collaboration avec Ernest FOURNEAU (1872 -1949), FISCHER avait montre que
des composes cycliques, des dicetopiperazines (Figure III.7), se formaient
comme produits secondaires au cours d'essais sur les esters d'acides amines. Ces
dicetopiperazines clivees par hydrolyse acide fournissaient des dipeptides, le
plus simple etant la glycylglycine, ou deux molecules de glycine sont enchai-
nees par une liaison mettant en jeu le groupe carboxylique d'une des glycines et
le groupe amine de 1'autre. Dans une autre serie d'experiences, en partant d'une
proteine purifiee, la fibroine de la soie, FISCHER et FOURNEAU realiserent une
hydrolyse menagee. Parmi les produits obtenus, ils identifierent la glycyl-
glycine identique a la glycylglycine de synthese. Des 1901, FISCHER avait
realise par voie chimique la synthese d'un dipeptide, la glycylleucine dans
lequel les deux acides amines etaient reunis par une liaison peptidique
(Figure III.7). En 1907, il reussissait a synthetiser un octodecapeptide.
Les preuves de la liaison peptidique apportees par HOFMEISTER s'appuyaient
sur deux observations :
1. L'hydrolyse acide des proteines libere, au fur et a mesure de 1'apparition
d'acides amines libres, une quantite equivalente de groupes amines -NH2-
a - Synthese de dicetopiperazine
(FISCHER et FOURNEAU, 1901) E. FISCHER (1852 -1919)
b - Synthese de glycylleucine (FISCHER, 1901)
La theorie des cyclols proposee en 1936 par WRINCH est actuellement rejetee.
c - Les cyclols (WRINCH, 1936)
Les proteines sont formees par 1'association lineaire d'acides amines lies entre eux par
des liaisons de type amide [-CO-NH-] (liaisons peptidiques).
Figure III.7 - La liaison peptidique
Ces groupes amines dans les proteines sont done engages dans une liaison
covalente clivable par hydrolyse acide;
2. Le biuret est un produit de synthese resultant de la condensation de deux
molecules d'uree par chauffage, selon la reaction :
Le biuret caracterise par le groupe -CO-NH- donne une coloration violette

intense en presence de soude et d'une trace de sulfate de cuivre. Cette meme
reaction est donnee par les proteines et des peptides de synthese.
1.2.6. Naissance et mort de la theorie des cyclols

En 1936, la mathematicienne britannique, Dorothy WRINCH (1896-1976)
formula une theorie dite des cyclols, selon laquelle la chaine d'acides amines
pouvait se replier sur elle-meme en formant des boucles, permettant d'acquerir
ainsi une structure en deux ou trois dimensions. La structure de base consistait
en 1'association de six acides amines organises en trois replis hexagonaux
(cyclol 6). WRINCH imagina que sur les chaines laterales des acides amines du
cyclol 6 se branchaient d'autres acides amines pour former des ensembles
polypeptidiques de poids moleculaires de plus en plus eleves (Figure III.7).
Dorothy WRINCH travaillait dans une equipe de chercheurs a 1'Institut de mor-
phologie mathematico-physico-chimique de 1'universite de Cambridge, groupe
dont faisait partie, entre autres, le physicien et cristallographe John BERNAL
(1901 -1971). La theorie des cyclols eut son heure de gloire et fut consideree
avec serieux par de brillants chercheurs dont le physicien et proteinologue
William ASTBURY (1898 -1961). Elle fut avancee comme une hypothese cohe-
rente et on la retrouva meme dans des manuels de biochimie jusqu'en 1950, puis
elle tomba en desuetude.
1.2.7. La theorie des colloides, un concept a la vie dure

Dans les annees 1860, le physico-chimiste anglais Thomas GRAHAM (1805 -1869)
etudiait la dialyse de differentes especes de molecules a travers des membranes
de parchemin. Des sels mineraux comme le chlorure de sodium traversaient
facilement les pores de la membrane a la difference des proteines. Une expli-
cation simple etait que les proteines posse-dent une taille nettement superieure a
celle des sels mineraux. GRAHAM nota que, contrairement aux sels mineraux
qui cristallisent facilement, les proteines apres concentration laissent un residu
amorphe. II proposa d'appeler cristalloi'des les substances dialysables, et
colloides (du grec KoXXa = glue) les substances non dialysables telles que les
proteines. Etant donne le role presume des proteines dans 1'economie cellulaire,
GRAHAM postula que 1'etat colloidal etait un caractere dynamique de la
matiere vivante et que 1'etat cristalloi'de correspondait a un caractere statique. II
poussa 1'argumentation en imaginant que le caractere amorphe des colloides
etait du a une agregation non specifique de molecules proteiques.
Au debut du XX e siecle, alors que 1'exploration de la cinetique de la catalyse

enzymatique etait bien ebauchee, les enzymes etaient encore considered par le
chimiste allemand Richard WILLSTATER (1872 -1942) comme constitues d'un
materiau colloidal non specifique sur lequel se greffaient des groupements
chimiques non proteiques capables de reconnaitre specifiquement des substrats
et de les transformer. A la meme epoque, a Paris, Gabriel B E R T R A N D
(1867 -1962) qui etudiait la laccase, un enzyme transformant le laccol provenant
du latex de 1'arbre a laque en un vernis noir, pensait que le metal present dans
la laccase representait la partie catalytique de cet enzyme et que la proteine
n'etait qu'un support de nature colloi'dale.
I/idee d'une agregation proteique non specifique, base de la theorie des
colloides, rec.ut dans les annees trente un support inespere et malencontreux
avec les premieres evaluations de poids moleculaires de proteines par ultra-
centrifugation, evaluations qui sur un nombre tres limite de proteines donnaient
1'impression d'une gradation geometrique (voir Chapitre III-2). De fac,on
fortuite les valeurs obtenues apparaissaient etre des multiples d'une valeur unite
fixee a 17 500. En limitant les exemples au cytochrome c, a la lactoglobuline et a
la serumalbumine, on en deduisit que le poids moleculaire du cytochrome c
etait la moitie de celui de la lactoglobuline et le quart de celui de la serum-
albumine. Ces relations numeriques sur un petit nombre d'especes proteiques
creaient une illusion tout a fait contraire a la realite.
En depit d'interpretations erronees, certains caracteres physico-chimiques des
proteines dites colloidales avaient ete neanmoins correctement evalues. Ainsi,
William HARDY (1864 -1934), a Cambridge, avait observe en 1900 que les
charges electriques de 1'ovalbumine etaient neutralisees par electrotitration,
d'ou 1'idee que les proteines etaient des polyelectrolytes. De plus, HARDY avait
observe qu'au point isoelectrique les proteines avaient tendance a precipiter. En
1911, Frederick DONNAN (1870 -1956) professeur de chimie physique a
1'universite de Liverpool, demontra la repartition asymetrique d'ions mineraux
diffusibles entre deux compartiments d'un reservoir separes par une membrane
semi-permeable quand 1'un des compartiments contient une solution proteique.
II expliqua cette repartition asymetrique par la capture d'ions mineraux par le
materiau proteique colloidal. On sait que 1'equilibre salin en presence de pro-
teines, appele equilibre de DONNAN, joue un role essentiel dans le maintien de
la concentration ionique des cellules vivantes. La theorie des collo'ides rec.ut
dans les annees 1920 un appui renforce de la part du physico-chimiste Jacques
LOEB (1825 -1924) a 1'Institut Rockefeller de New York. LOEB constata que
1'equilibre de DONNAN genere une pression osmotique qui depend de 1'etat
d'ionisation des proteines et par consequent du pH du milieu, en accord avec le
fait que les proteines sont des ampholytes. En 1923 le Danois Niels BJERRUM
(1879 -1958) montra qu'au point isoelectrique les proteines possedent autant de
charges positives que de charges negatives. On realisera plus tard que 1'effet de
charge, dependant du pH, modifie la conformation globale de la proteine.
1.2.8. Le dogme de la periodicite et I'illusion de la numerologie

L'idee qu'il existait une periodicite dans les proteines remonte aux travaux
d'Albrecht KOSSEL M (1853 -1927) dans les annees 1900. KOSSEL s'interessait a
la structure des acides nucleiques et des proteines de nature basique associees
aux acides nucleiques. Dans 1'une de ces proteines, une protamine appelee
clupeine, les 2/3 des acides amines avaient ete identifies a de rarginine. En
1904, KOSSEL postula que la clupeine consistait en une repetition de motifs
[Arg-Arg-X] ou [Arg-X-Arg]. Avec la clupeine nait 1'idee brillante, mais
fallacieuse, de 1'existence d'une periodicite generalised pour toutes les especes
de proteines. Cette idee fut exploitee par un excellent chimiste, Max
BERGMANN (1886 -1944), un ancien eleve d'Emil FISCHER, et son associe Carl
NIEMANN (1908 - 1964). En 1932, BERGMANN, oblige pour des raisons poli-
tiques de quitter son laboratoire de Dresde, emigra aux Etats-Unis. II continua
son travail de recherche a 1'Institut Rockefeller, rejoint par son collegue
Leonidas ZERVAS (1902 - 1980). Les noms de BERGMANN et de ZERVAS
resteront associes a une methode originale de synthese proteique utilisant le
blocage du groupe amine d'acides amines par le chlorure de Tester benzylique
de 1'acide carbonique.
Dans le milieu des annees trente, BERGMANN et NIEMANN entreprirent une
analyse quantitative systematique des acides amines dans differentes proteines,
apres hydrolyse totale. Deux proteines, la gelatine et la fibro'ine de la soie, leur
donnerent des resultats interpretables sur la base d'une periodicite.. Dans le cas
de la gelatine, ils trouverent une forte proportion de glycine, de proline et
d'hydroxyproline. Ce qui les frappa, ce furent les rapports molaires (6/3/2) de
ces trois acides amines, qui suggeraient que la glycine representait un tiers des
acides amines totaux, la proline un sixieme et 1'hydroxyproline un neuvieme.
BERGMANN et NIEMANN postulerent qu'une glycine etait presente tous les
trois residus d'acides amines, une proline tous les six et une hydroxyproline
tous les neuf. Par ailleurs, une analyse des produits d'hydrolyse de la fibro'ine
de la soie leur montra une majorite de glycine, d'alanine et de tyrosine, la
glycine representant la moitie des residus d'acides amines, 1'alanine le quart et
la tyrosine le seizieme, d'autres acides amines (arginine, leucine, lysine et
histidine) intervenant en beaucoup moins grandes quantites. Ainsi, pour la
fibro'ine de la soie, un modele periodique semblait egalement s'imposer.
A la notion de sequence periodique, BERGMANN et NIEMANN ajoutaient le
postulat que le poids moleculaire de toute proteine etait le multiple d'un poids
moleculaire minimum, en quelque sorte un denominateur commun, correspon-
dant a un nombre precis d'acides amines donne par la formule Nt = 2m x 3n.
Par exemple, Nt = 24 x 32 = 144 ; Nt = 25 x 32 = 288, ce qui, sur la base d'un
poids moleculaire moyen de 120 pour un acide amine fournissait des valeurs de
[4 ] Albrecht KOSSEL, Prix Nobel de physiologie et de medecine (1910).

poids moleculaire de 1'ordre de 17 500, 35 000... qui semblaient etre en accord

avec des resultats provenant d'experiences d'ultracentrifugation.
La publication de la sequence de 1'insuline en 1953 suivie peu apres par celles
d'autres proteines fit prendre conscience du "desordre" qui regnait dans 1'arran-
gement des acides amines dans la majorite des proteines. La theorie de la perio-
dicite des proteines enseignee cornme un dogme pendant une trentaine d'annees
avait vecu. II s'agit la d'un exemple typique d'emploi abusif de la numerologie
dans les sciences biologiques, conduisant a des interpretations fallacieuses,
capables de durer pendant des annees parce que plaisantes pour 1'esprit.
1.3. DE LA NUCLEINE AUX ACIDES NUCLEIQUES
De nos jours, 1'etudiant en biologic moleculaire ne peut qu'etre emerveille par

rharmonie des mecanismes qui president a la traduction de sequences de
nucleotides contenus dans 1'ADN en sequences d'acides amines caracteristiques
de proteines douees de fonctions specifiques. II apprend sans trop s'etonner
que, pour convertir en proteines 1'information contenue dans des genes, la
nature a imagine des intermediates, les ARNs messagers, qui sont les copies
complementaires de 1'ADN des genes. II apprend egalement que d'autres
especes d'ARNs sont mis en ceuvre : des ARNs de petite taille dits ARNs de
transfert couples de fac.on specifique a des acides amines et utilises pour le
decodage de la sequence nucleotidique des ARN messagers, ainsi que des
ARNs de grande taille (les ARN ribosomaux) qui entrent dans la constitution
des ribosomes. II note qu'a la surface des ribosomes s'etalent les ARN messa-
gers dont la sequence est traduite, triplet par triplet, par les ARNs de transfert
couples aux acides amines et que 1'etape finale consiste en la soudure par
liaisons peptidiques des acides amines liberes a partir des ARNs de transfert
pour aboutir a la production d'une proteine specifique. Notre etudiant est loin
de se douter du cahoteux cheminement qui, depuis la decouverte d'un consti-
tuant cellulaire particulierement riche en phosphore et appele nucleine, il y a
plus d'un siecle, a finalement abouti a notre conception actuelle de la fonction
des acides nucleiques dans la synthese des proteines.
1.3.1. MlESCHER, le decouvreur oublie de la nucleine.

KOSSEL, un chimiste pionnier des acides nucleiques
Apres avoir soutenu sa these de medecine a Bale, en 1868, Johann Friedrich
MlESCHER (1844 -1895) decida d'aller etudier la chimie a Tubingen dans le
laboratoire dirige par Felix HOPPE-SEYLER. Le projet confie a MlESCHER visait
a determiner la nature chimique des cellules du pus, c'est-a-dire de debris de
cellules phagocytaires du sang (neutrophiles) ayant migre dans des zones infec-
tees par des bacteries. Le materiel etait abondant, car a la fin du XIX e siecle les
infections succedant a des actes operatoires etaient particulierement frequentes.
Les debris cellulaires, en majorite des neutro-

philes plus ou moins alteres constituant le pus
etaient recoltes par lavage de pansements entou-
rant des plaies infectees. MIESCHER soumettait le
pus a 1'action d'un extrait de muqueuse gastrique
riche en pepsine, un enzyme proteolytique. II
observait au microscope la disparition des corps
cellulaires. Seul le noyau demeurait avec sa
forme et les traits caracteristiques de sa structure,
en particulier 1'existence de masses chromatiques
colorees par le vert de methyle. MIESCHER nota
que la substance contenue dans les noyaux etait
J.F. MIESCHER , . .. , , , ., ,.. , ,. .
(1844 -1895) precipitable par T1 acide acetique, qu elle
n
etaitL
soluble dans une solution diluee de soude et
qu'elle possedait une teneur elevee en phosphore (3% du poids sec), ce qui ne
repondait pas aux normes des biomolecules connues (proteines, lipides, sucres).
MIESCHER appela ce materiel nouveau nucleine pour souligner qu'il provenait
des noyaux des cellules du pus. Des chimistes arguerent que la nucleine n'etait
qu'une proteine contenant des groupes phosphates. Ce n'etait pas 1'opinion du
cytologiste Walther FLEMMING. Celui-ci, dans le courant des annees 1870, avait
visualise dans le noyau des cellules un materiel fortement colorable par
1'hematoxyline qu'il avait appele chromatine (Chapitre II-5.2). Pouvait-on
rapprocher chromatine et nucleine ? La nucleine jouait-elle un role dans des
fonctions du noyau de la cellule telle que la division cellulaire ?
Apres son stage a Tubingen, MIESCHER passa 1'annee 1870 dans le laboratoire
du physiologiste Carl LUDWIG (1816 - 1895) a Leipzig, et la il travailla sur la
physiologic de la respiration. De retour en Suisse en 1871, MIESCHER fut
nomine titulaire de la chaire de physiologie de 1'universite de Bale et continua
ses recherches sur la nucleine en partant cette fois de laitance de saumons
peches dans le Rhin. Utilisant les memes traitements que ceux effectues sur le
pus, il obtint une substance semblable a la nucleine du pus, mais encore plus
riche en phosphore (9% du poids sec). Ces resultats provocants ne furent publics
qu'apres sa mort prematuree en 1895.
Albrecht KOSSEL, un jeune assistant de HOPPE-SEYLER, reprit le travail sur la
nucleine qui avait ete initie par MIESCHER. KOSSEL commenc.a a frequenter
1'Ecole de medecine de 1'universite de Strasbourg en 1872, date a laquelle
HOPPE-SEYLER avait ete nomme professeur de biochimie dans cette universite.
Apres avoir complete son cursus medical a 1'universite de Rostock, ville dont il
etait originaire, KOSSEL revint a Strasbourg en 1877 pour travailler dans le
groupe de HOPPE-SEYLER. Professeur agrege a Strasbourg en 1881, KOSSEL fut
appele en 1883 a diriger le departement de chimie de 1'Institut de physiologie de
1'universite a Berlin. Sa carriere se poursuivit avec sa nomination comme pro-
fesseur de physiologie a 1'universite de Marburg en 1895, puis a 1'universite de
Heidelberg en 1901. Ses travaux de recherche initialement consacres aux acides
nucleiques furent en partie orientes vers la chimie structurale des proteines au

tournant du XXe siecle.
Utilisant un protocole similaire a celui de
MIESCHER pour la preparation de la nucleine,
KOSSEL confirma en 1882 les resultats de
MIESCHER sur 1'existence d'une espece mole-
culaire non proteique riche en phosphore, la
nucleine. II rapporta que, pour differents tissus
animaux, il existait un rapport constant entre la
quantite de phosphore apportee par la nucleine
et la quantite de noyaux cellulaires. Ceci con-
fortait 1'idee qu'il existait une relation entre la
fonction du noyau dans la cellule et la presence
de nucleine dans le noyau. II est interessant de
w. KOSSEL
noter qu'a 1'epoque de KOSSEL une determi- (1853-1927)
nation de phosphore dans un tissu animal ou
vegetal necessitait une dizaine de grammes de ce tissu. Aujourd'hui une dizaine
de nanogrammes d'acide nucleique suffit a determiner la sequence de plus d'un
millier de nucleotides. KOSSEL fut un pionnier dans la determination de la
structure des composes organiques cycliques appeles bases puriques (adenine
et guanine) et pyrimidiques (cytosine , uracile et thymine) qui entrent dans la
composition des acides nucleiques (Figure III.8). Deux especes de nucleines
furent explorees, celle de levure et celle de thymus. Du fait de leur caractere
acide, Richard ALTMANN proposa de les appeler acides nucleiques.
Dans les deux dernieres decennies du XIXe siecle, la chimie des acides nucleiques
progresse rapidement. A partir de produits d'hydrolyse d'acides nucleiques de
levure, KOSSEL isole deux composes apparentes a la xanthine, la guanine en
1882 et 1'adenine en 1886. La guanine etait deja connue. Son nom vient de sa
source naturelle, le guano. Au debut des annees 1900, Emil FISCHER montre
que 1'adenine et la guanine sont des composes bicycliques auxquels il donne le
nom de purines : 1'adenine est la 6-amino-purine et la guanine la 2-amino-
6-oxypurine. En 1900, dans le groupe de KOSSEL, Albert ASCOLI (1877 -1957)
isole 1'uracile et 1'identifie a la 2,6-dioxypyrimidine. Dans le meme groupe, en
1900, a partir d'hydrolysats d'acide nucleique de thymus sont identifiers la
thymine (5-methyl-2,6-dioxypyrimidine) par Hermann STEUDEL (1871 -1967) et
la cytosine (2-oxy-6-aminopyrimidine) par KOSSEL et STEUDEL. En 1891,
KOSSEL montre que les produits d'hydrolyse de 1'acide nucleique de levure
contiennent un ose qui sera identifie par le Suedois Olof HAMMARSTEN
(1841 -1932) a un pentose, caracterise en 1908 a 1'Institut Rockefeller par les
Americains Phoebus LEVENE (1869 -1940) et Walter JACOBS (1883 -1967) et
appele ribose (Figure III.8) ("rib" pour Rockefeller Institute for Biochemistry).
KOSSEL decouvre aussi que 1'acide nucleique isole de thymus contient un ose
different de celui present dans 1'acide nucleique de levure ; cet ose sera identifie
par LEVENE au 2-desoxyribose beaucoup plus tard, en 1929.
adenine guanine
(A) (G)
cytosine thymine uracile

(C) (T) (U)
2'-desoxyribose ribose
L'ADN et 1'ARN sont formes par 1'association de chainons mononucleotidiques, lesquels

sont constitues par 1'association d'une base azotee cyclique : adenine, guanine, cytosine
et thymine (pour 1'ADN) ou uracile (pour 1'ARN), d'un ose (desoxyribose, pour 1'ADN, et
ribose, pour 1'ARN) et d'un residu phosphate.
Figure III.8 - Les composants de 1'ADN et de TARN

A la fin du XIX e siecle, un certain courant d'idees s'etait installe qui inclinait a
penser que le materiel nucleique contenu dans les chromosomes du noyau de la
cellule, colorable par certaines teintures comme le vert de methyle ou le reactif
de FEULGEN, etait implique dans la transmission des caracteres hereditaires..
Dans son livre public en 1886, intitule The cell in Development and Inheritance, le
cytologiste americain Edmond WILSON se fit 1'avocat du role preeminent des
acides nucleiques dans le mecanisme de 1'heredite. Au debut du XXe siecle, le
courant s'inverse. STRASBURGER note en 1910 qu'a certaines etapes du cycle
cellulaire le materiel colorable des chromosomes disparait, ce qui jette un doute
sur sa fonction dans 1'heredite.
Jusqu'a la fin des annees 1940,1'acide nucleique de levure fut appele acide ribo-
nucleique et 1'acide nucleique de thymus, acide desoxyribonucleique. On sait
actuellement que les deux types d'acides nucleiques sont presents dans toutes les
cellules vivantes. Dans les cellules eucaryotes, 1'acide desoxyribonucleique
(ADN) est localise pour la majeure partie dans le noyau et en petite quantite
dans les mitochondries tandis que 1'acide ribonucleique (ARN) est present majo-
ritairement dans le cytoplasme et pour une certaine fraction dans le nucleole.
En plus de sa brillante contribution a 1'elucidation de la nature chimique des
acides nucleiques, KOSSEL doit etre credite de la decouverte des histones. En
1884, il rapporta la presence dans le noyau de globules rouges d'oie d'un
composant basique de type peptone auquel il donna le nom d'histone. En 1947,
Alfred MIRSKY (1900 - 1974) montra que les chromosomes etaient composes
d'histone et d'ADN. Ce n'est qu'a la fin des annees cinquante, avec des
methodes performantes de separation de proteines que Ton se rendit compte
qu'il existait au moins cinq especes d'histone dans les chromosomes, formant
avec 1'ADN des complexes connus sous le nom de nucleosomes.
1.3.2. LEVENE et I'hypothese du tetmnucleotide

Apres sa soutenance de these de medecine a 1'universite de Saint-Petersbourg en
1891, Phoebus LEVENE quitte la Russie et s'etablit comme medecin praticien a
New York. A son temps libre il suit les cours de chimie a 1'universite Columbia.
Pris au jeu de la recherche scientifique, il abandonne son metier de medecin en
1896 et decide de travailler dans un institut de pathologic de la ville de New
York. Au tournant des annees 1900, il effectue plusieurs sejours dans des
laboratoires allemands, celui d'Albrecht KOSSEL a Marburg et celui d'Emil
FISCHER a Munich, ou il s'initie a des techniques d'isolement et d'analyse, en
particulier dans le domaine des acides nucleiques. De retour a New York, il est
engage en 1906 comme chercheur a 1'Institut Rockefeller qui venait d'etre cree.
Quelques annees plus tard, il se voit confier la direction du departement de
chimie de cet Institut.
LEVENE s'interessa aux structures moleculaires d'un large eventail de cons-
tituants de la cellule vivante, glucides, lipides, proteines et acides nucleiques.
C'est dans ce dernier domaine qu'il laissera son nom a la posterite. En 1908,
comme on 1'a vu, LEVENE identifie le pentose de 1'acide ribonucleique de

levure et lui donne le nom de ribose.
Tout a fait revelatrice fut son analyse de la structure de 1'acide inosinique qui
avait ete isole par LIEBIG quelques annees auparavant a partir d'extraits de
viande. En 1909, LEVENE et son collaborateur JACOBS decouvrent que 1'acide
inosinique est constitue par l'enchainement d'une base purique, I'hypoxanthine,
d'un ose, le ribose, et d'un phosphate. C'est le prototype d'un mononucleo-
tide, repondant a la structure [base cyclique - ose - phosphate]. Un autre
nucleotide obtenu a partir de la levure, 1'acide guanylique, est identifie peu de
temps apres a la structure mononucleotidique guanine - ribose - phosphate. Le
terme nucleoside sera reserve a la structure [base cyclique - ose ].
Dans un mononucleotide, le groupe phosphate presente deux fonctions acides
libres. Des courbes de titration acide - base d'acide ribonucleique realisees par
LEVENE dans le courant des annees vingt revelerent qu'une fonction acide
phosphorique secondaire etait demasquee en milieu fortement basique. Cette
fonction etait impliquee dans les liaisons entre mononucleotides de 1'acide
nucleique. Procedant avec 1'acide desoxyribonucleique de thymus, LEVENE
montra que les enchainements entre mononucleotides dans un acide nucleique
se faisait par 1'intermediaire d'une liaison phosphodiester entre d'une part la
fonction alcool primaire en position 5' du ribose (ou du desoxyribose) d'un
nucleotide et d'autre part la fonction alcool secondaire en position 3' du ribose
(ou du desoxyribose) du nucleotide adjacent (Figure III.9). Le signe prime (') fut
affecte par convention aux atomes de carbone du ribose ou du desoxyribose
pour les distinguer des carbones des bases puriques et pyrimidiques.
Puisque les liaisons phosphodiesters dans un acide nucleique ont la meme
orientation, on en deduisit que tout acide nucleique possede une polarite avec,
dans le cas de 1'ADN, deux extremites caracterisees 1'une par une fonction
alcool primaire libre (extremite 5'C) et 1'autre par une fonction alcool secondaire
libre (extremite 3'C). La nature des differentes liaisons chimiques entrant dans
1'ADN fut definitivement etablie a 1'universite de Cambridge, par Alexander
TODD I5! (1907-1997).
Ayant estime trop sommairement que les quatre bases de 1'ADN, adenine,
guanine, cytosine et thymine, etaient dans des proportions approximativement
egales, LEVENE en avait tire la conclusion hative et erronee que 1'ADN etait une
chaine polynucleotidique formee par la repetition de motifs tetranucleotidiques
comportant une egale quantite de bases puriques (adenine et guanine) et de
bases pyrimidiques (cytosine et thymine). De meme que 1'hypothese de la
repetition periodique des acides amines dans les proteines, qui avait seduit la
communaute biochimique par son symbolisme numerologique, 1'hypothese du
motif tetranucleotidique fut acceptee sans reticence jusqu'au milieu des annees
1940 et enseignee bien au dela.
[5 ] Alexander TODD, Prix Nobel de chimie (1957).

Image de diffraction de
RX sur un cristal d'ADN
Sequence nucleotidique La double helice d'ADN
(WATSON et CRICK, 1953)
Replication par appariement Complementarite des bases

des bases A-T et C-G adenine-thymine, guanine-cytosine
Figure III.9 - La structure de 1'ADN

Quelles qu'avaient ete leurs erreurs dans le dechiffrage d'un monde moleculaire
inconnu et leurs hesitations pour interpreter d'etranges observations en cyto-
logie et en genetique, les chimistes et biologistes du XIX e siecle et du debut du
XX e avaient realise une oeuvre remarquable avec des moyens modestes. Us
avaient contribue a forrnuler une nouvelle logique du raisonnement scientifique
et a ouvrir de nouvelles voies experimentales.
2. DES AVANCEES TECHNIQUES DETERMINANTES

DANS LA PERIODE 1920 - I960
Apres la premiere guerre mondiale, 1'etude structurale des proteines et des

acides nucleiques beneficia de 1'apport d'un large eventail de techniques dont
les principes etaient connus, mais dont 1'application n'avait pas encore ete
concretised : ultracentrifugation, electrophorese, chromatographie, analyse cris-
tallographique moleculaire par diffraction des rayons X, synthese de molecules
marquees par isotopes. La microscopie electronique qui avait ete utilisee pour
1'examen de structures cellulaires dans les annees quarante devint, une dizaine
d'annees plus tard, 1'outil indispensable pour decrypter des structures de pro-
teines et d'acides nucleiques. Au tournant du XXIe siecle, des techniques revolu-
tionnaires de microscopie, comme la microscopie de force atomique, donnent
acces aux structures fines de macromolecules. Des techniques complementaires
d'analyse structurale de proteines sont actuellement d'usage courant, par
exemple la resonance magnetique nucleaire (RMN), le dichroi'sme circulaire et
la spectroscopie RAMAN.
Avant 1'arrivee de 1'ultracentrifugation, la taille d'une proteine etait determinee
par son poids moleculaire minimum que Ton calculait a partir de 1'analyse ele-
mentaire, c'est-a-dire de sa teneur en carbone, hydrogene, oxygene et azote et
en un autre element caracteristique de la proteine. Ainsi, un poids moleculaire
minimum de 17 500 avait ete calcule pour I'hemoglobine en se referant a son
contenu en fer (0,34%) en supposant un atome de fer pour une molecule d'hemo-
globine. En fait le poids reel de 1'hemoglobine est le quadruple car il s'agit
d'une molecule tetramerique, ce que ne pouvait indiquer 1'analyse elementaire.
On avait essaye d'acceder au poids moleculaire reel d'une proteine par la
mesure de la pression osmotique. En 1917, le biophysicien danois S0ren Peter
S0RENSEN (1868 -1939) trouva par osmometrie une valeur de 34 000 pour le
poids moleculaire de 1'ovalbumine, valeur qui fut revue a la hausse quelques
annees plus tard pour s'etablir a 43 000.
La determination precise du poids moleculaire d'une proteine devint possible
en 1925 avec la construction a 1'universite d'Uppsala par Theodor SVEDBERG ^
[6 ] Theodor SVEDBERG, Prix Nobel de chimie (1926).

(1884 -1971) d'une ultracentrifugeuse analytique munie d'un systeme optique

permettant de suivre la sedimentation differentielle de plusieurs especes pro-
teiques. Comme on 1'a vu, des resultats portant sur une vingtaine de proteines
donnaient 1'impression en 1937 que les poids moleculaires des proteines etaient
les multiples d'un poids moleculaire minimum evalue a 17 500. S'appuyant sur
la theorie des colloi'des et 1'existence d'agregats colloi'daux, SVEDBERG postula
qu'il existait une unite proteique "fondamentale" d'un poids moleculaire
d'environ 17 500 sur laquelle venaient s'agreger des molecules de meme taille
pour former des ensembles oligomeriques de plus en plus grands, avec des
identites et des fonctions bien definies. Cette fausse interpretation de resultats
experimentaux tout a fait valides montre la force de survie des dogmes une fois
enracines et divulgues dans la culture scientifique, en 1'occurrence ici de la
theorie des colloi'des.
Depuis la fin du XIX e siecle on savait que les proteines se comportaient comme
des electrolytes puisqu'elles se deplacaient dans un champ electrique. Au debut
du XX e siecle, lorsqu'un certain nombre d'acides amines presents dans les
proteines eurent ete identifies et caracterises, on comprit que les charges elec-
triques des proteines provenaient de residus d'acides amines presentant des
charges libres, soit basiques pour les acides amines dibasiques (arginine, lysine,
histidine), soit acides pour les acides amines diacides (acides glutamique et
aspartique). L'electrophorese en veine liquide fut mise au point par Arne
TISELIUSCT(1902 -1971) dans le milieu des annees trente a 1'universite d'Uppsala.
Grace a un systeme optique similaire a celui utilise pour 1'ultracentrifugation,
elle permettait de suivre de fagon continue la migration d'especes proteiques
dans un champ electrique. Cette technique apporta une solution elegante pour
verifier 1'homogeneite d'une proteine apres purification et differencier plusieurs
proteines dans un melange d'apres leurs charges electriques. Applique au serum
sanguin, elle permit de differencier quatre proteines majeures, 1'albumine et les
globulines a, p, et y.
A 1'ecole de medecine de Harvard, a la fin des annees trente, le biochimiste
Edwin COHN (1892 -1953) parvint a purifier a partir du serum sanguin par
precipitation fractionnee a 1'aide de sulfate d'ammonium les quatre especes de
proteines qui avaient ete identifiees prealablement par electrophorese. Les
y-globulines precipitaient a 34% de saturation en sulfate d'ammonium, les a- et
(3-globulines aux environs de 50% et 1'albumine a 68%. On se rendit vite compte
que certaines globulines contenaient d'autres especes moleculaires que les
acides amines, par exemple des sucres et des lipides. A 1'Institut Pasteur de
Paris, Michel MACHEBOEUF (1900 -1953) mit en evidence 1'existence d'un
pourcentage eleve de lipides (jusqu'a 40%) dans une fraction de globulines du
serum sanguin. II s'agissait de lipoproteines, c'est-a-dire de macromolecules
hydrosolubles, dissimulant a 1'interieur d'une coque proteique hydrophile des
lipides de differentes natures. En 1939, avec Elvin KABAT (1914 - 2000), Arne
[7 ] Arne TISELIUS, Prix Nobel de chimie (1948).

TISELIUS montra que les anticorps appartenait a la classe des y-globulines. Vers
1950, 1'electrophorese en veine liquide ceda la place a 1'electrophorese sur
papier, puis a 1'electrophorese en gel d'agarose et en gel de polyacrylamide.
Entre 1903 et 1906, le biochimiste russe Michael TSVET (1872 -1919) reussit a
resoudre un melange de pigments (chlorophylles, carotenes, xanthophylles)
contenus dans un extrait de feuilles vertes en ether de petrole par passage sur
une colonne de carbonate de calcium. La migration differentielle de pigments
colores le long de la colonne fut appelee chromatographie. Par la suite, la
chromatographie sur colonne fut utilisee pour la separation de pigments ani-
maux et vegetaux, en particulier par Edgar LEDERER (1908 -1988) a Heidelberg.
A la fin des annees trente, Archer MARTIN ^ (n. 1910) et Richard SYNGE W
(1914 -1994), dans les laboratoires de la Wool Industries Research Association a
Leeds, analysent la composition en acides amines de la laine. Pour separer les
differents acides amines, ils utilisent la chromatographie de partage entre une
phase d'elution et une phase stationnaire enrobant le support qui dans les
premiers essais etait constitue de grains d'amidon de pommes de terre. En 1944,
Archer MARTIN avec Arthur GORDON (n. 1916), et Raphael CONSDEN (n. 1911)
mettent au point la chromatographie sur papier pour separer des acides
amines. Ils montrent que chaque acide amine est caracterise par une vitesse de
migration (Rf) qui lui est propre dans un systeme de solvants bien defini. La
chromatographie sur papier s'imposera des le debut des annees 1950 comme
technique d'une grande commodite pour la separation d'especes moleculaires
de petite taille. En 1951, a 1'Institut Rockefeller, Stanford MOORE W (1913 -1982)
et William STEIN PI (1911 -1980) decrivent une nouvelle methode de chromato-
graphie basee sur le principe d'echange d'ions avec comme support du poly-
styrene sulfonate. Ils furent les premiers a coupler 1'elution chromatographique
a une collection automatique des fractions eluees. La chromatographie par
echange d'ions sera adaptee a la separation de proteines, et dans ce but elle sera
associee a la chromatographie par gel filtration et a la chromatographie
d'affinite.
La radiocristallographie permet d'acceder a la structure tridimensionnelle des
proteines, c'est-a-dire a leur micro-anatomie. A partir des images de diffraction
de rayons X sur les cristaux d'une proteine, recueillies sur des films sensibles et
d'apres la connaissance des amplitudes et des phases du rayonnement diffracte,
il est possible de deduire la repartition tridimensionnelle des atomes dans la
molecule de proteine. L'aventure de la radiocristallographie debute a Munich
avec Max VON LAUEÔ] (1879- 1960) et ses collegues Walther FRIEDRICH
(1883 -1968) et Paul KNIPPING (1883 -1935). Les trois physiciens analysent les
spectres de diffraction de rayons X sur des cristaux de sulfate de cuivre et de
[8 ] Archer MARTIN et Richard SYNGE, Prix Nobel de chimie (1952).

[9 ] Stanford MOORE, William STEIN et Christian ANFINSEN, Prix Nobel de chimie
(1972).
[10] Max VON L AUE, Prix Nobel de physique (1914).
sulfate de zinc. Les images qu'ils observent sur une plaque photographique
consistent en des points disposes en cercle autour d'une tache centrale. LAUE
postule que ces images proviennent de reflexions des rayons X. De meme que la
lumiere est reflechie par la surface d'un miroir, de meme les rayons X sont
reflechis par les atonies au niveau des differents plans atomiques du cristal.
William Lawrence BRAGG (1890 - 1971), alors jeune etudiant a 1'universite de
Cambridge, confirme les resultats de LAUE dans des experiences qu'il realise sur
des cristaux de chlorure de sodium et d'iodure de potassium. En 1912, la
structure cubique du chlorure de sodium est resolue et, a partir des donnees
obtenues, BRAGG formule sa fameuse loi de diffraction, n A, = 2 d sin 0, ou n est
un nombre entier, X la longueur d'onde de la radiation X, d la distance entre les
plans atomiques et 9 Tangle d'incidence des rayons X par rapport a la surface
du cristal. En 1913, Lawrence BRAGG t11! rejoint son pere, William Henry
BRAGG f11! (1862 -1942), lui-meme cristallographe, a Leeds. Tous deux accom-
pliront en peu de temps un remarquable travail de dechiffrage de structures
cristallines de molecules organiques. En 1919, William BRAGG fut nomme
titulaire de la chaire de physique de 1'University College de Londres. Lawrence
BRAGG occupa la chaire de physique de 1'universite de Manchester jusqu'a la
fin des annees trente, date a laquelle il prit la direction du Laboratoire
Cavendish a 1'universite de Cambridge.
Dans les annees trente, deux importants groupes de recherche sur la diffraction
des rayons X emergent en Grande Bretagne, 1'un dirige par John Desmond
BERNAL, 1'autre par William Thomas ASTBURY, deux jeunes physiciens formes a
1'ecole de William BRAGG a Londres. On retrouve BERNAL au laboratoire
Cavendish de 1'universite de Cambridge en 1927 et ASTBURY a Leeds en 1928. A
Cambridge, la resolution satisfaisante de la structure de molecules organiques
comme l'hexamethylenetetramine apporte une note encourageante pour persis-
ter et aller vers des structures plus complexes. Le pari est fait que la structure
d'une proteine pourrait, malgre sa complexite, etre definie par radiocristallo-
graphie. En 1934, paraissent dans le journal Nature deux articles sur des spectres
de diffraction de rayons X sur des cristaux de pepsine, 1'un provenant de
BERNAL et de son assistante Dorothy CROWFOOT (future Mrs HODGKIN),
1'autre du groupe de ASTBURY. La resolution obtenue permettait de conclure a
une organisation spatiale ordonnee de la chaine des acides amines dans la
molecule de pepsine. Cette prouesse experimentale balayait la croyance encore
solidement ancree que les proteines etaient des agregats colloi'daux de structure
aleatoire. Par la suite, ASTBURY se consacra a 1'etude des proteines de la laine,
en particulier de la keratine, en relation avec 1'industrie textile de la region. Ces
travaux le conduisirent a distinguer deux formes structurales de proteines : les
proteines globulaires et les proteines fibreuses. En fait, la methodologie dont
on disposait a cette epoque ne donnait acces qu'a une vision assez grossiere de
la structure proteique. Des ameliorations techniques significatives au tournant
[11] William Henry BRAGG et Lawrence BRAGG, Prix Nobel de physique (1915).
des annees quarante aboutiront a lever les derniers obstacles a I'integration des
spectres de diffraction et ouvriront la voie a 1'exploration de molecules de
grosse taille.
Apres la seconde guerre mondiale, on assiste a une explosion des recherches sur
1'analyse de la structure des biomolecules par la technique de diffraction des
rayons X. A 1'universite d'Oxford, les structures tridimensionnelles de la penicil-
line, de la vitamine 612 et de 1'insuline sont resolues par Dorothy HODGKIN I121
(1910 -1994). A rinstitut CalTech de Pasadena, les premieres structures d'oligo-
peptides sont determinees par Linus PAULING t13! (1901 -1994) et son associe
Robert COREY (1897 -1971), un ancien cristallographe de 1'Institut Rockefeller
de New York. Dans le laboratoire de Lawrence BRAGG a Cambridge, 1'entre-
prise sera etendue a des proteines par Max PERUTZ t14! (n. 1914) et John
KENDREW I14!. Une decouverte qui fit date fut la revelation en 1953 de la
structure de 1'ADN en double helice par James WATSON t15] (n. 1928) et Francis
CRICK t15! (n. 1916) d'apres les donnees cristallographiques de Rosalind
FRANKLIN (1920 - 1958) et de Maurice WILKINS I151 (n. 1916).
La resonance magnetique nucleaire (RMN) est venue completer la radio-
cristallographie, en donnant acces a la resolution de structures de proteines en
solution. Initialement limitee a des molecules proteiques de petite taille, la RMN
permettait a la fin du XXe siecle de resoudre des structures proteiques de 20 a 30
kDa. Le phenomene de resonance magnetique nucleaire fut decouvert au debut
des annees quarante par deux groupes americains, celui de Felix BLOCH t16!
(1905 - 1983) a 1'universite de Stanford et celui d'Edward PURCELL t16!
(1912 -1997) au MIT. Leurs travaux furent publics en 1946 dans Physical Review.
Tres rapidement, on observa que les noyaux d'atomes resonaient a des fre-
quences differentes selon leur environnement. Ce fut le point de depart de
1'application de la RMN aux analyses de structure de molecules organiques. Le
premier spectrometre commercial de RMN fut construit en 1953. Les spectro-
metres RMN sont devenus des outils d'usage courant en biologic structurale, en
particulier pour 1'etude des proteines. Le chimiste suisse Richard ERNST t17!
(n. 1933) contribua tout particulierement a 1'analyse tridimensionnelle des
molecules par RMN. C'est au debut des annees soixante-dix que la RMN fut
appliquee a 1'etude du metabolisme cellulaire (Chapitre IV-10).
L'utilisation des isotopes en biochimie debute dans la decennie 1930 avec UREY,
SCHOENHEIMER et RITTENBERG. En 1932, a 1'universite Columbia de New
[12] Dorothy HODGKIN, Prix Nobel de chimie (1964).

[13] Linus PAULING, Prix Nobel de chimie (1954).
[14] Max PERUTZ et John KENDREW, Prix Nobel de chimie (1962).
[15] James WATSON, Francis CRICK et Maurice WlLKiNS, Prix Nobel de physiologic et
de medecine (1962).
[16] Felix BLOCH et Edward PURCELL, Prix Nobel de physique (1952).
[17] Richard ERNST (n. 1933), Prix Nobel de chimie (1991).
York, Harold UREY I181 developpe un precede de separation du deuterium (2H),

1'isotope stable de 1'hydrogene, bientot suivi par 1'isolement d'autres isotopes
stables : ceux de 1'azote (15N), du carbone (13C) et de 1'oxygene (18O). Rudolf
SCHOENHEIMER (1898 -1941) qui travaillait dans les annees vingt a 1'institut de
pathologie de Fribourg emigre aux Etats-Unis en 1933. La, il rejoint le groupe
d'Harold UREY. Avec le concours de David RITTENBERG (1906 - 1970),
SCHOENHEIMER obtient le premier acide gras marque par le deuterium. II
s'agit de 1'acide stearique obtenu par deuteration des deux doubles liaisons de
1'acide linoleique. En 1937, 1'azote 15N fut disponible pour le marquage de
molecules azotees. Les isotopes stables devaient etre analyses par spectrometrie
de masse, une methode fastidieuse a cette epoque. Ainsi furent-ils partiellement
detrones, en particulier pour des etudes metaboliques, par les premiers isotopes
radioactifs, le phosphore 32P obtenu des 1934 par Irene JOLIOT-CURIE t19!
(1897 -1956) et Frederic JOLIOT t19! (1900 -1958) et le carbone 14C prepare en
1940 par Samuel RUBEN (1913 -1943) et Martin KAMEN (n. 1913).
2.1. LES RETOMBEES DE LA TECHNIQUE CHROMATOGRAPHIQUE

EN PROTEINOLOGIE
Deux exemples illustrent 1'impact qu'eut la chromatographie dans 1'etude de la
structure primaire des proteines. La premiere concerne 1'elucidation de la
sequence de 1'insuline. L'autre exemple se rapporte a 1'identification d'une
modification moleculaire ponctuelle de 1'hemoglobine responsable de la
drepanocytose.
2.1.1. Frederick SANGER et la sequence de 1'insuline

L'annee 1953 fut une annee phare en proteinologie. Dans le laboratoire de
Charles CHIBNALL (1894 - 1988) a 1'universite de Cambridge, un jeune bio-
chimiste britannique, Frederick SANGER I2°] (n. 1918) etait parvenu a determiner
la sequence entiere des 51 acides amines de 1'insulme de pore, une proteine
hormonale organisee en deux chaines polypeptidiques reunies par des ponts
disulfures (Figure III. 10).
Le travail de SANGER sur 1'insuline avait debute en 1945. II y eut d'abord une
mise au point de la reaction du 2,4-dinitrofluorobenzene avec des groupes
amines libres dans une proteine, puis 1'isolement et 1'identification des acides
amines bloques par le groupe 2,4-dinitrophenyl (DNP) apres hydrolyse totale de
la proteine.
[18] Harold UREY, Prix Nobel de chimie (1934).

[19] Irene JOLIOT-CURIE et Frederic JOLIOT, Prix Nobel de chimie (1935).
[20] Frederick SANGER, Prix Nobel de chimie (1958).
La structure de 1'insuline comporte deux

ponts S-S interchaines et un pont S-S
intrachaine.
Especes Acides amines (chaine A)

8 9 10
Boeuf Ala Ser Val

Pore Thr Ser He
M outon Ala Gly Val
Cheval Thr Gly lie
Des differences dans la nature d'un

nombre limite d'acides amines ne
changent pas 1'efficacite hormonale de
1'insuline.
L'insuline du pancreas de bceuf fut la premiere proteine a etre entierement sequencee

grace au travail de F. S ANGER.
Figure 111.10 - Sequence de 1'insuline bovine

Dans une chaine peptidique simple, les acides amines qui reagissent avec
le 2,4-dinitrofluorobenzene sont de deux types : d'une part, 1'acide amine
N-terminal dont le groupe amine en a est libre et, d'autre part, les lysines qui
possedent en e un groupe amine libre. Les derives oc-DNP d'acides amines sont
facilement extractibles par des solvants organiques comme Tether ou le chloro-
forme et, suivant le type d'acide amine, ils migrent differemment en chroma-
tographie. En appliquant cette technique a 1'insuline, SANGER obtint deux
derives a-DNP qui correspondaient aux acides amines glycine et phenylalanine.
II en conclut que 1'insuline etait formee de deux chaines peptidiques associees
covalemment. Presumant que le mode de liaison entre les deux chaines
consistait en des ponts disulfures entre deux residus oxydes de cysteine, SANGER
proceda a une peroxydation par 1'acide formique afin de cliver ces ponts
disulfures. Cette operation libera les deux chaines peptidiques de 1'insuline.
SANGER entreprit alors des hydrolyses menagees des deux chaines peptidiques.
Ces hydrolyses lui fournirent de fac.on aleatoire des peptides de differentes
tallies dont les structures se recoupaient partiellement. Sur ces peptides il
proceda a une dinitrophenylation qui lui permit, apres hydrolyse totale, de
reconnaitre 1'acide amine en position N-terminale avec une fonction aminee
libre. Apres des annees d'un travail de fourmi, les sequences des fragments
peptidiques furent totalement elucidees. Les pieces de ce puzzle moleculaire
purent alors etre mises bout a bout. Les resultats furent publies dans le
Biochemical Journal en deux articles, le premier en 1951 signe par Frederick
SANGER et Hans TUPPY (n. 1925) sous le titre "The amino acid sequence in the
phenylalanine chain of insulin" (vol. 49, pp. 463-490), le deuxieme en 1953 signe
par Frederick SANGER et Edward THOMPSON (n. 1925) sous le titre "The amino
acid sequence in the glycin chain of insulin" (vol. 53, pp. 353-374). Le travail fut
complete par la determination des ponts disulfures au niveau des cysteines
oxydees, deux ans plus tard. Ainsi, le puzzle reconstitue en totalite donnait la
structure primaire de 1'insuline. C'etait la premiere sequence proteique a etre
decryptee. Les proteinologistes furent surpris de n'y rencontrer aucun soupgon
de periodicite. Leur perplexite fut d'autant plus grande que nombre d'entre eux
etaient encore acquis a la regie de periodicite formulee par BERGMANN et
NIEMANN.
La reussite de SANGER devait beaucoup a son ingeniosite et a sa tenacite.
Malgre tout, comme c'est d'ailleurs le cas pour d'autres decouvertes, SANGER
avait beneficie d'un heureux concours de circonstances. En 1923, le chimiste
allemand Emil ABDERHALDEN (1877 - 1950), un ancien collaborates d'Emil
FISCHER, avait deja songe a identifier 1'acide amine N-terminal de proteines par
reaction avec le 2,4-dinitrochlorobenzene. Mais cette etude fut rapidement
abandonnee car le reactif etait difficilement manipulable. Evoquant dans ses
memoires le sequenâge de 1'insuline, Charles CHIBNALL raconte qu'il suggera
a Frederick SANGER qui venait d'entrer dans son laboratoire d'utiliser le derive
fluore du dinitrobenzene plutot que le derive chlore. Par chance, le chimiste
organicien Bernard SAUNDER (1903 - 1983) qui travaillait dans la meme
universite possedait un stock de 2,4-dinitrofluorobenzene. SANGER s'en procura

un echantillon et constata que c'etait un excellent reactif de groupes amines a
temperature ordinaire. Sans en exagerer 1'importance, ce detail facilita la tache
de SANGER.
En 1954, 1'hormone adrenocorticotrope, 1'ACTH, une proteine de 39 residus
d'acides amines, etait sequencee par Paul BELL (n. 1914) aux Etats-Unis. En 1973,
la sequence de la ribonuclease de pancreas de bceuf, un enzyme constitue de
124 acides amines avec quatre ponts disulfure fut decrite par Stanford MOORE et
William STEIN. Dans les annees soixante, le dinitrofluorobenzene fut remplace
par le phenylisothiocyanate, et I'automatisation du sequengage delivra les cher-
cheurs du fardeau de manipulations repetitives. Recemment, la spectrometrie de
masse est venue completer les techniques chimiques de sequenc,age de proteines.
Plusieurs milliers de sequences de proteines sont actuellement connues et reper-
toriees. Bien qu'il n'existe pas de periodicite, sauf dans quelques rares cas, on
trouve dans certaines proteines de courtes sequences d'acides amines similaires
et meme quelquefois identiques arrangees selon des conformations bien definies
(Chapitre III-2.2.1), qu'on appelle motifs. La presence d'un meme motif dans
plusieurs proteines signe 1'appartenance de ces proteines a une meme famille
caracterisee par une fonction similaire; ainsi les proteine-kinases possedent un
meme motif de reconnaissance pour 1'ATP.
2.1.2. Vernon INGRAM et le reperage d'acides amines strategiques

Le role strategique de certains acides amines dans des sequences proteiques fut
revele pour la premiere fois en 1956 par Vernon I N G R A M (n. 1924) a
Cambridge. INGRAM s'interessait au defaut moleculaire d'une hemoglobine
presente chez des sujets atteints d'anemie depranocytaire, appelee encore
anemic falciforme. Cette denomination tient au fait que les globules rouges du
sang de ces sujets sont recourbes en faucille ("sickle cells") en raison de
contraintes imposees par 1'agregation des molecules d'hemoglobine appelee
hemoglobine S a cause de son origine. Linus PAULING en 1949 avait deja
observe que la migration electrophoretique de 1'hemoglobine S differait de celle
de l'hemoglobine normale A. La difference de charges entre les hemoglobines
A et S pouvait s'expliquer par le remplacement d'un acide amine non charge
par un acide amine charge ou vice-versa. Puisque les deux hemoglobines A et S
possedent 1'une et 1'autre deux paires de chaines peptidiques a et (3, INGRAM
eut 1'idee d'aller rechercher 1'anomalie de migration electrophoretique dans des
peptides obtenus par hydrolyse trypsique. L'hydrolysat fut soumis a une
migration bidimensionnelle sur papier, la premiere migration se faisant dans un
champ electrique (electrophorese), la deuxieme perpendiculaire a la premiere
correspondant a une chromatographie. Par comparaison des peptides provenant
des hemoglobines A et S reveles en violet apres pulverisation de ninhydrine sur
la feuille de papier, il s'avera que 1'un des peptides, un hexapeptide, issu de la
chaine (3 de l'hemoglobine S migrait de fagon legerement differente du peptide
homologue issu de 1'hemoglobine A. L'analyse en acides amines revela qu'un

residu d'acide glutamique dans 1'hemoglobine A etait remplace par un residu
de valine dans 1'hemoglobine S (Figure III.11). Ainsi, une substitution ponc-
tuelle d'un seul acide amine engendrait un defaut de fonctionnement de 1'hemo-
globine qui se repercutait dans la pathologic de la drepanocytose. A ce jour, on
a denombre plus de 150 mutations ponctuelles dans 1'hemoglobine humaine.
S'il existe dans les proteines des residus d'acides amines strategiques dont le
remplacement entraine des modifications globales de structure et une incapacite
fonctionnelle, il en existe d'autres dont la substitution est sans effet sur la
fonction. Au cours de 1'evolution des etres vivants, certaines proteines ont ete
modifiees en des endroits non strategiques ; de ce fait, elles ont conserve leur
specificite et leur efficacite de fonctionnement. Un cas typique est celui du
cytochrome c, une proteine de la chaine respiratoire mitochondriale, qui se
retrouve dans des especes vivantes animales et vegetales, depuis les plus simples
jusqu'aux plus complexes. Sur la centaine d'acides amines que comporte le
cytochrome c humain, seule une trentaine sont restes identiques a ceux du
cytochrome c de levure. Ces acides amines dits invariants ont un role stra-
tegique, soit qu'ils soient lies a Theme de la molecule, soit qu'ils soient
impliques dans une interaction avec la proteine d'oxydation du cytochrome c
reduit, la cytochrome c oxydase. Les autres residus n'ont pas, a proprement
parler, une reelle fonction strategique. De meme que pour le cytochrome c,
certains acides amines dans 1'insuline different d'une espece animale a une autre
sans qu'il y ait de difference dans 1'efficacite hormonale de la molecule
(Figure 111.10).
2.2. LES RETOMBEES DE LA TECHNIQUE DE

DIFFRACTION DES RAYONS X
Initiee en Allemagne par Max von LAUE, Walther FRIEDRICH et Paul

KNIPPING, puis developpee en Grande-Bretagne par William BRAGG, son fils
Lawrence BRAGG et leurs eleves, John BERNAL et Thomas ASTBURY, la
technique de diffraction des rayons X fut exploitee avec succes aux Etats-Unis
par Linus PAULING et Robert COREY sur des peptides avec une resolution qui
permit de definir 1'arrangement spatial des atonies dans une liaison peptidique
et d'acceder a la connaissance des modes de repliement d'une chaine
polypeptidique.
2.2.1. Vers la resolution des structures

secondaire et tertiaire des proteines
A partir de spectres de diffraction obtenus sur des peptides de synthese de petite
taille, PAULING et COREY conclurent que les atomes contenus dans la liaison
peptidique, -[CO-NH-]-, formaient un ensemble rigide et plan.
Hemoglobine A Hemoglobine S
Les chaines P des deux hemoglobines (A) et (S) ont ete soumises a une hydrolyse par la
trypsine (qui coupe les liaisons peptidiques apres chaque arginine et apres chaque lysine).
Les peptides produits sont separes par electrophorese sur papier, suivie de chromato-
graphie. Us sont reveles par coloration avec la ninhydrine. Le peptide 4 de la chaine P de
1'hemoglobine (S) est localise dans une position differente de celle du peptide 4 de la
chaine p de rhemoglobine (A). L'analyse du peptide 4 en acides amines montre qu'un
acide glutamique dans 1'hemoglobine (A) a ete remplace par une valine dans rhemo-
globine (S), ce qui explique le deplacement de ce peptide dans la carte peptidique.
Figure 111.11 - Cartes peptidiques de la chaine (i de rhemoglobine

normale (A) et de rhemoglobine d'un sujet atteint de drepanocytose (S)
(d'apres V. INGRAM - Biochim. Biophys. Ada 28 (1958) 543,
avec 1'autorisation d'Elsevier Science)
La rigidite etait due au fait que la liaison rattachant le carbone a 1'azote, tout en
etant represented theoriquement comme une simple liaison, avait par sa lon-
gueur les caracteres d'une double liaison. En effet, la distance du carbone a 1'azote
dans la liaison peptidique, evaluee a 1,32 A, est plus proche de celle d'une
double liaison, 1,27 A, que de celle d'une simple liaison, 1,47 A. PAULING et
COREY montrerent aussi que 1'hydrogene porte par 1'azote dans la liaison
peptidique etait en position trans par rapport a 1'oxygene porte par le carbone
(Figure III.12). Si la liaison peptidique est rigide, il n'en est pas de meme pour
les liaisons qui rattachent les residus d'acides amines aux carbones a de part et
d'autre des liaisons peptidiques dans une proteine. Ces residus sont mobiles par
rotation, ce qui confere un certain degre de liberte et de flexibilite a la chaine
polypeptidique.
En 1951, PAULING et COREY postulerent deux arrangements tridimensionnels
possibles pour les chaines polypeptidiques en se fondant sur leurs donnees
cristallographiques. Le premier arrangement etait un repli helicoi'dal appele
helice a, correspondant a des spires superposees, chaque spire contenant
3,6 residus d'acides amines. Le modele supposait 1'existence de liaisons hydro-
gene H---O entre un groupe CO d'une liaison peptidique dans une spire et le
groupe NH d'une liaison peptidique en vis-a-vis dans une spire immediatement
voisine (Figure III. 12). Le second arrangement possible consistait en des replis
en zigzag appeles feuillets plisses p (Figure III. 12).
S'attaquer a la structure de proteines de plus d'une centaine d'acides amines
etait un autre defi que d'analyser la structure d'acides amines ou de petits
peptides. C'est a Max PERUTZ, un physico-chimiste autrichien refugie en
Angleterre en 1936, que revient le merite d'avoir eu 1'audace de tenter cette
aventure en s'adressant a 1'hemoglobine de cheval, une proteine tetramerique
de 68 000 Da porteuse de quatre hemes capables de fixer au total quatre
molecules d'oxygene. PERUTZ semble avoir ete fascine par 1'hemoglobine a
cause de la transition de sa structure cristalline au cours de son passage d'une
forme non oxygenee a une forme oxygenee. Lawrence BRAGG, qui avait suc-
cede a BERNAL en 1937 a la direction du laboratoire Cavendish de Cambridge,
ou se deroula ce travail, parla du projet de PERUTZ en ces termes : "c'etait
multiplier une probabilite nulle par un interet infini si le projet etait couronne
de succes". Ce fut le cas. Initiee en 1937, partiellement resolue en 1959, la
structure de 1'hemoglobine fut publiee en 1968 avec une resolution de 2,8 A.
Dans le meme laboratoire, John KENDREW decryptait la structure de la myo-
globine du cachalot, une proteine monomerique de 17 500 Da porteuse d'un
heme capable de fixer une molecule d'oxygene. La structure de la myoglobine
fut resolue a 2,0 A en 1960. Le bien-fonde du modele de 1'helice a fut confirme
avec la structure tridimensionnelle de la myoglobine qui par chance etait un
modele particulierement favorable puisque plus des trois quarts de ses acides
amines se trouvent dans des helices a. Le modele des feuillets plisses (3 regut
plus tard confirmation avec la structure tridimensionnelle de la ribonuclease qui
contient une majorite de feuillets plisses.
Acide amine Liaison peptidique
Helice a Feuillet plisse 3
II existe deux modes de repliement d'une chaine peptidique, soit en spirale (helice a), soit
en zig-zag (feuillet plisse (3). Dans les deux cas, les replis sont maintenus par des liaisons
hydrogene. Les helices a et les feuillets plisses (3 determinent la structure secondaire des
proteines.
Figure 111.12 - De 1'acide amine a la chaine peptidique

Le demarrage de 1'etude des cristaux de proteines par diffraction de rayons X

avait etc relativement lent. A partir des annees soixante dix, grace a 1'auto-
matisation de 1'analyse des spectres de diffraction, le rythme des publications
sur la structure tridimensionnelle des proteines s'accelere a telle enseigne qu'a
1'aube du XXI e siecle, on connait la structure tridimensionnelle de centaines de
proteines avec une resolution de quelques angstroms. Quelques exemples de
maquettes de structures proteiques sont donnes dans la figure III. 13.
Pour caracteriser la hierarchic d'organisation structurale des proteines, le bio-
chimiste danois Kai LINDERSTROM-LANG (1896 -1959) proposa dans les annees
cinquante les termes de structure primaire, secondaire et tertiaire. La structure
primaire refere a la sequence des acides amines, la structure secondaire
a 1'organisation de la chaine polypeptidique en helices a et en feuillets [3
(Figure III. 12) et la structure tertiaire au compactage des helices a et des
feuillets p au moyen de differents types de liaisons : ponts disulfures, liaisons
salines, interactions hydrophobes, conferant ainsi a la proteine sa specificite
structurale et fonctionnelle. C'est ainsi que des helices a et des feuillets |3 dont la
conformation depend de la sequence des acides amines peuvent s'associer sur
une courte distance pour former des ensembles definis par une geometric bien
determinee. II s'agit de structures supersecondaires appelees motifs. L'interet de
telles structures est qu'elles sont capables de s'associer a des structures comple-
mentaires dans des proteines et meme au niveau de 1'ADN genomique. Ainsi,
les facteurs de transcription qui sont des proteines impliquees dans la regulation
genique possedent un motif helice - tour - helice capable de se fixer sur des
regions specifiques d'ADN. Un degre superieur de complexite conformationnelle
est acquise avec le compactage de plusieurs replis de la chaine peptidique d'une
proteine. La formation globulaire qui en resulte est appelee domaine. Ainsi
dans les proteine oncogenes src (src pour sarcome) existent deux domaines
denommes SH2 et SH3 (pour Src Homology n° 2 et n° 3). Le domaine SH2
interagit avec des residus de tyrosine phosphoryles. Le domaine SH3 constitue
de deux feuillets plisses en position orthogonale a trois autres feuillets plisses
interagit avec des motifs riches en residus de proline.
Des defauts structuraux peuvent conduire a des dereglements dans les interac-
tions proteine - proteine et par la meme a des etats pathologiques. La pathologic
fortement mediatisee du prion ("Proteinaceous Infectious particles"), decou-
vert par rAmericain Stanley PRUSINERt 21 ^ (n. 1942), responsable de 1'encepha-
lopathie spongiforme, en est un exemple typique. Le prion normal est une pro-
teine de 255 acides amines. Sa conformation est telle qu'il est clivable par une
protease specifique denommee proteinase K. La transformation de cette forme
normale, proteolysable, en une autre forme non proteolysable, s'accompagne
d'agregation et de depots dans les tissus, tout particulierement dans le cerveau.
[21] Stanley PRUSINER, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1997).

Domaine 1 de la Cytochrome b 562

pyruvate kinase
Triose phosphate isomerase Carboxypeptidase

(vue de dessus)
Triose phosphate isomerase Domaine 1 de la

(vue de profil) lactate deshydrogenase
Dans cette figure, les maquettes de structures de proteines ont ete realisees a partir
d'images de diffraction de rayons X sur des cristaux de ces proteines. Les spectres de
diffraction de rayons X sont interpreters grace a une operation mathematique (sommation
de FOURIER) realisee actuellement a 1'aide d'ordinateurs. L'interpretation des donnees
passe par un marquage des proteines a 1'aide d'un atome lourd. Les cartes de densite
electronique obtenues permettent d'elaborer les structures tridimensionnelles des
molecules de proteines. Ces structures sont faites d'assemblages d'helices a et de
feuillets P. La geometrie spatiale qui en resulte confere aux proteines la capacite de
reconnaitre et de fixer des ligands specifiques.
Figure 111.13 - Structures tridimensionnelles de proteines

(d'apres A.L. LEHNINGER, D.L. NELSON et M.M. COX
Principles of Biochemistry, 2e ed. 1993, droits reserves)
2.2.2. L'ADN : revelation de sa structure en double helice et

demonstration de sa replication semi-conservatrice
En 1937, bien que Ton fut encore bien loin d'etre fixe sur le role de 1'ADN dans
la cellule, des experiences de diffraction de rayons X sur des fibres d'ADN
avaient ete entreprises par BERNAL a Cambridge et par ASTBURY a Leeds. Les
deux biophysiciens, issus de 1'ecole de Lawrence BRAGG, deciderent de se
partager le travail. A ASTBURY revenait le soin d'explorer 1'ADN et a BERNAL
celui d'inventorier la structure de ses composants nucleotidiques. Avec un
etudiant norvegien, Sven FURBERG (1920 -1983), BERNAL determina la structure
spatiale de la cytidine. Quant a ASTBURY, il etait parvenu a determiner une
structure periodique dans 1'ADN. Cependant, 1'interpretation de ses resultats
etait brouillee par la presence non soupc.onnee de deux formes d'ADN qui
furent reconnues par la suite, la forme A surtout presente dans 1'etat deshydrate
et la forme B dans 1'etat hydrate. Ces deux formes, comme on le saura ulte-
rieurement, different par 1'inclinaison des bases par rapport a 1'axe de 1'helice.
Le travail sur la structure de 1'ADN prit un tournant decisif en 1951. Beneficiant
d'un echantillon d'ADN de grande purete prepare par le biochimiste suisse
Rudolf SIGNER (n. 1903) a partir de laitance de saumon, Maurice WILKINS et ses
collaborateurs Alexander STOKES (n. 1919) et Herbert URLSON (n. 1929) au
King's College de Londres obtinrent des images de diffraction qui etaient
compatibles avec une structure helico'idale. Un autre chercheur entre au King's
College en Janvier 1951, Rosalind FRANKLIN, fit sur 1'echantillon d'ADN de
SIGNER 1'interessante observation que les images de diffraction variaient suivant
1'etat d'hydratation. Elle resolut cette enigme en montrant qu'il existait une
transition cristalline dependant de 1'etat d'hydratation entre les formes A et B de
1'ADN. Les relations entre le groupe de WILKINS et celui de Rosalind
FRANKLIN se deteriorerent durant 1'automne 1951 et toute collaboration cessa.
Travaillant avec un jeune chercheur, Raymond GOSLING (n. 1926), Rosalind
FRANKLIN obtint en mai 1952 de superbes images de diffraction de la forme B
de 1'ADN. Les taches formaient une image en croix, qui signait une structure
helico'idale. Le diametre estime de la molecule etait de 20 A, ce qui laissait
supposer que 1'helice etait double, c'est-a-dire composee de deux brins d'ADN
enroules 1'un autour de 1'autre (Figure III.9). Au printemps 1952, PAULING et
COREY interesses eux aussi par la structure de 1'ADN publierent dans les
Proceedings of National Academy of Sciences, USA, un article sur la structure de
1'ADN qui s'avera etre erronee. II s'agissait d'une triple helice avec au centre les
residus ribose-phosphate et, a 1'exterieur, faisant saillie, les bases puriques et
pyrimidiques.
C'est pendant le printemps 1952 que se joua la partie finale d'une quete de
plusieurs dizaines d'annees, qui allait deboucher sur une revolution concep-
tuelle. Confirmant sur une base structurale d'une evidente elegance la primaute
de 1'ADN comme materiel informatif de la cellule, Francis CRICK et James
WATSON en furent les protagonistes. James WATSON avait travaille avec le
geneticien Salvador LURIA (1912 - 1991) a 1'universite d'Indiana sur 1'inacti-

vation du bacteriophage par les rayons X. Apres sa soutenance de these a 1'age
de 22 ans et plusieurs peregrinations en Europe, WATSON trouva son havre a
1'automne 1951 a Cambridge dans le laboratoire de Lawrence BRAGG. II
travailla pendant quelques mois avec PERUTZ sur la stucture de la myoglobine,
puis il decida de s'associer a CRICK, de 12 ans son aine, pour se lancer dans
1'aventure du decryptage de la structure de 1'ADN. CRICK etait un esprit
brillant. Physicien de formation, sa carriere scientifique avait ete interrompue
par la deuxieme guerre mondiale. Revenu a la vie civile, convaincu que la
biologic avait besoin d'approches physiques pour progresser et attire par
1'etude du vivant, CRICK s'essaya a plusieurs projets avant de rejoindre le
groupe de PERUTZ et KENDREW a Cambridge, puis de coopter WATSON.
Par leur seule puissance imaginative, n'experimentant pas eux memes sur des
fibres d'ADN et ne disposant que d'informations provenant des cristallographes
du King's College de Londres, WATSON et CRICK avec des bouts de carton et
de fil de fer realiserent la prouesse de construire un modele qui revelait le
secret, apres tout relativement simple, de la structure de 1'ADN. Le 25 avril 1953
paraissait dans la revue Nature trois articles sur la structure de 1'ADN. Le
premier, signe par WATSON et CRICK sous le titre "Molecular structure of
nucleic acids. A structure for deoxyribonucleic acid", decrivait le modele de la
double helice avec 1'orientation antiparallele des deux brins et les interactions
des bases dans le cceur de la molecule par des liaisons hydrogene, c'est-a-dire
1'adenine avec la thymine et la cytosine avec la guanine. Le modele supposait
qu'apres dissociation des brins d'ADN, deux autres brins pouvaient etre
synthetises en respectant toujours la complementarite adenine - thymine et
cytosine - guanine pour former des doubles helices semblables a la double
helice initiale (Figure III.9). WATSON et CRICK avaient suggere que dans ce
processus de replication semi-conservatrice residait le secret de la transmission
de 1'information genetique au cours de la division cellulaire. Le deuxieme
article cosigne par FRANKLIN et GOSLING fournissait de magnifiques images de
diffraction de rayons X par la forme B de 1'ADN purifie par SIGNER. Dans le
troisieme article par WILKINS, STOKES et WILSON, etait decrite 1'analyse d'un
diagramme obtenu avec 1'ADN extrait d'Escherichia coli. La posterite retint
essentiellement 1'article de WATSON et CRICK et en particulier la prediction :
"It has not escaped our notice that the specific base pairing we have postulated
immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material".
A la meme epoque que celle pendant laquelle les groupes de Londres et de
Cambridge essayaient de comprendre la structure de 1'ADN, c'est-a-dire entre
1950 et 1952, le biochimiste autrichien Edwin CHARGAFF (n. 1905) emigre aux
Etats-Unis et travaillant a 1'universite Columbia, publiait ses resultats sur une
analyse systematique du contenu en bases puriques et pyrimidiques d'ADN
extrait de cellules de differentes especes animales, vegetales, voire de micro-
organismes. CHARGAFF avait observe qu'il y avait toujours une egale quantite
molaire d'adenine et de thymine (% A = % T), de meme qu'une egale quantite
molaire de cytosine et de guanine (% C = % G). Par centre, les quantites

molaires [A + T] differaient notablement des quantites molaires [C + G]. Certains
ADN possedaient un plus fort pourcentage d'adenine et de thymine que de
guanine et de cytosine. On les appela ADN de type AT. A 1'inverse, d'autres
ADNs (type GC) possedaient une majorite de cytosine et de guanine. Ces
resultats etaient en contradiction avec la theorie du tetranucleotide de LEVENE
comportant deux nucleotides puriques et deux nucleotides pyrimidiques. En
outre, ils suggeraient des possibilites d'association entre adenine et thymine et
entre cytosine et guanine. En ruinant la theorie du tetranucleotide, le travail de
CHARGAFF rendait vraisemblable I'hypothese qu'a 1'instar des proteines, les
acides desoxyribonucleiques contenaient des sequences specifiques dotees de
proprietes informatives. WATSON et CRICK avaient-ils lu les publications de
CHARGAFF ? Toujours est-il que nulle mention n'en apparait dans le fameux
article de Nature d'avril 1953 qu'ils publierent sur la structure en double helice
de 1'ADN (Figure III.9). Alors que WATSON, CRICK et WILKINS etaient
honores par un Prix Nobel en 1962, Rosalind FRANKLIN, decedee entre temps,
et Edwin CHARGAFF furent oublies.
En 1958, Matthew MESELSON (n. 1930) et Franklin STAHL (n. 1929) demon-
trerent la validite de I'hypothese de la replication semi-conservatrice de
1'ADN dans une elegante experience basee sur la sedimentation differentielle
par centrifugation isopycnique de molecules d'ADN porteuses d'azote 14N ou
d'azote lourd 15N. Ils avaient fait proliferer des enterobacteries, Escherichia coli,
dans un milieu synthetique dont la source d'azote etait du chlorure d'ammo-
nium enrichi en 15N, 1'isotope lourd de 1'azote. De cette fac,on les bacteries
incorporaient 1'azote 15N dans les bases puriques et pyrimidiques de leur ADN.
Puis, le milieu enrichi en 15N avait ete remplace par un milieu normal conte-
nant du chlorure d'ammonium 14N. Des echantillons de la suspension bacte-
rienne etaient preleves a intervalles reguliers. L'ADN extrait des cellules etait
soumis a une centrifugation dans un gradient de chlorure de cesium, de fagon a
differencier les ADN marques par 15N et 14N d'apres leur densite, et par conse-
quent leur position a 1'equilibre dans le gradient. L'analyse de la repartition des
bandes d'ADN lourd (15N) et leger (14N) montrait qu'a la premiere generation,
1'ADN sedimentait sous forme d'une bande de densite intermediaire entre
1'ADN lourd et 1'ADN leger (ADN hybride 15N - 14N) et qu'a la deuxieme
generation apparaissaient deux bandes, 1'une de densite identique a 1'ADN
hybride (15N - 14N) et 1'autre correspondant a 1'ADN leger (14N) (Figure 111.14).
Dans les generation suivantes, 1'ADN bacterien s'enrichissait en ADN leger
(14N). Cette experience confirmait 1'hypothese de la replication semi-conser-
vatrice de 1'ADN emise par WATSON et CRICK.
En 1963, Johns CAIRNS (n. 1924) reussissait a extraire 1'ADN de la bacterie
Escherichia coli sans endommagement grace a une lyse douce par un detergent,
le laurylsulfate, ou par le lysozyme, en evitant tout traitement mecanique. Apres
radiomarquage exclusif de 1'ADN par culture des bacteries en presence de
thymidine tritiee, 1'ADN etait extrait avec precaution et recolte sur filtre.
Sedimentation d'ADN par centrifugation

dans un gradient de chlorure de cesium
La replication semi-conservatrice de 1'ADN fut demontree en 1958 par M. MESELSON et

F. STAHL. Leur experience consistait en une centrifugation d'ADN dans un gradient de
densite (chlorure de cesium). Apres centrifugation, la position des bandes d'ADN
(obtenu a partir de bacteries E. coli cultivees d'abord dans un milieu 15N, puis dans un
milieu 14N) depend de la teneur de 1'ADN en 15N et en 14N (voir texte). Les positions des
bandes d'ADN a la l re et a la 2e generation d'E. coli sont expliquees par la replication
semi-conservatrice de 1'ADN (les spirales noires correspondent a 1'ADN marque par N
et les spirales blanches a 1'ADN marque par 14N).
Figure 111.14 - Replication semi-conservatrice de 1'ADN

L'autoradiographie revelait la presence de filaments dont la longueur atteignait

1 mm, quelques uns d'entre eux etant circulaires. Pour se loger dans une cellule
bacterienne de 1 a 2 |im, un filament d'ADN devait done etre fortement
compacte. Dans les structures circulaires, on pouvait voir des figures de dedou-
blement de brins, signant la nature bicatenaire de 1'ADN. Comme on 1'a vu
precedemment (Chapitre II-1.2), le degre de compactage de 1'ADN dans les
cellules eucaryotes est considerable. Une fois deroule, 1'ADN contenu dans les
23 chromosomes d'une cellule humaine atteint une longueur d'un metre.
Les exemples developpes ci-dessus, a savoir la definition de la sequence des
acides amines dans 1'insuline, 1'identification de la lesion moleculaire de 1'hemo-
globine responsable de la drepanocytose, le decryptage des structures tri-
dimensionnelles de la myoglobine et de 1'hemoglobine, la mise en evidence
d'une structure en double helice de 1'ADN en accord avec sa replication semi-
conservatrice, 1'imagerie autoradiographique illustrent 1'impact qu'eurent, en
seulement deux ou trois decennies, 1'utilisation de methodes physico-chimiques
appropriees sur la connaissance de la micro-anatomie des proteines et de
1'ADN. Le principe apparemment mysterieux du fonctionnement de la cellule
vivante, designe sous le vocable de "force vitale" au XIX e siecle, devenait
explicable par le jeu d'interactions entre des regions specifiques dans le materiel
moleculaire nucleique et proteique.
2.2.3. Retour a la structure primaire de 1'ADN

Alors que les recherches sur la structure primaire des proteines avaient devance
et en grande partie facilite 1'elucidation de la structure tridimensionnelle de ces
proteines, le decalage alia dans le sens inverse pour 1'ADN. Ce n'est que 25 ans
apres le decryptage de la structure en double helice de 1'ADN que furent
publiees deux methodes de sequenâge des nucleotides de 1'ADN. L'une des
methodes, dite de MAXAM et GILBERT ^22\ mettait en ceuvre un clivage chi-
mique apres modification specifique des bases.
L'autre methode, due a Frederick SANGER I22] nobelise une seconde fois, etait
fondee sur une interruption controlee de la replication enzymatique de 1'ADN.
C'est SANGER qui, en 1977, publia la premiere sequence d'un ADN genomique,
celui du phage (t>X174, avec ses 5375 bases. La possibilite de sequencer
rapidement les bases contenues dans un ADN fournissait la cle indispensable a
1'essor d'une nouvelle methodologie relevant des manipulations de 1'ADN,
mutations, deletions, coupures, recombinaisons, transfections, auxquelles on
donnera le nom de genie genetique (Chapitre III-8).
[22] Walter GILBERT, Frederick SANGER (second Prix Nobel) et Paul BERG, Prix Nobel de
chimie (1980).
3. LES ENZYMES COMME SYSTEMES MODELES POUR

L'ETUDE DE LA RELATION ENTRE STRUCTURE ET
FONCTION DANS LES PROTEINES
Rattacher une structure a une fonction est aise pour un enzyme t23!. C'est
effectivernent pour la premiere fois en s'adressant a un enzyme que Ton comprit
que le fonctionnement d'une proteine et 1'organisation spatiale de sa chaine
polypeptidique etait etroitement correles.
3.1. LA CATALYSE ENZYMATIQUE.

NOTION DE SPECIFICITY ET DE COMPLEMENTARITE
Des experiences sur la digestion conduites en
1752 par R E A U M U R avaient revele que les
aliments solides etaient convertis en une matiere
fluide non par une trituration mecanique, mais
plutot par 1'effet d'un "ferment" secrete par
1'estomac. Cette observation fut confirmee par
SPALLANZANI. Elle resta cependant sans lende-
main faute d'un support chimique. En 1836, pres
d'un siecle apres la decouverte de REAUMUR,
Theodor SCHWANN, qui devait s'illustrer avec la
theorie cellulaire, demontrait la presence dans un
A. PAYEN extrait d'estomac d'un ferment proteolytique qui
(1795 -1871) fut appele pepsine parce qu'il transformait des
proteines de grosse taille en molecules plus petites
auxquelles on donnait le nom de peptones. Entre
temps, en 1833, paraissait dans les Annales de
Chimie et de Physique (vol. 53, pp. 73-92) un article
sur un ferment qui hydrolysait 1'amidon. Les
auteurs en etaient Anselme PAYEN (1795 -1871)
et Jean-Frangois PERSOZ (1805 -1868). Anselme
PAYEN etait professeur de chimie industrielle de
1'Ecole centrale des arts et manufactures de Paris.
Jean-Frangois PERSOZ venait d'etre nomme pro-
fesseur a 1'universite de Strasbourg apres avoir
J.F. PERSOZ
ete preparateur pendant six ans au College de
(1805 -1868) France. Le ferment qui hydrolysait 1'amidon fut
[23] Enzyme fut utilise au genre masculin jusqu'a la fin des annees 1960. En Janvier
1970, 1'Academie des sciences proposa de substituer au genre masculin le genre
feminin. Actuellement les deux genres sont admis.
precipite apres addition d'ethanol a un extrait d'orge germe ou malt. Redissous

dans de 1'eau et mis au contact d'une suspension de grains d'amidon, il avait la
propriete de dissoudre 1'amidon insoluble. II en resultait une solution d'un
sucre ou ose qui fut appele maltose, car issu du malt. Puisque le ferment
catalysait le passage d'un etat insoluble a un etat soluble, on le baptisa diastase
(du grec 8id<rraaic = separation).
II fallut plus d'un siecle a partir de la decouverte de PA YEN et PERSOZ pour se
convaincre que les diastases appelees par la suite enzymes etaient des proteines
et que ces proteines possedaient des fonctions specifiques. On verra comment
les idees progresserent lentement par etapes, en s'appuyant sur des concepts de
reference, tels que celui de la catalyse introduit par Jons BERZELIUS en 1835 et
celui de la specificite stereochimique formule par Emil FISCHER entre 1890 et
1900, avec 1'idee d'une complementarite specifique entre enzyme et substrat, le
tout couronne par 1'etablissement des lois de la cinetique enzymatique en 1902
par Victor HENRI (1872 -1940) et en 1913 par Leonor MICHAELIS et Maud
MENTEN (1879 - 1960).
A partir des annees 1830 et pendant plusieurs decennies, la levure de biere fut
utilisee comme une cellule modele pourvoyeuse d'enzymes a partir desquels
allait se construire la theorie de la catalyse enzymatique. A cela deux raisons,
1'une pratique a incidence industrielle, la levure etant responsable de la fermen-
tation alcoolique qui produit de 1'ethanol a partir du glucose, 1'autre theorique
a portee philosophique, 1'explication donnee a la fermentation alcoolique
differant suivant que Ton s'adressait a 1'hypothese vitaliste ou a 1'hypothese
mecaniste du fonctionnement du vivant. Les vitalistes postulaient que la
fermentation etait inherente a une energie vitale, dependant de 1'etat vivant de
la levure. Les mecanistes soutenaient que la fermentation etait le resultat de reac-
tions ne dependant que de lois physico-chimiques simples. En 1878, Wilhelm
KUHNE (1837 -1900) professeur de physiologie a Heidelberg proposa d'appeler
enzyme (ev CiV7! - dans la levure) le principe catalytique contenu dans la levure
responsable de la fermentation alcoolique. Vingt ans plus tard, la fermentation
alcoolique sera obtenue avec un extrait de levure, libre de toute cellule vivante
(Chapitre IV-6.2).
Au debut de sa carriere de chercheur, Louis PASTEUR avait observe que 1'acide
tartrique dextrogyre (deviant a droite la lumiere polarisee) etait fermente par la
levure a la difference de 1'acide tartrique levogyre. II y avait done une specifi-
cite fonctionnelle en rapport avec le caractere structural. Reprenant cette idee
dans les annees 1890, Emil FISCHER montra que la fermentation de differents
isomeres d'un meme ose par la levure dependait de la configuration de
I'isomere. Par exemple, le D-glucose et le D-mannose etaient fermentes, mais
non le L-glucose ou le L-mannose. En 1894, etudiant 1'action de deux enzymes
reputes cliver les glycosides, a savoir 1'invertine (appelee plus tard invertase) et
1'emulsine, sur deux esters methyliques du glucose, 1'a-methylglucoside et le
P-methylglucoside, FISCHER decouvrit que 1'invertine etait capable d'attaquer
1'a-methylglucoside pour former du glucose, mais etait sans effet sur le
(3-methylglucoside ; 1'inverse etait observe pour 1'emulsine. L'article qui relatait

ces experiences, public par Ernil FISCHER dans le Beritche der deutschen
Chemischen Gesellschaft (vol. 27, pp. 2885-2893, 1894), represente 1'acte fondateur
de la notion de stereospecificite dans la catalyse enzymatique. Pour illustrer la
fixation specifique d'un enzyme sur un substrat, FISCHER proposa 1'image
d'une cle qui ouvre une serrure et une seule.
Dans les memes annees surgit dans le domaine de 1'immunologie dite
humorale la meme idee d'interactions intermoleculaires specifiques qu'en
enzymologie. Emil VON BEHRING et Shibasaburo KITASATO decouvrent que
du serum de lapin immunise contre le tetanos par injection de bacilles teta-
niques tues par la chaleur est capable de neutraliser la toxine tetanique. Injecte a
un autre lapin ou a une souris, ce serum confere un pouvoir protecteur vis-a-vis
d'une injection de bacilles tetaniques. La conclusion est que le serum du lapin
immunise contient une substance qui interagit avec la toxine tetanique et la
neutralise, en d'autres termes une antitoxine. EHRLICH propose de remplacer le
terme antitoxine par celui d'anticorps. Avec une premonition stupefiante, il
imagine que les cellules du sang responsables de la fabrication d'anticorps (on
saura plus tard qu'il s'agit de lymphocytes B) possedent a leur surface des
"chaines laterales proteiques" qu'il appellera par la suite recepteurs, puis
anticorps, et que ces anticorps liberes dans le courant sanguin interagissent de
fac.on specifique avec des molecules etrangeres appelees antigenes (Chapitre II-
7.3.2). Ainsi dans la derniere decennie du XIX e siecle se mit en place, aussi bien
dans le domaine de 1'enzymologie que dans celui de I'immunologie humorale,
la notion fondamentale que la complementarite structurale intermoleculaire
joue un role essentiel dans la physiologic du vivant.
Au tout debut du XX e siecle, les lois f ondamentales de la cinetique enzyma-
tique furent formulees d'abord par Victor HENRI, puis par MICHAELIS et
MENTEN. Apres des etudes secondaires a Saint-Peterbourg, puis des etudes
universitaires a Paris, Gottingen et Leipzig, Victor HENRI, de nationalite
franchise, soutint sa these de sciences a Paris en 1902. Cette these fut publiee en
1903 sous le titre de Loi generate de I'Action des Diastases. Victor HENRI etait un
homme d'un etonnant eclectisme. Peru de psychologie, il publia une Intro-
duction a la Psychologie Experimental. II s'interessa a la chimie organique, a la
chimie physique, a la biochimie et a la physiologic. Sa theorie de la catalyse
enzymatique se rapportait a une etude detaillee du clivage enzymatique du
saccharose en glucose et fructose par 1'invertase. Le cours de la reaction etait
suivi par polarimetrie, le pouvoir rotatoire se modifiant au fur et a mesure de la
catalyse (Figure III. 15).
D'origine allemande, Leonor MICHAELIS, apres avoir suivi des etudes
medicales et exerce la medecine pendant quelques annees, se tourna vers la
recherche fondamentale. En tant que professeur de 1'universite de Berlin a partir
de 1908, il developpa de remarquables travaux d'enzymologie. Avec Maud
MENTEN, d'origine canadienne, MICHAELIS poursuivit le travail de Victor
HENRI sur 1'invertase, en ameliorant les conditions experimentales.
Le schema simplifie du polarimetre montre le parcours de la lumiere. La lumiere

relativement monochromatique produite par une flamme F contenant du chlorure de
sodium passe a travers une lentille L, un nicol polariseur P (spath d'Islande qui produit de
la lumiere polarisee), une lame demi-onde L i qui n'intercepte que la moitie du faisceau
lumineux, un tube T qui contient la substance a analyser, un nicol analyseur A qui
reconnait la lumiere polarisee et une loupe L'. Quand le nicol analyseur A est oriente de
telle fac.on qu'il y ait extinction de la lumiere, on dit que le nicol analyseur et le nicol
polariseur sont croises. Si, dans ces conditions, on introduit dans le tube T une solution
d'une substance optiquement active, la lumiere est partiellement retablie. C'est sur ce
principe qu'on analyse le pouvoir rotatoire d'une substance optiquement active. Le
polarimetre adapte a la mesure de la concentration de saccharose est appele sacchari-
metre ou polarimetre de LAURENT. II a ete utilise pour suivre la cinetique d'hydrolyse du
saccharose en glucose et fructose en presence de 1'enzyme invertase. Le pouvoir rotatoire
specifique du saccharose est de + 66,5°, celui du glucose de + 52,5° et celui du fructose de
- 92°. L'hydrolyse du saccharose s'accompagne d'une inversion du pouvoir rotatoire, d'ou
le nom d'invertase donne a 1'enzyme d'hydrolyse du saccharose. Les premiers polari-
metres furent construits dans les annees 1840
Figure 111.15 - Polarimetre utilise pour suivre la cinetique

d'hydrolyse du saccharose par 1'invertase (saccharimetre)
(d'apres A. WURTZ - Introduction a I'etude de la chimie, Masson, 1885)
Dans un article fondamental publie en 1913 dans le Biochemische Zeitschrift

(vol. 42, pp. 333-369), MICHAELIS et MENTEN formulerent de fagon claire sur
des bases experimentales la notion de la formation d'un complexe enzyme
(E) - substrat (S) au cours d'une reaction enzymatique, formation prealable a
1'apparition du produit (P) suivant 1'expression :E + S ^ ES —> P + E.
La notion d'une stricte complementarite entre substrat et enzyme prevalut
pendant la premiere moitie du XX e siecle. Cepehdant, plusieurs observations
dans les annees 1950 -1960 incline-rent a penser que les enzymes beneficient
d'une certaine flexibilite dans leur structure, en particulier au cours de la cata-
lyse. C'est sur ces bases que Daniel KOSHLAND (n. 1920) en 1958 proposa la
theorie de 1'adaptation induite ("induced fit") selon laquelle le site catalytique
devient complementaire du substrat seulement apres que celui-ci se soit fixe sur
1'enzyme. Ainsi apparut la notion d'une dynamique moleculaire au niveau des
proteines enzymatiques.
3.2. VERS LA DEMONSTRATION DE LA NATURE PROTEIQUE

DES ENZYMES
Bien qu'il existat dans les annees 1920 des arguments en faveur de la nature
proteique des enzymes, par exemple leur poids moleculaire eleve et leur ther-
molabilite, ainsi que des avocats prestigieux dont Emil FISCHER pour soutenir
cette opinion, le consensus etait loin d'etre partage par la communaute scienti-
fique. II manquait une preuve indiscutable. Celle-ci fut apportee par la cristal-
lisation d'enzymes ou James SUMNER t24! (1887 -1955), John NORTHROP t24]
(1891 -1987) et Moses KUNITZ (1887 -1978) jouerent un role de pionniers.
Le biochimiste James SUMNER de 1'universite
Cornell eut le merite et egalement la bonne
fortune de cristalliser en 1926 pour la premiere
fois un enzyme, 1'urease, a partir d'un extrait
acetonique de feves. Son travail sur 1'urease etait
la continuation d'une etude qu'il avait commen-
cee dans le laboratoire d'Otto FOLIN (1867 -1934)
a 1'universite de Harvard. L'urease decompose
1'uree en gaz carbonique et ammoniac, des pro-
duits relativement commodes a analyser. Des
solutions brutes d'urease etaient obtenues de
facon routiniere par extraction d'un broyat de
J.SUMMER ,, j i / i ' i j - i ' -n -i -,no^
(1887-1955) feves avec de 1 alcool dime. En avnl 1926
SUMMER, volontairement ou involontairement,
fit une entorse au protocole classique en remplac.ant 1'alcool par une solution
aqueuse d'acetone a 30%. Apres quelques heures de repos de 1'extrait
[24] James SUMMER, John NORTHROP et Wendell STANLEY, Prix Nobel de chimie (1946).
acetonique, un precipite apparut. Examine sous le microscope, ce precipite

contenait des cristaux octaedriques. Par recristallisation et dissolution des cris-
taux dans de 1'eau distillee, SUMNER obtint une solution d'urease dont 1'activite
specifique etait nettement plus elevee que celle de la solution mere. De fac.on
evidente, cristallisation et purification allaient de pair. En butte aux critiques,
SUMNER decida de s'adresser a un critere immunologique. II obtint un
antiserum antiurease par injection d'une solution d'urease purifiee a un lapin.
Get antiserum etait de type precipitant et le precipite entrainait avec lui 1'activite
urease. La demonstration etait convaincante. Encore fallait-il la generaliser.
Entre 1930 et 1933, John NORTHROP a 1'univer-
site de Princeton cristallisa la pepsine et la chy-
motrypsine a partir de pancreas. Dans la meme
universite, Moses KUNITZ parvenait a purifier
egalement a partir de pancreas la ribonuclease A
en 1940 et la desoxyribonuclease A en 1947.
La premiere synthese chimique d'un enzyme,
la ribonuclease, fut realisee en 1969, par Robert
Bruce MERRIFIELD t25! (n. 1921). Bien que 1'acti-
vite catalytique de 1'enzyme ainsi synthetise fut
relativement faible, sa synthese a partir exclusi-
vement d'acides amines apportait la preuve ecla- T NORTHROP
tante qu'il s'agissait d'une proteine et qu'aucune (1891 -1987)
autre espece moleculaire n'expliquait son activite
catalytique. Avec la demonstration que les enzymes etaient des proteines, il
devenait alors possible d'attaquer le probleme de la relation entre la structure
d'une proteine enzymatique et sa fonction. Toutefois, comme c'est souvent la
regie en biologic, le dogme de la nature proteique des enzymes enseigne
comme verite absolue pendant plusieurs decennies fut egratigne dans les annees
1980 avec la decouverte des ribozymes, c'est-a-dire d'acides ribonucleiques
porteurs d'activites enzymatiques (Chapitres 1-8.4 et III-8.1).
En 1965 fut public par David PHILLIPS (1924 - 1999) et son equipe a 1'universite
d'Oxford la premiere structure tridimensionnnelle d'un enzyme, le lysozyme
cristallise a partir du blanc d'oeuf. Le lysozyme clive des liaisons osidiques entre
la N-acetylglycosamine et 1'acide N-acetylmuramique dans des polysaccharides
de 1'enveloppe de bacteries. II est abondant dans les larmes et la salive ou il joue
le role d'un antibiotique naturel. L'analyse du site catalytique du lysozyme fut
realisee grace au remplacement du polysaccharide naturel comme substrat par
un trimere de N-acetylglycosamine, un pseudo substrat tres lentement hydro-
lysable jouant le role d'un leurre vis-a-vis de 1'enzyme. Les spectres de
diffraction de rayons X sur des cristaux du complexe lysozyme - pseudosubstrat
mirent en evidence la presence dans 1'enzyme d'une crevasse qui constituait le
[25] Robert Bruce MERRIFIELD, Prix Nobel de chimie (1984).

site catalytique ou se logeait le substrat, ainsi que la prise en tenaille d'une

liaison osidique du substrat entre deux replis de la crevasse de 1'enzyme,
entrainant une tension de cette liaison suivie de rupture.
L'analyse cristallographique pratiquee sur les premiers enzymes revela une
communaute de caracteres structuraux pour des enzymes a fonction similaire.
Ainsi, des NAD-deshydrogenases, comme 1'alcool deshydrogenase et la lactate
deshydrogenase, qui ont en commun la propriete de transferer des atomes
d'hydrogene de 1'alcool ou du lactate vers leur coenzyme, le NAD, sont toutes
deux porteuses d'une crevasse dont la geometrie s'adapte parfaitement a celle de
la molecule de NAD.
3.3. DEMONSTRATION DU CONTR6LE DE LA

STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE D'UNE PROTEINE
PAR SA SEQUENCE EN ACIDES AMINES
Lorsque dans le milieu des annees 1950 Christian ANFINSEN W (1915 -1995), en
choisissant la ribonuclease comme proteine modele, entreprit de rechercher si
la structure primaire d'une proteine monomerique conditionnait le repliement
de sa chaine polypeptidique, et de ce fait son fonctionnement, les connaissances
sur les proteines avaient notablement progresse. La nature proteique des
enzymes ne faisait plus aucun doute. Leur denaturation par 1'uree avec perte de
fonction etait bien connue. La ribonuclease qui avait ete cristallisee par Moses
KUNITZ venait d'etre sequencee par Stanford MOORE W et William STEIN PI a
1'Institut Rockefeller.
La ribonuclease comporte quatre ponts disulfures qui maintiennent sa structure
tertiaire relativement rigide. Sa denaturation par 1'uree necessite par consequent
un clivage prealable des ponts disulfures qui peut etre obtenu par reduction
avec le dithiothreitol. Une fois les ponts disulfures rompus, la molecule de ribo-
nuclease en presence d'uree se deroule et perd son activite hydrolytique vis-a-
vis des liaisons phosphodiesters internucleotidiques de 1'ARN car elle est dena-
turee. ANFINSEN dialysa la solution de ribonuclease denaturee pour eliminer
1'uree et le dithiothreitol. La ribonuclease recouvrit alors son activite esterase.
Ce qui s'etait produit, c'etait une oxydation des groupes thiols avec regenera-
tion des ponts disulfures caracteristiques de la structure native de la ribonu-
clease associee a une reorganisation tridimensionnelle de la chaine peptidique.
La demonstration etait faite qu'une proteine detient, grace a l'information
moleculaire contenue dans sa sequence en acides amines, la capacite de passer
d'un etat spatialement desordonne et inactif a un etat structurellement organise,
ce qui est la condition necessaire a son fonctionnement (Figure III.16). La
ribonuclease etait un enzyme exceptionnellement favorable et la chance avait
servi 1'experimentateur.
Dans cette representation schematique, 1'etape 1 correspond a la rupture des quatre

ponts disulfures dans la ribonuclease native par chauffage et addition d'un agent
reducteur. II en resulte un depliement de la molecule et une perte d'activite enzymatique.
Par reoxydation (etape 2), les ponts disulfures sont a nouveau formes. La ribonuclease
reprend sa conformation native et son activite enzymatique.
Figure 111.16 - Relation entre la structure tridimensionnelle d'une proteine et

son activite. Demonstration par denaturation-renaturation de la ribonuclease
(d'apres G.M. COOPER - The Cell : A Molecular Approach, 1997 - interpretation
de 1'experience de SELA, WHITE et ANFINSEN - Sciences 125 (1957) 691)
Comment 1'ordre d'enchainement des acides amines dans une proteine peut-il
intervenir comme un determinant majeur pour 1'acquisition de sa structure
secondaire (helices a et feuillets (3) et partant de sa structure tertiaire ? Ceci tient
a la nature physico-chimique des acides amines (hydrophobes, ou hydrophiles
porteurs de charges positives ou negatives) a telle enseigne qu'il est possible de
predire que tel acide amine aura plus de chances de se localiser dans une
helice a et tel autre dans un feuillet plisse ou encore dans des boucles qui relient
ces structures. II existe actuellement un renouveau d'interet pour comprendre la
nature des etapes primaires du repliement d'une chaine peptidique. II s'avere en
effet que ces etapes primaires conduisent a 1'emergence de substructures qui
sont de courtes sequences d'acides amines douees d'autoorganisation. On les
appelle "AFUs" ("autonomous folding units"). L'interaction entre les AFUs
oriente 1'organisation spatiale de la proteine vers sa forme definitive.
On sait aujourd'hui que le repliement des proteines bien que directement
dependant de leur structure primaire est facilite par des chaperones, proteines
qui jouent le role "d'anges gardiens" en surveillant et en assistant le repliement
des proteines en cours de synthese. Depuis leur decouverte en 1978, les
chaperones n'ont cesse d'exciter la curiosite des chercheurs qui essaient de
comprendre pourquoi leur presence est indispensable et comment elles pro-
cedent pour assister les proteines dans leur repliement. La difficulte d'une
proteine a se replier n'est pas liee uniquement au processus de sa synthese. II
existe une autre difficulte qui tient a 1'environnement moleculaire dans toute
cellule vivante. En effet, au meme instant, dans une cellule des milliers de pro-
teines d'especes differentes sont synthetisees, ce qui pourrait etre la cause
d'interactions interespeces avec des effets d'agregation intempestive si des
chaperones appropriees n'etaient pas presentes pour veiller a la bonne finition
de la structure 3D de chaque espece proteique.
3.4. L'OLIGOMERISATION DES PROTEINES : UN NIVEAU SUPERIEUR

DE COMPLEXITE STRUCTURALE ET FONCTIONNELLE
On ne connait que de rares exemples de proteines de grande taille (au dela

de 100 kDa), qui existent a 1'etat de chaines polypeptidiques uniques. Au dessus
des structures primaire, secondaire et tertiaire qui conferent a une proteine
monomerique 1'arrangement tridimensionnel de sa chaine peptidique, existe un
niveau superieur d'organisation, la structure quaternaire, qui correspond a
1'association non covalente ou oligomerisation de sous-unites proteiques
appelees monomeres ou protomeres. Au plan fonctionnel, roligomerisation est
frequemment associee a une catalyse cooperative. Une des premieres proteines
oligomeriques a avoir ete etudiee en detail au plan fonctionnel et structural a ete
rhemoglobine, la proteine majeure des globules rouges qui fixe 1'oxygene de
Fair. L'hemoglobine est formee de deux paires de chaines peptidiques differentes,
les chaines a et p. Elle repond a la formule 0.2 $2- Chaque chaine porte une
molecule d'heme dont le fer a 1'etat divalent fixe 1'oxygene. La saturation de

1'hemoglobine par 1'oxygene repond a une courbe sigmo'ide, ce qui signifie que
1'oxygenation d'une des quatre sous-unites de 1'hemoglobine favorise celle des
trois autres. II s'agit d'un effet cooperatif.
Des 1921, le biochimiste anglais Joseph BARCROFT (1872 -1947) avait note des
differences significatives entre les courbes de saturation de 1'hemoglobine par
1'oxygene obtenues soit avec une solution d'hemoglobine purifiee, soit avec des
globules rouges. L'affinite de 1'oxygene pour 1'hemoglobine dans les globules
rouges etait plus basse que pour 1'hemoglobine purifiee. Le responsable de cette
difference fut identifie 40 ans plus tard a un metabolite derive de la glycolyse, le
2,3-bisphosphoglycerate (BPG) present dans les globules rouges, mais absent
dans 1'hemoglobine purifiee. Le BPG se fixe sur 1'hemoglobine a un autre
endroit que 1'oxygene (le substrat) et se comporte ainsi comme un ligand
allosterique. L'analyse par diffraction des rayons X a montre que le BPG induit
une modification conformationnelle de 1'hemoglobine qui est associe a la
diminution de 1'affinite pour 1'oxygene.
En 1965, Jacques MONOD, Jeffrey WYMAN (1901 - 1995) et Jean-Pierre CHANGEUX
(n. 1936) formulerent une theorie de la cooperativite des proteines multime-
riques allosteriques dite de la "transition concertee". L'originalite de cette
theorie reposait sur le postulat que les proteines allosteriques existent sous deux
etats conformationnels, 1'un inactif ou "contraint", 1'autre actif ou "relaxe". Ces
deux etats sont en equilibre. En presence du substrat, la proteine allosterique
bascule de 1'etat contraint inactif a 1'etat relaxe actif. Ce processus est favorise
par la fixation d'un ligand allosterique a effet "positif" ou au contraire empeche
par la fixation d'un ligand allosterique "negatif". La base conceptuelle du modele
concerte est d'essence essentiellement darwinienne, basee sur le principe de
selection. En effet, le modele concerte postule que la proteine allosterique est
bien presente dans sa conformation active, mais minoritaire, a 1'instar des
variants minoritaires de la theorie darwinienne. Le substrat, en se fixant sur la
proteine, entraine par un effet de masse le deplacement de 1'equilibre de la
forme inactive de la proteine vers sa forme active. Face au modele concerte, le
modele sequentiel imagine par le biochimiste americain Daniel KOSHLAND
repondait a une conception lamarckienne d'adaptation de la proteine a son
substrat, la conformation de la proteine etant modulee et ajustee a celle du
substrat. Les enzymes allosteriques jouent un role fondamental dans la regula-
tion du metabolisme cellulaire (Chapitre IV-9.2).
Au plan de 1'evolution, 1'oligomerisation proteique a procure a la cellule
plusieurs avantages. Elle a permis de reduire la taille du gene codant une
proteine determinee et par consequent de realiser une economie d'energie
substantielle. Par exemple, la biosynthese de 1'hemoglobine constitute de deux
chaines a et de deux chaines J3 ne necessite que la mise en ceuvre de deux genes
codant 1'un la chaine a et 1'autre la chaine p. Si une defaillance se produit dans
la transcription ou la traduction de 1'un de ces deux genes, la perte qui en
resulte n'est qu'une fraction de ce qu'elle serait si un seul gene etait implique
dans 1'expression de la totalite de cette proteine tetramerique. Un autre avantage

reside dans la flexibilite du fonctionnement de 1'oligomere. Un exemple typique
est celui de la lactate deshydrogenase, une proteine tetramerique de 134 000 Da
formee par association de deux types de sous-unites de 35 000 Da appelees M et
H (M pour "skeletal Muscle" et H pour "Heart"). On connait cinq formes
tetrameriques de la lactate deshydrogenase qui resultent des combinaisons des
deux sous-unites M et H, a savoir M4 predominant dans le tissu musculaire et le
foie, M3H, M2H2, MH3 et H4, ces deux dernieres formes predominant dans le
cceur et le rein. Toutes ces formes catalysent la meme reaction de reduction
reversible de pyruvate en lactate avec, cependant, des parametres cinetiques
differents.
4. LES PREUVES DU ROLE INFORMATIF DE L'ADN

DANS LA SYNTHESE PROTEIQUE :
EMERGENCE DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
"La biologic moleculaire vise a expliquer les stupefiantes proprietes des etres vivants
- celles-la memes qui naguere encore semblaient exiger le recours a la force vitale -
par la structure et les interactions des molecules qui composent les organismes. Cette
biologic est nee de decisions individuelles prises par un petit nombre de scientifiques
entre la fin des annees trente et le debut des annees cinquante. Ces chercheurs venaient
d'horizons tres varies, biologie, physique, medecine, microbiologie, chimie,
cristallographie etc. En realisant qu'au cceur du monde vivant se trouvaient les
questions soulevees par la genetique, Us inventerent une biologie nouvelle. Personne
ne les poussa dans cette direction. Aucune administration, aucune fondation, aucun
ministre de la Recherche ne les poussa dans cette voie... L'histoire de la biologie
moleculaire peut servir de modele pour comprendre comment se noue une recherche
originale, independamment des applications eventuelles. Celles-ci ne sont venues que
secondairement, avec la possibilite d'intervenir sur les genes avec ce que Yon appelle le
genie genetique."
Francois JACOB - La Souris, la Mouche et I'Homme - 1997
En 1902, Archibald GARROD medecin a 1'hopital St Bartholomew de Londres

apporta la premiere preuve d'une maladie hereditaire liee a un defaut metabo-
lique 1'alcaptonurie. Cette anomalie, sans incidence vitale, est caracterisee
essentiellement par le noircissement des urines a 1'air du fait de 1'accumulation
d'acide homogentisique, un produit du catabolisme de la tyrosine qui s'oxyde
et se polymerise. La premiere observation de GARROD avait ete faite chez un
jeune gargon. En reperant la meme anomalie dans differentes families, GARROD
nota que 1'alcaptonurie se retrouvait essentiellement chez des enfants nes de
mariages entre cousins germains. Un examen approfondi suggera que la
transmission hereditaire de 1'anomalie pouvait etre expliquee par les lois de
MENDEL, en admettant que le trait de 1'alcaptonurie etait de type recessif. Dans

les annees suivantes GARROD decrivit d'autres anomalies metaboliques trans-
mises egalement de fagon hereditaire chez 1'homme, telles que la cystinurie, la
porphyrie et la pentosurie. II appelait ces anomalies des "metabolic sports"
c'est-a-dire des bizarreries metaboliques.
En 1909, paraissaient deux ouvrages qui deviendront des classiques, Inborn
Errors of Metabolism par GARROD et MENDEL'S Principles of Heredity par
BATESON qui trouvait dans les conclusions de GARROD une illustration typique
de 1'application a 1'homme des lois de MENDEL. En 1910, BATESON fut nomme
directeur de 1'institut d'horticulture de Merton dans le sud de 1'Angleterre. En
1927, il y fut rejoint par 1'evolutionniste J.B.S. HALDANE. Tous deux s'interes-
serent a la transmission hereditaire des pigments chez les plantes, initiant ainsi
une nouvelle discipline, la genetique chimique.
Plusieurs centaines d'anomalies classees comme des erreurs innees du meta-
bolisme sont actuellement repertoriees, dont certaines sont bien connues du
grand public, par exemple la galactosurie ou la phenylcetonurie. Pour les
expliquer il fallait admettre que des facteurs genetiques de nature inconnue
controlent la synthese de proteines enzymatiques et que des mutations dans ces
facteurs se repercutent par un defaut de fonctionnement des enzymes places
sous leur controle. C'est cette idee qui fut reprise par George BEADLE I261
(1903 - 1989) et Edward TATUM t26! (1909 - 1975) dans leurs travaux sur la
moisissure Neurospom crassa.
4.1. NAISSANCE DU CONCEPT : UN GENE - UN ENZYME

Apres de brillantes etudes au College d'Agriculture de I'universite du Nebraska
et un sejour a 1'universite Cornell ou il s'etait initie a la genetique du ma'is,
George BEADLE vint travailler en 1931 dans le laboratoire de Thomas MORGAN
au Caltech. Dans le milieu des annees trente, il passa une annee dans le labo-
ratoire de Boris EPHRUSSI a Paris. EPHRUSSI s'interessait aux mutations qui
changent la couleur de 1'ceil chez la drosophile. Son idee etait de comprendre
1'impact de ces mutations sur des reactions chimiques impliquees dans la
synthese de ces pigments. De retour aux Etats-Unis, en 1937, BEADLE fut nomme
professeur de biologic a 1'universite de Stanford. Le travail sur les mutations des
pigments de 1'ceil de la drosophile lui avait revele la complexite biochimique de
cette approche. C'est pourquoi il se mit a la recherche d'un modele experimental
plus simple. Son choix se porta sur le champignon ascomycete Neurospora
crassa qui dans le groupe de MORGAN avait deja fait 1'objet de quelques etudes
genetiques. A cette epoque on connaissait bien le cycle de reproduction de ce
micro-organisme. Les premiers travaux sur le developpement des champignons
[26] George BEADLE, Edward TATUM et Joshua LEDERBERG, Prix Nobel de physiologic et
de medecine (1958).
microscopiques depuis le stade de spores jusqu'a la fructification en passant par

des unites sexuees remontent a la fin du XIXe siecle. Un des pionniers dans ce
domaine fut le mycologue allemand Anton DE BARY (1831 -1888).
Au plan genetique, Neurospora crassa est interessant car il s'agit d'une espece
heterothallique avec des types sexuels se comportant comme male et femelle
capables de se conjuguer. Neurospora crassa se developpe a partir de spores
haploi'des qui se divisent pour former un tapis feutre constitue par de longues
fibres appelees hyphes. Lors du processus sexuel, des noyaux haploi'des de
nature male et femelle, provenant d'hyphes differents s'unissent pour produire
un zygote diploide qui immediatement subit une meiose. Les noyaux haploides
ainsi produits se divisent. Huit noyaux haploides incorpores dans des spores
s'alignent a 1'interieur d'un long sac etroit appele asque. Les spores sont visibles
au microscope optique et certains de leurs caracteres peuvent etre etudies
commodement. En cultivant des souches de Neurospora crassa obtenues a partir
de deux formes sexuees differentes, on peut controler a volonte des souches
porteuses d'une mutation bien determinee et etudier differents processus gene-
tiques. Pour mener a bien son travail, BEADLE prit comme collaborateur un
microbiologiste, Edward TATUM. On savait depuis les experiences d'Hermann
MULLER sur la drosophile que 1'exposition aux rayons X augmentait de fac.on
remarquable le taux de mutations. BEADLE et TATUM induisirent des mutations
chez Neurospora crassa en irradiant des cellules par des rayons X. Les cellules de
Neurospora crassa de type sauvage sont capables de croitre sur un milieu mini-
mal contenant du glucose comme source de carbone, du chlorure d'ammonium
comme source d'azote, du phosphate et des oligoelements. Les mutants obtenus
par irradiation X furent selectionnes sur la base de leur incapacite a assurer la
production d'un metabolite particulier, par exemple un acide amine dans une
chaine de reactions enzymatiques.
Si Ton considere une chaine de trois reactions avec trois enzymes a, b et c, qui
transforment un substrat initial A en produit final D, chaque reaction etant
catalysee par un enzyme sous le controle d'un gene specifique selon le schema :
il est clair que si le gene 3 est altere, la reaction qui convertit le metabolite C en
metabolite D sera bloquee. Pour croitre et se developper, le mutant necessitera
done 1'apport du metabolite D. Si la mutation porte sur le gene 1 c'est la reac-
tion A —> B qui sera bloquee, et dans ce cas 1'addition d'un des metabolites B ou
C ou D permettra la croissance du mutant. Le cas de mutants de Neurospora
crassa ayant perdu la capacite de synthetiser le tryptophane est particulierement
illustratif. Au debut des annees 1940, Paul FILDES (1882 -1971) et Esmond SNELL
(n. 1914) avaient decouvert que 1'indole et 1'acide anthranilique etaient des
intermediaries dans la synthese du tryptophane chez des procaryotes. En 1944,

BEADLE, TATUM et leur collaborates David BONNER (1916 - 1957) experimen-
terent sur des mutants de Neurospora crassa qui avaient perdu la capacite de
proliferer sur un milieu minimal. Or, Tun des mutants pouvait croitre dans un
milieu complemente avec de 1'indole ou de 1'acide anthranilique, un autre
mutant pouvait croitre en presence d'indole, mais non en presence d'acide
anthranilique. En ecrivant la sequence des reactions :
il devenait evident que 1'anomalie du premier mutant residait dans le gene

implique dans la transformation de 1'indole en tryptophane tandis que 1'ano-
malie du second mutant etait localisee dans le gene qui controlait la conversion
de 1'acide anthranilique en indole. La meme annee Adrian SRB (n. 1917) et
Norman HOROWITZ (n. 1915) isolerent des mutants de N. crassa incapables de
faire la synthese d'arginine. On connaissait a cette epoque le cycle de 1'uree
decouvert en 1932 par Hans KREBS (1900 -1981) avec la sequence :
SRB et HOROWITZ noterent que, parmi les mutants incapables de synthetiser

1'arginine, certains pouvaient survivre a condition d'ajouter de 1'arginine au
milieu de culture. Pour d'autres, la survie etait assuree par 1'addition de
citrulline ou bien d'ornithine. Les resultats demontraient que la synthese de
1'arginine chez Neurospora crassa se deroulait comme dans le cycle de 1'uree
avec la sequence reactionnelle :
et que les enzymes a, b et c impliques dans ces reactions pouvaient etre rendus
inoperants par mutation. Ces premieres observations furent suivies de nom-
breuses autres portant sur la biosynthese d'acides amines comme la valine,
1'isoleucine et le tryptophane, et de diverses vitamines du groupe B. En 1945,
60 000 cultures de Neurospora crassa avaient ete realisees, qui avaient revele une
centaine de mutations d'enzymes impliques dans des chaines metaboliques.
L'idee qui emergeait de ces experiences etait qu'il existait une relation entre la
presence d'un gene et la synthese d'un enzyme, ce que Norman HOROWITZ
traduisit en 1948 par la formule lapidaire : un gene - un enzyme.
L'impact de la demarche methodologique de BEADLE et TATUM fut conside-
rable. En quelques annees, en combinant des mutations bloquant des reactions
du metabolisme avec 1'utilisation de molecules radiomarquees, biochimistes et
microbiologistes accomplirent un remarquable travail de decryptage qui con-
duisit a 1'etablissement de cartes metaboliques. Par le jeu d'un raisonnement
analogique, les resultats acquis en biochimie microbienne servirent a explorer
les chaines metaboliques chez les eucaryotes superieurs.
4.2. L'ADN SUPPORT CHIMIQUE DE L'HEREDITE

En 1928, le bacteriologiste britannique Fred GRIFFITH (1877 -1941) qui etudiait
la virulence du pneumocoque chez la souris publia des resultats bizarres, mais
totalement reproductibles. GRIFFITH utilisait deux types de pneumocoque, les
types II et III. Pour le type II, un variant avait ete isole et appele R ("rough")
car, ensemence sur de la gelose nutritive, il proliferait pour former des colonies
a surface rugueuse. Cette souche RII n'etait pas virulente. Le type III corres-
pondait a une forme sauvage virulente qui sur la gelose nutritive donnait des
colonies a surface lisse (S ou "smooth"). Les caracteres des colonies S et R pro-
venaient d'une difference dans la composition en polysaccharides de la capsule
entourant les cellules du pneumocoque. Un essai preliminaire avait montre a
GRIFFITH que les souris ay ant rec.u une injection de pneumocoque R restaient
indemnes alors que celles qui avaient ete inoculees avec le pneumocoque S
mouraient de pneumonie et de septicemie. Des pneumocoques S tues prealable-
ment par la chaleur, puis inocules a la souris, n'avaient aucun effet pathogene.
Par centre, 1'injection simultanee de pneumocoques R non virulents et vivants
et de pneumocoques S virulents mais tues par la chaleur declenchait une septi-
cemie mortelle. L'hemoculture mettait en evidence un pullulement de pneumo-
coques S (Figure III. 17). En d'autres termes, les pneumocoques R avaient ete
transformed en pneumocoques S. Ce phenomene intrigant de transformation
d'une souche non virulente en souche virulente par une entite thermostable
issue de la souche virulente inactivee par chauffage resta inexplique jusqu'au
debut des annees quarante. GRIFFITH fut tue dans son laboratoire a Londres au
cours d'un bombardement en 1941 pendant la derniere guerre mondiale sans
avoir resolu 1'enigme de la transformation bacterienne.
4.2.1. L'identification du principe transformant

du pneumocoque a I'ADN
La cle du probleme de la nature chimique du principe responsable de la trans-
formation des cellules de pneumocoque R en cellules S fut trouvee en 1944 a
1'Institut Rockefeller par Oswald AVERY (1877 -1955) et ses deux assistants Colin
MC LEOD (1909 -1972) et MacLyn MC CARTY (n. 1911) avec la demonstration
que le principe transformant etait I'ADN. Le groupe avait en effet purifie a par-
tir de pneumocoques S une substance visqueuse dont la composition chimique
repondait a celle de I'ADN et ou on ne detectait pas de traces de proteines. Cette
substance ajoutee a une suspension de bacteries R induisait la transformation
des bacteries R en bacteries S. De plus, la substance traitee par la desoxyribo-
nuclease perdait son activite, alors que la ribonuclease etait sans effet. Diverses
proteases etaient egalement sans effet. L'article d'AVERY et de ses collaborateurs
relatant ces resultats fut public en 1944 sous le titre "Studies on the nature of the
substance inducing transformation of pneumococcal types. Induction of trans-
formation by a deoxyribonucleic acid fraction isolated from Pneumococcus
Type III" dans le Journal of Experimental Medicine (vol. 79, pp. 137-158).
Le premier indice d'une transformation bacterienne fut obtenu en 1928 par le bacterio-
logiste F. GRIFFITH . I/injection de pneumocoques S virulents (encapsules) a une souris
conduit a une septicemie mortelle. Les pneumocoques S tues par chauffage sont inof-
fensifs. Les pneumocoques R non virulents (non encapsules) injectes a la souris sont
egalement inoffensifs. Par contre, 1'injection a une souris d'un melange de pneumo-
coques S tues par chauffage et de pneumocoques R vivants determine une septicemie
mortelle. Par hemoculture, on retrouve dans le sang de la souris des pneumocoques S.
Figure 111.17 - La transformation bacterienne

L'accueil fut reserve, I'opinion resta sceptique. Bien que le titre de 1'article fut
explicite, les auteurs avaient ete prudents dans leurs conclusions, s'entourant de
precautions de style du type : "It is of course possible that the biological activity
of the substance described is not an intrinsic property of the nucleic acid, but is
due to minute amounts of some other substance adsorbed to it or so intimately
associated with it as to escape detection". En effet, a cette epoque persistait le
consensus, a la suite des travaux du chimiste LEVENE, que 1'ADN etait constitue
par la repetition de motifs tetranucleotidiques, ce qui lui conferait une structure
monotone sans specificite qui contrastait avec la specificite de reconnaissance
des proteines enzymatiques pour leur substrat. En 1944, bien qu'on n'eut pas
encore d'idees sur la sequence des acides amines dans les proteines, on inferait
logiquement que la specificite fonctionnelle des enzymes relevait d'une
specificite dans la structure de leurs chaines polypeptidiques. Ces considerations
inclinaient a rechercher dans les proteines plutot que dans 1'ADN un support
chimique de I'heredite.
A la fin des annees quarante, la cause des acides nucleiques commenc,a a avoir
des avocats serieux, en particulier le Suedois Torbjorn CASPERSSON, le Beige
Jean BRACKET et le Francais Andre BOIVIN (1895 -1949) et ses collaborateurs,
les VENDRELY. En utilisant un microscope muni d'un dispositif d'illumination
en lumiere ultraviolette et d'un analyseur spectrophotometrique, CASPERSSON
avait observe que les bandes des chromosomes geants des glandes salivaires des
drosophiles colorables par le reactif de FEULGEN etaient les memes que celles
qui absorbent la lumiere a 260 nm, une longueur d'onde qui correspond au pic
d'absorption des acides nucleiques. BRACKET qui etudiait le developpement
d'ceufs d'oursins apres fecondation avait note une augmentation tres nette de la
concentration en acide ribonucleique qui coi'ncidait avec une augmentation de
la synthese proteique. Quant a BOIVIN, il avait montre qu'une cellule diploide
contenait deux fois plus d'ADN qu'une cellule haploi'de. II s'agissait, la, de faits
mais pas encore de preuves.
4.2.2. L 'incursion d'un physicien theoricien, Erwin

SCHRODINGER, dans le domaine de la biologie
En 1944, parut un petit livre qui eut un immense impact. Le titre en etait: What
is life. L'auteur, le physicien autrichien Erwin SCHRODINGER (1887 -1961), etait
bien connu pour sa contribution a la physique quantique et en particulier a la
mecanique ondulatoire. Issu de 1'universite de Vienne, SCHRODINGER avait
occupe d'abord la chaire de physique a 1'universite de Zurich, dont les prece-
dents titulaires avaient ete Albert EINSTEIN (1879 - 1955) et Max VON LAUE, puis
en 1927 la chaire de physique de 1'universite de Berlin ou il succeda a Max
PLANCK (1858 - 1947). Dans les annees trente, SCHRODINGER, apres un bref
passage a Oxford, retourna en Autriche et enseigna la physique a 1'universite de
Graz. Congedie de ses fonctions en 1938 suite a la politique allemande, il s'exila
en Irlande a Dublin ou le President Eamon DE VALERA (1882 -1975) lui donna
la direction d'un Institut de Recherches ("Institute for Advanced Studies"). Dans

son exil a Dublin, SCHRODINGER eut 1'occasion de reflechir sur les discussions
qu'il avait cues a Berlin avec Max DELBRUCK, un jeune physicien interesse
lui-meme par 1'effet mutagene des rayons X mis en evidence par Hermann
MULLER chez la drosophile (Chapitre III-1.1.5). De ces reflexions, il ressortait la
conclusion qu'une mutation provoquee par une irradiation X est causee par un
evenement ponctuel au niveau d'une cible d'une dizaine ou de quelques
dizaines d'atomes. SCHRODINGER predisait que la cible etait localisee dans la
chromatine des chromosomes, organisee comme un cristal "aperiodique", c'est-
a-dire une structure non monotone. I/information genetique etait stockee
dans ce cristal aperiodique. II y avait deux candidats possibles comme cibles
pour les rayons X, soit des proteines, soit 1'ADN. Or, a cette epoque prevalait
1'idee d'une structure periodique, c'est-a-dire monotone aussi bien pour les
proteines que pour 1'ADN. II etait done clair que des maillons manquaient dans
la connaissance globale de la structure des proteines et des acides nucleiques et
qu'une serieuse revision de la chimie structurale de ces macromolecules etait
necessaire. Le paradoxe souleve par SCHRODINGER suscita, en raison de son
prestige, un fort interet chez de jeunes physiciens pour les choses de la biologic.
Ce fut un tournant historique dans les sciences du vivant.
4.2.3. L'identification du principe infectieux

du bacteriophage a 1'ADN
Le role informatif de 1'ADN dans la cellule ne fut definitivement admis qu'en
1952 avec les experiences d'Alfred HERSHEY I 27 ] (1908 -1997) et de son eleve
Martha CHASE (n. 1927) sur le bacteriophage T2 realisees dans le groupe de
Cold Spring Harbor anime par Max DELBRUCK I27]. L'histoire de cette decou-
verte merite un detour.
Alors qu'au moment de la publication d'AVERY, MC LEOD et MC CARTHY en
1944 des dogmes errones comme celui de la structure tetranucleotidique de
1'ADN ou bien 1'explication de la synthese des proteines par la reversibilite
de leur hydrolyse ou par autocatalyse etaient encore vivaces, au tournant des
annees cinquante s'amorga une revision radicale des connaissances sur la
chimie des macromolecules nucleiques et proteiques. En 1951 1'hypothese du
tetranucleotide fut definitivement contredite par les travaux de CHARGAFF sur la
composition en bases puriques et pyrimidiques de 1'ADN. A la meme epoque,
la reversibilite de 1'hydrolyse proteique comme base explicative de la synthese
proteique commenc.a a etre fortement contestee.
Avant de travailler sur le bacteriophage, DELBRUCK avait serieusement explore
les possibilites d'autres systemes. En 1937, il avait collabore avec MORGAN au
Caltech. Tres vite la drosophile et meme le champignon Neurospora crassa, le
[27] Max DELBRUCK, Alfred HERSHEY et Salvador LURIA, Prix Nobel de physiologic et de
medecine (1969).
modele cellulaire de BEADLE et TATUM, parurent a DELBRUCK d'une trop

grande complexite pour des etudes genetiques. C'est pour cette raison qu'il se
tourna vers un systeme encore plus simple, le bacteriophage T2, un virus qui
attaque et tue les bacteries (Escherichia coli K12) en meme temps qu'il prolifere.
Des bacteriophages presents sur un tapis bacterien dans une boite de PETRI
creent des plages de lyse faciles a reperer. L'attaque d'une bacterie par un bacte-
riophage commence par 1'accrochage du phage a la paroi bacterienne suivi de
1'injection d'une partie de son materiel dans le corps de la bacterie. Suite a
1'injection de ce materiel, de nombreux bacteriophages se developpent dans la
bacterie et la font eclater. Relaches dans le milieu, ces bacteriophages sont a leur
tour infectieux. Avec la fraicheur de raisonnement d'un neophyte, DELBRUCK
s'attarda sur un phenomene qui etait banal et routinier pour un virologiste, mais
qui pour un physicien reclamait une explication. La courbe de proliferation du
bacteriophage a 37°C etait discontinue, avec des phases explosives suivies de
phases de repos, d'une trentaine de minutes chacune. DELBRUCK commenta ce
resultat dans un article public en 1939 dans le Journal of General Physiology. II
argua que la discontinuite de croissance etait contraire a la theorie de la
reproduction autocatalytique du phage avancee par le biochimiste NORTHROP,
laquelle aurait exige une croissance continue. D'apres DELBRUCK, la prolife-
ration discontinue du bacteriophage devait necessiter un mecanisme multipha-
sique, nettement plus complique qu'un processus monotone de reproduction
autocatalytique. A la declaration de la derniere guerre mondiale en 1939,
DELBRUCK etait aux Etats-Unis. II y resta, ce qui lui permit de travailler avec
Salvador LURIA t27! et Alfred HERSHEY f27! sur la genetique du bacteriophage a
Cold Spring Harbor.
L'experience de HERSHEY et CHASE, qui allait confirmer le role informatif de
1'ADN, fut realisee avec des bacteriophages T2 radiomarques par le phosphore
32
P dans leur ADN et par le soufre 35S dans leurs proteines au niveau des
residus de methionine et de cysteine. Les bacteriophages etaient ajoutes a une
suspension de bacteries E. coli et, a des temps variables, le melange etait vio-
lemment agite de fagon a detacher les bacteriophages de la paroi bacterienne.
HERSHEY et CHASE observerent que la majeure partie du materiel marque par
32
P etait incorporee dans les corps bacteriens ; par contre 1'incorporation de
materiel marque par 32S etait relativement faible. Us en conclurent qu'au
moment ou le phage s'accrochait a la bacterie 1'ADN marque par 32P se
dissociait des proteines marquees par 35S, et que seul 1'ADN du phage (non ses
proteines) assurait un role strategique dans sa proliferation. On pouvait inferer
par extrapolation que les proteines du phage en cours de proliferation etaient
synthetisees a partir des acides amines propres aux bacteries contaminees. Les
resultats d'AVERY et de ses collaborateurs sur le pneumocoque, obtenus dix ans
plus tot que ceux de HERSHEY et de CHASE, etaient au moins aussi convain-
cantes. Mais le concept de 1'ADN comme porteur de 1'information genetique
etait a cette epoque trop revolutionnaire pour etre accepte sans reticence.
4.2.4. La conjugaison sexuelle des bacteries et la transduction,

deux autres faqons de transmettre înformation genetique
de cellule a cellule
Dans le milieu des annees 1940, on se rendit compte qu'a cote de la transfor-
mation bacterienne demontree par les experiences d'AVERY, MC LEOD et
MC CARTHY sur le pneumocoque, il existait chez les bacteries un phenomene
de conjugaison sexuelle. Les premieres experiences realisees a 1'universite de
Yale par Joshua LEDERBERG t 26 ^ (n. 1925) et Edward TATUM consisterent a
melanger des cellules d'Escherichia coli de deux types bien determines, chaque
type etant caracterise par une triple mutation. Un des types necessitait 1'apport
de threonine, leucine et thiamine, et 1'autre 1'apport de biotine, phenylalanine et
cysteine. Apres proliferation, les clones bacteriens etaient isoles et analyses. On
constatait que certaines bacteries etaient retournees au type sauvage ne necessi-
tant pas 1'apport d'acides amines, tandis que d'autres etaient devenues porteuses
de mutations propres a chacun des deux types bacteriens par recombinaison
genetique.
LEDEBERG et TATUM decouvrirent que la recombinaison observee etait liee a
un facteur sexuel qu'ils denommerent F. Les bacteries porteuses de ce facteur
(F+) furent considerees comme males et les bacteries qui en etaient depourvues
(F-) furent considerees comme femelles. Le facteur F peut etre integre dans le
chromosome bacterien : les bacteries F+ sont dites alors a "haute frequence de
recombinaison" (bacteries Hfr). Le facteur F peut aussi avoir une vie autonome
sous forme d'une particule separee du chromosome bacterien.
De leur cote, a 1'Institut Pasteur de Paris, William HAYES (1912 -1994), Elie
WOLLMAN (n. 1917) et Francois JACOB (n. 1920) demontrerent que les bacte-
ries Hfr (F+) injectaient leur ADN dans le corps de bacteries F- selon un
processus relativement lent. Dans le cas d'Escherichia. coli K12, la totalite du
chromosome d'une bacterie male est transfere a une bacterie femelle en 90 mi-
nutes. Ce processus de conjugaison pouvait etre interrompu par une agitation
violente en utilisant un instrument banal, un mixeur de cuisine. Ce protocole
tres simple fut utilise pour etablir la carte genetique du chromosome
d'Escherichia coli (Figure III.18).
A cote de la transformation et de la conjugaison existe un troisieme meca-
nisme de transfert d'ADN, la transduction qui met en ceuvre le bacteriophage.
On sait actuellement que 1'ADN du phage s'incorpore, pendant une phase
transitoire, dans le chromosome de la bacterie. Au moment de la phase lytique,
pendant laquelle le phage prolifere, son ADN se detache du chromosome
bacterien. C'est alors qu'il peut emporter avec lui un fragment de 1'ADN du
chromosome de la bacterie qui 1'a heberge. En reinfectant de nouvelles
bacteries, le phage leur apportera le fragment d'ADN bacterien dont il est
porteur. Ce phenomene est appele transduction.
Ce chromosome bacterien correspond a une molecule circulaire d'ADN. Les numero-

tations de 1 a 100 representent des minutes et referent au phenomene de la conjugaison
sexuelle (voir texte).
Les abreviations pour les genes denotent les proprietes metaboliques des produits de ces
genes. Ainsi, argR et argG sont des genes impliques dans la synthese de 1'arginine.
Figure 111.18 - Carte chromosomique de la bacterie Escherichia coli

(d'apres B.J. BACHMAN, K.B. LOW et A.L. TAYLOR - Bateriol. Rev. 40 (1976) 116)
4.2.5. La transposition, un nouveau concept pen orthodoxe

Dans le milieu des annees quarante fut decouvert un phenomene genetique, a
premiere vue tres curieux, la transposition. Ce phenomene fut mis en evidence
par la geneticienne americaine Barbara MC CLINTOCKI28! chez une plante
angiosperme, le mai's. Aux Etats-Unis le mai's etait un systeme vegetal tres etudie
en laboratoire pour deux raisons :
* une raison genetique, le mai's s'autofeconde sans perdre de vigueur et donne
des homozygotes pour tous les genes,
* une raison economique, le mai's est une plante de grande culture a fort
rendement.
Barbara MC CLINTOCK etait intriguee par 1'existence de modifications pheno-
typiques chez le ma'is, par exemple des variations dans la couleur des graines
d'origine inexpliquee. Ces modifications n'etaient pas de veritables mutations
car elles etaient reversibles dans la descendance. On avait 1'impression que les
genes qui gouvernaient la couleur des graines apres avoir ete apparemment
inactives pouvaient etre reactives. Ce phenomene etait du a des elements
genetiques mobiles, en quelque sorte des genes sauteurs, que Ton appela par
la suite transposons. En s'inserant transitoirement dans un gene de structure, un
transposon peut 1'inactiver. Les transposons ont sans doute joue un role
determinant dans 1'evolution (Chapitre 1-9.4).
4.2.6. Decouverte de I'enzyme de replication de I'ADN

L'enzyme responsable de la replication de I'ADN fut purifiee en 1955 a partir
d'extraits de la bacterie Escherichia coli par Arthur KORNBERG E291 (n. 1918). Cet
enzyme etait capable de synthetiser un ADN complementaire d'un fragment
d'ADN introduit a 1'etat de traces dans un milieu d'incubation pourvu en les
differents desoxyribonucleoside triphosphates : dATP, dGTP, dCTP et dTTP. II
catalysait la condensation de monodesoxyribonucleotides (dNTP) par des liai-
sons esters avec relachement de pyrophosphate (PPi) en utilisant comme matrice
I'ADN introduit dans le milieu selon la reaction n dNTP <=> (dNTP)n + PPi.
En partant de 100 kg de cellules bacteriennes, KORNBERG obtint un demi-
gramme d'enzyme purifie. II 1'appela ADN polymerase.
Quinze ans plus tard, deux autres ADN polymerases furent mises en evidence
dans le groupe de John CAIRNS. La polymerase de KORNBERG fut denommee
polymerase I et les deux autres polymerases, II et III. Ces deux dernieres sont
beaucoup moins abondantes que la polymerase I, ce qui explique le delai de
leur decouverte. Bien que peu abondante, la polymerase III est douee d'une
efficacite et d'une fidelite catalytiques remarquables dans la synthese de I'ADN.
Par centre, la polymerase I possede une activite synthetase mediocre en
[28] Barbara McCiiNTOCK, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1983).

[29] Arthur KORNBERG et Severo OCHOA, Prix Nobel de physiologic et de medecine
(1959).
comparaison de son activite nucleotidase beaucoup plus developpee. On salt

aujourd'hui que la synthese d'ADN necessite une amorce qui est une courte
chaine d'ARN soudee a 1'ADN grace a un enzyme de ligation (ligase). In vivo,
la polymerase III accomplit essentiellement une fonction de replication de
1'ADN preexistant. En fin de synthese, la polymerase I detache 1'amorce ARN
de venue inutile.
Un aspect particulier de la synthese d'ADN ressort de sa structure en double
helice avec ses deux brins anti-paralleles. Alors qu'un des deux brins est
replique dans son entier en continu, 1'autre brin, pour des raisons steriques, est
decoupe en fragments et chacun des fragments est alors replique. Cette
particularity fut mise en evidence par le Japonais Reiji OKASAKI (1930 -1975)
(Figure 111.19).
Au plan historique, une premiere synthese de polyribonucleotide fut decrite par
Severe OCHOA I291 (1905 -1993) et Marianne GRUNBERG-MANAGO (n. 1921) au
debut des annees cinquante, a partir d'ADP en presence d'un extrait de la
bacterie Azotobacter vinelandii. Cette decouverte avait ete faite au cours d'un
travail sans rapport avec les mecanismes de synthese des acides nucleiques. En
effet, a cette epoque, le groupe d'OCHOA etudiait le processus de 1'oxydation
phosphorylante dans des extraits bacteriens a partir d'ADP et de phosphate. Or,
il se trouve que les bacteries contiennent un enzyme, la polynucleotide phos-
phorylase, qui catalyse efficacement la condensation reversible de ribonucle-
oside diphosphates (NDP) en polyribonucleotides (NMP)n, avec relachement de
phosphate mineral (inorganique) (Pi) selon la reaction :
On crut un moment que la polyribonucleotide phosphorylase faisait partie de la

machinerie de synthese proteique. II fallut se resoudre a admettre qu'elle
appartenait a une autre categoric d'enzymes. Cependant, bien que n'intervenant
pas dans la machinerie proteique, la polyribonucleotide phosphorylase se
revela d'une grande utilite pour la synthese d'oligoribonucleotides utilises pour
decrypter le code genetique (Chapitre III-6.3).
5. LA RUPTURE DU DOGME DE LA REVERSIBILITE

DE LA PROTEOLYSE
Jusqu'en 1950 on ignorait tout de la fac.on dont les proteines etaient synthetisees.
Une hypothese en vogue etait celle de la reversibilite de la proteolyse enzy-
matique connue sous le nom de zymohydrolyse reversible. En moins d'une
dizaine d'annees une vision nouvelle, revolutionnaire, du mecanisme de la
synthese proteique s'imposa. II apparut alors clairement que synthese et
hydrolyse des proteines etaient deux processus totalement distincts, repondant a
des enzymes et a des sytemes de regulation profondement differents.
a - Autoradiographie montrant une replication d'ADN bacterien marque

par la thymidine tritiee (1) et son interpretation (2) (d'apres J. CAIRNS
Cold Spring Harbour Symp. Quant. Biology 28 (1963) 43, droits reserves)
Le schema montre le sens de la replication pour le brin "leader" et le brin "retard". Ces
sens sont opposes. Pour des raisons steriques, le brin "retard" est synthetise par
fragments (fragments d'OKASAKi) qui se soudent les uns aux autres au fur et a mesure de
la replication.
b - Deroulement des brins d'ADN au cours de la replication
(d'apres G.M. COOPER - The Cell : A Molecular Approach, 1997)
Figure 111.19 - Replication d'un chromosome bacterien

5.1. NAISSANCE ET CHUTE DE LA THEORIE

DE LA ZYMOHYDROLYSE REVERSIBLE
Arthur Croft HILL (1863 -1947) avait introduit en 1898 1'idee que 1'hydrolyse
enzymatique des biomolecules etait reversible, ce qu'il avait appele zymohy-
drolyse reversible. Un bon exemple etait la synthese du maltose a partir de glu-
cose en presence de maltase, 1'enzyme qui normalement hydrolyse le maltose,
un disaccharide forme de deux molecules de glucose. Bien que 1'equilibre de la
reaction fut largement en faveur de 1'hydrolyse du maltose, la realite d'une
synthese de maltose etait tenue comme un argument en faveur du concept de la
zymohydrolyse reversible. C'est dans cet etat d'esprit que des biochimistes
proposerent que la synthese de proteines pouvait etre realisee a partir d'hydro-
lysats enzymatiques partiels de proteines contenant des peptides de taille
moyenne appeles plasteines. La theorie des plasteines eut de brillants avocats
avant 1940, en particulier le chimiste allemand Emil ABDERHALDEN.
En 1939, Rudolf SCHOENHEIMER et David RITTENBERG en collaboration avec
Sarah RATNER (n. 1903) decouvrent que, si Ton injecte a des rats de la leucine
doublement marquee par du deuterium 2H et de 1'azote 15N, on retrouve dans
des proteines cette leucine marquee engagee dans des chaines peptidiques par
des liaisons covalentes. Les auteurs postulerent 1'existence d'un echange entre la
leucine marquee isotopiquement et injectee aux rats et la leucine non marquee
presente dans les proteines tissulaires grace a une reaction de transpeptidation.
Une autre possibilite, celle d'une synthese totale de proteines a partir d'acides
amines libres dont la leucine, avait ete envisagee comme une hypothese peu
probable. C'etait pourtant la bonne alternative.
En 1940, Henry BORSOOK (1897-1984) et Jacob DUBNOFF (1909-1972)
explorent le mecanisme de la biosynthese de 1'acide hippurique, un produit
naturel qui resulte de la condensation d'acide benzoi'que et de glycine par une
liaison amide -CO-NH- suivant la reaction :
COOH-CH2-NH2 + C6H5-COOH -> COOH-CH2-NH-CO-C6H5.
II s'agit d'un systeme modele ou la liaison amide mime la liaison peptidique des
proteines. BORSOOK et DUBNOFF mettent en incubation des tranches fines de
foie de cobaye avec de 1'acide benzoi'que et de la glycine. Us remarquent
qu'effectivement de 1'acide hippurique s'accumule au cours de 1'incubation.
Leur attention est attiree par le fait que le cyanure de potassium, un poison de la
respiration cellulaire, bloque la synthese de 1'acide hippurique. La conclusion
qui s'impose par extrapolation aux proteines est que la synthese d'une liaison
peptidique reclame de 1'energie et que cette energie est fournie par la respira-
tion cellulaire. En 1947, ils refont une experience similaire en supplemental le
milieu d'incubation avec de 1'acide adenylique (AMP) et de 1'a-cetoglutarate,
un substrat oxydable. La synthese d'acide hippurique est alors notablement
augmentee. On saura a la fin des annees quarante que 1'ATP est forme au cours
de la respiration cellulaire par oxydation phosphorylante a partir d'ADP (lequel
dans les experiences de BORSOOK et DUBNOFF provenait d'une reaction de

transphosphorylation enzymatique de 1'AMP du milieu avec de 1'ATP endo-
gene). La synthese d'acide hippurique necessitait done une source d'energie,
1'ATP. Le dogme de 1'hydrolyse zymoreversible des proteines n'etait plus
credible. Des lors, s'imposait 1'idee que, si les proteines etaient degradees par
hydrolyse enzymatique, elles etaient synthetisees par un mecanisme different,
consommant de 1'energie.
5.2. MlSE EN EVIDENCE DE L1'ACTIVATION DES ACIDES AMINES, UNE

REACTION PREALABLE A LA SYNTHESE DE LA LIAISON
PEPTIDIQUE
Au debut des annees cinquante, Paul ZAMECNIK (n. 1912) au Massachussets

Institute of Technology (M.I.T.) analyse les modalites de la synthese proteique
dans des homogenats de foie de rat mis en incubation avec des acides amines
radiomarques par 14C. II montre que dans un milieu bien acre, en presence de
substrat oxydable, la radioactivite est incorporee dans des proteines precipitees
par 1'acide trichloracetique.
Dans une seconde etape ZAMECNICK recherche dans quelle fraction endo-
cellulaire se trouvent les proteines neosynthetisees. Pour cela, des acides amines
radiomarques sont injectes a des rats. On sacrifie les animaux a differents temps
apres 1'injection. Le foie est preleve et homogeneise. A partir de 1'homogenat,
differentes fractions subcellulaires sont separees (noyaux, mitochondries, micro-
somes) par centrifugation differentielle selon la methode qui venait d'etre mise
au point a 1'Institut Rockefeller (Chapitre II-8.2.1). ZAMECNIK observe que,
lorsque les rats sont sacrifies plusieurs jours apres 1'injection, les proteines radio-
marquees sont presentes dans toutes les fractions subcellulaires de 1'homogenat
de foie. Quelques heures seulement apres 1'injection, la radioactivite est concen-
tree uniquement dans la fraction microsomale sedimentee a haute vitesse et
particulierement riche en ribosomes.
Avec Mahlon HOAGLAND (n. 1921), Paul ZAMECNIK decouvre en 1957 que
1'incorporation d'acides amines dans les proteines de la fraction microsomale est
stimulee par 1'addition d'ATP et que 1'ATP intervient dans la formation de deri-
ves actives d'acides amines appeles aminoacyl adenylates. Dans ces derives,
1'acide adenylique (AMP) est lie par son groupe phosphorique au groupe
carboxylique en position a de 1'acide amine dans une liaison carboxyl - phos-
phate. La reaction :
est entrainee de fac.on irreversible vers 1'accumulation d'aminoacyl adenylate

par clivage du pyrophosphate en deux molecules de phosphate inorganique
grace a une pyrophosphatase endocellulaire.
6. LE CHEMIN VERS LA DECOUVERTE DU MECANISME DE

LA SYNTHESE PROTEIQUE
Les decouvertes des annees cinquante ne laissaient plus aucun doute quant au
concept de la detention du code genetique par 1'ADN. Du cote proteique, on
avait remarquablement progresse avec la decouverte de I'activation des acides
amines et celle de la combinaison des acides amines actives avec les ARNs de
transfert (ARNt). II restait a faire le lien entre 1'ADN et les complexes
aminoacyl - ARNt.
6.1. LA DECOUVERTE DES ARNS SOLUBLES OU ARNS DE TRANSFERT
Poursuivant leur investigation, HOAGLAND et ZAMENICK decouvraient une

autre combinaison des acides amines, cette fois avec des ARNs de petit poids
moleculaire, comportant moins d'une centaine de nucleotides. Ces ARNs etaient
presents dans un surnageant d'homogenat cellulaire obtenu apres centrifugation
a 100 000 g. Us furent denommes d'abord ARNs solubles et par la suite ARNs
de transfert car ils transferent 1'information detenue dans les ARNs messagers
vers les acides amines. La formation du complexe amino acide - ARNt repond a
la reaction :
aminoacyl adenylate + ARNt <^ complexe aminoacyl-ARNt + adenylate (AMP).
En 1965, Robert HOLLEY I3°] (1922 - 1993) publiait la sequence des 77 nucleotides
de TARN de transfert associe a 1'alanine, isole a partir de la levure. D'autres
ARNs de transfert furent purifies et sequences dans les annees suivantes. Tous
sont caracterises par une structure polylobee. Quand le code genetique fut
decouvert, on reconnut que chaque espece d'ARN de transfert specifique d'un
acide amine etait porteur d'un triplet appele anticodon capable de reconnaitre
par complementarite un codon porte par TARN messager. Les ARNs de
transfert jouent ainsi le role d'adaptateurs vis-a-vis des ARNs messagers.
6.2. L'HYPOTHESE DU TRIPLET NUCLEOTIDIQUE

ETDE L'ARN MESSAGER
Peu apres la decouverte de la double helice, Francis CRICK posa la question :

comment 1'information genetique detenue dans 1'ADN sous forme d'un langage
a 4 lettres correspondant aux 4 bases de 1'ADN est-elle traduite dans le langage a
20 lettres correspondant aux 20 acides amines des proteines ? Georges GAMOW
(1904 -1968), un specialiste de la physique theorique, qui etait deja celebre par
[30] Robert HOLLEY, Marshall NIRENBERG et Gobind KHORANA, Prix Nobel de

physiologic et de medecine (1968).
ses ouvrages publics une vingtaine d'annees plus tot sur 1'origine de 1'Univers
issu d'un big-bang, s'interessa a la question posee par CRICK et raisonna ainsi.
Puisque le nombre des especes d'acides amines entrant dans la composition des
proteines, une vingtaine, depasse largement celui des bases presentes dans
1'ADN, seulement quatre, il faut imaginer un mecanisme de decryptage de la
sequence de 1'ADN a partir de motifs comportant non pas un, mais plusieurs
nucleotides. En formant des combinaisons deux a deux des quatre especes de
desoxyribonucleotides de 1'ADN caracterisees par les bases adenine, guanine,
cytosine et thymine, on arrive a un total de 42 = 16 possibilites, ce qui est
insuffisant pour coder les 20 especes d'acides amines presents dans les proteines.
En s'adressant a des trinucleotides (triplets) et en formant des combinaisons
trois a trois, on arrive a un total de 43 = 64 possibilites, ce qui est excedentaire,
mais malgre tout envisageable si Ton suppose une certaine redondance du code
genetique et 1'existence de ponctuations. C'etait effectivement la bonne solution
qui allait etre demontree experimentalement au debut des annees soixante. II
manquait, malgre tout, un lien entre 1'ADN detenteur de I'information gene-
tique et les formes activees des acides amines utilises pour batir une chaine
polypeptidique, en d'autres termes un messager.
Dans les annees 1950, a 1'Institut Pasteur de Paris, Jacques MONOD avait montre
dans des experiences sur 1'enterobacterie Escherichia coli, sur lesquelles on
reviendra (Chapitre III-7.2), que la synthese de la (3-galactosidase etait induite
rapidement apres addition au milieu de culture d'un (3-galactoside comme le
lactose (constitue de galactose et de glucose) et que cette synthese etait stoppee
brutalement lorsque le p-galactoside etait soustrait du milieu. Dans leur article
classique de 1961 paru dans le Journal of Molecular Biology (vol. 3, pp. 318-356),
JACOB et MONOD postulerent qu'il devait exister un intermediaire labile de
nature nucleotidique, en quelque sorte un messager, capable de porter-
I'information detenue par le gene codant la [3-galactosidase vers la machinerie
de synthese de cette f3-galactosidase au niveau des ribosomes.
En 1957, Eliot VOLKIN (n. 1919) et Lazarus ASTRACHAN (n. 1925) avaient
observe dans les cellules d'Escherichia coli infectees par le bacteriophage T2
1'apparition fugace d'un ARN dont la composition en bases etait complemen-
taire de celle de 1'ADN du phage infectant. Un tel ARN avait done les proprietes
d'un messager. La nature ribonucleique du messager fut confirmee experimen-
talement et quasi simultanement en 1961 par plusieurs groupes, celui de James
WATSON avec Francois GROS (n. 1925) et celui de Sidney BRENNER (n. 1927),
Frangois JACOB et Matthew MESELSON. II s'agissait, comme 1'avaient observe
VOLKIN et ASTRACHAN, d'une forme transitoire d'ARN qui fut appelee ARN
messager (ARNm). A la meme epoque et independamment, Jerard HURTWITZ
(n. 1928) et Samuel WEISS (n. 1926) decouvraient que les ribonucleoside triphos-
phates, ATP, GTP, CTP et UTP mis en presence d'extrait bacterien et d'ADN
etaient incorpores dans une chaine polyribonucleotidique, un ARN dont les
bases etaient complementaires de celles de la chaine d'ADN qui avait servi a
initier la reaction. A la fin des annees soixante, 1'ARN polymerase d'Escherichia
coli etait purifiee, et un peu plus tard c'etait le tour des ARN polymerases de
cellules eucaryotes. Chez les procaryotes, un seul type d'ARN polymerase suffit
pour synthetiser les trois types d'ARN : ARN messager, ARN de transfert et
ARN ribosomal alors que chez les eucaryotes trois polymerases bien distinctes
se partagent le travail de synthese des trois types d'ARN. La complexite du
processus de transcription de 1'ADN en ARN et des mecanismes de regulation
qui y sont associes est apparue par la suite dans toute son ampleur et occupe des
revues detaillees et des chapitres entiers de traites modernes de biochimie et de
biologie moleculaire.
6.3. LA TRADUCTION DE L'ACIDE POLYURIDYLIQUE EN

POLYPHENYLALANINE, UN PREMIER JALON DANS LE
DECRYPTAGE DU CODE GENETIQUE
La percee qui allait permettre de decrypter le code de 1'ADN emprunta un

chemin tortueux et non programme. Ce chemin passa par 1'utilisation d'un
enzyme etranger a la synthese proteique, la polyribonucleotide phosphorylase
decouverte par Marianne GRUNBERG-MANAGO et Severe OCHOA une dizaine
d'annees plus tot. Au tournant des annees soixante, deux chercheurs des Natio-
nal Institutes of Health a Bethesda (NIH) Marshall NIRENBERG t30! (n. 1927) et
Johann Heinrich MATTHAEI (n. 1929) mirent au point une methode efficace de
synthese proteique de novo avec des extrait d'Escherichia coli a partir d'acides
amines radiomarques. Le milieu d'incubation contenait des ribosomes, et un
surnageant de centrifugation a haute vitesse de 1'extrait bacterien (100 000 x g
pendant une heure), contenant tous les ARNs de transfert. De 1'ATP comme
source d'energie et un systeme regenerateur d'ATP etaient ajoutes. L'addition
de desoxyribonuclease inhibait la synthese proteique, mais seulement apres
quelques minutes d'incubation. Ce delai suggerait que, si 1'ADN etait necessaire
a cette synthese, il existait malgre tout une quantite suffisante d'ARN messager
issu de la lecture de 1'ADN, capable de rester actif pendant quelque temps pour
porter 1'information genetique a la machinerie proteique.
Poursuivant leur demarche, NIRENBERG et MATTHAEI realiserent une autre
experience avec un milieu d'incubation constitue de ribosomes bacteriens, d'une
fraction contenant tous les ARNs de transfert, de 1'ATP ainsi que la vingtaine
d'acides amines entrant dans la composition des proteines, 1'un d'eux etant
radiomarque. Le milieu etait complemente avec des polyribonucleotides de
synthese, prepares a partir de nucleoside diphosphates grace a la polyribonu-
cletide phosphorylase. C'est dans ces conditions que les auteurs decouvrirent
que 1'addition d'acide polyuridylique initiait la synthese d'un oligopeptide
constitue essentiellement de phenylalanine. La polyphenylalanine ainsi synthe-
tisee etait un authentique peptide. Les resultats de ces experiences publics en
1961 sous le titre "The dependence of cell-free protein synthesis in Escherichia
coli upon naturally occurring or synthetic polyribonucleotides" dans les
Proceedings of the National Academy of Sciences, USA (vol. 48, pp. 104-109)
laissaient esperer que le decryptage du code genetique devenait accessible par
des methodes biochimiques relativement simples. EN 1964 NIRENBERG montra
que des triribonucleotides avec des sequences nucleotidiques bien definies
facilitaient la fixation de complexes [14C]aminoacyl-ARNt specifiques sur des
ribosomes d'Escherichia coli. Des correspondances entre triplets nucleotidiques
(ou codons) et acides amines commencerent alors a etre etablies.
6.4. LE DECRYPTAGE TOTAL DU CODE DE L'ADN
Le chimiste Gobind KHORANA [3°] (n. 1922) et son equipe apporterent une
derniere touche a la panoplie des methodes de dechiffrage du code genetique.
Ils preparerent par synthese chimique de courtes chaines d'oligodesoxyribo-
nucleotides. Ces chaines furent transcrites en ARN en presence de TARN
polymerase dependante d'ADN. Avec un protocole d'incubation voisin de celui
utilise par NIRENBERG, KHORANA obtint des polypeptides dont la sequence en
acides amines etait le reflet de la sequence en codons de 1'ARN ajoute au milieu
d'incubation. Ainsi la sequence des codons UUA - CUU - ACU - UAC etait
traduite en 1'oligopeptide Tyr - Leu - Ser - He.
En 1966, le code genetique etait totalement decrypte (Figure 111.20). Une unite
de traduction dans un ARN messager debute par le codon AUG, lequel est
traduit en formyl methionine en position N-terminale de la proteine naissante ;
elle se termine avec un codon stop UAA, UAG ou UGA. On s'aperc,ut, comme
1'avait prevu la theorie de GAMOW, qu'un acide amine pouvait etre code par
plusieurs codons. En fait, les deux premiers nucleotides d'un codon conferent a
celui-ci un fort degre de specificite, le troisieme nucleotide n'ayant qu'une
valeur de reconnaissance approximative, introduisant ainsi un "flottement" dans
la specificite, ce que Francis CRICK baptisa du nom de "wobble". On dit que le
code est degenere, ce qui est loin d'etre un desavantage car une mutation dans
la troisieme base d'un codon ne s'accompagne pas automatiquement d'un
changement de 1'espece d'acide amine code. Son apparition, sans doute tres tot
dans 1'evolution (Chapitre I), imposa de fac,on irreversible le cadre restrictif dans
lequel des choix pouvaient etre faits pour la mise en place de nouvelles
proteines par les systemes vivants.
Le code est commun a tous les organismes vivants. On a cru initialement
qu'il etait universel. En fait il Test presque, mais avec quelques exceptions qui
touchent 1'ADN mitochondrial. Ainsi, UGA qui est un codon stop pour 1'ADN
nucleaire est lu comme tryptophane au niveau de 1'ADN mitochondrial de
mammifere, de levure et de drosophile; il est toujours codon stop dans 1'ADN
mitochondrial de vegetaux. Le codon AUA qui est lu comme isoleucine dans
1'ADN nucleaire est lu comme methionine dans 1'ADN mitochondrial de
mammifere, de levure et de drosophile et continue d'etre lu comme isoleucine
au niveau de 1'ADN mitochondrial de vegetaux. Le genome mitochondrial (de
meme que le genome chloroplastique) a une capacite codante beaucoup plus

faible que celle du genome nucleaire. Ainsi, 1'ADN mitochondrial humain qui
contient 16.569 paires de bases code les deux ARNs des ribosomes
mitochondriaux, 22 ARNs de transfert et seulement 13 des proteines qui entrent
dans la structure des mitochondries, ce qui rend necessaire pour les
mitochondries une importation massive de proteines codecs par le genome
nucleaire.
Acides amines Codons
Alanine GCA GCC GCG GCU

Cysteine UGC UGU
Acide aspartique GAC GAU
Acide glutamique GAA GAG
Phenylalanine uuc UUU
Glycine GGA GGC GGG GGU
Histidine CAC CAU
Isoleucine AUA AUC AUU
Lysine AAA AAG
Leucine UUA UUG CUA CUC CUG CUU
Methionine AUG
Asparagine AAC AAU
Proline CCA CCC CCG CCU
Glutamine CAA CAG
Arginine AGA AGG CGA CGC CGG CGU
Serine AGC AGU UCA UCC UCG UCU
Threonine ACA ACC ACG ACU
Valine GUA GUC GUG GUU
Tryptophane UGG
Tyrosine UAC UAU
Stop UAA UAG UGA
Le code genetique sous forme de triplets de bases est represented en termes de bases
d'ARN plutot que de bases d'ADN car c'est a partir de 1'ARN messager que se fait la
traduction en proteines.
Figure 111.20 - Le code genetique

6.5. LE FLUXDE L'INFORMATION GENETIQUE :

ADN -> ARN MESSAGER -> PROTEINE,
DOGME CENTRAL DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
Seulement dix ans apres la decouverte de la structure en double helice de

1'ADN, les rouages de la machinerie moleculaire responsable de la "saisie des
donnees" contenues dans 1'ADN et de leur traduction en proteines commen-
c.aient a etre compris et a etre ordonnes en un ensemble coherent et harmonieux
qui pouvait etre resume de fac,on schematique. Dans une premiere etape
appelee la transcription, des ARN messagers sont formes a partir de sequences
d'ADN. Ces ARN messagers contiennent un enchainement de triplets nucleo-
tidiques, les codons, qui sont reconnus par complementarite par d'autres triplets
nucleotidiques, les anticodons, portes par les ARNs de transfert. Chaque acide
amine est associe a un ARN de transfert. Les complexes correspondant a
1'association ARN de transfert - acide amine interviennent comme des inter-
mediaires dans la traduction de la chaine des codons nucleotidiques d'un ARN
messager en chaine d'acides amines dans une proteine. Cette operation dite de
traduction est conduite au niveau de ribosomes sur lesquels s'appliquent et sont
dechiffres les ARNs messagers. Les acides amines portes par les ARNs de
transfert sont finalement detaches pour s'assembler en polypeptides par des
liaisons covalentes.
Tres tot dans la decennie cinquante, grace a des etudes cartographiques basees
sur la localisation fine de mutations dans un gene bacterien codant une proteine
determinee et sur la repercussion de ces mutations au niveau d'acides amines,
Seymour BENZER (n. 1941) demontra qu'il existait une colinearite entre les
codons d'un gene et les acides amines de la proteine codee par ce gene. Ceci
excluait que les genes soient des structures branchees.
L'enchainement ADN —> ARN messager -> proteine fut erige en dogme
central de la biologic moleculaire. Ceux qui furent les temoins de cet age d'or
de la biologie moleculaire, ou s'enchainaient des decouvertes tout aussi
brillantes les unes que les autres, eurent 1'impression qu'avec la revelation du
secret du code genetique le rideau venait de tomber sur le premier acte d'une
nouvelle epopee scientifique marquee par le decloisonnement de la biologie et
son ouverture a la physique et a la chimie. La plupart des experiences qui
avaient permis de comprendre comment les proteines etaient codees par 1'ADN
des genes avaient ete realisees avec des bacteries qui permettaient 1'utilisation de
mutants. Dans 1'euphorie du succes, on crut que le modele bacterien etait
transposable a 1'ensemble du monde vivant. On connait a ce sujet le fameux
aphorisme de Jacques MONOD "ce qui est vrai pour Escherichia coli est vrai pour
1'elephant". Lorsque dans les annees soixante dix, on commenc.a a decouvrir les
premiers secrets de la machinerie de synthese proteique des eucaryotes, il fallut
dechanter. Tout en gardant les principes de base propres aux procaryotes, les
eucaryotes s'en differencient par plusieurs caracteres.
1. Chez les procaryotes, les differentes categories d'ARN (messagers, ribo-

somal, de transfert) sont transcrits a partir de 1'ADN par la meme ARN
polymerase, alors que chez les eucaryotes, chaque type d'ARN est synthetise
grace a une ARN polymerase specifique.
2. Chez les procaryotes, 1'ARN messager est directement traduit en proteines
alors que chez les eucaryotes 1'ARN messager subit une maturation dans le
noyau avant d'etre expedie vers le cytoplasme.
3. Les ARN messagers chez les procaryotes qui portent des sequences polycis-
troniques codent des ensembles de proteines alors que chez les eucaryotes ils
sont le plus souvent monocistroniques, un cistron correspondant a un gene
codant une proteine.
4. A la difference des procaryotes, les genes des eucaryotes sont frequemment
morceles : les sequences codantes (exons) sont separees par des sequences
non codantes (introns). Le brassage d'exons a pu presider a la formation de
nouveaux genes au cours de 1'evolution. Les introns, tres rares chez les
procaryotes du type eubacterie (cependant trouves chez des cyanobacteries
vieilles de plus de 2 milliards d'annees), sont presents malgre tout dans les
ARNs de transfert et les ARN ribosomaux des archebacteries. Chez les
eucaryotes, de nombreux exons codent des unites structurales et fonction-
nelles correspondant a des domaines dans des proteines. Par exemple, 1'exon
localise dans la region centrale du gene responsable de la synthese de la
chaine (3 de 1'hemoglobine code une region bien precise de cette chaine qui
se lie a un heme.
5. II existe deux autres particularites qui sont propres aux metazoaires. La
premiere est la differenciation cellulaire. Alors que toutes les cellules d'un
organisme animal possedent le meme equipement genique, seuls certains
genes sont actives dans un tissu donne (par exemple le foie) et d'autres genes
le sont dans un autre tissu (par exemple le cceur). Cette modulation de la
transcription est sous le controle de proteines specifiques pour chaque tissu,
des facteurs de transcription. La deuxieme particularite des metazoaires est
1'existence d'une categoric de genes speciaux, les genes homeotiques qui
jouent un role essentiel dans le positionnement des differents territoires
anatomiques chez 1'embryon. Ils furent decouverts chez la drosophile et se
retrouvent tres conserves chez tous les metazoaires, sauf les coraux, les
meduses et les eponges (Chapitre 1-9.4).
7. LES PREUVES D'UNE REGULATION GENETIQUE

DE LA SYNTHESE PROTEIQUE
On connait bien actuellement la complexite des mecanismes de regulation de

1'expression des genes chez les procaryotes et chez les eucaryotes. Au debut des
annees soixante, la notion meme de regulation de 1'expression genique etait loin
d'etre acquise. La decouverte du premier systeme d'activation d'expression

genique se fit par le biais d'un "raisonnement a 1'envers", la conception d'une
activation par "inhibition d'inhibition".
7.1. LE PROPHAGE, UN EXEMPLE DE REGULATION NEGATIVE

D'EXPRESSION GENIQUE
Le premier exemple de la nature genetique du controle de la transcription fut

apporte avec le phenomene de la lysogenie. Des bacteriophages qui ont infecte
des cellules bacteriennes peuvent rester a 1'etat latent a 1'interieur des corps
bacteriens. Brutalement, sous 1'effet d'evenements exterieurs, peut se produire
une lyse bacterienne avec proliferation de nouveaux phages. Les virologistes
pensaient que la production explosive de phages accompagnant la lyse
bacterienne etait le resultat d'une deregulation passagere, un phenomene de
hasard, se conformant aux lois de la probabilite. Raisonnant en cytologiste,
Andre LWOFF t31] (1902 - 1994) a 1'Institut Pasteur de Paris resolut d'elucider le
phenomene de la lyse bacterienne en partant de clones provenant de bacteries
isolees infectees par un bacteriophage. La souche bacterienne etait Escherichia
coli K12 et le bacteriophage le phage X . Par chance, le phage A, se pretait
particulierement bien au passage d'un cycle lysogenique a un cycle lytique
(Figure III.21). LWOFF observa que des bacteries lysogeniques, c'est-a-dire
porteuses d'un bacteriophage, mais apparemment normales, pouvaient de
temps en temps se lyser en liberant dans le milieu une multitude de phages. En
dehors de ces periodes, le virus restait cache. A ce virus latent, LWOFF donna le
nom de prophage. En 1949, LWOFF realisa avec des bacteries lysogeniques une
experience "pour voir", une de ces experiences gratuites, sans idee preconc.ue,
mais qui peuvent se reveler gratifiantes dans la mesure ou le chercheur est
attentif et interprete objectivement ce qu'il observe. Que ferait une irradiation
ultraviolette sur des bacteries lysogeniques ? A tout bien considerer, 1'idee
n'etait pas raisonnable car le rayonnement UV pouvait tuer a la fois bacteries et
bacteriophages. Pourtant 1'experience fut decisive. Les rayons UV induisaient la
lyse bacterienne. Tout se passait comme si le phage qui etait a 1'etat latent dans
les bacteries lysogeniques se reveillait sous 1'influence des rayons UV, se
multipliait et lysait les bacteries. Si une seule bacterie pouvait transmettre
1'infection virale latente a des centaines de generations, c'est que le genome
viral devait etre integre dans la bacterie et se diviser chaque fois que la bacterie
se divisait. L'induction lytique par irradiation ultraviolette suggerait qu'en
absence d'irradiation, 1'expression virale etait reprimee et que 1'irradiation
abolissait la repression.
[31] Andre LWOFF, Jacques MONOD et Francois JACOB, Prix Nobel de physiologie et de
medecine (1965).
La notion de prophage et de lysogenie induite fut proposee en 1949 par A. LWOFF.

Le schema montre les differentes etapes du cycle lytique :
1 - Entree du chromosome du phage dans la bacterie.
2 - Integration du chromosome du phage dans le chromosome bacterien. A ce stade, le
phage integre dans le chromosome bacterien est sous forme latente (prophage). Les
bacteries infectees proliferent comme des bacteries saines (cycle lysogenique, a et b).
3- Dissociation du chromosome du phage par irradiation UV et engagement du cycle
lytique.
4- Neoformation de bacteriophages.
5- Eclatement de la bacterie.
6 - Fixation des bacteriophages libres sur d'autres bacteries.
Figure 111.21 - Cycle lysogenique et cycle lytique du bacteriophage tempere A.

On salt actuellement que le genome du phage a 1'etat prophage est insere dans
le chromosome bacterien et que, dans cette situation, il est effectivement sous
une forme reprimee. Apres derepression, 1'ADN du phage devient libre a
I'interieur du corps bacterien. Devenu actif, il utilise la machinerie de la bacterie
pour se repliquer de fac.on autonome et induire a partir de la bacterie la
formation de bacteriophages infectieux. C'est sur ce modele de la lysogenie que
Francois JACOB commenga a travailler lors de son entree dans le laboratoire
d'Andre LWOFF a 1'automne 1950, rejoint par Elie WOLLMAN de retour d'un
stage aux Etats-Unis dans le groupe de Max DELBRUCK. I/inhibition d'un etat
reprime, c'est-a-dire la combinaison de deux effets negatifs se traduisant par un
effet positif, s'averera par la suite etre un mecanisme assez courant de regulation
chez les procaryotes, en particulier pour la biosynthese d'enzymes, comme le
reveleront les experiences classiques de Jacques MONOD I311 et Francois
JACOB t31! (n. 1920) sur la synthese de la (3-galactosidase.
7.2. LA SYNTHESE INDUCTIBLE DES PROTEINES

ET LE CONCEPT DE REPRESSEUR
A la fin des annees cinquante, MONOD et JACOB postulerent 1'existence d'un

double determinisme genetique pour la synthese de toute proteine. Us expli-
quaient que si une proteine etait codee par un gene, comme ceci etait desormais
admis, il devait exister un autre gene capable de controler 1'expression du
premier, soit en 1'activant, soit en le reprimant. Cette idee conduisit au concept
de 1'operon ; elle s'appuyait sur un ensemble d'experiences portant sur la
croissance bacterienne qu'avait realisees MONOD pour sa these de sciences sou-
tenue en 1941. En cultivant la bacterie Escherichia coli sur un milieu contenant du
glucose et du lactose comme sources de carbone, MONOD avait note que la
croissance bacterienne en fonction du temps presentait une allure biphasique.
Dans une premiere periode, les bacteries se divisaient en utilisant essentielle-
ment le glucose. Une fois le glucose epuise, s'ecoulait une latence de plusieurs
minutes avant le redemarrage de la proliferation bacterienne avec cette fois
1'utilisation du lactose. MONOD avait donne a cette croissance biphasique le
nom de diauxie.
Le declenchement de la croissance sur lactose etait associe a 1'apparition d'une
activite p-galactosidase capable de cliver le lactose en glucose et galactose,
deux sucres metabolisables. Deux explications tout aussi plausibles se deta-
chaient, parmi d'autres, pour rendre compte de 1'apparition de 1'activite
(3-galactosidase :
1. le lactose rompait un equilibre entre un systeme enzymatique inactif, even-
tuellement un precurseur, et un systeme enzymatique actif, au profit du
systeme actif;
2. le lactose etait directement implique, sans doute d'une maniere complexe,
dans le controle de la synthese de la p-galactosidase.
C'est cette derniere hypothese qui s'imposa, apres une demarche experimentale
d'une quinzaine d'annees ou 1'association de la genetique a 1'enzymologie se
revela d'une remarquable efficacite.
En 1945, Jacques MONOD entre a 1'Institut Pasteur en qualite de chef de
laboratoire dans le service d'Andre LWOFF. Tente pendant quelque temps de
travailler sur le sujet du patron, le bacteriophage, il prend finalement la decision
de revenir sur le mecanisme de la diauxie et de 1'explorer a fond. La possibilite
que la p-galactosidase (Gz) provienne d'un precurseur proteique (Pz) par un
changement conformationnel induit par le lactose est alors envisagee comme
une hypothese de travail prioritaire pour etre finalement rejetee. En 1949,
1'Americain Melvin CORN (n. 1922) rejoint le groupe de Jacques MONOD. C'est
le debut d'une serie d'experiences "eclairantes" sur la capacite de differents
derives synthetiques du galactose, parmi lesquels les thio-p-galactosides, a
modifier 1'activite de la P-galactosidase d'Escherichia. coli. Les resultats montrent
que les thio-p-galactosides induisent la synthese de la P-galactosidase, mais que
le pouvoir inducteur est sans rapport avec 1'activite de la P-galactosidase sur les
thio-p-galactosides inducteurs et qu'il n'y a pas non plus de rapport avec
1'affinite de la P-galactosidase pour les thio-p-galactosides. Par exemple, 1'iso-
propyl-thiogalactoside (IPTG) qui n'est pas metabolisable est un excellent
inducteur de la P-galactosidase, aussi efficace que le lactose. C'est un inducteur
gratuit. La biosynthese de la p-galactosidase induite par le lactose ou un
p-galactoside mettait done en ceuvre un mecanisme d'activation tres proba-
blement en amont de la production elle-meme de la proteine. De plus, il
s'agissait de la synthese totalement de novo d'une proteine et non de la trans-
formation d'un precurseur latent, par modification conformationnelle. Ceci
remit en question la theorie de 1'etat dynamique des proteines qu'avait formulee
initialement SCHOENHEIMER en 1941 sur la base d'experiences isotopiques et
selon laquelle les proteines echangent des fragments peptidiques avec d'autres
proteines au cours de la vie de la cellule. Dans la terminologie utilisee par
MONOD, les mots inducteurs et induction n'etaient pas innocents. Us s'oppo-
saient au terme adaptation qui avait un relent lamarckien et mettaient en
exergue la notion darwinienne d'une selection de mutants spontanes dans
une population bacterienne proliferante.
En 1957, Arthur PARDEE (n. 1921) arrive des Etats-Unis pour passer une annee
sabbatique a 1'Institut Pasteur. C'est en 1957 -1958 qu'est realisee la fameuse
experience PAJAMO appelee ainsi a partir des premieres lettres des auteurs
PARDEE, JACOB, MONOD. Cette experience allait apporter 1'elegante demons-
tration que, dans un systeme inductible, la synthese de la P-galactosidase est
normalement reprimee du fait de la synthese d'un represseur et que 1'inducteur,
un P-galactoside, leve cette inhibition en bloquant le represseur. L'experience
PAJAMO arrivait a un moment ou la logique explicative de la biosynthese de
la P-galactosidase avait evolue dans le groupe de MONOD. On avait mis en
evidence en 1953 1'effet represseur du tryptophane sur la synthese de la tryp-
tophane synthetase, et des preuves concernant une regulation d'activite
enzymatique par repression s'etaient accumulees dans la litterature. Apres tout,

la repression pouvait etre considered comme le symetrique negatif de
1'induction. Cette fagon de raisonner sera capitale dans 1'interpretation des
resultats de 1'experience PAjAMO.
L'experience PAJAMO comportait un certain nombre de mutants d'Escherichia
coli souche K12, en particulier :
* des bacteries porteuses de la mutation i+ —> i-, les mutants i- etant capables
de synthetiser de grandes quantites de (3-galactosidase en absence d'inducteur
(mutation dite constitutive) alors que la souche sauvage, porteuse du
gene i+, ne synthetisait la |3-galactosidase qu'en presence d'inducteur (souche
inductible);
4 des bacteries porteuses de la mutation z+ —> z- avec pour consequence la
perte de synthese de la p-galactosidase, que 1'inducteur fut present ou absent.
Dans 1'experience PAJAMO, differentes combinaisons genetiques furent utilisees.
L'essai qui fut revelateur utilisa des bacteries males a haute frequence de recom-
binaison Hfr, porteuses des genes z+ et i+, c'est-a-dire capables de synthetiser
la P-galactosidase en presence d'un inducteur tel que 1'IPTG et des bacteries
femelles porteuses des alleles z- et i-. (Figure 111.22). Par conjugaison bacte-
rienne, des zygotes furent obtenus qui produisaient, en absence d'inducteur, de
la P-galactosidase pendant un court laps de temps (moins d'une heure). Ceci
signifiait que le gene z + present dans le zygote resultant de la conjugaison
bacterienne s'exprimait de fac,on transitoire, mais qu'il etait par la suite bloque,
d'ou Tidee d'un represseur qui, a un moment donne, s'opposait a 1'expres-
sion de la [5-galactosidase. L'addition de (5-galactoside (IPTG) faisait rede-
marrer la synthese de la P-galactosidase. Le p-galactoside avait done anta-
gonise la repression de 1'expression de la (3-galactosidase. Une interpretation
plausible, qui par la suite fut confirmee, etait que le gene i+ porte par le
chromosome de la bacterie male exprimait dans le zygote apres un certain
temps de latence un represseur, et que ce represseur etait bloque par fixation
du P-galactoside. En bref, 1'experience PAJAMO demontrait que des genes
regulaient 1'expression d'autres genes.
7.3. LE MODELE DE L'OPERON
En utilisant des bacteries porteuses de mutations dans les genes codant la

P-galactosidase (gene z), la permease du lactose (gene y] et une transacetylase
(gene a), trois activites enzymatiques exprimees quasi-simultanement dans le
cadre du catabolisme du lactose, et en mettant en ceuvre la technique de conju-
gaison bacterienne interrompue elaboree quelque temps auparavant par
Francois JACOB et Elie WOLLMAN, il fut possible de localiser les trois genes sur
le chromosome d'Escherichia coli et de montrer que ces trois genes se succedaient
dans 1'ordre a, y, z. A partir de ces experiences, Francois JACOB et Jacques
MONOD proposerent le modele de 1'operon lactose pour expliquer 1'induction
Encart
Le chromosome de la bacterie male Cf possede le gene z+ qui code la P-galactosidase (•),
ainsi que le gene i+ qui code un represseur (x) de la synthese de la P-galactosidase.
La bacterie femelle 9 est constitutive (i-) et elle ne possede pas de gene codant la
P-galactosidase (z-) .
Le zygote qui resulte de la combinaison male/femelle possede 1'ensemble des genes i+,
z+, i-et z-.
Graphique
Courbe d'expression de 1'activite p-galactosidase apres interruption, a des temps
determines, de la conjugaison bacterienne par agitation brutale.
lre phase
Suite a 1'entree de la region z+ i+ du chromosome male dans la bacterie femelle (apres
environ vingt minutes), la P-galactosidase est exprimee (sans inducteur), grace a la
combinaison z+ (d1) et i- (9)-
2e phase
Le represseur (x) code par le gene i+ du chromosome male s'accumule dans le zygote et
bloque la synthese de la P-galactosidase. L'addition d'inducteur, un p-galactoside
(fleche), leve le blocage. La synthese de la P-galactosidase repart.
L'experience PAfAMo fut realisee en 1957 -1958 par A. PARDEE, F. JACOB et J. MONOD et
publiee dans /. Mo/. Biol. I (1959) 165.
Figure 111.22 - Principe de 1'experience PAJAMO

(d'apres A. LWOFF - Biological order, 1965)
et 1'expression coordonnees de la (3-galactosidase, de la lactose permease et de la

transacetylase. Le modele de 1'operon fut decrit sous une forme preliminaire
dans les Comptes-rendus de I'Academie de sciences, en 1959, sous le titre "Genes de
structure et genes de regulation dans la biosynthese des proteines" (vol. 249,
pp. 1282-1284), et sous une forme elaboree dans le Journal of Molecular Biology
en 1961. L'operon lactose etait suppose comporter un gene operateur (o) et un
ensemble de genes de structure (a, y, z) dont 1'expression etait coordonnee par
le gene operateur. A ceux-ci s'ajoutait un gene regulateur negatif, i, codant une
proteine inhibitrice, le represseur. Le modele postulait qu'en absence d'induc-
teur, comme le lactose (ou 1'IPTG), le represseur se liait a 1'operateur et empe-
chait indirectement 1'expression des genes de structure a, y, et z (Figure III.23).
L'existence du represseur fut demontree en 1967 par Walter GILBERT t22! grace a
1'utilisation d'un mutant d'Escherichia coli qui surexprimait cette proteine plus de
2 000 fois. II s'agissait d'un oligomere de quatre sous-unites, chacune d'elles
ayant une masse de 37 kDa. L'attachement du represseur a 1'operateur empeche
1'ARN polymerase de progresser le long du chromosome et d'entrer en contact
avec les genes de structure pour les transcrire en ARNs messagers.
7.4. DlFFERENCIATION CELLULAIRE ET FACTEURS DE

TRANSCRIPTION CHEZ LES ORGANISMES EUCARYOTES
Au tout debut de 1'ere de la biologic moleculaire, on pensait que la differenciation

des cellules de 1'embryon en des formes specialisees telles que le tissu nerveux
ou les cellules musculaires etait le resultat d'une perte de genes. Cette hypothese
n'a plus cours. On sait aujourd'hui que toutes les cellules d'un metazoaire sont
genetiquement identiques car elles sont issues d'une meme zygote totipotent.
Le mecanisme qui controle 1'evolution des cellules vers des types particuliers
consiste en une modulation de la totipotence cellulaire par modification de
1'information genetique soit au niveau de la transcription des genes en ARNs
messagers, soit au niveau de la traduction des ARNs messagers en proteines.
Depuis plus d'une dizaine d'annees, la regulation genique est couverte par une
abondante litterature dans des traites de biologic et dans des revues. II suffit ici
de mentionner que le mecanisme le plus general de controle transcriptionnel
chez les eucaryotes consiste en 1'acceleration, plus rarement en retardement,
de la transcription d'un gene ou d'un groupe de genes dans un chromosome,
grace a la mise en ceuvre de proteines capables de se Her a 1'ADN dans une
region specifique appelee region promotrice, localisee immediatement en
amont du site d'initiation de la transcription. Ces proteines qui controlent la
transcription d'ADN en ARN sont appeles facteurs de transcription. A titre
d'exemple, des hormones steroides associees a leurs recepteurs proteiques endo-
cellulaires activent par 1'intermediaire de ces recepteurs proteiques la trans-
cription de genes bien determines. Ainsi 1'cestradiol stimule la synthese de
1'ovalbumine dans 1'oviducte de la poule, le cortisol stimule la synthese de la
A cote des genes de structure (z), (y) et (a), qui codent respectivement la galactosidase,
une permease et une transacetylase, existent un operateur (O) qui coordonne 1'expres-
sion des genes de structure, un promoteur (P) et un gene de repression (I) qui code un
represseur. Ce represseur est une proteine qui, en se fixant sur 1'operateur (O), bloque sa
fonction et, par consequent, 1'expression des trois genes de structure.
La presence de lactose ou d'un (3-galactoside conduit a 1'expression des trois genes de

structure. Ceci est du au fait que le lactose (ou un p-galactoside) se fixe sur le represseur
et empeche celui-ci de se Her a 1'operateur (O).
Le schema, tout en restant valable dans son essence, s'est complique avec la notion que
sur la region promotrice se fixe 1'ARN polymerase avec d'autres proteines formant un
complexe au site d'initiation de la transcription de genes de structure.
Figure 111.23 - Modele de la regulation negative de 1'operon lactose

chez la bacterie Escherichia coli
(d'apres F. JACOB et J. MONOD - /. Mol. Biol 3 (1961) 318)
tryptophane oxygenase dans le foie; dans le cas du ver a sole, la production de

la fibroine et de la sericine dans la glande sericigene est sous le controle de
1'ecdysone. Les facteurs de transcription se lient a 1'ADN par plusieurs types de
motifs dont les plus typiques sont les motifs helice - tour - helice,, les doigts de
zinc, dans lesquels un atome de zinc est lie par coordination a deux residus
d'histidine et a deux residus de cysteine, et les agrafes a leucine qui sont des
structures dimeriques stabilisees par la presence de leucine tous les sept residus.
Les proteines homeotiques possedent un motif de liaison a 1'ADN du type
helice - tour - helice qui rappelle celui des regulateurs des genes des proca-
ryotes, tel que par exemple le represseur de 1'operon lactose lac (qui code la
(3-galactosidase).
A 1'instar de la transcription de 1'ADN en ARN messager, la traduction de
1'ARN messager en proteine peut etre controlee de fac.on differente selon le
tissu. Ainsi 1'hormone prolactine stimule specifiquement la traduction de TARN
messager specifique de la caseine, une des principales proteines du lait secretee
par la glande mammaire.
8. DE L'ENZYMOLOGIE DE Z/ADN A L'INGENIERIE

GENETIQUE AU TOURNANT DU XXIE SIECLE
Le developpement biotechnologique qui caracterise 1'evolution des sciences du

vivant a la fin du XXe siecle, avec la robotisation du sequenc,age des genomes et
la montee en puissance du genie genetique, doivent beaucoup a 1'introduction
dans les annees 1970 d'une enzymologie tout a fait particuliere des acides
nucleiques. II s'agit de la decouverte des transcriptases inverses qui per-
mettent le passage de TARN vers 1'ADN et des enzymes de restriction, c'est-a-
dire d'endonucleases qui coupent de fac,on specifique des liaisons intranucleo-
tidiques dans 1'ADN.
8.1. LES TRANSCRIPTASES INVERSES
En 1964, Howard TEMIN (1934 -1994) constata que 1'infection de la poule par le
virus du sarcome de Rous, un virus a ARN, etait bloquee par des inhibiteurs de
la synthese de 1'ADN, ce qui suggerait que la synthese de 1'ADN etait neces-
saire a la croissance de virus a ARN. Le dogme fondamental de la biologie
moleculaire avec la transcription ADN —> ARN que Ton pensait etre a sens
unique fut remis en question en 1970 a la suite de la decouverte des transcrip-
tases inverses par David BALTIMORE I321 (n. 1938) et Howard TEMIN P2L Ces
[32] David BALTIMORE, Howard TEMIN et Renato DULBECCO, Prix Nobel de physiologic
et de medecine (1975).
transcriptases inverses presentes dans des virus appeles retrovirus permettent de

remonter de 1'ARN a 1'ADN. Get ADN s'integre dans le genome de la cellule
note. II est ensuite retranscrit en ARN qui entre dans la composition de
nouvelles particules virales.
Les transcriptases inverses ont sans doute joue un role dans 1'evolution quand le
monde de 1'ARN se transforma en monde de 1'ADN (Chapitre 1-8.4). En accord
avec cette idee, une decouverte troublante fut celle des ribozymes en 1980 par
Sidney ALTMAN I33^ (n. 1939) et Thomas CECH t33! (n. 1947). Travaillant sur
le mecanisme d'epissage dans un ARN ribosomal immature du protozoaire
Tetrahymena thermophila, CECH decouvrit que 1'excision d'introns se faisait
sans le secours d'enzymes d'epissage. L'ARN assurait lui-meme sa propre
excision enzymatique. En d'autres termes, 1'ARN jouait le role d'un enzyme.
ALTMAN decouvrit un phenomene analogue avec le clivage du precurseur de
1'ARN de transfert specifique de la tyrosine par une ribonuclease (P) formee de
deux composants, Tun proteique, 1'autre ribonucleique. Fait etonnant, le clivage
etait catalyse par le composant ribonucleique. La decouverte des ribozymes
apportait un argument de poids a la theorie du monde de TARN dans la phase
prebiotique de 1'evolution.
8.2. LES ENZYMES DE RESTRICTION

La decouverte des enzymes de restriction decoule essentiellement d'observa-
tions faites sur le developpement de bacteriophages dans les annees cinquante :
des bacteriophages qui s'etaient bien developpes dans une certaine souche bac-
terienne se developpaient mal lorsqu'ils etaient transferes dans une autre souche
de la meme espece. On parla alors de restriction du developpement du bacterio-
phage impose par 1'hote. Le bacteriologiste suisse Werner ARBER I341 (n.1929)
s'attacha a comprendre cette bizarrerie experimentale. Le phenomene n'etait
pas banal. En fait, la restriction du developpement du bacteriophage resultait de
la degradation de 1'ADN phagique infectant les bacteries par des enzymes
bacteriens que 1'on baptisa du nom d'enzymes de restriction. Ces enzymes de
restriction sont des endonucleases bacteriennes qui clivent 1'ADN bicatenaire au
niveau de sequences palindromiques specifiques que Ton appelle sites de
restriction.
II existe des centaines d'enzymes de restriction de 1'ADN. Grace a un choix
approprie de ces enzymes, il est possible d'obtenir un decoupage precis de
1'ADN en des oligonucleotides que 1'on appelle fragments de restriction.
L'electrophorese en gel permet de resoudre ces fragments selon leur taille. On
obtient ainsi une carte de restriction. La carte de restriction d'un chromosome
[33] Sidney ALTMAN et Thomas C ECH, Prix Nobel de chimie (1989).

[34] Werner ARBER, Daniel NATHANS et Hamilton SMITH, Prix Nobel de physiologie et
de medecine (1978).
humain obtenue avec une batterie d'enzymes de restriction varie d'un individu
a un autre. La difference qui signe la specificite des sites de restriction dans
1'ADN de chaque individu est appelee polymorphisme de longueur de frag-
ments (RFLP ou "restriction fragment length polymorphism"). L'analyse RFLP
des cellules d'un individu procure une carte d'identite genetique d'une tres
grande specificite et fiabilite.
9. CONCLUSION : AUJOURD'HUI ET DEMAIN

Pres d'un siecle et demi nous separe de la theorie de la selection naturelle de
Charles DARWIN et de la formulation des lois de la transmission des caracteres
hereditaires par Gregor MENDEL. Le message de DARWIN etait que les etres
vivants sont issus d'un ancetre commun. I/idee qui emanait des lois de
MENDEL etait que 1'heredite est vehiculee par des facteurs particulaires. Un
siecle s'est ecoule depuis les premieres incursions dans le domaine de la chimie
des proteines et des acides nucleiques, qui laissaient entrevoir pour ces mole-
cules un role de premier plan dans le monde vivant. Les concepts ainsi degages
resterent en attente d'une base moleculaire pour etre exploites et etendus. II
manquait un support technique. Dans les annees 1920 -1940, des techniques
d'analyse apportees par la physique et la chimie : electrophorese, chromato-
graphie, ultracentrifugation, utilisation d'isotopes stables et radioactifs, radio-
cristallographie, contribuerent a revolutionner la demarche experimentale en
biologic. Associees a 1'approche genetique, elles furent a 1'origine de la biolo-
gic moleculaire, une nouvelle discipline qui donnait une explication molecu-
laire aux observations faites sur des cellules vivantes. En montrant qu'il existait
des similarites dans les genomes de 1'homme, de la souris, de la drosophile et de
la levure, la biologic moleculaire apportait un eclairage nouveau, objectivement
indiscutable, a la theorie de 1'evolution.
Une etape cle dans le developpement de la biologic moleculaire fut la reve-
lation de la structure de 1'ADN en double helice mettant en ceuvre la comple-
mentarite des bases cycliques, adenine et thymine, cytosine et guanine. Cette
complementarite expliquait d'une fagon simple le mecanisme reste mysterieux
de la replication de 1'ADN au cours de la division cellulaire et de la transmis-
sion des caracteres hereditaires a la descendance. Au tournant des annees 1960,
la description des premieres structures proteiques tridimensionnelles, celles de
1'hemoglobine et de la myoglobine, apporterent la preuve que le vieux reve
d'acceder a la connaissance de la micro-anatomie d'une proteine etait realisable.
Au debut du XXI e siecle, c'est par centaines que se comptent les structures
connues de proteines cristallisees. Nombre de structures de proteines dont la
taille gigantesque etait, il y a encore peu de temps, un defi a 1'approche
radiocristallographique ont ete resolues a 1'echelle atomique. C'est le cas de la
structure des secteurs catalytiques (masse de plus de 300 kDa) de 1'ATP synthase
(masse d'environ 500 kDa) determinee dans le groupe de John WALKER t35!
(n. 1941) a Cambridge (U.K.). La connaissance de cette structure illumina le
mecanisme de la catalyse qui avait ete propose quelques annees plus tot par
1'enzymologiste americain Paul BOYER f35! (n. 1918).
L'histoire de la biologic moleculaire nous enseigne que les dogmes errones sou-
vent fondes sur des conclusions hatives ont la vie dure; ce fut le cas du dogme
de la structure periodique des proteines et des acides nucleiques ou encore celui
de la zymohydrolyse reversible. Dans cette histoire, on apprend que de
nouveaux concepts, bien que valides, derangent souvent par leur originalite et
se frayent, de ce fait, un chemin timide dans la litterature scientifique. Ce fut le
cas des lois de MENDEL, de la decouverte de la nucleine par MIESCHER ou
encore de la mise en evidence du role de 1'ADN comme support chimique de
1'heredite dans les experiences de AVERY, MAC LEOD et MAC CARTY sur le
pneumocoque. On se rend compte aussi que, si la nature a sa logique, cette
logique peut s'abandonner a une certaine fantaisie, en tout cas d'apres le
jugement humain. L'histoire des genes fragmentes avec des regions codantes
(exons) et des regions non codantes (introns) en est un exemple. Un autre
exemple est 1'aventure recente du prion, une proteine dont la nature appa-
remment infectieuse est un defi en face des concepts orthodoxes de la biologic
moleculaire.
La periode actuelle est marquee par un developpement impressionnant des
techniques de manipulation de 1'ADN, insoupgonnees il y a une trentaine
d'annees. Au debut des annees 1970 aux USA, Stanley Norman COHEN
(n. 1937), Paul BERG f 22 ^ (n. 1936) et Herbert BOYER (n. 1936) en furent les
pionniers avec 1'ADN recombinant. Leurs experiences montraient qu'il etait
possible d'inserer un fragment d'ADN dans un plasmide, c'est-a-dire un ADN
circulaire, et d'introduire ce plasmide ainsi modifie dans des bacteries qui, en
proliferant, le reproduisent. Les bacteries ainsi transformers operent, grace a
leur propre machinerie, la traduction du fragment d'ADN insere dans le
plasmide (ADN recombinant) en proteine dite recombinante.
Une ingenieuse technique, la PCR (reaction de polymerisation en chaine)
inventee en 1984 par Kary MULLIS t36! (n. 1944) permet d'amplifier plusieurs
millions de fois un fragment d'ADN de quelques centaines de milliers de paires
de bases. Associee a la transcription inverse qui fait remonter de 1'ARN vers
1'ADN, la PCR est designee sous le terme de RT-PCR.
Le sequenâge des genomes de differentes especes vivantes a connu une pro-
gression foudroyante dans la derniere decennie du XXe siecle grace a la mise en
ceuvre d'une automatisation et d'une informatique de plus en plus perfor-
mantes. La premiere sequence genomique, celle du procaryote Hemophilus
influenzae (1,83 millions de paires de bases) avait ete publiee en 1995. Elle fut
[35] John WALKER, Paul D. BOYER et Jens SKOU, Prix Nobel de chimie (1998).
[36] Kary MULLIS, Prix Nobel de chimie (1993).
suivie en moins de cinq ans par 1'analyse complete des genomes d'une
vingtaine de procaryotes. En 1996, etait decrite la premiere sequence d'une
cellule eucaryote, celle de la levure Saccharomyces cerevisiae avec 13 millions de
paires de bases et, en 1998, celle d'un metazoaire, le nematode Caenorhabditis
elegans. La sequence du chromosome 22 du genome humain fut publiee en
1999, suivie par celle du chromosome 21 en mai 2000. Une ebauche detaillee de
la sequence de la totalite du genome d'un etre humain avec ses trois milliards
de paires de bases enchainees le long de ses 23 chromosomes paraissait dans la
revue Nature le 26 juin 2000. En attendant une sequence complete du genome
humain pour 2002 - 2003, une version "amelioree" de ce genome a paru dans les
revues Nature et Science en fevrier 2001, permettant d'evaluer a environ une
trentaine de mille le nombre de genes de 1'espece humaine, soit grossierement
deux fois plus seulement que les 13 400 genes de la drosophile et trois fois plus
que les 6100 genes de la levure. La liste des sequences d'ADN publiees en 1'an
2000 fait prendre conscience de 1'engouement actuel pour la genomique et de
1'efficacite des methodes de sequenc,age qui ne font d'ailleurs que s'accroitre :
en mars 2000 ce fut la publication du genome de Neisseria meningitis et celui de
Drosophila melanogaster, en avril ceux de Listeria monocytogenes et de Mycobacte-
rium leprae, en juin celui de 1'homme, en aout ceux de Vibrio cholerae et de
Pseudomonas aeruginosa, en decembre celui d'Arabidopsis thaliana. S'ajoutant a la
trentaine de genomes de procaryotes deja sequences, plus de 130 autres etaient
en cours de sequengage au debut de 1'annee 2001.
De nouveaux enjeux sont a 1'horizon immediat avec la transcriptomique et la
proteomique. La transcriptomique s'attache a 1'etude du transcriptome, c'est-a-
dire a 1'ensemble des ARN messagers transcrits a partir des genes. Elle met en
oeuvre les puces a ADN, microgrilles en verre ou en plastique sur lesquelles
ont etc greffees des milliers ou dizaines de milliers de fragments d'ADN corres-
pondant a des genes de sequence connue. Par addition de preparations d'ARNs
messagers de nature inconnue provenant de cellules saines ou pathologiques ou
d'ADNs recombinants synthetises a partir d'ARNs messagers, il se produit, dans
la mesure d'une reconnaissance par complementarite de bases, une hybridation
avec les ADNs fixes sur la microgrille. L'hybridation est detectee grace a 1'utili-
sation de marqueurs fluorescents. Ainsi peuvent etre evaluees les transcriptions
simultanees de plusieurs milliers de genes. Les puces a ADN sont actuellement
developpees industriellement pour le pronostic d'anomalies pathologiques, par
exemple 1'evaluation du devenir de tumeurs cancereuses. II n'existe pas toujours
une proportionalite entre la quantite d'ARNs messagers et la quantite de pro-
teines synthetisees. Cette difficulte est palliee par la proteomique qui s'attaque a
1'identification et a la caracterisation de 1'ensemble des proteines synthetisees,
c'est-a-dire du proteome. On utilise ici une methodologie biochimique avec
separation des proteines par electrophorese bidimensionnelle et identification
des proteines extraites du gel par microsequengage. La proteomique est
actuellement appliquee a 1'identification des proteines des differents organites
endocellulaires isoles a partir d'homogenats cellulaires (Chapitre II-8.2), ouvrant
ainsi la biologie des compartiments cellulaires a une exploration moleculaire

extremement detaillee, revelant en particulier des proteines minoritaires dont la
fonction est encore inconnue. Un nouveau defi vient d'etre lance avec la
confection de puces a proteines. Ces puces permettent de tester directement sur
une microgrille 1'interaction de proteines connues d'especes differentes ancrees
en reseau sur la grille avec des proteines de nature inconnue presentes dans un
extrait cellulaire.
La progression recente et foudroyante des decouvertes sur la structure et le
fonctionnement du genome ouvre un vaste champ d'application dans differents
domaines de 1'economie humaine, aussi bien en medecine et en pharmocologie
qu'en agronomie et dans certains secteurs industriels. Des domaines de la patho-
logic restes obscurs ont soudain rec.u une explication. Un cas exemplaire est
celui de la genese du cancer. On sait aujourd'hui que tout ce qui altere le mate-
riel genetique d'une cellule normale a le potentiel pour la rendre cancereuse. En
1976, Michael BISHOP t37! (n. 1936) et Harold VARMUS I371 (n. 1939) demon-
trerent que des oncogenes (genes cancerogenes) resident dans les cellules
animales sous une forme latente, les protooncogenes, qu'une mutation ponc-
tuelle peut transformer en oncogenes, facteurs de tumorisation.
Les connaissances issues de la biologie moleculaire ont trouve deux nouveaux
domaines d'application en medecine, a savoir la medecine predictive et la
therapie genique. Grace a la localisation de genes pathologiques sur des cartes
genetiques, il devient possible de predire des la naissance la predisposition
d'individus a telle ou telle maladie. D'un autre cote, la therapie genique qui
consiste a remplacer un gene deficient par un gene sain est a 1'ordre du jour. II
devient ainsi possible d'esperer des traitements correctifs d'anomalies heredi-
taires, soit dans des cellules somatiques, soit dans des cellules germinales. Dans
ce but, des animaux transgeniques servent actuellement de modeles experi-
mentaux. Ces animaux sont porteurs de genes etrangers, c'est-a-dire differents de
leurs propres genes. Par ailleurs, certains aspects de la pathologic humaine
beneficient deja de 1'ADN recombinant. En integrant cette technologic, 1'in-
dustrie pharmaceutique est actuellement capable de produire a grande echelle
1'insuline, 1'hormone de croissance, 1'erythropoietine, des interleukines et
d'autres proteines a visee therapeutique.
Comme ce fut le cas au XIX e siecle pour la theorie de la selection naturelle de
DARWIN, objet de debats passionnes qui furent exploites a des fins politiques
incontrolees, le genie genetique issu de considerations fondamentales de la
biologie moleculaire commence a soulever, par certains de ses aspects, en
particulier son application a rhomme, des problemes d'ethique et de societe qui
necessairement s'accentueront avec le temps.
[37] Michael BISHOP et Harold VARMUS, Prix Nobel de physiologie et de medecine

(1989).
CHAPITRE IV
LES RACINES DU METABOLISME CELLULAIRE
"It is clear that a special feature of the living cells is the organization of chemical
events within it."
F.G. HOPKINS - The dynamic side of Biochemistry -1913
Le metabolisme cellulaire definit 1'ensemble des reactions enzymatiques qui

transforment des molecules organiques a 1'interieur des cellules procaryotes et
eucaryotes. II s'agit de reactions de degradation (ou catabolisme) et de synthese
(ou anabolisme) qui concourrent au cycle continu des echanges entre les tissus
d'un organisme vivant et qui dependent de 1'apport alimentaire que cet orga-
nisme rec.oit de son environnement. En 1827, le medecin et chimiste britannique
William PROUT (1785 -1850) proposa une classification des aliments en trois
groupes, les hydrates de carbone ou sucres (polysaccharides), les graisses
(lipides) et les substances albuminoi'des (proteines). Cette classification s'est
perennisee, et c'est a partir de ces trois classes d'aliments que Ton discute
encore actuellement les etapes du catabolisme.
De fagon schematique, le catabolisme se deroule en trois etapes (Figure IV. 1).
La premiere etape correspond a la liberation des unites de base a partir des
macromolecules, essentiellement des oses a partir de polysaccharides, des acides
gras a longue chaine et du glycerol a partir de lipides et des acides amines a
partir de proteines. Les acides nucleiques non considered dans la classification
de PROUT interviennent de fac,on mineure dans le catabolisme par la degra-
dation de leurs bases azotees cycliques. Dans 1'etape 2, les oses, glycerol, acides
gras a longue chaine, et acides amines provenant de 1'etape 1 subissent des
reactions de deshydrogenation, decarboxylation et desamination qui aboutissent
a des especes moleculaires simples comme le pyruvate CHs-CO-COO" et
1'acetate CHs-COO", ce dernier metabolite etant active par combinaison avec le
coenzyme A (coenzyme d'acetylation). L'etape 3 correspond a la combustion
oxydative du pyruvate et de 1'acetate en CO2 et HÔ. Dans cette derniere etape,
le pyruvate et 1'acetate sont totalement degrades par deshydrogenation et
decarboxylation. Les deshydrogenations sont associees a une activite respi-
ratoire qui met en ceuvre 1'oxygene moleculaire. Dans ces reactions, de 1'eau est
formee et une importante quantite d'energie est liberee, qui sert a synthetiser
1'ATP a partir d'ADP et de phosphate mineral.
Dans 1'ancienne nomenclature de W. PROUT (1827), les polysaccharides, lipides et

proteines etaient considered comme les composants majeurs des aliments. Le schema ci-
dessus regroupe en trois etapes les reactions du catabolisme de ces trois especes
moleculaires. La premiere etape consiste en une dissociation de molecules elementaires
qui entrent dans la structure des polysaccharides (oses), des lipides (acides gras et
glycerol) et des proteines (acides amines). La deuxieme etape montre la convergence des
produits de degradation des oses, des acides gras et des acides amines vers les molecules
simples, pyruvate et groupe acetyl de 1'acetyl-coenzyme A. La troisieme etape consiste en
la decomposition du groupe acetyl de 1'acetyl-CoA (par decarboxylation et deshydro-
genation) suivie par une oxydation par 1'oxygene moleculaire, avec formation d'eau.
Figure IV.l - Les trois etapes du catabolisme

IV - LES RACINES DU METABOLISMS CELLULAIRE 303
Les organismes photosynthetiques sont capables de synthetiser les composants

carbones de leur patrimoine moleculaire a partir de CO2 par le processus de
1'assimilation carbonee. D'autres organismes peuvent synthetiser 1'ammoniac
ou le nitrate a partir de 1'azote atmospherique par le processus de 1'assimilation
azotee. Certains organismes ont une double capacite d'assimilation carbonee
et azotee. Ainsi, les cyanobacteries (ou algues bleues vertes) sont dotees de
systemes enzymatiques qui leur permettent de se developper en utilisant le gaz
carbonique comme source de carbone et 1'azote de 1'atmosphere comme source
d'azote. Ces cyanobacteries sont les temoins des epoques les plus anciennes de
la vie sur Terre (Chapitre 1-9.1).
Lorsqu'on s'eleve dans 1'echelle de revolution, on assiste a une dependance
nutritionnelle de plus en plus marquee vis-a-vis de 1'environnement. A titre
d'exemple, 1'enterobacterie Escherichia coli prolifere sans restriction dans un
milieu aqueux dont la composition moleculaire peut etre limitee a la presence
de glucose comme source de carbone, de sulfate d'ammonium comme source
de soufre et d'azote, de sels mineraux (chlorures ou phosphates de sodium ou
de potassium) indispensables a 1'equilibre ionique et d'oligo-elements magne-
sium, fer calcium, zinc... Escherichia coli possede done une machinerie meta-
bolique qui lui permet de construire toutes les molecules de sa propre cellule,
meme les plus complexes, ainsi que des edifices macromoleculaires imposants
comme les ribosomes, a partir de molecules tres simples fournies par le milieu
environnant.
Avec le developpement d'organismes plus complexes faisant partie du monde
des eucaryotes multicellulaires est apparue au cours de 1'evolution la necessite
d'apports nutritionnels supplementaires. Ceci signifie que ces organismes ont
perdu une partie des capacites de synthese qui procuraient aux procaryotes une
large autonomie vis-a-vis de leur environnement. Un exemple patent est celui
de rhomme et des mammiferes dont 1'equilibre nutritionnel necessite 1'apport
journalier d'une dizaine d'acides amines dits indispensables sur la vingtaine
qui entrent dans la structure des proteines, de plusieurs acides gras a longue
chaine non satures dits essentiels et de nombreuses vitamines. Ces dernieres
entrent dans la composition des coenzymes, molecules organiques de petite
taille impliquees dans des reactions enzymatiques. C'est souvent par 1'addition
de quelques residus moleculaires que s'opere la transformation d'une vitamine
en coenzyme specifique d'une reaction enzymatique dans les cellules de
mammiferes (Tableau IV.1). Ainsi la vitamine BI est convertie en coenzyme de
decarboxylation par addition d'un groupe pyrophosphate ; la vitamine 62 ou
riboflavine et la vitamine 65 ou pyridoxal sont convertis en coenzymes,
respectivement riboflavine phosphate ou FMN et pyridoxal phosphate par
simple addition d'un residu phosphate. Dans le cas du NAD, du FAD ou du
coenzyme A, la molecule de vitamine est presente de fac.on relativement
discrete dans la molecule de coenzyme (Figure IV.2). Elle y assure neanmoins
une fonction predominante dans la reaction enzymatique.
Tableau IV.l - Relation entre vitamines et coenzymes
Vitamines Coenzymes Reactions enzymatiques

Thiamine (Bj) Thiamine pyrophosphate Decarboxylation
Riboflavine (62) FMN et FAD Deshydrogenation
Nicotinamide (PP) NAD et NADP Deshydrogenation
Pyridoxal (B6) Pyridoxal phosphate Transamination
Pantothenate Coenzyme A Acylation
Biotine Biotine Carboxylation
Folate Tetrahydrofolate Transfert d'unites a 1C
Cobalamine Cobamide Rearrangements intramoleculaires
Les genes de synthese des vitamines, des acides amines indispensables et des
acides gras essentiels qui ont ete perdus au cours de 1'evolution ont ete appeles
genes non signifiants par Christian DE DUVE (Chapitre 1-10), car les organismes
qui s'en sont trouves depourvus ont pu survivre grace aux apports de leur
environnement.
Par quels stratagemes la nature procede-t-elle pour maintenir un etat dynamique
chez les etres vivants en fonction des conditions de 1'environnement ? Ce genre
de question fut posee des 1'Antiquite grecque. La reponse vint par etapes
successives avec les apports de la chimie organique a la fin du XVIII6 siecle et
dans le courant du XIX 6 , puis avec ceux de la chimie physiologique qui se
definissait comme la science d'etude du metabolisme, c'est-a-dire des reactions
chimiques impliquees dans la transformation des nutriments par des enzymes
intracellulaires. Au milieu du XX e siecle, la plupart des grandes voies du
metabolisme etaient connues et explorees en detail. Les recherches dans la
deuxieme moitie du XXe siecle s'orienterent alors vers des aspects de regulation
enzymatique, par exemple 1'activation de reactions metaboliques par des
hormones, ou vers des aspects topographiques lies aux fonctions specifiques des
differents organites endocellulaires.
1. DES PHILOSOPHES GRECS

AUX ALCHIMISTES DU MOYEN AGE
On peut considerer, de fac.on arbitraire, trois periodes dans 1'evolution des

modes de raisonnement sur le fonctionnement des organismes vivants, depuis
1'Antiquite grecque jusqu'a la Renaissance : la periode des philosophes grecs
riche d'idees audacieuses, souvent speculatives, le Moyen Age domine par le
pouvoir ecclesiastique qui prend de 1'heritage grec ce qui est en accord avec le
finalisme de la tradition biblique, enfin la periode ou fleurit 1'alchimie qui
marque un renouveau dans la pratique experimentale et annonce le nouvel
esprit de la Renaissance.
IV - LES RACINES DU METABOLISME CELLULAIRE 305
Figure IV.2 - Coenzymes utilises dans la degradation oxydative du glucose

(voie de la glycolyse EMBDEN-MEYERHOF + cycle de KREBS)
1.1. LA TRADITION GRECQUE

Certains des philosophes grecs des VIe et V e siecles avant J.C. qui s'etaient
interesses a la signification de 1'evolution (Chapitre 1-1.1) mediterent sur la
structure et la dynamique du vivant. Us poserent des questions pertinentes qui,
de leur temps, resterent sans reponse, faute de moyens techniques appropries.
Pourquoi la nourriture dont s'alimente un individu est-elle indispensable au
maintien de 1'etat vivant ? Comment les aliments sont-ils assimiles ? Pourquoi le
regne animal depend-il du regne vegetal pour sa survie ? Pourquoi la
respiration est-elle associee a la vie et pourquoi cesse-t-elle apres la mort ?
PYTHAGORE (VIe siecle avant J.C.), celebre mathematicien, considerait que le
monde resultait de 1'association de quatre elements, la terre, le feu, 1'air et 1'eau
auxquels etait ajoute un element hors du commun, Tether. La terre corres-
pondait a 1'etat solide, 1'eau a 1'etat liquide, 1'air a 1'etat gazeux, le feu a une
substance imponderable.
Ce systeme sera repris par EMPEDOCLE (490 - 438 avant J.C.) pour qui le corps
des animaux resulte d'un melange et d'une combinaison de quatre elements,
puis par PLATON (428 - 348 avant J.C.). PLATON affecta des symboles aux quatre
elements : la terre etait represented par un cube, le feu par un tetraedre, 1'air par
un octaedre, 1'eau par un icosaedre et Tether par un dodecaedre. PLATON dans
son poeme le Timee decrivit quatre ordres d'importance decroissante dans la
nature : Tordre celeste des dieux avec la maitrise du feu, Tordre des animaux
ailes qui s'approprient Tair, Tordre des animaux terrestres qui se deplacent sur
terre. Quant a Tether, il etait considere comme une partie tres pure de Tair. Aux
quatre elements fondamentaux, PLATON ajouta un parametre d'interchangea-
bilite. Par exemple quand Teau bout, la vapeur disparait dans Tair, ce qui etait
assimile a la dissociation d'un icosaedre comportant vingt triangles equilateraux
en deux octaedres representant Tair et un tetraedre representant le feu. En
1'absence de toute notion relative a la chimie, la symbolique grecque qui tentait
d'expliquer le fonctionnement du monde vivant sur des bases qui peuvent
paraitre bizarres a 1'homme moderne se justifiait par la logique des nombres et
des formes geometriques que maitrisaient les Grecs. II est etonnant de retrouver
dans la premiere moitie du XX e siecle, alors que les notions de base de la
biochimie etaient bien etablies, 1'emprise de la numerologie dans 1'interpretation
de donnees physico-chimiques sur la sequence des acides amines des proteines
(Chapitre III-1.2.8). La theorie des quatre elements resta longtemps vivace. Elle
fut enseignee jusqu'au XVIIIe siecle. Dans le Timee, PLATON avait egalement
developpe la theorie des "pneuma" ou esprits qui, plus tard, fut reprise par
GALIEN. II existait pour PLATON un principe immortel loge dans le thorax,
partage en deux entites par la presence du diaphragme : au dessus du
diaphragme, proche de la tete, 1'esprit qui anime les passions, au dessous celui
qui controle les necessites alimentaires.
DEMOCRITE, eleve de LEUCIPPE et avocat de la theorie de I'atomisme, postula

que les atomes etaient ammes de mouvements, qu'ils etaient capables de s'asso-
cier et de se dissocier et que les sensations ressenties par les individus (odeur,
bruit) etaient le resultat de courants d'atomes arrivant des objets vers le nez ou
les oreilles. Pour ANAXAGORE (500 - 428 avant J.C.), rien ne nait, rien ne meurt,
mais des choses deja existantes se combinent, puis se separent, une premonition
de ce qui sera demontre bien plus tard par LAVOISIER. ANAXAGORE considerait
que les particules dont sont formes les aliments se retrouvent dans les muscles,
le sang et les os des individus qui s'en nourrissent. L'application de ces notions
fondamentales a la medecine transparait a travers les ecrits d'HlPPOCRATE
(460 - 377 avant J.C.), illustre medecin de 1'Antiquite grecque, sur 1'alimentation,
les regimes et la pratique du diagnostic. La medecine hippocratique postulait
que la bonne sante de l'homme dependait de 1'equilibre harmonieux entre
quatre liquides appeles humeurs qui parcouraient son organisme : le sang, le
phlegme, la bile jaune et la bile noire. Si 1'une ou 1'autre de ces humeurs etait en
exces, il en resultait une maladie. On classait, de ce fait, les maladies en
sanguine, phlegmatique, cholerique et melancolique. On avait meme associe
chaque humeur a un organe : le sang au foie, le phlegme aux poumons, la bile
jaune a la vesicule biliaire et la bile noire a la rate. La doctrine hippocratique
impregna la medecine jusqu'au XIXe siecle.
Au quatrieme siecle avant J.C. domine la figure d'ARISTOTE, eleve de PLATON.
ARISTOTE donne des qualificatifs aux quatre elements air, terre, feu et eau.
Le feu est chaud et sec, 1'air est chaud et humide, la terre est froide et seche,
1'eau est froide et humide. Reprenant la philosophic d'ANAXAGORE et
d'EMPEDOCLE, ARISTOTE admet que ces elements s'organisent pour former les
tissus, lesquels s'organisent a leur tour pour former les organes. II etablit une
distinction entre les creatures vivantes et les objets inanimes en se basant sur des
fonctions fondamentales comme la croissance, la reproduction ou la nutrition.
ARISTOTE ne renonce pas a une etude de la nature dans son ensemble, il entend
fonder cette etude sur une analyse detaillee des parties dont la somme constitue
1'organisme vivant. Pour ARISTOTE, le cceur est 1'organe central de 1'animal. Le
sang arrive au cceur; du sang provient le "pneuma" qui est defini comme une
substance mouvante, source de mouvement et de chaleur. Le "pneuma" repartit
dans le corps la chaleur qui donne la vie; il permet la digestion et 1'assimilation
des aliments. Les aliments broyes par les dents sont desintegres dans 1'estomac,
puis dans 1'intestin pour etre portes au cceur et transforme en sang. A cote de la
question importante de la nature du vivant, le probleme majeur pour les
philosophes grecs restait celui de 1'evolution et du sens qui convenait de lui
donner (Chapitre 1-1.1).
Un eleve d'ARISTOTE, THEOPHRASTE est connu comme botaniste. II classa
plusieurs centaines de plantes d'apres leurs tallies en arbres, arbrisseaux et
herbes, classement qui persista jusqu'a la Renaissance et meme au-dela.
Dans 1'Antiquite, une autre grande figure

s'impose, celle de PLINE L'ANCIEN (23-73).
D'abord militaire, puis juriste et naturaliste,
PLINE L ' A N C I E N ecrivit un traite d'histoire
naturelle en 37 volumes, vaste compilation
d'observations sur les animaux et les vegetaux,
parsemee d'erreurs notoires propagees par les
legendes et la credulite de 1'epoque.
Une figure marquante et originale du debut
de 1'ere chretienne est le medecin grec Claude
GALIEN (130 - 200), connu comme anatomiste et
PLINE L'ANCIEN
physiologiste. GALIEN dissequa de nombreuses
(23 - 79) especes animales : mouton, chien, bceuf, singe,
etudiant en detail et comparant les differents
organes, extrapolant a 1'homme les observations qu'il faisait sur les animaux. En
tant que physiologiste, GALIEN formula quelques idees interessantes, par
exemple sur le controle nerveux de la respiration, qui malheureusement
voisinaient avec des erreurs flagrantes, par exemple 1'idee que 1'air penetrait
directement dans le coeur par les voies aeriennes, que les ventricules du cceur
communiquaient directement entre eux... Apres GALIEN et pendant plusieurs
siecles il y eut un declin d'interet pour 1'experimentation en biologie. En
medecine, on s'appuiera essentiellement sur ce qu'avait ecrit GALIEN. Ses idees,
y compris ses erreurs, seront perpetuees pendant le Moyen Age jusqu'a la
Renaissance dans un enseignement quasi dogmatique.
Dans 1'Antiquite, les grandes fonctions de la physiologic humaine etaient
evaluees indirectement par extrapolation a partir des connaissances acquises
grace a la dissection de mammiferes. En effet, le corps humain etait considere
comme sacre et les autopsies etaient interdites. En France, elles furent autorisees
par LOUIS D'ANJOU en 1376 a 1'ecole de medecine de Montpellier a raison
d'une par an et generalisees a d'autres ecoles de medecine dans le cours de la
Renaissance.
1.2. LA NAISSANCE DE ÊXPERIMENTATION AVEC LES ALCHIMISTES
A la difference des philosophes grecs qui tiraient leur reflexion de 1'observation,

les alchimistes furent des experimentateurs. D'apres le chimiste et pharmacien
Nicolas LEMERY (1645 - 1715) le terme alchimie vient du grec x u M^ = suc -
I/article arabe "al" fut rajoute, ce qui donna alchimie, puis il fut retire au
XVIe siecle.
Apres la conquete de 1'Egypte par les Arabes en 647,1'alchimie se developpa en
milieu islamique du VIIe au XIIe siecle. En accord avec les idees mystiques du
Moyen Age, le reve des alchimistes etait de transmuter des metaux vils en or et
en argent grace aux vertus d'une preparation magique, la pierre philosophale.
IV - L ES RACINES DU METABOLISMS CELLULAIRE 309
GEBER (n. vers 800) flit le premier des alchimistes arabes. II pensait que 1'or etait
compose de mercure et de soufre. Les celebres medecins, AVICENNE (980 - 1037)
et AVERRHOES (1120 -1198) sont les plus cites parmi les alchimistes arabes.
A 1'alchimie arabe succeda 1'alchimie occidentale du XIIe au XV e siecle, toujours
en prise avec les principes d'ARISTOTE. Parmi les alchimistes occidentaux
les plus celebres, on compte Albert LE GRAND (1193-1280), Arnaud DE
VILLENEUVE (1235 -1311), le philosophe anglais Roger BACON (1214 -1294) et
surtout Basile VALENTIN, un personnage mythique du XV e siecle auquel on
attribue nombre de preparations a base d'antimoine utilisees a des fins thera-
peutiques. Si 1'alchimie, melange d'experimentation et d'esoterisme, donne a
sourire, il n'en reste pas moins qu'elle a eu le merite de promouvoir le souci de
1'experimentation en chimie. On attribue a 1'alchimie la preparation du soufre,
de 1'ammoniac, du mercure, de la potasse, de la soude, de 1'acide sulfurique et
de 1'acide nitrique, ainsi qu'une bonne maitrise dans la purification de nombre
de metaux. L'alchimie permit d'acquerir des tours de main dans la fabrication
empirique de plusieurs produits de synthese. On doit aux alchimistes la maitrise
de techniques, telles que la distillation, la cristallisation, la decantation, la
dissolution, qui seront utilisees dans la chimie moderne. La technique du bain-
marie qui consiste a maintenir une solution a temperature constante pendant
une periode de temps determinee date de la periode alchimique.
L'alchimie presentait deux branches d'interet different: la chrysopee dont le but
ultime etait la transformation de metaux en or et la panacee, remede contre
toutes les maladies et le vieillissement. De cette deuxieme branche est issue la
iatrochimie (du grec larpoc = medecine). La iatrochimie ou chimie appliquee
a la medecine eut un representant celebre, PARACELSE (1493 -1541), de son
vrai nom Philippus Aureolus Theophrastus Bombastus VON HOHENHEIM.
PARACELSE enseigna la chimie a Bale. II introduisit 1'utilisation de differents
derives metalliques en therapeutique; 1'exemple le plus fameux est celui des sels
de mercure dont 1'application au traitement de la syphilis persistera jusqu'au
XXe siecle. L'alchimie resta pendant longtemps une doctrine repandue dans les
spheres intellectuelles les plus eclairees. Isaac NEWTON et Robert BOYLE y
etaient sensibles.
2. LA PERIODE POST-ALCHIMIQUE
AGRICOLA et Bernard PALISSY furent deux des grands pionniers de 1'ere post-
alchimique. AGRICOLA, de son vrai nom Georg BAUER (1494 - 1555) se
consacra a la mineralogie et a la metallurgie. II ouvrit la voie a 1'analyse chi-
mique. Son ouvrage De re metallica decrit des methodes d'extraction de metaux
ainsi que les instruments, fours, creusets, coupelles, fabriques a cet effet. Cette
instrumentation restera en usage jusqu'a la fin du XVIII6 siecle. Bernard PALISSY
(1499 -1589), dans son traite sur les emaux, donne un apergu de sa conception
de la methode scientifique faite d'essais souvent infructueux qui, interpretes sans
esprit de systeme, permettent la mise au point de nouvelles experiences d'ou

peut jaillir la decouverte.
Au XV e et au XVIe siecle, on est au cceur de la Renaissance. C'est la decouverte
de rimprimerie vers 1440 avec Johannes GUTENBERG (1394 -1465) et la diffu-
sion de la pensee litteraire et scientifique. C'est la decouverte de 1'Amerique en
1492 avec Christophe COLOMB (1451 -1506), le choc des civilisations euro-
peenne de 1'ancien continent et precolombienne du continent americain.
La medecine et la chirurgie s'erigent en sciences authentiques. Ambroise PARE
(1517 -1590), qui ne parlait pas le latin et qui de ce fait etait conteste par les
autorites medicales de 1'epoque, revolutionna 1'art de la chirurgie. En preco-
nisant 1'usage de pansements propres, il pressentait la necessite de 1'asepsie dans
la pratique chirurgicale, necessite qui ne sera reconnue qu'a la fin du XIX e siecle.
Francois RABELAIS (1494 -1553) plus ecrivain que medecin est malgre tout le
pere de 1'ethique medicale : "science sans conscience n'est que ruine de 1'ame".
L'ecole de medecine de Padoue s'illustre dans le domaine de 1'anatomie avec
Andre VESALE (1514 -1564), d'origine beige, et son disciple Gabriel FALLOPE
(1523 -1562). Grace aux dissections pratiquees sur les cadavres humains, VESALE
reconnait et corrige certaines erreurs de GALIEN qui avait extrapole a 1'homme
les observations faites sur les cadavres d'animaux. Accuse de pratiquer la vivi-
section sur rhomme, en butte a un dechainement de calomnies, VESALE doit se
demettre de ses fonctions et s'expatrier.
La periode post-alchimique voit la naissance de la physiologic experimentale.
En 1551, Michel SERVET (1509 -1553) decouvre la petite circulation grace a
laquelle le sang traverse les poumons, se "revivifie" et revient au cceur. Ayant
mis en doute certains dogmes de la religion, il fut declare heretique par Jean
CALVIN (1509 -1564) et brule vif avec tous ses ecrits a Geneve le 27 octobre
1553. Un des eleves de VESALE, Fabrice D'AQUAPENDENTE de son vrai nom
Jacques FABRIZZI (1537 -1619) s'illustra par ses travaux sur les valvules car-
diaques et le developpement de 1'embryon de poulet. II eut comme eleve
William HARVEY (1578 - 1657) auquel on doit en 1628 la premiere description de
la grande circulation. HARVEY enseigna I'anatomie au College royal des mede-
cins de Londres. II fut medecin successivement de Jacques ler et Charles ler a la
cour d'Angleterre. La theorie de la grande circulation fut violemment attaquee
et plaisantee par des personnalites reconnues par le pouvoir politique dont Guy
PATIN (1602 -1672), professeur de chirurgie a la faculte de medecine de Paris.
Cet element fondamental de la physiologic animale attendra malheureusement
une centaine d'annees pour s'imposer en France.
2.1. PREMIERES EXPERIENCES SUR LES GAZ

II semble que le terme gaz ait etc utilise pour la premiere fois par le medecin et
chimiste flamand Jean-Baptist VAN HELMONT (1579 - 1644) pour designer "un
fluide elastique aeriforme". VAN HELMONT apprit a distinguer dans 1'air
atmospherique differents gaz dont il indiqua le mode de formation. II observa le

degagement naturel de gaz carbonique CC>2, denomme a cette epoque "esprit
sylvestre", dans certaines grottes (celle de Capri etant la plus connue). II montra
que le gaz carbonique se forme par combustion du bois, et qu'on peut egale-
ment 1'obtenir par action du vinaigre sur de la pierre calcaire. VAN HELMONT
mit en evidence un autre gaz, le "gaz de sel", correspondant a des vapeurs
d'acide chlorhydrique libere par action d'eau forte (acide nitrique) sur du sel
marin. I/interpretation qu'il donna de ces experiences est que certains corps
renferment des gaz sous une forme fixee et que ces gaz peuvent etre liberes
dans certaines conditions. Son experience sur la croissance des vegetaux est
restee celebre bien que son interpretation fut erronee. II planta un saule pesant
5 livres dans un recipient rempli de 200 litres de terre dessechee. II laissa croitre
le saule pendant 5 ans, 1'arrosant regulierement avec de 1'eau de pluie. Apres
5 ans 1'arbuste fut deterre. II pesait 169 livres et 3 onces. La terre n'avait perdu
que 3 onces. VAN HELMONT en conclut que 1'eau d'arrosage s'etait trans-
formee en bois de saule. A cette epoque, on ignorait tout de 1'assimilation
carbonee par photosynthese a partir du gaz carbonique de 1'air. Le raison-
nement au premier degre de VAN HELMONT ne faisait que reprendre 1'adage
de THALES de Milet (640 - 546 avant J.C.): "toutes les choses sont de 1'eau".
En 1630, un medecin du Perigord, chimiste amateur, Jean KEY (1583 - 1645)
publia le resultat d'experiences qui montraient que 1'etain et le plomb
augmentent de poids lorsqu'ils sont chauffes (calcines, selon le langage de
1'epoque). REY attribua cette augmentation de poids a Faction de 1'air. Ignorant
la composition de 1'air, il postula qu'une "partie epaissie" de Fair s'etait fixee sur
le metal. Cent cinquante ans plus tard, ce phenomene sera correctement
interprete par LAVOISIER comme la fixation de 1'oxygene sur les metaux, c'est-a-
dire la formation d'oxydes metalliques.
Le chimiste anglais Robert BOYLE (1626 - 1691), oppose aux doctrines des
alchimistes et aux speculations des iatrochimistes, inaugure 1'ere de la chimie
moderne. II est 1'un des premiers opposants a la theorie des quatre elements qui
etait vehiculee dans les milieux savants depuis PLATON. BOYLE s'appuie essen-
tiellement sur 1'experience. II est le createur de 1'analyse chimique. II confirme
que les metaux augmentent de poids par "calcination". II montre que si la "calci-
nation" est realisee dans un espace limite, 1'augmentation de poids du metal est
accompagnee par une diminution du volume d'air dans cet espace. II pressent
1'existence dans 1'air d'une "substance vitale" responsable de la combustion.
Independamment de Edme MARIOTTE (1620 -1684), il decouvre la relation qui
existe entre le volume d'un gaz et sa pression. On doit a BOYLE la decouverte de
1'acide phosphorique et du chlorure de cuivre. BOYLE fit avancer les concepts
de base de la chimie en distinguant melanges et combinaisons. Par exemple, le
savon forme a partir de graisse et de soude est une substance differente de la
graisse et de la soude, ce qui conduit a postuler que le savon n'est pas un simple
melange, mais qu'il resulte de la combinaison de la graisse et de la soude. Cette
notion sera reprise par Eugene CHEVREUL au debut du XIX e siecle.
A la fin du XVII 6 siecle, la culture chimique etait largement diffusee tandis que
I'alchimie etait sur son declin. En 1675, etait publie le premier traite complet de
chirnie sous le titre Cours de Chymie par Nicolas LEMERY. Cet ouvrage traduit en
plusieurs langues eut treize editions du temps de 1'auteur.
2.2. STAHL. THEORIE DU PHLOGISTIQUE ET THEORIE DES AFFINITES

Le champion de la theorie du phlogistique (du
grec (pXoyiaToc - qui subit 1'effet de la flamme) fut
Georges Ernst STAHL (1660 -1734), professeur de
chimie a la faculte de medecine de Halle et
medecin du grand-due de Saxe-Weimar. Les pre-
miers travaux de STAHL s'appuyerent sur ceux du
chimiste et mineralogiste allemand Jean-Joachim
BECKER (1635 - 1682) qui postulait que les "corps
souterrains" c'est-a-dire les mineraux, renferment
trois types de terres qualifiees de "vitrifiables",
"inflammables" et "mercurielles" qui se distin-
guaient par la friabilite, rinflammabilite et la
volatilite. Lorsque les metaux brulent, la "terre
f~* P ^TAT-fT
(1660 1714} inflammable" se degage. La terre inflammable
de BECKER fut baptisee phlogistique par STAHL.
L'hypothese du phlogistique se developpa rapidement en doctrine avec une
certaine apparence de logique et, pour cette raison, elle fut adoptee par les plus
grands esprits de cette epoque. Elle pouvait se resumer ainsi. Un metal chauffe
en presence d'air se "calcine" ; il se convertit en une substance dite "terreuse",
ou selon le langage en cours en "une chaux metallique", et il se degage, sous
forme d'une flamme, un principe appele "phlogistique", suppose enferme dans
la structure du materiau combustible. La reaction generale s'ecrit:
Ainsi, on considerait que le soutre etait compose d"'huile de vitriol" (acide

sulfurique) et de phlogistique, et que le plomb etait compose de massicot (oxyde
de plomb) et de phlogistique. On restituait du plomb a partir de massicot par
chauffage en presence de charbon, substance supposee riche en phlogistique.
STAHL etait tout a fait conscient que le metal augmentait de poids par "calci-
nation" a 1'air, en meme temps qu'il s'en liberait du phlogistique et inversement
qu'il perdait du poids lorsqu'il acquerait du phlogistique. Cette contradiction ne
semble pas avoir suscite d'objections. La theorie du phlogistique perdurera
jusqu'a ce qu'elle soit refutee par LAVOISIER a la fin du XVIII6 siecle.
Justice doit etre rendue a STAHL pour avoir ete 1'un des promoteurs de la
theorie des affinites. Cette theorie tentait d'expliquer la formation de produits a
partir d'un melange de substances. Pour traduire le phenomene qui engageait la
IV - L ES RACINES DU METABOLISME CELLULAIRE 313
reaction, c'est-a-dire 1'interaction entre deux ou plusieurs substances, le langage

de 1'epoque etait image. On parlait de "sympathie", d'"appetit", d'"attirance",
d'"attraction", ce qui faisait allusion implicitement a une selectivite de 1'affinite.
La theorie de 1'affinite fut developpee par le chimiste franc.ais Etienne-Franc.ois
GEOFFROY (1672 -1731) dans un memoire presente devant 1'Academie royale
des sciences. Ce memoire contenait une "table des rapports (c'est-a-dire des
affinites) observes entre differentes substances" (Figure IV.3). GEOFFROY ecri-
vait: "on observe en "chymie" certains rapports entre differents corps qui font
qu'ils s'unissent les uns aux autres. Ces rapports ont leurs degres et leurs lois" et
il ajoutait: "toutes les fois que deux substances, qui ont quelque disposition a se
joindre 1'une a 1'autre, se trouvent unies ensemble, s'il en survient une troisieme
qui ait plus de rapport avec 1'une des deux, elle s'y unit en faisant lacher prise a
1'autre". La table des rapports classait les substances par ordre d'affinite dans le
sens vertical. Par exemple, dans la premiere colonne (Figure IV.4) 1'alcali volatil
(ammoniaque) a moins d'affinite pour les acides que 1'alcali fixe (potasse).
Malgre la symbolique de la table des rapports qui rappelait 1'esoterisme de
1'alchimie, la theorie des affinites fut un objet de reflexion, puis une base de
developpement de la chimie moderne. Avec BERTHOLLET, au tournant du
XIXe siecle, seront determines un ensemble de parametres qui controlent le sens
d'une reaction : la concentration des substrats, la pression et la temperature.
2.3. L'ESSOR DE LA CHIMIE DES GAZ
La chimie des gaz, appelee chimie pneumatique, se developpa rapidement

dans la deuxieme moitie du XVIII6 siecle avec les Britanniques Joseph BLACK,
Joseph PRIESTLEY et Henry CAVENDISH, le Hollandais Jan INGEN-HOUSZ
(1730 - 1799), le Suisse Jean SENEBIER (1742 - 1809), le Suedois d'origine
allemande Carl Wilhelm SCHEELE (1742 - 1786) et surtout le Francois
Antoine-Laurent LAVOISIER.
Bien que ne a Bordeaux, BLACK passa la majeure partie de sa vie en Ecosse. II y
fut eduque. II enseigna la chimie a 1'universite de Glasgow entre 1755 et 1766,
puis a 1'universite d'Edimbourg entre 1766 et 1779. Avant BLACK, on connaissait
1'existence d'un gaz communement appele "air fixe" ou "air fixe" (gaz
carbonique ou CO2), appellation qui s'etait substitute a celle de "gaz sylvestre"
donne par VAN HELMONT. C'est dans le courant des annees 1750 que BLACK
demontra que 1'air fixe etait libere par 1'action d'acides sur des carbonates. Le
barbotage de 1'air fixe dans 1'eau de chaux rendait celle-ci turbide de meme que
le gaz degage au cours de la fermentation alcoolique. Les travaux de BLACK sur
le carbonate de magnesium sont classiques. Par calcination, le carbonate de
magnesium degage de 1'air fixe (CC>2) et engendre un derive de magnesium qui
traite par de 1'acide sulfurique, puis par du carbonate de potassium, redonne du
carbonate de magnesium avec le meme poids que celui de depart.
a - Description d'un laboratoire au XVIII 6 siecle

(chapitre "Chymie" de VEncyclopedic de DIDEROT et D'ALEMBERT)
b - Table des "rapports observes entre differentes substances"

(d'apres GEOFFROY L'AINE - Memories de I'Academic Royale des Sciences, 1718)
Figure IV.3
Les reactions mises en ceuvre, actuellement bien identifiees, correspondaient a

la sequence suivante :
Ainsi, il apparaissait que 1'air fixe pouvait etre non seulement relache a partir de
composes dans lesquels il etait emprisonne, mais qu' il pouvait aussi etre repris
dans une reaction pour donner un carbonate metallique. BLACK decouvrit que
1'air fixe ne peut pas entretenir la vie : un oiseau enferme dans une cage herme-
tique ou 1'air atmospherique a ete remplace par de 1'air fixe mourrait en quelques
minutes. En 1756, il mit en evidence un fait fondamental, le rejet d'air fixe au
cours de la respiration. Expert en chimie, il exerga aussi ses talents en physique
experimentale. Inventeur du calorimetre qui sera perfectionne par LAVOISIER,
il est a 1'origine de la notion de chaleur specifique en montrant que la quantite
de chaleur necessaire pour elever de fac.on identique la temperature dans deux
corps differents est differente, c'est-a-dire specifique de chaque corps.
Henry CAVENDISH cultiva avec un egal succes la physique et la chimie. En
1766, il decouvrit le gaz hydrogene, un gaz plus leger que 1'air, impropre a la
respiration, degage par action d'acide sulfurique dilue sur des metaux. II realisa
la synthese de 1'eau par action de 1'hydrogene (connu alors sous le nom de "gaz
inflammable") sur de 1'oxygene (denomme "gaz dephlogistique"). En faisant
passer de 1'air atmospherique sur du charbon incandescent, CAVENDISH obtint
une nouvelle forme d'air qu'il appela "air mephitique" ou "air vicie" et qui
plus tard sera appele azote (du grec CCOT| = vie avec "a" privatif signifiant que ce
gaz est incapable d'entretenir la vie d'organismes aerobics). Au debut des
annees 1770, trois formes d'air avaient ete repertoriees : 1'air respirable (02), 1'air
fixe (CC>2) et 1'air mephitique, synonyme d'air vicie (N2).
En s'appuyant sur le fait que 1'air atmospherique
perd son air respirable par oxydation de metaux,
Carl SCHEELE determina les valeurs des pourcen-
tages d'air respirable (02) et d'air vicie (N2) pre-
sents dans 1'air atmospherique. Les valeurs trou
vees 25% et 75% etaient proches des valeurs reelles
21% et 79% qui furent determinees bien apres avec
des moyens plus precis. SCHEELE decouvrit un
nouveau gaz, le chlore (du grec x^wpo^ = vert)
obtenu par reaction d'acide chlorhydrique sur de
1'oxyde de manganese : cw SCHEELE
SCHEELE etait tout particulierement interesse par la composition chimique des

tissus animaux et vegetaux et on lui doit 1'isolement sous forme cristalline d'un
grand nombre de composes organiques (Chapitre IV-3.2).
2.4. PREMIERES EXPLORATIONS DES GAZ EN PHYSIOLOGIE VEGETALE

Un pasteur anglais, Joseph PRIESTLEY, professeur de langues, chimiste et
botaniste, apparait comme 1'une des figures marquantes et originales du
XVIII6 siecle, et 1'un des pionniers geniaux qui etablirent les bases chimiques de
la physiologic des etres vivants. Mele a la politique sociale, affichant des idees
avancees pour son siecle, PRIESTLEY se trouva confronte avec le pouvoir etabli.
En butte a une agitation sociale irreductible dans sa propre paroisse a
Birmingham, PRIESTLEY se vit contraint d'emigrer en 1794 en Amerique. II y
resta jusqu'a sa mort, dix ans plus tard.
C'est pendant 1'ete 1771 que PRIESTLEY fit une
decouverte interessante et inattendue dans le
domaine de la physiologic vegetale. Son expe-
rience portait sur les modifications de 1'air dans
une enceinte close, une jarre de verre, ou etait
cultivee une touffe de menthe. L'air de la jarre
etait recueilli dans un second recipient raccorde
au premier a des fins d'analyse. Apres quelques
semaines, 1'air de la jarre restait compatible avec
la vie d'une souris, et une bougie allumee y
brulait avec un tres vif eclat. Ce resultat etait
surprenant car, en ce temps-la, on pensait a tort
que les plantes, par leur respiration, a 1'instar des
animaux, modifiaient 1'etat de 1'air et le rendaient
j. PRIESTLEY
(1733 -1804) vicie. PRIESTLEY eut une autre surprise dans le
courant de ce meme ete lorsqu'il s'imagina de
cultiver la touffe de menthe sous la meme jarre de verre que precedemment,
mais cette fois en ayant eu soin d'epuiser prealablement Fair respirable de la
jarre par la combustion d'une bougie allumee suffisamment longtemps pour
arriver a 1'extinction de la flamme. Apres une dizaine de jours, une bougie
allumee mise au contact de 1'air de la jarre brulait avec une flamme eclatante. En
d'autres termes, 1'air vicie avail ete transforme en air respirable par la plante
verte. Cette etonnante observation attira 1'attention des plus grands savants de
cette epoque, en particulier de Benjamin FRANKLIN. L'interpretation que donna
PRIESTLEY de son observation etait malheureusement erronee car elle s'appuyait
sur la doctrine du phlogistique. Pour PRIESTLEY, 1'air vicie avait ete rendu
respirable car la plante avait ete capable d'en retirer le phlogistique.
En 1774, PRIESTLEY obtient pour la premiere fois le gaz respirable (qui en fait
etait 1'oxygene) par chauffage d'oxyde de mercure. Cette decouverte fut suivie
de celle de 1'oxyde carbone (CO), et du protoxyde d'azote ou oxyde nitreux
(N2O), deux gaz qui differaient par leurs caracteres physico-chimiques du gaz
respirable et des deux autres gaz connus a cette epoque, 1'air fixe et 1'air
mephitique. Les proprietes de ces gaz etaient toujours interpretees en fonction
de la theorie du phlogistique avec cette regie de base : un gaz entretient la
combustion d'autant mieux qu'il est pauvre en phlogistique. En d'autres termes,

1'air dephlogistique (air respirable) pouvait entretenir une combustion, mais non
1'air phlogistique. Quelques annees plus tard, LAVOISIER identifia 1'air dephlo-
gistique a 1'oxygene et fournit une explication rationnelle des reactions de
combustion en montrant que la combustion mettait en ceuvre une oxydation en
presence d'oxygene.
C'est a la fin des annees 1770 que parvient a PRIESTLEY 1'information que des
chercheurs etrangers, dont le chimiste et pharmacien suedois bien connu Carl
SCHEELE, n'arrivaient pas a reproduire ses experiences sur la production d'air
dephlogistique par les plantes vertes. L'effet de la lumiere qui avait echappe
aux experimentateurs fut reconnu et analyse de fagon magistrale par le
Hollandais Jan INGEN-HOUSZ. Medecin diplome de 1'universite de Louvain,
INGEN-HOUSZ s'etait initialement specialise dans la pratique de la vaccination
centre la variole. Dans les annees 1770, INGEN-HOUSZ travaille dans le service
des vaccinations de 1'un des hopitaux de Londres. C'est a Londres qu'il fait la
connaissance de Joseph PRIESTLEY et qu'il decide de percer le mystere de 1'air
respirable produit par les plantes vertes. En 1780 dans un ouvrage au titre on ne
peut plus explicite Experiences sur les vegetaux, specialement sur les proprietes qu'ils
possedent a un haul degre, soil d'ameliorer 1'air lorsqu'ils sont au soleil, soit de le
corrompre la nuit ou lorsqu'ils sont a Vombre, INGEN-HOUSZ relate de fagon
detaillee ses observations relatives a 1'effet de la lumiere sur la liberation d'air
dephlogistique par des plantes vertes. En voici un extrait interessant par son
astuce experimentale : "on plonge, ecrit INGEN-HOUSZ, un bocal de verre
blanc et transparent dans une cuve pleine d'eau de source fraichement tiree, de
telle sorte que 1'orifice du bocal soit en haut, au dessous du niveau de 1'eau. On
met dans ce bocal une branche de vigne, une plante quelconque ou des feuilles
vertes, fraichement cueillies... On tourne le bocal sous 1'eau et Ton fait reposer
son orifice sur une assiette. On place le bocal dans un endroit ou il est bien
eclaire par le soleil... Les feuilles se couvrent bientot de bulles d'air dont le
volume croit continuellement. L'air obtenu est reellement dephlogistique". Plus
loin, INGEN-HOUSZ prouve que c'est essentiellement la lumiere du soleil, non
sa chaleur, qui est responsable de la production par les plantes vertes d'air
dephlogistique c'est-a-dire d'air respirable - en d'autres termes d'oxygene -. La
centre epreuve est probante : a 1'ombre, sans lumiere, il n'existe aucune
production d'air dephlogistique. Non seulement les plantes vertes ne degagent
pas d'oxygene a 1'obscurite, elles en consomment comme le demontre en 1804
Theodore de SAUSSURE (1767 -1845).
Une etape supplementaire fut franchie en 1782 par le Suisse Jean SENEBIER avec
1'observation que 1'air fixe (c'est-a-dire CO2) accelere la production d'air
respirable (c'est-a-dire 02) par les plantes. En fait, les deux processus ne sont pas
directement correles comme ceci sera reconnu plus de cent cinquante ans plus
tard. C'est en effet en 1940 que Robert HILL (1899 - 1981) demontre que
1'oxygene est libere par les chloroplastes des plantes vertes, organites speci-
fiques de la photosynthese, sous 1'effet d'une exposition a la lumiere en presence
d'un accepteur d'electrons, par example le ferricyanure ou 1'oxalate ferrique,

sans qu'il y ait reduction de CC>2. L'oxygene ne provient done pas du CC>2, mais
de 1'eau. La demonstration que 1'eau est effectivement la source de 1'oxygene
libere au cours de 1'illumination de plantes vertes fut apportee en 1941 par
Samuel RUBEN et Martin KAMEN grace a des experiences mettant en ceuvre de
1'eau marquee par 18O, 1'isotope lourd de 1'oxygene.
2.5. LAVOISIER ET LA REFUTATION DE LA THEORIE DU PHLOGISTIQUE
"It is quite a tenable point of view to hold that it is not possible to speak of biochemistry
until modern chemistry had been born, and that did not happen until the growth of the
chemistry of gases in the later half of the eighteenth century, the revolution of
chemistry of LAVOISIER, and the founding of modern atomic chemistry by D ALTON."
Joseph NEEDHAM - The Chemistry of Life - 1971
Antoine-Laurent LAVOISIER fut a la fois un cher-
cheur et un administrateur. Destine par sa famille
a une carriere juridique, LAVOISIER suit parallele-
ment a ses etudes de droit des enseignements de
chimie, de physique et de mathematiques. II se
passionne pour la chimie, une science en plein
essor. II y deploiera des qualites d'experimenta-
teur hors pair. A 1'age de 21 ans il remporte un
prix que 1'Academie avait mis au concours sur le
theme : eclairage d'une grande ville. A 28 ans, il
obtient une charge de fermier general, equiva-
lente dans 1'Ancien Regime a celle actuelle de
A.L. LAVOISIER . . . & .
(1743 -1794) tresoner general, puis la direction de la regie des
poudres et salpetres. Cette situation, financiere-
ment confortable, lui permet de mettre en place un laboratoire bien equipe
(Figure IV.4). On considere LAVOISIER comme le fondateur de la chimie
moderne et le precurseur de la biochimie metabolique. Effectivement, il jeta les
bases d'un systeme de raisonnement qui permettait de formuler en termes de
stcechiometrie des reactions chimiques concernant les gaz dont il montra
1'incidence dans le metabolisme respiratoire.
A bien reflechir, beaucoup de notions de base etaient deja acquises du temps de
LAVOISIER. La balance etait couramment utilisee depuis le XVII6 siecle. Jean REY
avait observe que des metaux au contact de 1'air augmentent de poids par
capture d'une substance "aeriforme". L'air respirable ou air vital avait ete
decouvert par PRIESTLEY. La synthese de 1'eau a partir de 1'air respirable (02) et
du gaz inflammable (H2) avait ete realise par CAVENDISH. Cependant, les
explications fournies n'etaient qu'approximatives et sans portee heuristique,
entachees qu'elles etaient par le role qu'on faisait jouer au phlogistique.
Ce calorimetre servait a mesurer la quantite de chaleur degagee par un animal, un

cobaye. II comportait une cavite centrale dans laquelle le cobaye etait place. Une
enceinte autour de la cavite centrale contenait de la glace pilee. La quantite d'eau
formee, recueillie en dessous du calorimetre dans un recipient, servait a evaluer la
chaleur degagee.
a - Calorimetre a glace
Get appareil comporte une cornue dont la

tubulure recourbee debouche dans une cloche
retournee sur une cuve remplie de mercure.
Du soufre present dans la cornue est chauffe. II
s'oxyde, ce qui consomme de 1'oxygene et
provoque une ascension du mercure dans la Musee nat. des techniques - CNAM, Paris
cloche. De la hauteur de 1'ascension, on calcule
la quantite d'oxygene consomme. c - Balance fabriquee
specialement a 1'usage
b - Appareil de mesure des gaz de LAVOISIER
Figure IV.4 - Appareils utilises dans le laboratoire de LAVOISIER

(decrits dans le Traite elementaire de chimie de LAVOISIER, 1793)
Le merite de LAVOISIER fut de rassembler de fac.on lucide et rationnelle un

certain nombre d'observations tirees d'experiences personnelles ou rapportees
par d'autres chercheurs pour en tirer des conclusions objectives et batir une
theorie nouvelle de la combustion. Pour LAVOISIER, les corps simples avaient
la possibilite de s'unir entre eux de fac.on a former des corps composes, de telle
sorte que Ton retrouve dans leur combinaison toute la matiere ponderale des
corps constituants. A titre d'exemple, la combustion en presence d'air etait
consideree comme un processus qui entrainait une combinaison, c'est-a-dire la
fixation d'un composant de 1'air sur le corps combustible.
En 1772, LAVOISIER entame ses premieres experiences sur la nature de 1'aug-
mentation de poids du soufre et du phosphore lors de leur combustion dans
1'air. II montre que lorsque du phosphore brule a 1'air libre il se combine avec
un element de 1'air pour former un corps acide (acide phosphorique). Avec le
soufre, on obtient 1'acide vitriolique (acide sulfurique). Ces experiences, il les
repete sur des metaux comme 1'etain et le mercure avec les memes resultats. Peu
apres la decouverte de 1'air respirable par PRIESTLEY en 1794, LAVOISIER
montre que, dans la calcination des metaux, ce n'est pas 1'air atmospherique
tout entier mais un de ses elements qui est absorbe. Get element, que PRIESTLEY
et INGEN-HOUSZ avaient appele air dephlogistique, LAVOISIER 1'appelle air
vital. Ayant prepare 1'oxyde de mercure, comme 1'avait fait PRIESTLEY en
chauffant moderement du mercure metallique en presence d'air atmospherique,
LAVOISIER demontre que cet oxyde est une combinaison de mercure et d'air
vital provenant de 1'air atmospherique. Le gaz qui reste dans 1'air atmosphe-
rique n'est pas respirable ; il n'entretient pas la vie et pour cette raison
LAVOISIER 1'appellera azote. Partant de 1'oxyde de mercure et le chauffant cette
fois a feu tres vif dans une cornue en porcelaine avec un dispositif approprie
pour recueillir le produit gazeux, LAVOISIER montre que, dans ces conditions,
le mercure metallique est regenere et que se trouve degage de 1'air vital,
caracterise par sa capacite a entretenir la combustion d'une bougie allumee dans
un espace clos.
En 1777, LAVOISIER reprend ses experiences de combustion du phosphore en
acide phosphorique et determine que 1'air vital implique dans cette transfor-
mation represente 20% de 1'air atmospherique. D'autres experiences conduites la
meme annee le conforte dans 1'opinion que 1'air atmospherique est compose
d'un element propre a entretenir la combustion et la respiration; cet air vital,
LAVOISIER propose en 1778 de 1'appeler oxygene dans un memoire intitule Sur
la nature des acides et les principes dont Us sont composes. Le terme oxygene (du
grec 6£uc = acide et yevoc = naissance) fut choisi car les premieres experiences
sur 1'action de Foxygene indiquaient que celui-ci se fixait sur le soufre ou le
phosphore pour donner 1'acide sulfurique ou 1'acide phosphorique, des
molecules dans la composition desquelles entrait 1'oxygene. Plus tard on
s'apercevra que 1'acide chlorhydrique ne contient pas d'oxygene, mais le terme
oxygene persistera.
Claude BERTHOLLET, bien connu pour ses travaux sur les derives du chlore et
aussi sur la quantification des affinites chimiques, avait ete initialement un
defenseur de la theorie du phlogistique. II rompit avec cette theorie dans un
article celebre en 1780 pour adherer aux idees de LAVOISIER. Cette adhesion
entraina celle d'Antoine DE FOURCROY et de Louis Bernard GUYTON DE
MORVEAU (1737 -1816). Celui-ci apres avoir ete avocat general au Parlement de
Dijon s'etait converti a la chimie. Esprit lucide et methodique, il fut pour
beaucoup dans la reforme de la nomenclature chimique en usage a cette
epoque. Un chimiste anglais renomme, Richard KIRWAN (1733 -1813), phlogis-
ticien convaincu, fut finalement amene a resipiscence. II refuta en 1791 les
conclusions de son Essai sur la phlogistique. Des irreductibles demeurerent,
MACQUER en France, SCHEELE et PRIESTLEY a 1'etranger.
En 1787, paraissait sous les signatures de LAVOISIER et de ses collaborateurs,
Louis Bernard GUYTON DE MORVEAU (1737 - 1816), Claude BERTHOLLET et
Antoine DE FOURCROY, la Methode de Nomenclature Chimique. La particularity
des nouveaux systemes etait son caractere binaire, chaque compose chimique
etant designe par deux mots. La classe des composes oxygenes servait de
modele, le premier nom etant un acide ou un oxyde, le second se referant au
corps simple qui se combinait a 1'oxygene. On avait ainsi 1'acide sulfurique et
1'oxyde de plomb. Pour designer le degre d'oxydation on utilisait des prefixes et
des suffixes. Ainsi les termes acide hyposulfureux, sulfureux, sulfurique desi-
gnaient la richesse croissante des differentes combinaisons du soufre avec
1'oxygene.
En 1789 LAVOISIER public son Traite Elementaire de Chimie qui contenait les
bases de la nouvelle chimie. Ce traite sera reedite en 1793 (Figure IV.5).
Desormais les reactions chimiques pouvaient s'expliquer sans le secours du
phlogistique. La refutation de la theorie du phlogistique inaugurait la naissance
de la chimie moderne. Aux designations esoteriques de substances chimiques
diverses qui comportaient des relents de magie succedent des termes entie-
rement nouveaux en accord avec la realite experimental. L'huile de vitriol,
1'esprit de Venus et la laine philosophique deviennent 1'acide sulfurique, 1'acide
acetique et 1'oxyde de zinc. L'air dephlogistique devient 1'oxygene, le gaz
phlogistique 1'azote, les chaux des oxydes metalliques. Ainsi la revolution
chimique initiee par LAVOISIER debouchait sur de nouveaux concepts et un
nouveau vocabulaire. En particulier, le concept d'oxydation fournissait une
explication rationnelle au processus de la respiration chez les organismes
aerobies animaux et vegetaux. De plus, les lois fondees sur la theorie atomique
avec AVOGADRO, GAY-LUSSAC ET DALTON allaient permettre de comprendre
les transformations moleculaires qui s'accomplissent dans les cellules vivantes.
Figure IV.5 - Fac-simile de la page de titre du

Traite elementaire de chimie de LAVOISIER (2e edition, 1793)
3. I/EMERGENCE DE LA CHIMIE PHYSIOLOGIQUE

AU XIXE SIECLE
"La decouverte de la combustion respiratoire par LAVOISIER a ete plus feconde pour
la physiologic que la plupart des decouvertes anatomiques."
Claude BERNARD
Lemons sur les phenomenes de la vie communs aux animaux et aux vegetaux - 1878
La chimie physiologique prend ses racines dans les recherches de LAVOISIER

sur les echanges gazeux dans la respiration animale. Elle se developpe dans le
courant du XIX e siecle avec les progres de la chimie organique. D'un aspect
initial phenomenologique, la chimie physiologique se tourne, a la fin du
XIXe siecle, vers un inventaire detaille des mecanismes moleculaires qui
president a la vie de la cellule.
3.1. LES GERMES DE LA CHIMIE PHYSIOLOGIQUE

A LA FIN DU XVIIIE SIECLE
On savait depuis longtemps que les animaux ont besoin d'air pour vivre. Mais
ce n'est qu'au XVII6 siecle, avec la machine pneumatique utilisee pour faire le
vide, que BOYLE apporte la preuve de la necessite de 1'air pour la vie animale.
BOYLE observe egalement que si un animal est abandonne dans une atmosphere
confinee, il ne peut survivre que si 1'air est constamment renouvele. Pourquoi
1'air est-il necessaire a la vie animale ? Differentes theories s'affronterent au
XVII6 siecle, qui finiront par s'effriter. L'une d'elles pretendait que 1'air inspire
depliait les alveoles pulmonaires, ce qui facilitait le transport du sang dans les
capillaires qui irriguaient ces alveoles. Une autre theorie postulait que Fair
agissait par un effet de refroidissement, neutralisant ainsi la chaleur degagee par
1'activite mecanique du cceur.
En 1777, LAVOISIER experimente sur des cobayes et des oiseaux. II analyse le
devenir de I'air atmospherique au cours de la respiration. II constate que la
partie respirable de 1'air atmospherique (air vital ou oxygene) est la meme que
celle qui entretient et active la combustion d'une bougie allumee. De plus, il
observe que cet air respirable est transforme au cours de la respiration en air
fixe (CO2) denomme "acide crayeux aeriforme". L'air fixe (CO2) est inapte a la
respiration. LAVOISIER le distingue d'une autre forme d'air non respirable deja
connu a cette epoque, 1'air mephitique encore appele azote.
En 1783 LAVOISIER realise, en collaboration avec le physicien Pierre Simon DE
LAPLACE (1749 -1827), une experience d'echanges gazeux sur un cobaye place
dans un calorimetre a glace, experience dans laquelle etaient mesurees les quan-
tites d'oxygene consomme et de gaz carbonique produit ainsi que la quantite de
chaleur degagee, calculee a partir du poids de glace fondue et transformee en
eau. Tout se passait comme si des composes carbones endogenes du cobaye

etaient brules avec degagement de CC>2 et de chaleur. LAVOISIER et LAPLACE en
conclurent que la respiration est un processus analogue a la combustion du
charbon et que dans la respiration comme dans la combustion c'est Fair de
1'atmosphere qui fournit 1'oxygene. Cette combustion, ils la localisent au niveau
des poumons. En 1789, avec Armand SEGUIN (1767 - 1835), LAVOISIER suggere
que la production de CC>2 au niveau des poumons est alimentee par la
combustion de substances provenant de la digestion des aliments. Cette idee
subira une premiere revision en 1817 avec Heinrich MAGNUS (1802 -1870) qui
demontre que 1'oxygene charrie par le sang arteriel disparait en partie au niveau
des capillaires. Est-il utilise par les cellules de 1'endothelium des capillaires ou
diffuse-t-il au-dela des capillaires, c'est-a-dire au niveau des tissus ? Ce probleme
sera resolu par deux autres physiologistes allemands, Max SCHULTZE et Eduard
PFLUGER. En 1865, Max SCHULTZE (1825 -1874) fit d'interessantes observations
sur un insecte luminescent Lampyres splendidula. Par une curiosite anatomique,
les trachees respiratoires de cet insecte debouchent sur des cellules en grappe
porteuses du pouvoir luminescent. On pouvait observer a travers le microscope
des alternances de luminescence en phase avec des alternances de respiration,
ce qui inclinait a penser que 1'oxygene de 1'air penetrait dans ces cellules dont il
stimulait la luminescence. Entre 1872 et 1876 le concept de respiration cellu-
laire fut etendu aux tissus et organes de mammiferes par Eduard PFLUGER
(1829 -1910) de 1'universite de Bonn. On pouvait des lors concevoir que le role
du sang etait d'apporter 1'oxygene aux tissus. Ce role est accompli grace a
1'hemoglobine des globules rouges qui se charge en oxygene au niveau des
poumons et relache cet oxygene dans les capillaires au niveau des tissus.
Apres avoir relie la respiration a la nutrition, SEGUIN et LAPLACE postulerent en
1790 que la transpiration "facilitait le degagement d'une certaine quantite de
calorique". Ainsi grace a LAVOISIER et a ses collaborateurs etaient etablies les
bases de 1'energetique animale, avec la respiration qui fournit le calorique, la
transpiration qui regule le calorique et la digestion qui apporte a 1'organisme ce
qu'il perd par la respiration et la transpiration.
3.2. LA CHIMIE ORGANIQUE, BASE DE LA CHIMIE PHYSIOLOGIQUE
La nouvelle chimie qui allait permettre d'apprehender 1'exploration du fonc-

tionnement de la cellule en termes moleculaires s'enrichit, au tournant du
XIXe siecle, de 1'isolement et de la purification de nombreuses substances
organiques du monde animal et du monde vegetal. Son terrain avait ete
largement ensemence quelques decennies plus tot par les travaux d'eminents
chercheurs. Carl SCHEELE avait purifie un nombre impressionnant d'acides
organiques par cristallisation fractionnee de leurs sels de calcium et de plomb :
1'acide tartrique a partir de mouts de raisin en 1770, 1'acide lactique a partir de
lait fermente en 1780,1'acide citrique a partir du citron en 1784,1'acide malique a
partir de jus de pommes en 1785. II avait prepare 1'acide oxalique par oxydation
du sucre de canne (saccharose) avec de 1'acide nitrique. II avait isole le glycerol
par action de la soude sur des graisses animales et vegetales. En 1779,
FOURCROY et son eleve VAUQUELIN avaient obtenu 1'uree a 1'etat pur a partir
d'urine. Us avaient demontre que 1'acide benzoi'que est un produit de clivage
d'un acide organique, 1'acide hippurique, lequel fut purifie par LIEBIG,
cinquante ans plus tard. Le nom d'acide hippurique venait de la presence de cet
acide en grandes quantites dans 1'urine de cheval. BERTHOLLET avait mis au
point une methode de determination d'azote par dosage d'ammoniac libere par
distillation d'hydrolysats de substances azotees. A partir de chlore, il avait
prepare 1'hypochlorite et le chlorate de potassium.
Dans les annees 1810, GAY-LUSSAC et son colla-
borateur Louis Jacques THENARD (1777 - 1857)
avaient determine la composition elementaire du
sucre de canne. Aux substances naturelles qui
venaient d'etre isolees et analysees s'ajouterent le
cholesterol cristallise en 1876 par Michel Eugene
CHEVREUL (1786 - 1889), eleve de VAUQUELIN.
Des alcaloi'des : la strychnine, la brucine et la
quinine furent isoles et cristallises par deux cher-
cheurs de 1'ecole de pharmacie de Paris, Joseph
PELLETIER et Joseph CAVENTOU (egalement for-
mes a 1'ecole de VAUQUELIN). Avec le mode
d'action de ces alcaloi'des, prenait naissance la
M.E. CHEVREUL
pharmacologie moleculaire, une discipline qui
e (1786 -1889)
vivra son plein developpement au XX siecle.
Dans la premiere decennie du XIX e siecle emerge avec DALTON la theorie
atomique. En 1801, DALTON s'occupait a Manchester de recherches concernant
Faction de Fair sur le dioxyde d'azote. II remarqua que 1'oxygene contenu dans
100 volumes d'air s'unissait soit a 36 volumes, soit a 72 volumes d'azote selon les
conditions experimentales pour donner les produits respectifs NO et NO2- Cette
observation et d'autres donnerent naissance a la loi des proportions multiples
d'ou fut tire en 1808 le concept d'atomes : lorsque deux corps se combinent en
plusieurs proportions, cette combinaison ne peut s'effectuer que par 1'addition
d'atomes entiers. Les poids atomiques assignes par DALTON aux differents ele-
ments, en se basant sur un poids atomique de 1 pour 1'hydrogene, represen-
taient les proportions fixes selon lesquelles les corps se combinent. Humphrey
DAVY (1778 -1819) les denommera nombres proportionnels. DAVY allait par la
suite s'illustrer par ses travaux sur 1'electrolyse. II demontra que 1'eau etait
decomposable par le courant electrique fourni par une pile et qu'en se decom-
posant elle fournissait uniquement de 1'hydrogene et de 1'oxygene.
En 1808, GAY-LUSSAC constate que les volumes de deux gaz qui se combinent
pour former un produit sont dans un rapport simple ; cette observation sera
suivie, en 1811, par la loi d'AVOGADRO selon laquelle des volumes egaux de
gaz contiennent le meme nombre de molecules (Chapitre III-1.2).
Dans les annees 1810 -1820, fut developpee par Eugene CHEVREUL une notion
qui avait ete esquissee par Robert BOYLE au XVII 6 siecle, celle de principe
immediat. Un principe immediat definit une substance dont les elements
atomiques sont presents dans des proportions parfaitement definies. Ainsi une
proteine comme 1'albumine ou le gluten, ou bien un acide gras comme 1'acide
palmitique ou 1'acide stearique, ou encore un alcool comme le glycerol sont des
principes immediats. Ce n'est pas le cas des graisses, comme les triglycerides
qui liberent par hydrolyse du glycerol et differents types d'acides gras de
longueur de chaine variable. Un triglyceride n'est pas un principe immediat;
c'est une combinaison d'acide gras et de glycerol.
II y eut en 1828 un evenement marquant dans le domaine de la chimie ; ce fut la
synthese de 1'uree a partir de cyanate d'ammonium par Friedrich WOHLER
(1800 -1882), un eleve de BERZELIUS. Jusqu'a la date de sa synthese, 1'uree etait
considered comme faisant partie de la chimie mysterieuse des etres vivants a
laquelle on referait par le terme de vitalisme. La notion de vitalisme fut
ebranlee par le fait qu'il s'averait possible de fabriquer de fac,on artificielle par
synthese chimique un compose qui, comme 1'uree, etait repute etre le temoin
du fonctionnement du vivant. Apres un temps d'etonnement, le monde savant
se ravisa. BERZELIUS ramena la decouverte de WOHLER au niveau d'une belle
performance de la chimie. Le grand physiologiste Johannes MULLER minimisa
aussi la portee de cet exploit en ecrivant qu'apres tout 1'uree etait une espece
moleculaire a la frontiere du monde mineral. Le coup fatal pour le vitalisme fut
porte par la synthese de 1'acide acetique realisee en 1845 par I'Allemand
Hermann KOLBE (1818 -1884). Jusqu'a cette epoque, la chimie etait regardee
comme une science a part entiere, totalement unifiee. Sous 1'effet des nouvelles
decouvertes elle subit un clivage en chimie minerale et chimie organique, la
chimie organique etant consacree a 1'etude des molecules d'origine animale et
vegetale. BERZELIUS considerait les molecules de la chimie minerale comme
des "radicaux simples" et celles de la chimie organique comme des oxydes de
"radicaux complexes". Plus tard, la chimie organique sera redefinie comme la
chimie des molecules "carbonees".
BERZELIUS s'etait interesse tres tot aux phenomenes electriques. Sa these de
medecine avait porte sur les proprietes therapeutiques de 1'electricite. Aussi
n'est-il pas etonnant de constater sa propension a classer les substances d'apres
leur "disposition electrique". C'est ainsi qu'il fonde une theorie dualiste selon
laquelle les atomes dont sont formees les molecules possedent des polarites
electriques qui tendent a reunir ces atomes. Toute reaction chimique ressort
done d'un phenomene electrique. BERZELIUS avait classe comme electropositifs
les metaux, 1'hydrogene et les radicaux alcoyles et comme electronegatifs le
chlore et les radicaux acides.
Les premieres difficultes apparurent lorsque Ton

montra que le chlore pouvait etre remplace par
1'hydrogene dans differentes molecules orga-
niques. Cette difficulte fut levee avec la theorie
de la substitution proposee par Jean-Baptiste
DUMAS en 1834. Dans le sillage de DUMAS,
Auguste LAURENT postula en 1836 que les mole-
cules organiques sont soit des noyaux simples,
soit des combinaisons de noyaux. Dans les deux
cas, les molecules sont organisees d'une faôn
compacte, assimilable a un systeme planetaire,
les atonies etant maintenus entre eux par affmite.
De la theorie de LAURENT sortira la notion de
fonction chimique. Au nom de LAURENT est
associe celui de Charles Frederick GERHARDT, J.B. DUMAS
(1800 -1884)
un eleve de LIEBIG.
GERHARDT generalisa la theorie de la substitution. II developpa le concept de
composes organiques homologues, consideres comme des corps de proprietes
voisines (point d'ebullition, point de fusion) et qui different dans leur
composition par une progression reguliere du nombre d'atomes de carbone et
d'hydrogene. C'est a un autre eleve de LIEBIG, August KEKULE (1829 -1896)
que Ton doit la formulation de la tetravalence du carbone et celle de la nature
cyclique de la molecule de benzene.
Dans le milieu du XIX e siecle, malgre les progres de la chimie organique concre-
tises par la synthese et 1'identification d'un grand nombre de molecules, une
formulation atomique univoque des molecules deja connues etait loin d'etre
acquise. On trouvait la formule de 1'eau ecrite HÔ ou H^C^, celle du gaz car-
bonique CC>2 ou €204. L'acide acetique etait represente par plus de dix formules.
Une rationalisation de I'ecriture chimique s'imposait. Amorcee par GERHARDT,
elle se realisa sous 1'impulsion de KEKULE, de WURTZ, du Russe Dmitri
MENDELEIEV (1834 - 1907) auteur de la classification periodique des elements et
de 1'Italien Stanislao CANNIZZARO (1826 - 1910) qui reintroduisit la loi
d'AVOGADRO (Chapitre III-1.2) tombee dans 1'oubli. La chimie organique dotee
d'un langage precis allait alors servir de tremplin a la chimie physiologique.
La chimie physiologique fut d'abord une science de la nutrition. L'un des grands
physiologistes de la premiere moitie du XIX e siecle fut Francois MAGENDIE
(1783 - 1855). Dans des experiences de nutrition comparee, il demontre la
necessite d'un apport azote chez les animaux : des chiens nourris exclusivement
avec du sucre et des graisses deperissent en quelques semaines. Le medecin et
chimiste anglais PROUT confirme ces conclusions. C'est a PROUT que Ton doit
la classification des aliments en trois categories : proteines, graisses et sucres. En
1836, SCHWANN qui devait s'illustrer quelques annees plus tard avec la theorie
cellulaire (Chapitre II-4.2) demontre que 1'estomac secrete un ferment qui
dissout la viande et auquel sera donne le nom de pepsine (Chapitre III-3.1).

Pour caracteriser ce processus, SCHWANN parla de force metabolique.
Comprendre le metabolisme reviendra a comprendre 1'organisation de ce qui
apparaitra plus tard comme 1'ensemble des cycles fondamentaux de la nature, en
particulier le cycle du carbone et celui de 1'azote.
3.3. LE PROBLEME DE L'ASSIMILATION AZOTEE
En 1785, BERTHOLLET avait constate que 1'azote, connu a cette epoque sous le
nom d'air mephitique ou air vicie, etait present dans une substance organique
du monde vegetal, le gluten. En 1789, FOURCROY avait montre que des
substances azotees etaient egalement presentes dans le tissu musculaire d'ani-
maux herbivores et carnivores. L'idee qui commenga a poindre etait que les
animaux herbivores tiraient leurs composes azotes d'aliments vegetaux et que
les carnivores predateurs d'herbivores maintenaient ainsi leur equilibre azote.
Frappes par la faible teneur en azote de 1'herbe dont se nourrissent les
ruminants, Jean-Noel HALLE (1755 -1822) ainsi que FOURCROY formulent en
1791 1'hypothese de 1'animalisation. Selon cette hypothese, les substances
vegetales qui entrent dans 1'alimentation du betail subissent chez 1'animal une
transformation qui consiste en 1'addition d'azote et en une perte de carbone par
decarboxylation sous forme de CO2- La theorie de 1'animalisation sera admise
jusqu'a ce que Jean-Baptiste BOUSSINGAULT demontre que, malgre sa pauvrete
en materiel azote, le fourrage, du fait de 1'enorme quantite absorbee par les
bovides, fournit a ceux-ci suffisamment d'azote pour rendre compte des
quantites de "matieres albuminoi'des" trouvees dans leurs tissus et dans des
produits de secretion comme la caseine du lait.
Ingenieur de 1'ecole des mines de Saint-Etienne,
BOUSSINGAULT avait passe plusieurs annees a
Bogota en Colombie, ou il avait accepte une
fonction d'instructeur dans une ecole d'inge-
nieurs. Interesse par la botanique et la chimie, il
avait ete frappe par la capacite fertilisante du
guano, un produit riche en sels ammoniacaux
forme a partir d'excrements d'oiseaux. II en avait
conclu que les plantes prelevent de 1'ammoniac
soit a partir des sels ammoniacaux presents dans
le sol, soit sous forme de gaz a 1'etat de traces
dans 1'air atmospherique. Ainsi voyait-on s'ela-
J.B. BOUSSINGAULT . .. , , , - , i / L j i
(1802 -1887) borer une ebauche du cycle de 1 azote dans la
nature ou l'ammoniac rejete par les animaux etait
repris par les plantes et incorpore dans des molecules organiques. A son retour
en France, BOUSSINGAULT fut nomme professeur de chimie a 1'universite de
Lyon, puis au Conservatoire des arts et metiers de Paris ou il devint titulaire de
la chaire d'economie rurale. A Paris, sa collaboration avec Jean-Baptiste DUMAS

qui enseignait la chaire de chimie a la Sorbonne fut particulierement efficace.
Reprenant ses travaux sur le metabolisme azote, BOUSSINGAULT observa que
des plantes cornme le trefle rendaient le sol plus fertile. II correla cette
fertilisation a une augmentation de la teneur du sol en azote, persistant toutefois
a penser que la source d'azote etait rammoniac de 1'air. C'est a 1'un des anciens
eleves de BOUSSINGAULT, Georges VILLE (1824 -1897), que revient le merite
d'avoir montre que 1'azote de 1'air est directement assimile par les plantes. Sa
demonstration s'appuyait sur 1'observation que des plantes comme le pois et le
lupin croissaient sans difficulte dans une atmosphere chargee en gaz carbonique
et debarrasse de traces d'ammoniac par barbotage dans 1'acide sulfurique.
BOUSSINGAULT reprit en 1854 le protocole de VILLE en utilisant cette fois un
milieu artificiel constitue de poudre de pierre ponce et de cendres de lupin ou
de pois. Le resultat fut negatif. La cause de cet echec fut comprise plusieurs
dizaines d'annees plus tard et attribute a la destruction par le chauffage des
bacteries du sol assimilatrices d'azote (Chapitre II-7.3.5). Ainsi le cycle de 1'azote
implique-t-il obligatoirement la fixation de cet azote par des bacteries du sol qui
possedent un systeme enzymatique capable de le reduire en ammoniac.
3.4. L'ANALYSE CHIMIQUE ET L'EXPERIMENTATION PHYSIOLOGIQUE

DANS L'ETUDE DU METABOLISME ANIMAL
L'analyse chimique du temps de LAVOISIER consistait a decomposer des

substances organiques dans une chambre de combustion et a analyser les gaz
qui en resultaient C>2, H2, N2 et CC>2. Dans les annees 1810, cette analyse fut
amelioree avec 1'utilisation de catalyseurs d'oxydation, le chlorate de potassium
par GAY-LUSSAC, puis 1'oxyde de cuivre par LIEBIG.
L'appareillage d'analyse fut perfectionne dans les
annees 1830 par LIEBIG avec 1'introduction de
pieges a potasse pour le CC>2 et a chlorure de
calcium pour 1'eau. Apres combustion, les pieges
etaient peses et Ton deduisait, a partir de 1'acqui-
sition de poids, les quantites de CC>2 et d'eau
formees. Grace a ces ameliorations, il fut possible
d'obtenir des compositions exactes en C, H, N, et
O de differents composes organiques.
L'analyse chimique elementaire est dominee dans
le milieu du XIX e siecle par LIEBIG en Allemagne,
DUMAS et BOUSSINGAULT en France. LIEBIG , VONLIEBIG
avait rec.u sa formation de chimiste a Paris sous la (1800 -1884)
direction de GAY-LUSSAC. A 21 ans il est nomme
professeur de chimie a 1'universite de Giessen. Apres des debuts difficiles ou il
devait payer 1'equipement de son laboratoire sur son propre salaire, il finit par
constituer un groupe de chercheurs particulierement efficace. C'est a son ecole

que furent formes les chimistes allemands August KEKULE et Adolf STRECKER
ainsi que les chimistes frangais Charles GERHARD! et Charles WURTZ
(1817 -1884). Ce dernier devint professeur de chimie a la faculte de medecine de
Paris. La ferule de LIEBIG etait notoire. Son pouvoir de decision etait tel que nul
candidat a un poste officiel ne pouvait etre nomme sans son aval.
En 1883, le Danois Johan KJELDAHL (1849 -1900) mit au point une methode de
dosage relativement commode de 1'azote dans des tissus ou des molecules
organiques. L'echantillon etait digere par 1'acide sulfurique en presence de
traces d'oxydants comme le permanganate de potassium ou 1'acide perchlo-
rique, de fac.on a convertir 1'azote en sulfate d'ammonium. La solution etait alors
diluee et un exces de soude etait ajoute de fac.on a liberer rammoniac. Celui-ci
etait recueilli grace a un appareil de distillation dans un becher rempli d'eau et
titre immediatement avec un acide de molarite connue.
Au milieu du XIX e siecle, des materiels scientifiques furent perfectionnes et
d'autres furent inventes. A Heidelberg, le bee Bunsen de chauffage au gaz fut
invente en 1855 par Robert BUNSEN (1811 -1899), ainsi que la fiole d'Erlenmeyer
en 1859 par Emil ERLENMEYER (1825 -1909). Au tout debut des annees 1910, un
appareil de dosage du CC>2 etait mis au point par 1'Americain Donald
VAN SLYKE (1883 -1971). Cet appareil permettait le dosage du bicarbonate du
plasma sanguin qui est un reflet de 1'equilibre acido-basique de 1'organisme.
A regarder les resultats des analyses pratiquees a partir du milieu du XIX e siecle,
on est frappe par leur remarquable precision qui contraste avec la modicite des
precedes analytiques disponibles. L'explication en est donnee par 1'utilisation de
quantites assez considerables du materiel soumis a 1'analyse, allant du gramme a
la dizaine de grammes. Au tournant du XXe siecle, avec le perfectionnement des
techniques et 1'introduction de la microanalyse par le chimiste autrichien Fritz
PREGL I1! (1869 -1930), il fut possible de descendre a des valeurs d'une dizaine
de milligrammes.
Dans les premieres annees du XIX e siecle, la nutrition et la digestion etaient des
sujets d'etude fayoris ou s'illustrerent en Allemagne le physiologiste Friedrich
TIEDEMANN (1781 - 1861) et le chimiste Leopold GMELIN (1788 - 1853) avec
1'analyse des produits obtenus a partir de differents types d'aliments par action
de sues digestifs, par exemple le sue gastrique. Dans son traite Lehrbuch der
physiologischen und pathologischen Chemie (2d Ed. 1889), le physiologiste suisse
Gustav BUNGE (1844 -1920) fit le point sur les avancees du metabolisme animal
au milieu du XIX e siecle. On pouvait y noter la pratique de plus en plus courante
de la chirurgie experimentale suivant des techniques bien codifiees. A titre
d'exemple, pour analyser le role du pancreas dans la digestion des proteines,
KUHNE a Heidelberg operait sur le chien de la fac.on suivante. II pratiquait une
premiere ligature au-dessus de 1'orifice du canal pancreatique et une seconde
[11 Fritz PREGL, Prix Nobel de chimie (1923).

quelques centimetres plus bas. II introduisait deux canules dans 1'anse intestinale
ligaturee. Apres lavage de 1'anse intestinale pour eliminer toute trace de residu,
il y injectait une suspension de fibrine. Au bout de quatre heures, l'animal etait
sacrifie et 1'anse intestinale extirpee. Les analyses effectuees sur le contenu
intestinal revelaient la presence de peptones, produits de digestion partielle de
la fibrine, et celle d'acides amines comme la tyrosine et la leucine temoins de la
digestion totale de la proteine.
Grace a 1'experimentation animale, la connaissance de la physiologic des grands
systemes (respiratoire, nerveux, digestif, circulatoire) va notablement progresser
et les retombees se feront rapidement sentir en medecine et en chirurgie
humaines.
3.5. LE DOGME DE LA SEPARATION ENTRE METABOLISME ANIMAL

ET METABOLISME VEGETAL
Dans les annees 1830 - 1840, LIEBIG, DUMAS et BOUSSINGAULT conduisent des
analyses chimiques en parallele sur des tissus animaux et vegetaux, convaincus
que ces recherches pourraient ouvrir la voie a un concept unifie en physiologic
generale. Pour ces auteurs, il devait exister un vaste cycle metabolique du
vivant incluant animaux et vegetaux, tel que le regne animal devait dependre
du regne vegetal. Dans un cours donne a la faculte de medecine de Paris en
1844, DUMAS et BOUSSINGAULT decrivirent un certain nombre de differences
entre les metabolismes des deux regnes qui pouvaient se resumer ainsi. Les
organismes animaux brulent en presence d'oxygene des materiaux azotes, des
graisses et des sucres tandis que les plantes synthetisent ces memes substances
grace a des reactions de reduction. En brulant leurs nutriments, les animaux
rejettent de 1'eau, du gaz carbonique et des materiaux azotes simples comme
1'ammoniac et 1'uree, alors que les vegetaux fixent le gaz carbonique et rammo-
niac (en fait, 1'azote) ainsi que 1'eau. Enfin, les vegetaux produisent de 1'oxygene
qui est utilise par les animaux aerobics. Ainsi, emergeait le concept que les
animaux sont adaptes pour effectuer des reactions de degradation alors que les
vegetaux realisent des reactions de synthese. Pour attractif qu'etait ce concept
dans sa simplicite, il ne survivra pas aux experiences de Claude BERNARD sur la
glycogenese animale. Une premiere faille etait d'ailleurs apparue des 1824
lorsque WOHLER avait observe que 1'acide benzoi'que, un des composants de
1'acide hippurique, introduit par une sonde dans 1'estomac d'un chien etait trans-
forme en acide hippurique par condensation avec du glycocolle. Cette expe-
rience fit grand bruit a 1'epoque car elle suggerait la possibilite de synthese dans
le regne animal. Elle fut cependant classee comme un evenement anecdotique.
II faudra attendre la fin du XIX e siecle pour que 1'on se rende compte que,
malgre certaines differences, le regne animal et le regne vegetal presentent des
analogies frappantes au plan de leur metabolisme, et qu'ils sont tous les deux
aptes a realiser des syntheses.
3.6. CLAUDE BERNARD ET LA DECOUVERTE

DE LA GLYCOGENESE ANIMALE
A cote de Johannes MULLER a Berlin et de ses
eleves Hermann HELMHOLTZ (1821 -1894) et
Emil DU BOIS-REYMOND (1818 -1896), et a cote
de Carl LUDWIG (1816 -1895) a Leipzig, Claude
BERNARD en France peut etre considere comme
1'un des plus grands physiologistes de la seconde
moitie du XIX e siecle. Claude BERNARD avait
ete 1'eleve d'un autre physiologiste de renom,
Francois MAGENDIE, promoteur de 1'etude du
fonctionnement des organismes vivants par la
vivisection associee a des analyses chimiques
rigoureuses. C'est dans la meme veine methodo-
logique que Claude BERNARD, assiste du chirniste
C. BERNARD
Theophile PELOUZE (1807 - 1867) entreprend
(1813 -1878)
1'exploration de la physiologic animale.
Les travaux de Claude BERNARD au College de France sur la fonction glyco-
genique du foie s'echelonnent depuis 1848 sur une dizaine d'annees dans des
notes publiees dans les Archives de la Societe de Biologic, dans les Comptes rendus
de VAcademic des sciences et dans sa these de science soutenue en 1853. Les
resultats de ces experiences s'opposaient aux idees de 1'epoque selon lesquelles
le sucre (glucose) n'existe dans le sang des animaux qu'a la condition que ceux-
ci aient prealablement ingere des substances qui en contiennent. La premiere
experience de Claude BERNARD portait sur trois chiens, 1'un nourri avec de
1'amidon, 1'autre avec de la viande, le troisieme etant maintenu a jeun. Le sucre
etait dose par reduction du tartrate double de potassium et de cuivre. On
retrouvait du sucre dans le sang des trois animaux. La presence de sucre dans le
sang du chien sournis au jeune etait en disaccord avec les idees en cours a cette
epoque. Dans une autre experience, un chien etait soumis au jeune pendant huit
jours, puis il etait nourri pendant onze jours avec de la viande bouillie. L'animal
etait alors sacrifie. Le dosage de sucre revelait sa presence en quantites quasi
normales dans le foie et le sang de la veine sus-hepatique. Par contre, le sang de
la veine porte etait pratiquement depourvu de sucre, en accord avec 1'absence
de sucre dans la viande bouillie. La preuve etait ainsi apportee que le foie
fabriquait et "secretait" du sucre, c'est-a-dire du glucose, a partir de molecules
de nature differente.
Arrive la fameuse experience du foie lave. Le foie preleve a partir d'un chien
sacrifie est perfuse par un abondant courant d'eau de fac,on a le debarrasser du
sucre qu'il contient. Le foie ainsi lave est alors place dans une atmosphere
humide a temperature ambiante. Vingt-quatre heures apres, Claude BERNARD
constate qu'"on voit renaitre la matiere sucree en abondance dans le foie qui en
avait ete completement debarrasse par lavage". Claude BERNARD postule que la
"matiere sucree" (glucose) s'est formee a partir d'une substance de stockage. II

extrait cette substance par de 1'eau chaude a partir d'un broyat de foie et il la
precipite par addition d'ethanol a froid. Apres sechage, il obtient une poudre
blanche auquel il donne le nom de glycogene. La quantite de glycogene
present dans un foie de mammifere represente approximativement le dixieme du
poids de 1'organe. Un foie humain de 1500 g en contient de 1'ordre de 150
grammes. Claude BERNARD pressent que le glycogene est degrade en glucose
dans le foie sous 1'effet "d'un ferment diastasique". Ce ferment, il en demontre
1'existence en 1'extrayant d'un broyat de foie a 1'aide d'une solution glycerinee.
II compare 1'effet sur le glycogene du ferment hepatique avec celui de la
"diastase" isolee de 1'orge germe par PAYEN et PERSOZ (Chapitre III-3.1). Les
effets sont identiques : "on voit, ecrit-il, la transformation sucree s'operer en
quelques instants et le liquide acquerir la propriete de reduire les sels de cuivre
en solution alcaline", la reduction du cuivre etant le critere d'apparition du
glucose a partir du glycogene.
Avec une vision panoramique de la physiologic, Claude BERNARD relatant ses
experiences sur la glycogenese concluait en 1878 dans ses Lemons sur les phe-
nomenes de la vie communs aux animaux et aux vegetaux : "nous trouvons done
dans la glycogenese animale (glycogene) comme dans la glycogenese vegetale
(amidon) les deux phases caracteristiques des phenomenes de la vie : la creation
organique (glycogene et amidon) et la destruction organique, transformation
du glycogene et de 1'amidon en sucre, puis la destruction du sucre par un
precede analogue a la combustion". "Malheureusement, ajoutait-il, on ne
connait bien actuellement que le phenomene de destruction des principes
amylaces. Quant a la synthese du glycogene et de 1'amidon, elle est entouree
pour nous de graves difficultes". Effectivement, le secret de la glycogenese ne
sera perce que dans la deuxieme moitie du XXe siecle.
La decouverte de la fonction glycogenique du foie par Claude BERNARD
representait une avancee significative en chimie physiologique. Pour en
mesurer 1'importance, il convient de rappeler que des chimistes celebres comme
LIEBIG, DUMAS et BOUSSINGAULT continuaient de soutenir 1'hypothese
dualiste suivant laquelle les plantes etaient le siege de biosyntheses par des
reactions de reduction et que les animaux etaient essentiellement des consom-
mateurs de produits synthetises par les plantes. La decouverte de la synthese de
glucose et de glycogene au niveau du foie a partir de nutriments de nature
proteique contredisait 1'hypothese dualiste.
Une autre contribution fondamentale de Claude BERNARD concerne la notion
de Constance des conditions de vie dans le milieu interieur des organismes
vivants qui sera baptise plus tard par Walter CANNON du nom d'homeostasie
cellulaire (Chapitre 11-10.3). En d'autres termes, les fluctuations des concen-
trations moleculaires dans les tissus ou les organes se font dans d'etroites limites.
Cette notion ressurgira un siecle plus tard lorsqu'il s'agira d'interpreter les
equilibres reactionnels au niveau des chaines et cycles metaboliques.
3.7. LE CONCEPT DE BIOENERGETIQUE ET SA QUANTIFICATION
A la fin du XVIII6 siecle LAVOISIER et LAPLACE avaient conclu de leurs experi-

ences sur la respiration animale que 1'oxygene de 1'air servait a bruler des mole-
cules organiques de la meme fagon qu'il assurait la combustion du charbon. En
1848, le physicien et medecin allemand Robert VON MAYER (1814 - 1878)
formule le concept de la transformation de 1'energie chimique provenant de la
respiration en force mecanique au cours de la contraction musculaire. La meme
annee, le physicien britannique James Prescott JOULE (1818 - 1889) calcule 1'equi-
valent mecanique de la calorie et le physiologiste allemand Hermann
VON HELMOLTZ montre que la contraction musculaire est une source de
chaleur. Au tournant du XXe siecle, les physiologistes Max RUBNER (1854 -1932)
en Allemagne ainsi que Wilbur ATWATER (1844 -1907) et Stanley BENEDICT
(1884 -1936) aux Etats-Unis perfectionnent les techniques calorimetriques et
appliquent a l'homme la notion de metabolisme basal defini comme la depense
energetique minimum d'un organisme au repos. L'energie liberee par la com-
bustion des aliments en presence d'oxygene etait mesuree dans un recipient
metallique, une bombe calorimetrique, entouree d'eau dans une enceinte isolee.
L'aliment etait enflamme par une etincelle electrique et la production de chaleur
engendree par la combustion etait deduite des variations de temperature. Elle
etait de 4,1 kcal/g de glucide, 9,3 kcal/g de lipide et 5,3 kcal/g de proteine.
Un important developpement dans les concepts d'energetique prend corps en
1878 avec le physicien americain Willard GIBBS (1839 -1903) et en 1882 avec le
physiologiste et physicien allemand Hermann VON HELMOLTZ qui font la
distinction entre 1'energie totale (AH) liberee sous forme de chaleur dans une
reaction chimique et 1'energie libre ou energie utilisable pour un travail ("free
energy") (AF appele plus tard AG en 1'honneur de Gibbs). La difference entre les
deux termes correspond a une perte d'energie sous forme d'un accroissement
d'entropie, c'est-a-dire de desordre moleculaire au cours de la reaction. En
s'appuyant sur la loi d'action de masse formulee dans les annees 1860 par les
Norvegiens Cato GULDBERG (1836 -1902) et Peter WAAGE (1833 -1900), le
Neerlandais Jacobus VAN'T HOFF (1852 -1911) etablit vingt ans plus tard la
relation entre 1'energie utilisable, AG dans une reaction chimique et la constante
d'equilibre K de cette reaction : AG = - R T In K, le signe moins indiquant une
liberation d'energie, R etant la constante des gaz parfaits et T la temperature
absolue. Ces notions seront appliquees au XXe siecle, d'abord aux reactions de la
glycolyse, puis a 1'ensemble des reactions du metabolisme intermediaire. Elles
constitueront le fondement de la bioenergetique cellulaire.
Avec la bioenergetique, la physiologie etait de venue une science quantitative.
Devant elle s'ouvrait le vaste panorama du metabolisme cellulaire que les outils
analytiques deja forges allaient permettre d'explorer. II manquait cependant des
etres de raison pour rendre compte de certains phenomenes mysterieux de la
physiopathologie, decrits comme des troubles metaboliques, auxquels on
donnera plus tard les noms de deficits hormonaux et d'avitaminoses.
4. LES NOUVEAUX CHAMPS CONCEPTUELS DE LA PHY-

SIOLOGIE ANIMALE AU TOURNANT DU XXE SIECLE :
HORMONOLOGIE ET VITAMINOLOGIE
Pendant la majeure partie du XIX e siecle, les etudes sur le metabolisme des
mammiferes et de 1'homme furent dominees au plan methodologique par la
necessite d'une quantification des modifications chimiques propres a la diges-
tion et a 1'assimilation des aliments ingeres : proteines, lipides et glucides.
Les methodes d'analyse relativement rudimentaires de 1'epoque permettaient,
malgre tout, une estimation correcte des flux metaboliques, par exemple en
termes de rapport d'azote alimentaire a 1'azote excrete. Un changement concep-
tuel categorique se mit en place au tournant du XX e siecle avec 1'apport repete
de preuves que le bon fonctionnement du metabolisme dependait d'une part
de la secretion a doses infinitesimales de molecules de nature organique
(hormones) a partir de glandes dites a secretion interne (pancreas, surrenales,
hypophyse, thyroide, parathyroides) et d'autre part de 1'apport en tres petites
quantites dans 1'alimentation de molecules (vitamines) que 1'organisme ne sait
pas fabriquer et qui sont integrees dans des cofacteurs enzymatiques
(coenzymes).
4.1. LA NAISSANCE DU CONCEPT D'HORMONES

En 1902, deux physiologistes britanniques Ernest STARLING (1866 - 1927) et
William BAYLISS (1860 - 1924) demontrent que la stimulation du duodenum
retentit sur la secretion pancreatique par 1'intermediaire d'un facteur transporte
par le sang, facteur qu'ils appelerent secretine. Us suggerent que la secretine
n'est qu'un exemple, parmi d'autres, d'agents chimiques, lesquels emis a partir
d'un organe modifient le fonctionnement d'autres organes situes a distance. Ces
agents agissent done comme des messagers chimiques. Pour les designer
en insistant sur leur action stimulante, STARLING et BAYLISS creent le terme
d'hormone (du grec opfidco = je stimule). Cette decouverte marque un change-
ment crucial en physiologic. A la theorie des humeurs, heritee de la tradition
hippocratique, succede la theorie des hormones.
La secretine fut decouverte a la suite d'explorations qui visaient a comprendre
1'effet de 1'acide chlorhydrique produit par 1'estomac sur la secretion du sue
pancreatique. En 1900, on inclinait fortement pour une explication fondee sur
un reflexe nerveux induit par 1'acide chlorhydrique. Une telle explication se
justifiait par 1'importance qui avait ete accordee au systeme nerveux dans les
regulations physiologiques au debut du XIX e siecle par des physiologistes
reconnus comme Francois MAGENDIE et Pierre FLOURENS (1794 - 1867) en
France et Charles BELL (1774 -1842) en Angleterre. Par tradition, le role primor-
dial du systeme nerveux dans la coordination des mecaniques physiologiques
chez les mammiferes et 1'homme continua d'etre admis et enseigne dans le

milieu du XIXe siecle en France par Claude BERNARD et en Allemagne par Carl
LUDWIG et Max PFLUGER. Cependant on commenga a douter de la "theorie du
reflexe nerveux" lorsque Ton put reproduire le meme effet apres avoir elimine
toute connexion nerveuse entre le duodenum et le pancreas.
L'experience decisive realisee par BAYLISS et STARLING, decrite dans leur
publication de 1902 dans le Journal of Physiology (vol. 28, pp. 325-353), consistait
a racier la muqueuse d'un duodenum preleve chez un chien et a broyer le
magma cellulaire ainsi obtenu dans un mortier avec du sable fin en presence
d'acide chlorhydrique dilue (0,4%). L/extrait obtenu apres filtration du broyat
sur laine de verre, injecte a un chien, declenchait une secretion quasi immediate
de sue pancreatique. La substance contenue dans la muqueuse duodenale
responsable de la secretion pancreatique fut appelee secretine par BAYLISS et
STARLING. A 1'epoque de cette decouverte, la notion de secretion interne issue
des travaux de Claude BERNARD sur la secretion du glucose par le foie dans le
sang etait un concept largement admis. Malgre tout, le glucose etait essen-
tiellement un metabolite produit en grande quantite, capable par sa degradation
de liberer de 1'energie. Les choses en allaient differemment avec la secretine,
une molecule peu abondante, declenchant un effet stimulant a distance sur un
organe cible, le pancreas. C'est pour bien marquer cette particularite que
BAYLISS et STARLING proposerent le terme d'hormone.
Dans le courant du XIX e siecle, le regroupement de symptomes propres a une
maladie avait fait faire au diagnostic medical de notables progres. Dans le cadre
nosologique des maladies non infectieuses, on avait individualise le diabete et
quelques autres pathologies dont la cause restait totalement mysterieuse. D'un
autre cote, des experimentations sur l'animal demontraient 1'existence de meca-
nismes de nature inconnue qui, quelques annees plus tard, seront rattaches a
une secretion hormonale. Ainsi en 1849, a Gottingen, Arnold BERTHOLD
(1803 - 1861) avait observe que la castration d'un coq suivie de 1'implantation
des testicules dans une autre region de l'animal aboutissait a la sterilite mais ne
modifiait pas les caracteres sexuels secondaires, par exemple la taille de la crete,
alors que la castration sans reimplantation des testicules aboutissait a une
regression de la crete.
Thomas ADDISON (1793 -1860), medecin au Guy's Hospital de Londres, est
credite du titre de fondateur de 1'endocrinologie moderne. C'est en effet dans sa
monographic de 1855 intitulee On the constitutional and local effects of disease of
the supra-renal capsules que 1'on voit mentionnee pour la premiere fois 1'exis-
tence d'une relation entre d'une part la maladie qui porte actuellement le nom
d'ADDISON avec ses symptomes typiques (melanodermie, hypertension,
astenie) et son issue fatale et d'autre part la mise en evidence, a 1'autopsie du
patient, d'une degenerescence des capsules surrenales.
II restait a etablir la nature du ou des facteur(s) specifique(s) des capsules sur-
renales et indispensable(s) a la vie. C'est d'une fagon insolite que demarra
1'experimentation qui allait permettre de repondre a cette question. Au tout

debut de 1890, un medecin britannique George OLIVER (1841 -1915), physio-
logiste autodidacte qui s'interessait a la circulation sanguine, etait parvenu a
mesurer le diametre des arteres peripheriques a 1'aide d'un appareil de calibrage
de sa propre invention. Interesse par les experiences d'ADDISON, OLIVER
decida de mesurer sur son propre fils 1'effet d'une injection d'extrait de glandes
surrenales de bceuf obtenu d'une boucherie du voisinage sur le diametre de
1'artere radiale. Impressionne par une diminution significative du diametre de
1'artere suite a 1'injection de 1'extrait, OLIVER en refera a Edward SCHAFER
(1881 -1960), professeur de physiologic a I'University College de Londres, qui
lui-meme etudiait la pression sanguine chez le chien. D'abord sceptique,
SCHAFER consentit a mesurer 1'effet d'une injection d'extrait de surrenales sur la
pression sanguine du chien. La montee hypertensive etait eclatante. Le resultat
fut rapporte en 1894 sous le titre "On the physiological action of extract of the
suprarenal capsules" dans les Proceedings of Journal of Physiology (tome 16, I-IV).
OLIVER et SCHAFER continuerent de collaborer et etudierent 1'effet d'extraits de
differentes autres glandes sur la pression sanguine. C'est ainsi qu'ils decou-
vrirent 1'action hypertensive d'un facteur hypophysaire qui sera denomme plus
tard vasopressine.
En 1901, le facteur hypertensif localise dans la medullosurrenale et denomme
adrenaline fut purifie par le Japonais Jokichi TAKAMINE (1854 - 1922) et les
Americains John ABEL (1857 -1938) et Thomas ALDRICH (1861 - 1938). L'etape
finale du processus de purification comportait 1'addition d'ammoniaque, ce qui
entrainait la formation de cristaux d'adrenaline, mais empechait celle de nor-
adrenaline, le produit demethyle de 1'adrenaline, lui-meme dote d'activite hor-
monale, similaire mais non identique a celle de 1'adrenaline. Plus tard, des
recepteurs denommes a et (3 pour 1'adrenaline et la noradrenaline furent iden-
tifies. C'est le recepteur (3 active qui declenche 1'activation de 1'adenylate cyclase
et une cascade de reactions qui aboutit a 1'activation de la glycogene phospho-
rylase, 1'enzyme responsable de la degradation du glycogene (Chapitre IV-9.2).
A cote des recherches sur les hormones de la medullosurrenale se developpaient
des etudes qui allaient demontrer le role d'un dysfonctionnement de la glande
thyroi'de dans 1'apparition du goitre ainsi que la relation entre le defaut de
secretion d'insuline par le pancreas et le diabete sucre. La maladie goitreuse
souvent rencontree dans les populations montagnardes fut soignee a la fin du
XIXe siecle de fac.on empirique par 1'addition d'iode a la boisson. En 1895,
Eugene BAUMANN (1846 -1896), un eleve de DU BOIS-REYMOND a Berlin, par-
venait a obtenir par hydrolyse acide d'un broyat de thyroi'de une substance de
nature organique riche en iode tres efficace dans le traitement du goitre. En 1914,
le facteur actif, la thyroxine, etait cristallise par Edward KENDALL (1880 -1972)
et sa structure etait identifiee a la tetraiodothyronine en 1926 par Charles
HARINGTON (1897 -1972). Un des modes d'action de la thyroxine tient au fait
que son recepteur charge en hormone se fixe sur une region specifique de 1'ADN
genomique et se comporte ainsi comme un facteur de transcription. Un autre

mode d'action de la thyroxine concerne la regulation du metabolisme oxydatif.
Jusqu'en 1889, la cause du diabete resta une enigme. C'est a la suite d'une
discussion portant sur le role du sue pancreatique dans la digestion des graisses
qu'Oscar MINKOWSKI (1858 -1895), un jeune assistant de la Clinique Medicale
de 1'universite de Strasbourg, et Joseph VON MERING (1849 -1908), qui tra-
vaillait dans 1'Institut de HOPPE-SEYLER egalement a Strasbourg, deciderent,
pour trancher un point litigieux, de realiser une pancreatectomie chez le chien.
MERING ayant du s'absenter precipitamment pour quelques jours apres 1'ope-
ration, 1'analyse portant sur la digestion des graisses alimentaires fut differee.
Le chien opere fut laisse en semi-liberte dans le laboratoire. Ce qui frappa
MINKOWSKI, ce fut la quantite importante d'urine emise par le chien, ceci
accompagne d'une soif intense, en somme des symptomes typiques du diabete
humain. Un dosage de glucose dans 1'urine revela une concentration anorma-
lement forte de 1'ordre de 10%, confirmant que la pancreatectomie avait cree un
etat diabetique.
En 1901, Eugene OPIE (1873 -1971) a 1'universite Johns Hopkins de Baltimore
constate au cours d'autopsies que certaines cellules du pancreas associees en
ilots, qui avaient ete decouvertes en 1868 par 1'histologiste allemand Paul
LANGERHANS (1847 -1888), etaient fortement endommagees chez le malade
diabetique, ce qui a la fois confirmait et localisait la lesion cellulaire du pancreas
diabetique. On pouvait done supposer que le facteur pancreatique de regulation
de la glycemie etait secrete par les cellules des ilots de LANGERHANS. Avant
meme que 1'on n'en eut la confirmation definitive, le pas fut franchi par Jean de
MEYER (1878 -1934) qui proposa d'appeler insuline le facteur antidiabetique
pour bien marquer sa provenance de ces ilots cellulaires.
Toutes les tentatives pour extraire et purifier 1'insuline a partir du pancreas
echouerent jusqu'en 1921. Un jeune chirurgien de 1'hopital de la ville de
London dans 1'Ontario canadien, Frederick BANTING ^ (1891 - 1941), eut 1'idee
que ces echecs pouvaient etre dus a la degradation proteolytique de 1'insuline
par des proteases activees lors du broyage et de 1'extraction du tissu pancre-
atique. Au printemps 1921, BANTING se rendit a 1'universite de Toronto pour y
rencontrer John MAC LEOD ^ (1876 -1935), professeur de physiologic qui etait
un specialiste du diabete. II reussit a convaincre MC LEOD de lui procurer un
stage pour tenter ce que personne n'avait encore reussi, 1'extraction et la
purification de 1'insuline. Les experiences de BANTING a Toronto se deroulerent
pendant 1'ete 1921. MC LEOD lui avait adjoint un brillant etudiant en medecine,
Charles BEST (1899 -1978). BANTING et BEST reussirent la performance d'extraire
un facteur qui, injecte au chien, diminuait tres sensiblement sa glycemie. Ce
facteur, c'etait 1'insuline dont la purification avait jusque la defie 1'obstination de
bien des biochimistes.
[2] Frederick BANTING et John MAC LEOD, Prix Nobel de physiologic et de medecine
(1923).
La technique utilisee par BANTING et BEST explique leur reussite. BANTING

avait lu dans une publication medicale que 1'obstruction du canal pancreatique
conduisait a la degenerescence des cellules acineuses productrices d'enzymes
hydrolytiques, mais epargnait les cellules des ilots de LANGERHANS. BANTING
eut 1'idee de ligaturer le canal pancreatique des chiens sur lesquels il expe-
rimentait de fac.on a faire degenerer les acini en epargnant les cellules de
LANGERHANS. Le pancreas etait alors preleve et traite par une solution physio-
logique pour en extraire 1'insuline. Les preparations d'insuline furent ulterieure-
ment ameliorees par precipitation de 1'hormone par de 1'alcool a 95%. Le succes
de BANTING et BEST devait beaucoup a leur expertise experimentale, mais aussi
a 1'amelioration des techniques de dosage du glucose. Alors que du temps de
Claude BERNARD un dosage de glucose necessitait 25 ml de sang, en 1921 un
volume de 1 a 2 ml etait largement suffisant. La decouverte de 1'insuline fut
publiee en 1922 sous le titre "The internal secretion of pancreas" dans la revue
Journal of Laboratory and Clinical Medicine (vol. 7, pp. 251-266). L'insuline fut
cristallisee par John ABEL en 1926 et sa structure determinee en 1953 par
Frederick SANGER (Chapitre 111-2.1.1).
L'interaction entre medecine et chirurgie experimentale continua a porter ses
fruits dans les premieres decennies du XXe siecle. Ainsi des troubles caracterises
de la croissance comme le gigantisme ou le nanisme purent etre expliques par
un defaut de fonctionnement de 1'hypophyse lorsqu'en 1912 le physiologiste et
neurochirurgien americain Harvey GUSHING (1869 -1939) demontra que la
croissance du jeune rat etait arretee apres hypophysectomie. Les annees qui sui-
virent la premiere guerre mondiale furent le temoin de la purification, puis de la
synthese de nombreuses autres hormones. Une liste classique, mais loin d'etre
exhaustive, comprend les hormones du cortex surrenal classees en mineralo-
corticoi'des et glycocorticoi'des selon leur impact metabolique, les hormones
ovariennes et testiculaires, celles du lobe posterieur de 1'hypophyse, vaso-
pressine et ocytocine, deux polypeptides de petite taille dont la synthese fut
realisee par 1'Americain Vincent DU VIGNAUDt 3 ] (1901-1978), le facteur de
croissance nerveux (NGF), premier facteur de croissance a avoir ete mis en
evidence, isole par Rita LEVI-MONTALCINI ^ (n. 1909) et purifie par Stanley
COHEN ^ (n. 1922), le facteur de croissance epidermique (EGF) purifie egale-
ment par Stanley COHEN, les hormones du lobe anterieur de 1'hypophyse
(prolactine, hormone de croissance, hormone adrenocorticotrope (ACTH),
hormone de stimulation de la thyro'ide (TSH)), 1'angiotensine secretee par le
rein, le facteur natriuretique secrete par le cceur. A la meme epoque Roger
GUILLEMINt 5 ! (n. 1924) et Andrew S C H A L L Y I51 (n. 1926) decouvraient
[3] Vincent DU VIGNAUD, Prix Nobel de chimie (1955).

[4] Rita LEVI-MONTALCINI et Stanley COHEN, Prix Nobel de physiologie et de medecine
(1986).
[5] Roger GUILLEMIN, Andrew SCHALLY et Rosalind YALOW, Prix Nobel de physiologie et
de medecine (1977).
1'existence de peptides specifiques secretes par 1'hypothalamus et impliques dans

la regulation de la secretion d'hormones hypophysaires. GUILLEMIN est
egalement connu pour ses recherches sur les endorphines, des analogues de la
morphine secretes par le cerveau.
4.2. LA DECOUVERTE DES VITAMINES
Le nom de vitamine fut donne en 1912 par Casimir FUNCK (1884 -1967) a une
substance qu'il venait d'isoler de 1'enveloppe de grains de riz et qui avait la
propriete de guerir une maladie de carence appelee beriberi, caracterisee au
depart par une polynevrite, et dans sa forme avancee par des lesions cardiaques.
La substance purifiee a partir de 1'ecorce de riz possedait une fonction aminee.
FUNCK 1'appela amine vitale, puis vitamine.
De longue date, des maladies nutritionnelles liees a une carence alimentaire
avaient etc identifiers sur la base de symptomes typiques : ulceration des
gencives et hemorragies digestives dans le scorbut, troubles nerveux dans le
beriberi, defaut de croissance et deformation du squelette dans le rachitisme. On
ignorait la cause de ces maladies, mais on savait les pallier de fac.cn empirique
par un complement nutritionnel. Le scorbut etait connu depuis la plus haute
antiquite, signale dans les armees en campagne et surtout chez les marins dans
la navigation au long cours. Au XVI e siecle, Jacques CARTIER (1491 - 1557)
raconte que le scorbut pouvait etre gueri par l'administration d'une decoction
d'aiguilles de pin, une recette tiree de la pharmacopee indienne. En 1804 un
decret de la marine britannique rendit obligatoire 1'ingestion quotidienne
d'orange ou de citron comme medication antiscorbutique.
Dans les dernieres decennies du XIX e siecle, 1'experimentation animale apporta
des eclaircissements substantiels sur ces facteurs inconnus apportes par 1'alimen-
tation, necessaires a tres faibles doses a la vie des mammiferes et de rhomme.
En 1881, Nikolai LUNIN (1853 -1937), un eleve du biochimiste suisse BUNGE,
fut le premier a montrer que des animaux de laboratoire, rats blancs, cobayes,
poulets, ne pouvaient croitre ou meme survivre si on les nourrissait avec un
regime compose essentiellement de proteines, de lipides et de glucides preala-
blement purifies, complementes par des sels mineraux et de 1'eau. LUNIN en
avait deduit qu'a cote de constituants quantitativement majeurs, c'est-a-dire
proteines, lipides, glucides et sels mineraux, 1'alimentation devait apporter
d'autres substances quantitativement mineures, mais qualitativement impor-
tantes parce qu'indispensables au bon fonctionnement de Torganisme.
L'annee 1890 fut memorable dans 1'histoire de la vitaminologie avec la
realisation du beriberi experimental en Indonesie chez le poulet par le
Hollandais Christian EIJKMAN ^ (1858 -1930) et son collaborates GRIJNS. Des
[6] Christian EIJKMAN et Frederick HOPKINS, Prix Nobel de physiologic et de medecine

(1929).
poulets nourris avec du riz decortique presentaient des troubles nerveux avec
paralysie qui simulaient ceux du beriberi humain. Nourris avec du riz non
decortique, les poulets vivaient de fac.on normale. II en etait de meme si Ton
ajoutait 1'ecorce de riz au riz decortique.
En 1907, a Oslo, Axel HOLST (1861 -1931) et Alfred FROLICH (1871 -1953)
reproduisent chez le cobaye grace a une alimentation specifiquement carencee
une pathologie (lesions des muqueuses, hemorragies) qui rappelle les symptomes
du scorbut chez 1'homme. C'est a cette epoque que le physiologiste hollandais
Cornelis PEKELHARING (1848 - 1967) postule que des especes moleculaires de
nature inconnue presentes en petites quantites dans les produits alimentaires
courants, legumes, fruits, lait, viande sont essentiels pour le bon deroulement
du metabolisme, et que leur absence du fait d'une alimentation desequilibree
aboutit a des troubles graves.
En 1912, cette explication sera reprise par Frederick HOPKINS ^, et sa validite
sera demontree par des experiences de carence realisees chez de jeunes rats
blancs. Soumis a un regime constitue essentiellement de proteines, lipides
et glucides prealablement purifies, de sels mineraux et d'eau, les animaux
deperissaient en une a deux semaines. L'addition de petites quantites de lait au
regime faisait redemarrer la croissance. La suppression de 1'apport de lait
entrainait a nouveau un arret du developpement.
Jusqu'en 1912, on parlait sous 1'autorite de HOPKINS de "facteurs nutritionnels
minimaux" indispensables a la vie. Cette annee-la, FUNCK proposa de genera-
liser 1'appelation de vitamines a ces facteurs dits minimaux. Dans les annees
1920 le terme vitamine finit par s'imposer.
En 1915, le nutritionniste americain Elmer MCCOLLUM (1879-1967) professeur
au College d'Agriculture de 1'universite de Madison publie un premier essai de
classification qui distingue deux types de facteurs nutritionnels indispensables a
la vie chez les aimaux superieurs, le f acteur A soluble dans les graisses,
abondant dans la creme du lait et le facteur B hydrosoluble dont une source
abondante est la levure de biere.
En 1920, le Britannique Jack DRUMMOND (1891 -1952), professeur de physio-
logie a 1'University College de Londres rebaptise vitamines A et B les facteurs
de MCCOLLUM. Quelques annees plus tard, le facteur antiscorbutique apparait
different par ses proprietes physico-chimiques des vitamines A et B. II sera
appele vitamine C. Au debut des annees 1920, le facteur A de MCCOLLUM qui
avait ete rebaptise vitamine A s'avere etre un melange de deux especes mole-
culaires dont la carence aboutit chez le rat blanc pour Tune a des lesions de la
cornee suivies d'ulceration et pour 1'autre a des deformations du squelette. Pour
1'espece moleculaire dont la carence retentit sur la vision, on conservera la
denomination vitamine A ou vitamine antixerophtalmique. On donnera le
nom de vitamine D a la vitamine antirachitique. L'Americain Herbert EVANS
(1882 - 1971) ajoutera en 1922 a la panoplie des vitamines liposolubles la
vitamine E dont la carence chez le rat entraine la sterilite.
A partir de 1926, ce fut au tour de la nomenclature des vitamines hydroso-

lubles de se compliquer singulierement. L'Americain Joseph GOLDBERGER
(1874 - 1929) distingue la vitamine qui previent de la pellagre ("Pellagra
preventing") ou vitamine PP de celle qui previent du beriberi, cette derniere
etant moins resistante a la chaleur que la vitamine PP. En 1927, en Grande-
Bretagne, une commission "des facteurs nutritionnels accessoires" proposa
d'appeler vitamine BI le facteur antiberiberique et vitamine 62 le facteur anti-
pellagreux, dont la caracteristique etait de guerir chez le rat une dermatite
ressemblant a la pellagre humaine. Des purifications poussees accompagnees
d'analyses rigoureuses aboutirent a la conclusion que le facteur antipellagreux
appele vitamine 62 regroupait lui-meme plusieurs especes moleculaires, toutes
dotees d'activites vitaminiques. L'une d'elle, a activite specifiquement anti-
pellagreuse, fut identifiee a la nicotinamide en 1937 par Conrad ELVEHJEM
(1901 -1962). On 1'appela vitamine PP, et Ton reserva le nom de vitamine B2
pour une autre espece moleculaire identifiee a la riboflavine par le chimiste
autrichien Richard KUHN W (1900 -1967).
Une troisieme espece moleculaire initialement appelee adermine identifiee a la
pyridoxine par Paul GYORGI (1896 -1976) est actuellement designee sous le
terme de vitamine B6. Le hiatus entre vitamine 62 et vitamine 65 s'explique
parce que des substances trop hativement appelees vitamines 63, 64 et 65 se sont
revelees etre des artefacts. Dans les annees 1930 - 1940, le catalogue des
vitamines s'enrichit avec de nouvelles especes : vitamine K antihemorragique,
vitamine Bi2 ou cobalamine, acide folique, biotine, acide pantothenique.
Une premiere indication sur la raison d'etre de 1'apport d'une vitamine dans
1'economie metabolique des mammiferes fut apportee en 1937 par les biochi-
mistes allemands Karl LOHMANN (1898 - 1978) et Philipp SCHUSTER (n. 1904).
avec la demonstration que le derive ester pyrophosphate de la vitamine BI ou
thiamine, la thiamine pyrophosphate, etait le coenzyme de decarboxylation de
1'acide pyruvique, un metabolite cle dans la chaine de la glycolyse. Par la suite,
on reconnut qu'assez couramment un residu vitaminique se retrouve dans un
coenzyme (Tableau IV.l). Le complement proteique du coenzyme est appele
apoenzyme. Malgre la presence du site catalytique dans 1'apoenzyme, celui-ci
ne peut exprimer son activite que si son coenzyme specifique lui est associe. On
comprend des lors que la carence en une vitamine se solde par un deficit en une
activite enzymatique et un dysfonctionnement du metabolisme. Fait interessant,
c'est le residu vitaminique du coenzyme qui participe a la reaction chimique
catalysee par 1'enzyme. Ainsi, le residu thiamine de la thiamine pyrophosphate
est-il directement implique dans la decarboxylation des acides oc-cetoniques. De
meme, le noyau nicotinamide du NAD et celui du NADP, ainsi que le cycle
flavinique du FMN et du FAD prennent en charge les atomes d'hydrogene
arraches a des substrats oxydables dans des reactions de deshydrogenation.
[7] Richard KUHN, Prix Nobel de chimie (1938).

5. LES NOUVELLES TECHNIQUES D'EXPLORATION

DE LA CHIMIE CELLULAIRE DANS LA PREMIERE
MOITIE DU XXE SIECLE
Conscients que 1'experimentation sur 1'animal risquait d'alterer le fonctionnement

normal de la machinerie cellulaire, les physiologistes du XIX e siecle se conten-
taient d'utiliser des precedes d'exploration aussi peu agressifs que possible.
Ainsi, en donnant a des chiens un regime bien caracterise par sa richesse en
sucre ou en proteine, Claude BERNARD avait tire des enseignements interessants
sur la biosynthese du glycogene hepatique. Malgre tout, cette methodologie
avait ses limites. Dans les annees I860, Carl LUDWIG a 1'universite de Leipzig
mit au point la perfusion d'organes isoles avec des milieux pourvus de sub-
stances dont on souhaitait connaitre le destin. A cote de la perfusion d'organes,
la methode des tranches tres minces de tissus (0,2 a 0,5 mm d'epaisseur) se
developpa et connut un grand succes dans les annees 1920 -1930. Les tranches
fines permettaient aux cellules contenues dans leur epaisseur d'echanger des
gaz, C>2, CC>2, NHs avec le milieu dans lequel elles baignaient. Pour mesurer
ces echanges gazeux, la technique manometrique perfectionnee par Otto
WARBURG s'imposa dans les annees 1920. Dans cette technique, la variation du
volume gazeux est ramenee a une variation de pression a volume constant et,
en se fondant sur la loi de BOYLE-MARIOTTE, on deduit la quantite de gaz
formee ou disparue. L'appareil de WARBURG, toujours utilise, comporte une
fiole conique rattachee a un manometre constitue d'un tube en U rempli de
liquide (Figure IV.6). La fiole elle-meme possede un compartiment principal
occupe par le milieu reactionnel et la preparation biologique (tranches fines de
tissu, foie ou muscle), une cupule cylindrique centrale remplie de potasse qui
impregne une bandelette de papier filtre ainsi qu'un diverticule lateral qui
contient une substance en solution, un substrat metabolique par exemple. Par
renversement de la fiole, la substance du diverticule lateral est amenee, au cours
de 1'experience, dans le compartiment central pour tester son effet sur la
respiration du tissu. La potasse absorbe le CC>2 degage. Dans ces conditions, la
consommation d'oxygene se traduit par une diminution de pression evaluee par
le mouvement du liquide dans le manometre.
A partir des annees 1930, des biomolecules marquees par des isotopes stables
(2H, 13C, 15N, 18O) furent synthetisees et devinrent disponibles pour des etudes
metaboliques. Dans les annees 1940, ce fut le tour des molecules marquees par
des isotopes radioactifs, 14C, 32P et 3H.
Dans les annees 1950, on assista a une retentissante percee methodologique en
biologic cellulaire avec la separation des differentes especes d'organites
endocellulaires dans un etat fonctionnel satisfaisant (Chapitre II). Partant d'un
aspect global d'exploration de la cellule qui avait jusqu'alors prevalu, 1'etude du
metabolisme intermediaire s'orienta alors vers une analyse detaillee des
echanges de metabolites entre les differents compartiments endocellulaires.
Figure IV.6 - Appareils servant a 1'analyse du metabolisme cellulaire

6. L'EMERGENCE DE L'ENZYMOLOGIE CELLULAIRE

AVEC L'EXPLORATION DE LA GLYCOLYSE
En 1810, Joseph GAY-LUSSAC avait montre que la fermentation du sucre de

raisin par la levure aboutissait a la formation d'ethanol et de gaz carbonique
CO2- Un siecle et demi plus tard sera decrit 1'ensemble des reactions de la
glycolyse anaerobie par la levure, c'est-a-dire de la transformation du glucose
en ethanol et CO2- A la fin des annees 1920, des etudes comparatives revelerent
que le glucose etait degrade dans le tissu musculaire par les memes reactions
que celles utilisees par la levure. Ainsi, la glycolyse apparaissait comme un
exemple typique de conservation des fonctions metaboliques au cours de
1'evolution.
6.1. LA QUERELLE DE LA LEVURE
Le role de la levure dans la fermentation du glucose fut demontre en 1835

par le cytologiste frangais CAGNIARD-LATOUR et confirme par ses collegues
allemands SCHWANN et KUTZING en 1837 (Chapitre 11-7.2). Tous trois postu-
laient que la levure contenait des catalyseurs ou ferments qui assuraient la
degradation du glucose en ethanol. LIEBIG, un des chimistes allemands les plus
en vue a 1'epoque, s'opposa de fac.on vehemente a la theorie cellulaire de la fer-
mentation. Dans un article public en 1839, il expliquait que la fermentation
alcoolique s'effectuait sans catalyse enzymatique grace a des modifications chi-
miques spontanees liees a une putrefaction resultant d'une destruction cellulaire.
D'apres LIEBIG, la fermentation etait causee par des cellules de levure en
decomposition dont "les molecules animees d'un mouvement particulier indui-
saient 1'ebranlement de substances fermentescibles instables". Le role des
cellules vivantes de levure, dans la fermentation alcoolique fut mis en doute
non seulement par LIEBIG, mais egalement par BERZELIUS, une autre sommite
du monde scientifique. A la fin des annees 1850, PASTEUR prit part a la querelle
et intervint en faveur de CAGNIARD-LATOUR et de SCHWANN. "La fermen-
tation alcoolique, ecrivait-il, est un phenomene correlatif d'un acte vital; la
fermentation ne se produit jamais sans une organisation des cellules". En butte a
la vindicte de LIEBIG, SCHWANN dut s'effacer dans son propre pays. II se vit
refuser la chaire de biologie qu'il avait postulee a 1'universite de Bonn et
finalement s'exila en 1839 en Belgique ou on lui offrit un poste de professeur
d'anatomie a 1'universite de Louvain. Neuf ans plus tard, il quitta Louvain pour
s'installer a 1'universite de Liege. A la fin du XIX e siecle, Louvain allait devenir
un des foyers de la biologie cellulaire. C'est la que se developpa apres la
deuxieme guerre mondiale le groupe de Christian DE DUVE, futur prix Nobel
(Chapitre II-8.2.2).
Dans les annees 1880, apres que la levure eut ete reconnue comme un orga-
nisme responsable de la fermentation alcoolique, on fut conduit a etablir une
distinction entre deux types de ferments, d'une part les ferments non organises
ou solubles, tels que ceux secretes par le pancreas et impliques dans la digestion
des aliments et d'autre part les ferments organises contenus dans les cellules
vivantes. Pour rendre plus coherente la litterature, KUHNE proposa de
denommer enzymes les ferments aussi bien non organises qu'organises en se
referant aux ferments de la levure (Chaptire III-3.1).
6.2. LA DECOUVERTE DE LA FERMENTATION ACELLULAIRE

DU GLUCOSE
Alors que Ton etait convaincu que la fermentation

alcoolique etait conditionnee par 1'etat vivant de
la levure, un probleme qui semblait avoir ete
definitivement tranche par PASTEUR, un coup de
theatre, veritable rupture epistemologique, se
produisit en 1897 avec la decouverte par Eduard
BUCHNER [ g ] (1860 - 1917) que 1'ethanol pouvait
etre obtenu par fermentation du glucose a partir
d'un extrait limpide de levure, libre de cellules
vivantes et de debris membranaires. Cette decou-
verte ouvrait 1'ere de 1'enzymologie cellulaire.
Elle revelait la valeur d'une nouvelle methodo-
h. bUCHNER
(1860 -1917) logie qui consistait a isoler a partir d extraits cellu-
laires les facteurs enzymatiques impliques dans la
vie d'une cellule et a expliquer le fonctionnement de ces facteurs a partir de
principes physico-chimiques accessibles a 1'experimentation.
Eduard BUCHNER diplome de 1'universite de Munich avait ete 1'eleve du
chimiste organicien Adolf VON BAEYER, Prix Nobel de chimie, et du botaniste
Carl VON NAGELI. L'ecole de BAEYER, etait un foyer intellectuel de renommee
mondiale d'ou sortirent Emil FISCHER, Richard WILLSTATER, Heinrich
WIELAND, tous nobelises. Comme nombre de decouvertes marquantes, celle de
la fermentation acellulaire du glucose par Eduard BUCHNER fut le resultat d'un
concours de circonstances pour le moins disparates : 1'interet de son mentor
NAGELI pour la physiologic de la levure, celui de son frere Hans BUCHNER
(1850 - 1902) pour 1'immunologie, une solide formation personnelle de chimiste
organicien sous la houlette de Theodor CURTIUS (1857 - 1928) dans 1'Institut de
chimie de 1'universite de Munich dont BAEYER, le directeur, etait non seulement
un chimiste reconnu, mais aussi un biochimiste, et 1'interet soutenu de BAEYER
pour le phenomene de la conversion du glucose en ethanol. En 1885, sous la
[8] Eduard BUCHNER, Prix Nobel de chimie (1907).

conduite de NAGELI, Eduard BUCHNER avait conduit une breve etude sur la
croissance et 1'activite fermentative de bacteries en presence et en absence
d'oxygene, a 1'instar des recherches menees par PASTEUR sur la levure vingt ans
plus tot. Apres sa these de chimie organique, soutenue en 1888 sur des derives
azotes, Eduard BUCHNER poursuivit son sejour dans le groupe de BAEYER. II se
vit confier un enseignement sur un sujet de son choix. II decida de le faire sur
les phenomenes de la fermentation qu'il avait survoles quelque temps plus tot.
En 1893, Eduard BUCHNER est nomme professeur de chimie analytique a
1'universite de Kiel. II effectue neanmoins de nombreux sejours dans 1'Institut
d'Hygiene de 1'universite de Munich dont son frere Hans avait, entre temps, ete
nomme directeur. Au debut des annees 1880, Hans BUCHNER recherchait une
fac,on efficace d'extraire des toxines a partir de bacteries a des fins
d'experimentation en immunologie. Eduard BUCHNER avait eu a resoudre le
meme probleme technique pour des cellules de levure. Le broyage dans un
mortier a 1'aide d'un pilon et de sable donnait des rendements mediocres. C'est
sur la suggestion de Martin HAHN (1865-1934), un assistant de 1'Institut
d'Hygiene, qu'Eduard BUCHNER eut recours a une presse hydraulique. Les
cellules de levure etaient ecrasees sous 500 atmospheres en presence de sable fin
et de terre d'infusoire. Le jus exprime a partir des cellules etait recolte, retraite
par de la terre d'infusoire pour absorber des debris cellulaires, puis filtre a
plusieurs reprises de fac,on a obtenir un extrait acellulaire tout a fait limpide.
Afin d'empecher toute proliferation bacterienne, du sucre de cuisine (saccha-
rose) etait ajoute pour atteindre une concentration de 1'ordre de 40 pour cent, un
procede empirique efficace deja utilise dans 1'industrie de conservation dont on
saura bien plus tard, a la fin du XXe siecle, que son mecanisme est la repression
catabolique de la synthese proteique chez les bacteries. BUCHNER constata un
phenomene curieux dans 1'extrait de levure : en moins d'une heure, des bulles
de gaz carbonique eclataient a la surface du liquide; ce degagement gazeux
pouvait durer plusieurs jours. Le meme phenomene etait observe si le sucre de
cuisine etait remplace par du glucose, du fructose ou du maltose. Le traitement
par la chaleur de 1'extrait de levure annulait la production de gaz carbonique.
Le degagement gazeux etait accompagne par la production d'ethanol que 1'on
pouvait mettre en evidence par distillation d'echantillons du milieu fermente.
Controle capital, 1'examen microscopique demontrait 1'absence de cellules ou
de fragments membranaires dans les extraits de levure utilises. Dans le compte
rendu de cette observation, public en 1897 sur "la fermentation alcoolique sans
cellules organisees" dans le journal allemand de chimie Berichte Deutsche
Chemische Gesellschaft, vol. 30, pp. 117-124, Eduard BUCHNER concluait que le
principe du pouvoir fermentatif de la levure n'est pas 1'appareil cellulaire lui-
meme, mais une substance soluble qui peut etre extraite des cellules sous forme
stable et qui est sans doute de nature proteique. A ce principe proteique il
donna le nom de zymase. L'experience decrite etait d'une grande simplicite. Le
concept qui en emergeait etait revolutionnaire. Ainsi, un ferment soluble
contenu dans les cellules de levure avait la meme capacite a fermenter divers
sucres avec degagement de CC>2 que les cellules vivantes elles-memes. Tout
appel a un phenomene vital, c'est-a-dire relevant de principes mysterieux
inherents a la vie cellulaire, etait ecarte. En d'autres termes, la fermentation
alcoolique relevait essentiellement de reactions chimiques sous le controle de
la zymase. La force vitale que Ton supposait jusqu'alors etre le moteur de la
fermentation etait en fait represented par le pouvoir catalytique de la zymase.
Eduard BUCHNER fut nomine, en 1909 apres son prix Nobel, professeur de
chimie physiologique a 1'universite de Breslau, puis en 1911 a 1'universite de
Wiirzburg. II deceda en 1917 des suites de blessures revues sur le front de
Roumanie lors de la premiere guerre mondiale.
6.3. LA CHIMIE DES SUCRES A LA FIN DU XIXE SIECLE
Lorsque commencerent les recherches sur la glycolyse dans des extraits de

levure, 1'etude de la structure du glucose et de celle d'autres oses etait deja bien
avancee. Un des pionniers en la matiere avait ete le chimiste allemand Emil
FISCHER. Le glucose (du grec yXuioje = doux) souvent designe a 1'epoque par le
terme "sucre de raisin" repondait a la formule brute CgHÔg. C'etait un hexose
qui possedait un pouvoir reducteur vis-a-vis de la liqueur de FEHLING, une
solution alcaline de sulfate de cuivre et de tartrate de sodium et de potassium.
Ce pouvoir reducteur pouvait etre explique par la presence d'un groupe
aldehyde en bout de chaine. La presence d'un groupe aldehyde dans le glucose
fut demontre par Heinrich KILIANI (1855 -1945) sur la base d'une reaction avec
1'acide cyanhydrique, ce qui conduisait a allonger a sept carbones la chaine a
six carbones du glucose. En 1884, Emil FISCHER decouvrit que la phenyl-
hydrazine qui avait fait 1'objet de sa these de sciences dix ans plus tot etait
capable de reagir au bain-marie avec le glucose pour donner un produit jaune
facilement cristallisable. Suivant les quantites utilisees de phenylhydrazine, deux
molecules de phenylhydrazine ou une seule etaient fixees sur une molecule de
glucose, les produits etant respectivement appeles osazone et phenylhydrazone.
Ces produits facilement purifiables par cristallisation servirent a identifier
differentes especes d'oses.
Le glucose etait encore appele dextrose car il deviait a droite la lumiere
polarisee. La deviation de la lumiere polarisee par des molecules organiques
comme 1'essence de terebenthine et le camphre en solution alcoolique avait
ete mise en evidence des 1815 par le physicien franc.ais Jean-Baptiste BIOT
(1774 -1862). En 1832, BIOT etendit cette observation au saccharose (sucrose), au
glucose et a 1'acide tartrique qui, de ce fait, furent appeles substances optique-
ment actives. En 1848 se situe la decouverte cruciale par Louis PASTEUR d'une
relation entre 1'activite optique d'une espece moleculaire et sa structure. Fascine
par le dimorphisme cristallin du tartrate de sodium et d'ammonium, PASTEUR
entreprit de separer avec une pince sous microscope les cristaux selon leur
forme. II demontra que chacune des deux especes cristallines deviait la lumiere
polarisee dans un sens oppose. II infera que la difference des deux formes
cristallines du sel de 1'acide tartrique refletait 1'existence de deux
configurations differentes en terme d'asymetrie moleculaire. La chance avait
incidemment servi PASTEUR. En effet, la separation des formes levogyre et
dextrogyre du tartrate de sodium et d'ammonium n'est possible qu'au dessous
de 28°C ; au dessus de 28°C les deux formes cristallines s'associent en un
conglomerat (macle) inextricable.
En 1874, Jacobus VANT'HOFF et Joseph LE BEL (1847-1930) qui tous deux
avaient ete les eleves de WURTZ a Paris publierent independamment leur theo-
rie du carbone tetravalent comme base explicative de I'asymetrie moleculaire
dans les molecules organiques. Ainsi, a partir de la formule lineaire du glucose,
les carbones 2, 3, 4 et 5 porteurs d'une fonction alcool secondaire (H-C-OH)
sont par definition asymetriques. On peut en deduire qu'il existe 42, c'est-a-dire
16 isomeres potentiels du glucose, chaque isomere differant des autres par
1'orientation des atomes d'hydrogene et des groupes hydroxyles au niveau des
carbones asymetriques. De ces 16 isomeres, Emil FISCHER fut capable d'en
isoler 12. Parmi eux, en plus du glucose il y avait deux aldohexoses naturels
importants dans le metabolisme cellulaire, le galactose et le mannose.
Pour des raisons arbitraires de convention de nomenclature, on affecta le signe
(+) aux oses qui deviaient a droite la lumiere polarisee comme le glucose naturel
et le signe (-) a ceux qui la deviaient a gauche. Comme le montra VAN'T HOFF,
la deviation de la lumiere polarisee par une molecule portant plusieurs carbones
asymetriques est la somme des pouvoirs rotatoires propres a chaque carbone
asymetrique. C'est le cas du glucose, un hexose. Une deuxieme nomenclature
s'imposa alors. Elle se fondait sur la deviation de la lumiere polarisee par le
glyceraldehyde, CHO-CHOH-CHÔH, un triose dont un seul carbone est
asymetrique. A partir du glyceraldehyde, soit dextrogyre (D), soit levogyre (L),
il est possible, grace au precede de KILIANI d'allonger la chaine carbonee pour
realiser un tetrose, un pentose, puis un hexose. Ainsi, a partir du (D) glyceral-
dehyde, on peut synthetiser du glucose identique au glucose naturel. Du fait de
cette filiation, et pour tenir compte du pouvoir dextrogyre (+) propre a la
molecule entiere de glucose, on lui affecta les deux signes (D)(+). Le meme
precede de nomenclature fut adopte pour les acides amines en se basant sur la
stereochimie du groupe carboxyl amine terminal en a (Chapitre III-1.2.2) et sur
sa relation avec celle du glyceraldehyde, 1'orientation du groupe amine de
1'acide amine correspondant a celle du groupe hydroxyle du glyceraldehyde et
celle du groupe carboxyle a celle du groupe aldehyde du glyceraldehyde.
Ainsi, tous les acides amines naturels sont du type (L).
La nomenclature relative au (D)(+) glucose se compliqua avec la decouverte en
1887 par le pharmacien frangais Charles TANRET (1847 -1917) de deux isomeres
a et (3 du (D)(+) glucose dont 1'un devie a droite la lumiere polarisee beaucoup
plus que 1'autre. Ceci impliquait 1'existence d'un cinquieme carbone asymetrique
et de deux formes cycliques oc et (3 du glucose en equilibre avec la forme
lineaire.
6.4. PREMIERES INVESTIGATIONS SUR LES PROPRIETES DE LA

ZYMASE. DECOUVERTE D'INTERMEDIAIRES PHOSPHORYLES
DANS LA GLYCOLYSE
Au plan historique, une des avancees les plus fructueuses dans la compre-
hension du mecanisme de la glycolyse fut 1'observation en 1906 par Arthur
HARDEN [9] (1865 -1940) et son associe William YOUNG (1878 -1942) que du
phosphate mineral doit etre present dans le milieu pour que la fermentation se
poursuive de fagon optimale.
Arthur HARDEN avait rec.u une formation de
chimiste a 1'universite de Manchester. II avait
prepare sa these de science en Allemagne a
Erlingen, sous la direction d'Otto FISCHER, lui-
meme eleve de BAEYER. Apres sa soutenance de
these en 1888, HARDEN retourne a 1'universite de
Manchester comme enseignant. En 1897, il est
recrute au Lister Institute de Londres. Son travail
consiste a realiser des analyses de routine sur
1'eau et les aliments, et a identifier des contami-
nations bacteriennes. Le bacteriologiste Allan
A HARDEN MCFADYEN (1860 -1907), qui supervise ce travail,
(1865 -1940) encourage HARDEN a explorer la fermentation
des sucres par des bacteries dans un but de
diagnostic. C'est, semble-t-il, ce fil conducteur qui conduisit en 1902 Arthur
HARDEN a explorer le mecanisme de la fermentation du glucose par des extraits
acellulaires de levure avec William YOUNG qui venait d'etre recrute.
Lorsque HARDEN et YOUNG commencerent leurs travaux sur la fermentation
alcoolique, on savait que le serum sanguin maintenait 1'activite fermentative de
la levure qui avait tendance a se ralentir apres quelques heures. Leur premiere
demarche fut d'explorer le mecanisme de 1'effet protecteur du serum sanguin.
On pensait que le serum empechait la degradation des proteines de la levure en
stoppant Faction de proteases. Pour tester cette possibilite, HARDEN et YOUNG
utiliserent non plus du serum, mais un jus de levure autolyse. Us raisonnaient
sur le fait que les produits de 1'autolyse de la levure en agissant par effet de
masse sur 1'equilibre de la reaction de proteolyse devaient freiner cette reaction.
L'effet stimulant du jus de levure autolyse sur la reprise de la fermentation etait
remarquable, mais 1'interpretation qui en etait donnee etait erronee. Apres de
multiples essais pour identifier le principe actif de cet extrait, HARDEN et
YOUNG finirent par decouvrir en 1906 que le principe actif apporte par le jus de
levure etait tout simplement du phosphate mineral.
[9] Arthur HARDEN et Hans VON EULER, Prix Nobel de chimie (1929).
Si 1'effet du phosphate sur la fermentation du glucose etait indeniable, il

n'expliquait pas a lui seul 1'efficacite de 1'extrait de levure. HARDEN et YOUNG
explorerent alors 1'effet de la dialyse de 1'extrait de levure a travers un filtre de
CHAMBERLAND prealablement impregne d'une solution de gelatine a 10%. Us
recueillirent le filtrat ainsi qu'un residu visqueux qui avait adhere a la gelatine
sur la paroi du filtre. Us testerent 1'effet du filtrat, du residu visqueux et du
melange des deux sur la fermentation du glucose. Ni le filtrat, ni le residu
n'etaient actifs, mais leur melange 1'etait. Le phosphate substitue au filtrat n'avait
qu'un effet partiel. II s'averait done que le phosphate et un second facteur de
nature inconnue, tous deux presents dans la zymase etaient necessaires a la
fermentation. Ce facteur inconnu d'abord appele cozymase livra le secret de sa
structure dans le courant des annees 1930 apres une serie d'explorations labo-
rieuses. II s'agissait d'une molecule organique connue actuellement sous le nom
de nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) (Figure IV,2).
Ayant demontre que le phosphate etait necessaire a la fermentation du glucose
par un extrait acellulaire de levure, HARDEN et YOUNG decouvrirent, grace a
un test d'analyse du phosphate mineral par precipitation en presence de citrate
d'ammonium, que le phosphate mineral disparaissait du milieu au fur et a
mesure de la fermentation. La demonstration que correlativement a la dispa-
rition du phosphate mineral s'accumulait un compose phosphoryle de nature
organique fut apportee des 1906 par le biochimiste russe Leonid IVANOV
(1871 -1962) qui isola ce compose sous forme de derive cuivrique. Ce derive fut
identifie par YOUNG en 1907 a un hexose diphosphate auquel la litterature
donna le nom d'ester de HARDEN et YOUNG (Figure IV.7). Ce n'est que vingt
ans plus tard, en 1928, que la structure de cette molecule fut determinee par
LEVENE a 1'Institut Rockefeller de New York. II s'agissait du fructose 1,6-bis-
phosphate. En 1918, par hydrolyse partielle de Tester de HARDEN et YOUNG, le
chimiste allemand Carl NEUBERG (1877 -1956) obtint un hexose monophosphate
qu'il identifia au fructose 6-phosphate, lequel fut appele ester de NEUBERG.
En 1914, Arthur HARDEN et Robert ROBISON (1883 -1941) decrivirent 1'appa-
rition au cours de la fermentation du glucose d'un autre hexose monophosphate
qui fut identifie par ROBISON en 1931 au glucose 6-phosphate et denomme
ester de ROBISON. Un dernier derive phosphoryle du glucose, le glucose
1-phosphate, fut decouvert en 1934 par Carl et Gerty CORI a 1'universite Saint
Louis aux Etats-Unis et identifie au produit de phosphorolyse du glycogene. On
decouvrira plus tard que 1'isomerisation enzymatique du glucose 1-phosphate
en glucose 6-phosphate relie le catabolisme du glycogene a la chaine de la
glycolyse.
Fait etonnant, HARDEN et YOUNG, les principaux decouvreurs des formes
phosphorylees du glucose, se refuserent pendant longtemps a admettre, peut-
etre a cause de leur logique de chimistes organiciens, que les esters phosphates
du glucose etaient des intermediaires de la glycolyse. Us pensaient que ces deri-
ves phosphoryles etaient branches en cul de sac sur la chaine de la glycolyse.
En anaerobiose, le NAD reduit au cours de la reaction glyceraldehyde 3-phosphate

—» 1,3-bisphosphoglycerate est reoxyde au cours de la conversion du pyruvate soit en
ethanol (levure), soit en lactate (muscle). Le schema montre les sites d'inhibition de
1'iodoacetate, du fluorure et du bisulfite.
Figure IV.7 - La chaine de la glycolyse (EMBDEN-MEYERHOF)
Us avaient sans doute ete influences par les travaux des chimistes allemands, en
particulier ceux d'Emil FISCHER, sur la synthese et la degradation du glucose et
d'autres oses qui ne faisaient pas appel aux formes phosphorylees de ces mole-
cules. Pour anecdotique que puisse paraitre cette remarque, elle n'en revet pas
moins une valeur symbolique au plan de certaines differences fondamentales
entre la chimie du vivant et la chimie organique de "paillasse". C'est effecti-
vement une regie assez courante qu'avant d'etre engagees dans des transfor-
mations controlees par des enzymes, les molecules organiques impliquees dans
le metabolisme intermediaire sont modifiees par association avec d'autres
molecules. En langage biochimique, on dit que les molecules sont activees.
C'est ainsi que le glucose entre dans la chaine de la glycolyse sous une forme
phosphorylee, le glucose 6-phosphate, et que tous les intermediaires de la
glycolyse sont phosphoryles a 1'exception des produits finaux, pyruvate, lactate
et ethanol. La specificite de la modification subie par une molecule depend
de son destin metabolique. Ainsi, la synthese de glycogene a partir de glucose
implique la formation prealable d'un derive nucleotidique, 1'uridine diphospho-
glucose (UDPG) alors que la degradation du glucose met en ceuvre des
intermediaires simplement phosphoryles.
6.5. DE LA LEVURE AU TISSU MUSCULAIRE

De tous les tissus d'un organisme, le tissu musculaire est particulierement favo-
rable pour etablir des relations entre des changements metaboliques, un travail
de contraction et une production de chaleur. On savait depuis un siecle que de
1'acide lactique s'accumulait dans le muscle en activite. En 1907, 1'eminent
biochimiste britannique Frederick HOPKINS et son associe Walter FLETCHER
(1873 -1933) decrivirent 1'accumulation d'acide lactique dans le muscle de
grenouille soumis a une serie de contractions en anaerobiose et la disparition de
1'acide lactique dans le muscle en repos et en atmosphere oxygenee.
En 1921, le biochimiste allemand Gustav EMBDEN
(1874 -1933) demontra, qu'a 1'instar d'un extrait de
levure, un extrait de tissu musculaire preleve a
partir d'un chien etait capable de transformer le
glucose en acide lactique dans un milieu salin
complement^ en phosphate mineral. A la meme
epoque, des experiences sur des extraits de muscle
de grenouille etaient realisees par un autre biochi-
miste allemand de grand talent, Otto MEYERHOF
(1884 - 1951). Celui-ci parvint a extraire les en-
zymes de la chaine de la glycolyse par traitement
d'un broyat de muscle avec une solution isoto-
nique de chlorure de potassium, performance qui
rappelait celle d'Eduard BUCHNER avec 1'extrac- aST^^sS
tion de la zymase a partir de cellules de levure.
Apres sa these de medecine, soutenue sur un sujet de psychiatric a Heidelberg

en 1909, MEYERHOF fit des etudes de physique et de chimie tout en s'interessant
a la philosophic. Apres avoir travaille dans un laboratoire de biochimie clinique
a Heidelberg sur le metabolisme basal, il fut nomrne assistant, puis professeur
de physiologic a Kiel en 1918. En 1924, il rejoignit le Kaiser Wilhelm Institut fur
Biologie a Berlin-Dahlem ou travaillaient deja NEUBAUER et WARBURG. II y
resta jusqu'en 1929, date a laquelle il devint directeur du departement de
physiologic du Kaiser Wilhelm Institut d'Heidelberg. Parmi les membres de son
equipe, il y eut Karl LOHMANN qui lui apporta sa competence chimique,
David NACHMANSOHN et Fritz LIPMANN qui furent plus tard a 1'origine de la
decouverte du coenzyme A, ainsi que Severo OCHOA qui, apres s'etre interesse
au fonctionnement de la respiration cellulaire, fit de remarquables decouvertes
dans le domaine des acides nucleiques dans les annees 1950 -1960.
Dans ses travaux sur la glycolyse musculaire,
MEYERHOF confirma que 1'acide lactique accu-
mule au cours de contractions disparaissait en
presence d'oxygene, et il calcula que la quantite
d'oxygene consomme etait globalement equimo-
laire par rapport a la quantite d'acide lactique
disparu. Des analyses minutieuses des produits
de la glycolyse dans la levure et le tissu mus-
culaire, realisees en grande partie dans les labo-
ratoires d'EMBEN et de MEYERHOF, aboutirent
a la conclusion que des reactions identiques
catalysees par des enzymes similaires rendaient
O. MEYERHOF
(1884 -1951) compte de la glycolyse dans les deux systemes
vivants jusqu'au stade de 1'acide pyruvique. Cette
observation fut etendue a d'autres systemes vivants. Ainsi, il apparaissait que
dans 1'evolution, lors du passage des unicellulaires eucaryotes aux organismes
eucaryotes multicellulaires, les mecanismes chimiques et enzymatiques des
reactions du metabolisme n'avaient pas subi de modifications majeures. A partir
de 1'acide pyruvique il existe toutefois des destins metaboliques specifiques en
anaerobiose pour la levure et les tissus animaux. Dans la levure 1'ethanol
s'accumule alors que dans les tissus animaux, par exemple le tissu musculaire,
c'est 1'acide lactique (Figure IV.7). Dans 1'aventure de la glycolyse, premiere
chaine metabolique a etre dechiffree, le role de 1'ecole allemande de biochimie
fut primordial.
A la fin des annees 1920, deux decouvertes contribuent a eclaircir 1'affaire appa-
remment complexe de la base chimique de 1'energetique musculaire. C'est
d'abord la decouverte en 1927 par deux biochimistes britanniques Philip
EGGLETON (1903 -1954) et Grace EGGLETON (1901 - 1970) d'une molecule
organique phosphoree dont le phosphate pouvait etre facilement libere et a
laquelle ils donnent le nom de phosphagene. La meme annee, les Americains
Cyrus FISKE (1890 -1978) et Yellapregada SUBBAROW (1896 -1948) identifient le
phosphagene a la creatine phosphate. L'autre decouverte majeure, celle de

1'ATP, est due a Karl L O H M A N N qui travaillait dans le laboratoire de
MEYERHOF et qui participa avec ce dernier a la caracterisation de plusieurs
reactions de la glycolyse. A cette epoque, on fractionnait les derives osidiques
phosphoryles formes au cours de la glycolyse a partir d'extraits de muscle, sous
forme de leurs sels de baryum solubles ou insolubles. En procedant a une
hydrolyse par 1'acide chlorhydrique 1 N a 100°C pendant differentes periodes
de temps, on differencial ces derives phosphoryles par reference a des standards.
En 1928, LOHMANN decouvrit dans la fraction precipitee par 1'acetate de
baryum la presence d'un compose phosphoryle qui se distinguait des oses phos-
phoryles de la glycolyse par sa grande labilite en milieu acide. Le compose
purifie etait porteur d'adenine, de ribose et de trois groupes phosphate. II
s'agissait de 1'ATP (Figure IV.8). Cette trouvaille fut publiee en 1929 dans la
revue allemande Naturwissenschaften (vol. 17, p. 624). Quelques mois plus tard,
aux Etats-Unis, FISKE et SUBBAROW isolaient un compose voisin qui, par
hydrolyse, liberait de 1'adenine, du ribose et du pyrophosphate. II s'agissait de
1'adenosine diphosphate (ADP) (Figure IV.8). Les deux equipes mirent en evi-
dence une transphosphorylation enzymatique reversible entre 1'ATP et la
creatine qui aboutissait a la formation d'ADP et de creatine phosphate. A
LOHMAN revient le merite d'avoir decouvert en 1931 le role des ions magne-
sium dans les reactions enzymatiques de transfert de phosphate a partir d'ATP
sur des molecules organiques, par exemple la glucose pour donner la glucose
6-phosphate.
En 1930, le biochimiste danois Einar LUNDSGAARD (1899 -1968) recherchait les
effets de 1'iodoacetate, un inhibiteur de la glycolyse, sur la contraction muscu-
laire. II observa que le muscle empoisonne par 1'iodoacetate, incapable de
produire de 1'acide lactique et denue d'activite glycolytique, etait malgre tout
capable d'assurer pendant un temps limite des contractions. Au cours de ces
quelques contractions, la reserve musculaire de creatine phosphate disparaissait
et du phosphate mineral etait libere. La logique de la participation de la creatine
phosphate a la contraction musculaire apparaissait des lors clairement. L'ATP
etant la source directe d'energie pour le tissu musculaire, 1'ADP qui en pro-
venait par dephosphorylation etait rephosphoryle en ATP grace a la creatine
phosphate; celle-ci etait done un reservoir energetique capable de regenerer en
situation d'urgence 1'ATP dans le tissu musculaire.
Au tournant des annees 1940, on apprendra que 1'ATP est forme majoritairement
par phosphorylation d'ADP couplee a des reactions d'oxydation (oxydation
phosphorylante ou phosphorylation oxydative) et qu'il existe dans les
organismes vivants un renouvellement continu d'ATP utilise pour differents
travaux (syntheses, conduction nerveuse, effort musculaire) (Figure IV.8).
En meme temps que se pousuivait 1'analyse chimique des metabolites de la glyco-
lyse, des physiologistes s'interessaient a la thermodynamique de la contraction
musculaire.
Dans les cellules eucaryotes a metabolisme aerobie, 90% de 1'ATP est synthetise par
oxydation phosphorylante dans les mitochondries, et 10% par phosphorylation glyco-
lytique dans le cytosol. Le cycle de 1'ATP chez un homme adulte correspond au renou-
vellement de 60 kg d'ATP par jour, alors que 1'ensemble de ses tissus contient moins de
100 g d'ATP et d'ADP.
Figure IV.8 - L'ATP et son cycle

Au debut des annees 1910, le Britannique Archibald HILL I10! (1886-1977) se

distingua par ses experiences en microcalorimetrie sur la production de chaleur
liee a la contraction musculaire qui revelaient que le muscle etait une machine
chimique travaillant a temperature constante. MEYERHOF I10J qui lui fut associe
dans la distinction Nobel avait ete 1'un des premiers a explorer en termes quan-
titatifs la thermodynamique musculaire. Grace a sa formation de chimiste et de
physicien, MEYERHOF s'etait tres tot attaque aux relations qui semblaient exister
entre la contraction musculaire et 1'energie liberable par hydrolyse de molecules
organiques phosphorylees. II avait calcule la quantite de chaleur AH degagee
par hydrolyse de la creatine phosphate. Les valeurs determinees, de 1'ordre de
10 000 a 12 000 calories/mole, etaient nettement superieures a celles qui etaient
obtenues par hydrolyse d'esters phosphates, comme le glucose 6-phosphate
(2 000 a 3 000 calories/mole). Une nouvelle notion fondamentale emergeait,
celle d'une difference dans la reserve energetique presente dans differents deri-
ves organiques phosphoryles. Cette notion sera reprise plus tard par LIPMANN
sous le vocable "liaisons riches et pauvres en energie" (Chapitre IV-8.6).
En 1934, MEYERHOF et LOHMANN prouvaient, a partir d'experiences realisees
sur du tissu musculaire, que le fructose 1,6-bisphosphate etait clive en deux
trioses phosphates : le glyceraldehyde 3-phosphate et la dihydroxyacetone
phosphate. Ajoutant a un homogenat de muscle du 3-phosphoglycerate, produit
d'oxydation du glyceraldehyde 3-phosphate, EMBDEN obtenait du pyruvate et
du phosphate. Des jalons etaient ainsi poses qui permettaient de comprendre
comment le fructose 1,6-bisphosphate pouvait etre converti en pyruvate
(Figure IV. 7).
Au debut des annees trente, a I'universite de Lvov, Jacob PARNAS, (1884 - 1949),
un ancien eleve d'HOFMEISTER, mit 1'accent sur 1'importance que pouvait avoir
dans la glycolyse le transfert de phosphate de molecule a molecule, plus preci-
sement celui de derives phosphoryles a 1'ADP. II exemplifia ce concept avec la
reaction de transfert de phosphate du phospho-enolpyruvate (PEP) a 1'ADP :
Un autre exemple de transphosphorylation dans la chaine de la glycolyse au

niveau des trioses est le transfert du phosphate du 1,3-bisphosphoglycerate sur
1'ADP. A 1'inverse, au niveau des hexoses le phosphate est transfere a partir de
1'ATP sur le glucose et sur le fructose 6-phosphate.
A la fin des annees trente et dans le courant des annees quarante, le groupe de
WARBURG avec Erwin NEGELEIN (1897 - 1979) et Heinz BROMEL (1914 - 1942)
apporta une contribution fondamentale a la connaissance de 1'energetique de la
glycolyse en identifiant 1'enzyme qui couplait la deshydrogenation du glyceral-
dehyde 3-phosphate en 1,3-bisphosphoglycerate en presence de NAD oxyde
[10] Archibald HILL et Otto MEYERHOF, Prix Nobel de physiologic et de medecine

(1922).
(NAD ox )[ n ] et de phosphate mineral. Pour la premiere fois, on decouvrait

1'existence d'une incorporation de phosphate mineral dans une molecule
organique, le 1,3-bisphosphoglycerate. A la fin des annees quarante, Theodor
BUCHER (n. 1914) a Munich demontrait le couplage entre la dephosphorylation
du 1,3-bisphosphoglycerate et la synthese d'ATP. Le phosphate mineral qui
avait ete incorpore dans le 1,3-bisphosphoglycerate etait finalement retrouve
dans 1'ATP, ceci grace a 1'association des deux reactions :
dont la somme est:
Ainsi, il s'averait qu'un couplage etait possible entre une reaction d'oxydo-
reduction et une synthese d'ATP a partir d'ADP et de phosphate mineral.
II convient d'insister sur le role que joua 1'utilisation d'inhibiteurs enzyma-
tiques dans le decryptage de la glycolyse. (Figure IV.7). Des 1918, NEUBERG
avait decouvert que si Ton ajoutait du bisulfite de sodium a un extrait de levure
qui fermentait du glucose, un intermediaire bisulfite de 1'acetaldehyde s'accu-
mulait ainsi que du glycerol. Du fait de ce blocage en aval dans la chaine de la
glycolyse, le dihydroxyacetone phosphate, 1'un des deux trioses phosphates
resultant du clivage du fructose 1,6-bisphosphate, etait reduit en glycerolphos-
phate, lequel etait par la suite dephosphoryle en glycerol. Cette observation fut
a 1'origine d'un precede industriel de fabrication du glycerol. Vers 1930, on
decouvrit que le fluorure de sodium, un autre inhibiteur de la glycolyse,
favorisait 1'accumulation du 3-phosphoglycerate.
Dans les annees 1934 - 1936, Otto MEYERHOF, Karl LOHMANN et Wilhelm
KIESSLING (1901 -1958) montrerent que si Ton ajoutait du 3-phosphoglycerate a
un extrait de levure ou de muscle d'ou le NAD avait ete elimine par dialyse, il
s'accumulait du phosphoenolpyruvate. Pour interpreter cette accumulation il
etait necessaire de supposer la formation d'un intermediaire, le 2-phospho-
glycerate. Get intermediaire fut effectivement isole et caracterise, et 1'enzyme
qui realisait la transformation du 3-phosphoglycerate en 2-phosphoglycerate,
une mutase, fut purifie. L'enzyme qui transforme le 2-phosphoglycerate en
phosphoenolpyruvate, sensible au fluorure de sodium, fut egalement isole et
appele enolase. Quant a 1'iodoacetate, un inhibiteur d'enzymes possedant un ou
[11] Dans cet ouvrage, le NAD oxyde et le NAD reduit sont denommes NADOX et
NADreci. L'ensemble des deux formes est denomme NAD. Dans la nomenclature
des ouvrages de biochimie, pour tenir compte du mecanisme moleculaire de la
reduction du NAD OX et de la presence d'une charge positive sur 1'azote du cycle
pyridinique, on designe NADOX par NAD + et le NAD reduit par NADH. En effet,
au cours du transport de deux equivalents de reduction d'un substrat sur le NAD + ,
1'un des hydrogenes est transfere sous forme d'hydrure sur le cycle pyridinique du
NAD + et 1'autre est relache sous forme de proton (H + ).
plusieurs groupes thiol strategiques, sa cible privilegiee fut identifiee a la

glyceraldehyde-3-phosphate deshydrogenase.
Le NAD reduit au cours de la deshydrogenation enzymatique du glyceral-
dehyde 3-phosphate doit etre imperativement reoxyde. En effet, les cellules ne
disposent que d'un stock extremement limite en NAD. En anaerobiose, il existe
deux possibilites pour regenerer la forme oxydee du NAD. Chez les organismes
superieurs, le pyruvate, CH^-CO-COO~ est reduit en lactate, CH3-CHOH-
COO~, comme le montra EMBDEN en 1912 dans des experiences de perfusion
de foie avec du pyruvate. On decouvrira plus tard que cette reduction met en
ceuvre un enzyme specifique, la lactate deshydrogenase. Dans la levure, le
NAD reduit est reoxyde grace a un couple de reactions qui combinent la
decarboxylation du pyruvate en acetaldehyde, CHs-CHO, et la reduction de
1'acetaldehyde en ethanol, CHs-CfÔH. Les deux etapes impliquees dans la
conversion du pyruvate en ethanol furent decrites entre 1911 et 1914 par
NEUBERG a Berlin et les biochimistes russes, Sergei KOSTYCHEV (1877 - 1931) et
Aleksander LEBEDEV (1881 -1938). Le mecanisme de la reoxydation en anae-
robiose du NAD reduit avait ete decouvert relativement tot dans 1'etude de la
glycolyse. II n'en fut pas de meme pour la reoxydation en aerobiose du NAD
reduit. Alors que la glycolyse anaerobic implique essentiellement le cytosol,
la glycolyse aerobic met en ceuvre le compartiment mitochondrial de la
cellule. Cependant, les mitochondries sont impermeables au NAD. Le meca-
nisme de 1'oxydation mitochondriale du NAD reduit provenant du cytosol ne
sera compris que dans les annees 1960 (Chapitre IV-9.1).
Au milieu du XX e siecle, les reactions de la glycolyse, aussi bien dans la levure
que dans le muscle, avaient ete identifiees et certaines avaient meme ete carac-
terisees en termes de mecanisme enzymatique. La zymase d'Eduard BUCHNER
avait ete resolue en une dizaine d'enzymes. Comme le montre la figure IV.7
la chaine de la glycolyse comporte deux series de reactions. La premiere serie
concerne des remaniements structuraux associes a des phosphorylations permet-
tant de passer du glucose au glucose 6-phosphate, puis au fructose 6-phosphate
et enfin au fructose 1,6-bisphosphate. L'autre serie demarre avec le clivage du
fructose 1,6-bisphosphate en deux trioses phosphates dont 1'un, le glyceralde-
hyde 3-phosphate, subit des transformations qui conduisent a 1'acide pyruvique
et a 1'acide lactique en anaerobiose. La chaine de la glycolyse fut appelee voie
d'EMBDEN-MEYERHOF en 1'honneur des pionniers qui avaient contribue de
fac.on majeure a son etude.
Un regard sur 1'ensemble des reactions de la glycolyse revelait des proprietes
qui allaient s'imposer comme des principes fondamentaux dans d'autres voies
du metabolisme intermediaire chez tous les etres vivants :
* Les molecules organiques dans les microorganismes, plantes et mammiferes
doivent etre prealablement modifiees, "activees", pour entrer dans un circuit
metabolique. Cette particularite represente une difference remarquable avec
les reactions de la chimie organique de paillasse qui ne pouvait pas, a 1'evi-
dence, etre appreciee dans les premiers temps de la chimie metabolique.
* La glycolyse, comme la plupart des chaines cataboliques, est generatrice

d'energie. Cette energie est recuperee sous forme d'ATP. La conversion
d'une molecule de glucose en deux molecules d'acide pyruvique est couplee
a la synthese de deux molecules d'ATP.
Le glucose est stocke dans le foie et le muscle sous forme de glycogene. En
1935, Carl et Gerty CORI, a 1'universite de Saint Louis, montrerent que le
phosphate mineral etait indispensable a la degradation du glycogene en glucose
1-phosphate. L'enzyme implique fut appele glycogene phosphorylase. Le foie
et le muscle possedent les machineries enzymatiques necessaires a la fois a la
synthese et a la degradation du glycogene. Cependant, seul le foie est capable
de transformer des molecules de petite taille (pyruvate, lactate) en glucose
(Chapitre IV-6.7). Cette particularite conduit chez les organismes superieurs a un
cycle metabolique "interorganes" qui implique le tissu musculaire et le tissu
hepatique. Au cours d'un travail musculaire, le glucose du muscle est degrade
en pyruvate et lactate qui sont repris par le courant sanguin pour etre portes au
foie ou ils sont reconvertis en glucose. Celui-ci est reexpedie au tissu muscu-
laire. Ce circuit metabolique est connu sous le nom de cycle des CORI.
6.6. LA DECOUVERTE D'UNE DEUXIEME VOIE DE DEGRADATION DU

GLUCOSE PASSANT PAR LES PENTOSES.
SON IMPLICATION DANS LA PHOTOSYNTHESE
Dans le courant des annees trente, Otto WARBURG avait constate que le glucose
6-phosphate, le premier intermediate phosphoryle du glucose dans la chaine de
la glycolyse, etait deshydrogene en 6-phosphogluconate par une deshydrogenase
dont le coenzyme, le NADP t12], differait du NAD par la presence d'un residu
phosphate sur le ribose jouxtant 1'adenine. Au debut des annees cinquante,
plusieurs groupes animes par Frank DICKENS (1899 -1986), Seymour COHEN
(n. 1917), Bernard HORECKER (n. 1914) et Ephraim RACKER (1913 - 1991) demon-
trerent que le 6-phosphogluconate etait le point de depart d'un echeveau
complexe de reactions mettant en ceuvre des intermediaires phosphoryles d'oses
a 5 C (ribose, ribulose et xylulose), a 4 C (erythrose), a 3 C (glyceraldehyde) et
aussi a 7 C (sedoheptulose). Pour distinguer cette nouvelle voie de catabolisme
du glucose de la voie classique d'EMBEN-MEYERHOF impliquant le clivage
direct du fructose 1,6-bisphosphate en deux trioses phosphates, on decida de
1'appeler cycle des pentoses ou encore "shunt des pentoses" (ou pentoses-
phosphates) car elle etait branchee sur la chaine de la glycolyse au niveau du
glucose 6-phosphate et du glyceraldehyde phosphate. Pour la personnaliser, on
la baptisa voie de DICKENS-HORECKER.
[12] Dans les ouvrages de biochimie la meme nomenclature que pour les formes
oxydee et reduite du NAD est adoptee pour le NADP.
Dans la voie des pentoses de DICKENS-HORECKER, le 6-phosphogluconate est

decarboxyle et oxyde en ribulose 5-phosphate, un sucre a 5 atonies de carbone,
CH2OH-CO-(CHOH)2-CH2OPO32"/ veritable carrefour metabolique au centre
de reactions abondamment detaillees dans la litterature biochimique moderne.
En utilisant du glucose marque par du 14C dans le carbone-1 et dans le car-
bone-6 et en suivant la liberation de 14CC>2, il est possible d'evaluer la partici-
pation de la voie d'EMBDEN-MEYERHOF et celle de DICKENS-HORECKER
au catabolisme du glucose dans differents types cellulaires. Ainsi la voie
d'EMBDEN-MEYERHOF est predominante dans le tissu musculaire, celle de
DICKENS-HORECKER Test dans le tissu adipeux.
Dans les organismes photosynthetiques, le ribulose 5-phosphate est phosphoryle
par 1'ATP en ribulose 1,5-bisphosphate, une molecule cle dans la fixation de CC>2
au cours de la photosynthese. A 1'epoque meme ou le cycle des pentoses etait
explore, dans les annees 1953 -1956, Melvin CALVIN t13! et ses collaborateurs a
Berkeley realiserent des experiences de marquage metabolique de chlorelles par
le 14CC>2 en presence de lumiere. Les chlorelles retirees du milieu quelques
secondes ou dizaines de secondes apres photoirradiation etaient broyees. Les
composes organiques radiomarques presents dans 1'extrait etaient separes par
chromatographie sur papier et detectes par autoradiographie. En quelques
secondes s'accumulait de fagon massive et exclusive le 3-phosphoglycerate
marque par 14C dans son groupe carboxylique. Apres une exposition plus longue
a la lumiere, des hexoses phosphates etaient reveles et caracterises par un
radiomarquage sur les carbones 3 et 4, ce qui laissait penser que leur synthese
resultait d'une condensation de trioses phosphates radiomarques sur le carbone
en bout de chaine.
Des arguments furent presentes qui prouvaient que le 14CO2 etait incorpore
dans un derive diphosphoryle provenant de ribulose 5-phosphate. C'etait le
ribulose 1,5-bisphosphate, qui etait rapidement clive en deux molecules de
3-phosphoglycerate. Une etude laborieuse de la cinetique d'apparition des
produits radiomarques permit de conclure que le ribulose 1,5-bisphosphate etait
au cceur d'un cycle de reactions, appele cycle de CALVIN, grace auquel le CC>2
atmospherique se retrouvait dans des molecules carbonees de nature osidique.
L'enzyme qui catalyse la fixation du CO2 dans le ribulose 1,5-bisphosphate est la
ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase ou RUBISCO (Figure IV.9). II est
specifique des organismes photosynthetiques, en particulier les plantes. C'est
1'enzyme le plus abondant de la biosphere. II est responsable de la fixation de
milliards de tonnes de CO2 chaque annee par les organismes photosynthetiques.
Chez les plantes vertes, les chloroplastes sont les sites de 1'assimilation carbonee.
L'ATP qui alimente en energie le cycle de CALVIN provient essentiellement de
la photophosphorylation, un processus catalyse par un systeme enzymatique
egalement localise dans les chloroplastes.
[13] Melvin CALVIN, Prix Nobel de chimie (1961).

Le point de depart du cycle de CALVIN est le ribulose 1,5-bisphosphate. Sa carboxylation

est suivie d'un clivage qui aboutit a deux molecules de 3-phosphoglycerate. Le 3-
phosphoglycerate est reduit en glyceraldehyde 3-phosphate. La regeneration du ribulose
5-phosphate a partir du glyceraldehyde 3-phosphate irnplique une serie de reactions qui
font partie du cycle des pentoses et qui aboutissent a la formation de ribose 5-phosphate,
de xylulose 5-phosphate, d'erythrose 4-phosphate et de sedoheptulose 7-phosphate. Le
ribulose 5-phosphate est forme par isomerisation du ribose 5-phosphate et par epimeri-
sation du xylulose 5-phosphate.
Figure IV.9 - Le cycle de CALVIN

et 1'assimilation carbonee dans la photosynthese
Deux siecles plus tot, PRIESTLEY et INGEN-HOUSZ avaient montre que des
plantes vertes exposees a la lumiere faisaient disparaitre le CC>2 de 1'air
environnant. Le cycle de CALVIN expliquait en termes chimiques 1'assimilation
carbonee dans la photosynthese.
6.7. DEMONSTRATION QUE LA SYNTHESE DE GLUCOSE A PARTIR

DE PYRUVATE N'EST PAS L'lNVERSE DE LA GLYCOLYSE ET QUE
LA SYNTHESE DU GLYCOGENE A PARTIR DU GLUCOSE N'EST
PAS L'lNVERSE DE LA GLYCOGENOLYSE
Jusque dans les annees 1950, on etait persuade que toutes les reactions de la
gluconeogenese etaient identiques a celles de la glycolyse (voie d'EMBDEN-
MEYERHOF). On sait actuellement que trois des reactions de la glycolyse ne
sont pas utilisees pour la gluconeogenese car peu reversibles du fait de la forte
quantite d'energie qu'elles degagent. Ce sont la phosphorylation du glucose en
glucose 6-phosphate catalysee par une hexokinase, la phosphorylation du fruc-
tose 6-phosphate en fructose 1,6-bisphosphate catalysee par une phosphofructo-
kinase et la transformation du phosphoenolpyruvate en pyruvate catalysee par
la pyruvate kinase (Figure IV.10). La conversion du pyruvate en phosphoenol
pyruvate dans la gluconeogenese est accomplie par un ensemble de deux
reactions dont la premiere est la carboxylation du pyruvate en oxaloacetate et
la seconde est la production de phosphoenolpyruvate par decarboxylation de
1'oxaloacetate en presence de GTP.
La carboxylation enzymatique du pyruvate fut decrite en 1945 par Harland
WOOD (1907 - 1991) et Merton UTTER (1917 - 1980). Ces biochimistes avaient
observe qu'en presence d'un extrait de foie de pigeon et d'ATP le 14CC>2 en
provenance du [14C]bicarbonate etait incorpore dans le pyruvate lequel etait
convert! en [14C]oxaloacetate. En I960, le role de la biotine en tant que coen-
zyme de carboxylation fut decouvert par UTTER. Quant au fructose 1,6-bis-
phosphate et au glucose 6-phosphate, leur hydrolyse par des phosphatases
specifiques en fructose 6-phosphate et en glucose permet de remonter jusqu'au
glucose.
Le meme scenario que pour la decouverte de reactions specifiques a la glyco-
lyse et a la gluconeogenese se retrouve pour le couple synthese et degradation
du glycogene. A partir du moment ou le groupe des CORI eut demontre que la
glycogene phosphorylase etait 1'enzyme de conversion du glycogene en
glucose 1-phosphate, il fut implicitement admis que la synthese de glycogene a
partir du glucose 1-phosphate etait assure par le meme enzyme. Cette idee
erronee fut revisee lorsqu'en 1957 le biochimiste argentin Luis LELOIR^ 14 ]
[14] Luis LELOIR, Prix Nobel de chimie (1970).

Dans la gluconeogenese, trois des reactions de la glycolyse sont court-circuitees :

dephosphorylation du glucose 6-phosphate en glucose, dephosphorylation du fructose
1,6-bisphosphate en fructose 6-phosphate et conversion du pyruvate en phosphoenol-
pyruvate. Noter que cette derniere reaction necessite une premiere etape de carboxy-
lation du pyruvate en oxaloacetate qui se deroule dans le compartiment mitochondrial.
Pour raison de simplicite, on a omis de mentionner la necessaire transamination
mitochondriale de 1'oxaloacetate en aspartate. En effet, 1'oxaloacetate n'a pas de
transporteur mitochondrial a la difference de 1'aspartate. Dans le cytosol 1'aspartate est
reconverti en oxaloacetate (voir figure IV.20).
Figure IV.10 - Gluconeogenese vs glycolyse

(1906 -1987) isola une forme activee du glucose, 1'uridine diphosphoglucose

(UDP-glucose), qui s'avera etre impliquee dans la synthese du glycogene.
L'UDP-glucose etait le produit de la reaction du nucleotide UTP avec le glucose
1-phosphate :
Ainsi, pour le glycogene, la preuve etait egalement apportee que synthese et

degradation procedaient par des mecanismes enzymatiques differents.
Au tournant des annees 1960, se generalisa la notion d'activation des metabolites
par des nucleotides specifiques. A cote de 1'activation du glucose et d'autres
oses par 1'UTP, 1'activation par le CTP d'intermediaires lipidiques (diacyl-
glycerol, choline, ethanolamine) fut decrite par Eugene KENNEDY (n. 1919),
tandis que Paul ZAMECNIK demontrait que les acides amines etaient actives
par 1'ATP sous forme d'aminoacyl adenylates, prealablement a leur combi-
naison avec les ARNs de transfert (Chapitre III).
7. COUP D'CEIL SUR L'EXPLORATION DU CATABOLISME

DES LIPIDES ET PROTEINES AU DEBUT DU XXE SIECLE
S'il est exact que les recherches sur la glycolyse dans la levure et le tissu muscu-
aire tinrent le haut du pave dans les premieres decennies du XX e siecle, il n'en
est pas moins vrai que des recherches paralleles sur le catabolisme des lipides et
des acides amines apporterent une riche moisson d'informations, qui se concre-
tiserent par la decouverte de la p-oxydation des acides gras et par celle de
1'elimination de 1'ammoniac sous forme d'uree chez les mammiferes.
7.1. ACIDES GRAS, CORPS CETONIQUES ET STEROLS

Les travaux des chimistes dans le milieu du XIX e siecle avaient permis de classer
les graisses (lipides) en deux categories selon leur reactivite vis-a-vis d'alcalis
comme la soude. Certaines graisses donnaient naissance a des savons par
reaction des acides gras qu'elles contiennent avec la soude. On les appela
graisses saponifiables. D'autres graisses n'etaient pas attaquees par la soude; on
les appela graisses insaponifiables ; les sterols en font partie.
7.1.1. La decouverte de la ft-oxydation des acides gras

Lorsque Ton ouvre un ouvrage de biochimie classique, on apprend d'emblee
que le catabolisme enzymatique des acides gras precede par amputation
recurrence de chaines dicarbonees; ce mecanisme est denomme p-oxydation
rappelant ainsi que, dans 1'ancienne nomenclature des carbones des acides gras,
le carbone adjacent au groupement carboxylique etait appele Cot et, en
remontant la chaine, le carbone voisin etait denomme Cp. La (3-oxydation

represente done une fixation d'oxygene sur le carbone Cp suivie d'un clivage de
la liaison C a - C p . En fait, la p-oxydation des acides gras fut decouverte
incidemment au cours de recherches sur le diabete. On avait observe depuis
longtemps que 1'urine de malades diabetiques etait sucree et que 1'haleine de
malades precomateux degageait une forte odeur de pomme de reinette evo-
quant la presence d'acetone. En 1865, le chimiste frangais Charles GERHARD!
identifia le sel d'un acide p-cetonique CH3-CO-CH2-COOH, 1'acetoacetate, dans
1'urine de diabetiques. L'acetoacetate etait le precurseur de 1'acetone. Associe a
1'acetoacetate se trouvait son derive reduit, le (3-hydroxybutyrate. Acetone,
acetoacetate et p-hydroxybutyrate furent regroupes sous la denomination de
triade des corps cetoniques.
Au debut du siecle, toute recherche sur le catabolisme des acides gras etait
conduite dans le but de pouvoir expliquer la production des corps cetoniques.
C'est dans ce contexte que dans les annees 1900, le jeune biochimiste allemand
Franz KNOOP (1875 -1946) entreprend des experiences de marquage d'acides
gras qui le conduiront a decouvrir la p-oxydation de ces molecules. KNOOP
commenc.a ses premieres recherches a 1'universite de Strasbourg; il les continua
en 1903 a 1'Institut de chimie de Fribourg-en-Brisgau, puis a 1'universite de
Tubingen. Son memoire d'habilitation sur 1'utilisation de derives benzoyles
d'acides gras qui demontrait 1'existence de la P-oxydation avec une elegante
ingeniosite fut accueilli fraichement par un jury traditionaliste. Les chimistes ne
le trouvaient pas assez chimique et les physiologistes pas assez physiologique,
specialises qu'ils etaient, les uns dans 1'analyse elementaire des metabolites, les
autres dans la determination routiniere des bilans metaboliques. La methode
utilisee par KNOOP, publiee en 1905, s'echappait en effet des sentiers battus de la
routine analytique de 1'epoque. Elle consistait a fixer par synthese une molecule
d'acide benzo'ique sur le groupe methyl terminal des acides gras. Dans le jargon
moleculaire actuel, on parlerait d'une etiquette de marquage. On savait que
1'acide benzo'ique n'etait pas toxique par lui-meme. Ingere en petite quantite par
1'animal, il etait elimine sous une forme combinee avec la glycine, 1'acide hippu-
rique. L'experience consistait a donner a des chiens, soit dans leur alimentation,
soit par injection, des derives benzoyles d'acides gras a trois carbones (acide
phenylpropionique) ou a 4 carbones (acide phenylbutyrique). KNOOP constatait
que 1'acide phenylbutyrique etait excrete sous forme d'acide phenylacetique et
que 1'acide phenylpropionique etait excrete sous forme d'acide hippurique et
d'acide benzo'ique. On pouvait d'ores et deja faire des hypotheses sur des
schemas reactionnels. En admettant que le produit final resultait d'un clivage
entre les carbones a et (3 d'un acide gras succedant a une oxydation au niveau
du Cp, on pouvait ecrire pour la degradation de 1'acide phenylbutyrique :
et celle de 1'acide phenylpropionique :

Dans les deux cas, un chainon dicarbone, 1'acide acetique, etait libere. La
technique du marquage metabolique par 1'acide benzoi'que fut reprise en 1909
par 1'Americain Henry DAKIN (1880 -1952). Ses experiences montrerent que des
chaines grasses contenant plus de quatre atomes de carbone etaient egalement
degradees par (3-oxydation confirmant et generalisant le principe de la
(3-oxydation a 1'ensemble des acides gras (Figure IV.ll).
A cette premiere periode d'exploration du catabolisme des acides gras fit suite
une demarche de physiologic cellulaire pour localiser le site cellulaire de la
P-oxydation. Utilisant la technique du fractionnement des organites endocellu-
laires par centrifugation differentielle qui venait d'etre mise au point (Chapi-
tre II-8.2.1), Albert LEHNINGER (1917 - 1986) et Eugene KENNEDY identifierent
des 1949 les mitochondries comme siege du catabolisme des acides gras. La
troisieme periode s'ouvre immediatement apres, avec la demonstration en 1951
par le biochimiste allemand Feodor LYNEN f 15 ! que 1'acetyl-coenzyme A est une
forme activee de 1'acetate lie par son groupe carboxylique au groupe thiol du
coenzyme A, et finalement avec la reconnaissance que 1'acetyl-CoA est le
prototype de la forme active des acides gras a longue chaine.
Le coenzyme A ( CoA) fut decouvert par Fritz
LIPMANN t16] (1899 -1986) a 1'Institut Rockefeller
au terme d'une longue quete entreprise dans le
but de comprendre comment 1'acetate etait active
prealablement a sa participation dans des reac-
tions metaboliques d'acetylation. Les travaux
debuterent dans la premiere moitie des annees
1940. Des experiences furent d'abord realisees
sur des extraits de Lactobacillus delbruckii. Les
resultats montrerent que la decarboxylation oxy-
dative du pyruvate necessitait la presence de
phosphate, ce qui conduisit LIPMANN a sus-
F LIPMANN
pecter la formation d'un derive phosphoryle, le (1899 -1986)
candidat le plus plausible etant 1'acetyl-phos-
phate. L'acetyl-phosphate fut effectivement isole, puis caracterise sous forme de
son sel d'argent. Dans les memes annees, les recherches sur 1'acetate actif etaient
poursuivies sur des preparations biologiques d'origine animale. Travaillant sur
des extraits de cerveau de rat, David NACHMANSON (1899 -1983) decouvrit en
1943 que la choline etait acetylee par 1'acetate en presence d'ATP. C'etait la
premiere fois que 1'on mettait en evidence une reaction d'acetylation dans un
systeme animal. L'article de NACHMANSON, trop novateur, fut refuse par trois
revues scientifiques avant d'etre finalement accepte dans un journal americain de
neurophysiologie.
[15] Feodor LYNEN et Konrad BLOCH, Prix Nobel de chimie (1964).

[16] Fritz LIPMANN et Hans A. KREBS, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1953).
Premiere formulation Formulation moderne
La p-oxydation des acides gras a longue chaine implique une serie de trois reactions
(deshydrogenation, hydratation, deshydrogenation), suivie d'un clivage qui ampute la
chaine d'acide gras d'un fragment dicarbone. Cette serie de reactions se repete,
eliminant a la fin de chaque serie un acetyl-CoA.
Figure IV.ll - 3-oxydation des acides gras

Avec 1'utilisation des sulfamides comme medicament antimicrobien chez

1'homme, on decouvrit que la sulfanilamide etait excretee dans 1'urine sous une
forme acetylee, ce qui suggerait 1'implication la encore d'un "acetate active". En
1945, la forme acetylee de la sulfanilamide fut retrouvee par LIPMANN apres
incubation de tranches fines de foie de rat avec de 1'acetate, en presence de
substrats oxydables dans un milieu bien acre. La reaction d'acetylation reclamait
done un apport d'energie. On decouvrira plus tard que cette energie est
dispensee par 1'ATP.
A la difference de 1'activation de 1'acetate par le phosphate chez les bacteries, la
molecule responsable de 1'activation de 1'acetate dans les tissus animaux se
revelait complexe. Elle fut purifiee et 1'etude de sa structure fut entreprise.
Hydrolysee par une phosphatase bacterienne, elle liberait une vitamine, 1'acide
pantothenique. Cette vitamine avait ete isolee en 1933 par le nutritionniste
americain Roger WILLIAMS (1893 -1988) a partir d'extraits concentres de foie.
D'autres essais montrerent que la molecule contenait de 1'AMP, trois groupes
phosphate et un residu terminal amine avec un groupe thiol libre, la mercapto-
ethylamine. La structure complete du coenzyrne A fut publiee en 1952 par
BADDILEY, TAIN, NOVELLI et LIPMANN dans la revue Nature (vol. 171, p. 76).
Paul BERG etendit en 1956 aux acides gras a longue chaine le principe
d'activation par le coenzyme A suivant la reaction generate :
Tres rapidement differents groupes dont ceux de Feodor LYNEN en Allemagne

et de David GREEN (1910-1983) aux Etats-Unis decrypterent la serie des
reactions qui, par p-oxydation, aboutit a 1'amputation iterative de chainons
dicarbones (Figure IV. 14). Au plan des reactions chimiques, on retrouvait les
memes reactions que celles qui avaient ete decrites par KNOOP, puis par DAKIN
quarante ans plus tot. L'apport nouveau concernait la mise en evidence de
derives actives par le coenzyme A, 1'identification des enzymes et des coen-
zymes responsables, ainsi que la localisation des reactions dans le compartiment
mitochondrial des cellules eucaryotes.
7.1.2. L'enigme des corps cetoniques

Dans le milieu des annees 1940, le principe de la degradation des acides gras a
longue chaine etait solidement etabli. Theoriquement un acide gras a nombre
pair d'atomes de carbone devait subir une degradation totale en groupes
acetate. Or, Henry DAKIN avait decouvert qu'il n'en etait pas ainsi dans le foie
et que dans cet organe s'accumulaient de 1'acetoacetate et du (3-hydroxybuty-
rate. En utilisant des preparations de mitochondries de foie de rat, LEHNINGER
avait egalement observe une accumulation d'acetoacetate et de (3-hydroxybuty-
rate a partir de palmitate. L'idee qui prevalait a cette epoque etait que 1'aceto-
acetate et le p-hydroxybutyrate, produits a partir d'acides gras a longue chaine
dans le foie etaient vehicules a partir du foie par le courant sanguin. Us etaient
pris en charge par les muscles et les reins qui les degradaient en acetate. La
premiere entorse a cette idee vint d'une experience isotopique realisee en 1944
par Sidney WEINHOUSE (n. 1909). Cette experience consistait a analyser le
destin du groupement carboxylique marque par 13C dans 1'acide octanoi'que mis
en incubation avec des tranches fines de foie de rat. Le carbone 13C etait
retrouve a la fois dans le groupe carboxylique terminal de 1'acetoacetate et dans
son groupe carbonyle en p. En supposant que 1'acetoacetate soit forme
essentiellement par degradation de 1'octanoate, on aurait du retrouver le
carbone 13C uniquement dans le groupe carboxylique. La presence de 13C dans
le groupe carbonyle en position (3 suggerait que 1'acetoacetate etait forme par
condensation de deux molecules d'acetate. En 1953, David GREEN et ses
collaborateurs, a Madison, demontrerent que 1'acetyl-CoA etait le substrat
implique dans la reaction de condensation :
7.1.3. Le role de la carnitine dans I'oxydation des acides gras

En 1950, Einar LUNDSGAARD a Copenhague observa qu'un facteur de petit
poids moleculaire present dans un perfusat de muscle augmentait notablement
la consommation d'oxygene du foie perfuse. Son collaborateur, Irving FRITZ,
testa 1'effet de differents composes provenant d'un extrait de muscle sur la respi-
ration d'un extrait de foie en presence d'acides gras. II en arriva a la conclusion
que la carnitine etait la seule molecule capable d'un effet stimulant specifique.
La carnitine venait d'etre identified comme facteur de croissance necessaire a la
metamorphose du ver de farine, Tenebrio molitor, et, de plus, on savait qu'elle
etait un composant quantitativement important dans le tissu musculaire. L'effet
stimulant de la carnitine sur I'oxydation des acides gras, evident sur des mito-
chondries intactes, disparaissait avec des mitochondries traitees de fac.on a les
permeabiliser. La carnitine etait done impliquee dans un mecanisme de trans-
port des acides gras. Par la suite, on decouvrit qu'il existait au niveau de la
membrane mitochondriale interne un transporteur proteique specifique pour
1'acylcarnitine ainsi que deux transferases capables de catalyser deux reactions
successives d'echange de groupe acyl entre CoA et carnitine. Sur la face ex-
terne de la membrane interne, une premiere transferase convertissait 1'acyl-CoA
en acyl-carnitine. L'acyl-carnitine etait transporte par son transporteur speci-
fique a travers la membrane mitochondriale interne et reconvertie a sa sortie
en acyl-CoA par une deuxieme transferase. A 1'interieur de la mitochondrie,
1'acyl-CoA etait alors degrade par (3-oxydation.
7.1.4. Ressemblances chimiques et dissemblances enzymatiques

entre synthese et degradation des acides gras
On a longtemps pense que la p-oxydation des acides gras a longue chaine et
leur synthese utilisaient les memes reactions et les memes enzymes. Au plan des
transformations strictement chimiques, les reactions qui allongent la chaine des
acides gras precedent effectivement a 1'inverse de celles qui amputent cette
chaine par p-oxydation. La synthese met en ceuvre d'abord la fixation d'un

chainon dicarbone a 1'extremite carboxyl terminal d'un chaine grasse, la reduc-
tion du groupe -CfiO-CaH2- faisant apparaitre une fonction alcool secondaire
CHOH-CH2-, puis une deshydratation amenant la formation d'une double
liaison -CH=CH- suivie d'une reduction en -CH2-CH2-. Si le canevas des
reactions de la synthese des acides gras est identique a celui de leurs reactions
de degradation, les enzymes mis en ceuvre sont par contre differents, ainsi
qu'est differente leur localisation intracellulaire.
A la fin des annees 1950, Salih WAKIL (n. 1927), qui travaillait a cette epoque
dans le laboratoire de David GREEN a Madison, montra que la synthese des
acides gras demarrait avec une reaction de carboxylation de 1'acetyl-CoA en
malonyl-CoA : COOH-CH2-CO-S-CoA. Cette reaction necessitait une
vitamine, la biotine, qui prenait en charge le CC>2 et le transportait sur
1'acetyl-CoA. Un autre biochimiste americain, Roy VAGELOS (n. 1929)
decouvrait qu'un peptide appele Acyl-Carrier-Protein ou ACP possedait une
extremite thiol libre comme le coenzyme A et se substituait au coenzyme A lors
de 1'allongement de la chaine carbonee. C'etait done sous des formes activees
differentes que procedaient les reactions de synthese et de degradation des
acides gras, acyl-ACP dans la synthese et acyl-CoA dans la degradation. Une
autre difference tenait au fait que les enzymes de la degradation etaient dissocies
les uns des autres alors que les enzymes impliques dans la synthese etaient
associes sous forme d'un complexe dont la composition et la structure sont
abondamment commentees dans la litterature moderne. Enfin, au plan de la
compartimentation intracellulaire, les reactions de degradation etaient localisees
dans les mitochondries alors que celles de synthese 1'etaient dans le cytosol.
Dans un autre ordre d'idee, des experiences portant sur la nutrition, menees
chez des rats au debut des annees 1930, conduisirent a la conclusion que
certains acides gras non satures, comme 1'acide linoleique et 1'acide linolenique,
devaient etre incorpores au regime sous peine de graves lesions cutanees et
d'arret de la croissance. Ces acides gras furent baptises acides gras essentiels.
Leur defaut de synthese a partir d'acides gras satures chez les mammiferes est
du au fait que ceux-ci ne possedent pas les desaturases necessaires a cette
transformation.
7.1.5. Les premieres incursions dans le domaine des sterols

Quand on traite des tissus animaux ou vegetaux par une solution de soude, la
plupart des especes lipidiques sont converties en "savons hydrosolubles". Une
partie, toutefois, resiste a la saponification. Ce materiel insaponifiable est
extractible par des solvants organiques. Cette procedure experimentale connue
au XIX e siecle avait permis au chimiste frangais Eugene CHEVREUL d'isoler en
1815 a partir de calculs biliaires un lipide insaponifiable auquel il avait donne le
nom de cholesterine (du grec \o\r\ = bile et arepeoc = solide). Au debut du
XXe siecle, le terme cholesterol fut adopte par la litterature anglo-saxone, puis
generalise. La formule brute du cholesterol, €27^50 etait connue en 1890. II

faudra cependant attendre quarante ans pour en avoir la formule developpee.
La difficulte tenait a plusieurs raisons : le grand nombre d'atomes de carbone,
1'existence de plusieurs cycles juxtaposes et la difficulte de purification des
produits de clivage a des fins d'analyse.
Adolf WINDAUS E171 (1876 - 1959) a Fribourg, Otto DIELS t18! (1876 - 1954) a Kiel,
tous deux anciens eleves d'Emil FISCHER, ainsi qu'Heinrich WIELAND a
Munich, lui-meme eleve d'Adolf VON BAEYER, furent des pionniers dans
1'elucidation de la structure du cholesterol. Leurs travaux qui s'echelonnent
entre la fin de la premiere guerre mondiale et 1930 permirent d'ebaucher une
structure polycyclique avec une courte chaine laterale branchee. Cette structure
fut contestee par le cristallographe britannique John BERNAL en 1932 sur la base
de diagrammes de diffraction de rayons X obtenus avec des cristaux de
cholesterol. En 1933, deux chimistes de Londres, Otto ROSENHEIM (1871 -1955)
et Harold KING (1887 -1956) apporterent la derniere pierre qui permit en accord
avec les donnees de la cristallographie de batir la formule detaillee du
cholesterol. En 1951, Robert ROBINSON t19! (1886 -1975) a Oxford et Robert
WOODWARD I20! (1917 - 1981) a Harvard decrivent la synthese du cholesterol
par voie chimique. Chez un homme adulte de 70 kg, la quantite de cholesterol
presente est de 250 g. Par comparaison, les hormones steroides sont presentes a
Fetat de traces. La premiere hormone stero'ide male cristallisee, 1'androsterone,
le fut en 1931 par Adolf BUTENANDT t21! (n. 1903) qui en recolta 15 mg a partir
de 15 000 litres d'urine. En 1934, BUTENANDT isolait la progesterone. La encore
des quantites considerables de materiel avaient ete necessaires; 625 kg de tissu
ovarien preleve a partir de 50 000 truies avaient permis d'obtenir 20 mg de
1'hormone pure.
7.2. LES PREMIERS PAS DANS L 'EXPLORATION DU CATABOLISME

DES ACIDES AMINES
Au debut du XX e siecle subsistait toujours le doute de savoir si les animaux

etaient capables de fabriquer leurs propres proteines a partir d'acides amines
endogenes ou d'importer leurs proteines obligatoirement a partir des plantes.
C'est autour de cette question que furent decouvertes deux categories d'acides
amines, ceux denommes non indispensables c'est-a-dire fabriques par 1'animal,
les autres denommes indispensables c'est-a-dire devant etre necessairement
fournis par 1'alimentation, ceci du fait d'une disparition des genes responsables
[17] Adolf WINDAUS, Prix Nobel de chimie (1928).

[18] Otto DIELS et Kurt ALDER, Prix Nobel de chimie (1950).
[19] Robert ROBINSON, Prix Nobel de chimie (1947).
[20] Robert WOODWARD, Prix Nobel de chimie (1965).
[21] Adolf BUTENANDT et Leopold RUZICKA, Prix Nobel de chimie (1939).
de leur synthese au cours de revolution. Une autre ligne importante de

recherche concerna le destin du groupe amine des acides amines, c'est-a-dire
son excretion sous forme d'uree ou son apparition transitoire sous forme
d'ammoniac ou bien encore son echange avec la fonction cetonique de diacides
carboxyliques comme 1'acide glutamique ou 1'acide aspartique par trans-
amination.
7.2.1. Acides amines indispensables et acides amines

glycogeniques et cetogeniques
En 1815, une grave penurie de viande sevissait a Paris. L'Academie des sciences
chargea MAGENDIE et VAUQUELIN de rechercher des produits de substitution,
capables d'apporter un complement adequat en materiaux azotes dans la ration
alimentaire. C'est ainsi que la gelatine, une proteine extraite d'os bouillis, fut
testee. Son pouvoir nutritif compare a celui de la viande se revela mediocre.
II s'averait done que les proteines de la viande contenaient des especes
chimiques de haute valeur nutritionnelle, absentes dans la gelatine. La solution
a cette enigme viendra un siecle plus tard avec la notion d'acides amines
indispensables.
En 1908, Frederick HOPKINS realisa une experience simple qui consistait a
nourrir des souris avec un regime dont la partie proteique etait constitute essen-
tiellement de zeine, une proteine extraite du mai's, ne contenant ni tyrosine, ni
tryptophane. Les souris nourries avec ce regime ne survivaient que quelques
jours. L'addition de tryptophane leur assurait une survie dix fois plus longue.
Par centre, la tyrosine etait sans effet. Ce sont les experiences systematiques de
1'Americain William ROSE (1887 -1985) a 1'universite de 1'Illinois a Urbana qui
mirent le point final en 1938 a la notion d'acides amines indispensables chez
les mammiferes, grace a 1'identification d'une dizaine au total de ces molecules
(lysine, tryptophane, histidine, phenylalanine, leucine, isoleucine, threonine,
methionine, valine, et arginine) sur la vingtaine qui entrent dans la composition
des proteines. Les dix autres acides amines peuvent etre synthetises par les
mammiferes a partir de leurs propres reserves azotees et carbonees.La notion
d'acides amines glycoformateurs date des experiences de Claude BERNARD sur
des chiens nourris exclusivement avec un regime a base de proteines animales.
Ces experiences montraient que le niveau de glucose dans le sang etait
maintenu a une valeur constante malgre 1'absence de sucre dans un tel regime.
Dans les annees qui suivirent, MERING obtint un pseudo diabete induit chez le
chien par injection d'un poison vegetal, la phlorizine. Le glucose etait elimine
en abondance dans 1'urine, par perte de sa reabsorption au niveau des tubules
renaux. Ce defaut physiologique, induit experimentalement par empoisonne-
ment avec la phlorizine, devint au debut du XXe siecle une technique astucieuse
pour tester 1'incidence de certains regimes sur le metabolisme glucidique. Ainsi
en 1910, Graham LUSK (1866 -1932) en utilisant la phlorizine put montrer que la
glycine, 1'alanine, les acides glutamique et aspartique etaient convertis, apres
desamination, en glucose excrete dans 1'urine. Par la suite, cette liste fut com-
pletee et portee a une quinzaine d'acides amines glycoformateurs (alanine, gly-
cine, arginine, aspartate, asparagine, cysteine, glutamate, glutamine, histidine,
methionine, proline, serine, threonine, tryptophane et valine). D'une fac.on
generale, les acides amines glycoformateurs apres desamination sont convertis
directement ou indirectement en oxaloacetate, le metabolite cle a partir duquel
est initiee la gluconeogenese (Figure IV.10).
Certains acides amines glycoformateurs sont egalement cetogeniques, c'est-a-
dire que leur catabolisme debouche a la fois sur le glucose et 1'acetoacetate. Ces
acides amines glycoformateurs et cetogenes sont 1'isoleucine, la phenylalanine
et la tyrosine. Un seul, la leucine, apparait strictement cetogenique. Ainsi, le
squelette carbone de la plupart des acides amines participe au metabolisme
des glucides ou a celui des acides gras.
7.2.2. La controverse du destin metabolique des proteines alimen-

taires (exogenes) et des proteines tissulaires (endogenes)
Le developpement de la medecine sociale dans certains pays d'Europe a la fin
du XIXe siecle, conjugue a des progres constants en chimie physiologique, est a
1'origine d'etudes sur la valeur nutritionnelle d'aliments riches en proteines et de
la notion d'equilibre azote. Ces etudes furent initiees en Allemagne et rapide-
ment relayees aux Etats-Unis. A Munich, le physiologiste Carl VOIT (1831 -1908)
avait bati une theorie selon laquelle les proteines obeissaient a deux types de
metabolisme selon leur origine alimentaire ou tissulaire. Cette theorie fut
exposee en 1881 dans un ouvrage qui traitait de la physiologie du metabolisme
et de la nutrition. Elle fut reprise et erigee en dogme par le physiologiste
americain d'origine suedoise Otto FOLIN.
FOLIN, en charge d'un service de psychiatrie dans un hopital du Massachusetts,
avait decide de rechercher si des desordres mentaux etaient refletes par 1'excre-
tion dans 1'urine de metabolites particuliers. Dans les annees 1920, il occupa la
chaire de chimie physiologique de 1'universite Harvard. Effectuant des controles
chez des sujets sains, il fut conduit a observer qu'il existait des variations
considerables dans la teneur en uree et quelques autres especes moleculaires,
selon le regime alimentaire des sujets, mais que la concentration de creatine ne
variait pratiquement pas. A 1'instar de VOIT, FOLIN postula qu'il existait deux
types de catabolisme azote. L'un etait caracterise par 1'elimination d'uree que
1'on supposait provenir essentiellement des proteines alimentaires et qui, par
consequent, variait en quantite selon 1'abondance des proteines ingerees. L'autre
type de catabolisme azote, reperable par 1'elimination de creatine, etait relati-
vement stable; on supposait qu'il dependait d'une degradation lente, mais per-
manente des proteines tissulaires. Des nutritionnistes de renom comme Thomas
OSBORNE (1859 -1929) et Benedict MENDEL (1872 - 1931) qui s'occupaient de
bilans azotes n'opposerent pas d'objections a la theorie dualiste des proteines
endogenes et exogenes de FOLIN.
A la fin des annees 1930, grace a 1'incorporation dans 1'alimentation animale

d'acides amines marques par 1'azote 15N et le deuterium, il devint possible de
distinguer de fac,on non ambigue proteines endogenes et proteines exogenes. Le
principal artisan de cette avancee technique fut Rudolph SCHOENHEIMER.
Apres sa these de medecine soutenue a Berlin en 1922, SCHOENHEIMER se
specialise en chimie organique. En 1926, il occupe un poste d'assistant dans le
laboratoire de Ludwig ASCHOFF (1866 -1942) a 1'Institut d'anatomie patho-
logique de Fribourg ou il travaille sur le metabolisme des sterols. En 1933, la
montee de la dictature en Allemagne 1'oblige a emigrer aux Etats-Unis. II est
accueilli par Harold UREY, le decouvreur du deuterium, a 1'universite Columbia.
C'est dans le Departement dirige par UREY que SCHOENHEIMER avec son
collegue David RITTENBERG developpe un groupe de recherche dont le but
est d'elucider les voies du metabolisme intermediaire grace a 1'utilisation de
molecules marquees. En 1939, parait dans la revue americaine Journal of
Biological Chemistry (vol. 130, pp. 703-732), un article fondamental signe par
SCHOENHEIMER, RATNER et RITTENBERG et intitule: "Studies in protein
metabolism X. The metabolic activity of body proteins investigated with
L(-)leucine containing two isotopes". Les auteurs avaient prepare de la leucine
doublement marquee par le deuterium dans sa chaine carbonee et par 1'azote
15
N dans son groupe amine. L'experience portait sur quatre rats nourris avec de
la caseine a laquelle avait ete ajoutee la leucine doublement marquee. Au bout
de trois jours, les rats etaient sacrifies. Les proteines etaient extraites de differents
organes et leur contenu en isotopes etait determine. Les auteurs retrouvaient
une forte proportion de proteines doublement marquees dans tous les tissus
analyses. L'azote 15N et le deuterium etaient presents dans la leucine et
egalement dans certains acides amines comme 1'aspartate ou le glutamate ou
encore 1'arginine. En somme, 1'azote alimentaire apporte par la leucine entrait
dans les proteines tissulaires. De plus, 1'azote urinaire representait un melange
resultant de 1'interaction de 1'azote alimentaire avec 1'azote tissulaire. Ces
resultats invalidaient 1'hypothese dualiste de FOLIN.
La vitesse de renouvellement des proteines depend des tissus ou elles
sejournent. Chez le rat, le temps requis pour le renouvellement de la moitie des
proteines du foie, c'est-a-dire la demi-vie, est de 5 jours, tandis que pour les
proteines musculaires, la demi-vie est de 21 jours. Chez I'homme, on considere
que dans le foie la demi-vie des proteines est de 10 jours dans le foie et de 180
jours dans le tissu musculaire.
7.2.3. A la recherche du destin du groupe amine des acides

amines : desamination oxydative et transamination
C'est d'une fac.on indirecte, a partir d'experiences visant a comprendre la base
moleculaire de 1'alcaptonurie, une maladie dont la transmission hereditaire etait
deja connue (Chapitre III) que fut decouvert le mecanisme de la desamination
des acides amines.
Au tournant du XXe siecle, differents groupes de biochimistes allemands avaient

identifie 1'acide homogentisique comme 1'espece moleculaire responsable de la
coloration noire de 1'urine de sujets alcaptonuriques. Us avaient suggere que la
phenylalanine et la tyrosine devaient etre des precurseurs de 1'acide homo-
gentisique car 1'addition de ces deux acides amines au regime alimentaire de
patients alcaptonuriques augmentait tres nettement la quantite d'acide homo-
gentisique excretee. Sur cette base, en perfusant le foie de chien avec des
solutions de phenylalanine (C 6 H 5 -CH 2 -CH(NH 2 )COOH) et de tyrosine
(C6H5(OH)-CH2-CH(NH2)COOH)/ 1'Allemand Otto NEUBAUER (1874 - 1957) fit
en 1909 la surprenante observation que le liquide issu de la perfusion contenait
de 1'acide phenylpyruvique, CftHs-Cf^-CO-COOH, et de 1'acide hydroxy-
phenylpyruvique, C6H4(OH)-CH2-CO-COOH. Ces deux acides a-cetoniques
provenaient tres probablement de la desamination oxydative de la phenyl-
alanine et de la tyrosine.
En 1935, Hans KREBS apporta une premiere contribution au mecanisme de la
formation d'acides a-cetoniques a partir d'acides amines. Dans des experiences
ou des tranches fines de foie et de rein de rats etaient mises en incubation dans
un milieu physiologique en presence de diverses especes d'acides amines,
KREBS determina qu'une molecule d'oxygene etait consommee et deux
molecules d'ammoniac etaient formees en meme temps que 1'acide amine etait
converti en acide a-cetonique selon la reaction :
Curieusement, cette desamination oxydative etait beaucoup plus rapide pour

les acides amines de la serie D (non naturels) que pour les acides amines de la
serie L (naturels). On demontra par la suite que la specificite d'attaque des acides
amines L et D etait liee a deux categories differentes d'oxydases. La faible
activite des oxydases des acides amines naturels laissait supposer qu'il devait
exister une autre voie de desamination des acides amines naturels.
Au biochimiste russe Aleksander BRAUNSTEIN (1902 -1986) et a sa collegue
Maria KRITZMANN (1904 -1971) revient le merite d'avoir montre, en 1937, qu'il
existait dans des homogenats de muscle de pigeon et de lapin un echange
reversible du groupe amine des acides amines (a 1'exception de la glycine) avec
le groupe cetonique de 1'a-cetoglutarate ou de 1'oxaloacetate selon la reaction :
L'enzyme responsable de cette reaction fut appele transaminase, puis amino

transferase. En 1945, Fritz SCHLENK et Esmond SNELL identifierent le coen-
zyme de la transaminase au pyridoxal phosphate, une molecule cyclique
porteuse d'un groupe aldehydique. Au cours de la reaction de transamination,
le groupe aldehydique est echange avec le groupe amine de 1'acide amine, et le
pyridoxal phosphate est converti en pyridoxamine phosphate.
En 1952, une NAD deshydrogenase specifique du glutamate, la glutamate

deshydrogenase, fut isolee par Christian ANFINSEN. Cette glutamate deshydro-
genase catalysait non seulement la deshydrogenation, mais aussi la desami-
nation du glutamate :
La reaction catalysee par la glutamate deshydrogenase (a), couplee a celle

catalysee par la transaminase specifique de I'oc-cetoglutarate (b), se revela etre le
pivot de la desamination oxydative des acides amines. La somme (c) des deux
reactions partielles (a) et (b) correspondait a une desamination oxydative de
1'acide amine en acide oc-cetonique et a la reduction du NADOX :
7.2.4. La decouverte du cycle de I'uree

Lorsque Hans KREBS t16! entreprit 1'etude de la synthese de I'uree CO(NH2)2 en
1931, les hypotheses les plus hasardeuses avaient cours, par exemple, la forma-
tion d'uree par deshydratation de carbonate d'ammonium CC^NH^ ou de
carbamate d'ammonium (NH^-COCT, NH4+). Le merite de KREBS est d'avoir
montre que I'uree est synthetisee dans un cycle de reactions, une forme de
metabolisme qui etait inconnue a cette epoque. C'est ainsi que la decouverte du
cycle de 1'uree s'inscrivit comme une etape fondamentale dans la logique du
metabolisme. KREBS la considera comme sa contribution scientifique majeure.
C'etait une decouverte d'autant plus remarquable qu'elle emanait d'un jeune
medecin a peine emoulu de ses etudes universitaires.
Apres avoir termine ses etudes medicales et suivi
un enseignement de chimie, KREBS entre en 1926
dans le laboratoire d'Otto WARBURG a Berlin.
C'est dans ce centre prestigieux qu'il apprend la
fameuse technique des tranches fines de tissus et
leur utilisation pour la mesure de la respiration
cellulaire par la methode manometrique mise au
point par WARBURG (Chapitre IV-5). En 1930,
KREBS travaille dans un laboratoire de chimie
clinique a Hambourg, et en 1931, il est recrute
comme assistant par Siegfried TANNHAUSER
(1885 -1982) a 1'universite de Fribourg-en-Brisgau
pour developper des analyses biochimiques en
rapport avec des investigations cliniques. C'est la ^' WARBURG
que debutent ses recherches sur la biosynthese de
I'uree. En dehors de 1'aspect conceptuel interessant de ce probleme, 1'aspect
methodologique joua un role non negligeable dans le choix du sujet. La
molecule d'uree etait de structure relativement simple et sa synthese dans le foie

etait rapide par rapport a celle d'autres metabolites. D'autre part, le dosage de
1'uree etait de pratique facile : une solution d'urease a pH 5 permettait de
decomposer 1'uree, et le volume de CO2 degage etait mesure a 1'aide de
1'appareil manometrique de WARBURG (Figure IV.6). En fonction des
connaissances limitees a cette epoque, des questions simples et precises
pouvaient etre posees. Est-ce que rammoniac est un intermediaire obligatoire
dans la conversion des acides amines en uree ? Est-ce que les bases
pyrimidiques, qui font partie des acides nucleiques, sont convertibles en uree,
les bases puriques etant de leur cote degradees en acide urique ?
Avec 1'aide d'un etudiant en medecine, Kurt
HENSELEIT (1907 -1973), qui preparait sa these,
KREBS commenc,a a experimenter sur des tranches
fines de foie de rat dans un milieu salin qu'il avait
mis au point et dont la composition ionique etait
proche de celle du serum sanguin. Par rapport au
milieu classique de TYRODE ou de RINGER, le
milieu de KREBS etait enrichi en bicarbonate de
sodium. A ce milieu etait ajoute une selection
d'acides amines et du chlorure d'ammonium
comme donneur d'ammoniac. C'est au cours de
ces experiences que KREBS observa une rapide
formation d'uree quand 1'ornithine etait ajoutee
dans le milieu. Get effet de 1'ornithine lui fit
H. KREBS
(1900 -1981) penser a une publication de KOSSEL et DA KIN
datant de 1904 dans laquelle les auteurs avaient
decrit le clivage de 1'arginine en ornithine et uree, en presence d'arginase
extraite de foie. Dans les premieres experiences de KREBS, la concentration
d'ornithine utilisee etait relativement elevee. L'effet de la concentration en
ornithine sur la synthese d'uree fut exploree en detail. Fait etonnant, a tres faible
concentration, 1'ornithine etait toujours capable de stimuler la synthese
d'uree : en presence d'une seule molecule d'ornithine, une vingtaine de
molecules d'uree pouvaient s'accumuler. II etait evident qu'il n'existait pas une
simple relation stoechiometrique entre la disparition d'ornithine et la formation
d'uree et que 1'ornithine se comportait comme un catalyseur. Raisonnant sur le
mode d'action d'un catalyseur, KREBS fut guide par 1'idee que 1'ornithine devait
faciliter la formation d'intermediaries dans la synthese de 1'uree, et reapparaitre
comme produit au terme d'un cycle ou 1'arginine jouait le role d'intermediaire.
Dans un tel cycle, une molecule de CC>2 et deux molecules de Nti^ se
retrouvaient dans 1'uree CO(NH2)2- La reaction pouvait s'ecrire :
La synthese de 1'ornithine pouvait etre decomposee en reactions partielles dont

1'une etait la formation d'un produit de condensation d'ornithine, de CC>2 et de
NH3 : COOH-CH(NH2)-(CH2)3-NH-CO-NH2 (Figure IV.12).
Ce schema correspond au premier cycle de 1'uree, formule en 1932 par H.A. KREBS suite a
la decouverte que 1'ornithine et la citrulline se comportaient comme des catalyseurs
regeneres a chaque tour de cycle. Dans un tour de cycle, une molecule d'uree CO(NH2 )2
est synthetisee a partir d'une molecule de CO2 et deux molecules de NH3.
Figure IV.12 - La decouverte du premier cycle metabolique : le cycle de 1'uree

(d'apres H.A. KREBS et K. HENSELEIT, 1932)
Le produit de condensation suspecte par KREBS avait une realite. C'etait la

citrulline, une substance dont la purification a partir de pasteques avait ete
decrite en 1930 par le biochimiste japonais Mitsunori WADA (1896 - 1987).
KREBS obtint de WADA quelques milligrammes de citrulline afin de tester si
cette substance accelerait la synthese de 1'uree a 1'instar de l'ornithine. C'etait
effectivement le cas. Le cycle de 1'ureogenese ou 1'uree etait formee a partir
d'une molecule de CO2 et de deux molecules de NHs, avec les intermediaires
ornithine, citrulline et arginine fut public en 1932 dans la revue allemande
Zeitschrift fur physiologische Chemie (vol. 210, pp. 33-66) (Figure IV.12). Appre-
nant la decouverte de KREBS, KNOOP, le decouvreur de la (3-oxydation des
acides gras, declara qu'il se sentait stupide de ne pas avoir pense a une solution
aussi simple et aussi elegante pour la synthese de 1'uree.
Dans les annees 1950, aux Etats-Unis, une exploration poussee de differentes
etapes de 1'ureogenese revela une complexite reactionnelle insoupc,onnee, mais
la structure meme du cycle resta inchangee. En 1954, Sarah RATNER montra
que, dans la conversion de la citrulline en arginine, ce n'etait pas 1'ammoniac
libre qui etait utilise, mais le groupement amine de 1'acide aspartique. En 1955,
Mary Ellen JONES (1922 -1996) et Leonard SPECTOR (n. 1918), dans le groupe de
Fritz LIPMANN, decouvrirent que, dans la premiere etape du cycle de 1'uree, les
molecules de NHs et de CC>2 reagissaient en presence d'ATP pour former un
produit de condensation, le carbamyl phosphate suivant la reaction :
Par condensation du groupe carbamyl du carbamylphosphate avec I'ornithine,

la citrulline etait formee. L'enzyme catalysant la reaction de synthese du
carbamylphosphate, une carbamylphosphate synthetase, fut localise dans le
compartiment mitochondrial alors que 1'arginase qui clivait Targinine en
ornithine et uree etait trouvee uniquement dans le compartiment cytosolique.
L'analyse du va-et-vient des metabolites impliques dans le cycle de Turee entre
les mitochondries et le cytosol fit 1'objet d'etudes intensives dans les annees
1960 -1970.
Le cycle de 1'uree etait le premier cycle metabolique a etre mis en evidence.
Depuis des dizaines d'autres ont ete decouverts dont le plus fameux est le cycle
des acides tricarboxylique egalement decouvert par KREBS.
7.3. UNE PERCEE TECHNIQUE DES ANNEES 1950 DANS L'ANALYSE

DU METABOLISME : LE RADIOMARQUAGE ISOTOPIQUE
Jusqu'en 1940, 1'etude des reseaux metaboliques portait essentiellement sur

1'inventaire des intermediaires et de leur emplacement dans des chaines ou dans
des cycles. Dans ce but, on utilisait des inhibiteurs d'enzymes capables de
bloquer de fac.on selective des reactions a des endroits determines, ce qui
aboutissait a 1'accumulation des metabolites en amont du site d'inhibition.
Comme on Ta vu dans le cas des acides gras, grace a 1'utilisation d'une

"etiquette moleculaire de marquage" fixee sur la chaine carbonee, d'interessants
renseignements sur le mode de degradation de la chaine grasse avaient ete
obtenus, qui avaient abouti au concept de la p-oxydation. II s'agissait la d'un cas
exceptionnellement favorable, car une etiquette moleculaire fixee sur un meta-
bolite n'est pas obligatoirement innocente.
L'utilisation systematique des isotopes radioactifs a partir des annees 1950 fut
une avancee technique majeure qui permit de suivre le destin d'une grande
variete de molecules dans les circuits metaboliques. La figure IV.13 illustre a
titre d'exemples le destin des atomes de carbone de Tacetate dans la synthese du
cholesterol et dans celle de Theme des hemoproteines comme Themoglobine,
ainsi que le destin des carbones du groupe methylene de la glycine et de 1'azote
de son groupe amine dans la synthese de Theme.
C'est dans les annees 1940 que debutent les recherches sur la biosynthese du
cholesterol. Les artisans en furent aux Etats-Unis Konrad BLOCH t15! (1912 - 2000),
un eleve de SCHOENHEIMER, et en Grande-Bretagne John CORNFORTH (n. 1917)
et Georges POPJAK (n. 1914). Avec RITTENBERG, BLOCH montre en 1942 que
Tacetate deutere injecte a des rats se retrouve incorpore dans le cholesterol. A
cette epoque, on disposait deja de quelques pistes. Le nutritionniste Harold
CHANNON (1897 -1979) avait constate que la concentration des tissus en choles-
terol augmentait tres sensiblement chez des rats nourris avec du squalene, une
graisse insaponifiable extraite du requin. La molecule de squalene consiste en
une longue chaine, C^H^Q, partiellement insaturee, ou Ton peut reconnaitre
une suite de groupes isoprene, [CH2=C(CH3)-CH=CH2]. Ce motif pentacarbone
avait ete trouve par le chimiste suisse Leopold RUZICKA t21! (1887 -1976) dans
des diterpenes et triterpenes naturels. Des lors, 1'hypothese de 1'isoprene comme
motif repetitif dans le cholesterol prenait corps.
Au debut des annees 1950, Konrad BLOCH et ses collaborateurs realiserent des
experiences d'incubation de 1'acetate marque par du 14C avec des tranches fines
de foie de rat. Les carbones de Tacetate se retrouvaient dans la totalite du
squelette carbone du cholesterol. Sur les 27 atomes de carbone du cholesterol,
15 provenaient du groupe methyl de Tacetate et 12 du groupe carboxyle. Avec
BLOCH, CORNFORTH et POPJAK, les travaux se poursuivirent par la dissection
complete de la molecule de cholesterol radiomarquee metaboliquement avec de
1'acetate contenant le carbone 14C soit dans le groupe methyle, soit dans le
groupe carboxylique. Un evenement inattendu vint faciliter la besogne. En
1956, Karl FOLKENS (1906 - 1997), qui etudiait la fermentation bacterienne
identifia par chance un compose a 6 atomes de carbone, 1'acide mevalonique,
COOH-CH2-C(CH3)(OH)-CH2-CH2OH, en tant que facteur de croissance pour
le lactobacille. Or, 1'acide mevalonique se revela etre aussi un intermediaire cle
dans la synthese du cholesterol. L'echeveau des reactions commenga alors a se
denouer. Un premier schema pouvait etre construit dans lequel trois molecules
d'acetate (2C) sous forme activee par le coenzyme A (acetyl-CoA) se conden-
saient pour former le mevalonate (6C). Celui-ci, apres phosphorylation, etait
La localisation des atomes de carbone de 1'acetate dans la molecule de cholesterol fut

deduite d'experiences isotopiques utilisant de 1'acetate marque par 14C soit dans le
groupe methyl ( •), soit dans le groupe carboxylique (o).
La localisation des atomes de carbone de 1'acetate et de la glycine dans 14la molecule

d'heme fut deduite d'experiences isotopiques utilisant 1'acetate marque par C dans le
groupe methyl (•) ou dans le groupe carboxylique (o), ainsi que la glycine marquee par
*4C dans le groupe methylene (+). Les atomes d'azote de 1'heme proviennent du groupe
amine de la glycine.
Figure IV.13 - Marquage isotopique de biomolecules

decarboxyle en un compose a 5C, 1'isopentenylpyrophosphate. Des reactions

de condensation iteratives fournissaient un compose a IOC, le geranyl pyro-
phosphate, puis un compose a 15C, le farnesylpyrophosphate. La condensation
de deux molecules de farnesylpyrophosphate apres dephosphorylation abou-
tissait au squalene (30C) deja soupc.onne d'etre un intermediate de la synthese du
cholesterol. L'attaque du squalene par de 1'oxygene entrainait sa cyclisation et,
apres quelques autres modifications, le cholesterol apparaissait sous sa forme
definitive.
Pratiquement a la meme epoque ou se deroulaient les travaux sur la biosynthese
du cholesterol, David SHEMIN (1911 - 1991) avec David RITTENBERG explo-
rerent la provenance des differents atomes qui constituent la molecule d'heme.
Comme dans le cas du cholesterol, 1'acetate intervenait comme donneur
d'atomes de carbone. A cote de 1'acetate, la glycine fournissait egalement des
atomes de carbone ainsi que 1'azote. Formes a partir de 1'acetate et de la
glycine, le succinyl-coenzyme A (COOH-CH2-CH2-CO-CoA) et 1'aminolevu-
linate (NH2-CH2-CO-(CH2)2-COCT) furent identifies par SHEMIN comme des
precurseurs immediats de 1'heme.
Le marquage metabolique mettait en evidence le fait que des molecules
organiques particulierement complexes comme le cholesterol et 1'heme tiraient
leur origine de materiaux moleculaires aussi simples que 1'acetate et la glycine.
8. LES RECHERCHES SUR LA RESPIRATION CELLULAIRE

DANS LES ANNEES 1910 - 1940
Les premieres etudes sur le catabolisme cellulaire du glucose avaient revele

1'accumulation, en anaerobiose, d'ethanol dans le cas de la levure et d'acide
lactique dans le cas du muscle. En passant a des conditions d'aerobiose, les
quantites accumulees d'ethanol ou bien d'acide lactique diminuaient considera-
blement. Dans le cas de la levure, le rendement de croissance etait nettement
augmente. Ce phenomene auquel fut donne le nom d'effet PASTEUR pouvait
etre explique si 1'on admettait qu'il existait en aerobiose une meilleure recupe-
ration d'energie utilisable du fait de 1'oxydation de metabolites issus de la degra-
dation du glucose. Cette oxydation correspondait a la respiration cellulaire.
Deux decouvertes majeures dans les annees 1910 -1940 contribuerent a eclairer
le mecanisme moleculaire de la respiration cellulaire. La premiere decouverte
fut que 1'oxygene moleculaire ne se combine pas directement avec les atomes de
carbone des metabolites pour donner le gaz carbonique CO2 comme ceci se
produit pour la combustion du charbon, mais qu'il est reduit en eau par des
electrons provenant d'atomes d'hydrogene libere par des deshydrogenases a
partir de metabolites selon la reaction globale :
La deuxieme decouverte concernait 1'identification d'une source majeure d'elec-

trons alimentant la respiration cellulaire. II s'agissait de metabolites issus de la
degradation du pyruvate dans un cycle de reactions appele par KREBS cycle de
Facide citrique et plus tard cycle des acides tricarboxyliques ou cycle de KREBS.
8.1. LES PREMIERES THEORIES SUR LA RESPIRATION CELLULAIRE

Comment des molecules de sucre, de graisse, de proteine qui sont parfaitement
stables a Fair sont-elles rapidement degradees par oxydation dans des cellules
vivantes ? A la fin du XIX e siecle, differentes theories furent proposees pour
expliquer ce paradoxe. Le chimiste allemand Felix HOPPE-SEYLER avait imagine
qu'il se formait dans les tissus de 1'hydrogene naissant capable de cliver
1'oxygene en deux atomes dont 1'un participait a la formation de 1'eau et 1'autre
agissait comme un oxydant. Le biologiste Aleksei BACH (1857 -1943) avait
postule que 1'eau oxygenee devait intervenir comme un materiel oxydant. Le
medecin et chimiste allemand Paul EHRLICH, reconnu comme 1'un des pion-
niers de l'immunologie humorale, avait decrit la capacite des cellules vivantes a
modifier la coloration de colorants vitaux comme le bleu d'alizarine ou
1'indophenol. Cependant 1'interpretation qui etait donnee pour le changement
de couleur, faisant allusion essentiellement a un changement d'acidite, etait
etrangere a la notion d'oxydo-reduction.
8.2. LE DILEMME DE LA RESPIRATION CELLULAIRE :

DESHYDROGENATION OU OXYDATION
Plus de 30 ans furent necessaires pour decrypter
le mecanisme par lequel les electrons sont vehi-
cules dans les cellules a partir de nutriments vers
1'oxygene, et de ce fait mettre fin a des contro-
verses acerbes entre deux groupes de chercheurs,
1'un dirige par Heinrich WIELAND [221 a Munich,
1'autre par Otto WARBURG 1231 a Berlin, chacun
des deux groupes possedant une partie de la
verite et croyant 1'avoir tout entiere. Heinrich
WIELAND avait ete 1'eleve d'Adolf VON BAEYER,
et Otto WARBURG celui d'Emil FISCHER. Leur
formation de chimiste se refletait dans leur fac.on
H.O. WIELAND d'apprehender le mecanisme de la respiration
(1877 -1957) cellulaire. WIELAND fut 1'avocat ardent du role
fondamental des deshydrogenases. Ayant eu
[22] Heinrich WIELAND, Prix Nobel de chimie (1927).

[23] Otto WARBURG, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1931).
connaissance d'experiences d'hydrogenation catalytique realisees par le chimiste

russe Aleksander IPATIEV (1857 -1952) et le chimiste franc.ais Paul SABATIER
(1857 -1952), WIELAND en confirma les resultats avec la reduction de quinone
en hydroquinone en presence de noir de palladium. En 1913, il observa que le
glucose en presence de noir de palladium et de quinone etait oxyde alors que la
quinone etait reduite en hydroquinone. Des experiences realisees sur du
materiel cellulaire conduisirent WIELAND a postuler qu'a 1'instar des transferts
d'electrons mis en evidence dans des systemes artificiels, il devait exister dans
les cellules vivantes des reactions de deshydrogenation et de reduction qui
pouvaient rendre compte de la respiration cellulaire. L'une de ces experiences,
effectuee sur la bacterie du vinaigre Acetobacter, montrait que cette bacterie etait
capable de deshydrogener en anaerobiose 1'ethanol et 1'acetaldehyde en acide
acetique en presence d'un accepteur d'electrons, par exemple la quinone ou le
bleu de methylene. Dans la meme veine, quelque temps auparavant en 1909
Franz SCHARDINGER (1853 -1920) avait decouvert que le lait contenait un
principe thermolabile, un enzyme, capable de reduire le bleu de methylene en
un derive incolore en presence d'acetaldehyde. Get enzyme sera identifie plus
tard a la xanthine oxydase. En 1913, WIELAND rationalisa 1'ensemble de ces
observations en postulant que dans les cellules vivantes 1'oxygene etait reduit
par 1'hydrogene arrache a partir de substrats dits oxydables grace a Faction de
ferments, de la meme fac.on que le bleu de methylene etait reduit en son
leucoderive ou que la quinone etait reduite en hydroquinone.
Les travaux du biochimiste suedois Tornsten THUNBERG (1873 -1953) appor-
terent un appui substantiel a la theorie de WIELAND. Des le debut des annees
1910, THUNBERG s'etait interesse a la respiration cellulaire en determinant a
1'aide d'un microrespirometre la vitesse de consommation d'oxygene par des
broyats tissulaires mis en incubation avec des sels d'acides organiques que Ton
savait a cette epoque isoler sous une forme purifiee, lactate, succinate, malate,
citrate...Dans le courant des annees 1910, THUNBERG mit au point un appareil
de verre tres simple, dans lequel on pouvait faire le vide et etudier en
anaerobiose la deshydrogenation enzymatique de substrats en presence de
colorants sensibles a 1'oxydoreduction. Le tube de THUNBERG (Figure IV.6),
avait une capacite d'une dizaine de millilitres. II etait pourvu d'une tubulure par
laquelle le vide pouvait etre effectue et etait ferme par un bouchon de verre
creux recourbe en forme de diverticule. Dans le tube etait introduite la
preparation tissulaire, generalement un broyat de muscle, ainsi que du bleu de
methylene, et dans le diverticule lateral une solution du substrat oxydable.
Apres etablissement du vide, la solution de substrat etait deversee au contact de
la preparation tissulaire, et le temps mis par le bleu de methylene pour se
decolorer etait mesure. THUNBERG avait note que le temps de decoloration
variait avec la nature du substrat oxydable. Par exemple, le succinate reduisait
plus rapidement le bleu de methylene que d'autres substrats, ce qui laissait
supposer qu'il existait pour chaque substrat une deshydrogenase specifique.
La theorie de WIELAND, fondee sur 1'activation de 1'hydrogene libere a partir

de metabolites grace a des deshydrogenases, et confortee par les resultats de
THUNBERG, connut une large vogue dans les annees 1920. Elle beneficia de la
decouverte de deux molecules abondantes dans le monde vivant et caracterisees
par des proprietes typiques d'oxydoreduction, le glutathion et 1'acide ascor-
bique. Le glutathion fut isole par HOPKINS en 1921 et baptise ainsi car on crut
au prime abord qu'il etait compose de glutamate et de cysteine porteuse du
groupe thiol. Le troisieme acide amine du glutathion, la glycine, fut mis en
evidence un peu plus tard. Ajoute a un broyat tissulaire en presence de bleu de
methylene, le glutathion (GSH) accelerait la decoloration du bleu de methylene
en s'oxydant lui-meme (GS-SG). On pensa pendant plusieurs annees que le
glutathion, du fait de ses proprietes d'oxydoreduction, etait 1'un des facteurs de
la respiration cellulaire. Le meme raisonnement fut adopte pour 1'acide ascor-
bique ou vitamine C qui avait ete isole par le biochimiste hongrois Albert
SZENT-GYORGI t24! (1893 - 1986) a partir de paprika. En fait, 1'acide ascorbique
est essentiellement implique dans 1'hydroxylation de la proline en hydroxy-
proline, un composant du collagene, et le glutathion sert de tampon d'oxydo-
reduction dans les cellules ; ni 1'une ni 1'autre de ces molecules n'est directement
impliquee dans la respiration cellulaire.
En meme temps que WIELAND developpait sa theorie de la deshydrogenation
dans les annees 1910, WARBURG batissait une theorie concurrente dans laquelle
le facteur principal de la respiration cellulaire etait 1'activation de 1'oxygene
moleculaire. Reprenant les experiences d'Eduard BUCHNER sur la fermentation
alcoolique, WARBURG avait ete frappe par le fait que des extraits acellulaires de
levure etaient incapables de consommer de 1'oxygene. Experimental sur des
preparations biologiques de differentes origines, ceufs d'oursins, globules
rouges nuclees d'oiseau, foie de rat, WARBURG avait note une bonne corre-
lation entre la vitesse de consommation d'oxygene et la teneur des tissus en
fer. II avait observe que 1'addition de traces de sels de fer a un broyat d'ceufs
d'oursin accelerait la consommation d'oxygene ; il avait attribue 1'inhibition de
la respiration cellulaire par le cyanure a la disparition du fer libre converti en
ferricyanure. WARBURG avait aussi constate que la respiration cellulaire depen-
dait d'un materiel membranaire comportant des granules de la meme taille que
ceux visibles au microscope dans des cellules de foie de mammiferes. Ce
materiel particulaire que 1'on pouvait recuperer a partir d'un broyat par centrifu-
gation a faible vitesse etait particulierement riche en fer et devait contenir le
ferment responsable de la respiration cellulaire. Ce materiel etait sans doute en
grande partie constitue de mitochondries.
Apres la premiere guerre mondiale, WARBURG reprit ses experiences a Berlin.
Entre les deux guerres, Berlin fut le centre mondial de la biochimie avec les
figures marquantes de WARBURG, de MEYERHOF et de NEUBAUER et une
pepiniere de jeunes chercheurs parmi lesquels KREBS, LIPMANN, LOHMANN et
[24] Albert SzENT-GYORGi, Prix Nobel de Physiologic et de Medecine (1937).

THEORELL allaient apporter de remarquables contributions a 1'elucidation du

mecanisme de la respiration cellulaire.
En 1924, WARBURG completa sa theorie de 1'activation de 1'oxygene en
etablissant une analogic entre d'une part des systemes artificiels d'oxydation
contenant du fer et d'autre part un catalyseur enzymatique riche en fer present
dans les cellules vivantes et responsable de 1'activation de 1'oxygene,
r"atmungsferment" (ferment respiratoire). Un des systemes artificiels d'activa-
tion de 1'oxygene utilise par WARBURG, publie en 1924 dans la revue Bioche-
mische Zeitschrift (vol. 152, pp. 479-494), consistait en de 1'hemine, un pigment
ferriporphyrinique derive de Theme de I'hemoglobme, adsorbee sur de la
poudre de charbon. L'hemine sur son support etait capable en presence d'oxy-
gene d'oxyder des acides amines, du fructose et des acides gras non satures.
L'oxydation etait sensible au cyanure. A 1'instar de ces systemes artificiels,
l'atmungsferment etait considere par WARBURG comme une ferroproteine
sensible a Faction du cyanure et capable d'activer 1'oxygene. L'oxygene ainsi
"active" etait suppose reagir directement avec des substrats oxydables, comme
le succinate, pour capturer les atomes d'hydrogene dont ils etaient porteurs.
La meme annee que paraissait 1'article de WARBURG, SZENT-GYORGI publia
dans le meme journal les resultats d'une experience tres simple qui eclairaient
ceux qui avaient ete obtenus par WARBURG et par WIELAND. Cette experience
consistait a noter les variations de consommation d'oxygene par un broyat de
muscle mis en incubation avec du succinate en fonction de 1'addition de
cyanure de potassium et de bleu de methylene. En accord avec WARBURG,
SZENT-GYORGI notait que la consommation d'oxygene etait bloquee par 1'addi-
tion de cyanure. La respiration reprenait apres addition de bleu de methylene.
Le fait que le bleu de methylene court-circuitait 1'action du cyanure suggerait
1'existence au minimum de deux intermediaries, X et Y, transporteurs d'electrons
entre le succinate et 1'oxygene : succinate —» X —> Y —» C>2. Le cyanure bloquait
1'interaction de Y ("atmungsferment") avec O2, tandis que le bleu de methylene
en captant les electrons a partir de X permettait 1'oxydation du succinate. Bien
que demonstratifs, ces resultats ne furent pas serieusement pris en compte.
8.3. LA REDECOUVERTE DES CYTOCHROMES, UN MAILLON

MANQUANT DE LA CHAINE RESPIRATOIRE
"When the world of science is under pressure to organize for the pursuit of practical
ends, when the scale of scientific endeavour is making the lone furrow an
anachronism, it is salutary to recall the single-handed achievements of men of science
stimulated solely by an urge to understand the living world."
Edward HARTREE - Of oxygen, Fuels and Living Matters - 1981
Ce preambule d'Edward HARTREE (1910 -1993), le collaborates de KEILIN,

redecouvreur des cytochromes, fait allusion a la fagon dont furent identifies les
cytochromes, a 1'aide d'un simple spectroscope optique. La solution de

I'enigme du fonctionnement de la respiration cellulaire grace a la demonstration
de transporteurs d'electrons, les cytochromes, entre une deshydrogenase et une
oxydase, parut apres coup d'une etrange simplicite et d'une implacable logique.
Dans le milieu des annees vingt, la discussion
entre WIELAND et WARBURG avait pris un tel
ton polemique qu'aucun compromis n'etait envi-
sageable de la part des protagonistes. Cette situ-
ation conflictuelle fut denouee de faôn inattendue
en 1925 par le parasitologue d'origine polonaise,
David KEILIN, etabli depuis une dizaine d'annees
en Angleterre. KEILIN travaillait dans 1'Institut
MOLTENO de parasitologie de 1'universite de
Cambridge sur les phenomenes respiratoires
propres aux insectes et aux vers. II s'interessait en
particulier a la mouche Gasterophilus intestinalis
dont la larve parasite 1'estomac et 1'intestin du
D. KEILIN cheval. Avec un microspectroscope a travers
(1887-1963) . . ., .. .^ • i * j ,
lequel 1 ceil pouvait percevoir le spectre de la
lumiere, KEILIN observa qu'un broyat de muscle thoracique de cette mouche
absorbait la lumiere dans plusieurs regions du spectre visible, ce qui lui rappela
des observations similaires faites cinquante ans plus tot sur des extraits mus-
culaires par le medecin et chimiste britannique Charles Alexander MCMUNN
(1852-1911).
Les recherches de MCMUNN sur les pigments qui donnent la coloration rouge
au cceur et a certains muscles se situaient a epoque ou le spectroscope optique
venait d'etre mis au point en Allemagne par Robert BUNSEN et Gustav
KIRCHOFF (1824 -1887). Avec cet appareil, le celebre chimiste allemand Felix
HOPPE-SEYLER etudiait les modifications spectrales de rhemoglobine lors
d'intoxications par le monoxyde de carbone. Dans une note preliminaire parue
dans le Journal of Physiology (n°5, 1884), MCMUNN decrivit ses premieres
observations realisees avec un microspectroscope sur 1'absorption de la lumiere
par des pigments contenus dans des muscles et d'autres tissus. Pour 1'analyse
optique, les tissus etaient ecrases en une fine couche transparente sur une lame
de verre. Des bandes d'absorption dans les trois regions suivantes du
spectre visible etaient systematiquement reperees, 613 - 595 nm, 569 - 563 nm
et 556 - 549 nm. Ces bandes d'absorption etaient differentes de celles de rhemo-
globine ou meme de celle des produits de decomposition de rhemoglobine.
MCMUNN les mit en evidence dans du tissu cardiaque de mammiferes, d'oi-
seaux, de reptiles, de batraciens, de poissons, de crustaces, et dans des muscles
de thorax d'insectes. L'absorption lumineuse etait d'autant plus intense que les
tissus avaient ete prealablement soumis a 1'anaerobiose. Pour cette raison,
MCMUNN postula que le pigment responsable devait etre implique dans la
respiration cellulaire ; il 1'appela myohematine. II retrouva ce meme pigment
dans des tissus autres que le tissu musculaire, et il decida alors de rassembler
sous le vocable d'histohematine le pigment respiratoire des muscles (myo-
hematine) et des autres tissus. Un article de fond fut public par MCMUNN en
1886 dans les Philosophical Transactions of the Royal Society of London (vol. 177,
pp 267-298), sous le titre "Researches on myohaematin and the histohaematins".
Get article, trop en avance sur le plan des idees et par 1'audace de ses conclu-
sions, se heurta de front a la critique sans appel de HOPPE-SEYLER arguant avec
mauvaise foi que le pigment de MCMUNN n'etait que de la banale hemo-
globine. C'est ainsi que les noms de myohematine et d'histohematine furent
eradiques de la litterature et que celui de MCMUNN tomba dans 1'oubli jusqu'en
1925, date a laquelle il fut rappele a la memoire des biologistes par KEILIN. La
technique d'analyse de KEILIN differait peu de celle de MCMUNN. Le micro-
spectroscope (Figure IV. 14) etait plus elabore mais le principe restait le meme.
Les meilleurs resultats, precisait KEILIN, etaient obtenus avec des muscles de
thorax d'abeilles. Un broyat de muscles thoraciques preleves a partir de trois
abeilles etait comprime avec une epaisseur d'un demi millimetre entre une lame
de verre et une lamelle. Le spectre d'absorption presentait quatre bandes
d'absorption correspondant aux longueurs d'onde suivantes : 614 - 593 nm,
567 - 561 nm, 554 - 546 nm et 531 - 513 nm dont trois etaient tres proches de
celles publiees par MCMUNN.
C'est fortuitement, par un hasard heureux, en experimentant sur des cellules de
levure, que KEILIN fut conduit a decouvrir la propriete oxydo-reductrice des
cytochromes. II raconte qu'il examinait, par curiosite, avec son microspectro-
scope une suspension de levure dans un tube qu'il venait d'agiter violemment
pour realiser une bonne dispersion des cellules. Aucune bande d'absorption
n'etait visible. Apres tout, pensa-t-il, la levure, organisme unicellulaire, se com-
porte differemment du tissu musculaire au plan de la respiration. Alors qu'il
allait retirer sa preparation du champ de vision de 1'appareil, il eut le reflexe de
jeter un dernier coup d'ceil. Quatre bandes d'absorption lumineuse venaient
d'apparaitre, situees aux memes longueurs d'onde que celles observees avec le
tissu musculaire. Intrigue par ce phenomene apparemment paradoxal, KEILIN
reprit la suspension et 1'agita a nouveau violemment, ce qui eut pour effet de
faire disparaitre les bandes d'absortion lumineuse, qui reapparurent apres
quelques minutes de repos. Tout simplement, 1'agitation avait fait rentrer de
1'air, done de 1'oxygene. Au repos, 1'oxygene avait ete consomme, le milieu
etait devenu anaerobic, done reduit. Les pigments, ces fameux cytochromes deja
observes dans le muscle, etaient bien presents dans la levure. C'est sous leur etat
reduit qu'ils absorbaient la lumiere et non sous leur etat oxyde. Cette particu-
larite etait clairement reliee a la respiration cellulaire comme 1'avait postule
MCMUNN. Lorsque du cyanure etait ajoute a la suspension de levure, les quatre
bandes d'absorption continuaient d'etre detectees meme apres aeration. KEILIN
en deduisit que le cyanure bloquait 1'oxydation des pigments en maintenant
ceux-ci sous un etat reduit, et que cet etat reduit etait la condition necessaire a
1'absorption de la lumiere par les pigments. Une relation evidente avec la
plateforme accessoire et amovible,

utilisee pour des calibrations
Le microspectroscope (sans sa plateforme) comprend

le spectroscope oculaire a et un dispositif optique i
incorpore dans le tube du microscope.
La lumiere blanche reflechie par le miroir m est
concentree grace a un condenseur sur le materiel s
en solution dans la cuve au-dessus du condenseur.
a - Schema du microspectroscope
b - Spectre des cytochromes a, 33, b et c, sous forme reduite, avec leurs diffe-
rentes bandes d'absorption a, fl et y dans une preparation de muscle cardiaque
c - Interpretation du positionnement des bandes d'absorption
Figure IV.14 - Microspectroscope utilise pour reperer les bandes

d'absorption des cytochromes d'une preparation cellulaire
(d'apres D. KEILIN - The History of Cell Respiration and Cytochrome,
Cambridge University Press, 1966)
respiration cellulaire s'imposait, puisque Ton savait a cette epoque que le

cyanure bloquait la consommation d'oxygene par les cellules vivantes. De plus,
des narcotiques comme 1'urethane empechaient la reduction des pigments. Ces
observations conduisirent KEILIN a proposer le terme de cytochromes pour les
pigments colores de la cellule susceptibles aux conditions d'oxydoreduction. II
formula un schema ou les cytochromes s'inseraient entre des substrats reduits
(Sred) et 1'oxygene O2, Sred —> cytochromes —> O2, les narcotiques empechant
la reduction des cytochromes et le cyanure bloquant leur oxydation.
KEILIN poursuivit son exploration des cytochromes en procedant a des extrac-
tions de broyats de tissus animaux ou de cellules de levure par de 1'eau ou bien
de fac,on plus drastique par une solution diluee de potasse. Son idee etait que les
cytochromes etaient des proteines associees a un pigment colore qu'il appela
hemochromogene. Un extrait aqueux de cellules de levure prealablement
desseche absorbait la lumiere a 548 nm et 521 nm, ce qui etait interprete par
KEILIN comme la presence d'un seul hemochromogene. Lorsque 1'extraction
par 1'eau etait effectuee sur des cellules de levure qui avaient etc prealablement
traitees par 1'acetone, puis dessechees, une bande supplementaire a 530 nm
apparaissait temoignant de la presence d'un deuxieme hemochromogene. Enfin,
un extrait potassique revelait la presence d'une autre bande, centree a 576 nm,
reflet d'un troisieme hemochromogene. De ces differentes experiences, conduites
sur des cellules de levure et aussi des extraits de tissus animaux, KEILIN tira la
conclusion qu'il existait dans les cellules vivantes trois types de cytochromes,
a, b, c, caracterises par des hemochromogenes specifiques. Les resultats appa-
rurent sous une forme preliminaire en 1925 dans les Proceedings of the Royal
Society (B, vol. 98, pp. 312-339) avec le titre "On cytochromes, a respiratory
pigment common to animals, yeast and higher plants". Dans le preambule de
cet article, KEILIN reconnaissait a MCMUNN la paternite de la decouverte des
cytochromes. Plusieurs autres articles complementaires sur les cytochromes
furent publies par KEILIN dans la meme revue en 1929 (B, vol. 104, pp. 206-252)
et en 1930 (B, vol. 106, pp. 408-444).
Avec son collegue Edward HARTREE, KEILIN decouvrit en 1939 un quatrieme
cytochrome dont la caracteristique etait d'etre autooxydable et de se combiner
avec le monoxyde de carbone, CO, aussi bien qu'avec 1'oxygene (Figure IV. 14).
A ce cytochrome, qui n'etait autre que l'atmungsferment de WARBURG, fut
donne le nom de cytochrome a$ ou cytochrome oxydase. On decouvrit plus
tard que les deux cytochromes a et a$ faisaient partie d'un meme complexe.
Dans le milieu des annees 1920, WARBURG et son assistant Erwin NEGELEIN
realiserent une serie d'experiences memorables sur 1'effet restaurateur de la
lumiere vis-a-vis de la respiration de preparations tissulaires inhibees par CO. La
photorestauration de la respiration cellulaire fut interpretee comme le resultat
de la photodissociation d'une combinaison entre CO et le fer de 1'atmungs-
ferment. Avec de la lumiere monochromatique, la photorestauration etait
particulierement nette pour des longueurs d'onde correspondant aux bandes
d'absorption de l'atmungsferment combine au CO. II est interessant de noter
que dans un tout autre registre, WARBURG et NEGELEIN avaient public des 1923
un article sur 1'effet de la lumiere a differentes longueurs d'onde sur le
rendement de 1'assimilation carbonee, c'est-a-dire de la photosynthese, dans des
chlorelles. Avec la mise en evidence par KEILIN de plusieurs especes de cyto-
chromes, designes par les lettres a, #3, b et c et avec la connaissance de leurs
potentiels d'oxydoreduction, il fut possible de concevoir, d'une fac.on assez
detaillee, une chaine de transfert d'electrons entre des substrats reduits (Sred) et
1'oxygene sous la forme suivante : Sred —> cyt. b —» cyt. c —> cyt. a,a^ —» C>2.
8.4. A LA RECHERCHE DES AUTRES COMPOSANTS

DE LA CHAINE RESPIRATOIRE
Apres la decouverte des cytochromes, il manquait encore des pieces au puzzle

de la chaine respiratoire. L'un des composants manquants de cette chaine fut
identifie au debut des annees 1930 au diphosphopyridine nucleotide (DPN),
appele a partir de 1961 nicotinamide adenine dinucleotide (NAD), qui n'etait
autre que le coenzyme des deshydrogenases de WIELAND et THUNBERG ou
que la cozymase d'HARDEN et YOUNG. La structure du DPN fut publiee en
1936 par Fritz SCHLENK (n. 1903) et Hans VON EULER W (1873 -1964). Deux
groupes de chercheurs avaient contribue a son elucidation, celui d'Otto
WARBURG avec son associe Walter CHRISTIAN (1907 -1955) a Berlin et celui de
EULER a Stockholm. EULER montra qu'un des constituants du DPN etait 1'acide
adenylique tandis que WARBURG et CHRISTIAN decouvraient qu'un autre
constituant etait la nicotinamide qu'ils avaient reussi a isoler et a cristalliser sous
forme d'un sel de picolinate.
Egalement dans les annees 1930, WARBURG et CHRISTIAN isolerent un co-
enzyme tres similaire au NAD, different de ce dernier par la presence supple-
mentaire d'un residu phosphate. Cette molecule fut appelee nicotinamide
adenine dinucleotide phosphate (NADP). Seul le NAD est associe a la chaine
respiratoire; le NADP, lui, fonctionne dans d'autres systemes d'oxydoreduc-
tion ; en particulier sous sa forme reduite il sert de donneur d'electrons a des
metabolites impliques dans des syntheses, par exemple la synthese des acides
gras a longue chaine et la synthese du cholesterol.
Une autre piece manquante de la chaine respiratoire etait la riboflavine mono-
nucleotide (FMN) constitue par un noyau isoalloxazine tricyclique rattache a
un ribitol phosphate. Le FMN fut isole au debut des annees 1930 et reconnu
comme un coenzyme necessaire a 1'oxydation du glucose 6-phosphate. Ce n'est
que plus tard, dans les annees 1950, que sa presence dans la chaine respiratoire
mitochondriale fut mise en evidence. Le point de depart des etudes structurales
sur le FMN se trouve dans un article public en 1932 par W A R B U R G et
CHRISTIAN sur 1'oxydation du glucose 6-phosphate par des globules rouges de
mammiferes en presence d'oxygene ou en anaerobiose en presence de bleu de
methylene. WARBURG et CHRISTIAN isolerent a partir des globules rouges une
substance de nature proteique de couleur jaune, le ferment jaune, qu'ils

retrouverent d'ailleurs dans la levure, et qui apparut comme le catalyseur
essentiel a 1'oxydation du glucose 6-phosphate. Le pigment jaune associe a la
proteine fut separe de celle-ci par un traitement avec du methanol a 38°C. Ce
pigment irradie en lumiere ultraviolette etait caracterise par une fluorescence
verte. Ces caracteres spectraux rappelaient ceux de la vitamine 62- La nature
flavinique de la vitamine 62 fut demontree en 1933 par le chimiste autrichien
Richard KUHN. WARBURG et CHRISTIAN avaient note qu'en milieu alcalin une
irradiation ultraviolette decomposait le pigment jaune en une substance appelee
lumiflavine, qui par chauffage dans ce meme milieu liberait de 1'uree. Paul
KARRER I25! (1889 -1971) identifia en 1935 la lumiflavine a la 6,7-dimethyl-
isoalloxazine (Figure IV.2), une molecule polycyclique porteuse de doubles
liaisons appartenant a la famille des alloxazines connues depuis le debut du
siecle grace au chimiste allemand Otto KUHLING (1862 -1933).
Des experiences de reconstitution mettant en ceuvre le ferment jaune depouille
de son coenzyme et la riboflavine obtenue par synthese conduisirent a postuler
que la riboflavine devait etre le coenzyme du ferment jaune. En fait, le veritable
coenzyme etait la riboflavine 5'-phosphate ou FMN, nettement plus active que
la riboflavine dans des experiences de reconstitution, comme le montra en 1935
Hugo THEORELL I261 (1903 -1982). En 1936, Richard KUHN realisa la synthese
de la riboflavine 5'-phosphate dont les proprietes fonctionnelles se revelerent
identiques au pigment purifie par THEORELL. Le FMN se trouve etre le
coenzyme d'un grand nombre de flavoproteines ; c'est egalement 1'un des
composants de la chaine respiratoire mitochondriale ou il intervient comme
intermediaire entre le NAD reduit et 1'ubiquinone. Quant au succinate, il debite
ses electrons au niveau de 1'ubiquinone dans la chaine respiratoire par une
deshydrogenase dont le coenzyme est la flavine adenine dinucleotide, FAD,
une molecule dont une moitie correspond au FMN et 1'autre a 1'acide
adenylique (Figure IV.2).
La place assignee aux transporteurs d'electrons dans la chaine respiratoire,
d'apres leurs potentiels d'oxydoreduction, fut definitivement etablie dans les
annees 1950 par Britton CHANCE (n. 1913) a la Johnson Research Foundation de
1'universite de Philadelphie. Ceci fut possible grace a 1'utilisation d'inhibiteurs
specifiques de transporteurs d'electrons et a 1'observation par spectrophoto-
metrie optique des modifications de 1'etat d'oxydoreduction de ces transporteurs
(reduction en amont et oxydation en aval du site d'inhibition). A la meme
epoque, la localisation mitochondriale de la chaine respiratoire fut reconnue
par Albert LEHNINGER et Eugene KENNEDY, a 1'universite de Chicago ainsi
que par David GREEN a 1'Institut d'Enzymologie de Madison.
[25] Paul KARRER et William HAWORTH, Prix Nobel de chimie (1937).

[26] Hugo THEORELL, Prix Nobel de physiologic et de medecine (1955).
A la fin des annees 1950 fut isolee, en Angleterre a 1'universite de Liverpool et

aux Etats-Unis a 1'Institut d'Enzymologie de Madison, une quinone oxydo-
reductible, le coenzyme Q (CoQ) appele encore ubiquinone (UQ) dont les
proprietes (localisation mitochondriale, presence ubiquitaire, potentiel d'oxydo-
reduction) etaient compatibles avec un role de transporteur d'electrons dans la
chaine respiratoire entre le FMN et les cytochromes.
Avec le NAD, le FMN et le coenzyme Q (ou ubiquinone, UQ) la chaine
respiratoire avec sa sequence de transporteurs d'electrons :
revelait deja une certaine complexite.

D'autres transporteurs d'electrons, comme les proteines a centre Fe/S dites
encore proteines a fer non heminique, furent identifies dans les annees
soixante. II existe plus de 70 proteines dans la chaine respiratoire mitochondriale
de cellules eucaryotes dont une vingtaine sont porteuses de groupes d'oxydo-
reduction. La chaine respiratoire des procaryotes revele egalement une grande
complexite et de fortes analogies avec celle des eucaryotes au plan structural et
fonctionnel.
8.5. LA DECOUVERTE DU CYCLE DES ACIDES TRICARBOXYLIQUES

OU CYCLE DE KREBS. SON ROLE COMME SOURCE D'ELECTRONS
DANS LA RESPIRATION CELLULAIRE
Au milieu des annees 1930, Albert SZENT-GYORGI fit une interessante

observation sur le role des dicarboxylates en C4 dans la respiration cellulaire. II
avait mis au point une preparation tissulaire consistant en un homogenat de
muscle pectoral de pigeon douee d'une excellente activite respiratoire endogene
sans production de lactate. Cependant, apres quelques dizaines de minutes
d'incubation, la vitesse de consommation d'oxygene diminuait. L'existence de
deshydrogenases specifiques convertissant le succinate en fumarate et le malate
en oxaloacetate avait ete postulee plusieurs annees auparavant par THUNBERG.
SZENT-GYORGI rechercha si 1'addition de 1'un des quatre dicarboxylates en C4,
succinate, fumarate, malate ou oxaloacetate, restaurait la respiration cellulaire.
C'etait effectivement le cas. L'observation aurait pu etre banale, si ce n'est que
les dicarboxylates etaient actifs a de tres faibles concentrations, nettement
inferieures a celles qui auraient ete necessaires pour expliquer leur role en tant
que substrats. En d'autres termes, les dicarboxylates en C4 se comportaient
comme des catalyseurs qui ne disparaissaient pas dans le cours de la reaction.
En 1925, le biochimiste canadien Juda QUASTEL (1899 - 1987) avait decouvert
que le malonate, un dicarboxylate en C3, etait un puissant inhibiteur competitif
de la succinate deshydrogenase (Figure IV.15). SZENT-GYORGI testa 1'effet du
malonate et observa qu'il bloquait totalement la restauration de la respiration
cellulaire induite par addition de succinate. L'inhibition etait aussi efficace
La chaine des dicarboxylates a quatre atomes de carbone a ete mise en evidence par
T. THUNBERG, puis par A. SZENT-GYORGI. La decouverte de 1'inhibition de la succinate
deshydrogenase par le malonate (J. QUASTEL) contribua a la formulation par H.A. KREBS
du cycle des acides tricarboxyliques (figure IV.18) (voir texte).
Figure IV.15
que celle du cyanure de potassium qui bloquait 1'oxydase terminale de la

chaine respiratoire (atmungsferment de WARBURG). La conclusion tiree par
SZENT-GYORGI etait que la chaine des dicarboxylates en C4 etait un lien entre
les nutriments, source d'atomes d'hydrogene, et la chaine respiratoire des
cytochromes, d'apres la formulation suivante :
Cette interpretation ne representait qu'un fragment de la realite. Elle eut

cependant un role determinant dans la decouverte en 1937 du cycle des acides
tricarboxyliques par Hans KREBS.
Apres son arrivee en Grande-Bretagne en 1933, KREBS s'etait interesse au pheno-
mene de la respiration cellulaire. C'est a 1'universite de Sheffield que KREBS
avec son collaborateur Arthur JOHNSON (1913 - 1993) realisa un ensemble
d'experiences dont les resultats devaient 1'amener a la conception du cycle des
acides tricarboxyliques. Au tout debut de 1'annee 1937, Carl MARTIUS
(1906 -1993) et Hans KNOOP avaient public dans le Zeitschrift fur physiologische
Chemie le resultat d'experiences montrant que le foie contenait une citrico-
deshydrogenase qui, en presence de bleu de methylene, convertissait le citrate,
un tricarboxylate en C6, en oc-cetoglutarate, un dicarboxylate en C5 tandis que
le bleu de methylene etait reduit en son leucoderive.
KREBS et JOHNSON rechercherent si le citrate a concentration catalytique ne
stimulait pas la respiration d'un homogenat de muscle pectoral de pigeon de la
meme fagon que les dicarboxylates en C4 comme 1'avait montre SZENT-GYORGI.
Effectivement, alors que la consommation d'oxygene due a 1'oxydation des
substrats endogenes commenc.ait a s'epuiser en 20 a 40 minutes, 1'addition de
tres petites quantites de citrate restaurait la respiration. Le citrate, a 1'instar du
succinate, du fumarate, du malate ou de 1'oxaloacetate jouait done le role de
catalyseur dans la respiration cellulaire.
Quelle pouvait en etre la signification ? Tout d'abord quel etait le destin du
citrate ? En aerobiose, en presence de malonate, inhibiteur de la succinate
deshydrogenase, il s'accumulait de 1'cx-cetoglutarate et du succinate en quantites
molaires quasi stcechiometriques par rapport au citrate disparu, ce qui suggerait
la sequence suivante :
KREBS tint le raisonnement suivant: si le citrate agit de facon catalytique sur la

respiration cellulaire, il doit etre regenere. C'etait le meme raisonnement qu'il
avait tenu quelques annees auparavant lorsqu'il avait formule le cycle de 1'uree
en reconnaissant le role de catalyseur joue par I'ornimine et la citrulline dans
1'ureogenese. Procedant en anaerobiose, de fagon a eviter 1'oxydation du citrate,
KREBS montra que du citrate s'accumulait lorsque de 1'oxaloacetate etait ajoute a
1'homogenat de muscle. II avait aussi note que la production de citrate etait plus
forte si le milieu etait pourvu en glucose et il en avait deduit qu'un produit de la
glycolyse, un "triose", devait fournir le chainon dicarbone qui, en se conden-
sant a 1'oxaloacetate, fournissait le citrate.
Une derniere observation en depit de son aspect anodin apporta une preuve a
conviction tres forte pour 1'existence d'un cycle. II s'agissait de 1'action
comparee du malonate sur 1'accumulation du succinate en aerobiose et en
anaerobiose, lorsque le substrat fourni au broyat de muscle etait 1'oxalo-
acetate. En anaerobiose, la concentration de succinate etait nettement abaissee
apres incubation en presence de malonate. Ceci etait logique si Ton considerait
le fonctionnement des reactions de la chaine des dicarboxylates en C4 dans le
sens :
Le malonate bloquant la conversion du fumarate en succinate, il en resultait une

diminution de la concentration en succinate. Lorsque 1'experience etait conduite
en aerobiose, le malonate favorisait au contraire l'accumulation du succinate.
Cette difference de comportement n'etait pas banale. Elle ne pouvait s'expliquer
que si Ton admettait qu'en aerobiose 1'oxoloacetate en se condensant avec un chai-
non dicarbone fournissait le citrate, lequel entrait dans une chaine de reactions :
Dans ce cas, 1'addition de malonate en bloquant la conversion du succinate en

fumarate favorisait l'accumulation du succinate (Figure IV.16).
En 1940, avec Leonard EGGLESTON (1920 -1974), KREBS reprit 1'experience du
malonate en utilisant cette fois du fumarate comme substrat. Les resultats
confirmerent entierement ceux ou 1'oxaloacetate avait ete utilise comme substrat.
KREBS et JOHNSON avaient interprete les resultats de leurs experiences sur la
base d'un cycle metabolique, au cours duquel un triose, provenant de la glyco-
lyse (identifie quelque temps apres au pyruvate), etait entierement deshydro-
gene et decarboxyle. Un chainon dicarbone (acetate) issu du triose (pyruvate) se
condensait a 1'oxaloacetate pour former le citrate, lequel entrait dans un cycle de
reactions mettant en ceuvre son isomere 1'isocitrate, puis 1'a-cetoglutarate ainsi
que la chaine des dicarboxylates en C4, ce qui permettait de revenir a 1'oxalo-
acetate. L'oxaloacetate regenere a chaque tour de cycle jouait done le role de
catalyseur (Figure IV.16). L'article relatant ces resultats, signe par Hans KREBS
et Arthur JOHNSON, sous le titre "The role of citric acid in the intermediate
metabolism in animal tissues" fut refuse par la revue Nature (Figure IV.17). II fut
public en 1937, dans le n° 4 du periodique Enzymologia, (pp. 148-156), une revue
qui venait d'etre recemment creee. C'est ainsi que naquit 1'un des concepts
majeurs de la biochimie cellulaire.
En 1941, a une epoque ou les physiologistes cellulaires se passionnaient pour
1'utilisation de molecules marquees par des isotopes, WOOD et WERKMAN
(1893 -1962) aux Etats-Unis etudierent le destin des atomes de carbone de 1'oxa-
loacetate dans le cycle de 1'acide citrique. Apres incubation de tranches fines
de foie de pigeon avec du pyruvate et du bicarbonate marque par le carbone 13C ,
1'oxaloacetate resultant de la carboxylation etait retrouve avec un marquage du
carboxylate adjacent au groupe CH2 (~OO13C-CH2-CO-COO~). La position du
13
C dans les autres intermediaries du cycle fut egalement exploree (Figure IV.16).
La fac,on dont le citrate, molecule symetrique, est convert! dans le complexe citrate-
aconitase en une molecule asymetrique conduisit a revalider la premiere formulation du
cycle des acides tricarboxyliques.
Figure IV.16 - Le cycle des acides tricarboxyliques
WOOD et WERKMAN trouverent que I'a-cetoglutarate (~OOC-CO-CH2-CH2-

COO~) etait marque exclusivement dans le carboxyle du groupe CH2~13COO~.
Puisque le citrate est une molecule symetrique, on aurait du s'attendre a un
marquage de I'a-cetoglutarate dans ses deux groupes carboxyles terminaux.
Ceci n'etait pas le cas. Get apparent paradoxe posa un probleme serieux a KREBS
qui revisa la formulation de son cycle et postula que le produit resultant de la
condensation de 1'oxaloacetate avec le chainon dicarbone issu du triose etait une
molecule asymetrique, le cis-aconitate, et que le citrate etait issu du cis-aconitate
par addition d'une molecule d'eau (Figure IV.16). Pour cette raison, KREBS
decida d'appeler le cycle, non plus cycle de 1'acide citrique, mais cycle des
acides tricarboxyliques.
En 1948, le biochimiste britannique Alexander OGSTON (1911 -1996) proposa
une explication originale du marquage asymetrique de 1'a-cetoglutarate, qui
amena a reinclure le citrate comme intermediaire du cycle, comme 1'avait
postule KREBS dans son premier article. OGSTON montra que ce n'etait pas la
molecule de substrat qu'il fallait considerer pour interpreter le marquage des
metabolites du cycle par le carbone 13C, mais un complexe substrat - enzyme.
Son raisonnement etait le suivant. Lorsqu'un substrat de structure symetrique se
fixe sur un enzyme, il se forme un complexe enzyme - substrat, dans lequel le
substrat peut perdre sa symetrie, simplement par le fait d'interactions de cer-
taines parties de sa molecule avec le site actif de 1'enzyme. Supposons, disait-il,
que dans le complexe citrate-aconitase, le citrate se fixe par trois de ses quatre
groupes rattaches au carbone central, a savoir 1'hydroxyle OH~, le carboxylate
COO" et 1'un des deux chainons CH2-COO~, sur trois regions affines du centre
actif de 1'aconitase (Figure IV.16); il en resulte un complexe dans lequel le
citrate, molecule qui etait symetrique a 1'etat libre, se comporte comme une
molecule asymetrique. Seul, le chainon CH2-COO- interreagissant avec 1'aco-
nitase subira au contact de 1'enzyme la double reaction de deshydratation et
d'hydratation qui le convertira en un acide alcool (CHOH-COO~), lequel se
retrouve dans 1'isocitrate. II s'agit la d'une stereospecificite induite, un bel
exemple de prochiralite. La chiralite est la propriete de deux molecules qui,
images 1'une de 1'autre dans un miroir, ne sont pas superposables. La pro-
chiralite refere a des substances non chirales par elles-memes, mais qui peuvent
acquerir la chiralite dans certaines conditions, dans le cas du citrate, molecule
symetrique, par attachement a 1'aconitase.
La formulation moderne du cycle des acides tricarboxyliques (Figure IV.18)
contient 1'essentiel du schema formule en 1937 par KREBS et JOHNSON. S'y
trouvent ajoutees la reaction de condensation du chainon acetyl de 1'acetyl-CoA
avec 1'oxaloacetate pour former le citrate, reaction demontree en 1952 par
Severo OCHOA ainsi que la formation du succinyl-CoA, intermediaire entre
I'a-cetoglutarate et le succinate.
La conversion du pyruvate en acetyl-CoA qui correspond a la reaction
globale :
TThhTTh LA BIOLOGIC, DES ORGINES A NOS JOURS
RAG. All/N Hth June 1937.
The Editor of NATURE presents his compliments to

Mr. H. A. Krebs and regrets that as he has
already sufficient letters to fill the correspondence
columns of NATURE for seven or eight weeks, it is
undesirable to accept further letters at the present
time on account of the delay which must occur in their
publication.
If Mr. Krebs does not mind such delay,
fche Editor is prepared to keep the letter until the
congestion is relieved in the hope of making use of it,
He returns it no*, however, in case Mr. Krebs
prefers to submit it for early publication to another
periodical.
Figure IV.17 - Lettre de refus de 1'article de H.A. KREBS et A. JOHNSON

sur le cycle de 1'acide citrique
(d'apres M. STUBBS et G. GIBBONS - IUBMB Life 50, n° 3 (2000) 165)
Le cycle des acides tricarboxyliques aboutit a la totale degradation du groupe acetyl de

1'acetyl-CoA par des reactions de deshydrogenation et de decarboxylation. Les reactions
de deshydrogenation mettent en reuvre du NAD (deshydrogenases du pyruvate, de
1'isocitrate, de 1'a-cetoglutarate et du malate) et du FAD (succinate deshydrogenase). Le
NAD reduit et le FAD reduit sont oxydes en presence d'oxygene par la chaine
respiratoire mitochondriale.
Figure IV.18 - Le cycle des acides tricarboxyliques

(formulation moderne)
est catalysee par un systeme multienzyme dont la resolution se heurta pendant

longtemps a une redoutable complexite. Cette reaction globale fait intervenir
des reactions partielles a 1'interieur d'un complexe enzymatique, ou la thiamine
pyrophosphate, 1'acide lipoique et le FAD interviennent comme des facteurs
catalytiques. Ces reactions sont abondamment detaillees dans la litterature
moderne. II suffit ici de mentionner que la thiamine et 1'acide lipoique etaient de
vieilles connaissances dans le domaine des vitamines et facteurs de croissance.
On savait depuis le travail de NEUBERG en 1911 - 1912, que la decarboxylation
du pyruvate en acetaldehyde et CC>2 par un extrait de levure impliquait un
facteur thermostable et diffusible a travers une membrane de dialyse. C'etait un
coenzyme de decarboxylation qui avait etc appele cocarboxylase. Au debut des
annees 1930, des experiences de nutrition portant sur des pigeons carences en
vitamine B! ou thiamine amenerent Rudolph PETERS (1889 -1982) a 1'Universite
d'Oxford a postuler que la vitamine Bj jouait un role dans 1'oxydation du
pyruvate, car en son absence le lactate, produit de reduction du pyruvate,
s'accumulait. La cocarboxylase fut identifiee a la thiamine pyrophosphate en
1937 par Karl LOHMANN et Philip SCHUSTER (Chapitre IV-4.2).
Quant a 1'acide lipoique, il avait ete reconnu dans les annees 1940 comme un
facteur de croissance pour le protozoaire Tetrahymena gelii. Son isolement fut le
fruit d'une collaboration entre la firme industrielle Eli Lilly et deux centres
universitaires, I'universite du Texas avec le chimiste Lester REED (n. 1925) et
I'universite d'lllinois avec le bacteriologiste Irwin GUNSALUS (n. 1912).
Quelques grammes d'acide lipoique furent obtenus en 1951, a partir de dix
tonnes de foies de bceuf. L'etude de sa structure montra qu'il s'agissait d'un acide
gras en C8, 1'acide octano'ique porteur de deux groupes thiols : HS-CH2-
CH(SH)-(CH2)4-COOH. L'oxydation reversible des deux groupes thiols conduit
a la formation d'un pont disulfure, ce qui confere a 1'acide lipoique un statut de
coenzyme d'oxydo-reduction.
Dans les cellules aerobies, le cycle des acides tricarboxyliques fonctionne comme
une machinerie enzymatique de deshydrogenation et de decarboxylation, les
atomes d'hydrogene provenant des deshydrogenations etant captes par la chaine
respiratoire mitochondriale (Chapitre IV-8.4) pour reagir avec 1'oxygene et etre
transformed en eau. Chez certaines archebacteries (Chapitre 1-9.1) comme
Sulfolobus et Thermoproteus, le cycle des acides tricarboxyliques fonctionne a
1'envers, en mode de reduction et de fixation de gaz carbonique. Dans ces
conditions, le citrate au lieu d'etre forme par condensation du radical acetyl de
1'acetyl-CoA et d'oxaloacetate est au contraire clive en acetyl-CoA et oxalo-
acetate. L'acetyl-CoA est carboxyle en pyruvate qui est la source d'une voie de
synthese du glucose.
8.6. LE CCEUR DE L'ENERGETIQUE CELLULAIRE : LE COUPLAGE

ENTRE RESPIRATION CELLULAIRE ET SYNTHESE D'ATP
En 1930, Vladimir ENGELHARD! (1894 -1971), a 1'universite de Kazan en URSS,
decouvrit 1'existence d'une relation entre la respiration cellulaire et le meta-
bolisme du phosphate. II utilisait des globules rouges nuclees d'oiseau qui, a
la difference des globules rouges de mammiferes, consomment de 1'oxygene.
ENGELHARD! remarqua que Faddition de cyanure, un inhibiteur connu de la
respiration cellulaire, conduisait a une accumulation de phosphate mineral. En
procedant a des cycles d'aerobiose et d'anaerobiose, il observa qu'en anaero-
biose le phosphate mineral s'accumulait dans les globules rouges et qu'en
aerobiose, le contraire se produisait, sans doute par incorporation de phosphate
mineral dans des composes phosphoryles. II semblait done exister une relation
entre respiration et synthese de composes phosphoryles. II est interessant de
noter qu'un an avant la publication d'ENGELHARD!, LOHMANN avait decrit
1'isolement de 1'ATP a partir d'extraits cellulaires ainsi que sa composition
atomique. Quelques annees plus tard, Hermann KALCKAR (1908 -1991) a 1'uni-
versite de Copenhague, ainsi que Vladimir BELI!ZER (1906 -1988) et son eleve
Elena TSIBAKOVA a 1'universite de Moscou mirent en evidence dans differents
types de tissus des phenomenes de phosphorylation inexplicables par le
mecanisme de la glycolyse.
KALCKAR etudiait le transport cellulaire de glucose avec des preparations de
tissu renal. C'est fortuitement qu'il decouvrit qu'en aerobiose et en presence de
fluorure de sodium, un poison de la glycolyse, du phosphate disparaissait du
milieu pour participer a la synthese d'ATP et que cette synthese etait correlee
a la consommation d'oxygene. II s'agissait done d'un phenomene different de
la phosphorylation glycolytique. Ces resultats furent publics dans la revue
Enzymologia en 1937 et 1938. En 1939, BELI!ZER et TSIBAKOVA experimenterent
sur des homogenats de muscles pectoraux de pigeon mis en incubation en aero-
biose en presence de creatine. Us constaterent que la respiration etait couplee a
la synthese de creatine phosphate et que ce processus n'etait inhibe ni par le
fluorure, ni par 1'iodoacetate, deux inhibiteurs de la glycolyse. La quantite de
creatine phosphate forme par rapport a la quantite d'oxygene consomme depas-
sait largement ce qui etait connu dans le cas de la phosphorylation glycolytique
ou 1'oxydation d'une molecule de phosphoglyceraldehyde etait associee a la
synthese d'une seule molecule d'ATP.
En 1942 - 1943, Severo OCHOA, qui a cette epoque travaillait a 1'ecole de
medecine de 1'universite de New York, determina la capacite phosphorylante
d'homogenats de cerveau et de cceur de rat mis en incubation avec differents
substrats du cycle des acides tricarboxyliques. En exprimant en micromoles la
quantite de phosphate mineral (P) incorpore dans 1'ATP et en microatome-
grammes la quantite d'O2 consomme (O), OCHOA observa que le rapport P/O
appele quotient de phosphorylation atteignait des valeurs egales a 3 pour
1'oxydation du pyruvate en CC>2 et H2O. Le concept d'oxydation phosphory-

lante etait ne. II s'ecoulera une trentaine d'annees avant que son mecanisme ne
soit compris. Neanmoins, une conclusion importante ressortait d'ores et deja.
L'oxydation du pyruvate mettant en jeu une deshydrogenase dependante du
NAD, le quotient de phosphorylation de 3 trouve pour 1'oxydation du pyruvate
signifiait que 1'energie liberee par transfert d'electrons du NAD reduit vers
1'oxygene servait a la synthese de 3 ATP. Probablement trois composants de la
chaine respiratoire mitochondriale etaient impliques dans cette synthese.
Entre temps, dans un article classique, paru en 1941 dans Advances in Enzymo-
logy (vol. 1, pp. 99-162), sous le titre "Metabolic generation and utilization of
phosphate bond energy", Fritz LIPMANN developpa le concept de "liaisons
riches en energie". Le terme de "molecules phosphorylees riches en energie"
aurait ete plus orthodoxe. Mais la magie de la formule opera. Dans cet article,
LIPMANN suggerait que les composes organiques phosphoryles pouvaient etre
classes en deux categories : la categoric des derives pauvres en energie comrne
les esters phosphates qui, par clivage, liberent une quantite modeste d'energie,
< 3 kcal/mole, et la categoric des derives riches en energie, du type pyro-
phosphate comme 1'ATP, du type carboxylphosphate comme le 1,3-phospho-
glycerate, du type enolphosphate comme le phosphoenolpyruvate et du type
aminephosphate comme la creatine phosphate qui liberent par hydrolyse une
quantite d'energie > 7 kcal/mole. LIPMANN prophetisa que 1'ATP etait au cceur
du fonctionnement de la machinerie cellulaire.
9. UN REGARD NOUVEAU SUR LE METABOLISME

CELLULAIRE AU TOURNANT DU XXIE SIECLE
En portant son regard sur les debuts balbutiants des recherches sur le meta-
bolisme au debut du XIXe siecle, on mesure 1'influence qu'eurent sur 1'evolution
de cette discipline les percees techniques et envolees conceptuelles au tournant
du XX e siecle. En effet, la fin du XIX e siecle et le debut du XX e siecle furent les
temoins de progres decisifs en chimie organique (synthese organique, isole-
ment et analyse de substances naturelles, application des principes de la thermo-
dynamique aux systemes vivants), en physiologic (perfusion d'organes,
techniques d'obtention de tranches fines de tissus, quantification des produits
solubles et gazeux du metabolisme, mise au point de systemes acellulaires) et en
enzymologie (purification d'enzymes, principes de cinetique enzymatique).
C'est dans ces annees que prit racine le concept de metabolisme cellulaire.
Avec une riche moisson de resultats, on pouvait dresser vers 1950, sous une
forme deja elaboree, un schema des grandes voies metaboliques. Cependant, a
cette epoque les biochimistes n'etaient pas particulierement preoccupes par la
complexite de 1'organisation structurale du cytoplasme cellulaire que revelaient
les images obtenues par microscopic electronique. Fascines qu'ils etaient par la
rigueur de 1'enchainement de reactions apres tout assez simples (deshydroge-

nation, hydratation, clivage, condensation...), ils consideraient le metabolisme
essentiellement sous Tangle d'un chimisme a 1'aspect reductionniste, ayant pour
cadre un milieu homogene non structure. Quelques voix pourtant s'eleverent
pour souligner qu'il devait exister plusieurs niveaux de complexite dans le
metabolisme cellulaire, le premier niveau correspondant essentiellement aux
modifications chimiques subies par les substrats des enzymes du metabolisme.
Des 1930, Rudolph PETERS dans une communication a la Faraday Society avait
fait part de ses vues sur la microheterogeneite de la structure cellulaire et de son
retentissement sur le cours du metabolisme. II faisait allusion a une "architecture
chimique" de la cellule. Cette conception trop vague ne fut pas retenue.
Un declic salutaire se produisit dans le courant des annees 1950 -1960, avec
1'isolement d'organites endocellulaires dans un degre de purete suffisamment
acceptable pour en explorer les potentialites enzymatiques et, d'autre part, avec
la naissance du concept de signalisation, englobant des mecanismes de
controle d'activites enzymatiques positifs ou negatifs, endogenes ou exogenes
(Chapitre 11-10.2). Dans ces memes annees, se developperent des techniques
comme la spectroscopie par resonance magnetique nucleaire et 1'autoradio-
graphie qui permettaient d'avoir acces au comportement in vivo des metabolites
et a leurs localisations intracellulaires en fonction des conditions experimentales.
La technique de RMN (Chapitre III-2) avait ete exploitee en chimie organique et
en biochimie structurale des 1960. Ce n'est que dans le milieu des annees 1970
que la RMN commenga a etre appliquee a 1'etude du metabolisme cellulaire in
vivo, d'abord a 1'etude de la glycolyse. Des resultats encourageants apparaissent
dans la litterature au debut des annees 1980 (Figure IV.19). Auparavant, de
fagon conventionnelle, 1'analyse du metabolisme dans des tissus, des cellules,
ou des organites endocellulaires etait effectuee par echantillonnage. Par exemple,
dans le cas d'une suspension de cellules, on prelevait une fraction aliquote a
laquelle on ajoutait une solution acide pour precipiter les proteines et bloquer le
cours des reactions enzymatiques. Le surnageant obtenu apres centrifugation,
une fois neutralise, servait aux dosages de metabolites d'interet. En dehors de
1'avantage que confere la technique de RMN de suivre en continu revolution
dans le temps et in vivo des reactions d'une voie metabolique, il existe d'autres
avantages non negligeables. En ce qui concerne 1'ATP et 1'ADP, la RMN donne
acces aux formes libres de ces nucleotides, c'est-a-dire aux formes thermodyna-
miquement actives. De plus, d'apres la position du pic du 31P du phosphate
mineral dans les spectres de resonance on peut determiner la modification du
pH au cours du metabolisme. II existe en effet un deplacement chimique du 31P
qui resulte de 1'etat d'ionisation du phosphate mineral en fonction du pH. La
RMN du 31P fut rapidement exploitee en pathologic humaine, en particulier
dans les myopathies ou le metabolisme phosphore est altere. Un autre noyau
atomique interessant en RMN est celui du carbone 13C. Son abondance natu-
relle n'est que de 1%. Malgre cela des spectres de differents metabolites, sucres,
Les pics correspondent aux composes suivants A et B : sucres phosphoryles,

C : phosphate mineral,
C D et E : phosphodiesters,
F : phosphate y de 1'ATP,
G : phosphate p de 1'ADP,
H : phosphate a de 1'ADP et de 1'ATP,
I: NAD,
J : phosphate b de 1'ATP.
En 1'absence de glucose
En presence de glucose
On note une accumulation de sucres
phosphoryles et une diminution du
phosphate mineral.
a - Spectres RMN du phosphore 31P realises sur des douves du foie

dans un milieu KREBS-RINGER depourvu de phosphate
(d'apres I.E. MANSOUR, P.G. MORRIS, J. FEENEY et G.C.K. ROBERTS
Biochem. Biophys. Ada 721 (1982) 336)
20 min plus tard

Les spectres sont
5 - 6 min enregistres au fur
et a mesure d'un exer-
c ce
3 - 4 min i de contraction mus-
culaire pendant 5 minutes.
Les pics 1, 2 et 3 referent aux
lV2-2V2min phosphates (3, a et y de 1'ATP, le
pic 4 a la phosphocreatine et le pic 5
0 - 1 min au phosphate mineral. On note un
leger deplacement du pic du phosphate
au cours de 1'exercice, du a une acidification
repos et une nette diminution de la phosphocreatine alors
que la concentration en ATP n'est que peu modifiee.
b - Spectres RMN du phosphore 31P obtenus sur I'avant-bras d'un homme
(d'apres B.D. ROSS, G.K. RADDA, D.G. GADIAN, G. ROCKER, M. ESIRI
et J. FALCONER-SMITH - New Engl. J. Med. 304 (1981) 1338)
Figure IV.19 - La resonance magnetique nucleaire

comme outil d'analyse du metabolisme cellulaire
lipides, acides amines, purent etre exploites des 1980. Par la suite on s'adressa a
des molecules organiques enrichies en 13C par synthese chimique pour en
etudier le metabolisme.
L'imagerie medicale est actuellement une application de la RMN (RMN du
proton 1H) intensement developpee pour localiser des lesions au niveau
d'organes dans le corps humain.
Les developpements contemporains de la biochimie metabolique sont decrits en
detail dans des ouvrages classiques. On se limitera ici a de brefs commentaires
sur la notion de compartimentation metabolique et de metabolisme vectoriel
et celle de regulation enzymatique associee a la signalisation.
9.1. COMPARTIMENTATION METABOLIQUE

ET METABOLISME VECTORIEL
En 1961, le biochimiste britannique Peter MITCHELL I27! (1920 -1992) proposa
une theorie originale a laquelle il donna le nom de theorie chimiosmotique,
pour expliquer le mecanisme de 1'oxydation phosphorylante par les mito-
chondries. Cette theorie se demarquait nettement de la theorie chimique qui
avait ete acceptee comme un dogme, mais n'avait jamais ete demontree. A
1'instar de ce qui avait ete decouvert dans la phosphorylation glycolytique, a
savoir la prise en charge de phosphate inorganique (Pi) au cours de 1'oxydation
du glycer aldehyde 3-phosphate en 1,3-bisphosphogly cerate, la theorie chimique
du mecanisme de 1'oxydation phosphorylante postulait qu'il se formait des
derives phosphoryles au niveau de transporteurs d'electrons dans la chaine
respiratoire mitochondriale au cours de reactions d'oxydo-reduction. Apres
vingt ans d'une quete sans succes de ces intermediaries phosphoryles, la theorie
chimiosmotique apportait une explication elegante qui ne necessitait pas
1'intervention de derives phosphoryles prealablement a la reaction finale de
synthese d'ATP. Elle pouvait se resumer ainsi: le transfert scalaire d'electrons a
travers les composants membranaires porteurs de centres d'oxydo-reduction
dans la chaine respiratoire mitochondriale est couple a un transport vectoriel de
protons a travers la membrane mitochondriale interne, de 1'interieur vers
1'exterieur de la mitochondrie (Figure IV.20). Ce transport transmembranaire de
protons aboutit a 1'etablissement d'une difference de pH entre 1'interieur et
1'exterieur des mitochondries et d'une difference de potentiel entre les deux faces
de la membrane mitochondriale interne, avec accumulation de charges posi-
tives sur la face externe de cette membrane. La somme des energies representees
par la difference de pH et la difference de potentiel electrique generees par le
fonctionnement de la chaine respiratoire fut appelee par MITCHELL force
proton motrice. Une large fraction de cette force proton motrice etait supposee
jouer un role moteur dans la catalyse de la synthese d'ATP a partir d'ADP et de
[27] Peter MITCHELL, Prix Nobel de chimie (1978).

La theorie chimiosmotique postule qu'une force proton motrice est produite par couplage
entre un transport scalaire d'electrons a travers les composants de la chaine respiratoire
mitochondriale et un transport transmembranaire de protons de I'interieur vers
1'exterieur de la mitochondrie. Cette force proton motrice est utilisee par I'enzyme
membranaire ATP synthase pour la synthese d'ATP par condensation d'ADP et de
phosphate mineral Pj.
a - Circuit protonique responsable de la synthese d'ATP

dans 1'oxydation phosphorylante
pile
Le circuit electrique alimentant une lampe a partir d'une pile a ete compare au circuit
protonique alimentant 1'ATP synthase a partir de la chaine respiratoire par D.G.
NICHOLLS et S.J. FERGUSON (Bioenergetics, Academic Press, 1992)
b - Circuit electrique alimentant une lampe
Figure IV.20 - Theorie chimiosmotique de 1'oxydation phosphorylante

(d'apres P. MITCHELL - Nature 191 (1961) 144)
phosphate par un complexe enzymatique 1'ATP synthase, egalement localise

dans la membrane mitochondriale interne.
Ce raisonnement constituait la base de la theorie chimio-osmotique de Toxy-
dation phosphorylante. Cette theorie fut demontree et admise, apres bien des
controverses, dans le courant des annees soixante dix. La theorie chimios-
motique expliquait de fac.on rationnelle non seulement le mecanisme de
1'oxydation phosphorylante, mais aussi celui de la photophosphorylation. Elle
contribua a initier une serie de recherches qui aboutirent a la decouverte des
transporteurs de metabolites a travers les membranes de mitochondries.
De meme que la chaine respiratoire mitochondriale et 1'ATP synthase, des trans-
porteurs mitochondriaux de metabolites sont localises dans la membrane
mitochondriale interne. Us catalysent des echanges d'anions organiques (malate,
succinate, citrate, a-cetoglutarate, pyruvate...) entre le compartiment mitochon-
drial et le compartiment cytosolique des cellules. La plupart de ces echanges
sont electroneutres; deux d'entre eux seulement sont electrogeniques. Ce sont
les transporteurs ADP3~/ATP4~ et glutamateO(H+)/aspartate(~). Dans le dernier
cas, la charge negative du glutamate est neutralisee au niveau du transporteur a
la difference de celle de 1'aspartate.
Le schema de la figure IV.21 illustre la fac.on dont deux des transporteurs mito-
chondriaux d'anions, le transporteur electroneutre malate(2~)/a-cetoglutarate(2~)
et le transporteur electrogenique glutamate(°)/aspartate(~) interviennent dans
1'oxydation du NAD reduit present dans le cytosol. II convient de rappeler que
du NAD reduit ajoute a une suspension de mitochondries de foie isolees n'est
pas oxyde. Cette absence d'oxydation, a la difference de ce qui se passe pour le
pyruvate, le malate, le succinate et d'autres metabolites du cycle des acides
tricarboxyliques, est due au fait qu'il n'existe pas de transporteur mitochondrial
pour le NAD et que le site de fixation du NAD reduit sur la chaine respiratoire
est expose du cote de la matrice mitochondriale. Le NAD reduit du cytosol ne
pouvant pas traverser la barriere membranaire ne peut done pas etre oxyde
directement par les mitochondries, au contraire du NAD reduit present dans la
matrice mitochondriale. La cellule obvie a cette difficulte par la mise en place
d'un jeu de navettes ou interviennent les deux transporteurs precites, malate(2~
)/a-cetoglutarate( 2 ~) et glutamate(°)/aspartateO, ainsi que deux couples d'iso-
zymes localises dans les mitochondries et le cytosol avec des activites malate
deshydrogenase et transaminase entre oxaloacetate et glutamate. La generation
d'un potentiel de membrane, positif a 1'exterieur, compense le desequilibre de
charges du transporteur electrogenique glutamate(°)/aspartate("). Dans ce pro-
cessus, des equivalents de reduction provenant du NAD reduit sont transferes,
via le malate, dans la matrice mitochondriale ou finalement ils sont oxydes par
la chaine respiratoire apres avoir ete repris par la NAD mitochondrial. A un tel
ensemble de reactions utilisant des transports transmembranaires de metabolites
a ete donne le nom de metabolisme vectoriel. II en existe, dans la cellule, de
nombreux autres exemples
Le NAD reduit present dans le cytosol est oxyde par la malate-deshydrogenase

cytosolique en presence d'oxaloacetate, lequel est reduit en malate. Le malate entre dans
la matrice mitochondriale en echange d'a-cetoglutarate. Dans la mitochondrie, le malate
est reoxyde en oxaloacetate par une malate deshydrogenase mitochondriale et le NAD OX
est reduit au cours de cette reaction. Le NAD reduit dans la matrice mitochondriale a
acces a son site dans la chaine respiratoire et, de ce fait, il est oxyde rapidement.
L'oxaloacetate n'a pas de transporteur. II est transamine en aspartate qui, lui, est echange
centre du glutamate. Dans le transport par echange de glutamate centre de 1'aspartate,
la charge negative du glutamate est neutralisee au niveau du transporteur. Par
consequent, ce transport par echange de glutamate (0) centre de 1'aspartate (-) est
electrogenique et doit etre couple a un potentiel de membrane genere par la respiration
mitochondriale. Dans le cytosol, 1'aspartate est reconverti en oxaloacetate par
transamination et un nouveau cycle d'oxydation du NAD reduit peut redemarrer.
Figure IV.21 - Oxydation indirecte du NAD reduit du cytosol

par les mitochondries
Au debut des annees 1980, le biochimiste americain Paul SRERE (1925 -1999)
decouvrit qu'une compartimentation metabolique pouvait fonctionner en dehors
du contexte membranaire. Des enzymes qui catalysent une suite de reactions
dans une chaine metabolique peuvent effectivement s'associer par le jeu d'inter-
actions proteine - proteine. II en resulte que le produit de la premiere reaction
catalysee par le premier enzyme est le substrat du deuxieme enzyme et ainsi de
suite. Une telle association fonctionnelle d'enzymes a ete denommee metabolon
par SRERE. Sa realite a ete demontree par exemple dans le cas du cycle des
acides tricarboxyliques ou trois enzymes, malate deshydrogenase, citrate syn-
thase et aconitase sont associes. Le metabolon ainsi forme catalyse 1'ensemble
des reactions qui vont du malate a 1'isocitrate en passant par 1'oxaloacetate, le
citrate et le cis-aconitate Par compactage d'enzymes, le metabolon augmente
d'une fagon considerable 1'efficacite reactionnelle d'une chaine metabolique.
9.2. REGULATION ENZYMATIQUE

ET SIGNALISATION AMPLIFICATRICE
Les vitesses auxquelles se deroulent les reactions dans une chaine metabolique
sont fonction des quantites d'enzymes impliques dans cette chaine et de leurs
activites specifiques. Les quantites d'enzymes dependent du niveau d'expression
des genes qui les codent. Outre la regulation genique, il existe une regulation
directe de I'activite enzymatique, plus rapide que la regulation genique. On
distingue deux classes de reactions enzymatiques au plan de la regulation
directe, des reactions du proche equilibre catalysees par des enzymes michae-
liens dont la vitesse est liee a la concentration en substrat suivant la relation
de MICHAELIS-MENTEN, et des reactions hors equilibre catalysees par des
enzymes dont I'activite est modifiee positivement ou negativement par des
molecules autres que le substrat. A cette deuxieme categorie appartiennent les
reactions allosteriques (Chapitre III-3.4).
L'enzyme allosterique est defini comme un enzyme possedant un site reactif vis-
a-vis d'un ligand regulateur autre que le substrat. Ce ligand est denomme ligand
allosterique. La regulation allosterique est assez souvent la caracteristique d'un
enzyme localise en amont d'une chaine metabolique, le ligand allosterique
regulateur etant le produit final de cette chaine de reactions. Si le produit
s'accumule trop rapidement, il intervient comme un signal negatif pour freiner
I'activite de 1'enzyme allosterique en tete de la chaine metabolique. II s'agit done
d'un retrocontrole qui entraine une reduction du flux metabolique. Lorsque la
concentration du ligand allosterique descend au dessous d'une certaine valeur,
son effet inhibiteur devient negligeable.
A cote des modifications allosteriques non covalentes existent des modifications
covalentes transitoires. C'est le cas chez les eucaryotes des phosphorylations
de residus de serine, threonine ou tyrosine, catalysees par des proteine-kinases
utilisant, en regie generate, I'ATP comme substrat. (Chez les procaryotes, ce
sont des residus histidine et aspartique qui sont transitoirement phosphoryles).

La phosphorylation de 1'enzyme aboutit soit a son activation, soit a sa mise en
repos. De toute fac.on, la phosphorylation n'est que transitoire. En effet, des
phosphatases liberent le(s) residu(s) de phosphate fixe(s). De 1'equilibre entre les
activites des kinases et des phosphatases depend le niveau de phosphorylation
des proteines enzymatiques. L'etat de phosphorylation de ces proteines
conditionne leur etat d'activation ou leur etat de repos. Ce mode de regulation
par phosphorylation fut decouvert par Edmund FISCHER et Edwin KREBS dans
les annees 1950 (Chapitre II-10.2).
II arrive que des reactions de phosphorylation soient organisees en cascade
et qu'un signal moleculaire relativement discret au debut de cette cascade
engendre une reponse tres forte en aval par un mecanisme d'amplification en
chaine. Un exemple typique est celui de la production de glucose 1-phosphate
par phosphorolyse du glycogene initiee a la suite de la fixation d'adrenaline sur
la membrane plasmique de cellules hepatiques ou musculaires. La figure IV.22
decrit la cascade de reactions partant d'une proteine-kinase dependante d'AMP
cyclique et aboutissant a la formation de glucose 1-phosphate via une phos-
phorylase kinase et une glycogene phosphorylase. En quelques millisecondes,
une molecule de proteine kinase dependante d'AMP cyclique catalyse la
phosphorylation de milliers de molecules de phosphorylase kinase, declenchant
brutalement le passage de cette kinase d'un etat de repos a un etat actif. Chaque
molecule de phosphorylase kinase ainsi activee catalyse dans 1'instant suivant la
phosphorylation de milliers de molecules de glycogene phosphorylase qui, de
ce fait, se trouvent activees et attaquent le glycogene par les differentes
extremites de ses chaines de glucose. II en resulte une degradation foudroyante
du glycogene en glucose 1-phosphate, lequel est converti grace a une mutase en
glucose 6-phosphate, le premier metabolite de la chaine de la glycolyse.
L'adrenaline illustre 1'effet d'un facteur exterieur a la cellule reconnu de fac.cn
specifique par un recepteur de surface. Des facteurs d'origine endogene
peuvent egalement modifier des activites enzymatiques et perturber des flux
metaboliques. Ainsi, des produits endogenes derives de 1'oxygene, comme 1'ion
superoxyde ou 1'eau oxygenee, dans des conditions particulieres referees sous le
terme general de stress oxydant modifient le niveau de phosphorylation de
residus de tyrosine dans bon nombre de proteines, en perturbant 1'equilibre des
activites des tyrosine-kinases et des tyrosine-phosphate phosphatases. Le radical
nitroxyde NO', produit du catabolisme de Targinine, est egalement un
important element de controle du metabolisme dans le cadre du stress oxydant.
A cause de ses effets potentiellement deleteres sur des structures moleculaires
fragiles, comme la guanine dans 1'ADN et certains residus d'acides amines dans
des proteines, le stress oxydant est devenu un theme de recherche en vogue.
L'adrenaline, en se fixant sur son recepteur dans la membrane plasmique de la cellule,

induit 1'activation d'une chaine de reactions enzymatiques, avec amplification (denotee
par la grosseur des fleches) a chaque etape enzymatique de la chaine.
Figure IV.22 - Amplification d'un signal hormonal extracellulaire

par une cascade de reactions intracellulaires
10. CONCLUSION. APPORT DE LA PHYSIQUE, DE LA GENE-

TIQUE ET DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE POUR UNE
VISION RENOUVELEE DU METABOLISME CELLULAIRE
L'histoire du metabolisme cellulaire est jalonnee de reperes qui correspondent a
1'emergence de nouvelles techniques et a la mise en place de nouveaux concepts.
Ainsi a la fin du XVIII siecle, la demystification du mythe du phlogistique
grace a des analyses chimiques rigoureuses fut a l'origine de 1'essor de la chimie
organique analytique appliquee aux biomolecules. A la fin du XIX e siecle, la
demonstration de la fermentation du glucose en ethanol par des extraits acellu-
laires de levure ouvrit la voie a 1'exploration du metabolisme intermediaire.
Dans le milieu du XXe siecle, la possibilite d'isoler par centrifugation fractionnee
des organites endocellulaires a partir d'homogenats tissulaires permit d'acceder
a 1'enzymologie endocellulaire. A la classique methode d'echantillonage qui
procedait par extraction de tissus et analyse chimique des extraits s'est substitue,
dans les dernieres decennies du XX e siecle, le suivi en continu de reactions
metaboliques a 1'interieur de cellules grace a la technique de RMN. La panoplie
des outils "non traumatisants" d'exploration du fonctionnement cellulaire s'est
egalement enrichie avec des sondes fluorescentes utilisees aussi bien dans le tri
des cellules que dans 1'analyse du potentiel de membrane et du pH intra-
cellulaire. Dans un autre registre, les techniques d'invalidation d'expression
genique permettent d'explorer le role d'enzymes bien determines dans une
chaine metabolique.
Au tournant du XXe siecle, la decouverte de 1'alcaptonurie chez plusieurs sujets
d'une meme famille par le medecin britannique Archibald GARROD (Cha-
pitre III-4) introduisit en pathologic la notion de maladie metabolique heredi-
taire. A la fin des annees 1950, le dechiffrage des chaines metaboliques avait
suffisamment progresse pour en esperer de possibles applications en therapeu-
tique. Un exemple typique est celui de la phenylcetonurie, maladie autosomale
recessive qui est due a une deficience dans le catabolisme de la phenylalanine et
qui touche un sujet sur dix mille en Europe. En absence d'intervention, appa-
raissent des troubles neurologiques extremement graves et irreversibles. Facile-
ment diagnostique des la naissance par un test biochimique tres simple, le
defaut metabolique de la phenylcetonurie est actuellement pallie par un regime
alimentaire pauvre en phenylalanine.
C'est egalement a la fin du XIX e siecle que des pathologies bien individualisees
(maladie d'Addison, diabete, myxcedeme) furent rattachees a des dysfonc-
tionnements d'organes qui, par la suite, furent reconnues comme des glandes
secretrices d'hormones (surrenales pour 1'adrenaline, pancreas pour 1'insuline,
thyroi'de pour la thyroxine). Au debut du XXe siecle, la pathologie endocri-
nienne fit une remarquable percee qui fut rapidement associee a 1'isolement
d'hormones et a la determination de leur structure. Dans la foulee, ces hormones
furent preparees dans un etat de grande purete a partir de tissus animaux et pour
quelques unes synthetisees par voie chimique pour etre utilisees en therapeu-
tique humaine. Avec les progres du genie genetique, des peptides hormonaux
comrne l'insuline peuvent etre desormais obtenus a 1'identique des hormones
humaines.
A partir des annees soixante, 1'irruption de la genetique et de la biologic rnole-
culaire dans les sciences medicales permit de rattacher une symptomatologie cli-
nique et biochimique classique a des mutations de genes. Grace aux techniques
de la genetique moleculaire naquit 1'espoir qu'il serait possible de corriger,
voire de guerir, des maladies metaboliques a pronostic reserve par therapie
genique, c'est-a-dire par greffe dans le genome des cellules du patient de la
version normale du gene mute. I/experimentation chez 1'animal a montre que
les therapies geniques germinale et somatique etaient desormais des tech-
niques accessibles a la medecine. Pour des raisons ethiques, seule la therapie
genique somatique est envisageable dans 1'etat actuel de la pratique medicale.
Le metabolisme cellulaire etait regarde jusque dans le milieu du XX e siecle
comme une extension au vivant de la chimie organique. De fait, les reactions du
metabolisme, considerees en termes de mouvements d'atomes, sont des reactions
simples, familieres aux chimistes organiciens : deshydrogenation, reduction,
clivage, condensation... L'originalite de la chimie "enzymatique" par rapport a
la chimie organique de paillasse reside dans "1'activation" des metabolites par
addition de residus moleculaires qui aident a la reconnaissance de ces meta-
bolites par les enzymes. C'est ainsi que 1'attaque du glucose en presence d'ATP
par 1'hexokinase au depart de la chaine de la glycolyse aboutit a la formation de
glucose 6-phosphate et que la quasi-totalite des reactions de la glycolyse se fait
sur des derives phosphoryles. En tant que chimiste organicien, HARDEN eut
toujours de la reticence a reconnaitre les oses phosphoryles de la chaine de la
glycolyse comme de reels intermediaires. II les considerait comme des produits
derives, branches en cul-de-sac sur des intermediaires non phosphoryles.
Lorsque le glucose est engage dans la synthese du glycogene, il est active sous
forme d'UDP glucose. Dans le cas typique de 1'activation des acides gras, le
catabolisme opere sur des derives de type acyl-coenzyme A, et 1'anabolisme met
en ceuvre des chaines grasses combinees au peptide "Acyl Carrier Protein"
(ACP). Ces quelques exemples soulignent le role de 1'etiquetage moleculaire
d'un metabolite, base de son activation, pour son engagement dans une voie de
degradation ou de synthese bien determinee.
Dans bon nombre de reactions du metabolisme (deshydrogenation, reduction,
transamination, carboxylation, decarboxylation...), les coenzymes jouent un role
preeminent en intervenant directement comme des acteurs de ces reactions; par
exemple le NAD et le NADP ou encore le FMN et le FAD sont des vecteurs
d'hydrogene, le pyridoxal phosphate est un vecteur de groupe amine. Une
etape capitale fut franchie lorsque Ton comprit la relation qui existait au plan
structural entre vitamines et coenzymes. La presence de residus vitaminiques
dans les coenzymes expliquait les troubles metaboliques lies aux avitaminoses.
A la notion sous-jacente des annees 1940 que la cellule etait un "sac a enzymes"
a fait place la notion que le metabolisme cellulaire est tributaire d'une comple-
xite structurale inherente a la compartimentation membranaire. Ainsi est nee la
notion de metabolisme vectoriel, c'est-a-dire d'echange de metabolites entre
des compartiments endocellulaires sous le controle de transporteurs membra-
naires de nature proteique. A cette complexite compartimentionnelle s'ajoute la
modulation des activites enzymatiques sous la dependance de facteurs propres a
la cellule ou presents dans son environnement. C'est dans ce contexte que se
situe la notion classique de profil metabolique. Ainsi chez un mammifere, des
organes comme le foie, le cerveau, le tissu musculaire et le tissu adipeux dif-
ferent par certains aspects de leur metabolisme. Parmi les facteurs responsables
de ces specificites metaboliques, il y a 1'equipement enzymatique et aussi la
reponse aux hormones.
Pendant longtemps, on a vecu sur 1'idee que, dans une chaine de reactions
enzymatiques, la reaction catalysee avec la plus faible vitesse limitait le flux des
metabolites dans cette chaine et par consequent 1'accumulation du produit final.
En fait, il s'avere que, dans une chaine metabolique multienzymatique, chaque
enzyme exerce un controle sur le flux global avec une force qui lui est propre.
Dans I'ancien langage, on parlait d'une reaction limitante, dans le nouveau, on
parle des forces de controle exercees par les differents enzymes de la chaine de
reactions. Ces forces de contole dependent en priorite de la capacite catalytique
des enzymes et de leur concentration, mais aussi de leur environnement, par
exemple, dans le cas des organismes metazoaires, du tissu ou se deroulent les
reactions. La quantification experimental des forces de controle permet de
realiser des modelisations. La biotechnologie utilise de telles modelisations.
Ainsi, chez un micro-organisme qui synthetise et secrete un antibiotique,
1'amplification du (ou des quelques) gene(s) codant 1'enzyme (ou les enzymes) a
fort coefficient de controle aboutira a une production accrue de cet antibiotique.
L'histoire du metabolisme cellulaire eclaire certains aspects de 1'evolution.
Ainsi, au fur et a mesure de leur apparition, des organismes de plus en plus
complexes sont devenus de plus en plus dependants de leur milieu pour leur
nutrition. La notion de vitamines, d'acides amines indispensables et d'acides
gras essentiels nous est familiere. Chez les animaux superieurs, ces molecules ne
sont plus synthetisees car les enzymes impliques dans leur synthese sont absents
du fait de la defection des genes qui les codent. Cet etat de choses n'a cependant
pas interrompu le cours de 1'evolution, car les organismes atteints par ces
deficiences les ont palliees par des recours nutritionnels appropries.
CHAPITRE V
EPILOGUE
"Comme tons les etres, les sciences ont leur evolution naturelle. D'abord reunies et
indistinctes dans un meme faisceau, elles s'eloignent pen a pen et leurs problemes se
distinguent a mesure que nos connaissances s'accroissent et se differencient."
Claude BERNARD - De la Physiologie Generale - 1892
"La vie est 1'ensemble des fonctions qui resistent a la mort" cette formule de
BICHAT temoigne, par sa connotation a la fois juste et vague, de la difficulte
qu'il y a a apprehender 1'essence de la vie. Plus aise, semble-t-il, est d'en
repertorier des aspects qui la distinguent de la matiere inanimee. Dans son
ouvrage testamentaire Leqons sur les phenomenes communs aux animaux et aux
vegetaux (1878 -1879), Claude BERNARD identifie cinq attributs caracteristiques
des etres vivants : 1'organisation des materiaux chimiques dont 1'arrangement
donne naissance a la matiere vivante, la generation, c'est-a-dire la reproduction,
la nutrition, 1'evolution de 1'individu avec la naissance, 1'age adulte et le declin,
et finalement la mort. D'une fagon plus globale, une cellule vivante est un
ensemble integre de structures dotees de fonctions precises. Un des traits les
plus frappants du monde vivant est son apparente diversite accompagnee de
possibilites de vie dans des conditions extremes avec les bacteries thermophiles
des geysers ou les bacteries barophiles des grands fonds marins. En fait, cette
apparente diversite cache une large communaute de mecanismes fondamentaux
allant du code genetique a 1'energetique cellulaire (Chapitre II-1.3).
En creant en 1802 le terme de biologie pour designer une science dont la
finalite etait de dechiffrer les mecanismes qui regissent le fonctionnement des
etres vivants, LAMARCK et TREVIRANUS ne faisaient qu'exprimer une tendance
de plus en plus insistante chez les naturalistes de passer du stade de 1'obser-
vation au stade de I'experimentation. Cette transition fut facilitee a la fin du
XVIII6 siecle par 1'essor de la chimie qui se debarrassa de son symbolisme eso-
terique pour adopter une nomenclature lisible et devint ainsi une discipline
d'analyse des structures et de la dynamique des biomolecules. Associee a 1'ana-
lyse chimique, la chirurgie experimentale fut alors en mesure d'entreprendre
chez 1'animal 1'etude des grandes fonctions physiologiques par le biais d'inter-
ventions operatoires dont les parametres etaient maitrises et reproductibles.
Ainsi naquit la physiologie d'ou emergea a la fin du XIX e siecle sa composante
moleculaire, la chimie physiologique avec ses deux volets, la biochimie struc-
turale et la biochimie dynamique ou metabolique. L'espoir en 1800 de voir la
biologie devenir une science de 1'etude des fonctions du Vivant etait devenu,
un siecle plus tard, une realite.
Jusque dans le milieu du XIX e siecle, les "hybrideurs" raisonnaient de fagon
empirique pour ameliorer, par le biais de croisements, des races anirnales ou
des especes vegetales. La pratique de 1'hybridation fut codifiee par les lois
quantitatives de la transmission des caracteres hereditaires decouvertes par
Gregor MENDEL.
Dans la deuxieme moitie du XIX e siecle, le transformisme fut reconnu et large-
ment accepte en tant que theorie de 1'evolution. A part quelques reticences
ponctuelles, la cellule fut consideree comme 1'unite integree des tissus et des
organes des especes vivantes animales et vegetales.
C'est done sur un socle solide, dote d'une triple armature, la theorie cellulaire,
la theorie de revolution et la theorie de 1'heredite, que vont s'epanouir, puis,
au tournant du XX e siecle, s'autonomiser des disciplines encore a 1'etat de
germes, comme la microbiologie et 1'embryologie. Beaucoup plus tard, dans
les annees 1950, la biologie moleculaire fut le resultat d'une fusion entre la
genetique et la biochimie. Par sa puissance d'exploration, la biologie
moleculaire a permis de repousser bien en avant les frontieres de 1'inconnu sur
le fonctionnement du vivant.
Comment s'est done bati cet imposant edifice de connaissances qui englobe
aussi bien les structures a I'echelle atomique de macromolecules proteiques que
1'ordonnancement de celles-ci dans des reseaux de signalisation essentiels aux
fonctions cellulaires les plus elaborees ou que la delicate regulation de 1'expres-
sion genique ou encore que 1'harmonieux fonctionnement des chaines meta-
boliques ? A 1'instar de la physique et de la chimie, la biologie s'est-elle cons-
truite par des ruptures epistemologiques ou bien par des increments reguliers de
resultats experimentaux ? A travers 1'apparente complexite des structures et des
fonctions, est-il possible de discerner des principes fondamentaux iteratifs, en
somme des leitmotivs qui apparaissent a plusieurs reprises dans la symphonic
du vivant en raison de leur forte valeur signifiante ? Dans un autre registre,
quels furent les reactions des decideurs politiques a la fin du XIX e siecle lors-
qu'ils prirent conscience, avec la theorie cellulaire et les lois de 1'heredite, des
prometteuses perspectives de la biologie ? Comment les gestionnaires de la
science contemporaine reagissent-ils eux-memes en face d'avancees foudroyantes
comme celle du decryptage du genome humain dont les consequences a long
terme sont imprevisibles ? Comment la societe vit-elle les mediatiques retom-
bees des decouvertes de la biologie, en particulier dans le domaine medical ?
Cet epilogue est une maniere de repondre a ces questions, ou en tout cas de
formuler quelques reflexions s'appuyant sur un contexte historique.
V - EPILOGUE 419
1. LES DECOUVERTES EN BIOLOGIE : ACCUMULATION DE

CONNAISSANCES ET RUPTURE DE DOGMES
"Les mathematiques etant immuables et absolues, la science s'accroit par juxtaposition

simple et successive de verites acquises. Dans les sciences experimentales, au contraire,
les verites n'etant que relatives, la science ne pent avancer que par revolution et par
absorption de verites anciennes dans une forme scientifique nouvelle."
Claude BERNARD - Introduction a I'etude de la Medecine Experimental -1865
A la fagon de concevoir 1'avancee de la biologie par des sauts et des paliers

iteratifs qui conduisent a reviser brutalement des dogrnes anciens s'oppose le
mecanisme cumulatif d'apres lequel des connaissances s'amoncelent de fagon
ininterrompue par un effet de gradualisme darwinien.
Reviser brutalement un dogme admis et enseigne comme verite, c'est dechirer
la page sur laquelle etait ecrite une explication orthodoxe d'un certain pheno-
mene. C'est accepter de rompre avec le passe, aussi prestigieux qu'ait pu etre le
promoteur du dogme que Ton detruit. Une telle rupture de dogme a ete
appelee, a juste titre, rupture epistemologique par Gaston BACHELARD et
changement de paradigme par Thomas KUHN. Effectivement, avec la rupture
de dogme s'instaure et prend forme un nouveau modele theorique a partir
duquel naitront de nouveaux modes de pensee et seront elaborees de nouvelles
hypotheses de travail. Ce qui caracterise les ruptures de dogme, ce n'est pas tant
la decouverte, meme si elle se demarque des sentiers battus; c'est plutot sa
consequence en termes d'elaboration de concept, c'est-a-dire de generalisation
d'une nouvelle explication phenomenologique. La veritable rupture de dogme
s'accompagne d'une revolution conceptuelle. Par la meme, la rupture de
dogme laisse des traces qui se mesurent par des changements decisifs et irrever-
sibles d'orientation thematique. La refutation de la theorie du phlogistique par
LAVOISIER (Chapitre IV-2) en est un bon exemple. La theorie du phlogistique a
laquelle souscrivaient les naturalistes et les chimistes les plus renommes du
XVIII 6 siecle souffrait d'un grave defaut: une incoherence dans 1'estimation
ponderale. Pour expliquer qu'un metal comme le mercure chauffe en presence
d'air augmentait de poids, on admettait qu'il perdait du phlogistique, un
principe non defini contenu dans sa structure. L'explication rationnelle fut
fournie par LAVOISIER qui demontra qu'en s'oxydant a 1'air le mercure fixe de
1'oxygene ; de la 1'augmentation ponderale. La refutation du dogme du
phlogistique est un exemple typique de rupture epistemologique, c'est-a-dire de
changement radical de concept, qui depasse de loin la teneur de la decouverte.
L'augmentation de poids des metaux par calcination etait connue du temps de
LAVOISIER, de meme que 1'utilisation de la balance. C'est par sa signification
conceptuelle que la refutation de la theorie du phlogistique eut un retentisse-
ment considerable. Ce fut 1'acte liberateur qui signa la naissance de la chimie
moderne, en stipulant les regies stcechiometriques des reactions chimiques.
Plus proches de notre epoque, mais tout aussi importantes dans leurs conse-
quences furent la decouverte de la fermentation acellulaire du glucose (Cha-
pitre IV-6.4), et la refutation du dogme de la periodicite dans les structures
primaires des proteines et des acides nucleiques (Chapitre III-1.3.2). La mise en
evidence de la transformation du glucose en ethanol par un extrait de levure
sonna le glas du vitalisme. La refutation de la theorie de la periodicite des
proteines et des acides nucleiques changea radicalement la fac,on de concevoir
la dynamique de ces molecules.
Au debut des annees cinquante 1'abandon de la theorie de la zymohydrolyse
reversible (Chapitre III-5.1) contribua a creer un nouvel etat d'esprit qui annonga
1'eclosion de la biologie moleculaire, d'autant plus qu'a la meme epoque,
WATSON et CRICK revelaient a la communaute scientifique la structure en
double helice de 1'ADN porteuse de rinformation genetique chez tous les etres
vivants (Chapitre III-2.2.2). La replication des brins de 1'ADN engendrant des
brins identiques aux brins parentaux expliquait de fac,on rationnelle la trans-
mission des caracteres hereditaires. En biochimie cellulaire, la theorie chimios-
motique du mecanisme de la synthese d'ATP associee a la respiration cellulaire
fut une revolution(Chapitre IV-9.1). Elle donna un souffle de fraicheur a une
bioenergetique qui se complaisait dans une orthodoxie conventionnelle. En
erigeant la notion de metabolisme vectoriel, elle initia 1'ouverture d'un nou-
veau chapitre de la dynamique des compartiments endocellulaires dependant de
systemes d'echanges transmembranaires de metabolites.
II arrive souvent qu'un dogme rejete au cours d'une rupture epistemologique
ait pendant longtemps servi de modele, c'est-a-dire de systeme de reference, et
qu'il ait ete accepte pendant longtemps sans discussion du fait de 1'autorite que
lui conferait le consensus des hommes de science qui 1'enseignaient et 1'uti-
lisaient pour interpreter leurs propres experiences. II est curieux de voir a quel
point la defense d'un dogme errone peut conduire a en masquer les failles
evidentes par des stratagemes souvent futiles. Ainsi le dogme du phlogistique
fut admis sans reserve durant tout le XVIIIe siecle en s'appuyant sur le postulat
incroyable que le phlogistique avait un poids negatif. La theorie chimique de
Toxydation phosphorylante fut enseignee pendant trente ans jusque dans les
annees 1970 en alleguant 1'existence de derives phosphoryles qui ne furent
jamais isoles et resterent a 1'etat de fantomes.
La rupture de dogme passe souvent par une confrontation psychologiquement
penible entre un consensus scientifique largement partage par des autorites
reconnues et les resultats d'un chercheur isole ou d'un petit groupe de cher-
cheurs. Le rapport des forces en presence ne facilite pas 1'eclatement de la
verite. La decouverte de la phagocytose par Elie METCHNIKOFF a la fin du
XIXe siecle en est un exemple typique. A 1'opinion erronee de 1'elite des bacte-
riologistes de cette epoque selon laquelle les neutrophiles, cellules blanches du
courant sanguin, etaient des vecteurs de bacteries, METCHNIKOFF opposa des
resultats qui montraient que les neutrophiles etaient des cellules phagocytaires
dont la fonction etait d'eliminer les bacteries (Chapitre II-7.3.3). La theorie de la
V - EPILOGUE 421
phagocytose se heurta a de vives reticences, voire de violentes attaques, pour

finalement etre reconnue comme le fondement explicatif de rimmunite innee
dite cellulaire. De meme en ce qui concerne la theorie chimiosmotique, il
y eut une confrontation ponctuee de debats epiques entre Peter MITCHELL,
1'auteur de cette theorie, et la masse des bioenergeticiens qui vivaient sur le
dogme d'une theorie chimique sans support experimental. Ceux-ci raisonnaient
par analogie a des mecanismes connus ou la synthese d'ATP etait precedee par
la formation de molecules organiques phosphorylees, un cas typique etant celui
de la phosphorylation glycolytique. Le couplage entre respiration mitochon-
driale et synthese d'ATP sans intervention de derives organiques phosphoryles
etait en opposition avec 1'orthodoxie de la bioenergetique de cette epoque.
II existe des ruptures de dogmes qui, au lieu de proceder de fagon brutale, se
construisent par degres pour finalement eclater grace a une derniere demons-
tration decisive. II s'agit en somme de revolutions annoncees. Ce fut le cas
de la theorie cellulaire pour laquelle le monde savant a retenu les noms de
SCHLEIDEN, SCHWANN, REMAK et VIRCHOW (Chapitre II-4). On oublie
DUTROCHET, RASPAIL, BRISSEAU-MIRBEL, TURPIN, RUDOLPHI et LINK. Us
furent des precurseurs, et leur contribution non reconnue fut pourtant decisive.
Ajoutons qu'a 1'interieur de ce que Ton appelle la theorie cellulaire, on peut consi-
derer comme une rupture "secondaire" de dogme la demonstration par REMAK
et VIRCHOW que les cellules ne naissent pas par cristallisation au sein d'un mate-
riel inerte, le cytoblasteme, mais resultent de la division de cellules preexistantes.
Autre exemple de construction par degres : la refutation de la theorie de la
generation spontanee par PASTEUR. A ce sujet les livres nous parlent de la
fameuse experience du ballon a col de cygne (Chapitre II-7.1). Cette experience
mit effectivement un terme definitif a une controverse alimentee depuis le
XVII 6 siecle. Si la theorie de la generation spontanee avait eu de nombreux
adeptes, elle avait eu aussi ses opposants dont REDI et SPALLANZANI qui, au vu
d'experiences bien codifiees et bien executees, avaient contribue a 1'invalider.
L'experience du flacon a col de cygne ne fit que lui dormer le coup de grace.
II y eut egalement plusieurs etapes dans 1'elaboration de la theorie de revo-
lution. L'idee du transformisme, qui allait recevoir une explication rationnelle
avec la theorie de la selection naturelle de DARWIN (Chapitre 1-6.1) avait ete
avancee par LAMARCK au debut du XIXe siecle (Chapitre 1-4.1). Elle avait meme
ete fortement suggeree au XVIII6 siecle par MAUPERTUIS (Chapitre 1-3).
De meme la theorie chromosomique de 1'heredite mise en place par BOVERI et
SUTTON (Chapitres II-5.4 et IV-1.1.4), puis developpee de fac.on brillante par
MORGAN (Chapitre III-1.1.5), s'est batie sur la connaissance des lois de trans-
mission des caracteres hereditaires formulees cinquante ans auparavant par
MENDEL et sur le postulat de WEISMANN que les chromosomes sont porteurs
d'un materiel contenant les facteurs de 1'heredite. Ces changements majeurs de
concepts que sont la theorie du transformisme, la theorie chromosomique de
1'heredite, la theorie cellulaire, 1'invalidation de la theorie de la generation
spontanee, appartiennent done a la classe particuliere des ruptures de dogmes

qui precedent par bonds successifs pour aboutir a une doctrine finalisee.
A certaines epoques, le rythme s'accelere. Des decouvertes majeures s'accu-
mulent, qui modifient d'une faôn drastique la fac.on de "penser" la science. Ce
fut le cas dans la deuxieme moitie du XIXe siecle. C'est en 1'espace d'une vingtaine
d'annees qu'emergerent la theorie darwinienne de la selection naturelle, la theo-
rie cellulaire sous sa forme finalisee, les lois de 1'heredite de MENDEL et que se
mirent en place les bases de la microbiologie, de 1'embryologie experimental
et de 1'immunologie. Au XXe siecle, entre 1950 et 1970, d'une fagon parallele a ce
qui s'etait produit au XIX e siecle, une serie de decouvertes eclatantes sonna
1'avenement de la biologic moleculaire, avec la mise en evidence de la structure
en double helice de 1'ADN, le decryptage du mecanisme de la synthese prot-
eique et de sa regulation et le dechiffrage du code genetique.
Par opposition aux ruptures epistemologiques, necessairement episodiques, la
science courante que Thomas KUHN baptise de normale s'edifie par accumu-
lation de resultats experimentaux qui ne bouleversent pas son cours et par un
gradualisme dans 1'acquisition des connaissances, ce qui a ete qualifie par Ernst
MAYR d'epistemologie evolutive darwinienne. Apres tout, meme si la science
normale se limite a confirmer des theories ou a etendre a d'autres especes
vivantes des conclusions formulees en premier lieu sur une espece donnee, cette
science-la peut fort bien inventer une methodologie specifique et offrir a des
problemes pendants des solutions insoupgonnees. Ainsi, la cytologie qui avait
remarquablement progresse au XIX e siecle marqua le pas pendant les premieres
decennies du vingtieme, tout simplement parce que la limite de resolution du
microscope optique avait ete atteinte. On vit alors fleurir une multitude de
monographies de cytologie comparee qui permettaient de se conforter dans
1'etablissement du concept cellule - unite de vie, sans declencher pour autant
une percee constructive dans la connaissance structurale et fonctionnelle de la
cellule. On peut done dans ce cas parler de science normale. Le redemarrage se
fit avec 1'arrivee de la microscopie electronique. Entre temps la biochimie
structurale et dynamique avait apporte une riche moisson d'informations sur la
structure des biomolecules et les chaines metaboliques. La cytologie ultra-
structurale put alors fournir, en particulier grace a 1'autoradiographie, un
support d'imagerie a 1'etude de la dynamique moleculaire intracellulaire. Get
exemple parmi d'autres souligne la complexite de la progression de la
connaissance en biologic. Des facteurs imponderables en modifient le cours.
L'invention d'un appareil, la mise au point d'une nouvelle methode ou d'une
nouvelle technique sont souvent les facteurs qui conditionnent la decouverte,
en permettant de verifier une hypothese de travail et par consequent de
formuler un nouveau concept.
L'avancee scientifique par paliers avec alternance de progres techniques et de
"germinations" conceptuelles etait clairement identifiable au siecle dernier et
meme dans les premieres decennies du XXe siecle. La rapidite avec laquelle evolue
la science biologique de nos jours rend ces paliers pratiquement indistinguables.
V - EPILOGUE 423
2. A LA RECHERCHE DE PRINCIPES UNIFICATEURS
Une theorie porte en elle une puissance evocatrice qui souvent est a la source
d'un concept generalisateur, c'est-a-dire applicable a differents cas d'especes.
Les concepts generalisateurs ne font, en fait, que reconnaitre des principes uni-
ficateurs que la nature a choisis parmi les multiples possibilites qui lui etaient
offertes et qu'elle utilise a maintes reprises a des fins precises dans des buts
divers. La selection et la compartimentation avec leurs modeles fondamentaux
respectifs, la theorie de 1'evolution et la theorie cellulaire, sont des concepts qui,
typiquement, sont sources de generalisation a travers le monde vivant.
Le principe unificateur fondamental de la selection fut utilise pour expliquer des
mecanismes apparemment aussi eloignes que celui de 1'evolution ou celui de la
synthese des anticorps. Le principe de la selection naturelle comme base expli-
cative du mecanisme de revolution est ne avec le transformisme darwinien. II
s'opposait au principe d'adaptation formule par LAMARCK (Chapitre 1-6). Le
principe de selection s'est impose apres que Ton eut admis et compris le role
des mutations spontanees dans 1'apparition de "variants", certaines de ces muta-
tions etaient favorisees dans leur developpement par les conditions environne-
mentales. Dans le milieu du XXe siecle, les immunologistes furent confrontes au
meme dilemme qu'avaient vecu les evolutionnistes du XIX e siecle : la synthese
des anticorps procedait - elle d'un mecanisme de type adaptatif ou de type
selectif ? En 1940, Linus PAULING expliqua la synthese des anticorps par un
modele selon lequel les chaines naissantes de 1'anticorps adoptent, en presence
de 1'antigene, la conformation complementaire de celui-ci. On y refere sous le
nom de modele de 1'instruction. En bref, 1'antigene etait suppose agir comme
un moule qui dictait a 1'anticorps le mode de repliement de ses chaines
peptidiques. La theorie de 1'instruction avait 1'avantage d'etre simple dans son
concept. Elle relevait d'une logique lamarckienne dans laquelle le phenotype
d'un etre vivant est modele par le milieu dans lequel il vit. Apres avoir ere
enseignee comme un credo pendant une quinzaine d'annees, la theorie de
1'instruction s'effondra au milieu des annees cinquante pour faire place a la
theorie selective (Chapitre II-7.3.3). En 1955, Niels JERNE proposa que, dans la
multitude des molecules d'anticorps en puissance de formation dans les
lymphocytes B, il en existait une ou quelques-unes qui etaient capables de se
fixer sur un antigene donne, et qu'il en existait d'autres capables de se fixer sur
un autre antigene, bref qu'il existait autant d'especes d'anticorps que d'especes
d'antigenes imaginables dans la Nature. Cette hypothese audacieuse, a peine
croyable, typiquement darwinienne, fut confirmee et completee en 1957 par
Frank BURNET sous le nom de selection clonale. BURNET postula que, dans
une multitude de cellules lymphocytaires de type B, chaque cellule synthetisait
une espece particuliere d'anticorps, et une seule ; en bref, la multitude de
lymphocytes B chez un animal ou un etre humain etait supposee capable de
synthetiser d'innombrables anticorps, tous differents les uns des autres. On sait
aujourd'hui que cette difference entre les anticorps depend d'une region tres
speciale dans la sequence peptidique, appelee region variable. Si un antigene
de structure bien definie se presente en face de la multitude heterogene des
cellules B, seule la cellule B qui possede a sa surface 1'anticorps capable de
reconnaitre cet antigene sera en mesure de le fixer; ce faisant, cette cellule sera
activee de telle fac.on qu'elle se divisera et se differenciera en plasmocytes,
cellules productrices d'anticorps tous identiques et capables de neutraliser
1'antigene inducteur.
Un autre principe unificateur de la biologie est celui de la cornpartimentation.
Les cellules eucaryotes sont caracterisees par une forte cornpartimentation
membranaire en organites (Chapitre II-8.2). Le noyau centralise la majeure
partie de Tinformation genique qui dicte les ordres d'assemblage aux acides
amines dans le cytoplasme en vue de fabriquer les multiples especes de
proteines porteuses de fonctions specifiques necessaires a la vie de la cellule. Les
mitochondries assument le role de centrales energetiques (il en est de meme
pour les chloroplastes des plantes vertes), les lysosomes servent d'eboueurs de
molecules indesirables, 1'appareil de GOLGI veille a la secretion de proteines...
Parallelement a la cornpartimentation membranaire en organites, il existe une
cornpartimentation strictement proteique sans membrane simplement par le
jeu d'interactions specifiques. C'est le cas d'enzymes impliques dans des chaines
de signalisation, ou dans des reseaux metaboliques ou encore de proteines
associees a des recepteurs membranaires. Ainsi, des enzymes catalyseurs de
reactions qui se suivent dans une certaine voie du metabolisme peuvent
s'associer pour constituer des metabolons dont 1'efficacite catalytique est
nettement superieure a celle que pourraient avoir des enzymes disperses dans le
gel cytoplasmique (Chapitre IV-9.1). Ces differentes formes de cornpar-
timentation se retrouvent sous la forme integree d'une unite fonctionnelle
fondamentale, la cellule.
Chez les metazoaires, les plantes et les animaux superieurs, la cornpartimen-
tation se poursuit grace au processus de differenciation cellulaire avec la
formation de tissus et d'organes dotes de fonctions selectives (feuilles, tiges et
racines chez les plantes, cceur, cerveau, foie... chez les animaux superieurs). Le
principe de cornpartimentation a done ete perennise a travers 1'evolution. La
cornpartimentation, principe de base du metabolisme et de bien d'autres
fonctions chez les etres vivants, n'est pas etanche. A tous les niveaux et a toutes
les etapes de la vie, elle implique des echanges dont le controle est particu-
lierement strict. Des les premiers stades de 1'embryogenese, la cornpartimen-
tation est presente. L'ADN porte les instructions utilisees pour 1'elaboration
d'une multitude d'especes proteiques parmi lesquelles certaines, en tant que
facteurs de transcription, iront controler 1'expression de 1'ADN. D'autres iront
former des complexes par le jeu d'interactions specifiques entre des motifs
affines. Ainsi se batiront des structures qui finiront par former des organes dotes
de reseaux de regulation dont la complexite est actuellement a peine entrevue.
V - EPILOGUE 425
3. LA POLITIQUE SCIENTIFIQUE DES UNIVERSITES ET DES

ETATS FACE A I/EMERGENCE DE LA BIOLOGIE ET A LA
FORMATION DES CHERCHEURS AUX XIXE ET XXE SIECLES
"It is surprising that people do not believe that there is imagination in Science. It is a
very interesting kind of imagination, unlike that of the artist. The great difficulty is in
trying to imagine something that you have never seen, that is consistent in every detail
with what has already been seen, and that is different from what has been thought of,
furthermore, it must be definite and not a vague proposition. That is indeed difficult."
Richard FEYNMAN - The meaning of it all
a partir d'une conference faite en 1963 et publiee en 1998
L'edification de la biologic, a travers les decouvertes et les concepts qui se sont

succede, tout particulierement dans les deux derniers siecles, montre a 1'evi-
dence 1'importance de 1'environnement, du "moule" dans lequel est eduque et
s'epanouit le jeune chercheur. Plus que d'un probleme d'enseignement il s'agit
d'un probleme d'education a la recherche.
Dans son ouvrage Reminiscences et reflexions (1981), le Prix Nobel de physiologic
et de medecine, Hans KREBS attirait 1'attention sur la "genealogie scientifique",
et les conclusions que Ton est en droit d'en tirer pour ce qui concerne la relation
maitre - eleve. Ainsi, Joseph GAY-LUSSAC (1778 -1850), produit de la celebre
ecole de chimie franchise de la fin du XVIII6 siecle a laquelle sont attaches les
noms de Claude BERTHOLLET (1748 -1822) et d'Antoine-Laurent LAVOISIER
(1743 -1794) fut le patron de Justus VON LIEBIG (1803 -1873), le fondateur de la
chimie organique allemande. LIEBIG eut comme eleve August KEKULE
(1829 -1896) qui lui-meme forma Adolf VON BAEYER (1835 -1917) a la chimie et
a la biologie. La filiation scientifique a partir de BAEYER se poursuivit avec Emil
FISCHER (1852-1919), Otto WARBURG (1883-1970) et enfin Hans KREBS
(1900 -1981). Ces chercheurs fonderent des ecoles dont les decouvertes repre-
sentent de vastes pans de la biochimie moderne.
Existe-t-il des recettes qui expliquent la realisation de si brillantes reussites ? La
qualite de la formation scientifique y est pour beaucoup, qui conduit le jeune
chercheur suffisamment apte a s'ecarter des sentiers battus a reperer des pro-
blemes qui en valent la peine, en dehors de la pression mediatique, et a inventer
les outils necessaires a la solution de ces problemes. Dans le contexte de cette
reflexion, la lecture de 1'histoire de la biologie nous apprend qu'a la fin du
XVIII6 siecle et au tournant du XIX e , la France et 1'Angleterre etaient, par leurs
chimistes et leurs naturalistes, des puissances scientifiques de premier ordre.
C'est pendant cette epoque que Ton assiste au developpement de la chimie et de
la cytologie en Allemagne. Grace a un systeme d'universites decentralisees,
autonomes, dotees de larges moyens, jouissant d'une grande liberte d'action et
d'initiative, souvent associees a des entreprises industrielles, grace aussi a une
selection professorate elitiste et a une education d'etudiants fondee sur un ensei-

gnement pratique largement developpe, la recherche biologique en Allemagne
atteignit en 1'espace de quelques dizaines d'annees un tres haut niveau. Le
contraste est saisissant avec la recherche biologique en France ou Paris affirmait
et confortait, apres la reforme napoleonienne de 1808, sa fonction de pole
scientifique centralisateur du pays avec son universite et ses grandes ecoles.
L'anemie des universites de province devint preoccupante et des voix s'ele-
verent pour alarmer les pouvoirs publics. Dans sa Philosophic Medicale, Charles
SCHUTZENBERGER, professeur a la faculte de medecine de Strasbourg, etablis-
sait la comparaison entre 1'universite de Strasbourg et 1'universite allemande de
Marburg d'une taille similaire dans les annees 1860. La chimie etait enseignee
par un seul professeur a Strasbourg et par cinq en Allemagne. Ce rapport de 1 a
5 se retrouvait pour 1'enseignement de la zoologie et de la physiologic animale.
Le role joue en France par 1'administration centrale dans le controle de la
science fut sans doute pour quelque chose dans le differentiel de la production
des biologistes franc.ais et allemands qui s'amorga au debut du XIX e siecle et qui
ne fit que s'amplifier jusqu'au milieu du XXe siecle. A 1'exception de personna-
lites marquantes comme Charles WURTZ (1817-1884), Charles FRIEDEL
(1832 - 1899), Henri SAINTE-CLAIRE DEVILLE (1818 - 1881), Francois RAOULT
(1830 -1901), Henri LE CHATELIER (1850 -1936), et de quelques phares eblouis-
sants comme Claude BERNARD (1813 - 1878) et Louis PASTEUR (1822 - 1895), le
differentiel scientifique en chimie et en biologic entre la France et 1'Allemagne
est objectivement patent au XIX e siecle ; il augmentera pendant le debut du
XXe siecle jusqu'a la deuxieme guerre mondiale.
Si Ton juge la valeur des decouvertes a leur reconnaissance par le comite Nobel,
a partir de 1901 jusqu'en 1940, 1'Allemagne recolte la majorite des Prix Nobel de
chimie et une large fraction des Prix Nobel de physiologic et de medecine.
Dans cette derniere section, seuls trois Prix Nobel echoient a la France :
Alphonse LAVERAN (1908), Alexis CARREL (1912), Charles RICHET (1913). En
chimie, les six recipiendaires sont Henri MOISSAN (1906), Marie CURIE (1911),
Victor GRIGNARD et Paul SABATIER (1912), Frederic JOLIOT et Irene JOLIOT-
CURIE (1935). Apres la deuxieme guerre mondiale et pendant la derniere moitie
du XXe siecle, rhegemonie americaine devient incontestable en biologic. Les
Prix Nobel de physiologic et de medecine sont pour la plupart attribues a des
chercheurs americains (plus de 70). Dans cette meme periode, la France se voit
distinguer par les Prix Nobel recompensant Francois JACOB, Andre LWOFF et
Jacques MONOD en 1965, ainsi que Jean DAUSSET en 1980, nettement distancee
par la Grande-Bretagne (15 Prix Nobel). En ce qui concerne la chimie, et la
biochimie qui desormais lui est associee, les Prix Nobel se partagent entre les
Etats-Unis (une quarantaine) et la Grande-Bretagne (une vingtaine). Jean-Marie
LEHN, de TUniversite de Strasbourg, rec.ut le Prix Nobel de Chimie en 1987.
Dans son Traite de Biologic Generale qui parut en 1897 et qui relatait 1'evolution
des connaissances en biologic au XIX e siecle, le biologiste frangais Yves DELAGE
ecrivait: "en ce qui concerne la cytologie, je n'ai point un nom franc,ais a mettre
V - EPILOGUE 427
en relief. La technique cytologique est chez nous d'importation etrangere,

surtout allemande". II poursuivait: "en parcourant la bibliographic, pour un
travail ecrit en franc.ais, il y en a trois en langue anglaise et dix en langue
allemande" et il ajoutait: "mais ce n'est pas la qu'est 1'ecueil. Le vrai danger est
dans la fausse direction des recherches biologiques, et ceci personne ne le voit,
personne ne le croit. II suffit de parcourir la table des recueils periodiques de
sciences naturelles et la liste des theses inaugurales pour se faire une idee de la
tendance actuelle des recherches... L'auteur a perfectionne, etudie, corrige des
choses connues, et il se trouve que ces perfectionnements, extensions, correc-
tions, ne modifient pas d'une maniere sensible les idees que Ton avait aupara-
vant sur les questions generates auxquelles touche le sujet etudie ". Comme on
le voit, 1'ecueil perc.u par DELAGE a la fin du XIX e siecle ressortait d'un choix
delibere de problematiques faciles a apprehender et a resoudre, c'est-a-dire
denue de risque.
II existe dans la recherche scientifique, et peut-etre plus particulierement en
biologic, un autre ecueil non moins redoutable, c'est le pilotage par 1'aval. Or la
pratique de la recherche fondamentale revele que les resultats obtenus ne sont
pas automatiquement ceux qui sont attendus. Ce qui caracterise la decouverte
originale, celle qui revolutionne la pensee scientifique et laisse entrevoir des
horizons insoupc,onnes, c'est que Ton ne sait pas en quoi elle consiste avant de
1'avoir faite. Le chercheur qui entreprend un projet, apres s'etre fixe un axe de
recherche, se trouve quelquefois confronte a des resultats "bizarres" qui 1'invitent
a explorer la raison de ces resultats, s'il en a la curiosite. Ce peut etre 1'occasion
d'un changement d'orientation, souvent benefique. Christian DE DUVE, Prix
Nobel de physiologie et de medecine, raconte qu'au retour de son sejour a
Saint Louis aux USA dans le laboratoire des CORI, ou il avait travaille sur le
metabolisme du glycogene, il avait entrepris a 1'universite de Louvain un projet
sur le diabete en relation avec le deficit d'enzymes du metabolisme glucidique.
Au cours d'experiences de fractionnement d'organites endocellulaires qu'il avait
ete amene a realiser, il eut la surprise d'observer que 1'activite phosphatase dans
une certaine fraction particulaire augmentait tres nettement au bout de quelques
jours, alors que d'autres activites enzymatiques avaient notablement chute. La
curiosite de savoir pourquoi 1'activite phosphatase augmentait 1'amena a faire
un detour qui en fait se prolongea sur des mois et des annees et le conduisit a la
decouverte des lysosomes, puis des peroxysomes (Chapitre II-8.2.2). "Sans cette
curiosite "bien placee", dit DE DUVE, je ne me serais jamais retrouve sur le
podium de Stockholm". Sans entrer dans une polemique qui sort du cadre de
cet ouvrage, car elle concerne essentiellement la science d'aujourd'hui, la ten-
dance est tres forte pour les organismes publics de financer les travaux de
recherche en fonction des resultats que Ton doit obtenir. Dans le malstrom
mediatique ou se trouve entrainee la recherche fondamentale en biologie du
fait meme des prouesses accomplies en medecine, pharmacologie et agronomie,
les gestionnaires de la science ne semblent avoir d'autre issue que d'appliquer
une politique de contrats d'objectifs soigneusement programmes, pares d'un
clinquant a courte vue, en prise directe avec des applications immediatement

rentables. Cette politique ne peut etre que sterilisante car la recherche fonda-
mentale n'est pas programmable.
L'astrophysicien Evry SCHATZMAN dans son ouvrage L'outil Theorie (1992)
insistait sur la responsabilite des hommes politiques, sur leur absence d'edu-
cation scientifique, leur totale meconnaissance de 1'histoire des sciences et la
confusion qui en resulte entre recherche fondamentale et applications de cette
recherche. L'histoire de la biologic montre a 1'evidence que les decouvertes et
les concepts fondamentaux ont toujours precede les applications. Alors que la
recherche appliquee est definie par des objectifs utilitaires necessairement pro-
grammables, la recherche fondamentale porte sur des problematiques dont la
solution a echeance non previsible accroitra le niveau de la connaissance pure.
Les applications suivront dans un contexte economique, et par la meme un etat
d'esprit different. II n'est pas question, bien sur, de minimiser ici le role que
jouent les applications de la biologie dans la vie de la societe. L'apport inappre-
ciable des nouvelles technologies dans les domaines de la sante, de 1'agro-ali-
mentaire ou de la bioindustrie est indiscutable. C'est le resultat d'une interaction
intelligente entre recherche fondamentale et application de cette recherche.
Alors que des le XIX e siecle, cette interaction etait encouragee en Allemagne,
et qu'elle le fut ensuite dans d'autres pays d'Europe et aux Etats-Unis, elle resta
relativement timide en France jusqu'a ces dernieres decennies. L/osmose harmo-
nieuse entre universites et entreprises doit son succes a la fac.on dont elle est
conduite, c'est-a-dire a 1'esprit de hardiesse et a la culture des hommes qui
1'initient ainsi qu'a la solidite des connaissances, et a 1'esprit d'ouverture des
partenaires qui en assurent la bonne marche. Pascal NOUVEL, dans L'art d'aimer
la science (2000), essaie de comprendre ce qui, au plan psychologique, distingue
le chercheur qui s'occupe de recherche fondamentale de celui qui applique
les resultats de cette recherche a des fins utilitaires. En qualifiant le premier
d'homme intuitif et le second d'homme rationnel, il montre ainsi deux ten-
dances differentes de la pensee humaine qui toutes deux sont necessaires au
progres et meritent d'etre encouragees sans favoritisme unilateral.
Un autre phenomene de la recherche biologique contemporaine merite reflexion,
c'est la specialisation des savoirs. Au XVIII 6 siecle, il n'etait pas rare que
1'experimentateur possedat un vaste bagage de connaissances en dehors de son
propre domaine. GOETHE etait poete, philosophe et naturaliste. VOLTAIRE de
meme que BUFFON etait familier des travaux de NEWTON. MAUPERTUIS, pas-
sionne par les sciences naturelles, etait un excellent geometre et un remarquable
mathematicien. Ceci pour ne citer que quelques exemples typiques de 1'eclec-
tisme culturel de cette epoque ou les grands noms de la science avaient une
vision panoramique de 1'Univers. Les sciences se sont complexifiees - et cela
est particulierement vrai pour la biologie de la fin du XXe siecle -. La quantite
de connaissances acquises et enseignees en biologie a ete decuplee depuis la
seconde guerre mondiale. II en est resulte une specialisation quelquefois
outranciere et une compartimentation des savoirs, a telle enseigne que meme si
V - EPILOGUE 429
les laboratoires ouvrent largement leurs portes, la science qui s'y pratique est
difficilement accessible a des chercheurs d'autres disciplines. L'absence de
dialogue interdisciplinaire aboutit a un confinement dans des domaines etroits
de la connaissance, certes avec une maitrise technique tres professionnelle, mais
malheureusement sans vision conceptuelle elargie et sans echappee liberatrice.
l/enseignement compartimentalise a 1'extreme que regoivent les etudiants a des
fins censees etre utilitaires explique en partie cet etat de choses et contribue a
1'amplifier.
4. LA BIOLOGIE FACE A LA SOCIETE. L'IMPACT DES

NOUVELLES CONNAISSANCES DANS LES DOMAINES
MEDICAL, SOCIO-ECONOMIQUE ET POLITIQUE
Lorsque PANDORE ouvrit par curiosite la jarre dans laquelle ZEUS avait
enferme les maux de I'humanite, ceux-ci se repandirent sur la Terre, semant
1'effroi. Dans le fond de la jarre restait 1'esperance. Le mythe de PANDORE est
plus que jamais d'actualite. Dans les dernieres decennies du XX e siecle, la bio-
logie s'est hissee au rang de science experimentale majeure au meme titre que la
physique et la chimie. Par son impact sur 1'homme au plan de la sante aussi bien
que de son mode de vie, la recherche biologique par certaines de ses thema-
tiques detient une redoutable responsabilite. Les retombees dans le domaine du
diagnostic medical, de la prophylaxie et de la therapeutique sont celles qui
s'attirent sans contexte les suffrages du public. Jusqu'aux annees 1870 -1880,
1'origine des epidemies etait rapportee a des causes imprecises. On parlait de
"spontaneite morbide". On admettait que les maladies les plus contagieuses
naissaient sous 1'influence de foyers de putrefaction, d'une fatigue excessive,
d'une alimentation insuffisante. On connaissait bien les foyers d'origine de la
peste, du cholera, de la fievre jaune, mais la contagiosite etait niee. La mise en
evidence d'une relation entre microbes et infection (Chapitre II-7.3.1) changea
du tout au tout cet etat d'esprit. L'application immediate alia a la prophylaxie
antimicrobienne. Avant 1'arrivee de 1'asepsie et de 1'antisepsie, les operations
chirurgicales et les accouchements comportaient un risque serieux, parfois
mortel. Les mesures de disinfection systematique a la fin du siecle dernier
reduisirent ce risque de faôn spectaculaire. Les sulfamides, puis la penicilline
et les autres antibiotiques introduits vers le milieu du XX e siecle epargnerent
des millions de vies humaines. De nos jours, la vaccination permet de se
premunir centre des maladies preoccupantes par leur dangerosite comme la
poliomyelite, la diphterie, le tetanos et bien d'autres. La vaccination antivario-
lique a eradique la variole de la surface de la Terre. Dans un autre contexte,
des substances anesthesiques, d'abord le protoxyde d'azote au tout debut du
XIXe siecle, puis une quarantaine d'annees plus tard Tether, et le chloroforme
furent d'un appoint inestimable pour la pratique chirurgicale. Les etonnantes
performances de 1'art chirurgical, en matiere de greffes d'organes par exemple,

sont largement redevables aux progres de rimmunologie.
De vastes domaines de la faune et de la flore du globe terrestre recelent des
especes vivantes encore inconnues dont certaines (insectes, animaux marins,
plantes exotiques) contiennent des composes chimiques riches de promesses
pour la therapeutique aussi bien que pour 1'industrie chimique. Les biotech-
nologies ont de beaux jours devant elles. Deja au tournant du XXI e siecle, les
techniques d'ingenierie genetique, heritieres de la biologic moleculaire, per-
mettent la production de medicaments a partir de bacteries, de levures et meme
de plantes.
Par ses applications effectives ou potentielles, tout progres scientifique est con-
fronte a plus ou moins longue echeance aux imperatifs de 1'ethique. C'est le cas
de la maitrise de la fecondation et du clonage. Une prouesse technique aux
redoutables consequences ethiques fut en 1997 la naissance du premier mammi-
fere obtenu par clonage, une brebis nommee Dolly. L'reuf dont provenait Dolly
resultait du transfert d'un noyau diplo'ide d'une cellule somatique dans un ovule
enuclee. D'autres clonages animaux et vegetaux ne se firent pas attendre. II n'est
pas etonnant que le clonage humain ait pu etre envisage. II le fut des 1998 aux
Etats-Unis, puis reporte en raison d'une opposition politique tres ferme. Associe
a la transgenese, le clonage peut permettre a travers une ingenierie appropriee
du genome de refaconner une espece animale. Ici la science fiction devient
realite. L'application de la transgenese au domaine agricole avec la possibilite
de cultures en masse d'organismes genetiquement modifies (OGM) presente des
aspects interessants, en particulier du cote de la prevention d'attaque par les
insectes nuisibles. Elle souleve malgre tout des questions sur 1'avenir evolutif de
ces organismes modifies; ces questions apparaissent d'une telle importance et
d'une telle gravite qu'un moratoire, sans effet de diabolisation, serait necessaire
avant que la culture des OGM n'envahisse la totalite de la planete.
Dans un autre registre, 1'experimentation animale a recemment souleve de
serieux problemes d'ethique. Pratiquee sur des mammiferes, elle permit au
XIXe siecle de dechiffrer les mecanismes de base des grandes fonctions physio-
logiques et de les extrapoler a 1'homme. Elle fut pratiquee des le IIe siecle par le
medecin grec GALIEN qui etudia les effets paralysants de la section de la moelle
epiniere a differents niveaux. Apres une longue interruption, elle recommenga a
etre pratiquee au XVII6 siecle par des medecins celebres dont Reinier DE GRAAF
et William HARVEY. Mais c'est vraiment au XIX e siecle qu'elle devint avec
Francois MAGENDIE et Claude BERNARD en France une pratique routiniere de
la physiologic experimentale. Claude BERNARD donna une justification de
cette pratique en les termes suivants tires de 1''Introduction a I'Etude de la Medecine
Experimentale : "on ne pourra arriver a connaitre les lois et les proprietes de la
nature vivante qu'en disloquant les organismes vivants pour s'introduire dans
leur milieu interieur. II faut done dissequer sur le vif pour mettre a decouvert et
voir fonctionner les parties cachees de 1'organisme. C'est a ce mode d'operation
qu'on donne le nom de vivisection. Sans ce mode d'investigation, il n'y a pas de
V - EPILOGUE 431
physiologie, ni de medecine scientifique possibles". Ce jugement d'une haute

autorite scientifique, dont 1'apport a la connaissance de la physiologic humaine
est inestimable, fait prendre la mesure de la responsabilite morale du biologiste
face a 1'experimentation animale et a la quete d'informations necessaires au
progres de la medecine.
II est des cas ou particulierement pervers dans ses effets est 1'impact de decou-
vertes biologiques sur le comportement sociologique et politique de 1'individu
humain (Chapitre 1-6.8). Ainsi, Francis GALTON, cousin de Charles DARWIN et
avocat farouche de la theorie de la selection naturelle, fonda en 1883 la doctrine
de 1'eugenisme sous le vocable euphemique de darwinisme social. II
proclamait que ce que la Nature fait etourdiment en selectionnant les especes
animales les plus aptes, 1'eugenisme doit permettre de le realiser de fagon
intelligente chez 1'homme. La doctrine fit son chemin et recruta des adeptes.
Aux Etats-Unis, entre 1907 et 1935, plus de 20 000 sterilisations furent pratiquees
sur des individus declares faibles d'esprit. La Suede suivit 1'exemple et ne fut pas
en reste. A partir de 1934, 1'Allemagne prit le relais, avec la realisation de
300 000 sterilisations jusqu'en 1939; pendant la seconde guerre mondiale plu-
sieurs millions d'individus furent elimines dans des camps d'extermination au
nom de 1'eugenisme.
Non moins desastreuses dans ses consequences socio-economiques et humaines
furent 1'utilisation du darwinisme et la refutation de la theorie chromosomique
de 1'heredite dans le domaine de 1'agriculture en URSS jusque dans les annees
soixante. L'agronome russe LYSSENKO fut le chantre de cette nouvelle doctrine
impregnee de marxisme, qu'il appliqua a la culture de cereales. Les modifica-
tions de rendement, de morphologie et meme d'espece ne dependaient pas,
d'apres lui, de la selection des graines apres mutation, mais de 1'exposition des
plantes a des environnements definis. En 1950, il en etait arrive a pretendre
transformer le ble en seigle. LYSSENKO, soutenu par le pouvoir politique, pro-
clamait en 1938 : "les morganistes (partisans de MORGAN) se figurent 1'heredite
des organismes comme une substance a part. Us divisent cette substance en
particules, en corpuscules. Or, la substance de 1'heredite a ete imaginee par eux.
Elle n'existe pas... Us ont attribue aux corpuscules imaginaires de 1'heredite la
propriete miraculeuse de s'accroitre, de se multiplier des millions de fois sans se
modifier... Notre fac.on de voir, celle des darwiniens est tout autre. Nous
partons du fait que les conditions d'existence, les conditions d'education de
1'organisme vegetal retentissent plus ou moins sur le comportement des
descendants des plantes". Dans un discours prononce en 1953 a Moscou, parlant
des lois de M E N D E L , LYSSENKO declarait: "la disjonction mendelienne
s'operant selon le rapport de 3/1 est une chimere. Si j'attaque aussi violemment
la loi de MENDEL, ajoutait-il, c'est avant tout que cette loi me gene beaucoup
dans mon travail qui, en 1'occurrence est d'ameliorer les semences des cereales".
Les allocutions de LYSSENKO dont sont tirees ces lignes furent publiees dans un
ouvrage traduit en frangais sous le titre Agrobiologie. Elles montrent le degre
d'errement que peut atteindre 1'ajustement d'une theorie scientifique a une
doctrine sociologique ou economique, en 1'occurrence, ici, le marxisme, pour

cornplaire aux autorites politiques du pays. L'agrement reconnaissant de ces
autorites valut a LYSSENKO les plus grands honneurs et a ses opposants la
deportation. Les idees de LYSSENKO furent mises en pratique jusque dans les
annees 1970 malgre des rendements agricoles desastreux qui auraient du attirer
1'attention des autorites politiques s'ils n'avaient fait 1'objet de comptes rendus
truques. Autre aspect de 1'opposition de LYSSENKO a la genetique de 1'ecole
americaine de MORGAN : 1'adhesion sans appel au principe d'utilitarisme selon
lequel le travail des chercheurs scientifiques doit viser a accroitre le bien-etre de
la societe. Face a une recherche orientee vers une amelioration des rendements
cerealiers, a quoi pouvaient bien servir les analyses statistiques de MORGAN sur
la couleur des yeux et la longueur des ailes de milliers de mouches ? L'eclosion
de la biologie moleculaire, fondee sur une alliance de la genetique et de la
biochimie, avec ses multiples et spectaculaires retombees, se chargea d'apporter
un dementi cinglant au lyssenkisme.
La deviation des principes intangibles de la connaissance scientifique est
. devenue preoccupante du fait meme de I'accroissement prodigieux des moyens
de communication qui livrent en vrac une multitude d'informations sans le
necessaire tri pedagogique. Mis en face des aspects fondamentaux et appliques
de la recherche biologique, le public donne sa faveur a 1'application en mecon-
naissant, souvent de fagon deliberee, la fac,on dont 1'application a resulte d'expe-
riences de nature fondamentale. L'opinion publique, prise a temoin par le
pouvoir politique, relayee par les moyens de plus en plus developpes de la
mediatisation, devient inconsciemment un arbitre dans les enjeux scientifiques
des nations. L'aspect utilitaire a rendement rapide est privilegie sur 1'aspect
fondamental dont les resultats sont souvent aleatoires, jamais immediats.
L'histoire de la biologie est riche d'enseignements qui valent pour le futur. De
1'etat embryonnaire ou elle stagnait, il y a trois ou quatre siecles, la recherche
en biologie a allegrement franchi le cap de 1'adolescence, portant en elle une
puissance d'exploration qui se mesure a la somme impressionnante des connais-
sances acquises dans les dernieres decennies. Mais elle porte aussi en elle des
responsabilites du fait de ses retombees souvent benefiques, parfois contestables
dans le domaine des applications qu'utilise la societe humaine avec des conse-
quences a longue echeance sur revolution du vivant. Andre LWOFF rappelait
dans Jeux et Combats (1981) ce que pensait le philosophe Julien BENDA de la
science, et qui peut constituer une maniere de credo pour la biologie : "la
science a une valeur educative par sa methodologie qui oblige a un constant
examen, a une constante remise en question, a un constant renoncement aux
erreurs, a un continuel combat contre des entramements passionnels".
BlBLIOGRAPHIE
Le present ouvrage a ete redige a partir de documents provenant de sources

primaires ainsi que de livres recents qui relatent 1'histoire de figures marquantes
de la biologie. Une liste de references est donnee pour chacun des chapitres. En
annexe a ete ajoutee une liste de livres moins specialises sur 1'histoire de la
biologie ainsi qu'une selection restreinte de traites a partir desquels le lecteur
pourra faire le point sur les acquis actuels en biologie cellulaire, biologie
moleculaire et metabolisme cellulaire.
CHAPITRE I - LES ARTISANS DES THEORIES DE DEVOLUTION

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CHAPITRE II - LES ORIGINES DE LA BIOLOGIE CELLULAIRE

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CHAPITRE III - LES ORIGINES DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE

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CHAPITRE IV - LES RACINES DU METABOLISME CELLULAIRE

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GOHAU G. Biologie et Biologistes. 1978, Magnard, Paris.
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BIBLIOGRAPHIE 439
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ROUSSEAU P. Histoire de la science. 1945, Fayard, Paris.
SCHRODINGER E. What is life ? 1944. Reimpression 1995, Cambridge University
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SINGER C. Histoire de la biologic. Traduction franchise 1934, Payot, Paris.
En dehors des sources referencees ci-dessus, on trouvera dans des revues

cornme La Recherche et Pour la Science, ou encore Science et Vie et Science et
Avenir, des articles de haute tenue scientifique sur 1'histoire de la Biologic.
Documentation (restreinte) sur les acquis recents en biochimie,

biologie cellulaire et biologie moleculaire
ALBERTS B., BRAY D., LEWIS J., RAFF M., ROBERTS K. & WATSON J. Molecular
Biology of the Cell. 3e edition 1994, Garland Publ. Inc.
BOREL J.P. & STERNBERG M. Biochimie et Biologie Moleculaire illustrees. 2000,
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PURVES W., ORIANS G. & HELLER C. Le monde du vivant. Traite de Biologie.
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SINGER M. & BERG P. Genes and Genomes. 1991. Traduction francaise 1992,
Vigot, Paris.
STRYER L. Biochemistry. 4e edition 1995, Freeman and Cie, New York.
INDEX DES AUTEURS
AVERY Oswald (1877 -1955)

ABBE Ernst (1840 -1905) II-5.1 III-4.2.1, III-4..2.3, III-4.2.4, III-9
ABDERHALDEN Emil (1877 -1950) AVICENNE (980 -1037) IV-1.2
m-2.1.1, m-5.1 AVOGADRO Amadeo (1776-1856)
ABEL John (1857 -1938) IV-4.1 III-1.2, IV-2.5, IV-3.2
ADAMKIEWICZ Albert (1891 -1973) ffl-1.2.2
ADANSON Michel (1727 -1806) 1-2.2 6
ADDISON Thomas (1793 -1860) B ACH Aleksei (1857 -1943) IV-8.1
1-2.2, IV-4.1 B ACHELARD Gaston (1884 -1962) V-l
AGASSIZ Louis (1807 -1873) 1-5.2,1-6.5 BACON Roger (1214 -1294) IV-1.2
AGRICOLA (de son vrai nom Georg BAUER) B AER Karl Ernst von (1792 -1876)
(1494 -1555) IV-2 II-5.7, II-6.1
ALDER Kurt (1902 -1958) 1-8.4 B AEYER Adolf von (1835 - 1917)
ALDRICH Thomas (1861 -1938) IV-4.1 III-1.2.2, IV-6.2, IV-7.1.5, IV-8.2, V-3
ALEMBERT Jean d' (1717 -1783) 1-3 B ALBIANI Edouard (1825 -1899)
ALTMAN Sidney (n. 1939) III-8.1 II-5.2, III-1.1.5
ALTMANN Richard (1852 -1900) BALTIMORE David (n. 1938) III-8.1
II-5.5, II-8.2.1, III-1.3.1 BANTING Frederick (1891 -1941) IV-4.1
AMICI Giovanni Battista (1786 -1863) II-4 B ARCROFT Joseph (1872 -1947) III-3.4
ANAXAGORE (500 - 428 av. J.C.) IV-1.1 B ARSKI Georges (1909 -1985) II-8.4
ANAXIMANDRE (611 - 517 av. J.C.) 1-1.1 B ARTHEZ Paul-Joseph (1734 -1806) 1-1.1
ANFINSEN Christian (1916 -1995) B ARY Anton de (1831 -1888) III-4.1
III-3.3, IV-7.2.3 BATES Henry 1-6.1
APPERT Francois (1749 -1841) II-7.1 B ATESON William (1861 - 1926)
AQUAPENDENTE Fabrice (de son vrai nom 1-6.6, m-i.i.2, m-i.1.3, m-i.i.5, m-4
FABRIZZI Jacques) (1537 -1619) IV-2 BAUER Georg (dit AGRICOLA) (1494 -1555)
AQUIN Thomas d1 (1225 -1274) 1-1.1 IV-2
ARBER Werner (n.1929) III-8.2 B AUMANN Eugene (1846 -1896) IV-4.1
ARISTOTE (384 - 322 av. J.C.) BAUME Antoine (1728 -1804) II-3
1-1.1,1-2, IV-1.1,1 V-1.2 B AYLISS William (1860 -1924) IV-4.1
ASCHOFF Ludwig (1866 -1942) IV-7.2.2 B EADLE George (1903 - 1989)
ASCOLI Albert (1877 -1957) III-1.3.1 III-4, III-4.1, III-4.2.3
ASTBURY William (1898 -1961) BECKER Jean-Joachim (1635 -1682) IV-2.2
III-1.2.6, III-2, III-2.2, III-2.2.2 BEHRING Emil von (1854 -1917)
ASTRACHANLazarus (n. 1925) III-6.2 II-7.3.2, III-3.1
ATWATER Wilbur (1844 -1907) IV-3.7 B EIJERINCK Martinus (1851 -1931)
AVERRHOES (1120 -1198) IV-1.2 II-7.3.5, II-7.5
BELITZER Vladimir (1906 -1988) IV-8.6
BELL Charles (1774 -1842) IV-4.1 BOUSSINGAULT Jean-Baptiste (1802 -1887)

B ELL Paul (n. 1914)111-2.1.1 III-1.2, IV-3.3, IV-3.4, IV-3.5, IV-3.6
B ELON Pierre (1517 -1564) 1-2 BOVERI Theodor (1862 -1915) II-5.2, II-5.3,
BENDACarl (1857 -1933) II-5.5 II-5.4, II-6.3, II-8.2.3, III-1.1.4, V-l
B ENDA Julien (1857 -1956) V-4 BOYER Herbert (n. 1936) III-9
BENEDICT Stanley (1884 -1936) IV-3.7 B OYER Paul (n. 1918)111-9
BENSLEY Robert (1867-1956) II-8.2.1 BOYLE Robert (1626 -1691)
BENZER Seymour (n. 1941) III-6.5 IV-1.2, IV-2.1, IV-3.1, IV-3.2
BERG Paul (n. 1936) III-9, IV-7.1.1 BRACKET Jean (1909 -1988) II-5.5, III-4.2.1
BERGMANN Max (1886 -1944) III-1.2.8 BRACONNOT Henri (1780 -1855) III-1.2.2
BERNAL John (1901 -1971) III-1.2.6, III-2, BRAGG William Henry (1862 -1942)
III-2.2, III-2.2.1,111-2.2.2, IV-7.1.5 III-2, III-2.2
BERNARD Claude (1813 -1878) BRAGG William Lawrence (1890-1971)
II-3, II-5.7, II-10-3, IV-3, IV-3.5, 111-2, III-2.2, III-2.2.1, III-2.2.2
IV-3.6, IV-4.1, IV-5, V, V-l, V-3, V-4 BRAUNSTEIN Aleksander (1902-1986)
B ERNARDIN DE SAINT-PlERRE Jacques IV-7.2.3
Henri (1737 -1814) 1-5.1 B RENNER Sidney (n. 1927) III-6.2
B ERTHOLD Arnold (1803 -1861) IV-4.1 BREWSTER David (1781 -1868) II-4
BERTHOLLET Claude (1748 -1822) II-3, BRIDGES Calvin (1889 -1938)
III-1.2, IV-2.2., IV-2.5, IV-3.2, IV-3.3, V-3 III-1.1.4, III-1.1.5
BERTRAND Gabriel (1867 -1962) III-1.2.7 B RiSSEAU-MiRBEL Charles Francois
BERZELIUS Jons (1779 -1848) (1776 - 1854) II-4.1, V-l
III-1.2, III-1.2.1, III-3.1, IV-3.2, IV-6.1 BROMEL Heinz (1914 -1942) IV-6.5
BEST Charles (1899 -1978) IV-4.1 BROWN Robert (1773 -1858) 1-6.1, II-4.1
BICHAT Xavier (1771 - 1802) BUCHER Theodor (n. 1914) IV-6.5
1-1.1, II-3, II-4.4, II-8.2.3, V BUCHNER Eduard (1860-1917)
BIOT Jean Baptiste (1774 -1862) IV-6.3 IV-6.2, IV-6.5, IV-8.2
BISHOP Michael (n. 1936) III-9 BUCHNER Hans (1850 -1902) IV-6.2
BJERRUM Niels (1879 -1958) III-1.2.7 BUFFON Georges Louis LECLERC de
BLACK Joseph (1728 -1799) II-3, IV-2.3 (1707-1788)1-1.3,1-3.1,
BLAINVILLE Henri-Marie de (1777 -1850) 1-3.2,1-4.1, II-3, V-3
1-3, II-3 BUNGE Gustav (1844 -1920) IV-3.4, IV-4.2
B LOBEL Giinther (n. 1936) II-10.1 BUNSEN Robert (1811 -1899) IV-3.4, IV-8.3
BLOCH Felix (1905 -1983) III-2 BURNET Frank (1899 -1985) II-7.3.3, V-2
BLOCH Konrad (1912 - 2000) IV-7.3 BUTENANDT Adolf (n. 1903) IV-7.1.5
BOEHRAAVE Herman (1668 -1738) II-2.2
BOHR Niels (1885 -1962) III-1.1.5 C
BOIVIN Andre (1895 -1949) LII-4.2.1 C ABANIS Pierre (1757 - 1808) 1-4.1
BONNER David (1916 -1957) III-4.1 CAGNIARD-LATOUR Charles (1777 -1859)
BONNET Charles (1720 -1793) II-7.2, IV-6.1
1-3, II-2.2, II-6.1 CAIRNS Johns (n. 1924) III-2.2.2, III-4.2.6
BONNIER Gaston (1853 -1922) II-4.4 CALVIN Jean (1509 -1564) IV-2
BORSOOK Henry (1897 -1984) III-5.1 CALVIN Melvin (1911 -1997) IV-6.6
CANDOLLE Augustin de (1778 -1841) 1-2.1
INDEX DES AUTEURS 443
CANNIZZARO Stanislao (1826 -1910) IV-3.2 CORI Gerty (1896 - 1957)

CANNON Walter (1871 -1945) II-10.2, IV-6.4, IV-6.5, IV-6.7, V-3
II-10.3, IV-3.6 CORNFORTH John (n. 1917) IV-7.3
CARREL Alexis (1873 -1944) II-8.3, V-3 CORRENS Carl (1864 - 1933) III-1.1.2
CARTIER Jacques (1491 -1557) IV-4.2 COULOMB Charles-Auguste (1736 - 1806)
CASPERSSON Torbjon (n. 1910) II-3
II-5.5, III-4.2.1 CRICK Francis (n. 1916)
CAULLERY Maurice (1868 -1958) II-4.4 III-2, III-2.2.2, III-6.2, III-6.4, V-l
CAVENDISH Henry (1731 -1810) CUENOT Lucien (1866 - 1951)
II-3, IV-2.3, IV-2.5 II-4.4, III-1.1.2
CAVENTOU Joseph (1795 -1877) CURIE Marie (1867 - 1934) V-3
II-5.1, IV-3.2 CURTIUS Theodor (1857 - 1928) IV- 6.2
CECH Thomas (n. 1947) III-8.1 GUSHING Harvey (1869 - 1939) IV-4.1
CESALPINO Andrea (1519 -1608) 1-2 CUVIER Georges (1769 - 1832)
CHABRY Laurent (1855 -1894) II-6.3 1-2.2, 1-3.2, 1-4.1, 1-5.1, 1-5.2
CHAIN Ernst (1906 -1979) II-7.3.4
CHAMBERLAND Charles (1851 -1908) II-7.5 D
CHANCE Britton (n. 1913) IV-8.4 DAKIN Henry (1880 - 1952)
CHANGEUX Jean-Pierre (n. 1936) III-3.4
CHANNON Harold (1897 -1979) IV-7.3 DALE Henry (1875 - 1968) II-5.6
CHARGAFF Edwin (n. 1905) DALTON John (1766 - 1844)
111-2.2.2, III-4.2.3 III-1.2, IV-2.5, IV-3.2
CHASE Martha (n. 1927) III-4.2.3 DANIELLI James (1911 - 1984) II-9.2
CHEVREUL Eugene (1786 -1889) DARWIN Charles (1809 - 1882)
m-1.2, IV-2.1, IV-3.2, IV-4.2, IV-7.1.5 1-1.1, 1-3, 1-3.1, 1-4.1, 1-6, 1-6.1, 1-6.2,
CHIBNALL Charles (1894-1988) III-2.1.1 1-6.3, 1-6.4, 1-6.5, 1-6.6, 1-6.8, 1-7.1, II-5.7,
CHRISTIAN Walter (1907 -1955) IV-8.4 11-6.2, m-i.i.2, m-i.i.3, m-9, v-i, v-4
CLAUDE Albert (1889 -1983) DAUBENTON Louis (1716 - 1800) 1-3.1, 1-5.1
II-8.1, II-8.2, II-8.2.1, II-8.2.2 DAUSSET Jean (n. 1916) II-7.3.3, V-3
COHEN Seymour (n. 1917) IV-6.6 DAVAINE Casimir (1812 - 1882) II-7.3.1
COHEN Stanley (n. 1922) IV-4.1 DAVY Humphrey (1778 - 1829) IV-3.2
COHEN Stanley Norman (n. 1933) III-9 DAWKINS Richard ( n. 1941) 1-8.4
COHN Edwin (1892 -1953) III-2 DE DUVE Christian (n. 1917)
COHN Ferdinand (1828-1898) 1-1.1, MO, II-8.2.2, IV, IV-6.1, V-3
II-5.7, II-7.1, II-7.3, II-7.3.1, III-1.2.3 DEGRAAF Reinier (1641 - 1673) II-2.2, V-4
COHN Melvin (n. 1922) III-7.2 DE VRIES Hugo (1848 - 1935)
COLOMB Christophe (1451 -1506) IV-2 1-6.6, II-5.5, III-1.1.2, III-1.1.3, III-1.1.5
COMTE Auguste (1798 -1857) II-4.4 DELAGE Yves (1854 - 1920)
CONSDEN Raphael (n. 1911) III-2 II-4.4, II-5.4, II-5.5, V-3
COPERNIC Nicolas (1473 -1543) 1-1.1 DELBRUCK Max (1906 - 1981)
COREY Robert (1897 -1971) III-1.1.5, III-4.2.2, III-4.2.3, III-7.1
III-2, III-2.2, III-2.2.1, III-2.2.2 DEMOCRITE (460 ~ 370 av. J.C.) 1-1.1, IV-1.1
CORI Carl (1896 -1984) DENIS Prosper Sylvain (1789 - 1863)
II-10.2, IV-6.4, IV-6.5, IV-6.7, V-3 III-1.2.4
DESCARTES Rene (1596 -1650) 1-1.1, II-2.1 EPHRUSSI Boris (1901 -1979)
DESSAULT Pierre Joseph II-3 III-1.1.5, III-4.1
DEVAUX Henri (1862 -1956) II-4.4 EPICURE (341 - 270 av. J.C.) 1-1.1
DIASCORIDES (40 - 80) 1-2 ERLENMEYER Emil (1825 -1909) IV-3.4
DICKENS Frank (1899 -1986) IV-6.6 ERNST Robert (n. 1933) III-2
DIDEROT Denis (1713 -1784) 1-3 ESCHERICH Theodor (1857-1911) II-7.4
DIELS Otto (1876 -1954) 1-8.4, IV-7.1.5 EULER Hans von (1873 -1964) IV-8.4
DOBZHANSKI Theodosius (1900 -1975) EVANS Herbert (1882 -1971) IV-4.2
1-7.1, III-1.1.5
DOLLOND John (1706-1761) II-4 F
DOMAGK Gerhard (1895 -1964) II-7.3.4 FABRIZZI Jacques (dit AQUAPENDENTE
DONNAN Frederick (1870 -1956) III-1.2.7 Fabrice) (1537 - 16519) IV-2
DOPPLER Christian (1801 -1853) III-l.l.l F ALLOPE Gabriel (1523 - 1562) IV-2
DRIESCH Hans (1867 -1941) II-6.3 FEULGEN Robert Joachim (1884-1955)
DRUMMOND Jack (1891 -1952) IV-4.2 II-.8, III-1.1.5, III-1.3.1, III-4.2.1
Du BOIS-REYMOND Emil (1818 -1896) FiLDES Paul (1882 -1971) III-4.1
1-1.1, IV-3.6, IV-4.1 FISCHER Edmund (n. 1920) II-10.2, IV-9.2,
DUBNOFF Jacob (1909 -1972) III-5.1 FISCHER Emil (1852-1919)
DUJARDIN Felix (1801 -1860) II-4.1 III-1.2.2, III-1.2.5, III-1.3.1,
DULBECCO Renato (n. 1914) III-8.1 m-i.3.2, m-2.1.1, m-3.1, m-3.2,
DUMASjean-Baptiste (1800 - 1884) III-1.2, IV-6.2, IV-6.3, IV-7.1.5, IV-8.2, V-3
IV-3.2, IV-3.3, IV-3.4, IV-3.5, IV-3.6 FISHER Ronald (1890 -1962) 1-7.1
DUTROCHET Henri (1776 -1847) FiSKE Cyrus (1890-1978) IV-6.5
II-4.1, II-4.3, II-9, V-l Frrz-RoY Robert (1805 -1865) 1-6.1
FLEMING Alexander (1881 -1955) II-7.3.4
E F LEMMING Walther (1843 - 1905)
EARLE Wilton (1902 -1964) II-8.3 II-5.2, m-1.1.4, III-1.3.1
ECKERMANN Johann Peter (1792 -1854) FLETCHER Walter (1873 -1933) IV-6.5
1-5.2 FLOREY Howard (1898 -1969) II-7.3.4
EDELMAN Gerald (n. 1929) II-7.3.3 FLOURENS Pierre (1794 -1867) IV-4.1
EGGLESTON Leonard (1920 -1974) IV-8.5 FOLIN Otto (1867 -1934) III-3.2, IV-7.2.2
EGGLETON Grace (1901 -1970) IV-6.5 FOLKENS Karl (1906 -1997) IV-7.3
EGGLETON Philip (1903 -1954) IV-6.5 FONTANA Felice (1730 -1805) II-4.1
EHRLICH Paul (1854 -1915) FONTENELLE Bernard de (1657 -1757) 1-3.2
II-7.3.2, II-7.3.4, III-1.2.3, III-3.1, IV-8.1 FOURCROY Antoine de (1755 -1809)
EIJKMAN Christian (1858 - 1930) IV-4.2 1-5.1, II-3, III-1.2, III-1.2.2,
EINSTEIN Albert (1879 -1955) III-4.2.2 IV-2.5, IV-3.2, IV-3.3
ELDREDGE Niles 1-7.3 FOURNEAU Ernest (1872 - 1949) III-1.2.5
ELVEHJEM Conrad (1901 -1962) IV-4.2 Fox Sidney (n. 1912) 1-8.2
EMBDEN Gustav (1874 -1933) FRANKLIN Benjamin (1706 -1790)
III-1.2.4, IV-6.5, IV-6.6 II-3, IV-2.4
EMPEDOCLE (490 - 438 av. J.C.) IV-1.1 FRANKLIN Rosalind (1920 -1958)
ENGELHARDT Vladimir (1894 -1971) III-2, III-2.2.2
IV- 8.6 FRIEDEL Charles (1832 -1899) V-3
INDEX DBS AUTEURS 445
FRIEDRICH Walther (1883-1968) GRAHAM Thomas (1805 -1869) III-1.2.7

III-2, III-2.2 GRAM Christian (1853 - 1935) II-7.4
FROLICH Alfred (1871 -1953) IV-4.2 GREEN David (1910 -1983)
FUNCK Casimir (1884 - 1967) IV-4.2 IV-7.1.1, IV-7.1.2, IV-7.1.4, IV-8.4
FURBERG Sven (1920 -1983) III-2.2.2 GREW Nehemia (1641 -1712) II-2.1
GRIFFITH Fred (1877-1941) III-4.2
G GRIGNARD Victor (1871 -1935) V-3
GALIEN Claude (130-200) IV-1.1, V-4 GROS Francois (n. 1925) III-6.2
GALILEI Galileo (GALILEE) (1564 -1642) GRUNBERG-MANAGO Marianne (n. 1921)
1-1.1, II-2.1 III-4.2.6, III-6.3
GALTON Francis (1822 -1911) GUILLEMIN Roger (n. 1924) IV-4.1
1-6.6,1-6.8, V-4 GUILLERMOND Alexandre (1876 -1945)
GAMOW Georges (1904-1968) III-6.2, III-6.4 II-4.4
GARNIER Charles (1875 -1958) II-5.5 GOLDBERG Cato (1836 -1902) IV-3.7
GARROD Archibald (1857 -1936) GUNSALUS Irwin (n. 1912) IV-8.5
III-1.1.2, III-4, IV-10 GUTENBERG Johannes (1394 -1465) IV-2
GAY-LUSSAC Joseph (1778 -1850) GUYENOT Emile (1885 -1963) II-4.4
III-1.2, IV-2.5, IV-3.2, IV-3.4, IV-6, V-3 GUYTON DE MORVEAU Bernard
GAZA Theodore (1398 -1478) 1-2 (1737 -1816) IV-2.5
GEBER (n. vers 800) IV-1.2 GYORGI Paul (1896 -1976) IV-4.2
GEOFFROY Etienne-Francois (1672 -1731)
IV-2.2 H
GEOFFROY SAINT-HILAIRE Etienne HAECKEL Ernst (1834 -1919)
(1772 -1844) 1-2,1-3.1,1-4.1,1-5.1,1-5.2 1-6.5, II-l.l, II-5.5, II-6.2, II-6.3, III-1.2.3
GERHARDT Charles-Frederic (1816 -1856) FlAHN Martin (1865 -1934) IV-6.2
III-1.2, III-1.2.1, IV-3.2, IV-3.4, IV-7.1.1 HALDANE John B.S. (1892 -1964)
GERLACH Joseph (1820 -1896) 1-7.1,1-8, III-4
II-4.4, II-5.1, II-5.6 HALLE Jean-Noel (1755 -1822) IV-3.3
GESNER Conrad (1516 -1565) 1-2 HALLER Albert von (1708 -1777)
GIBBS Willard (1839 -1903) IV-3.7 II-3, II-4.2, II-6.1
GILBERT Walter (n. 1932) HAMMARSTEN Olof (1841 -1932) III-1.3.1
1-8.4, III-2.2.3, III-7.3 HARDEN Arthur (1865 -1940)
GiLMAN Alfred (n. 1941) II-10.2 IV-6.4, IV-8.4, IV-10
GMELIN Leopold (1788 -1853) IV-3.4 HARDY William (1864 -1934) III-1.2.7
GOETHE Wolfgang (1749 -1832) HARINGTON Charles (1897 -1972) IV-4.1
1-3,1-5.2, V-3 HARRISSON Ross (1870 -1959) II-6.3, II-8.3
GOLDBERGER Joseph (1874 - 1929) IV-4.2 HARTREE Edward (1910 -1993) IV-8.3
GOLDSCHMIDT Richard (1878 -1958) 1-7.3 HARTSOEKER Nicolas (1656 -1725) II-6.1
GOLGI Camillo (1844 - 1925) HARVEY William (1578 -1657)
II-5.5, II-5.6, II-8.1, II-8.2.1, II-10.1 II-2.1, IV-2, V-4
GORDON Arthur (n. 1916) III-2 HAUY Rene Just (1743 -1822) 1-3,1-5.1
GORTER Evert (1881 - 1954) II-9.1 HAYES William (1912-1994) III-4.2.4
GOSLING Raymond (n. 1926) III-2.2.2 HEGEL Georg, Wilhelm, Friedrich
GOULD Stephen (n. 1941) 1-7.3,1-10 (1770 -1831) 1-3
HELMHOLTZ Hermann (1821 -1894) HUXLEY Thomas (1825 -1895)

1-1.1, IV-3.6, IV-3.7 1-6.5, II-5.5, III-1.2.3
HENLE Jacob (1809 -1885) II-4.3 HUYGENS Christian (1629 -1695) II-2.1
HENNIG Willy (1913 -1976) 1-2.3 I
HENRI Victor (1872 -1940) III-3.1 iNGEN-Housz Jan (1730 -1799)
HENSELEIT Kurt (1907 -1973) IV-7.2.4 IV-2.3, IV-2.4, IV-2.5, IV-6.6
HENSLOW John (1796 -1861) 1-6.1 INGRAM Vernon (n. 1924) III-2.1.2
HERELLE Felix d' (1873 -1949) II-7.5 IPATIEV Aleksander (1857 -1952) IV-8.2
HERSCHEL William (1738 -1822) 1-6.1, II-3 IVANOSKI Dimitri (1864 -1920) II-7.5
HERSHEY Alfred (1908 -1997) III-4.2.3 IVANOV Leonid (1871 -1962) IV- 6.4
HERTWIG Oscar (1849 -1922)
II-4.4, II-5.2, II-5.3, III-1.1.4
HEWSON William (1739 -1774) II-9
JJACOB Frangois (n. 1920) III-4, III-4.2.4,
HILL Archibald (1886 -1977) IV-6.5 III-6.2, III-7.1, III-7.2, III-7.3, V-3
HILL Arthur Croft (1863 -1947) III-5.1 JACOBS Walter (1883 -1967)
HILL Robert (1899 -1981) IV-2.4 III-1.3.1, III-1.3.2
HiPPOCRATE (460 - 377 av. J.C.) IV-1.1 JANSSENS Frans (1863 -1924) III-1.1.5
His Wilhelm (1831 -1904) 1-6.5, II-5.6 JENNER Edward (1749 - 1823) II-7.3.2
HOAGLAND Mahlon (n. 1921) JERNE Niels (n. 1911) II-7.3.3, V-2
III-5.2, III-6.1 JOHANNSEN Wilhelm (1857-1927)
HOBBES Robert (1588 -1679) 1-1.1 III-1.1.5
HODGKIN Dorothy (1910 -1994) III-2 JOLIOT Frederic (1900 -1958) III-2, V-3
HOFMANN August (1818 -1892) II-5.1 JOLIOT-CURIE Irene (1897 -1956) III-2, V-3
HOFMEISTER Franz (1850 -1922) JONES Mary Ellen (1922 -1996) IV-7.2.4
III-1.2.4, III-1.2.5, IV-6.5 JOHNSON Arthur (1913 -1993) IV-8.5
HOFMEISTER Wilhem (1824 -1877) II-5.2 JOULE James Prescott (1818 -1889) IV-3.7
HOGEBOOM Georges (1913 -1956) II-8.2.1 JUSSIEU Antoine de (1686 -1758) 1-2.2,
HOLLEY Robert (1922 -1993) III-6.1 JUSSIEU Antoine-Laurent de (1748 - 1834)
HOLST Axel (1861 -1931) IV-4.2 1-2.2,1-4.1,1-5.1
HOOKE Robert (1635 -1703) II-2.1, II-2.2 JUSSIEU Bernard de (1699 -1777)
HOOKER Joseph (1785 -1865) 1-6.1 1-2.2, IV-8.4
HOPKINS Frederick (1861 -1947)
III-1.2.2, IV-4.2, IV-6.5, IV-7.2.1, IV-8.2, K
HOPPE-SEYLER Felix (1825-1895) KABAT Elvin (1914 - 2000) III-2
III-1.2.4, III-1.3.1, IV-8.1, IV-8.3 KALCKAR Hermann (1908 -1991) IV-8.6
HORECKER Bernard (n. 1914) IV-6.6 KAMEN Martin (n. 1913) III-2, IV-2.4
HOROWITZ Norman (n. 1915) III-4.1 KANT Immanuel (1724 -1804) 1-3
HUMBOLDT Wilhelm von (1769 - 1859) KARRER Paul (1889 -1971) IV-8.4
1-6.1 KEILIN David (1887 -1963) II-8.2.1, IV-8.3
HUNTER John (1728 -1793) II-3 KEKULE August (1829 -1896)
HUNTER William (1718 -1783) II-3 IV-3.2, IV-3.4, V-3
HURTWITZ Jerard (n. 1928) III-6.2 KENDALL Edward (1880 -1972) IV-4.1
HUXLEY Julian (1887-1975) 1-7.1 KENDREWjohn (1917-1997)
III, III-2, III-2.2.1, III-2.2.2
KENNEDY Eugene (n. 1919) L

IV-6.7, IV-7.1.1, IV-8.4 LACEPEDE Etienne de (1756 -1825) 1-3.1
KEPLER Jean (1571 -1630) 1-1.1 LAMARCK Jean-Baptiste de (1744 -1829)
KHORANA Gobind (n. 1922) III-6.4 1-1.1,1-2.2,1-3,1-3.1,1-4.1,1-4.2,
KIELMEYER Karl Friedrich (1765 -1844) 1-6.1,1-6.3,1-6.8, V, V-l, V-2
1-5.1 LANGERHANS Paul (1847 -1888) IV-4.1
KIESSLING Wilhelm (1901 -1958) IV-6.5 LAPLACE Pierre Simon de (1749 -1827)
KILIANI Heinrich (1855 -1945) IV-6.3 IV-3.1, IV-3.7
KiMURA Motoo (1924-1994) 1-7.2 LAUE Max von (1879-1960)
KING Harold (1887 -1956) IV-7.1.5 III-2, III-2.2, III-4.2.2
KIRCHOFF Gustav (1824 -1887) IV-8.3 LAURENT Auguste (1807 -1853)
KiRWAN Richard (1733 -1813) IV-2.5 III-1.2, IV-3.2
KiTASATO Shibasaburo (1852 -1931) LAVERAN Alphonse (1845 -1922) V-3
II-7.3.2, III-3.1 LAVOISIER Antoine-Laurent (1734 -1794)
KjELDAHL Johan (1849 - 1900) IV-3.4 II-3, II-7.1, III-1.2, IV-1.1, IV-2.1, IV-2.3,
KNIGHT Andrew (1759 -1838) III-l.l IV-2.4, IV-2.5, IV-3.1, IV-3.7, V-l, V-3
KNIPPING Paul (1883-1935) III-2, III-2.2 LE BEL Joseph (1847 -1930) IV-6.3
KNOOP Franz (1875 -1946) LECHATELIER (1850 -1936) V-3
IV-7.1.1, IV-7.2.4, IV-8.5 LE GRAND Albert (de BOLLSTADT)
KOCH Robert (1843 -1910) (1193-1280)IV-1.2
II-5.7, II-7.3, II-7.3.1, II-7.3.3 L'HERITIER Philippe (1906 -1997) 1-7.1
KOELREUTER Josef (1733 -1806) LEBEDEV Aleksander (1881 -1938) IV-6.5
II-6.1, III-l.l LEDERBERG Joshua (n. 1925) III-4.2.4
KOHLER Georges (1946 -1995) II-8.4 LEDERER Edgar (1908-1988) III-2
KOLBE Hermann (1818 -1884) IV-3.2 LEHN Jean-Marie (n. 1939) V-3
KOLLIKER Albert Rudolf (1817 - 1905) LEHNINGER Albert (1917 -1986)
II-4.1, II-4.3, II-4.4, II-9 IV-7.1.1, IV-7.1.2, IV-8.4
KORNBERG Arthur (n. 1918) III-4.2.6 LEIBNIZ Gottfried (1646 -1716) 1-3
KOSHLAND Daniel (n. 1920) III-3.1, III-3.4 LEJEUNE Jerome (1926 -1994) II-8.2.3
KOSSEL Albrecht (1853-1927) LELOlRLuis (1906 -1987) IV-6.7
m-1.2.8, III-1.3.1, III-1.3.2, IV-7.2.4 LEMERY Nicolas (1645 -1715)
KOSTYCHEV Sergei (1877 -1931) IV-6.5 IV-1.2, IV-2.1
KOWALESKY Vladimir (1842 -1883) II-7.3.3 LEREBOULLET Dominique Auguste
KREBS Edwin (n. 1918) II-10.2, IV-9.2 (1804 -1865) II-4.4
KREBS Hans (1900 -1980) II-8.2.1, II-8.3, LEUCIPPE (460 - 370 av. J.C.) 1-1.1.1, IV-1.1
III-4.1, IV-7.2.4, IV-8, IV-8.2, IV-8.5, V-3 LEVAN Albert (n. 1905) II-5.2
KRITZMANN Maria (1904 -1971) IV-7.2.2 LEVENE Phoebus (1869 -1940)
KUHLING Otto (1862 -1933) IV-8.4 III-1.3.1, III-1.3.2 III-2.2.2, IV-6.4
KUHN Richard (1900 -1967) IV-4.2, IV-8.4 LEVI-MONTALCINI Rita (n.1909) IV-4.1
KUHNE Wilhelm (1837 -1900) LHOMOND Charles-Francois (1727 -1794)
III-3.1, IV-3.4, IV-6.1 1-5.1
KUNITZ Moses (1887 -1978) III-3.2, III-3.3 LIEBIG Justus von (1803 - 1873)
KUTZING Friedrich (1807 -1897) II-7.2, III-1.2, III-1.2.1, III-1.3.2, IV-3.2,
II-7.2, IV-6.1 IV-3.4, IV-3.5, IV-3.6, IV-6.1, V-3
LINDERSTR0M-LANG Kai (1896 - 1959) MALTHUS Thomas Robert (1766-1834)

m-2.2.1 1-4.2,1-6.1,1-6.3
LINK Heinrich (1767 -1851) II-4.1, V-l MANGOLD Hilde (1898 -1924) II-6.3
LiNNE Carl (1707 - 1778) 1-2.1,1-2.2, II-3 MAQUENNE Leon (1853 -1925) II-4.4
LIPMANN Fritz (1899 -1986) M ARIOTTE Edme (1620 -1684) IV-2.1
IV-6.5, IV-7.1.1, IV-8.2, IV-8.6 MARSHOthniel (1831 -1899) 1-6.5
LISTER Joseph (1857-1912) II-7.3 MARTIN Archer (n. 1910) III-2
LOEB Jacques (1825 -1924) III-1.2.7 M ARTIUS Carl (1906 -1993) IV-8.5
LoEWiOtto (1873 -1961) II-5.6 MATTHAEI Johann Heinrich (n. 1929)
LOFFLER Friedrich (1852 -1915) III-6.3
II-7.3.2, II-7.5 M AUPERTUIS Pierre Louis MOREAU de
LOHMANN Karl (1898 -1978) (1648 -1759) 1-3.1,1-4.1, V-l, V-2, V-3
IV-6.5, IV-8.2, IV-8.5, IV-8.6 M AYER Robert von (1814 - 1878) IV-3.7
LUCRECE (98 - 55 av. J.C.) 1-1.1, M AYR Ernst (n. 1904) 1-7.1,1-7.3,1-10, V-l
LUDWIG Carl (1816 - 1895) MCCARTY MacLyn (n. 1911)
1-1.1, III-1.3.1, IV-3.6, IV-4.1, IV-5 III-4.2.1, III-4.2.3, III-4.2.4, III-9
LUNDSGAARD Einar (1899 -1968) McCLlNTOCK Barbara (1902 -1992)
IV-6.5, IV-7.1.3 1-9.4, III-4.2.5
LUMN Nikolai (1853 - 1937) IV-4.2 McCOLLUM Elmer (1879 - 1967) IV-4.2
LURIA Salvador (1912 -1991) McFADYEN Allan (1860 -1907) IV-6.4
III-2.2.2, III-4.2.3 McMuNN Charles Alexander
LUSK Graham (1866 - 1932) IV-7.2.1 (1852 - 1911) IV-8.3
LWOFF Andre (1902-1994) M ECKEL Johann (1785 -1833) II-6.2
III-7.1, III-7.2, V-3, V-4 MEDAWAR Peter (1915 -1987) II-7.3.3
LYELL Charles (1797 -1875) 1-4.1,1-6.1 MEDICUS Casimir (1736 -1808) 1-1.1
LYNEN Feodor (1911 -1979) 1-8.3, IV-7.1.1 MENDEL Benedict (1872 -1931) IV-7.2.2
LYSSENKO Trofim (1898 -1976) MENDEL Gregor (1822 -1884)
1-6.8, III-1.1.5, V-4 1-1.1,1-4.1,1-6.6,1-6.8, II-5.7, III-l.l.l,
m-i.i.2, m-i.i.3, ni-i.i.4, m-i.i.5,
M III-4, III-9, V, V-l, V-4
MACHEBOEUF Michel (1900-1953) III-2 MENDELEIEV Dmitri (1834 -1907) IV-3.2
MACLEOD Colin (1909 -1972) MENTEN Maud (1879 -1960) III-3.1
III-4.2.1, III-4.2.3, III-4.2.4, III-9 M BRING Joseph von (1849 -1908)
MACLEOD John (1876 -1935) IV-4..1 IV-4.1, IV-7.2.1
MACQUER Pierre-Joseph (1716 -1784) MERRIFIELD Robert Bruce (n. 1921) III-3.2
II-3, IV-2.5 MESELSON Matthew (n. 1930)
MAGENDIE Frangois (1783 -1855) III-2.2.2, III-6.2
IV-3.2, IV-3.6, IV-4.1, IV-7.2.1, V-4 METCHNIKOFF Elie (1845 -1916)
MAGNUS Heinrich (1802 -1870) IV-3.1 II-7.3.2, II-7.3.3, V-l
M AILLET Benoit de (1656 -1738) 1-3.1 MEYER Jean de (1878 -1934) IV-4.1
M ALEBRANCHE Francois Nicolas MEYERHOF Otto (1884 -1951)
(1638 -1715) II-6.1 IV-6.5, IV-6.6, IV-8.2
MALPIGHI Marcello (1628 -1694) MICHAELIS Leonor (1875 -1949)
II-2.1, II-5.5 II-5.5, II-8.2.1, III-3.1
MIESCHER Johann Friedrich NlCOLSON Garth II-9.2

(1844-1895) III-1.3.1, III-9 NIEMANN Carl (1908 -1964)
MILLER Stanley (n. 1930) 1-8.2 III-1.2.8, III-2.1.1
MILLON Auguste (1812-1867) III-1.2.2, NiRENBERG Marshall (n. 1927)
M ILSTEIN Cesar (n. 1927) II-8.4 III-6.3, III-6.4
MiNKOWSKi Oscar (1858 - 1895) IV-4.1 NOLLET Jean-Antoine (1700 -1770) II-3
MIRSKY Alfred (1900 -1974) III-1.3.1 NORTHROP John (1891 -1987)
MITCHELL Peter (1920 -1992) IV-9.1, V-l III-3.2, III-4.2.3
MiTCHOURiNE Ivan (1855 - 1935) 1-6.8 NOVIKOFF Alexander (1907 -1987) II-8.2.2
MOHL Hugo von (1805 -1872) II-4.1
MoiSSAN Henri (1852 -1907) V-3 O
MONOD Jacques (1910-1976) OCHOA Severe (1905 -1993)
1-2,1-10, III-3.4, III-6.2, III-6.5, III-4.2.6, III-6.3, IV-6.5, IV-8.6
III-7.1, III-7.2, III-7.3, V-3 OGSTON Alexander (1911 -1996) IV-8.5
MOORE Stanford (1913 -1982) OKASAKiReiji (1930 - 1975) III-4.2.6
III-2, ffl-2.1.1, III-3.3 OKEN Lorenz (1779 -1851) 1-3, II-4.1
MORGAGM Giovanni (1682 -1771) II-3 OLIVER George (1841 -1915) IV-4.1
MORGAN Thomas Hunt (1866 -1945) OPARIN Aleksander (1894 -1980) 1-8
1-6.8,111-1.1.4,111-1.1.5, OPIE Eugene (1873 -1971) IV-4.1
III-4.1, III-4.2.3, V-l, V-4 ORBIGNY Alcide d' (1802 -1857) 1-5.2
MULDER Gerrit (1802 -1880) III-1.2.1 OSBORNE Thomas (1859 -1929) IV-7.2.2
MULLER Hermann (1890 -1967) OUDIN Jacques (1908 - 1985) II-7.3.3
III-1.1.4, III-1.1.5, III-4.1, III-4.2.2 OVERTON Ernst (1865 -1933) II-9
M ULLER Johannes (1801 -1858) OWEN Richard (1804 -1892) 1-6.5
1-6.5, II-4.2, II-4.3, IV-3.2, IV-3.6
MULLIS Kary (n. 1944) III-9 P
MURPHY James (1884 -1950) II-7.3.3 PAINTER Theophilus (1889 -1969) III-l.l.5
PALADEGeorges (n. 1912)
N II-5.5, II-8.1, II-8.2.1, II-8.2.2, II-10.1
NACHMANSON David (1899 -1983) PALISSY Bernard (1510 -1590)
IV- 6.5, IV-7.1.1 1-2,1-3.2, IV-2
NAGELI Wilhelm (1817 -1891) PANDER Heinrich Christian
III-l.l.l, IV-6.2 (1794 -1865) II-3, II-6, II-6.1
NATHANS Daniel (n. 1928) III-8.2 PARACELSE (Philippus Aureolus
NAUDIN Charles (1815 -1899) III-l.l Theophrastus Bombastus von
NEEDHAM John (1713 -1781) II-3, II-7.1 HOHENHEIM (1493 - 1541) IV-1.2
NEGELEIN Erwin (1897 -1979) PARDEE Arthur (n. 1921) II-10.3, III-7.2
IV-6.5, IV-8.3 PARE Ambroise (1517 -1590) IV-2
NEUBAUER Otto (1874 -1957) PARNAS Jacob (1884 -1949) III-1.2.4, IV-6.5
IV-6.5, IV-7.2.3, IV-8.2 PASTEUR Louis (1822 -1895)
NEUBERG Carl (1877 -1956) 1-8, II-5.7, II-7.1, II-7.2, II-7.3,
III-1.2.4, IV-6.4, IV-6.5, IV-8.5 II-7.3.1, II-7.3.2, III-3.1, IV-6.1,
NEWTON Isaac (1642 -1727) IV-6.2, IV-6.3, IV-8, V-l, V-3, V-4
1-3,1-3.1, II-2.2, IV-1.2, V-3,V-4 PATIN Guy (1602 -1672) IV-2
PAULING Linus (1901 -1994) III-2, RAMON YCAJAL Santiago (1852 -1934)
m-2.1.2, III-2.2, m-2.2.1, III-2.2.2, V-2 II-5.5, II-5.6
PAYEN Anselme (1795-1871) III-3.1, IV-3.6 RAOULT Frangois (1830 -1901) V-3
PEKELHARING Cornells (1848 -1967) IV-4.2 RASPAIL Francois-Vincent (1794 -1878)
PELLETIER Pierre (1788 -1842) II-5.1, IV-3.2 II-4.1, II-4.3, V-l
PELOUZE Theophile (1807 -1867) IV-3.6 RATNER Sarah IV-7.2.2, IV-7.2.4
PERKIN William (1838 -1907) II-5.1 RAY John (1627 -1705) 1-2.1
PERSOZ Jean-Franc.ois (1805 -1868) REAUMUR Rene-Antoine (1683 -1757)
m-3.1, IV-3.6 1-2.2, III-3.1
PERUTZ Max (n. 1914) REDI Franscisco (1626 -1697) II-7.1, V-l
III-2, m-2.2.1, III-2.2.2 REED Lester (n. 1925) IV-8.5
PETERS Rudolph (1889 -1982) REED Walter (1851 -1902) II-7.5
IV-8.5, IV-8.6, IV-9 REICHERT Karl (1811 -1883) II-4.3
PETRI Richard (1852 -1921) II-7.3.1 REMAK Robert (1815 -1865) II-4.1, II-4.3,
PFLUGER Eduard (1829 -1910) II-4.4, II-5.2, II-6.1, V-l
IV-3.1, IV-4.1 REY Jean (1583 -1645) IV- 2.1
PHILLIPS David (1924 -1999) III-3.2 RiCHET Charles (1850 -1935) II-7.3.3, V-3
PLANCK Max (1858 -1947) III-4.2.2 RITTENBERG David (1906-1970)
PLATON(428-348av.J.C.) III-2, III-5.1, IV-7.2.2, IV-7.3
1-1.1, IV-1.1, IV-2.1 RITTHAUSEN Heinrich (1826 -1912)
PLINE L'ANCIEN (23 - 73) IV-1.1 in-1.2.4
POPJAK Georges (n. 1914). IV-7.3 ROBIN Charles (1821 -1885) II-4.4, II-5.3
PORTER Keith (1912 -1997) II-8.1 ROBINSON Robert (1886 -1975) IV-7.1.5
PORTER Rodney (1917 -1985) II-7.3.3 ROBISON Robert ,(1883 - 1941) IV-6.4
PORTIER Paul (1866 -1962) II-7.3.3 RODBELL Martin (n. 1925) II-10.2
POUCHET Casimir (1800-1872) II-7.1 RONDELET Guillaume (1507 -1556) 1-2
PREGL Fritz (1869 -1930) IV-3.4 ROSE William (1887 -1985) IV-7.2.1
PRIESTLEY Joseph (1733 -1804) ROSENHEIM Otto (1871 -1955) IV-7.1.5
II-3, IV-2.3, IV-2.4, IV-2.5, IV-6.6 ROUELLE Guillaume-Frangois
PROUST Joseph Louis (1754 -1826) II-3 (1703 - 1770) II-3, HI-1.2
PROUT William (1785 -1850) IV, IV-3.2 ROUELLE Hilaire Martin (1718 -1779)
PRUSINER Stanley (n. 1942) III-2.2.1 III-1.2,
PTOLEMEE (90 -168), 1-1.1 ROUS Peyton (1879 -1970) II-7.5
PURCELL Edward (1912 -1997) III-2 Roux Wilhelm (1850 -1924)
PYTHAGORE (6e siecle av. J.C.) IV-1.1 II-5.2, II-5.7, II-6.3, II-8.3
RUBEN Samuel (1913 -1943) III-2, IV-2.4
Q
QUASTEL Juda (1899 -1987) IV-8.5
RUBNER Max (1854 - 1932) IV-3.7
RUDOLPHI Asnund (1771 -1832) II-4.1, V-l
RUZICKA Leopold (1887 -1976) IV-7.3
R
RABELAIS Francois (1517 -1590) IV-2
RACKEREphrai'm (1913 -1991) IV-6.6 SABATIER Paul (1857 -1952) IV-8.2, V-3
RAMON Gaston (1886 -1963) II-7.3.2 SAGERET Augustin (1763 -1851) III-l.l
SAINT-CLAIRE DEVILLE Henri (1818 -1881) SJOSTRAND Fritiof (n. 1912) II-8.2.1
V-3 SKOU Jens (n. 1918) II-10.3
SANGER Frederick (n. 1918) SMITH Hamilton (n. 1931) III-8.2
HI-2.1.1, III-2.2.3, IV-4.1 SMITH William (1769 -1839) 1-3.2
SAUNDER Bernard (1903 -1983) III-2.1.1 SNELL Esmond (n. 1914) III-4.1, IV-7.2.3
SAUSSURE Theodore de (1767 -1845) S0RENSEN S0ren Peter Lauris (1868-1939)
IV-2.4 III-2
SCARPA Antonio (1752 -1832) II-3 SPALLANZANI Lazarro (1729 -1799)
SCHAFER Edward (1881 -1960) IV-4.1 II-3, II-5.5, II-7.1, III-3.1, V-l
SCHALLY Andrew (n.1926) IV-4.1 SPECTOR Leonard (n. 1918) IV-7.2.4
SCHARDINGER Franz (1853 -1920) IV-8.2 SPEEMANN Hans (1869 -1941) II-6.3
SCHEELE Carl Wilhelm (1742 -1786) II-3, SPENCER Herbert (1820 -1903) 1-6.5,1-6.8
IV-2.3, IV-2.4, IV-2.5, IV-3.2 SRB Adrian (n. 1917) III-4.1
SCHELLING Friedrich, Wilhelm, Joseph SRERE Paul (1925 -1999) IV-9.1
(1775 - 1854) 1-3 STAHL Franklin (n. 1929) III-2.2.2
SCHLEIDEN Matthias Jacob STAHL Georges Ernst (1660 -1734) IV-2.2
(1804 - 1881) II-4.1, II-4.2, II-5.2, V-l STANIER Roger (1916 -1982) 1-10
SCHLENK Fritz (n. 1903) IV-7.2.3 , IV-8.4 STANLEY Wendell (1904 -1971) II-7.5
SCHNEIDER Walter (n. 1919) II-8.2.1 STARLING Ernest (1866 -1927) IV-4.1
SCHOENHEIMER Rudolf (1898-1941) III-2, STEIN William (1911 -1980)
III-5.1, IV-7.2.2, IV-7.3 III-2, III-2.1.1, III-3.3
SCHOTT Otto (1851 -1935) II-5.1 STEUDEL Hermann (1871 -1967) HI-1.3.1
SCHRODINGER Erwin (1887-1961) III-4.2.2 STEVENS Nettie (1861 -1912) III-1.1.4
SCHULTZE Max (1825 -1874) II-9, IV-3.1 STOKES Alexander (n. 1919) III-2.2.2
SCHUSTER Philipp (n. 1904) IV-4.2, IV-8.5 STRASBURGER Eduard (1844 -1912)
SCHWANN Theodor (1810 -1882) II-5.2, III-1.1.4, III-1.3.1
II-4.1, II-4.2, II-4.3, II-5.2, II-7.2, STRECKER Adolf (1822 -1871)
III-3.1, IV-3.2, IV-6.1, V-l III-1.2.2, IV-3.4
SEDGWICK Adam (1785 -1873) 1-6.1 STURTEVANT Alfred (1891 -1970) III-1.1.4,
SEDILLOT Charles Emmanuel III-1.1.5
(1804 - 1883) II-7.3 SUBBAROW Yellapregada (1896-1948)
SEGUIN Armand (1767 -1835) IV-3.1 IV-6.5
SEMMELWEIS Ignaz (1818 -1865) II-7.3 SUMNER James (1887-1955) III-3.2
SENEBIER Jean (1742 -1809) IV-2.3, IV-2.4 SUTHERLAND Earl (1915 -1974) II-10.2
SERRES Etienne (1787 -1868) II-6.2 SUTTON Walter (1877 -1916)
SERVET Michel (1509 -15553) IV-2 II-5.4, III-1.1.4, V-l
SHEMIN David (1911 -1991) IV-7.3 SVEDBERG Theodor (1884-1971) III-2
SHERRINGTON Charles-Scott (1857 -1952) SWAMMERDAM Jan (1637 -1680)
II-5.6 II-2.1, II-2.2
SIGNER Rudolf (n. 1903) III-2.2.2 SYNGE Richard (1914-1994) III-2
SIMPSON Georges (1902 -1984) 1-7.1 SZENT-GYORGYI Albert (1893 -1986)
SINGER Jonathan II-9.2 II-8.2.1, IV-8.2, IV-8.5
T U
TAKAMINE Jokichi (1854 -1922) IV-4.1 UREY Harold (1893 -1981)
TANNHAUSER Siegfried (1885 -1982) 1-8.2, III-2, IV-7.2.2
IV-7.2.4 URLSON Herbert (n. 1929) III-2.2.2
TANRET Charles (1847 -1917) IV-6.3 UTTER Merton (1917 -1980) IV-6.7
TATUM Edward (1909 -1975)
III-4, III-4.1, III-4.2.3, III-4.2.4 V
TEILHARD DE CHARDIN Pierre (1881-1955) VAGELOS Roy (n. 1929) IV-7.1.4
1-10 VALENTIN Basile (15eme siecle) IV-1.2
TEISSIER Georges (1900 -1972) 1-7.1 VALERA Eamon de (1882-1975) III-4.2.2
TEMIN Howard (1934 -1994) III-8.1 VAN BAER Karl Ernst (1792 -1876) II-5.7
THALES (650 - 540 av. J.C.) IV-2.1 VAN BENEDEN Edouard (1846 -1910)
THENARD Louis Jacques (1777 -1857) II-5.2, II-5.3
IV-3.2 VAN DE GRAAF (1901 -1967) V-4
THEOPHRASTE (372 - 287 av. J.C.) VAN HELMONT Jan Baptist (1577 -1644)
1-2,1-2.1, IV-1.1 II-7.1, IV-2.1, IV-2.3
THEORELL Hugo (1903 -1982) VAN LEEUWENHOEK Antoni (1632 -1723)
IV-8.2, IV-8.4 II-2.1, II-2.2, II-3, II-6.1, II-7, II-7.1
THOMPSON Edward (n. 1925) III-2.1.1 VAN NIEL Cornelis (1897 -1985)
THUNBERG Tornsten (1873 -1953) 1-10, II-7.3.5
IV-8.2, IV-8.4, IV-8.5 VAN SLYKE Donald (1883 -1971) IV-3.4
TIEDEMANN Friedrich (1781 -1861) IV-3.4 VAN'THOFF Jacobus (1852 -1911)
TIJO Joe-Hin (n. 1919) II-5.2 IV-3.7, IV-6.3
TIMOFEEF-RESSOVSKY Nicolai VARMUS Harold (n. 1939) III-9
(1900 -1981) III-1.1.5 VAUQUELIN Louis Nicolas (1763 -1829)
TISELIUS Arne (1902-1971) III-2 II-3, III-1.2.2, IV-3.2, IV-7.2.1
TODD Alexander (1907-1997) III-1.3.2 VAVILOV Nicolai (1887 -1943) III-1.1.5
TOURNEFORT Joseph PlTTON de VESALE Andre (1514 -1564) IV-2
(1656 -1708) 1-2.1 VICQD'AZYR Felix (1748 -1794) 1-3.1
TREMBLEY Abraham (1710 -1784) II-3 VIGNAUD Vincent du (1901 -1978) IV-4.1
TREVIRANUS Gottfried (1776 -1837) V VILLE Georges (1824 -1894) IV-3.3
TSCHERMAK Erich (1871 -1962) III-1.1.2 VlLLENEUVE Arnaud de (1235 -1311)
TSIBAKOVA Elena IV-8.6 IV-1.2
TSVET Mikhail Semenovich (1872-1919) VIRCHOW Rudolf (1821 -1902)
III-2 II-4.1, II-4.2, II-4.3, II-4.4,
TUPPY Hans (n. 1925) III-2.1.1 II-5.2, II-7.3.1, II-8.2.3, V-l
TURPIN Pierre (1775 -1840) VoiTCarl (1831 - 1908) IV-7.2.2
II-4.1, II-4.3, V-l VOLKIN Eliot (n. 1919) III-6.2
TWORT Frederick (1877 -1950) II-7.5 VOLTA Alessandro (1745 -1820) II-3
TYNDALL John (1820-1893) II-7.1 VOLTAIRE Francois-Marie ARROUET dit
(1694 -1778) 1-3,1-3.2, V-3
W WINOGRADSKY Sergei (1856 -1953)

WAAGE Peter (1833 -1900) IV-3.7 II-7.3.5
WADA Mitsunori (1896 -1987) IV-7.2.4 WOESE Carl (n. 1928) 1-9.1
WAGNER Rudolph (1805 -1864) II-4.2 WOHLER Friedrich (1800 -1882)
WAKIL Salih (n. 1927) IV-7.1.4 IV-3.2, IV-3.5
WALCOTT (Charles 1850 -1927) 1-1.2 WOLF Kaspar Frederic (1733-1794)
WALDEYER (1836 -1921) II-5.2, II-5.6 II-3, II-6.1
WALKER John (n. 1941) III-9 WOLLMAN Elie (n. 1917)
WALLACE Alfred (1823 -1913) 1-6.1 III-4.2.4, III-7.1, III-7.3
WARBURG Otto (1883 -1970) WOOD Harland (1907 -1991)
II-8.2.1, IV-5, IV-6.5, IV-6.6, IV-6.7, IV-8.5
IV-7.2.4, IV-8.2, IV-8.3, IV-8.4, V-3 WOODS Donald (1912 -1964) II-7.3.4
WATSON James (n. 1928) WOODWARD Robert (1917 -1981) IV-7.1.5
III-2, III-2.2.2, III-6.2, V-l WRIGHT Almroth (1861-1947) II-7.3.3
WEAVER Warren (1894-1978) III WRIGHT Sewal (1889 -1988) 1-7.1
WEGENER Alfred (1880 -1930) 1-1.3 WRINCH Dorothy (1896 -1976) III-1.2.6
WEINHOUSE Sidney (n. 1909) IV-7.1.2 WURTZ Charles (1817 - 1884)
WEISMANN August (1834 -1914) 1-4.1, IV-3.2, IV-3.4, IV-6.3, V-3
1-6.7,1-6.8, II-5.4, III-1.1.2, III-1.1.4, V-l WYMAN Jeffrey (1901 -1995) III-3.4
WEISS Samuel (n. 1926) III-6.2
WERKMAN Chester (1893 -1962) IV-8.5 Y
WERNER Abraham (1750 -1817) 1-3.2 YATES Richard (n. 1930) II-10.3
WlELAND Heinrich (1877 -1957) YOUNG William (1878 -1942)
II-8.2.1, IV-6.2, IV-8.2, IV-8.3, IV-8.4 IV-6.4, IV-8.4
WIELAND Theodor (1913 - 1995) 1-8.3
WILKINS Maurice (n. 1916) III-2, III-2.2.2 Z
WILLIAMS Roger (1893 -1988) IV-7.1.1 ZAMECNIK Paul (n. 1912)
WILLSTATER Richard (1872 -1942) III-5.2, III-6.1, IV-6.7
III-1.2.7, IV-6.2 ZEISS Carl (1816 -1888) II-5.1
WILSON Edmund (1856 -1939) ZERNICKE Fritz (1888 -1966) II-5.1
II-6.3, III-1.1.4, III-1.3.1 ZERVAS Leonidas (1902 -1980) 111-1.2.8
WINDAUS Adolf (1876 -1959) IV- 7.1.5 ZlMMER Karl (n. 1911) III-1.1.5
GLOSSAIRE
A
Acetyl-coenzyme A : molecule hydrosoluble qui transporte le groupe acetyle
dans les cellules.
Acide amine (amino acide) : molecule organique represented par la formule
R-C a H(NH2)COOH et portant sur un meme carbone terminal Ca une
fonction aminee -NH2 et une fonction carboxyle -COOH. Les acides amines
sont les unites structurales elementaires des proteines.
Acide desoxyribonucleique (ADN) : acide nucleique dans lequel le pentose est
le desoxyribose et les quatre bases cycliques sont 1'adenine, la guanine, la
cytosine et la thymine.
Acide nucleique : macromolecule lineaire non ramifiee formee par association
de mononucleotides, lesquels sont constitues par 1'association d'une base
cyclique (heterocycle), d'un pentose et d'un phosphate.
Acide ribonucleique (ARN) : acide nucleique dans lequel le pentose est le
ribose et les quatre bases cycliques sont 1'adenine, la guanine, la cytosine et
1'uracile.
Acide ribonucleique de transfert (ARNt) : ARN de petite taille jouant le role
d'adaptateur dans la traduction d'un ARN messager en sequence d'acides
amines dans une proteine. Une partie de 1'ARNt fixe un acide amine parti-
culier et une autre partie de 1'ARNt reconnait dans 1'ARN messager une
sequence trinucleotidique (codon) qui code cet acide amine.
Acide ribonucleique messager (ARNm) : acide ribonucleique transcrit par
complementarite des bases a partir d'une sequence d'acide desoxyribonu-
cleique correspondant a un gene. (L'adenine, la guanine, la cytosine et
1'uracile de 1'ARN sont respectivement complementaires de la thymine, de la
cytosine, de la guanine et de 1'adenine dans 1'ADN).
Acide ribonucleique ribosomal: ARN constituant d'un ribosome.
Acides amines cetogeniques : acides amines qui, apres desamination, peuvent
etre transformes en acetoacetate et en (3-hydroxybutyrate.
Acides amines glycogeniques : acides amines qui, apres desamination, peuvent
etre transformes en glucose.
Acides amines indispensables : acides amines que 1'organisme des mammi-
feres ne peut pas synthetiser et qui doivent etre apportes par 1'alimentation.
Actine : proteine predominante dans les microfilaments des cellules eucaryotes.

Adaptation : modification par laquelle une cellule ou un organisme s'ajuste a
des contraintes exterieures.
Adenosine monophosphate (AMP) : nucleotide forme par 1'association d'ade-
nine, de ribose et de phosphate.
Adenosine monophosphate cyclique (AMP cyclique) : AMP dans lequel le
phosphate est relie a la fois aux atomes de carbone 3' et 5' du ribose.
Adenosine triphosphate (ATP) : molecule formee par 1'association d'adenine,
de ribose et de trois residus de phosphate, impliquee dans le stockage et le
transfert d'energie dans le metabolisme cellulaire.
Adenylate cyclase : enzyme qui catalyse la formation d'AMP cyclique.
ADN polymerase : enzyme qui catalyse la synthese d'ADN sur une matrice
d'ADN a partir de precurseurs desoxyribonucleosides 5'triphosphates.
Adrenaline : hormone secretee par la glande medullo surrenale.
Air dephlogistique : oxygene.
Air fixe : gaz carbonique.
Air mephitique (air vicie) : azote.
Air respirable (air vital) : oxygene.
Alcaptonurie : maladie genetique humaine recessive de type autosomique,
causee par un blocage du catabolisme de la phenylalanine et caracterisee par
la coloration noire que prend 1'urine apres sejour a 1'air.
Allele : une des formes d'un gene occupant un locus sur un chromosome.
Allopatrique : terme designant des especes occupant des aires geographiques
differentes, mais souvent adjacentes. Une speciation allopatrique est une
speciation geographique.
Allosterique (proteine allosterique) : proteine dont la conformation et 1'activite
sont modifiees par fixation non covalente d'une molecule regulatrice. Le site
fixant le ligand regulateur est different du site de fixation du substrat, il peut
etre localise sur une sous-unite distincte de la sous-unite catalytique dans les
proteines oligomeriques.
Anabolisme : synthese de metabolites a 1'interieur d'une cellule a partir de
molecules de petite taille.
Anaerobiose : processus de vie dans lequel 1'accepteur d'electrons est une
molecule autre que 1'oxygene.
Anaphase : phase de la mitose au cours de laquelle les chromosomes se
separent en deux groupes qui migrent aux extremites opposees de la cellule.
Angstrom (A) : unite de longueur egale a 10~10 metre ou 0,1 nanometre.
GLOSSAIRE 457
Antibiotiques : composes organiques produits par des micro-organismes et

capables d'inhiber la croissance d'autres micro-organismes.
Anticodon : sequence de trois nucleotides presente dans un ARN de transfer!
(ARNt) specifique d'un acide amine et complementaire du codon qui, dans
TARN messager, code cet acide amine.
Anticorps monoclonal: anticorps d'une seule espece secrete par un clone d'hy-
bridome, permettant la reconnaissance specifique d'un motif antigenique.
Anticorps : proteine de defense synthetisee dans un organisme en reponse a
1'injection d'une substance etrangere appelee antigene. Les anticorps sont
synthetises dans des lymphocytes B differencies en plasmocytes.
Antigene : substance etrangere capable de provoquer chez les vertebres la
synthese d'un anticorps specifique.
Appareil de GOLGI : ensemble des vesicules intracytoplasmiques impliquees
dans la secretion de proteines modifiees, en particulier par glycosylation.
Archebacterie (Archaea) : procaryote appartenant au groupe phylogenetique
des Archaea distinct de celui des eubacteries (Bacteria) et comprenant en
particulier des halophiles, des thermophiles et des methanogenes.
ARN polymerase : enzyme qui catalyse 1'association de ribonucleotides en une
molecule d'ARN par transcription a partir d'une matrice d'ADN. Chez les
eucaryotes, il existe trois ARN polymerases affectees respectivement a la
synthese des ARN ribosomaux, des ARN messagers et des ARN de transfert.
Arthropodes : animaux invertebres presentant un tegument rigide a base de
chitine et des appendices articules.
Assimilation azotee : incorporation d'atomes d'azote dans des proteines syn-
thetisees par des micro-organismes capables de reduire 1'azote atmosphe-
rique en ammoniac.
Assimilation carbonee : incorporation de gaz carbonique CC>2 dans des mole-
cules organiques par les organismes photosynthetiques exposes a la lumiere.
ATPase Na + -K+ ou pompe a sodium - potassium : proteine intrinseque de la
membrane plasmique qui, grace a 1'energie fournie par 1'hydrolyse d'ATP en
ADP et phosphate, assure 1'extrusion des ions sodium (Na + ) et 1'entree des
ions potassium (K + ) dans la cellule.
Autoradiographie : technique de detection de radioactivite par exposition du
materiel radioactif a un film photographique.
Autosomes : chromosomes autres que les chromosomes sexuels.
B
Bacille : bacterie en forme de batonnets.
Bacterie : micro-organisme procaryote unicellulaire.
Bacteriophage : virus qui infecte les bacteries.

Beriberi: avitaminose causee par carence en vitamine Bl (thiamine).
Binomiale (classification) : systeme de nomenclature qui consiste a classer les
organismes vivants en leur attribuant deux noms, 1'un est le genre, 1'autre
refere a 1'espece.
Biometrie : application des mathematiques a 1'etude statistique des ressem-
blances et differences d'etres vivants a 1'interieur d'une espece.
Blastomeres : cellules qui apparaissent au cours des premieres divisions d'un
ceuf feconde.
Blastopore : ouverture transitoire a la surface d'un embryon au stade gastrula
par laquelle la cavite interne (archanteron) communique avec 1'exterieur.
Blastula : sphere creuse formee de cellules au debut de la division de 1'ceuf
feconde.
C
Capside : revetement proteique d'une particule virale.
Carte genetique : diagramme montrant la position des genes sur un
chromosome.
Carte peptidique : positionnement sur papier des peptides provenant d'une
hydrolyse partielle d'une proteine (en general par la trypsine), apres
separation bidimensionnelle des peptides.
Caryokinese : mitose.
Caryotype : ensemble des chromosomes d'une cellule ranges en fonction de
leur taille, de leur forme et de leur nombre.
Catastrophisme (ou theorie des catastrophes dans 1'evolution) : theorie selon
laquelle les especes existantes a un certain moment ont totalement disparu et
ont ete remplacees par des especes totalement nouvelles.
Cellules germinales (sexuelles) : cellules qui donnent naissance aux gametes.
Cellules HeLa : cellules epitheliales provenant d'un carcinome du col de
1'uterus utilisees en biologic, en raison de leur division rapide en culture.
Cellules somatiques : cellules eucaryotes de metazoaires (animaux) autres que
les cellules germinales ou sexuelles.
Centimorgan : unite genetique de mesure de distance entre des regions
con tenant des genes.
Centriole : structure cylindrique intracellulaire formee de microtubules. On
trouve generalement une paire de centrioles dans un centrosome.
Centromere : region d'un chromosome eucaryote au niveau de laquelle les
chromatides restent associes pendant la metaphase.
GLOSSAIRE 459
Centrosome : structure jouant le role de centre organisateur dans la formation

des microtubules.
Chiasma : region ou des chromosomes apparies restent en contact alors que les
autres regions se separent au stade prophase de la meiose.
Chimiotactisme : mouvement d'une cellule en reponse a un stimulus exterieur.
Chirale (molecule) : molecule qui contient un centre asymetrique et qui peut
former deux images en miroir, non superposables.
Chloroplaste : organite d'eucaryote photosynthetique qui contient de la
chlorophylle et ou sont catalysees les reactions de la photosynthese.
Cholesterol : lipide de la famine des sterols, present dans les membranes des
cellules eucaryotes.
Chromatide : 1'une des deux copies d'un chromosome duplique.
Chromatine : complexe nucleoproteique filamenteux forme majoritairement
d'ADN et d'histone present dans les cellules eucaryotes.
Chromatographie : technique de separation de differentes especes moleculaires
fondee sur leur adsorption differentielle par un support solide ou leur
partage entre des phases liquides ou gazeuses. Dans la chromatographie
verticale sur papier, le papier sur lequel a ete depose en un point le melange
de molecules trempe par son extremite inferieure dans une phase solvante.
Par capillarite le solvant s'eleve le long du papier. Les molecules du melange
sont entrainees avec le solvant et migrent plus ou moins vite suivant leur
affinite pour le solvant ou 1'eau qui impregne le papier.
Chromosome polytene : chromosome qui s'est replique plusieurs fois sans qu'il
y ait eu de separation des repliques.
Chromosome : structure composee d'une molecule d'ADN et de proteines
associees.
Clone : population de cellules issues par division asexuee d'une seule cellule.
Code genetique : ensemble des triplets de nucleotides (codons) dans un ADN
qui detient l'information genetique traduite en acides amines dans les
proteines.
Codon : sequence de trois nucleotides dans une molecule d'ADN ou d'ARN
messager qui correspond a un acide amine specifique.
Coenzyme A : petite molecule organique contenant une vitamine, 1'acide
panthotenique, et qui sert au transport de groupes acyles dans des reactions
enzymatiques.
Coenzyme : petite molecule organique associee a une proteine enzymatique et
intervenant dans la reaction enzymatique. Un coenzyme contient souvent
une vitamine comme constituant essentiel.
Creatine phosphate : type de phosphagene
Crossing-over : echange de segments correspondants de chromosomes homo-

logues durant la meiose.
Cryofracture : technique qui consiste a congeler et a fracturer des membranes
de cellules pour reveler leurs constituants, en particulier des proteines intrin-
seques, en microscopie electronique. La fracture separe les deux feuillets de
la bicouche lipidique.
Cyanobacterie : procaryote photosynthetique autrefois denomme algue
bleue verte.
Cycle cellulaire : cycle de reproduction de la cellule.
Cycle de CALVIN : Voie metabolique par laquelle le CC>2 est integre dans des
molecules organiques au cours de la photosynthese.
Cycle des acides tricarboxyliques (cycle de KREBS) : ensemble de reactions
qui, dans les organismes aerobies, degrade des groupes acetyles par
decarboxylation et deshydrogenation.
Cytochromes : proteines contenant du fer insere dans un groupe tetrapyrro-
lique (heme) et faisant partie de chaines de transfert d'electrons. Le fer des
cytochromes passe alternativement de 1'etat ferreux a 1'etat ferrique au cours
d'un transfert d'electrons.
Cytosol : contenu du compartiment cytoplasmique a 1'exclusion des organites
endocellulaires. Cytosol est egalement utilise comme terme operationnel
pour designer la partie d'un homogenat cellulaire non sedimentable par une
centrifugation a 100 000 x g pendant une heure.
Cytosquelette : charpente intracellulaire qui donne sa forme a la cellule. Le
cytoquelette est forme de filaments proteiques constitues en grande partie
d'actine et de tubuline.
D
Dalton : unite de masse moleculaire egale a la masse d'un atome-gramme
d'hydrogene.
Darwinisme : theorie de 1'evolution par selection naturelle.
Demi-vie : temps necessaire a la disparition de la moitie d'un compose donne.
Denaturation : depliement d'une chaine polypeptidique d'une proteine
associee a la perte d'activite de cette proteine. La denaturation est le resultat
de la perte des structures secondaire et tertiaire.
Detergent : molecule amphipathique utilisee pour solubiliser les proteines
membranaires.
Diastase : enzyme.
Diauxie : croissance en deux phases successives.
GLOSSAIRE 461
Diffusion laterale (dans les membranes): mobilite des lipides dans chacun des
feuillets de la bicouche lipidique. Ce terme s'applique aussi a la mobilite
laterale des proteines inserees dans les membranes (proteines intrinseques).
Diffusion transversale (dans les membranes) : mobilite des lipides par reorien-
tation, c'est-a-dire passage par renversement d'un feuillet a 1'autre de la
bicouche lipidique.
Dinosaure : reptile terrestre disparu qui a constitue une espece animale domi-
nante pendant les periodes du jurassique et du cretace (- 280 a - 60 millions
d'annees).
Diploblastique : caracterise un animal construit a partir de deux feuillets
embryonnaires, 1'ectoderme et 1'endoderme.
Dipneustes : sous classe de poissons pouvant respirer par des branchies ou par
des poumons.
Domaine (dans une proteine) : portion d'une proteine caracterisee par une
structure tertiaire specifique qui lui confere une propriete fonctionnelle.
Dominant: contraire de recessif. Definit dans une paire d'alleles dont 1'un
correspond a un gene dominant et 1'autre a un gene recessif celui qui est
exprime au niveau du phenotype d'un organisme, 1'allele recessif n'etant pas
exprime.
Drosophile : mouche du vinaigre.
E
Ectoderme : couche superficielle de cellules de 1'embryon animal qui se
developpent en epiderme et tissu nerveux chez 1'adulte.
Electrophorese : technique de separation d'especes moleculaires chargees
positivement ou negativement par application d'un champ electrique.
Endoderme : couche de cellules internalisees au moment de la gastrulation chez
1'embryon animal et qui se developpent en cellules du tractus digestif et des
organes associes.
Endosome : organite forme a partir de la membrane plasmique par endocytose
et qui transfere aux lysosomes des materiaux nouvellement ingeres.
Enveloppe nucleaire : double membrane entourant le noyau dans une cellule
eucaryote.
Enzyme : proteine qui catalyse une reaction chimique definie.
Epigenese : formation de structures nouvelles au cours de 1'embryogenese.
Ergastoplasme : reticulum endoplasmique.
Eucaryote : cellule pourvue d'un noyau delimite par une enveloppe.
Euchromatine : chromatine peu condensee dont 1'ADN est capable d'etre

transcrit en ARN.
Eugenisme : theorie qui preconise 1'application de methodes qui visent a
ameliorer le patrimoine genetique.
Exon : segment d'un gene codant une chaine peptidique.
Extremite C terminale : Extremite d'une chaine polypeptidique qui porte le
dernier acide amine avec son groupe carboxyle en a libre (carboxyle fixe sur
le C0).
Extremite N terminale: Extremite d'une chaine polypeptidique qui porte le
premier acide amine avec son groupe amine en a libre (amine fixee sur le
Co).
F
FI : premiere generation de descendants d'un ovule feconde.
Facteur de transcription : proteine de regulation qui se fixe au niveau de
sequences d'ADN, generalement en amont de la region transcrite et qui
regule la transcription de genes.
Fermentation : degradation en absence d'oxygene (en anaerobiose) de
molecules organiques. Par exemple, la fermentation alcoolique correspond a
la transformation du glucose en ethanol dans un milieu prive d'oxygene.
Feuillet P ou feuillet plisse : structure secondaire etiree d'une chaine pepti-
dique, stabilisee par des liaisons hydrogene.
Finalisme : doctrine selon laquelle 1'evolution tend vers un certain but.
Fixisme : theorie suivant laquelle les especes vivantes sont restees les memes
depuis leur creation.
Flavine adenine dinucleotide (FAD) : coenzyme compose de FMN lie cova-
lemment a 1'AMP, implique dans des transferts d'electrons.
Flavine mononucleotide (FMN) ou riboflavine-phosphate : coenzyme implique
dans des transferts d'electrons.
Fourche de replication : point de separation des deux brins d'une double helice
d'ADN au cours de la replication.
Fractionnement subcellulaire : procede de separation d'organites endocellu-
laires d'un homogenat de tissu par centrifugations successives a des vitesses
de plus en plus grandes.
Fragment precoce d'OKASAKI : brin d'ADN synthetise de fagon continue au
cours de la replication de 1'ADN.
Fragment tardif d'OKASAKI : brin d'ADN synthetise de fac,on discontinue au
cours de la replication de 1'ADN.
GLOSSAIRE 463
Fuseau mitotique : structure formee de microtubules et de proteines associees

et qui dirige la migration des chromosomes dans les cellules filles au cours
de la mitose.
G
Galactose : ose (sucre) a six atomes de carbone. Associe au glucose il forme le
lactose.
(i-Galactosidase : enzyme qui catalyse le clivage du lactose en galactose et
glucose et en general le clivage de disaccharides ou le (3-galactose est
combine a un autre ose par une liaison osidique.
Gametes : cellules sexuelles males (spermatozoi'des) ou femelles (ovules).
L'union d'un gamete male et d'un gamete femelle donne naissance a 1'oeuf.
Gastrula : embryon animal au stade de developpement ou se produit une
invagination de la couche superficielle de cellules pour former une cavite
interne.
Gene : unite d'heredite portee sur 1'ADN chromosomique et transmise de
generation en generation par les gametes.
Genie genetique : methodes d'experimentation sur des genes.
Genome : ensemble des genes d'une cellule.
Genotype : constitution genetique d'un organisme.
Glycogene :polysaccharide forme d'association de molecules de glucose.
Glycolyse : voie metabolique de degradation du glucose en pyruvate et lactate.
H
Haploi'die : Etat d'une cellule caracterise par un seul jeu de chromosomes, par
exemple dans un spermatozoide ou un ovule.
Heme : groupe prosthetique compose de quatre noyaux pyrroles et d'un atome
de fer.
Hemoglobine : proteine heminique des globules rouges qui assure le transport
de 1'oxygene.
Hepatocytes : cellules majoritaires du foie qui rendent compte des proprietes
metaboliques de cet organe.
Heredite mendelienne : heredite dependante des genes portes par 1'ADN
nucleaire.
Heredite mitochondriale : heredite dependante des genes portes par 1'ADN
mitochondrial.
Heterochromatine : chromatine tres condensee dans laquelle 1'ADN ne peut
pas etre traduit en ARN messager.
Heterozygote : terme qui designe une cellule diploi'de possedant deux alleles
differents pour un gene donne.
Histone : proteine basique qui s'associe a 1'ADN dans les chromosomes de
cellules eucaryotes.
Homeoboite : courte sequence d'ADN qui code un motif de liaison a 1'ADN
dans des proteines jouant le role de facteurs de transcription.
Homeodomaine : motif de liaison de 1'ADN constitue par une sequence d'une
soixantaine d'acides amines.
Homeostasie : capacite des etres vivants a maintenir certaines constantes
biologiques (par exemple la concentration en glucose du sang).
Homologie : similitude dans la structure de deux ou plusieurs proteines ayant
une origine commune dans 1'evolution.
Homonculus : etre microscopique que la croyance ancienne localisait soit dans
le spermatozoi'de, soit dans 1'ovule.
Homozygote : cellule diploi'de ayant deux alleles identiques pour un gene
donne.
Hormones : messager chimique produit par un type cellulaire, affectant 1'acti-
vite d'un autre type cellulaire.
Hybridation : croisement d'individus appartenant a deux populations naturelles.
Designe egalement le processus par lequel deux brins complementaires d'un
acide nucleique forment une double helice lors de leur appariement.
Hybridome : lignee cellulaire utilisee pour la production d'anticorps monoclo-
naux, obtenue par la fusion de lymphocytes B avec des cellules de myelome.
I
Immunite cellulaire : immunite relative au pouvoir de phagocytose de bacteries
par des cellules specialisees : neutrophiles sanguins, macrophages tissulaires.
Immunite humorale : immunite relative a des facteurs seriques secretes par des
cellules specialisees chez les vertebres, par exemple des anticorps synthetises
par des lymphocytes B differencies en plasmocytes.
Immunoglobuline : anticorps.
Infusoires : protozoaires cilies. Leur nom provient du fait qu'ils furent trouves
pour la premiere fois dans des infusions de foin.
Insuline : hormone polypeptidique qui est secrete par des cellules specialisees
du pancreas et qui participe au controle du metabolisme du glucose.
Intron : sequence d'ADN intercalaire qui interrompt la sequence codante d'un
gene.
GLOSSAIRE 465
J
Jonction cellulaire : structure de connexion entre deux cellules.
K
Kinase : enzyme qui transfere le groupe phosphate terminal de 1'ATP sur
d'autres molecules. Exemple : la creatine kinase catalyse la synthese de
creatine phosphate a partir d'ATP et de creatine en transferant le phosphate
terminal de 1'ATP sur la creatine.
Kinetochore : structure complexe localisee au niveau du centromere d'un
chromosome, a partir de laquelle prennent naissance les microtubules du
fuseau mitotique.
L
Liaison peptidique : liaison covalente entre le groupe carboxyle d'un acide
amine et le groupe amine d'un deuxieme acide amine.
Lignee cellulaire : population de cellules d'origine animale ou vegetale
capables de se diviser indefiniment en culture.
Lipide : biomolecule insoluble dans 1'eau, possedant un caractere graisseux.
Lipoi'que (acide) : vitamine qui sert de transporteur d'atomes d'hydrogene et de
groupes acyles.
Locus : emplacement sur un chromosome ou reside un gene qui determine un
trait particulier dans un phenotype.
Lymphocyte : globule blanc faisant partie du systemes immunitaire.
Lysogenie : etat qui caracterise une bacterie porteuse de 1'ADN d'un virus
(bacteriophage) integre dans son genome, mais inactif du fait qu'il est
reprime.
Lysosome secondaire : organite qui resulte de la fusion d'une vesicule endo-
somale et d'un lysosome.
Lysosome : organite des cellules eucaryotes entoure d'une seule membrane,
contenant des hydrolases actives a pH acide (environ pH 5).
M
Macrophage : cellule phagocytaire localisee dans les tissus.
Meiose : type de division cellulaire impliquee dans la formation d'ovules et de
spermatozoides et qui conduit a produire quatre cellules filles haplo'ides a
partir d'une cellule diploi'de initiale.
Mesoderme : couche de cellules qui dans la gastrula est comprise entre 1'ecto-
derme et 1'endoderme.
Mesoglee : substance gelatineuse localisee entre 1'ectoderme et 1'endoderme

chez les ccelenteres (hydre, meduse).
Messager secondaire : petite molecule formee dans le cytoplasme d'une cellule
en reponse a un signal extracellulaire.
Metabolisme : ensemble des reactions de synthese et de degradation de
molecules organiques dans une cellule.
Metabolite : dans le metabolisme, une molecule organique apparaissant comme
intermediate dans des reactions catalysees par des enzymes.
Metabolon : groupe d'enzymes structurellement associes et qui participent a
une sequence de reactions dans une chaine metabolique.
Metaphase : deuxieme phase de la mitose ou les chromosomes sont attaches au
centre du fuseau mitotique.
Metazoaire : organisme animal pluricellulaire (par opposition a protozoaire).
Microsomes : particules heterogenes recueillies par centrifugation differentielle
d'un homogenat cellulaire, constitutes par des fragments de reticulum
endoplasmique, d'appareil de GOLGI et de membrane plasmique.
Microtubule : structure longue et cylindrique composee de tubuline.
Mitochondrie : organite cytoplasmique des cellules eucaryotes qui possede un
systeme enzymatique capable de coupler des reactions d'oxydation a une
synthese d'ATP.
Mitose : division d'une cellule eucaryote aboutissant a partir d'une cellule mere
a la formation de deux cellules filles avec le meme nombre de chromosomes
que la cellule mere.
Mutation : changement dans le materiel genetique resultant d'un remplace-
ment, d'une deletion ou d'une duplication d'une ou plusieurs bases de
1'ADN, se transmettant par heredite.
N
Neo-darwinisme : theorie de 1'evolution formulee par WEISMANN qui associe
1'heredite mendelienne et les modifications des cellules germinales par
mutation.
Neo-glycogenese ou glyconeogenese : biosynthese de glucides a partir de
precurseurs non glucidiques.
Neutrophiles : cellules blanches du sang impliquees dans la phagocytose de
bacteries apres migration dans un foyer infectieux.
Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) : coenzyme contenant la
nicotinamide (vitamine PP) et intervenant comme transporteur d'atomes
d'hydrogene et d'electrons.
GLOSSAIRE 467
Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP) : coenzyme contenant

la nicotinamide (vitamine PP) et intervenant comme transporteur d'atomes
d'hydrogene et d'electrons
Noyau : chez les eucaryotes, organite entoure d'une enveloppe et qui contient
les chromosomes.
Nucleole : structure globulaire presente a 1'interieur du noyau des cellules
eucaryotes, dans laquelle sont maturees les sous-unites des ribosomes.
Nucleoside : compose forme d'une base purique ou pyrimidique lie par
covalence a un pentose (ribose ou desoxyribose).
Nucleosome : unite structurale de la chromatine constitute par de 1'ADN
enroule autour de molecules d'histone.
Nucleotide : nucleoside phosphate.
o
Oncogene : gene present dans un virus tumorigene (oncogene v) ou bien
provenant par mutation d'un protooncogene dans une cellule eucaryote
(oncogene c).
Ontogenese : developpement d'un individu a partir de 1'ceuf feconde.
Operateur : region de 1'ADN qui reagit avec un represseur proteique pour
empecher la transcription d'un gene ou d'un groupe de genes a partir d'un
promoteur adjacent.
Operon : unite genetique comprenant des sequences d'ADN codantes et des
sequences d'ADN de regulation (operateur et promoteur ).
Origine de replication : sequence d'ADN des procaryotes au niveau de
laquelle est initiee la replication d'un chromosome.
Osmose : passage d'un solvant a travers une membrane semi-permeable
separant deux solutions de concentrations differentes.
Oxydation phosphorylante : processus par lequel 1'energie provenant de
1'oxydation de metabolites est utilisee pour la synthese d'ATP a partir d'ADP
et de phosphate mineral.
Oxydo-reduction (reaction) : reaction dans laquelle des electrons sont transferes
d'un donneur a un accepteur.
P
Paleontologie : science qui etudie les restes fossilises des etres vivants ayant
peuple la Terre a differentes epoques geologiques.
Parapatrique : se dit d'especes geographiquement en contact sans qu'il y ait
melange.
Parthenogenese : reproduction a partir d'un ovule non feconde.

Pathogene : qui provoque une maladie.
PCR (reaction de polymerisation en chaine) : technique qui permet d'amplifier
des regions specifiques d'ADN.
Pellagre : maladie par avitaminose due a 1'absence de vitamine PP (nicotinamide).
Peroxysome : organite cytoplasmique des cellules eucaryotes porteur d'en-
zymes qui catalysent des reactions d'oxydation produisant de 1'eau oxygenee
et d'autres reactions detruisant cette eau oxygenee.
Phagocytose : processus par lequel certaines cellules internalisent et digerent
des particules etrangeres.
Phenotype : ensemble des caracteres apparents d'un organisme qui dependent
de sa constitution genetique (genotype).
Phlogistique : theorie perimee selon laquelle tout corps inflammable etait
suppose contenir une substance, le phlogistique, qui etait relachee lorsque le
corps brulait.
Phosphagene : substance phosphoree de reserve energetique dont le transfert de
phosphate a 1'ADP fournit 1'ATP. Le phosphagene majeur des mammiferes
est la creatine phosphate. Chez les invertebres c'est 1'arginine phosphate.
Photophosphorylation : processus de phosphorylation d'ADP en ATP dans les
plantes vertes et les micro-organismes phototrophes qui utilisent la lumiere
comme source d'energie.
Photosynthese : processus par lequel les plantes vertes et les procaryotes
phototrophes utilisent 1'energie de la lumiere pour synthetiser des molecules
organiques apres incorporation du CC>2 de 1'air.
Phylogenese : etude de la formation et de revolution des especes vivantes
(terme cree par HAECKEL en 1868).
Plaque equatoriale : plan virtuel a 1'interieur d'une cellule eucaryote ou se
localisent les chromosomes au cours du stade de la mitose appele metaphase.
Plasmique (membrane) : membrane qui contient le cytoplasme cellulaire.
Polarimetre : instrument servant a determiner le degre de rotation de la lumiere
polarisee provoquee par une substance organique porteuse de carbone(s)
asymetrique(s) en solution.
Polyploi'die : etat d'une cellule qui contient plus de deux jeux de chromosomes
homologues.
Position (effet de) : difference dans 1'expression phenotypique d'un gene
causee par sa proximite ou son eloignement par rapport a d'autres genes.
Prebiotique : caracterise ce qui a precede 1'emergence de la vie.
Prion : agent infectieux de nature proteique, apparemment depourvu d'acide
nucleique.
GLOSSAIRE 469
Procaryote : micro-organisme dont 1'ADN n'est pas incorpore dans un noyau

bien defini.
Prophase : phase preliminaire de la mitose pendant laquelle les chromosomes
prennent une forme condensee.
Prophylaxie : ensemble des mesures destinees a empecher 1'apparition ou la
propagation de maladies infectieuses.
Proteasome : complexe proteique responsable de la degradation des proteines
reconnues par un residu d'ubiquitine qui leur sert d'etiquetage.
Proteine : macromolecule formee d'une ou de plusieurs chaines polypep-
tidiques possedant une sequence en acides amines et un poids moleculaire
caracteristiques.
Protiste : eucaryote unicellulaire.
Protooncogene : gene cellulaire qui peut etre converti en oncogene par
mutation.
R
Recessif (caractere) : se dit d'un caractere hereditaire qui ne se manifeste que
lorsque 1'allele dominant est absent.
Recombinant (ADN) : ADN forme par 1'association de genes dans de nouvelles
combinaisons creees par les techniques d'ingenierie genetique.
Replication : operation par laquelle une sequence d'ADN est repliquee par
complementarite a partir d'une matrice d'ADN.
Represseur : proteine qui se lie a 1'operateur d'un operon pour empecher la
transcription de ce dernier.
Restriction (enzyme de) : enzyme produit en particulier par des bacteries et qui
est capable de cliver des ADN etrangers a ces bacteries. (Les enzymes de
restriction protegent les bacteries centre des attaques virales).
Reticulum endoplasmique : reseau membranaire intracytoplasmique des
cellules eucaryotes possedant de nombreuses fonctions metaboliques. On
distingue le reticulum lisse et le reticulum rugueux, ce dernier etant borde
par des ribosomes.
Retrovirus : virus a ARN dont 1'ARN est transcrit reversiblement en ADN par
un enzyme specifique, la transcriptase inverse.
RFLP (polymorphisme de longueur de fragments de restriction) : se dit d'une
technique qui permet de differencier des ADN par la taille des fragments
obtenus apres coupure avec des enzymes de restriction.
Ribonuclease : enzyme capable d'hydrolyser les liaisons internucleotidiques
dans 1'ARN.
Ribose : pentose repondant a la formule CsHioOs present dans 1'ARN.
Ribosomes : particules intracellulaires constitutes d'ARN et de proteines sur

lesquelles se place 1'ARN messager au cours de sa traduction en proteine.
Ribozyme : ARN doue d'activite catalytique, a 1'instar d'un enzyme, sur sa
propre structure.
Ribulose 1,5-bisphosphate : cetopentose diphosphoryle qui se combine au CO2
en presence de 1'enzyme RUBISCO, au cours du cycle de CALVIN dans la
photosynthese.
RUBISCO : designe la ribulose bisphosphate carboxylase, un enzyme abondant
dans les chloroplastes et implique dans la fixation du CC>2 de 1'air au cours de
la photosynthese.
S
Scorbut: avitaminose provoquee par 1'absence de vitamine C (acide ascorbique).
Secretine : hormone produite par le duodenum en reponse a la secretion d'acide
chlorhydrique par 1'estomac et qui a pour effet de stimuler la secretion
pancreatique.
Selection naturelle : base de la theorie de revolution formulee par DARWIN.
Speciation : developpement d'une espece emergente a partir d'une espece
existante. La speciation se produit quand les especes divergent a un tel point
que la fecondation entre elles n'est plus possible. La speciation peut etre
allopatrique, c'est-a-dire associee a une separation geographique, ou bien
sympatrique sans separation geographique.
Stratigraphie : science qui etudie les strates constitutives de terrains en
geologic.
Stromatolite : masse fossilisee de bacteries. Les stromatolites remontent a plus
de deux milliards d'annees.
Structure primaire : sequence des acides amines dans une proteine.
Structure secondaire : premier degre d'organisation d'une chaine polypep-
tidique par enroulement en helice (helice a) ou repliement en feuillets plisses
(feuillets (3).
Structure tertiaire : organisation tridimensionnelle d'une chaine peptidique
comportant des helices a et des feuillets P et impliquant des liaisons de
differente nature, en particulier des ponts disulfures.
Structure quaternaire : structure proteique resultant de 1'association de plusieurs
chaines polypeptidiques que Ton designe par protomeres ou monomeres ou
sous-unites.
Superoxyde dismutase : enzyme qui catalyse la formation de H2O2 a partir de
1'ion superoxyde C>2~ et de protons.
GLOSSAIRE 471
Surrenales : glandes endocrines situees au dessus des reins, composees de deux

parties, la corticosurrenale qui secrete des hormones steroi'des et la medullo-
surrenale qui secrete 1'adrenaline.
Synapse : region localisee entre deux neurones ou entre un neurone et une
cellule musculaire, dans laquelle sont deversees des molecules de neuro-
transmetteur.
Systematique : science des classifications des etres vivants.
T
Taxon : groupe d'organismes qui occupe un rang bien determine dans une
classification hierarchique. Canis lupus (loup) est un taxon specifique, les
Canidae (loup, chien, chacal) forment un taxon familial.
Taxonomie ou taxinomie : (terme cree par CANDOLLE en 1813). Science de la
classification des etres vivants et des organismes disparus.
Teleologie : doctrine qui postule que revolution s'est faite dans un sens oriente
vers un but.
Telophase : phase terminale de la mitose avec la reconstitution de deux noyaux
cellulaires et la formation de deux cellules filles.
Tetrapodes : vertebres possedant quatre membres (ils incluent les amphibiens,
certains reptiles, les oiseaux et les mammiferes).
Thyroi'de : glande endocrine situee devant la trachee, qui secrete plusieurs
hormones dont la thyroxine.
Traduction : processus par lequel 1'information contenue dans un ARN messa-
ger est traduit en termes de sequence d'acides amines dans une proteine.
Transcription inverse : processus par lequel reformation contenue dans
TARN est transferee a 1'ADN.
Transcription : processus par lequel 1'information genetique est transferee de
1'ADN a 1'ARN.
Transformation bacterienne : modification du genome d'une bacterie ayant
integre un ADN etranger.
Transformisme : theorie selon laquelle les especes vivantes derivent les unes
des autres par des transformations successives. Au transformisme s'oppose le
fixisme.
Transgenese : operation qui consiste a creer un organisme transgenique.
Transgenique : se dit d'un organisme dont le genome a incorpore et exprime
des genes d'une autre espece. Les organismes transgeniques sont crees par
les techniques de 1'ingenierie genetique, en utilisant des ADN vecteurs
appropries pour inserer le gene etranger dans 1'ceuf fertilise.
Transposon : element genetique mobile qui peut s'inserer dans des regions
differentes d'un chromosome.
Triploblastique : se dit d'un animal construit a partir de trois feuillets embryon-
naires, 1'ectoderme, 1'endoderme et le mesoderme.
Tyndallisation : precede de sterilisation par des etapes successives de chauffage
et de refroidissement.
u
Ureogenese : synthese de 1'uree.
V
Vasopressine : hormone du lobe posterieur de 1'hypophyse qui augmente la
tonicite des vaisseaux et diminue la secretion d'urine.
Vernalisation : traitement de plantes par le froid pour accelerer la floraison.
Virus : complexe nucleoproteique infectieux forme d'un seul type d'acide
nucleique, ADN ou ARN et qui parasite obligatoirement des cellules soit
procaryotes soit eucaryote pour sa reproduction.
Vitalisme : doctrine qui attribue aux processus vitaux des lois particulieres
independantes des principes fondamentaux de la physique et de la chimie.
Vitamine : substance organique dont 1'apport en petite quantite est indis-
pensable a la croissance et a la survie des animaux superieurs. La plupart des
vitamines sont des constituants de coenzymes.
Vitriol (huile de): acide sulfurique.
Z
Zymase : terme ancien utilise pour decrire le principe actif de la levure
responsable de la fermentation alcoolique.
Zygote : cellule diploi'de produite par la fusion d'un gamete male et d'un
gamete femelle.
TABLE DES MATIERES
Avant-propos 5
Chapitre I - Les artisans des theories de 1'evolution 9
1. Survol du phenomena de 1'evolution 9
1.1. Les idees sur 1'evolution depuis 1'antiquite 9
1.2. Les ages de la terre et 1'emergence des especes vivantes. Un bref apercu 13
1.3. Les etres vivants et leur environnement 21
2. La systematique dans les sciences de la nature 24
2.1. Les pionniers de la systematique du vivant: Tournefort, Ray et Linne 25
2.2. Notion de parente et principe de subordination 27
2.3. Lecladisme 28
3. Les premisses de la theorie du transformisme 28
3.1. Maupertuis, Maillet et Buffon, trois naturalistes prestigieux
et des questions pertinentes sur les especes vivantes 30
3.2. L'origine des fossiles apprehendee par la stratigraphie 33
4 Jean-Baptiste de Lamarck, pionnier du transformisme 34
4.1. Lamarck et son temps 34
4.2. Les grandes lignes du lamarckisme 36
5. La periode pre-darwinienne 38
5.1. Etienne Geoffroy Saint-Hilaire et Georges Cuvier : deux destins, deux carrieres....38
5.2. L'affrontement Geoffroy Saint-Hilaire - Cuvier : transformisme centre fixisme 40
6. Charles Darwin et Alfred Wallace : 1'emergence d'une nouvelle theorie de 1'evolution 44
6.1. Selection naturelle et lutte pour 1'existence 44
6.2. Une illustration du principe de selection :
lebec des pinsons des lies Galapagos et le cou de la girafe 47
6.3. Le parallele entre selection naturelle et selection artificielle 49
6.4. La selection sexuelle dans 1'evolution 50
6.5. L'accueil du darwinisme dans la communaute scientifique 51
6.6. Le dilemme des variations continues dans la theorie de Darwin 55
6.7. Le neo-darwinisme 57
6.8. Retombees socio-economiques du darwinisme 57
7. L'apres darwinisme 59
7.1. La theorie synthetique 59
7.2. La theorie neutraliste .60
7.3. La macroevolution .61
8. Les essais de reconstitution de la "soupe" moleculaire prebiotique .62
8.1. Preuve geologique des proprietes reductrices de la soupe prebiotique 63
8.2. Les premieres tentatives de reproduction de la chimie prebiotique .63
8.3. L'hypothese du monde du soufre et du fer.
L'importance d'une chimie des surfaces 66
8.4. L'hypothese du monde de 1'acide ribonucleique (ARN) 67
9. Hypotheses sur 1'apparition du monde cellulaire et son evolution .73
9.1. L'emergence des procaryotes 74
9.2. L'emergence des eucaryotes 78

9.3. Mutations et horloges d'ADN 80
9.4. Evolution et malleabilite du genome 82
10. Conclusion. De la demonstration de 1'evolution au dechiffrage de son mecanisme 85
Chapitre II - Les origines de la biologic cellulaire 89
1. Les objets de la biologic cellulaire 90
1.1. Systemes de classification des cellules vivantes 90
1.2. L'etat des connaissances en biologic cellulaire vers la moitie du xxe siecle
avant la percee de la biologie moleculaire .91
Le noyau 97
Mitochondries et chloroplastes 99
Lysosomes et peroxysomes 101
Reticulum endoplasmique, ribosomes et appareil de Golgi 102
Cytosol et cytosquelette 103
1.3. Diversite et unite du monde vivant 105
2. Les premieres observations de cellules vivantes 106
2.1. L'avenement du microscope optique .107
2.2. Van Leeuwenhoek et son temps 108
3. Le xvme siecle, periode de transition 110
4 L'emergence de la theorie cellulaire au Xixe siecle 115
4.1. Les precurseurs de la theorie cellulaire 115
4.2. Une premiere formulation de la theorie cellulaire 117
4.3. La refutation de la theorie du cytoblasteme
et 1'enonce final de la theorie cellulaire 119
4.4. L'accueil fait a la theorie cellulaire 121
5. Les progres dans 1'analyse structurale de la cellule a la fin du xixe siecle 124
5.1. Des ameliorations techniques decisives 124
5.2. La caracterisation du noyau et de son comportement
au cours de la division cellulaire 126
5.3. Le phenomene de la meiose ou division reductionnelle des cellules germinales .133
5.4. Les premieres preuves a 1'appui de la theorie chromosomique de 1'heredite 135
5.5. A la recherche de 1'ultrastructure du cytoplasme 136
5.6. Une retombee d'envergure de la theorie cellulaire : la theorie neuronale 140
5.7. La situation de la cytologie dans les dernieres decennies du xix e siecle
et 1'arrivee de nouvelles disciplines biologiques 140
6. De la theorie cellulaire a 1'embryologie experimentale 142
6.1. Epigenese centre preformationnisme 142
6.2. Les deviations doctrinales de 1'embryologie comparee 144
6.3. La naissance de 1'embryologie experimentale ou embryologie causale 145
7. L'essor de la microbiologie bacterienne au tournant du XXe siecle 147
7.1. Micro-organismes et generation spontanee 147
7.2. Micro-organismes et chimie des fermentations 151
7.3. Micro-organismes et pathologies infectieuses 151
7.3.1. La specificite bacterienne des maladies infectieuses 152
7.3.2. La defense de 1'hote centre 1'invasion bacterienne 155
7.3.3. Metchnikoff et la decouverte des cellules phagocytaires 157
7.3.4. Les premiers pas dans la therapeutique antimicrobienne 159
7.3.5. Les micro-organismes en tant qu'usines metaboliques
responsables des equilibres naturels 161
7.4. La necessaire classification des bacteries 162
TABLE DBS MATIERES 475
7.5. La decouverte du monde des virus 163

8. Les percees techniques contemporaines 164
8.1. L'acces a 1'ultrastructure cellulaire par la microscopie electronique 166
8.2. L'ouverture de la boite noire de la cellule : acces aux organites endocellulaires ...170
8.2.1. A la recherche d'organites porteurs d'activite respiratoire :
les mitochondries 170
8.2.2. La revelation par fractionnement subcellulaire
d'organites insoupconnes : les lysosomes et les peroxysomes 174
8.2.3. Les retombees de 1'exploration endocellulaire en pathologie 176
8.3. L'utilisation de cellules eucaryotes cultivees, ou isolees
a partir de tisssus animaux, pour des etudes metaboliques 178
8.4. Le ciblage de proteines specifiques par des anticorps monoclonaux 179
9. Emergence d'un nouveau secteur de la biologic cellulaire : la membranologie 180
9.1. Les membranes cellulaires en tant que bicouches lipidiques 181
9.2. L'architecture membranaire : un historique des theories 182
9.3. La repartition asymetrique des phospholipides
dans les deux feuillets de la bicouche lipidique des membranes 187
10. Le nouveau statut de la biologic cellulaire.
Vers une rationalisation moleculaire de la dynamique cellulaire .188
10.1. Le code de routage de proteines neosynthetisees
vers des organites endocellulaires 188
10.2. Les chaines de signalisation 191
10.3. L'homeostasie cellulaire, une idee ancienne remise a la mode moleculaire 193
11. Conclusion. De la cellule, unite structurale des organismes vivants,
au fonctionnement de la machinerie cellulaire 195
Chapitre HI - Les origines de la biologie moleculaire 197
e e
1. Les germes de la biologie moleculaire au xix siecle et au debut du xx siecle 199
1.1. Les etapes vers le concept du gene support de 1'heredite 199
1.1.1. Gregor Mendel, le decouvreur des lois de la transmission
des caracteres hereditaires 199
1.1.2. La redecouverte des lois de Mendel 205
1.1.3. Variations continues ou discontinues dans 1'heredite 206
1.1.4. Vers la preuve d'un support materiel de 1'heredite 206
1.1.5. Thomas Morgan et la theorie chromosomique de 1'heredite 209
1.2. Les premiers jalons de la proteinologie 216
1.2.1. Apparition du terme proteine au xixe siecle 216
1.2.2. Les acides amines reconnus comme constituants des proteines 217
1.2.3. La theorie de la macromolecule proteique protoplasmique 220
1.2.4. Premieres preuves de la diversite des proteines 221
1.2.5. Emil Fischer et Franz Hofmeister,
les promoteurs de la theorie de la liaison peptidique 222
1.2.6. Naissance et mort de la theorie des cyclols 224
1.2.7. La theorie des colloides, un concept a la vie dure 224
1.2.8. Le dogme de la periodicite et 1'illusion de la numerologie 226
1.3. De la nucleine aux acides nucleiques 227
1.3.1. Miescher, le decouvreur oublie de la nucleine.
Kossel, un chimiste pionnier des acides nucleiques 227
1.3.2. Levene et 1'hypothese du tetranucleotide 231
2. Des avancees techniques determinantes dans la periode 1920 -1960 234
2.1. Les retombees de la technique chromatographique en proteinologie 239
2.1.1. Frederick Sanger et la sequence de 1'insuline 239

2.1.2. Vernon Ingram et le reperage d'acides amines strategiques 242
2.2. Les retombees de la technique de diffraction des rayons X 243
2.2.1. Vers la resolution des structures secondaire et tertiaire des proteines 243
2.2.2. L'ADN : revelation de sa structure en double helice
et demonstration de sa replication semi-conservatrice 249
2.2.3. Retour a la structure primaire de 1'ADN 253
3. Les enzymes comme systemes modeles pour 1'etude de la relation
entre structure et fonction dans les proteines 254
3.1. La catalyse enzymatique. Notion de specificite et de complementarite 254
3.2. Vers la demonstration de la nature proteique des enzymes 258
3.3. Demonstration du controle de la structure tridimensionnelle
d'une proteine par sa sequence en acides amines 260
3.4. L'oligomerisation des proteines :
un niveau superieur de complexite structurale et fonctionnelle 262
4. Les preuves du role informatif de 1'ADN dans la synthese proteique :
emergence de la biologie moleculaire 264
4.1. Naissance du concept : un gene - un enzyme 265
4.2. L'ADN support chimique de 1'heredite 268
4.2.1. L'identification du principe transformant du pneumocoque a 1'ADN 268
4.2.2. L'incursion d'un physicien theoricien, Erwin Schrodinger,
dans le domaine de la biologie 270
4.2.3. L'identification du principe infectieux du bacteriophage a 1'ADN 271
4.2.4. La conjugaison sexuelle des bacteries et la transduction, deux autres
fagons de transmettre 1'information genetique de cellule a cellule 273
4.2.5. La transposition, un nouveau concept peu orthodoxe 275
4.2.6. Decouverte de 1'enzyme de replication de 1'ADN 275
5. La rupture du dogme de la reversibilite de la proteolyse 276
5.1. Naissance et chute de la theorie de la zymohydrolyse reversible 278
5.2. Mise en evidence de 1'activation des acides amines,
une reaction prealable a la synthese de la liaison peptidique 279
6. Le chemin vers la decouverte du mecanisme de la synthese proteique 280
6.1. La decouverte des ARNs solubles ou ARNs de transfert 280
6.2. L'hypothese du triplet nucleotidique et de 1'ARN messager 280
6.3. La traduction de 1'acide polyuridylique en polyphenylalanine,
un premier jalon dans le decryptage du code genetique 282
6.4. Le decryptage total du code de 1'ADN 283
6.5. Le flux de 1'information genetique : ADN —> ARN messager —» proteine,
dogme central de la biologie moleculaire 285
7. Les preuves d'une regulation genetique de la synthese proteique 28
7.1. Le prophage, un exemple de regulation negative d'expression genique 287
7.2. La synthese inductible des proteines et le concept de represseur 289
7.3. Le modele de 1'operon 291
7.4. Differenciation cellulaire et facteurs de transcription
chez les organismes eucaryotes 293
8. De 1'enzymologie de 1'ADN a 1'ingenierie genetique au tournant du xxie siecle 295
8.1. Les transcriptases inverses 295
8.2. Les enzymes de restriction 296
9. Conclusion : aujourd'hui et demain 297
TABLE DBS MATIERES 477
Chapitre IV - Les racines du metabolisme cellulaire 301

1. Des philosophes grecs aux alchimistes duMoyen Age 304
1.1. La tradition grecque 306
1.2. La naissance de 1'experimentation avec les alchimistes 308
2. La periode post-alchimique 309
2.1. Premieres experiences sur les gaz 310
2.2. Stahl. La theorie du phlogistique et la theorie des affinites 312
2.3. L'essor de la chimie des gaz 313
2.4. Premieres explorations des gaz en physiologic vegetale 316
2.5. Lavoisier et la refutation de la theorie du phlogistique 318
e
3. L'emergence de la chimie physiologique au xix siecle 323
3.1. Les germes de la chimie physiologique a la fin du xvme siecle 323
3.2. La chimie organique, base de la chimie physiologique 324
3.3. Le probleme de 1'assimilation azotee 328
3.4. L'analyse chimique et 1'experimentation physiologique
dans 1'etude du metabolisme animal 329
3.5. Le dogme de la separation entre metabolisme animal et metabolisme vegetal ...331
3.6. Claude Bernard et la decouverte de la glycogenese animale 332
3.7. Le concept de bioenergetique et sa quantification 334
4 Les nouveaux champs conceptuels de la physiologic animale
au tournant du xxe siecle : hormonologie et vitaminologie 335
4.1. La naissance du concept d'hormones 335
4.2. La decouverte des vitamines 340
5. Les nouvelles techniques d'exploration de la chimie cellulaire
dans la premiere moitie du xxe siecle 343
6. L'emergence de 1'enzymologie cellulaire avec 1'exploration de la glycolyse 345
6.1. La querelle de la levure 345
6.2. La decouverte de la fermentation acellulaire du glucose 346
6.3. La chimie des sucres a la fin du xixe siecle 348
6.4. Premieres investigations sur les proprietes de la zymase.
Decouverte d'intermediaires phosphoryles dans la glycolyse 350
6.5. De la levure au tissu musculaire 353
6.6. La decouverte d'une deuxieme voie de degradation du glucose
passant par les pentoses. Son implication dans la photosynthese 360
6.7. Demonstration que la synthese de glucose a partir de pyruvate n'est pas
1'inverse de la glycolyse et que la synthese du glycogene a partir du glucose
n'est pas 1'inverse de la glycogenolyse 363
7. Coup d'ceil sur 1'exploration du catabolisme des lipides et proteines
au debut du xxe siecle 365
7.1. Acides gras, corps cetoniques et sterols 366
7.1.1. La decouverte de la f3-oxydation des acides gras 366
7.1.2. L'enigme des corps cetoniques 370
7.1.3. Le role de la carnitine dans 1'oxydation des acides gras 370
7.1.4. Ressemblances chimiques et dissemblances enzymatiques
entre synthese et degradation des acides gras 370
7.1.5. Les premieres incursions dans le domaine des sterols 371
7.2. Les premiers pas dans 1'exploration du catabolisme des acides amines 372
7.2.1. Acides amines indispensables
et acides amines glycogeniques et cetogeniques 373
7.2.2. La controverse du destin metabolique des proteines alimentaires

(exogenes) et des proteines tissulaires (endogenes) 374
7.2.3. A la recherche du destin du groupe amine des acides amines :
desamination oxydative et transamination 376
7.2.4. La decouverte du cycle de 1'uree 377
7.3. Une percee technique des annees 1950 dans 1'analyse du metabolisme :
le radiomarquage isotopique 379
8. Les recherches sur la respiration cellulaire dans les annees 1910 -1940 384
8.1. Les premieres theories sur la respiration cellulaire 384
8.2. Le dilemme de la respiration cellulaire : deshydrogenation ou oxydation 384
8.3. La redecouverte des cytochromes,
un maillon manquant de la chaine respiratoire 387
8.4. A la recherche des autres composants de la chaine respiratoire 392
8.5. La decouverte du cycle des acides tricarboxyliques ou cycle de Krebs.
Son role comme source d'electrons dans la respiration cellulaire 394
8.6. Le cceur de 1'energetique cellulaire :
le couplage entre respiration cellulaire et synthese d'ATP .403
9. Un regard nouveau sur le metabolisme cellulaire au tournant du XXI6 siecle .404
9.1. Compartimentation metabolique et metabolisme vectoriel 407
9.2. Regulation enzymatique et signalisation amplificatrice .411
10. Conclusion. Apport de la physique, de la genetique et de la biologic moleculaire
pour une vision renouvelee du metabolisme cellulaire 414
Chapitre V - Epilogue 417
1. Les decouvertes en biologic :
accumulation de connaissances et rupture de dogmes .419
2. A la recherche de principes unificateurs .423
3. La politique scientifique des universites et des etats face a 1'emergence
de la biologie et a la formation des chercheurs aux xixe et xxe siecles .425
4. La biologie face a la societe. L'impact des nouvelles connaissances
dans les domaines medical, socio-economique et politique 429
Bibliographic 433
Index auteurs 441
Glossaire 455
Table des matieres 473
Imprime par JOUVE, 18, me Saint-Denis, 75001 PARIS
N° 294746G. Depot legal :Mai 2001
La biologic des origines a nos jours.
Pierre Vignais
ERRATA
P. 12, ligne 7, lire: Galileo GALILEI (1564-1642)

P. 24, ligne 23, lire: les ecrits sont traduits
P. 26, ligne 11 lire: sont de la meme espece
P. 30, ligne 22, lire: DEMAUPERTUIS (1698-1759)
P. 46, ligne 3, lire: le debut
P. 64, ligne 38, lire: en 1'occurrence
P. 99, ligne 1, lire: cellules HeLa
P. 104, ligne 26, lire: alors que les cellules eucaryotes sont diploi'des (avec quelques exceptions
dont 1'amibe Dictyostelium discoideum)
P. 110, ligne 3, lire: n'ayantpas frequente
P. 119, ligne 37, lire: Wirbeltiere
P. 120, ligne 10, lire: derMenschen
P. 121, ligne 15, lire: zellular Pathologie
P. 127, ligne 22, lire: Edouard BALBIANI
P. 177, lire: Tune des premieres maladies
P. 236 ligne 1, lire: appartenaient
P. 247, ligne 29, lire: Le domaine SH3 constitue de deux feuillets plisses en position
orthogonale interagit avec des motifs riches en residus de proline.
P. 283, Chapitre 6.4, ligne 8, lire: Ainsi la sequence des codons UAU-CUA-UCU-AUC etait
traduite en 1'oligopeptide Tyr-Leu-Ser-Ile.
P. 304, ligne 8, lire: pose
P. 355, ligne 22, lire: le glucose

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i

UNE HISTOIRE DBS IDEES ET DBS HOMMES

Comite de lecture pour "La biologie, des origines a nos jours"

Grenoble Sciences rec,oit le soutien

Realisation et mise en pages : Centre technique Grenoble Sciences

Collection Grenoble Sciences

Grenoble Sciences - Rencontres Scientifiques

En 1802, le terme biologie est cree independamment par deux naturalistes, le

que finirent par s'imposer a partir de 1850, en quelques decennies, la theorie de

comment s'est construit notre savoir actuel. Conscient de la difficulte de cette

1. SURVOL DU PHENOMENE DE DEVOLUTION

Le monde vivant est caracterise par 1'enorme diversite morphologique des

1.1. LES IDEES SUR DEVOLUTION DEPUIS L'ANTIQUITE

On assimile souvent fixisme et creationnisme. En fait, le creationnisme n'exige

a parler de metabolisme cellulaire, de machinerie cellulaire, puis a evoquer les

1.2. LES AGES DE LA TERRE ET I/EMERGENCE DES ESPECES VIVANTES.

milliards de descendants qui resulterent de la division de la protocellule se

Les metazoaires (eucaryotes pluricellulaires) proviennent d'une cellule-oeuf totipotente

Figure 1.2 - Especes animales de la fin du Precambrien

Tableau I.I - Les ages de la terre et 1'apparition de la vie

Ere Millions d'annees avant Formes de vie

670 Metazoaires (Ediacara)

debout, suivi de YHomo presapiens (appele aussi sapiens archaique) il y a

1.3. LES ETRES VIVANTS ET LEUR ENVIRONNEMENT

a - La Pangee au debut du Cambrien

b - Les continents actuels

Figure 1.3 - Theorie de la derive des continents

2. LA SYSTEMATIQUE DANS LES SCIENCES DE LA NATURE

quatrieme aux quadrupedes ovipares, les animaux aquatiques etaient repertories

2.1. LES PIONNIERS DE LA SYSTEMATIQUE DU VIVANT :

a 1'universite de Cambridge et se destinant a 1'etat ecclesiastique, John RAY fut

la ressemblance ou la difference de certains caracteres les firent regrouper en six

2.2. NOTION DE PARENTE ET PRINCIPE DE SUBORDINATION

le reprit a son propre compte. Ce systeme de classification deboucha sur le

La reflexion apportee a 1'etablissement de systemes de classification eut, au

3. LES PREMISSES DE LA THEORIE DU TRANSFORMISME

Denis DIDEROT (1713 - 1784) et de Jean D'ALEMBERT (1717 - 1783). On assiste a

chaque vertebre de la colonne vertebrale etait une unite anatomique qui se

3.1. MAUPERTUIS, MAILLET ET BUFFON,

precieuses a BUFFON pour la redaction de son Traite d'Histoire Naturelle. Dans

3.2. L'ORIGINE DES FOSSILES APPREHENDEE GRACE A LA

caracteristiques des terrains sedimentaires, on proposa une classification des

4. JEAN-BAPTISTE DE LAMARCK, PIONNIER DU

4.1. LAMARCK ET SON TEMPS

En contemplant 1'echelle animale, LAMARCK fut amene a se demander si les

4.2. LES GRANDES LIGNES DU LAMARCKISME

Bien que de doctrines foncierement opposees, le transformiste Etienne

5.1. ETIENNE GEOFFROY SAINT-HILAIRE ET GEORGES CUVIER :

echapperont aux massacres de septembre 1792. HAUY ne sera pas oublieux.

Participant a la reorganisation de 1'Academie des sciences apres la Revolution

5.2. L'AFFRONTEMENT GEOFFROY SAINT-HILAIRE - CUVIER :

Quelles etaient les divergences de doctrines chez CUVIER et GEOFFROY

Lezard vert Pic

Figure 1.4 - Mise en evidence d'homologies

6. CHARLES DARWIN ET ALFRED WALLACE : L'EMER-

6.1. SELECTION NATURELLE ET LUTTE POUR I/EXISTENCE

professeur de botanique, et le Reverend Adam SEDGWICK (1785-1873),

de 1'ete 1858 que brusquement surgit un competiteur redoutable en la personne

etablir une si grande philosophic, et si simple et si neuve". L'Origine des Especes,

6.2. UNE ILLUSTRATION DU PRINCIPE DE SELECTION : LE EEC DES

Figure 1.5 - Les pinsons des iles Galapagos

Reprenant 1'exemple de la girafe et de son long cou, discute par LAMARCK en

6.3. LE PARALLELE ENTRE SELECTION NATURELLE